Journal articles on the topic 'Caprinés – Variabilité'

Dans l’espèce caprine, il existe au locus αs1-caséine, un polymorphisme complexe alliant variabilité quantitative et qualitative. Les caractéristiques physico-chimiques des laits caprins et leurs aptitudes technologiques sont gouvernées par ce polymorphisme. Ses fondements moléculaires ont été exploités pour mettre en place un protocole de génotypage des animaux. Si ce caractère est, d’ores et déjà, pris en compte dans les schémas de sélection caprine, ces travaux multidisciplinaires ont ouvert de nombreuses voies de recherche. En effet, outre le modèle de co-évolution d’un marqueur microsatellite et d’un gène à effet majeur, le gène αs1-cas fournit un modèle pertinent d’étude des mécanismes d’épissage et leur implication dans la diversité structurale inter-spécifique. De plus, le polymorphisme génétique de la caséine αs1 constitue un moyen d’investigation incomparable pour étudier la structure micellaire dans le lait ainsi qu’un moyen de décrypter son édification au cours du transport intracellulaire des caséines qui est particulièrement perturbé chez les individus porteurs d’allèles défectifs au locus αs1-Cas. Le polymorphisme αs1-Cas caprin n’a donc pas encore dévoilé tous ses effets.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

Cette revue bibliographique couvre deux aspects de la génétique des caprins laitiers : la variabilité génétique des caractères et l’améliorationgénétique. La majorité des connaissances sur le déterminisme génétique des caractères chez les caprins est issue de l’approche«polygénique» car les outils génériques de la génétique moléculaire sont encore limités dans cette espèce. Toutefois, nous discutonsici surtout les résultats sur quelques gènes bien étudiés en caprins, comme ceux des caséines, de la protéine prion et du cornage.Pour l’amélioration génétique, nous rappelons des principes généraux des méthodes de sélection avec ou sans données moléculaires,avant de discuter les programmes de sélection caprine actuels et leurs perspectives.

La mise en oeuvre d’un programme de sélection chez les ruminants allaitants nécessite un modèle de contrôle de performances pour l’enregistrement des poids et la mesure de la croissance. Un tel schéma a été mis au point en France chez les ovins ; en revanche, il n’existe pas de système pour les caprins allaitants. Cette étude examine les possibilités d’application de la méthodologie standard mise au point chez les ovins à viande, dans le cadre de la population rustique de caprins Créoles élevés aux Antilles françaises. Elle s’est appuyée sur la base de données individuelles de croissances accumulées au Domaine expérimental de Gardel en Guadeloupe depuis près de 20 ans, sur un total de 6 211 chevreaux jusqu’au sevrage. Différentes méthodes d’estimation des poids à âges types (10, 30 et 70 jours) ont été testées, en comparaison avec la méthode standard développée pour les ovins allaitants en France. Enfin, la variabilité des performances de croissance obtenues a été précisée afin d’établir les premières références d’un contrôle de croissance appliqué aux caprins Créoles. Les conditions d’application et les limites du schéma sont discutées dans le cadre de la population caprine Créole.

Certaines races locales de ruminants présentent des aptitudes génétiques particulières à résister et/ou à tolérer les parasites internes. Cet article passe en revue les données encore éparses existant sur les variabilité intra et inter-races de la résistance aux helminthes des bovins, ovins et caprins, et décrit plus précisément les projets de recherches de l’International Livestock Research Institute (ILRI) en matière de résistance génétique aux nématodes gastro-intestinaux des petits ruminants au Kenya, en Ethiopie, au Sénégal . Les agneaux Red Maasai sont plus résistants aux parasites internes que les agneaux Dorper dans la région côtière sub-humide du Kenya. En outre, des variations génétiques intra-race ont été mises en évidence. Les résultats montrent clairement l’intérêt économique de l’élevage de races ovines plus résistantes aux parasites internes dans cette partie du Kenya. Il semble aussi que les caprins Small East African soient plus résistants aux parasites internes que les caprins Galla. En Éthiopie (Debre berhan, 1780 m d’altitude), il n’a pas été mis en évidence de nette différence entre les ovins Menz (race indigène de la région) et les ovins Horro (race introduite des basses régions montagneuses). Cependant, la variabilité intra-race est prometteuse en termes de sélection ultérieure. Au Sénégal, en collaboration avec le CIRAD-EMVT et l’ISRA, des études en ferme ont débuté en 1992 sur différents sites dans la zone nord, aride (Louga, ovins Fulani et chèvres sahéliennes) et la zone humide du sud (Kolda, ovins Djallonké et caprins West African Dwarf). Dans une station expérimentale de Kolda, des accouplements raisonnés à partir de reproducteurs identifiés en ferme, permettront de déterminer des paramètres génétiques de la résistance aux strongles digestifs chez les ovins Djallonké.

RESUMELes ressources génétiques caprines (Capra hircus L.) d'Algérie n'ont pas fait l'objet d'une attention particulière comparativement au reste des populations de l'espèce du Bassin méditerranéen. En témoigne la méconnaissance de leur degré d'appartenance à l'une des trois catégories de la classification évolutive des animaux de ferme qui comprend espèce sauvage, population primaire - initialement population traditionnelle - et race standardisée. Des données relatives à la variabilité génétique de douze loci à effets visibles sont considérées pour caractériser les populations caprines des Monts Dahra et Aurès. Ces travaux se basent sur l'emploi de deux indices récemment introduits: l'indice de primarité loci en ségrégation (IPs) et l'indice de primarité allèles au locus Agouti (IPa). Les résultats obtenus plaident en faveur de l'appartenance de ces populations à la catégorie de population primaire.

RésuméCette étude a été menée dans les élevages périurbains et au niveau des marchés à bétail de Ouagadougou avec pour objectif de caractériser sur le plan phénotypique les petits ruminants de race locale “Mossi”. 314 animaux (202 ovins et 112 caprins) repartis chez 25 producteurs ont été concernés. Les mesures corporelles suivantes ont été effectuées: le poids vif (PV), le périmètre thoracique (PT), la hauteur au garrot (HG), la hauteur à la croupe (HC) et la longueur de la diagonale du corps (LDC). Ont été également enregistrées la présence ou non de cornes, de barbiche, la couleur de la robe (blanc, noir, noir et blanc, brun, blanc-brun) et la structure du poil (ras et dur, ras et lisse, long et dur, long et lisse).Les résultats ont mis en évidence entre les variables corporelles mesurées, des différences liées au sexe en fonction de l’âge. Les ovins locaux de type “Mossi” sont eumétriques avec un PV moyen à l’âge adulte de 23,3±5,0 kg et une HG de 59,3±5,5 cm. Chez les caprins, le PV moyen est de 20,2plusmn;4,5 kg et la HG est de 48,4±4,1 cm.Ce sont des types génétiques à robes multicolores avec cependant une prédominance de la couleur “noir et blanc” chez les ovins, “blanc-brun” chez les caprins. Le poil est généralement “ras et dur” chez les ovins et “ras et lisse” chez les caprins. Le port des oreilles est “dressé et court” chez les caprins et “tombant et court” chez les ovins.La grande variabilité notée pour la couleur de la robe et le PV chez les individus de ces races indique de grandes possibilités d'amélioration génétique par sélection.

Abstract. Caprines belong to the most endangered group of mammals and artiodactyls suffering from many negative human impacts. Fortunately, many of them are protected and managed by national and international legislation and in situ and ex situ conservation actions. Although many microsatellite markers have been developed for wild and domestic caprines, they remain uninvestigated in respect of their utility for some taxa. We examined the utility of the International Society for Animal Genetics microsatellite set for genetic characterisations of three wild and one domestic Capra species from captive or semi-captive ex situ populations in Europe. Our data suggest the utility of this microsatellite set for detecting shared and species-specific alleles, characterising the genetic variability, and determining phylogenetic relationships and intraspecific structures in investigated taxa. We detected a depleted genetic variability in Capra falconeri and Capra cylindricornis in European ex situ populations; unrelated individuals are therefore needed for improving genetic variability parameters, as they are for the extralimital population of Capra aegagrus in the Vřísek game reserve (Czech Republic), for which we identified no genetic introgression from the domestic goat and great dissimilarity with some analysed individuals from European zoos. Current results here indicate some difficulties with the historical evidence, for example with respect to the origin and purity of particular individuals under breeding programmes.

Dans un proche avenir, il sera nécessaire de disposer d’animaux résistants pour maîtriser les strongyloses gastro-intestinales des petits ruminants, du fait de l’incidence de cette pathologie, quelle que soit la zone d’élevage. Or, bien que l’élevage caprin soit une production importante, notamment en zone tropicale, et très sensible à cette pathologie, la résistance génétique est peu étudiée dans cette espèce. L’objectif du protocole conduit à l’INRA-Antilles-Guyane est de déterminer, après vérification de son existence chez les caprins Créoles, si le même caractère de résistance génétique s’exprime dans des environnements contrastés du point de vue du risque parasitaire et de l’apport fourrager. La résistance de 13 boucs Créoles a été estimée dans 2 systèmes de pâturage, par la moyenne des performances de leurs descendants, aux âges de 6 et 10 mois.Haemonchus contortus et "Trichostrongylus colubriformis" ont été les espèces parasites dominantes. Le déterminisme génétique de la résistance est mis en évidence chez les chevreaux de 6 mois par une tendance à un effet père significatif dans tous les environnements. Le classement relatif des 13 boucs est corrélé dans les 2 milieux nutritionnels favorables : + 0,83 (P<0,001). En revanche, la corrélation n’est pas significative entre les milieux nutritionnels favorables et le milieu nutritionnel défavorable. Ce résultat semble indiquer que des mécanismes biologiques gouvernés par des gènes de résistance différents s’expriment dans un milieu nutritionnel favorable et dans un milieu nutritionnel défavorable. Aucune variabilité génétique n’est mise en évidence sur les mesures à 10 mois du fait d’un niveau d’infestation insuffisant des chevreaux.

ABSTRACTThe genotypic characterization ofCoxiella burnetiiprovides useful information about the strains circulating at the farm, region, or country level and may be used to identify the source of infection for animals and humans. The aim of the present study was to investigate the strains ofC. burnetiicirculating in caprine and bovine Belgian farms using a single nucleotide polymorphism (SNP) technique. Direct genotyping was applied to different samples (bulk tank milk, individual milk, vaginal swab, fetal product, and air sample). Besides the well-known SNP genotypes, unreported ones were found in bovine and caprine samples, increasing the variability of the strains found in the two species in Belgium. Moreover, multiple genotypes were detected contemporarily in caprine farms at different years of sampling and by using different samples. Interestingly, certain SNP genotypes were detected in both bovine and caprine samples, raising the question of interspecies transmission of the pathogen.

The aim of this research was to investigate variability in each of the five exons of the caprine growth hormone (gGH) gene, in order to establish the possible relationships with milk traits in Sarda breed goat. The general linear model procedure was used to analyse the effects of the single strand conformation (SSCP) profiles on milk traits of 100 lactating goats. Analysis of conformational polymorphism at exons 1–5 revealed a total of 25 differing banding patterns. Sequencing revealed 21 nucleotide changes (compared with GenBank D00476): 14 were polymorphic and 7 monomorphic; 19 in exonic regions, 5 of which were nonsynonymous. A SNP upstream of the transcription initiation codon (c.-3A>G) and an indel (c.*29_30insC) in the 3′UTR, were detected. Alignment of 4 cloned sequences including the entire gGH gene led to the identification of 22 nucleotide variations within the intron regions, including two indels. Association analysis revealed that each exon, except exon-1, affected milk yield, exons 1 and 3 influenced milk fat percentage, and all exons, except exon-2, had an effect on protein percentage, supporting previous results in livestock. The variability detected at the caprine GH gene might provide useful information for the phylogeny of ruminants and, more importantly, have implications on the biological function of the growth hormone and on those traits resulting from its physiological action, including milk production and composition. The caprine GH gene may become a useful molecular marker for a more effective genetic selection for milk production traits in goats.

La durabilité des systèmes d'élevage tropicaux et tempérés extensifs est à rechercher dans l'équilibre entre le milieu et les productions, animales et végétales. Ainsi, il est judicieux de choisir les animaux pour leur adaptation aux contraintes du milieu, plutôt que de chercher à les en soustraire. Dans ce contexte, les strongyloses gastro-intestinales représentent une contrainte pathologique majeure des petits ruminants, particulièrement en zone tropicale humide. Depuis quelques années, la stratégie d'éradication des parasites a évolué vers une logique de manipulation des équilibres hôtes-parasites dans les systèmes pâturés par combinaison de diverses stratégies. La résistance génétique aux strongles gastro-intestinaux s'inscrit dans cette nouvelle démarche et y tient un rôle majeur. L'objectif de cette synthèse est de souligner les apports de la génétique et de la génomique à la compréhension et à l'exploitation de différences entre individus pour la résistance aux strongyloses gastro-intestinales. Les races locales se révèlent dans la plupart des cas les plus résistantes et les plus productives dans leur milieu. Que ce soit chez des races de milieu tropical ou tempéré, une variabilité génétique intra-race a pu être observée chez les ovins et les caprins. Des critères de résistance exploitables en sélection sont connus chez les ovins comme chez les caprins avec un contrôle génétique comparable. Enfin, la composante immunitaire (complexe majeur d'histocompatibilité notamment) de la résistance est clairement impliquée dans les mécanismes. Cependant, du fait de comportements alimentaires différents, les mécanismes sous jacents pourraient être plus simples et moins efficients chez les caprins. L'information génomique s'accumule mais reste encore difficilement valorisable par les professionnels.

Une enquête de juin 1992 sur les ressources génétiques caprines dans le cadre du Projet régional de recherches sur les petits ruminants (PRRPR, au Niger, au Cameroun et Tchad) portait sur 12 sites (5 au Nord Cameroun et 7 au Tchad). Au total 215 chèvres femelles adultes (105 au Nord Cameroun et 110 au Tchad) ont été examinées. Comme les populations après la domestication se caractérisent par une grande variabilité de l’extérieur – due à l’accumulation de mutants qui ne sont plus éliminés par la sélection naturelle que l’homme a considérablement atténuée en maintenant les animaux sous sa protection – on a utilisé ce phénomène pour mesurer le degré d’appartenance à la catégorie taxonomique appelée “population primaire”. Deux indices ont ainsi été utilisés : l’indice de primarité loci en ségrégation (IPs) et l’indice de primarité allèles au locus Agouti (IPa). Ces deux indices peuvent varier de 0 (race complètement standardisée : absence de variabilité de l’extérieur) à 1 (primarité totale, avec conservation de tous les variants accumulés depuis les débuts de la domestication).Pour IPs les estimées étaient de 0,77 au Nord Cameroun et de 0,84 au Tchad et pour IPa de 0,75 au Nord Cameroun et de 0,88 au Tchad. Des valeurs aussi élevées indiquent que, dans les deux pays, on est pratiquement en présence de populations primaires, au moins avec ce mode mesure. Ces valeurs sont fort proches de celles mesurées sur d’autres populations également considérées comme primaires, dans le Bassin méditerranéen et au Brésil [la SRD (Sem Raça Definida) du Ceará]. L’emploi de ces indices de primarité, est suggéré pour la cartographie des ressources génétiques caprines africaines, au moins dans une première phase d’approche.

ABSTRACT The complete surface glycoprotein (SU) nucleotide sequences of three French isolates of caprine arthritis-encephalitis virus (CAEV) were determined and compared with those of previously described isolates: three American isolates and one French isolate. Phylogenetic analyses revealed the existence of four distinct and roughly equidistant evolutionary CAEV subtypes. Four conserved and five variable domains were identified in the SU. The fine specificities of antibodies produced against these domains during natural infection were examined using a pepscan analysis. Nine immunogenic segments were delineated throughout the conserved and variable domains of SU, two of them corresponding to conserved immunodominant epitopes. Antigenic determinants which may be involved in the immunopathogenic process induced by CAEV were identified. These results also provide sensitive and specific antigen peptides for the serological detection and differentiation of CAEV and visna/maedi virus infections.

Cet article synthétise les estimations des héritabilités et des corrélations génétiques entre les principaux caractères d’intérêt zootechnique pour différentes espèces de mammifères domestiques (bovins, ovins, caprins, porcins et lapins). Les caractères étudiés sont ceux relatifs à la production de lait et de viande. On donne aussi quelques indications pour des caractères d’adaptation au milieu ou de résistance aux maladies. La connaissance de ces paramètres génétiques est indispensable pour choisir les objectifs et les critères de sélection. Depuis quelques années on s’intéresse à de nouveaux caractères, plus analytiques que ceux qui étaient étudiés traditionnellement. Il s’agit par exemple des composantes de la taille de la portée ou de l’efficacité alimentaire.

The variability of Himantoglossum s.s. populations in Greece has long been recognised, resulting in disagreements in their identification. For the purposes of the present study, several populations of H. jankae occurring throughout Greece were morphologically analysed and compared to populations of ambiguous taxonomic status from the Peloponnese and the island of Lesvos. The multivariate patterns of flower size variation of 24 Himantoglossum s.s. populations was investigated with a canonical variates analysis, and their morphometric relationships were further illustrated with a hierarchical cluster analysis. The results indicate that: a) H. jankae should be regarded as a very variable species, b) the two populations from Lesvos and Peloponnese cannot be separated from those of H. jankae, and c) there is a trend of gradual decrease in the dimensions of specific floral organs in a north to south direction, probably suggesting the effects of climatic conditions on floral morphology. All findings demonstrate that the studied populations indeed fall within the variability of H. jankae and not H. caprinum, a species whose presence in Greece cannot be attested on the basis of morphology.

Une enquête rétrospective de carrières de femelles a été conduite sur un échantillon de 1317 chèvres élevées de façon traditionnelle dans une petite région de la zone semi-aride du Nordeste du Brésil. L'étude concerne un total de 2155 mises bas et permet d'analyser le problème de l'avortement en fonction de plusieurs facteurs de variations mesurés rétrospectivement : année, classe d'âge, rang de mise bas, âge à la mise bas, communauté d'origine. La méthodologie employée fait appel à la mémoire de l'éleveur. Les résultats montrent que le problème de l'avortement existe de manière constante dans la région (13 %). Les avortements sont plus fréquents chez les chèvres jeunes et surviennent plus particulièrement au cours de la première mise bas (20,7 %), quel que soit l'âge auquel se produit celle-ci. L'année semble avoir une influence sur le taux d'avortement, ce qui peut être expliqué par la grande variabilité des facteurs climatiques. Enfin, les taux d'avortement sont variables en fonction de la communauté mais cette différence n'est cependant pas significative. Cette variabilité peut être expliquée par la diversité des conditions édaphiques rencontrées dans la région étudiée.

Despite similar genome sizes, a great variability in recombination rates is observed in mammals. We used antibodies against SYCP3, MLH1 and centromeres to compare crossover frequency, position along chromosome arms and the effect of crossover interference in spermatocytes of 4 species from the family Bovidae (Bos taurus, 2n = 60, tribe Bovini; Ovis aries, 2n = 54, Capra hircus, 2n = 60 and Ammotragus lervia, 2n = 58, tribe Caprini). Despite significant individual variability, our results also show significant differences in both recombination rates and the total length of autosomal synaptonemal complexes (SC) between cattle (47.53 MLH1 foci/cell, 244.59 µm) and members of the tribe Caprini (61.83 MLH1 foci, 296.19 µm) which can be explained by the length of time that has passed since their evolutionary divergence. Sheep displayed the highest number of MLH1 foci per cell and recombination density, although they have a lower diploid chromosome number caused by centric fusions corresponding to cattle chromosomes 1;3, 2;8 and 5;11. However, the proportion of MLH1 foci observed on the fused chromosomes in sheep (26.14%) was significantly lower than on the orthologous acrocentrics in cattle (27.6%) and goats (28.2%), and their distribution along the SC arms differed significantly. The reduced recombination rate in metacentrics is probably caused by interference acting across the centromere.

Cet article décrit les bases des techniques de production in vivo et in vitro des embryons ovins et caprins. Malgré les améliorations apportées à la technique, les limites de la production d’embryons in vivo sont précisées : variabilité de la réponse au traitement hormonal, fécondation difficile des femelles fortement superovulées, importance de la régression prématurée des corps jaunes chez la chèvre. Les nouvelles perspectives offertes par les ponctions répétées des ovocytes chez une même femelle, suivies de la production des embryons in vitro, sont présentées avec leurs limites actuelles et les recherches à mettre en œuvre pour les dépasser. Les progrès récents des techniques de transfert et de congélation des embryons devraient permettre dans le futur une plus grande utilisation du transfert embryonnaire dans les programmes d’éradication d’épizooties et d’amélioration génétique des petits ruminants.

L’immunisation active (par vaccination) ou passive (par injection de sérum) contre un stéroïde ovarien, l’androsiènedione, permet d’améliorer les performances de reproduction et de production dans la plupart des races ovines et certaines races caprines. Le taux d’ovulation est augmenté sans variabilité excessive (il dépasse rarement deux). Ceci s’accompagne d’une augmentation de la taille de la portée, par augmentation du pourcentage de jumeaux, d’autant plus importante que la race traitée est naturellement peu prolifique. La fertilité n’est pas affectée si on respecte strictement les conditions d’emploi (délai minimum de 3 semaines entre la deuxième vaccination et la mise à la lutte). Les poids à la naissance ne diffèrent pas, à taille de portée identique, entre agneaux et chevreaux nés de mères immunisées ou non. Les croissances et l’apparition de la puberté des jeunes issus de mères immunisées sont presque identiques à celles des témoins.

Une analyse génétique a été menée dans trois régions différentes, sur deux espèces, des ovins et des caprins, pour estimer les paramètres génétiques des caractères de reproduction des animaux : prolificité, intervalle entre mises bas et âge à la première mise bas. Le suivi individuel ayant été réalisé en milieu traditionnel, la variabilité environnementale était importante et les animaux étaient soumis à des conditions de milieu difficiles. La première étape a été d'identifier et de tester (à l'aide de modèles d'analyse de variance) les facteurs environnementaux de variation des performances de reproduction. Les facteurs fixes; village d'origine de l'animal, saison et année de mise bas (pour les caractères prolificité et intervalle entre mises bas) et saison et année de naissance (pour le caractère âge à la première mise bas); ont été trouvés très significatifs. Pour le caractère prolificité, les facteurs fixes rang de mise bas et intervalle entre mises bas étaient significatifs, avec des tailles de portée qui augmentaient avec le rang de mise bas et qui étaient plus élevées pour un intervalle entre mises bas plus long. L'étape d'estimation de l'héritabilité et de la répétabilité a été réalisée selon un « modèle animal » , en réalisant l'estimation des composantes de la variance par le maximum de vraisemblance restreinte.

The 5′ flanking region and 3′ UTR of the caprine LALBA gene were analysed by SSCP and sequencing. A total of nine SNPs were detected: three in the promoter region, two were synonymous coding SNPs at exon-1, and four SNPs were in exon-4, within the 3′UTR. The nucleotide changes located in the promoter region (c.−358T>C, c.−163G>A, c.−121T>G) were genotyped by SSCP in 263 Sarda goats to evaluate their possible effect on milk yield, composition and renneting properties. We observed an effect of the three SNPs on milk yield and lactose content. Genotypes TT and CT at c.−358T>C (P < 0·001) and genotypes AG and GG at c.−163G>A (P < 0·01) were characterised by higher lactose contents, while c.−358CC and c.−163AA showed the lower milk yield (P < 0·01). SNPs c.−358T>C and c.−121T>G were part of transcription factors binding sites, potentially involved in modulating the LALBA gene expression. The LALBA genotype affected renneting properties (P < 0·001), as heterozygotes c.−358CT and c.−163GA were characterised by delayed rennet coagulation time and curd firming time and the lowest value of curd firmness. The present investigation increases the panel of SNPs and adds new information about the effects of the caprine LALBA gene polymorphism.

SUMMARYThe authors describe in this article the characteristics of eight distinct Albanian goat populations that have been managed and bred under what can be considered regional isolates for many generations; from the plain of Shkodra (± I50 m from sea level) to the hillsides of Vlora (± 350 m) and the high mountains of Tropoja (± 1 400 m). The great variability of conformation and average milked yield per lactation (from around 100 kg for the Dukat breed up to 360 kg for the Relipoje) and the daily weight gain is presented and discussed by the authors.

Transgene expression in stably transgenic organisms is affected by many factors, including the copy number of the transgene in the genome and by interactions between the transgene and flanking DNA sequences. Very high transgene copy number has also been shown to affect genetic stability in transgenic plants and animals. Two commonly used methods for transfecting cells prior to their use in nuclear transfer (NT) are liposome-mediated transfection and electroporation. Little is known about the transgene copy number or variability of the copy number with these techniques. The objective of this study was to determine transgene copy number after liposome-mediated transfection and electroporation. The mean transgene copy number and variability between individual integration events have been determined. Q-PCR conditions were optimized for primer annealing temperature and concentration when amplifying a region of a plasmid expressing green fluorescent protein (GFP) under the control of the human elongation factor (hEF) promoter (hEFGFP) used for transfection. The quantitative nature of the Q-PCR reaction was confirmed by amplifying 10-fold dilutions of the plasmid and plotting the threshold cycle (CT) value against the log of the plasmid concentration. A correlation coefficient of 1.00 and a calculated PCR efficiency of 93.3% were obtained from this analysis. Caprine fibroblasts were transfected by electroporation with 20 μg of DNA or FuGENE® HD (Roche, Nutley, NJ, USA) reagent with 6 μg of DNA using either a circular or linearized hEFGFP plasmid. Transformed cells were plated at low density in medium containing Geneticin® (Gibco, Grand Island, NY USA). After 10 days of culture, single-cell colonies were isolated and expanded. When cultures reached 1 to 2 million cells, genomic DNA was isolated. Transgene copy number was determined by amplifying genomic DNA from individual clones representing 1 × 105 cells with Q-PCR. Transgene copy number was calculated from a standard curve of the transgene plasmid. The mean transgene copy number for electroporation circular was 2.7 ± 0.75 (n = 32 colonies) and 1.3 ± 0.65 (n = 19) when using a linear DNA construct. FuGENE HD using a circular plasmid construct generated a mean gene copy number of 0.5 ± 0.11 (n = 14) and 0.64 ± 0.13 (n = 16) for the linear plasmid construct. One-way ANOVA followed by multiple pair-wise comparisons using Tukey’s method showed significant differences when comparing electroporation circular to all other treatments. However, there were no differences when comparing electroporation linear, FuGENE HD circular, and FuGENE HD linear to each other. Because the calculated mean copy number for transfection with FuGENE HD was consistently less than 1, it is assumed that these colonies consisted predominantly of single-copy integrations. Our results indicate that the transfection method can affect gene copy number. Electroporation resulted in multiple but few copies whereas Fugene HD resulted in predominantly single-copy integrations. The probability of transgene mutation with single-copy integration suggests that electroporation is preferable forproducing transgenic animals by NT.

Major Histocompatibility Complex (MHC) molecules loaded with peptides derived from invading pathogens are recognised by the immune system to produce a highly effective and specific response against foreign pathogens. A 310-bp fragment of exon 2 of the MHC Class II DQA1 gene was amplified in 27 animals made up of three major Nigerian goat breeds [West African Dwarf (WAD), Red Sokoto (RS) and Sahel (SH)]. Twenty amino acid polymorphic sites were found in Nigerian goats. Comparison of predicted amino acid residues of DQA1 exon 2 alleles of Nigerian goats with similar alleles from other caprine species revealed considerable congruence in amino acid substitution pattern. A significant positive selection signature was detected at the DQA1 locus of Nigerian goats in that non-synonymous substitutions occurred at a faster rate compared to synonymous substitutions (dN:dS ratio = 1.28 ; Z-Statistics= 1.634; P<0.05). The evolutionary tree constructed using UPGMA, revealed that the southern WAD goat appeared to be more related to the northern RS than SH goat at the DQA1 locus. It will be interesting therefore, for future studies to investigate the association of the genetic variants in DQA1 gene of Nigerian goats with resistance/susceptiblity to diseases in order to conserve these precious animal genetic resources.

Usually, in the Brazilian semiarid region where dry and humid periods are well determined, phenological events are mainly affected by seasonal rainfall and availability of water in the soil. The studies in these regions have importance especially to understand the dynamics of dry forests. Thus, the objective of this work was to characterize the phenophases of trees P. pyramidalis, C. blachetianus, A. pyrifolium and J. mollissima, and their relationship with the temporal distribution of rainfall, which occurs in the form of pulses. Furthermore, the effect of goat grazing was evaluated. The experimental areas presented different caprine stockings, where first had ten and the second five. The third stocking remained without goats during the experimental period. For the phenological follow-up, 50 tree individuals of each species were selected, tagged and monitored weekly, at Experimental Station, in the municipality of São João do Cariri-PB. In order to quantify the phenological events, the percentage of Fournier intensity was used, registering the presence and absence of the phenophases: sprouting, flowering, fruiting and senescence, whose data were related to the water pulses and inter-pulses. The phenological events presented annual patterns, with interannual variations in intensity. We observed that the phenophases occur in synchrony with the temporal distribution of the rainfall pulses in the area of its occurrence. As the dry season progresses, reduction in sprouting, flowering and fruiting occurs when the inter-pulses of rainfall was intensified. The presence of goats did not influence the phenological development of the species.

Un test ELISA a été mis au point pour la détection d'anticorps contre Cowdria ruminantium dans le sérum de ruminants domestiques. Les micro-organismes cultivés dans des cellules bovines endothéliales ombilicales ont été utilisés comme antigène. Lorsque la culture a montré une lyse à 90 %, le surnageant a été centrifugé, soniqué et appliqué sur des plaques microtitres en polystyrène. Des anticorps ont été détectés à partir de 9 jours après immunisation expérimentale de chèvres. La sensibilité de l'ELISA, calculée sur 73 sérums de ruminants, se trouvait entre 97,3 et 98,6 %. La spécificité globale du test était de 97 % (N = 2925). Néanmoins, la spécificité était beaucoup plus basse pour les ovins (94,4 %, N = 881) que pour les caprins (98,6 %, N = 651) et les bovins (97,8 %, N = 1393). Des réactions croisées, qui peuvent expliquer certaines des réactions faussement positives, ont été trouvées entre l'antigène de Cowdria et des sérums contre Ehrlichia bovis (1 bovin positif sur 2 infectés expérimentalement) et E. ovina (2 moutons positifs sur 2 infectés), mais non pas contre E. phagocytophila. Les variabilités intra- et inter-test étaient respectivement de 7,5 et de 7,8 %, ce qui montre une bonne reproductibilité de l'ELISA.

SummaryThis work analyses the changes that caprine spermatozoa undergo during in vitro fertilization (IVF) of in vitro matured prepubertal goat oocytes and their relationship with IVF outcome, in order to obtain an effective model that allows prediction of in vitro fertility on the basis of semen assessment. The evolution of several sperm parameters (motility, viability and acrosomal integrity) during IVF and their relationship with three IVF outcome criteria (total penetration, normal penetration and cleavage rates) were studied in a total of 56 IVF replicates. Moderate correlation coefficients between some sperm parameters and IVF outcome were observed. In addition, stepwise multiple regression analyses were conducted that considered three grouping of sperm parameters as potential explanatory variables of the three IVF outcome criteria. The proportion of IVF outcome variation that can be explained by the fitted models ranged from 0.62 to 0.86, depending upon the trait analysed and the variables considered. Seven out of 32 sperm parameters were selected as partial covariates in at least one of the nine multiple regression models. Among these, progressive sperm motility assessed immediately after swim-up, the percentage of dead sperm with intact acrosome and the incidence of acrosome reaction both determined just before the gamete co-culture, and finally the proportion of viable spermatozoa at 17 h post-insemination were the most frequently selected sperm parameters. Nevertheless, the predictive ability of these models must be confirmed in a larger sample size experiment.

A labelled avidin-biotin ELISA (lab-ELISA) using repeated serum samples of goats showed a progressive seroconversion with higher seroconversion rate at the period going from the beginning of the breeding up to the last half of lactation (35.0%), compared to that recorded at the beginning of breeding (17.8%)(p<0.05). Furthermore, the seroreactivity pattern, evaluated by a lab-ELISA standard-curve with serum samples collected at 30-40 days intervals during 12 months, was caracterized by high individual variability. No seroreversion was observed and there were higher titers in the group of animals which delivered kids and established a lactation period (n=6; mean titre=913.4 units) compared to the group of goats that failed to conceived (n=4; mean titre=261.2 units) (p<0.01).

L’aptitude fromagère d’un lait s’exprime à travers son rendement fromager, la composition du produit final qui doit respecter des normes précises, et la qualité organoleptique du fromage obtenu. La composition du lait, et particulièrement sa teneur en caséines et matière grasse détermine principalement son aptitude fromagère. Depuis plusieurs années la sélection des races laitières porte à la fois sur la quantité et la composition du lait. Jusqu’à présent ces caractères, considérés comme polygéniques, ont donné lieu à une indexation permettant de prédire la valeur génétique des animaux d’après leurs performances, et de choisir les meilleurs reproducteurs pour engendrer la génération suivante. L’étude du polymorphisme des protéines du lait vient remettre en cause ce fonctionnement, dans la mesure où on a pu déterminer le génotype des animaux à des loci "caséines" particuliers, et mettre en évidence que certains allèles améliorent la composition et la valeur fromagère du lait. Utiliser cette information, directement "lue" sur l’animal candidat à la sélection paraît séduisant. Mais il convient d’évaluer les risques aussi bien que l’intérêt de ces nouvelles possibilités d’actions offertes par les techniques de laboratoire. Les effets des différents allèles doivent être recherchés ; cela nécessite des expériences afin de comparer des animaux de différents génotypes. En outre des simulations permettront de choisir une méthode de sélection adaptée à la population, qui favorise les allèles intéressants sans réduire la variabilité génétique. Ces différentes questions sont abordées actuellement à l’INRA, en particulier à travers l’étude des caséines des races caprines françaises.

: Bovidae, the largest family in Pecora infraorder, are characterized by a striking variability in diploid number of chromosomes between species and among individuals within a species. The bovid X chromosome is also remarkably variable, with several morphological types in the family. Here we built a detailed chromosome map of musk ox (Ovibos moschatus), a relic species originating from Pleistocene megafauna, with dromedary and human probes using chromosome painting. We trace chromosomal rearrangements during Bovidae evolution by comparing species already studied by chromosome painting. The musk ox karyotype differs from the ancestral pecoran karyotype by six fusions, one fission, and three inversions. We discuss changes in pecoran ancestral karyotype in the light of new painting data. Variations in the X chromosome structure of four bovid species nilgai bull (Boselaphus tragocamelus), saola (Pseudoryx nghetinhensis), gaur (Bos gaurus), and Kirk’s Dikdik (Madoqua kirkii) were further analyzed using 26 cattle BAC-clones. We found the duplication on the X in saola. We show main rearrangements leading to the formation of four types of bovid X: Bovinae type with derived cattle subtype formed by centromere reposition and Antilopinae type with Caprini subtype formed by inversion in XSB3.

The aim of this study was to determine the prevalence of small ruminant lentivirus (SRLV) infections on sheep and goat farms which are exempt from state monitoring and carry molecular characterisation of strains circulating amongst these farms without SRLV eradication. A total number of 3,410 blood samples of sheep and goats from 21 herds were collected for the purpose of the project. The detected serological prevalence of maedi visna in sheep was 19.9% (556/2801) and the seroprevalence of caprine arthritis and encephalitis in goats was 14.1% (86/609). All positive animals were tested by the nested polymerase chain reaction (nPCR) method for the presence of provirus in the buffy-coats from EDTA-blood samples. Phylogenetic analysis of 93 SRLV strains identified the genotype in 77 sequences, where 60 of them were genotype A and 17 belonged to genotype B. Whereas all of the genotype B sequences were classified in subtype B2, the genotype A group of isolates showed higher variability and were related to subgenotypes A2 and A3. This study represents the first report of genetic characterisation of SRLV strains circulating in the territory of the Czech Republic.

I studied social organisation of the huemul (Hippocamelus bisulcus), an Andean deer, during spring in coastal Chile. Analyses are based on individually recognised adults without young of the year. Deer that were not alone generally joined groups containing both sexes, and the proportion of time individuals spent in mixed-sex groups increased with the individual's mean group size. The absence of sexual segregation during spring is unusual among sexually dimorphic ungulates, and possibly reflected little variability in food distribution and (or) sex-specific predation pressure. Group sizes of individuals observed on multiple days increased strongly with distance from rocky slopes, and this relationship appeared to be unaffected by food distribution. These results suggest that the risk of predation, probably from cougars (Felis concolor) and (or) human hunters with dogs (Canis familiaris), is lower on rocky slopes than in valley-bottom habitats. Group sizes of individuals seen only once, however, were independent of distance from rocky slopes, possibly because these individuals were transients that did not integrate into the social structure of resident deer. The effect of rocky slopes on group sizes of individuals observed on multiple days is more characteristic of mountain Caprinae than of deer. The huemul is endangered, and its extinction could represent a substantial loss in the behavioural diversity of the Cervidae.

The variability of the promoter region and the 3′UTR (exon-7) of the BLG gene, encoding the β-lactoglobulin, was investigated by sequencing in 263 lactating Sarda goats in order to assess its association with milk traits. Milk traits included: milk yield, fat, total protein and lactose content, pH, daily fat and protein yield (DFPY), freezing point, milk energy, somatic cell count, total microbial mesophilic count, rennet coagulation time (RCT), curd firming rate (k20) and curd firmness (a30). A total of 7 polymorphic sites were detected and the sequence analysed was given accession number KM817769. Only three SNPs (c.−381C>T, c.−323C>T and c.*420C>A) had minor allele frequency higher than 0·05. The effects of farm, stage of lactation and the interaction farm × stage of lactation significantly influenced all the milk traits (P< 0·01,P< 0·001) except for lactose content and SCS, which were not affected by the farm, and RCT and k20, which were not affected by the stage of lactation. The BLG gene polymorphism influenced milk yield and DFPY, in relation to SNPs c.−381C>T and c.*420C>A (P< 0·01 andP< 0·05). All three SNPs affected milk pH, and this association was highly significant at c.−381C>T (P< 0·001). The c.−381TT homozygous goats showed lower pH, RCT and k20 than c.−381CT (P< 0·05). In conclusion the polymorphism of the goat BLG gene did not affect the total protein content of the Sarda goat milk, and only weakly influenced RCT and k20. On the other hand, an interesting effect on milk yields and DFPY emerged in two SNPs. This information might be useful in dairy goat breeding programs.

ABSTRACT Mycoplasma capricolum subsp.capripneumoniae belongs to the so-called Mycoplasma mycoides cluster and is the causal agent of contagious caprine pleuropneumonia (CCPP). All members of the M. mycoidescluster have two rRNA operons. The sequences of the 16S rRNA genes of both rRNA operons from 20 strains of M. capricolum subsp.capripneumoniae of different geographical origins in Africa and Asia were determined. Nucleotide differences which were present in only one of the two operons (polymorphisms) were detected in 24 positions. The polymorphisms were not randomly distributed in the 16S rRNA genes, and some of them were found in regions of low evolutionary variability. Interestingly, 11 polymorphisms were found in all theM. capricolum subsp. capripneumoniae strains, thus defining a putative ancestor. A sequence length difference between the 16S rRNA genes in a poly(A) region and 12 additional polymorphisms were found in only one or some of the strains. A phylogenetic tree was constructed by comparative analysis of the polymorphisms, and this tree revealed two distinct lines of descent. The nucleotide substitution rate of strains within line II was up to 50% higher than within line I. A tree was also constructed from individual operonal 16S rRNA sequences, and the sequences of the two operons were found to form two distinct clades. The topologies of both clades were strikingly similar, which supports the use of 16S rRNA sequence data from homologous operons for phylogenetic studies. The strain-specific polymorphism patterns of the 16S rRNA genes of M. capricolum subsp.capripneumoniae may be used as epidemiological markers for CCPP.

The study aims to determine the environmental and genetic components for the reproductive performance of a Tunisian local goat population to set up the basis for the future improvement of this important component of efficient production. The reproductive traits considered were kidding interval (KI) and litter size at birth (LSB). Records of 462 kiddings belonging to 185 dams and 11 sires were collected over a period of 22 years in the caprine herd of the Arid Areas Institute of Médenine. Significance of environmental effects was tested with ANOVA techniques. Genetic parameters were estimated using restricted maximum likelihood fitting an animal mixed model. Mean KI and LSB were 13.85 ± 5.20 months and 1.33 ± 0.49 kids, respectively. The effect of parity number and the interaction between year and month of kidding were significant for LSB and KI. Trait LSB increased with parity number up to the fifth parity while KI decreased with parity number indicating that young females show compromised reproductive performance probably because of growth requirements and scarcity of food resources. A detrimental effect for kiddings occurring during winter (matings in summer) was observed from estimates of the year by month of kidding effect. Heritability estimates for KI and LSB were 0.13 and 0.08, respectively. A moderate repeatability estimate of 0.31 was obtained for LSB while 0.17 was obtained for KI. The low estimates of heritability obtained for reproductive traits indicated that accurate selection based on the doe’s own performance will require large amounts of data. However, the estimated genetic variability was substantial, providing the grounds for the genetic improvement of the reproductive parameters in this population.

Dans le but d’améliorer le diagnostic direct de la chlamydiose abortive des petits ruminants, 225 écouvillons vaginaux prélevés de brebis et de chèvres ayant avorté ont été testés pour la recherche d’ADN de Chlamydophila en utilisant deux types de PCR, une PCR (CTU/CTL) spécifique des Chlamydiales et une PCR (CPS/CPC) spécifique des espèces Chlamydophila abortus et Chlamydophila pecorum. Le gène omp1 codant pour la protéine majeure de la membrane externe des Chlamydiales a été détecté par la PCR (CTU/CTL) dans 65 échantillons (29 p. 100) des prélèvements analysés dont 80 p. 100 avaient été réalisés dans un délai inférieur à quatre semaines après l’avortement. La majorité des prélèvements positifs par la PCR (CTU/CTL) (69 p. 100) provenaient de troupeaux reconnus positifs par le test de fixation du complément. La PCR spécifique d’espèce appliquée aux prélèvements positifs par PCR (CTU/CTL) n’a permis de détecter les fragments attendus de Chlamydophila abortus (1 800 pb) et de Chlamydophila pecorum (580 pb) que dans quatre des 65 prélèvements testés. Les autres prélèvements ont été négatifs (63 p. 100) ou non concluants (31 p. 100) avec des bandes non spécifiques de tailles intermédiaires. La restriction enzymatique des produits d’amplification (PCR-CTU/CTL) a révélé une grande diversité génétique parmi les 65 prélèvements testés. Seuls 15 prélèvements ont montré un profil de digestion typique de Cp. abortus, mais le reste des prélèvements (77 p. 100) ont montré des profils de Cp. pecorum ou proches de cette espèce. La culture sur cellules McCoy de 26 écouvillons vaginaux et produits d’avortements provenant d’animaux avortant et confirmés positifs pour la chlamydiose (sérologie et PCR) a révélé la présence de Chlamydophila dans huit prélèvements dont sept ont été caractérisés de type Cp. abortus et un de type Cp. pecorum. Les prélèvements restants n’ont donné aucun effet cytopathogène après cinq passages successifs, ou ils étaient contaminés. D’autres études ont été menées sur la souche Cp. pecorum, désignée M14, isolée pour la première fois au Maroc, pour tester sa virulence chez la souris. Ces résultats ont suggéré une variabilité génétique des souches abortives et une association de Chlamydophila pecorum aux avortements chez les ovins et les caprins au Maroc. Cette diversité génétique mérite d’être étudiée davantage pour orienter les stratégies de vaccination contre la chlamydiose abortive au Maroc.

The aim of our research was to determine the degree of phenotypic consolidation coefficients of bull-sires daughters in the Sumy intra-breed type of Ukrainian Black-and-White dairy breed, estimated by linear traits that characterize the conformation type of cows. The experimental base of research was information on the linear classification of first-calf cows of Sumy intra-breed type of Ukrainian Black-and-White dairy breed in the PE "Burynske" breeding farm in Pidlisnivskyi department of Sumy district. The estimation of the first-calf cows by type was carried out using the method of linear classification by two systems: 9-point, with a linear description of 18 conformation traits and 100-point including four complexes of breeding traits that characterize: dairy type, body, limbs and udder. The coefficients of phenotypic consolidation (K1 and K2) cows of selection groups for linear traits of the conformation were determined according to formulas proposed by Yu. P. Polupan (2005). The level of phenotypic consolidation daughters of bull-sires estimated by group conformation traits indicated that regardless of the origin, phenotypic consolidation coefficients by overall type assessment had a positive value with a wide variability of coefficient K1 from 0.056 to 0.512 and coefficient K2 – from 0.065 to 0.505. Among all estimated by phenotypic consolidation bulls, less consolidated by group linear traits were found sires of Ukrainian Black-and-White dairy breed – Motuzok and Front. Among sires of Holstein breed the best by group traits and overall assessment of the type were: V. Delight (K1 = 0.242-0.334; K2 = 0.247-0.349); D. Capris (K1 = 0.085-0.341; K2 = 0.089-0.348) and Hayes (K1 = 0.071-0.375; K2 = 0.082-0.370). From the sires of Ukrainian Black-and-White dairy breed the Iceberg was the best (К1 = 0.059-0.478; К2 = 0.047-0.472). Magnitude of the degree phenotypic consolidation of descriptive traits of linear estimation daughters of bull-sires, regardless of origin, differed significantly by higher variability in comparison with group traits. Coefficients of phenotypic consolidation calculated by the formula K1, varied according to the bull-sires assessment from -0.434 (teats length of Iceberg daughters) to 0.504 (rump angle of Milliam daughters). The higher variability of phenotypic consolidation coefficients was revealed according to the formula K2, whose level varied from -0.571 (udder depth of Lyubimy's daughters) to 0.546 (angularity of Milliam daughters). By the coefficients of phenotypic consolidation of descriptive traits K1 and K2, there wasn't found no one bull-sire only with positive values. The most consolidated for overwhelming majority of descriptive traits were the bulls-sires of Holstein breed – Lauer, Toprate and Milliam. The highest consolidation of descriptive traits had all daughters of bulls by angularity with the highest number of positive values of coefficients. The presence of a genetic influence of bull-sires on the degree of phenotypic consolidation of the majority of linear traits of daughters with a significant advantage of Holstein producers was established.

In the Nature Reserve of Medobory a zonal vegetation is represented by dark deciduous forests, with a hornbeam and oak trees mainly, dominated by Quercus robur, Caprius betulus, and Flaxinus excelsior. Within the tree stands hornbeam predominates on the area of 21.7% of the forested lands of the reserve. Preliminary investigations of the Reserve hornbeam plantations were conducted by Mykola Korol and Ihor Humeniuk. They pointed to the stability of these plantations, their high competitive abilities but depleted biotic potential. The objects, selected for the study, are permanent trial areas, where during the last taxation measurements the hornbeam dominations in the tree stands were observed (with the tree stands of 6 and more items). On the studied trial areas mature and overmature plantations prevail by age groups. The hornbeams grow here mainly in young hornbeam forests in the first, second and third bonitets. The predominant number of trees on the trial areas is hornbeam of seed origin. Except L-28, where the conditions of growth are dry oakery on the rock, the hornbeams grow on the third bonitet and are of sprouting origin mainly. The tree stands on the trial areas are of the same age. As for the age groups they are mature and overmature, except for L-13 and L-28, where the young stocks grow, and L-13, where the one of a middle age grow. The tree stands taxation indicators on the trial areas are characterized by some differences, depending on age and completeness, within different types. The stock of live wood is on average 115-463 cubic metres per hectare. Trees differentiations by the degree of thickness show the process of a plant formation depending on their origin and age. On the trial areas the renewal of a hornbeam is represented by one- and two-years-old undergrowth. The forest stands are characterized by insignificant variability of their taxation structure indicators, being the result of a slight influence of natural and anthropogenic factors.

AbstractMilk and dairy products are major components of the human diet in Western countries, providing about 30% of dietary proteins and lipids. The current annual production of milk is 560 x 106 tonnes, of which 85, 11, 2 and 2% are bovine, buffalo, caprine and ovine, respectively. Although some raw milk is still consumed, the vast majority of milk is processed to at least some extent. Liquid milk is a major food item in all developed dairying countries, representing 30% of total milk production. The remainder is processed into one of several thousand products, making dairy products the most diverse and flexible group of food products. The flexibility of milk as a raw material resides in the chemical and physico-chemical properties of its constituents, many of which are unique. The principal constituents of milk can be modified by enzymatic, chemical and/or physical methods, permitting the production of new products. However, the concentrations and properties of milk constituents are variable and hence the processability of milk and the properties of dairy products are inconsistent, although much of this variability can be eliminated by employing modern technology, which exploits certain features of milk constituents. Today, most milk is processed in very large, highly mechanised and automated factories, where consistency in processing properties is essential. The resulting products are distributed through large wholesale and retail outlets, where consistency is, again, paramount. Finally, today's consumers expect consistency. The consistency expected by the processor, distributor and consumer can be achieved only if the properties of milk constituents are understood at the molecular level.This communication will describe:The chemical and physico-chemical properties of the principal constituents of milk, i.e. lactose, lipids, proteins and salts,Variations in milk composition and in the properties of its constituents and the influence of dairy husbandry practices thereon,Exploitation and significance of the chemical and physico-chemical properties of milk constituents in the production and properties of the principal groups of dairy foods, i.e. liquid milk products, cheese, butter, fermented milks, functional milk proteins and lactose.Process modifications which may be used to overcome variations in the properties of milk constituents.

L’alimentation des ruminants : un problème d’actualitéDans la conduite et la réussite d’un système de production de Ruminants, l’alimentation du troupeau reste un domaine très important qui continue de poser de nombreuses questions à la fois pratiques et théoriques. Pour l’éleveur, les postes récolte des fourrages et des céréales, achats d’aliments et entretien des surfaces fourragères représentent plus de 50 % des charges opérationnelles de son exploitation. Nourrir quotidiennement son troupeau lui impose de faire des choix de types de rations et en amont des choix stratégiques de long terme, sur la conduite de son système fourrager en considérant ses contraintes de milieu naturel, de bâtiments ou de stockage. La gestion de l’alimentation est directement liée à tous les autres choix stratégiques de l’activité d’élevage, le niveau de croissance des jeunes animaux, la reproduction, l’allotement la quantité et la qualité de la production. Pour le chercheur en nutrition animale, les enjeux sont devenus multiples et son positionnement a évolué : la recherche de la production maximale soutenue par l’alimentation a fait place à la volonté d’atteindre un optimum à la fois biologique, technique et économique selon les milieux dans lequel l’élevage est conduit. Il doit faire en sorte que la ration calculée par ses modèles satisfasse les besoins de l’animal selon les objectifs de production de l’éleveur, mais qu’elle participe également au bon état sanitaire et de bien-être du troupeau, qu’elle garantisse la qualité des produits et minimise l’impact défavorable des rejets sur l’environnement. La recherche en nutrition et alimentation des ruminants porte à la fois sur les fourrages, la physiologie digestive et métabolique de l’animal et son comportement alimentaire. En tenant compte de la complexité des mécanismes biologiques, les modèles nutritionnels doivent pouvoir simuler avec le maximum de précisions les flux de matières à travers le tube digestif et les organes sur des pas de temps variables, à la fois de court et de long terme. Cela reste un sujet perpétuellement en évolution qui exige aussi de synthétiser les connaissances sous forme d’outils d’aide à la décision et qui soit capable de présenter la qualité de ces outils et leurs limites d’usage. Une recherche qui se développe avec l’INRALes recherches pour aider à déterminer les choix d’alimentation des animaux en condition de production se sont concrétisées au cours du 20ème siècle. Les systèmes d’alimentation en énergie, azote et minéraux ont été développés en France après 1945. A l’INRA, le département Elevage des Ruminants sous l’impulsion de R. Jarrige avait initié une révision majeure des principes et des unités pratiques de terrain en 1978 en proposant un système énergétique construit sur la base de deux unités fourragères, lait et viande (UFL, UFV), un système des Protéines Digestibles dans l’Intestin (PDI) et des Tables complètes à la fois des besoins des animaux et de la valeur alimentaire des aliments. C’est notamment dans le domaine de la valeur nutritionnelle des fourrages que ces travaux étaient particulièrement riches. Ces «systèmes INRA» avaient alors été complétés par la première ébauche d’un modèle complètement nouveau de prévision de l’ingestion (système des Unités d’Encombrements UE) qui sera fortement remanié et amélioré dix ans plus tard lors de la révision de 1988. Ce nouvel ensemble, prévision de l’ingestion, estimation des besoins nutritionnels, a également permis d’accroître l’offre d’outils pratiques de terrain. En complèment des Tables imprimées, un outil informatique d’accompagnement et de rationnement «INRAtion» a été proposé dès 1992. Celui-ci s’est ensuite enrichi de l’outil de calcul de la prévision de la valeur des aliments «Prevalim;» et tous deux sont devenus des réceptacles appliqués des nouveautés scientifiques concernant les systèmes INRA. Mais, près de vingt ans après le dernier «Livre Rouge de l’Alimentation des bovins, ovins et caprins», une mise à niveau des ouvrages écrits s’imposait également et il est apparu nécessaire de proposer une actualisation des connaissances des principes du rationnement des ruminants. Les travaux des équipes de recherches ont permis de progresser aussi bien sur la caractérisation de la valeur des fourrages et des matières premières, que sur l’estimation des besoins des animaux et des apports nutritionnels recommandés dans des situations très diverses. Au delà des recommandations statiques, focalisées sur l’objectif de satisfaire les besoins, les lois de réponses dynamiques des pratiques alimentaires sont mieux connues et quantifiées. Elles permettent de mieux simuler les conséquences de la diversité des situations. L’objectif de l’ouvrage «Alimentation des bovins, ovins et caprins - Tables INRA 2007», sorti en février aux éditions Quæ, est ainsi de remettre sous la forme connue et largement adoptée par tous les acteurs des filières de l’élevage ruminant ces nouveaux résultats. Des documents complémentairesCependant le niveau scientifique choisi de l’ouvrage récemment paru et sa taille volontairement réduite pour en faire un ouvrage facilement accessible ont contraint les auteurs à aller à l’essentiel, les frustrant sans aucun doute d’une description et d’une discussion de fond de leurs résultats.En reprenant l’exemple de 1987 où le «livre rouge» publié par INRA Editions était complété par un numéro détaillé du Bulletin CRZVde Theix, nous avons donc décidé de publier un dossier dans la Revue INRA Productions Animales qui complète l’ouvrage de février. Ce dossier regroupe majoritairement des présentations et les explications des choix qui ont prévalu au développement des nouveaux modèles sous-tendus dans les recommandations. Il comporte 5 articles qui éclairent des points clés des innovations introduites en 2007, et qui correspondent soit à des nouveaux modèles mécanistes des fonctions de l’animal, soit à des méthodes de prévision de la valeur des fourrages, soit à des remises en cause plus profondes de l’ensemble apports, besoins comme c’est le cas pour la nutrition minérale.Toutefois, ce dossier n’est pas exhaustif des «nouveautés» du livre 2007. Certaines avaient été déjà publiées, soit dans des revues scientifiques, soit dans des sessions des «Rencontres Recherches Ruminants». Sans aucun doute d’autres viendront encore les compléter par la suite.Ainsi sont étudiés successivement des apports scientifiques sur la valeur des aliments et sur les besoins des animaux :1 - La dégradabilité des protéines dans le rumen (DT) et la digestibilité réelle des protéines alimentaires dans l’intestin grêle (dr). La valeur azotée des fourrages repose sur la bonne estimation de ces deux paramètres, qui sont la clé du calcul du système des protéines digestibles dans l’intestin PDI (article de M.-O. Nozières et al).2 - Les nouvelles valeurs minérales et vitaminiques des aliments. La possibilité de raisonner en éléments phosphore et calcium absorbables apporte de nouvelles précisions et modifie considérablement les quantités recommandées. L’article précise et actualise les Apports Journaliers Recommandés (AJR) d’éléments minéraux majeurs. Les autres minéraux, oligo-éléments et vitamines sont également revus de façon systématique et approfondie (article de F. Meschy et al).3 - De nouvelles équations statistiques de prévision de la digestibilité de la Matière Organique (dMO) des fourrages par la méthode pepsine-cellulase établies sur une banque de données couvrant une gamme plus importante de fourrages et de modes de conservation. La valeur énergétique des fourrages dépend en effet étroitement de la digestibilité de leur matière organique. Son estimation sur le terrain peut se faire à partir de méthodes de laboratoire comme la digestibilité pepsine-cellulase, utilisée en France depuis plus de vingt ans. Cette méthode est proposée pour sa bonne précision (article de J. Aufrère et al).4 - La composition du gain de poids chez des femelles adultes en période de finition qui permet de calculer ensuite directement le besoin en énergie et en protéines de l’animal. Ce modèle est suffisamment souple pour proposer un besoin face à un objectif de croissance donné, mais il propose aussi un niveau de croissance pour une ration d’un niveau énergétique donné. Ce nouveau modèle a été spécifiquement développé pour tenir compte de la très grande variabilité des situations pratiques rencontrées : la race, l’âge, le format, l’état d’engraissement initial et la vitesse du gain attendu (article de F. Garcia et J. Agabriel).5 - La capacité d’ingestion d’aliments par les vaches laitières au cours de leur lactation complète. Ce tout nouveau modèle s’adapte à tous types de vaches primipares, multipares et propose le nouveau concept de «lait potentiel» pour mieux décrire cette capacité d’ingestion. Ce concept est nécessaire pour répondre aux diverses stratégies des éleveurs dans la conduite de leurs animaux et qui ne souhaitent pas nécessairement les mener à leur maximum de production. Le modèle tient en effet compte de l’état initial de la vache au vêlage et des modifications d’état corporel qui accompagnent obligatoirement la conduite de la lactation (article de P. Faverdin et al).La Rédaction de la Revue a estimé judicieux de publier dans ce même numéro d’INRA Productions Animales, un travail très récent sur la teneur en matière grasse du lait de vache et sa prévision, qui pourra dans les années à venir se traduire concrètement dans les outils d’accompagnement de nos recommandations (article de Rulquin et al).A l’occasion de la publication de ce dossier, nous voulons plus particulièrement remercier tous les participants des Unités et Installations Expérimentales de l’INRA sans qui ces résultats ne seraient pas, ainsi que tout le personnel des Unités de Recherches qui ont participé dans les laboratoires ou derrière leurs écrans : l’Unité de Recherches sur les Herbivores (URH) de Clermont-Ferrand-Theix, l’Unité Mixte de Recherches sur la Production Laitière (UMR PL) de Rennes, l’Unité Mixte de Recherches Physiologie et Nutrition Animale (UMR PNA) de Paris, l’Unité Mixte de Recherches sur les Ruminants en Région Chaude (UMR ERRC) de Montpellier.

Les agents des encéphalopathies spongiformes transmissibles (ESST) sont responsables de maladies neurodégénératives fatales chez l’homme (maladie de Creutzfeldt-Jakob, insomnie fatale familiale, syndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker, Kuru) et chez les animaux (tremblante ovine et caprine, encéphalopathie spongiforme bovine, encéphalopathie spongiforme féline, encéphalopathie transmissible du vison, dépérissement chronique des cervidés. L’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) est une maladie nouvelle apparue en 1985 au Royaume-Uni, puis s’est propagée ensuite dans les autres pays européens et en particulier en France (premier cas identifié en 1990). La tremblante des ovins est en revanche connue depuis plus de deux siècles en Europe. Elle se distingue de l’ESB par sa contagiosité et la distribution de la protéine prion pathologique PrPsc dans les tissus périphériques. L’agent de l’ESB est transmissible des bovins à l’homme chez lequel il provoque une forme particulière (variant) de la maladie de Creutzfeldt-Jakob. En revanche, l’agent de la tremblante ovine semble sans danger pour l’homme. Jusqu’en 1992, date du premier rapport réalisé à la demande du ministre de la recherche, Hubert Curien, par une commission de 9 chercheurs présidée par Dominique Dormont, les recherches poursuivies en France sur les ESST étaient le fait d’un petit réseau informel qui a été à l’origine d’un premier programme de recherches piloté par l’INSERM. L’annonce faite le 20 mars 1996 par les autorités du Royaume-Uni que 10 britanniques venaient de succomber à une variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob liée à l’ESB, entraîne une crise de confiance sans précédent des consommateurs. Interpellée, la communauté scientifique incluant l’INRA est alors brutalement placée devant un ensemble de questions nouvelles qui l’oblige à recentrer sa stratégie en termes d’expertise collective. La mise en place à cette occasion, du comité interministériel d’experts sur les ESST animé par Dominique Dormont (et auquel 8 chercheurs INRA participaient) a été un facteur très important dans la mobilisation de la communauté scientifique française et en particulier de l’INRA (voir à ce sujet l’analyse critique du fonctionnement de ce comité interministériel faite par Jacqueline Estades et Elisabeth Rémy dans l’ouvrage « l’expertise en pratique : les risques liés à la vache folle et aux rayonnements ionisants », 249 pages, L’Harmattan éditeur, Novembre 2003). Depuis 1993, les chercheurs INRA du département de génétique animale réfléchissaient aux conditions de développement de projets de recherche nouveaux sur les maladies à prions et en particulier sur la tremblante ovine qui sévissait de façon spectaculaire dans un troupeau ovin expérimental (domaine INRA de Langlade). Les chercheurs concernés de ce département ont eu un rôle moteur dans la mobilisation ultérieure des autres départements. En effet, à partir de l’automne 1996, des chercheurs INRA appartenant à 6 départements de recherche différents (génétique animale, santé animale, physiologie animale, transformation des produits animaux, hydrobiologie et faune sauvage, économie et sociologie rurale) ont décidé de s’engager dans des projets de recherche centrés sur les maladies à prions. Cet intense effort de mobilisation s’est accompli essentiellement par mobilité thématique (et non pas à la faveur de recrutements nouveaux), ce qui a représenté pour chacun des chercheurs engagés un effort personnel de remise en cause l’obligeant à repartir de zéro dans un domaine totalement nouveau, en abandonnant des recherches où chacun avait acquis un positionnement national et international. Cette mobilisation collective importante a été favorisée par trois facteurs différents : - l’exceptionnelle demande sociétale résultant d’une crise de confiance sans précédent touchant à la fois le consommateur et le citoyen, - l’ensemble des nombreuses questions nouvelles posées par la problématique « prions » qui a profondément excité la curiosité et l’intérêt des chercheurs de disciplines différentes, - et, enfin, la mise en place rapide de nouveaux moyens financiers, à la faveur d’une série d’appels d’offres successifs (INRA en interne, interministériels, GIS Prions, Union Européenne) qui ont exercé un effet incitatif puissant. Dans ce contexte nouveau, les objectifs prioritaires de l‘INRA ont été les suivants : - tout d’abord, créer les conditions optimales pour la mise au point des différents outils indispensables au développement des recherches sur les ESST : . les souris transgéniques pour les infections expérimentales,. les lignées de cultures cellulaires pour la propagation in vitro du prion,. les anticorps monoclonaux anti protéine prion (PrP),. les techniques immunocytohistochimiques pour identifier la protéine prion pathogène PrPsc dans les tissus infectés,. les méthodes de génotypage à grande échelle du gène PrP chez les ovins,. les approches épidémiologiques adaptées,. et surtout toute la logistique appropriée pour la manipulation des prions en toute sécurité au laboratoire et dans les animaleries (souris et gros animaux). - parallèlement, organiser des instances nouvelles pour la coordination (comité d’action incitative programmée, bureau permanent des recherches ESST) et l’animation scientifique interdisciplinaire (séminaires réguliers) de façon à assurer les meilleures conditions pour favoriser les échanges entre les équipes et la cohérence des projets entre eux. - et, enfin, mettre en place des moyens nouveaux en termes de ressources humaines (redéploiements, recrutements). Plus d’une vingtaine d’équipes INRA se sont engagées depuis 1996. A partir des nouveaux outils mis à disposition des différentes équipes, les recherches se développent et les résultats obtenus ont été présentés et discutés lors des séminaires organisés en 1998, 2000 et 2003. Ces résultats ont été valorisés par un nombre important de publications et ont été concrétisés au niveau des applications par la mise au point de tests rapides de diagnostic des ESST (contribution au test Biorad pour l’ESB, convention avec l’Institut Pourquier pour la tremblante ovine) ainsi que par un plan ambitieux de contrôle génétique et d’éradication de la tremblante dans les troupeaux ovins français. Dans le domaine de la biosécurité du retraitement des farines animales, un brevet a été pris en mars 2004. A l’issue du dernier séminaire, la direction scientifique Animal et Produits Animaux a décidé de valoriser l’ensemble des résultats obtenus et des connaissances en découlant, par la réalisation de ce numéro hors-série. L’objectif était de présenter au plus grand nombre l’ensemble des avancées scientifiques et des axes de recherche actuels sur les prions, menés dans les différentes disciplines. Ce numéro hors-série de la revue « Productions Animales » comprend 7 chapitres structurés autour des questions nouvelles que les chercheurs se sont attachés à résoudre : les animaux modèles, la caractérisation des souches et la nature de l’agent, la protéine prion cellulaire, la pathogénie des ESST, la variabilité de la résistance aux ESST et enfin l’épidémiologie et la lutte contre les ESST. En outre à la fin du numéro, figurent des annexes présentant successivement : la liste des publications scientifiques réalisées à partir des résultats obtenus, la liste des séminaires scientifiques organisés en interne, et enfin la liste des 18 projets scientifiques européens dans le domaine des ESST, impliquant des équipes INRA comme coordinateur ou comme partenaire, illustrant ainsi leur positionnement international.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. Rum., 18, 327-334. Hurtaud C., Peyraud J.L., 2007. Effects of feeding camelina (seeds or meal) on milk fatty acid composition and butter spreadability. J. Dairy Sci., 90, 5134-5145. Le Bihan-Duval E., Talon R., Brochard M., Gautron J., Lefevre F., Larzul C., Baeza E., Hocquette J.F., 2014. Le phénotypage de la qualité des produits : enjeux de société, scientifiques et techniques. In : Phénotypage des animaux d’élevage. Phocas F. (Ed). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 223-234. Legarto L., Gelé M., Ferlay A., Hurtaud C., Lagriffoul G., Palhière I., Peyraud J.L., Rouillé B., Brunschwig P., 2014. Effets des conduites d’élevage sur la composition en acides gras du lait de vache, chèvre et brebis évaluéepar spectrométrie au moyen infrarouge. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds).Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 269-282. Lucas A., Rock E., Chamba J.F., Verdier-Metz I., Brachet P., Coulon J.B., 2006. Respective effects of milk composition and the cheese-making process on cheese compositional variability in components of nutritionalinterest. Lait, 86, 21-41. Robert-Granié C., Legarra A., Ducrocq V., 2011. Principes de base de la sélection génomique. In : Numéro spécial, Amélioration génétique. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M. (Eds). INRA Prod. Anim., 24, 331-340. Soyeurt H., Dardenne P., Dehareng F., Lognay G., Veselko G., Marlier M., Bertozzi C., Mayeres P., Gengler N., 2006. Estimating fatty acid content in cow milk using mid-infrared spectrometry. J. Dairy Sci., 89, 3690-3695.

Le lait n’est pas tout à fait un aliment comme les autres puisqu’il est aussi produit par l’Homme. Cet aliment est indispensable à l’alimentation de l’enfant, car sa richesse nutritionnelle combinée à sa forme liquide en font une ration « tout en un » du jeune pendant ses premières semaines de vie. L’homme a très tôt domestiqué d’autres mammifères pour produire cet aliment nécessaire pour le jeune et l’a aussi intégré dans l’alimentation de l’adulte sous forme native ou après transformation. De fait, le lait est un des rares produits animaux avec l’oeuf qui est produit régulièrement et qu’il est possible d’obtenir sans tuer l’animal. Sa production fait pleinement partie de la fonction de reproduction et son prélèvement doit être géré pour ne pas handicaper le développement du jeune animal qui est également un élément d’avenir dans l’élevage. Les vaches laitières ont longtemps bénéficié de noms très personnalisés, voire de prénoms, jusqu’à ce que la traçabilité ne vienne proposer des identifiants plus proches du matricule de la sécurité sociale que des petits noms affectueux utilisés jusqu’alors. La traite est un moment particulier où l’éleveur se substitue au jeune pour prélever le lait plusieurs fois par jour. Tout ceci fait traditionnellement de l’élevage laitier un élevage qui associe étroitement l’homme et l’animal. Au commencement de la domestication et pendant longtemps, le principal défaut du lait a résidé dans sa faible aptitude à la conservation, nécessitant une consommation plutôt locale, le temps entre production et consommation devant rester le plus court possible. De fait, le développement de sa consommation dans les villes est récent et ne s’est pas fait sans quelques soucis (Fanica 2008). Bien entendu, les évolutions de l’industrie laitière et des transports ont permis de franchir ce double cap de la conservation et des distances, faisant en quelques décennies d’un produit local du peuple d’un terroir, riche d’identité, d’histoire et de culture (Faye et al 2010), un produit générique du commerce mondial qui s’échange entre continents suivant les règles de l’organisation mondiale du commerce et dont la demande augmente régulièrement. Ce passage du local au mondial ne s’effectue pas sans des changements radicaux des modes de production et de l’organisation des filières, avec des conséquences parfois importantes sur les territoires. La production de lait en France, pays traditionnel d’élevage bovin laitier, illustre parfaitement cette évolution et se trouve aujourd’hui à une période charnière. Riche d’une grande diversité de terroirs et de produits, la production française présente un profil original dont on ne sait pas aujourd’hui si c’est une force ou une faiblesse dans cette évolution. Depuis 1984, le système des quotas laitiers liés à la terre et non commercialisables en France a ralenti, comparativement aux pays voisins, l’évolution vers une spécialisation et une intensification des systèmes de production laitiers, mais il disparaîtra en 2015. Le contexte économique des prix des matières premières et du prix du lait devient beaucoup plus instable que par le passé. Le métier d’éleveur laitier, avec sa complexité, sa charge de travail importante, ses astreintes et la diminution de sa rémunération, devient moins attractif. La nécessaire prise en compte de l’impact de l’élevage sur l’environnement et plus globalement de la durabilité, constitue un nouveau défi qui est souvent vécu comme une contrainte supplémentaire. Cependant, les connaissances scientifiques et technologiques ont beaucoup progressé et offrent de nouveaux outils à l’élevage laitier pour construire une trajectoire originale dans cette évolution. Ce numéro spécial d’INRA Productions Animales se propose donc en quelques articles de faire un état des lieux des connaissances concernant la production laitière, ainsi que des nouveaux défis et des nouveaux outils qui s’offrent à la filière pour construire son avenir. Ce panorama n’est volontairement pas exhaustif et traitera prioritairement des vaches laitières avec cependant, lorsqu’il est apparu nécessaire, quelques exemples tirés de travaux réalisés chez les caprins. De même, il ne s’agit pas ici d’aborder la transformation du lait et les évolutions des nombreux produits transformés. Mais nous avons cherché à présenter un point sur un certain nombre de sujets en mettant en avant les avancées récentes et les défis scientifiques, techniques, économiques et organisationnels qui concernent la production laitière, en quatre grandes parties. La première plantera tout d’abord le décor du secteur laitier français. La deuxième présentera les nouvelles avancées des travaux sur la femelle laitière, la lactation et le lait. La troisième analysera les différents leviers que constituent la sélection génétique, la gestion de la santé, l’alimentation et la traite, pour mieux maîtriser la production de lait en élevage. Enfin, la dernière partie abordera des questions plus spécifiques concernant les systèmes d’élevage et leur futur. Le premier article de V. Chatellier et al fournit une analyse à la fois du bilan et des perspectives du secteur laitier français. Après une analyse du marché des produits laitiers au travers de la demande et de l’offre et des grandes stratégies des acteurs de la filière, cet article présente les spécificités françaises des exploitations laitières liées en particulier à la diversité des systèmes de production et des territoires. Cette double diversité se traduit également dans les écarts de productivité et des résultats économiques des exploitations dont la main-d’oeuvre reste majoritairement familiale, avec la question de son renouvellement qui se pose différemment selon les territoires. Enfin, à l’aune des changements importants de contexte qui se préparent avec la fin des quotas et les nouvelles relations qui se mettent en place entre producteurs et transformateurs, les auteurs étudient les différents scénarios qui en découlent et qui conduiront à l’écriture du futur du secteur laitier français dans les territoires et le marché mondial. La série d’articles sur l’animal et le lait débute par une approche systémique de l’animal laitier. La vache laitière est d’abord perçue au travers de sa fonction de production, et les modèles de prévision de la lactation se sont longtemps focalisés sur cette seule fonction. La notion d’animaux plus robustes et d’élevages plus durables (cf. Dossier « Robustesse... », Sauvant et Perez 2010) amène à revisiter cet angle d’approche pour l’élargir à ensemble des fonctions physiologiques en prenant mieux en compte les interactions entre les génotypes animaux et leurs environnements. La modélisation aborde cette complexité de deux façons contrastées, l’une plutôt ascendante en partant des mécanismes élémentaires et en les agrégeant, l’autre plutôt descendante, en partant de grandes propriétés émergeantes des principales fonctions et de leurs interactions, voire de leur compétition dans l’accès aux ressources nutritionnelles. La revue de Friggens et al aborde ainsi la question de la dynamique de partition des nutriments entre fonction physiologiques chez les vaches laitières en fonction du génotype en présentant plusieurs approches de modélisation. Cette revue s’attache à montrer l’intérêt de partir des propriétés émergeantes pour arriver à modéliser les réponses complexes (production, reproduction, composition du lait, état corporel…) d’une vache soumise à différentes conduites d’élevage au cours de sa carrière. Les outils de demain qui permettront d’optimiser la conduited’élevage face aux aléas économiques et climatiques dépendront de l’avancée de ces modèles et des connaissances scientifiques qui les sous-tendent. La fonction de lactation est la conséquence de nombreux mécanismes à l’échelle de l’animal, tout particulièrement au niveau de la glande mammaire. Le développement et le fonctionnement de cet organe caractérisé par sa cyclicité ont fait l’objet de nombreux travaux à l’Inra et dans de nombreuses équipes de recherches internationales. Il ne s’agissait pas ici de relater l’ensemble de ces travaux mais de consacrer un article aux dernières connaissances acquises sur les mécanismes de biosynthèse et de sécrétion des constituants du lait. L’article de Leroux et al présente les travaux sur la régulation de l’expression génique dans la glande mammaire avec un intérêt particulier pour les données acquises avec les nouveaux outils d’études globales de génomique expressionnelle. Ceux-ci apportent de nouvelles connaissances sur les effets des facteurs génétiques sur la biosynthèse et la sécrétion du lait, sur leur régulation nutritionnelle et sur l’interaction de ces facteurs. Ce dernier point constitue un champ d’investigation supplémentaire pour décrypter les secrets du fonctionnement mammaire avec notamment l’intervention de nouveaux acteurs que sont les petits ARN non codants (ou microARN) qui vient encore accroître la complexité du fonctionnement mammaire dans son rôle prépondérant lors de la lactation. Après avoir fait cet état des lieux des connaissances sur la biosynthèse et la sécrétion des constituants du lait au niveau de la glande mammaire, l’article de Léonil et al présente la complexité des fractions protéique et lipidique du lait et de leur assemblage en structures supramoléculaires. Ces structures finales sont sous la dépendance de la nature et de la variabilité des constituants, ellesmêmes dues aux polymorphismes des gènes responsables de leur synthèse. Ainsi, les auteurs font un état des lieux des connaissances sur la structure et le polymorphisme des gènes spécifiant les protéines coagulables du lait que sont les caséines pour arriver à l’organisation de ces dernières en micelles. Le rôle nutritionnel de ces protéines majeures du lait et leur fonction biologique sont revisitées à la lumière des connaissances croissantes sur les peptides bioactifs qu’elles contiennent. La fraction lipidique n’est pas en reste avec la présentation de sa complexité et de son organisation sous forme de globule gras ainsi que de son impact nutritionnel sur le consommateur. Enfin, la découverte récente, dans le lait, de petites particules (ou exosomes) véhiculant des protéines et des ARN ouvre de nouvelle voies d’investigation de l’impact du lait sur la santé du consommateur. La série d’articles consacrée aux leviers d’action dont disposent les éleveurs pour moduler la production laitière ainsi que la composition du lait débute par l’article de Brochard et al, qui retrace l’impact de la sélection génétique pour arriver aux apports de la sélection génomique des races bovines laitières. Un bref historique de la sélection génétique présente les progrès réalisés sur les caractères de production laitière mais aussi sur des caractères de robustesse (fertilité, mammites…) et permet ainsi de dresser le décor génétique des élevages français. L’avènement des outils de génomique grâce au séquençage du génome bovin a conduit à renouveler les perspectives de sélection des bovins laitiers (cf. Numéro spécial, «amélioration génétique" Mulsant et al 2011). La présentation brève de ces outils permet de mieux appréhender les retombées attendues. Les opportunités offertes par la sélection génomique sur les caractères laitiers sensu stricto se complètent et permettent également de proposer une sélection sur de nouveaux caractères. En effet, la prise en compte progressive d’autres caractères oriente la sélection vers une complexité accrue notamment grâce à l’établissement de nouvelles mesures phénotypiques. L’évolution vers une meilleure robustesse, une efficacité alimentaire optimisée mais aussi une empreinte environnementale réduite, sera d’autant plus envisageable que la sélection pourra s’appuyer sur des capacités de phénotypage de plus en plus fin et à grande échelle. Un autre facteur prépondérant dans l’élevage laitier concerne la gestion de la santé animale qui affecte, notamment, la durabilité des élevages sous l’angle socio-économique. Cette gestion complexe doit prendre en compte de nombreux paramètres tel que le nombre des traitements nécessaires, le temps passé, les pertes économiques directes à court et long terme, etc. Les infections ne touchent pas toutes directement la glande mammaire, mais en affectant l’animal, elles impactent la lactation, l’efficacité de production du troupeau et donc l’élevage. L’article de Seegers et al passe en revue sept maladies majeures classées en trois groupes affectant les bovins laitiers. Il présente les connaissances récentes acquises sur ces maladies et les perspectives qu’elles ouvrent pour mieux les maîtriser. Ces maladies ont bien souvent un impact économique fort sur les élevages et/ou sont transmissibles à l’Homme constituant ainsi des questionnements de recherche forts et pour lesquels les moyens d’actions sont aussi multiples que variés. De plus, les attentes sociétales visent à diminuer, autant que faire se peut, les intrants médicamenteux. L’alimentation est un levier de maîtrise de la production et de la composition du lait qui présente l’avantage d’avoir des effets rapides et réversibles. Bien que ce levier puisse également moduler la composition protéique du lait, l’impact prépondérant de l’alimentation sur la composition en acides gras du lait, dans le but de fournir aux consommateurs une qualité nutritionnelle du lait la plus favorable possible, a été mis en exergue par de nombreuses études. La détermination de la composition en acides gras des laits est de plus en plus précise, notamment du fait des nouvelles techniques qui permettent une meilleure caractérisation de ces profils. Outre l’impact de l’alimentation, les effets des apports nutritionnels chez le ruminant sur les teneurs en composés vitaminiques du lait sont également à prendre en compte dans la perspective de l’utilisation du lait comme source complémentaire naturelle de vitamines chez les sujets présentant une efficacité d’absorption réduite (tel que les jeunes ou à l’inverse les personnes âgées). L’article de Ferlay et al recense les principaux facteurs alimentaires (nature de la ration de base, supplémentation oléagineuse, différents types de suppléments lipidiques et leurs interactions) influençant la composition en acides gras et en vitamines du lait de vache. Enfin, la traite constitue un outil supplémentaire de pilotage des troupeaux en termes de production laitière mais aussi de qualité sanitaire, technologique et nutritionnelle du lait. De plus, une meilleure connaissance des effets des différentes pratiques de traite est cruciale dans le contexte actuel de gestion du travail dans les exploitations laitières (cf. Numéro spécial, « Travail en élevage », Hostiou et al 2012). Les moyens mis en oeuvre se situent à différents niveaux allant de la fréquence de traite aux systèmes de stockage des laits en passant par les réglages possibles ou les types de machines à traire. L’article de Guinard-Flament et al fait le point des connaissances actuelles sur les effets et les conséquences de modifications de la conduite des animaux à la traite. Il présente les effets de la fréquence de traite sur le niveau de production laitière et sur la composition du lait. Le contexte de la traite, avec les effets mécaniques de la machine à traire et celui du système de stockage, est également présenté dans ses multiples facettes pour souligner leur rôle prépondérant sur la qualité microbienne des laits. La conduite des vaches à la traite est également un moyen de gestion de la carrière d’une vache laitière à travers le pilotage de certaines phases du cycle de production (effets sur la reproduction et sur la durée de la lactation et leurs conséquences sur la santé de l’animal...). La dimension des systèmes d’élevage est dominée ces dernières années par la question environnementale, notamment depuis la parution du rapport de la FAO « Livestock’s long shadow » (Steinfeld et al 2006). L’élevage laitier, très consommateur de ressources de qualité, est concerné au premier rang par ce défi environnemental. Mais ces enjeux, peu perceptibles à l’échelle de l’élevage pourtant à l’origine de ces risques, sont difficiles à intégrer dans les objectifs des systèmes de production. L’article de Dollé et al sur les impacts environnementaux des systèmes bovins laitiers français apporte de nombreux éléments quantifiés sur les émissions des éléments à risque pour l’environnement par les élevages laitiers. Ces risques concernent bien entendu la qualité de l’eau, notamment via les excrétions d’azote et de phosphore, ce qui est connu depuis longtemps avec leurs impacts sur l’eutrophisation des cours d’eau et des côtes. Les risques liés à la qualité de l’air ont été pris en compte beaucoup plus récemment et concernent principalement les émissions d’ammoniac pouvant affecter la santé humaine et des gaz à effet de serre responsables du réchauffement climatique (cf. Dossier, « Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane », Doreau et al 2011). Ensuite, l’article aborde la question de la biodiversité, auxiliaire de l’agriculture et des paysages, où l’élevage joue un rôle central au sein des territoires agricoles. L’article aborde pour finir la question de la quantification de ces impacts afin d’améliorer objectivement les performances environnementales des élevages et montre que performances environnementales et économiques en élevage laitier ne sont pas antinomiques. En guise de conclusion de ce numéro, J.L. Peyraud et K. Duhem se sont prêtés à un exercice d’analyse prospective des élevages laitiers et du lait de demain en reprenant certains des constats de l’article introductif, notamment sur la diversité des systèmes et des territoires, la restructuration rapide de la filière et la reconstruction du métier d’éleveur. La filière devra demain affronter la tension entre l’amélioration de la compétitivité et celle de la durabilité de l’élevage en tirant profit des innovations. La meilleure prise en compte des qualités nutritionnelles des produits et de l’évolution des demandes tout en améliorant l’intégration de l’élevage au sein des territoires constitue un double défi pour résoudre cette tension. L’analyse des auteurs prône cependant un maintien de la diversité et la complémentarité des systèmes dans une diversité de territoires pour mieux répondre aux enjeux de la société et des éleveurs. Ce numéro spécial montre combien la filière laitière est aujourd’hui plus que jamais à la croisée des chemins avec des défis économiques et sociétaux difficiles à relever dans un climat de plus en plus incertain. Entre diversité d'une part, et spécialisation et standardisation d'autre part, le chemin de la filière française reste complexe à définir. Les nombreuses évolutions des connaissances scientifiques permettent de disposer à court ou moyen terme de nouveaux outils pour relever ces défis. La sélection génomique pour disposer des animaux les plus adaptés à leur système, les modèles de prévision pour anticiper les aléas et leurs conséquences, les outils d’évaluation environnementale pour maîtriser les risques, les outils de monitoring et d’information des troupeaux d’élevage pour améliorer les conditions de travail et l’efficience des troupeaux, les possibilités de piloter la qualité des produits par les conduites d’élevage et en particulier l’alimentation, une meilleure connaissance des mécanismes de régulation de la lactation, la découverte de la richesse des constituants du lait et de leurs propriétés nutritionnelles et fonctionnelles sont autant d’atouts pour la filière pour affronter ces défis. A travers les articles de ce numéro, nous avons voulu illustrer quelques un de ces défis et des perspectives offertes par la recherche. L’enjeu sera de les mobiliser à bon escient dans le cadre de stratégies cohérentes. Cela nécessitera la collaboration de tous les acteurs de la recherche, de la formation, du développement et de la filière. A leur niveau, les articles de ce numéro, par les nombreuses signatures communes entre chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs de recherche-développement, témoignent de la vitalité des unités mixtes de recherche et des unités mixtes thématiques impliquées dans l’élevage laitier. De même, bon nombre de travaux relatés dans les articles de ce numéro sont le fruit de programmes de recherche co-financés et menés en collaboration étroite entre la recherche, les instituts technique et la filière. Nous y voyons un fort signe positif pour l'avenir de l'élevage laitier en France Cet avant-propos ne saurait s’achever sans remercier René Baumont et le comité de rédaction d’Inra Productions Animales pour l’initiative judicieuse de ce numéro spécial, mais aussi pour nous avoir aidés à mener à bien ce projet comprenant de nombreux auteurs, qui ont bien voulu se prêter à l’exercice difficile de la rédaction d’un article de synthèse qui conjugue la rigueur de l’information scientifique avec l’exigence de la rendre accessible à un large public. Ce numéro doit beaucoup aussi aux relectures constructives de nombreux collègues que nous remercions ici anonymement. Enfin, cet ouvrage doit aussi sa qualité à un travail remarquable d’édition technique assuré par Pascale Béraudque nous associons à ces remerciements. Nous avons eu la primeur de ces articles et nous espérons que vous partagerez l’intérêt que nous avons eu à leur lecture à la fois instructive, enrichissante et propice à nourrir notre réflexion pour le futur de la recherche-développement dans le domaine de l’élevage bovin laitier.Philippe FAVERDIN, Christine LEROUX RéférencesDoreau M., Baumont R., Perez J.M., (Eds) 2011. Dossier, Gaz à effet de serre en élevage bovin : le méthane. INRA Prod. Anim., 24, 411-474. Fanica P.O., 2008. Le lait, la vache et le citadin. Du XVIIe au XXe siècle. Editions Quae, Paris, France,520p. Faye B., Bonnet P., Corniaux C., Duteurtre G., 2010. Peuples du lait. Editions Quae, Paris France, 160p. Hostiou N., Dedieu B., Baumont R., (Eds) 2012. Numéro spécial, Travail en élevage. INRA Prod. Anim., 25, 83-220. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M., (Eds) 2011. Numéro spécial, Amélioration génétique. INRA Prod. Anim., 24, 283-404. Sauvant D., Perez J.M., (Eds) 2010. Dossier, Robustesse, rusticité, flexibilité, plasticité, résilience… les nouveaux critères de qualité des animaux et des systèmes d'élevage. INRA Prod. Anim., 23, 1-102. Steinfeld H., Gerber P., Wassenaar T., Castel V., Rosales M., de Haan C., 2006. Livestock's long shadow: environmental issues and options. Food and Agriculture Organization of the United Nations,414p.