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Dissertations / Theses on the topic 'Chaînes alimentaires (Écologie)'
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1
Perez, Gabriel. "Etude des relations entre les compartiments épigé et endogé dans un contexte dynamique." Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUES008.
Full textAbstract:
L’objectif de ce travail de thèse est de contribuer à une meilleure compréhension du fonctionnement des écosystèmes et de leur dynamique en évaluant le rôle des interactions entre les compartiments épigé et endogé. Le passage des stades de végétation herbacés aux stades boisés apparait comme une étape importante de la dynamique du compartiment endogé. Les premiers résultats montrent une augmentation progressive de l’abondance, la biomasse et de la richesse des communautés endogés au cours de la succession. Ces changements sont liés à une modification de la qualité des intrants en débris végétaux dans le sol, via les racines ou la litière. Les résultats du troisième chapitre supportent cela, avec une contribution significative de la litière et des racines dans l’approvisionnement en ressource azotée au sein des réseaux trophiques du sol. Cependant, nos résultats ne témoignent pas d’une spécialisation de la chaine des décomposeurs dans la décomposition des intrants produits au-dessus d’eux, précisément la litière. En effet, quel que soit le stade de végétation considéré, la performance du système pour dégrader la litière est en moyenne identique face à différentes qualités d’intrants. Néanmoins, il s’est avéré que l’impact de la mésofaune sur la décomposition et les interactions qu’elle entretient avec la microflore et la microfaune est de plus en plus important au cours de la dynamique de succession. En accord avec d’autres études, nos résultats montrent que la structure trophique des organismes édaphiques altère la croissance, la dominance, ou l’expression des plantes, certainement par une modification de la remise à disposition d’éléments nutritifs pour celles-ci.
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Faivre, Bruno. "Coexistence et écologie de deux espèces jumelles d'hippolais." Dijon, 1992. http://www.theses.fr/1992DIJOS014.
Full textAbstract:
Deux espèces jumelles d'oiseaux à distributions parapatriques: Hippolais icterina et H. Polyglotta ne coexistent que sur une étroite bande frontière (zone de sympatrie) passant par la Bourgogne ou les populations sont étudiées depuis une trentaine d'années. H. Icterina régresse alors que H. Polyglotta est en expansion à l'échelle européenne. Les niches écologiques des deux espèces diffèrent sur une dimension fondamentale, à savoir le régime alimentaire, ce qui rend peu probable l'action d'un mécanisme de type exclusion par compétition. Lorsqu'elles coexistent directement, les deux espèces se groupent en agrégats plus populeux que lorsqu'elles nichent seules et subissent plus d'échecs totaux des nichées qui sont largement attribuables à la prédation. Ce phénomène est nettement plus accusé chez H. Icterina car le comportement des adultes expose plus les nichées aux predateurs chez cette espèce que chez l'autre hippolais. La simulation de modèles mathématiques de compétition interspécifique et de prédation à deux proies et un predateur confirme la prépondérance possible de la prédation. Ainsi, la régression de H. Icterina en Bourgogne semble liée à la présence de l'espèce jumelle (comme s'il s'agissait d'une exclusion par compétition) mais fait intervenir la prédation. La généralisation de ce mécanisme à la situation de retrait de H. Icterina au niveau européen reste à démontrer mais semble possible. Bien au-delà, ces résultats soulignent l'importance de la prédation dans la structuration et l'évolution des communautés.
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Malet, Nathalie. "Écologie alimentaire de l'huître Crassostrea gigas : dynamique des compositions isotopiques naturelles." La Rochelle, 2005. http://www.theses.fr/2005LAROS143.
Full textAbstract:
Cette étude a consisté en la caractérisation du transfert trophique des sources de matière organique d'un écosystème littoral sous influence estuarienne chez l'huître creuse suspensivore Crassostrea gigas, composante majeure faunistique du bassin conchylicole de Marennes-Oléron. Les isotopes stables naturels du carbone et de l'azote ont été utilisés comme traceurs de la matière organique, des sources de production primaire et des transferts trophiques. Les processus d'incorporation de la nourriture ont permis l'interprétation dynamique des transferts trophiques, avec en particulier les taux de renouvellement tissulaire et les enrichissements trophiques pour cinq organes, les branchies, la glande digestive, le manteau, le muscle et les gonades. Selon les organes, les renouvellements isotopiques du carbone s'échelonnent entre un et quatre mois. Le taux de renouvellement isotopique de l'azote est trois à cinq fois plus rapide que celui du carbone. La variabilité spatio-temporelle de la contribution des sources (facteur extrinsèque) au régime alimentaire de l'huître et la gamétogenèse (facteur intrinsèque) influent conjointement sur les signaux isotopiques tissulaires de l'huître. La composition isotopique de l'huître corrigée de son enrichissement trophique permet alors de définir son régime alimentaire. La glande digestive dont le renouvellement est rapide informe sur la dynamique temporelle des sources de nourriture accessibles alors que le muscle qui intègre sur le long terme révèle leur dynamique spatiale en période de croissance. L'huître s'avère être un tropho-indicateur de la dynamique des environnements nutritionnels intertidaux sous influence estuarienneThis study investigated the characterization of the trophic transfer of the organic matter sources in an estuarine littoral ecosystem of the suspended-feeder oyster Crassostrea gigas: the Marennes-Oléron bay oyster farming area. Natural stable isotopes of carbon and nitrogen were used as tracers of organic matter, primary production sources and trophic transfers. The processes of food incorporation allow to interpret the trophic transfer dynamics, thanks to the turnover rate tissues and the trophic enrichments, for five organs such as the gills, the digestive gland, the mantel, the muscle and the gonads. For different organs, the isotopic turnover rate of carbon was between one and four months. The isotopic turnover rate of nitrogen is three to five times faster than of carbon. The spatial and temporal variability of the source contributions (extrinsic factor) to the oyster diet and the gametogenic cycle (intrinsic factor) jointly influenced the tissue isotopic signals. Then the isotopic composition of oyster corrected for its trophic enrichment allows to determine its diet. The faster turnover rate of the digestive gland gave information about the temporal dynamics of the available food sources, whereas the muscle which integrated on long term period during growth, revealed spatial dynamics. To conclude, this study demonstrated the role played by oyster as a tropho-indicator of the nutritional dynamics in estuarine intertidal environment
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Dupuy, Christine. "Rôle fonctionnel des protistes hétéro-mixotrophes dans le réseau trophique d'un écosystème conchylicole : le marais atlantique." La Rochelle, 1999. http://www.theses.fr/1999LAROS040.
Full textAbstract:
L’huitre Crassostrea gigas se nourrit en filtrant le phytoplancton, mais dans les marais atlantiques, cette production phytoplanctonique ne suffit pas pour équilibrer son bilan énergétique. L’analyse du réseau microbien planctonique au cours de l'isolement du marais en mortes-eaux montre une succession de peuplements : des diatomées qui épuisent rapidement les nutriments, puis des bactéries et enfin des protistes flagelles et cilies. La production bactérienne représente une ressource énergétique importante, mais l'huitre ne peut capter efficacement ces particules < 1m. Les protistes hétéro/mixotrophes qui se nourrissent de ces picoproies pourraient alors, s'ils sont retenus par l'huitre, représenter un relais trophique entre la production bactérienne et l'huitre. Cette étude a pour objectif de déterminer l'importance et le rôle des protistes dans les marais atlantiques et d'estimer leur contribution à la nutrition de l'huitre. Plusieurs approches ont été utilisées : (1) un suivi annuel dans un marais pour estimer l'importance des protistes comme ressource énergétique potentielle, (2) des expériences au laboratoire et in situ pour évaluer les capacités de l'huitre à retenir les protistes, (3) des incubations in situ pour estimer les taux de croissance des principaux types de protistes et le rendement du transfert de matière à travers ce compartiment-clé. Dans le marais, les flagelles de taille < 5 m représentent la première ressource trophique du plancton (681 g c1 - 1 en période estivale). Les dinoflagelles, les cilies et les diatomées apportent une contribution très variable selon la saison et la durée d'isolement des eaux. L’étude expérimentale de la rétention de particules par l'huitre montre que tous les protistes de taille < ou égale à 5 m sont captés par les branchies de l'huitre : dans 400 ml d'eau du marais, une huitre d'un an retient en 15 min 94% des cilies et 96% des flagelles (taille < 5 m). Les protistes hétéro/mixotrophes, qui consomment les bactéries et le phytoplancton, sont très abondants dans le marais en conditions saisonnières favorables. Des incubations in situ mettent en évidence une production élevée, un temps de génération court (7 à 26h) et un fort rendement de croissance (48% pour les cilies). L’huitre utilise donc, outre des diatomées, les protistes hétéro/mixotrophes : les flagelles < 5m constituent sa principale ressource énergétique (64 g c g - 1 j - 1 en été), les dinoflagelles et les cilies, un apport complémentaire. Ainsi, via les protistes, l'huitre récupère une partie de la forte production bactérienne (qu'elle ne peut capter) sous une forme particulaire d'une taille accessible à la rétention par son filtre branchial.
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Vallières, Catherine. "Production bactérienne et structure du réseau alimentaire microbien dans le fleuve Mackenzie et l'océan Arctique côtier." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24315/24315.pdf.
Full textAbstract:
Les pergélisols nordiques contiennent une quantité significative de carbone organique. Or, son utilisation par les microorganismes dans les rivières et l’océan Arctique est peu connue. Au cours de l’Arctic River-Delta Experiment (ARDEX), des variables environnementales et microbiologiques furent mesurées le long d’un transect de 300 km entre le fleuve Mackenzie et la mer de Beaufort (juillet-août 2004). Nous voulions étudier les gradients fluviaux et estuariens de la structure et de l’activité de la communauté microbienne et évaluer l’influence des UV et de l’approvisionnement en carbone sur les processus bactériens. La communauté microbienne a changé le long du transect et les bactéries attachées aux particules jouaient un rôle majeur dans le fleuve et la zone de transition. Le métabolisme bactérien était limité par la disponibilité du carbone dans le fleuve Mackenzie. La photodégradation a augmenté la labilité du carbone organique dans le fleuve, mais l’a diminuée dans la mer de Beaufort.Globally significant quantities of organic carbon are stored in northern permafrost soils, but little is known about how this carbon is processed by microbial communities once it enters rivers and is transported to the coastal Arctic Ocean. As part of the Arctic River-Delta Experiment (ARDEX), we measured environmental and microbiological variables along a 300 km transect across the Mackenzie River and coastal Beaufort Sea in July-August 2004 to investigate the river and estuarine gradients in microbial community structure and activity, and to evaluate the influence of UV exposure and carbon supply on bacterial processes in these ecosystems. Microbial community structure changed along the transect and the contribution of particle-attached bacteria was significantly higher in riverine and transition zone stations. Experimental results showed that bacterial metabolism was carbon limited in the Mackenzie River. Photodegradation increased organic carbon biolability in the Mackenzie River and decreased it in the Beaufort Sea.
Inscrite au Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures
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Hette, Tronquart Nicolas. "Organisation trophique des peuplements piscicoles des cours d'eau : approche par l'analyse des isotopes stables." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2012. http://www.theses.fr/2012MNHN0022.
Full textAbstract:
L'étude des réseaux trophiques est un prérequis à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes. Cependant, les déterminants potentiels des réseaux trophiques (disponibilité des ressources, stabilité et taille de l'écosystème) restent discutés. Dans ce contexte, 3 nouvelles questions portant sur les réseaux trophiques des cours d'eau sont abordés par l'analyse des isotopes stables. Une première étude confirme le rôle structurant du gradient amont-aval dans le fonctionnement des cours d'eau, en précisant son in fluence directe et indirecte sur le réseau trophique piscicole. Une deuxième étude montre l'incidence négative de la variabilité du régime thermique des cours d'eau sur la longueur de chaîne trophique et apporte un nouveau soutien au déterminant "stabilité de l'écosystème". Enfin, une troisième étude explore les effets de l'occupation des sols à 2 échelles spatiales, et suggère une influence complexe jouant sur la diversité des ressources et des niveaux trophiques du réseau.
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Madigou, Erwann. "Influence du statut trophique de cours d'eau sur les fonctionnalités microbiennes des Biofilms (épipsammon et épilithon)." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10059.
Full textAbstract:
En plus des caractéristiques "naturelles" du bassin versant, la physico-chimie du cours d'eau est influencés par des facteurs anthropogéniques émanant des diverses activités humaines. Ces facteurs peuvent provoquer la modification des caractères physiologiques des biocénoses. Les communautés périphytiques, assurant des fonctions essentielles au sein des cycles biogéochimiques, peuvent être de bons bioindicateurs de la qualité écologique d`un cours d'eau. L'étude a été menée sur trois rivières de statuts trophiques différents. Deux types de communautés microbiennes ont été considérées (celles des épilithons et épipsammons). Divers descripteurs ont été retenus : fonctionnels (activités enzymatiques extracellulaires, respiration, dénitrification) et de structures (masse organique, chlorophylle-a, densité et viabilité bactériennes). Ce travail montre qu'une typologie chimique marquée n'engendre pas nécessairement une typologie fonctionnelle notable des communautés microbiennes périphytiques. La discrimination biologique repose sur quelques descripteurs et varie suivant la saison.
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Crespin, de Billy Véronique de. "Régime alimentaire de la truite (Salmo trutta L. ) en eaux courantes : rôles de l'habitat physique et des traits des macroinvertébrés." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10173.
Full textAbstract:
Comprendre les fluctations d'abondance de la truite (Salmo trutta L. ) nécessite de déterminer les facteurs limitant sa production. Par exemple, la modification de l'habitat peut altérer la survie de cette espèce et modifier la disponibilité (abondance) et la qualité (vulnérabilité) des ressources trophiques. Dans ce contexte, j'ai étudié comment les caractéristiques des habitats et des proies (invertébrés aquatiques et terrestres) modifient les régimes alimentaires des truites. J'ai collecté des données de benthos, dérive et contenus stomacaux de truites, dans trois tronçons de cours d'eau des Pyrénées dont deux soumis à un débit réservé. Les résultats montrent que si la quantité de proies consommées varie à large échelle (tronçon: 10 au cube par m ), la composition des régimes change en fonction des conditions locales du milieu (macro-habitat: 10 au carré par m). Pour comprendre ces variations, j'ai analysé la vulnérabilité potentielle des proies face à un prédateur, en cochant leurs traits écologiques, comportementaux et morphologiques. J'ai ainsi observé que 1) les traits des proies potentielles (invertébrés benthiques) varient essentiellement avec les paramètres hydrauliques, et la quantité des ressources trophiques tend à augmenter avec la vitesse du courant ; 2) malgré les différences de régimes observées entre les habitats, la truite sélectionne les proies les plus vulnérables (ex : exposées au courants, mobiles, flexibles, tailles entre 8 et 16 mm); et 3) le rôle des traits des proies sur les régimes augment avec la diminution des caractéristiques torrentielles du milieu. Ainsi, l'utilisation des traits codant la vulnérabilité potentielle des proies est pertinente dans la compréhension des régimes alimentaires des truites, notamment dans les milieux aux faibles contraintes hydrauliques (débits réservés). Dans le cadre de l'évaluation de la qualité des milieux, ceux-çi devraient constituer un véritable complément aux outils de gestion déjà existants.
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Ferraton, Franck. "Ecologie trophique des juvéniles de merlu (Merluccius merluccius) dans le golfe du Lion : implications biologiques de la variabilité spatio-temporelle des ressources alimentaires exploitées dans les zones de nourricerie." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20223.
Full text
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Cachera, Marie. "Implications of morphological and functional traits for trophic relationships within fish communities and marine trophic network architecture." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10122/document.
Full textAbstract:
Un thème actuel en écologie est de comprendre la contribution de la biodiversité au fonctionnement des écosystèmes, notamment comment la variation inter- et intra-spécifique des traits affecte les interactions trophiques, l’organisation trophique des communautés, et l’architecture des réseaux trophiques. Historiquement, la morphologie a été considérée comme un déterminant majeur de l’écologie des organismes et, dans une perspective fonctionnelle, est supposée influencer les relations trophiques et les autres fonctions écologiques des espèces. Cette thèse visait à étudier l’organisation trophique d’une communauté de poissons marins et sa relation avec la variation intra- et inter-spécifique des traits morphologiques et fonctionnels. Le réseau trophique associé dévoile une structure en méta-communauté comprenant deux sous-réseaux le long du gradient côte-large. La largeur de la niche trophique spécifique croit avec la variation de la niche trophique individuelle, un patron en partie lié à l’identité fonctionnelle des espèces et au sexe, à la taille et à l’habitat des individus. La morphologie des espèces, non leur phylogénie, se révèle un indicateur parfait de leur identité fonctionnelle. Enfin, la morphologie parait être la principale source de variabilité des relations trophiques individuelles dans l’assemblage mais une large part de variation inexpliquée suggère l’omission de facteurs cruciaux, dont le comportement. Ces résultats permettent de mieux comprendre le rôle de la diversité morphologique et fonctionnelle sur la structure des réseaux trophiques marins et pourraient aider à prédire leurs dynamiques spatio-temporelles ainsi que leurs réponses aux perturbationsA current issue in ecology is to understand the contribution of biodiversity to ecosystem functioning and notably to comprehend how inter- and intra-specific trait variation affects trophic interactions between individuals and species, the trophic organization of communities and trophic network architecture. Particularly, morphology has historically been considered as a main determinant of organisms’ ecology, which led to the field of ecomorphology, and, from a functional perspective, is expected to influence trophic relationships and other ecological functions performed by species. This thesis aimed at studying the trophic organization of a marine fish community and its dependency on morphological and functional trait variation between and within species. The associated trophic network revealed a meta-community structure, including two sub-networks along a coastal-offshore gradient. Species trophic niche breadth and individual trophic niche variation increased together, a pattern relying partly on species functional identity and the sex, body size and habitat of individuals. Contrary to phylogeny, species morphology was a relevant proxy for functional identity. Finally, morphology seemed the main source of variability in individual trophic relationships within the assemblage, but a large part of diet variation remained unexplained suggesting that critical factors had been neglected, notably behaviour. These results allow understanding better the role of morphological and functional diversity in the structure of marine trophic networks and may help to predict their spatio-temporal dynamics and their responses to perturbations
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Coat, Sophie. "Identification du réseau trophique de rivière et étude de sa contamination par les pesticides organochlorés (chlordécone et bêta-HCH)en Guadeloupe." Antilles-Guyane, 2009. http://www.theses.fr/2009AGUY0260.
Full textAbstract:
Ce travail étudie la pollution des rivières de Guadeloupe par les pesticides organochlorés anciennement utilisés sur les bananeraies: la chlordécone et le β3-HCH. Les objectifs sont 1) d'identifier le réseau trophique présent en aval de rivière, 2) d'évaluer la contamination de maillons qui le composent et 3) d'appréhender la dynamique des pesticides dans l'écosystème d'eau douce. L'analyse des isotopes stables du carbone et de l'azote, couplée aux données alimentaires issues de la littérature, a permis de déterminer les relations trophiques entre espèces et de montrer que le réseau alimentaire dépendait à la fois des sources de carbone primaires autochtones (algues et biofilm) et des apports allochtones des milieux terrestres et marins (détritus végétaux, matière particulaire et juvéniles de crevettes et de poissons diadromes provenant des eaux côtières). Les analyses chimiques ont témoigné d'une contamination forte et généralisée de l'écosystème aquatique par les pesticides organochlorés. L'identification des facteurs écologiques influant sur la bioaccumulation des pesticides a permis d'apprécier le mode d'interaction de ces polluants avec la biocénose. Alors que le polluant le plus persistant (la chlordécone) dépend de l'alimentation et de l'habitat des organismes aquatiques, la bioaccumulation du β3-HCH n'est influencée que par le taux de lipides de ces derniers. La mise en évidence d'une bioamplification de la chlordécone le long de la chaîne alimentaire a montré l'importance du transfert trophique dans l'accumulation de cette molécule. La voie d'entrée du β3-HCH dans la biocénose semble, quant à elle, être la bioconcentration par diffusion passive à partir de l'eauThis study examines the contamination of Guadeloupean rivers by organochlorinated pesticides, formerly used on banana plantations: chlordecone and β3-HCH. Its objectives are 1) to identify the downstream food web structure, 2) to evaluate the contamination levels of it~ various components and 3) to appreciate pesticide dynamics within the freshwater ecosystem. Stable carbon and nitrogen isotopes analysis, coupled with dietary data from Iiterature, helped investigate trophic relationships between species and revealed the dependenc of the stream food web on both autochthonous (algae and biofilm) and allochthonous food sources of terrestrial and marine origin (plant detritus, drifting particulate matter and juveniles of diadromous fishes and shrimps from coastal waters). Chemical analyses showed a general and heavy contamination of the aquatic ecosystem by organochlorinated pesticides. An assessment of the interaction patterns between contaminants and biota was conducted thanks to the identification of ecological factors that influence the bioaccumulation of pesticides. Whereas the most persistent pollutant (chlordecone) is related to the organisms' diet and habitat, bioaccumulation of β3-HCH i only influenced by the animais' Iipid content. The biomagnification potential of chlordecone through the food chain has been demonstrate and highlighted the importance of trophic transfer in this compound uptake. In contrast, bioconcentration by passive diffusion from water seems to be the main exposure route of β3-HCH in biota
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Lobry, Jérémy. "Quel référentiel de fonctionnement pour les écosystèmes estuariens ? : le cas des cortèges de poissons fréquentant l'estuaire de la Gironde." Bordeaux 1, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR12890.
Full textAbstract:
Afin de mieux appréhender la complexité des écosystèmes estuariens, cette thèse pose la question de la construction d'un référentiel de fonctionnement de ces écosystèmes sous contraintes diverses. Nous avons choisi les cortèges de poissons fréquentant l'estuaire de la Gironde comme cas d'étude. Ce travail met en exergue, d'après des données d'échantillonnages traitées par analyses multivariées, un fonctionnement des assemblages basé sur une dynamique saisonnière claire, une structuration aval-amont forte et une opposition nette entre espèces de surface caractéristiques des mois chauds et espèces de fond représentatives des mois froids. Il existe un couplage benthos/pelagos probablement déterminé, en partie, par la disponibilité des ressources trophiques. La structure trophique globale de l'écosystème estuarien est alors caractérisée via le modèle ECOPATH. A l'état stable et à l'échelle annuelle, la capacité trophique du système ne semble pas limitée mais elle pourrait l'être à certaines périodes de l'année. La majorité des flux sont issus du compartiment détritique. Ainsi, malgré une production primaire faible, l'écosystème reste très productif et supporte d'importants stocks de poissons. Comme la plupart des écosystèmes de même type, la Gironde renvoie une image de stabilité dynamique, d'optimisation des ressources et de haute adaptation aux contraintes du milieu.
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Emmery, Antoine. "Influence de l’environnement trophique et du métabolisme sur les dynamiques des isotopes stables chez l’huître du Pacifique (Crassostrea gigas) : approches expérimentales et de modélisation." Caen, 2012. http://www.theses.fr/2012CAEN2071.
Full textAbstract:
Les analyses d'isotopes stables ont considérablement contribué à améliorer la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins côtiers. Le manque d'outils de modélisation bioénergétique précis pour décrire la dynamique et le fractionnement trophique des isotopes stables chez les organismes, limite cependant leurs interprétations. L'effet de la ressource trophique et du métabolisme sur les dynamiques du δ13C et δ15N dans les tissus mous de l'huître du Pacifique Crassostrea gigas a donc été étudié à partir d'approches expérimentales et de modélisation. Les résultats du suivi in situ en Baie des Veys et en Rade de Brest, ont montré que la croissance (corps entier et organes) et la ressource trophique (quantité et diversité) devaient être considérées simultanément afin d'interpréter correctement les variations temporelles du δ13C et δ15N chez l'huître. Un modèle basé sur la théorie des budgets d'énergie dynamique (DEB), a ensuite été calibré et paramétré pour cette espèce. Cette approche a montré que plus la quantité de nourriture ingérée augmente, plus la croissance est forte et plus les valeurs de δ et Δ sont faibles. Elle a également montré que les voix anaboliques et cataboliques lors de l'assimilation, la croissance et la maintenance de l'organisme jouent un rôle important dans le fractionnement isotopique. Le modèle permet aussi de calculer de façon dynamique le fractionnement trophique. Les tendances du modèle ont été validées lors de l'expérience de fractionnement isotopique à deux niveaux de nourriture menée sur l'huître. Ce type de modèle constitue donc un outil pertinent pour caractériser l'environnement trophique variable des bivalves marinsStable isotope analysis (SIA) contributed extensively to better understand the trophic functioning of marine coastal ecosystems. However, their ecological interpretations are limited by the lack of accurate modelling tools to describe the dynamics and the trophic fractionation of stable isotopes by organisms. The influence of the trophic resource and the metabolism on the dynamics of δ13C and δ15N in the soft tissues of the Pacific oyster Crassostrea gigas has been investigated using experimental and modeling approaches. The results of the in situ survey in the Bay of Veys and the Bay of Brest showed that growth (whole soft body tissues and organs) and the trophic resource (diversity and quantity) have to be considered simultaneously to accurately understand the temporal variations in δ13C and δ15N of oysters. Then, a model based on the Dynamic Energy Budget theory (DEB) has been developed and calibrated for this species. This approach showed that the higher the feeding level, the higher the growth and the lower the δ et Δ. It also demonstrated that the anabolic and catabolic routes of the assimilation, growth and maintenance of the organism play a key role in the isotopic fractionation. The model also allows to calculate dynamically the trophic fractionation. The trends simulated by the model have been validated during the fractionation experiment at two feeding levels carried out on oysters. This type of model thus constitutes a relevant tool to characterized the variable trophic environment of marine bivalves
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Jaquemet, Sébastien. "Rôle des oiseaux marins tropicaux dans les réseaux trophiques hauturiers du Sud-Ouest de l'océan Indien." La Réunion, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00464182/fr/.
Full textAbstract:
Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies et de leur capacité de dispersion. À macro-échelle elle réflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle la présence de structures agrégeant les proies et à micro-échelle, la présence en surface de proies rendues accessibles par les bancs de prédateurs. Dans le Sud-Ouest de l'océan Indien, sur 6,5 millions d'oiseaux, 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent saisonnièrement en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La forte concentration en chlorophylle autour des colonies favorise le développement de chaînes alimentaires aboutissant aux sternes. La position des Glorieuses semble favoriser une reproduction sub-annuelle, soutenue par la présence continue de proies autour des colonies. Les prélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55000 tonnes par an, dans le canal du MozambiqueTropical seabirds show a hierarchical distribution depending on the position of their colonies and their dispersion capability. At macro-scale it reflects the boundaries of their habitats, at meso-scale the presence of structures aggregating prey, and at micro-scale the presence at the surface of prey driven by predatory schools. In the South-West Indian Ocean, more than 6 millions of birds are present, of which 99% are sooty terns. They breed seasonally in austral winter in the Seychelles and at Europa, in austral summer at Juan de Nova. The high chlorophyll concentration around colonies favours the development of food web leading to the terns. The location of Glorieuses favours a sub-annual breeding regime, led by the presence of prey around the colony all year round. Biomass removed by terns in the Mozambique Channel is estimated to 55,000 tons, by breeding season
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Quiniou, Louis. "Les peuplements de poissons démersaux de la pointe de la Bretagne : Environnement, écologie, structure démographique, relations trophiques." Brest, 1986. http://www.theses.fr/1986BRES0005.
Full text
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Beghin, Vincent. "Étude de la matière organique et du réseau trophique en estuaire de Seine : utilisation des marqueurs biochimiques (acides gras et stérols)." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-459.pdf.
Full textAbstract:
Cette étude, menée dans le cadre du programme Seine Aval, porte sur le régime alimentaire de deux organismes clefs du réseau trophique dans la zone oligohaline (0,5
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Zriki, Ghais. "Etude intégrative des interactions au sein d’une association lâche, hôte-microprédateur-arthropodes non hématophages cohabitant avec lui : vers une gestion agro-écologique des bâtiments d’élevage de volaille." Thesis, Montpellier, 2020. http://www.theses.fr/2020MONTG025.
Full textAbstract:
Les ennemis naturels tel que les arthropodes prédateurs jouent un rôle important dans le contrôle des populations des bioagresseurs dans les agroécosystèmes. Les élevages de poules pondeuses sont des agroécosystèmes de production intensifs qui intègrent une diversité élevée d’arthropodes : parasites des poules et les arthropodes du fumier (détritivores, prédateurs, etc.). Le pou rouge des poules, Dermanyssus gallinae, est l’ectoparasite le plus préjudiciable aux élevages de poules pondeuses. Les infestations de D. gallinae entraînent des problèmes économiques et de bien-être animal. Dermanyssus gallinae est un ectoparasite nidicole qui vit à proximité de son hôte dans un environnement partagé par les arthropodes prédateurs qui peuplent naturellement les bâtiments d’élevages de poules pondeuses.Dans le cadre de cette thèse, notre objectif était d’améliorer l’état des connaissances sur l’impact des arthropodes prédateurs natifs de bâtiments d’élevage de poules pondeuses sur D. gallinae. Basé sur trois approches méthodologiques (descriptive, corrélative et expérimentale), le présent travail a exploré les interactions prédateur-proie (centrées sur D. gallinae) à trois échelles: i) l’échelle de l'individu: Etablir le réseau trophique des arthropodes natifs (in-vitro), ii) à l’échelle de l’espèce : analyser la covariation de l’abondance de D. gallinae et ces prédateurs dans les bâtiments d’élevage, ii) l’échelle de la population : Mesurer dans un système expérimental (poule-D. gallinae-prédateur) en mésocosmes l’impact des arthropodes prédateurs sur le développement des populations de D. gallinae.L’analyse de réseau trophique des arthropodes natifs a montré que D. gallinae est une proie potentielle pour dix espèces d’arthropodes prédateurs. Ces prédateurs ont montré une disparité importante dans la fréquence de prédation sur D. gallinae et une préférence pour D. gallinae en présence de proies alternatives telles que les acariens détritivores. Dans les bâtiments d’élevage de poules pondeuses, l’analyse des abondances relatives de D. gallinae et les prédateurs natifs a permis de soutenir l’existence d’une interaction entre D. gallinae et ses prédateurs qui ont montré une capacité élevée de le consommer in-vitro. La mise en place des expériences en mésocosmes a permis le développement de D. gallinae, les prédateurs natifs et les acariens détritivores. Sous nos conditions expérimentales, les arthropodes prédateurs natifs n’ont pas montré un effet détectable sur le développement de populations de D. gallinae quand d’autres espèces de proies alternatives étaient présentes. Ces résultats suggèrent que, dans nos conditions expérimentales, le développement de populations de D. gallinae semblait être limité par les ressources alimentaires (la poule) et non pas par l’effet de prédation. La présence d’une proie alternative (les acariens détritivores) pourrait aussi avoir diminué l’effet des prédateurs sur les populations de D. gallinae. A travers notre système expérimental, nous avons également montré que les acariens prédateurs élevés en masse et commercialisés actuellement pour lutter contre D. gallinae n’ont pas d'effet négatif sur les espèces natives non-cibles tels que les acariens prédateurs natifs.Nos résultats révèlent des lacunes importantes dans notre compréhension de la biologie de D. gallinae et de la dynamique de ses populations. Ces résultats montrent également l’importance d’explorer d’avantage le rôle potentiel des proies alternatives dans l’absence d’un effet régulateur des prédateurs natifs sur les populations de D. gallinaeNatural enemies such as predatory arthropods play an important role in controlling pest populations in agroecosystems. Laying-hen farms are agroecosystems of intensive production that incorporate a high diversity of arthropods: hen parasites and manure arthropods (predators, detritivorous, etc.). The poultry red mites Dermanyssus gallinae is the most damaging ectoparasite in laying-hen farms. Infestations with D. gallinae cause both welfare and economic problems. Dermanyssus gallinae is a nidicolous ectoparasite that lives close to its host in an environment shared by the naturally-occurring predatory arthropods in laying-hen farms.In this thesis, our objective was to improve our knowledge on the impact of native arthropods predators in laying-hen farms on D. gallinae. Based on three methodological approaches –descriptive, correlative and experimental–, the present work explored predator-prey interactions (with focus on D. gallinae) and the impact of arthropods predators on D. gallinae at three levels: 1) individual level: building the food web of native arthropods (in vitro), 2) species level: analyzing the covariation of the abundances of D. gallinae and its predators in farm buildings, 3) population level: measuring in an experimental system (hen-D. gallinae-predator) in mesocosms the impact of native arthropod predators on the development of D. gallinae populations.The analysis of native arthropods food web showed that D. gallinae is a potential prey for ten predatory species. These predators showed a significant disparity in predation frequency on D. gallinae and in their preferences for prey species between D. gallinae and detritivorous mites as alternative prey. In laying-hen farms, analysis of the relative abundances of D. gallinae and native predators supported the presence of interactions between D. gallinae and predatory species that showed high predation frequencies on it in vitro. The experiments in mesocosm allowed the development of D. gallinae, native arthropod predators and detritivorous mites. Under our experimental conditions, native arthropod predators did not show any detectable effect on the development of D. gallinae populations when other alternative prey species were present. These results suggest that, under our experimental conditions, the development of D. gallinae populations seemed to be limited by food resources (the hen) and not by the predation effect. The presence of alternative prey (detritivorus mites) may have reduced predators’ impact on D. gallinae populations. Through our experimental system, we also showed that mass-reared and commercially available predatory mites currently used to control D. gallinae in laying farms, did not have a negative effect on non-target species such as native predatory mites.Our results uncovered important gaps in our understanding of D. gallinae biology and population dynamics. These results also demonstrate the importance of further investigating the impact of alternative prey species in the absence of a regulatory effect of native predators on D. gallinae populations
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Abdul, Rida Abdul Motalibe Mohammad. "Biosurveillance de la contamination du sol : apport de l'étude des lombriciens à l'évaluation des risques liés aus éléments traces." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20124.
Full textAbstract:
L'objectif du travail a ete d'evaluer les risques ecologiques resultant des teneurs des sols en 5 elements traces (cd, cu, ni, pb et zn). Ces elements ont deux origines: geologiques et anthropogenetiques. Ce travail a ete realise a partir de 186 points d'etude repartis dans 6 sites au sud de la france. Les sols etudies ont des proprietes physicochimiques tres variees. L'etude montre d'une part la possibilite d'effectuer une biosurveillance directe (sur le terrain) de la contamination par les elements traces des milieux terrestres et d'autre part l'interet d'utiliser les lombriciens comme outils de mesure et de comparaison des niveaux de bio-contamination (bio-indication physiologique). Cette bioconcentration depend de la teneur totale en elements traces des sols mais aussi des proprietes physicochimiques et des categories ecologiques lombriciennes. Partant de ces bioconcentrations de contaminants observes, il a ete possible de faire une evaluation des transferts importants des contaminants depuis les lombriciens vers leurs predateurs, ceux-ci se sont averes preoccupants. En outre, nous avons constate la disparition (bio-indication existentielle), dans des sols contamines par les elements traces, d'un genre lombricien anecique (scherothe ca spp. ) important dans le fonctionnement d'ecosystemes (erosion, chaines alimentaires, degradation de la matiere organique et liberation des elements necessaires aux plantes et aux microorganismes. . . ). L'etude a montre egalement que les analyses partielles et les etudes en microcosmes contribuent peu a la connaissance ecotoxicologique
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Marquis, Élise. "Le microzooplancton dans le réseau trophique planctonique : importance et rôle fonctionnel : étude sur le plateau continental du Golfe de Gascogne." La Rochelle, 2007. http://www.theses.fr/2007LAROS194.
Full textAbstract:
Sur le plateau continental du Golfe de Gascogne, une forte halostratification de la colonne d’eau due à l’influence des panaches de la Loire et la Gironde entraîne l’occurrence de blooms microphytoplanctoniques hivernaux. Ces blooms précoces accentuent la limitation du phosphore dans la couche euphotique au printemps ce qui favorise le développement des petites cellules autotrophes au détriment des diatomées tôt dans la saison printanière. À partir de cette dynamique planctonique particulière, l’hypothèse posée est que le microzooplancton (zooplancton de 20-200 m : dinoflagellés hétérotrophes, ciliés et larves de métazoaires) est un acteur fondamental de la communauté planctonique pour le transfert de la matière des bas niveaux trophiques vers les niveaux supérieurs, et ce dès la fin de l’hiver sur le plateau continental du Golfe de Gascogne. L’objet de ce travail de thèse est de tester cette hypothèse. L’étude de la composition printanière du plancton a montré que les zones côtières concentrent la majorité des abondances planctoniques et que, comme suggéré dans l’hypothèse de départ, les principaux hétérotrophes font partie du microzooplancton dès le printemps : en général il représente plus de 60% de la biomasse des hétérotrophes, avec jusqu’à 70% de ciliés. Ensuite, l’étude de la dynamique spatio-temporelle des ciliés a mis en évidence que le développement des ciliés au début du printemps est contrôlé par la croissance et la diversification des proies. Au contraire, à la fin du printemps, la dynamique des ciliés est contrôlée par l’augmentation de la pression de prédation du mésozooplancton. L’estimation de l’impact du broutage du microzooplancton sur les productions primaire et hétérotrophe montre des valeurs très élevées au cours des trois saisons et sur les trois stations (de la côte vers le large) étudiées (parfois > 100 % productions journalières). Par contre, le bloom hivernal de diatomées n’est pas bien consommé par le microzooplancton. La forte contribution du microzooplancton au régime alimentaire du mésozooplancton a été mise en évidence au printemps sur tout le plateau continental et en particulier dans le régime alimentaire des petits copépodes < 750 m qui dominent le consortium naturel à cette période. Enfin, les très jeunes larves de petits poissons pélagiques (anchois et sardines) consomment préférentiellement les protozoaires du microzooplancton qui est probablement une proie indispensable à leur survie. La dernière partie du travail de thèse a consisté en la synthèse des données récoltées pour la construction par analyse inverse des réseaux trophiques planctoniques complets. Les résultats indiquent que le fonctionnement du réseau trophique planctonique près des côtes est basé sur des flux complexes au printemps mélangeant à la fois des flux herbivores directs et des flux microbiens où le microzooplancton représente le vecteur essentiel de la matière des bas niveaux trophiques vers le mésozooplancton. En fin d’été, les flux microbiens sont dominants dans le système planctonique, principalement basés sur de la production nouvelle près des côtes et plutôt basés sur la production bactérienne au large. L’étude précise du rôle du microzooplancton dans le réseau a confirmé la place primordiale du microzooplancton dans le transfert de la matière. Mais ce maillon supplémentaire dans le système entraîne une diminution de sa capacité à exporter de la matière carbonique microbienne vers les prédateurs du plancton. Pour finir, le couplage des petits poissons pélagiques au réseau planctonique a permis de révéler que le développement précoce des flux microbiens signifie que la capacité de charge du système planctonique est rapidement atteinte au cours du printempsOn the Bay of Biscay continental shelf, the large plumes of the Loire and Gironde rivers induce a strong halostrification of the water column at the end of winter. This stratification contributes to the development of winter microphytoplankton blooms that enhance phosphorus limitation in the photic zone in spring. As a consequence, small autotrophic cells are a primary component of the spring primary production. Based on this observation, it was hypothesized that, early in the season (early spring) the microzooplankton (20-200 m heterotrophic dinoflagellates, ciliates and metazoan larvae) would play an essential role in carbon flow towards higher trophic levels of the plankton community on the Bay of Biscay continental shelf. The goal of this study was to test this hypothesis. A survey of the spring plankton composition on the shelf showed that plankton was most abundant close to the coast and that, in agreement with the above hypothesis, the spring heterotrophic community was dominated by microzooplankton: Biomasses of the latter represented on average more than 60% of the total biomass, with up to 70% made up of ciliates. A subsequent investigation of the temporal dynamics of the ciliate community across the shelf revealed that the early-spring ciliate development was controlled by the increase and diversification of prey. Conversely, at the end of spring, the ciliate dynamics was mainly controlled by the increase of grazing pressure by mesozooplankton. The estimation of the microzooplankton grazing activity on primary and secondary productions showed a very high impact during the three studied seasons across the shelf (grazing rates of up to and exceeding 100% of the daily production). Nevertheless, the winter diatom bloom was not efficiently consumed by microzooplankton. On the other hand, a high contribution of microzooplankton to the mesozooplankton diet was demonstrated in spring over the continental shelf and especially to the diet of the dominant small copepods (< 750 m). Moreover, the first-feeding larvae of small pelagic fish (Anchovy and Sardines) appeared to preferentially consume microzooplankton (mainly protozoa), making it an essential diet item for their survival. The last part of the study was to synthesize the collected data in order to model the planktonic food web dynamics using inverse analysis. The results showed that in spring, the food web functioned through complex carbon pathways, both herbivorous and microbial. At the end of the summer, microbial pathways dominated. Close to the coast, they were mainly based on new production, while offshore, they were mainly based on bacterial production. The study confirmed the essential role of microzooplankton as a vector of carbon flows from small cells to mesozooplankton. However, the importance of microzooplankton in the carbon pathways leads to a decrease of the systems capacity to export primary and microbial biogenic carbon towards the plankton predators. Finally, the inclusion of pelagic fish to the study of the planktonic food web permitted to show that the early-season dominance of microbial pathways tends to saturate the carrying capacity of this system early in spring
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Laidaoui, Abdelhafid. "Dommage à l'ADN et exposition aux contaminants de la chaine alimentaire chez les Inuit du Nunavik." Master's thesis, Université Laval, 2009. http://hdl.handle.net/20.500.11794/21060.
Full textAbstract:
L'exposition aux contaminants de la chaîne alimentaire tels que le méthylmercure et les biphényles polychlorés (BPC) peut induire un stress oxydatif et des dommages à l'ADN, lesquels sont considérés comme des événements primaires dans la carcinogenèse. La population inuit est exposée à des doses élevées de ces contaminants de la chaîne alimentaire par leur alimentation traditionnelle qui comprend plusieurs espèces prédatrices appartenant à la chaîne alimentaire marine. Le but de notre étude était de mesurer à l'aide du test des comètes les cassures dans l'ADN de lymphocytes obtenus d'adultes de la population inuit du Nunavik ayant participé à l'Enquête sur la santé des Inuit en 2004. Nous voulions également examiner la relation entre les concentrations sanguines de mercure ou les concentrations plasmatiques de BPC et les bris à l'ADN lymphocytaire, en contrôlant pour les habitudes de vie, la nutrition et différents autres facteurs potentiellement confondants. Nous n'avons pas trouvé de relation entre le dommage à l'ADN des lymphocytes et les concentrations sanguines de mercure ou les concentrations plasmatiques de BPC. Nous avons par contre observé une corrélation statistiquement significative entre la consommation d'alcool chez les participants et le dommage à l'ADN. Les participants qui consommaient de l'alcool au moins une fois par semaine avaient un dommage à l'ADN lymphocytaire significativement plus élevé que ceux consommant de l'alcool moins d'une fois par semaine. De plus, l'âge des participants était négativement corrélé avec le dommage à l'ADN, ce qui pourrait refléter un effet protecteur d'un ensemble de facteurs chez les participants les plus âgés dont une plus grande consommation d'aliments traditionnels et des consommations plus faibles d'alcool et de tabac. Ces résultats suggèrent donc que la consommation d'alcool augmente le dommage basai à l'ADN chez cette population inuit, mais que ni le méthylmercure ni les BPC ne semblent avoir un effet significatif sur le dommage à l'ADN des lymphocytes dans cette population.
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Marín, Leal Julio César. "Interactions trophiques entre l’huître creuse Crassostrea gigas et les suspensivores benthiques dans deux écosystèmes intertidaux en Basse-Normandie : utilisation des isotopes stables naturels (δ13C, δ15N) et des profils acides gras." Caen, 2007. http://www.theses.fr/2007CAEN2063.
Full textAbstract:
Les zones de cultures conchylicoles sont des écosystèmes singuliers où les sources de matière organique particulaire (SMOP) sont diverses et les relations trophiques interspécifiques entre les suspensivores benthiques sont particulièrement complexes. Dans cette étude, les compositions des isotopes stables naturels (δ13C et δ15N) et les biomarqueurs acides gras ont été utilisés pour évaluer la dynamique temporelle des contributions des SMOP (matière organique marine (PhyOM), microphytobenthos (MPB), matière organique terrestre (MOT), matière organique sédimentée (MOS) et les macroalgues Ulva sp. Et Fucus serratus) aux régimes alimentaires de l’huître Crassostrea gigas et de ses compétiteurs potentiels (Mytilus edulis, Cerastoderma edule, Crepidula fornicata, Lanice conchilega et Sabellaria alveolata) dans deux écosystèmes normands (France) contrastés : Baie des Veys (BDV) et Lingreville (LIN). L’approche isotopique a montré que PhyOM a été la source de nourriture prédominante pour les bivalves, en particulier à LIN grâce à la forte influence marine. Cependant, le MPB et les détritus de MOT ainsi que des macroalgues ont également contribué au régime des suspensivores pendant l'été et l'automne en BDV. Cette découverte a été confirmée par le suivi saisonnier des biomarqueurs acides gras, lesquels ont montré une contribution élevée des diatomées et aussi des contributions significatives de bactéries. La dynamique des relations trophiques des macroinvertébrés était dépendante du temps, en fonction du caractère saisonnier de la nourriture disponible. La compétition interspécifique est peu probable parce que les espèces ont montré la capacité d'utiliser les différentes sources disponibles au cours du temps et en particulier pour C. Fornicata, L. Conchilega et S. AlveolataShellfish culture zones are singular ecosystems where particulate organic matter sources (POMS) are diverse and where interspecific trophic relations between benthic suspensivores are particularly complex. In this study, the compositions of both natural stable isotopes (δ13C and δ15N) and fatty acid biomarkers were used to evaluate the temporal dynamic of POMS contributions (marine organic matter (PhyOM), microphytobenthos (MPB), terrestrial organic matter (TOM), sedimented organic matter (SOM) and the macroalgae Ulva sp. And Fucus serratus) to the diet of the oyster Crassostrea gigas and of its potential competitors i. E. Mytilus edulis, Cerastoderma edule, Crepidula fornicata, Lanice conchilega and Sabellaria alveolata, this in two contrasted ecosystems of Normandy (France) : the Bay of Veys (BDV) and Lingreville (LIN). The isotopic approach has shown that PhyOM was the main food source for bivalves, particularly in LIN due to the strong marine influence. However, the MPB and the TOM detritus as well as the macroalgae contributed to the diet of suspensivores during the summer and the autumn in BDV. This discovery was confirmed by the seasonal monitoring of fatty acid biomarkers, which has shown a high contribution of the diatoms and also a significant contribution of bacteria. The dynamic of the trophic relations of macroinvertebrates was time-dependent, according to the seasonal character of food available. The interspecific competition is not very likely because the species have shown the capacity to use the various sources available along the year and especially for C. Fornicata, L. Conchilega and S. Alveolata
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Haubois, Anne-Gaëlle. "Dynamique des transferts trophiques entre le microphytobenthos et le gastéropode déposivore Hydrobia ulvae (Pennant) sur une vasière intertidale de la Baie de Marennes-Oléron." La Rochelle, 2003. http://www.theses.fr/2003LAROS108.
Full textAbstract:
Dans l'objectif d'analyser la dynamique du flux trophique entre le microphytobenthos et le gastéropode Hydrobia ulvae nous avons caractérisé la dynamique et la structure des compartiments étudiés, puis quantifié expérimentalement l'effet de ces facteurs, ainsi que celui des principales variables environnementales, sur le taux d'ingestion de H. Ulvae. La biomasse microphytobenthique oscille entre 40 et 150 mg Chl a m-2 à l'échelle saisonnière. La communauté microalgale se caractérise par la dominance de petites espèces. L'étude de la dynamique de population de H. Ulvae a montré l'influence de mouvements d'individus sur la structure locale de la population. Le taux d'ingestion de H. Ulvae varie principalement sous l'influence de la concentration en Chl a et de la taille des individus. La réponse des juvéniles et des adultes aux variations de Chl a se caractérise par une augmentation puissance du taux d'ingestion. L'ensemble de ces données a permis une estimation du flux trophiqueThe goal of my Ph. D. Was to characterize the spatio-temporal variation of the trophic transfer between microphytobenthos and the gastropod Hydrobia ulvae. I therefore investigated structure and dynamics of the two compartments and quantified experimentally the effect of demographic and environmental variables on the individual ingestion rate of H. Ulvae. Microphytobenthic biomass varied between 40 and 150 mg Chl a. M-2 and the diatom assemblage was dominated by small-sized species. The study of H. Ulvae population dynamics showed that the population structure is strongly influenced by large-scale movements of individuals. Individual ingestion rate of H. Ulvae is mainly controlled by the chlorophyll a concentration in the sediment and individual size. The functional response of H. Ulvae, juveniles and adults over a wide range of Chl a concentration is characterized by an increase of the ingestion rate according to a power law. Finally, all results were used to estimate the trophic flux
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Cotonnec, Gwenaëlle. "Les lipides, marqueurs des relations trophiques planctoniques dans les écosystèmes pélagiques côtiers." Littoral, 2001. http://www.theses.fr/2001DUNK0060.
Full textAbstract:
Cette étude traite des processus de fonctionnement entre le phytoplancton et le zooplancton en Manche orientale lors du bloom phytoplanctonique printanier dominé par l'algue Phaeocystis sp. Ces processus ont été étudiés par l'intermédiaire de biomarqueurs lipidiques : acides gras et pigments phytoplanctoniques. Des analyses chromatographiques ont été réalisées sur la MOP et sur des copépodes afin de : déterminer la composition du pool nutritif des copépodes, évaluer l'état physiologique et la qualité nutritionnelle du phytoplancton, caractériser le régime alimentaire des copépodes. Parallèlement, des comptages ont été effectués au microscope pour déterminer précisément la composition et la taille des cellules algales présentes pendant le bloom phytoplanctonique. Ceci a aussi permis de valider les résultats obtenus grâce aux marqueurs lipidiques. Une étude synoptique réalisée dans le détroit du Pas-de-Calais a permis de : montrer que le pool nutritif des copépodes ne variait pas significativement d'un point de vue quantitatif et qualitatif au sein du détroit ; dléterminer la zone de plus forte biomasse phytoplanctonique en Manche orientale en période de bloom printanier : les eaux côtières françaises où les études de processus du fonctionnement de l'écosystème planctonique ont été étudiés de manière plus approfondie. Une étude temporelle effectuée de mars à juin 1998 dans cette zone de forte production (entre Boulogne s/mer et la baie d'Authie) a permis de montrer que le pool nutritif des copépodes varie en composition, en quantité et en qualité au cours du bloom phytoplanctonique, avec un développement de Phaeocystis sp. Et un déclin des diatomées, des Cryptophycées, des Dinophycées et des Cyanophycées. Parallèlement, l'état physiologique et de la qualité nutritionnelle du phytoplancton diminuent au cours du bloom. Lors de la phase de développement du bloom les sels nutritifs sont épuisés par le bloom et la production algale est entièrement régénérée. Les relations trophiques ont été étudiées à la fois dans le détroit du Pas-de-Calais, et dans la zone de production/rétention située en face de la baie de Somme. Les marqueurs lipidiques ont permis d'étudier le régime et le comportement alimentaire de trois espèces de copépodes : A. Clausi, P. Elongatus et T. Longicornis. Dans cette étude, T. Longicornis apparaît comme étant l'espèce la plus sélective, et A. Clausi, la plus opportuniste. Les rations journalières estimées liées à l'ingestion d'algues sont suffisantes pour A. Clausi et P. Elongatus, par opposition à T. Longicornis. Néanmoins, les réserves lipidiques sont mobilisées dans les trois espèces de copépodes, indiquant que le bloom de Phaeocystis sp. Est défavorable aux copépodesThe objective of this work was to study the trophic relationships between the phytoplankton and the zooplankton in the Eastern English Channel durong the spring bloom dominated by Phaeocystis sp. These relationships were studied using the fatty acids and the phytoplanktonic pigments as biomarkers. The POM (particulate organic matter) and copepods were analyzed by HLPC and GC to : characterize the composition of the nutritive pool, estimate the physiological state and the nutritive quality of the phytoplankton, characterize the diet of copepods. Jointly, microscopic counting was done to determine more accurately the phytoplankton composition and measure the cell size. A spatial study was conducted through the strait of Dover to : point out the qualitative and quantitative changes of the nutritive pool in the Strait of Dover ; localise the zone of high production during the phytoplankton spring bloom : the French coastal waters where the trophic relationships were detailed. A temporal study was conducted between Boulogne/Mer and the Bay of Authie in March, May and June 1998 to describe the qualitative and quantitative variations of the copepod nutritive pool. During the phytoplankton spring bloom, a development of Phaeocystis sp. Was observed jointly to a declining of diatoms, Cryptophytes, Dinophytes and Cyanophytes. In the same way, the nutritive quality of the POM decreased. During the phytoplankton growth, the nutrients are depleted in the water column. Thus, the phytoplankton production was totally regenerated. The trophic relationships were studied through the Dover Strait and in a retention zone localise in front of the Bay of Somme. The lipid biomarkers pointed out the diet and the alimentary behaviour of copepods : A. Clausi, P. Elongatus and T. Longicornis. In this study, T. Longicornis was the most selective species whereas A. Clausi was the most opportunistic. The daily ratios were sufficient for A. Clausi and P. Elongatus by contrast to T. Longicornis. Nevertheless, the fatty acid reserves were mobilised in the three species indicating that the Phaeocystis sp bloom was inadequate
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Pouille, Lauren. "Paléobiodiversité des Radiolaires du Paléozoique inférieur (Cambrien-Ordovicien) : Aperçu à travers une étude des assemblages à radiolaires provenant des montagnes de l’Altai (Russie), d’Aksuran (Kazakstan), du bassin de Georgina (Australie) et de la Terre Neuve occidentale (Canada)." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10152/document.
Full textAbstract:
Notre compréhension de la structuration des chaînes trophiques pélagiques du Paléozoïque inférieur, mise en place lors des évènements d’« explosion Cambrienne » et de « Grande Biodiversification Ordovicienne » et qui a abouti à la mise en place des écosystèmes marins à « caractère moderne », reste encore très fragmentaire. Nous nous intéressons ici à comprendre les origines et la dynamique de paléobiodiversité des Radiolaires polycystines, composantes biotiques clefs du plancton hétérotrophe, dans le but de mieux comprendre le calendrier et la dynamique de diversification du plancton au cours du Paléozoïque inférieur. La découverte de nouveau matériel provenant des montagnes de l’Altaï (Sibérie) apporte de nouvelles données sur l’enregistrement fossilifère des premiers radiolaires biominéralisés avec l’identification des plus anciens représentant de la famille des Archéoentactinidae d’âge Botomien. Des études menées sur du matériel de Terre-Neuve et d’Australie ont permis de caractériser l’ensemble des changements biotiques intervenus au sein des assemblages à radiolaires à l’aube de la révolution planctonique mais également de préciser la répartition paléogéographique des radiolaires au Cambrien supérieur. Une étude taxonomique menée sur un échantillon provenant du Kazakhstan a également permis la découverte d’un nouvel assemblage à radiolaire enrichissant considérablement notre connaissance de la diversité des radiolaires à l’Ordovicien moyenOur understanding of the structuration of Lower Paleozoic pelagic trophic chains during the ‘Cambrian Explosion’ and the ‘Great Ordovician Biodiversification Event’, which has lead to the establishment of modern marine ecosystems, is still very fragmentary. We are here interested in understanding the paleodiversity dynamics of polycystines Radiolaria planctonic group, a key biotic component of the heterotrophic plankton, in order get a better idea of the timing and dynamics of plankton diversification at the Lower Paleozoic. The discovery of new material from the Altai Mountains (Siberia) brings new data on the fossil record of the first biomineralized radiolarians with the identification of the oldest representatives of the Archeoentactinidae family dated of a Botomian age. Study conducted on Newfoundland and Australian material allowed us to characterize precisely the various biotic changes undergone by radiolarians during the Cambrian-Ordovician transition, at the dawn of the planktonic revolution but also to precise their paleogeographic distribution at the Late Cambrian. A detailed taxonomic study conducted on a Kazakhstanian sample has allowed us to describe a new radiolarian assemblage enriching considerably our knowledge on the radiolarian diversity at the middle Ordovician
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Nelva, Pasqual Jean-Sébastien. "Exploration des réseaux d'interactions en écologie : de la structure vers la dynamique : signification des analyses des matrices de communauté en écologie des estuaires." Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0114/document.
Full textAbstract:
Le concept de réseau d'interactions est central en Écologie et différents modèles et méthodes ont été utilisés. Ce travail de thèse met en relation deux approches développées par des courants séparés : l'étude des matrices de communauté et les analyses entrée-sortie. Il confronte leurs hypothèses aux propriétés fondamentales des écosystèmes estuariens. Il précise explicitement les liens entre les différentes matrices, ainsi que la signification des mixed trophic impacts. Les matrices de la storage et de la throughflowanalyses sont reliées à des jacobiennes de modèles à compartiments dont les flux sont contrôlés par les compartiments donneurs ou receveurs. Contrairement à ce qui est le plus souvent présenté dans la littérature, l'analyse des mixed trophic impacts est ici interprétée en terme de présence-absence du compartiment considéré. Avec les données disponibles sur les réseaux trophiques de cinq estuaires européens, des matrices qualitatives et quantitatives sont construites afin de réaliser des analyses de sensibilité. Ces premières explorations montrent des niveaux d'incertitudes très élevés, et ceci même pour le signe des prédictions. Par ailleurs, ce travail de thèse approfondit les possibilités d'étude de dynamiques transitoires à partir de la matrice de communauté. Il souligne des éléments importants qu'il est nécessaire de prendre en compte lorsque ces approches sont choisiesNetworks are a key concept in ecology and a number of models and methods have been used. This PhD dissertation links two approaches, the community matrix and input-output analyses, which have been developed by separate streams of theory. It compares their assumptions with important features of estuarine systems. It explicitly analyses the links between the matrices and the significance of the mixed trophic impacts analysis. Matrices of storage and throughflow analyses are linked to Jacobian matrices of donor or recipient controlled compartment models. Unlike most of what can be seen in the litterature, here the mixed trophic impacts are interpreted as the effects of a compartment being present or absent. Using available data in the case of five European estuaries, qualitative and quantitative matrices are built in the aim of performing sensitivity analyses. First explorations reveal high levels of uncertainties, even in the sign of the predictions. Furthermore, this work examines in more details the possibilities to explore transient dynamics from the community matrix. This PhD dissertation emphasises important features which are necessary to consider when choosing such approaches
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Courtois, Pauline. "Evaluation écotoxicologique des nanoparticules d’argent et leurs dérivés : leurs effets sur la faune, la flore et les microorganismes du sol." Thesis, Lille, 2020. http://www.theses.fr/2020LILUR053.
Full textAbstract:
De plus en plus de produits manufacturés contiennent des nanoparticules d'argent (AgNPs) qui sont, entre autres, incorporées pour leur excellente propriété biocide. Le cycle de vie de ces produits nanofonctionnalisés génère des rejets considérables dans l'environnement, notamment dans les eaux usées. L'efficacité des stations d'épuration permet de piéger dans les boues la plupart des espèces d'argent (Ag). Cependant, les boues d'épuration sont souvent recyclées par épandage sur des terres agricoles. Le sol est donc le principal lieu de dépôt des contaminants des boues d'épuration. En raison de la quantité de boues produite et épandue chaque année, il est devenu important d'évaluer avec précision l'impact des espèces d'Ag telles qu’elles sont introduites dans l'environnement. Ce travail de thèse a consisté en une évaluation globale de l'effet, sur l'écosystème terrestre, des formes d'Ag apportées par les boues dans le sol. Pour cela, une analyse de spéciation de l’Ag, apporté dans les sols par des boues d’épuration digérées, a été réalisée. Divers organismes animaux, végétaux et microbiens ont été exposés à cette forme d'Ag, de manière plus ou moins réaliste selon les besoins de l’étude, afin d'en évaluer les différents effets néfastes.Les résultats indiquent que les AgNPs se retrouvent complètement sulfurées suite à une digestion anaérobie des boues d'épuration. Sous cette forme chimique, l’Ag est plus faiblement toxique que les AgNPs, pour tous les organismes animaux, végétaux et microbiens étudiés. L’Ag sulfuré est également plus faiblement biodisponible pour ces organismes, bien qu’il puisse être légèrement bioaccumulé par les animaux et végétaux et ainsi entrer tout de même dans les chaînes trophiques. Néanmoins, un effet durable sur les communautés microbiennes a été observé. Cet effet diffère selon la nature du sol recevant les boues, et semble perturber le cycle des nutriments azotésMore and more manufactured products contain silver nanoparticles (AgNPs) which, among other things, are incorporated for their excellent biocidal property. The life cycle of these nanofunctionalized products generates considerable releases into the environment, particularly in wastewater. The efficiency of wastewater treatment plants makes it possible to trap most species of silver (Ag) in the sludge. However, sewage sludge is often recycled by land application on agricultural land. Soil is the main place of deposition of contaminants in sewage sludge. Due to the amount of sewage sludge produced and spread each year, it has become important to accurately assess the impact of Ag species as they are introduced into the environment.This thesis work consisted of a global evaluation of the effect, on the terrestrial ecosystem, of the forms of Ag brought by the sewage sludge in the soil. For this, an analysis of speciation of Ag brought in soils via digested sewage sludge was carried out. Various animal, plant and microbial organisms have been exposed to this form of Ag, more or less reastically depending on the needs of the study, in order to assess its various harmful effects.The results indicate that AgNPs become completely sulfided following anaerobic digestion of sewage sludge. In this chemical form, Ag is less toxic than AgNPs, to all animals, plants and microbial organisms studied. Ag sulfide is also less bioavailable to these organisms, although it may be slightly bioaccumulated by animals and plants and thus enters food chains. Likewise, an effect may persist on microbial communities. This effect differs depending on the type of soil receiving the sewage sludge, and seems to disrupt the nitrogen nutrient cycle
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Pascal, Pierre-Yves. "Devenir des bactéries dans les réseaux trophiques des vasières intertidales : le cas de Brouage (Baie de Marennes-Oléron)." Phd thesis, Université de La Rochelle, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00293510.
Full textAbstract:
Les sédiments des vasières intertidales, très riches en matière organique, présentent des abondances et des productions bactériennes très élevées. Par analogie avec le fonctionnement des systèmes pélagiques, il a été suggéré que les bactéries joueraient un rôle important dans les réseaux trophiques benthiques. Cependant, en raison des difficultés techniques, les études traitant de bactérivorie benthique sont peu nombreuses et produisent des résultats contradictoires. La mise au point d'une méthode utilisant des communautés bactériennes de culture enrichies en 15N comme traceur a permis de mesurer la bactérivorie d'organismes de la méiofaune et de la macrofaune. Les bactéries enrichies présentent des caractéristiques de taille, d'activité et de diversité relativement proches de celles des bactéries naturelles limitant ainsi les biais liés à une éventuelle sélectivité d'ingestion des bactérivores. Les vasières constituent des milieux dont les conditions environnementales varient très rapidement en fonction du cycle de marée. Ces variations sont susceptibles d'affecter les comportements d'ingestion de bactéries. L'influence de facteurs abiotiques (température, salinité et lumière) et biotiques (abondances algales et bactériennes) sur la bactérivorie du gastéropode Hydrobia ulvae, du foraminifère Ammonia tepida et d'un peuplement de nématodes de la vasière de Brouage (Baie de Marennes Oléron) a donc été estimé. À l'exception de A. tepida, les bactérivores sont peu affectés par les variations de facteurs abiotiques suggérant une aptitude à s'alimenter dans l'interface hypervariable air/sédiment où se forme le biofilm algal durant les exondations diurnes. Les algues ont été ingérées à un taux systématiquement plus élevé que les bactéries indiquant une importance moindre des bactéries dans la nutrition de ces organismes. Pour mesurer les variations de l'ingestion de bactéries au cours d'un cycle annuel, des expériences de broutage ont été conduites régulièrement in situ sur la vasière de Brouage. Pour les nématodes et A. tepida, la bactérivorie est négativement corrélée aux abondances d'algues du milieu ce qui indiquerait que les bactéries constituent une ressource alternative consommée lors de pénurie d'algues. Le broutage des bactérivores étudiés ne représente jamais plus de 6% de la production bactérienne. En conséquence, le broutage apparaît comme un devenir limité de la production bactérienne dans la vasière de Brouage.
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Pasquaud, Stéphanie. "Les relations trophiques : éléments de structuration des peuplements ichtyologiques en milieu estuarien : application à l'estuaire de la Gironde." Bordeaux 1, 2006. http://www.theses.fr/2006BOR13214.
Full textAbstract:
"Cette étude vise à évaluer le rôle des relations trophiques dans la structuration des peuplements ichtyologiques en milieu estuarien. Ainsi, les relations trophiques des 14 principales espèces de poisson de l'estuaire de la Gironde ont été décrites ainsi que leur variabilité (espace, temps, taille des individus) via l'analyse des contenus stomacaux. Cette approche fait ressortir une grande diversité des types de comportements alimentaires spécifiques et une dominance de la composante temporelle dans la variabilité alimentaire, excepté pour le mulet. La méthode des analyses isotopiques du carbone et de l'azote a été utilisée ponctuellement pour évaluer les apports de cette nouvelle technique sur la connaissance de la structure et du fonctionnement des réseaux trophiques en milieu estuarien. Ce travail démontre l'impossibilité pour cet outil, de déterminer à lui seul avec exactitude les niveaux trophiques et les relations trophiques entre un poisson et ses proies dans ce type de milieu. Il ne peut donc pas remplacer la méthode classique d'analyse des contenus stomacaux. Enfin, des guildes trophiques ont été construites à partir des résultats des analyses temporelles. Cette démarche permet de décrire des structures trophiques saisonnières, d'émettre des hypothèses de fonctionnement et d'identifier des compartiments de proies clés. La variabilité des assemblages de poisson semble bien structurée par la dynamique saisonnière des communautés de proies, ce qui suggère un contrôle du réseau trophique plutôt de type "bottom-up". L'ensemble de ce travail a permis de proposer de nouvelles guildes trophiques plus précises, applicables à l'ichtyofaune de tous les milieux d'interface. "This work evaluates the role of the trophic relationships in fish assemblages as a structuring factor in an estuarine ecosystem. Thus, the trophic relationships of the 14 main fish species of the Gironde estuary are described in relation with space, time, size class, via the stomach content analysis. This approach highlighted the high diversity of specific feeding behaviours and, excepted for the mullet, a predominance of the temporal component in feeding variability. Stable isotopic analysis (carbon and nitrogen) was used to evaluate their investigative contributions to the understanding of the structure and the functioning of the estuarine trophic relationships. This work shows that this tool is not able to determine precisely the trophic levels and the relationships between a fish and its preys in such ecosystems. Thus, it can not replace the traditional method of stomach content analysis. In addition, in order to describe trophic seasonal structures, to suggest hypothesis and to identify component keys of preys, the trophic guilds were built from the temporal analysis. The variability of the fish assemblages is well structured by the seasonal dynamics of the prey communities. This observation suggests a "e;bottom-up"e; control of the trophic web. We finally propose a new tool enabling the description of the fish structure and the functioning of the trophic webs through accurate trophic guilds. These trophic guilds should be utilised in other transitional water ecosystems
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Leguerrier, Delphine. "Construction et étude d'un modèle de réseau trophique de la vasière de Brouage (Bassin de Marennes-Oléron, France) : prise en compte de la saisonnalité et des échanges physiques pour la synthèse constructive des connaissances sur une zone intertidale d'une région tempérée." La Rochelle, 2005. http://www.theses.fr/2005LAROS220.
Full text
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Bautista-Vega, Alicia. "Etude des réseaux trophiques aboutissant aux rougets méditerranéens (Mullus barbatus et M. Surmuletus) par l'utilisation des isotopes stables." Aix-Marseille 2, 2007. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2007AIX22088.pdf.
Full textAbstract:
Les études de contenus stomacaux des poissons permettent de connaître le régime alimentaire des espèces, par lequel on peut déterminer la position trophique, le rôle que l'espèce joue dans l'écosystème et les relations avec les autres espèces. Les signatures en isotopes stables de l'azote et du carbone sont par ailleurs de plus en plus utilisées en complément de l'approche précédente, en particulier pour l'étude des réseaux trophiques dans une approche écosystémique. Les rougets (famille des Mullidae) sont des poissons benthiques qui habitent les fonds littoraux jusqu'au rebord du plateau continental et constituent une ressource économique majeure du littoral méditerranéen. Les objectifs généraux de cette thèse ont été d'évaluer l'alimentation des rougets barbet Mullus barbatus et M. Surmuletus, de connaître l'influence des apports de Rhône sur l'architecture des réseaux trophiques aboutissant à ces poissons. Nous avons étudié comment la matière organique particulaire, base des réseaux trophiques, s'intègre aux écosystèmes côtiers soumis à l'influence du panache rhodanien et non soumis à cette influence du Rhône. Nous avons aussi comparé nos résultats avec ceux acquis sur le même modèle de la sole communeGoatfishes (Mullidae) are benthic species inhabiting coastal bottoms down to the end of the continental shelf, and constitute a major economic resource in the Mediterranean. The main objectives of this work were to study the diet of Mullus barbatus and M. Surmuletus, and to understand the influence of the Rhone River inputs on the food webs’ structure ending to these species. We studied how the particular organic matter (POM), the basis of food webs, was integrated into the coastal ecosystems subjected, or not, to river inputs in 2004. We have (1) analysed the suspended matter, sediments, benthic macrofauna, and goatfish (different size-classes) in different sites and depths, (2) analysed the samples through stable isotopes (white muscles of fish, water POM, sediments, macrofauna), (3) analysed the stomach contents of fish, and (4) determined the variations of the isotopic signature (carbon and nitrogen) of the terrestrial POM transported by the Rhone River, in order to follow its pathway within the coastal food webs. Our results have shown a fish diet dominated by polychaetes (carnivores, sub-surface depositiovores and surface depositivores) and various crustaceans (amphipods, cumaceans, macrurans and brachyurans). However, this diet varied according to species, and mainly according to fish size. We have obtained the isotopic signatures (δ15N and δ13C) for Mullus barbatus and M. Surmuletus. The results for δ15N displayed significant differences of trophic level for Mullus barbatus depending on fish size, distance from the Rhone River mouth and depth. In contrast, in all sites and depths, δ15N value did not vary with fish size in M. Surmuletus. In both species, δ15N values were significantly lower in sites non subjected to river inputs. δ13C signature in Mullus barbatus exhibited slight differences with fish sizey in some sites of the Gulf of Lions, whereas δ13C signature in M. Surmuletus did not shown any variation with fish size or sites. Thus, one could suggest that the basis of food webs was different in sites subjected and not subjected to river inputs. In addition, our results indicated that the Rhone River did not influence significantly the food webs ending to these species, except to a modest extend for M. Barbatus strait off the river mouth. On the reverse, the food webs of both species were mainly based on carbon from marine origin in the different sites. It thus appeared that the food webs of the two mullid species were not much influenced by the Rhone river inputs, and the transfert of organic matter through diet was mostly characterized by a marine pathway
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Bles, Olivier. "Approche théorique et expérimentale du choix de source et de la gestion collective des ressources alimentaires chez la fourmi." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ007/document.
Full textAbstract:
Au cours de cette thèse, des outils théoriques (simulation) et expérimentaux (tracking) ont été développés afin d’établir les mécanismes sous-jacents aux phénomènes de choix collectifs d’exploitation de sources de nourriture et à la gestion collective des stocks de nourriture constitués au sein d’une colonie de fourmis. Le premier volet de mon travail révèle l’influence de caractéristiques physiques (telles que l’angularité et la topographie) des pistes entre le nid et les sources de nourritures, sur les comportements des fourmis au niveau individuel et leur résultante au niveau collectif en termes d’exploitation de ressources alimentaires. Le second volet de ma thèse est consacré aux dynamiques et régulations à l’œuvre au sein des phénomènes de dissémination collective et d’accumulation de nourriture au niveau intranidal. Les réseaux de distributions et d’échanges, reconstitués chez différentes espèces grâce à un marquage individuel et dans différents contextes montrent des similarités inattendues, notamment en termes d’hétérogénéités interindividuelles et de robustesse face à la variabilité des ressourcesDuring my PhD I have developed theoretical (simulation) and experimental (tracking) tools to investigate the mechanisms underlying the collective food source choice as well as collective food management at the intranidal level in ants. A first part of my thesis reveals the influence of the physical (and in particular the angularity and the topography) properties of the trail to the food source on the ant behavior at the individual level and its resulting food source choice/exploitation at the collective level. The second part of my thesis is dedicated to the dynamics of the food flow entering the nest, its regulation and the food dissemination/accumulation processes at the intranidal level through trophallaxis (mouth-to-mouth fluid exchange). The networks of food distributions and exchanges were built for two ant species in various experimental conditions. Interestingly, all theses networks show several similar properties, such as a high degree of heterogeneity in the individual participation to the food exchange activity as well as a robustness facing environmental variabilities
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Planque, Yann. "Écologie trophique de deux espèces sympatriques de phoques en périphérie de leur aire de répartition." Thesis, La Rochelle, 2021. http://www.theses.fr/2021LAROS032.
Full textAbstract:
Le phoque veau-marin (Phoca vitulina) et le phoque gris (Halichoerus grypus), deux espèces sympatriques de mammifères marins, sont de plus en plus considérés comme des compétiteurs potentiels, et ce plus particulièrement au cœur de leur distribution européenne. L’objectif de cette thèse est d’étudier les stratégies de chasse et l’écologie trophique de ces espèces en limite de leur aire de distribution (baie de Somme, Manche Est, France), et d’explorer l’hypothèse de compétition interspécifique. Des outils de bio-télémétrie ont été déployés sur 49 individus afin d’obtenir des données sur leurs déplacements et plongées en mer. L’analyse des localisations en surface et du comportement en plongée, complétée plus récemment par la détection de tentatives de captures de proies (accélérométrie), a permis de mieux comprendre les stratégies de chasse de ces espèces, et d’améliorer la détection des zones de chasse. Les niches trophiques des deux espèces de phoques ont ensuite été caractérisées par analyse du régime alimentaire, des isotopes stables (vibrisses des mêmes individus capturés), et des zones de chasse. Un important chevauchement interspécifique a été identifié entre ces niches, résultant de la consommation de poissons plats benthiques en zone côtière, ce qui apporte ici le contexte informatif d’une potentielle compétition. Cette étude montre aussi le rôle clé des stratégies individuelles de chasse sur les conclusions écologiques à l’échelle de l’espèce/sous-population,dont la potentielle compétition qui serait induite par certains phoques gris. La poursuite des suivis est nécessaire pour détecter tout potentiel changement écologique dont l’origine serait trophiqueHarbour seal (Phoca vitulina) and grey seal (Halichoerus grypus) are two sympatric marine mammal species that are increasingly considered as potential competitors, especially at their European core distributions. The objective of this PhD was to study the foraging strategies and trophic ecology of these species at the limit of their range (Baie de Somme, Eastern English Channel, France), and to investigate the hypothesis of potential interspecific competition. Biotelemetry devices were fitted on 49 individuals to document their movements and dives at sea.The analysis of surface locations and diving behaviour, completed recently by the detection of Prey Capture Attempts (accelerometry), allowed for a better understanding of the two seal species’ foraging strategies and improved the detection of their foraging areas. Trophic niches of the two seal species were then characterised with the analysis of diet, stable isotopes (in the whiskers of the same captured individuals), and foraging areas. A high interspecific trophic overlap was identified between these niches, resulting from the consumption of benthic flatfish in coastal areas, and we suggest that it provides here the basis for potential competition between both species. This study also showed the key role of individual foraging strategies on the ecological conclusions at the scale of the species/sub-population, including that the potential competition may be due to some individual grey seal strategies. Continuing these studies is essential to detect any potential ecological changes that could be trophically-induced
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Ramondenc, Simon. "Analyse des variations spatio-temporelles du zooplancton gélatineux et son effet sur les flux de matières à l'aide d'une approche combinant expérimentation et écologie numérique." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066528/document.
Full textAbstract:
Le terme plancton désigne l'ensemble des organismes dérivant au grès des courants marins. On distingue le plancton végétal et principalement photosynthétique, "le phytoplancton", du plancton animal hétérotrophe, "le zooplancton". Au cours des dernières décennies, de nombreuses études ont documenté une croissance de l'abondance et de la distribution spatiale du zooplancton gélatineux à travers diverses régions. Même si le terme "gélification" des océans doit être utilisé avec beaucoup de précaution, des régions comme la mer Méditerranée montre une constante augmentation des méduses au cours de ces 40 dernières années. L'espèce Pelagia noctiluca (Forsskål, 1775) est considérée comme étant la méduse la plus abondante du bassin méditerranéen depuis les années 70. Du fait de leur présence massive dans cette région, il est primordial d'évaluer précisément l'impact de P. noctiluca à la fois sur les cycles biogéochimiques et sur la structuration des écosystèmes pélagiques. Pour cela, les deux processus majeurs de transfert de matière dans l'écosystème doivent être étudiés : la séquestration de carbone via la pompe biologique et le transfert de carbon au travers des réseaux trophiques. Cette thèse s'articule autour de trois axes majeurs: (i) réaliser un premier bilan de l'export de carbone organique particulaire (POCtotal) et dissous (DOC) en mer Méditerranée, (ii) construire un modèle écophysiologique de P. noctiluca pour déterminer la contribution de cette méduse à la pompe biologique, et (iii) évaluer le niveau trophique de P. noctiluca et son potentiel impact sur les niveaux trophiques inférieursThe term “plankton” refers to all the organisms drifting in the water following the currents. Commonly, the vegetable autotrophic and mainly photosynthetic, “phytoplankton” is distinguished from the heterotrophic and animal “zooplankton”. In the last decades, many studies reported an increase in the abundances and spatial distributions of gelatinous zooplankton in many oceans. Even if the concept of “jellyfication of the oceans” needs to be used with caution, jellyfish populations show an increase in Mediterranean Sea over the last 40 years. The species Pelagia noctiluca (Forsskål, 1775) is considered as the most abundant jellyfish in the Mediterranean basin since the 70s. Due to its massive presence in this area, it is essential to evaluate precisely the impact of P. noctiluca on both biogeochemical cycles and pelagic ecosystem structure. Thus, the contribution of P. noctiluca to the two main factors regulating the biological carbon transfer in the oceans: carbon sequestration via the biological carbon pump and carbon transfer through trophic networks. This manuscript is divided in 3 main sections : (i) providing an initial budget of the particulate (POCtotal) and dissolved organic carbon (DOC) in the Mediterranean sea, (ii) building an ecophysiological model of P. noctiluca to estimate its contribution to the biological carbon pump, and (iii) assessing the trophic level of P. noctiluca and its potential impact on lower trophic levels
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Pecqueur, David. "Rôle des protozoo-et virioplancton dans le contrôle des bactérioplancton et phytoplancton en zone côtière Méditerranéenne." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20149.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse focalise sur le fonctionnement du réseau microbien de la lagune de Thau à travers une approche « Réseau » ayant permis l’étude simultanée de l’ensemble des groupes microbiens (21 groupes) des virus au microzooplancton. La croissance et la mortalité des micro-organismes ont été étudiées expérimentalement lors de plusieurs saisons puis d’une étude en mésocosme. Nous avons déterminé les proportions de mortalité dont sont responsables le microzooplancton et les virus au travers de la lyse virale. Un suivi in situ puis en mésocosme dans la lagune de Thau nous a permis d'observer la réponse des composantes du réseau microbien à un forçage typiquement Méditerranéen, la crue.Il apparait que les bactéries hétérotrophes ont les plus fortes croissances allant jusqu’à 2,18 jour-1. La croissance pour divers groupes pico- et nano-phytoplanctoniques était inférieure à 1,5 jour-1. La cause majeure de mortalité des différents groupes de micro-organismes étudiés est la prédation du microzooplancton (> 90% en moyenne), tandis que la lyse virale semble être un processus sporadique et nettement moins important. Le fait que les taux de prédation observés soient très proches des taux de croissance de différents micro-organismes suggère que le réseau microbien étudié présente une forte efficacité de transfert de la biomasse vers les niveaux trophiques supérieurs.Dans ce contexte, la crue provoque à court terme une diminution de la croissance microbienne et du broutage, alors qu’elle déclenche la lyse virale chez certains groupes. Cependant, la réactivité de ce réseau permet un rétablissement rapide indiquant une forte capacité de résilience de ce systèmeThe aims of this thesis work were to shed new lights on the functioning of the microbial food web (MFW) in the Thau coastal lagoon through a “global approach” that permit us to study simultaneously the entire MFW components (21 groups) from viruses to microzooplankton. Growth and mortality of microorganisms were studied experimentally along seasons and during a mesocosm experiment. We particularly focus on mortality due to microzooplankton (<200µm) grazing and viral lysis. Responses of the different components of the MFW under a typical Mediterranean forcing, flash flood, was also studied during an in situ monitoring and a mesocosm experiment in the Thau Lagoon.In conclusion, it appears that heterotrophic bacteria show the highest growth rates (until 2.18 day-1). Growth rates of pico- and nanophytolankton groups were always lower than 1.5 day-1. The major cause of mortality of the different group studied, reaching on average 90%, was due to the predation by the microzooplankton. Mortality due to viral lysis appeared to be a “sporadic processes”, less important than microzooplankton grazing indeed. In addition, the observed grazing rates or bacterivory were close to growth rates of microorganisms, suggesting an efficient trophic transfer of the microbial biomass towards higher trophic levels.River flash flood; an important forcing in the Mediterranean coastal zone; triggered on a short time scale, a decrease in growth and grazing rates of microorganisms whereas viral lysis was enhanced. However, the important dynamics of this studied MFW allowed the rapid reestablishment of growth and grazing rates, indicating a strong resilience capability of this system
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Samain, Adriane. "Importance du réseau trophique du sol dans la stabilité du fonctionnement des écosystèmes forestiers méditerranéens soumis au changement climatique." Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/200709_SAMAIN_874d384dot728sctlgd405ox_TH.pdf.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse étudie les interactions entre les organismes du sol (microorganismes, détritivores et prédateurs) dans trois types de forêts du sud de la France (pinède, chênaies pubescentes et vertes) et comment le changement climatique attendu en région méditerranéenne (via une sécheresse amplifiée) pourrait affecter ces relations. Nous avons montré que les communautés d’organismes étaient fortement influencées par la nature biochimique de la litière et le type de forêt. La litière de chêne pubescent semble favoriser l’abondance de toutes les communautés du sol tandis que la forêt de chêne vert semble défavorable pour de nombreux groupes d’organismes. Dans un contexte de changement climatique, la sécheresse amplifiée affecte le réseau trophique du sol avec différentes réponses selon le groupe trophique et le type de forêt. Ces résultats suggèrent que dans une même région méditerranéenne, le changement climatique pourrait affecter différemment les organismes sol avec des conséquences sur les fonctions qu’ils conduisent dans le processus de décomposition des litièresThis thesis focuses on trophic interactions between soil biota (microorganisms, detritivorous and predators) in three forests from South of France (pine forest, downy and holm oak forests) and how climate change expected in the Mediterranean region (via amplified drought) could affect these relationships. We reported that the soil organisms’ communities were strongly influenced by the litter identity of and by the forest type. Downy oak litter favored the abundance of all soil communities while holm oak forest was unfavorable for many groups of organisms. In a climate change context, experimentally amplified drought alters the soil food web with distinct responses according to trophic group and forest type. These results suggest that within the same Mediterranean region, climate change could differently modify the soil biota with consequences on their contribution to the litter decomposition process
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Trystram, Clément. "Écologie trophique de poissons prédateurs et contribution à l'étude des réseaux trophiques marins aux abords de La Réunion." Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0032/document.
Full textAbstract:
L'objectif général de cette thèse est d'étudier les relations alimentaires entre différents prédateurs d'intérêt local, appartenant à plusieurs compartiments écologiques. L'échantillonnage, réalisé entre janvier 2012 et décembre 2014 en partenariat avec la filière pêche, s'est concentré sur les principales espèces d'intérêt commercial ou en interactions avec les pêcheries (captures accessoires et déprédateurs). La détermination des sources de matière organique dont elles dépendent, de leurs relations interspécifiques, ainsi que des facteurs de variation de leurs alimentations, a été réalisée grâce à l'analyse des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l'azote (δ15N), ainsi que celle des contenus stomacaux. Bien qu'associées au substrat, les espèces profondes (100-600m) dépendent indirectement de la production primaire de surface via leurs proies qui effectuent des migrations verticales dans la colonne d'eau. Cette dépendance aux organismes mésopélagiques induit un chevauchement alimentaire globalement important entre ces espèces, atténué par l'occupation de zones bathymétriques différentes. Concernant les espèces de surface, celles-ci se répartissent selon un gradient côte-large, formant trois groupes aux régimes alimentaires distincts. Les requins tigre semblent former une population homogène constituée d'individus généralistes tandis que les requins bouledogue forment une population hétérogène d'individus spécialisés sur des ressources différentes. Ces résultats indiquent qu'une approche centrée sur l'habitat conviendrait à la gestion des espèces profondes, tandis qu'une approche centrée sur les espèces serait plus efficiente pour les espèces de surfaceThe general aim of this Ph.D thesis is to analyse the feeding relationship between the different predators of multiple habitats. Carried out between January 2012 and December 2014 in collaboration with the fishing stakeholders, the sampling focused on species of commercial interest or interacting with fisheries (bycatches and depredators). Carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) stable isotopes ratio and stomacal content analysis were used to determine the organic matter they depend on, their interspecific relationships and the factors influencing their diets. Results show a wide disparity between species caught in shallow water and the deep ones. Despite their association with the benthic environment, deepwater species (100-600m) indirectly rely on surface primary production through their vertically migrating prey. This dependence on mesopelagic organism induce consequently a high dietary overlap between pairwise species, although alleviated by their presence in different bathymetric areas. Shallow species are split into three distinct diet categories along a shore-offshore gradient. Tiger shark are likely to form an homogeneous population composed with generalist individuals conversely to bull sharks which are forming an assorted population of individuals specialized on different resources. Those results tend to promote an habitat-focused approach, more suitable for the management of deepwater species, whereas a species-focused approach would rather be more effective for shallow, highly mobile species
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Garcia, Clément. "Approche fonctionnelle des communautés benthiques du bassin oriental de la Manche et du sud de la mer du Nord." Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10185/document.
Full textAbstract:
Les communautés benthiques du bassin oriental de la Manche et du sud de la mer du Nord ont été abondamment documentées en termes de composition spécifique et de répartition spatiale. En revanche, les études portant sur leur fonctionnement n’ont été conduites que récemment dû à la difficulté d’obtention des différents paramètres biologiques des différents composants du benthos (bactérie, méiofaune, macrofaune…) indispensables à ce type d’analyses. L’objectif principal était de déterminer si la zone d’étude devait être considérée comme une entité ou bien au contraire comme plusieurs unités fonctionnelles. Une étude du réseau trophique au travers de deux techniques de modélisation, inverse et Ecopath, a été réalisée. La zone d’étude a premièrement été divisée a priori selon les deux facteurs supposés influencer le plus l’organisation trophique des communautés benthique : géographiques (Baie de Seine, Manche orientale et mer du Nord) et sédimentaires (graviers et cailloutis, sables grossiers et sables fins). La comparaison des deux types de modèles, appliqués sur chaque division, a mis en évidence le rôle clé des suspensivore dans le transfert de matière ainsi que des différences de fonctionnement entre les divisions. Le fonctionnement trophique du benthos semble apparaitre comme dépendant du type de sédiment auquel il appartient. Pour finir, une approche préliminaire évaluant la diversité des traits biologiques des invertébrés benthiques dans la zone d’étude a été effectuée. Les renseignements sur 21 traits biologiques concernant 631 espèces d’invertébrés benthiques ont été réunis permettant d’avoir une information sur les attributs fonctionnels dominant la zone d’étudeMost of the studies concerning benthic communities in the eastern part of the English Channel and southern North Sea are descriptive, serving primarily to illustrate the specific changes in the diversity and structure of benthic communities. Only recently studies have examined benthic ecosystem functions, mainly due to difficulties in obtaining sufficient functional parameters for each benthic component (bacteria, meiofauna, macrofauna...). This work investigated whether the benthic communities of the studied area have to be considered as a single unit or as a juxtaposition of functional entities. An approach through two trophic modelling methods, inverse and Ecopath has been performed. In order to test and assess relative importance of factors supposed to influence benthic trophic structure, the study area was subdivided into units defined a priori according to two main structural factors of community distribution: geographical (bay of Seine, eastern Channel and North Sea) and sedimentary patterns (gravel and pebbles, coarse sand and fine sand). Comparisons of model outputs of each division highlighted the key role of suspension organism in flow transfer among the trophic web. It also showed different properties between the divisions. Benthic trophic functioning seems to be strongly correlated with the sediment to which it belongs. Finally, a preliminary approach assessing biological trait diversity of benthic invertebrates has been performed. Information concerning 21 biological traits on 631 species has been gathered. It allowed us to have a global view of diversity and dominance of the functional attributes in the study area
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Dessier, Aurélie. "Analyse du compartiment mésozooplanctonique et écologie alimentaire printanière de la sardine, Sardina pilchardus (Walbaum, 1782), et de l’anchois, Engraulis encrasicolus (Linné, 1758) adultes dans le Golfe de Gascogne." Thesis, La Rochelle, 2015. http://www.theses.fr/2015LAROS036/document.
Full textAbstract:
L’étude de l’écologie alimentaire d’une espèce est une clé de la compréhension de sa biologie et de son fonctionnement dans l’écosystème. Ainsi, les interactions proies-prédateurs sont une des voies qui structurent et déterminent les dynamiques des populations et le réseau trophique à l’échelle d’un écosystème. Parmi les sites d’étude d’intérêt majeur, le milieu marin est un espace soumis à des forçages naturels et anthropiques. A l’échelle de l’Océan Atlantique Nord-Est, le Golfe de Gascogne est une vaste baie bordée par l’Espagne au sud et la France à l’est. Ce Golfe est le siège historique d’une intense activité de pêches commerciales pour lesquelles les principales espèces de petits poissons pélagiques ciblés sont la sardine, Sardina pilchardus, et l’anchois, Engraulis encrasicolus. L’objectif de ces travaux est d’analyser l’écologie alimentaire printanière, de ces deux petits poissons pélagiques dans le Golfe de Gascogne. Pour ce faire, le premier volet s’est focalisé sur le compartiment des proies mésozooplanctoniques via deux approches : la caractérisation de leurs dynamiques spatio-temporelles sur la décennie 2003-2013 et la mesure de leur contenu énergétique au printemps. Il apparaît, à cette saison, que tous les types de proies ne se valent pas énergétiquement et que notre site d’étude représente une mosaïque d’habitats alimentaires. De plus, la communauté mésozooplanctonique printanière présente une forte structuration spatiale, une évolution temporelle marquée par un changement majeur d’abondance et un contrôle par la biomasse de microphytoplancton. Le second volet de ces travaux est relatif à une approche méthodologique de l’analyse de l’écologie alimentaire de S. pilchardus et E. encrasicolus. Trois traceurs trophiques distincts ont été utilisés : les ratios isotopiques du carbone et de l’azote, la faune parasitaire et les niveaux de contamination en mercure. Pour perfectionner l’utilisation du premier de ces traceurs, une approche expérimentale a été menée sur S. pilchardus pour déterminer un facteur de discrimination trophique. Finalement, il apparaît que l’utilisation de ces trois traceurs a toujours permis de mettre en évidence une variabilité temporelle relative de l’écologie alimentaire des poissons étudiés. En revanche, aucune dynamique spatiale n’a pu être détectée via ces traceursDietary studies of marine species constitute an important key to improve the understanding of its biology and of its role in the ecosystem. Thus, prey-predator relationships structure and determine population dynamics and the trophic network at the ecosystem scale. Among the major study sites, the marine ecosystem is submitted to natural and anthropogenic constraints. In the North-Eastern part of the Atlantic Ocean, the Bay of Biscay is a large open area surrounded South by Spain and East by France. This bay is an historic place of intense fishery activities for which the main small pelagic species targeted are the pilchard, Sardina pilchardus and the anchovy, Engraulis encrasicolus. The aim of this work is to analyze the trophic ecology of these two small pelagic fish in spring in the Bay of Biscay. To do this, a first section is devoted to their prey composed by the mesozooplanktonic compartment, through a two-fold approach: the characterization of their spatio-temporal dynamics during the decade 2003-2013 and the measurement of their energetic content in spring. For this season, it appears that all prey types are not worth energetically and that the Bay of Biscay represents a mosaic of dietary habitat. Moreover, the spring mesozooplankton community presents a strong spatial structuration, a temporal evolution marked by a major change in abundance and a control by the microphytoplankton biomass. The second section of this work is relative to a methodological approach of the trophic ecology of S. pilchardus and E. encrasicolus. Three different trophic tracers have been used: isotopic ratios of carbon and nitrogen, parasitological fauna and mercury contamination levels. To improve the use of the first of these trophic tracers, an experimental approach has been conducted with S. pilchardus to determine a trophic discrimination factor. Finally, it appears that the use of these three trophic tracers has always been permitted to highlight a temporal variability of the relative trophic ecology of these fish. However, no spatial dynamics could be identified through these three trophic tracers
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Vincent, Florian. "Fonctionnement et structure des écosystèmes aquatiques en réponse aux perturbations anthropiques de type bottom-up et top-down." Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS472.
Full textAbstract:
Les activités humaines amplifient ou interfèrent régulièrement avec les forçages « top-down » et « bottom-up » sur les écosystèmes. Pourtant, la réponse des communautés à ces perturbations reste mal comprise. Ma thèse a pour objet de mesurer les effets des top-prédateurs et des nutriments sur la structure et le fonctionnement d’écosystèmes aquatiques expérimentaux. J’ai étudié dans des mésocosmes pélagiques de 9,5 m³ l’effet d’un forçage top-down induit par deux espèces de poissons. Je montre que ces changements de top-prédateurs s’accompagnent d’une réorganisation profonde de la structure du réseau trophique planctonique. Les réorganisations dépendent en partie de la taille des organismes et de leur comportement antiprédateur, mais c’est la phylogénie qui permet le plus efficacement de prédire la réponse du zooplancton aux poissons et les effets en cascade qui en découlent. J’ai également étudié la réponse à un forçage bottom-up par ajouts de phosphore et d’azote dans des macrocosmes de 750 m³ incluant une zone littorale végétalisée. Je montre que l’ajout de nutriments a eu un effet marqué sur la biomasse des producteurs primaires (biofilm, macrophytes littoraux), que les ajouts induisent une abondance plus forte de juvéniles de perche mais la biomasse du zooplancton n’est pas modifiée. La stœchiométrie des organismes et l’activité bactérienne n’ont été que peu changées par l’enrichissement. Ces résultats suggèrent que les effets des forçages bottom-up dans les milieux pélagiques sont bien prédits par la théorie des chaînes trophique mais, à l’échelle d’écosystèmes complexes, les macrophytes et le biofilm peuvent fortement atténuer la réponse à l’enrichissementHuman activities regularly amplify or interfere with top-down and bottom-up forcing on ecosystems. However, the communities' response to these disruptions remains poorly understood. My thesis aims to measure the effects of top-predators and nutrients on the structure and functioning of experimental aquatic ecosystems. I studied in 9.5 m³ pelagic mesocosms the effect of top-down forcing induced by two fish species. I show that these changes in top-predators are accompanied by a profound reorganization of the structure of the planktonic food web. Reorganizations depend in part on the size of organisms and their anti-predatory behaviour, but phylogeny is the most effective way to predict zooplankton response to fish and the resulting cascading effects. I also studied the response to bottom-up forcing by adding phosphorus and nitrogen in 750 m³ macrocosms including a vegetated littoral area. I show that the addition of nutrients has had a significant effect on the biomass of primary producers (biofilm, littoral macrophytes), that the additions induce a higher abundance of juveniles perch but the zooplankton biomass is not modified. The stoichiometry of organisms and bacterial activity were only slightly changed by enrichment. These results suggest that the effects of bottom-up forcings in pelagic environments are well predicted by food chain theory, but at the scale of complex ecosystems, macrophytes and biofilm can strongly reduce the response to enrichment
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Jobard-Portas, Marlène. "Diversité phylogénétique et fonctionnelle des Eumycètes dans les écosystèmes pélagiques." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2010. http://www.theses.fr/2010CLF22090/document.
Full textAbstract:
Les microorganismes jouent un rôle prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, où ils sont à la base de la minéralisation et du recyclage de la matière organique. Les« vrais » champignons, ou Eumycètes, font partie de ces microorganismes hétérotrophes qui permettent le renouvellement de la matière organique dans les écosystèmes. Pourtant, la diversité et l’importance quantitative et fonctionnelle des champignons restent très largement méconnues dans les milieux pélagiques. Récemment, l’utilisation de méthodes moléculaires pour étudier la diversité des picoeucaryotes (de taille < 5 μm) lacustres a mis en évidence l’importance des champignons microscopiques avec, notamment, la présence de chytridiomycètes (chytrides). Cette découverte, en conjonction avec le rôle important connu des Eumycètes dans d’autres écosystèmes naturels, nous a amené à poser l’hypothèse d’une diversité et d’un rôle fonctionnel importants des champignons dans les écosystèmes pélagiques. Ce travail vise à préciser la diversité globale, la structure génétique et l’importance quantitative des différentes divisions du règne des Eumycota dans les écosystèmes pélagiques lacustres, et à proposer des outils méthodologiques pour l’étude écologique de ces peuplements. La diversité phylogénétique et l’importance des champignons de taille comprise entre 0,6 et 150 μm ont été analysées dans trois milieux pélagiques différents. Une étude de clonage-séquençage de l’ADNr 18S et de l’ITS a été réalisée au printemps 2007 dans les lacs Pavin (oligomésotrophe), Aydat (eutrophe) et Vassivière (mésotrophe, humique). L’affiliation phylogénétique des séquences a permis, non seulement de confirmer la présence d’une importante diversité de chytridiomycètes parasites du phytoplancton, mais aussi de mettre en évidence la présence non négligeable d’ascomycètes et de basidiomycètes, potentiellement saprophytes. L’étude de la dynamique saisonnière de la structure des peuplements (par TRFLP) et de l’importance quantitative de différentes divisions (par PCR quantitative) de la communauté fongique ont permis de déceler des différences en fonction des saisons et de l’écosystème. Ces différences ont été reliées à la dynamique des peuplements phytoplanctoniques, avec une influence des apports allochtones, principalement dans le lac eutrophe d’Aydat. De plus, les séquences moléculaires générées au cours de ces dernières années ont permis l’élaboration d’amorces ciblant des clades de champignons microscopiques d’intérêt, pour une étude écologique de la dynamique des peuplements, par des approches PCR à temps réel et FISH (fluorescent in situ hybridization). Enfin, nous considérons que l’acquisition de données complémentaires permettra d’intégrer les champignons saprophytes et parasites dans les flux de matière et d’énergie qui transitent par les écosystèmes pélagiques et les cycles biogéochimiques associésMicroorganisms play major roles in aquatic ecosystems, primarily as the main actors for organic matter mineralization and recycling. “True” fungi (i.e. Eumycota) are among heterotrophic microorganisms that are highly efficient in recycling organic materials in natural ecosystems. However, the overall diversity of fungi and their quantitative and functional importance remain largely unknown in typical pelagic ecosystems. Environmental 18S rDNA surveys have recently highlighted the importance of microscopic fungi in the diversity of picoeukaryotes (size < 5 μm) in lake ecosystems, including particularly the members of chytridiomycetes (i.e. chytrids) as the dominant phyla. These studies and the known major roles of fungi in natural ecosystems such as soils have leaded us to venture the hypothesis that fungal diversity and functional roles are important structuring factors in pelagic ecosystems. The main aims of the thesis were to examine the overall diversity, genetic structure and quantitative importance of various phyla belonging to the Kingdom Fungi in freshwater pelagic ecosystems. Methodological tools were also developed for ecological investigations of fungal populations of interest. Phylogenetic diversity and quantitative importance of fungi (size classe: 0.6 and 150 μm) were analysed in three contrasting pelagic lakes. Environmental 18S and ITS rDNA surveys were performed during spring 2007 in the oligomesotrophic Lake Pavin, the eutrophic Lake Aydat, and the mesotrophic and humic Lake Vassivière, all located in the French Massif Central. Phylogenetic affiliation of sequences confirmed the presence and the substantial diversity of chytridiomycetes, known as parasites of primarily phytoplankton. We also have unveiled a sizeable number of sequences belonging to the fungal lineages of ascomycetes and basidiomycetes, mainly known as saprophytes. The seasonal dynamics of fungal community structure (essayed by TRFLP),and the quantitative importance of various taxonomic divisions (estimates by real time quantitative PCR or qPCR), revealed significant differences with seasons and with ecosystems. These differences were linked to phytoplankton composition and population successions, with at times the influence of allochthonous inputs, primarily for the eutrophic Lake Aydat. Finally, molecular sequences obtained during the few past years allowed the development of primers for targeting microscopic fungal lineages of interest, and the ecological study of their in situ dynamics using qPCR and FISH (fluorescent in situ hybridization) approaches. Overall, we consider that the acquisition of complementary data is necessary to allow the inclusion of fungi and their main functions (i.e. saprophytisms and parasitism) in the energy and matter fluxes in pelagics ecosystems, and the related biogeochemical cycling
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Flores-Mejia, Sandra. "Les effets de la température et des changements climatiques sur la performance relative d'un réseau trophique : plante-herbivore-parasitoïde." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27306.
Full textAbstract:
À l’intérieur d’un réseau trophique, les différents niveaux trophiques réagissent différemment aux changements de la température, car certains organismes sont plus sensibles que d’autres. Dû à l’interdépendance entre les différents niveaux, même le plus petit changement de la température peut déclencher des différences en cascade de la performance de toutes les composantes du réseau. Ceci peut mener à l’effondrement partiel ou total du système. Dans le cadre de mon projet, je me suis intéressée aux effets de la température et des changements climatiques sur la performance relative d’un réseau tritrophique (plante-herbivore-parasitoïde). Les objectifs généraux étaient de déterminer : a) Quel niveau trophique est le plus sensible à l’augmentation de la température? et b) Quels sont les effets des changements climatiques sur l’ensemble du réseau trophique? Afin de pouvoir évaluer l’effet de la température sur l’ensemble du réseau trophique, j’ai développé trois paramètres de la performance relative en utilisant la biomasse comme monnaie commune : la productivité nette générationnelle (NGP), le taux de performance relative d’un réseau bitrophique (φh/p), et le taux de performance relative d’un réseau tritrophique (φ3t). En général, mes résultats suggèrent que la fenêtre thermique de la performance relative de chaque niveau trophique est plus large à la basse du réseau (c.-à-dire pour la plante) et qu’elle est réduite d’environ 4 °C pour chaque niveau trophique subséquent. Aussi, les valeurs de φh/p suggèrent que les pucerons sont plus performants que la plante à basse température, mais ils sont incapables de se reproduire au-delà de 28 °C, ce qui donne un avantage aux plantes. Néanmoins, cet avantage ne peut être maintenu longtemps dû aux effets négatifs des températures élevées sur la biologie de la plante. Les valeurs de φ3t suggèrent que la performance du réseau tritrophique est gouvernée par des cascades trophiques du type « top-down », mais la variation inter et intraspécifique de la plante-hôte joue un rôle majeur dans la productivité relative du système. Les résultats des expériences de régime thermique simulé pour l’horizon 2050 suggèrent que : malgré une fenêtre thermique plus réduite, le parasitoïde a la performance relative la plus grande du système, dans les trois scénarios testés. Ceci suggère, possiblement, une plasticité thermique plus grande que prévue à ce niveau trophique. Néanmoins, en absence du parasitoïde, l’herbivore domine le système. La réponse de la performance relative du réseau tritrophique est la même dans trois scénarios testés, malgré une différence d’environ 4 °C entre eux. Par contre, l’exposition à long terme aux températures élevées a un effet négatif sur l’accumulation de la biomasse sur les trois composantes du réseau au niveau individuel et collectif. Ceci est la première étude à évaluer de façon empirique et exhaustive les effets de la température sur autant d’interactions plante-herbivore-parasitoïde, afin de déterminer la performance relative d’un système tritrophique de façon holistique.Each trophic level of a food-web reacts differently to changes in temperature, because some species are more sensitive than others. Because of the interdependence between the different trophic levels, even the smallest change in temperature could trigger cascading effects throughout the food-web. This may cause a partial or total collapse of the system. As part of my project, I was interested in the effects of temperature and climate change over the relative performance of a tri-trophic food web system (plant-herbivore-parasitoid). The general objectives were to determine: a) which trophic level is more sensitive to an increase in temperature? and b) What are the effects of climate change on a food-web as a whole? In order to determine the effects of temperature on the whole food-web, I developed three parameters to measure the relative performance, by using biomass as common currency between the three trophic levels. The developed parameters are: net generational productivity (NGP), the bi-trophic food-web ratio (φh/p), and the tri-trophic food web ratio (φ3t). In general, my results suggest that the thermal window of the relative performance of each trophic level has a wider span at the base of the food-web (e.g. the plant) and it is reduced by about 4 °C for each subsequent trophic level. Also, the (φh/p) values obtained, suggest that the aphids have the highest performance at low temperatures, but they are incapable of reproducing beyond 28°C, which gives the plant a competitive advantage. Nonetheless, this advantage cannot be maintained for long, due to the negative effects of temperature on the biology of the plant. The φ3t values suggest that the performance of the food-web is influenced by trophic cascades in a « top-down » fashion; but both the inter- and intra-specific variation of the host plant plays a major role in the productivity of the system. The results of the experiments about climate change suggest that: in all three tested climate change scenarios, the parasitoid has the largest relative performance of the system in spite of having the smallest thermal window. This suggests a greater thermal plasticity than previously thought. Nonetheless, in the absence of parasitoids, the herbivore dominates the system. Although there was a 4 °C difference between the three climate change scenarios that were tested, the the performance of the tri-trophic food-web was not significantly affected. In comparison, under two 2050 climate change scenarios, the long-term exposure to high temperatures has a negative effect on the accumulation of biomass for the three components of the food web, both individually and collectively. This is the first study to evaluate empirically and exhaustively the effects of temperature over a great range of plant-herbivore-parasitoid interactions, in order to determine the relative performance of the system in a holistic way.
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Rihani, Mohammed. "Contribution à l'étude des relations trophiques entre champignons de pourriture blanche et acariens oribates au cours du processus de biodégradation des litières forestières." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10208.
Full textAbstract:
Les champignons sacrophytes transformant la litière : perte de poids, décoloration, pertes en lignine, cellulose et composés phénoliques. Les tissus végétaux décomposés s'enrichissent en mycelium. La reprise de la dégradation par les acarions différé selon le régime alimentaire des oribates : les macrophytophages se nourissent des végétaux inoculés à cause des transformations biochimiques subies ; les microphages fragmentent la matière organique en consommant les microorganismes associés ; les panphytophages se nourissent de végétaux transformés ou non et des microorganismes. Il existe donc une synergie entre les champignons et les oribates qui conduit à une meilleure dégradation de la matière organique
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Tromeur, Eric. "Concilier enjeux écologiques et économiques pour une gestion écosystémique des pêches." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS409.
Full textAbstract:
La surpêche affecte les structures et dynamiques de nombreux écosystèmes marins, ainsi que les services écosystémiques qui en dépendent. En réponse, scientifiques et gestionnaires plaident pour une gestion écosystémique des pêches, intégrant la complexité des écosystèmes exploités, et fondée sur des objectifs de durabilité écologiques comme économiques. Dans ce cadre, l'objectif de cette thèse est d'élaborer une approche écosystémique de la gestion des pêches, conciliant la préservation de la biodiversité et de la résilience des écosystèmes exploités avec le maintien d'une production et de profits élevés. Pour cela, nous développons des modèles bio-économiques de pêcheries mixtes, constituées d'espèces indépendantes ou en interaction trophique. Nous montrons que maximiser l'ensemble des captures ou des profits d'une pêcherie mixte peut menacer la biodiversité et la résilience des écosystèmes exploités, mais que des instruments économiques peuvent y remédier. L'aversion au risque en présence d'incertitude favorise aussi une réconciliation entre différents enjeux de gestion. Nous déployons ensuite des approches de gestion multi-critères, afin d'identifier les meilleures stratégies en termes écologiques et économiques. Les stratégies choisies dépendent des préférences des gestionnaires : favoriser la production suppose d'orienter la pêche vers les faibles niveaux trophiques, tandis que favoriser la biodiversité ou la résilience suppose d'orienter la pêche vers des niveaux trophiques plus élevés. Nous suggérons ainsi qu'une diversification du profil de pêche permettrait de concilier enjeux écologiques et économiques pour une gestion écosystémique et durable des pêchesOverfishing affects the structures and dynamics of many marine ecosystems, as well as the associated ecosystem services. To tackle this issue, many scientists and managers are calling for an ecosystem-based fisheries management, integrating the complexity of harvested ecosystems, and based on ecological and economic sustainability objectives. In that perspective, our aim is to build an ecosystem approach to fisheries management, reconciling biodiversity and resilience preservation with the maintenance of high yields and profits. To this aim, we develop bio-economic models of mixed fisheries, composed of species that are either independent or in trophic interactions. We show that maximizing the aggregate catches or profits of a mixed fishery can threaten the biodiversity and resilience of harvested ecosystems, but that economic instruments can address these issues. In uncertain systems, risk aversion also helps reconciling constrasting management goals. We then apply multi-objective management approaches to identify the best strategies from an ecological and economic point of view. Chosen strategies depend on managers' preferences: favoring production implies to focus harvest on small trophic levels, while favoring biodiversity or resilience implies to focus on higher trophic levels. We therefore suggest that diversified fishing patterns could allow reconciling ecological with economic objectives, in order to achieve a sustainable ecosystem approach to fisheries management
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Kohler, Sophie. "Écologie throphique de l’huitrier noir africain (haematopus-moquini) sur les littoraux rocheux de l’Afrique Australe en relation avec la viabilité de son habitat." Thesis, La Réunion, 2011. http://www.theses.fr/2011LARE0005/document.
Full textAbstract:
La distribution d'espèces benthiques intertidales est contrainte par l'océanographie côtière. On connaît moins les effets sur l'écologie des prédateurs. Les côtes sud de l'Afrique sont caractérisées par des contrastes de production primaire et d'assemblages intertidaux dus aux deux courants majeurs qui les longent. Le prédateur apical de ces côtes est un oiseau limicole endémique, l'huîtrier noir africain (Haematopus moquini), qui présente un polymorphisme favorable à la spécialisation alimentaire. Ces travaux ont étudié l'effet des variations spatiales de structure de communautés benthiques sur l'écologie alimentaire de l'huîtrier à l'aide des isotopes stables. Les oiseaux répondent aux fluctuations qualitative et quantitative des communautés de proies à plusieurs échelles. A large échelle ils montrent de forts contrastes entre les côtes ouest et sud-ouest où le régime alimentaire est dominé par les moules, notamment l'espèce invasive Mytilus galloprovincialis et le sud-est où un mélange de moules et patelles est consommé. Localement les individus montrent des différences faibles d'alimentation liées à l'abondance relative des moules et patelles. Cela s'explique par le caractère généraliste de l'espèce et le relâchement de compétition intra-spécifique pour les ressources. La transition alimentaire d'H. moquini vers une consommation quasi-exclusive à l'ouest d'une moule introduite et la multitude de comportements alimentaires ailleurs indiquent un fort potentiel d'adaptation aux modifications de son habitat d'alimentation. En revanche la dégradation des plages par l'Homme augmente la compétition pour l'espace et affecterait aujourd'hui le succès reproducteur de l'espèceThe distribution of intertidal benthic species is constrained by coastal oceanography. Less is known about the effects on the ecology of predators. Along the southern coasts of Africa the two main currents constraint both the patterns of primary production and the structure of benthic communities. The top predator on these coasts is an endemic shorebird, the African Black Oystercatcher (Haematopus moquini), which exhibits a polymorphism favourable for food specialization. This study investigates the effect of spatial variations in benthic community structure on the feeding ecology of oystercatchers using stable isotopes. Birds respond to changes in quality and quantity of prey at multiple scales. At large scale they show strong contrasts between west and southwest coasts where the diet is dominated by mussels, including the invasive species Mytilus galloprovincialis, and south-east shores where a mixture of mussels and limpets is consumed. Locally individuals show weak dietary differences related to relative abundances of mussels and limpets. This reflects the generalist foraging behaviour of the species and the release of intra-specific competition for resources. The dietary shift of H. moquini on the west coast toward the invasive mussel and the multiplicity of foraging behaviours elsewhere reveal strong capacities to face changes in its foraging habitat. On the other hand the degradation of beaches by humans increases the competition for space and today affects the reproductive success of the species
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Ballorain, Katia. "Écologie trophique de la tortue verte Chelonia mydas dans les herbiers marins et algueraies du sud-ouest de l'océan Indien." Phd thesis, Université de la Réunion, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00576264.
Full textAbstract:
Les relations interspécifiques sont un indicateur naturel de l'état de santé d'un écosystème et de son éventuelle évolution. Dans le contexte actuel de changement climatique et d'intensification des activités humaines, nous décrivons, par une approche intégrée, les interactions existant entre les tortues vertes et leurs ressources trophiques, afin de contribuer à la compréhension de la dynamique de la biodiversité marine. La tortue verte est la seule tortue marine herbivore aux stades sub-adulte et adulte. Elle se nourrit principalement sur des herbiers de phanérogames marines et des algueraies en milieu côtier relativement peu profonds et constitue ainsi un modèle privilégié pour étudier l'écologie trophique et fonctionnelle des tortues marines en conditions naturelles. Le travail présenté dans ce manuscrit étudie deux populations de tortues vertes : la première s'alimentant de phanérogames marines sur le site de N'Gouja à Mayotte et la seconde d'algues benthiques sur la côte ouest de l'Ile de La Réunion. A ce stade de l'étude, le système tortues vertes-herbier est le mieux connu. Nous proposons une synthèse des relations existant entre le comportement de plongée et d'alimentation d'individus juvéniles et adultes avec la disponibilité trophique au sein d'un herbier marin plurispécifique. Ceci a été obtenu à partir de systèmes d'acquisition embarqués, d'observation directes de tortues vertes et de relevés phyto-écologiques conventionnels. Par ailleurs, notre étude a permis d'engager le suivi du système tortues vertes - herbier marin de N'Gouja et d'en décrire les premières tendances. En quatre ans, une diminution de près de 80 % de la biomasse végétale du site de N'Gouja accentue la pression d'herbivorie des tortues vertes sur l'herbier. Ce phénomène entraîne l'appauvrissement de la diversité spécifique des phanérogames en faveur des espèces végétales pionnières. La diminution parallèle de l'effectif de la population de tortues vertes du site de N'Gouja suggère un modèle alimentaire basé sur le principe de densité-dépendance. Les conséquences d'une surexploitation de l'herbier par les tortues vertes sont alors en opposition avec celles obtenues suite à la simulation d'une pression d'herbivorie nulle. Nous montrons que sous une pression d'herbivorie modérée, un stade successionel intermédiaire de l'herbier est maintenu et la diversité spécifique est favorisée par la diminution des capacités compétitives des espèces consommées. Il découle ainsi de notre étude des indicateurs du stade phytodynamique d'un herbier plurispécifique et de la pression d'herbivorie exercée par les tortues vertes qui permettent d'envisager les réponses écosystémiques d'un système tel que celui de N'Gouja sous différents scénarios environnementaux. Enfin, dans un cadre plus large, nous posons la question de savoir si l'évolution statutaire de Mayotte peut contribuer à approfondir et pérenniser la protection des tortues marines qui se trouvent sur son territoire. Nous décrivons la départementalisation comme un moyen d'accentuer le processus de clarification du droit applicable à Mayotte et d'assurer des moyens humains, matériels, et financiers nécessaires à la protection de l'environnement. Des recensements aériens réalisés au dessus de la côte ouest de l'île de La Réunion révèlent la présence d'individus sexuellement matures et immatures, dont le nombre augmente depuis 1996. Cette approche nous aura permis d'identifier une fréquentation préférentielle des habitats coralliens et de décrire, à partir d'observations sous-marines parallèles, la côte ouest de l'île comme un site d'alimentation d'individus matures et d'individus en phase de croissance. Ce travail renforce les bases scientifiques nécessaires à la mise en place de stratégies de conservation des tortues marines et de leurs habitats.
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Jacquet, Claire. "Intégration théorique de la biogéographie et du fonctionnement des écosystèmes." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT138.
Full textAbstract:
Cette thèse a pour objectif de combiner plusieurs théories opérant à différentes échelles spatiales afin de mieux prédire l'effet des changements globaux, tels que la modification du climat, l’exploitation intensive des ressources ou la disparition des espaces naturels, sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. L'originalité de ce travail est l'utilisation de la masse corporelle des espèces pour caractériser à la fois leur dynamique spatiale, leurs interactions trophiques ainsi que les flux de biomasse au sein de l’écosystème. Cette approche offre l'avantage de relier les propriétés des écosystèmes à un trait fonctionnel mesurable à l'échelle de l'espèce, voire même de l'individu.J'étudie dans un premier temps le lien entre la diversité des écosystèmes et leur stabilité, qui est une question centrale dans le domaine de l’écologie. Il a été démontré que les écosystèmes très diversifiés en espèces ne devraient pas perdurer du fait de leur trop grande sensibilité aux perturbations, ce qui soulève un paradoxe puisque les écosystèmes riches en espèces abondent dans la nature. Grâce à la compilation et à l'analyse d'un important jeu de données d'écosystèmes empiriques, je montre qu'il n'existe pas de relation entre la stabilité, la diversité et la complexité des écosystèmes. Une analyse détaillée des données démontre que la structure très organisée des flux de biomasse observés entre les prédateurs et leurs proies est l’un des principaux fondements de la stabilité des écosystèmes.Je relie ensuite ces propriétés stabilisantes à des caractéristiques mesurables à l’échelle de l’espèce. À partir de la masse corporelle des espèces, je détermine les interactions trophiques, les besoins énergétiques ainsi que les biomasses à l’équilibre des espèces d’un écosystème afin de modéliser des réseaux trophiques réalistes. Je trouve que les écosystèmes composés d’espèces de masses corporelles très différentes sont caractérisés par un nombre important d'interactions proie-prédateur de faible intensité et sont plus stables que ceux possédant des espèces de masse corporelle similaires.J'étudie enfin l’effet de la taille et de l’isolement d’un habitat sur la moyenne et la variance de la masse corporelle des espèces qui y coexistent à partir de modèles intégrant les différences interspécifiques de dispersion, de vulnérabilité aux extinctions et la position trophique des espèces. Je compare les prédictions des modèles aux distributions de masse corporelle observées dans les assemblages de poissons récifaux tropicaux en me basant sur une base de données globale. L'analyse de ces données démontre que les assemblages locaux de poissons ne correspondent pas à un sous-ensemble aléatoire du pool régional et valident les prédictions de la théorie allométrique et trophique de la biogéographie des îles.L’intégration de l’écologie fonctionnelle, de la biogéographie et de la théorie sur la stabilité des systèmes dynamiques ouvre de nouvelles perspectives pour la conservation des écosystèmes puisqu'elle met en évidence l'effet de la fragmentation des espaces naturels sur la diversité fonctionnelle, et par extension sur la structure et le fonctionnement des écosystèmesThe general objective of this thesis is to combine theories acting at different spatial scales in order to better predict the effect of global changes, such as such as resource overexploitation, climate change or habitat fragmentation, on ecosystem functioning. The unique feature of this work is the use of species body mass to describe both spatial dynamics, trophic interactions and biomass flows between the species of an ecosystem. An advantage to this approach is that it links ecosystem properties to a functional trait, measured at the species or even the individual level.First, I study the relationship between the diversity and the stability of ecosystems. It has been demonstrated that species-rich, complex ecosystems should be too sensitive to perturbations to persist through time, which raises a paradox as many species-rich ecosystems are observed in nature. With the compilation and the analysis of a large dataset of empirically measured ecosystems, I show that there is no relationship between stability and diversity or complexity in real ecosystems. A further analysis demonstrates that the non-random organization of energy flows between predators and prey allows complex ecosystem to be stable.A second step is to link this stabilizing structure to species functional traits. I derive food web topology, species energetic needs and equilibrium densities from body mass to build quantitative realistic food webs. I find that food webs composed of species with very different body masses are characterized by a high number of weak trophic interactions and are more stable than food webs with more similar species.Finally, I study the effect of habitat area and isolation of the mean and variance of species body mass distribution, using models integrating the interspecific variability of dispersal ability, vulnerability to extinctions and trophic position. I compare model predictions to observed body mass distributions of fish assemblages found on tropical reefs with a global database. I find that body mass distribution in local fish assemblages does not correspond to a random sample of the regional species pool, which confirms the predictions of the allometric and trophic theory of island biogeography.The integration of functional ecology, island biogeography and theory on the stability of complex systems open new perspectives in the fields of macroecology and ecosystem management since it highlights the potential impact of habitat destruction and fragmentation on the functional reorganization of species assemblages and therefore on the structure and functioning of ecosystems
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Francois, Clémentine. "Évaluation des stratégies adaptatives des métazoaires aux faibles disponibilités en nutriments : couplage d’approches d’écologie isotopique et de transcriptomique chez des isopodes épigés et hypogés." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10140/document.
Full textAbstract:
L'objectif de cette thèse est d'étudier les réponses adaptatives des métazoaires à une diminution de la disponibilité en nutriments dans leur environnement. Ce travail, couplant des approches d'écologie isotopique et de transcriptomique, est basé sur l'analyse comparative d'isopodes de surface (épigés) et souterrains (hypogés) évoluant depuis plusieurs millions d'années dans des environnements présentant des disponibilités en nutriments très contrastées (absence de photosynthèse en milieu souterrain). Leur histoire évolutive (multiples colonisations indépendantes du milieu souterrain) a permis de définir 13 couples composés d'une espèce épigée et d'une espèce hypogée partageant un ancêtre commun épigé (i.e. 13 réplicats indépendants d'une transition vers un milieu plus pauvre en nutriments). Des adaptations en termes d'amélioration de l'acquisition des nutriments (diminution de la sélectivité trophique, stratégies spécialistes) et de diminution de la demande métabolique (diminution du taux de croissance) ont été mises en évidence chez les isopodes hypogés. En revanche, l'hypothèse d'une sélection _stoechiogénomique_ des nucléotides et acides aminés les plus économes en azote a été réfutée. Il est possible que la sélection naturelle soit inopérante sur la composition des ARN et protéines de par les faibles tailles efficaces de population (Ne) des métazoaires. La sélection pourrait aussi être inexistante à ce niveau, de par l'existence d'interactions entre les différentes réponses adaptatives. Ainsi, l'adoption de certaines réponses adaptatives plus efficaces et/ou rapides à mettre en place pourrait suffire à relâcher la pression de sélection sur les autres réponsesThe aim of this PhD project was to investigate the adaptive responses of metazoan to a decrease of nutrient availabilities in their environment.We combined isotopic ecology and Next-Generation Sequencing in a comparative analysis of surface (epigean) and groundwater (hypogean) isopods living in highly contrasted environments in terms of nutrient availabilities (lack of photosynthetic production in groundwater). The original evolutionary history of these isopods (multiple independent colonizations of the subterranean habitat) enabled to define 13 species pairs composed of one epigean and one hypogean species sharing a common epigean ancestor. Using these pairs, we studied 13 independent replicates of an environmental transition towards very low nutrient availabilities. Hypogean isopods display adaptations improving the nutrient acquisition (specialist strategy, decrease of trophic selectivity) as well as adaptations reducing the metabolic needs of organisms (decrease of growth rate). However, hypogean isopods do not display adaptive changes in their macromolecules composition (no evidence for the ’stoichiogenomic’ selection of N-thrifty nucleotides and amino acids). Because of the small effective population size (Ne) of metazoa, natural selection may be inefficient to select N-sparing responses at the level of RNA and protein composition. Selection could also be inexistent at this level in case of interactions between the different adaptive responses. Indeed, some nutrientsaving mechanisms may have been selected more quickly or more efficiently, these adaptations being sufficient to relax the selective pressure on the other response levels
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Chauvin, Camille. "Influence de l’utilisation de plantes de services sur les communautés de nématodes et les fonctions du sols dans un agroécosystème bananier en phase d’interculture." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS049/document.
Full textAbstract:
L’introduction de biodiversité végétale dans les agroécosystèmes peut modifier la structure des réseaux trophiques du sol et les fonctions écosystémiques qu’ils assurent. Cette thèse fixe les bases d’une démarche expérimentale pour sélectionner des espèces végétales à partir de différents traits fonctionnels et pour évaluer leurs effets sur les réseaux trophiques et le fonctionnement des sols. Nous avons plus particulièrement cherché à sélectionner des plantes de services pouvant induire la régulation des nématodes parasites du bananier Radopholus similis et Pratylenchus coffeae et favoriser la décomposition des matières organiques durant l’interculture dans les bananeraies antillaises. C'est-à-dire la période entre la destruction de la bananeraie et l'implantation d'une nouvelle. Au cours de ce travail, les réseaux trophiques du sol ont été appréhendés par une analyse fonctionnelle des communautés de nématodes. Une étude bibliographique nous a permis de montrer que les traits fonctionnels « statut d’hôtes » vis-à-vis des nématodes phytoparasites, « composition biochimique des litières » et « productivité primaire des espèces végétales » contribuent aux effets des plantes sur les réseaux trophiques du sol et sur les deux services écosystémiques étudiés. Nous avons donc effectué une typologie des plantes de services à partir de ces traits. Puis pour étudier les effets d’apports de litières de composition biochimique contrastée sur les communautés de nématodes du sol, nous avons sélectionné les espèces végétales Paspalum notatum, Crotalaria zanzibarica et Acacia auriculiformis dont les litières présentaient des teneurs variables en hémicellulose, cellulose, azote, et lignine. Une étude en microcosmes a montré que la composition biochimique des litières détermine les successions écologiques au sein des communautés de nématodes et stimule de manière contrastée les voies de décomposition de la matière organique dans les sols. Nous avons discuté des mécanismes de régulation des nématodes parasites du bananier induits par ces apports de litières. Nous avons également montré que la culture de ces trois espèces induit une diminution des populations de R. similis dans les sols. Enfin, nous avons évalué les effets au champ de couverts de P. notatum, de C. zanzibarica et d’un couvert associant ces deux espèces. Pour cela, nous avons cultivé ces couverts durant neuf mois avant de les détruire et de restituer leurs litières à la surface des sols. Nos résultats montrent que ces couverts végétaux influencent différemment l’abondance en nématodes phytoparasites et le potentiel infectieux du sol. Ils induisent également des régulations bottum-up et top down dans leurs communautés. Après la restitution des litières, nous avons observé de fortes abondances de nématodes liées à la décomposition des litières dans la couche de surface du sol. Celle-ci fournit les couches sous-jacentes du sol en azote minéral et favorise le développement des nématodes omnivores et prédateurs. Il en résulte la formation de communautés de nématodes structurées et diversifiées concomitantes à la réduction des populations de R. similis et P. coffeae. Ces résultats étaient plus marqués pour les couverts monospécifiques de C. zanzibarica et les couverts mixtes. Nos travaux confirment que les traits fonctionnels « statut d’hôte », « production primaire », « composition biochimique des litières » sont déterminant pour sélectionner des plantes de services pour l’interculture en bananeraiesIncreased plant diversity may alter soil food web structure and soil function in agroecosystems. This thesis sets the basis for an experimental approach in order to select some plant species in regard to several functional traits and to assess their effect on soil food web and soil functioning. We focused on cover-crops able to induce regulation of the banana parasitic nematodes Radopholus similis and Pratylenchus coffeae and to promote decomposition of organic matter during the fallow period in banana plantations in the French West Indies (FWI). We used functional analysis of nematode communities as a soil food web bio-indicator. Bibliography studies show us that “plant host status” with respect to plant-parasitic nematodes, “biochemical characteristics of litters” and “primary productivity of plants” are functional traits involved in plant species effects on soil food web and on the ecosystemics service we targeted. We therefore use those traits to perform a typology of cover-plants. Furthermore, to study the effects of litter inputs with contrasted biochemical characteristics we pick out the plant species Paspalum notatum, Crotalaria zanzibarica and Acacia auriculiformis which show differential hemicellulose, cellulose, lignin and nitrogen content. A microcosm assay shows that biochemical characteristics of litter determine ecological successions in nematode communities and promote, in a contrasted manner, the decomposition pathway of organic matter. We discussed the mechanisms of plant parasitic nematodes suppression involved by those litter inputs. We also confirm that the culture of those three plant species can diminish the population of R.similis in soils. We also assessed the effects of plant covers composed of P. notatum and C. zanzibarica and a mix of those two plant species on nematodes communities during a field trial. In order to do so, we cultivated those cover-plants during a nine months period and then destroyed them to restitute plant litter in soils surface. Our results showed that cover-plant alters differentially plant-parasitic nematodes and the infectious potential of soils. Cover-crop cultivation also induced bottom-up and top-down regulations in plant parasitic nematode communities. After litter restitution, we observed high abundance of nematodes involved in litter decomposition within the soil surface layer. The latter provides underlying soil layers with mineral nitrogen and improves omnivore and predator nematode abundances. It results in the formation of a structured and diversified nematode community concomitantly with R. similis and P. coffeae regulation in soils. We observed greater effects with the cover-crop composed of C. zanzibarica and the mix of C. zanzibarica and P. coffeae. This study confirms that the functional traits of “host status”, “biochemical composition of litter” and “primary production” of plant species are decisive in the selection of cover-crop for the fallow period in banana plantation
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Langlais, Karine. "Dynamique holocène d'une tourbière à palses de la région du lac à l'Eau-Claire (Nunavik)." Master's thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26911.
Full textAbstract:
Cette recherche porte sur l'étude paléoécologique d'une tourbière à palses, située à l'intérieur des terres, au-delà de la limite marine de la mer de Tyrrell, sur la rive nord du lac à l'Eau-Claire (Wiyâshâkimî en langue crie). L'objectif principal est de retracer l'impact des changements climatiques sur l'évolution temporelle de cet écosystème. L'analyse de macrorestes végétaux extraits de la tourbe accumulée depuis la déglaciation nous a permis de reconstituer l'évolution des conditions trophiques de la tourbière depuis sa formation. L'accumulation de la matière organique a débuté vers 6290 ans BP (années étalonnées). Par la suite l'évolution de la tourbière a suivi trois étapes successives: une étape d'étang (de 6290 à 5790 ans étal. BP), une étape de tourbière minérotrophe (de 5790 à 4350 ans étal. BP) et une étape de tourbière ombrotrophe (à partir de 4350 ans étal. BP). L'installation du pergélisol menant à la formation de la palse est survenue vers 160 ans étal. BP. La dégradation des palses et la formation subséquente d'une mare de thermokarst auraient été engendrées par le réchauffement climatique qui a commencé au début du siècle. Ainsi, l'étude de l'évolution de la mare de thermokarst située en marge de la tourbière à palse indique la succession de trois phases distinctes, subaquatique, minérotrophe et ombrotrophe. La comparaison de nos résultats avec ceux portant sur les tourbières à palses situées près de la baie d'Hudson et de la baie de James suggère que la continentalité n'a pas influencé d'une façon significative l'évolution de la tourbière du Lac à l'Eau-Claire.
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Marchais, Violette. "Relations trophiques entre producteurs primaires et quatre consommateurs primaires benthiques dans un écosystème côtier tempéré." Thesis, Brest, 2014. http://www.theses.fr/2014BRES0111/document.
Full textAbstract:
Dans les zones euphotiques des écosystèmes côtiers, les producteurs primaires se développent à la fois dans l’espace pélagique (colonne d’eau) et benthique (sur ou près du fond). Dans ces écosystèmes, le couplage bentho-pélagique prend une place non négligeable qu’il convient d’étudier. Les consommateurs primaires benthiques en sont des acteurs à travers leur activité alimentaire. La relation trophique entre les différents producteurs primaires et les consommateurs primaires benthiques reste toutefois mal élucidée. Pour apporter des éléments d’informations, cette thèse s’est focalisée dans un premier temps sur la dynamique spatio-temporelle des producteurs primaires au sein de la matière organique particulaire en suspension (MOPS), notamment au niveau de l’interface eau-sédiment. Cette étude a permis de montrer une forte variation saisonnière de ce peuplement algal à toutes les profondeurs, mais également une importante contribution relative des diatomées benthiques dans la MOPS près du fond en hiver. Le second axe de recherche s’est concentré sur la relation trophique entre des consommateurs primaires benthiques (coquille Saint-Jacques, pétoncle noir, moule et ormeau) et les producteurs primaires présents dans la MOPS. L’analyse des isotopes stables dans les tissus mous des pétoncles noirs et des moules a indiqué une prédominance du phytoplancton assimilé et une potentielle contribution du microphytobenthos dans leur régime alimentaire (plus importante pour la moule), notamment en période hivernale et près du fond. Cependant, ces études ont mis en lumière l’effet du métabolisme sur les valeurs isotopiques dans les tissus mous. Un aspect novateur de cette thèse a été d’utiliser les exosquelettes des coquilles Saint-Jacques et des ormeaux pour caractériser leur régime alimentaire dans le milieu naturel, afin de s’affranchir des problèmes liés à l’utilisation des isotopes stables dans les tissus mous. Des études en conditions contrôlées ont validé l’intégration des sources d’alimentation à travers le carbone métabolique dans les carbonates de la coquille Saint-Jacques et la couleur de la coquille pour l’ormeau. Des études complémentaires doivent toutefois être menées. Enfin, une dernière étude s’est focalisée sur la capacité de la coquille Saint-Jacques à mettre en suspension les particules benthiques par leurs mouvements de valvesIn coastal euphotic areas, primary producers grow both in the pelagic (water column) and in the benthic zone (in or near the sediment). In these ecosystems, benthic-pelagic coupling is an important process which must be well described. Benthic primary consumers modify this coupling through their diet. Trophic relationships between primary producers and benthic primary consumers are not thoroughly understood. To gain additional information, this thesis was focused on the spatial and temporal dynamic of primary producers in suspended particulate organic matter (SPOM), especially at water-sediment interface. This study highlighted a seasonal variation of microalgal populations at all depths, and a relative dominance of benthic diatoms in SPOM near sediment and in winter. The second objective of the thesis was focused on the trophic relationships between benthic primary consumers (great scallop, black scallop, mussel and ormer) and primary producers in SPOM. Stable isotope analysis in soft tissues of black scallops and mussels showed a predominance of assimilated phytoplankton and the potential contribution of microphytobenthos in their diet (more important for mussel), especially in winter and near the sediment. However, this study highlighted the impact of metabolism on stable isotopic values of soft tissues. An innovative aspect of this thesis was the use of exoskeleton of great scallops and ormers to characterize their diet in natural environment and thus overcome problems related to the utilization of stable isotopes in soft tissues. Experiments in controlled conditions validated food sources integration through metabolic carbon in carbonates of great scallops and shell color for ormer but complementary studies are required on mollusk shell utilization. The last part of this thesis was focused on the ability of great scallops to achieve resuspension of benthic particles by valve movements