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Academic literature on the topic 'Champignon phytopathogène'
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Journal articles on the topic "Champignon phytopathogène"
1
Benslimane, Hamida. "Les Méthodes Moléculaires Pour La Caractérisation Des Champignons Phytopathogènes." European Scientific Journal, ESJ 12, no. 24 (August 30, 2016): 234. http://dx.doi.org/10.19044/esj.2016.v12n24p234.
Full textAbstract:
Development of new disease-resistant varieties and the development of epidemic control strategies, require knowledge of the molecular structure and genetic relationships among the pathogen populations. Molecular methods are used to explore the diversity at the DNA level. In fact, they highlight molecular markers which are independent of the host selection, allowing study of biodiversity on the genome. These markers are most effective than a virulence markers, consequently they has become widely used in the plant pathology laboratories. This mini-review summarized the main molecular methods used; the paper describe for each one, the principle, the sequenced steps, then the advantages or inconveniences.
2
LÉVIEUX, J., D. PIOU, and P. CASSIER. "Les charançons xylophages des résineux, vecteurs éventuels de champignons phytopathogènes." Revue Forestière Française, no. 4 (1994): 342. http://dx.doi.org/10.4267/2042/26553.
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3
Rouxel, T. "Les phytoalexines et leur intervention dans la résistance hypersensible aux champignons phytopathogènes." Agronomie 9, no. 6 (1989): 529–45. http://dx.doi.org/10.1051/agro:19890601.
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4
Bernier, Louis. "Génomique des champignons ophiostomatoïdes : un gène, c’est bien; deux, c’est mieux; deux mille, c’est encore mieux!" Phytoprotection 85, no. 1 (August 27, 2004): 39–43. http://dx.doi.org/10.7202/008905ar.
Full textAbstract:
Résumé Les champignons ophiostomatoïdes regroupent plus d’une centaine d’espèces saprophytes du xylème des arbres, ainsi que quelques espèces phytopathogènes dont Ophiostoma novo-ulmi, principal agent de la maladie hollandaise de l’orme. Dans le cadre d’un projet de recherche pan-canadien lancé en 2001, nous étudions l’organisation du génome nucléaire des champignons ophiostomatoïdes, en plus d’identifier les gènes qui modulent la valeur adaptative et la pathogénicité chez O. novo-ulmi. Pour ce faire, un éventail d’approches expérimentales relevant de la génomique structurale et de la génomique fonctionnelle est mis à contribution. D’une part, nous avons cartographié à ce jour près de 200 marqueurs nucléaires chez O. novo-ulmi. Certains de ces marqueurs sont utilisés aux fins d’études comparatives du génome nucléaire chez les espèces du genre Ophiostoma. En second lieu, le séquençage à grande échelle de clones d’ADN complémentaire obtenus à partir d’ARN messagers exprimés à diverses phases du développement d’O. novo-ulmi (par exemple, lors de la croissance végétative en conditions axéniques, lors de la fructification ou encore lors de la colonisation de tissus d’orme) permet d’obtenir la séquence, non plus de gènes individuels, mais des populations entières de gènes. Suite à l’analyse bioinformatique des banques de données publiques, la fonction présumée de plusieurs de ces gènes peut être déterminée in silico. Les approches susmentionnées, qui peuvent être mises à profit pour l’étude d’un grand nombre d’agents pathogènes dont des espèces récalcitrantes aux approches classi-ques, nous ont permis de faire passer rapidement le nombre de gènes identifiés chez O. novo-ulmi de 20 à plus de 2,000. Cette imposante banque de données permet désormais d’envisager des expériences complexes qui permettront de mieux comprendre la biologie des champignons ophiostomatoïdes.
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Grandaubert, Jonathan, Marie-Hélène Balesdent, and Thierry Rouxel. "Incidence des Éléments Transposables sur l’évolution des génomes des champignons phytopathogènes et sur leur potentiel adaptatif." Biologie Aujourd'hui 207, no. 4 (2013): 277–90. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/2013026.
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6
Gagné, S., H. Antoun, and C. Richard. "Inhibition de champignons phytopathogènes par des bactéries isolées du sol et de la rhizosphère de légumineuses." Canadian Journal of Microbiology 31, no. 9 (September 1, 1985): 856–60. http://dx.doi.org/10.1139/m85-159.
Full textAbstract:
The antifungal activity of 644 bacterial isolates obtained from soil and from the rhizosphere of some leguminous plants was studied with one hyperparasite and six pathogenic fungi frequently associated with leguminous or gramineous plants. More than half (51.2%) of the bacterial isolates inhibited at least one fungus and 1.7% had an inhibitory effect on all the fungi tested. Stemphylium sarcinaeforme was the most sensitive fungus (inhibited by 27.0% of the bacteria tested), while Fusarium solani and Gliocladium roseum were the most resistant (inhibited by only 7.6 and 7.8% of the isolates, respectively). Verticillium albo-atrum and Fusarium oxysporum f. sp. medicaginis, important pathogens of alfalfa, were inhibited by 17.7 and 14.7% of the bacteria, respectively. Among the 166 bacteria showing the most important inhibitory effect on fungi, 7.2% inhibited strain A2 of Rhizobium meliloti and 21.1%, strain S14. In general, we obtained higher percentages of bacteria inhibiting fungi and Rhizobium meliloti from rhizospheric than from nonrhizospheric soil. When incorporated in the growth medium, some Pseudomonas spp. and Bacillus spp. reduced the growth surface of the tested fungi by more than 90%. Some bacteria reduced the mycelium density rather than the growth surface.
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Mouria, Btissam, Amina Ouazzani-Touhami, and Allal Douira. "Effet de diverses souches du Trichoderma sur la croissance d'une culture de tomate en serre et leur aptitude à coloniser les racines et le substrat." Phytoprotection 88, no. 3 (September 25, 2008): 103–10. http://dx.doi.org/10.7202/018955ar.
Full textAbstract:
RésuméLes champignons du genreTrichoderma, connus depuis 1887 pour leurs propriétés antagonistes, ont été utilisés comme agents de lutte biologique contre un large spectre de phytopathogènes. Récemment, certaines études ont démontré l'aptitude desTrichodermaà stimuler la croissance de certaines plantes. Ainsi, l'effet de six souches duTrichodermasur les paramètres de croissance et de rendement d'une culture de tomate en serre a été étudié. Les résultats montrent que toutes les souches duT. harzianumont stimulé la croissance de la tomate, notamment les biomasses végétative et racinaire, alors que leT. viriden'a pas eu un effet significativement différent par rapport au témoin. L'effet duTrichodermasur l'incidence des maladies foliaires a aussi été très net pour des souches deT. harzianumqui ont protégé à 100 % les feuilles de tomate. La colonisation des racines par les différentes souches duTrichodermane diffère pas significativement entre les souches duT. harzianum(86 à 100 %), alors qu'elle est significativement plus faible pour la souche TV1duT. viride.De même, les souches duTrichodermaont pu se maintenir à un niveau très élevé dans la rhizosphère par rapport aux témoins.
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Lieutier, F., A. Yart, J. Garcia, M. C. Ham, M. Morelet, and J. Levieux. "Champignons phytopathogènes associés à deux coléoptères scolytidae du pin sylvestre (Pinus sylvestris L.) et étude préliminaire de leur agressivité envers l'hôte." Annales des Sciences Forestières 46, no. 3 (1989): 201–16. http://dx.doi.org/10.1051/forest:19890301.
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9
Allou Isidore, SARAKA, ABO Kouabenan, OUATTARA Katinan Etienne, and ZIRIHI Guédé Noël. "Étude botanique, tri phytochimique et évaluation in vitro de l’activité antifongique des extraits de feuilles de Mallotus oppositifolius (Geisel.) Müll. Arg (Euphorbiaceae) sur Fusarium sp. et Phytophthora sp. deux champignons phytopathogènes." Journal of Animal & Plant Sciences 41.2 (August 31, 2019): 6903–15. http://dx.doi.org/10.35759/janmplsci.v41-2.4.
Full textAbstract:
L’objectif de ce travail est d’évaluer le pouvoir fongicide des feuilles de Mallotus oppositifolius sur Phytophthora sp. et Fusarium sp. deux champignons phytopathogènes dans le cadre de la recherche de substances naturelles d’origine végétale comme alternative aux pesticides chimiques en agriculture. Une enquête ethnobotanique réalisée auprès de quarante tradipraticiens de santé du District de Yamoussoukro sur les Euphorbiaceae médicinales a permis d’identifier treize espèces. L’étude a montré que les maladies de la peau (36%) étaient majoritairement traitées par ces Euphorbiaceae dont Mallotus oppositifolius. Au vue de ces données et celles de la littérature, Mallotus oppositifolius a été retenu pour l’évaluation du potentiel antifongique contre Fusarium sp. et Phytophthora sp. L'activité antifongique a été évaluée par la méthode de double dilution sur milieu PDA avec des extraits éthanoliques et aqueux dérivés des feuilles de cette plante. Les résultats ont montré que les extraits aqueux et éthanoliques 70% de Mallotus oppositifolius possèdent des propriétés antifongiques à la fois sur Fusarium sp. et Phytophthora sp. Les activités antifongiques ont été plus importantes avec les extraits éthanoliques qu’avec les extraits aqueux. Avec une concentration minimal inhibitrice CMI = 25±0,0 mg/mL, une CI50 = 6,5±0,05 mg/mL et une concentration minimal fongicide CMF = 200±0,0 mg/mL Fusarium sp. semble être le plus sensible. Phytophthora sp. est moins sensible avec une CMI = 50±0,0 mg/mL, une CI50 = 12±0,05 mg/mL et une CMF = 200±0,0 mg/mL. Le screening phytochimique a mis en évidence la présence de sept groupes de composés parmi lesquels les alcaloïdes, les polyterpènes et stérols, les tanins galliques et les catéchines sont les plus abondants dans les extraits éthanoliques. En plus de ces composés, les flavonoïdes, les polyphénols ainsi que les saponines sont aussi bien présents dans les extraits aqueux que dans les extraits alcooliques de Mallotus oppositifolius. Ces composés pourraient justifier l’activité des extraits éthanoliques de Mallotus oppositifolius. Ces résultats peuvent servir pour les recherches agronomiques dans le cadre de la lutte contre les deux champignons phytopathogènes étudiés. Botanical study, phytochemical screening and in vitro evaluation of the antifungal activity of Mallotus oppositifolius (Geisel.) Müll. Arg. (Euphorbiaceae) leaf extracts on Fusarium sp. and Phytophthora sp., two phytopathogenic fungi. ABSTRACT The purpose of this work is to evaluate the fungicidal power of the leaves of Mallotus oppositifolius on Phytophthora sp. and Fusarium sp. two phytopathogenic fungi in the research of natural substances of plant origin as an alternative to chemical pesticides in agriculture. An ethnobotanical survey of forty traditional healers in the Yamoussoukro District on medicinal Euphorbiaceae identified thirteen species.The study showed that skin diseases (36%) were mainly treated by these Euphorbiaceae including Mallotus oppositifolius. In view of these data and those in the literature, Mallotus oppositifolius was selected for the evaluation of the antifungal potential against Fusarium sp. and Phytophthora sp. The antifungal activity was evaluated by the double dilution method on PDA medium with ethanolic and aqueous extracts derived from the leaves of this plant. The results showed that aqueous and ethanolic extracts 70% of Mallotus oppositifolius have antifungal properties on both Fusarium sp. and Phytophthora sp. Antifungal activities were more important with ethanolic extracts than with aqueous extracts. With a minimum inhibitory concentration MIC = 25±0.0 mg/mL, a minimal concentration for 50 % of inhibition IC50 = 6.5±0.05 mg/mL and a minimum fungicide concentration MFC = 200±0.0 mg/mL Fusarium sp. appears to be the most sensitive. Phytophthora sp. is less sensitive with an MIC = 50±0.0 mg/mL, an IC50 = 12±0.05 mg/mL and a MFC = 200±0.0 mg/mL. Phytochemical screening revealed the presence of seven groups of compounds among which alkaloids, polyterpenes and sterols, gallic tannins and catechins are the most abundant in ethanol extracts. In addition to these compounds, flavonoids, polyphenols and saponins are present in both aqueous and alcoholic extracts of Mallotus oppositifolius. These compounds could justify the activity of the ethanolic extracts of Mallotus oppositifolius. These results can be used for agronomic research to control the two phytopathogenic fungi studied.
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Adamou, Issa, Zakari Abdoul Habou, Moussa S. Hassimi, Salamatou M. Mamane, and Toudou Adam. "Effet des huiles de pourghère (Jatropha curcas L.) et de neem (Azadirachta indica</ A. Juss) sur le développement in vitro des champignons pathogènes Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Curvularia lunata, Fusarium oxysporum et Rhizopus oryzae." International Journal of Biological and Chemical Sciences 14, no. 4 (August 17, 2020): 1282–93. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v14i4.10.
Full textAbstract:
Les huiles de Jatropha curcas communément appelé pourghère et de neem (Azadirachta indica A. Juss), sont testées comme alternatives aux pesticides chimiques dans l’optique d’y déceler de potentiels effets fongicides tout en préservant l’environnement. Les effets des deux huiles végétales sont comparés à ceux de deux fongicides conventionnels, la griséofulvine 250 mg et la nystatine ainsi que l’alcool 95°, sur cinq champignons phytopathogènes (Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Curvularia lunata, Fusarium oxysporum et Rhizopus oryzae). Les observations ont porté sur la mesure du diamètre de la zone d’inhibition exercée par les différentes substances inhibitrices à travers les milieux gélosés. Le dispositif expérimental appliqué a été celui du bloc complètement randomisé de Fisher avec huit répétitions. Les moyennes des diamètres de la zone d’inhibition sont respectivement de 26,51 mm pour la nystatine, 14,53 mm pour la griséofulvine, 4,53 mm pour l’huile de neem, 3,05 mm pour l’huile de jatropha, et 0,00 mm pour l’alcool 95°. L’huile de neem a eu un effet inhibiteur net sur la croissance de l’ensemble des champignons testés. En revanche, l’huile de jatropha a exercé un meilleur contrôle de la croissance des espèces Aspergillus flavus, Aspergillus niger et Rhizopus oryzae. Les deux huiles pourraient être recommandées dans la protection des denrées stockées, notamment les céréales.Mots clés : Extraits végétaux, effet fongicide, zone d’inhibition, lutte alternative.
English Title: Effect of Jatropha (Jatropha curcas L.) and neem (Azadirachta indica A. Juss) oils on in vitro devloppement of pathogenic funji Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Curvularia lunata, Fusarium oxysporum et Rhizopus oryzae
Oils of Jatropha curcas (pourghère) and neem (Azadirachta indica A. Juss) were tested as alternatives to chemical pesticides in a view to finding some potential fungicide effects harmless to environment. The effects of the two natural oils were compared with those of two conventional fungicides, griseofulvin 250 mg and nystatin and also alcohol 95° on five phytopathogenic fungi (Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Curvularia lunata, Fusarium oxysporum and Rhizopus oryzae). Observations consisted in measuring the diameter of the zone of inhibition by different substances through the agarose medium. The experimental device applied was the Fisher completely randomized bloc with eight repetitions. Means of inhibition zone diameters were respectively de 26.51 mm for nystatin, 14.53 mm for griseofulvin, 4.53 mm for neem oil, 3.05 mm for jatropha oil, and 0.00 mm for alcohol 95°. The neem oil showed good inhibition effect on the growth of the whole set of tested fungi. In contrast, jatropha oil exhibited a better fungal growth control on Aspergillus flavus, Aspergillus niger and Rhizopus oryzae species. Thus, these two vegetable oils could be recommended in cereal protection in postharvest.Keywords: Vegetal oils, fungicide effects, inhibition zone, alternative control.
Dissertations / Theses on the topic "Champignon phytopathogène"
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Germain, Hugo. "Étude moléculaire du champignon phytopathogène Inonotus tomentosus." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/MQ57865.pdf.
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Devier, Benjamin. "Evolution des types sexuels chez les champignons et analyse de la sélection chez un champignon phytopathogène, Microbotryum." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112266.
Full textAbstract:
La détection de gènes sous sélection positive entre pathogènes spécialisés sur des hôtes différents devrait permettre d'identifier les fonctions importantes impliquées dans la spécialisation. Nous avons cherché à identifier quels types de gènes étaient sous sélection positive entre espèces spécialisées sur des hôtes différents (Caryophyllaceae) du champignon phytopathogène Microbotryum. Nous avons identifié 42 gènes avec des signatures de sélection positive, avec des fonctions putatives qui peuvent potentiellement être impliquées dans la spécialisation à l'hôte. L'analyse du polymorphisme de certains de ces gènes a révélé que très peu d'entre eux présentaient des signaux de sélection positive au niveau intra-spécifique, suggérant que ces gènes ne sont pas continuellement sous sélection dans une co-évolution entre Microbotryum et ses hôtes, mais ont été impliqués probablement plutôt au moment des spécialisations des différentes espèces du complexe Microbotryum. D'autre part, nous avons effectué une recherche bibliographique sur la sélection sur l'existence et le nombre de types sexuels chez les champignons et sur les traits associés. Nous avons pu tirer des conclusions générales sur l'évolution de l'anisogamie et des types sexuels chez les eucaryotes. Nos études sur l'évolution des types sexuels chez les champignons ont montré que de nombreuses idées fausses existaient dans la littérature sur leur évolution car trop peu de liens étaient faits avec les théories existantes en biologie évolutive. Inversement, nous avons montré que les champignons pouvaient servir de bons modèles d'eucaryotes pour tester les théories existantes en biologie évolutiveDetecting genes under positive selection between pathogens specialized on different hosts should inform us on the type of functions involved in specialization. We therefore looked for genes under positive selection between species specialized on different hosts (Caryophyllaceae) of the phytopathogen fungus Microbotryum. We identified 42 genes showing a signature of positive selection, which had putative functions potentially involved in host specialization. We then analyzed polymorphism at the intra-specific level for some of these genes under positive selection between species. Two showed signals of positive selection at the intra-specific level, suggesting that most of the genes showing signs of positive selection when comparing species are not continually under selection in the coevolution between Microbotryum and its hosts. We also studied the selection on mating types in Microbotryum and more generally in fungi. We showed that the pheromone receptor genes evolve under balancing selection in Microbotryum and other basidiomycetes. Besides, we reviewed the literature for data on the existence and the number of mating types in fungi (varying from 0 to thousands) and associated traits, which allowed drawing inferences about the existence of anisogamy and mating types in eukaryotes. Our studies on the evolution of mating types in Microbotryum and more generally in fungi showed that several wrong ideas existed in the literature, because links are lacking with the extant theories in evolutionary biology. Conversely, we showed that fungi could serve as good eukaryotic models to test theories in evolutionary biology
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Jobic, Cécile. "La signalisation glucose chez un champignon phytopathogène : analyses métaboliques et moléculaires." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10270.
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4
Tanguay, Philippe. "Transformation génétique et détermination du caryotype électrophorétique du champignon phytopathogène Nectria galligena." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp01/MQ44968.pdf.
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5
Vautard-Mey, Géraldine. "Expression et compartimentation du répresseur glucose CRE1 du champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10022.
Full textAbstract:
Ce travail traite de la caractérisation des mécanismes gouvernant la synthèse et l'activité du régulateur transcriptionnel CRE1 codant chez le champignon phytopathogène sclerotinia sclerotiorum. Afin d'isoler le gène CRE1 codant pour le répresseur glucose de S. Sclérotiorum, un fragment d'ADN génomique a été amplifié à l'aide d'oligonucléotides dégénérés et utilisé comme sonde pour cribler une banque d'ADN génomique. Le gène CRE1 ainsi isolé a été cloné et séquencé. Des expériences de complémentation de mutants déficients ont montré que CRE1 est l'équivalent fonctionnel de CREA d'A. Nidulans mais ne complémente pas les déficiences MIG1 et MIG2 chez S. Cerevisiae. Les analyses en Northern Blot ont montré que le taux de transcrits CRE1 varie en fonction de la source carbonée et du PH extracellulaire. L'effet PH apparaît indépendant de Pacc, seul régulateur transcriptionnel impliqué dans la régulation PH, identifié chez les champignons filamenteux. La protéine de fusion GST::CRE1 purifiée a été utilisée pour produire des anticorps polyclonaux. Les analyses en SDS-PAGE et Western Blot ont mis en évidence l'induction de la synthèse de CRE1 en présence de glucose et sa stabilité après transfert dans des conditions non inductrices (milieu pectine), suggérant l'existence de régulations post-traductionnelles. Les expériences de fractionnement cellulaire et les analyses en Western Blot ont montré la localisation nucléaire de CRE1 en présence de glucose et son export dans la cytosol après transfert en milieu pectine. L'observation microscopique de transformants d'A. Nidulans exprimant la fusion GFP::CRE1 a suggéré que la régulation de la compartimentation du répresseur glucosé est conservée chez les ascomycètes filamenteux. Cinq sites potentiels de phosphorylation par les sérine-thréonine kinases de type AMPK ont été identifiés dans la séquence peptidique déduite de CRE1. Les sérines phosphorylables ont été remplacées par des alanines dans la fusion GFP::CRE1 par mutagén-se dirigée. L'une des mutations abolit l'activité répresseur de la protéine de fusion mais n'affecte pas la régulation de sa compartimentation. L'activité du répresseur CRE1 pourrait par conséquent être contrôlée indépendamment par les changements de localisation subcellulaire et de phosphorylation de la protéine.
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Mercier, Alex. "Déterminants génomiques de la spécialisation à l’hôte chez le champignon phytopathogène polyphage Botrytis cinerea." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS442.
Full textAbstract:
Les champignons phytopathogènes sont des parasites majeurs des espèces végétales, autant naturelles que domestiquées. Botrytis cinerea, l’agent de la pourriture grise, en infecte plus de 1400 et est ainsi considéré comme un pathogène généraliste. Pourtant, des données récentes ont mis en évidence une structure des populations liée à leur hôte d’origine. Cette observation soulève l’hypothèse d’une spécialisation à l’hôte, à l’œuvre chez une espèce généraliste. Ce modèle d’étude pourrait permettre de faire avancer la connaissance des mécanismes évolutifs en jeu dans la divergence précoce des populations et la formation de nouvelles espèces fongiques. Cette thèse de doctorat a pour objectifs : (i) de démontrer formellement la spécialisation à l’hôte dans les populations de B. cinerea et d’en déterminer la magnitude et (ii) d’identifier les déterminants génomiques de cette spécialisation. Ainsi j’ai étudié la structure des populations par l’analyse de microsatellites d’un échantillon de 683 isolats, que nous avons corrélé à des tests de pathogénicité croisés sur différents hôtes. Ces travaux ont permis de mettre en évidence la spécialisation de B. cinerea aux hôtes tomate et vigne. En complément de ces lignées sélectionnées, l’espère Botrytis cinerea est constituée d’individus généralistes capables de coloniser les autres hôtes. Des méthodes d’inférence de structure et de généalogies sur des données de polymorphisme issues du séquençage de 32 individus nous ont permis de mieux définir la structure des populations ainsi que d’identifier une lignée spécialisée à la tomate. Enfin, des tests de McDonald-Kreitman et des méthodes de scans génomiques pour détecter des balayages sélectifs ont permis de mettre en évidence des gènes soumis à la sélection divergente entre les populations spécialisées, révélant de possibles déterminants de cette spécialisation. Ces travaux sont ainsi une base pour la validation de plusieurs gènes impliqués dans la pathogénicité hôte-spécifique de B. cinerea, et ouvrent la voie à des améliorations de la gestion du réservoir d’hôtes et des pratiques culturales contre la pourriture grisePhytopathogenic fungi are major parasites to wild or domesticated plant species. The grey mold fungus, Botrytis cinerea, infects more than 1400 plant species and thus is considered a broad generalist. However, recent data have revealed population structure correlated to the host of origin of isolates. This observation raises the hypothesis of ongoing host specialization in a generalist species. Studying this question could greatly deepen our theoretical knowledge of the evolutionary mechanisms involved in the early stages of population divergence and subsequent speciation. This thesis aims (i) to formally demonstrate the host specialization in B. cinerea’s populations and determine its magnitude, and (ii) to identify the genomic determinants of this specialization. Thus, I studied population structure based on 683 isolates characterized using microsatellite markers. We compared the inferred genetic structure with variations in aggressiveness measured through cross-pathogenicity tests on multiple hosts. These experiments and analyses confirmed the specialization of B. cinerea to tomato and grapevine hosts. Besides these specialized lineages, the species B. cinerea is composed of generalist individuals capable of infecting multiple hosts. I sequenced the whole genome of 32 individuals and characterized nucleotide polymorphism. Structure inference and genomic genealogy methods allowed us to more accurately define the population structure and identify a lineage specialized on tomato. Lastly, McDonald-Kreitman tests and genomic scans methods allowed the identification of genes under divergent natural selection between populations, revealing possible genomic determinants of specialization. This work can serve as foundation for the validation of multiple genes involved in host-specific pathogenicity of B. cinerea, and pave the way for the implementation of efficient strategies for managing pathogen reservoirs and new agricultural practices for controlling grey mold
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Naruzawa, Erika Sayuri. "Bases moléculaires du dimorphisme levure-mycélium chez le champignon phytopathogène Ophiostoma novo-ulmi." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26135.
Full textAbstract:
L’orme, un arbre très apprécié pour le paysagisme urbain, est menacé par des champignons ophiostomatoïdes causant la maladie hollandaise de l'orme (MHO). Dans le xylème de l’orme, ces champignons se répandent passivement grâce à leurs cellules levuriformes bourgeonnantes et se servent de la forme mycélienne pour progresser dans les vaisseaux non infectés. Ce dimorphisme pourrait faciliter la colonisation de l’hôte, ce qui indique une possible liaison avec la virulence. Plusieurs stimuli affectent le dimorphisme, y compris des inhibiteurs de lipoxygénases. Les lipoxygénases (Lox), ainsi que les cyclooxygénases (Cox) sont des dioxygénases qui catalysent la formation d’oxylipines à partir d’acide gras. Ces molécules modulent le développement fongique et agissent possiblement dans le dimorphisme et la virulence des Ophiostoma. L’objectif de cette thèse est d’analyser le dimorphisme des agents de la MHO et vérifier si cette transition et la pathogénie sont modulées par des gènes qui encodent des enzymes du groupe des dioxygénases. Nous avons examiné l’effet de différents stimuli sur le dimorphisme des souches d’ophiostomatoïdes qui causent la MHO. Nous avons aussi vérifié si l’acide linoléique induit la transition de levure-mycélium et la formation de structures de reproduction chez ces agents. Également, nous avons identifié et caractérisé des gènes qui encodent des dioxygénases chez les génomes d’O. novo-ulmi H327 et d’O. ulmi W9. De plus, nous avons produit une souche Δppo1 d’O. novo-ulmi pour explorer la fonction de ce gène. Cette transition est probablement modulée par différents mécanismes et voies car la réponse à la manipulation de stimuli variait selon la souche analysée. L’acide salicylique, inhibiteur de cyclooxygénases, réduit la production de mycélium chez les souches testées. Néanmoins, l'acide linoléique a stimulé la formation de mycélium ainsi que la production des structures de reproduction. Aucun gène lox mais deux gènes cox sont présents dans les génomes d’O. novo-ulmi H327 et d’O. ulmi W9. Selon nos résultats, un de ces gènes cox (gène ppo1 ou g7173) ne semble pas lié à la virulence ni aux fonctions essentielles du cycle de vie d’O. novo-ulmi. Toutefois, les mutants Δppo1 produisent moins de mycélium que les souches sauvages en milieu liquide contenant de l’arginine. D’après nos résultats, les cyclooxygénases pourraient être liées au dimorphisme des agents de la MHO.Elm trees, which are valued for urban landscaping, are threatened by ophiostomatoid fungi causing Dutch elm disease (DED). These fungi are transported passively in the elm xylem as yeast-budding cells and switch to the mycelial form to progress in uninfected vessels. This dimorphism may facilitate colonization of the host, which indicates its possible association with fungal virulence. Several stimuli affect dimorphism, among them lipoxygenase inhibitors. Lipoxygenase (Lox) and cyclooxygenase (Cox) are dioxygenases which catalyze oxylipins from fatty acids. These molecules modulate fungal growth and are possibly involved in dimorphism and virulence in Ophiostoma. The objective of this thesis was to analyze dimorphism of DED agents and verify whether this transition and pathogenesis are modulated by genes that encode dioxygenase enzymes. The effect of different stimuli on dimorphism was examined in ophiostomatoid strains that cause DED. I also verified if linoleic acid induced transition from yeast to mycelium and production of reproductive structures in these agents. In addition, I identified and characterized genes that encode dioxygenases in genomes of O. novo-ulmi H327 and O. ulmi W9. Finally, I produced a Δppo1 strain of O. novo-ulmi to determine the function of this gene. This transition is probably modulated by different mechanisms and pathways since the response to the manipulation of stimuli varied according to the strain analyzed. Salicylic acid, a cyclooxygenase inhibitor, reduced mycelial production in the strains tested. However, linoleic acid stimulated the production of mycelia and reproductive structures. No lox gene but two cox genes are present in the genomes of O. novo-ulmi H327 and O. ulmi W9. According to our results, one of these cox genes (gene ppo1 or g7173) does not seem related to the virulence or essential functions of the O. novo-ulmi life cycle. Nonetheless, the Δppo1 mutants produced less mycelia in liquid medium with arginine compared to the wild-type. As observed with these data, cyclooxygenases could be related to dimorphism of DED agents.
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Nigg, Martha. "Analyses transcriptomiques du dimorphisme levure-mycélium chez le champignon phytopathogène Ophiostoma novo-ulmi." Doctoral thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27849.
Full textAbstract:
L’analyse de données de transcriptomique par le biais du séquençage d’ARN messagers (RNAseq) offre une perspective globale de la régulation de l’expression génique au cours d’un évènement biologique. Dans cette thèse, nous avons exploité cette technique dans le but de comprendre les mécanismes moléculaires qui régulent la transition morphologique réversible levure-mycélium qui est une caractéristique souvent liée au pouvoir pathogène chez les champignons. Dans un premier temps, par le biais de comparaisons de données de transcriptomique entre sept espèces fongiques dimorphiques, nous avons observé une certaine conservation des processus biologiques associés au changement de morphologie chez des champignons issus de branches très éloignées de l’arbre phylogénétique fongique. Dans un second temps, nous nous sommes concentrée sur notre modèle d’étude principal, Ophiostoma novo-ulmi, le champignon pathogène responsable de la maladie hollandaise de l’orme. Par l’analyse comparée des gènes exprimés en phases levure et mycélienne, nous avons défini les facteurs moléculaires qui sont spécifiques à chacune des phases chez O. novo-ulmi et établi une distinction claire entre les deux phases d’un point de vue du contenu en gènes exprimés. Par la suite, nous avons affiné notre étude en nous focalisant sur l’évènement de transition levure-mycélium afin déterminer les gènes dont l’expression était modulée au cours du temps dans le processus de changement morphologique. Nous avons mis en évidence plusieurs facteurs potentiellement impliqués dans la transition, notamment des gènes liés à la cascade de phosphorylation des MAPKs, connues pour jouer un rôle clé dans le dimorphisme chez plusieurs espèces fongiques. Finalement, dans le but d’évaluer plus précisément le niveau de conservation des processus biologiques liés au dimorphisme chez des espèces non modèles éloignées, nous avons comparé la régulation de l’expression génique au niveau des gènes orthologues entre O. novo-ulmi et l’espèce basidiomycète, Pseudozyma flocculosa. Nous nous sommes concentrée sur les gènes qui étaient différentiellement exprimés entre les phases de germination et de filamentation. Dans l’ensemble, les processus associés aux gènes pour lesquels la régulation de l’expression est conservée chez les deux espèces portent sur des fonctions essentielles du développement fongique. Ainsi, cette comparaison a permis de définir ce qui semble constituer la « base minimale » génique commune nécessaire à la transition asexuée levure-mycélium chez des espèces phylogénétiquement éloignées.Large-scale transcriptomic analyses via messenger RNA sequencing (RNAseq) give access to the information on expression regulation of all the genes present in a sample at a given time and in a given experimental condition. In this thesis, we took advantage of this technology in order to investigate the molecular mechanisms that regulate the reversible yeast-to-hypha morphological switch which is a characteristic often linked to virulence in fungal pathogens. To begin with, we compared transcriptomic data among seven dimorphic fungi and found conserved biological processes associated with the morphological switch among species from very distant branches of the fungal phylogenetic tree. Later, we focused on our model species, Ophiostoma novo-ulmi, the causal agent of Dutch elm disease. We first compared the gene expression levels in yeast and mycelium growth phases. We defined the molecular factors that are specific to each growth phase and highlighted a clear molecular distinction between the two phases in terms of expressed gene contents. We further narrowed down our analysis by focusing on the yeast-to-hypha transition in a time course experiment. We determined the set of genes for which the expression was regulated during the morphological switch, thus potentially involved in the yeast-to-hypha transition. In particular, we identified genes that could be related to the MAPK cascade, known to play a crucial role in the dimorphic switch in many fungal species. Finally, in order to address the level of conservation in the biological processes linked to dimorphism in highly divergent non-model species, we compared the gene expression regulation of the orthologous genes between O. novo-ulmi and the basidiomycete Pseudozyma flocculosa. We focused on the genes that were differentially expressed between the germination and the filamentation phases. We identified several factors for which the regulation of expression seems conserved during the switch from germinating spore to filamentous growth. Overall, these genes are associated with biological processes that play essential roles in fungal development. Hence, our comparison here highlighted core components necessary for the yeast-to-hypha transition in phylogenetically distant species.
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Landraud, Patricia. "Étude de la voie de signalisation pH chez le champignon phytopathogène Magnaporthe grisea." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10099.
Full textAbstract:
La perception de l’environnement extérieur est importante pour des interactions efficaces entre plantes et champignons. Chez les champignons filamenteux, l’information associée au pH extracellulaire est transmise via une voie de signalisation conservée et impliquant sept protéines. Parmi ces protéines, la protéine transmembranaire PalH est un récepteur présumé initier la réponse aux pH neutre ou alcalin. Le facteur de transcription PacC, présent sous forme inactive dans le cytoplasme de la cellule fongique, est clivé en réponse à l’activation de la voie, et migre dans le noyau où il active la transcription des « gènes alcalins » et réprime la transcription des « gènes acides ». Chez Magnaporthe grisea, un Ascomycète responsable de la principale maladie du riz, le rôle de cette voie dans la physiologie du champignon est encore inconnu. Les deux homologues des gènes PACC et PALH ont été identifiés. Dans le but d’analyser le rôle des deux protéines PacC et PalH chez M. grisea, la délétion de ces gènes a été réalisée. Plusieurs phénotypes ont été analysés chez les deux souches mutantes, notamment la croissance, la sporulation et le pouvoir infectieux. Ceci a permis d’étudier le rôle de la signalisation liée au pH extracellulaire dans le cycle de développement de M. grisea. De plus, une analyse du profil des gènes exprimés chez le mutant ΔpacC a été initiée. Les résultats obtenus indiquent que cette voie est importante pour l’adaptation du champignon à un environnement alcalin et qu’elle joue un rôle dans la pathogénicité du champignonPerception of external environment is important for successful infection of plants by fungi. In these organisms, the information about extracellular pH is provided to the cell by a conserved signalling pathway that involves seven proteins. Among these proteins, the transmembrane protein PalH is the putative receptor which would initiate the pH response. The transcription factor PacC, existing in an inactive form in the fungus cell cytoplasm, is activated through proteolysis in response to the pathway activation, and migrates into the nucleus where it activates the « alkaline » genes transcription and represses that of the « acidic » genes. In Magnaporthe grisea , an ascomycete responsible for the main rice disease, the role of this pathway is still unknown. In this work, the PACC and PALH genes have been identified. In order to analyse the role of the two corresponding proteins PacC et PalH, the deletion of these two genes has then been performed. Several phenotypes were studied in the two mutant strains, including growth rate, conidiation and ability to infect host plants. This enabled the investigation of the involvement of the pH signalling pathway in the M. grisea development cycle. Furthermore, a gene expression profiling analysis of the ΔpacC mutant has been undertaken and revealed the multiple cellular responses to pH changes. Taken all together, the results collected in this work indicate that the pH signalling pathway is important for M. grisea's adaptation to an alkaline environment and that it plays a significant role in the fungus pathogenicity
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Souibgui, Eytham. "Rôle de la clathrine dans le processus infectieux du champignon phytopathogène Botrytis cinerea." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1076.
Full textAbstract:
Les champignons sont les principaux agents pathogènes des plantes. Leur étude est donc essentielle pour contrôler les maladies et maintenir un bon rendement de production agricole. La nutrition de ces pathogènes est basée sur l'absorption de nutriments, préalablement dégradés par un arsenal d'enzymes lytiques secrétées. La sécrétion des protéines est assurée par le trafic intracellulaire mettant en jeu de nombreuses vésicules. Chez les champignons filamenteux, ces vésicules ont été visualisées en microscopie électronique mais le processus mis en jeu pour leur biogénèse n'est toujours pas élucidé. L'identification de ce mécanisme est un donc un prérequis pour comprendre la sécrétion de facteurs de virulence. Dans ce but, un mutant non pathogène altéré au niveau de l'expression du gène codant la chaine lourde de la clathrine a été sélectionné parmi une banque de mutants générés chez le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea. Le gène codant pour la chaine lourde de la clathrine est essentiel chez de nombreux organismes, ainsi un mutant dominant négatif de la chaine lourde de la clathrine a été généré et confirme la perte de pathogénicité. La caractérisation du mutant par une approche de protéomique a mis en évidence un défaut de sécrétion de 82 protéines incluant des facteurs de virulence connus. Un défaut de production de vésicules intracellulaires a également été constaté. Par ailleurs, le marquage de la clathrine à la GFP a permis de préciser sa localisation dans les cellules fongiques. Enfin, de façon surprenante, aucun défaut d'endocytose n'a été constaté au sein des mutants déficients en clathrine. Cette étude met en évidence pour la première fois le rôle essentiel de la clathrine dans le processus infectieux d'un champignon pathogène ainsi que son rôle dans a sécrétion de facteurs de virulenceFungi are the most important plant pathogens on agricultural and horticultural crops. Study of fungal pathogens remains essential to understand pathogenic process and control plant diseases. These organisms secrete high amount of degrading enzymes involved in plant decomposition and they feed by absorption of degraded nutriments. Secretory proteins were described to be transported form Endoplasmic Reticulum and Golgi apparatus to extracellular space through intracellular vesicles. In filamentous fungi, intracellular vesicles were observed using electron microscopy but their biogenesis process is still unknown. Therefore, elucidation of the process and the identification of proteins involved in secretory vesicles biogenesis remains a challenge to understand virulence factors delivery. A nonpathogenic mutant altered in the expression of the gene coding for clathrin heavy chain was selected in a random mutant library generated in the necrotrophic pathogen Botrytis cinerea,. This gene is essential in many organisms, thus a clathrin dominant negative mutant was generated and confirming the nonpathogenic phenotype observed on several host plant. In eukaryotic cells, clathrin heavy chain is mainly described to be involved in endocytosis, but it is also essential for high density secretory vesicles formation in yeast. Characterization of the mutants using a proteomic approach revealed a secretion defect of 82 proteins including known virulence factors, as Plant Cell Wall Degrading Enzymes and elicitors. Furthermore, the clathrin mutant revealed a strong reduction of intracellular vesicles production. Clathrin was also localized in living cells using fluorescent GFP-tag protein. Endocytosis was also studied and surprisingly, any observable defect was observed for clathrin mutants. This study demonstrated for the first time the essential role of clathrin in the infectious process of a fungal pathogen and its role in virulence factors secretion
Books on the topic "Champignon phytopathogène"
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Rieuf, Paul. Clé d'identification des champignons rencontrés sur les plantes maraîchères. Paris: Institut National de la recherche agronomique, 1985.
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1894-, Conners Ibra L., and Canada. Agriculture Canada. Research Branch., eds. Compendium of plant disease and decay fungi in Canada, 1960-1980. [Ottawa]: Research Branch, Agriculture Canada, 1986.
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Wall, R. E. Pathogenicity of the bioherbicide fungus Chondrostereum purpureum to some trees and shrubs of southern Vancouver Island. [Victoria, B.C.]: Canadian Forest Service, 1996.
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Callan, Brenda Elizabeth. An annotated host fungus index for Populus in British Columbia. Victoria, B.C: Canadian Forest Service, 1994.
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1941-, Cole Garry T., and Hoch Harvey C, eds. The Fungal spore and disease initiation in plants and animals. New York: Plenum Press, 1991.
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8
Vascular Wilt Diseases of Plants: Basic Studies and Control. Springer-Verlag Berlin and Heidelberg GmbH & Co. KG, 1989.
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