Academic literature on the topic 'Champignons microscopiques – Effets physiologiques'

Au cours de la fermentation naturelle de coffea arabica l. , les bacteries lactiques et les levures sont les micro-organismes qui se developpent le plus. Les souches majoritaires appartiennent aux genres klebsiella, erwinia, leuconostoc, cryptococcus et candida. La microflore est stable selon l'annee et la region. La microflore metabolise 45%/ms du tissu mucilagineux sous forme de sucres simples et produit 5,8%/ms d'acide lactique. Ces rendements de conversion suggerent la superposition de plusieurs metabolismes (fermentations heterolactique, peut-etre alcoolique, respiration,). La flore sur pectine est constante et les souches isolees (erwinia herbicola et klebsiella pneumoniae) produisent des pectatelyases dont l'activite est nulle au ph de la fermentation et sur les pectines methylees. Seul lactobacillus brevis 166, isole a une frequence faible, produit une polygalacturonase compatible avec les conditions fermentaires. En atmosphere sterile, aucune fluidification du tissu n'est observee et l'acidification par les micro-organismes semble indispensable. Avant et apres fermentation, les cellules du tissu mucilagineux sont entourees de parois cellulaires de composition similaire et les pectines sont faiblement hydrolysees. L'acidification du milieu fermentaire limite la dissociation des fonctions carboxyles des pectines et induit une legere perte du calcium parietal. Les lysines et cysteines des proteines parietales sont moins accessibles au dosage apres fermentation et semblent impliquees dans des additions covalentes sur des acides phenols oxydes. La fluidification du tissu mucilagineux semble donc due a des modifications physico-chimiques des parois cellulaires et non a une pectinolyse. Au niveau industriel, l'utilisation d'eau au cours des etapes prefermentaires ralentit la fermentation. L'arret du procede peut etre decide en utilisant le ph comme traceur. Les procedes sec donnent une fluidification rapide par une microflore homogene. Une reorganisation du travail est alors necessaire pour arreter les fermentations plus tot. Le controle microbiologique par addition de lb plantarum ou lb brevis est envisageable pour standardiser la microflore et ameliorer la degradation du tissu. Ces ameliorations technologiques permettraient aux producteurs de cafe de controler la qualite et le prix du produit fini.

Des cultures des deux microflores d'affinage G. Candidum et P. Camembertii ont été menées en bioréacteur. Ce travail a montré que, contrairement à P. Camembertii, en présence de substrats aisément assimilables en tant que sources de carbone, par exemple des peptones ou du glutamate, le lactate n'est pas consommé par G. Candidum durant sa croissance. La culture mixte sur jus de camembert a mis en évidence des effets de synergie entre les deux microorganismes ; les activités enzymatiques de G. Candidum ont facilité l'assimilation de peptides et d'acides aminés comme sources de carbone par P. Camembertii. Il y a de plus compétition entre les deux espèces pour les peptides et acides aminés les plus aisément métabolisables, qui sont ainsi utilisés comme sources d'énergie, en plus d'être sources de carbone et d'azote ; les autres sources de carbone disponibles n'ont été utilisées que pour le maintien cellulaire. Cette compétition a été confirmée sur milieux synthétiques simples.

La maîtrise du développement des moisissures retrouvées dans le contexte agro-alimentaire parmi les flores microbiennes d'altération ou technologiques répond à des enjeux économiques et sanitaires importants. Le développement des moisissures peut être affecté par des facteurs abiotiques comme la température, l'activité de l'eau (aw) ou la composition gazeuse. L'évaluation de l'effet de ces facteurs via des outils de mycologie prévisionnelle vise à prévoir l'altération fongique des aliments. Ce travail a pour objectif d'explorer l'impact des conditions environnementales sur la physiologie de moisissures d'intérêt pour l'industrie agro-alimentaire.L'effet de la température, de l'aw ajustée par du glycérol ou du chlorure de sodium (NaCl) du pH et de la composition gazeuse a été évalué sur la germination des spores et/ou la croissance radiale de cinq moisissures: Paecilomyces niveus, Mucor lanceolatus, Penicillium brevicompactum, Penicillium expansum et Penicillium roqueforti. Au niveau appliqué, ces travaux ont montré que l'effet du NaCl ou de la composition gazeuse peuvent être inclus dans une approche de mycologie prévisionnelle. Le choix des souches représentatives d'une espèce fongique et l'état physiologique des spores utilisées comme inoculum ont un impact significatif sur les modèles prédictifs.Au niveau fondamental, des marqueurs ont été recherchés pour évaluer l'effet des facteurs abiotiques sur la physiologie des spores. La température et l'aw ont un effet significatif sur l'état physiologique des spores et leur germination. La recherche de marqueurs moléculaire, contribuera aux connaissances de l'effet des facteurs abiotiques sur la physiologie des moisissures
In the food processing industry, controlling the development of filamentous fungi encountered as spoilers or technological cultures address significant economic and sanitary issues. Fungal development in foods is mainly determined by abiotic factors including temperature, water activity (aw) or the headspace gas composition. The quantification of these respective effects through a predictive mycology approach aims at preventing fungal food spoilage. The present work aims at exploring the effect of environmental conditions on the physiology of filamentous fungi of interest in the food processing industry.The effect of temperature, aw (adjusted with glycerol of sodium chloride), pH and headspace gas composition was evaluated on conidial germination and/or radial growth of five fungi isolated from dairy products: Paecilomyces niveus, Mucor lanceolatus, Penicillium brevicompactum, Penicillium expansum and Penicillium roqueforti. The present work suggests that the specific effects of sodium chloride or gas composition could be included in predictive mycology approaches. It was also demonstrated that the selection of strains representative of a fungal species and the physiological state of conidia utilized as inoculum have a significant effect on the final predictive models.At the fundamental level, markers were investigated to study the effect of abitoic factors on the physiological state of spores. The temperature and aw significantly affected the physiological state of spores and their germination kinetics. The investigation of markers at the molecular level could provide better knowledges on the effect of abiotic factors on the physiology of filamentous fungi

Les aéroallergènes (poussières, moisissures, pollens, mycotoxines, endotoxines) produits par les fourrages sont suspectés d’être les principaux agents étiologiques de la Maladie Obstructive Récurrente des Voies Respiratoires, pathologie respiratoire équine à forte prévalence. L’amélioration de la qualité sanitaire des fourrages destinés à l’alimentation équine pourrait permettre de réduire sa prévalence, mais nécessite d’identifier préalablement les facteurs qui la déterminent. Des fourrages produits expérimentalement en 2007 et 2008 à partir d’une prairie permanente, avec une gamme variée de pratiques culturales et sous des conditions climatiques contrastées, ont été analysés pour les aéroallergènes cités précédemment. Certaines pratiques culturales (coupe trop basse, fanage tardif, séchage insuffisant avant pressage) ou une pluie durant la récolte conduisent à une dégradation de la qualité sanitaire se traduisant par une augmentation conjointe des poussières respirables, de la production de spores fongiques dominée par Aspergillus et Penicillium sp. , parfois d’espèces toxinogènes comme Aspergillus fumigatus et une accumulation potentielle d’endotoxines et de zéaralénone. Un séchage en grange, un enrubannage ou bien encore l’utilisation d’additifs tel que l’acide propionique sur un foin récolté humide permettent d’améliorer significativement la qualité. L’analyse de fourrages mono-spécifiques ou commercialisés pour les chevaux suggère que la composition floristique d’une prairie semée pourrait constituer une piste d’amélioration supplémentaire. L’ensemble de ce travail fait l’objet d’une discussion et ouvre des perspectives de recherche tant fondamentales qu’appliquées
Aero-allergens (dust, molds, pollens, mycotoxins, endotoxins) in forages are suspected to be the main aetiologic agents of Recurrent Airway Obstruction, a highly prevalent equine respiratory disease. Improvement of health quality of forages for horse feeding could reduce its prevalence, but requires identifying its determinant factors. Therefore, different forages produced experimentally from a permanent grassland in 2007 and 2008, using different agricultural practices and contrasting climatic conditions were analyzed for previously cited aeroallergens. Some agricultural practices (cutting too low, late tossing, insufficient drying before baling) or rainfall during harvesting lead to a decrease in health quality leading to an increase in dust, molds dominated by Aspergillus and Penicillium genera with, sometimes species potentially toxinogen such as Aspergillus fumigatus, and a potential accumulation of endotoxins and zearalenone. Barn drying, haylage or the use of hay preservatives, such as propionic acid on moist hay, improve significantly the forage health quality. The analysis of forages single-species or those found on the market for horses suggests that floristic composition of temporary grassland could constitute a supplementary way of improvement. This work as a whole is the subject of discussion and opens research perspectives at both fundamental and applied levels

Dans le contexte fromager, les champignons filamenteux du genre Mucor ont un rôle ambivalent. En fonction du fromage considéré, ils peuvent être assimilés à des microorganismes d’altération responsables de défauts de fabrication ou au contraire contribuer au développement des qualités organoleptiques des produits. Dans le cadre de ce travail, nous avons souhaité confirmer et objectiver la dichotomie classiquement faite en industrie fromagère entre espèces technologiques et espèces contaminantes, et investiguer les mécanismes d’adaptation potentiels mis en oeuvre chez les espèces technologiques. La morphologie et la croissance radiale de 7 souches représentatives d’espèces technologiques, contaminantes et non-fromagères (endophyte) de Mucor ont été étudiées sur différents milieux (synthétique, mimant le fromage et fromager) en fonction de facteurs clés du processus de production des fromages (température, aw, pH). Les valeurs cardinales de croissance ont été déterminées sur milieu synthétique, un modèle prédictif a été proposé et validé sur matrices fromagères pour le facteur température et la meilleure faculté de croissance des souches technologiques sur milieux fromagers par rapport au milieu synthétique a été démontrée. Une approche de protéomique comparée a permis de décrire les voies métaboliques mises en jeu par 4 de ces souches dans les deux types d’environnement, fromager et non-fromager, et 35 protéines spécifiquement surexprimées par la souche technologique M. lanceolatus UBOCC-A-109153 sur milieu mimant le fromage ont été identifiées. Les avantages compétitifs associés à ces potentiels marqueurs d’adaptation vont faire l’objet d’investigations complémentaires
In the cheese industry context, Mucor species exhibit an ambivalent behavior, as some species are essential technological organisms contributing to the required organoleptic characteristics of some cheeses while some others can be spoiling agents. The present study aimed at better understanding this ambivalence and investigating the putative adaptation mechanisms to cheese existing in Mucor technological species. Morphology and radial growth of 7 representative Mucor species: technological, contaminant and non-cheese related (plant endophyte) species were monitored on different media (synthetic, cheese-mimicking media and cheese) in function of key parameters for cheese manufacture (temperature, aw, pH). Cardinal values were determined on synthetic medium and as a result a predictive model was proposed and validated on cheese matrices for the temperature parameter. Interestingly, cheese technological species exhibited higher optimal growth rates on cheese related matrices than on synthetic media, while the opposite was observed for non-technological species. A comparative proteomic approach allowed unraveling the main metabolic pathways playing a role in growth of 4 of the 7 studied strains on both synthetic medium and cheese-mimicking medium. This proteomic study also highlighted the occurrence of 35 proteins specifically expressed by the technological strains M. lanceolatus UBOCC-A-109153 on the cheese-mimicking medium. Putative competitive and adaptative advantages of these hypothetical adaptation markers will be tested through additional investigations

La réponse physiologique au stress sodique de semis d’épinette blanche (Picea glauca (Moench) Voss) et de pin gris (Pinus banksiana Lamb.) inoculés avec des champignons ectomycorhiziens (ECM) a été évaluée afin de déterminer les bénéfices de l’inoculation pour la croissance et la survie. Ces expériences ont été menées avec un objectif appliqué servant l’amélioration des techniques de production de semis destinés à la végétalisation de sols reconstitués à partir de rejets salins issus de l’exploitation des sables bitumineux dans le Nord-Est de l’Alberta (Canada). Dans un premier volet, nous avons observé que le potentiel inoculant de sols reconstruits d’âges différents ainsi que des matériaux utilisés pour la reconstruction des sols est très faible voire nul. Dans un deuxième temps, la résistance et la réponse physiologique in vitro de champignons ecto- et ectendomycorhiziens (Hymenoscyphus sp., Phialocephala sp., Suillus tomentosus (Kauff.) Sing., Snell and Dick, Laccaria bicolor (Maire) Orton, Hebeloma crustuliniforme (Bull) Quel.) de différentes provenances ont été déterminées. Enfin, des semis d’épinette blanche et de pin gris inoculés en serre avec les trois champignons ECM évalués in vitro ont été exposés à différents niveaux d’excès de NaCl. La mesure d’un ensemble d’indicateurs physiologiques a montré que les mycobiotes sont capables d’influencer la réponse de l’hôte face à une concentration donnée de NaCl. L’inoculation d’une souche de S. tomentosus, isolée d’un site salin et sodique, a permis une augmentation de la production de biomasse des semis et l’inoculation avec une souche de H. crustuliniforme a favorisé les capacités d’ajustement osmotique des semis. Ces deux champignons sont des espèces potentielles pour l’inoculation contrôlée en pépinière.
The physiological response of inoculated ectomycorrhizal (ECM) white spruce (Picea glauca (Moench) Voss) and jack pine (Pinus banksiana Lamb.) seedlings to sodic stress was evaluated to determine the benefits of inoculation for growth and survival. These experiments served the improvement of nursery seedling production for revegetation of reconstructed soils from tailing sands originating from the oil sand mining in Northeastern Alberta (Canada). In a first step, we showed that the inoculum potential of reconstructed soils of different ages and materials used in soil reconstruction was very low or null. In a second step, the resistance and physiological response of five ecto- and ectendomycorrhizal fungal species (Hymenoscyphus sp., Phialocephala sp., Suillus tomentosus (Kauff.) Sing., Snell and Dick, Laccaria bicolor (Maire) Orton, Hebeloma crustuliniforme (Bull) Quel.) from different sources were assessed in vitro. Finally, white spruce and jack pine seedlings inoculated in greenhouse with the three ECM fungi evaluated in vitro were exposed to different concentrations of NaCl. Using several physiological indicators, mycobionts were showed to influence host response to a given NaCl concentration. Under sodic conditions, inoculation with an isolate of S. tomentosus from a saline and sodic site increased seedling biomass production and inoculation with an isolate of H. crustuliniforme increased seedling osmotic adjustment capabilities. The latter two fungi are potential candidates for tree nursery inoculation.

L’objectif de notre travail a été de documenter les niveaux intérieurs de différents aérocontaminants et d’en identifier les déterminants. Nous avons mené une étude environnementale dans 196 logements de nouveau-nés issus d’une cohorte francilienne, combinant des questionnaires avec des mesurages répétés d’aérocontaminants biologiques et chimiques. S’agissant de la contamination biologique (endotoxines, moisissures, acariens) de nos logements de nouveau-nés, elle s’avère faible et proche du bruit de fond. Quant à la pollution chimique par les aldéhydes, elle est omniprésente et apparaît comparable à celle retrouvée dans des études antérieures. A côté des paramètres de confort et d’aération, les principales sources intérieures des aldéhydes, continues (type et âge des matériaux d’ameublement et de revêtement) ou discontinues (combustions, produits ménagers, bricolage) ont bien été identifiées par le questionnaire. L’extrapolation des modèles construits à l’ensemble des logements des nouveau-nés recrutés ne semble pas envisageable pour les aérocontaminants biologiques, mais le serait pour les aldéhydes
The aim of our study was to estimate the levels of biological contaminants and chemical pollutants in the indoor air and then to identify their determinants. We carried out an environmental study in 196 dwellings of newborn babies recruited from a birth cohort, combining questionnaire and repeated measurements. Biological contaminants concentrations (endotoxins, fungi, house dust mites) were low, close to background level. As for aldehydes, levels were in line with previous studies. Analysis also helped to highlight the housing factors associated with aldehyde concentrations in homes: apart from comfort and aeration parameters, the main indoor aldehyde sources were either continuous (age and type of building materials and coverings), or discontinuous (smoking, use of air fresheners and cleaning products, DIY. . . ). However not possible for airborne biological contaminants, the extrapolation of theses models to the whole infants’ cohort may be interesting for aldehydes

La qualité de l’air dans les habitats est un problème majeur en Europe, où les personnes passent une grande partie de leur temps en milieu intérieur. Selon l’OMS, de nombreux habitats sont touchés par l’humidité entraînant le développement de moisissures qui ont des conséquences sanitaires et économiques.Dans ce travail, une approche globale, associant étude de terrain et expérimentations en laboratoire, a été employée pour décrire l’exposition aux bioaérosols dans des habitations dégradées par les moisissures, étudier leurs effets sur la santé des résidents et proposer une démarche diagnostique applicable aux habitats dégradés. Nous avons ainsi mis en évidence la présence récurrente de certaines espèces fongiques, notamment Aspergillus versicolor, Penicillium chrysogenum et P. crustosum, qui pourraient être utilisées comme indicateurs microbiologiques de contamination fongique de l’air intérieur. Par ailleurs les analyses statistiques ont permis de montrer des liens entre les concentrations de certaines espèces de micromycètes dans l’air et les catégories de surface contaminées proposées par l’ANSES. Des relations ont également pu être établies entre l’exposition à ces moisissures et certaines manifestations respiratoires et cutanées mentionnées chez les résidents. L’évaluation du potentiel cytotoxique des bioaérosols collectés dans les habitats dégradés a, quant à elle, permis de mettre en évidence un lien entre les réponses observées sur deux lignées cellulaires testées (pulmonaire A549 et cutanée HaCaT).D’un point de vue méthodologique, la qPCR couplée à la cytométrie en flux semble être une méthode rapide qui peut être corrélée à l’approche culturale et permet ainsi de suivre l’exposition à Aspergillus versicolor dans les habitats dégradés. Huit espèces fongiques récurrentes dans les bioaérosols ont également été sélectionnées pour une étude en enceinte climatique montrant l’impact de la température et de l’humidité relative sur la croissance et la toxinogenèse fongique
Air quality in houses is a major concern in Europe, as people spend most of their time indoors. According to the WHO, numerous houses are exposed to dampness that can lead to mold growth, causing health and economic damages.In this work, a global approach including both field study and laboratory experimentations was used to characterize the human exposure to bioaerosols in mold-damaged houses, to study their health effects on inhabitants and to propose a diagnostic process that could be applied to mold-damaged houses. We showed the recurrence of several fungal species, specifically Aspergillus versicolor, Penicillium chrysogenum and P. crustosum, which could be used as microbial indicators of airborne fungal contamination. In addition, our statistical analyses showed relations between the concentrations of recurrent molds in air and the levels of surface contamination by molds proposed by ANSES. Statistical link has also been found between mold exposure and respiratory or cutaneous symptoms described by the inhabitants. A cytotoxic potential evaluation of bioaerosols collected in these mold-damaged houses allowed to highlight a relation between the responses observed for the two cell lines (pulmonary A549 and cutaneous HaCaT).From a methodological point of view, qPCR coupled with flow cytometry appears to be a fast and reliable method that can be correlated to cultural approach, allowing to monitor the human exposure to Aspergillus versicolor in mold-damaged buildings. Eight recurrent fungal species identified in bioaerosols were also selected for a study in a climatic chamber that showed the effects of temperature and relative humidity on fungal growth and toxinogenic potential

Ce travail a ete axe sur la comprehension des mecanismes physiologiques et biochimiques de la degradation de la cafeine par deux champignons filamenteux: aspergillus v12a25 et penicillium v33a25. Pour cela, deux methodes chromatographiques ont ete optimisees pour la determination de toutes les methylxanthines. Les principaux parametres environnementaux conduisant a une utilisation optimale de la cafeine par ces deux champignons filamenteux ont ete etablis. Les plus influants sont: la concentration initiale en cafeine, la temperature d'incubation, l'addition d'oligoelements et l'addition d'ions ammonium. La cafeine peut etre utilisee par les deux microorganismes comme unique source d'azote. Penicillium v33a25 est particulierement tolerant aux concentrations elevees en cafeine. Enfin, les ions ammonium presentent un effet represseur sur la synthese des decafeinases. La voie catabolique de la cafeine est identique chez les deux souches. Les premiers intermediaires de cette voie sont principalement la theophylline et la 3-methylxanthine. L'activite cafeine demethylase caracterisee chez aspergillus v12a25 est inductible, cytoplasmique, stimulee en presence de nadph (mais necessite un autre cofacteur) et relativement instable