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Dissertations / Theses on the topic 'Champignons phytopathogènes'
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Avenot, Hervé. "Variabilité au sein de l'espèce fongique phytopathogène Alternaria brassicicola : analyse au niveau d'un marqueur sélectionné de type résistance aux fongicides et de marqueurs neutres de type microsatellites." Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0033.
Full textAbstract:
Alternaria brassicicola est responsable du blackspot des crucifères, une maladie transmissible par les semences qui entraîne des pertes importantes de rendement. Des isolats de terrain de ce champignon hautement résistants aux fongicides dicarboximides et phenylpyrroles ont été identifiés. Ces isolats résistants restent néanmoins pathogènes mais la plupart sont plus sensibles aux chocs osmotiques que des souches sauvages. Pour élucider les bases moléculaires de la résistance et de l’ osmosensibilité, un gène AbNIK1 codant une histidine kinase osmosenseur a été isolé à partir d’un isolat sauvage et sa séquence comparée avec des séquences correspondantes isolées de souches résistantes. Toutes les souches résistantes et osmosensibles correspondent à des mutants nuls pour le gène AbNIK1. Afin d'analyser les effets des mutations nulles dans le gène AbNIK1 sur la fitness du pathogène, les souches présentant un tel génotype ont été inoculées sur radis en conditions naturelles. Les analyses sanitaires des semences produites indiquent que les mutants nuls sont fortement affectés dans leur compétitivité avec les souches sauvages en absence de pression de sélection. En parallèle, la diversité génétique au sein de l’espèce A. Brassicicola a été étudiée. Douze loci microsatellites polymorphes ont été identifiés et analysés au sein d’une population d’origine géographique variée. En accord avec la biologie de ce champignon, absence de reproduction sexuée et transmission via les semences, un polymorphisme assez faible (3,5 allèles par locus) et une absence de structuration de la population étudiée ont été observésAlternaria brassicicola causes blackspot disease of crucifers worldwide. This disease is seed-borne and responsible for important yield losses. Field isolates of A. Brassicicola highly resistant to dicarboximide and phenylpyrroles fungicides have been identified. These isolates are still pathogenic to host plants and most of them are more sensitive to osmotic stress than wild type strains. To elucidate the molecular basis of the osmosensitive and dicarboximide/phenylpyrrole-resistant phenotypes, an osmosensing histidine kinase gene AbNIK1 was isolated from a fungicide-sensitive isolate and its sequence compared with corresponding sequences from fungicide-resistant isolates. All the fungicide-resistant strains displaying a osmosensitive phenotype were found to have null mutations in the AbNIK1 gene. To investigate the effects of AbNIK1 null mutations on their fitness, these strains were inoculated on radish under field conditions. Quality controls of produced seeds revealed that null mutants are strongly affected in their competitivity towards wild type strains in the absence of selective pressure. In parallel, the genetic diversity within the species A. Brassicicola was estimated. Twelve polymorphic microsatellite loci were identified and used to analyze a population of strains with various geographic origins. In agreement with the lifestyle of this fungus (absence of sexual reproduction and seed transmission) a relatively weak polymorphism (3. 5 alleles per locus) and an absence of population structuration were observed
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Eddaoudi, Ayad. "Désinfection de semences par action photodynamique sur des champignons phytopathogènes." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20237.
Full textAbstract:
Ce travail correspond a la mise au point d'un procede industriel de desinfection des semences par application de l'effet photodynamique. Des photosensibilisateurs, choisis, excites par la lumiere visible et proche uv, induisent des reactions photooxydatives sur les champignons pathogenes qui infestent les semences. Ces reactions declenchent a leur tour des processus responsables de la destruction des champignons. La production d'oxygene singulet, principal reactif genere dans l'action photodynamique, est quantifiee par la methode dite au rno, pour une serie de photosensibilisateurs. L'elimination totale des champignons en suspensions aqueuses, dans differentes conditions experimentales, est suivie sur milieu de culture. Cette destruction des champignons est obtenue apres un temps tres bref d'exposition a la lumiere (quelques minutes) en presence de differents melanges de photosensibilisateurs et d'adjuvants. L'application directe de l'action photodynamique sur des semences contaminees entraine aussi une tres forte reduction des infectants fongiques en dix minutes d'exposition a la lumiere, en presence de differentes formulations a base de photosensibilisateurs. Un reacteur photochimique prototype pour la mise en place du procede de desinfection des semences vegetales par effet photodynamique est decrit
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Gourgues, Mathieu. "Rôle des tétraspanines dans le processus infectieux des champignons phytopathogènes." Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA112063.
Full textAbstract:
PLS1, un gène identifié au cours d'un programme de mutagenèse insertionelle est nécessaire à l'infection des feuilles de riz par le champignon a scomycète Magnaporthe grisea. Le mutant pls1- différencie des appressoria matures qui sont incapables de différencier l'hyphe de pénétration nécessaire pour percer la paroi des cellules épidermiques des feuilles de son hôte. Le gène altéré chez le mutant pls1 - code pour une protéine de 225 acides aminés proche des protéines de la famille des tétraspanines. Ces protéines animales appartiennent à des complexes membranaires de signalisation intervenant dans le contrôle des processus d'adhésion, de différenciation ou de mobilité cellulaire. Des voies de signalisations similaires pourraient intervenir chez Magnaporthe grisea au niveau du contrôle de la formation de l'hyphe de pénétration. L'utilisation d'une fusion entre la GFP et la protéine Pls1p a permis de montrer que cette protéine est exprimée spécifiquement au niveau des appressoria différenciés aussi bien sur feuilles que sur des surfaces artificielles. Elle est localisée dans la membrane plasmique et les vacuoles des appressoria. Pasque l'ARN messager du gène PLS1 peut être détecté dans toutes les cellules fongiques, cette expression appressorium spécifique est gouvernée par un contrôle de la traduction. Une analyse par délétion à mis en avant le rôle de la région 5' non traduite de l'ARNm de PLS1 dans le contrôle de ce profil d'expression. Des gènes codant pour des tétraspanines ont été recherchés chez d'autres champignons filamenteux. La combinaison d'approches par PCR et par analyse des bases de données publiques a permis d'identifier trois gènes homologues de PLS1 (BcPLS1, NcPLS1 et ClPLS1) chez les champignons ascomycètes Botrytis cinerea, Neurospora crassa et Colletotrichum lindemuthianum. Un seul gène de tétraspanine a été détecté dans le génome des champignons filamenteux. Les quatre gènes identifiés forment une nouvelle famille de tétraspanines qui n'a pu être rapprochée d'aucune des tétraspanines animales. L'analyse fonctionnelle de la tétraspanine BcPls1p a été réalisée par disruption du gène correspondant chez Botrytis cinerea. Le mutant Bcpls1- est non pathogène sur l'ensemble des plantes testées. Les appressoria de ce mutant sont non fonctionnels puisqu'ils ne permettent pas la pénétration des tissus de l'hôte. Ceci est la première démonstration du rôle déterminant de l'appressorium dans le processus de pénétration de B. Cinerea dans la plante hôte. Par conséquent, les deux mutants de tétraspanines pls1- (chez M. Grisea) et Bcpls1- (chez B. Cinerea) sont bloqués au niveau du processus de pénétration. Le point commun à ce processus chez les deux champignons est un arrêt de la croissance apicale suivi d'une redirection de la croissance dans une direction perpendiculaire à la croissance initiale. A l'issue de ce travail, nous faisons donc l'hypothèse que les tétraspanines fongiques pourraient intervenir dans le contrôle de la redirection de croissance qui intervient, chez Magnaporthe grisea et Botrytis cinerea, lors de la pénétration des cellules épidermiques de l'hôtePLS1, a gene recovered by insertional mutagenesis is required for penetration of rice leaves by the fungal pathogen Magnaporthe grisea. Pls1- mutant differentiates mature appressoria with normal cellular turgor but fails to differentiate the penetration peg required to breach leaf epidermis or artificial membranes. The protein deduced from the PLS1 sequence is an integral membrane protein of 225 amino acids related to tetraspanin family. These animal proteins are components of membrane signaling complexes involved the control of cell adhesion, differentiation or motility. Similar signaling pathways could be involved in penetration peg formation. Using a GFP-Pls1p fusion, we showed that Pls1p is only expressed in appressoria differentiated on leaves or artificial membranes just before and during penetration, but not in primary infection hyphae. Pls1p is localized in plasma membrane and vacuoles of the appressorium. This specific expression pattern was also analyzed. Pls1p differential expression is regulated at the post transcriptional level, since PLS1 mRNA is detected in all fungal tissus. 5'UTR region is required for this appressorium specific translation of PLS1 mRNA. We wondered if tetraspanin genes are present in other (either pathogenic on plants or saprophytic) fungal species. Using a combination of a PCR based approach and of a computer analysis of public databases we identified three PLS1 homologous genes (BcPLS1, NcPLS1 and ClPLS1) to in the ascomycetes Botrytis cinerea, Neurospora crassa and Colletotrichum lindemuthianum. Only one tetraspanin gene was identified in each fungal genome and the four fungal proteins form a new family of tetraspanin without any homo log within animal tetraspanins. Functional analysis of BcPLS1 gene was performed by knockout in B. Cinerea. Bcpls1- mutant was shown to be non-pathogenic on all plant tested. Bcpls1- mutant appressoria are non-functional as they can not direct the penetration of plant cell wall. This is the first demonstration of the effective involvement of appressoria during B. Cinerea penetration of host leaves. Both pls1- mutant from M. Grisea and Bcpls1- mutant from B. Cinerea are blocked during the penetration process. This process needs apical growth arrest followed by growth redirection. Therefore, we hypothesize that fungal tetraspanin could be involved in growth redirection that is necessary, in Magnaporthe grisea and Botrytis cinerea, for appressorium mediated penetration of plant tissues
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Herrmann-Gorline, Sabine. "Phytotoxines produites par Exserohilum turcicum, agent responsable de la brûlure foliaire septentrionale du mai͏̈s : purification, identification chimique et étude de leur phytotoxicité." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30205.
Full textAbstract:
Des filtrats de culture d'exserohilum turcicum, agent pathogene responsable d'une helminthosporiose du mais, nous avons isole en utilisant les techniques de chromatographie liquide haute performance, 4 phytotoxines: 1) une toxine liposoluble, dont les caracteristiques en r. M. N. Et en spectrometrie de masse sont celles de la monocerine (c16h2006). Cette molecule provoque une inhibition de l'elongation racinaire, l'apparition d'une chlorose par depot sur un limbe blesse et la mortalite des cellules de coiffe racinaire et des protoplastes; 2) deux toxines extraites a partir des filtrats aqueux brut. Ces substances, apres analyses en r. M. N. , spectrometrie de masse et i. R. Ont pu etre caracterisees comme des diasteroisomeres, notes a et b, de masse moleculaire 465 et de formule elementaire (c25h23n108,h20). 0. 2. Umoles de ces toxines provoquent apres absorption par des limbes excises un dessechement marginal du limbe; 3) une toxine hydrosoluble notee c. Cette substance n'est active sur les vegetaux qu'en presence de lumiere. A faible dose, elle provoque sur les limbes l'apparition de necroses qui au cours du temps evoluent en tache de brulure. Ces differentes molecules ont ete confrontees a des mais portant des genes de resistance ht ou disposant de resistance polygenique. Il est apparu que la monocerine et les diastereoisomeres a et b sont actifs aussi bien sur les varietes porteuses des genes de resistance ht, que sur des cultivars de tolerance variable. Par contre, il semblerait que la toxine c discrimine les varietes a resistance polygenique: une variete tolerante a la maladie exteriorise peu de necroses, tandis qu'une variete sensible presente de nombreuses taches de brulure. Pour cette derniere molecule des etudes plus approfondies sur sa structure et son mode d'action ont ete initiees mais doivent etre poursuivies afin de savoir si elle est utilisable en selection
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Andanson, Audrey. "Evolution de l'agressivité des champignons phytopathogènes, couplage des approches théorique et empirique." Thesis, Nancy 1, 2010. http://www.theses.fr/2010NAN10094/document.
Full textAbstract:
Les organismes vivants puisent leurs ressources de l'environnement pour les allouer aux différentes fonctions biologiques assurant leur développement (croissance, survie, reproduction). La quantité de ressources disponibles dans un environnement étant limitante, les individus doivent faire des compromis lors de l'allocation de ces ressources à leurs différentes fonctions biologiques. Ces compromis contraignent le développement des individus et entraînent d'autres compromis entre leurs traits d'histoire de vie (âge et taille à maturité, nombre de descendants), conditionnant ainsi leurs capacités d'adaptation à l'environnement. Au cours de cette thèse, nous avons étudié par modélisation les stratégies d'allocation des ressources entre la croissance intra-hôte et la production de spores au cours d'une infection par un unique génotype pathogène et déterminé les stratégies optimales dans différentes conditions écologiques. Si le pathogène a un accès limité aux ressources de l'hôte, la stratégie optimale est toujours Bang-bang. Si au contraire l'accès aux ressources de l'hôte est illimité, la stratégie optimale est toujours Bang-mixte. Dans un deuxième volet de ces travaux, des éléments de validation empirique de ces modèles ont été recherchés au travers d'expérimentations menés sur un champignon pathogène nécrotrophe, Magnaporthe oryzae, présentant un accès limité aux ressources de l'hôte et sur un champignon biotrophe, Melampsora larici-populina dont l'accès aux ressources de l'hôte semble plutôt illimité. Les observations réalisées sont en adéquation avec les prédictions théoriques et confirment la pertinence des hypothèses et de la démarche de modélisationLiving organisms extract resources from their environment and invest them toward various biological functions (growth, survival, reproduction). Available resources in an environment are usually limited so that organisms have to trade-off the resources invested in different biological functions. These trade-offs in resource investment reverberate in trade-offs between life-history traits (age and size at maturity, number of offspring) and determine pathogen potential to adapt to their environment.During this work, we have studied resource allocation strategy during infection caused by spore-producing pathogen. We have determined optimal resource allocation strategies between intra-host multiplication and spore production in different ecological settings. The main result of this work is that the optimal strategy is defined by the existence of a latent period, a period of time during which all extracted resources are investing toward within-host multiplication and no spore is produced. After latency, when the pathogen has a limited access to host resources, consumed resources are invested toward spore production only (Bang-bang strategy). On the contrary, when the pathogen has an unlimited access to host resources, a fixed proportion of host resources are invested toward maintenance of within-host multiplication forms (Bang-mixte strategy). A second part of this work presents empirical test of these theoretical assumptions, through experimentations on Magnaporthe oryzae and on Melampsora larici-populina. Our observations on these pathogens seem to agree with our theoretical predictions and corroborate the relevance of our modelling assumptions and approach
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Barrault, Gérard. "L'helminthosporiose de l'orge causée par Dreschlera teres." Toulouse, INPT, 1989. http://www.theses.fr/1989INPT010A.
Full textAbstract:
Apres avoir presente l'orge et le pathogene, nous avons conduit une etude analytique et evolutive des symptomes causes par les deux formes du pathogene (maculata et teres) et montre que leur morphologie differente est en relation avec la localisation du mycelium du parasite. La forme maculata determine des symptomes tres polymorphes susceptibles d'etre confondus avec d'autres pathogenes dont certains ont ete decrits pour la premiere fois en france. Par ailleurs, l'etude biologique fait ressortir que ces deux formes ont les memes exigences a l'egard d'un certain nombre de facteurs abiotiques (t#o, ph, lumiere, humidite) et qu'il n'y a a pas d'antagonisme entre celles-ci. Ces resultats ne sauraient donc expliquer leur importance et leur repartition geographique differentes. Apres avoir precise les facteurs qui concourent a l'optimisation de la biosynthese du complexe toxique, nous avons montre que les phytotoxines sont largement impliquees dans l'expression des composantes du symptome mais qu'elles ne semblent pas responsables du pouvoir pathogene. Ensuite l'etude de la sensibilite des differents cultivars d'orge a la maladie a revele que la plupart de ceux cultives en france sont sensibles a tres sensibles. Les principaux geniteurs de resistance proviennent des centre d'origine de l'orge cultivee. Enfin une etude qualitative et quantitative des differents facteurs agissant sur les diverses formes du pathogene (impliquees dans les sequences de l'epidemie) a ete realisee. Elle permet de mettre en exergue l'importance des pailles d'orge dans l'exteriorisation des formes de conservation et de dissemination, de mieux comprendre le developpement de la maladie a l'echelon de la parcelle, et d'entrevoir une modelisation de celui-ci dans le cadre d'une lutte rationnelle
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El, Id Zibo. "Nouvelle méthode de détection de l'Helminthosporium Teres Sacc. Sur semences d'orge et ses applications." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1990. http://www.theses.fr/1990INPL108N.
Full textAbstract:
Helminthosporium teres Sacc. , forme conidienne de Pyrenophora teres Drechs. , agent fongique d'une maladie foliaire de l'orge, est présent dans toutes les régions tempérées et humides du monde. Les méthodes habituelles de détection du parasite sur semences d'orge sont nombreuses. Elles présentent, cependant, un certain nombre d'inconvénients selon les techniques utilisées. Ces défauts sont détaillés et développés dans des études expérimentales. Ils sont, par la suite, corrigés, du moins en partie, par la nouvelle méthode que nous avons mise au point dite "des cloches", qui favorise l'expression du pathogène. Cette nouvelle technique, employée telle quelle ou après une légère modification, favorise, également, la mise en évidence d'autres parasites transmis par des semences d'orge et de blé, à savoir : Helminthosporium gramineum sur semences d'orge, Fusarium roseum sur semence de blé, Septoria nodorum sur semences de blé. La méthode est aussi utilisée avec succès dans les domaines suivants : - tester l'efficacité de certains fongicides systèmiques vis-à-vis de l'Helminthosporium teres, et l'effet de ces produits sur le développement de jeunes plantules d'orge ; - étudier l'effet d'un saprophyte "Penicillium" sur l'évolution des symptômes provoqués par Fusarium roseum sur semences et jeunes plantules de blé
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Halama, Patrice. "Phaeosphaeria nodorum (mull. ) Hedj. (ex. Leptosphaeria nodorum mull. ). Teleomorphe de septoria nodorum berk : déterminisme et ontogénie : hérédité du pouvoir pathogène." Lille 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL10019.
Full textAbstract:
Parmi les champignons responsables des septorioses du blé, nous avons étudié la biologie du développement de phaeosphaeria nodorum (syn: leptosphaeria norodum) et de sa forme conidienne septoria nodorum. La biologie du développement de cet ascomycète a été étudiée in vitro. L'obtention des fructifications sexuées (périthèces) et asexuées (macropycnides et micropycnides) nous a permis: 1) de réaliser l'étude ontogénique du périthèce, en précisant la position systématique de cet organisme; 2) d'étudier le déterminisme génétique et physiologique : a) en démontrant l'existence d'un hétérothallisme bipolaire, b) en précisant le rôle joué par les microspores, c) en précisant l'influence des facteurs externes sur les différents types de morphogénèse, et en particulier l'action séquentielle de ces facteurs sur les différentes étapes du développement périthécial, définies antérieurement par l'étude ontogénique, 3) d'apprécier l'influence de la reproduction sexuée sur la distribution du pouvoir pathogène. Cette dernière étude a mis en évidence une distribution assez large du pouvoir pathogène des produits de la méiose avec, sur certaines variétés hôtes, des souches montrant une agressivité supérieure à celle de l'isolat parental le plus agressif. Les interactions souches-hôtes et la compatibilité constante entre ce parasite et les hôtes potentiels suggèrent l'existence d'une relation gène pour gène dans le système agressivité-résistance non spécifique
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Rafin, Catherine. "Les Pythium spp. à sporanges filamenteux, agents de nécroses racinaires sur tomate (Lycopersicon esculentum) en cultures hors-sol." Brest, 1993. http://www.theses.fr/1993BRES2001.
Full textAbstract:
Les Pythium spp. Sont des agents pathogènes responsables de nécroses et de pertes racinaires communément observées en cultures hors-sol. A côté des phénomènes observés lors de fortes attaques racinaires, la localisation de l'incidence des Pythium spp. Pendant la phase d'infections latentes restaient à préciser. Un inventaire des Pythium spp. Présents sur racines de tomates, réalisé en cultures hors-sol, révèle une contamination précoce des racines par Pythium à sporanges strictement filamenteux, notés Pythium F. Contrairement à leur comportement en sol, les Pythium F. Présentent une aptitude nécrogène variable selon les souches. Les limites des clefs de systématique nous ont conduit à rechercher des critères complémentaires de caractérisation des populations de Pythium F. L'analyse de profils électrophorétiques de six systèmes enzymatiques montre un fort niveau de polymorphisme au sein des Pythium F. Par ailleurs, l'analyse par RFLP des espaces internes transcrits de l'opéron ribosomique réalisée après PCR permet de regrouper les isolats de Pythium F. étudiés et souligne leur parenté avec P. Aquatile et P. Coloratum. La difficulté à observer in situ les Pythium sp. A conduit à développer une technique immunocytochimique, à l'aide d'anticorps polyclonaux. Cette méthode permettra de préciser les processus infectieux développés in situ par les Pythium F. En particulier pendant les phases d'infections latentes.
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Raynaud, Jean-Pierre. "Etude d'un nouvel exopolysaccharide fongique : identification de la souche productrice ; optimisation de la production ; propriétés physico-chimiques du polymère." Toulouse 3, 1987. http://www.theses.fr/1987TOU30313.
Full textAbstract:
L'espece psat isolee et conservee au laboratoire de cryptogamie de l'universite paul sabatier de toulouse, produit un exopolysaccharide de type beta (1 3) beta (1 6) glucane. Cette espece se rattache au genre pestalotiopsis (selon steyaert). Le polymere a un comportement rheologique de type pseudoplastique et presente un pouvoir suspensoide eleve. La viscosite n'est pas alteree par l'influence de facteurs externes tels que les sels, les ph acides et les hautes temperatures. La production de ce polymere est amelioree par l'apport, dans le milieu de culture, de x(source carbonee) et de y(source azotee) dont le rapport carbone sur azote (c/n) a ete defini afin d'obtenir le meilleur rendement
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Orgambide, Guy. "Exopolysaccharides de Pseudomonas solanacearum : analyse structurale et corrélation avec la virulence." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30013.
Full textAbstract:
Pseudomonas solanacearum est une bacterie phytopathogene qui provoque le fletrissement des solanacees. Ce travail porte sur la caracterisation structurale de l'exopolysaccharide (eps) produit par cette bacterie et sur l'etude de son implication dans le pouvoir pathogene du microorganisme. Des fractionnements de l'eps par permeation de gel et par chromatographie d'echange d'anions en conditions dissociantes ont montre son heterogeneite et permis de discriminer trois composantes distinctes. La fraction polyosidique majeure (fraction eps acide) a ete caracterisee comme une structure basee sur la repetition du motif trisaccharidique suivant: n-acetyl-d-galactosamine/acide n-acetyl-l-galactosaminuronique/2-n-acetyl-4-n-(3-hydroxybutyryl)-d-bacillosamine. Des mutations dans une region genomique controlant le pouvoir pathogene n'induisent pas de modification structurale de la fraction eps acide produite par les mutants avirulents correspondants. Les deux autres composantes de l'eps sont de poids moleculaires plus faibles. La seconde fraction est majoritairement non glycosidique et sa structure fait intervenir de nombreux groupements methylenes et amides; la troisieme fraction est constituee d'un melange d'homopolymeres de glucose
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Grezes-Besset, Bruno. "Sélection du tournesol pour la résistance à Sclerotinia sclerotiorum (Lib. ) de Bary. Utilisation des phytotoxines produites par le parasite et des vitro-méthodes." Toulouse 3, 1988. http://www.theses.fr/1988TOU30253.
Full textAbstract:
Afin d'accroitre la resistance du tournesol a sclerotinia sclerotiorum, differentes techniques ont ete utilisees. La premiere approche a consiste a utiliser les phytotoxines produites par le parasite. Nous avons pour cela analyse la toxicite des filtrats de culture de s. Sclerotiorum et confirme le role toxique majeur de l'acide oxalique. Nous avons ensuite etudie la possibilite d'utiliser la toxicite selective de cette molecule pour exploiter la resistance genetique naturelle du tournesol en realisant un tri sur plantules et sur embryons immatures. Le faible niveau de specificite observe rend peu envisageable l'utilisation de l'acide oxalique dans ce type de programme. Nous avons dans un deuxieme temps verifie si la variation soma clonale pouvait etre utilisee pour selectionner des clones cellulaires de tournesol resistants a l'acide oxalique. La mise au point d'un milieu de culture permettant de conserver le calcium a l'etat soluble en presence d'acide oxalique s'est averee necessaire pour realiser la selection. Les resultats obtenus montrent qu'il est ainsi possible d'obtenir des clones cellulaires resistants a cette toxine. Finalement nous avons mis au point une methode permettant d'utiliser directement les champignons phytopathogenes comme agent de selection dans des cultures cellulaires. L'utilisation de cette technique montre que les clones cellulaires resistants a l'acide oxalique sont plus resistants a s. Sclerotiorum
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Fraissinet-Tachet, Laurence. "Analyses moléculaires du système pectinolytique de Sclerotinia sclerotiorum." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10007.
Full textAbstract:
Ce travail a porte sur l'analyse biochimique et moleculaire des polygalacturonases produites in vivo et in planta par sclerotinia sclerotiorum. L'hybridation d'une banque d'adn genomique de sclerotinia sclerotiorum avec l'adnc d'un gene codant pour une endopolygalacturonase d'aspergillus niger a permis d'isoler plusieurs clones. La cartographie de restriction de ces clones et l'hybridation en southern-blot de l'adn genomique ont permis de mettre en evidence l'existence d'une famille de genes. Trois de ces genes nommes pg1, pg2 et pg3 ont ete clones et sequences. Ils codent pour trois endopolygalacturonases de pi neutre (7,2 ; 7,5 et 6,9 respectivement). Le caryotype electrophoretique de sclerotinia sclerotiorum, etabli par electrophorese en champ pulse, a montre que ces trois genes se localisent sur le chromosome de 1,6 mb de sclerotinia. L'etude de la production des polygalacturonases de ce champignon cultive in vitro sur differents substrats polysaccharidiques a revele que la synthese des differentes isoenzymes pectiques est: constitutive ; ou, reprimee en presence de glucose et induite par les polymeres pectiques et par l'acide galacturonique. Par ailleurs, la synthese des isoenzymes de pi neutre et basique, faiblement induite par les polymeres pectiques et par l'acide galacturonique, est fortement augmentee in planta lors de l'infection de cotyledons de tournesol. Cette forte production suggere que ces isoenzymes pourraient jouer un role important lors de la pathogenese. Une analyse par norhthern-blot et par rs-pcr a montre que l'expression des genes pg1, pg2 et pg3 est fortement augmentee in planta ; faiblement induite par les acides polygalacturonique et galacturonique et reprimee par le glucose. Ces resultats revelent que la synthese des polygalacturonases neutres pg1, pg2 et pg3 est principalement regulee au niveau transcriptionnel. Finalement, sclerotinia sclerotiorum a ete transforme avec des vecteurs plasmidiques conferant la resistance a l'hygromycine ou au benomyl. Si la majorite des transformants obtenus s'est revelee instable, la persistance de deux transformants, restes stables pendant plusieurs mois, permet d'envisager l'inactivation des genes pg par interruption de genes ou par la technique des arn antisens, afin d'evaluer le role exact de ses polygalacturonases au cours de la pathogenese
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Riou, Christine. "Production et sécrétion du système hydrolytique de Sclerotinia sclerotiorum : analyses biochimiques et génétiques." Lyon 1, 1991. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00675428.
Full textAbstract:
Les champignons phytopathogenes produisent des complexes enzymatiques capables d'hydrolyser les polymeres pectiques, hemicellulosiques et cellulosiques, constituants des parois cellulaires vegetales. Afin d'etudier les aspects biochimiques et moleculaires de la photopathogenese, notre travail a porte sur le systeme hydrolytique secrete par le champignon phytopathogene, sclerotinia sclerotiorum. La mutagenese induite de protoplastes a permis d'isoler des souches alterees dans la production de glucanases et/ou de -glucosidases. Des tests de pathogenicite, realises in situ sur des plantules de tournesol et des feuilles de haricot, ont mis en evidence une bonne correlation entre les activites glucanasiques et le pouvoir pathogene des mutants. La caracterisation de l'equipement enzymatique secrete par s. Sclerotiorum et l'utilisation de substrats inducteurs et represseurs ont permis de definir les conditions de secretion de 13 enzymes lytiques (7 exo- et 6 endo-enzymes). Les enzymes pectinolytiques sont produits de facon constitutive, mais leurs activites augmentent dans les cultures effectuees sur les substrats complexes. La secretion des enzymes cellulolytiques est induite par les polysaccharides et reprimee par les sucres simples (glucose et xylose). Les inducteurs apparaissent aspecifiques, car les substrats pectiques et cellulosiques induisent simultanement les deux types d'activites enzymatiques. L'analyse en chromatographie de filtration a montre l'apparition de nouvelles formes moleculaires de certains enzymes, en fonction du milieu inducteur. Les isoelectrofocalisations preparatives et analytiques ont permis de mettre en evidence la complexite des systemes enzymatiques, l'existence de nombreux isoenzymes pour chaque activite et de reveler l'aspecificite de certaines activites. Trois enzymes ont ete purifies: une -galactosidase, une exo-polygalacturonase et une exo-polymethylgalacturonase. Ils ont ete caracterises pour leurs proprietes physicochimiques (pm, p, ionisation, optimum de ph, optimum de temperature, stabilite a la temperature et influence des ions), leurs modes d'action et leurs specificites. Leurs sequences n-terminales ont ete determinees. Des anticorps polyclonaux diriges contre les trois proteines purifiees ont ete produits et utilises pour etudier la secretion des enzymes par western blotting. L'extraction et la purification d'arn poly (a)#+ ont ete realisees. La traduction in vitro des arnm a permis de mettre en evidence l'expression specifique de genes au cours de l'induction des enzymes. Les anticorps specifiques des enzymes et les sondes d'oligonucleotides correspondant aux sequences n-terminales des proteines purifiees permettent d'envisager l'isolement des genes a partir d'une banque genomique construite dans le vecteur embl3 et de banques d'adnc construites dans le vecteur zap
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Kasza, Zsolt. "Sclerotinia sclerotiorum patogenezisenek molekularis vizsgalata." Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10012.
Full textAbstract:
La pathogenèse du champignon phytopathogène nécrotrophe S. Sclerotiorum est associée à l'acidification des tissus et à la sécrétion massive d'enzymes lyptiques. Dans un premier temps, nous avons cloné le gène codant pour la glycéraldéhyde-3-phosphate déhydrogénase (gpd) et à montrer que ce gène unique, d'expression régulée, fortement exprimé au cours de la pathogenèse constitue un marqueur fongique fiable au cours de l'infection. Dans un deuxième temps, nous avons réalisé une analyse moléculaire du système pectinolytique de S. Sclerotiorum. En clonant les gènes pg6 et pg7 codant pour des endopolygalacturonases, nous avons isolé de nouveaux membres et montré l'existence d'au moins 4 groupes phylogénétiques distincts. L'analyse de l'expression des endoPGs révèle une transcription séquentielle, contrôlée par l'évolution des conditions environnementales (pH et source carbonée). La multiplicité de ce système enzymatique pourrait être à l'origine de la polyphagie du champignon
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Izallalen, Mounir. "Production des sidérophores chez le Rhizobium et leur rôle dans l'inhibition de certains champignons phytopathogènes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp04/mq25613.pdf.
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Marty, Nicole. "Etude de l'exopolysaccharide de Pseudomonas aeruginosa : caractérisation chimique, rôle dans l'adhérence aux cellules épithéliales et dans la phagocytose." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30257.
Full textAbstract:
Le but de cette etude est d'etudier les relations structure chimique activite biologique de l'exopolysaccharide produit par des souches de pseudomonas aerugisa de deux origines cliniques: mucoviscidose et bronchectasies. Dans une premiere partie, est exposee la place de pseudomonas aeruginosa et ses facteurs de virulence dans la mucoviscidose. La deuxieme partie traite de la caracterisation chimique de l'exopolysaccharide et ses variations en fonction des conditions de culture. La methodologie utilisee (degradation chimique et spectroscopie rmn), la nature des composants chimiques de l'exopolysaccharide (alginate mais aussi oses neutres et hexosamines) et les variations de cette composition en fonction des conditions de culture sont detaillees. Enfin, la troisieme partie est consacree au role biologique de ces exopolysaccharides dans l'adherence aux cellules epitheliales tracheales et dans la phagocytose par les macrophages humains. Deux types de cellules epitheliales en lignee sont utilisees: celles issues de mucoviscidose ont une capacite d'adhesion plus grande que les cellules normales. Les composes osidiques autres que l'alginate ont un role important comme adhesines et sont responsables de la plus grande sensibilite a la phagocytose des souches qui les produisent. Ils ont donc un role important, a cote de l'alginate, dans ces deux proprietes biologiques
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Okeke, Boniface. "Recherche de substances antifongiques d'origine fongique à usage agricole : contribution à la lutte contre les phytopathogènes du riz (Orysa sativa)." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1993. http://www.theses.fr/1993GRE18012.
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Amborabé, Bénigne-Ernest. "Recherche sur l'eutypiose : étude de relations vigne-eutypa lata et lutte antifongique par des molécules naturelles." Poitiers, 2000. http://www.theses.fr/2000POIT2301.
Full textAbstract:
L'eutypiose est une maladie cryptogamique due au champignon ascomycete eutypa lata qui, en envahissant les tissus vasculaires, induit le deperissement des ligneux contamines. Ce parasite s'est considerablement propage dans le vignoble, notamment en bordelais et en poitou-charentes, engendrant une situation preoccupante du fait de l'absence de tout traitement curatif. Deux pistes ont ete ouvertes dans ce travail : (1) une strategie de lutte par l'emploi de substances naturelles presentant des proprietes antifongiques et (2) une approche des relations s'etablissant entre la vigne et le champignon. Eutypa lata presente une grande adaptabilite a son environnement physico-chimique (ph-temperature) et peut utiliser une grande variete de sources de carbone et d'azote pour sa nutrition. La cysteine, parmi d'autres composes soufres, s'est revelee nocive pour le mycelium, donc utilisable dans un traitement antifongique. Parmi les composes phenoliques testes (60), l'acide salicylique occupe une place privilegiee, presque unique, pour son efficacite a inhiber la croissance mycelienne, presentant meme une action fongicide. Cette action est specifique car une petite modification de la molecule diminue fortement son efficacite. 3 composes chlores peuvent etre egalement envisages pour mettre au point un traitement. L'emploi couple acide salicylique-cysteine montre un effet synergique tres significatif. Le champignon emet dans son milieu de culture, un facteur d'agressivite qui, apres separation chromatographique, se retrouve dans la fraction contenant les composes de masses moleculaires elevees notamment les proteines. Cette fraction agit sur la cellule vegetale a plusieurs niveaux : depolarisation membranaire, inhibition directe de l'h +-atpase plasmalemmique et du transport des assimilats, diminution de la respiration et de la photosynthese. De plus, cette fraction possede des proprietes elicitrices. Par comparaison, l'eutypine, toxine emise egalement par le champignon, hyperpolarise la membrane et n'a pas d'effet sur l'h +-atpase, augmentant seulement la conductance aux h + du plasmalemme et perturbant le transport actif des assimilats.
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Soufiane, Brahim. "Isolement à partir de la rhizosphére des conifères de bactéries et d'actinomycètes antagonistes aux champignons phytopathogènes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp03/MQ38193.pdf.
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Singla, Sabine. "Contribution à l'étude de l'interaction hôte-parasite : Hordeum vulgare L. - Drechslera teres (Sacc.) Shoemaker." Toulouse, INPT, 1986. http://www.theses.fr/1986INPT015A.
Full textAbstract:
Des observations relatives à la complexité de la symptomatologie et à l'existence d'une sensibilité variétale différentielle ont débouché sur la nécessité d'une étude en microscopie photonique de l'interaction Hordeum vulgare-Drechslera teres. Cette étude cinétique menée comparativement sur plantes sensibles et résistantes en utilisant des souches agressives isolées à partir de deux types de facies nécrotiques, ont mis en évidence la relation entre, d'une part la localisation du parasite, la nature des modifications histologiques, le développement des structures infectieuses et, d'autre part, la forme et l'intensité de l'expression symptomatique
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Sellam, Adnane. "Etude du déterminisme moléculaire du pouvoir pathogène d'Alternaria brassicicola, l'agent du black spot des crucifères." Angers, 2006. http://www.theses.fr/2006ANGE0027.
Full textAbstract:
Nous nous sommes intéressés à l’étude des mécanismes de détournement des défenses chimiques des plantes hôtes (phytoanticipines et les phytoalexines) dans le but d’identifier de potentiels déterminants du pouvoir pathogène chez Alternaria brassicicola. Les effets antimicrobiens des isothiocyanates (ITC) et des phytoalexines indoliques de crucifères sur différents paramètres de croissance de plusieurs souches d’A. Brassicicola ont tout d’abord été étudiés. Les résultats obtenus confirment l’effet inhibiteur des métabolites testés en particulier sur la germination des conidies et l’élongation des hyphes germinatives. Ils,révèlent aussi une variabilité de réponses au sein cette espèce. La réponse transcriptomique d’A. Brassicicola à l’exposition aux différents métabolites de défenses a été ensuite caractérisée. L’analyse globale du transcriptome d’A. Brassicicola exposé aux ITC et à la camalexine a permis d’identifier plusieurs gènes dont l’expression est induite également in planta, suggérant un rôle potentiel dans le déterminisme du pouvoir pathogène du champignon. Cette étude a permis également de révéler pour la première fois le mode d’action des ITC et de la camalexine sur A. Brassicicola. Les ITC agissent en générant un stress oxydatif auquel le champignon répond en enclenchant une réponse mettant en jeu différentes pompes d’efflux et l’expression de plusieurs gènes codant des glutathion transférases (GSTs). L’analyse fonctionnelle de l’une de ces GSTs nommée AbGst1p suggère que cette protéine contribue activement à la détoxication des ITC par le pathogène durant l’infection en catalysant leur conjugaison au GSH. Le mode d’action de la camalexine serait similaire à celui décrit pour les bactéries et se traduirait par des perturbations au niveau de la membrane plasmique et de la paroi. En réponse à ce stress , une surexpression de plusieurs gènes codant des pompes d’efflux est observée chez A. Brassicicola. En parallèle, une approche ciblée, visant à caractériser deux gènes candidats AbAtrA et AbAtrB codant des ABC transporteurs, a été entreprise. Les résultats obtenus montrent que l’expression de ces deux gènes est induite à la fois par différents métabolites antimicrobiens et in planta suggérant qu’ils pourraient être potentiellement impliqués dans l’expression du pouvoir pathogène d’A. BrassicicolaWe have been interested in the study of the detoxification mechanisms toward host defense compounds (phytoanticipins and phytoalexins) in order to identify potential Alternaria brassicicola pathogeniciy determinants. This work started with the evaluation of the antimicrobial effects of ITC and crucifer indolic phytoalexins on various growth parameters of several A. Brassicicola strains. The obtained results confirmed the antifungal effects of the tested metabolites mainly on conidia germination and germ-tube elongation, and reveal a response variability within the studied strains. The transcriptomic responses occurring in A. Brassicicola germinating conidia treated with different host defense compounds were then investigated. The analysis of A. Brassicicola whole transcriptome after exposure to ITC and camalexin, allowed us to identify several genes which are differentially expressed and up-regulated in planta suggesting a potential involvement during host infection. The data generated by this study throws light, for the first time, on the mode of action of ITC and camalexin. Following exposure to ITC, A. Brassicola displays a response similar to that expressed during oxidative stress, by activating the expression of several GSTs and drug efflux genes. Functional analysis of one of the ITC-induced GST named AbGst1p, suggested that this protein may actively contribute to ITC detoxification by catalyzing their conjugation to GSH during the interaction. The mode of action of the phytoalexin camalexin was similar to that described for bacteria and is suggestive of alterations in the cell wall and plasma membrane. In response to this stress, several genes coding for drug efflux pumps were upregulated. At the same time, a targeted approach was also undertaken which consisted in cloning of two ABC transporters encoding genes, AbAtrA and AbAtrB. The obtained results showed that these two genes were upregulated by different crucifer antimicrobial compounds and also during host infection suggesting that these genes are potentially involved in A. Brassicicola pathogenesis
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Hugouvieux, Véronique. "Expression de l'endopolygalacturonase de Colletotrichum lindemuthianum race Bêta, cultivé in vitro en présence de différentes sources carbonées." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30230.
Full textAbstract:
Colletotrichum lindemuthianum, champignon pathogene responsable de l'anthracnose du haricot, secrete in vitro et in planta, une endopolygalacturonase. Cette enzyme qui degrade les composes pectiques de la paroi vegetale permet a la fois la colonisation de la plante hote et l'induction de ses reactions de defense via la liberation de fragments pectiques eliciteurs. L'etude de composes presents dans les surfaces cellulaires du haricot, susceptibles de moduler la synthese de l'enzyme de c. Lindemuthianum en culture in vitro a fait l'objet de ce travail. La production de l'enzyme par le champignon a tout d'abord ete recherchee a l'aide d'outils tant biochimique, immunochimique que moleculaire, mis au point a cet effet. Ces approches complementaires ont ensuite permis de montrer qu'une seule proteine de pm 42 kda et un seul transcrit de 1,6 kb sont specifiquement induits par la pectine, substrat de l'enzyme present dans les parois de plante. Enfin l'effet inducteur de l'arabinose et du rhamnose, sur l'expression des genes d'endopolygalacturonase a ete mis en evidence pour la premiere fois chez un champignon filamenteux. En presence de ces deux sucres neutres parietaux, la production d'endopolygalacturonase est plus tardive mais plus elevee que sur le milieu pectine. Le glucose, monomere majoritaire de la paroi, lorsqu'il est ajoute aux milieux inducteurs de l'enzyme, diminue partiellement cette production dans le cas de la pectine et totalement dans le cas de l'arabinose et du rhamnose. L'activite enzymatique mesuree dans les filtrats est toujours correlee a la quantite de l'antigene de 42 kda correspondant, ainsi qu'au niveau d'accumulation du transcrit de 1,6 kb dans le mycelium. Cette etude a mis en evidence l'existence au niveau des surfaces cellulaires du haricot de molecules qui induisent ou repriment l'expression de l'endopolygalacturonase de c. Lindemuthianum, en culture in vitro. Ces molecules sont susceptibles d'etre liberees in planta au cours des premiers stades de l'infection et d'influencer ainsi le devenir de l'interaction en regulant l'expression d'un des elements du pouvoir pathogene du champignon
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Ben, Krima Safa. "Adaptation des champignons phytopathogènes à des peuplements hôtes génétiquement hétérogènes – cas du pathosystème blé dur – Zymoseptoria tritici." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASB004.
Full textAbstract:
Les variétés traditionnelles sont génétiquement hétérogènes et constituent une source de diversité contribuant à la productivité et à la stabilité des agroécosystèmes. En effet, la diversité végétale fournit des services écosystémiques, dont la réduction globale des pressions parasitaires. Pour une meilleure gestion des maladies, la compréhension des mécanismes d’interaction plante-pathogène est primordiale. Dans cette optique, j’ai étudié l’adaptation entre variétés traditionnelles tunisiennes de blé dur et populations fongiques de Zymoseptoria tritici responsable de la septoriose. Dans un premier temps, le génotypage de 14 variétés traditionnelles dites «populations», à l'aide de 9 microsatellites, a montré que la diversité génétique était aussi importante au sein des populations (45%) qu'entre les populations (54%). Cette diversité est structurée en sept groupes génétiques qui s'expliquent en partie par la combinaison « nom de variété » x « localité ». La caractérisation de 15 traits phénotypiques, dont la résistance à la septoriose, a révélé que ces populations étaient également diversifiées phénotypiquement. La résistance à la septoriose est de nature qualitative (résistance majeure) dans deux populations mais plus généralement de nature quantitative dans les autres populations. Une comparaison Pst-Fst a démontré une adaptation locale des variétés traditionnelles, soulignant des trajectoires de sélection intimement liées au territoire et pratiques des agriculteurs les cultivant. Parallèlement, un génotypage SNP à haute densité (puce TaBW35K) d’un panel de 127 individus provenant de quatre populations portant le même nom de variété ‘Mahmoudi’ a mis en évidence deux groupes génétiques partagés par les quatre populations. Ce panel d’individus a été phénotypé au champ et en conditions contrôlées pour sa résistance à une souche tunisienne de Z. tritici, ce qui a permis de conduire une analyse GWAS. Cette analyse a mis en évidence 6 loci associés à la résistance contre la septoriose sur les chromosomes 1B, 4A, 5B et 7A, dont un locus sur le chromosome 1B associé à une résistance majeure de type qualitative. La fréquence des allèles favorables à la résistance oscille entre 6 et 46% dans le panel et est variable d’une population à une autre. Côté agent pathogène, quatre populations de Z. tritici collectées sur le cultivar moderne majoritaire en Tunisie ‘Karim’ et une population collectée sur une des variétés traditionnelles ‘Mahmoudi’ ont été génotypées à l'aide de 12 microsatellites. La faible différenciation génétique entre ces populations fongiques suggère l’existence de flux de gènes importants entre localités. La population collectée sur ‘Mahmoudi’ est apparue comme étant moins diversifiée et ayant une fraction clonale plus importante que les populations collectées sur ‘Karim’, suggérant un effet significatif de l’hôte sur la diversité de Z. tritici. Des tests d'inoculations croisées ont révélé une agressivité supérieure des isolats collectés sur ‘Mahmoudi’ sur les lignées de la variété ‘Mahmoudi’ que des isolats collectés sur le cultivar ‘Karim’, interprétée comme une adaptation locale des populations pathogènes à leur hôte sympatrique. Cette adaptation a été particulièrement marquée par la période de latence des isolats, soulignant à nouveau l’importance de la résistance quantitative dans les processus adaptatifs mis en évidence. Les variétés traditionnelles tunisiennes de blé dur sont des cas concrets de populations hôtes hétérogènes limitant efficacement les épidémies de l’agent pathogène responsable de la septoriose. Les résultats obtenus suggèrent que la combinaison de gènes de résistance, principalement à effet quantitatif et occasionnellement à effet majeur, à des fréquences variables d’une variété à une autre, est la clé de la robustesse sanitaire de ces variétés. Les enseignements acquis au cours de cette étude pourront être mobilisés pour améliorer la gestion de la diversité cultivée dans d’autres environnementsTraditional varieties are heterogeneous and constitute a source of diversity, which contributes to the productivity and the stability of agroecosystems. Indeed, plant diversity provides services to a given ecosystem, including reducing disease pressure. Understanding the mechanisms underlying plant-pathogen interactions is fundamental to improve disease management. With this in mind, I studied the adaptation between traditional Tunisian durum wheat varieties and populations of Zymoseptoria tritici, the fungus responsible for Septoria Tritici Blotch (STB). Firstly, genotyping 14 traditional varieties, considered as populations, using 9 SSR, showed that genetic diversity is equally important within a population (45%) as it is between populations (54%). This diversity is structured in seven genetic groups that can be explained in part by the nested effect of the « variety name » and the « location ». 15 phenotypic traits, including resistance to STB, were characterized and showed that the populations were also phenotypically diverse. Resistance to STB is qualitative (major resistance) for two of the populations, but generally more quantitative for the other populations. A Pst-Fst comparison demonstrated a local adaptation of traditional varieties, underlining selection trajectories that are closely linked to the territory and the agricultural practices in place. Meanwhile, a high density SNP genotyping (TaBW35K array) of a panel of 127 individuals hailing from four populations all carrying the same variety name ‘Mahmoudi’ brought to light two genetic groups shared by the four populations. This panel of individuals was phenotyped for resistance to a Tunisian Z. tritici strain in a field trial and in controlled conditions. The resulting data was used in a GWAS analysis. This analysis led to the detection of 6 loci associated to STB resistance on chromosomes 1B, 4A, 5B and 7A, including a locus on chromosome 1B associated to a qualitative major resistance. The frequency of the resistant alleles oscillates between 6 and 46% and is variable between populations. On the fungus side, four populations of Z. tritici collected on modern cultivar ‘Karim’ widely cultivated in Tunisia and one population collected on traditional variety ‘Mahmoudi’ were genotyped using 12 SSR. A low level of genetic differentiation was identified between these fungal populations suggesting a significant gene flow between locations. The population collected on ‘Mahmoudi’ was less diversified and had a higher clonal fraction than the populations collected on ‘Karim’. This points towards host-effect on Z. tritici diversity. Cross-inoculation tests highlighted a higher aggressiveness of isolates collected on ‘Mahmoudi’ to ‘Mahmoudi’ lines than that of isolates collected on ‘Karim’, interpreted as a local adaptation of pathogen populations to their sympatric host. This adaptation was especially pronounced for the latency period of isolates, once again underlining the importance of quantitative resistance in the adaptive processes evidenced here. Traditional Tunisian durum wheat varieties are practical cases of heterogeneous host populations effectively limiting STB epidemics. Our results suggest that a combination of resistance genes, mainly quantitative and occasionally with a major effect, with variable frequencies from one variety to another, is key to the sanitary success of these varieties. Findings from this study can be utilized to improve our management of crop diversity in other environments
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Jobic, Cécile. "La signalisation glucose chez un champignon phytopathogène : analyses métaboliques et moléculaires." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10270.
Full text
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Manga, Bella. "Etude de la diversité de "Colletotrichum kahawae" responsable de l'anthracnose des baies et caractérisation de la résistance du caféier Arabica à cet agent pathogène." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20088.
Full textAbstract:
Colletotrichum kahawae, agent pathogene responsable de l'anthracnose des baies du cafeier arabica (coffea arabica l. ) est un fleau economiquement important pour les pays producteurs. Actuellement limitee au seul continent africain, cette maladie constitue une grave menace pour les grandes zones de production d'amerique latine. La diversite genetique des populations pathogenes des pays d'afrique de l'est et du cameroun a ete evaluee par determination des groupes de compatibilite vegetative (gcv) et a l'aide des marqueurs rapd (random amplified polymorphic dna). La caracterisation des relations hote/parasite a ete realisee a l'aide d'inoculations artificielles sur hypocotyles de semenceaux deracines et sur baies vertes detachees de cafeiers arabica. A une exception pres, tous les isolats de c. Kahawae etudies appartiennent au meme gcv. Les caracteristiques des heterocaryons sub-divisent ce groupe en deux sous groupes geographiques : les isolats provenant d'afrique de l'est d'une part et les isolats provenant du cameroun d'autre part. L'analyse de la distribution des marqueurs rapd confirme l'existence d'une differenciation genetique entre ces deux populations geographiques. Une faible diversite genetique a ete detectee dans chacune d'elles. Des tests de pathogenie realises avec les differents isolats etudies n'ont pas mis en evidence de reactions specifiques de resistance. Toutefois, differents niveaux d'agressivite entre les isolats et differents niveaux de resistance entre les genotypes ont ete observes. La resistance du cafeier arabica semble de nature non specifique et quantitative. Les resultats obtenus avec les tests sur baies vertes detachees et sur hypocotyles de semenceaux deracines classent la majorite des genotypes sensibles. Les resultats obtenus avec le test sur hypocotyles lors des evaluations des genotypes du cameroun vis-a-vis des isolats du cameroun se sont montres reproductibles. Toutefois, il n'a pas ete possible d'etablir des correlations entre les resultats obtenus par inoculations artificielles et les resultats disponibles du comportement des arbres au champ. Cependant, des genotypes presentant des caracteres de resistance vis a vis des trois methodes d'evaluations ont ete identifies et peuvent etre retenus comme des geniteurs resistants a l'anthracnose des baies.
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Guechi, Abdelhadi. "Contribution à l'étude de quelques aspects de la biologie et de la chimie du cycloconium oleaginum (cast. ), champignon parasite de l'olivier (olea europaea L. )." Rennes 1, 1990. http://www.theses.fr/1990REN1B013.
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Mauro, Marie-Claude. "Embryogénèse somatique chez Vitis vinifera cv. Cabernet-Sauvignon : application à la sélection de clones résistants à Eutypa Iata (pers. : Fr.) Tul." Toulouse, INPT, 1986. http://www.theses.fr/1986INPT010A.
Full textAbstract:
L'objectif de cette étude était d'evaluer les aptitudes de la culture in vitro a permettre la creation de clones de vitis vinifera c. V. Cabernet sauvignon resistants a eutypa lata (syn. E. Armeniacae), agent responsable de l'eutypiose. La technique de regeneration par embryogenese somatique a partir d'antheres de cabernet-sauvignon a ete mise au point et a permis l'obtention de 300 somaclones. L'amelioration a porte notamment sur le choix du clone, sur la determination pratique du stade de prelevement des antheres, sur l'apport de plusieurs composes azotes dans les milieux de culture et sur l'ablation precoce des cotyledons qui stimule le developpement des embryoides.
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Diop-Bruckler, Marguerite. "Détection précoce de Ceratocystis fimbriata F. Platani, agent du chancre coloré du platane, par le test Elisa." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20020.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail est de trouver un moyen de diagnostic precoce par le test elisa, de ceratocystis fimbriata f. Platani, agent du chancre colore du platane. Cette grave maladie sevit dans plusieurs pays du sud de l'europe, dont le sud-est de la france. Un antiserum est fabrique avec les extraits proteiques de l'isolat de c. Fimbriata entr2. Il reconnait l'antigene homologue, ainsi que d'autres isolats, au total 10, provenant de suisse ou de marseille. L'antiserum ne reconnait aucun de champignons lignivores couramment rencontres dans notre region sur platane. Sa confrontation avec 12 especes de ceratocystis issues de diverses essences forestieres ne montre de parente serologique qu'avec c. Olivacea. Donc on peut dire que l'antiserum est dote d'un bon niveau de specificite et un spectre de detection large. Dans le cas de bois peu contamine, la mise en evidence de c. Fimbriata f. Platani n'est possible que par le test elisa. Une amplification des reponses est etudiee avec le systeme biotine-avidine qui permet une hausse significative des densites optiques. Des techniques tres fines, empruntees a la geostatistique, sont etudiees pour apprecier quantitativement la repartition spatiale du parasite au sein des arbres infectes. Cette demarche indispensable a permis de raisonner un mode d'echantillonnage optimal au sein des arbres apparemment sains. C. Fimbriata f. Platani peut etre detecte par ses aromes dont la composante principale est l'acetate d'isobutyle. La validation de cette technique doit etre poursuivie sur des echantillons de bois de platane provenant d'arbres apparemment sains
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Rudelle, Jérôme. "Etude de l'eutypiose de la vigne : aspects structuraux et phytosanitaires." Poitiers, 1997. http://www.theses.fr/1997POIT2307.
Full textAbstract:
L'eutypiose est une maladie vasculaire cryptogamique due au champignon eutypa lata (ascomycetes). Ce parasite s'est considerablement implante dans la plupart des vignobles de la facade atlantique, notamment dans la region poitou-charentes et le bordelais. Nous avons d'abord montre que la structure des cellules associees aux vaisseaux (cav), largement impliquees dans le systeme de defense de la plante hote, est profondement modifiee suite a l'attaque fongique, avec notamment la formation d'un appareil de transfert. Cette modification est induite a distance car egalement observee dans les sarments ou le champignon est absent. Ensuite nous avons teste deux strategies de lutte curative. La premiere a pour ambition de rendre mobile dans la plante des fongicides efficaces in vitro contre eutypa lata mais inefficaces au champ car incapables d'atteindre le champignon apres pulverisation foliaire puisque non systemiques. Nous avons contribue a la synthese de conjugues xenobionte - acide amine dont la plupart sont reconnus par les systemes de transport des acides amines. Les xenobiontes initialement utilises etaient une serie d'acides phenoxyalcanecarboxyliques et quelques molecules a motif triazole dont l'une presente une activite fongicide faible (le 1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1h)-1,2,4-triazol-1-yl ethanol). Nous avons montre que le greffage d'un acide amine sur cette derniere ne modifie pas son activite. Ces resultats nous ont conduit a selectionner les fongicides commerciaux les plus actifs contre e. Lata. Malheureusement, le plus efficace d'entre eux (le flusilazole) ne possede pas les motifs permettant le greffage d'une fonction acide carboxylique ou d'un acide amine, d'ou la synthese de derives (ayant les motifs requis) realises par les chimistes de l'unite cnrs. Parmi ces derives, l'un d'entre eux possede une activite fongicide voisine de celle du flusilazole. La seconde strategie vise a traiter la souche par un produit penetrant et hautement actif contre e. Lata. A cet egard, l'effet synergique contre le champignon cultive in vitro, de deux molecules produites par ciba-geigy agriculture (novartis) retient l'attention. Ce travail a ete soutenu par le conseil general de la charente, la region poitou-charentes et novartis qui a demande la confidentialite de divers resultats.
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Boudra, Abdelhamid. "Protocole d'évaluation de la contamination mycotoxique. Application à la noix et à la figue." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30066.
Full textAbstract:
L'objectif de cette etude etait de definir les mecanismes de contamination fongique et mycotoxique sur deux types de fruits (la noix et la figue) afin d'aboutir a des mesures de prevention raisonnee. Pour la noix, l'etude s'est deroulee en deux etapes. Tout d'abord, l'etude de la mycoflore, au cours de trois annees successives, a permis d'isoler 338 souches appartenant a 17 genres ; 14% des souches isolees produisaient: les aflatoxines (af b1, b2, g1 et g2), l'acide kojique, l'acide penicillique, la fumonisine b1 (fb1), la citrinine, la patuline et la zearalenone ; des essais concernant leur stabilite durant la conservation ont montre que seules l'af, la fb1 et la zearalenone peuvent representer un risque mycotoxique ; enfin, la comparaison de 11 fruits secs (oleagineux et riches en glucides) a montre que le cerneau est favorable a la production d'af. La seconde etape, concernant l'etude depuis le verger jusqu'a la conservation, a montre que la contamination n'est effective qu'apres contact avec le sol, le lavage et l'enoisage. Des contaminations avec des souches toxinogenes, a certaines etapes critiques, ont confirme l'absence de risque au niveau du verger ; en revanche, la contamination fongique et aflotoxinique de la figue s'effectue a ce stade. Pour la noix, le risque mycotoxique existe quand le delai de contact au sol et celui precedant le sechage sont prolonges. Des simulations de conservation du cerneau a 5 activite en eau (a#w) ont permis de determiner une a#w minimale de 0,80 empechant tout developpement fongique. Cette strategie d'etude, decrite pour le cas particulier de la noix, peut etre transposee a d'autres substrats susceptibles d'etre contamines par les mycotoxines. Enfin, la fluorescence jaune, associee a la presence d'af et la fluorescence permet d'eliminer les figues a haut risque
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Loisel, Elise. "Étude des transporteurs ABC chez le champignon pathogène des plantes Botrytis Cinerea au cours de l'infection et en réponse à certains fongicides." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10103.
Full textAbstract:
Lors de l'interaction entre un champignon phytopathogène et une plante hôte, des molécules toxiques peuvent être générées par l'agresseur mais aussi par les réactions de défense de la plante. Par ailleurs, les champignons phytopathogènes sont exposés aux traitements chimiques utilisés au champ à des fins antifongiques. Mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la tolérance de ces microorganismes à ces molécules toxiques constitue ainsi un point important tant au point de vue des interactions plante-pathogène que de la tolérance aux produits fongicides. Les transporteurs à efflux sont décrits comme participant activement au phénomène de tolérance en exportant les molécules toxiques hors de la cellule. Chez l'agent de la pourriture grise B. cinerea, différentes approches génétiques et bio-informatiques ont conduit à l'existence de 53 transporteurs ABC, dont quatre seulement ont été caractérisés et dont le rôle dans le processus infectieux du champignon est limité. Au cours de ce travail de thèse, la mesure de la réponse transcriptionnelle de l'ensemble des gènes ABC a montré une forte mobilisation des transporteurs à efflux au cours du processus infectieux de B. cinerea, et suggère un rôle global de cette super-famille de gènes dans l'interaction. Jusqu'à aujourd'hui, les études de tolérance des champignons phytopathogènes aux fongicides rapportées dans la littérature ont été conduites in vitro. Ici, l'étude a été conduite in planta et a révélé cinq gènes codant pour des transporteurs ABC sur-exprimés en réponse au traitement fongicide. Leur implication dans la détoxication a été étudiée par une approche de mutagenèse dirigée. Cette méthode n'a cependant pas permis de conclure quant au rôle des transporteurs délétés dans la tolérance au fongicide et/ou dans la pathogénie. Enfin, des résultats contradictoires co-existent actuellement sur le lien qu'il pourrait exister entre les tolérances des champignons aux antifongiques et l'activation de la transcription des gènes codant pour les transporteurs ABC impliqués dans l'efflux de ces derniers. Dans ce travail, ce point a été exploré à l'échelle de tous les gènes ABC de B. cinerea. Leur comportement transcriptionnel a été étudié en réponse à deux fongicides de mode d'action différents, dans des conditions de culture in vitro, mais également à différents stades d'une infection. L'analyse des séquences promotrices des gènes co-régulés par ces deux produits in vitro a permis l'identification de deux motifs putatifs de régulation et suggère l'implication potentielle de plusieurs facteurs de transcription dans la réponse aux fongicides
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Cossus, Louis. "Influence des agents phytopathogènes sur la production de lipopeptides et le protéome de Bacillus subtilis." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69804.
Full textAbstract:
La bactérie Bacillus subtilis est considérée comme une solution alternative aux pesticides conventionnels pour la gestion des agents phytopathogènes. Les mécanismes de biocontrôle de cette bactérie sont multiples et reposent fortement sur la production de lipopeptides. A l'heure actuelle, l'influence des mycètes/oomycètes phytopathogènes sur la physiologie et les mécanismes de biocontrôle de B. subtilis est peu connue. L'objectif de ce projet de doctorat était d'étudier chez B. subtilis l'influence de différents mycètes/oomycètes phytopathogènes sur les mécanismes de biocontrôle et plus particulièrement sur la production de lipopeptides. Dans un premier temps, les lipopeptides produits par B. subtilis PTB185 ont été caractérisés par spectrométrie de masse et une méthode permettant leur quantification relative a été développée à l'aide d'un MALDI-TOF. Cette première étape a permis de montrer que la souche PTB185 produit de la surfactine, de l'iturine et de la fengycine. Les essais de confrontation sur gélose ont montré que l'activité antagoniste et la production de lipopeptides par B. subtilis variaient significativement (P ≤ 0.05) selon l'agent pathogène testé. Aucune corrélation entre la production de lipopeptides et l'activité antimicrobienne de B. subtilis n'a toutefois été observée. Le mycélium autoclavé des agents phytopathogènes a également influencé significativement les quantités de lipopeptides produites par B. subtilis en milieu liquide. La production de fengycine et/ou d'iturine a augmenté significativement en présence du mycélium de Botrytis cinerea, Mucor sp., Pythium ultimum ou Rhizoctonia solani, alors que l'addition de mycélium n'a pas affecté de façon significative la production de surfactine, en comparaison avec le traitement témoin. Les bactéries cultivées en milieu liquide en présence du mycélium de Mucor sp. ont causé une réduction significativement plus importante de la croissance de B. cinerea, R. solani et S. sclerotiorum, comparativement aux bactéries cultivées en absence de mycélium. Ces résultats montrent pour la première fois l'influence du mycélium autoclavé des agents phytopathogènes sur l'activité antagoniste et la production de fengycine/iturine chez B. subtilis. Une étude plus approfondie de l'influence du mycélium autoclavé et des composés extracellulaires des mycètes/oomycètes phytopathogènes sur B. subtilis PTB185 a par la suite été réalisée en protéomique. Le mycélium autoclavé de tous les agents phytopathogènes testés a fortement inhibé les protéines associées au métabolisme et à la biosynthèse de la thiamine chez la bactérie. Le mycélium autoclavé de Mucor sp. a fortement stimulé les protéines associées au « phage-like element PBSX » et fortement diminué celles du métabolisme et de la biosynthèse de la biotine. Les composés extracellulaires de P. ultimum ont diminué les protéines associées à la formation des flagelles et stimulé celles associées à la production de subtilosine. Le mycélium autoclavé et les composés extracellulaires de R. solani ont augmenté de façon importante les protéines associées à la synthèse de sidérophores. Les composés extracellulaires de S. sclerotiorum ont pour leur part très faiblement impacté le protéome de la bactérie. Les résultats de cette étude, en plus de témoigner de l'influence des interactions biotiques sur la production des lipopeptides, apportent des informations supplémentaires quant à l'influence de ces dernières sur la physiologie/les mécanismes de biocontrôle de B. subtilis. Enfin, cette étude offre de nouvelles perspectives pour optimiser le milieu de culture de B. subtilis à des fins biotechnologiques.The bacterium Bacillus subtilis is considered as a promising alternative to conventional pesticides for plant disease management. The mechanisms underlying the biocontrol properties of this bacterium are multiple and are closely related to the production of lipopeptides. Currently, little is known about the influence of plant pathogenic fungi/oomycetes on B. subtilis physiology and biocontrol mechanisms. The objective of this doctoral research project was to study the influence of fungi/oomycetes on B. subtilis biocontrol mechanisms, especially on the production of lipopeptides. In the first instance, the lipopeptides produced by B. subtilis PTB185 were characterised by mass spectrometry and a method allowing the relative quantification of these compounds was developed using MALDI-TOF instrumentation. This first step displayed the capacity of strain PTB185 to produce surfactin, iturin, and fengycin. Confrontation assays conducted on agar showed that B. subtilis antagonistic activity and production of lipopeptides vary significantly (P ≤ 0.05) according to the pathogen tested. However, no correlation between lipopeptides production and B. subtilis antimicrobial activity was observed. Autoclaved mycelia of plant pathogens were also shown to significantly influence the quantities of lipopeptides produced by B. subtilis in liquid culture. Fengycin and/or iturin were produced in significantly higher amounts in presence of mycelium of Botrytis cinerea, Mucor sp., Pythium ultimum, or Rhizoctonia solani, while addition of mycelium in the medium did not significantly affect surfactin production as compared to the control. Bacteria grown in liquid medium amended with Mucor sp. mycelium caused a significantly higher reduction of mycelial growth of B. cinerea, R. solani, and Sclerotinia sclerotiorum as compared to the bacteria grown with no mycelium. These results show for the first time the influence of autoclaved plant pathogen mycelium on B. subtilis antagonistic ability and production of fengycin/iturin. The influence of autoclaved mycelia and extracellular compounds of plant pathogenic fungi/oomycetes on B. subtilis was further investigated by proteomics. Autoclaved mycelium of all tested pathogens strongly inhibited the proteins associated with B. subtilis thiamine metabolism and biosynthesis. Autoclaved mycelium of Mucor sp. strongly increased proteins associated with the phage-like element PBSX and strongly decreased those related to biotin metabolism and biosynthesis. Extracellular compounds of P. ultimum reduced proteins associated with flagellar assembly and stimulated those related to the production of subtilosin. Autoclaved mycelium and extracellular compounds of R. solani strongly increased proteins associated with the production of siderophores. Extracellular compounds of S. sclerotiorum barely affected the proteome of the bacterium. The results of this study, besides providing additional evidence of the influence of biotic interactions on lipopeptides production, give further information on the influence of the latter on B. subtilis physiology and biocontrol mechanisms. Finally, this study provides new insights into the optimisation of the culture medium to grow B. subtilis for biotechnological applications.
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Toubia-Rahme, Hala. "Effet de l'environnement chimique sur le développement de Drechslera teres (sacc. ) shoem. , parasite de l'orge." Toulouse, INPT, 1992. http://www.theses.fr/1992INPT035A.
Full textAbstract:
L'etude de l'action in vitro d'un certain nombre de matieres actives utilisees dans le cadre d'une culture intensive d'orge, sur les differentes sequences biologiques de drechslera teres, montre que l'effet de ces produits varie selon la nature et la concentration de la matiere active, ainsi que la forme et la sequence biologique du pathogene. L'etude de l'effet du glyphosate et du paraquat a revele que ces herbicides ont une action inhibitrice sur la morphogenese des organes sclerotioides de d. Teres sur paille, aux concentrations preconisees au champ. Leur morphologie et leur myceliogenese en est affectee. L'etude in vivo en conditions controlees, fait ressortir que la majorite des matieres actives testees favorisent le developpement de la maladie et/ou la sporulation. Nous avons ensuite conduit une etude sur l'action de certaines matieres actives sur la biosynthese de phytotoxines de d. Teres et montre que le carbendazime semble stimuler la production des toxines chez la forme teres. Enfin, l'etude en plein champ montre que les produits etudies n'ont pas d'effet significatif sur le developpement de la maladie a l'exception du 2,4-d et du terpal ayant un effet inhibiteur de la forme maculata. Cependant, on observe une stimulation non significative de la maladie et de la sporulation ainsi qu'une reduction de la phase de latence avec le carbendazime. Le benomyl et le mcpp ont egalement un effet stimulateur non significatif sur la sporulation chez les deux formes du pathogene, ainsi que le soufre chez la forme teres
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Bendahmane, Boubekeur Seddik. "Contribution à la lutte chimique contre drechslera teres (Sacc. ) shoem. , agent de l'helminthosporiose de l'orge." Toulouse, INPT, 1992. http://www.theses.fr/1992INPT010A.
Full textAbstract:
L'helminthosporiose de l'orge est une maladie fongique causee par drechslera teres (sacc. ) amorphe de pyrenophora teres drechs. Apres avoir fait une etude bibliographique sur le binome orge/d. Teres, nous avons realise une etude de l'action in vitro de plusieurs fongicides sur plusieurs sequences du pathogene. A l'issue du screening, nous observons que les fongicides de contact sont efficaces sur la germination des conidies, les fongicides systemiques sur la croissance mycelienne, la soporulation de la f. Teres et, preventivement sur la morphogenese des organes sclerotioides. L'experimentation in vivo en chambre de culture et en plein champ demontre une inefficacite des fongicides de contact quand ils sont appliques preventivement plus de 48 h avant la contamination. En revanche le prochloraze montre une excellente action preventive en chambre de culture et au champ, mais son efficacite baisse sensiblement au champ sur la f. Maculata. Une etude de la localisation de d. Teres dans la semence, montre que le pathogene peut coloniser les differentes parties de la graine. L'expression de la maladie a partir de l'inoculum seminicole est sous l'influence de la temperature et de l'humidite. La f. Maculata exprime des symptomes coleoptilaires, la f. Teres des symptomes coleoptilaires mais surtout foliaires, celle-ci peut etre systemique. Enfin aucun fongicide teste n'est efficace en traitement de semences sur le pathogene
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Saint-Macary, Marie-Emmanuelle. "Biosynthèse de la cystéine et de la méthionine chez le champignon phytopathogène Magnaporthe grisea : Analyse de la méthionine synthase et des enzymes de la voie de transsulfuration." Pau, 2006. http://www.theses.fr/2006PAUU3008.
Full textAbstract:
Les champignons filamenteux pathogènes sont à l'origine de maladies dévastatrices des cultures. Des études récentes suggèrent que les champignons présentent un besoin en composés soufrés pour leur développement sur la plante. La voie de biosynthèse des acides aminés soufrés est complexe et se compose à la fois des enzymes appartenant au métabolisme défini chez les plantes et chez Saccharomyces cerevisiae. Les champignons filamenteux synthétisent le précurseur de la méthionine, l'homocystéine, à partir de cystéine par la voie de transsulfuration directe (modèle plante) mais catalysent également la synthèse de cystéine à partir de l'homocystéine par les enzymes de la voie de transsulfuration inverse (modèle S. Cerevisiae). L'étape finale de biosynthèse de méthionine, catalysée par la méthionine synthase, est commune à tous les organismes. Afin de clarifier le rôle de la biosynthèse de la méthionine dans le processus infectieux, un mutant nul pour le gène de la méthionine synthase a été créé chez Magnaporthe grisea. Ce mutant est auxotrophe pour la méthionine et est incapable de développer des lésions sur feuilles intactes ou blessées. En particulier, ce mutant est incapable de développer les hyphes d'infection nécessaires à la pénétration de la plante. Le processus infectieux est restauré par l'addition de méthionine exogène ou après complémentation par le gène de la méthionine synthase. Les champignons filamenteux pathogènes nécessitent donc une synthèse de novo de méthionine pour initier leur cycle infectieux. L'analyse biochimique des mutants nuls indiquent que l'absence de la méthionine synthase s'accompagne d'une modification profonde des pools de métabolites soufrés. En particulier, les taux de glutathion, de glutamate, de sérine et de lysine chutent pendant que l'homocystéine, le Sadénosylhomocystéine et la cystathionine s'accumulent. Ces résultats indiquent que l'augmentation d'homocystéine est détoxiquée par la voie de transsulfuration inverse mais ne peut aboutir à la conversion en cystéine. D'autre part, ces données suggèrent une inter-régulation entre la biosynthèse de méthionine et celle du glutamate. Chez les champignons filamenteux, la voie de transsulfuration directe est décrite comme la voie majoritaire de synthèse de méthionine. Cette hypothèse a été validée par la création d'un mutant nul pour le gène codant la cystathionine gamma-synthase 1 (CGS1) de M. Grisea. Néanmoins, ce mutant ne présente qu'un fort retard de croissance sur milieu minimum conduisant à une pathogénie retardée et réduite. Ces résultats confortent l'hypothèse d'un besoin de synthèse de méthionine pour l'infection mais indiquent également l'existence d'une (ou plusieurs) voie(s) supplémentaire(s) permettant ce contournement métabolique. Deux gènes peuvent être à l'origine de cette reprise de croissance : un gène codant un homologue de la CGS1, appelé CGS2, et le gène codant l'homocystéine synthase (HCS1), enzyme permettant la sulfhydrylation directe d'une molécule en C4 pour former de l'homocystéine. Les mutants nuls pour les gènes CGS2 et HCS1 sont prototrophes et totalement pathogènes sur plantes. De plus, le double mutant pour les gènes CGS1 et CGS2 présente un phénotype de croissance et une pathogénie similaire à celles du mutant simple cgs1. La CGS2 n'est donc pas impliquée dans le contournement métabolique révélé dans le mutant cgs1. En revanche, le double mutant pour les gènes CGS1 et HCS1 présente un phénotype auxotrophe et l'évaluation du pouvoir pathogène est en cours de réalisation. Toutefois, ces résultats préliminaires démontrent que le contournement métabolique observé chez le mutant pour le gène CGS1 serait le résultat de l'activité de la voie de sulfhydrylation directe catalysée par la protéine HCS1. Au vu du rôle physiologique de la voie directe dans la biosynthèse de la méthionine chez M. Grisea, la voie de transsulfuration inverse a été étudiée. Le mutant nul pour le gène CGL1 codant pour la cystathionine gamma-lyase est prototrophe et pathogène sur plante. Néanmoins, l'analyse biochimique de ce mutant révèle une forte accumulation (40 fois) de cystathionine dans la cellule fongique et suggère un rôle de la voie inverse dans le catabolisme de l'excès d'homocystéine. De plus, le mutant pour la CGL1 présente d'importantes difficultés à sporuler indiquant un rôle de cette voie pour la biosynthèse de cystéine au cours de la sporulationFilamentous fungi cause devastating diseases of agricultural crops. Recent studies highlighted a need for sulfur amino acids (methionine and cysteine) in the infectious process. To get insight into the physiological significance of sulfur amino acids biosynthesis in the infectious cycle, we have created null mutants of genes involved in the synthesis of homocysteine, cysteine and methionine by a gene deplacement strategy using a plant pathogenic model, Magnaporthe grisea. To this end the genes encoding cystathionine -synthase (CGS1, direct transsulfuration), methionine synthase and the cystathionine -lyase (CGL, reverse transsulfuration) were targeted. While suppression of the methionine synthase gene led to auxotrophy for methionine, mutants for CGS1 showed only strongly delayed growth, and mutants for CGL were prototroph on minimum medium. When tested on plants, only null mutants for methionine synthase were non pathogenic and the infectious cycle was fully restored upon addition of methionine. In the case of the null mutants for CGS1, the delay in development of disease symptoms was postulated to correspond to metabolic adaptation of the pathogen. This hypothesis was tested by analyzing single null mutants for the CGS2 gene, a homologue of CGS1 in M. Grisea, and for the HCS gene encoding homocystéine synthase which is involved in direct sulphydrylation activity for homocysteine built-up. All the single null mutants were prototroph and non pathogenic on plants. The double null mutant targeting CGS1 and CGS2 showed phenotype similar to the single mutant for CGS1. By contrast, the double mutant line for CGS1 and HCS was auxotroph and its growth was complemented by methionine. Altogether these experiments evidenced the role of the direct transsulfuration pathway in the biosynthesis of homocysteine. Biochemical analysis of the mutant for methionine synthase disclosed metabolite reorientations and molecular adaptation to remove toxic accumulated homocysteine. This compound was degraded through the reverse transsulfuration pathway with accumulation of cystathionine as an intermediate. Pleiotropic effects on glutathione, glutamate, serine and arginine pools resulted from the suppression of the methionine synthase gene. Accumulation of homocysteine led to that of adenosylhomocysteine, a potent inhibitor of the S-adenosylmethionine (SAM) dependent methylases. The built-up of SAM, favored by expression of the fungal SAM-methyltransferase gene, in presence of added methionine was a consequence of the growth restoration. Our analysis led to the finding that the reverse transsulfuration pathway is committed to homocysteine degradation when this toxic compound is in excess. Such interpretation was also confirmed through the accumulated cystathionine measured in the null mutant for CGL1 when grown in the presence of methionine. The integrated analysis of the mutants is a way to decipher the flux of sulfur in the growing pathogenic fungi during the infectious cycle
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Hugot, Karine. "Mécanismes de défense des plantes et acquisition de résistance aux champignons pathogènes : caractérisation d'effecteurs apoplastiques et étude du mode d'action de la RNase NE." Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5480.
Full textAbstract:
Chez le tabac, la résistance systémique acquise (SAR) peut être induite par une application exogène d'élicitines, une famille d'éliciteurs protéiques sécrétés par les champignons du genre Phytophthora. Dans ces conditions, le tabac est résistant à l'agent du chancre du collet, Phytophthora parasitica. Par ailleurs, durant le développement du tabac, une transition de la sensibilité vers la résistance à l'infection est observée. Les feuilles acquièrent une résistance à Phytophthora parasitica lorsque la plante passe de l'état végétatif à l'état floral. L'apparition de cette résistance n'implique pas une étape d'induction préalable par un stimulus exogène comme dans le cas de la SAR. Nous avons montré que la résistance acquise au cours du développement est corrélée à l'activation de mécanismes de défense. Nous recherchons les effecteurs des mécanismes de défense des plantes en utilisant ces deux modèles, la SAR et la résistance ontogénique. La résistance ontogénique compterait différentes composantes qui contrôlent à la fois l'initiation de l'infection et la colonisation par P. Parasitica. Nous avons mis en évidence une activité cytotoxique contre les zoospores du champignon, présente dans le compartiment extracellulaire. (. . . ) Des résultats antérieurs (. . . ) suggéraient l'implication d'activités RNases dans l'état de résistance associé à la SAR. À l'origine de ces activités, (. . . ) la RNase NE extracellulaire dont le gène est induit en réponse à l'inoculation par P. Parasitica. (. . . )
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Tremblay, Émilie D. "Nouvelle méthode de dépistage de phytopathogènes fongiques et de plantes au potentiel envahissant par métabarcodage." Doctoral thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/34417.
Full textAbstract:
Les dommages causés par les pathogènes des plantes sont une menace redoutable pour l’environnement, la diversité, ainsi que pour une partie considérable des ressources naturelles forestières et agronomiques telles que les arbres, les plantes et les récoltes. Les endroits situés à proximité des ports d’importation pour le commerce international et des sites de décharge de déchets verts sont considérés comme étant à risque pour l’introduction d’organismes exotiques et indésirables tels que des insectes, des phytopathogènes et des plantes envahissantes. Bien qu’il existe plusieurs méthodes développées et validées selon des standards établis visant à détecter certains genres préoccupants ou espèces ciblées, la plupart d’entre elles sont mal adaptées aux analyses à grande échelle ou sont limitées en ce qui concerne le nombre d’organismes différents pouvant être détectés simultanément. L’objectif principal de ce projet était de développer une méthode de détection nouvelle, plus rapide, à haut débit, hyper sensible et couvrant de plus grandes superficies afin de contribuer à l’amélioration des méthodes de dépistage et de lutte contre les phytopathogènes et les espèces envahissantes. Le projet a tiré avantage d’enquêtes en entomologie d’envergure nationale et préétablies par l’Agence Canadienne d’Inspection des Aliments en réutilisant les liquides de préservation provenant de pièges à insectes. Ces pièges, en plus de pièges à spores et de pièges à granules de pollen issus du butinage par des abeilles, ont été utilisés pour recueillir des échantillons environnementaux à travers le Canada. Le développement d’un pipeline bio-informatique adapté aux types d’organismes recherchés a permis de supporter et d’analyser efficacement les grandes charges de données produites par la plateforme de séquençage de nouvelle génération (SNG) Ion Torrent. De plus, la conception d’amorces de fusion a conféré un pouvoir de multiplexage significatif aux analyses. Le pipeline intégré au métabarcodage a permis d’effectuer la biosurveillance d’entités phytopathogènes fongiques et oomycètes, de plantes envahissantes ainsi que de localiser des régions géographiques d’intérêt où des organismes indésirables ont été trouvés. Les résultats suggèrent l’existence de pathosystèmes entre des insectes xylophages et des maladies fongiques n’ayant jamais été reportés auparavant. De plus, certains pathogènes fongiques et leurs plantes hôtes ont été trouvés dans les échantillons de granules de pollen, et les espèces de plantes identifiées par SNG corroboraient avec l’identification visuelle des plantes ayant été effectuée sur le terrain. Certains des résultats obtenus par métabarcodage ont été validés avec des tests qPCR spécifiques à certaines espèces cibles, ce qui a confirmé le pouvoir et la sensibilité de cette nouvelle méthode. Par exemple, de minimes quantités de propagules d’espèces de Phytophthora spp. ont été obtenues. Plusieurs espèces faisant partie de genres préoccupants ont été détectées, dont les champignons phytopathogènes Heterobasidion annosum s.s., H. abietinum/H. parviporum, Leptographium spp., Ophiostoma spp., Gremmeniella spp. et Geosmithia spp. et les oomycètes phytopathogènes Peronospora spp., Pythium spp. et Phytophthora spp. Ces résultats prometteurs indiquent que des organismes de réglementation de partout dans le monde pourraient ajouter cette méthode de métabarcodage à leur boîte à outils servant à faire la biosurveillance et la détection d’espèces réglementées. Dans le cas où des zones nécessitant des enquêtes approfondies étaient localisées selon les résultats de métagénomique, des tests qPCR ou tout autre test validé demeurent essentiels, surtout lorsqu’il s’agit d’identifier des espèces critiques comme des ravageurs réglementés. En outre, comme les technologies de séquençage évoluent continuellement, elles produisent des données dont la qualité s’améliore constamment, et ce, à moindre coût. Par conséquent, il est anticipé que la qualité des bases de données sur lesquelles repose le métabarcodage se perfectionne du même coup, permettant également d’augmenter la capacité de résolution de la nouvelle méthodologie décrite.Damage caused by plant pathogens represents a devastating threat to the environment, diversity, and a significant part of natural forest and agronomic resources such as trees, plants, and crops. Areas that are in close proximity to international trade ports and green waste disposal facilities are considered high-risk introduction sites for exotic and unwanted organisms such as insects, phytopathogens, and invasive plants. Although there are many standard methods developed to detect numerous specific genera of concern or target species, most are ill-suited for large-scale screening, or are limited in the number of different organisms that can be assessed at a time. The main objective of this project was to develop a new detection method which is fast, high-throughput, highly sensitive, and targets vast survey areas, in order to contribute in the improvement of the methods for screening and battling of phytopathogens and invasive species. Spore traps, insect traps, and honeybee-foraged pollen clusters were used to collect environmental samples across Canada. The project took advantage of entomology surveys conducted by the Canadian Food Inspection Agency by reusing preservative fluids from those insect traps. The development of a bioinformatics pipeline customized for the types of organisms screened allowed for the handling and efficient analysis of the large data loads produced with the Ion Torrent next-generation sequencing (NGS) platform. Additionally, the design of fusion primers conferred the analyses a significant multiplexing power. Integrating the pipeline to metabarcoding allowed for the biosurveillance of fungal and oomycete phytopathogens, as well as invasive plants, and pinpointing geographical regions of concern where unwanted species were found. Results suggest the existence of wood-boring insects and fungal diseases pathosystems never previously reported. In addition, certain fungal pathogens and their plant hosts were detected from the pollen cluster samples, and the plants species identified by NGS corroborated the records of the visual plant inspections performed in the field. Some of the metabarcoding results were validated with some species-specific qPCR assays, which confirmed the power and the sensitivity of this new method. For example, very low levels of some Phytophthora species propagules could be detected. Multiple species within genera of concern were identified, including the plant pathogenic fungi Heterobasidion annosum s.s., H. abietinum/H. parviporum, Leptographium spp., Ophiostoma spp., Gremmeniella spp., and Geosmithia spp., and the oomycetes Peronospora spp., Pythium spp., and Phytophthora spp. These promising results indicate that regulatory agencies across the world could combine our new metabarcoding approach to their regulated species monitoring and detection toolbox for biosurveillance and screening. In the case where areas requiring further inquiries are pinpointed based on the metagenomics results, qPCR or alternate validated assays remain essential, especially to resolve the identification of critical species such as regulated pests. Furthermore, given that constantly evolving sequencing technologies yield increasing quality data continually, and at reduced costs, it is anticipated that the quality of the databases on which metabarcoding relies will improve at the same time, therefore increasing the resolving capacity of the new method described.
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Grosjean, Marie-Claire. "Classification et identification des espèces du genre Pythium, champignons phytopathogènes du sol, par l'analyse de l'espace interne transcrit de l'opéron ribosomique." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10098.
Full textAbstract:
Pythium est un champignon du sol implique dans les fontes de semis, les necroses racinaires et les pourritures de semences d'un grand nombre de plantes. Ce genre forme avec le genre phytophthora la famille des pythiacees (ordre des peronosporales classe des oomycetes). Le genre pythium contient de nombreuses especes dont l'ecologie, la pathogenie et la resistance aux fongicides sont tres differentes. La taxonomie de pythium a ete basee jusqu'a present sur des criteres morphologiques et 85 especes ont ete decrites par van der plaats niterink (1981). L'identification d'une espece sur la base de criteres morphologiques est tres delicate et il etait necessaire de determiner de nouveaux criteres de caracterisation pour clarifier la taxonomie du genre et simplifier l'identification des especes. L'analyse des sequences nucleotidiques de l'espace interne transcrit 1 (its1) de l'operon ribosomique de 40 especes de pythium choisies de facon representative dans les groupes morphologiques a permis d'etablir une nouvelle classification. Les especes de pythium ont ete separees en trois groupes: (1) les especes a sporanges filamenteux; (2) les especes a elements spheriques; (3) les especes a sporanges proliferants. Ce troisieme groupe n'a presente ni les caracteristiques de l'its1 specifiques des pythium, ni celles de phytophthora et l'hypothese d'un nouveau genre chez les pythiacees a ete posee. Les sequences nucleotidiques de l'its1 du groupe des especes a sporanges filamenteux sont plus homogenes que celle du groupe des especes a elements spheriques. Elles ont permis de regrouper les especes presentant des similitudes morphologiques et de definir une importance hierarchique a donner aux criteres morphologiques. Les especes dont les caracteristiques morphologiques sont proches et les sequences nucleotidiques de l'its1 semblables ont ete declarees synonymes et la notion de complexe d'especes a ete rehabilitee. La connaissance de la sequence nucleotidique de l'its1 a permis d'etablir une methode simple de caracterisation des especes de pythium basee sur les profils de restriction de cette region du genome amplifiee par la reaction en chaine de la polymerase (pcr). La detection de pythium aphanidermatum dans une plante a ete possible par amplification de l'its1 a partir d'adn extrait de plantes contaminees et par identification de l'espece en cause par le profil de restriction specifique ou par une sonde oligonucleotidique specifique
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Vautard-Mey, Géraldine. "Expression et compartimentation du répresseur glucose CRE1 du champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10022.
Full textAbstract:
Ce travail traite de la caractérisation des mécanismes gouvernant la synthèse et l'activité du régulateur transcriptionnel CRE1 codant chez le champignon phytopathogène sclerotinia sclerotiorum. Afin d'isoler le gène CRE1 codant pour le répresseur glucose de S. Sclérotiorum, un fragment d'ADN génomique a été amplifié à l'aide d'oligonucléotides dégénérés et utilisé comme sonde pour cribler une banque d'ADN génomique. Le gène CRE1 ainsi isolé a été cloné et séquencé. Des expériences de complémentation de mutants déficients ont montré que CRE1 est l'équivalent fonctionnel de CREA d'A. Nidulans mais ne complémente pas les déficiences MIG1 et MIG2 chez S. Cerevisiae. Les analyses en Northern Blot ont montré que le taux de transcrits CRE1 varie en fonction de la source carbonée et du PH extracellulaire. L'effet PH apparaît indépendant de Pacc, seul régulateur transcriptionnel impliqué dans la régulation PH, identifié chez les champignons filamenteux. La protéine de fusion GST::CRE1 purifiée a été utilisée pour produire des anticorps polyclonaux. Les analyses en SDS-PAGE et Western Blot ont mis en évidence l'induction de la synthèse de CRE1 en présence de glucose et sa stabilité après transfert dans des conditions non inductrices (milieu pectine), suggérant l'existence de régulations post-traductionnelles. Les expériences de fractionnement cellulaire et les analyses en Western Blot ont montré la localisation nucléaire de CRE1 en présence de glucose et son export dans la cytosol après transfert en milieu pectine. L'observation microscopique de transformants d'A. Nidulans exprimant la fusion GFP::CRE1 a suggéré que la régulation de la compartimentation du répresseur glucosé est conservée chez les ascomycètes filamenteux. Cinq sites potentiels de phosphorylation par les sérine-thréonine kinases de type AMPK ont été identifiés dans la séquence peptidique déduite de CRE1. Les sérines phosphorylables ont été remplacées par des alanines dans la fusion GFP::CRE1 par mutagén-se dirigée. L'une des mutations abolit l'activité répresseur de la protéine de fusion mais n'affecte pas la régulation de sa compartimentation. L'activité du répresseur CRE1 pourrait par conséquent être contrôlée indépendamment par les changements de localisation subcellulaire et de phosphorylation de la protéine.
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Wilarso, Budi R. "Isolement et caractérisation de bactéries compatibles avec la mycorhization et antagonistes avec les champignons pathogènes du sol : application à la production d'inoculum mycorhizogène." Dijon, 1999. http://www.theses.fr/1999DIJOS012.
Full textAbstract:
La difficulté à produire et à conserver de l'inoculum mycorhizogène a arbuscules (MA) indemne de contaminants nous a conduit à mettre au point une méthode d'obtention d'inoculum mère de Glomus mosseae sur du sorgho en utilisant des sporocarpes stérilisés a la surface. Des faibles doses de cet inoculum obtenues in vitro se sont révélées suffisantes pour une production en pot avec formation de nombreux sporocarpes (indicateurs de la qualite). La méthode mise au point de désinfection à la surface des sporocarpes n'a pas toujours permis d'éliminer les bactéries associées a ces structures fongiques ; parfois nous en avons trouvé dans l'inoculum mère obtenu in vitro. Huit types de bactéries ont été isolées et analysées pour leurs effets antagonistes vis-à-vis de 7 champignons pathogènes telluriques (phytophthora parasitica, fusarium oxysporum, f. Culmorum, aphanomyces euteiches, chalara elegans, pythium sp. , rhizoctonia solani). Une de ces bactéries (B2) a montré une activité antagoniste très élevée vis-à-vis de P. Parasitica in vitro et in planta. Elle inhibe la germination de zoospores, la croissance des hyphes et la production de sporanges. La caractérisation de l'activité antagoniste de B2 a montré qu'elle secrète des enzymes cellulolytiques, protéolytiques, chitinolytiques et pectinolytiques, mais également une molécule de faible poids moléculaire (2300 daltons) ayant une forte activité antagoniste. L'analyse moléculaire de la petite sous-unité ribosomique a montré que B2 appartient au genre paenibacillus, avec une très forte homologie avec paenibacillus azotofixans et aussi, d'après le test API, avec paenibacillus polymixa. Nous avons donc nommé cette bactérie paenibacillus sp. Souche B2. Cette bactérie s'est révélée compatible avec des champignons MA in planta, voire capable de stimuler leur développement. Son incorporation dans un substrat de mycorhization a permis d'améliorer la production d'inoculum in vivo, ce qui ouvre des perspectives d'application fort intéressantes.
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Roy, Sébastien. "Mise en évidence et caractérisation d'une activité phospholipase dans le tabac (Nicotiana tabacum) au cours de l'interaction avec un champignon phytopathogène, Phytophthora parasitica var. Nicotianae." Toulouse 3, 1995. http://www.theses.fr/1995TOU30091.
Full textAbstract:
Les travaux presentes portent sur l'etude de l'intervention de phospholipases, enzymes catalysant l'hydrolyse des phospholipides membranaires, lors des etapes precoces de l'interaction entre le tabac et le champignon phytopathogene. L'action conjointe de ces proteines et de la lipoxygenase, enzyme induite lors de l'interaction, est susceptible de participer a la transduction des signaux conduisant a l'induction de defenses dans la plante hote, via la liberation de produits derives d'acides gras polyinsatures (acide jasmonique, aldehydes volatils,). La premiere partie de ce travail concerne la mise au point du systeme biologique et des conditions de mesure de l'activite phospholipase, ainsi que l'etude des variations de cette derniere en reponse a differents inducteurs potentiels. Les resultats montrent que des eliciteurs extraits de la paroi du champignon induisent dans les cellules et les plants de tabac une activite phospholipase, causant la liberation d'acides gras. Celle-ci est aussi stimulee, de maniere race-cultivar specifique, dans les plantes infectees par les zoospores de l'agent pathogene. Cette etude permet d'evaluer le role potentiel de cette enzyme dans la defense du tabac vis-a-vis du champignon. La deuxieme partie consiste en la purification et la caracterisation des proteines responsables de cette activite. L'utilisation de techniques chromatographiques et electrophoretiques a permis d'obtenir une preparation hautement enrichie en phospholipases. De plus, certaines caracteristiques physicochimiques de ces enzymes sont precises: specificite de substrat, nature des produits formes, effet de cations divalents et du ph sur l'activite, point isoelectrique, km et vm. L'ensemble de ces travaux constitue une contribution originale a l'etude d'une activite enzymatique encore peu caracterisee chez les vegetaux, mais dont l'importance dans les systemes de transduction et de defense est bien etablie dans les cellules animales
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Boudjeko, Thaddée. "Quelques indicateurs de résistance dans la relation parasitaire Xanthosoma sagittifolium L. Schott (Macabo) / Pythium myriotylum." Rouen, 2003. http://www.theses.fr/2003ROUES007.
Full textAbstract:
L'analyse de quelques métabolites et systèmes enzymatiques dans les racines de macabo (Xanthosoma sagittifolium) infectées par Pythium myriotylum a montré que la teneur en acides aminés augment après infection et la glycine est préférentiellement accumulée dans les racines infectées. Un balayage spectrophotométrique des composés phénoliques solubles depuis 200 jusqu'à 450 nm montre l'apparition d'un pic autour de 350 nm propre au cv jaune (résistant). Par ailleurs, de façon constitutive il y a plus de peroxydases dans les racines du cultivar jaune que chez les autres cultivars. En PAGE on a recensé après infection, trois activités acides solubles et trois activités acides liées ioniquement aux parois. La focalisation isoélectrique nous a permis de recenser deux isoperoxydases cationiques et deux neutres liées à l'infection. L'activité PAL augmente de 270% dans les racines du cv jaune. De même, l'analyse des profils IEF des PMEs a montré qu'il y avait apparition de deux isoformes cationiques dans les racines du cv jaune. L'analyse microscopique a montré que la colonisation des racines s'accompagne d'une altération des pectines de faible degré d'estérification et que la plante réagissait par des dépôts de callose et de cellulose au niveau des parois et par accumulation des composés denses aux électrons en MET dans les cellules du parenchymeThe analysis of some metabolites as well as some enzymatic systems in the roots of cocoyam (Xanthosoma sagittifolium) infected by Pythium myriotylum shows that total soluble amino acids increase after infection and the amino acid accumulated in the infected roots of cocoyam seems to be glycine. The absorbance screened between 200 and 450 nm of soluble phenolic compounds shows the appearance of a peak at about 350 nm proper to yellow cv (resistant). Biochemical analyses also enabled us to noted that, constitutively there is more peroxydases in the roots of the yellow cv than in the other cultivars. In PAGE we recorded three soluble acid activities and three acid activities ionically bound to the walls. The IEF profile analyses revealed two cationic and two neutral (pI 6. 67 and 7) isoperoxydases. An essay of PAL activity showed an increase of up to 270% of this activity in the roots of yellow cv. Similarly, analysis of the IEF profiles of PMEs revealed the appearance of two cationic isoforms in the roots of the yellow cv. The ultrastructural analysis of the cocoyam / P. Myriotylum relationship showed that the colonisation of roots following pathogenic attack is accompagnied by the deterioration of the pectin of low degree of esterification and plant reacts by deposing appositions rich in callose and cellulose on the cell walls and by accumulation in the vacuoles of the cortical parenchyma cells of compounds electron dense to transmission electronic microscopy
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Perret, Jacky. "Etude de protéoglycanes inducteurs de résistance chez le blé, de glucanes antitumoraux et antigéniques isolés de champignons phytopathogènes et de mycobactéries." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10171.
Full text
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Vacher, Sébastien. "La signalisation glucose chez le champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum : caractérisation du gène snfS codant pour une protéine kinase." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10149.
Full textAbstract:
Le champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum peut attaquer et macérer un grand nombre d'espèces de plantes grâce à la sécrétion d'une collection d'enzymes lytiques. L'expression de la majorité des enzymes dégradatives de la paroi des plantes est régulée au niveau transcriptionnel et soumis à la répression glucose contrôlée par CRE, un homologue de Mig1p. Chez la levure, la fonction de Mig1p est modulée par phosphorylation due à la protéine kinase Snf1p en réponse aux modifications de conditions environnementales. Cette kinase intervient aussi dans de nombreux phénomènes généraux comme la méiose ou le vieillissement cellulaire. Nous avons cloné le gène snfS de S. Sclerotiorum dans le but de remonter la cascade de signalisation qui indique au champignon la présence de glucose dans le milieu. Le gène snfS code pour une protéine de 765 acides aminés au Pi théorique de 7,4 qui possède toutes les structures caractéristiques d'une sérine thréonine protéine kinase. L'étude en RT-PCR a montré que snfS est exprimé durant la pathogenèse et durant la phase saprophyte à un niveau constant caractéristique d'une expression constitutive. Le cDNA de snfS peut complémenter partiellement le mutant snf1 de la levure car les cellules complémentées ne peuvent utiliser toutes les sources de carbone assimilées par les cellules sauvages. La régulation de l'activité de Snf1p chez la levure est liée à des interactions entre deux différents domaines de la protéine et des sous-unités du complexe enzymatique. En double hybride, des interactions entre deux protéines SNFS ont été détectées et elles interviennent au niveau du domaine régulateur mais pas entre les deux domaines de la protéine. Enfin, la protéine fusion SNFS::GFP apparaît localisée dans tout le cytoplasme et la localisation est partiellement sous le contrôle de la source de carbone présente dans le milieu. Tous ces résultats indiquent que la régulation des homologues SNFS chez la levure et le champignon filamenteux est différente.
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Safraoui, Adil. "Synthèse et mécanisme d'hydrolyse d'une série de phénylcarbazates : évaluation des activités phytotoxiques et fongitoxiques." Toulouse, INPT, 1991. http://www.theses.fr/1991INPT037G.
Full textAbstract:
Une serie de 51 phenylcarbazates d'alkyle ou d'aryle a ete synthetisee. Le noyau phenyle est substitue par des groupements nitro, halogene, alkyle ou haloalkyle. Certains de ces composes sont substitues sur l'un ou l'autre des deux atomes d'azote. Les proprietes physicochimiques qui caracterisent ces composes ont ete determinees. Le mecanisme d'hydrolyse de ces composes a ete elucide a partir d'une etude cinetique en milieu alcalin, dans un melange eau-dioxane (3:1, v/v). Le profil du logarithme de la constante de vitesse du pseudo premier ordre kobs en fonction du ph, l'entropie d'activation de -40 cal. Mole1. K1, l'effet isotopique de solvant k2(h2o)/k2(d2o) de 3,7, l'effet des groupes partant et celui des substituants sur le noyau aromatique sont en accord avec le schema reactionnel b#a#c2. Les evaluations de l'activite herbicide font apparaitre que les composes 3,5-dichlorophenylcarbazate de methyle et 2,4,6-trichlorophenylcarbazate de trichloroethyle sont des inhibiteurs de croissance pour les tests en post-levee et pour les tests in vitro sur suspension de cellules d'erable. D'autre part, les tests en pre-levee font ressortir une bonne inhibition de croissance pour les esters de methyle des n,n-diphenylcarbazate et 2,4-dinitrophenylcarbazate. Certains composes ont montre une activite antifongique. Les tests in vitro sur des souches candida et aspergillus presentent des cmi de 5 a 10 g/ml
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Fruit, Laetitia. "Etude des facteurs d'efficacité d'un agent de lutte biologique (Ulocladium atrum) pour la protection des plaies d'effeuillage sur tomate contre Botrytis cinerea." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10030.
Full textAbstract:
La pourriture grise causée par l'agent pathogène Botrytis cinerea est l'un des problèmes majeurs rencontrés sur cultures de tomates sous abris. Les symptômes sur tiges, souvent liés aux pratiques culturales, sont difficiles à maîtriser. La protection des cultures repose essentiellement sur l'utilisation de produits chimiques dont l'efficacité est restreinte. De nouvelles stratégies de lutte sont nécessaires. L'alternative la plus prometteuse est basée sur le développement de méthodes de lutte biologique. Dans ce contexte, l'objectif du travail de thèse a été d'évaluer le potentiel d'un champignon saprophyte du sol Ulocladium atrum pour la protection des plaies d'effeuillage sur tomate contre B. Cinerea. Les principaux facteurs régissant l'efficacité de cet antagoniste ont été étudiés. Les paramètres micro-climatiques tels que l'humidité relative et la température de l'air jouent un rôle important dans le développement de B. Cinerea. L'efficacité de U. Atrum a donc été quantifiée pour 18 régimes température - humidité relative correspondants aux conditions prépondérantes dans les cultures sous serre. Les phases clés du processus épidémiologique ont été considérées:Installation de B. Cinerea sur les plaies d'effeuillage, Expansion des lésions sur tige et Sporulation sur tissus infectés. U. Atrum a limité efficacement l'infection des plaies et s'est révélé capable d'inhiber ou de limiter le développement de chancres sur tiges et la production de spores indépendamment des conditions d'incubation. Cette efficacité a été confirmée en conditions de production sous serres. Parmi les autres facteurs d'efficacité étudiés, la dose d'application de l'antagoniste était le facteur le plus significatif. Une concentration d'antagoniste 10 fois supérieure à la dose de B. Cinerea inoculée permet une protection très efficace des tiges. L'intervalle de temps après effeuillage séparant l'application de l'antagoniste et l'inoculation avec B. Cinerea était aussi un facteur clé de l'efficacité de la protection biologique. La protection des tiges a été totale lorsque l'antagoniste était appliqué jusqu'à 3 heures après B. Cinerea. L'ensemble des résultats obtenus au cours de cette étude permettent de considérer U. Atrum comme un micro-organisme prometteur pour la protection biologique de la tomate contre B. Cinerea.
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Geistodt-Kiener, Aude. "Étude du rôle des métabolites secondaires fongiques dans les interactions plante-agents pathogènes." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASB031.
Full textAbstract:
Les métabolites secondaires sont de petites molécules produites par les plantes et les micro-organismes. Pour la grande majorité d'entre eux, leurs fonctions sont inconnues, mais ils jouent probablement un rôle clé dans l'adaptation des organismes à leur environnement. Chez les champignons phytopathogènes, plusieurs clusters de gènes de biosynthèse (BGC) de métabolites secondaires sont induits spécifiquement pendant l'infection des plantes. Ces métabolites peuvent être des toxines qui aident à l'infection des plantes ou peuvent agir comme des effecteurs pour supprimer l'immunité des plantes. L'objectif de cette thèse est d'étudier le rôle des métabolites fongiques dans les interactions entre les plantes et les agents pathogènes en utilisant deux modèles fongiques : Botrytis cinerea, un champignon nécrotrophe responsable de la pourriture grise, et Colletotrichum higginsianum, l'agent hémibiotrophe causant l'anthracnose des Brassicacées. Le principal obstacle est l'impossibilité d'isoler les métabolites secondaires fongiques produits lors de l'infection de la plante à partir de cultures axéniques. Pour lever ce verrou une approche novatrice, basée sur l'expression hétérologue de BGC chez la levure, a été développée. Cette méthode consiste à introduire dans la levure tous les gènes d'un BGC codant pour les enzymes requises pour synthétiser les métabolites d'intérêt. Dans ce système, tous les gènes du BGC sont mis sous le contrôle d'un même promoteur au sein d'un plasmide polycistronique. Le plasmide est ensuite introduit dans une levure optimisée pour la synthèse de métabolites. Pour valider cette approche, le BGC 16 de C. higginsianum, censé produire les molécules de la famille des colletochlorins, a été exprimé dans le système hétérologue. Les levures exprimant le BGC 16 ont été cultivées en milieu liquide et les métabolites ont été extraits du filtrat et du culot cellulaire et analysés par HPLC-MS, révélant la production de colletochlorins. Ce résultat permet de lier le BGC 16 et la synthèse de colletochlorins et donne de nouveaux éléments sur la voie de biosynthèse de ces molécules. Cet outil permettra d'exprimer des BGC dont le produit est inconnu et facilitera la découverte de nouvelles molécules, de leurs activités biologiques et de leur rôle écologique. Dans une deuxième partie, le rôle du BGC contenant la polykétide synthase BcPKS8 de B. cinerea dans l'infection a été exploré par une approche fonctionnelle. Ce BGC est plus spécifiquement exprimé pendant la phase précoce d'infection des baies de raisin et des tomates. Il est conservé dans toutes les espèces de Botrytis séquencées à ce jour, ainsi que dans Sclerotinia sclerotiorum et dans plusieurs espèces d'ascomycètes interagissant avec les plantes. Néanmoins, le polykétide produit par ce BGC est inconnu. Son rôle dans le processus d'infection a été testé à l'aide de la génétique inverse. Des tests d'infection de mutants nuls sur des baies de tomate ont montré que le polykétide produit est nécessaire pour une virulence complète. Ce mutant possède aussi une sensibilité accrue au stress osmotique indiquant un rôle potentiel du BGC Bcpks8 dans la résistance à ce stress. Pour évaluer la chronologie de l'expression de Bcpks8 avec exactitude, une souche rapportrice a été créée en fusionnant un gène codant une protéine fluorescente au promoteur de BcPKS8. Cette lignée rapportrice révèle une induction de Bcpks8 dans les premiers stades de la formation des coussins d'infection, une structure du champignon formée d'appressoria multiple impliqué dans la pénétration de la plante. L'expression hétérologue de l'ensemble du cluster a aussi été initiée pour déterminer la structure du polykétide. Les travaux de cette thèse apportent des outils qui devraient grandement faciliter l'étude des métabolites secondaires de champignons phytopathogènes. Ils soulignent également le rôle important de ces métabolites dans l'infection à travers l'exemple concret du BGC Bcpks8 de B. cinereaSecondary metabolites are small molecules produced by plants and micro-organisms such as bacteria and fungi. For the vast majority of these metabolites, their functions are unknown, but they probably play key roles in adaptation of the organism to its environment. In plant pathogenic fungi, a large proportion of biosynthetic gene clusters (BGC) responsible for producing secondary metabolites are induced specifically during plant infection. These metabolites can be toxins that help plant infection (especially in necrotrophic fungi) or may act as effectors to suppress plant immunity (in particular for biotrophic and hemibiotrophic fungi). The aim of this PhD was to study the role of fungal metabolites in plant-pathogen interactions using two fungal models: Botrytis cinerea, a necrotrophic fungus that causes the grey mould disease, and Colletotrichum higginsianum, the hemibiotrophic agent of anthracnose disease of Brassicaceae. The main bottleneck is to produce and isolate fungal secondary metabolites from axenic cultures. To overcome this problem, an innovative approach was used based on the heterologous expression of BGCs in yeast. This method consists of introducing into yeast all the genes of a cluster encoding the enzymes required to synthesize the metabolites of interest. In this system, each gene is put under the control of a single promotor in a polycistronic plasmid. The plasmid is then introduced and expressed in an engineered yeast adapted for polyketide or terpene synthesis, depending on the BGC key gene. To validate this approach, the C. higginsianum BGC16, predicted to produce the colletochlorin family of molecules, was expressed in the heterologous system. Yeast expressing BGC16 were cultivated in liquid medium, and metabolites extracted from the supernatant and cell pellet were analyzed by HPLC-MS, revealing that the colletochlorin metabolites were successfully produced. The findings validate that the enzymes encoded by BGC16 are functional in yeast and are responsable for colletochlorin synthesis, and also give new insights into the biosynthetic pathway. In the future, application of this tool to BGCs for which the product is unknown will facilitate the discovery of new molecules and biological activities, providing a better understanding of their role in interactions with the plant host. In a second part, the role of a BGC containing the polyketide synthase BcPKS8 from B. cinerea was explored using a functional approach. This BGC is specifically expressed during the early stage of infection of grape berries and tomatoes. It is conserved in all Botrytis species sequenced to date and in Sclerotinia sclerotiorum, as well as numerous other plant-interacting ascomycete fungi. However, the polyketide produced by this BGC is unknown. Its role in the infection process was tested using reverse genetics. Infection assays of null mutants on tomato berries showed the polyketide product is required for full virulence. This mutant was also more sensitive to osmotic stress than the wild-type, suggesting a potential role of the BGC in resistance to this stress. To determine the exact chronology of expression of BcPKS8 during host infection, a reporter strain was made by fusing a gene encoding a fluorescent protein to the promoter of BcPKS8. The reporter gene was specifically induced during the early formation of infection cushions, a multiple appressorium-like structure involved in host penetration. The heterologous expression of the whole gene cluster in yeast has been initiated to determine the structure of the polyketide.This PhD provides tools that should greatly facilitate the study of secondary metabolites of phytopathogenic fungi. It also highlights their important role in plant infection through the concrete example of BGC Bcpks8 of B. cinerea
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Théodore, Maguy. "Étude des effets suppressifs des composts de résidus de sucrerie de cannes (Saccharum officinarum) sur la mycoflore phytopathogène." Toulouse 3, 1995. http://www.theses.fr/1995TOU30125.
Full textAbstract:
Ce memoire traite d'abord de la preparation de composts a partir de residus de sucreries de cannes tels que la bagasse, les ecumes et les vinasses puis de leur receptivite a deux agents phytopathogenes, redoutables en conditions tropicales humides: sclerotium rolfsii et pythium aphanidermatum. L'evolution du compostage en andains, de melanges de ces residus, peut etre appreciee par le suivi de la dynamique de la microflore et de la mycoflore des substrats. Les composts obtenus ne sont pas phytotoxiques et ne renferment pas de parasites du systeme racinaire des plantules de concombre, de laitue, de poivron et de tomate. Ces composts sont suppressifs vis-a-vis de s. Rolfsii et de p. Aphanidermatum. Dans le cas de s. Rolfsii, ils reduisent la survie des sclerotes et la gravite des attaques de ce champignon sur lentille. Cette suppression fait intervenir des substances inhibitrices contenues dans les ecumes et des microorganismes antagonistes, vraisemblalement gliocladium virens et trichoderma harzianum, dont certains isolats affectent la germination et la neoformation des sclerotes, ainsi que l'extension du mycelium de s. Rolfsii. La suppression de p. Aphanidermatum resulte egalement de l'action antagoniste de la microflore. La mycoflore de ces composts, composee principalement de populations d'aspergillus sp. , de geotrichum sp. Et de pythium sp. , est impliquee, pour une grande part, dans l'effet suppressif obtenu. Le mecanisme intervenant dans cette suppression est une competition pour l'espace: ces champignons limiteraient l'installation du p. Aphanidermatum dans le compost
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Alignan, Marion. "Phoma du tournesol : déterminisme de la tolérance de l'hôte à la maladie." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2006. http://oatao.univ-toulouse.fr/7456/1/alignan.pdf.
Full textAbstract:
La maladie des taches noires du tournesol, dont l'agent responsable est le champignon Phoma macdonaldii, n'a jusqu'alors été que très peu étudiée. En France, si son apparition remonte au début des années 1980, elle provoque aujourd'hui des dégâts de plus en plus inquiétants. Elle a été classée, en 2004, deuxième maladie plus importante après le Mildiou, par les acteurs de la filière tournesol. Aucun génotype de tournesol n'a pu à ce jour être répertorié comme résistant à la maladie ; nous ne disposons que de génotypes tolérants. Nos travaux, qui se sont orientés selon trois axes, ont permis de mettre en évidence différents points : - Une étude histologique a révélé que le premier frein à la pénétration du champignon dans les cellules de l'hôte semble être des ornementations cuticulaires particulières plus prononcées chez le génotype tolérant par rapport au génotype sensible. Une cinétique de l'infection a également été réalisée. - L'étude des phytoalexines du tournesol, la scopolétine et l'ayapine, a permis de mettre en évidence que ces dérivés coumariniques ont un effet inhibiteur important sur la germination du champignon, et que l'ayapine est également capable d'inhiber la croissance de Phoma macdonaldii. De plus, le dosage de la scopolétine in planta, à différents temps après contamination par le Phoma, a prouvé que la molécule présentait un niveau de synthèse et d'accumulation jusqu'à deux fois plus élevé chez le génotype tolérant étudié par rapport au génotype sensible. - Enfin, grâce à la mise au point d'une puce à ADN composée de 1000 unigènes, dont plus de 100 gènes impliqués dans la résistance des plantes aux maladies, nous avons pu mettre en exergue l'expression différentielle de certains gènes entre un génotype tolérant et génotype sensible, en réponse à l'infection. Ces gènes pourraient être impliqués dans la tolérance du tournesol à Phoma macdonaldii. Les différents résultats obtenus nous laissent envisager une amélioration du tournesol afin d'augmenter son niveau de résistance aux maladies.