Academic literature on the topic 'Charge virale'

Le traitement de l'hépatite chronique C a pour objectif d'éliminer la réplication virale afin d'arrêter l'évolution des lésions histologiques hépatiques (nécro-inflammation et fibrose) pour prévenir l'évolution vers la cirrhose et ses complications, en particulier le carcinome hépato-cellulaire. La réponse virologique soutenue (RVS) est définie par l'absence de détection de l'ARN du virus de l'hépatite C (VHC) 6 mois après l'arrêt du traitement. La possibilité d'une éradication de l'infection par le VHC chez les patients avec RVS est controversée. Dans la première partie de notre travail, nous avons démontré, en utilisant une méthode très sensible de détection de l'ARN VHC (transcription mediated amplification, TMA, sensibilité de 10 UT/mi), que chez les patients avec RVS, l'ARN VHC n'était pas détectable dans le sérum (n = 344), le foie (n = 114) et les cellules mononucléées du sang périphérique (n = 156) chez 98 % des patients étudiés avec un suivi allant jusqu'à 18 ans après l'arrêt du traitement. La RVS était associée à une amélioration histologique et à une régression de la cirrhose chez 88 % et 64 % des patients respectivement. Nous avons pu également montrer une diminution progressive des anticorps anti-VHC chez les malades avec RVS avec disparition de certains types d'anticorps. Cependant, les anticorps contre la capside du virus (anti-C22) persistaient chez tous les malades. Une autre partie du travail avait pour objectif d'évaluer l'influence de la charge virale (ARN VHC intra-hépatique) sur la sévérité de la maladie du foie et sur la réponse au traitement anti-viral en utilisant la méthode de l'ADN branché (bDNA), technique standardisée et fiable, que la charge virale intra-hépatique était corrélée à la charge virale sérique. Nous avons trouvé que la charge virale intra-hépatique n'était pas associée à la sévérité des lésions histologiques, confirmant le rôle de la réponse immunitaire et de la fibrogénèse liée à l'hôte et non pas à un effet cytopathogène direct du virus dans la pathogénèse des lésions hépatiques. Nous avons pu également montrer qu'une charge virale intra-hépatique élevée était associée à une probabilité plus faible de RVS suggérant que le nombre de cellules infectées et/ou l'intensité de la réplication virale étaient des facteurs importants impliqués dans la réponse au traitement. Nos résultats montrent qu'on peut considérer que la RVS correspond généralement à une éradication virale. Ce résultat est très important car il confirme l'impact positif du traitement sur le pronostic à long terme de l'hépatite chronique C et permet de motiver les patients à suivre un traitement de longue durée associé à de nombreux effets secondaires.

En utilisant une technique originale de détection et de quantification des HPV16 et 18 par PCR duplex, ce travail de thèse illustre la signification, l’intérêt et les limites de l’utilisation clinique de la mesure de la charge virale pour ces deux types d’hrHPV. Si nous n’avons pas démontré de réelle signification de la charge virale en HPV18, il n’en est pas de même pour l’HPV16 dont la charge virale augmente avec la sévérité des lésions constatées. Néanmoins, l’extrême variabilité des charges virales mesurées limite son utilisation en pratique clinique. Après un frottis cervico-utérin (FCU) anormal, une charge virale seuil en HPV16 à 3,0x106 copies par millions de cellules permet la prédiction optimale de la présence d’une CIN2+ (spécificité : 91 % et sensibilité : 58,2 %). Cette valeur seuil est particulièrement performante pour les patientes ayant un FCU de bas grade (spécificité : 96,4 % et sensibilité : 88 %). Si la charge virale en HPV16 et 18 ne semble pas être prédictive de la clairance virale chez les jeunes femmes de moins de 30 ans ayant un FCU normal, elle l’est chez les patientes HPV16 positives ayant une colposcopie normale malgré un FCU équivoque ou de bas grade (spécificité : 86,7 % et sensibilité : 85,7 %)<br>Using duplex PCR technique for the detection and quantification of HPV16 and 18, this work investigates the significance, value and limitations of the use of HPV16 and 18 viral load quantitation in routine clinical practice. Although HPV18 viral load was not found to be of any clinical relevance, HPV16 viral load was found to significantly increase with the severity of cervical lesions. However, the wide range of viral load observed strongly limitates its use in routine clinical practice. After an abnormal cervical cytology, a HPV16 viral load cut-off of 3.0x106 copies per million cells allows for the best prediction of CIN2+ (91% specificity and 58.2% sensitivity). Such cut-off is particularly efficient in case of low grade abnormal cytology (96.4% specificity and 88% sensitivity). Although HPV16 viral load does not appear to predict for HPV16 clearance in women under 30 with normal cytology, such prediction was observed among women with normal colposcopy following equivocal or low grade cytology (86.7% specificity and 85.7% sensitivity)

Les Papillomavirus Humains à haut risque (HPV-HR) sont les agents étiologiques du cancer du col de l'utérus. Si une infection par un HPV-HR est nécessaire, elle n'est pas suffisante pour induire des lésions (pré)cancéreuses. Cette infection doit persister avec un même type d'HPV-HR durant plusieurs années pour conduire à l'apparition de lésions précancéreuses, et cette persistance peut être influencée par plusieurs facteurs liés à l'hôte (mise en place des réponses immunitaires), à l'environnement (tabagisme, parité. . . ) ou au virus (génotype, charge virale, intégration virale). Ainsi, la détection d'un HPV-HR, même si elle permet d'identifier les femmes à risque, n'est pas suffisante pour prédire le développement de lésions cancéreuses du col de l'utérus. Il existe un lien étroit entre l'histoire naturelle du cancer du col de l'utérus et l'histoire naturelle de l'infection par HPV. Si l'histoire naturelle des lésions est bien décrite sur le plan histologique et cytologique, l'histoire naturelle de l'infection est encore mal connue. Or une meilleure compréhension de l'histoire de l'infection est nécessaire pour identifier des marqueurs pertinents permettant d'identifier les lésions prévalentes et incidentes du col de l'utérus. Pour mieux comprendre les mécanismes de l'infection, nous avons étudié certains paramètres viraux tels que le génotype, la charge virale et l'intégration de papillomavirus humains. Nous avons souhaité décrire l'évolution des facteurs viraux au cours de l'histoire naturelle des lésions et de définir leur implication dans l'évolution de l'infection vers le cancer du col de l'utérus qui est une conséquence rare de cette infection. Nous avons montré dans une première étude qu'HPV16 était le second génotype le plus prévalent dans les lésions de bas grade en France et que ce génotype pourrait être associé à des lésions de mauvais pronostic. Puis nous avons montré dans 2 études, menées sur 2 sites différents, que la charge virale et l'intégration du génome d'HPV16 étaient corrélées au grade de lésions précancéreuses et cancéreuses du col de l'utérus et que la charge virale permettait d'identifier les lésions prévalentes de haut grade. Par ailleurs, nous avons mené un travail de validation intersites de la technique de PCR temps réel permettant la détermination de la charge virale d'HPV16. Nous avons observé que la technique était robuste et que les variations de charges virales étaient minimes entre les deux sites, sous réserve qu'un soin particulier soit apporté à la conception des gammes d'étalonnage. Enfin, nous avons développé une technique de PCR temps réel duplex permettant la quantification simultanée de l'ADN d'HPV16 et 18 qui sont les génotypes les plus fréquemment retrouvés dans les cancers du col de l'utérus. La comparaison entre les résultats de charge virale obtenus en PCR duplex 16/18 et ceux obtenus en PCR simplex 18, a révélé que la PCR duplex était une méthode précise pour la quantification de l'ADN de ces 2 génotypes<br>High-risk Human Papillomavirus (HPV-HR) are etiologic agents of cervical cancer. Even though HR-HPV infection is necessary, it is not sufficient to induce precancerous and cancerous lesions. Indeed, the infection must persist for several years to cause precancerous lesions, and this persistence is modulated by factors linked to the host (immune response setup), to the environment (smoking) and to the virus (genotype, viral load, integration). So even if the detection of an HR-HPV allows the identification of women at risk, it is not sufficient to predict precancerous and cancerous lesion development. Infection natural history is linked with lesion history but if lesion natural history is well described on the histology and cytology side, the infection natural history has been poorly described. Nevertheless, a better understanding of the infection natural history is necessary to identify pertinent markers of prevalent and incident lesions. So we decided to describe viral factors such as genotype, viral loads and integration, and to define their involvement in the evolution of the infection toward cervical cancer. In a first study, we showed that HPV16 is the second most prevalent genotype in low grade lesions in France and that this genotype might be associated with poor pronosis lesions. Then, we showed, in 2 studies performed on 2 sites, that both viral load and integration were correlated with lesion grade, and that viral load may allow the identification of prevalent high grade lesions. In an intersite validation study we showed that variation of viral load measurement between the 2 sites were slight, as long as standards preparation was meticulous. In a last study, we developed a real time duplex PCR allowing the stimultanaous determination of HPV16 and 18 viral loads, which are the most prevalent genotypes in cervical cancers. Comparison between viral loads obtained with this duplex PCR were very close from those obtained with simplex PCR targeting these 2 types, meaning that duplex PCR is a precise method for DNA quantification of HPV16 and 18

Dans le contexte de l'infection à VIH, l'apparition d'infections opportunistes et de certaines affections néoplasiques est notamment dues à la réactivation de virus persistants. Parmi ces infections virales persistantes on retrouve les infections dues aux virus l'HTLV-1 et l'HHV-8. La quantification du virus HHV-8 confirme que lors des pathologies évolutives associées à ce virus, la charge virale HHV-8 est plus élevée et semble être corrélée avec la gravité de la maladie. En ce qui concerne le virus HTLV-1, la médiane de charge provirale HTLV-1 retrouvée chez des sujets atteint de TSP/HAM est 6 fois plus élevée que chez les patients asymptomatiques. La charge provirale HTLV-1 sanguine n'était pas modifiée par la co-infection par le VIH. Enfin, la mesure de l'ADN-VIH-1, dans les PBMC de patients au stade de primo-infection VIH-1 mis sous traitement antirétro viral nous a permis d'observer une diminution de la charge provirale entre JO et M12. La deuxième partie de notre travail porte sur l'étude de la variabilité génétique du VIH-1 au cours des traitements antirétroviraux. Nous avons mis en évidence une insertion d'une lysine puis d'une arginine sur le gène de la TI au niveau de la région 100-105 qui n'avait jamais été décrite. L'insertion est responsable de la perte de fonctionnalité de l'enzyme due à une importante modification de la TI. Nous n'avons pas mis en évidence de bénéfice pour le virus à acquérir les mutations V75A et G190E. Puis nous avons étudié un groupe de patients traités par 3 analogues nucléosidiques et qui présentaient une réponse virologique partielle au traitement. Le profil de mutation majoritairement retrouvé était représenté M184V avec les 4 TAMs de profil 2 : D67N, K70R, T215F K219E<br>Our aim was therefore to develop a method for quantifying proviral HIV-1 DNA, HTLV-1 DNA and HHV-8 DNA using real-time PCR that would be sensitive, reproducible and have a high throughput. The application of this technique to the rnonitoring of patients with primary HIV-1 infection has confirmed that HAART decreases the proviral load but has also shown that a detectable viral reservoir persists in the majority of patients. The hight viral loads of HHV-8 in MDC desease correlating with clinical symptoms and low viral load correlating with asymptomatic periods. The difference between HTLV-1 proviral load in TSP/HAM and asymptomatic moninfected patients was statiscally signifiant, but there were no difference between the HTLV-1 monoinfected and HTLV-l/HIV-1 coinfected groups. The hight viral loads of HHV-8 in MDC desease correlating with clinical symptoms and low viral load correlating with asymptomatic periods. HIV genetic variability is the result of the inability of HIV-1 RT to proofread nucleotide sequences during replication. We have identified a HIV virus presenting the G190E mutation along with a V75A mutation and with an insertion in the 100-105 of the RT encoding region. The addition of the insertion to G190E may increase the activity of the RT. Antiretroviral Therapy in HIV-1 infected patients may result in persistent moderate virological failure. In patients with persistently low levels of viremia under triple NRTIs including a thymidine analogue, most of the patients developed TAMs-2. The substitution at codon 219 in association with T215F is a glutamic acid (K219E) that could help viruses bearing TAM-2 in fîtness and resistance to drugs

Les entérovirus humains (EV) constituent un groupe de virus à ARN d'une grande diversité génétique. Ils sont responsables d'infections cérébrales graves mais rares et de méningites bénignes mais fréquentes. Les évènements conduisant à l'entrée des EVs dans le système nerveux central (SNC), l'importance de la charge virale dans le liquide céphalo rachidien (LCR) et sa corrélation éventuelle avec l'intensité du processus inflammatoire réactionnel restent peu explorés. Comme de nombreux génotypes d'EV sont associés à des manifestations neurologiques semblables, des processus pathologiques communs sont envisageables. Le premier volet de cette thèse avait pour objectif d'étudier prospectivement la charge virale EV dans le LCR de patients présentant une méningite à l'aide d'une technique de RT-QPCR. Nos résultats montrent que les différences significatives de charge virale retrouvées dans le LCR en fonction de l'âge, des leucocytes et de la protéinorachie sont reliées au génotype de l'EV responsable de l'infection. Le second volet de cette thèse avait pour but d'explorer l'hypothèse qu'une infection de la barrière hémato-Encéphalique (BHE), peut représenter une voie d'accès commune à une majorité d'EVs vers le SNC. La réplication et la translocation des EVs ont été évaluées avec un modèle in vitro de BHE basé sur la lignée cellulaire hCMEC/D3. Nous avons validé ce modèle cellulaire en montrant une permissivité différentielle à un large éventail d'EVs et montré les spécificités du franchissement de cette barrière par l'EV-A71. Ces données soulèvent la question de l'origine de l'ARN EV dans le LCR au cours des premiers stades d'une méningite<br>Human enteroviruses (EV) are RNA viruses characterized by a large genetic variability. They are associated with severe but rare neurological infections and frequent but self-Limiting meningitis. The processes of entry into the central nervous system (CNS), the level of EV viral load in the cerebrospinal fluid (CSF) and its possible relation to the intensity of the associated inflammatory process remain poorly understood. As several EV genotypes are related to common neurological disorders, common pathological processes may be involved. In the first part of this PhD thesis, we have prospectively investigated the EV viral load in the CSF of patients with meningitis using a RT-QPCR assay. Our results showed that significant differences between viral load levels and the age groups, the leukocytes count, the protein levels in the CSF, and with the EV genotype involved in the infection. We also explored the hypothesis that an infection of the blood brain barrier (BBB) could be a common pathway used by EVs released in the bloodstream to gain access into the CNS. The EV replication and translocation were analyzed with an in vitro model of BBB based on the hCMEC/D3 cell line. We validated this cell model by showing different permissivity patterns among a large array of EV genotypes. In addition, we showed the specificities in how the EV-A71 crosses the endothelial barrier. The overall data raise the unresolved issue of the origin of viral RNA in the CSF and the sources of infection during the early acute stage of EV meningitis