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Dissertations / Theses on the topic 'Charge virale'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 10 February 2022

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1

Jaouen, Emile. "Prise en charge de l'infection due au virus de l'hépatite C chez les patients hémodialysés." Montpellier 1, 2000. http://www.theses.fr/2000MON11162.

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2

Poirier-Toulemonde, Anne-Sophie. "Quantification de la charge virale leucocytaire du cytomégalovirus humain chez les sujets transplantés." Nantes, 2000. http://www.theses.fr/2000NANT14VS.

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3

Maylin, Sarah. "Détection de l'ARN du virus de l'hépatite C dans le foie et les cellules mononuclées du sang : nouvelle approche pour étudier l'éradication virale, la sévérité de la maladie et la réponse au traitement." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077252.

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Abstract:
Le traitement de l'hépatite chronique C a pour objectif d'éliminer la réplication virale afin d'arrêter l'évolution des lésions histologiques hépatiques (nécro-inflammation et fibrose) pour prévenir l'évolution vers la cirrhose et ses complications, en particulier le carcinome hépato-cellulaire. La réponse virologique soutenue (RVS) est définie par l'absence de détection de l'ARN du virus de l'hépatite C (VHC) 6 mois après l'arrêt du traitement. La possibilité d'une éradication de l'infection par le VHC chez les patients avec RVS est controversée. Dans la première partie de notre travail, nous avons démontré, en utilisant une méthode très sensible de détection de l'ARN VHC (transcription mediated amplification, TMA, sensibilité de 10 UT/mi), que chez les patients avec RVS, l'ARN VHC n'était pas détectable dans le sérum (n = 344), le foie (n = 114) et les cellules mononucléées du sang périphérique (n = 156) chez 98 % des patients étudiés avec un suivi allant jusqu'à 18 ans après l'arrêt du traitement. La RVS était associée à une amélioration histologique et à une régression de la cirrhose chez 88 % et 64 % des patients respectivement. Nous avons pu également montrer une diminution progressive des anticorps anti-VHC chez les malades avec RVS avec disparition de certains types d'anticorps. Cependant, les anticorps contre la capside du virus (anti-C22) persistaient chez tous les malades. Une autre partie du travail avait pour objectif d'évaluer l'influence de la charge virale (ARN VHC intra-hépatique) sur la sévérité de la maladie du foie et sur la réponse au traitement anti-viral en utilisant la méthode de l'ADN branché (bDNA), technique standardisée et fiable, que la charge virale intra-hépatique était corrélée à la charge virale sérique. Nous avons trouvé que la charge virale intra-hépatique n'était pas associée à la sévérité des lésions histologiques, confirmant le rôle de la réponse immunitaire et de la fibrogénèse liée à l'hôte et non pas à un effet cytopathogène direct du virus dans la pathogénèse des lésions hépatiques. Nous avons pu également montrer qu'une charge virale intra-hépatique élevée était associée à une probabilité plus faible de RVS suggérant que le nombre de cellules infectées et/ou l'intensité de la réplication virale étaient des facteurs importants impliqués dans la réponse au traitement. Nos résultats montrent qu'on peut considérer que la RVS correspond généralement à une éradication virale. Ce résultat est très important car il confirme l'impact positif du traitement sur le pronostic à long terme de l'hépatite chronique C et permet de motiver les patients à suivre un traitement de longue durée associé à de nombreux effets secondaires.
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4

Dehee, Axelle. "Charge virale EBV : développement et validation analytique d'une technique d'amplification génique en temps réel." Paris 5, 1998. http://www.theses.fr/1998PA05P049.

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5

Carcopino, Xavier. "Signification de la charge virale des papillomavirus humains oncogènes de type 16 et 18." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20704/document.

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Abstract:
En utilisant une technique originale de détection et de quantification des HPV16 et 18 par PCR duplex, ce travail de thèse illustre la signification, l’intérêt et les limites de l’utilisation clinique de la mesure de la charge virale pour ces deux types d’hrHPV. Si nous n’avons pas démontré de réelle signification de la charge virale en HPV18, il n’en est pas de même pour l’HPV16 dont la charge virale augmente avec la sévérité des lésions constatées. Néanmoins, l’extrême variabilité des charges virales mesurées limite son utilisation en pratique clinique. Après un frottis cervico-utérin (FCU) anormal, une charge virale seuil en HPV16 à 3,0x106 copies par millions de cellules permet la prédiction optimale de la présence d’une CIN2+ (spécificité : 91 % et sensibilité : 58,2 %). Cette valeur seuil est particulièrement performante pour les patientes ayant un FCU de bas grade (spécificité : 96,4 % et sensibilité : 88 %). Si la charge virale en HPV16 et 18 ne semble pas être prédictive de la clairance virale chez les jeunes femmes de moins de 30 ans ayant un FCU normal, elle l’est chez les patientes HPV16 positives ayant une colposcopie normale malgré un FCU équivoque ou de bas grade (spécificité : 86,7 % et sensibilité : 85,7 %)
Using duplex PCR technique for the detection and quantification of HPV16 and 18, this work investigates the significance, value and limitations of the use of HPV16 and 18 viral load quantitation in routine clinical practice. Although HPV18 viral load was not found to be of any clinical relevance, HPV16 viral load was found to significantly increase with the severity of cervical lesions. However, the wide range of viral load observed strongly limitates its use in routine clinical practice. After an abnormal cervical cytology, a HPV16 viral load cut-off of 3.0x106 copies per million cells allows for the best prediction of CIN2+ (91% specificity and 58.2% sensitivity). Such cut-off is particularly efficient in case of low grade abnormal cytology (96.4% specificity and 88% sensitivity). Although HPV16 viral load does not appear to predict for HPV16 clearance in women under 30 with normal cytology, such prediction was observed among women with normal colposcopy following equivocal or low grade cytology (86.7% specificity and 85.7% sensitivity)
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6

Damond, Florence. "Epidémiologie moléculaire et réplication in vivo du Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 2 : application aux patients inclus dans la cohorte nationale VIH-2." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066532.

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7

Saunier, Maëlle. "Charge virale et intégration du génome d'HPV16 au cours de l'histoire naturelle des lésions du col de l'utérus." Besançon, 2009. http://www.theses.fr/2009BESA0002.

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Abstract:
Les Papillomavirus Humains à haut risque (HPV-HR) sont les agents étiologiques du cancer du col de l'utérus. Si une infection par un HPV-HR est nécessaire, elle n'est pas suffisante pour induire des lésions (pré)cancéreuses. Cette infection doit persister avec un même type d'HPV-HR durant plusieurs années pour conduire à l'apparition de lésions précancéreuses, et cette persistance peut être influencée par plusieurs facteurs liés à l'hôte (mise en place des réponses immunitaires), à l'environnement (tabagisme, parité. . . ) ou au virus (génotype, charge virale, intégration virale). Ainsi, la détection d'un HPV-HR, même si elle permet d'identifier les femmes à risque, n'est pas suffisante pour prédire le développement de lésions cancéreuses du col de l'utérus. Il existe un lien étroit entre l'histoire naturelle du cancer du col de l'utérus et l'histoire naturelle de l'infection par HPV. Si l'histoire naturelle des lésions est bien décrite sur le plan histologique et cytologique, l'histoire naturelle de l'infection est encore mal connue. Or une meilleure compréhension de l'histoire de l'infection est nécessaire pour identifier des marqueurs pertinents permettant d'identifier les lésions prévalentes et incidentes du col de l'utérus. Pour mieux comprendre les mécanismes de l'infection, nous avons étudié certains paramètres viraux tels que le génotype, la charge virale et l'intégration de papillomavirus humains. Nous avons souhaité décrire l'évolution des facteurs viraux au cours de l'histoire naturelle des lésions et de définir leur implication dans l'évolution de l'infection vers le cancer du col de l'utérus qui est une conséquence rare de cette infection. Nous avons montré dans une première étude qu'HPV16 était le second génotype le plus prévalent dans les lésions de bas grade en France et que ce génotype pourrait être associé à des lésions de mauvais pronostic. Puis nous avons montré dans 2 études, menées sur 2 sites différents, que la charge virale et l'intégration du génome d'HPV16 étaient corrélées au grade de lésions précancéreuses et cancéreuses du col de l'utérus et que la charge virale permettait d'identifier les lésions prévalentes de haut grade. Par ailleurs, nous avons mené un travail de validation intersites de la technique de PCR temps réel permettant la détermination de la charge virale d'HPV16. Nous avons observé que la technique était robuste et que les variations de charges virales étaient minimes entre les deux sites, sous réserve qu'un soin particulier soit apporté à la conception des gammes d'étalonnage. Enfin, nous avons développé une technique de PCR temps réel duplex permettant la quantification simultanée de l'ADN d'HPV16 et 18 qui sont les génotypes les plus fréquemment retrouvés dans les cancers du col de l'utérus. La comparaison entre les résultats de charge virale obtenus en PCR duplex 16/18 et ceux obtenus en PCR simplex 18, a révélé que la PCR duplex était une méthode précise pour la quantification de l'ADN de ces 2 génotypes
High-risk Human Papillomavirus (HPV-HR) are etiologic agents of cervical cancer. Even though HR-HPV infection is necessary, it is not sufficient to induce precancerous and cancerous lesions. Indeed, the infection must persist for several years to cause precancerous lesions, and this persistence is modulated by factors linked to the host (immune response setup), to the environment (smoking) and to the virus (genotype, viral load, integration). So even if the detection of an HR-HPV allows the identification of women at risk, it is not sufficient to predict precancerous and cancerous lesion development. Infection natural history is linked with lesion history but if lesion natural history is well described on the histology and cytology side, the infection natural history has been poorly described. Nevertheless, a better understanding of the infection natural history is necessary to identify pertinent markers of prevalent and incident lesions. So we decided to describe viral factors such as genotype, viral loads and integration, and to define their involvement in the evolution of the infection toward cervical cancer. In a first study, we showed that HPV16 is the second most prevalent genotype in low grade lesions in France and that this genotype might be associated with poor pronosis lesions. Then, we showed, in 2 studies performed on 2 sites, that both viral load and integration were correlated with lesion grade, and that viral load may allow the identification of prevalent high grade lesions. In an intersite validation study we showed that variation of viral load measurement between the 2 sites were slight, as long as standards preparation was meticulous. In a last study, we developed a real time duplex PCR allowing the stimultanaous determination of HPV16 and 18 viral loads, which are the most prevalent genotypes in cervical cancers. Comparison between viral loads obtained with this duplex PCR were very close from those obtained with simplex PCR targeting these 2 types, meaning that duplex PCR is a precise method for DNA quantification of HPV16 and 18
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8

Désiré, Nathalie. "Interêt de la mutagenèse dirigée et de la quantification des virus persistants dans le contexte de l'infection à VIH." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077012.

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Abstract:
Dans le contexte de l'infection à VIH, l'apparition d'infections opportunistes et de certaines affections néoplasiques est notamment dues à la réactivation de virus persistants. Parmi ces infections virales persistantes on retrouve les infections dues aux virus l'HTLV-1 et l'HHV-8. La quantification du virus HHV-8 confirme que lors des pathologies évolutives associées à ce virus, la charge virale HHV-8 est plus élevée et semble être corrélée avec la gravité de la maladie. En ce qui concerne le virus HTLV-1, la médiane de charge provirale HTLV-1 retrouvée chez des sujets atteint de TSP/HAM est 6 fois plus élevée que chez les patients asymptomatiques. La charge provirale HTLV-1 sanguine n'était pas modifiée par la co-infection par le VIH. Enfin, la mesure de l'ADN-VIH-1, dans les PBMC de patients au stade de primo-infection VIH-1 mis sous traitement antirétro viral nous a permis d'observer une diminution de la charge provirale entre JO et M12. La deuxième partie de notre travail porte sur l'étude de la variabilité génétique du VIH-1 au cours des traitements antirétroviraux. Nous avons mis en évidence une insertion d'une lysine puis d'une arginine sur le gène de la TI au niveau de la région 100-105 qui n'avait jamais été décrite. L'insertion est responsable de la perte de fonctionnalité de l'enzyme due à une importante modification de la TI. Nous n'avons pas mis en évidence de bénéfice pour le virus à acquérir les mutations V75A et G190E. Puis nous avons étudié un groupe de patients traités par 3 analogues nucléosidiques et qui présentaient une réponse virologique partielle au traitement. Le profil de mutation majoritairement retrouvé était représenté M184V avec les 4 TAMs de profil 2 : D67N, K70R, T215F K219E
Our aim was therefore to develop a method for quantifying proviral HIV-1 DNA, HTLV-1 DNA and HHV-8 DNA using real-time PCR that would be sensitive, reproducible and have a high throughput. The application of this technique to the rnonitoring of patients with primary HIV-1 infection has confirmed that HAART decreases the proviral load but has also shown that a detectable viral reservoir persists in the majority of patients. The hight viral loads of HHV-8 in MDC desease correlating with clinical symptoms and low viral load correlating with asymptomatic periods. The difference between HTLV-1 proviral load in TSP/HAM and asymptomatic moninfected patients was statiscally signifiant, but there were no difference between the HTLV-1 monoinfected and HTLV-l/HIV-1 coinfected groups. The hight viral loads of HHV-8 in MDC desease correlating with clinical symptoms and low viral load correlating with asymptomatic periods. HIV genetic variability is the result of the inability of HIV-1 RT to proofread nucleotide sequences during replication. We have identified a HIV virus presenting the G190E mutation along with a V75A mutation and with an insertion in the 100-105 of the RT encoding region. The addition of the insertion to G190E may increase the activity of the RT. Antiretroviral Therapy in HIV-1 infected patients may result in persistent moderate virological failure. In patients with persistently low levels of viremia under triple NRTIs including a thymidine analogue, most of the patients developed TAMs-2. The substitution at codon 219 in association with T215F is a glutamic acid (K219E) that could help viruses bearing TAM-2 in fîtness and resistance to drugs
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Volle, Romain. "Pathogénie des entérovirus : étude de la charge virale au cours de méningites et de la permissivité des cellules endothéliales microvasculaires cérébrales humaines." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2014. http://www.theses.fr/2014CLF1MM05/document.

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Abstract:
Les entérovirus humains (EV) constituent un groupe de virus à ARN d'une grande diversité génétique. Ils sont responsables d'infections cérébrales graves mais rares et de méningites bénignes mais fréquentes. Les évènements conduisant à l'entrée des EVs dans le système nerveux central (SNC), l'importance de la charge virale dans le liquide céphalo rachidien (LCR) et sa corrélation éventuelle avec l'intensité du processus inflammatoire réactionnel restent peu explorés. Comme de nombreux génotypes d'EV sont associés à des manifestations neurologiques semblables, des processus pathologiques communs sont envisageables. Le premier volet de cette thèse avait pour objectif d'étudier prospectivement la charge virale EV dans le LCR de patients présentant une méningite à l'aide d'une technique de RT-QPCR. Nos résultats montrent que les différences significatives de charge virale retrouvées dans le LCR en fonction de l'âge, des leucocytes et de la protéinorachie sont reliées au génotype de l'EV responsable de l'infection. Le second volet de cette thèse avait pour but d'explorer l'hypothèse qu'une infection de la barrière hémato-Encéphalique (BHE), peut représenter une voie d'accès commune à une majorité d'EVs vers le SNC. La réplication et la translocation des EVs ont été évaluées avec un modèle in vitro de BHE basé sur la lignée cellulaire hCMEC/D3. Nous avons validé ce modèle cellulaire en montrant une permissivité différentielle à un large éventail d'EVs et montré les spécificités du franchissement de cette barrière par l'EV-A71. Ces données soulèvent la question de l'origine de l'ARN EV dans le LCR au cours des premiers stades d'une méningite
Human enteroviruses (EV) are RNA viruses characterized by a large genetic variability. They are associated with severe but rare neurological infections and frequent but self-Limiting meningitis. The processes of entry into the central nervous system (CNS), the level of EV viral load in the cerebrospinal fluid (CSF) and its possible relation to the intensity of the associated inflammatory process remain poorly understood. As several EV genotypes are related to common neurological disorders, common pathological processes may be involved. In the first part of this PhD thesis, we have prospectively investigated the EV viral load in the CSF of patients with meningitis using a RT-QPCR assay. Our results showed that significant differences between viral load levels and the age groups, the leukocytes count, the protein levels in the CSF, and with the EV genotype involved in the infection. We also explored the hypothesis that an infection of the blood brain barrier (BBB) could be a common pathway used by EVs released in the bloodstream to gain access into the CNS. The EV replication and translocation were analyzed with an in vitro model of BBB based on the hCMEC/D3 cell line. We validated this cell model by showing different permissivity patterns among a large array of EV genotypes. In addition, we showed the specificities in how the EV-A71 crosses the endothelial barrier. The overall data raise the unresolved issue of the origin of viral RNA in the CSF and the sources of infection during the early acute stage of EV meningitis
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Boutolleau, David. "Profils d'infection et pouvoir pathogène des sixième et septième herpèsvirus humains (HHV-6 et HHV-7) in vivo." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077129.

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Taieb, Fabien. "Accès à la charge virale pour les patients infectés par le VIH sous traitement antiretroviral, en zone décentralisée des pays à niveau de ressources faible ou modéré." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT041/document.

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Abstract:
Sur le plan mondial, le nombre de patients infectés par le VIH (PVVIH) sous traitement antirétroviral (TARV) est en constante augmentation. Les pays aux ressources limitées (PRL) sont les plus touchés par l’épidémie et de fortes inégalités existent ce malgré des objectifs ambitieux fixés par les Nations Unies en 2015 (90-90-90). Le suivi biologique nécessaire des patients sous TARV est connu et les avantages de la mesure de la charge virale (CV) sont bien établis en termes de détection précoce de l'échec thérapeutique, de détection de la non-observance au TARV et de prévention de l’accumulation de résistances. Cependant, dans les PRL et notamment en zone décentralisée, l’accès à la mesure de la CV reste très restreint. Les obstacles sont divers : difficulté d’accès pour les patients à un laboratoire en capacité d’effectuer cette mesure, manque en ressources humaines et matérielles. L’utilisation des Dried Blood Spot (DBS) comme support de prélèvement permet de surmonter ces barrières notamment du fait de sa simplicité, de l’absence de nécessité de chaine de froid et de l’utilisation des machines existantes.L’objectif de ce travail de thèse est de proposer et d’évaluer une stratégie afin d’améliorer le suivi virologique des PVVIH sous TARV issus de zones décentralisées de PRL en montrant la faisabilité et la validité d’un système de collecte de DBS afin de donner accès à la mesure de la CV aux patients suivis dans des centres non dotés des machines couteuses et de la logistique nécessaire à la réalisation de celle-ci. Une méta-analyse sur le contrôle virologique en Afrique Sub-saharienne a mis en évidence un taux de succès virologique en « intention de traiter » de 65.4% [61.8_69.1] et de 56.8% [51.3-62.4] à respectivement 12 et 24 mois de TARV ainsi qu’une proportion de succès significativement plus élevée rapportées dans les essais cliniques comparativement à ceux issus des cohortes. Ensuite, plusieurs projets ont été menés afin d’obtenir des résultats dans des conditions de vie réelle dans deux zones géographiques différentes: le Cameroun et le Vietnam. Au Cameroun, une étude menée dans 12 sites décentralisés a permis d’évaluer 2215 patients dont 937 ont été évalués virologiquement. Cette étude a montré un faible taux de rétention avec 63.3%, 53.5% et 39.9% à respectivement 12, 24 et 36 mois de l’initiation du TARV. Le taux de suppression virologique était très bas avec 66.6%, 62.7% et 59.8% à respectivement 12, 24 et 36 mois de TARV. Le profil des résistances virales analysé chez les patients ayant une CV>5000 cp/mL a montré une accumulation importante des résistances virales, s’aggravant au cours du temps et hypothéquant les options. Au Vietnam, deux études incluant 198 et 203 patients, ont été menées afin d’évaluer les performances de la mesure de la CV sur DBS comparativement au plasma. Trois techniques de mesure de la CV issues de deux industriels ont été évaluées. Une sensibilité de 93.3% [81.7–98.6], 90.1% [80.7-95.9] et 54.9% [40.3–68.9] a été trouvé avec respectivement l’ancien et le nouveau protocole fournis par Abbott et le nouveau protocole fourni par Roche (FVE). La spécificité retrouvé a été respectivement de 94.8% [90.0–97.7], 96.2% [91.4-98.8] et 100% [97.5–100]. Ainsi, à travers ces travaux nous avons montré que l’utilisation des DBS est faisable, immédiatement disponible et d’un niveau de performance acceptable. Elle permet d’apporter des données précieuses tant au niveau individuel, collectif que programmatique. L’utilisation des DBS devrait être intégrée à la stratégie d’expansion de l’accès à la CV. Le suivi virologique des patients est un enjeu de Santé Publique majeur dans un contexte d’utilisation en 1ère ligne de TARV de molécules à barrière génétique faible à la résistance, d’augmentation des résistances transmises et acquises et d’un taux d’incidence encore élevé de l’infection
Worldwide, the number of HIV-infected patients (PLWHA) on antiretroviral therapy (ART) is growing steadily. Low- and Middle-Incomes Countries (LMICs) are the most affected and strong inequalities still exist despite ambitious goals set by the United Nations in 2015 (90-90-90). The required biological monitoring of patients on ART is well known and the benefits of viral load (VL) measurement are well established, in terms of early detection of treatment failure, detection of non-adherence to ART and prevention of resistance accumulation. However, in LMICs and especially in decentralized areas, access to VL measurement remains scarce or unavailable. Barriers are various: difficulty for patients to reach a laboratory able to perform this measurement, lack of human and material resources. The use of Dried Blood Spot (DBS) as a sampling carrier allows to overcome these barriers, in particular because of its simplicity, the lack of the necessity of a cold chain and the use of existing machines. This PhD work aims at proposing and improving virological monitoring of PLWHA on ART living in decentralized areas of LMICs by demonstrating the feasibility and validity of a DBS collection system to provide access to VL measurement for patients followed in centres not equipped with costly machines and the logistics for its realization.A meta-analysis on virological success in Sub-Saharan Africa was conducted. This work showed a virological success rate in "intention to treat" analysis of 65.4%[61.8-69.1] and 56.8%[51.3-62.4] at 12 and 24 months of ART respectively, and a significantly higher proportion of success reported in clinical trials compared to cohorts. Then, several projects were conducted to obtain results in real life conditions in two different settings: Cameroon and Vietnam. In Cameroon, a study conducted in 12 decentralized sites evaluated 2215 PLWHA on ART, 937 of whom were virologically evaluated. This study showed a low retention rate with 63.3%, 53.5% and 39.9% at 12, 24 and 36 months after ART initiation, respectively. Virological suppression rate was also low with 66.6%, 62.7% and 59.8% at 12, 24 and 36 months of ART, respectively. Profiles of HIV Drug Resistance (HIVDR) in patients with VL>5000 cp/mL showed a significant accumulation of viral resistance, worsening over time and hypothecating therapeutic options. In Vietnam, two studies, involving 198 and 203 patients, were conducted to evaluate performance of VL measurement on DBS compared to plasma. Three VL techniques from two manufacturers were evaluated. Sensitivities of 93.3% [81.7-98.6], 90.1% [80.7-95.9] and 54.9% [40.3-68.9] were found with the old and optimized protocol provided by Abbott company and the new protocol provided by Roche company (FVE), respectively. Specificities were 94.8% [90.0-97.7], 96.2% [91.4-98.8] and 100% [97.5-100], respectively. Through this work, we showed that the use of DBS is feasible, immediately available and with an acceptable level of performance. It provides valuable data at the individual, collective and programmatic levels. The use of DBS should be integrated into the strategy of expanding access to VL. Virological monitoring of patients is a major public health challenge in a context of use in first line ART of molecules with a low genetic barrier to HIVDR, an increase of transmitted and acquired HIVDR and a persistently high incidence of infection
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Duc, Touyana. "Caractérisation moléculaire et sérologique de l'infection à Epstein-Barr virus chez les patients porteurs du VIH souffrant d'un lymphome." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV074.

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Abstract:
En 2016, les lymphoproliférations malignes [lymphome malin non hodgkinien (LNH) et lymphome de Hodgkin (LH)] restent un problème majeur chez les patients porteurs du VIH (PPVIH) car chaque année de 1 à 6 % de ces patients développent des lymphomes. Ces pathologies apparaissent actuellement comme une des principales causes de mortalité chez les PPVIH.Le virus d’Epstein-Barr (EBV), connu de longue date pour son pouvoir immortalisant des lymphocytes B et les propriétés oncogènes de certaines de ses protéines, apparait comme un cofacteur favorisant plus ou moins important de ces lymphomes chez les PPVIH. Quand le virus est présent dans la cellule tumorale ; on parle de cancer associé à l’EBV.Une des questions toujours en suspens est de savoir si la quantification de l’ADN viral EBV (charge virale) et le profil sérologique EBV dans le sang des PPVIH peuvent aider à mieux comprendre la physiopathologie de ces lymphomes et à mieux prendre en charge les PPVIH qui en souffrent.Ce travail de thèse effectuée en co-tutelle entre l’université de Grenoble-Alpes et l’université médicale d’Irkoutsk vise à contribuer à répondre à cette question.La partie bibliographique de cette thèse synthétise (i) les connaissances actuelles sur l’épidémiologie et la physiopathologie des LH (synthèse non publiée en français) et sur le rôle de l’EBV dans les LNH chez les PPVIH (article publié en russe dans « Siberian Medical Journal » en 2015); (ii) les études publiées sur la mesure de la charge virale et la sérologie EBV chez les PPVIH.La partie expérimentale de cette thèse est constituée de trois articles. Le premier article publié dans Journal of Clinical Microbiology en 2016 rapporte la démonstration que l’utilisation d’un standard international développé par l’OMS peut améliorer la précision de la mesure de la charge virale EBV dans le sang. Le deuxième article en cours d’écriture concerne les résultats préliminaires d’une étude de cohorte mise en place par l’ANRS qui suit des PVVIH atteints de LH. Dans cette étude, l’objectif principal était de savoir si la charge virale et la sérologie EBV lors de la découverte du LH pouvaient constituer des marqueurs pronostiques de cette maladie comme cela été décrit dans des LH survenant chez des patients non infectés par le VIH. Nos résultats préliminaires ne vont pas dans ce sens et ces marqueurs ne semblent donc pas utiles pour une amélioration de la prise en charge des LH chez les PPVIH. Le troisième article publié en russe en 2015 dans « HIV infection and Iimmunosuppressive Disorders » décrit l’épidémiologie des lymphomes chez PPVIH de l’Université Médicale d’Irkoutsk. Il montre une importante augmentation des LNH chez les PPVIH entre 2000 et 2014 liée à une épidémie VIH non contrôlée dans cette région de Russie
In 2016, malignant lymphoproliférations [non Hodgkin's (NHL) and Hodgkin's lymphomas (HL)] remain a major concern in patients living with HIV (PLHIV), that each year 1-6% of these patients develop lymphomas. Lymphomas are the major cause of mortality in this population.Epstein-Bar Virus (EBV), long known for his immortalizing B cells power and oncogenic properties of some of its proteins, emerges as a cofactor favoring lymphoproliferations, more or less important, depending on the type of lymphoproliferation.One of the outstanding questions is whether the molecular and/or serological characterizations of EBV infection may help to better understand the pathophysiology of these diseases and better manage patients suffering from HIV-associated lymphomas.This dissertation under joint supervision between the University Grenoble Alpes and Irkutsk State Medical University aims to answer this question.The literature review of this thesis summarizes: (i) the role of EBV in LNH development in PLHIV (article published in Russian journal “Siberian Medical Journal” in 2015) and the current knowledge on the epidemiology and pathophysiology of Hodgkin's lymphoma (non published in French); (ii) published studies on the EBV viral load and serological evolutions in PLHIV.The experiments consist of three articles. The first article published in Journal of Clinical Microbiology in 2016, reports the demonstration that the application of international standard EBV developed by WHO can improve the quantification of EBV viral load in whole blood. The second study (in writing for publication) contains preliminary results of French National Agency for Research of HIV and hepatitis cohort study investigating PLHIV suffering from Hodgkin's lymphoma. The study focuses on whether the EBV viral load and serology of newly diagnosed lymphoma could provide prognostic information for this disease, as has been described in HIV-negative patients with HL. Our preliminary results don’t support this hypothesis; than EBV markers don’t can be used for best management of HL in PLHIV. The third study published in Russian Journal “HIV infection and Immunosuppressive disorders” (2015) describes the epidemiology of HIV-associated lymphoma in Irkutsk Oblast. The article shows that non-Hodgkin lymphoma incidence rates in PLHIV during 2007-2014 are probably due to HIV epidemic non-controlled in this Russian region
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Bizollon, Thierry. "Contribution à l'étude des facteurs prédictifs de l'évolution et de la prise en charge thérapeutique de la récidive virale C après transplantation hépatique." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO1T126.

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Morand-Joubert, Laurence. "Relation entre la charge virale et la reponse humorale au cours des infections retrovirales humaines (vih et htlv) : approche comparative des mecanismes physiopathologiques." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066574.

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Abstract:
Une des questions cruciales dans la pathologie des infections retrovirales humaines causees par le virus de l'immunodeficience de type-1 (vih-1) et le virus humain des leucemies et des lymphomes a cellules-t (htlv-1) est la connaissance precise du role et de l'importance respective du systeme immunitaire et de la replication virale dans la survenue des pathologies induites par ces deux virus. L'utilisation des marqueurs virologiques et immunologiques a permis d'ameliorer les connaissances de la physiopathologie sur ce sujet. Dans chacune des deux infections, l'evolution vers la maladie est marquee par une augmentation reguliere de la charge virale. Nos travaux sur l'infection a vih ont utilise l'antigene p24 decomplexe, puis la quantification de l'arn viral plasmatique. Les resultats ont montre que l'intensite de la replication virale a un stade tres precoce (des la premiere annee) determine la rapidite de progression vers la maladie, et ce en dehors de toute intervention therapeutique. Le modele des sujets non-progresseurs seropositifs pour le vih a confirme cette donnee. Cependant, le niveau de replication virale est lui-meme sous la dependance du controle immunologique. Nous avons montre la valeur predictive du titre des anticorps anti-capside (anti-p24 du vih), qui est inversement correle a l'intensite de la replication virale. Notre etude sur les sujets non-progresseurs a conforte cette donnee. Dans l'infection a htlv-i, nous avons observe, chez les sujets asymptomatiques, une correlation entre la charge provirale et le titre total des anticorps seriques, en particulier de l'anticorps anti-capside (de type anti-p19). Dans cette infection, l'augmentation de la synthese des anticorps est liee a une stimulation antigenique en rapport avec une augmentation de l'expression virale. Au contraire, dans l'infection a vih, la forte production des anticorps anti-p24 traduit une fonctionnalite encore persistante du systeme immunitaire ; la diminution de cette production est en rapport avec une degradation progressive de ce systeme. Ainsi, pour les deux retrovirus, il existe un lien etroit et une interaction reciproque entre la replication virale et l'immunite de l'hote. Enfin, nous avons etudie sur le plan biologique les effets de l'immunotherapie passive afin de determiner les consequences de l'injection d'un plasma riche en anticorps anti-vih sur la replication virale et sur les marqueurs d'activation du malade receveur. Nous avons observe un controle partiel de la replication virale, sans toutefois demontrer de facon formelle le lien de causalite entre l'effet observe et les anticorps transmis. A ce jour, la question essentielle est de determiner l'element primordial responsable de l'evolution de l'infection vers la maladie : est-ce le virus, la defaillance du systeme immunitaire de l'hote ou la conjonction des deux ?
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Lafolie, Jérémy. "Optimisation du diagnostic des infections à entérovirus et étude de leur pouvoir pathogène." Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2018. http://www.theses.fr/2018CLFAS008.

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Abstract:
Les entérovirus humains (EV) représentent la première cause des méningites aseptiques chez l'enfant. Le diagnostic de certitude repose sur la détection génomique de l'entérovirus par RT-PCR dans des échantillons de liquide céphalorachidien (LCR) est recommandée pour le diagnostic. La fièvre sans point d'appel et les maladies de type "sepsis" sont également des affections fréquentes chez les nourrissons (0 à 2 ans), qui peuvent être la conséquence d'une infection virale, en particulier à EV. Actuellement, le diagnostic des EV dans le sang est rarement établi dans la pratique courante.Les données concernant 1) l’existence d’une réplication de l’EV dans les leucocytes sanguins, 2) le niveau de charge virale de l’EV dans le sang et les échantillons de LCR et sa corrélation éventuelle avec l’intensité du processus inflammatoire réactionnel sont fragmentaires. Dans la première partie de cette thèse, l'objectif était d'évaluer la détection des EV par PCR dans des échantillons de sang de nouveau-nés, de nourrissons et d'enfants hospitalisés pour une fièvre isolée, un sepsis ou un syndrome méningé. Nous avons mené une étude observationnelle prospective multicentrique nationale (étude BLEDI) dans 35 départements de pédiatrie au cours de la période estivo-automnale (augmentation des circulations d'EV) en 2015-2016. Nos résultats ont montré que le taux de détection des EV dans le sang était significativement plus élevé que dans le LCR chez les nouveaux-nés et les nourrissons hospitalisés pour une fièvre isolée, un sepsis ou un syndrome méningé.Ces données ouvrent des perspectives pour un nouvel algorithme de diagnostic des fièvres inexpliquées chez les enfants âgés de moins de 2 ans. Dans le second volet de cette thèse, nous avons étudié de manière prospective la charge virale d'EV dans le sang et dans des échantillons de LCR de patients infectés. Nos résultats ont montré que la charge virale d'EV dans le sang variait selon le groupe d'âge, la présentation clinique et le type d'EV. Trois profils de cinétique d'infection comparant la charge virale dans le sang et le LCR ont été envisagés et sont en cours d'étude. Enfin, le dernier axe était de déterminer s'il existait une réplication de l’EV dans les leucocytes sanguins. Nous avons montré à partir d'échantillons de sang infectés in vitro par EV que la réplication de ces virus variait selon les génotypes d'EV
Human enteroviruses (EV) are the most frequent cause of paediatric aseptic meningitis. Detection of enterovirus by PCR in cerebrospinal fluid (CSF) specimens is recommended for diagnosis. Fever without source and sepsis-like diseases are frequent affections in infants (0 to 2 years) which can be the consequence of a viral infection in particular to EV. At present, the daily routin diagnosis of EV in the blood is rarely performed. The concerning data 1) existence of EV replication in the blood leukocytes, 2) the EV viral load level in blood and CSF specimens and its possible relation with the intensity of the associated inflammatory process are fragmented. In the first part of this PhD thesis, the aim was to assess detection of enterovirus by PCR in blood specimens of newbrons, infants, and children with fever without source, sepsis-like disease or suspected meningitis. We did a prospective, multicentre, observational study (BLEDI study) at 35 paediatric departements during the seasonal period of increased EV circulation in 2015-2016. Our results showed that detection of EV was significantly higher in the blood than in the CSF from newborns and infants admitted with fever without source or sepsis-like disease. These data open up the perspectives for a new diagnostic algorithm of febrile illness in patients aged 2 years or younger. We also explored prospectively EV viral load in blood and in CSF specimens of infected patients. Our results showed that EV viral load in the blood varied by age group, clinical presentation and EV type. Three profiles of infection kinetics comparing EV viral load in the blood and the CSF have been considered and are under study. Finally, we explored the hypothesis of an EV replication in the blood leukocytes. We showed from blood samples infected in vitro by EV that the replication of these viruses varied by EV genotypes
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Pellet, Claire. "Rôle du virus de l'herpès humain 8 dans l'étiologie de la maladie de Kaposi : analyse du réservoir viral in vivo et in vitro." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077143.

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Guichet, Emilande. "Etude des résistances du VIH-1 au traitement antirétroviral et amélioration du suivi virologique des patients vivant avec le VIH dans les pays du Sud." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT044/document.

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Abstract:
Quinze ans après la mise en place et l’accès élargi au traitement antirétroviral (TAR) dans les pays du Sud, la suppression virale, objectif clé de son efficacité, n’est pas atteinte chez de nombreux patients infectés par le VIH. Contrairement aux pays du Nord, où un TAR souvent plus puissant et plus robuste couplé à un suivi virologique de routine limite l’émergence de la résistance, la situation des patients vivant actuellement dans les pays du Sud est beaucoup plus préoccupante. La recherche opérationnelle menée ici vise à améliorer leur prise en charge basée sur l’approche globale de santé publique de l’OMS, et aussi leur suivi. Alors qu’elle est recommandée en routine depuis 2013, la charge virale (CV) du VIH est peu accessible et le suivi des patients reste principalement clinique voire immunologique.Dans plusieurs pays d’Afrique Centrale et de l’Ouest, nous avons documenté une multi-résistance chez presque la totalité des patients en échec virologique après une longue durée de TAR de 1ère ligne, composé de 2 inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI, 3TC+AZT/d4T) associés à 1 inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse (INNTI, EFV/NVP). Cette résistance compromet aussi l’efficacité des INNTIs de 2ème génération, de façon importante, et aussi celle du TDF qui est actuellement recommandé en 2ème ligne. De façon plus inhabituelle, nous avons aussi rapporté que les CV élevées(>5 log10 copies/mL) étaient associées à une multi-résistance plutôt qu’à un défaut d’observance chez ces patients largement asymptomatiques. Sans véritable amélioration du suivi, au travers d’un accès élargi au test de CV permettant un diagnostic précoce de l’échec virologique, une nouvelle épidémie potentielle causée par des souches résistantes pourrait émerger en Afrique subsaharienne. Elle pourrait compromettre les efforts à réaliser pour atteindre l’objectif « 90-90-90 » (90% des infections diagnostiquées, 90% des patients diagnostiqués sous TAR, 90% des patients traités en succès virologique durable) de l’ONUSIDA et de l’OMS en 2020. En outre, notre deuxième étude menée au sein d’un hôpital de district camerounais illustre le fait que ces objectifs ambitieux seront probablement encore plus difficiles à atteindre en zones décentralisées, disposant souvent d’infrastructures de laboratoires inadaptées pour accueillir des plateformes de CV complexes.Nous avons ensuite transféré avec succès un test de CV ouvert et polyvalent universel au sein d’un laboratoire national de référence au Cameroun, capable de détecter les VIH-1 M, N, O et P, ainsi que leurs ancêtres simiens. Avec ce test RT-qPCR VIH-1/SIVcpz/SIVgor, nous avons mesuré une meilleure quantification des variants du VIH-1 M (+0.47 log10 copies/mL), comparé au test Abbott RealTime HIV-1 approuvé par la FDA. Au seuil d’échec virologique de l’OMS (1 000 copies/mL), la concordance des résultats entre les deux tests était de 95%, avec une meilleure sensibilité pour le nouveau test.Nous avons finalement cherché à savoir comment adapter ce test ouvert à une application optimale à grande échelle sur du sang séché sur papier buvard (DBS, dried blood spot en anglais), pour rendre la CV accessible en zones décentralisées, en l’absence actuelle de tests de CV simples (POC, point of care en anglais). Nous avons comparé différentes méthodes d’extraction des acides nucléiques pour réduire l’impact de l’ADN pro-viral afin d’améliorer en vain la spécificité du test sur DBS. Nous avons plutôt montré qu’avec la plupart des tests de CV par RT-qPCR, de nombreux patients pourraient être candidats pour refaire une CV de façon inappropriée (voire changer de TAR pour une 2ème ligne), ce qui induirait un surcoût programmatique.En conclusion, ces travaux de thèse ont contribué à améliorer les connaissances sur l’efficacité réelle des programmes et services de TAR, ainsi que sur l’utilisation d’outils de suivi virologique adaptés aux patients vivant avec le VIH dans les pays du Sud
Fifteen years after the introduction and expanded access to antiretroviral therapy (ART) in resource limited countries (RLC), viral suppression, a key objective of its effectiveness is not achieved in many patients infected with HIV. Unlike developed countries, where often more powerful and robust ART coupled with a routine virological monitoring limit the emergence of resistance, the current situation of RLC is more worrying. Operational research conducted here aims to improve care and monitoring of patients living in these countries, and receiving ART according to the WHO public health approach. While recommended routinely since 2013, HIV viral load (VL) is rarely available and monitoring remains primarily clinical or immunological.In several countries in Central Africa and West, we documented high rates of HIV drug resistance (HIVDR) (99%) and multi-drug resistance (97%) in patients with virologic failure after long-term first-line ART, consisting of 2 nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI, 3TC+AZT/d4T) associated with 1 non-NRTI (NNRTI, EFV/NVP). This multi-drug resistance also reduces significantly the effectiveness of second-generation NNRTIs and of the NRTI, TDF, which is now currently recommended in 2nd line by the WHO. More unusually, we also reported that high VLs (> 5 log 10 copies / ml) are associated with multi-resistance rather than an insufficient adherence in these patients who were largely asymptomatic. Without improvement of patient monitoring, through expanded access to VL testing to enable early diagnosis of virological failure, a potential new epidemic caused by HIVDR strains could emerge in sub-Saharan Africa. This could jeopardize efforts to achieve the "90-90-90" objective (90% of diagnosed infections, 90% of diagnosed patients on ART, 90% of patients treated durable virologic success) of UNAIDS and WHO in 2020. Moreover, our second study in a district hospital in Cameroon illustrates that these ambitious targets will probably be even more difficult to achieve in decentralized areas, often having inadequate laboratory infrastructure to acquire complex VL platforms.We then successfully transferred an open and polyvalent universal VL assay in a national reference laboratory in Cameroon. This assay can detect HIV-1 group M, N, O and P and their simian ancestors. With this RT-qPCR HIV-1/SIVcpz/SIVgor assay, HIV-1 M variants were better quantified (+0.47 log10 copies / mL) compared to Abbott RealTime HIV-1 assay which is approved by the FDA. At the VL threshold of virological failure defined by the WHO (1000 copies/mL), the correlation of the results between the two tests was 95%, with a higher sensitivity for the new test.We finally explored how to adapt this open test at optimal large-scale application for dried blood spot (DBS), to make VL testing available in decentralized areas, given the current lack of point of care test for VL. We compared different extraction methods of nucleic acids that could potentially reduce the contribution of the pro-viral DNA present in DBS, with the aim to improve their specificity without success. Instead, we have shown that with most of the RT-qPCR VL assays, many patients would be inappropriately eligible to perform a repeated VL testing (or switched to a costly 2nd line ART), which increase significantly costs of national programs.In conclusion, the studies from this thesis have contributed to improve current knowledge about the effectiveness of ART programs and services and also on the use of virological monitoring tools adapted to patients living with HIV in RLCs
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Dutrieux, Jacques. "Modification de l'homéostasie lymphocytaire T lors de l'infection aiguë par SIVmac251 chez le macaque rhésus : implication des interférons de type 1." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077188.

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Abstract:
Les profondes modifications de l'homéostasie lymphocytaire T observées durant la phase aiguë d'infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et la réponse interféron (IFN) de type I sont des éléments clés de l'évolution de la physiopathologie. Pourtant, ces phénomènes sont encore mal compris du fait de la difficulté d'étudier cette phase chez l'Homme. Ce travail de thèse contribue à mieux définir ces modifications chez le macaque rhésus chinois infecté par le virus de l'immunodéficience simienne (SIV), modèle animal d'infection pathogène similaire à l'humain. J'ai tout d'abord mis en évidence que, chez l'Homme, les émigrants thymiques récents participent de manière non négligeable au réservoir viral Dans notre modèle animal, les thymocytes sont infectés de manière précoce. Cette infection induit, dès 3 jours post-infection, une accélération importante de la thymopoïèse aboutissant à une émigration massive de nouvelles cellules vers la circulation sanguine. De plus, ce phénomène est dépendant de la diversification de la sécrétion d'IFN-ot dans le thymus. L'étude des actions antivirales et antiprolifératives des différents sous-types d'IFN-a simiens a permis de montrer que ces cytokines présentent 4 profils différents d'activités antivirales vis-à-vis du SIVmac₂₅₁. Sur les 12 sous-types d'IFN-α, 3 ont une activité antivirale importante, 3 permettent un échappement tardif de la réplication virale et les 6 autres ont une activité moindre voire nulle. J'ai ensuite montré que cette diversification de sécrétion d'IFN-a était également observée au niveau des ganglions lymphatiques et de différents segments de l'intestin dès 3 jours post-infection. Cette sécrétion d'IFN-α coïncide avec la production de chimiokines dans ces organes pouvant être à l'origine de la modification des migrations cellulaires vers ce: organes. Ainsi, on observe un recrutement des cellules naïves et mémoires centrales vers les ganglions lymphatiques et un recrutement préférentiel des cellules effectrices et mémoires effectrices vers les intestins
Major modifications of T-cell homoeostasis and type I interferon (IFN) response occurring during the acute phase of human immunodeficiency virus (HIV) infection are key elements of the evolution of physiopathology. Indeed, these phenomena are poorly understood due to the difficulty to study this phase in humans. This thesis work contributes to a better definition of these modifications in simian immunodeficiency virus (SIV) infected rhesus macaques, an animal model of infection presenting a similar physiopathology as HIV infection in humans. First, in Humans, I showed that recent thymic emigrants significantly participate to HIV reservoir. In our animal model, early infection of thymocytes is observed. This infection induces, by 3 days post-infection, an acceleration of thymopoiesis that leads to a massive cell release in blood. Furthermore, this phenomenon is dependent on diversification of local IFN-α secrétion. The study of antiviral and anti-proliferative effects of the different simian IFN-α subtypes demonstrates that these cytokines have 4 different profiles of antiviral activity against SIVmac₂₅₁. Within the 12 simian IFN-a subtypes, 3 strongly inhibit viral replication in the cultures, 7 allow late viral escape after an initial inhibition of viral replication and the last 2 show no activity. Finally, I demonstrated that the observed diversification of IFN-α subtypes secretion is also found in lymph nodes and in various parts of the intestine by day 3 post-infection. This IFN-α secretion coincides with chemokines production in these organs probably leading to a modification of cellular migration within these organs. Thus, naive and central memory T-cells are recruited into lymph nodes while effector memory and effector T-cells are preferentially recruited in the gut
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Hivert, Sylvie. "Comparaison de la virémie CMV, de l'antigénémie pp65 et du bDNA CMV 1. 0 pour évaluer la charge virale CMV chez 24 patients VIH+ dont 7 patients traités par Foscarnet." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR2P088.

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Soret, Perrine. "Régression pénalisée de type Lasso pour l’analyse de données biologiques de grande dimension : application à la charge virale du VIH censurée par une limite de quantification et aux données compositionnelles du microbiote." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0254.

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Abstract:
Dans les études cliniques et grâce aux progrès technologiques, la quantité d’informations recueillies chez un même patient ne cesse de croître conduisant à des situations où le nombre de variables explicatives est plus important que le nombre d’individus. La méthode Lasso s'est montrée appropriée face aux problèmes de sur-ajustement rencontrés en grande dimension.Cette thèse est consacrée à l'application et au développement des régressions pénalisées de type Lasso pour des données cliniques présentant des structures particulières.Premièrement, chez des patients atteints du virus de l'immunodéficience humaine des mutations dans les gènes du virus peuvent être liées au développement de résistances à tel ou tel traitement.La prédiction de la charge virale à partir des mutations (potentiellement grand) permet d'orienter le choix des traitements.En dessous d'un seuil, la charge virale est indétectable, on parle de données censurées à gauche.Nous proposons deux nouvelles approches Lasso basées sur l'algorithme Buckley-James consistant à imputer les valeurs censurées par une espérance conditionnelle. En inversant la réponse, on peut se ramener à un problème de censure à droite, pour laquelle des estimations non-paramétriques de l'espérance conditionnelle ont été proposées en analyse de survie. Enfin, nous proposons une estimation paramétrique qui repose sur une hypothèse Gaussienne.Deuxièmement, nous nous intéressons au rôle du microbiote dans la détérioration de la santé respiratoire. Les données du microbiote sont sous forme d'abondances relatives (proportion de chaque espèce par individu, dites données compositionnelles) et elles présentent une structure phylogénétique.Nous avons dressé un état de l'art des méthodes d'analyses statistiques de données du microbiote. En raison de la nouveauté, peu de recommandations existent sur l'applicabilité et l'efficacité des méthodes proposées. Une étude de simulation nous a permis de comparer la capacité de sélection des méthodes de pénalisation proposées spécifiquement pour ce type de données.Puis nous appliquons ces recherches à l'analyse de l'association entre les bactéries/champignons et le déclin de la fonction pulmonaire chez des patients atteints de la mucoviscidose du projet MucoFong
In clinical studies and thanks to technological progress, the amount of information collected in the same patient continues to grow leading to situations where the number of explanatory variables is greater than the number of individuals. The Lasso method proved to be appropriate to circumvent over-adjustment problems in high-dimensional settings.This thesis is devoted to the application and development of Lasso-penalized regression for clinical data presenting particular structures.First, in patients with the human immunodeficiency virus, mutations in the virus's genetic structure may be related to the development of drug resistance. The prediction of the viral load from (potentially large) mutations allows guiding treatment choice.Below a threshold, the viral load is undetectable, data are left-censored. We propose two new Lasso approaches based on the Buckley-James algorithm, which imputes censored values ​​by a conditional expectation. By reversing the response, we obtain a right-censored problem, for which non-parametric estimates of the conditional expectation have been proposed in survival analysis. Finally, we propose a parametric estimation based on a Gaussian hypothesis.Secondly, we are interested in the role of the microbiota in the deterioration of respiratory health. The microbiota data are presented as relative abundances (proportion of each species per individual, called compositional data) and they have a phylogenetic structure.We have established a state of the art methods of statistical analysis of microbiota data. Due to the novelty, few recommendations exist on the applicability and effectiveness of the proposed methods. A simulation study allowed us to compare the selection capacity of penalization methods proposed specifically for this type of data.Then we apply this research to the analysis of the association between bacteria / fungi and the decline of pulmonary function in patients with cystic fibrosis from the MucoFong project
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Brouard, Cécile. "Cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS473/document.

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Abstract:
Introduction : L’Organisation mondiale de la Santé a fixé un objectif d’élimination des hépatites C et B à l’horizon 2030, visant à ce que 90% des personnes ayant une infection chronique soient diagnostiquées et 80% soient traitées. La France s’est engagée à atteindre cet objectif pour l’hépatite C d’ici 2025. Ce travail a pour but d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine : 1) en 2016, afin de disposer d’un premier point pour le suivi de l’élimination ; 2) en 2011, afin d’évaluer l’impact des antiviraux à action directe (AAD) sur la cascade.Méthodes : Les effectifs des populations suivantes ont été estimés pour 2016 (18-75 ans) et 2011 (18-80 ans) : 1) ayant une hépatite C chronique ; 2) ayant connaissance de leur infection ; 3) prises en charge pour leur infection au cours de l’année ; 4) en cours de traitement antiviral au cours de l’année. Les estimations 1) et 2) reposent : pour 2016, sur une enquête transversale, avec un volet biologique, réalisée auprès d’un échantillon aléatoire de la population générale métropolitaine ; pour 2011, sur des modélisations. Les estimations 3) et 4) ont été réalisées à partir du Système national des données de santé (SNDS), en : i) construisant, pour 3), un algorithme d’identification des personnes avec au moins un recours aux soins pour une hépatite C chronique dans l’année ; ii) prenant en compte l’ensemble des traitements antiviraux contre l’hépatite C pour 4).Résultats : Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes ayant une hépatite C chronique a diminué de 31%, passant de 192 700 à 133 500. Le nombre de personnes ayant connaissance de leur infection est resté stable : 111 300 en 2011 et 107 600 en 2016. La proportion de personnes infectées ayant connaissance de leur infection est donc passée de 58% à 81%. Entre 2011 et 2016, le nombre de personnes identifiées comme prises en charge pour leur hépatite dans l’année est passé de 28 000 (15% des personnes infectées) à 34 300 (26% des personnes infectées). Parallèlement, le nombre de personnes en cours de traitement est passé de 12 900 (7% des personnes infectées) en 2011 à 16 100 en 2016 (12% des personnes infectées.Conclusion : Ce travail a permis, pour la première fois, d’estimer la cascade de prise en charge de l’hépatite C chronique en France métropolitaine, avant et après l’introduction des AAD. Il suggère un impact important de ceux-ci sur la cascade de soins. Pour autant, l’accès aux soins et au traitement des personnes infectées restait insuffisant en 2016, notamment au regard des objectifs d’élimination
Introduction: The World Health Organization has targeted the elimination of hepatitis C and B by 2030, to ensure that 90% of people with chronic infection are diagnosed and 80% are treated. France has planned to achieve this goal for hepatitis C by 2025. This work aims to estimate the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France: 1) in 2016, in order to have a first point for monitoring the elimination; 2) in 2011 to assess the impact of direct-acting antivirals (DAAs) on HCV cascade of care.Methods: The numbers of the following populations were estimated for 2016 (18-75 years) and 2011 (18-80 years): 1) with chronic hepatitis C; 2) aware of their infection; 3) in care for chronic hepatitis C during the year; 4) undergoing antiviral treatment during the year. Estimates 1) and 2) were based on: for 2016, a cross-sectional survey, with a biological component, carried out on a random sample of the general metropolitan population; for 2011, on models. Estimates 3) and 4) were made from the National Health Insurance Information System (SNDS), by: i) constructing, for 3), an algorithm for identifying people in care for chronic hepatitis C in the year; ii) taking into account all antiviral treatments for 4).Results: Between 2011 and 2016, the number of people with chronic hepatitis C decreased by 31%, from 192,700 to 133,500. The number of people aware of their infection remained stable: 111,300 in 2011 and 107,600 in 2016. The proportion of chronically infected persons with knowledge of their infection has thus increased from 58% to 81%. Between 2011 and 2016, the number of people identified as being in care for their hepatitis in the year increased from 28,000 (15% of those infected) to 34,300 (26% of those infected). At the same time, the number of people being treated increased from 12,900 (7% of those infected) in 2011 to 16,100 in 2016 (12% of those infected).Conclusion: This work provides, for the first time, estimates of the cascade of care for chronic hepatitis C in mainland France, before and after the introduction of DAAs. It suggests a significant impact of DAAs on the cascade of care. However, access to care and treatment for infected people remained insufficient in 2016, especially with regard to elimination targets
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Fares, Fouad. "Quantification et suivi de la charge virale de l'Epstein-Barr dans le sang périphérique, par PCR-ELISA et PCR in situ : étude de la méthylation du promoteur BamHIW par PCR-enzymes de restriction." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T198.

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Césaire, Raymond. "Quantification par PCR en temps réel de la charge provirale HRLV-1 et application à l'étude des malaldies associées." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077239.

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Abstract:
Nous avons mis au point une méthode de quantification de la charge provirale HTLV-1 par PCR en temps réel et appliqué cette analyse à l'étude de la paraparésie spastique tropicale associée à ce rétrovirus. La charge provirale sanguine est plus élevée dans la TSP/HAM que dans l'infection asymptomatique,rmais cette analyse n'est pas suffisamment discriminante pour contribuer au diagnostic. Par contre, la charge provirale est encore majorée dans le LCR de TSP/HAM et présente une valeur prédictive permettant de proposer l'ajout de ce paramètre aux critères de diagnostic de la maladie. La TSP/HAM est le syndrome prédominant d'une maladie inflammatoire de système pouvant atteindre le tissu oculaire, salivaire ou alvéolaire. Dans les arthropathies associées à l'HTLV-1, l'augmentation de la charge provirale dans le sang périphérique et davantage encore dans le compartiment synovial plaide en faveur d'une participation d'HTLV-1 au processus arthritique. La charge provirale sanguine est corrélée au profil évolutif de la TSP/HAM, les valeurs étant plus élevées dans les formes d'aggravation rapide. La coinfectipn par le HIV augmenterait le risque de survenue d'une TSP/HAM. Dans notre étude, la charge pro virale HTLV-1 sanguine n'est pas modifiée par la coinfection par l'HIV, mais la proportion de lymphocytes T CD4+ infectés par l'HTLV-1 parait augmentée. La charge provirale serait contrôlée par la réponse CTL avec une efficacité dictée par le polymorphisme HLA. Contrairement aux études dans la population japonaise, nous n'avons pas retrouvé d'association entre allèles HLA et charge provirale ou statut clinique. Une autre application a porté sur l'efficacité de la filtration dans la réduction du contenu pro viral de produits sanguins labiles, les résultats soulignant l'importance de la qualité de la déleucocytation. Enfin, la charge pro virale HTLV-1 est corrélée au pourcentage de lymphocytes atypiques dans l'ATL et pourrait être appliquée au suivi de la maladie résiduelle
We have developed a method for HTLV-1 pro viral load quantification by real time PCR, and applied this assay to the study of the tropical spastic paraparesis associated to this retrovirus. The proviral load in the peripheral blood is higher in TSP/HAM than in asymptomatic infection, but this analysis is unable to discriminate for disease diagnosis. However, proviral load is majored in the CSF from TSP/HAM and presents a predictive value allowing the addition of this parameter to the diagnostic criteria of the disease. TSP/HAM is the predominant manifestation of a systemic inflammatory disease reaching also ocular, salivatory _or alveplar tissues. In HTLV- 1-associated arthropathies, the increase in pro viral loads in the peripheral blood and moreover in the synovial compartment is in favour of an implication of HTLV-1 in the arthritic process. Pro viral load in the peripheral blood is correlated to the evolutive profile of TSP/HAM, the values being increased in the rapid evolving forais. HIV coinfection is suspected to increase the risk of TSP/HAM occurrence. In our study, thé peripheral blood proviral load was not modified by HIV coinfection, but the proportion of CD4+ lymphocytes mfected by HTLV- 1 appears increased. HTLV-1 proviral load may be controlled by the CTL response with an. Efficiency influenced by HLA polymorphism. In contrast with studies in the Japanese population, we did not find any association between HLA alleles and proviral load or clinical status. Another application has been the efficiency of filtration in the reduction of proviral load in blood cell components, the results confirming the importance of the quality of the white blood cells removal procedure. Finally, HTLV-1 proviral load is correlated to the percent of atypical lymphocytes in ATL and may be applied to the follow up of residual disease
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Akif, Nora. "Etude des hépatites virales sériques B et C d'origine professionnelle répertoriées par la caisse nationale des assurances sociales (C. N. A. S. ) de 1986 à 2002." Alger, 2008. http://www.theses.fr/2008AMIED001.

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Abstract:
De 1986 à 2002, 216 cas d'hépatites virales professionnelles ont été enregistrés au niveau de la Caisse Nationale des Assurances Sociales de la wilaya d'Alger. Ce nombre ne met pas en évidence la réalité de ce risque lié à la sous déclaration. L'étude de ces cas nous a permis d'identifier de nombreuses insuffisances. Au plan médical, la surveillance est effectuée anarchiquement ce qui justifie la mise en place d'un protocole de suivi médical Au plan médico-légal, la réparation de ces maladies est marquée par un dysfonctionnement engendré par les insuffisances du Tb n°45 actuel ce qui nécessite sa mise à jour ainsi que la création du système complémentaire de réparation des maladies professionnelles. L’étude des conditions de travail a révélé des situations à risque dans les quatre services concernés. Afin de réduire le risque de transmission de ces maladies, l'application des mesures préventives recommandées s'impose. La mise à niveau de nos structures sanitaires, l’information et la formation doivent être un leitmotiv permanent dans nos programmes d’action.
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Manigart, Olivier. "Etude de déterminants de la transmission du VIH de la mère à l'enfant au Burkina Faso." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2004. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211175.

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Abstract:
Between 1994 to 1998 the ANRS 049a DITRAME trial was conducted during which a short regimen of ZDV demonstrated for the first time acceptability, tolerance and efficacy on reduction of mother-to-child transmission (MTCT). Our major aim was to analyze certain virological characteristics of infected women in this cohort and their association to HIV-1 transmission. On the one hand, we analyzed the HIV-1 replication capacity in different physiological compartments :blood, vaginal fluids (VF) and breast milk (BM) related to MTCT were investigated by nested case control studies in the DITRAME cohort. We demonstrated the relationship between plasma viral load (VL), at 34 weeks of amenorrheae and at Day 8 post partum, and MTCT in Africa where the probability to be exclusively breastfed for an one year infant is 46.6%. We also analyzed relationship between plasma VL and ZDV treatment. Additionally, we demonstrated that MTCT is essentially the consequence of a high proviral load in VF in our context. Moreover, reduced levels of HIV-1 RNA in milk at Day 8 were observed in mothers receiving ZDV therapy rather than in mothers under placebo. For the first time, the association between BMVL and postnatal transmission has been studied. We observed a highly significative difference between BMVL of women who transmitted the virus and those who did not. Moreover, univariate and multivariate analyzes clearly indicated that early breastfeeding log10 HIV-RNA at Day8 is an independent factor significatively associated to MTCT. Decreased median BMVL from 1608 copies/mL (c/ml) at Day8 to 346 c/ml at Day45 were found for mothers who transmitted the virus during the postpartum and who received placebo. Nevertheless, for those who received ZDV, median BMVL increased from 56 c/ml at Day8 to 470.5 c/ml at Day45. This marked trend to a rebound effect of BMVL could be the consequence of the treatment withdrawal as observed for adults at HAART withdrawal.

On the other hand, we studied the variability of HIV and its association with MTCT. First, we analyzed HIV-1 diversity in African women in France and Burkina Faso. In a second step, we demonstrated that HMA was an adapted tool for co and super-infections studies for adults. By this way, we identified two superinfections among 147 women within our commercial sex workers cohort. Additionally, we used this tool to analyze children of the DITRAME cohort who were infected in utero and who could be superinfected during the delivery or later by breastfeeding. We identified seven children, among 18 who were infected in utero, displaying HMA profiles suspicions for co-infections, and who had a more important mortality rate than normally. Their proviral env sequences are currently analyzed.

Moreover, we confirmed the fact that the rate of vitamin A has no influence on MTCT.

De 1994 à 1998, s’est déroulé l’essai clinique DITRAME ANRS 049a qui a démontré, pour la première fois, l’acceptabilité, la tolérance et l’efficacité d’un traitement court de zidovudine (ZDV) sur la diminution de la TME. Notre travail s’est inscrit dans le cadre de cet essai et a eu pour but d’en analyser certains des aspects virologiques et leur rapport avec la transmission de la mère à l’enfant du VIH (TME). D’une part, nous avons analysé les niveaux de réplication virale dans différents compartiments physiologiques :le sang, les sécrétions cervico-vaginales (SCV) et le lait maternel (LM) et leur rapport avec la transmission, par des études cas-témoins nichées dans la cohorte DITRAME. Nous avons démontré le rapport entre la charge virale libre (CV) dans le plasma à 34 semaines d’aménorrhée et à J8 postpartum et la TME dans le contexte africain où la probabilité d’avoir un allaitement exclusif à un an est de 46,6%, et analysé leur rapport avec le traitement ZDV. Nous avons également démontré que la TME est essentiellement due à une charge provirale plus élevée dans les SCV dans notre contexte. De plus, grâce à la mise au point d’une technique, nous avons démontré que la ZDV avait un effet global marqué sur la diminution de la CV libre dans le LM. Il s’agit de la première étude mettant en relation la CV dans le lait avec la transmission postnatale. De même, nous avons observé une différence très hautement significative entre les charges virales libres des femmes ayant transmis le VIH et les non transmettrices. De plus, nos analyses univariée et multivariée démontrent que la CVlm mesurée en log10 de la lactation précoce (J8) est un facteur indépendant très significativement associé à la TME. Chez les femmes ayant transmis le virus durant le post-partum et non traitées à la ZDV, la CVlm médiane a décru de 1608 copies/mL (c/ml) à J8 à 346 c/ml à J45. Par contre, chez les femmes ayant transmis le virus mais ayant reçu un traitement ZDV, la CVlm médiane évolue de 56 c/ml à J8 à 470,5 c/ml à J45. Cette tendance marquée à un effet rebond de la CVlm à J45 laisse penser que la TME qui a lieu chez les femmes traitées à la ZDV pourrait être une conséquence de l’arrêt de ce traitement, comme observé chez les adultes après arrêt du traitement HAART.

D’autre part, nous avons étudié la variabilité du VIH en fonction de la TME. Dans un premier temps, nous avons analysé la diversité du VIH-1 chez des mères africaines vivant en France, et par après au Burkina Faso. Ensuite, grâce à l’élaboration d’une nouvelle technique, nous avons démontré que le HMA pouvait être un outil adapté à l’étude des co- et sur-infection chez l’adulte. Nous avons identifié de cette manière deux surinfections parmi 147 femmes analysées au sein d’une cohorte de femmes à haut risque de surinfection. Nous avons ensuite utilisé ce moyen pour étudier des enfants de la cohorte DITRAME infectés in utero qui auraient pu se surinfecter durant le peripartum ou ensuite par l’allaitement. Sept enfants parmi 18 analysés, présentant des profils HMA à suspicion de coinfection et qui présentaient un taux de mortalité plus élevé que la normale, ont été identifiés. Leurs séquences provirales env sont en cours d’analyse actuellement.

Par ailleurs, nous avons confirmé le fait que le taux de vitamine A n’a pas d’influence sur la TME.


Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Gigout, Laure. "Approche de la physiopathologie de l'infection lentivirale : relation entre pathogénicité et modulation du réseau des cytokines." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05S009.

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Abstract:
L'infection de macaques par des lentivirus simiens sivmac reproduit la clinique et la biologie de l'infection humaine par le VIH. La disponibilité de virus attenues, suite à une délétion dans NEF, permet une analyse comparative de la charge virale et de la réponse immune à l'infection dans ces deux types d'infection par sivmac. L'infection par le VIH/SIV s'accompagne d'une atteinte profonde du système immunitaire. Les cytokines sont au centre de la régulation des fonctions immunitaires et de l'expression virale. Deux groupes de macaques ont été inocules par le virus pathogène SIVMAC251 ou le virus attenue SIVMACNEF. L'expression de gènes codant les cytokines a été évaluée dans le sang et dans les ganglions durant la primo-infection des 2 groupes d'animaux. Les animaux infectés par le virus pathogène ont développé une charge virale systémique plus élevée d'environ 2 logs, et une séroconversion en moyenne plus tardive que les singes infectes par le virus attenue. Une augmentation de l'expression des gènes codant l'IFN OU L'IL-13 est mise en évidence dans le sang et les ganglions des deux groupes d'animaux durant le premier mois P. I. . Une induction du gène codant l'IL-2 n'est mesurée que dans les CMSP et les CMGLP des animaux infectés par le virus attenue. En effet, les niveaux des ARNM codant l'IL-2 restent indétectables ou faiblement détectables dans le sang et les ganglions des animaux infectés par le virus pathogène. En revanche, alors que le niveau d'expression du gène codant l'IL-4 reste indétectable chez les animaux infectes par le virus attenue, une surexpression de ce gène est mesurée dans les ganglions des animaux infectes par le virus pathogène. Ces résultats montrent que la primo-infection par un virus pathogène ou un virus attenue s'accompagne de profils cytokiniques différents, qui ne correspondent ni à une réponse de type 1 ni de type 2. La production d'IL-4 durant la primo-infection par le virus pathogène pourrait favoriser la réplication virale, comme le suggère la réplication préférentielle du VIH dans les clones TH2 produisant de l'IL-4. Par ailleurs, la production d'IL-2 restreinte aux macaques infectés par le virus delete dans NEF, suggère que nef puisse interagir avec la voie de transcription de l'IL-2 in vivo, comme cela a été démontré in vitro.
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Vandenhende, Marie-Anne. "Echecs virologiques au sein de cohortes hospitalières de patients adultes infectés par le VIH : apport de l'ultra-deep sequencing et étude des charges virales de faible niveau persistantes." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0143/document.

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Abstract:
L’objectif d’un traitement antirétroviral (ARV) est d’obtenir une charge virale VIH plasmatiqueindétectable afin de réduire la morbi-mortalité associée au VIH.La résistance du virus aux ARV est un facteur de risque d’échec virologique (EV). Les testsgénotypiques de résistance par séquençage classique (méthode de Sanger) ne permettent pas dedétecter les virus porteurs de mutations de résistance (MR) présents à taux minoritairereprésentant moins de 20% de la population virale plasmatique. Dans notre étude (cohorteANRS CO3), l’utilisation de l’ultra-deep sequencing (UDS) a permis de détecter 1.4 fois plusde MR avant traitement et 1.3 fois plus à l’EV en comparaison à la technique de séquençageclassique, confirmant la haute sensibilité de l’UDS pour la détection des MR. Les MRminoritaires détectées uniquement par UDS augmentaient la résistance génotypique du virus autraitement ARV chez 4% des patients à l’initiation du traitement et 21% des patients à l’EV.Les conséquences des épisodes de charges virales de faible niveau persistantes (CVF) entre 50et 200 copies/ml (CVF50-200) ne sont pas clairement établies du fait de l’insuffisance dedonnées dans la littérature. Dans nos études de cohortes (cohortes ANRS CO3 et ART-CC), 4-9% des patients ont présenté au moins un épisode de CVF50-200. La survenue d’une CVF50-200 était associée à un risque plus de 2 fois plus élevé d’EV>200 copies/ml, quels que soient ladurée de la CVF, l’historique de traitement ou le traitement ARV lors de la CVF50-200(régimes comportant des INNTI ou des IP/r). La survenue d’une CVF n’était pas associée à lasurvenue d’un évènement classant SIDA ni au décès, avec toutefois un suivi médian de 3 ans
The goal of antiretroviral therapy (ART) is to reach undetectable plasma HIV viral load in orderto reduce HIV-related morbidity and mortality.The presence of ART-resistant virus can compromise the efficiency of these treatments,resulting in virological failure (VF). Standard genotyping by Sanger sequencing (SS) usedcurrently in clinical practice cannot detect low-frequency viral variants harbouring drugresistance associated mutations (DRM) representing less than 20% of the viral population. Inour study, the use of ultra-deep sequencing (UDS) allowed us to detect 1.4-fold more DRMsbefore ART and 1.3-fold more DRMs at VF compared to SS, confirming the high sensitivity ofUDS for the detection of DRMs. The low-frequency DMRs detected only by UDS modified thegenotypic resistance of the virus to the prescribed treatment for 4% of the patients before ARTinitiation and for 21% of the patients at VF.The impact of persistent low-level viremia (LLV) between 50 and 200 copies/ml (LLV50-200)remains uncertain due to the lack of controlled comparison data. In our cohort studies (ANRSCO3 and ART-CC cohorts), 4-9% of HIV-infected patients experienced at least one episode ofLLV50-200. LLV50-200 was strongly associated with a twice higher risk of VF>200copies/ml,independently of the duration of LLV, the history of treatment or the type of ART regimen atLLV (NNRTI or PI-based regimens). LLV was not associated with AIDS event or death witha median follow-up of only 3 years
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Diouara, Abou Abdallah Malick. "Réponse virologique au traitement antirétroviral chez les patients infectés par le VIH-1, suivis en milieux décentralisés en Afrique de l’Ouest (Sénégal, Mali et Guinée Conakry)." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON1T013/document.

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Abstract:
L'une des principales barrières à la prise en charge optimale des patients sous traitement antirétroviral est l'accès limité aux tests de charge virale (CV) et de génotypage particulièrement en milieu décentralisé. Ces tests ne sont généralement disponibles qu'au niveau des structures sanitaires centrales de grandes villes et le plasma en est l'échantillon de référence. Or, son transfert des régions périphériques vers les laboratoires de références est difficile, voire impossible. Pour rapprocher les patients du laboratoire, nous avons démontré la possibilité d'assurer un suivi virologique complet (CV et génotypage) à partir des DBS collectés et acheminés dans des conditions de terrain. Nous avons également pour la première fois, documenté la réponse virologique au traitement antirétroviral et la diversité génétique du VIH-1 chez des patients adultes suivis en milieux décentralisés au Sénégal, au Mali et en Guinée Conakry. Globalement, malgré les défauts d'observance au traitement souligné, les résultats de nos travaux ne montrent pas de différences significatives dans la survenue de l'échec virologique entre patients suivis dans les structures sanitaires centrales et périphériques, ceci quelque soit le pays considéré. Au Sénégal, chez les enfants nés de mères séropositives, la résistance vis à vis des INNTI était plus prépondérante, probablement du fait de l'utilisation systématique de la Névirapine durant la PTME. Par ailleurs, aucune mutation de résistance aux inhibiteurs d'intégrase n'a été observée malgré des taux de résistance élevés chez des patients en échec de première et deuxième ligne de traitement. Nos travaux confirment également une grande diversité génétique des sous-types viraux avec cependant la prédominance du CRF02_AG dans la sous région Ouest Africaine. Ces travaux de thèse mettent en évidence la faisabilité et la pertinence du DBS comme support pour le suivi virologique des patients en milieux décentralisés. Son utilisation a permis de montrer d'autre part des taux d'échecs virologiques élevés indiquant la nécessité de renforcer l'adhérence au traitement. Enfin, nos résultats soulignent l'utilité de prendre davantage en considération les profils de résistance pour initier un traitement de relais
One of the major barriers to the optimal care of patients undergoing antiretroviral therapy is the limited access to viral load (VL) and genotyping tests, especially in remote areas. These technologies are usually available only at central health facilities in larger cities and plasma is the reference sample. However, plasma or whole blood samples shipment from remote areas to reference lab faces several constraints or even impossible. In order to bring closer patients to reference lab, we have demonstrated the ability of DBS (Dried Blood Spots) collected and shipped in field conditions to provide complete virological monitoring (VL and genotyping). We also documented for the first time, virological outcome of ART and HIV-1 genetic diversity in adult patients followed up in decentralized settings in Senegal, Mali and Guinea Conakry. Overall, despite the low treatment adherence noted sometimes, our findings show no significant differences in the occurrence of virological failure among patients followed up in the central and peripheral health facilities, whatever the country. In Senegal, no integrase inhibitors associated DRM has been found despite the high rate of resistance in patients failing first and second-line treatment. Furthermore, among children born to HIV infected mothers, NNRTI-associated drug resistant mutations (DRM) were more predominant, probably because of systematic use of Nevirapine in MTCT. Our studies also confirm the high genetic diversity of viral subtypes, with the dominance of CRF02_AG in West Africa. This work presented here highlights the feasibility and relevance of DBS as support for the virological monitoring of patients in decentralized settings in West Africa. Furthermore, its use showed high rate of virological failure indicating the need to reinforce adherence to treatment. Finally, our results highlight the utility to considering carefully drug resistance patterns before switching to another ART regimen
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Mouala, Christian Serge Honoré. "Coïnfection VIH et paludisme d'importation : exemple de la France." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS232.

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Abstract:
L’interaction entre l’infection à VIH-1 et le paludisme est un problème compliqué et important dans les pays d’Afrique subsaharienne en raison de la superposition épidémiologique et géographique. Nous présentons dans ce travail l’étude de cette coinfection dans le contexte de pays développés. Ce travail présente deux contributions afin d’apporter une meilleure connaissance sur cette coinfection, plus spécifiquement de l’effet de l’infection à VIH sur le paludisme. Concernant l’étude des facteurs VIH associés à la sévérité de l’accès palustre, l’analyse a porté sur les patients VIH issus de la FHDH ANRS CO4. Nous avons observé que la sévérité de l’accès palustre était associée à un nombre de cellules T CD4 bas et que le risque d’accès palustre sévère semblait plus faible chez les patients au retour d’un séjour dans une zone d’endémie palustre à forte prévalence de chloroquino-résistance (zone 3) que dans une zone à plus faible prévalence de chloroquino-résistance (zone 2). Concernant l’étude de l’impact de l’infection à VIH et de l’état immunitaire sur l’accès palustre, l’analyse qui a porté sur la comparaison des sujets exposés au VIH et des sujets non exposés a montré une association entre l’immunodépression (CD4<350 /mm3) et la sévérité du paludisme d’importation à Plasmodium falciparum. L’absence de la chimioprophylaxie est également associée à la sévérité de l’accès palustre, justifiant ainsi l’adaptation des messages et mesures de prévention pour tous les patients, y compris pour ceux originaires des zones d’endémies palustres, dans le but de réduire la morbidité évitable liée au paludisme
Interaction between Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and malaria, has been a reason for concern because of the epidemiological and geographical overlap of HIV/AIDS and malaria in Sub-Saharan Africa countries. This work presents two contributions to the understanding of this co-infection in a developed country context. Regarding the study of factors associated with HIV on severity of malaria episode, the analysis focused on patients from the French Hospital Database on HIV ANRS CO4. We observed that the severity of malaria was associated with low CD4 T cells, and the risk of severe malaria appeared lower among patients returning from an endemic area of high prevalence chloroquino-resistance (Zone 3) than those returning from area of lower prevalence of chloroquino-resistance (Zone 2). Regarding the study of the impact of HIV-infection and immune status on malaria, the analysis focused on the comparison of subjects exposed to HIV (from the FHDH) and unexposed to HIV (from Bichat hospital database) has shown an association between immunodepression (CD4 <350/mm3) and the severity of imported malaria due to Plasmodium falciparum. Absence of malaria prophylaxis was also associated with the severity of malaria episode, justifying provision of targeted and appropriately delivered preventives message for people travelling in malaria endemic areas message and preventive measures to reduce the preventable morbidity from P. falciparum malaria and the co-infection with HIV, even for subjects originating from malaria endemic areas
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Lu, Hao. "Understanding Non-viral Nucleic Acid Delivery Vehicles with Different Charge Centers and Degradation Profiles." Thesis, Virginia Tech, 2011. http://hdl.handle.net/10919/76760.

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Abstract:
Different structures of non-viral cationic polymer delivery vehicles, including charge center type, molecular weight and degradability, could significantly affect toxicity, release of nucleic acid and transfection efficiency. Poly(glycoamidoamine)s (PGAAs) contained different carbohydrate and secondary amine moieties and showed high transfection efficiency to different cell lines in a nontoxic manner. The "proton sponge hypothesis" has attempted to relate the buffering capacity to endosomal release of polyethylenimine (PEI) based polyplexes, which could contribute to high transfection efficiency. Secondary amine structures rendered PGAAs buffering capacity around physiological pH. To test the feasibility of the mechanism for PGAAs, new no buffering capacity guanidine or methylguanidine containing poly(glycoamidoguanidine)s (PGAGs) were synthesized. PGAGs formed stable polyplexes with pDNA from N/P (# secondary amine or guanidine group on polymer backbone / # phosphate group on pDNA backbone) ratio 3. PGAG based polyplexes expressed low cytotoxicity and were internalized by 90% of cells at N/P 25. Furthermore, two PGAG based polyplexes showed higher transfection efficiency from N/P 5 to 30 than their PGAA based analogs. These data suggested the low transfection could be due to the difficulties to release pDNA from polyplexes; also, the "proton sponge theory" could not explain the higher transfection efficiency by some PGAGs. Degradation of delivery vehicles could potentially release pDNA in cells and increase transfection efficiency. PGAAs degraded rapidly at physiological conditions and the proposed mechanism was amide hydrolysis. Typically, amide groups are stable and hydrolyze slowly in absence of enzyme. Different models mimicking PGAAs were synthesized to study the fast hydrolysis. Amide groups showed asymmetric hydrolysis. Different hydrolysis behaviors suggested neighboring group participation of two terminal groups to induce rapid amide hydrolysis. These new models could potentially be used to design new polymer delivery vehicles with various degradation profiles.
Master of Science
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Krueger, Barbara Murphy. "Climate Change Virtue Ethics and Ecocriticism in Undergraduate Education." Thesis, Prescott College, 2015. http://pqdtopen.proquest.com/#viewpdf?dispub=1583209.

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Abstract:

This thesis explores the question: can an ecocritical approach to environmental virtue ethics (EVE) in undergraduate climate change education inform students' understanding of the ethical issues of climate change and promote environmental responsibility and action? Philosophical theories of virtue ethics will be discussed from an historical perspective as well as to its renewal in the 20th century, especially within the context of the wicked dimensions of the climate change crisis. Dominant themes in climate change ethics including concerns over the scientific complexity, global dimensions, temporal issues, intergenerational fairness and responsibility, justice, and human rights will be presented and used to devise a compendium of climate change virtues and vices. Environmental and climate change education research will be reviewed as well as the reasons for its failure to produce a substantial shift in attitudes and behavior of people especially in the global North will be deliberated. Ecocriticism, which studies the relationship between literature and visual and audial art will be explored, and a novel curriculum based on theoretical elements from climate change virtue ethics and supported with examples of the ecocritical arts will be proposed. It is my belief that an interdisciplinary framework supported and illustrated by climate change ecocriticism from any and all of the literary, visual, audial, and performance arts will create deeper understandings of climate change complexity.

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Herpin, de Fritsch Elsa. "Diagnostic étiologique des méningo-encéphalites aiguës virales par techniques de biologie moléculaire : évaluation d'une trousse commercialisée pour la détection de génomes viraux." Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR23005.

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Allison, Zachary R. "The Need for Virtue in an Age of Climate Change." Ohio University / OhioLINK, 2018. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ohiou1533163230320019.

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Voelpel, John W. "Climate Change: Aristotelian Virtue Theory, the Aidōs Response and Proper Primility." Scholar Commons, 2018. https://scholarcommons.usf.edu/etd/7653.

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Abstract:
Climate change is the first anthropogenic alteration of a global Earth system. It is globally catastrophic in terms of food production, sea level rise, fresh water availability, temperature elevation, ocean acidification, species disturbance and destruction to name just a few crisis concerns. In addition, while those changes are occurring now, they are amplifying over decadal periods and will last for centuries and possibly millennia. While there are a number of pollutants involved, carbon dioxide (CO2) which results from the combustion of any fossil fuel is the primary pollutant. It has not been considered a pollutant until recently because of its natural dissociation into oxygen and carbon compounds like wood. However, because of its molecular durability and ability to acidify water, it has become the primary pollutant as a result of the exponential increase in fossil fuel use for the production of energy by Earth’s population that has doubled over the last six decades. That increase has exceeded Earth’s ability to handle humanity’s waste CO2. Obviously, the involved changes detrimentally affect all life on Earth. Because of the evolving nature of the changes, climate change is presently denied primarily in the United States because of the costs of eliminating our carbon addiction. Because no similar global natural or anthropogenic situation has previously occurred during the lifetime of Homo sapiens, our extant ethical theories are incapable of confronting the crisis. Consequently, new ethical paradigms are necessary. This dissertation attempts to provide thoughts about the use of Aristotelian ethical theory, the aidōs feeling, Aquinian psychology and a possible new virtue of proper primility in an effort to further nurture the growth of the new climate change ethics.
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Heath, Sarah E. "Evolutionary consequences of viral resistance in the marine picoeukaryote Ostreococcus tauri." Thesis, University of Edinburgh, 2018. http://hdl.handle.net/1842/31082.

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Abstract:
In marine environments, eukaryotic marine microalgae coexist with the viruses that infect them. Marine microalgae are the main primary producers in the oceans and are at the base of the marine food web. Viruses play important roles in top-down control of algae populations, cycling of organic matter, and as evolutionary drivers of their hosts. Algae must adapt in response to the strong selection pressure that viruses impose for resistance to infection. In addition to biotic selection pressures such as viral infections, algae must also adapt to their abiotic environment. Global climate change is affecting temperature, salinity, pH, light and nutrient concentrations in the oceans, particularly in surface waters, where microalgae live. Currently, little is known about how consistent the effects of viruses on their hosts are, whether the cost of host resistance varies across environments, and whether there is a trade-off between maintaining resistance to viruses and adapting to other environmental changes. The marine picoeukaryote Ostreococcus tauri is abundant in Mediterranean lagoons, where it experiences large fluctuations in environmental conditions and co-occurs with lytic viruses (Ostreococcus tauri viruses – OtVs). Viral infection causes lysis of susceptible (S) cells, however a small proportion of cells are resistant (R) and avoid lysis. Some resistant O. tauri populations can coexist with infectious viruses, and it has been proposed that these viruses are produced by a minority of susceptible cells within a mainly resistant population. These populations are referred to as resistant producers (RP). Virus production in RP populations is unstable and eventually they shift to R populations. I used O. tauri and one of its viruses, OtV5, as a model system to investigate whether cells that are susceptible or resistant to virus infection adapt to environmental change differently and whether there is a cost of being resistant. For the first time, I evolved susceptible and resistant hosts of a marine alga separately under a range of environments and directly compared their plastic and evolved responses. I showed that resistant populations of O. tauri maintained their resistance for more than 200 generations in the absence of viruses across all environments, indicating that the resistance mechanism is difficult to reverse. Furthermore, I did not detect a cost of being resistant, as measured by population growth rate and competitive ability. Virus production in RP populations stopped in all environments and all populations became R. In addition, I found that virus production in RP O. tauri populations can fluctuate before completely ceasing, and that phosphate affected the length of time it took for virus production to stop. These results, combined with mathematical modelling of O. tauri infection dynamics, provide support for the prediction that RP populations consist of a mixed population of susceptible and resistant cells. By examining multiple environments and resistance types, we can better understand first, how microalgae populations adapt to environmental change and second, the ecological and evolutionary consequences of maintaining resistance to viruses in common marine picoeukaryotes.
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Laurent, Frédéric. "Methodes diagnostiques des hepatites C." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1M220.

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Visseaux, Benoit. "Déterminants moléculaires du tropisme du VIH de type 2, implications du tropisme dans la physiopathologie de l'infection et la prise en charge thérapeutique des patients." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077089.

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Abstract:
Lors de l'entrée du VIH dans une cellule cible, le virus doit fixer un corécepteur qui peut-être le CCR5 ou le CXCR4. Le maraviroc est uniquement efficace sur les virus de tropisme R5. Le VIH-2 présente une résistance naturelle à 1/3 des antirétroviraux commercialisés. Il n'existait pas de méthode diagnostique de détermination du tropisme du VIH-2 et la sensibilité du VIH-2 au maraviroc était inconnue. Le tropisme viral phénotypique de 53 souches de VIH-2 a été déterminé et la boucle V3 a été séquencée pour analyser l'association des mutations observées avec le tropisme viral. La sensibilité phénotypique du VIH-2 au maraviroc a été déterminée sur un modèle de leucocytes de donneurs. Le tropisme génotypique a été comparé entre l'ARN viral et l'ADN proviral pour 43 prélèvements. Nous avons identifié 4 déterminants génotypiques majeurs associés à l'utilisation du CXCR4 (L18Z, V19K/R, insertion en position 24, charge nette de la boucle V3 >+6). Le VIH-2 a une sensibilité phénotypique au maraviroc équivalente au VIH-1, avec une CI50 médiane de 0,80 nM et un plateau maximal d'inhibition médian de 93 %. Le tropisme génotypique de l'ARN viral et de l'ADN proviral est concordant dans 74 % des cas. Dans ce travail nous avons établi le premier algorithme génotypique de détermination du tropisme du VIH-2 e observé une sensibilité in vitro du VIH-2 au maraviroc équivalente à celle du VIH-1. Nous avons établi la bonne concordance entre le tropisme viral de l'ARN circulant et de l'ADN proviral. Ces données permettent désormais l'identification des patients infectés par le VIH-2 éligible pour le maraviroc. Le caractère pronostic du tropisme viral va maintenant être évalué
During HIV entry in target cells, the virus must attach a coreceptor: CR5 or CXCR4. Maraviroc is only effective on R5-tropic viruses. HIV-2 is a highly resistant virus with natural résistance to one third on HIV-1 effective antiretroviral drugs. HIV-2 infected patients often displayed a spontaneously undetectable viral load in absence of treatment. There was no assay for HIV-2 tropism determination and HIV-2 susceptibility to maraviroc remained unknown. We determined phenotypic tropism of 53 HIV-2 strains and sequenced the V3 loop. Association between the V3 loop sequence and the phenotypic viral tropism was analyzed. HIV-2 phenotypic susceptibility to maraviroc was studied with a PBMC model. Finally, concordance between genotypic tropism of viral RNA and proviral DNA was studied. We identified 4 HIV-2 major genotypic determinants associated with the use of CXCR4 (L18Z, V19K/R, an insertion at position 24, V3 loop global net charge >+6). HIV-2 phenotypic susceptibility to maraviroc is similar HIV-1, with a IC50 median of 0. 80 nM and a median maximum inhibition plate of 93%. Genotypic tropism of viral RNA and proviral DNA were concordant in 74% of tested samples. Ail discrepancies were due to R5 tropism in viral RNA and X4 tropism in proviral DNA. We developed the first HIV-2 algorithm for genotypic tropism prediction. We demonstrated in vitro susceptibility of HIV-2 to maraviroc. We have predicted the good correlation between genotypic viral tropism established from circulating RNA and proviral DNA. This allows identification of HIV-2 infected patients eligible for maraviroc treatment. HIV-2 tropism will now be examined for its predictive value of progression to AIDS
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Michalski, Marco Alexander. "Integrative analysis of transcriptional activity and genome architecture changes upon viral infections." Thesis, University of Cambridge, 2018. https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/274872.

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Abstract:
To study the interplay between spatial nuclear architecture and transcriptional activity during viral infections, I employed a genome-wide chromosome conformation capture approach (Hi-C) on infected murine and human cells and further enriched those libraries for genomic loci of interest and the viral genomes with biotinylated RNA baits. In parallel, I profiled newly transcribed RNA throughout the entire kinetic of murine cytomegalovirus (mCMV) infection in mice. Host genome rearrangement is a well-known phenomenon of mCMV infection but the underlying mechanisms are largely unknown. Furthermore, HPV infection can lead to cervical cancers in humans, with genomic instability and re-arrangements, leading to dysregulation of gene expression. Thus studying changes in genome architecture at early stages of HPV induced carcinogenesis can further our understanding on how certain integration events can provide a growth advantage. In this study, I identified clusters of genes characterized by distinct kinetic profiles upon CMV infection in the mouse, which were associated with distinct functional terms. ATAC-Seq uncovered proximal promoter regions (PPR) that showed an over-representation of specific transcription factor binding sites in each of the clusters. These correlated well with the annotated functions of the associated clusters. Further, I found that lytic mCMV infection is accompanied by local and global changes of chromosomal interactions in the host cell genome. Notably, chromatin properties, such as gene density, GC content and the association with the nuclear lamina, predict the structural dynamics upon infection and correlate well with transcriptional activity and changes thereof. High-resolution interaction profiles for TSSs of highly induced or repressed genes, suggest that in general, enhancer-promoter interactions already form in untreated cells; and these pre- existing DNA-structures are not significantly altered but function through transient activation or repression of enhancers. Finally, the viral genome showed a distinct pattern of open and closed chromatin late in infection. We found that the 7.2 kb viral intron displays the most open chromatin, and is highly enriched for chromosomal contacts with the host genome. Hi-C and capture Hi-C revealed that both short- (~50 kb) and long-range (~1 Mb) interactions occur during the early stages of HPV induced carcinogenesis between the host and the integrated HPV16 genomes. Integration and direct interactions between the viral genome and the host DNA were shown to be associated with changes in host gene expression. In addition, insertion of the virus can disrupt normal host architecture. In summary, this project pioneers the study of changes in nuclear architecture upon viral infection in man and mice. I uncover numerous structural features and changes of both the viral genomes and the infected host cellular genomes, and I demonstrate that these changes correlate with transcriptional activity.
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Conroy, Mervyn. "An Ethical Dimension to Organisational Change : Virtue-to-Virtue Combat for the Moral High Ground of UK NHS Reform." Thesis, Lancaster University, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.524742.

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Belrose, Gilda. "Effet du valproate sur l'expression du génome viral dans les cellules infectées par HTLV-1." Thesis, Antilles-Guyane, 2011. http://www.theses.fr/2011AGUY0403.

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Abstract:
L’HTLV-1 est l’agent étiologique de la TSP/HAM et de l’ATL. La TSP/HAM est une méningomyélite chronique d’évolution lente et progressive. La charge provirale HTLV-1 est corrélée à l’évolutivité de la maladie. La protéine virale Tax module la synthèse et la fonction de multiples protéines de la prolifération et de la survie des lymphocytes T infectés. L’expression virale n’est pas toujours détectable in vivo. Une modulation épigénétique par inhibiteurs d’HDAC a été proposée. Des travaux dans le modèle du BLV et in vitro dans l’infection à HTLV-1 ont conforté ce concept et conduit à un essai thérapeutique évaluant le VPA dans le traitement de la TSP/HAM, qui n’a pas montré d’impact sur la charge provirale. Nous nous sommes intéressés à l’effet du VPA sur les lymphocytes T CD4+ en culture, cibles du virus HTLV-1. L’expression du génome viral, surtout la balance entre les protéines Tax et HBZ a été étudiée avec ou sans VPA. Son expression serait corrélée à la charge provirale et à l’évolution de la TSP/HAM. Nous montrons qu’un tiers des cellules CD4+ infectées expriment Tax. Cette proportion augmente sous VPA. La détection de la protéine p19 est augmentée sous VPA. La stimulation par le VPA de la transcription sens du génome viral a été confirmée par quantification des messagers Tax et Gag alors que l’expression d’HBZ se trouve réprimée sous VPA. Les données cinétiques d’expression spontanée d’HBZ montrent l’existence d’un rétrocontrôle négatif exercé par HBZ sur l’expression de Tax et des gènes structuraux. Influer sur l’expression d’HBZ ouvre une voie nouvelle pour le traitement des maladies associées à HTLV-1
HTLV-1 is the etiological agent of HAM/TSP and ATL. TSP/HAM is a chronic meningomyelitis with a course being slow and progressive. HTLV-1 proviral load correlates with disease progression. Tax protein modulates the synthesis and function of proteins involved in the regulation of infected T-lymphocytes proliferation and survival. Viral expression is not always detectable in vivo. An epigenetic modulation by the use of HDAC inhibitors has been proposed. A study in the BLV model and an in vitro study in a HTLV-1 infection have lead to a therapeutic assay in order to assess VPA in the treatment of HAM/TSP. This assay did not show any impact on the proviral load. We evaluated the impact of VPA treatment on viral genome expression in cultured lymphocytes, especially the balance between Tax and HBZ. A third of provirus-positive CD4+ T cells spontaneously became Tax-positive. The estimation rose up to two-thirds of Tax-positive infected cells when VPA was added. VPA enhanced Gag p19 protein release. VPA treatment enhanced and prolonged Tax mRNA expression, while it blocked HBZ expression. Our data are consistent with the hypothesis of a feed-back loop coordinating Tax and HBZ expression. Modulation of HBZ expression may impact the net outcome of VPA treatment on HTLV-1-infected cell proliferation and survival
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RABBIA, ISABELLE. "Evolution de la viremie chez les patients atteints d'une hepatite chronique a virus c traites par interferon alpha : recherche d'une correlation entre la viremie et la reponse au traitement." Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU31510.

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HULIER, ELISABETH. "Iteractions entre l'infection par les virus de l'immunodeficience et l'infection palustre. Qualification des charges virales et parasitaires." Paris 6, 1995. http://www.theses.fr/1995PA066347.

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Abstract:
Le paludisme et le sida sont actuellement deux problemes majeurs de sante publique. Le fait que l'immunosuppression par le vih soit en partie le resultat d'un tropisme et d'une depletion en lymphocytes t cd4 a fait craindre que le sida n'aggravat la situation deja dramatique du paludisme. Des etudes realisees en afrique ont montre que tel n'etait pas le cas ; nous avons souhaite analyser les interactions entre ces deux pathogenes. Conscients de la difficulte d'etudier ces interactions chez l'homme, nous avons decide d'utiliser le modele murin du sida, le modele maids. Ce modele est developpe chez les souris c57bl/6, susceptibles a la forme cerebrale le plasmodium berghei souche anka. Nos etudes de coinfection en phase precoce ont montre une action benefique du retrovirus murin sur le neuropaludisme experimental. Cette action benefique serait mediee par l'interleukine 10, synthetisee principalement par les lymphocytes t spleniques. Au vue de ces travaux, et pour analyser, entre autre, les parametres moleculaires, charges virale et parasitaire, nous avons mis au point une pcr quantitative par hplc. Cette technique a ete validee pour une etude sur la transmission materno-ftale du retrovirus murin
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Gustavsen, Julia Anne. "Drivers of viral diversity and community compositional change over spatial and temporal scales in coastal British Columbia." Thesis, University of British Columbia, 2016. http://hdl.handle.net/2429/58045.

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Abstract:
Marine viruses are ubiquitous, abundant, and genetically diverse in natural waters. They play key roles in nutrient and carbon cycles. The composition of marine viral communities changes seasonally and repeats annually, and such patterns can be driven by their hosts in response to environmental changes. Moreover, environmental parameters can also directly affect the viral community through the decay of viruses, and differences in viral infectivity under different conditions. Marine viral communities show changes over time and space, but the mechanisms that drive compositional changes and maintain high diversity are largely unexplored. Determining factors affecting viral community composition and structure is essential to explain how viral diversity is maintained. This dissertation will assess the diversity of marine viral communities, and the role of the environment and putative viral hosts in driving this diversity. The relationship between environmental parameters and the diversity of viruses and their putative hosts was explored in coastal seawater samples along a transect and over a 13-month time series at a nearshore location. I used PCR amplification to target ecologically-important double-stranded DNA (T4-like myoviruses) and single-stranded RNA (picorna-like) viruses, as well as their putative bacterial (16S rRNA gene) and eukaryotic (18S rRNA gene) hosts were examined. These were interpreted in the context of nutrients, salinity, and temperature. I observed patchiness in the distribution and diversity of viral communities across space and time (Chapter 2). Chapter 2 greatly increased the known genetic diversity of marine picorna-like viruses with 145 operational taxonomic units (OTUs) occurring within previously seen phylogenetic clades. In Chapter 3 there were temporal shifts in dominance of phylogenetically-related viruses and most viral OTUs were ephemeral. In Chapter 4, I demonstrated that nutrients, salinity, and temperature drive the co-occurrence of viruses and their putative hosts. Finally, in Chapter 5, I revealed that specific viral and protistan taxa were associated with controlling species composition and the demise of a phytoplankton bloom. Altogether, this dissertation advances the understanding of the phylogenetic structure of viral communities over time, the drivers of host-virus relationships, and the dynamics of viral and microbial communities during blooms by assessing multiple groups of viruses and microbes.
Science, Faculty of
Earth, Ocean and Atmospheric Sciences, Department of
Graduate
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Fléchelles, Olivier. "Études épidémiologiques régionales et nationales des infections virales respiratoires sévères de l’enfant : intérêts pour la prise en charge préventive et curative." Thesis, Antilles, 2018. http://www.theses.fr/2018ANTI0371/document.

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Abstract:
Les virus respiratoires induisent de nombreuses et fréquentes pathologies en pédiatrie avec une morbidité importante. Ces virus sont bien connus car étudiés depuis longtemps mais ils sont en évolution constante. L’apparition des antibiotiques, des antiviraux, des soins intensifs, de la vaccination, les connaissances sur l’hygiène ont transformé l’impact de ces virus sur les populations humaines. Nos modes de vie principalement citadins favorisent la diffusion virale locale par le regroupement de presque tous les enfants dans des crèches ou des écoles. De même l’explosion récente des moyens de transport en particulier aérien qui ont reliés physiquement tous les pays du monde entre eux et qui accentuent la diffusion virale mondiale. Faut-il appliquer les mêmes raisonnements dans tous les pays du monde pour lutter contre ces infections ? Cette thèse apporte de nouvelles connaissances sur ce sujet en se focalisant sur les virus influenza et le virus respiratoire syncytial :1) Pendant la pandémie H1N1 au Canada, la mise en évidence de l’augmentation des hospitalisations des enfants asthmatiques, paradoxalement moins souvent ventilés durant leurs séjours en réanimation pédiatrique.2) L’intérêt de la vaccination contre le virus pandémique H1N1 pour diminuer le recours à la ventilation assistée chez les enfants hospitalisés en réanimation pédiatrique.3) Le Canada n’a pas connu de 3ème vague pandémique en raison d’une campagne vaccinale massive qui bien que tardive, a été efficace même 1 an plus tard.(4) La saisonnalité de la bronchiolite dans les régions tropicales est très différente de celle retrouvée dans les pays tempérés et nécessite de réajuster les recommandations de prise en charge à l’aune des données localesEn décrivant la cinétique et l’impact de la pandémie grippale de 2009 sur les enfants hospitalisés en soins intensifs pédiatriques au Canada d’Octobre 2009 à Mars 2011, en comparant cette cohorte à une cohorte similaire en France Hexagonale, et en décrivant 2 épidémies de VRS en Martinique en 2007 et 2008 pour confronter ces données avec celles décrites dans les pays tempérés, ce travail illustre combien nos connaissances doivent toujours être remises en question du fait de l’évolution du climat, de l’évolution de la société et de l’évolution des connaissances médicales
Respiratory viruses are responsible for much pediatric pathology with significant morbidity. These viruses are well known for a long time but are subject to constant changes. The development of antibiotics, antivirals, intensive care, vaccination, knowledge on hygiene has modified the impact of these viruses on human populations. Our predominantly urban lifestyles support local viral spread by bringing almost all children together in nurseries or schools. In the same way, the large use of modern transport facilities especially air transport (which connect all continents between them) facilitate the world viral spread. In this new environment, should we apply the same medical reasoning all over the world to fight against these infections? This thesis brings new knowledge on this topic, focusing on influenza virus and syncytial respiratory virus:1) During Influenza A(H1N1)pdm09, hospitalizations of children with asthma increase, but they were least often to be ventilated during their pediatric intensive care stay.2) The value of vaccination against the pandemic virus to reduce the use of assisted ventilation in children hospitalized in Pediatric Intensive Care Unit.3) Canada did not experience a third pandemic wave in 2010 because of a massive vaccination campaign that, even late, was effective one year later.4) The bronchiolitis season in the tropics is different from what we know in temperate countries. It is mandatory to adjust management recommendations in the light of regional data.By describing the kinetics and impact of the 2009 influenza pandemic on children in pediatric intensive care in Canada from October 2009 to March 2011, comparing this cohort to a similar cohort in France, and comparing 2 epidemics of VRS in Martinique (French West Indies) in 2007 and 2008 with those that have been carried out in temperate countries, this thesis is an example why we have to constantly question our knowledge because of climate change, change in society and medical knowledge evolution
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Leung, Edward W. Y. "To determine the quantitative changes to the Epstein Barr viral load in transplant recipients." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 2004. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.401464.

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Svobodová, Karolína. "Návrh guerillové kampaně pro společnost Baliarne obchodu Poprad." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta podnikatelská, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240557.

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Abstract:
The aim of this diploma thesis is the proposal of guerilla campaign in a company Baliarne obchodu Poprad, a.s.. Introduction of the theoretical part explains basic knowledge of advertising, various types of guerilla and serves as a base for empirical part, in which I analyze current status of external and internal environment of the company. Based on identified weaknesses of the comapny is guerilla campaign designed to appeal to wide range of customers, new target group and the mark has become well known throughout the territoty of Slovak republic.
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Quam, Mikkel B. "Imported infections’ importance : global change driving Dengue dynamics." Doctoral thesis, Umeå universitet, Epidemiologi och global hälsa, 2016. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-118645.

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Abstract:
Background Dengue is a significant problem of international health concern. According to the World Health Organization in 2012, globally, dengue is “the most important mosquito borne viral disease” with incidence 30 higher than it had been 50 years ago. While most of the burden of disease associated with dengue is located in areas with a tropical and sub-tropical climate, increasing evidence suggests temperate areas are also at risk. Considering the recent introduction of relevant mosquito vectors into Southern Europe, and increasing numbers of imported dengue via travelers, Europe and other temperate areas may be increasingly at risk for dengue emergence, establishment and local transmission in the foreseeable future. Methods Recent dengue emergence in Madeira and reemergence in Tokyo underline the hypothesis that passenger air-travel can be an important conduit for the importation of vector-borne disease leading to emergence in naïve areas climatically suitable for dengue transmission, including parts of Europe. Combining information on travel with virus genetic similarity was useful in discerning likely pathways of for the importation of infections. Generalizing information learned from outbreaks in Tokyo and Madeira with global epidemic intelligence, global travel networks, and climate change projections, leads to more refined understanding of the magnitude of dengue infectious imported into temperate areas and these virus introduction events’ potential implications for seeding epidemics in the 21st century. Results While compared to total travel, imported dengue events and epidemics of dengue outside the tropics are rare, our combined evidence and modeled estimations suggest strongly that epidemic dengue emergence in temperate areas is possible and will continue to increase. We found that global change dynamics including warming temperatures in the much of the northern hemisphere and increasing passenger interconnectivity between areas endemic for dengue and dengue free areas are key mechanisms partly explaining these unprecedented epidemiological transitions. Conclusion While we calibrated our models on information known about dengue, many elements of the methods and conclusions may increase understanding of the potentially global implications for imported infections of other climate-sensitive infectious diseases’ that may have similar parameters. During 2016 and the years to come, techniques developed in this doctoral research will contribute to models used in risk analysis for vector-borne diseases of interest, including the increasing important potential for imported Chikungunya and Zika viruses into a variety of unexposed areas.
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Downes, Joan Ellen. "Role of TLR Signalling in the Induction of Changes in Haematopoiesis by Viral and Bacterial Agents." Thesis, University of Liverpool, 2009. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.507513.

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Trubl, Gareth. "Pioneering Soil Viromics to Elucidate Viral Impacts on Soil Ecosystem Services." The Ohio State University, 2018. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1543425468999981.

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Kuzio, Sylvain. "Automatisation et optimisation de l'activité biologie moléculaire d'un laboratoire d'analyses de biologie médicale." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28732.

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