Academic literature on the topic 'Chlamydia trachomatis – Bénin – Épidémiologie'

Les Chlamydiaceae sont une famille de bactéries relativement récente dans la systématique microbienne. Deux bactéries sont principalement associées à des pathologies de l'homme, soit Chlamydia trachomatis et Chlamydophila pneumoniae. C. trachomatis est la première maladie à déclaration obligatoire au Québec et l'infection sexuellement transmissible (ITS) le plus fréquemment rencontré dans le monde. Mon projet consistait au développement d'une méthode de"Multi Locus Sequence Typing" (MLST) pour C. trachomatis à partir d'isolats cliniques, sans passer par la culture cellulaire, et ce grâce au PCR (réaction en chaîne de la polymérase) multiplex niché. L'objectif ultime de cette technique est de mieux connaître l'épidémiologie de la bactérie, pour pouvoir comprendre la résistance et la persistance aux antibiotiques et l'origine géographique commune, par exemple. Outre les 15 isolats de référence, 115 isolats d'origines diverses (38 ITS de l'Estrie, 54 ITS de l'Afrique et 22 trachomes de l'Afrique) ont été testés par PCR multiplex niché puis séquencés. Globalement, les 130 isolats se séparent en 29 séquences-types différentes, dont 17 ne sont retrouvées qu'une seule fois. Ces STs se regroupent en 4 complexes clonaux distincts. De plus, les isolats sont séparés selon le type d'infection qu'ils causent, soit l'ITS, le trachome ou la lymphogranulomatose vénérienne. Dans son ensemble, l'évaluation de la pertinence et de la qualité de la nouvelle technique MLST montre une force discriminatoire de 90,1%, qui est dans les normes de qualité pour une technique d'épidémiologie moléculaire. Un index d'association de 3,809 pour le schéma complet est trouvé, et un de 2,447 lorsque le calcul est refait avec un exemplaire de chaque ST seulement, indiquant une population clonale forte. Finalement, un ratio d[indice inférieur N]/d[indice inférieur S] variant entre 0.145 et 0.773 pour les gènes choisis pour le schéma MLST démontre que les gènes sélectionnés ne sont pas soumis à une pression de sélection positive. Toutes ces données tendent à prouver que le nouveau schéma MLST est une technique discriminante, qui va permettre de faire des liens épidémiologiques intéressants pour C. trachomatis. De plus, au cours de ce projet, des analyses de certains isolats de C. trachomatis ont montré des caractéristiques nouvelles au niveau du génotype ompA.Les 22 isolats de trachome de la Tanzanie (Afrique) ainsi que 5 isolats ITS des Îles Comores ont cette particularité. Il s'agit selon la séquence d'un génotype A variant. Des analyses supplémentaires restent à faire pour caractériser complètement le génotype.

L'utilisation d'un ensemble de 17 anticorps monoclonaux a permis de déterminer par le test en microimmunofluorescence, le sérovar de 112 souches de Chlamydia trachomatis. Ces souches ont été isolées à partir de 199 prélèvements cliniques (d'origine urogénitale, oculaire et ganglionnaire) en France (Amiens (112), Brest (1), Nantes (19) et Nancy (29), au Cameroun (Yaoundé (16), en Italie (Parme (25) et au Portugal (Lisbonne (7)). Afin de pouvoir sérotyper ces souches, l'enrichissement des isolements cliniques a été nécessaire. La culture a été optimisée par l'utilisation d'ultrasons, et une méthode performante de préparation des Chlamydia pour le test en microimmunofluorescence a été développée. Le sérotypage a montré que le sérovar le plus fréquent est le sérovar E (60,7%) suivi par F (15,2%), D (8%), J; K (3,6%), Ba (2,7%), H, I (1,8%) et L3 (0,9%). Deux sérovars ont été détectés dans deux cas (deux FG). Une méthode de double marquage à l'aide de complexes immuns fluorescents purifiés a été développée afin de démontrer l'existence d'une infection mixte (dans ces deux cas). Les résultats du sérotypage montrent que le sérovar représente un marqueur épidémiologique efficace. De plus, la répartition des sérovars de Chlamydia trachomatis dans cette étude, est caractérisée par une fréquence beaucoup plus élevée du sérovar E que celles observées dans d'autres études européennes et américaines (USA).

Chlamydia trachomatis est une bactérie à développement intracellulaire obligatoire, divisée en 19 sérovars parmi lesquels les sérovars D-K sont responsables d’infections oculo-génitales et les sérovars L de la lymphogranulomatose vénérienne (LGV). En France, C. trachomatis est le principal agent bactérien responsable d’infections sexuellement transmissibles (IST). Les méthodes moléculaires occupent une place de choix dans le dépistage et l’épidémiologie des infections à C. trachomatis. Grâce à leur utilisation à partir de prélèvements non invasifs, nous disposons de chiffres de prévalence qui s’élèvent à 1,5% dans la population générale, 3,6% chez les femmes âgées de 18 à 24 ans sexuellement actives et 10 à 15% dans les centres à vocation de dépistage des IST. N’ayant aucune donnée chez la femme enceinte, le programme hospitalier de recherche clinique (MATIST) que nous avons mis en place chez les femmes enceintes suivies au CHU de Bordeaux a montré une prévalence de l’infection à C. trachomatis de 2,5%, à M. genitalium de 0,8% et à N. gonorrhoeae de 0%. Chez les femmes de moins de 24 ans, la prévalence était respectivement de 7,9% et 2,4%. La compréhension de l’épidémiologie et de la dissémination des infections à C. trachomatis nécessite la mise au point de techniques de typage performantes d’autant qu’un seul sérovar, le sérovar E, est rencontré dans près de la moitié des cas. Nous avons développé une méthode de typage moléculaire, la MLVA (MultiLocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis), qui analyse le polymorphisme associé aux répétitions en tandem et permet un typage intra-sérovar. Cinq VNTRs ont été identifiés. La méthode a été automatisée puis appliquée à 220 souches et échantillons cliniques de C. trachomatis de génovar E, permettant d’identifier 25 types MLVA. Les souches d’origine ano-rectale isolées de patients homosexuels et les souches suédoises appartenant au nouveau variant ont été individualisées au sein de deux types MLVA uniques et distincts, suggérant une origine clonale. L’ensemble des résultats obtenus ont montré que la MLVA est un outil de typage moléculaire performant, plus discriminant que les autres méthodes auxquelles nous l’avons comparée. De plus, dans le cadre de la surveillance épidémiologique de la LGV ano-rectale due au variant L2b qui sévit en Europe depuis 2003 presque exclusivement chez les homosexuels, nous avons identifié le premier cas de LGV ano-rectale chez une femme. Enfin, nous avons développé une technique de PCR en temps réel permettant une détermination objective de la concentration minimale inhibitrice d’un antibiotique donné vis-vis de C. trachomatis. Cette technique a également montré que les antibiotiques étudiés n’avaient qu’une activité bactériostatique sur C. trachomatis
Chlamydia trachomatis is an obligate intracellular bacterium, divided into 19 serovars, among which serovars D-K are responsible for oculo-genital infections and serovars L of lymphogranuloma venereum (LGV). In France, C. trachomatis is the main bacterial cause of sexually transmitted diseases (STI). Molecular methods are the methods of choice for the C. trachomatis detection and epidemiology. Through their use, it has been shown that the prevalence of C. trachomatis infection rise up to 1.5% in the general population, to 3.6% for sexually experienced women aged 18-24 and to 10-15% in STI medical settings. As no data were available for pregnant women, we conducted a clinical research study (MATIST) in pregnant women at the Bordeaux University hospital. The prevalence of C. trachomatis, M. genitalium and N. gonorrhoeae infections was 2.5%, 0.8% and 0%, respectively. In women under 24 years, the prevalence of C. trachomatis, and M. genitalium infections was 7.9% and 2.4%, respectively. Understanding the epidemiology and the spread of C. trachomatis infection requires the development of efficient typing techniques knowing that a single serovar, serovar E, is found in nearly half the cases. We developed a MLVA (MultiLocus Variable-Number of Tandem Repeat Analysis) method which analyzes the genome polymorphism associated to tandem repeats and allowed intra-serovar subtyping. Five VNTRs were identified. The automated method was applied on 220 C. trachomatis genovar E clinical specimens and isolates, yielding 25 MLVA types. All anorectal isolates from men who have sex with men exhibited the same MLVA type, suggesting clonal spread. In the same way, we confirmed the clonal origin of the Swedish new variant of C. trachomatis. MLVA appears to be a good tool for molecular typing, with a higher discriminatory power than those of other methods used for comparison. Since 2003, a LGV proctitis outbreak caused by the new variant L2b has been reported in Europe in men who have had sex with HIV-positive men. We reported the first case of C. trachomatis L2b proctitis diagnosed in a woman. Finally, we developed a real-time PCR method allowing an objective determination of minimum inhibitory concentration of antibiotics for C. trachomatis. Our results also showed that all antibiotics studied only had bacteriostatic activity on C. trachomatis

La chlamydiose génitale est une infection transmise sexuellement causée par la bactérie intracellulaire obligatoire Chlamydia trachomatis. Avec une incidence en constante augmentation depuis 1997, la chlamydiose génitale représente aujourd’hui la maladie à déclaration obligatoire la plus rapportée au Canada et correspond à 80% de l'ensemble des ITS diagnostiquées. Par contre, environ 15% des patients traités pour la chlamydiose génitale sont toujours infectés après la fin du traitement. Au-delà des réinfections possibles à la suite de contacts sexuels non-protégés avec un partenaire infecté, nous avons émis l’hypothèse que des causes bactériennes puissent être responsables des cas d'échec de traitement et d'infection persistante. Les travaux de recherches présentés dans ce mémoire ont donc eu pour objectifs de déterminer si la résistance à l’azithromycine, la charge bactérienne de l’infection ou un génotype particulier de la bactérie, pourraient être associés aux cas d'échec de traitement et d’infection persistante. Pour ce faire, une étude rétrospective de type cas-témoins composée de 204 patients ayant eu deux épisodes de chlamydiose génitale ou plus entre 2002 et 2012 (506 spécimens cliniques analysés au total) a été mise sur pied. En se servant de Campylobacter jejuni comme organisme modèle, il a été possible de développer une nouvelle méthode de détection moléculaire des mutations ponctuelles basée sur la PCR en temps réel, que nous avons nommée TaqTm Probing. Cette méthode a par la suite été exploitée pour chercher des mutations pouvant conférer une résistance à l’azithromycine chez C. trachomatis. Toujours par PCR en temps réel, une méthode d’évaluation semi-quantitative de la charge bactérienne des spécimens cliniques a aussi été mise au point et les spécimens ont été caractérisés par le typage de la protéine majeur de la membrane externe. Aucun cas de résistance n'a été observé, ni d’ailleurs de lien entre la charge bactérienne et l’évolution de l'infection vers un état de persistance ou d'échec de traitement. Par contre, il s'est avéré qu'une infection par le génotype E était significativement associée aux cas d'échec de traitement et d'infection persistante et augmentait le risque de survenue. Il sera important d'identifier subséquemment les mécanismes moléculaires impliqués.