Dissertations / Theses on the topic 'Citrix'

Den här rapporten undersöker om gränsen mellan Terminal Services och Citrix XenApp har börjat suddas ut eller om man ännu kan dra en tydlig linje mellan dessa. Detta för att avgöra om organisationer som idag kör Windows Server 2003 med Citrix XenApp enbart klarar sig med de nya funktionerna i Windows Server 2008 Terminal Services och ändå uppfylla de krav och behov en organisation har. Arbetet genomfördes rent teoretiskt. För att avgöra likheter och skillnader mellan applikationerna, så användes till största delen ett ramverk. För att kunna få en bild av hur applikationerna tillämpas rent praktiskt, användes tidigare testar samt analyser. Resultatet visar att Terminal Services tagit ett större steg inom marknaden för applikationsvirtualisering. Slutsatsen antyder att Windows Server 2008 Terminal Services är lämplig för organisationer utan komplexa behov.

Detta arbete syftar till en jämförelse av olika skrivbordsvirtualiserings produkter och hur respektive miljö ser ut. I utredandeavsnittet presenteras information om skrivbordsvirtualiserings olika lösningar och hur de fungerar. Arbetet redogör för de två stora aktörerna inom detta område, Citrix och VMware. Utredandeavsnittet presenterar även lite information om Nvidias grafiklösningar i de olika miljöerna. Genomförandeavsnittet presenterar information från intervjuer med representanter från de två stora aktörerna. Arbetet presenterar även information från en representant från Nvidia, USA. Intervjuerna har skett via e-mail eftersom personligt möte varit väldigt svårt att lösa. Intervjuerna behandlar frågor om respektive lösning om hur de fungerar och även om användarvänlighet och åtkomst för användare. Fokus ligger på användarvänlighet och åtkomst för användare i respektive lösning. Efter arbetet kan det dras några slutsatser. Främst att de två miljöerna som undersökts är ganska lika när det gäller virtualisering av skrivbord. De är uppbyggda på liknande sätt och fungerar på nästan samma sätt när det gäller åtkomst för användare.

O cancro cítrico é uma doença de importância mundial para o cultivo comercial de citros. O desenvolvimento de medidas alternativas de controle que contribuam para o manejo da doença é de grande importância. O presente estudo teve como objetivo verificar se o tratamento de plantas cítricas com inseticidas neonicotinóides é capaz de controlar a incidência de cancro cítrico na planta, assim como, verificar se as plantas cítricas apresentam diferenças no vigor em decorrência do tratamento com estes produtos. A atividade antimicrobiana de acetamipride, imidaclopride (IMI) e tiametoxam (TMX) foi testada in vitro com seis isolados de Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Alíquotas das suspensões bacterianas (108 UFC/ml) foram depositadas em meio Agar Nutriente acrescido dos produtos nas concentrações de 0 a 3000 µg/ml de princípio ativo (p.a.). Em casa-de-vegetação, plantas de laranja Valência foram tratadas com quatro doses de IMI, por rega no solo, em intervalos de tempo variando entre 0 e 10 dias, entre a inoculação de Xcc, por infiltração com seringa, e o tratamento com o neonicotinóide. Plantas controle foram tratadas com água e inoculadas com a bactéria. Foi avaliada a incidência por contagem de lesões de cancro cítrico por cm2 de área foliar, a dinâmica populacional da bactéria por reisolamento e o teor de macronutrientes e micronutrientes das plantas tratadas e inoculadas. A campo, foram conduzidos experimentos nos municípios de Paranavaí e São João do Caiuá, PR, em plantas de laranja Natal (quatro meses) e Valência (oito meses), respectivamente. As plantas foram tratadas com cinco doses de IMI no tronco ou no solo, e uma dose de TMX e de clotianidina no solo. Plantas controle foram tratadas com água. Foram avaliadas bimestralmente as incidências de cancro cítrico, de larva minadora dos citros (LMC) e a desfolha. O vigor vegetativo foi avaliado pelo volume de copa, pelo diâmetro de caule e pela altura de planta. Os neonicotinóides não apresentaram efeito antimicrobiano contra nenhum isolado de Xcc in vitro. O tratamento das plantas com IMI, além de reduzir o número de lesões de cancro cítrico e a população bacteriana na planta, alterou as características dessas lesões, independente da dose, época do ano ou do intervalo de tempo entre o tratamento da planta e a inoculação com Xcc. De maneira geral, nos experimentos a campo, foi constatada diminuição de desfolha e das incidências de cancro cítrico e de LMC para todos os neonicotinóides testados, destacando-se a menor dose de IMI aplicada no tronco da planta e a maior dose de IMI aplicada no solo. Os neonicotinóides testados reduziram a incidência de cancro cítrico, aumentaram os teores de N e K nas folhas e o vigor vegetativo das plantas cítricas. Assim, os neonicotinóides podem ser considerados no manejo do cancro cítrico, não somente por sua ação inseticida, mas também como bioativadores das plantas cítricas.
Citrus canker is a disease of global importance for citrus production. The development of alternative measures to control the disease is of great importance. This study aimed to determine if the aplication of neonicotinoid insecticides on citrus plants is capable to control the incidence of citrus canker by induced resistance, as well as to verify if citrus plants differ in vigor due to the treatment with these products. The antimicrobial activity of acetamiprid, imidacloprid (IMI) and thiamethoxan (TMX) was tested in vitro against six isolates of Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Aliquots of bacterial suspensions (108 CFU / ml) were placed on nutrient agar medium containing the neonicotinoids in concentrations from 0 to 3000 µg/ml of active ingrediente (a.i). In greenhouse, plants of Valencia orange were treated with four doses of IMI by soil drench. Intervals of time ranging from 0 and 10 days, between the inoculation of Xcc by syringe infiltration and treatment with the neonicotinoid were tested. Check plants were treated with water and inoculated with the bacteria. The plants were evaluated by counting the incidence of citrus canker lesions per cm2 of leaf area, the population dynamics of bacteria by reisolations, and macronutrient and micronutrient content of the inoculated and treated plants. Field experiments were carried out in the counties of Paranavaí and São João do Caiuá, PR, on four months old Natal orange plants and eight months old Valencia orange plants, respectively. The plants were treated with five doses of IMI in the trunk or by soil drench. Doses of TMX and clothianidin by soil drench. Check plants were treated with water. The plants were evaluated every two months by determining the incidence of citrus canker, defoliation and citrus leafminer (CLM) incidence. The vigor of the plants was assessed by the volume of canopy, trunk diameter and plant height. The neonicotinoids showed no antimicrobial effect against the strain of Xcc in vitro. The treatment of plants with IMI in addition to reducing the number of lesions of citrus canker and bacterial population in the plant, also changed the characteristics of these injuries, regardless of dose, time of the year or interval between treatment and inoculation of plants with Xcc. In general, experiments in the field showed decrease in the incidence of citrus canker for all neonicotinoids tested, especially the lower dose of IMI applied in the trunk of the plants and the highest dose of IMI by soil drench. The neonicotinoids tested reduced the incidence of citrus canker, increased the levels of N and K and the vigor of citrus plants. Thus the neonicotinoids may be considered in the management of citrus canker not only by its activity as insecticide to control CLM, but also by the bioactivity on citrus plants.

This diploma thesis is devoted to a modern attitude of desktop computer usage, that uses operating system and applications virtualization. The paper describes theoretical principles of virtualization techniques and selection of the proper solution for the organization. Diploma thesis also describes the project implementation.

Orientadores: Marcos Antonio Machado, Alessandra Alves de Souza
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-24T04:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coqueiro_DanilaSouzaOliveira_D.pdf: 3034667 bytes, checksum: 7ce135c75da10c6b26032ec285344dc5 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: Avaliou-se as alterações transcricionais em laranja 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.) promovidas por quitosana (CHI) e ácido salicílico (SA), utilizando RNA-seq, e o efeito destes compostos no controle do cancro cítrico (Xanthomonas citri subsp. citri) e da clorose variegada dos citros (CVC - Xylella fastidiosa). As plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, foram coletadas amostras foliares para avaliar seus transcriptomas. Para a avaliação dos eliciadores sobre o cancro cítrico e a CVC, as plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, inoculadas com as duas bactérias separadamente. A partir de 24h da inoculação, foram coletadas amostras foliares para avaliar a curva de crescimento de ambas as bactérias, a redução da severidade e/ou incidência das doenças e respostas de defesa da planta por RT-qPCR. Com os resultados do transcriptoma, observou-se que mais genes foram induzidos pelo tratamento com SA do que com CHI. O tratamento com SA aumentou a expressão de genes que participam da via de sinalização do SA na planta (WRKY50, PR2 e PR-9) e genes da biossíntese do etileno e ácido jasmônico (ACS 12, fator de transcrição contendo domínio AP2 e OPR3). Além disso, promoveu a indução de genes relacionados ao metabolismo secundário, processos redox e estresse biótico. No tratamento com CHI, foi observada maior indução de genes relacionados ao metabolismo secundário. Para ambos os tratamentos, a via da auxina foi reprimida. No experimento para controle do cancro cítrico, observou-se que ambos os eliciadores promoveram reduções na severidade e incidência da doença. Entretanto, a CHI pareceu não interferir diretamente na formação do biofilme pela bactéria, mas pode ter dificultado a multiplicação de X. citri na planta. O SA retardou a entrada da bactéria na planta e, aparentemente, inibiu mais a formação do biofilme bacteriano do que a CHI. Comparações da expressão gênica entre os eliciadores reforçam a ideia de que a CHI tem maior potencial de induzir resistência ao cancro cítrico do que SA. No experimento para o controle da CVC, observou-se que a CHI induziu importantes genes da via do SA (NPR1, TGA, EDS1) e etileno (EIN-3, PR-4) 24h após a inoculação. Aplicações exógenas de SA potencializaram o seu efeito endógeno na planta, pois houve indução de NPR1, TGA e PRs. Entretanto, não foi possível estabelecer uma relação clara entre a multiplicação de X. fastidiosa, a incidência da doença e o uso da CHI e SA em laranja 'Pera', já que na maioria das avaliações não houve redução da população bacteriana em amostras foliares e não houve redução da incidência em plantas tratadas. Com base nos resultados, observou-se que CHI e SA induziram diversos genes envolvidos em respostas de defesa em laranja 'Pera'. Entretanto, essas respostas podem ser moduladas diferencialmente a depender do patógeno que afeta a planta, pois os eliciadores foram eficientes no controle da X. citri, um patógeno que coloniza o mesófilo da planta, entretanto não foram efetivos no controle da X. fastidiosa, um patógeno que coloniza o xilema da planta, embora respostas de defesa tenham sido expressas nos momentos iniciais (24h) após a inoculação com X. fastidiosa
Abstract: This study was carried out to evaluate transcriptional modification in sweet orange 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.), promoted by chitosan (CHI) and salicylic acid (SA), using RNA-seq, and the effect of these compounds on citrus canker (Xanthomonas citri subsp. citri) and citrus variegated chlorosis (CVC - Xylella fastidiosa). Plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, leaf samples were collected to assess the transcriptome. In the experiments for disease assessment, the plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, inoculated. Starting from 24h after inoculation, leaf samples were collected to evaluate the multiplication of the pathogens (X. citri and X. fastidiosa), reduction of the severity and / or incidence and plant defense responses by RT-qPCR. Based upon the transcriptome results, it was observed that more genes were induced by SA than by CHI. SA treatment increased the expression of genes that participate in the SA signaling pathway in the plant (WRKY50, PR2 and-PR9), and genes involved in the biosynthesis of ethylene and jasmonic acid (ACS 12, transcription factor containing AP2 and OPR3 domain). Besides these, SA promoted induction of genes of secondary metabolism, redox processes and biotic stress. The treatment with CHI exhibited higher induction of genes related to secondary metabolism. For both treatments, the auxin pathway was suppressed. In the experiment for the control of citrus canker, it was observed that both elicitors reduced the severity and incidence of the disease. However, CHI seems not to interfere directly in biofilm formation, but may have hindered the multiplication of X. citri in the plant. The SA slowed down the entry of the bacteria into the plant and, apparently, inhibited the formation of biofilm more efficiently than the CHI. Comparisons of gene expression between elicitors reinforce the idea that CHI has higher potential to induce resistance to citrus canker than SA. In the experiment for the control of CVC, it was observed that the CHI induced important genes of the SA (NPR1, TGA, EDS1) and ethylene (EIN-3, PR-4) pathways 24h after inoculation. Exogenous applications of SA potentiated its endogenous effect in the plant, since there was induction of EDS-1, NPR1, TGA and PRs. However, it was not possible to establish a clear relationship between the multiplication of X. fastidiosa, the incidence of the disease and the use of CHI and SA in 'Pera' sweet orange, since most of the assessments did not show reduction of bacterial populations in leaf samples and there was no reduction of the incidence in treated plants. Based upon the results of this study, it was observed that CHI and SA induced several genes involved in defense responses in 'Pera' sweet orange. However, these responses can be modulated differentially depending on the pathogen that affects the plant. This fact was demonstrated in this study, as elicitors were effective in controlling X. citri, a pathogen that colonizes the mesophyll of the plant, but were not effective in controlling X. fastidiosa, a pathogen that colonizes the xylem of the plant, although defense responses were expressed in the early stages (24 h) after inoculation with X. fastidiosa
Doutorado
Bioquimica
Doutora em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: José Carlos Barbosa
Banca: Sílvio Aparecido Lopes
Banca: Eduardo Sanches Stuchi
Banca: Antônio Baldo Geraldo Martins
Banca: Rita de Cássia Panizzi
Resumo: A distribuição espacial do cancro cítrico em talhões com laranjeira 'Natal' enxertada em limoeiro 'Cravo' com 3 anos de idade foi estudada utilizando a geoestatística. Foram utilizados 13 talhões mapeados pelo Fundecitrus (Fundo de Defesa da Citricultura), com 595 ou 1080 plantas cada, infectados naturalmente com Xanthomonas citri subsp. citri, em uma única propriedade, no Estado de São Paulo. A severidade da doença em cada planta foi avaliada por meio de uma escala com os seguintes níveis: 0 - sem folhas com sintomas; 1 - de 1 a 5 folhas com sintomas; 2 - de 6 a 10 folhas com sintomas; 3 - de 11 a 20 folhas com sintomas; 4 - de 21 a 50 folhas com sintomas e 5 - > 50 folhas com sintomas. Nestes talhões, as coordenadas correspondentes à posição das plantas contaminadas foram obtidas com um GPS, permitindo mapear a doença no talhão. A distribuição espacial foi avaliada por ajuste de semivariogramas e interpolação dos dados por krigagem. A distribuição de plantas com cancro cítrico no talhão mostrou-se agregada, com raio de agregação de 30 a 45 m. Os mapas de krigagem mostraram que os focos da doença ocorreram mais frequentemente nos limites dos talhões. Quando a nota média de severidade da doença foi menor que 0,04, o semivariograma apresentou efeito pepita puro, indicando que não houve dependência espacial
Abstract: The spatial distribution of citrus canker in areas with orange 'Natal' grafted on 'Rangpur' lime with three years of age were studied using geostatistics. We used 13 plots mapped by Fundecitrus (Citrus Defense Fund), with 595 or 1080 individual plants, naturally infected with Xanthomonas citri subsp. citri that were on the same property in the State of São Paulo. Disease severity in each plant was assessed using a scale with the following levels: 0 - no leaf with symptoms, 1 - 1 - 5 leaves with symptoms; 2 - 6 -10 leaves with symptoms; 3 - 11 - 20 leaves with symptoms; 4 - 21 - 50 leaves with symptoms and 5 - > 50 leaves with symptoms. In these plots, the coordinates corresponding to the position of symptomatic of infected plants was obtained with a GPS, allowing mapping the symptomatic plants in the block. The spatial distribution was evaluated by fitting of semivariograms and kriging interpolation of the data. The distribution of plants with citrus canker in the block was aggregated, with aggregate radius of 30 - 45 meters. Kriging maps showed that the foci of diseased plants stood on the edge of the blocks. When the average grade of severity was less than 0.04, the semivariogram showed pure nugget effect, indicating that no spatial dependence
Doutor

Fifty percent of Fortune 500 companies trust Xen, an open-source bare-metal hypervisor, to virtualize their websites and mission critical services in the cloud. Providing superior fault tolerance, scalability, and migration, virtualization allows these companies to run several isolated operating systems simultaneously on the same physical server. These isolated operating systems, called virtual machines, require a virtual traffic guard to cooperate with one another. This guard known as the Credit2 scheduler along with the newest Xen hypervisor was recently developed to supersede the older schedulers. Since wasted CPU cycles can be costly, the Credit2 prototype must undergo significant performance validation before being released into production. Furthermore, leading commercial virtualization products, including VMWare and Microsoft Hyper-V frequently adopt Xen's proven technologies. This thesis provides quantitative performance measurements of the Credit1 and Credit2 schedulers, and provides recommendations for building hypervisor schedulers.

Na busca por compostos voláteis para utilização no manejo comportamental de Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae), a resposta destes insetos foi avaliada frente às substâncias liberadas por plantas de laranja, Citrus sinensis (L.) Osbeck, variedade \'Pêra\', enxertadas sobre limão-cravo, C. limonia Osbeck, sadias vs sintomáticas para Huanglongbing (HLB). Voláteis destas plantas, bem como seus extratos foram testados em olfatômetro \'Y\' e analisados por GC-MS. Somente fêmeas foram atraídas, tanto para os voláteis quanto para os extratos, e preferencialmente os de plantas doentes. Foram encontrados 47 compostos em extratos de plantas sadias e doentes, dos quais 11 [hexanal; α-tujeno; α-pineno; sabineno; β-mirceno; α-terpineno; limoneno; linalol; composto 37 (não identificado); β-elemeno e β-copaeno] presentes em maior quantidade nos extratos de plantas doentes, sendo que 3 desses compostos (sabineno, linalol e β -elemeno) foram majoritários nos extratos de ambas as plantas, doentes e sadias. Esses três compostos, bem como uma substância padrão para atração (salicilato de metila), foram testados em diferentes concentrações e misturas em laboratório, casa-de-vegetação e campo. O efeito destas substâncias foi dependente de sua concentração e, embora limoneno tenha alterado a resposta comportamental das fêmeas, apenas salicilato de metila e linalol foram atraentes. Em laboratório, a mistura desses dois compostos apresentou efeito sinérgico na atração de fêmeas e, em casa-de-vegetação, a adição de linalol junto a plantas de citros aumentou a atratividade das mesmas para insetos adultos, sugerindo importante participação desses compostos no processo de seleção hospedeira pelo inseto. Estes resultados acrescentam novas informações para a busca de um atraente para D. citri visando o manejo comportamental do inseto vetor das bactérias Liberibacter, associadas ao HLB, a mais importante doença dos citros no mundo.
With the aim of searching for volatile compounds to use in behavioral management of Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae), the response of these insects was assessed against the substances released by sweet orange [Citrus sinensis (L.) Osbeck], variety \'Pera\', grafted on Rangpur (C. limonia Osbeck), healthy and Huanglongbing (HLB) symptomatic plants. Plant volatiles as well as plant extracts were tested in Y-tube olfactometer assays and analyzed by GC-MS. Only females were attracted to plant volatiles and extracts and they preferred those from HLB-infected plants. A total of 47 compounds was found in the extracts from healthy and infected plants, from which 11 [hexanal; α-thujene; α-pinene; sabinene; β- myrcene; α-terpinene; limonene; linalool; compound #37 (not identified); β-elemene; and β-coapene] were present in higher amounts in infected plant extracts. Three of these volatiles (sabinene, linalool and β-elemene) represented major compounds in both infected and healthy plant blend extracts. These three compounds, as well as a standard substance used for attraction (methyl salicylate), were tested in different concentrations and mixtures in laboratory, greenhouse and field. The effect of these substances was dependent on its concentration and, although limonene changed female behavioral response, only methyl salicylate and linalool were attractive. In the laboratory, the mixture of these two compounds showed a synergistic effect in attracting females and, in greenhouse, the addition of linalool to citrus plants increased the attractiveness of plants to adult insects, suggesting an important role for these compounds in the host selection process by the insect. These results provide novel information about attractants to D. citri with the aim of developing a behavioral management approach of the insect vector for Liberibacter, bacteria associated to HLB, the most important citrus disease worldwide.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-04-28Bitstream added on 2014-06-13T20:21:38Z : No. of bitstreams: 1 teixeira_ec_dr_araiq.pdf: 2441746 bytes, checksum: 6a8b98becf92d1426314457c9b30825c (MD5)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
O presente trabalho teve como principal objetivo realizar estudos funcionais na bactéria Xac, estudando o possível envolvimento dos genes copA, copB e cutC no mecanismo de resistência a cobre nesta bactéria. Estes estudos funcionais envolveram: análise da expressão dos genes durante o crescimento na presença de cobre por Northern e Western blots e por eletroforese bi-dimensional, produção e purificação das proteínas recombinantes e produção de anticorpos, inativação de um dos genes (copA) para avaliar a participação da proteína CopA no mecanismo de resistência a cobre e análise da interação das proteínas de resistência a cobre com outras proteínas de Xac através do ensaio de duplo híbrido de leveduras. Os resultados obtidos mostraram que a linhagem mutante infecta a planta, mas os sintomas são mais retardados na presença do metal, quando comparada à linhagem selvagem. O crescimento das células mutantes na ausência e presença de cobre in planta indicou maior sensibilidade ao cobre pelas células mutantes. Na tentativa de verificar se as proteínas CopA, CopB e CutC interagem com outras proteínas de Xac, um ensaio de duplo híbrido de leveduras foi realizado. Através deste ensaio, algumas proteínas foram identificadas, as quais necessitam de estudos de caracterização adicionais.
Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker, a serious disease that affects the most commercial citrus cultivars causing serious economic impacts. Symptoms include canker lesions, leading to abscission of fruit and leaves and general tree decline. By sequencing the genome of this bacterium (ONSA Network, FAPESP, Brazil), a better knowledge of this microorganism and its molecular interactions with the host might be elucidated. For this, we analyzed the gene expression during growth in the presence of copper by Northern and Western blots, 2D-electrophoresis, production and purification of the CopA, CopB, and CutC recombinant proteins, inactivation of the copA gene to evaluate the participation of CopA protein in the copper resistance mechanism, and protein-protein interactions assays by the yeast two-hybrid assay. Results showed that the mutant strain infects the plant, but the lesions formation was retarded in the presence of copper. The mutant strain showed more sensitivity to copper than the wild type strain during growth in planta. In order to verify whether the CopA, CopB, and CutC proteins interact with other proteins of Xac, a yeast two-hybrid assay was performed. By this assay, some proteins were identified, which need further characterizations.

Orientador: Celso Eduardo Benedetti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-14T23:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cernadas_RaulAndres_D.pdf: 2626366 bytes, checksum: 35442a2f5cdd8214cd7309ecd63c7954 (MD5) Previous issue date: 2008
Resumo: A forma mais agressiva de cancro cítrico, cancrose A, é causada pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac), que ataca qualquer variedade ou espécie de citros. Além de Xac, Xanthomonas axonopodis pv aurantifolii (Xaa) causa um tipo mais leve da doença, cancrose C, restrita ao limão Galego (Citrus aurantifolii). Na laranja Pêra (Citrus sinensis), Xaa provoca uma resposta de defesa que impede o desenvolvimento dos sintomas do cancro incluindo a ruptura da epiderme que é fundamental à disseminação da bactéria. Neste trabalho, abordamos a patogenicidade diferencial entre Xac e Xaa na laranja Pêra para estudar a expressão gênica na planta associada ao desenvolvimento dos sintomas (hipertrofia e hiperplasia celular) e à resposta de defesa. O projeto apresenta a identificação e caracterização de genes expressos diferencialmente em resposta à infecção por Xac e Xaa responsáveis pelo cancro cítrico. A partir de três estratégias independentes (Display diferencial de PCR, Hibridação subtrativa suprimida e micro arranjos de DNA) detalhou-se o perfil transcricional de folhas de laranja infiltradas com Xaa, Xac ou água como controle. Mais de 120 genes candidatos foram validados através de PCR quantitativo em tempo real ou hibridação Northern. Os genes diferencialmente expressos a 6 ou 48 hs após da infecção (hai) aparecem agrupados em categorias funcionais como: remodelamento de parede celular, divisão e expansão celular, tráfego de vesículas, resposta de defesa, metabolismo de nitrogênio e carbono e sinalização de hormônios como auxina, giberelina e etileno. Inicialmente, tanto Xaa quanto Xac induzem respostas de defesa associadas com ataque de patógenos incluindo a produção de espécies reativas de oxigênio e lignificação da parede celular. Notavelmente, a mudança no perfil transcricional mostra que Xac suprime as defesas da planta entre 6 e 48 hai, ao mesmo tempo em que induz genes relacionados com o metabolismo da parede celular, divisão celular e trafego de vesículas, entre outros. A conseqüência dessa manipulação transcricional no hospedeiro por parte de Xac dá origem à um estado fisiológico típico de expansão celular (hipertrofia). O inibidor de trafego de vesículas, Brefeldina A, atrasou o desenvolvimento dos sintomas do cancro, indicando que essa atividade está mais relacionada com hipertrofia celular do que com respostas de defesa. No perfil transcricional de folhas infectadas com Xaa destaca-se a ativação de uma via de sinalização por proteína quinase ativada por patógeno, envolvendo também fatores de transcrição do tipo WRKY, assim como elementos de resposta a etileno. Tanto Xac quanto Xaa parecem modular a transcrição de genes relacionados com sinalização e transporte de auxinas e biosíntese de giberelina. O tratamento de folhas de laranja com, ácido naftalenoacético (NAA) e ácido giberélico (GA3) demonstrou que esses hormônios induzem a expressão de genes de remodelamento de parede celular, biosíntese de giberelina e sinalização de auxina. Além disso, o inibidor de biosíntese de giberelina (Chlorocoline Chloride) diminuiu significativamente a expressão de genes induzidos por NAA sugerindo que exista uma regulação cruzada entre auxina e giberelina que controla a expressão de genes relacionados com divisão e expansão celular em citros. Finalmente, duas regiões promotoras de genes que codificam proteínas relacionadas com patogenicidade (PR-1 e PR-5) foram isoladas e caracterizadas. Esses genes são fortemente induzidos por Xaa e Xac em 6 e 48 hai. Substancialmente, existem elementos similares com o "upa box" nas regiões promotoras de PR-1 e PR-5. Mediante experimentos de Electrophoretic Mobility Shift Assays (EMSA) demonstrou-se que a proteína PthA4 de Xanthomonas é capaz de ligar-se no "upa box" presente nos promotores de PR-1 e PR-5. Tanto o promotor de PR-1 quanto o de PR-5 dirigem a expressão transitória do gene repórter uidA em N. benthamiana mediante Agro infiltração.
Resumo: A forma mais agressiva de cancro cítrico, cancrose A, é causada pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac), que ataca qualquer variedade ou espécie de citros. Além de Xac, Xanthomonas axonopodis pv aurantifolii (Xaa) causa um tipo mais leve da doença, cancrose C, restrita ao limão Galego (Citrus aurantifolii). Na laranja Pêra (Citrus sinensis), Xaa provoca uma resposta de defesa que impede o desenvolvimento dos sintomas do cancro incluindo a ruptura da epiderme que é fundamental à disseminação da bactéria. Neste trabalho, abordamos a patogenicidade diferencial entre Xac e Xaa na laranja Pêra para estudar a expressão gênica na planta associada ao desenvolvimento dos sintomas (hipertrofia e hiperplasia celular) e à resposta de defesa. O projeto apresenta a identificação e caracterização de genes expressos diferencialmente em resposta à infecção por Xac e Xaa responsáveis pelo cancro cítrico. A partir de três estratégias independentes (Display diferencial de PCR, Hibridação subtrativa suprimida e micro arranjos de DNA) detalhou-se o perfil transcricional de folhas de laranja infiltradas com Xaa, Xac ou água como controle. Mais de 120 genes candidatos foram validados através de PCR quantitativo em tempo real ou hibridação Northern. Os genes diferencialmente expressos a 6 ou 48 hs após da infecção (hai) aparecem agrupados em categorias funcionais como: remodelamento de parede celular, divisão e expansão celular, tráfego de vesículas, resposta de defesa, metabolismo de nitrogênio e carbono e sinalização de hormônios como auxina, giberelina e etileno. Inicialmente, tanto Xaa quanto Xac induzem respostas de defesa associadas com ataque de patógenos incluindo a produção de espécies reativas de oxigênio e lignificação da parede celular. Notavelmente, a mudança no perfil transcricional mostra que Xac suprime as defesas da planta entre 6 e 48 hai, ao mesmo tempo em que induz genes relacionados com o metabolismo da parede celular, divisão celular e trafego de vesículas, entre outros. A conseqüência dessa manipulação transcricional no hospedeiro por parte de Xac dá origem à um estado fisiológico típico de^expansão celular (hipertrofia). O inibidor de trafego de vesículas, Brefeldina A, atrasou o desenvolvimento dos sintomas do cancro, indicando que essa atividade está mais relacionada com hipertrofia celular do que com respostas de defesa.No perfil transcricional de folhas infectadas com Xaa destaca-se a ativação de uma via de sinalização por proteína quinase ativada por patógeno, envolvendo também fatores de transcrição do tipo WRKY, assim como elementos de resposta a etileno. Tanto Xac quanto Xaa parecem modular a transcrição de genes relacionados com sinalização e transporte de auxinas e biosíntese de giberelina. O tratamento de folhas de laranja com, ácido naftalenoacético (NAA) e ácido giberélico (GA3) demonstrou que esses hormônios induzem a expressão de genes de remodelamento de parede celular, biosíntese de giberelina e sinalização de auxína. Além disso, o inibidor de biosíntese de giberelina (Chlorocoline Chloridè) diminuiu significativamente a expressão de genes induzidos por NAA sugerindo que exista uma regulação cruzada entre auxina e giberelina que controla a expressão de genes relacionados com divisão e expansão celular em citros. Finalmente, duas regiões promotoras de genes que codificam proteínas relacionadas com patogenicidade (PR-1 e PR-5) foram isoladas e caracterizadas. Esses genes são fortemente induzidos por Xaa e Xac em 6 e 48 hai. Substancialmente, existem elementos similares com o "upa box" nas regiões promotoras de PR-1 e PR-5. Mediante experimentos de Electrophoretic Mobility Shift Assays (EMSA) demonstrou-se que a proteína PthA4 de Xanthomonas é capaz de ligar-se no "upa box" presente nos promotores de PR-1 e PR-5. Tanto o promotor de PR-1 quanto o de PR-5 dirigem a expressão transitória do gene repórter uidA em N. benthamiana mediante Agro infiltração
Abstract: The most aggressive form of the citrus canker disease is caused by the bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), which can infect all commercial varieties or species of citrus. In addition to Xac, Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii (Xaa) causes a weaker form of the disease, known as cancrose C, which is restricted to Mexican Lime (Citrus aurantifolii). In sweet orange (Citrus sinensis), Xaa triggers a defense response that halts the canker-symptoms development including the epidermal rupture, which is essential for bacterial dissemination. In this work, we approached the differential pathogenicity existing between Xac and Xaa in order to survey the host gene expression associated with symptoms development (cellular hypertrophy and hyperplasia) and defense response in sweet orange. The project presents the identification and initial characterization of differentially expressed genes in response to the infection with the citrus canker pathogens, Xac and Xaa. Three independent strategies were conducted in order to have a detailed transcriptional profiling of orange leaves infected with Xaa, Xac or water as mock control (Differential Display PCR, Suppression Subtractive Hybridization and GeneChip Microarrays). More than 120 candidate genes were validated through quantitative real time PCR or Northern blot. The differentially expressed genes at 6 or 48 hours after infection (hai) were grouped into functional categories: cell-wall remodeling, cell division and expansion, vesicle trafficking, carbon and nitrogen metabolism or hormone signaling, auxin, gibberellin and ethylene. Initially, both Xaa and Xac elicit a defense response associated with pathogen attack that includes the production of reactive oxygen species (ROS) and cell-wall lignification. Notably, the changes in the transcriptional profiles show that Xac suppresses the plant defenses between 6 and 48 hai and at the same time it induces genes related to the cell-wall metabolism, cell division and vesicle trafficking among others. The consequence of this host manipulation by Xac originates a physiological state very similar to that of cell expansion (hypertrophy). The vesicle trafficking inhibitor, Brefeldin A, delayed the development of canker symptoms indicating that this activity is more related to the cellular enlargement than to the defense responses. The transcriptional profile of Xaa-infiltrated leaves highlights the activation of amitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathway related to pathogen attack with the involvement of other components of defense responses like WRKY-transcriptional factors and ethylene-response elements. Both Xac and Xaa appear to modulate the transcription of genes related to auxin signaling and transport and gibberellin biosynthesis. Treatments of orange leaves with 1- naphthylphthalamic acid (NAA) .
Abstract: The most aggressive form of the citrus canker disease is caused by the bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), which can infect all commercial varieties or species of citrus. In addition to Xac,Xanlhomonas axonopodis pv. aurantifolii (Xaa) causes a weaker form of the disease, known as cancrose C, which is restricted to Mexican Lime {Citrus aurantifolii). In sweet orange {Citrus sinensis), Xaa triggers a defense response that halts the canker-symptoms development including the epidermal rupture, which is essential for bacterial dissemination. In this work, we approached the differential pathogenicity existing between Xac and Xaa in order to survey the host gene expression associated with symptoms development (cellular hypertrophy and hyperplasia) and defense response in sweet orange. The project presents the identification and initial characterization of differentially expressed genes in response to the infection with the citrus canker pathogens, Xac and Xaa. Three independent strategies were conducted in order to have a detailed transcriptional profiling of orange leaves infected with Xaa, Xac or water as mock control (Differential Display PCR, Suppression Subtractive Hybridization and GeneChip Microarrays). More than 120 candidate genes were validated through quantitative real time PCR or Northern blot. The differentially expressed genes at 6 or 48 hours after infection (hai) were grouped into functional categories: cell-wall remodeling, cell division and expansion, vesicle trafficking, carbon and nitrogen metabolism or hormone signaling, auxin, gibberellin and ethylene. Initially, both Xaa and Xac elicit a defense response associated with pathogen attack that includes the production of reactive oxygen species (ROS) and cell-wall lignification. T Notably, the changes in the transcriptional profiles show that Xac suppresses the plant defenses between 6 and 48 hai and at the same time it induces genes related to the cell-wall metabolism, cell division and vesicle trafficking among others. The consequence of this host manipulation by Xac originates a physiological state very similar to that of cell expansion (hypertrophy). The vesicle trafficking inhibitor, Brefeldin A, delayed the development of canker symptoms indicating that this activity is more related to the cellular enlargement than to the defense responses. The transcriptional profile of Xaa-infiltrated leaves highlights the activation of a mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathway related to pathogen attack with the involvement of other components of defense responses like WRKY-transcriptional factors and ethylene-response elements. Both Xac and Xaa appear to modulate the transcription of genes related to auxin signaling and transport and gibberellin biosynthesis. Treatments of orange leaves with 1-naphthylphihalamic acid (NAA) e Gihherellic Acid (GKi) demonstrated that these hormones induce the expression of genes related to cell-wall remodeling, gibberellin biosynthesis and auxin signaling. Moreover, the gibberellin-biosynthesis inhibitor (Chlorocoline Chloride) decreased significantly the expression of auxin-induced genes suggesting a cross-talk regulation between auxin and gibberellin controlling the expression of citrus genes associated with cell division and expansion. Finally, two promoter regions of the pathogenesis related (PR) genes, PR-I and PR-5.2, were isolated and characterized. These genes are strongly up-regulated by Xaa and Xac at 6 or 48 hai. Substantially, there are "upd" box-like motifs in the promoter regions of both PR-I and PR-5.2. By means of Electrophoretic Mobility Shift Assays (EMSA) we have demonstrated that PthA4 from Xac is capable of binding the "upd" box-like regions found in PR-1 e PR-5 promoters. Furthermore, both of the isolated promoters (PR-1 and PR-5) address the transient expression of the reporter gene uidA in JV. bethamiana leaves through agro infiltration
Doutorado
Genetica Vegetal e Melhoramento
Doutor em Genetica e Biologia Molecular

O cancro cítrico, causado por Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é um dos mais graves problemas fitossanitário da citricultura brasileira. Com a introdução da lagarta minadora dos citros (Phyllocnistis citrella [LMC]), houve um aumento drástico do número de focos do cancro cítrico, além da mudança do padrão espacial de fortemente agregado para moderadamente agregado e ao acaso. Foram avaliados: (1) suscetibilidade de três condições foliares: folha intacta, ferimento mecânico e injúria de LMC nas fases ovo, 1º ínstar, 3º ínstar e pupa, inoculados em diferentes concentrações de Xac (101, 102, 104 e 106 ufc/ml); (2) período de suscetibilidade da folha intacta, do ferimento mecânico e injúria de LMC inoculados a 106 ufc/ml; e (3) efeito da temperatura (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 e 42°C) e duração do molhamento foliar (0, 4, 8, 12, 16, 20 e 24 h) em folhas sem ferimento inoculadas a 106 ufc/ml. A concentração mínima de inóculo para causar sintomas da doença em folha intacta, injúria de LMC fase ovo e 1º ínstar foi de 104 ufc/ml; em ferimento mecânico e injúria de LMC fase 3º ínstar e pupa, 102 ufc/ml. Injúria da fase pupa resultou em grande severidade do que nos demais tratamentos a 106 ufc/ml (2 vezes maior do que em folha intacta).O período de suscetibilidade da injúria de LMC foi seis vezes mais longo do que do ferimento mecânico e a máxima suscetibilidade foi três vezes maior que em folha intacta. A LMC está relacionada com o aumento do dano que expõem mesofilo foliar à infecção direta de Xac, aumentando a suscetibilidade da folha por longo período. A faixa de temperatura ótima para o desenvolvimento do cancro cítrico foi de 25-35ºC. Entretanto, a severidade foi mais alta entre 30-35ºC. Sintomas de cancro não desenvolveram a 42ºC e na ausência de molhamento foliar. O efeito da temperatura foi maior do que a duração do molhamento foliar. A mínima duração de molhamento para infecção de Xac foi menor que 4 horas.
Asiatic citrus canker, caused by X. axonopodispv.citri (Xac), is one of the most serious phytosanitary problems in Brazilian citrus crops.The introduction of the citrus leafminer (Phyllocnistis citrella [CLM]), has resulted in an increase in the number of disease foci and has changed the spatial pattern of citrus canker symptomatic trees from strong aggregation to intermediate aggregation and random patterns. We evaluated: (1) susceptibility of three distinct leaf condition: intact leaves, mechanical wounding, and injury caused by CLM at the egg stage, 1st instar, 3rd instar, and pupal stage, inoculated at different concentration of Xac (101, 102, 104, and 106 cfu/ml); (2) susceptibility period of intact leaves, mechanical wounding, and CLM injury inoculated at 106 ufc/ml; and (3) effect of temperature (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 and 42°C) and leaf wetness durations (0, 4, 8, 12, 16, 20, and 24 h) on unwounded leaves inoculated at 106 ufc/ml. The minimum inoculum concentration to cause symptom development in intact leaves, CLM injury at the egg stage and 1st instar was 104 cfu/ml; in mechanically wounded leaves and CLM injuries at the 3rd instar and pupa stage, 102 cfu/ml. The injuries from pupa stage resulted in greater disease severity than other treatments at 106 cfu/ml (two times higher than in the intact leaf). Susceptibility period of CLM injury was six time longer than mechanical wounding and maximum observed susceptibility was three times higher than intact leaf. CLM is related to the amount of damage that exposes mesophyll cells to direct Xac infection, increasing the susceptibility of leaf for long period. Optimal temperature for development of citrus canker was 25–35°C. However, disease severity was highest in the range 30–35°C. Symptoms did not develop at 42°C and zero hour of leaf wetness duration. Effect of temperature was .greater than leaf wetness duration. The minimum wetness duration for Xac infection was as short as 4 h.

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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro. Entretanto, inúmeras pragas e doenças atacam os citros, causando grandes prejuízos econômicos. O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é um grave problema para o setor, não havendo ainda um método eficaz para o seu controle. Neste estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de Xac inoculada em duas espécies de citros contrastantes à doença: laranja doce ‘Pêra Rio’ (Citrus sinensis L. Osbeck), menos suscetível e lima ácida ‘Galego’ (Citrus aurantifolia Swingle), altamente suscetível, às 48 e 72 horas após a infecção (hai), com o objetivo de identificar genes de Xac envolvidos no processo de infecção. Foram identificados 80 genes de Xac diferencialmente expressos (GDEs) no hospedeiro laranja doce ‘Pêra Rio’, sendo 41 e 39 nos tempos de 48 e 72 hai, respectivamente. Em lima ácida ‘Galego’ foram identificados 82 GDEs, sendo 40 no tempo de 48 hai e 42 em 72 hai. Alguns destes genes diferencialmente expressos foram avaliados pela técnica de PCR quantitativa em tempo real, sendo estes hpa1, hrpE, hrpW, virK, ahpC, katE, katG, cydA e cydB, os quais estão envolvidos na patogenicidade e virulência, na defesa ao estresse oxidativo e na fosforilação oxidativa. Os genes de patogenicidade e virulência foram induzidos em Xac em ambos os hospedeiros, enquanto que os genes relacionados à cadeia respiratória foram inibidos em ambos os hospedeiros, com maior inibição em lima ácida ‘Galego’. No entanto, os genes relacionados ao estresse oxidativo apresentaram um perfil de expressão maior em Xac na interação com laranja doce ‘Pêra Rio’ do que em lima ácida ‘Galego’, principalmente ahpC e katG. A determinação da concentração de H2O2 nas folhas revelou que laranja doce ‘Pêra Rio’, espécie menos suscetível ao cancro cítrico, possui maior quantidade de H2O2 do que lima ácida ‘Galego’, espécie altamente suscetível. Isso sugere que a menor susceptibilidade ao cancro cítrico da laranja ‘Pêra Rio’ pode estar relacionada com a maior quantidade de H2O2 presente nesta espécie, o que leva a bactéria a ativar seu arsenal de enzimas para combater o estresse oxidativo do meio, retardando a infecção.
The citrus industry is one of the main activities of Brazilian agribusiness. However, many pests and diseases attack citrus, causing great economic losses. The citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a major problem for the sector, there is not yet an effective method for its control. In this study, the transcriptional profiles of Xac inoculated in two species of contrasting citrus disease were analyzed using RNA-Seq : sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), moderately tolerant and Mexican Lime 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle) highly susceptible at 48 and 72 hours after infection (hai) aiming to identify Xac genes involved in the infection process. We identified 80 Xac differentially expressed genes (DGE) in sweet orange 'Pera Rio', 41 and 39 at 48 and 72 hai, respectively. In Mexican Lime 'Galego' 82 DGE were identified, 40 at 48 and 42 at 72 hai. Some of these differentially expressed genes were evaluated by real time quantitative PCR : hpa1, hrpE, hrpW, Virk, ahpC, KatE, katG, cyda and cydB, which are involved in pathogenicity and virulence, oxidative stress defense and oxidative phosphorylation. The pathogenicity and virulence genes were induced in Xac in both hosts, whereas the respiratory chain-related genes were inhibited in both hosts with greater inhibition in Mexican lime 'Galego'. However, genes related to oxidative stress showed a higher expression profile in Xac interaction with sweet orange 'Pera Rio' than with Mexican lime 'Galego', mainly ahpC and katG. The determination of H2O2 concentration in leaves revealed a higher amount of H2O2 in sweet orange 'Pêra Rio' moderately tolerant to citrus canker, than in Mexican Lime 'Galego' highly susceptible to citrus canker. The results suggests that the lower susceptibility to citrus canker orange 'Pera Rio' may be related to the greater amount of H2O2 present in this specie, which leads the bacteria to activate their arsenal of enzymes to fight oxidative stress environment, slowing the infection.

Orientador: Jesus Aparecido Ferro
Coorientador: Roberto Hirochi Herai
Coorientador: Juliana da Silva Vantini
Banca: José Belasque Júnior
Banca: Priscila Lupino gatão
Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro. Entretanto, inúmeras pragas e doenças atacam os citros, causando grandes prejuízos econômicos. O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é um grave problema para o setor, não havendo ainda um método eficaz para o seu controle. Neste estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de Xac inoculada em duas espécies de citros contrastantes à doença: laranja doce 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), menos suscetível e lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle), altamente suscetível, às 48 e 72 horas após a infecção (hai), com o objetivo de identificar genes de Xac envolvidos no processo de infecção. Foram identificados 80 genes de Xac diferencialmente expressos (GDEs) no hospedeiro laranja doce 'Pêra Rio', sendo 41 e 39 nos tempos de 48 e 72 hai, respectivamente. Em lima ácida 'Galego' foram identificados 82 GDEs, sendo 40 no tempo de 48 hai e 42 em 72 hai. Alguns destes genes diferencialmente expressos foram avaliados pela técnica de PCR quantitativa em tempo real, sendo estes hpa1, hrpE, hrpW, virK, ahpC, katE, katG, cydA e cydB, os quais estão envolvidos na patogenicidade e virulência, na defesa ao estresse oxidativo e na fosforilação oxidativa. Os genes de patogenicidade e virulência foram induzidos em Xac em ambos os hospedeiros, enquanto que os genes relacionados à cadeia respiratória foram inibidos em ambos os hospedeiros, com maior ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The citrus industry is one of the main activities of Brazilian agribusiness. However, many pests and diseases attack citrus, causing great economic losses. The citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a major problem for the sector, there is not yet an effective method for its control. In this study, the transcriptional profiles of Xac inoculated in two species of contrasting citrus disease were analyzed using RNA-Seq : sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), moderately tolerant and Mexican Lime 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle) highly susceptible at 48 and 72 hours after infection (hai) aiming to identify Xac genes involved in the infection process. We identified 80 Xac differentially expressed genes (DGE) in sweet orange 'Pera Rio', 41 and 39 at 48 and 72 hai, respectively. In Mexican Lime 'Galego' 82 DGE were identified, 40 at 48 and 42 at 72 hai. Some of these differentially expressed genes were evaluated by real time quantitative PCR : hpa1, hrpE, hrpW, Virk, ahpC, KatE, katG, cyda and cydB, which are involved in pathogenicity and virulence, oxidative stress defense and oxidative phosphorylation. The pathogenicity and virulence genes were induced in Xac in both hosts, whereas the respiratory chain-related genes were inhibited in both hosts with greater inhibition in Mexican lime 'Galego'. However, genes related to oxidative stress showed a higher expression profile in Xac interaction with sweet orange 'Pera Rio' than with Mexica... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

Orientador: Alessandro de Mello Varani
Resumo: As plantas como organismos sésseis requerem a síntese e o acúmulo de uma ampla variedade de moléculas envolvidas no crescimento, desenvolvimento e processos relacionados à defesa. Os transportadores Proteínas de Extrusão Multi- Antimicrobianas (MATE), Cassette de Ligação de ATP (ABC) e Superfamília dos Facilitadores Maioritários (MFS) são as principais famílias de transportadores de membrana em plantas, desempenhando um papel central nos processos relacionados à defesa nas interações planta-patógenos. Por exemplo, protegem as células das espécies de Citros sob a infecção de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), o agente etiológico do Cancro Cítrico tipo A, uma das doenças de Citros mais devastadoras envolvidas em sérios impactos econômicos e ambientais. Aqui, identificamos genes e transcritos das famílias MATE, ABC e MFS usando o genoma disponível de Citrus sinensis (v2.0 HZAU) e o Transcriptoma Referência de Citros (CRT) re-anotado da base de dados CitrusKB (http://bioinfo.deinfo.uepg.br). Foram identificados 67 genes MATE, 91 MFS e 143 ABC no genoma de C. sinensis e 82 transcritos MATE, 139 MFS e 226 ABC no CRT. Os transcritos foram mapeados no genoma de C. sinensis, revelando uma alta taxa de genes parálogos e putativos eventos de splicing alternativo (AS), cujos perfis de expressão gênica e potenciais papéis na interação Citros-Xac foram propostos. As cópias de genes em tandem e cópias dispersas juntamente com genes que possivelmente sofreram eventos de AS representam fon... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Plants as sessile organisms require the synthesis and accumulation of a large array of molecules involved in growth, development, and defense-related processes. The Multi-Antimicrobial Extrusion Protein (MATE), ATP-Binding Cassette (ABC) and Major Facilitator Superfamily (MFS) transporters are the largest families of membrane transporters in plants, playing a central role in the defense-related processes in plant- pathogen interactions. For instance, protecting Citrus species cells under the infection of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), the etiologic agent of the Citrus Canker type A, one of the most devastating Citrus diseases involved with serious economic and environmental impacts. Herein, we identified genes and transcripts from MATE, ABC, and MFS families using the available Citrus sinensis genome (v2.0 HZAU) and the re-annotated Citrus Reference Transcriptome (CRT) from CitrusKB Knowledge Base (http://bioinfo.deinfo.uepg.br). We identified 67 MATE, 91 MFS, and 143 ABC genes in the C. sinensis genome and 82 MATE, 139 MFS, and 226 ABC transcripts in the CRT. The transcripts were mapped in the C. sinensis genome revealing a high rate of paralogs genes and probably alternative splicing (AS) events, whose expression profiles and potential roles in the Citrus-Xac interaction were proposed. The tandem and dispersed copies along with genes that underwent AS events represents sources of transporters’ genes diversity and complexity. Moreover, we also highlighted potential bi... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Retido.pdf: 19733 bytes, checksum: 6aad255badc436a06364517de2344ab6 (MD5) Previous issue date: 2014-12-17
Universidade Federal de Minas Gerais
Citrus canker, caused by the bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), is a disease that causes serious problems to the global citrus industry, especially to orange(Citrus sinensis). In this regard, this thesis describes the development of new methodologies for the diagnosis of citrus canker by volatile biomarkers or macromolecules produced by the C. sinensis-Xac association, as well, performed the chemical study of the wild strain of bacteria Xac searching to isolate and/or identify chemical compounds that may be associated to pathogenicity. The methods for diagnosis of citrus canker involved: dynamic headspace-GC-MS, HS-SPME/GC-MS and MALDI-TOF/MS. The main volatile biomarker identified by dynamic headspace-GC-MS was isoamyl benzoate and by HS-SPME/GC-MS aromatic compounds (benzaldehyde, phenyl methanol, methyl benzoate, 2-phenyl ethanol, benzyl acetate and ethyl benzoate) when N2 was used in the sample preparation, while without N2, benzothiazole and 2-ethylhexyl benzoate were the main biomarkers. The MALDI-TOF/MS technique was effective to differentiate statistically macromolecules produced by the healthy leaves of C. sinensis when in comparation to symptomatic leaves of citrus canker. The chemical study of Xac allowed the isolation or identification of 15 substances, some of them acting as signaling molecules in other bacteria with genomic similarity. Among the substances are: cyclo (Pro-Leu), cyclo (Pro-Val) and two diastereoisomers of cyclo (Pro-Phe), for which the relative configurations were determined, cyclo (Phe-Phe), quinolin-4-carboxaldehyde, fatty acid amides (octadecanamide, cis-9-octadecenamide, cis-13-docosenamide) and cis-11-methyl-2-dodecenoic acid (signaling molecule in X. campestris pv. campestris). According to several studies in literature, some of these compounds are involved in cell communication of some microorganisms or can be phytoxins released by the bacteria into the plant.
O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é uma doença que provoca sérios problemas à citricultura mundial, principalmente à cultura da laranjeira, Citrus sinensis. Neste sentido, esta tese descreveu o desenvolvimento de novas metodologias para a diagnose do cancro cítrico por meio de biomarcadores voláteis ou macromoléculas produzidas por associação C. sinensis-Xac, bem como, realizou o estudo químico da linhagem selvagem da bactéria Xac buscando isolar e/ou identificar compostos químicos que de algum modo podem estar associados ao mecanismo de patogenicidade. As metodologias para diagnóstico do cancro cítrico envolveram: headspace dinâmico-GC-MS, HS-SPME/GC-MS e MALDI-TOF/MS. O principal biomarcador volátil identificado por headspace dinâmico-GC-MS foi o benzoato de isoamila e por HS-SPME/GC-MS foram identificados uma série de compostos aromáticos (benzaldeído, fenilmetanol, benzoato de metila, 2-feniletanol, acetato de benzila e benzoato de etila), quando utilizado N2 no preparo de amostra, enquanto que sem N2, benzotiazol e benzoato de 2-etilexila foram os principais biomarcadores identificados. A técnica MALDI-TOF/MS foi eficiente para diferenciar estatisticamente macromoléculas produzidas por folhas de C. sinensis sadias de folhas sintomáticas com cancro cítrico tanto de plantas em que o processo de infecção ocorreu artificialmente quanto naturalmente. O estudo químico de Xac levou ao isolamento e/ou identificação de 15 substâncias, algumas delas sinalizadoras em outras bactérias com similaridade genômica. Entre estas substâncias destacam-se: ciclo (Pro-Leu), ciclo (Pro-Val), dois diastereoisômeros de ciclo (Pro-Phe), às quais as configurações relativas foram determinadas, ciclo (Phe-Phe), quinolina-4-carboxaldeído, amidas de ácidos graxos (octadecanamida, cis-9-octadecenamida, cis-13-docosenamida) e o ácido 11-metil-cis-2-dodecenóico (sinalizador em X. campestris pv. campestris). De acordo com vários estudos existentes na literatura, alguns desses compostos são envolvidos na comunicação celular de diferentes micro-organismos ou podem ser fitotoxinas lançadas pela bactéria na planta.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-06-03Bitstream added on 2014-06-13T18:35:00Z : No. of bitstreams: 1 bonini_m_me_botfca.pdf: 503952 bytes, checksum: 1553a755d247df6ec4852dd6104b7a70 (MD5)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Empresa Privada
O presente trabalho teve por objetivo avaliar a produção e a sensibilidade de 48 isolados de Xanthomonas axonopodis pv. citri e de 14 isolados de Xanthomonas spp. à bacteriocinas. Estudos foram realizados para verificar o efeito da temperatura, tempo de incubação e do tipo do meio de cultura sobre a produção de bacteriocina por isolados de X. axonopodis pv. citri. Todos isolados de X. axonopodis pv. citri não foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por eles, não sendo essas afetadas pelo meio BDA, nutriente ágar + NaCl e YPDA, nos diferentes tempos e temperaturas de incubação. Porém, isolados de X. axonopodis pv. passiflorae foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por 25 isolados de avaliados e o isolado de X. campestri pv. campestris e o de X. axonopodis pv. manihotis apresentaram sensibilidade variável. Dos 25 isolados de X. axonopodis pv. citri apenas cinco não foram inibidos pelas bacteriocinas produzidas por dois isolados de X. axonopodis pv. passiflorae. As bacteriocinas produzidas pelos isolados de X. axonopodis pv. citri (FDC-806) e de X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) foram termolábeis e resistentes à lisozima e sensíveis a DNAse. A bacteriocina produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. passiflorae foi resistente à ação de proteinase K, tripsina e RNAse enquanto que a produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. citri foi sensível a essas enzimas.
The objective of this work was to evaluate the production and sensitivity of 48 Xanthomonas axonopodis pv. citri strains and 14 Xanthomonas spp. strains to bacteriocins. A number of studies were carried out to verify the effect of temperature, incubation time, and type of culture medium on bacteriocine yield by X. axonopodis pv. citri strains. None of the X. axonopodis pv. citri strains were sensitive to the bacteriocins produced by themselves, and were not affected by the PDA, nutrient agar + NaCl, and YPDA media, at the different incubation times and temperatures studied. However, X. axonopodis pv. passiflorae and strains were sensitive to the bacteriocins produced by the 25 Xac strains evaluated, while a X. campestri pv. campestris and X. axonopodis pv. manihotis strains showed variable sensitivity. Of the 25 X. axonopodis pv. citri strains, only five were not inhibited by the bacteriocins produced by the two X. axonopodis pv. passiflorae strains. The bacteriocins produced by X. axonopodis pv. citri (FDC-806) and X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) were thermolabile and resistant to lysozyme and sensitive to DNAse. The bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. passiflorae was resistant to the action of proteinase K, trypsin and RNAse, while the bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. citri isolate was sensitive to those enzymes.

Orientador: Maria Célia Bertolini
Banca: Julio Cezar Franco de Oliveira
Banca: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos
Banca: Shaker Chuck Farah
Banca: Celso Eduardo Benedetti
Resumo: O presente trabalho teve como principal objetivo realizar estudos funcionais na bactéria Xac, estudando o possível envolvimento dos genes copA, copB e cutC no mecanismo de resistência a cobre nesta bactéria. Estes estudos funcionais envolveram: análise da expressão dos genes durante o crescimento na presença de cobre por Northern e Western blots e por eletroforese bi-dimensional, produção e purificação das proteínas recombinantes e produção de anticorpos, inativação de um dos genes (copA) para avaliar a participação da proteína CopA no mecanismo de resistência a cobre e análise da interação das proteínas de resistência a cobre com outras proteínas de Xac através do ensaio de duplo híbrido de leveduras. Os resultados obtidos mostraram que a linhagem mutante infecta a planta, mas os sintomas são mais retardados na presença do metal, quando comparada à linhagem selvagem. O crescimento das células mutantes na ausência e presença de cobre in planta indicou maior sensibilidade ao cobre pelas células mutantes. Na tentativa de verificar se as proteínas CopA, CopB e CutC interagem com outras proteínas de Xac, um ensaio de duplo híbrido de leveduras foi realizado. Através deste ensaio, algumas proteínas foram identificadas, as quais necessitam de estudos de caracterização adicionais.
Abstract: Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker, a serious disease that affects the most commercial citrus cultivars causing serious economic impacts. Symptoms include canker lesions, leading to abscission of fruit and leaves and general tree decline. By sequencing the genome of this bacterium (ONSA Network, FAPESP, Brazil), a better knowledge of this microorganism and its molecular interactions with the host might be elucidated. For this, we analyzed the gene expression during growth in the presence of copper by Northern and Western blots, 2D-electrophoresis, production and purification of the CopA, CopB, and CutC recombinant proteins, inactivation of the copA gene to evaluate the participation of CopA protein in the copper resistance mechanism, and protein-protein interactions assays by the yeast two-hybrid assay. Results showed that the mutant strain infects the plant, but the lesions formation was retarded in the presence of copper. The mutant strain showed more sensitivity to copper than the wild type strain during growth in planta. In order to verify whether the CopA, CopB, and CutC proteins interact with other proteins of Xac, a yeast two-hybrid assay was performed. By this assay, some proteins were identified, which need further characterizations.
Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-23Bitstream added on 2014-06-13T19:23:56Z : No. of bitstreams: 1 rosa_j_dr_jabo.pdf: 2608907 bytes, checksum: b7b01ebc553dff94742210a39847a17e (MD5)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Fundecitrus
A distribuição espacial do cancro cítrico em talhões com laranjeira ‘Natal’ enxertada em limoeiro ‘Cravo’ com 3 anos de idade foi estudada utilizando a geoestatística. Foram utilizados 13 talhões mapeados pelo Fundecitrus (Fundo de Defesa da Citricultura), com 595 ou 1080 plantas cada, infectados naturalmente com Xanthomonas citri subsp. citri, em uma única propriedade, no Estado de São Paulo. A severidade da doença em cada planta foi avaliada por meio de uma escala com os seguintes níveis: 0 - sem folhas com sintomas; 1 - de 1 a 5 folhas com sintomas; 2 - de 6 a 10 folhas com sintomas; 3 - de 11 a 20 folhas com sintomas; 4 - de 21 a 50 folhas com sintomas e 5 - > 50 folhas com sintomas. Nestes talhões, as coordenadas correspondentes à posição das plantas contaminadas foram obtidas com um GPS, permitindo mapear a doença no talhão. A distribuição espacial foi avaliada por ajuste de semivariogramas e interpolação dos dados por krigagem. A distribuição de plantas com cancro cítrico no talhão mostrou-se agregada, com raio de agregação de 30 a 45 m. Os mapas de krigagem mostraram que os focos da doença ocorreram mais frequentemente nos limites dos talhões. Quando a nota média de severidade da doença foi menor que 0,04, o semivariograma apresentou efeito pepita puro, indicando que não houve dependência espacial
The spatial distribution of citrus canker in areas with orange 'Natal' grafted on ‘Rangpur’ lime with three years of age were studied using geostatistics. We used 13 plots mapped by Fundecitrus (Citrus Defense Fund), with 595 or 1080 individual plants, naturally infected with Xanthomonas citri subsp. citri that were on the same property in the State of São Paulo. Disease severity in each plant was assessed using a scale with the following levels: 0 - no leaf with symptoms, 1 – 1 - 5 leaves with symptoms; 2 – 6 -10 leaves with symptoms; 3 – 11 - 20 leaves with symptoms; 4 – 21 - 50 leaves with symptoms and 5 - > 50 leaves with symptoms. In these plots, the coordinates corresponding to the position of symptomatic of infected plants was obtained with a GPS, allowing mapping the symptomatic plants in the block. The spatial distribution was evaluated by fitting of semivariograms and kriging interpolation of the data. The distribution of plants with citrus canker in the block was aggregated, with aggregate radius of 30 - 45 meters. Kriging maps showed that the foci of diseased plants stood on the edge of the blocks. When the average grade of severity was less than 0.04, the semivariogram showed pure nugget effect, indicating that no spatial dependence

Orientador: Jesus Aparecido Ferro
Coorientador: Rui Pereira Leite Júnior
Banca: Alessandro de Mello Varani
Banca: José Belasque Júnior
Resumo: O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ...
Abstract: Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ...
Mestre

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-19Bitstream added on 2015-04-09T12:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000819205.pdf: 7820938 bytes, checksum: b4045f963c89f07ea3405904f9001074 (MD5)
O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ...
Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ...

Mealybugs (Planococcus citri) and thrips (Scirtothrips aurantii) are common and extremely damaging citrus crop pests which have proven difficult to control via conventional methods, such as chemical pesticides and insect growth regulators. The objective of this study was to determine the efficacy of entomopathogenic fungi against these pests in laboratory bioassays. Isolates of Metarhizium anisopliae and Beauveria bassiana from citrus orchards in the Eastern Cape, South Africa were maintained on Sabouraud Dextrose 4% Agar supplemented with Dodine, chloramphenicol and rifampicin at 25°C. Infectivity of the fungal isolates was initially assessed using 5th instar false codling moth, Thaumatotibia leucotreta, larvae. Mealybug bioassays were performed in 24 well plates using 1 x 107 ml-1 conidial suspensions and kept at 26°C for 5 days with a photoperiod of 12 L:12 D. A Beauveria commercial product and an un-inoculated control were also screened for comparison. Isolates GAR 17 B3 (B. bassiana) and FCM AR 23 B3 (M. anisopliae) both resulted in 67.5% mealybug crawler mortality and GB AR 23 13 3 (B. bassiana) resulted in 64% crawler mortality. These 3 isolates were further tested in dose-dependent assays. Probit analyses were conducted on the dose-dependent assays data using PROBAN to determine LC₅₀ values. For both the mealybug adult and crawlers FCM AR 23 B3 required the lowest concentration to achieve LC₅₀ at 4.96 x 10⁶ conidia ml-1 and 5.29 x 10⁵ conidia ml-1, respectively. Bioassays on adult thrips were conducted in munger cells with leaf buds inoculated with the conidial suspensions. Isolate GAR 17 B3 had the highest mortality rate at 70% on thrips while FCM AR 23 B3 resulted in 60% mortality. Identification of the isolates, FCM AR 23 B3, GAR 17 B3 and GB AR 23 13 3, were confirmed to be correct using both microscopic and molecularly techniques. ITS sequences were compared to other sequences from GenBank and confirmed phylogenetically using MEGA6. Mealybug infection was investigated using scanning electron microscopy, mycosis was confirmed but the infection process could not be followed due to the extensive waxy cuticle. These results indicate that there is potential for the isolates FCM AR 23 B3 and GAR 17 B3 to be developed as biological control agents for the control of citrus mealybug and thrips. Further research would be required to determine their ability to perform under field conditions.

Virtualisering av datorer rent generellt innebär att man delar upp hela eller delar av enmaskinkonfiguration i flera exekveringsmiljöer. Det är inte bara datorn i sig som kanvirtualiseras utan även delar av det, såsom minnen, lagring och nätverk. Virtualiseringanvänds ofta för att kunna nyttja systemets resurser mer effektivt. En hypervisorfungerar som ett lager mellan operativsystemet och den underliggande hårdvaran. Meden hypervisor har virtuella maskiner sitt egna operativsystems kärna. En annan tekniksom bortser från detta mellanlager kallas zoner. Zoner är en naturlig del avoperativsystemet och alla instanser delar på samma kärna, vilket inte ger någon extraoverhead. Problemet är att hypervisorn är en resurskrävande teknik. Genom att användazoner kan detta problem undkommas genom att ta bort hypervisorlagret och istället köramed instanser som kommunicerar direkt med operativsystemets kärna. Detta ärteoretiskt grundande och ingen tidigare forskning har utförts, därmed påkallades dennautredning. För att belysa problemet använde vi oss av Apache som webbserver.Verktyget Httperf användes för att kunna utföra belastningstester mot webbservern.Genom att göra detta kunde vi identifiera att den virtualiserade servern presterade sämreän en fysisk server (referensmaskin). Även att den nyare tekniken zoner bidrar till lägreoverhead, vilket gör att systemet presterar bättre än med den traditionella hypervisorn.För att styrka vår teori utfördes två tester. Det första testet bestod utav en virtualiseradserver, andra testet bestod av tre virtuella servrar. Anledningen var att se hur de olikateknikerna presterade vid olika scenarion. Det visade sig i båda fallen att zonerpresterade bättre och att det inte tappade lika mycket i prestanda i förhållande tillreferensmaskinerna.
Virtualization of computers in general means that the whole or parts of a machineconfiguration is split in multiple execution enviornments. It is not just the computeritself that can be virtualized, but also the resources such as memory, storage andnetworking. Virtualization is often used to utilize system resources more efficient. Ahypervisor acts as a layer between the operating system and the underlying hardware.With a hypervisor a virtual machine has its own operating system kernel. Anothertechnique that doesn't use this middle layer is called zones. Zones are a natural part ofthe operating system and all instances share the same core, this does not provide anyadditional overhead. The problem with hypervisors is that it is a rescource-demandingtechnique. The advantage with zones is that you should be able to avoid the problem byremoving the hypervisor layer and instead run instances that communicate directly tothe operating system kernel. This is just a theoretical foundation. No previous researchhas been done, which result in this investigation. To illustrate the problem we usedApache as a web server. Httperf will be used as a tool to benchmark the web server. Bydoing this we were able to identify that the virtualized server did not perform quite aswell as a physical server. Also that the new technique (zones) did contribute with loweroverhead, making the system perform better than the traditional hypervisor. In order toprove our theory two tests were performed. The first test consisted of one virtual serverand the other test consisted of three virtual servers. The reason behind this was to seehow the different techniques performed in different scenarios. In both cases we foundthat zones performed better and did not drop as much performance in relation to ourreference machines.

Resumo: A citricultura é uma atividade agro-industrial de suma importância para o Estado de São Paulo e para o Brasil. Com uma área plantada em torno de aproximadamente 1 milhão de hectares o país mantém a posição de maior produtor mundial de citros. Desse total, 77% encontram-se localizados na região Sudeste. O sistema citrícola representa 4,47% das exportações de produtos do agronegócio nacional, sendo que o suco de laranja concentrado representa 72% do valor dessas exportações. Entretanto, todo este potencial econômico vem sendo prejudicado por várias doenças dentre elas uma denominada Cancro Cítrico, a qual é causada por um fitopatógeno bacteriano denominado Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Com o objetivo de analisar os feitos da interação entre essa bactéria e seu hospedeiro natural, utilizou-se a técnica de Análise da Transcrição Reversa em Tempo Real (qRT-PCR) para quantificar a expressão dos genes que compõem o SSTT, SSTQ, algumas ORFs hipotéticas e as quatro cópias do gene pthA. Para tanto, realizou-se um estudo prévio com 10 genes candidatos visando identificar os mais adequados para serem usados como genes de referência no processo de normalização de dados em experimentos dessa natureza. O experimento contou com quatro replicatas biológicas e duas replicatas técnicas. Com base nos resultados, verificou-se que os genes rpoB e rpoC parecem ser os mais indicados para a normalização de dados em experimentos de expressão gênica por qRT-PCR que envolvam analises intergrupos. A maioria dos genes que compõem o SSTT se mostraram induzidos quando a bactéria esteve em contato com seu hospedeiro, com destaque para os genes hrpXct e hrpB4, o que sugere que este sistema tenha um importante papel na patogenicidade dessa bactéria. Por outro lado, os resultados e o estudo da expressão gênica evidenciaram que... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The citrus is an agro-industrial activity of great importance for the State of São Paulo and Brazil. With a planted area around 1 million hectares the country maintains its position of world's leading producer of citrus. Of these, 77% are located in the Southeast. The citrus system represents 4.47% of national agribusiness exportation, being the orange juice concentrate responsible for 72% of the value of these exports. However, all this economic potential is being hampered by diseases among them one called citrus canker, which is caused by a phytopathogenic bacterium known as Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). With the aim of analyzing the achievements of the interaction between this bacterium and its natural host, we used the technique of Real- Time Reverse Transcription Analysis (qRT-PCR) to quantify the expression of genes that comprise the SSTT, SSTQ, some hypothetical ORFs and the four copies of the gene pthA. Thus, a preliminary study with 10 candidate genes were conducted to identify the most suitable ones for use as reference in the process of data standardization in such experiments. The experiment had four biological replicates and two technical replicates. Based on the results, it was found that the rpoB and rpoC genes seem to be the most suitable for the standardization of data in experiments of gene expression by qRT-PCR analysis involving intergroup. Most of the genes that comprise the SSTT was induced when the bacterium was in contact with its host, with emphasis on the genes... (Complete abstract, click electronic access below)
Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro
Coorientador: Marcelo Luiz de Laia
Banca: Leandro Marcio Moreira
Banca: Luiz Roberto Furlan
Mestre

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:26Z : No. of bitstreams: 1 000849134_20170101.pdf: 429152 bytes, checksum: abd1abadcca0b3fa8264300bc2c7ad0a (MD5) Bitstreams deleted on 2017-01-02T15:03:47Z: 000849134_20170101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-01-02T15:05:06Z : No. of bitstreams: 1 000849134.pdf: 2667968 bytes, checksum: 472c913350f7049ae593ecc260ae5639 (MD5)
A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma doença que afeta quase todos os tipos de culturas de citros. A produção de determinados fatores de patogenicidade em Xcc é regulado por um grupo de genes chamados rpf, que codificam elementos de um sistema de comunicação célulaFcélula chamada de quórum sensing (QS), mediado por moléculas da família do fator difusível de sinal (DSF). A interferência com a sinalização célulaFcélula, também denominado quórum quenching, seja por degradação do sinal ou excesso de produção tem sido sugerido como estratégia para controlar doenças bacterianas. Nesse estudo, foram isoladas três cepas provenientes de folhas de citros que apresentaram alta capacidade de perturbar a sinalização QS em Xcc. Ensaios de patogenicidade em laranja doce (Citrus sinensis (L.) Osbeck) mostraram que as bactérias pertencentes ao gênero Pseudomonas e Bacillus têm forte capacidade de reduzir a severidade da doença. Estes efeitos foram associados a alteração na aderência bacteriana e a formação de biofilme, fatores que são conhecidos por contribuir para a virulência de Xcc. Essas bactérias quórumFquenching podem ser um instrumento extremamente útil para o processo de controle biológico e oferecer uma alternativa para o tratamento tradicional de cobre, atualmente utilizado para o tratamento do cancro cítrico
The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects almost all types of citrus crops. The production of particular pathogenicity factors in Xcc is controlled by a cluster of genes named rpf, which encode elements of cellFcell communication system called Quorum Sensing (QS), mediated by molecules of the Diffusible Signal Factor (DSF) family. Interference with cellFcell signaling, also termed quorum quenching, either by signal degradation or overFproduction has been suggested as strategy to control bacterial disease. In this study, we isolated three bacterial strains from citrus leaves that displayed a high ability to disrupt QS signaling in Xcc. Pathogenicity assays in sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck) showed that bacteria belonging to the genera Pseudomonas and Bacillus also have a strong ability to reduce the severity of citrus canker disease. These effects were associated with alteration in bacterial attachment and biofilm formation, factors that are known to contribute to Xcc virulence. These quorumFquenching bacteria may represent a highly valuable tool in the process of biological control and offer an alternative to the traditional copper treatment currently used for the treatment of citrus canker disease

Orientador: Katia Cristina Kupper
Coorientador: Jesus Aparecido Ferro
Banca: Silvio Aparecido Lopes
Banca: Fabrício José Jaciani
Banca: Antonio de Goes
Banca: Tiago Santana Balbuena
Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma doença que afeta quase todos os tipos de culturas de citros. A produção de determinados fatores de patogenicidade em Xcc é regulado por um grupo de genes chamados rpf, que codificam elementos de um sistema de comunicação célulaFcélula chamada de quórum sensing (QS), mediado por moléculas da família do fator difusível de sinal (DSF). A interferência com a sinalização célulaFcélula, também denominado quórum quenching, seja por degradação do sinal ou excesso de produção tem sido sugerido como estratégia para controlar doenças bacterianas. Nesse estudo, foram isoladas três cepas provenientes de folhas de citros que apresentaram alta capacidade de perturbar a sinalização QS em Xcc. Ensaios de patogenicidade em laranja doce (Citrus sinensis (L.) Osbeck) mostraram que as bactérias pertencentes ao gênero Pseudomonas e Bacillus têm forte capacidade de reduzir a severidade da doença. Estes efeitos foram associados a alteração na aderência bacteriana e a formação de biofilme, fatores que são conhecidos por contribuir para a virulência de Xcc. Essas bactérias quórumFquenching podem ser um instrumento extremamente útil para o processo de controle biológico e oferecer uma alternativa para o tratamento tradicional de cobre, atualmente utilizado para o tratamento do cancro cítrico
Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects almost all types of citrus crops. The production of particular pathogenicity factors in Xcc is controlled by a cluster of genes named rpf, which encode elements of cellFcell communication system called Quorum Sensing (QS), mediated by molecules of the Diffusible Signal Factor (DSF) family. Interference with cellFcell signaling, also termed quorum quenching, either by signal degradation or overFproduction has been suggested as strategy to control bacterial disease. In this study, we isolated three bacterial strains from citrus leaves that displayed a high ability to disrupt QS signaling in Xcc. Pathogenicity assays in sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck) showed that bacteria belonging to the genera Pseudomonas and Bacillus also have a strong ability to reduce the severity of citrus canker disease. These effects were associated with alteration in bacterial attachment and biofilm formation, factors that are known to contribute to Xcc virulence. These quorumFquenching bacteria may represent a highly valuable tool in the process of biological control and offer an alternative to the traditional copper treatment currently used for the treatment of citrus canker disease
Doutor

Orientador: Antonio Carlos Busoli
Banca: Odair Aparecido Fernandes
Banca: Marcos Doniseti Michelotto
Banca: Daniel Junior de Andrade
Resumo: A doença huanglongbing (HLB) é considerada um dos maiores problemas fitossanitários da cultura dos citros na atualidade e sua disseminação ocorre principalmente por insetos vectores. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivos estudar a biologia e os parâmetros populacionais de Diaphorina citri (vector do HLB) em variedades de citros e determinar o controle natural de Tamarixia radiata sobre as populações de D. citri. A biologia de D. citri foi estudada nos hospedeiros, limão Cravo e Citrumelo 'Swingle' e as copas de laranjas Pera, Hamilim e Valência em combinações com estes porta-enxertos. Em cada hospedeiro avaliaram-se a duração das fases de ovo, ninfa e ciclo biológico, viabilidade, fecundidade e razão sexual. Os resultados obtidos do estudo da biologia de D. citri mostram que em Citrumelo 'Swingle', a praga apresentou o maior tempo de duração da fase de ovo. A duração do ciclo biológico vario de 15,08 dias em Pêra/Cravo a 16,5 dias em Hamilim/Citrumelo 'Swingle', diferenciando-se significativamente. As maiores taxas de sobrevivência e viabilidade para ovo e ciclo biológico foram observadas nas copas de laranjas enxertadas em limoeiro Cravo. Na combinação Valência/limoeiro Cravo o inseto apresentou a maior viabilidade dos ovos (82,02%) e a menor (73,66%) em Hamilim/ Citrumelo 'Swingle'. Os valores de sobrevivência (ovo-adulto) variaram de 71,07 a 56,16 % entre os hospedeiros avaliados, observando-se que a combinação Pêra/Cravo favorece a sobrevivência do inseto. C... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Huanglongbing disease (HLB) is considered one of the main phytosanitary problems currently in citrus plantations and its dissemination occurs mainly by insect vectors. Therefore, the present work aims to study the biology and population parameters of Diaphorina citri (vector do HLB) in citrus varieties and to evaluate the natural control of Tamarixia radiata on the populations of D. citri. The biology of D. citri was studied in the hosts Rangpur and Citrumelo 'Swingle' and the canopy of oranges Pera, Valencia and Hamilim in the combinations with these rootstocks. In each host the duration of the egg, nymph and biological cycle phases, viability, fertility and sexual proportions were evaluated. As for the biology of D. citri the longer time for the egg phase was obtained in Citrumelo Swingle. The biological cycle duration varied from 15.08 days in Pera/Rangpur to 16.5 in Hamilim/Citrumelo Swingle, differing significantly. The highest survival rates and viability of eggs and biological cycle were observed in the varieties of oranges grafted on lemon Rangpur. In the combination Valencia/Rangpur, the insect has presented the highest viability of eggs (82. 02%) and the lowest viability in Hamilim/Citrumelo Swingle (73. 66%). Survival values (egg-adult) ranged from 71.07 to 56.16% in the evaluated hosts, taking into account that the combination of the Pera/Rangpur favors the survival of the insect. Based on the fertility chart, Rangpur lemon had the highest net reproductive rate (160.57) and the shortest duration of each generation time (31.54 days). Jackknife estimates of rm varied from 0.152 on Valencia/Rangpur to 0.127 on Citrumelo Swingle. The results indicate that the rootstock of Rangpur lemon favors the reproductive parameters of the pest, while Citrumelo Swingle was less suitable for the development of D. citri, especially with Hamilim canopy. To (Complete abstract click electronic access below)
Doutor

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-18Bitstream added on 2014-08-13T18:01:08Z : No. of bitstreams: 1 000738215.pdf: 2151140 bytes, checksum: 2b05dbf911b2b43a03712abe9d9a4c86 (MD5)
A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro, porém o aumento de doenças na última década tem causado grandes prejuízos a toda a cadeia produtiva. A doença cancro cítrico, causada pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é um grave problema para o setor, não havendo até o momento método eficaz para o seu controle. Nesse estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de dois genótipos hospedeiros contrastantes à doença: laranja doce Pêra-Rio (PR) moderadamente resistente, e Lima Ácida Galego (LG), altamente suscetível, 24, 48 e 72 horas após a infecção com Xac, no intuito de identificar genes das plantas envolvidos na interação patógeno-hospedeiro. Foram encontrados 6.330, 3.478 e 6.795 genes diferencialmente expressos (GDEs) na espécie moderadamente resistente PR, 24, 48 e 72 horas após a inoculação com Xac, respectivamente, quando comparados com seus controles. Na espécie altamente suscetível Limão Galego foram identificados 1.491, 5.621 e 2.145 GDEs após 24, 48 e 72 horas da inoculação com Xac, respectivamente. Através do programa Blast2GO, genes e vias metabólicas de fotossíntese, sinalização celular, síntese hormonais, fatores de transcrição, entre outros, foram encontrados. Esse estudo revelou diferenças associadas à resistência e desenvolvimento a nível molecular em PR e LG em resposta ao cancro cítrico, demonstrando que na espécie moderadamente resistente há uma maior ativação dos mecanismos de defesa. Tais estudos podem ser utilizados para o desenvolvimento de plantas de citros com adequado nível de resistência ao cancro cítrico
The citrus agribusiness is very important to the Brazilian economy, but the increase of diseases in the last decade has caused great economic losses to the sector. The citrus canker, caused by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a serious disease that attacks all citrus species economically important worldwide and there is not an effective method for its control. In this study, RNASeq was used to analyze the transcriptional profiles of two contrasting citrus genotypes regarding citrus canker susceptibility: sweet orange Pêra Rio (PR), moderately resistant, and Mexican lime ‘Galego´ (ML), highly susceptible. Gene expression were performed in a HiScanSQ System (Illumina) using total RNA isolated from leaves collected 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, with leaves inoculated with water been used as control. It were found 6,330, 3,478 and 6,795 differentially expressed genes (DGEs) in moderately resistant PR specie at 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively, when compared with their controls. In the specie highly susceptible ML, it was identified 1,491, 5,621 and 2,145 DGEs after 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively. Through the program Blast2GO, genes and metabolic pathways related to photosynthesis, cell signaling, hormone synthesis, transcription factors, among others, were found as involved in plant defense. This study revealed differences at the molecular level between PR and ML in response to citrus canker, showing that in the specie moderately resistant there is a greater activation of host defense mechanisms. Such informations can be used for the development of citrus plants with an adequate level of resistance to citrus canker

Orientador: Jesus Aparecido Ferro
Coorientador: José Belasque Júnior
Banca: Rui Leite Pereira
Banca: Poliana Fernanda Gachetto
Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro, porém o aumento de doenças na última década tem causado grandes prejuízos a toda a cadeia produtiva. A doença cancro cítrico, causada pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é um grave problema para o setor, não havendo até o momento método eficaz para o seu controle. Nesse estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de dois genótipos hospedeiros contrastantes à doença: laranja doce Pêra-Rio (PR) moderadamente resistente, e Lima Ácida Galego (LG), altamente suscetível, 24, 48 e 72 horas após a infecção com Xac, no intuito de identificar genes das plantas envolvidos na interação patógeno-hospedeiro. Foram encontrados 6.330, 3.478 e 6.795 genes diferencialmente expressos (GDEs) na espécie moderadamente resistente PR, 24, 48 e 72 horas após a inoculação com Xac, respectivamente, quando comparados com seus controles. Na espécie altamente suscetível Limão Galego foram identificados 1.491, 5.621 e 2.145 GDEs após 24, 48 e 72 horas da inoculação com Xac, respectivamente. Através do programa Blast2GO, genes e vias metabólicas de fotossíntese, sinalização celular, síntese hormonais, fatores de transcrição, entre outros, foram encontrados. Esse estudo revelou diferenças associadas à resistência e desenvolvimento a nível molecular em PR e LG em resposta ao cancro cítrico, demonstrando que na espécie moderadamente resistente há uma maior ativação dos mecanismos de defesa. Tais estudos podem ser utilizados para o desenvolvimento de plantas de citros com adequado nível de resistência ao cancro cítrico
Abstract: The citrus agribusiness is very important to the Brazilian economy, but the increase of diseases in the last decade has caused great economic losses to the sector. The citrus canker, caused by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a serious disease that attacks all citrus species economically important worldwide and there is not an effective method for its control. In this study, RNASeq was used to analyze the transcriptional profiles of two contrasting citrus genotypes regarding citrus canker susceptibility: sweet orange Pêra Rio (PR), moderately resistant, and Mexican lime 'Galego' (ML), highly susceptible. Gene expression were performed in a HiScanSQ System (Illumina) using total RNA isolated from leaves collected 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, with leaves inoculated with water been used as control. It were found 6,330, 3,478 and 6,795 differentially expressed genes (DGEs) in moderately resistant PR specie at 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively, when compared with their controls. In the specie highly susceptible ML, it was identified 1,491, 5,621 and 2,145 DGEs after 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively. Through the program Blast2GO, genes and metabolic pathways related to photosynthesis, cell signaling, hormone synthesis, transcription factors, among others, were found as involved in plant defense. This study revealed differences at the molecular level between PR and ML in response to citrus canker, showing that in the specie moderately resistant there is a greater activation of host defense mechanisms. Such informations can be used for the development of citrus plants with an adequate level of resistance to citrus canker
Mestre

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Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-13T18:59:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 artiles_lp_dr_jabo.pdf: 1138570 bytes, checksum: 01f489085bac51420d9c3526e6ac70a8 (MD5)
Made available in DSpace on 2017-03-13T18:59:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 artiles_lp_dr_jabo.pdf: 1138570 bytes, checksum: 01f489085bac51420d9c3526e6ac70a8 (MD5) Previous issue date: 2017-01-25
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
A doença huanglongbing (HLB) é considerada um dos maiores problemas fitossanitários da cultura dos citros na atualidade e sua disseminação ocorre principalmente por insetos vectores. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivos estudar a biologia e os parâmetros populacionais de Diaphorina citri (vector do HLB) em variedades de citros e determinar o controle natural de Tamarixia radiata sobre as populações de D. citri. A biologia de D. citri foi estudada nos hospedeiros, limão Cravo e Citrumelo ‘Swingle’ e as copas de laranjas Pera, Hamilim e Valência em combinações com estes porta-enxertos. Em cada hospedeiro avaliaram-se a duração das fases de ovo, ninfa e ciclo biológico, viabilidade, fecundidade e razão sexual. Os resultados obtidos do estudo da biologia de D. citri mostram que em Citrumelo ‘Swingle’, a praga apresentou o maior tempo de duração da fase de ovo. A duração do ciclo biológico vario de 15,08 dias em Pêra/Cravo a 16,5 dias em Hamilim/Citrumelo ‘Swingle’, diferenciando-se significativamente. As maiores taxas de sobrevivência e viabilidade para ovo e ciclo biológico foram observadas nas copas de laranjas enxertadas em limoeiro Cravo. Na combinação Valência/limoeiro Cravo o inseto apresentou a maior viabilidade dos ovos (82,02%) e a menor (73,66%) em Hamilim/ Citrumelo ‘Swingle’. Os valores de sobrevivência (ovo-adulto) variaram de 71,07 a 56,16 % entre os hospedeiros avaliados, observando-se que a combinação Pêra/Cravo favorece a sobrevivência do inseto. Com base na tabela de fertilidade, o limoeiro Cravo apresentou a maior taxa liquida de reproduço (160,57) e a menor tempo de duração de cada geração (31,54 dias). Estimativas Jackknife da taxa intrínseca de crescimento (rm) variou de 0,152 em Valencia/Limoeiro Cravo para 0,127 em Citrumelo 'Swingle'. Os resultados indicaram que o porta-enxerto limoeiro Cravo favorece os parâmetros reprodutivos da praga, enquanto o Citrumelo ‘Swingle’ foi menos adequado para o desenvolvimento de D. citri, especialmente na copa Hamilim. Para complementar o segundo objetivo os experimentos sobre o controle natural de T. radiata foram desenvolvidos em Artemisa, Cuba, durante os anos 2007, 2008 e 2009, foram realizadas coletas de 125 brotos jovens em Citrus sinensis com uma frequência quinzenal e foi contabilizada a presença de ninfas de 3o a 5o instar e determinado as porcentagens de parasitismo por T. radiata. Foram determinadas as correlações entre as porcentagens de parasitismo e as variáveis climáticas. Foi encontrada uma correlação positiva (0,545 **, p <0,01) entre o número de ninfas parasitadas por T. radiata e a população total de ninfas de D. citri. Das variáveis climáticas estudadas, as precipitações (-0.388, p = 0,0257), dias com chuva (-0.364, p = 0,0374) e umidade relativa (-0.399, p = 0,0219) foram correlacionadas negativamente com o percentual de parasitismo. A percentagem de parasitismo foi estatisticamente significativa diferente entre estações do ano (p <0,01), sendo maior na primavera e outono e menor durante o verão. Tamarixia radiata mostrou-se ser regulador eficientes das populações de D. citri nas condições avaliadas com porcentagens de parasitismos superiores a 50% na primavera.
Huanglongbing disease (HLB) is considered one of the main phytosanitary problems currently in citrus plantations and its dissemination occurs mainly by insect vectors. Therefore, the present work aims to study the biology and population parameters of Diaphorina citri (vector do HLB) in citrus varieties and to evaluate the natural control of Tamarixia radiata on the populations of D. citri. The biology of D. citri was studied in the hosts Rangpur and Citrumelo ‘Swingle’ and the canopy of oranges Pera, Valencia and Hamilim in the combinations with these rootstocks. In each host the duration of the egg, nymph and biological cycle phases, viability, fertility and sexual proportions were evaluated. As for the biology of D. citri the longer time for the egg phase was obtained in Citrumelo Swingle. The biological cycle duration varied from 15.08 days in Pera/Rangpur to 16.5 in Hamilim/Citrumelo Swingle, differing significantly. The highest survival rates and viability of eggs and biological cycle were observed in the varieties of oranges grafted on lemon Rangpur. In the combination Valencia/Rangpur, the insect has presented the highest viability of eggs (82. 02%) and the lowest viability in Hamilim/Citrumelo Swingle (73. 66%). Survival values (egg-adult) ranged from 71.07 to 56.16% in the evaluated hosts, taking into account that the combination of the Pera/Rangpur favors the survival of the insect. Based on the fertility chart, Rangpur lemon had the highest net reproductive rate (160.57) and the shortest duration of each generation time (31.54 days). Jackknife estimates of rm varied from 0.152 on Valencia/Rangpur to 0.127 on Citrumelo Swingle. The results indicate that the rootstock of Rangpur lemon favors the reproductive parameters of the pest, while Citrumelo Swingle was less suitable for the development of D. citri, especially with Hamilim canopy. To complement the second objective the experiments were carried out in Artemisa, Cuba, during the years 2007, 2008 and 2009. Samples of young shoots of Citrus sinensis (125) were taken with a biweekly frequency and counted the number of nymphs in 3rd and 5th instar and the parasitism of T. radiata was determined. The correlation between climatic variables and parasitism was determined. A positive correlation (0.545 ** p <0.01) between the number of nymphs parasitized by T. radiata and the total population of D. citri nymphs found. Of the climatic variables studied rainfall (-0.388, p = 0.0257), the days with rain (-0.364, p = 0.0374) and relative humidity (-0.399, p = 0.0219) were negatively correlated with the parasitism percentage. Parasitism was statistically different between seasons (p <0.01), being higher in spring and autumn and less during summer. T. radiata proved to be effective in regulating D. citri populations under conditions evaluated with percent parasitisms higher than 50% in spring.

Today it’s common that companies and organizations are facing several challenges and problems when it comes to making their IT-environment more efficient. Some of these are the management of user’s computers and file security. Comput-er users are often tied to their personal computer due to personal programs and files. Because of this users lack the mobility and flexibility to be able to work at different places within and outside of the organization.Virtual desktop is one of the offered solutions to these problems and comes with several possibilities. The virtual technique makes it possible to run several virtual machines on a few physical computers in the datacenter. Companies are still quite careful about implementing virtual desktops since it requires a small change for the computer users. They are also unsure how the users will be affected by work-ing with a virtual desktop. Mullsjö commune where the research was performed were interested in virtual desktops, they had a few hunches about what sort of possibilities one might gain by investing in virtual desktop. The IT administration wasn’t sure how it might affect their computer users, and they also lacked the time required to investigate how the computer users experience working with a virtual desktop. Because of these problems the purpose of this thesis was to study how computer users experience working with a virtual desktop and what sort of possi-bilities it can create for the organization. The purpose and research questions were broken down into several assumptions to make it easier to answer the questions that the thesis is built around.Initially a research took place at three chosen computer users and two IT adminis-trators to be able to retrieve information and problems that might exist. A litera-ture review was performed around virtual desktop. With the help of the collected information from the initial research a test environment could be set up, consist-ing of one virtual desktop per computer user. The computer users used their virtual desktop throughout a normal work day and were then asked how they experienced working with a virtual desktop. The experience of the computer users in Mullsjö commune turned out to be positive and didn’t bring any major adjust-ments in their work. Differences between the computer users existed that made them experience the virtual desktop and its possibilities in different ways. With the help of the literature review regarding virtual desktops, several possibilities could be compiled, e.g. the possibility to use older computers longer, increased flexibil-ity, increased security and the ability to reduce the costs.A summary is presented that consists of the results from the research of the expe-rience among the users and the literature review. The assumptions are being used to be able to compare the two results to see if they can strengthen each other. The conclusion of virtual desktop is that it most likely can be implemented without affecting the experience of the computer user and that it also will create several possibilities. It’s however important to involve the user and find out their needs.
Idag står företag, organisationer och myndigheter inför flera utmaningar när det gäller att effektivisera sin IT-miljö. Det finns flera problem som man vill lösa runt hanteringen och säkerheten av datoranvändarnas datorer. Det förekommer även att datoranvändare kan vara knutna till sin personliga dator vilket medför att de inte kan arbeta på olika platser inom och utanför organisationen.Virtuella skrivbord är en lösning på dessa problem och medför flera möjligheter. Den virtuella tekniken gör det möjligt att samköra flera virtuella datorer på ett fåtal kraftfulla fysisk datorer i datacentret. Många företag är dock ännu försiktiga när det gäller virtuella skrivbord då det innebär en viss förändring för datoranvän-darna och är osäkra på hur de kommer att uppleva att arbeta via ett virtuellt skriv-bord. Mullsjö kommun där arbetet har utförts, var intresserade av virtuella skriv-bord och hade vissa aningar om vilka möjligheter virtuella skrivbord kunde med-föra. IT-administrationen var dock osäker på hur det skulle påverka och upplevas av datoranvändarna, de hade dessutom inte den tid som krävs för att undersöka detta. Med tanke på dessa problem blev syftet med examensarbetet att undersöka hur datoranvändaren upplever det att arbeta via ett virtuellt skrivbord samt vilka möjligheter virtuella skrivbord kan medföra. Syftet och frågeställningarna bröts ner i flera antaganden om virtuella skrivbord för att enklare kunna besvara dem.Först i undersökningen gjordes förundersökningar hos tre utvalda datoranvändare och IT-administratörerna för att ta reda på information och problem. En littera-turgenomgång gjordes även av virtuella skrivbord. Genom informationen ifrån de tre förundersökningarna kunde en testmiljö konfigureras upp med ett virtuellt skrivbord per datoranvändare. Datoranvändarna fick testköra sitt virtuella skriv-bord och fick därefter svara på hur de upplevde det. Upplevelsen bland datoran-vändarna i Mullsjö kommun var positiv och medförde ingen större omställning i deras arbete. Skillnader fanns i datoranvändarnas behov som gjorde att de upplev-de de virtuella skrivborden och möjligheterna på olika sätt. Genom litteraturge-nomgången av virtuella skrivbord sammanställdes ett antal möjligheter som virtu-ella skrivbord kan medföra. T.ex. skapas möjligheterna att kunna utnyttja äldre datorer längre, ökad flexibilitet, ökad säkerhet och reducerade kostnader.I slutet av undersökningen presenteras en sammanfattning av resultaten ifrån efterundersökningen av upplevelsen hos användarna och litteraturgenomgången av virtuella skrivbord. Detta görs med hjälp av de antaganden som gjorts för att kontrollera ifall de båda undersökningarna kan styrka varandra.Slutsatserna om virtuella skrivbord är att det med största sannolikhet kan införas utan att göra användarens upplevelse sämre och att virtuella skrivbord kan skapa flera möjligheter. Man bör dock involvera användarna och undersöka deras behov.

Orientador: Antonio Carlos Maringoni
Banca: Renate Krause Sakate
Banca: Julio Rodrigues Neto
Resumo: O presente trabalho teve por objetivo avaliar a produção e a sensibilidade de 48 isolados de Xanthomonas axonopodis pv. citri e de 14 isolados de Xanthomonas spp. à bacteriocinas. Estudos foram realizados para verificar o efeito da temperatura, tempo de incubação e do tipo do meio de cultura sobre a produção de bacteriocina por isolados de X. axonopodis pv. citri. Todos isolados de X. axonopodis pv. citri não foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por eles, não sendo essas afetadas pelo meio BDA, nutriente ágar + NaCl e YPDA, nos diferentes tempos e temperaturas de incubação. Porém, isolados de X. axonopodis pv. passiflorae foram sensíveis às bacteriocinas produzidas por 25 isolados de avaliados e o isolado de X. campestri pv. campestris e o de X. axonopodis pv. manihotis apresentaram sensibilidade variável. Dos 25 isolados de X. axonopodis pv. citri apenas cinco não foram inibidos pelas bacteriocinas produzidas por dois isolados de X. axonopodis pv. passiflorae. As bacteriocinas produzidas pelos isolados de X. axonopodis pv. citri (FDC-806) e de X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) foram termolábeis e resistentes à lisozima e sensíveis a DNAse. A bacteriocina produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. passiflorae foi resistente à ação de proteinase K, tripsina e RNAse enquanto que a produzida pelo isolado de X. axonopodis pv. citri foi sensível a essas enzimas.
Abstract: The objective of this work was to evaluate the production and sensitivity of 48 Xanthomonas axonopodis pv. citri strains and 14 Xanthomonas spp. strains to bacteriocins. A number of studies were carried out to verify the effect of temperature, incubation time, and type of culture medium on bacteriocine yield by X. axonopodis pv. citri strains. None of the X. axonopodis pv. citri strains were sensitive to the bacteriocins produced by themselves, and were not affected by the PDA, nutrient agar + NaCl, and YPDA media, at the different incubation times and temperatures studied. However, X. axonopodis pv. passiflorae and strains were sensitive to the bacteriocins produced by the 25 Xac strains evaluated, while a X. campestri pv. campestris and X. axonopodis pv. manihotis strains showed variable sensitivity. Of the 25 X. axonopodis pv. citri strains, only five were not inhibited by the bacteriocins produced by the two X. axonopodis pv. passiflorae strains. The bacteriocins produced by X. axonopodis pv. citri (FDC-806) and X. axonopodis pv. passiflorae (Mar 2850-A) were thermolabile and resistant to lysozyme and sensitive to DNAse. The bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. passiflorae was resistant to the action of proteinase K, trypsin and RNAse, while the bacteriocin produced by the X. axonopodis pv. citri isolate was sensitive to those enzymes.
Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:54:09Z : No. of bitstreams: 1 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf: 134881 bytes, checksum: 84233badecc0339e52b7d72626d23d35 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:40Z: cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:38Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:15Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:29Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:55Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:47Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:09Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:04Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5)
Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente...
Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Henrique Ferreira
Coorientador: José Belasque Junior
Banca: Jesus Aparecido Ferro
Banca: Nelson Arno Wulff
Resumo: Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-30Bitstream added on 2014-06-13T18:53:48Z : No. of bitstreams: 1 000739267.pdf: 1408117 bytes, checksum: 58d04ea359763c0637ec0685a1f80385 (MD5)
Huanglongbing (HLB) ou greening é uma doença de difícil controle e altamente destrutiva que, no Brasil, está associada as bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e Ca. L. americanus, transmitidas pelo inseto Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca. L. asiaticus é atualmente a mais frequentemente encontrada no campo. Este trabalho objetivou o aprimoramento de metodologia que envolve o uso de folhas jovens destacadas de laranja doce (Citrus sinensis L.) para estudos sobre a transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri. Os experimentos envolveram diferentes números de insetos adultos (1, 4 ou 8 indivíduos), diferentes períodos de acesso à inoculação (PAI) da bactéria (1, 24, 48 ou 72 horas) e diferentes períodos de incubação (PI) da bactéria nas folhas (1, 7, e 15 dias) após o PAI e comparação com a inoculação em mudas. Insetos e folhas foram avaliados por qPCR para detecção e quantificação de Ca. L. asiaticus. Com PAI de 1 dia Ca. L. asiaticus foi detectada, no total dos 3 PIs, em 19, 29 e 36% das folhas expostas, respectivamente, a 1, 4 ou 8 insetos. Este aparente efeito de dose (aumento da taxa de inoculação bem sucedida com o aumento no número de indivíduos) foi ainda maior quanto maiores foram os PAIs e PIs. O método se mostrou útil para estudos da transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri com as seguintes vantagens em relação ao uso de plantas inteiras: menor tempo necessário para obtenção dos resultados, maior economia de material, drástica redução da área necessária para a condução dos experimentos
Huanglongbing (HLB) or greening disease is difficult-to-control citrus disease that, in Brazil, is associated bacteria Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. L. americanus, transmitted by insect Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca L. asiaticus is currently the most frequently encountered in the field. This study aimed to the upgrading of methodology that involves the use of detached young leaves of sweet orange (Citrus sinensis L.) for studies on the transmission of Ca. L. asiaticus by D. citri. The experiments involved different numbers of adult insects (1, 4 or 8 individuals), different inoculation access periods (IAP) of bacteria (1, 24, 48 or 72 hours) and different incubation periods (IP) of the bacteria on leaves (1, 7, and 15 days) after PAI and comparison with inoculation seedlings. Insects and leaves were assessed by qPCR for the detection and quantification of Ca L. asiaticus. With PAI 1 day Ca. L. asiaticus was detected in all of the three IPs, 19, 29 and 36% of the exposed leaves, respectively, at 1, 4 or 8 insects. This apparent dose effect (increased rate of successful inoculation with the increase in the number of individuals) was greater the higher were the PAIs and PIs. The method proved useful for studies of transmission of Ca L. asiaticus by D. citri with the following advantages over the use of whole plants: less time needed to obtain the results, the largest economy of material, drastically reducing the area required for conducting experiments

Orientador: Silvio Aparecido Lopes
Coorientador: Antonio de Goes
Banca: Luis Otávio Saggion Beriam
Banca: Viviani Vieira Marques
Resumo: Huanglongbing (HLB) ou greening é uma doença de difícil controle e altamente destrutiva que, no Brasil, está associada as bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e Ca. L. americanus, transmitidas pelo inseto Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca. L. asiaticus é atualmente a mais frequentemente encontrada no campo. Este trabalho objetivou o aprimoramento de metodologia que envolve o uso de folhas jovens destacadas de laranja doce (Citrus sinensis L.) para estudos sobre a transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri. Os experimentos envolveram diferentes números de insetos adultos (1, 4 ou 8 indivíduos), diferentes períodos de acesso à inoculação (PAI) da bactéria (1, 24, 48 ou 72 horas) e diferentes períodos de incubação (PI) da bactéria nas folhas (1, 7, e 15 dias) após o PAI e comparação com a inoculação em mudas. Insetos e folhas foram avaliados por qPCR para detecção e quantificação de Ca. L. asiaticus. Com PAI de 1 dia Ca. L. asiaticus foi detectada, no total dos 3 PIs, em 19, 29 e 36% das folhas expostas, respectivamente, a 1, 4 ou 8 insetos. Este aparente efeito de dose (aumento da taxa de inoculação bem sucedida com o aumento no número de indivíduos) foi ainda maior quanto maiores foram os PAIs e PIs. O método se mostrou útil para estudos da transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri com as seguintes vantagens em relação ao uso de plantas inteiras: menor tempo necessário para obtenção dos resultados, maior economia de material, drástica redução da área necessária para a condução dos experimentos
Abstract: Huanglongbing (HLB) or greening disease is difficult-to-control citrus disease that, in Brazil, is associated bacteria Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. L. americanus, transmitted by insect Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca L. asiaticus is currently the most frequently encountered in the field. This study aimed to the upgrading of methodology that involves the use of detached young leaves of sweet orange (Citrus sinensis L.) for studies on the transmission of Ca. L. asiaticus by D. citri. The experiments involved different numbers of adult insects (1, 4 or 8 individuals), different inoculation access periods (IAP) of bacteria (1, 24, 48 or 72 hours) and different incubation periods (IP) of the bacteria on leaves (1, 7, and 15 days) after PAI and comparison with inoculation seedlings. Insects and leaves were assessed by qPCR for the detection and quantification of Ca L. asiaticus. With PAI 1 day Ca. L. asiaticus was detected in all of the three IPs, 19, 29 and 36% of the exposed leaves, respectively, at 1, 4 or 8 insects. This apparent dose effect (increased rate of successful inoculation with the increase in the number of individuals) was greater the higher were the PAIs and PIs. The method proved useful for studies of transmission of Ca L. asiaticus by D. citri with the following advantages over the use of whole plants: less time needed to obtain the results, the largest economy of material, drastically reducing the area required for conducting experiments
Mestre

Orientador: Celso Eduardo Benedetti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-17T23:36:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingues_MarianeNoronha_D.pdf: 24489370 bytes, checksum: 8029060db192a79e81b19764465f2ca7 (MD5) Previous issue date: 2011
Resumo: O cancro cítrico, causado pelo fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), constitui uma doença que afeta a maioria das espécies do gênero Citrus ocorrendo praticamente em todos os continentes e se destaca como uma ameaça à citricultura brasileira. A bactéria utiliza a proteína efetora do tipo III PthA para modular a transcrição na planta hospedeira e promover o desenvolvimento dos sintomas da doença. PthA pertence a família AvrBs3/PthA e contém um domínio central de repetições de 34 aminoácidos que media interações proteína-proteína e proteína-DNA. Elucidar como a PthA ativa a transcrição é de grande importância para o esclarecimento do seu modo de ação e da patogenicidade de Xac. Este trabalho teve como principal objetivo confirmar in vivo e in vitro interações entre PthA de Xac e proteínas de laranja doce selecionadas num screening de duplo-híbrido em leveduras. Além da interação com a proteína ?-importina, conhecida por mediar a importação nuclear de AvrBs3, são descritas neste trabalho interações de PthA com proteínas de citros envolvidas no enovelamento e ubiquitinação do tipo K63. PthAs 2 e 3 interagem preferencialmente com uma ciclofilina (Cyp) de citros e com TDX, uma proteína que contém um domínio tetratricopeptídeo (TPR) e um domínio tiorredoxina (TRX). Constatou-se que PthAs 2 e 3, e não 1 e 4, interagem com um complexo de conjugação a ubiquitina formado por Ubc13 e uma enzima de conjugação a ubiquitina variante (Uev) requerido para o processo de ubiquitinação K63 e no reparo de DNA lesionado. Cyp, TDX e Uev interagem entre si e as proteínas Cyp e Uev estão localizadas no núcleo de células de planta, assim como as variantes de PthA de Xac. Além disso, Ubc13 e Uev complementam o fenótipo de reparo no DNA de cepas de leveduras mutantes, indicando que estão envolvidas em processos de ubiquitinação K63 e reparo no DNA. Como PthA2 afetou o crescimento de cepas de levedura na presença de um agente alquilante do DNA, sugere-se que PthA2 inibe ubiquitinação K63 requerida em vias de reparo aos danos no DNA, e não é alvo deste processo como acreditava-se inicialmente. A proteína Cyp de citros também foi capaz de complementar o fenótipo de leveduras mutantes na maquinaria transcricional, de tal forma que PthAs poderiam aumentar as taxas de transcrição através da modulação da atividade de um complexo proteico associado com controle da transcrição
Abstract: Citrus canker, caused by the pathogen Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), is a disease that affect most species of the genus Citrus occurring in virtually every continent, and stands as a threat to the Brazilian citrus industry. The bacterium uses a type III effector protein PthA to modulate transcription in the host plant and promote the development of disease symptoms. PthA proteins belong to the AvrBs3/PthA family and carry a domain comprising tandem repeats of 34 amino acids that mediates protein-protein and protein-DNA interactions. Elucidate how PthA activates transcription is of great importance for the elucidation of its mode of action and pathogenicity of Xac. This study aimed to confirm in vivo and in vitro interactions between Xac protein PthA and sweet orange proteins in a yeast two-hybrid screening. Here, in addition to the interaction with the ?- importin protein, known to mediate the nuclear import of AvrBs3, we described new interactions of PthAs with citrus proteins involved in folding and K63-linked ubiquitination. PthAs 2 and 3 preferentially interact with a citrus cyclophilin (Cyp) and with TDX, a tetratricopeptide domaincontaining thioredoxin. It was found that PthAs 2 and 3, but not 1 and 4, interact with the ubiquitinconjugating enzyme complex formed by Ubc13 and ubiquitin-conjugating enzyme variant (Uev), required for K63-linked ubiquitination and DNA repair. We show that Cyp, TDX and Uev interact with each other, and that Cyp and Uev localize to the nucleus of plant cells. Furthermore, the citrus Ubc13 and Uev proteins complement the DNA repair phenotype of the yeast mutants, strongly indicating that they are also involved in K63-linked ubiquitination and DNA repair. How PthA2 affected the growth of yeast cells in the presence of a DNA damage agent, suggests that PthA2 inhibits K63-linked ubiquitination required for DNA repair, and is not the target of this process as it was believed initially. The citrus protein Cyp was also able to complement the phenotype of yeast mutants in the transcriptional machinery, such that PthAs could increase the rates of transcription by modulating the activity of a protein complex associated with control of transcription
Doutorado
Bioquimica
Doutor em Biologia Funcional e Molecular

O Brasil é o maior produtor de laranja doce no mundo. Entretanto, a cultura enfrenta grandes problemas, devido ao ataque de pragas e doenças, o que reduz a produtividade da cultura. Entre estas doenças, destaca-se o huanglongbing (HLB), doença associada a três espécies da bactéria Candidatus Liberibacter. No Brasil, o psilídeo Diaphorina citri é o inseto transmissor do HLB. A falta de cultivares de laranja doce resistentes ao HLB torna a transformação genética de plantas uma medida em potencial para o controle desta doença. Plantas transgênicas de laranja doce expressando um RNA de dupla fita (dsRNA) de um gene essencial à sobrevivência de D. citri podem resultar no controle do inseto por meio do mecanismo de RNA de interferência. Tal mecanismo resulta na degradação do RNAm homólogo ao dsRNA. Este trabalho teve por objetivo produzir plantas transgênicas de laranja doce, expressando um fragmento do gene DcV-ATPase-A de D. citri, em uma construção gênica tipo hairpin. Dessa forma, o silenciamento gênico por RNA de interferência seria ativado no psilídeo quando este for submetido à alimentação nas plantas transgênicas. O trabalho foi iniciado com a elaboração da construção gênica contendo uma sequência repetida e invertida do gene DcV-ATPase-A de D. citri, para formação de um hairpin. Segmentos de epicótilo, provenientes de sementes germinadas in vitro das laranjas \'Hamlin\', \'Pêra\' e \'Valência\' (Citrus sinensis L. Osbeck) foram utilizados como fontes de explantes para a transformação genética via Agrobacterium tumefaciens. Paralelamente aos experimentos de transformação genética, insetos adultos de D. citri foram submetidos a experimentos de alimentação artificial, contendo RNA de dupla fita (dsRNA) ou pequenos RNA interferentes (siRNA) da DcV-ATPase-A. Ao final do período de alimentação, foram avaliadas o número de insetos vivos e a expressão relativa do RNAm da DcV-ATPase-A. Através de PCR e Southern blot, a transgenia foi confirmada em 26 e 39 plantas de laranja \'Hamlin\' e \'Valência\', respectivamente. A transgenia não foi confirmada nas plantas regeneradas de laranja \'Pêra\'. O número de inserções no transgene variou de 1 a 4 cópias. A produção dos siRNAs foi confirmada em 10 plantas de laranja \'Valência\', através de siRNA blot. O uso de dietas artificiais contendo dsRNA ou siRNA do gene DcV-ATPase-A não resultou em diferenças significativas no número de insetos vivos, ou no nível de expressão relativa do RNAm do gene DcV-ATPase-A em insetos adultos de D. citri.
Brazil is the largest sweet orange producer in the world. However, this crop faces major problems due to the attack of pests and diseases that reduce its productivity. Among the diseases, stands out the huanglongbing (HLB), disease associated with three different species of the Candidatus Liberibacter bacteria. In Brazil, the psyllid Diaphorina citri is the insect vector of HLB. The absence of resistant sweet orange cultivars to HLB makes the genetic transformation of plants a potential methodology to control this disease. Sweet orange transgenic plants engineered to express double strand RNA (dsRNA) of an essential gene for D. citri survival could result in insect control by RNA interference. This mechanism results in degradation of homologous RNAm to dsRNA. The aim of this work was to produce transgenic sweet orange plants expressing a fragment of D. citri DcV-ATPase-A gene, in a hairpin construction aiming gene silencing by RNA interference in D. citri, when fed on sweet orange transgenic plants. The work started developing a gene construct containing an inverted and repeated sequence of DcV-ATPase-A gene, to form a hairpin. Epicotyl segments collected from in vitro germinated seedlings of \'Hamlin\', \'Pêra\' and \'Valência\' sweet oranges (Citrus sinensis L. Osbeck) were used as explants for the genetic transformation experiments via Agrobacterium tumefaciens. At the same time, adults of D. citri underwent artificial diet experiments containing dsRNA or siRNA of DcV-ATPase-A. At the end of feeding time, the survival of insects and the relative expression of DcV-ATPase-A RNAm were evaluated. Through PCR and Southern blot analysis, 26 \'Hamlin\' and 39 \'Valência\' sweet orange transgenic lines were confirmed. None of the regenerated \'Pêra\' plants were transgenic. The transgenic plants had 1 to 4 T-DNA insertions. The siRNA products were observed in 10 \'Valência\' plants, through siRNA blot. The artificial diets containing dsRNA or siRNA of DcV-ATPase-A resulted in no differences in the number of live insects and in the relative expression of DcV-ATPase-A RNAm in adult insects.

Orientador: Alessandra Alves de Souza
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-25T17:43:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caserta_Raquel_D.pdf: 28122729 bytes, checksum: f611b63be786134a0c9fbad9785006b0 (MD5) Previous issue date: 2014
Resumo: A produção do suco de laranja concentrado é uma das commodities mais importantes para o agronegócio brasileiro, entretanto, os constantes problemas fitossanitários que afetam a citricultura vem aumentando os custos de produção e consequentemente a rentabilidade econômica deste setor. É urgente a busca por alternativas para solucionar os problemas fitossanitários da citricultura, nesse sentido, a utilização de transgenia mostra-se uma ferramenta promissora, pois possibilita a obtenção de plantas com genes exógenos que conferem resistência a doenças. Uma das doenças que afetam a citricultura brasileira é a clorose variegada dos citros (CVC), causada pela bactéria Xylella fastidiosa, onde todas as variedades de Citrus sinensis mostram-se suscetíveis a doença. Uma estratégia que vem sendo utilizada para resistência a X. fastidiosa que afeta a cultura de uva na Califórnia-EUA envolve a chamada "confusão do patógeno" onde utiliza-se genes do próprio patógeno visando a alteração da sinalização molecular entre as células bacterianas, interferindo em sua patogenicidade. Neste trabalho foram abordadas as transformações de Nicotiana tabacum e Citrus sinensis com o gene rpfF de X. fastidiosa causadora da CVC, envolvido na síntese de uma molécula sinalizadora que regula a expressão de genes associados a patogenicidade dessa bactéria. Eventos dos cultivares de laranja doce Hamlin e Pineapple transformados com rpfF foram desafiados com X. fastidiosa e, após avaliações nas fases inicial e avançada de sintomas, foi observada uma redução na incidência e na severidade de sintomas de CVC. A movimentação bacteriana ao longo de tais plantas também foi comprometida, sendo que a população bacteriana em pontos distantes do ponto de inoculação foi maior em plantas do tipo selvagem quando comparadas as transgênicas. Esses resultados sugerem que as moléculas produzidas pelas plantas transgênicas foram capazes de alterar o comportamento da bactéria, reduzindo sua patogenicidade. Outro fitopatógeno que ataca pomares brasileiros é Xanthomonas citri subsp. citri, que também apresenta o gene rpfF, e assim como em X. fastidiosa, é responsável pela sinalização molecular. Eventos transgênicos de Carrizo e Pineapple também foram desafiados com X. citri. Nesse patógeno, a interrupção da sinalização mediada por DSF, Diffusible Signal Factor - uma molécula de ácido graxo, reduz sua virulência, e interessantemente, sintomas de cancro cítrico foram reduzidos nas plantas transgênicas. Em folhas transgênicas não foi observado o aparecimento de pústulas, e biofilmes formados na área da inoculação foram alterados. Genes modulados por DSF em bactérias isoladas de plantas transgênicas foram reprimidos, sugerindo que a sinalização foi comprometida. Por fim, seiva das plantas transgênicas não ativou a expressão do promotor engA::GFP em Xanthomonas campestris biosensoras, indicando que a molécula produzida por essas plantas foi capaz de alterar a sinalização. Por outro lado, a seiva das plantas transgênicas ativou a expressão do hxfA::PhoA em X. fastidiosa biosensoras, indicando a funcionalidade dessa molécula para esse fitopatógeno. Portanto, em ensaios com X. citri, o DSF das plantas transgênicas atuou como antagonista, diminuindo a virulência da bactéria através da alteração da sinalização molecular. Esses resultados mostram que as moléculas sinalizadoras produzidas por plantas transformadas com rpfF de X. fastidiosa são promissoras na tentativa de controle de CVC e cancro cítrico
Abstract: The production of concentrate orange juice is one of the most important commodities for Brazilian agribusiness, however, the constant phytosanitary problems affecting the citrus industry is increasing production costs and consequently the economic profitability of this sector. It is urgent to search for alternatives to solve citrus phytosanitary problems, in this sense, the use of transgenesis shows a promising tool because it enables the production of plants with exogenous genes that confer resistance to diseases. One of the diseases that affect Brazilian citrus industry is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by the bacterium Xylella fastidiosa, where all varieties of Citrus sinensis are susceptible to this disease. One strategy that has been used for X. fastidiosa resistance that affects grape cultures in California-USA involves the so-called "pathogen confusion" that is related to the usage of genes of the pathogen itself aiming to change the molecular signaling between bacterial cells by interfering in its pathogenicity. In this work we will discuss the transformation of Nicotiana tabacum and Citrus sinensis with the rpfF gene isolated from X. fastidiosa causing the CVC, involved in the synthesis of a signaling molecule that regulates the expression of genes associated with pathogenicity of these bacteria. Transgenic events of Hamlin and Pineapple transformed with rpfF were inoculated with X. fastidiosa and after evaluations in early and advanced stages of symptoms, a reduction was observed in the incidence and severity of symptoms of CVC. Bacterial movement along these plants was also impaired, and the bacterial population analyzed far from the point of inoculation was higher in wild type plants compared to transgenic ones. These results suggest that the molecules produced by the transgenic plants were able to change the behavior of the bacteria, reducing its pathogenicity. Another pathogen that attacks Brazilian orchards is Xanthomonas citri subsp. citri, which also features rpfF gene, and as in X. fastidiosa is responsible for molecular signaling. Transformed plants of Carrizo and Pineapple were also challenged with X. citri. In this pathogen, the interruption of DSF-mediated signaling reduces its virulence, and interestingly, citrus canker symptoms were reduced in transgenic plants. In transgenic leaves there was no pustules development and alterations in biofilms formed in the area of inoculation were observed. Genes modulated by DSF in bacteria isolated from transgenic plants were repressed, suggesting that signaling was compromised. Finally, sap of transgenic plants did not activate the expression of the promoter engA::GFP in Xanthomonas campestris biosensors, indicating that the molecule produced by these plants was able to change the signaling. On the other hand, the sap of transgenic plants activated the expression of hxfA::PhoA in X. fastidiosa biosensors, indicating the functionality of this molecule for this pathogen. Therefore, in assays with X. citri, the DSF of transgenic plants acted as antagonist, decreasing the virulence of the bacteria by changing the molecular signaling. These results show that the signaling molecules produced by plants transformed with rpfF of X. fastidiosa are promising in the attempt to control CVC and citrus canker
Doutorado
Genetica Vegetal e Melhoramento
Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Celso Eduardo Benedetti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-23T05:38:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_BrunaMedeia_D.pdf: 41386343 bytes, checksum: 8048b677c8a43e7438a1c349c584b9ec (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: O cancro cítrico, causado pelo fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) constitui uma doença que afeta todos os cultivares comerciais de citros e é uma ameaça para a citricultura brasileira. A doença é caracterizada pela formação de pústulas, devido à hiperplasia e hipertrofia induzida pela bactéria. A patogenicidade de Xac é dependente do sistema secretório tipo III, que transloca proteínas efetoras pertencentes à família AvrBs3/PthA para dentro da célula hospedeira. Estudos recentes mostram que PthAs funcionam como fatores de transcrição no hospedeiro, transativando genes específicos da planta que irão beneficiar a bactéria ou desencadear uma resposta de defesa. Com o objetivo de entender melhor o mecanismo de ação de PthAs como ativadores da transcrição, nosso laboratório identificou, através da técnica de duplo-híbrido, várias proteínas de laranja (Citrus sinensis) que interagiram com diferentes PthAs. Entre elas, destacamos uma ciclofilina (CsCyp), que realiza isomerização de resíduos de prolina, uma proteína com domínio tioredoxina (CsTdx), relacionada com interação proteína-proteína e redução de pontes dissulfeto e uma cisteína protease (CsCP), envolvida na resposta de defesa da planta. Este trabalho teve como objetivo a caracterização estrutural e funcional de CsCyp. A resolução da estrutura de CsCyp mostrou que CsCyp pertence ao grupo de ciclofilinas divergentes que possuem um loop adicional (KSGKPLH), duas cisteínas invariáveis (C40 e C168) e um glutamato (E83) conservado. Este último interage com resíduos do loop, estabilizando-o. A função destes elementos era desconhecida até o momento e o trabalho visou elucidar sua atuação na regulação da atividade PPIase da proteína. Neste trabalho, verificamos que C40 e C168 formam uma ponte dissulfeto. Dados de modelagem e simulação suportaram a hipótese de que a formação da ponte dissulfeto induz mudanças conformacionais que quebram a interação do E83 com o loop divergente, levando ao fechamento do sítio ativo de CsCyp. O estudo descreveu, portanto um mecanismo de regulação redox, que controla a atividade PPIase da proteína. Adicionalmente, mostrou-se que CsTdx interage com CsCyp através dos resíduos conservados C40 e C168, sendo críticos para tal interação. Foi mostrado também que CsCyp interage com o domínio C-terminal (CTD) da RNA Polimerase II (RNA Pol II), especificamente com a repetição YSPSAP. Surpreendentemente, através da transformação de plantas com construções para silenciamento e superexpressão de CsCyp, verificamos que plantas de citros com níveis reduzidos de CsCyp apresentaram um aumento dos sintomas do cancro cítrico quando infiltradas com Xac, enquanto que plantas com níveis aumentados de CsCyp apresentaram sintomas reduzidos quando infiltradas com Xac, indicando que CsCyp tem papel importante no desenvolvimento dos sintomas do cancro cítrico. Este trabalho também mostra a expressão e purificação das proteínas CsTdx e CsCP e a comprovação de que CsCP interage com PthAs 2 e 3 através de ensaios de duplo-híbrido
Abstract: Citrus canker, caused by Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is a disease that affects most species of the genus Citrus and represents a threat to the Brazilian citrus industry. The disease is characterized by the formation of pustules due to hyperplasia and hypertrophy induced by the bacteria. Xac pathogenicity is dependent on a type III secretory system that translocates effector proteins which belongs to AvrBs3/PthA family inside the host cell. Recent studies showed that these proteins work as transcriptional factors that transactivate specific plant genes which will either benefit the bacteria or trigger defense response. To gain insights into PthA mechanism of action as transcription activators, our laboratory identified that PthA targeted the citrus protein complex comprising the thioredoxin CsTdx, ubiquitin-conjugating enzymes CsUev/Ubc13 and cyclophilin CsCyp. Also, we showed previously that the CsCyp binds the citrus thioredoxin CsTdx and the C-terminal domain of RNA Polymerase II (CTD), and that CsCyp complements the function of Cpr1 and Ess1, two yeast prolyl-isomerases that regulate transcription by the isomerization of proline residues of the regulatory C-terminal domain (CTD) of RNA polymerase II. In this work we solved the 3D structure of CsCyp in complex with its inhibitor cyclosporine A (CsA), showing that CsCyp is a divergent cyclophilin that carries the additional loop KSGKPLH, invariable cysteines C40 and C168, and conserved glutamate E83. Despite the suggested roles in ATP and metal binding, the function of these unique structural elements remains unknown. Here we show that the conserved cysteines form a disulfide bond that inactivates the enzyme, whereas E83, which belongs to the catalytic loop and is also critical for enzyme activity, is anchored to the divergent loop to maintain the active site open. In addition, we demonstrate that C40 and C168 are required for the interaction with CsTdx and that CsCyp binds the citrus CTD YSPSAP repeat. Our data support the model where formation of the C40- C168 disulfide bond induces a conformational change that disrupts the interaction of the divergent and catalytic loops, via E83, causing the active site to close. This suggests a new type of allosteric regulation in divergent cyclophilins, involving disulfide bond formation and a loop displacement mechanism. Moreover, we present evidence that PthA2 inhibits the peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase) activity of CsCyp in a similar fashion as CsA, and that silencing of CsCyp, as well as treatments with CsA, enhance canker lesions in Xac-infected leaves. Given that CsCyp appears to function as a negative regulator of cell growth and that Ess1 negatively regulates transcription elongation in yeast, we propose that PthAs activate host transcription by inhibiting the PPIase activity of CsCyp on the CTD
Doutorado
Genetica de Microorganismos
Doutora em Genética e Biologia Molecular

Resumo: Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares.
Abstract: With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies.
Orientadora: Maria Inês Tiraboschi Ferro
Coorientador: Marcelo Luiz de Laia
Banca: Manoel Victor Franco Lemos
Banca: Poliana Fernanda Giachetto
Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3920.pdf: 8448599 bytes, checksum: f57771a1bc42c971303c129a76102092 (MD5) Previous issue date: 2011-07-04
Universidade Federal de Sao Carlos
CHEMICAL STUDY OF PATHOGENS AND VECTORS DISEASE OF CITRUS: Xylella fastidiosa & Diaphorina citri. Historically the national citriculture suffered great changes because of phytosanitary problems, and nowadays among the main threats to citruculture are the Huanglongbing (HLB) or Greening and the Citrus Variegated Chlorosis (CVC). The bacteria Xylella fastidiosa is the etiologic agent of Citrus Variegated Chlorosis. The HBL is associated to a bacterium that belongs to the Candidatus Liberibacter genera and its dissemination is by grafting of infected material or by psyllids. This work describes the chemical study of bacteria Xylella fastidiosa and the olfatometric response of Diaphorina citri to Citrus species. The X. fastidiosa (9a5c) were cultivated in PW medium. In the chemical study of X. fastidiosa the identification techniques used were CG-EM, LC-MS e LC-SPENMR. These techniques allowed the identification of fatty acid derivatives and diketopiperazinic alkaloids. This is the first chemical study of X. fastidiosa that boarded the alkaloids production cyclo (Pro-Val), cyclo (Val-Phe), cyclo (Tyr-Tyr), cyclo (Phe-Tyr), cyclo (Pro-Phe), cyclo (Leu-Leu), cyclo (Leu-Ile), cyclo (Val-Leu), cyclo (Ala-Leu), cyclo (Ala-Pro) cyclo (Pro-Leu), cyclo (Pro-Tyr), cyclo (Tyr-Pro), cyclo (Tyr-Val), cyclo (Pro-Ile), cyclo (Phe- Ile), cyclo (Arg-Val), cyclo (Leu-Phe), cyclo (Gly-Phe). Volatile compounds produced by X. fastidiosa extracted by SPME allowed the identification of methyl ketones and alcohols. The behavior study of D. citri to Citrus species essential oils, using olfatometric assays showed higher attractiveness to Citrus reticulata Blanco, Citrus paradisi Macfad., Citrus medica L. and the standard Murraya paniculata. However, lower attractiveness of D. citri was observed to hybrid species tangor Murcott, citrumelo Swingle e citrange Trover, that showed a high percentual of sesquiterpene compounds in the chemical composition. As complementary subsidy for understanding the interactions between D. citri-host the Principal Components Analysis (PCA) and Hierarchical Clusters Analysis (HCA) were carried out, these analyses demonstrated a group between tangor Murcott e citrumelo Swingle that indicate chemical similarity.
ESTUDO QUÍMICO EM PATÓGENOS E VETORES DE DOENÇAS DE CITROS: Xylella fastidiosa e Diaphorina citri. Historicamente, a citricultura nacional sofreu profundas mudanças devido a problemas fitossanitários, e hoje, dentre as principais ameaças à citricultura, destacam-se o Huanglongbing (HLB) ou Greening e a Clorose Variegada dos Citros (CVC). A bactéria X. fastidiosa é o agente etiológico causador da clorose variegada dos citros (CVC). O HLB está associado a bactérias do gênero Candidatus Liberibacter e sua disseminação se dá por enxertia de material infectado ou por psilídeos. Neste sentido a presente tese descreve o estudo químico da bactéria Xylella fastidiosa e resposta olfatométrica de Diaphorina citri frente a espécies de Citrus. A X. fastidiosa (9a5c) foi cultivada em meio PW. No estudo químico da bactéria X. fastidiosa foram utilizados as técnicas de identificação CG-EM, LC-MS e LC-SPE-NMR. Estas técnicas permitiram a identificação de derivados de ácidos graxos e alcalóides dicetopiperazínicos. Este é o primeiro estudo químico em X. fastidiosa o qual foi abordado a produção dos alcalóides, ciclo (Pro-Val), ciclo (Val-Phe), ciclo (Tyr-Tyr), ciclo (Phe-Tyr), ciclo (Pro-Phe), ciclo (Leu-Leu), ciclo (Leu-Ile), ciclo (Val- Leu), ciclo (Ala-Leu), ciclo (Ala-Pro) ciclo (Pro-Leu), ciclo (Pro-Tyr), ciclo (Tyr-Pro), ciclo (Tyr-Val), ciclo (Pro-Ile), ciclo (Phe-Ile), ciclo (Arg-Val), ciclo (Leu-phe), ciclo (Gly-Phe). Através de SPME dos voláteis produzidos pela bactéria X. fastidiosa foram identificadas metil cetonas e álcoois. O estudo comportamental com o psilídeo D. citri frente aos óleos essenciais de espécies de citrus, utilizando ensaios olfatomêtricos, mostrou os maiores índices de atratividade para as espécies Citrus reticulata Blanco, Citrus paradisi Macfad., Citrus medica L. e o padrão Murraya paniculata. Contudo, foi observada uma menor atratividade de D. citri frente aos híbridos tangor Murcott, citrumelo Swingle e citrange Trover, que apresentaram um percentual elevado de compostos sesquiterpênicos em sua composição. Como subsídios complementares à compreensão das interações D. citri-hospedeiros também foi realizada análise de componentes principais (PCA) e a análise por agrupamentos hierárquicos (HCA), os quais demonstraram um agrupamento entre os híbridos tangor Murcott e citrumelo Swingle, indicando semelhança química.

Orientador: Osvaldir Pereira Taranto
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química
Made available in DSpace on 2018-08-24T04:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zanella_Karine_M.pdf: 2631881 bytes, checksum: f5478ae14939fdabde9f610a2bed60a8 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: A laranja é utilizada no Brasil principalmente no processamento de suco, o qual gera entre 40-60% (em peso) de resíduos líquidos e sólidos, que posteriormente são utilizados na produção de subprodutos. A casca da laranja é composta por flavedo (porção colorida) e albedo (porção branca e esponjosa) que, quando desidratados são utilizados no processo de extração da pectina, utilizada principalmente em indústrias alimentícias e farmacêuticas. Este trabalho teve como objetivo estudar a influência das variáveis operacionais da secagem convectiva, temperatura (40, 55 e 70 °C) e velocidade do ar (0,1, 0,2 e 0,3 m.s-1), no rendimento, na qualidade e nas características da pectina extraída da casca da laranja-pera (Citrus sinensis L. Osbeck). Os experimentos foram realizados em secador de leito fixo e os dados cinéticos foram avaliados através da modelagem matemática por aplicação dos modelos de Page, Henderson e Pabis e de Midilli. Este último foi o que melhor ajustou os dados experimentais, tanto para a secagem do albedo quanto do flavedo. As condições operacionais utilizadas na extração da pectina, do albedo e do flavedo foram: temperatura (80°C), velocidade de agitação (650 rpm) e pH (2,5). O agente extrator utilizado para o processo de extração foi a mistura entre água e ácido cítrico. Os maiores valores de rendimento obtido foram de 38,21% de pectina seca por albedo seco (g/g) (Pectina-A) e de 29,35% de pectina seca por flavedo seco (g/g) (Pectina-F), os quais foram desidratados nas seguintes condições de secagem: 70°C e 0,10 m.s-1 para o albedo e 40 ºC e 0,1 m.s-1 para o flavedo. Foi verificado pela análise de infravermelho por transformada de Fourier (FTIR), que tanto a Pectina-A quanto a Pectina-F, apresentaram grau de esterificação acima de 50%, sendo caracterizadas como pectinas de alto teor de metoxilação (ATM). Além disto, as pectinas foram analisadas quanto ao seu peso molecular pela técnica de cromatografia de permeação em gel (GPC) e variaram entre 337,41 e 606,85 para a Pectina-A e entre 487,92 e 1702,00 para a Pectina-F. A análise da qualidade das pectinas foi realizada pela determinação do teor de ácido galacturônico (AGA) por espectrofotometria. Os maiores valores de AGA foram de 93,64% para a Pectina-A e de 93,29% para a Pectina-F. Pela análise dos dados foi constatado que não houve influência das variáveis operacionais de secagem nas pectinas obtidas. Contudo, verificou-se que independente da configuração escolhida durante o processo de secagem, todas as pectinas apresentaram alta qualidade e podem ser utilizadas como pectinas comerciais. Portanto, concluiu-se que o processo de obtenção da pectina utilizado neste estudo é viável
Abstract: The orange production in Brazil is mainly directed to juice processing which generates ca. 40-60% (weight) of solid and liquid wastes, which are subsequently used in the production of by-products. The orange peel is composed of flavedo (colored portion) and albedo (the white and spongy portion) which when dried are used for the extraction process of pectin with great interest in pharmaceutical and food industries. The aim of this work were to study the influence of the operating variables of convective drying, temperature (40, 55 and 70 °C) and air velocity (0,1, 0,2 and 0,3 m.s-1), on the yield, quality and characteristics of pectin extracted from "Pera? sweet orange peel (Citrus sinensis L. Osbeck). The experiments were carried out in a fixed bed dryer and the drying kinetics data were evaluated through the application of mathematical modeling, by using the following models: Page, Henderson and Pabis and Midilli. The latter one was the best model that fitted the experimental data, for drying both albedo and flavedo. The operating conditions used for extraction of pectin, from albedo e flavedo, were: temperature (80 °C), stirring rate (650 rpm) and pH (2,5). The extracting agent used for the extraction process was a mixture of water and citric acid. The highest yield values obtained were 38,21% of dried pectin for dried albedo (g/g) (Pectin-A) and 29,35% of dried pectin by dried flavedo (g/g) (Pectin-F), which were dehydrated in the following conditions: 70 °C and 0,10 m.s-1 for the albedo and 40 °C and 0,1 m.s-1 for the flavedo. It was found by analysis of Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) that both Pectin-A and Pectin-F showed a degree of esterification above 50%, being characterized as high methoxyl pectin (ATM). In addition, the pectin were analyzed for its molecular weight by the technique of gel permeation chromatography (GPC), and varied between 337,41 and 606,85 for Pectin-A and between 487,92 and 1702,00 for Pectin-F. The quality of pectin was obtained by determination of galacturonic acid (AGA) by spectroscopic analyzes. The highest values from AGA were 93,64% for Pectin-A and 93,29% for Pectin-F. From the data obtained, it was found that there was no influence of the operating variables of drying on the pectin. However, it was found that regardless of the chosen configuration during the drying process, all pectin had a high quality and can be used as commercial. Therefore, is possible to conclude that the process of obtaining pectin, used in this study, is viable
Mestrado
Engenharia de Processos
Mestra em Engenharia Química

Orientador: Marcelo da Costa Ferreira
Coorientador: Daniel Junior de Andrade
Banca: Renato Beozzo Bassanezi
Banca: Raphael de Campos Castilho
Resumo: Com o aumento da incidência de insetos e ácaros vetores de doenças viróticas e bacterianas na citricultura brasileira, a combinação de produtos fitossanitários tem sido uma prática comum entre os citricultores, a fim de manter a capacidade operacional e a viabilidade econômica da cultura. Entretanto, é desconhecido o efeito da interação destes produtos sobre as espécies alvo. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a interação entre inseticida e acaricida quanto às características físicas, compatibilidade das misturas e o efeito biológico sobre o ácaro Brevipalpus yothersi e o inseto Diaphorina citri. Experimentos foram conduzidos no Laboratório de Acarologia e no Núcleo de Estudo e Desenvolvimento em Tecnologia de Aplicação da UNESP, Câmpus de Jaboticabal. Os tratamentos foram constituídos da combinação do acaricida espirodiclofeno com os inseticidas lambda-cialotrina+tiamethoxam, fosmete e imidacloprido, um a um, além de cada produto isolado. Foram determinadas características de tensão superficial, ângulo de contato, e diâmetro de gotas das caldas. A eficiência de controle dos produtos isolados e em mistura foram determinados para B. yothersi e D. citri. Também foram realizadas avaliações de compatibilidade física das combinações, bem como do pH e condutividade elétrica das caldas. A combinação dos inseticidas lambda-cialotrina + thiametoxam, fosmete e imidacloprido com o acaricida espirodiclofeno interfere na cobertura do alvo, uma vez que reduz a tensão sup... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: With the increase of the incidence of insects and mites vectors of viral and bacterial diseases in brazilian citriculture, the combination of pesticides has been a common practice among citrus growers in order to maintain the operating capacity and economic viability of the crop. However, the effect of the interaction of these products on target species is unknown. In this context, the objective of this work was to evaluate the interaction between the insecticide and the acaricide regarding the physical characteristics, the compatibility of the mixtures and the biological effect on the Brevipalpus yothersi mite and the Diaphorina citri insect. The experiments were conducted at the Laboratory of Acarology and at the Nucleus of Study and Development in Application Technology of UNESP, Jaboticabal Campus, SP, Brazil. The treatments consisted of the combination of the spirodiclofen acaricide with the lambda-cyhalothrin + thiamethoxam, phosmet and imidacloprid insecticides, one by one, in addition to each isolated product. Characteristics of surface tension, contact angle, and diameter of droplets were determined. The control efficiency of the isolated and mixture products were determined for B. yothersi and D. citri. It were also carried out physical compatibility evaluations of the combinations, as well as the pH and electrical conductivity of the spraying liquids. The combination of the lambda-cyhalothrin + thiametoxam, phosmet and imidacloprid insecticides with the spirodiclofen acaricide interfer on the coverage of the target, since it reduces the surface tension of the spraying liquid and, consequently, the contact angle of the droplets formed with the surface of the orange leaf, increases the VMD, decreases the % of droplets <100 μm and... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

Submitted by JAQUELINE FRANCIOSI DELLA VECHIA null (jaque_dellavechia@hotmail.com) on 2017-09-15T18:50:38Z No. of bitstreams: 1 dellavechia_jf_me_jabo.pdf: 2153516 bytes, checksum: d1e26e0ce1d7a5b2127705dc341206d5 (MD5)
Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-09-19T17:35:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dellavechia_jf_me_jabo.pdf: 2153516 bytes, checksum: d1e26e0ce1d7a5b2127705dc341206d5 (MD5)
Made available in DSpace on 2017-09-19T17:35:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dellavechia_jf_me_jabo.pdf: 2153516 bytes, checksum: d1e26e0ce1d7a5b2127705dc341206d5 (MD5) Previous issue date: 2017-07-25
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Com o aumento da incidência de insetos e ácaros vetores de doenças viróticas e bacterianas na citricultura brasileira, a combinação de produtos fitossanitários tem sido uma prática comum entre os citricultores, a fim de manter a capacidade operacional e a viabilidade econômica da cultura. Entretanto, é desconhecido o efeito da interação destes produtos sobre as espécies alvo. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a interação entre inseticida e acaricida quanto às características físicas, compatibilidade das misturas e o efeito biológico sobre o ácaro Brevipalpus yothersi e o inseto Diaphorina citri. Experimentos foram conduzidos no Laboratório de Acarologia e no Núcleo de Estudo e Desenvolvimento em Tecnologia de Aplicação da UNESP, Câmpus de Jaboticabal. Os tratamentos foram constituídos da combinação do acaricida espirodiclofeno com os inseticidas lambda-cialotrina+tiamethoxam, fosmete e imidacloprido, um a um, além de cada produto isolado. Foram determinadas características de tensão superficial, ângulo de contato, e diâmetro de gotas das caldas. A eficiência de controle dos produtos isolados e em mistura foram determinados para B. yothersi e D. citri. Também foram realizadas avaliações de compatibilidade física das combinações, bem como do pH e condutividade elétrica das caldas. A combinação dos inseticidas lambda-cialotrina + thiametoxam, fosmete e imidacloprido com o acaricida espirodiclofeno interfere na cobertura do alvo, uma vez que reduz a tensão superficial das caldas, consequentemente o ângulo de contato das gotas formadas com a superfície da folha de laranja, aumentam o DMV, diminuem a % de gotas < 100 μm e o SPAN. A eficiência dos inseticidas lambda-cialotrina + thiametoxam, fosmete e imidacloprido utilizados no controle de D. citri não é afetada pela adição de espirodiclofeno. No entanto, a combinação de espirodiclofeno com fosmete e imidacloprido comprometem a eficiência do acaricida no controle de B. yothersi.
With the increase of the incidence of insects and mites vectors of viral and bacterial diseases in brazilian citriculture, the combination of pesticides has been a common practice among citrus growers in order to maintain the operating capacity and economic viability of the crop. However, the effect of the interaction of these products on target species is unknown. In this context, the objective of this work was to evaluate the interaction between the insecticide and the acaricide regarding the physical characteristics, the compatibility of the mixtures and the biological effect on the Brevipalpus yothersi mite and the Diaphorina citri insect. The experiments were conducted at the Laboratory of Acarology and at the Nucleus of Study and Development in Application Technology of UNESP, Jaboticabal Campus, SP, Brazil. The treatments consisted of the combination of the spirodiclofen acaricide with the lambda-cyhalothrin + thiamethoxam, phosmet and imidacloprid insecticides, one by one, in addition to each isolated product. Characteristics of surface tension, contact angle, and diameter of droplets were determined. The control efficiency of the isolated and mixture products were determined for B. yothersi and D. citri. It were also carried out physical compatibility evaluations of the combinations, as well as the pH and electrical conductivity of the spraying liquids. The combination of the lambda-cyhalothrin + thiametoxam, phosmet and imidacloprid insecticides with the spirodiclofen acaricide interfer on the coverage of the target, since it reduces the surface tension of the spraying liquid and, consequently, the contact angle of the droplets formed with the surface of the orange leaf, increases the VMD, decreases the % of droplets <100 μm and the SPAN. The efficiency of the lambdacyhalothrin + thiametoxam, phosmet and imidacloprid insecticides used in the control of D. citri was not affected by the addition of spirodiclofen. However, the combination of spirodiclofen with phosmet and imidacloprid compromises the efficiency of the acaricide in the control of B. yothersi.
CNPq: 134528/2015-8

Orientador: Celso Eduardo Benedetti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-19T05:56:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_AndreLuizAraujo_D.pdf: 43759919 bytes, checksum: 379266575f1db46c7d620232efb9ba13 (MD5) Previous issue date: 2011
Resumo: O cancro cítrico resulta da interação compatível entre a bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri e Citrus spp. A doença não tem cura, é de fácil disseminação e difícil controle. O cenário é preocupante, pois a doença diminui drasticamente o rendimento e a qualidade dos frutos de plantas infectadas, ocasionando um forte impacto econômico na citricultura mundial. Os principais sintomas do cancro cítrico, resultantes dos processos de hipertrofia (aumento do volume celular) e hiperplasia (aumento da divisão celular), são dependentes da proteína efetora PthA de X. citri. PthA integra a família de fatores de transcrição conhecida como efetores ativadores de transcrição (transcription activator-like ou TAL). O principal homólogo de PthA é o efetor AvrBs3 de X. campestris pv. vesicatoria que atua regulando a transcrição de genes do hospedeiro em benefício do patógeno. A similaridade entre estas proteínas gira em torno de 97%, sugerindo, portanto, função semelhante para PthA. Através de uma série de microarranjos, investigou-se o perfil de expressão gênica de laranja doce (Citrus sinensis) dependente de PthA (X. citri) e de PthCs de X. aurantifolii, uma bactéria que causa cancro cítrico apenas no limão galego e que, em laranja doce, induz uma reação de hipersensibilidade. Desta forma, verificou-se a regulação positiva ou negativa de uma série de genes. Os PthCs regularam negativamente genes associados à sinalização por auxina e induziram a expressão de genes de defesa e silenciamento gênico. Em contrapartida, PthAs induziram uma série de genes intimamente relacionados aos sintomas de cancrose, incluindo: genes associados aos processos de aumento e divisão celular, síntese e remodelamento de parede celular, bem como genes envolvidos na sinalização por auxina e giberelina. Neste sentido, efetuou-se o isolamento de regiões promotoras de cinco genes, os quais são potencialmente regulados por PthA. A análise destas regiões revelou a presença de um possível TATA-box notavelmente semelhante àquele encontrado no gene upa20, denominado UPA-box (up-regulated por AvrBs3), sugerindo que estes genes poderiam ser transativados por PthA em citros. De fato, ensaios de retardamento de mobilidade eletroforética (electrophoretic mobility shift assay ou EMSA), demonstraram a ligação específica de PthA2 e 4 ao TATA-box encontrado na região promotora do gene que codifica uma proteínas relacionada à patogênese (pathogenesis-related proteins ou PR). Este resultado corrobora com a hipótese de que os efetores TAL atuam como proteínas ligadoras de elementos TATA. Finalmente, experimentos de co-imunoprecipitação de cromatina (ChIP) e cotransformação demonstraram, ainda que em resultados preliminares, que particularmente PthA4 é capaz de transativar pr5 in planta. Embora o cancro cítrico ainda não seja completamente entendido a nível molecular, os dados aqui apresentados sugerem fortemente a ação de PthAs como fatores de transcrição, bem como aponta candidatos à regulação positiva intimamente associados aos processos de hipertrofia e hiperplasia. Além disso, as regiões promotoras aqui isoladas podem ajudar no desenvolvimento de novas estratégias para a geração de plantas resistentes à cancrose
Abstract: Citrus canker is a result of a compatible interaction between Xanthomonas axonopodis pv. citri and Citrus spp. There is no cure for citrus canker, and the disease is easily spread and difficult to be managed. The scenario is threatening since the disease dramatically diminishes the quality of fruits in infected plants leading to great economic losses for the world citrus producers. The main citrus canker symptoms known as hypertrophy (cell enlargement) and hyperplasia (cell division) are PthA-dependent. PthA is an effector protein from X. citri which belongs to the TAL effectors (transcription activatorlike) family. The closest homologue of PthA is AvrBs3 from Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, a TAL effector that acts as a transcriptional factor to modulate host transcription to the pathogen's benefit. Similarity shared by these two proteins is around 97%, suggesting that PthA plays a similar role in the citrus host. Through a number of microarray experiments, we investigate the gene transcription in sweet orange (Citrus sinensis) in response to the transient expression of PthA from X. citri or PthC from X. aurantifolii, pathotype C, a bacteria that causes citrus canker in Mexican lime but in orange trigger a hypersensitive response in sweet orange. We observed that PthCs down-regulated various auxin signaling genes and induced the expression of genes involved in defense and gene silencing. On the other hand, PthAs induces several genes implicated in canker development such as cell division and elongation, cell-wall synthesis and remodeling, synthesis, mobilization and signaling of auxin and gibberellin. Promoter regions of PthA-induced genes were isolated and shown to have predicted PthA and PthC binding sites at or near their putative TATA boxes. Moreover, competition gel shift assays confirmed that PthA4 shows preferential binding to the TATA box of the pathogenesis-related (pr5) gene promoter, supporting the idea that TAL effectors may act as general TATA-binding proteins. Finally, both chromatin immunoprecipitation (ChIP) and co-transformation assays demonstrated however as preliminary results, that PthA4 is able to transactivate pr5 in planta. Albeit the molecular mechanism by which citrus canker develop remains elusive at the molecular level, we provided data supporting the notion that PthA acts as a transcriptional factor, as well as identified PthA-induced genes associated with hypertrophy and hyperplasia. Furthermore, the promoter regions isolated here might be useful to obtain citrus plants resistant to the canker bacteria
Doutorado
Bioquimica
Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-27Bitstream added on 2014-06-13T20:17:45Z : No. of bitstreams: 1 rocha_frg_me_arafo.pdf: 2074950 bytes, checksum: 44b81ca3437b0380ff6a9431b98cf128 (MD5)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
A regeneração periodontal ainda representa um importante desafio, devido a limitações na efetividade e imprevisibilidade das abordagens clínicas. O condicionamento radicular e a utilização de mediadores biológicos, como os fatores de crescimento, são duas das técnicas que tem sido estudadas para esta finalidade; também tem sido proposta a combinação de ambas. Foi avaliado in vitro o efeito do condicionamento ácido da dentina na liberação de bFGF e BMP-7 aplicados topicamente de forma isolada ou associados, além da influência de tais tratamentos na expressão de genesalvo relacionados ao metabolismo de tecido conjuntivo mineralizado e não mineralizado em três tipos celulares relevantes para o processo regenerativo no microambiente periodontal. Espécimes de dentina bovina foram subdivididos em dois grupos: não condicionados e condicionados com ácido cítrico 25% durante 3 minutos. bFGF recombinante humano (10 e 50 ng), BMP-7 (100 e 300 ng) e associação bFGF/BMP-7 (50 ng e 100 ng, respectivamente) foram suspendidos em 50 μL de meio de cultura e aplicados topicamente sobre a dentina. A liberação de fatores de crescimento aplicados topicamente sobre a dentina condicionada e não condicionada foi determinada por meio de ELISA. Linhagens celulares de camundongos – fibroblastos do ligamento periodontal, cementoblastos e células do estroma ósseo – foram plaqueadas sobre os espécimes de dentina com e sem condicionamento ácido prévio, tratados ou não com os fatores de crescimento. Após 24 horas, as células aderidas sobre as amostras de dentina foram coletadas, o RNA total extraído e a expressão gênica de colágeno 1-alfa1, fibronectina e Runx2 foi avaliada por RTqPCR. Os resultados encontrados neste estudo indicam que os fatores de crescimento são retidos pela dentina após aplicação tópica...
Periodontal regeneration still poses a challenge both in terms of predictability and magnitude of effect. Chemical root conditioning and the use of biological mediators are two strategies studied to improve the results of regenerative therapies. The objective of this study was to determine the effect of acid conditioning of dentin on the release of topically applied bFGF and BMP-7, isolated or associated. We also evaluated the impact of such treatment in the expression of target genes related to the metabolism of mineralized connective tissue and non-mineralized in three cell types relevant for the regenerative process in the periodontal microenvironment. Dentin specimens, which were obtained from bovine teeth, were divided into two groups: non-conditioned and conditioned with 25% citric acid for 3 minutes. Human growth factors produced by recombinant DNA technology were diluted in 50 mL of culture medium and topically applied on the dentin in the following amounts: recombinant human bFGF (10 and 50 ng), BMP-7 (100 and 300 ng) and associated bFGF/BMP-7 (50 ng and 100 ng, respectively). The released of growth factor topically applied on the conditioned and non-conditioning dentin samples was determined by ELISA. Murine cell lines - periodontal ligament fibroblasts, cementoblasts and bone marrow stromal cells - were grown on dentin specimens with and without prior acid conditioning and application of growth factors. After 24 hours, the cells adhered on the samples of dentin were collected, total RNA extracted and gene expression of collagen 1-alpha 1, fibronectin and Runx2 was determined by RT-qPCR. The results of this study indicate that: growth factors are retained by dentin after topical application and that the peak release occurs in two hours; the conditioning of dentin with citric acid favored the retention of topically applied growth... (Complete abstract click electronic access below)