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Dissertations / Theses on the topic 'Classification génomique'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024
Last updated: 31 July 2025

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1

Idbaih, Ahmed. "Etude contributive pour une classification génomique des tumeurs gliales de l'adulte." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA11T006.

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Hennart, Mélanie. "Taxonomie génomique des souches bactériennes et émergence de l'antibiorésistance." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2022SORUS547.pdf.

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Abstract:
Les maladies infectieuses font partie des préoccupations mondiales en santé publique, en particulier en raison de la résistance aux antimicrobiens chez certaines bactéries pathogènes. L'espèce Klebsiella pneumoniae est identifiée comme l'une des bactéries multirésistantes les plus préoccupantes. Corynebacterium diphtheriae, responsable de la diphtérie, reste largement sensible aux antibiotiques de première intention dont la pénicilline et peut être contrôlée par les vaccins, mais ré-émerge lorsque la couverture vaccinale est insuffisante. Parmi les moyens de contrôle des maladies infectieuses,
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3

Marisa, Laetitia. "Classification et caractérisation des cancers colorectaux par approches omiques." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066235/document.

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Abstract:
Le cancer du côlon (CC) est l'un des cancers les plus fréquents et les plus mortels en France et dans le monde. Près de la moitié des patients décèdent dans les 5 ans suivant le diagnostic. La classification clinique en stade histologique et la classification moléculaire selon les formes d'instabilité du génome (l'instabilité des microsatellites (MSI), l'instabilité chromosomique (CIN) et l'hyperméthylation des promoteurs (CIMP)) ne suffisent pas à définir des entités homogènes du point de vue moléculaire et à prédire de manière efficace la récidive. Pour améliorer la prise en charge des patie
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4

Schmitt, Louise-Amelie. "Développement de modèles spécifiques aux séquences génomique virales." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0649/document.

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Abstract:
Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême variabilité et la relation étroite qu'ils entretiennent avec leurs hôtes. Nous proposons de nouvelles pistes de recherche pour apporter une solution spécifique aux séquences virales afin de répondre au besoin d'identification pour lequel les solutions génériques existantes n'apportent pas de réponse satisfaisante<br>DNA sequencing of complex samples containing various living spe
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Darde, Thomas. "Identification et classification de composés reprotoxiques par des approches de toxicogénomique prédictive." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B022/document.

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Abstract:
L’un des plus importants défis de la toxicologie est de pouvoir extrapoler les résultats issus des différentes phases de l’analyse du risque sanitaire à partir de systèmes expérimentaux vers les populations humaines. Dans ce contexte, les techniques globales dites "omiques" sont de plus en plus utilisées pour caractériser les différents états des systèmes biologiques. Ainsi, la toxicogénomique permet non seulement d’étudier les mécanismes d’action des composés, d’identifier des marqueurs d’exposition, mais aussi de générer des signatures moléculaires à potentiel prédictif. En effet, des compos
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6

Jourdan, Laetitia. "Métaheuristiques pour l'extraction de connaissances : application à la génomique." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00007983.

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Abstract:
Le travail présenté dans cette thèse traite de l'extraction de connaissances à l'aide de métaheuristiques et de ses applications à des problématiques en génomique. Dans un premier temps, nous donnons un état de l'art des métaheuristiques utilisées pour l'extraction de connaissances et plus particulièrement de l'utilisation des algorithmes génétiques en orientant notre présentation sur trois aspects fondamentaux des métaheuristiques : la représentation d'une solution, la fonction d'évaluation et le choix des opérateurs. Nous présentons ensuite deux problématiques issues d'une collaboration avec
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7

Hussain, Syed Fawad. "Une nouvelle mesure de co-similarité : applications aux données textuelles et génomique." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENM049.

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Abstract:
La classification de données (apprentissage non-supervisé) vise à regrouper un ensemble d'observations sous la forme de classes homogènes et contrastées. Lorsque les données sont caractérisées par un grands nombre de propriétés, il devient nécessaire d'adapter les méthodes classique, notamment au niveau des métriques, afin de maintenir des classes pertinentes; ce phénomène est connu sous le nom de "malédiction de la dimension". Dans cette thèse nous proposons une mesure de co-similarité basée sur la notion de co-occurrences d'ordre supérieur, directement extraites à partir des données. Dans le
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Hussain, Syed Fawad. "Une Nouvelle Mesure de Co-Similarité : Applications aux Données Textuelles et Génomique." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00525366.

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Abstract:
La classification de données (ou apprentissage non-supervisé) vise à regrouper un ensemble d'observations sous la forme de classes homogènes et contrastées. Lorsque les données sont caractérisées par un grand nombre de variables, il devient nécessaire d'adapter les méthodes classiques, notamment au niveau des métriques, afin de maintenir des classes pertinentes ; ce phénomène est connu sous le nom de "malédiction de la dimension". Dans cette thèse, nous proposons une mesure de co-similarité basée sur la notion de co-occurrences d'ordre supérieur, directement extraites à partir des données. Dan
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Abou, Abdallah Rita. "La génomique : un outil robuste et émergent utilisé dans la taxonomie bactérienne et l'analyse comparative." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0256/document.

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Abstract:
Le nombre de nouvelles espèces bactériennes identifiées augmente constamment. L'un des facteurs les plus importants de cette situation est l'approche culturomique. Par conséquent, la nécessité de classifier et de décrire taxonomiquement ces microorganismes pour comprendre leur évolution, leurs caractéristiques et leurs relations avec d'autres organismes vivants a émergé. À ce jour, plus de 170000 génomes bactériens sont disponibles. Face à cette situation, la taxonomie bactérienne ne peut être éloignée des informations fournies par le génome entier. La stratégie taxonogénomique a été élaborée
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Pages, Mélanie. "Integrative genomic, epigenetic, radiologic and histological characterization of pediatric glioneuronal tumors." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCB217.

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Abstract:
Pas de résumé<br>The large-scale genomic studies performed recently has enabled the objective identification of numerous novel genomic alterations and highlighted that pediatric brain tumors often harbor quiet cancer genomes, with a single driver genomic alteration. This characteristic is of special interest in the current context of precision medicine development. Low-grade glioneuronal tumor group is highly heterogeneous and remains particularly challenging since it includes a broad spectrum of tumors, often poorly discriminated by their histopathological features and not completely molecula
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Marchandin, Hélène. "Organisation génomique, phylogénie et taxonomie polyphasique des bactéries du genre Veillonella et des genres apparentés du sous-groupe Sporomusa." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON1T017.

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Abstract:
Une etude portant sur 120 souches de cocci a gram negatif anaerobies stricts a ete menee, permettant l'isolement de 116 veillonella sp. Dont une atypique de 5 souches inconnues. Ces isolats atypiques ou inconnus ont ete caracterises au plan phenotypique, genotypique et phylogenetique permettant la description de 2 nouveaux genres et 3 nouvelles especes bacteriennes. Toutes ces bacteries a gram negatif sont phylogenetiquement classees dans le sous-groupe sporomusa au sein du phylum bacillus/clostridium des bacteries a gram positif, une etude de microscopie electronique a permis de preciser le t
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El, Houmami Nawal. "Génomique de Kingella kingae et Kingella negevensis : applications en microbiologie clinique et en biotechnologie pour l'édition du génome." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0595.

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Abstract:
Kingella kingae est un pathogène important en pédiatrie responsable d'infections ostéo-articulaires, de bactériémies, et d'endocardite, principalement chez les enfants entre 6 et 36 mois, et survenant soit de façon sporadique ou épidémique dans les crèches. L'endocardite à K. kingae est une infection sévère qui, lorsqu'elle survient chez un enfant en crèche, devrait impérativement conduire à une investigation épidémiologique pour identifier d'éventuels cas suspects, prendre en charge rapidement les cas épidémiques, et prévenir la survenue de nouveaux cas.L'analyse génomique du genre Kingella a
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Roger, Frédéric. "Mode d’évolution et taxonomie au sein du genre Aeromonas : que nous apprend l'étude de la diversité génétique et génomique ?" Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON13504/document.

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Abstract:
L'étude des bactéries pathogènes opportunistes d'origine environnementale ayant des modes de vie variés, libre et autonome ou contraint à une niche spécifique représentée par l'hôte, présente un intérêt dans la compréhension de l'adaptation des bactéries à leurs hôtes et de l'apparition de nouveaux pathogènes. Le genre Aeromonas regroupe des bactéries communes des milieux aquatiques, principalement des eaux douces. Elles sont capables d'entretenir différents types de relations avec leurs hôtes (parasitisme/symbiose) et peuvent être hébergées par un large spectre d'organismes. Chez l'homme, ell
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Yengo, Loïc. "Contribution à la classification de variables dans les modèles de régression en grande dimension." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10028/document.

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Abstract:
Cette thèse propose une contribution originale au domaine de la classification de variables en régression linéaire. Cette contribution se base sur une modélisation hiérarchique des coefficients de régression. Cette modélisation permet de considérer ces derniers comme des variables aléatoires distribuées selon un mélange de lois Gaussiennes ayant des centres différents mais des variances égales. Nous montrons dans cette thèse que l'algorithme EM, communément utilisé pour estimer les paramètres d'un modèle hiérarchique ne peut s'appliquer. En effet, l'étape E de l'algorithme n'est pas explicite
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Abuelqumsan, Mustafa. "Assessment of supervised classification methods for the analysis of RNA-seq data." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0582/document.

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Abstract:
Les technologies « Next Generation Sequencing» (NGS), qui permettent de caractériser les séquences génomiques à un rythme sans précédent, sont utilisées pour caractériser la diversité génétique humaine et le transcriptome (partie du génome transcrite en acides ribonucléiques). Les variations du niveau d’expression des gènes selon les organes et circonstances, sous-tendent la différentiation cellulaire et la réponse aux changements d’environnement. Comme les maladies affectent souvent l’expression génique, les profils transcriptomiques peuvent servir des fins médicales (diagnostic, pronostic).
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Caputo, Aurélia. "Analyse du génome et du pan-génome pour classifier les bactéries émergentes." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0606/document.

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Abstract:
La bio-informatique est essentielle aujourd'hui dans de nombreux domaines comme par exemple la gestion et l'analyse des données, la génomique avec l'assemblage et l'annotation de génomes, la phylogénie, la métagénomique, la recherche de nouvelles espèces bactériennes et la classification taxonomique. Mon premier travail a porté sur l'assemblage et l'analyse d'un génome bactérien à partir de données de métagénomique. Le génome de Akkermansia muciniphila a pu être assemblé par mapping directement à partir de données issues d'échantillons de selle humaine. En 2012, la culturomics a permis de décr
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Diop, Awa. "Analyse des séquences des génomes bactériens en tant que source d'information taxonomique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0276/document.

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Abstract:
L’Identification rapide et la classification microbienne précise sont cruciales en microbiologie médicale pour la surveillance de la santé humaine et animale, établir un diagnostic clinique approprié et choisir des mesures thérapeutiques et de contrôle optimales. Cependant, les seuils universels utilisés pour la définition des espèces ne sont pas applicables à de nombreux genres bactériens. C'est notamment le cas des espèces du genre Rickettsia, qui expriment peu de caractéristiques phénotypiques distinctives. Compte tenu de la disponibilité des séquences de près de 100 génomes de Rickettsia,
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Rouli, Laetitia. "Etude systématique des génomes bactériens." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5038.

Full text
Abstract:
Débutée en 2005, l'ère du pangénome a connu un important essor ces dernières années, notamment grâce aux progrès des techniques de séquençage haut débit. Le pangénome, qui est divisé en deux grandes parties, le core génome et le génome accessoire, offre un grand éventail d'utilisation. Au cours de ces trois dernières années, nous avons étudié cette gamme de possibilités en nous basant sur des pathogènes humains tel que Coxiella burnetii, Kingella kingae et Bacillus anthracis. Ainsi, outre la découverte d'une nouvelle espèce de Kingella et l'étude de quelques génomes spécifiques, nous nous somm
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Bailly-Bechet, Marc. "Biais de codons et régulation de la traduction chez les bactéries et leurs phages." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00200730.

Full text
Abstract:
Cette thèse regroupe des travaux concernant le biais d'usage de codons et son rôle chez les bactéries et leurs phages, en particulier sur les processus de traduction et l'organisation des génomes bactériens. Après une introduction portant sur i) la traduction chez les procaryotes, et ii) les techniques de classification et leurs liens avec la théorie de l'information, un nouvel algorithme de partition d'un ensemble de gènes en fonction de leur usage de codons est présenté. Son application aux génomes d'E. coli et de B. subtilis permet de mettre en évidence plusieurs phénomènes. Le génome de ce
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Lagier, Jean-Christophe. "Diversité du microbiote digestif humain par culturomics et pyroséquençage." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5023.

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Abstract:
Les relations entre le microbiote intestinal et la santé humaine ont été suggérées par les études métagénomiques. Microbial culturomics utilise de nombreuses conditions de culture avec une méthode d'identification rapide par MALDI-TOF, ou par séquençage de l'ARN 16S pour les colonies non identifiées. L'étude pionnière a permis d'identifier 340 bactéries différentes, dont 31 nouvelles espèces bactériennes et 174 espèces bactériennes décrite pour la première de l'intestin humain. Le séquençage du génome de chaque nouvelle espèce a permis de décrire le plus grand génome d'une bactérie isolée chez
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Vignes, Matthieu. "Modèles markoviens graphiques pour la fusion de données individuelles et d'intéractions : application à la classification de gènes." Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10208.

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Abstract:
Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre de l'intégration statistique de données post-génomiques hétérogènes. La classification non supervisée de gènes vise à regrouper en ensembles significatifs les gènes d'un organisme, vu comme un système complexe, conformément aux données expérimentales afin de dégager des actions concertées de ces gènes dans les mécanismes biologiques mis en jeu. Nous basons notre approche sur des modèles probabilistes graphiques. Plus spécifiquement, nous utilisons l'outil de champs de Markov cachés qui permet la prise en compte simul
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Al, Bayssari Charbel. "Etude des mécanismes moléculaires de la résistance aux antibiotiques dans le bassin méditerranéen." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5028.

Full text
Abstract:
La détection, la surveillance et la diffusion de la résistance des bactéries aux antibiotiques est un enjeu majeur au niveau mondial depuis la découverte et la diffusion de bactéries multi résistantes, en particulier la résistance aux carbapénèmes, spécifiquement chez les Entérobactéries et les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter. L’émergence et la dissémination des pathogènes Gram- résistants aux carbapénèmes est un contributeur significatif de la morbidité et la mortalité du patient. Malgré les efforts radicaux dans le contrôle de l’infection et les améliorations dans le diagnost
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Bigot, Diane. "Biodiversité et évolution des virus présents dans les métagénomes animaux." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4019.

Full text
Abstract:
Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux viru
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Sassi, Mohamed. "La diversité des espèces du groupe Mycobacterium abscessus et leurs mycobactériophages." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5041/document.

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Abstract:
Premièrement, nous avons analysé 14 génomes publiés de M. abscessus montrant quece taxon comprend au moins cinq taxons différents spécifiés par des caractéristiques microbiologiques d’intérêt médical. Au cours d'un deuxième travail, nous avons développé une technique d’identification et de génotypage de M. abscessus qui a permis de distinguer sans ambiguïté M. massiliense de M. bolletii et M. abscessus.Nous avons ensuite analysé le bactériophage de M. bolletii que nous avons nommé Araucaria. La résolution de sa structure 3D a montré une capside et un connecteur similaires à ceux de plusieurs b
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Lalonde, Christian. "Amélioration des services de génomiques et de surveillance du virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin." Thesis, 2020. http://hdl.handle.net/1866/24260.

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Abstract:
Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP) est un pathogène important, entrainant des pertes économiques de 130 millions de dollars annuellement au Canada. La surveillance est effectuée par séquençage Sanger du gène ORF5 mais nous croyons que le séquençage du génome entier (SGE) du VSRRP permettrait une meilleure surveillance épidémiologique comparé au séquençage du gène ORF5. Pour développer une méthode efficace de SGE du VSRRP, 149 échantillons (sérums, poumons, tissus, autres) d’animaux malades ou récoltés pour fin de surveillance ont été analysés. L'ARN viral a
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Vignes, Matthieu. "Modèles markoviens graphiques pour la fusion de données individuelles et d'interactions : application à la classification de gènes." Phd thesis, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00178348.

Full text
Abstract:
Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre de l'intégration statistique de données post-génomiques hétérogènes. La classification non supervisée de gènes vise à regrouper en ensembles significatifs les gènes d'un organisme, vu comme un système complexe, conformément aux données expérimentales afin de dégager des actions concertées de ces gènes dans les mécanismes biologiques mis en jeu. <br /><br />Nous basons notre approche sur des modèles probabilistes graphiques. Plus spécifiquement, nous utilisons l'outil de champs de Markov cachés qui permet la prise en
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