Dissertations / Theses on the topic 'Classification phylogénétique'

Les objectifs de la thèse sont d’analyser la biodiversité en région méditerranéenne européenne aux niveaux taxonomique, phylogénétique et fonctionnel et comprendre pourquoi ces différentes estimations de la biodiversité sont convergentes ou pas dans un contexte spatialisé et comment divers facteurs de l'environnement peuvent expliquer cette convergence ou son absence. Dans ce contexte, la thèse s’est d’abord focalisée sur la réalisation de nouveaux arbres phylogénétiques de la flore arborée méditerranéenne intégrant les espèces endémiques de cette région, permettant d’augmenter significativement la résolution des phylogénies en cours. Puis, à partir de cette phylogénie, il a été ensuite estimé les indices de diversité phylogénétique à différentes échelles (pays, îles, zones biogéographiques) pour les comparer à d’autres indices de la biodiversité (fonctionnelle et taxonomique) et pour étudier corrélativement l’impact de variables environnementales sur ces différents indices de biodiversité<br>The objectives of the thesis are to analyze biodiversity in the European Mediterranean region at the taxonomic, phylogenetic and functional levels and understand why these different estimates of biodiversity are convergent or not in a spatialized context and how various environmental factors may explain this convergence or its absence.In this context, the thesis first focused on generating new phylogenetic trees of Mediterranean trees integrating the endemic species of this region, to increase significantly the resolution of current phylogenies. Then, using these phylogenies, indices of phylogenetic diversity were estimated at different scales (country, island, biogeographic zone) and compared with other indices of biodiversity (functional and taxonomic) and to correlatively study the impact of environmental variables on these different biodiversity indices

La paleontologie de la peninsule arabique a ete particulierement etudiee en ce qui concerne les faunes de mammiferes, notamment ses primates anthropoides qui sont parmi les plus anciens, mais les faunes de poissons n'ont ete que tres brievement traitees. Il apparait pourtant que les ichthyofaunes de l'oligocene inferieur du sultanat d'oman et du miocene inferieur d'arabie saoudite et du sultanat d'oman sont parmi les plus riches de la plaque afro-arabique a ces epoques. Parce qu'elles sont situees, respectivement, bien avant et lors de la premiere connexion tertiaire entre la plaque afro-arabique et la plaque eurasiatique, leur etude s'integre dans la logique de comprehension de l'evolution globale des ichthyofaunes de la plaque afro-arabique et des migrations entre cette plaque et la plaque asiatique. Une etude anatomique et systematique detaillee des fossiles etant le prealable a toute analyse paleontologique, la determination de chacun des fossiles est discutee. Les taxons identifies dans les gisements oligo-miocenes de la plaque arabique sont : osteoglossiformes osteoglossidae (cf. Heterotis) ; cypriniformes cyprinidae ; characiformes characidae (hydrocynus, characidaenains) ; siluriformes clariidae cf. Clarias ou heterobranchus, clarias (clarias), bagridae (cf. Bagrus), mochokidae (cf. Synodontis) ; perciformes latidae (lates), sparidae (six types) ; tetraodontiformes tetraodontidae, diodontidae. Pour les taxons non contraints ecologiquement, l'analyse paleobiogeographique est impossible sans analyse phylogenetique. Seule l'integration des formes fossiles dans l'analyse phylogenetique par la methode cladistique (basee sur le partage exclusif de caracteres apomorphes) permet une comprehension globale des relations de parente d'un groupe. La revision anatomique et phylogenetique complete de la famille des centropomidae, integrant a la fois les formes actuelles et fossiles, a demontre que ce groupe etait polyphyletique : la famille des centropomidae (nouvelle defi nition, centropomus) et la famille des latidae (eolates, lates, psammoperca) ne sont pas directement apparentees. Eolates est le genre-frere de lates + psammoperca. L'etude de la paleoecologie des paleoichthyofaunes n'est pas purement actualiste mais est basee sur une approche double qui prend en compte l'ecologie actuelle des taxons et l'ecologie des fossiles qui leur sont attribues (notions d'archeo- et de telolimnie). Combinees a l'observation de l'etat de conservation du materiel et aux autres donnees paleontologiques et sedimentologiques, les connaissances paleoecologiques permettent alors une approche paleoenvironnementale des gisements. Ainsi, a thaytiniti et a taqah (sultanat d'oman), les elements de differents habitats (dulcaquicole, marin et mixte) corroborent les hypotheses de remaniements, dans le premier gisement, et de succession rapide de differents milieux, pour le second. En outre, ils permettent de reconnaitre la presence de marais d'eau douce, au moins temporaires. A as-sarrar (arabie saoudite), la faune corrobore l'hypothese d'un milieu de depot estuarien. De plus, elle permet d'etablir la presence tres probable du regime de crues de la riviere alimentant l'estuaire. Le continuum miocene reconnu de l'ichthyofaune d'eau douce africaine est etendu a l'ensemble de la plaque afro-arabique. La confrontation des connaissances acquises sur la paleoichthyofaune et des hypotheses paleogeographiques permet d'etablir le sens de migration des groupes de poissons d'eau douce entre l'asie et l'afrique, lors de la connexion terrestre burdigalienne entre ces deux continents, et de comprendre l'histoire des latidae lors de la fermeture de la tethys entre la mer mediterranee et l'ocean pacifique. Le cas le plus interessant est sans nul doute celui des clariidae dont l'origine africaine demontree questionne sur la position de la plaque iranienne et son association a la plaque eurasiatique ou a la plaque afro-arabique apres la dislocation du gondwana et avant la collision de ces plaques.

Le séquençage du gène rpoB apporte une résolution taxonomique trois fois plus élevée que celle donnée par le gène rrs codant l'ARNr 16S. L'application aux Pseudomonas rend plus facile l'identification des espèces. Une bonne corrélation a été obtenue entre les séquences rpoB et les hybridations ADN-ADN ainsi qu'avec la ribotypie, pour toutes les espèces de Pseudomonas et le complexe syringae (pathovars). La base de données obtenue est utilisée en identification. Le travail a été étendu aux Burkholderia, Comamonadaceae, Brevundimonas et bactéries apparentées en séquencant les gènes rpoB, gyrB et rrs. Un seul gène est utilisable en identification mais non en phylogénie<br>Phylogenetic relationships within the genus Pseudomonas were examined by sequencing the rpoB gene. The phylogenetic resolution of the rpoB tree was three times higher than that of the rrs tree. Ribogroups and DNA-DNA hybridization published earlier were correlated well with rpoB sequence clusters of Pseudomonas species and P. Syringae complex (pathovars). The rpoB sequence database generated by this study was used for identification. Phylogenies deduced from sequencing rpoB, gyrB and rrs were compared for the Burkholderia, Comamonadaceae, Brevundimonas and related species. One gene can be used for identification but not in phylogeny

Les analyses phylogénétiques de régions spécifiques du génome virale du virus de l'hépatite A (VHA) ont montré que différents génotypes pouvaient circuler à travers des régions géographiques diverses. Afin de déterminer la variabilité génétique et le mode d'évolution du VHA au cours des épidémies survenues en Europe et en Amérique du Sud, des analyses des séquences des régions VP1-amino-terminale, VP/2A, et de la région codant pour la protéine VP1 complète des souches isolées en France, au Kosovo, en Uruguay, au Chili et en Argentine ont été réaliseés. . . . L'analyse de la région codant pour la protéine VP1 a permis i) de proposer une nouvelle classification pour le VHA ii) de révéler l'émergence d'un nouveau variant, qui présente une délétion de 15 acides aminés dans la région VP1 immunogénique, iii) de déterminer le mode d'évolution du VHA. . . . Deux méthodes, l'un de distance, l'autre de maximum de vraisemblance ont mis en évidence pour la première fois un événement de recombinaison entre deux génotypes du VHA<br>Hepatitis A, is a significant cause of morbidity and socio-economic losses in many parts of the world. Genetic analysis of selected genome region of hep atitis A virus (HAV) suggested that distinct genotypes of HAV could be found in different geographic regions. In order to gain insight in to the genetic variability and mode of evolution of HAV during different epidemic outbreaks in Europe and South America, analysis of sequences data from the VP1-terminus, the VP1/2A and the complete VP1 region of HAV strain isolated in France, Kosovo, Uruguay, Chile and Argentina were performed. . . To explore further the genetic relationships between HAV viruses and to characterise the evolutionary mechanisms responsible for variation, sequences from the three major capsid proteins were subjected of detailed comparison. Phylogenetic profile and a maximum likelihood method provided evidence for the first time from a recombination event between two genotypes (VII and IB) of HAV in nature within the VPl coding region

Ce travail de thèse propose une étude des nouvelles méthodes de classification, dites phylogénétiques, empruntées à la biologie dans le but de proposer une nouvelle classification linguistique. Les langues étudiées appartiennent à la famille « bantu », présentes au sein de la famille linguistique Niger-Congo, parlée en Afrique. De nombreux travaux ont été établis sur les langues bantu, montrant ainsi la complexité de cette famille linguistique. Notre étude se spécialise sur la zone « Nord-Ouest », qui comprend les pays suivants : Cameroun, Guinée Équatoriale, Gabon, Congo et République Démocratique du Congo. Ce travail présente une nouvelle classification de ces langues à travers l’étude du lexique. Nous avons ainsi constitué une base de données de 100 mots appartenant au vocabulaire de base pour les 207 langues retenues. Plusieurs arbres ont été générés par l’application des algorithmes Neighbor-Joining (Saitou et Nei, 1987) et Neighbor-Net (Bryant et Moulton, 2004). L’étude de la classification des langues du Nord-Ouest a permis de mieux comprendre les relations de proximité linguistiques qui existent entre les langues parlées dans cette région. De même, l’analyse de la classification a permis de proposer un schéma de migrations des langues bantu<br>This dissertation is presenting a linguistic classification based on phylogenetic methods borrowed from biology. The sample of languages considered here belongs to the Bantu family, a linguistic sub branch of Niger-Congo languages spoken in Africa. Numerous publications have shown a complexity and the diversity of Bantu languages. Our study focus on the North-West region which includes the following countries: Cameroon, Equatorial Guinea, Gabon, Congo and Democratic Republic of Congo. This new classification is based on the comparison of lexical items. We have organized a database including 100 words from the basic vocabulary for 207 languages. Several tree representations were obtained by using Neighbor-Joining (Saitou and Nei, 1987) and Neighbor-Net (Bryant and Moulton, 2004) algorithms.This study allows us to get a better understanding of the linguistic proximity of these languages. It also provides a historical scenario for Bantu migrations

Cette recherche établit une dialectique entre didactique et histoire des sciences concernant les classifications biologiques, en ciblant le groupe des végétaux qui présente une multiplicité d'acceptions et une importante rectification historique. Cette étude s'inscrit dans le cadre de la formation des professeurs de sciences de la vie et de la Terre et se structure en trois enquêtes complémentaires. La première, de nature didactique, permet d'identifier à l'échelle nationale sept conceptions des végétaux dans une situation classificatoire ouverte et d'étudier les raisonnements classificatoires convoqués dans des situations de classification fonctionnelle puis phylogénétique, ainsi que leur articulation. La seconde enquête, de nature historique, donne accès à l'évolution des idées concernant le groupe des végétaux dans la systématique du XIXème siècle à nos jours. L'accent est mis sur les problèmes que les scientifiques ont cherché à résoudre en élaborant leurs systèmes classificatoires et les obstacles rencontrés. La troisième enquête consiste en l'élaboration, la mise en oeuvre et l'analyse d'une reconstruction didactique fondée sur des matériaux historiques, en l'occurrence des articles scientifiques primaires. Cette expérimentation permet d'approfondir l'analyse du raisonnement classificatoire lors d'un débat et de la construction de cartes conceptuelles. Elle vise également à caractériser les conditions de possibilité d'un enseignement basé sur l'histoire des sciences et des articles scientifiques. Une synthèse des principaux obstacles impliqués dans les classifications est dressée en comparant la façon dont ils s'actualisent dans les sphères didactique et historique<br>This research explores the dialectics between science education and history of science through the study of biological classifications, focusing on plants, a biological group with multiple meanings and a major historical rectification. This study deals with the training of preservice biology and geology teachers and is structured into three complementary investigations. The first one, with a didactical angle at a national scale, leads to identify seven different conceptions of "Plant" in an open classificatory situation. This survey also allows to study how students think about functional vs. Phylogenetic classification and how they articulate the two perspectives. The second study in history of biology reviews the evolution of ideas in plants systematics since the XIXth century. It focuses on the problems scientists tried to solve by developing their classification systems and the epistemological obstacles they met. The third investigation consists in the development, implementation and analysis of a didactical reconstruction on the basis of historical materials, primarily scientific literature. This experiment provides a deeper understanding of how students think about classifications during a debate and a construction of concept maps. It also aims at characterizing appropriate conditions to use historical and scientific literature for an efficient conceptual learning. The main obstacles in building classifications are synthesized by comparing how they are updated in the educational and historical spheres

Elaphoglossum Schott ex J. Sm. (Elaphoglossaceae) est l’un des genres de Monilophytes les plus diversifiés. Cette diversité spécifique est paradoxalement associée à une morphologie générale simple et uniforme. L’objectif de cette Thèse est de proposer une hypothèse phylogénétique qui permette de clarifier la taxinomie du genre. Des caractères morphologiques et moléculaires ont été analysés. Les résultats confirment la monophylie du genre et suggèrent la reconnaissance de 5 clades majeurs. Les résultats phylogénétiques sont également utilisés pour expliquer la distribution actuelle du genre et plus particulièrement l’origine des taxons de l’Océan Indien. Compte tenu de l’âge de la radiation estimé ici au Cénozoïque, l’hypothèse avancée soutient qu’il s’est produit de multiples dispersions à longue distance depuis le centre de diversité actuel Néotropical vers la région de l’Afrique et de l’Océan Indien. Enfin, les taxons de cette dernière région font l’objet d’une révision taxinomique<br>Elaphoglossum Shott ex J. Sm. (Elaphoglossaceae) is one of the most diversified Monilophyte genera. This great diversity is paradoxically associated to a simple and uniform general morphology. The aim of this thesis is to propose for the first time a supported phylogenetic hypothesis to clarify the taxonomy of the genus. To do that, morphological and molecular characters were analysed from a sample of 123 species. The results confirm the monophyly of the genus and suggest that it contains five well supported main clades. The phylogenetic tree resulting from this analysis was also used to examine biogeography of the genus, especially the origin of species in the Indian Ocean area. Because the genus radiated during the Cenozoic, long-distance dispersal probably best explains sister-group relationships between the diversity center of the Neotropics with the Paleotropical region of the Indian Ocean. Finally, the taxa from the latter region are revised

Les signaux d'avertissement que portent les proies toxiques (ou autrement défendues) offrent une opportunité unique de développer une vision intégrative de la diversification biologique. Ces signaux sont soumis à une forte sélection naturelle et sexuelle. D'une part, la stratégie d'échantillonnage utilisée par les prédateurs, caractérisée par l'apprentissage des signaux associés à la toxicité, protège les signaux en forte fréquence dans la communauté de proies. Cette sélection fréquence-dépendante positive favorise l'uniformité des phénotypes et la convergence de signaux entre espèces toxiques (mimétisme mutualiste dit "Müllerien") dans de nombreux taxons. D'autre part, les signaux d'avertissement sont utilisés comme critères de choix entre partenaires sexuels et sont donc soumis à de la sélection sexuelle avec des conséquences importantes pour l'émergence de l'isolement reproducteur et la spéciation. Paradoxalement, malgré une forte sélection naturelle favorisant la convergence, les signaux d'avertissement sont incroyablement diversifiés, à la fois au sein de la même espèce et entre espèces. Cette diversification morphologique est souvent associée à une importante diversification des espèces à l'échelle des clades. Dans cette thèse, j'apporte quelques explications à ce paradoxe et j'affine ainsi notre compréhension de l'effet de la sélection fréquence-dépendante positive et du mutualisme sur la diversification à l'échelle micro- et macro-évolutive. Premièrement, je montre que la stratégie d'échantillonnage des prédateurs peut favoriser la diversification des signaux d'avertissement malgré une sélection fréquence-dépendante positive. Deuxièmement, je dissèque les conditions permettant l'évolution d'un isolement reproducteur stable, nécessaire à la spéciation, dans certaines situations écologiques où les signaux mimétiques sont sous sélection naturelle et sexuelle. Troisièmement, je décris des effets indirect de la sélection fréquence-dépendante sur la diversification à l'échelle macro-évolutive par le biais de contraintes spatiales et de convergences écologiques secondaires<br>The display of warning signals by unpalatable (or otherwise defended) prey provides a wonderful opportunity for establishing an integrative view of biological diversification. Warning signals are known to be under strong natural and sexual selection. On the one hand, the sampling strategy of predators, characterized by a learned avoidance of signals associated with unpalatability, generates natural selection in favour of warning signals in high frequency in the prey community. Such positive frequency-dependent selection favours phenotypic uniformity and causes unpalatable species to converge on common warning signals (mutualistic "Müllerian" mimicry), as seen in a large panel of taxa. On the other hand, warning signals are used as a phenotypic cue for mate choice, generating sexual selection with important consequences for reproductive isolation and speciation. Paradoxically, despite powerful selection favouring phenotypic convergence, warning signals are fantastically diverse, both within and between species, and this morphological diversification is often associated with extensive species diversification at the clade level. In this thesis, I tackle this apparent paradox from the ground up and I thereby refine our understanding of the role of positive frequency-dependent selection and mutualistic interactions for evolutionary diversification at micro- and macroevolutionary scales. First, I show that the predator sampling strategy can favour the emergence of diversity of warning signals despite positive frequency-dependent selection. Second, I dissect the conditions allowing the evolution of strong and stable reproductive isolation, necessary for speciation to occur, in a number of ecological situations where warning signals are under natural and sexual selection. Third, I highlight important indirect effects of frequency-dependent selection on diversification at macro-evolutionary scale via spatial constraints and by-product ecological convergence

Les changements globaux, du fait de l’empreinte humaine, sont associés à de nombreux déclins de populations et de disparitions d'espèces, et ce, notamment au sein des systèmes insulaires. L'importante biodiversité abritée par de tels écosystèmes est particulièrement vulnérable aux pressions anthropiques en raison de diverses caractéristiques (p. ex. syndrome d’insularité, faible redondance fonctionnelle, isolement géographique des îles). En dépit de cette vulnérabilité accrue, peu d’études se sont jusqu'à lors intéressées à ces systèmes comme modèle d’étude pour évaluer les patrons de menaces sur les différentes facettes de la diversité (taxonomique, fonctionnelle, et phylogénétique). Pourtant, un tel travail permettrait d’améliorer notre compréhension des menaces qui pèsent au sein des îles. Dans ce sens, l’objectif de cette thèse est de décrire les patrons de diversité endémique insulaire dans le contexte actuel des changements globaux et dans un contexte futur de changements climatiques, en explorant les différentes facettes de la diversité. Une finalité de ce travail est de mettre en évidence des priorités éventuelles de conservation pour ces écosystèmes particulièrement vulnérables. Nous avons abordé l'ensemble de ce travail de thèse à une grande échelle à l’aide de deux bases données recensant les îles mondiales et les espèces qui y sont endémiques. Dans une première partie, nous avons caractérisé les menaces pesant sur les écosystèmes insulaires à l'échelle globale, et prospecté également leurs distributions au sein de différents groupes taxonomiques et régions insulaires. Dans une deuxième partie, nous avons analysé l'incidence des menaces sur la biodiversité endémique insulaire et en particulier sur la composante fonctionnelle. Dans une troisième partie, nous avons identifié les régions insulaires à forte représentativité de la biodiversité endémique menacée au travers de différentes facettes et prospecté leurs niveaux de protection via les aires protégées et les menaces les affectant. Dans une dernière partie, nous avons étudié la vulnérabilité future des îles et de la biodiversité endémique face au changement climatique à l’échéance 2050. À la lumière de nos résultats (identification de menaces majeures dont l'importance varie suivant les groupes taxonomiques, les régions insulaires et également les dimensions de biodiversité considérées), nous avons discuté de l’implication des changements globaux pour la biodiversité endémique insulaire dans un contexte de conservation. Cette thèse révèle l’importance d’intégrer de multiples menaces (et leurs associations) et dimensions de diversité pour les approches de changements globaux et de conservation<br>Global changes, because of human activities, are associated with numerous population declines and species extinctions, which are especially pronounced in island systems. The important biodiversity of such ecosystems is particularly vulnerable to anthropogenic pressures because of several characteristics (e.g. island syndrome, low functional redundancy, island geographical isolation). Despite this increased vulnerability, few studies have so far looked at these systems as a study model for assessing patterns of threats to the different facets of diversity (taxonomic, functional, and phylogenetic). However, such work would improve our understanding of islands threats. In this sense, the aim of this PhD thesis is to describe patterns of insular endemic diversity in the current context of global changes and in a future climate change context, by exploring different facets of diversity. The purpose of this work is to highlight potential conservation priorities for these particularly vulnerable ecosystems. We have addressed all of this thesis work on a large scale using two databases of worldwide islands and endemic species. In a first part, we characterized threats to island ecosystems at a global scale and also explored their distributions within different taxonomic groups and island regions. In a second part, we analyzed the impact of threats on the functional component of island endemic biodiversity. In a third part, we have identified priority areas for insular endemic biodiversity representativeness and conservation across different dimensions of biodiversity and explored their levels of protection through protected areas and threats affecting them. In a last part, we studied the future vulnerability of islands and endemic biodiversity to climate change by 2050 based on endemic mammals. In the light of our results (identification of major threats whose importance varies according to the taxonomic groups, the island regions and also the dimensions of biodiversity considered), we discussed the implications of global changes for island endemic biodiversity in a conservation context. This PhD thesis reveals the importance of integrating multiple threats and diversity dimensions for global changes and conservation approaches

La taxonomie du 21ème siècle se doit d’être « intégrative » en favorisant l’échange explicite et non ambigu des connaissances sur les phénotypes. Les caractères sont au coeur du travail des taxonomistes : découvrir, décrire, nommer, comparer, caractériser de nouveaux taxons, les classer selon leurs relations phylogénétiques, étudier l’histoire et la diversité de leurs caractères et de leurs distributions. Mon travail cherche à fournir un cadre formel et sémantique utile à l’intégration des caractères. L’information véhiculée par les caractères est explicitée grâce à l’outil logique défini par la « conception sémantique » des théories scientifiques, le modèle. Sur le plan opérationnel, cette approche rejoint le développement d’outils informatiques sémantiques, appelées ontologies, aujourd’hui au coeur du travail collaboratif. Mon travail met l’accent sur le lien entre caractères taxonomiques et bio-ontologies informatiques (telles Plant Ontology). Au-delà d’une simple annotation des caractères par les termes des bio-ontologies, je propose une représentation sémantique des caractères par l’élaboration d’un métamodèle se superposant aux ontologies et à leurs modèles pour favoriser leur intégration. Les requêtes et raisonnements complexes sur les caractères ainsi représentés facilitent le travail du taxonomiste. L’expérimentation sur des caractères réels est illustrée par l’étude de fougères fossiles. Des perspectives de superposition du métamodèle aux modèles implémentés dans les logiciels Xper2 (pour la partie descriptive) et LisBeth (pour la partie phylogénétique) sont présentées<br>Integrative taxonomy is an essential approach to facilitate the explicit study of characters. Characters are at the heart of the taxonomist���s tasks: discovering, describing, naming, comparing, characterizing new taxa, classifying them according to their phylogenetic relationships, studying their history, diversity and distributions. My work provides a formal and semantic framework for the integration of characters across studies. I use the logical tool, defined by the semantic conception of scientific theories, which makes explicit the objects, relationships and constraints of a domain; that is, a model. This approach bridges the philosophy of sciences with computer science that promotes the development of semantic tools called ontologies for the interchange of data and collaborative work. I emphasize the link among taxonomic characters and bio-ontologies (such as Plant Ontology). Beyond a semantic annotation of characters with the content of bio-ontologies, I rather suggest a semantic representation of characters with a metamodel that can be superimposed over existing ontologies and their models so as to discipline their relations and favor their integration. Data mining and automated reasoning may assist taxonomists in their work. Practical experiments are illustrated with the study of fossil ferns. I suggest directions for a future superimposition of the metamodel to the models of knowledge implemented in the programs Xper2 (for descriptions) and LisBeth (for phylogenetics)

Les Megalosauridae (Dinosauria, Theropoda) sont l'un des groupes les plus énigmatiques de dinosaures carnivores, n'étant connu[e]s que par un matériel relativement fragmentaire en comparaison avec celui des autres dinosaures carnivores. Le découverte de Poekilopleuron ? valesdunensis nov. Sp. Dans le Jurassique moyen de Normandie nous apporte de nombreuses informations sur l'anatomie de ces théropodes et sert de base à une révision détaillée des autres genres de théropodes européens, couramment rattachés aux Megalosauridae. Megalosaurus bucklandii, premier théropode non-avien jamais décrit, est considéré comme un nomen dubium. Deux analyses de parcimonie basée sur une matrice de données comportant 107 caractères ostéologiques contrôlés d'abord chez 18 taxons, et ensuite chez 24 taxons ont été réalisées. L'arbre de consensus strict de l'analyse à 24 taxons (234 pas ; CI=0,61 ; RI=0,75) est de la forme (Tetanurae (Spinosauridae (Spinosauridae + Megalosauridae) + Neotetanurae (Allosauroidae + Coelurosauria))). Les Megalosauridae apparaissent monophylétiques et incluent les genres Poekilopleuron, Eustreptospondylus, Streptospondylus, Lourinhanosaurus et Afrovenator. Metriacanthosaurus et Erectopus, longtemps considérés comme proches des Megalosauridae, sont rattachés aux Allosauroidae. Une nouvelle classification des théropodes est proposée. L'arbre phylogénétique tiré des analyses de parcimonie indique que les lignées menant aux Ceratosauria, aux Spinosauroidea, aux Allosauroidae et aux Coelurosauria étaient déjà individualisées au Jurassique inférieur ? L'inclination de l'ensemble des Spinosauroidea à un régime alimentaire piscivore est suggérée.

La taxonomie des menthes est très complexe du fait de leur polymorphisme morphologique, de leur capacité à s'hybrider et de leur domestication. La diversité génétique et les liens phylogénétiques ont été établis à l'intérieur de la section Mentha sur une collection de 62 accessions d'origines géographiques diverses, représentant les 4 espèces légitimes (M. Suaveolens L. , M. Longifolia (L. ) Huds. , M. Aquatica L. , M. Arvensis L. ) et les 3 hybrides les plus cultivés (M. Spicata L. , M. X piperita L. , M. X gracilis L. ). Les méthodes d'empreintes génétiques AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) et ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) ont permis un typage par espèce en accord avec la classification actuelle et mettent en évidence le potentiel génétique de chaque espèce ainsi que les liens de parentés entre hybrides et espèces légitimes. Le séquençage d'ADN chloroplastique (intron trnL, espaceurs intergéniques trnL-trnF, psbA-trnH) révèle plusieurs haplotypes chez certaines espèces. Les séquences ITS (Internal Transcribed Spacers 1 et 2) montrent un polymorphisme intra et interspécifique et révèlent divers modes d'évolution des génomes polyploi͏̈des et hybrides<br>The taxonomy of mints is complex because of their high morphological polymorphism, their ability to hybridize and their domestication. Genetic diversity and phylogenetic relationships of the section Mentha were established within a collection of 62 accessions of different geographical origins, representing the 4 legitimate species (M. Suaveolens L. , M. Longifolia (L. ) Huds. , M. Aquatica L. , M. Arvensis L. ) and the 3 most cultivated hybrids (M. Spicata L. , M. X piperita L. , M. X gracilis L. ). The AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) DNA fingerprinting methods were performed. The results allow us to identify each species and are in accordance with the present classification. On the other hand, they assess the genetic potential of each species and the relationships between hybrids and legitimate species. The non-coding chloroplastic DNA (trnL intron, intergenic spacers trnL-trnF, psbA-trnH) shows several haplotypes within some species. The ITS (Internal Transcribed Spacers 1 and 2) sequences display intra and interspecific polymorphism and give information about evolution of polyploids and hybrids

Les lentivirus des petits ruminants ou SRLV ("small ruminant lentivirus") correspondent au virus mae͏̈di visna ou MVV, qui infecte les moutons, et au virus de l'arthrite-encéphalite caprine ou CAEV ("caprine arthritis-encephalitis Virus"), qui infecte les chèvres. Pour faciliter l'étude des SRLV, nous avons immortalisé des cellules GSM ("goat synovial membrane") par l'expression ectopique de la télomérase. La lignée cellulaire GSM T a proliféré à un rythme constant avec plus de 160 passages en culture, tout en conservaNt la morphologie des cellules GSM primaires. De plus, les cellules GSM T peuvent être infectées soit par le CAEV soit par le MVV et elles reproduisent des phénotypes cytopathiques différents de la souche virale infectante. En parallèle, nous avons optimisé des protocoles de PCR qui permettent d'amplifier l'intégralité de génomes SRLV d'origines caprine et ovine. Pour étudier les relations entre les SRLV à l'échelle mondiale, nous avons effectué des analyses phylogénétiques extensives en ajoutant aux séquences disponibles celles que nous avons caractérisées en Irlande et en Espagne. Le lentivirus irlandais, bien qu'isolé chez une chèvre, est plus proche des souches ovines MVV prototypes. Les séquences des quare lentivirus ovins espagnols se répartissent en trois clades, ce qui reflète la diversité génétique majeure des SRLV observées en Espagne. Les analyses phylogénétiques dans les régions gag, pol et env ont permis de reconsidérer la classification des SRLV, qui se répartissent en cinq clades au lieu des six précédemment décrites. Comme les SRLV ne peuvent pas être distingués phylogénétiquement en fonction de leur hôte, nous proposons d'abandonner la classification MVV/CAEV et de regrouper les lentivirus d'origines caprine et ovine sous le seul terme de SRLV<br>To facilitate the study of SRLV, we established a GSM T ("goat synovial membrane") cell line by the ectopic expression of telomerase. Cultures of GSM T cells have been passaged over 160 times without showing any phenotypic difference from the original primary GSM cells. Moreover, the immortalized GSM T cells were susceptible to infection by both CAEV and MVV and were able to propagate these viruses. We also optimized a PCR protocol to amplify the SRLV genome as a whole or with two overlapping fragments. To address the genetic diversity and relatedness among SRLV strains worldwide, we applied extensive phylogenetic methods to the sequences available together with our newly characterized sequences from Ireland and Spain. The Irish lentivirus strain, which was isolated from a goat, was more closely related to the lentivirus that infects sheep : MVV. The four Spanish ovine isolates fell in three distinct clusters, which clearly depicted the major genetic variability seen in Spain. Based on the phylogenetic analyses in the gag, pol and env regions, we revise the classification of the SRLV, which could be confidently classified into five clades rather than six as it was previously suggested. Furthermore, we observed that MVV and CAEV sequences could not be phylogenetically distinguished according to their host. Therefore, we propose to group the two viruses more appropriately as SRLV

Les brachyoures (crabes) sont les seuls décapodes qui possèdent un système de retention permettant de maintenir leur abdomen reployé contre la face ventrale. Chez les groupes les plus basaux, la rétention est appendiculaire ; chez les groupes distaux l'appareil de rétention est du type saillie sternale-fossette abdominale ; dans les groupes très spécialisés ou les plus distaux des brachyoures, le système saillie-fossette est remplacé par une complémentarité sterno-abdominale ou bien il disparaît (perte secondaire). Le passage de la modalité appendiculaire à sternale a favorisé la libération des péréiopodes et une diminution de la dépense énergétique. Le maintien de l'abdomen a pour fonction de protéger les organes reproducteurs et évite à l'abdomen d'être endommagé. L'examen au M. E. B de l'appareil de rétention, chez les formes actuelles et fossiles, met en évidence l'existence de nombreux caractères des saillies de rétention, coxale et sternale, et d'une microstructure qui représente un niveau supérieur des coaptations morpho-fonctionnelles. La morphologie et la structure de la saillie de rétention constituent des critères valides à divers niveaux taxonomiques ; ils pourront être utilises pour déterminer les parentes phylogénétiques. Chez les fossiles, l'examen de cet ensemble de caractères permet de formuler des hypothèses d'ordre taphonomique. L'étude histologique montre la modification de la structure histologique du sternite au niveau de la saillie. L'étude ontogénétique a permis de déterminer le stade de développement au cours duquel se met en place l'appareil et d'observer les importantes modifications de celui-ci au moment de l'exuviation. Une étude a été entreprise afin de déterminer les modalités fonctionnelles de cet appareil. La saillie sternale est apparue indépendamment plusieurs fois chez les brachyoures. La fossette est l'homologue de l'uropode. L'uropode (qui n'est jamais birame) présente plusieurs états dans la lignée brachyourienne : lobe ventral, plaque dorsale, fossette, pièce intercalaire, ou bien il disparaît (perte secondaire). La présence d'un système structural de rétention est une synapomorphie des brachyoures, ce qui soutient la monophylie du groupe

Les Cetiosauridae et plus généralement les sauropodes du Jurassique moyen demeurent l’un des groupes les plus énigmatiques de ces dinosaures herbivores. La révision des sauropodes du Jurassique moyen (Bothriospondylus madagascariensis et Lapparentosaurus madagascariensis de Madagascar, ?Cetiosaurus mogrebiensis du Maroc, Chebsaurus algeriensis d’Algérie et un nouveau spécimen du Calvados, France) constitue une source considérable d’informations pour mieux comprendre l'anatomie et l'évolution des sauropodes de cette époque. Les analyses phylogénétiques suggèrent que les Cetiosauridae sont paraphylétiques et associés à une importante multifurcation. Cette irrésolution s’expliquerait par de nombreuses données manquantes mais aussi par l’incongruence des caractères qui concerne ces sauropodes. Cette incongruence pourrait être le résultat d’une radiation évolutive qui aurait suivie l’extinction due à la crise du Pliensbachien-Toarcien et/ou qui serait le reflet du démantèlement de la Pangée<br>Cetiosauridae and other Middle Jurassic sauropods represent one of the most enigmatic groups of these herbivorous dinosaurs. The revision of Middle Jurassic sauropods (Bothriospondylus madagascariensis and Lapparentosaurus madagascariensis from Madagascar,?Cetiosaurus mogrebiensis from Morocco, Chebsaurus algeriensis from Algeria and a new specimen from the Calvados, France) constitutes a significant source of data and shed new light on the Middle Jurassic sauropod biodiversity. Phylogenetical analyses suggest that the Cetiosauridae are paraphyletic and are associated with a large polytomy. Moreover, the above-mentioned eusauropod polytomy could be explained by numerous missing data and also by the incongruence of characters for the Middle Jurassic sauropods, which could be the result of an evolutive radiation that could succeed the extinction at the end of the Early Jurassic and/or that could be linked to the Pangea break-up

Les Ionoscopiformes sont un ordre de poissons actinoptérygiens fossiles avec de larges distributions temporelle et géographique, connus depuis le Trias moyen jusqu'au Crétacé supérieur, en Europe, Afrique, Asie et Amérique du Nord et du Sud. Les Ionoscopiformes sont composes des deux familles Ophiopsidae et Ionoscopidae, représentées par des espèces variées dont certaines ont leur anatomie encore mal connue. Bien que les Ionoscopiformes soient considérés comme un groupe monophylétique, les espèces d'Ophiopsidae et de Ionoscopidae diffèrent par plusieurs caractères, dont le type d'écaille et la structure de l'ornementation des os dermiques. Les Ionoscopiformes sont placés dans le clade des Halecomorphi qui comptent trois ordres (Amiiformes, Parasemionontiformes et Ionoscopiformes) et plusieurs espèces incertae sedis (e.g., Heterolepidotus, Osteorachis, and Neorhombolepis). Les Halecomorphi sont considérés plus proches des Ginglymodi que des Teleostei, et avec ces premiers ils forment le clade Holostei. Certaines des espèces halécomorphes incertae sedis ont été précédemment associées aux Ionoscopiformes, notamment à la famille des Ophiopsidae. Plusieurs questions sur la composition des Ophiopsidae et la position des taxa associés ont récemment été rapportées dans la littérature, comme par exemple la position des genres Placidichthys, Heterolepidotus et Furo. On a suggéré pour le genre Heterolepidotus un placement dans la famille Ophiopsidae, notamment avec une position basale dans la famille, mais aussi comme appartenant à la famille Caturidae. Placidichthys a été récemment placé au sein des Macrosemiiformes et Furo muensteri dans la famille des Ophiopsidae. Considérant le besoin flagrant d'améliorer nos connaissances sur les espèces d'Ionoscopiformes et des taxons incertae sedis associés, ce présent travail expose une revue anatomique de ces taxons et des hypothèses quant à leur position phylogénétique au sein des Neopterygii. Sur cette base, plusieurs suggestions taxonomiques sont formulées. Les genres Ionoscopus, Ophiopsis et Heterolepidotus sont redéfinis, la définition des espèces nominales est revue et leur diagnose émendée. Quatre espèces du genre Ionoscopus sont considérées valides (I. pietraroiea, I. desori, I. cyprinoides, and I. elongatus), ainsi que six espèces d'Ophiopsis (O. procera, O. breviceps, O. dorsalis, O. lepersonnei, O. montsechensis, et O. lepturus), et seulement deux d'Heterolepidotus (H. rhombifer et H. serrulatus). Des cas de synonymie, de réversion, de nomen nudumet de nomen dubium ont aussi été relevés. L'hypothèse phylogénétique retenue ne retrouve pas les Ionoscopiformes comme un taxon monophylétique. Néanmoins, les familles Ionoscopidae et Ophiopsidae sont retrouvées au sein des Halecomorphi; on trouve aussi une relation étroite entre les Ionoscopidae et les Amiiformes, tandis que les Ophiopsidae sont plus proches de Furo et Heterolepidotus. Les relations internes au sein des Ionoscopidae et des Ophiopsidae restent non résolues, mais Placidichthys est retrouvé au sein des Ophiopsidae. La non-monophylie des Ionoscopiformes et les incertitudes sur la position des espèces proches des Ophiopsidae montre la nécessité de la révision d'autres taxons halécomorphes, tels que les Caturidae, ainsi que le besoin d'identifier de nouveaux caractères, tels ceux de l'histologie, afin d'améliorer la résolution et la robustesse des hypothèses sur les relations phylogénétiques de ces clades<br>Ionoscopiformes is an actinopterigian fossil fish order with wide temporal and geographic distribution, known from the Middle Triassic to the Upper Cretaceous, in Europe, Africa, Asia, and North and South America. Ionoscopiformes is composed of two families, Ophiopsidae and Ionoscopidae, which present various species, some of them with a poorly known anatomy. Although Ionoscopiformres is considered a monophyletic group, the species of Ophiopsidae and Ionoscopidae differ on various characters, including the type of scales and the pattern of ornamentation on the dermic bones. Ionoscopiformes is placed into the clade Halecomorphi, which is represented by three orders (Amiiformes, Parasemionontiformes, and Ionoscopiformes) and several incertae sedis taxa (e.g., Heterolepidotus, Osteorachis, and Neorhombolepis). Halecomorphi is considered to be closer to Ginglymodi than to Teleostei, forming with the former the clade Holostei. Some of these incertae sedis taxa were previously related to Ionoscopiformes, especially to the family Ophiopsidae. Several questions concerning the composition of Ophiopsidae and related taxa have been recently reported in literature, such as, the position of the genera Placidichthys, Heterolepidotus, and Furo. The genus Heterolepidotus was previously suggested as Ophiopsidae and as a taxa with a basal position to this family, but also as belonging to the family Caturidae. Placidichthys was recently proposed as a Macrosemiiformes and Furo muensteri as an Ophiopsidae. Given the need for greater knowledge on the species of Ionoscopiformes and related incertae sedis taxa, the present work presents an anatomical review of these taxa and phylogenetic hypotheses on the position of them within Neopterygii. Considering the anatomical and phylogenetic review, herein are proposed several taxonomical suggestions. The genera Ionoscopus, Ophiopsis, and Heterolepidotus were redefined and its nominal species were diagnosed. Were suggested as valid: four species of the genus Ionoscopus (I. pietraroiea, I. desori, I. cyprinoides, and I. elongatus), six of Ophiopsis (O. procera, O. breviceps, O. dorsalis, O. lepersonnei, O. montsechensis, and O. lepturus), and only two of Heterolepidotus (H. rhombifer and H. serrulatus). Were also suggested some cases of synonymy, reversals, nomen nudum, and nomen dubium. The phylogenetic hypotheses presented here did not recovered Ionoscopiformes as a monophyletic clade. However, the families Ionoscopidae and Ophiopsidae were confirmed as Halecomorphi and it was also suggested a closer relationship between Ionocopidae and Amiiformes, while Ophiopsidae appears to be more closely related to Furo and Heterolepidotus. The internal relationships of both Ionoscopidae and Ophiopsidae were not resolved; however Placidichthys was recovered within the family Ophiopsidae. The non monophyletism of Ionoscopiformes and the absence of resolution concerning the taxa closely related to Ophiopsidae, reinforce the need of reviewing other Halecomorphy taxa, such as Caturidae, and also the necessity of searching for new characters, such as those from histology, in order to improve the data matrix to achieve better supported phylogenetic analyses of these clades<br>Ionoscopiformes é um ordem de peixes fósseis actinopterígios de ampla distribuição espaço-temporal, conhecido do Triássico Médio ao Cretáceo Superior, na Europa, África, Ásia, Américas do Norte e do Sul. Ionoscopiformes é composta por duas famílias, Ophiopsidae e Ionoscopidae, as quais apresentam várias espécies, algumas, pouco conhecidas anatomicamente. Embora, atualmente, a ordem Ionoscopiformes seja considerada monofilética, os representantes de Ophiopsidae e Ionoscopidae diferem entre si em diversas características anatômicas, inclusive quanto ao tipo de escama e ao padrão de ornamentação dérmica dos ossos. Ionoscopiformes está posicionada no clado Halecomorphi, o qual é representado por três ordens (Amiiformes, Parasemionontiformes e Ionoscopiformes) e diversos táxons incertae sedis (e.g., Heterolepidotus, Osteorachis e Neorhombolepis), estando mais próximo de Ginglymodi do que de Teleostei, formando com o primeiro o clado Holostei. Alguns desses táxons incertae sedis já foram relacionados à Ionoscopiformes, principalmente à família Ophiopsidae. Vários pontos relativos à composição de Ophiopsidae e táxons relacionados veem sendo recentemente abordados na literatura, como por exemplo, o posicionamento dos gêneros Placidichthys, Heterolepidotus e Furo. O gênero Heterolepidotus já foi sugerido como Ophiopsidae, como táxon basal à esta família, mas também como pertencente à família Caturidae. Placidichthys foi recentemente sugerido como Macrosemiiformes e Furo muensteri como Ophiopsidae. Visto a necessidade de maior conhecimento acerca de espécies de Ionoscopiformes e de táxons incertae sedis a ela relacionados, o presente trabalho apresenta uma revisão anatômica dos mesmos, além da investigação do posicionamento desta ordem e destes táxons incertae sedis no interior de Neopterygii. A partir das revisões anatômicas e filogenéticas realizadas, diversas sugestões taxonômicas foram apresentadas. Os gêneros Ionoscopus, Ophiopsis e Heterolepidotus foram redefinidos e suas espécies nominais foram diagnosticadas. Foram sugeridas como válidas: quatro espécies nominais para Ionoscopus (I. pietraroiea, I. desori, I. cyprinoides e I. elongatus), seis para Ophiopsis (O. procera, O. breviceps, O. dorsalis, O. lepersonnei, O. montsechensis e O. lepturus) e somente duas para Heterolepidotus (H. rhombifer e H. serrulatus). Para estes gêneros ainda foram sugeridas algumas sinonímias, reversões, nomen nudum e nomen dubium. As hipóteses filogenéticas apresentadas, não indicaram o clado Ionoscopiformes como monofilético. Todavia, as famílias Ionoscopidae e Ophiopsidae foram confirmadas como Halecomorphi, sendo sugerido um posicionamento mais próximo entre Amiiformes e a família Ionocopidae, enquanto Ophiopsidae estaria mais intimamente relacionada à Furo e à Heterolepidotus. As relações internas tanto de Ionoscopidae quanto de Ophiopsidae não se mostraram resolvidas, contudo foi recuperado o posicionamento de Placidichthys no interior de Ophiopsidae. Indicação do não monofiletismo de Ionoscopiformes e a não resolução das relações dos grupos próximos à Ophiopsidae, reforçam a necessidade de revisões de outros táxons de Halecomorphi, como por exemplo, a família Caturidae e ainda a necessidade da busca de novos caracteres, como por exemplo, os histológicos, para aprimorar a matriz de caracteres visando alcançar relações filogenéticas mais bem suportadas

Le groupe " scoparius " est composé de Cytisus scoparius (Genisteae, Fabaceae) et des taxons qui lui sont apparentés dans le genre Cytisus. Des études taxinomiques et morphométriques ont permis de délimiter 10 espèces réparties en trois sections Alburnoides, Spartopsis et Verzinum. Une phylogénie moléculaire basée sur des marqueurs chloroplastiques trnD-T, trnS-G et nucléaires ITS, LEGCYCIAa, LEGCYCIAb et LEGCYCIAc a montré que les sections Alburnoides et Verzinum, toutes deux monophylétiques (à condition d'inclure C. striatus dans la section Alburnoides), sont des groupes frères alors que la section Spartopsis, paraphylétique ou monophylétique selon la position de C. commutatus (sect. Corothamnus) est plus éloignée. Quatre hybrides cultivés sont issus de croisements entre espèces du groupe " scoparius ". La comparaison de données ITS issues de clonage a confirmé les deux parents proposés par la littérature pour trois de ces hybrides et un des parents du dernier hybride. Le marqueur chloroplastique trnD-T s'est révélé efficace pour déterminer le sens du croisement à l'origine de trois des hybrides du groupe. L'addition des quatre hybrides dans les analyses phylogénétiques a montré que les hybrides entre taxons proches forment un clade avec leur parent maternel et ne modifient pas les relations entre taxons non hybrides. En revanche, l'ajout d'hybrides entre taxons éloignés peut provoquer des effondrements de clades ainsi que des changements de topologie. Le groupe " scoparius " comprend également plus de 150 cultivars dont 40 ont été caractérisés. L'analyse de données ISSR, trnD-T et SSR a permis de confirmer et de compléter les données généalogiques de 28 de ces cultivars et ainsi de reconstituer un pedigree à 7 générations.

Différents marqueurs moléculaires ont été utilisés au cours des deux dernières décennies pour des études systématiques des espèces bactériennes à différents niveaux taxinomiques. L'apparition de nouvelles méthodes d'identification et de classification des espèces bactériennes telles que la taxonomie numérique et la taxonomie phylogénétique ont amenées à la révision de plusieurs taxa bactériens. Dans l'Ordre des Bacillales et dans la Classe des y-protéobactéries par exemple, ces méthodes ont aboutit à la révision de la famille des Bacillaceae et du genre Xanthomonas, respectivement. Compte tenu de l'importance des bactéries des points de vue économique, environnemental et médical, le travail d'identification et de classification des bactéries demeure un enjeu majeur pour les bactériologistes. Nous proposons dans cette thèse d'évaluer un marqueur d'ADN basé sur une courte séquence nucléotidique située à l'extrémité 3' du gène 16S ARNr et l'extrémité 5' de la région inter-génique 16S-23S (ITS) pour l'identification et la classification des bactéries à Gram-positif et à Gram-négatif à différents niveaux taxonomiques : Classe, Ordre, famille et genre. Dans le premier chapitre, la phylogénie des bactéries de l'ordre des Bacillales a été construite à l'aide d'un marqueur d'ADN de 220 paires de bases (pb). Il s'agit d'une combinaison des 150 dernières pb de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et des 70 premières paires de bases de l'extrémité 5' de la région inter-génique 16S-23S (ITS). Au total, 72 espèces et souches de l'Ordre des Bacillales, réparties en huit familles et 21 genres ont été analysées. Un arbre phylogénétique a été construit et sa robustesse a été statistiquement établie par une analyse bootstrap. Huit groupes ont été révélés et chaque groupe a été subdivisé en sous-groupes et branches. L'arbre phylogénétique ainsi construit à l'aide du marqueur de 220 pb est en général conforme à l'arbre phylogénétique obtenu à partir du gène 16S de l'ARNr et basé sur les données phénétiques et moléculaires. Nos résultats indiquent que le marqueur présente un pouvoir résolution supérieur à celui du gène 16S de l'ARNr. Dans le deuxième chapitre, le pouvoir de résolution du marqueur de 220 pb a été évalué à un niveau taxonomique très inférieur à l'Ordre des Bacillales : le groupe Bacillus cereus. Au cours de cette étude, 129 allèles de huit espèces bactériennes dont entre autres quatre espèces du groupe B. cereus ont été analysés. L'arbre phylogénétique construit a révélé quatre groupes majeurs et des sous-groupes. Le marqueur de 220 pb a permis une discrimination au niveau du genre mais n'a pas permis de distinguer les quatre espèces phylogénétiquement très proches du groupe B. cereus sous étude : B. anthracis, B. cereus, B. thuringiensis et B. weihenstephanensis. Nous avons atteint la limite du pouvoir de résolution du marqueur de 220 pb. Dans le troisième chapitre, un marqueur similaire à celui des bactéries Gram-positif a été développé pour l'établissement de la phylogénie chez les espèces de la Classe des y-protéobactéries. Une analyse comparative de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr a permis de déterminer la portion la plus conservée à ce niveau. De même, une analyse comparée de la région inter-génique 16S-23S (ITS) des différents allèles d'une même souche bactérienne a permis de déterminer la partie la plus conservée de cette extrémité 5'. Les deux parties les plus conservées ont été combinées pour former un marqueur d'ADN de 232 pb : 157 pb de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et 75 premières paires de bases de l'extrémité 5' de la région ITS. Un arbre phylogénétique dont la précision a été statistiquement établie par une analyse bootstrap a été construit. Quatre groupes majeurs ont été révélés et des sous-groupes et des clusters ont été formés. Cet arbre est dans l'ensemble, conforme à celui basé sur le gène 16S de l'ARNr. Il est intéressant de noter que le marqueur de 232 pb a permis une meilleure discrimination entre les espèces très proches que le gène 16S de l'ARNr en raison d'une part de la conservation de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr entre les allèles d'une même souche et d'autre part, de la conservation des 75 pb de région inter-génique 16S-23S (ITS) entre les allèles d'une même souche. Dans le quatrième chapitre, le pouvoir de résolution d'un marqueur d'ADN de 224 pb est évalué à un niveau taxonomique de beaucoup inférieur à la Classe des y-protéobactéries : le genre Xanthomonas de la classe des y-protéobactéries. Le marqueur est constitué d'une combinaison des 157 pb à l'extrémité 3' du gène 16S ARNr et des 67 premières paires de bases de l'extrémité 5' région inter-génique 16S-23S (ITS). Un total de 23 espèces du genre Xanthomonas ont été analysées. Les espèces éloignées phylogénétiquement et certaines espèces proches du genre Xanthomonas sont discriminées par le marqueur de 224 pb. Les espèces très proches phylogénétiquement et les pathovars par contre ne sont pas discriminées par le marqueur. Ceci constitue la limite du pouvoir de résolution de ce marqueur. Le marqueur d'ADN universel évalué à différents niveaux hiérarchiques des bactéries à Gram-positif et Gram-négatif est un marqueur PCR (Polymerase Chain Reaction) facile d'utilisation du point de vue technique. Il est constitué des dernières paires de bases conservées de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et des premières paires de bases conservées de la région inter-génique 16S-23S. Or le gène 16S de l'ARNr est très conservé entre les espèces d'un même genre tandis que la région inter-génique est hyper-variable à l'intérieur d'une même espèce. Ainsi, ce seul marqueur pourrait servir à la fois aux études systématiques intra et inter-spécifiques aboutissant à l'identification des espèces bactériennes, à leur classification, voire même à la révision de certaines classifications. ______________________________________________________________________________

Plusieurs approches ont, jusqu'à présent, été utilisées pour l'identification de nouvelles souches ainsi que pour la caractérisation et la classification des différentes espèces au sein des Bacillaceae. Cependant, la plupart de ces méthodologies présentent certaines insuffisances. L'objectif de cette étude est d'établir et d'évaluer des classifications phylogénétiques des Bacillaceae basées sur divers gènes, d'analyser l'effet de l'hétérogénéité alléliques sur celles-ci, ainsi que d'étudier la distribution des mutations. Seuls les Bacillaceae dont le génome est complètement séquencé ont été considérés. Dans ce travail, tous les allèles des trois gènes de l'opéron ribosomal ont été utilisés. Trois gènes codant pour des protéines ont également été choisis pour la construction de phylogénies et la comparaison avec celles basées sur l'opéron ribosomal. L'analyse phylogénétique de dix souches de Bacillaceae a été réalisée suivant la méthode de Neighbour-Joining (NJ) en utilisant les paramètres de Kimura. La fiabilité et la robustesse de la classification ont été évaluées à l'aide de la méthode "Bootstrap". L'analyse basée sur tous les allèles des trois gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) montre que les arbres obtenus présentent la même topologie et répartissent les Bacillaceae en trois groupes et deux sous-groupes. Aucun des gènes n'a permis la discrimination des espèces ou des souches au sein du groupe cereus au sens large. L'analyse phylogénétique des Bacillaceae pourrait donc se limiter à l'un des gènes de l'opéron ribosomal puisque aucune information additionnelle n'est apportée par l'utilisation d'un gène en particulier. Les régions inter géniques lTS1 (16S-23S) et ITS2 (23S-5S) n'ont pas permis, non plus, de discriminer au sein du groupe cereus au sens large. Mais elles ont, néanmoins, mis en évidence l'hétérogénéité alléliques. L'approche basée sur les séquences nucléotidiques des gènes de ménage: adénylate kinase (adk) , shikimate 5-déshydrogénase (aroE) et la sous-unité B de l'ADN gyrase (gyrB), ainsi que de leurs séquences concaténées, a permis une meilleure discrimination notamment au sein du groupe cereus au sens large. Les Bacillaceae sont répartis en trois groupes et sept sous-groupes dont cinq au sein du groupe cereus au sens large. L'utilisation des séquences en acides aminées des protéines codées par les gènes adk, aroE et gyrB et de leurs séquences concaténées a généré, quant à elle, des classifications incongruentes. De plus, elle n'a pas permis une meilleure discrimination des Bacillaceae au sein du groupe cereus au sens large. Plusieurs espèces se retrouvent dans un même faisceau secondaire. Un tel regroupement trouve son explication dans la dégénérescence du code génétique. L'utilisation des séquences nucléotidiques des gènes de ménage serait donc une meilleure approche pour la classification phylogénétique des Bacillaceae. L'analyse de tous les allèles des différents gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) montre qu'ils sont hétérogènes et que cette hétérogénéité n'a pas d'effet notable sur la classification phylogénétique. Il est donc justifié de se limiter à un seul allèle de l'un des trois gènes de l'opéron ribosomal lors de l'étude phylogénétique des Bacillaceae. L'étude de la distribution des mutations au sein des trois gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) pour les Bacillaceae montre qu'elle n'est pas uniforme et qu'il existe au sein de ces gènes des régions hypervariables dans lesquels se concentrent les mutations. La comparaison de la distribution des mutations au sein du gène 16S pour les Bacillaceae et les y-protéobactéries montre que ces régions hypervariables sont spécifiques pour chaque groupe de bactéries. L'étude phylogénétique basée sur la concaténation des régions hypervariables du gène 16S pour les Bacillaceae a révélé que la topologie de l'arbre découlerait de la structure de ces régions. L'étude phylogénétique des Bacillaceae basée le gène 16S pourrait se limiter à l'analyse des régions hypervariables de ce gène. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Adénylate kinase (adk), ARN 16S, ARN 23S, ARN 5S, Bacillaceae, Classification phylogénétique, Distribution des mutations, Gènes de ménage, Hétérogénéité alléliques, Régions hypervariables, y-protéobactéries, shikimate5-déshydrogénase (aroE) et sous-unité B de l'ADN gyrase (gyrB).