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Journal articles on the topic 'Coccolithovirus'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 4 February 2022

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1

Allen, Michael J., Anders Lanzén, and Gunnar Bratbak. "Characterisation of the coccolithovirus intein." Marine Genomics 4, no. 1 (March 2011): 1–7. http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2010.11.001.

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2

Marlhens, Jérémie. "Le coccolithovirus et Emiliania huxleyi." médecine/sciences 36, no. 11 (November 2020): 1091–94. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020219.

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3

Nissimov, Jozef I., Mark Jones, Johnathan A. Napier, Colin B. Munn, Susan A. Kimmance, and Michael J. Allen. "Functional inferences of environmental coccolithovirus biodiversity." Virologica Sinica 28, no. 5 (August 28, 2013): 291–302. http://dx.doi.org/10.1007/s12250-013-3362-1.

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4

Allen, M. J., and W. H. Wilson. "The coccolithovirus microarray: an array of uses." Briefings in Functional Genomics and Proteomics 5, no. 4 (May 10, 2006): 273–79. http://dx.doi.org/10.1093/bfgp/ell033.

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5

Nissimov, Jozef I., Charlotte A. Worthy, Paul Rooks, Johnathan A. Napier, Susan A. Kimmance, Matthew R. Henn, Hiroyuki Ogata, and Michael J. Allen. "Draft genome sequence of the coccolithovirus EhV-84." Standards in Genomic Sciences 5, no. 1 (September 23, 2011): 1–11. http://dx.doi.org/10.4056/sigs.1884581.

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6

Johns, Christopher T., Austin R. Grubb, Jozef I. Nissimov, Frank Natale, Viki Knapp, Alwin Mui, Helen F. Fredricks, Benjamin A. S. Van Mooy, and Kay D. Bidle. "The mutual interplay between calcification and coccolithovirus infection." Environmental Microbiology 21, no. 6 (September 18, 2018): 1896–915. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.14362.

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7

Wilson, William H. "Coccolithovirus-Emiliania huxleyi dynamics: an introduction to the coccolithovirocell." Perspectives in Phycology 2, no. 2 (October 21, 2015): 91–103. http://dx.doi.org/10.1127/pip/2015/0032.

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8

Laber, Christien P., Jonathan E. Hunter, Filipa Carvalho, James R. Collins, Elias J. Hunter, Brittany M. Schieler, Emmanuel Boss, et al. "Coccolithovirus facilitation of carbon export in the North Atlantic." Nature Microbiology 3, no. 5 (March 12, 2018): 537–47. http://dx.doi.org/10.1038/s41564-018-0128-4.

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9

Nissimov, J. I., C. A. Worthy, P. Rooks, J. A. Napier, S. A. Kimmance, M. R. Henn, H. Ogata, and M. J. Allen. "Draft Genome Sequence of the Coccolithovirus Emiliania huxleyi Virus 203." Journal of Virology 85, no. 24 (November 21, 2011): 13468–69. http://dx.doi.org/10.1128/jvi.06440-11.

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10

Nissimov, J. I., C. A. Worthy, P. Rooks, J. A. Napier, S. A. Kimmance, M. R. Henn, H. Ogata, and M. J. Allen. "Draft Genome Sequence of the Coccolithovirus Emiliania huxleyi Virus 202." Journal of Virology 86, no. 4 (January 26, 2012): 2380–81. http://dx.doi.org/10.1128/jvi.06863-11.

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11

Pagarete, António, Kanthida Kusonmano, Kjell Petersen, Susan A. Kimmance, Joaquín Martínez Martínez, William H. Wilson, Jan-Hendrik Hehemann, Michael J. Allen, and Ruth-Anne Sandaa. "Dip in the gene pool: Metagenomic survey of natural coccolithovirus communities." Virology 466-467 (October 2014): 129–37. http://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2014.05.020.

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12

Wilson, W. H. "Complete Genome Sequence and Lytic Phase Transcription Profile of a Coccolithovirus." Science 309, no. 5737 (August 12, 2005): 1090–92. http://dx.doi.org/10.1126/science.1113109.

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13

Nissimov, Jozef I., David Talmy, Liti Haramaty, Helen F. Fredricks, Ehud Zelzion, Ben Knowles, A. Murat Eren, et al. "Biochemical diversity of glycosphingolipid biosynthesis as a driver of Coccolithovirus competitive ecology." Environmental Microbiology 21, no. 6 (May 20, 2019): 2182–97. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.14633.

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14

Highfield, Andrea, Claire Evans, Anthony Walne, Peter I. Miller, and Declan C. Schroeder. "How many Coccolithovirus genotypes does it take to terminate an Emiliania huxleyi bloom?" Virology 466-467 (October 2014): 138–45. http://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2014.07.017.

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15

Pagarete, António, Gildas Corguillé, Bela Tiwari, Hiroyuki Ogata, Colomban Vargas, William H. Wilson, and Michael J. Allen. "Unveiling the transcriptional features associated with coccolithovirus infection of natural Emiliania huxleyi blooms." FEMS Microbiology Ecology 78, no. 3 (September 22, 2011): 555–64. http://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6941.2011.01191.x.

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16

Pagarete, A., A. Lanzén, P. Puntervoll, R. A. Sandaa, A. Larsen, J. B. Larsen, M. J. Allen, and G. Bratbak. "Genomic Sequence and Analysis of EhV-99B1, a New Coccolithovirus from the Norwegian Fjords." Intervirology 56, no. 1 (September 14, 2012): 60–66. http://dx.doi.org/10.1159/000341611.

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17

Schroeder, D. C., J. Oke, G. Malin, and W. H. Wilson. "Coccolithovirus (Phycodnaviridae): Characterisation of a new large dsDNA algal virus that infects Emiliana huxleyi." Archives of Virology 147, no. 9 (September 1, 2002): 1685–98. http://dx.doi.org/10.1007/s00705-002-0841-3.

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18

Liu, Xuhong, Tianling Zheng, Yiqin Cai, and Jingwen Liu. "Cloning, expression and characterization of serine palmitoyltransferase (SPT)-like gene subunit (LCB2) from marine Emiliania huxleyi virus (Coccolithovirus)." Acta Oceanologica Sinica 31, no. 6 (November 2012): 127–38. http://dx.doi.org/10.1007/s13131-012-0259-z.

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19

Liu, Jingwen, Miaomiao Xu, and Tianling Zheng. "A minireview of marine algal virus — Coccolithoviruses." Journal of Ocean University of China 14, no. 2 (February 20, 2015): 293–300. http://dx.doi.org/10.1007/s11802-015-2623-z.

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20

Nissimov, Jozef I., António Pagarete, Fangrui Ma, Sean Cody, David D. Dunigan, Susan A. Kimmance, and Michael J. Allen. "Coccolithoviruses: A Review of Cross-Kingdom Genomic Thievery and Metabolic Thuggery." Viruses 9, no. 3 (March 18, 2017): 52. http://dx.doi.org/10.3390/v9030052.

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Després, Merlin, and Simon Gaudin. "Le monoxyde d’azote: Une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries." médecine/sciences 36, no. 11 (November 2020): 1074–77. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020214.

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Abstract:

Le dossier thématique suivant a été rédigé par les étudiantes et étudiants de Master 1 de Biologie de l’École Normale Supérieure de Lyon à l’issue de l’UE Microbiologie Moléculaire et Structurale (2019-2020). Le Master de Biologie de l’ENS de Lyon, cohabilité par l’université Claude Bernard Lyon 1, accueille chaque année environ 50 étudiants en M1 et en M2 et propose une formation de haut niveau à la recherche en biosciences. Chaque étudiant y construit son parcours à la carte, en choisissant ses options parmi un large panel de modules, favorisant ainsi une approche pluridisciplinaire des sciences du vivant, et ce en relation étroite avec les laboratoires de recherche du tissu local, national et international. En participant à diverses activités scientifiques connexes aux UE de leur formation, les étudiants préparent également l’obtention du Diplôme de l’ENS de Lyon, qui valide leur scolarité à l’ENS. La rédaction du présent dossier, qui vise à transmettre de façon claire les messages issus d’une sélection d’articles scientifiques publiés récemment dans le domaine de la microbiologie, constitue l’une de ces activités connexes proposées aux étudiants. Les bactéries peuvent vivre en communautés dont la structure est régulée par de nombreuses interactions abiotiques et biotiques. Les interactions biotiques reposent sur des communications inter-bactériennes qui participent à la mise en place de relations de collaboration, de compétition ou de prédation. Ces communautés bactériennes peuvent en outre être en interaction avec des hôtes animaux, dans le cas des bactéries du microbiote ou des bactéries pathogènes par exemple, ou avec des virus parasites, les bactériophages. Le présent dossier illustre quelques aspects nouveaux de cette communication bactérienne, et de la façon dont les interactions bactéries/hôte ou bactéries/phages peuvent impacter cette communication. Deux nouvelles s’attardent sur des découvertes récentes autour du quorum sensing, une modalité de communication bactérienne permettant l’expression coordonnée des gènes à l’échelle de la population, en fonction de la densité de la population. La nouvelle intitulée « Le monoxyde d’azote : une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries » illustre comment le quorum sensing chez Staphylococcus aureus, une bactérie opportuniste, peut être affecté par un médiateur du système immunitaire de la souris. La nouvelle intitulée « Un bactériophage exploite le système de communication de son hôte bactérien pour entrer en cycle lytique » montre une stratégie étonnante par laquelle le phage VP882 décrypte des signaux issus du quorum sensing de la bactérie qu’il infecte pour réguler son propre cycle de réplication. Au-delà du quorum sensing, deux nouvelles décrivent de nouvelles modalités de communication inter-bactérienne. La nouvelle intitulée « Les nanotubes bactériens, acteurs de la compétition entre Bacillus subtilis et Bacillus megaterium » met en lumière le rôle des nanotubes, des structures de communication intercellulaire insoupçonnées jusque récemment chez les bactéries. La nouvelle intitulée « La bactérie Vibrio cholerae lyse les bactéries environnantes et assimile leur ADN qu’elle intègre dans son propre génome » illustre comment un système de sécrétion, qui permet l’injection d’effecteurs bactériens dans des cellules cibles, peut être exploité pour faciliter les transferts horizontaux de gènes chez les bactéries. Enfin, pour élargir la réflexion au monde des virus eucaryotes, deux nouvelles montrent comment l’infection virale peut interférer avec la communication entre cellules eucaryotes, sur l’exemple de la communication s’effectuant par l’intermédiaire de vésicules extracellulaires. La nouvelle intitulée « La sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes activées à l’origine de la létalité de la dengue ? » discute des mécanismes par lesquels le virus de la dengue déclenche la sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes, et des conséquences que cela peut avoir sur l’inflammation et le déclenchement de chocs hémorragiques. La nouvelle intitulée « Le coccolithovirus et Emiliania huxleyi : le détournement viral des vésicules extracellulaires » montre enfin comment ce virus d’algue unicellulaire exploite la communication intercellulaire de son hôte pour augmenter son pouvoir de diffusion au sein de la population, et des conséquences écologiques et géochimiques que cela peut entraîner à grande échelle.

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Nissimov, Jozef I., Johnathan A. Napier, Susan A. Kimmance, and Michael J. Allen. "Permanent draft genomes of four new coccolithoviruses: EhV-18, EhV-145, EhV-156 and EhV-164." Marine Genomics 15 (June 2014): 7–8. http://dx.doi.org/10.1016/j.margen.2014.02.004.

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Nissimov, Jozef I., Johnathan A. Napier, Michael J. Allen, and Susan A. Kimmance. "Intragenus competition between coccolithoviruses: an insight on how a select few can come to dominate many." Environmental Microbiology 18, no. 1 (June 25, 2015): 133–45. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.12902.

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Nissimov, J. I., C. A. Worthy, P. Rooks, J. A. Napier, S. A. Kimmance, M. R. Henn, H. Ogata, and M. J. Allen. "Draft Genome Sequence of Four Coccolithoviruses: Emiliania huxleyi Virus EhV-88, EhV-201, EhV-207, and EhV-208." Journal of Virology 86, no. 5 (February 11, 2012): 2896–97. http://dx.doi.org/10.1128/jvi.07046-11.

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Larsen, J. B., A. Larsen, G. Bratbak, and R. A. Sandaa. "Phylogenetic Analysis of Members of the Phycodnaviridae Virus Family, Using Amplified Fragments of the Major Capsid Protein Gene." Applied and Environmental Microbiology 74, no. 10 (March 21, 2008): 3048–57. http://dx.doi.org/10.1128/aem.02548-07.

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Abstract:

ABSTRACT Algal viruses are considered ecologically important by affecting host population dynamics and nutrient flow in aquatic food webs. Members of the family Phycodnaviridae are also interesting due to their extraordinary genome size. Few algal viruses in the Phycodnaviridae family have been sequenced, and those that have been have few genes in common and low gene homology. It has hence been difficult to design general PCR primers that allow further studies of their ecology and diversity. In this study, we screened the nine type I core genes of the nucleocytoplasmic large DNA viruses for sequences suitable for designing a general set of primers. Sequence comparison between members of the Phycodnaviridae family, including three partly sequenced viruses infecting the prymnesiophyte Pyramimonas orientalis and the haptophytes Phaeocystis pouchetii and Chrysochromulina ericina (Pyramimonas orientalis virus 01B [PoV-01B], Phaeocystis pouchetii virus 01 [PpV-01], and Chrysochromulina ericina virus 01B [CeV-01B], respectively), revealed eight conserved regions in the major capsid protein (MCP). Two of these regions also showed conservation at the nucleotide level, and this allowed us to design degenerate PCR primers. The primers produced 347- to 518-bp amplicons when applied to lysates from algal viruses kept in culture and from natural viral communities. The aim of this work was to use the MCP as a proxy to infer phylogenetic relationships and genetic diversity among members of the Phycodnaviridae family and to determine the occurrence and diversity of this gene in natural viral communities. The results support the current legitimate genera in the Phycodnaviridae based on alga host species. However, while placing the mimivirus in close proximity to the type species, PBCV-1, of Phycodnaviridae along with the three new viruses assigned to the family (PoV-01B, PpV-01, and CeV-01B), the results also indicate that the coccolithoviruses and phaeoviruses are more diverged from this group. Phylogenetic analysis of amplicons from virus assemblages from Norwegian coastal waters as well as from isolated algal viruses revealed a cluster of viruses infecting members of the prymnesiophyte and prasinophyte alga divisions. Other distinct clusters were also identified, containing amplicons from this study as well as sequences retrieved from the Sargasso Sea metagenome. This shows that closely related sequences of this family are present at geographically distant locations within the marine environment.

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Gledhill, Martha, Aurélie Devez, Andrea Highfield, Chloe Singleton, Eric P. Achterberg, and Declan Schroeder. "Effect of Metals on the Lytic Cycle of the Coccolithovirus, EhV86." Frontiers in Microbiology 3 (2012). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2012.00155.

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Cai, Weicong, Xueting Wang, Jinjing Su, Jian Li, Jun Zeng, Guiling Li, and Jingwen Liu. "Transformation of coccolithophorid Emiliania huxleyi harboring a marine virus (Coccolithoviruses) serine palmitoyltransferase (SPT) gene by electroporation." Journal of Oceanology and Limnology, October 17, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/s00343-020-9325-0.

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