Academic literature on the topic 'Connectivité paysagère'

Dans les zones urbanisées, les rivières et les écosystèmes riverains sont souvent les seuls corridors écologiques disponibles pour le déplacement de la faune. Cependant, les berges y sont souvent stabilisées par des ouvrages de génie civil, ce qui peut entraîner une dégradation de l'habitat et une perte de connectivité de ces habitats à l'échelle du paysage. Les ouvrages de génie végétal sont une alternative aux enrochements, car ils maintiennent la qualité des écosystèmes naturels en utilisant des espèces végétales indigènes au lieu de rochers, mais leur impact positif potentiel sur les mouvements d’animaux associés aux écosystèmes riverains reste mal connu. Avec le projet GéniTrame, nous avons conçu une méthode permettant aux gestionnaires de rivières d’évaluer le gain de connectivité possible grâce au génie végétal. Nous avons appliqué la méthode des graphes paysagers et le concept de quantité d'habitat atteignable afin d'évaluer la connectivité de l'habitat de quatre espèces de vertébrés cibles présentant une large gamme de capacités de dispersion et testé différents scénarios contrastés de gestion d'ouvrages le long des berges. Nous avons montré que la restauration de petites portions de berges bien choisies au moyen d’ouvrages de génie végétal pouvait conduire à des gains significatifs de connectivité pour certaines espèces (castor, crapaud commun) mais à aucun gain pour d’autres (chevalier guignette, couleuvre à collier). La méthode employée pourra aider les gestionnaires de rivières soucieux d'intégrer la dimension de la connectivité paysagère dans les travaux de restauration de berges.

Making an appropriate conservation decision often requires understanding the functional connectivity of the landscape for focal species. Graph theory and continuous surface methods have become powerful tools to quantify landscape connectivity for animal movement. However, a key limitation of these methods is the use of thresholding to define either habitat patches or links between patches. We explore how to incorporate African elephants’ (Loxodonta africana) movement data into an “Availability-Suitability-Connectivity (ASC)” framework which integrates habitat suitability modeling and graph-based network analysis, and how to implement connectivity results to inform conservation management that addresses locally intensive habitat utilization by elephants. In our ASC analysis, node availability was identified by satellite imagery classification and node suitability was estimated by MaxEnt model. Links were determined by effective movement between nodes in three days. Differences of Integrative Index of Connectivity (dIIC) and its fractions were calculated to prioritize patch importance, which were then used for mapping an example landscape management zones to reduce elephant local ecological impact. In total, 544 nodes and 1345 links were identified in the landscape graph. Although suitable nodes were spread across the landscape, elephants intensively used habitat at the central area. Our zone map demonstrates areas for landscape management that can facilitate elephant range expansion. The integrative framework quantified the ASC interactions between animal movement and landscape features. The results highlight the potential for coupling geographic and ecological methods to effectively identify and focus conservation efforts. Prendre une décision de conservation appropriée demande souvent une compréhension de la connectivité fonctionnelle du paysage pour l’espèce en question. La théorie graphique et les méthodes de surface continue sont devenues des outils puissants capables de quantifier la connectivité du paysage pour le mouvement des animaux. Cependant, une limitation de ces méthodes est l’utilisation de l’indexation pour définir les petites zones d’habitat ou les liens entre ces zones. Nous explorons comment l’on peut inclure les données sur le mouvement des éléphants africains (Loxodonta africana) dans un cadre de “Disponibilité-Pertinence-Connectivité (DPC)” qui intègre la modélisation qui mesure si l’habitat est convenable avec une analyse du réseau graphique et comment l’on peut mettre en œuvre les résultats de connectivité pour influencer les gestionnaires de la conservation qui s’occupent de l’utilisation intensive de l’habitat par les éléphants. Dans notre analyse DPC, la disponibilité nodale a été identifiée par la classification d’imagerie satellitaire et la pertinence nodale a été estimée par le model MaxEnt. Des liens ont été déterminés par le mouvement effectif entre les nœuds en 3 jours. Les différences des Indices Intégratifs de Connectivité et ses fractions ont été calculées pour prioriser l’importance des zones ce qui a été par la suite utilisé pour cartographier un exemple des zones de gestion du paysage afin de réduire l’impact local et écologique des éléphants. En tout, 544 nœuds et 1345 liens ont été identifiés sur le graphique du paysage. Même si des noeuds étaient répartis à travers le paysage, les éléphants utilisaient surtout l’habitat dans la zone centrale. Notre carte des zones montre des endroits pour la gestion du paysage qui pourraient faciliter l’agrandissement de l’habitat des éléphants. Le cadre intégratif a quantifié les interactions DPC entre le mouvement des animaux et les caractéristiques du paysage. Les résultats mettent en lumière le potentiel de combiner les méthodes géographique et écologique afin d’identifier et focaliser de façon efficace les efforts de conservation.

Revue Sciences Eaux & Territoires - Vient de paraître en ligneLa fragmentation du paysage se matérialise par une rupture de connexion au sein des réseaux écologiques. Le concept de trame verte et bleue est apparu comme un outil de protection et de restauration des continuités écologiques dans les territoires. De nouvelles trames écologiques ont récemment été proposées pour identifier d’autres discontinuités écologiques effectives. C’est notamment le cas de la trame turquoise associant la trame bleue et la partie de la trame verte en interaction fonctionnelle. La trame turquoise regroupe ainsi différents types d’habitats aquatiques et terrestres dont dépendent de nombreuses espèces d’amphibiens, d’odonates et autres invertébrés ou encore de chiroptères. Cette nouvelle trame bénéficie d’une attention croissante dans le monde opérationnel, alors même que sa définition et les méthodes de caractérisation ne sont pas encore stabilisées. Cet article propose de contribuer à une meilleure définition et compréhension de la trame turquoise. S’appuyant sur la méthode des graphes paysagers, aujourd’hui largement utilisée pour modéliser les réseaux écologiques et mesurer leur connectivité, le projet INTERFACE a permis le développement d’un protocole innovant de réseau multi-habitats pour tenir compte de l’hétérogénéité des habitats dans l’évaluation de la connectivité de la trame turquoise. Il permet ainsi d’aller au-delà de la délimitation d’une zone tampon autour des cours d’eau et d'identifier les zones fonctionnelles à préserver, les zones vulnérables et les points de conflits où il serait intéressant de restaurer des habitats aquatiques et/ou terrestres pour améliorer les connectivités.

Depuis le milieu du vingtième siècle, les paysages bocagers du nord-ouest de la France subissent d’importantes mutations. Sous l’effet de la transformation foncière des exploitations agricoles, les parcellaires sont rationnalisés, remembrés et les haies sont fréquemment arasées. Ces mutations ont pour répercussion de multiplier les transferts hydro-sédimentaires et les connectivités hydrologiques entre les parcelles agricoles et le cours d’eau, impactant l’environnement (érosion des sols, pertes en sol, la pollution des milieux aquatiques). Ces conséquences déjà pressantes et pesantes pourraient devenir récurrentes dans un contexte de changement climatique. À l’heure où les enjeux liés à l’aménagement et à la préservation des territoires bocagers sont à repenser, il est intéressant de s’interroger sur la « vertueusité » des paysages passés au-regard des transferts hydro-sédimentaires. Cet article étudie l’évolution des connectivités hydrologiques depuis deux siècles sur différents bassins versants bocagers, afin d’offrir des perspectives quant à la gestion durable et future des territoires.

Le Valle Central (zone centrale) du Mexique est un espace prioritaire pour la conservation de la biodiversité du fait du haut degré d'endémisme des espèces de faune et de flore présentes. Dans cette zone où se situent plusieurs aires naturelles protégées, les autorités fédérales du Mexique envisagent la création d'un corridor biologique allant du parc Mariposa Monarca à à celui du Popocatepelt. Or, le Valle Central fait l'objet de pressions anthropiques fortes qui sont dues aux activités minières et agricoles et à l'étalement urbain des grandes conurbations. Dans cet espace, ces pressions entraînent la fragmentation du couvert forestier et la diminution de la connectivité des écosystèmes naturels. L'étude présente une analyse à l'échelle régionale de la réalité du corridor biologique du Valle Central qui permettrait de relier les aires naturelles protégées. Dans un premier temps, la fragmentation du couvert forestier et arbustif a été quantifiée par des indices morphologiques issus de la théorie de l'écologie du paysage. Ensuite, un modèle de percolation est utilisé pour estimer la connectivité de ces espaces naturels et proposer une délimitation objective du corridor biologique. L'intérêt particulier de cette étude résulte de l'intégration de différents indices d'analyse du paysage révélant l'état réel du corridor biologique du Valle central du Mexique. L'étude met en évidence les espaces les plus sensibles pour la mise en oeuvre et la durabilité de ce corridor, ce qui exigera des politiques publiques volontaristes et bien ciblées.

L’initiative Staying Connected (SCI) est issue d’une collaboration binationale comptant plus de 55 partenaires américains et canadiens (départements et ministères responsables des transports et de la faune, universités et organismes de conservation). Depuis 2009, tous travaillent ensemble à préserver la connectivité du paysage à l’échelle de l’écorégion des Appalaches nordiques et de l’Acadie. Les partenaires de SCI mettent en oeuvre une approche multisectorielle visant à rendre les routes plus sécuritaires pour la faune et les usagers. Ils collaborent aux analyses spatiales afin d’identifier les segments de routes prioritaires au maintien de la connectivité, participent à la validation des endroits critiques où les animaux traversent les routes et contribuent au choix des infrastructures les mieux adaptées pour faciliter leur passage et réduire le nombre de collisions. L’accès pour la faune aux habitats situés de part et d’autre de l’emprise routière est assuré par la conservation des milieux naturels dans les corridors fauniques. Les mesures prises sont la protection des terres situées aux abords des routes, l’aménagement du territoire, la sensibilisation du public et le développement de politiques permettant de garantir la pérennité de ces investissements pour la connectivité.

Cette étude analyse les renvois à la mer et tout particulièrement à la Méditerranée contenus dans Corinne ou l’Italie (1807) de Louise Germaine Necker (devenue Madame de Staël-Holstein), afin d’examiner les divers “rôles” que ce bassin joue, voire les sémantisations de cette image. Cet essai met en évidence que, toile de fond du voyage de Corinne et d’Oswald, la Méditerranée assume la fonction de décor du paysage et de voix de la nature et que sa présence est saisissable non seulement par la vue mais aussi par l’écoute et par l’odorat ; en outre, dangereuse et périlleuse, elle constitue aussi un espace où prêter assistance ; et, qui plus est, elle apparaît tel un moteur-créateur de rêveries et de réflexions ainsi que comme le domaine personnel des souvenirs. Par ce travail, l’auteure vise à démontrer que, dans cet ouvrage, la Méditerranée subsume la connexion moi/autre et moi/moi-profond et enclenche l’image de la liaison soi/autre/autres qui évoque une vision unificatrice de la diversité. Loin d’être le centre exclusif des modèles civilisationnels, la Méditerranée dialogue avec une nouvelle géographie culturelle européenne.

Les fragments résiduels de forêt sèche sur la péninsule d’Azuero au Panama sont repré- sentatifs d’un des types forestiers les plus menacés à l’échelle de la planète, et qui a quasiment disparu au Panama. Dans de telles zones de production agricole et d’éle- vage, les arbres hors forêt sont indispensa- bles à la connectivité du paysage, à la survie des espèces autochtones et au maintien des services écosystémiques associés à ces frag- ments forestiers résiduels. Les enquêtes que nous avons menées auprès de gestionnaires terriens dans la province de Los Santos au Panama montrent que les agriculteurs dans cette région protègent et plantent des arbres pour des motifs différents. Alors qu’ils protè- gent les arbres pour plusieurs raisons (comme source de bois, de fruits, de fourrage et d’ombre, et pour leur protection de l’eau), ils en plantent surtout pour produire du bois et des fruits, qui leur assurent des revenus tangibles. Par ailleurs, dans cette région, les sites où les arbres sont plantés sont plus diversifiés et plus spécifiques que les sites où les arbres sont protégés. Six essences sont fréquemment utilisées pour la création de haies vives au Los Santos, et les proprié- taires de ces haies gardent souvent des arbres utiles pour le fourrage et le bois à proximité. La gestion coopérative des haies vives pourrait ainsi devenir un moyen effi- cace pour augmenter la connectivité des pay- sages dans cette région où ils sont fortement fragmentés. Nos résultats indiquent que les agriculteurs de Los Santos plantent des arbres ou les protègent dans leurs terres pro- ductives pour des raisons très différentes. Ces différences entre leurs motivations ont des implications importantes qui doivent être prises en compte dans les approches visant à accroître la couverture forestière dans la région. Les projets visant à promou- voir la régénération naturelle des forêts encouragent les agriculteurs à protéger les arbres sur leurs terres, et pourraient mieux réussir en mettant l’accent sur les services écosystémiques intangibles tels que la pro- tection de l’eau à moindre coût. À l’inverse, les projets visant à promouvoir la plantation d’arbres doivent en démontrer les bénéfices économiques tangibles.

Le petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros autrefois largement répandu dans le nord-ouest de l’Europe a connu une réduction drastique de ses effectifs au cours de la seconde moitié du XX ème siècle. La destruction et la fragmentation des habitats favorables à cette espèce font partie des principales causes de ce déclin. Une des hypothèses testées ici est que la connectivité de ces habitats influencerait la distribution spatiale des gîtes de maternité. Dans un premier temps nous avons estimé la connectivité fonctionnelle de l’habitat de l’espèce et modélisé la distribution des colonies de maternité en Franche-Comté. La méthode des graphes paysagers a été appliquée afin d’extraire plusieurs métriques représentant la connectivité fonctionnelle paysagère à différentes échelles spatiales. Ces métriques ont été retenues dans un modèle prédictif de la présence de gîte de maternité en fonction du contexte paysager, ce qui confirme l’hypothèse du rôle de la connectivité dans la distribution de l’espèce. Les résultats montrent qu’à l’échelle locale de la colonie, la présence de gîte dépend de la disponibilité en forêt à proximité de petites surfaces de bâti. À un niveau régional, la présence de gîte dépend de leur intégration à un réseau de connectivité à large échelle permettant les échanges d’individus entre gîtes. La deuxième hypothèse testée est que la réduction des flux de gènes entre colonies due à des variations de connectivité fonctionnelle entre gites pourrait conduire à la différentiation génétique des colonies distantes. Pour la tester, nous avons analysé à partir de l’échantillonnage de guano et à l’aide de huit microsatellites la différentiation et la structure génétique des colonies de maternité en relation avec la structure paysagère dans l’ensemble de la région. Malgré l’importante philo patrie des femelles, nos résultats révèlent une faible différentiation génétique entre les colonies cependant structurée. Cette structure génétique n’est ni expliquée par un isolement par la distance ni corrélée aux distances paysagères. Nous pouvons donc conclure que l’habitat du petit rhinolophe est bien connecté en Franche-Comté. Nos résultats suggèrent également que les échanges génétiques se produisent entre colonies proches possiblement via la dispersion des mâles. Ces flux de gènes interviendraient alors en automne juste avant que les mâles et femelles se rejoignent dans le gîte d’hivernage
The lesser horseshoe bat, Rhinolophus hipposideros was formerly widespread and quite common in north-westernEurope, but has undergone a dramatic decline from the 1960s. Habitat reduction and fragmentation have beensuggested as main factors explaining the decline of this species. Following this assumption, we expected habitatconnectivity to influence the spatial distribution of the maternity roosts. We firstly estimated the functionalconnectivity of the bat’s habitat and modeled the distribution of its colonies in Franche-Comté region (France). Weapplied a landscape graph-based approach to extract several patch-level metrics representing the functionalconnectivity of the landscape at different spatial scales. Those metrics were integrated in a predictive model of thematernity roosts presence according to the landscape context which confirms the role of landscape connectivity in thespecies distribution. Results showed that, at the colony local scale, roost’s presence depends on the availability ofwooded elements near small built areas. At the regional scale, roost’s presence depends on their spatial integration intoa connected network allowing exchanges of individuals among them. The second assumption is that restricted geneflows among colonies due to variations of functional connectivity among maternity roosts may lead to geneticdifferentiation between distant colonies. Based on bat droppings sampling and using eight microsatellite loci, wetested this hypothesis by examining the genetic differentiation of maternity colony at regional scale according tolandscape structure. Despite strong female philopatry our results emphasized a weak but structured geneticdifferentiation within maternity colonies. This genetic structure was neither related to isolation by distance nor tolandscape measures. We could conclude that the Franche-Comté region presents a good overall connectivity for thelesser horseshoe bat. Our results also suggest that genetic exchanges occurred between geographically closed colonies,probably due to male dispersal events. Inter-colony gene flows might occur during mating in the fall, just before malesand females gathering in winter roosts

Les quartiers de gare se distinguent d’autres formes urbaines par des fonctions techniques et des structures d’acteurs très spécifiques. Essentiels pour les villes et la décarbonation des mobilités, ces quartiers sont historiquement conçus et gérés par des spécialistes des contraintes d’aménagement liées à la présence de flux de voyageurs. Ces savoir-faire sont aujourd’hui requestionnés à la lumière des enjeux de l’écologie urbaine. En effet, les quartiers de gare présentent des caractéristiques urbanistiques qui affectent la connectivité paysagère, composante nécessaire à la réalisation du cycle de vie de la faune sauvage et donc au maintien de la biodiversité. Pour analyser ces enjeux, la thèse prend pour cadre géographique la ligne N du Transilien à l’Ouest de l’Île-de-France. En mobilisant des outils de modélisation des réseaux écologiques provenant de l’écologie du paysage, la connectivité paysagère de plus de 70 espèces animales est analysée. L’importance des quartiers de gare au sein des réseaux écologiques est évaluée en comparant ces quartiers avec d’autres tissus urbains de même type situés à distance des réseaux ferrés. Les résultats montrent que les effets de la densité urbaine sur le réseau écologique diffèrent entre quartiers de gare et quartiers sans gare. En zone rurale, les quartiers de gare jouent un rôle plus faible pour la connectivité paysagère que le reste des tissus urbains. En zone dense en revanche, certains quartiers de gare se démarquent positivement du reste du tissu urbain. Ces contextes peuvent alors se traduire en opportunités d’aménagement en vue de la réduction des impacts ou de la restauration de la connectivité. Afin de permettre la traduction de ces résultats dans les pratiques des acteurs opérationnels – aménageurs des quartiers de gare ou acteurs de la biodiversité une approche participative a été mise en place en organisant 4 ateliers repartis tout au long de la thèse. La sociologie de la traduction a été mobilisée pour concevoir ces ateliers et analyser les processus de co-élaboration et co-évaluation des modèles. Les acteurs, intervenants comme porte-paroles de différentes communautés - de la faune, de la communauté scientifique ou de professions de l’aménagement par exemple - ont pu donner leur avis sur la capacité des modèles à représenter ce à quoi ils étaient attachés. Concomitamment, plus de 50 entretiens ont été réalisés auprès des différents acteurs concernés par les questions liant ferroviaire et biodiversité : associations de défense de l’environnement, salariés des différentes sociétés anonymes et filiales de la SNCF, collectivités territoriales. Dans le sillage de l’approche par les modes d’existence, ces entretiens ont mis en lumière les collectifs hybrides, composés d’humains et de non-humains, qui prennent part, soutiennent et encadrent les enchevêtrements sociaux entre quartiers de gare et biodiversité. Certaines structures organisationnelles ou documents de standardisation sont ainsi des freins à la prise en compte de la biodiversité. Certains acteurs clés des projets ou certaines initiatives de collaborations extra-entreprises sont au contraire le support de bonnes pratiques. La conduite du changement vers un « quartier de gare biodiversitaire » passe alors par de nouvelles pratiques collaboratives et de nouveaux non-humains qui les soutiennent, tout en permettant des traductions suffisamment fidèles et suffisamment permissives
Station districts are characterised by a distinctive set of technical functions and stakeholder structures, which set them apart from other urban forms. These districts are essential for cities and the transition to low-carbon mobility. Historically, they have been designed and managed by specialists who have devised solutions to the planning constraints associated with the presence of passenger flows. However, this know-how is now being reconsidered in light of the challenges of urban ecology. Indeed, the urban characteristics of station districts affect landscape connectivity, thus influencing the life cycle of wildlife and, consequently, the maintenance of biodiversity. In order to gain insight into these issues, the thesis situates its geographical framework within the context of the Transilien line N, situated in the western region of the Île-de-France area. The landscape connectivity of over 70 animal species is analysed using ecological network modelling tools derived from landscape ecology. The contribution of station districts to ecological networks is evaluated by comparing these districts with other urban fabrics of a similar nature situated at a distance from railway networks. The results demonstrate that the impact of urban density on the ecological network varies between station areas and non-station areas. In rural settings, station districts exert a diminished influence on landscape connectivity relative to the broader urban fabric. Conversely, in densely populated regions, certain station districts exhibit a distinctive positive influence compared to the surrounding urban fabric. These findings offer potential avenues for development, aimed at mitigating adverse effects or restoring connectivity. In order to facilitate the translation of these fndings into the practices of operational players, namely station district planners and biodiversity stakeholders, a participatory approach was employed, consisting of the organisation of four workshops distributed throughout the course of the thesis. The sociology of translation was employed to design these workshops and to analyse the processes of co-elaboration and co-evaluation of the models. Stakeholders, acting as intermediaries representing different communities (e.g. wildlife, scientific or planning professions), were able to provide their opinions on the models’ ability to represent matters of importance to them. At the same time, more than 50 interviews were carried out with the various actors involved in issues relating to the railway and biodiversity : environmental associations, employees of various SNCF companies and subsidiaries, local authorities. Following the "modes of existence" approach, these interviews highlighted the hybrid collectives of humans and non-humans who participate in, support and frame the social interactions between station areas and biodiversity. Thus, specific organisational structures or standardisation documents may act as obstacles to the consideration of biodiversity. On the other hand, certain key actors in the projects or certain extra-company collaborative initiatives support good practice. Driving change towards a ’biodiverse station area’ therefore requires new collaborative practices and new non-humans to support them, while enabling sufficiently faithful and sufficiently permissive translations

Une recrudescence de l’émergence ou de la réémergence de maladies infectieuses touchant l’homme ou ses animaux domestiques a été constatée ces dernières décennies. La majorité de ces maladies sont zoonotiques, c’est à dire originaires de la faune sauvage, et impliquent souvent un vecteur dans leur cycle de transmission. Parallèlement, des changements d’utilisation du sol en lien avec une intensification agricole modifient les paysages. L’objectif de cette thèse était d’améliorer l’état des connaissances de l’influence du paysage sur les relations entre hôtes, vecteurs et pathogènes. En Europe, les micromammifères peuvent abonder dans la plupart des écosystèmes terrestres, ce qui en fait des hôtes de choix pour les tiques généralistes Ixodes ricinus. Ils sont aussi des réservoirs d’agents infectieux transmis par les tiques. Les résultats de la thèse sont basés sur deux ans d’échantillonnage, printemps et automne, des micromammifères et des tiques dans différents paysages. Nous avons aussi recherché trois agents infectieux qu’ils hébergent et transmettent : Borrelia burgdorferi sensu lato (maladie de Lyme), Anaplasma phagocytophylum (anaplasmose) et Theileria (Babesia) microti (piroplasmose), ce dernier n’ayant pu être exploité en raison de sa trop faible prévalence. Les 24 sites d’échantillonnage étaient pour moitié en cœur ou en lisière de forêt et pour moitié dans des paysages agricoles offrant un gradient d’occupation du sol et d’ouverture du paysage. Le meilleur facteur explicatif de l’abondance de nymphes est la présence de larves d’I. ricinus l’année précédente. Les résultats indiquent aussi une relation entre le nombre de larves portées par les mulots sylvestres (Apodemus sylvaticus ; 76,5% des captures) et l’abondance de nymphes l’année suivante. Les campagnols roussâtres (Myodes glareolus ; 22,3% des captures) portaient moins de larves au printemps, certainement du fait d’une résistance acquise aux tiques des individus hivernants. Bien que ces deux espèces réagissent différemment aux variables de composition et de configuration du paysage, les abondances de nymphes n’étaient pas expliquées par ces variables. D’autres hôtes, comme les chevreuils (Capreolus capreolus), et des facteurs microclimatiques et météorologiques influencent donc probablement aussi les abondances et la distribution des tiques dans le paysage. La richesse spécifique des hôtes et l’abondance des campagnols roussâtres, trois fois plus infectés que les mulots sylvestres, amplifieraient les prévalences d’A. phagocytophylum de ces deux espèces de rongeurs. A l’inverse, la fragmentation du paysage, via la réduction de la taille des populations d’hôtes, semble agir négativement sur ces prévalences. Aucun patron spatial évident n’a été observé pour B. burgdorferi s.l.. De même, aucun lien n’a pu être fait entre les prévalences des rongeurs et celles des nymphes d’I. ricinus. Ces résultats suggèrent un rôle probable d’espèces de tiques plus spécialistes, I. trianguliceps et I. acuminatus, dans la circulation des agents infectieux étudiés, soulignant l’intérêt qu’il pourrait y avoir à considérer l’ensemble de la communauté de vecteurs dans de futures études. L’ensemble des résultats soulignent aussi l’importance qu’il y aurait à considérer un maximum d’hôtes micromammifères réservoirs, même peu abondants, à l’échelle du paysage pour mieux comprendre la transmission de ces maladies infectieuses vectorielles
An increase in the emergence or in the reemergence of infectious diseases of human and his domestic animals has been observed in the last decades. Most of these diseases are zoonotic, i.e. originated from wildlife, and imply often a vector for their transmission. At the same time, land use changes linked to agricultural intensification have modified the landscapes. The aim of the thesis was to enhance the state of knowledge on the influence of the landscape on the relationships between hosts, vectors and pathogens. In Europe, small mammals can be abundant in most of terrestrial ecosystems; they are thus preferred hosts for the generalist tick species Ixodes ricinus. They are also reservoirs of tick-borne infectious agents. The results of this thesis are based on two years of sampling, in spring and autumn, of small mammals and ticks in different landscapes. We analyzed them for three of the infectious agents they host and transmit: Borrelia burgdorferi sensu lato (Lyme disease), Anaplasma phagocytophylum (anaplasmosis) and Theileria (Babesia) microti (piroplasmosis), this last one could not be exploited because of too low prevalence. The 24 sampling sites were half in the core or the edge of a forest and half in agricultural landscapes with a gradient of land cover and of landscape openness. The best explanatory variable for nymph abundance was the presence of I. ricinus larvae the previous year. The results also indicate a relationship between the number of larvae attached on wood mice (Apodemus sylvaticus ; 76,5% of the catches) and the abundance of nymphs the following year. Bank voles (Myodes glareolus ; 22,3% of the catches) harbored less larvae in spring, certainly because of an acquired resistance to ticks in the overwintering individuals. Despite that these two species react differently to the composition and configuration features of the landscape, the abundances of nymphs were not related to these features. Other hosts, like roe deer (Capreolus capreolus), meteorological and microclimatic factors probably influence the abundances and the distribution of ticks in the landscape. The host specific richness and the abundance of bank voles, which were threefold more infected than wood mice, likely amplified the prevalence of A. phagocytophylum of these two rodent species. Conversely, landscape fragmentation, via the reduction of host population sizes, seems to act negatively on this prevalence. No clear spatial pattern was observed for B. burgdorferi s.l.. Likewise, no link could be established between the prevalence of the rodents and the prevalence of the nymphs. These results suggest a possible role of more specialist tick species, I. trianguliceps and I. acuminatus, in the circulation of the studied infectious agents, emphasizing the possible interest of considering the whole vector community in further studies. The results also emphasize the importance of considering a maximum of small mammal reservoir hosts, even at low abundances, at the landscape scale to better understand the transmission of these vector-borne infectious diseases

La sylviculture intensive modifie la composition, la structure et la dynamique des peuplements, réduisant notamment la densité et la diversité des attributs forestiers caractéristiques des stades de sénescence (bois mort et micro-habitats portés par les arbres). Ces éléments représentent des habitats essentiels pour les espèces lignicoles. A l’échelle du massif, la planification des opérations sylvicoles va créer une discontinuité spatiale de ces micro-habitats, pouvant être perçue comme une source de fragmentation pour de nombreuses espèces. Cependant, les effets ont été peu explorés au sein des forêts tempérées exploitées. L’objectif de cette thèse est d’évaluer l’effet de la disponibilité des micro-habitats (quantité et configuration) à de multiples échelles spatiales sur les communautés et les populations d’espèces lignicoles, afin de fournir in fine des connaissances pour la spatialisation des stratégies de conservation. Nous avons proposé une méthodologie statistique permettant de prédire la distribution des micro-habitats au sein du massif de Compiègne (France). En s’appuyant sur cette cartographie prédictive, nous avons montré que différentes guildes de coléoptères saproxyliques, définies en fonction de traits d’histoire de vie liés aux capacités de dispersion, répondaient à la structure du paysage à différentes échelles spatiales. La modélisation de la dynamique des métapopulations d’une bryophyte épixylique (Dicranum viride) nous a permis de mettre en évidence l’importance de la dispersion sur les processus de colonisation/extinction qui sous-tendent les patrons d’occurrence des espèces observés à l’échelle du massif. Nos résultats soulignent le rôle central du bois mort et des micro-habitats, qui peuvent être considérés comme un levier de gestion pertinent. Augmenter leur quantité et optimiser leur arrangement spatial intra et inter-peuplement apparaît essentiel pour assurer la persistance des espèces lignicoles au sein des massifs forestiers gérés
Intensive forestry induces a simplification of forest stand structure, composition, and dynamics, resulting in a decrease of density and diversity of old-growth forest attributes (deadwood and tree-related microhabitats). These elements represent critical habitats for lignicolous species. At the landscape scale, forest management planning create a spatial discontinuity of these microhabitats, which can be perceived as a fragmentation process for many species. Although habitat fragmentation is currently recognized as one of the major threats to biodiversity, its impact on species in managed temperate forest are still poorly understood. The objective of this work was to evaluate the effect of microhabitat availability (quantity and configuration) on species communities and populations, at multiple spatial scales, in order to provide evidence-based recommendations regarding the spatial arrangement of conservation strategies. We proposed a statistical methodology to predict the microhabitats distribution within the complex of the Compiègne forest (France). Based on this predictive mapping, we showed that different guilds of saproxylic beetles, defined according to their life history traits related to dispersal abilities, respond to the landscape structure at different spatial scales. Modelling metapopulation dynamics of an epixylic bryophyte (Dicranum viride) has highlighted the importance of dispersal on colonization/extinction processes that underlie the species’ occurrence patterns observed at the forest scale. Our results emphasize the key role of deadwood and tree-related microhabitats, which can be considered as relevant management leverage. Increase their quantity and optimize their spatial arrangement within and between forest stands, appears to be essential for persistence of the lignicolous species within managed forests

La mise en place des réseaux de continuités écologiques dans les paysages nécessite l'estimation de la connectivité fonctionnelle, particulièrement lorsque ces paysages sont fragmentés par les Infrastructures Linéaires de Transport (ILT). Dans ce contexte, des suivis génétiques et démographiques ont été réalisé sur quatre espèces terrestres dans un paysage fragmenté par six types d'infrastructures en Dordogne, France. Les résultats ont montré qu'une part importante de la variabilité génétique (38 %) est expliquée par les ILT, qui agissent majoritairement comme des barrières à la dispersion. Cependant, les effets des ILT varient fortement d'une espèce à l'autre et peuvent, dans certains cas, agirent comme des éléments favorisant la dispersion. Par ailleurs, l'utilisation conjointe des outils de génétique du paysage et des suivis démographiques montre que selon l'approche utilisée, les résultats peuvent diverger. Ces deux approches devraient donc être davantage utilisées simultanément dans les études paysagères
Implementing networks of ecological continuities requires estimation of functional connectivity in landscapes. Particularly when those landscapes are fragmented by Large-scale Transportation Infrastructures (LTIs). In this context, four terrestrial species were monitored using genetic and demographic surveys across six LTIs in south-western France. The results showed that a significant amount of genetic variability was explained by LTIs (38%), that are mostly acting as dispersal barriers. However, LTI effects are variable depending on the species under study and, in some cases, they can even act as infrastructures enhancing dispersal. Furthermore, the combined use of genetic tools and demographic surveys showed that depending on the selected approach, results might differ. Therefore, these two approaches should be more used simultaneously in landscape surveys

La dispersion des animaux est un processus clé pour le maintien des populations et métapopulations. En particulier, les amphibiens se déplacent beaucoup durant leur cycle de vie fait de migrations saisonnières. Ceci les rend sensibles à la structure du paysage. En effet, les modifications anthropiques comme l’aménagement d’infrastructures linéaires peuvent constituer des barrières écologiques pour les animaux et limiter le flux de gènes dans le paysage. Si les effets des routes et des lignes chemins de fer sur les déplacements des animaux ont été largement étudiés, les effets des infrastructures liées aux activités de sport d’hiver comme les pistes de ski et les remontées mécaniques sont moins bien connus. Ainsi, la perméabilité des milieux de montagne anthropisés est peu connue. Cette thèse vise à quantifier la perméabilité écologique (ou connectivité fonctionnelle), des domaines skiables pour un amphibien de montagne largement répandu : la Grenouille rousse (Rana temporaria Linnaeus 1758). Pour ce faire, nous combinons un suivi individuel de déplacements et une étude de génétique du paysage pour mieux comprendre les facteurs influençant les déplacements de grenouilles et les flux de gènes dans le paysage. Le suivi individuel est réalisé au moyen de balises GPS et d’analyses de sélection de pas (step selection analysis). L’étude de génétique du paysage est réalisée en prélevant des échantillons d’ADN dans trois domaines skiables de Savoie ainsi que dans une zone témoin située dans le Parc national de la Vanoise. Nous avons testé l’influence de plusieurs variables paysagères liées à la topographie (pente, altitude…), les habitats (réseau de zones humides, couverture du sol…) ou les activités humaines (présence de routes, de pistes de ski) sur le flux de gènes. En utilisant une nouvelle méthode d’optimisation de surface de résistance, nous montrons l’importance du réseau de zones humides pour les amphibiens de montagne. D’une part, elles servent d’habitat préférentiel et d’autre part, un réseau dense de zones humides permet d’assurer une bonne connectivité des paysages pour la Grenouille rousse. Nous mettons également en évidence que l’hétérogénéité des tailles efficaces de populations dans un paysage peut fausser les distances génétiques mesurées entre populations et nous recommandons l’utilisation de techniques pour s’affranchir de tels problèmes. Nos travaux sont importants dans une perspective de gestion durable des domaines skiables, l’aménagement de pistes de ski ou autres infrastructures de loisir pouvant être accompagnée de destructions de zones humides
Animal disperal is a key process for maintaining populations and metapopulations. In particular, amphibians move a lot during their life cycle made of seasonal migrations. This makes them sensitive to the structure of the landscape. Indeed, anthropogenic changes such as linear infrastructure can act as ecological barriers for animals and limit gene flow within the landscape. While the effects of roads and railways on animal movements have been widely studied, the effects of infrastructure related to winter sports activities such as ski slopes and lifts are less well known. Thus, the permeability of anthropized mountain environments is little known. This thesis aims to quantify the ecological permeability (or functional connectivity) of ski areas for a widely distributed mountain amphibian: the European common frog (Rana temporaria Linnaeus 1758). To do this, we combine individual movement tracking and landscape genetics studies to better understand the factors influencing frog movements and gene flow within the landscape. Individual tracking is carried out by means of GPS tags and step selection analysis. The landscape genetics study is carried out by gathering DNA samples from three ski areas in Savoie and a control area located in the Vanoise National Park. We tested the influence of several landscape variables related to topography (slope, altitude...), habitats (wetland network, land cover...) or human activities (presence of roads, ski slopes) on gene flow. By using a new method of resistance surface optimization, we show the importance of the wetland network for mountain amphibians. On the one hand, they serve as preferential habitat and, on the other hand, a dense network of wetlands ensures good landscape connectivity for the Common frog. We also highlight that the heterogeneity in effective population sizes in a landscape can distort the genetic distances measured between populations and we recommend the use of techniques to overcome such problems. Our work is important for the sustainable management of ski areas, the development of ski slopes or other recreational infrastructure that can be accompanied by the destruction of wetlands

L’accélération du processus d’urbanisation, constatée à l’échelle mondiale depuis les dernières décennies, conduit à une artificialisation progressive des milieux naturels. La construction d’infrastructures de transport ou de nouveaux bâtiments fragmente les paysages de manière irréversible et cause une réduction des habitats écologiques et de leur connectivité. Le maintien de la fonctionnalité des réseaux écologiques, s’intègre désormais dans les politiques d’aménagement du territoire ou d’urbanisme soucieuses de la préservation de la biodiversité.En se focalisant plus particulièrement sur les évolutions urbaines à l’horizon 2030 dans l’Aire Urbaine de Besançon (développement résidentiel et variations de trafic routier), cette thèse cherche à évaluer l’impact potentiel des formes d’urbanisation sur la connectivité des réseaux écologiques des espèces animales. Ce travail de recherche privilégie l’approche par la modélisation en s’inscrivant à la fois dans le champ de la géographie théorique et quantitative et de l’écologie du paysage.L’application de cette démarche se fait en trois étapes : (1) simuler le développement résidentiel et ses évolutions de trafic associées à l’horizon 2030, à l’aide de cinq scénarios prospectifs présentant des formes urbaines différenciées ; (2) modéliser les réseaux écologiques de plusieurs espèces animales avec des graphes paysagers construits à partir de cartes d’occupation du sol et de données écologiques ; et (3) évaluer les impacts potentiels de chaque scénario sur les réseaux écologiques à partir de ces graphes à l’aide de métriques de connectivité, par mesure de la perte de connectivité imputable à chaque scénario de développement résidentiel.Les résultats obtenus montrent que les formes de villes denses et compactes, contrairement aux villes étalées, sont celles qui favorisent le mieux le maintien des connectivités écologiques pour la plupart des groupes d’espèces analysés. Des analyses plus approfondies mettent en avant la contribution importante des variations de trafic aux impacts écologiques de chaque scénario.D’après les analyses de sensibilité effectuées, le modèle utilisé est robuste, ce qui montre l’intérêt de la modélisation dans le processus d’aide à la décision pour la protection environnementale et la planification urbaine afin de penser la ville de demain de manière durable
The global increase of urbanization during the past decades have induced a progressive artificialization of natural environments. The building of transport infrastructures and new housings causes a landscape fragmentation in an irreversible way and a strong decrease of the connectivity of ecological habitats. Maintaining the functionality of ecological networks is becoming a major goal of sustainable urban planning policies. With a special focus on urban evolutions in the horizon 2030 in the urban area of Besançon in eastern France (residential development and road traffic evolutions), this thesis aims to assess the potential impact of urban forms on landscape connectivity of animal species’ ecological networks. This research work promotes a modelling approach both on the field of theoretical and quantitative geography and landscape ecology.This approach follows three main steps: (1) simulating residential development and its associated road traffic changes using five prospective scenarios of differentiated urban forms; (2) modelling landscape graphs of various animal species using land-cover maps and ecological data; (3) assessing the potential impacts of each scenario on ecological networks from these graphs using connectivity metrics, with measures of the connectivity decrease attributable to each residential development scenario. Contrary to sprawled cities, the results show that compact and dense urban forms best promote the maintenance of ecological connectivity for the majority of species groups. Further analysis highlights the great contribution of road traffic evolutions regarding the ecological impacts of each scenario.According to some sensitivity analysis, the model used is quite robust. It demonstrates the interest of modelling in the decision-making process for environmental conservation and urban planning to think out the city of tomorrow in a sustainable way

Le développement d'infrastructures linéaires de transport conduit, à toutes les échelles, à une artificialisation du territoire et au morcellement du milieu naturel. La fragmentation du paysage est un processus spatial qui s'accompagne d'une diminution progressive de la connectivité entre les différents éléments nécessaires au bon déroulement des processus écologiques. Ainsi, le maintien d'un bon niveau de connectivité entre les habitats naturels, s'il est compatible avec les activités humaines, est devenu un enjeu majeur pour la préservation de la biodiversité. En mobilisant des méthodes empruntées à la théorie des graphes et à l'écologie du paysage, la thèse cherche à démontrer l'intérêt de la modélisation des réseaux écologiques par les graphes paysagers, dans l'analyse des impacts des infrastructures à l'échelle régionale. Cette démarche, fondée sur la modélisation, a permis de démontrer l'influence du réseau écologique du chevreuil dans la localisation des collisions entre les individus de cette espèce et les véhicules empruntant le réseau de la DIR est en Franche-Comté. Le travail a également permis de proposer un cadre méthodologique pour localiser l'impact potentiel de la branche est de la LGV Rhin-Rhône sur la distribution d'une espèce, et estimer la distance de perturbation de cette infrastructure. Enfin, deux démarches sont proposées pour évaluer quantitativement et hiérarchiser des aménagements afin d'éviter ou d'atténuer ces impacts. Les résultats montrent la pertinence de l'intégration des réseaux écologiques dans les études d'impacts des infrastructures de transport.

Le processus d’urbanisation conduit à un ensemble de transformations et perturbations qui peuvent avoir des conséquences sur la flore spontanée. Ce travail de thèse porte sur les communautés végétales des espaces herbacés ordinaires distribués au sein 3 aires urbaines de l’ouest de la France : Angers, Nantes et la Roche-sur-Yon. A travers deux approches, taxonomique et fonctionnelle, l’objectif est d’analyser les variations de diversités et de composition floristiques le long de gradients paysagers (notamment d’urbanisation et de connectivité des habitats). Ces milieux apparaissent diversifiés, tout en ne présentant qu’un faible nombre d’espèces exotiques. Le gradient urbain-rural structure les communautés, établissant notamment de fortes distinctions dans leurs compositions spécifiques, et ce, malgré l’absence de variations en terme de richesse et d’homogénéisation. Ces distinctions sont en lien avec des traits relatifs à leurs exigences écologiques (habitat, pH, humidité, lumière)et au niveau de perturbation plus élevé en ville. Ces relations varient malgré tout selon que l’on considère l’abondance locale ou régionale des espèces suggérant que d’autres mécanismes viennent s’ajouter à ces processus de filtre. La mesure in situ de trois traits fonctionnels (hauteur, SLA et phénologie) montre également l’importance de ce processus de filtre sur les espèces à un niveau intraspécifique. L’ensemble des résultats montre la façon dont ces espèces communes s’assemblent au regard des processus écologiques à l’oeuvre dans des environnements urbains, et permet d’ouvrir des perspect
The process of urbanisation leads to a series of transformations and disturbances that may have consequences for wild plant communities. This thesis presents a study of the plant communities of ordinary grasslands distributed among three cities of western France: Angers, Nantes and La Roche-sur-Yon. Using both taxonomical and functional approaches, the aim is to analyse the variation in plant diversity and composition along landscape gradients, in particular those of urbanisation and habitat connectivity. Such grassland habitats appear to be diverse, despite a low number of exotic species. The urban-rural gradient structures such communities, in particular by strongly modifying species composition; and this despite an absence of variation in species richness or of homogenisation. These modifications in community structure are linked to traits for ecological requirements (for habitat, pH, humidity or light)or for adaptation to higher levels of disturbance in towns. These relationships vary according to species’ local or regional abundance, suggesting that other mecanisms accompany the filtering process. Taking into account three functional traits (height, SLA and phenology) measured in situ shows that the filtering process also has consequences at intraspecific level. Taken together, the results show how common species are assembled in response to ecological processes operating in urban environments and open up new perspectives and applications for the integration of grassland plant communities into biodiversity conservation objectives in urban areas