Dissertations / Theses on the topic 'Contaminació bacteriana'

Aggregatibacter actinomycetemcomitans es una bacteria Gramnegativa anaerobia facultativa, de morfología bacilar o coco-bacilar, frecuentemente asociada a procesos patológicos de la cavidad bucal como la gingivitis, la periodontitis juvenil o la periodontitis progresiva aguda. El papel de su membrana externa en la resistencia a los antibióticos de uso común en odontología se conoce poco.

En nuestro trabajo hemos procedido al aislamiento e identificación de una serie de cepas de A. actinomycetemcomitans procedentes de muestras clínicas de casos especialmente graves de periodontitis agresivas y menos agresivas, que hemos comparado con dos cepas referencia de laboratorio. Hemos comprobado como tanto los patrones de susceptibilidad antibiótica frente a antibióticos de uso común en odontología, como los perfiles de proteínas de membrana externa estudiados mediante electroforesis en geles desnaturalizantes de acrilamida (SDS-PAGE), no varían significativamente entre unas cepas y otras, no presentando la variabilidad esperada. Además, una de las proteínas de membrana externa presente en todas las cepas, la denominada según su peso molecular como Omp 39, cumple la mayoría de las condiciones que presentan las porinas, habiéndose puesto de manifiesto su actividad formadora de poro mediante experimentos en Planar Lipid Bilayer, en los que muestra una conductancia de 0.75nS en KCl 1M y un tamaño de poro de alrededor de 0.73nm.

Además, se ha demostrado la presencia funcional de una bomba de reflujo tipo acrAB, inhibible por CCCP, habiéndose detectado por amplificación la presencia de los genes que la codifican.

La presencia de una única pequeña porina en la pared celular de Aggregatibacter actinomycetemcomitans, unido a la ausencia de otros mecanismos de resistencia comunes como la existencia de integrones con genes de resistencia, podría condicionar su demostrada resistencia a ciertos tipos de antibióticos.

Una de les complicacions més greus de les Úlceres per Pressió (UPP) és la infecció. Tot i que la presència de gèrmens al llit de les UPP és un fet generalitzat, això no implica que totes les UPP estiguin infectades, només ho estan si aquests aconsegueixen envair teixits submarginals, provocant un quadre clínic en l'hoste. Existeixen diferents tècniques per identificar aquesta invasió i establir un diagnòstic i indicació terapèutica correcta. Es porta a terme un estudi amb disseny transversal i multicèntric en el qual s’estudien 77 persones amb UPP (33 dones i 44 homes) i que presenten 117 UPP. S'analitza la prevalença d'infecció depenent de la tècnica diagnòstica utilitzada: frotis superficial, signes clínics clàssics d'infecció o punció percutània (PIAP), destacant l'alta prevalença en tots els casos. Es descriu l'epidemiologia dels microorganismes trobats a la superfície i els teixits profunds, sent el microorganisme més freqüent en ambdós casos el Staphylococcus aureus. S'analitza la concordança de les diferents tècniques entre si i es descriu la sensibilitat i especificitat del frotis i els signes clínics clàssics a l'hora d'identificar els microorganismes a les UPP. Els resultats qüestionen l'ús del frotis com a eina diagnòstica d'infecció en UPP basant-se en la seva baixa especificitat i en la manca de concordança entre els cultius de superfície i profunditat, cosa que implica una sobreestimació de la infecció si s'utilitza el frotis. Es realitza també una estimació dels costos derivats de la utilització d'una o altra tècnica de recollida de mostres i s’estima el cost mitjà de tractament per a qualsevol estadiu/categoria d’UPP en 96,95 € al dia utilitzant el frotis i en 76,38 € si s'utilitza la PIAP, el que suposa un cost un 26,9% inferior.
Una de las complicaciones más graves de las Úlceras por Presión (UPP) es la infección. Aunque la presencia de gérmenes en el lecho de las UPP es un hecho generalizado, eso no implica que todas las UPP estén infectadas, solo lo están si éstos consiguen invadir tejidos submarginales, provocando un cuadro clínico en el huésped. Existen diferentes técnicas para identificar dicha invasión y establecer un diagnóstico e indicación terapéutica correcta. Se lleva a cabo un estudio con diseño transversal y multicéntrico en el que estudian 77 personas con UPP (33 mujeres y 44 hombres) y que presentan 117 UPP. Se analiza la prevalencia de infección dependiendo de la técnica diagnóstica utilizada: frotis superficial, signos clínicos clásicos de infección o punción percutánea (PIAP), destacando la alta prevalencia en todos los casos. Se describe la epidemiología de los microorganismos hallados en la superficie y los tejidos profundos, siendo el microorganismo más frecuente en ambos casos el Staphylococcus aureus. Se analiza la concordancia de las diferentes técnicas entre sí y se describe la sensibilidad y especificidad del frotis y los signos clínicos clásicos a la hora de identificar los microorganismos en las UPP. Los resultados cuestionan el uso del frotis como herramienta diagnóstica de infección en UPP basándose en su baja especificidad y en la falta de concordancia entre los cultivos de superficie y profundidad, lo que implica una sobreestimación de la infección si se utiliza el frotis. Se realiza también una estimación de los costes derivados de la utilización de una u otra técnica de recogida de muestras y se estima el coste medio de tratamiento para cualquier estadio/categoría de UPP en 96,95 € al día utilizando el frotis y en 76,38 € si se utiliza la PIAP, lo que supone un coste un 26,9% inferior.
One of the most serious complications of pressure ulcers (UPP) is infection. Although the presence of germs in the bed of the UPP is widespread, it does not mean that all the UPP are infected, it is the case only if these germs invade submarginal tissues, causing clinical symptoms in the host. There are different techniques to identify such invasion and establish a correct diagnosis and therapeutic indication. It is carried out a cross-sectional, multicentre study with 77 people with UPP (33 women and 44 men) presenting 117 UPP. We analyse the prevalence of infection depending on the diagnostic technique used: surface swab, classical clinical signs of infection or percutaneous puncture (PIAP), highlighting the high prevalence in all cases. We describe the epidemiology of the microorganisms found in the surface and deep tissues, being the Staphylococcus aureus the most common organism in both. We analyse the consistency of the different techniques together and describe the sensitivity and specificity of the swab and the classical clinical signs in identifying the microorganisms in UPP. The results question the use of the swab as a diagnostic tool in UPP infection based on its low specificity and lack of consistency between the surface and deep cultures, implying an overestimation of infection when using the swab. We also do an estimation of the costs derived from using either technique for any UPP, being the cost of the treatment using the swab as the diagnostic method of 96.95 € per day and 76.38 € if using the PIAP, which is 26.9% lower.

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are ubiquitous in the environment due to accidental spills during use, transport and storage of petroleum and coal derivatives. Their high chemical stability and hydrophobicity confers them recalcitrance. Because of their great persistence in the environment, toxicity and carcinogenicity, these compounds are on the list of priority pollutants. The most sustainable way to remove these compounds from soil without damaging its ecological structure and function is bioremediation. This technology uses the metabolic capabilities of microorganisms to decontaminate (degrade) polluted sites. Microorganisms act on the environment interconnected by metabolic networks, in which the byproducts generated by certain populations are utilized for others as a carbon source. Until recently, the PAH biodegradation studies were conducted by exposing individual compounds to pure strains. However, to improve the technology of bioremediation is necessary to unravel how these metabolic networks function in situ. The main objective of this Thesis was to contribute to the elucidation of microbial processes occurring in situ during PAH biodegradation in soils. Thus, two main approaches were used. First, the high molecular weight (HMW) PAH-degrading community of a creosote polluted soil was selected and characterized by new enrichment method using a biphasic system consisting of mineral medium and sand coated with a creosote NAPL previously biodegraded. Once the community became stable, its degrading potential was determined. In 12 weeks, consortium UBHP was able to significantly remove the compounds from 2 to 6 rings (90% fluoranthene, pyrene 90%, 66% benz(a)anthracene and chrysene 59%) and their alkylated derivatives. Key populations of this consortium were identified, based on their responses to specific substrates, phylogenetic, functional and metabolomic profiles, and recovery in pure culture. The phylotypes who played a key role in the degradation of HMW PAHs corresponded to Sphingobium, Sphingomonas, Achromobacter, Pseudomonas and Mycobacterium. Furthermore, the microbial processes driving the PAH removal in situ during the laboratory bioestimulation of a real creosote polluted soil were investigated. The degradation kinetics of PAHs, oxy-PAHs and N-PACs, together with the formation and/or accumulation of possible acidic products were correlated with key phylotypes and community shifts. A real-time insight into the community dynamics was obtained from the combined analysis of changes in global (genes) and active (transcripts) microbial communities, both at the phylogenetic (16S rRNA) and functional (genes RHD) level. The addition of nutrients resulted in a significant and substantial biodegradation of PAHs with 2, 3, 4 and 5 aromatic rings (93%) and the N-PACs (85%) at 150 days of incubation. During the highest degradation rates there was a transient peak of accumulation of both oxy-PAH and acid metabolites, which were later removed by the microbial populations present in the soil. The nutrient addition also resulted in a higher expression levels in both functional and structural genes, and the genera involved in the disappearance of such compounds were identified as Pseudomonas, Pseudoxanthomons, Achromobacter, Sphingobium, Olivibacter and Mycobacterium.
Los hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAPs) predominan en numerosos emplazamientos contaminados en Europa. Debido a su alta persistencia en el medio y elevada toxicidad y carcinogenicidad, están en las listas de contaminantes prioritarios. La única manera de eliminar estos compuestos del suelo sin dañar la estructura y las funciones ecológicas es la bioremediación, que utiliza las capacidades metabólicas de los microorganismos para la degradación o detoxificación de los contaminantes. Los microorganismos actúan en el suelo mediante redes metabólicas en las que los subproductos de degradación de unas poblaciones sirven de fuente de carbono para otras. Hasta hace pocos años los estudios de biodegradación de HAPs se basaban en cultivos puros y sustratos individuales. Para optimizar las técnicas de bioremediación es necesario saber cómo funcionan esas redes metabólicas in situ. El objetivo principal de esta Tesis es contribuir a la elucidación de los procesos microbianos que tienen lugar in situ durante la biodegradación de los HAPs en suelos. Se seleccionó la comunidad degradadora de HAPs de elevado peso molecular (EPM) de un suelo contaminado mediante un nuevo método de enriquecimiento utilizando un sistema con medio mineral y arena contaminada con creosota previamente degradada. Una vez la comunidad se mantuvo estable, se determinó su potencial degradador. El consorcio UBHP fue capaz de eliminar significativamente los compuestos de 2-6 anillos (90% fluoranteno, 90% pireno, 66% benz(a)antraceno y 59% criseno). Las poblaciones clave de este consorcio fueron identificadas, en base a sus respuestas a sustratos específicos, perfiles filogenéticos, funcionales y de metabolómica, y su recuperación en cultivo puro. Los filotipos clave en la degradación de los HAPs EPM pertenecían a Sphingobium, Sphingomonas, Achromobacter, Pseudomonas y Mycobacterium. Se investigaron los procesos microbianos para la eliminación de HAP in situ durante la bioestimulación del suelo. Las cinéticas de degradación de los HAPs, oxi-HAPs y N-CAPs, junto con la formación y/o acumulación de posibles productos de oxidación, se correlacionaron con filotipos clave y cambios en la comunidad. A partir del análisis de los cambios en las poblaciones globales (genes) y activas (transcritos), tanto desde el punto de vista filogenético (16S ARNr) como funcional (RHD), se obtuvo una visión real de la dinámica de la comunidad. La adición de nutrientes promovió la biodegradación significativa de los HAPs de 2-5 anillos (93%) y de N-CAPs (85%). Se produjo la acumulación transitoria de oxi-HAPs y de metabolitos ácidos, que posteriormente fueron degradados. La adición de nutrientes también resultó en un aumento en la expresión de genes estructurales y funcionales. Los géneros principales fueron Pseudomonas, Pseudoxanthomons, Achromobacter, Sphingobium, Olivibacter y Mycobacterium.

La presente tesis titulada Técnicas moleculares para la caracterización microbiológica de los procesos de eliminación de nutrientes en las EDARs, se ha desarrollado desde dos puntos de vista, el primero fue la puesta a punto de diferentes técnicas moleculares para la caracterización de las comunidades microbianas, especialmente las comunidades responsables de eliminación de nutrientes, presentes en las EDARs. El segundo fue la aplicación de las técnicas, desarrolladas en el primer punto, para cuantificar y caracterizar las distintas comunidades microbianas y su relación con el funcionamiento de los procesos de depuración de las aguas residuales. Los dos bloques mencionados arriba se llevaron a cabo en tres capítulos que forman la columna vertebral de la tesis. En el primer capítulo de la tesis se desarrollaron y aplicaron las técnicas de citometría de flujo y microscopía de epifluorescencia para la cuantificación numérica y de viabilidad de las células procariotas presentes en los reactores biológicos de dos EDARs que funcionan con proceso de fangos activos con aireación prolongada. Durante varios meses muestras de fangos activos han sido analizadas a escala de laboratorio aplicando las técnicas de citometría y microscopía de epifluorescencia combinadas con fluorocromos de marcaje molecular de los ácidos nucleicos. La realización fiable de los análisis con ambas técnicas solo ha sido posible tras un tratamiento previo de las muestras mediante un protocolo de desagregación de los flóculos de fangos presentes en las muestras. Los resultados se compararon entre ambas técnicas, los resultados no revelaron diferencias significativas entre sí. Sin embargo la técnica de citometría mostró ser la mejor opción debido a la sencillez y rapidez de los análisis. Por otra parte la caracterización de las EDARs estudiadas mostró una gran estabilidad del proceso de fangos activos con aireación prolongada, una de las características más destacadas del sistema que le otorga la gran aplicabilidad que tiene dentro de los procesos de fangos activos y sus variantes. En el segundo capítulo se aplicó la técnica de hibridación In situ fluorescente junto con la técnica de DAPI para cuantificar y caracterizar las comunidades nitrificantes y bacterias totales, respectivamente, en una planta piloto de nitrificación parcial con sistema de lechos móviles (carriers). Ambas técnicas mostraron su gran utilidad en base a los resultados obtenidos que fueron en acuerdo con el funcionamiento observado en la planta piloto. En este capítulo se logró obtener un sistema de nitrificación parcial en base a los parámetros operacionales sobre todo mediante el control de la temperatura del sistema y el tiempo de retención hidráulico. Por último, en el capítulo tres, se ha investigado un nuevo enfoque de diseño de estándares para la técnica de qPCR para la cuantificación y caracterización de las comunidades microbianas presentes en tres EDARs con procesos operacionales biológicos distintos. La técnica de diseño de estándares aplicada fue la técnica de Double-stranded gBlocks Gene Fragments. Los microorganismos estudiados fueron las bacterias totales, bacterias nitrificantes, arqueas, microorganismos acumuladores de polifosfato. Estos últimos fueron estudiados mediante la técnica de FISH por falta de sondas fluorogénicas específicas para su cuantificación mediante qPCR. Los resultados obtenidos mostraron la gran utilidad de la técnica de gBlocks como método fácil, rápido y asequible para el diseño de estándares. Todos los estándares estudiados fueron mejorados. El estudio de las EDARs tanto a nivel microbiológico como operacional reveló ciertas correlaciones significativas entre ambas partes, mientras otras no fueron muy concluyentes debido a varios factores como pueden ser limitaciones del método de extracción de ADN, el nivel especificad de algunas sondas de ADN. Todas estas hipótesis se han de estudiar más adelante con el objetivo de entender mejorar algunas estas correlaciones.

El problema de la contaminación ambiental con petróleo es de vital importancia, ya que causa efectos perjudiciales en los ecosistemas terrestres y acuáticos. La biodegradación de hidrocarburos en suelos, es una alternativa para el tratamiento de la contaminación con petróleo. En el presente estudio se ha evaluado la capacidad degradadora de bacterias, frente a los hidrocarburos componentes del petróleo de manera cuantitativa y cualitativa, mediante el uso de la bioestimulación con nitrógeno, fósforo y potasio y la bioaumentación. Se compararon 5 terrarios conformados de la siguiente manera: el primero por bacterias bioaumentadas reintroducidas con fertilizantes inorgánicos (B+F), el segundo por bacterias bioamentadas reintroducidas sin fertilizante (B-F), el tercero por bacterias nativas con fertilizantes inorgánicos (N+F), el cuarto por bacterias nativas sin fertilizantes inorgánicos (N-F) y el quinto el control abiótico (CA).
--- The environmental contamination problem whit oil spills mainly crude is important for the bad effects in earth and water ecosistems. In the present study the capacity of bacterial for the hydrocarbons degradation cuantitative and cualitatively with use of inorganica fertilizers with nitrogen, phosfore and potassium (biostimulation) and the enhanced of bacterial cultures (bioaumentation). We compared 5 containers: the first with enhanced bacterial culture and the inorganic fertilizers (B+F), the second with a enhanced bacterial cultures witout inorganic fertilizers (B-F), the third with bacterial cultures isolated of Cañete soil with inorganic fertilizers (N+F), the fourth with bacterial cultures isolated of Cañete soil without inorganic fertilizers (N-F) and the fifth, abiotic control (CA).
Tesis

O objetivo do presente estudo foi verificar a influência de diferentes pontos de risco de contaminação bacteriana durante a coleta do ejaculado suíno e seus efeitos sobre a qualidade da dose inseminante (DI). O experimento foi realizado em quatro centros de difusão genética (CDG), nos quais as coletas dos ejaculados foram observadas buscando possíveis pontos de risco de contaminação. Posteriormente, o sêmen in natura e 2 DIs, provenientes da coleta observada, foram avaliados no que se refere à quantificação bacteriana, morfologia e motilidade espermática e pH. Além do ejaculado, amostras de água e diluente foram avaliadas quanto ao número de unidades formadoras de colônia (UFC). Pêlos prepuciais compridos (>1,0 cm), a higiene da luva de coleta, líquido pingando pela mão do coletador para o interior do recipiente de coleta e a duração da coleta foram os 4, dentre os 12 fatores avaliados, que levaram a um aumento no percentual de ejaculados com valor superior a 220 UFC mL-1 de mesófilos aeróbios (P<0,05). Foi avaliado o efeito isolado ou associado de sete fatores (reprodutor sujo, óstio prepucial sujo, divertículo prepucial grande, pêlos prepuciais compridos, luva de coleta suja, pingos pela mão do coletador para dentro do recipiente de coleta e pênis escapou durante a coleta) que pudessem resultar diretamente na contaminação do ejaculado. Houve aumento significativo do número de ejaculados com contaminação superior a 220 UFC mL-1, a partir da associação de 2 fatores, quando comparados aos ejaculados obtidos em coletas sem nenhum fator predisponente para contaminação. Ao classificar as DIs conforme o grau de contaminação do diluente foram observadas redução na motilidade e no pH e aumento nas alterações de acrossoma das DIs, ao longo das 168 horas de armazenamento, no grupo cujo grau de contaminação do diluente foi superior a 14000 UFC mL-1 versus o grupo com contaminação inferior a 330 UFC mL-1. Doses inseminantes provenientes de ejaculados mais contaminados apresentaram maior grau de contaminação bacteriana. Aparentemente, quando o ejaculado é coletado com um protocolo de contaminação mínima, dificilmente seu grau de contaminação será capaz de produzir efeitos deletérios na qualidade da DI, exceto quando a origem da contaminação for proveniente de falhas higiênicas na linha de processamento das mesmas. A produção de DIs com alta qualidade do ponto de vista bacteriano, somente será possível com um rigoroso controle higiênico na linha de processamento, principalmente no que diz respeito à água e ao diluente, associados a um protocolo de contaminação mínima durante a coleta.
The aim of this study was to check the influence of different risk of factors for bacterial contamination during the collection of ejaculate and the effects in boar extended semen quality. The experiment was conducted in four boar studs, where semen collection was observed, searching for possible risk of factors for bacterial contamination. The ejaculate and two extended semen doses, deriving from the observed collection, were evaluated in regard to numbers of colony-forming units (CFU), sperm morphology and motility, and pH. Water and extender samples were also evaluated for CFU. Long preputial hair (>1 cm), the hygiene of the collection glove, liquid trickling from the hand of the technician into the semen container and the duration of the collection were the four, from twelve factors evaluated, that lead to an increase in the percentage of ejaculates with more than 220 CFU mL-1 of aerobic mesophiles (P<0.05). The isolated or combined effect of seven factors (bad hygiene of boars, dirty preputial ostium, large preputial diverticulum, long preputial hair, dirty collecting glove, liquid trickling from the hand of the technician into the semen container and escape penis during the collection), that could directly result in the contamination of ejaculates was evaluated. There was a significant increase in the number of ejaculates contaminated with more than 220 CFU mL-1 when two or more factors were associated, compared to ejaculates obtained from collections without any predisponent factors. When the extended semen doses were classified according to the degree of contamination of the extender, a decrease in motility and pH and an increase on acrosome alterations in extended semen, during 168 hours of storage, were verified in the group where the degree of contamination was higher than 14,000 CFU mL-1 versus the group with lower than 330 CFU mL-1. Extended semen derived from more contaminated ejaculates showed a higher degree of bacterial contamination. Apparently, when the ejaculate was collected with minimum contamination protocol, its degree of contamination will hardly be able to produce effects in the extended semen quality, unless when the source of contamination was hygienic failure in the processing. The production of semen extended with high quality in the bacterial point of view will only be possible with a strict hygienic control in the processing, mostly in respect to water and extender, associated with minimum contamination protocol during the collection.

The main goal of this PhD thesis was the study of the ammonium oxidation process in high nutrient loaded urban streams. We aimed to unveil regulating factors and driving mechanisms from the organisms to the ecosystem scales using a combined biogeochemistry-microbial ecology approach. Ammonia oxidization is the first and rate-limiting step of nitrification. Nitrification is the key process linking nitrogen (N) inputs (fixation, mineralization) and losses (denitrification, anamox) in the aquatic ecosystem. Ammonia oxidizing archaea (AOA) and bacteria (AOB) drive this process through the enzyme ammonia monooxygenase. Although sharing a common function, AOB and AOA are phylogenetically distinct, suggesting different evolution and phenotypic characteristics. AOA and AOB were detected in the stream biofilms. The abundance, community composition and distribution of these microbial components were driven by environmental physical and chemical conditions, mainly ammonia (NH4) concentrations and sun irradiance. Ammonia oxidizing activity in biofilms under low NH4 availability was low and only 2 % of the inorganic NH4 was nitrified. Under these conditions AOA dominated ammonia oxidizing community and were key players of the observed ammonia oxidation (Nitrososophaera cluster). Conversely, under high NH4 load in the stream up to 100 % of the inorganic NH4 was oxidized to nitrate (NO3). Such high ammonia oxidizing activity was mostly driven by AOB (Nitrosospira and N. oligotropha clusters). Under these conditions AOB outnumbered AOA by orders of magnitude. AOA in contrast were poorly active under high NH4 concentrations and a consistent community composition shift was observed between high and low NH4 conditions. In laboratory cultures the growth of AOA and AOB was immediately inhibited by light. In particular, at lower light intensities, archaeal growth was much more photosensitive than bacterial growth and unlike AOB, AOA showed no evidence of recovery during dark phases. These findings provide evidence for niche differentiation in aquatic environments and suggested light as a main driving factor for the distribution and activity of ammonia oxidizers in the aquatic environment. Accordingly, in early stage biofilms developing on streams cobbles the percentage of ammonia oxidizers was higher in darkness (i.e., sediment facing side or dark-side biofilms) than in biofilms grown on the upper, light exposed side of the cobbles (light-side biofilm). However, this spatial segregation was missed in mature biofilms suggesting that the complex microbial structure present in light-side biofilms may protect both AOA and AOB against photoinhibition. This finding was further confirmed by a significant relationship found between light-side biofilm biomass and the abundance of ammonia oxidizers in situ. In contrast, for dark-side biofilms the relationship was missed. Therefore, irradiance was not an inhibitory factor for AOA and AOB in mature light-side biofilms probably due to an “umbrella effect”. The umbrella effect and the fact that AOA and AOB were highly abundant in the sediment (light avoiding strategy) are probably the reasons why nitrification at the ecosystem scale was independent from both light intensity and dial light cycling. Altogether these results highly contributed to improve the current knowledge on nitrification in urban streams and provided insights on niche differentiation between AOA and AOB.
El objetivo de esta tesis ha sido el estudio de los mecanismos y factores reguladores del proceso microbiano de oxidación del amonio (NH4) en ríos urbanos afectados por vertidos de depuradoras. Arqueas (AOA) y bacterias (AOB) oxidadoras de amonio (OA) fueron detectadas en comunidades microbianas (biofilms) desarrolladas sobre los cantos rodados del río. Su abundancia, composición, distribución y actividad fueron examinadas, con técnicas de ecología microbiana molecular y de biogeoquímica fluvial, en estudios realizados con cultivos, microcosmos e in situ. Tanto la concentración natural de amonio (NH4) como la radiación solar fueron factores clave en la regulación de dichos parámetros de los AO. En condiciones ambientales de baja concentración de NH4, las AOA (cluster Nitrososophaera) dominaron la comunidad de OA, mostrando una baja actividad nitifricante. Bajo altas concentraciones de NH4, las AOB eran dominantes (clusters Nitrosospira y N. oligotropha) y mostraban una alta actividad. En cultivos monoespecíficos, el crecimiento de AOA y AOB fue inmediatamente inhibido por luz. Las AOA mostraron una mayor fotosensibilidad y una menor capacidad de recuperación que las AOB. Estos hallazgos sugerían que la luz podría ser un factor determinante en la distribución y actividad de OA en ecosistemas naturales. En concordancia, en biofilms naturales incipientes se observó mayor preferencia de las OA para colonizar las superficies orientadas hacia el sedimento que para colonizar superficies orientadas hacia la luz solar. Esta segregación espacial no se observó en biofilms maduros. Además, se observó una relación significativa entre biomasa total y abundancia de OA para los biofilms del lado luminoso pero no para los del lado oscuro. Este hecho sugiere la existencia de un efecto fotoprotector in situ (efecto “sombra”). Este efecto podría explicar porque la nitrificación medida a nivel de tramo fluvial fue independiente de la intensidad de la luz y del ciclo solar diario. Las poblaciones de OA fueron también abundantes en el sedimento. Sin embargo, la partición de la contribución de sedimento y biofilms a la nitrificación de un tramo fluvial desveló un papel proporcional preponderante de las poblaciones de OA que se desarrollan en biofilms protegidos de la luz.

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Las quinolonas y fluoroquinolonas han sido ampliamente utilizadas en producción animal. Sin embargo su uso terapéutico no está exento de riesgos en la salud pública, fundamentalmente en lo que se refiere a la presencia de residuos de estos fármacos en los productos de origen animal, su consecuencia toxicologica, y la generación de resistencia en bacterias transmitidas al hombre. El método analítico utilizado para la determinación de flumequina en huevos, fue previamente validado de acuerdo a las recomendaciones de la Decisión 2002/657/CE de la Comunidad Europea. Para la detección y cuantificación de la flumequina en clara y yema se utilizó Cromatografía Líquida de Alto Rendimiento (HPLC) con detector de fluorescencia. El límite de detección de la técnica fue de 0,5 ηg/g, y la recuperación mayor al 80% en promedio. Para la determinación del período de resguardo en huevos, se administró una formulación comercial de flumequina al 20% durante 5 días consecutivos, a gallinas ponedoras; fueron analizadas las claras y yemas por separado durante y posterior al tratamiento. Las concentraciones de flumequina durante el tratamiento fueron elevadas superando los 6000 ηg/g en clara, y los 600 ηg/g en yema, y alcanzándose el peak de concentración al tercer día de tratamiento en los dos compartimentos del huevo. Al finalizar el tratamiento los niveles de concentración decrecieron considerablemente en los primeros 5 días, por debajo de 220 ηg/g y 112 ηg/g en clara y yema respectivamente, llegando a concentraciones por debajo del límite de detección (0,5 ηg/g), a los 35 días posterior al término del tratamiento en clara y a los 20 días en yema. El período de resguardo fue de 46 días al aplicarse un margen de seguridad de un 30%, y utilizándose la flumequina en la dosis y ritmo horario determinado por este estudio. Según los resultados obtenidos en este estudio las concentraciones de flumequina se depletaron por un período más prolongado en claras por lo que se podría tomar éste compartimento como tejido marcador

Objective: Determine the bacterial microorganisms present in sprays originated by dental handpieces according to it´s location and time spent on Clinica Docente de la UPC´s environment. Materials and methods: A total of 90 blood agar plates were used in three groups of 30 plates each. The first group consisted of 30 control plates that were exposed before the opening of the clinical shift and without contact with patients. The second group also consisted of 30 plaques that were exposed to the aerosols for fifteen minutes. Two plates were used for each dental unit, located in two different sites. One plaque was placed in the lavatory and the other on the patient's breast. The third group of plaques were exposed under the same protocol, but for 120 minutes. Subsequently, counts of Colony Forming Units (UFC), Gram staining and identification tests were performed, with the objective of identifying the genus of microorganisms in the oral cavity. Results: Most bacteria found are Gram positive belonging to Staphylococcus spp and Streptococcus spp. Conclusions: There is more bacterial contamination near a rotating instrument and a longer time of its use.
Tesis

El problema de la contaminación ambiental con petróleo es de vital importancia, ya que causa efectos perjudiciales en los ecosistemas terrestres y acuáticos. La biodegradación de hidrocarburos en suelos, es una alternativa para el tratamiento de la contaminación con petróleo. En el presente estudio se ha evaluado la capacidad degradadora de bacterias, frente a los hidrocarburos componentes del petróleo de manera cuantitativa y cualitativa, mediante el uso de la bioestimulación con nitrógeno, fósforo y potasio y la bioaumentación. Se compararon 5 terrarios conformados de la siguiente manera: el primero por bacterias bioaumentadas reintroducidas con fertilizantes inorgánicos (B+F), el segundo por bacterias bioamentadas reintroducidas sin fertilizante (B-F), el tercero por bacterias nativas con fertilizantes inorgánicos (N+F), el cuarto por bacterias nativas sin fertilizantes inorgánicos (N-F) y el quinto el control abiótico (CA).
--- The environmental contamination problem whit oil spills mainly crude is important for the bad effects in earth and water ecosistems. In the present study the capacity of bacterial for the hydrocarbons degradation cuantitative and cualitatively with use of inorganica fertilizers with nitrogen, phosfore and potassium (biostimulation) and the enhanced of bacterial cultures (bioaumentation). We compared 5 containers: the first with enhanced bacterial culture and the inorganic fertilizers (B+F), the second with a enhanced bacterial cultures witout inorganic fertilizers (B-F), the third with bacterial cultures isolated of Cañete soil with inorganic fertilizers (N+F), the fourth with bacterial cultures isolated of Cañete soil without inorganic fertilizers (N-F) and the fifth, abiotic control (CA).
Tesis

Memoria para optar al Titulo Profesional de Médico Veterinario
La oxitetraciclina es un antimicrobiano perteneciente a la familia de las tetraciclinas ampliamente utilizada en animales productivos debido a sus características farmacológicas y adecuada relación costo/efectividad. Es utilizada en las aves productoras de carne y huevos, disminuyendo la incidencia de enfermedades infecciosas de origen bacteriano y las mortalidades relacionadas con éstas. Sin embargo, el uso terapéutico de este fármaco no está exento de riesgos para la salud pública. Estos riesgos se centran fundamentalmente en la generación de resistencia en bacterias zoonóticas y la presencia de residuos en los productos finales generando efectos adversos en la población humana. Con la finalidad de proteger la salud de los consumidores al evitar la presencia de residuos de medicamentos de uso veterinario en alimentos destinados al consumo humano, se han establecido los denominados períodos de resguardo, los cuales se determinan en base a los límites máximos residuales (LMR) definidos para cada principio activo, tejido y especie animal. Los períodos de resguardo son específicos para cada formulación farmacéutica y varían de acuerdo a la dosis administrada, vía de administración y duración de la terapia. En Chile, el Registro Sanitario de los Alimentos ha fijado en 200 μg/kg el LMR para oxitetraciclina en huevos, pero no se ha definido el período de resguardo de este medicamento en gallinas de postura. El objetivo de este trabajo fue evaluar el período de resguardo de una formulación de oxitetraciclina en los huevos obtenidos de gallinas de postura tratados con este fármaco considerando el LMR definido para Chile. Para esto, se validó una metodología analítica mediante HPLC-DAD para la determinación de oxitetraciclina según la normativa de la Unión Europea. Posteriormente, se realizó un estudio de depleción utilizando 12 gallinas ponedoras Leghorn, las que fueron tratadas con una dosis de 40 mg/kg día de oxitetraciclina por vía oral durante un periodo de 10 días consecutivos. Este estudio permitió señalar que la distribución del antimicrobiano se inicia desde el primer día de tratamiento en ambos compartimentos del huevo (clara y yema), sin embargo las concentraciones del antimicrobiano son inferiores en la clara, alcanzando un nivel constante en este compartimiento al tercer de tratamiento. En el caso de la yema, las concentraciones de oxitetraciclina fueron constantes desde el día 10 de tratamiento. Además, las concentraciones presentes en clara no superaron el LMR establecido, contrario a lo observado en yema, en la cual hacia el final del tratamiento se observaron niveles de hasta 1044 μg/kg. De esta manera, la yema corresponde al tejido a considerar como marcador para evaluar el período de resguardo en este alimento. El periodo de resguardo para oxitetraciclina en los huevos, fue de nueve días considerando a la yema como tejido marcador. Esto quiere decir, que posterior a este periodo, los huevos obtenidos de gallinas de postura tratados con este fármaco, pueden ser destinados al consumo humano constituyendo de esta forma un alimento seguro para la población

Os procedimentos de higienização nos matadouros de aves consistem fundamentalmente no uso de água quente, detergentes e sanificantes. Embora a água quente e os detergentes diminuam a carga bacteriana das superfícies, o objetivo principal do seu uso é a remoção de resíduos orgânicos e minerais. A sanitização, que é a última etapa do procedimento de higienização, visa reduzir os microrganismos até níveis seguros, de modo a obter um produto de boa qualidade higiênico-sanitária. Dentre os contaminantes da carne de aves, microrganismos patogênicos apresentam grande relevância como causadores de doenças veiculadas por alimentos e por terem reflexo econômico. Do ponto de vista da segurança e da degradação de alimentos, os biofilmes são importantes devido à sua formação em alimentos, utensílios e superfícies e à sua dificuldade de remoção. Com base na relevância destes temas, nesta tese constam seis trabalhos científicos. No primeiro trabalho foi avaliada a contaminação bacteriana das superfícies em contato com carne de frango através das contagens de microrganismos mesófilos aeróbios, coliformes totais, Escherichia coli, Staphylococcus sp, S. aureus e pesquisa de Salmonella sp. Verificou-se que a E. coli foi detectada na bancada de aço inoxidável e na esteira sobreposta de “nylon”, Staphylococcus sp foi detectado em todas as amostras, S. aureus não foi detectado apenas na bancada de aço inoxidável e em uma das esteiras lisas de poliuretano e Salmonella sp esteve ausente em todas as superfícies analisadas. No trabalho 2 avaliou-se a formação de biofilme em placas de poliestireno por Salmonella Heidelberg isoladas de abatedouros avícolas, cultivadas em caldo TSB com diferentes concentrações de glicose e a hidrofobicidade destas cepas na fase logarítmica (4 h) e na fase estacionária (24 h) do crescimento bacteriano. As S. Heidelberg foram capazes de formar biofilmes no poliestireno, com diferentes fontes de nutrientes, sendo fortemente formadoras de biofilme no caldo TSB sem suplementação de glicose, e foram determinadas como altamente hidrofóbicas e com média hidrofobicidade. O terceiro trabalho foi realizado para comparar o uso de swab e esponja para avaliação de superfícies em contato com alimentos em matadouro de aves. Concluiu-se que não houve diferença estatística entre as duas metodologias para a verificação da higienização em superfícies como as bancadas de aço inoxidável, esteiras de poliuretano, esteira sobreposta de “nylon” e placas de polietileno. No trabalho 4 foi realizada a pesquisa de Salmonella sp e Listeria sp em diferentes superfícies de contato com alimentos e a verificação da eficácia do processo de sanitização. Salmonella sp. não foi isolada em nenhuma das superfícies testadas. Antes da lavagem, isolou-se Listeria welshimeri da esteira de poliuretano e L. monocytogenes da mesa de aço inoxidável, ambas de superfícies contendo resíduos de alimentos. Após a lavagem com água quente isolou-se L. monocytogenes da esteira de poliuretano, sendo que este agente não foi novamente isolado após o tratamento com amônia quaternária a 2%. No trabalho 5 foram avaliadas as condições higiênico-sanitárias das superfícies de uma sala de cortes de abatedouro avícola, utilizando microbiologia convencional (placas Rodac e esponja) e ATP-bioluminescência, para analisar a efetividade da água quente e da ação de três princípios ativos (ácido peracético, amônia quaternária e biguanida) no processo de higienização, quantificando microrganismos mesófilos aeróbios, Staphylococcus aureus, Escherichia coli e ATP. O método ATP-bioluminescência demonstrou a presença de matéria orgânica em todos os pontos coletados e, assim como a microbiologia convencional, também evidenciou a eficácia da higienização, demonstrando ser um método rápido para a verificação e controle do processo. A utilização das placas Rodac possibilitou uma melhor recuperação de microrganismos que a esponja na quantificação de mesófilos aeróbios, E. coli e S. aureus. Houve redução da contaminação após o uso da água quente. Quanto aos sanitizantes, após o uso da amônia quaternária e do ácido peracético, em todas as superfícies avaliadas, não houve mais recuperação de E. coli e S. aureus. No trabalho 6 foi realizada a quantificação da formação de biofilme em poliestireno por Listeria, Escherichia coli e Staphylococcus aureus isolados de superfícies de abatedouro avícola. As amostras de S. aureus formaram biofilme no poliestireno em pelo menos uma das concentrações testadas, sendo fortemente formadoras em caldo TSB com 2 %, 3 %, 3,5 % e 4 % de glicose. As amostras de Listeria demonstraram-se moderadamente formadoras de biofilme em todas as concentrações de glicose testadas, exceto as cultivadas em TSB com 1,5 % glicose, no qual foram não formadoras e fracamente formadoras. Uma amostra, cultivada no caldo TSB com 3,5 % de glicose, foi a única L. monocytogenes considerada fortemente formadora de biofilme. As amostras de E. coli formaram biofilme em pelo menos uma das concentrações testadas, e foram fortemente formadoras quando cultivadas em caldo TSB com 0 %, 3,5 % e 4 %.
Cleaning procedures at poultry slaughterhouses basically include the use of hot water, detergents and sanitizing agents. Although hot water and detergents reduce the bacterial load on surfaces, their main goal is to remove organic and mineral residues. Sanitization, which is the last cleaning step is targeted at reducing the number of microorganisms to safety levels so as to obtain a product of good hygienic and sanitary quality. Among contaminants of poultry meat, pathogenic microorganisms play a key role as causing agents of foodborne diseases and also have a remarkable economic impact. With respect to food safety and degradation, biofilms are important because of their formation on foods, utensils and surfaces and because they cannot be easily removed. Given the relevance of these issues, the present study includes six scientific articles. The first one assessed bacterial contamination of surfaces in contact with poultry meat based on the counting of aerobic mesophiles, total coliforms, Escherichia coli, Staphylococcus sp, S. aureus and investigation of Salmonella sp. E. coli was detected on stainless steel tables and on the overhead nylon conveyor; Staphylococcus sp was detected in all samples; S. aureus was not detected only on stainless steel tables and on one smooth polyurethane conveyor, and Salmonella sp was not detected in any of the surfaces analyzed. The second article assessed biofilm formation on polystyrene cutting boards by Salmonella Heidelberg isolated from poultry slaughterhouses, grown in TSB at different glucose concentrations, in addition to the hydrophobicity of these strains in the logarithmic phase (4 h) and in the stationary phase (24 h) of bacterial growth. S. Heidelberg strains were capable of forming biofilm on polystyrene, at different nutrient concentrations, and turned out to be strong biofilm producers in TSB without glucose supplement, being regarded as highly and moderately hydrophic. The third article compared the use of swab and sponge in the assessment of surfaces in contact with foods at a poultry slaughterhouse. It concluded that there was no statistical difference between the two methods used to check the cleaning of surfaces such as stainless steel tables, polyurethane conveyors, overhead nylon conveyors and polyethylene cutting boards. Article 4 investigated Salmonella sp and Listeria sp on different surfaces in contact with foods and the efficacy of the sanitization process. Salmonella sp. was not isolated on any of the surfaces analyzed. Before washing, Listeria welshimeri was isolated from the polyurethane conveyor and L. monocytogenes from the stainless steel table, both from surfaces that contained food residues. After hot water washing, L. monocytogenes was isolated from the polyurethane conveyor, but this pathogen was not detected again after cleaning with 2% quaternary ammonium. Article 5 assessed the cleaning and hygiene of surfaces in the cutting room of a poultry slaughterhouse using conventional microbiological methods (Rodac plates and sponge) and ATP-bioluminescence to assess the effectiveness of hot water and the action of three active ingredients (peracetic acid, quaternary ammonium and biguanide) in the sanitization process, quantifying aerobic mesophilic microorganisms, Staphylococcus aureus, Escherichia coli and ATP. The ATP-bioluminescence assay revealed presence of organic matter at all sites analyzed and, as with conventional microbiology, it also demonstrated that sanitization was efficacious, proving that it is a quick method for inspecting and controlling the process. The use of Rodac plates allowed for better recovery of microorganisms than the sponge in the quantification of aerobic mesophiles, E. coli and S. aureus. Contamination was reduced after hot water use. With regard to sanitizing agents, E. coli and S. aureus were no longer detected on any of the surfaces analyzed after the use of quaternary ammonium and peracetic acid. The last article quantified biofilm formation on polystyrene by Listeria, Escherichia coli and Staphylococcus aureus isolated from surfaces at a poultry slaughterhouse. S. aureus strains formed biofilm on polystyrene at least at one of the concentrations tested, being strong biofilm producers in TSB with 2, 3, 3.5 and 4% of glucose. Listeria strains were moderate biofilm producers at all glucose concentrations, except for those grown in TSB containing 1.5% of glucose, in which they did not form biofilm or were weak producers. One L. monocytogenes strain, grown in TSB with 3.5% of glucose, was the only one regarded as strong biofilm producer. E. coli strains analyzed formed biofilm at least at one of the concentrations and were strong biofilm producers when grown in TSB with 0, 3.5 and 4% of glucose.

A bacteriospermia pode prejudicar a qualidade das doses de sêmen suíno. Desta forma, a adição de antimicrobianos (ATM) aos diluentes de sêmen é imprescindível para a manutenção da qualidade das doses inseminantes. Contudo, a crescente ocorrência de resistência bacteriana tem impulsionado a redução do uso de ATM na suinocultura. Nesse sentido, o armazenamento das doses inseminantes em baixas temperaturas pode ser uma alternativa para a remoção dos ATM dos diluentes comerciais. Sendo assim, no presente estudo, foram realizados dois experimentos para avaliar a qualidade espermática e a contagem de unidades formadoras de colônias (UFC/mL) de doses de sêmen suíno submetidas a baixas temperaturas de armazenamento, na ausência ou presença de ATM. No experimento 1, as motilidades (total e progressiva) das doses com ATM foram maiores conforme aumentou a temperatura de armazenamento (P<0,01). Nas doses sem ATM, as motilidades foram inferiores nas mantidas a 5 °C do que nas demais (P<0,05). O número de UFC/mL foi menor nas doses sem ATM mantidas a 5 e 10 °C do que a 17 °C (P<0,05), mas não houve diferença entre as temperaturas de armazenamento nas doses com ATM (P>0,05). As integridades de acrossoma e de membrana plasmática não foram afetadas (P>0,05) pelo uso de ATM, mas foram influenciadas pela temperatura de armazenamento (P<0,0001) No experimento 2, os machos foram categorizados em BONS e RUINS de acordo com a motilidade progressiva das doses com ATM armazenadas a 5 °C nas 120 h, sendo investigado o efeito dessas categorias sobre as variáveis estudadas. A motilidade total das doses armazenadas a 17 °C foi superior à das mantidas a 5 °C diluídas sem ATM (P<0,05). Os percentuais de motilidade progressiva e de acrossomas normais foram superiores nas doses mantidas a 17 °C do que nas mantidas a 5 °C, com ou sem ATM (P<0,05). O número de UFC/ml foi maior nas doses diluídas sem ATM do que nas demais (P<0,05). Após a categorização dos machos, as motilidades (total e progressiva) foram maiores nos machos BONS do que nos RUINS (P<0,05), sem diferença significativa (P>0,05) nas integridades (acrossomal e de membrana plasmática). Apesar de a qualidade espermática ter sido afetada negativamente pelas baixas temperaturas, o armazenamento das doses de sêmen suíno a 5 °C é possível, uma vez que foi mantida a viabilidade espermática in vitro, por até 5 dias, acima do nível mínimo considerado adequado para a inseminação artificial. Contudo, o uso de doses sem antimicrobianos ainda precisa de otimização, posto que que as baixas temperaturas de armazenamento reduzem, mas não inibem por completo o crescimento bacteriano.
Bacteriospermia can impair boar semen dose quality. Thus, the addition of antibiotics (ATB) is indispensable for maintaining semen doses quality. Nevertheless, growing bacterial resistance occurrence have had driven to a reduction in use of ATB in pig industry. In this sense, storage of semen doses at low temperature may be an alternative to removal ATB of commercial semen extenders. Therefore, the aim of the present study was to assess sperm quality and number of colony-forming units (CFU mL-1) in boar semen doses stored at low storage temperatures with or without ATB, in two experiments. In experiment 1, in semen doses with ATB, total and progressive motility increased as the storage temperature increased (P<0.01). In semen doses without ATB, total and progressive motility were observed to be lower when stored at 5 °C than at 10 and 17 °C (P<0.05). The number of CFU mL-1 was lower in semen doses without ATB stored at 5 and 10 °C than at 17 °C (P<0.05), but there was no difference among storage temperatures in doses with ATB (P>0.05). Acrosome and sperm membrane integrity were not influenced (P>0.05) by using ATB, but they were influenced by storage temperature (P<0,0001) In experiment 2, boars were grouped in GOOD and POOR according to progressive motility in doses stored for up to 120 h at 5 °C. So, the effect of this classification on assessed variables, was investigated. Total motility was higher in doses stored at 17 °C than in doses without ATB stored at 5 °C (P<0.05). The percentages of progressive motility and normal acrosomes were higher in doses stored at 17 °C than in doses stored at 5 °C, with or without ATB (P<0.05). The number of CFU mL-1 was higher in doses without ATB than in remaining ones (P<0.05). Total and progressive motility were observed to be higher in GOOD than in POOR boars (P<0.05). There was no difference between groups of boars in acrosome and membrane integrity (P>0.05). Despite sperm quality was negatively affected by low temperatures, the storage of boar semen doses at 5 °C is possible, since sperm viability in vitro was maintained for up to 5 days, fulfilling the requirements of semen quality to be used in artificial insemination. Nevertheless, the use of semen doses without ATB will need optimization, since low storage temperatures decreased bacterial growth, but not completely inhibit it.

Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado académico de Magíster en Bioquímica área de especialización en Bioquímica Ambiental y Memoria para optar al título profesional de Bioquímico
El valle de Aconcagua es una de las principales zonas agrícolas ubicada en la región de Valparaíso, Chile. La minería del cobre y el empleo de agroquímicos que contienen cobre, ha provocado un incremento en la concentración de este metal en este sector. La presencia de cobre en los suelos disminuye la biomasa y la actividad metabólica bacteriana provocando un menor rendimiento de los procesos biogeoquímicos en los que las bacterias participan. Esto conlleva a una pérdida de la fertilidad de los suelos agrícolas y daños en el ecosistema. En esta tesis se postula que la presencia de cobre en altas concentraciones en los suelos agrícolas de la región de Valparaíso provoca una disminución en la diversidad de las comunidades bacterianas y un incremento de bacterias tolerantes al metal. Para esto se analizaron suelos del valle de Aconcagua que presentaron altas concentraciones de cobre (379, 520 y 784 mg/kg) y un suelo sin contaminación con cobre (control) correspondiente al valle de Casablanca (20 mg/kg). Se determinó el número de bacterias heterótrofas y bacterias tolerantes a cobre (0,8 mM) mediante técnicas de cultivo. Se caracterizaron las cepas bacterianas más tolerantes a este metal. Se determinó la diversidad y riqueza de las comunidades bacterianas de los suelos del valle de Aconcagua y Casablanca mediante la técnica de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE). Los resultados obtenidos indican que el número de bacterias heterótrofas fue similar en los suelos analizados. Sin embargo, el número de bacterias heterótrofas tolerantes a cobre fue significativamente mayor en los suelos contaminados que en el suelo control. De las 92 cepas aisladas cinco presentaron alta tolerancia a cobre (CMI entre 3,1 - 4,7 mM). Las cinco cepas seleccionadas, C21, O4, O12, A32 y A55 presentaron el gen copA que codifica la enzima oxidasa multicobre que confiere resistencia a cobre. O12, A32 y A55 exhibieron resistencia a 17 mM de níquel y presentaron el gen nccA que codifica una de las proteínas que forma parte de la bomba de eflujo que otorga resistencia a níquel. Los aislados C21 y O4 presentaron tolerancia a cromato (4,3 mM). Las cepas O12 y A32 presentaron plásmidos que podrían estar involucrados en la resistencia a metales pesados. La velocidad de crecimiento de la cepa O12 por la presencia de cobre (0,8 y 2,4 mM) no fue afectada. Por otra parte, la riqueza y el índice de diversidad (H) no mostraron diferencias significativas entre las comunidades de los suelos contaminados y el control (p>0,05). La tolerancia a altas concentraciones de metales pesados de las cepas aisladas de los suelos con alto contenido de cobre indica que la presencia de este metal en los suelos ejerce una presión selectiva en las comunidades bacterianas. Esta presión selectiva tiene como consecuencia un aumento en la tolerancia a cobre en las comunidades bacterianas.
The Aconcagua valley, located in the Valparaiso region, is one of the main agricultural areas of Chile. Copper mining and the massive use of copper agrochemicals has led to an increase of copper concentration in soils. Copper reduces biomass and bacterial metabolic activity in soils. Therefore, copper reduces agricultural soils fertility and causes ecosystem damage. This thesis postulates that copper at high concentrations in agricultural soils decreases the bacterial community diversity and increases copper-tolerant bacteria. Soils from the Aconcagua valley with high concentrations of copper (379, 520 y 784 mg/kg) and a soil from the Casablanca valley (20 mg/kg) were analyzed. Heterotrophic bacteria and copper-tolerant bacteria from soils were determined by culture-dependent techniques. Copper resistant bacteria were isolated. Strains with high copper-tolerance were further characterized. The diversity and abundance of bacterial communities in Aconcagua and Casablanca valleys soils were determined by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). The number of heterotrophic bacteria was similar in all soils. The number of copper-tolerant heterotrophic bacteria was significantly higher in copper-contaminated soils than in control soils. 92 bacterial strains were isolated. Five strains, C21, O4, O12, A32, and A55, showed high resistance to copper (MIC 3.1 - 4.7 mM). These 5 strains possess the copA gene that encodes CopA, a protein related to copper resistance. The strains O12, A32 and A55 showed tolerance to nickel (17 mM) and possessed the nccA gene that encodes the protein NccA confering resistance to this metal. Strains C21 and O4 were tolerant to chromate (4.3 Mm). Plasmids ware detected in isolates O12 and A32, which may encode heavy metal resistance genes. The growth rate of strain O12 was not affected by the presence of copper (0,8 mM and 2,4 mM). The richness and diversity index (H) indicated no significant differences between communities from copper-contaminated soils and control soil (<0,05). The copper tolerant strains isolated from contaminated soils suggest selective pressure of copper to bacterial communities. The selective pressure of copper increased copper tolerance of bacterial communities.

La contaminación por hidrocarburos de petróleo en ecosistemas terrestres y acuáticos representa un problema ambiental en todo el mundo, incluyendo el continente Antártico, estos hidrocarburos son utilizados como combustible y traen consigo la contaminación de suelos de las estaciones científicas y zonas aledañas. Existen consorcios bacterianos conformados por bacterias psicrófilas y psicrotolerantes con capacidad bioremediadora, logrando degradar hidrocarburos a bajas temperaturas. En este trabajo se evaluó la eficacia de un consorcio bacteriano aislado de la Base Peruana “Machu Picchu” – Antártida en la bioremediación de suelos, en laboratorio. El consorcio bacteriano psicrotolerante estuvo integrado por: Pseudomonas putida (63Bb, 9Ab, 60Bf y 39 Bfa), Pseudomonas sp. 9Aa, Pseudomonas aeruginosa 63Ba, Aeromonas sp. 39Bf, Stenotrophomonas rhizophila 116B y Paenibacillus lautus (95Fa y 95Fb). Se acondicionaron 3 terrarios (23cm x 12cm x 8cm) con 1.3 Kg de suelo contaminado con petróleo (5% p/p); el primero fue inoculado con el consorcio psicrotolerante, el segundo con un consorcio bacteriano control positivo formado por 2 cepas de Pseudomonas aeruginosa (68P y 202P) y un Bacillus subtilis (202G) aisladas de la zona Norte del Perú y el tercero fue el control abiótico. El proceso duró 180 días a 4 - 5°C, evaluando la biodegradación de petróleo a través de la cuantificación de los hidrocarburos por métodos gravimétrico (3540 EPA-SOXHLET) y saturación de fluidos (API RP40 - RETORTA), conteo de microorganismos viables y medición de los parámetros físico - químicos de cada terrario en intervalos de 30 días. Los resultados mostraron que el crecimiento bacteriano aerobio fue exponencial hasta los 120 días, con un máximo valor de 2.18 x 105 UFC/g y las bacterias psicrotolerantes hidrocarbonoclásticas alcanzaron 4.3 x 104 NMP/g, lo cual coincide con el 57.88% de reducción registrada en 120 días. Finalmente, al cabo de 180 días, se observó reducción mínima de hidrocarburos en los terrarios control positivo y abiótico, 37.30 % y 11.96% respectivamente; alcanzándose en el terrario psicrotolerante una reducción significativa de 58.41% (p<=0.007). Se concluye que este consorcio psicrotolerante fue efectivo en la bioremediación de suelos contaminados con hidrocarburos de petróleo a nivel terrarios, controlando humedad y pH.
Tesis

Magíster en Bioquímica área de especialización Bioquímica Ambiental y Memoria para optar al Título de Bioquímico
Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento hasta enero de 2019
La Antártica es el continente más austral de la tierra, contiene cerca del 80% de las reservas de agua dulce del planeta y presenta una serie de condiciones extremas, como bajas temperaturas y alta radiación ultravioleta. A pesar de esto, el hombre ha sido capaz de sobrevivir en la región y realizar actividades científicas y de explotación durante más de 80 años. Como consecuencia, las distintas zonas habitadas han sufrido contaminación, principalmente asociada a diesel. Este compuesto es nocivo, ya que presenta una gran cantidad de moléculas orgánicas como hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAPs) y compuestos inorgánicos como metales pesados (Cd, Cr y Pb). La descontaminación de HAPs se puede llevar a cabo mediante procesos físicos, químicos y biológicos. Los procesos biológicos representan una opción ecológica, económica y segura, que involucra una menor alteración de los suelos y en consecuencia constituye una excelente alternativa para la descontaminación del territorio Antártico. A la fecha, se ha reportado un gran número de bacterias capaces de degradar HAPs. Sin embargo, debido al Tratado Antártico no está permitido ingresar microorganismos o ADN foráneo al continente, por lo que se hace vital encontrar bacterias nativas que puedan ser usadas en la biorremediación de diesel en Antártica. Debido a su mayor solubilidad en agua, menor toxicidad para el humano y similitud estructural con otros HAPs, el compuesto que se utiliza como modelo para aislar y estudiar microorganismos degradadores de HAPs es el fenantreno. En base a lo expuesto, se planteó la hipótesis: “La presencia de hidrocarburos aromáticos policíclicos y metales pesados en suelos antárticos ha favorecido el desarrollo de bacterias degradadoras de fenantreno resistentes a metales”. El objetivo general de este trabajo fue aislar y caracterizar bacterias antárticas resistentes a metales pesados (Cd, Cr y Pb) y evaluar su capacidad de metabolizar fenantreno. Para esto se utilizó muestras de suelo antártico obtenido de distintas zonas expuestas y no expuestas a diesel, las cuales fueron caracterizadas química y biológicamente. Además, se aisló y caracterizó bacterias degradadoras de fenantreno resistentes a metales y se estudiaron los procesos asociados a la degradación de fenantreno. Durante este trabajo de tesis se utilizó muestras de suelo obtenidas de la 49° Expedición Científica Antártico (ECA 49°): 4 muestras de suelos no expuestos a diesel (A0, B4, C3 y C8) y 4 muestras de suelos expuestos a diesel (D3, D4, E2 y E4). El análisis del suelo determinó la presencia de HAPs en los suelos expuestos a diesel, en promedio 1000 veces más concentrado que en los suelos sin exposición. Además, en los suelos D3 y D4 (suelos expuestos a diesel) se observó una mayor concentración de cadmio y plomo total en comparación a todas las muestras, sobre los 30 y 600 mg Kg-1, respectivamente. Respecto a la caracterización biológica, el suelo expuesto a diesel D4 presentó mayor actividad biológica y número de heterótrofos, relacionado directamente al contenido de HAP (el suelo D4 presentó la mayor concentración del hidrocarburo, ̴ 30 mg Kg-1). De los 8 suelos se aisló 350 microorganismos, de los cuales 53 fueron capaces de degradar fenantreno. Mediante un screening desarrollado durante esta tesis basado en espectroscopía de fluorescencia total asociada a calibración multivariada, se seleccionó 3 aislados por su alto nivel de degradación. Estos microorganismos se caracterizaron, en particular la cepa D43FB (identificada como Pseudomonas flavescens) resiste 25 mg L-1 de Cd+2 y 5 mg L-1 de Cr+6. Además, tras 7 de incubación es capaz de degradar hasta un 80% de fenantreno en medio M9 con el hidrocarburo como única fuente de carbono. Al agregar 0.025, 0.05 y 0.5 mg L-1 de Cd+2 el porcentaje de degradación es 60, 26 y 25 mg L-1, respectivamente. Además, en un proceso de bioaumetación de suelos degrada aproximadamente un 75% de los hidrocarburos presentes en el terrario. Por otro lado, a este aislado se asoció su capacidad de degradar fenantreno a la facultad de formar biopelículas y adherirse a cristales de este compuesto, junto con descartar la liberación de biosurfactante o la quimiotaxis. Siendo una excelente alternativa para más ensayos de biorremediación de suelos. El trabajo planteado tiene profundas implicaciones para estudios en biorremediación y potencialmente podría representar una alternativa de descontaminación de ecosistemas antárticos aprovechando los bio recursos propios de la Antártica. La proyección de este trabajo está asociada a dilucidar completamente los procesos asociados a la degradación de Pseudomonas flavescens D43FB y continuar ensayos de biorremediación en terrarios, y así eventualmente terminar la investigación en un proceso in situ en Antártica
Antarctica is the southernmost continent on earth, contains ~80% of the planet's fresh water and presents a series of extreme conditions such as low temperatures and high ultraviolet radiation. Despite this, the man has been able to survive in the region doing scientific and operational activities for over 80 years. Consequently, various inhabited areas have been contaminated mainly with diesel. This compound is harmful, because it is composed by organic molecules such as polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) and heavy metals (Cd, Cr and Pb). Decontamination of PAHs can be accomplished by physical, chemical and biological processes. Biological processes represent an ecological, economical and safe option that involves a minor alteration of the soil and thus is an excellent alternative for the decontamination of the Antarctic territory. To date, a large number of bacteria capable of degrading PAHs has been reported, however due to the Antarctic treaty is prohibited to enter foreign DNA and microorganisms to the mainland, so it is vital to find native bacteria that can be used in diesel bioremediation. Due to its higher solubility in water, lower toxicity to humans and structural similarities to other PAHs, the compound used as a model to isolate and study PAH degraders is phenanthrene. Based on the above, in this thesis the following hypothesis was proposed: "The presence of polycyclic aromatic hydrocarbons and heavy metals in Antarctic soils has favored the development of phenanthrene degrading bacteria resistant to heavy metals". The overall objective of this work was to isolate and characterize Antarctic bacteria resistant to heavy metals (Cd, Cr and Pb) and assess their ability to metabolize phenanthrene. To accomplish this, Antarctic soils obtained from different areas exposed to diesel were characterized chemically and biologically. Also, phenanthrene degrading bacteria resistant to heavy metals were isolated and characterized, and the degradation mechanisms involved were studied. Soil samples were obtained during the 49th expedition to the Antarctic continent (ECA 49), 4 soils none exposed to diesel (A0, B4, C3 and C8) and 4 soils exposed to diesel (D3, D4, E2 and E4). Soil analysis determined the presence of tri-aromatic polycyclic hydrocarbons in soil exposed to diesel, on average 1000 times more concentrated than in soils with no exposure. Moreover, D3 and D4 soils (exposed to diesel) display a greater cadmium concentration and total lead when compared to all samples, ~30 and 600 mg Kg-1, respectively. Regarding the biological characterization, soil exposed to diesel D4, display greater biological activity and heterotrophes, a result that was directly related to PAH content (D4 soil display the highest concentration of hydrocarbons, ~30 mg Kg-1). This relationship was confirmed by a soil enrichment test with phenanthrene, where it was observed that phenanthrene acts as a supplement in soils exposed to diesel. 350 environmental microorganisms were isolated from the 8 Antarctic soils, 53 of them were able to degrade phenanthrene. Three of them were selected for their high capacity to degrade the hydrocarbon. These isolates were selected through a screening developed during this thesis, based on total fluorescence spectroscopy associated to second order multivariate calibration. Selected isolates were characterized and the resistance to heavy metals was determined. In particular, strain D43FB (corresponding to Pseudomonas flavescens) resists 25 mg L-1 of Cd+2 and 5 mg L-1 of Cr+6. After 7 days, this bacterium was able to degrade ~80% of phenanthrene in M9 medium with the hydrocarbon as a sole carbon source. By adding 0.025, 0.05 and 0.5 mg L-1 of Cd+2 this value decreases to 60, 26 and 25 mg L-1, respectively. Moreover, in a bioaugmentation assay of soil the isolate is capable of degrading ̴75 % of PAH present in the terrarium. In the other hand, the capacity of this microorganism to degrade phenanthrene was associated with their ability to form biofilm and adhere to phenanthrene crystals. The proposed work has profound implications for bioremediation studies and potentially could represent an alternative for the decontamination of Antarctic ecosystems. The projection of this work is linked to fully elucidate the mechanism of degradation of Pseudomonas flavescens D43FB and continue testing bioremediation in terrariums, and so eventually complete the investigation with an in situ process in Antarctica
Fondecyt, INACH T_19-11 e INACH MT-05_13

A pesar de que en el Perú se realiza una intensiva actividad en el sector hidrocarburo, actualmente no existe un inventario de suelos contaminados por petróleo, por lo cual no se conoce la verdadera magnitud de la contaminación; aun cuando las demandas sociales para la aplicación de medidas de mitigación del impacto ambiental son cada vez mayores. La biorremediación se perfila como una alternativa viable a las técnicas físico-químicas de mayor costo e impacto ambiental para el manejo de suelos contaminados; sin embargo, es necesaria su adecuación para cada situación particular, por lo cual en este trabajo se realiza la evaluación de la capacidad degradativa y emulsificante de cepas bacterianas y la formulación de un consorcio para el tratamiento de tierra contaminada con petróleo en una zona específica. Se seleccionaron 30 cepas bacterianas aisladas de canchas de tratamiento de tierra contaminada con petróleo, de las cuales se obtuvieron 44 cepas para su evaluación. Nueve cepas presentaron actividad degradativa y 3 cepas mostraron alta actividad emulsificante, con perfiles degradativo variados en el crecimiento de borra, kerosene, diésel y parafina; se pre-seleccionaron 7 cepas con las mejores características para las ejecución de las pruebas de antagonismo. El consorcio bacteriano se formuló con 3 cepas: Pseudomonas aeruginosa C1BHIC5, Pseudomonas aeruginosa C3ACETC53a y Bacillus subtilis C3ACETC53b, finalmente se determinó que el porcentaje de reducción atribuible al consorcio microbiano formulado es del 25,25%. Estos resultados muestran que cepas aisladas con capacidad hidrocarbonoclástica pueden servir para la formulación de un consorcio aplicable a una situación particular.
Tesis

CONTEXT: Nowadays, cellphones are susceptible to bacterial contamination and, therefore, they are potential reservoirs for disease transmission. The main aim of this study is to evaluate the efficacy of the use of alcoholic agents, in different presentations, for the decontamination of the hands and/or cell phones, therefore, to prevent the contamination of mobile devices. OBJECTIVES: To evaluate the efficacy of the anti-bacterial hand gel versus antibacterial wipes in the decontamination of the hands, to reduce the bacterial contamination of the cellphones of med students. PARTICIPANTS: 60 cellphones of med students in their 6th year at a Peruvian university, 2019 INTERVENTION: An experimental study and cultures of gram-negatives and positive bacteria were carried out before and after a 48-hour intervention. The participants were told to use two different agents with alcohol as they were divided in four groups (n=15 each group). The sample was taken with swabs and enriched transport tubes. The analysis was made by intention to treat. RESULTS: Basal contamination of 53.33%. Bacteria isolated in basal culture: Staphylococcus coagulase negative (36%), Staphylococcus aureus (5%), Pseudomonas stutzeri (3.33%), Bacillus spp (3.33%), Candida sp, Pseudomonas aeruginosa, Bordetella hinzii, Acinetobacter baumanii and Klebsiella Pneumoniae (1.67%). Lower final contamination proportion was found in the phones of the groups that were told to use an alcoholic agent (27-53%), compared to the control group (67%), however p value was not significant. No difference was reported when we compared specific bacteria, except for Enterobacter cloacae (p=0,05) CONCLUSIONS: In the present exploratory study, there was no difference found between the intervention groups, except for Enterobacter cloacae. More studies are required.
INTRODUCCIÓN: Los dispositivos móviles son objetos susceptibles a la contaminación bacteriana y, por lo tanto, potenciales reservorios para la transmisión de enfermedades. El objetivo de este estudio fue evaluar la eficacia del uso de agentes alcohólicos en diferentes presentaciones para demostrar si al utilizarlos en las manos y/o celular, disminuye la contaminación en los celulares. OBJETIVO: Se evaluó la eficacia del alcohol gel versus paños desinfectantes para desinfectar las manos/celular con el fin de reducir la contaminación bacteriana de los dispositivos móviles de los estudiantes de medicina de una universidad privada peruana, 2019. PARTICIPANTES: 60 estudiantes de medicina de sexto año de carrera en una universidad privada peruana, 2019 INTERVENCIÓN: Se realizó un estudio experimental y cultivo de bacterias gramnegativas y positivas antes y después de una intervención de 48 horas basada en el uso de agentes desinfectantes alcohólicos en celulares de 60 estudiantes de medicina de una universidad peruana divididos en cuatro grupos aleatoriamente (n=15 en cada grupo). RESULTADOS: Contaminación basal de 53.33%. Bacterias aisladas en cultivo basal: Staphylococcus coagulasa negativo (36%), Staphylococcus aureus (5%), Pseudomona stutzeri (3.33%), Bacillus spp (3.33%), Candida sp, Pseudomona aeruginosa, Bordetella hinzii, Acinetobacter baumanii y Klebsiella Pneumoniae (1.67%). Se halló menor contaminación final en los participantes de los grupos de intervención (27-53%), en comparación con el control (67%) sin embargo, no fue significativo. Además, no se reportó diferencia alguna cuando se comparó por bacterias específicas, excepto para Enterobacter cloacae (p=0,05) CONCLUSIÓN: En el presente estudio, no hubo diferencias entre los grupos de intervención excepto para Enterobacter cloacae. Se requiere realizar más estudios.
Tesis

Les gastroentérites aiguës affectent chaque année entre un quart et la moitié des personnes dans le Monde. Elles sont causes de morbidité, de mortalité et de coûts de santé importants. Leur transmission directe ou indirecte via l’eau, les aliments, l’air ou les surfaces inertes dépend de leur étiologie (virale, bactérienne ou parasitaire) et du contexte local. Bogotá et sa région présentent plusieurs spécificités : des eaux usées rejetées en rivière souvent sans ou après seulement un traitement primaire, la mise en décharge des papiers toilettes, couches et protections souillés par les excréments, et une consommation de fruits et légumes faible et limitée à des produits bon marché irrigués par des eaux pouvant être contaminées fécalement. Notre thèse visait à évaluer les flux de certains pathogènes entériques de l’Homme dans l’environnement à proximité de Bogotá et à essayer de relier ces flux à la santé de la population.La thèse a associé trois contributions. Premièrement, une méthode de culture du norovirus humain a été mise au point en utilisant des villosités intestinales isolées de souris comme modèle cellulaire présentant toute la diversité des cellules épithéliales intestinales. Plusieurs concentrations en trypsine ont été testées pour activer les norovirus ; la méthode a été appliquée à des échantillons fécaux et environnementaux. Deuxièmement, les contaminations en E. coli et en pathogènes entériques de l’Homme ont été suivies dans des eaux (lixiviat de décharge, eau de ruissellement, rivière, eau d’irrigation, eau potable), des légumes-feuilles mangés crus (blettes) et l'air (au-dessus d’une décharge, en zone rurale, en zone urbaine) dans la région de Bogotá. Troisièmement, l’impact des contextes socioéconomiques et des pratiques individuelles (alimentation, hygiène et santé) sur les cas de gastroentérites aiguës a été testé à partir d’enquêtes réalisées dans un district de Bogotá et analysées par divers outils (analyse en composante principale, modélisation …).Nous avons montré que les villosités intestinales isolées de souris permettent l'infection et la réplication du norovirus humain. Le virus doit être activé avec de la trypsine et a un cycle réplicatif moyen de 10 h. Les villosités sont efficaces pour obtenir un matériel biologique abondant et sont idéales pour étudier l'activité biologique du norovirus ou générer des anticorps. Elles ont permis de voir des norovirus non détectés par méthode moléculaire dans certains excréments ou échantillons environnementaux ; les échantillons positifs par méthode moléculaire ou en immunodot-blot contenaient quasiment tous des norovirus infectieux. Au niveau régional, les rejets d'eaux usées dans les rivières Bogotá et Balsillas et dans le marais Tres Esquinas contaminent le réseau d'irrigation de La Ramada au nord-ouest de Bogotá en E. coli et potentiellement en pathogènes entériques de l’Homme. Les blettes récoltées dans cette zone étaient fortement contaminées, en contraste d’autres zones de culture. Leur contamination évoluait de leur production à leur achat dans les commerces de proximité, les lavages pouvant être contaminants ou décontaminants, les manipulations sur l’étal des marchands étant contaminantes. L’air était souvent contaminé par E. coli et par Shigella spp., sans pouvoir attribuer à la décharge Doña Juana un rôle particulier. La présence de Shigella spp. était observée parallèlement dans plus de la moitié des selles des personnes diarrhéiques. Les enquêtes réalisées ont montré que la fréquence annuelle des gastroentérites aiguës diminuait avec l’accroissement de l’âge des personnes ; elle semblait plus faible dans les foyers avec personnes âgées, peut-être en lien avec des pratiques plus strictes en matière d’hygiène, alimentaire notamment
Acute gastroenteritis affect between a quarter and a half of people in the World each year. They are responsible for significant morbidity, mortality and healthcare costs. Their direct or indirect transmissions via water, food, air or inert surfaces depend on their aetiology (viral, bacterial or parasitic) and the local context. Bogotá and its region have several specificities: wastewater are often discharged into rivers without or after primary treatment only, the deposit in landfill of toilet papers and diapers soiled by excrement, and the low consumption of fruits and vegetables largely restricted to a handful of relatively cheap products that may be irrigated by surface freshwaters heavily contaminated with faeces. Our PhD aimed to assess the fluxes of some human enteric pathogens in the region of Bogotá and to try to relate these fluxes to the population health. The PhD combined three contributions. First, a method for culturing the human norovirus has been developed using isolated mouse intestinal villi as a cell model exhibiting the full diversity of intestinal epithelial cells. Several concentrations of trypsin were tested to activate noroviruses; the method was applied to faecal and environmental samples. Second, contamination with E. coli and some human enteric pathogens was monitored in water (landfill leachate, runoff water, river, irrigation water, drinking water), leafy vegetables eaten raw (chards) and air (above a landfill, in rural areas, in urban areas) in the Bogotá region. Third, the impact of socioeconomic contexts and individual practices (food, hygiene and health) on cases of acute gastroenteritis was assessed from surveys carried out in one district of Bogotá and analysed by various tools (principal component analysis, modelling …). We have shown that mouse isolated intestinal villi allow the infection and replication of human norovirus. The virus has to be activated with trypsin and has an average replicative cycle of 10 h. Villi are efficient in obtaining abundant biological material and are ideal for studying the biological activity of norovirus or for generating antibodies. They made it possible to see infectious noroviruses not detected by molecular method in several faeces and environmental samples; almost all samples positive by molecular method or immunodot-blot contain infectious noroviruses. At the regional level, the discharges of wastewater in the Bogotá and Balsillas rivers and in Tres Esquinas march contaminate the irrigation network of La Ramada area in the northwest of Bogotá with E. coli and potentially human enteric pathogens. Chards harvested in this area were heavily contaminated, in contrast to other growing areas. Their contamination evolved from their production to their purchase in nearby stores, washings increasing or decreasing their contamination, and handling on the merchant's stalls increasing contamination. The air was often contaminated with E. coli and Shigella spp.; it was not possible to detect a particular contribution of the Doña Juana landfill in pathogen aerosolization. The presence of Shigella spp. was observed in parallel in more than half of the stools of people with diarrhoea. Surveys have shown that the annual frequency of acute gastroenteritis decreases with increasing age; it seemed less common in households with elderly people, possibly due to stricter food hygiene practices. A transmission model of acute gastroenteritis distinguishing contamination from outside the households and contaminations between people in the same households did not show significant differences between neighbourhoods. Used to simulate numerical experiments, it suggests working on much higher numbers of surveys
La gastroenteritis aguda afecta entre una cuarta parte y la mitad de las personas en el mundo cada año. Son responsables de importantes costos de morbilidad, mortalidad y asistencia sanitaria. Sus transmisiones directas o indirectas a través del agua, alimentos, aire o superficies inertes dependen de su etiología (viral, bacteriana o parasitaria) y del contexto local. Bogotá y su región aledaña tienen varias especificidades: las aguas residuales a menudo se vierten a los ríos sin o solo después de un tratamiento primario, el depósito de papel higiénico y pañales sucios con excrementos son dispuestos generalmente en un relleno sanitario, y el bajo consumo de frutas y verduras restringido en gran medida a un puñado de productos relativamente baratos pueden ser irrigados por aguas dulces superficiales muy contaminadas con excrementos. Nuestra tesis doctoral tuvo como objetivo evaluar los flujos de algunos patógenos entéricos humanos en la región de Bogotá y tratar de relacionar estos flujos con la salud de la población. El doctorado combinó tres contribuciones. En primer lugar, se desarrolló un método para cultivar el norovirus humano utilizando vellosidades intestinales aisladas de ratón como modelo celular que exhibe la diversidad completa de células epiteliales intestinales. Se probaron varias concentraciones de tripsina para activar norovirus; el método se aplicó a muestras fecales y ambientales. En segundo lugar, se evidenció la contaminación de E. coli y patógenos entéricos humanos en el agua (lixiviados de vertedero, agua de escorrentía, río, agua de riego, agua potable), vegetales de hoja que se comen crudos (acelgas) y aire (sobre un vertedero sanitario, así como en áreas rurales y urbanas) en la región de Bogotá. En tercer lugar, se evaluó el impacto de los contextos socioeconómicos y las prácticas individuales (alimentación, higiene y salud) frente a los casos de gastroenteritis aguda a partir de encuestas realizadas en una localidad de Bogotá y analizadas mediante diversas herramientas (análisis de componentes principales, modelización…). Con este doctorado, hemos demostrado que las vellosidades intestinales aisladas de ratón permiten la infección y la replicación del norovirus humano. El virus debe activarse con tripsina y tiene un ciclo replicativo promedio de 10 h. Las vellosidades son eficaces para obtener abundante material biológico y son ideales para estudiar la actividad biológica de los norovirus o para generar anticuerpos. Ellas permitieron ver norovirus infecciosos no detectados por método molecular en varias heces y muestras ambientales; casi todas las muestras positivas por método molecular o inmunodot-blot contienían norovirus infecciosos. A nivel regional, los vertidos de aguas residuales en los ríos Bogotá y Balsillas y en el humedal Tres Esquinas contaminan la red de riego La Ramada en el noroeste de Bogotá con E. coli y potencialmete con patógenos entéricos humanos. Las acelgas recolectadas en esta área resultaron muy contaminadas, a diferencia de otras áreas de cultivo. Su contaminación evolucionó desde la producción hasta su compra en las tiendas cercanas, los lavados aumentaron o disminuyeron su contaminación y la manipulación en los puestos de comercio aumentaron la contaminación. El aire a menudo estaba contaminado con E. coli y Shigella spp., sin poder atribuir al relleno sanitario Doña Juana un rol particular. A su vez la presencia de Shigella spp. se observó en paralelo en más de la mitad de las deposiciones de personas con diarrea. Las encuestas demostraron que la frecuencia anual de gastroenteritis aguda disminuye respecto al aumento en edad; parecía menos común en hogares con personas mayores, posiblemente debido a prácticas de higiene alimentaria más estrictas. Un modelo de transmisión de gastroenteritis aguda que distinguió la contaminación fuera de los hogares y las contaminaciones entre personas dentro de los mismos hogares no mostró diferencias significativas entre vecindarios

Memoria para optar al Titulo Profesional de Médico Veterinario
El objetivo principal fue evaluar la contribución de las fuentes de contaminación y/o proliferación bacteriana al recuento bacteriano total de la leche (RBT), en centros de acopio lechero (CAL), y algunas medidas de mejoramiento de la calidad bacteriológica de la leche (fases 1 y 2 del estudio, respectivamente). En éste participaron dos proveedores de los CAL de María Pinto, con períodos cortos de transporte de leche de la ordeña de la mañana (AM). La ordeña de la tarde (PM) del productor 1 representa una tercer estudio de casos (almacenamiento nocturno de la leche a temperatura ambiente). Basado en las deficiencias detectadas en la fase 1, en la fase 2 se reemplazó los elementos sobreutilizados de los equipos de ordeña, y se modificó sus procedimientos de lavado y la rutina de ordeña. Se realizaron muestreos de leche de tarros, PM y AM (productor 1), y AM (productor 2), al final de: ordeña, almacenamiento predial y recolección, y se simuló el almacenamiento en el estanque de un CAL (2 h a 4ºC). Se tomaron muestras de fin de almacenamiento AM y PM (productor 1) y se mantuvieron 2 h a temperatura ambiente (simulación de condiciones habituales de transporte). Además, se obtuvieron muestras de leche al término de la ordeña PM (productor 1) y AM (productor 2), para simular un almacenamiento refrigerado desde fin de ordeña a fin de almacenamiento en el CAL. Durante cada fase se realizaron 4 muestreos de leche de tarros, con el fin de evaluar los niveles de RBT y 1 muestreo para analizar los recuentos de bacterias termodúricas (RT), psicrótrofas (RP) y coliformes (RC). Se muestreó leche de 22 vacas (productor 1) y 5 vacas (productor 2), para estimar su contribución al RBT de fin de ordeña. El RBT, determinado mediante Bactoscan, se analizó descriptivamente, por productor y horario de ordeña, estudiándose en cada fase su evolución desde el fin de ordeña hasta la recepción en el CAL. En la leche mantenida a 4ºC, se establecieron las diferencias entre RBT final e inicial para cada período simulado. La evaluación de las medidas de mejoramiento de la calidad bacteriológica, se basó en la 14 comparación de los RBT de la leche de las fases 1 y 2; realizándose complementariamente el mismo tipo de análisis para los RP, RT y RC. Los promedios aritméticos de RBT (x1.000 ufc/ml), en las fases 1 y 2 fueron, respectivamente: Productor 1 (PM); 19 y 6 (fin ordeña), 572 y 73 (fin almacenamiento predial, 15 h), 608 y 106 (fin recolección, 2 h), 658 y 114 (fin almacenamiento simulado en CAL), 34 y 4 (4ºC hasta fin almacenamiento en CAL, 18 h). Productor 1 (AM); 14 y 5 (fin ordeña y almacenamiento predial, <10 min), 28 y 6 (fin recolección, 2 h), 33 y 4 (fin almacenamiento simulado en CAL). Productor 2 (AM); 260 y 5 (fin ordeña); 242 y 5 (fin almacenamiento predial, <30 min), 254 y 6 (fin recolección, <15 min), 245 y 5 (fin almacenamiento simulado en CAL), 214 y 5 (4ºC hasta fin almacenamiento en CAL, 4 h). Los promedios de RBT en la leche de las vacas alcanzaron a 4.180 y 7.600 ufc/ml (productores 1 y 2, respectivamente). En los tres estudios de casos, los RT, RP y RC disminuyeron en la fase 2 a valores <300 ufc/ml (RT), <20.000 ufc/ml (RP) y <200 ufc/ml (RC), en la mayoría de los puntos de muestreo. Se concluye que el equipo de ordeña es la principal fuente de contaminación en leche con RBT elevados, adquiriendo relevancia el aporte bacteriano de las vacas cuando éstos son bajos. Es factible producir leche de excelente calidad, si los equipos de ordeña se mantienen y lavan adecuadamente, y se emplean procedimientos higiénicos de ordeña. El almacenamiento y transporte no son un punto crítico de la calidad bacteriológica (ordeña AM), pero sí el almacenamiento a temperatura ambiente de la leche hasta la mañana siguiente (ordeña PM)
CORFO - SERCOTEC (PP-R06-99)

Tesis (Magister en Ciencia y Tecnología de los Alimentos) - - Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas, 2020
Las especies de Campylobacter están ampliamente distribuidas en la mayoría de animales de sangre caliente, fundamentalmente en aves destinadas al consumo humano. Algunas producen gastroenteritis en humanos, siendo la transmisión alimentaria una de las formas más comunes de infección. Sin embargo, no hay datos que reflejen la contaminación por Campylobacter spp. en alimentos a base de carne de aves comercializados en la ciudad de Córdoba. En este trabajo se evaluó comparativamente la eficacia del medio de cultivo propuesto por la técnica oficial (BAM-FDA 2001), un medio cromogénico, y el método de filtración por membrana y cultivo en agar Brucella sin sangre, para aislar Campylobacter spp. termotolerantes a partir de homogenatos de alimentos contaminados experimentalmente con C. jejuni, y enriquecidos de acuerdo a la metodología oficial. Posteriormente, se analizó la prevalencia de Campylobacter spp. termotolerantes en pollos parrilleros y alimentos derivados comercializados en la ciudad de Córdoba. La técnica de filtración por membrana presentó la mayor sensibilidad para detectar la contaminación experimental, por lo que fue utilizada para el estudio de los alimentos comerciales. Las prevalencias de Campylobacter spp. termotolerantes fueron de 69,2% (18/26) en pollos parrilleros y de 80% (4/5) en menudencias. En alimentos derivados, las prevalencias fueron de 5,7% (3/ 53) en milanesas y 16,7% (1/6) en hamburguesas, mientras que no se detectaron en arrollados de pollo. Los resultados de este trabajo muestran que la sensibilidad del método oficial para la detección de Campylobacter spp. termotolerantes puede ser mejorada mediante métodos alternativos de cultivo del caldo enriquecido, y sugieren que la inclusión de criterios microbiológicos sobre estos microorganismos en la legislación, tendría un impacto muy favorable para mejorar la seguridad alimentaria.
2022-11-30
Fil: Theumer, Martín Gustavo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina.
Fil: Theumer, Martín Gustavo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina.
Fil: Mary, Verónica Sofía. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina.
Fil: Mary, Verónica Sofía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina.
Fil: Lombardo, Daniela. Universidad Nacional de Río IV. Facultad de Ciencias Exactas, Físico-Químicas y Naturales; Argentina.
Fil: Toselli, Ricardo Javier. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Química Aplicada; Argentina.
Fil: Oberto, María Georgina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Escuela de Nutrición; Argentina.

El objetivo general del siguiente trabajo es contribuir al mejoramiento de los conocimientos básicos que permitan evaluar y mejorar las tecnologías de biorremediación. Los objetivos específicos son: • Aislar a partir de suelos de la Patagonia semiárida, microorganismos degradadores de PAH capaces de resistir condiciones ambientales de la región. • Evaluar la aplicabilidad de las estrategias ABA de bioaumento sobre la biorremediación de suelos patagónicos contaminados con PAH y con mezclas complejas de los mismos. • Estudiar los cambios producidos en la estructura y función de las comunidades microbianas de suelos contaminados por efecto del inoculante y de las variaciones en las condiciones abióticas. • Incursionar en el estudio de los mecanismos moleculares presentes en las bacterias degradadoras de PAH aisladas de suelos de la Patagonia semiárida y seleccionadas como inoculantes por su adaptación a las condiciones ambientales típicas de la región (resistencia a la desecación, déficit de nutrientes, entre otros).

Tesis (Magister en Ciencia y Tecnología de los alimentos) - - Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas, 2020
La burlanda húmeda de maíz (WDGS), es un subproducto de la molienda seca de cereales de la producción industrial de bioetanol. Este subproducto es utilizado en la alimentación animal, ya que presenta una proporción elevada de proteína, grasa y fibra de gran importancia nutricional. Sin embargo, su almacenamiento en el campo presenta inconvenientes, ya que la burlanda debe acumularse y generalmente queda expuesta al oxígeno modificando su calidad. El objetivo de este trabajo fue evaluar la calidad durante el almacenamiento de burlanda húmeda de maíz con diferentes tratamientos de control de hongos y bacterias para ser destinada a alimentación animal. El estudio se llevó a cabo con WDGS de reciente elaboración en una planta próxima a la ciudad de Córdoba (Córdoba, Argentina). Los tratamientos aplicados fueron Lactobacillus y dos productos químicos comerciales: Virukill (N,N-Didecil-N,N-Cloruro de dimetilamonio), y Salpro (Ácido fórmico, Ácido propiónico y Formiato de amonio). Posteriormente se almacenaron en cámara a 25 ± 2°C durante 21 días. El muestreo se realizó a los 0, 7 y 14 días y las variables medidas fueron características físicas (color, pH y contenido de humedad) y químicas (contenido de proteínas, grasas y de materia seca). Desde el punto de vista sanitario se determinó incidencia fúngica, recuento de microorganismos mesófilos aerobios totales y presencia de aflatoxinas totales y de zearalenona. De acuerdo a los resultados encontrados se sugiere que entre las características físicas el color y pH resultarían mediciones sencillas, en respuesta a posibles alteraciones de burlanda húmeda de maíz almacenada en condiciones de exposición al oxígeno. Durante el periodo evaluado, no se registraron modificaciones en cuanto a su composición nutricional en lo relativo a su contenido de proteínas, grasas y materia seca. Pero sí se observaron cambios en la contaminación con hongos micotoxicogénicos de riesgo potencial. La incidencia fúngica pudo ser controlada durante el almacenamiento al aplicar Lactobacillus y Salpro. Estos productos disminuyeron, además, la presencia de microorganismos mesófilos totales y VII mantuvo baja la concentración de micotoxinas, asociado a un color amarillo claro brillante hasta el final del ensayo. La implementación del registro en burlanda almacenada en el campo, de variables de calidad (color, pH, screening de incidencia fúngica) no requiere de una gran inversión económica ni de proceso, y de esta manera se podrá fomentar el uso de WDGS a nivel regional como componente de la ración destinada a la alimentación animal y asegurar en cada eslabón de la cadena su calidad nutricional e inocuidad.
2023-07-31
Fil: Rosso, María Celeste. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina.
Fil: Pérez Agostini, María Alejandra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina.
Fil: Mary, Verónica Sofía. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínca; Argentina.
Fil: Mary, Verónica Sofía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación en Bioquímica Clínica e Inmunología (CIBICI); Argentina.
Fil: Theumer, Martín Gustavo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Bioquímica Clínica; Argentina.
Fil: Theumer, Martín Gustavo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología (CIBICI); Argentina.
Fil: Boetto, Catalina Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina.