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Dissertations / Theses on the topic 'Convergent transcription'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024
Last updated: 31 July 2025

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1

Billingsley, Daniel Jeffrey. "Convergent transcription and nested gene models studied by AFM." Thesis, University of Leeds, 2012. http://etheses.whiterose.ac.uk/3149/.

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Abstract:
Genomic DNA is organised in complex spatial arrangements, and a given stretch of DNA may encode more than one gene. In some cases one gene may be entirely contained within a region of the DNA already occupied by another larger gene. The presence of these nested genes, often situated in introns and in the opposite orientation, poses important implications with regards to gene expression, function and regulation. A consequence of the nested gene arrangement is convergent transcription, occurring when two promoters on opposite DNA strands are active. Elucidating the mechanics of multiple interact
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2

Chammas, Oliver. "Concurrent DNA transcription from convergent and tandem promoters studied by atomic force microscopy." Thesis, University of Leeds, 2016. http://etheses.whiterose.ac.uk/15361/.

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Abstract:
With recent advances in sequencing and mapping of genomes, the occurrence of overlapping and nested transcription units is more common than previously thought in both eukaryotes and prokaryotes. The interleaved genome model means that transcriptional interference by collisions between concurrently transcribing RNA polymerases is more likely than ever before. This thesis presents a study of the outcomes of collisions between RNAPs transcribing concurrently from convergent and tandem promoters using AFM to provide a view of single populations seen after collisions. Through the development of an
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3

Croniger, Colleen Marie. "Convergent transcription of the myosin heavy chain gene (Mhc) and transcriptional unit at chromosomal locus 36B (TU-36B) in Drosophila." Case Western Reserve University School of Graduate Studies / OhioLINK, 1992. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=case1059654256.

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4

Deb, Maharshi Krishna. "Generation of antisense RNAs at convergent gene loci in cells undergoing senescence." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30274.

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Abstract:
La sénescence, qui est un mécanisme antitumoral majeur, est définie comme un état d'arrêt irréversible de la prolifération cellulaire en réponse à un stress comme l'activation illégitime d'oncogènes. Les cellules qui entrent en sénescence subissent de profonds changements de leur épigénome. Les ARNs antisens sont suspectés de joue des rôles importants dans le contrôle du destin cellulaire et dans des processus cellulaires variés. Dans la levure, le variant d'histone H2A.Z co-opère avec les machineries du RNAi et de l'hétérochromatine pour réprimer sur les loci de gènes convergents l'apparition
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5

Yi, Jia. "The Role of Convergent Transcription in Regulating Alternative Splicing : Targeted Epigenetic Modification via Repurposed CRISPR/Cas9 System and Its Impact on Alternative Splicing Modulation." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS382.

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Abstract:
L'épissage alternatif de l'ARN précurseur est un processus co-transcriptionnel qui affecte la grande majorité des gènes humains et contribue à la diversité des protéines. Le dérèglement d'un tel processus est impliqué dans diverses maladies, y compris la tumorigènes. Cependant, les mécanismes qui régulent ces processus restaient à caractériser. Dans cette étude, nous avons montré que les perturbations de l'épissage alternatif étaient corrélées aux dérèglements de la transcription convergente et de la méthylation de l'ADN. Une transcription convergente peut être générée entre des paires de gène
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6

Omont, Nicolas Képès François. "La convergence des modularités structurelles et fonctionnelles des systèmes complexes." S. l. : Evry-Val d'Essonne, 2009. http://www.biblio.univ-evry.fr/theses/2008/2008EVRY0037.pdf.

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7

Ivanova, Tsvetomira Georgieva 1978. "The DNA damage and the DNA synthesis checkpoints converge at the MBF transcription factor." Doctoral thesis, Universitat Pompeu Fabra, 2012. http://hdl.handle.net/10803/116932.

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Abstract:
DNA damage is an ongoing threat to both the ability of the cell to faithfully transmit genetic information to its offspring as well as to its own survival. In order to maintain genomic integrity, eukaryotes have developed a highly conserved mechanism to detect, signal and repair damage in DNA, known as the DNA damage response (DDR). In fission yeast the two DDR pathways converge at the regulation of single transcriptional factor complex (MBF) resulting in opposite directions. We have shown that when the DNA-synthesis checkpoint is activated, Max1 is phosphorylated by Cds1 resulting in the abro
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8

Batlle, Ana. "Regulation of BCL6:p38 MAPK signalling and CTCF transcriptional regulation converge at exon 1." Thesis, Imperial College London, 2010. http://hdl.handle.net/10044/1/6093.

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Abstract:
BCL6 is a zinc finger transcriptional repressor, which is highly expressed in germinal centre B-cells, and is essential for germinal centre formation and T-dependent antibody responses. Deregulated BCL6 expression is associated with certain non- Hodgkin’s lymphomas. High expression is observed in breast cancer. Tight lineage and temporal regulation of BCL6 is, therefore, required for normal immunity and abnormal regulation occurs in cancer. Regulatory mechanisms have been analysed in two settings. Firstly, BCL6 is strongly induced by the tyrosine kinase inhibitor, Imatinib, in chronic myeloid
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9

Lagouge, Marie. "Identification of cofactor network, including SIRT1 and SRC-3, which converges on energy expenditure through PGC-1α". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2008/LAGOUGE_Marie_2008.pdf.

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Abstract:
Les organismes s’adaptent aux variations nutritionnelles en modulant l’expression de leurs gènes. Le contrôle transcriptionnel de l’expression génétique implique de nombreux acteurs, dont les corégulateurs. Un dysfonctionnement de ces corégulateurs est connu pour générer un métabolisme cellulaire inadapté et contribuer à la pathogenèse de maladies métaboliques. Nous avons démontré que l’activation pharmacologique in vivo de SIRT1, une désacétylase membre de la famille des sirtuines, protège les souris de l’obésité en augmentant leur dépense énergétique. Au niveau moléculaire, nous avons lié ce
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10

Demagny, Hadrien. "Convergence des voies de signalisation wnt, fgf et tgf-beta au niveau des facteurs de transcription smad1 et smad4." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066164/document.

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Abstract:
Mon projet de thèse s’inscrit dans le cadre des études visant à comprendre comment les cellules embryonnaires intègrent les différents signaux auxquels elles sont exposées pour s’engager dans une voie de différenciation définie. Il est plus particulièrement centré sur le rôle des protéines Smad dans ces processus et peut se diviser en deux axes de recherche. Le premier a trait au rôle de Mad (Smad1) dans les interactions entre signaux Wnt (Wg) et BMP chez la drosophile. Nous avons pu démontrer que la forme Mad non phosphorylée par le récepteur BMP se lie au complexe transcriptionnel ß-catenin/
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Demagny, Hadrien. "Convergence des voies de signalisation wnt, fgf et tgf-beta au niveau des facteurs de transcription smad1 et smad4." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066164.

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Abstract:
Mon projet de thèse s’inscrit dans le cadre des études visant à comprendre comment les cellules embryonnaires intègrent les différents signaux auxquels elles sont exposées pour s’engager dans une voie de différenciation définie. Il est plus particulièrement centré sur le rôle des protéines Smad dans ces processus et peut se diviser en deux axes de recherche. Le premier a trait au rôle de Mad (Smad1) dans les interactions entre signaux Wnt (Wg) et BMP chez la drosophile. Nous avons pu démontrer que la forme Mad non phosphorylée par le récepteur BMP se lie au complexe transcriptionnel ß-catenin/
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Omont, Nicolas. "La convergence des modularités structurelles et fonctionnelles des systèmes complexes." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00369892.

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Abstract:
L'objet de cette thèse est la convergence structure-fonction dans les systèmes complexes et ses applications aux systèmes vivants et aux systèmes technico-économiques. Après avoir défini la modularité et identifié les difficultés associées à sa définition, cette thèse formalise le concept de convergence structure-fonction dans les systèmes évolutifs et fonctionnels et montre son intérêt pour l'évolutivité et la robustesse de ces systèmes. Ensuite, elle applique ce concept à des problématiques réelles de systèmes évolutifs et fonctionnels en biologie et en économie afin d'illustrer son utilité.
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Navickas, Albertas. "Cytoplasmic control of sense-antisense mRNA pairs in Saccharomyces cerevisiae." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2016PA066381.pdf.

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Abstract:
Les récentes études transcriptomiques chez divers organismes ont montré que la transcription des gènes convergents peut produire des ARN messagers (ARNm) chevauchants. Ce phénomène a été analysé dans le contexte de l’interférence par ARN (ARNi) nucléaire, et peu d’information existe quant au destin cytoplasmique des messagers 3’ chevauchants ou leur impact sur l’expression des gènes. Dans ce travail, nous avons abordé les conséquences potentielles de l’interaction entre des paires d’ARNm sens-antisens chez Saccharomyces cerevisiae, un organisme modèle naturellement dépourvu de l’ARNi. Nous avo
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Navickas, Albertas. "Cytoplasmic control of sense-antisense mRNA pairs in Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066381/document.

Full text
Abstract:
Les récentes études transcriptomiques chez divers organismes ont montré que la transcription des gènes convergents peut produire des ARN messagers (ARNm) chevauchants. Ce phénomène a été analysé dans le contexte de l’interférence par ARN (ARNi) nucléaire, et peu d’information existe quant au destin cytoplasmique des messagers 3’ chevauchants ou leur impact sur l’expression des gènes. Dans ce travail, nous avons abordé les conséquences potentielles de l’interaction entre des paires d’ARNm sens-antisens chez Saccharomyces cerevisiae, un organisme modèle naturellement dépourvu de l’ARNi. Nous avo
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Wee, Kathleen. "Age-dependent differences in the transcriptional profile of antigen presenting cells in response to immune stimulation and infection converges on interferon response factors." Thesis, University of British Columbia, 2015. http://hdl.handle.net/2429/55094.

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Abstract:
Newborns and older adults aged 65 and over have a heightened risk for severe infections, suggesting suboptimal immune responses. These two populations thus represent age-defined windows of vulnerability to infection. Antigen presenting cells (APC) are important in bridging the innate and adaptive immune systems as they express pathogen recognition receptors such as Toll-like receptors (TLR) that detect the presence of pathogens. They have been proposed to be partially responsible for the altered immunity observed at the extreme ends of the age-spectrum. However, the molecular mechanism/s that
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Subtil, Rodriguez Alicia. "Regulation of the 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 promoter by steroid hormones in breast cancer cells. Convergence of progesterone receptor binding to DNA and JAK/START pathway activation." Doctoral thesis, Universitat Pompeu Fabra, 2007. http://hdl.handle.net/10803/7180.

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Abstract:
El gen humano 11-HSD2 es un modelo para investigar la contribución de los efectos de los receptores de esteroides en células de cáncer de mama. El análisis del promotor mostró que la región distal está implicada en la mayor parte de la activación dependiente de hormona. En respuesta a hormona, STAT5A se recluta a la región distal y PR a las regiones distal y proximal del promotor. El reclutamiento de PR se debe a dos mecanismos diferentes, la unión directa de PR a la región proximal, y la implicación vía JAK/STAT en el reclutamiento a la región distal. La inducción del gen 11-H
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Chetal, Kashish. "OperomeDB: database of condition specific transcription in prokaryotic genomes and genomic insights of convergent transcription in bacterial genomes." Thesis, 2014. http://hdl.handle.net/1805/6228.

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Abstract:
Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI)<br>My thesis comprises of two individual projects: 1) we have developed a database for operon prediction using high-throughput sequencing datasets for bacterial genomes. 2) Genomics and mechanistic insights of convergent transcription in bacterial genomes. In the first project we developed a database for the prediction of operons for bacterial genomes using RNA-seq datasets, we predicted operons for bacterial genomes. RNA-seq datasets with different condition for each bacterial genome were taken into account and predicted operons usin
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Callen, Benjamin Peter. "A mechanism for transcriptional interference between convergent promoters in the developmental switch of bacteriophage 186 / Benjamin Peter Callen." Thesis, 2003. http://hdl.handle.net/2440/21919.

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Callen, Benjamin Peter. "A mechanism for transcriptional interference between convergent promoters in the developmental switch of bacteriophage 186 / Benjamin Peter Callen." 2003. http://hdl.handle.net/2440/21919.

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Abstract:
"March 2003"<br>Bibliography: leaves 133-143.<br>x, 143 leaves : ill. (some col.) ; 30 cm.<br>Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library.<br>Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, School of Molecular and Biomedical Sciences, 2003
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Brown, Karl David. "The role of the histone variant H2A.Z in early Xenopus laevis development." Phd thesis, 2007. http://hdl.handle.net/1885/49417.

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Abstract:
The genome of eukaryotes is packaged into the small volume of the nucleus in an organised manner. This structure of DNA and associated proteins is called chromatin. The basic unit of chromatin is the nucleosome; an octomer of core histone proteins and associated DNA. Other proteins such as linker histones can also associate with the DNA or the core histones. The modular structure of chromatin allows for structural variation with functional consequences including activation or repression of transcription. Alterations can include post-translational modifications to histones, remodelling by multi
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Luís, Rui Sérgio de Sousa. "The role of antisense transcription on regulation of gene expression." Master's thesis, 2018. http://hdl.handle.net/10451/37701.

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Abstract:
Tese de mestrado Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2018<br>Uma explosão no número de transcritos que não codificam para proteínas tem sido registada nos últimos anos, muito justificada pela utilização de técnicas de alto rendimento de sequenciação. Apesar da sua abundancia, a função de muitos deles ainda permanece desconhecida. Uma das classes de RNAs não codificantes são os transcritos contra-sentido, que são transcritos na cadeia de DNA oposta a dos genes codificadores (PC) aos quais estão associados. Esta proximidade sugere uma possível
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