Journal articles on the topic 'Coût génétique'

Examinant le cas vaudois (1928), on constate que la sterilisation forcée des malades mentaux reposait sur la peur d’une «chute génétique» et sur des considerations sur le coût de l'assistance aux moins favorisés. Propre aux malades mentaux, la «menace heréditaire» était comprise comme sapant l'ordre biologique, économique et social de la société. Ce sont les plus pauvres et les moins considérés qui ont été les principales victimes de cette mesure.

Comme l'alimentation est le premier poste composant le coût de production (± 60 % du coût total) en élevage, la mesure de l'efficacité alimentaire est un indicateur majeur pour juger la performance et la rentabilité d'un élevage. L'amélioration de l'efficacité alimentaire est aussi un enjeu pour réduire l'impact environnemental de l'élevage, par la réduction des rejets animaux et une moindre production de matières premières alimentaires. Cette efficacité se mesure couramment par l'indice de consommation, et en cuniculture conventionnelle, l'indice de consommation économique (ICe = maternité+engraissement) a été réduit de 10 % (3,8 vs 3,4) ces 15 dernières années, de même que les rejets azotés et phosphorés. Cette amélioration provient des progrès conjoints sur la maîtrise sanitaire, l'alimentation (notamment les stratégies de restriction), la maîtrise du logement et le potentiel génétique des animaux. Cette article de synthèse résume l'impact de ces facteurs pour améliorer l'efficacité alimentaire en cuniculture conventionnelle. Après la gestion sanitaire, les performances reproductives du troupeau sont un levier majeur d'amélioration de l'ICe. L'usage d'aliments préservant la santé digestive du lapin en croissance, associé à une stratégie appropriée de restriction post-sevrage sont aussi de bons leviers. Les recherches en génétique peuvent contribuer à réduire l'ICe par 2 voies, l'amélioration de la vitesse de croissance et/ou la réduction de la consommation d'aliment à croissance fixée. L'impact environnemental de la cuniculture varie entre 7,6 et 10,5 kg d'équivalent CO2/kg de carcasse produite (légèrement supérieure au poulet) et ne diffère pas de celui du porc. À l'avenir, il semble possible d'améliorer encore l'efficacité alimentaire, et donc de réduire à la fois les intrants et les rejets, pour atteindre un ICe proche de 3,0 similaire aux systèmes porcins.

L’exercice d’allocation de ressources en santé, relevant du Ministère de la santé, se voit fortement influencé autant par les besoins variés de la population que par les exigences des intervenants en santé. Quel rôle ces différents intérêts peuvent-ils jouer dans l’intégration de nouvelles technologies dans la distribution des soins de santé ? La pharmacogénomique, branche émergente de la pharmacologie intégrant les données issues du projet génome humain au processus de développement du médicament, est perçue comme une technologie qui permettrait de personnaliser la médecine. Son intégration aux processus de développement ou de prescription de médicaments promet de minimiser l’apparition d’effets secondaires néfastes découlant de la prise de médicaments. Serait-il alors judicieux pour le gouvernement du Québec, considérant la conjoncture actuelle d’allocation de ressources, d’investir dans la pharmacogénomique en tant que nouvel outil de développement du médicament ou nouveau mode pronostic de médication pour sa population ? Nous aborderons cette question à l’aide de critères de sélection dictés par Caulfield et ses collaborateurs (2001)[1] pour évaluer la pertinence de l’investissement public dans la mise sur pied d’un test génétique, soit l’acceptabilité, l’utilité, la non-malfaisance et la présence d’un bénéfice clair – à coût raisonnable – pour la population. La génomique avoisinant la génétique, ces facteurs s’avèrent applicables dans notre discussion.

Dans plusieurs espèces (homme, souris, mouton), la sensibilité aux encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles (ESST) est largement contrôlée par le génotype de l’hôte. Une part majeure de la variabilité génétique observée vient d’un gène, dont plusieurs arguments permettent de penser qu’il s’agit du gène Prn-pcodant pour la protéine prion PrP, qui pourrait, selon certains auteurs, être l’agent causal de ces pathologies ou être associé à ce dernier. L’analyse moléculaire de la structure du gène Prn-p chez le mouton montre la ségrégation d’allèles différant les uns des autres par une mutation ponctuelle. Une sélection pour la résistance à la tremblante, basée sur des analyses en laboratoire du gène Prn-p, est donc envisageable dans cette espèce. La mise en place d’une telle sélection pose cependant plusieurs problèmes théoriques et pratiques : les animaux résistants pourraient-ils constituer un réservoir d’infection ? Les animaux résistants à une souche de tremblante pourraient-ils se révéler sensibles à une autre ? Le coût de cette sélection est-il acceptable ? Comment l’organiser au mieux ?

Les acteurs des filières laitières bovine, caprine et ovine françaises se sont regroupés dans le programme PhénoFinlait autour d’un but commun : caractériser la composition du lait en Acides Gras (AG) et protéines afin de la maîtriser. La quantification des AG et des protéines devait être possible à grande échelle et à moindre coût avant d’identifier des leviers permettant d’adapter cette composition à la demande. PhénoFinlait s’est organisé autour de trois objectifs : i) caractériser précisément la composition du lait, ii) phénotyper et génotyper une large population de femelles sur l’ensemble du territoire français et iii)identifier les leviers génétiques et alimentairespermettant de maîtriser cette composition. La spectrométrie dans le Moyen InfraRouge (MIR) a été choisie comme méthode de quantification à haut débit des composants du lait. Elle permet la quantification précise en routine de 15 à 27 AG, des quatre caséines et des deux protéines majeures du lactosérum. Une collecte de données de grande ampleur a été mise en œuvre dans plus de 1 500 élevages bovins, caprins et ovins. Les données de production laitière, les spectres MIR du lait, les informations sur le stade physiologique des femelles et sur la composition de l’alimentation des troupeaux ont été recueillies. Plus de 12 000 vaches, chèvres et brebis ont été génotypées. Finalement, plus de 800 000 données représentatives des situations de l’élevage français ont été stockées dans une base de données destinée à l’étude du déterminisme génétique de la composition en AG et en protéines du lait, et des facteurs d’élevage l’influençant.

La transgenèse animale a été réalisée avec succès pour la première fois il y a 17 ans. De nombreuses utilisations de cette technique existent pour la recherche fondamentale. Elles consistent à ajouter, à inactiver ou à remplacer spécifiquement des gènes dans les génomes des animaux. Ces expériences apportent une moisson d’informations incomparables sur le fonctionnement du génome et sur les mécanismes de régulation des fonctions biologiques. De nombreux modèles animaux sont également obtenus pour l’étude de maladies humaines. La production de protéines recombinantes dans le lait d’animaux transgéniques est en passe de devenir une réalité industrielle. Le transfert de certains organes (coeur, rein, poumon...) et cellules (pancréas, foie) de porcs transgéniques à l’espèce humaine est un objectif qui ne paraît plus inaccessible. Les applications de la transgenèse pour l’amélioration des productions animales sont encore à peu près inexistantes. Elles se cantonnent essentiellement à l’obtention de modèles pour des études de gènes et de fonctions biologiques particulières. La difficulté et le coût de la transgenèse chez les animaux domestiques sont une des causes essentielles de la lenteur des applications dans ce domaine. Toutefois, le transfert de gène dans des cellules foetales cultivées suivi de leur transfert dans des ovocytes énucléés devrait contribuer grandement à améliorer cette situation. La transgenèse appliquée directement aux animaux d’élevage pour obtenir de nouvelles lignées ayant des caractéristiques génétiques intéressantes a toutes les chances de s’imposer dans les années qui viennent. La transgenèse ne saurait toutefois se substituer aux autres techniques (sélection génétique, vaccination, maîtrise de la reproduction...) qui elles-mêmes font de rapides progrès pour améliorer la production animale. La transgenèse doit plutôt être considérée comme une technique supplémentaire pour améliorer les productions animales.

Les programmes de sélection sur les aptitudes bouchères ont un double objectif : l’abaissement du coût de production et l’amélioration de la qualité du produit. Cet article rappelle un certain nombre de données de base sur les aptitudes bouchères : courbe de croissance, évolution de la composition chimique et tissulaire chez l’animal en croissance (notion d’allométrie), énergétique de la croissance (relation entre efficacité alimentaire et croissance musculaire), développement des tissus musculaire et adipeux, qualités de la viande et du gras. Les objectifs et les critères de sélection sont décrits pour chacune des espèces bovine, ovine et porcine. L’importance relative accordée aux différents caractères (vitesse de croissance, efficacité alimentaire, teneur en viande de la carcasse, qualité de la viande) varie selon l’espèce. Chez les bovins allaitants et les ovins, l’évaluation génétique des mâles repose dans un premier temp sur le contrôle individuel et dans un second temps sur le contrôle de descendance. Chez le porc, la composition corporelle peut être estimée avec précision sur l’animal vivant (échographie aux ultra-sons) et le contrôle individuel a été largement utilisé dans les deux dernières décennies.

L’introgression génique consiste à inclure dans le génome d’une race sélectionnée A, un et un seul gène favorable, G, d’une race B par ailleurs moins productive. Ceci s’effectue classiquement par un premier croisement A×B, suivi d’une série de croisements en retour (Backcross), des descendants portant le gène G, par la race A. Tous ces descendants sont par construction hétérozygotes Gg (nous supposons pour simplifier qu’il y a un seul allèle de G dans la race A : g). L’introgression s’achève si besoin par un accouplement entre animaux Gg de la race A (intercross), afin de produire des homozygotes GG de "race pure" A. L’utilisation de marqueurs peut améliorer ce processus de deux façons :- dans une première étape, pour trier les animaux selon leur génotype au locus majeur, c’est-à-dire choisir des reproducteurs porteurs de G.- dans une deuxième étape, pour trier, parmi les reproducteurs porteurs de G, ceux qui sont les plus proches du "type génétique" A. Le processus d’introgression sera amélioré si le résultat final (obtention d’un effectif minimal d’animaux GG possédant un pourcentage maximum de gènes de la race A) est obtenu plus vite et/ou à moindre coût.

L’agro-écologie utilise les processus naturels et les ressources locales plutôt que des intrants chimiques pour assurer la production tout en limitant l’impact environnemental de l’agriculture. A cette fin, des innovations en génétique sont nécessaires pour disposer d’animaux productifs et adaptés à des contextes locaux variés. Pour toute filière d’élevage, réorienter les programmes de sélection actuels semble plus utile que développer des programmes spécifiques qui peineront à être efficaces en termes de coûts et de progrès génétiques attendus. Améliorer la robustesse des animaux vise à promouvoir leurs capacités d’adaptation en intégrant de nombreux critères de sélection, en particulier de reproduction, santé, et d’adaptation à des ressources alimentaires peu digestibles et au changement climatique. Cela amène à considérer les interactions génotype-environnement dans la prédiction des valeurs génétiques et à évaluer les performances des animaux dans des systèmes à bas intrants pour sélectionner ceux qui sont adaptés à des conditions limitantes. La standardisation tant des animaux que des conditions d’élevage paraît antinomique avec les principes de l’agro-écologie prônant une adaptation des animaux aux ressources et contraintes locales dans des systèmes peu artificialisés et très liés à leur environnement physique. Il n’y a donc pas UN animal type agro-écologique, mais DES animaux aux profils variés permettant de répondre aux attentes de l’agro-écologie. Face à la diversité des milieux et des systèmes d’élevage, il faut conserver une diversité génétique importante intra-race, mais aussi préserver la diversité génétique entre races. Cela nécessite une caractérisation phénotypique et génétique des races locales. Enfin, il s’agit de favoriser l'appropriation par les éleveurs et les techniciens d’élevage des outils et des ressources génétiques disponibles pour répondre à leurs besoins.

L’aquaculture intensive est considérée comme une source de pollution. Les interactions étroites entre le milieu d’élevage et l’écosystème où est implanté l’élevage confèrent des caractères particuliers à cette pollution. Les formes de pollution par l’aquaculture sont variées : pollutions organique, chimique, bactériologique, génétique etc. Les flux polluants peuvent être importants localement et géographiquement. On estime que la production d’une tonne de saumons implique 1 km2 marin, et que les élevages norvégiens contribuent pour 8 % et 14 % de l’azote et du phosphore respectivement rejetés en mer du Nord. La législation n’est pas adaptée aux problèmes tels qu’ils se posent en pisciculture. Une législation européenne plutôt axée sur le contrôle des intrants dans l’aliment semble se profiler avec l’exemple danois. Le moyen le plus rapide de réduire la pollution générée par l’aquaculture semble être, pour l’instant, d’abaisser la quantité d’aliments déversés par augmentation de la valeur énergétique de ceux-ci (ce qui diminuera la quantité de matières en suspension), et de remplacer une partie des protéines par des lipides. La mise en oeuvre de ce type d’aliment demande toutefois une technicité élevée. L’avenir des traitements en aval semble limité par le caractère très dilué des polluants et les grands volumes d’eau à traiter. L’aquaculture en tant que production dépendante de l’Environnement peut être un lien privilégié pour des études sur le coût de l’Environnement.

Cet article présente une simulation de sélection génomique dans une grande population de bovins laitiers en comparaison à un programme basé sur le testage des taureaux sur descendance. L’accroissement de progrès génétique est maximum (au moins 80% sans augmentation de coût) quand les pères à taureaux, dont les effectifs sont en forte augmentation, sont sélectionnés uniquement sur information génomique, sans testage sur descendance. Avec ce nombre élevé de pères à taureaux, les coefficients de consanguinité et de parenté diminuent, contrairement à ce qu’on aurait pu craindre compte tenu du raccourcissement de l’intervalle entre générations. Au niveau des éleveurs, la recommandation est de choisir les taureaux d’insémination de service (pères des femelles) en nombre suffisant dans l’ensemble des nombreux pères à taureaux génomiques, en opposition complète avec la pratique générale qui, jusqu’en 2009, consistait au contraire à sélectionner un nombre relativement réduit de taureaux de service parmi les taureaux testés et un nombre encore plus faible de pères à taureaux parmi les taureaux de service. Ces résultats, obtenus en 2009, ont jeté les bases de la gestion des populations bovines laitières en France en sélection génomique, mais ils restent tout à fait d’actualité aujourd’hui. Il est en effet essentiel pour la durabilité de la sélection et de la production que le nombre efficace de reproducteurs soit élevé pour limiter l’augmentation de la consanguinité. L’observation des premières années d’application montre que ces préconisations sont relativement bien suivies en moyenne.

Pendant plusieurs dizaines d’années après la mise en place des programmes de sélection génétique, la découverte de nouvelles anomalies est restée sporadique. Cela a incité jusqu’à présent les gestionnaires de ces programmes à appliquer une politique d’éradication drastique des reproducteurs porteurs, combinée à la procréation de futurs reproducteurs non porteurs. Mais la situation est en train de changer avec l’avènement de la sélection génomique et des technologies associées, qui permettent de détecter les anomalies plus rapidement et donc en plus grand nombre. Il est donc indispensable de faire évoluer la façon de les prendre en compte dans les programmes de sélection. Un état de la situation dans la population doit d’abord être établi en estimant la fréquence allélique de l’anomalie et en caractérisant le statut des reproducteurs les plus importants avec les tests moléculaires disponibles, en particulier avec les puces à « Single Nucleotide Polymorphism » (SNP). Dans certains cas, une prédiction indirecte, à partir d’haplotypes ou d’imputation, permet de connaître le statut à la mutation des reproducteurs plus anciens avec une forte probabilité sans nécessité de ré-analyser leur ADN. Une fois ce bilan établi, les mesures à prendre dépendent du poids économique des anomalies qui est fonction de deux paramètres, le coût par individu atteint et la fréquence allélique dans la population. La méthode optimale permettant une éradication progressive des anomalies repose sur l’utilisation d’un objectif de sélection combinant les anomalies aux autres caractères. Une phase délicate à gérer, principalement au travers des accouplements, est celle de l’utilisation de reproducteurs porteurs durant la période de transition entre la découverte de l’anomalie et l’éradication complète. Enfin, il est rappelé qu’une mesure simple permettant de limiter l’émergence de nouvelles anomalies est d’utiliser un nombre élevé de reproducteurs tout en restreignant leur taille de descendance.

L’administration d’hormone de croissance bovine recombinante (rbGH) accroît la production laitière de 2 à 6 kg/j, de façon variable selon l’âge des vaches, leur stade de lactation et leur état nutritionnel, la dose de GH injectée et la forme de présentation de l’hormone. Les effets sur la composition du lait et les réserves corporelles dépendent de la durée des expériences et de la nature des rations distribuées. La GH stimule l’activité et/ou la durée de vie des cellules sécrétrices mammaires, probablement par l’intermédiaire de l’IGF-1 produit par le foie et/ou la glande mammaire. Simultanément, la GH oriente le métabolisme du tissu adipeux et du muscle vers une mobilisation et une oxydation accrues des acides gras, et une épargne du glucose. L’administration de rbGH a peu d’effets directs sur la fonction de reproduction, mais tend indirectement à la retarder, lorsqu’elle est initiée avant la fécondation, en raison de la diminution transitoire du bilan énergétique des vaches. L’aptitude du lait à la transformation ne semble pas être modifiée par l’administration de rbGH, ni l’élévation de la sécrétion d’IGF-1 dans le lait entraîner de risque pour le consommateur. La GH pourrait stimuler les réponses immunitaires des animaux, et de ce fait accroître le nombre de cellules dans le lait. La tendance à augmenter l’incidence des mammites semble par contre résulter indirectement de l’élévation de la production laitière. La GH à très forte concentration peut stimuler la production virale dans certains modèles "in vitro" chez les espèces monogastriques, mais il n’existe pour l’instant que très peu de données chez les ruminants laitiers. Par ailleurs, la vitesse d’élimination des xénobiotiques (antibiotiques...) par le foie pourrait être diminuée. Une éventuelle utilisation commerciale de la rbGH diminuerait l’efficacité (ou augmenterait le coût) de l’amélioration génétique, et serait d’un intérêt économique limité pour les éleveurs placés dans un système de quotas laitiers. Toutefois, son utilisation dans des pays tiers sans quotas pourrait diminuer le coût de production du lait et accroître la compétition sur le marché international des produits laitiers, malgré les risques de dégradation qui pèseraient alors sur l’image de ces produits pour les consommateurs.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. Rum., 18, 327-334. Hurtaud C., Peyraud J.L., 2007. Effects of feeding camelina (seeds or meal) on milk fatty acid composition and butter spreadability. J. Dairy Sci., 90, 5134-5145. Le Bihan-Duval E., Talon R., Brochard M., Gautron J., Lefevre F., Larzul C., Baeza E., Hocquette J.F., 2014. Le phénotypage de la qualité des produits : enjeux de société, scientifiques et techniques. In : Phénotypage des animaux d’élevage. Phocas F. (Ed). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 223-234. Legarto L., Gelé M., Ferlay A., Hurtaud C., Lagriffoul G., Palhière I., Peyraud J.L., Rouillé B., Brunschwig P., 2014. Effets des conduites d’élevage sur la composition en acides gras du lait de vache, chèvre et brebis évaluéepar spectrométrie au moyen infrarouge. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds).Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 269-282. Lucas A., Rock E., Chamba J.F., Verdier-Metz I., Brachet P., Coulon J.B., 2006. Respective effects of milk composition and the cheese-making process on cheese compositional variability in components of nutritionalinterest. Lait, 86, 21-41. Robert-Granié C., Legarra A., Ducrocq V., 2011. Principes de base de la sélection génomique. In : Numéro spécial, Amélioration génétique. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M. (Eds). INRA Prod. Anim., 24, 331-340. Soyeurt H., Dardenne P., Dehareng F., Lognay G., Veselko G., Marlier M., Bertozzi C., Mayeres P., Gengler N., 2006. Estimating fatty acid content in cow milk using mid-infrared spectrometry. J. Dairy Sci., 89, 3690-3695.

L’évaluation génomique est une nouvelle méthode d’estimation de la valeur génétique des animaux d’élevage qui est en train de révolutionnerl’organisation des schémas d’amélioration génétique bovins laitiers. La récente disponibilité d’une puce porcine de 60 000marqueurs SNP permet d’envisager la mise en place de cette méthodologie chez le porc. Dans cette espèce, les perspectives les plusintéressantes de l’évaluation génomique semblent être la possibilité d’améliorer les populations pour des caractères non mesurablesen routine, d’augmenter la précision des valeurs génétiques estimées, et de sélectionner les individus de l’étage de sélection pour leurvaleur en croisement et en milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre d’une sélection génomique chez le porc seraient élevés,en raison principalement de la taille des populations de référence nécessaires à une évaluation précise, du nombre élevé de candidatsà génotyper, et de la variété des populations et lignées sélectionnées. Le partage de ressources entre Organisations de Sélection et lerecours aux techniques d’imputation génotypiques permettraient de maîtriser ces coûts.

Chez les bovins, le transfert d’embryons s’est développé sur une base commerciale depuis environ 15 ans. Malgré les nombreux travaux de recherches réalisés pendant cette période, les deux problèmes majeurs identifiés dès le début de l’utilisation de cette technique demeurent : le nombre moyen d’embryons récoltés par vache traitée reste faible, ce qui a pour conséquence un coût de production élevé et la fréquence des animaux qui ne produisent aucun embryon transférable est trop élevée pour que la technique soit utilisée au mieux dans les programmes d’amélioration génétique. Cette situation limite le développement du transfert d’embryons ; elle perdure alors que les traitements de superovulation sont optimisés et que les extraits hypophysaires utilisés pour stimuler la croissance folliculaire sont bien mieux définis et contrôlés qu’il y a 15 ans. Actuellement, le principal facteur qui détermine le nombre d’embryons transférables est le nombre d’ovulations induites. Des études portant sur les relations entre fonction ovarienne et réponse au traitement de superovulation ont montré que ce nombre d’ovulations dépendait de l’état de la population folliculaire au moment où débute la stimulation gonadotrope (présence d’un follicule dominant, nombre de follicules de plus de deux millimètres de diamètre). Il apparaît donc que l’amélioration de l’efficacité des traitements de superovulation dépend moins de la mise à disposition de nouvelles molécules ou de nouveaux protocoles de traitement que de l’administration d’un pré-traitement susceptible de faire régresser le follicule dominant et/ou d’augmenter le nombre de follicules recrutables par les gonadotrophines. A cette fin, différentes possibilités sont envisagées ; les résultats préliminaires sont encourageants et devraient permettre de proposer prochainement de nouvelles stratégies pour une production d’embryon plus efficace.

L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.

La sélection génomique repose sur l’évaluation des valeurs génétiques des candidats à la sélection par un « score moléculaire » calculé d’après leurs génotypes en un très grand nombre de marqueurs de l’ADN. Dans une première étape, les effets des marqueurs sont estimés sur une population de référence génotypée et phénotypée pour les caractères à améliorer. La table des valeurs génotypiques ainsi établie est utilisée pour calculer les valeurs génétiques des candidats au cours des générations suivantes, qui peuvent alors n’être que génotypées. En quelques années, cette stratégie a été mise en place chez les bovins laitiers. Les opérateurs de la sélection dans les autres filières animales ont assisté à cette révolution et se posent légitimement la question de l’intérêt pour eux d’entrer dans cette démarche. La disponibilité d’une puce « poule » de 600k SNP permet d’ores et déjà d’appliquer une sélection génomique dans les filières poule pondeuse et poulet de chair. Pour les autres espèces avicoles, les outils de génotypage à haut débit sont en cours de développement. Quelle que soit l’espèce, trois composantes du progrès génétique peuvent être améliorées. L’intensité de sélection peut être augmentée pour les caractères non mesurables en routine (qualités des produits, efficacité alimentaire, résistance aux maladies). La précision des valeurs génétiques peut être augmentée, notamment pour les mâles dans le cas des caractères exprimés uniquement par les femelles. Enfin, l’intervalle de génération peut être diminué grâce à une évaluation précoce des candidats, notamment en sélection des poules pondeuses. Par ailleurs, l’évaluation génomique offre pour la première fois la possibilité de sélectionner des individus de race pure de l’étage de sélection pour leur valeur en croisement et dans le milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre de la sélection génomique sont élevés, en raison de la taille de la population de référence nécessaire à une évaluation précise, du nombre élevé de candidats à génotyper et de la variété des populations à sélectionner. Toutefois, chez les volailles, l’énorme diffusion des reproducteurs pourrait permettre de compenser ces coûts.

Les porcins assurent environ 35 % de la production de viande au niveau mondial, à égalité avec la volaille (FAOstat, 2019). En Afrique subsaharienne, cette proportion est largement inférieure en raison d’une forte tradition de production bovine et des interdits religieux autour de la consommation de viande de porc dans de larges parties de la zone. Elle représente cependant 11,9 % de la production de viande de la région et sa croissance a été de 50 % entre 2007 et 2017. Dans les régions où elle est pratiquée, la porciculture joue un rôle social et économique important lorsqu’elle se pratique à petite échelle, souvent combinée à d’autres activités agricoles.La production porcine se heurte cependant à de nombreuses difficultés sanitaires (peste porcine africaine, zoonoses), techniques (génétique, alimentation) et sociales (acceptabilité des élevages autour des lieux d’habitation). Face à ces défis, de nombreuses équipes de recherche sont mobilisées dans les différents pays producteurs. Cependant, les chercheurs sont souvent isolés et peinent à faire connaître leurs travaux à la communauté scientifique et à intégrer les réseaux scientifiques internationaux.Ce numéro thématique rassemble treize articles originaux et synthèses consacrés à la porciculture en région tropicale. Les questions socio-économiques sont abordées à travers des exemples de filières en Afrique mais aussi au Vietnam ou dans les Caraïbes. Les travaux présentés montrent les difficultés de ces filières soumises à des contraintes multiples. Souvent périurbaine, la production porcine doit se faire discrète et notamment minimiser ses nuisances. Ces conditions rendent difficiles une structuration et une professionnalisation qui permettraient un appui accru des autorités et une diminution des risques zoonotiques. Les systèmes d’élevage doivent en outre s’adapter à des contextes changeants où leur industrialisation bouleverse leur fonctionnement technique et économique et remet en question leur rôle dans les systèmes traditionnels basés sur l’intégration agriculture-élevage.Au niveau technique, l’alimentation reste la contrainte majeure pour les producteurs et le principal coût de production dans les contextes étudiés. Des pistes d’utilisation de ressources locales (tourteaux d’hévéa ou d’anacarde, patates douces) sont proposées pour diminuer l’incorporation d’ingrédients plus onéreux. Les pratiques d’alimentation autour du sevrage peuvent également améliorer le démarrage des animaux et leurs performances ultérieures. Enfin, les choix génétiques sont mis en débat, soit pour comparer les performances des porcs locaux ou améliorés, soit pour promouvoir des races locales à valeur patrimoniale.Les questions sanitaires restent une inquiétude majeure. En Afrique, la peste porcine africaine demeure une menace constante ; de plus, les pathologies sont nombreuses et impactent fortement la production. Les caractéristiques des systèmes de production et de commercialisation augmentent les risques de contamination et rendent difficiles les politiques de prévention. Il y a pourtant un défi sanitaire majeur pour les filières porcines car, au-delà de l’impact sur la production, les zoonoses, mais aussi la dispersion de souches microbiennes résistantes aux antibiotiques, sont des enjeux de santé publique prioritaire. Continuer la recherche, partager les résultats, constituer des réseaux nationaux, régionaux et internationaux : voilà autant d’efforts qui doivent être poursuivis. Au travers de ce numéro thématique, la Revue continue son travail de valorisation des résultats les plus marquants obtenus par des chercheurs travaillant dans des conditions matérielles et partenariales parfois difficiles. Nous pouvons d’ores et déjà annoncer que d’autres articles, en complément de ce numéro thématique, seront publiés dans les prochains numéros de la Revue afin de maintenir notre engagement en faveur de la promotion de la recherche porcine dans les Suds.

L’évolution du contexte sanitaire, économique et social de la production de lapin de chair a conduit les chercheurs de l’INRA à étudier la sélection de nouveaux caractères pour mieux répondre aux attentes des professionnels mais également du citoyen-consommateur, en particulier dans le domaine de la santé et de la longévité des animaux. Ces études reposent principalement sur la mise en place d’expériences mais également sur l’analyse de données de sélectionneurs privés et donnent lieu, après validation, à des applications dans les schémas de sélection commerciaux. Pour réduire la mortalité des jeunes, les chercheurs privilégient l’amélioration des aptitudes maternelles: l’application d’un modèle à effets génétiques directs et maternels pour le poids au sevrage a ainsi permis d’améliorer les aptitudes maternelles pour ce caractère. Une expérience de sélection canalisante pour l’homogénéité des poids de naissance intra-portée a permis d’améliorer la survie périnatale du lapereau. L’amélioration de la longévité de la femelle en reproduction est rendue possible par la mise en œuvre des méthodes d’analyse de survie. La résistance génétique aux maladies, principalement l’entérocolite épizootique et la pasteurellose, est explorée pour réduire les pertes économiques mais également pour améliorer le bien-être des animaux et réduire les risques sanitaires liés à l’utilisation des antibiotiques. Pour améliorer l’efficacité alimentaire du jeune en engraissement et ainsi réduire les coûts alimentaires qui grèvent lourdement le revenu de l’éleveur, deux critères de sélection sont comparées: la consommation résiduelle et la vitesse de croissance en régime alimentaire rationné. Afin de diminuer l’utilisation des hormones pour l’induction de l’oestrus, de nouveaux programmes visent à étudier la variabilité génétique du comportement d’oestrus des lapines.

A la question «Qui de l’oeuf ou de la poule est né le premier ?» Silésius répondait «l’oeuf est dans la poule et la poule dans l’oeuf» soulignant sa dualité, le passage du deux en un. Dans l’imagerie populaire, l’oeuf reflète le tout et son contraire, fragilité, protection, épargne, abondance (être «plein comme un oeuf»), richesse («avoir pondu ses oeufs»), éternité (le Phénix est né de l’oeuf) mais aussi mort et destruction («casser ses oeufs» se dit d’une fausse couche). Dans la mythologie de nombreuses civilisations, l’oeuf est le symbole de la naissance du monde (Apollon, le dieu grec de la lumière est né de l’oeuf). L’oeuf décoré apparu 3000 ans avant J.-C. en Ukraine fête, au printemps, le retour de la fécondité de la nature ; l’oeuf de Pâques la résurrection du Christ. L’oeuf est un tout à condition d’en sortir ! Fragile cependant car selon La Fontaine briser l’oeuf de la poule aux oeufs d’or (par curiosité) rompt l’effet magique (Auer et Streff 1999). Pour l’Homme, l’oeuf séduit pour sa valeur nutritionnelle, sa diversité d’utilisation en cuisine et son prix modique. Il en existe une grande diversité, de l’oeuf de Colibri (0,5 g) à l’oeuf de l’Aepyornis (8 litres soit l’équivalent de 150 oeufs), un oiseau de Madagascar (500 kg) disparu au 18ème siècle. Mais l’Homme ne consomme que l’oeuf de caille, de poule ou de cane. L’ère moderne a considérablement intensifié la production de ces deux dernières espèces car les poules saisonnées, qui étaient élevées avec soin par la fermière, ont plus que doublé leur production en 60 ans (de 120 oeufs par an dans les années 50 à plus de 300 aujourd’hui). Cette révolution technique résulte des efforts conjugués de la sélection génétique, d’une alimentation raisonnée répondant aux besoins nutritionnels, d’une évolution du système de production (apparition des cages) et d’une meilleure connaissance de la pathologie aviaire. Qu’en est-il du contrôle de la qualité nutritionnelle, organoleptique, technologique et hygiénique de l’oeuf ? L’oeuf est la plus large cellule reproductrice en biologie animale. Il assure dans un milieu externe le développement et la protection d’un embryon dans une enceinte fermée matérialisée par la coquille. Aussi, une de ses particularités est la diversité de ses constituants, de leur parfait équilibre nutritionnel et leur forte digestibilité, qui assure la croissance d’un être vivant. Ces caractéristiques sont à l’origine de la qualité nutritionnelle exceptionnelle de l’oeuf pour l’Homme. Une autre particularité est la présence d’une protection physique, la coquille mais, aussi d’un système complexe de défenses chimiques. Aussi, ce produit est-il remarquable de par son aptitude à engendrer la vie et pour l’oeuf de table à se conserver. Outre les éléments nutritifs, on y trouve de multiples molécules participant au développement et à la protection de l’embryon (molécules antibactériennes, antivirales, antioxydantes). Certaines d’entre elles, comme par exemple le lysozyme de blanc d’oeuf, sont partiellement valorisées par différents secteurs industriels (agroalimentaire, cosmétique, santé animale/humaine). La révélation récente d’un grand nombre de nouveaux constituants de l’oeuf, suite au séquençage génomique de la poule et au développement de la biologie intégrative, a conforté l’existence d‘activités antimicrobiennes, anti-adhésives, immuno-modulatrices, hypertensives, anticancéreuses, antiinflammatoires ou cryoprotectrices, prometteuses en médecine humaine et devrait à terme enrichir le potentiel d’utilisation de ce produit en agroalimentaire et en santé. L’objet de ce numéro spécial d’INRA Productions Animales est de rassembler les principales informations qui ont contribué au développement économique récent de ce produit, de rappeler les efforts en génétique, élevage et nutrition qui ont assuré des progrès quantitatifs et qualitatifs remarquables de la production et de la qualité des oeufs au cours des trente dernières années. Les poules élevées à l’origine par la femme pour un usage domestique se comptent aujourd’hui par milliers dans les élevages. Quelle sera la durabilité de ce système d’élevage dans un contexte socio-économique européen remettant en cause en 2012 le système éprouvé de production conventionnel d’oeufs en cage pour des cages aménagées ou des systèmes alternatifs avec ou sans parcours ? Notre objectif est d’analyser les facteurs qui contribueront à son maintien, notamment le contrôle de la qualité de l’oeuf. Il est aussi de décrire l’évolution spectaculaire des connaissances sur ce produit liée au développement des techniques à haut débit et des outils d’analyse des séquences moléculaires. Il permettra enfin d’actualiser les atouts de ce produit. Ce numéro est complémentaire d’un ouvrage plus exhaustif sur la production et la qualité de l’oeuf (Nau et al 2010). Le premier article de P. Magdelaine souligne la croissance considérable en 20 ans de la production d’oeufs dans les pays d’Asie et d’Amérique du Sud (× 4 pour la Chine, × 2 en Inde et au Mexique). En revanche, les pays très développés notamment européens à forte consommation (> 150 oeufs/hab) ont stabilisé leur production malgré une évolution importante de la part des ovoproduits mais aussi de leurs systèmes de production. La consommation des protéines animales entre pays est tout aussi hétérogène puisque le ratio protéines de l’oeuf / protéines du lait varie de 0,4 au USA, à 0,9 en France et 2,7 en Chine ! Le doublement de la production mondiale d’oeufs en 20 ans n’a été possible que grâce à des progrès techniques considérables. La sélection génétique a renforcé les gains de productivité (+ 40 oeufs pour une année de production et réduction de l’indice de consommation de 15% en 20 ans !). L’article de C. Beaumont et al décrit cette évolution, la prise en compte croissante de nouveaux critères de qualité technologique, nutritionnelle ou sanitaire. Ces auteurs soulignent les apports des nouvelles technologies, marqueurs moléculaires et cartes génétiques sur les méthodes de sélection. Ils dressent un bilan actualisé des apports et du potentiel de cette évolution récente en sélection. Le séquençage génomique et le développement de la génomique fonctionnelle est aussi à l’origine d’une vraie révolution des connaissances sur les constituants de l’oeuf comme le démontre l’article de J. Gautron et al. Le nombre de protéines identifiées dans l’oeuf a été multiplié par plus de dix fois et devrait dans un avenir proche permettre la caractérisation fonctionnelle de nombreuses molécules. Il donne aussi de nouveaux moyens pour prospecter les mécanismes d’élaboration de ce produit. Un exemple de l’apport de ces nouvelles technologies est illustré par l’article de Y. Nys et al sur les propriétés et la formation de la coquille. Des progrès considérables sur la compréhension de l’élaboration de cette structure minérale sophistiquée ont été réalisés suite à l’identification des constituants organiques de la coquille puis de l’analyse de leur fonction potentielle élucidée grâce à la disponibilité des séquences des gènes et protéines associés. La mise en place de collaborations internationales associant de nombreuses disciplines, (microscopie électronique, biochimie, cristallographie, mécanique des matériaux) a démontré le rôle de ces protéines dans le processus de minéralisation et du contrôle de la texture de la coquille et de ses propriétés mécaniques. Cette progression des connaissances a permis de mieux comprendre l’origine de la dégradation de la solidité de la coquille observée chez les poules en fin d’année de production. La physiologie de la poule est responsable d’évolution importante de la qualité de l’oeuf. Aussi, l’article de A. Travel et al rappelle l’importance d’effets négatifs de l’âge de la poule contre lequel nous disposons de peu de moyens. Cet article résume également les principales données, souvent anciennes, concernant l’influence importante des programmes lumineux ou de la mue pour améliorer la qualité de l’oeuf. Enfin, il souligne l’importance de l’exposition des poules à de hautes températures ambiantes sur leur physiologie et la qualité de l’oeuf. Le troisième facteur indispensable à l’expression du potentiel génétique des poules, et déterminant de la qualité technologique et nutritionnelle de l’oeuf, est la nutrition de la poule. Elle représente plus de 60% du coût de production. L’article de I. Bouvarel et al fait le point sur l’influence de la concentration énergétique de l’aliment, de l’apport en protéines et acides aminés, acides gras et minéraux sur le poids de l’oeuf, la proportion de blanc et de jaune ou sa composition notamment pour obtenir des oeufs enrichis en nutriments d’intérêt en nutrition humaine. Cependant, la préoccupation principale des éleveurs depuis une dizaine d’année est la mise en place en 2012 de nouveaux systèmes de production d’oeufs pour assurer une meilleure prise en compte du bien-être animal. L’article de S. Mallet et al traite de l’impact des systèmes alternatifs sur la qualité hygiénique de l’oeuf. Ces auteurs concluent positivement sur l’introduction de ces nouveaux systèmes pour la qualité hygiénique de l’oeuf une fois que les difficultés associées aux méconnaissances d’un nouveau système de production seront résolues. La qualité sanitaire de l’oeuf est la préoccupation majeure des consommateurs et un accident sanitaire a des conséquences considérables sur la consommation d’oeufs. L’article de F. Baron et S. Jan résume d’une manière exhaustive l’ensemble des éléments déterminants de la qualité microbiologique de l’oeuf et des ovoproduits : mode de contamination, développement des bactéries dans les compartiments de l’oeuf, défenses chimiques du blanc et moyens pour contrôler la contamination des oeufs et des ovoproduits. Le consommateur ne souhaite pas, à juste titre, ingérer d’éventuels contaminants chimiques présents dans ses aliments. L’article de C. Jondreville et al analyse ce risque associé à la consommation des oeufs. Il est exceptionnel de détecter la présence de polluants organiques au seuil toléré par la législation. Les auteurs insistent notamment sur l’importance de contrôler la consommation par les animaux élevés en plein air de sols qui peuvent être une source de contaminants. Une caractéristique de l’évolution de la production d’oeufs est le développement des ovoproduits qui répondent parfaitement à l’usage et à la sécurité sanitaire exigée en restauration collective. L’article de M. Anton et al décrit le processus d’obtention et l’intérêt des fractions d’oeufs du fait de leurs propriétés technologiques (pouvoirs moussant, foisonnant, gélifiant ou émulsifiant). Les différents processus de séparation, de décontamination et de stabilisation sont analysés pour leur effet sur la qualité du produit final. Enfin le dernier article de ce numéro spécial de F. Nau et al se devait d’aborder la principale qualité de l’oeuf qui conditionne son usage : la qualité nutritionnelle de ce produit pour l’Homme. Cet article actualise l’information dans ce domaine et fait le point sur les atouts nutritionnels en tentant de corriger de fausses idées. L’oeuf présente un intérêt nutritionnel du fait de la diversité et l’équilibre de ces constituants pour l’Homme mais mériterait plus d’études pour mieux évaluer son potentiel réel. En conclusion, l’oeuf est la source de protéines animales ayant la meilleure valeur nutritionnelle, la moins chère, facile d’emploi et possédant de nombreuses propriétés techno-fonctionnelles valorisées en cuisine. Dans les pays développés, l’oeuf a souffert jusqu’à aujourd’hui d’une image entachée par plusieurs éléments négatifs aux yeux des consommateurs : sa richesse en cholestérol, le risque sanitaire associé à sa consommation sous forme crue ou son système de production en cage. L’évolution des connaissances sur le risque cardio-vasculaire, les progrès réalisés sur le contrôle sanitaire des Salmonelloses en Europe et la modification radicale des systèmes de production d’oeufs devraient modifier positivement son image. La consommation de protéines de l’oeuf a augmenté de plus de 25% en 20 ans (2,53 g/personne/j vs 4,3 g pour le lait en 2005) et poursuivra sa croissance rapide notamment dans les pays en développementoù sa consommation par habitant reste faible. Cette évolution considérable de la production de ce produit devrait être mieux intégrée dans les formations des écoles spécialisées en productions animales. L’oeuf restera dans l’avenir une des sources de protéines animales dominantes et l’acquisition de connaissances sur la fonction des nombreux constituants récemment mis à jour devait renforcer son intérêt pour la santé de l’Homme. Je ne voudrais pas terminer cette préface sans remercier au nom des auteurs, Jean-Marc Perez, le responsable de la revue INRA Productions Animales, d’avoir pris l'initiative de la publication de ce numéro spécial dédié à l'oeuf et d’avoir amélioré par plusieurs lectures attentives la qualité finale des textes. Je voudrais aussi adresser mes remerciements à sa collaboratrice Danièle Caste pour le soin apporté dans la finition de ce document. Enfin, je n'oublie pas le travail d'évaluation critique des projets d'article par les différents lecteursarbitres que je tiens à remercier ici collectivement. Auer M., Streff J., 1999. Histoires d’oeufs. Idées et Calendes, Neuchatel, Suisse, 261p.Nau F., Guérin-Dubiard C., Baron F., Thapon J.L., 2010. Science et technologie de l’oeuf et des ovoproduits, Editions Tec et Doc Lavoisier, Paris, France, vol 1, 361p., vol 2, 552p.

De grands progrès ont été effectués dans le traitement médicamenteux de l'arthrite rhumatoïde avec des nouveaux médicaments tels que la léflunomide, avec l'utilisation plus large de combinaisons médicamenteuses et surtout avec l'utilisation d'agents bloquant le TNF. Ces substances produites par génie génétique permettent de supprimer de façon excellente l'activité de la maladie et de freiner fortement les processus érosifs destructeurs. La réponse rapide et la bonne tolérance en général représentent de grands avantages. En raison du haut risque d'infection et de leurs coûts élevés, les agents bloquant le TNF ne doivent être prescrits que chez les patients qui ne répondent qu'insuffisamment au traitement de base habituel ou qui ne le supportent pas.

En production porcine, la réduction de l’adiposité des carcasses au profit de la teneur en maigre obtenue par l’amélioration génétique et l’évolution des conditions d’élevage, a entraîné l’apparition de défauts de qualité des tissus adipeux. La qualité de ces tissus ne peut guère être améliorée par les technologies de transformation, elle dépend des caractéristiques des tissus à l’abattage, celles-ci étant déterminées par les conditions d’élevage des animaux en interaction avec leur type génétique. Les composantes nutritionnelle, organoleptique et technologique de la qualité des tissus adipeux sont fonction de leur composition chimique : teneurs en lipides et en eau, importance de la trame conjonctive, et de la nature des acides gras constitutifs des lipides. Ainsi, tout facteur intrinsèque ou extrinsèque à l’animal entraînant une variation de composition du tissu adipeux modifie en conséquence la qualité de ce tissu. La composition du tissu adipeux varie selon la localisation anatomique, l’adiposité globale de la carcasse et le type sexuel. Parmi les facteurs d’élevage, l’alimentation, en particulier la nature des acides gras ingérés, la supplémentation du régime alimentaire en vitamine E ou en minéraux, l’administration de promoteurs de croissance (hormone de croissance, béta-agonistes) ainsi que la température d’élevage influencent les propriétés de la fraction adipeuse de la carcasse. Les effets des facteurs d’élevage sur les caractéristiques des tissus adipeux du porc et leurs relations avec la qualité sont relativement bien établis. La maîtrise de la qualité des tissus adipeux est donc maintenant accessible, et ne dépend plus que de l’importance relative accordée à la qualité dans les coûts de production, au sein de la filière porcine.

La consommation de viande de volaille est en plein essor au niveau mondial. En raison de son coût attractif, elle constitue une matière première de choix pour l’industrie de la transformation, mais doit répondre à des exigences technologiques de plus en plus fortes. Comme chez le porc, le contrôle du pH post-mortem est un élément majeur de la qualité des viandes de volailles. De plus, des signes de myopathies dégénératives ont récemment fait leur apparition chez les animaux dont la croissance et les rendements en viande sont les plus élevés, avec des conséquences en termes de qualité mais aussi de bien-être animal. Réduire l’incidence des défauts de qualité passe par une meilleure compréhension des mécanismes génétiques et physiologiques d’élaboration du tissu musculaire pour proposer des outils d’aide à la sélection ou au pilotage fin des facteurs d’élevage.

En raison de sa simplicité d’utilisation, la culture cellulaire reste le matériel de choix pour l’étude des mécanismes impliqués dans le cancer. Toutefois, la mise en culture des cellules est souvent responsable de la perte de certaines de leurs caractéristiques et de l’acquisition de nouvelles propriétés. Aussi, les modèles animaux sont essentiels à l’étude des phénomènes physiologiques et pathologiques comme la tumorigenèse. Parmi les modèles animaux utilisés en cancérologie, le poisson zèbre apparaît comme un modèle particulièrement pertinent. En effet, la facilité et les faibles coûts d’élevage du poisson zèbre, tout comme le large éventail de possibilités en termes de manipulation génétique et d’imagerie in vivo classent ce modèle vertébré parmi les outils les plus remarquables pour l’étude du cancer. Cette revue a pour objectif de faire le point sur les apports et le potentiel du poisson zèbre dans la lutte contre le cancer.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

La mesure directe de la composition tissulaire des carcasses, par dissection anatomique complète, est longue et coûteuse. On se contente donc en général d’estimer les teneurs en muscles et en gras à partir de mesures indirectes : épaisseurs de gras ou de muscles, poids des pièces de découpe, résultats de dissections partielles et/ou simplifiées. A partir des données mesurées sur deux échantillons de carcasses porcines, nous avons élaboré quatre scénarios de mesures, de complexité et de coût croissant. Ils permettent d’estimer avec une précision croissante les poids et proportions de muscles et de gras dans la demi carcasse ainsi que le pourcentage de muscles dans la carcasse entière, correspondant à la norme européenne à la base du classement commercial des carcasses porcines. En fonction de ses objectifs et de l’enveloppe financière dont il dispose, l’expérimentateur peut choisir l’une ou l’autre des méthodes proposées. Les équations des 2 scénarios les plus simples sont bien adaptées aux carcasses dont les teneurs en muscles sont aux alentours de 50 %, mais devront être réévaluées pour s’adapter aux types génétiques produisant des carcasses au-delà de 52-53 % de muscles. Les 2 scénarios les plus complexes ont par contre un domaine de validité plus large.

Les recherches sur la maîtrise de la reproduction des brebis et des chèvres ont abouti à des traitements hormonaux de synchronisation des chaleurs très largement utilisés. Leurs coûts sont supportés par la valeur ajoutée de la production laitière et le progrès génétique rapide permis par l’insémination artificielle associée à la synchronisation. Les éleveurs des pays en développement ne disposent pas des mêmes moyens financiers et des programmes de coopération conduits avec les chercheurs de ces pays portent sur des moyens moins coûteux de synchronisation, comme « l’effet mâle » qui ne nécessite que des manipulations de lots d’animaux, sans intervention hormonale. En France, l’effet mâle ne suscite d’intérêt que chez les éleveurs et professionnels ovins et caprins en Agriculture Biologique. Pendant plus de 20 ans, des programmes de coopération scientifique entre la France, la Tunisie et le Mexique ont permis de mieux connaître les mécanismes physiologiques de la réponse à l’effet mâle et les conditions de son utilisation. Ils ont produit de nombreuses publications et permis le développement de techniques durables de maîtrise de la reproduction, adoptées avec succès par les éleveurs tunisiens et mexicains. L’émergence récente de préoccupations environnementales a changé le point de vue des professionnels français, désormais plus soucieux de durabilité de leurs systèmes. Les informations accumulées lors de ces programmes internationaux de coopération sont maintenant utiles dans les systèmes d’élevage français et européens, pour accélérer la mise au point de nouvelles techniques alternatives à l’utilisation des traitements hormonaux.

La filière viande est confrontée à un double problème de réduction des coûts de production, et d’amélioration de la qualité des produits. Parmi les principaux axes explorés par la Recherche dans ce domaine, l’attention a été focalisée sur la physiologie de la croissance, sa maîtrise par la nutrition et la sélection et enfin la technologie de la viande. Les caractéristiques biologiques des fibres musculaires conditionnent en partie les caractéristiques qualitatives des muscles. Il est donc important de bien connaître les mécanismes de mise en place des différents types de fibres au cours de la différenciation. Par ailleurs, l’étude du contrôle nutritionnel et hormonal et du déterminisme génétique de l’évolution des fibres, au cours du développement, doit permettre de proposer des méthodes d’élevage adaptées à l’élaboration d’un produit capable de satisfaire la filière et le consommateur. Un effort important est consacré à la mise au point de méthodes d’appréciation de la qualité du produit pour remplacer le système de cotation actuel reposant sur une appréciation subjective de la carcasse. Il s’agit de mesurer plus précisément le rendement en muscles, mais aussi les caractéristiques de cette matière première oui déterminent les qualités organoleptiques et hygiéniques de la viande. La maîtrise des procédés de transformation, depuis la technologie d’abattage, le ressuyage, l’automatisation de la découpe et du dessossage, jusqu’aux techniques de conditionnement et de restructuration de la viande sont autant de secteurs de recherches générateurs de progrès à moyen terme. Enfin, la maîtrise de la qualité nécessite une connaissance approfondie de la biochimie de la transformation du muscle en viande après l’abattage.

Avant-propos La demande mondiale en produits d’origine animale est en forte expansion1 et l’élevage est l’une des activités agricoles les plus fortement créatrices d’emploi et de valeur ajoutée, tant au niveau de la production et des services qu’elle utilise, que des filières de produits animaux. Mais dans le même temps, l’élevage doit faire face à des enjeux sociétaux qui nécessitent des évolutions importantes dans les modes de production : besoin de compétitivité encore accru, méthodes d’élevage contestées vis-à-vis des atteintes à l’environnement, du respect du bien-être animal et de l’usage des médicaments. Il s’agit de réfléchir ces défis au niveau européen et mondial. Produire plus, mieux et à moindre coût doit contribuer à assurer la sécurité alimentaire mondiale et à répondre aux attentes européennes en termes de systèmes de production et de marchés très diversifiés. L’Europe a ici une responsabilité toute particulière car si elle ne peut pas nourrir le monde, il est de sa responsabilité, en tant que région où la demande sociale est aujourd’hui la plus élevée, de montrer comment concilier production et environnement. Outre les innovations et les adaptations des systèmes d’élevage (cf. Numéro spécial de la revue « Quelles innovations pour quels systèmes d’élevage ? », Ingrand S., Baumont R. (Eds). INRA Prod. Anim., 27, 2), les réponses passent aussi par la recherche d’animaux qui soient d’une part, plus efficients pour transformer leur ration et plus faciles à élever dans une large gamme de conditions climatiques et de systèmes d’élevage et, d’autre part, adaptables face à des aléas climatiques, sanitaires ou économiques tout en préservant la santé, le bien-être et la qualité des produits. Par le passé, la recherche de la maximisation des performances de production (ex : vitesse de croissance, quantité de lait par lactation…) a conduit à des animaux de plus en plus spécialisés. Dans la plupart des filières, cette maximisation s’est accompagnée d’une dégradation des autres aptitudes d’élevage, aujourd’hui source d’inefficience en élevage. La recherche d’une plus grande robustesse (définie comme la capacité pour un animal d’exprimer son potentiel de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa santé et son bien-être) devient une priorité. Dans le même temps,l’accès à des techniques d’exploration fonctionnelle toujours plus performantes, les innovations en cours d’appropriation ou à venir dans le domaine de la génomique ouvrent des perspectives d’investigation nouvelles plus précises. Dans ce contexte d’évolution des demandes et des possibilités d’investigation, les projets de recherche en sciences animales doivent être plus systémiques, prédictifs et permettre d’établir des relations fonctionnelles de plus en plus fines entre le phénotype des animaux, leur génotype et le milieu dans lequel il s'exprime. Face au développement spectaculaire des connaissances sur le génome, il y a un manque criant de connaissances sur l’expression des phénotypes, connaissances qui devraient permettre de répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales : i) une sélection éclairée vers des objectifs majeurs pour améliorer l’efficience de la production et la robustesse des génotypes, et ii) un élevage de précision qui valorise la variabilité individuelle des animaux pour gagner en efficience et en résilience à l’échelle du troupeau, ou pour améliorer la conduite des animaux d’un génotype donné. En effet, d’un coté les progrès réalisés par la sélection génomique permettent aujourd’hui de repenser les critères de sélection et de les diversifier tout en raccourcissant les délais entre la définition des objectifs et l’amélioration effective des cheptels, mais cette sélection entraine de nouveaux besoins de phénotypage car elle nécessite la caractérisation d’unepopulation de référence. D’un autre coté, la connaissance plus fine de l’animal associée aux technologies en émergence de l’élevage de précision permettra de mieux piloter la conduite d’élevage pour améliorer l’efficience de l’alimentation ou de la reproduction par une approche individuelle à l’animal, ainsi que par la production d’alertes à destination de l’éleveur pour un diagnostic précoce des troubles permettant d’anticiper les ajustements requis. Le phénotypage est ainsi l’un des principaux défis que doit relever les recherches en production animale et a été reconnu comme tel par l’INRA. Deux types de phénotypage peuvent être envisagés : le phénotypage des caractères d’intérêt socio-économique et le phénotypage de caractères plus élémentaires. Les phénotypes d’intérêt socio-économique constituent la finalité recherchée. Ils résultent de mécanismes faisant appel à des régulations complexes, ils sont d’autant plus onéreux à mesurer qu’il s’agit de critères zootechniques qui doivent être observés sur des pas de temps longs. La recherche de phénotypes plus élémentaires et plus proches du mécanisme causal rend plus facile l’identification des gènes responsables. Ce phénotypage fin implique de réaliser des mesures particulièrement approfondies et à des échelles élémentaires (au niveau moléculaire, cellulaire, tissulaire…) des caractéristiques biologiques de l’animal qui expliquent un phénotype complexe observé à l’échelle de l’animal. Le phénotypage à haut débit signifie qu’une méthode de mesure des phénotypes fiable, automatisable et rapide est établie de sorte que le processus de mesure permette de générer un grand nombre de données dans un laps de temps court. Le haut débit peut s’appliquer au phénotypage fin tout comme à celui des caractères d’intérêt zootechnique. Les contributions significatives qui pourront être attendues d’un phénotypage animal fin et à haut débit concernent la biologie prédictive, à savoir la prédiction des performances à partir de caractères simples observables précocement, nécessaire notamment à la gestion des produits, à la conduite de l’élevage et à la sélection animale. Ce dossier propose le fruit d’une réflexion globale des chercheurs de l’INRA sur les perspectives qu’offre le phénotypage des animaux pour répondre aux enjeux des productions animales. Cette réflexion a eu pour objectif de définir les grands enjeux de connaissance autour du phénotypage animal et de faire émerger les questions de recherches prioritaires, transversales ou spécifiques aux différentes filières animales ainsi que les verrous techniques qui sont soulevés. Cette réflexion a été conduite par un groupe de douze chercheurs2 des départements de « Génétique Animale », « Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage » et « Santé Animale » travaillant dans des disciplines et sur des espèces variées, missionné par la Direction Scientifique Agriculture de l’INRA. La réflexion de ce groupe s’est appuyée sur celle d’un collectif plus large de chercheurs INRA travaillant sur les animaux d’élevage par le biais d’un séminaire organisé en mai 2013 ainsi que par la rédaction partagée des articles de ce dossier. L’amélioration de la robustesse des animaux d’élevage étant un objectif central, le premier article de ce dossier développe une approche systémique de la robustesse des animaux d’élevage pour répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales pour la sélection et pour la conduite de l’élevage. Les recherches sur le phénotypage doivent être accompagnées d’une ontologie générique c’est-à-dire d’une représentation et d’un langage communs pour partager les données et les connaissances, ainsi que l’explicite le second article de ce numéro. L’objet des trois synthèses suivantes est de mettre en perspective les fronts de science (phénotypage du microbiote intestinal), les enjeux de connaissance et les verrous techniques encore à lever pour permettre des productions animales de qualité (phénotypage de la qualité des produits) et en quantité (phénotypage de l’efficacité alimentaire), à moindres coûts économique et environnemental. 1 Selon la FAO et l’OCDE, la progression de la consommation de protéines d’origine animale sur la planète devrait se poursuivre au rythme de + 2 à + 3%/an au cours de cette décennie. Sur la période 2000-2050, la consommation totale des viandes devrait progresser de l’ordre de + 70% pour une population en augmentation de + 20%. Selon les mêmes sources et pour la même période la consommation de lait et produits laitiers dans les pays émergents devrait passer de 45 à 78 kg par habitant.

Human coronaviruses, which hitherto were causative agents of mild respiratory diseases of man, have recently become one of the most important groups of pathogens of humans the world over. In less than two decades, three members of the group, severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus (CoV), Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV, and SARS-COV-2, have emerged causing disease outbreaks that affected millions and claimed the lives of thousands of people. In 2017, another coronavirus, the swine acute diarrhea syndrome (SADS) coronavirus (SADS-CoV) emerged in animals killing over 24,000 piglets in China. Because of the medical and veterinary importance of coronaviruses, we carried out a review of available literature and summarized the current information on their properties and diversity. Coronaviruses are single-stranded RNA viruses with some unique characteristics such as the possession of a very large nucleic acid, high infidelity of the RNA-dependent polymerase, and high rate of mutation and recombination in the genome. They are susceptible to a number of physical agents and several chemical agents used for disinfection procedures in hospitals and laboratories. They exhibit considerable genetic and host diversity, causing diseases of gastrointestinal and respiratory system in a wide range of vertebrate hosts including humans. The high prevalence of coronaviruses in domestic and wild animals, especially bats and birds, and the propensity for their genomes to undergo mutation and recombination may lead to emergence of new coronaviruses that could pose a serious threat to human and animal health. Keywords: coronaviruses; SARS-CoV; MERS-CoV; SARS-Cov-2; properties; diversity; review French Title: Coronavirus: revue de leurs propriétés et de leur diversité Les coronavirus humains, qui étaient jusqu'à présent des agents responsables de maladies respiratoires bénignes de l'homme, sont récemment devenus l'un des groupes les plus importants d'agents pathogènes humains dans le monde entier. En moins de deux décennies, trois membres du groupe, le coronavirus (CoV) du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)-CoV et le SRAS-COV-2, sont apparus, provoquant des épidémies qui ont touché des millions et des personnes. a coûté la vie à des milliers de personnes. En 2017, un autre coronavirus, le coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë du porc (SADS) (SADS-CoV) est apparu chez des animaux tuant plus de 24000 porcelets en Chine. En raison de l'importance médicale et vétérinaire des coronavirus, nous avons effectué une revue de la littérature disponible et résumé les informations actuelles sur leurs propriétés et leur diversité. Les coronavirus sont des virus à ARN simple brin avec certaines caractéristiques uniques telles que la possession d'un très grand acide nucléique, une infidélité élevée de la polymérase dépendante de l'ARN, et un taux élevé de mutation et de recombinaison dans le génome. Ils sont sensibles à un certain nombre d'agents physiques et à plusieurs agents chimiques utilisés pour les procédures de désinfection dans les hôpitaux et les laboratoires. Ils présentent une diversité génétique et hôte considérable, provoquant des maladies du système gastro-intestinal et respiratoire dans un large éventail d'hôtes vertébrés, y compris les humains. La forte prévalence des coronavirus chez les animaux domestiques et sauvages, en particulier les chauves-souris et les oiseaux, et la propension de leurs génomes à subir des mutations et des recombinaisons peuvent conduire à l'émergence de nouveaux coronavirus qui pourraient constituer une menace sérieuse pour la santé humaine et animale. Mots-clés: coronavirus; SARS-CoV; MERS-CoV; SRAS-CoV-2; Propriétés; la diversité; la revue

L’Agriculture Biologique (AB) se présente comme un mode de production agricole spécifique basé sur le respect d’un certain nombre de principes et de pratiques visant à réduire au maximum les impacts négatifs sur l’environnement. Elle est soumise à des interdictions et/ou des obligations de moyens, par exemple l’interdiction des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM), des engrais de synthèse et des pesticides ou l’obligation de rotations pluriannuelles. Dans le cas de l’élevage, les critères portent sur l’origine des animaux, les conditions de logement et d’accès aux parcours, l’alimentation ainsi que la prévention et le traitement des maladies. Ainsi, la prévention des maladies est principalement basée sur l’utilisation de techniques d’élevage stimulant les défenses naturelles des animaux et, en cas de problème sanitaire, le recours à l’homéopathie ou à la phytothérapie ; l’emploi d’autres médicaments vétérinaires n’est pas exclu à condition de respecter des conditions réglementaires strictes1. L’AB s’inscrit dans des filières d’approvisionnement et de commercialisation incluant la transformation et la préparation des aliments, la distribution de gros et/ou de détail et le consommateur final. Dans tous les pays, agriculteurs, conditionneurs et importateurs doivent se conformer à des réglementations pour associer à leurs produits un étiquetage attestant de leur nature biologique. Les produits issus de l’AB sont certifiés et des mécanismes d’inspection assurent le respect des règlements. L’AB mondiale est aujourd’hui encore une activité marginale au regard des terres consacrées (moins de 2%), du nombre d’agriculteurs engagés ou des volumes concernés. Il s’agit toutefois d’une activité en forte croissance avec, par exemple, un triplement des surfaces mondiales dédiées entre 1999 et aujourd’hui. Le marché mondial des produits issus de l’AB était estimé à 25 milliards d’euros en 2006, soit deux fois plus qu’en 2000 (données IFOAM). La consommation est très fortement concentrée, à plus de 95% en Amérique du Nord d’une part, et en Europe de l’Ouest où les principaux marchés sont l’Allemagne, l’Italie, la France et le Royaume-Uni, d’autre part. Sur ces deux continents, les importations sont nécessaires pour pallier le déficit de l’offre domestique au regard de la demande intérieure. Ceci est particulièrement vrai en France. Selon le ministère en charge de l’agriculture (2009), «la demande [française] de produits issus de l’AB croît de 10% par an depuis 1999. Or, l’offre [nationale] de produits issus de l’AB est aujourd’hui insuffisante pour satisfaire cette demande croissante. Les surfaces des 11 970 exploitations agricoles françaises en AB ne représentent que 2% de la surface agricole. Par défaut d’organisation entre les producteurs et à cause de l’éparpillement des productions, une part significative des produits bio n’est pas valorisée». Et simultanément, 25% environ de la consommation française de produits bio est satisfaite par des importations. Cette situation a conduit le Ministre en charge de l’agriculture à proposer, dans le cadre du Grenelle de l’environnement, un plan visant le triplement à l’horizon 2012 des surfaces françaises en AB (6% de la surface agricole utile en 2012). Pour atteindre cet objectif, le plan inclut un soutien budgétaire à la structuration de la filière bio (sous la forme d’un fonds de structuration doté de 15 millions d’euros sur cinq ans), la mobilisation de la recherche (notamment sous la forme de crédits «recherche»), un soutien accru aux exploitations converties en AB (via le déplafonnement des 7 600 €/an/unité des aides agro-environnementales pour les exploitations en conversion vers l’AB et une augmentation de l’enveloppe dédiée, ainsi que la reconduction du crédit d’impôt en 2009, celui-ci étant par ailleurs augmenté) et enfin, l’obligation dès 2012 faite à la restauration collective de proposer dans ses menus 20% de produits issus de l’AB. Enfin, dans le cadre du bilan de santé de la Politique Agricole Commune (PAC) du 23 février 2009, une aide spécifique aux exploitations en AB d’un montant d’un peu moins de 40 millions d’euros a été adoptée. Le plan français en faveur de l’AB, popularisé sous le libellé «AB : objectif 2012», vise donc à développer la production domestique de produits issus de l’AB via la fixation d’un objectif quantitatif en termes de surfaces dédiées en jouant simultanément sur la demande (via une contrainte d’incorporation de produits issus de l’AB dans la restauration collective) et l’offre (via, de façon générale, un soutien augmenté aux exploitations en conversion vers l’AB et déjà converties à l’AB). Dans ce contexte, le comité éditorial de la revue Inra Productions Animales et la direction de l’Inra ont souhaité apporter un éclairage scientifique sur les acquis, les verrous et les perspectives en matière d’élevage AB. Ce numéro a été coordonné par J.M. Perez avec l’aide de nombreux relecteurs : que tous soient ici remerciés. Après une présentation du cahier des charges français et de la réglementation communautaire (Leroux et al), le numéro se décline en trois parties : une série d’articles sur différentes filières animales concernées (avicole, porcine, bovine allaitante, ovine allaitante), un focus sur deux approches à l’échelle des systèmes d’élevage (ovin allaitant et bovin laitier), et enfin des articles centrés sur les problèmes les plus aigus rencontrés dans le domaine de la gestion sanitaire et de la maitrise de la reproduction. L’article conclusif de Bellon et al fait le point sur les principales questions de recherche qui demeurent. En aviculture (Guémené et al), à l’exception de l’œuf, la production bio reste marginale, mais les filières sont bien organisées. Cette situation résulte d’une relative synergie avec les filières label rouge, avec lesquelles elles partagent plusieurs caractéristiques (types génétiques, longue durée d’élevage, parcours). Des difficultés multiples subsistent néanmoins. La production bio est pénalisée par le manque de poussins AB, des difficultés de maintien de l’état environnemental et sanitaire des parcours, la rareté de l’aliment bio et la difficulté d’assurer l’équilibre en acides aminés des rations (pas d’acides aminés de synthèse), élément susceptible d’expliquer la surmortalité constatée en pondeuse (liée à des problèmes comportementaux). Par suite, les performances sont inférieures à celles de l’élevage conventionnel (augmentation de la durée d’élevage et de l’indice de conversion) et l’impact environnemental, bien qu’amélioré quand il est rapporté à l’hectare, est moins favorable quand il est mesuré par unité produite, à l’exception notable de l’utilisation de pesticides. Prunier et al aboutissent aux mêmes conclusions dans le cas de la production de porcs AB. Relativement au conventionnel, les contraintes sont fortes sur le plan alimentaire (rareté de l’aliment AB, problème d’équilibre en acides aminés des rations) et de la conduite d’élevage (interdiction ou limitation des pratiques de convenance, âge des animaux au sevrage de 40 jours, difficultés de synchronisation des chaleurs et des mises bas, limitation des traitements vétérinaires). Ces contraintes et la grande diversité des élevages de porcs AB se traduisent par une forte variabilité des performances en termes de survie, reproduction, composition corporelle ou qualité des produits : autant de critères qu’il conviendra de mieux maîtriser à l’avenir pour assurer la pérennité de l’élevage porcin AB. Les performances zootechniques et économiques de l’élevage bovin allaitant bio sont abordées dans l’article de Veysset et al à partir d’un échantillon limité d’exploitations situées en zones défavorisées. Les caractéristiques des unités AB diffèrent peu de celles de leurs voisines en élevage conventionnel ; avec un chargement à l’hectare plus faible mais une plus grande autonomie alimentaire, les résultats techniques des élevages AB sont proches de ceux des élevages conventionnels et ce, en dépit d’une moindre production de viande vive par unité de bétail, en raison d’un cycle de production en moyenne plus long. Sur le plan économique, les charges plus faibles (pas de traitements antiparasitaires, pas de vaccinations systématiques) ne suffisent pas à compenser un moindre produit à l’hectare. Un verrou majeur est le déficit de gestion collective de la filière verticale (absence totale de débouché en AB pour les animaux maigres, en particulier) qui se traduit par un problème aigu de sous-valorisation puisque dans l’échantillon enquêté 71% des animaux sont vendus sans signe de qualité : nul doute qu’il s’agit là d’une priorité d’action. En élevage ovin (Benoit et Laignel), également sur la base d’un échantillon malheureusement restreint, les différences de performances techniques et économiques des élevages conventionnels versus bio varient sensiblement selon la localisation géographique, plaine ou montagne ; il est de ce fait difficile (et dangereux) de dégager des enseignements généraux valables pour l’élevage bio dans son ensemble. L’étude détaillée des adaptations des systèmes d’élevage aux potentialités agronomiques réalisée sur quatre fermes expérimentales montre néanmoins le rôle clé de la variable «autonomie alimentaire». Par suite, la situation économique des élevages ovins bio est plus difficile en zone de montagne où l’autonomie alimentaire, voire fourragère, est moindre (l’achat des aliments non produits sur l’exploitation représente 41% du prix de vente des agneaux dans l’échantillon enquêté). In fine, cela suggère que la variabilité des performances de l’élevage ovin bio, de plaine et de montagne, dépend plus du coût de l’aliment et de la valorisation des agneaux que de la productivité numérique. L’article de Benoit et al porte également sur l’élevage ovin biologique, plus précisément la comparaison de deux systèmes ovins allaitants AB différant par le rythme de reproduction des animaux. Cela montre que les performances de l’élevage ovin AB ne s’améliorent pas quand le rythme de reproduction est accéléré, le faible avantage de productivité numérique ne permettant pas de compenser l’augmentation des consommations d’aliments concentrés et la moindre qualité des agneaux. Au final, cela illustre la plus grande difficulté à piloter le système AB le plus intensif. L’article de Coquil et al relève aussi d’une approche systémique appliquée cette fois à l’élevage bovin laitier. Il porte sur l’analyse d’un dispositif original de polyculture-élevage mis en place à la Station Inra de Mirecourt reposant sur la valorisation maximale des ressources du milieu naturel et accordant une importance première à l’autonomie en paille et à la culture des légumineuses (protéagineux, luzerne). Le cheptel valorise les produits végétaux (prairies et cultures) et assure la fertilisation des parcelles en retour. L’autonomie alimentaire étant privilégiée, les effectifs animaux sont une variable d’ajustement, situation plutôt inhabituelle par comparaison avec des élevages laitiers conventionnels qui cherchent en premier lieu à maintenir les cheptels et les capacités de production animale. Les premiers retours d’expérience suggèrent une révision du dispositif en maximisant les synergies et les complémentarités plutôt que de considérer que l’une des deux activités, la culture ou l’élevage, est au service de l’autre. Cabaret et al proposent un éclairage sur les problèmes sanitaires en élevage biologique. Sur la base, d’une part, d’une analyse des déclaratifs des acteurs de l’élevage, et, d’autre part, d’évaluations aussi objectivées que possible, les chercheurs montrent qu’il n’y aurait pas de différence notable entre l’AB et le conventionnel sur le plan des maladies infectieuses et parasitaires (nature, fréquence). La gestion de la santé des cheptels AB repose davantage sur l’éleveur que sur les prescripteurs externes auxquels il est moins fait appel, et sur une planification sanitaire préalable privilégiant la prévention et une réflexion de plus long terme sur la santé globale du troupeau, l’ensemble des maladies qui peuvent l’affecter, etc. La planification n’est pas uniquement technique. Elle requiert aussi l’adhésion des éleveurs. De fait, l’enquête analysée dans cet article relative aux élevages ovins allaitants met en lumière l’importance de ces aspects individuels et culturels sur la gestion de la santé en élevage biologique. Les alternatives aux traitements anthelminthiques en élevage ruminant AB font l’objet de nombreux travaux (Hoste et al). Différents moyens de lutte contre les parasitoses sont mis en œuvre : gestion du pâturage de façon à limiter le parasitisme helminthique (rotations, mise au repos, assainissement), augmentation de la résistance de l’hôte (génétique, nutrition, vaccination), et traitements alternatifs des animaux infectés (homéopathie, phytothérapie, aromathérapie). Les protocoles d’évaluation objective de ces traitements alternatifs posent des problèmes méthodologiques non totalement résolus à ce jour. Mais traiter autrement, c’est aussi réduire le nombre de traitements anthelminthiques de synthèse via un emploi plus ciblé (saison, catégories d’animaux). Au total, de par la contrainte du cahier des charges à respecter, l’élevage biologique a recours à l’ensemble des moyens de lutte contre les maladies parasitaires. Dans le cadre de cette approche intégrée de la santé animale, l’élevage biologique peut jouer un rôle de démonstrateur pour l’ensemble des systèmes d’élevage concernés par le problème de la résistance et des alternatives aux anthelminthiques utilisés à grande échelle. Même si la réglementation n’impose pas de conduites de reproduction spécifiques en élevage AB, elle contraint fortement les pratiques, notamment l’utilisation des traitements hormonaux. L’impact de ces contraintes est particulièrement fort en élevage de petits ruminants (où le recours à des hormones de synthèse permet l’induction et la synchronisation des chaleurs et des ovulations) et en production porcine (où la synchronisation des chaleurs et des mises bas est très pratiquée). Néanmoins, Pellicer-Rubio et al rappellent que des solutions utilisées en élevage conventionnel peuvent également être mobilisées en élevage biologique, l’effet mâle et les traitements photopériodiques naturels notamment, et ce dans toutes les filières, en particulier celles fortement consommatrices de traitements hormonaux. De façon générale, les marges de progrès sont encore importantes et les solutions seront inévitablement multiformes, combinant diverses techniques selon une approche intégrée. Ici aussi, l’AB veut être valeur d’exemple, en particulier dans la perspective d’une possible interdiction des hormones exogènes en productions animales. L’article de Bellon et al conclut le numéro. Il met l’accent sur quatre thématiques prioritaires de recherche à développer, à savoir 1) la conception de systèmes d’élevage AB, 2) l’évaluation de l’état sanitaire des troupeaux et le développement d’outils thérapeutiques alternatifs, 3) la maîtrise de la qualité des produits et 4) l’étude des interactions entre élevage AB et environnement. A ces quatre orientations, on ajoutera la nécessité de recherches sur l’organisation des filières, la distribution, les politiques publiques, etc. dans la perspective de différenciation et de valorisation par le consommateur des produits issus de l’élevage biologique. Dans le droit fil de ces conclusions, l’Inra a lancé, ce printemps, un nouvel appel à projets de recherche sur l’AB dans le cadre du programme dit AgriBio3 (programme qui prend la suite de deux premiers programmes également ciblés sur l’AB). Les deux grandes thématiques privilégiées sont, d’une part, les performances techniques de l’AB (évaluation, amélioration, conséquences sur les pratiques), et, d’autre part, le développement économique de l’AB (caractérisation de la demande, ajustement entre l’offre et la demande, stratégie des acteurs et politiques publiques). Ce programme, associé à d’autres initiatives nationales (appel à projets d’innovation et de partenariat CASDAR du ministère en charge de l’agriculture) et européennes (programme européen CORE Organic en cours de montage, suite à un premier programme éponyme), devrait permettre, du moins nous l’espérons, de répondre aux défis de l’AB, plus spécifiquement ici à ceux de l’élevage biologique. Un enjeu important est aussi que les innovations qui émergeront de ces futurs programmes, tout comme des travaux pionniers décrits dans ce numéro, constituent une source d’inspiration pour faire évoluer et asseoirla durabilité d’autres formes d’élevage.

Il faut remonter loin dans les archives de l’INRA, et plus précisément au numéro spécial du « Bulletin du CRZV de Theix » datant de l’année 1974 pour trouver un ouvrage entièrement dédié aux « vaches allaitantes »1. Quarante-trois ans plus tard, c’est avec plaisir que nous présentons ce nouveau dossier dans la revue INRA Productions Animales qui leur est entièrement consacré. Un tel regroupement d’articles sur cet animal et ce système d’élevage est donc assez rare et nous remercions chaleureusement les animateurs de la revue de l’avoir initié. Le numéro de 1974 constatait le développement soutenu des troupeaux allaitants en France qui accompagnait la tendance à la spécialisation des systèmes de production tant vers le lait que vers la viande. Les travaux de recherches engagés mettaient en avant les spécificités de ce système peu étudié jusque-là : la productivité de la femelle, biologiquement limitée à un veau par an, impose une stratégie générale de réduction des charges et des coûts de production et par là une maximisation de l’utilisation de l’herbe dans le système fourrager. Ils se démarquaient alors des travaux réalisés sur les vaches laitières. Et pour produire efficacement de la viande, disposer d’animaux tardifs de grands formats est un atout important par la capacité qu’ils ont à déposer efficacement de la masse musculaire. Les objectifs de sélection proposés alors ont ciblé le potentiel de croissance des veaux tout en améliorant les facilités de vêlage des vaches et le format des carcasses des vaches de réforme. Ces connaissances, développées par des chercheurs de renommée2, ont porté leurs fruits et accompagné la transformation constante du cheptel Français : le nombre de vaches allaitantes a presque été multiplié par deux (4,2 millions actuellement en France). Il est supérieur à celui des vaches laitières depuis l’année 2005 et la production de viande qui en est issue avoisine désormais 65% de la production nationale. Les vaches ont grandi et grossi (+ 5kg /an en moyenne), mais les troupeaux également. La productivité par travailleur a plus que doublé (Veysset et al 20153) sans que la productivité numérique des vaches n’en pâtisse trop. Mais cette réussite quantitative flagrante marque le pas, et ne suffit plus pour aborder sereinement l’avenir de la production. Au niveau des exploitations de nombreux signaux défavorables se sont allumés. Les revenus des éleveurs stagnent et restent parmi les plus bas des professions agricoles. L’image de l’élevage se dégrade dans notre société urbanisée. Les bovins en général sont aussi interrogés sur leur bilan environnemental qui est sujet à controverses, et désormais c’est la finalité première de production de viande de ces troupeaux allaitants qui est en débat. Ces constats sont maintenant bien connus, et rappelés brièvement dans les introductions des articles de M. Lherm et al, et d’A. Cerles et al. Ils provoquent des inquiétudes grandissantes à tous les niveaux de la filière. Que peuvent apporter aux débats en cours les recherches récentes ciblées vers les vaches allaitantes ? C’estce qui a motivé la réalisation de ce dossier qui vise à rassembler et synthétiser les connaissances récentes acquises, d’une part, à l’échelle de l’animal, et, d’autre part à celle du système de production.Pour introduire ce dossier, l’article de M. Lherm et al met en perspective les évolutions des « élevages allaitants » dans les quatre principaux pays européens producteurs : France, Royaume-Uni, Irlande et Espagne. L’analyse des trajectoires technico-économiques des élevages allaitants au cours des dernières décennies dans ces quatre pays montre que les choix d’investissements, de mécanisation, et d’agrandissement des structures n’ont pas été partout semblables. Ensuite, ce dossier fait le point des avancées dans les disciplines et dans les onnaissances zootechniques de base pour la conduite des élevages bovins allaitants : l’amélioration génétique, la physiologie de lareproduction, les facteurs de variation de la production de lait des mères, la quantification de leurs besoins nutritionnels et de leur efficience alimentaire. L’article de L. Griffon et al discute de ce que l’on peut attendre des nouveaux outils génétique comme la génomique, et comment ils vont s’intégrer dans les nouveaux schémas d’amélioration. Les nouvelles connaissances physiologiques pour la maîtrise de la reproduction, pour la prévision de la courbe de lactation et pour la maîtrise de l’alimentation des vaches allaitantes sont détaillées successivement dans les articles de B. Grimard et al, de B. Sepchat et al et d’A. De La Torre et J. Agabriel. Ils fournissent de nouveaux indicateurs sur les aptitudes des animaux dont l’élevage du futur a besoin : robustesse, autonomie, efficience. Autant de propositions pour de nouvelles mesures de routine qui participeront à la détermination des nouveaux phénotypes. L’article de M. Doreau et al éclaire le débat sur l’empreinte environnementale de l’élevage allaitant en synthétisant les connaissances actuelles permettant d’établir le bilan de ses impacts positifs et négatifs. Les controverses sur le besoin en eau, les rejets de gaz à effet de serre ou d’azote pour produire un kg de boeuf par exemple, sont encore très fortes et nécessitent des apports scientifiques de fond pour les apaiser. Même s’il est acquis qu’élevage allaitant et prairie sont liés, et que ce lien conforterait une image favorable auprès des citoyens comme auprès des consommateurs, les interrogations sociétales demandent des réponses. Les travaux en cours permettent de les affiner. Enfin, l’article d’A. Cerles et al qui clôt ce dossier pose les fondements des futurs possibles pour l’élevage bovin allaitant à partir d’un travail de prospective pour les filières viandes réalisé sur le territoire du Massif central qui analyse les conséquences de cinq scénarios contrastés prenant en compte de puissants déterminants comme le changement climatique, l’évolution de la consommation de viande, les politiques agricoles et environnementales4. La bonne utilisation des surfaces herbagères, la maîtrise complète de la qualité des viandes sont de points incontournables à travailler dans les années à venir, et les acteurs devront faire émerger ensemble les opportunités de projets qui les aideront à avancer. Nous sommes persuadés que ces divers sujets par la manière exhaustive et synthétique dont ils ont été traités dans ce dossier, aideront les lecteurs dans leurs recherches personnelles et à se forger leur propre expertise. Nous remercions encore tous les auteurs, les relecteurs et le secrétariat de la revue pour leurs investissements qui ont permis de mener ce travail à son terme. J. Agabriel, R. BaumontInra, UMR Herbivores------------1 L’exploitation des troupeaux de vaches allaitantes. 6ème journées du Grenier de Theix. Supplément du Bulletin Technique du CRZV Theix. Numéro spécial 1974 : 398pp.2 On peut ainsi citer Claude Béranger, Michel Petit, Gilbert Liénard, François Ménissier et toutes leurs équipes d’alors.3 Veysset P., Lherm M., Roulenc M., Troquier C., Bebin D., 2015. Productivity and technical efficiency of suckler beef production systems: trends for the period 1990 to 2012. Animal 9, 2050-2059.4 Cerles A., Poux X., Lherm M., Agabriel J., 2016. Étude prospective des filières viandes de ruminants du Massif central, horizon 2050. INRA Centre Auvergne-Rhône-Alpes. http://www.ara.inra.fr/Le-centre-Les-recherches/projets-et-actualites/ProspectiveViande

Ce numéro de la revue INRA Productions Animales contient un dossier consacré aux dernières avancées de la recherche sur le foie gras. En effet, la démocratisation de la consommation de ce produit haut de gamme a été permise notamment par les efforts de recherche et développement sur l’élevage des palmipèdes à foie gras et la maîtrise de la qualité du produit. Ce dossier est l’occasion de faire en préalable quelques rappels sur cette belle histoire ! Un peu d’histoire La pratique du gavage est une tradition très ancienne, originaire d’Egypte, dont les traces remontent à 2 500 avant JC. Elle avait pour objectif d’exploiter la capacité de certains oiseaux à constituer des réserves énergétiques importantes en un temps court pour disposer d’un aliment très riche. Si les basreliefs datant de l’ancien empire égyptien attestent de la pratique du gavage, il n’existe pas de preuves que les égyptiens consommaient le foie gras ou s’ils recherchaient la viande et la graisse. Ces preuves sont apparues pour la première fois dans l’empire romain. Les romains gavaient les animaux avec des figues et pour eux le foie constituait le morceau de choix. Le nom de jecur ficatum, signifiant « foie d’un animal gavé aux figues », est ainsi à l’origine du mot foie en français. La production de foie gras s’est développée dans le Sud-ouest et l’Est de la France aux XVIIe et XVIIIe siècles avec le développement de la culture du maïs. Le foie gras est aujourd’hui un met inscrit au patrimoine culturel et gastronomique français (article L. 654-27-1 du code rural défini par la Loi d’Orientation Agricole de 2006). Le contexte de la production de foie gras Avec près de 72% de la production mondiale en 2012, la France détient le quasi monopole de la production de foie gras. Les autres pays ayant des productions significatives sont la Hongrie et la Bulgarie en Europe Centrale, avec environ 10% pour chacun de ces pays, mais aussi l’Espagne avec 3% de la production. L’Amérique du nord et la Chine représentent les deux autres pôles de production les plus significatifs, mais avec moins de 2% du marché. La production française a connu un essor considérable, sans doute le plus important de toutes les productions agricoles, passant de 5 880 tonnes en 1990 à plus de 19 000 tonnes en 2012. A l’origine, le foie gras était principalement obtenu par gavage des oies, longtemps considérées comme l’animal emblématique de cette production. Aujourd’hui, le canard mulard, hybride d’un mâle de Barbarie (Cairina Moschata) et d’une cane commune (Anas Platyrhynchos), est plus prisé (97% des palmipèdes gavés en France). En France, l’oie a vu de ce fait sa part relative pour la production de foie gras diminuer, et c’est la Hongrie qui contrôle 65% de la production mondiale de foie gras d’oie. Toutefois, cette espèce ne représente que 10% de la production mondiale. La France est également le principal pays consommateur de foie gras avec 71% du total, l’Espagne se classant au second rang avec environ 10%. Compte tenu de son image de produit de luxe et d’exception, le foie gras est consommé un peu partout dans le monde lors des repas de haute gastronomie. Les grandes avancées de connaissance et l’évolution des pratiques d’élevage L’amélioration des connaissances sur la biologie et l’élevage des palmipèdes à foie gras a permis de rationnaliser les pratiques d’élevage et d’améliorer la qualité du produit. Plusieurs laboratoires de recherche et structures expérimentales, ayant leurs installations propres et/ou intervenant sur le terrain, ont contribué à l’acquisition de ces connaissances : l’INRA avec l’Unité Expérimentale des Palmipèdes à Foie Gras, l’UMR Tandem, le Laboratoire de Génétique Cellulaire, la Station d’Amélioration Génétique des Animaux et l’UR Avicoles, l’Institut Technique de l’AVIculture, la Ferme de l’Oie, le Centre d’Etudes des Palmipèdes du Sud Ouest, le LEGTA de Périgueux, l’ENSA Toulouse, l’ENITA Bordeaux et l’AGPM/ADAESO qui a mis fin en 2004 à ses activités sur les palmipèdes à foie gras. Aujourd’hui ces structures fédèrent leurs activités dans un but de rationalité et d’efficacité. Les avancées des connaissances et leur transfert dans la pratique, associés à une forte demande du marché, sont à l’origine de l’explosion des volumes de foie gras produits. Ainsi, la maîtrise de la reproduction couplée au développement de l’insémination artificielle de la cane commune et à la sélection génétique (Rouvier 1992, Sellier et al 1995) ont permis la production à grande échelle du canard mulard adapté à la production de foie gras. En effet, ses géniteurs, le mâle de Barbarie et la femelle Pékin, ont fait l’objet de sélections spécifiques basées sur l’aptitude au gavage et la production de foie gras de leurs descendants. La connaissance des besoins nutritionnels des animaux et le développement de stratégies d’alimentation préparant les animaux à la phase de gavage ont également été des critères déterminants pour la rationalisation d’un système d’élevage (Robin et al 2004, Bernadet 2008, Arroyo et al 2012). La filière s’est par ailleurs structurée en une interprofession (le Comité Interprofessionnel du Foie Gras - CIFOG) qui soutient financièrement des travaux de recherches et conduit des actions (organisation de salons du foie gras par exemple) visant à rendre accessibles toutes les avancées de la filière. Ainsi, l’amélioration du matériel d’élevage (gaveuse hydraulique et logement de gavage) a engendré des gains de productivité considérables (Guy et al 1994). Par exemple, en 20 ans, la taille d’une bande de gavage est passée de deux cents à mille individus. Enfin, la construction de salles de gavage, dont l’ambiance est parfaitement contrôlée autorise désormais la pratique du gavage en toute saison. Des études ont aussi permis de déterminer l’influence des conditions d’abattage et de réfrigération sur la qualité des foies gras (Rousselot-Pailley et al 1994). L’ensemble de ces facteurs a contribué à ce que les possibilités de production soient en cohérence avec la demande liée à un engouement grandissant pour le foie gras. Les pratiques d’élevage actuelles Aujourd’hui, le cycle de production d’un palmipède destiné à la production de foie gras comporte deux phases successives : la phase d’élevage, la plus longue dans la vie de l’animal (11 à 12 semaines chez le canard ou 14 semaines chez l’oie) et la phase de gavage, d’une durée très courte (10 à 12 jours chez le canard ou 14 à 18 jours chez l’oie). La phase d’élevage se décompose elle même en trois étapes (Arroyo et al 2012). Pendant la phase de démarrage (de 1 à 4 semaines d’âge) les animaux sont généralement élevés en bâtiment clos chauffé et reçoivent à volonté une alimentation granulée. Pendant la phase de croissance (de 4 à 9 semaines d’âge), les animaux ont accès à un parcours extérieur. Ils sont nourris à volonté avec un aliment composé de céréales à 75% sous forme de granulés. La dernière phase d’élevage est consacrée à la préparation au gavage (d’une durée de 2 à 5 semaines) grâce à la mise en place d’une alimentation par repas (220 à 400 g/j). Son objectif est d’augmenter le volume du jabot et de démarrer le processus de stéatose hépatique. Pendant la phase de gavage les animaux reçoivent deux (pour le canard) à quatre (pour l’oie) repas par jour d’une pâtée composée à 98% de maïs et d’eau. Le maïs est présenté soit sous forme de farine (productions de type standard), soit sous forme d’un mélange de graines entières et de farine, soit encore sous forme de grains modérément cuits (productions traditionnelles ou labellisées). En France, on distingue deux types d’exploitations. Dans les exploitations dites en filière longue et de grande taille (au nombre de 3 000 en France), les éleveurs sont spécialisés dans une des phases de la production : éleveurs de palmipèdes dits « prêt-à-gaver », gaveurs ou éleveurs-gaveurs. Ce type de production standard est sous contrôle d’un groupe ou d’une coopérative qui se charge des opérations ultérieures (abattage, transformation, commercialisation ou diffusion dans des espaces de vente à grande échelle). Il existe également des exploitations en filière courte qui produisent les animaux, transforment les produits et les commercialisent directement à la ferme et qui sont généralement de plus petite taille. Ces exploitations « fermières » ne concernent qu’une petite part de la production (10 à 15%), mais jouent un rôle important pour l’image de production traditionnelle de luxe qu’elles véhiculent auprès des consommateurs. Pourquoi un dossier sur les palmipèdes à foie gras ? Au-delà des synthèses publiées précédemment dans INRA Productions Animales, il nous a semblé intéressant de rassembler et de présenter dans un même dossier les avancées récentes concernant la connaissance de l’animal (articles de Vignal et al sur le séquençage du génome du canard et de Baéza et al sur les mécanismes de la stéatose hépatique), du produit (articles de Théron et al sur le déterminisme de la fonte lipidique du foie gras à la cuisson et de Baéza et al sur la qualité de la viande et des carcasses), ainsi que les pistes de travail pour concevoir des systèmes d’élevage innovants plus durables (article de Arroyo et al). L’actualité et les enjeux pour demain La filière est soumise à de nombreux enjeux sociétaux qui demandent de poursuivre les efforts de recherche. En effet, pour conserver son leadership mondial elle doit rester compétitive et donc maîtriser ses coûts de production tout en répondant à des attentes sociétales et environnementales spécifiques telles que la préservation de la qualité des produits, le respect du bien-être animal ou la gestion économe des ressources. Ainsi, la production de foie gras est parfois décriée eu égard à une possible atteinte au bien-être des palmipèdes pendant l’acte de gavage. De nombreux travaux ont permis de relativiser l’impact du gavage sur des oiseaux qui présentent des prédispositions à ce type de production : la totale réversibilité de l’hypertrophie des cellules hépatiques (Babilé et al 1998) ; l’anatomie et la physiologie des animaux de même que l’absence de mise en évidence d’une élévation du taux de corticostérone (considéré comme marqueur d’un stress aigu) après l’acte de gavage (Guéméné et al 2007) et plus récemment la mise en évidence de l’aptitude à un engraissement spontané du foie (Guy et al 2013). Le conseil de l’Europe a toutefois émis des recommandations concernant le logement des animaux qui préconisent, la disparition des cages individuelles de contention des canards pendant le gavage au profit des cages collectives. Par ailleurs, il recommande la poursuite de nouvelles recherches pour développer des méthodes alternatives au gavage. Parallèlement, à l’instar des autres filières de productions animales, la filière foie gras doit aussi maîtriser ses impacts environnementaux (voir aussi l’article d’Arroyo et al). Les pistes de recherches concernent prioritairement la maîtrise de l’alimentation, la gestion des effluents et des parcours d’élevage. Il reste donc de grands défis à relever pour la filière foie gras afin de continuer à proposer un produitqui conjugue plaisir et durabilité.Bonne lecture à tous !

Les connaissances acquises sur les ESST au cours des années passées ouvrent des perspectives dans la lutte contre ces maladies, tant pour soigner les malades atteints de la Maladie de Creutzfeldt-Jakob que pour maîtriser et prévenir les risques liés à ces agents pour la population humaine et les espèces animales.La question du diagnostic des ESST animales au laboratoire est discutée dans l’article de Lantier et al., ainsi que les développements en cours pour permettre le diagnostic avant la mort et la distinction des souches d’ESST les unes des autres avec des outils biochimiques. L’article de Barillet et al. donne une vue d’ensemble des travaux conduits depuis dix ans pour maîtriser voire éradiquer la tremblante dans la population ovine, en jouant sur la résistance génétique des ovins aux ESST conférée par le polymorphisme du gène PrP dans cette espèce. Il introduit aussi le programme national de lutte qui en a découlé et ses premiers résultats. L’article de Picard-Hagen et al. présente une étude clinique conduite sur une molécule à visée thérapeutique, et discute la méthode d’approche qui devrait être poursuivie pour ne tester sur des patients que les molécules pour lesquelles la concentration active anti- prion peut être obtenue dans les tissus cibles de la protéine prion pathogène, à des posologies non toxiques pour l’individu. Enfin, deux articles abordent la question cruciale de la destruction des farines animales à risque. La question posée est de savoir si on peut envisager une valorisation et une décontamination de ces sous-produits qui ne sont plus autorisés dans l’alimentation animale, avec des procédés simples et économiques, autrement qu’en les détruisant à un coût énergétique non négligeable. L’article de Tsiroulnikov et al. aborde la question par l’utilisation de microorganismes capables de se développer sur de tels substrats et détruire la protéine prion. L’article de Mouloungui et al. est pour sa part basé sur la valorisation des fractions lipidique et protéique des farines animales, respectivement pour la fabrication de biolubrifiants et additifs biocarburants, et de matériaux polymères.

Les filières et systèmes d’élevage ont considérablement évolué au cours du XXe siècle. La recherche en génétique animale et la mise en place des programmes d’amélioration génétique ont joué un rôle important dans cette évolution. Aujourd’hui, le modèle dominant, caractérisé par une utilisation intensive d’intrants, une très grande spécialisation des systèmes et la recherche de coûts de production toujours plus bas, est remis en cause. Un objectif désormais largement partagé est de contribuer à l’émergence de systèmes alimentaires durables, équitables, sains et respectueux de l’environnement. L’agroécologie est un moyen pour atteindre cet objectif et guider la nécessaire transition des systèmes d’élevage, à laquelle la génétique animale doit contribuer. Des exemples de contributions passées, actuelles et potentielles sont présentés et positionnés selon cinq principes d’agroécologie proposés pour guider l’évolution des systèmes d’élevage. La plupart, telles que la sélection d’animaux résistants à différentes maladies infectieuses ou valorisant de façon plus efficace leur alimentation, correspondent à des niveaux de transition agroécologique faible, dans la mesure où elles ne remettent pas en cause les fondements, les composantes ou la conception générale des systèmes. De nouvelles contributions, visant une transition forte, fondée sur une reconception en profondeur des systèmes d’élevage, sont à développer à l’avenir.

Deux faits signent la nature profonde de l’être humain : (i) un cerveau d’une grande plasticité et (ii) la puissance impérieuse de la culture qui se manifeste non seulement par la diversité et l’intensité de son expression, mais aussi par la forte influence qu’elle exerce rétroactivement sur le développement de notre architecture cérébrale – qui l’a rendue possible. Cette plasticité développementale, résumée dans l’idée que « nous héritons notre cerveau ; nous acquérons notre esprit » (we inherit our brains ; we acquire our minds)(Goldschmidt 2000), relève d’un processus plus général appelé « altricialité » par les éthologues. Le terme est dérivé de l’anglais altricial, mot qui vient lui-même du latin altrix : « celle qui nourrit », « nourrice » (Gaffiot 1934). Dans son acception première, l’altricialité signifie qu’une espèce n’est pas immédiatement compétente à la naissance, contrairement aux espèces dites précoces. C’est le cas, par exemple, de la plupart des passereaux qui naissent les yeux fermés et dont la survie dépend entièrement de l’aide apportée par leur entourage. Il en va de même pour notre espèce. Dans le cas des nouveau-nés humains, toutefois, s’ajoute à l’altricialité primaire une altricialité secondaire. On désigne ainsi le fait que notre cerveau n’est pleinement compétent (sur les plans cognitif, émotionnel, sensoriel et moteur) que tardivement. La force et la durée de la croissance cérébrale post-natale caractérisent cette altricialité secondaire. Du point de vue de la force, le chimpanzé Pan troglodytes, espèce animale qui nous est phylogénétiquement la plus proche, a un coefficient de croissance cérébrale de 2,5 entre la naissance et l’âge adulte, contre 3,3 chez les humains (DeSilva et Lesnik 2008). Du point de vue de la durée, on a longtemps cru que la maturité du cerveau humain coïncidait avec la puberté, mais on sait aujourd’hui que la période de surproduction et d’élimination des épines dendritiques sur les neurones pyramidaux du cortex préfrontal court jusqu’à la trentaine (Petanjeket al. 2011). Outre des contraintes obstétriques, cette maturation prolongée est probablement due aux coûts métaboliques élevés du développement cérébral (Goyal et al. 2014), un processus de co-évolution ayant favorisé l’étalement dans le temps de la dépense énergétique (Kuzawa et al. 2014). Cette forte altricialité cérébrale est propre aux êtres humains, le contrôle génétique qui s’exerce sur l’organisation somatopique de notre cortex, sur la connectique cérébrale et sur les aires d’association étant plus faible que chez le chimpanzé commun. Par exemple, deux frères chimpanzés auront des sillons cérébraux davantage similaires que deux frères humains, parce que le cerveau des premiers est moins réceptif aux influences environnementales que celui des membres de notre espèce (Gómez-Robles et al. 2015). Cette spécificité du cerveau humain est tout aussi importante que son quotient d’encéphalisation (6,9 fois plus élevé que celui d’un autre mammifère du même poids, et 2,6 fois supérieur à celui d’un chimpanzé), le nombre élevé de ses neurones (86 milliards contre 28 milliards chez le chimpanzé), la complexité de sa connectique (environ 1014 synapses), les changements néoténiques lors de l’expression des gènes (Somel et al. 2009) et son architecture complexe. Chez le nouveau-né humain, la neurogenèse est achevée, excepté dans la zone sous-ventriculaire – connectée aux bulbes olfactifs – et la zone sous-granulaire, qui part du gyrus denté de l’hippocampe (Eriksson et al. 1998). Toutefois, si tous les neurones sont déjà présents, le cerveau néonatal représente moins de 30% de sa taille adulte. Immédiatement après la naissance, sa croissance se poursuit au même taux qu’au stade fœtal pour atteindre 50% de la taille adulte vers 1 an et 95% vers 10 ans. Cette croissance concerne essentiellement les connexions des neurones entre eux (synaptogenèse, mais aussi élagage de cette interconnectivité ou synaptose) et la myélinisation néocorticale. À chaque minute de la vie du bébé, rappelle Jean-Pierre Changeux (2002), « plus de deux millions de synapses se mettent en place ! » Au total, 50% de ces connexions se font après la naissance (Changeux 2003). Cette spécificité d’Homo sapiens a une portée anthropologique capitale. Elle expose si fortement les êtres humains aux influences de leur environnement qu’ils deviennent naturellement des êtres hyper-sociaux et hyper-culturels, ce qu’avait pressenti Malinowski (1922 : 79-80) quand il soutenait que nos « états mentaux sont façonnés d’une certaine manière » par les « institutions au sein desquelles ils se développent ». Le développement du cerveau dans la longue durée permet une « imprégnation » progressive du tissu cérébral par l’environnement physique et social (Changeux 1983), en particulier lors des phases de socialisation primaire et secondaire. L’être humain a ainsi des «dispositions épigénétiques à l’empreinte culturelle » (Changeux 2002). Les effets sociaux et les incidences évolutionnaires (Kuzawa et Bragg 2012) d’une telle aptitude sont immenses. L’entourage doit non seulement aider les nouveau-nés, mais aussi accompagner les enfants jusqu’à leur développement complet, l’immaturité du cerveau des adolescents étant à l’origine de leur caractère souvent impulsif. Cet accompagnement de l’enfant se traduit par des changements dans la structure sociale, au sein de la famille et de la société tout entière, notamment sous la forme d’institutions d’apprentissage social et culturel. Les êtres humains sont ainsi contraints de coopérer, d’abord à l’intérieur de leur groupe familial et d’appartenance, puis sous des formes plus ouvertes (voir Coopération). Née de processus évolutifs anciens d’au moins 200 000 ans (Neubaueret al. 2018), l’altricialité secondaire nous donne un avantage adaptatif : contrairement à d’autres espèces, nos comportements ne sont pas « mis sur des rails » à la naissance, ce qui les rend flexibles face à des environnements changeants, favorisant ainsi la diversité phénotypique et culturelle. Cette plasticité cérébrale peut produire le meilleur. Par exemple, 15 mois seulement d’éducation musicale avant l’âge de 7 ans peuvent renforcer les connexions entre les deux hémisphères cérébraux (Schlaug et al. 1995) et induire d’autres changements structuraux dans les régions assurant des fonctions motrices, auditives et visuo-spatiales (Hyde et al. 2009). Une formation musicale précoce prévient aussi la perte d’audition (White-Schwoch et al. 2013) et améliore la perception de la parole (Du et Zatorre 2017). Cependant, comme cela est souvent le cas en évolution, il y a un prix à payer pour cet avantage considérable qu’est l’altricialité secondaire. Il a pour contrepartie un appétit vorace en énergie de notre cerveau (Pontzer et al. 2016). Il nous rend plus vulnérables, non seulement jusqu’à l’adolescence mais tout au long de la vie où, suppose-t-on, des anomalies des reconfigurations neuronales contribuent au développement de certaines pathologies neurologiques (Greenhill et al. 2015). Enfin, un risque associé au « recyclage culturel des cartes corticales » (Dehaene et Cohen 2007) est rarement noté : si ce recyclage peut produire le meilleur, il peut aussi produire le pire, selon la nature de la matrice culturelle dans laquelle les individus sont pris (Candau 2017). Par exemple, le choix social et culturel consistant à développer des industries polluantes peut provoquer des maladies neurodégénératives et divers désordres mentaux (Underwood 2017), notamment chez les enfants (Bennett et al. 2016), phénomène qui est accentué quand il est associé à l’adversité sociale précoce (Stein et al. 2016). Toujours dans le registre économique, la mise en œuvre de politiques qui appauvrissent des populations peut affecter le développement intellectuel des enfants (Luby et al. 2013), un message clé du World Development Report 2015 étant que la pauvreté est une « taxe cognitive ». Un dernier exemple : Voigtländer et Voth (2015) ont montré que les Allemands nés dans les années 1920 et 1930 manifestent un degré d’antisémitisme deux à trois fois plus élevé que leurs compatriotes nés avant ou après cette période. Bien plus souvent que d’autres Allemands, ils se représentent les Juifs comme « une population qui a trop d’influence dans le monde » ou « qui est responsable de sa propre persécution ». Ceci est la conséquence de l’endoctrinement nazi qu’ils ont subi durant toute leur enfance, notamment à l’école, en pleine période d’altricialité secondaire. En résumé, l’altricialité secondaire est au fondement (i) de l’aptitude naturelle de notre cerveau à devenir une représentation du monde et (ii) d’une focalisation culturelle de cette représentation, sous l’influence de la diversité des matrices culturelles, cela pour le meilleur comme pour le pire. Cette hyperplasticité du cerveau pendant la période altricielle laisse la place à une plasticité plus modérée à l’âge adulte puis décroît à l’approche du grand âge, mais elle ne disparaît jamais complètement. Par conséquent, loin de voir dans les données neurobiologiques des contraintes qui auraient pour seule caractéristique de déterminer les limites de la variabilité culturelle – limitation qui est incontestable – il faut les considérer également comme la possibilité de cette variabilité.