Academic literature on the topic 'CYTORHABDOVIRUS'

Using double-strand RNA (dsRNA) high-throughput sequencing, we identified five RNA viruses in a bean golden mosaic virus (BGMV)-resistant common bean transgenic line with symptoms of viral infection. Four of the identified viruses had already been described as infecting common bean (cowpea mild mottle virus, bean rugose mosaic virus, Phaseolus vulgaris alphaendornavirus 1, and Phaseolus vulgaris alphaendornavirus 2) and one is a putative new plant rhabdovirus (genus Cytorhabdovirus), tentatively named bean-associated cytorhabdovirus (BaCV). The BaCV genome presented all five open reading frames (ORFs) found in most rhabdoviruses: nucleoprotein (N) (ORF1) (451 amino acids, aa), phosphoprotein (P) (ORF2) (445 aa), matrix (M) (ORF4) (287 aa), glycoprotein (G) (ORF5) (520 aa), and an RNA-dependent RNA polymerase (L) (ORF6) (114 aa), as well as a putative movement protein (P3) (ORF3) (189 aa) and the hypothetical small protein P4. The predicted BaCV proteins were compared to homologous proteins from the closest cytorhabdoviruses, and a low level of sequence identity (15–39%) was observed. The phylogenetic analysis shows that BaCV clustered with yerba mate chlorosis-associated virus (YmCaV) and rice stripe mosaic virus (RSMV). Overall, our results provide strong evidence that BaCV is indeed a new virus species in the genus Cytorhabdovirus (family Rhabdoviridae), the first rhabdovirus to be identified infecting common bean.

Seedlings of Trifolium pratense L. cultivars were mechanically inoculated with Czech isolates of Alfalfa mosaic virus (AMV), Clover yellow mosaic virus (ClYMV), Clover yellow vein virus (ClYVV), Red clover mottle virus (RCMV), White clover mosaic virus (WClMV), and a newly discovered member of the Cytorhabdovirus genus. WClMV infected 75.4% of clover seedlings; cv. Rezista was the most susceptible (93.3%), while cv. Fresko was the least susceptible (58.3%). RCMV infected 59.6% of plants; the most susceptible was cv. Tempus (77.6%), the least susceptible cv. Sprint (38.3%). While WClMV infected a higher number of seedlings, RCMV revealed more severe symptoms on affected plants. On the basis of ELISA and RT-PCR results, no cultivar was susceptible to mechanical inoculation with ClYMV and cytorhabdovirus. Moreover, cvs Fresko and Sprint were not susceptible to ClYVV and AMV, respectively.

A previously unidentified plant Rhabdovirus sp. associated with a blotchy mosaic symptom of soybean (Glycine max), prevalent in the lower-lying, warmer soybean production areas of South Africa, was isolated and partially characterized. The virus was shown to be transmitted by mechanical inoculation and at least one species of leafhopper (Peragallia caboverdensis Lindberg (Cicadellidae, Agalliinae)). To determine the morphology and virion size, as well as intercellular accumulation, negative-stained preparations or embedded ultrathin sections of infected plant samples were observed under a transmission electron microscope. The distribution of the virions within the cytoplasm and its bullet-shaped morphology and size (338 to 371 nm by 93 nm) suggested that it is a putative member of the genus Cytorhabdovirus. Degenerate primers designed to a conserved region of the polymerase gene of a number of Rhabdovirus spp. were used in reverse-transcriptase polymerase chain reaction with total RNA from symptomatic plants as template. Amplicons were sequenced and compared with related sequences available on GenBank. The analysis confirmed that the virus was related to Cytorhabdovirus spp., with the highest nucleotide similarity being 60.7% with Northern cereal mosaic virus. The particle morphology, typical virion accumulation in the cytoplasm of infected cells, nucleotide sequence similarity with that of other plant Rhabdovirus spp., and unique symptoms on soybean suggest that the virus is a previously unknown Cytorhabdovirus sp., for which we propose the name Soybean blotchy mosaic virus (SbBMV).

Virus diseases of strawberry present several complex problems. More than 25 viruses have been described in the genus Fragaria thus far. Here, we describe a novel rhabdovirus, tentatively named strawberry virus 1 (StrV-1), that infects F. ananassa and F. vesca plants. Genomic sequences of three distinct StrV-1 genotypes co-infecting a single F. ananassa host were obtained using combined Illumina and Ion Proton high-throughput sequencing. StrV-1 was transmitted to herbaceous plants via Aphis fabae and A. ruborum, further mechanically transmitted to Nicotiana occidentalis 37B and sub-inoculated to N. benthamiana, N. benthamiana DCL2/4i, N. occidentalis 37B, and Physalis floridana plants. Irregular chlorotic sectors on leaf blades and the multiplication of calyx leaves seem to be the diagnostic symptoms for StrV-1 on indexed F. vesca clones. StrV-1 was detected in asymptomatic grafted plants and in 49 out of 159 field strawberry samples via RT-PCR followed by Sanger sequencing. The bacilliform shape of the virions, which have a cytoplasm-limited distribution, their size, and phylogenetic relationships support the assignment of StrV-1 to a distinct species of the genus Cytorhabdovirus. Acyrthosiphon malvae, A. fabae, and A. ruborum were shown to transmit StrV-1 under experimental conditions.

The knowledge of genomic data of new plant viruses is increasing exponentially; however, some aspects of their biology, such as vectors and host range, remain mostly unknown. This information is crucial for the understanding of virus–plant interactions, control strategies, and mechanisms to prevent outbreaks. Typically, rhabdoviruses infect monocot and dicot plants and are vectored in nature by hemipteran sap-sucking insects, including aphids, leafhoppers, and planthoppers. However, several strains of a potentially whitefly-transmitted virus, papaya cytorhabdovirus, were recently described: (i) bean-associated cytorhabdovirus (BaCV) in Brazil, (ii) papaya virus E (PpVE) in Ecuador, and (iii) citrus-associated rhabdovirus (CiaRV) in China. Here, we examine the potential of the Bemisia tabaci Middle East-Asia Minor 1 (MEAM1) to transmit BaCV, its morphological and cytopathological characteristics, and assess the incidence of BaCV across bean producing areas in Brazil. Our results show that BaCV is efficiently transmitted, in experimental conditions, by B. tabaci MEAM1 to bean cultivars, and with lower efficiency to cowpea and soybean. Moreover, we detected BaCV RNA in viruliferous whiteflies but we were unable to visualize viral particles or viroplasm in the whitefly tissues. BaCV could not be singly isolated for pathogenicity tests, identification of the induced symptoms, and the transmission assay. BaCV was detected in five out of the seven states in Brazil included in our study, suggesting that it is widely distributed throughout bean producing areas in the country. This is the first report of a whitefly-transmitted rhabdovirus.

Tesis (Grado Doctor en Ciencias Biológicas)--Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Lugar de Trabajo: Instituto de Patología Vegetal, Centro de Investigaciones Agropecuarias, Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria -IPAVE-CIAP-INTA- Universidad Nacional de Córdoba-2016. 114 h. + CD. ils.; grafs.; tabls. Contiene Referencia Bibliográfica y Publicaciones Derivadas de la Tesis. Abstract en español e inglés.<br>El Comité Internacional de Taxonomía de Virus define a una especie viral como “una clase politética de virus que constituye un linaje replicativo y ocupa un nicho ecológico particular”. Una clase politética es un grupo cuyos miembros comparten varias propiedades, aunque no necesariamente todos poseen una única característica definitoria en común. En todas las campañas agrícolas desde 2000/01 hasta 2015/16, se han observado plantas de maíz con síntomas característicos de infección viral: enanismo, esterilidad de panoja y mosaico de estrías gruesas y finas, de color amarillo intenso en hojas, vainas y chalas, en diversas localidades de las provincias de Córdoba, Santa Fe y Buenos Aires. Estudios previos a éste sugirieron que podría tratarse de una infección causada por un miembro de la familia Rhabdoviridae. El objetivo general de este trabajo fue obtener información morfológica, biológica, serológica y molecular del rhabdovirus que afecta a cultivos de maíz en Argentina, para determinar su identidad específica. En primer lugar se realizaron observaciones al microscopio electrónico de transmisión de muestras de plantas infectadas y se determinó de esta manera la morfología, tamaño y localización de las partículas virales encontradas. Se observaron así partículas virales baciliformes, principalmente en células de parénquima de haces vasculares, restringidas al citoplasma celular o asociadas al retículo endoplásmico. Se amplificó, clonó y secuenció una región conservada del gen de la polimerasa L del rhabdovirus en estudio. La secuencia nucleotídica del virus en estudio obtenida fue depositada en GenBank bajo el nombre de maize yellow striate virus (MYSV, JQ715419). Se obtuvieron similitudes de secuencia nucleotídica con otras secuencias disponibles de rhabdovirus, siendo las mayores con tres aislamientos de MYSV en trigo y con el virus barley yellow striate mosaic virus (BYSMV) aislamiento Zanjan-1. Con la secuencia parcial del gen de la polimerasa del MYSV se diseñaron cebadores específicos. Se realizaron transmisiones experimentales del patógeno mediante insectos de la familia Delphacidae correspondientes a las especies Peregrinus maidis, Metadelphax propinqua y Delphacodes kuscheli. Se comprobó la transmisión experimental por parte de estas tres especies con porcentajes de transmisión de 6,6%, 12,5% y 10,7%, respectivamente. Purificaciones parciales de MYSV a partir de plantas de maíz enfermas fueron inoculadas a un conejo para la producción de anticuerpos específicos contra el virus. El suero, producto de sangrados del animal, fue probado y calibrado con muestras de plantas de maíz, alfalfa, frutilla, Physalis sp., trigo y cebada enfermas con diferentes rhabdovirus y sus respectivos controles sanos, determinándose así una buena sensibilidad y especificidad del mismo para el MYSV. Se disponen de 33 ml de suero específico para MYSV. A partir del análisis de datos generados mediante pirosecuenciación genómica WGS Illumina Hiseq 1500 se lograron reconstruir 12.640 nt del genoma del MYSV. Se determinó que este presenta 71% de identidad nucleotídica con el genoma completo de BYSMV, aislamiento Hebei (KM213865), con un porcentaje de cobertura del 87%. Se encontraron 10 marcos abiertos de lectura, organizados de la siguiente manera: 3´l-N-P-3-4-5-6-M-G-9-L-t 5´. La mayor de las identidades aminoacídicas observada entre MYSV y BYSMV fue de 80%, entre las proteínas L de dichos virus. Se obtuvieron 7 aislamientos espacio temporales del MYSV de distintas localidades de las provincias de Córdoba, Santa Fe y Buenos Aires, desde la campaña agrícola 2010/11 hasta 2014/15. Se determinó que la curva demográfica que mejor representaría a la estructura poblacional, dada por la variabilidad genómica del gen N de los aislamientos recolectados, es la exponencial. El ancestro común más reciente dataría de alrededor de 31,5 años. El árbol datado de máxima credibilidad de clado obtenido en base a los datos recolectados mostró que no existiría relación entre la variabilidad genómica del MYSV y la distribución geográfica del mismo. En el presente trabajo de tesis se logró determinar microscópica y molecularmente que el virus que afecta cultivos de maíz en Argentina es nuevo miembro del género Cytorhabdovirus, familia Rhabdoviridae, y se lo denominó MYSV. Se detectaron vectores experimentales del patógeno (P. maidis, M. propinqua y D. kuscheli) y se desarrollaron dos reactivos de diagnóstico para este virus, uno molecular y el otro serológico. La información generada es de gran importancia para la caracterización e identificación de este nuevo patógeno que afecta al cultivo de maíz en el área central de producción del país.<br>Fil: Maurino, María Fernanda. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Escuela de Biología; Argentina.