Academic literature on the topic 'Deleción'

El genoma humà està format en un 5% per low-copy repeats (LCR); segments de DNA d’entre 1 i 500 Kb que es repeteixen dues o més vegades al llarg del genoma i que comparteixen una homologia superior al 90%. L’aparellament no al·lèlic d’aquestes seqüències durant la meiosi promou la generació d’esdeveniments de recombinació homòloga no al·lèlica (NAHR) que donen lloc a reorganitzacions cromosòmiques heretables que originen un conjunt de malalties anomenades trastorns genòmics. La deleció de la regió 22q11.2, originada per la NAHR entre els LCR22, causa la síndrome de DiGeorge/velocardiofacial (SDG/VCF), un dels trastorns genòmics més freqüents en els humans. L’objectiu principal d’aquesta tesi doctoral va ser l’avaluació de les característiques genètiques que modulen la susceptibilitat a la NAHR en individus transmissors de la SDG/VCF. Es va caracteritzar la susceptibilitat a la NAHR en 8 homes amb descendència afectada per la SDG/VCF. Aquest estudi es va dur a terme a través de l’anàlisi de la freqüència d’espermatozoides portadors de delecions i duplicacions de la regió 22q11.2, i d’altres regions crítiques amb una arquitectura genòmica similar, mitjançant la hibridació in situ fluorescent (FISH) en nuclis descondensats d’espermatozoides. Els resultats obtinguts van demostrar que 2 pares transmissors de la SDG/VCF presentaven increments significatius d’espermatozoides portadors de la deleció 22q11.2 que es van atribuir a un increment de la NAHR intra-cromàtide focalitzada a la regió 22q11.2. En aquests individus, també es van analitzar els blocs de seqüències en tàndem dels LCR22-2 i LCR22-4 mitjançant la tècnica de la FISH en fibres de cromatina (fiber-FISH) obtingudes de leucòcits. Els resultats de l’anàlisi van mostrar variacions respecte la població control dels blocs de seqüències en tàndem corresponents als fòsmids L9 i K3. Aquestes variacions podrien constituir un factor de predisposició a la NAHR. Per tal de validar els resultats obtinguts mitjançant fiber-FISH, es van analitzar les variacions de seqüències paràlogues en els LCR22 cobertes pels fòsmids L9 i K3 mitjançant la reacció en cadena de la polimerasa de tipus droplet digital (ddPCR). No es van observar diferències significatives entre les poblacions d’individus transmissors de la SDG/VCF i de controls analitzades. Tot i així, els resultats van suggerir una disminució de còpies del pseudogen de AK129567 en els individus transmissors. D’altra banda, també es va analitzar la freqüència de la inversió 22q11.2 mitjançant la FISH interfàsica en limfòcits. No es va detectar cap haplotip d’inversió 22q11.2 en individus transmissors ni en controls. Així doncs, es va confirmar la inexistència d’aquest polimorfisme i es va excloure la seva implicació com a factor de predisposició per la SDG/VCF. Per últim, es va determinar el genotip de PRDM9 mitjançant PCR i seqüenciació Sanger. La comparació de les freqüències al·lèliques entre els individus transmissors i la població control no va mostrar diferències significatives. Tot i així, es va descriure un al·lel nou de PRDM9, que es va denominar L50, en un pare transmissor de la SDG/VCF que havia mostrat increments de delecions 22q11.2 en espermatozoides. Aquest resultat va suggerir que certs al·lels rars de PRDM9 podrien actuar com a factor de predisposició per la NAHR a la regió 22q11.2. En conjunt, l’avaluació dels factors de predisposició a la inestabilitat genòmica de la regió 22q11.2 va reflectir que el risc a la NAHR en aquesta regió és complex i atribuïble a la confluència de diferents característiques genètiques.<br>The 5% of the human genome is constituted by low copy repeats (LCRs). LCRs are DNA fragments from 1 to 500 kb in size, with at least two copies across the genome that share a high level of sequence identity (> 90%). The non-allelic alignment of these sequences during meiosis promotes non-allelic homologous recombination events (NAHR) that could lead to chromosome reorganizations which can be transmitted to the offspring. These reorganizations originate a group of diseases called genomic disorders. Deletions of the 22q11.2 region, caused by NAHR between LCR22, result in the DiGeorge/velocardiofacial syndrome (DGS/VCFS) which is one of the most frequent genomic disorder in humans. The main objective of this thesis was to evaluate the genetic features that could modulate the NAHR susceptibility in DGS/VCFS transmitting individuals. NAHR susceptibility was analysed in a total of eight men with DGS/VCFS affected progeny. This study was achieved by analysing the frequency of deletions and duplications of the 22q11.2 region, and other critical regions with a similar genomic architecture, using fluorescence in situ hybridization (FISH) in decondensed sperm nuclei. Results demonstrated that two transmitting fathers showed statistical significant increases of 22q11.2 deletions in sperm. This abnormality was attributed to an abnormal intra-chromatid NAHR activity focused on the 22q11.2 region. By applying FISH on chromatin fibers obtained from leucocytes (fiber-FISH), the blocks of tandem repeats within LCR22-2 and LCR22-4 were also evaluated for these individuals. With respect to the control population, SDG/VCF transmitting fathers showed copy number variations on tandem sequence blocks corresponding to the L9 and K3 fosmid sequences that could constitute a predisposing factor for NAHR. In order to validate fiber-FISH data, variations of paralogous sequences covered by L9 and K3 fosmids were analysed by using droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR). Although differences between the population of DGS/VCFS transmitting parents and control individuals were not observed, the results suggested a decrease of the AK129567 pseudogene copy number in transmitting parents. The frequency of 22q11.2 inversions was also studied by applying interphase FISH in lymphocytes. The inversion haplotype was not detected in any transmitting or control individuals. Therefore, the absence of the 22q11.2 inversion polymorphism was confirmed and this genetic feature was excluded as a possible predisposing factor for DGS/VCFS. Finally, PRDM9 genotype was assessed by using PCR and Sanger sequencing. Allelic frequencies of control and DGS/VCFS transmitting individuals did not show differences. Nevertheless, we described a novel PRDM9 allele, L50, in a DGS/VCFS transmitting father with increased rates of 22q11.2 deletions in sperm. This observation suggested that certain rare alleles of PRDM9 might be a predisposing factor for NAHR at 22q11.2 region. In summary, the evaluation of predisposing factors for the genomic instability at 22q11.2 showed that the NAHR risk in this region is complex and could be attributed to a confluence of different genetic features.

Se caracterizó genéticamente 136 peruanos mestizos de las regiones norte, centro y sur del Perú, empleando un conjunto de 30 marcadores autosómicos no codificantes de inserción y deleción denominados INDELs. Se evaluó la diversidad genética como una medida de la heterosigosidad media en la población y se obtuvieron las frecuencias alélicas y genotípicas para los 30 marcadores estudiados. De los análisis de varianza molecular (AMOVA) y distancias genéticas entre poblaciones (Fst) no se observó diferencias significativas entre los grupos norte, centro y sur del Perú, pero si una alta diversidad genética a nivel de individuos (97.86%), es decir que la población mestiza del Perú se presenta en estos análisis como una unidad poblacional sin subestructura genética. Ninguno de los 30 marcadores INDELs mostraron desviaciones al Equilibrio de Hardy–Weinberg. Por otro lado los análisis de estructura poblacional en el Perú no muestran algún grado de agrupamiento que evidencie subestructura, sin embargo a una escala intercontinental se realizó una comparación con datos que emplearon el mismo sistema de marcadores en la población de España, País Vasco y Uruguay resultando un valor de K igual a 02 (dos), donde se observa que el Perú se muestra como un grupo poblacional con muy poco componente genético español a diferencia de Uruguay donde el componente español es predominante. De estos resultados se infiere que la población peruana posee mayormente un componente genético americano nativo que podría ser andino o amazónico. Adicionalmente se evaluó los parámetros estadísticos de interés forense. Este sistema de 30 marcadores muestra un alto Poder de Discriminación ( 99.99999999%) y una baja probabilidad de coincidencia (0.00000000001426561820), estas variables son importantes en genética forense ya que posee una alta capacidad de discriminar un perfil genético de ADN de otro que se haya encontrado en la misma escena del crimen, adicionalmente al poseer una baja probabilidad de coincidencia significa que la probabilidad de que dos individuos no relacionados tengan el mismo perfil genético en la escena del crimen es prácticamente cero.<br>Tesis

Understanding what constitutes a true Minimal Cell is a key challenge in synthetic biology. In this work, we present two new tools to aid in this endeavour. i) A novel methodology for minimising the Mycoplasma pneumoniae genome via random deletions of genetic material. This protocol utilises the Cre Lox system coupled with random transposon mutagenesis to create a population with random lox sites dispersed around the genome. This allows for a population of cells containing a high variability of large and small-scale deletions ranging from 50bp to 25Kb within M. pneumoniae. ii) The first large scale analysis of the essentiality of genes from multiple bacterial species, and how the composition and function of the essential genome of a bacterium changes based on the genome’s complexity.<br>Discernir cuales son los componentes que podrían constituir una célula mínima es un desafío clave para la Biología Sintética. En esta tesis, se presentan dos nuevas herramientas para facilitar esta tarea. (i) Una nueva metodología para minimizar el genoma de Mycoplasma pneumoniae mediante la deleción aleatoria de material genético. Esta técnica combina el sistema Cre/lox con la mutagénesis aleatoria mediada por transposones para generar poblaciones bacterianas en las que los sitios lox están distribuidos de manera aleatoria a lo largo de su genoma. Esto permite la generación de poblaciones bacterianas en las que el tamaño de las deleciones efectuadas varia desde 50 pb hasta 25 kb. (ii) El primer análisis a gran escala de la esencialidad genética en múltiples especies bacterianas, y cómo la composición y función del grupo de genes esenciales de una bacteria cambia en función de la complejidad de su genoma.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Comunicação e Expressão<br>Made available in DSpace on 2016-01-08T15:56:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 83642.pdf: 3162893 bytes, checksum: e6049cc79dae5d992adb49dbefdf51e0 (MD5) Previous issue date: 1988<br>Este estudo investiga como a falta de conhecimento lingüístico em Inglês como Língua Estrangeira pode afetar a boa compreensão de estudantes universitários brasileiros quando lêem textos em inglês. O tema escolhido para estudo é a omissão da conjunção THAT em orações substantivas e a elipse do pronome relativo em orações adjetivas restritivas. Como estes são itens puramente gramaticais, suas ausências são mais afeitas a causar dificuldades que suas presenças. O estudo é desenvolvido considerando o processo de leitura bi-direcional proposto por teóricos do Processo interativo. O modelo interativo abrange tanto o processo "bottom-up" quanto o processo "top-down" e tem sido crescentemente responsável pela leitura bem sucedida.

La tesi doctoral amb títol "Caracterització clínico‐biològica de les síndromes mielodisplàstiques amb deleció 5q" es basa en una compilació de tres treballs publicats en revistes de prestigi internacional en l'àmbit de l'onco‐hematologia. El principal objectiu de la tesi és l'aprofundiment genètic i clínic de les síndromes mielodisplàstiques (SMD) que presenten com alteració citogenètica la deleció del braç llarg del cromosoma 5 (5q‐). L'abordatge d'aquesta patologia es va fer a partir de diferents tècniques de citogenètica molecular. En el primer dels treballs es va estudiar més de 600 pacients amb diagnòstic de SMD i sense deleció 5q per citogenètica convencional, mitjançant la tècnica de FISH. La deleció 5q es va detectar en un 6% dels casos. En destaca el fet que en aquells casos en que no es disposava d'informació citogenètica, ja que el cultiu de citogenètica convencional no presentava metafases, es va detectar la deleció 5q en un 20% dels casos. Aquests resultats són rellevants ja que hi ha un tractament que és altament eficaç en els pacients que presenten aquesta alteració citogenètica. El segon treball es basa en l'estudi de la història natural de les SMD amb deleció 5q. Es van recollir les dades clíniques i biològiques de més de 500 pacients amb diagnòstic de SMD i que per citogenètica convencional presentaven la deleció 5q. Aquest estudi va permetre definir l'impacte en la supervivència i progressió de la malaltia a leucèmia mieloide aguda de les alteracions citogenètiques acompanyants a la deleció 5q. Aquest estudi ha permès determinar que la presència d'una anomalia citogenètica acompanyant a la deleció 5q no té un efecte significatiu en la supervivència global però sí que té impacte en la progressió de la malaltia a leucèmia mieloide aguda. El tercer treball ha aprofundit en l'estudi genètic de la patologia esmentada mitjançant estudis de microarrays genòmics i seqüenciació directa. A més, a permès la correlació de les seves característiques biològiques amb la resposta al tractament amb lenalidomida. La importància d'aquest treball recau en que una quarta part dels pacients tractats amb lenalidomida no responen al tractament i se'n desconeix el motiu. Aquest estudi ha pogut determinar com la presència d'una alteració citogenètica acompanyant s'associa a una no resposta al tractament. A més, la presència de mutacions en el gen TP53 mostren una tendència a predir la no resposta al tractament. Amb aquesta tesi s'ha pogut aprofundir en el coneixement clínic, biològic i genètic de les SMD amb deleció 5q que han ajudat a la comunitat científica a entendre una mica millor la història natural de la malaltia.<br>The thesis titled "Clinical and biological characterization of myelodysplastic syndromes with 5q deletion" is based on a compilation of three papers published in international journals in the field of hematology‐oncology. The main objective of this thesis is to go in depth to the genetic and clinical study of myelodysplastic syndromes (MDS) who have a deletion of the long arm of chromosome 5 (5q‐). The approach of this disease was made with molecular cytogenetic techniques. In the first paper, we studied by FISH more than 600 patients with MDS without 5q deletion by conventional cytogenetics. 5q deletion was detected in 6% of cases. It is noteworthy that in those cases in which no cytogenetic information was available, as the culture had no metaphases, 5q deletion was detected in 20% of cases. These results are important because there is a treatment that is highly effective in patients with this cytogenetic alteration. In the second study, we have analyzed the natural history of MDS with 5q deletion. We collected clinical and biological data of more than 500 patients with MDS and 5q deletion by conventional cytogenetics. This study allowed to define the impact, on survival and disease progression to acute myeloid leukemia, of the cytogenetic alterations accompanying the deletion 5q. This study has determined that the presence of a single cytogenetic abnormality accompanying the 5q deletion does not have a significant effect on overall survival but does have impact on disease progression in acute myeloid leukemia. The third work is based on the genetic study, using direct sequencing and genomic microarrays, and its correlation with lenalidomide treatment response. The importance of this work is that around 25% of patients do not respond to treatment with lenalidomide and the reason is unknown. This study has determined that the presence of an accompanying cytogenetic alteration is associated with a non‐response to treatment. In addition, the presence of mutations in the TP53 gene showed a tendency to not predict response to treatment. This thesis has allowed to a better clinical, biological and genetic characterization of MDS with deletion 5q, and have helped the scientific community to better understand the natural history of the disease.

Els trastorns genòmics són un grup de malalties genètiques causades per reorganitzacions cromosòmiques de segments de DNA de més de 1Kb que resulten de la inestabilitat del genoma en regions que presenten una arquitectura genòmica particular, caracteritzada per la presència de duplicacions segmentals (low-copy repeats – LCR). Els LCR afavoreixen el malaparellament d’aquestes regions durant la meiosi fent-les susceptibles a la recombinació homòloga no al·lèlica (non-allelic homologous recombination – NAHR) que genera diferents tipus de reorganitzacions cromosòmiques en funció de la orientació dels LCR, del número i tipus de cromàtides implicades en la recombinació. Entre les reorganitzacions cromosòmiques generades per NAHR, les delecions i duplicacions són les causants de la majoria de trastorns genòmics. Mentre que el risc de recurrència de trastorns genòmics s’ha establert per consens en ser inferior al 0.5%, recentment s’han descrit haplotips específics que podrien predisposar a aquestes regions a la NAHR i per tant incrementar el risc de transmetre certs trastorns genòmics a la descendència. Aquests haplotips de predisposició a la NAHR poden ser inversions de les regions crítiques o bé variacions del número de còpies dels blocs d’homologia que formen els LCR. La tècnica d'hibridació in situ fluorescent (FISH) en nuclis descondensats d'espermatozoides proporciona una eina útil per estimar la freqüència de NAHR a través dels seus productes. Pel que fa a l’anàlisi d’haplotips de predisposició, la tècnica de FISH sobre fibres estirades cromatina (Fiber-FISH), que permet obtenir una resolució de fins a 1 Kb, presenta un gran potencial per l’anàlisi de l’arquitectura genòmica dels LCR complexes. Així doncs, en aquest treball es va analitzar la freqüència de delecions i duplicacions de les regions 7q11.23, 15q11-q13 i 22q11.2, així com la freqüència d’inversions de la regió 15q11-q13 mitjançant FISH en espermatozoides en una sèrie d’individus control i de tres poblacions problema que consistien en pares amb descendència afecta per tres trastorns genòmics causats per deleció: la síndrome de Prader-Willi (SPW), la síndrome de Williams-Beuren (SWB) i la síndrome de DiGeorge (SDG). A més, es va utilitzar la tècnica de fiber-FISH per mapar LCR complexes. Les dades obtingudes en la població control varen indicar unes freqüències similars de delecions i duplicacions de les regions analitzades i unes freqüències d’inversions de la regió 15q11-q13 que eren un grau de magnitud superiors a les anteriors. Es van observar increments significatius d’anomalies cromosòmiques en espermatozoides d’individus amb descendència afecta per trastorns genòmics: en la població de pares amb descendència afecta per la SPW, 4 dels 16 individus van mostrar increments de delecions i inversions, mentre que 6 dels individus presentaven increments de delecions. Els resultats van suggerir que els increments d’anomalies en espermatozoides són independents de l’origen genètic de la SPW en la descendència. Aquests increments són un reflex de la inestabilitat que presenta la regió 15q11-q13 que la predisposa a diferents tipus de reorganitzacions cromosòmiques. En la població de pares amb descendència afecta per la SWB, 3 dels 15 individus mostraven increments significatius de delecions, mentre que en la població de pares amb descendència afecta per la SDG es van observar increments en 2 dels 10 individus analitzats. Aquests individus s’han de considerar de risc, en el sentit que presenten un risc incrementat de transmetre una anomalia cromosòmica a la descendència. L’anàlisi de les freqüències de delecions i duplicacions de diferents regions en aquests individus van mostrar que els increments d’anomalies cromosòmiques observats en espermatozoides d’individus amb descendència afecta per trastorns genòmics poden tenir el seu origen en la presència d’haplotips de predisposició o en un increment generalitzat de la susceptibilitat a la NAHR. Els increments significatius de delecions i inversions en espermatozoides d’individus amb descendència afecta per trastorns genòmics indiquen un increment de la freqüència del fenomen de NAHR intracromàtide. Es va demostrar que la tècnica de Fiber-FISH permet mapar LCR complexes i avaluar la presència de diferents haplotips. Els estudis de FISH en espermatozoides, dirigits a determinar la incidència de delecions i duplicacions, aporten una informació valuosa en el consell genètic reproductiu en pares amb descendència afecta per trastorns genòmics. Un resultat de FISH en espermatozoides alterat, independentment del valor numèric, s’interpretarà com l’evidència d’anomalies en el procés de recombinació i és indicatiu d’un factor de risc.<br>Genomic disorders are a group of human diseases caused by chromosomal reorganizations of DNA segments longer than 1 Kb resulting from the genomic instability of regions that show specific architectural features, characterized for the presence of low-copy repeats (LCR). LCR favor the mispairing of these regions during meiosis thus increasing their susceptibility to non-allelic homologous recombination (NAHR) that triggers different types of chromosomal rearrangements according with the LCR orientation, the number and type of chromatids involved in the event. Among the chromosomal rearrangements generated by NAHR, the most frequently involved in genomic disorders are deletions and duplications. NAHR events are thought to be sporadic, thus the risk of recurrence have been established in less than 0.5%. However, there have been recently described some haplotypes that could predispose these regions to NAHR thus increasing the risk of transmission of certain genomic disorders to the offspring. Those predisposing haplotypes are both inversions of the critical regions and copy-number variations of the blocks that build the flanking LCRs. The use of fluorescence in situ hybridization (FISH) on decondensed sperm nuclei provides a useful tool to estimate the frequency of NAHR events throughout its products. Besides, the methodology of FISH on stretched DNA fibers (Fiber-FISH) that allow a resolution up to 1 Kb, has a great potential for mapping complex LCRs. In this work we analyzed the frequency of deletions and duplications of the 7q11.23, 15q11-q13 and 22q11.2 regions, plus the frequency of 15q11q13 inversions using sperm-FISH in a series of control individuals and in three populations consisting on fathers with a deletion-caused genomic disorder affected offspring: Prader-Willi syndrome (PWS), Williams-Beuren syndrome (WBS) and DiGeorge syndrome (DGS). Furthermore, we used the Fiber-FISH methodology to study complex LCR. Data obtained in the control population showed equivalent frequencies of sperm deletions and duplications in the regions analyzed and frequencies of 15q11q13 inversions that were an order of magnitude higher than the previous anomalies. We observed significant increases of sperm anomalies in some individuals with genomic disorders affected offspring: in the populations of PWS fathers, 4 out of 16 subjects showed higher frequencies of deletions and inversions, while 6 subjects showed increases of deletions. Results suggested that the increases of sperm anomalies are independent of the genetic origin of the PWS in the offspring. The significant increases of sperm anomalies are a reflex of the genomic instability of the 15q11-q13 region that makes it prone to different types of chromosomal rearrangements. In the populations of WBS fathers, 3 out of 15 individuals showed significant increased frequencies of anomalies and in the population of DGS fathers we observed 2 out of 10 subjects that showed higher frequencies of anomalies. These subjects should be considered risky individuals, because they show an increased risk of transmission of genomic disorders to the offspring. From the analysis of deletions and duplications of different regions in each individual, our results pointed out that the increased frequencies of sperm anomalies had their origin in the presence of predisposing haplotypes and a generalized susceptibility to NAHR events. The significant increases of sperm deletions and inversions suggested that the fathers with genomic disorders affected offspring have an increased frequency of the intrachromatid NAHR mechanism. There have been demonstrated the potential of the Fiber-FISH methodology to map complex LCRs and for the assessment of variable haplotypes. The methodology of sperm-FISH for analyzing the incidence of deletions and duplications, offers valuable information for the reproductive genetic counseling in fathers with offspring affected by a genomic disorder. An altered sperm-FISH result, independently of the numerical value, will be interpreted as the evidence of anomalies in the process of recombination and, therefore, indicates a risk factor.

La síndrome de deleció de 22q11 (S22q11) està considerada una malaltia minoritària, ja que afecta a menys de 5 de cada 10.000 habitants. Les persones amb la S22q11 poden presentar alteracions congènites cardiovasculars, anomalies del paladar, hipocalcemia, immunodeficiència i trets facials típics. L’evidència disponible suggereix un fenotip conductual característic, amb trastorns del comportament, psiquiàtrics, neuropsicològics i lingüístics. L’objectiu d’aquesta tesi ha estat definir el perfil lingüístic d’una mostra de persones amb la S22q11 que viuen a Espanya. La present tesi compren un total de tres estudis (dos publicats i un en procés de revisió). La mostra del primer va estar formada per 17 participants d’entre 3 anys i 3 mesos i 13 anys i 9 mesos (9,4 ± 3,5 anys) i la del segon i el tercer estudi per 30 subjectes d’entre 5 i 21 anys i 6 mesos (12,14 ± 4,20) amb la S22q11. L’avaluació dels participants va consistir en realitzar registres de veu i administrar diferents proves: secció sobre els òrgans fonoarticulatoris de la prova “Exploración del Lenguaje Comprensivo y Expresivo”, secció de discriminació auditiva de “L’exploració del llenguatge en el nen”, “Evaluación fonológica del habla infantil” o “Avaluació del desenvolupament fonològic en nens catalanoparlants de 3 a 7 anys”, “Clinical Evaluation of Language Fundamentals – 4” en la seva versió espanyola i el test de fluïdesa fonològica verbal. Per tal d’obtenir les dades es va realitzar una entrevista semiestructurada als pares i se’ls va demanar que responguessin el qüestionari “Children’s Communication Checklist” en la seva versió espanyola. Els resultats, pel que fa a la veu, mostren que alguns participants presenten un to més agut de l’esperat per sexe i edat i altres més greu; la meitat manifesten una intensitat disminuïda; i la majoria presenten alteracions del timbre, entre les que destaquen la hipernasalitat i la ronquera. Respecte a la parla, els infants més petits presenten un retard en l’adquisició de fonemes orals en comparació amb seus iguals amb desenvolupament típic, i la majoria empren l’oclusiva glòtica (?) com a so compensatori. Els subjectes de major edat encara presenten dificultats específiques en la producció de determinats sons. Els participants mostren, en general, un nivell baix en totes les àrees del llenguatge, i dificultats tant en pragmàtica com en relació social. Per tant, els participants presenten un perfil lingüístic propi pel que fa a la veu, la parla i el llenguatge. És imprescindible ampliar aquestes troballes amb estudis més amplis.<br>El síndrome de deleción de 22q11 (S22q11) está considerado una enfermedad rara, ya que afecta a menos de 5 de cada 10.000 habitantes. Las personas con el S22q11 pueden presentar alteraciones congénitas cardiovasculares, anomalías del paladar, hipocalcemia, inmunodeficiencia y rasgos faciales típicos. La evidencia disponible sugiere un fenotipo conductual característico, con trastornos del comportamiento, psiquiátricos, neuropsicológicos y lingüísticos. El objetivo de esta tesis ha sido definir el perfil lingüístico de una muestra de personas con el S22q11 que viven en España. La presente tesis comprende un total de tres estudios (dos publicados y uno en proceso de revisión). La muestra del primero estuvo formada por 17 participantes de entre 3 años y 3 meses y 13 años y 9 meses (9,4 ± 3,5 años) y la del segundo y el tercer estudio por 30 sujetos de entre 5 y 21 años y 6 meses (12,14 ± 4,20) con el S22q11. La evaluación de los participantes consistió en realizar registros de voz y administrar diferentes pruebas: sección sobre los órganos fonoarticulatorios de la prueba “Exploración del Lenguaje Comprensivo y Expresivo”, sección de discriminación auditiva de “L’exploració del llenguatge en el nen”, “Evaluación fonológica del habla infantil” o “Avaluació del desenvolupament fonològic en nens catalanoparlants de 3 a 7 anys”, “Clinical Evaluation of Language Fundamentals - 4” en su versión española y el test de fluidez fonológica verbal. Para obtener los datos se realizó una entrevista semiestructurada a los padres y se les pidió que respondieran el cuestionario “Children’s Communication Checklist” en su versión española. Los resultados, en cuanto a la voz, muestran que algunos participantes presentan un tono más agudo de lo esperado por sexo y edad y otros más grave; la mitad manifiestan una intensidad disminuida; y la mayoría presentan alteraciones del timbre, entre las que destacan la hipernasalidad y la ronquera. Respecto al habla, los niños más pequeños presentan un retraso en la adquisición de fonemas orales en comparación con sus iguales con desarrollo típico, y la mayoría emplean la oclusiva glótica (?) como sonido compensatorio. Los sujetos de mayor edad todavía presentan dificultades específicas en la producción de determinados sonidos. Los participantes muestran, en general, un nivel bajo en todas las áreas del lenguaje, y dificultades tanto en pragmática como en relación social. Por lo tanto, los participantes presentan un perfil lingüístico propio en cuanto a la voz, el habla y el lenguaje. Es imprescindible ampliar estos hallazgos con estudios más amplios.<br>22q11 deletion syndrome (S22q11) is considered a rare disease, due to the fact that it affects less than 5 out of 10,000 inhabitants. People with S22q11 may present cardiovascular congenital defects, palate abnormalities, hypocalcemia, immunodeficiency, and typical facial features. The available evidence suggests a characteristic behavioral phenotype, with behavioral, psychiatric, neuropsychological, and linguistic disorders. The objective of this thesis has been to define the linguistic profile of a sample of people with S22q11 living in Spain. This thesis comprises a total of three studies (two already published and one in the process of revision). The sample of the first one was formed by 17 participants aged between 3 years and 3 months and 13 years and 9 months (9.4 ± 3.5 years) and as for the second and third studies, they were formed by 30 subjects between 5 and 21 years of age and 6 months (12.14 ± 4.20) with S22q11. The evaluation of the participants consisted of recording voice samples and administering different tests: the phonoarticulatory organs section of the test on the “Exploración del Lenguaje Comprensivo y Expresivo”, the auditory discrimination section of “L’exploració del llenguatge en el nen”, “Evaluación fonológica del habla infantil” or “Avaluació del desenvolupament fonològic en nens catalanoparlants de 3 a 7 anys”, “Clinical Evaluation of Language Fundamentals - 4” in its Spanish version and the verbal phonological fluency test. To obtain the data, a semi-structured interview was carried out with the parents and they were asked to respond the questionnaire “Children’s Communication Checklist” in its Spanish version. The results, in terms of voice, show that some participants present a higher pitched voice than expected by sex and age and others a lower pitched voice; half show a decreased intensity; and they present alterations of the timbre, among which the hypernasality and the hoarseness stand out. Regarding speech, younger children have a delay in the acquisition of oral phonemes compared to their peers with typical development, and most use the glottal stop (?) as a compensatory sound. Older subjects still have specific difficulties in producing certain sounds. The participants show, in general, a low level in all areas of language, and difficulties both in pragmatics and in social relationships. Therefore, the participants present a specific linguistic profile in terms of voice, speech and language. It is essential to expand these findings with larger studies.

Objetive: To evaluate if the 4G/5G polymorphism of the plasminogen activator inhibitor-1 gene is likely to lead to increase risk of thromboembolic neurological complications and that these complications will increase length of mechanical ventilation and length of stay.<br/>Design: Prospective, case-control study. <br/>Setting: A 14 bed surgical intensive care unit of a university hospital.<br/>Patients: 260 consecutive patients who underwent cardiac surgery with cardiopulmonary bypass and 111 controls were enrolled.<br/>Interventions: DNA was isolated and 4G/5G polymorphism was typed using RFLP methodology. <br/>Measurements and results: Genetic analysis revealed 4G/5G in 131 patients (50.4%), 5G/5G genotype in 82 (31.5%), and 4G/4G in only 47 (18.1%). Prevalence of neurological complications was 20.8% (n= 54) [stroke 5.4% (n= 14) and encephalopathy 15.4% (n= 40)]. A two-fold increase in stroke (8.5% vs 4.7%; RR 1.9, 95% CI 0.7 to 6.3) and encephalopathy (27.7% vs 12.7%; RR 2.6, 95% CI 1.2 to 5.6) was documented in 4G/4G carriers. Multivariate analysis showed that development of stroke or encephalopathy was independently associated with prolonged mechanical ventilation (OR 20, 95% CI 1.2 to 5.6) and that neurological complication (OR 2.4, 95% CI 1.1 to 5.5) and 4G/4G genotype (OR 2.6, 95% CI 1.1 to 6.5) were independently associated with prolonged hospital length of stay &#8805; 2 weeks. <br/>Conclusions: The 4G/4G genotype could increase the risk of thromboembolic neurological complications after cardiac surgery with cardiopulmonary by-pass. The neurological complications resulted in longer time on ventilator and longer hospital stay.<br>A consecuencia del carácter poligénico de las patologías que nos ocupan hace poco probable que un solo polimorfismo pueda explicar todas las complicaciones postoperatorias. Sin embargo, debemos subrayar que esta variación genética pudiera ser un factor de riesgo más que sumado a los ya referidos hiciera más probable la aparición de complicaciones neurológicas. A través del desarrollo de este tipo de complicaciones pudiera explicarse coherentemente que los pacientes estuvieran más tiempo bajo ventilación mecánica y fueran dados de alta más tardíamente del hospital. En definitiva, si futuros estudios confirmasen los presentes hallazgos, y los pacientes homocigotos 4G/4G (junto otros polimorfismos que puedan describirse en el futuro) pudieran considerarse de alto riesgo, la evaluación de estas variables genéticas podrían identificar precozmente pacientes en los cuales realizar una investigación preoperatorio más exhaustiva y considerar, cuando sea posible, la realización de técnicas quirúrgicas alternativas además de añadir información individual sobre el riesgo quirúrgico. Por tanto, nuestro estudio, además de aportar otra variable en el puzzle de etiopatogenia de las complicaciones neurológicas en el postoperatorio de cirugía cardiaca sugiere la consideración de de factores genéticos como marcadores o estratificadores de riesgo perioperatorio.

Els trastorns genòmics són malalties causades per alteracions en regions inestables del genoma que afecten a gens sensibles a dosi. L’arquitectura genòmica d’aquestes regions es caracteritza per la presència de regions de còpia única flanquejada per low-copy repeats. Els risc de recurrència dels trastorns genòmics es considera negligible en famílies on ambdós progenitors presenten un cariotip normal i no expressen trets fenotípics compatibles amb el trastorn que afecta a la seva descendència. No obstant, aquesta consideració es basa en estudis epidemiològics que presenten limitacions relacionades principalment amb un poder estadístic reduït degut a l’anàlisi de cohorts formades per poques famílies. A més, les aproximacions epidemiològiques no aprofundeixen en l’estudi dels mecanismes moleculars que causen les delecions (recombinació homòloga no al·lèlica, NAHR), ni determinen si existeixen factors genètics que predisposen a la NAHR. En aquesta Tesi Doctoral s’ha utilitzat la síndrome de la deleció 22q11.2 com a model d’estudi, per a identificar si, en progenitors amb descendència afecta per trastorns genòmics originats per deleció, existeixen factors que afecten els mecanismes que originen les delecions i que, per tant, incrementen el risc de recurrència i transmissió. Els resultats obtinguts permeten assegurar que una de cada quatre famílies analitzades presenta un risc de transmissió superior a la mitja poblacional. En concret, en un 4% dels progenitors analitzats vàrem identificar la deleció 22q11.2 en mosaic, fet que incrementa notablement el risc de transmissió en aquests individus. A més, vàrem detectar que un 20% dels pares produeixen més delecions 22q11.2 en espermatozoides, la qual cosa s’ha estimat que incrementa el risc de transmissió entre 3 i 5 vegades respecte al risc basal. Per altra banda, vàrem investigar, en els progenitors transmissors de la deleció, les causes que poguessin incrementar la susceptibilitat al fenomen de NAHR i incrementar la generació de delecions. Els nostres resultats han posat de manifest que ni l’edat paterna ni la inversió en heterozigosi de la regió 22q11.2 són factors de predisposició. No obstant, vàrem identificar variants de gens implicats en el procés de recombinació meiòtica (BRIP1, LIG3, PRDM9, RECQL5, SHOC1, TEX19) que mitjançant anàlisis in silico s’han pogut relacionar amb alteracions que predisposen a la NAHR i generen delecions. En conjunt, l’avaluació dels factors de predisposició a la inestabilitat genòmica de la regió 22q11.2 suggereixen que el risc a la NAHR és complex i atribuïble a la confluència de diferents característiques genètiques. Pel que fa a la projecció clínica dels resultats, les nostres dades indiquen que la valoració del risc de recurrència mitjançant l’anàlisi del grau de mosaïcisme i l’anàlisi de delecions en espermatozoides, aportaria una informació rellevant en l’assessorament genètic reproductiu que reben les famílies amb descendència afecta per trastorns genòmics.<br>Los trastornos genómicos son enfermedades originadas por alteraciones en regiones inestables del genoma que afectan a genes sensibles a dosis. La arquitectura de estas regiones se caracteriza por la presencia de regiones de copia única flanqueada por low copy repeats. El riesgo de recurrencia de los trastornos genómicos se considera negligible en familias donde ambos progenitores presentan un cariotipo normal y no expresan rasgos fenotípicos compatibles con el trastorno que afecta su descendencia. No obstante, esta consideración se basa en estudios epidemiológicos que presentan limitaciones relacionadas principalmente con un poder estadístico reducido debido al análisis de cohortes formadas por pocas familias. Además, las aproximaciones epidemiológicas no ahondan en el estudio de los mecanismos moleculares que causan las deleciones (recombinación homóloga no alélica; NAHR), ni tampoco determinan si existen factores genéticos predisponentes a la NAHR. En esta Tesis Doctoral se ha utilizado el síndrome de la deleción 22q11.2 como modelo de estudio, para identificar si en progenitores con descendencia afecta por trastornos genómicos originados por deleción, existen factores que afecten los mecanismos que originan las deleciones y que, por ende, incrementen el riesgo de recurrencia y transmisión. Los resultados conseguidos permiten asegurar que una de cada cuatro familias analizadas presenta un riesgo de transmisión superior a la media poblacional. En concreto, en un 4% de los progenitores analizados identificamos la deleción 22q11.2 en mosaico lo cual incrementa notablemente el riesgo de transmisión en estos individuos. Además, hemos identificado que un 20% de los padres producen más deleciones 22q11.2 en espermatozoides lo cual se ha estimado que incrementa el riesgo de transmisión entre 3 y 5 veces respecto al riesgo basal. Por otra parte, hemos investigado en los progenitores transmisores de la deleción las causas que pudieran incrementar la susceptibilidad al fenómeno de NAHR e incrementar la generación de deleciones. Nuestros resultados han puesto de manifiesto que ni la edad paterna, ni la inversión en heterocigosis de la región 22q11.2 son factores de predisposición. No obstante, hemos identificado variantes de genes implicados en el proceso de recombinación meiótica (BRIP1, LIG3, PRDM9, RECQL5, SHOC1, TEX19) que mediante análisis in silico se han podido relacionar con alteraciones que predisponen a la NAHR y generan deleciones. En conjunto, la evaluación de los factores de predisposición a la inestabilidad genómica de la región 22q11.2 sugieren que el riesgo a la NAHR es complejo y atribuible a la confluencia de diferentes características genéticas. En cuanto a la proyección clínica de los resultados, nuestros datos indican que la valoración del riesgo de recurrencia mediante el análisis del grado de mosaicismo, y mediante el análisis de deleciones en espermatozoides, aportaría una información relevante en el asesoramiento genético reproductivo que reciben las familias con descendencia afecta por trastornos genómicos.<br>Genomic disorders are diseases caused by alterations in unstable regions of the genome that affect dose-sensitive genes. The genomic architecture of these regions is characterized by the presence of single-copy regions flanked by low-copy repeats. The risk of recurrence of genomic disorders is considered negligible in families where both parents present a normal karyotype and do not express phenotypic features compatible with the disorder affecting their offspring. However, this consideration is based on epidemiological studies that present several limitations related to reduced statistical power due to the analysis of cohorts formed by a reduced number of families. In addition, epidemiological approaches do not delve into the study of the molecular mechanisms that cause deletions (nonallelic homologous recombination, NAHR), nor do they determine whether genetic factors predispose to NAHR. In this Doctoral Thesis, the 22q11.2 deletion syndrome has been used as a study model, to identify whether, in parents with offspring affected by genomic disorders caused by deletion, there are factors that affect the mechanisms which give rise to deletions and which therefore increase the risk of recurrence and transmission. The results obtained allow us to ensure that one in four families analyzed has a risk of transmission higher than the population average. Specifically, in 4% of the parents analyzed we identified the 22q11.2 deletion in mosaic, which significantly increases the risk of transmission in these individuals. In addition, we found that 20% of parents produce more 22q11.2 deletions in spermatozoa, which has been estimated to increase the risk of transmission by 3 to 5 times the baseline risk. On the other hand, we investigated, in the parents transmitting the deletion, the causes that could increase the susceptibility to the NAHR phenomenon and increase the generation of deletions. Our results have shown that neither paternal age nor inversion in heterozygosity of the 22q11.2 region are predisposing factors. Nevertheless, we identified variants of genes involved in the meiotic recombination process (BRIP1, LIG3, PRDM9, RECQL5, SHOC1, TEX19) that by in silico analysis could be related to alterations that predispose to NAHR and generate deletions. Taken together, the assessment of predisposing factors for genomic instability in the 22q11.2 region suggests that the risk in NAHR is complex and attributable to the confluence of different genetic traits. Regarding the clinical projection of the results, our data indicate that the assessment of the risk of recurrence by the analysis of the degree of mosaicism and the analysis of sperm deletions would provide relevant information in the reproductive genetic counseling received by families with offspring affected by genomic disorders.<br>Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Biologia Cel·lular