Academic literature on the topic 'Délimitation moléculaire'

Le genre Ectocarpus Lyngbye (Ectocarpales, Phaeophyceae) regroupe des algues marines filamenteuses caractérisées par un cycle haploïde-diploïde. L'objectif de la thèse était de délimiter les espèces et d'étudier la spéciation dans ce genre. Nous avons commencé par clarifier le nombre d'espèces cryptiques en utilisant deux loci indépendants et une approche intégrative associant une analyse de détection de " barcode gap " avec des reconstructions phylogénétiques. Nos résultats montrent l'existence d'au moins 15 espèces qui se répartissent en un groupe monophylétique composé d'E. crouaniorum (Ecro) et de deux espèces proches ainsi que d'un mélange paraphylétique composé des 12 autres espèces incluant E. siliculosus (Esil). Deuxièmement, les analyses de séquençage Rad et de phylogénomique ont permis de résoudre les relations au sein du groupe paraphylétique. Les espèces se regroupent maintenant en deux clades divergents (Ecro and Esil). Des niveaux de divergence variables entre espèces sont révélés au sein du clade Esil. Des phénomènes d'hybridation entre les espèces les plus apparentées, et trouvées en sympatrie, sont suspectés. Finalement, l'importance de l'isolement reproducteur a été étudié entre les espèces Esil et Ecro, les plus communes, mais les plus divergentes, en utilisant des marqueurs spécifiques de chacune des espèces. Nos résultats indiquent que la méiose agit comme une forte barrière reproductive entre ces espèces et démontrent que les espèces du genre Ectocarpus sont d'excellents systèmes pour étudier les conséquences évolutives de l'hybridation et de l'introgression pour le maintien ou la divergence des espèces grâce à leur cycle haploïde-diploïde
The genus Ectocarpus Lyngbye (Ectocarpales, Phaeophyceae) comprises marine filamentous algae characterized by an alternation between two independent multicellular organisms of different ploidy. The general objective of the thesis was to study species delineation and speciation within this genus. We started clarifying the number of cryptic species using two unlinked loci (COI-5P and ITS1) and an integrative approach associating barcode gap detection analyses with phylogenetic reconstructions. We showed the presence of at least 15 species partitioned within a monophyletic group composed of E. crouaniorum (Ecro) and two closely related species and a paraphyletic assemblage composed of the remaining 12 other species including E. siliculosus (Esil). Second, Rad sequencing and phylogenomics analyses allowed to resolve the relationships within the paraphyletic assemblage. The different species becomes well separated into two divergent clades (Ecro and Esil). A diversity of taxa with various levels of divergence was revealed within the clade Esil and hybridization between the closest and sympatric species was suggested. Finally, the importance of reproductive isolation among the two commonest but most divergent species Esil and Ecro was studied using species-specific nuclear and cytoplasmic markers jointly with 9 microsatellites. We showed that meiosis acts as a strong reproductive barrier among these two species and demonstrates that the species of the genus Ectocarpus are excellent systems to study evolutionary consequences of hybridization and introgression for the maintenance or breakdown of species because of their haploid diploid life cycle

Avec une surface de plus de six millions de kilomètres carrés, l'Amazonie abrite la plus grande forêt tropicale humide au monde, ainsi qu'une grande partie de la diversité terrestre. Cependant, les origines spatiales et temporelles de cette diversité demeurent mal comprises et nécessitent d'être plus étudiées pour identifier les causes de cette impressionnante diversification. Les amphibiens sont un groupe taxonomique particulièrement adapté à l'étude de la biogéographie historique en Amazonie car ils ont diversifié de manière importante dans la région et présentent d'importante variations d'utilisation de l'habitat ainsi que de capacités de dispersion entre groupes. Nous avons d'abord reconstruit l'histoire biogéographique du genre Allobates qui se rencontre principalement dans des forêts de terra-firme et pour lequel l'Amazonie de l'Ouest a joué un rôle important de source de diversification il y a entre 14 et 10 Millions d'années. Ce patron spatio-temporel coïncide avec une période marquée par la présence d'un système de méga-marécage qui recouvrait la plupart de l'Amazonie de l'Ouest il y a entre 23 et 10 Millions d'années. La décharge progressive de ce système marécageux a été suivie par une expansion des forêts de terra-firme en Amazonie de l'Ouest, une disponibilité en habitat favorable qui a probablement contribué à la diversification d'Allobates. Nos résultats suggèrent également que les rivières de l'Ouest Amazonien ont pu promouvoir la diversification au cours des 10 derniers Millions d'années en agissant comme une barrière semi-perméable à la dispersion, permettant la spéciation par dispersion suivie d'isolation géographique. Dans un second temps, nous avons reconstruit l'histoire biogéographique du groupe Pristimantis conspicillatus qui a diversifié de manière continue au cours du temps. Ce groupe présente un patron spatial de diversification particulier, avec quatre clades anciens ayant diversifié dans différentes aires simultanément, avec relativement peu d'évènements de dispersion comparé à Allobates. Ces importantes différences suggèrent que les espèces d'amphibiens ont des capacités de dispersion très variables qui sont probablement liées à leurs traits d'histoire de vie. Pour finir, nous avons comparé les histoires biogéographiques de six clades d'amphibiens partageant des temps d'origines comparables et qui sont représentatifs de la diversité Amazonienne en termes de taxonomie, de traits d'histoire de vie, d'utilisation de l'habitat et de type de reproduction. L'Amazonie de l'Ouest a été identifiée comme la principale source de diversification pour les amphibiens Amazonien, bien qu'elle ne se soit comportée comme tel qu'à partir d'il y a 10 Millions d'années pour les groupes présentant de l'adaptabilité dans la disponibilité de l'habitat ; et seulement entre il y a 10 et 5 Millions d'années pour les groupes conservatifs dans la disponibilité de l'habitat. Cela suggère que les groupes conservatifs dans la disponibilité de l'habitat remplissent la niche écologique plus rapidement que les espèces présentant de l'adaptativité, ce qui se traduit par des phases de diversification plus courtes. Nos résultats suggèrent également que les rivières agissent comme des barrières à la dispersion uniquement pour les groupes conservatifs dans l'utilisation de l'habitat. Nous tenons à souligner que ces résultats doivent être considérés avec prudence car ils ont été obtenus en étudiant une petite fraction de la diversité Amazonienne, ils apportent néanmoins de nouveaux éléments l'influence du conservatisme de niche sur les trajectoires évolutives en Amazonie, ce qui permettra peut-être d'inciter un plus grand effort de recherche sur cette thématique
With more than six million square kilometers, Amazonia hosts the largest tract of lowland tropical rainforest in the world and a large portion of the global terrestrial diversity. However, the temporal and spatial origins of this diversity remain poorly understood and need to be better comprehended to identify the processes responsible for this tremendous diversification. Amphibians are a particularly adequate group for investigating patterns of biogeographical history within Amazonia because they extensively diversified within the region and present important disparities in habitat use and dispersal abilities across groups. We first investigated the historical biogeography of the terra-firme genus Allobates and identified western Amazonia as an important source of diversification between 14 and 10 million years ago (Mya). This spatio-temporal pattern was coinciding with the existence of the Pebas system, a mega-wetland system that occupied most of western Amazonia during this period, that was unsuitable for terra-firme species. The Pebas system discharge was likely followed by an extension of terra-firme forests that likely fostered Allobates diversification. Our results also suggested that western Amazonia rivers might have subsequently (after 10 Mya) promoted diversification, by acting as semi-permeable barriers allowing speciation by dispersal and isolation. Secondly, we investigated the biogeographical history of the Pristimantis conspicillatus group which, instead, presented a continuous diversification throughout Neogene. This group displays a striking spatial pattern of diversification with four ancient clades that have diversified concomitantly in distinct areas in Amazonia and the Atlantic Forest, with much fewer dispersal events between areas than in Allobates. These differences suggest that amphibian species display differences in dispersal abilities that can be related to their life history traits. Finally, we compared the biogeographic histories of six frog clades, including the two aforementioned ones, that share comparable crown ages and span the Amazonian frog diversity in terms of life history traits, taxonomy, habitat use and reproduction modes. We identified western Amazonia as the principal source of diversification for Amazonian amphibians, although it acted as such only after 10 Mya for the groups that have adapted to various types of habitats; and only between 10 and 5 Mya for the ecologically conservative groups. This suggest that species with lower habitat availability reach niche filling more rapidly than ecologically adaptive species, resulting in shorter diversification phases. Our results also suggest that riverine barrier effect seems to have affected solely conservative groups particularly when the river course is stable over time. While these results were obtained by considering only a fraction of Amazonian diversity, they provide interesting insights on the influence of niche conservatism upon Amazonian evolutive trajectories, which will hopefully foster further and more ample research in this direction

L’identification de certaines espèces d’algues d’après leurs caractéristiques morphologiques reste encore aujourd’hui problématique en raison notamment d’une forte plasticité phénotypique ou de phénomènes de convergence. Je me suis intéressé à l’utilisation de différents marqueurs moléculaires dans un but taxonomique. L’objectif était plus précisément de caractériser et d’étudier la diversité génétique de plusieurs espèces d’algues marines cultivables d’intérêts économiques. Dans une première partie, j’ai utilisé une approche de type barcoding multilocus afin de trouver les caractères génétiques spécifiques indispensables pour assurer la traçabilité des produits dans l’industrie des algues par une approche RFLP. La seconde partie a été consacrée à étudier la délimitation d’espèces au sein d’un genre d’algues brunes Pylaiella. Notre étude montre la présence de deux espèces cryptiques présentant un décalage saisonnier. L’utilisation de marqueurs de type microsatellite révèlent des flux de gènes limités entre ces deux entités. Dans une troisième partie l’étude basée sur l’analyse des séquences cox1 et rbcL dans le genre Polysiphonia a permis de mettre en évidence la présence de l’algue introduite Polysiphonia morrowii Harvey. Enfin, la comparaison de la diversité haplotypique entre aire native supposée et aires d’introduction révèle une diversité génétique relativement élevée dans les zones d’introduction suggérant de multiples événements d’introduction. Ces différents résultats soulignent l’importance d’approches moléculaires et intégratives pour l’identification et la délimitation d’espèces, notamment dans un contexte de traçabilité dans le milieu industriel des algues

Afin d’éclaircir l’alpha-taxonomie du genre Bythinella, plusieurs approches, moléculaires et morphométriques ont été conduites ainsi que l’application de critères de délimitation dérivés d’un cadre théorique de concept unifié de l’espèce. Ces analyses ont mis en évidence la présence de lignées attribuables au rang d’espèce. Nos résultats ont bouleversé notre regard sur le groupe. Alors que la taxonomie traditionnelle reconnaissait le moindre morphe local comme bonne espèce, nous montrons que même les caractères conchyliologiques les moins discutés ne reflètent pas les limites réelles entre espèces. Les analyses morphométriques ont révélé que ces entités évolutives ont fixé des caractères conchyliologiques comme la forme globale de la coquille. Cependant ces différences interspécifiques semblent en partie biaisées par la variabilité intraspécifique. Nos résultats permettent de donner les premiers outils diagnostiques, moléculaires et morphométriques, pour identifier ces différents taxons nominaux
In order to clarify the alpha-taxonomy of the genus Bythinella, we performed several molecular and morphometric methods and applied delimitation criteria derived from an unified species concept framework. Our results challenge the knowledge of the group. Whereas traditional taxonomy recognized all morphs as good species, we showed that even the least discussed shell characters do not reflect true species boundaries. Thus it seems that traditional alpha-taxonomy led to an overestimation in epigean habitats and to an underestimation of the genus alpha-diversity in underground habitats. Morphometric analyses revealed that these evolutionary lineages fixed morphological characters such as the global shell shape. But, inter-specific differences are partly biased by intra-specific variability. Our results allow to give the first diagnostic tools, molecular and morphometric, to identify these different nominal taxa