Academic literature on the topic 'Dérivé chromosomique'

Les verrats ayant conçu des portées de petite taille sont détectés au Centre de Traitement de l’Information Général de l’INRA (CTIG) selon un procédé dérivé du programme national de Gestion technique des troupeaux de truies. Les verrats qui engendrent moins de 8 porcelets nés totaux en moyenne par portée, sur au moins 6 mise bas sont considérés hypoprolifiques et leur caryotype est examiné. Depuis 1979 neuf translocations originales ont été découvertes chez des verrats hypoprolifiques. Chez la truie, les translocations n’ont pas d’effet sur l’intervalle sevrage-oestrus ni sur le taux d’ovulation. Par contre l’intervalle sevrage-fécondation est significativement augmenté. La réduction de la taille des portées des verrats porteurs est provoquée par la formation de gamètes à caryotype déséquilibré qui fécondent mais produisent des embryons non viables. Les anomalies chromosomiques peuvent être utilisées comme marqueurs dans les travaux de cartographie génique et pour le tri de chromosomes par la cytométrie en flux.

Le présent travail a pour but, sur le plan fondamental une meilleure connaissance de l'hybride naturel intergénérique stérile x Fatshedera lizei (Fatsia japonica x Hederahelix var. Hibernica Une étude faite au double point de vue caryologique et palynologique vise à préciser ses origines. Sur le plan appliqué sa polyploïdisation expérimentale a été tentée dans le but le rendre fertile. Au plan caryologique, l’hybride et ses parents montrent une variabilité inter- et intraindividuelle importante des valeurs de 2·n, chaque individu étant une mosaïque chromosomique. La multiplication végétative, en exploitation les anomalies mitotique entretient et diversifie ces mosaïques (dérivé chromosomique). Il a été recherché également qu’elle pouvait être la nature des gamètes parentaux responsables de l’apparition du Fatshedera lizei. Au plan palynologique cet hybride anormaux) montre des caractères qualitatifs et quantitatifs intermédiaires entre ceux de ses parents, mais se révèle plus proche du parent femelle Fatsia Japonica pour son tectum. Le doublement du nombre chromosomique par action de la colchicine se révèle très difficile et n'est que partielle
The purpose of the present work is, fundamentally, a better knowledge of the natural hybride sterile Fatshedera lizei (Fatsia japonica x Hedera helix var. Hibernica). A study of the cytological and palynological point of vue aims to precise its origin. In the applicated fiels his experimental polyploidisation has been tried to make it fertile. On the caryological plan, the hybrid and its parents display an important inter individual variability of the values 2 n, because each individual is a chromosomical mosaics. The vegetative multiplication which exploits the mitotics anomalies maintains and diversifies this mosaics. The nature of the parental gamets responsible of the appearance of Fatshedera liezi has been equally researched. On the palynological plan, this intergenerical hybrid (63 % of anormal grains) displays qualitative and quantitative characters intermediate between the characters of its parents, but it appears more akin to his femel parent Fatsia japonica for its tectum. The doubly of the chromosomical number by the action of colchicine appears too difficult and only partial

Chez les bactéries du genre streptomyces, la fréquence d'apparition de mutants spontanés est très élevée et cette variabilité est corrélée à la formation de délétions et d'amplifications de séquences chromosomiques. La cartographie physique du génome de trois souches de streptomyces ambofaciens a montré que l’ADN chromosomique est une molécule linéaire d'environ 8 Mb, caractérisée par la présence de répétitions terminales inversées (TIR, terminal inverted repeats) et par des protéines fixées de façon covalente aux extrémités d’ADN. Dans la souche s. Ambofaciens DSM40697, les TIR mesurent 210 kb et les réarrangements chromosomiques affectent les régions terminales du chromosome. La structure des chromosomes délétés est soit linéaire, soit circulaire. Les chromosomes circulaires ont perdu toutes les séquences des TIR alors que les chromosomes linéaires présentent un polymorphisme important de la taille des TIR, de 100 kb pour la plus petite structure caractérisée, à 850 kb pour la plus grande. De plus, la fusion en orientation inversée de deux chromosomes délétés génèrerait des TIR de plus de 6500 kb. Si la recombinaison illégitime a souvent été impliquée dans la formation des délétions, la recombinaison homologue entre séquences répétées participe également à ce phénomène. Les études de cartographie comparée, entre espèces proches, montrent que la conservation de l'organisation génétique du chromosome ne s'étend pas aux régions terminales de l’ADN. La forte instabilité à laquelle les extrémités sont sujettes, produit une grande diversité de structures chromosomiques. Cette instabilité structurale, associée au transfert horizontal d'information génétique, pourrait participer à l'évolution rapide des régions terminales de l’ADN chromosomique linéaire des streptomyces.

Les dérivés du platine (i.e. cisplatine et oxaliplatine) représentent une des classes pharmacologiques les plus utilisées en oncologie, notamment dans les cancers colorectaux. Cependant, leur efficacité est limitée par l’émergence de résistances acquises. Nous avons alors étudié in vitro dans différentes lignées cancéreuses coliques humaines (HCT116, LoVo, SW480, HT29) les conséquences à long terme des dérivés du platine lorsqu’ils sont utilisés dans des conditions tenant compte de la sensibilité cellulaire. Ils provoquent des cassures double-brin (objectivées par l’expression de -H2AX), dont le taux dépend du système p53/p21, du complexe MRN et du niveau de stabilité microsatellitaire. Ils induisent aux plus fortes concentrations ( IC50), une cytostase qui s’accompagne de la formation de cellules géantes macrocytaires et endopolyploïdes, dont certaines acquièrent un phénotype sénescent. Dans le même temps, l’activation des mécanismes de réparation des CDB varie en fonction du dérivé du Pt et de la lignée considérée. A plus long terme, des cellules « résistantes » se développent : elles ont une ploïdie normale, et se caractérisent par une plus grande résistance aux dérivés du platine et la présence de novo d’anomalies chromosomiques récurrentes leur conférant un avantage sélectif potentiel en terme de prolifération. Ces mécanismes pourraient contribuer à expliquer en clinique la survenue d’une résistance à une chimiothérapie pourtant initialement efficace. Parallèlement, nous avons évalué in vitro et in vivo de nouveaux complexes de platine obtenus par pharmacomodulation, et associant un noyau intercalant dérivé de la phénanthroline ou de l’acridine. Les résultats in vitro montrent globalement une amélioration significative de la cytotoxicité. Toutefois, un des composés les plus cytotoxiques in vitro, le [(5,6-diméthyl-1,10-phénanthroline) (S,S-diaminocyclohexane)platine(II)], n’exerce pas d’effet antitumoral dans un modèle syngénique de cancer colique chez le rat BD-IX, mais montre une néphrotoxicité marquée. Ces données soulignent l’insuffisance du criblage in vitro et la discordance in vitro/in vivo
Platinum compounds (i.e. cisplatin and oxaliplatin) represent a class of DNA-damaging agents widely used in clinic especially in the treatment of colorectal cancer. However, their effectiveness is restricted because of emergence of acquired resistance. Therefore, long-term effects of platinum compounds, used at conditions reflecting the in vitro cellular sensibility, were assessed in vitro in several human colon cancer cell lines (HCT116, LoVo, SW480, HT29). Their cytotoxicity is related to double-strand break formation (objectived by -H2AX expression), which depends on p53/p21 status, MRN complex and microsatellite stability of the cell line. Furthermore, at the highest concentrations ( IC50), cells stopped their proliferation and exhibited phenotypic alterations resulting from progressive polyploidy and/or senescence. In the same time, DNA repair systems are activated differently according to the platinum derivate and the cell line. At later stages, cells that are more resistant to platinum compounds than their parental counterpart emerged. They have recovered their basal level of ploidy and acquired de novo recurrent chromosomal aberrations. Such mechanisms could contribute to the recurrence of clinical malignancies, even after an effective initial response to chemotherapy. On the other hand, pharmacological evaluation of new platinum compounds with phenanthroline or acridine intercalating ligand was performed in vitro and in vivo. Globally, many compounds exhibited a higher cytotoxic effect than cisplatin or oxaliplatin in all cell lines studied. Unfortunately, in vivo investigations of one of the most cytotoxic compounds ([(5,6-dimethyl-1,10-phenanthroline) (S,S-diaminocyclohexane)platinum(II)]) did not exhibit antitumor effect in BD-IX rats bearing peritoneal carcinomatosis, whatever the route of administration used (systemic or local), but it displayed nephrotoxicity. These results query the in vitro/in vivo correlation and reconsider the place of the in vivo screening

Les cartes génétiques dérivées de l’étude d’une seule population de cartographie souffrent typiquement de plusieurs lacunes dont une couverture incomplète du génome et une résolution limitée. Une carte génétique consensus est une carte issue de la fusion de multiples cartes génétiques individuelles et permet de remédier à ces lacunes. Cette étude avait pour objectif de construire une carte génétique consensus à haute densité pour le soja (Glycine max (L.) Merr.) canadien au moyen de marqueurs obtenus par génotypage par séquençage (GBS). Six populations biparentales, dont l’effectif variait entre 278 et 365 lignées, ont été génotypées par GBS. Dans un premier temps, nous avons généré une carte génétique pour chaque population. Les tailles de ces cartes variaient entre 1869,3 cM et 2286,7 cM. Au total, quatre-vingt-trois (83) intervalles non-couverts ayant une taille > 10 cM (le maximum étant de 34,8 cM) ont été recensés. Ensuite, les six (6) cartes génétiques individuelles ont été fusionnées pour produire une carte consensus couvrant 99,5 % du génome, totalisant 16 311 SNP, s’étendant sur 2075,2 cM et comptant seulement deux intervalles dépourvus de marqueurs dont la taille excédait 10 cM. Cette carte consensus a ainsi pu remédier aux carences des cartes individuelles. Elle est considérée de meilleure qualité comparée aux cartes consensus précédentes, y compris la plus récente issue de 40 populations NAM (Nested Association Mapping ). En effet, cette dernière recèle encore 36 intervalles non couverts de > 10 cM et couvre une moins grande portion du génome. Finalement, la carte consensus GBS présente une meilleure cohérence entre la position physique et la position génétique des marqueurs. Grâce à cette carte consensus, nous avons pour chaque marqueur SNP dérivé du GBS une position à la fois sur la carte physique et sur la carte génétique, une information utile pour de nombreuses analyses génétiques et génomiques.
Genetic linkage maps using only one mapping population are described as maps with low resolution. These maps typically retain gaps, i.e. regions that are not covered by any markers. Consensus genetic maps were developed to overcome such limitations. They are generated by merging individual maps and using the common markers as reference points. The aim of this study was to generate a high-density consensus map for Canadian soybean using markers generated by genotyping by sequencing (GBS). Six mapping populations of varying size (n = 278 to 365) were genotyped using GBS. In a first step, we generated individual genetic maps. The size of the resulting maps varied between 1869.3 cM and 2286.7 cM and a total of 83 gaps with a size > 10 cM (the largest gap size was 34.8 cM) were observed across the six maps. In a second stage, we merged the six individual genetic maps to generate a single consensus map. On this map, 16,311 SNPs were assigned a position and these markers covered 99.5% of the genome. The map extends over 2075.2 cM and the number of gaps > 10 cM was reduced to only two. This map therefore overcame the limitations of the individual genetic maps and is superior to the previous consensus genetic maps such as the consensus genetic map generated from 40 nested association mapping (NAM) populations. The NAM map contains 36 gaps with a size > 10 cM and covers a smaller portion of the genome. In addition, the order of markers was much more concordant in the GBS map, when comparing the genetic and the physical positions. Thanks to this consensus map, we were able to assign both a physical and a genetic position for every SNP generated using GBS. These two types of information are important for many genetic and genomic studies.