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Dissertations / Theses on the topic 'Digital droplet PCR'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 25 July 2025

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1

Attali, Dean. "Automatic analysis of dual-channel Droplet Digital PCR experiments." Thesis, University of British Columbia, 2016. http://hdl.handle.net/2429/57928.

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Abstract:

The ability to quantify the amount of DNA in a sample is an essential technique in biology and is used in many fields of research. Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is an advanced technology developed for this purpose that enables more accurate and sensitive quantification than traditional real-time PCR. In ddPCR, nucleic acid (e.g., genomic DNA) within a sample is partitioned into thousands of droplets, along with the reagents needed to amplify and detect one or more DNA target sequences. After amplification takes place in all droplets, each droplet is individually read by a t

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2

Jakobsson, Sanna. "Quantitative analysis of BCR-ABL1 fusion gene by Droplet Digital PCR and qRT-PCR." Thesis, Umeå universitet, Biomedicinsk laboratorievetenskap, 2015. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-103957.

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3

Pettersson, Fredrika. "Identifiering och kvantifiering av humant papillomvirus typ 16 med droplet digital PCR." Thesis, Örebro universitet, Institutionen för hälsovetenskap och medicin, 2015. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-44983.

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4

Gautier, Célia. "Variation de l’expression génique au cours de l’hibernation du hamster d’Europe : un rôle des récepteurs à la mélatonine ?" Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ011/document.

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Abstract:

Afin de faire face aux conditions environnementales défavorables, certains animaux réduisent drastiquement leur activité métabolique et leur température grâce à des phases de torpeur hivernal. L’objectif de cette étude est d’établir une signature moléculaire de chacune des phases d’hibernation. Pour cela, les variations d’expression de 21 gènes impliqués dans le contrôle des fonctions saisonnières (horloge circadienne, hormones thyroïdiennes, récepteurs à la mélatonine) et le métabolisme ont été étudiées dans 8 organes. Les résultats ont mis en évidence une augmentation ubiquitaire de l’expres

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5

Brugière, Charlotte. "L'invasion péri-nerveuse des carcinomes épidermoïdes cutanés humains." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC193.

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Abstract:

Le carcinome épidermoïde cutané (CEC) représente un enjeu important par sa fréquence et sa gravité potentielle.L’agressivité de ce cancer est liée à l’invasion péri-nerveuse (IPN), mode d’envahissement tumoral reconnu comme un facteur de mauvais pronostic.L’objectif de ce travail est de s’intéresser aux mécanismes favorisant l’IPN, en comparant 2 groupes appariés de CEC humains, avec et sans IPN.Pour cela nous avons réalisé une étude de facteurs et récepteurs neurotrophiques, de marqueurs de la transition épithélio-mésenchymateuse (TEM), et de la molécule NCAM1, par analyse immunohistochimique

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6

Pekin, Deniz. "Development of novel droplet-based microfluidic strategies for the molecular diagnosis of cancer." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00856594.

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Abstract:

The aim of this work is to establish novel strategies for the highly sensitive screening of cancer biomarkers in biological samples.To achieve this goal, we developed droplet-based microfluidic dPCR technique. Using a limiting dilution, individual DNA molecules are encapsulated within monodisperse droplets of a water-in-oil emulsion created with a microfluidic device. Fluorescent TaqMan® probes targeting the screened cancer biomarkers allow the detection of mutations. We focused on the mutations in the human KRAS gene for the development of our test. This method is also transposable in a multi

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7

Wågberg, Johanna. "Detection of hotspot mutations in IDH1/2 in patients withacute myeloid leukemia using Droplet Digital PCR." Thesis, Örebro universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper, 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-81559.

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Abstract:

IntroductionAcute myeloid leukemia (AML) is caused by a wide range of genetic aberrations, includingmutations within the genes that encode the enzymes isocitrate dehydrogenase 1 and 2(IDH1/2). Drugs that target mutant IDH1/2 are now available, which makes assessment of themutational status of IDH1/2 important in clinical diagnostics of AML. A promising method todetect these mutations is the droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR), which showsadvantages of a high sensitivity and a simple workflow.AimTo evaluate ddPCR as method of choice to detect hotspot mutations in IDH1 (codon R132)

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8

Ziller, Antoine. "Origine(s) et Fonction(s) de Gènes de Résistance aux Métaux Issus de Métatranscriptomes Eucaryotes de Sols." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1056/document.

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Abstract:

Le sol est essentiel à toute société humaine notamment pour la production d'aliments. Son fonctionnement repose sur des réseaux d'interactions entre les éléments qui le composent et toute perturbation modifie ces réseaux. Les microorganismes eucaryotes représentent une composante importante de l'écosystème édaphique car ils sont impliqués dans des processus essentiels comme la régulation de populations de procaryotes. Mais paradoxalement, ils restent peu étudiés comparés aux bactéries notamment lorsqu'on s'intéresse aux cycles biogéochimiques autres que celui du carbone comme par exemple ceux

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9

Benning, Louise [Verfasser], Ingo [Akademischer Betreuer] Ahrens, and Marcus Sebastian [Akademischer Betreuer] Hortmann. "Droplet Digital PCR zur Quantifizierung von miR-21, miR-208a und miR-499 in der Diagnostik von Patienten mit funktionell relevanter koronarer Herzkrankheit." Freiburg : Universität, 2020. http://d-nb.info/1208623907/34.

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10

Bartolo, Jean-François. "Développement de sondes et de systèmes microfluidiques pour la détection de nouveaux biomarqueurs spécifiques." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAF052/document.

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Abstract:

L’efficacité des traitements contre diverses pathologies dépend dans bien des cas de la précocité de la prise en charge des patients. Ce contexte pousse de nos jours les chercheurs à élaborer de nouvelles méthodes de diagnostic, généralement basées sur la détection de biomarqueurs spécifiques, permettant d’établir une corrélation entre un dérèglement moléculaire de l’organisme et la survenue d’une maladie. L’objectif de ces travaux était, par l’utilisation de la microfluidique digitale en gouttelettes, d’établir de nouvelles procédures simples et reproductibles, témoignant d’une sensibilité im

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11

Garlan, Fanny. "Nouvelles méthodes de détection de l'ADN tumoral circulant par PCR digitale en gouttelettes : application au suivi des patients." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB108/document.

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Abstract:

L’ADN tumoral circulant (ADNtc) porte des altérations spécifiques de la tumeur des patients, qui sont détectables par un acte minimalement invasif. L’ADNtc représente donc un biomarqueur d’intérêt pour le suivi de l’évolution du cancer. Sa détection requière une technique hautement sensible et quantitative. Dans ce contexte, ce travail de thèse a porté sur la quantification et le suivi de l’ADNtc par PCR digitale en gouttelettes (PCRdg). Cet outil permet la détection d’altérations à l’échelle d’un ADN unique, offrant ainsi une sensibilité allant jusqu’à 0.001%. La détection de cet ADNtc a été

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Campeggio, Mimma. "Prognostic Role of Minimal Residual Disease before and after Haematopoietic Stem Cell Transplantation in pediatric ALL patients and evaluation of droplet digital PCR applicability in pre-HSCT MRD monitoring." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3425313.

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Abstract:

Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) represents the most frequent cancer in childhood. Currently, more than 80% of children with ALL can be cured through intensive and risk-adapted chemotherapy protocols, but unfortunately, the remaining 20% ultimately relapse. Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) is considered beneficial for approximately 10% of patients who are at high risk (HR) at frontline therapy according to the AIEOP-BFM protocol criteria, and for the majority of patients after ALL relapse. However, also after HSCT, relapse remains the leading cause of treatment failu

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13

Lui, Edmund Yan Long. "Elucidating the host-pathogen interactions between in vitro human cells and enterovirus 71 in Hand, Foot and Mouth Disease (HFMD)." Thesis, Queensland University of Technology, 2015. https://eprints.qut.edu.au/81628/8/Edmund%20Yan%20Long%20Lui%20Thesis.pdf.

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Abstract:

This study has provided further understanding of the pathogenesis of EV71, one of the major etiological agents associated with significant mortality in Hand, Foot and Mouth disease. Elucidating the host-pathogen interaction and the mechanism that the virus uses to bypass host defence systems to establish infection will aid in the development of potential antiviral therapeutics against EV71.

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14

OMER, MOHAMMED ALI EBNAOF Sayda. "Circulating microRNAs as blood-based biomarkers for breast cancer." Doctoral thesis, Università degli studi di Ferrara, 2016. http://hdl.handle.net/11392/2403417.

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Abstract:

Background: Currently, there is a lack of non-invasive tumour biomarkers with appropriate sensitivity and specificity to be used in routine clinical testing. The use of circulating microRNAs (miRNAs) as cancer biomarkers has been hypothesised based on their presence and stability in the circulation. Promising initial results for these tiny RNAs has been obtained in the field of breast cancer diagnostics. However, the accurate quantification of circulating miRNAs is more challenging than expected. In particular, several pre- and analytical variables have an impact on their final quantification,

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Iyer, Chitra C. "The Role of Muscle and Nerve in Spinal Muscular Atrophy." The Ohio State University, 2016. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1451568269.

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16

Trouchet, Amandine. "PCR digitale pour la détection et la caractérisation de micro-organismes pathogènes au niveau de la cellule unique." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC170/document.

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Abstract:

Nous avons pour but de développer un système microfluidique en gouttes, capable, à l’échelle de la cellule/bactérie unique, de détecter et de co-localiser plusieurs marqueurs génétiques, en utilisant une version digitale et multiplexée de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Les systèmes de PCR digitale actuellement commercialisés ne le permettent toujours pas. Un tel prototype garantira la présence de multiples marqueurs à l’intérieur d’un même génome, ce qui permettra l’identification du pathogène avec précision et un taux de faux-positifs proche de zéro. Comme première application

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Coutier, Julien. "Contrôle de l’expansion ex vivo de précurseurs kératinocytaires humains fonctionnels : implication des facteurs de transcription KLF4 et MAD4 - KLF4 Inhibition Promotes the Expansion of Keratinocyte Precursors from Adult Human Skin and of Embryonic-Stem-Cell-Derived Keratinocytes - Iterative Three-Dimensional Epidermis Bioengineering and Xenografting to Assess Long-Term Regenerative Potential in Human Keratinocyte Precursor Cells - Quantitative Detection of Low-Abundance Transcripts at Single-Cell Level in Human Epidermal Keratinocytes by Digital Droplet Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS003.

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Abstract:

Dans le contexte de la médecine régénérative cutanée, l’amplification massive en culture de précurseurs kératinocytaires est souvent requise mais elle peut s’accompagner d’une induction de la différenciation conduisant à une perte de potentiel régénératif. L’expansion ex vivo de précurseurs fonctionnels nécessite de contrôler deux processus : d’une part l’activation de la prolifération et d’autre part la préservation de l’immaturité. Mon laboratoire d’accueil a identifié les gènes KLF4 et MXD4 comme candidats potentiels dans le contrôle de ces processus. Mon travail de thèse a porté sur l’étud

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Ribeiro, Pedro Bem-haja. "Aplicação da técnica de Droplet Digital PCR para quantificação de bovino (Bos taurus) e suíno (Sus scrofa) em produtos cárneos." Master's thesis, 2018. http://hdl.handle.net/10316/84560.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado em Segurança Alimentar apresentada à Faculdade de Farmácia<br>A verificação da autenticidade e da rotulagem alimentar fazem parte de um conjunto de procedimentos base levados a cabo pelas agências de controlo alimentar de cada país para assegurar um comércio justo, seguro e confiável. Com o objetivo de salvaguardar os interesses dos consumidores, entidades oficiais bem como laboratórios acreditados atestam a autenticidade, qualidade e conformidade no âmbito da rotulagem, efetuando para isso a identificação e, se for o caso, determinação da proporção em que os ingredient

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19

Huang, Jen-Yu, and 黃荏郁. "Development of an imaging processing method and system for quantifying a digital PCR droplet array." Thesis, 2017. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/jmrjs5.

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Abstract:

碩士<br>國立臺灣海洋大學<br>系統工程暨造船學系<br>105<br>In this paper, we report our study on developing an optical quantification method based on the imaging system of a smartphone for the application of digital PCR biochip. The system can automatically calibrate the difference effected by the light source and counts the number of positive wells by using the developed algorithm. Furthermore, to enhance the performance, this method can distinguish three different signals with difference colors, they are red, green, blue. To achieve this goal, the developed algorithm provided the capability to perform color cali

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Wang, Yunda. "Improved methods of measuring the latent HIV reservoir with DNA size selection and droplet digital PCR." Thesis, 2020. https://hdl.handle.net/2144/41747.

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Abstract:

For HIV-infected patients undergoing antiretroviral treatment (ART), the latent reservoir is a major barrier to cure. Formed in the acute stages of infection, the latent reservoir consists of cells in the host’s body where HIV can hide from the immune system and remain in a quiescent state. When a patient stops ART, the virus quickly rebounds, proliferates, and begins infecting more cells. The majority of assays available to measure the latent HIV reservoir measure HIV DNA and RNA using polymerase chain reaction (PCR). However, these methods can overestimate the reservoir size, because uninteg

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"Impact of sex and aging on the expression of estrogen receptors in cardiovascular tissues using Droplet Digital PCR." Tulane University, 2018.

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Kanzow, Philipp Clemens. "Zirkulierende Nukleinsäuren im zellfreien Plasma von LTx-Patienten als Frühmarker einer Schädigung des Spenderorgans." Doctoral thesis, 2014. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0022-5F66-1.

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Abstract:

Meine Untersuchungen zeigen, dass es sich bei der zellfreien DNA (cfDNA, engl. cell-free DNA) des Spenderorgans (GcfDNA, engl. graft-derived cell-free DNA) um einen klinisch vielversprechenden Biomarker zur direkten Ermittlung der Organschädigung im Sinne einer „flüssigen Biopsie“ handelt. Alles was dafür notwendig ist, ist eine Blutprobe des Empfängerpatienten. Im Gegensatz zu konventionellen Markern wird die Organschädigung unmittelbar, direkt und hochspezifisch angezeigt. Durch neue Entwicklungen in der Labordiagnostik lässt sich dieser Marker im routinemäßigen Einsatz mittels digital dropl

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Salambanga, Fabiola D. R. "Évaluation de l'exposition aux microorganismes des chauffeurs de camion et des éboueurs responsables du transport des matières résiduelles et des déchets." Thesis, 2020. http://hdl.handle.net/1866/24170.

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Abstract:

Les travailleurs impliqués dans la gestion des matières résiduelles domestiques sont continuellement exposés à des bioaérosols pouvant entrainer des problèmes de santé de nature infectieux, allergène et cancérigène. Le but de cette étude était d’évaluer l’exposition aux bioaérosols des éboueurs et des chauffeurs de camion durant la collecte des déchets et des matières résiduelles à Montréal par une analyse multimétrique et multimédia. Les conditions de travail ont été évalués dans six camions (2 recyclages, 2 organiques et 2 domestiques). Pour chaque camion, des mesures ambiantes (cabine

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Pazourková, Eva. "Analýza volných nukleových kyselin a její potenciální klinické využití." Doctoral thesis, 2019. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-396188.

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Abstract:

This work presents the results ofour research of cell-free nucleic acids (cfNA). The first part shows changes in methylation patterns of immune response genes promoters that are detectable in plasma during the hemodialysis sessions and also differences in methylation between patients and healthy subjects. Alterations include genes that play their role in the regulation of hematopoiesis and these changes are in close relation with the need of anemia therapy. In the other plasma cfNA study we detected miRNA signatures in patients with acute myeloid leukemia at diagnosis (6 highly abundant miRNAs

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