Academic literature on the topic 'Diversité bactérienne – Composition chimique'

Résumé Un groupe de cinq mésocosmes de 3,5 m3 chacun, permettant de travailler en eaux froides, a été utilisé pour étudier l’évolution de la flore bactérienne de l’estuaire du Saint-Laurent sous différentes conditions de contamination (pétrole dispersé chimiquement, non traité ou relargué à partir d’un substrat) et à différentes saisons (températures de l’eau de mer variant de −1,8 à 16°C). Des concentrations en pétrole de <1 à plus de 67 mg.L−1 ont été testées. La dispersion chimique du pétrole induit une augmentation de la croissance des bactéries hétérotrophes viables (BHV). Le temps de génération diminue lorsque la température de l’eau augmente et la densité bactérienne maximale atteinte en mésocosmes augmente généralement avec la quantité de pétrole dispersé dans la colonne d’eau. La croissance des BHV est également stimulée par les produits pétroliers relargués à partir d’un substrat contaminé. Lorsque le pétrole est déversé en surface et non traité, la faible concentration dans la colonne d’eau ne permet pas une augmentation significative de la microflore hétérotrophe. La présence de pétrole induit toujours une augmentation de la densité des bactéries dégradant le pétrole (BDP). En conditions glaciales extrêmes (température moyenne de −1,6°C; couche de glace en surface), l’activité hétérotrophe était accrue par la présence de pétrole dispersé, alors que dans le même temps, la microflore totale restait relativement constante. Une diminution de la diversité spécifique de la communauté bactérienne était notée après deux semaines d’exposition à une concentration maximale de 4,6 mg.L−1 en pétrole dispersé. La communauté bactérienne indigène qui a été échantillonnée dans des conditions hivernales peut être considérée comme “psychrophile tolérante” ou “psychrotrophe”. Les analyses chromatographiques en phase gazeuse effectuées sur le pétrole résiduel ont mis en évidence une biodégradation significative des hydrocarbures aliphatiques et aromatiques, qui est révélée ici par la diminution des rapports n-alcanes/isoprénoides et 2-méthylnaphtalène/ 1-mèthylnaphtalène. Le taux de biodégradation augmente avec la quantité de pétrole dispersé dans la colonne d’eau et avec la température de l’eau. En conditions hivernales extrêmes, la biodégradation restait très limitée durant les deux semaines suivant la contamination.


 
 
 
 Une typologie des laits livrés par 129 des bassins de collecte de deux coopératives fromagères de la filière Beaufort a permis de mettre en évidence une diversité d’associations des caractéristiques des laits livrés (taux protéique, taux butyreux, cellules, flore totale, répartition annuelle de la livraison, volume annuel). A partir des données recueillies dans 34 exploitations laitières, des pratiques d’élevage ont été associées aux différents types de lait. L’étude confirme l’importance des facteurs alimentaires et de la période des vêlages dans l’évolution de la composition chimique du lait, l’importance des problèmes d’hygiène de la machine à traire dans la présence de germes totaux et la multiplicité des facteurs d’élevage associés à l’augmentation des leucocytes dans le lait. La diversité des associations des caractéristiques des laits sous-tend celle des pratiques associées et de la maîtrise par les producteurs de l’ensemble du système d’élevage. L’existence des liaisons entre les types de laits et les systèmes d’exploitation montre l’intérêt de proposer des actions de qualité adaptées à la diversité des exploitations laitières.
 
 
 

Les échanges de phosphore à l'interface eau-sédiment ont été étudiés dans la retenue Al Massira. La campagne de prélèvements a été menée pendant la faible oxygénation des eaux profondes au mois d'octobre 1991. Les mesures des échanges de phosphore ont été réalisées in situ en chambre benthique. Les valeurs de pH sont élevées et reflètent clairement l'influence de la nature géologique du bassin versant sur la composition chimique des eaux. Ce bassin versant, formé essentiellement de roches sédimentaires calcaires, est vraisemblablement à l'origine des concentrations élevées en calcium mesurées dans les chambres benthiques. En période de faible oxygénation, on note une augmentation des teneurs en phosphore particulaire dans les eaux surnageantes en raison de la présence de complexes calcium-phosphore, fer-phosphore et manganèse-phosphore. En période d'anoxie, la réduction de ces complexes est accompagnée d'une aug- mentation des teneurs en phosphore. La densité bactérienne et la concentration en phosphore total et notamment en orthophosphates suivent une évolution temporelle comparable. Une fraction non négligeable du phosphore particulaire serait liée aux bactéries. Des mesures drastiques de déphosphatation du tributaire Oum Errbia doivent être prises pour éviter la dissociation des complexes Ca, Fe, Mn-Phosphore et le relargage de phosphore biodisponible.

Les auteurs donnent les résultats d'une étude physico-chimique et biologique portant sur quatre torrents situés sur le versant lorrain des Vosges. Les stations étudiées sont placées en amont de toute agglomération et dans des secteurs non perturbés par l'activité agricole. L'assise rocheuse de nature siliceuse est granitique. La différence dans la composition des granites et leur altération pourraient être à l'origine des différences physico-chimiques observées entre torrents situés dans un même secteur. La présence permanente ou temporaire d'eaux acides appartenant au crénon et au rhitron a été établie. Cette acidité s'accompagne de concentrations élevées en aluminium (Al total > 200 µg/l). Une enquête piscicole et la réalisation de pêches électriques ont révélé l'absence de salmonidés dans les cours d'eau acidifiés en permanence, alors que leur présence est connue antérieurement. L'existence d'épisodes acides lors de la fonte des neiges et des pluies printanières a été démontrée; les auteurs retiennent les retombées acides comme cause de l'acidification des eaux de surface. Ces événements d'ordre hydrométéorologique sont caractérisés par l'augmentation des concentrations en H+, NO3-, SO42- et aluminium, ainsi que par une baisse des ions HCO3-, dans les eaux torrenticoles. Les macroinvertébrés benthiques intègrent ces épisodes et l'étude comparative de leurs populations montre des modifications apparaissant dans les secteurs acidifiés par rapport aux secteurs non perturbés. L'intégration par les invertébrés benthiques des conditions physico-chimiques se traduit notamment par la disparition des Ephéméroptères, et par un appauvrissement de la diversité taxonomique des Plécoptères, Trichoptères et Coléoptères.

L'utilisation d'essences forestières exotiques et plus particulièrement des arbres à croissance rapide (acacias, pins ou eucalyptus) a été fréquemment recommandée pour réhabiliter et restaurer à brève échéance des milieux dégradés suite à des événements naturels ou à des activités anthropiques. L'incidence sur l'environnement de l'introduction de ces espèces, parfois envahissantes, est surtout évaluée pour leur impact sur la biodiversité végétale et les caractéristiques physico-chimiques des sols, mais rarement en ce qui concerne la composition de la microflore. Les micro-organismes, et plus particulièrement les champignons mycorhiziens, jouent un rôle clé vis-à-vis des mécanismes biologiques régissant la fertilité chimique des sols et leur productivité, facteurs de stabilité des écosystèmes terrestres. L'approche retenue a été de décrire l'incidence de l'introduction d'essences exotiques sur les caractéristiques biologiques des sols, ainsi que les conséquences sur la reconstruction d'un couvert végétal composé par des espèces natives du milieu d'origine. Après avoir rappelé l'importance de l'utilisation des acacias à travers le monde, deux études réalisées au Sénégal et en Algérie ont permis de montrer que deux acacias australiens, Acacia holosericea et Acacia mearnsii, induisent de profondes modifications de la diversité fonctionnelle de la microflore du sol et aussi de la structure des microorganismes symbiotiques (champignons mycorhiziens et rhizobia). Ces acacias entraînent une inhibition de la croissance de deux espèces forestières natives, Faidherbia albida et Quercus suber. Les résultats confirment le besoin de cerner les processus biologiques liés aux actions d'introduction d'essences exotiques afin de moduler leur utilisation. Ainsi, cette connaissance préviendra les risques et assurera les performances des opérations de reboisement, notamment pour la réhabilitation des terrains dégradés.

La disponibilité et les facteurs de variation de la valeur alimentaire des ressources végétales tropicales et des sous-produits de l’agro-industrie sont présentés dans cette synthèse. Les ressources alimentaires utilisées sont très variées (herbes, arbres fourragers, céréales, tubercules, coproduits de culture, sous-produits de l’agro-industrie) à l’image de la grande diversité des systèmes de production plus ou moins intensifiés, avec un niveau d’intégration variable des cultures et de l’élevage. Les matières premières peuvent être identiques à celles utilisées dans les zones tempérées (soja, maïs), notamment dans les ateliers modernes. Elles peuvent aussi se singulariser par leur origine botanique (sorgho, tubercules, fourrages, arbres fourragers), leur composition (présence fréquente de métabolites secondaires) et les traitements technologiques (coproduits d’industries agroalimentaires artisanales) qu’elles ont pu subir. Il y a une grande variabilité de la valeur alimentaire intra et inter-ressources. Quelle que soit l’espèce animale considérée, des ressources aux valeurs énergétiques élevées similaires ou proches d’homologues tempérés sont disponibles. Les nombreuses ressources «protéiques» ont en revanche des valeurs qui ne « rivalisent » qu’exceptionnellement avec le soja. Des stratégies particulières d’utilisation de certaines ressources sont nécessaires du fait de la présence de métabolites secondaires aux activités antinutritionnelles. En intra-ressource, les variabilités induites par la gestion (âge du fourrage, mode d’alimentation…) et la technologie utilisée (élimination de facteurs antinutritionnels, mode d’extraction, usinage des grains de céréales) qui affectent aussi bien la valeur énergétique que protéique, sont souvent supérieures à celles résultant de la génétique. Des ressources de bonne valeur alimentaire sont donc disponibles en zone tropicale à condition d’y appliquer la bonne gestion et de choisir l’espèce animale adéquate pour leur valorisation. L’information accumulée sur la valeur alimentaire des ressources tropicales est abondante. L’accès aux données n’est pas toujours aisé du fait des stratégies de publication souvent ciblée sur l’échelle régionale. L’information peut être partielle (certains critères de la composition chimique). Les résultats peuvent être fortement liés au contexte dans lequel ces données ont été produites ce qui limite leur généralisation. Une étape importante pour l’avenir serait le regroupement de ces données avec la perspective de dégager des lois générales tel que permet de l’envisager le projet en cours de tables de valeur alimentaire (AFZ-INRA-CIRAD).

La diversité du monde végétal et sa richesse moléculaire constituent une source importante de molécules bioactives d’origine naturelle. Dans le but de rechercher de nouveaux composés biologiquement actifs, la composition chimique de l’huile essentielle d’Anethum graveolens a été étudiée ainsi que ses activités antioxydante et antiinflammatoire. Une caractérisation chimique par CPG et CPG/SM a montré que cette huile essentielle est composée principalement de monoterpènes oxygénés (42,1 %) de sesquiterpènes oxygénés (46,7 %). Le pouvoir antioxydant a été évalué par deux méthodes, le test de DPPH et le test de blanchiment des caroténoïdes, les résultats ont révélé que cette huile essentielle présente un effet scavenger assez élevé avec un IC50 = 14,25 mg/ml. Par ailleurs, l’huile essentielle d’Anethum graveolens a montré une excellente activité antiinflammatoire testée in vivo avec une inhibition de 50 %.

L’étude analytique des huiles essentielles d’Artemisia herba-alba poussant en Algérie a mis en évidence une différence remarquable dans la composition chimique et les rendements d’extraction selon les régions (position géographique) et les techniques d’extraction utilisées. L’analyse des huiles essentielles par CG et par CG-SM nous a permis d’identifier 164 constituants, représentant 65,2 à 98,3 % de la composition totale pour l’hydrodistillation et 61,4 à 95,6 % pour la micro-onde. Les composés cétoniques : tels que l’α- thujone, la β-thujone, le camphre, la chrysanthénone et la davanone en constituent la majeure partie. Cette étude nous a permis de confirmer la diversité des chémotypes dont l’existence serait étroitement liée à des variations de patrimoines génétiques. Par rapport à HD,MD permet d’obtenir de l’huile en très peu de temps, avec des qualités comparables et des économies d’énergie substantielles. L’étude de l’activité antimicrobienne des huiles essentielles sur 14 souches a montré un très bon pouvoir inhibiteur (concentration minimale inhibitrice ne dépassant pas 10 mg/ml) pour tous les échantillons. La faible activité antioxydante de ces huiles pourrait être attribuée à l’absence de certains composants phénoliques.

Les parcours sinueux qu’ont suivis l’anthropologie et l’archéologie en Amérique du Nord depuis une cinquantaine d’années démontrent des intérêts convergents pour la connaissance et l’explication du comportement humain et cela avec des méthodes de recherche de plus en plus divergentes. L’anthropologie qui a émergé des milieux intellectuels aux États-Unis au XIXe siècle avait pour origine l’intérêt pour la compréhension des populations autochtones de l’Amérique; de cet intérêt pour l’humain, se sont développés des outils pour comprendre le comportement qui se cachait derrière le geste posé. Dès le début, l’anthropologue s’intéressait aux comportements et l’archéologue documentait les traces du geste posé. De cette proximité entre l’anthropologie et l’archéologie qui s’est concrétisée par la création du Bureau of American Ethnology à la fin du XIXe siècle, il était naturel de placer la formation en archéologie au sein de départements d’anthropologie dans les universités aux États-Unis et au Canada. Malgré l’apparence initiale d’un champ unifié et d’un terrain partagé entre l’anthropologie et l’archéologie, la pratique s’est transformée pour devenir tout autre au fil des ans. Au milieu du XXe siècle, l’archéologie commence à remettre en question sa relation avec les interprétations fonctionnalistes des anthropologues (Trigger 2006 : 363-372). La première figure à souligner le problème de l’inéquation entre les résultats de la recherche archéologique et la théorie en anthropologie fut Walter Taylor (1948) dans son livre A Study of Archaeology. Taylor, le relativiste, exposa son penchant pour le particularisme historique dans une approche qu’il identifie comme étant conjonctive; pour ce chercheur iconoclaste, l’historiographie comptait pour beaucoup. L’approche conjonctive consistait à établir des corrélations entre différents types de données dans des contextes historiques et culturels spécifiques afin de faire le pont entre des particularités historiques (les collections archéologiques) et des données anthropologiques. La méthodologie qu’il proposait impliquait la vérification d’hypothèses par l’analyse de la composition et de la structure des collections archéologiques. L’objectif central de cette approche visait à mettre de l’avant des études contextuelles détaillées qui permettraient d’adapter des hypothèses générales sur la culture à des données spécifiques. Dans sa formulation de l’approche conjonctive en archéologie et la vérification d’hypothèses, Taylor reconnaissait qu’une réflexion critique était nécessaire puisque l'archéologue travaillait dans le présent. En dépit de la richesse des collections archéologiques et constatant le danger qui planait sur l’archéologie si nous avions continué à publier des listes d’attributs de nos objets au lieu d’interpréter la culture matérielle comme étant la trace du comportement humain, dans un geste de médiation entre l’anthropologie et l’archéologie, Binford (1962) publiait son article portant le titre Archaeology as Anthropology. Comme il le signale dans son introduction son article qui faisait suite à un ouvrage venant d’être publié par Willey et Phillips (1958) où l’on mentionne clairement que l’archéologie américaine « c’est de l’anthropologie ou rien du tout ». Ce geste d’éclat dans une période charnière de l’enseignement de l’archéologie dans les universités nord-américaines allait donner naissance à un nouveau paradigme que l’on appela la New Archaeology aussi connue sous le nom d’archéologie processuelle. Un tel changement de paradigme venait en contradiction avec les pratiques européennes en matière d’archéologie préhistorique, notamment celles de l’École de Bordeaux et de François Bordes, son membre le plus influent, qui avait réussi à imposer sa vision sur le sens de la variabilité des outils en pierre du paléolithique moyen (Bordes 1961; 1984). Dans sa thèse de doctorat intitulée The Bordes-Binford Debate: Transatlantic Interpretive Traditions in Paleolithic Archaeology, Melissa C. Wargo (2009) présente une analyse en profondeur des modes de pensée qui diffèrent entre l’Europe et l’Amérique du Nord. Essentiellement, le raisonnement traditionnel voulait que l’apparition d’une nouvelle culture archéologique (de nouveaux types) puisse signifier la manifestation d’un nouveau groupe de personnes, un groupe ethnique détectable avec les outils de l’archéologie. C’est ce que nous apprenions à la lecture des travaux de François Bordes sur les changements technologiques observés au paléolithique moyen. Lorsque Binford est parvenu à étudier les mêmes collections, il proposa des interprétations toutes autres. Ainsi, alors que pour Bordes, des outils différents représentent des groupes différents; si l’ensemble de l’assemblage ne peut être attribué à un groupe avoisinant, peut-être alors que certains éléments peuvent l’être. Et si de tels parallèles peuvent être établis, l’approche de Bordes a pour corollaire que c’est là le lieu d’origine de la population à l’étude et que nous serions en présence d’une diffusion de traits culturels à partir de la migration d’un groupe ethnique. Pour Binford, la différence dans la composition des assemblages devrait plutôt être interprétée comme étant le résultat d’adaptations; pour ce chercheur, les assemblages archéologiques sont des coffres d’outils adaptés pour une fonction particulière. Nonobstant la grande quantité de statistiques accumulées, Binford, de son propre aveu, admit qu’il fut incapable d’expliquer ce qu’elles signifiaient. En d’autres mots, il avait beaucoup d’information sur le présent mais ne pouvait l’expliquer par manque d’analogie avec le passé. En dépit de ces différences d’opinion, l’utilité de la typologie de Bordes réside dans le fait qu’elle fournissait un langage descriptif; cette typologie a cependant été par la suite rejetée par certains chercheurs qui considéraient que la définition des types de François Bordes était inadéquate parce que trop subjective. Pire encore, Bordes a été accusé d’incorporer dans ses interprétations des hypothèses non vérifiées sur les capacités cognitives des hominidés durant le paléolithique moyen. De nos jours, nos analyses de la technologie visent à remplacer cette approche typologique de Bordes par une méthode s’appuyant sur la combinaison d’attributs dont la description porte davantage sur le comportement. De toute évidence, le débat entre le promoteur de la New Archaeology et la figure de proue de l’archéologie française et son approche taxonomique en pierre a permis de mettre en évidence un malaise profond sur la façon dont le passé devrait être interprété. Ce débat est aussi emblématique de traditions scientifiques différentes entre l’Europe et l’Amérique du Nord. C’est dans ce contexte intellectuel que sont nés des départements d’anthropologie associant l’anthropologie culturelle, l’anthropologie biologique, la linguistique et l’archéologie. Ces quatre champs sont apparus à des moments bien précis de l’histoire des universités nord-américaines mais de nos jours, la réalité de l’anthropologie est devenue beaucoup plus complexe (Bruner 2010). Un étudiant en archéologie peut avoir des besoins de formation en géographie, en histoire, en géologie, en botanique, en biologie, en ethnohistoire, en systèmes d’information géographique, en informatique, etc. alors qu’un étudiant en anthropologie pour atteindre un niveau de compétence élevé pourrait avoir besoin de formation en histoire, en science politique, en sociologie, en art, en littérature, en théorie critique, etc. Malgré que les besoins aient grandement changé depuis la création des départements d’anthropologie, les structures académiques sont demeurées statiques. La protection des départements d’anthropologie dans leur configuration actuelle des quatre champs relève le plus souvent des politiques universitaires. Ainsi, même si les professeurs étaient d’accord qu’il serait intellectuellement plus profitable de scinder ces gros départements, la question de diviser les départements d’anthropologie en unités plus petites qui feraient la promotion de l’interdisciplinarité dans les sciences humaines et sociales n’est pas envisagée dans la plupart des universités nord-américaines (Smith 2011). Au milieu de cette tourmente, se sont développés un certain nombre de départements et de programmes d’archéologie en Amérique du Nord. De là est née une discipline émancipée du joug des structures trop rigides et se donnant un ensemble de méthodes de recherche qui lui étaient propres. La trajectoire conceptuelle empruntée par ceux-ci a permis de remonter au-delà du geste et de la parole en retenant une classe cohérente de concepts explicatifs développés, certes en anthropologie, mais raffinés et adaptés au contact de l’archéologie et d’autres disciplines en sciences humaine et sociales et sciences de la nature. Cette indépendance intellectuelle de l’anthropologie s’est notamment affirmée par des collaborations entre l’archéologie et la philosophie des sciences (Kelly et Hanen 1988; Salmon 1982; Wylie 2002; Wylie et Chapman 2015). La croissance de l’intérêt pour les explications processuelles des données archéologiques chez plusieurs archéologues nord-américains fut motivée par le fait que les néo-évolutionistes en anthropologie mettaient trop l'accent sur les régularités dans les cultures. Les concepts utilisés en archéologie processuelle exerçaient une influence significative sur notre discipline et l’adoption de cette approche théorique était d’autant plus attrayante car les variables proposées se présentaient comme des causes majeures de changements culturels et relativement accessibles à partir des vestiges archéologiques. Cette approche s'intensifia et donna de nouvelles directions aux tendances déjà présentes en archéologie préhistorique. Dans ce changement de paradigme qui donna naissance au courant de la Nouvelle Archéologie en Amérique du Nord et à un moindre degré au Royaume-Uni, l’accent était placé sur la vérification d’hypothèses sur les processus culturels comme outils d’explication du passé. De la position qu’elle occupait comme l’un des quatre sous-champs de l’anthropologie ou encore, de celle de servante de l’histoire, l’archéologie est devenue l’un des plus vastes champs du monde académique (Sabloff 2008 : 28). En plus d’avoir trouvé son ancrage théorique dans les sciences sociales et humaines, l’archéologie, attirée par les techniques et méthodes fraie régulièrement avec les sciences physiques et les sciences de la nature. En se donnant ses propres méthodes de collecte et d’analyse pour l’examen de cultures distinctes et en poursuivant avec des comparaisons interculturelles, la discipline cherchait à mieux comprendre les cultures qui se sont développées à travers le temps et l’espace. Puisque l’objet d’étude de l’archéologie porte sur les traces de groupes humains dans leur environnement naturel et leur univers social, les questions qu’elle se pose sont fondamentales à l’histoire de l’humanité et pour répondre à de telles questions elle s’est dotée de méthodologies d’enquête qui lui sont propres. L’utilisation d’équipements sophistiqués pour déterminer la composition chimique des résidus lipidiques incrustés sur un outil en pierre taillée ou encore, les recherches sur la composition physico-chimique de la pâte d’une céramique sont des techniques visant à répondre à des questions d’ordre anthropologique. Le quand et le comment du passé sont relativement faciles à identifier alors que pour découvrir le pourquoi l’archéologue fait souvent appel à l’analogie ethnographique, une méthodologie issue de l’insatisfaction des archéologues à l’endroit des travaux en anthropologie culturelle (David et Kramer 2001). Une autre méthodologie est celle de l’archéologie expérimentale qui s’intéresse à la fabrication et à l’usage des outils (Tringham 1978), méthode similaires à celle de l’ethnoarchéologie. L’expérimentation à partir d’outils fabriqués par le chercheur et les banques de données provenant d’expérimentations contrôlées servent alors d’éléments de comparaison pour interpréter la forme des assemblages archéologiques (Chabot et al. 2014) est au centre de la méthode préconissée. Le développement de l’ethnoarchéologie durant les années 1970 aurait inspiré Binford (1981) lorsqu’il mit de l’avant l’utilisation de théories de niveau intermédiaire pour établir un lien entre ses données archéologiques et les théories de niveau supérieur sur le comportement. Sa décision semble avoir reposé sur les développements de l’approche ethnoarchéologique et ses propres terrains ethnoarchéologiques chez les Nunamiut de l’Alaska (Binford 1978). D’autres orientations théoriques ont vu le jour au cours des années 1960–1970 et ont fait la distinction entre différentes approches matérialistes par rapport à des schémas évolutionnistes antérieurs. Par exemple, Leslie White (1975) adopta une forme de déterminisme technologique très étroit qui reflétait une croyance en la technologie comme source de progrès social. Julian Steward (1955) envisagea un déterminisme écologique moins restrictif alors que Marvin Harris (1968) y voyait un déterminisme économique encore plus large. Pour ces quelques positivistes le rôle que l’archéologie se devait de jouer était d’expliquer la culture matérielle du passé. Quant à l’archéologue Lewis Binford (1987), il soutenait que l’étude des relations entre le comportement humain et la culture matérielle ne devrait pas être le rôle central de l’archéologie puisque selon lui, les données ne contiendraient aucune information directe sur les relations entre le comportement humain et la culture matérielle. Dorénavant, les données archéologiques se devaient d’être comprises par elles-mêmes, sans avoir recours à des analogies ethnographiques. Cette dernière approche voulait clairement établir de la distance entre l’archéologie, l’anthropologie culturelle, l’ethnologie et peut-être les sciences sociales en général ; son mérite était peut-être, justement, d’éviter les réductionnismes et les analogies rapides entre explications anthropologiques et assemblages archéologiques. Dans la même veine, d’autres remises en question sont apparues durant les années 1980 avec les travaux d’Ian Hodder (1982; 1985) sur la validité des certitudes positivistes qui avaient été le fonds théorique et empirique des adeptes de la New Archaeology. Depuis cette réflexion sur l’essence même de l’archéologie, Hodder a reconnu qu’une position critique est fondamentale face à l’objet d’étude; naquit alors le courant théorique post-processuel en archéologie. Dans son cheminement pour découvrir la signification des vestiges qu’elle étudie, l’archéologie post-processuelle s’appuie sur des études détaillées permettant d’adapter des hypothèses générales sur la culture à des données spécifiques en exploitant la diversité des sources; cette direction du courant post-processuel en archéologie porte le nom d’archéologie contextuelle. Comme tout changement de paradigme apporte avec lui son lot de détracteurs, l’archéologie post-processuelle a été immédiatement accusée d’une trop grande subjectivité interprétative voire, de déconstructionisme. Les autres orientations placées sous le label archéologie post-processuelle incluent : le structuralisme, le néo-marxisme, l’archéologie cognitive, la phénoménologie, et d’autres encore Ainsi l’individu, l’agent ou l’acteur et son intentionnalité devrait être au centre des interprétations dans la théorie post-processuelle. Nous pouvons conclure que l’examen de la relation entre l’anthropologie et l’archéologie en Amérique du Nord a permis de constater que, depuis ses débuts, l’archéologie dans cette région du monde a vécu une liaison relativement tumultueuse avec l’anthropologie. Cette condition, souvent problématique, a vu naître, au Canada d’abord, des groupuscules d’archéologues avec des intérêts divergents qui se sont distanciés des paradigmes qui dominaient les départements d’anthropologie pour former des départements d’archéologie ou des programmes d’archéologie autonomes des programmes d’anthropologie. Sur les chemins empruntés ces nouveaux départements sont entrés en relation avec les départements de sciences naturelles, notamment, la géographie, avec laquelle les archéologues ont partagé un ensemble de concepts et de méthodes. Il en a résulté un enseignement de l’archéologie nettement interdisciplinaire et faisant appel à des méthodes quantitatives pour comprendre la culture matérielle dans son environnement naturel et expliquer son milieu culturel à partir de concepts empruntés aussi bien aux sciences humaines qu’aux sciences naturelles.

Les bactéri es jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques. Bien que l'effet du manteau neigeux en hiver dans la fonction et la composition des communautés bactériennes du sol ait été signalé, l'effet de la variation spatio-temporelle du manteau neigeux reste à étudier. Dans cette étude, nous avons caractérisé la dynamique spatio-temporelle des communautés bactériennes à partir de deux sites extrêmes selon un gradient de couvert neigeux. Pour cela, nous avons utilisé des approches moléculaires (SSCP et clonage / séquençage) et traditionnel (isolation par culture bactérienne). Les résultats présentés montrent que l'ensemble de la diversité bactérienne, sa composition et sa structure phylogénétique sont fortement liés à la durée de la couverture de neige. En outre, ces effets sont détectables au cours de la saison de végétation des plantes. Les facteurs biotiques et abiotiques (i. E. La sénescence des plantes et le pH du sol) jouent un rôle essentiel conduisant au regroupement de certaines bactéries en clades spécifiques (Acidobactéries, Actinobactéries, α-et β-Proteobactéries). Au cours de la saison de végétation des plantes, les clades de bactéries sont plus dispersés. La présente étude montre que, à un niveau taxonomique fin, la variation temporelle est un facteur plus important que la variation spatiale sur la diversité bactérienne. A un niveau taxonomique supérieur (i. E. Sousphylum), la conclusion est inverse. Seule une petite fraction du total de la diversité bactérienne est cultivable et il se peut que certains groupes bactériens soient surreprésentés dans les plaques de culture. Cette étude apporte un nouvel éclairage sur le rôle de l’hiver et de la couverture neigeuse dans les distributions des communautés bactériennes. Cette étude peut-être utile pour prédire le comportement des bactéries dans les cycles des éléments nutritifs dans un contexte de réchauffement de la planète<br>Bacteria play a key role in biogeochemical cycles. While the effect of winter snow cover in function and composition of soil bacterial communities has been reported, the effect of spatiotemporal variation of snow cover remains to be studied. In this study, we characterised the spatio-temporal dynamics of bacterial communities from two sites at the extremes of a snow cover gradient. We used molecular (SSCP and cloning/sequencing) and traditional (bacterial isolation by culture) approaches. The presented results show that the overall bacterial diversity, composition and phylogenetic structure are strongly related to snow cover duration. Moreover, these effects are also detectable during the plant productive season. The biotic and abiotic factors (i. E. Plant senescence and soil pH) play an essential role leading to the clustering of certain bacterial clades (Acidobacteria, Actinobacteria, α- and β-Proteobacteria). During the plant productive season, the bacterial clades are overdispersed. The preset study shows that, at a fine taxonomic level, the temporal variation is more important than the change over space. At higher taxonomic levels (i. E. Sub-phylum), the space are more important than temporal variations. Only a minor fraction of the total bacterial diversity is cultivable, and may bacterial groups be overrepresented in culture plates. This study provides new insights in role of snow cover in bacterial communities’ distribution and role of winter. This study may be useful in predicting of bacterial behaviour in nutrient cycle in a context of global warming

L'efficacité des antibiotiques actuellement utilisés dans le monde entier est en baisse à un rythme inquiétant. La majorité des produits actifs naturels sont isolés des ascomycètes ou des Actinobactéries. Parmi les 10 000 antibiotiques connus, plus de la moitié sont produits par des bactéries du genre Streptomyces. Il est donc intéressant de rechercher de nouvelles molécules actives dans des niches encore sous explorés, tels que les symbioses microbiennes mutualistes. Ainsi, les lichens sont des organismes complexes abritant des communautés bactériennes à la surface et, plus rarement, à l'intérieur de leurs thalles et constituent un modèle d’étude pour la découverte de nouvelles molécules d’intérêts. Une optimisation des conditions d'extraction des lichens a été développée. Le profilage chimique par LC / MS de neuf lichens (2 à algues vertes : Roccella fuciformis et R. phycopsis et de 7 cyanolichens: Lichina confinis, L. pygmaea, Leptogium lichenoides, Synalissa symphorea, Collema auriforme, C. cristatum et C. fuscovirens) ont été effectués et comparés avec des approches de «molecular network". Cela a permis de souligner la similitude chimique entre tous les cyanolichens d’une part et les espèces lichéniques à algues vertes d’autre part. Une étude chimique plus approfondie de R. fuciformis et R. phycopsis a été par la suite effectuée et dix composés différents ont été isolés et identifiés. Neuf d'entre eux ont été isolés et identifiés par RMN et des voies de fragmentation ont été proposés pour cinq d'entre eux. Une étude de localisation in situ de leurs métabolites majeurs respectifs (érythrine et acide roccellique pour R. phycopsis et érythrine, acide léprarique et acetylportentol pour R. fuciformis) a été réalisée et a démontré leur emplacement spécifique au sein des thalles lichéniques. Les communautés bactériennes cultivables associées à trois lichens de la côte bretonne (France) (Roccella fuciformis, Lichina confinis, L. pygmaea) et un lichen terrestre récolté en Autriche (Collema auriforme) ont été étudiées afin de trouver de nouveaux métabolites d'intérêts. L'abondance et la diversité des communautés bactériennes associées à ces lichens a été montré: 247 souches ont été isolées et identifiées par l’étude du gène de l'ARNr 16S. Ainis, plus de 30% de toutes les souches expriment des gènes permettant la production potentielle des composés bioactifs et 12% appartiennent probablement à de nouvelles espèces bactériennes. Les métabolites secondaires de deux bactéries cultivables associées ont été étudiés (MOLA1488, Streptomyces sp. et MOLA1416, Hoeflea sp.) et certains métabolites spécialisés actifs ont été isolés (des dicétopipérazines, des alcaloïdes, des dérivés phénoxazine par exemple ...) présentant des propriétés biologiques intéressantes. Enfin, pour mettre en évidence les interactions possibles entre les lichens et leurs bactéries associées, une approche de culture (extraits lichéniques et bactéries associées) a été réalisée à partir de 4 souches bactériennes les plus abondantes associées à Roccella fuciformis pour (1) évaluer l'impact de ces métabolites sur la croissance de ces quatre souches et également, (2) à évaluer la capacité de bioconversion de l'acide leprarique et de l’érythrine. Ces bactéries ont montré la capacité de bio-converser l’érythrine en acide orsellinique, mais aucun des quatre métabolites testés n’a affecté leur croissance<br>Efficiency of currently used antibiotics is worldwide decreasing at a worrying rate, while we are faced with new and emerging pathogens. The majority of active natural products are isolated from the Ascomycetes or from the Actinobacteria. Among the 10000 known antibiotics, more than half are produced by bacteria of one single genus, Streptomyces. It is therefore most interesting to search for novel active molecules in yet under explored niches, such as mutualistic microbial symbioses. Lichens are complex organisms harboring bacterial communities on the surface and, more rarely, inside their thalli and present a model to discover new biomolecules. Optimization of extraction conditions of lichens has been developed. Chemical profiling by LC / MS of nine lichens (2 green algae Roccella fuciformis and R. phycopsis and 7 cyanolichens: Lichina confinis, L. pygmaea, Leptogium lichenoides, Synalissa symphorea, Collema auriforme, C. cristatum and C. fuscovirens) were made and compared with a "Molecular network" approach. This has allowed to identify the chemical similarity between all cyanolichens and between two lichen species containing green algae. On the other hand, further chemical study on R. fuciformis and R. phycopsis was conducted and ten different compounds were isolated. Nine of them have been isolated and identified by NMR and mass fragmentation pathways have been highlighted for five of them. In situ localization of their major respective metabolites (erythrin and roccellic acid for R. phycopsis and erythrin, lepraric acid and acetylportentol for R. fuciformis) was performed and showed a specific location in the lichen thallus. We focused also on the cultivable bacterial communities associated to three lichens from Brittany coast (France) (Roccella fuciformis, Lichina confinis, L. pygmaea) and one inland lichen from Austria (Collema auriforme) to find new secondary metabolites of interest. The abundance and the diversity of the bacterial communities associated to these lichens were showed: 247 strains were isolated and identified by 16S rRNA gene analysis. More than 30% of all strains express potential bioactive compounds and 12% represent probably new species. The secondary metabolites patterns of their cultivable associated bacteria were studied (MOLA1488, Streptomyces sp. and MOLA1416, Hoeflea sp.) and some active secondary metabolites were isolated (e.g. dicetopiperazines, pyrrole alkaloïds, phenoxazine derivatives …) showing biological properties. Finally, to highlight potential interactions between lichens and their associated bacteria, an approach of culture (lichen extracts and bacteria) was performed from 4 most abundant bacterial strains associated with Roccella fuciformis to (1) assess the impact of major metabolites (compounds 4) of this lichen on the growth of these four strains by a an optimized method of viability using MTT; and also to evaluate (2) the ability to bioconversion of these four strains of lepraric acid and erythrin. These bacteria have shown the ability to metabolize erythrin in orsellinic acid, but none of the four tested metabolites has affected their growth

La résistance aux antimicrobiens est un problème mondial majeur de plus en plus préoccupant. Le développement de nouveaux antimicrobiens classiques remplaçant les agents rendus inefficaces est certes l’une des stratégies les plus prometteuses visant à diminuer son ampleur. Mais cette solution demeure malheureusement momentanée. En fait tout agent antimicrobien sera tôt ou tard vaincu par la propagation des souches résistantes favorisée par le phénomène de pression de sélection exercée par l’agent lui-même. Il est donc nécessaire d’envisager toutes les alternatives possibles aux approches classiques, cela afin de diversifier l’arsenal thérapeutique antimicrobien.Les huiles essentielles utilisées par les plantes dans leur défense contre les pathogènes sont naturellement composées d’un mélange de constituants les rendant capables d’agir sur plusieurs cibles de l’organisme. De ce fait, même les pathogènes les plus résistants ne vont pouvoir échapper à leurs actions et le développement des résistances sera par conséquent limité. Dans le cadre de la présente thèse des plantes aromatiques libanaises sélectionnées en se basant surtout sur des indications ethno pharmacologiques ont été récoltées de différentes régions libanaises. Elles ont été par la suite hydrodistillées pour produire une vingtaine d’huiles essentielles qui ont été analysées par GC/MS et éventuellement par RMN, et évaluées contre une gamme de pathogènes responsables d’infections cutanées chez l’homme. L’analyse de la composition chimique des HEs a été marquée par l’isolement et la caractérisation pour la première fois du santolinoïdol, un sesquiterpène du type bisabolène qui a été retrouvé dans l’huile essentielle d’Achillea santolinoides subsp. wilhelmsii. Presque la moitié des HEs ont été actives sur au moins un des pathogènes. L’origine de l’activité des huiles les plus actives, l’effet de leurs associations avec des antimicrobiens commerciaux ainsi que leurs cytotoxicités ont été également investigués<br>Antimicrobial resistance is a major global problem and a growing concern. The development of new conventional antimicrobial agents replacing inefficient ones is certainly one of the most promising strategies aiming to reduce its extent. But this solution remains unfortunately momentary. In fact, any antimicrobial agent will eventually be defeated by the spread of resistant strains favored by the selection pressure phenomenon exerted by the agent itself. It is therefore necessary to consider all possible alternatives to conventional approaches in order to diversify the antimicrobial arsenal.Essential oils used by plants in their defense against pathogens are naturally composed of a mixture of components making them able to act on several targets of the organism. Thus, even the most resistant pathogens will not be able to escape their actions and the development of resistance will be therefore limited.In this thesis, Lebanese aromatic plants selected based mainly on ethnopharmacological indications were collected from various Lebanese regions. They were subsequently hydrodistillated producing twenty essential oils analyzed by GC / MS and eventually by NMR, and assessed against a range of pathogens that cause skin infections in humans. The analysis of the chemical composition of the EOs was marked by the isolation and characterization for the first time of santolinoïdol, a bisabolene type sesquiterpene that was found in the essential oil of Achillea santolinoides subsp. wilhelmsii. Almost half of the EOs have been active on at least one pathogen. The origin of the activity of the most active oils, the effect of their associations with commercial antimicrobials and their cytotoxicities were also investigated

Dans le cadre du programme ECIMAR (Ecologie chimique marine), le rôle des bactéries associées dans le métabolisme secondaire de leur hôte spongiaire a été étudié par une approche pluridisciplinaire avec comme modèle l’éponge calcaire méditerranéenne Clathrina clathrus. L’étude chimique de C. Clathrus a conduit à l’isolement de huit composés, appartenant à trois familles chimiques différentes : trois alcaloïdes de type 2-aminoimidazole, deux glycérolipides et trois épidioxystérols. Le compartiment microbien associé à C. Clathrus a été caractérisé via des études ultrastructurales et phylogénétiques. La contribution des micro-organismes associés dans la production des métabolites secondaires isolés a été évaluée par des approches culture indépendante et culture-dépendante, développées en parallèle. Des analyses LC/MS de fractions enrichies en cellules d’éponge ou en bactéries ont permis la localisation de la clathridine, alcaloïde antimicrobien de type 2-aminoimidazole, dans les cellules de C. Clathrus suggérant sa production par l’éponge. L’étude chimique de la bactérie Pseudoalteromonas sp. 1-Cc-11, isolée de manière récurrente dans C. Clathrus, a conduit à la purification, parmi cinq autres composés dont trois dicétopipérazines, des deux glycérolipides précédemment isolés, révélant leur origine bactérienne. La localisation de cette bactérie dans le choanoderme par hybridation fluorescente in situ indique une origine alimentaire plutôt que symbiotique. Les résultats obtenus contribuent à une meilleure connaissance de la diversité chimique des éponges calcaires et de la diversité bactérienne qu’elles hébergent, tout en illustrant la complexité des interactions rencontrées dans les associations éponges/bactéries

Dans cette étude, le palmier Astrocaryum sciophilum a été choisi comme modèle pour l'étude de ses endophytes foliaires. Du fait de sa longévité, nous avons cherché à mettre en évidence une communauté compétitive d’endophytes en fonction de l’âge de ses feuilles. Afin d’évaluer si les métabolites produits par ces endophytes pourraient être utilisés en santé humaine, les extraits de chaque endophyte ont été testés contre Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) ainsi que pour leur activité quorum quenching (QQ). En parallèle, afin d’identifier un rôle écologique de protection de la plante par ces endophytes, des co-cultures ont été réalisées avec le phytopathogène Fusarium oxysporum. Plusieurs extraits de souches ont été sélectionnés afin d’isoler et d’identifier le ou les métabolites responsables des activités biologiques observées. Différents outils analytiques ont permis de guider le processus d’isolement (LC-MS/MS, réseaux moléculaires et imagerie par spectrométrie de masse). L’étude de la communauté d’endophytes isolée des feuilles âgées n’a pas mis en évidence un arsenal chimique plus compétitif. Toutefois, deux souches bactériennes du genre Luteibacter sp. ont montré un extrait actif sur SARM et de nombreux extraits de bactéries présentent une activité QQ. Par la suite, le métabolome secondaire du genre Colletotrichum a été étudié à l’aide des réseaux moléculaires et un champignon de la famille des Xylariaceae a été étudié pour son activité contre F. oxysporum. Dans le cadre de cette thèse, sept souches endophytes ont été étudiées chimiquement permettant l’isolement et l’identification de 42 molécules dont dix sont nouvelles<br>The palm Astrocaryum sciophilum is the host plant model chosen in this work. Indeed, due to the longevity of its leaves, we expected to highlight a competitive community of endophytes within the oldest leaves. Thus, 197 endophytes have been isolated and identified from different leaves of six palm specimens. In order to evaluate whether the compounds produced by these microorganisms could be used for the treatment of human disease, the ethyl acetate extracts of each endophyte were tested against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) as well as for a quorum quenching (QQ) activity. Simultaneously, co-culture were carried with the fungi Fusarium oxysporum in order to highlight endophytes providing plant protection against phytopathogens. We selected extracts in order to isolate and identify the bioactive metabolites. Various analytical tools have been used to improve the isolation process (LC-MS/MS, molecular networking or MS imaging).The study of the endophytic community isolated from older leaves did not show a more competitive chemical arsenal. However, two Luteibacter strains exhibited an ethyl acetate extract active against MRSA and several bacteria provide quorum quenching extracts. The metabolome of Colletotrichum genus was studied using molecular networking and a fungus from the Xylariaceae family was studied for its capacity to inhibit F. oxysporum’s growth. In our study, seven endophyte strains were chemically investigated leading to the isolation and identification of 42 molecules whose ten are new

L’accumulation des métaux toxiques dans l’environnement représente une forte menace environnementale et sanitaire. Les éponges marines, invertébrés sessiles qui filtrent activement l’eau de mer environnante, peuvent concentrer des composés toxiques comme les métaux lourds (Pérez et al., 2005) et être utilisés comme bioindicateurs de pollution métallique (Patel et al., 1985). Elles hébergent une biomasse bactérienne importante (Websterand Taylor, 2012), dont le rôle dans la séquestration de polluants environnementaux reste encore mal connu.Notre étude s’est portée sur les bactéries tolérantes aux métaux lourds (Cu2+, Pb2+, Ni2+ etZn2+) associées à l’éponge méditerranéenne Spongia officinalis (classe : Demospongia, ordre :Dictyoceratida, famille : Spongiidae) connue pour son accumulation de métaux toxiques(Pérez et al., 2005). Nous avons d’abord développé une étude de la communauté bactérienne associée à l’éponge S. officinalis récoltée dans un environnement pollué en métaux par la combinaison d’approches moléculaire (DGGE, CARD-FISH) et culturale. Afin de comprendre les mécanismes d’accumulation et/ou de résistance vis‐à‐vis des métaux d’une souche de Pseudovibrio sp. isolée de S. officinalis pour sa tolérance au cuivre nous avons développé des approches combinées de protéogénomique (électrophorèse bidimensionnelle,séquençage du génome) et de microscopie (microscopie électronique à balayage couplée à une analyse élémentaire EDX). Enfin, la diversité chimique associée à l’éponge S. officinalis,sa variabilité spatiale et temporelle ont ensuite été caractérisées par couplage d’analyse chromatographique et de spectrométrie de masse (LC-MS, LC-MS/MS)<br>The accumulation of toxic metals in the environment is a strong environmental and health threat. Marine sponges are sessile invertebrates that actively filter the surrounding seawater.They can concentrate toxic compounds such as heavy metals (Perez et al. 2005) and are used as bioindicators of metal pollution (Patel et al. 1985). They host an important bacterial biomass (Webster and Taylor 2011), whose role in the sequestration of environmental pollutants is still unclear.Our study focused on bacteria tolerant to heavy metals (Cu2+, Pb2+, Ni2+, Zn2+) associated with the Mediterranean sponge Spongia officinalis (class: Demospongia, order Dictyoceratida,family: Spongiidae) known for its accumulation of toxic metals (Perez et al. 2005). We first developed a study of bacterial community associated with the sponge S. officinalis harvested in a metal polluted environment by the combination of cultural and molecular approaches(DGGE, CARD-FISH). The mechanisms of accumulation and/or resistance to copper of a sponge isolated strain, Pseudovibrio sp. was investigated by combined approaches of proteogenomics (two-dimensional electrophoresis, sequencing of the genome) and microscopy (scanning electron microscopy coupled with elemental analysis EDX). A final approach was developed to characterize the chemical diversity associated with this sponge and spatial and temporal variability by coupling chromatographic analysis and mass spectrometry (LC-MS, LC-MS/MS)

En ville, les parcs de stationnement couverts représentent un milieu confiné dans lequel s'accumule une pollution importante et complexe. Ils constituent également une source de pollution pour leurs abords puisqu'aucune obligation de traitement n'est imposée sur la qualité de l'air rejeté dans l'atmosphère par les systèmes de ventilation. Dans le cadre du traitement de l'air, l'utilisation d'un biofiltre végétalisé, faisant intervenir des bactéries et des plantes en association, constitue une solution innovante contribuant à l'amélioration de la qualité de l'air en ville en réduisant la dispersion de polluants gazeux dans l'atmosphère. Dans un contexte de « recherche et développement », l'objectif est de comprendre le fonctionnement biologique et physico-chimique du biofiltre dans le but d'en améliorer la maitrise opérationnelle. Le caractère innovant de l'étude porte sur le traitement d'importants volumes d'air viciés contenant de faibles concentrations de polluants, tels que les NOx et les COV (de l'ordre de 100 à 200 µg/m3), par un biofiltre planté d'épaisseur modeste. L'utilisation d'une unité pilote de biofiltration a permis d'évaluer l'influence de la présence de plante, ainsi que la nécessité d'un apport d'engrais, sur les capacités d'épuration d'un tel système. Afin d'optimiser les volumes d'air traités tout en limitant l'empreinte au sol des biofiltres végétalisés, la vitesse de passage de l'air a été augmentée et l'épaisseur de garnissage réduite. Le rôle des bactéries indigènes a été caractérisé par une étude fonctionnelle des communautés bactériennes impliquées dans la dégradation des NOx et des TEX d'une part, et par une étude quantitative et qualitative de la communauté bactérienne totale, en utilisant des approches de biologie moléculaire, telles que l'amplification par PCR en temps réel et le pyroséquençage à partir de l'ADN métagénomique<br>In town, underground car parks are confined spaces in witch large and complex pollution are accumulated. They are also a source of contamination of the external environment since the treatment of the air pumped out by ventilation system sis not regulated. In the framework of air treatment, using planted biofilter, combining bacteria and plants, is an innovative solution contributing to the improvement of urban air quality by reducing the dispersion of gaseous pollutants in the atmosphere. In a « research and development » context, the objective is to understand the biological and physico-chemical operation for improving operational control. This innovative study focuses on the treatment of high volumes of air containing a low concentrations of pollutants, such as NOx, VOCs (about 100 à 200 µg.m-3) through a thin planted biofilter. The use of a pilot-scale unit of biofiltration allowed to evaluate the influence of the plant, as well as the necessity of a fertilization, on the removal efficiency of such a system. In order to maximize the volumes of treated air while limiting the footprint of the planted biofilters, the superficial gas velocity has been increased and the thickness of the packing material decreased. The indigenous bacteria have been characterized by a functional study of the bacterial communities involved in the degradation of NOx and TEX on one part, and by a quantitative and qualitative study of the total bacterial community on the other part, by using molecular biology approaches, such a real-time PCR amplification, and pyrosequencing from metagenomic DNA. Results on pilot-scale unit have shown a removal efficiency greater than 97%, in all environmental conditions tested. Consequently, it seems possible to treat high volumes of air containing low concentrations of TEX through a thin planted biofilter. The presence of plants does not seem to have short-term impacts on the removal efficiency when a fertilizer promotes the nitrogen availability in the packing material. The evaluation of the global microbiological functioning showed the potential of microbial communities in the biodegradation of NOx and TEX in planted biofilters. The indigenous bacterial communities of the packing material and the mound of soil are rapidly able to adapt to the functioning conditions of such a system

Ce travail de thèse porte sur les miels de Corse commercialisés sous l’AOC et l’AOP « Miel de Corse-Mele di Corsica » et classés en six catégories variétales : « printemps », « maquis de printemps », « miellat du maquis », « maquis d’été », « châtaigneraie » et « maquis d’automne ». Notre objectif principal était de caractériser la composition volatile des miels de Corse et de développer une approche interdisciplinaire en vue de compléter la caractérisation de ces productions par la recherche de nouveaux critères pour la qualification de l’origine botanique et/ou géographique. Les travaux ont donc consisté à croiser les données obtenues par la méthode conventionnelle basée sur les analyses polliniques, sensorielles et physico-chimiques avec celles issues de l’analyse chimique de la fraction volatile des miels.Dans une première partie, 195 miels de nectar ont été caractérisés au niveau pollinique, physico-chimique ainsi que par leurs compositions volatiles. L’analyse pollinique a permis de certifier l’origine Corse et de mettre en évidence les principales espèces nectarifères de chaque gamme variétale et/ou les associations végétales caractéristiques des miellées. L’analyse de la fraction volatile par MEPS, CPG et CPG/SM a conduit à l’identification des marqueurs chimiques des diverses variétés de miels, à savoir la 2-aminoacétophénone (« châtaigneraie ») ; le p-anisaldéhyde et le 4-n-propylanisole (« maquis de printemps ») ; l’isophorone et le 3,4,5-triméthylphénol (« maquis d’automne ») ; les isomères de lilac aldéhyde et du p-menthèn-9-al (« printemps typé clémentinier »). De plus, une étude interdisciplinaire (analyse mélissopalynologique, physico-chimique et fraction volatile) basée sur l’utilisation de traitements statistiques des données multifactorielles a été menée sur chacune des catégories variétales. Les résultats obtenus ont permis de mieux cerner l’origine botanique des miels « quasi-monofloraux » ; de proposer des hypothèses sur les autres apports nectarifères et/ou miellatifères dans les miels à taxon dominant de type sur-représenté (« châtaigneraie ») et normal (« maquis de printemps ») ; de déterminer les différentes contributions nectarifères dans les miels dont l’espèce dominante à un taxon de type sous-représenté (« printemps » et « maquis d’automne ») et dans ceux ayant une origine botanique complexe (« maquis d’été »).Dans la seconde partie de nos travaux, nous avons caractérisé la fraction volatile de 74 miels des gammes « miellat du maquis » et « miel de Corse ». L’analyse statistique de la variabilité chimique a permis de distinguer les miellats de Metcalfa par la teneur en 3-furaldéhyde. Par ailleurs, nous avons pu qualifier l’origine botanique des miels dit « génériques » (mélange « miel de miellat »/« miel de nectar »), notamment les apports significatifs de « châtaigneraie » (molécule marqueur : 2-aminoacétophénone) et/ou de « maquis de printemps » (p-anisaldéhyde et 4-n-propylanisol).Enfin, ces travaux ont permis de développer une approche innovante basée sur une approche multifactorielle (polliniques, physico-chimiques et volatils) afin de mieux qualifier la complexité des origines botaniques des miels de Corse<br>This thesis was focused on the Corsican honeys under the AOC and AOP appellation “Miel de Corse-Mele di Corsica”. The Corsican honey was classified in six varietal categories: “spring”, “spring maquis”, “honeydew”, “summer maquis”, “chestnut grove” and “automne maquis”. The aim of this work was to characterize the volatile composition of Corsica honey and to develop an interdisciplinary approach to complete the characterization of Corsican honey and the qualification of the botanical and/or geographical origin. In the first part, 195 nectar honeys were characterized by melissopalynological, physico-chemical and volatile analyses. Pollen analysis allowed the certification of Corsican origin and highlights the main nectariferous species and/or characteristic plant associations of each varietal range. Thus, the volatile analysis by SPME, GC and GC/MS allowed the identification of some chemical markers of honey, namely 2-aminoacetophenone (“chestnut grove”); p-anisaldehyde and 4-n-propylanisole (“spring maquis”); isophorone and 3,4,5-trimethylphenol (“automne maquis”); isomers of lilac aldehydes and p-menth-1-en-9-al (“spring clementine”).For each honey range, an interdisciplinary study was carried out by using statistical analysis of multifactorial data (melissopalynological, physico-chemical and volatile data). These results allowed us to identify the “monofloral” honey samples; to propose some hypotheses about the nectar and/or honeydew contribution in honeys with dominant over-represented (“chestnut grove”) and normal taxon (“spring maquis”); and to determine the role of different nectariferous and/or polleniferous species in honeys with underrepresented taxon (“spring” and “autumn maquis”) and those with complex botanical origin (“summer maquis”).In the second part of our work, the volatile fraction of 74 Corsican honeydews and blend honeys has also been investigated. Statistical analysis of the volatile composition has distinguished Metcalfa honeydew by a high abundance of 3-furaldehyde. Otherwise, the other honey samples were characterized by a high abundance of 2-aminoacetopheneone (marker of “chestnut grove” honey) and/or p-anisaldehyde and 4-n-propylanisol (characteristic compounds of “spring maquis" honey). These observations could be explained by the nectar contribution of Castanea sativa and/or Erica arborea in the honeydew samples. Finally, this work has allowed us to develop an innovative approach based on multifactorial approach (pollen analysis, physic-chemical parameters, volatile composition) to obtain discriminant information for the determination of the floral origin from Corsican honeys<br>U Mele di Corsica hè un pruduttu sputicu di l’isula. E prime vistighe di l’apicultura inCorsica si ritrovanu in l’Antichità più anziana ma l’arte di a bugna è di u mele vene tralasciatadopu a Sigonda guerra mundiale. Cù a mossa idintitaria di l’anni sittanta (XXu seculu),s’urganizeghjanu i prufiziunali ed ottenenu una Appillazione d’Origine Cuntrullata (AOC) inlu 1998 po una Appillazione d’Origine Prutetta (AOP) in lu 2000. Fatta fine chì a pruduzzioneoghjinca (300 à 350 tunnillate/annu), cummircializata cù a sugillata « Miel de Corse-Mele diCorsica » si spachja sigondu sei catigurie variitesche : « veranu », « machja viraninca », «milata di u machjetu », « machja d’istate », « castagnetu » è « machja auturnale ».In lu quatru di e norme naziunale (AOC) ed eurupee (AOP), u metudu cunvinziunaleda cirtificà l’origine geugrafica è butanica s’arremba à e caratteristiche pulliniche, fiscuchimicheè urganulettiche di i meli. U fine principale di sta tesi dutturale hè di caratterizà avariabbilità chimica di ste pruduzzione di modu à prupone criterii novi di qualifichera.U studiu di a frazzione vulatile di 269 campioni di meli (inclusuci e sei catigurievariitesche), hà permessu d’invinturià, pè a prima volta, a custituzione in cumposti vulatili di imeli di Corsica. I nostri travagli sò sbuccati dinò nantu à l’idintificazione di i marcadorichimichi in leia diretta cù e spicificità di i rughjoni di pruduzzione. Per quessa, un accostuinterdisciplinariu – appaghjendusi i dati di i metudi cunvinziunali cun quelli di a tippulugiavulatile- hè statu prupostu da pudè diterminà l’origine fiurale.Cusì sò stati idintificati i marcadori chimichi di parechje variità di mele, vene à dì u 2-aminoacetofenune (« castagnetu ») ; u p-anisaldeide è u 4-n-prupilanisole (« machja viraninca») ; l’isoforunu è u 3,4,5- trimetilfenule (« machja auturnale ») ; l’isomeri di lilace aldeide è diu p-menten-9-al (« veranu tippu clementinu »).Sta prima caratterizazione multifatturiale di i meli di Corsica hè propiu d’opu pèl’apicultori in lu quatru di l’evuluzione spaziu-tempurale di e pruduzzione isulane in funzionedi e cundizione di u mezu (variazione bioclimatiche, mudifica di u prucessu di e milate, rigiruapaghju)

Depuis plusieurs décennies, les activités humaines ont impacté les ressources florales exploitables par les bourdons en diminuant leur qualité (usage de pesticide), leur quantité (agriculture intensive, fragmentation des habitats), voir leur phénologie (réchauffement climatique). Ce travail explore les variations dans les ressources en pollen des bourdons et l’influence des nutriments constitutifs du pollen (protéines, acides aminés et stérols) sur le développement des colonies.La première partie est consacrée à l’influence de la modification de l’offre pollinique dans le paysage d’Europe du Nord-Ouest (entre 1950 et 2005) sur le comportement de récolte des bourdons et le développement de leur colonie. Nous avons pu montrer que certaines espèces ont un comportement opportuniste en ciblant le pollen des espèces végétales plus abondantes alors que d’autres semblent fidèles à leurs ressources, et ce, malgré des ressources avec des profils chimiques variables.Dans la deuxième partie, nous évaluons l’importance de la diversité en ressources dans deux contextes environnementaux différents :un habitat semi-naturel préservé et un habitat modifié par la présence d’une espèce exotique envahissante, Impatiens glandulifera. Les résultats nous ont permis de souligner le rôle joué par la composition nutritive et de relayer au second plan la diversité en pollen d’une diète. Parallèlement à cela, nous avons pu mettre en avant le rôle potentiellement favorable de la présence d’I. glandulifera sur les populations de B. pascuorum.La troisième partie nous a permis de mesurer l’influence des propriétés nutritionnelles de diètes mono florales sur le développement de colonies de différentes espèces de bourdons. Nous avons analysé les relations entre la composition nutritive d’une ressource et son influence sur le développement des colonies de B. terrestris. Les hauts rendements des colonies de B. terrestris ont également été comparés à ceux des colonies de B. hypnorum et B. pratorum dont les individus semblent avoir des besoins nutritifs propres.Cette thèse souligne l’importance des nutriments (acides aminés, stérols et protéines) dans l’évaluation du profil diététique d’une ressource en pollen et dans le développement des colonies de bourdons. Surpassant le rôle joué par une diète diversifiée, la présence de certains nutriments (acides aminés, stérols) semble plus importante pour le développement des colonies de bourdons. Ce travail a aussi démontré les différences interspécifiques dans l’exploitation des ressources, en pointant certaines espèces opportunistes, et les besoins nutritifs potentiellement propres à chaque espèce.<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les PLLs sont une famille d’enzyme dont l’activité catalytique est double. L’activité lactonase permet entre autre de détruire les AHLs, molécules médiatrices de la communication chez les bactéries Gram négatives, empêchant ainsi la synchronisation à l’échelle de la population de la sécrétion de facteurs de virulence ou la formation de biofilm. Elles sont non seulement capables d’hydrolyser les molécules possédant un noyau lactone, mais aussi les phosphotriésters par promiscuité de substrat. L’activité phosphotriestérase permet de dégrader les composés organophosphorés (OPs) hautement toxiques, que ce soit les insecticides (Paraoxon) ou les agents neurotoxiques de guerre (Sarin, VX). Les travaux effectués ont consisté à évaluer l’efficacité de la PLL SsoPox, provenant de l’archée extrêmophile Sulfolobus solfataricus, pour empêcher la mise en place de la virulence et du biofilm chez Pseudomonas aeruginosa PAO1. Cette évaluation a été effectuée in vitro et in vivo via un modèle d’infection pulmonaire chez le rat. D’autre part, une étude in vitro a été réalisée sur 73 souches cliniques de P. aeruginosa isolés sur des patients atteints de pied diabétique, en évaluant la quantité de pyocyanine et l’activité protéolytique. Enfin, une phase prospective pour identifier de nouvelles PLLs a permis la caractérisation enzymatique et structurale de 2 nouvelles enzymes, SacPox et VmoLac, contribuant ainsi à affiner la connaissance sur cette famille et leur potentiel d’amélioration par ingénierie protéique. Au final, les PLLs offrent un intérêt biotechnologique majeur et peuvent mener à une valorisation concrète pour la santé humaine mais également pour la bioremédiation des OPs<br>Phosphotriesterase-Like Lactonases (PLLs) are a family of enzyme displaying a dual catalytic activity. Lactonase activity allows for, among others, the destruction of Acyl Homoserine Lactones (AHLs). These molecules mediate the communication in Gram negative bacteria, allowing them to synchronize group behavior like virulence factor secretion or biofilm formation. Beside their ability to hydrolyze molecules with a lactones moiety, PLL also show substrate promiscuity for hydrolyzing highly toxic organophosphate compounds (OPs), such as pesticides (i.e. Paraoxon) or Chemical Warfare Nerve Agents (CWNAs) (e.g. Sarin &amp; VX). The work described here consisted in evaluating the efficacy of the PLL SsoPox, originating from the extremophile Archaea Sulfolobus solfataricus, to prevent virulence and biofilm formation on the model strain Pseudomonas aeruginosa PAO1. This evaluation was performed both in vitro and in vivo, by using a rat pulmonary infection model. A study has been performed on a strain collection of 73 clinical strains of P. aeruginosa isolated from diabetic foot, to assess the enzyme effects on pyocyanin secretion and protease activity. Finally, a prospective phase to identify new PLLs allowed for the enzymatic and structural characterization of two new enzymes, SacPox and VmoLac, thus contributing to refine the knowledge about this enzyme family and their engineering potential. In conclusion, PLLs are of prime biotechnological interest and could lead to developments in human health, but also for OPs bioremediation with a non aggressive decontamination solution