Academic literature on the topic 'Diversité et divergence génétique'

Afin d’évaluer la diversité phénotypique caméline en Mauritanie, des mensurations corporelles ont été réalisées sur 131 chamelles adultes amenées à l’abattoir de Nouakchott, animaux en provenance de l’ensemble du territoire mauritanien. En moyenne les mensurations corporelles ont été (en cm) de 51,5 ± 2,0 (longueur de la tête), 21,5 ± 1,5 (largeur de la tête), 108,4 ± 6,6 (longueur du cou), 65,6 ± 4,9 (tour du cou), 184,7 ± 8,1 (hauteur au garrot), 197,8 ± 8,2 (tour de poitrine), 147,1 ± 9,3 (longueur du corps) et 76,8 ± 5,2 (tour de cuisse). Par classification automatique, il a été possible d’identifier cinq phénotypes allant des animaux de petite taille, au petit gabarit et au cou fin et court, à des animaux longilignes de grande taille en passant par des gabarits de taille moyenne se distinguant par la grosseur de la tête ou des membres. Comparés aux données de la littérature, ces phénotypes apparaissent très proches des races décrites dans les pays du Maghreb et plus globalement des races africaines, et s’opposent aux races asiatiques, plus grandes et plus productives. La variabilité des phénotypes mauritaniens s’est avérée de faible ampleur, ce qui peut s’expliquer par la position de la Mauritanie, à l’extrémité occidentale de l’aire de répartition du dromadaire en Afrique, zone de brassage génétique important avec de faibles divergences rendues possibles par la topographie du pays.

Le genre Afzelia Smith est connu pour comporter sept espèces africaines d’arbres dont deux se retrouvent dans la région zambézienne, une en région soudanienne et les quatre autres en région guinéo-congolaise. Ces taxons, à haute valeur commerciale, sont difficiles à distinguer les uns des autres. Ils sont donc commercialisés sous un même nom : « doussié » ou « afzelia ». Ces difficultés de distinction peuvent s’avérer préjudiciables à la gestion durable des populations.Le but de cette thèse de doctorat est de caractériser l’histoire évolutive du genre Afzelia. Plus spécifiquement, cette étude vise à : (i) évaluer le niveau des divergences morphologiques au sein du genre et décrire les relations phylogénétiques, afin de quantifier l’isolement reproductif entre les taxons d’Afzelia en mettant en évidence le rôle des changements climatiques passés et/ou des gradients écologiques dans la spéciation ; (ii) procéder à une analyse approfondie de la diversité et de la structuration génétique spatiale d’Afzelia spp. ; (iii) identifier et décrire les facteurs écologiques, biotiques et abiotiques susceptibles d’influencer les flux géniques à l’échelle des populations d’une espèce d’Afzelia (A. bipindensis).Une analyse morphogénétique des espèces a été effectuée et a confirmé la forte ressemblance botanique entre les taxons. Les espèces de savane se sont avérées être diploïdes et présentent la moitié de la taille du génome des espèces forestières qui sont donc tétraploïdes. Les phylogénies de gènes, nucléaires et chloroplastiques, diffèrent entre elles. De telles différences peuvent être générées à la suite d’épisodes d’hybridation ancestrale entre espèces. Ces hybridations seraient probablement anciennes et seraient survenues entre les lignées des espèces forestières et celles d’A. quanzensis (une espèce des savanes zambéziennes). La polyploïdie serait survenue entre 7 et 9,4 millions d’années au cours de l’histoire évolutive du genre. De plus, une assignation bayésienne et des analyses d’isolement reproductif ont suggéré l’existence de croisements interspécifiques, mais uniquement chez les espèces forestières distribuées en sympatrie. À une échelle spatiale plus limitée, deux groupes génétiques bien différenciés ont été observés en sympatrie chez A. bipindensis. Ceux-ci présentent une différenciation morphologique et un décalage phénologique de la floraison qui peut contribuer à leur isolement reproductif.Cette étude a permis de mettre en évidence quelques points importants que sont : la découverte d’un complexe polyploïde au sein du genre Afzelia ; la confirmation de la délimitation des espèces diploïdes de savane ; et la nécessité de réviser la taxonomie des espèces tétraploïdes forestières.

The study was conducted to assess the genetic diversity and association of motilin receptor gene between growth traits in Nigerian improved native chickens by using 150 chickens of mixed sexes comprised of 50 naked neck, 50 Normal feathered and 50 Frizzled feathered. The birds were kept for 16 weeks during which feed and water were supplied ad libitum as well as medications/vaccinations. During this period, data on feed intake, feed conversion ratio, body weight, wing length, shank length, drumstick, body length, height at withers and breast girth were collected. Blood samples were collected for DNA extraction at the 16 week. Polymerase Chain Reaction and sequencing was done. Data collected were subjected to Analysis of Variance (ANOVA). The results revealed C>G mutation that was associated with the growth data. There was no significant (p>0.05) difference between the haplotypes (CC and CG) in feed intake although, CG haplotype (mutant gene) recorded the numerical higher value (3584.00±11.96g). Significant effect (p<0.05) was observed for feed conversion ratio with a range of 4.17±0.09 in CG to 4.22±0.11 in CC. Body weight was also significant (p<0.05) with values ranging from 1672.00±32.93g in CC to 1954.00±29.45g in CG. There was no significant (p>0.05) difference between the haplotype CC (normal) and haplotype CG (mutant) for wing length, shank length, drumstick, body length, height at withers and breast girth. The highest estimates of evolutionary divergence between sequences (0.046) were observed between naked neck chickens and Normal feathered chickens. Normal feathered chicken had the highest within mean group genetic distance of 0.143. These results if properly harnessed could assist in the improvement of the Nigeria local chicken in terms of improved growth performance. L'étude a été menée pour évaluer la diversité génétique et l'association du gène du récepteur de la motiline entre les traits de croissance chez des poulets indigènes améliorés nigérians en utilisant 150 poulets de sexes mixtes comprenant 50 à cou nu, 50 à plumes normales et 50 à plumes frisées. Les oiseaux ont été gardés pendant 16 semaines au cours desquelles de la nourriture et de l'eau ont été fournies ad libitum ainsi que des médicaments/vaccinations. Au cours de cette période, des données sur la prise alimentaire, le taux de conversion alimentaire, le poids corporel, la longueur des ailes, la longueur du jarret, le pilon, la longueur du corps, la hauteur au garrot et la circonférence de la poitrine ont été recueillies. Des échantillons de sang ont été prélevés pour l'extraction d'ADN à la 16e semaine. La réaction en chaîne par polymérase et le séquençage ont été effectués. Les données recueillies ont été soumises à une analyse de variance (ANOVA). Les résultats ont révélé une mutation C>G associée aux données de croissance. Il n'y avait pas de différence significative (p>0,05) entre les haplotypes (CC et CG) dans la prise alimentaire bien que l'haplotype CG (gène mutant) ait enregistré la valeur numérique la plus élevée (3584,00±11,96g). Un effet significatif (p<0,05) a été observé pour le taux de conversion alimentaire avec une plage de 4,17 ± 0,09 en CG à 4,22 ± 0,11 en CC. Le poids corporel était également significatif (p<0,05) avec des valeurs allant de 1672,00 ± 32,93 g en CC à 1954,00 ± 29,45 g en CG. Il n'y avait pas de différence significative (p>0,05) entre l'haplotype CC (normal) et l'haplotype CG (mutant) pour la longueur des ailes, la longueur du jarret, le pilon, la longueur du corps, la hauteur au garrot et la circonférence de la poitrine. Les estimations les plus élevées de divergence évolutive entre les séquences (0,046) ont été observées entre les poulets à cou nu et les poulets à plumes normales. Le poulet à plumes normal avait la distance génétique la plus élevée au sein du groupe moyen de 0,143. Ces résultats, s'ils sont correctement exploités, pourraient contribuer à l'amélioration du poulet local du Nigeria en termes de performances de croissance améliorées

RÉSUMÉ Ces dernières années, plusieurs études sur le polymorphisme de plusieurs régions du génome ont permis de constater que la population canadienne-française présentait une grande diversité génétique. La présence d'une telle diversité peut s'expliquer par une grande hétérogénéité du noyau fondateur du XVIIe siècle et par sa grande taille, l'apport de gènes 'extérieurs' et la recombinaison génétique. De plus, la comparaison de plusieurs marqueurs génétiques entre le Québec et la France donne à penser que le patrimoine génétique québécois ne s'est pas appauvri, mais au contraire diversifié au contact d'autres populations.

La structuration génétique de Heterobranchus longifilis de côte d’ivoire a été étudiée à travers six populations. L’objectif de cette étude est d’identifier une ou des souches d’élevage de Heterobranchus. longifilis en Côte d’Ivoire, en vue de leur valorisation et vulgarisation. Ainsi, 116 échantillons provenant de 4 bassins versants (Agneby, Bandama, Cavally et Sassandra), ont été génotypes à l’aide de 6 marqueurs microsatellites isolés de Clarias gariepinus (Cga01, Cga03, Cga05, Cga06, Cga09 et Cga10). Une grande variabilité génétique intra population a été observée chez les différentes populations de Heterobranchus longifilis étudiées avec une diversité génétique élevée (HS=0,454) et un nombre moyen d’allèles observés de 8 ± 5,90. Sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg, toutes les populations de Heterobranchus longifilis ont montré un déficit significatif à la panmixie, à l’exception de celle du Cavally. Les valeurs de FST (0,037 ; 0,078 ; 0,095 et 0,096) ont montré une différenciation génétique modérée entre les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally. Cependant, une forte différentiation génétique a été révélée entre les populations du Sassandra (nord et sud) et celles des autres (Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally). Les valeurs des FST se situent entre 0,16 et 0,27. Les regroupements des populations réalisés à partir de la matrice des distances génétiques de Cavalli-Sforza & Edwards ont révélé une faible structuration génétique. Cependant, ces résultats indiquent l’existence de deux groupes bien distincts ; l’un composé de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally et l’autre de Sassandra Nord et Sud.

Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs

La spéciation est le processus évolutif au cours duquel une espèce se scinde en deux lignées qui divergent en accumulant des barrières reproductives, jusqu'à l’acquisition d’un isolement reproductif total. Durant ce processus, les lignées divergentes peuvent toujours s’échanger des gènes par hybridation, mais le flux génique est progressivement limité par l’accumulation des barrières. Il en résulte une semi-perméabilité des génomes, où certains locus s’échangent librement entre lignées et restent indifférenciés tandis que d’autres n’introgressent pas, contribuant ainsi à l’établissement de régions génomiques divergentes, appelées îlots génomiques de spéciation. L'étude de l’établissement, l’accumulation, l’érosion et la maintenance de ces barrières et de leurs effets sur la semiperméabilité des génomes de lignées en cours de spéciation permet de comprendre comment de nouvelles espèces se forment. L'avènement des techniques de séquençage à haut débit a permis de caractériser le paysage génomique de divergence chez de multiples lignées en cours de spéciation à travers l’arbre du vivant. Ces études ont permis de mesurer l’influence de l’histoire démographique et de l’architecture génomique comme déterminants majeurs du paysage génomique de divergence. Toutefois, d'autres facteurs pourraient intervenir et expliquer la diversité des trajectoires évolutives pouvant conduire ou non à la spéciation. Le principal objectif de cette thèse est d'évaluer l'impact des traits d'histoire de vie des espèces sur la spéciation. Nous avons choisi d’étudier 20 espèces de poissons marins subdivisées en deux lignées (Atlantique et Méditerranéenne), et présentant une large diversité de niveaux de divergence et de traits d’histoire de vie. Dans le premier chapitre, nous avons étudié les déterminants de la diversité génétique, substrat sur lequel s’établit la divergence lors de la séparation initiale des lignées. Nous avons observé que la longévité adulte des po issons marins est corrélée négativement à la diversité génétique, et nous avons démontré que cette relation pouvait s’expliquer par une plus grande variance du succès reproducteur chez les espèces longévives à cause de stratégies reproductives particulières aux poissons marins (forte mortalité juvénile, faible mortalité adulte et augmentation de la fécondité avec l’âge). Puis, dans un second chapitre, nous avons détecté une grande diversité d’histoires évolutives entre espèces, caractérisée par un fort gradient de divergence génétique entre lignées atlantiques et méditerranéennes. Ce gradient reflète en partie le niveau de semi-perméabilité des génomes. Les espèces à faible différentiation présentent un isolement reproductif faible, alors que les espèces les plus fortement différenciées montrent un isolement reproductif quasi-complet. Les traits d’histoire de vie des espèces expliquent en partie cette diversité de niveaux d’isolement via différents mécanismes. La durée de vie larvai re influence négativement la différenciation génétique en modulant les capacités de dispersion, l’effet de la taille du corps indique un effet négatif de l’abondance long-terme sur la divergence, et la longévité semble impacter le nombre de générations écoulées depuis la séparation ancestrale. En conclusion, les 20 espèces étudiées présentent une variabilité surprenante d’histoires évolutives au regard des similitudes de leur histoire biogéographique et leur architecture génomique. Les relations entre traits d’histoire de vie et histoire évolutive des espèces sont complexes, mais nous avons pu éclairer certaines d’entre elles en décomposant l’implication des traits dans les différentes étapes de la spéciation. L’application de l’approche de génomique comparative développée au cours de cette thèse dans d’autres zones de suture permettra d’étendre nos connaissances des déterminants du tempo et du mode de la spéciation
Speciation is the evolutionary process through which a species splits into two lineages that diverge and accumulate reproductive barriers, until complete reproductive isolation is achieved. During this process, the diverging lineages can still exchange genes by hybridisation, but gene flow is progressively restricted by the accumulation of barriers. This results in semi-permeable genomes, whereby some loci exchange freely between lineages and remain undifferentiated while others do not introgress, thus contributing to the establishment of divergent genomic regions, called genomic islands of speciation. The study of the establishment, accumulation, erosion and maintenance of these barriers and their effects on the semipermeability of the genomes of lineages undergoing speciation helps to understand how new species are formed. The advent of high-throughput sequencing techniques has made it possible to characterise the genomic landscape of divergence in multiple lineages undergoing speciation across the tree of life. These studies have shown the influence of the demographic history and genomic architecture as major determinants of the genomic landscape of divergence. However, other factors could intervene and explain the diversity of evolutionary trajectories that may or may not lead to speciation. The main objective of this thesis is to assess the impact of species' life history traits on speciation. We have chosen to study 20 marine fish species subdivided into two lineages (Atlantic and Mediterranean), and presenting a wide diversity of degrees of divergence and life history traits. These traits are thought to impact on the intensity of genetic drift, dispersal abilities and generation time of the species. In the first chapter, we studied the determinants of genetic diversity, the substrate on which divergence is built during the initial separation of lineages. We observed that adult longevity of marine fishes is negatively correlated w ith genetic diversity, and we demonstrated that this relationship could be explained by a greater variance in reproductive success in long-lived species due to reproductive strategies specific to marine fishes (high juvenile mortality, low adult mortality and increased fecundity with age). Then, in a second chapter, we discovered a great diversity of evolutionary histories between species, characterised by a strong gradient of genetic divergence between Atlantic and Mediterranean lineages. This gradient partly reflects the level of semi-permeability of the genomes. Species with low differentiation show low reproductive isolation, whereas the most highly differentiated species show almost complete reproductive isolation. Species' life history traits partly explain this diversity in isolation levels via different mechanisms. Larval duration negatively influences genetic differentiation by modulating dispersal capacities, the effect of body size indicates a negative effect of long-term abundance on divergence, while longevity seems to impact the number of generations elapsed since ancestral separation. In conclusion, the 20 species studied show a surprising variability of evolutionary histories considering the similarities of their biogeographic history and genomic architecture. The relationships between life-history traits and the evolutionary history of the species proved to be complex, but we were nevertheless able to shed light on some of them by decomposing the involvement of traits in the different stages of speciation. The application of the comparative genomics approach developed in this thesis to other suture zones will further extend our knowledge of the determinants of the tempo and mode of speciation

La germination des graines est une étape importante dans le cycle biologique de la plante, car elle affecte le développement, la survie et la dynamique des populations de semis. La germination commence par l'absorption de l'eau par la graine et se termine par l'allongement de l'axe embryonnaire en dehors du tégument.Elle est influencée par des facteurs environnementaux et le patrimoine génétique de la graine. La température est l'une des factures les plus importants, car elle régule la germination de trois façons: en déterminant la capacité germinative et la vitesse de germination, en enlevant la dormance primaire et/ou secondaire, et en induisant la dormance secondaire.L'objectif de ce travail est d'analyse de la diversité génétique de la réponse germinative à la température de populations de Lolium perenne L., Festuca arundincea Schreb et Dactylis glomerata L.Dans cette étude, nous avons distingué différents types de réponses à la température, ce qui indique que de la diversité génétique existe entre les lots de chaque espèce. Ces différences dans les réponses, aux températures constantes entre 5 et 32 °C, ont été observées au niveau du pourcentage de germination maximale, de la vitesse de germination (α), lu temps de début de germination (tc) et du temps nécessaire pour attendre 95 % de germination finale (t95%). Des sélections divergentes ont été réalisées sur la capacité à germer à des températures non optimales chez des populations de Lolium perenne L. Sur une population issue de la région de Reims, il ressort un effet important de la sélection pour la capacité à germer à 10 °C qui pourrait être expliqué par la présence d'un gène majeur dominant de dormance des graines à faible température, en ségrégation au sein de la population.La comparaison des fréquences alléliques pour de nombreux marqueurs répartis sur le génome entre les individus germant et ceux ne germant pas à différentes températures a permis d'identifier de nombreux gènes potentiellement impliqués dans la capacité des individus à germer à ces températures. L'effet de ces gènes reste à être validé, par exemple par des études d'expression ou par l'étude de populations crées par sélection pour porter des allèles contrastés
Seed germination is an important step in the plant's life cycle, affecting the development, survival and dynamics of seedling populations. Germination begins with the absorption of water by the seed and ends with the elongation of the embryonic axis outside the integument.It is influenced by environmental factors and the genetic heritage of the seed. Temperature is one of the most important factors, which regulates germination in three ways: by determining germination capacity and germination rate, by removing primary and/or secondary dormancy, and by inducing secondary dormancy.The objective of this work is to analyze the genetic diversity of the germinative response to temperature of populations of Lolium perenne L, Festuca arundinacea Schreb, and Dactylis glomerata L.In this study, we distinguished different types of temperature responses, indicating that genetic diversity exists between lots of each species. In this study, we distinguished different types of responses to temperature, indicating that genetic diversity exists between lots of each species. These differences in responses, at constant temperatures between 5 and 32°C, were observed in terms of maximum germination percentage, germination rate (α), germination start time (tc) and time required to reach 95 % of final germination (t95%).Divergent selections were made on the capacity to germinate at sub-optimal temperatures in populations of Lolium perenne L. In a population from the Reims region, there is an important effect of selection for the capacity to germinate at 10 °C, which could be explained by the presence of a major dominant gene for seed dormancy at low-temperature, in segregated within the population. The comparison of allelic frequencies for many markers distributed over the genome between individuals germinating and those not germinating at different temperatures has identified many genes potentially involved in the ability of individuals to germinate at these temperatures. The effect of these genes has yet to be validated, for example by expression studies or by the study of populations created by selection to carry contrasting alleles

Afin d'apporter des outils d'aides à la gestion des races canines en France, cette étude cherche à analyser la structure génétique de l'espèce ainsi que les pratiques d'élevage sousjacentes. Trois approches ont été employées afin de caractériser cette structure : des données d'enquêtes, des analyses de généalogies ainsi que l'utilisation de marqueurs moléculaires. Sur la base de 985 questionnaires remplis par des éleveurs de chiens, tant amateurs que professionnels, il a été possible de mettre en évidence des différences claires sur les pratiques en fonction des races élevées, ou du degré d'implication des éleveurs dans leur activité. Les analyses des données généalogiques de 61 races ont permis de confirmer cette hétérogénéité de pratiques et de situations en terme de variabilité génétique, avec certaines des populations montrant des évolutions de consanguinité préoccupantes. A partir de génotypages réalisés sur un échantillonnage de 1514 animaux appartenant aux 61 races, les résultats obtenus divergeaient parfois des données généalogiques. Cependant ces divergences pouvaient en partie être expliqués par les différences théoriques existantes entre les deux approches. A l'échelle individuelle cependant, les corrélations entre parenté généalogique et similarité moléculaire étaient significatives pour les échantillons étudiés, et similaires à celles qui pouvaient être obtenues à partir de simulations. L'analyse des relations génétiques entre les populations a permis de confirmer que les races constituaient bien des structures génétiques homogènes. En effet, jusqu'à 98,3% des individus étaient correctement affectés au sein de leur race. Ce dernier résultat permet d'envisager des applications pratiques en terme de gestion des races.

La cowdriose est l'une des principales maladies infectieuses des ruminants en afrique. Elle est due a cowdria ruminantium (cr), rickettsie transmise par la tique amblyomma. La vaccination represente le moyen de lutte le mieux adapte pour combattre cette pathologie. Chez la souris, la protection est conferee experimentalement par les cellules t cd8+, neanmoins les succes vaccinaux obtenus chez les caprins avec cr inactivee associee a un adjuvant (freund ou isa 50) soulignent le role des cellules t cd4+. Cependant la diversite antigenique des isolats de cr limite l'interet des premieres approches vaccinales. Ce travail a permis de definir la structure intraspecifique de cr en caracterisant la diversite genetique de six isolats choisis selon leur origine geographique et la variabilite de la protection croisee observee experimentalement. La technique d'amplification genique aleatoire (rapd) a permis d'evaluer le polymorphisme genetique existant entre isolats. Des sondes issues de produits de rapd ont revele un polymorphisme de longueur de fragments de restriction du genome. Leur sequencage a permis d'identifier de nouveaux genes dont l'un d'eux polymorphe suscite un interet taxonomique, diagnostique intraspecifique et vaccinal. La structure de la population d'un isolat est apparue importante a definir car l'existence d'isolats attenues (senegal et gardel) par passages successifs in vitro laisse supposer l'emergence de clones attenues. Ainsi, une technique de clonage adaptee au cycle cellulaire de cette bacterie a ete developpe et une analyse moleculaire comparative a revele des modifications genomiques entre les isolats virulents et attenues. L'etude de la diversite antigenique de cr est venue completer la caracterisation des isolats. Pour cela nous avons utilise des serums immuns adsorbes qui permettent habituellement de reveler des particularites antigeniques dissimulees par une forte reactivite commune. Ces serums ont permis de definir des serogroupes au sein des isolats, verifier la diversite antigenique de la proteine antigenique majeure map1 et caracteriser d'autres proteines variables par western blot. Un groupe de proteines polymorphes de 23 a 29 kda presente un interet tout particulier dans la recherche de determinants antigeniques protecteurs.

Les objectifs de la thèse sont d’analyser la biodiversité en région méditerranéenne européenne aux niveaux taxonomique, phylogénétique et fonctionnel et comprendre pourquoi ces différentes estimations de la biodiversité sont convergentes ou pas dans un contexte spatialisé et comment divers facteurs de l'environnement peuvent expliquer cette convergence ou son absence. Dans ce contexte, la thèse s’est d’abord focalisée sur la réalisation de nouveaux arbres phylogénétiques de la flore arborée méditerranéenne intégrant les espèces endémiques de cette région, permettant d’augmenter significativement la résolution des phylogénies en cours. Puis, à partir de cette phylogénie, il a été ensuite estimé les indices de diversité phylogénétique à différentes échelles (pays, îles, zones biogéographiques) pour les comparer à d’autres indices de la biodiversité (fonctionnelle et taxonomique) et pour étudier corrélativement l’impact de variables environnementales sur ces différents indices de biodiversité
The objectives of the thesis are to analyze biodiversity in the European Mediterranean region at the taxonomic, phylogenetic and functional levels and understand why these different estimates of biodiversity are convergent or not in a spatialized context and how various environmental factors may explain this convergence or its absence.In this context, the thesis first focused on generating new phylogenetic trees of Mediterranean trees integrating the endemic species of this region, to increase significantly the resolution of current phylogenies. Then, using these phylogenies, indices of phylogenetic diversity were estimated at different scales (country, island, biogeographic zone) and compared with other indices of biodiversity (functional and taxonomic) and to correlatively study the impact of environmental variables on these different biodiversity indices

Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux. C'est un des principaux ferments utilisé en salaison. Ses propriétés technologiques étaient bien connues mais peu de données génétiques sur cette espèce étaient disponibles. Nous avons établi la première carte physique et génétique de la souche modèle S. xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité, tant au niveau des caractères phénotypiques (métabolisme des sucres, formation de colonies géantes) que génotypiques (profils génomiques, taille du chromosome). Nous avons étudié, par hybridation soustractive, la diversité du contenu génétique de souches de diverses origines. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés, la majorité correspondant à des gènes du métabolisme. La distribution de ces fragments souchesspécifiques au sein de l'espèce S. xylosus révèle deux groupes dont un composé des souches présentant un risque potentiel. Ces fragments pourraient être utilisés dans des études épidémiologiques. La région de l'oriC est une zone d'insertion privilégiée de ces fragments sur les chromosomes de S. xylosus. Elle permet l'acquisition de matériel génétique important pour son adaptation à différentes niches écologiques. Le séquençage de cette zone chez différentes souches permettra d'évaluer la plasticité des génomes de S. xylosus.

Ce travail de thèse a été réalisé en partie à Montpellier (CIRAD-Biotrop) et au Vanuatu. Le matériel végétal pour cette étude était issu de la collection nationale de taros du Vanuatu et d’une série de croisements de plein-frères. Les descripteurs morpho-agronomiques et les marqueurs moléculaires AFLP ont permis de valider une méthode de stratification des collections de taro. Des études de diversité génétique menées à l’aide de marqueurs AFLP et microsatellite ont montré un polymorphisme plus fort que celui antérieurement décrit avec les isoenzymes. Les sources de cette diversité proviendraient d’introductions multiples, de l’accumulation de mutations somatiques et de la reproduction sexuée, considérée traditionnellement comme très rare. Des études d’héritabilité familiale et au sens strict (par la régression parents-enfants) ont montré que le nombre de stolons et de rejets, la forme du corme et la teneur en matière sèche présentaient des héritabilités plus fortes que le rendement ou ses composantes. Ce résultat, combiné à un fort pourcentage de bons hybrides chez certaines familles, illustre l’importance de la sélection familiale dans les programmes d’amélioration. Enfin, à partir de deux cartes génétiques faiblement saturées (contenant chacune près de 170 marqueurs), un QTL expliquant une part importante de la variance phénotypique a été détecté pour le rendement. D’autres QTLs putatifs ont été observés pour des caractères liés à la vigueur (dimensions du corme, hauteur de la plante et dimensions foliaires). De même, plusieurs marqueurs fortement liés à la couleur jaune du corme ont été détectés et une hypothèse sur la présence d’un gène majeur a été proposée
This study has been conducted both in Montpellier (CIRAD-Biotrop) and in Vanuatu. The plant material used was issued from the taro national collection of Vanuatu and from a series of full-sib crosses. Agro-morphological descriptors, as well as AFLP molecular markers, have allowed us to validate a method for stratifying taro germplasm collections. Several studies of genetic diversity, based on AFLP and SSR markers, have shown a stronger polymorphism as compared with previous isoenzyme results. The sources of diversity might originate from multiple introductions, from the accumulation of somatic mutations and from sexual reproduction, traditionally considered as very rare. Studies of family heritability and narrow sense heritability (estimated through the parents-offspring regression) have proven that the number of stolons and suckers, the corm shape and the dry matter content shared higher heritabilities than the yield or its components. This result, added to a high percentage of valuable hybrids within several families, highlights the importance of family selection in taro breeding programs. Finally, after building two weakly saturated genetic maps (containing each about 170 markers), one QTL explaining a large part of the phenotypic variance has been detected for the yield. Several other putative QTLs have been observed for traits related to vigour (corm dimensions, plant height and leaf dimensions). Furthermore, several markers were found closely linked to the yellow colour of the corm and a hypothesis concerning the existence of a major gene has been proposed

Lactococcus lactis est une espèce appartenant au groupe des bactéries lactiques, largement utilisées dans l’industrie pour leur capacité à produire de l’acide lactique au cours de la fabrication des produits laitiers fermentés. L’étude de la diversité globale de L. lactis ssp. lactis a été entreprise par l’intégration de données biologiques obtenues à partir d’analyses génétiques, génomiques, physiologiques, transcriptomiques et métaboliques. L’accès à la phylogénie de l’espèce par l’étude de la variabilité génétique du génome cœur par MLST (MultiLocus Sequence Typing) a permis de décrire deux groupes de souches : les souches environnementales, génétiquement très diverses, isolées de laits crus, de plantes ou d’animaux et les souches domestiquées, génétiquement très proches, isolées des levains utilisés dans l’industrie laitière. Malgré la perte de diversité génétique observée dans les souches domestiquées probablement associée à un processus de spécialisation à un environnement technologique, l’approche intégrative a permis de montrer que ce groupe présente une diversité génomique et fonctionnelle aussi importante que les souches environnementales. L’investigation des génomes de la sous-espèce lactis par la mesure de la taille des chromosomes et la caractérisation en nombre et en taille du contenu plasmidique, a révélé une variabilité de plus de 300 kb en capacité de codage génétique des souches domestiquées et environnementales. D’autre part, les souches domestiquées appartenant au biovar Diacetylactis ont montré des physiologies et des régulations métaboliques différentes, résultant en une production d’arômes de type diacetyl ou acétoïne variable selon la souche. Enfin, le séquençage du génome de la souche environnementale A12 isolée d’un levain de panification, et sa comparaison avec les 4 génomes actuellement séquencés de L. lactis a révélé un pangénome (ensemble des gènes de l’espèce) étendu, montrant que cette espèce offre un grand réservoir de diversité. Environ 20 % des gènes spécifiques de souches ont été mis en évidence témoignant des grandes capacités adaptatives de la sous-espèce. L’étude approfondie de la souche A12 par une analyse transcriptomique a permis de rendre compte des mécanismes impliqués dans l’adaptation d’une souche à un écosystème complexe
The Lactococcus lactis species belong to lactic acid bacteria group widely used for their ability to produce lactic acid in fermented dairy products. The study of the global diversity of L. lactis ssp. lactis was carry out by the integration of biological data obtained from genetic, genomic, physiological, transcriptomic and metabolic analyses. The genetic variability investigated by MLST (MultiLocus Sequence Typing) describe two strains groups according to their phylogeny : the “environmental” strains, displaying high genetic diversity and isolated from different natural environments such as raw milks, plants and animals and the “domesticated” strains, genetically closely related, isolated from starters in dairy industries. Despite the lost of genetic diversity in domesticated strains, probably associated to a specialisation process, the integrative approach showed a genomic and functional diversity as huge as in environmental strains. The characterization of chromosome size and plasmidic content of the lactis subspecies revealed a variation higher than 300 kb in genetic coding capacity for domesticated and environmental strains. Moreover, the domesticated strains belonging to the biovar Diacetylactis showed different physiologies and metabolic regulations resulting in variable amount of aroma produced according to the strains. Finally, the genome sequencing of the A12 strain isolated from sourdough bread and its comparison with 4 other L. lactis genomes already sequenced revealed a spread pangenome (all the genes of a species). Approximately 20 % of each genome correspond to strain specific genes, showing large adaptive capacities of the subspecies. The in-depth study of the A12 strain by transcriptomic analysis allows to highlight mechanisms involved in the adaptation of a strain to a complex ecosystem

Les Truffes sont des champignons ascomycètes ectomycorhiziens appartenant à la famille des Tuberaceae et plus précisément au genre Tuber. On dénombre à ce jour plus d’une trentaine d’espèces de Tuber en Europe. Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes plus précisément focalisés sur le modèle Tuber aestivum-uncinatum. Cette truffe communément appelée « Truffe de Bourgogne » présente un intérêt à la fois gastronomique et culturel.La première partie de ce travail de thèse a porté sur la clarification du statut taxonomique de la truffe de Bourgogne (Tuber uncinatum). Pour cela, nous avons utilisé une approche multi-marqueurs combinant des marqueurs génétiques couramment utilisés à l’échelle interspécifique. Nos analyses ont montré que les deux taxons Tuber aestivum (la truffe d’été) et Tuber uncinatum sont conspécifiques. Durant la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à la diversité génétique de Tuber aestivum. Pour cela, nous avons tout d’abord développé des marqueurs microsatellites spécifiques par une approche de « direct shotgun pyrosequencing ». Cette méthode a permis le développement de 15 marqueurs microsatellites polymorphes. Nous les avons ensuite utilisés pour génotyper des individus provenant de différentes localisations en Europe. Nous avons pu identifier quatre sous populations différenciées qui ne correspondent pas, pour la majorité, à une répartition géographique. Cependant, un des clusters se différencie des autres à la fois par sa situation géographique (sud de la France) et ses caractéristiques génétiques (présence d’allèles rares). Ces résultats préliminaires pourraient indiquer l’existence d’un écotype particulier attaché à une écologie méridionale, Tuber aestivum sensu stricto.Nous nous sommes ensuite intéressés, dans la troisième partie de ce travail de thèse à la diversité aromatique de Tuber aestivum à l’échelle locale. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence l’existence d’une différenciation modérée entre les individus issus d’une truffière naturelle et les individus issus d’une truffière plantée. D’une saison de récolte à l’autre, une stabilité génotypique a été observée. Au niveau aromatique, seuls les composés C8 semblent être liés aux génotypes.Dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à l’analyse de données de récolte sur plus de trente ans au sein d’une truffière plantée de noisetiers inoculés initialement par Tuber melanosporum. Grâce à des analyses statistiques simples, nous avons pu noter les fluctuations tant en quantité qu’en poids des truffes récoltées suivant les saisons et les arbres truffiers. Il apparait que le remplacement de Tuber melanosporum par Tuber aestivum s’est fait de manière très rapide (trois ans). La disparition de Tuber melanosporum peut probablement être expliquée par la fermeture de la canopée des noisetiers, Tuber melanosporum n’appréciant pas un ombrage excessif
Truffles are ectomycorrhizal Ascomycota fungi belonging to the Tuberaceae family and more specifically to the Tuber genus. More than thirty Tuber species are currently described in Europe. In this thesis, we specifically focused on the Tuber aestivum-uncinatum model. This truffle is commonly called "Burgundy Truffle" and has a gastronomic and cultural interest.The first part of this thesis focused on the taxonomic status of the Burgundy truffle (Tuber uncinatum). For this, we used a multi-marker approach combining several genetic markers commonly used at the interspecific scale. Our analyses showed that the two taxa, Tuber aestivum (summer truffle) and Tuber uncinatum are conspecific.In the second part, we addressed the genetic diversity of Tuber aestivum. To do this, we firstly developed specific microsatellite markers by "direct shotgun pyrosequencing". This method has allowed the development of 15 polymorphic microsatellite markers. Then, we used those markers to genotype individuals from different European locations. We have identified four differentiated subpopulations that not correspond, for the majority, to a geographical distribution. However, one cluster differs from the others by its location (south of France) and its genetic characteristics (presence of rare alleles). These preliminary results may indicate the existence of a particular ecotype attached to a southern ecology: Tuber aestivum sensu stricto.We were then interested, in the third part of this thesis, to the aromatic diversity of Tuber aestivum at a local scale. Our results highlight the existence of a moderate differentiation between individuals from a natural truffle orchard and individuals from planted orchard. From one season to another, genotypic stability was observed. Only C8 volatile organic compounds seem to be related to the genotypes.In the last part, we analyzed harvesting data, over more than thirty years, from an hazelnut truffle orchard initially inoculated by Tuber melanosporum. Through simple statistical analyzes, we noted changes in both quantity and weight of truffles harvested according to the seasons and hazelnut trees. It appears that Tuber aestivum rapidly replaced Tuber melanosporum (in three years). The disappearance of Tuber melanosporum can probably be explained by the canopy closure; Tuber melanosporum not appreciating excessive shading

Cet ouvrage collectif rassemble vingt-quatre contributions scientifiques sélectionnées parmi les présentations des onzièmes journées du réseau Lexicologie, Terminologie, Traduction. Ces journées intitulées « Lexique(s) et genre(s) textuel(s) : approches sur corpus » eurent lieu à Grenoble, France du 25 au 28 septembre 2018. Les études lexicales ont connu un profond renouveau depuis quelques années avec l'exploitation massive de corpus de données textuelles pour les études linguistiques. Ces approches ont à la fois renouvelé les méthodes de collecte des données, mais aussi les descriptions linguistiques, désormais davantage basées sur l'usage. L’accent de cette édition 2018 a été mis sur les méthodes de description des unités lexicales exploitant les corpus textuels. Le Réseau LTT: Présent et actif de longue date sur l’ensemble du continent africain, le réseau **Lexicologie, Terminologie, Traduction (LTT)** a été l’un des premiers réseaux de chercheurs de l’Agence universitaire de la Francophonie avant de devenir une association internationale qui poursuit les objectifs et les idéaux de ses fondateurs et continue à œuvrer en partenariat avec les acteurs de la Francophonie. Depuis plus de trente ans, le réseau LTT inscrit ses travaux au cœur de la problématique de la diversité linguistique et du plurilinguisme. Il fédère vingt-quatre centres de recherche implantés sur quatre continents (Amérique du Nord, Asie, Europe et Afrique) et rassemble plusieurs centaines de chercheurs issus d’un grand nombre de pays francophones, voire de territoires où le français est une langue seconde, sans statut officiel ni lien génétique ou historique avec les langues locales. Le site web du réseau LTT est accessible à cette adresse : https://reseau-ltt.net