Dissertations / Theses: 'Diversité et divergence génétique'

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Montaigne, William. "Diversité génétique et adaptation au milieu chez les arbres forestiers tropicaux : étude chez le genre Virola (Myristicaceae)." Thesis, Antilles-Guyane, 2011. http://www.theses.fr/2011AGUY0480/document.

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Abstract:

Le maintien de ressources génétiques suffisamment larges est nécessaire pour assurer la viabilité et le potentiel évolutif des populations naturelles. Cette thèse a le principal objectif de caractériser la diversité et la variabilité génétique chez le genre Virola (Myristicaceae) pour décrire les processus évolutifs qui en sont à l'origine. Premièrement,une étude de la régénération d'un échantillonnage exhaustif de V. michelii a été menée dans une parcelle du dispositif expérimental de Paracou ayant subi une exploitation forestière de faible intensité et comparée à une parcelle témoin. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism, N=229) en zones perturbées s'est révélée être plis grande qu'en zone non-perturbées. Puis, l'adaptation locale a été étudiée à travers ces mêmes individus et certains loci (AFLP) montrent une sélection divergente pour des environnements contrastés, indiquant un signe d'adaptation. Enfin, l'étude des niveaux de divergence génétique chez trois espèces de Virola du bouclier guyanais (V. michelii, V. surinamensis et V. kwatae) montrent que deux d'entre elles (V. surinamensis et V. kwatae) montrent de fortes similarités génétiques malgré leur distribution sur des environnements contrastés. des Flux de gènes intersécifiques ont été mis en évidence chez ces deux espèces-soeurs et l'hypothèse d'une spéciation écologique est avancée. Ce travail a permis d'aborder différents processus évolutifs à l'origine de la diversité génétique actuelle chez ces espèces forestières tropicales et peut fournir une contribution pour appréhender le devenir des populations
Genetic diversity is an essential component of biodiversity. The maintenance of sufficient genetic resources is needed to ensure the adaptive potential and the viability of natural populations. In the current context of global changes, the study of adaptation in living organisms is a key task, particularly for tropical forest trees that are dominant components (in terms of biomass and as ecological drivers) of some of the most diverse ecosystems on Earth. The main objective of this thesis is to characterize genetic diversity and genetic variability to understand the evolutionary processes that act on them. This ecological-genetic study was carried out at the interspecific and intraspecific level in the Virola genus.If overall high levels of genetic diversity are a guarantee of prosperity for the future of the species, it seems essential to perform studies on the impact of environmental disturbance on genetic diversity. In the first section, the genetic consequences of regeneration dynamics were studied in an exhaustive sample of V. michelii in a low-intensity logging plot and in a control plot at the Paracou experimental site. A greater genetic diversity, measured from AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism, N = 229), was found in perturbed areas. Because studying genetic diversity within species may be useful for understanding species adaptation to environmental changes, in the second section. I studied local adaptation in a population of V. michelii on the Paracou experimental site. A genome scan approach with AFLPs (N = 229) was conducted on 77 adult individuals and 401 juveniles to identify genetic differences between populations associated to contrasting conditions for an array of environmental variables. Some loci (N = 2) were found to be subject to divergent selection, indicating adaptation to contrasting habitats.In the third section, the study of levels of genetic divergence in three Virola species of the Guiana Shield (V. michelii, V. surinamensis and V. kwatae) was investigated for nuclear and chloroplast molecular markers. V. surinamensis and V. kwatae showed strong genetic similarities despite their contrasting habitats preferences. Coalescent analyses have revealed, on one hand, a recent divergence between these two species suggesting an ecological speciation, and one the other hand that interspecific gene flow occurs between these sister-species.This work focuses on understanding evolutionary processes shaping genetic diversity and provides a useful contribution for biodiversity conservation programs

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Barry, Pierre. "Rôles des contraintes génomiques et des traits d'histoire de vie dans la spéciation : une approche de génomique comparative." Thesis, Université de Montpellier (2022-….), 2022. http://www.theses.fr/2022UMONG007.

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Abstract:

La spéciation est le processus évolutif au cours duquel une espèce se scinde en deux lignées qui divergent en accumulant des barrières reproductives, jusqu'à l’acquisition d’un isolement reproductif total. Durant ce processus, les lignées divergentes peuvent toujours s’échanger des gènes par hybridation, mais le flux génique est progressivement limité par l’accumulation des barrières. Il en résulte une semi-perméabilité des génomes, où certains locus s’échangent librement entre lignées et restent indifférenciés tandis que d’autres n’introgressent pas, contribuant ainsi à l’établissement de régions génomiques divergentes, appelées îlots génomiques de spéciation. L'étude de l’établissement, l’accumulation, l’érosion et la maintenance de ces barrières et de leurs effets sur la semiperméabilité des génomes de lignées en cours de spéciation permet de comprendre comment de nouvelles espèces se forment. L'avènement des techniques de séquençage à haut débit a permis de caractériser le paysage génomique de divergence chez de multiples lignées en cours de spéciation à travers l’arbre du vivant. Ces études ont permis de mesurer l’influence de l’histoire démographique et de l’architecture génomique comme déterminants majeurs du paysage génomique de divergence. Toutefois, d'autres facteurs pourraient intervenir et expliquer la diversité des trajectoires évolutives pouvant conduire ou non à la spéciation. Le principal objectif de cette thèse est d'évaluer l'impact des traits d'histoire de vie des espèces sur la spéciation. Nous avons choisi d’étudier 20 espèces de poissons marins subdivisées en deux lignées (Atlantique et Méditerranéenne), et présentant une large diversité de niveaux de divergence et de traits d’histoire de vie. Dans le premier chapitre, nous avons étudié les déterminants de la diversité génétique, substrat sur lequel s’établit la divergence lors de la séparation initiale des lignées. Nous avons observé que la longévité adulte des po issons marins est corrélée négativement à la diversité génétique, et nous avons démontré que cette relation pouvait s’expliquer par une plus grande variance du succès reproducteur chez les espèces longévives à cause de stratégies reproductives particulières aux poissons marins (forte mortalité juvénile, faible mortalité adulte et augmentation de la fécondité avec l’âge). Puis, dans un second chapitre, nous avons détecté une grande diversité d’histoires évolutives entre espèces, caractérisée par un fort gradient de divergence génétique entre lignées atlantiques et méditerranéennes. Ce gradient reflète en partie le niveau de semi-perméabilité des génomes. Les espèces à faible différentiation présentent un isolement reproductif faible, alors que les espèces les plus fortement différenciées montrent un isolement reproductif quasi-complet. Les traits d’histoire de vie des espèces expliquent en partie cette diversité de niveaux d’isolement via différents mécanismes. La durée de vie larvai re influence négativement la différenciation génétique en modulant les capacités de dispersion, l’effet de la taille du corps indique un effet négatif de l’abondance long-terme sur la divergence, et la longévité semble impacter le nombre de générations écoulées depuis la séparation ancestrale. En conclusion, les 20 espèces étudiées présentent une variabilité surprenante d’histoires évolutives au regard des similitudes de leur histoire biogéographique et leur architecture génomique. Les relations entre traits d’histoire de vie et histoire évolutive des espèces sont complexes, mais nous avons pu éclairer certaines d’entre elles en décomposant l’implication des traits dans les différentes étapes de la spéciation. L’application de l’approche de génomique comparative développée au cours de cette thèse dans d’autres zones de suture permettra d’étendre nos connaissances des déterminants du tempo et du mode de la spéciation
Speciation is the evolutionary process through which a species splits into two lineages that diverge and accumulate reproductive barriers, until complete reproductive isolation is achieved. During this process, the diverging lineages can still exchange genes by hybridisation, but gene flow is progressively restricted by the accumulation of barriers. This results in semi-permeable genomes, whereby some loci exchange freely between lineages and remain undifferentiated while others do not introgress, thus contributing to the establishment of divergent genomic regions, called genomic islands of speciation. The study of the establishment, accumulation, erosion and maintenance of these barriers and their effects on the semipermeability of the genomes of lineages undergoing speciation helps to understand how new species are formed. The advent of high-throughput sequencing techniques has made it possible to characterise the genomic landscape of divergence in multiple lineages undergoing speciation across the tree of life. These studies have shown the influence of the demographic history and genomic architecture as major determinants of the genomic landscape of divergence. However, other factors could intervene and explain the diversity of evolutionary trajectories that may or may not lead to speciation. The main objective of this thesis is to assess the impact of species' life history traits on speciation. We have chosen to study 20 marine fish species subdivided into two lineages (Atlantic and Mediterranean), and presenting a wide diversity of degrees of divergence and life history traits. These traits are thought to impact on the intensity of genetic drift, dispersal abilities and generation time of the species. In the first chapter, we studied the determinants of genetic diversity, the substrate on which divergence is built during the initial separation of lineages. We observed that adult longevity of marine fishes is negatively correlated w ith genetic diversity, and we demonstrated that this relationship could be explained by a greater variance in reproductive success in long-lived species due to reproductive strategies specific to marine fishes (high juvenile mortality, low adult mortality and increased fecundity with age). Then, in a second chapter, we discovered a great diversity of evolutionary histories between species, characterised by a strong gradient of genetic divergence between Atlantic and Mediterranean lineages. This gradient partly reflects the level of semi-permeability of the genomes. Species with low differentiation show low reproductive isolation, whereas the most highly differentiated species show almost complete reproductive isolation. Species' life history traits partly explain this diversity in isolation levels via different mechanisms. Larval duration negatively influences genetic differentiation by modulating dispersal capacities, the effect of body size indicates a negative effect of long-term abundance on divergence, while longevity seems to impact the number of generations elapsed since ancestral separation. In conclusion, the 20 species studied show a surprising variability of evolutionary histories considering the similarities of their biogeographic history and genomic architecture. The relationships between life-history traits and the evolutionary history of the species proved to be complex, but we were nevertheless able to shed light on some of them by decomposing the involvement of traits in the different stages of speciation. The application of the comparative genomics approach developed in this thesis to other suture zones will further extend our knowledge of the determinants of the tempo and mode of speciation

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Ghaleb, Wagdi. "Analyse de la diversité génétique de la réponse germinative à la température de populations de Lolium perenne L., Festuca arundinacea Schreb et Dactylis glomerata L." Thesis, Poitiers, 2019. http://www.theses.fr/2019POIT2273.

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Abstract:

La germination des graines est une étape importante dans le cycle biologique de la plante, car elle affecte le développement, la survie et la dynamique des populations de semis. La germination commence par l'absorption de l'eau par la graine et se termine par l'allongement de l'axe embryonnaire en dehors du tégument.Elle est influencée par des facteurs environnementaux et le patrimoine génétique de la graine. La température est l'une des factures les plus importants, car elle régule la germination de trois façons: en déterminant la capacité germinative et la vitesse de germination, en enlevant la dormance primaire et/ou secondaire, et en induisant la dormance secondaire.L'objectif de ce travail est d'analyse de la diversité génétique de la réponse germinative à la température de populations de Lolium perenne L., Festuca arundincea Schreb et Dactylis glomerata L.Dans cette étude, nous avons distingué différents types de réponses à la température, ce qui indique que de la diversité génétique existe entre les lots de chaque espèce. Ces différences dans les réponses, aux températures constantes entre 5 et 32 °C, ont été observées au niveau du pourcentage de germination maximale, de la vitesse de germination (α), lu temps de début de germination (tc) et du temps nécessaire pour attendre 95 % de germination finale (t95%). Des sélections divergentes ont été réalisées sur la capacité à germer à des températures non optimales chez des populations de Lolium perenne L. Sur une population issue de la région de Reims, il ressort un effet important de la sélection pour la capacité à germer à 10 °C qui pourrait être expliqué par la présence d'un gène majeur dominant de dormance des graines à faible température, en ségrégation au sein de la population.La comparaison des fréquences alléliques pour de nombreux marqueurs répartis sur le génome entre les individus germant et ceux ne germant pas à différentes températures a permis d'identifier de nombreux gènes potentiellement impliqués dans la capacité des individus à germer à ces températures. L'effet de ces gènes reste à être validé, par exemple par des études d'expression ou par l'étude de populations crées par sélection pour porter des allèles contrastés
Seed germination is an important step in the plant's life cycle, affecting the development, survival and dynamics of seedling populations. Germination begins with the absorption of water by the seed and ends with the elongation of the embryonic axis outside the integument.It is influenced by environmental factors and the genetic heritage of the seed. Temperature is one of the most important factors, which regulates germination in three ways: by determining germination capacity and germination rate, by removing primary and/or secondary dormancy, and by inducing secondary dormancy.The objective of this work is to analyze the genetic diversity of the germinative response to temperature of populations of Lolium perenne L, Festuca arundinacea Schreb, and Dactylis glomerata L.In this study, we distinguished different types of temperature responses, indicating that genetic diversity exists between lots of each species. In this study, we distinguished different types of responses to temperature, indicating that genetic diversity exists between lots of each species. These differences in responses, at constant temperatures between 5 and 32°C, were observed in terms of maximum germination percentage, germination rate (α), germination start time (tc) and time required to reach 95 % of final germination (t95%).Divergent selections were made on the capacity to germinate at sub-optimal temperatures in populations of Lolium perenne L. In a population from the Reims region, there is an important effect of selection for the capacity to germinate at 10 °C, which could be explained by the presence of a major dominant gene for seed dormancy at low-temperature, in segregated within the population. The comparison of allelic frequencies for many markers distributed over the genome between individuals germinating and those not germinating at different temperatures has identified many genes potentially involved in the ability of individuals to germinate at these temperatures. The effect of these genes has yet to be validated, for example by expression studies or by the study of populations created by selection to carry contrasting alleles

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Leroy, Grégoire. "Diversité génétique et gestion génétique des races canines." Phd thesis, AgroParisTech, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00004844.

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Abstract:

Afin d'apporter des outils d'aides à la gestion des races canines en France, cette étude cherche à analyser la structure génétique de l'espèce ainsi que les pratiques d'élevage sousjacentes. Trois approches ont été employées afin de caractériser cette structure : des données d'enquêtes, des analyses de généalogies ainsi que l'utilisation de marqueurs moléculaires. Sur la base de 985 questionnaires remplis par des éleveurs de chiens, tant amateurs que professionnels, il a été possible de mettre en évidence des différences claires sur les pratiques en fonction des races élevées, ou du degré d'implication des éleveurs dans leur activité. Les analyses des données généalogiques de 61 races ont permis de confirmer cette hétérogénéité de pratiques et de situations en terme de variabilité génétique, avec certaines des populations montrant des évolutions de consanguinité préoccupantes. A partir de génotypages réalisés sur un échantillonnage de 1514 animaux appartenant aux 61 races, les résultats obtenus divergeaient parfois des données généalogiques. Cependant ces divergences pouvaient en partie être expliqués par les différences théoriques existantes entre les deux approches. A l'échelle individuelle cependant, les corrélations entre parenté généalogique et similarité moléculaire étaient significatives pour les échantillons étudiés, et similaires à celles qui pouvaient être obtenues à partir de simulations. L'analyse des relations génétiques entre les populations a permis de confirmer que les races constituaient bien des structures génétiques homogènes. En effet, jusqu'à 98,3% des individus étaient correctement affectés au sein de leur race. Ce dernier résultat permet d'envisager des applications pratiques en terme de gestion des races.

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Perez, Jean-Marie. "Diversité génétique et antigénique de cowdria ruminantium." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077126.

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Abstract:

La cowdriose est l'une des principales maladies infectieuses des ruminants en afrique. Elle est due a cowdria ruminantium (cr), rickettsie transmise par la tique amblyomma. La vaccination represente le moyen de lutte le mieux adapte pour combattre cette pathologie. Chez la souris, la protection est conferee experimentalement par les cellules t cd8+, neanmoins les succes vaccinaux obtenus chez les caprins avec cr inactivee associee a un adjuvant (freund ou isa 50) soulignent le role des cellules t cd4+. Cependant la diversite antigenique des isolats de cr limite l'interet des premieres approches vaccinales. Ce travail a permis de definir la structure intraspecifique de cr en caracterisant la diversite genetique de six isolats choisis selon leur origine geographique et la variabilite de la protection croisee observee experimentalement. La technique d'amplification genique aleatoire (rapd) a permis d'evaluer le polymorphisme genetique existant entre isolats. Des sondes issues de produits de rapd ont revele un polymorphisme de longueur de fragments de restriction du genome. Leur sequencage a permis d'identifier de nouveaux genes dont l'un d'eux polymorphe suscite un interet taxonomique, diagnostique intraspecifique et vaccinal. La structure de la population d'un isolat est apparue importante a definir car l'existence d'isolats attenues (senegal et gardel) par passages successifs in vitro laisse supposer l'emergence de clones attenues. Ainsi, une technique de clonage adaptee au cycle cellulaire de cette bacterie a ete developpe et une analyse moleculaire comparative a revele des modifications genomiques entre les isolats virulents et attenues. L'etude de la diversite antigenique de cr est venue completer la caracterisation des isolats. Pour cela nous avons utilise des serums immuns adsorbes qui permettent habituellement de reveler des particularites antigeniques dissimulees par une forte reactivite commune. Ces serums ont permis de definir des serogroupes au sein des isolats, verifier la diversite antigenique de la proteine antigenique majeure map1 et caracteriser d'autres proteines variables par western blot. Un groupe de proteines polymorphes de 23 a 29 kda presente un interet tout particulier dans la recherche de determinants antigeniques protecteurs.

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Cheikh, Al Bassatneh Marwan. "Diversité taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle en région méditerranéenne : congruence ou divergence ?" Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0499.

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Abstract:

Les objectifs de la thèse sont d’analyser la biodiversité en région méditerranéenne européenne aux niveaux taxonomique, phylogénétique et fonctionnel et comprendre pourquoi ces différentes estimations de la biodiversité sont convergentes ou pas dans un contexte spatialisé et comment divers facteurs de l'environnement peuvent expliquer cette convergence ou son absence. Dans ce contexte, la thèse s’est d’abord focalisée sur la réalisation de nouveaux arbres phylogénétiques de la flore arborée méditerranéenne intégrant les espèces endémiques de cette région, permettant d’augmenter significativement la résolution des phylogénies en cours. Puis, à partir de cette phylogénie, il a été ensuite estimé les indices de diversité phylogénétique à différentes échelles (pays, îles, zones biogéographiques) pour les comparer à d’autres indices de la biodiversité (fonctionnelle et taxonomique) et pour étudier corrélativement l’impact de variables environnementales sur ces différents indices de biodiversité
The objectives of the thesis are to analyze biodiversity in the European Mediterranean region at the taxonomic, phylogenetic and functional levels and understand why these different estimates of biodiversity are convergent or not in a spatialized context and how various environmental factors may explain this convergence or its absence.In this context, the thesis first focused on generating new phylogenetic trees of Mediterranean trees integrating the endemic species of this region, to increase significantly the resolution of current phylogenies. Then, using these phylogenies, indices of phylogenetic diversity were estimated at different scales (country, island, biogeographic zone) and compared with other indices of biodiversity (functional and taxonomic) and to correlatively study the impact of environmental variables on these different biodiversity indices

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Dordet-Frisoni, Emilie. "Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00718141.

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Abstract:

Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux. C'est un des principaux ferments utilisé en salaison. Ses propriétés technologiques étaient bien connues mais peu de données génétiques sur cette espèce étaient disponibles. Nous avons établi la première carte physique et génétique de la souche modèle S. xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité, tant au niveau des caractères phénotypiques (métabolisme des sucres, formation de colonies géantes) que génotypiques (profils génomiques, taille du chromosome). Nous avons étudié, par hybridation soustractive, la diversité du contenu génétique de souches de diverses origines. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés, la majorité correspondant à des gènes du métabolisme. La distribution de ces fragments souchesspécifiques au sein de l'espèce S. xylosus révèle deux groupes dont un composé des souches présentant un risque potentiel. Ces fragments pourraient être utilisés dans des études épidémiologiques. La région de l'oriC est une zone d'insertion privilégiée de ces fragments sur les chromosomes de S. xylosus. Elle permet l'acquisition de matériel génétique important pour son adaptation à différentes niches écologiques. Le séquençage de cette zone chez différentes souches permettra d'évaluer la plasticité des génomes de S. xylosus.

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Quero, Garcia José. "Diversité génétique et amélioration des taros du Vanuatu." Montpellier, ENSA, 2004. http://www.theses.fr/2004ENSA0009.

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Abstract:

Ce travail de thèse a été réalisé en partie à Montpellier (CIRAD-Biotrop) et au Vanuatu. Le matériel végétal pour cette étude était issu de la collection nationale de taros du Vanuatu et d’une série de croisements de plein-frères. Les descripteurs morpho-agronomiques et les marqueurs moléculaires AFLP ont permis de valider une méthode de stratification des collections de taro. Des études de diversité génétique menées à l’aide de marqueurs AFLP et microsatellite ont montré un polymorphisme plus fort que celui antérieurement décrit avec les isoenzymes. Les sources de cette diversité proviendraient d’introductions multiples, de l’accumulation de mutations somatiques et de la reproduction sexuée, considérée traditionnellement comme très rare. Des études d’héritabilité familiale et au sens strict (par la régression parents-enfants) ont montré que le nombre de stolons et de rejets, la forme du corme et la teneur en matière sèche présentaient des héritabilités plus fortes que le rendement ou ses composantes. Ce résultat, combiné à un fort pourcentage de bons hybrides chez certaines familles, illustre l’importance de la sélection familiale dans les programmes d’amélioration. Enfin, à partir de deux cartes génétiques faiblement saturées (contenant chacune près de 170 marqueurs), un QTL expliquant une part importante de la variance phénotypique a été détecté pour le rendement. D’autres QTLs putatifs ont été observés pour des caractères liés à la vigueur (dimensions du corme, hauteur de la plante et dimensions foliaires). De même, plusieurs marqueurs fortement liés à la couleur jaune du corme ont été détectés et une hypothèse sur la présence d’un gène majeur a été proposée
This study has been conducted both in Montpellier (CIRAD-Biotrop) and in Vanuatu. The plant material used was issued from the taro national collection of Vanuatu and from a series of full-sib crosses. Agro-morphological descriptors, as well as AFLP molecular markers, have allowed us to validate a method for stratifying taro germplasm collections. Several studies of genetic diversity, based on AFLP and SSR markers, have shown a stronger polymorphism as compared with previous isoenzyme results. The sources of diversity might originate from multiple introductions, from the accumulation of somatic mutations and from sexual reproduction, traditionally considered as very rare. Studies of family heritability and narrow sense heritability (estimated through the parents-offspring regression) have proven that the number of stolons and suckers, the corm shape and the dry matter content shared higher heritabilities than the yield or its components. This result, added to a high percentage of valuable hybrids within several families, highlights the importance of family selection in taro breeding programs. Finally, after building two weakly saturated genetic maps (containing each about 170 markers), one QTL explaining a large part of the phenotypic variance has been detected for the yield. Several other putative QTLs have been observed for traits related to vigour (corm dimensions, plant height and leaf dimensions). Furthermore, several markers were found closely linked to the yellow colour of the corm and a hypothesis concerning the existence of a major gene has been proposed

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Passerini, Delphine. "Diversité génétique, génomique et fonctionnelle de Lactococcus lactis." Thesis, Toulouse, INSA, 2011. http://www.theses.fr/2011ISAT0041/document.

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Abstract:

Lactococcus lactis est une espèce appartenant au groupe des bactéries lactiques, largement utilisées dans l’industrie pour leur capacité à produire de l’acide lactique au cours de la fabrication des produits laitiers fermentés. L’étude de la diversité globale de L. lactis ssp. lactis a été entreprise par l’intégration de données biologiques obtenues à partir d’analyses génétiques, génomiques, physiologiques, transcriptomiques et métaboliques. L’accès à la phylogénie de l’espèce par l’étude de la variabilité génétique du génome cœur par MLST (MultiLocus Sequence Typing) a permis de décrire deux groupes de souches : les souches environnementales, génétiquement très diverses, isolées de laits crus, de plantes ou d’animaux et les souches domestiquées, génétiquement très proches, isolées des levains utilisés dans l’industrie laitière. Malgré la perte de diversité génétique observée dans les souches domestiquées probablement associée à un processus de spécialisation à un environnement technologique, l’approche intégrative a permis de montrer que ce groupe présente une diversité génomique et fonctionnelle aussi importante que les souches environnementales. L’investigation des génomes de la sous-espèce lactis par la mesure de la taille des chromosomes et la caractérisation en nombre et en taille du contenu plasmidique, a révélé une variabilité de plus de 300 kb en capacité de codage génétique des souches domestiquées et environnementales. D’autre part, les souches domestiquées appartenant au biovar Diacetylactis ont montré des physiologies et des régulations métaboliques différentes, résultant en une production d’arômes de type diacetyl ou acétoïne variable selon la souche. Enfin, le séquençage du génome de la souche environnementale A12 isolée d’un levain de panification, et sa comparaison avec les 4 génomes actuellement séquencés de L. lactis a révélé un pangénome (ensemble des gènes de l’espèce) étendu, montrant que cette espèce offre un grand réservoir de diversité. Environ 20 % des gènes spécifiques de souches ont été mis en évidence témoignant des grandes capacités adaptatives de la sous-espèce. L’étude approfondie de la souche A12 par une analyse transcriptomique a permis de rendre compte des mécanismes impliqués dans l’adaptation d’une souche à un écosystème complexe
The Lactococcus lactis species belong to lactic acid bacteria group widely used for their ability to produce lactic acid in fermented dairy products. The study of the global diversity of L. lactis ssp. lactis was carry out by the integration of biological data obtained from genetic, genomic, physiological, transcriptomic and metabolic analyses. The genetic variability investigated by MLST (MultiLocus Sequence Typing) describe two strains groups according to their phylogeny : the “environmental” strains, displaying high genetic diversity and isolated from different natural environments such as raw milks, plants and animals and the “domesticated” strains, genetically closely related, isolated from starters in dairy industries. Despite the lost of genetic diversity in domesticated strains, probably associated to a specialisation process, the integrative approach showed a genomic and functional diversity as huge as in environmental strains. The characterization of chromosome size and plasmidic content of the lactis subspecies revealed a variation higher than 300 kb in genetic coding capacity for domesticated and environmental strains. Moreover, the domesticated strains belonging to the biovar Diacetylactis showed different physiologies and metabolic regulations resulting in variable amount of aroma produced according to the strains. Finally, the genome sequencing of the A12 strain isolated from sourdough bread and its comparison with 4 other L. lactis genomes already sequenced revealed a spread pangenome (all the genes of a species). Approximately 20 % of each genome correspond to strain specific genes, showing large adaptive capacities of the subspecies. The in-depth study of the A12 strain by transcriptomic analysis allows to highlight mechanisms involved in the adaptation of a strain to a complex ecosystem

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Molinier, Virginie. "Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne." Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS021/document.

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Abstract:

Les Truffes sont des champignons ascomycètes ectomycorhiziens appartenant à la famille des Tuberaceae et plus précisément au genre Tuber. On dénombre à ce jour plus d’une trentaine d’espèces de Tuber en Europe. Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes plus précisément focalisés sur le modèle Tuber aestivum-uncinatum. Cette truffe communément appelée « Truffe de Bourgogne » présente un intérêt à la fois gastronomique et culturel.La première partie de ce travail de thèse a porté sur la clarification du statut taxonomique de la truffe de Bourgogne (Tuber uncinatum). Pour cela, nous avons utilisé une approche multi-marqueurs combinant des marqueurs génétiques couramment utilisés à l’échelle interspécifique. Nos analyses ont montré que les deux taxons Tuber aestivum (la truffe d’été) et Tuber uncinatum sont conspécifiques. Durant la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à la diversité génétique de Tuber aestivum. Pour cela, nous avons tout d’abord développé des marqueurs microsatellites spécifiques par une approche de « direct shotgun pyrosequencing ». Cette méthode a permis le développement de 15 marqueurs microsatellites polymorphes. Nous les avons ensuite utilisés pour génotyper des individus provenant de différentes localisations en Europe. Nous avons pu identifier quatre sous populations différenciées qui ne correspondent pas, pour la majorité, à une répartition géographique. Cependant, un des clusters se différencie des autres à la fois par sa situation géographique (sud de la France) et ses caractéristiques génétiques (présence d’allèles rares). Ces résultats préliminaires pourraient indiquer l’existence d’un écotype particulier attaché à une écologie méridionale, Tuber aestivum sensu stricto.Nous nous sommes ensuite intéressés, dans la troisième partie de ce travail de thèse à la diversité aromatique de Tuber aestivum à l’échelle locale. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence l’existence d’une différenciation modérée entre les individus issus d’une truffière naturelle et les individus issus d’une truffière plantée. D’une saison de récolte à l’autre, une stabilité génotypique a été observée. Au niveau aromatique, seuls les composés C8 semblent être liés aux génotypes.Dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à l’analyse de données de récolte sur plus de trente ans au sein d’une truffière plantée de noisetiers inoculés initialement par Tuber melanosporum. Grâce à des analyses statistiques simples, nous avons pu noter les fluctuations tant en quantité qu’en poids des truffes récoltées suivant les saisons et les arbres truffiers. Il apparait que le remplacement de Tuber melanosporum par Tuber aestivum s’est fait de manière très rapide (trois ans). La disparition de Tuber melanosporum peut probablement être expliquée par la fermeture de la canopée des noisetiers, Tuber melanosporum n’appréciant pas un ombrage excessif
Truffles are ectomycorrhizal Ascomycota fungi belonging to the Tuberaceae family and more specifically to the Tuber genus. More than thirty Tuber species are currently described in Europe. In this thesis, we specifically focused on the Tuber aestivum-uncinatum model. This truffle is commonly called "Burgundy Truffle" and has a gastronomic and cultural interest.The first part of this thesis focused on the taxonomic status of the Burgundy truffle (Tuber uncinatum). For this, we used a multi-marker approach combining several genetic markers commonly used at the interspecific scale. Our analyses showed that the two taxa, Tuber aestivum (summer truffle) and Tuber uncinatum are conspecific.In the second part, we addressed the genetic diversity of Tuber aestivum. To do this, we firstly developed specific microsatellite markers by "direct shotgun pyrosequencing". This method has allowed the development of 15 polymorphic microsatellite markers. Then, we used those markers to genotype individuals from different European locations. We have identified four differentiated subpopulations that not correspond, for the majority, to a geographical distribution. However, one cluster differs from the others by its location (south of France) and its genetic characteristics (presence of rare alleles). These preliminary results may indicate the existence of a particular ecotype attached to a southern ecology: Tuber aestivum sensu stricto.We were then interested, in the third part of this thesis, to the aromatic diversity of Tuber aestivum at a local scale. Our results highlight the existence of a moderate differentiation between individuals from a natural truffle orchard and individuals from planted orchard. From one season to another, genotypic stability was observed. Only C8 volatile organic compounds seem to be related to the genotypes.In the last part, we analyzed harvesting data, over more than thirty years, from an hazelnut truffle orchard initially inoculated by Tuber melanosporum. Through simple statistical analyzes, we noted changes in both quantity and weight of truffles harvested according to the seasons and hazelnut trees. It appears that Tuber aestivum rapidly replaced Tuber melanosporum (in three years). The disappearance of Tuber melanosporum can probably be explained by the canopy closure; Tuber melanosporum not appreciating excessive shading

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Kenmoe, Sebastien. "Prévalence et diversité génétique des virus respiratoires au Cameroun." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMC417/document.

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Abstract:

Contexte : Les infections respiratoires aiguës (ARI) sont reconnues comme une cause importante de morbidité, de mortalité et d'hospitalisation chez les enfants dans les pays en développement. Le virus respiratoire syncytial humain (HRSV) est l’agent étiologique principal de maladie sévère des voies respiratoires basses chez les nourrissons, les jeunes enfants et les personnes âgées. Identifié en 2001, le Metapneumovirus humain (HMPV) est un nouveau paramyxovirus. Les études ont montré la cocirculation des sous groupes de ces deux virus avec la domination de l’un des sous groupes selon les zones géographiques et selon les années. Les données restent cependant limitées dans les pays de l’Afrique subsaharienne, sur la prévalence, la saisonnalité et la caractérisation génétique de ces deux virus respiratoires. Au Cameroun, ces deux virus ont été décrits seulement une seule fois (5,7 et 5% pour HRSV et HMPV respectivement) chez des patients présentant des syndromes grippaux en 2012. Objectif : Cette étude rapporte la prévalence, la saisonnalité et la variabilité génétique des souches HRSV et HMPV chez des enfants camerounais pendant 3 saisons épidémiques consécutives (de Septembre 2011 à Octobre 2014). Par ailleurs, la diversité génétique d’autres virus respiratoires détectés au cours de ce travail est présentée comme objectif secondaire.Méthodes : Une surveillance prospective a été menée pour identifier les enfants hospitalisés et ambulatoires âgés de moins de 15 ans présentant des symptômes respiratoires ≤ 5 jours. Les échantillons nasopharyngés ont été testés pour 17 virus respiratoires en utilisant une réaction multiplex de polymérisation en chaîne. La distribution virale et les données démographiques ont été analysées statistiquement. Les échantillons positifs du HRSV et HMPV ont été amplifiés par polymérisation en chaine semi nichée puis séquencés partiellement au niveau du gène G. Des analyses phylogénétiques ont été effectuées sur les séquences nucléotidiques et protéiques partielles du gène G.Résultats : De septembre 2011 à octobre 2014, 822 enfants âgés de moins de 15 ans ont été inscrits dans l’étude. Au moins un virus a été identifié chez chacun des 72,6% (597/822) d'enfants, dont 31,7% (189/597) étaient des codétections; 28,5% (226/822) étaient positifs pour l'adénovirus humain, 21,4% (176/822) pour le virus Influenza, 15,5% (127.822) pour le rhinovirus/entérovirus, 9,4% (77/822) pour le bocavirus, 9% (74/822) pour le HRSV, 8,2% (67/822) pour les coronavirus humain, 6,2% (50/822) pour le parainfluenzavirus humain et 3,9% (32/822) pour le HMPV. L’infection HRSV était plus fréquente chez les enfants de moins de 2 ans (70,3% ; 52/74) et chez les participants hospitalisés (70,3% ; 52/74). Alors que le HRSV a montré un profil saisonnier avec une circulation de septembre à décembre, des cas sporadiques de HMPV ont été détectés tout au long de l'année. HRSV-A (19,1%, 9/47) et HRSV-B (17% ; 8/47) ont été observés relativement à la même fréquence avec (63,8% ; 30/47) de cas en codétection HRSV-A/HRSV-B alors que HMPV-A (71,4% ; 10/14) était majoritaire comparé à HMPV-B (28,6 ; 4/14). L'analyse phylogénétique a révélé que les souches HRSV de l’étude sont groupées au sein du sous groupe NA-1 (pour HRSV-A) et BA-9 (pour HRSV-B). Les souches HMPV camerounaises sont groupés parmi les membres du génotype A2b (pour HMPV-A), B1 et B2 (pour HMPV-B).Conclusion : Cette étude suggère qu’environ 70% des ARI enregistrés chez des enfants au Cameroun sont causés par des virus. La présente étude est également le premier rapport sur la variabilité génétique du gène G des souches de HRSV et HMPV dans la région. Bien que ce travail comble partiellement certaines lacunes d’informations, des études supplémentaires sont requises pour une clarification de l’épidémiologie moléculaire et du mode d’évolution des virus respiratoires présents en Afrique subsaharienne en général et plus singulièrement au Cameroun
Background: Acute respiratory infections (ARI) are recognized as an important cause of morbidity, mortality and hospitalization among children in developing countries. Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the main cause of severe lower respiratory tract disease in infants, young children and the elderly. Identified in 2001, Human Metapneumovirus (HMPV) is a new paramyxovirus. Studies have shown the co-circulation of the subgroups of these two viruses with domination of one of the sub-groups according to the geographical zones and according of years. These two viruses encode two major surface glycoproteins, the highly conserved fusion F protein and the highly variable attachment G protein. Data are still limited in sub-Saharan African countries on prevalence, seasonality and genetic characterization of these two respiratory viruses. In Cameroon, these two viruses have been described only once (5.7 and 5% for HRSV and HMPV respectively) in patients with influenza-like illness in 2012.Objective: This study reports the prevalence, seasonality and the genetic variability of HRSV and HMPV strains in Cameroonian children for 3 consecutive epidemic seasons (September 2011-October 2014). Moreover, the genetic diversity of other respiratory viruses detected during this work is presented as a secondary objective.Methods: A prospective surveillance was conducted to identify inpatient and outpatient children less than 15 years with respiratory symptoms ≤ 5 days. The nasopharyngeal samples were tested for 17 respiratory viruses using a multiplex polymerase chain reaction. Viral distribution and demographic data were analyzed statistically. Positive samples for HRSV and HMPV were amplified by semi-nested polymerize chain reaction and then partially sequenced at the G gene. Phylogenetic analyzes were performed on the partial nucleotide and protein sequences of the G gene.Results: From September 2011 to October 2014, 822 children under 15 years were enrolled in the study. At least one virus was identified in each of 72.6% (577/822) of children, 31.7% (189/597) of whom were co-detections; 28.5% (226/822) were positive for human adenovirus, 21.4% (176/822) for influenza virus, 15.5% (127.822) for rhinovirus/enterovirus, 9.4% (77/822) for bocavirus, 9% (74/822) for HRSV, 8.2% (67/822) for human coronavirus, 6.2% (50/822) for human parainfluenzavirus, and 3.9% (32/822) for HMPV. HRSV infection was more frequent in children under 2 years (70.3%, 52/74) and hospitalized participants (70.3%, 52/74). While HRSV showed a seasonal pattern with circulation from September to December, sporadic cases of HMPV were detected throughout the year. HRSV-A (19.1%, 9/47) and HRSV-B (17%; 8/47) were observed relatively at the same frequency with (63.8%, 30/47) codetections of HRSV-A/HRSV-B. HMPV-A (71.4%; 10/14) was predominant compared to HMPV-B (28.6; 4/14). Phylogenetic analysis revealed that the HRSV strains of the study are grouped within subgroup NA-1 (for HRSV-A) and BA-9 (for HRSV-B). Cameroonian HMPV strains are grouped among the members of genotype A2b (for HMPV-A), B1 and B2 (for HMPV-B).Conclusion: This study suggests that about 70% of ARI recorded in children in Cameroon are caused by viruses. The present study is also the first report on the genetic variability of the G gene of HRSV and HMPV strains in the region. Although this work partially fills gaps for some information, additional studies are required to clarify the molecular epidemiology and evolutionary pattern of respiratory viruses in sub-Saharan Africa in general and more particularly in Cameroon

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Porcher, Emmanuelle. "Evolution de la diversité génétique neutre et sélectionnée en métapopulation." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112289.

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Abstract:

Nous avons étudié les relations entre la variabilité génétique de marqueurs moléculaires neutres et celle de caractères polygéniques dans des métapopulations expérimentales en évolution, afin d'évaluer la pertinence de quelques indices (diversités de marqueurs, paramètres de la génétique quantitative) utilisés en biologie de la conservation pour estimer le potentiel adaptatif d'une population, c'est-à-dire son aptitude à répondre aux pressions de sélection. Nous disposions de 12 métapopulations de l'espèce Arabidopsis thaliana, dont nous contrôlions les tailles de populations et le régime de sélection (homogène ou hétérogène), afin d'obtenir plusieurs conditions de dérive et de sélection, et de tester leur influence sur l'évolution de la diversité génétique neutre et sélectionnée. Nous avons également utilisé des simulations pour prédire l'évolution de la variabilité génétique d'un caractère polygénique sélectionné et de la diversité de marqueurs neutres dans des métapopulations mimant notre dispositif expérimental. Nous montrons que la diminution observée de la diversité des marqueurs est conforme aux prédictions de notre modèle, alors que les estimations de la variabilité génétique de caractères quantitatifs ont un comportement inattendu, probablement dû aux variances des estimateurs et à des interactions génotype x environnement. De plus, les valeurs d'héritabilité ne rendent pas compte de la réponse observée à la sélection, qui est prédictible grâce aux seules différentielles de sélection. Nous discutons l'impact de ces résultats sur le choix des indices de potentiel adaptatif. Enfin, la structuration des marqueurs est influencée par la sélection : comme celle des caractères quantitatifs, elle est plus forte en sélection hétérogène, peut-être à cause de déséquilibres de liaison initiaux entre marqueurs et gènes contrôlant les caractères. Cette observation n'est pas prédite par les approches théoriques et a des conséquences en terme de détection de la sélection
We investigated the relationship between the genetic diversity of molecular markers and the genetic variation of quantitative traits in evolving experimental plant metapopulations, in a view to assess the efficiency of several indices (diversity at molecular markers and quantitative genetics parameters) used by conservationists as estimators of evolutionary potential, i. E. The capacity of a population to respond to selection. Twelve metapopulations of the model species Arabidopsis thaliana were grown for 10 generations under controlled conditions of selection (spatially homogeneous or heterogeneous) and population size. Our aim was to investigate the influence of selection regime and genetic drift on the evolution of neutral and selected genetic diversity. We furthermore simulated numerically the evolution of several molecular markers and one quantitative trait to generate predictions about the evolution of genetic variation in metapopulations. The observed decrease in the level of genetic variation for markers was consistent with our theoretical predictions. On the contrary, quantitative genetic parameters exhibited unexpected behaviours, probably due to large sampling variance of measures or to genotype x environment interactions. Moreover, measures of heritability were not informative regarding the observed evolution of traits, the latter being predicted by selection differentials only. We discuss the significance of such results in terms of estimations of evolutionary potential. Finally, we show that the differentiation at a priori neutral marker loci is partially driven by selection: as for quantitative traits, differentiation is larger when selection is heterogeneous, possibly due to initial linkage disequilibria between markers and loci coding the quantitative traits. Such an effect of selection on differentiation at neutral markers has a potentially important influence on the possibility to detect selection by comparison of FstS and QstS

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Rome, Sophie. "Diversité génétique et fonctionnelle des sinorhizobia isolés de Medicago truncatula." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10081.

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Liégeois, Florian. "Diversité génétique et histoire naturelle des virus de l'immunodéficience simienne." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20035.

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Abstract:

Les virus de l'immunodéficience simienne infectent une grande variété de primates non humains en Afrique. Deux de ces virus, le SIVcpzPtt du chimpanzé (Pan troglodytes troglodytes) et le SIVsmm du mangabé enfumé (Cercocebus atys), ont été transmis à l'Homme à de multiples occasions et ont respectivement généré l'apparition des différents groupes de virus de l'immunodéficience humaine (VIH) de type 1 et de type 2. A ce jour, les humains restent exposés à ces virus. L'objectif principal de cette thèse est d'identifier et de caractériser de nouveaux lentivirus chez trois nouvelles espèces simiennes : le Miopithecus talapoin (SIVtal) au Cameroun, les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest (SIVwrcPbt et Pbb) et chez le colobe olive (SIVolc) dans le parc national de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire et ce, afin d'approfondir nos connaissances sur l'histoire évolutive de lentivirus de primate et d'évaluer la prévalence de ces infections chez les colobes rouges de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire. L'analyse phylogénétique des génomes complets de ces virus a mis en évidence qu'ils représentaient de nouvelles lignées lentivirales. Cependant les SIVtal sont plus proches des lentivirus infectant les singes du genre Cercopithecus et partagent avec ces derniers des motifs fonctionnels spécifiques à ce groupe de virus. Nous avons également montré que les colobes rouges en Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc et qu'ils sont apparentés au SIVolc isolé chez le colobe olive. Plus généralement, les SIVwrc et SVolc sont également apparentés aux virus de la lignée lhoest et l'ensemble de ces virus présente une histoire commune avec le SIVcol, isolé chez un Colobus guereza au Cameroun, sur la partie 5' du gène pol. Nous présentons aussi la première étude d'épidémiologie moléculaire des SIVwrc dans une population de colobes rouges sauvages, lesquels sont fréquemment chassées par les populations humaines et par les chimpanzés (Pan troglodytes verus). Nous avons montré un taux minimal de prévalence des infections lentivirales de 26 % chez ces animaux. L'ensemble de nos résultats souligne, une fois de plus, la complexité de l'histoire naturelle et de l'évolution des lentivirus de primates et nous avons montré que les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc. Par ailleurs, les associations polyspécifiques observées entre les colobes rouges et d'autres espèces simiennes, la pression de chasse exercée par les chimpanzés et les braconniers autour et dans le parc pourraient mener à des transmissions inter-espèces du SIVwrc entre les singes mais également entre les singes et l'Homme. Ces résultats illustrent la nécessité de conduire des campagnes de surveillance des microorganismes qui infectent les primates non humains et seraient susceptibles de franchir les barrières d'espèces menant à l'émergence de nouveaux agents infectieux dans les populations humaines en Afrique
Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are found in an extensive number of African primates. It is now well established that SIVs from chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) in West central Africa and from sooty mangabeys (Cercocebus atys) in West Africa are the progenitors of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and HIV-2, respectively. To date humans continue to be exposed to these viruses by hunting and handling primate bushmeat. In this thesis, we aimed to identify and characterize full-length genome of new SIVs in three different primate species: Miopithecus talapoin (SIVtal) from Cameroon and captive animals, Western red colobus (SIVwrcPbb and SIVwrcPbt) from West Africa (Senegal and Côte d'Ivoire) and olive colobus from the Taï forest national park in Côte d'Ivoire, in order to further document the natural history of primate lentiviruses and to evaluate the SIV prevalence within the Western red colobus from the Taï forest in Côte d'Ivoire. Phylogenetic analyses of full-length genomes of these viruses confirmed that each of them represents a new SIV lineage. We observed a significant clustering of the SIVtal lineage with the Cercopithecus-specific SIVs and SIVtal and Cercopithecus-specific SIVs share functional motifs specific of these viruses. We also showed that western red colobus are the natural hosts of SIVwrc and that SIVolc, isolated from an olive colobus, is related to SIVwrc. Overall, SIVwrc and SIVolc are related to the SIV from Lhoest lineage and are related to the divergent SIVcol isolated from mantled guereza in Cameroon, in the 5'part of the pol gene. We also present the first molecular epidemiological survey of simian immunodeficiency virus (SIVwrc) in wild-living western red colobus monkeys which are frequently hunted by the human population and represent a favourite prey of western chimpanzees (Pan troglodytes verus). We showed a minimal prevalence of 26% among the individuals sampled. Overall, these results highlight once more the complexity of the natural history and evolution of primate lentiviruses. We showed that wild-living red colobus represent a substantial reservoir of SIVwrc. Moreover, because of their frequent association with other monkey species, the predation pressure exerted by chimpanzees (Pan troglodytes verus) and by poachers around and inside the park, simian to simian and simian to human SIVwrc cross-species transmission cannot be excluded illustrating the need for surveillance of primate pathogens and their cross-species transmissions in this part of Africa and elsewhere

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Bridier, Julen. "Etude de la diversité intraspécifique de l’espèce Oenococcus oeni, relation entre variabilité phénotypique et diversité génétique." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21881/document.

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Abstract:

Oenococcus oeni est l’agent principalement responsable de la fermentation malolactique durant la vinification. Son adaptation au milieu vin est une étape clé dans la réussite de la FML, et donc dans la qualité des vins finis. Cependant, au sein de l’espèce, il existe une variabilité phénotypique importante, et de nombreuses souches ne sont ainsi pas aptes à réaliser la FML. La sélection des meilleures souches œnologiques passe ainsi par l’analyse de la diversité d’O. oeni. Cette étude a été abordée dans cette thèse, selon trois grands axes de recherche. Premièrement, la diversité génétique a été étudiée par des approches MLST, REA-PFGE et présence de marqueurs, et a montré une structuration de l’espèce en deux groupes phylogénétiques et plusieurs sous-groupes, reliés à des souches d’origine géographique précise. Ensuite, l’étude de la diversité phénotypique a montré la grande variabilité d’adaptation au vin des souches étudiées et un meilleur comportement de celles du groupe phylogénétique A durant la vinification. Enfin, une étude transcriptomique a mis en lumière certains mécanismes moléculaires éventuellement impliqués dans la réponse au stress vin chez O. oeni
Oenococcus oeni is the main agent responsible for the malolactic fermentation, during the wine making process. Its adaptation to wine environment is a key step for the success of the MLF, and then for wines quality. However, there is a high phenotypic variability among the species and several strains are unable to perform MLF. The selection of the best enological strains implies starting by analyzing the diversity of O. oeni. This study has been divided in three main themes of research. Firstly, the genetic diversity has been analyzed using several approaches, MLST, REA-PFGE and presence of genetic markers. That study proved the structuration of the species in two phylogenetic groups and several subgroups, related to geographical areas. Secondly, the study of the phenotypic diversity showed that all the studied strains present a high variability and the best behavior in wine making conditions is found in those from the phylogenetic group A. Finally, a transcriptional analysis has revealed some molecular mechanisms possibly implicated in stress response in O. oeni

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Efombagn, Mousseni Ives Bruno. "Diversité génétique et sélection du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) au Cameroun : approches participative, phénotypique et moléculaire." Rennes, Agrocampus, 2008. http://www.theses.fr/2008NSARA057.

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Abstract:

La diversité génétique du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) existant dans les plantations paysannes et dans les banques de gènes au Cameroun, a été étudiée à l’aide de 12 marqueurs microsatellites et par des évaluations phénotypiques de caractères d’intérêt agronomique. Les connaissances des producteurs sur le matériel végétal collectées dans le cadre d’un programme de sélection participative, ont été comparées avec les données moléculaires phénotypiques. La caractérisation moléculaire de ce matériel montre que les accessions des producteurs et des banques de gènes sont génétiquement proches. Les accessions des banques de gènes appartiennent à trois grands groupes génétiques de l’espèce, à savoir les Forastero haut-amazoniens (HA), les Forastero bas-amazoniens (BA) et les Trinitario (Tr). Six groupes de référence (Amelonado, criollo, Nana, Iquitos Mixed Calabacillo, Parinari et Scavina) supposés être à l’origine des cacaoyers cultivés au Cameroun, expliqueraient la quasi-totalité de la diversité génétique des accessions des poducteurs. Les gènes du groupe Amelonado étaient les plus représentés dans le matériel des producteurs. Très peu d’allèles spécifiques aux Scavina et Criollo ont été détectés dans ce matériel. La forte diversité moléculaire et phénotypique et la présence d’allèles uniques parmi les accessions des producteurs montrent l’existence d’un potentiel de sélection dans ce matériel. Ce potentiel a été mis en évidence par l’identificatin de plusieurs génotypes résistants à la pourriture des fruits, contrainte majeure de la cacaoculture au Cameroun. L’évaluation de la résistance à cette maladie suggère également que les connaissances des producteurs sur le niveau de résistance au champ de leurs cacaoyers, peuvent être exploitées efficacement dans la sélection participative
Génétic diversity of cacao (Theobroma cacao L. ) accessions in farmers’ field and genebanks in Cameroon was studied with 12 microsatellite markers and several phenotypic traits of agronomic interest. Knowledge of farmers on their planting material was collected within the framework of a participatory selection programme, and subsequently compared with molecular and phenotypic data. The molecular assessment of the arm accessions are closely related. GA beong to three main genetic groups of the cacao species : Upper Amazon Forastero (UA), Lower Amazon Forastero (LA) and Trinitario (Tr). The genetic diversity among FA could be largely explained by the contribution of six reference genomes (Amelonado, Criollo, Iquitos Mixed Calabacillo, Nanay, Parinari and Scavina) supposed to be at the origin of cultivated cacao populations in Cameroon. The genes from the Amelonado group predominated in the FA whereas those from Scavina and Criollo were less represented. The large molecular and phenotypic diversity and the presence of private alleles among FA show the potential for selection of this material. This potential was further demonstrated by the identification of several resistant genotypes among FA tested for resistance to Phytophtora pod rot (Ppr), the major cacao production constraint in the country. The results from Ppr evaluations suggest also that farmers’ knowledge on the field resistance of individual cacao trees might be exploited efficiently in the participatory breeding programme

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Diogo, Dorothée. "Diversité génétique et diversification chez la levure pathogène opportuniste Candida albicans." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077117.

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Abstract:

Candida albicans est une levure commensale de la flore gastro-intestinale de l'homme. C'est également un des principaux organismes pathogènes opportunistes fongiques. La population de C. Albicans est structurée en clades. Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit est consacré à l'étude des événements moléculaires qui sous-tendent la diversité intra- et inter-clades chez C. Albicans. Nous avons montré que la diversification des isolats au cours du commensalisme fait fréquemment intervenir des événements de recombinaison conduisant à de larges pertes d'hétérozygotie (LOH). Par ailleurs, nous avons mis en évidence un excès d'hétérozygotie dans la population, suggérant l'existence d'un mécanisme de contre-sélection des LOH. De plus, nous avons démontré que les échanges génétiques entre les clades et au sein des clades sont rares et que, par conséquent, les clades ne constituent pas des espèces cryptiques. Une étude exhaustive de la variabilité génomique au sein de l'espèce a montré que les souches de C. Albicans peuvent différer par un nombre significatif de SNPs et d'insertions/délétions impliquant majoritairement des éléments transposables et des séquences répétées en tandem. Enfin, et de façon importante, nous avons montré que la distribution de ces indels est hautement corrélée avec la structuration de la population en clades. L'ensemble de ces résultats a contribué à une meilleure compréhension de la diversité génétique et des mécanismes de diversification au sein de l'espèce C. Albicans
Candida albicans is a common component of the human digestive tract and is considered the major opportunistic fungal pathogen. Candida albicans is an asexual yeast with a largely clonal propagation and a population structured in clades. The research project introduced in this manuscript aimed to shed light on the genetic diversity underlying the C. Albicans population, between and within clades. We have shown that, during commensalism, large Loss of Heterozygosity (LOH) events are fréquent. Moreover, we have evidenced an excess of heterozygosity in the C. Albicans population, suggesting that large LOH events ïnust be counter-selected to maintain a high level of heterozygosity. Additionally, we hâve shown that genetic exchanges are rare between and within clades, demonstrating that clades do not depict cryptic species. Finally, we have performed a comprehensive investigation of the genomic variability in the C. Albicans species. The results have shown a significant number of SNPs and insertions/deletions differentiating C. Albicans strains. Indels events, mainly attributed to transposable éléments and tandem repeats, contributed to a gene content variability among strains. Importantly, we have demonstrated that the distribution of the SVs in the population of C. Albicans is superimposable with the assignment of strains to clades. Taken together, our results contribute to a comprehensive overview of the different events underlying the genetic diversity in the C. Albicans population

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Zitoun, Khamassi Bechira. "Structure et diversité génétique de l'olivier (Olea europaea L. ) en Tunisie." Corte, 2009. http://www.theses.fr/2009CORT0015.

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Abstract:

L'olivier « Olea europaea L. Ssp europaea » est un arbre symbolique et omniprésent dans la flore tunisienne depuis des millénaires à l'état sauvage (var. Sylvestris) ou cultivé (var. Europaea). Afin d'étudier la structure de la diversité génétique et de déterminer l'origine de l'olivier tunisien, nous avons effectué des analyses moléculaires des oliviers tunisiens (lOI accessions et 20 formes sauvages) et d'autres oliviers de l'Est et de l'Ouest de la Méditerranée (27 cultivars et 10 formes sauvages). L'analyse des lOI accessions d'olivier tunisien, par les techniques de RAPD et SSR, a révélé 75 profils RAPD, dont 25 ont été confirmés par le génotypage SSR. Les 50 restants, sont classés dans 17 profils SSR. Ces résultats montrent que le germoplasme d'olivier tunisien est diversifié. En conclusion, 41 génotypes ont été déterminés et retenus pour l'établissement d'une base de données moléculaires de référence représentant l'essentiel de la diversité et permettant la construction d'une « Core collection». Quatre approches statistiques, l'analyse multivariée (AFe), la classification hiérarchique basée sur les distances génétiques, l'inférence baysienne et l'analyse de la variance moléculaire (AMOY A), ont été utilisées pour déterminer la corrélation entre l'apport de chacune des deux approches nucléaires (RAPD et SSR). La comparaison montre une corrélation des résultats qualitatifs, mais les valeurs quantitatives diffèrent. En se basant sur les données nucléaires RAPD et SSR, deux niveaux de structure ont été révélés: (i) les cultivars et les oléastres ont été séparés en deux groupes distincts; (ii) quatre groupes faiblement différenciés, correspondant à deux groupes de cultivars et deux groupes d'oléastres, ont été détectés. Ces résultat ont montré une divergence Est-Ouest des cultivars et ont révélé deux types de formes sauvages en Tunisie: des oléastres vrais et des formes férales. En se basant sur le polymorphisme de l'ADN nucléaire et de l'ADN chloroplastique, l'origine des variétés d'olivier tunisien a été déterminée. Ainsi, les variétés groupées avec les cultivars de l'Est et portant le chlorotype spécifique de l'Est (CEl ou CE2) sont probablement des variétés introduites de l'Est. Les variétés groupées avec des oléastres et portant un chlorotype de l'Ouest (COM 1, COM2 ou CCK) sont des variétés sélectionnées localement. Dans ce groupe, les variétés possédant un chlorotype Est sont probablement issus d'introgression entre pool génétique local et les variétés introduites. Ces résultats suggèrent différents événements de domestication et une origine multiple et complexe de l'olivier tunisien
The olive « Olea europaea L. Ssp europaea» is an emblematic tree in Tunisia. Both wild (var. Sylvestris ) and cultivars (var. Europaea) forms ofthis tree are omnipresent since thousands ofyears. This olive germplasm is diversified but little is known about its origin. Ln order to study the genetic structure and to determine the origin of Tunisian olives, we performed molecular analysis of olive trees sam pied inTunisia (lOI accessions and 20 wild forms) and in Estern and Western Medeterranean (27 cultivars and 10 wild forms). The analysis of the lOI Tunisian olive accessions with RAPDs and SSRs revealed 75 RAPD phenotypes from which 25 were confirmed with SSR genotyping. The 50 remaining ones were c1assified into 17 SSR genotypes. These results showed that tunisian olive germplasm is diversified. Ln conclusion, 41 genotypes were determined and retained for the establishment of molecular reference data base that represent the sum of diversity and enable the construction of « core collection ». Genetic structure ofthese varieties in comparison with the other olive trees sam pied in this study was investigated with both RAPD and SSR data. Four statistical approaches (multivariate analysis (AFe), distance based hierarchical c1ustering, Bayesian inference and analysis of molecular variance (AMOY A)) were used. RAPD and SSR data were analysed in the same manner to determine correlation between these two nuclear approaches. Comparisons showed correlation in qualitative results but quantitative values differed according to the method of analysis. Based on nuclear SSR and RAPD data, two levels of structure were revealed: first: cultivars and oleasters were separated in two distinct groups; second, four less differentiated c1usters, corresponded to two groups of cultivars and two groups of oleasters, were detected. These results showed an East-West divergence of olive cultivars and revealed two wild forms in Tunisia: true oleasters and ferai forms. Based on nuclear and plastid data the origin ofTunisian olive varieties was investigated. Thus, varieties which displayed a chlorotype specific to the Eastern Mediterranean (CE 1 or CE2) and c1ustered with cultivars from the East are probably varieties introduced from the East. Yarieties grouped with oleasters and displayed a chlorotype of the Western Mediterranean (COMI, COM2 or CCK) are locally selected varieties. Ln this group, varieties with the Eastern Mediterranean chlorotype are probably the result of introgression between local genetic pool and introduced varieties. These results suggest different domestication events and a multiple and complex origin of Tunisian cultivars

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Perrier, Xavier. "Analyse de la diversité génétique : mesures de dissimilarité et représentations arborées." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20201.

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Abstract:

Une structure arboree est une representation coherente d'un processus de diversification genetique. On s'interesse ici aux methodes de construction arboree a partir de mesures de dissimilarite, en particulier sous l'aspect de la stabilite. Apres une presentation theorique de l'ensemble des dissimilarites, on etudie les indices sur donnees binaires et leur comportement sous un modele d'erreur aleatoire. On montre que les caracteristiques biologiques des marqueurs moleculaires pemettent de choisir une dissimilarite qui minimise l'erreur liee a la perte d'information genetique. Dans une approche non-parametrique, on etudie les proprietes d'une distance ordinale basee sur le seul ordre des dissimilarites. On mesure le gain de precision des versions ordinales des algorithmes de regroupement par une procedure de comparaison par simulations. Les principes des methodes heuristiques de construction arboree sont rappeles et leurs proprietes face au probleme de stabilite, sont precisees. On presente une technique de greffage d'un individu supplementaire sur un arbre preetabli et une methode de regroupement sous contraintes de structure de sous-ensembles. On s'interesse ensuite a la construction d'arbres consensus, resumant les structures communes a plusieurs arbres. On propose un cadre formel de construction d'une distance entre arbres comme une distance sur le graphe de couverture du semi-treillis des distances additives. Pour etablir un test statistique, on etudie les distributions asymptotiques ou empiriques de diverses distances entre arbres. Ces methodes sont regroupees dans un logiciel qui est disponible.

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Gomez, Marisa Anahi. "Diversité génétique des Bradyrhizobia nodulant le soja et mécanismes potentiellement impliqués." Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS017.

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Abstract:

L'étude de la diversité génétique des Bradyrhizobia symbiotes du soja a un intérêt tant au niveau pratique que théorique. La connaissance de cette diversité est nécessaire afin d'introduire avec discernement de nouvelles souches de Bradyrhizobium dans l'environnement. D'autre part, l'analyse des mécanismes impliqués dans l'origine de la diversité permettra d'estimer les chances d'apparition de nouvelles souches. L'objectif de ce travail était d'examiner la diversité génétique des populations indigènes et/ou naturalisées, de Bradyrhizobium nodulant le soja, isolées de sols argentins et d'analyser la possibilité que le transfert latéral de gènes (spécialement des gènes de nodulation) entre souches de Bradyrhizobium spp introduites et indigènes, génère la diversité des populations naturelles. La diversité génétique de 950 souches isolées des sols argentins, a permis d'identifier 8 génotypes caractéristiques des espèces B. Japonicum et B. Elkanii et de mettre en évidence la présence de souches HRS possédant un nombre important de copies de séquences répétées. La prédominance des souches de B. Elkanii pourrait être due à l'utilisation de ces souches dans les inoculants commerciaux dans les années 80. Par ailleurs, on n'a pas trouvé de relation entre la distribution des différents génotypes et les caractéristiques physico-chimiques des sols. . .

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Chaix, Raphaëlle. "Démographie, culture et diversité génétique : le cas des populations humaines nomades." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066045.

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Rivière, Taiana. "Diversité génétique, structure des populations et phylogéographie des champignons ectomycorhiziens tropicaux." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20067.

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Hocquigny, Stéphanie. "La diversité génétique intra-variétale chez la vigne : Caractérisation et origines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13086.

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Abstract:

Les variétés de vigne (Vitis vinifera L. ), ou cépages, sont composées d'un ensemble de clones présentant des caractéristiques ampélographiques homogènes avec des différences mineures. Cette diversité clonale peut avoir pour origine, d'une part, par différents évènements de reproduction sexuée et, d'autre part, une accumulation de mutations somatiques durant les nombreux cycles de propagation végétative. Ce mémoire de thèse présente une étude de la diversité génétique intra-variétale réalisée sur un échantillon de 477 clones du groupe variétal des pinots, provenant de cinq régions viticoles et appartenant à six variétés. Cette analyse, réalisée à 50 loci microsatellites, a montré l'existence de deux groupes de clones présentant des niveaux de similarité génétique distincts. Dans le premier groupe composé de 474 clones, les niveaux de similarité génétique sont très élevés, compris entre 0. 97 et 1. 00. Un génotype majoritaire est partagé par 45 % des clones appartenant à différentes variétés. Les clones variants de ce génotype se différencient par une variation sur un, deux, voire trois loci. Vingt marqueurs polymorphes ont permis d'identifier 35 génotypes différents. Dans 70 % de ces cas, la variabilité est révélée par des génotypes tri-alléliques et, plus rarement, tétra-alléliques. Ces différents résultats indiquent que les clones de ce premier groupe sont très probablement issus d'un même zygote ancestral (origine monozygotique). Dans le deuxième groupe, trois clones de pinot noir présentent des niveaux de similarité génétique comparable à ceux observés au niveau inter-variétal (0. 74 à 0. 92). Deux d'entre eux sont très probablement issus de croisements entre un pinot et un apparenté, le troisième de l'autofécondation d'un pinot noir, donc de zygotes différents de celui dont sont issus les clones du premier groupe (origine polyzygotique). Afin de comprendre l'origine des variations tri-alléliques chez une espèce diploi͏̈de, nous avons, dans un premier temps, confirmé par séquençage l'appartenance à un même locus des trois allèles observés. Le clone agréé de pinot gris PG52, tri-allélique à deux loci, a ensuite été utilisé pour analyser (i) le mode de transmission des allèles dans une descendance d'autofécondation, (ii) la composition allélique de différents organes de la plante et (iii) la ségrégation de ces allèles dans des plantes issues d'embryogénèse somatique. Nous avons ainsi montré que la présence simultanée de trois allèles résultait d'une structure tissulaire chimérique, dans laquelle les deux couches cellulaires du méristème apical étaient génétiquement différentes. Une telle structure ne peut être maintenue que par multiplication végétative. L'origine monozygotique de la majorité des pinots et l'état chimérique des clones variants nous ont permis de retracer une phylogénie possible des différents évènements mutationnels ayant conduit à la diversité actuelle. Ces résultats représentent les premières bases pour l'identification et la protection des obtentions clonales, le chimérisme apportant de nouvelles perspectives pour l'amélioration de la vigne.

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Rochus, Christina. "Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.

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Abstract:

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection
Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection

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Raffoux, Xavier. "Diversité et déterminisme génétique de la recombinaison méiotique chez Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS392/document.

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Abstract:

L’agriculture moderne doit assurer notre sécurité alimentaire dans le contexte d’un changement climatique qui entraîne une baisse des rendements. Une meilleure compréhension des facteurs contrôlant la recombinaison méiotique ouvrirait la voie à la modification du nombre et de la répartition des crossing-overs, ce qui permettrait une localisation plus précise des facteurs génétiques contrôlant les caractères d’intérêt agronomique et faciliterait le pyramidage d’allèles favorables au sein d’un même génotype élite. Pendant ma thèse, j’ai développé une méthode de mesure à haut débit de la recombinaison chez la levure Saccharomyces cerevisiae pour étudier la diversité de la recombinaison et de l’interférence au sein d’une collection de 24 souches représentatives de la diversité de l’espèce ainsi qu’au sein d’un dispositif di-allèle à cinq parents. Les résultats montrent un nombre moyen de crossing-overs par méiose compris entre 24 et 61, ce qui est plus élevé que chez la majorité des autres espèces. Plus particulièrement, les profils de recombinaison diffèrent entre souches, atteignant un écart d’un facteur 9 dans certaines régions. Les souches originaires d’habitats peu stables n’ont cependant pas un niveau de recombinaison plus élevé que les souches originaires d’environnements stables. En outre, la plupart des souches montrent de l’interférence dont la force est corrélée positivement avec le niveau de recombinaison. L’étude de la relation entre niveau de recombinaison et similarité de séquence entre homologues, à différentes échelles locales ou globales, indique que la recombinaison est contrôlée à la fois par des éléments cis et des facteurs trans. Par ailleurs, l’hétérozygotie chez les hybrides a un effet négatif sur le niveau de recombinaison, mais les homozygotes ont aussi un niveau de recombinaison réduit par un effet de dépression de consanguinité. Ce travail permettra maintenant d’étudier la réponse de la recombinaison à la sélection et de détecter les QTL de nombre de crossing-overs, afin d’identifier des gènes qui contrôlent la recombinaison
Modern agriculture must ensure food security in a context of climate change that will lower yields. A better understanding of the factors controlling meiotic recombination could pave the way to modifying the number and distribution of crossing-over, which would allow a more precise localization of genetic factors controlling agronomic traits, and facilitate gene pyramiding in selection programs. During my thesis, I developed a method for high-throughput measurement of recombination rates in the yeast Saccharomyces cerevisiae. This allowed me to study the diversity of recombination and interference in a collection of 24 strains representing most of the diversity of the species, as well as within a five-parent di-allele design. The results show an average number of crossovers per meiosis ranging between 24 and 61, higher than in the majority of other species. Furthermore, recombination patterns differ between strains, and ratios of local recombination rates show 9-fold differences in some regions. Strains from unstable habitats, however, do not have a higher level of recombination than those from stable environments. In addition, most strains show interference whose strength is positively correlated with the level of recombination. The study of the relationship between recombination rate and sequence similarity between homologs at different scales (from local to global) indicates that recombination is controlled by both cis elements and trans factors. Lastly, heterozygosity in hybrids has a negative effect on crossing-over, but homozygotes also have a reduced level of recombination due to inbreeding depression. This work will now be used to study the response of recombination to selection and to detect QTL of crossover number in order to identify genes controlling recombination

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Bardin, Marc. "Diversité phénotypique et génétique des oïdiums des cucurbitacées, Sphaerotheca fuliginea et Erysiphe cichoracearum." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10103.

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Abstract:

La lutte contre l'oidium des cucurbitacees repose essentiellement sur l'utilisation de fongicides et de varietes resistantes (pour le melon). Le developpement de strategies phytosanitaires efficaces et durables ne peut provenir que d'une connaissance de la diversite et de l'evolution des populations parasites responsables de la maladie. L'examen de plus de 400 echantillons de curcurbitacees parasitees, provenant de differentes regions du monde, a permis de verifier la presence des deux especes, erysiphe cichoracearum et sphaerotheca fuliginea, la seconde etant majoritairement presente dans les cultures. Des pathotypes ont ete caracterises sur concombre a, melon b, courgette c et pasteque d: ab, abc et bc chez e. Cichoracearum, ab et abc chez s. Fuliginea. L'etude de la diversite du pouvoir pathogene vis a vis de 9 varietes de melon a permis de detecter 2 races chez e. Cichoracearum et 5 chez s. Fuliginea (dont 2 nouvelles). L'analyse du determinisme genetique de la resistance a ete realisee sur deux cultivars de melon, pi 124112 et pi 414723. L'etude de la sensibilite des oidiums a 4 fongicides a necessite la mise au point d'une technique sur disques de cotyledons en plaque de microtitration. Les informations recueillies sur les 91 souches testees ont revele une grande diversite de phenotypes, une forte proportion de souches multiresistantes et une difference de comportement de chacune des especes vis a vis des fongicides inhibiteurs de la biosynthese des sterols. La diversite genetique des deux especes d'oidium a ete estimee sur 69 souches a l'aide de deux marqueurs moleculaires independants. La digestion de la region its par 11 enzymes de restriction n'a pas permis de mettre en evidence de variabilite intraspecifique chez s. Fuliginea contrairement a e. Cichoracearum. Une diversite genetique a ete observee chez les deux especes avec la technique de rapd. Aucun groupe de souches n'a pu etre degage chez s. Fuliginea. Trois groupes correspondant aux groupes its-rflp, et partiellement correles avec l'hote d'origine et la virulence des souches ont ete observes chez e. Cichoracearum. Enfin, le sequencage de la region its nous a permis de mesurer les distances genetiques existantes entre s. Fuliginea, e. Cichoracearum, oidium lycopersicon et e. Graminis

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Mella-Flores, Daniella. "Diversité génétique et fonctionnelle des cyanobactéries picoplanctoniques marines et adaptation aux stress environnementaux." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066359.

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Abstract:

De par leur abondance et ubiquité, les picocyanobactéries marines des genres Prochlorococcus et Synechococcus jouent un rôle clé dans l’écosystème marin. Afin de mieux comprendre l'influence des facteurs environnementaux sur leur répartition, la diversité génétique et fonctionnelle de ces microorganismes à été étudiée par différentes approches. Dans le premier chapitre, la distribution des principaux clades phylogénétiques de ces deux genres a été étudiée le long d'un transect en Mer Méditerranée. Cette étude a permis de mieux comprendre la structure des populations de picocyanobactéries dans cette région et de mettre en évidence sa stabilité sur une échelle de temps de 10 ans, malgré une augmentation significative des températures de surface dans le bassin Levantin. Le second chapitre a été consacré à l'étude des réponses photophysiologiques et transcriptomiques des picocyanobactéries face aux stress lumineux et oxydant. Nos résultats ont mis en évidence que Prochlorococcus et Synechococcus répondent différemment à ces stress et des éléments de réponse ont été apportés quant au rôle respectif de la lumière et du stress oxydant sur les processus de photoacclimatation. Enfin, à travers l’étude des rythmes circadiens et de la production d’oxygène, nous avons exploré les conséquences physiologiques de la réduction génomique chez Prochlorococcus. Ainsi, nous avons pu mettre en évidence que malgré la perte de certains gènes impliqués dans ces processus physiologiques, cet organisme semble capable de maintenir ces fonctionnalités, bien que de manière réduite par rapport à Synechococcus. Les mécanismes compensateurs impliqués et leur mode de régulation restent encore à explorer.

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Dalbera-Stefanaggi, Marie-José. "Unité et diversité des parlers corses : le plan phonologique : parenté génétique et affinité." Aix-Marseille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987AIX10036.

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Abstract:

Fondee sur des materiaux originaux recueillis au cours de plus de dix ans d'enquete de terrain en corse, l'etude s'attache surtout a la face phonique de la langue (phonetique, phonologie, morphologie), a la fois sous l'angle de son fonctionnement actuel et sous celui de sa genese. Trois parties d'inegale ampleur composent l'ouvrage : le materiau phonique, essai de classification typologique, etude diachronique. Le chapitre consacre au materiau phonique insiste sur quelques traits permanents a l'interieur du domaine, qui caracterisent celui-ci : glissando sur la voyelle tonique, fermeture specifique de certaines voyelles, devoisement progressif des consonnes intervocaliques, cacuminalisation. . . L'etude comparative synchronique, elaboree a partir d'une conception sensiblement renouvelee des phenomenes de joncture, met en evidence les divers types de systemes en presence (avec les chevauchements eventuels) et leur repartition dans l'espace (cartes a l'appui). Au cours de la partie diachronique de l'ouvrage, apres un etat circonstancie de l'ensemble des travaux, un reexamen minutieux des faits fait apparaitre que la dichotomie nord = toscan en face de sud = sarde est insuffisante et que, sur le plan du vocalisme au moins, trois zones distinctes doivent etre identifiees, qui correspondent a trois stades de developpement du vocalisme attestes par ailleurs dans l'italie peninsulaire. L'essai de reconstruction tente de cerner les phases successives du developpement du phonetisme en rapport avec les grandes mutations romanes, de montrer le degre de parente genetique entre les dialectes et de faire apparaitre la part de l'interference consecutive au contact. Au dela des changements communement admis (palatalisations, assimilations, lenition. . . ), deux hypotheses-clef sont emises relativement a la genese du vocalisme sudiste (en fonction de la structure syllabique) et a la genese du vocalisme nordiste (par l'intermediaire d'une diphtongaison)
Based on original material collected over the past ten years in the field in corsica, this study deals particularly with the phonic aspects of the language (phonetics, phonology, morphology), both from a genetic point of view and from that of its present-day functionary. The work is composed of three unequal parts : the phonic material, a tentative typological classification and a diachronic study. The chapter on the phonic material stresses certain permanent and characteristic features within the domain : glissando on the tonic vowel, specific closing of certain vowels, progressive unvoicing in intervocalic consonants, cacuminalisation. . . The synchronic comparative study, worked out on the basis of noticeably renewed conception of the phenomena of juncture, reveals the diverse types of systems that are present, their possible overlapping and their geographical distribution (backed up by maps). In the diachronic part of the work, after a detailed amount of the research as a whole, an extremely thorough reexamination of the facts makes it quite clear that a division into north = tuscan as opposed to south = sardinian is inadequate and that, as far as the vowel system at least is concerned, three distinct zones must be identified. These zones correspond to three phases of development of the phonic system, phases which have been attested elsewhere in the italian peninsula. In the diachronic reconstruction, an attempt has been made to define the successive phases in the development of the phonic system in relation to the main romance shifts, to show the degree of genetic kinship existing between the dialects and to make manifest such interference as resulted from contact. Over and above the changes commonly acknowledged (palatalisations, assimilations, lenition. . . ), two key hypothesis are postulated concerning the genesis of the southern vowel system (with respect to its syllabic structure) and the genesis of the northern vowel system (via a diphthongisation)

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Kohi, N'Goran Jeanne Andi. "Contribution à l'étude génétique du cacaoyer par les marqueurs moléculaires : diversité génétique et recherche de QTLs." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20159.

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Les marqueurs rapd ont ete developpes pour etudier la diversite genetique et la cartographie du cacaoyer a cause de leur simplificite et des possibilites de transfert de technologie qu'ils offrent. Ils ont permis de classer les genotypes etudies en trois grands groupes qui sont les forastero bas amazoniens, les forastero haut amazoniens et les criollo, en accord avec la classification morphogeographique. Ils se presentent ainsi comme un outil efficace de classification. L'etude des parametres genetiques de la diversite revelee par les rflp a mis en evidence une grande diversite genique au sein des cacaoyers et a revelee une grande richesse allelique au sein de la population de la haute amazonie. Tous les groupes presentent des desequilibres dus au systeme de reproduction mais aussi a la presence tres probable de sous populations. Les groupes les plus eloignes sont les criollo et les forastero haut amazoniens. Cependant une forte differenciation genetique a ete mise en evidence entre les forastero haut amazoniens et les forastero bas amazoniens. La recherche de qtl pour les caracteres morphologiques et ceux de la resistance au phytophthora a permis de localiser des regions chromosomiques impliquees dans l'expression de certains des caracteres etudies. Ainsi, des qtl de la resistance au phytophthora ont ete mis en evidence sur les groupes de liaison 1 et 8. Differentes regions chromosomiques ont ete mises en evidence pour les caracteres mesures a divo et a bingerville

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Triques, Karine. "Diversité génétique du VIH-1 : impact sur le diagnostic moléculaire et la variabilité génétique intra-patient." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20129.

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Abstract:

Le vih-1, caracterise par une importante diversite genetique, est subdivise en trois groupes m, n et o. Le groupe m, qui regroupe les principaux virus responsables de l'epidemie mondiale du sida, est compose de dix sous-types genetiquement differents (a a j), avec une repartition geographique tres heterogene, et une diversification considerable en afrique. L'analyse de plusieurs souches africaines, preliminairement classees dans le sous-type f, a revele une tres grande divergence au sein du sous-type f, caracterise dorenavant par deux sous-groupes f1 et f2. Cette etude a egalement permis de caracteriser un nouveau sous-type : le sous-type k (triques et al. , 1999a ; 1999b). Les consequences de la diversite genetique sur le diagnostic moleculaire et sur la progression de la maladie ont ete abordees. La diversite genetique du vih-1 diminue l'efficacite de certains tests de detection et de quantification de l'arn viral plasmatique de plusieurs souches, notamment les souches de sous-types a. La performance d'un nouveau test (version 1. 5 du test amplicor hiv-1 monitor) a ete verifiee sur plusieurs souches de sous-types a a g. Cette etude a permis de confirmer l'efficacite maximale de ce test (triques et al. , 1999c). Le sous-type genetique, soupconne egalement d'influencer la transmissibilite et la pathogenicite du virus, pourrait agir sur l'heterogeneite de la population virale au sein de l'individu infecte. Dans le cadre d'un suivi de cohorte de patients infectes par differents sous-types, aucune correlation n'a ete obtenue entre l'appartenance du virus a un sous-type et sa variabilite intra-patient, par contre une correlation entre le phenotype si des souches vih-1 et l'augmentation de l'heterogeneite de la population virale intra-patient a ete observee. Triques k et al. 1999a. Virology. 20 ; 259(1) : 99-109. Triques k et al. 1999b. Aids res. Hum. Retroviruses. Sous presse. Triques k et al. 1999c. J. Clin. Microbiol. 37(1) : 110-116.

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Bou, Dagher-Kharrat Magida. "Caractérisation du génome et structuration géographique de la diversité génétique du genre Cedrus." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066275.

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Hinsinger, Damien. "Diversité et évolution du genre Fraxinus." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27439/27439.pdf.

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Abstract:

Le genre Fraxinus comprend environ 45 espèces d’arbres et d’arbustes de zones tempérées, colonisant des habitats variés de l’hémisphère Nord. Une diversité intraspécifique et interspécifique élevée justifiait le besoin de l'estimation d'une phylogénie moléculaire permettant de mieux reconstituer et interpréter l'histoire biogéographique de ce genre d’angiospermes circumpolaires, et ce à l’échelle générique, mais aussi à l’échelle spécifique en Europe. L’étude de la diversité génétique des séquences du génome chloroplastique n’a pas permis de distinguer les différentes espèces du genre, particulièrement lorsque ces espèces étaient phylogénétiquement proches, en raison de taux de divergence particulièrement bas. Toutefois, certaines sections taxonomiques du genre ont pu être identifiées convenablement grâce à ces séquences d’ADN chloroplastique. Ces résultats montrent que l’utilisation de régions du génome chloroplastique comme code-barre moléculaire, en dépit de bons résultats dans plusieurs genres non ligneux, ne pourrait être une solution universelle pour l’estimation de la biodiversité et la reconnaissance taxonomique chez les arbres. Les efforts subséquents se sont donc portés sur l’identification et l’utilisation de régions du génome nucléaire pour l’estimation de la phylogénie du genre. Les sections précédemment décrites dans la littérature ont été retrouvées, et les espèces n’ayant pu être attribuées à un groupe taxonomique (incertae sedis) ont été assignées de manière robuste à la section Melioides. Certaines espèces de la section Melioides semblaient avoir échangé des gènes récemment ou avoir radié, formant une polytomie dans l’ensemble des jeux de données. À partir de cette phylogénie ont été inférés trois évènements de dispersions intercontinentales, deux de l’Amérique du Nord vers l’Asie, et un de l’Asie vers l’Amérique du Nord. L’évolution de la section Fraxinus, qui se retrouve principalement en Eurasie, a ensuite été étudiée et datée, afin de déterminer si des facteurs géologiques ou climatiques passés pouvaient être responsables de la structure de la diversité génétique actuellement observée. Une incongruence topologique majeure a été détectée entre les phylogénies découlant de différentes régions du génome nucléaire, mettant en évidence une évolution réticulée ancienne entre F. angustifolia et F. mandshurica. La mise en place de l’Himalaya et les changements climatiques de la fin du Tertiaire pourraient expliquer les évènements de spéciation dans la section, alors que le réchauffement climatique intervenu durant le Miocène pourrait avoir offert les conditions climatiques nécessaires au rapprochement des distributions naturelles et à l’évolution réticulée observée entre F. angustifolia et F. mandshurica. L’ensemble de nos résultats confirme le rôle important joué par l’hybridation naturelle et l’évolution réticulée ancienne, apportant un éclairage nouveau sur l’influence majeure qu’ont eu les changements environnementaux sur la mise en place de la diversité génétique et taxonomique actuelle dans le genre Fraxinus.
The genus Fraxinus contains about 45 species of temperate trees and shrubs colonizing various habitats in the Northern hemisphere. A great intraspecific and interspecific diversity indicated the need to estimate a molecular phylogeny in order to reconstruct and interpret the biogeographic history of this circumpolar angiosperm tree genus, both at the generic and the specific scale in Europe. The study of cpDNA diversity did not allow to distinguish among the different species of the genus, particularly when these species were closely related, due to very low divergence rates at the nucleotide level. However, some taxonomical sections of the genus could be recognised. These results show that the use of cpDNA regions as a molecular barcode cannot be a universal answer for the estimation of forest tree biodiversity, despite the good discrimination and results obtained with herbaceous plants. Thus, subsequent efforts at estimating the phylogeny of the genus were thus directed towards nuclear regions. The sections previously described were retrieved, and species that could not be attributed to a taxonomic group (incertae sedis) were assigned with confidence to the section Melioides. Some species of the section Melioides appeared to have exchanged genes recently or having radiated, forming a polytomy in all datasets. According to this phylogeny, three dispersal events were inferred, two from North America to Asia, the last from Asia to North America. The evolution of the section Fraxinus, which is mainly found in Eurasia, was further investigated and the phylogeny dated, in order to determine associations between past geological and climatic changes and the extant genetic diversity. A major incongruence was detected between tree topologies derived from different regions of the nuclear genome, indicating ancient reticulate evolution between F. angustifolia and F. mandshurica. The Himalaya uplift and climatic changes observed during the end of Tertiary could explain the speciation events in the section, whereas the warmer climate during the Miocene could have provided favourable conditions for expanding natural ranges, favouring reticulate evolution between F. angustifolia and F. mandshurica. All these results confirm the key role of natural hybridization and ancient reticulate evolution, highlighting the major influence of environmental changes on structuring the present taxonomical and genetic diversity of the genus Fraxinus.

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Born, Céline. "Diversité génétique et dynamique des forêts d’Afrique centrale : Une étude multi-échelle de la structure de la diversité génétique d’un arbre pionnier, Aucoumea klaineana." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20252.

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Abstract:

Cette thèse contribue à la compréhension des processus historiques, évolutifs et écologiques liés au maintien de la forte diversité biologique dans les forêts d'Afrique centrale. Notre approche est basée sur l'étude de la structuration de la diversité génétique intraspécifique d'Aucoumea klaineana, arbre pionnier endémique du domaine forestier de Basse Guinée. Plusieurs échelles spatiales ont été considérées afin de découpler les impacts des différents processus (historiques, évolutifs et écologiques) qui agissent à des pas de temps différents sur la diversité génétique. Nous avons montré qu'à l'échelle de l'aire de répartition, une grande part de l'hétérogénéité de la diversité génétique est expliquée par l'isolement historique de populations dans des refuges forestiers au cours du Dernier Maximum Glaciaire. Avec le retour des conditions favorables, les espèces forestières ont recolonisé les savanes pour atteindre leurs aires de distribution actuelles. Pour A. Klaineana, les effets de fondation responsable de la perte de diversité génétique associés aux processus de colonisation ont été évités grâce à l'homogénéité du succès reproducteur des individus. A l'échelle des populations, la structure génétique spatiale (SGS) résulte du processus d'isolement par la distance, l'équilibre formé entre flux de gènes et dérive. Une telle structuration est observée chez A. Klaineana, caractérisé par des distances de dispersion du pollen (128 m) et des graines (118 m) très limitées. Cet équilibre a été mis en évidence par des analyses de SGS qui laissent supposer que lorsque la densité d'arbre est plus faible et/ou que le milieu est ouvert, les distances de dispersion des gènes sont plus fortes. Ce résultat est lié aux syndromes de dispersion de l'espèce qui contribuent ainsi localement au maintien de la diversité génétique
This work contributes to our knowledge on historical, evolutionary and ecological processes linked with the high biological diversity in central Africa. We studied the structure of the genetic diversity of Aucoumea klaineana, a pioneer tree species, endemic to the Lower Guinea forest domain. Several spatial-scales were considered to infer impacts of the different processes (historical, evolutionary and ecological) acting with distinct time-scales on the genetic diversity. Considering the intraspecific genetic variation in the contemporary distribution of species, we showed that the heterogeneity in the distribution of the genetic diversity is due to the isolation of several source populations in forest refugia during the Last Glacial Maximum. After dry and cold periods, forest species recolonized savannahs and reached their current distribution areas. In A. Klaineana, founder effects associated with colonization processes were avoided by the homogeneity in reproductive success in adult trees. At fine-scale, the spatial genetic structure (SGS) generally resulted from the isolation by distance process, the equilibrium between gene dispersal and drift. Such structure is observed for A. Klaineana, characterized by both limited pollen and seed dispersal distances (128 and 118 m respectively). Here, SGS analyses may illustrate that reduced density of trees and/or forest opening is compensated by higher gene dispersal distances. This result is linked with dispersal syndromes of the species that locally contribute to the maintenance of the genetic diversity

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Mansour, Wael. "PRÉVALENCE ET DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE DES SOUCHES HBV ET HDV CIRCULANT AU NIGER ET EN MAURITANIE." Phd thesis, Université d'Angers, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00991555.

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Abstract:

Le portage chronique du virus de l'hépatite B (HBV) en Afrique est très élevé, avoisinant parfois jusqu'à 30% dans certaines régions. Selon l'OMS, sur les 400 millions de personnes souffrant d'une infection chronique HBV, 70 à 140 millions vivent en Afrique avec un taux de décès annuel d'environ 250 000 cas par an. Les données concernant l'infection concomitante par le virus de l'hépatite D (HDV) virus satellite de l'HBV, sont rares car peu d'études ont été réalisées en Afrique. Malgré ce fort taux de prévalence, les données concernant la caractérisation moléculaire des souches HBV et HDV sont limitées ou inexistantes dans la plupart des pays d'Afrique Subsaharienne et en particulier dans région du Sahara, vaste zone multiethnique, de passage et de brassage de populations. Au cours de cette étude, nous avons voulu déterminer la prévalence et l'épidémiologie moléculaire des souches HBV et HDV circulant la région du Sahara (Niger et Mauritanie). Tout d'abord, nous avons étudié une cohorte de donneurs de sang du Niger porteurs de l'AgHBs. Nous avons trouvé que 80% des souches étudiées appartenaient au génotype E. De plus, nous avons identifié et caractérisé un nouveau recombinant HBV/D-HBV/E représentant près de 20% des souches étudiées. Les points de cassure se situaient dans des " points chauds " de recombinaison, régions impliquées dans les événements d'intégration du génome de l'HBV. Des analyses phylogénétiques extensives nous ont permis de le classer comme un nouveau sous génotype. Nous avons proposé HBV/D8. Nous avons par la suite, en collaboration avec des équipes locales, étudié la diversité génétique HBV en Mauritanie, pays voisin du Niger, au sein de différents groupes représentatifs de la population : femmes enceintes (n=1020), consultants (n=954), donneurs de sang (n=11110) et patients suivis pour une infection HBV chronique (n=300). Le taux de portage de l'AgHBs, était de 11 à 18 % selon les populations étudiées, classant la Mauritanie comme pays à haute endémie pour l'HBV. L'exposition à l'HBV était associée en analyse multivariée, au niveau d'éducation, à l'ethnie, à des antécédents de transfusion et à la profession chez les femmes enceintes et, chez les consultants, au sexe masculin. Sur le plan moléculaire, 3 génotypes différents circulaient en Mauritanie (n=240) : l'HBV/D (56,3%), l'HBV/E (34,6%) et l'HBV/A (8,8%). De façon intéressante, 30% des génotypes D circulant en Mauritanie étaient l'HBV/D8. Cette diversité de l'HBV peut être expliquée par la localisation géographique du Niger et de la Mauritanie comme zones de passage entre l'Afrique du Nord et l'Afrique Sub Saharienne où l'HDV/D et l'HBV/E respectivement sont prédominants. D'autre part, 14 à 33% des patients HBV positifs étaient également infectés par l'HDV. La présence d'anticorps anti-Delta était associée en analyse multivariée chez les consultants, à l'âge et au sexe masculin, et chez les donneurs de sang, à l'âge, au nombre de mariages, à la profession (militaire), à la résidence (région du désert) et à des antécédents d'hospitalisation. Sur le plan moléculaire, le génotype HDV-1 est largement majoritaire (90%) mais l'HDV-5 a aussi été isolé (10% des cas). En conclusion, ce travail souligne encore la forte prévalence des hépatites B et Delta au Niger et en Mauritanie. Nous avons aussi mis en évidence une diversité génétique importante des souches circulant et notamment la caractérisation d'un nouveau sous-génotype HBV/D8 hautement prévalent. Il convient d'évaluer la sévérité de la maladie hépatique liée à cette diversité génétique et à ce nouveau variant, notamment son implication éventuelle dans l'oncogenèse hépatique par des événements de recombinaison génétique.

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Ségurel, Laure. "Mode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00547600.

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Abstract:

Cette thèse a pour objectif de s'interroger sur l'influence du mode de vie sur la diversité génétique humaine. Nous avons pour cela étudié plusieurs ethnies d'Asie Centrale qui diffèrent de par leur organisation sociale et leur mode de subsistance. Nous avons d'abord comparé la diversité génétique a priori neutre de populations patrilinéaires et cognatiques (populations se définissant par leur ascendance paternelle ou indifféremment par les deux sexes, respectivement). Cette étude, basée sur les autosomes et le chromosome X, nous a permis de montrer que les hommes ont un effectif efficace et un taux de migration réduits par rapport aux femmes chez les patrilinéaires, mais non chez les cognatiques. Ensuite, nous avons testé si les éleveurs et les agriculteurs ont subi différentes pressions de sélection liées à l'alimentation. Pour le gène de la lactase (digestion du lactose) et de l'AGXT (facilitant la digestion de la viande), nous n'avons pas trouvé de différence de diversité génétique entre populations. Cependant, nous avons montré que les éleveurs (représentés par les Kirghiz) présentent près de deux fois plus de résistance à l'insuline, phénotype proposé comme une adaptation aux faibles quantités de glucides dans l'alimentation, que les agriculteurs (représentés par les Tadjiks). Nous avons également mis en évidence des signatures d'adaptation locale entre éleveurs et agriculteurs sur certains gènes associés à la résistance à l'insuline. Ainsi, ces populations semblent s'être adaptées à des régimes alimentaires différents. Cette thèse conforte donc l'hypothèse d'une influence des facteurs culturels sur l'évolution de la diversité génétique des populations humaines.

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Verne, S. "Diversité et impact des Wolbachia féminisantes sur la structuration génétique d'Armadillidium vulgare." Phd thesis, Université de Poitiers, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00181052.

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Abstract:

Parmi les endosymbiotes, Wolbachia pipientis constitue à la fois le parasite de la reproduction le plus largement étudié et celui qui présente la plus grande variété d'effets sur son hôte. De par les manipulations de la reproduction de son hôte, Wolbachia est susceptible d'affecter la structuration génétique de son hôte. Armadillidium vulgare (Crustacé isopode) présente l'originalité d'héberger deux souches de Wolbachia féminisantes (wVulC et wVulM), ainsi qu'un facteur génétique féminisant non identifié (f). Au cours de ce travail, une troisième souche de Wolbachia vraisemblablement apparue par recombinaison des deux autres a été mise en évidence. Les prévalences de Wolbachia sont généralement faibles mais varient fortement d'une population à l'autre. La structuration génétique de l'hôte A. vulgare a été analysée à une échelle subrégionale, puis à l'échelle d'une métapopulation. L'utilisation de marqueurs microsatellites a révélé une diversité génétique importante et une structuration génétique faible, compatible avec un isolement par la distance (IBD). L'analyse du polymorphisme mitochondrial révèle au contraire un polymorphisme intra-populations faible et une forte structuration inter-populations, incompatible avec un IBD. Il est proposé que les facteurs féminisants soient soumis à sélection fréquence dépendante et qu'ils favorisent le maintien d'un petit nombre de mitotypes divergents par auto-stop génétique. Au sein de la métapopulation de la RBI de Chizé, une plus faible dispersion des femelles que des mâles et une forte connectivité des sous-populations semble favoriser de fortes prévalences de Wolbachia. L'analyse des biais de structuration génétique liés au sexe révèle que les facteurs féminisants tels que Wolbachia et f peuvent fortement biaiser les fréquences des mitotypes observés entre les sexes, mais aussi induire des biais de structuration génétique sur l'ADN nucléaire.

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Eyer, Pierre-André. "Modes de reproduction et diversité génétique chez les fourmis du genre Cataglyphis." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209190.

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Abstract:

Les insectes sociaux représentent le paradigme de la vie coopérative dans le règne animal. Ceci repose sur l’existence d’une division des activités reproductrices entre des individus reproducteurs (les reines et les mâles) et une majorité d’ouvrières sacrifiant leurs propres potentialités reproductives pour assurer l’essentiel des tâches logistiques nécessaires à l’essor des sociétés. Chez les Hyménoptères sociaux, l’analyse comparative des stratégies de reproduction révèle que la structure monogyne (une reine par société) et monandre (un seul accouplement par reine) est l’état ancestral des sociétés. Cette structure favorise une corrélation génétique élevée entre les ouvrières et le couvain qu’elles élèvent et, par conséquent, leur succès reproductif global (inclusive fitness). Cependant, un nombre croissant d’études génétiques montre que la structure des sociétés peut fortement s’éloigner de ce pattern. Ceci est particulièrement manifeste chez les fourmis, lesquelles présentent un très large polymorphisme social se traduisant par une grande variabilité du nombre de femelles reproductrices au sein des sociétés. Les formicidés sont également remarquables par la diversité de leurs modes de reproduction. Cette diversité concerne la fréquence des accouplements (monandrie/polyandrie) ou encore l’exploitation conditionnelle des modes de reproductions sexuée et asexuée. Chez quelques espèces, les futures reines sont en effet produites par parthénogenèse (elles sont des quasi-clones de leur mère), alors que les ouvrières sont issues d'une reproduction sexuée classique. Cette stratégie exceptionnelle permet aux reines d'accroître le taux de transmission de copies de leurs gènes dans la descendance, tout en conservant les bénéfices d'une diversité génétique dans la force ouvrière. Cette grande diversité de structures sociales et de modes de reproduction suggère l’action de nombreuses pressions sélectives. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse de doctorat visent à déterminer les facteurs responsables du large polymorphisme social et des nombreux modes de reproduction observés chez les fourmis désertiques du genre Cataglyphis. Ils sont articulés autour de deux axes principaux.

Les analyses phylogénétiques montrent que la polyandrie est ancestrale au sein du genre Cataglyphis. Le premier axe de ce travail a pour but d’étudier les causes évolutives justifiant le maintien d’un tel système de reproduction au sein de ce genre. Ce travail porte sur les avantages d’une diversité génétique accrue parmi les ouvrières. Une telle diversité génétique permettrait notamment d'accroître le polymorphisme de taille des ouvrières et l'efficacité de la division du travail [Chapitre 1], ou la résistance aux pathogènes de la force ouvrière [Chapitre 2]. [1] Ce premier travail a été réalisé sur Cataglyphis cursor, une espèce strictement monogyne et polyandre. Les résultats de cette étude révèlent une très grande fidélité des ouvrières à la tâche. Ils montrent l’existence d’une association significative entre la tâche réalisée par une ouvrière et sa lignée paternelle, ainsi qu’entre la taille des ouvrières et la tâche effectuée. [2] Le second travail de cette thèse a été réalisé chez C. mauritanica. Nos résultats montrent que la résistance aux pathogènes diffère entre ouvrières issues de différentes lignées paternelles lorsque ces dernières sont isolées. Curieusement, cette différence s’estompe lorsque les lignées paternelles sont regroupées au sein des sociétés polyandres. Dès lors, la polyandrie permettrait d’homogénéiser l’immunité des sociétés. Nos données montrent cependant que la résistance des ouvrières à Metarhizium anisopliae n’est pas corrélée à la diversité génétique de la colonie ou au nombre d’accouplements des reines.

Le second axe de ce travail porte sur les stratégies de reproduction remarquables observées chez les espèces de Cataglyphis appartenant au groupe altisquamis :C. velox, C. mauritanica, C. humeya et C. hispanica. Ces espèces partagent une stratégie unique dans le règne animal, appelée hybridogénèse sociale. L’hybridogénèse classique est un système reproductif dans lequel les parents issus de lignées génétiques distinctes s’hybrident. Alors que les génomes maternels et paternels sont exprimés dans la lignée somatique des descendants, le génome paternel est systématiquement écarté de la lignée germinale. En conséquence, seul le génome maternel est transmis aux générations futures. Dans le schéma d’hybridogénèse sociale reporté dans ces travaux, les reines s’accouplent systématiquement avec un mâle originaire d’une lignée génétique distincte. Elles utilisent la reproduction sexuée pour la production d’une caste ouvrière stérile intégralement hybride (analogue à la lignée somatique) et la reproduction asexuée par parthénogénèse pour la production des castes reproductrices mâles et femelles (analogues à la lignée germinale). Dans ce système, bien que les génomes paternels et maternels soient exprimés dans la caste ouvrière, seul le génome maternel est transmis aux descendants reproducteurs [Chapitre 3]. Le groupe altisquamis est représenté par plusieurs espèces au sein desquelles deux lignées génétiques s’hybrident systématiquement pour la production de la caste ouvrière. Le dernier chapitre de cette thèse [4] est une analyse phylogéographique des espèces de ce groupe dans la péninsule ibérique. Les résultats confirment l’existence d’une seule paire de lignées génétiques au sein de chaque espèce. Ces résultats révèlent également une contradiction entre les marqueurs nucléaires et mitochondriaux traduisant la complexité du système reproductif. Ces travaux soulignent l’ambiguïté des relations phylogéniques entre espèces d’un tel système et discutent de son implication dans la spéciation des espèces hybridogénétiques.

Social insects represent the most extreme form of cooperative life in the animal kingdom. This is based on the existence of a division of reproductive activities between the reproductive individuals (queens and males) and a majority of workers performing all logistical tasks at the expense of their own reproduction. In social Hymenoptera, comparative analysis of reproductive strategies reveals that colonies headed by a single mated queen (monogyny/monoandry) is the ancestral structure of colonies. This structure provides a high genetic correlation between the workers and the brood they raise and, therefore, their overall reproductive success (inclusive fitness). However, an increasing number of genetic studies reveal that the reproductive structure of colonies can strongly differ from this pattern. This is particularly obvious in ants, which have a very large social polymorphism resulting in a large variability in the number of reproductive females within colonies. The Formicidae are also remarkable for the diversity of their modes of reproduction. This diversity relates to mating frequency (monoandry/polyandry) or conditional use of sexual and asexual reproduction. In some species, new queens are produced by parthenogenesis (they are almost clones of their mothers), while the workers arise from a classical sexual reproduction. By using alternative modes of reproduction for queen and worker castes, queens can increase the transmission rate of their genes to their reproductive female offspring while maintaining genetic diversity in the worker population. This high diversity of social structures and modes of reproduction suggests the occurrence of many selective forces. This thesis aimed at determining environmental and genetic factors responsible for the large social polymorphism and the high diversity of reproductive modes display by Cataglyphis desert ants. This thesis is divided into two main parts.

Phylogenetic analyses show that polyandry is ancestral across the genus Cataglyphis. The first part of this thesis examines the genetic hypothesis to account for the evolution and maintenance of multiple mating by queen in this genus. This work focuses on the benefits of increased genetic diversity among workers. Such genetic diversity may increase the size polymorphism of the worker force and improve efficiency of the division of labor [Chapter 1] or increase pathogen resistance of the colony [Chapter 2]. In Chapter 1, the genetic hypothesis to enhance efficiency of division of labor was tested on Cataglyphis cursor, a strictly monogynous and polyandrous species. The results reveal a great fidelity in task performance by workers. They reveal a significant association between patriline and task preference: workers belonging to different patrilines differ in their propensity to perform a given task. We also found that worker size is closely associated with task specialization. The second work of this thesis [Chapter 2] was performed in C. mauritanica. Our results show that resistance to pathogens differs between workers from different patrilines when patrilines are raised separately. Surprisingly, this difference disappears when the patrilines are grouped within polyandrous colonies. Therefore, polyandry would standardize the overall resistance of colonies. Consistent with this result, our data show a positive association between the number of matings by the queens and colony resistance to Metarhizium anisopliae.

The second part of this thesis expounds the unorthodox reproductive strategies observed in species belonging to the group Cataglyphis altisquamis: C. velox, C. mauritanica, C. hispanica and C. humeya. These species share a unique strategy in the animal kingdom, called social hybridogenesis. Hybridogenesis is a sexual reproductive system, whereby parents from different genetic origin hybridize. Both the maternal and paternal genomes are expressed in somatic tissues, but the paternal genome is systematically excluded from the germ line, which is therefore purely maternal. Consequently, only the maternal genome spread across generations. Here, we report a unique case of hybridogenesis at a social level. Queens mate exclusively with males originating from a different genetic lineage than their own to produce hybrid workers, while they use parthenogenesis to produce the male and female reproductive castes. In consequences, all sterile workers (somatic line) are sexually produced hybridogens, whereas sexual forms (germ line) are clonally produced. Thus, only maternal genes are perpetuated across generations [Chapter 3]. The group C. altisquamis is represented by several hybridogenetic species in which two highly divergent genetic lineages co-occur, despite their constant hybridization. The last chapter of this thesis [Chapter 4] is a phylogeographic analysis of C. altisquamis species in the Iberian Peninsula. Our results confirm the existence of a single pair of genetic lineages within each species. Our results also reveal strong incongruences between nuclear and mitochondrial markers that reflect the reproductive system complexities. These studies reveal phylogenetic ambiguities among these hybridogenetic species and discuss the involvement of such unconventional system in speciation process.

Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Morin, Ricardo. "Diversité et structure génétique des populations de noyer cendré, Juglans cinerea L." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0014/MQ41968.pdf.

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Mérette, David. "Diversité génétique et morphologique des hybrides asexués Fundulus diaphanus X F. heteroclitus." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26112/26112.pdf.

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Abstract:

La présence d’hybrides asexués gynogénétiques entre Fundulus diaphanus et F. heteroclitus à deux sites en Nouvelle-Écosse (Porter’s Lake et Saint-Mary’s River) est documentée dans la littérature. Un échantillonnage aléatoire de Fundulus à douze stations le long du gradient de salinité de Porter’s Lake et le génotypage à l’aide de huit marqueurs microsatellites a permis de découvrir la présence d’un clone principal et de ses dérivés mutationnels, constituant ensemble 97% des hybrides. D’autre part, une méthode d’identification morphologique des F. diaphanus, des F. heteroclitus et des hybrides basée sur un algorithme de vraisemblance maximale a été élaborée pour utilisation sur le terrain, permettant une diagnose rapide et efficace à plus de 90%. Une grande variabilité morphologique des hybrides a été observée à l’aide de la morphométrie géométrique. Finalement, la vaste répartition d’un clone principal et de ses dérivés mutationnels, morphologiquement variables, laisse supposer la présence un génotype généraliste à Porter’s Lake.
Presence of asexual hybrids between Fundulus diaphanus and F. heteroclitus at two sites in Nova Scotia (Porter’s Lake and Saint-Mary’s River) has been documented in the literature. Random sampling of Fundulus along the salinity gradient of Porter’s Lake and genotyping using eight microsatellite markers revealed one main clone and its mutational derivatives in the lake, representing 97% of hybrids encountered. Also, a novel method of morphological identification of F. diaphanus, F. heteroclitus and hybrids based on a maximum likelihood algorithm has been elaborated for fieldwork purposes, allowing a quick, over 90% efficient, way to diagnose the three Fundulus types. Morphological analyses performed using geometric morphometrics also revealed that hybrids were no less variable morphologically than parental species. Finally, the presence of one main clone in different salinities and an important morphological variability suggest the presence of a General-Purpose Genotype in Porter’s Lake.

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Vignola, Stéphanie. "La levure Geotrichum candidum, diversité et applications en fromagerie." Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/28366.

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Abstract:

Geotrichum candidum est une levure dimorphique qui occupe plusieurs rôles importants au sein de l’écosystème microbien de la surface des fromages à croute fleurie et à croute lavée. Ses différentes activités, notamment celles d’alcalinisation et de production de composés aromatiques, sont toutefois reconnues pour être souche-dépendantes. Peu d’études ont été menées sur la génétique de l’espèce G. candidum, bien que celle-ci mériterait d’être exploitée dans l’optique d’optimiser la production de ferments d’affinage utilisés dans les fromages affinés en surface. Dans le cadre de ce travail, les génomes de 11 souches de Geotrichum/Galactomyces spp. isolées de produits laitiers ou de l’environnement, ont été séquencés et comparés au niveau génomique. Également, afin d’avoir une caractérisation complète des souches, leur morphologie, leur capacité à croître en présence de différentes sources de carbone et à 35 °C, ainsi que leur capacité à se développer dans des caillés modèles ont été évaluées. Des divergences ont été observées entre les séquences génomiques des souches de Geotrichum spp. et Galactomyces spp., conduisant à la distinction des différentes espèces étudiées et à la formation de différents sous-groupes au sein de l’espèce G. candidum qui sont similaires à ceux établis par une étude préalablement réalisée par « Multilocus Sequence Typing » (MLST). Des différences ont également été observées entre les souches de l’espèce Geotrichum spp. en ce qui concerne leur morphologie, leur capacité à assimiler différentes sources de carbone ainsi que leurs propriétés alcalinisantes et protéolytiques lors de l’affinage de caillés modèles. La caractérisation génomique et phénotypique de souches de Geotrichum spp. fournit ainsi de nouvelles informations sur leurs caractéristiques et leur comportement dans différents milieux. Ce travail est donc d’une grande importance pour favoriser une meilleure sélection des souches de Geotrichum candidum pour le développement et l’amélioration de fromages affinés en surface.
Geotrichum candidum is a dimorphic yeast which plays several important roles within the surface microbial ecosystem of mold- and smear-ripened cheeses. Its various abilities, in particular those of alkalinization and production of aromatic compounds in cheeses are, however, recognized to be strain-dependent. Few studies have been carried out on the genetics of the species G. candidum, although this kind of information would be very useful in order to optimize the production of ripening cultures used in different types of surface ripened cheeses. In this project, the complete genomes of 11 Geotrichum/Galactomyces spp. strains isolated from dairy products or the environment were sequenced. Furthermore, in order to have a complete characterization of the strains, their morphology and their ability to grow in presence of different carbon sources, at 35°C, and in soft-cheese model curds were tested. Our results showed divergence between the genomic sequences of Geotrichum spp. and Galactomyces spp. strains, leading to the distinction of the different species studied and to the identification of different sub-groups among the G. candidum species that are consistent with those established in a previous study using Multilocus Sequence Typing (MLST). Differences were also observed between Geotrichum spp. strains for their morphology, their ability to metabolize different carbon sources, and their alkalinisation and proteolytic activities on soft-cheese model curd. The genome sequencing and the phenotypic characterization of the Geotrichum spp. strains provide new information about their characteristics and behavior in different media. This work is therefore of great importance to perform a better selection of G. candidum strains for the development and improvement of surface ripened cheeses.

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Duboz, Priscilla. "Diversité populationnelle et don de sang à Marseille." Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20709.

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Abstract:

Cette thèse se propose d’examiner la présence des populations étrangères et d’origine étrangère à Marseille en relation avec leur représentation dans la population des donneurs de sang. L’histoire des populations étrangères à Marseille (chapitre 2), la démographie actuelle de ces populations (chapitre 3) et la présentation de nos échantillons d’étude (chapitre 4) permettent, dans le chapitre 5, de questionner les notions d’intégration et d’insertion appliquée à ces populations. Le chapitre 6, consacré à l’étude de la représentation des différentes composantes de la population étrangère chez les donneurs de sang marseillais (chapitre 6), permet de concevoir l’Etablissement Français du Sang Alpes-Méditerranée comme un observatoire socio-économique des populations étrangères et d’origine étrangère. Enfin, le dernier chapitre se propose de mettre en relation les questions d’insertion, de citoyenneté et de don de sang compris comme créateur d’un certain type de lien social (chapitre 7)
The aim of this thesis is to study foreign populations’ presence in Marseilles in relation to their representation in the blood donors population. The history of foreign population in Marseilles (chapter 2), current demography of theses populations (chapter 3) and presentation of our samples (chapter 4) allow us, in chapter 5, to examine integration and insertion notions, generally applied to theses populations. Chapter 6, devoted to the study of the representation of the different component of foreign population in Marseilles’ blood donors, permit to conceive Etablissement Français du Sang Alpes-Méditerannée as a socio-economic observatory of foreign populations and their descendants. Finally, the last chapter propose to examine the questions of insertion, citizenship and blood donation, understood as a creator of a certain social link (chapter 7)

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Baumel, Alex. "Situation des structures de diversité génétique dans l'enquête écologique." Habilitation à diriger des recherches, Aix-Marseille Université, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00819332.

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Abstract:

Les phénomènes étudiés par les sciences de la biodiversité sont complexes. Que peut apporter un chercheur, de son point de vue particulier, d'un champ d'investigation réduit, et de par ses moyens limités, à la compréhension de tels phénomènes ? Le sujet de ce mémoire s'inscrit dans ce registre, tout en précisant : " Quelle est la situation des analyses de la diversité génétique dans la recherche en écologie ? "

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Sadeuh, Mba Serge Alain. "Circulation, diversité génétique et évolution des entérovirus humains au Cameroun : interaction avec les poliovirus vaccinaux et les entérovirus simiens." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077224.

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Abstract:

La diversité génétique des entérovirus (EVs) humains, y compris les poliovirus (PVs), circulant au Cameroun a été évaluée d'une part sur tout le territoire chez des patients atteints de paralysie flasque aiguë, et d'autre part, chez des enfants sains dans la région de l'extrême Nord du pays. Les résultats obtenus indiquent une fréquence élevée couplée à une importante diversité génétique des EVs au Cameroun. Les EVs de l'espèce Human Enterovirus C (HEV-C) représentaient jusqu'à 56,5% des isolats identifiés. En dehors des types viraux mondialement distribués, des types et variants d'EV spécifiquement Africains ont été identifiés. L'étude des échanges génétiques entre HEV-C, incluant les PVs vaccinaux, a confirmé que des recombinaisons fréquentes dans les régions non structurales du génome participent à leur diversité génétique. En particulier les PVs co-circulent et échangent les séquences de leurs régions non structurales avec les autres HEV-C notamment avec les CVA-13, -17 et -20. La co-circulation des PVs et de divers HEV-C pourrait constituer un facteur viral majeur pour l'émergence des PVs recombinants pathogènes dérivés du vaccin (VDPVs). Par ailleurs, des EVs typiquement simiens, mais aussi des EVs précédemment connus comme étant des pathogènes humains ont été identifiés dans les selles de primates non humains (PNH) vivant en captivité et en faune sauvage. En particulier, quatre nouveaux types d'EVs simiens ont été identifiés. Les résultats confirment que la transmission inter-espèces d'au moins certains types d'EV est naturellement possible et pourrait jouer un rôle dans l'émergence de nouveaux EVs de l'homme chez les PNH et vice-versa
The genetic diversity of human enteroviruses (EVs), including polioviruses (PVs), circulating in Cameroon was investigated in acute flaccid paralysis patients throughout the entire territory as well as in healthy children from the far northern region of the country. The results showed a high frequency combined with a high genetic diversity of human EVs in Cameroon. The frequency of EVs belonging to the Human Enterovirus C species (HEV-C) was as high as 56. 5% of the identified isolates. Apart from worldwide distributed types, several African specific types and variants were identified. The investigation of genetic exchanges between HEV-C, including vaccine polioviruses, confirmed the fact that frequent recombination in the non structural regions of the genome contribute to their genetic diversity. PVs in particular co-circulate and exchange the sequences of their non structural regions with CVA-13, -17 and -20. The co-circulation of PVs and diverse HEV-C may be a major viral factor for the emergence of pathogenic recombinant vaccine¬derived PVs (VDPVs). In the other hand, simian specific EVs as well as EVs previously known human EVs were identified in the stools of captive and wild non human primates (NHP). Four novel types of simian EVs in particular were identified. The results confirm that cross-species transmission of at least some EV types can happen naturally and could play a role in the emergence of new EV types from humans to NHP and vice-versa

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Verne, Sébastien. "Diversité et impact des "Wolbachia" féminisantes sur la structuration génétique d'"Armadillidium vulgare"." Poitiers, 2007. http://www.theses.fr/2007POIT2281.

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Abstract:

Parmi les endosymbiotes, Wolbachia pipientis constitue à la fois le parasite de la reproduction le plus largement étudié et celui qui présente la plus grande variété d'effets sur son hôte. De par les manipulations de la reproduction de son hôte, Wolbachia est susceptible d'affecter la structuration génétique de son hôte. Armadillidium vulgare (Crustacé isopode) présente l'originalité d'héberger deux souches de Wolbachia féminisantes (wVulC et wVulM), ainsi qu'un facteur génétique féminisant non identifié (f). Au cours de ce travail, une troisième souche de Wolbachia vraisemblablement apparue par recombinaison des deux autres a été mise en évidence. Les prévalences de Wolbachia sont généralement faibles mais varient fortement d'une population à l'autre. La structuration génétique de l'hôte A. Vulgare a été analysée à une échelle subrégionale, puis à l'échelle d'une métapopulation. L'utilisation de marqueurs microsatellites a révélé une diversité génétique importante et une structuration génétique faible, compatible avec un isolement par la distance (IBD). L'analyse du polymorphisme mitochondrial révèle au contraire un polymorphisme intra-populations faible et une forte structuration inter-populations, incompatible avec un IBD. Il est proposé que les facteurs féminisants soient soumis à sélection fréquence dépendante et qu'ils favorisent le maintien d'un petit nombre de mitotypes divergents par auto-stop génétique. Au sein de la métapopulation de la RBI de Chizé, une plus faible dispersion des femelles que des mâles et une forte connectivité des sous-populations semble favoriser de fortes prévalences de Wolbachia. L'analyse des biais de structuration génétique liés au sexe révèle que les facteurs féminisants tels que Wolbachia et f peuvent fortement biaiser les fréquences des mitotypes observés entre les sexes, mais aussi induire des biais de structuration génétique sur l'ADN nucléaire
Among endosymbionts, Wolbachia pipientis is the most abundantly studied reproductive parasite. This parasite also induces the widest range of effects on its host. By manipulating host reproduction, it is expected that Wolbachia will affect host genetic structure. The woodlouse, Armadillidium vulgare (Isopod, Crustacean), is known to host two feminizing Wolbachia strains (wVulC and wVulM), as well as a third unidentified feminizing genetic factor (f). This work reveals the presence of a third Wolbachia strain that is probably the result of recombination between the two previously identified strains. Wolbachia prevalence and genetic structure of the A vulgare host was analyzed both at a sub-regional and metapopulational scale. Results reveal that Wolbachia prevalence is generally low but varies greatly among populations. The use of microsatellite markers revealed a high genetic diversity and a low genetic structure among populations, which is compatible with isolation by distance (IBD). Conversely, mtDNA analysis revealed a low polymorphism within populations and a high genetic structure among populations, results which are incompatible with IBD. It is therefore proposed that feminizing factors have evolved under frequency dependent selection thus favouring the maintenance of a low number of divergent mitotypes by genetic hitchhiking. Associated with a lower female than male dispersal, high connectivity between subpopulations seems to favour high Wolbachia prevalence at the metapopulation scale. The analyses of sex bias in genetic structure indicate that feminizing factors, such as Wolbachia and f, can greatly bias mitotype frequencies between sexes, while also inducing a sex-biased genetic structure on nuclear DNA

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Terrado, Ramon. "Diversité et succession des protistes dans l'océan Arctique." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27849/27849.pdf.

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Ainouche, Malika. "Les Populations diploïdes et tétraploïdes du genre Bromus L. , section Bromus Sm. (Poaceae) : analyse de la diversité génétique." Rennes 1, 1993. http://www.theses.fr/1993REN10131.

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Abstract:

La signification de la diversite phenotypique et genetique des populations diploides et tetraploides de la section bromus sm. Est apprehendee aux niveaux morphologique, chromosomique et alloenzymatique. Les 48 populations analysees proviennent d'algerie, du massif armoricain en france, et de collections de jardins botaniques d'origines diverses autour du bassin mediterraneen. Huit especes sont ainsi representees: bromus hordeaceus l. , b. Lanceolatus roth. , b. Intermedius guss. , b. Squarrosus l. , b. Alopecuros poiret, b. Arvensis l. , b. Scoparius l. Et b. Danthoniae trin. Il ressort de cette etude la plus forte variabilite des taxons tetraploides b. Hordeaceus et b. Lanceolatus qui colonisent une grande variete de biotopes, par rapport aux diploides, a repartition tres localisee. Plasticite phenotypique, diversite genetique induite et maintenue par l'allopolyploidie, flux geniques associes a un regime de reproduction flexible et a predominance autogame, se revelent etre la cle des capacites adaptatives et envahissantes des populations de bromes. La differenciation infraspecifique, plus marquee chez b. Lanceolatus, a ete mise en relation avec les conditions bioclimatiques. Chez b. Hordeaceus, la differenciation s'effectue entre populations atlantiques (france) et mediterraneennes (algerie). Au niveau interspecifique, la differenciation genetique est indeniable, quoiqu'inferieure a la moyenne rapportee chez d'autres especes vegetales. Ceci est le reflet de l'origine recente de ces taxons, fortement apparentes, qui forment de veritables complexes posant le probleme de la conception de l'espece chez les vegetaux

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Maudet, Célia. "Diversité et caractérisation génétique des races bovines et caprines originaires de la région Rhône-Alpes." Grenoble 1, 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10175.

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Abstract:

Dans ce travail, étudions la variabilité génétique de plusieurs races bovines et caprines originaires des régions alpines françaises au travers de marqueurs microsatellites. Nous montrons que les modes d'élevage des différentes races peuvent influencer significativement la diversité génétique présente dans les populations d'élevage. Ainsi, plusieurs races traditionnelles à répartition et effectif relativement réduits, présentent un polymorphisme génétique supérieur à des races commerciales au sein desquelles la sélection intensive a entraîné une baisse de variabilité. D'autre part, nous évaluons quatre tests d'assignation récemment publiés, visant à identifier la population d'origine d'un individu à partir de marqueurs microsatellites. Nous montrons que dans le cas des races d'élevage, cette assignation peut rarement être réalisée avec un seuil de certitude adapté aux exigences des applications agronomiques. Dans un deuxième temps, nous comparons les informations véhiculées par deux types de loci micrsatellites : des loci liés à des régions chromosomiques impliquées dans des QTL, et des loci présumés non-liés. Ainsi, nous montrons que ces deux types de loci peuvent fournir des indications contradictoires quant à l'estimation de la variabilité génétique et aux priorité de concervation. Enfin, au travers du polymorphisme de l'ADN mitochondrial, nous avons mis au point un test d'identification de lait bovin dans des fromages de chèvre. La caractérisation génétique des races bovines s'est, quant à elle, avérée délicate. Le polymorphisme de l'ADN mitochondrial, de marqueurs microsatellite ou AFLP a présenté des résolutions inadaptées à cette problèmatique. Seul le séquençage de gènes impliqués dans le déterminisme de caractères morphologiques, nous à permis de différencier les races étudiées. Ainsi, au travers du polymorphisme du gène MC1R nous avons développé un test de détection de lait de race Holstein dans les fromages des Alpes du Nord, où il est interdit.

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Petit, Florence. "Polymorphisme érythrocytaire : approche anthropologique et interprétation de patterns de diversité génétique, entre peuplement et sélection." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0240.

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Abstract:

Mon travail de thèse est fondé sur la recherche d’une meilleure compréhension de la distribution géographique des polymorphismes érythrocytaires: antigènes de surface des systèmes de groupes sanguins érythrocytaires (GSE) et glucose-6-phosphate déshydrogénase (G6PD) intracellulaire. L’analyse sur 75 populations d’Asie des fréquences de l'allèle DI*01 du système de GSE Diego, des haplotypes C2-M217 et C2-M401 du chromosome Y, des coordonnées géographiques et des langues, a pu montrer la corrélation entre ces marqueurs. La répartition de DI*01 semble suivre les conquêtes mongoles, avec une expansion radiale depuis la Mongolie, porté par les nomades de langue Altaïque présentant C2-M217 et C2-M401. L'étude du gène G6PD chez 80 individus de Guyane Française de la communauté des Noirs Marrons originaire d’Afrique sub-Saharienne, aborde les relations santé-environnement. Les mutations du déficit en G6PD caractéristiques des variants sub-Sahariens ont été retrouvées chez une personne sur huit. La répartition du déficit était inconnue en Guyane Française et est encore mal connue en Amérique Latine et dans les Caraïbes, où sévit encore Plasmodium vivax dont le traitement nécessite l’utilisation de la primaquine pouvant entraîner une hémolyse sévère chez les individus G6PD-déficients. Mon troisième objectif a été de mettre en évidence l’influence de différents facteurs sur la répartition des polymorphismes de 10 systèmes de GSE étudiant 343 populations. Par des modélisations, les fréquences alléliques ont été confrontées aux données environnementales et culturelles. Enfin, une étude a été réalisée sur le système Duffy avec des analyses de détection de la sélection sur données SNP
My Ph.D. work is based on the search for a better understanding of the geographical distribution of red blood cell polymorphisms: the surface antigens of red cell blood group systems (BGS) and the intracellular glucose 6-phosphate dehydrogenase (G6PD). The analysis on 75 Eurasian populations of frequencies of the DI*01 allele coding for Diego a antigen of Diego BGS, the C2-M217 and C2-M401 haplotypes of the Y chromosome, geographic coordinates and languages, has shown a correlation between these markers. The DI*01 distribution seems to follow the Mongol conquests, carried by the Altaic-speaking nomads possessing the C2-M217 and C2-M401 haplotypes with a radial expansion from Mongolia. The study of the G6PD gene in 80 individuals from French Guiana of the Noir Marron community originating from sub-Saharan Africa, addresses health-environment relations. Characteristic mutations of sub-Saharan variants of G6PD deficiency have occurred in one in eight people. The G6PD deficiency distribution was previously unknown in French Guiana and is still poorly known in Latin America and the Caribbean, where Plasmodium vivax still cracks down. Its treatment requires the use of primaquine which may cause severe haemolysis in G6PD-deficient individuals. My third objective was to highlight the influence of different factors on the distribution of polymorphisms of 10 BGS studying 343 populations. Through model adjustments, allelic frequencies have been confronted to environmental and cultural data. Finally, a study has been also conducted on the Duffy BGS by analyses of detection of natural selection on SNP data

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Wan, Kanglin. "Diversité génétique et résistance aux médicaments anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis en Chine." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00734513.

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Abstract:

Ce manuscrit décrit la distribution géographique des génotypes de Mycobacterium tuberculosis dans une large partie de la Chine, et l'étude d'une éventuelle corrélation avec la vaccination BCG et la résistance aux antibiotiques. La prévalence de la résistance a été analysée dans 10 provinces, et les mutations responsables de la résistance à la rifampicin et à l'INH ont été recherchées. La distribution des différents génotypes a été analysée par spoligotypage, par l'identification de délétions génomiques et par l'analyse du polymorphisme de répétitions en tandem (MLVA). Le génotype Beijing représente 55 à 93% des souches dans les provinces étudiées, avec un gradient allant du Sud vers le Nord de la Chine. Plusieurs autres familles sont identifiées, toutes appartenant à la clade dite " Moderne ". Les familles " Chine 2 " et " Chine 3 " qui représentent l'essentiel des autres souches sont rares en dehors de la Chine. Quelques souches de la famille CAS (Central Asia) sont également rencontrées dans une province et un ancêtre possible de la lignée Beijing dans une autre. La prévalence de la résistance aux antibiotiques a été mesurée parmi plus de 2000 isolats de 10 provinces. Le pourcentage de souches résistantes à au moins une drogue est de 45% et celui des souches multirésistantes est d'environ 29%. En Chine, à la différence d'autres pays, aucune corrélation n'est observée entre le génotype Beijing et la vaccination BCG. La distribution des mutations du gène rpoB a été déterminée ainsi que les mutations responsables de la résistance à l'INH. Aucune mutation n'est observée dans les gènes oxyR et ahpC. Cette étude est la première étude de grande envergure effectuée en Chine sur la diversité génétique de M. tuberculosis et sur les mécanismes de résistance aux antibiotiques.

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Senneville, Sauphie. "Diversité génétique et conservation de l'if du Canada, Taxus canadensis (Marsh.) au Québec." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0003/MQ44960.pdf.

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Dissertations / Theses on the topic 'Diversité et divergence génétique'

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