Dissertations / Theses: 'Diversité génétique du VIH-1'

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Triques, Karine. "Diversité génétique du VIH-1 : impact sur le diagnostic moléculaire et la variabilité génétique intra-patient." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20129.

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Abstract:

Le vih-1, caracterise par une importante diversite genetique, est subdivise en trois groupes m, n et o. Le groupe m, qui regroupe les principaux virus responsables de l'epidemie mondiale du sida, est compose de dix sous-types genetiquement differents (a a j), avec une repartition geographique tres heterogene, et une diversification considerable en afrique. L'analyse de plusieurs souches africaines, preliminairement classees dans le sous-type f, a revele une tres grande divergence au sein du sous-type f, caracterise dorenavant par deux sous-groupes f1 et f2. Cette etude a egalement permis de caracteriser un nouveau sous-type : le sous-type k (triques et al. , 1999a ; 1999b). Les consequences de la diversite genetique sur le diagnostic moleculaire et sur la progression de la maladie ont ete abordees. La diversite genetique du vih-1 diminue l'efficacite de certains tests de detection et de quantification de l'arn viral plasmatique de plusieurs souches, notamment les souches de sous-types a. La performance d'un nouveau test (version 1. 5 du test amplicor hiv-1 monitor) a ete verifiee sur plusieurs souches de sous-types a a g. Cette etude a permis de confirmer l'efficacite maximale de ce test (triques et al. , 1999c). Le sous-type genetique, soupconne egalement d'influencer la transmissibilite et la pathogenicite du virus, pourrait agir sur l'heterogeneite de la population virale au sein de l'individu infecte. Dans le cadre d'un suivi de cohorte de patients infectes par differents sous-types, aucune correlation n'a ete obtenue entre l'appartenance du virus a un sous-type et sa variabilite intra-patient, par contre une correlation entre le phenotype si des souches vih-1 et l'augmentation de l'heterogeneite de la population virale intra-patient a ete observee. Triques k et al. 1999a. Virology. 20 ; 259(1) : 99-109. Triques k et al. 1999b. Aids res. Hum. Retroviruses. Sous presse. Triques k et al. 1999c. J. Clin. Microbiol. 37(1) : 110-116.

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Nora, Tamara. "La diversité génétique et phénotypique des populations virales issues de patients infectés par VIH - 1." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077187.

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Abstract:

Au cours de mon travail de thèse, nous avons développé une méthode originale d'étude de la diversité génétique du VIH. Cette méthode est fondée sur l'isolement de virus clonaux issus d'événements d'infection uniques à partir du plasma de patients infectés. L'analyse des séquences génomiques issues des virus clonaux nous a permis de quantifier in vivo un taux de recombinaison élevé chez les six patients étudiés, de démontrer le rôle de la recombinaison dans l'échappement du VIH aux traitements antirétroviraux, via un rôle dans la génération et la préservation de la diversité génétique du VIH. Nous avons aussi étudié les propriétés fonctionnelles des protéines Env provenant de virus clonaux isolés chez cinq patients. L'étude d'Env distinctes issues d'un même patient a révélée une extraordinaire diversité fonctionnelle, même parmi les virus utilisant le même co-récepteur. Cette diversité fonctionnelle se traduit par un large spectre d'infectivités sur un type cellulaire donné, des différences dans leur capacité relative à infecter différentes cellules cibles et des différences de sensibilités à certains inhibiteurs d'entrée. Aucune corrélation entre l'infectivité de ces virus clonaux et la sensibilité aux inhibiteurs d'entrée n'est observée, ce qui indique que ces propriétés fonctionnelles peuvent être, dans une certaine mesure, dissociées
During my thesis, we developed a new technique for study the genetic diversity of HIV. This method is based on the isolation of infectious clonal viruses directly resulting from single plasma-derived infections events. A comparison of the genomic sequences of clonal viruses from six patients demonstrated strong evidence for extensive recombinaison in vivo, showed that recombination could increase the diversity of drug resistant genotypes and reveals that recombination contributes to the generation and preservation of the HIV-1 diversity. The isolation of clonal viral populations from five different patients permits to evaluate the phenotypic properties of Env proteins exprimed by clonal viruses. Even when comparaisons were restricted to viruses from a same patient with similar tropism, genetically diverses Env proteins exhibited a remarkable fonctionnal diversity, included a wide range of infectivities for a given target cell, differences in their relative ability to infect different target cells and differences in sensibility to inhibition by some entry inhibitors. No correlation was observed between viral infectivity and inhibition by entry inhibitors, indicating that theses properties can be dissociated

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Desperrière-Mansaray, Hélène. "Diversité génétique du VIH-1 et implications cliniques : étude d'une cohorte de patients contaminés outre-mer." Montpellier 1, 2000. http://www.theses.fr/2000MON11075.

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Vergne, Laurence. "Génotypes et phénotypes du HIV-1 en Afrique : implications biologiques et thérapeutiques de la diversité génétique." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20114.

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Mauclere, Philippe. "Séroépidémiologie, diversité génétique et transmissions interespèces des infections rétrovirales HTLV/STLV et VIH/SIV au Cameroun." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05N098.

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Abstract:

L' Afrique centrale est aujourd'hui considérée comme le berceau de la diversité génétique rétroviale des primates. En 1991 au Cameroun, la connaissance de l'endémie par l'oncovirus HTLV-1 reposait sur des données de séroprévalence très prélíminaires, et aucun cas d'infection par HTLV-2 n'y avait été identifié. L'épidémie de VIH-1 débutait sa progression, mais la circulation des variants majeurs n'avait pas été rapportée, et aucune souche de SIV n'avait été recherchéé chez les primates vivant dans le pays. Le but de ce travail, réalisé à partir d'études menées au Cameroun entre 1991 et 1997, puis à l'Institut Pasteur à Paris en 1998 et 1999, a été de de définir et de mettre en place les moyens techniques pour l'étude de la diversité rétrovirale
The sub region of Central Africa is currently considered as the cradle of the retroviral genetic diversity for primates. In Cameroon in the year 1991, the awareness of the HTLV-1 endemic was based on preliminary seroprevalences, and no case of HTLV-2 was still identified. As HIV/AIDS epidemics started out its starling growth, the major variants of HIV-1 were not known as circulating strains in the country, and no research on SIV were conducted on primates. The aim of the study, which was carried out in Cameroon between 1991 and 1997, and in Pasteur Institut in Paris in 1997 and 1998, is to introduce a technical process for the genetic diversity human retroviruses exploration, to characterize retroviral human and simian variant strains

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Charpentier, Charlotte. "Diversité génétique du virus de l' immunodéficience humaine de type-1(VIH-1) in vivo : contribution des espèces virales minoritaires et de la recombination." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066573.

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Van, Heuserswyn Fran. "Diversité génétique, prévalence et distribution géographique des lentivirus de chimpanzés et gorilles sauvages au Cameroun : implications pour l'origine de VIH-1." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20098.

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Abstract:

Les primates non-humains africains sont les hôtes naturels de nombreux virus de l'immunodéficience simienne (SIV), dont deux, SIVcpz et SIVsmm, infectant des chimpanzés et des mangabés enfumés, sont respectivement à l'origine de VIH-1 et VIH-2. Cependant, les données sur la prévalence, la dissémination et la diversité génétique de SIVcpz chez leurs hôtes en milieu naturel sont limitées et, de fait, n'ont pas permis la mise en évidence d'un réservoir de ces virus au sein des chimpanzés sauvages. Les objectifs de cette thèse sont d'identifier et de caractériser les SIV circulants chez les grands singes au Cameroun, ainsi que les réservoirs naturelles qui sont à l'origine de HIV-1. A l'aide d'une méthode de collecte non invasive, nous avons mis en évidence que les chimpanzés de la partie Ouest de l'Afrique Centrale (Pan troglodytes troglodytes) sont le réservoir naturel du VIH-1. Nous avons plus particulièrement identifié l'origine du VIH-1 M (pandémique) et VIH-1 N (non pandémique) dans différentes populations de chimpanzés géographiquement éloignés, respectivement dans la partie Est et la partie Centrale de Sud Cameroun. Pour la première fois, nous avons identifié des virus apparentés au VIH groupe O, designés SIVgor, chez les gorilles des plaines de l'ouest (Gorila gorilla gorilla). Cependant, les analyses phylogénétiques suggèrent que des chimpanzés représentent le réservoir initial des virus de gorilles. Malgré la parenté proche entre les souches SIVgor identifiés et VIH-1 O, ils restent encore trop divergents pour représenter le précurseur immédiat de ce groupe de VIH-1. Ces résultats montrent que non seulement les chimpanzés, mais aussi les gorilles représentent un réservoir de lentivirus de primates, connus pour pouvoir traverser les barrières d'espèce et engendrer une épidémie tel que le VIH/SIDA. De fait, l'étude des infections lentivirales dans les populations de grands singes sauvages n'est pas seulement indispensable pour identifier l'origine des VIH-1, mais permet également la mise au point d'outils diagnostiques pouvant d'une part détecter la présence de nouveaux SIV chez les chimpanzés et gorilles et d'autre part étudier si de nouvelles infections de SIVcpz ou SIVgor ont été transmises à l'Homme sans être détectés
Chimpanzees and SIVsmm infecting sooty mangabeys, are considered to be the immediate source of HIV-1 and HIV-2 respectively. However, information about the prevalence, distribution and genetic diversity of SIVcpz in their primate hosts in the wild was very limited, and evidence for the existence of a virus reservoir was lacking. In this thesis, we aimed to identify and characterize SIVs circulating among great ape species in Cameroon and to identify the natural reservoirs of HIV-1. Using non-invasive sampling methods, we identified the West central African chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) as the natural reservoir of HIV type 1. We traced the origin of HIV-1 M (pandemic) and HIV-1 N (non-pandemic) to geographically isolated chimpanzee communities in southeast and south central Cameroon respectively. For the first time, we identified viruses closely related to HIV-1 group O, designated SIVgor, in wild Western lowland gorillas (Gorilla gorilla gorilla). Phylogenetic analyses, however, indicated that chimpanzees are likely to be the original reservoir of these gorilla viruses. In spite of the close relationship between the identified SIVgor strains and HIV-1 group O, they are still too divergent to represent the immediate precursor of this group of HIV-1. These data show that chimpanzees and also gorillas in Cameroon represent a potential source of human infection. The non-invasive survey of wild ape populations was therefore not only indispensable for identifying the primate origin of HIV-1, but also for ensuring that additional reservoirs of human immunodeficiency viruses are not missed. The V3 peptides of the newly identified SIVcpz and SIVgor strains will be of particular use to investigate whether additional SIVcpz and SIVgor transmissions to humans have occurred but have gone unrecognized

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Liégeois, Florian. "Diversité génétique et histoire naturelle des virus de l'immunodéficience simienne." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20035.

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Abstract:

Les virus de l'immunodéficience simienne infectent une grande variété de primates non humains en Afrique. Deux de ces virus, le SIVcpzPtt du chimpanzé (Pan troglodytes troglodytes) et le SIVsmm du mangabé enfumé (Cercocebus atys), ont été transmis à l'Homme à de multiples occasions et ont respectivement généré l'apparition des différents groupes de virus de l'immunodéficience humaine (VIH) de type 1 et de type 2. A ce jour, les humains restent exposés à ces virus. L'objectif principal de cette thèse est d'identifier et de caractériser de nouveaux lentivirus chez trois nouvelles espèces simiennes : le Miopithecus talapoin (SIVtal) au Cameroun, les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest (SIVwrcPbt et Pbb) et chez le colobe olive (SIVolc) dans le parc national de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire et ce, afin d'approfondir nos connaissances sur l'histoire évolutive de lentivirus de primate et d'évaluer la prévalence de ces infections chez les colobes rouges de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire. L'analyse phylogénétique des génomes complets de ces virus a mis en évidence qu'ils représentaient de nouvelles lignées lentivirales. Cependant les SIVtal sont plus proches des lentivirus infectant les singes du genre Cercopithecus et partagent avec ces derniers des motifs fonctionnels spécifiques à ce groupe de virus. Nous avons également montré que les colobes rouges en Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc et qu'ils sont apparentés au SIVolc isolé chez le colobe olive. Plus généralement, les SIVwrc et SVolc sont également apparentés aux virus de la lignée lhoest et l'ensemble de ces virus présente une histoire commune avec le SIVcol, isolé chez un Colobus guereza au Cameroun, sur la partie 5' du gène pol. Nous présentons aussi la première étude d'épidémiologie moléculaire des SIVwrc dans une population de colobes rouges sauvages, lesquels sont fréquemment chassées par les populations humaines et par les chimpanzés (Pan troglodytes verus). Nous avons montré un taux minimal de prévalence des infections lentivirales de 26 % chez ces animaux. L'ensemble de nos résultats souligne, une fois de plus, la complexité de l'histoire naturelle et de l'évolution des lentivirus de primates et nous avons montré que les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc. Par ailleurs, les associations polyspécifiques observées entre les colobes rouges et d'autres espèces simiennes, la pression de chasse exercée par les chimpanzés et les braconniers autour et dans le parc pourraient mener à des transmissions inter-espèces du SIVwrc entre les singes mais également entre les singes et l'Homme. Ces résultats illustrent la nécessité de conduire des campagnes de surveillance des microorganismes qui infectent les primates non humains et seraient susceptibles de franchir les barrières d'espèces menant à l'émergence de nouveaux agents infectieux dans les populations humaines en Afrique
Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are found in an extensive number of African primates. It is now well established that SIVs from chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) in West central Africa and from sooty mangabeys (Cercocebus atys) in West Africa are the progenitors of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and HIV-2, respectively. To date humans continue to be exposed to these viruses by hunting and handling primate bushmeat. In this thesis, we aimed to identify and characterize full-length genome of new SIVs in three different primate species: Miopithecus talapoin (SIVtal) from Cameroon and captive animals, Western red colobus (SIVwrcPbb and SIVwrcPbt) from West Africa (Senegal and Côte d'Ivoire) and olive colobus from the Taï forest national park in Côte d'Ivoire, in order to further document the natural history of primate lentiviruses and to evaluate the SIV prevalence within the Western red colobus from the Taï forest in Côte d'Ivoire. Phylogenetic analyses of full-length genomes of these viruses confirmed that each of them represents a new SIV lineage. We observed a significant clustering of the SIVtal lineage with the Cercopithecus-specific SIVs and SIVtal and Cercopithecus-specific SIVs share functional motifs specific of these viruses. We also showed that western red colobus are the natural hosts of SIVwrc and that SIVolc, isolated from an olive colobus, is related to SIVwrc. Overall, SIVwrc and SIVolc are related to the SIV from Lhoest lineage and are related to the divergent SIVcol isolated from mantled guereza in Cameroon, in the 5'part of the pol gene. We also present the first molecular epidemiological survey of simian immunodeficiency virus (SIVwrc) in wild-living western red colobus monkeys which are frequently hunted by the human population and represent a favourite prey of western chimpanzees (Pan troglodytes verus). We showed a minimal prevalence of 26% among the individuals sampled. Overall, these results highlight once more the complexity of the natural history and evolution of primate lentiviruses. We showed that wild-living red colobus represent a substantial reservoir of SIVwrc. Moreover, because of their frequent association with other monkey species, the predation pressure exerted by chimpanzees (Pan troglodytes verus) and by poachers around and inside the park, simian to simian and simian to human SIVwrc cross-species transmission cannot be excluded illustrating the need for surveillance of primate pathogens and their cross-species transmissions in this part of Africa and elsewhere

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Plantier, Jean-Christophe. "Diversité des VIH : signification et limites du sérotypage V3 : faisabilité du génotypage par hybridation oligonucléotidique." Tours, 1999. http://www.theses.fr/1999TOUR3805.

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Unal, Guillemette. "Infection par le VIH-1 groupe O : étude des caractéristiques épidémiologiques et de la réponse immuno-virologique aux antirétroviraux." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS131/document.

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Abstract:

Le VIH-1 groupe O (VIH-1/O) est un groupe divergent de VIH-1, endémique au Cameroun, 140 cas ont été identifiés en France depuis 1990. L’objectif de ce travail était d’évaluer l’impact de la diversité du VIH-1/O sur les caractéristiques épidémiologiques, l’évolution naturelle de l’infection et sur la réponse immuno-virologique aux traitements.En France, le recueil de données de suivi uniques portant sur 101 patients ont permis de mettre en évidence que l’évolution naturelle des VIH-1/O était intermédiaire entre celle des VIH-1/M et celle des VIH-2. La résistance aux INNTI des patients VIH-1/O a été confirmée in vivo. La réponse immuno-virologique aux traitements a été comparée entre les VIH-1/O et les VIH-1/M suivis dans des cohortes en France et dans le cadre d’un essai clinique au Cameroun.Une des caractéristiques des VIH-1/O est une CVp significativement plus faible que celle des VIH-1/M avant l’initiation du traitement. Cela n’a pas d’impact sur la survenue de l’indétectabilité, qui est similaire dans les deux groupes après un an de traitement. La réponse immunologique des patients VIH-1/O est globalement proche de celle des patients VIH-1/M en France. Cependant, la comparaison entre deux populations appariés suivis au Cameroun a montré une réponse immuno-virologique plus faible des patients VIH-1/O, sans que cela ait d’impact clinique.La prise en charge des patients VIH-1/O suivant les recommandations mises en place pour les VIH-1/M est donc efficace si elle ne comporte pas d’INNTI
HIV-1 group O (HIV-1/O) is genetically distinct from HIV-1/M and is endemic in Cameroon while in France 140 HIV-1/O were diagnoses since 1990. The aim of this work was to characterize HIV-1/O epidemiological characteristics, infection natural evolution and immuno-virological response to treatment.In France, based on a large series of 101 HIV-1/O patients, we demonstrated that the natural evolution of HIV-1/O was in between the evolution of HIV-2 and HIV-1/M, but closer to HIV-1/M. We also confirmed in vivo HIV-1/O natural resistance to INNTI treatment. Then, we compared HIV-1/O and HIV-1/M immune-virological response to ARV treatment. In France, we compared data from two cohorts and a clinical trial was performed in Cameroun. One of the HIV-1/O characteristic is the lower CVp before treatment compared to HIV-1/M in naïve patient. This difference had no impact on the virological responses to cART. The proportion of patients with an undetectable pVL was similar between the two groups one year after the beginning of the treatment. Immunological response was close between HIV-1/O and HIV-1/M in France. But when the two populations were compared in Cameroon, the immunological response to cART was lower for HIV-1/O patients than for HIV-1/M patients, although this diffence didn’t had clinical consequences.HIV-1/O medical care based on HIV-1/M guidelines is highly efficient if the treatment doesn’t include NNRTI treatment

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Kassi, Kondo. "Diversité génétique et sensibilité aux antifongiques d’isolats cliniques et environnementaux de Cryptococcus à Abidjan, Côte d’Ivoire." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONT3521/document.

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Abstract:

La cryptococcose neuroméningée (CNM) est la seconde infection opportuniste chez les patients infectés par le VIH. Il s’agit de la 4ème cause de décès dus aux maladies infectieuses en Afrique avec une mortalité annuelle de 600.000 cas. Les levures responsables appartiennent au complexe d’espèces Cryptococcus neoformans / C. gattii. Notre étude décrit, l’épidémiologie et la résistance aux antifongiques de souches environnementales et cliniques de cryptocoques en Côte d’Ivoire. Les isolats sont issus d’une file active de 1750 PVVIH et de 667 prélèvements réalisés dans l’environnement de vie des patients. Nous démontrons une grande diversité génotypique au sein de notre cohorte, la présence de plusieurs espèces de cryptocoques dans un seul prélèvement chez un même patient ainsi que dans des prélèvements issus de suivi de patients, ce qui n’avait jamais été démontré en Afrique de l’Ouest. Nous avons constaté que la récurrence de la CNM est due à des infections multiples par des souches différentes au cours du temps. Nos résultats décrivent également pour la première fois, l’isolement de cryptocoques à partir de fientes de pigeons à Abidjan. Et nous constatons que les génotypes des isolats environnementaux et cliniques sont très différents, ce qui exclut les fientes de pigeons comme source de contamination des patients dans notre échantillon. Enfin, la majorité des isolats est sensible aux antifongiques de référence mais un patient peut être contaminé par des isolats de sensibilité différente
Cryptococcal meningitis (CM) is the second opportunistic infection in HIV infected patients. It is the fourth cause of death due to infectious diseases in Africa with an annual mortality of 600,000. The yeasts responsible belong to the C. neoformans / Cryptococcus gattii species complex. Our study describes epidemiology and resistance to antifungal of environmental and clinical strains of Cryptococcus in Ivory Coast. The isolates are from an active list of 1,750 patients VIH positive and 667 samples taken in the living environment of patients. We demonstrate a high genotypic diversity within our cohort and the presence of several species of Cryptococcus in one sample from the same patient as well as in samples from patients follow up, which had never been shown in West Africa. We found that the recurrent cryptococcosis is caused by multiple infections by different strains over time. Our results describe also, for the first time, the isolation of Cryptococcus from pigeon droppings from Abidjan. And we notice that, as the genotypes of environmental and clinical isolates are very different, that excludes contamination of patients by pigeon droppings. Finally, most of the isolates were susceptible to reference antifungal but a patient might be contaminated by isolates with different susceptibility

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Diouara, Abou Abdallah Malick. "Réponse virologique au traitement antirétroviral chez les patients infectés par le VIH-1, suivis en milieux décentralisés en Afrique de l’Ouest (Sénégal, Mali et Guinée Conakry)." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON1T013/document.

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Abstract:

L'une des principales barrières à la prise en charge optimale des patients sous traitement antirétroviral est l'accès limité aux tests de charge virale (CV) et de génotypage particulièrement en milieu décentralisé. Ces tests ne sont généralement disponibles qu'au niveau des structures sanitaires centrales de grandes villes et le plasma en est l'échantillon de référence. Or, son transfert des régions périphériques vers les laboratoires de références est difficile, voire impossible. Pour rapprocher les patients du laboratoire, nous avons démontré la possibilité d'assurer un suivi virologique complet (CV et génotypage) à partir des DBS collectés et acheminés dans des conditions de terrain. Nous avons également pour la première fois, documenté la réponse virologique au traitement antirétroviral et la diversité génétique du VIH-1 chez des patients adultes suivis en milieux décentralisés au Sénégal, au Mali et en Guinée Conakry. Globalement, malgré les défauts d'observance au traitement souligné, les résultats de nos travaux ne montrent pas de différences significatives dans la survenue de l'échec virologique entre patients suivis dans les structures sanitaires centrales et périphériques, ceci quelque soit le pays considéré. Au Sénégal, chez les enfants nés de mères séropositives, la résistance vis à vis des INNTI était plus prépondérante, probablement du fait de l'utilisation systématique de la Névirapine durant la PTME. Par ailleurs, aucune mutation de résistance aux inhibiteurs d'intégrase n'a été observée malgré des taux de résistance élevés chez des patients en échec de première et deuxième ligne de traitement. Nos travaux confirment également une grande diversité génétique des sous-types viraux avec cependant la prédominance du CRF02_AG dans la sous région Ouest Africaine. Ces travaux de thèse mettent en évidence la faisabilité et la pertinence du DBS comme support pour le suivi virologique des patients en milieux décentralisés. Son utilisation a permis de montrer d'autre part des taux d'échecs virologiques élevés indiquant la nécessité de renforcer l'adhérence au traitement. Enfin, nos résultats soulignent l'utilité de prendre davantage en considération les profils de résistance pour initier un traitement de relais
One of the major barriers to the optimal care of patients undergoing antiretroviral therapy is the limited access to viral load (VL) and genotyping tests, especially in remote areas. These technologies are usually available only at central health facilities in larger cities and plasma is the reference sample. However, plasma or whole blood samples shipment from remote areas to reference lab faces several constraints or even impossible. In order to bring closer patients to reference lab, we have demonstrated the ability of DBS (Dried Blood Spots) collected and shipped in field conditions to provide complete virological monitoring (VL and genotyping). We also documented for the first time, virological outcome of ART and HIV-1 genetic diversity in adult patients followed up in decentralized settings in Senegal, Mali and Guinea Conakry. Overall, despite the low treatment adherence noted sometimes, our findings show no significant differences in the occurrence of virological failure among patients followed up in the central and peripheral health facilities, whatever the country. In Senegal, no integrase inhibitors associated DRM has been found despite the high rate of resistance in patients failing first and second-line treatment. Furthermore, among children born to HIV infected mothers, NNRTI-associated drug resistant mutations (DRM) were more predominant, probably because of systematic use of Nevirapine in MTCT. Our studies also confirm the high genetic diversity of viral subtypes, with the dominance of CRF02_AG in West Africa. This work presented here highlights the feasibility and relevance of DBS as support for the virological monitoring of patients in decentralized settings in West Africa. Furthermore, its use showed high rate of virological failure indicating the need to reinforce adherence to treatment. Finally, our results highlight the utility to considering carefully drug resistance patterns before switching to another ART regimen

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Leoz, Marie. "HIV-1 Group O Genetic Diversity : Characterization, Evolution and Associated Viral Properties." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUENR14.

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Abstract:

Les VIH-1 de groupe 0 (VIH-1/0) sont des variants rares, essentiellement retrouvés au Cameroun où ils représenteraient plusieurs milliers de cas. Les causes de leur faible diffusion restent méconnues: leur émergence serait aussi ancienne que les VIH-1 de groupe M, pourtant devenus pandémiques. En près d'un siècle, les VIII-1/0 ont développé une importante diversité génétique, dont la description reste ambiguë du fait de l'existence de plusieurs nomenclatures basées sur un nombre restreint de séquences génétiques. Peu de données sont disponibles quant aux causes de cette diversité et à son impact sur diverses propriétés virologiques. La mutation Y181C de la Transcriptase Inverse (TI) a toutefois été proposée comme critère de classification des VIH-1/0, et suspectée de conférer un avantage réplicatif à ceux chez qui elle serait naturellement présente. Ce travail a donc constitué à caractériser plus largement la diversité génétique des vm-vo, et à explorer la dynamique de leur évolution au cours du temps à l'aide de méthodes bayésiennes. Nous avons ainsi identifié deux phases de diversification successives, liées au développement de deux sous-groupes: T, minoritaire et ayant émergé dans les années 1960, et H, majoritaire et ayant émergé du sous-groupe T dans les années 1980. La présence de la mutation 181C a été associée au sous-groupe H, ce qui a conduit à la définition de trois populations virales: H/181C-like, H/181Y-like et T/181Y-like. Une forte conservation du motif signature K28, K103, 1142, D174, L178 au niveau de la poche non catalytique de la TI des virus H/181C-like a été mise en évidence, mais aucun de ces marqueurs (présence de la mutation 181C, appartenance à la population H/181C-like ou présence du motif associé) ne semble être lié à un plus haut niveau de réplication virale in vivo. Afin de développer les connaissances sur le tropisme des VIH-110, une propriété en lien avec l'évolution 1 clinique de l'infection par VIH-11M ou VIH-2, nous avons développé un outil de phénotropisme basé sur la production de pseudovirus présentant un clone de glycoprotéine d'Enveloppe V111-1/0. Nous avons montré que les 16 Enveloppes produites n'utilisaient que le corécepteur CCR5, malgré l'exploration d'échantillons séquentiels et/ou prélevés en phase d'infection tardive. Enfin, pour permettre l'analyse des propriétés phénotypiques liées aux différentes populations VIH-1/0, nous avons participé à la production de trois nouveaux de clones moléculaires infectieux représentant deux souches H/181C-like et une souche T/181Y-like. Ces clones ont contribué à démontrer comment les VIH-1/0 contrecarraient l'action de la Tetherine et modulaient l'expression de NFKB par le biais des protéines Nef et Vpu. En conclusion, nos résultats suggèrent une dynamique d'évolution des V111-1/0 plus complexe que suspectée jusqu'alors, ayant entraîné l'émergence de deux sous-groupes distincts. Nous avons unifié les 1 différents systèmes de nomenclature, décrit des caractéristiques distinguant trois populations virales, et développé de nouveaux outils pour contribuer à une meilleure connaissance des conséquences de leur diversité génétique
HIV-1 group 0 viruses (HIV-1/0) are rare variants that are mostly found in Cameroon, where the y are thought to represent thousands of cases. The reasons for their limited diffusion are poorly understood: their emergence is estimated to be as ancient as that of the pandemic HIV-1 group M. Almost a century later, HIV-1/0 have developed a broad genetic diversity, which can only ambiguously be described due to the existence of several nomenclatures, each based on few genetic sequences. Little is known of the causes for this diversity and the impact it has on diverse viral properties. The Reverse Transcriptase (RT) mutation Y181C, however, has been proposed as classification criteria and suspected to confer a replicative advantage to the HIV-1/0 strains naturally presenting it. Hence, we aimed at better characterizing HIV-1/0 genetic diversity and exploring their diversification dynamics over tune using Bay Sian inférence. In so doing, we have identified two successive phases of HIV-1/0 diversification, each linked to the development of a particular subgroup: the minor subgroup T emerged in the 1960's, and the major subgroup H emerged from T in the 1980's. Natural presence of RT mutation 181C has been associated with subgroup H, which led to the udefinition of three viral populations: H1181C-like, H/181Y-like and T/181Y-like. A high degree of K28, K103, 1142, D174, L178 signature pattern conservation in the non-catalytic RT pocket of H/181C-like viruses has been observed, but neither presenting the 181C mutation, nor belonging to the H/181C-like cluster or presenting the associated pattern was related to higher replication level in vivo. In an attempt to developing knowledge of H1V-1/0 tropism — a property linked with the evolution of the natural course of HIV-1/M or HIV-2 infection — we have developed a phenotropism assay based on the production of clonai HIV-1/0 Env glycoprotein-presenting pseudotyped viruses. We have shown that the 16 Env we tested only used CCR5, despite the exploration of sequential and/or late stage samples. Finally, in order to allow for phenotypic investigation of diverse HIV-1/0 populations, we participated in the production of three new Infectious Molecular Clones deriving from two representatives of H/181C-like strains and one representative of T/181Y-like strains. These clones have contributed to unravelling the mechanisms for Tetherin counteraction and regulation of NFkB 111 expression by HIV-1/0 Nef and Vpu. In conclusion, our results suggest that HIV-1/O evolution dynamics were more complex than suspected and led to the emergence of two distinct subgroups. We have unified the diverse nomenclature systems, described some characteristics associated to three viral populations, and developed new tools to contribute in a better understanding of the consequences of HIV-1/O genetic diversity

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Ngouana, Kammalac Thierry. "Diversité génétique d'isolats de Cryptococcus et Candida issus des patients VIH positifs à Yaoundé et étude de leur sensibilité aux antifongiques et aux extraits de plantes." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON13512/document.

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Abstract:

Cryptococcus neoformans et les levures du genre Candida sont fréquemment impliqués dans les infections fongiques opportunistes chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH). Les données sur l'épidémiologie moléculaire et la sensibilité de ces levures aux antifongiques sont rares au Cameroun. Les objectifs de ce travail ont été (i) d'obtenir et caractériser génétiquement les isolats de Cryptococcus et de Candida issus des PVVIH à Yaoundé, (ii) d'étudier leur profil de sensibilité à divers antifongiques, (iii) d'étudier l'activité antifongique des extraits de 3 plantes médicinales (Terminalia mantaly, Terminalia catappa et Monodora tenuifolia). Vingt-cinq souches de C. neoformans et 317 isolats Candida dont 113 C. albicans ont été isolés respectivement de 171 et 402 PVVIH à l'Hôpital Central de Yaoundé. Ces isolats ont été identifiés sur la base de leurs caractères phénotypiques, biochimiques, par spectrométrie de masse et par PCR quantitative. La diversité génétique de 150 isolats (25 prélèvement initiaux et 125 colonies) de C. neoformans a été réalisée par séro-génotypage, PCR-RFLP et polymorphisme de séquences microsatellites. La diversité génétique des 113 isolats de C. albicans a été réalisée par génotypage et par analyse du polymorphisme de séquences microsatellites. La recherche des espèces du complexe C. albicans s'est effectuée par amplification du gène Hwp1. La sensibilité des isolats de C. neoformans aux antifongiques (posaconazole, voriconazole, ketoconazole, itraconazole, fluconazole, amphotéricine B et 5-fluorocytosine) a été évaluée par microdilution en milieu liquide grâce au kit « Sensititre YeastOne® ». Le protocole CLSI M27-A3 été utilisé pour l'étude de la sensibilité des isolats de C. albicans à l'amphotéricine B, au fluconazole, au ketoconazole et à l'itraconazole. L'étude de l'activité antifongique des extraits de plantes s'est déroulée en 3 étapes : (i) screening préliminaire avec détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) des extraits bruts, (ii) fractionnement bio-guidé, (iii) étude des interactions synergiques dans les combinaisons de ces subfractions. C. neoformans var grubii est la seule espèce de cryptocoque isolée des liquides céphalorachidiens. Quinze espèces de Candida ont été isolées et C. albicans reste l'espèce majoritaire. C. africana a été isolée et identifiée pour la première fois au Cameroun. La diversité génétique des isolats de C. neoformans a montré 14 types moléculaires, et 24% de patients étaient infectés par deux types moléculaires différents. Le génotype A est majoritaire dans les isolats de C. albicans et 65 types moléculaires différents ont été observés. L'analyse du polymorphisme du gène Hwp1 a permis de définir de nouveaux génotypes (H1-H6). Les souches de C. neoformans sont sensibles aux antifongiques testés. Une souche présente une sensibilité réduite à la 5-fluorocytosine et une autre au fluconazole. Des isolats issus du même patient peuvent présenter des sensibilités différentes aux antifongiques testés. Les isolats de C. albicans présentent une sensibilité aux antifongiques similaire à celle décrite dans la littérature. Il a été montré qu'il existe une relation entre la sensibilité à l'itraconazole et le génotype H chez les isolats de C. albicans (p-value <0,05). Les extraits de plantes présentent des activités inhibitrices contre les levures testées. Les fractions obtenues par fractionnement bio-guidé ont permis l'amélioration de l'activité de 7 extraits. La combinaison de ces subfractions a donné une combinaison synergique et fongicide dérivée de T. mantaly et de M. tenuifolia. En conclusion, ce travail apporte de nouvelles données sur la compréhension de l'épidémiologie moléculaire et de la sensibilité des isolats de C. neoformans et de Candida aux antifongiques à Yaoundé. L'étude des extraits de plantes semble être une voie prometteuse dans le développement de thérapies antifongiques alternatives
Cryptococcus neoformans and Candida species are the main causative agents of yeast opportunistic infections among HIV infected persons. However, information on molecular their epidemiology and antifungal susceptibility are scarce in Cameroon. The main objective of this work was to study the genetic diversity and the antifungal susceptibility against antifungal drugs and plant extracts of C. neoformans and Candida isolates from Yaoundé HIV patients. C. neoformans (25) and Candida (317 among which 113 C. albicans) Isolates were obtained, from 171 and 402 HIV patients at the Yaoundé Central Hospital respectively. They were identified by phenotypic and biochemical characters, by mass spectrometry and quantitative PCR. The genetic diversity of 150 C. neoformans isolates (25 initial isolates and 125 colonies) was carried out by serotyping, microsatellite length polymorphism and PCR-RFLP. The genetic diversity of the 113 C. albicans isolates was performed by genotyping and microsatellite length polymorphism. The identification of C. albicans complex species was achieved by PCR amplification of the Hwp1 gene. The antifungal susceptibility testing of C. neoformans against posaconazole, voriconazole, ketoconazole, itraconazole, fluconazole, amphotericin B and 5-fluorocytosine was carried out by the broth microdilution test using the « Sensititre YeastOne® » kit. The CLSI M27-A3 protocol was used for the determination of the C. albicans isolate's susceptibility against amphotericin B, ketoconazole, fluconazole and itraconazole which are frequently used in Cameroon. The antifungal activity of extracts from Terminalia mantaly, Terminalia catappa and Monodora tenuifolia was performed by a preliminary screening with the determination of minimal inhibitory concentrations (MIC) of crude extracts. Selected extracts were therefore submitted to the bio-guided fractionation. Selected subfractions were submitted to combination assays. C. neoformans var grubii was the lonely Cryptococcus species isolated in cerebrospinal fluids. Fifteen Candida species were isolates from mucosae with C. albicans remaining the most frequent. C. africana has been isolated for the first time in Cameroon. C. neoformans and C. albicans provided 14 and 65 major molecular types respectively. It was also found that a patient can be infected by 2 different molecular types of C. neoformans. C. albicans genotype A was the most frequent. The PCR amplification of the Hwp1 gene allowed the identification of a novel molecular profile among the C. albicans complex and named H (H1-H6). C. neoformans isolates were susceptible to the tested drugs. However, one isolate exhibited reduced susceptibility to fluconazole and one another to 5-fluorocytosine. C. albicans isolates expressed various susceptibility profiles similar to what described in the literature. Furthermore, there was a relationship between the H-typing and the antifungal susceptibility of C. albicans isolates against itraconazole (p-value<0.05). T. mantaly, T. catappa and M. tenuifolia extracts exhibited antifungal activity against tested yeasts. Bioguided fractionation allowed improves of the antifungal activity from crude extracts to subfractions. Synergism was observed, and the most active combination from T. mantaly and M. tenuifolia was also fungicidal on tested yeasts. Conclusively, the present work brings new tools for the comprehension and the better management of C. neoformans and Candida infections among Yaoundé HIV positive patients. The antifungal resistance emergence of yeasts isolates could be compensated by the development of a new antifungal medicine from subfractions combinations of T. mantaly and M. tenuifolia

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Perez, Lorena Pia. "Diversité génétique de Trypanosoma cruzi dans les cas de co-infection par le virus VIH au Brésil : données cliniques, biologiques, épidémiologiques." Montpellier 1, 1998. http://www.theses.fr/1998MON1T017.

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Chazara, Olympe. "Diversité génétique structurale et fonctionnelle du CMH chez le Poulet : implication pour la résistance aux maladies." AgroParisTech, 2010. https://pastel.hal.science/index.php?halsid=35l606vho81sjdsfhrtdi0bke1&view_this_doc=pastel-00601989&version=1.

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Abstract:

Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRA
The major histocompatibility complex (MHC) is a complex genomic region in Vertebrates, still imperfectly known in the chicken and which shows a great genetic variability. The MHC is also an interesting region for studying the genetic determinism of adaptation to pathogens in an evolutionary context. Moreover, the MHC plays a central role in the immune response of an animal to infectious diseases, while a better understanding of the genetic determinism of the immune response against pathogens is important for developing a comprehensive strategy to fight against infectious diseases. We therefore used recent tools of genomics, including genetic markers such as SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) to characterize the B region of the chicken MHC. First, genetic diversity has been evaluated in more than 80 breeds or populations with the LEI0258 marker. Then, to cover the entire region using SNP markers, we chose to identify these polymorphisms by resequencing 11 genes of interest and comparing the sequences obtained with the genome sequence and reference sequences available in databases. It also led to the improvement of the knowledge of a number of genes, including three DM-like non-classical class II genes. A 96 SNPs chip, dedicated to the B region of the chicken MHC, has been produced and will soon provide the genotypes of a number of infectious challenge studies conducted at INRA

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Gantner, Pierre. "Impact des inhibiteurs de l'intégrase sur la constitution et la compartimentalisation du réservoir viral." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ018.

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Abstract:

L’étude de stratégies visant à diminuer la taille du reservoir viral, et notamment l’impact des traitements antirétroviraux, permettront peut-être de s’approcher des objectifs de guérison de l’infection à VIH. Nous avons analysé la dynamique de ce réservoir chez des personnes vivant avec le VIH débutant un traitement comprenant du dolutegravir (TCD) à différents stades de l’infection. L’étude DRONE a inclus des personnes débutant et répondant à un TCD et suivies pendant 48 semaines. L’ADN-VIH dans les cellules mononucléées du sang périophérique (CMSP), l’ADN-VIH dans les sous-populations lymphocytaires TCD4+ (Effecteur mémoire, TEM; Transitionnel mémoire, TTM; Central mémoire, TCM and Naïf, TN), le séquençage à haut débit de l’ADN-VIH et des marqueurs inflammatoires (CD14s, CD163s, IL-6us and IP- 10) ont été analysés. Au total, 169 participants ont été inclus dans différents groupes: infections aiguës (AI, n=20), infections chroniques (CI, n=21), en succès virologique sous traitement (VS, n=116) et dans un contexte d’échec virologique à l’initiation du TCD (VF, n=12). L’ADN-VIH dans les CMSP et les sous-populations lymphocytaires, et les marqueurs inflammatoires ont diminué sous TCD dans les groupes AI, CI et VF mais pas dans le groupe VS. La diminution la plus prononcée a été observée dans le groupe AI. La diversité génétique du reservoir viral a, quant à elle, été modifiée rapidement après l’initiation du TCD dans tous les groupes. Un TCD efficace permet une diminution rapide du réservoir viral chez des personnes naïves de traitement mais aussi en cas d’échec virologique. L’effet du dolutegravir sur la latence virale devrait être étudié plus avant
Strategies aimed at reducing the latent HIV reservoir size, including combined antiretroviral therapy, may enhance the probability of a possible cure. Here, we assessed the dynamics of HIV reservoir among HIV-infected adults initiating a dolutegravir-based regimen (DBR) at different stages of HIV infection. The DRONE trial enrolled individuals starting and responding to a DBR on a 48 weeks follow-up. HIV-DNA in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), HIV-DNA in sorted CD4+ T cell subsets (Effector memory, TEM; Transitional memory, TTM; Central memory, TCM and Naive, TN), HIV-DNA ultra-deep sequencing and serum immune activation biomarkers (sCD14, sCD163, IL-6us and IP-10) were assessed. Overall, 169 participants were allocated to different groups: acute infections (AI, n=20), chronic infections (CI, n=21), individuals in virological success on treatment (VS, n=116), and in the aftermath of virological failures at baseline (VF, n=12). HIV-DNA in PBMCs and in sorted CD4+ T cell subsets, and immune activation markers decreased on DBR in the AI, CI and VF groups but not in the VS group. Participants from the AI group experienced the most dramatic decline. Genetic diversity of the viral reservoir was also affected shortly after DBR initiation in all groups of individuals. Successful DBR produced a rapid decline in the viral reservoir in treatment-naive but also in treatment-failing individuals. More studies on the effect of dolutegravir on viral latency are needed

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Gonzalo-Turpin, Héloïse. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation : cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2008. http://oatao.univ-toulouse.fr/7805/1/gonzalo_turpin.pdf.

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Abstract:

Les sciences de la conservation ont pour objet l'évaluation des dégradations causées à la biodiversité et la conception de solutions pour la conserver et la restaurer. Si ces sciences sont historiquement ancrées dans des disciplines biologiques, elles s'en différencient car elles sont explicitement destinées à l'action. Cela suppose la conception de projets en collaboration avec des acteurs de terrain et l'adoption d'une certaine interdisciplinarité. Très peu d'auteurs relatent ce que ces deux perspectives impliquent concrètement concernant les projets de gestion de la biodiversité et la recherche en sciences de la conservation. L'enjeu principal de cette thèse était de mettre concrètement en œuvre ces perspectives afin de produire des connaissances plus pertinentes pour l'action dans un projet relatif à la gestion de la biodiversité, et ce faisant, de donner à voir le cheminement que cela suppose pour un biologiste pratiquant les sciences de la conservation. Ce travail de thèse est ancré dans le projet Ecovars (2005-2007). Ce projet était porté par le Conservatoire Botanique Pyrénéen en partenariat avec l'Institut National de la Recherche Agronomique et le Service d'Utilité Inter-chambres d'Agriculture des Pyrénées. L'objectif finalisé de la thèse était d'établir un outil (des zones de transfert de graines) permettant de gérer sur le massif pyrénéen la diversité génétique intraspécifique de la flore locale. Cette gestion devait intégrer les points de vue des acteurs utilisant les espaces à restaurer. Ce travail s'appuie sur l'étude conjointe des diversités génétiques neutre et adaptative d'une graminée alpine sauvage (Festuca eskia) destinée à la restauration des pelouses alpines, de son patron d'infection par un endophyte (Epichloë festucae) et des points de vue d'acteurs concernés par des opérations de restauration. L'étude conjointe de la diversité génétique neutre et de l'endophytisme met en évidence que F. eskia est divisée en deux entités génétiques distinctes (Est versus Ouest). L'étude de la diversité génétique adaptative montre que F. eskia présente une différenciation génétique adaptative le long des gradients altitudinaux, malgré des flux de gènes important entre altitudes. Cette étude montre aussi que le potentiel adaptatif de F. eskia n'est pas faible et ne diminue pas avec l'altitude contrairement aux hypothèses classiques sur les plantes alpines. La complexité des patrons génétiques mis en évidence amène à reconsidérer la pertinence d'établir des zones de transfert de graines. Au-delà, l'analyse des points de vue d'acteurs conduit à abandonner l'idée d'un mode de gestion uniforme de la diversité génétique et plus généralement conduit à proposer l'intégration de la restauration à une gestion globale des territoires. Par ailleurs, l'analyse de cette expérience au sein d'Ecovars montre la nécessité de repenser le partenariat dans les projets de conservation et de restauration afin de produire des connaissances pertinentes pour l'action. A l'issue de ce travail, mon cheminement m'amène à proposer de raisonner les opérations de restauration comme des constructions collectives et locales. Ce cheminement effectué au cours de ma thèse, depuis une approche basée sur des référentiels disciplinaires (dans mon cas la biologie évolutive et l'écologie) jusqu'à une approche plus holiste et plus relativiste des sciences de la conservation est à mon sens ce qui permettrait aux biologistes de faire des sciences de la conservation de vraies sciences pour l'action.

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Meertens, Laurent. "La diversité génétique des STLV-1 et des STLV-3 et l' étude des mécanismes de répression de l' activité transcriptionnelle de la protéine suppresseur de tumeur p53 par la protéine Tax d' HTLV-2 de sous-type B." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077171.

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Aghokeng, Fobang Avelin. "Diversite génétique des lentivirus humains et simiens au Cameroun : implication pour la santé publique." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20008.

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Tagnouokam, Ngoupo Paul Alain. "Fréquence et profil génétique des doubles infections VIH-1/M+O et formes recombinantes VIH-1/MO au Cameroun." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUENR11.

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Abstract:

Longtemps considérée comme impossible du fait de leur divergence génétique, la recombinaison entre le VIH-11M pandémique et le VIII-1/0* endémique au Cameroun, a été rapportée à quatre reprises entre 1999 et 2010. Pour être générées, ces formes nécessitent au préalable des doubles infections M+0. De part son épidémiologie moléculaire, le Cameroun est caractérisé par la co-circulation de ces deux variants, ce qui peut donc favoriser les doubles infections VIH-1/M+0 et l'émergence des recombinants VIH-11MO. Une précédente étude de notre équipe a permis de détecter de nouvelles doubles infections et six formes recombinantes putatives, associées ou non à des doubles infections ; mais ces résultats présentaient certaines limites, en particulier épidémiologiques et techniques. Notre travail avait donc pour objectif de mieux caractériser ces doubles infections VIH-1/M+0 et recombinants VIH-1/M0 présentes au Cameroun, en estimant leur fréquence et en analysant leur profil génétique. De mars 2013 à juin 2015, 275 patients dépistés VIH-1 positifs au Centre Pasteur du Cameroun ont été inclus sur la base d'un test de sérotypage, permettant la discrimination des sérotypes M, O et M+0. Des analyses moléculaires spécifiques de groupe ont été ensuite réalisées dans les gènes pol et env, pour confirmer les réactivités sérologiques et rechercher des discordances pollenv, en faveur d'une forme recombinante. Devant un résultat évoquant une double infection M+0 et/ou la présence d'un recombinant MO, une forme recombinante putative a été recherchée par amplification d'une région couvrant le gène vpr, considéré comme possible point chaud de recombinaison. Les génomes complets de ces formes putatives ont ensuite été caractérisés, et les liens génétiques avec les recombinants déjà décrits, recherchés par analyses phylogénétiques. Parmi les 275 patients, 199 (72,4%) étaient mono-réactifs M, 47 (17,1%) mono-réactifs O, et 29 (10,5%) doublement réactifs M+0. Des doubles infections ont été confirmées moléculairement chez 4 patients (1,4%) et la présence de recombinants chez 3 patients (1,1%). Le premier recombinant, « isolé », a été identifié au sein d'un couple ; le second était associé à une forme parentale VIH-1/M. La caractérisation des génomes complets a permis de mettre en évidence des points de cassure au niveau du gène vpr et la région LTR pour le premier, et au niveau du gène vpu et la région LTR pour le second. Aucun lien n'a été identifié entre ces recombinants et les autres recombinants actuellement caractérisés. Les sous-types VIE1-1/M et les sous-groupes VIH-1/0 impliqués étant cohérents avec l'épidémiologie moléculaire au Cameroun, à savoir une majorité de VIH-1/M CRF02_AG et de VIII-1/0 sous-groupe H. L'origine géographique de ces sept patients était différente, et correspondait à cinq des régions administratives du Cameroun. Nos résultats ont permis d'identifier sept nouveaux cas de doubles infections VIH-l/M+0 et. /ou de formes recombinantes vill-umo. Bien qu'elles semblent persister à bas bruit, elles sont toutefois retrouvées dans différentes régions du Cameroun démontrant leur potentiel de diffusion. Ce travail a également permis de caractériser deux nouveaux génomes complets mettant en évidence des points de cassure dans vpr, vpu et les LTR. Ces nouvelles formes ne sont pas liées à celles précédemment décrites, soulignant ainsi la circulation de nombreuses URFs et la dynamique importante d'évolution par recombinaison entre les deux groupes. Il apparaît donc nécessaire de poursuivre la surveillance de diffusion des formes recombinantes MO, pour identifier l'éventuelle émergence d'une CRF_MO, pouvant présenter de meilleures propriétés virologiques et phénotypiques
Frequency and genetic profile of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/1V10 recombinant forms circulating in Cameroon Despite the great genetic divergence between the pandemic HIV-1/M and non pandemic HIV-1/0, four HIV-1/MO intergroup recombinants have been reported in 1999 and 2010. In Cameroon, the co-circulation of two groups (M and 0) provides an ideal environment for HIV-1/MO recombination to occur. In a previous work, we reported new dual infections and six HIV-LIMO putative recombinant forms, associated to or not to dual infections. However, this study had some epidemiological and technical limitations. In the present study, we aimed to estimate the frequency and to characterize genetic profiles of HIV-1/M+0 dual infections, as well as HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon. From March 2013 to June 2015, 275 HIV infected patients from Centre Pasteur of Cameroon were included in the study, based on serotyping test, enabling to distinguish HIV serotypes M, 0 and M+0. HIV-1/M and HIV-1/0 specific PCR were further performed in the pol and env genes, in order to confirm serological reactivities, and to detect pollenv discordance, characteristic of putative recombinants. In the likelihood of M+0 dual infections and/or presence of MO recombinant, a breakpoint in the vpr gene, considered a hotspot of recombination was investigated. Finally, full length genomes of recombinants were characterized and genetic link with previous recombinants was investigated by phylogenetic analyses. Among the 275 patients, 199 (72. 4%) were HIV-1/M mono-reactive, 47(17. 1%) HIV-1/0 mono-reactive, and 29 (10. 5%) were M+0 dual reactive. HIV-1/M+0 dual infections were identified in 4 patients (1. 4%), and the presence of recombinants forms in 3 patients (1. 1%). The first recombinant form was detected in a husband and his wife, and was not associated to dual infection, and the second recombinant form was associated to a parental HIV-1/M virus. Full length genomes characterization identified recombinant breakpoints in the vpr gene and the LTR region for the first recombinant form, and in the vpu gene and the LTR region for the second form. No link between these recombinants and previous recombinants was found. HIV-1/M subtypes and HIV-1/0 sub-groups were concordant with the present molecular epidemiology of HIV infection in Cameroon, that is, the predominance of CRF02_AG and HIV-1/0 sub-group H. Geographical origins of patients with HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/M0 recombinants showed that they were from five administrative regions of Cameroon. In this study, we described seven new cases of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/MO recombinants, thus confirming the co-circulation of these forms in Cameroon. Even though their frequency remains low, these forms are found in different geographical regions of Cameroon, pointing out their diffusion potential. We also characterized full length genomes of two new HIV-1/MO recombinants, and identified breakpoints in vpr and vpu genes as well as LTR regions. No link between these recombinants and previous recombinants was found, showing the circulation of multiple URFs, and the great dynamic evolution between HIV-1/M and HIV-1/0. It is therefore, necessary to improve the surveillance of HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon, in order to detect potential emergence of a CRF_MO, and to further study their virological and phenotypic properties

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Millet, Antoine. "Caractérisation quantitative et génétique de la dynamique sanguine et tissulaire du virus de l'immunodéficience simienne chez le macaque cynomolgus en histoire naturelle The extensive widespread of SIV distribution in macaques suggests that secondary lymphoid tissues are the main drivers of viral dynamics Optimal maturation of the SIV‐specific CD8+ T cell response after primary infection is associated with natural SIV control. ANRS SIC study Modeling acute SIV infection suggests that early establishment of cytotoxic response drives the virological control, and unravels heterogeneous infected cells populations." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=2119&f=17058.

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Abstract:

L'infection par le Virus de l'Immunodéficience Simienne (SIV) persiste dans l'organisme en raison des cellules infectées contenant le génome viral intégré. Ces cellules dites « Réservoirs » constituent l'obstacle majeur à l'éradication virale et sont au cœur de nouveaux challenges thérapeutiques. Le modèle simien permet d'explorer les tissus réservoirs et l'évolution virale dans l'organisme. Dans une première partie, l'objectif de notre travail a été de caractériser la dynamique du SIV dans le sang et les tissus, en l'absence de traitement. Dans le cadre du programme P-Visconti, 6 macaques ont été infectés par du SIVmac et ont été suivis pendant 6 mois. Nous avons mis au point des techniques ultrasensibles de quantification d'ADN SIV (niveau d'infection) et d'ARN SIV associés aux cellules (caARN SIV) exprimant la capacité transcriptionnelle des cellules infectées. Nous avons développé une méthode de séquençage à haut débit et des outils de bio-informatique pour une analyse en profondeur de plus de 60 millions de séquences, permettant de décrire l'évolution et le nombre de variants viraux dans le sang et les tissus. Nous montrons que les cinétiques du nombre de cellules sanguines infectées et leur niveau transcriptionnel reflétaient la cinétique de virémie plasmatique. De plus, l'évolution de la diversité génétique (nombre de variants et distance génétique) mimait l'évolution des 2 marqueurs. Les variants présents dans l'inoculum tendaient à disparaître dès J28 dans le plasma mais persistaient dans les cellules sanguines. La proportion des variants majoritaires évoluait au cours du temps et, malgré un inoculum identique, une grande hétérogénéité de niveaux d'infection et de diversité génétique a pu être observée entre les singes. À 6 mois d'infection, de nombreux tissus ont été collectés à l'euthanasie. Nous montrons une infection disséminée et réplicative dans 26 sites anatomiques, y compris dans la peau et le tissu adipeux. Les tissus lymphoïdes secondaires présentaient les niveaux d'infection et d'activité transcriptionnelle les plus élevés, lesquels étaient associés à des profils de quasi-espèces virales les plus éloignées de l'inoculum, soulignant le rôle majeur de l'activité ganglionnaire à l'origine de l'évolution virale. Le niveau d'infection de nombreux tissus était corrélé à celui du sang périphérique au moment du pic de réplication. Les différents tissus lymphoïdes et plusieurs tissus non lymphoïdes présentaient des variants majoritaires communs, témoignant d'une très importante circulation de virions et/ou de cellules infectées entre les tissus (Manuscrit 1). Dans une deuxième partie, nous avons étudié un modèle de singes infectés par du SIV, et 12 animaux sur 16 ont montré un contrôle viral spontané (Singes «contrôleurs», SIC). Aucune différence n'a été observée au niveau sanguin, au pic (J15) entre les SIC et les singes non-contrôleurs. En revanche, les SIC avaient un niveau d'infection significativement plus faible dans les ganglions dès J15. De même, après 18 mois, les charges ADN SIV apparaissaient plus faibles dans tous les tissus des SIC. Parallèlement, sur le plan immunologique (C. Pereira et al., I. Pasteur), l'activité suppressive des cellules T CD8 spécifiques du SIV s'est développée au cours du temps et était liée à des niveaux de réservoir viral plus faibles (Manuscrit 2). La modélisation mathématique combinant les résultats immuno-virologiques (V. Madelain et al., Paris 7) a montré une décroissance biphasique de l'ADN SIV après le pic de virémie chez les SIC, liée à 2 populations cellulaires (1 à demi-vie courte et 1 à demi-vie longue). Ces résultats indiquent les cellules à cibler dans le contexte des études de rémission et/ou cure (Manuscrit 3). L'ensemble de ces données démontre le rôle clé des tissus lymphoïdes dans la dynamique de l'infection et dans la diffusion des variants viraux. La forte dispersion virale souligne la nécessité d'utiliser des molécules diffusant dans tout l'organisme
Simian Immunodeficiency Virus (SIV) infection persists in the body with infected cells containing the integrated viral genome. These cells called "reservoirs" constitute the major barrier to viral eradication and are focus of interest of new therapeutic challenges. The simian model enables the exploration of tissue reservoirs and viral evolution throughout the whole body. In a first part, the aim of our work was to characterize the dynamics of SIV in the blood and tissues in the absence of treatment. In the P-Visconti program, six macaques were infected by SIVmac251 and were followed 6 months before euthanasia. We developed ultrasensitive assays for the SIV DNA quantification (cell infection level) and cell-associated SIV RNA (caSIV RNA), expressing the transcriptional ability of infected cells. In addition, we developed a high throughput sequencing method and bioinformatics tools for in-depth analysis of more than 60 million reads, describing the evolution and number of viral variants in blood and tissues. We showed that the kinetics of the number of infected blood cells and their transcriptional level reflected the kinetics of plasma viremia. Moreover, the evolution of genetic diversity (number of variants and genetic distance) mimicked the evolution of the two markers. The variants constituting the inoculum tended to disappear as soon as day (D)28 in the plasma but persisted longer in the blood cells. The proportion of major variants evolved over time and, despite identical inoculum, a great heterogeneity of infection levels and genetic diversity could be observed among the monkeys. At 6 months post infection, many tissues were collected at euthanasia. We showed a disseminated and replicative infection over 26 anatomical sites, including skin and adipose tissues. Secondary lymphoid organs exhibited the highest levels of infection and transcriptional activity, which were associated with the most divergent viral quasi-species profiles from the inoculum, highlighting the major role of lymph nodes in the viral evolution. Infection level of many tissues was correlated with that observed in blood at the peak of replication. The different lymphoid tissues and several non-lymphoid tissues shared some major variants, indicating high exchanges of virions and/or infected cells between tissues (Manuscript 1). In a second part, we examined a model of SIVmac infected macaques, and 12 out of 16 animals exhibited spontaneous viral control (Simian "controllers": SIC). No difference of viral level was observed in blood at the peak (D15) between SIC and non-controller macaques. In contrast, SIC had a significantly lower level of infection in the lymph nodes since D15. Moreover, after 18 months, SIV DNA loads appeared lower in all SIC tissues. In addition, immunological studies (C. Pereira et al., I. Pasteur) showed that suppressive activity of SIV-specific CD8+ T cells has been developed over time and was related to lower viral reservoir levels (Manuscript 2). Mathematical modeling combining these immuno-virological data (V. Madelain et al., Univ Paris 7) showed a biphasic decay of SIV DNA after the peak of viremia in SIC, that could be related to 2 cell populations (one with short half-life and the other with a long half-life). These results indicate which cells have to been targeted in the context of remission and/or cure studies (Manuscript 3). All of these data demonstrate the key role of lymphoid tissues in the infection dynamics and in viral variants diffusion and diversification. The strong viral spread highlights the need to use molecules that penetrate throughout the whole body

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Cibrario, Alice. "Diversité génétique et phénotypique de l’espèce Brettanomyces bruxellensis : influence sur son potentiel d’altération des vins rouges." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0923/document.

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Abstract:

Brettanomyces bruxellensis est une levure particulièrement redoutée des vinificateurs pour ses capacités d’altération organoleptique des vins. Elle est également associée à de nombreux produits fermentés et présente une importante diversité génétique en lien avec son origine écologique. L’analyse des profils microsatellites d’une collection importante d’individus (1318) d’origines géographiques variées montre une diversité génétique importante parmi les isolats de vin. Elle met notamment en évidence la coexistence d’individus diploïdes et triploïdes dans différentes régions du monde ainsi qu’à l’échelle d’un chai et d’un vin. La présence de certains génotypes dans plusieurs régions à travers le monde suggère la dispersion de cette espèce et une adaptation importante au milieu difficile qu’est le vin.La relation entre diversité génétique, matrice d’origine et traits physiologiques a été explorée. La nature des sucres utilisables pour supporter la croissance ainsi que les capacités de production de phénols volatils sont peu variables entre les souches étudiées, indépendamment de leur niveau de ploïdie ou de leur origine écologique. Néanmoins, les profils de croissance et de production de phénols volatils (vitesses et rendements) varient et traduisent des différences dans l’adaptation des souches au milieu et aux conditions d’oxygénation. Nos données suggèrent notamment une adaptation plus importante des souches triploïdes aux conditions physico-chimiques du vin. D’un point de vue pratique, l’influence de certains facteurs physico-chimiques, tels que les sucres et la température, sur le développement de B. bruxellensis dans les vins a été étudiée. Dans les vins rouges, la composition en sucres résiduels ne peut pas être considérée comme un outil de diagnostic du risque « Brett ». Néanmoins, les variations importantes de température observées dans les chais, jusqu’alors sous-estimées, pourraient expliquer en partie les phénomènes d’altération de vins rouges fréquemment observés au cours du premier été d’élevage en barrique
The yeast species Brettanomyces bruxellensis is the most dreaded wine spoilage microorganism because of its repercussions on wine organoleptic wine alteration. It is also present in numerous fermented beverages and its high genetic diversity is partly associated with its ecological origin. Microsatellite analysis of a large collection of isolates (1318) from various geographical origins shows the species’ high genetic diversity, namely among wine strains. Notably, it highlights the coexistence of diploid and triploid individuals worldwide as well as at the region, winery and wine level. Isolation of some of the genotypes in several wine regions in the world suggests this species’ dispersion as well as the putative adaptation of these individuals to the harsh wine environment.The relationship between genetic diversity, matrix type, and physiological traits was further explored. The type of consumable sugars in relation to growth and phenol volatile production capacities of the studied strains, are independent from the ploidy level or ecological origin of the latter. Nevertheless, growth and phenol volatile production profiles (rates and yields) vary, highlighting differences in strains’ growth capacity in different media and aeration conditions. In particular, our data suggests an important adaptation of triploid strains to wine-type environment. From a practical point of view, influence of physicochemical parameters (such as sugars and temperature) on B. bruxellensis’ development in wine has been investigated. In red wine, residual sugar profiles don’t seem to be a relevant tool to estimate the risk associated with “Brett” spoilage. However, the important temperature variations occurring in wine cellars could be a possible explanation for contamination frequency during the first summer of barrel-ageing

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Ségurel, Laure. "Mode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00547600.

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Abstract:

Cette thèse a pour objectif de s'interroger sur l'influence du mode de vie sur la diversité génétique humaine. Nous avons pour cela étudié plusieurs ethnies d'Asie Centrale qui diffèrent de par leur organisation sociale et leur mode de subsistance. Nous avons d'abord comparé la diversité génétique a priori neutre de populations patrilinéaires et cognatiques (populations se définissant par leur ascendance paternelle ou indifféremment par les deux sexes, respectivement). Cette étude, basée sur les autosomes et le chromosome X, nous a permis de montrer que les hommes ont un effectif efficace et un taux de migration réduits par rapport aux femmes chez les patrilinéaires, mais non chez les cognatiques. Ensuite, nous avons testé si les éleveurs et les agriculteurs ont subi différentes pressions de sélection liées à l'alimentation. Pour le gène de la lactase (digestion du lactose) et de l'AGXT (facilitant la digestion de la viande), nous n'avons pas trouvé de différence de diversité génétique entre populations. Cependant, nous avons montré que les éleveurs (représentés par les Kirghiz) présentent près de deux fois plus de résistance à l'insuline, phénotype proposé comme une adaptation aux faibles quantités de glucides dans l'alimentation, que les agriculteurs (représentés par les Tadjiks). Nous avons également mis en évidence des signatures d'adaptation locale entre éleveurs et agriculteurs sur certains gènes associés à la résistance à l'insuline. Ainsi, ces populations semblent s'être adaptées à des régimes alimentaires différents. Cette thèse conforte donc l'hypothèse d'une influence des facteurs culturels sur l'évolution de la diversité génétique des populations humaines.

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Patin, Etienne. "Influences du mode de vie sur la diversité génétique des populations humaines." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066214.

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Abstract:

Afin de tester si les changements de mode de vie des populations humaines ont modifié leur démographie et les pressions sélectives qu’elles ont subies, j’ai porté mes recherches sur deux modèles différents. Premièrement, l’étude de la diversité génétique mondiale de NAT2 - une enzyme qui détoxique un large spectre de xénobiotiques - a montré que sa forme non fonctionnelle a été sélectionnée positivement chez les populations agricultrices au cours des 6500 dernières années. Deuxièmement, l’étude de la variation génétique non-codante des populations de chasseurs-cueilleurs Pygmées et d’agriculteurs d’Afrique a permis de déterminer leur histoire démographique approximative. En tenant compte de cette histoire, nous avons ensuite étudié les pressions sélectives agissant dans ces populations sur des récepteurs essentiels de l’immunité innée, les TLRs. De manière générale, nous avons montré que le mode de vie de l’homme a eu un impact majeur sur sa diversité génétique non-codante et codante.

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Cappy, Pierre. "Profil de recombinaison, genèse et étude fonctionnelle des recombinants VIH-1/MO : à la frontière de nouvelles espèces de VIH." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUES038.

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Abstract:

La recombinaison joue un rôle majeur dans l’évolution des VIH et amplifie leur extraordinaire diversité génétique. Les VIH de groupe O (VIH-1/O) sont des variants rares, endémiques au Cameroun, et présentant une grande divergence avec les VIH de groupe (VIH-1/M), le groupe majeur de VIH. Longtemps pensée impossible, la présence de recombinaison entre ces deux groupes a été démontrée dans les régions où ils co-circulent, les recombinants MO décrits, rappelant les formes recombinantes uniques (URFs) du VIH-1/M. A ce jour, dix URFMO ont été caractérisées au Cameroun et une en France. Le peu de données disponibles les concernant ne permet actuellement pas d’avoir une bonne connaissance des mécanismes régissant leur génération, leur transmission et leur émergence chez le patient. Dans la première partie de ce travail, nous avons étudié les règles gouvernant leur génération pendant la transcription inverse grâce à une cartographie de la recombinaison sur la première moitié de la séquence codante du VIH-1. Il ressort que ces règles sont similaires à celles décrites pour les recombinants intra-groupe M : l’identité de séquence entre les souches parentales est le paramètre majeur mais n’est clairement pas suffisante pour prédire l’ensemble des points de recombinaison (ou de cassure). Les structures secondaires de l’ARN génomique, guidant principalement la recombinaison au niveau des bordures des gènes, semble être le second paramètre impliqué. Nous avons également montré que la plupart des points de cassure sont retrouvés au même endroit quels que soient les couples d’isolats utilisés et confirmé que le gène vpr était un point chaud de recombinaison, comme cela avait déjà été suggéré in vivo. Grâce au système de surveillance de la diversité des VIH-1 mis en place par le Centre National de Référence pour le VIH, nous avons également caractérisé huit nouvelles formes ou formes putatives en France, suspectées grâce à une double réactivité M+O au sérotypage, de discordances séro-moléculaires ou entre les différents tests moléculaires, survenant lors du diagnostic ou du suivi des patients. La synthèse des données camerounaises et françaises sur les points de cassure montre qu’ils sont retrouvés dans quatre zones, dont trois décrites comme zones chaudes par la cartographie in cellulo. Troisièmement, nous avons étudié l’impact sur la fonctionnalité virale du point de cassure situé dans une zone non prédite par la cartographie, mais retrouvé chez trois URFMO, à la jonction entre la protéase et la transcriptase inverse. Les résultats indiquent qu’un profil [GagPR-M/RTIN-O] est très en faveur de l’émergence d’une URF-MO alors que le profil inverse entraîne des défauts de maturation plus ou moins sévères selon les isolats utilisés. L’investigation de ce défaut a montré que la capside était une barrière majeure pour la recombinaison MO, avec une inhibition de la transcription inverse lors qu’une capside M est remplacée par une capside O, quels que soient les isolats utilisés. Le profil inverse (CA-M dans un contexte O) donne des phénotypes plus contrastés au niveau de la transcription inverse ou des étapes ultérieures, suggérant des effets pléïotropiques. Enfin, un biais observé entre le nombre de points de cassure dans la région codante et la présence ou non d’un point de cassure dans les LTRs entre U3 et R nous a conduit à revisiter le processus de transcription inverse et à montrer que les recombinants générés dans les LTRs par les sauts obligatoires de matrice étaient produits lors du transfert du brin [+], guidé par la présence d’une séquence palindromique située dans le PBS. En conclusion, ce travail a permis de caractériser 8 nouvelles URF-MO, menant à un total de 19 formes distinctes et montrant la plasticité de l’évolution des VIH par recombinaison entre des souches très divergentes. Il a également permis de préciser les mécanismes menant à leur génération, de montrer que les règles régissant la recombinaison intra-groupe pouvaient être étendues à la recombinaison inter-groupe et que l’émergence des URF-MO reposait sur des réseaux complexes de coévolution, partiellement dépendants des souches parentales
Recombination plays a major role in HIV evolution and amplifies their extraordinary HIV diversity. HIV-1 group O (HIV-1/O) are rare variants that are mostly found in Cameroon, where they are endemic. Due to a high genetic divergence between HIV-1/O and the major group, HIV-1/M, recombination between them had been first thought impossible. Nevertheless, in regions where HIV-1/M and HIV-1/O co-circulate, HIV-1/M+O dual infections have been described, leading in some cases to the emergence of HIV-1/MO recombinants, reminiscent of HIV-1/M unique recombinant forms (URFs). To date, ten URF-MO have been characterised in Cameroon and one in France. Due to scarce data, little is known regarding the mechanisms underlying their generation their transmissibility and how they can establish a sustainable infection in patients. In the first part of this work, we investigated the rules governing their generation during reverse transcription through a singe-cycle recombination assay in the first half of the HIV-1 coding sequence. We found out that they were similar to those described for HIV-1/M intra-group recombinants: the sequence identity between the parental strains was the first parameter driving MO recombination, but was clearly not sufficient to predict the breakpoints positions. RNA structures, mostly guiding recombination at genes borders, were thought to be the second parameter involved. We also showed that most of breakpoints were found at the same location for several M/O crossings, while few of them were isolate-specific. We also confirmed the vpr gene was a recombination hot spot, as previously suspected for the forms found in patients. Thanks to a the surveillance of HIV-1 genetic diversity, led by the French National Reference Centre for HIV, we were also able to characterise eight news forms or putative forms in France, suspected through serological dual reactivity, sero-molecular or molecular discrepancies, occurring upon diagnosis or monitoring. With the data gathered in Cameroon and in France, we were able to compare the breakpoints found in vivo with the mapping carried out in cellulo, and found out that they mostly cluster in four regions, three of which are described as hot spots with the single-cycle assay. Using a functional analysis, we investigated the impact of a breakpoints shared by three unrelated chimeras and located outside a recombination hot spot, at the protease/RT border. We found out that a [GagPR-M/RTIN-O] pattern was in favour of URF-MO emergence, while the specular pattern showed mild to strong defects in virion maturation depending on isolates. By investigating this non-specular phenotype, we further demonstrated that capsid is a major barrier to MO inter-group recombination, with a strong impairment of reverse transcription observed when replacing an M capsid by several different heterologous O counterparts. The opposite pattern (CA-M in an HIV-1/O isolate) led to variable phenotypes at the reverse transcription and post-reverse transcription level, suggesting pleiotropic effects. At last, by a thorough study of recombination patterns in the LTRs, according to the number of breakpoints found in the HIV coding sequence, we also revisited the reverse transcription process, and demonstrated that the recombinants generated in LTRs by the strong stops mostly occur during [+] strand strong stop transfer, due to a particular structure in the PBS. In conclusion, this work allowed characterising 8 new URF-MO, leading to a current total of 19 distinct forms, and showing the plasticity of HIV evolution by recombination between highly divergent strains. It also provided new insights in the mechanisms of generation of these forms, showing that the rules defined for intra-group recombination could be extended to inter-group recombinants and that the emergence of recombinants rely on complex coevolution networks, probably partially strain-dependent

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Redel, Laetitia. "Maintien de la latence du VIH-1 : implications des facteurs CTIP2 et LSD1." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6175.

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Abstract:

L’expression du VIH-1 est contrôlée par de nombreux phénomènes très complexes. Une étude de notre laboratoire a pu montrer l’importance du cofacteur transcriptionnel CTIP2 dans le maintien de la latence du VIH-1 dans les cellules microgliales. En effet, CTIP2 recrute un complexe enzymatique comprenant HDAC1 et 2 et SUV39H1, afin de condenser la chromatine qui sera alors transcriptionnellement inactive. Dans un premier temps, j’ai mis en évidence l’effet répresseur de LSD1 sur la transcription virale dans les cellules microgliales. J’ai également pu démontrer que le recrutement de LSD1 sur le promoteur viral est associé à hSET1, une histone méthyltransférase, induisant alors la triméthylation de la lysine 4 de l’histone H3. J’ai pu également mettre en lumière que le recrutement de LSD1 est nécessaire à l’association de CTIP2 au promoteur viral. Ainsi, CTIP2 et LSD1 coopèrent dans la répression de la transcription virale dans les cellules microgliales. Dans la seconde partie de ma thèse, j’ai étudié l’influence du cofacteur transcriptionnel CTIP2 sur la transcription virale dans les lymphocytes T CD4+. CTIP2 facilite la transactivation médiée par Tat. Dans ce cadre, ainsi que suite à une activation de la transcription par le PMA, CTIP2 est recruté sur le promoteur viral de manière concomitante avec HDAC2, SUV39H1 et HP1γ. Ici, le recrutement de ces enzymes ne conduit pas à la formation d’un environnement hétérochromatinien mais à l’activation de la transcription virale. Ainsi, mes travaux ont pu mettre en évidence la dualité de CTIP2 qui est un répresseur du VIH-1 dans les cellules microgliales infectées de manière latente et un activateur du VIH-1 dans les lymphocytes T CD4+ infectés de manière productive
HIV-1 expression is controlled by various and complex phenomenons. We have shown that CTIP2 contributes to the post-integrative latency in microglial cells. CTIP2 associates with HDAC1, HDAC2 and SUV39H1 to favour heterochromatic environment surrounding the HIV promoter, thereby silencing HIV-1 expression. I first described that the histone demethylase LSD1 represses HIV-1 transcription in microglial cells. LSD1 is associated with the HIV-1 promoter and facilitates the recruitment of the histone methylase hSET1 which is responsible for the Histone H3 Lysine 4 trimethylation. Moreover, my studies indicate that LSD1 is required in order to recruit CTIP2 onto the HIV-1 promoter. Thus, LSD1 and CTIP2 cooperate physically and functionally to induce a transcriptional repression. In the second part of my thesis, I investigated the influence of CTIP2 on HIV-1 transcription in the T CD4+ lymphocytes. Following Tat expression or PMA treatment, CTIP2 enhances the Tat-mediated transactivation. CTIP2 induces the recruitment of HDAC2, SUV39H1 and HP1γ on the HIV-1 promoter. Here, the recruitment of these enzymes does not lead to the formation of a heterochromatic environment but to the activation of the viral expression. So, my works were able to bring to light the duality of CTIP2 which repress the HIV-1 transcription in latently infected microglial cells and facilitates the HIV-1 expression in productively infected CD4+ T cells

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Chenine, Agnès-Laurence. "Etude de l'infection de l'épithélium intestinal par VIH-1." Aix-Marseille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX20651.

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Mary, Catherine. "Utilisation séquentielle des sites accepteurs d'épissage lors de l'expression du provirus HIV-1 : analyse par cartographie à la RNAse." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO1T236.

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Meyer, Laurence. "Délétion CCR5-delta 32 et progression de la maladie VIH-1." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA11T021.

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Abstract:

Les relations entre la délétion Δ32 sur le gène codant pour le récepteur CCR5 aux β chemokines et la progression de la maladie VIH ont été étudiées chez des patients infectés par le VIH-1 suivis dans plusieurs cohortes prospectives françaises ou étrangères. Environ 17% des patients à contage daté de la cohorte SEROCO étaient porteurs de la délétion sur un des deux allèles du gène ; ces patients progressaient moins vite depuis la contamination vers le SIDA et le décès que les autres patients. Cet effet a été retrouvé lors d'une collaboration avec la cohorte d'Amsterdam d'hommes homosexuels, indépendamment de 2 autres mutations ultérieurement décrites sur les gènes codant pour le corécepteur CCR2 et pour le ligand SDF-1 du corécepteur CXCR4. La charge virale précoce sérique était plus basse d'environ 0,25 log chez les hétérozygotes pour la délétion que chez les autres patients. Cette charge virale plus basse expliquait dans l'analyse multivariée une partie de l'effet protecteur conféré par la délétion. Par ailleurs, notre étude a permis de décrire le deuxième cas d'homozygote infecté par le VIH, confirmant que la protection conférée par la délétion à l'état homozygote n'est pas totale. Enfin, les liens entre la délétion Δ32 et la survenue de certaines infections opportunistes ont été étudiés en réunissant les données de 3 cohortes, SEROCO, HEMOCO et SEROGEST. La toxoplasmose survenait significativement moins souvent comme pathologie inaugurale de SIDA chez les hétérozygotes que chez les autres patients, y compris après prise en compte de l'âge, du taux de lymphocytes CD4 et de la prescription d'une prophylaxie primaire spécifique. Grâce au suivi des patients actuellement traités, ce travail va être poursuivi en étudiant la relation entre délétion Δ32 et la réponse aux traitements antirétroviraux. Par ailleurs la physiopathologie de la primo-infection VIH et ses liens avec la délétion vont être étudiés dans la cohorte PRIMO de patients récemment infectés
The role of the Δ32 deletion on the gene coding for the CCR5 receptor for beta chemokines on HIV-1 disease progression was studied in HIV-infected patients followed in several prospective multicenter cohorts. Around 17% of patients with a known date of infection from the SEROCO cohort were heterozygous for the deletion : these patients progressed less rapidly since infection to AlDS or death than the other patients. Ln a collaborative study with the Amsterdam cohort study, this protective effect was observed independently of two other mutations on genes coding for the CCR2 receptor and the SDF-1 ligand. Early serum viral load was 0. 25 log lower in Δ32 heterozygous patients than in wild-type patients; this lower viral load explained partiy. The protective effect of the deletion in the Cox multivariate analysis. This study allowed us to describe an HIV-infected subject who was homozygous for the deletion, which confirms that homozygous patients are not totally protected from HIV infection. The relationship between the Δ32 deletion and the occurrence of several opportunistic infections was studied in 1657 patients followed in the SEROCO, HEMOCO and SEROGEST cohorts. The risk of toxoplasmosis as a first AIDS-defining illness since inclusion was significantly reduced in heterozygous patients, even after adjustment for age, CD4 cell count and primary specifie prophylaxis. Since most patients who are still followed in these cohorts are now treated by highly active antiretroviral therapy, we are going to study whether the deletion affects the response treatment. The relationship between pathophysiology of primary HIV-1 infection and the Δ32 deletion will be studied in the PRIMO cohort which has recruited since 1996 recently infected patients

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Brengel-Pesce, Carine. "Virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) et atteinte du système nerveux central : analyse génétique et biologique de variants viraux dérivés de patients atteints d'encéphalite à VIH-1." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1997. http://www.theses.fr/1997GRE10048.

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Depatureaux, Agnès. "Les VIH-1 du groupe O : polymorphisme génétique naturel des régions cibles des antirétroviraux, évolution sous pression thérapeutique et réponse virologique." Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUENR01.

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Abstract:

Les VIH-1 de groupe 0 (VIH-0) sont caractérisés par une forte diversité génétique par rapport aux VIH-1 de groupe M (V1H-M) et sont divisés en trois clades (A à C). Nous avons décrit ici le polymorphisme naturel génétique de virus provenant de patients identifiés en France et au Cameroun, puis étudié les conséquences sur l'interprétation génotypique et phénotypique de la résistance aux antirétroviraux (ARV), la phylogénie, l'émergence de mutations et la réponse immuno-virologique sous traitement. Nous avons observé un polymorphisme marqué dans les régions de la protéase (PR), transcriptase inverse (Ti), intégrase et gp41. La présence de mutations sur les sites de résistance aux ARV entraine, selon les algorithmes d'interprétation (H1Vdb, ANRS et REGA), validés pour les VIH-M, une résistance génotypique ou une sensibilité intermédiaire aux Inhibiteurs Non Nucléosidiques de la TI, à 3 inhibiteurs de la PR (saquinavir, neifinavir, tipranavir) et à l'enfuvirtide (T20). L'analyse phylogénétique a montré que Y181C était une mutation signature du clade A. Nous avons démontré que la présence d'une mutation signature des VIH-0 (N420) sur la gp41, conférant la résistance génotypique au T20, n'entraine pas de résistance phénotypique. L'étude de l'émergence des mutations sous ARV a montré qu'il existait des mutations spécifiques du VIH-0, dont les principales sont la L210D sur la TI et la 151 sur la PR. L'étude de la réponse immuno-virologique de patients a montré que le succès virologique était possible, en particulier avec les nouveaux ARV. Ainsi, de nouvelles questions sont soulevées sur les mécanismes de résistance du VIH-0 nécessitant d'autres études phénotypiques et cliniques
HIV 1 group 0 (HIV-0) is characterized by a high genetic diversity with regard to HIV 1 group M (HIV-M) and is divided into three clades (A to C). We described here the genetic natural polymorphism of virus resulting from patients identified in France and in Cameroon, then studied the consequences on the interpretation of genotypic and phenotypic resistance to antiretrovirals (ARV), phylogenetic analysis, emergence of mutations and the immunological and virological responses under treatment. We observed a high polymorphism in the ARV target-regions of protease (PR), Reverse Transcriptase (RT), integrase and gp41. According to HIV-M validated-resistance algorithms (H1Vdb, ANRS and REGA), presence of mutations on ARV resistance associated-positions leads to a genotypic resistance or an intermediate susceptibility to the Non Nucleoside RT Inhibitors, to three PR inhibitors (saquinavir, nelfinavir, tipranavir) and to enfuvirtide (T20). Phylogenetic analysis showed that Y181C was a clade A signature mutation. We demonstrated that the presence of HIV-0 signature mutation (N42D) in gp41, conferring the genotypic resistance to T20, did not lead to phenotypic resistance. The study of emergence of genotypic resistance under ARV showed HIV-0 specific mutations, mainly 1_210D on the TI and the 151 on PR. The study of the immunological and virological responses of patients showed that a virological success was achieved, in particular with the new ARV. So, new questions are raised on the mechanisms of resistance of HIV 0 requiring other phenotypical and clinical studies

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Damier, Laurence. "Etude de la régulation de l'épissage du transcrit primaire du virus de l'immunodéficience humaine de type 1, HIV-1." Nancy 1, 1997. http://www.theses.fr/1997NAN10258.

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Abstract:

Mon travail de thèse a porté sur l'étude des paramètres définissant l'efficacité relative des sites d'épissage du transcrit primaire du virus HIV-1. La régulation de cette étape de l'expression des gènes viraux régit la production des différentes protéines, mais aussi de l'ARN génomique. L'épissage de l'ARN de HIV-1 est un processus complexe, puisque 4 sites donneurs et R sites accepteurs sont utilisés en combinaison les uns avec les autres et qu'une régulation négative globale exercée par la protéine Rev permet le transport d'ARN non épissé dans le cytoplasme où il est encapsidé dans les nouveaux virions. J'ai réalisé un ensemble de constructions génétiques qui m'a permis de déterminer par des expériences d'épissage in vitro, la force intrinsèque respective de chaque site d'épissage et couple de sites de l'ARN de HIV-l. Les sites donneurs se sont tous avérés efficaces, bien qu'à des degrés divers in vitro. Les résultats obtenus montrent que les régulations s'exercent majoritairement au niveau des sites accepteurs qui sont sous-optimaux. Plusieurs de ces sites ne sont pas fonctionnels in vitro. Il s'agit de la première étude exhaustive du comportement in vitro de l'ensemble des sites d'épissage de l'ARN du virus HIV-l. [. . . ]

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Marban, Céline. "CTIP2, un répresseur de la transcription des gènes du HIV-1 dans les cellules microgliales." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/MARBAN_Celine_2005.pdf.

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Abstract:

Le virus de l’immunodéficience humaine (HIV) est l’agent pathogène responsable du SIDA (Syndrome de l’ImmunoDéficience Acquise). Le HIV infecte de façon privilégiée les cellules du système immunitaire, mais le système nerveux central (SNC) constitue sa deuxième grande cible. En effet, au moins 10% des personnes infectées présentent des atteintes neurologiques associées au SIDA. Les cellules microgliales constituent les principales cibles cellulaires d’une infection virale productive dans le SNC. La transcription des gènes du HIV-1 peut-être subdivisée en deux phases, une phase initiale régulée par des facteurs de transcription cellulaires et une phase tardive principalement régulée par le puissant transactivateur viral Tat. Mon travail de thèse a consisté en l’étude de CTIP2 (COUP-TF Interacting Protein 2), un cofacteur du facteur de transcription cellulaire COUP-TF, sur la transcription des gènes du HIV-1 dans les cellules microgliales. Nos travaux nous ont permis de montrer qu’en intervenant au niveau de la transcription des gènes viraux, CTIP2 réprime la réplication du HIV-1 dans les cellules microgliales en induisant la formation de structures hétérochromatiniennes le long du provirus. En effet, CTIP2 est recruté sur le promoteur du HIV-1 par l’intermédiaire des facteurs de transcription Sp1 et COUP-TF fixés sur les boîtes GC du promoteur minimal. Une fois ancré, CTIP2 va recruter des activités histones déacétylases qui vont provoquer une déacétylation locale de l’histone H3. Le domaine central de CTIP2 va également permettre le recrutement de l’histone méthyltransférase SUV39H1 qui va méthyler de manière spécifique le résidu lysine en position neuf de l’histone H3 et ainsi créer un site de fixation pour HP1α, une protéine associée à l’hétérochromatine. La polymérisation de HP1α le long du provirus va ainsi générer un domaine hétérochromatinien inaccessible pour les facteurs cellulaires et viraux impliqués dans la régulation de la transcription des gènes du HIV-1
The Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the etiological agent causing AIDS (Acquired ImmunoDeficiency Syndrome). The central nervous system (CNS) is the second important target of HIV after the immune system. About 10% of the patients with AIDS present neurological symptoms. The macroglial cells are the major site of HIV production in the brain. HIV-1 gene transcription can be divided in two phases, an initial phase controlled by cellular transcription factors and a late phase mainly controlled by the powerful viral transcription factor Tat. My thesis work was focused on the study of CTIP2 (COUP-TF Interacting Protein 2), a cofactor of the cellular transcription factor COUP-TF, on HIV gene transcription in microglial cells. Our findings reveal the ability of CTIP2 to specifically act as a potent inhibitor of both initial and late transcriptional phases, leading to repression of viral replication in microglial cells. Indeed, CTIP2 is recruited by the cellular transcription factors Sp1 and COUP-TF fixed on the GC boxes of the minimal HIV-1 promoter. Once anchored, CTIP2 will recruit histone deacetylase activities (HDAC) leading to a local deacetylation of histone H3. The central domain of CTIP2 will also allow the recruitment of the histone methyltransferase (HMT) SUV39H1 which specifically methylate the lysine residue in position nine of histone H3 therefore creating a binding site for the heterochromatin associated protein HP1α. HP1α polymerization along the provirus will then generate a heterochromatic environment making the viral promoter inaccessible for the cellular and viral factors implicated in the regulation of HIV-1 gene transcription

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Vasilescu, Alexandre. "Etude de la génétique de la résistance face à l'infection par le virus VIH-1 (projet GRIV)." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112089.

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Abstract:

L'objectif de ma thèse était d'identifier des facteurs génétiques humains expliquant les différences de progression vers la maladie SIDA. Pour cela, le travail a été réalisé sur la cohorte GRIV qui est composée de sujets séropositifs extrêmes: 253 progresseurs lents (NP) et 84 progresseurs rapides (PR). Cette étude a été limitée aux sujets caucasiens vivant en France pour limiter des biais de sélection dans l'analyse des résultats génétiques, et aussi pour limiter l'influence des facteurs environnementaux et des facteurs génétiques viraux. Comme les sujets NP représentent 1% des files actives de patients suivis dans les hôpitaux, la cohorte GRIV est équivalente aux extrêmes d'une cohorte de patients séroconvertis de 25 000 patients: c'est la plus grande banque de patients NP/PR au monde. Nous avons aussi utilisé les ADN de 470 sujets contrôle séronégatifs (CTR). Mon travail de thèse a ciblé les gènes codant les cytokines Th1/Th2, messagers essentiels du système immunitaire, et les protéines Fas/FasL impliquées dans l'apoptose. Nous avons génotypé exhaustivement ces gènes par séquençage des exons, des régions flanquantes et des promoteurs. Les polymorphismes identifiés ont ensuite été évalués pour leur association avec résistance/susceptibilité face au SIDA. De nombreux polymorphismes ont été ainsi nouvellement caractérisés et cette connaissance sera utile pour la communauté scientifique. Des associations prometteuses ont été observées pour les cytokines IL-4 et IL-10 (Th2). Aucune association n'a été trouvée pour les autres gènes IL-2, IL-6, IL-12p35, IL-12p40, IL-13, IFN-gamma, Fas et FasL. Tous ces résultats sont discutés dans le contexte de l'infection par VIH-1
The goal of my project was to identify the human genetic factors which may influence the evolution towards AIDS. To perform this study, I used the GRIV cohort gathering the two extremes of disease outcome which contains 253 slow and 84 rapid progressors (SP & RP). We also used 470 DNAs from seronegative subjects as a control group (CTR). My work has targeted the genes coding for proteins clearly suggested to be involved in disease pathogenesis: namely the genes coding the Th1/Th2 cytokines, main messengers of the immune system, and the genes coding for Fas and FasL proteins involved in the apoptosis pathway. We exhaustively genotype these genes by sequencing the promoter regions, the exons and the flanking regions (up to 1000 base pairs). We identified 101 polymorphisms among which the majority are SNP (Single Nucleotide Polymorphism). These polymorphisms were tested for their association with resistance/susceptibility to disease progression. Promising associations were found for the IL-4 and IL-10 (Th2 cytokines) genes at the haplotype level. No association was observed for the other genes, IL-2, IL-6, IL-12p35, IL-12p40, IL-13, IFN-gamma, Fas and FasL. All these results are discussed in the context of HIV-1 infection. The identification of genetic factors associated with these extreme SP and RP phenotypes should allow a better understanding of HIV-1 pathogenic mechanisms and thus allow the rational design of new therapeutic or prophylactic targets. The 20 newly characterized polymorphisms and the knowledge of haplotype blocks will be useful for the scientific community

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Thomas, D'Aquin Toni. "Etude de la variabilité génétique du VIH-1 en Côte d'Ivoire et relation avec la résistance aux antiviraux." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21132.

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Abstract:

Le VIH-1 est caractérisé par une grande variabilité génétique. Dans les pays en développement où circulent la majorité des sous-types non B, la résistance naturelle aux antirétroviraux (ARV) due à la diversité génétique ou la résistance primaire liée à la transmission de virus résistants sont peu documentées. Nous avonscaractérisé la diversité génétique de variants VIH retrouvés dans une population de patients naifs de traitement antirétroviral à Abidjan, Côte d'Ivoire. Dans cette population virale appartenant majoritairement au recombinant CRF02_AG, nous avons montré que la prévalence des mutations de résistance augmentait régulièrement entre 1997 et 2004. Nous avons également caractérisé le génome entier de certains virus et décrit des recombinants secondaires impliquant dans leur structure génomique le CRF09_cpx et d'autres recombinants déjà décrits. L'ensemble de ces données constitue une base pour la poursuite d'un suivi longitudinal de la résistance et de la diversité génétique du VIH-1 en Côte d'Ivoire
One of the major characteristics of HIV is its high genetic diversity. In developing countries where HIV-1 non-B subtypes are predominant, few data concerning HIV-1 natural or primary resistance to antiretroviral drug are available. We characterized the genetic diversity of HIV-1 variants infecting drug-naive patients from Abidjan, Côte d'Ivoire. Most HIV-1 viruses were recombinant CRF02_AG. In this population, we showed an increasing frequency of key resistance mutations from 1997 to 2004. Moreover, a number of HIV-1 genomes were entirely sequenced. We characterized second-generation HIV-1 recombinants with genomic structure involving CRF09_cpx and other previously described recombinants. A continued monitoring of HIV-1 resistance and genetic diversity is necessary in Côte d'Ivoire

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Descours, Benjamin. "Influence de la réponse lymphocytaire T CD8 spécifque du HIV-1 sur le réservoir viral cellulaire." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066270.

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Abstract:

Chez certains patients (Long Term Non Progressors) infectés par le virus de l’immunodéficience (HIV), un état d’équilibre stable à long terme avec le virus peut être observé. Cet équilibre est souvent associé à de fortes réponses antivirales optimales, médiées par les lymphocytes T CD8 (LT CD8) anti-HIV-1, particulièrement chez les patients ayant un polymorphisme, B*27 et/ou B*57 (B27/57+) du HLA-B. Chez les patients B27, de telles réponses sont associées à des niveaux de réservoir HIV-1 faibles. Nous avons dans un premier temps caractérisé la distribution du réservoir viral parmi les différentes sous-populations de lymphocytes T CD4 (LT CD4) chez des patients LTNPs B27/57+ et B27/57-. Une caractéristique majeure et unique différencie ces deux groupes : un réservoir viral dans les LT CD4 Centrales Mémoires (TCM) significativement plus faible chez les LTNPs B27/57+. Ce réservoir apparaît d’autant plus faible que la réponse antivirale LT CD8 est importante et associée à la préservation de la taille du pool de TCM. Nous avons également rapporté que chez des singes Rhésus macaques infectés, développant de forte réponses antivirales, la polyfonctionnalité des LT CD8 était principalement associée à une plus faible fréquence d’infection des TCM. Ces résultats mettent en avant, chez les patients, l’impact de l’amplitude et de la qualité des réponses anti-HIV médiées par les LT CD8 sur la distribution du réservoir viral. Nos observations suggèrent que dans ce contexte, les TCM pourraient s’accumuler sans s’infecter, conduisant ainsi chez les patients B27/57+ à leur très faible contribution au réservoir viral total hébergé par les LT CD4.

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Kanja, Marine. "Coévolution dans le gène pol du VIH-1 : un carrefour aux frontières de nouvelles espèces du VIH." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ077/document.

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Abstract:

L’intégrase (IN) est l’une des enzymes virales assurant la réplication du VIH. La fonctionnalité des protéines qui, comme celles du VIH, ont une variabilité de séquence repose sur des résidus non conservés, en plus des acides aminés conservés entre souches, qui ont un rôle important notamment lorsqu'ils font partie de réseaux de coévolution. Ces réseaux peuvent contrecarrer l'effet délétère d'une mutation par l'introduction de mutations compensatoires ailleurs dans la protéine. Ce travail a mis en évidence, par une étude comparative de différentes souches du VIH, des réseaux de coévolution étendus dans l'IN. Un résultat majeur est l'identification d'un nouveau motif assurant de multiples rôles dans le cycle infectieux. Le motif diffère entre les groupes M et O du VIH, mais est strictement conservé au sein de ces deux groupes en dépit d'une certaine flexibilité génétique en culture de cellules. Ceci suggère que ces groupes ont suivi des chemins évolutifs convergents bien que distincts
Integrase (IN) is one of the viral enzymes ensuring HIV replication. The functionality of proteins, which, like those from HIV, have sequence variability, relies on nonconserved residues, in addition to the conserved amino acids between strains, which have an important role especially when they are part of coevolution networks. These networks can counteract the deleterious effect of a mutation by introducing compensatory mutations elsewhere in the protein. This work has demonstrated, through a comparative study of different strains of HIV, extensive coevolution networks in IN. A major result is the identification of a new motif that provides multiple roles in the infectious cycle. The pattern differs between HIV groups M and O, but is strictly conserved within these two groups despite some genetic flexibility in cell culture. This suggests that these groups followed convergent, although distinct, evolution pathways

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Solas, Caroline. "Facteurs pharmacologiques impliqués dans l'échec thérapeutique aux inhibiteurs de la protéase du VIH-1." Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX22954.

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Dussart-Robin, Sylvie. "Ubiquitinylation de la protéine Vif du VIH-1 et du facteur antiviral APOBEC3G par les HECT E3 ligases." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX20670.

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Abstract:

Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est responsable du syndrôme d'immunodéficence acquise (SIDA). Le génome du VIH-1 comprend en plus des trois gènes de structure gag, pol, env, des gènes de régulation, dont le gène vif (Viral infectivity factor). Comme son nom l'indique, ce gène qualifié d'" auxiliaire " est en fait indispensable in vivo pour la production de virus infectieux. En effet, la protéine Vif contrecarre la voie antivirale APOBEC3G-dépendante, identifiée ces deux dernières années et responsable d'hypermutations G vers A dans le génome viral, léthales pour le VIH-1. Vif entraîne la dégradation d'APOBECG bloquant ainsi son incorporation dans les particules virales. Pour cela, Vif interagit d'une part avec la déaminase cellulaire, APOBEC3G et recrute d'autre part un complexe d'E3 ligase qui poly-ubiquitinyle APOBEC3G en vue de sa dégradation par le protéasome. Dans ce travail, nous avons montré que des E3 ubiquitine ligases de la famille HECT interagissaient spécifiquement avec Vif et APOBEC3G. Par une approche biochimique, nous avons identifié deux nouveaux partenaires cellulaires de la protéine Vif, Nedd4-1 et AIP4. Une de ces deux enzymes, Nedd4-1, interagit également avec APOBEC3G. De plus, nous avons observé des formes mono-ubiquitinylées des protéines Vif et APOBEC3G. Contrairement à l'ubiquitinylation de la protéine Vif, nous avons montré que Nedd4-1 était l'enzyme responsable de la mono-ubiquitinylation d'APOBEC3G. L'E3 ligase reste à définir dans le cas de Vif. La mono-ubiquitinylation est un signal d'adressage des protéines cellulaires pour la formation des endosomes tardifs/corps multivésiculaires, machinerie cellulaire détournée par le VIH-1 pour son propre bourgeonnement. Considérant tous ces éléments, nous pensons que la mono-ubiquitinylation adresse Vif et APOBEC3G au site de bourgeonnement du VIH-1. Par une approche de trans-dominant négatif, nous avons confirmé que Nedd4-1 favorisait l'adressage et l'incorporation d'APOBEC3G dans les particules. Vif

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Zazopoulos, Emmanuel. "Étude de la structure et de la fonction de la protéine Nef du virus d'immunodéficience humaine de type 1." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO1T078.

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Wassim, Ekram. "Mécanismes moléculaires gouvernant la sélection et l'encapsidation de l'ARN génomique du VIH-1 : l’encapsidation sélective de l’ARN génomique du VIH-1." Thesis, Strasbourg, 2012. http://www.theses.fr/2012STRAJ027.

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Abstract:

La sélection de l’ARNg des rétrovirus repose sur des interactions entre le domaine nucléocapside (NC) du précurseur Gag et des régions de l’ARN viral appelées ψ (ou Psi) localisées dans la région 5’ non traduite (5’-UTR) de l’ARNg et/ou dans le début du gène gag.Malgré des nombreuses études, les mécanismes moléculaires gouvernant l’incorporation de l’ARNg dans les particules virales en cours d’assemblage sont encore mal compris. La protéine Gag est notoirement sensible à la protéolyse et la plupart des études ont été menées avec une Gag dépourvue du domaine p6 (GagΔp6) qui ne reflètepas correctement les propriétés de fixation de la protéine Gag entière à l’ARNg. Les travaux réalisés aux cours de cette thèse nous ont permis de montrer que Pr55Gag et ses produits de maturation NCp15 et NCp7 sont capables de distinguer l’ARNg du VIH-1 des ARN viraux épissés. La stabilisation des formes dimériques ou la perturbation des interactions à longue distance n’ont aucune influence sur la reconnaissance spécifique de Gag pour l’ARNg. Par des expériences de mutagénèse dirigée et de compétition, nous avons montré non seulement que la dimérisation de l’ARNg et le motif SL1 (surtout sa boucle interne) joue un rôle crucial pour la fixation de Gag mais aussi que l’intégrité de la région Psi est indispensable pour une fixation optimale. Ces résultats nous ont amené à déterminer plus précisément l’empreinte de Gag sur l’ARNg et les résidus requis pour la fixation de Gag qui on confirmé le rôle crucial de SL1 comme le siganl major pour la reconnaissance spécifique de l’ARNg par le pr55Gag
Packaging of HIV-1 genomic RNA (gRNA) is a highly regulated and selective process that leads to prefrential selection and packaging of dimeric gRNA from a cellular medium containing a large excess of cellular and spliced viral mRNAs. This event underlies interaction between the nucleocapsid domain in the context of the uncleaved Gag precursor and a Packaging signal located in the 5’ untranslated region (5’ UTR) of the gRNA and/or the beginning of gag gene. Despite a considerable effort, the molecular mechanisms beyond the selective encapsidation of HIV-1 gRNA is still unknown. To address this, we first characterized the relative affinities of Pr55gag to various HIV-1 RNA fragments (spliced and unspliced) by biochemical and spectroscopic approaches which all revealed that Pr55gag exhibits a higher binding affinity for viral gRNA than for viral spliced species. Interestingly, we noticed that Pr55Gag, through its nucleic acid chaperone activity, was able to stabilize the dimeric form of almost all viral RNA species (spliced and unspliced) suggesting that RNA dimermaturation does not allow the gRNA discrimination. Further characterization of specific Gag binding sites to short RNA fragments corresponding to the minimal packaging signal by competition experiments, inhibition of Gag/RNA interaction by antisense oligo-deoxynucleotides, as well as the detection of Pr55Gag RNA binding sites on gRNA by enzymatic and chemical footprinting confirmed the crucial role of SL1 (or DIS) as a specific binding site for Pr55Gag. Taken together, our results strongly suggest that SL1 and/or RNA dimerization is a specific recognition signal for Pr55Gag to specifically select and probably induce HIV-1 gRNA packaging

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Suzanne, Stella. "Ctip2 : Un facteur clé dans l’établissement de la latence transcriptionnelle post-intégrative du VIH-1." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2008/SUZANNE_Stella_2008.pdf.

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Abstract:

L'expression du VIH-1 est contrôlée par de multiples facteurs cellulaires et viraux. Dans un premier temps, j'ai mis en évidence l'effet répresseur sur la transcription virale du cofacteur cellulaire CTIP2 lors de la phase précoce de l'infection. J'ai également démontré l'association de CTIP2 avec un complexe enzymatique contenant HDAC1, HDAC2 et SUV39H1 afin d'induire un environnement hétérochromatinien autours du promoteur viral et un "silencing" des gènes viraux. CTIP2 induit donc une latence transcriptionnelle post-intégrative dans les cellules microgliales. Dans la seconde partie de ma thèse, j'ai étudié l'influence de ce facteur répresseur de la transcription virale sur les fonctions de la protéine virale Vpr et plus particulièrement sur l'induction de l'arrêt du cycle cellulaire dans les cellules infectées. L'expression du gène de p21 est augmentée lors de l'infection par le VIH-1 et permet le blocage en phase G2/M; CTIP2 contre-carre cet effet médié par Vpr et l'arrêt du cycle cellulaire qui en résulte. J'ai pu mettre en évidence le recrutement du même complexe enzymatique par CTIP2 sur le promoteur de p21 pour réprimer son expression que celui mis en évidence précédemment sur le promoteur viral. L'ensemble de mes résultats tend à démontrer que CTIP2 est un répresseur constitutif de p21 et un inhibiteur potentiel des fonctions de Vpr. Les effets anti-VIH de CTIP2 ne se résument sans doute pas seulement à une répression de la transcription virale, mais il se peut que CTIP2 agisse à différents niveaux au cours de l’infection par le VIH-1 en ciblant à la fois les gènes viraux et cellulaires pour contribuer à la mise en place et au maintient de la latence
HIV-1 expression is controlled by multiple cellular and viral factors. I first described that the cellular cofactor CTIP2 represses the HIV-1 replication in microglial cells at the first time of the infection. Then I demonstrated that CTIP2 associates with HDAC1, HDAC2 and SUV39H1 to favour heterochromatic environment close to the HIV-1 promoter and silence viral gene transcription. So, CTIP2 induces transcriptional post-Integrative latency in microglial cells. In the second part of my thesis, I investigated the influence of this transcriptional repressor on HIV-1 Vpr function and specifically on induced cell cycle arrest in infected cells by this viral protein. Indeed, p21 gene expression is enhanced upon HIV infection and contributes to G2/M phase blocking; CTIP2 impairs this Vpr-mediated effect and the subsequent cell cycle arrest. I further demonstrated that the first enzymatic complex we first identified on the HIV-1 promoter was recruited by CTIP2 on p21 promoter to repress its expression. All together, my results suggest that CTIP2 is a constitutive repressor of the p21 gene promoter and thus, a potent inhibitor of HIV-1 Vpr function. I revealed that CTIP2-mediated anti-HIV activity is not restricted to HIV-1 gene transcriptional silencing but results from conjunctions of multiple repressive activities targeting the viral and the cellular genomes to induce and maintain the post-integrative latency

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Do, Hervé. "Etude génomique du SIDA : le projet GRIV (Génétique de la résistance à l'infection par le virus VIH-1)." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066495.

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Clerc, Isabelle. "Etude de la transcription antisens et fonctions des protéines associées chez les virus HTLV et VIH-1." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON1T021.

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Le génome rétroviral existe sous deux formes : l'une sous forme d'ARN simple brin en cours de traduction ou encapsidé, l'autre sous forme d'ADN double brin intégré dans le génome de la cellule hôte infectée. Cette dernière forme, appelée ADN proviral, est essentielle pour la production des ARNm viraux nécessaires à la synthèse des différentes protéines virales impliquant la région promotrice localisée dans son extrémité LTR5' (Long Terminal Repeat). L'ADN proviral possède aussi un second LTR situé à son extrémité 3', capable de réguler la transcription dite "antisens". Dans le cas du virus "Human T-cell Leukemia Virus type 1" (HTLV-1), cette transcription antisens est impliquée dans la production d'un facteur de transcription à domaine bZIP appelé HBZ pour "HTLV-1 bZIP factor". Nous démontrons ici que HBZ inhibe l'activité transcriptionnelle de c-Jun in vivo en le séquestrant dans les corps nucléaires. En outre, nous démontrons que HBZ interagit avec CBP/p300 et que cette interaction interfère avec la capacité de Tax à lier CBP/p300, inhibant de ce fait l'association des co-activateurs avec le promoteur viral. Ces résultats confirment le rôle de HBZ dans la persistance du virus au sein de l'individu infecté par contrôle négatif de l'expression virale. Nous avons aussi accumulé des résultats démontrant l'existence de transcrits antisens chez HTLV-2 et VIH-1. En outre, nos données présentent des preuves solides de l'existence de protéines codées par ces transcrits. Sur la base de ces résultats, notre hypothèse est que la transcription antisens est impliquée dans la production de protéines virales qui possèdent d'importantes fonctions dans le cycle de vie des rétrovirus
Genome of retrovirus exists in two different forms : either as a simngle stranded RNA being translated or encapsidated, or as a double stranded DNA integrated in the genome of the infected host cell. This latter form, also termed proviral DNA, is crucial for the production of all viral mRNAs necessary for the synthesis of the various viral proteins, which in turn involves the promoter region localised in the 5'LTR (Long Terminal Repeat). However, proviral DNA also possesses a second LTR as its 3' end, capable of regulating a type of trnascription known as antisense. Interestingly, in the case of the Human T-cell Leukemia Virus type 1 (HTLV-1), this antisense transcription is involved in the production of a bZIP-containing transcription factor termed HBZ for HTLV-1 bZIP factor. We demonstrate here that HBZ inhibits c-Jun transcriptional activity in vivo by sequestration of c-Jun to nuclear bodies. In addition, we show that HBZ interacts with p300/CBP and provide evidence that this interaction interferes with the ability of Tax to bind p300/CBP and thereby inhibits the association of the coactivators with the viral promoter. These results support a role for HBZ in facilitating HTLV-1 persistence in the infected host by negatively controlling viral expression. We have also accumulated new results demonstrating that antisense transcripts exist in HTLV-2 and HIV-1. Furthermore, our data present strong evidence for the existence of encoded proteins from these antisense transcripts. On the basis of these interesting results, our hypothesis is that antisense transcription is involved in the production of viral proteins with important functions in the retroviral life cycle

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Frange, Pierre. "Caractérisation virologique des virus VIH-1 isolés en primo-infection en France." Thesis, Paris 5, 2013. http://www.theses.fr/2013PA05T022.

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Abstract:

L’épidémiologie moléculaire des virus VIH-1 en France est caractérisée par une augmentation constante de la diversité virologique et de la fréquence des virus de sous-types non-B chez les patients en primo-infection. Entre 1997 et 2007, 28.4% des 591 patients suivis étaient infectés par des virus de sous-types non-B. De plus, 49 patients (8.3%) étaient infectés par des souches de sous-types différents sur les gènes pol et env, témoignant d’évènements de recombinaisons entre ces gènes. Ces virus recombinants étaient isolés à la fois chez des patients originaires d’Afrique sub-saharienne (28.3%) et des sujets caucasiens (6.3%). Ces résultats témoignent des échanges de souches virales entre les populations d'origine africaine et caucasienne, contribuant encore à augmenter la diversité virologique dans ces deux populations. Parmi 131 virus de sous-types non-B, 12.2% étaient classés comme ayant un tropisme CXCR4 par méthode génotypique, mais seulement 0.8% par méthode phénotypique, indiquant d’une part la faible proportion de virus non-B de tropisme CXCR4 en primo-infection en France, et d’autre part le manque de spécificité des méthodes génotypiques de détermination du tropisme pour ces sous-types, rendant nécessaire la mise au point d’autres algorithmes spécifiques pour ces virus.L’analyse de 987 virus isolés dans la cohorte entre 1999 et 2010 a mis en évidence que 12.7% d’entre eux étaient regroupés en "clusters" de transmission. Les patients en primo-infection contribuent donc de façon significative à la propagation de l’épidémie de VIH en France, particulièrement les hommes homo/bi-sexuels, avec une fréquence augmentant au cours de la période récente (2006-2010).La comparaison des quasi-espèces virales circulant concomitamment chez 8 patients en primo-infection (« receveurs ») et leurs 8 partenaires sexuels respectifs (« donneurs ») a révélé dans tous les cas la transmission d’un virus unique, présent de façon minoritaire parmi les sous-populations virales du donneur. La transmission virale muqueuse implique donc une sélection génétique drastique
High genetic diversity is a major characteristics of HIV-1. In France, although subtype B strains are still predominant, the proportion of non-B viruses isolated in patients at the time of primary HIV-1 (PHI) infection increases over time. Between 1997 and 2007, 28.4% of patients were infected with non-B subtypes strains. Forty-nine viruses showed different phylogenies between the pol and env genes, indicating that recombinations have occurred in 8.3% of cases. These recombinants were isolated both in patients from Sub-Saharan Africa (28.3%) and in white subjects (6.3%).The phenotypic analysis of viral tropism of 131 non-B strains showed a very low (0.8%) proportion of CXCR4-tropic strains (X4 strains) at the time of PHI. Compared to phenotypic tests, genotypic predictions can overestimate (12.2% versus 0.8%) the proportion of X4 strains in non-B subtypes.The phylogenetic analysis of 987 strains isolated in 1999-2010 showed that 12.7% of PHI cosegregated into 56 transmission chains. PHIs are a significant source of onward transmission, especially in men having sex with men, with increasing frequency during the recent years (10.2% in 1999-2006 versus 15.2% in 2006-2010, p=0.02).The comparison of the viral quasispecies isolated in plasma and PBMC samples from 8 patients at the time of PHI ("recipients") and their transmitting partners ("donors") suggested that a severe genetic bottleneck occurrs during HIV-1 heterosexual and homosexual transmission. Indeed, we observed in all cases the transmission of a single variant, which was derived from an infrequent variant population within the blood of the donor. The proportion of X4 quasispecies in donors were higher in case of X4 versus CCR5-tropic viral transmission, suggesting that X4 transmission may be associated with a threshold of X4 circulating quasispecies in donors

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Gueudin, Marie. "Mise au point des techniques de quantification génomique des variants VIH-1 groupe O et VIH-2 : Applications in vitro et ex vitro." Rouen, 2006. http://www.theses.fr/2006ROUES009.

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Abstract:

Nous avons développé des PCR en temps réel qui quantifient l'ARN plasmatique des variants VIH-1 groupe O et VIH-2. Ces techniques ont été appliquées à l'étude des étapes précoces du cycle de multiplication du VIH-1 et du VIH-2. Nous avons rendu comparables entre elles les PCR grâce à la synthèse de plasmides contenant les fragments amplifiés lors des PCR VIH-1 et des PCR VIH-2. Nous avons ensuite quantifié l'ADN VIH total et les formes à 2LTR au cours de cinétiques d'infection. Les cinétiques montrent que VIH-2 produit moins d'ADN que VIH-1, traduisant une moindre efficacité du VIH-2 au niveau de l'entrée et/ou de transcription inverse. Nous notons aussi une production plus importante des formes à 2LTR lors de l'infection par VIH-2. La quantification de l'ADN total sur des cellules de patients infectés par VIH-1 ou VIH-2 et non traités confirme ces résultats : il existe une différence significative entre les charges virales ADN des patients ayant plus de 300 CD4/µl
We developed techniques of real time PCR which make it possible to quantify the plasmatic RNA and the DNA HIV of the variants HIV-1 group O anf HIV-2. We applied these techniques to the study of viral multiplication. To compare the early stages of the multiplication cycle of HIV-1 group M and HIV-2, we made the techniques of PCR comparable by synthesizing plasmids containing the fragments amplified during both PCR HIV-1 and PCR HIV-2. We quantified total HIV DNA and DNA circular forms with 2-LTR during kinetics of infection. The kinetics show that HIV-2 produces less DNA than HIV-1, which shows that HIV-2 is less effective during the entry and/or reserve transcription. We also note that the 2-LTR forms are more frequent in the case of HIV-2 infection. The quantification of total HIV DNA on samples coming from untreated patients infected by HIV-1 or HIV-2 confirms the in vitro results : there is a significant difference between DNA viral loads among patients having more than 300 CD4/µl

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Stefic, Karl. "Diversité du Virus de l'Immunodéficience Humaine 1 (VIH-1) et évolution de la sensibilité aux anti-corps neutralisants : analyses au niveau individuel et au niveau populationnel." Thesis, Tours, 2018. http://www.theses.fr/2018TOUR3316.

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Abstract:

Les anticorps neutralisants exercent une pression de sélection sur le VIH-1 et sont un des moteurs de son évolution. Nous nous sommes intéressés à la relation entre la diversité génétique du virus et la neutralisation par les anticorps, à l’échelle individuelle et à l’échelle populationnelle. À l’échelle de l’individu. nous avons étudié le phénomène de compartimentation du VIH-1 au niveau du système nerveux central. Nos résultats suggèrent que la pression de sélection par les anticorps neutralisants n’est pas responsable de l’évolution des variants neurotropes, observée au niveau du LCR. Nous avons également mis en évidence des spécificités de ces variants neurotropes. Dans une seconde partie, nous avons étudié la sensibilité à différents anticorps monoclonaux largement neutralisants de virus de clade CRF02_AG récemment transmis en France. Nous avons mis en évidence une augmentation de résistance à plusieurs anticorps, positivement corrélée à la diversification génétique des virus sur une période de quinze ans. Ceci est en faveur d’une répercussion de la pression de sélection exercée au niveau individuel sur la résistance croissante du VIH-1 à la neutralisation, à l’échelle populationnelle
Neutralizing antibodies exert a selection pressure that drives HIV-1 evolution, playing a major role in its diversification. We were interested in the relationship between the genetic diversity of the virus and its neutralization by antibodies at both the individual and the populational levels. At the individual level, viral populations with distinct genetic properties have been observed in the central nervous system in about half of the subjects infected with HIV-1. We studied this phenomenon, termed compartmentalization. Our results suggest that the selection pressure by neutralizing antibodies is not responsible for the evolution pathway of neurotropic variants in the CSF. We also observed specific features for these neurotropic variants. In the second part of this work, we evaluated the sensitivity to broadly neutralizing antibodies of recently transmitted CRF02_AG viruses isolated in France. We observed an increased resistance to some monoclonal antibodies, which was positively correlated with the diversification of the viruses during the study period. This is in line with the hypothesis of the repercussion of the selection pressure within individuals towards a greater resistance of HIV-1 at the populational level

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Perrin, Sophie. "Vieillissement, infection par le VIH-1 & traitements antirétroviraux." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5058.

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Abstract:

L'utilisation des antirétroviraux (ART) a permis une augmentation de la durée des patients infectés par le VIH. Par ailleurs, les comorbidités, retrouvées au cours du vieillissement physiologique, semblent être plus fréquentes et d'apparition plus précoce ce qui pourrait suggérer une modification du programme de vieillissement chez ces patients. L'étude ANRS EP45 « Aging » (clinicalTrials.gov, NCT01038999) a pour objectif d'analyser chez des patients infectés par le VIH traités ou non les mécanismes cellulaires connus pour être impliqués dans le vieillissement. Les PBMC d'une cohorte de 130 patients infectés par le VIH 1 appariés en âge et en sexe avec 49 sujets séronégatifs ont été analysés. Trois centres spécialisés (Marseille, Montpellier, Nice) ont recruté des patients infectés naïfs ou sous première ligne de traitement. Les résultats présentés dans ce manuscrit rapportent l'analyse des mitochondries et des lamines nucléaires. La maturation de la lamine A ne semble pas modifiée dans les PBMC de patients sous traitement contenant un inhibiteur de protéase. Cependant, ces cellules pourraient ne pas être le modèle le plus adapté pour explorer ce volet. D'autre part, l'infection est responsable d'anomalies mitochondriales dans les lymphocytes, partiellement corrigées par les traitements antirétroviraux qui modifient les mitochondries des monocytes moins sensibles à l'infection. Bien que les secondes générations de ART soient moins toxiques que les premières, leurs effets secondaires pourraient néanmoins, sur « le long terme » et/ou généralisés à l'ensemble de l'organisme, être l'un des facteurs modifiant le programme de vieillissement de ces patients
Antiretroviral therapy (ART) has increased life expectancy in HIV-infected patients. Moreover, some age-related disorders were found to be more frequent in HIV infected and treated patients than in an age-matched general population, suggesting a modified time course of aging in HIV infected patients. The ANRS EP45 « Aging » study (clinicalTrials.gov, NCT01038999) investigated in PBMC from HIV-1 infected patients under treatment or not the cellular mechanisms known to be involved in aging. The study was performed on a cohort of 130 patients HIV-1 infected age- and sex-matched with 49 seronegative control subjects. Patients never treated with ART (naïve) or under first line were recruited by 3 AIDS centres (Marseille, Montpellier, Nice). Results presented here describe explorations of mitochondria and nuclear lamin. No alteration of lamin A maturation was detected in PBMC from HIV-1 infected patients under treatment with protease inhibitor. However, these cells could not be the most appropriate models to investigate lamin A-related aging pathway. On another hand, mitochondrial modifications were observed in lymphocytes from HIV infected naive patients. These alterations were only partly rescued by ART whereas its induced slight changes in monocytes that appeared to be less sensitive to infection. While second generation of ART are less toxic than the first one, their secondary effects, due to long term exposure and/or generalised to different tissues, could lead to a modified time course of aging in HIV infected patients

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Tong, Phuoc Bao Viet. "Développement d’une nouvelle classe d'agents de sortie de latence du VIH-1." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT009.

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Abstract:

Bien que le traitement antirétroviral (ART) supprime efficacement la multiplication du VIH-1 chez les patients infectés, l’ART ne guérit pas l'infection. En effet, si l'ART est arrêté, on observe un rebond viral. Celui-ci est principalement dû à l'activation stochastique de cellules latentes qui contiennent le génome viral intégré mais ne produisent pas de virus et ne sont donc pas ciblées par l'ART ou le système immunitaire. Ces cellules latentes sont peu nombreuses (1-10 par million de cellules T-CD4+ quiescentes) mais elles apparaissent rapidement après la primo infection (en quelques jours), ont une longue durée de vie (près de 4 ans de demi-vie). Ces cellules réservoirs constituent donc un obstacle majeur à l'éradication virale.La stratégie la plus prometteuse pour supprimer ces cellules, dite "Shock and Kill", (ou "kick and kill" est de les activer pour qu'elles soient ensuite détruites par la production virale, ciblées par l'ART et/ou lysées par les cellules T cytotoxiques. Un certain nombre d’agents de sortie de latence (LRAs) ont été développés pour activer ces cellules. Ils ciblent des protéines cellulaires telles que les histone-désacétylases (HDAC) ou la protéine kinase C. La plupart d'entre eux présentent donc des effets non spécifiques, comme l'inhibition des lymphocytes cytotoxiques, et parfois une toxicité. Ils ont été incapables de diminuer la taille du réservoir chez les patients VIH+.Nous avons développé une nouvelle famille d’agents de levée de latence du VIH ciblant une protéine virale. Sur la base des structures disponibles, nous avons identifié par criblage in silico des ligands potentiels de cette protéine. Dix molécules ont été sélectionnées. Aucune n'est toxique pour les cellules T CD4+. Une molécule appelée D10 se fixe spécifiquement à la cible avec une affinité de l’ordre de 30 -50 nM et affecte l'activité biologique de cette protéine. De plus, D10 présente une activité LRA sur les lignées cellulaires latentes JLat-9.2 et OM-10.1. L’activité LRA de D10 sur ces lignées représente 50 à 70% de celle du SAHA (vorinostat), un inhibiteur des HDAC candidat LRA en cours d’essais cliniques (Phase 2). Lors de tests ex vivo sur les cellules latentes de patients VIH traités, D10 à 50 nM a une activité LRA très efficace, 80% supérieure à celle de la bryostatine-1 qui agit sur la PKC et est considéré comme le LRA le plus prometteur actuellement. En utilisant une approche chémoinformatique nous avons sélectionné 11 analogues de D10, dit N1-N11. Certains de ces analogues (N5, N8) montrent un effet plus fort que D10 sur les lignées cellulaires latentes. L'étude de cette famille nous a permis d'ébaucher une relation structure chimique / activité LRA de ces molécules. Nous avons donc identifié de nouveaux agents de sortie de latence du VIH-1 qui ciblent une protéine virale et devraient donc être plus spécifiques que les LRAs ciblant les protéines cellulaires
Despite its efficiency to prevent viral multiplication, antiretroviral therapy (ART) is unable to cure patients with HIV-1. Indeed, if ART is stopped, a viral rebound is observed. This increase in blood viral load is due to the activation of HIV-1 reservoirs, among which latently-infected memory CD4+ T cells. These cells are rare (1-10 per million of quiescent T cells), appear very quickly following infection and have a long half-life (almost 4 years). To purge this long-lived reservoir the "Shock and Kill" (or kick and kill) approach was developed. This strategy relies on the use of latency reversing agents (LRAs) to induce reservoir activation. All LRAs developed until now target cellular proteins such as histone deacetylases or protein kinase C. These LRAs did not affect the reservoir size of HIV+ patients.Here we present a new LRA family that binds to and activates an HIV-1 protein. These compounds were identified by in silico screening, are not cytotoxic and affect the biological activity of their target. They were less efficient than available LRAs on HIV-1 latent cell lines. Nevertheless, when tested on latent T-cells from HIV-1 patients in ex vivo assays, the lead compound D10 at 50 nM was ~ 80% more efficient than bryostatin-1, one of the best LRA available to date.Using a chemoinformatic approach, we selected 11 analogs of D10, termed N1 to N11. Some of these analogs (N5, N8) showed a stronger effect than D10 on latent cell lines. The study of this family enabled us to elaborate a structure/ function relationship.We thus identified a new family of HIV latency reversing agents targeting a viral protein and that should therefore be more specific than LRAs that target cellular proteins

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Dissertations / Theses on the topic 'Diversité génétique du VIH-1'

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