Dissertations / Theses: 'Diversité génétique'

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Leroy, Grégoire. "Diversité génétique et gestion génétique des races canines." Phd thesis, AgroParisTech, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00004844.

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Abstract:

Afin d'apporter des outils d'aides à la gestion des races canines en France, cette étude cherche à analyser la structure génétique de l'espèce ainsi que les pratiques d'élevage sousjacentes. Trois approches ont été employées afin de caractériser cette structure : des données d'enquêtes, des analyses de généalogies ainsi que l'utilisation de marqueurs moléculaires. Sur la base de 985 questionnaires remplis par des éleveurs de chiens, tant amateurs que professionnels, il a été possible de mettre en évidence des différences claires sur les pratiques en fonction des races élevées, ou du degré d'implication des éleveurs dans leur activité. Les analyses des données généalogiques de 61 races ont permis de confirmer cette hétérogénéité de pratiques et de situations en terme de variabilité génétique, avec certaines des populations montrant des évolutions de consanguinité préoccupantes. A partir de génotypages réalisés sur un échantillonnage de 1514 animaux appartenant aux 61 races, les résultats obtenus divergeaient parfois des données généalogiques. Cependant ces divergences pouvaient en partie être expliqués par les différences théoriques existantes entre les deux approches. A l'échelle individuelle cependant, les corrélations entre parenté généalogique et similarité moléculaire étaient significatives pour les échantillons étudiés, et similaires à celles qui pouvaient être obtenues à partir de simulations. L'analyse des relations génétiques entre les populations a permis de confirmer que les races constituaient bien des structures génétiques homogènes. En effet, jusqu'à 98,3% des individus étaient correctement affectés au sein de leur race. Ce dernier résultat permet d'envisager des applications pratiques en terme de gestion des races.

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Servant-Delmas, Annabelle. "Diversité génétique des erythrovirus humains." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA114824.

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Perez, Jean-Marie. "Diversité génétique et antigénique de cowdria ruminantium." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077126.

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Abstract:

La cowdriose est l'une des principales maladies infectieuses des ruminants en afrique. Elle est due a cowdria ruminantium (cr), rickettsie transmise par la tique amblyomma. La vaccination represente le moyen de lutte le mieux adapte pour combattre cette pathologie. Chez la souris, la protection est conferee experimentalement par les cellules t cd8+, neanmoins les succes vaccinaux obtenus chez les caprins avec cr inactivee associee a un adjuvant (freund ou isa 50) soulignent le role des cellules t cd4+. Cependant la diversite antigenique des isolats de cr limite l'interet des premieres approches vaccinales. Ce travail a permis de definir la structure intraspecifique de cr en caracterisant la diversite genetique de six isolats choisis selon leur origine geographique et la variabilite de la protection croisee observee experimentalement. La technique d'amplification genique aleatoire (rapd) a permis d'evaluer le polymorphisme genetique existant entre isolats. Des sondes issues de produits de rapd ont revele un polymorphisme de longueur de fragments de restriction du genome. Leur sequencage a permis d'identifier de nouveaux genes dont l'un d'eux polymorphe suscite un interet taxonomique, diagnostique intraspecifique et vaccinal. La structure de la population d'un isolat est apparue importante a definir car l'existence d'isolats attenues (senegal et gardel) par passages successifs in vitro laisse supposer l'emergence de clones attenues. Ainsi, une technique de clonage adaptee au cycle cellulaire de cette bacterie a ete developpe et une analyse moleculaire comparative a revele des modifications genomiques entre les isolats virulents et attenues. L'etude de la diversite antigenique de cr est venue completer la caracterisation des isolats. Pour cela nous avons utilise des serums immuns adsorbes qui permettent habituellement de reveler des particularites antigeniques dissimulees par une forte reactivite commune. Ces serums ont permis de definir des serogroupes au sein des isolats, verifier la diversite antigenique de la proteine antigenique majeure map1 et caracteriser d'autres proteines variables par western blot. Un groupe de proteines polymorphes de 23 a 29 kda presente un interet tout particulier dans la recherche de determinants antigeniques protecteurs.

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Passerini, Delphine. "Diversité génétique, génomique et fonctionnelle de Lactococcus lactis." Thesis, Toulouse, INSA, 2011. http://www.theses.fr/2011ISAT0041/document.

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Abstract:

Lactococcus lactis est une espèce appartenant au groupe des bactéries lactiques, largement utilisées dans l’industrie pour leur capacité à produire de l’acide lactique au cours de la fabrication des produits laitiers fermentés. L’étude de la diversité globale de L. lactis ssp. lactis a été entreprise par l’intégration de données biologiques obtenues à partir d’analyses génétiques, génomiques, physiologiques, transcriptomiques et métaboliques. L’accès à la phylogénie de l’espèce par l’étude de la variabilité génétique du génome cœur par MLST (MultiLocus Sequence Typing) a permis de décrire deux groupes de souches : les souches environnementales, génétiquement très diverses, isolées de laits crus, de plantes ou d’animaux et les souches domestiquées, génétiquement très proches, isolées des levains utilisés dans l’industrie laitière. Malgré la perte de diversité génétique observée dans les souches domestiquées probablement associée à un processus de spécialisation à un environnement technologique, l’approche intégrative a permis de montrer que ce groupe présente une diversité génomique et fonctionnelle aussi importante que les souches environnementales. L’investigation des génomes de la sous-espèce lactis par la mesure de la taille des chromosomes et la caractérisation en nombre et en taille du contenu plasmidique, a révélé une variabilité de plus de 300 kb en capacité de codage génétique des souches domestiquées et environnementales. D’autre part, les souches domestiquées appartenant au biovar Diacetylactis ont montré des physiologies et des régulations métaboliques différentes, résultant en une production d’arômes de type diacetyl ou acétoïne variable selon la souche. Enfin, le séquençage du génome de la souche environnementale A12 isolée d’un levain de panification, et sa comparaison avec les 4 génomes actuellement séquencés de L. lactis a révélé un pangénome (ensemble des gènes de l’espèce) étendu, montrant que cette espèce offre un grand réservoir de diversité. Environ 20 % des gènes spécifiques de souches ont été mis en évidence témoignant des grandes capacités adaptatives de la sous-espèce. L’étude approfondie de la souche A12 par une analyse transcriptomique a permis de rendre compte des mécanismes impliqués dans l’adaptation d’une souche à un écosystème complexe
The Lactococcus lactis species belong to lactic acid bacteria group widely used for their ability to produce lactic acid in fermented dairy products. The study of the global diversity of L. lactis ssp. lactis was carry out by the integration of biological data obtained from genetic, genomic, physiological, transcriptomic and metabolic analyses. The genetic variability investigated by MLST (MultiLocus Sequence Typing) describe two strains groups according to their phylogeny : the “environmental” strains, displaying high genetic diversity and isolated from different natural environments such as raw milks, plants and animals and the “domesticated” strains, genetically closely related, isolated from starters in dairy industries. Despite the lost of genetic diversity in domesticated strains, probably associated to a specialisation process, the integrative approach showed a genomic and functional diversity as huge as in environmental strains. The characterization of chromosome size and plasmidic content of the lactis subspecies revealed a variation higher than 300 kb in genetic coding capacity for domesticated and environmental strains. Moreover, the domesticated strains belonging to the biovar Diacetylactis showed different physiologies and metabolic regulations resulting in variable amount of aroma produced according to the strains. Finally, the genome sequencing of the A12 strain isolated from sourdough bread and its comparison with 4 other L. lactis genomes already sequenced revealed a spread pangenome (all the genes of a species). Approximately 20 % of each genome correspond to strain specific genes, showing large adaptive capacities of the subspecies. The in-depth study of the A12 strain by transcriptomic analysis allows to highlight mechanisms involved in the adaptation of a strain to a complex ecosystem

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Quero, Garcia José. "Diversité génétique et amélioration des taros du Vanuatu." Montpellier, ENSA, 2004. http://www.theses.fr/2004ENSA0009.

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Abstract:

Ce travail de thèse a été réalisé en partie à Montpellier (CIRAD-Biotrop) et au Vanuatu. Le matériel végétal pour cette étude était issu de la collection nationale de taros du Vanuatu et d’une série de croisements de plein-frères. Les descripteurs morpho-agronomiques et les marqueurs moléculaires AFLP ont permis de valider une méthode de stratification des collections de taro. Des études de diversité génétique menées à l’aide de marqueurs AFLP et microsatellite ont montré un polymorphisme plus fort que celui antérieurement décrit avec les isoenzymes. Les sources de cette diversité proviendraient d’introductions multiples, de l’accumulation de mutations somatiques et de la reproduction sexuée, considérée traditionnellement comme très rare. Des études d’héritabilité familiale et au sens strict (par la régression parents-enfants) ont montré que le nombre de stolons et de rejets, la forme du corme et la teneur en matière sèche présentaient des héritabilités plus fortes que le rendement ou ses composantes. Ce résultat, combiné à un fort pourcentage de bons hybrides chez certaines familles, illustre l’importance de la sélection familiale dans les programmes d’amélioration. Enfin, à partir de deux cartes génétiques faiblement saturées (contenant chacune près de 170 marqueurs), un QTL expliquant une part importante de la variance phénotypique a été détecté pour le rendement. D’autres QTLs putatifs ont été observés pour des caractères liés à la vigueur (dimensions du corme, hauteur de la plante et dimensions foliaires). De même, plusieurs marqueurs fortement liés à la couleur jaune du corme ont été détectés et une hypothèse sur la présence d’un gène majeur a été proposée
This study has been conducted both in Montpellier (CIRAD-Biotrop) and in Vanuatu. The plant material used was issued from the taro national collection of Vanuatu and from a series of full-sib crosses. Agro-morphological descriptors, as well as AFLP molecular markers, have allowed us to validate a method for stratifying taro germplasm collections. Several studies of genetic diversity, based on AFLP and SSR markers, have shown a stronger polymorphism as compared with previous isoenzyme results. The sources of diversity might originate from multiple introductions, from the accumulation of somatic mutations and from sexual reproduction, traditionally considered as very rare. Studies of family heritability and narrow sense heritability (estimated through the parents-offspring regression) have proven that the number of stolons and suckers, the corm shape and the dry matter content shared higher heritabilities than the yield or its components. This result, added to a high percentage of valuable hybrids within several families, highlights the importance of family selection in taro breeding programs. Finally, after building two weakly saturated genetic maps (containing each about 170 markers), one QTL explaining a large part of the phenotypic variance has been detected for the yield. Several other putative QTLs have been observed for traits related to vigour (corm dimensions, plant height and leaf dimensions). Furthermore, several markers were found closely linked to the yellow colour of the corm and a hypothesis concerning the existence of a major gene has been proposed

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Dordet-Frisoni, Emilie. "Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00718141.

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Abstract:

Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux. C'est un des principaux ferments utilisé en salaison. Ses propriétés technologiques étaient bien connues mais peu de données génétiques sur cette espèce étaient disponibles. Nous avons établi la première carte physique et génétique de la souche modèle S. xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité, tant au niveau des caractères phénotypiques (métabolisme des sucres, formation de colonies géantes) que génotypiques (profils génomiques, taille du chromosome). Nous avons étudié, par hybridation soustractive, la diversité du contenu génétique de souches de diverses origines. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés, la majorité correspondant à des gènes du métabolisme. La distribution de ces fragments souchesspécifiques au sein de l'espèce S. xylosus révèle deux groupes dont un composé des souches présentant un risque potentiel. Ces fragments pourraient être utilisés dans des études épidémiologiques. La région de l'oriC est une zone d'insertion privilégiée de ces fragments sur les chromosomes de S. xylosus. Elle permet l'acquisition de matériel génétique important pour son adaptation à différentes niches écologiques. Le séquençage de cette zone chez différentes souches permettra d'évaluer la plasticité des génomes de S. xylosus.

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Dordet-Frisoni, Emilie. "Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique." Phd thesis, Clermont-Ferrand 2, 2007. http://www.theses.fr/2007CLF21760.

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Abstract:

Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses des mammifères. C'est un des principaux ferments utilisés en salaison. Nous avons établi la carte physique et génétique de la souche modèle S. Xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. Xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité à la fois phénotypique et génotypique. Nous avons étudié cette diversité intra-espèce par hybridation soustractive. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés. Leur distribution sein de l'espèce révèle l'existence d'un groupe de souches présentant un risque potentiel. La région de l'oriC permettrait l'acquisition de matériel génétique impliqué dans l'adaptation de S. Xylosus à différentes niches écologiques

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Zitoun, Khamassi Bechira. "Structure et diversité génétique de l'olivier (Olea europaea L. ) en Tunisie." Corte, 2009. http://www.theses.fr/2009CORT0015.

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Abstract:

L'olivier « Olea europaea L. Ssp europaea » est un arbre symbolique et omniprésent dans la flore tunisienne depuis des millénaires à l'état sauvage (var. Sylvestris) ou cultivé (var. Europaea). Afin d'étudier la structure de la diversité génétique et de déterminer l'origine de l'olivier tunisien, nous avons effectué des analyses moléculaires des oliviers tunisiens (lOI accessions et 20 formes sauvages) et d'autres oliviers de l'Est et de l'Ouest de la Méditerranée (27 cultivars et 10 formes sauvages). L'analyse des lOI accessions d'olivier tunisien, par les techniques de RAPD et SSR, a révélé 75 profils RAPD, dont 25 ont été confirmés par le génotypage SSR. Les 50 restants, sont classés dans 17 profils SSR. Ces résultats montrent que le germoplasme d'olivier tunisien est diversifié. En conclusion, 41 génotypes ont été déterminés et retenus pour l'établissement d'une base de données moléculaires de référence représentant l'essentiel de la diversité et permettant la construction d'une « Core collection». Quatre approches statistiques, l'analyse multivariée (AFe), la classification hiérarchique basée sur les distances génétiques, l'inférence baysienne et l'analyse de la variance moléculaire (AMOY A), ont été utilisées pour déterminer la corrélation entre l'apport de chacune des deux approches nucléaires (RAPD et SSR). La comparaison montre une corrélation des résultats qualitatifs, mais les valeurs quantitatives diffèrent. En se basant sur les données nucléaires RAPD et SSR, deux niveaux de structure ont été révélés: (i) les cultivars et les oléastres ont été séparés en deux groupes distincts; (ii) quatre groupes faiblement différenciés, correspondant à deux groupes de cultivars et deux groupes d'oléastres, ont été détectés. Ces résultat ont montré une divergence Est-Ouest des cultivars et ont révélé deux types de formes sauvages en Tunisie: des oléastres vrais et des formes férales. En se basant sur le polymorphisme de l'ADN nucléaire et de l'ADN chloroplastique, l'origine des variétés d'olivier tunisien a été déterminée. Ainsi, les variétés groupées avec les cultivars de l'Est et portant le chlorotype spécifique de l'Est (CEl ou CE2) sont probablement des variétés introduites de l'Est. Les variétés groupées avec des oléastres et portant un chlorotype de l'Ouest (COM 1, COM2 ou CCK) sont des variétés sélectionnées localement. Dans ce groupe, les variétés possédant un chlorotype Est sont probablement issus d'introgression entre pool génétique local et les variétés introduites. Ces résultats suggèrent différents événements de domestication et une origine multiple et complexe de l'olivier tunisien
The olive « Olea europaea L. Ssp europaea» is an emblematic tree in Tunisia. Both wild (var. Sylvestris ) and cultivars (var. Europaea) forms ofthis tree are omnipresent since thousands ofyears. This olive germplasm is diversified but little is known about its origin. Ln order to study the genetic structure and to determine the origin of Tunisian olives, we performed molecular analysis of olive trees sam pied inTunisia (lOI accessions and 20 wild forms) and in Estern and Western Medeterranean (27 cultivars and 10 wild forms). The analysis of the lOI Tunisian olive accessions with RAPDs and SSRs revealed 75 RAPD phenotypes from which 25 were confirmed with SSR genotyping. The 50 remaining ones were c1assified into 17 SSR genotypes. These results showed that tunisian olive germplasm is diversified. Ln conclusion, 41 genotypes were determined and retained for the establishment of molecular reference data base that represent the sum of diversity and enable the construction of « core collection ». Genetic structure ofthese varieties in comparison with the other olive trees sam pied in this study was investigated with both RAPD and SSR data. Four statistical approaches (multivariate analysis (AFe), distance based hierarchical c1ustering, Bayesian inference and analysis of molecular variance (AMOY A)) were used. RAPD and SSR data were analysed in the same manner to determine correlation between these two nuclear approaches. Comparisons showed correlation in qualitative results but quantitative values differed according to the method of analysis. Based on nuclear SSR and RAPD data, two levels of structure were revealed: first: cultivars and oleasters were separated in two distinct groups; second, four less differentiated c1usters, corresponded to two groups of cultivars and two groups of oleasters, were detected. These results showed an East-West divergence of olive cultivars and revealed two wild forms in Tunisia: true oleasters and ferai forms. Based on nuclear and plastid data the origin ofTunisian olive varieties was investigated. Thus, varieties which displayed a chlorotype specific to the Eastern Mediterranean (CE 1 or CE2) and c1ustered with cultivars from the East are probably varieties introduced from the East. Yarieties grouped with oleasters and displayed a chlorotype of the Western Mediterranean (COMI, COM2 or CCK) are locally selected varieties. Ln this group, varieties with the Eastern Mediterranean chlorotype are probably the result of introgression between local genetic pool and introduced varieties. These results suggest different domestication events and a multiple and complex origin of Tunisian cultivars

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Tessier, Guillaume. "Variation génétique chez l'épinette noire (Picea mariana) : relier l'expression génique à la diversité génétique." Master's thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25192.

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Abstract:

Les arbres doivent s'adapter aux variations climatiques afin de survivre aux changements saisonniers, et ce, de façon multi-annuelle. Plusieurs études ont montré qu'il y a de la variabilité génétique à l'intérieur des espèces et que cette variabilité aide les espèces à survivre et à s'acclimater à différents changements environnementaux. Vingt-quatre gènes potentiellement reliés à l'adaptation ont préalablement été identifiés chez l'épinette noire (Picea mariana [Mill.] B.S.P.). L'objectif de cette étude était d'acquérir des évidences du rôle potentiel de ces gènes dans l'acclimatation et l'adaptation en étudiant leur expression. Pour ce faire, l'expression des gènes sera étudiée au niveau spatio-temporelle (la variation de l'expression selon le stade physiologique la variation de l'expression selon le tissus) et aussi selon les différents génotypes. En général, il a été montré dans cette étude qu'il y avait beaucoup de variabilité dans l'expression des gènes candidats selon les tissus ou l'organe étudié, mais aussi selon le stade physiologique de l'arbre. Les gènes étaient exprimés majoritairement dans des tissus pouvant être reliés plus directement dans l'acclimatation et l'adaptation, par exemple la tige primaire. De plus, pour certains gènes, une interaction entre le génotype et le stade physiologique de l'arbre a été observée, c'est-à-dire que certains génotypes pourraient réagir dans le temps alors que d'autres le feraient moins.

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Baumel, Alex. "Situation des structures de diversité génétique dans l'enquête écologique." Habilitation à diriger des recherches, Aix-Marseille Université, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00819332.

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Abstract:

Les phénomènes étudiés par les sciences de la biodiversité sont complexes. Que peut apporter un chercheur, de son point de vue particulier, d'un champ d'investigation réduit, et de par ses moyens limités, à la compréhension de tels phénomènes ? Le sujet de ce mémoire s'inscrit dans ce registre, tout en précisant : " Quelle est la situation des analyses de la diversité génétique dans la recherche en écologie ? "

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Molinier, Virginie. "Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne." Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS021/document.

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Abstract:

Les Truffes sont des champignons ascomycètes ectomycorhiziens appartenant à la famille des Tuberaceae et plus précisément au genre Tuber. On dénombre à ce jour plus d’une trentaine d’espèces de Tuber en Europe. Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes plus précisément focalisés sur le modèle Tuber aestivum-uncinatum. Cette truffe communément appelée « Truffe de Bourgogne » présente un intérêt à la fois gastronomique et culturel.La première partie de ce travail de thèse a porté sur la clarification du statut taxonomique de la truffe de Bourgogne (Tuber uncinatum). Pour cela, nous avons utilisé une approche multi-marqueurs combinant des marqueurs génétiques couramment utilisés à l’échelle interspécifique. Nos analyses ont montré que les deux taxons Tuber aestivum (la truffe d’été) et Tuber uncinatum sont conspécifiques. Durant la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à la diversité génétique de Tuber aestivum. Pour cela, nous avons tout d’abord développé des marqueurs microsatellites spécifiques par une approche de « direct shotgun pyrosequencing ». Cette méthode a permis le développement de 15 marqueurs microsatellites polymorphes. Nous les avons ensuite utilisés pour génotyper des individus provenant de différentes localisations en Europe. Nous avons pu identifier quatre sous populations différenciées qui ne correspondent pas, pour la majorité, à une répartition géographique. Cependant, un des clusters se différencie des autres à la fois par sa situation géographique (sud de la France) et ses caractéristiques génétiques (présence d’allèles rares). Ces résultats préliminaires pourraient indiquer l’existence d’un écotype particulier attaché à une écologie méridionale, Tuber aestivum sensu stricto.Nous nous sommes ensuite intéressés, dans la troisième partie de ce travail de thèse à la diversité aromatique de Tuber aestivum à l’échelle locale. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence l’existence d’une différenciation modérée entre les individus issus d’une truffière naturelle et les individus issus d’une truffière plantée. D’une saison de récolte à l’autre, une stabilité génotypique a été observée. Au niveau aromatique, seuls les composés C8 semblent être liés aux génotypes.Dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à l’analyse de données de récolte sur plus de trente ans au sein d’une truffière plantée de noisetiers inoculés initialement par Tuber melanosporum. Grâce à des analyses statistiques simples, nous avons pu noter les fluctuations tant en quantité qu’en poids des truffes récoltées suivant les saisons et les arbres truffiers. Il apparait que le remplacement de Tuber melanosporum par Tuber aestivum s’est fait de manière très rapide (trois ans). La disparition de Tuber melanosporum peut probablement être expliquée par la fermeture de la canopée des noisetiers, Tuber melanosporum n’appréciant pas un ombrage excessif
Truffles are ectomycorrhizal Ascomycota fungi belonging to the Tuberaceae family and more specifically to the Tuber genus. More than thirty Tuber species are currently described in Europe. In this thesis, we specifically focused on the Tuber aestivum-uncinatum model. This truffle is commonly called "Burgundy Truffle" and has a gastronomic and cultural interest.The first part of this thesis focused on the taxonomic status of the Burgundy truffle (Tuber uncinatum). For this, we used a multi-marker approach combining several genetic markers commonly used at the interspecific scale. Our analyses showed that the two taxa, Tuber aestivum (summer truffle) and Tuber uncinatum are conspecific.In the second part, we addressed the genetic diversity of Tuber aestivum. To do this, we firstly developed specific microsatellite markers by "direct shotgun pyrosequencing". This method has allowed the development of 15 polymorphic microsatellite markers. Then, we used those markers to genotype individuals from different European locations. We have identified four differentiated subpopulations that not correspond, for the majority, to a geographical distribution. However, one cluster differs from the others by its location (south of France) and its genetic characteristics (presence of rare alleles). These preliminary results may indicate the existence of a particular ecotype attached to a southern ecology: Tuber aestivum sensu stricto.We were then interested, in the third part of this thesis, to the aromatic diversity of Tuber aestivum at a local scale. Our results highlight the existence of a moderate differentiation between individuals from a natural truffle orchard and individuals from planted orchard. From one season to another, genotypic stability was observed. Only C8 volatile organic compounds seem to be related to the genotypes.In the last part, we analyzed harvesting data, over more than thirty years, from an hazelnut truffle orchard initially inoculated by Tuber melanosporum. Through simple statistical analyzes, we noted changes in both quantity and weight of truffles harvested according to the seasons and hazelnut trees. It appears that Tuber aestivum rapidly replaced Tuber melanosporum (in three years). The disappearance of Tuber melanosporum can probably be explained by the canopy closure; Tuber melanosporum not appreciating excessive shading

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Kenmoe, Sebastien. "Prévalence et diversité génétique des virus respiratoires au Cameroun." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMC417/document.

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Abstract:

Contexte : Les infections respiratoires aiguës (ARI) sont reconnues comme une cause importante de morbidité, de mortalité et d'hospitalisation chez les enfants dans les pays en développement. Le virus respiratoire syncytial humain (HRSV) est l’agent étiologique principal de maladie sévère des voies respiratoires basses chez les nourrissons, les jeunes enfants et les personnes âgées. Identifié en 2001, le Metapneumovirus humain (HMPV) est un nouveau paramyxovirus. Les études ont montré la cocirculation des sous groupes de ces deux virus avec la domination de l’un des sous groupes selon les zones géographiques et selon les années. Les données restent cependant limitées dans les pays de l’Afrique subsaharienne, sur la prévalence, la saisonnalité et la caractérisation génétique de ces deux virus respiratoires. Au Cameroun, ces deux virus ont été décrits seulement une seule fois (5,7 et 5% pour HRSV et HMPV respectivement) chez des patients présentant des syndromes grippaux en 2012. Objectif : Cette étude rapporte la prévalence, la saisonnalité et la variabilité génétique des souches HRSV et HMPV chez des enfants camerounais pendant 3 saisons épidémiques consécutives (de Septembre 2011 à Octobre 2014). Par ailleurs, la diversité génétique d’autres virus respiratoires détectés au cours de ce travail est présentée comme objectif secondaire.Méthodes : Une surveillance prospective a été menée pour identifier les enfants hospitalisés et ambulatoires âgés de moins de 15 ans présentant des symptômes respiratoires ≤ 5 jours. Les échantillons nasopharyngés ont été testés pour 17 virus respiratoires en utilisant une réaction multiplex de polymérisation en chaîne. La distribution virale et les données démographiques ont été analysées statistiquement. Les échantillons positifs du HRSV et HMPV ont été amplifiés par polymérisation en chaine semi nichée puis séquencés partiellement au niveau du gène G. Des analyses phylogénétiques ont été effectuées sur les séquences nucléotidiques et protéiques partielles du gène G.Résultats : De septembre 2011 à octobre 2014, 822 enfants âgés de moins de 15 ans ont été inscrits dans l’étude. Au moins un virus a été identifié chez chacun des 72,6% (597/822) d'enfants, dont 31,7% (189/597) étaient des codétections; 28,5% (226/822) étaient positifs pour l'adénovirus humain, 21,4% (176/822) pour le virus Influenza, 15,5% (127.822) pour le rhinovirus/entérovirus, 9,4% (77/822) pour le bocavirus, 9% (74/822) pour le HRSV, 8,2% (67/822) pour les coronavirus humain, 6,2% (50/822) pour le parainfluenzavirus humain et 3,9% (32/822) pour le HMPV. L’infection HRSV était plus fréquente chez les enfants de moins de 2 ans (70,3% ; 52/74) et chez les participants hospitalisés (70,3% ; 52/74). Alors que le HRSV a montré un profil saisonnier avec une circulation de septembre à décembre, des cas sporadiques de HMPV ont été détectés tout au long de l'année. HRSV-A (19,1%, 9/47) et HRSV-B (17% ; 8/47) ont été observés relativement à la même fréquence avec (63,8% ; 30/47) de cas en codétection HRSV-A/HRSV-B alors que HMPV-A (71,4% ; 10/14) était majoritaire comparé à HMPV-B (28,6 ; 4/14). L'analyse phylogénétique a révélé que les souches HRSV de l’étude sont groupées au sein du sous groupe NA-1 (pour HRSV-A) et BA-9 (pour HRSV-B). Les souches HMPV camerounaises sont groupés parmi les membres du génotype A2b (pour HMPV-A), B1 et B2 (pour HMPV-B).Conclusion : Cette étude suggère qu’environ 70% des ARI enregistrés chez des enfants au Cameroun sont causés par des virus. La présente étude est également le premier rapport sur la variabilité génétique du gène G des souches de HRSV et HMPV dans la région. Bien que ce travail comble partiellement certaines lacunes d’informations, des études supplémentaires sont requises pour une clarification de l’épidémiologie moléculaire et du mode d’évolution des virus respiratoires présents en Afrique subsaharienne en général et plus singulièrement au Cameroun
Background: Acute respiratory infections (ARI) are recognized as an important cause of morbidity, mortality and hospitalization among children in developing countries. Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the main cause of severe lower respiratory tract disease in infants, young children and the elderly. Identified in 2001, Human Metapneumovirus (HMPV) is a new paramyxovirus. Studies have shown the co-circulation of the subgroups of these two viruses with domination of one of the sub-groups according to the geographical zones and according of years. These two viruses encode two major surface glycoproteins, the highly conserved fusion F protein and the highly variable attachment G protein. Data are still limited in sub-Saharan African countries on prevalence, seasonality and genetic characterization of these two respiratory viruses. In Cameroon, these two viruses have been described only once (5.7 and 5% for HRSV and HMPV respectively) in patients with influenza-like illness in 2012.Objective: This study reports the prevalence, seasonality and the genetic variability of HRSV and HMPV strains in Cameroonian children for 3 consecutive epidemic seasons (September 2011-October 2014). Moreover, the genetic diversity of other respiratory viruses detected during this work is presented as a secondary objective.Methods: A prospective surveillance was conducted to identify inpatient and outpatient children less than 15 years with respiratory symptoms ≤ 5 days. The nasopharyngeal samples were tested for 17 respiratory viruses using a multiplex polymerase chain reaction. Viral distribution and demographic data were analyzed statistically. Positive samples for HRSV and HMPV were amplified by semi-nested polymerize chain reaction and then partially sequenced at the G gene. Phylogenetic analyzes were performed on the partial nucleotide and protein sequences of the G gene.Results: From September 2011 to October 2014, 822 children under 15 years were enrolled in the study. At least one virus was identified in each of 72.6% (577/822) of children, 31.7% (189/597) of whom were co-detections; 28.5% (226/822) were positive for human adenovirus, 21.4% (176/822) for influenza virus, 15.5% (127.822) for rhinovirus/enterovirus, 9.4% (77/822) for bocavirus, 9% (74/822) for HRSV, 8.2% (67/822) for human coronavirus, 6.2% (50/822) for human parainfluenzavirus, and 3.9% (32/822) for HMPV. HRSV infection was more frequent in children under 2 years (70.3%, 52/74) and hospitalized participants (70.3%, 52/74). While HRSV showed a seasonal pattern with circulation from September to December, sporadic cases of HMPV were detected throughout the year. HRSV-A (19.1%, 9/47) and HRSV-B (17%; 8/47) were observed relatively at the same frequency with (63.8%, 30/47) codetections of HRSV-A/HRSV-B. HMPV-A (71.4%; 10/14) was predominant compared to HMPV-B (28.6; 4/14). Phylogenetic analysis revealed that the HRSV strains of the study are grouped within subgroup NA-1 (for HRSV-A) and BA-9 (for HRSV-B). Cameroonian HMPV strains are grouped among the members of genotype A2b (for HMPV-A), B1 and B2 (for HMPV-B).Conclusion: This study suggests that about 70% of ARI recorded in children in Cameroon are caused by viruses. The present study is also the first report on the genetic variability of the G gene of HRSV and HMPV strains in the region. Although this work partially fills gaps for some information, additional studies are required to clarify the molecular epidemiology and evolutionary pattern of respiratory viruses in sub-Saharan Africa in general and more particularly in Cameroon

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Bridier, Julen. "Etude de la diversité intraspécifique de l’espèce Oenococcus oeni, relation entre variabilité phénotypique et diversité génétique." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21881/document.

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Abstract:

Oenococcus oeni est l’agent principalement responsable de la fermentation malolactique durant la vinification. Son adaptation au milieu vin est une étape clé dans la réussite de la FML, et donc dans la qualité des vins finis. Cependant, au sein de l’espèce, il existe une variabilité phénotypique importante, et de nombreuses souches ne sont ainsi pas aptes à réaliser la FML. La sélection des meilleures souches œnologiques passe ainsi par l’analyse de la diversité d’O. oeni. Cette étude a été abordée dans cette thèse, selon trois grands axes de recherche. Premièrement, la diversité génétique a été étudiée par des approches MLST, REA-PFGE et présence de marqueurs, et a montré une structuration de l’espèce en deux groupes phylogénétiques et plusieurs sous-groupes, reliés à des souches d’origine géographique précise. Ensuite, l’étude de la diversité phénotypique a montré la grande variabilité d’adaptation au vin des souches étudiées et un meilleur comportement de celles du groupe phylogénétique A durant la vinification. Enfin, une étude transcriptomique a mis en lumière certains mécanismes moléculaires éventuellement impliqués dans la réponse au stress vin chez O. oeni
Oenococcus oeni is the main agent responsible for the malolactic fermentation, during the wine making process. Its adaptation to wine environment is a key step for the success of the MLF, and then for wines quality. However, there is a high phenotypic variability among the species and several strains are unable to perform MLF. The selection of the best enological strains implies starting by analyzing the diversity of O. oeni. This study has been divided in three main themes of research. Firstly, the genetic diversity has been analyzed using several approaches, MLST, REA-PFGE and presence of genetic markers. That study proved the structuration of the species in two phylogenetic groups and several subgroups, related to geographical areas. Secondly, the study of the phenotypic diversity showed that all the studied strains present a high variability and the best behavior in wine making conditions is found in those from the phylogenetic group A. Finally, a transcriptional analysis has revealed some molecular mechanisms possibly implicated in stress response in O. oeni

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Porcher, Emmanuelle. "Evolution de la diversité génétique neutre et sélectionnée en métapopulation." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112289.

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Abstract:

Nous avons étudié les relations entre la variabilité génétique de marqueurs moléculaires neutres et celle de caractères polygéniques dans des métapopulations expérimentales en évolution, afin d'évaluer la pertinence de quelques indices (diversités de marqueurs, paramètres de la génétique quantitative) utilisés en biologie de la conservation pour estimer le potentiel adaptatif d'une population, c'est-à-dire son aptitude à répondre aux pressions de sélection. Nous disposions de 12 métapopulations de l'espèce Arabidopsis thaliana, dont nous contrôlions les tailles de populations et le régime de sélection (homogène ou hétérogène), afin d'obtenir plusieurs conditions de dérive et de sélection, et de tester leur influence sur l'évolution de la diversité génétique neutre et sélectionnée. Nous avons également utilisé des simulations pour prédire l'évolution de la variabilité génétique d'un caractère polygénique sélectionné et de la diversité de marqueurs neutres dans des métapopulations mimant notre dispositif expérimental. Nous montrons que la diminution observée de la diversité des marqueurs est conforme aux prédictions de notre modèle, alors que les estimations de la variabilité génétique de caractères quantitatifs ont un comportement inattendu, probablement dû aux variances des estimateurs et à des interactions génotype x environnement. De plus, les valeurs d'héritabilité ne rendent pas compte de la réponse observée à la sélection, qui est prédictible grâce aux seules différentielles de sélection. Nous discutons l'impact de ces résultats sur le choix des indices de potentiel adaptatif. Enfin, la structuration des marqueurs est influencée par la sélection : comme celle des caractères quantitatifs, elle est plus forte en sélection hétérogène, peut-être à cause de déséquilibres de liaison initiaux entre marqueurs et gènes contrôlant les caractères. Cette observation n'est pas prédite par les approches théoriques et a des conséquences en terme de détection de la sélection
We investigated the relationship between the genetic diversity of molecular markers and the genetic variation of quantitative traits in evolving experimental plant metapopulations, in a view to assess the efficiency of several indices (diversity at molecular markers and quantitative genetics parameters) used by conservationists as estimators of evolutionary potential, i. E. The capacity of a population to respond to selection. Twelve metapopulations of the model species Arabidopsis thaliana were grown for 10 generations under controlled conditions of selection (spatially homogeneous or heterogeneous) and population size. Our aim was to investigate the influence of selection regime and genetic drift on the evolution of neutral and selected genetic diversity. We furthermore simulated numerically the evolution of several molecular markers and one quantitative trait to generate predictions about the evolution of genetic variation in metapopulations. The observed decrease in the level of genetic variation for markers was consistent with our theoretical predictions. On the contrary, quantitative genetic parameters exhibited unexpected behaviours, probably due to large sampling variance of measures or to genotype x environment interactions. Moreover, measures of heritability were not informative regarding the observed evolution of traits, the latter being predicted by selection differentials only. We discuss the significance of such results in terms of estimations of evolutionary potential. Finally, we show that the differentiation at a priori neutral marker loci is partially driven by selection: as for quantitative traits, differentiation is larger when selection is heterogeneous, possibly due to initial linkage disequilibria between markers and loci coding the quantitative traits. Such an effect of selection on differentiation at neutral markers has a potentially important influence on the possibility to detect selection by comparison of FstS and QstS

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Born, Céline. "Diversité génétique et dynamique des forêts d’Afrique centrale : Une étude multi-échelle de la structure de la diversité génétique d’un arbre pionnier, Aucoumea klaineana." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20252.

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Abstract:

Cette thèse contribue à la compréhension des processus historiques, évolutifs et écologiques liés au maintien de la forte diversité biologique dans les forêts d'Afrique centrale. Notre approche est basée sur l'étude de la structuration de la diversité génétique intraspécifique d'Aucoumea klaineana, arbre pionnier endémique du domaine forestier de Basse Guinée. Plusieurs échelles spatiales ont été considérées afin de découpler les impacts des différents processus (historiques, évolutifs et écologiques) qui agissent à des pas de temps différents sur la diversité génétique. Nous avons montré qu'à l'échelle de l'aire de répartition, une grande part de l'hétérogénéité de la diversité génétique est expliquée par l'isolement historique de populations dans des refuges forestiers au cours du Dernier Maximum Glaciaire. Avec le retour des conditions favorables, les espèces forestières ont recolonisé les savanes pour atteindre leurs aires de distribution actuelles. Pour A. Klaineana, les effets de fondation responsable de la perte de diversité génétique associés aux processus de colonisation ont été évités grâce à l'homogénéité du succès reproducteur des individus. A l'échelle des populations, la structure génétique spatiale (SGS) résulte du processus d'isolement par la distance, l'équilibre formé entre flux de gènes et dérive. Une telle structuration est observée chez A. Klaineana, caractérisé par des distances de dispersion du pollen (128 m) et des graines (118 m) très limitées. Cet équilibre a été mis en évidence par des analyses de SGS qui laissent supposer que lorsque la densité d'arbre est plus faible et/ou que le milieu est ouvert, les distances de dispersion des gènes sont plus fortes. Ce résultat est lié aux syndromes de dispersion de l'espèce qui contribuent ainsi localement au maintien de la diversité génétique
This work contributes to our knowledge on historical, evolutionary and ecological processes linked with the high biological diversity in central Africa. We studied the structure of the genetic diversity of Aucoumea klaineana, a pioneer tree species, endemic to the Lower Guinea forest domain. Several spatial-scales were considered to infer impacts of the different processes (historical, evolutionary and ecological) acting with distinct time-scales on the genetic diversity. Considering the intraspecific genetic variation in the contemporary distribution of species, we showed that the heterogeneity in the distribution of the genetic diversity is due to the isolation of several source populations in forest refugia during the Last Glacial Maximum. After dry and cold periods, forest species recolonized savannahs and reached their current distribution areas. In A. Klaineana, founder effects associated with colonization processes were avoided by the homogeneity in reproductive success in adult trees. At fine-scale, the spatial genetic structure (SGS) generally resulted from the isolation by distance process, the equilibrium between gene dispersal and drift. Such structure is observed for A. Klaineana, characterized by both limited pollen and seed dispersal distances (128 and 118 m respectively). Here, SGS analyses may illustrate that reduced density of trees and/or forest opening is compensated by higher gene dispersal distances. This result is linked with dispersal syndromes of the species that locally contribute to the maintenance of the genetic diversity

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Hocquigny, Stéphanie. "La diversité génétique intra-variétale chez la vigne : Caractérisation et origines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13086.

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Abstract:

Les variétés de vigne (Vitis vinifera L. ), ou cépages, sont composées d'un ensemble de clones présentant des caractéristiques ampélographiques homogènes avec des différences mineures. Cette diversité clonale peut avoir pour origine, d'une part, par différents évènements de reproduction sexuée et, d'autre part, une accumulation de mutations somatiques durant les nombreux cycles de propagation végétative. Ce mémoire de thèse présente une étude de la diversité génétique intra-variétale réalisée sur un échantillon de 477 clones du groupe variétal des pinots, provenant de cinq régions viticoles et appartenant à six variétés. Cette analyse, réalisée à 50 loci microsatellites, a montré l'existence de deux groupes de clones présentant des niveaux de similarité génétique distincts. Dans le premier groupe composé de 474 clones, les niveaux de similarité génétique sont très élevés, compris entre 0. 97 et 1. 00. Un génotype majoritaire est partagé par 45 % des clones appartenant à différentes variétés. Les clones variants de ce génotype se différencient par une variation sur un, deux, voire trois loci. Vingt marqueurs polymorphes ont permis d'identifier 35 génotypes différents. Dans 70 % de ces cas, la variabilité est révélée par des génotypes tri-alléliques et, plus rarement, tétra-alléliques. Ces différents résultats indiquent que les clones de ce premier groupe sont très probablement issus d'un même zygote ancestral (origine monozygotique). Dans le deuxième groupe, trois clones de pinot noir présentent des niveaux de similarité génétique comparable à ceux observés au niveau inter-variétal (0. 74 à 0. 92). Deux d'entre eux sont très probablement issus de croisements entre un pinot et un apparenté, le troisième de l'autofécondation d'un pinot noir, donc de zygotes différents de celui dont sont issus les clones du premier groupe (origine polyzygotique). Afin de comprendre l'origine des variations tri-alléliques chez une espèce diploi͏̈de, nous avons, dans un premier temps, confirmé par séquençage l'appartenance à un même locus des trois allèles observés. Le clone agréé de pinot gris PG52, tri-allélique à deux loci, a ensuite été utilisé pour analyser (i) le mode de transmission des allèles dans une descendance d'autofécondation, (ii) la composition allélique de différents organes de la plante et (iii) la ségrégation de ces allèles dans des plantes issues d'embryogénèse somatique. Nous avons ainsi montré que la présence simultanée de trois allèles résultait d'une structure tissulaire chimérique, dans laquelle les deux couches cellulaires du méristème apical étaient génétiquement différentes. Une telle structure ne peut être maintenue que par multiplication végétative. L'origine monozygotique de la majorité des pinots et l'état chimérique des clones variants nous ont permis de retracer une phylogénie possible des différents évènements mutationnels ayant conduit à la diversité actuelle. Ces résultats représentent les premières bases pour l'identification et la protection des obtentions clonales, le chimérisme apportant de nouvelles perspectives pour l'amélioration de la vigne.

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Raffoux, Xavier. "Diversité et déterminisme génétique de la recombinaison méiotique chez Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS392/document.

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Abstract:

L’agriculture moderne doit assurer notre sécurité alimentaire dans le contexte d’un changement climatique qui entraîne une baisse des rendements. Une meilleure compréhension des facteurs contrôlant la recombinaison méiotique ouvrirait la voie à la modification du nombre et de la répartition des crossing-overs, ce qui permettrait une localisation plus précise des facteurs génétiques contrôlant les caractères d’intérêt agronomique et faciliterait le pyramidage d’allèles favorables au sein d’un même génotype élite. Pendant ma thèse, j’ai développé une méthode de mesure à haut débit de la recombinaison chez la levure Saccharomyces cerevisiae pour étudier la diversité de la recombinaison et de l’interférence au sein d’une collection de 24 souches représentatives de la diversité de l’espèce ainsi qu’au sein d’un dispositif di-allèle à cinq parents. Les résultats montrent un nombre moyen de crossing-overs par méiose compris entre 24 et 61, ce qui est plus élevé que chez la majorité des autres espèces. Plus particulièrement, les profils de recombinaison diffèrent entre souches, atteignant un écart d’un facteur 9 dans certaines régions. Les souches originaires d’habitats peu stables n’ont cependant pas un niveau de recombinaison plus élevé que les souches originaires d’environnements stables. En outre, la plupart des souches montrent de l’interférence dont la force est corrélée positivement avec le niveau de recombinaison. L’étude de la relation entre niveau de recombinaison et similarité de séquence entre homologues, à différentes échelles locales ou globales, indique que la recombinaison est contrôlée à la fois par des éléments cis et des facteurs trans. Par ailleurs, l’hétérozygotie chez les hybrides a un effet négatif sur le niveau de recombinaison, mais les homozygotes ont aussi un niveau de recombinaison réduit par un effet de dépression de consanguinité. Ce travail permettra maintenant d’étudier la réponse de la recombinaison à la sélection et de détecter les QTL de nombre de crossing-overs, afin d’identifier des gènes qui contrôlent la recombinaison
Modern agriculture must ensure food security in a context of climate change that will lower yields. A better understanding of the factors controlling meiotic recombination could pave the way to modifying the number and distribution of crossing-over, which would allow a more precise localization of genetic factors controlling agronomic traits, and facilitate gene pyramiding in selection programs. During my thesis, I developed a method for high-throughput measurement of recombination rates in the yeast Saccharomyces cerevisiae. This allowed me to study the diversity of recombination and interference in a collection of 24 strains representing most of the diversity of the species, as well as within a five-parent di-allele design. The results show an average number of crossovers per meiosis ranging between 24 and 61, higher than in the majority of other species. Furthermore, recombination patterns differ between strains, and ratios of local recombination rates show 9-fold differences in some regions. Strains from unstable habitats, however, do not have a higher level of recombination than those from stable environments. In addition, most strains show interference whose strength is positively correlated with the level of recombination. The study of the relationship between recombination rate and sequence similarity between homologs at different scales (from local to global) indicates that recombination is controlled by both cis elements and trans factors. Lastly, heterozygosity in hybrids has a negative effect on crossing-over, but homozygotes also have a reduced level of recombination due to inbreeding depression. This work will now be used to study the response of recombination to selection and to detect QTL of crossover number in order to identify genes controlling recombination

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Rome, Sophie. "Diversité génétique et fonctionnelle des sinorhizobia isolés de Medicago truncatula." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10081.

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Liégeois, Florian. "Diversité génétique et histoire naturelle des virus de l'immunodéficience simienne." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20035.

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Abstract:

Les virus de l'immunodéficience simienne infectent une grande variété de primates non humains en Afrique. Deux de ces virus, le SIVcpzPtt du chimpanzé (Pan troglodytes troglodytes) et le SIVsmm du mangabé enfumé (Cercocebus atys), ont été transmis à l'Homme à de multiples occasions et ont respectivement généré l'apparition des différents groupes de virus de l'immunodéficience humaine (VIH) de type 1 et de type 2. A ce jour, les humains restent exposés à ces virus. L'objectif principal de cette thèse est d'identifier et de caractériser de nouveaux lentivirus chez trois nouvelles espèces simiennes : le Miopithecus talapoin (SIVtal) au Cameroun, les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest (SIVwrcPbt et Pbb) et chez le colobe olive (SIVolc) dans le parc national de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire et ce, afin d'approfondir nos connaissances sur l'histoire évolutive de lentivirus de primate et d'évaluer la prévalence de ces infections chez les colobes rouges de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire. L'analyse phylogénétique des génomes complets de ces virus a mis en évidence qu'ils représentaient de nouvelles lignées lentivirales. Cependant les SIVtal sont plus proches des lentivirus infectant les singes du genre Cercopithecus et partagent avec ces derniers des motifs fonctionnels spécifiques à ce groupe de virus. Nous avons également montré que les colobes rouges en Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc et qu'ils sont apparentés au SIVolc isolé chez le colobe olive. Plus généralement, les SIVwrc et SVolc sont également apparentés aux virus de la lignée lhoest et l'ensemble de ces virus présente une histoire commune avec le SIVcol, isolé chez un Colobus guereza au Cameroun, sur la partie 5' du gène pol. Nous présentons aussi la première étude d'épidémiologie moléculaire des SIVwrc dans une population de colobes rouges sauvages, lesquels sont fréquemment chassées par les populations humaines et par les chimpanzés (Pan troglodytes verus). Nous avons montré un taux minimal de prévalence des infections lentivirales de 26 % chez ces animaux. L'ensemble de nos résultats souligne, une fois de plus, la complexité de l'histoire naturelle et de l'évolution des lentivirus de primates et nous avons montré que les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc. Par ailleurs, les associations polyspécifiques observées entre les colobes rouges et d'autres espèces simiennes, la pression de chasse exercée par les chimpanzés et les braconniers autour et dans le parc pourraient mener à des transmissions inter-espèces du SIVwrc entre les singes mais également entre les singes et l'Homme. Ces résultats illustrent la nécessité de conduire des campagnes de surveillance des microorganismes qui infectent les primates non humains et seraient susceptibles de franchir les barrières d'espèces menant à l'émergence de nouveaux agents infectieux dans les populations humaines en Afrique
Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are found in an extensive number of African primates. It is now well established that SIVs from chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) in West central Africa and from sooty mangabeys (Cercocebus atys) in West Africa are the progenitors of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and HIV-2, respectively. To date humans continue to be exposed to these viruses by hunting and handling primate bushmeat. In this thesis, we aimed to identify and characterize full-length genome of new SIVs in three different primate species: Miopithecus talapoin (SIVtal) from Cameroon and captive animals, Western red colobus (SIVwrcPbb and SIVwrcPbt) from West Africa (Senegal and Côte d'Ivoire) and olive colobus from the Taï forest national park in Côte d'Ivoire, in order to further document the natural history of primate lentiviruses and to evaluate the SIV prevalence within the Western red colobus from the Taï forest in Côte d'Ivoire. Phylogenetic analyses of full-length genomes of these viruses confirmed that each of them represents a new SIV lineage. We observed a significant clustering of the SIVtal lineage with the Cercopithecus-specific SIVs and SIVtal and Cercopithecus-specific SIVs share functional motifs specific of these viruses. We also showed that western red colobus are the natural hosts of SIVwrc and that SIVolc, isolated from an olive colobus, is related to SIVwrc. Overall, SIVwrc and SIVolc are related to the SIV from Lhoest lineage and are related to the divergent SIVcol isolated from mantled guereza in Cameroon, in the 5'part of the pol gene. We also present the first molecular epidemiological survey of simian immunodeficiency virus (SIVwrc) in wild-living western red colobus monkeys which are frequently hunted by the human population and represent a favourite prey of western chimpanzees (Pan troglodytes verus). We showed a minimal prevalence of 26% among the individuals sampled. Overall, these results highlight once more the complexity of the natural history and evolution of primate lentiviruses. We showed that wild-living red colobus represent a substantial reservoir of SIVwrc. Moreover, because of their frequent association with other monkey species, the predation pressure exerted by chimpanzees (Pan troglodytes verus) and by poachers around and inside the park, simian to simian and simian to human SIVwrc cross-species transmission cannot be excluded illustrating the need for surveillance of primate pathogens and their cross-species transmissions in this part of Africa and elsewhere

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Kohi, N'Goran Jeanne Andi. "Contribution à l'étude génétique du cacaoyer par les marqueurs moléculaires : diversité génétique et recherche de QTLs." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20159.

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Les marqueurs rapd ont ete developpes pour etudier la diversite genetique et la cartographie du cacaoyer a cause de leur simplificite et des possibilites de transfert de technologie qu'ils offrent. Ils ont permis de classer les genotypes etudies en trois grands groupes qui sont les forastero bas amazoniens, les forastero haut amazoniens et les criollo, en accord avec la classification morphogeographique. Ils se presentent ainsi comme un outil efficace de classification. L'etude des parametres genetiques de la diversite revelee par les rflp a mis en evidence une grande diversite genique au sein des cacaoyers et a revelee une grande richesse allelique au sein de la population de la haute amazonie. Tous les groupes presentent des desequilibres dus au systeme de reproduction mais aussi a la presence tres probable de sous populations. Les groupes les plus eloignes sont les criollo et les forastero haut amazoniens. Cependant une forte differenciation genetique a ete mise en evidence entre les forastero haut amazoniens et les forastero bas amazoniens. La recherche de qtl pour les caracteres morphologiques et ceux de la resistance au phytophthora a permis de localiser des regions chromosomiques impliquees dans l'expression de certains des caracteres etudies. Ainsi, des qtl de la resistance au phytophthora ont ete mis en evidence sur les groupes de liaison 1 et 8. Differentes regions chromosomiques ont ete mises en evidence pour les caracteres mesures a divo et a bingerville

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Triques, Karine. "Diversité génétique du VIH-1 : impact sur le diagnostic moléculaire et la variabilité génétique intra-patient." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20129.

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Abstract:

Le vih-1, caracterise par une importante diversite genetique, est subdivise en trois groupes m, n et o. Le groupe m, qui regroupe les principaux virus responsables de l'epidemie mondiale du sida, est compose de dix sous-types genetiquement differents (a a j), avec une repartition geographique tres heterogene, et une diversification considerable en afrique. L'analyse de plusieurs souches africaines, preliminairement classees dans le sous-type f, a revele une tres grande divergence au sein du sous-type f, caracterise dorenavant par deux sous-groupes f1 et f2. Cette etude a egalement permis de caracteriser un nouveau sous-type : le sous-type k (triques et al. , 1999a ; 1999b). Les consequences de la diversite genetique sur le diagnostic moleculaire et sur la progression de la maladie ont ete abordees. La diversite genetique du vih-1 diminue l'efficacite de certains tests de detection et de quantification de l'arn viral plasmatique de plusieurs souches, notamment les souches de sous-types a. La performance d'un nouveau test (version 1. 5 du test amplicor hiv-1 monitor) a ete verifiee sur plusieurs souches de sous-types a a g. Cette etude a permis de confirmer l'efficacite maximale de ce test (triques et al. , 1999c). Le sous-type genetique, soupconne egalement d'influencer la transmissibilite et la pathogenicite du virus, pourrait agir sur l'heterogeneite de la population virale au sein de l'individu infecte. Dans le cadre d'un suivi de cohorte de patients infectes par differents sous-types, aucune correlation n'a ete obtenue entre l'appartenance du virus a un sous-type et sa variabilite intra-patient, par contre une correlation entre le phenotype si des souches vih-1 et l'augmentation de l'heterogeneite de la population virale intra-patient a ete observee. Triques k et al. 1999a. Virology. 20 ; 259(1) : 99-109. Triques k et al. 1999b. Aids res. Hum. Retroviruses. Sous presse. Triques k et al. 1999c. J. Clin. Microbiol. 37(1) : 110-116.

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Meusnier, Isabelle. "Origine et diversité génétique des populations de l'algue verte Caulerpa taxifolia proliférant en Méditerranée." Lille 1, 2001. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2001/50376-2001-149.pdf.

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Abstract:

L'algue verte, Caulerpa taxifolia, prolifère en Méditerranée depuis 1984. L'objectif de cette thèse était de clarifier le statut génétique de ces populations à l'aide de marqueurs génétiques appropriés. Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer l'introduction et l'origine de cette algue en Méditerranée. L'analyse des caractères morphologiques et physiologiques au sein des espèces de Caulerpa n'est pas suffisante pour trancher entre les différentes hypothèses. Différents marqueurs moléculaires nous ont permis de réfuter l'hypothèse d'une introduction via le canal de Suez et désignent l'Australie, plus précisément la région de Brisbane, comme la source biogéographique potentielle des populations de Méditerranée. Par ailleurs, nos résultats phylogéographiques mettent en évidence au sein de C. Taxifolia l'existence de deux taxons. Ces taxons correspondent, en fait, à des habitats différents. Le taxon " eaux claires ", inféodé aux eaux chaudes et oligotrophes, est distribué sur toute la zone tropicale et le taxon " eaux turbides ", inféodé aux eaux froides dans des habitats riches en nutriments, se trouve dans les populations non tropicales australiennes et les populations introduites. Enfin, nos résultats permettent d'élaborer un scénario sur l'histoire de la diversification des populations de C. Taxifolia à travers le monde. Le taxon " eaux claires ", caractérisé par une forte diversité génétique, serait la forme ancestrale tandis que le taxon " eaux turbides ", caractérisé par une faible diversité génétique, en serait dérivé. Toutes les conditions requises étaient donc réunies pour que le taxon " eaux turbides " survive, s'installe et envahisse les eaux tempérées et eutrophes de Méditerranée : forte reproduction clonale, résistance au froid et aux faibles intensités lumineuses, capacité de survivre en conditions eutrophes.

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Droillard, Clément. "Origine de la pathogénicité des lagovirus : avancées sur la diversité génétique virale et le développement d’un système de génétique inverse." Thesis, Rennes 1, 2020. http://www.theses.fr/2020REN1B016.

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Abstract:

Les lagovirus infectent les léporidés (lapins et lièvres). Les lagovirus pathogènes tels que le Rabbit haemorragic disease virus (RHDV) et l’European Brown Hare Syndrome virus (EBHSV) provoquent des hépatites virales souvent mortelles ayant de graves conséquences économiques et écologiques. Les lagovirus non-pathogènes tels que les European Rabbit Calicivirus 1 et 2 (RCV-E1 et RCV-E2) et les Hare Calicivirus (HaCV) ne provoquent aucune maladie chez les lapins et les lièvres, respectivement. L’émergence d’un nouveau lagovirus pathogène en 2010, nommé RHDV2, capable d’infecter à la fois les lapins et les lièvres, nous a poussé à nous interroger sur l’origine de la pathogénicité chez les lagovirus. L’hypothèse étudiée est l’évolution de souches non-pathogènes vers des souches pathogènes. Pour cela, la diversité génétique des lagovirus non-pathogènes, peu connue chez le lièvre, a été étudiée chez cette espèce. Onze nouvelles séquences de gène codant la protéine de capside et la première séquence du génome complet d’un virus HaCV ont été obtenues. Ces données ont montré la grande diversité génétique des HaCV et leur circulation bien avant la première détection des EBHSV en 1980. Toutefois, aucun lien évolutif n’a été trouvé avec les EBHSV. De nouvelles séquences de génomes complets ou de régions codantes de RCV-E1 et de RHDV2 ont aussi été caractérisées. Les analyses génétiques ont suggéré qu’un évènement de recombinaison entre un virus RCV-E1 et un virus inconnu était à l’origine de l’émergence des RHDV2. Dans la seconde partie de la thèse, nous avons tenté de développer un nouveau système de génétique inverse (GI) pour le RHDV afin d’étudier les bases moléculaires du pouvoir pathogène. Le génotype et le phénotype in vivo d’une souche RHDV de référence ont été caractérisés, puis des essais de régénération de cette souche en GI ont été effectués in vitro et in vivo pour valider le système en cours de développement. Les résultats obtenus ont montré que le système était capable de produire de l’ARN viral et la protéine de capside in vitro. Les essais in vivo visant à régénérer le virus n’ont pas permis l’infection de lapins. Cependant, la majorité des animaux ont séroconverti. Ces résultats n’ont pas permis de conclure que le système de GI était capable de produire des particules virales infectieuses et des points d’amélioration sont proposés
Lagoviruses infect leporidae (rabbits and hares). Pathogenic lagoviruses such as Rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV) and European Brown Hare Syndrome virus (EBHSV) often cause fatal viral hepatitis with serious economic and ecological consequences. Non-pathogenic lagoviruses such as European Rabbit Caliciviruses 1 and 2 (RCV-E1 and RCV-E2) and Hare Caliciviruses (HaCV) cause no disease in rabbits and hares, respectively. The emergence of a new pathogenic lagovirus in 2010, named RHDV2, infecting both rabbits and hares, led us to question the origin of lagoviruses pathogenicity. The studied hypothesis is the evolution from non-pathogenic to pathogenic strains. For this purpose, the genetic diversity of non-pathogenic lagoviruses, little known in hares, was studied in this species. Eleven new gene sequences encoding the capsid protein and the first complete genome sequence of a HaCV virus have been obtained. These data showed the high genetic diversity of HaCVs and revealed their circulation long before the first detection of EBHSV in 1980. However, no evolutionary link was found between HaCV and EBHSV. New sequences of complete genomes or coding regions of RCV-E1 and RHDV2 were also characterized. Genetic analyses suggested that a recombination event between an RCV-E1 virus and an unknown virus was at the origin of the emergence of RHDV2. In the second part of the thesis, we attempted to develop a new reverse genetics (RG) system for the RHDV in order to study the molecular basis of the pathogenicity of lagoviruses. The in vivo genotype and phenotype of a reference RHDV strain were characterized and then in vitro and in vivo regeneration assays of this strain in RG were performed to validate the system under development. The results showed that the system was able to produce viral RNA and capsid protein in vitro. In vivo assay to regenerate the virus did not result in the infection of rabbits. However, the majority of the animals seroconverted. These results did not lead to the conclusion that the RG system was able to produce infectious viral particles and points for improvement are proposed

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Milot, Emmanuel. "Dispersion et génétique chez un oiseau marin longévif : l'albatros hurleur : dynamique de population, structure et diversité génétiques, consanguinité." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26456/26456.pdf.

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Abstract:

L’impact écologique et évolutif de la dispersion et de la consanguinité peut être exacerbé chez les espèces insulaires. Les albatros, en particulier, ont un mode de vie exceptionnel qui soulève plusieurs questions à cet égard. Dans cette thèse j’aborde certaines de ces questions. En introduction (chapitre 1), j’énonce des hypothèses spécifiques à l’espèce d’étude, l’Albatros hurleur (Diomedea exulans), en lien avec la dispersion, la dynamique des populations, et la génétique. Cependant, la découverte fortuite d’une diversité génétique très pauvre chez cette espèce a nécessité une redéfinition majeure des objectifs et hypothèses initiaux de la thèse. Donc, les patrons de diversité génétique chez deux espèces « sœurs », les Albatros hurleurs et d’Amsterdam (D. amsterdamensis), sont d’abord étudiés au chapitre 2. Des simulations supportent l’hypothèse voulant que ces deux espèces aient hérité leur faible diversité de leur ancêtre commun qui vivait il y a quelque 0,8 million d’années. Par conséquent, les albatros semblent défier l’opinion répandue voulant qu’une faible diversité génétique réduit nécessairement la viabilité d’une espèce. L’objectif du chapitre 3 était d’identifier explicitement le modèle de dynamique populationnelle correspondant le mieux à la réalité des Albatros hurleurs. Les populations de l’ensemble de l’aire de répartition s’avèrent très peu différenciées au plan génétique. Tous les génotypes forment un seul groupe homogène selon une analyse de groupement, suggérant que les colonies actuelles pourraient descendre d’une même population ancestrale qui avait une faible diversité génétique. À l’opposé, les données de relecture de bagues indiquent qu’environ un oiseau par cohorte a émigré de son île natale au cours des dernières décennies. De ce fait, les données génétiques ne reflètent pas les faibles taux de dispersion contemporains, vraisemblablement parce que les populations n’ont pas atteint l’équilibre migration–dérive. Un modèle de dynamique de métapopulation impliquant la colonisation récente de plusieurs îles semble compatible avec les bas niveaux de diversité et de structure génétiques, bien que d’autres facteurs ont sans doute contribué au façonnement du patron génétique. La diversité et la structure génétiques limitées soulèvent des questions à propos de la consanguinité et de ses effets. Dans le chapitre 4, les données probantes relatives à la consanguinité chez l’Albatros hurleur sont passées en revue. L’hypothèse que le succès reproducteur décroît avec l’accroissement de la similarité génétique des partenaires a aussi été testée en utilisant des données moléculaires et sur l’histoire reproductive des couples. Bien que l’analyse ne supporte pas cette hypothèse, on ne peut exclure la possibilité que ce résultat découle du manque de résolution des marqueurs étant donné la très faible diversité génétique des albatros. Quelques perspectives sur des aspects reliés à la consanguinité (p. ex. son évitement, la purge génétique), basées sur la littérature récente, sont également proposées. En somme, l’étude du cas « albatros » mène à plusieurs hypothèses stimulantes et démontre la complexité de mettre au jour la dynamique de la consanguinité chez les espèces longévives. Dans le chapitre 5, à défaut de pouvoir faire des analyses d’assignation populationnelle (en raison du manque de résolution génétique), le jeu de données sur les albatros, ainsi qu’un second jeu sur le Saumon Atlantique (Salmo salar), ont servi à explorer le comportement d’une méthode d’assignation appliquée de façon routinière en biologie. Les résultats démontrent que des aspects importants (estimation du taux d’erreur, détection de migrants) sont liés à la conformité des données empiriques aux prémisses des tests. Ils soulignent aussi l’importance de valider la procédure d’assignation à l’aide de simulations préliminaires. Cette contribution méthologique se veut en quelque sorte une réponse au manque d’uniformité dans l’application de ces méthodes. Pour conclure, je passe en revue l’ensemble des connaissances sur la dispersion des Albatros hurleurs et je propose une perspective sur les causes de la dispersion et de son évolution chez ces oiseaux. Cette thèse apporte un éclairage nouveau sur la signification et l’impact du monomorphisme génétique dans les populations naturelles, sur la dispersion et la dynamique populationnelle chez une espèce longévive, et propose une vision sur l’interaction entre ces facteurs et l’histoire de vie.
The ecological and evolutionary impact of dispersal and inbreeding may be exacerbated in insular species. Albatrosses, in particular, have an extreme way of life raising several questions in that regard. In this thesis, I address some of these questions. In the introduction (chapter 1), I enounce hypotheses that are specific to the study species, the wandering albatross (Diomedea exulans), in relation to dispersal, population dynamics, and genetics. However, the fortuitous discovery of a very poor genetic diversity in this species led to substantial modifications of the initial objectives and hypotheses of the thesis. Thus, the patterns of genetic diversity in two sister species, the wandering and Amsterdam (D. amsterdamensis) albatrosses, are studied in chapter 2. Simulations support the hypothesis that the two species inherited a poor genetic diversity from their common ancestor, some 0.8 million years ago. Albatrosses thus appear to challenge the widespread view about the negative consequences of genetic depletion on species survival. In chapter 3, the objective was to identify explicitly which model of population dynamics best applies to the wandering albatross. Populations exhibited little genetic differentiation across the species’ range. All genotypes grouped together in a cluster analysis, suggesting that current colonies have derived from one ancestral source that had a low genetic diversity. In contrast, band re-sighting data indicated that about one bird per cohort has dispersed among islands in the past decades. Therefore, low contemporary dispersal rates are not mirrored by genetic data, presumably because populations are not at migration–drift equilibrium. A metapopulation dynamics model involving the recent colonization of several islands seems consistent with the very low levels of both genetic diversity and structure within the wandering albatross. Yet, other factors likely contributed to shape current genetic patterns. The limited genetic diversity and structure raise questions about inbreeding and its effect. Thus, in chapter 4, evidence for inbreeding in the wandering albatross is reviewed. The hypothesis that reproductive success decreases with increasing genetic similarity between mates was also tested using molecular data and pair breeding histories. While the hypothesis was not supported, a lack of resolution from the markers cannot be ruled out given the very poor genetic diversity in albatrosses. Some perspectives about inbreeding-related aspects (e.g. inbreeding avoidance, purging) based on recent literature are also proposed. Overall, this wandering albatross case study leads to several stimulating hypotheses and shows how complex the understanding of inbreeding dynamics in a long-lived species may be. In chapter 5, failing to successfully apply population assignment methods (because of the lack of genetic resolution), data on Atlantic salmon (Salmo salar) were used in addition to the albatross dataset to explore the performance of an assignment method routinely used in biological investigations. Results show that critical aspects (error rate estimation, migrant detection) relate to how test assumptions are met by empirical data. They also stress the need to validate the assignment procedure with preliminary simulations. This methodological contribution is to some extent a response to the absence of uniformity in the way these methods are generally applied. To conclude, using empirical evidence on dispersal in wandering albatrosses, I suggest perspectives on the causes and the evolution of dispersal in these birds. This dissertation provides new insights about the significance and implications of genetic monomorphim in natural populations, about dispersal and population dynamics in a longlived seabird, and proposes a vision about the interaction between these factors and life history.

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Diogo, Dorothée. "Diversité génétique et diversification chez la levure pathogène opportuniste Candida albicans." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077117.

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Abstract:

Candida albicans est une levure commensale de la flore gastro-intestinale de l'homme. C'est également un des principaux organismes pathogènes opportunistes fongiques. La population de C. Albicans est structurée en clades. Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit est consacré à l'étude des événements moléculaires qui sous-tendent la diversité intra- et inter-clades chez C. Albicans. Nous avons montré que la diversification des isolats au cours du commensalisme fait fréquemment intervenir des événements de recombinaison conduisant à de larges pertes d'hétérozygotie (LOH). Par ailleurs, nous avons mis en évidence un excès d'hétérozygotie dans la population, suggérant l'existence d'un mécanisme de contre-sélection des LOH. De plus, nous avons démontré que les échanges génétiques entre les clades et au sein des clades sont rares et que, par conséquent, les clades ne constituent pas des espèces cryptiques. Une étude exhaustive de la variabilité génomique au sein de l'espèce a montré que les souches de C. Albicans peuvent différer par un nombre significatif de SNPs et d'insertions/délétions impliquant majoritairement des éléments transposables et des séquences répétées en tandem. Enfin, et de façon importante, nous avons montré que la distribution de ces indels est hautement corrélée avec la structuration de la population en clades. L'ensemble de ces résultats a contribué à une meilleure compréhension de la diversité génétique et des mécanismes de diversification au sein de l'espèce C. Albicans
Candida albicans is a common component of the human digestive tract and is considered the major opportunistic fungal pathogen. Candida albicans is an asexual yeast with a largely clonal propagation and a population structured in clades. The research project introduced in this manuscript aimed to shed light on the genetic diversity underlying the C. Albicans population, between and within clades. We have shown that, during commensalism, large Loss of Heterozygosity (LOH) events are fréquent. Moreover, we have evidenced an excess of heterozygosity in the C. Albicans population, suggesting that large LOH events ïnust be counter-selected to maintain a high level of heterozygosity. Additionally, we hâve shown that genetic exchanges are rare between and within clades, demonstrating that clades do not depict cryptic species. Finally, we have performed a comprehensive investigation of the genomic variability in the C. Albicans species. The results have shown a significant number of SNPs and insertions/deletions differentiating C. Albicans strains. Indels events, mainly attributed to transposable éléments and tandem repeats, contributed to a gene content variability among strains. Importantly, we have demonstrated that the distribution of the SVs in the population of C. Albicans is superimposable with the assignment of strains to clades. Taken together, our results contribute to a comprehensive overview of the different events underlying the genetic diversity in the C. Albicans population

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Perrier, Xavier. "Analyse de la diversité génétique : mesures de dissimilarité et représentations arborées." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20201.

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Abstract:

Une structure arboree est une representation coherente d'un processus de diversification genetique. On s'interesse ici aux methodes de construction arboree a partir de mesures de dissimilarite, en particulier sous l'aspect de la stabilite. Apres une presentation theorique de l'ensemble des dissimilarites, on etudie les indices sur donnees binaires et leur comportement sous un modele d'erreur aleatoire. On montre que les caracteristiques biologiques des marqueurs moleculaires pemettent de choisir une dissimilarite qui minimise l'erreur liee a la perte d'information genetique. Dans une approche non-parametrique, on etudie les proprietes d'une distance ordinale basee sur le seul ordre des dissimilarites. On mesure le gain de precision des versions ordinales des algorithmes de regroupement par une procedure de comparaison par simulations. Les principes des methodes heuristiques de construction arboree sont rappeles et leurs proprietes face au probleme de stabilite, sont precisees. On presente une technique de greffage d'un individu supplementaire sur un arbre preetabli et une methode de regroupement sous contraintes de structure de sous-ensembles. On s'interesse ensuite a la construction d'arbres consensus, resumant les structures communes a plusieurs arbres. On propose un cadre formel de construction d'une distance entre arbres comme une distance sur le graphe de couverture du semi-treillis des distances additives. Pour etablir un test statistique, on etudie les distributions asymptotiques ou empiriques de diverses distances entre arbres. Ces methodes sont regroupees dans un logiciel qui est disponible.

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Gomez, Marisa Anahi. "Diversité génétique des Bradyrhizobia nodulant le soja et mécanismes potentiellement impliqués." Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS017.

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Abstract:

L'étude de la diversité génétique des Bradyrhizobia symbiotes du soja a un intérêt tant au niveau pratique que théorique. La connaissance de cette diversité est nécessaire afin d'introduire avec discernement de nouvelles souches de Bradyrhizobium dans l'environnement. D'autre part, l'analyse des mécanismes impliqués dans l'origine de la diversité permettra d'estimer les chances d'apparition de nouvelles souches. L'objectif de ce travail était d'examiner la diversité génétique des populations indigènes et/ou naturalisées, de Bradyrhizobium nodulant le soja, isolées de sols argentins et d'analyser la possibilité que le transfert latéral de gènes (spécialement des gènes de nodulation) entre souches de Bradyrhizobium spp introduites et indigènes, génère la diversité des populations naturelles. La diversité génétique de 950 souches isolées des sols argentins, a permis d'identifier 8 génotypes caractéristiques des espèces B. Japonicum et B. Elkanii et de mettre en évidence la présence de souches HRS possédant un nombre important de copies de séquences répétées. La prédominance des souches de B. Elkanii pourrait être due à l'utilisation de ces souches dans les inoculants commerciaux dans les années 80. Par ailleurs, on n'a pas trouvé de relation entre la distribution des différents génotypes et les caractéristiques physico-chimiques des sols. . .

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Chaix, Raphaëlle. "Démographie, culture et diversité génétique : le cas des populations humaines nomades." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066045.

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Rivière, Taiana. "Diversité génétique, structure des populations et phylogéographie des champignons ectomycorhiziens tropicaux." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20067.

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Rochus, Christina. "Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.

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Abstract:

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection
Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection

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Bilhère, Eric. "Etude de la diversité génétique intraspécifique chez la bactérie lactique Œnococcus œni." Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21611.

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La bactérie lactique Œnococcus œni joue un rôle essentiel lors de la vinification. Grâce à son aptitude à survivre à des pHs acides et des concentrations élevées en alcool, elle devient rapidement l'espèce majoritaire qui assure presque seule la fermentation malolactique. Toutefois, il existe naturellement une grande diversité de souches qui diffèrent par leur vitesse de croissance, leur efficacité fermentaire ou encore leur production d'arômes. Afin de mieux comprendre l'origine de ces variations phénotypiques, nous avons étudié plusieurs aspects de la diversité génétique intraspécifique d'Œ. œni. Premièrement, nous avons analysé la structure de population des souches d'Œ. œni en réalisant un double typage par séquençage multilocus et électrophorèse en champ pulsé. Ce travail révèle une espèce particulièrement conservée en termes de séquences, mais qui présente néanmoins une importante diversité génotypique en raison d'événements de recombinaison fréquents. D'autre part, nous avons mis en évidence deux sous-populations de souches distinctes par leurs répertoires alléliques et leurs profils de digestion. Deuxièmement, grâce à une approche par hybridation soustractive suppressive nous avons dressé un catalogue d'une centaine de gènes spécifiques de certaines souches d'Œ. œni. L'un d'entre eux, le gène dpsA, intervient d'ailleurs dans la réponse au stress oxydatif et favorise la survie bactérienne dans le vin. Troisièmement, nous avons caractérisé un plasmide de 18 Kb isolé chez une souche commerciale d'Œ. Œni. Ll s'agit d'un plasmide de type thêta à faible nombre de copies. L'analyse de sa séquence révèle de fortes homologies avec des plasmides d'autres bactéries lactiques retrouvées dans le vin
The lactic acid bacterium Œnococcus œni plays a key role in winemaking. Since it can survive to acidic pHs and to high concentrations of alcohol, it quickly becomes the predominant species which performs the malolactic fermentation. However, there is a great natural diversity of strains which differ in terms of growth rate, fermentation efficiency or production of aromatic compounds. To better understand the origins of these phenotypic variations, we have studied several aspects of the intraspecific genetic diversity of Œ. œni. First, we have analyzed the population structure of Œ. œni strains using a dual approach involving multilocus sequencing and pulsed-field gel electrophoresis. This work revealed a species particularly well conserved in terms of sequences, but which shows a significant genotypic diversity due to frequent recombination events. In addition, we have detected two sub-populations distinguishable by their allelic repertories and their profiles of macrodigestion. Second, using suppressive subtractive hybridization, we have established a catalog of genes specific to certain strains of Œ. œni. The characterization of one of them, the mobile dpsA gene, revealed that it is involved in the response to oxidative stress and promotes bacterial survival in wine. Third, we have characterized a 18 Kb plasmid isolated from a commercial Œ. œni strain. This is a theta replicating and low copy number plasmid. Analysis of its sequence has revealed strong homologies with plasmids of other lactic acid bacteria frequently found in wine

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Le, Clerc Valérie. "Etude de la diversité génétique chez la carotte (Daucus carota L. ) : mise au point de stratégies d'analyse et de régénération des ressources génétiques." Angers, 2001. http://www.theses.fr/2001ANGE0001.

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Abstract:

Les travaux présentes dans ce mémoire portent sur l'étude de la diversité génétique chez la carotte (daucus carota l. ). Leur objectif est de permettre la mise au point d'une stratégie de gestion des ressources génétiques placées en collection pour sauvegarder les capacités adaptatives de l'espèce. Deux techniques d'analyse moléculaire ont été développées pour évaluer, en complément des marqueurs morphologiques, la diversité génétique existante. Les hypothèses concernant l'origine et l'évolution des cultivars n'ont pas pu être vérifiées. La distinction entre daucus sauvages et carottes cultivées constitue la seule structuration solide. Les marqueurs issr ont permis la mise en évidence d'une grande diversité entre les populations tandis que les marqueurs aflp ont révélé une grande variabilité intra variétale, montrant clairement l'impact de la sélection. Ces deux techniques sont apparues complémentaires et leur emploi combine pour des analyses ultérieures semble judicieux. Par souci de réduction des couts d'analyse, une optimisation des méthodes a été recherchée. Les résultats ont montré que l'utilisation de marqueurs cartographies n'apporte pas chez la carotte de précision supplémentaire a l'analyse. Par contre, la prise en compte du nombre de marqueurs étudiés est essentielle. Une bonne estimation des similitudes intra variétales et, par conséquent, des distances entre génotypes est obtenue avec 70 marqueurs aflp. Enfin, la dérive génétique provoquée par la multiplication d'une accession basée sur cinq tailles d'effectif et sur deux procédures de récolte a été estimée. Pour le génotype étudié, un maintien efficace de l'intégrité génétique est obtenu lorsque 80 plantes sont multipliées et lorsque les graines sont récoltées sur chaque plante. Pour les autres génotypes, ces stratégies de régénération sont discutées en fonction du contexte financier et technique d'application

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Savary, Océane. "Etude génétique et phénotypique de Bisifusarium domesticum." Thesis, Brest, 2021. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03789622.

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Abstract:

Bisifusarium domesticum est une moisissure associée uniquement aux fromages. Elle est utilisée pour un apport organoleptique dans les Saint-Nectaire et Reblochon et/ou pour sa propriété “anticollanti”, pour prévenir l’apparition de morges collantes. Malgré une utilisation fréquente en production et sa mise en évidence sur divers fromages, il n’y avait, jusqu’à ce jour, que très peu de connaissances scientifiques sur cette espèce. L’objectif de cette thèse était donc de combler ce déficit. Pour ce faire, une collection d’isolats de B. domesticum (n=25) a été réalisée et a conduit à l’observation d’une diversité inattendue de Fusarium sensu lato et à la description de quatre nouvelles espèces fongiques (B. allantoides, B. penicilloides, Longinectria lagenoides et L. verticilliforme), dont deux appartenant à un nouveau genre. Une faible diversité génétique intraspécifique de B. domesticum a été notée. Puis, l’adaptation de B. domesticum au fromage, mais aussi des nouvelles espèces a été observée, avec des conditions de croissances compatibles avec les conditions fromagères (température, aw, NaCl, croissance sur fromage), des capacités lipolytiques et protéolytiques dont certaines étaient favorisées par une température similaire à celle des caves d’affinage, une production de composés volatils d’intérêt et la mise en évidence de certains gènes qu’il conviendrait d’étudier plus finement (e.g. sidérophore, transporteur du sodium, transporteur de sucres). Enfin, aucune production de mycotoxine connue ou présence de clusters de gènes associés n’a été observée suggérant l’innocuité des espèces
Bisifusarium domesticum is a cheese associated mold used for its organoleptic properties during Saint-Nectaire and Reblochon production and/or for its “anticollanti” property to prevent cheese stickiness. Despite this frequent use during cheese-making and its prevalence on various cheeses, there is a major lack of scientific knowledge about this species. This PhD project aimed at filling this gap. To do so, a B. domesticum collection (n=25) was created and an unexpected diversity of Fusarium sensu lato isolates was observed which led to the description of four new fungal species (B.allantoides, B. penicilloides, Longinectria lagenoides and L. verticilliforme), including two belonging to a new genus. Low intraspecific genetic diversity among B. domesticum isolates was noted. Then, the adaptation of B. domesticum as well as the novel species to cheese was studied and growth characteristics compatible with cheese-making conditions (temperature, aw, NaCl, growth on cheese), lipolytic and proteolytic abilities of some isolates were favored by temperatures similar to those of ripening cellars. Also, volatile compound productions of interest were highlighted as well as several genes (e.g. siderophore, sodium transporter, sugar transported) potentially linked to adaptation to a cheese environment although further in-depth studies are needed.Finally, no known mycotoxins production or mycotoxin gene clusters were identified, reinforcing the safety status of B. domesticum

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Meilhac, Julien. "Impact de la diversité génétique des communautés prairiales sur la production et la biodiversité du sol : Implications pour l'amélioration des plantes." Thesis, Poitiers, 2018. http://www.theses.fr/2018POIT2302/document.

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Abstract:

De nombreuses études mettent en évidence un effet positif de la diversité spécifique sur la productivité des communautés végétales et la biodiversité associée. Mais l’effet de la diversité génétique sur la communauté d’espèces reste encore peu étudié en dépit des rares études montrant un effet positif avec des perspectives d’application dans le domaine de l’amélioration des plantes. C’est dans ce contexte que cette thèse s’interroge sur l’effet de la diversité génétique sur les communautés prairiales et la biodiversité du sol associée. Cette thèse repose sur une situation réelle via un dispositif d’évaluation de mélanges prairiaux installé par et chez un sélectionneur de plantes fourragères. Les résultats majeurs de cette thèse sont un effet positif de la diversité génétique des espèces sur la production de biomasse du mélange, particulièrement lors d’épisodes de sècheresse, et sur l’équilibre d’abondance des espèces. Ces effets positifs semblent être le résultat d’une différenciation de niches des espèces qui est à la base de la complémentarité des espèces en écologie. Il a été mis en évidence une complémentarité temporelle des espèces par une asynchronie des dynamiques de croissance, mais aussi une complémentarité sur l’acquisition de la lumière par des mécanismes de sélection et de plasticité. Enfin, des effets de la diversité génétique ont été observés sur la diversité microbienne avec des rétroactions potentielles sur les plantes. Au vu de ces résultats, il apparait que la diversité génétique occupe une place centrale dans l’assemblage et la structuration des communautés végétales et microbiennes, nous amenant à réfléchir quant à sa valorisation en amélioration des plantes
Many studies highlight a positive effect of species diversity on plant community productivity and associated biodiversity. But genetic diversity effect on species community is still poorly studied despite the rare studies showing a positive effect with prospects for application in the field of plant breeding. It is in this context that this thesis examines the genetic diversity effect on grassland communities and associated soil biodiversity. This thesis is based on a real situation via an evaluation design of grassland mixtures installed by and in a plants breeding company. The major results of this thesis are a positive effect of the species genetic diversity on mixture biomass production, especially during drought episodes, and on species abundance equilibrium. These positive effects seem to be the result of a niche differentiation of species which is at the basis of species complementarity in ecology. Temporal complementarity of species has been demonstrated by asynchronous growth dynamics, but also by a complementarity for light acquisition via selection and plasticity mechanisms. Finally, genetic diversity effects have been observed on microbial diversity with plants feedbacks. In view of these results, it appears that genetic diversity occupies a central role in the assembly and structure of plant and microbial communities, leading us to consider how it could be integrated into plant breeding program

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Yousef, Mohamad Khalil. "Diversité génétique des souches de chlamydophila pecorum : recherche et identification des marqueurs épidémiologiques." Thesis, Tours, 2009. http://www.theses.fr/2009TOUR4012/document.

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Abstract:

Chlamydophila pecorum est une espèce bactérienne intracellulaire obligatoire de la famille Chlamydiaceae. Le criblage d’une banque génomique de C. pecorum en utilisant un sérum ovin spécifique a permis d’identifier la protéine de la membrane d’inclusion (IncA) comme un candidat potentiel pour le sérodiagnostic de C. pecorum et de mettre en évidence une séquence répétée codante (CTR) riche en alanine et proline dans le gène incA de C. pecorum. Cette CTR présente des motifs d’acides aminés différents suivant la pathogénicité des souches de C. pecorum. La variabilité génétique de 19 souches de C. pecorum isolées de ruminant a été étudiée par MVLST (multi-virulence sequence typing). Les gènes ompA qui code pour la protéine majeure de la membrane externe, incA et l’ORF663 (cadre ouvert de lecture) permettent de différencier les souches pathogènes de C. pecorum des souches non-pathogènes. Cette hypothèse a été confirmée sur 32 autres souches comprenant 11 souches isolées de porcs. Les souches de C. pecorum isolées de lésions sont génétiquement différentes des souches isolées d’animaux asymptomatiques. Les 3 gènes ompA, incA et l’ORF663 sont des marqueurs moléculaire épidémiologiques potentiels qui pourraient être liés à la virulence de C. pecorum
Chlamydophila pecorum, an obligate intracellular bacterium belonged to Chlamydiaceae family. Screening of a genomic DNA library of C. pecorum by using a specific ovine serum, allowed to identify inclusion membrane protein (IncA) as a potential candidate for C. pecorum serodiagnosis and to highlight a coding tandem repeat (CTR) rich in alanine and proline in the C. pecorum incA gene. The CTR presents several amino acids motifs according to the pathogenesis of C. pecorum strains. The genetic variability of 19 C. pecorum strains isolated from ruminants was studied using MVLST (multi-virulence sequence typing) system. The genes ompA that code for the major outer membrane protein, incA and ORF663 (open reading frame) allowed to distinguish the pathogenic C. pecorum strains from non-pathogenic strains. This hypothesis was confirmed on additional 32 strains including 11 strains isolated from swine. The C. pecorum strains isolated from clinical cases are genetically different from strains isolated from healthy animals. ompA, incA and ORF663 genes are epidemiological molecular markers which could be related to the virulence of C. pecorum

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Liu, Shuo. "Histoire évolutive et impact des différents processus évolutifs sur la diversité génétique de l’abricotier (Prunus armeniaca L.)." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0190/document.

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Abstract:

L’abricotier cultivé (Prunus armeniaca L.) appartient au genre Prunus, de la sous-famille des Prunoideae qui comprend la totalité des arbres fruitiers à noyaux de la famille des Rosaceae. Il fait partie de la section taxonomique Armeniaca (Lam.) Koch. qui se présente comme un complexe d’espèces diploïdes, inter-fertiles avec un génome d’environ 200-220 Mbp (n=8). La section Armeniaca comprend deux espèces cultivées, P. armeniaca (fruitière) et P. mume (ornementale) ; mais également cinq espèces encore disponibles à l’état sauvage en Asie Centrale et en Asie du Nord-Est, le plus souvent en altitude. Dans ce contexte, mon travail de thèse vise à mieux comprendre les différents processus de l’histoire évolutive d’une espèce fruitière pérenne et comment ceux-ci influent sur la variabilité et la structuration génétique de l’espèce cultivée. Ceci inclut son adaptation à de multiples et changeantes conditions environnementales mais également à l’action de l’Homme au travers de la domestication, de la sélection et de l’amélioration génétique et son effet sur l’architecture génomique de l’abricotier.Dans un premier temps, des études de diversité réalisées à l’aide de marqueurs moléculaires de type microsatellites ont été réalisées chez l’abricotier et ses espèces apparentées, sauvages, afin de clarifier les généalogies et révéler les processus évolutifs qui sont à l’origine de la forme cultivée, fruitière. Notre étude de phylogéographie nous a permis de détecter des groupes génétiques différenciés résultant de l’histoire climatique passée de la planète mais également d’hybridation interspécifique et de flux de gènes récurrent entre individus sauvages et domestiques. Plusieurs événements indépendants de domestication ont ainsi été mis en évidence, ils sont à l’origine de l’abricotier cultivé en Occident, en Chine et en Asie Centrale.La même approche a été utilisée dans un second temps afin de décrire la diversité et la structuration génétique de P. brigantina Vill., la seule espèce européenne de la section Armeniaca, ce qui nous a conduit à préciser sa classification dans le genre Prunus.Enfin dans la troisième partie de cette thèse, la diversité génétique a cette fois été étudiée à l’échelle du génome complet de l’abricotier. L’objectif ici était de rechercher les régions génomiques permettant de différencier les groupes domestiques, européens et chinois, des populations sauvages d’Asie Centrale. Ces zones de forte différenciation dans les génomes correspondent à des signatures de balayages sélectifs. Nous avons ainsi identifié plus de 1700 régions génomiques comme cibles probables de l’adaptation et de la domestication de l’abricotier, pour lesquelles 136 présentaient un fort degré de similarité pour tous les cultivars d’abricotiers indiquant 56 régions génomiques de domestication homologues, non-chevauchantes. Pour 48 de ces régions, nous disposons d’annotations fonctionnelles qui permettent de déterminer les gènes sous sélection et leur fonction. Il apparaît que la plupart de ces gènes sont connus pour affecter l’expression de phénotypes liés 1) à la réponse aux pathogènes et au stress abiotique, 2) à la qualité du fruit ainsi qu’au 3) contrôle moléculaire de la floraison et de la transition entre période végétative et reproductive. Ce résultat constitue un premier pas vers la compréhension des mécanismes responsables du processus de domestication chez une espèce fruitière, pérenne. Il montre que des évènements de domestication indépendants ont impliqué des régions génomiques homologues. Les travaux aÌ venir devront également permettre de préciser les cibles génétiques des processus adaptatifs chez cette espèce fruitière, pérenne, et de fournir des cibles pour les programmes d’amélioration génétique de l’abricotier dans un contexte de changements climatiques
Nowadays, increasing attention is focused on perennial crop species and their wild relatives. The domestication of perennials is expected to follow different processes than annuals, and there is limited knowledge about how perennial plant species evolve in response to human intervention or changing environmental conditions. Indeed, the diversity of perennial species results from a series of mechanisms of evolution, which include natural and artificial selection, gene flow between wild and cultivated compartments, and dynamics of dispersion at large scales, often over long periods. Unraveling the evolutionary history and domestication processes of long-lived tree species is expected to provide insights into the potential differences and similarities between annual and perennial species, and furtherly to facilitate breeding efforts for traits of interest.In the current PhD thesis, we focused on apricot species, Prunus armeniaca L., and its related species from the section Armeniaca (Lam.) Koch.. We characterized genetic diversity and variability and addressed a few important questions related to fruit tree origin, evolution and domestication, and further identified candidate genes and loci underlying important agronomic traits that have been under selection during domestication.Our microsatellite data and approximate Bayesian computation revealed that the wild species P. armeniaca and P. sibirica diverged ca. 8 to 16 Mya ago, followed by interspecific hybridization leading to a new, isolated species, in Western China. We also showed that the European and Chinese apricots were domesticated independently either both from the Central Asian wild progenitor or from the hybrid species.Following the same strategy, we studied the genetic diversity and structuration of the only European Armeniaca species, P. brigantina Vill. and thus questioned its classification among the genus Prunus.Finally, taking advantage of the de novo assembly of a high-quality apricot reference genome and of extensive resequencing data, we focused on how selection has influenced genomic architecture in apricot (P. armeniaca). To test for common or distinct signatures of selection, we took advantage of the parallel history of domestication in the European and Chinese apricots and compared with their wild, Central Asian progenitor. We detected evidence for artificial selection at a genome-wide scale, both for European and Chinese apricots, with a significant number of homologous genomic signatures of domestication, thus indicating convergent yet independent selection of a common set of genes during two geographically and culturally distinct domestication processes. We also identified signatures of selection which could be associated with local adaptation in either wild or cultivated apricots.Therefore, a better knowledge on apricot evolutionary history combined with comparative population genomics enables the identification and utilization of adaptive and domestication traits that are important for apricot cultivation, It is expected to provide an unprecedented opportunity to identify the genetic basis of long-lived perennials’ adaptation and domestication

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Sušek, Andrej. "Analyse de la diversité de populations naturelles de Helleborus niger L." Dijon, 2007. http://www.theses.fr/2007DIJOS042.

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Abstract:

Le travail de thèse a été réalisé sur la rose de Noël (Helleborus niger L. ) à partir de populations issues de milieux naturels (sept en Slovénie et une en Croatie). L'objectif principal de la thèse était d'étudier les variations morphologiques. L'approche phénotypique a consisté à mesurer 18 traits (moyenne, extrême, corrélation et analyse discriminante). Certains traits se sont révélés très variables (nombre de feuilles par plante, nombre d'inflorescences par plante). La gamme de variation observée s'est avérée plus importante que celle mentionnée dans la littérature. L'analyse de corrélation a mis en évidence qu'il y avait plusieurs traits liés. La variabilité serait plus importante au sein des populations étudiées qu'entre elles. L'approche moléculaire (AFLP) a été employée pour étudier la variabilité génétique entre et parmi trois de ces populations. Les individus de chacune de ces populations sont dispersés le long du dendrogramme ; ils ne peuvent pas constituer des groupes distincts sur une base génétique. L'analyse du système de reproduction suggère que la rose de Noël soit une espèce principalement allogame à pollinisation entomophile. Les analyses phénotypiques et moléculaires indiquent donc que les populations étudiées ne sont pas géographiquement isolées. Connaissant les exigences du marché, les populations les plus intéressantes sont celles de Žumberak (Croatie), avec les plus longs pédoncules et les fleurs les plus larges, et celle de Peca, avec le nombre le plus élevé d'inflorescences par plante. Les populations roses de Noël slovène et croate peuvent être considérées comme source très intéressante pour la création variétale
Research work involved Christmas rose (Helleborus niger L. ) plant material from naturally grown local populations: seven in Slovenia and one in Croatia. The main objective of the research was to evaluate the morphological variations. The evaluation involved the recording of 18 traits (averages, extremes, correlations and discriminant analysis). Some of the traits showed a relatively high level of variation (number of leaves per plant, number of inflorescences per plant). The variation ranges for some traits were found to be wider than those mentioned in the literature. The correlation analysis indicated that there were several related traits. The variability within populations was more expressed that between populations. The molecular marker approach (AFLP) was used to study the genetic variation between and within three populations. The analysis showed that individuals from all three populations appeared scattered along the resulting dendrogram and that they could not be separated into distinct groups on a genetic basis. The analysis of the pollination system suggests that the Christmas rose could be a predominantly cross-pollinating species. The phenotypic and molecular analyses indicate that the populations investigated were not geographically isolated. Regarding the market preferences, the populations with the most valuable plant material are the Žumberak population (Croatia), containing genotyps with the longest peduncles and the largest flowers, and the Peca population, with the highest number of inflorescences per plant. The Slovenian and Croatian Christmas rose populations can be considered as a higly valuable source of genes for genetic breeding

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Bou, Dagher-Kharrat Magida. "Caractérisation du génome et structuration géographique de la diversité génétique du genre Cedrus." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066275.

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Ségurel, Laure. "Mode de vie et diversité génétique dans les populations humaines d'Asie Centrale." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00547600.

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Abstract:

Cette thèse a pour objectif de s'interroger sur l'influence du mode de vie sur la diversité génétique humaine. Nous avons pour cela étudié plusieurs ethnies d'Asie Centrale qui diffèrent de par leur organisation sociale et leur mode de subsistance. Nous avons d'abord comparé la diversité génétique a priori neutre de populations patrilinéaires et cognatiques (populations se définissant par leur ascendance paternelle ou indifféremment par les deux sexes, respectivement). Cette étude, basée sur les autosomes et le chromosome X, nous a permis de montrer que les hommes ont un effectif efficace et un taux de migration réduits par rapport aux femmes chez les patrilinéaires, mais non chez les cognatiques. Ensuite, nous avons testé si les éleveurs et les agriculteurs ont subi différentes pressions de sélection liées à l'alimentation. Pour le gène de la lactase (digestion du lactose) et de l'AGXT (facilitant la digestion de la viande), nous n'avons pas trouvé de différence de diversité génétique entre populations. Cependant, nous avons montré que les éleveurs (représentés par les Kirghiz) présentent près de deux fois plus de résistance à l'insuline, phénotype proposé comme une adaptation aux faibles quantités de glucides dans l'alimentation, que les agriculteurs (représentés par les Tadjiks). Nous avons également mis en évidence des signatures d'adaptation locale entre éleveurs et agriculteurs sur certains gènes associés à la résistance à l'insuline. Ainsi, ces populations semblent s'être adaptées à des régimes alimentaires différents. Cette thèse conforte donc l'hypothèse d'une influence des facteurs culturels sur l'évolution de la diversité génétique des populations humaines.

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Verne, S. "Diversité et impact des Wolbachia féminisantes sur la structuration génétique d'Armadillidium vulgare." Phd thesis, Université de Poitiers, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00181052.

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Abstract:

Parmi les endosymbiotes, Wolbachia pipientis constitue à la fois le parasite de la reproduction le plus largement étudié et celui qui présente la plus grande variété d'effets sur son hôte. De par les manipulations de la reproduction de son hôte, Wolbachia est susceptible d'affecter la structuration génétique de son hôte. Armadillidium vulgare (Crustacé isopode) présente l'originalité d'héberger deux souches de Wolbachia féminisantes (wVulC et wVulM), ainsi qu'un facteur génétique féminisant non identifié (f). Au cours de ce travail, une troisième souche de Wolbachia vraisemblablement apparue par recombinaison des deux autres a été mise en évidence. Les prévalences de Wolbachia sont généralement faibles mais varient fortement d'une population à l'autre. La structuration génétique de l'hôte A. vulgare a été analysée à une échelle subrégionale, puis à l'échelle d'une métapopulation. L'utilisation de marqueurs microsatellites a révélé une diversité génétique importante et une structuration génétique faible, compatible avec un isolement par la distance (IBD). L'analyse du polymorphisme mitochondrial révèle au contraire un polymorphisme intra-populations faible et une forte structuration inter-populations, incompatible avec un IBD. Il est proposé que les facteurs féminisants soient soumis à sélection fréquence dépendante et qu'ils favorisent le maintien d'un petit nombre de mitotypes divergents par auto-stop génétique. Au sein de la métapopulation de la RBI de Chizé, une plus faible dispersion des femelles que des mâles et une forte connectivité des sous-populations semble favoriser de fortes prévalences de Wolbachia. L'analyse des biais de structuration génétique liés au sexe révèle que les facteurs féminisants tels que Wolbachia et f peuvent fortement biaiser les fréquences des mitotypes observés entre les sexes, mais aussi induire des biais de structuration génétique sur l'ADN nucléaire.

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Oliveira, José. "Diversité Génétique des Molécules de Réponse Immunitaire Innée dans les Troubles Bipolaires." Thesis, Paris Est, 2015. http://www.theses.fr/2015PESC0043.

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Abstract:

Les troubles bipolaires (TB) sont des troubles chroniques, multifactoriels et multi-systémiques avec une morbidité, mortalité et fardeau socio-économique très élevée. Mieux comprendre le fond génétique et les facteurs environnementaux déclencheurs permettra d'améliorer le diagnostic et la prise en charge thérapeutique. La dysimmunité semble être parallèle à l'apparition, la progression ainsi qu'au développement de comorbidités psychiatriques et somatiques. L'inflammation chronique et l'activation de la microglie sont des mécanismes liant potentiellement l'infection et le stress pendant l'enfance avec la survenue d'un TB, en particulier la plus sévère forme d'apparition précoce. Les variants génétiques des récepteurs de reconnaissance de motifs moléculaires, première ligne de défense immunitaire, pourraient participer à la résilience/vulnérabilité aux facteurs de risque environnementaux tôt au cours de la vie. Nous avons exploré cette possibilité en analysant les associations génétiques entre des acteurs centraux de la réponse immunitaire innée, TLR2, TLR4 et NOD2 et les TB, en testant aussi l'hétérogénéité entre les sous-groupes d'apparition précoce et tardive. Étant donné que l'activation de ces voies augmente la production d'oxyde nitrique (NO) et en vue de son rôle dans l'inflammation, le stress oxydatif et la neurotransmission ainsi que son dysfonctionnement dans les TB et suicide, nous avons analysé simultanément des variants génétiques des trois isoformes de NO-synthase (NOS) chez les patients avec antécédents de conduites suicidaires. Nous avons trouvé que les génotypes TLR4 rs1927914 AA et rs11536891 TT sont significativement plus fréquents chez les patients tandis que l'allèle NOD2 rs2066842 T est significativement plus fréquent chez les témoins suggérant une vulnérabilité génétique à l'exposition aux pathogènes dans les TB. En plus, l'association avec TLR4 est restreinte au sous-groupe à début précoce et le génotype TLR2 rs3804099 TT est significativement plus fréquent chez les patients à début précoce qu'à début tardif, confortant l'hypothèse que les facteurs génétiques ont un poids plus important dans les TB d'apparition précoce. Des associations entre NOS1, NOS2 et NOS3 et TB n'ont pas été observées mais NOS3 rs1799983 T à l'état homozygote a été associé aux tentatives de suicide violentes, chez les patients à début précoce, apportant une preuve supplémentaire de l'implication de variants de NOS3 (endothéliale) dans les conduites suicidaires. En étudiant l'effet de l'interaction entre les variants génétiques de TLR2/TLR4 et les antécédents d'abus dans l'enfance mesurées par le Childhood Trauma Questionnaire (CTQ) sur l'âge de début des TB, nous avons observé un effet combiné du génotype TLR2 rs3804099 T avec antécédents d'abus sexuels sur la détermination d'un âge plus précoce d'apparition des TB. Les effets de l'abus sexuel dans l'enfance sur l'âge d'apparition des TB peuvent être accrus chez les porteurs du génotype TLR2 rs3804099 TT potentiellement médié par des voies liés aux réponses inflammatoires. Nos résultats sont en faveur d'un modèle « multiple-hit » dans lequel une vulnérabilité génétique liée au système immunitaire contribuerait à des réponses anormales aux infections périnatales baissant le seuil pour les effets adverses des stress ultérieurs. La confirmation de ces données par réplication dans des cohortes indépendantes est nécessaire. La caractérisation de la sévérité de la maladie, des phénotypes immunitaires et du type, intensité, fréquence et moment de survenue des stress doivent être prévues dans les futures études. Le développement de modèles animaux pourra aussi permettre de mieux comprendre les mécanismes impliqués à travers la manipulation expérimentale de la génétique et des conditions environnementales. Ces approches pourraient permettre l'identification de biomarqueurs et de signes cliniques prodromiques bien que des nouvelles stratégies de prévention et des cibles thérapeutiques
Bipolar disorders (BD) are chronic, multisystem and multifactorial disorders with significant lifetime morbidity, mortality and socioeconomic burden. Understanding its genetic background and triggering environmental factors should improve diagnosis and therapeutic management. Immune dysregulation seems to parallel its onset and progression as well as the development of psychiatric and other medical comorbidities. Chronic low-grade inflammation and microglia activation are thought to be important mechanisms linking infection and childhood trauma with BD, in particular the more severe early-onset subform. Genetic variations in pattern-recognition receptors, the first line of immune defence, may thus participate in one's resilience/vulnerability to environmental exposures, particularly early in life. We explored that possibility by investigating genetic associations between central players of innate immune protection, TLR2, TLR4 and NOD2 and BD, taking into account the potential genetic heterogeneity between the early- and late-onset subgroups. Given that the activation of these pathways increases the production of nitric oxide (NO), a potent innate immune effector, by immune cells and taking into consideration the role of NO in oxidative stress and neurotransmission as well as its dysfunction in both BD and suicide, we simultaneously analysed variants of the three isoforms of nitric oxide synthase (NOS) genes with suicidal behaviour in BD. We found TLR4 rs1927914 AA and rs11536891 TT genotypes to be significantly more prevalent in patients than in controls. We also found that NOD2 rs2066842 T allele carrier state may confer some protection against BD as it was more prevalent in controls. These results suggest a genetic vulnerability to pathogen exposure in BD. We also found that the referred association with TLR4 was restricted to the early-onset subgroup and that a TLR2 genotype (rs3804099 TT) was significantly more prevalent in early- than in late-onset patients comforting the hypothesis that genetic factors are of greater importance in early-onset BD. While associations between NOS1, NOS2 and NOS3 with BD were not observed, NOS3 rs1799983 T in homozygous state was associated with violent suicide attempts, seemingly restricted to the early-onset BD bringing further evidence for the potential involvement of endothelial NOS genetic variants in the susceptibility to suicidal behaviour. By investigating the effect of potential interaction between TLR2 and TLR4 and childhood abuses as measured by the Childhood Trauma Questionnaire (CTQ) on the age at onset of BD, we observed a combined effect of TLR2 rs3804099 TT genotype and childhood sexual abuse on determining an earlier age at onset of BD by means of a Kaplan-Meier survival curve. The effects of childhood sexual abuse on age at onset of BD may be amplified in TLR2 rs3804099 risk genotype carriers through immune-mediated pathways.Altogether the present results comfort a multiple-hit model in which immune-related genetic susceptibility contributes to abnormal responses to perinatal infectious insults establishing a lower threshold for subsequent stress-triggered events. Confirmation by replication in independent BD cohorts is warranted. Characteristics of illness severity, immune phenotypes and detailed annotation of type, intensity, frequency and time of stress exposure should be documented in future studies involving large cohorts. Additionally, the development of animal models in conformity with the presented model would facilitate better understanding of the precise mechanisms involved by allowing specific manipulation of genetic and environmental conditions. These approaches may allow the identification of both biological and clinical prodromal manifestations and consequently lead to preventive strategies and novel therapeutic targets

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Eyer, Pierre-André. "Modes de reproduction et diversité génétique chez les fourmis du genre Cataglyphis." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209190.

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Abstract:

Les insectes sociaux représentent le paradigme de la vie coopérative dans le règne animal. Ceci repose sur l’existence d’une division des activités reproductrices entre des individus reproducteurs (les reines et les mâles) et une majorité d’ouvrières sacrifiant leurs propres potentialités reproductives pour assurer l’essentiel des tâches logistiques nécessaires à l’essor des sociétés. Chez les Hyménoptères sociaux, l’analyse comparative des stratégies de reproduction révèle que la structure monogyne (une reine par société) et monandre (un seul accouplement par reine) est l’état ancestral des sociétés. Cette structure favorise une corrélation génétique élevée entre les ouvrières et le couvain qu’elles élèvent et, par conséquent, leur succès reproductif global (inclusive fitness). Cependant, un nombre croissant d’études génétiques montre que la structure des sociétés peut fortement s’éloigner de ce pattern. Ceci est particulièrement manifeste chez les fourmis, lesquelles présentent un très large polymorphisme social se traduisant par une grande variabilité du nombre de femelles reproductrices au sein des sociétés. Les formicidés sont également remarquables par la diversité de leurs modes de reproduction. Cette diversité concerne la fréquence des accouplements (monandrie/polyandrie) ou encore l’exploitation conditionnelle des modes de reproductions sexuée et asexuée. Chez quelques espèces, les futures reines sont en effet produites par parthénogenèse (elles sont des quasi-clones de leur mère), alors que les ouvrières sont issues d'une reproduction sexuée classique. Cette stratégie exceptionnelle permet aux reines d'accroître le taux de transmission de copies de leurs gènes dans la descendance, tout en conservant les bénéfices d'une diversité génétique dans la force ouvrière. Cette grande diversité de structures sociales et de modes de reproduction suggère l’action de nombreuses pressions sélectives. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse de doctorat visent à déterminer les facteurs responsables du large polymorphisme social et des nombreux modes de reproduction observés chez les fourmis désertiques du genre Cataglyphis. Ils sont articulés autour de deux axes principaux.

Les analyses phylogénétiques montrent que la polyandrie est ancestrale au sein du genre Cataglyphis. Le premier axe de ce travail a pour but d’étudier les causes évolutives justifiant le maintien d’un tel système de reproduction au sein de ce genre. Ce travail porte sur les avantages d’une diversité génétique accrue parmi les ouvrières. Une telle diversité génétique permettrait notamment d'accroître le polymorphisme de taille des ouvrières et l'efficacité de la division du travail [Chapitre 1], ou la résistance aux pathogènes de la force ouvrière [Chapitre 2]. [1] Ce premier travail a été réalisé sur Cataglyphis cursor, une espèce strictement monogyne et polyandre. Les résultats de cette étude révèlent une très grande fidélité des ouvrières à la tâche. Ils montrent l’existence d’une association significative entre la tâche réalisée par une ouvrière et sa lignée paternelle, ainsi qu’entre la taille des ouvrières et la tâche effectuée. [2] Le second travail de cette thèse a été réalisé chez C. mauritanica. Nos résultats montrent que la résistance aux pathogènes diffère entre ouvrières issues de différentes lignées paternelles lorsque ces dernières sont isolées. Curieusement, cette différence s’estompe lorsque les lignées paternelles sont regroupées au sein des sociétés polyandres. Dès lors, la polyandrie permettrait d’homogénéiser l’immunité des sociétés. Nos données montrent cependant que la résistance des ouvrières à Metarhizium anisopliae n’est pas corrélée à la diversité génétique de la colonie ou au nombre d’accouplements des reines.

Le second axe de ce travail porte sur les stratégies de reproduction remarquables observées chez les espèces de Cataglyphis appartenant au groupe altisquamis :C. velox, C. mauritanica, C. humeya et C. hispanica. Ces espèces partagent une stratégie unique dans le règne animal, appelée hybridogénèse sociale. L’hybridogénèse classique est un système reproductif dans lequel les parents issus de lignées génétiques distinctes s’hybrident. Alors que les génomes maternels et paternels sont exprimés dans la lignée somatique des descendants, le génome paternel est systématiquement écarté de la lignée germinale. En conséquence, seul le génome maternel est transmis aux générations futures. Dans le schéma d’hybridogénèse sociale reporté dans ces travaux, les reines s’accouplent systématiquement avec un mâle originaire d’une lignée génétique distincte. Elles utilisent la reproduction sexuée pour la production d’une caste ouvrière stérile intégralement hybride (analogue à la lignée somatique) et la reproduction asexuée par parthénogénèse pour la production des castes reproductrices mâles et femelles (analogues à la lignée germinale). Dans ce système, bien que les génomes paternels et maternels soient exprimés dans la caste ouvrière, seul le génome maternel est transmis aux descendants reproducteurs [Chapitre 3]. Le groupe altisquamis est représenté par plusieurs espèces au sein desquelles deux lignées génétiques s’hybrident systématiquement pour la production de la caste ouvrière. Le dernier chapitre de cette thèse [4] est une analyse phylogéographique des espèces de ce groupe dans la péninsule ibérique. Les résultats confirment l’existence d’une seule paire de lignées génétiques au sein de chaque espèce. Ces résultats révèlent également une contradiction entre les marqueurs nucléaires et mitochondriaux traduisant la complexité du système reproductif. Ces travaux soulignent l’ambiguïté des relations phylogéniques entre espèces d’un tel système et discutent de son implication dans la spéciation des espèces hybridogénétiques.

Social insects represent the most extreme form of cooperative life in the animal kingdom. This is based on the existence of a division of reproductive activities between the reproductive individuals (queens and males) and a majority of workers performing all logistical tasks at the expense of their own reproduction. In social Hymenoptera, comparative analysis of reproductive strategies reveals that colonies headed by a single mated queen (monogyny/monoandry) is the ancestral structure of colonies. This structure provides a high genetic correlation between the workers and the brood they raise and, therefore, their overall reproductive success (inclusive fitness). However, an increasing number of genetic studies reveal that the reproductive structure of colonies can strongly differ from this pattern. This is particularly obvious in ants, which have a very large social polymorphism resulting in a large variability in the number of reproductive females within colonies. The Formicidae are also remarkable for the diversity of their modes of reproduction. This diversity relates to mating frequency (monoandry/polyandry) or conditional use of sexual and asexual reproduction. In some species, new queens are produced by parthenogenesis (they are almost clones of their mothers), while the workers arise from a classical sexual reproduction. By using alternative modes of reproduction for queen and worker castes, queens can increase the transmission rate of their genes to their reproductive female offspring while maintaining genetic diversity in the worker population. This high diversity of social structures and modes of reproduction suggests the occurrence of many selective forces. This thesis aimed at determining environmental and genetic factors responsible for the large social polymorphism and the high diversity of reproductive modes display by Cataglyphis desert ants. This thesis is divided into two main parts.

Phylogenetic analyses show that polyandry is ancestral across the genus Cataglyphis. The first part of this thesis examines the genetic hypothesis to account for the evolution and maintenance of multiple mating by queen in this genus. This work focuses on the benefits of increased genetic diversity among workers. Such genetic diversity may increase the size polymorphism of the worker force and improve efficiency of the division of labor [Chapter 1] or increase pathogen resistance of the colony [Chapter 2]. In Chapter 1, the genetic hypothesis to enhance efficiency of division of labor was tested on Cataglyphis cursor, a strictly monogynous and polyandrous species. The results reveal a great fidelity in task performance by workers. They reveal a significant association between patriline and task preference: workers belonging to different patrilines differ in their propensity to perform a given task. We also found that worker size is closely associated with task specialization. The second work of this thesis [Chapter 2] was performed in C. mauritanica. Our results show that resistance to pathogens differs between workers from different patrilines when patrilines are raised separately. Surprisingly, this difference disappears when the patrilines are grouped within polyandrous colonies. Therefore, polyandry would standardize the overall resistance of colonies. Consistent with this result, our data show a positive association between the number of matings by the queens and colony resistance to Metarhizium anisopliae.

The second part of this thesis expounds the unorthodox reproductive strategies observed in species belonging to the group Cataglyphis altisquamis: C. velox, C. mauritanica, C. hispanica and C. humeya. These species share a unique strategy in the animal kingdom, called social hybridogenesis. Hybridogenesis is a sexual reproductive system, whereby parents from different genetic origin hybridize. Both the maternal and paternal genomes are expressed in somatic tissues, but the paternal genome is systematically excluded from the germ line, which is therefore purely maternal. Consequently, only the maternal genome spread across generations. Here, we report a unique case of hybridogenesis at a social level. Queens mate exclusively with males originating from a different genetic lineage than their own to produce hybrid workers, while they use parthenogenesis to produce the male and female reproductive castes. In consequences, all sterile workers (somatic line) are sexually produced hybridogens, whereas sexual forms (germ line) are clonally produced. Thus, only maternal genes are perpetuated across generations [Chapter 3]. The group C. altisquamis is represented by several hybridogenetic species in which two highly divergent genetic lineages co-occur, despite their constant hybridization. The last chapter of this thesis [Chapter 4] is a phylogeographic analysis of C. altisquamis species in the Iberian Peninsula. Our results confirm the existence of a single pair of genetic lineages within each species. Our results also reveal strong incongruences between nuclear and mitochondrial markers that reflect the reproductive system complexities. These studies reveal phylogenetic ambiguities among these hybridogenetic species and discuss the involvement of such unconventional system in speciation process.

Doctorat en Sciences
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Morin, Ricardo. "Diversité et structure génétique des populations de noyer cendré, Juglans cinerea L." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0014/MQ41968.pdf.

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Mérette, David. "Diversité génétique et morphologique des hybrides asexués Fundulus diaphanus X F. heteroclitus." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26112/26112.pdf.

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Abstract:

La présence d’hybrides asexués gynogénétiques entre Fundulus diaphanus et F. heteroclitus à deux sites en Nouvelle-Écosse (Porter’s Lake et Saint-Mary’s River) est documentée dans la littérature. Un échantillonnage aléatoire de Fundulus à douze stations le long du gradient de salinité de Porter’s Lake et le génotypage à l’aide de huit marqueurs microsatellites a permis de découvrir la présence d’un clone principal et de ses dérivés mutationnels, constituant ensemble 97% des hybrides. D’autre part, une méthode d’identification morphologique des F. diaphanus, des F. heteroclitus et des hybrides basée sur un algorithme de vraisemblance maximale a été élaborée pour utilisation sur le terrain, permettant une diagnose rapide et efficace à plus de 90%. Une grande variabilité morphologique des hybrides a été observée à l’aide de la morphométrie géométrique. Finalement, la vaste répartition d’un clone principal et de ses dérivés mutationnels, morphologiquement variables, laisse supposer la présence un génotype généraliste à Porter’s Lake.
Presence of asexual hybrids between Fundulus diaphanus and F. heteroclitus at two sites in Nova Scotia (Porter’s Lake and Saint-Mary’s River) has been documented in the literature. Random sampling of Fundulus along the salinity gradient of Porter’s Lake and genotyping using eight microsatellite markers revealed one main clone and its mutational derivatives in the lake, representing 97% of hybrids encountered. Also, a novel method of morphological identification of F. diaphanus, F. heteroclitus and hybrids based on a maximum likelihood algorithm has been elaborated for fieldwork purposes, allowing a quick, over 90% efficient, way to diagnose the three Fundulus types. Morphological analyses performed using geometric morphometrics also revealed that hybrids were no less variable morphologically than parental species. Finally, the presence of one main clone in different salinities and an important morphological variability suggest the presence of a General-Purpose Genotype in Porter’s Lake.

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Taïbi, Amel. "Analyse de la diversité génétique des souches de Lactococcus Lactis ssp. cremoris." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27985/27985.pdf.

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Navarro, Élisabeth. "Diversité du genre Nitrobacter : structure génétique d'une population naturelle d'un écosystème aquatique." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10011.

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Abstract:

La nitrification, étape clé du cycle de l'azote est essentiellement le fait de micro-organismes autotrophes. Dans le sol, seul le genre Nitrobacter est capable de transformer le nitrite en nitrate. Cette fonction spécifique a été largement étudiée, alors que les populations microbiennes responsables sont peu connues. Ce travail constitue une première tentative d'étude de la diversité du genre Nitrobacter, en vue d'établir la structure génétique des populations naturelles. Il a tout d'abord nécessité la mise en place d'outils moléculaires adaptés à cette bactérie à croissance lente. Les études taxonomiques ont permis de confirmer l'appartenance du genre Nitrobacter à la subdivision α des protéobactéries et de répartir, les souches étudiées, en 3 espèces génomiques : l'espece N. Winogradskyi où l'existence de 3 sous-espèces génomiques a été mise en évidence pour la première fois, l'espèce N. Hamburgensis et l'espèce génomique 2, jamais décrite auparavant. Les souches de Nitrobacter ont été caractérisées par différentes techniques. Les résultats obtenus ont mis en évidence une diversité intraspécifique et ont permis de proposer un protocole de caractérisation. Une étude de la diversité de la population naturelle de Nitrobacter d'un étang de Dombes a été réalisée. Cette population se divise en 3 sous-populations : une sous-population caractéristique de l'eau, une sous-population caractéristique des sédiments et une sous-population non spécifique du milieu. La structure des populations plasmidiques révèle aussi une différence entre l'eau et les sédiments. En effet, un plasmide de 60 MDa a été mis en évidence dans une souche isolée de l'eau et un plasmide de 37 MDa dans 13 souches isolées des sédiments. La présence du plasmide de 37 MDa n'est pas liée à une sous-population mais à une localisation, les sédiments. Nous pouvons penser que ce plasmide confère aux souches le possédant une capacité d'adaptation à ce milieu

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Patin, Etienne. "Influences du mode de vie sur la diversité génétique des populations humaines." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066214.

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Abstract:

Afin de tester si les changements de mode de vie des populations humaines ont modifié leur démographie et les pressions sélectives qu’elles ont subies, j’ai porté mes recherches sur deux modèles différents. Premièrement, l’étude de la diversité génétique mondiale de NAT2 - une enzyme qui détoxique un large spectre de xénobiotiques - a montré que sa forme non fonctionnelle a été sélectionnée positivement chez les populations agricultrices au cours des 6500 dernières années. Deuxièmement, l’étude de la variation génétique non-codante des populations de chasseurs-cueilleurs Pygmées et d’agriculteurs d’Afrique a permis de déterminer leur histoire démographique approximative. En tenant compte de cette histoire, nous avons ensuite étudié les pressions sélectives agissant dans ces populations sur des récepteurs essentiels de l’immunité innée, les TLRs. De manière générale, nous avons montré que le mode de vie de l’homme a eu un impact majeur sur sa diversité génétique non-codante et codante.

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Lapierre, Marguerite. "Extensions du modèle standard neutre pertinentes pour l'analyse de la diversité génétique." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066395/document.

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Abstract:

Cette thèse se place dans le cadre de l'analyse des forces évolutives qui génèrent les polymorphismes et les divergences entre les génomes d'une même espèce. Le cadre théorique utilisé dans la majorité des domaines de l'évolution moléculaire est la théorie neutraliste, proposée par Motoo Kimura en 1968. Ce modèle est caractérisé par les hypothèses de neutralité, de taille constante de la population étudiée, et de panmixie. Dans un premier temps nous avons cherché à comprendre comment ce cadre théorique est utilisé en pratique et quelles peuvent être les conséquences de ces hypothèses sur les inférences et les prédictions faites dans ce cadre théorique. Pour cela nous avons mené deux études confrontant des données à des méthodes existantes d'inférence démographique. Une première étude a montré que les méthodes utilisées fréquemment pour l'inférence démographique microbienne, basées sur la reconstruction d'un arbre phylogénétique unique, sont biaisées par la sélection, la recombinaison et les biais d'échantillonnage. Nous avons ensuite comparé plusieurs méthodes d'inférence démographique en les appliquant à une population humaine africaine, les Yoruba. Cette étude a montré les limites d'une méthode existante, et elle illustre le problème d'identifiabilité des histoires démographiques lorsque l'inférence est basée sur le spectre de fréquence. Enfin, dans un troisième temps nous avons analysé plusieurs jeux de données de polymorphisme génétique avec un modèle de référence alternatif à coalescences multiples avec démographie. Nous avons comparé comment le modèle de référence actuel et ce modèle alternatif pouvaient expliquer les données observées de diversité génétique
The general setting of this thesis is the analysis of evolutionary forces that generate polymorphisms and divergence between genomes within a species. The theoretical framework used in the majority of disciplines of molecular evolution is the neutral theory, formulated by Motoo Kimura in 1968. This model is characterized by the hypotheses of neutrality, constant population size and panmixia. First, we investigated how this theoretical framework is used in practice and what are the consequences of these hypotheses on the inferences and predictions made in this framework. To this end, we carried out two studies confronting existing demographic inference methods with data. A first study demonstrated that methods frequently used for bacterial demographic inference, based on a single reconstructed phylogenetic tree, are biased by selection, recombination and sampling bias. We then compared several demographic inference methods, by applying them to an African human population, the Yoruba. This study showed the limits of an existing method, and illustrates the issue of identifiability of demographic histories, when the inference is based on the site frequency spectrum. Finally, in a third study we analyzed several genetic polymorphism datasets with an alternative reference model comprising multiple mergers and demography. We compared how the current reference model and this alternative model can explain the observed genetic diversity

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Lapierre, Marguerite. "Extensions du modèle standard neutre pertinentes pour l'analyse de la diversité génétique." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066395.

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Abstract:

Cette thèse se place dans le cadre de l'analyse des forces évolutives qui génèrent les polymorphismes et les divergences entre les génomes d'une même espèce. Le cadre théorique utilisé dans la majorité des domaines de l'évolution moléculaire est la théorie neutraliste, proposée par Motoo Kimura en 1968. Ce modèle est caractérisé par les hypothèses de neutralité, de taille constante de la population étudiée, et de panmixie. Dans un premier temps nous avons cherché à comprendre comment ce cadre théorique est utilisé en pratique et quelles peuvent être les conséquences de ces hypothèses sur les inférences et les prédictions faites dans ce cadre théorique. Pour cela nous avons mené deux études confrontant des données à des méthodes existantes d'inférence démographique. Une première étude a montré que les méthodes utilisées fréquemment pour l'inférence démographique microbienne, basées sur la reconstruction d'un arbre phylogénétique unique, sont biaisées par la sélection, la recombinaison et les biais d'échantillonnage. Nous avons ensuite comparé plusieurs méthodes d'inférence démographique en les appliquant à une population humaine africaine, les Yoruba. Cette étude a montré les limites d'une méthode existante, et elle illustre le problème d'identifiabilité des histoires démographiques lorsque l'inférence est basée sur le spectre de fréquence. Enfin, dans un troisième temps nous avons analysé plusieurs jeux de données de polymorphisme génétique avec un modèle de référence alternatif à coalescences multiples avec démographie. Nous avons comparé comment le modèle de référence actuel et ce modèle alternatif pouvaient expliquer les données observées de diversité génétique
The general setting of this thesis is the analysis of evolutionary forces that generate polymorphisms and divergence between genomes within a species. The theoretical framework used in the majority of disciplines of molecular evolution is the neutral theory, formulated by Motoo Kimura in 1968. This model is characterized by the hypotheses of neutrality, constant population size and panmixia. First, we investigated how this theoretical framework is used in practice and what are the consequences of these hypotheses on the inferences and predictions made in this framework. To this end, we carried out two studies confronting existing demographic inference methods with data. A first study demonstrated that methods frequently used for bacterial demographic inference, based on a single reconstructed phylogenetic tree, are biased by selection, recombination and sampling bias. We then compared several demographic inference methods, by applying them to an African human population, the Yoruba. This study showed the limits of an existing method, and illustrates the issue of identifiability of demographic histories, when the inference is based on the site frequency spectrum. Finally, in a third study we analyzed several genetic polymorphism datasets with an alternative reference model comprising multiple mergers and demography. We compared how the current reference model and this alternative model can explain the observed genetic diversity

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Lippé, Catherine. "Conservation génétique du chevalier cuivré (Moxostoma hubbsi) : effet tampon du temps de génération sur l'érosion de la diversité génétique." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23329/23329.pdf.

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Abstract:

La constante hausse d’activités humaines, provoquant la destruction des habitats naturels, a mené à l’extinction de plusieurs espèces. La diversité génétique jouant un rôle primordial dans le potentiel évolutif d’une espèce, la conservation génétique fournit de plus en plus d’outils pour préserver la biodiversité. Le Chevalier cuivré (Moxostoma hubbsi), espèce menacée exclusive au Québec, a une distribution extrêmement restreinte, limitée à la Rivière Richelieu et à une courte section du fleuve Saint-Laurent. Etonnamment, cette population unique et vieillissante possède un niveau de diversité génétique très élevé sans signe apparent de consanguinité, alors que son histoire démographique récente ainsi que les divers estimés de taille effective suggèrent un déclin graduel échelonné sur une longue période temporelle. Les résultats de ce mémoire mettent en évidence le potentiel des données génétiques dans un plan de rétablissement et identifient certains facteurs pouvant influencer l’impact génétique d’une réduction de taille chez les espèces à long temps de génération.
Increasing human activities have caused destruction and fragmentation of natural habitats, leading to the extinction of many species. Since genetic diversity plays an important role in the evolutionary potential of a species, conservation genetics is increasingly providing adequate tools needed towards the preservation of biodiversity. The Copper redhorse (Moxostoma hubbsi), an endangered species of Québec, has an extremely restricted distribution, limited to the Richelieu River and a short section of the St.Lawrence River. Surprisingly, this unique and ageing remaining population exhibits a high level of genetic diversity without sign of inbreeding, where recent demographic history and effective population size estimates suggest a gradual demographic decline scaled on a large time period. Our results clearly demonstrate the potential of genetic data towards effective conservation, as well suggesting that long generation times may act as a buffering effect contributing to reduce the pace of genetic diversity erosion in threatened species.

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Dissertations / Theses on the topic 'Diversité génétique'

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