Dissertations / Theses: 'Double hybride en levure'

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Albert, Annik. "Mise au point d'un criblage double-hybride nucléaire chez la levure pour l'antigène tumoral CA125." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2005. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3384.

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Abstract:

Le cancer de l’ovaire est le plus mortel des cancers gynécologiques. CA125 est le marqueur de progression utilisé pour effectuer le suivi des patientes atteintes de ce dernier. La protéine CA125 est surexprimée au niveau des tissus ovariens tumoraux, mais elle est non détectable avec les moyens d'aujourd'hui au niveau des tissus ovariens normaux. CA125 est une protéine dont les fonctions demeurent inconnues sinon hypothétiques. Dans notre laboratoire, la recherche est axée sur la détermination des fonctions de l’antigène tumoral CA125. Pour cela un projet de maîtrise précédent au miens a permis la mise au point d’un outil nommé anticorps monovalent modifié (ScFv) dans une lignée de cellules tumorales de l’ovaire. Cet outil permet la liaison de la protéine cible, dans notre cas CA125, et empêche sa localisation physiologique à la membrane, éliminant ainsi sa fonction dans la cellule ciblée. Grâce à cet outil, quelques rôles potentiels ont pu être proposés. CA125 aurait des implications dans la prolifération, l’adhésion cellule-cellule, la résistance à l’apoptose et la migration des cellules tumorales de l’ovaire. Pour étudier cette protéine d’un point de vue moléculaire, mon projet principal consistait à effectuer un criblage double-hybride nucléaire chez la levure pour découvrir des interactions protéiques à une échelle cellulaire. En parallèle, l’utilisation de la méthode d’immunoprécipitation avec des cellules tumorales de l’ovaire en tant que projet secondaire avait pour but de vérifier des voies de signalisation spécifiques. Grâce aux résultats précédents obtenus par des expériences antérieures dans le laboratoire ainsi qu'à ceux obtenus pour d’autres mucines, certaines voies de signalisation démontraient un potentiel intéressant pour l’implication de la protéine CA125. Par des expériences d'immunoprécipitation, nous avons découvert que des complexes protéiques contenant la protéine E-cadhérine et la protéine β-caténine contiennent aussi CA125. Ces protéines sont impliquées dans la prolifération et l’adhésion cellulaire. Certaines fonctions hypothétiques de CA125 sont reliées à ces processus cellulaires, c’est-à-dire l’adhésion cellule-cellule et la prolifération cellulaire. Ces interactions protéiques permettront de mieux comprendre l’implication de CA125 dans ces processus cellulaires. Mon projet principal était la mise au point d’un double-hybride nucléaire chez la levure. Pour y parvenir, nous avons dû modifier les protocoles proposés normalement pour ce type de double-hybride. Nous avions choisi d’effectuer notre criblage avec le domaine cytoplasmique de CA125. Par contre, étant donné que ce domaine est très court seulement 31 a.a., le domaine transmembranaire de CA125 a été ajouté au premier domaine mentionné pour favoriser une conformation protéique adéquate. Le domaine cytoplasmique de CA125 a été choisi pour tenter de mieux comprendre d’un point de vue moléculaire les voies de signalisation dans lesquelles cet antigène tumoral est impliqué. Lors du premier essai pilote de double-hybride effectué, nous avons repêché une protéine qui interagit probablement de manière non spécifique avec CA125 selon des statistiques recueillies lors de criblages pour d’autres protéines transmembranaires. Pour remédier à ce problème majeur, nous avons recherché la source de ce problème. Nous avons alors réalisé que les levures utilisées n’étaient pas les Saccharomyces cerevisiae PJ69-4A que nous avions choisies pour effectuer notre double-hybride. Par la suite, les levures ont été maintenues sur des milieux sélectifs pour les PJ69-4A, c’est-à-dire en absence de lysine (Lys -). Pour parvenir à obtenir des colonies positives lors de la transformation de l’ADN de la librairie avec notre construction, il nous a fallu amplifier les transformants en milieu liquide toute la nuit en sélectionnant pour les vecteurs et la levure. Une fois les transformants amplifiés, nous avons obtenu des candidats potentiels qui ont franchi les différentes étapes de sélection du double-hybride. D’autres techniques ont dû être adaptées à nos besoins pour parvenir à mettre au point notre double-hybride nucléaire chez la levure pour notre protéine transmembranaire. Grâce à ces efforts, certains candidats ont été séquencés et la première protéine découverte par ce criblage est RNF5 (ring finger protein 5). Cette dernière est impliquée dans la régulation de la motilité cellulaire. CA125 semble être aussi impliqué dans ce processus. Il est alors possible de relier CA125 à RNF5. Ce premier résultat nous suggère que nous avons réussi à mettre au point un double-hybride nucléaire chez la levure pour l’antigène tumoral CA125.

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LAMOTHE, BETTY. "Le recepteur de l'insuline : etudes employant l'invalidation de gene chez la souris et le systeme du double-hybride chez la levure." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066276.

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Abstract:

Nous avons invalide le gene du recepteur de l'insuline (ri) chez la souris par recombinaison homologue et analyse les alterations phenotypiques qui en resultent. Les souriceaux ri (-/-) sont d'apparence normale a la naissance montrant que ri n'est pas indispensable durant la vie foetal. Toutefois, la defaillance de la signalisation par ri conduit rapidement a une hyperglycemie extreme, une hyperinsulinemie et une hyperlipidemie conduisant a un diabete avec acidocetose et steatose hepatique et a la mort des animaux dans la semaine qui suit leur naissance. Le recepteur des igfs (insulin-like growth factors) de type i (rigf-i) ne represente donc qu'un recepteur alternatif partiel pour l'action metabolique de l'insuline, apres la naissance. Nous avons derive une lignee fibroblastique a partir des souriceaux depourvus de ri et montre que rigf-i active par son ligand homologue igf-i ou par l'insuline peut conduire a la stimulation de l'entree du glucose, a l'incorporation du glucose dans le glycogene et a l'incorporation de la thymidine dans l'adn ainsi qu'a l'activation de la pi 3-kinase et de la map kinase. Rigf-i possede donc clairement un potentiel metabolique et pourrait realiser certaines actions de l'insuline. Toutefois, les courbes dose-reponses pour l'effet mitogenique avec l'igf-i ou l'insuline indiquent que les differents couples ligand/recepteur ne seraient pas equivalents. Nous avons par ailleurs etudie l'interaction directe de la sous-unite regulatrice p85 de la pi 3-kinase avec la chaine de ri et de rigf-i dans le systeme du double hybride chez la levure. Ce travail a permis de mettre en evidence des differences qualitatives et quantitatives dans l'interaction de p85 avec ri et rigf-i. L'interaction differentielle de proteines effectrices avec ces deux recepteurs pourrait contribuer a la specialite de signalisation. Nous n'avons pas pu mettre en evidence d'interaction directe des domaines sh2 de deux autres proteines effectrices, syp et gap, avec ri ou rigf-i dans ce systeme.

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Gombault, Aurélie. "Etude de la régulation d'une protéine GAP de Ras de la levure à l'homme." Phd thesis, Université d'Orléans, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00387553.

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Abstract:

La neurofibromatose de type 1 est une maladie génétique fréquente puisqu'elle touche 1 individu sur 3500. Le gène responsable de la maladie a été identifié et code pour une protéine, la neurofibromine (Nf1), exprimée de manière ubiquitaire mais plus abondamment dans les neurones, les astrocytes, les cellules de Schwann et les oligodendrocytes. Il est un enjeu de taille de comprendre la régulation de cette protéine. Une étude modèle a été développée chez la levure afin de caractériser les bases moléculaires de l'interaction entre l'homologue de Nf1, Ira2p, et une protéine qui l'inhibe, Tfs1p. Cette étude a permis d'identifier les régions de Tfs1p importantes pour l'interaction à savoir l'extrémité N-terminale, la cavité de surface, ainsi qu'une région électropositive contenant ces deux déterminants. Nous nous sommes intéressés ensuite au rôle physiologique de Tfs1p dans les cellules. Des études systématiques ont suggéré un rôle prédominant de l'inhibition d'Ira2p dans des conditions de surproduction de Tfs1p. Ce rôle a été précisé et nous avons montré que Tfs1p participait, via cette inhibition, à la boucle de rétrocontrôle négatif de la réponse au stress. Sur la base de cette étude, nous avons cherché à savoir si l'interaction Ira2p/Tfs1p était conservée chez l'homme entre Nf1 et RKIP, homologue de Tfs1p. Nous avons en parallèle développé un crible double hybride sur Nf1 dans une banque d'ADNc de cerveau humain afin de mettre en évidence de nouveaux régulateurs de ses fonctions. 1464 candidats positifs ont été isolés. Actuellement, sur 8% de candidats identifiés 3 partenaires intéressants ont déjà pu être mis en évidence.

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POIREY, REMY. "Utilisation de la genetique reverse et du systeme double-hybride pour l'analyse fonctionnelle de nouveaux cadres de lecture chez la levure saccharomyces cerevisiae." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2000. http://www.theses.fr/2000STR13126.

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Abstract:

La cellule est une machinerie complexe et la connaissance de la totalite de l'information genetique qu'elle contient constitue la premiere etape vers la comprehension globale de son fonctionnement. Nous avons sequence 72971 pb du chromosome xv de la levure saccharomyces cerevisiae dans le cadre du programme europeen de sequencage systematique du genome. Nous avons ainsi identifie 47 genes potentiels dont 21 etaient inconnus mais partagent des similarites avec des genes connus et 6 n'ont de similarite avec aucun gene deja repertorie. Ce programme a revele que la fonction de 31% des 6142 orfs de s. Cerevisiae etait totalement inconnue. Nous avons entame l'analyse fonctionnelle de six nouveaux genes en combinant l'analyse informatique, les methodes de la genetique, et les techniques du double-hybride et de fluorescence. Des mutants de deletion pour les orfs ygl047w et ygl061c nous ont montre qu'elles correspondaient a des genes letaux. Ygl047w est un gene conserve dans differents organismes au cours de l'evolution, il code probablement pour une fonction de base de la cellule. Nous n'avons pas observe de phenotype associe a la deletion des orfs ygl053w, ygl051w et ygl050w. De plus nous avons apporte plusieurs arguments en faveur d'une location des proteines ygl053w et ygl051w, membres de la famille dup 2 4 0, au niveau de la membrane plasmique. Notre mutant de deletion pour l'orf ygl064c est deficient dans la respiration et a perdu son adn mitochondrial. Chez le sauvage la proteine ygl064c est localisee dans la mitochondrie. Ygl064c presente une forte homologie de sequence avec les arn helicases de la famille dead. Ygl064c serait donc une arn helicase mitochondriale necessaire au maintien de l'adn mitochondrial.

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Basmaji, Mohamed Fadi. "Caractérisation de la protéine Knr4 et recherche de ses partenaires fonctionnels pour la compréhension de son rôle dans la synthèse pariétale chez la levure Saccharomyces cereviasiae." Toulouse, INSA, 2005. http://www.theses.fr/2005ISAT0037.

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Abstract:

La paroi de Saccharomyces cerevisiae est une structure protectrice extracellulaire dont la synthèse est contrôlé par une voie de signalisation cellulaire MAPkinase. Au sein de cette voie, la protéine Knr4 jouerait un rôle dans la coordination de la synthèse de paroi avec l'émergence du bourgeon et la croissance cellulaire. Cette protéine, dont le gène correspondant avait initialement été cloné par complémentation d'un mutant résistant à la toxine killer K9, a fait l'objet d'une étude fonctionnelle. Dans un premier temps, nous avons présenté des arguments expérimentaux suggérant que cette protéine présente une structure secondaire et tertiaire atypique, et qu'elle fait partie d'un complexe protéique. En appliquant des techniques génétiques (létaux synthétiques, double-hybride) et biochimiques (purification des protéines par affinité en tandem), nous avons pu établir une carte d'un réseau de l'interaction "in vivo" de cette protéine. L'ensemble des partenaires protéiques identifiés ont confirmé que cette protéine intervenait dans deux processus biologiques majeurs : la synthèse de la paroi et l'établissement de la polarité de la cellule. Enfin, nous avons montré que la phosphorylation de deux résidus sérine (S200/S203) semble nécessaire pour obtenir une interaction optimale avec ses partenaires
The cell wall of Saccharomyces cerevisiae is a protectrice extracellular structure. Its synthesis is mainly under controlled by a MAP kinase signalisation pathway. Related to this pathway, the protein Knr4 implicated in the coordination of the cell wall synthesis with bud emergence. This protein, whose gene was originally isolated by complementation of a mutant resistant to the toxin killer K9, has been the subject of a functional study. First, we provided several experimental arguments suggesting that this protein displays an unfolded secondary and tertiary structure and takes part of a multiprotein complex. Secondly, by applying genetic (Synthetic lethal and Two-hybrid system) and biochemical techniques (Tandem affinity Purification) we established a map of an "in vivo" interaction network for this protein. The interaction identified show that Knr4p is associated to two major biological processes: the cell wall synthesis and the establishment of the cellular polarity/bud emergence. Furthermore, we showed that the phosphorylation of two serines residues (S200/S203) seems necessary to obtain an optimal interaction of this protein with its partners. Taken together, these results consolidates the notion that Knr4 is one of the proteic elements physically connecting the cell wall synthesis and the budding machinery during cell growth

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Klaus, (née Brückner) Anna. "Ineractomique d'enzymes clef du métabolisme énergétique : Charactérisation d'interactions de la protéine kinase activée par AMP et de la creatine kinase cytosolique du cerveau (B-type)." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00801614.

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Abstract:

Une propriété clé des systèmes biologiques est la présence d'un réseau d'interactions protéiques, crucial pour toute fonction cellulaire comme par exemple la régulation du métabolisme énergétique. Deux enzymes clé impliquées dans cette régulation sont la créatine kinase (CK), dont la fonction consiste dans la gestion du stock et du transfert d'énergie, et la protéine kinase activée par l'AMP (AMPK), qui régule l'homéostasie énergétique au sein de la cellule et de l'organisme entier. Dans un premier temps un crible de double hybride en levure original fut appliquée afin d'identifier de nouveaux partenaires d'interaction de la CK cytosolique du cerveau (BCK) et de l'AMPK dans le cerveau humain. Différents candidats d'interaction furent identifiés, dont des protéines membranaires associées aux vésicules (VAMP) interagissant avec les deux kinases. L'interaction AMPK-VAMP fut confirmée par co-immunoprecipitation à partir de vésicules synaptiques, mais ne menait pas à la phosphorylation de VAMP, suggérant que VAMP recrute AMPK pour la régulation de processus d'endo- et d'exocytose. Une seconde stratégie combinant un essai d'interactions biophysique, basé sur la résonance plasmonique de surface (SPR), avec des essais de phosphorylation in vitro permit la sélection de cibles AMPK isoforme spécifique. Une de ces cibles fut la fumarate hydratase, dont la phosphorylation préférentielle par l'AMPK221 provoque une augmentation de l'efficacité enzymatique in vitro. Finalement, une classe de candidats d'interaction, les glutathion S-transferases GSTM1 et -P1, fut caractérisée en détail par un panel de méthodes d'interactomique (SPR, double hybride, co-immunoprécipitation). Cette étude les identifie comme interacteurs fiables à haute affinité ainsi que nouveaux substrats de l'AMPK. Dans le cas de GSTP1 la phosphorylation par AMPK provoque une augmentation de son activité enzymatique suggérant un rôle direct de la signalisation par AMPK dans la défense contre le stress oxydatif.

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Ramirez, Rios Sacnicte. "La protéine kinase activée par AMP : Criblage de nouveaux substrats membranaires et phosphorylation de la créatine kinase liée à une compartimentation subcellulaire." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00641109.

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Abstract:

Divers stimuli tels que l'ischémie, l'hypoxie et l'exercice peuvent induire la déplétion en ATP provoquant une déregulation de l'homéostasie énergétique. Cependant, les cellules disposant de mécanismes compensatoires pour contrebalancer et compenser le déficit de l'état énergétique cellulaire. Deux enzymes clés participent à la régulation du métabolisme énergétique cellulaire. La créatine kinase (CK) peut réagir immédiatement comme transporteur d'énergie. D'autre part la protéine kinase activée par l'AMP (AMPK), régule au niveau cellulaire et du corps en entier la livraison et la consommation d'énergie. Dans ce travail de thèse, les outils de base pour realiser un criblage des cibles de l'AMPK ont d'abord été mis en place. Ce sont les protocoles multidimensionnelles pour la purification de protéines par HPLC et le criblage in vitro de cibles membranaires de l'AMPK, dont le sous-fractionnement des membranes et la separation par électrophorèse de type blue native PAGE. Différents candidats potentiels de l'AMPK ont été obtenus, et deux ont été confirmés par phosphorylation in vitro. Ensuite, une interaction entre les deux enzymes, l'AMPK et la CK, a été confirmée pour la première fois in vitro et in vivo. L'AMPK phosphoryle la créatine kinase cytosolique du cerveau (BCK) sur la serine 6 in vitro et in vivo. Cette phosphorylation a été mis en evidance à l'aide de tests de phosphorylation et d'un anticorps généré spécifique de la phospho-Ser6. Le system de double hybride en levure a montré que cette phosphorylation est acompagné par une interaction transitoire impliquant spécifiquement l'AMPK active et BCK non phosphorylé. La phosphorylation médiée par AMPK n'affecte pas l'activité enzymatique de BCK mais localise la kinase dans le réticulum endoplasmique (RE) in vivo. Le travail presente dans ce manuscript confirme une interaction entre les deux enzymes clefs dans l'homeostasis energetique. La caracherization in vitro et in vivo de la phosphorylation de la BCK par l'AMPK suggère que l'AMPK regule probablement l'associattion de BCK aux compartements subcellulaires et pas l'activité enzymatique. Cette localisation est induite par l'AMPK en cas de stress énergetique et peut soutenir des processus fortement dépendant de l'ATP dans ce microenvironnement, comme par exemple le pompage de calcium.

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Mackichan, Calum. "Organization of secretion components in bacillus subtilis." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA112122.

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Abstract:

La membrane bactérienne a fait l'objet de nombreuses études de localisation de protéines et de phospholipides. Par fusion d’une protéine fluorescente (GFP) aux gènes d’intérêt, il est alors possible d‘observer la localisation des protéines associées par microscopie. La plupart de ces observations ont été réalisées à l’aide de microscopes dits à épifluorescence. Afin d’obtenir une qualité d’image suffisante, il était nécessaire de surexprimer la protéine observée, insérée à un locus ectopique non naturel. Ce travail de thèse a permis d’utiliser une nouvelle technologie acquise dans notre laboratoire, le microscope à fluorescence par réflexion totale interne (TIRFM), plus puissant que le microscope à épifluorescence utilisé précédemment. Cette technologie a permis une caractérisation plus détaillée de la localisation de protéines d’intérêt, placées sous contrôle de leur promoteur naturel. Il a également été possible de caractériser la dynamique des foci observés. Nous avons concentré notre étude sur 3 protéines: (i) SecA pour l’étude de la translocation des protéines du cytoplasme vers la membrane, (ii) YidC pour l’insertion des protéines dans la membrane, (iii) PgsA pour la synthèse des phospholipids. Les foci se déplacent dynamiquement et s’associent de manière transitoire dans la membrane. L’observation sur la durée de ces foci, et l’analyse de leur intensité moyenne au cours des observations, montre que SecA se déplace sur l’ensemble de la membrane de manière uniforme. L’analyse du déplacement des foci montre une relation quadratique entre la distance moyenne parcourue par les foci en fonction du temps. Ce résultat est en accord avec l’hypothèse d’un mouvement brownien des foci. Les foci sont observés dans les différentes phases de croissance des cellules, et le nombre de foci présents dans une cellule de la longueur de celle-ci. SecA-GFP a été testés dans un certain nombre de contextes génétiques. La localisation a été perturbée lors de la déplétion de pgsA. Cependant, comme PgsA est une protéine essentielle, il ne peut être exclu que ce changement de localisation apparaît des cellules qui sont mortes ou mourantes. Dans une souche mutante ΔclsA, on n’observe aucune différence dans la localisation de SecA en phase exponentielle, mais on aperçoit une relocalisation aux poles en phase stationnaire de croissance. La voie Tat est responsable du transport des protéines devant être exportées dans un état structuré, par exemple dans le cas de l’incorporation d’un co-facteur. À ce jour, la régulation du système Tat est peu connues, de même que les interactions entre les différentes sous-unités du système Tat et d'autres protéines dans le cytoplasme, dans la membrane ou dans la paroi cellulaire. Des fusions de les gènes de la voie Tat ont été co-exprimées deux à deux dans des cellules de levure, et leur capacité à interagir in vivo a été testée par la méthode dite du double hybride chez la levure. Nous avons généré un réseau d’interaction autour des cinq composants de système Tat. Pour déterminer les implications fonctionnelles des composants du réseau, nous avons travaillé en collaboration avec le laboratoire de Jan-Maarten van Dijl. Nous avons utilisé une collection de souches mutantes pour lesquels certains composants individuels du réseau ont été retires. Trois a été observe d’etre nécessaires pour la sécrétion Tat-dépendante. Nous avons étudié la localisation des fusions GFP avec ces proteins. On a observé une localisation double de HemAT selon l’état physiologique de la cellule. En phase exponentielle, les cellules de B. subtilis sont généralement présentes sous forme de chaînes dans lesquelles le septum de division a déjà été formé, mais la séparation cellulaire n'a pas encore eu lieu. Une fusion de la GFP à CsbC apparaît de façon homogène dans la membrane
In the years since the cloning of GFP, the field of bacterial cell biology has characterized a variety of specific protein localization patterns in the bacterial membrane. The vast majority of early subcellular localization studies made use of inducible GFP fusions, which generally required the presence of high concentrations of inducer, and can therefore be considered to be overexpressed. An outstanding question remains over the organization of natively expressed proteins in the membrane. Here, we have investigated the localization of functional GFP fusions to proteins catalyzing important membrane processes; the secretion motor protein SecA, the membrane insertase YidC1, and the essential phospholipid synthase PgsA using total internal reflection fluorescence microscopy (TIRFM). This allowed natively expressed proteins to be localized with temporal resolution that can capture their dynamics. We characterized dynamic complexes dispersed throughout the membrane displaying diffusive movement with no preferred trajectories. Further characterization focused upon identifying conditions in which the localization pattern was disturbed. A polar mislocalization was identified in a cardiolipin mutant strain. The yeast two-hybrid (Y2H) approach is a robust approach to detect binary interactions on a proteome-scale. We performed genome-wide Y2H screens as well as targeted Y2H analyses for specific interactions involving components of the Sec and Tat secretion machineries of B. subtilis, revealing an intricate protein-protein interaction network involving 71 proteins. Furthermore, three proteins identified in the Tat network, WprA, CsbC and HemAT, were shown to be important for effective protein secretion via the B. subtilis Tat system, indicating that our yeast two hybrid assays reveal biologically significant interactions involving membrane proteins. The studies provide a novel proteomic view on the interaction network of the secretion systems of B. subtilis

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Klaus, Anna. "Interactomique de kinases clefs du métabolisme énergétique : caractérisation d'interactions de la protéine kinase activée par l'AMP et de la créatine kinase." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENV063.

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Abstract:

A key property of complex biological systems is the presence of interaction networks crucial for all levels of cellular function, including the regulation of cellular energy. Two enzymes take center stage in the regulation of cellular and whole-body energy metabolism. Creatine kinase (CK) functions as an intracellular energy storage and transport system playing a crucial role in the acute response to increasing energy demands. AMP-activated protein kinase (AMPK) regulates cellular and whole-body energy delivery and consumption. We first applied an original cytosolic Y2H screen to identify new protein-protein interactions of cytosolic brain type CK (BCK) and AMPK in human brain. Various interaction candidates were identified, among them vesicle associated membrane proteins (VAMPs) interacting with both kinases. AMPK-VAMP interaction was confirmed by co-immunoprecipitation from synaptic vesicles, but did not lead to VAMP phosphorylation, suggesting that VAMP rather recruits AMPK for a regulation of exo- and endocytotic processes. A second strategy combining a biophysical interaction screen (Surface Plasmon Resonance, SPR) with an in vitro phosphorylation assay revealed rather AMPK isoform-specific targets. One is fumarate hydratase, which is preferentially phosphorylated by AMPK221, leading to an increase in enzyme activity in vitro. Finally, one class of interaction candidates, the glutathione S-transferases GSTM1 and -P1, were characterized in detail by a panel of interactomics methods (Y2H, SPR, co-immunoprecipitation) as reliable, high affinity interactors and identified as new AMPK substrates. In case of GSTP1, this leads to an increase in its enzymatic activity, suggesting a direct role of AMPK signaling in oxidative stress defense
Une propriété clé des systèmes biologiques est la présence d'un réseau d'interactions protéiques, crucial pour toute fonction cellulaire comme par exemple la régulation du métabolisme énergétique. Deux enzymes clé impliquées dans cette régulation sont la créatine kinase (CK), dont la fonction consiste dans la gestion du stock et du transfert d'énergie, et la protéine kinase activée par l'AMP (AMPK), qui régule l'homéostasie énergétique au sein de la cellule et de l'organisme entier. Dans un premier temps un crible de double hybride en levure original fut appliqué afin d'identifier de nouveaux partenaires d'interaction de la CK cytosolique du cerveau (BCK) et de l'AMPK dans le cerveau humain. Différents candidats d'interaction furent identifiés, dont des protéines membranaires associées aux vésicules (VAMP) interagissant avec les deux kinases. L'interaction AMPK-VAMP fut confirmée par co-immunoprecipitation à partir de vésicules synaptiques, mais ne menait pas à la phosphorylation de VAMP, suggérant que VAMP recrute AMPK pour la régulation de processus d'endo- et d'exocytose. Une seconde stratégie combinant un essai d'interactions biophysique, basé sur la résonance plasmonique de surface (SPR), avec des essais de phosphorylation in vitro permit la sélection de cibles AMPK isoforme spécifique. Une de ces cibles fut la fumarate hydratase, dont la phosphorylation préférentielle par l'AMPK221 provoque une augmentation de l'efficacité enzymatique in vitro. Finalement, une classe de candidats d'interaction, les glutathion S-transférases GSTM1 et -P1, fut caractérisée en détail par un panel de méthodes d'interactomique (SPR, double hybride, co-immunoprécipitation). Cette étude les identifie comme interacteurs fiables à haute affinité ainsi que nouveaux substrats de l'AMPK. Dans le cas de GSTP1 la phosphorylation par AMPK provoque une augmentation de son activité enzymatique suggérant un rôle direct de la signalisation par AMPK dans la défense contre le stress oxydatif

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BROCHERIOU, VALERIE. "- recherche de partenaires proteiques de la dystrophine dans le coeur et le cerveau par la technique du double hybride dans la levure - etude de l'apoptose dans differentes pathologies musculaires et cardiaque." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066593.

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Abstract:

La dystrophine, proteine impliquee dans la dystrophie musculaire de duchenne (dmd), et son complexe etablissent un lien entre la matrice extra- cellulaire et le cytosquelette du muscle squelettique. Mon travail s'est articule en deux parties : (i) la recherche de proteines associees a la dystrophine dans le tissu cerebral et cardiaque et (ii) l'etude de l'implication de l'apoptose dans differentes pathologies musculaires, dont la dmd. La dystrophine et ses partenaires possedent de nombreuses isoformes tissu- et developpement- specifiques. Cette panoplie s'enrichit encore de proteines apparentees a la dystrophine et de leurs isoformes. Neanmoins, en dehors du muscle squelettique, les partenaires de cette famille de proteines sont tres mal connus. Pourtant, une meilleure connaissance de l'agencement de ces proteines dans des tissus comme le coeur ou le cerveau, permettrait de mieux comprendre les defauts cardiaques et cognitifs associes a la dmd. Nous avons, dans un premier temps, recherche de nouveaux partenaires proteiques de la dystrophine dans ces deux tissus par la technique du double- hybride dans la levure. Ce travail nous a permis de valider in vivo l'interaction de l'1- syntrophine avec la dystrophine, de cloner la sequence humaine de l'1- syntrophine, et de preciser sa region d'interaction avec la dystrophine. Enfin, nous avons caracterise un nouveau potentiel partenaire de l'extremite carboxy- terminale de la dystrophine et de l'utrophine dans le cerveau. De nombreux travaux ont recemment rapporte l'existence d'un processus apoptotique dans le muscle mdx, modele murin de deficience en dystrophine, mais aussi dans de nombreuses autres pathologies musculaires comme la deficience en merosine, la denervation ou encore l'ischemie-reperfusion myocardique. Toutefois, l'intervention de ce processus dans la physiopathologie de ces affections n'etait pas demontree jusqu'a present. Nous avons developpe des lignees de souris transgeniques surexprimant la proteine humaine bcl- 2 specifiquement dans le muscle et le coeur, et teste la capacite de ce facteur anti- apoptotique a ameliorer, par une diminution de l'apoptose, le phenotype observe dans ces quatre pathologies. Les principaux resultats de cette etude sont les suivants : - bcl- 2 ne semble pas capable de proteger le muscle de l'atrophie musculaire induite par une denervation, malgre l'observation d'une baisse significative du nombre de noyaux en apoptose, suggerant que ce processus intervient peu dans le phenotype musculaire pathologique. - en revanche, la surexpression de cette proteine permet de reduire significativement l'etendue des lesions d'ischemie- reperfusion myocardiques induites par occlusion temporaire de l'artere interventriculaire anterieure de la souris. Cet effet protecteur est associe a une amelioration de la fonction cardiaque et a une diminution de l'apoptose. Ainsi, la composante apoptotique observee au cours de la phase aigue de l'infarctus du myocarde constitue-t-elle un reel enjeu therapeutique dans lequel le facteur bcl- 2 pourrait jouer un role essentiel.

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Nicol, Jérôme. "Nouveaux polyomavirus : épidemiologie et partenaires cellulaires des protéines mineures de capside du polyomavirus à cellules de Merkel." Thesis, Tours, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUR3803/document.

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Abstract:

Les polyomavirus sont des virus très prévalents dans la population générale. Chez les sujets immunodéprimés, quatre polyomavirus sont associés à des pathologies. Parmi ces virus, le MCPyV est quant à lui responsable du carcinome à cellules de Merkel. Son implication dans un cancer humain a conduit à un regain d’intérêt pour la famille des Polyomaviridae. Au cours de ma thèse, nous nous somme intéressés à l’épidémiologie de six nouveaux polyomavirus humains (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 et MWPyV). Ces études ont montré que ces virus sont très répandus dans la population générale et que les infections surviennent dès l’enfance. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux réactivités croisées entre polyomavirus humains et simiens phylogénétiquement proches. Nous avons montré qu’il existe des cross réactions entre le LPyV et l’HPyV9, entre le MCPyV et deux virus de chimpanzé (PtvPyV1 et PtvPyV2). Ces polyomavirus simiens ne circulent donc pas chez l’Homme. D’autre part, afin de mieux comprendre le cycle du MCPyV, nous avons initié l’identification des partenaires cellulaires de l’ensemble de ses protéines. Ce travail a tout d’abord été réalisé sur les protéines mineures de capside VP2/VP3. Des cribles en double hybride en levure ont permis d’identifier les partenaires cellulaires des VP2/3. L’interaction effective entre les protéines virales et cellulaires a ensuite été validée en cellules de mammifères par une approche de complémentation de la luciférase Gaussia princeps. Les partenaires cellulaires des protéines VP2/VP3 identifiés sont impliqués dans les voies de prolifération cellulaire, d’apoptose, NF?B et dans le transport intracellulaire du virus
Polyomaviruses are ubiquitous in the general population and in immunocompromised patients, and four are associated with disease. 0f these viruses, MCPyV is responsible for Merkel ceil carcinoma, and its involvement in human cancer has led to a renewed interest in the Polyomaviridae family. My thesis work has focused on the epidemiology of six new human polyomaviruses (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 and MWPyV). These studies have shown that these viruses are widespread in the genera population and that infection occurs in early childhood. We have also focused on cross-reactivity between phylogenetically closely related human and simian polyomaviruses. We have shown that there is cross-reactivity between sirnian virus LPyV and HPyV9 and between MCPyV and two chimpanzee viruses (PtvPyVl and PtvPyV2). However, these simian polyomaviruses do not circulate in humans. Moreover, in order to improve understanding of the cycle of MCPyV, we set out to identify the cellular partners of its proteins. This work was initially performed on minor capsid proteins VP2 and VP3. Screening in yeast two-hybrid identified cellular partners of VP2 and VP3. Interactions between viral and cellular proteins were then validated in mammalian celis by complementation assay using Gaussia princeps luciferase. Cellular patners of VP2 and VP3 are involved in ceil proliferation, apoptosis, NFkB and intracellular transport of the virus

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El, Beji Imen. "Caractérisation biochimique et moléculaire du complexe SCF (SKP1-CULLIN-FBOX) chez le blé tendre." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00999477.

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Abstract:

Les modifications post-traductionnelles des protéines constituent un niveau crucial de régulation de l'expression des gènes. Parmi elles, la conjugaison peptidique impliquant l'ubiquitine intervient entre autre dans la régulation de la stabilité protéique. La fixation de ce peptide de 76 acides aminés, extrêmement conservé, sous forme de chaîne de polyubiquitine, nécessite l'intervention de trois enzymes (E1, E2 et E3) et constitue un signal de dégradation de la protéine ainsi modifiée. Cette voie de régulation intervient dans de très nombreux processus biologiques. Les complexes SCF sont impliqués dans la voie de protéolyse ciblée. Ils représentent l' une des classes les plus fréquentes d'ubiquitine ligase E3 et ils sont composés de quatre sous-unités (Rbx, Cullin, SKP1, et F-box). La structure et la fonction des complexes SCF, ont été étudiées chez la levure, l'Homme et la plante modèle A. thaliana. Cependant, peu de travaux ont été réalisés chez des plantes cultivées, en particulier les céréales, telles que le blé. Cinq gènes codant pour la sous-unité Skp1 (TSK1, TSK3, TSK6, TSK11 et TSK16), cinq gènes codant pour la sous-unité F-box (ZTL, ATFBL5, EBF, TIR1 et ABA-T), un gène codant pour la sous-unité Cullin1 et un gène codant pour la protéine RBX du complexe SCF du blé, ont été isolés et clonés. Les différents tests d'interaction entre les quatre sous-unités du complexe SCF ont été réalisés par la méthode du double-hybride dans la levure en utilisant la technologie Gateway. Ces études ont montré que les deux protéines, TSK1 et TSK3, fixent spécifiquement différentes sous-unités F-box. Parallèlement, nous avons montré que la protéine TSK11 représente une structure particulière. Des études d'insertion/délétion sur la protéine TSK11 ont permis d'identifier un nouveau domaine indispensable à l'interaction. Les analyses par PCR semi-quantitative des différents gènes codant pour la sous-unité Skp1, dans trois tissus différents (feuille tige et racine), ont mis en évidence une expression constitutive des gènes TSK3, TSK6 et TSK11. Tandis que les gènes TSK1 et TSK16 sont exprimés préférentiellement dans les racines. Les analyses par PCR semi-quantitative sur des plantules de blé à différents stades de développement, ont mis en évidence une surexpression du gène TSK11 au moment de la floraison. Ce qui suggère que TSK11 est probablement un équivalent fonctionnel d'ASK1 chez Arabidopsis thaliana.

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Kahloul, Senda. "Analyse structurale et fonctionnelle de la sous-unité SKP1 du complexe SCF (Skp1-Cullin-Fbox) chez le riz (Oryza sativa)." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2012. http://www.theses.fr/2012CLF22326/document.

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Abstract:

Chez les eucaryotes, la voie de protéolyse Ub/ protéasome 26S est responsable de la dégradation sélective de la plupart des protéines intracellulaires. Cette dégradation par le protéasome 26S est initiée par une polyubiquitination de la protéine réalisée grâce à l’action d’une cascade enzymatique impliquant 3 types d'enzymes nommées « ubiquitin-activating enzyme » (E1), « ubiquitin-conjugating enzyme » (E2) et « ubiquitin-protein ligase » (E3). Il existe différentes classes d’ubiquitines ligases (E3), parmi lesquelles la plus connue est le complexe SCF (Skp1-Cullin-F-box). La protéine SKP1 fixe à la fois la Culline et la F-box qui va reconnaitre spécifiquement la protéine cible. Contrairement aux protistes, les champignons et certains vertébrés qui possèdent un unique gène SKP1 fonctionnel, de nombreux animaux et espèces de plantes présentent plusieurs SKP1 homologues. Vingt et un et trente deux gènes SKP1 ont été décrits respectivement chez Arabidopsis thaliana et Oryza sativa. En dépit de l’importance du complexe SCF, chez le riz, peu de travaux décrivent les interactions entre les dizaines de protéines « SKP1-like » et les centaines de protéines F-box. Dans un premier temps, nous avons collecté et analysé les séquences de 288 gènes « SKP1-like » appartenant à 17 espèces, dont la mousse Physcomitrella patens, cinq monocotylédones et 11 eudicotylédones. Les analyses structurales et phylogénétiques de ces gènes indiquent qu’ils peuvent être divisés en différentes sous-familles. Nos analyses ont montré qu’OSK1 et OSK20 chez le riz constituent une classe de gènes SKP1 à intron unique conservé. Dans un deuxième temps, nous avons étudié le profil d’expression des gènes « SKP1-like » chez le riz. Notre investigation sur le nombre d’EST a montré que les gènes OSK1 et OSK20 sont les plus largement représentés dans les bases de données EST publiques. La méta-analyse de l’expression des gènes « SKP1-like » chez le riz, indique que les gènes OSK présentent des profils d'expression hétérogènes selon les tissus et les conditions physiologiques. Les résultats des intearctions protéine-protéine en double hybride ont révélé que les protéines OSK présentent différentes capacités d’interactions avec les protéines F-box. Cependant, OSK1 et OSK20 semblent interagir avec la plupart des protéines F-box testées. Les études de localisation subcellulaire ont indiqué que OSK1 et OSK20 sont des protéines nucléaires et cytosoliques. En se basant sur les divers résultats obtenus dans ce travail, nous pouvons suggérer que chez le riz, les gènes OSK1 et OSK20 sont fonctionnellement équivalents aux gènes ASK1 et ASK2 chez Arabidopsis thaliana. Nous pouvons également proposer les équivalents de ces gènes chez les autres espèces végétales dont le génome a été séquencé
In eukaryotes, the ubiquitin Ub/26S proteasome pathway is responsible for the selective degradation of most intracellular proteins. This cellular process is initiated by protein polyubiquitination mediated by a three-step cascade involving: an ubiquitin-activating enzyme (E1), an ubiquitin-conjugating enzyme (E2) and an ubiquitin-protein ligase (E3). The E3 ubiquitin ligases contain several classes, among which the best-known are Skp1-Cullin-F-box (SCF) complexes. The SKP1 protein binds both Cullin and F-box which recognizes specifically the target proteins. Whereas protists, fungi and some vertebrates have a single functional SKP1 gene, many animal and plant species possess multiple SKP1 homologues. Twenty one and thirty-two SKP1-related genes have been described respectively in the Arabidopsis and Oryza sativa genome. Despite the importance of the SCF complex, there have been a few reports of systematic surveys of interactions between the dozens of SKP1-like proteins and the hundreds of F-box proteins in rice. In a first step, we retrieved and analyzed 288 SKP1-like genes belonging to 17 species including the moss Physcomitrella patens, five monocots and 11 eudicots. Structural and phylogenetic analysis of rice OSK genes and other plant SKP1-like genes have indicated that the different members of the plant SKP1 can be split into different subfamily. Our analyses indicated that OSK1 and OSK20 belong to a class of SKP1 genes that contain one intron at a conserved position. In a second step, we studied expression profiles of the rice Skp1-like genes. Our EST survey indicated that OSK1 and OSK20 are the most widely represented genes in public EST databases. Meta-analysis of the expression of rice SKP1-like genes indicated that OSK genes exhibit an expression profile that was heterogeneous in terms of tissues, conditions and overall intensity. Yeast two-hybrid results revealed that OSK proteins display a differing ability to interact with F-box proteins. However, OSK1 and OSK20 seemed to interact with most F-box proteins tested. Subcellular localization studies indicated that OSK1 and OSK20 are nuclear and cytosolic proteins. Based on the results obtained in this study, we can suggest that rice OSK1 and OSK20 are likely to have similar functions as do the Arabidopsis ASK1 and ASK2 genes. Similarly, we suggest a list of functional equivalent in the other sequenced plant genomes

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Ménade, Marie. "Étude de complexes ribonucléoprotéiques impliqués dans la régulation de l'expression des protéines au cours de l'initiation de la traduction." Phd thesis, Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10133.

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Abstract:

L'expression génique est régulée à de nombreuses étapes de la vie cellulaire. La synthèse des protéines ou traduction, étape ultime de cette expression, est finement régulée. Elle comporte trois phases: l'initiation, l'élongation et la terminaison. L'initiation commence par l'établissement de la sous-unité ribosomique 40S sur cet ARNm qu'elle balaye ensuite jusqu'au codon initiation. Pour cela, des facteurs canoniques sont impliqués. Parmi eux, le facteur elF3 interagit directement avec celle-ci. Au cours de mes travaux, j'ai étudié dans une première partie l'interaction putative entre le facteur elF3 et la petite sous-unité ribosomique 40S. Le ribosome est constitué par deux types d'entités: des protéines ribosomiques et l'ARNr. Lefacteur eIF3, contient au moins 13 sous-unités, dont deux possèdent un RRM, et sont potentiellement capables de lier cet ARNr via leur RRM: p44 et p116. ElF3p44 a montré auparavant qu'elle pouvait lier l'ARNr l8S. J'ai effectué un criblage d'une banque de ftagments de cet ARNr pour identifier un site de liaison de p44 sur la sous-unité 40S. Les ARNm néo-synthétisés sont transportés et localisés afin de permettre l'expression des protéines aumoment opportun et en un lieu précis de la cellule. Dans une deuxième partie, j'ai étudié des interactions impliquées dans le contrôle de l'initiation de la traduction d'un ARNm localisé chez la levure S. Cerevisiae pendant son transport: l'ARNm ASHI. Il est régulé par Khdlp, protéine à trois domaines KH, qui lie directement un de ses éléments de localisation. Cette interaction est abolie par la phosphorylation de Khd 1 P lorsque l'ARNm est correctement localisé
Gene expression is ftequently regulated during cellular life. Protein synthesis, also called translation, is the last part ofthat expression and is wholly regulated. Translation is divided in three parts: initiation, elongation and termination. Initiation starts when the 40S ribosomal subunit binds the mRNA and scans it until it reaches the initiation codon. Many initiation factors are involved. Among them, elF3 directly binds that subunit. During my work, 1 studied in a first part the putative interaction between the factor eIF3 and the small ribosomal subunit 40S. The ribosome is constituted oftwo different entities: ribosomal proteins and rRNA. The factor elF3 contains at least 13 subunits. Two possess a RRM and are potentially able to bind that rRNA vif their RRM: p44 et p 116. ElF3p44 showed previously that it was able to bind l8S rRNA. 1 screened a library of 18S rRNA fragments with the aim of identifying a binding site ofp44 on the 40S subunit. The newly synthesized mRNAs are transported and localized into the cytoplasm to control spatiall~ and temporally protein expression. Ln a second part, 1 studied the interactions involved in translation initiation control of aS. Cerevisiae localized mRNA, ASH1, during its transport. Its regulation is mediated through its direct interaction with Khdlp, a three KH domain protein, on one ofits RNA localization elements. This interaction is abolished by Khdlp phosphorylation when ASHI mRNA is welliocalized

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Veyron-Churlet, Romain. "Etude des interactions protéine-protéine au sein d'un processus vital : la biosynthèse des acides mycoliques chez Mycobacterium tuberculosis." Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30038.

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Abstract:

Les gènes impliqués dans le système FAS-II ont été clonés dans des vecteurs permettant l'étude des interactions protéine-protéine à l'aide du système double-hybride chez la levure. Cette étude génétique a été complétée par une analyse en co-immunoprécipitation. Nous avons démontré qu'il existait des interactions homotypiques et hétérotypiques entre les enzymes impliquées dans la biosynthèse des acides mycoliques. De plus, certaines interactions homotypiques se sont révélées être vitales puisque des variants protéiques ont un effet dominant négatif lorsqu'ils sont introduits in vivo chez M. Tuberculosis, M. Bovis BCG et M. Smegmatis. Nous avons ainsi pu identifier des interactions précises, spécifiques et essentielles dont la suppression provoque la mort des mycobactéries. Cette étude pourrait représenter un premier pas vers l'identification de nouveaux antibiotiques peptidiques qui cibleraient spécifiquement les interactions protéine-protéine essentielles à la survie du pathogène
The genes coding for the enzymes implicated in the FAS-II system were cloned into vectors allowing the study of protein-protein interactions in a yeast two-hybrid system. This study was reinforced by a biochemical analysis based on co-immunoprecipitation experiments. We showed that there were both homotypic and heterotypic interactions between the enzymes implicated in the biosynthesis of mycolic acids. Moreover, these homotypic interactions proved to be essential since some variants of these proteins have a dominant negative effect when they are introduced in vivo into M. Tuberculosis, M. Bovis BCG and M. Smegmatis. Thus, we identified precise, specific and essential interactions whose suppression leads to the death of mycobacteria. All these interactions could represent a first step towards the identification of new peptidic or peptido-mimetics antibiotics that would be able to act by specifically targeting the protein-protein interactions, which are essential for mycobacteria

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Messinese, Elsa. "Recherche de partenaires protéiques de la protéine DMI3/CCaMK chez Medicago truncatula : analyse comparée du phosphoprotéome de plante sauvage et mutante ; Isolement de la protéine nucléaire IPD3 (Interacting Protein of DMI3) par une approche de double-hybride chez la levure." Toulouse 3, 2007. http://www.theses.fr/2007TOU30045.

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Abstract:

L’établissement de la symbiose Rhizobium-Légumineuse repose sur une reconnaissance spécifique par la plante hôte de signaux microbiens : les facteurs Nod. Chez Medicago truncatula, la voie de signalisation Nod fait intervenir DMI3, une protéine kinase dépendante du calcium et de la calmoduline (CCaMK), impliquée dans le décodage des oscillations calciques générées dans le noyau en réponse aux facteurs Nod. Le travail de thèse a visé à identifier les substrats ou les régulateurs de la CCaMK afin de mieux comprendre son mode d’action. L’étude comparée du phosphoprotéome racinaire de la lignée sauvage et du mutant dmi3 d’une part, et une approche double hybride d’autre part, ont été réalisées. Une protéine nucléaire, de fonction inconnue, interagissant avec l’enzyme a été identifiée
During the establishment of the rhizobia-legume symbiosis, the host specificity is mediated by bacterial signals named “Nod factors”. Several genes are involved in the Nod factor signal pathway in the model legume Medicago truncatula. Among them, DMI3 is a calcium/calmodulin dependent kinase and is hypothesized to decode the calcium spikes generated into the nucleus in response to Nod factors. The aim of my work was to identify substrates or regulators of DMI3. A root phosphoproteome analysis between wild-type and a mutant strain has been carried out to isolate substrates of DMI3/CCaMK. A yeast-two hybrid approach was aimed at identifying protein partners of DMI3. Then, a novel nuclear protein of unknown function, interacting with DMI3, has been identified

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Ferté-Chaudoy, Marion. "Virus host interactome du polyomavirus à cellules de Merkel." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR3805/document.

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Abstract:

Le polyomavirus à cellules de Merkel est aujourd’hui reconnu comme l’agent étiologique du carcinome à cellules de Merkel (CCM). Le cycle viral et les mécanismes de l’oncogenèse viro-induite sont peu connus et les connaissances se basent essentiellement sur les études menées notamment sur le polyomavirus SV40. L’objectif des travaux de thèse était d’identifier les interactions entre les protéines virales et les protéines cellulaires lors de l’infection ou dans le contexte du carcinome à cellules de Merkel (CCM). Pour identifier ces interactions, nous avons réalisé des cribles double hybride en levures sur les oncogènes du MCPyV et du BKPyV. Afin valider les interactions obtenues en levures, nous avons utilisé une méthode orthogonale de validation par complémentation en cellules de mammifères reposant sur la restauration de la luciférase de Gaussia princeps. La combinaison de ses deux techniques nous a permis de valider des interactions avec des partenaires cellulaires impliqués dans la régulation du cycle cellulaire ou encore de la voie Akt-mTOR. Les précédents travaux du laboratoire, qui portaient sur l’interactome des protéines mineures de capsides VP2/VP3, avaient également permis d’identifier des interactions avec des protéines de la voie NF-kB. Nous avons alors testé les interactions entre les oncogènes et la protéine mineure de capside VP2 avec des protéines cellulaires impliquées dans cette voie. Ces travaux nous ont conduits à tester l’activation de la voie, l’expression des gènes sous le contrôle de NF-kB et la régulation de l’apoptose. Les résultats obtenus montrent une action de la protéine VP2 sur l’activation de la voie NF-kB et une induction de l’apoptose
The Merkel cell polyomavirus is now recognized as the etiologic agent of Merkel cell carcinoma (MCC). The viral cycle and viro-induced oncogenesis mechanisms are not fully understood and the knowledge is mainly based on the studies carried out particularly on the SV40 polyomavirus. The aim of our work is to identify interactions between viral proteins and cellular proteins during productive infection or in MCC context. To identify these interactions, we performed yeast two hybrid screens on MCPyV and BKPyV oncogenes, as control. To validate the interactions obtained in yeasts, we used an orthogonal method of validation by complementation in mammalian cells based on the restoration of Gaussia princeps luciferase. The combination of these two orthogonal techniques allowed us to validate interactions with cellular partners involved in cell cycle regulation or Akt-mTOR pathway. Previous lab work on VP2/VP3 minor capsid proteins allowed the identification of interactions with NF-kB pathway involved proteins. We examined the interactions between oncogenes, VP2, with the cellular proteins involved in this pathway. This work led us to evaluate pathway activation, genes expression under the control of NF-kB and apoptosis regulation. These results evidenced an action of the VP2 protein on the activation of NF-kB pathway and an induction of apoptosis

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Guglielmi, Benjamin. "Etude de la structure du médiateur de la transcription de Saccharomyces cerevisiae et de la fonction des protéines Med31 (Soh1) et TFIIS dans l'initiation de la transcription." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112043.

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Abstract:

Au cour de ma thèse, j’ai étudié, chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les propriétés de deux facteurs de transcription eucaryotes. Le Médiateur (un complexe multiprotéique de 24 sous-unités chez S. Cerevisiae) est connu pour son rôle dans l’initiation de la transcription, et TFIIS est connu pour son rôle dans l’élongation de la transcription. À l’aide d’une approche double-hybride systématique, nous avons obtenu une carte des interactions au sein du complexe Médiateur. Cette carte confirme l'existence de trois modules distinct au sein du Médiateur, et identifie les domaines d'interaction entre les sous-unités. Ces interactions sont en partie conservées au sein du Médiateur de Drosophila Melanogaster suggérant une conservation de la structure et de la fonction du Médiateur de la levure aux métazoaires. Les cribles double-hybride ont montré que la protéine Med31(Soh1) interagit avec les sous-unités du Médiateur de la levure. Med31 n’avait jamais été identifié dans le Médiateur de S. Cerevisiae bien qu’elle ait été purifiée avec les complexes Médiateur métazoaires. Nous avons montré que Med31 copurifie également avec le Médiateur de levure, et que cette sous-unité est importante pour le recrutement de l'ARN polymérase II (Pol II) au promoteur d'un gène activé. L’étude plus approfondie de la fonction de cette protéine nous a conduit à proposer que le facteur d’élongation TFIIS joue un rôle nouveau dans l’initiation de la transcription. Ce rôle est indépendant de son activité de clivage des ARNm mais dépend de sa capacité à lier la Pol II. TFIIS est présent au promoteur d'un gène activé (GAL1), et pourrait être important pour le recrutement de la Pol II à ce promoteur
This study deals with the property of two eukaryotic transcription factors the Mediator complex and TFIIS. All experiment were carried in saccharomyces cerevisiae. Mediator is implicated in transcription initiation and TFIIS is implicated in transcription elongation. Based on a high through-put two-hybrid analysis, we produced a protein interaction map of the Mediator complex. The interaction map delineates numerous interaction domains between Mediator subunits, and confirms the organisation of Mediator in three independent modules. The interaction map is partially conserved in Drosophila Melanogaster, suggesting that Mediator structure and function are conserved from yeast to metazoans. Two-hybrid screens together with co-immunoprecipitation studies revealed that Med31 (Soh1) is associated with the yeast Mediator. We provide evidence that Med31 is required for the full recruitment of RNA polymerase II (Pol II) to an activated promoter. We show that the colethality of SOH1 deletion with the TFIIS encoding gene DST1 deletion is fully complemented by TFIIS domain II and linker and is thus independent of TFIIS Rnase activity essential for its elongation function. Moreover, a point mutation in the Pol II interacting domain II of TFIIS is sufficient for colethality with soh1-delta. Finally, we found that TFIIS interaction with Pol II is required for the full recruitment of Pol II to GAL1 promoter under activation in soh1-delta cells. We propose that Soh1 and TFIIS have redundant functions required for the efficient recruitment of Pol II at the GAL1 promoter following transcription activation

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Six, Martin. "Hybrid Finance in the Double Tax Treaties." SFB International Tax Coordination, WU Vienna University of Economics and Business, 2007. http://epub.wu.ac.at/1574/1/document.pdf.

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Abstract:

The compartmentalisation of company finance into equity and debt does not truly capture the enormous diversity of financial instruments available. A wide variety of hybrid instruments incorporate elements of both equity and debt. From a fiscal point of view the classification of such hybrid instruments as equity or debt is crucial for two reasons. First of all, the issuer can treat interest on the latter as tax-deductible in most cases, and secondly, for the investor the classification determines whether the payments received from the respective instrument is treated as a dividend or as interest. One important question in this context is how hybrid instruments are treated in the tax treaty between the source state and the residence state. It is the aim of this paper, to show how the yield on hybrid financial instruments can or must be qualified as either dividend or interest in the double tax treaties, irrespective of the treatment in contracting states.
Series: Discussion Papers SFB International Tax Coordination

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Cougot, Nicolas. "Identification et caractérisation des facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm eucaryotes." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112230.

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Abstract:

Chez les eucaryotes, l’expression du programme génétique des cellules s’opère selon trois évènements majeurs. Dans un premier temps, l’ADN est transcrit en ARN. Il est ensuite maturé et exporté vers le cytoplasme où il est finalement traduit en protéine. La dégradation de l’ARN messager apparaît comme une étape importante dans le contrôle de l’expression génétique. Notre étude a porté sur l’étape de clivage de la coiffe impliqué dans deux voies de dégradation des ARNm. Au cours d’études menées sur cellules humaines, nous avons montré que les protéines hDcp1a et hDcp2, qui constituent le complexe de clivage de la coiffe des ARNm, co-localisent dans de nouvelles structures cytoplasmiques. D'autres analyses ont révélées que plusieurs autres facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm étaient présents dans ces structures. Finalement, en utilisant la technique d’interférence ARN, nous avons montré que ces structures sont des centres actifs de dégradation des ARNm. L’ensemble des facteurs impliqués dans l’étape de clivage de la coiffe forme un réseau d’interactions assurant la transition entre traduction et dégradation. Ainsi, parallèlement aux études menées chez l’homme, nous avons cherché à cartographier les différents domaines d’interaction entre ces différents facteurs Par double hybride, nous avons ainsi initié l’identification des domaines impliqués dans les interactions entre les différents facteurs intervenant dans l’étape de clivage de la coiffe. Ces travaux devraient permettre comprendre la cinétique de formation des structures de dégradation identifiées chez l’homme, les résultats obtenus permettant de servir de base à l’étude de ces interactions chez l’homme
In eukaryotic cells, gene expression involve three main steps. First DNA is transcribed in RNA. This RNA, after maturation is exported to the cytoplasm where it will be translated into protein. MRNA decay has been shown to be a key step in gene expression regulation. Our study was on mRNA decapping, a step involved in two decay pathways. We show that in human cells, hDcp1 and hDcp2, form the decapping complex, and co-localize in cytoplasmic foci. Other studies show that other factors, involved in mRNA decay are also located in these cytoplasmic foci. We show that these foci are not related to already described stress granules. By using RNA interference, we show that these structures are active mRNA decay centers. All the factors involved in mRNA decapping form a network of interactions ensuring the transition between translation and degradation. Our second project was to map the domains of interaction between these different factors. Using the two-hybrid method, we initiate the mapping of the different domains involved in these interactions. These studies would allow better comprehension of the formation of the decay center in human cells by using the results obtained with S. Cerevisiae as a starting point

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Planson, Anne-Gaëlle. "Influence de l'environnement cellulaire sur le repliement et l'assemblage de fragments protéiques." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077144.

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Rioux, Paré Rachel. "Développement d'un système double hybride de mammifère pour trouver de nouvelles protéines interagissant avec CIITA." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4759.

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Abstract:

Les molécules du CMH de classe II sont cruciales pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Leur rôle est de présenter les antigènes provenant de pathogènes aux lymphocytes T auxiliaires CD4+ et de permettre ainsi la réponse immunitaire. Leur expression est principalement régulée au niveau transcriptionnel par le transactivateur CIITA (CMHII transactivator). CIITA est un régulateur particulier car il possède un domaine d’activation de la transcription, mais ne dispose pas de domaine de liaison à l’ADN. Ainsi, pour activer la transcription, CIITA doit interagir avec plusieurs autres protéines qui sont fixées au niveau du promoteur des CMHII. Il possède également une région de liaison à la GTP et des domaines répétés riches en leucines (LRR pour « leucine rich repeats ») en c-terminal connues comme étant importants pour les interactions protéiques. Pour mieux étudier l’importance de ces différents domaines pour les fonctions transactivatrices, plusieurs différents mutants de CIITA ont été générés. De nombreuses études ont aussi tenté d’expliquer la localisation nucléocytoplasmique de CIITA et de l’inter relier aux fonctions transactivatrices. Malgré tout, le mécanisme d’importation au noyau de CIITA ainsi que son mode de transactivation ne sont pas totalement démystifiés. Il est connu que les interactions protéine-protéine jouent un rôle important dans les mécanismes cellulaires. CIITA est dépendant de ce type d’interaction pour activer la transcription des CMHII. Aussi, plusieurs indices suggèrent la présence de partenaires encore inconnus et par système double hybride de levure, quelques laboratoires ont tenté de les trouver, mais sans succès. Il est connu que certaines interactions protéiques peuvent passer inaperçues dans ce système et il est probable que cet échec est plutôt dû à la technique de criblage plutôt qu’à l’absence de protéine d’interaction. Dans ce projet, un système double hybride de mammifère se basant sur celui chez la levure a donc été développé et utilisé pour tenter de trouver les partenaires inconnus de CIITA. Le système développé utilise un appât couplé à un domaine de liaison à l’ADN (GAL4DBD pour ‘DNA binding domain’) et une proie couplée à un domaine d’activation de la transcription (VP16). CIITA sans son domaine d’activation et couplé à Gal4DBD constitue « l’appât ». La « proie » est une banque d’ADN complémentaire de Raji liée au domaine VP16. De plus, pour repérer et tester de nouvelles interactions protéiques avec CIITA, quelques constructions de CIITA manquant certains domaines et couplé à Gal4DBD ont été fabriquées. Ensuite, la cassette d’expression des gènes rapporteurs a été intégrée au génome de la lignée cellulaire RJ 2.2.5 (Lymphome de Burkitt) en utilisant une adaptation du système Flp-In™ d’Invitrogen. Cette nouvelle lignée a été nommée RjFlp-casset. Grâce au promoteur synthétique Gal4 de la cassette d’expression, lorsque l’appât et la proie interagissent, VP16 active la transcription des gènes rapporteurs CD8a’ et blasticidineR. Ensuite, les cellules ont été sélectionnées par tri cellulaire en utilisant des billes magnétiques et/ou traitement à la blasticidine ou à la puromycine (gène de résistance sur le vecteur proie). Toutes les combinaisons de traitements ont été utilisées. L’ADN épisomale des cellules où les gènes rapporteurs s’exprimaient a été extrait et amplifié dans E. coli pour être ensuite analysé sur gel d’agarose. Plusieurs rondes de transfection/sélection/extraction/retransfection ont été faites. Malheureusement, après plusieurs mois de criblage, aucune nouvelle interaction impliquant CIITA n’a été découverte. Quelques modifications et perfectionnements de la stratégie semblent être nécessaires. Par exemple, développer une ligné cellulaire RjFlp-casset avec en plus l’appât intégré au génome augmenterait les chances de réussite par la présence constitutive de l’appât.[Symboles non conformes]

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Franco, Xavier-Charles. "Recherche de protéines interagissant avec le précurseur du peptide amyloi͏̈de par la méthode double hybride." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P161.

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Polge, Cécile. "Etude de la structure des complexes kinases AKIN chez Arabidopsis thaliana : expression et fonctions des sous-unités de type beta." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112102.

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Abstract:

Les complexes kinases SNF1/AMPK chez la levure et les mammifères sont considérés comme des régulateurs importants du métabolisme en réponse à des changements environnementaux et nutritionnels. SNF1 est notamment impliqué dans la réponse de S. Cerevisiae à une carence en glucose et AMPK dans la réponse des cellules à un faible taux d'ATP. Les données actuelles suggèrent fortement que leur homologue chez les plantes, SnRK1, régulerait des enzymes clefs du métabolisme carboné et azoté. Chez la levure et les mammifères, le complexe fonctionne sous forme d'hétérotrimère comprenant deux sous-unités non catalytiques : une sous-unité de type b et une sous-unité de type g. Dans un premier temps, une étude fine de la structure des complexes chez A. Thaliana a été réalisée par l'analyse par techniques de double-hybride et coimmunoprécipitation, des interactions entre ces différentes sous-unités ou différents domaines de ces protéines. Une étude approfondie de l'expression des gènes AKINb au cours du développement et en réponse à différents changements environnementaux a permis de montrer qu'un des niveaux de régulation du complexe pourrait se faire via une régulation transcriptionnelle différentielle des sous-unités de type b. L'utilisation de plantes transgéniques a permis de mettre en évidence des profils d'expression extrêmement variables et très spécifiques de chacune des sous-unités b, tout au long du développement de la plante. Finalement, l'utilisation de trois approches, complémentation de mutants de levure, plantes transgéniques et criblages double-hybride réalisées avec les trois sous-unités b a ouvert des pistes pour l'identification de différentes fonctions du complexe
Several evidences designate the yeast SNF1 and mammals AMPK as important regulators of the metabolism in response to environmental or nutritional changes. SNF1 is implicated in the response of S. Cerevisiae to glucose starvation and AMPK in the response of cells to low ATP levels. Currently, data indicate that their plant homologues SnRK1 could regulate key enzymes of sugar synthesis and nitrate assimilation. SNF1 and AMPK have been shown to function as an heterotrimeric complex including two types of non-catalytic subunits : the b- and g-types subunits. We have first performed a detailed structural analysis of the complexes. Two-hybrid and co-immunoprecipitation experiments have been performed in order to study the interactions occurring between the different subunits and between different domains of these proteins. Interestingly, detailed expression studies of AKINb genes during development and in response to environmental changes reveal that one level of regulation of the SnRK1 kinase could be due to the a differential transcription of the ? subunits. Precisely, we have shown that the three b-type subunits present very specific and differential patterns of expression all along plant development. Finally three different approaches, yeast complementation, transgenic plants and two-hybrid screens using b1/2/3-subunits as baits, have provided different indications related to the functions of these different complexes in plants

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Gervais, Marie-Laure. "Etude des intéractions protéine-protéine par double hybride bactérien : applications en agro-alimentaire et en santé." Phd thesis, Université d'Angers, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555532.

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Abstract:

Les interactions entre protéines sont un enjeu majeur en recherche. Hautement spécifiques, elles régulent l'organisation cellulaire, ainsi que les réponses aux stimuli extérieurs ; ce sont des cibles idéales des agents thérapeutiques. Diverses techniques d'étude sont disponibles, mais peu d'entre elles permettent d'analyser simultanément plusieurs interactions. L'objectif de ce travail est d'utiliser le double hybride bactérien pour découvrir de nouveaux partenaires de 2 régulateurs de la prolifération tumorale humaine, p21 et STAT3, et en parallèle pour déterminer la fonction de MtSAP1, impliquée dans la germination et la réponse aux stress abiotiques chez Medicago truncatula. L'analyse des partenaires potentiels de l'oncogène STAT3 et de l'inhibiteur p21 suggère l'existence de nouveaux mécanismes moléculaires de la tumorogenèse auxquels participerait STAT3, et permet d'envisager de nouvelles hypothèses quant au rôle de p21. Un nouveau complexe, p21/prohibitine2, est étudié mais sa fonction reste supposée : il pourrait agir comme corégulateur transcriptionnel et/ou réguler la protéolyse de p21. L'étude du gène MtSAP1 et des partenaires d'interactions suggèrent fortement que MtSAP1 serait induit par l'hypoxie : elle jouerait un rôle considérable dans la détoxification et la tolérance de la plante au stress. Ce travail, appuyé par la littérature, met en évidence un lien fonctionnel entre p21, STAT3 et MtSAP1 au cours de l'hypoxie dans les cellules cancéreuses humaines. La confirmation de cette hypothèse permettrait d'approfondir les mécanismes de protection cellulaire face à l'hypoxie, tant au sein des tumeurs humaines que lors de la tolérance de Medicago truncatula.

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Truong, Nhat My. "Analyse fonctionnelle des effecteurs nucléaires du parasitisme des nématodes à galle Meloidogyne incognita et caractérisation de leurs cibles végétales." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016AZUR4149.

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Abstract:

Le nématode à galle, Meloidogyne incognita est un parasite extrêmement polyphage capable d'induire la redifférentiation de cellules racinaires en cellules en cellules nourricières hypertrophiées
The root-knot nematode Meloidogyne incognita is among the most devastating plant pathogens

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Abdel, Gawwad Mohamed Ragab. "Révélation des interactions spécifiques des membres de la famille des TRX et leurs cibles potentielles, par la technique de la double hybride." Perpignan, 2008. http://www.theses.fr/2008PERP0930.

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Abstract:

Les thiorédoxines (TRX) sont de petites protéines (≈ 12kDa) avec un pont disulfure actif redox actuel dans le site actif caractéristique CxxC (Schürmann et Jacquot, 2000). Ce site actif est conservé dans beaucoup d'autre TRXs de différents organismes et est considéré comme signature desTRX. Le motif structural de TRX se compose de 4 hélices alpha entourant 5 feuillets bêta. Les TRXs ont été trouvés chez les procaryotes et les eucaryotes, la région autour du site active est fortement conservée. Un certain nombre de protéines escarotiques contiennent des domaines TRX conservés au cours de l'évolution, bon nombre d'entre elles font partie de la famille de protéines isomérase disulfide (PDI). Sous leur forme réduite elles constituent des oxydoréductases très efficaces de protéine disulfide. Le nombre de gènes de TRX dans les organismes non-photosynthetiques est relativement limité si on le compare à celui des organismes photosynthétiques. 42 gènes codant pour les TRXs avec un site actif CXXC ou CXXS et de grandes protéines contenant au moins un domaine de TRX (TRX-like protéines) ont été identifiés dans le génome d'Arabidopsis thaliana. Les progrès considérables dans l'identification de nouvelles cibles de TRX ont complètement changé cette situation suggérant que les TRX constituent des régulateurs centraux du métabolisme des cellules en plusieurs compartiments sous-cellulaires. En dépit de l'utilisation de différents isoforms de TRX connus pour rechercher des préférences parmi les cibles des TRX, aucune spécificité n'a été montrée en utilisant les approches biochimiques. Dans ce travail, on a utilisé une approche d'interaction par double hybride à l'aide de deux systèmes: certaines thioredoxines interagissent avec leurs cibles de manière stable par interactions de charges électrostatiques ou hydrophiles hydrophobes. Ces interactions peuvent être mises en évidence dans un système double hybride commercial. Pour la plupart des TRX l'interaction est trop fugace et ne peut être mise en évidence qu'en stabilisant le complexe intermédiaire qui associe la TRX et sa cible par un pont disulfure. Dans une levure double hybride commerciale le complexe est détruit par les TRX endogènes et aucun signal n'est observé. Nous avons utilisé la souche cy306 (souche de levure rapporteur dont les TRX endogènes ont été inactivées) et nous avons pu ainsi démontrer des interactions TRX cibles. On a étudié deux systèmes redox classiques chloroplastique TRXf/FBpase et TRXm/MDH ainsi que les interactions entre certaines TRX h cytosoliques et une MDH cytosolique. Les résultats obtenus montrent que cette approche double hybride révèle mieux que les test d'activité ou la protéomique la spécificité d'interaction des TRX pour leurs cibles
TRXs are small proteins (≈ 12 kDa) with a redox active disulfide bridge present in the characteristic active site CxxC (Schürmann and Jacquot, 2000). It was found that this active site is conserved in many other TRXs from different organisms and was considered as a special signature for TRX. The structural motif of TRX is composed of 4 alpha helices surrounding 5 beta strands. TRXs have been found in both prokaryotes and eukaryotes and the sequence around the redox-active disulphide bond seems to be highly conserved. A number of eukaryotic proteins contain domains evolutionary related to thioredoxin, many of them are part of the protein disulphide isomerase (PDI) family. In their reduced form they constitute very efficient protein disulfide oxido-reductases. The number of TRX genes in non-photosynthetic organisms is relatively limited if it compared to that of photosynthetic organisms. Genes encoding TRXs with a CXXC or CXXS active site and large proteins containing at least one TRX domain (TRX-like proteins) are considered, 42 genes can be identified in the genome of Arabidopsis thaliana. The considerable progress in the identification of new TRX targets has completely changed this situation and suggests that TRXs could constitute central regulators of cell metabolism in several subcellular compartments. Despite the use of different TRX isoforms known to exhibit distinct preferences for TRX targets, no specificity has been observed biochemical approaches. In this work, we have used CY306 Y2H a new tool in which the two endogene TRX are deleted to bring the specificity between TRXs and their targets. We have studied both classical redox system; TRXf/FBPase and TRXm/MDH. In this work, we used an approach of Yeast-two hybrid: some thioredoxins interact with their targets in a stable way by interactions of electrostatic or absorbent loads hydrophobic. These interactions can be highlighted in a system commercial yeast two hybrid. For the majority of the TRX the interaction is too fugacious and can be highlighted only by stabilizing the intermediate complex which associates the TRX and its target by a bridge disulfide. In a commercial Y2H the complex doubles is destroyed by the endogenous TRX and no signal is observed. We used the stock cy306 (yeast strain stock in which endogenous TRX were inactivated) and we thus could show target interactions TRX. One studied two systems strain redox chloroplastic TRXf/FBpase and TRXm/MDH as well as the interactions between certain cytosolic TRX h and a cytosolic MDH. The results obtained show that this approach doubles hybrid reveals better than the test of activity or proteomic the specificity of interaction of the TRX for their targets

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Amara, Yacine. "Contribution à la conception et à la commande des machines synchrones à double excitation : application au véhicule hybride." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112325.

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Abstract:

Les machines à double excitation sont des machines synchrones où coexistent deux circuits d'excitation, l'un à aimants permanents et l'autre bobiné. L'étude a montré que la double excitation permet d'allier les avantages des machines synchrones à inducteur bobiné à celles des machines à aimants permanents. Ce concept permet un meilleur dimensionnement de l'ensemble convertisseur-machine, et une meilleure gestion de l'énergie. Pour que les machines à aimants permanents puissent fonctionner sur une large plage de vitesse, il est nécessaire qu'elles aient une réaction magnétique d'induit du même ordre que le flux d'excitation. En contre partie, le facteur de puissance est plus faible et le convertisseur d'alimentation est surdimensionné. La double excitation permet aux machines à aimants permanents de fonctionner sur une large plage de vitesse, même si la réaction magnétique d'induit est relativement faible par rapport au flux d'excitation, tout en ayant un meilleur facteur de puissance. .
Synchronous double excitation machines are synchronous machines where coexist two excitation circuits, one with permanent-magnets, and the other with coiled excitation. The study of these machines showed that the double excitation makes it possible to combine the advantages of the wound field synchronous machines with those of the permanent-magnet machines. This concept allows a better design of the converter-machine set, and a better management of energy. Until now, the use of permanent magnet machines has been limited by the magnets fixed excitation flux. The constant excitation flux, in light of the constraints imposed by power electronics, does not allow machines to operate beyond a certain speed (base speed). However, flux control is possible by acting upon the component in the d-axis of the magnetic armature reaction by means of the static converter. This step is not possible if the static converter present in the conversion chain is not controlled, which reflects the case of an alternator discharging on a diode-rectifier. .

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Holbert, Sébastien. "Contribution à l'étude du rôle des partenaires moléculaires de la huntingtine dans la physiopathologie de la maladie de Huntington : identification et caractérisation des protéines CA150 et CIP4." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066159.

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Fouix, Sylvaine. "Recherche de nouveaux partenaires de la voie de signalisation Hedgehog chez Drosophila melanogaster par la méthode du double-hybride." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066122.

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Thoreau, Vincent. "Clonage du gene syntaxine 8 humain par un criblage double hybride avec le domaine r de cftr comme appat." Paris 7, 1999. http://www.theses.fr/1999PA077235.

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Abstract:

La mucoviscidose est une maladie genetique grave a transmission autosomique recessive provoquee par des mutations du gene cftr (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator). Ce gene code pour une proteine de la famille des transporteurs abc (atp-binding cassette), qui est exprimee au niveau de la membrane apicale des cellules epitheliales. La proteine cftr possede une activite de canal chlore activee par la voie de l'ampc et participe a la regulation d'autres canaux ioniques. Dans le but d'etudier les proteines de structure ou de regulation interagissant avec le domaine cytoplasmique r (regulateur) de cftr, nous avons crible une banque d'adnc de poumon humain par la technique du double hybride, en utilisant le domaine r de cftr comme appat. Nous avons ainsi clone l'adnc codant pour la syntaxine 8 humaine (gene stx8). Un arnm de 1,3 kb a ete observe par northern blot dans tous les tissus que nous avons testes. Le gene stx8, localise en 17p12, est constitue de 6 exons et sa region promotrice a ete caracterisee. Le gene stx8 code pour une proteine de 236 acides amines, qui a ete modelisee par la methode hca (hydrophobic cluster analysis). La syntaxine 8 contient dans sa moitie c-terminale un domaine en helice-alpha tres conserve dans la superfamille des proteines t-snare (recepteur de snap dans la membrane cible). Ces proteines sont impliquees dans les processus d'adressages des vesicules et de fusions membranaires. L'extremite c-terminale de la syntaxine 8 est constituee d'une region hydrophobe pouvant participer a l'ancrage de la proteine dans la membrane. Il a ete decrit recemment que la conduction du chlore par le canal cftr ainsi que son adressage a la membrane plasmique pouvaient etre regulees par une interaction directe avec la syntaxine 1a, un autre membre de la famille des proteines t-snare. Ceci nous amene a envisager que la syntaxine 8 puisse etre impliquee dans ce type de regulations.

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Milord, Laurent. "Dispositifs photoniques innovants pour le piégeage optique : Cavité étendue à double période et structure hybride cristal photonique-nano antenne." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEI026/document.

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Abstract:

Depuis les premiers travaux d’Ashkin sur les pinces optiques classiques, beaucoup d’efforts ont été fait pour piéger des nano particules. Néanmoins, elles peuvent difficilement piéger des particules inférieures à 200 nm à cause des limites imposées par la diffraction. Cette limite peut être dépassée grâce aux forces optiques de gradient provenant du champ évanescent généré et amplifié par des nano cavités photoniques. Cependant, cette approche est confrontée à deux verrous importants pour les applications : La surface de piégeage est très faible ce qui rend peu probable la capture d’une nanoparticule animée d’un mouvement brownien et pour les pinces « ultimes » de type nanoantenne où le mode est confiné dans des régions nanométriques, leur excitation en espace libre n’est pas très efficace. L’objectif de ce travail vise à lever ces deux verrous. Pour augmenter la surface de piégeage, nous présenterons d’abord une approche utilisant le mode de Bloch d’une cavité étendue à double période dans un cristal photonique fabriqué sur SOI. Nous montrerons que cette approche permet le piégeage de particules de 200, 100 et 75 nm sur une surface étendue de 5x5 µm² en utilisant un faisceau laser d’excitation en espace libre. Dans un deuxième temps, nous nous intéresserons à l’excitation optique en espace libre de structures nanométriques. Nous présenterons une structure hybride nano antenne – cristal photonique, où le cristal photonique joue le rôle de réservoir à photons pour la nano antenne. Cela permet ainsi un effet « entonnoir à photon» où la lumière issu d’un faisceau large (5µm) est concentrée dans la nanoantenne. Nous démontrerons la pertinence de cette approche par le piégeage particules de 100 nm
Since the first work on optical tweezers by Ashkin, a lot of efforts have been made to trap nanoparticles. However, optical tweezers are diffraction limited and can hardly trap particles below 200 nm. This limit can be overstepped using the optical gradient forces of an evanescent field generated and amplified by a photonic nano cavity. Nonetheless, this approach faces two major issues for applications: the trapping section is very small, making the capture of a Brownian motion animated particle very unlikely, and for the “ultimate” nano antennas with nanometric optical modes, their excitation from free space is not effective. The goal of this work is to overcome these two difficulties. To increase the trapping surface, we will first present a device using slow Bloch modes within a double period extended cavity designed in a photonic crystal made out of SOI. We will show that this approach allow for the trapping of 200, 100 and 75 nm particles on an extended surface of 5x5 µm² using a free space laser beam excitation. Secondly, we will investigate the free space excitation of nanometric structures. A photonic crystal – nano antenna mixed structure will be presented, where the photonic crystal is used as a photon pool for the nano antenna. This lead to a funnel effect where the light coming from a large free space laser beam (5µm wide) is focused into the nano antenna. The trapping of 100 nm particles will demonstrate the relevance of this approach

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Védrine-Bochard, Valérie. "Étude des interactions entre Int6 et les protéines cellulaires." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2001. http://www.theses.fr/2001ENSL0197.

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Abstract:

La protéine Int6 humaine, localisée à la fois dans le noyau et le cytoplasme, a initialement été caractérisée comme une cible de la protéine oncogénique Tax du rétrovirus HTLV-I. La fonction de cette protéine, exprimée à la fois chez S. Pombe, les plantes et les mammifères n’a pas été encore élucidée. Cependant les publications récentes montrent qu’elle est associée à au moins deux complexes multiprotéiques à domaine PCI : le facteur d’initiation de la traduction eIF3, et le signalosome COP9. Mes travaux sur la fonction d’Int6 ont débuté par la réalisation d’un criblage en double hybride dans la levure des protéines humaines interagissant avec Int6. Nous avons ainsi mis en évidence puis confirmé l’interaction Int6 avec la sous-unité MCM7 du complexe MCM d’initiation de la réplication. Cette interaction a été l’objet principal de mes recherches durant ma thèse. Nous avons ainsi confirmé l’interaction d’Int6 avec les protéines MCM4, 6 et 7 par co-immunoprécipitation des protéines endogènes. L’analyse du complexe Int6-MCM7 dans des cellules Jurkat synchronisées a montré que ce complexe se formait essentiellement en phase G1 et se dissociait en phase S. Chez le xénope, l’intéraction d’Int6 avec MCM7 est détectée dans des extraits mitotiques d’œufs. Dans ce système d’étude, l’introduction d’un excès de protéine Int6 recombinante inhibe la réplication in vitro. La multiplicité des interacteurs mis en évidence (Rfp, eIF3, COP9, MCM) et les différentes fonctions affectées (cycle cellulaire, traduction, réplication) impliquent donc qu’Int6 joue un rôle important au sein de la cellule
The int6 gene was originally identified as a frequent site of integration of the MMTV provirus in preneoplastic and neoplastic mammary lesions. The human cDNA encoding Int6 was independently isolated in a two-hybrid screen for cellular proteins interacting with the Tax oncoprotein of HTLV-1. Finally, the Int6 protein was shown to correspond to a subunit of purified eIF3 translation initiation factor. Its presence in eIF3 has been established in the following organisms : rabbit, S. Pombe et A. Thaliana. In A. Thaliana Int6 has also been shown to associate with the signalosome via binding to the CSN7 subunit of this complex. A two-hybrid screen performed with the Int6 protein as bait showed that it binds the Ret finger protein (Rfp) which interacts with PML and localises with a subset of PML nucear bodies. Int6 and Rfp are co-localised in certain PML nuclear bodies in lymphocytes. Another clones were interesting with respect to recent publications indicating interactions between eIF3, signalosome and proteasome complexes : CSN3, a subunit of signalosome, and Rpt4, a subunit of 19D proteasome. Finally, the two-hybrid screen showed that Int6 binds to MCM7, a component of MCM complex. Analysis of this interaction indicated that it intervenes between normal endogenous proteins in primary cells. Experiments with synchronised cells established that Int6 binds MCM7 in a cell cycle dependent manner during mitosis and G1. The Int6 protein also exists in Xenopus. Its association with the MCM complex was observed only with metaphase-arrested egg extract but not interphase extract. In vitro DNA replication assays using the Xenopus system showed that addition of purified In-6 has an inhibitory effect. These results suggest that Int6 regulates the activity of the MCM complex through an interaction with its MCM7 subunit. They also support a possible link between oncogenesis and the control of the licensing activity

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Nicolas, Gaël. "Étude fonctionnelle et structurale de certains domaines des spectrines érythroïdes et non érythroïdes : site de tétramérisation et domaine SH3." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 1999. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00284819.

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Abstract:

Les spectrines, protéines liant l'actine, sont des constituants majeurs du squelette membranaire, réseau multiprotéique localisé sous la membrane plasmique. Érythroïdes ou non érythroïdes (dans ce cas, on les appelle fodrines), les spectrines ont un rôle structural important dans la membrane comme cela a déjà été démontré, pour la spectrine, dans le globule rouge. Elles sont constituées de deux longues chaînes a et ß associées côte à côte en tétramères (aß)2 qui forment les longs filaments du réseau. Chacune des chaînes est composée par la répétition de segments homologues, 22 pour a et 17 pour ß. Ces segments sont constitués de trois hélices a (hélices A, B et C) repliées sur elles-mêmes. Cette succession de structures trihélicoïdales est parfois interrompue par un domaine particulier comme le domaine SH3 (Src Homology 3) présent au milieu de la chaîne a. Les tétramères (aß)2 de spectrine constituent les filaments du squelette membranaire. L'interaction tête-à-tête de deux dimères aß implique les extrémités NH2 de la chaîne a et COOH de la chaîne ß. D'une part la sévérité du défaut d'auto-association et la localisation des mutations associées à celui-ci et d'autre part, les séquences en acides aminés des extrémités impliquées dans le site d'auto-association ont permis de proposer un modèle : la première hélice C isolée de la chaîne a pourrait s'associer aux deux dernières hélices A et B de la chaîne ß pour reconstituer une unité conformationnelle trihélicoïdale semblable à celles observées le long de la molécule. Un défaut dans la formation du tétramère est le support moléculaire le plus fréquemment observé dans les elliptocytoses héréditaires (HE). À l'aide de peptides recombinants, nous avons défini, sur les deux chaînes, les régions nécessaires et suffisantes possédant les caractéristiques pleinement fonctionnelles du site de tétramérisation. Nous avons ensuite, par mutagenèse dirigée, reproduit le lien entre la présence de mutations HE localisées dans les hélices A ou B et le défaut d'auto-association observé dans les globules rouges de patients HE. La présence d'un domaine SH3 localisé au milieu de la chaîne a confère probablement aux spectrine des fonctions autres que le maintien et la stabilité de la membrane. Les SH3, petits domaines protéiques, participent aux interactions protéine/protéine. Le seul partenaire connu du domaine SH3 de la fodrine était la sous-unité a du canal sodium sensible à l'amiloride (ENaC) mais la fonction de ce complexe n'était pas encore caractérisée. À l'aide de différentes méthodes, nous avons remis en cause l'interaction directe entre ENaC et le SH3 de la fodrine. La fonction de ce domaine SH3 étant liée à la nature de son ligand, nous avons donc recherché les partenaires putatifs du domaine SH3 de la fodrine par la technique du double-hybride. 29 partenaires ont été identifiés, regroupés en 19 familles et 10 clones isolés. La spécificité des interactions a été étudiée à la fois par double-hybride, à l'aide de mutants du domaine SH3 de la fodrine produits par mutagenèse dirigée. Les interactions vis-à-vis d'autres domaines SH3 (spectrine ou une protéine de levure non relatée Scd2) ont été également analysées. Enfin, la spécificité de certains partenaires a été confirmée par des études d'interactions in vitro. Deux des protéines les plus spécifiques du domaine SH3 de la fodrine sont des protéines tyrosine-phosphatase PTP. La première est l'isoforme A de PTP de faible poids moléculaire (LMPTPA) mais l'interaction n'a pas été confirmée in vitro. La deuxième, TD14, est une nouvelle PTP dont la seule fonction connue est d'inhiber la formation des foyers tumoraux des cellules surexprimant l'oncogène Ha-ras. Ces PTP pourraient soit déphosphoryler la fodrine, soit être recrutées sous la membrane pour déphosphoryler une autre cible. Nous avons également identifié trois partenaires (N-WASP, Evl et une protéine de la famille des formines) suggérant que les domaines SH3 des spectrines pourraient être impliqués dans les processus de polymérisation de l'actine liés à la mobilité ou la différenciation cellulaire. Mot clés : spectrine, fodrine, tétramérisation, SH3, double-hybride, polymérisation de l'actine

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Réal, Eléonore. "Etude du complexe de transcription et réplication des lyssavirus." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077223.

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Fournier, Catherine. "Etude fonctionnelle du domaine sh3 des spectrines erythroides et non erythroides ; recherche de ligands par le systeme du double-hybride." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077057.

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Abstract:

Les spectrines/fodrines sont l'un des composants majeurs des squelettes membranaires. Elles sont constituees de deux longues chaines et qui s'associent en tetrameres ()#2 pour former l'unite fonctionnelle de la molecule. Chacune des chaines est composee par la repetition de segments homologues, presentant une structure trihelicoidale, a l'exception du segment 10 qui correspond a un motif sh3 (src homology 3). Les sh3 sont des petits domaines proteiques impliques dans les interactions proteine/proteine. La fonction du domaine sh3 des spectrines et fodrines n'est pas encore caracterisee. La spectrine joue un role important dans les proprietes mecaniques du globule rouge, comme le montre l'etude des anemies hemolytiques associees a une mutation de cette proteine. Nous avons identifie une nouvelle mutation de la chaine spectrine associee, a l'etat homozygote, a un cas de poikilocytose severe. Cette mutation entraine la deletion d'une helice situee immediatement en amont du motif sh3, et pourrait perturber une fonction importante de ce domaine. Afin de caracteriser l'interaction des domaines sh3 spectrine et fodrine avec leurs ligands, nous avons crible une banque de peptides aleatoires exprimes a la surface d'un phage. Nous avons pu definir un nouveau motif consensus d'interaction, h/r x w h/r h/r, different du motif pxxp jusqu'alors defini pour la plupart des domaines sh3. Par ailleurs, le criblage a l'aide du systeme double-hybride, d'une banque d'expression lymphocytaire par le sh3 fodrine, a mis en evidence une interaction entre ce domaine et trois classes de proteines. La premiere classe (e3b1) correspond a des ligands riches en prolines. La deuxieme classe (p70-ku, la sous-unite p27 du proteasome et la hsp86) comprend des proteines tres riches en residus k et e. Dans la troisieme categorie, l'isoforme a de la tyrosine-phosphatase de faible poids moleculaire (lmptp-a) semble particulierement interessante. Cette enzyme cytosolique, initialement isolee a partir de globules rouges, peut egalement interagir avec le sh3 spectrine. Dans le globule rouge, la bande 3 constitue la principale proteine phosphorylee sur residus tyrosine. L'interaction du sh3 spectrine avec la phosphatase lmptp-a pourrait permettre l'adressage de l'enzyme vers son substrat membranaire, la bande 3.

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Lipian, Michal. "Modèle hybride pour simuler l’écoulement à travers un birotor éolien caréné et sa validation expérimentale." Thesis, Paris, ENSAM, 2018. http://www.theses.fr/2018ENAM0073/document.

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Abstract:

La thèse résume la recherche sur le fonctionnement et l’écoulement autour d’une éolienne caréné à deux rotors. Le placement d’une turbine à l’entrée d’un canal divergent permet d’augmenter le débit massique à travers le rotor. Afin de mieux tirer parti de l’augmentation de la vitesse du vent à l’entrée du diffuseur, il a été décidé d’examiner la possibilité de placer un deuxième rotor, tournant dans le sens opposé, dans cette zone.L'étude menée combinait plusieurs voies de recherche différentes, y compris les méthodes de la mécanique des fluides numérique (CFD) et des études expérimentales. Cela a permis de mieux comprendre la nature de l'écoulement et du fonctionnement d'une éolienne à deux rotors. Des recherches expérimentales ont été menées dans la soufflerie de l’Institut de Turbomachinerie de l’Ecole Polytechnique de Lodz (Pologne). Une série de mesures de systèmes d'éoliennes divers, avec et sans carénage, à un et deux rotors, a été réalisée. Les résultats recueillis ont permis de confirmer que le carénage pouvait augmenter considérablement (même deux fois) l'efficacité du rotor. Cependant, les forces aérodynamiques et la vitesse de rotation augmentent également. Cet inconvénient peut être partiellement résolu en utilisant un deuxième rotor et en répartissant les charges aérodynamiques sur deux étages de turbine.Une partie importante de l'étude était les simulations numériques. Ils ont permis de préciser la nature et les paramètres de l'écoulement et d'estimer leur impact sur les performances de l'éolienne. Deux modèles numériques différents ont été développés:• Modèle rotor complet (anglais : Fully-resolved Rotor Model, FRM): modèle URANS dans ANSYS CFX, basé sur la discrétisation de la géométrie complète du rotor; ce modèle a été utilisé pour l'analyse de l’écoulement,• Modèle hybride CFD-BET (théorie de l’élément de pâle): modèle RANS dans ANSYS Fluent, dans lequel le rotor est représenté par les termes source dans les équations de Navier-Stokes, déterminés par un code interne; ce modèle a été utilisé pour évaluer les performances de différentes configurations d'éoliennes.Au cours de la recherche, une correction empirique interne de la perte d’extrémité de la pâle (anglais : tip loss correction) a été proposée, en tenant compte de l’influence du diffuseur. L’étude réalisée a permis d’observer, entre autres, que le déplacement du rotor en aval vers la sortie du diffuseur pouvait entraîner une réduction de la vitesse du vent à travers le rotor en amont, placé à l’entrée du diffuseur, et une diminution de la puissance globale du système
Doctoral dissertation summarizes the research on the functioning and flow around a two-stage, shrouded wind turbine. Placing the turbine at the inlet of a diverging channel allows to increase the mass flow rate of the flow through the rotor. To better take advantage of the increase in wind speed at the diffuser inlet, it was decided to examine the possibility of placing a second rotor in this area, with the opposite direction of rotation.The conducted study combined several different research paths, including Computational Fluid Dynamics (CFD) methods and experimental studies. This allowed for a more refined understanding of the nature of the flow and operation of a wind turbine with two rotors. Experimental research was carried out in the IMP TUL wind tunnel. A series of measurements of various turbine systems with and without shroud, with single- and double-rotor wind turbine were made. The collected results allowed to confirm that the shrouding can significantly (even twice) increase the efficiency of the rotor. However, aerodynamic forces and rotational speed also increase. This disadvantage can be partially addressed by using a second rotor and distributing aerodynamic loads to two turbine stages.An important part of the study were numerical simulations. They allowed to specify in more detail the nature and parameters of the flow and to estimate their impact on the performance of the wind turbine. Two different numerical models were developed:• Fully-resolved Rotor Model: URANS model in ANSYS CFX, based on discretising the entire geometry of the rotor, used for the flow analysis,• Hybrid model CFD-BET (Blade-Element Theory): RANS model in ANSYS Fluent, in which the rotor is represented by source terms in the Navier-Stokes equations, determined by an in-house code; the model was used to evaluate the performance of different wind turbine configurations.In the course of the research an in-house, empirical tip loss correction was proposed, taking into account the influence of the diffuser. The performed study permitted to observe, among others, that moving the rear rotor towards the outlet of the diffuser may result in a reduction of the wind speed through the front rotor, placed at the inlet to the diffuser, and a decrease in the overall system power

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Brazeau, Marc-André. "Exploration d’un modèle d’étude simplifié de la spermiogenèse par l’utilisation de la levure à fission." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/9476.

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Abstract:

Résumé: Les cellules germinales mâles remodèlent leur chromatine pour compacter leur noyau afin de protéger leur matériel génétique et assurer un transit optimal vers le gamète femelle. Il a été démontré que tous les spermatides de plusieurs mammifères, incluant l’homme et la souris, présentaient ce mécanisme de remodelage de la chromatine. Celui-ci est caractérisé par une augmentation transitoire de cassures d’ADN dont une quantité importante sont bicaténaires. Ce remodelage chromatinien a été étudié et semble être conservé chez plusieurs espèces, allant de l’algue à l’humain. Dans le contexte de la recherche fondamentale sur le phénomène de la spermiogenèse, il devient parfois très difficile d’investiguer certains aspects importants en vertu de l’impossibilité de réaliser des manipulations génétiques simples. Il est donc impératif de développer un nouveau modèle d’étude plus permissif afin de palier à ces difficultés encourues. Comme le processus de maturation des spores chez la levure à fission présente de grandes similitudes avec la spermiogenèse des mammifères, l’utilisation d’un modèle d’étude basé sur la sporulation de la levure à fission Schizosaccharomyces pombe a été proposée comme modèle comparatif de la spermatogenèse murine. À la suite de la synchronisation de la méiose de la souche S. pombe pat1-114, des analyses d’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) et de qTUNEL ont permis de déterminer la présence de cassures bicaténaires transitoires de l’ADN lors de la maturation post-méiotique des ascospores nouvellement formés (t>7h). Des analyses par immunobuvardages dirigés contre le variant d’histones H2AS129p suggère la présence d’un remodelage chromatinien postméiotique dix heures suivant l’induction de la méiose, corroborant le modèle murin. Enfin, des analyses protéomiques couplées à l’analyse par spectrométrie de masse ont permis de proposer l’endonucléase Pnu1 comme candidat potentiellement responsable des cassures bicaténaires transitoires dans l’ADN des ascospores en maturation. En somme, bien que le processus de maturation des spores soit encore bien méconnu, quelques parallèles peuvent être tracés entre la maturation des ascospores de la levure à fission et la spermiogenèse des eucaryotes supérieurs. En identifiant un modèle simple du remodelage chromatinien au niveau de la spermiogenèse animale, on s’assurerait ainsi d’un outil beaucoup plus malléable et versatile pour l’étude fondamentale des événements survenant lors de la spermiogenèse humaine.
Abstract : The male germ cells undergo a major chromatin remodeling process in order to protect their genetic material and ensure optimal transit to the female gamete. It has been demonstrated that all spermatids from several mammals, including humans and mice, require this structural transition in order to reach their full maturity and fertilizing potential. This mechanism is characterized by a transient surge in DNA breaks, including a significant number of double-stranded breaks. This feature has been studied and seems conserved in many species, ranging from algae to humans. In the context of basic research on the phenomenon of spermiogenesis, it is sometimes very difficult to investigate important aspects due to the impossibility of carrying out simple genetic manipulations. A more flexible model to overcome the incurred difficulties is therefore needed. Since the process of ascospore maturation of the fission yeast presents great similarities with mammal spermiogenesis, the use of a model based on the sporulation of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe has been proposed as a comparative model to the murine spermatogenesis. Following synchronization of meiosis in the S. pombe diploid strain pat1-114, pulsed field gel electrophoresis and qTUNEL assay were used to determine the presence of transient double-stranded breaks in DNA during the post-meiotic maturation of newly formed ascospores (t> 7h). Analyses by immunoblotting directed against the histone variant H2AS129p suggests the presence of a post-meiotic chromatin remodeling to t=10h, that may share similarities with higher eu karyotes. Finally, proteomic analyzes coupled with mass spectrometry allowed us to propose the Pnu1 endonuclease as a potential candidate responsible for the transient DNA double-stranded breaks during ascospore morphogenesis. In sum mary, although the spore maturation process is still under investigation, some parallels can be drawn between the maturation of ascospores of fission yeast s and higher eukaryotic spermio genesis. Thus, identifying a simple eukaryotic model for chromatin remodeling in animal spermiogenesis would ensure a flexible genetic tool to decipher the molecular events occurring during human spermiogenesis.

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Mézard, Christine. "Reparation des cassures double-brin de l'adn par recombinaison homologue, homeologue et illegitime au cours de la transformation de la levure saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 1994. http://www.theses.fr/1994PA066191.

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Abstract:

La premiere partie de ce manuscrit est une revue des donnees concernant la recombinaison homeologue dans differents organismes, les modes de reparation des cassures double-brin par recombinaison homologue ou par recombinaison illegitime et les caracteristiques de certains genes impliques dans ces reparations. Nous avons developpe un systeme experimental pour etudier les differentes voies de reparation, au cours de la transformation de la levure s. Cerevisiae, d'une cassure double-brin plasmidique creee in vitro, par recombinaison avec une sequence partenaire situee sur la meme molecule ou sur une autre molecule. La reparation des cassures double-brin par recombinaison entre des sequences homeologues p450 ayant 73% d'identite est efficace et a lieu par des mechanismes de recombinaison homologue. L'analyse des jonctions de ces chimeres montre qu'elle se situe dans des blocs d'identite de taille variable (4 a 22 nucleotides) partages par les sequences parentales. Lorsque les sequences ont un faible niveau d'identite (52%), la recombinaison homeologue est peu efficace. Les proteines p450 hybrides obtenues ont conserve les activites de l'un ou l'autre des parents ou acquis des activites des deux proteines parentales. Dans la souche sauvage de s. Cerevisiae, les cassures double-brin sont preferentiellement preparees par recombinaison homologue. Dans le mutant rad52, la reparation par recombinaison intermoleculaire est abolie. Par contre, la recombinaison intra moleculaire a lieu mais avec une efficacite faible. Ces resultats sont interpretes dans le cadre des modeles de reparation des cassures double-brin par recombinaison homologue et illegitime

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Vido, Lionel. "Étude d'actionneurs électriques à double excitation destinés au transport : dimensionnement de structures synchrones." Phd thesis, École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00133970.

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Abstract:

Ce travail s'intéresse à l'étude des machines synchrones à double excitation (MSDE) et au dimensionnement de machines synchrones à aimants permanents (MSAP) dans le cadre des applications de type véhicule hybride. Celle ci se place dans le cadre général de la réduction des rejets de substances polluantes des véhicules. Le véhicule hybride, associé aux MSAP et aux MSDE constitue de ce point de vue une solution intéressante pour résoudre ces problèmes. Nous avons mis au point plusieurs modèles électromagnétiques analytiques (linéaires ou non) de MSAP basés sur la transformation de Park et sur l'utilisation de réseaux réluctants destinés à être intégré dans des structures à double excitation. Ceux ci permettent de concilier précision, rapidité et simplicité. Nous avons dimensionné et réalisé une MSDE au laboratoire SATIE répondant à un cahier des charges de véhicule hybride fourni par le groupe PSA. Celle ci a pu répondre aux contraintes des spécifications à la fois en terme d'encombrement et de performances.

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Bergeault, Karine. "Identification de deux gènes NPR1chez les VITACEAE, analyse de leur diversité de séquences et interactions avec les facteurs de transcription VvTGA." Phd thesis, Université de Haute Alsace - Mulhouse, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00769928.

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Abstract:

La vigne est soumise à de nombreuses maladies impliquant l'utilisation de produits phytosanitaires en grande quantité dont l'utilisation est néfaste pour l'environnement et la santé des utilisateurs. Un enjeu est donc de développer des méthodes alternatives à la lutte chimique. La protéine codée par le gène NPR1 (Nonexpressor of pathogenesis-related gene 1) joue un rôle clef dans la résistance à large spectre chez les plantes. Des éliciteurs tels que l'acide salicylique ou des agents pathogènes influencent l'activation de NPR1 dans le cytoplasme. La translocation de NPRl dans le noyau et son interaction avec des facteurs de transcription TGA induit l'expression des gênes PR (Pathogenesis-related). Nous avons identifié sept homologues potentiels des gènes NPR1 et TGA chez Vitis vinifera (VvNPR1.1, VvNPR1.2, VvTGA1 à 5). L'étude de la diversité de séquences dans les exons de 15 accessions de Vitaceae indique qu'ils sont soumis à une forte pression de sélection purificatrice. De plus, l'analyse in silico des régions promotrices des VvNPR1 montre la présence, d'éléments cis-régulateurs potentiels, en réponse aux stress biotiques et abiotiques ainsi que des motifs de liaison à des facteurs de transcription. Une étude plus poussée des introns montre quelques éléments transposables et un faible polymorphisme dans six accessions de Vitis vinifera. Ces résultats argumentent en faveur d'une pression de sélection forte agissant sur ces gènes. Ceci nous a mené à formuler des hypothèses fonctionnelles et à réaliser une étude d'interaction avec les facteurs de transcription VvTGA1 et VvTGA4 par la technique du double hybride. Ces derniers n'interagissent pas avec VvNPR 1.1.

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Benziane, Boubacar. "Contrôle de l' expression apicale du co-transporteur NKCC2 : rôle des interactions protéine-protéine." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066005.

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Brault, Jean-Baptiste. "Etude de l'interaction entre la protéine de membrane des flavivirus et la chaîne légère de dynéineTcex-1." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077055.

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Abstract:

Les flavivirus transmis par les moustiques comme le virus de la dengue (DENV), le virus West-Nile (WNV), le virus de la fièvre jaune (YFV) ou encore de l'encéphalite japonaise (JEV) sont des virus émergents ou ré-émergents qui représentent une menace pour l'Homme. Ces virus sont composés d'une nucléocapside recouverte d'une enveloppe lipidique dans laquelle sont enchâssées les deux protéines de structure: la protéine d'enveloppe E, nécessaire à l'entrée du virus dans la cellule, et la protéine de membrane M. La protéine de membrane est synthétisée sous la forme d'un précurseur prM qui est clivé en fin de cycle. Le rôle que joue la protéine prM/M au cours du cycle viral n'est pas bien compris. Cette étude avait pour objectif d'identifier des partenaires cellulaires de cette protéine virale afin de mieux en comprendre la fonction. Ces travaux ont permis d'identifier, par la technique du double-hybride ainsi que par purification d'affinité par capture de GST, la chaîne légère de dynéine Tctex-1 comme étant un interacteur cellulaire de l'ectodomaine de la protéine M (ectoM). L'établissement de mutants de l'ectoM a permis d'isoler un acide aminé essentiel pour l'interaction avec la protéine Tctex-1. Des expériences d'ARN interférence visant à éteindre l'expression de la protéine Tctex-1 ont induit une diminution de la production de particules virales de WNV et DENV. La même extinction dans des cellules exprimant des particules vides constituées de prM et de E a permis de déterminer que ce facteur cellulaire est important pour les étapes tardives du cycle infectieux. Ce mécanisme semble indépendant du transport rétrograde du moteur dynéine h Ions des microtubules
Mosquito-borne flaviviruses such as dengue (DENV), West-Nile (WNV), yellow fever (YFV) or Japanese encephalitis (JEV) viruses are now Worldwide emerging or reemerging infectious threats. These viruses consist of a nucleocapsid surrounded by a lipidic membrane containing the two viral structural proteins: the E envelope protein, involved in entry of the virus into its target cell, and the small M membrane protein. The membrane protein is synthesized as a precursor prM that is cleaved late in the viral life cycle. The role that prM/M plays during the viral life cycle remains to be investigated. In this study we sought to identify for the first time new cellular interactors of this protein in order to better understand its function. Using a yeast two-hybrid screen and GSTpull-down assays, we identified the dynein light chain protein Tctex-1 as a cellular interactor of the ectodomain of the M protein (ectoM). Engineering of mutants of the ectoM allowed us to pinpoint a single amino-acid that is important for the interaction with Tctex-1. Silencing of Tctex-1 expression using RNA interference prior to infection induced a significant decrease of DENV and WNV viral progeny production. Silencing Tctex-1 expression in a stable cell line expressing recombinant subviral particles highlighted a role of this cellular factor in the late steps of the viral life cycle. This mechanism seems to be independent from the dynein motor complex retrograde transport along microtubules

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Le, Lepvrier Benoît. "Hybridation de la FDTD à Double Grille (DG-FDTD) avec l'Optique Physique Itérative (IPO) - Application à la simulation d'antennes environnées positionnées sur des platesformes de grandes dimensions." Thesis, Rennes, INSA, 2014. http://www.theses.fr/2014ISAR0011/document.

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Abstract:

Les travaux de cette thèse ont été consacrés à l'extension du domaine d'application de la FDTD à Grille Double (DG-FDTD) via son hybridation avec l'Optique Physique Itérative. Ces recherches ont été motivées par le besoin d'évaluer précisément et efficacement le diagramme d'antenne environnées installées sur des plates-Formes de grandes dimensions (satellite, véhicule, lanceur spatial). Lors du tour d'horizon consacré aux méthodes numériques pouvant intervenir dans la résolution de ce type de problème, la DG-FDTD a révélé des caractéristiques intéressantes en permettant des analyses large bande rapides et précises d’antennes avec un environnement proche complexe. Cependant, sa formulation rigoureuse entraîne des besoins importants en ressources informatiques pour analyser des problèmes de grandes dimensions électriques. Les travaux présentés dans ce manuscrit précisent les limites de son domaine d'application. Ils mettent finalement en avant son incapacité à résoudre seule des problèmes d'antenne sur plateforme. En réponse à cette limitation, un nouveau schéma hybride associant la DG-FDTD avec une méthode asymptotique est proposé. La méthode DG-FDTD/IPO ainsi créée décompose la simulation du problème complet en deux simulations successives. L'antenne et son environnement proche sont tout d'abord simulés rigoureusement avec la DG-FDTD puis la plateforme est analysée efficacement avec l'IPO. Les deux simulations sont interfacées en utilisant le principe d’équivalence. Après avoir validé cette nouvelle méthode sur un scénario canonique, elle est appliquée au calcul de rayonnement électromagnétique en champ lointain dans deux scénarios d’antenne environnée sur porteur (antenne sur véhicule notamment). Deux améliorations de la DG-FDTD/IPO sont finalement proposées dans ce manuscrit. La première est consacrée à la prise en compte grossière des couplages retours entre l'environnement proche de l'antenne et la plate-Forme. Cette amélioration repose sur la redescription grossière de l’environnement proche de l’antenne dans la simulation IPO. La seconde amélioration concerne la modélisation des courants sur les parties ombrées de la plate-Forme dans la simulation IPO. Cette amélioration est motivée par le besoin d'analyser précisément des scénarios de type antenne sur lanceur spatial. En effet, l'IPO ne calcule pas les courants sur les zones ombrées, or dans ce type de problème elles représentent la majeure partie de la plate-Forme. Une nouvelle méthode basée sur l'IPO, et appelée Traitement Séquentielle des Domaines (TSD), est donc proposée pour répondre au besoin exprimé plus haut. Après avoir validé cette nouvelle méthode sur un cas simple impliquant un cylindre, elle est appliquée avec succès à l'analyse d'une plate-Forme de type lanceur spatial
This thesis aims at extending the Dual-Grid FDTD (DG-FDTD) application domain via its hybridization with the Iterative Physical Optics (IPO) method. This research was motivated by the need to evaluate accurately and efficiently the antenna pattern of surrounded antennas installed on large platforms (satellite, vehicle, space launcher). Overview on numerical method involved in this class of problem revealed DG-FDTD has interesting features. This method allows precise and efficient wide-Band simulations of surrounded antennas. However, this method remains costly for electrically large problems, especially because of its rigorous formulation. This thesis assessed the limitations of DG-FDTD and then put forward its inability to resolve antenna on platform problems. To answer this issue, a hybrid scheme combining DG-FDTD with IPO is proposed in this thesis. DG-FDTD/IPO divides the initial simulation into two successive simulations. The antenna and its vicinity are firstly analyzed with DG-FDTD, and then IPO is used to analyze the platform. The two simulations are interfaced using the equivalence principle. This new method is first validated using a canonical scenario. Then, it is applied to the computation of electromagnetic radiation pattern in two antenna on platform problems (antenna on vehicle especially). The method is then exploited to effectively analyze the radiation pattern of a surrounded antenna mounted on a platform. Two improvements are finely proposed in this thesis for DGFDTD/ IPO. The first one aims at taking into account for the backward coupling between the antenna region and the metallic platform. This improvement implies a coarse description of the antenna region in the IPO simulation. The second improvement concerns the modeling of the currents in the shadow areas of the platform. This improvement answers to the need to analyze precisely antenna-On-Launcher problems. Indeed IPO do not compute currents in shadow areas. Well, for this kind of problem, shadow areas represent almost all the platform. A new method based on IPO and called Domains Sequential Processing is proposed. This method is first validated using a canonical scenario involving a cylinder. Then it is successfully applied to the analysis of a spatial launcher

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Petrizzelli, Marianyela. "Mathematical modelling and integration of complex biological data : analysis of the heterosis phenomenon in yeast." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS204/document.

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Abstract:

Le cadre général de cette thèse est la question de la relation génotype-phénotype, abordée à travers l'analyse du phénomène d'hétérosis chez la levure, dans une approche associant biologie, mathématiques et statistiques. Antérieurement à ce travail, un très gros jeu de données hétérogènes, correspondant à différents niveaux d'organisation (protéomique, caractères de fermentation et traits d'histoire de vie), avait été recueilli sur un dispositif demi-diallèle entre 11 souches appartenant à deux espèces. Ce type de données est idéalement adapté pour la modélisation multi-échelle et pour tester des modèles de prédiction de la variation de phénotypes intégrés à partir de caractères protéiques et métaboliques (flux), tout en tenant compte des structures de dépendance entre variables et entre observations. J’ai d'abord décomposé, pour chaque caractère, la variance génétique totale en variances des effets additifs, de consanguinité et d'hétérosis, et j’ai montré que la distribution de ces composantes permettait de définir des groupes bien tranchés de protéines dans lesquels se plaçaient la plupart des caractères de fermentation et de traits d'histoire de vie. Au sein de ces groupes, les corrélations entre les variances des effets d'hétérosis et de consanguinité pouvaient être positives, négatives ou nulles, ce qui a constitué la première mise en évidence expérimentale d’un découplage possible entre les deux phénomènes. Le second volet de la thèse a consisté à interfacer les données de protéomique quantitative avec un modèle stœchiométrique du métabolisme carboné central de la levure, en utilisant une approche de modélisation à base de contraintes. M'appuyant sur un algorithme récent, j’ai cherché, dans l'espace des solutions possibles, celle qui minimisait la distance entre le vecteur de flux et le vecteur des abondances observées des protéines. J’ai ainsi pu prédire un ensemble de flux et comparer les patrons de corrélations entre caractères à plusieurs niveaux d'intégration. Les données révèlent deux grandes familles de caractères de fermentation ou de traits d'histoire de vie dont l'interprétation biochimique est cohérente en termes de trade-off, et qui n'avaient pas été mises en évidence à partir des seules données de protéomique quantitative. L'ensemble de mes travaux permet de mieux comprendre l'évolution de la relation entre génotype et phénotype
The general framework of this thesis is the issue of the genotype-phenotype relationship, through the analysis of the heterosis phenomenon in yeast, in an approach combining biology, mathematics and statistics. Prior to this work, a very large set of heterogeneous data, corresponding to different levels of organization (proteomics, fermentation and life history traits), had been collected on a semi-diallel design involving 11 strains belonging to two species. This type of data is ideally suited for multi-scale modelling and for testing models for predicting the variation of integrated phenotypes from protein and metabolic (flux) traits, taking into account dependence patterns between variables and between observations. I first decomposed, for each trait, the total genetic variance into variances of additive, inbreeding and heterosis effects, and showed that the distribution of these components made it possible to define well-defined groups of proteins in which most of the characters of fermentation and life history traits took place. Within these groups, the correlations between the variances of heterosis and inbreeding effects could be positive, negative or null, which was the first experimental demonstration of a possible decoupling between the two phenomena. The second part of the thesis consisted of interfacing quantitative proteomic data with the yeast genome-scale metabolic model using a constraint-based modelling approach. Using a recent algorithm, I looked, in the space of possible solutions, for the one that minimized the distance between the flux vector and the vector of the observed abundances of proteins. I was able to predict unobserved fluxes, and to compare correlation patterns at different integration levels. Data allowed to distinguish between two major types of fermentation or life history traits whose biochemical interpretation is consistent in terms of trade-off, and which had not been highlighted from quantitative proteomic data alone. Altogether, my thesis work allows a better understanding of the evolution of the genotype-phenotype map

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Rabih, Amine. "Calcul et optimisation des machines hybrides à double excitation axiale : dimensionnement et choix des aimants permanents." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1991. http://www.theses.fr/1991INPL013N.

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Abstract:

Ce travail a été consacré au calcul de champ et à l'optimisation d'une machine à reluctance variable à double excitation axiale par une méthode analytique et une méthode numérique. Pour les machines à reluctance variable à double denture, le calcul de champ par des méthodes numériques présente certains inconvénients, surtout en régime saturé si les problèmes sont traités en 3-dimensions. Il est donc préférable de recourir à d'autres méthodes souples, efficaces et rapides. Notre méthode fait appel à certaines approximations sur la longueur des lignes de champ dans l'entrefer et à la théorie des circuits magnétiques ; elle permet de calculer le champ, en régime saturé, en tout point dans la machine et pour toutes les positions relatives des dents statorique et rotorique. Elle permet, de plus, une optimisation aisée des machines à double denture. Un calcul de champ par une méthode numérique des différences finies (difimedi) ainsi que des résultats expérimentaux permettent de confirmer la validité de la méthode proposée. Nous étudions les machines hybrides de point de vue énergétique et utilisons le concept de l'énergie transmissible dans le plan d'énergie ; ce qui permet de connaitre les performances dynamiques de ces machines, et nous comparons enfin les performances dynamiques d'un même moteur pour différentes alimentations. La structure à double excitation axiale, dans certaines conditions se révèle intéressante dans la recherche de couples massiques importants. On montre notamment qu'un accroissement important (supérieur à 50 %) du couple dynamique des moteurs étudiés, peut ainsi être obtenu grâce à l'utilisation des deux sortes d'aimants en réservant la meilleure qualité à l'aimant possédant la plus petite surface

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Szurek, Boris. "Caractérisation de la protéine effectrice AvrBs3 de xanthomonas campestris pv vesicatoria : Injection dans la cellule végétale et localisation nucléaire. Recherche des protéines de piment cibles." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2001. http://www.theses.fr/2001INAP0051.

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Abstract:

Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria (Xcv) est l'agent causal de la gale bactérienne sur piment et tomate. L'interaction entre Xcv et ses plantes-hôtes dépend d'un système de sécrétion de type III (SSTT) spécialisé dans la sécrétion de facteurs de virulence. L'un d'entre eux est la protéine AvrBs3 qui appartient à une famille d'effecteurs largement conservée dans le genre Xanthomonas. Sur les plantes sensibles, les souches de Xcv exprimant avrBs3 provoquent la formation de pustules, tandis qu'elles induisent spécifiquement une réaction d'hypersensibilité (HR) sur les lignées de piment résistantes. Des expériences d'immunocytochimie ont permis de détecter AvrBs3 dans des cellules de piment infectées avec Xcv. L'immunodétection d'AvrBs3 s'est avérée dépendre d'un SSTT fonctionnel et du signal de sécrétion N-terminal, démontrant directement l'injection de cet effecteur dans la cellule végétale. En outre, AvrBs3 est détectée dans les noyaux et cette localisation est supprimée en l'absence des signaux de localisation nucléaires (NLS). La présence d'un domaine d'activation de la transcription fonctionnel et nécessaire à l'avirulence d'AvrBs3 suggère que cet effecteur interagit avec la machinerie de transcription eucaryote. Afin d'identifier les protéines de piment cibles d'AvrBs3, nous avons utilisé le système double hybride. Sur les huit classes d'ADNc de piment isolés, deux codent l'importine α qui est un composant du système de transport nucléaire. L'interaction entre AvrBs3 et l'importine α a été analysée en détail dans la levure et in vitro, mettant en évidence l'importance des NLS. Plusieurs modèles expliquant le mode d'interaction d'AvrBs3 avec les facteurs de l'hôte pour éliciter les réactions de défense et assurer sa fonction de virulence sont discutés.

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Kalai, Cairedine. "Description topologique des phénomènes d'hydratation et développement méthodologique de fonctionnelles doubles hybrides à séparation de portée." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS191/document.

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Abstract:

Cette thèse s’intéresse aux phénomènes d’hydratation de composés organiques à l’échelle moléculaire. Des méthodes basées sur une fonction d’onde multi-déterminantale sont capables de rendre compte des phénomènes de hydratation avec une précision approchant la réalité expérimentale. Or, ces méthodes sont limitées par la taille du système. L’utilisation de la DFT semble indispensable à une étude de complexes, même pour un nombre limité de molécules d’eau. Il s’avère que ces méthodes ne prennent pas en compte les interactions de nature dispersive. Des corrections empiriques ont été proposées récemment pour palier à ce problème. Cependant, ces corrections ne s’appliquent qu’à l’énergie et sur la géométrie des complexes hydratées, la fonction d’onde n’étant pas affectée par la correction. D’autres alternatives pour la prise en compte des effets de dispersion reposent sur l’emploi de méthodes hybrides fonction d’onde/DFT. Ceci peut s’effectuer en introduisant une séparation de portée dans le traitement des interactions électroniques. L’un des objectifs de cette thèse consiste à proposer une nouvelle méthode double hybride à séparation de portée permettant une bonne description des phénomènes d’hydratation. L’autre objectif de cette thèse consiste à utiliser des outils topologiques permettant la prédiction de composés organiques hydraté par l’étude du potentiel électrostatique moléculaire et la caractérisation de ces interactions non covalentes par la théorie AIM
This thesis deals with hydration phenomena of organic compounds at the molecular scale. The Schrodinger equation considered within the Born-Oppenheimer approximation and within a non-relativistic context contains all the physics necessary to describe in particular the micro-solvation of organic compounds. Methods that are based on a multi-determinant wave function are able to account for micro-hydration phenomena with a precision approaching the experimental reality. These methods are limited by the size of the system. The use of DFT seems necessary for a study of complexes, even for a limited number of water molecules. It turns out that these methods do not take into account dispersive interactions. Empirical corrections have recently been proposed to address this problem. However, these corrections apply only to the energy and to the geometry of the hydrated complexes, the wave function not being affected by the correction. Other alternatives for taking into account dispersion effects using double-hybrid methods should thus be considered. This can be done by introducing a range separation on the electronic interactions. There are two main objectives in this thesis. The first one is to propose a new double-hybrid method with range separation allowing a satisfactorily description of the hydration phenomena at the molecular scale. The second objective consists in using topological tools allowing the prediction of hydrated organic compounds using the electrostatic molecular potential and the characterization of these non-covalent interactions by the "Atoms in molecules" theory

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Curat, Cyrile Anne. "Analyse fonctionnelle des récepteurs à domaine discoi͏̈dine." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066085.

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Mahaman, Bachir Dodo Sahia. "Identification de nouvelles protéines des synapses à ruban." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON1T018.

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Abstract:

Les cellules sensorielles auditives, les cellules ciliées internes (CCI), transforment les ondes sonores en message nerveux. Les synapses des CCI se distinguent de celles du système nerveux par leur anatomie. En effet, les synapses des CCI sont dotées d'un organite appelé ruban synaptique. Ce dernier a pour fonction de concentrer les vésicules synaptiques à proximité des zones actives. Il est important de souligner qu'un déficit de la libération synaptique à la première synapse auditive est à l'origine de surdités chez l'homme. Si la physiologie des synapses à rubans des cellules ciliées a été intensivement étudiée, la composition moléculaire des ces synapses reste en grande partie inconnue. L'objectif de cette thèse était donc d'isoler les protéines clefs de la machinerie synaptique. Pour ce faire, nous avons utilisé la technique du double hybride à partir d'une banque d'ADN complémentaire de cochlée et de la protéine Ribeye, composant majeur des rubans, comme appât. La difficulté majeure de notre étude provient de la structure de Ribeye, qui est constitué par deux domaines A et B. Tandis que le domaine A est dirigé vers le cœur du ruban synaptique et aurait une fonction structurale, le domaine B est fortement homologue au facteur de transcription Ctbp2. Ainsi, nous avons identifié plusieurs candidats comme étant des facteurs de transcription. Ces derniers interagissent probablement avec Ctbp2 dans le noyau. Nos résultats obtenus soulignent la difficulté d'identifier des protéines d'interactions, inhérente à l'utilisation de Ribeye comme appât. Parmi les autres candidats, nous avons isolés des composants du système de l'ubiquitine, suggérant une régulation ubiquitine-dépendante de l'activité ou de la structure des rubans synaptiques
Inner hair cells (IHCs) are the sensory cells of the cochlea, the organ of hearing. IHCs transduce sound stimulation into the release of glutamate onto the afferent auditory nerve fibers. To achieve this task, IHCs harbor at their presynaptic side a large organelle, the so-called synaptic ribbon, surrounded by a monolayer of glutamate-filled synaptic vesicles. Exocytosis of glutamate at the hair cell ribbon synapse seems to be unconventional as the synaptic machinery, depicted so far, differs from most of the nervous system synapses. The goal of this work was to identify new members of the synaptic machinery of the hair cell ribbon synapse. To do so, we took advantage of the yeast two-hybrid system using a cochlea cDNA library as the prey and Ribeye (the major ribbon component) as the bait. Transcription factors were highly represented in our screening assay, most probably because Ribeye is highly homologous to the transcription factor Ctbp2. They probably interact with Ctbp2 in the nucleus. Our results underlined the difficulty to identify protein interactions because of the nature of Ribeye itself. However, we found ubiquitin system components among the other candidates, suggesting an ubiquitin-dependent regulation of the activity and/or structure of synaptic ribbons

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Dissertations / Theses on the topic 'Double hybride en levure'

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