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Dissertations / Theses on the topic 'Dynamique structurale'
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Ferré, Guillaume. "Dynamique structurale de complexes RCPG - neuropeptides." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30141.
Full textAbstract:
Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) reconnaissent un ligand extracellulaire afin de transmettre l'information correspondante à l'intérieur de la cellule. Ils sont des acteurs prépondérants en physiologie ainsi que des cibles pharmacologiques majeures. Nous avons étudié deux RCPG dont les ligands endogènes sont des peptides. a) Le récepteur ĸ opioïde (KOP) qui reconnait la dynorphine. Ce récepteur joue un rôle fondamental dans la régulation de la douleur et des mécanismes de récompense (et donc dans l'addiction). La découverte, la pharmacologie et les relations structure - fonction de la dynorphine sont décrites dans cette thèse sous la forme d'une revue publiée en 2019 dans "Vitamins and Hormones". L'activité des RCPG est assurée par une dynamique conformationelle riche et la résonance magnétique nucléaire (RMN) est particulièrement adaptée pour l'étudier. Elle nécessite néanmoins le marquage isotopique de la protéine d'intérêt, or la plupart des études structurales utilisent des RCPG surexprimés en cellules d'insecte. Nous avons mis au point la production de KOP avec une stratégie d'expression chez E. coli, outil de choix pour le marquage isotopique. Le récepteur recombinant a été purifié puis renaturé en micelles de détergent et s'est avéré être fonctionnel pour la liaison de son ligand. Ce sera un outil de choix pour des études structurales et dynamiques par RMN. b) Le récepteur sécrétagogue de l'hormone de croissance (GHSR), qui est naturellement activé par la ghréline, une hormone peptidique digestive acylée impliquée dans l'appétit, la sécrétion de l'hormone de croissance et l'homéostasie du glucose. Les interactions peptide - RCPG sont mal connues au niveau structural en raison de la difficulté à cristalliser ces complexes. Utilisant un récepteur GHSR perdeutérié, produit dans E. coli et reconstitué en nanodisques lipidiques dans l'équipe de J.L. Banères (IBMM, Montpellier), nous avons utilisé différentes expériences de RMN (relaxation 15N, NOE transféré et STD) pour caractériser finement la structure et la dynamique de la ghréline liée à son récepteur. Nous avons ainsi mis en évidence le mécanisme par lequel la chaîne acyle en position 3 de la ghréline assure une reconnaissance spécifique par GHSRG protein-coupled receptors (GPCR) recognize an extracellular ligand in order to transmit the corresponding information inside the cell. They are major players in physiology and predominant pharmacological targets. Here, we studied two GPCR for which the endogenous ligands are peptides. a) The ĸ opioid receptor (KOP), which recognizes dynorphin, and which is involved in the regulation of pain and reward mechanism (and thus in addiction). The discovery, pharmacology and structure - activity relationship of dynorphin are described in this manuscript as a review published in "Vitamins and Hormones" in 2019. GPCR activity requires a complex conformational dynamics and nuclear magnetic resonance (NMR) is an excellent technique allowing such characterization. However, it requires isotope labeling of the proteins of interest and most of GPCR structural studies used receptors expressed in insect cells. We produced KOP using an E. coli expression strategy, which is the tool of choice for isotope labeling. The recombinant receptor was successfully refolded in detergent micelles and was shown to be functional in terms of ligand binding. It offers new possibilities to study its structure and dynamics by NMR. b) The growth hormone secretagogue receptor (GHSR) is naturally activated by ghrelin, a digestive peptide hormone of 28 amino-acids residues. This hormone - receptor system is involved in a multitude of physiological process such as the regulation of food intake, growth hormone secretion and glucose homeostasis. However, structural information about peptide - GPCR interaction is sparse because of the difficulty in crystallizing such complexes. Using a perdeuterated receptor expressed in E. coli and refolded in lipid nanodiscs in the group of J.L. Banères (IBMM, Montpellier), we used several liquid state NMR techniques (15N relaxation, transferred NOE, saturation transfer difference) to characterize the 3D structure and dynamics of ghrelin bound to GHSR. Our work particularly shed the light on the role of a post-translational modification (acylation on Ser 3) on the receptor specific recognition mechanism
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ILMAIN, FRANCK. "Etude dynamique et structurale d'hydrogels ioniques." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1991. http://www.theses.fr/1991STR13062.
Full textAbstract:
Les resultats rapportes dans cette these permettent une meilleure comprehension des proprietes structurales et dynamiques des gels de polyelectrolytes. Sur le plan de la structure, des resultats de diffusion de neutron aux petits angles par des gels d'acide polyacrylique partiellement neutralise ont pu etre interpretes de facon satisfaisante a l'aide d'un modele de separation de phase microscopique. L'etude des proprietes dynamiques des gels d'acide polyacrylique a ete abordee au moyen de la technique de diffusion quasi-elastique de la lumiere. Les variations du coefficient de diffusion cooperatif ont ete determinees en fonction de la densite de charge sur les chaines, de la concentration en polymere et de la force ionique. En ce qui concerne les proprietes thermodynamiques, les mesures d'intensite de lumiere diffusee ont permis de montrer la predominance de la contribution ionique a la pression osmotique. Les mesures de module de cisaillement ont permis de montrer l'influence de la densite de charge sur l'elasticite des gels ioniques. Enfin, l'etude du taux de gonflement, en fonction de la temperature, de gels constitues de deux reseaux interpenetres d'acide polyacrylique et d'acrylamide, nous a permis de mettre en evidence une transition de phase dans les gels induite par les liaisons hydrogenes
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Huynh, Lucie. "Etude structurale de monocouches lipidiques par simulations de dynamique moléculaire." Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2013. http://www.theses.fr/2013EVRY0008.
Full textAbstract:
Les membranes biologiques jouent un rôle essentiel dans la vie cellulaire. Afin d’étudier leur comportement et leurs interactions avec des molécules, des modèles de monocouches lipidiques ont été développés. Leur compression sur balance de Langmuir permet d’obtenir une isotherme pression de surface-aire moléculaire permettant de caractériser notamment les transitions de phase et le comportement interfacial des monocouches. Seules les études de simulations de dynamique moléculaire permettent d’obtenir les propriétés structurales des lipides organisés en monocouche à l’échelle atomique. Nous avons modélisé une monocouche de 1-palmitoyl-2-oléoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (POPC), phospholipides majoritaires des membranes, puis réalisé une série de dynamiques moléculaires à différentes tensions de surface en utilisant GROMACS et le champ de force tout atome GAFF. Une isotherme de compression de POPC a été obtenue pour la première fois par simulation de dynamique moléculaire. L’analyse structurale des POPC a mis en évidence des variations conformationelles avec l’augmentation de la pression ainsi qu'une distribution bimodale de l’orientation des têtes polaires. L’analyse des angles dièdres a permis d’identifier les torsions responsables de cette flexibilité. Un comportement indépendant des chaînes hydrophobes a été observé et corrélé à un assemblage préférentiel des chaînes oléoyle d’une part et palmitoyle d’autre part. La connaissance des propriétés structurales et organisationnelles des monocouches de POPC est essentielle à la caractérisation des interactions mises en jeu dans la cohésion des films lipidiques et fournit une base à l’étude de leur perturbation par des moléculesBiomembranes play an essential role in many relevant processes in cellular biology. In order to gain insight into their behaviour and interactions with molecules, models such as lipid monolayers have been developed. Monolayer compression on Langmuir trough provides surface pressure – molecular area isotherms, and allows characterisation of phase and interfacial properties of the monolayer. Such a characterisation can be completed by atomistic study of the monolayer phospholipids and molecular interactions from molecular dynamic simulations. Our work is focused on 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC), a lipid comprising a saturated and an unsaturated acyl chain, major lipids in eukaryotic cell membranes. We performed MD simulations at 293 K and 300 K at different surface pressures using the all-atom general amber force field (GAFF). Simulated surface pressure-area isotherms were obtained for the first time, and a good agreement was found with experimental isotherms. Based on the structural analyses, two orientations of the head groups clearly appear. We propose that the conformational variations around the bonds connecting the phosphorus atom to the adjacent oxygen are involved in these specific orientations. Both acyl chains have distinct structural properties upon compression and suggest an independent behavior of the saturated and unsaturated chains that could be correlated with the formation of chain-type clusters observed along the simulated trajectories. Molecular insight in structural properties of POPC monolayer provides essential clues for the study of membrane-molecule interaction
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Rezaei, Human. "Dynamique structurale de la protéine prion ovine." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2001. http://www.theses.fr/2001MNHN0046.
Full textAbstract:
J'ai étudié l'effet, sur les propriétés physico-chimiques et structurales de la protéine prion ovine, de quatre polymorphismes associés respectivement à une forte sensibilité (V136R154Q171, A136R154Q171) et une forte résistance (A136H154Q171, A136R154R171) des animaux vis-à-vis la tremblante. J'ai mis au point une technique originale de purification/renaturation de la protéine PrP pleine longueur exprimée dans E. Coli, permettant d'obtenir en une seule étape de grandes quantités de protéine monomérique pure, homogène et stable. Les spectres de CD et les paramètres de dénaturation chimique et thermique montrent que VRQ est plus structuré et stable que ARR, résultat étonnant confirmé par des expériences de protéolyse ménagée. Une étude par microcalorimétrie différentielle a montré que, pour pH<4. 5 et pH>6. 0, la dénaturation a lieu en deux étapes avec des intermédiaires présentant certaines caractéristiques de la forme pathogène : haute teneur en structure b et capacité à se polymériserI have analysed the effects on the physico-chemical and structural properties of ovine prion protein of 4 polymorphisms, which are respectively associated with a high sensitivity (V136R154Q171, A136R154Q171) and a high resistance (A136H154Q171, A136R154R171) of animal towards scrapie infection. I have first set-up an original purification/renaturation technique of the full-length protein expressed in E. Coli. This allowed us to obtain in one step high quantities or the pure monomeric, homogenous and stable protein. CD spectra and profiles of chemical and heat denaturation processes show that VRQ is more structured and more stable than ARR, an astonishing result whish was confirmed by mild proteolysis experiments. By differential microcalorimetry it was shown that, at pH<4. 5 and >6. 0, denaturation occurs in 2 steps with intermediates exhibiting some characteristics of the pathogenic form : high b sheet content and high tendency to polymerize
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Esmenjaud, Jean-Baptiste. "Dynamique structurale et allostérie des récepteurs NMDA." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLEE016/document.
Full textAbstract:
Les récepteurs ionotropiques du glutamate sont responsables de la vaste majorité de la neurotransmission excitatrice rapide dans le système nerveux central. Parmi eux, les récepteurs NMDA (rNMDA) sont les médiateurs de la plasticité synaptique, fondement cellulaire des processus d’apprentissage et de mémoire. Leurs dysfonctionnements sont impliqués dans de nombreuses pathologies neurologiques et psychiatriques comme les maladies d’Alzheimer et de Parkinson, l’épilepsie et la schizophrénie. Les rNMDA forment des complexes hétérotétramériques massifs (>500 kDa) dotés de propriétés allostériques uniques grâce à un ensemble de 8 domaines extracellulaires bilobés organisé en deux strates superposées : la couche de domaines N-terminaux (NTD) et la couche de domaines de liaison de l’agoniste (ABD). Malgré un nombre croissant de structures complètes de rNMDA, le mécanisme de transduction permettant aux interactions entre ces domaines de contrôler l’activité du récepteur restait inconnu. En combinant analyse expérimentale et computationnelle, nous montrons qu’un mouvement de roulis à l’interface entre les deux dimères de la couche d’ABD est un déterminant clé du processus d’activation et de modulation des rNMDA. Cette rotation des deux dimères d’ABD constitue un commutateur conformationnel qui règle l’ouverture du canal en fonction de la conformation des NTD situés à l’opposé. Ce travail révèle comment des changements conformationnels concertés entre couches de domaines gouvernent l’activité des rNMDA. Il illumine notre compréhension d’un récepteur synaptique majeur du système nerveux central et ouvre la voie à la conception de nouveaux agents pharmacologiques ciblant le mécanisme allostérique élucidéIonotropic glutamate receptors are responsible for the vast majority of fast excitatory neurotransmission in the central nervous system. Among them, NMDA receptors (NMDARs) are key mediators of synaptic plasticity, which is considered as the cellular basis of learning and memory. NMDAR dysfunction is implicated in numerous neurological and psychiatric brain disorders such as Alzheimer and Parkinson’s disease, epilepsy and schizophrenia. NMDAR form massive hetero tetrameric complexes (>500 kDa) endowed with unique allosteric capacity provided by a cluster of eight extracellular clamshell-like domains arranged as two superimposed layers: the Nterminal domain (NTD) layer and the agonist binding domain (ABD) layer. Despite an increasing number of full-length NMDAR structures, the transduction mechanism by which these domains interact in an intact receptor to control its activity remained poorly understood. Combining experimental and in silico analysis, we identify a rolling motion at an interface between the two constitute dimers in the ABD layer as a key determinant in NMDAR activation and modulation pathways. This rotation of the two ABD dimers acts as a conformational switch that tunes channel opening depending on the conformation of the membrane-distal NTD layer. This work unveils how NMDAR domains move and operate in a concerted manner to transduce conformational changes between layers and command receptor activity. It illuminates our understanding of a major synaptic receptor of the central nervous system and paves the way for the development of new pharmacological tools targeting the elucidated allosteric mechanism
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Crapanzano, Laura. "Polymorfisme du soufre : une étude structurale et dynamique." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2006. http://www.theses.fr/2006GRE10054.
Full textAbstract:
Cette thèse est une contribution à l’étude du polymorphisme du soufre à l’état solide et à l’état liquide avec, en particulier un examen des transitions liquide-liquide. Une introduction sur le polymorphisme dans les matériaux simples conduit à faire le choix d’étudier le soufre et on présente l’état des connaissances actuelles sur le diagramme P T du soufre. Puis on décrit les dispositifs haute pression; enclume diamant et presse à grand volume, mis en place à l’ESRF pour réaliser des études structurales ou dynamiques in situ, ainsi que les techniques d’étude de la structure et de la dynamique ; diffraction X, diffusion Raman, diffusion X inélastique utilisés pour ce travail. La partie suivante expose les résultats obtenus sur la structure des différents allotropes du soufre. Grâce à la possibilité de mesures in situ avec un flux intense et à l’utilisation conjointe de la diffraction X et de la diffusion Raman il a été possible de caractériser la structure de phases à l’équilibre et de construire d’un nouveau diagramme de phases du soufre en pression et température. La dernière partie concerne les résultats obtenus sur la dynamique du soufre liquide autour de la transition de polymérisation. On caractérise ainsi, aux basses températures, un liquide moléculaire classique dont la dynamique est celle des molécules S8. Aux plus hautes températures une solution de polymères présente encore le mode à haute fréquence correspondant aux molécules S8 mais aussi un autre, à basse fréquence, qui correspond à des fragments de chaînes interconnectesThis thesis deals with an investigation of polymorphism in both solid and liquid state of sulphur. Emphasis has been put on the polymer transition of liquid sulphur. From a short introduction to polymorphism, sulphur appears as a convenient system for these studies. The state of the art of the P T diagram of sulphur is discussed. Then the manuscript describes the high pressures devices and introduces the ESRF used techniques in order to get either structural or dynamical in situ information; namely X ray scattering, Raman scattering and inelastic X ray scattering. The following part is devoted to the structural results obtained on several sulphur allotropes. Owing to the possibility of in situ measurements with high flux and by using together X-ray and Raman scattering, the structure of equilibrium phases has been determined. Then a new T P phase diagram of sulphur has been obtained. The last part concerns the dynamical results obtained in the temperature range of the polymerisation transition. Above the transition sulphur behaves as a conventional molecular liquid made of S8 units. At higher temperature it still exhibits S8 molecular motion. However a lower frequency mode shows up. It corresponds to the dynamics of cross linked chain fragments
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Marchin, Stéphane. "Dynamique de la micelle de caséines : caractérisation structurale." Rennes, Agrocampus Ouest, 2007. http://www.theses.fr/2007NSARB180.
Full textAbstract:
La micelle de caséines est un constituant déterminant dans la fonctionnalité biologique et technologique du lait. Malgré son rôle clé, l’organisation et la dynamique micellaire de cette structure supramoléculaire ne sont toujours pas élucidées. L’objectif de la thèse a été d’acquérir des connaissances sur la morphologie, la structure interne et externe e la micelle de caséines à la fois à l’état natif et modifié sous l’effet de facteurs physycochimiques (pH, température, déplétion calcique) par une double approche biochimique et physique. Afin de réduire la polydispersité des micelles variant par leur taille et leur composition, nous avons centré notre étude sur des populations micellaires fractionnées par ultracentrifugation différentielle. En nous appuyant sur les récents développements de techniques physiques telles que la diffusion des rayons X aux petits angles et la cryomicroscopie électronique à transmission, nous avons montré que les seules sous-structures présentes dans les micelles de caséines sont des nanoclusters de phosphate de calcium colloïdal, de diamètre 2,5 nm, résultant de l’interaction présumée du phosphate de calcium avec les centres phosphates des caséines, notamment as et BCasein micelles play a key rolein milk for its biological and technoligcal functionality. In spite of that, its micellar organization and dynamics are not yet well known. The objective of the thesis was to gain knowledge on the morphology and internal and external structures of native casein micelle, modified by environmental parameters such as pH, temperature and EDTA addition, using a combined biochemical and physical approach. In order to reduce the polydispersity in size and composition inherent to casein micelles, we used different populations of casein micelles varying in size (large, medium and small), separated by differential ultracentrifugation. The combination of small angle and ultra small angle X-ray scattering (SAXS and USAXS) and cryo-transmission electron microscopy (cryo-TEM) has provided fine structural details of the casein micelles. We have shown that colloidal calcium phosphate nanoculsters were present as numerous electron dense areas of about 2. 5 nm. They appeared to be uniformly distributed in a homogeneous tangled web of casein and were primarily responsible for the behaviour of the SAXS intensity curve at the highest q ectors, corresponding to the internal structure of the casein micelles. Secific demineralization of casein micelles by decreasing the pH from 6. 7 to 5. 2 induced a disappearance of the granular characteristic seen in the cryo-TEM images as well as the characteristic point of inflection on the scattering curves
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Kurauskas, Vilius. "Fonction d'une protéine membranaire : étude structurale et dynamique par RMN." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV005/document.
Full textAbstract:
L’utilisation de détergents est inévitable pour les études structurales des protéines membranaires. Dodecylphosphocholine (DPC) est un des détergents les plus utilisés pour ce type d’études employant la spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) en solution. L’effet des détergents sur la structure et la dynamique des macromolécules est une problématique importante, mais peu étudiée à ce jour. Dans cette étude nous avons caractérisé la dynamique à l’échelle de la milliseconde, la liaison des substrats ainsi que des propriétés structurales de trois protéines membranaires différentes solubilisées dans des micelles de DPC. Ces protéines font partie de la famille des transporteurs mitochondriaux et nous avons choisi les séquences de la levure (ORC1, GGC1, AAC3). Nous avons détecté de la dynamique à l’échelle de la milliseconde qui est distribuée d’une manière asymétrique à travers la structure. En contradiction avec des propos de la littérature, nous montrons que cette dynamique n’est pas corrélée à la fonction, puisqu’elle n’est pas modifiée par des mutations qui inhibent le transport effectué par ces protéines quand elles sont reconstituées dans des liposomes. En plus, nous avons pu montrer que leur spécificité par rapport aux substrats, n’est pas conservée quand ces transporteurs sont reconstitués dans du DPC, mettant en question leur fonctionnalité dans ce détergent. La RMN a aussi permis de démontrer que les structures tertiaire et secondaire sont perturbées dans les micelles avec quelques hélices transmembranaires apparaissant exposées au solvant. Nous avons donc conclu que la présence du détergent a un effet fort sur les trois transporteurs mitochondriaux de notre étude et probablement d’autres protéines similaires, en les rendant très flexible. Nos résultats indiquent un probable effet général de ce détergent sur les protéines membranaires, comme nous le discutons dans une analyse détaillée de quelques études de protéines membranaires décrites dans la littérature. Dans la seconde partie de ce travail, nous avons adressé une question fondamentale de la dynamique des protéines: comment se comportent les protéines dans des cristaux ? Nous avons étudié la dynamique de l’ubiquitine cristalline à l’échelle de la milliseconde afin de comprendre l’influence de la maille cristalline sur ce type de mouvement. Pour ce faire, nous avons employé la RMN à l’état solide et des simulations de dynamique moléculaire de la protéine dans différents réseaux cristallins distincts. Il est intéressant à noter que dans ces cristaux on détecte toujours des processus locaux d’échange dynamique sur une échelle de temps de la milliseconde. Cependant, en comparant les résultats obtenus avec différentes formes cristallines, nous constatons que les paramètres thermodynamiques des différents états en échange et les vitesses d’interconversion entre ces dernières sont significativement modifiés par les contacts cristallins. De plus, nous avons détecté des mouvements globaux de type «rocking» des ces molécules à l’état cristallin qui surviennent également à l’échelle de la milliseconde. Ceci suggère que les mouvements globaux et locaux sont corrélés. Cette observation ouvre la discussion de l’importance de ce type de mouvements pour la qualité et l’interprétation des données des expériences de diffraction des rayons-XThe use of detergents is often unavoidable in the structural studies of membrane proteins. Dodecylphosphocholine (DPC) is one of the most commonly used detergents for such studies in solution state NMR spectroscopy. The effect of detergent on structure and dynamics remains an important and poorly understood question. In this study we have investigated millisecond dynamics, substrate binding and structural features of three different yeast proteins from mitochondrial carrier family (GGC1, ORC1 and AAC3) in DPC micelles. We have detected millisecond dynamics, which are asymmetrically distributed across the structure. Contrary to previous claims, we show that these dynamics are unrelated to function, as they are not affected by the substitutions which abolish mitochondrial carrier transport in proteoliposomes. Furthermore, we could show that the very well-defined substrate specificity of these proteins in membranes is abolished when they are reconstituted in DPC, questioning their functionality. Structural investigations have revealed that both tertiary and secondary structures of these carriers are perturbed in DPC micelles, with some TM helices showing substantial solvent exposure. We have concluded from these observations that DPC detergent strongly perturbs these, and likely other mitochondrial carriers by rendering them very flexible. Our findings point to a possibly general effect of this detergent on membrane proteins, as we discuss with examples of previously studied membrane proteins. In the second part we have addressed a fundamental question of protein dynamics: how do proteins move inside crystals? We have investigated ms dynamics in a crystalline ubiquitin to gain the insight on the impact of the crystalline lattice on such motions, using solid-state NMR and ms long MD simulations of explicit crystal arrangements. Interestingly a local dynamic exchange process on a ms time scale is still present in crystals. However, by comparing different crystal forms we establish that the thermodynamics of the exchanging states and their interconversion rate constants are significantly altered by the crystal contacts. Furthermore, we detect overall "rocking" motion of molecules in the crystal, occurring on a tens-of-ms time scale, and provide evidence that overall and local motion are coupled. We discuss the implications of ms dynamics on the data quality in X-ray diffraction experiments
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Lelong, Gérald. "ETUDE STRUCTURALE ET DYNAMIQUE DE SOLUTIONS DE SUCRE CONFINEES." Phd thesis, Université d'Orléans, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00160391.
Full textAbstract:
Bien que le rôle actif des sucres soit connu dans la stabilisation des membranes cellulaires lors de fortes déshydratations, il s'avère que les processus à l'origine de cette protection ne sont pas encore bien compris. Néanmoins, la très grande affinité de l'eau pour le sucre, comme en témoigne la formation de très nombreuses liaisons hydrogène, est semble-t-il responsable en partie de cette propriété exceptionnelle. L'étude expérimentale de la dynamique des molécules de sucre et d'eau permettra ainsi de quantifier l'importance de ces interactions. Dans ce travail, nous nous sommes principalement intéressés à des solutions de mono- et disaccharides (glucose, fructose et tréhalose). La diffusion quasi-élastique des neutrons a permis de mesurer, à l'échelle de la picoseconde, la dynamique de l'eau et du sucre en solution et sous confinement dans des matériaux poreux présentant un mimétisme d'échelle avec le vivant. Les deux matrices sélectionnées, c'est-à-dire un gel de silice aqueux et des nanosphères de silice mésoporeuse de type MCM-41, qui présentent des diamètres de pores de 18 et 3 nm respectivement, ont été caractérisées grâce à un large panel de techniques expérimentales (SANS, MET, MEB, Spectroscopie Raman, BET, DRX). L'effet du confinement sur la dynamique et sur les transitions de phase solide-liquide a ainsi pu être exploré, ainsi que l'effet protecteur des sucres grâce à une étude de déshydratation in-situ suivie par diffusion des neutrons aux petits angles.
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Trivelli, Xavier. "Première étude structurale et dynamique d'une peroxyrédoxine par RMN." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10230.
Full textAbstract:
Les cellules luttent en permanence contre les pro-oxydants et leurs effets néfastes. Les hydroperoxydes en sont les plus courants. La cystéine nucléophile du site actif confère aux peroxyrédoxines (Prx) une activité peroxydasique, réductrice des hydroperoxydes dépendante notamment de thiorédoxines. Pour la première fois, une Prx, Ahp1 de Saccharomyces cerevisiae, a fait l'objet d'une étude structurale par RMN triple résonance (1H/13C/15N) sur un échantillon uniformément marqué [13C/15N/50 % 2H] en milieu aqueux réducteur. Sa topologie est semblable à celle des autres Prx. L'analyse des données de relaxation RMN 15N a émontré que Ahp1 est un homodimère 2x19,4kDa en solution, ce qui a été confirmé par ultracentrifugation analytique et par des calculs d'hydrodynamique. La forme suroxydée, préparée in vitro par un excès de tBuOOH, a été cractérisée grâce à un marquage sélectif Cys[β-13C]. Les résultats montrent que la cystéine du site actif est alors oxydée en sulfonate
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Lelong, Gérald. "Etude structurale et dynamique de solutions de sucre confinées." Orléans, 2007. http://www.theses.fr/2007ORLE2004.
Full textAbstract:
Bien que le rôle actif des sucres soit connu dans la stabilisation des membranes cellulaires lors de fortes déshydratations, il s’avère que les processus à l’origine de cette protection ne sont pas encore bien compris. Néanmoins, la très grande affinité de l’eau pour le sucre, comme en témoigne la formation de très nombreuses liaisons hydrogène, est semble-t-il responsable en partie de cette propriété exceptionnelle. L’étude expérimentale de la dynamique des molécules de sucre et d’eau permettra ainsi de quantifier l’importance de ces interactions. Dans ce travail, nous nous sommes principalement intéressés à des solutions de mono- et disaccharides glucose, fructose et tréhalose. La diffusion quasi-élastique des neutrons a permis de mesurer, à l’échelle de la picoseconde, la dynamique de l’eau et du sucre en solution et sous confinement dans des matériaux poreux présentant un mimétisme d’échelle avec le vivant. Les deux matrices sélectionnées, c’est-à-dire un gel de silice aqueux et des nanosphères de silice mésoporeuse de type MCM-41, qui présentent des diamètres de pores de 18 et 3 nm respectivement, ont été caractérisées grâce à un large panel de techniques expérimentales (SANS, MET, MEB, Raman, BET, DRX). L’effet du confinement sur la dynamique et sur les transitions de phase solide-liquide a ainsi pu être exploré, ainsi que l’effet protecteur des sucres grâce à une étude de déshydratation in-situ suivie par diffusion des neutrons aux petits angles.
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STOLL, SERGE. "Etude dynamique et structurale de systemes colloidaux en evolution." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1992. http://www.theses.fr/1992STR13156.
Full textAbstract:
L'etude des cinetiques d'agregation de latex de polystyrene en presence de fragmentation a ete effectuee par le biais de la technique du comptage de particules (coulter counter). Nous avons montre dans le cas de processus reversibles que les courbes de distribution en taille s'expriment sous la forme de fonctions uniques de variables reduites aux grands temps et que les masses moyennes varient en puissance du temps. L'etude d'un processus de fragmentation provoquee d'agregats a montre que leur age conditionne leur stabilite interne, c'est pourquoi la fragmentation procede a la rupture de liens tout en respectant les sequences d'assemblage. Nous avons developpe une technique de determination de dimension fractale en correlant la vitesse de sedimentation et la masse des agregats. La valeur obtenue, pour des agregats formes par un processus diffusionnel reversible, est en accord avec les resultats issus des simulations numeriques qui tiennent compte d'un effet de compactage des agregats lie a la restructuration. Nous avons etudie les processus d'agglutination de particules de latex recouverts a saturation d'anticorps en presence d'antigene, ce dernier exercant un role de ligand. Les modes d'agglutination sont fonctions du dosage en antigene. L'agglutination a lieu aussi bien a forte qu'a faible concentration en antigene sans toutefois mettre en jeu les memes modes de croissance. L'etude de l'agregation entre particules dissemblables quant a la nature de leur charge de surface a montre que la cinetique etait conditionnee par la formation de structures types, fonctions de la concentration relative et de la fonctionnalite respective de chaque espece
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Juillard, Sandrine. "Étude structurale et dynamique de la myoglobine : insertion d'hèmes artificiels." Rennes 1, 2006. http://www.theses.fr/2006REN1S170.
Full textAbstract:
De part leurs diverses fonctions, les hémoprotéines ont été le sujet de nombreuses recherches centrées principalement sur la compréhension de la relation structure-fonction. Les résultats obtenus permettent, aujourd’hui, de construire des protéines artificielles avec la structure et/ou la fonction souhaitées. Cependant, des phénomènes structuraux restent aujourd’hui à élucider, notamment la dynamique de l’hème. Dans le but de répondre à cette question, nous avons envisagé des myoglobines artificielles avec des hèmes de petite taille, dérivés de la porphine. Dans un premier temps, des β-alkylporphyrines de fer et méso-monophénylporphyrines de fer ont été synthétisées et caractérisées. La myoglobine est ensuite reconstituée avec deux de ces complexes : la 3,7-diéthyl-2,8-diméthylporphyrine de fer et la 3-éthyl-2-méthylporphyrine de fer. Les études RMN démontrent que la fixation de l’hème est liée à l’encombrement des substituants et sa perte de symétrie.
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Kieffer, Bruno. "Etude structurale et dynamique des peptides en solution par rmn." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1992. http://www.theses.fr/1992STR13049.
Full textAbstract:
La resonance magnetique nucleaire (rmn) est une methode de choix pour l'etude de peptides de petites et moyennes tailles impliques dans des processus de reconnaissance intermoleculaire. La comprehension de ces mecanismes de reconnaissance fait intervenir non seulement la structure des molecules en presence, mais aussi leur capacite d'adaptation conformationnelle qui est reliee a la flexibilite de ces molecules. L'etude et la quantification des phenomenes de relaxation entre spins a l'interieur d'un peptide permet d'acceder a des informations structurales et dynamiques. Cependant, la complexite des mecanismes de relaxation ou la faible sensibilite de noyaux comme le carbone 13 rendent la determination de ces parametres difficile. Nous avons developpe des methodes spectroscopiques et informatiques permettant de quantifier et d'analyser ces parametres de relaxation. Nous avons applique ces methodes a l'analyse de la structure et de la dynamique de deux types de peptides. D'une part, nous avons modelise la structure et la flexibilite de deux peptides cycliques mimant un site antigenique de l'hemagglutinine du virus de la grippe. D'autre part, nous nous interesses a la structure d'un tetrapeptide issu de la fibronectine et implique dans le phenomene d'adhesion cellulaire
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Pélosin, Véronique. "Dynamique de l'évolution structurale et spectroscopie mécanique de multicouches AgNi." Grenoble 1, 1993. http://www.theses.fr/1993GRE10121.
Full textAbstract:
Differents appareils ont ete adaptes a la spectroscopie mecanique de films minces autoportants ou adherents a un substrat. Les deux principaux dispositifs mis au point, tres performants et plurifonctionnels, sont un tensiodilatometre et une lame vibrante. Nous nous somme interesses a des multicouches agni a mailles deformees fabriquees par pulverisation cathodique. Les deux elements sont immiscibles et presentent un fort desaccord parametrique, 15%. La taille des grains est nanometrique. Nous avons etudie les differents stades de l'evolution microstructurale de ces materiaux, relaxation interfaciale et destratification, grace a des mesures de resistivite et de dilatometrie effectuees en continu au cours de cycles de temperature. Le comportement mecanique des echantillons a ete analyse pour une large gamme de periodes, dans l'etat brut de fabrication mais aussi lors de traitements thermiques. Des courbes effort-deformation tracees en tension uniaxiale montrent que les lois de l'elasticite lineaire demeurent verifiees. Le module d'young ne presente aucune singularite, quelle que soit la periode etudiee. Les constantes de cisaillement determinees par diffusion brillouin sont abaissees substantiellement aux faibles periodes. Les mesures ont aussi revele une limite d'ecoulement plastique geante. En regime dynamique, les mouvements des defauts internes, joints de grains et interfaces, sont inhibes par ancrage reciproque. En utilisant des films adherents a un substrat de silicium, nous avons suivi les variations des contraintes internes generees thermiquement ou induites par les reorganisations structurales. Il apparait que le relachement de ces contraintes lors du stade de relaxation interfaciale est a mettre en relation avec la densification qui accompagne cette relaxation. Enfin, nous avons mis en evidence des effets de module et d'amortissement d'origine magnetoelastique. Ils renseignent sur la mobilite des parois de domaines magnetiques. Le niveau de contrainte a une incidence tres forte sur l'amplitude de ces effets
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Tsan, Pascale. "Étude magnétique, structurale et dynamique du cytochrome c' de Rhodobacter capsulatus par résonance magnétique nucléaire." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10106.
Full textAbstract:
La caracterisation structurale, magnetique et dynamique du cytochrome c de r. Capsulatus est presentee. La forme complexee par co de ce cytochrome c a ete entierement attribuee. Le repliement global et la structure secondaire sont en accord avec ceux de la forme oxydee, obtenus par radiocristallographie. L'ajustement des mesures de deplacements chimiques paramagnetiques n'indique pas de changements structuraux importants du squelette peptidique entre formes redox. La dynamique interne de la proteine a ete caracterisee a partir des vitesses de relaxation des noyaux #1#5n amides. L'etat magnetique du fer a ete caracterise dans les formes redox paramagnetiques. Dans l'etat oxyde, les deplacements chimiques dipolaires et de contact, l'orientation et les composantes du tenseur de susceptibilite magnetique sont en accord avec un etat haut-spin a haute temperature. Les mesures de magnetisme indiquent un etat s = 5/2 a haute comme a basse temperature. L'introduction d'une contribution d'etat s = 3/2 d'apres le modele d'etat de spin quantiquement mixte de maltempo n'indique qu'une contribution faible (10%) de cet etat. Dans l'etat reduit, les mesures de magnetisme et de rpe indiquent un etat s = 2 a haute comme a basse temperature. L'axe principal du tenseur presente un ecart important (30) par rapport aux axes moleculaires de symetrie. Les deplacements de contact des protons de l'heme presentent une symetrie d'ordre 2 dont l'origine, en terme orbitalaire, reste encore a etre comprise. Le tenseur de diffusion rotationnelle determine a partir des mesures de relaxation #1#5n indique un etat monomerique en solution pour la forme diamagnetique. L'etude par centrifugation analytique et la mesure des constantes de couplage dipolaire residuel menee au laboratoire indiquent le meme etat pour les formes oxydee et reduite. Ce resultat, contraire a l'hypothese initiale d'un etat dimerique suggere par plusieurs donnees de la litterature, proviendrait de l'utilisation de souches differentes dans les diverses etudes.
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Cristiglio, Viviana. "Caractérisation structurale d'aluminates fondus : expérience et modélisation." Orléans, 2008. http://www.theses.fr/2008ORLE2008.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail est l'étude structurale d’aluminates fondus par des mesures de diffusion de neutrons et de rayons X et par des simulations de dynamique moléculaires ab-initio (AIMD). Trois systèmes ont été plus précisément étudiés : (Y2O3/CaO/MgO)-(Al2O3). L'utilisation de fours conventionnels pour étudier l’état fondu présente plusieurs problèmes qui sont contournés par l’utilisation de techniques sans contact. Ce travail utilise ainsi la lévitation aérodynamique associée à un chauffage par laser CO2. La simplicité et la compacité des dispositifs permettent de les associer facilement à diverses techniques expérimentales, notamment sur les sources de neutrons et les synchrotrons. Dans le cas d’un liquide, l’étude structurale se limite à une détermination de l’arrangement moyen des premières couches d’atomes autour de chaque espèce atomique. Toutes les informations sont contenues dans le facteur de structure S(Q) et la fonction de distribution de paires g(r) qui caractérise l’ordre local dans le matériau. Pour les trois systèmes étudiés, les données structurales obtenues concernent essentiellement les distances entre les atomes et les nombres de voisins. Pour aller plus loin dans l’étude structurale de ces liquides, il est nécessaire d’utiliser des techniques de modélisation et nous avons effectué des simulations AIMD en utilisant le code VASP. Nous avons ainsi calculé les fonctions S(Q) et g(r) et obtenu des informations complémentaires sur les distributions angulaires des liaisons atomiques et des nombres de coordination. Le bon accord trouvé entre les données expérimentales et les simulations confirme la fiabilité des modèles que nous avons utilisés.
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Margeat, Emmanuel. "Energétique et dynamique structurale des interactions des récepteurs des oestrogènes humains." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON13516.
Full textAbstract:
Les récepteurs des estrogènes sont impliqués dans la croissance et la différenciation des tissus reproductifs. Ce sont des facteurs de transcription inductibles qui se lient à des séquences spécifiques d'ADN situées en amont du gène régulé. En réponse à la liaison de molécules agonistes ils interagissent avec des protéines co-activatrices, conduisant par la suite au recrutement de l'ensemble de la machinerie transcriptionnelle. Une compréhension fine des mécanismes d'activation transcriptionnelle par les récepteurs nucléaires en général nécessite, outre des informations structurales, la caractérisation des paramètres énergétiques gouvernant ces interactions macromoléculaires. Nous avons utilisé dans ce travail la spectroscopie de fluorescence pour étudier les interactions in vitro entre les récepteurs des oestrogènes a et b recombinants purifiés, et leur ADN cibles, leur ligands et certains coactivateurs. Nous avons pu mettre en évidence les caractéristiques thermodynamiques de la liaison de ER à un ADN fluorescent. Le rôle énergétique joué par les différentes bases de l' élément de réponse a été quantifié, et le rôle pouvant être joué par les ligands sur la multimérisation du récepteur a été mis en évidence. De plus, nous avons caractérisé les interactions entre ER a et ß entiers ainsi que le domaine de liaison de l'homme isolé ( ERaHBD) d'une part, et des fragments des cofacteurs TIF1a , SRC-1 et TIF-2 d'autre part. Les expériences d'anisotropie de fluorescence et de spectroscopie de corrélation de fluorescence sur molécule unique conduites à l'aide du fragment SRC-1570-780 marqué par un fluorophore ont démontré sans ambigui͏̈té une stœchiométrie de 1 molécule de SRC-1 par dimère de Era. Nous avons également déterminé l'affinité de ces interactions en présence de différents agoniste, et nous avons pu montrer l'importance de la structure de ceux-ci sur l'affinité d'interaction, indépendamment de leurs propres affinités pour le récepteur.
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Märker, Katharina. "Détermination structurale de systèmes organiques par polarisation dynamique nucléaire et RMN solide." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV082/document.
Full textAbstract:
La détermination structurale supramoléculaire de solides organiques est d'une importance capitale pour la compréhension de leurs propriétés et de leur fonction. Des informations structurales à l’échelle atomique peuvent en principe être obtenues pour des composés en phase solide par la spectroscopie RMN (résonance magnétique nucléaire) combinée à la rotation de l’échantillon à l’angle magique (MAS). Cette technique est cependant confrontée à de fortes limitations de sensibilité, notamment en raison de la faible abondance isotopique naturelle (AN) d’isotopes clés, comme le carbone-13 et l’azote-15 (respectivement 1,1% et 0,37%).Une amplification de la sensibilité de plusieurs ordres de grandeur peut être obtenue avec la polarisation nucléaire dynamique (DNP), technique basée sur le transfert de polarisation des spins électroniques aux spins nucléaires. Les progrès récents dans la mise en œuvre pratique de la DNP ouvrent de nouvelles voies passionnantes, explorées dans cette thèse, pour la détermination de la structure des solides organiques.La première étape d’une étude structurale par RMN consiste en l'attribution spectrale des résonances. Malgré la faible AN des isotopes 13C et 15N, nous montrons dans ce travail que l’attribution complète de ces résonances pour un assemblage à base d’un dérivé de Guanosine est possible, grâce à l’utilisation d’expérience de corrélation multidimensionnelle 13C-13C et, pour la première fois, de spectre de corrélation 13C-15N.L'accent est alors mis sur l'obtention d'information structurale sous la forme de distances carbone-carbone et carbone-azote à partir d’expériences de transfert d’aimantation (expériences dites de « recouplage dipolaire »). Plusieurs stratégies sont discutées pour l’obtention de courbes de transfert d’aimantation sur des échantillons en AN. La dilution naturelle des isotopes 13C et 15N présente ici un avantage décisif pour ces mesures en réduisant de manière importante la troncature dipolaire, ce qui permet un transfert de polarisation sur de longues distances sans perturbation engendrée par la présence d’un troisième spin. Il en découle une description simplifiée de la dynamique de spin qui peut ainsi être facilement reproduite par des simulations numériques. Cette approche est démontrée expérimentalement sur des nanotubes du peptide diphénylalanine cyclique auto-assemblé (cyclo-FF). Les courbes de transfert d’aimantation 13C-13C et 13C-15N obtenues sont effectivement sensibles à de longues distances allant jusqu'à ~ 7 Å, et sont en excellent accord avec les simulations basées sur la structure cristalline du cyclo-FF. De plus, chaque courbe de transfert d’aimantation est constituée d’une superposition de contributions multiples intra et intermoléculaires, et contiennent donc une information structurale très riche.Il est ensuite montré que le contenu élevé de l'information contenu dans ces courbes de transfert d’aimantation et leur description théorique simple permettent de déterminer à la fois la structure moléculaire et la structure supramoléculaire du cyclo-FF. Ceci est réalisé à l'aide d'un code de calcul dédié qui crée de manière systématique des modèles structuraux par translation/rotation moléculaire et différentes symétries possible de la maille cristalline. Ces modèles sont ensuite classés en fonction de leur accord avec les données expérimentales.La thèse conclut en présentant des améliorations méthodologiques pour la séquence d'impulsions de recouplage dipolaire homonucléaire SR26. Cette séquence est particulièrement puissante pour une utilisation sur des échantillons en AN. Ces améliorations permettent une augmentation de l'efficacité du recouplage et l'acquisition de spectres de corrélation 2D avec de larges fenêtres spectrales.En résumé, cette thèse démontre que l'utilisation d'échantillons organiques en AN présente d’importants avantages pour leur étude structurale par RMN en phase solide qui devient possible avec la technique de DNP sous MASSupramolecular structure determination of organic solids is of utter importance for understanding their properties and function. Structural insights at the atomic level can be provided by magic-angle spinning (MAS) solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. However, this technique faces strong limitations in sensitivity due to the low natural isotopic abundance (NA) of the key nuclei 13C and 15N (1.1 % and 0.37 %, respectively). Sensitivity enhancement by several orders of magnitude can be achieved with dynamic nuclear polarization (DNP) which is based on polarization transfer from electron to nuclear spins. The recent progress in the practical implementation of DNP opens up new and exciting possibilities for structure determination of organic solids which are explored in this thesis.The first step for structural studies with NMR is resonance assignment. The complete assignment of 13C and 15N resonances at NA is demonstrated here to be feasible based on DNP-enhanced 13C-13C and, for the first time, 13C-15N correlation spectra.The focus is then laid on obtaining structural information in the form of carbon-carbon and carbon-nitrogen distances from the buildup of polarization in dipolar recoupling experiments. Several strategies are discussed for recording such polarization buildup curves at NA. A decisive advantage of these measurements is that dipolar truncation is reduced to a great extent in samples at NA, enabling undisturbed polarization transfer over long distances and a simple description of the spin dynamics by numerical simulations. This is demonstrated experimentally on the self-assembled cyclic diphenylalanine peptide (cyclo-FF). The 13C-13C and 13C-15N buildup curves obtained are indeed sensitive to long distances (up to ~ 7 Å) and are in excellent agreement with the crystal structure of cyclo-FF. Moreover, each buildup curve represents a superposition of multiple intra- and intermolecular distance contributions and can therefore provide a wealth of structural information.It is subsequently shown that the high information content and the simple theoretical description of such polarization buildup curves enables determination of both the molecular and the supramolecular structure of cyclo-FF. This is achieved with the help of a dedicated computational code which creates structural models based on a systematic grid-search and ranks them according to their agreement with the experimental data.The thesis concludes by presenting improvements for the homonuclear dipolar recoupling pulse sequence SR26 which is a powerful sequence for use in NA samples. These improvements enable increased recoupling efficiency and the acquisition of 2D correlation spectra with large spectral widths.Overall, this thesis demonstrates that clear advantages lie in the use of NA samples for structural studies of organic solids, and that MAS-DNP enables structure determination which is mainly based on distance information from NMR data
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Portal, Laura. "Synthèse et caractérisation structurale de nanocristaux d’oxydes métalliques." Limoges, 2013. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/1446de7f-ad34-4523-a092-42b9d260355c/blobholder:0/2013LIMO4063.pdf.
Full textAbstract:
Ce travail porte sur la synthèse de nanocristaux d’oxydes métalliques (ZrO2 et TiO2) de dimension inférieure à 5 nm et de distribution en taille étroite, sur leur caractérisation structurale et sur les relations taille/structure. Les synthèses ont été effectuées par un procédé sol-gel non-hydrolytique. L’étude de la structure a été menée à l’aide de diverses méthodes de simulation à l’échelle atomique empiriques et ab initio et de la technique de diffusion totale des rayons X permettant d’accéder aux fonctions de distribution de paires atomiques (PDF) des échantillons. Nous avons réussi à synthétiser des nanoparticules cristallisées de ZrO2 et TiO2 d’environ 3 nm et quasi mono-disperses. Dans le cas de ZrO2, nous avons montré que l’ajout de sodium métallique dans le milieu réactionnel est un paramètre déterminant pour obtenir des échantillons parfaitement cristallisés, de structure moyenne tétragonale, et monophasés. Divers modèles de nanoclusters (ZrO2)n avec n inférieur à 200 ont été construits en utilisant des méthodes de type algorithme génétique, dynamique moléculaire et relaxation structurale. La comparaison de leur PDF avec les données expérimentales a livré plusieurs informations : (i) les configurations théoriques les plus stables énergétiquement sont les plus désordonnées, (ii) la stabilisation de la surface des modèles, obtenue en saturant celle-ci avec des molécules d’eau, permet de limiter le désordre ce qui est davantage en accord avec les données expérimentales et met en évidence le rôle majeur de la surface des objets d’une telle taille, (iii) enfin la structure, coeur et surface, évolue fortement avec la taille des particulesThis work deals with the synthesis and the structural characterization of metallic oxide nanoparticles (ZrO2 and TiO2) as well as their size/structure relationships. We elaborated nanoparticles with a size inferior to 5 nm and a narrow size distribution. The syntheses were performed by a non-hydrolytic sol-gel route. The structural study was carried out using several empirical and ab initio simulation methods and X-ray total scattering to extract the pair distribution functions (PDF) of the samples. We succeeded in synthesizing crystalline nanoparticles of ZrO2 and TiO2 with a size of about 3 nm and quasi mono-dispersed. In the case of ZrO2, we showed that the addition of metallic sodium in the reaction environment is a key parameter in order to have crystallized and single-phased nanoparticles with an average tetragonal structure. Various models of nanoclusters (ZrO2)n (with n < 200) were built using methods such as genetic algorithms, molecular dynamics and structural relaxation. Comparing their PDF with the experimental data revealed that: (i) the most energetically stable theoretical configurations are the most disordered, (ii) the stabilization of the surface of the models, obtained by saturation with water molecules, can limit the disorder. This result is more in agreement with the experimental data and emphasizes the importance of the surface of such nanometer-sized objects, (iii) finally, the structure, including core and surface, highly evolves with the size of the particles
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Sue, Christian. "Dynamique actuelle et récente des Alpes occidentales internes : Approche structurale et sismologique." Phd thesis, Grenoble 1, 1998. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00463852.
Full textAbstract:
La tectonique récente et actuelle de l'arc des Alpes occidentales internes est étudiée ici d'un point de vue structural et sismologique. L'approche pluridisciplinaire de ce sujet a permis de caractériser un régime tectonique tardi-alpin extensif à grande échelle dans les zones internes. L'analyse structurale et morphotectonique d'une zone cible, au sud-est du massif du Pelvoux, montre qu'une fracturation tardi-alpine extensive s'y exprime suivant un réseau de failles longitudinales et transverses à l'arc alpin. Cette déformation cassante est postérieure à la mise en place des nappes de charriage, à leurs plissements et aux schistosités associées, la dernière se développant au cours du Miocène. Elle se poursuit au Plio-Quaternaire, comme le montre un faisceau d'indices néotectoniques. Un jeu décrochant est postérieur au jeu normal ; il s'exprime par des mouvements dextres suivant les failles longitudinales et sénestres suivant les failles transverses. Le calcul des champs de contraintes associés (inversion des données microtectoniques) montre que les jeux normaux et décrochants correspondent à une seule « phase » tectonique globalement transtensive au cours de laquelle il y a permutation des axes de contraintes principaux. La zone cible fait partie de l'arc sismique briançonnais. Le calcul des mécanismes au foyer dans ce secteur établit que l'extension cassante tardi-alpine se poursuit actuellement. L'amélioration des localisations par l'utilisation de modèles de vitesses élaborés (1D/3D) a permis de montrer que plusieurs failles reconnues par l'analyse structurale sont sismiques. L'étude de la fracturation et les coupes sismotectoniques en arrière du front pennique crustal montrent que les failles normales se branchent sur cette discontinuité majeure de l'arc alpin, et suggère sa réactivation en détachement extensif. Les résultats d'une campagne de mesures GPS de 1996 dans la zone cible, comparés à des données IGN de 1972, sont compatibles avec les analyses sismotectonique et structurale. Ils mettent en relief une déformation plutôt décrochante, avec des vitesses de l'ordre de 3 à 4 mm/an. La déformation asismique dépasse 90% de la déformation totale déduite de ces mesures, durant le laps de temps considéré. L'élargissement de l'approche sismotectonique à l'ensemble des zones internes de l'arc alpin occidental montre que l'extension se développe au nord jusqu'au massif de l'Aar, et à l'est dans l'arc sismique piémontais. L'activité de ce dernier se localise à la bordure occidentale du corps d'Ivrée, laquelle fonctionne actuellement en faille normale. Le calcul du champ de contraintes actuel (inversion des solutions focales) permet de caractériser une extension radiale à l'arc alpin occidental dans une grande partie de ses zones internes. Elle entraîne la réactivation en extension des structures crustales majeures (front pennique crustal et bordure ouest du corps d'Ivrée). De part et d'autre de la zone en extension, le champ de contraintes est compressif (à l'est sous la plaine du Pô ; à l'ouest au front des massifs cristallins externes). L'extension affecte donc une zone de 400 km de long et de 50 km de large au coeur d'une chaîne en convergence. Une compétition entre des forces de volume dans la racine lithosphérique alpine et les forces aux limites de la chaîne (translation et rotation du poinçon apulo-adriatique) pourrait être à l'origine du contraste de régimes tectoniques mis en évidence dans l'arc alpin occidental. Nous proposons deux modèles dynamiques dans lesquels l'extension s'explique par le détachement ou le retrait d'un panneau lithosphérique plongeant sous la racine alpine.
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COUPRIE, JOEL. "Etude structurale et dynamique de l'oxydoreductase de dithiol-disulfure dsba d'escherichia coli." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112051.
Full textAbstract:
La quasi-totalite des proteines d'interet economique est constituee de proteines extracellulaires dont l'un des elements essentiel de stabilite et de repliement est la presence de ponts disulfure. Les strategies utilisees pour la production recombinante de ces proteines impliquent leur expression dans le periplasme de bacteries hotes. Dans le periplasme d'e. Coli, les enzymes du systeme dsb catalysent la formation et l'isomerisation des ponts disulfure. Dans des conditions d'expression normale, elles permettent le repliement correct des proteines naturelles. En revanche, la surexpression de proteines heterologues dans le periplasme conduit souvent a l'agregation ou a la degradation des proteines, en raison de l'accumulation de formes a ponts disulfure non formes ou non natifs. L'amelioration par ingenierie des proprietes de ces catalyseurs s'avere donc essentielle pour la production en grande quantite de proteines correctement repliees. Dsba, le principal agent de controle du potentiel oxydoreducteur periplasmique, constitue une cible ideale pour ce type d'etude. Afin de mieux comprendre ses proprietes catalytiques, l'etude de ses caracteristiques structurales et dynamiques a fait l'objet de ce travail. Dans la premiere partie, l'etude structurale comparative des formes oxydee et reduite a permis d'identifier les differences d'environnement electronique entre ces deux etats redox. Dans la seconde partie, l'etude d'un complexe covalent entre dsba et un peptide substrat a fourni une description detaillee des interactions entre les deux partenaires. Enfin, la mobilite au sein des trois formes (oxydee, reduite, complexee) a ete etudiee par la technique d'echange proton-deuterium. Au contraire de la structure, qui apparait tres similaire dans les differentes formes, la flexibilite de dsba varie largement entre les trois formes. Les informations obtenues au cours de cette etude fournit les elements de base pour la conception de nouveaux catalyseurs derives de dsba.
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Beaudouin, Joël. "Dynamique structurale et moléculaire des protéines nucléaires révélée par microscopie de fluorescence." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077008.
Full text
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Hamdoun, Ghanem. "Nouvelles méthodes RMN pour la caractérisation structurale et dynamique des agrégats organolithiés." Rouen, 2014. http://www.theses.fr/2014ROUES018.
Full textAbstract:
Les alkyllithiens sont sans aucun doute les réactifs les plus utilisés en synthèse organique du fait de leur grande diversité et de leur réactivité élevée. En solution, les arrangements observés sont des hexamères, tétramères, trimères ou dimères suivant la température, la concentration, la nature de la chaîne portée ainsi que la polarité du solvant. Il est bien connu qu’un alkyllithien peut réagir avec l’oxygène de l’air pour donner des peroxydes ainsi que des alcoolates. La présence d'un alcoolate de lithium, même en infime quantité, affecte considérablement la réactivité des alkyllithiens par formation d’agrégats mixtes. Au cours de ce travail, nous avons étudié le comportement en solution de quelques alkyllithiens (Et6Li, Pr6Li, Bu7Li) pur, ainsi qu’en présence de leur alcoolate correspondant, en vue de déterminer leurs états d’agrégations en solution dans le THF à basse température. Les résultats obtenus montrent que les alkyllithiens sont sous la forme d’agrégats de type tétramère (majoritaire) et dimère en échange inter-agrégat selon un mécanisme dissociatif. En présence de l’alcoolate de lithium correspondant, ces alkyllithiens forment un mélange de 5 tétramères mixtes tétra-solvatés. L’expérience 1H DOSY Pure Shift a été utilisée pour caractériser et estimer le degré de solvatation et l’état d’agrégation des espèces formées dans le cas du n-butyllithium en présence de son alcoolate. Dans la seconde partie de ce travail, nous avons cherché à mettre au point des méthodologies RMN permettant l’accès et la mesure du très faible couplage scalaire 7,6Li-7,6Li. Pour les systèmes simples avec des spectres résolus, la stratégie que nous avons utilisée a consisté à introduire un facteur d'échelle à une séquence RMN 2D homo-nucléaire de type J-résolue nommée 'SERF'. Nous avons montré par la suite que l'expérience CT-COSY en observation lithium 7 pouvait être une alternative à l’expérience SERF quant il s'agit de systémes plus complexesBecause of their high reactivity and diversity, alkyllithium compounds are important reagents for both organic and polymer chemistry. In solution, these species exist as hexamers, tetramers, trimers, or dimers forms, depending on temperature, concentration, solvent, and on the nature of the alkyl chain. In the presence of oxygen, they lead to many kinds of mixed alkyllithium/lithium alkoxide aggregates in solution as they react with oxygen to give alkoxides and peroxides. The formation of those mixed aggregates, whose properties may be quite different from those of either pure component, affects substantially the reactivity of the alkyllithium coumpounds. The main objective of this work was to determine the structure, the solvation and aggregation states of pure alkyllithium compounds (Et6Li, Pr6Li, Bu7Li) and mixed alkyllithium/lithium peroxide aggregates, in THF, at low temperature. We have shown that these alkyllithium compounds existed as tetramer, and dimer forms in exchange within a dissociative mechanism. In the presence of the corresponding lithium alkoxide, a mixture of 5 tetra-solvated tetramers is formed. 1H Pure shift DOSY NMR was used for the characterization and the quantitative estimation of degree of solvation and aggregation state of n-butyllithium/lithium n-butoxide mixed aggregates. In the second part of this work, we have thought to use a new NMR method for the measurement of very weak 6,7Li-6,7Li scalar coupling. The strategy we used consisted in doubling the spin-spin splitting without altering the line width by the introduction of a scale factor into a 2D NMR J-resolved like experiment, named “SERF”. For more complex systems we have shown that the CT-COSY experiment in lithium 7 observation could be an alternative tool, resulting in accurate measurements of J7Li-7Li
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Bonnot, Clément. "Récepteurs macropolycycliques biomimétiques : synthèse, étude structurale et dynamique, réactivité et propriétés stéréochimiques." Dijon, 2005. http://www.theses.fr/2005DIJOS037.
Full textAbstract:
La nitrogénase, enzyme présente dans des bactéries symbiotiques de plantes légumineuses, permet la fixation naturelle du diazote et catalyse sa réduction en ammoniac à température et pression ambiantes. Le site actif de l'enzyme est un cluster constitué essentiellement d'atomes de fer pontés par des atomes de soufre. Une partie du travail a consisté en la synthèse de récepteurs aminothiolates macropolycycliques afin de préparer de nouveaux complexes de Fe reprenant les caractéristiques structurales du site actif de la nitrogénase, l'objectif étant l'activation de N2 par ce type de complexes. L'accès à ces macropolycycles multisites élaborés nécessite la préparation de nombreux intermédiaires. Parmi ceux-ci, un dérivé de topologie macropentacyclique a fait l'objet d'une étude structurale et dynamique approfondie en solution et à l'état cristallin. Ce macropentacycle, achiral sous forme neutre, adopte une conformation en triple hélice, chirale, après protonation avec un équivalent d'acideNitrogenase, an enzyme produced by symbiotic bacteriae of leguminous plants, is involved in biological dinitrogen fixation process. This protein catalyses the reduction of N2 into a bioavailable form NH3 at room temperature and pressure. The active site of nitrogenase is a cofactor mainly made of iron centers bridged by sulfur atoms. A first part of the research work consisted in the synthesis of macropolycyclic aminothiolate receptors of iron ions, designed following structural features of this active site. The main goal was activation of N2 through coordination by this new complex. Several intermediates have been prepared along the multistep synthetic route to polyfonctionalized ligands. A detailed structural and dynamical study of one of them, a macropentacyclic cryptand, is exposed in a second part. Non chiral under its neutral form, this macropentacycle takes up a helically chiral conformation after reaction with one equivalent of acid
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Audrain, Pascal. "Contrôle actif de l'intensité structurale dans une poutre." Le Mans, 2001. http://cyberdoc.univ-lemans.fr/theses/2001/2001LEMA1009.pdf.
Full textAbstract:
Cette étude porte sur la réduction des vibrations dans les structures unidimensionnelles à l'aide d'une méthode de contrôle actif. La stratégie retenue consiste à minimiser le transfert d'énergie transmis par les ondes de flexion et d'extension. Les champs vibratoires évanescents sont pris en ompte dans l'algorithme qui est développé pour le contrôle de l'intensité structurale en temps réel. Pour la réalisation de ce contrôle l'intensité doit être extraite à partir du traitement du signal en provenance de plusieurs capteurs. Dans cet objectif, une sonde intensimétrique composée de capteurs PVDF est mise en place. Ces capteurs présentent l'avantage de s'intégrer à la structure. Undéveloppement en ondes est utilisé pour décrire les champs de déplacement et ainsi calculer le transfert d'énergie dans la structure. Un schéma de contrôle actif optimal de cette grandeur énergétique est formulé. Les simulations numériques permettent d'évaluer les performances théoriques de cette stratégie. La validation expérimentale de cette approche est réalisée à partir d'une poutre libre-libre et d'une structure plus complexe constituée d'une poutre et d'une plaque. Un algorithme des moindres carrés moyens à référence filtrée est modifié dans le but de minimiser l'intensité structurale instantanée associée aux ondes de flexion et d'extension. Mais une restriction provient de la nature même de l'intensité qui n'est pas une erreur quadratique définie positive en général. L'approche est donc limitée à des géométries pour les quelles les transferts d'énergie générés par la perturbation et les sources de contrôle ont le même signe au niveau du capteur d'erreur. Pour la mesure et le contrôle de l'intensité structurale, un schéma de différences finies utilisant des capteurs PVDF de déformation est présenté et validé expérimentalement. Les résultats obtenus montrent que cette stratégie peut être envisagée dans le cadre d'un contrôle actif du transfert vibratoireThis thesis deals with active vibration control in one dirnensional structures. The control of flexural and extensional structural power flow is investigated. The instantaneous intensity is completely taken into account in the control algorithm, i. E. All the terms are considered in the real-time control process and, in particular, the evanescent waves are considered in this approach. The structural intensity has to be calculated from signals measured by several sensors. To do so, an intensity probe rnade of PVDF strain sensors is developped. The PVDF sensors are well suited for integration into structure in order to realize smart structures. A wave decomposition of the displacement field is used to calculate the structural power flow. A structural intensity optimal active control scheme is formulated and the numerical simulations illustrate the performance of this strategy. Experimental validation of the approach is conducted on a free-free beam and on a beam connected to a plate. A feedforward filtered-X LMS algorithm is adapted to control instantaneous intensity associated with flexural and extensional waves. This energy-based control problem involves a non-positive definite quadratic form in general. In this respect, the approach is limited to cases where the geometry is such that the intensity component will have the same sign for the control source and the primary disturbance. A finite difference scheme using PVDF strain sensors is presented and validated to measure and control structural power flow. The results show this strategy can be used to control vibration transfert in structures
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Nguyen, Van Thé Lionel. "Théorie de Ramsey structurale des espaces métriques et dynamique topologique des groupes d'isométries." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00139239.
Full textAbstract:
En 2003, Kechris, Pestov et Todorcevic démontrèrent que la structure de certains espaces métriques - dits ultrahomogènes - est intimement liée au comportement combinatoire de la classe de leurs sous-espaces métriques finis. La présente thèse a pour but d'explorer les différents aspects de cette connexion. Dans la première partie, la notion d'ultrahomogénéité métrique et les espaces ultrahomogènes complets séparables les plus remarquables, à savoir la sphère unité S_H de l'espace de Hilbert, l'espace de Baire et la sphère d'Urysohn S_U (à isométrie près, le seul espace complet séparable ultrahomogène et universel pour la classe des espaces métriques séparables de diamètre inférieur à 1) sont présentés. Dans la seconde partie, la notion de classe de Ramsey d'espaces métriques finis ordonnés est introduite et mise en lien avec les propriétés dynamiques des groupes d'isométries des espaces ultrahomogènes. Une importance particulière est attachée au théorème de Nesetril et à sa conséquence (originalement due à Pestov) selon laquelle toute action continue du groupe des autoisométries de S_U sur un compact admet un point fixe. Des résultats analogues sont ensuite obtenus dans d'autres cas, en particulier les espaces ultramétriques et l'espace de Baire. La troisième partie est quant à elle axée sur la notion de stabilité par oscillations. Pour la sphere de l'espace de Hilbert, la stabilité par oscillations n'est pas satisfaite ; il sagit d'un résultat essentiel en analyse fonctionnelle dû à Odell et Schlumprecht et équivalent à l'existence d'une application uniformément continue f de S_H dans [0,1] qui ne stabilise (ne devient presque constante) sur aucune copie isométrique de S_H dans S_H. En revanche, pour la majorité des autres espaces séparables ultrahomogènes, rien ne permet de démontrer ou de réfuter la stabilité par oscillations. C'est à ce problème qu'est consacré l'essentiel de la dernière partie. Cela conduit à la caractérisation complète des espaces ultramétriques séparables ultrahomogènes stables par oscillations et à une solution partielle dans le cas de la sphère d'Urysohn S_U.
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Messari, Imad. "Caractérisation structurale et dynamique du C60.4C6H6 :étude par RMN d'un solvaté de fullerène." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1999. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211932.
Full text
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Nguyen, Van The Lionel. "Théorie de Ramsey structurale des espaces métriques et dynamique topologique des groupes d'isométries." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077014.
Full textAbstract:
L'objectif de cette these est d'etudier les differentes interactions entre la geometrie des espaces metriques complets separables ultrahomogenes, la theorie de ramsey structurale des espaces metriques finis et la theorie des groupes topologiques et de leurs actions continues sur les espaces compacts. Le premier chapitre est consacre a la description de plusieurs classes d'espaces metriques caracterisee par l'existence d'un objet canonique particulierement remarquable appele 'espace d'urysohn1. Le second chapitre concerne l'etude de plusieurs proprietes combinatoires (appelees 'propriete de ramsey' et 'propriete d'ordre') des classes du premier chapitre. Les implications de ces proprietes au niveau des espaces d'urysohn et de leur groupe d'isometries sont alors presentees. En particulier, une theorie generale et recente due a kechris, pestov et todorcevic est utilisee pour determiner un invarian1 dynamique, a savoir le flot minimal universel, dans le cas de plusieurs groupes de transformations, enfin, le troisieme chapitre est consacre a l'etude d'un phenomene lie aux espaces d'urysohn appele 'indivisibilite'. En particulier, le cas ultrametrique est completement resolu et une reformulation combinatoire d'un probleme ouvert analogue au probleme de la distortion pour l'espace de hilbert separable est etablie dans le contexte de l'espace d'urysohn universelTHE PURPOSE OF THIS THESIS IS TO INVESTIGATE THE INTERACTIONS BETWEEN THE GEOMETRY OF COMPLETE SEPARABLE ULTRAHOMOGENEOUS METRIC SPACES, THE STRUCTURAL RAMSEY THEORY OF FINITE METRIC SPACES AND THE THEORY Ol TOPOLOGICAL GROUPS TOGETHER WITH THEIR CONTINUOUS ACTIONS ON COMPACT SPACES. THE FIRST CHAPTER IS DEVOTED TO THE DESCRIPTION OF SEVERAL CLASSES OF FINITE METRIC SPACES CHARACTERIZED BY THE EXISTENCE OF A REMARKABLE CANONICAL OBJECT CALLED 'URYSOHN SPACE1. THE SECOND CHAPTER IS DEVOTED TO THE STUDY OF SEVERAL COMBINATOR1AL PROPERTIES (CALLED RAMSEY PROPERTY AND ORDERING PROPERTY) OFTHE CLASSES PRESENTED IN THE FIRST CHAPTER. THE IMPLICATIONS OFTHOSE PROPERTIES AT THE LEVEL OF THE URYSOHN SPACES AND THEIR ISOMETRY GROUP ARE THEN PRESENTED. IN PARTICULAR A GENERAL AND RECENT THEORY DUE TO KECHRIS, PESTOV AND TODORCEVIC IS USED TO COMPUTE A DYNAMICAL INVARIANT, NAMELY THE UNIVERSAL MINIMAL FLOW, ATTACHED TO SEVERAL TRANSFORMATION GROUPS. FINALLY, THE THIRD CHAPTER IS DEVOTED TO THE STUDY OF THE SO CALLED INDIVISIBILITY PROPERTIES OF THE URYSOHN SPACES. IN PARTICULAR, THE ULTRAMETRIC CASE IS COMPLETELY SOLVED AND A COMBINATORIAL REFORMULATION OF AN ANALOG OF THE DISTORTION PROBLEM FOR THE SEPARABLE HILBERT SPACE IS OBTAINED IN THE OPEN CONTEXT OF THE UNIVERSAL URYSOHN SPACE
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Ubeda-Gutermann, Maria. "Approche structurale et dynamique des descriptions et des explications dans une représentation sociale." Montpellier 3, 2004. http://www.theses.fr/2004MON30044.
Full textAbstract:
Nous nous intéressons dans cette recherche à la représentation de la personne déviante chez les membres de Conseils Communaux de Prévention de la Délinquance. 120 sujets ont été répartis en 3 sous-groupes selon leur fréquence de contact avec les personnes déviantes. Notre réflexion s'appuie sur l'idée que les éléments d'une représentation peuvent jouer des rôles différents et que la connaissance d'un objet est principalement assurée par les éléments descriptifs et/ou explicatifs de la représentation sociale. Les résultats montrent que chez les sujets qui ont le moins de contacts, la représentation remplit un rôle plutôt descriptif tandis qu'elle joue un rôle plutôt explicatif chez ceux qui ont le plus de contacts avec les personnes déviantes. Ces résultats suggèrent une possible relation entre l'orientation descriptive ou explicative d'une représentation sociale et la proximité entre les individus et l'objet de représentationIn this research, we are interested in the deviant person representation among Delinquency Prevention Local Councils members. 120 people have been dispatched in 3 subgroups according to their contact frequency with deviant people. Our thinking relies on the idea that the elements of a representation can play different roles and that the knowledge of an object is mainly given by the descriptive and/or explanatory elements of the social representation. The results show that for the people who have the least contacts, the representation plays a rather descriptive role whereas it has a rather explanatory role for those who have the most contacts with deviant people. These results suggest a possible relation between the descriptive or explanatory orientation of a social representation and the proximity between the human beings and the object of representation
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Bon, Cécile. "Étude structurale et dynamique de l'eau à l'intérieur et autour du lysozyme triclinique d'oeuf de poule." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10134.
Full textAbstract:
Dans leur etat naturel, les proteines ne sont jamais nues, mais toujours enveloppees par un environnement lipidique ou acqueux. Cet environnement joue un role majeur dans la stabilisation et la fonction biologique de la proteine. Nous avons etudie la structure et la dynamique de l'eau autour du lysozyme d'oeuf de poule, dans les cristaux tricliniques. Pour cela, nous avons utilise divers aspects de la diffusion neutronique, ce qui nous a permis d'avoir des informations sur la localisation et la dynamique des protons, et ainsi d'avoir une vision complete de l'eau autour de la proteine. L'etude structurale a ete realisee a l'aide d'une nouvelle technique : la diffraction quasi-laue des neutrons. Nous avons pu reconstruire un modele a 1. 7 a de resolution, contenant environ 245 sites d'hydratation sur les 310 theoriquement presents dans la maille triclinique. Nous avons pu mettre en evidence certaines caracteristiques autour des regions non polaires de la proteine, ainsi que la presence de molecules d'eau dans les cavites internes non polaires. Une partie des sites d'hydratation visualises apparaissent desordonnes. Nous avons donc realise une etude dynamique de diffusion de l'eau au sein des cristaux, par diffusion incoherente quasi-elastique des neutrons. Nous avons pu visualiser deux groupes de molecules d'eau, subissant deux mouvements differents, sur une gamme de temps de 500 ps. Ces resultats ont pu etre correles avec nos resultats structuraux, ce qui nous a permis de proposer un modele de la dynamique de l'eau au sein des cristaux.
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Fischer, Baptiste. "Caractérisation enzymatique et structurale d'une nouvelle famille d'aldéhyde déshydrogénase impliquée dans la dégradation de composés aromatiques toxiques." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0306/document.
Full textAbstract:
Deux familles d'aldéhyde déshydrogénases (ALDH) phylogénétiquement et structuralement distinctes catalysent l'oxydation des aldéhydes : les ALDH phosphorylantes et les ALDH non phosphorylantes. Ces enzymes jouent un rôle essentiel au niveau cellulaire en intervenant au niveau du métabolisme et dans des processus de détoxication. En 2003, la résolution de la structure tridimensionnelle de l'enzyme bifonctionnelle 4-hydroxy-2-cétovalérate aldolase/acétaldéhyde déshydrogénase (DmpFG) de Pseudomonas sp. CF600 a permis l'identification d'une nouvelle famille d'ALDH : la sous-unité DmpF étant structuralement apparentée aux ALDH phosphorylantes alors qu'elle présente une activité de type non phosphorylante CoA-dépendante. Par la caractérisation enzymatique et structurale des orthologues MhpEF issus d'Escherichia coli et de Thermomonospora curvata, nos travaux montrent que les paramètres cinétiques de MhpF ne dépendent pas de son état oligomérique, ce qui est cas unique pour les ALDH. De plus, la résolution des structures cristallographiques de l'enzyme complexée avec du NAD+ ou du CoA, couplée à la structure en solution de la forme apoenzyme obtenue par SAXS montrent que le Rossmann fold s'accomode de la présence des cofacteurs par un vaste changement conformationnel. Enfin, l'étude du mécanisme catalytique et la résolution de la structure thioacylenzyme permettent d'identifierla MhpF comme étant un hybride des deux familles d'ALDH caractérisées jusqu'à présentTwo phylogenetically and structurally unrelated families of NAD(P)-dependent aldehyde dehydrogenases (ALDH) catalyze the oxidation of aldehydes into activated or non-activated acids. These enzymes are known to be involved in many biological functions such as cellular differentiation, central metabolism, or detoxification pathways. The crystal structure of the bifunctional enzyme, 4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase (DmpG)/acetaldehyde dehydrogenase (DpmF) from Pseudomonas sp. CF600, leads to the identification of a new ALDH family. The DmpF subunit exhibits a non-phosphorylating CoA-dependent aldehyde dehydrogenase activity while its structure belongs to the phosphorylating ALDH superfamily. The kinetics of the MhpEF orthologs from Escherichia coli and Thermomonospora curvata show that the kinetic parameters of MhpF do not depend of its oligomeric state, which is unique for an ALDH. In addition, the crystal structures of the enzyme with NAD+ or CoA, as well as the solution structure of the apoenzyme using SAXS, reveal the dynamics of the overall Rossmann fold between apo or cofactors-bound conformers, which is necessary to carry on the catalytic cycle. Finally, the catalytic mechanism and the structure of the thioacylenzyme intermediates indicate that MhpF is a hybrid between both ALDH families characterized to date
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Tap, Julien. "Impact du régime alimentaire sur la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote intestinal humain." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066559.
Full textAbstract:
Nutritionnistes et gastroentérologues s’accordent pour admettre que le microbiote intestinal conditionne de nombreuses fonctions de l’hôte et joue un rôle important dans le bien-être digestif. Comprendre comment notre régime alimentaire modifie la structure et les fonctions du microbiote intestinal est essentiel afin de connaître en retour son impact sur notre santé. Le consortium d’espèces du microbiote intestinal de l’Homme adulte apparaît spécifique de l’individu. Ceci constitue un paradoxe dans la mesure où il existe une grande homogénéité fonctionnelle de l’écosystème intestinal quant à sa fonction physiologique de dégradation des fibres alimentaires. A partir d’un inventaire moléculaire basé sur le gène de l’ARNr 16S à partir de 17 volontaires sains ayant des régimes alimentaires variés, il apparaît en effet que la plupart des phylotypes sont spécifiques de l’individu. Néanmoins, 2% des phylotypes sont partagés par plus de 50% des individus représentant 35,5% des séquences obtenues. Ce petit nombre limité de phylotypes constituerait le noyau phylogénétique du microbiote intestinal et son rôle apparaît critique dans le bien-être digestif. Dans le cadre d’une étude clinique sur volontaires sains, impliquant deux régimes alimentaires contrôlés variant selon la teneur en fibres, une approche microbiomique a montré que la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote pouvait être modifiée en cinq jours. De plus, il a été montré que la structure du microbiote intestinal restait sous influence du régime alimentaire administré au moins 15 jours auparavant. Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives pour de futures investigations nutritionnelles et épidémiologique.
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Giannotta, Jean-Claude. "Comportement mecanique et evolution structurale de cuivres de haute purete dans le domaine dynamique." Paris, ENMP, 1986. http://www.theses.fr/1986ENMP0029.
Full textAbstract:
Caracteristiques du comportement mecanique dans du cuivre soumis a des essais de traction uniaxiale ou lamine dans le domaine dynamique. Analyse de la ductilite. Etude par microscopie electronique de la microstructure, notamment de la structure des dislocations apres laminage. Analyse de la texture. Comparaison avec l'etat quasistatique
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Pommert, Jean-François. "Etude structurale et dynamique de l'organisation des caseines dans la fabrication du fromage fondu." Toulouse 3, 1988. http://www.theses.fr/1988TOU30115.
Full textAbstract:
Etude des reactions qui ont lieu dans la preparation du fromage fondu et particulierement dans les deux etapes principales: d'abord la preparation d'une emulsion thermiquement stable obtenue en melangeant proteines et matieres grasses de fromages, eau et polyphosphate de sodium; puis celles ayant lieu dans la formation d'un gel qui peut etre assimile a un polymere mou. Plusieurs techniques, comprenant la rmn du phosphore, la relaxation dielectique, la microscopie electronique et l'edax, l'analyse des proteines par permeation sur gel et ultracentrifugation en gradient de densite ont ete utilisees. Un mecanisme est propose rendant compte de ces reactions et des propositions de modifications du processus ont ete faites. Les resultats obtenus pour certaines d'entre elles sont presentes et discutes.
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LARPIN, DENIS. "Les formatioins ligneuses sur un inselberg de guyane francaise. Etude floristique, structurale et dynamique." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066401.
Full textAbstract:
La vegetation qui recouvre l'inselberg des nouragues, en guyane francaise, comprend la foret dense humide, une mosaique de formations herbacees et arbustives a caracteres xerophiles (la savane-roche) et des formations ligneuses, arbustives et arborees, qui font l'objet de cette etude. Celles-ci sont situees entre les deux autres milieux ou forment des enclaves (ilots forestiers, foret basse incluse en foret dense). Les inventaires botaniques ont ete effectues le long de 8 transects, recoupant differents types de vegetation du rocher a la foret dense. Un gradient de structure (dimensions croissantes de la vegetation) est observe dans ce sens. Six groupements vegetaux ont pu etre distingues dans ces formations ligneuses, sur des bases essentiellement floristiques. La foret basse (canopee entre 8 et 15 m en moyenne) est le plus caracteristique, par sa physionomie (arbres penches a axes multiples, port buissonnant, proliferation d'epiphytes, sous-bois clair, dense en petites tiges et plantules) et par sa composition floristique originale, dominee tres largement par les myrtaceae (en nombre d'especes et d'individus), avec d'autres familles egalement bien representees (rubiaceae, nyctaginaceae, bombacaceae, myrsinaceae, erythroxylaceae. . . ). Les petits fruits ornithochores de couleur vive (baies et drupes) dominent. Le sol presente une structure microagregee tres developpee et une porosite elevee; un volume poral utile a ete differencie, mais un deficit hydrique est probable en periode seche. Cette contrainte edaphique explique en partie la composition et la structure de ces formations. L'importance des myrtaceae est discutee, d'apres la place qu'occupe cette famille dans d'autres milieux du globe. La dynamique de la vegetation semble tres dependante des contraintes ecologiques et des animaux disseminateurs (etude de l'impact du coq de roche sur la regeneration forestiere). L'extension de la foret semble etre un phenomene tres lent. Une dynamique par taches est observee frequemment par ailleurs (microchablis). Des charbons de bois abondants, comme des indices de colluvionnement dans la couverture pedologique, font etat d'importantes perturbations passees de la vegetation, liees aux fluctuations paleoclimatiques
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NURIZZO, DIDIER. "Dynamique structurale de la nitrite reductase de pseudomonas aeruginosa, le long du chemin reactionnel." Paris 11, 1998. http://www.theses.fr/1998PA112469.
Full textAbstract:
Pseudomonas aeruginosa est une bacterie gram-negatif pathogene pour l'homme. En anaerobiose, elle pousse en utilisant le nitrate comme accepteur final d'electron de sa chaine de phosphorylation oxydative. Quatre etapes de reduction catalysees par quatre reductases permettant la transformation du nitrate en azote moleculaire. La nitrite reductase est un dimere (260 kda) portant un heme c et un heme d 1 comme groupes prosthetiques ; l'heme c est l'accepteur des electrons du cytochrome c 5 5 1 et l'heme d 1 est le reducteur du nitrite. Dans un premier temps, nous avons resolu la structure de la forme oxydee de la nitrite reductase de pseudomonas aeruginosa a 2. 15 a de resolution (article publie dans structure vol. 5, pp. 1157-71). Dans le cristal, on observe deux domaines structuraux distincts : un domaine hemique c ayant le repliement caracteristique des cytochromes c de classe i, un domaine hemique d 1 replie en tonneau a huit pales. Un mecanisme reactionnel de reduction du nitrite en oxyde nitrique a ete propose sur la base de la structure tridimensionnelle. Afin d'analyser plus en detail ce mecanisme, la forme reduite de cette meme enzyme a ete resolue en absence et en presence d'oxyde nitrique au site actif (article publie dans biochemistry vol. 37, pp. 13987-96). Nous avons mis en evidence des re-arrangements structuraux importants lies a cette reduction. Dans le but d'analyser plus en detail l'origine et la sequentialite de ces mouvements, nous avons congele des cristaux de nitrite reductase ayant des pourcentages differents d'heme c reduit. Ce travail a permis de conclure que les changements structuraux ne sont pas associes a la reduction de l'heme c et que probablement la reduction de l'heme d 1 est a leur origine (article soumis a j. Biol. Chem). Nous avons egalement resolu la structure d'un donneur d'electron potentiel de la nitrite reductase de pseudomonas nautica, le cytochrome c 5 5 2 par la methode mad (article soumis a structure).
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Guilhaudis, Laure. "Le complexe de la glycine décarboxylase : caractérisation structurale et dynamique de la protéine H." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10007.
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Chez les plantes superieures, le complexe de la glycine decarboxylase possede une role cle dans le cycle de la photorespiration. Il catalyse la decarboxylation oxydative de la glycine grace a l'action concertee de quatre enzymes (p, h, t, l). La proteine h, qui contient un groupement lipoate lie de facon covalente a un residu lysine, joue un role central dans le mecanisme reactionnel. Elle se comporte comme un veritable substrat et interagit successivement avec les trois autres proteines. Durant le cycle catalytique, son cofacteur, le lipoate, passe alors de la forme oxydee (hox), a la forme chargee en methylamine puis a la forme reduite (hred). Afin d'ameliorer la comprehension du mode de fonctionnement de la glycine decarboxylase, des etudes structurales et biochimiques de la proteine h ont ete realisees. Dans un premier temps, des echantillons uniformement marques 1 5n et/ou 1 5n/ 1 3c des formes hapo (apoproteine h), hox et hmet ont ete produits et purifies pour obtenir l'attribution des signaux de resonances de ces differentes formes. Afin de comprendre les interactions specifiques entre chaque forme de la proteine h, dont les structures cristallographiques sont tres proches, et son partenaire dans le cycle catalytique, les differences structurales provoquees en solution par la presence du cofacteur ont ete analysees grace a des mesures de deplacement chimique 1h et 1 5n. Des modifications dynamiques ont egalement ete mises en evidence par des etudes de relaxation 1 5n. A l'aide d'experiences biochimiques, noesy filtrees 1 3c et de relaxation 1 3c, nous avons demontre que le bras lipoate charge en methylamine est bloque dans une crevasse de la proteine. Grace a des etudes structurale et biochimique, nous avons alors montre qu'une activation de la proteine hmet par la proteine t est necessaire pour expliquer la seconde etape du cycle catalytique. Ces resultats ont permis de proposer un modele reactionnel pour l'etape catalytique impliquant les proteines hmet et t.
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Gauthier, Laurent. "Exemple d'étude structurale et dynamique en phase liquide et liquide surfondu : quinoléine et lépidine." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10151.
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Giannotta, Jean-Claude. "Comportement mécanique et évolution structurale de cuivres de haute pureté dans le domaine dynamique." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375979425.
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Pommert, Jean-François. "Etude structurale et dynamique de l'organisation des caséines dans la fabrication du fromage fondu." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37617597v.
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Di, Bitetto Arnaud. "Étude structurale et dynamique d’hydroxydes doubles lamellaires : du matériau carbonaté aux hybrides organo-minéraux." Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0191/document.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse s’articule autour de la synthèse et de la caractérisation d’hydroxydes doubles lamellaires (HDLs) par une approche combinant spectroscopie vibrationnelle, RMN du solide et diffraction des rayons X. Les objectifs portent sur la description de la distribution cationique dans les feuillets ainsi que sur l’étude des propriétés structurales et dynamiques des espèces interfoliaires. Les investigations sont principalement menées pour des HDLs de type MgII/AlIII (ratio compris entre 2 et 4) avec une complexification progressive des espèces intercalées : de l’anion carbonate pour lequel les matériaux possèdent une affinité préférentielle, à d’autres anions inorganiques comme les halogénures, le perchlorate et le nitrate, pour finir sur des hybrides organo-minéraux formés par intercalation d’anions organiques/biomolécules (acides aminés et cyclodextrines). Les recherches effectuées ont permis de mettre en évidence un ordre cationique local au sein des feuillets, conservé après échange anionique. Par ailleurs, il a été possible de rationaliser les comportements propres à chaque espèce anionique dans l’espace interfoliaire, qui dépendent fortement de la densité de charge des feuillets, ainsi que du taux d’hydratation des composés. En particulier, la coexistence des anions carbonate et hydrogénocarbonate dans l’espace interfoliaire et leur dynamique d’échange avec le dioxyde de carbone atmosphérique sont révélées. D’autre part, une nouvelle sonde de dynamique interfoliaire par RMN 27Al est proposée. Enfin, l’étude pas à pas des HDLs intercalant tout d’abord l’oxalate puis des acides aminés a permis le transfert des connaissances obtenues pour les HDLs inorganiques aux hybrides organo-minéraux. Le manuscrit se termine sur une application des hybrides contenant des cyclodextrines pour le traitement d’eaux polluées par des composés organiques polycycliquesThis thesis work is based on the synthesis and the characterization of layered double hydroxides (LDHs) by an approach combining vibrational spectroscopy, solid-state NMR and X-ray diffraction. The objectives include a description of the cations distribution in the layers, as well as a study of the structural and dynamic properties of the interlayer species. Investigations are mainly carried out for MgII/AlIII LDHs (ratio between 2 and 4) with an increased complexity of the intercalated species: from carbonate for which the materials have a preferential affinity, to other inorganic anions such as halides, perchlorate and nitrate, to finish with organo-mineral hybrids obtained by intercalation of organic anions/biomolecules (amino acids and cyclodextrins).The research carried out highlighted a local cationic order in the layers, preserved after anionic exchange. Furthermore, it has been possible to rationalize the behaviour of each anion in the interlayer space, which strongly depends on the layers charge density, as well as on the hydration state of the compounds. In particular, the coexistence between carbonate and hydrogenocarbonate anions in the interlayer space and their dynamic exchange with atmospheric carbon dioxide are revealed. On the other hand, a new interlayer dynamics probe by 27Al NMR is proposed. Finally, the step-by-step study of LDHs, first intercalating oxalate and then amino acids, allowed the transfer of the knowledge obtained for inorganic LDHs to organo-mineral hybrids. The manuscript ends with an application of cyclodextrins-containing hybrids for the treatment of water polluted with polycyclic organic compounds
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Bchini, Raphaël. "Aldéhyde déshydrogénases non phosphorylantes : importance de la dynamique structurale au cours de la catalyse." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0254/document.
Full textAbstract:
Une caractéristique essentielle du mécanisme catalytique des ALDH est l'importance de la flexibilité et de la dynamique conformationnelle dans le site actif, incluant les chaînes latérales de résidus, le substrat, et le cofacteur. Ma thèse a permis d'identifier des bases responsables de la reconnaissance du rétinal contrôlant la biosynthèse de l'acide rétinoïque dans les RALDH. J'ai ensuite pu suivre le basculement du cofacteur réduit en utilisant le FRET, ce qui m'a permis d'établir un modèle cinétique pour déterminer la constante de vitesse associée à cette étape. Enfin, les résultats obtenus pour identifier les bases moléculaires responsables de la dissociation tardive ou précoce du cofacteur réduit ont montré que le mode de stabilisation du cofacteur est à l'origine de cette différence entre ces deux familles d'enzymesAn essential feature of the catalytic mechanism of ALDH is the importance of flexibility and conformational dynamics in the active site, including the side chains of residues, substrate and cofactor. My thesis has identified bases responsible for the recognition of retinal controlling biosynthesis of retinoic acid in RALDH. I was then able to follow the flip of the cofactor reduced by using FRET, which allowed me to develop a kinetic model to determine the rate constant associated. Finally, the results obtained to identify the molecular basis responsible for late or early dissociation of the reduced cofactor showed that the mode of stabilization of the cofactor is the origin of this difference between these two families of enzymes
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Cao, Anne-Marinette Hanh. "Etudes de la dynamique structurale des récepteurs métabotropiques du glutamate par fluorescence en molécule unique." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT050.
Full textAbstract:
Les récepteurs métabotropiques au glutamate (mGluR), qui appartiennent à la classe C des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG), sont bien connus pour leurs rôles importants dans les troubles neurologiques et psychiatriques. La compréhension de leur mécanisme d’activation est essentielle pour la mise au point de nouveaux agents thérapeutiques. Récemment, le nombre de structures de RCPG cristallisées a augmenté de façon exponentielle grâce à l'application des méthodes de stabilisation de la protéine. Cependant, certaines ambiguïtés et incohérences ont été révélées au cours des études cristallographiques. En outre, des études en molécules uniques, y compris par transfert d'énergie d’excitation électronique de Förster (smFRET), ont montré la nature très dynamique des RCPG en général, et du domaine d’activation de mGluR en particulier. Ici, nous nous sommes intéressés au mécanisme d'activation des mGluR entiers en utilisant des techniques de FRET d’ensemble et sur molécules uniques. Les techniques de HTRF ont permis l’optimisation de la préparation des échantillons. Un protocole a été mis au point, permettant d'extraire les mGlu2 entiers dans du détergent, à partir de cellules HEK293T, sans affecter de manière importante la pharmacologie et de la stabilité des récepteurs. Les expériences de FRET en molécules uniques ont été effectuées avec la technique MFD-PIE. Une analyse poussée de ces données, par mesure de l'efficacité de FRET ratiométrique, de durée de vie des fluorophores dans l’état excité, et d’analyse en corrélation (FCS), ont permis de montrer un changement conformationel rapide (sub-milliseconde) des récepteurs mGlu2 entiers. Par ailleurs, le rôle de stabilisation du domaine transmembranaire en faveur de l’état actif a été prouvéMetabotropic glutamate receptors (mGluR), which belong to class C of G protein-coupled receptors (GPCR), are well-known for their important roles in neurological and psychiatric disorders. Understanding of receptor activation is essential to decipher the receptor functioning, and thus orientate drugs design for targeted therapeutics. Recently, the number of GPCR crystal structures has increased exponentially thanks to the application of protein stabilization methods. However, these crystallography studies have revealed certain ambiguities and discrepancies, and these approaches do not take into account the dynamic nature of GPCR activation. Indeed, single-molecule studies, including single-molecule FRET (smFRET), have revealed the highly dynamic nature of GPCR in general, and fast conformational changes of mGluR domains in particular. Here, we study the activation mechanism of the full-length mGluR by FRET techniques at ensemble and single-molecule level. Homogenous time-resolved fluorescence (HTRF) was applied for optimizing the sample preparation. An appropriate protocol was established, allowing to extract mGlu2 full-length in detergent from the HEK293T cells without significantly affecting its pharmacology and stability. smFRET experiments were performed using the combination of multiparameter fluorescence detection (MFD) with pulsed interleaved excitation (PIE). Advanced data analysis such as ratiometric FRET efficiency, lifetime-based FRET measurement, and fluorescence correlation spectroscopy (FCS) revealed that the fast dynamic oscillation in sub-millisecond timescale of the full-length mGlu2, and prove the stabilization role of the transmembrane domain of the full-length receptor in favor of the active state
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Abiven, Samuell. "Relations entre caractéristiques des matières organiques apportées, dynamique de leur décomposition et évolution de la stabilité structurale du sol." Rennes, Agrocampus, 2004. http://www.theses.fr/2004NSAR0044.
Full textAbstract:
La dégradation de la qualité physique des sols est un problème couramment rencontré dans les agrosystèmes, comme par exemple dans le cas des systèmes de culture légumiers de plein champ en Bretagne. L’altératino de la structure du sol pose à la fois des problèmes d’ordre agronomiques (circulation de l’eau et des gaz, levée des plantules, propagation des agents pathogènes) et environnementaux (érosion et ruissellement de surface). Une méthode possible de remédiation et d’amélioration des situations dégradées est d’utiliser des produits organiques comme amendements. L’effet propre de l’amendement en fonction de ses caractéristiques initiales est encore mal connu. L’objectif de ce travail est d’étudier les relations entre les caractéristiques initiales des matières organiques exogènes et leur effet sur la stabilité structurale du sol, proporiété physique du sol définissant la résistance de la structure aux contraintes physiques. Une première partie de cette étude a consisté établir les relations entre évolution de la stabilité structurale mesurée selon la procédure proposée par le Bissonnais( 1996) et différents agents agrégeants biologiques (polysaccharides extraits à l’eau chaude, longueur conditions contrôléesDegradation of soil physical quality is a common problem that occurs in many different agrosystems. This is for example the case in vegetable cropping systems in Brittany, France, Soil structure degradation has agronomic (gaseous and water dynamics, germination and rooting of crops, pathogenic agents propagation) and environmental (erosion and runoff) consequences. µAdding organic matter as amendment is a possible method of improvement for degraded sistuations. However, the effect of the organic inputs depending of their initial characteristics is still to better understand. The objective of this project is to study relationships between initial quality of organic inputs and their effects on soil structural stability, physical property that definites the structural resistance of soil to physical stress
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Lemee, Laurent. "Caractérisation structurale de la matière organique complexe des sols et des sédiments - Dynamique et réactivité -." Habilitation à diriger des recherches, Université de Poitiers, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00131020.
Full textAbstract:
La structure et la dynamique de la matière organique mobile (lipides), peu soluble (acides humiques) et insoluble (humine et kérogène) ont été étudiés dans différents environnements. Les sols, les tourbes qui représentent la première phase d'accumulation du carbone organique (diagenèse précoce) et les sédiments anciens dans lesquels le carbone organique s'est transformé. L'étude de ces différents milieux pouvant permettre d'appréhender les mécanismes d'accumulation du carbone.L'étude de la structure et de l'évolution de la matière organique des sols et des sédiments a nécessité la mise en œuvre de techniques d'analyse globales comme la spectroscopie infra-rouge ou la RMN 13C (CP-MAS) et plus approfondies comme la pyrolyse off line ou on line (Py-GC/MS). En fonction des informations obtenues, nous avons appliqué aux macromolécules biologiques, des réactions de dégradation plus sélectives par voie chimique ou enzymatique. Le développement ou l'adaptation de ces techniques et réactions de dégradation a donc constitué une large partie de ce travail.
L'étude de la matière organique complexe des sols et des sédiments fait apparaître la présence de chaînes aliphatiques, liées au réseau macromoléculaire par des liaisons éther ou ester, ou formant des ponts dialkyles. L'importance des liaisons de faible énergie a pu être soulignée dans la structure des substances humiques ainsi que la contribution ligneuse.
L'accumulation du carbone dans les tourbes et les sédiments s'est déroulée en milieu anoxique (conditions réductrices), cependant il existe des témoins de phénomènes d'oxydation qui ont pu se produire au préalable ou lors d'échanges possibles avec une phase mobile.
L'étude des processus de biodégradation du carbone dans les sols montre que les molécules simples, après oxydation, peuvent s'incorporer dans le réseau macromoléculaire par liaisons ester ou éther. Nous avons ainsi montré que l'apport de carbone organique sur des sols cultivés en améliore les qualités.
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Habermacher, Chloé. "Exploration structurale et dynamique du phénomène d'activation des récepteurs P2Xs par de nouveaux outils optochimiques." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ050/document.
Full textAbstract:
Les récepteurs purinergiques P2Xs sont impliqués dans de nombreux processus physiopathologiques et représentent des cibles thérapeutiques majeures. Leur étude souffre néanmoins d’un manque de molécules pharmacologiques sélectives des différents sous-types et les mécanismes impliqués dans les transitions allostériques restent putatifs.Nous avons développé des outils optochimiques innovants, dérivés d’azobenzènes permettant une maîtrise spatiale et temporelle inégalée de la fonctionnalité du récepteur : d’une part,un outil dérivé d’une stratégie de pharmacologie optogénétique contrôlant l’activité d’un récepteur ingéniéré et d’autre part, une sonde moléculaire capable d’induire des mouvements entre des résidus au sein de la protéine et d’étudier les mécanismes lors de l’activation. Ces travaux nous ont permis de proposer un nouveau mécanisme d’activation du récepteur. Ces deux outils pourraient être utilisés sur d’autres cibles pour des investigations moléculaires et physiologiquesPurinergic P2X receptors are implicated in a diverse range of physiopathological processes and are therefore promising therapeuthic target. Their study suffers from the lack of pharmacological tools selective of one subtype only and mechanisms by which the receptor switches between different conformational states remain elusive.We have developed novel optochemical tools based on azobenzene derivatives to obtain a spatio temporal control of the functionality of the receptor. Inspired by optogenetic pharmacology, we have designed an engineered receptor to control electrical activity of cultured neurons. Molecular photo-switchable tweezers have been developed to explore allosteric transitions of the protein and giving new insights into the P2X pore gating mechanism. This approach provides data enabling us to purpose a new model of the active state. The versability of the two strategies makes these tools promising for molecular and physiological studies of other membrane proteins
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Dulu, Olivier. "Approche structurale de la compétence à s’orienter : proposition d’un modèle général, hiérarchique, dynamique et multivarié." Thesis, Paris, CNAM, 2014. http://www.theses.fr/2015CNAM0949/document.
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Quelle est la structure décisionnelle de la compétence à s’orienter ? Après avoir analysé les modèles existants et parcouru plusieurs recherches étudiant l’impact de différentes variables, nous avons proposé un modèle général qui pourrait se baser à la fois sur des modèles structuraux différenciant des axes d’internalité et d’externalité, sur des modèles hiérarchiques et sur des modèles dynamiques. La validation de ce modèle repose sur deux études empiriques distinctes. Une première expérimentation avec groupe témoin a été réalisée auprès de 665 étudiants issus de trois filières universitaires (psychologie, sciences et lettres) et a permis d’observer la mobilité de la maturité de carrière au cours d’une action d’orientation. La seconde, menée auprès de 322 étudiants en psychologie et en sciences, a montré l’interaction de nombreuses variables internes, comme le locus de contrôle, le sentiment d’efficacité personnelle, l’autonomie, l’anxiété décisionnelle et la maturité de carrière, cette dernière pouvant s’inscrire comme une composante d’un modèle général, hiérarchique, dynamique et multivarié de la compétence à s’orienter. Une recherche complémentaire auprès de 186 étudiants a montré l’aspect à la fois modérateur et conflictuel des valeurs d’ouverture au changement (autonomie et stimulation) et de continuité (tradition et conformité) à l’œuvre lors du processus décisionnelWhat is the decision-making structure that underpins career self-determination? Having examined existing models and various studies of the impact of their respective variables, we propose a general model which is inspired by three others: a structural model differentiating between internal and external axes, a hierarchical model and a dynamic model. In order to confirm this hypothesis, we have conducted two distinct experiments. The first of these, with a sample group of 665 students from three university backgrounds (psychology, general science and humanities), enabled us to observe the changing dynamics of career maturity during a career guidance activity. The second experiment, carried out with 322 psychology and science students, showed the interaction of numerous internal personal characteristics, such as the locus of control, the feeling of self-efficacy, autonomy, decision stress and career maturity. As opposed to earlier general preconceptions, we suggest that this last characteristic (career maturity) is just one of the components of a general self-determination model based on hierarchy, dynamics and multiple variables. Subsequent research, carried out with 186 students, has shown the moderating and conflictual aspects of the values (autonomy and stimulation) adopted by persons open to change and the values (tradition and conformity) of persons preferring to continue without change within the decision process
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Auger, Sarah. "Dynamique structurale d'une pessière à lichens ancienne à la limite nordique de répartition des forêts." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25717/25717.pdf.
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Llory, Jean-François. "Etude structurale et dynamique de la membrane du lymphocyte B dans la leucémie lymphoi͏̈de chronique." Montpellier 1, 1989. http://www.theses.fr/1989MON11288.
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