Dissertations / Theses: 'E-Steco'

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Harder, Jörn [Verfasser], and E. [Akademischer Betreuer] Steck. "Simulation lokaler Fließvorgänge in Polykristallen / Jörn Harder ; Betreuer: E. Steck." Braunschweig : Technische Universität Braunschweig, 1997. http://d-nb.info/117589141X/34.

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Sporrong, Oscar. "Improved methodology for isolating Shiga toxin-producing E. coli (STEC) in food." Thesis, Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, 2018. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-357314.

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Paddock, Zachary Dean. "Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) in cattle: factors affecting fecal shedding of E. coli O157:H7 and detection methods of non-O157 STEC." Diss., Kansas State University, 2013. http://hdl.handle.net/2097/15732.

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Abstract:

Doctor of Philosophy Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology T. G. Nagaraja Escherichia coli O157:H7 and over 380 non-O157 serotypes of Shiga toxin producing E. coli (STEC) are human food-borne pathogens that inhabit the hindgut of ruminants and are shed in the feces, which subsequently contaminate food products. Recent epidemiological data have shown that six non-O157 STEC (O26, O103, O111, O121, O45 and O145) account for majority of human STEC infections. Fecal shedding of STEC is influenced by a number of factors, including diets, supplements, and feed additives, because of their potential to alter hindgut ecosystem. Not much is known about the fecal shedding of non-O157 STEC in cattle because of lack of standardized detection methods. Fecal shedding of E. coli O157:H7 was studied to determine the effects of supplemental urea, monensin, an ionophore, and ractopamine, a beta-agonist. Cattle fed monensin at 44 mg/kg of feed had lower (P = 0.05) fecal O157:H7 prevalence than cattle fed 33 mg/kg. Supplemental urea (0.35 or 0.70% of the diet) and inclusion of ractopamine at 200 mg/animal/day had no effect on fecal shedding of E. coli O157:H7. In an experimental inoculation study, inclusion of corn starch to a distiller’s grains (DG)-supplemented diet had no effect on fecal shedding of E. coli O157 suggesting that either the decreased starch content in the DG-supplemented diet is not a factor in the increased shedding of E. coli O157:H7 or inclusion of pure starch in the diet may not have achieved our intended goal to have starch flow into the hindgut similar to that of corn grain. A multiplex PCR to detect O26, O45, O103, O111, O121, O145, and O157 was designed and applicability to detect the seven serogroups in cattle feces was evaluated. A multiplex PCR, designed to detect E. coli O104, feces showed presence of O104 in cattle feces (20.6%), but the isolated strains did not carry genes characteristic of the virulent strain responsible for the 2011 food-borne outbreak in Germany. Two preharvest interventions, a siderophore receptor and porin proteins-based vaccine and a Lactobacillus acidophilus-based direct-fed microbial, intended to control E. coli O157, had no effect on fecal shedding of O26 assessed by culture-based or PCR-based method.

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Smith, Victor, Ankit Patel, Emily Ford, Demetrio M. D. Macariola, and Alex Yu. "Shigatoxin E. coli (STEC) in Public Park at Different Seasons of the Year." Digital Commons @ East Tennessee State University, 2020. https://dc.etsu.edu/asrf/2020/presentations/56.

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Abstract:

BACKGROUND: In the U.S. STEC HUS is the most common cause of acute renal failure in children. In TN from 1996-2017 there were 2008 STEC cases were reported. Every year in the U.S, there 36 reported mortality each year. At our local children’s hospital, 4-5 children are hospitalized with STEC infection each year. Some of these children had no history of ingesting food items that could have placed them at risk to develop STEC infection; however, there are other ways that humans could get infected, such as exposure to contaminated water from cattle farms. GOALS: To determine if there are differences in the presence of STEC at a local park at different seasons of the year. METHODS: Fifty (50) ml of water samples were collected from a creek in 2 areas of public park in Johnson City, TN. Samples were inoculated to Sorbitol McConkey Agar (SMAC) plates under sterile techniques & incubated at 36C for 18 hours under aerobic conditions. RESULTS: Table demonstrating presence of STEC from water samples at different seasons of the year. SEASON OF THE YEAR # COLONIES FOUNDERS PARK # COLONIES LIBRARY PARK SUMMER JUNE 2018 A:1 B:1 C:2 TOTAL: 4 A: 3 B: 2 C: 1 TOTAL: 6 FALL SEPT 2018 A: 1 B: 3 C: 2 TOTAL: 6 A: 1 B:2 C:4 TOTAL: 7 WINTER DEC 2018 A: 1 B: 0 C: 1 TOTAL: 2 A: 0 B: 1 C: 1 TOTAL: 2 SPRING MARCH 2019 A: 2 B: 2 C:1 TOTAL: 5 A: 0 B: 0 C: 0 TOTAL: 0 DISCUSSION/ CONCLUSION: STEC was present at almost every season of the year. Public health measures should be undertaken to inform the community that these waters around public parks are contaminated with STEC to prevent STEC infection. References: TN Dept of Health CEDEP report CDC website

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Cardozo, Marita Vedovelli [UNESP]. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) em peixes de pisciculturas e de vida livre." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2014. http://hdl.handle.net/11449/122015.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-26Bitstream added on 2015-04-09T12:47:49Z : No. of bitstreams: 1 000817299.pdf: 639613 bytes, checksum: 3a27811ced1e1d8bc5861bd392515794 (MD5) Embora Escherichia coli não seja um microrganismo natural do trato intestinal de peixes, sabe-se que a microbiota desses animais está diretamente relacionada à qualidade microbiológica da água em que vivem. Para avaliar a frequência de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC), foram coletadas um total de 472 amostras de fezes e musculatura de peixes da espécie Oreochromis niloticus (tilápia), bem como da água em que viviam. Nos animais provenientes de pisciculturas, somente uma estirpe STEC (0,2%) foi isolada, e esta apresentou resistência a diversos antimicrobianos das classes das quinolonas, tetraciclinas, aminoglicosídeos e anfenicóis, enquanto em peixes de vida livre, seis estirpes (6%) foram isoladas, sendo cinco STEC e uma EPECa. Todas as STEC foram classificadas como patogênicas pelo grupamento filogenético e a EPECa, comensal. Além disso, foram detectados os genes de virulência astA, ehxA, saa, efa1, paa e lpfAO113 e os sorogrupos O55, O39, O116, H14, H18 e H36. Em relação às variantes da toxina Stx2, foi observada a rara combinação dos subtipos stx2a, stx2c e stx2d em um mesmo isolado. De acordo com a análise de similaridade genética, os isolados são bastante heterogêneos e apresentaram origem clonal diversificada. Os resultados desse estudo evidenciaram que os peixes têm o potencial de transmissão de E. coli diarreiogênicas para o ser humano, e também o possível uso indiscriminado de antimicrobianos na criação intensiva desses animais Although Escherichia coli is not an organism typically found in the fish gut, the microbiota of these animals is directly related to the quality of water in which they live. To evaluate the frequency of shigatoxigenic (STEC) and enteropathogenic (EPEC) Escherichia coli, a total of 472 fish fecal and muscle samples were collected (Oreochromis niloticus, called tilapia), as well as the water in which the fish lived. In animals from fish farms, only one STEC strain (0.2%) was isolated, and showed resistant to several antimicrobial of the quinolone, tetracycline, aminoglycoside and amphenicol classes. In wild fish, six isolates (6%) were obtained, five STEC and one aEPEC. All STEC were classified as pathogenic by phylogenetic grouping, and aEPEC was commensal. In addition, astA, ehxA, saa, efa1, paa, lpfAO113 virulence genes, and O55, O39, O116, H14, H18 and H36 serogroups were detected. Regarding Stx2 toxin variants, an unusual combination of stx2a, stx2c and stx2d subtypes was observed. According to the analysis of genetic similarity, the isolates are heterogeneous and showed a diversified clonal origin. The results of this study demonstrated that fish have the potential to transmit diarrheagenic E. coli to humans, as well as the possible indiscriminate use of antimicrobials in the intensive farming of these animals

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Cardozo, Marita Vedovelli. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) em peixes de pisciculturas e de vida livre /." Jaboticabal, 2014. http://hdl.handle.net/11449/122015.

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Orientador: Fernando Antônio de Ávila Banca: Caroline Peters Pigatto de Nardi Banca: Patrícia Amoroso Banca: Helio José Montassier Banca: José Moacir Marin Resumo: Embora Escherichia coli não seja um microrganismo natural do trato intestinal de peixes, sabe-se que a microbiota desses animais está diretamente relacionada à qualidade microbiológica da água em que vivem. Para avaliar a frequência de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC), foram coletadas um total de 472 amostras de fezes e musculatura de peixes da espécie Oreochromis niloticus (tilápia), bem como da água em que viviam. Nos animais provenientes de pisciculturas, somente uma estirpe STEC (0,2%) foi isolada, e esta apresentou resistência a diversos antimicrobianos das classes das quinolonas, tetraciclinas, aminoglicosídeos e anfenicóis, enquanto em peixes de vida livre, seis estirpes (6%) foram isoladas, sendo cinco STEC e uma EPECa. Todas as STEC foram classificadas como patogênicas pelo grupamento filogenético e a EPECa, comensal. Além disso, foram detectados os genes de virulência astA, ehxA, saa, efa1, paa e lpfAO113 e os sorogrupos O55, O39, O116, H14, H18 e H36. Em relação às variantes da toxina Stx2, foi observada a rara combinação dos subtipos stx2a, stx2c e stx2d em um mesmo isolado. De acordo com a análise de similaridade genética, os isolados são bastante heterogêneos e apresentaram origem clonal diversificada. Os resultados desse estudo evidenciaram que os peixes têm o potencial de transmissão de E. coli diarreiogênicas para o ser humano, e também o possível uso indiscriminado de antimicrobianos na criação intensiva desses animais Abstract: Although Escherichia coli is not an organism typically found in the fish gut, the microbiota of these animals is directly related to the quality of water in which they live. To evaluate the frequency of shigatoxigenic (STEC) and enteropathogenic (EPEC) Escherichia coli, a total of 472 fish fecal and muscle samples were collected (Oreochromis niloticus, called tilapia), as well as the water in which the fish lived. In animals from fish farms, only one STEC strain (0.2%) was isolated, and showed resistant to several antimicrobial of the quinolone, tetracycline, aminoglycoside and amphenicol classes. In wild fish, six isolates (6%) were obtained, five STEC and one aEPEC. All STEC were classified as pathogenic by phylogenetic grouping, and aEPEC was commensal. In addition, astA, ehxA, saa, efa1, paa, lpfAO113 virulence genes, and O55, O39, O116, H14, H18 and H36 serogroups were detected. Regarding Stx2 toxin variants, an unusual combination of stx2a, stx2c and stx2d subtypes was observed. According to the analysis of genetic similarity, the isolates are heterogeneous and showed a diversified clonal origin. The results of this study demonstrated that fish have the potential to transmit diarrheagenic E. coli to humans, as well as the possible indiscriminate use of antimicrobials in the intensive farming of these animals Doutor

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Tawe, Johanna. "Validation of PCR assays for detection of Shiga toxin-producing E. coli O104:H4 and O121 in food." Thesis, Uppsala universitet, Institutionen för biologisk grundutbildning, 2014. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-220478.

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Abstract:

Shigatoxin-producing Escherichia coli (STEC) can cause infections in humans which can beserious and sometimes fatal. There is a great need for methods that are able to detect differentserogroups of STEC. In this project, conventional and real-time PCR assays for detection ofSTEC O104:H4 and O121, as recommended by the European Union Reference Laboratory(EU-RL) for STEC, were validated. The specificity, limit of detection, repeatability,efficiency and robustness were determined for three real-time PCR assays. The validationshowed that the real-time PCR reactions were specific and sensitive although some additionaltests are required.

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Machado, Luís Alberto Pereira. "Incidência dos genes eaeA E stx1 EM Escherichia coli isolada de carcaça suína abatida em frigoríficos comercais na região sul do Brasil." reponame:Repositório Institucional da UNIVATES, 2014. http://hdl.handle.net/10737/600.

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Abstract:

Submitted by FERNANDA DA SILVA VON PORSTER (fdsvporster@univates.br) on 2014-09-29T17:42:22Z No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2014-10-06T14:03:17Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) Made available in DSpace on 2014-10-06T14:03:17Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) A carne suína representa importante fonte de proteína animal para o mundo, porém vem sendo associada a surtos de toxinfecção alimentar. Uma das causas destes surtos é a contaminação por Escherichia coli (E. coli), encontrada no trato intestinal e ambiente dos suínos abatidos para produção de carnes in natura e industrializadas. No contexto de segurança alimentar, os surtos por Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) são os melhores documentados. No mundo, diversos surtos causados por ingestão de alimentos de origem animal já foram documentados, porem no Brasil, existem poucos dados sobre a ocorrência de STEC em eventos de toxinfecção alimentar, bem como a presença nos animais e, consequentemente, na carne suína. O objetivo deste trabalho foi quantificar a contaminação por E. coli de carcaças suínas abatidos em frigoríficos comerciais localizados nos estados da Região Sul do Brasil, e identificar por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) a presença de E. coli produtora das toxinas stx1 e eaeA. Foram realizados swabs de 272 carcaças suínas em abatedouros frigoríficos localizados nos estados do RS, SC e PR. As contaminações por E. coli foram identificadas em 25 carcaças, sendo 20 estabelecimento do Rio Grande do Sul, cinco no do Paraná e nenhuma amostra positiva na coleta em Santa Catarina. Das amostras positivas foram extraídos DNA para genotipagem por PCR. Nenhuma amostra apresentou o gene stx1, porém o gene eaeA foi identificado em 13 amostras, nas diferentes regiões da carcaça. A identificação da incidência dos genes eaeA e stx1 nas carcaças pela técnica de PCR pode ser uma ferramenta útil no rastreamento da contaminação bacteriana ao longo dos processos do abatedouro, podendo auxiliar na redução de casos de toxinfecções alimentares causadas por E. coli e outros microrganismos.

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Cull, Charley Abraham. "Epidemiology of Shiga toxin-producing Escherichia coli in commericial feedlot cattle." Diss., Kansas State University, 2016. http://hdl.handle.net/2097/32571.

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Abstract:

Doctor of Philosophy Diagnostic Medicine/Pathobiology David G. Renter Shiga toxin-producing Escherichia coli serogroups (O26, O45, O103, O111, O121, O145, and O157; STEC-7) are recognized as major food-borne pathogens with outbreaks, human infections, and occasional deaths associated with the consumption of contaminated foods. Cattle are recognized as the primary reservoir for STEC-7 and shed these bacteria in their feces, which are considered a principal source of contamination of cattle hides and carcasses at harvest. Pre-harvest interventions that effectively reduce fecal shedding of STEC-7 have the potential to reduce the public health concerns and economic impact of these bacteria and enhance food safety. In the research presented in this dissertation, distinct study designs were used to evaluate the impact of commercially available pre-harvest interventions and develop a better understanding of the epidemiology of STEC-7 in commercial feedlot cattle. A randomized pen-level trial indicated that a commercially available vaccine significantly reduced the fecal prevalence of STEC O157 and prevalence of high shedders compared to unvaccinated pens. However, there was no evidence of a direct-fed microbial (DFM) effect on either measure of STEC O157 shedding. In a continuum of the efficacy study, the performance and carcass characteristics associated with these pre-harvest interventions were quantified. Results indicated that feeding the DFM to cattle improved performance, whereas the vaccine negatively impacted performance during the intervention period, though most of these attributes were not reflected at the time the animals were harvested. Later, a cross-sectional observational study was used to determine the regional-, feedlot- and pen-level fecal prevalence of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), a subset of STEC, in commercial feedlot cattle. Results indicated that EHEC serogroup O157 was detected more frequently than non-O157 serogroups of EHEC; however, all feedlots had at least one sample positive for both O157 and non-O157 EHEC. Further, risk factors associated with non-O157 serogroups of EHEC were identified; further evaluation of these factors as potential control points may enable the ability to positively impact public health concerns and food safety by reducing the pathogen load prior to harvest. Overall, the research described in this dissertation provides an assessment of pre-harvest interventions and multi-level prevalence estimates of STEC-7 in commercial feedlot operations.

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Correa, Taciana Pretti [UNESP]. "Persistência de cepas de Escherichia coli genérica e de Stec não-O157 em solos agricultáveis." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2015. http://hdl.handle.net/11449/136753.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:55:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-13. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:57Z : No. of bitstreams: 1 000860193.pdf: 914175 bytes, checksum: f8f884f6f45106b6f91e035fd147770d (MD5) Escherichia coli de sorogrupo não- O157 produtora de Shiga toxina é reconhecida como causadora de sérias doenças em seres humanos. Entretanto, as pesquisas relacionadas à persistência das STEC não- O157 em solos agricultáveis são bastante limitadas. No presente estudo foi analisada a sobrevivência de E.coli genérica, E.coli portadora do gene eae e STEC não- O157 portadoras do gene stx1, stx2 e eae em dois solos agricultáveis, cultura de cana-de-açúcar e pastagem em duas situações diferentes, solos esterilizados por autoclavação e solo não autoclavado. As linhagens de E.coli foram inoculadas nos dois solos em ambas as situações em um sistema de microcosmo, o qual foi avaliado por 60 dias. Os resultados mostraram que todas as linhagens de E.coli foram recuperadas em menor número nos solos não autoclavados do que nos solos esterilizados por autoclavação. Também foi verificado que as linhagens STEC não- O157 sobreviveram por um período maior do que a linhagem de E.coli genérica no solo sob pastagem não autoclavado, no mínimo por 60 dias. Nós devemos prestar mais atenção ao longo período de sobrevivência das linhagens STEC não- O157 em solos de pastagem devido ao seu alto potencial de risco ao meio ambiente Shiga toxin producing Escherichia coli non- O157 serogroup has been recognized as cause of serious diseases in human. However, research on the persistence of STEC non- O157 in preharvest is limited. In the current study we analysed the survival behavior of generic E.coli, E.coli carrying eae gene and STEC non- O157 strain carrying stx1, stx2 and eae gene in two agricultural soils, sugar cane culture and grassland in two different situations autoclaved soil and non- autoclaved soil. The E.coli strains were inoculated in both soils in a microcosm system which was analysed for sixty days. Results showed that all E.coli strains were recovered in a smoller number in non- autoclaved soils than in the autoclaved soils. Also was verified that the STEC non- O157 strains survived longer than the generic E.coli strain in the non autoclaved grassland soil, at least for sixty days. We should pay more attention to the STEC non- O157 serogroup long survival in grassland soil and its potential environmental risk

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Correa, Taciana Pretti. "Persistência de cepas de Escherichia coli genérica e de Stec não-O157 em solos agricultáveis /." Jaboticabal, 2015. http://hdl.handle.net/11449/136753.

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Abstract:

Orientador: José Moacir Marin Banca: Everlon Cid Rigobelo Banca: Davi Rodrigo Rossato Banca: Patrícia Amoroso de Andrade Banca: Caroline Peters Pigatto de Nardi Resumo: Escherichia coli de sorogrupo não- O157 produtora de Shiga toxina é reconhecida como causadora de sérias doenças em seres humanos. Entretanto, as pesquisas relacionadas à persistência das STEC não- O157 em solos agricultáveis são bastante limitadas. No presente estudo foi analisada a sobrevivência de E.coli genérica, E.coli portadora do gene eae e STEC não- O157 portadoras do gene stx1, stx2 e eae em dois solos agricultáveis, cultura de cana-de-açúcar e pastagem em duas situações diferentes, solos esterilizados por autoclavação e solo não autoclavado. As linhagens de E.coli foram inoculadas nos dois solos em ambas as situações em um sistema de microcosmo, o qual foi avaliado por 60 dias. Os resultados mostraram que todas as linhagens de E.coli foram recuperadas em menor número nos solos não autoclavados do que nos solos esterilizados por autoclavação. Também foi verificado que as linhagens STEC não- O157 sobreviveram por um período maior do que a linhagem de E.coli genérica no solo sob pastagem não autoclavado, no mínimo por 60 dias. Nós devemos prestar mais atenção ao longo período de sobrevivência das linhagens STEC não- O157 em solos de pastagem devido ao seu alto potencial de risco ao meio ambiente Abstract: Shiga toxin producing Escherichia coli non- O157 serogroup has been recognized as cause of serious diseases in human. However, research on the persistence of STEC non- O157 in preharvest is limited. In the current study we analysed the survival behavior of generic E.coli, E.coli carrying eae gene and STEC non- O157 strain carrying stx1, stx2 and eae gene in two agricultural soils, sugar cane culture and grassland in two different situations autoclaved soil and non- autoclaved soil. The E.coli strains were inoculated in both soils in a microcosm system which was analysed for sixty days. Results showed that all E.coli strains were recovered in a smoller number in non- autoclaved soils than in the autoclaved soils. Also was verified that the STEC non- O157 strains survived longer than the generic E.coli strain in the non autoclaved grassland soil, at least for sixty days. We should pay more attention to the STEC non- O157 serogroup long survival in grassland soil and its potential environmental risk Doutor

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Lopes, Patricia Regina Kraschinski. "Qualidade microbiológica e pesquisa de Escherichia coli produtora de toxina shiga (STEC) na cadeia produtiva do leite." Niterói, 2017. https://app.uff.br/riuff/handle/1/3049.

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Abstract:

Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-03-14T17:16:12Z No. of bitstreams: 1 Lopes, Patricia Regina Kraschinski [Dissertação, 2016].pdf: 1353027 bytes, checksum: d3bd0a8823abd0576a16231891f91a13 (MD5) Made available in DSpace on 2017-03-14T17:16:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lopes, Patricia Regina Kraschinski [Dissertação, 2016].pdf: 1353027 bytes, checksum: d3bd0a8823abd0576a16231891f91a13 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade microbiológica do leite bovino em diferentes etapas da cadeia produtiva de uma cooperativa de leite do Estado do Rio de Janeiro, e investigar a presença de STEC e STEC O157 no leite e nas fezes dos animais ordenhados. Foram coletadas 100 amostras de leite nas diferentes etapas da cadeia produtiva, sendo 54 amostras do galão de cada propriedade rural, 25 amostras de leite do tanque de refrigeração comunitário, 14 amostras dos carros-tanque isotérmicos e 7 amostras do tanque de resfriamento da indústria bem como 10 amostras de leite pasteurizado. Foram também avaliadas 63 amostras de swab retal do animal ordenhado e 35 amostras de leite recém ordenhado. Para conferir a eficiência da pasteurização foram realizados os testes de peroxidase e fosfatase alcalina. A maioria das amostras (75,9%) de leite cru coletadas nos galões dos produtores apresentou condições microbiológicas satisfatórias, contagem bacteriana total (CBT) < 5,5 log UFC/mL. No entanto, 72% das amostras de leite coletadas no tanque de refrigeração comunitário, 100% das amostras coletadas nos carros-tanque isotérmicos e 100% das amostras coletadas nos tanques de refrigeração da indústria apresentaram condições microbiológicas insatisfatórias. Todas as amostras de leite pasteurizado foram aprovadas quanto a CBT, além de apresentarem a enzina peroxidase ativa e a enzima fosfatase alcalina inativa. No entanto, 80% destas amostras foram classificadas em condições microbiológicas insatisfatórias por apresentarem coliformes totais e E. coli acima dos padrões estabelecidos pela legislação brasileira. Das 100 amostras de leite cru analisadas, 65 apresentaram o gene stx, sendo 33 (61,1%) amostras do galão do produtor, 13 (52%) amostras do tanque de refrigeração comunitário, 14 (100%) amostras dos carros-tanque isotérmicos e cinco (71,4%) amostras dos tanques de resfriamento da indústria. Cinquenta e seis (88,9%) amostras fecais e 17 (48,6%) amostras de leite recém-ordenhado apresentaram o gene stx. Com exceção de uma amostra, todas as amostras de leite recém ordenhado provinham de um animal carreador do gene stx. Foram isolados STEC O157:H7 em 11,9% das amostras de fezes bovinas stxpositivas. Todas as cepas STEC O157:H7 isoladas apresentaram os genes stx2c, eae , tir , espA , espB , ler, iha, astA, EHEC-hlyA e espP. A qualidade microbiológica dos produtos lácteos está diretamente relacionada à qualidade da matéria-prima, com isso, é necessário a adequação dos produtores rurais quanto à implementação de Boas Práticas Agropecuárias, além da implementação das Boas Práticas de Fabricação pela indústria de laticínios The aim of this study was to evaluate the microbiological quality of cow's milk in different stages of the production chain of a cooperative state milk Rio de Janeiro, and to investigate the presence of STEC and STEC O157 on themilk and the faeces of milked animals. 100 milk samples at different stages of the production chain were collected, 54 samples of a gallon of each rural property, 25 milk samples of Community coolant tank, 14 samples of insulated tank cars and 7 samples of the industrial cooling tank; and 10 samples of pasteurized milk. It was also evaluated 63 samples of rectal swab of milking animals and 35 sample of freshly milked milk. To check the effectiveness of the pasteurization tests peroxidase and alkaline phosphatase were performed. The majority of samples (75.9%) of raw milk collected in gallons producers had satisfactory microbiological conditions, total bacterial count (TBC) < 5.5 log CFU/mL. However, 72% of milk samples collected in the Community coolant tank, 100% of the samples collected in the isothermal tank cars and 100% of the samples collected in the industrial cooling tanks had unsatisfactory microbiological conditions. All (100%) samples of pasteurized milk were approved as the TBC, besides having the peroxidase enzyme is of not presenting the enzyme alkaline phosphatase. However, 80% of these samples were classified as unsatisfactory microbiological conditions for presenting total coliforms and E. coli above the standards set by law. Of 100 raw milk samples analyzed, 65 showed the stx gene, 33 (61.1%) of the producer gallon, 13 (52%) of the community coolant tank, 14 (100%) of the isothermal tank cars and five (71.4%) of cooling tanks industry. Fifty-six (88.9%) and 17 faecal samples (48.6%) of freshly milked milk samples showed the stx gene. With the exception of one sample, all milk samples freshly milked, came from a carrier animal stx gene. They were isolated STEC O157: H7 in 11.9% of samples stx-positive cattle dung. All strains STEC O157: H7 isolated genes showed stx2c, eae , tir , espA , espB , read, iha, astA, EHEC-hlyA and espP. The microbiological quality of dairy products is directly related to the quality of the raw material, thus, the adequacy of farmers as the implementation of Best Practices of Agricultural is required in addition to the implementation of Good Manufacturing Practices by the dairy industry

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Rocha, Letícia Barboza. "Desenvolvimento e padronização de testes imunocromatográficos para diagnóstico de Escherichia coli produtora da toxina de Shiga (STEC) e Escherichia coli enterotoxigênica (ETEC)." Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-26112012-095546/.

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Abstract:

Escherichia enterotoxigênica e Escherichia coli produtora da toxina de Shiga (STEC) são globalmente envolvidas em doenças diarreicas e produzem a toxina termolábil e a toxina de Shiga (Stx1 e Stx2), as quais são prejudiciais ao homem. O diagnóstico é uma importante ferramenta para o correto tratamento e controle de surtos. Assim, testes imunocromatográficos (ICs) para ETEC e STEC baseados na detecção das toxinas foram desenvolvidos e padronizados utilizando anticorpos policlonais conjugados ao ouro coloidal (PAbs) e seus correspondentes anticorpos monoclonais (MAbs) anti-LT (IgG2b, 4,9 x 10-11 M), anti-Stx1 (IgG1, 2,5 x 10-10 M) e anti-Stx2 (IgG1, 6,1 x 10-10 M). Os três testes ICs detectaram até 15,6 ng/mL de LT, 15,6 ng/mL de Stx1 e 62,5 ng/mL de Stx2 e não apresentaram reatividade cruzada com os isolados não produtores da respectiva toxina alvo. Estes resultados demonstram a viabilidade e aplicabilidade dos testes ICs como ferramentas no diagnóstico de E. coli diarreiogênicas. Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) are worldwide involved in diarrheal diseases and produce the heat-labile (LT) and the Shiga (Stx1 and Stx2) toxins, which, cause injuries to man. The diagnosis is an important tool for the correct treatment and control of outbreaks. Thus, immunochromatographic assays (ICs) for ETEC and STEC based on toxins detection were developed and standardized using polyclonal antibodies-gold conjugated (PAbs) and their corresponding monoclonal antibodies (MAbs): anti-LT (IgG2b, 4.9 x 10-11 M), anti-Stx1 (IgG1, 2.5 x 10-10 M) and anti-Stx2 (IgG1, 6.1 x 10-10 M). The three ICs detect up to 15.6 ng/mL of LT, 15.6 ng/mL of Stx1 and 62.5 ng/mL of Stx2 and showed no cross-reaction with non-producers isolates of the respective target toxin. These results demonstrate the feasibility and applicability of the test ICs as diagnostic tools for diarrheagenic E. coli.

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Beraldo, Lívia Gerbasi [UNESP]. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) isoladas de búfalos leiteiros no Estado de São Paulo." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/94939.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-24Bitstream added on 2014-06-13T19:14:45Z : No. of bitstreams: 1 beraldo_lg_me_jabo.pdf: 244325 bytes, checksum: 15240886360c5cf0af075b2ef7715ab7 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Escherichia coli enteropatogênica (EPEC) e Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) estão implicadas em causar sérias doenças no homem. Devido o crescimento da produção de búfalos leiteiros e a pequena quantidade de estudos sobre a prevalência de STEC e EPEC em bubalinos esse trabalho foi proposto. Os objetivos foram: determinar a prevalência de STEC e EPEC de amostras de origem bubalina através da pesquisa dos genes stx1, stx2, eae, iha, efa1, toxB, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, lpfAO113, saa, ehxA e bfp; caracterização bioquímica e sorogrupagem dos isolados e o perfil de resistência das estirpes de STEC e EPEC isoladas frente a diferentes drogas antimicrobianas. Foram isoladas 33 estirpes de E. coli, das quais 21 (63,6%) STEC e 12 (36,4%) EPEC, que apresentaram 23 perfis genéticos diferentes. Todos os isolados apresentaram mais de um gene de virulência. De todos os genes estudados apenas o bfp não foi encontrado nas amostras analisadas. As estirpes isoladas apresentaram sensibilidade a maioria dos antimicrobianos testados. O sorogrupo mais freqüente foi o O26, seguido do O157. As estirpes estudadas apresentaram genes de virulência que estão relacionados à graves doenças no homem. Pelos resultados pode-se dizer que búfalos são importantes reservatórios de STEC e EPEC e a presença desses isolados com determinados perfis genéticos devem ser melhor estudados Escherichia coli (EPEC) and Shiga toxin Escherichia coli (STEC) are implicated in causing serious disease in humans. Due to the increased production of buffalo milk and small amount of studies on the prevalence of STEC and EPEC in buffalo this work was proposed. The objectives were to determine the prevalence of STEC and EPEC isolates from buffalo by investigating the genes stx1, stx2, eae, iha, efa1, toxB, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, lpfAO113, saa, ehxA and bfp; sorogrupagem and biochemical characterization of isolates and resistance profile of strains of EPEC and STEC isolates to different antimicrobial drugs. We isolated 33 strains of E. coli, of which 21 (63.6%) STEC and 12 (36.4%) EPEC, showed that 23 different genetic profiles. All isolates had more than one virulence gene. All of the genes studied only the bfp was not found in the samples. The strains isolated were sensitive to most antimicrobials tested. The serogroup O26 was the most common, followed by O157. The strains were virulence genes that are related to severe disease in humans. From the results we can say that buffaloes are major reservoirs of STEC and EPEC and the presence of strains with certain genetic profiles should be better studied

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Beraldo, Lívia Gerbasi. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) isoladas de búfalos leiteiros no Estado de São Paulo /." Jaboticabal : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/94939.

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Abstract:

Resumo: Escherichia coli enteropatogênica (EPEC) e Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) estão implicadas em causar sérias doenças no homem. Devido o crescimento da produção de búfalos leiteiros e a pequena quantidade de estudos sobre a prevalência de STEC e EPEC em bubalinos esse trabalho foi proposto. Os objetivos foram: determinar a prevalência de STEC e EPEC de amostras de origem bubalina através da pesquisa dos genes stx1, stx2, eae, iha, efa1, toxB, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, lpfAO113, saa, ehxA e bfp; caracterização bioquímica e sorogrupagem dos isolados e o perfil de resistência das estirpes de STEC e EPEC isoladas frente a diferentes drogas antimicrobianas. Foram isoladas 33 estirpes de E. coli, das quais 21 (63,6%) STEC e 12 (36,4%) EPEC, que apresentaram 23 perfis genéticos diferentes. Todos os isolados apresentaram mais de um gene de virulência. De todos os genes estudados apenas o bfp não foi encontrado nas amostras analisadas. As estirpes isoladas apresentaram sensibilidade a maioria dos antimicrobianos testados. O sorogrupo mais freqüente foi o O26, seguido do O157. As estirpes estudadas apresentaram genes de virulência que estão relacionados à graves doenças no homem. Pelos resultados pode-se dizer que búfalos são importantes reservatórios de STEC e EPEC e a presença desses isolados com determinados perfis genéticos devem ser melhor estudados Abstract: Escherichia coli (EPEC) and Shiga toxin Escherichia coli (STEC) are implicated in causing serious disease in humans. Due to the increased production of buffalo milk and small amount of studies on the prevalence of STEC and EPEC in buffalo this work was proposed. The objectives were to determine the prevalence of STEC and EPEC isolates from buffalo by investigating the genes stx1, stx2, eae, iha, efa1, toxB, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, lpfAO113, saa, ehxA and bfp; sorogrupagem and biochemical characterization of isolates and resistance profile of strains of EPEC and STEC isolates to different antimicrobial drugs. We isolated 33 strains of E. coli, of which 21 (63.6%) STEC and 12 (36.4%) EPEC, showed that 23 different genetic profiles. All isolates had more than one virulence gene. All of the genes studied only the bfp was not found in the samples. The strains isolated were sensitive to most antimicrobials tested. The serogroup O26 was the most common, followed by O157. The strains were virulence genes that are related to severe disease in humans. From the results we can say that buffaloes are major reservoirs of STEC and EPEC and the presence of strains with certain genetic profiles should be better studied Orientador: Fernando Antônio de Ávila Coorientador: Everlon Cid Rigobelo Banca: José Moacir Marin Banca: Antonio José Piantino Ferreira Mestre

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Martins, Fernando Henrique. "Caracterização genotípica e fenotípica de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) e E. coli enteropatogênica (EPEC) isoladas de ovinos no norte do estado do Paraná." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, 2013. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000183069.

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Abstract:

Amostras fecais de 130 ovinos sem diarreia foram investigadas quanto à presença de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) e E. coli enteropatogênica (EPEC). STEC e EPEC foram detectadas em 50% e 19,2% dos animais, respectivamente. Um total de 70 isolados STEC e 25 isolados EPEC foram obtidos e caracterizados com relação a sorotipos e perfis de virulência. Todos os isolados EPEC foram negativos para o gene bfpA pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e foram considerados EPEC atípicas (aEPEC). Vinte e três sorotipos foram identificados entre os isolados STEC, dos quais O76:H19, O65:H-, O75:H-, O91:H-, O128:H2 e O75:H14 foram os mais prevalentes. Nove sorotipos identificados entre STEC foram reportados anteriormente associados com síndrome hemolítico-urêmica (SHU) em humanos, incluindo O103:H2. Para nosso conhecimento, este sorotipo é descrito pela primeira vez em STEC isolada de animais no Brasil. Todos os isolados STEC produziram efeito citotóxicos em células Vero. O subtipo stx2b foi o mais comum entre os isolados STEC. Apenas quatro (5,7%) isolados STEC foram eae-positivos. Os isolados aEPEC pertenciam a 11 sorotipos, oito dos quais previamente reportados em humanos com diarreia. Os sorotipos mais frequentes em aEPEC foram ONT:H21, O2:H40, O70:H11 e O177:H11. O subtipo de intimina ?1 foi o mais frequente em STEC, enquanto que ?1 foi o mais prevalente em aEPEC. O gene ehxA foi detectado em 87,1% e 60% dos isolados STEC e aEPEC, respectivamente. Todos os isolados STEC e aEPEC foram aderentes a células HEp-2. Nossos dados mostram que os ovinos podem ser considerados um importante reservatório de STEC e aEPEC no Brasil, uma vez que sorotipos e perfis de virulência associados com doenças em humanos foram observados. Fecal samples from 130 sheep without diarrhea were screened for the presence of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic E. coli (EPEC). STEC and EPEC were detected in 50% and 19,2% of the animals, respectively. A total of 70 STEC and 25 aEPEC isolates were obtained and characterized with respect to serotypes and virulence properties. All EPEC isolates were negative for the bfpA gene by polymerase chain reaction (PCR), and were considered atypical EPEC (aEPEC). Twenty-three serotypes were identified among STEC isolates, of which O76:H19, O65:H-, O75:H-, O91:H-, O128:H2 e O75:H14 were the most prevalent. Nine serotypes were previously reported in association with hemolytic uremic syndrome (HUS), including O103:H2. To our knowledge, this serotype is described for the first time in STEC isolated from animals in Brazil. All STEC isolates exhibited toxic effects on Vero cells, of which 50% were considered strongly cytotoxic. The stx2b subtype was the most common among STEC isolates. Only four (5,7%) STEC isolates were positive for eae gene. The aEPEC isolates belonged to 11 serotypes, of which eight have been implicated in human diarrheal disease. The most frequent serotypes among aEPEC isolates were ONT:H21, O2:H40, O70:H11 e O177:H11. The intimin type ?1 was the most frequent among STEC, whereas ?1 was the most frequent intimin type among aEPEC isolates. The ehxA gene was detected in 87,1% and 60%of the STEC and aEPEC isolates, respectively. All STEC and aEPEC isolates adhered to HEp-2 cells. Our data show that sheep are an important reservoir of STEC and aEPEC in Brazil, since the serotypes and virulence profiles associated with human disease were observed.

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Mainda, Geoffrey. "Molecular epidemiology of antimicrobial resistance (AMR) and Shiga toxin producing E. coli (STEC) in dairy herds of central Zambia." Thesis, University of Edinburgh, 2016. http://hdl.handle.net/1842/25416.

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Abstract:

Antimicrobial resistance (AMR) is a worldwide public health concern. While it is evident that the use of antibiotics creates selection pressure for the evolution of antibiotic resistance genes, there are still considerable knowledge gaps relating to the status quo of antibiotic use, emergence of resistant pathogens in different livestock production systems and spread within human and animal communities. This thesis includes a survey of antibiotic use in the dairy sector within a specific area of Zambia and analysis of AMR and virulence factors in E. coli isolated from dairy cattle and diarrhoea human patients with the following objectives. 1. To investigate the usage of antibiotics in the dairy sector and the drivers for use. 2. To determine the prevalence and patterns of antimicrobial resistance in E. coli isolated from faecal samples of dairy cattle. 3. To use whole genome sequencing (WGS) to investigate the molecular epidemiology of resistance determinants in E. coli strains isolated from both dairy cattle and humans. 4. To assess the zoonotic potential of isolated E. coli focusing on Shiga toxin-producing E. coli (STEC) and relationship to STEC associated with clinical disease in the UK. In view of these objectives, the first part of the work was carried out in Zambia and involved a questionnaire, a field survey, isolation of E. coli from dairy cattle faecal samples and phenotypic testing for AMR. In addition, E. coli isolates were obtained from another study that was focused on human patients presenting with diarrhoea at the University Teaching Hospital in Lusaka. The second part involved whole genome sequencing and molecular analyses of E. coli for resistance and virulence genotypes at the Roslin Institute (UK). For the field study, a stratified random sample of 104 farms was studied, representing approximately 20% of all dairy farms in the region. On each farm, faecal samples were collected from a random sample of animals and a standardised questionnaire on the usage of antibiotics was completed. An E. coli isolate was obtained from 98.67% (371/376) of the sampled animals and tested for resistance against the six types of antibiotics (tetracycline, ampicillin, sulfamethoxazole/trimethoprim, cefpodoxime, gentamicin and ciprofloxacin). These E. coli were then analysed together with those from humans for genotypes in the laboratory and from Illumina short read whole genome sequences using bioinformatics tools. Tetracylines and penicillin were the commonly used antibiotics in dairy herds. This finding was in line with the resistance phenotypes detected in E. coli isolated from the dairy cattle. The most prevalent AMR was to tetracycline (10.61; 95%CI: 7.40-13.82), followed by ampicillin (6.02; 95%CI: 3.31-8.73), sulfamethoxazole/ trimethoprim (4.49; 95%CI: 2.42-6.56), cefpodoxime (1.91; 95%CI: 0.46-3.36), gentamicin (0.89; 95%CI: 0.06-1.84) and ciprofloxacin (0%). The risk analysis indicated that AMR was associated with livestock diseases (lumpy skin disease and foot rot), exotic breeds (Jersey and Friesian), location, farm size and certain management practices. Analysis of whole genome sequences showed that isolates from humans had both higher levels and a greater diversity of resistance alleles than the cattle isolates. Common genotypes in both populations were: tetA (16%), tetB (10%), tetC (2%) for cattle isolates with tetA (32%), tetB (22%) and tetD (1%) in human isolates. Other common genotypes were blaTEM (56%), sul1 (29%), sul2 (66%), strA4 (57%) and strB1 (64%) in isolates of human origin while blaTEM (15%), sul1 (3%), sul2 (17%), strA4 (13%) and strB1 (19%) were in the cattle isolates. Whilst the E. coli isolates from cattle encoded resistance to common antibiotics of limited significance to human clinical medicine, isolates from humans had additional extended spectrum beta-lactamases (blaOXA, blaCMY, blaNDM, and blaDHA, blaOKP and blaCTX-M) that encode for resistance to essential antibiotics such as third generation cephalosporins and carbapenems. This was an evidence that AMR is an ongoing public health subject in Zambia but the exclusivity of certain resistances in the human population points to limited or no exchange of genotypes between E. coli of human origin and those from cattle. AMR in humans was probably independently selected by the use of antibiotics of clinical importance such as cephalosporin and fluoroquinolones. The virulence analysis focused on STEC, 11% (41/371) of E. coli isolates from cattle contained Shiga toxin genes (stx) while none (0/73) of the human isolates were positive. Phylogenetic analysis showed a random distribution of bovine STEC, with no indication of clonal spread. Although 89% (16/18) of the STEC tested had a cytotoxic effect on Vero cells, indicative of Shiga toxin production, only three (O45, O111, O157) belonged to one of the seven serogroups (O26, O157, O111, O103, O121, O145 and O45) associated with life-threatening enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) infections in humans. In line with this, only the O157 serotype encoded a type 3 secretion system. This shows that, while Stx-encoding strains are common in these dairy herds of Zambia, they are not strain backgrounds known to pose an immediate threat to human health as they lack colonisation factors that are found in typical human EHEC. However, we must remain vigilant as emergence of EHEC strains in these animals remains an ever-present threat.

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Duarte, Arlete. "Estudo da ocorrencia de Escherichia coli enterotoxigenica (ETEC) e "Shiga-toxin-producing" Escherichia coli (STEC) em produtos de laticinios." [s.n.], 1999. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/316687.

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Abstract:

Orientador: Domingos da Silva Leite Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Made available in DSpace on 2018-07-28T14:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Duarte_Arlete_M.pdf: 3000936 bytes, checksum: c7eaab16a96a70b56f591557220c9a53 (MD5) Previous issue date: 1999 Resumo: Não informado Abstract: Not informed. Mestrado Microbiologia Mestre em Genética e Biologia Molecular

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Azola, Juliana da Silva Menezes [UNESP]. "Genes de virulência e perfil de susceptibilidade a extratos vegetais de isolados de Escherichia coli enterotoxigênicas (ETEC), shigatoxigênicas (STEC) e enteropatogênicas (EPEC) em bezerros." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2016. http://hdl.handle.net/11449/147104.

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Abstract:

Submitted by JULIANA DA SILVA MENEZES AZOLA null (julianatutora23@yahoo.com.br) on 2017-01-05T18:20:16Z No. of bitstreams: 1 Tese_Juliana_da_Silva_Menezes_Azola.pdf: 1283526 bytes, checksum: 3710665b62f6ef126cbd8e2ca68a8629 (MD5) Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-01-10T17:16:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 azola_jsm_dr_jabo.pdf: 1283526 bytes, checksum: 3710665b62f6ef126cbd8e2ca68a8629 (MD5) Made available in DSpace on 2017-01-10T17:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 azola_jsm_dr_jabo.pdf: 1283526 bytes, checksum: 3710665b62f6ef126cbd8e2ca68a8629 (MD5) Previous issue date: 2016-12-13 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A diarreia neonatal é uma das mais recorrentes enfermidades que acometem bezerros, acarretando prejuízos à pecuária leiteira. Nestes casos, um dos micro-organismos mais prevalentes é Escherichia coli, relacionada à contaminação fecal e a surtos alimentares. Para o tratamento, a crescente resistência bacteriana a antimicrobianos leva à busca por novas alternativas farmacológicas. O presente trabalho teve como objetivo geral testar a susceptibilidade de isolados de E. coli oriundos de bezerros neonatos diarreicos e sem diarreia a extratos vegetais. Os animais pertenceram a fazendas destinadas à produção leiteira no Estado de Minas Gerais, Brasil. As amostras foram submetidas ao isolamento microbiológico, à sorologia, à identificação genética por PCR e a testes antimicrobianos. Em relação aos antissoros polivalentes, houve isolados positivos a sorogrupos de importância clínica em humanos, como O26 e O111. Foram isoladas 36 estirpes oriundas de animais acometidos, positivas para pelo menos um gene testado, sendo eles stx1, stx2, eae, bfp e Sta. Relacionadas ao isolamento de animais sem diarreia, 9 estirpes foram carreadoras dos genes stx1, stx2 ou ambos, caracterizando os bovinos como reservatórios do patótipo STEC. O gene LT-II não foi encontrado. Quanto aos testes de susceptibilidade, encontrou-se isolados resistentes a diferentes classes de antimicrobianos. Entre os extratos testados, houve sensibilidade frente à planta Salvia officinalis L. (sálvia). Assim, esta vertente de estudo coloca-se como alternativa ao combate a patógenos bacterianos, válida para futuros testes quanto à descoberta de novos componentes químicos que possuam atividade antimicrobiana. Neonatal diarrhea is one of the most recurrent illnesses that affect calves, resulting in losses to dairy farming. In these cases, one of the most prevalent microorganisms is Escherichia coli that is related to fecal contamination and food outbreaks. For the treatment, the increase bacterial resistance to antimicrobials leads to the search for new pharmacological alternatives. The main aim of this study was to test the susceptibility of E. coli isolated from neonatal calves with diarrhea and healthy to plant extracts. The animals were found in farms which are dairy-producing in the State of Minas Gerais, Brazil. The samples were subject to microbiological isolation, serology, PCR genetic identification and antimicrobial testing. In relation to polyvalent antiserum, there were positive isolates of clinical importance of serogroups in humans, such as O26 and O111. Thirty six strains were isolated from affected animals and they were positive to at least one gene tested, such as stx1, stx2, eae, bfp and Sta. Related to the healthy animals, 9 strains were carriers of the genes stx1, stx2 or both, characterizing the cattles as reservoirs of pathotype STEC. The gene LT-II was not found. In relation to susceptibility tests, resistant isolates to different classes of antimicrobials were found. Among the extracts that were tested, there was sensitivity to the Salvia officinalis L. plant (sálvia). Thus, this aspect of study can be alternative to combat the bacterial pathogens, valid for future tests as to the discovery of new chemical compounds with antimicrobial activity. FAPESP: 14/06313-3

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Azola, Juliana da Silva Menezes. "Genes de virulência e perfil de susceptibilidade a extratos vegetais de isolados de Escherichia coli enterotoxigênicas (ETEC), shigatoxigênicas (STEC) e enteropatogênicas (EPEC) em bezerros /." Jaboticabal, 2016. http://hdl.handle.net/11449/147104.

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Orientador: Fernando Antônio de Ávila Banca: Luiz Carlos do Nascimento Banca: Roberta Hilsdorf Piccoli Banca: Hélio José Montassier Banca: Karina Paes Bürger Resumo: A diarreia neonatal é uma das mais recorrentes enfermidades que acometem bezerros, acarretando prejuízos à pecuária leiteira. Nestes casos, um dos micro-organismos mais prevalentes é Escherichia coli, relacionada à contaminação fecal e a surtos alimentares. Para o tratamento, a crescente resistência bacteriana a antimicrobianos leva à busca por novas alternativas farmacológicas. O presente trabalho teve como objetivo geral testar a susceptibilidade de isolados de E. coli oriundos de bezerros neonatos diarreicos e sem diarreia a extratos vegetais. Os animais pertenceram a fazendas destinadas à produção leiteira no Estado de Minas Gerais, Brasil. As amostras foram submetidas ao isolamento microbiológico, à sorologia, à identificação genética por PCR e a testes antimicrobianos. Em relação aos antissoros polivalentes, houve isolados positivos a sorogrupos de importância clínica em humanos, como O26 e O111. Foram isoladas 36 estirpes oriundas de animais acometidos, positivas para pelo menos um gene testado, sendo eles stx1, stx2, eae, bfp e Sta. Relacionadas ao isolamento de animais sem diarreia, 9 estirpes foram carreadoras dos genes stx1, stx2 ou ambos, caracterizando os bovinos como reservatórios do patótipo STEC. O gene LT-II não foi encontrado. Quanto aos testes de susceptibilidade, encontrou-se isolados resistentes a diferentes classes de antimicrobianos. Entre os extratos testados, houve sensibilidade frente à planta Salvia officinalis L. (sálvia). Assim, esta vertente de e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) Abstract: Neonatal diarrhea is one of the most recurrent illnesses that affect calves, resulting in losses to dairy farming. In these cases, one of the most prevalent microorganisms is Escherichia coli that is related to fecal contamination and food outbreaks. For the treatment, the increase bacterial resistance to antimicrobials leads to the search for new pharmacological alternatives. The main aim of this study was to test the susceptibility of E. coli isolated from neonatal calves with diarrhea and healthy to plant extracts. The animals were found in farms which are dairy-producing in the State of Minas Gerais, Brazil. The samples were subject to microbiological isolation, serology, PCR genetic identification and antimicrobial testing. In relation to polyvalent antiserum, there were positive isolates of clinical importance of serogroups in humans, such as O26 and O111. Thirty six strains were isolated from affected animals and they were positive to at least one gene tested, such as stx1, stx2, eae, bfp and Sta. Related to the healthy animals, 9 strains were carriers of the genes stx1, stx2 or both, characterizing the cattles as reservoirs of pathotype STEC. The gene LT-II was not found. In relation to susceptibility tests, resistant isolates to different classes of antimicrobials were found. Among the extracts that were tested, there was sensitivity to the Salvia officinalis L. plant (sálvia). Thus, this aspect of study can be alternative to combat the bacterial pathogens, valid for future tests as to the discovery of new chemical compounds with antimicrobial activity Doutor

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Frozi, Jesieli Braz. "Multiplicação e sobrevivência de escherichia coli produtora de toxina shiga (STEC) do sorotipo O157:H7 durante o processamento e armazenamento de queijo minas frescal." Niterói, 2017. https://app.uff.br/riuff/handle/1/3280.

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Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-04T17:04:13Z No. of bitstreams: 1 Frozi, Jesieli Braz [Dissertação, 2012].pdf: 523167 bytes, checksum: 974a9ecfc8799188193c730cea58c7b9 (MD5) Made available in DSpace on 2017-04-04T17:04:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Frozi, Jesieli Braz [Dissertação, 2012].pdf: 523167 bytes, checksum: 974a9ecfc8799188193c730cea58c7b9 (MD5) O objetivo deste estudo foi determinar a multiplicação e a sobrevivência de E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) do sorotipo O157:H7 em queijo Minas frescal (QMF). Duas cepas de E. coli O157:H7 (RJ581 e EDL933) foram, experimentalmente, inoculadas no leite pasteurizado usado para a fabricação do QMF com inóculos de 102 e 103 células/mL. A avaliação da multiplicação e sobrevivência das cepas de E. coli, através da contagem de unidades formadoras de colônia (UFC) em ágar MacConkey Sorbitol suplementado com cefixime e telurito (CT-SMAC), foi realizado durante as diferentes etapas de processamento do queijo e durante os tempos de 0, 2, 4, 5, 7, 10 e 15 dias de armazenamento. Os queijos foram mantidos a 8ºC até o fim das análises. As colônias foram confirmadas como E. coli O157 através da pesquisa do gene rfb O157 por reação em cadeia da polimerase (PCR). Os padrões físico-químicos do leite utilizado como matéria prima e do QMF fabricado estavam de acordo com os padrões recomendados, com exceção de duas amostras que apresentaram o valor de pH levemente mais ácido que o encontrado na literatura. As análises microbiológicas do leite e do QMF apresentaram contagens de E. coli indicadora de contaminação fecal muito acima dos padrões recomendados pela legislação. Quando o QMF foi fabricado com leite contaminado experimentalmente com inóculos iniciais de 103 células/mL, ao final do processamento, o queijo apresentou contagem 10 vezes maior que a da matéria-prima para a cepa RJ581 e 100 vezes maior para a cepa EDL 933. Durante o armazenamento, os inóculos de 102 células/mL, de ambas as cepas, apresentaram o máximo crescimento no 4° dia de armazenamento, enquanto que os inóculos de 103 células/mL, apresentaram máximo de crescimento no 5° dia de armazenamento, a partir deste ponto observamos declínio na população, até ausência de detecção. Contudo, células viáveis foram encontradas até, pelo ao menos, o 7° e 10° dia de armazenamento dos QMFs fabricados com inóculos iniciais de 102 e 103 células/mL de leite, respectivamente. Estes resultados mostraram que E. coli O157:H7 foi capaz de se multiplicar e sobreviver no QMF, partindo de inóculos inicias com baixo número de células (102 e 103), encontramos na literatura que esta quantidade de células por grama ou ml de alimento é capaz de causar infecções em humanos e que o QMF, mesmo quando armazenado sob refrigeração é um veículo em potencial de doença provocada por STEC O157:H7. The objective of this study was to determine the proliferation and survival of E. coli O157:H7 in Brazilian Minas Frescal Cheese (QMF). Two E. coli strains were experimentally inoculated into pasteurized milk used in Minas Frescal cheese production at level 102 and 103 cells/mL. The study of the proliferation and survival of E. coli strains, by counting the colony forming units (CFU) on MacConkey agar Sorbitol (CT-SMAC) was performed during various stages of processing of the cheese and during the times 0, 2, 4, 5, 7, 10 and 15 storage day. The cheeses were stored at 8ºC until the end of the analysis. The microbiological and physicochemical quality of pasteurized milk and cheese were also evaluated. The colonies on CTSMAC were confirmed as STEC O157: H7 through research of rfb O157 gene by polymerase chain reaction (PCR). The microbiological and physico-chemistry analysis of pasteurized milk and cheese were also evaluated, and were according to standards recommended. Microbiological analyzes of milk and QMF presented counts of E. coli far above the recommended legislation.When the QMF was made from milk inoculated with initial inoculum 103 cells/mL in the end of processing, the cheese had count 10-folds higher that of the raw material from the RJ581 strain and 100-folds higher from the EDL strain 933. During storage at 8° C, the inoculum of 102 cells/mL, both strains showed the most growth in the cheese on the 4th day of storage, whereas inoculum 103 cells/mL, grew up in 5th storage. Additionally, viable cells were found to at the least, the 7th and 10th day of storage in the QMF made from initial inoculum of 102 and 103 cells/mL of milk, respectively. These results showed that STEC O157:H7 was able to survive and multiply in counts able to cause infection in humans even when stored under refrigeration

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Wilder, Amanda Jean. "Evaluation of a novel commercial ground beef production system using a chlorinated nanobubble antimicrobial technology to control Shiga toxin-producing Escherichia coli and Salmonella spp. surrogates." Thesis, Kansas State University, 2016. http://hdl.handle.net/2097/34534.

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Master of Science Food Science Institute - Animal Sciences and Industry Randall K. Phebus A variety of antimicrobial processes are used to reduce pathogen risks on commercially processed raw beef. Little research has evaluated chlorinated water on beef tissues, especially in a processing water dip scenario. Interest in nanobubble technology has increased due to its proposed surfactant properties, but it is undetermined whether this improves antimicrobial effectiveness of chlorine-based solutions in food applications. Benchtop studies were conducted to evaluate chlorinated nanobubble waters (0 to 11.94 ppm) against Shiga toxin-producing Escherichia coli O26, O45, O103, O111, O121, O145, and O157:H7 (STEC-7), Salmonella spp., and USDA-approved non-pathogenic STEC surrogates 1) in pure culture with the goal of characterizing the lethality contributions of pH (5 or 7), temperature, free available chlorine level (FAC), inclusion of nanobubbles, or a combination thereof; 2) in select chlorinated nanobubble “red water” (water containing 0.1% beef purge) solutions; and 3) on the surface of lean and fat beef tissue. In pure culture solutions, surrogates demonstrated greater resistance (P ≤ 0.05) to chlorinated solutions (3.4-5.5 log CFU/mL reductions) with increased reductions at the higher (11.94 ppm) FAC levels. STEC-7 and Salmonella population reductions were also notably reduced (3.3-7.1 log CFU/mL) by the higher FAC concentrations. No definitive impacts of temperature, nanobubble inclusion, or acidic pH were observed. At an average 5.23 ppm FAC in red water, all microbial populations were reduced by > 6 log CFU/mL after 60 minutes. Reductions of target organisms on inoculated lean and fat tissues were ≤ 1 log CFU/g in red water; likely due to the inability to maintain FAC levels above 0.7 ppm in the presence of organic loading. An in-plant antimicrobial validation study of a proprietary raw beef manufacturing process was conducted to determine the effectiveness of a recirculating acidic nanobubble water system, chlorinated to 5 ppm FAC using EO water generated concentrate, against the USDA-approved STEC surrogates. Preliminarily, inoculated beef trim was introduced into the system targeting 5 ppm FAC; chlorine concentrate reinfusion rates were determined to establish applicable operational parameters and sampling strategies for the system. An optimized in-plant study was conducted. Meat inoculated at ~ 7 log CFU/g was introduced into the recirculating chlorinated nanobubble system every other day over 6 days, achieving an average 1.6 log CFU/g surrogate reduction on inoculated meat throughout the manufacturing process. Approximately 2.7 log CFU/g of residual surrogates were recovered on non-inoculated meat ~35 minutes after inoculated meat entered the system, indicating that harborage of microbial contamination on processing equipment can lead to subsequent contamination carry-over that must be controlled during processing. Surrogate organisms were recovered by enrichment only from non-inoculated meat 24 h after inoculated meat processing on alternate days, likely stemming from inadequately sanitized processing equipment after inoculated batch processing. Control of the residual surrogate population in the system following inoculation was accomplished through daily equipment sanitation and boosting recirculated processing water to 50 ppm during a 4-h sanitation period (no beef entering system). The optimized study will be used as an antimicrobial process validation against STEC and Salmonella spp. in beef manufacturing.

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Pellino, Christine A. "Characterization of Shiga Toxin Potency and Assembly." University of Cincinnati / OhioLINK, 2014. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ucin1418909563.

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Pigatto, Caroline Peters [UNESP]. "Carcaterização denotípica e genotípica de Escerichia coli produtora de toxina shiga (STEC) isoladas de bovinos de corte no Estado do Paraná." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2008. http://hdl.handle.net/11449/103826.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-29Bitstream added on 2014-06-13T20:44:10Z : No. of bitstreams: 1 pigatto_cp_dr_jabo.pdf: 841661 bytes, checksum: 288fcbc74e176eac0befc1827d1bc15e (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) são reconhecidas como agentes causadores de infecções em humanos em todo o mundo. O principal reservatório é o bovino. Neste trabalho, cepas de STEC previamente isoladas de fezes bovinas foram caracterizadas usando PCR multiplex para determinar os genes de virulência (stx1, stx2, ehxA, eaeA e saa), soroaglutinação passiva reversa em látex (RPLA-VTEC screen) para avaliar a expressão da toxina Shiga, PCR-RFLP e sequenciamento para obter os subtipos e a variabilidade dos genes stx2, respectivamente. Foram determinados também os sorotipos, o perfil de sensibilidade e a viabilidade das cepas de STEC em queijo minas frescal. A freqüência de STEC nas amostras de fezes bovinas foi de 37%. Foram encontrados trinta e quatro sorotipos de STEC sendo os mais freqüentes o ONT:H7 (10%), O22:H8, O22:H16 e ONT:H21 (7% cada). Onze sorotipos encontrados não tinham sido associados com STEC até o momento. A maioria das STEC (96%) foi susceptível a todos os antimicrobianos testados. A produção de toxina Shiga determinada pelo ensaio RPLA foi de 89%. Os marcadores de virulência foram encontrados em 11 diferentes combinações, a mais freqüente foi stx2 (27%), stx1 stx2 e stx1 stx2 ehxA saa (16% cada). Foram detectados 8 subtipos de stx2: stx2OX3a/O111; stx2; stx2c; stx2(vha); stx2(vhb); stx2OX3b; stx2vnb/vhc e stx2O48. Os genes que apresentaram maior freqüência foram: stx2 e stx2c. As seqüências parciais obtidas sugerem a presença de elevada variabilidade nos genes do tipo stx2 nas STEC analisadas. A viabilidade de STEC não-O157 em queijo minas revelou que diferentes cepas de STEC podem ser detectadas nos queijos após 10 dias de armazenamento sob refrigeração. Os dados encontrados neste trabalho sugerem isolados com alto potencial de patogenicidade oferecendo risco de desencadear graves infecções à população. Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is recognize worldwide as an organism capable to cause human diseases. Cattle are the main source of STEC. In this research, STEC strains previously isolated were analyzed using multiplex-PCR for virulence genes, the RPLA assay to detect the Shiga toxin production and serotyping. PCR-RFLP and nucleotide sequence were analyzed to detect stx2 genes subtypes and their variability. Moreover tests for antimicrobial susceptibility and the vialbility of STEC in Minas Frescal cheese were done. The frequency of cattle shedding STEC was 37%. Thirty-four serotypes of STEC were found, the most frequent being ONT:H7 (10%), O22:H8, O22:H16 and ONT:H21 (7% each). Eleven serotypes had not been associate with STEC until the moment. Most of the strains (96%) were susceptible to all antimicrobial agents tested. Production of Shiga toxin by the RPLA assay was detected in most (89%) of the STEC strains. The frequency of virulence markers were found in 11 diferent combinations: stx2 (27%), stx1 stx2 e stx1 stx2 ehxA saa (16% each). Eigth stx2 subtypes were detect (stx2OX3a/O111; stx2; stx2c; stx2(vha); stx2(vhb); stx2OX3b; stx2vnb/vhc; stx2O48) and the most frequent were: stx2; stx2c. The partial sequences of stx2 genes suggested a high variability of stx2 types in the STEC analyzed. The STEC viability in cheese could be detected after 10 days of storage under refrigeration. The results found in this work suggest strains with high potential of pathogenicity offering risk to lead serious infections to the population.

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Pigatto, Caroline Peters. "Carcaterização denotípica e genotípica de Escerichia coli produtora de toxina shiga (STEC) isoladas de bovinos de corte no Estado do Paraná /." Jaboticabal : [s.n.], 2008. http://hdl.handle.net/11449/103826.

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Resumo: Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) são reconhecidas como agentes causadores de infecções em humanos em todo o mundo. O principal reservatório é o bovino. Neste trabalho, cepas de STEC previamente isoladas de fezes bovinas foram caracterizadas usando PCR multiplex para determinar os genes de virulência (stx1, stx2, ehxA, eaeA e saa), soroaglutinação passiva reversa em látex (RPLA-VTEC screen) para avaliar a expressão da toxina Shiga, PCR-RFLP e sequenciamento para obter os subtipos e a variabilidade dos genes stx2, respectivamente. Foram determinados também os sorotipos, o perfil de sensibilidade e a viabilidade das cepas de STEC em queijo minas frescal. A freqüência de STEC nas amostras de fezes bovinas foi de 37%. Foram encontrados trinta e quatro sorotipos de STEC sendo os mais freqüentes o ONT:H7 (10%), O22:H8, O22:H16 e ONT:H21 (7% cada). Onze sorotipos encontrados não tinham sido associados com STEC até o momento. A maioria das STEC (96%) foi susceptível a todos os antimicrobianos testados. A produção de toxina Shiga determinada pelo ensaio RPLA foi de 89%. Os marcadores de virulência foram encontrados em 11 diferentes combinações, a mais freqüente foi stx2 (27%), stx1 stx2 e stx1 stx2 ehxA saa (16% cada). Foram detectados 8 subtipos de stx2: stx2OX3a/O111; stx2; stx2c; stx2(vha); stx2(vhb); stx2OX3b; stx2vnb/vhc e stx2O48. Os genes que apresentaram maior freqüência foram: stx2 e stx2c. As seqüências parciais obtidas sugerem a presença de elevada variabilidade nos genes do tipo stx2 nas STEC analisadas. A viabilidade de STEC não-O157 em queijo minas revelou que diferentes cepas de STEC podem ser detectadas nos queijos após 10 dias de armazenamento sob refrigeração. Os dados encontrados neste trabalho sugerem isolados com alto potencial de patogenicidade oferecendo risco de desencadear graves infecções à população. Abstract: Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is recognize worldwide as an organism capable to cause human diseases. Cattle are the main source of STEC. In this research, STEC strains previously isolated were analyzed using multiplex-PCR for virulence genes, the RPLA assay to detect the Shiga toxin production and serotyping. PCR-RFLP and nucleotide sequence were analyzed to detect stx2 genes subtypes and their variability. Moreover tests for antimicrobial susceptibility and the vialbility of STEC in Minas Frescal cheese were done. The frequency of cattle shedding STEC was 37%. Thirty-four serotypes of STEC were found, the most frequent being ONT:H7 (10%), O22:H8, O22:H16 and ONT:H21 (7% each). Eleven serotypes had not been associate with STEC until the moment. Most of the strains (96%) were susceptible to all antimicrobial agents tested. Production of Shiga toxin by the RPLA assay was detected in most (89%) of the STEC strains. The frequency of virulence markers were found in 11 diferent combinations: stx2 (27%), stx1 stx2 e stx1 stx2 ehxA saa (16% each). Eigth stx2 subtypes were detect (stx2OX3a/O111; stx2; stx2c; stx2(vha); stx2(vhb); stx2OX3b; stx2vnb/vhc; stx2O48) and the most frequent were: stx2; stx2c. The partial sequences of stx2 genes suggested a high variability of stx2 types in the STEC analyzed. The STEC viability in cheese could be detected after 10 days of storage under refrigeration. The results found in this work suggest strains with high potential of pathogenicity offering risk to lead serious infections to the population. Orientador: Ruben Pablo Schocken-Iturrino Coorientador: José Moacir Marin Coorientadora: Cyntia Maria Telles Fadel-Pichetch Banca: Luiz Augusto do Amaral Banca: Hélio José Montassier Banca: Alessandra Aparecida Medeiros Banca: Elaine Cristina Pereira de Martins Doutor

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Vettorato, Maria Paula. "Estudo da frequência e caracterização genotípica e fenotípica de amostras de Escherichia coli produtoras da Toxina Shiga (STEC) isoladas de ovinos no Estado de São Paulo." Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-30032009-153111/.

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Ovinos são considerados reservatórios de Escherichia coli produtora da toxina Shiga (STEC). Este estudo pesquisou amostras de 100 carneiros no Estado de São Paulo. PCR foi empregada para detecção de stx1, stx2, eae, ehx, e intiminas. RFLP-PCR foi realizado para identificação das variantes de stx1/stx2 e fliC. Cinco isolados eae+stx- de sorotipos O128:H2, O145:H2, O153:H7 e O178:H7 apresentaram intiminas b, g e e. Cinqüenta e seis STEC foram obtidos e os genótipos foram stx1cstx2d-O118 (56,1%), stx1c (33,3%), stx2d-O118 (7,6%), e stx1cstx2dOX3a (3%). Os sorotipos mais freqüentes foram ONT:H8, ONT:H-, O75:H-, O174:H8 e O5:H-. Gene fliC codificando para H2, H8, H14, H16, H19, H21 ou H28 foi identificado em 25/33 isolados. ehx foi detectado em três/cinco EPEC Atípicas e em 38 (57,6%) STEC. Sensibilidade aos antimicrobianos foi observada em 77,2% dos isolados STEC. A análise da similaridade genética por PFGE revelou 24 perfis entre 40 isolados STEC e EPEC atípicas. O estudo demonstrou que ovinos saudáveis podem se comportar como reservatórios de STEC e EPEC atípica. Lambs are reported as carriers of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) worldwide. This study surveyed 100 sheep in São Paulo, Brazil. PCR was used for detection of stx1, stx2, eae, ehx, and intimins. RFLP-PCR investigated the stx1/stx2 variants and flagellar antigen (fliC). Five isolates were eae+/stx-, belonging to serotypes O128:H2, O145:H2, O153:H7 and O178:H7, harboring b, g and e intimins. Fifty-six STEC isolates were recovered, and stx genotypes were stx1cstx2d-O118 (56.1%), stx1c (33.3%), stx2d-O118 (7.6%), and stx1cstx2dOX3a (3%). A diversity of STEC serotypes was observed, but most frequent were ONT:H8, ONT:H-, O75:H-, O174:H8 and O5:H-. fliC gene coding for H2, H8, H14, H16, H19, H21 or H28 was identified in 25/33 isolates. ehx gene was detected in three Atypical EPEC and in 38 (57,6%) STEC. Fifty-one (77.2%) STEC were susceptible to antimicrobials tested. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) revealed 24/40 profiles. The study showed that healthy ovine can be carrier of STEC and atypical EPEC in Brazil.

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Fogo, Verônica Simões. "Prevalência e caracterização de Escherichia coli O157:H7 e outras cepas produtoras de toxina de Shiga (STEC) na linha de abate de carne bovina destinada à exportação." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-27012017-123850/.

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Abstract:

Escherichia coli é um microrganismo presente no trato intestinal do homem e de animais de sangue quente, fazendo parte da microbiota, coexistindo sem causar danos ao hospedeiro. No entanto, algumas linhagens desse microrganismo podem ser patogênicas e causar doenças tanto ao homem como aos animais. E. coli produtoras de toxina de Shiga (STEC), consideradas patógenos de origem alimentar, podem causar desde diarréias brandas até severas e sanguinolentas a complicações graves, como colite hemorrágica (HC), síndrome urêmica hemolítica (HUS) e púrpura trombótica trombocitopênica (TTP). O gado é considerado um importante reservatório deste patógeno e a contaminação de seres humanos ocorre, na maioria das vezes, através do consumo de alimentos ou água contaminados. O presente trabalho teve como objetivos avaliar a ocorrência de E. coli O157:H7 e outras STEC em amostras de couro de animais bovinos e de suas respectivas carcaças, na etapa de pré-evisceração, e meia-carcaças, na etapa de pós-evisceração; identificar os genes que codificam para os fatores de virulência (stx1 , stx2, eaeA e ehxA) dos isolados obtidos; evidenciar cepas de E. coli O157:H7 através da pesquisa do gene uidA; identificar os sorotipos dos isolados; verificar a citotoxicidade dos isolados de STEC em células Vero e avaliar a sensibilidade a diferentes antibióticos. De 198 animais amostrados, sete (3,5%) apresentaram cepas de STEC. Em seis (3%) destes, STEC foi detectada no couro e em um (0,5%) foi isolada de meia-carcaça, não tendo sido detectada em amostras de carcaça. As 23 cepas isoladas do couro apresentaram o perfil stx2, eaeA, uidA e ehxA, podendo ser consideradas E. coli enterohemorrágica (EHEC), e a isolada de meia carcaça apresentou o perfil stx2, uidA e ehxA. Das 24 cepas isoladas, 13 (54,2%) pertenciam ao sorotipo O157:H7. Além deste sorotipo, foram isoladas cepas de outros sorotipos previamente descritos e associados a doenças humanas severas no Brasil e em outros países, como O174:H21, O6:H49, ONT:H7, ONT:H8 e OR:H10. Dos sete animais com cepas positivas para stx2e ehxA, cinco (71,4%) apresentaram cepas com atividade citotóxica em células Vero e um (14,2%) apresentou cepas positivas na avaliação da produção de entero-hemolisina. Com relação ao teste com antibióticos, quatro (16,7%) das 24 cepas testadas apresentaram resistência a um ou mais antibióticos, sendo três (12,5%) a estreptomicina e uma (4,2%) a estreptomicina e ampicilina. Diante destes resultados, pode-se dizer que a produção de entero-hemolisina e a pesquisa dos genes ehxA e uidA não demonstraram ser bons marcadores na pesquisa do sorotipo O157:H7. A presença de cepa de STEC na meia-carcaça alerta para a necessidade de vigilância da presença destes microrganismos, uma vez que eles poderiam contaminar o produto final, colocando em risco a saúde do consumidor. Escherichia coli is a microorganism present in the intestinal tract of humans and warm-blood animals, being part of the normal microbiota and harmless to the host. However, some strains are able to cause human and animal infections. Shiga toxin-producing E. coli (STEC), regarded as foodborne pathogens, can cause since mild or severe and bloody diarrhea to major complications, such as hemorrhagic colitis (HC), hemolytic-uremic syndrome (HUS) and thrombotic thrombocytopenic purpura (TTP). Cattle are considered the main reservoir of this pathogen and the transmission to humans happens, most of the times, due to the consumption of contaminated food or water. The aim of the present research was to determine the prevalence of E. coli O157:H7 and other STEC on hide samples of beef cattle and on their corresponding carcasses, sampled prior to evisceration, and half-carcasses, sampled after evisceration; identity the genes that code for the virulence factors (stx1, stx2, eaeA e ehxA) of the isolates; detect E. coli O157:H7 strains using the gene uidA as epidemiological marker; identify the serotypes of the STEC isolates; verify the citotoxicity of the isolates in Vero cells and evaluate their resistance to different antibiotics. From 198 animals sampled, seven (3.5%) carried STEC strains. In six (3%) of them, STEC was detected on hide and in one (0.5%) it was isolated from half-carcass. The 23 strains isolated from hide presented the profile stx2, eaeA, uidA e ehxA, and were regarded as enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), and the one isolated from half-carcass presented the profile stx2, uidA e ehxA. From the 24 isolated strains, 13 (54.2%) belonged to the serotype O157:H7. Besides this serotype, other strains belonging to serotypes that have been previously described and associated with severe human infections in Brazil and other countries, such as O174:H21 , O6:H49, ONT:H7, ONT:H8 and OR:H10, were isolated. From seven animals with strains harboring stx2, and ehxA, five (71.4%) presented verocytotoxigenic strains and one (14.2%) presented enterohemolisin producing strains. Regarding the antibiotics tested, four (16.7%) of the 24 isolated strains were resistant to some antibiotic, being three (12.5%) to streptomycin and one (4.2%) to streptomycin and ampicilin. Faced with these results, the production of enterohemolisin and the search of the genes ehxA and uidA can not be considered good epidemiological markers for the serotype O157:H7. The isolation of STEC strain from the half-carcass alerts for the need of surveillance on the presence of these microorganisms, since they may contaminate the final product, representing a risk to consumers health.

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Spina, Thiago Luiz Belém [UNESP]. "Avaliação dos patótipos de Escherichia coli circulantes no rebanho bovino e identificação das cepas de STEC isoladas no estado de São Paulo." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2015. http://hdl.handle.net/11449/140239.

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Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-11. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:12Z : No. of bitstreams: 1 000866878.pdf: 819016 bytes, checksum: f4b074f87450614f386b1be1ec42f77b (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A carne bovina pode ser um importante veículo de vários patógenos para os humanos, com destaque à Escherichia coli produtora de Shiga-toxina (STEC), associada com diarreia em animais e humanos. Neste estudo, investigou-se em bovinos abatidos no estado de São Paulo, a prevalência dos diferentes patótipos de E. coli diarreiogênica e o perfil de virulência dos isolados de STEC. De um total de 431 animais, STEC foi identificada em 116 (26,9%) amostras de fezes, das quais 111 (25,8%) STEC eae- e 5 (1,2%) STEC eae+. O patótipo EPEC foi detectado em 20 (4,6%) amostras de fezes dos animais testados. Os demais patótipos de E. coli diarreiogênica não foram identificados. Dos 95 isolados de STEC analisados quanto ao perfil de virulência, todos albergavam stx2, enquanto que 28 (29,5%) continham stx1. Os genes iha e saa, que codificam adesinas, foram encontrados em 93,7% (89/95) e 66,3% (63/95), respectivamente. O gene espP, que codifica uma protease que auxilia na colonização intestinal, foi detectado em 61,1% (58/95) e a hemolisina ehxA em 54,7% (52/95). Também foram identificados em menores frequências os genes subAB, nleE e nleB. STEC está amplamente disseminada nos rebanhos bovinos de São Paulo, carreando genes comumente isolados de patógenos humanos, o que reforça a importância da inspeção e fiscalização nos abatedouros Beef can be an important vehicle for various pathogens to humans, especially Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), associated to human and animal diarrhea. In this study, the prevalence of different pathotypes of diarrheagenic E. coli, and virulence profiles of STEC were investigated among feces of cattle slaughtered in São Paulo state, southeast of Brazil. From a total of 431 animals, STEC was identified from 116 (26,9%) samples, being 111 (25,8%) STEC eae- and 5 (1,1%) STEC eae+. EPEC pathotype was detected among 20 (4,6%) of animals. The other pathotypes of diarrheagenic E. coli were not identified. Of the 95 STEC isolates assessed for virulence profile, all harbored stx2, while 28 (29,5%) contained stx1. Iha and saa, genes encoding adhesins, were found at 93,7% (89/95) and 66,3% (63/95), respectively. EspP, gene which encoding a protease related with intestinal colonization, was detected in 61,1% (58/95) and ehxA hemolysin was present in 54,7% (52/95). SubAB, nleE and nleB genes were also detected in lower rates. STEC is widespread in cattle herds of São Paulo, containing commonly isolated genes from human pathogens, which reinforces the importance of inspection and surveillance in the slaughterhouses

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Spina, Thiago Luiz Belém. "Avaliação dos patótipos de Escherichia coli circulantes no rebanho bovino e identificação das cepas de STEC isoladas no estado de São Paulo." Botucatu, 2015. http://hdl.handle.net/11449/140239.

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Orientador: José Paes de Almeida Nogueira Pinto Banca: Márcio Garcia Ribeiro Banca: Vera Lúcia Mores Rall Resumo: A carne bovina pode ser um importante veículo de vários patógenos para os humanos, com destaque à Escherichia coli produtora de Shiga-toxina (STEC), associada com diarreia em animais e humanos. Neste estudo, investigou-se em bovinos abatidos no estado de São Paulo, a prevalência dos diferentes patótipos de E. coli diarreiogênica e o perfil de virulência dos isolados de STEC. De um total de 431 animais, STEC foi identificada em 116 (26,9%) amostras de fezes, das quais 111 (25,8%) STEC eae- e 5 (1,2%) STEC eae+. O patótipo EPEC foi detectado em 20 (4,6%) amostras de fezes dos animais testados. Os demais patótipos de E. coli diarreiogênica não foram identificados. Dos 95 isolados de STEC analisados quanto ao perfil de virulência, todos albergavam stx2, enquanto que 28 (29,5%) continham stx1. Os genes iha e saa, que codificam adesinas, foram encontrados em 93,7% (89/95) e 66,3% (63/95), respectivamente. O gene espP, que codifica uma protease que auxilia na colonização intestinal, foi detectado em 61,1% (58/95) e a hemolisina ehxA em 54,7% (52/95). Também foram identificados em menores frequências os genes subAB, nleE e nleB. STEC está amplamente disseminada nos rebanhos bovinos de São Paulo, carreando genes comumente isolados de patógenos humanos, o que reforça a importância da inspeção e fiscalização nos abatedouros Abstract: Beef can be an important vehicle for various pathogens to humans, especially Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), associated to human and animal diarrhea. In this study, the prevalence of different pathotypes of diarrheagenic E. coli, and virulence profiles of STEC were investigated among feces of cattle slaughtered in São Paulo state, southeast of Brazil. From a total of 431 animals, STEC was identified from 116 (26,9%) samples, being 111 (25,8%) STEC eae- and 5 (1,1%) STEC eae+. EPEC pathotype was detected among 20 (4,6%) of animals. The other pathotypes of diarrheagenic E. coli were not identified. Of the 95 STEC isolates assessed for virulence profile, all harbored stx2, while 28 (29,5%) contained stx1. Iha and saa, genes encoding adhesins, were found at 93,7% (89/95) and 66,3% (63/95), respectively. EspP, gene which encoding a protease related with intestinal colonization, was detected in 61,1% (58/95) and ehxA hemolysin was present in 54,7% (52/95). SubAB, nleE and nleB genes were also detected in lower rates. STEC is widespread in cattle herds of São Paulo, containing commonly isolated genes from human pathogens, which reinforces the importance of inspection and surveillance in the slaughterhouses Mestre

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Kåhre, Anna. "Experimental competition analysis of EHEC O157:H7 and commensal Enterobacteriaceae isolates from calves, selected by MALDI-TOF subtyping." Thesis, Uppsala universitet, Institutionen för kvinnors och barns hälsa, 2017. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-326102.

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Escherichia coli are bacteria found in bowels of warm blooded animals. Most subspecies are harmless and part of the normal gut flora. However, E. coli have the ability to exchange genetic material with other bacteria, and some E. coli have acquired genes coding for virulence factors. VTEC, E. coli with the ability to produce verotoxin are commonly found in cattle, but certain types can cause severe disease in humans, known as enterohaemorrhagic E. coli, EHEC. In this study, isolates of E. coli and other bacteria in the family Enterobacteriaceae from calves were subtyped and clustered using MALDI-TOF. Ten strains were selected for experimental competition analysis against E. coli MG1655. The aim of the study was to identify strains of bacteria with the potential to outcompete VTEC in the cattle host and decrease the risk of human infections. Three of the bacterial strains were able to outcompete the laboratory strain, and in future studies these strains can be analysed when competing against VTEC. The rest of the strains were outcompeted. Four known strains of VTEC were analysed competing the laboratory strain, showing weak ability to compete. Finally, a highly pathogenic strain of VTEC was analysed against Escherichia coli Nissle 1917, known for its ability to outcompete many strains of bacteria. Nissle could not outcompete the tested VTEC strain under the tested conditions. In conclusion the majority of the bacterial strains isolated from calves were identified as E. coli and three of the isolates showed good ability to compete against the laboratory strain.

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Paula, Cleber Jacob Silva de [UNESP]. "Análise de cepas de Escherichia coli Shiga toxigênica (STEC) e E. coli patogênica extraintestinal (ExPEC) isoladas de cachorros diarréicos atendidos em clínica privada no município de Ituverava, SP." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2007. http://hdl.handle.net/11449/94918.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-21Bitstream added on 2014-06-13T19:35:22Z : No. of bitstreams: 1 paula_cjs_me_jabo.pdf: 334942 bytes, checksum: 17d2a17239376692690b930753f05b71 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Cachorros têm sido propostos como possíveis reservatórios de cepas de Escherichia coli patogênicas que causam infecções em cachorros e em humanos. Entre Janeiro e Dezembro de 2006, 92 cepas de E. coli foram analisadas para a detecção da presença de genes produtores de toxina Shigalike (stx 1 e stx 2) e o gene da intimina (eae). Doze cepas de E. coli Shigatoxigênica (STEC) foram detectadas por PCR como portadoras dos genes de Shiga toxina, 7 cepas do gene stx 1 (7,6%), 5 do stx 2 (5,4%) e nenhuma delas apresentando ambos os genes. Nove (9,8%) das cepas de E. coli apresentaram o gene eae e não eram produtoras de Shiga toxina. Os isolados de E. coli foram também examinados para a detecção dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa e afa), hemolisina e aerobactina. A freqüência dos genes de virulência detectados nestes isolados foi de 12,0% pap, 1,0% sfa, 10,0% hemolisina e 6,5% aerobactina. Seis destes isolados foram caracterizados como cepas de E.coli patogênica extraintestinal (ExPEC). Entre as cepas de STEC e ExPEC foi encontrado um alto nível de resistência a agentes antimicrobianos (estreptomicina com 81% e 100% e cefalotina com 85,7% e 50% respectivamente) e algumas delas foram caracterizadas como E. coli resistentes a múltiplas drogas (MDREC), o que representa um motivo de preocupação devido ao risco de disseminação dos genes de resistência para a microbiota dos seres humanos. Dogs have been proposed as a possible reservoir of the pathogenic Escherichia coli that causes infection in dogs and human beings. From January to December 2006, 92 E. coli isolates from 25 diarrheic dogs were analyzed by screening for the presence of Shiga toxin-producing (stx 1 and stx 2) and intimin (eae) genes. Twelve Shiga toxin-producing E. coli (STEC) isolates were detected by PCR to harbor the Shiga toxin genes, 7 isolates the stx 1 (7.6%); 5 the stx 2(5.4%) and none both of them. Nine (9.8%) of the E. coli isolates studied were eae positive non Shiga toxin-producing. The E. coli isolates also were screened for the presence of adhesion-encoding genes (pap, sfa, afa), hemolysin and aerobactin genes. Virulence gene frequencies detected in those isolates were: 12.0% pap, 1.0% sfa, 10.0% hemolysin and 6.5% aerobactin. Ten isolates were characterized as extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) strains. Among STEC and ExPEC isolates was found high level of resistance to antimicrobial agents and some of them as characterized as multidrug resistant E. coli (MDREC), what represent a reason for concern due the risk of dissemination of antimicrobial resistant genes to the microbiota of human beings.

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Paula, Cleber Jacob Silva de. "Análise de cepas de Escherichia coli Shiga toxigênica (STEC) e E. coli patogênica extraintestinal (ExPEC) isoladas de cachorros diarréicos atendidos em clínica privada no município de Ituverava, SP/." Jaboticabal : [s.n.], 2007. http://hdl.handle.net/11449/94918.

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Orientador: José MOacir Marin Banca: Maria de Fátima Martins Banca: Maria Cristina MOnteiro de Souza Gugelmin Resumo: Cachorros têm sido propostos como possíveis reservatórios de cepas de Escherichia coli patogênicas que causam infecções em cachorros e em humanos. Entre Janeiro e Dezembro de 2006, 92 cepas de E. coli foram analisadas para a detecção da presença de genes produtores de toxina Shigalike (stx 1 e stx 2) e o gene da intimina (eae). Doze cepas de E. coli Shigatoxigênica (STEC) foram detectadas por PCR como portadoras dos genes de Shiga toxina, 7 cepas do gene stx 1 (7,6%), 5 do stx 2 (5,4%) e nenhuma delas apresentando ambos os genes. Nove (9,8%) das cepas de E. coli apresentaram o gene eae e não eram produtoras de Shiga toxina. Os isolados de E. coli foram também examinados para a detecção dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa e afa), hemolisina e aerobactina. A freqüência dos genes de virulência detectados nestes isolados foi de 12,0% pap, 1,0% sfa, 10,0% hemolisina e 6,5% aerobactina. Seis destes isolados foram caracterizados como cepas de E.coli patogênica extraintestinal (ExPEC). Entre as cepas de STEC e ExPEC foi encontrado um alto nível de resistência a agentes antimicrobianos (estreptomicina com 81% e 100% e cefalotina com 85,7% e 50% respectivamente) e algumas delas foram caracterizadas como E. coli resistentes a múltiplas drogas (MDREC), o que representa um motivo de preocupação devido ao risco de disseminação dos genes de resistência para a microbiota dos seres humanos. Abstract: Dogs have been proposed as a possible reservoir of the pathogenic Escherichia coli that causes infection in dogs and human beings. From January to December 2006, 92 E. coli isolates from 25 diarrheic dogs were analyzed by screening for the presence of Shiga toxin-producing (stx 1 and stx 2) and intimin (eae) genes. Twelve Shiga toxin-producing E. coli (STEC) isolates were detected by PCR to harbor the Shiga toxin genes, 7 isolates the stx 1 (7.6%); 5 the stx 2(5.4%) and none both of them. Nine (9.8%) of the E. coli isolates studied were eae positive non Shiga toxin-producing. The E. coli isolates also were screened for the presence of adhesion-encoding genes (pap, sfa, afa), hemolysin and aerobactin genes. Virulence gene frequencies detected in those isolates were: 12.0% pap, 1.0% sfa, 10.0% hemolysin and 6.5% aerobactin. Ten isolates were characterized as extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) strains. Among STEC and ExPEC isolates was found high level of resistance to antimicrobial agents and some of them as characterized as multidrug resistant E. coli (MDREC), what represent a reason for concern due the risk of dissemination of antimicrobial resistant genes to the microbiota of human beings. Mestre

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Borges, Clarissa Araújo [UNESP]. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) em carcaças e fezes de suínos abatidos na região de Ribeirão Preto – SP e perfil de susceptibilidade dos isolados frente a diferentes antimicrobianos." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/94922.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:31:28Z : No. of bitstreams: 1 borges_ca_me_jabo.pdf: 259288 bytes, checksum: aee47e190d42e2e6677cc13511880fb0 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Escherichia coli destaca-se entre os principais patógenos de importância na suinocultura e saúde pública e apresenta diversos patótipos, caracterizados pela presença de diferentes fatores de virulência. Os objetivos deste trabalho foram detectar genes de virulência e determinar a sua freqüência, bem como caracterizar o perfil de resistência às drogas antimicrobianas de estirpes de E. coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) isoladas de fezes e carcaças de suínos abatidos na região de Ribeirão Preto - SP. Esse estudo foi conduzido com 226 amostras de fezes e 215 amostras de carcaça de suínos colhidas de três diferentes abatedouros. As estirpes isoladas foram submetidas ao teste bioquímico para confirmação da espécie, teste de suscetibilidade a antimicrobianos, teste para determinação dos sorogrupos e PCR para detecção dos genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha e bfp, foram isolados 3,4% de EPEC e 0,2% de STEC. Os fatores de virulência foram encontrados em quatro diferentes combinações: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) e stx2 (0,2%). Não houve isolados positivos para os genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha e bfp. Todos os isolados foram sensíveis à nitrofurantoína e 93,75% resistentes à tetraciclina. Os resultados mostraram que amostras provenientes de suínos da região de Ribeirão Preto-SP apresentaram E. coli que contêm genes de virulência associados a STEC e EPEC. Esse fato é um alerta para que esses animais sejam monitorados, pois podem ser potenciais reservatórios de STEC e EPEC causadoras de doenças em humanos Escherichia coli stands out among the main pathogens of importance to the swine industry and public health and presents several pathotypes characterized by the presence of different virulence factors. The aims of this study were to determine the frequency, detect virulence genes and characterize the resistance profile to antimicrobial drugs of Shiga toxigenic Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains isolated from feces and carcasses of pigs slaughtered in the region of Ribeirão Preto – SP. This research was carried out with 226 fecal samples and 215 carcasses samples from swine collected from three different slaughterhouses. The strains isolated were submitted to antimicrobial susceptibility test, biochemical test to confirm the specie, test to determine the serogroups and PCR for detection of genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha and bfp, 0,2% of STEC and 3,4% of EPEC were isolated. The virulence factors were found in four different combinations: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) and stx2 (0,2%). There were no positive isolate for genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha and bfp. All isolates were susceptible to nitrofurantoin and 93.7% resistant to tetracycline. The results showed that samples from swines in the region of Ribeirão Preto have E. coli containing virulence genes associated with EPEC and STEC strains. This fact is a warning that these animals should be monitored because they can be potencial reservoirs of STEC and EPEC that cause disease in human

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Borges, Clarissa Araújo. "Detecção de Escherichia coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) em carcaças e fezes de suínos abatidos na região de Ribeirão Preto - SP e perfil de susceptibilidade dos isolados frente a diferentes antimicrobianos /." Jaboticabal : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/94922.

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Resumo: Escherichia coli destaca-se entre os principais patógenos de importância na suinocultura e saúde pública e apresenta diversos patótipos, caracterizados pela presença de diferentes fatores de virulência. Os objetivos deste trabalho foram detectar genes de virulência e determinar a sua freqüência, bem como caracterizar o perfil de resistência às drogas antimicrobianas de estirpes de E. coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) isoladas de fezes e carcaças de suínos abatidos na região de Ribeirão Preto - SP. Esse estudo foi conduzido com 226 amostras de fezes e 215 amostras de carcaça de suínos colhidas de três diferentes abatedouros. As estirpes isoladas foram submetidas ao teste bioquímico para confirmação da espécie, teste de suscetibilidade a antimicrobianos, teste para determinação dos sorogrupos e PCR para detecção dos genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha e bfp, foram isolados 3,4% de EPEC e 0,2% de STEC. Os fatores de virulência foram encontrados em quatro diferentes combinações: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) e stx2 (0,2%). Não houve isolados positivos para os genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha e bfp. Todos os isolados foram sensíveis à nitrofurantoína e 93,75% resistentes à tetraciclina. Os resultados mostraram que amostras provenientes de suínos da região de Ribeirão Preto-SP apresentaram E. coli que contêm genes de virulência associados a STEC e EPEC. Esse fato é um alerta para que esses animais sejam monitorados, pois podem ser potenciais reservatórios de STEC e EPEC causadoras de doenças em humanos Abstract: Escherichia coli stands out among the main pathogens of importance to the swine industry and public health and presents several pathotypes characterized by the presence of different virulence factors. The aims of this study were to determine the frequency, detect virulence genes and characterize the resistance profile to antimicrobial drugs of Shiga toxigenic Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains isolated from feces and carcasses of pigs slaughtered in the region of Ribeirão Preto - SP. This research was carried out with 226 fecal samples and 215 carcasses samples from swine collected from three different slaughterhouses. The strains isolated were submitted to antimicrobial susceptibility test, biochemical test to confirm the specie, test to determine the serogroups and PCR for detection of genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha and bfp, 0,2% of STEC and 3,4% of EPEC were isolated. The virulence factors were found in four different combinations: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) and stx2 (0,2%). There were no positive isolate for genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha and bfp. All isolates were susceptible to nitrofurantoin and 93.7% resistant to tetracycline. The results showed that samples from swines in the region of Ribeirão Preto have E. coli containing virulence genes associated with EPEC and STEC strains. This fact is a warning that these animals should be monitored because they can be potencial reservoirs of STEC and EPEC that cause disease in human Orientador: Fernando Antônio de Ávila Coorientador: Everlon Cid Rigobelo Banca: José Moacir Marin Banca: Antonio José Piantino Ferreira Mestre

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Miller, Rachel MD, Alex Yu, and Demetrio Rebano MD Macariola. "Virulent Bacteria in Appalachian Tennessee Waters." Digital Commons @ East Tennessee State University, 2018. https://dc.etsu.edu/asrf/2018/schedule/133.

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BACKGROUND: Over the past 5 years, 634 cases of Shigatoxin E. coli (STEC) infection were reported to Tennessee Health Department 1. At our local children’s hospital, 4-5 children are hospitalized with STEC infection each year. Some of these children had no history of ingesting food items that could have placed them at risk to develop STEC infection; however, there are other ways that humans could get infected, such as exposure to contaminated water from cattle farms 2. GOALS: To determine if bodies of water in the city are contaminated with STEC. METHODS: Fifty (50) ml of water samples were collected from selected areas of Johnson City, TN. Samples were inoculated to Sorbitol McConkey Agar (SMA) plates under sterile techniques & incubated at 36C for 18 hours under aerobic conditions. RESULTS: Table 1 E. coli Strains Isolated from Water Samples Colony Types Founders Park Sinking Creek Carroll Creek Cherokee Creek Colorless (STEC) 14 (3.5) 24 (6) 32 (8) 35 (8.75) Pink (Non-STEC ) 8 (2) 3 (0.75) 7 (1.75) 4(1) DISCUSSION/ CONCLUSION: All sampled sites were positive for STEC. STEC is a normal flora of the gastrointestinal tract of cattle. Around city neighborhoods are pastures, as cattle farming is a major livelihood in Northeastern, TN. It is highly possible that water runoff from these pastures contaminates the waters around the city. Public health measures should be undertaken to inform the community that these waters are contaminated with STEC to prevent STEC infection. References: Reportable Conditions. TN Epi-news, TN Health Dept Issue 3, Volume 9, 2016 Escherichia coli O157:H7 Infections in Children Associated with Raw Milk & Raw Colostrum From Cows—California, 2006. MMWR Weekly, 57(23); 625-628, June 23, 2008.

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Ayala, Claudia de Oliveira. "Sorologia de antígenos flagelares de amostras de Escherichia coli Enteropatogênicas (EPEC) e E. coli produtoras da Toxina de Shiga (STEC) isoladas de diferentes animais e análise comparativa do gene fliC por PCR-RFLP." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-02022010-100052/.

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Abstract:

A espécie Escherichia coli constitui um grupo de bactérias tipicamente não patogênicas e que fazem parte do trato intestinal de humanos e animais. As amostras são sorotipadas com base em seus antígenos de superfície O (somático), H (flagelar) e K (capsular). O antígeno flagelar correspondente ao filamento é formado pela polimerização da flagelina, codificada pelo gene fliC. O presente trabalho empregou a técnica de PCR-RFLP para analisar os padrões de antígenos flagelares de 112 amostras de EPEC e STEC. Quatorze amostras não amplificaram o gene fliC, 17 tiveram seu antígeno flagelar determinado apenas por PCR-RFLP e 75 amostras tiveram seus antígenos flagelares confirmados por esta técnica. Três antígenos H com padrões irregulares foram clonados e sequenciados. Após o sequenciamento, inserções e remoções de nucleotídeos foram encontradas. Até o momento, poucos estudos utilizam um número abrangente de amostras de STEC e EPEC provenientes de diferentes animais para a determinação do antígeno H empregando a técnica de PCR-RFLP do gene fliC. De acordo com os resultados encontrados neste estudo, podemos concluir que a técnica de PCR-RFLP do gene fliC é mais rápida, menos trabalhosa e mais eficiente que a metodologia de sorotipagem clássica. The Escherichia coli species consists of a group of typically non-pathogenic bacteria present in the intestinal tract of humans and animals. Strains are serotyped according to their O (somatic), H (flagellar) and K (capsular) surface antigens, in order to distinguish these microorganisms from the non-pathogenic members of the intestinal microbiota. The flagellar antigen corresponding to the filament is formed by the polymerization of the flagellin, codified by the fliC gene. This study employed the PCR-RFLP technique to analyze flagellar antigen patterns from 112 EPEC and STEC strains. Fourteen strains have not amplified the fliC gene, 17 had their flagellar antigen determined only by the PCR-RFLP and 75 strains had their flagellar antigen confirmed by this technique. Three H antigens with irregular patterns were cloned and sequenced. After sequencing, insertions and deletions of nucleotides were discovered. So far, few studies used a significant number of STEC and EPEC strains originated from different animals to determine H antigens employing the PCR-RFLP technique of the fliC gene. According to the findings of this study, we assumed that PCR-RFLP of the fliC gene is faster, less laborious and more efficient than classic serotyping methodology.

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CARVALHO, Rosangela Nunes. "Emprego das técnicas de pcr e vidas na determinação da escherichia coli o157:H7 em queijos minas frescal em feiras livres e estabelecimentos sob inspeção federal." Universidade Federal de Goiás, 2009. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/932.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rosangela.pdf: 1093995 bytes, checksum: 8b8d62975e344cdccd0d1777e48758b1 (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 Escherichia coli O157:H7 is a serotype that belongs to Shiga toxin-producing Escherichia coli group and it has been incriminated in outbreaks of food poisoning and also as cause of sporadic cases of hemorrhagic colitis and hemolytic uremic syndrome in many countries. In Brazil, there is no data available about outbreaks caused by E. coli O157:H7, but this pathogen has been found often in cattle feces. Taking into consideration the high susceptibility of Minas Frescal cheese to the contamination by E. coli O157:H7 and also considering that milk is frequently associated with outbreaks, the aim of this research was to determinate the occurrence of the pathogen in Minas Frescal cheese, and also to compare techniques for this bacterium detection, such as PCR (Polymerase Chain Reaction) and VIDAS ECO O157® (bioMérieux, Lyon, France) test. Thirty cheese samples were collected from open-air markets in Goiânia and thirty samples were collected from establishments under Federal Inspection located in Goiás that trade their products in supermarkets in Goiânia. The MPN (More probable number) of Thermo-tolerant Coliforms and MPN of E. coli were also determined from the samples. From those samples collected in open air markets, E. coli O157:H7 was detected in 6,67% and 23,33% when the technique used was VIDAS ECO O157® and PCR, respectively. From those samples collected in establishments under Federal Inspection, the bacterium was not detected. There was no significant difference (p>0,05) between VIDAS ECO O157® and PCR for pathogen detection in samples from open air market and establishments under Federal Inspection. No significant difference (p> 0,05) was observed in samples collected from open air market and industries under Federal Inspection when VIDAS ECO O157® was used to E.coli O157:H7 detection. When PCR technique was applied, there was significant difference (p< 0,05) between samples origin. In 86,67% of samples collected from open air markets, Thermo-tolerant Coliforms were detected over the level established in Brazilian legislation, but in samples collected from industries under Federal Inspection, this value was 10%. The Minas Frescal cheese samples collected from open air market were more contaminated by E.coli than those collected from establishments under Federal Inspection and commercialized in supermarkets. Escherichia coli O157:H7 é um sorotipo de E.coli pertencente ao grupo STEC - E.coli produtora de toxina Shiga - que tem sido incriminado em surtos de toxinfecção alimentar bem como em casos esporádicos de colite hemorrágica e síndrome urêmica hemolítica em vários países. No Brasil não há dados sobre possíveis surtos causados por E. coli O157:H7, mas este patógeno vem sendo frequentemente encontrado em fezes bovinas. Tendo-se em vista a suscetibilidade do queijo Minas Frescal à contaminação por E.coli O157:H7 e que o leite é um dos alimentos mais envolvidos em surtos, objetivou com o presente trabalho determinar a ocorrência deste microrganismo em queijos Minas Frescal, além de comparar as técnicas de reação em cadeia da polimerase (PCR) e teste VIDAS ECO O157®(bioMérieux, Lyon, France) na detecção do patógeno. Para tanto, analisou-se 30 amostras oriundas de feiras livres de Goiânia e 30 de estabelecimentos sob Inspeção Federal localizados em Goiás e que comercializam seus produtos em supermercados de Goiânia. Também foram determinados o Número Mais Provável (NMP) de Coliformes Termotolerantes e NMP de E. coli nestas amostras. Nas amostras oriundas de feiras livres detectouse E.coli O157:H7 em 6,67% e 23,33% quando utilizou-se o VIDAS ECO O157® e PCR, espectivamente. Nas amostras provenientes de estabelecimentos sob Inspeção Federal o microrganismo não foi detectado. Não houve diferença significativa (p>0,05) entre VIDAS ECO O157® e PCR na detecção do patógeno em amostras oriundas de feiras livres e estabelecimentos sob Inspeção Federal. Não observou-se diferença significativa (p> 0,05) entre amostras oriundas de feiras livres e indústrias sob Inspeção Federal quando utilizou-se o VIDAS ECO O157® na detecção de E.coli O157:H7. Quando empregou-se a técnica de PCR, constatou-se diferença (p< 0,05) entre as origens das amostras. Em 86,67% das amostras oriundas de feiras livres detectou-se a presença de Coliformes Termotolerantes acima do nível estabelecido pela legislação enquanto que, nas amostras provenientes de estabelecimentos sob Inspeção Federal esse percentual foi de 10%. As amostras de queijo Minas Frescal provenientes de feiras livres revelaram-se mais contaminadas por E.coli do que as oriundas de estabelecimentos sob Inspeção Federal e comercializadas em supermercados.

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Laer, Ana Eucares von. "Caracterização de Escherichia coli produtoras de toxina de Shiga (STEC) isoladas na produção de bovinos de cortes e nas respectivas carcaças dos animais abatidos." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-17102016-153142/.

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Abstract:

Escherichia coli produtoras de toxina de Shiga (STEC) são consideradas importantes patógenos de origem alimentar que apresentam o trato intestinal de ruminantes domésticos, principalmente bovinos, seu reservatório natural. Esses microrganismos estão associados a doenças severas em humanos, tais como colíte hemorrágica (CH) e síndrome urêmica hemolítica (SHU). Este trabalho teve como objetivos avaliar a ocorrência de STEC em diferentes fontes, ambientais ou não, da criação e abate de bovinos confinados. Além disso, detectar a presença dos genes stx1, stx2, ehxA e eaeA; identificar cepas O157:H7 através da pesquisa do gene uidA; evidenciar a capacidade de produção de Stx e de Eh; identificar variantes de stx e de eaeA; e determinar os sorotipos e a diversidade genética das cepas de STEC. A avaliação da presença dos genes (stx1, stx2, ehxA, eaeA e uidA) e da produção de Eh foi utilizada como triagem para a seleção de cepas possivelmente patogênicas, sendo que do total de 628 isolados avaliados, foram selecionadas 50 cepas STEC e 12 consideradas como EPEC atípicas. Das STEC, 76% foram isolados provenientes de amostras de fezes, enquanto 18% foram de amostras de carcaças e 6% de amostras de água da baia. Seis cepas isoladas de fezes e 1 de carcaça foram sorotipificadas como O157:H7, todas positivas para a presença do gene uidA. Além do sorogrupo O157, nenhum outro, dentre os principais causadores de surtos e casos esporádicos de CH e SHU, foi detectado. Das 30 cepas que apresentaram resultado positivo no ensaio de citotoxicidade em células Vero, 96,7% apresentaram gene para a produção de Stx. Em 17 das STEC foi possível identificar o tipo de Stx produzida, através de ensaio imunocromatográfico, sendo que todas apresentaram os genes correspondentes à toxina identificada, com exceção de uma cepa de carcaça que foi positiva para a produção de ambas as toxinas, mas apresentando apenas o gene stx2. Através da análise por PFGE, observou-se a disseminação e permanência de cepas STEC entre os animais. Dentre as 50 cepas STEC, 28% foram positivas para a variante Stx2d ativável e das 21 cepas eaeApositivas apenas em 8 foram detectadas variantes desse gene, sendo 7 positivas para eae-γ e a outra cepa positiva para eae-β). Através dos resultados obtidos, podemos dizer que a pesquisa do gene uidA pode ser considerada uma ótima ferramenta na triagem de isolados do sorotipo O157:H7. Por outro lado, o gene ehxA e a produção de Eh não se mostraram como bons marcadores para pesquisa de cepas Stx positivas. Houve uma ampla diversidade de sqrotipos/sorogrupos entre as cepas STEC típicas. É importante salientar que, neste estudo, STEC O157:H7 foi detectada pela primeira vez no Brasil em amostra de carcaça de bovino criado em confinamento. A detecção de cepas STEC em amostras de fezes e principalmente em amostras de carcaças de bovinos demonstra um potencial risco à saúde pública, uma vez que tais cepas podem contaminar e chegar viáveis ao produto final. Shiga toxin (Stx)-producing Escherichia coli (STEC) are considered important foodborne pathogens that have the intestinal tract of ruminants, in particular cattle, as reservoir. These microorganisms are associated with severe human diseases as hemorrhagic colitis (HC) and hemolytic-uremic syndrome (HUS). The aims of this research were to evaluate the occurrence of STEC from different sources during the feedlot cattle breeding and slaughtering; detecting the presence of stx1, stx2, ehxA and eaeA genes; identifying O157:H7 strains through uidA; evidencing Stx and Eh production capacity; identifying stx and eaeA variants and determining STEC strains serotypes and genetic diversity. The potentially pathogenic strains were screened by detection of stx1, stx2, ehxA, eaeA and uidA, and Eh production, amongst 628 isolates studied. Fifty isolates were identified as STEC and 12 others as atypical EPEC. Among the STEC isolates, 76% were from feces, 18% from carcasses and 6% from water samples. Six strains isolated from feces and one from carcass were serotyped as O157:H7, ali being positive for the uidA. No other serogroup linked to outbreaks or sporadic cases of HC and HUS were found. From the 30 strains that showed cytotoxic effect on Vero cells, the great majority (96.7%) was positive for stx. Using an immunochromatographic assay, it was possible to identify the type of Stx produced by 17 out of the 50 STEC strains. All but one of these strains harbored the gene correspondent to the identified toxin. The other strain, even though producing both toxins, presented only stx2. It was possible to determine by PFGE the dissemination and persistence of STEC strains among the animals. 14/50 (28%) STEC strains were positive for the variant Stx2d activatable. Amongst 21 eaeA-positive strains, the variants of this gene were detected only in eight, being seven positive for eae-γ and the other eae-β. The results showed that uidA gene can be considered an excellent tool for screening O157:H7 strains. On the other hand, ehxA and Eh production, could not be considered as good markers for Stx-positive strains detection. A great diversity of serotypes/serogroups was observed among typical STEC strains. It is important to notice that this is the first report of O157:H7 strains in carcasses trom feedlot cattle in Brazil. The detection of STEC strain in fecal samples and in carcasses trom feedlot cattle evidences the potential public health risk, once these strains can contaminate the final product.

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Bertão, Ariane Mayumi Saito. "Sorotipos e marcadores de virulência de cepas de Escherichia coli produtoras de toxina shiga (STEC) isoladas de bezerros da região norte do estado do Paraná." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, 2006. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000123747.

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Abstract:

Selecionamos para este estudo 86 cepas de Escherichia coli isoladas de 48 bezerros, 24 não-diarréicos e 24 diarréicos. Estas cepas foram examinadas quanto à presença de marcadores de virulência por PCR: stx1, stx2, ehly, eaeA, saa, lpfO113, k99, f41, clpG, f17, sta, lt-II, cnf e astA. Todos os isolados foram sorotipados e examinados quanto à expressão de Stx e Ehly. Nos isolados de animais não-diarreicos, 20/43 (46,5%) foram Stx1+; 7/43 (16,3%) Stx2+ e 16/43 (37,2%) Stx1+ Stx2+. O gene lpfO113 foi detectado em 35/43 (81,4%), 6/43 (14%) foram EAST-1+; Saa+ e Ehly+ foram ambos detectados em 4/43 (9,3%); F17+, CS31A+ e LT-II+ em 3/43 (7%) cada; 2/43 (4,7%) foram CNFs+ e 1/43 (2,3%), eaeA+. Quatro dos 4 (100%) dos isolados Ehly+ e 14/43 (32,6%) stx+ expressaram enterohemolisina e Stx, respectivamente. Entre os animais diarréicos, 26/43 (60,5%) foram Stx1+; 3/43 (7%) Stx2+ e 11/43 (25,6%) Stx1+ Stx2+. O gene lpfO113 foi detectado em 36/43 (83,7%), 6/43 (14%) foram East-1+; 5/43 (11,6%), CS31A+; 3/43 (7%) eaeA+. Ehly+ and LT-II+ estiveram ambos presentes em 2/43 (4,7%) e Saa, CNFs e F17 em 1/43 (2,3%) cada. Um dos 2 (50%) isolados Ehly+ e 22/40 (50%) stx+ expressaram enterohemolisina e Stx, respectivamente Entre os 86 isolados de E. coli, nenhuma cepa foi K99+, STa+ ou F41+. No número total de animais, os sorogrupos O1, O2, O7, O12, O20 e O22 foram os mais freqüentes, distribuídos entre 42 isolados enquanto 27 foram considerados não-tipáveis (NT). Dezessete antígenos H (H1, H2, H3, H6, H14, H16, H18, H19, H21, H25, H28, H32, H38, H39, H40, H48, H55) foram distribuídos entre 66 isolados enquanto 3 foram imóveis (NM) e 17 foram considerados não-tipáveis (NT). Não foram observadas diferenças significativas nas freqüências dos marcadores de virulência ou suas associações entre as cepas de animais diarréicos e não diarréicos. We selected for this study, 86 Escherichia coli strains isolated from 48 calves, 24 healthy and 24 diarrheic animals. These strains were examined for the presence of virulence markers by PCR: stx1, stx2, ehly, eaeA, saa, lpfO113, k99, f41, clpG, f17, sta, lt-II, cnf and astA. All isolates were serotyped and examined for the Stx and Ehly expression. Among non-diarrheic animals 19/43 (44,2%) were shown to be Stx1+, 7/43 (16,3%) carried Stx2+ and 16/43 (37,2%) were Stx1+ Stx2+. LpfO113 gene were detected in 35/43 (81,4%), 6/43 (14%) were EAST-1+, Saa+ and Ehly+ were detected in 4/43 (9,3%); F17+, CS31A+ and LT-II+ were found in 3/43 (7%) each; 2/43 (4,7%) were CNFs+, 1/43 (2,3%) were eaeA+. Four of the 4 Ehly+ isolates (100%) and 14/43 stx1+ (32,6%) expressed enterohemolysin and Stx, respectively. Among diarrheic animals, 26/43 (60,5%) were Stx1+, 3/43 (7%); Stx2+ and 11/43 (25,6%) were Stx1+ Stx2+. LpfO113 gene were detected in 36/43 (83,7%), 6/43 (14%) were EAST-1+, 5/43 (11,6%) were CS31A+, 3/43 (7%) were eaeA+, Ehly+ and LT-II+ were both present in 2/43 (4,7%); Saa, CNFs and F17 were found in 1/43 (2,3%) each. One of the 2 isolates (50%) Ehly+ and 22/40 (55%) stx+ expressed enterohemolysin and Stx, respectively. Among 86 E. coli isolates, no strain, was K99+, STa+ or F41+ and serogroups O1, O2, O7, O12, O20 and O22 were the most frequent, distributed among 42 isolates and 27 were considered non typable (NT). Seventeen H antigens (H1, H2, H3, H6, H14, H16, H18, H19, H21, H25, H28, H32, H38, H39, H40, H48, H55) were distributed among 66 isolates whereas 3 were non-mobile (NM) and 17 were considered non typable. No significant difference was observed on the frequency of virulence markers or their associations between diarrheic and no diarrheic strains.

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Leeper, Molly Maitland. "Trends in Toxin Profiles of Human Shiga Toxin-Producing Escherichia Coli (STEC) O157 Strains, United States, 1996-2008." Atlanta, Ga. : Georgia State University, 2009. http://digitalarchive.gsu.edu/iph_theses/57/.

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Abstract:

Thesis (M.P.H.)--Georgia State University, 2009. Title from file title page (Digital Archive@GSU, viewed June 16, 2010) Karen Giseker, committee chair; Peter Gerner-Smidt, committee member. Includes bibliographical references (p. 101-105).

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Saviolli, Juliana Yuri. "Pesquisa e Caracterização de Escherichia coli patogênica (E.coli produtora de toxina Shiga - STEC; E.coli aviária patogênica - APEC) de fragatas (Fregata magnificens) da Costa do Estado de São Paulo." Universidade de São Paulo, 2010. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10133/tde-10082010-143759/.

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Abstract:

O presente trabalho objetivou pesquisar e caracterizar Escherichia coli patogênica (E. coli produtora de toxina Shiga STEC; E. coli aviária patogênica - APEC) em fragatas (Fregata magnificens) da costa do Estado de São Paulo e, desta forma, contribuir para a compreensão de aspectos epidemiológicos deste importante grupo de enfermidades zoonóticas bacterianas, as colibaciloses. Para tanto, foram realizadas três expedições científicas aos dois sítios de nidificação de fragatas no estado de São Paulo, Ilha Principal do Arquipélago de Alcatrazes (24°06´S 45°41´W) e Ilha de Castilho (25°16´S 47°57´W), nas quais foi colhido um total de 42 amostras de \"swabs\", sendo 21 cloacais e 21 de coanas, oriundos de 18 filhotes de sexo indeterminado, 2 fêmeas adultas e 1 macho adulto de fragatas. Das 42 amostras clinicas estudadas, foram identificadas 18 com crescimento de E.coli. Destas, foram isoladas 67 cepas, que foram então submetidas à pesquisa de genes de virulência e caracterização de grupos filogenéticos através da técnica de PCR. Em seguida, as cepas que exibiram fatores de virulência foram analisadas através de sorotipagem. Para investigar os padrões de resistência e sensibilidade a antimicrobianos, foram realizados antibiogramas para 18 tipos distintos de antimicrobianos para uma cepa de cada amostra selecionada de E. coli. Os resultados alcançados mostraram que foi possível identificar 15 diferentes perfis de virulência, com positividade para os seguintes genes: fimH (98,3%), malX (52,4%), traT (31,1%), cvaC (22,9%), fyuA (19,6%), ibeA (19,6%), aer (13,1%) e papC (13,1%). A maioria dos isolados de fragatas foi caracterizado entre os grupos filogenéticos D e B2, e os principais sorotipos encontrados foram O1:H6, O2:H7, O25:H4, e O102:H10. Em relação à resistência a antimicrobianos, 60,1%% dos isolados foram sensível aos 18 diferentes antimicrobianos testados; por outro lado, o antimicrobiano que apresentou maior resistência foi a Tetraciclina, que se revelou inefetiva em 20,1% das amostras pesquisados. Até o momento não foram identificadas cepas de STEC nos indivíduos pesquisados; por outro lado, os isolados albergam genes que caracterizam as ExPEC. Tais resultados mostram que a maioria das cepas isoladas é potencialmente patogênica para as aves, podendo representar significativo risco para sanidade das aves marinhas, além de se configurar como agentes zoonóticos relevantes, enfatizando a importância de se investigar a eventual participação das aves selvagens, em especial as marinhas, na cadeia epidemiológica de doenças ocasionadas por E. coli. Tais informações poderão nortear as pesquisas de doenças selecionadas nas populações das fragatas, assim como embasar a adoção de eventuais ações em relação a aspectos de saúde animal e humana, que tenham as fragatas como um dos elos. The present study is to investigate and characterize pathogenic Escherichia coli (E. coli Shiga toxin-producing - STEC avian pathogenic E. coli - APEC) on frigates (Fregata magnificens) from the coast of São Paulo and contribute to the understanding of epidemiological aspects in this important group of zoonotic bacterial diseases, the colibacillosis. To this, there were three scientific expeditions to two nesting sites of frigates in the state of Sao Paulo, the main island of Alcatraz (24 ° 06\'S - 45 ° 41\'W) and Castilho´s island (25 ° 16\'S - 47 ° 57\'W), in which it was collected a total of 42 samples of swabs, and 21 cloacal and choanal 21, coming from 18 offspring of indeterminate sex, 2 adult females and 1 adult male frigate. Of the 42 clinical samples studied, 18 were identified with growth of E.coli. Of these, 67 strains were isolated, which were then tested for virulence genes and characterization of phylogenetic groups by PCR technique. Then the strains that exhibited virulence factors were analyzed by serotyping. To investigate the patterns of resistance and sensitivity to antimicrobial susceptibility tests were performed for 18 different types of antimicrobials for one strain of each selected sample of E. coli. The results showed that it was possible to identify 15 different profiles of virulence, tested positive for the following genes: fimH (98.3%), malX (52.4%) traT (31.1%), cvaC (22.9 %), fyuA (19.6%), ibeA (19.6%), aer (13.1%) and papC (13.1%). Most isolates of frigates was characterized between phylogenetic groups D and B2, and the main serotypes were O1:H6, O2:H7, O25:H4, and O102:H10. For resistance to antibiotics, 60.1%% of the isolates were sensitive to 18 different antimicrobial agents tested on the other hand, the antimicrobial with the highest resistance was to tetracycline, which has proved ineffective in 20.1% of the samples studied. So far not been identified in STEC strains studied subjects on the other hand, isolates harbor genes that characterize ExPEC. These results show that most of the strains are potentially pathogenic to birds and may represent significant risk to health of sea birds, including how to configure agents relevant, emphasizing the importance of investigating the possible involvement of wild birds, especially navies in the epidemiological chain of diseases caused by E.coli. Such information could guide the research of selected diseases in populations of the frigates, as well as basing the adoption of any action in relation to aspects of animal and human health, which have the frigates as a link.

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Dias, Diana Patrícia Pires. "Presence of pathogenic bacteria and antimicrobial resistance in Portuguese wild ungulates." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2014. http://hdl.handle.net/10773/14979.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia Antimicrobial resistance is as an emerging global problem in both human and veterinary medicine. In theory, wild animals are rarely exposed to antimicrobial agents and therefore low levels of AMR are to be expected. However, the growing interaction of these animals with anthropogenic activities can have a huge impact in their bacterial flora. Escherichia coli is commonly found in the intestinal tract of a wide variety of animals and humans. This intestinal bacterium can be easily disseminated in different ecosystems. Therefore, it can be an useful indicator of the selective pressure exerted by the use of antimicrobials. Salmonella is a pathogenic bacterium, commonly found in the intestine of healthy birds and mammals that can cause salmonellosis in humans. In the European Union, over 90,000 salmonellosis cases are reported every year to EFSA. This study was conducted in wild ungulates from three distinct geographical areas in Portugal (Montesinho, Idanha-a-Nova and Lousã) and aimed to: i) access the levels of antibacterial resistance occurring in E. coli strains ii) determine the occurrence levels of Salmonella spp. and iii) determine the occurrence levels of shiga toxin-producing E. coli (STEC). To that purpose, a total of 67 faecal samples from red deer (n=41), wild boar (n=21) and roe deer (n=4) were collected. Before antibacterial susceptibility testing (according to the EUCAST guidelines), the E. coli isolates obtained were typed by BOX-PCR to select for genetically different strains for each sample (n=152). The detection of Salmonella was performed according to ISO 6579:2002 Annex D. Results revealed that in E. coli resistance was observed to ampicillin (10%), tetracycline (9%), streptomycin (5%), co-trimoxazole (4%), amoxicillin/clavulanic acid (2%) and cefoxitin (1%). A total of 3.3% of the isolates exhibited a multiresistant phenotype, all from Lousã. The results were also analyzed according to ECOFFs. Non-wildtype phenotypes were obtained to ampicillin (10%), ceftazidime (6%), co-trimoxazole (4%), amoxicillin/clavulanic acid (2%), aztreonam (1%) and cefotxitin (1%). A low incidence of Salmonella spp. (1.5%) was observed and it was only identified in wild boar from Lousã. The isolate was susceptible to all the tested antimicrobials. Regarding the presence of STEC, it was possible to establish that red and roe deer from the three sampling sites carry this bacterium. The stx variants detected in the STEC isolates included stx1c, stx2d and stx2g. Moreover, the hemolysin gene ehxA was identified in a strain possessing the stx2g variant. Overall, our results reveal that these populations of wild ungulates are reservoirs of antibiotic resistant and potential pathogenic bacteria. Therefore, these animals can act as dissemination vehicles between wildlife-livestock-human interfaces. A resistência antimicrobiana é um problema emergente e global, tanto a nível clínico como veterinário. Em teoria, os animais selvagens raramente estão expostos a agentes antimicrobianos, e deste modo espera-se que a sua flora bacteriana apresente baixos níveis de resistência. Contudo, a crescente interação destes animais com atividades antropogénicas pode influenciar a aquisição de uma flora bacteriana resistente. Escherichia coli faz parte do trato intestinal de uma grande variedade de animais, incluindo o Homem. Esta bactéria pode disseminar-se facilmente em diferentes ecossistemas, sendo também um importante indicador da pressão seletiva exercida pela utilização de antimicrobianos. Salmonella spp. é uma bactéria patogénica, normalmente encontrada no intestino de diversos animais. Anualmente, na União Europeia são reportados à EFSA mais de 90,000 casos de salmoneloses. O presente estudo foi realizado em três espécies de ungulados selvagens que habitam três localizações geográficas distintas em Portugal (Montesinho, Idanha-a-Nova e Lousã) e teve como objetivos: i) avaliar os níveis de resistência de isolados de E. coli ii) determinar o nível de ocorrência de Salmonella spp. e iii) determinar o nível de ocorrência de E. coli produtora da toxina shiga (STEC). Para tal foram recolhidas 67 amostras fecais de veado (n=41), javali (n=21) e corço (n=4). Numa primeira fase os isolados recolhidos foram tipados por BOX-PCR para selecionar estirpes geneticamente diferentes em cada amostra (n=152). Posteriormente realizou-se o teste de suscetibilidade a antimicrobianos (de acordo com o EUCAST). A deteção de Salmonella foi realizada de acordo com a norma ISO 6579:2002 Anexo D. Os resultados obtidos revelaram que para E. coli se verificou resistência aos antibióticos ampicilina (10%), tetraciclina (9%), streptomicina (5%), cotrimoxazol (4%), amoxicilina/ácido clavulânico (2%) e cofoxitina (1%). Um fenótipo de multirresistência foi encontrado em 3.3% dos isolados, todos provenientes da região da Lousã. Os resultados foram também analisados de acordo com os valores de ECOFFs, tendo sido encontrados fenótipos do tipo não-selvagem para a ampicilina (10%), ceftazidima (6%), cotrimoxazol (4%), amoxicilina/ácido clavulânico (2%), aztreonam (1%) e cefoxitina (1%). No que se refere à pesquisa de Salmonella, os resultados revelaram uma baixa incidência na população estudada (1.5%). Esta estirpe revelou-se suscetível a todos os antimicrobianos testados. Relativamente à presença de STEC, foi possível determinar que veados e corços dos três locais estudados são portadores deste tipo de estirpes. Detetaram-se três variantes do gene stx nos isolados STEC, incluindo stx1c, stx2d e stx2g. Foi ainda identificado o gene ehxA, que codifica para uma hemolisina, num isolado contendo a variante stx2g. No seu conjunto, os resultados obtidos mostram que as populações de ungulados selvagens estudados são reservatórios de bactérias resistentes, assim como de bactérias potencialmente patogénicas e podem, por isso, atuar como veículo de transmissão entre a vida selvagem, o gado e o Homem.

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Vimont, Antoine. "Optimisation de la recherche des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC)." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00139179.

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Abstract:

A l'heure actuelle, les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont considérés comme des pathogènes émergents importants en santé publique. Cependant, il n'existe aujourd'hui aucune réglementation officielle stipulant les procédures à suivre pour l'échantillonnage et la recherche des STEC dans les denrées alimentaires. Ce travail a pour objectif d'étudier les différents protocoles utilisés pour la recherche des STEC, de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles optimisés leur permettant une réelle maîtrise du « danger STEC » dans leur filière. Dans ce but, la cinétique de croissance de diverses souches de STEC a, dans différentes conditions d'enrichissement, été suivie simultanément à celle de la flore annexe de la matrice, puis modélisée. Notre étude souligne qu'un enrichissement trop court, comme les 6 heures d'incubation dans le cas de l'IMS, peut conduire à l'obtention de résultats faussement négatifs. Il s'avère néanmoins inutile, dans certaines conditions, de prolonger l'étape d'enrichissement car une interaction de type compétition simple avec la flore annexe arrête la croissance des STEC. Cet arrêt est plus ou moins rapide selon la matrice analysée et sa densité en flore annexe naturelle (de 4 à 7 h pour les fèces et de 10 à 12 h pour le steak haché dans nos expérimentations). Dans le lait, des interactions plus complexes entraînent un arrêt de la croissance des STEC avant celui de la flore naturelle (8,5 à 11 h dans nos expérimentations). L'utilisation d'agents sélectifs a pour but de freiner la croissance de la flore annexe, ce qui peut avoir pour impact de prolonger la croissance des STEC. L'ajout de sels biliaires dans le milieu d'enrichissement a un effet positif dans le cas de l'enrichissement d'échantillons de fèces de bovins et de lait cru mais n'a pas d'effet significatif pour la matrice « steak haché ». En revanche, l'addition de novobiocine dans le milieu peut inhiber certaines souches de STEC non-O157:H7 et ralentir la croissance de E. coli O157:H7. L'usage de cet antibiotique, potentiellement responsable de résultats faussement négatifs, devrait être abandonné. Par ailleurs, cette étude a permis d'optimiser le protocole de recherche de E. coli O157:H7 dans le steak haché (ISO 16140) en validant, d'une part, l'analyse d'une plus grosse masse d'échantillon dans un même volume de milieu (ratio plus élevé) et en réduisant, d'autre part, le temps d'analyse grâce à l'utilisation d'une température d'incubation plus élevée de 41,5°C.

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Thompson, Morgan Paige. "Changes in tissue expression of coagulation-related molecules after challenge with coagulopathic Shiga toxin-2." Thesis, 2017. https://hdl.handle.net/2144/23879.

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Abstract:

Typical Hemolytic Uremic Syndrome (HUS) presents as a complication of infection with Shiga-toxin producing E. coli (STEC). While there are many animal models for infection, few show true signs of HUS. Additionally, these models differ greatly from the clinical presentation that affects small children and elderly populations. Immunohistochemical assays of tissues from a known HUS model may provide insight into molecular changes associated with the condition, particularly as it pertains to clotting factors. In this study, tissue factor (TF) was investigated in the kidneys of non-human primates previously injected with Shiga-Toxin 2 (STX2). The animals’ condition was indicative of HUS through three main clinical signs: thrombocytopenia, hemolytic anemia and decreased kidney function. Tissue factor antigen in the kidneys varies between animals that exhibited HUS when compared to those that had recovered or treated with anti-STX2 antibody. Overall, tissue factor is strongly detected in the renal tubules of those afflicted with HUS; tissue factor was not strongly expressed in the glomerular epithelial space, as it was in recovered, clinically healthy animals. This suggests a change throughout the time course of disease and recovery. Investigating tissue factor’s role, if any, in the pathology of the disease could lead to new therapeutics. Although many types of treatments have been suggested and tried, the primary clinical procedure is to administer fluids and allow symptoms to subside. With increasing knowledge about HUS through studies like these, we can hope to gain insight into potent therapeutics and therefore, save lives associated with typical HUS.

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Hall, Gregory. "Dextran sulfate sodium colitis facilitates murine colonization by Shiga toxin-producing E. coli: a novel model for the study of Shiga toxicosis." Thesis, 2018. https://hdl.handle.net/2144/33001.

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Shiga toxin-producing E. coli (STEC) are globally relevant bacterial pathogens responsible for epidemic outbreaks of hemorrhagic diarrhea with variable progression to potentially fatal systemic Shiga toxicosis. Predictive clinical biomarkers and targeted therapeutic interventions for systemic Shiga toxicosis in diagnosed STEC patients are not available, and the impact of Shiga toxin production on STEC colonization and survival remain unclear. Improved murine models of STEC infection are needed to address knowledge gaps surrounding the gastrointestinal effects of Shiga toxins, as previously published models utilize ablation of host defense responses or microbiota depletion to facilitate colonization and are poorly suited for study of the effects of Shiga toxins on host responses. Dextran sulfate sodium (DSS) colitis in rodents has been associated with outgrowths of commensal E. coli in the literature, suggesting that DSS colitis could open a gastrointestinal niche usable by pathogenic STEC. This DSS colitis-based approach successfully induced susceptibility to robust colonization by two clinical isolate STEC strains in standard C57BL/6 mice. Studies using a Shiga-like toxin 2 (STX2)-producing clinical isolate STEC strain and its paired isogenic STX2 deletion strain (STEC(ΔSTX2)) revealed that STX2 was associated with delayed gastrointestinal clearance of STEC and concurrent reduction in colonic interleukin 23 (IL-23) axis transcripts known to be critical for pathogen clearance in other gastrointestinal pathogen models. In vivo reductions in IL-23 axis transcripts in the DSS+STEC model were supported by decreased IL-23 protein secretion by human macrophage-like cells during Shiga intoxication in vitro. Increased morbidity during STX2-producing STEC infection was associated with renal injury consistent with murine systemic Shiga toxicosis characterized by elevations in renal transcripts of molecular injury markers and histologically apparent renal tubular injury in a subset of mice. The dissertation research establishes a novel model of DSS colitis-facilitated murine STEC infection that recapitulates progression to systemic Shiga toxicosis in a subset of infected mice and demonstrates a clear STEC survival benefit associated with STX2 production. Shiga toxin-induced suppression of IL-23 axis signaling is a novel finding facilitated by the DSS+STEC model, demonstrating its utility for future delineation of the impacts of Shiga toxins on gastrointestinal host responses to STEC.

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Pinto, Maria Graça Cerqueira. "Bacteriophages to control STEC contamination of food: a safety assessment." Doctoral thesis, 2021. http://hdl.handle.net/1822/75605.

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Abstract:

Tese de doutoramento em Chemical and Biological Engineering Bacteriófagos (fagos) são uma potencial ferramenta no controlo de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC), com vários estudos a demonstrar a sua eficácia. O uso generalizado de produtos à base de fagos na União Europeia tem sido adiado devido a preocupações com a sua segurança. Para o controlo de STEC, isto torna-se ainda mais relevante devido ao impacto que os agentes de desinfeção terão na expressão do gene de virulência mais relevante (toxina Shiga), ou na microbiota comensal do intestino humano. O principal objetivo deste trabalho é a definição de um conjunto de ensaios que permita avaliar a segurança do uso de fagos no controlo de STEC. Três importantes preocupações foram identificadas: (1) a patogenicidade e virulência de Mutantes Insensíveis aos Bacteriófagos (BIMs); (2) indução dos fagos que contem o gene da toxina Shiga (fagos Stx) e da expressão da toxina; (3) efeito dos fagos na microbiota de indivíduos saudáveis. Inicialmente, foi realizado uma análise ao genoma completo dos fagos Stx para caracterizar a prevalência dos genes da toxina Shiga nos isolados clínicos e alimentares. A análise revelou uma grande diversidade de fagos Stx, capazes de infetar um amplo conjunto de serotipos, potenciando assim a capacidade de converter diferentes estirpes de E. coli em STEC. Foi também demonstrado que os genes stx encontram-se perto da cassete lítica, indicando que a expressão da toxina está ligada à indução e libertação dos fagos Stx. Em seguida, para avaliar as questões de segurança mencionados anteriormente, o fago Ace, isolado e caracterizado neste estudo, foi usado como fago modelo para os ensaios de segurança. O contacto recorrente do fago Ace com uma estirpe STEC, resultou em BIMs com perfis de persistência similares à estirpe original. No entanto, estes BIMs demonstraram ser mais sensíveis à atividade do complemento do soro humano. A ausência do antigene O157 foi demonstrado para algumas colónias, o que pode justificar a maior sensibilidade à atividade antimicrobiana do soro. Por outro lado, a infeção de STEC com fago Ace não induziu a libertação de fagos Stx, nem a produção da toxina Shiga. Para determinar o efeito do fago Ace na microbiota do intestino, foi proposto um modelo de fermentação in vitro, usando como inóculo o conteúdo fecal de indivíduos saudáveis. A estabilidade da microbiota foi avaliada por monitorização dos metabolitos da fermentação e validada por análise metagenómica. Este estudo demonstrou que o fago Ace é seguro quando introduzido em diferentes microbiotas. Em suma, este trabalho focou-se nos aspetos mais relevantes relacionados com a segurança do uso de fagos no controlo de patógenos alimentares. O trabalho centrou-se na caracterização da segurança de um fago no controlo de STEC e permitiu concluir que este fago é seguro. Uma vez que esta conclusão não pode ser generalizada para outros fagos, este estudo é sobretudo relevante como um documento orientador para estudos de segurança de fagos usados no biocontrolo de STEC. Bacteriophages (phages) are a promising tool for the biocontrol of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), with several studies demonstrating their efficacy. Safety concerns still impair the generalized usage of phage-based products in food biocontrol inside the European Union. Safety aspects are particularly relevant in STEC since these biocontrol agents may have impact on the expression of the major virulence genes (Shiga toxins), or on the commensal microbiota of the human gut. In this work, it was aimed at establishing an analytic pipeline to evaluate the safety of using lytic phages in STEC biocontrol. Three important safety concerns were identified: (1) Bacteriophage Insensitive Mutants (BIMs) virulence and pathogenicity; (2) Shiga toxin-encoding phages (Stx phages) induction and Shiga toxin expression; (3) lytic phage outcome when introduced in a healthy human colon microbiota. To address the aim of this work, firstly, it was performed a whole-genome analysis of Stx phages to characterize the prevalence of Shiga toxin genes among food and clinical isolates. The analysis revealed a great diversity of Stx phages, able to infect a wide range of STEC serotypes. In fact, it was shown that similar Stx phages can infect different serotypes, rendering them the ability to convert different E. coli strains into STEC pathotype. Importantly, without exception, it was shown that stx genes are near the lytic cassette, which indicates that toxin expression is linked to prophages induction and release. Secondly, to assess the three important safety concerns mentioned above, a newly isolated and characterized phage, the lytic phage Ace, was used as a model phage in the subsequent safety assays. The recurrent contact of phage Ace and STEC strain resulted on the appearance of BIMs, which were shown to have similar persistence profiles as the wild type (WT) strain. Moreover, BIMs tend to be less resistant to the serum complement activity. In fact, some colonies were lacking the O157 antigen, which might render the colonies more susceptible to serum killing. Phage Ace did not induce Stx phage or Shiga toxin production upon STEC infection. By controlling the growth of STEC strain, less prophage was being induced, and, subsequently, less production of Shiga toxin was observed. To assess the impact of phage Ace in the colon microbiota, an in vitro fermentation model using faecal content of healthy subjects, was proposed. This model has proved phage Ace safe when introduced in different microbiotas. Microbiota stability was assessed by monitorization of fermentation metabolites and validated by metagenomics analysis. Overall, this work focussed on the most relevant aspects of phage safety that are still impairing their widespread application as biocontrol agents. Considering STEC control, this work shows that the use of phage Ace is safe; however, due to the diversity of phages that might be used in biocontrol, this safety outcome cannot be generalized to other phages. Nevertheless, this study might be useful as a guiding strategy for future safety assessments of phages used to control STEC in the food industry.

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Steck, Regina [Verfasser]. "Die Rolle des Proteins Fcj1 und der Untereinheiten Su e-Su g der F1FO-ATP-Synthase bei der Entstehung von Cristae und Crista junctions in Mitochondrien / Regina Steck geb. Rabl." 2010. http://d-nb.info/1007895942/34.

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Dissertations / Theses on the topic 'E-Steco'

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