Academic literature on the topic 'Échantillonnage systématique'

L'impact des pollutions ponctuelles sur les phytocénoses aquatiques est étudié autour des rejets de 12 agglomérations dont 9 sont équipées d'une station d'épuration. Un échantillonnage systématique avec segmentation du cours d'eau autour de chaque rejet est réalisé. Sur chaque secteur, des relevés de végétation sont pratiqués au niveau de faciès d'écoulements homogènes dont on caractérise le milieu physique parallèlement à une analyse physicochimique de l'eau. L'ensemble des rejets provoque globalement une élévation de la conductivité, des teneurs en ammonium, nitrates et orthophosphates. Cela ce traduit par la régression de la phytocénose à Callitriche hamulata et Myriophyllum alterniflorum, par le développement de Ranunculus peltatus, Callitriche platycarpa et d'espèces cryptogames telles que Leptodyctium riparium, ou Melosira sp. Une Analyse en Composantes Principales menée sur l'ensemble des données permet d'opposer des phytocénoses propres aux secteurs amonts (Scapania undulata, Chiloscyphus polyanthus) à d'autres situées au niveau de rejets (Callitriche platycarpa, Leptodictyum riparium, Melosira sp.,). Une Analyse Canonique de Correspondances valide le déterminisme de la qualité physicochimique de l'eau sur la végétation. La conductivité, les teneurs en ammonium, nitrates et orthophosphates deviennent prépondérants par rapport aux facteurs du milieu physique classiquement discriminants dans l'installation des phytocénoses dans les rivières limousines.

RÉSUMÉ. Richesse et diversité floristique de la suberaie de la Mamora (Maroc). L’étude vise la quantification de la richesse et de la diversité floristique de l’écosystème à chêne - liège de la forêt de la Mamora sur la base de transects et relevés floristiques répartis selon un échantillonnage stratifié et systématique dans différentes formations végétales préalablement distinguées. Les résultats montrent que l’écosystème renferme 62 familles, 261 genres, 408 espèces, sous-espèces et variétés. 35 taxons sont très rares et 29 rares. 18 taxons sont endémiques, 1 très rare et endémique et 4 rares et endémiques. L’étude a, par ailleurs, permis de révéler la disparition totale de Erica arborea et E. scoparia de cet écosystème et de définir le spectre biologique de la région d’étude qui se caractérise par une nette dominance des thérophytes (50.5%).Mots clés. Quercus suber, richesse, diversité, Mamora, Maroc.ABSTRACT. Floristic richeness and diversity of the Mamora’s Cork Oak forest (Morocco.) The survey aims to quantify the floristic richeness and diversity of the Mamora’s forest oak-cork ecosystem on the basis of transects and floristic samples distributed according to a stratified and systematic sampling in the different plant formations previously distinguished. The results show that the ecosystem contains 62 families, 261 genders, 408 species, subspecies and varieties : 35 very rare taxa , 29 rare taxa ; 18 endemic taxa, 1 very rare and endemic taxa and 4 rare and endemic taxa. The survey has, otherwise, permitted to reveal the total disappearance of Erica arborea and E. scoparia from this ecosystem and to define the biological spectrum of the studied region, wich is characterized with a clear dominance of therophytes (50.5%).Keys words. Quercus suber, richeness, diversity, Mamora, Morocco.

Le suivi de l’utilisation des terres par télédétection a récemment connu un essor important. Cela s’explique par une accessibilité accrue et souvent gratuite des images à (très) haute résolution ainsi que par le développement d’applications web destinées au suivi de l’utilisation des terres. L’accès à ces applications reste cependant soumis à l’existence d’une connexion Internet fiable faisant encore défaut dans certaines régions du globe. Dans ce contexte, la présente étude décrit une méthode permettant de produire des statistiques sur l’évolution de l’occupation du sol en réalisant une photo-interprétation par point sur des images en couleurs vraies à très haute résolution produites par mini-drone. La méthode utilise une application (PINT pour Photo-INTerprétation) intégrée dans le logiciel open source QGIS. Les surfaces de différentes occupations du sol sont dérivées des estimations des proportions de points affectées à chaque classe à partir d’une grille systématique. Pour illustrer l’intérêt de l’outil, l’étude considère les statistiques d’occupation du sol au sein de deux terroirs villageois du Complexe d’aires protégées de la Garamba, en République démocratique du Congo. Les résultats obtenus sont comparés avec ceux d’une cartographie de référence basée sur une photo-interprétation exhaustive après segmentation des images. Les écarts entre surfaces estimées par échantillonnage et surfaces de référence varient entre 0,2 % et 6,1 % pour les principales occupations du sol (forêts et savanes, défriches, jachères, implantations humaines et cultures). Des différences plus importantes (17,4 % et 13,4 %) sont enregistrées pour la classe « arbres isolés ». Le temps global de mise en œuvre de la méthode est de l’ordre de 60 ha par heure d’opérateur. L’utilisation du plugin PINT avec des images « drone » constitue une solution pertinente pour estimer des statistiques d’occupation du sol dans des régions web-isolées et pour des sites d’étendues de quelques (dizaines de) km².

Contexte : Dans le monde, le cancer du col utérin arrive au troisième rang des cancers les plus fréquents chez les femmes, mais il passe au deuxième rang en Afrique orientale, où se trouve le Rwanda. Le dépistage périodique est un moyen de prévention efficace. Malgré cela, en Afrique, on estime que le taux de dépistage de ce cancer se situe entre 10 et 70 %. Plusieurs facteurs entravent le dépistage, surtout en Afrique subsaharienne. Au Rwanda, on recense peu d’écrits sur l’utilisation des services de dépistage et les facteurs nuisant au dépistage du cancer du col utérin. Objectif : Évaluer les connaissances sur le dépistage du cancer du col utérin qu’ont les femmes fréquentant les hôpitaux de district de Kigali (au Rwanda), recenser l’utilisation de ce service et déterminer les obstacles qui empêchent d’y recourir. Méthodologie : Une étude transversale descriptive a été menée, et les données ont été collectées au moyen d’un questionnaire structuré. Des questions nominales de type « oui ou non » ont mis en lumière les connaissances des femmes sur le cancer du col utérin et l’utilisation des services de dépistage. Pour cerner les obstacles au dépistage, nous avons utilisé des questions de type « échelle de Likert ». Ces données ont ensuite fait l’objet d’une analyse statistique descriptive et déductive. La sélection des répondantes s’est faite par échantillonnage aléatoire systématique depuis la base de données des patientes fréquentant les services gynécologiques de trois hôpitaux de district de Kigali (Rwanda). Résultats : Au total, 329 femmes ont répondu au sondage. La moitié d’entre elles (n = 165) connaissaient bien le dépistage du cancer du col utérin. Le pourcentage de dépistage se situe à 28,3 %. Nous avons décelé un lien entre l’utilisation du dépistage et une bonne connaissance du sujet (P = 0,000, r = -0,392) ainsi que certains facteurs démographiques (P = 0,000). Parmi les obstacles qui concourent à restreindre l’accès au dépistage, nous avons relevé des obstacles individuels (méconnaissance de l’existence des services de dépistage), géographiques (milieu rural) et liés au système de santé et aux prestataires de soins (campagnes de sensibilisation déficientes, attitudes négatives des prestataires de soins envers les patientes et longs délais d’attente). Conclusion : Dans les hôpitaux de district étudiés de Kigali (Rwanda), on constate un faible pourcentage de dépistage du cancer du col utérin causé par plusieurs obstacles. Il est donc fortement recommandé d’engager une campagne d’information permanente sur ce cancer et son dépistage. Enfin, il est crucial que les prestataires de soins qualifiés encouragent les femmes à se soumettre au dépistage, et qu’ils s’efforcent de réduire les obstacles qui s’y rattachent.

La pisciculture est une des activités de production animale parmi les plus diversifiées pour ce qui est des écosystèmes concernés et des niveaux d’intensification, voire la plus diversifiée en terme de nombre d’espèces élevées. Cependant, quelques dizaines d’espèces seulement permettent des productions majeures (FAO 2002). La tendance à une diversification croissante peut s’expliquer par différentes raisons : - multiplicité des écosystèmes colonisés et, en particulier, développement de la pisciculture marine ; - réponse à la demande récente du marché pour une diversification des produits allant d’une offre pour marchés «niche» de connaisseurs jusqu’à la mise à disposition de matières premières destinées à la transformation sous toutes ses formes - nécessité de disposer des espèces les mieux adaptées à la diversité des environnements aquatiques et aux nouvelles techniques d’élevage, mais aussi de répartir les risques pathologiques. Toutes les analyses et prospectives identifient comme forte cette tendance à accroître le nombre d’espèces élevées, la traduisant parfois comme une demande prioritaire (Anonyme 2002). Pour accompagner cette évolution, la communauté scientifique a généralement mis en œuvre des démarches de zootechnie expérimentale à partir de quelques espèces de poissons prises comme modèles biologiques. Cette démarche apparaît cependant vite répétitive et atteint d’autant plus ses limites que le nombre d’espèces concernées est important. Des méthodes ont été proposées afin de rendre plus rationnel, et donc plus fiable, le choix d’espèces pouvant faire l’objet de travaux scientifiques (Quéméner et al 2002). Cependant, lorsque la candidature à l’élevage d’une nouvelle espèce est retenue, que ce soit par des méthodes d’analyse rigoureuses ou de manière plus empirique, les démarches zootechniques et expérimentales classiques ne sont plus considérées comme originales et sont de plus en plus difficilement valorisables, d’un point de vue scientifique, jusqu’à ne plus être du ressort des institutions de recherche publiques, mais plutôt de celui de centres techniques (Itavi, Agences régionales de développement, certaines structures d’enseignement …). Dans ce contexte, la manière dont doit être traitée la question de la diversification des espèces en pisciculture mérite d’être approfondie pour les raisons suivantes : - dans le cas d’espèces « nouvelles » pour la pisciculture, aucune expérience zootechnique, par essence même, n’existe et généralement très peu de connaissances de nature biologique sont disponibles. Développer de manière systématique des approches classiques pour ces espèces peut nécessiter des moyens de recherche-développement assez considérables ; - l’importance du champ d’investigation incite au choix d’espèces - modèles ou à la mise en œuvre d’approche générique permettant d’apporter des réponses avec une vision et des retombées les plus étendues possibles ; - l’élaboration de méthodes rationnelles, optimisées et généralisables devrait permettre d’accélérer un processus de domestication contrôlé, alors qu’aujourd’hui ce processus est plutôt constaté a posteriori ; - les travaux d’intérêt piscicole à mener présentent l’originalité de permettre une analyse comparée d’animaux en cours de domestication avec les souches sauvages fondatrices restant souvent disponibles. Les articles de ce numéro spécial s’inscrivent dans cette réflexion. Ils font suite à des communications présentées lors d’un séminaire « Diversification - Domestication » organisé à Nantes les 24 et 25 juin 2003 par l’Inra en collaboration avec l’Ifremer. Reposant sur la confrontation des expériences, son objet était d’explorer l’intérêt et la faisabilité de recherches génériques sur la diversification des espèces de poissons, passant par l’identification d’espèces cibles et modèles, l’analyse des processus biologiques impliqués dans la domestication et l’élaboration de méthodes comparatives pertinentes. Une réflexion sur les systèmes de production - exploitation est menée en parallèle de manière complémentaire. Une première session était consacrée à la notion de domestication (à quel moment peut-on considérer qu’une espèce est domestiquée ? Qu’est-ce que le processus de domestication ?) et aux critères qui caractérisent une espèce domestiquée par comparaison à la population sauvage d’origine. Une autre manière d’aborder la domestication (session II) est d’identifier ce que certaines espèces animales ont vécu «entre les mains» de l’homme. Au-delà de l’aléatoire et de l’empirisme, existe-t-il des procédures ou des stratégies convergentes de domestication (capture, échantillonnage, mise en élevage, ajustements des facteurs zootechniques, maîtrise de telle ou telle fonction, sélection ...) ? L’examen de convergences dans les stratégies de domestication au travers d’exemples portant sur différentes filières de production peut nous permettre d’en faire l’analyse. La mise en œuvre d’approches génériques nécessite de disposer d’espèces modèles pour aborder les possibilités et les contraintes de la domestication chez les poissons. Ceci passe par l’identification de groupes d’espèces ayant des caractéristiques communes et ce pour chacune des fonctions physiologiques susceptibles de répondre à un effort de domestication et/ou de conditionner sa réussite. Si des typologies académiques existent dans la littérature, la session III se voulait davantage une réflexion sur l’établissement de typologies «fonctionnelles» des espèces, fondées sur une démarche comparative et l’utilisation d’exemples concrets de domestications réussies, en cours ou envisageables. Dans le cas des poissons, une domestication envisagée a priori passe, en particulier pour les espèces «nouvelles », par le prélèvement d’un échantillon du génotype sauvage et, dans la situation la plus contrôlée, par la reproduction et la multiplication du noyau fondateur, enrichi ou non par des apports complémentaires issus du milieu naturel. La session IV abordait la question du choix initial, puis de la gestion d’un génotype dans une démarche de domestication.

The latest taxonomic, distributional, habitat and conservation status information is presented for a total of 91 species of marine and terrestrial mammals presently or historically known from Nova Scotia. Four of them are extirpated and one is extinct. Of the 86 remaining species 51 are terrestrial (46 native, 5 introduced). The terrestrial mammals include 9 species of Insectivora, 6 (+ one tentative) of Chiroptera, one Primate, 12 Carnivora, 1 Perrissodactyla, 3 Artiodactyla, 19 Rodentia and 1 Lagomorpha. Native species include Boreal, Transition Zone and Austral elements, the result of Nova Scotia’s mid-latitude position on the continental coast.The 32 recorded marine species include 6 Carnivora (5 seals, walrus) and 26 Cetacea: Delphinidae (10 species), Phocoenidae (1), Monodontidae (1), Kogiidae (2), Physeteridae (1), Ziphiidae (4), Eschrichtiidae (1, extirpated), Balaenopteridae (5) and Balaenidae (1).Since 1971 four small mammal species (Sorex gaspensis, S. dispar, Glaucomys volans and Microtus chrotorrhinus) have been added to the provincial fauna, as a result of the first systematic and intensive sampling ever done in Nova Scotia. All are disjunct and three of them are restricted to forested talus habitats in the Cobequid Mts. or the Cape Breton Highlands. With the two disjunct species already known (Sorex arcticus maritimensis and Peromyscus leucopus caudatus), there are 6 disjunct mammals in the province, comprising 14.3 % of native non-volant terrestrial mammals, 33 % of insectivores and 18.8 % of native rodents. Two of them (Sorex gaspensis and Microtus chrotorrhinus) occur only on Cape Breton Island. No other area of similar size north of Mexico has a comparable proportion of disjunct mammals.Cape Breton Island historically has had a depauperate mammal fauna, lacking 8 species that were present on the adjacent mainland. The building of the connecting Canso Causeway in 1953-55 had a major zoogeographic impact, as it caused the western third of the strait to freeze over in winter and allowed the invasion and establishment of four large mammal species (Canis latrans, Procyon lotor, Mephitis mephitis and Lynx rufus).Le document présente l’information la plus récente sur la taxonomie, la répartition, l’habitat et la situation de 91 espèces de mammifères marins et terrestres qui vivent actuellement ou ont déjà vécu en Nouvelle-Écosse. Quatre d’entre elles ont disparu et une est éteinte. Sur les 86 autres espèces, 51 sont terrestres (46 espèces indigènes et 5 espèces introduites). Les mammifères terrestres comprennent 9 Insectivora, 6 (+ une espèce provisoire) Chiroptera, un Primate, 12 Carnivora, un Perrissodactyla, 3 Artiodactyla, 19 Rodentia et un Lagomorpha. La Nouvelle-Écosse étant située à une latitude moyenne sur la côte continentale, les espèces indigènes qui y vivent sont des éléments de la zone boréale, de la zone de transition et de la zone australe.Parmi les 32 espèces marines signalées, on compte 6 Carnivora important a (5 phoques et le morse) et 26 Cetacea: Delphinidae (10 espèces), Phocoenidae (1), Monodontidae (1), Kogiidae (2), Physeteridae (1), Ziphiidae (4), Eschrichtiidae (1, disparue), Balaenopteridae (5) et Balaenidae (1).Depuis 1971, à la suite du premier échantillonnage systématique et intensif mené en Nouvelle-Écosse, quatre espèces de petits mammifères (Sorex gaspensis, S. dispar, Glaucomys volans et Microtus chrotorrhinus) se sont ajoutées aux espèces fauniques de la province. Ce sont toutes des espèces disjointes, et trois d’entre elles sont confinées aux talus d’éboulis boisés des monts Cobequid ou des hautes-terres du Cap-Breton. Si on inclut les deux espèces disjointes déjà connues (Sorex arcticus maritimensis et Peromyscus leucopus caudatus), il existe 6 espèces disjointes de mammifères dans la province, qui représentent 14,3 % des mammifères terrestres indigènes qui ne volent pas, 33 % des Insectivores et 18,8 % des Rongeurs indigènes. Deux d’entre elles (Sorex gaspensis et Microtus chrotorrhinus) ne sont présentes que dans l’île du Cap-Breton. Au nord du Mexique, aucune autre région de taille semblable n’a une telle proportion d’espèces disjointes de mammifères.Dans le passé, l’île du Cap-Breton renfermait relativement peu de mammifères : on y trouvait 8 espèces de moins que dans la partie continentale de la Nouvelle-Écosse. La construction de la levée de Canso en 1953-1955 a eu un impact important zoogéographique du fait que, depuis, le tiers ouest du détroit gèle durant l’hiver, ce qui a permis à quatre espèces de gros mammifères (Canis latrans, Procyon lotor, Mephitis mephitis et Lynx rufus) de gagner l’île et de s’y établir.

Dans Leclerc et al. (2015, Genetic Epidemiology, 39 (6), 406-414), un test d’association entre un ensemble de variants génétiques et des phénotypes censurées en présence de dépendance familiale est proposé. Ce test a été implémenté dans une librairie R nommée gyriq. Dans ce mémoire de maîtrise, nous évaluons par simulations la performance de ce test en présence d’un biais de sélection dû au protocole de collecte de données. En effet, dans plusieurs situations, les données médicales d’une famille sont considérées si et seulement si un membre particulier de cette famille, appelé proband, est diagnostiqué de l’évènement d’intérêt au moment de son examen médical. Nous développons plusieurs stratégies pour générer des données biaisées selon ce protocole. Nous examinons l’erreur de type 1 et la puissance du test d’association avec de telles données, en présence d’un ou plusieurs proband et lorsque les proportions d’échantillonnage conservent seulement les familles dont les probands ont développé l’évènement d’intérêt ou lorsqu’on conserve une proportion de cas où les probands n’ont pas eu l’évènement d’intérêt. Nous concluons que le test demeure valide en présence d’un biais de sélection mais que la puissance est réduite dans cette situation. De plus, le test n’est pas valide lorsque l’on inclut des familles où les probands n’ont pas développé l’évènement d’intérêt.
In Leclerc et al. (2015, Genetic Epidemiology, 39 (6), 406-414), an association test between a group of genetic variants and censored phenotypes in presence of intrafamilial correlation is proposed. This test was implemented in a R package named gyriq. In this master’s thesis,we evaluate, with simulations, the performance of this test in presence of a sampling bias which stems from the data collection protocol. Indeed, in many situations, medical data from a family are considered if and only if a particular member of this family, called proband, is diagnosed with the event of interest during his medical exam. We develop multiple strategies to generate biased data according to such data collection protocol. We examine type 1 error and power of the association test in presence of such data, in the cases where there are 1 or more probands and when we sample only families where the probands have the event of interest or when we also sample a small proportion of families where the event has not occured for the probands. We conclude that the association test remains valid in presence of a selection bias but that the test power is diminished. Furthermore, the test is not valid when we include families where the event of interest has not occured for the probands.

La présente étude visait à développer un protocole de fixation et d'échantillonnage pour le poumon équin suivant les directives publiées sur l’utilisation d’une approche stéréologique de type « design-based ». Les poumons gauches de chevaux contrôles et atteints du souffle ont été fixés avec du formaldéhyde 10% pendant 48h à une pression constante de 25-30 cm d’H2O. Les poumons ont été sectionnés en 20-21 tranches d’une épaisseur d'environ 2,5 cm chacune; de 10-11 tranches ont été sélectionnées de façon aléatoire et systématique pour la mesure du volume de référence avec la méthode de Cavalieri. Un protocole d’échantillonnage systématique, aléatoire et uniforme utilisant le principe du « smooth fractionator » et un poinçon à biopsie de 17 mm ont été utilisés pour échantillonner une fraction représentative de chaque poumon. Les méthodes d’échantillonnage de sections verticales, uniformes et aléatoires (VUR) et d’échantillonnage isotropique, uniforme et aléatoire (IUR) ont toutes deux été effectuées pour comparer le nombre de voies respiratoires en coupe perpendiculaire obtenues à partir de chaque méthode. L'architecture globale et la qualité des tissus fixés ont également été évaluées. Des spécimens pulmonaires équins ont été échantillonnés avec succès selon un protocole visant à produire des données morphométriques valides. Les tissus ont été fixés avec un minimum d'artéfacts et contenaient une quantité suffisante de voies respiratoires en coupe perpendiculaire dans les deux types d’échantillons. En conclusion, un protocole de fixation et d'échantillonnage adapté au poumon équin permettant l'utilisation d'une approche stéréologique de type « design-based » a été élaboré pour l’étude du remodelage des voies respiratoires.
The present study aimed at developing a fixation and sampling protocol for the horse lung in agreement with recent published guidelines for a design-based stereology approach. The left lungs from control and from heaves-affected horses were fixed in 10% formaldehyde for 48hr at a controlled constant pressure of 25-30 cm H2O. Lungs were cut into 20-21 slices of a thickness of approximately 2.5cm each; 10-11 slices were then randomly and systematically selected for the measurement of the reference volume using the Cavalieri method. A systematic, uniform and random sampling (SURS) protocol using a 17 mm punch biopsy and the smooth fractionator principle was used to select a representative fraction of each lung. The vertical uniform random (VUR) and isotropic uniform random (IUR) sampling methods were both performed to compare the number of perpendicular airways obtained with each method. The general architecture and the quality of the fixed tissues were also evaluated. Equine lung tissues were successfully sampled with a protocol designed to yield accurate morphometric data. The tissues were fixed with minimal artifacts and contained an adequate amount of perpendicular airways in both VUR and IUR sections. In conclusion, we developed a fixation and sampling protocol adapted to the equine lung allowing the use of a design-based stereology approach to study airway remodeling.