Academic literature on the topic 'Écologie des eaux – Camargue (Bouches-du-Rhône, France)'

Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées et surveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles de dispersion, que se soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chez l'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique, c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme et d'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement sur les interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs de ma thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme et écosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détail l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalences d'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmes aquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des virus circulant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernant l'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudier les pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes
Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of their unprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic or human populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have a zoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturally between humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonoses is directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree. Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogens responsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions between human activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study in more detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence of infections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in the temporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to study more specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale, particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and the functioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledge of the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to study pathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems

Le travail presente porte sur 8 articles scientifiques. La premiere partie est methodologique et traite les problemes de fractionnement des phosphates dans les sediments. Il est montre qu'a cause d'une serie d'interferences entre les differentes fractions de phosphates inorganiques, la methodologie la plus couramment utilisee donne des resultats faux. La presence d'une fraction de phosphate organique (asop), facilement extractible par de l'acide, apres extraction prealable des fractions inorganiques est mise en evidence. Il est demontre que le sediment, apres extraction de l'asop, contient des quantites considerables d'hexa-phosphate d'inositol (phytate). Le role important du fes dans le cycle du phosphate est mis en evidence. Les sels nutritifs apportes, d'une part, par l'eau d'irrigation et deverses, d'autre part, sous forme d'engrais, constituent une menace pour les ecosystemes en camargue. L'enrichissement en nutriments et en matiere organique est deja mesurable dans les sediments des marais et des etangs. La formation de fe#2#+ ou s#2# dans l'eau interstitielle du sediment, consequence de cet enrichissement, provoque un effet negatif sur la production de biomasse de potamogeton pectinatus l. L'assechement d'un marais permanent induit des changements importants dans la chimie du sediment. Une oxydation du fes, des changements considerables dans les differentes fractions de phosphate et une mineralisation d'environ 40% de la matiere organique, d'environ 50% de l'azote organique et d'environ 50% du phosphate organique jusqu'a une profondeur d'au moins 40 cm sont mises en evidence. Finalement, l'assechement provoque des changements importants dans la population de macrophytes submergees favorisant un retour des especes annuelles l'annee suivant l'assechement

L'irrigation et la culture du riz sont indispensables au maintien de l'agriculture en camargue par le dessalement qu'elles engendrent. Quelque 500000000 de m3 ont ete pompes au rhone et repartis sur les 13000 ha de rizieres du delta en 1987. La qualite mediocre de cette eau ne serait-elle pas tout aussi nocive que le sel pour le milieu camarguais? apres une presentation du milieu physique du delta du rhone, ce travail propose des estimations des differents flux d'eau a l'echelle de la parcelle, du bassin et de la camargue. L'etude des eaux de surface consiste en des suivis des caracteristiques physiques et chimiques de l'eau, du rhone a l'etang de vaccares, d'avril a septembre 1988. Les essais de bilans de masse effectues dans les differentes rizieres montrent l'importance de la position geographique et des relations hydrodynamiques entre l'eau dans la riziere et la nappe superficielle pour le lessivage des parcelles. L'etude des eaux souterraines permet de montrer les relations existantes entre les caracteristiques physiques et chimiques, et leur position par rapport au reseau hydrologique. La nappe superficielle, formee de bassins evaporatoires et recepteurs incapables d'eliminer tout apport de masse. Il serait cependant possible de concilier riziculture et preservation des equilibres ecologiques par une nouvelle gestion hydraulique limitant la culture du riz aux zones hautes, le volume introduit a 250000000 de m#3, les surconsommations en evitant les pertes par infiltration dans les canaux d'irrigation

Nous avons etudie l'effet d'une arrivee massive d'eau douce sur une communaute de gobies, constituee de gobius niger, pomatoschistus minutus et p. Microps, d'une lagune saumatre mediterraneenne, l'etang du vaccares. Trois points principaux ont ete abordes : - l'effet de cet evenement sur les parametres du milieu. Nos resultats montrent des modifications de nombreux parametres physico-chimiques dont certaines se sont maintenues durant notre suivi. Nous discutons des effets possibles directs et indirects de ces modifications sur le peuplement de poissons. - l'effet de cet evenement sur la communaute de gobies. Nous montrons la modification de la composition specifique de cette communaute, et discutons des parametres responsables de la disparition de g. Niger, des variations de captures de p. Minutus et de l'augmentation de celles de p. Microps. Les modifications observees dans la structure du peuplement et dans la croissance de p. Microps sont expliquees par un changement de sa strategie de reproduction. - l'effet de cet evenement sur les traits d'histoire de vie des trois especes. Nous montrons que p. Microps investit plus d'energie dans la reproduction apres les inondations, et ce malgre la presence d'un parasite intraclomique dont les effets sur la survie et l'effort reproducteur sont importants. Nous discutons egalement des differences observees dans les reactions de ces trois especes, et tentons de les expliquer par les differences de strategies et par leur tolerance aux variations des parametres environnementaux.

Les ecosystemes agricoles occupent un quart des terres emergees. Leur fonction biologique pour les especes sauvage devient une question pressante. Les rizieres occupent 11% des terres cultivees. Ce travail cherche a mieux cerner leur role biologique pour les oiseaux d'eau. Il prend la camargue comme reference. Nous montrons que la diversite specifique des oiseaux d'eau est plus faible dans les rizieres que dans les marais naturels. Cependant, les rizieres sont utilisees pour l'alimentation par des especes a forte valeur patrimoniale (herons) et/ou cynegetique (limicoles, canards). Ces especes reagissent differemment selon leur biologie et leur comportement a l'expansion de la riziculture en camargue. Le heron garde-buf (bubulcus ibis) a directement beneficie de l'expansion des rizieres et des changements des pratiques culturales dans les annees 80, alors que l'aigrette garzette (egretta garzetta) ne tire avantage des rizieres qu'a certains moments de son cycle. Au dela de ces reponses specifiques, les pratiques culturales (pesticides, rotations culturales) peuvent affecter tous les oiseaux d'eau en deprimant leurs ressources trophiques (invertebres) et la reproduction des especes sedentaires par intoxication due aux pesticides. En outre, les changements structuraux observes dans le paysage rizicole camarguais depuis les annees 80 (disparition de haies, ouverture du milieu) ont favorise l'exploration des rizieres par le flamant rose (phoenicopterus ruber) occasionnant des degats au moment de la germination. Une gestion appropriee des niveaux d'eau en periode post-culturale, le rajeunissement du parcellaire rizicole et une mise en repos plus frequente des parcelles et la limitation des intrants (engrais, desherbants et pesticides) pourraient ameliorer la capacite d'accueil des rizieres pour l'avifaune aquatique. La prise compte des parametres paysagers (haies) permettrait de resoudre des conflits entre faune sauvage et agriculture.

De 1956 a 1994, les colonies des neuf especes de charadriiformes de camargue ont ete recensees entre le grau-du-roi et fos-sur-mer environ tous les trois ans. Ces recensements ont permis de mettre en relation la dynamique coloniale de ces especes avec les modifications du paysage. Les amenagements durant cette periode ont stabilise des milieux caracterises a l'origine par une forte variabilite inter-annuelle de leurs conditions d'inondation. La dynamique paysagere, engendree par l'expansion des salins, a tout d'abord ete favorable aux sternes, aux mouettes et aux avocettes en creant de nouveaux ilots de nidification. Mais la stabilisation posterieure de l'habitat a eu pour double effet d'interdire la creation naturelle de ces ilots tout en permettant leur degradation par erosion. La stabilite de l'habitat a, de plus, favorise l'installation du goeland leucophee qui, par competition, a rejete les autres especes coloniales des derniers sites de reproduction disponibles. La rarefaction des ilots de nidification serait ainsi la cause principale, en camargue, de l'occupation par ces oiseaux de sites de substitution ou la productivite en poussins est extremement faible. Ce phenomene serait de plus responsable de la diminution des effectifs reproducteurs de la region. Cependant quatre especes, le goeland leucophee, la mouette melanocephale, le goeland railleur et la sterne caugek montrent une augmentation exponentielle de leurs effectifs. La croissance de leurs populations ne peut s'expliquer que par un apport exterieur par immigration

L'objectif de ce travail est de préciser les processus responsables de la salinisation des aquifères côtiers captifs en réponse aux variations du niveau marin (passées, futures) et aux pressions anthropiques. Cette étude a été réalisée sur l'aquifère profond captif de Camargue dans le cadre de l'ORE RESYST. Cet aquifère présente des salinités élevées atteignant celle de la Méditerranée à proximité de la côte. Deux approches ont été menées conjointement : (i) une étude hydrodynamique en régime permanent et transitoire pour préciser le fonctionnement hydrogéologique de l'aquifère (flux, conditions aux limites, propriétés hydrodynamiques) et (ii) un suivi des traceurs naturels hydrochimiques et isotopiques (18O, 2H, 13CCMTD, 3H et 14CCMTD) permettant de déterminer l’origine de la salinité de l'aquifère. Ce travail a mis en évidence le rôle de la partie libre de l’aquifère (aquifère de Crau) dans l'alimentation de l'aquifère captif. La forte augmentation de la salinité de l'aquifère captif depuis 1969 est ainsi principalement reliée à des baisses de charge naturelles ou anthropiques de l'aquifère de Crau. L'aquifère captif est soumis à des transferts de pression rapide depuis la mer mais également le Rhône qui s'accompagnent de transferts de masse très lents. En s'appuyant sur les rapports ioniques et isotopiques, ce travail a permis de démontrer que les fortes salinités de l'aquifère captif s'expliquent par un mélange eau douce/eau de mer fortement modifié par des interactions géochimiques : échanges de bases, processus de dégradation de la matière organique sédimentaire (sulfato-réduction, méthanogénèse), phénomènes de précipitations. Le temps moyen de séjour des eaux, supérieur à une cinquantaine d’année, témoigne de l'influence d'une intrusion marine ancienne en relation avec la dernière transgression marine (Holocène supérieur)
This study deals with the salinization of confined coastal aquifers in relation with sea level variations (past, future) and human pressures. The deep confined aquifer of Camargue has been studied in the framework of the ORE RESYST. This aquifer shows high salinities reaching that of the Mediterranean Sea near the shoreline. Two approaches have been jointly carried out: (i) an hydrodynamic study in steady and transient flow to understand the hydrogeological behaviour of the aquifer (flows, boundary conditions, hydrodynamic properties) and (ii) a monitoring of hydrochemical and isotopic natural tracers (18O, 2H, 13CCMTD, 3H and 14CCMTD) to determine the origin of the salinity of the aquifer. This work highlights the influence of the unconfined part of the aquifer (Crau aquifer) on the recharge of the confined aquifer. Thus, the high increase of salinity in the aquifer since 1969 is mainly due to natural or anthropogenic head depletion within the Crau aquifer. The confined aquifer shows rapid pressure transfers both from the Sea and the Rhone River whereas mass transfers are very low. Ionic and isotopic ratios highlight that strong salinities of the aquifer are due to a freshwater/seawater mixing, which is highly modified by geochemical interactions: cationic exchange, sedimentary organic matter degradation (sulphate reduction, methanogenesis), precipitation phenomena. The mean residence time of water is higher than fifty years and reflects the influence of a former marine intrusion related to the last marine transgression (upper Holocene)

Dans les zones humides méditerranéennes, la riziculture est l’une des activités agricoles majeures dont les interactions avec la conservation de la nature sont fortes (gestion de l’eau, habitats, ressources trophiques). La Camargue avec ses 20 000 ha de riz peut être considérée comme un cas d’école dans le contexte des interactions entre agriculture et environnement. Les connexions entre milieux naturels et espaces cultivés, notamment par les canaux de drainage, font que les conséquences de l’utilisation des pesticides ne se limitent généralement pas aux zones agricoles. De plus, l’utilisation d’eau provenant du bassin versant du Rhône à des fins d’irrigation est également une source d’introduction de pesticides étrangère aux pratiques agricoles locales. L’Etang du Vaccarès, lagune saumâtre de Camargue (6400 ha) et classé en réserve de biosphère (MAB-UNESCO) reçoit donc des substances directement issus des rizières ou du Rhône. Dans ce contexte, le but de ce travail de thèse est d’évaluer les niveaux d’exposition des milieux protégés aux herbicides, de modéliser les transferts au sein d’une exploitation rizicole avec en perspective d’étendre cette modélisation à l’ensemble du delta, et enfin, en identifiant la photolyse indirecte comme voie de dégradation possible comprendre le devenir des molécules dans le système
In Mediterranean wetlands, rice growing is one of the main agricultural activities. Paddy fields have major interactions with natural protected areas (water management, habitat, trophic resources). Camargue, with its 20 000 ha of rice can be considered as a good example in the context of the relations between agriculture and environment. The connections between natural habitats and cultivated areas, notably via the irrigation canals, make that the impact of pesticides use is not limited to agricultural areas. Moreover, the use of water from the Rhône river watershed for irrigation can also be an entry route of pesticides into Camargue. Vaccarès Lagoon (6400 ha of brackish water) is classified by Unesco as biotope sanctuary. It intercepts substances coming directly from rice paddies or Rhône river. In this context, the overall goal of this work is to assess the exposure levels of protected areas to herbicides, modeling the runoff from a rice farming area to extend in the future at the deltaic scale and finally, to identify indirect photolysis as a possible degradation pathway to understand the behavior of the molecule in the deltaic system

La variation des apports en éléments et sédiments des eaux continentales (fleuves et eaux souterraines) dans les zones côtières affecte fortement l'équilibre des environnements cotiers. L'obiectif de cette étude est de quantifier les apports d'eau et de matériel par le Rhône et les nappes souterraines de Camargue dans le golfe du Lion et d'estimer leurs variations et leurs origines. Les épisodes de crue du Rhône contribuent à environ 80% du flux annuel de MeS et d'éléments particulaires exportés en moins de 12% du temps, entre novembre 2000 et décembre 2003 La charge solide transportée est faiblement affectée par la remobihsation des sédiments dans le lit du fleuve. Le Rhône exporte moins de matériel solide compare a ce qui est théoriquement produit dans son bassin versant. Deux hypothèses sont formulées : le Rhône n'est pas à l'équilibre d'érosion suite à la sortie du petit âge glaciaire (changement climatique), ou le déséquilibre traduit l'influence anthropique (barrages, reforestation) dans son bassin versant. Les apports d'eau par les nappes souterraines de Camargue dans le golfe du Lion ont été quantifiés par le radium-226 et 228 mesurés par TIMS. Le bilan dans les eaux du golfe du Lion indique un excès de radium qui peut s'expliquer par des apports d' eau souterraine. Ces nappes contriburaient jusqu'à 6% du flux d'eau du Rhône dans le golfe du Lion
Variation of the contributions in elements and sediments of inland waters (rivers and groundwaters) in the coastal zones strongly affects the balance of the coastal environments. The objective of this study is to quantify the contributions of water and material by the Rhone River and submarine groundwater of Camargue in the Gulf of Lions, and to estimate their variations and their origins. Flood events of Rhone River contribute to 80% annual fluxes of MeS and particulate elements exported in less than 12% of time, between November 2000 and December 2003. The SPM load is slightly affected by the remobilisation of the sediments in the bed of the river. The Rhone River seems export less solid material compared with what is theoretically produced in its catchment area. Two assumptions are formulated : the Rhone River is not in steady state erosion due to climatic change, or imbalance translates the anthropogenic influence (dams, deforestation) in its catchment area. The contributions of submarine groundwater of Camargue in the Gulf of Lions were quantified by radium-226 and 228 measured by TIMS. The assessment in budget of radium of the Gulf of Lions indicates a excess which can be explained by contributions of groundwater. 6% of the water fluxes of the Rhone River in the Gulf of Lions comes from Camargue groundwater