Dissertations / Theses: 'Écosystèmes'

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Loeuille, Nicolas. "Coévolution et fonctionnement des écosystèmes." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066209.

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Fadda, Sylvain. "Organisation des communautés de coléoptères terricoles en écosystème multi-perturbé : le cas des écosystèmes de pelouses sèches." Aix-Marseille 3, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX30079.

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Abstract:

Les objectifs principaux de cette thèse sont de quantifier les modifications engendrées sur les communautés de Coléoptères terricoles d'un écosystème steppique (la plaine de Crau dans les Bouches-du-Rhône) par des changements d'usage des terres : d'un pâturage ovin séculaire, correspondant à l'arrêt d'un régime de perturbation endogène. Si ces deux changements d'usage produisent un effet négatif sur la communauté végétale de la steppe méditerranéenne de Crau, en diminuant considérablement sa richesse et sa diversité ; l'effet produit sur les communautés de Coléoptères est quand à lui différent. Ainsi, les communautés de Coléoptères des friches post-culturales sont plus riches et plus équilibrées que celles de la steppe. Les espèces les plus communes dans la steppese trouvent dans les friches, avec cependant des densités inférieurs. L'auto-restauration des communautés de Coléoptères de la steppe sur les friches à partir des lisières n'est que partielle. Elle est limitée par l'absence de végétation steppique et la modification de certains facteurs biotiques. Des mesures de restauration écologique visant à rétablir le recouvrement de galets en îlots clairsemés et répartis de manière aléatoire, associée à une réduction ou à une exclusion du pâturage durant quelques années, peuvent être envisagées afin d'accélérer les processus de régénération des Communautés de Coléoptères. Leurs impacts au bout de quatre années restent cependant encore limités. . .

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Tribot, Anne-Sophie. "Esthétique et biodiversité des écosystèmes sous-marins." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT131/document.

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Abstract:

La valeur esthétique des paysages et des espèces est un élément central de la conservation de la biodiversité, puisqu’elle fait intervenir les dimensions affectives et émotionnelles de notre rapport à la nature. Le lien entre biodiversité et perception esthétique demeure cependant peu étudié dans le cadre des services écosystémiques.Suite à un premier travail de synthèse ayant permis de poser les bases conceptuelles et méthodologiques de l’esthétique des paysages, trois études menées sur des systèmes sous-marins à différentes échelles ont permis de mieux comprendre et de quantifier le lien entre les différentes facettes de la biodiversité et la perception esthétique.Les résultats ont permis de mettre en évidence que la nature du lien entre biodiversité et préférences esthétique est dépendante de l’échelle de perception : à une échelle multi-spécifique, la biodiversité et la composition en espèces ont un effet positif sur les préférences esthétiques, tandis que les préférences à l’échelle spécifiques sont déconnectées du fonctionnement écologique des écosystèmes.Ces résultats confirment l’importance de la valeur esthétique dans notre perception de la biodiversité, qui pourrait avoir des conséquences majeures sur la façon dont nous protégeons notre environnement. L’approche fonctionnaliste de l’expérience esthétique est proposée et décrite afin de promouvoir une perception esthétique basée sur la compréhension et la reconnaissance des processus écologiques. Des pistes d’éducation à la biodiversité basée sur une expérience esthétique engagée sont également proposées afin de reconnecter les besoins écologiques et les préférences esthétiques
The aesthetic value of landscapes and species is a central element for the conservation of biodiversity, since it involves the emotional and emotional dimensions of our relationship to nature. However, the links between biodiversity and aesthetic perception remains poorly studied and recognized within the ecosystem services framework.Following a first critical review, that described the conceptual and methodological bases of landscape aesthetics, three studies on underwater systems at different scales have been computed in order to better understand the link between the different facets of biodiversity and aesthetic perception.The results revealed that the link between biodiversity and aesthetic preferences is dependent on the scale of perception: at a multi-specific scale, biodiversity and species composition have a positive effect on aesthetic preferences, while preferences at a specific scale are disconnected to the ecological functioning of ecosystems.These results confirm the importance of aesthetic value in our perception of biodiversity, which could have major consequences in the way we protect our environment. The aesthetic experience based on the understanding of ecological functioning is proposed and described in order to promote an aesthetic perception relevant to ecological processes. Education to biodiversity based on engaged aesthetic is also proposed, in order to reconnect ecological needs and aesthetic preferences

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Roulier, Marine. "Cycle biogéochimique de l'iode en écosystèmes forestiers." Thesis, Pau, 2018. http://www.theses.fr/2018PAUU3026/document.

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Abstract:

En raison de leur accumulation possible dans la glande thyroïde, les radio-isotopes de l'iode, 131I (t1/2 = 8,07 jours) et 129I (t1/2 = 15,7 106 ans), sont préoccupants pour la santé humaine. En raison de sa longue demi-vie, 129I est également d’une importance radio-écologique majeure du fait de son intégration potentielle au cycle biogéochimique naturel de son isotope stable (127I). Les forêts dont la surface couvre près du tiers du territoire en France et en Europe, se caractérisent par leur longévité, un haut niveau de recyclage de la biomasse et une forte influence sur les cycles hydrologiques et des nutriments. La végétation forestière peut intercepter puis recycler et accumuler les polluants et radionucléides émis dans l’environnement. Dans ce contexte, des axes de recherche ont été développés dans cette thèse afin de décrire qualitativement et quantitativement le cycle de l’iode et améliorer les prédictions à long-terme du comportement de 129I dans les écosystèmes forestiers.Les pluies constituent une source majeure d’iode pour les sols et la végétation forestière, les quantités apportées dépendant de la distance côtière et de la pluviométrie. La végétation modifie les quantités et la spéciation de l’iode apporté par les pluies. L'humus représente un compartiment d'accumulation provisoire d'iode associé à la matière organique. Ce compartiment constitue également une zone de réémission possible de l’iode par lessivage lors d’évènements pluvieux et/ou par volatilisation. Cette thèse a montré que les teneurs d'iode dans les sols forestiers dépendaient à la fois des apports atmosphériques et des chutes de biomasse, mais également de la capacité du sol à fixer l'iode. Ainsi, les conditions environnementales conduisant à une accumulation de matière organique et la présence d’(hydr)oxydes métalliques dans les sols favorisent la rétention de l’iode. A l’échelle de la placette forestière, le sol constitue le principal réservoir en iode (~99,9%). Du fait de la proportion d'iode au sein des arbres (< 0,03% du stock total en iode), les quantités d’iode recyclées par la végétation sont faibles, l’iode n’étant pas un oligo-élément pour les végétaux. Ainsi ces travaux de thèse ont permis de combler le manque de données relatives d’une part à la répartition de l’iode au sein des écosystèmes forestiers et d’autre part, aux processus de réémissions (lessivage et volatilisation) liés à la dégradation de la matière organique. Les données générées par cette thèse permettent de mieux appréhender la modélisation du cycle de l’iode dans cet écosystème forestier
As radioisotopes of iodine may concentrate in thyroid gland, 131I (t1/2 = 8.07 days) and 129I (t1/2 = 15.7 106 years) are of health concern. 129I is of major radioecological importance because it can potentially integrate natural biogeochemical cycle of its stable isotope (127I) due to its long half-life. Forests, characterized by their longevity, a high biomass turnover and a strong influence on hydrological and nutrients cycles, can intercept, recycle and accumulate a significant amount of pollutants and radionuclides released into environment. In this context, research developed in this thesis had the purpose of correct long-term prediction of iodine behaviour in forest ecosystems.Rainfall appears to be a significant input flux of iodine in forest soils and vegetation, depending on coastal distance and precipitation amount. Forest canopy modifies quantities and speciation of iodine initially present in rainfall. Humus would act as temporary iodine accumulation layer through its association with organic matter. However, humus layer also behaves as potential iodine mobilisation source by leaching and/or volatilization. This thesis has demonstrated that iodine levels in soils depend both on its atmospheric and litterfall inputs, but also on the soil's ability to fix iodine. Thus, environmental conditions characterized by organic matter accumulation and presence of metal (hydr)oxides in soils promote iodine retention. Thereafter, soil is the main iodine reservoir at the forest plot scale (~99.9%). Given small amounts of iodine in the trees (<0.03% of the total iodine stock), recycling of iodine by vegetation is low, iodine being not an essential element for vegetables.This thesis contributes to fill some gaps in the knowledge of iodine distribution within forests and on the processes of iodine reemission related to organic matter degradation. Data generated by this thesis help to better understand the modeling of iodine cycle in this forest ecosystem

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Génin, Alexandre. "Réseaux d'interactions écologiques, stabilité et résilience des écosystèmes." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG031/document.

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Abstract:

Les systèmes écologiques sont complexes car composés d'une multitude d'éléments en interaction. Ces interactions, entre espèces par exemple, forment des réseaux qui présentent des propriétés structurelles déterminantes pour la réponse du système écologique entier aux perturbations.Pour mieux identifier cette réponse, il est donc important de cartographier les interactions présentes dans les communautés écologiques et de comprendre leurs variations dans le temps et l'espace.Dans ce travail, nous avons utilisé les communautés de plantes comme systèmes écologiques modèles afin (i) d'identifier à partir de patrons spatiaux certains motifs présents dans les réseaux d'interaction écologiques (les boucles de rétroaction) et (ii) de cartographier les réseaux d'interactions (tels que mesurés par les associations spatiales entre plantes)le long de gradients de stress. Pour ce faire, nous avons utilisé deux jeux de données documentant des communautés de plantes de clairières subalpines (Etats-Unis) et méditerranéennes (La Crau, France). Nos résultats montrent que les boucles de rétroaction peuvent être inferées à partir des patrons spatiaux présents dans les communautés de plantes, permettant ainsi d'identifier des communautés pouvant répondre de manière abrupte aux perturbations. Les interactions entre plantes (déduites de leurs associations spatiales) dépendent fortement du stress appliqué à la communauté, et présentent une résilience faible aux évènements de perturbation.Ce travail montre que les interactions entre plantes peuvent être cartographiées in situ à partir des associations spatiales. Il ouvre la voie vers une meilleure compréhension et capacité d'anticipation de la réponse des communautés écologiques face aux perturbations
Ecological systems are not simple but composed of many different elements(species, for example) interacting with each other. These networks ofinteractions exhibit structural properties that determine ecological systems’ability to absorb and recover from perturbations. Mappinginteractions along with their changes in time and space is therefore key tounderstand and predict empirical communities' response to global changes.In this thesis, we used plant communities as model systems (i) to explore howspatial patterns may help identify feedbacks loops which make communities morefragile to upcoming changes and (ii) to map species interactions in empiricalcommunities and describe how they change along stress gradients and recover fromperturbations. To do so, we used two datasets documenting plant communities insubalpine meadows (USA) and Mediterranean grasslands (France).Our results show that feedback loops can be inferred to some extent from thespatial patterns of plant communities and hence help identify communities thatmay respond more abruptly to perturbations. Going to a more detailed level ofdescription, plant-plant interactions (as measured through spatial associations)were shown to respond strongly and consistently to stress but exhibited a weakresilience to disturbances.This work shows that plant-plant interactions -- which are linked to the response of the community to perturbations -- can be uncovered using spatial patterns. It paves the way towards a better understanding and a better anticipation capacity of how ecological communities might reorganize when subject to disturbances

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Zaoui, Mohammed. "Robotique nomade pour la restauration des écosystèmes dégradés." Thesis, Versailles-St Quentin en Yvelines, 2015. http://www.theses.fr/2015VERS043V.

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Abstract:

La dégradation des terres dans le monde affecte directement plus d’un milliard d’hectares. Elle menace près de 35% des terres de la planète ainsi que les moyens de subsistance de deux milliards d’individus. Les estimations des pertes financières sont considérables chaque année. La dégradation des terres arides et semi-arides est une entrave au développement des pays concernés. Ce problème demeure insoluble et la communauté internationale organisée au sein de plusieurs instances n’ayant pas trouvé de solution pérenne, assiste impuissante à la progression du fléau malgré les efforts et expérimentations menées à travers le monde. L’urgence est de mise pour trouver des solutions qui soient à la fois techniques, sociales, économiques et culturelles.Ce constat appelle des réponses et la nécessité d’exploiter des approches basées sur les avancées des nouvelles techniques. La robotique mobile est une piste qui peut contribuer dans un avenir proche à freiner ce phénomène. Cette technologie recèle d’immenses possibilités dans plusieurs domaines : médical, aide à la personne, militaire, agricole et bien entendu dans la restauration des écosystèmes. La thèse s’inscrit dans le projet R-Stepps pour évaluer les capacités de résilience d’une solution basée sur les techniques robotiques. Elle expérimente une flotte de robots pour lutter contre la dégradation des terres et l’avancée de la désertification. Nous avons étudié et exploré les moyens de mettre au point une flotte de robots nomades pour remplir des missions de restauration des écosystèmes dégradés. Pour construire des systèmes mécatroniques simples et robustes nous avons mis au point des robots limités à une seule tâche.Nous avons développé une plateforme expérimentale composée de cinq robots capables de se coordonner et d’accomplir chacun une tâche spécifique (forage, plantage, arrosage, surveillance, guidage). Le démonstrateur sert à valider les modèles de navigation, de localisation, de planification ainsi que les procédures de plantation et de surveillance de l’environnement
Land degradation directly affects over a billion hectares throughout the world. It is a threat to almost 35% of the planet’s land as well as to the means of subsistence of two billion people. Estimations of heavy financial losses are increasing year after year. The degradation of arid and semi-arid lands is a serious drawback to the development of the countries concerned. This problem is today unsolved and since a number of organizations within the international community have not found an appropriate, perennial solution, we are powerlessly witnessing the progression of this plague despite the efforts and experiments carried out all over the world. It has become extremely urgent to find solutions that are not only technical, but also social, economic and cultural.This assessment calls for action and the need to exploit different approaches based on the most recent advanced technology. Mobile robotics are a lead to explore and may well contribute to slowing down this phenomenon in the near future. This technology offers endless possibilities in many fields: healthcare, personal assistance, military, agriculture and of course the restoring of ecosystems. It will therefore be necessary to follow the evolution of this sector and observe its effects on the environment and society in general in those regions affected by the phenomenon. Our findings aim to propose a technical solution, and the more general questions regarding societal consequences are not examined; our main concern is to demonstrate and evaluate the resilience capacity of a solution based on robotic techniques. This document is part of the R-Stepps project to experiment a fleet of robots to combat land degradation and reverse the progress of desertification. Its main mission is reforestation, maintenance and surveillance of such zones. The fleet of robots is composed of various platforms, each with a specific function. By limiting each robot to one task, this will ensure their solidity and simple design

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Court-Picon, Mona. "Mise en place du paysage dans un milieu de moyenne et haute montagne du tardiglaciaire à l'époque actuelle : analyse du signal palynologique en Champsaur (Hautes-Alpes, France) à l'interface des dynamiques naturelles et des dynamiques sociales." Besançon, 2007. http://www.theses.fr/2007BESA2034.

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Abstract:

De nouvelles études multi-proxy ont été entreprises sur neuf séquences sédimentaires de la vallée du Champsaur pour préciser comment l'action humaine a pu interférer sur les dynamiques naturelles de végétation. Une première étape de calibration de la relation pluie pollinique actuelle/végétation/pratiques sociales a conduit à la détermination d'un ensemble de taxons polliniques indicateurs des différentes utilisations du sol et d'en caractériser la représentativité. .
In order to better understand natural/anthropogenic processes interactions in mountainous ecosystems, an integrated research program has been undertaken on 9 lakes and peat bogs from the Champsaur valley. Palaecological approach (mainly palynology, but also microcharcoal, fungal spores and other microfossils, plant macro-remains, fossil insects, sedimentology, carbone 14 and Pb 210 dates) aimed at studying a small area at high spatial and temporal resolution to investigate the human occupation dynamics and agropastoral rhythms since the first clearings. .

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Gauzens, Benoit. "Structure et fonctionnalité des réseaux trophiques : modèles et méthodes." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066298.

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Abstract:

En définissant les cheminements énergétiques entre les organismes, les réseaux trophiques déterminent un ensemble de contraintes et de possibilités qui influencent le fonctionnement des écosystèmes. Bien qu’étudiée depuis de nombreuses années, leur complexité a conduit les écologistes à ne considérer qu’une image très simplifiée des interactions trophiques. Cette complexité qui rend délicate toute approche dynamique peut être prise en compte dès lors que l’on considère la structure du réseau dans son ensemble. Cette étude explore les liens entre les paramètres structurels des réseaux trophiques et leur fonctionnalité, en montrant l’impact topologique que peuvent avoir les facteurs de contrôle ascendants et descendants au sein des communautés, ou certaines biomanipulations classiquement réalisées dans la lutte contre l’eutrophisation. Il a également été montré que ces résultats sont en grande partie conservés avec des réseaux simplifiés, dès lors que les espèces sont agrégées selon des critères cohérents du point de vue de la théorie de la niche trophique. La pertinence des résultats obtenus sur des systèmes simplifiés a conduit à développer une méthode de détection automatisée de groupes trophiques, permettant de mettre en avant que la notion de groupe trophique dans les réseaux permet de minimiser la perte d’information engendrée par l’agrégation. Une autre simplification couramment faite étant l’absence de prise en compte des intensités de consommation, il a été proposé une démarche visant à intégrer diverses informations de la littérature au sein d’une même formulation probabiliste.

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Djoudi, El Aziz. "Structuration multi-échelle des communautés d'Arthropodes en agro-écosystèmes." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B056.

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Abstract:

Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à l’influence des conditions locales et paysagères sur la structuration des communautés d’arthropodes en agroécosystèmes, ceci grâce à un dispositif de suivi situé en Ille-et-Vilaine (Bretagne, France), et comprenant des parcelles conduites en agriculture biologique et conventionnelle spatialement appariées. Notre première étude a mis en évidence que l’hétérogénéité paysagère, parfois en interaction avec le système local de culture, conditionne la diversité et l’abondance des groupes trophiques, à la fois pour les arthropodes au sol comme pour ceux de la végétation. Dans un second temps, nous avons pu montrer l’importance du contexte paysager dans la structuration des assemblages d’arthropodes prédateurs, et émis l’hypothèse que les mécanismes déterminant la distribution des espèces diffèrent fortement entre araignées et carabiques. Enfin, il est apparu la nécessité de distinguer les individus résidents (émergeants) des individus mobiles (circulants) lorsque l’on s’intéresse au rôle différentiel des facteurs locaux vs. paysagers dans la structuration des communautés de carabiques. D’une façon générale, nos résultats montrent donc une influence importante et positive de l’agriculture biologique sur les populations, assemblages d’espèces et communautés d’arthropodes, que ce soit à des échelles locales et paysagères comme en interaction avec d’autres variables paysagères. Nous avons également montré la pertinence de l’utilisation de différents niveaux d’organisation et variables réponses associées pour évaluer finement la structure et le fonctionnement de communautés d’Arthropodes en agroécosystèmes
In this study, we got interested in quantifying how local and landscape metrics structure arthropod communities in agro-ecosystems. For that, we used a long-term monitoring design located in ‘Ille-Et-Vilaine’ (Brittany, France), composed by spatially pair-matched fields under organic vs. conventional farming systems. First, we found that landscape heterogeneity, also interacting with farming systems, drives the diversity and abundance of trophic groups for both ground- and vegetation-dwelling arthropods. In a second chapter, we showed the importance of landscape context in shaping assemblages of predatory arthropods, and suggested that mechanisms behind the distribution of individual species strongly differ between spiders and carabids. Lastly, we highlighted the importance of distinguishing between resident (emergent) and mobile (circulating) individuals when assessing the differential role of local vs. landscape factors in community assembly. Overall, our results show a strong and positive effect of organic farming on arthropod populations, assemblages and communities, both at local and landscape scales, as well as in interaction with other landscape metrics. We also highlighted the relevance of using different levels of biological organization, and related response variables, when assessing the structure and functioning of arthropod communities in agroecosystems

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Fournaud, Jeanne. "Rôle des lactobacilles dans les écosystèmes microbiens des viandes." Bordeaux 1, 1987. http://www.theses.fr/1987BOR10645.

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Chacornac, Jean-Michel. "Lacs d'altitude : métabolisme oligotrophe et approche typologique des écosystèmes." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO10011.

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Abstract:

Etude physico-chimique et biologique d'un lac de haute montagne, gele pendant 8 mois. Relation entre la productivite primaire et les variations saisonnieres de substances dissoutes dans l'eau. Inventaire de la faune et dynamique des populations en relation avec la saison. Typologie des lacs d'altitude

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Samain, Eric. "Microbiologie et biochimie de l'acétogenèse dans les écosystèmes méthanogènes." Lille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LIL10228.

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Abstract:

Numération, isolement et modification des bactéries formant de l'acétate à partir d'éthanol, de lactate et d'acides gras à plus de 3 carbones, dans des digesteurs industriels. Etude du rôle respectif des bactéries sulfatoréductrices et des bactéries syntrophes. Caractérisation de 3 nouvelles espèces bactériennes et notamment d'une bactérie sulfatoréductrice désulfobulbus elongatus (étude du métabolisme du propionate et de l'hydrogène, caractérisation des enzymes impliquées)

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Mauchamp, Leslie. "Biodiversité et gestion des écosystèmes prairiaux en Franche-Comté." Thesis, Besançon, 2014. http://www.theses.fr/2014BESA2036/document.

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Abstract:

Les écosystèmes prairiaux sont soumis à une pression anthropique, essentiellement liée à la gestion agricole, qui permet de maintenir ces milieux ouverts. Cependant, lorsque cette pression s’avère trop importante, elle peut conduire à une diminution de la diversité de la communauté végétale et, en outre, de toutes les communautés qui en dépendent (de consommateurs primaires et secondaire notamment). La biodiversité jouant un rôle reconnu pour la réalisation de diverses fonctions et services écosystémiques dont les sociétés humaines tirent profit chaque jour, les pressions anthropiques fortes peuvent altérer le maintien de ces services.Afin d’obtenir des informations complémentaires sur la réponse des communautés végétales aux différents facteurs anthropiques, il est nécessaire d’intégrer la complexité de la notion de diversité, et notamment inclure les facettes taxonomiques, phylogénétiques et fonctionnelles. Par ailleurs, l’échelle spatiale doit être considérée, en comparant les composantes alpha (intra-site) et beta (inter-sites) de la diversité gamma d’une parcelle ou d’une région.Dans ce projet, une attention particulière a été portée sur la complémentarité de ces approches de la diversité afin de rendre compte de la réponse des communautés végétales du massif jurassien aux modes de gestion agricoles pratiqués dans cette région. La production de différentes AOP fromagères, dont le Comté, offre un cadre original puisque l’existence d’une telle production implique des restrictions concernant la conduite agricole des surfaces prairiales aux exploitants. Nous avons étudié la végétation de 48 parcelles du massif jurassien réparties selon un gradient altitudinal (Premier plateau, Deuxième plateau, Haute-Chaîne) par le biais d’un protocole multi-échelle original pour des surfaces équivalentes à 0,01, 1, 10 et 1000 m². Sur ces mêmes parcelles, les pratiques agricoles ont été renseignées grâce à des enquêtes réalisées auprès des exploitants ; les conditions édaphiques ont elles aussi été étudiées grâce à des sondages de profondeur du sol et des analyses physico-chimiques réalisées sur des prélèvements dans l’horizon de surface.[...]En comparant la composition floristique de 150 relevés réalisés dans les années 1990 avec de nouvelles prospections réalisées en 2012 sur les mêmes surfaces, d’importants changements de la composition floristique sont apparus pour chacune des prairies. La tendance générale pour l’ensemble des parcelles suggère que les communautés actuelles sont davantage adaptées aux défoliations fréquentes et/ou intenses, présentent despréférences écologiques pour les milieux riches en substances nutritives et valeur pastorale plus élevée. La diversité phylogénétique s’avère également différente entre les deux sessions (ce qui n’est pas le cas de la diversité taxonomique de Simpson) et témoigne ainsi d’une réduction de la diversité des lignées avec le temps.[...]L’accumulation de phosphore dans les sols prairiaux, associée aux apports croissants d’azote apportés notamment par les engrais minéraux de synthèse, sont parmi les causes potentielles de ces changements. Bien qu’aucune diminution significative de la diversité taxonomique n’ait été enregistrée dans nos travaux, les changements de composition fonctionnelle déjà observés pourraient à l’avenir aboutir à une érosion de la diversité.[...]
Grassland ecosystems are submitted to human pressure, especially due to agricultural management, preventing their natural succession toward the forest. However, when this pressure become too important, it could lead to a decrease of the diversity of plant communities (especially primary and secondary consumers) and of all communities that depend on them. As biodiversity is recognized to play an important role in the realization of ecosystem functions and services that benefit to human societies every day, important anthropic pressures could alter the maintaining of these services.In order to provide complementary information on the response of plant communities to anthropogenic factors, it is necessary to take into account the complexity of biodiversity, especially by including the various taxonomic, phylogenetic and functional facets of diversity. In addition, the spatial scale has to be taken into account, by comparing alpha (intra-site), beta (inter-site) components of the gamma diversity of a given parcel or region:.In this project, we especially focused on the complementarity of these approaches to diversity in order to assess the response of plant communities of the French Jura Mountains to agricultural practices used in this area. The production of PDO cheese, and especially the Comté cheese, offers an original framework for such investigations as the existence of this production is associated to strict regulations imposed to farmers for the management of their grassland systems. We studied the vegetation of 48 grasslands, split according to an altitudinal gradient (First Plateau, Second Plateau, High Range) by using an original multi-scale sampling design with plot sizes of 0.01, 1, 10 and 1000 m². The agricultural practices used on these 48 parcels have also been recorded by submitting questionnaires to farmers. In addition, we collected data on soil conditions in each parcel, including soil depth and physico-chemical analyses performed on 0 – 10 cm superficial soil samples.[...]The comparison of the species composition of 150 phytosociological relevés recorded in the 1990’s and repeated in 2012 reveals important changes in the floristic composition of grasslands. The general trend observed for the overall set of relevé suggests that contemporary communities are more adapted to frequent and/or intense defoliations, have a higher pastoral value and indicate a higher level of nutrient content in the soil. We also record differences in phylogenetic diversity values between the two sessions of relevés (while the taxonomic diversity of Simpson do not change) and so show that a loss of phylogenetic lineages among time.[...]The accumulation of phosphorous in the soil, associated to increasing nitrogen supply, especially in the form of inorganic fertilizers, can partly explain this trend. Even though we do not record any significant reduction of taxonomic diversity, the functional changes already observed suggest that the diversity could potentially decrease in the future.[...]

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Badreddine, Ali. "Écosystèmes côtiers du littoral libanais : état écologique, conservation, évolution." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4031/document.

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Abstract:

Le but de cette thèse est de mieux connaître les effets des activités anthropiques sur l'état de conservation des habitats côtiers importants (forêts de Cystoseira et trottoirs à Vermets) dans une région peu connue de la Méditerranée : la côte Libanaise. Plusieurs approches sont appliquées pour la première fois le long de la côte Levantine, tel que l'indice CARLIT (cartographie des communautés benthiques du littoral rocheux), un outil conçu pour évaluer l’Etat Ecologique (EE) dans le cadre de la Directive des Eaux (DCE 2000/60/UE). La description générale du littoral Libanais, résumant les principales caractéristiques environnementales et les activités anthropiques influençant les communautés benthiques, a souligné que la côte Libanaise a été (et est actuellement) soumis à plusieurs pressions de plusieurs origines. L'application du CARLIT, basé sur les communautés de macroalgues a fourni des idées importantes sur l’EE actuel de la côte rocheuse Libanaise en relation avec les impacts humains et a permis d’établir une cartographie détaillée de la répartition et de l'abondance des communautés côtiers, en particulier des forêts de Cystoseira et de Sargassum). L'étude de certains trottoirs à Vermets Libanais a permis d’évaluer leur état actuel en fonction des différentes pressions humaines et confirmer qu’ils sont très affectés et que peu sont encore vivants. Dans une perspective future et avec la découverte de pétrole et du gaz dans les eaux Libanaises, les écosystèmes marins Libanais seront soumis à plusieurs nouveaux menaces ; les recherches de cette thèse présentent une base de référence de l’EE de ces écosystèmes, permettant de les conserver et suivre leur évolution
The aim of this study was to provide further knowledge of the effects of anthropogenic disturbance on the conservation status of important shallow habitats (vermetid reefs, Cystoseira forests) in a relatively poorly known region of the Mediterranean Sea: the Lebanese coast. Multiple approaches were applied for the first time along the Levantine Sea, such as the CARLIT (CARtography of rocky-shore LITtoral communities) index, a tool conceived to quantify the Ecological Status (ES) in the framework of the Water Directive (WFD 2000/60/EU). A general description of the Lebanese coastline, summarizing the major environmental features and anthropogenic activities influencing benthic communities, highlighted that Lebanon has been (and is at present) subject to multiple stressors. The application of the CARLIT, based on macroalgal, gives important insights on the ES of Lebanese ecosystems in relation to human impacts and provides a detailed cartography on the distribution and abundance of shallow communities, and in particular Cystoseira and Sargassum forests. The survey of some Lebanese vermetid reefs allowed the evaluation of their current status according to different human pressures and highlighted that they are highly affected by human pressures and only few of them are still alive. In a view of the upcoming oil and gas discovery offshore Lebanon, Lebanese marine ecosystems are under multiple and massive threats; the data provided in the research performed provide a baseline of the distribution and conservation status of key habitats along Lebanese coasts, in order to follow their evolution and to have a management tool in case of catastrophic oil spills

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Dupont, Hélène. "Modélisation multi-agents d'un service ecosystémique : scénarios de systèmes d'equarrissage par des rapaces nécrophages." Paris, Ecole normale supérieure, 2011. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00598563.

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Dinh, Quoc-Tuc. "Transferts et comportements d'antibiotiques à l'échelle du bassin versant élémentaire." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066900.

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Hayet, Audrey. "Contribution de l'écologie à la caractérisation de sites contaminés : application à l'évaluation des risques pour les écosystèmes." Lille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL2S055.

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Cordonnier, Thomas. "Perturbations, diversité et permanence des structures dans les écosystèmes forestiers." Phd thesis, ENGREF (AgroParisTech), 2004. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00000909.

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Abstract:

Cette thèse traite de l'impact des perturbations naturelles et anthropiques sur les structures des populations et des communautés afin de discuter la problématique d'une gestion forestière qui s'inspire des - et compose avec les - perturbations naturelles. En première partie, nous étudions les effets d'un gradient de perturbations sur la diversité des communautés de plantes. A l'aide de modèles de dynamique en patchs ("patch models"), nous montrons que la relation perturbations-diversité dépend des mécanismes de compétition (hiérarchie compétitive, "founder effect"), des mécanismes de coexistence (compromis entre compétition et colonisation, niche de succession), des mécanismes affectant le processus de colonisation (limitation par le recrutement, fréquence dépendance négative des taux de colonisation et immigration) et enfin des mesures de diversité privilégiées (richesse en espèce, diversité de Shannon). L'élaboration d'hypothèses mécanistes intégrant les caractéristiques de l'agent de perturbations (dont les actions anthropiques), les descripteurs utilisés (intensité, fréquence, stochasticité etc.), les traits de vie des espèces, les mécanismes de coexistence et les facteurs biotiques et abiotiques contrôlés permettraient d'affiner les prédictions qualitatives et quantitatives sur la relation perturbations-diversité et de favoriser ainsi leurs dimensions opérationnelles. En seconde partie, nous rappelons différents concepts (équilibre, résistance, résilience, persistance, constance, permanence) permettant de caractériser le comportement des systèmes en présence de perturbations. Nous présentons une méthode d'analyse basée sur le concept de permanence qui permet d'évaluer différents scénarios écologiques ou scénarios de gestion. La permanence consiste à se focaliser sur le comportement des variables lorsque ces dernières sont proches de valeurs jugées critiques (ex. extinction d'une espèce). Nous appliquons cette méthode d'évaluation à la problématique des forêts de protection dans les Alpes du Nord. A partir d'un modèle de dynamique de pessières d'altitude, nous testons différents scénarios de gestion (prélèvements agrégés/aléatoire, différents taux de prélèvements) et déterminons leurs conséquences sur la dynamique d'indicateurs de propriétés de stabilité (diversité des hauteurs, diversité des diamètres) et d'indicateurs de fonction de protection (somme des diamètres pour les chutes de blocs, taille des trouées pour les avalanches). La possibilité d'améliorer conjointement propriétés de stabilité et efficacité de protection dépend de la nature et de l'intensité des interventions ainsi que du type de danger. Cette partie permet d'illustrer une réflexion de gestion basée sur des compromis plutôt que sur l'optimisation simultanée d'un ensemble d'indicateurs. En conclusion, nous replaçons nos résultats dans le contexte d'une gestion qui s'appuie sur la connaissance du processus de perturbation. La notion de dynamique en patchs (trouées) et la notion de permanence représentent, selon nous, des cadres conceptuels et méthodologiques intéressant pour établir un pont entre écologie des perturbations et gestion forestière. Nous ouvrons des perspectives de recherche à partir de l'exemple des sapinières-pessières dans les Alpes du Nord, exemple qui intègre à la fois la problématique de la coexistence des espèces et celle de la réalisation des fonctions de production et de protection dans des écosystèmes gérés où dominent les perturbations par le vent.

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Portas, Marlène. "Diversité phylogénétique et fonctionnelle des Eumycètes dans les écosystèmes pélagiques." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00769938.

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Abstract:

Les microorganismes jouent un rôle prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, où ils sont à la base de la minéralisation et du recyclage de la matière organique. Les" vrais " champignons, ou Eumycètes, font partie de ces microorganismes hétérotrophes qui permettent le renouvellement de la matière organique dans les écosystèmes. Pourtant, la diversité et l'importance quantitative et fonctionnelle des champignons restent très largement méconnues dans les milieux pélagiques. Récemment, l'utilisation de méthodes moléculaires pour étudier la diversité des picoeucaryotes (de taille < 5 μm) lacustres a mis en évidence l'importance des champignons microscopiques avec, notamment, la présence de chytridiomycètes (chytrides). Cette découverte, en conjonction avec le rôle important connu des Eumycètes dans d'autres écosystèmes naturels, nous a amené à poser l'hypothèse d'une diversité et d'un rôle fonctionnel importants des champignons dans les écosystèmes pélagiques. Ce travail vise à préciser la diversité globale, la structure génétique et l'importance quantitative des différentes divisions du règne des Eumycota dans les écosystèmes pélagiques lacustres, et à proposer des outils méthodologiques pour l'étude écologique de ces peuplements. La diversité phylogénétique et l'importance des champignons de taille comprise entre 0,6 et 150 μm ont été analysées dans trois milieux pélagiques différents. Une étude de clonage-séquençage de l'ADNr 18S et de l'ITS a été réalisée au printemps 2007 dans les lacs Pavin (oligomésotrophe), Aydat (eutrophe) et Vassivière (mésotrophe, humique). L'affiliation phylogénétique des séquences a permis, non seulement de confirmer la présence d'une importante diversité de chytridiomycètes parasites du phytoplancton, mais aussi de mettre en évidence la présence non négligeable d'ascomycètes et de basidiomycètes, potentiellement saprophytes. L'étude de la dynamique saisonnière de la structure des peuplements (par TRFLP) et de l'importance quantitative de différentes divisions (par PCR quantitative) de la communauté fongique ont permis de déceler des différences en fonction des saisons et de l'écosystème. Ces différences ont été reliées à la dynamique des peuplements phytoplanctoniques, avec une influence des apports allochtones, principalement dans le lac eutrophe d'Aydat. De plus, les séquences moléculaires générées au cours de ces dernières années ont permis l'élaboration d'amorces ciblant des clades de champignons microscopiques d'intérêt, pour une étude écologique de la dynamique des peuplements, par des approches PCR à temps réel et FISH (fluorescent in situ hybridization). Enfin, nous considérons que l'acquisition de données complémentaires permettra d'intégrer les champignons saprophytes et parasites dans les flux de matière et d'énergie qui transitent par les écosystèmes pélagiques et les cycles biogéochimiques associés.

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Bouchaud, François. "Analyse forensique des écosystèmes intelligents communicants de l'internet des objets." Thesis, Lille, 2021. http://www.theses.fr/2021LILUI014.

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Abstract:

Avec le développement des écosystèmes connectés à Internet, la recherche de données dans un environnement numérique par l’enquêteur judiciaire constitue une tâche de plus en plus ardue. Elle est un véritable défi en particulier par l’hétérogénéité des objets à étudier. A cette affirmation, il convient d'y ajouter l’absence de standardisation des architectures de communication et des remontées de données, des dépendances entre les dispositifs connectés et une dispersion de l’information. Dans cette thèse, nous proposons d’adapter l’approche traditionnelle de l’investigation numérique aux contraintes de l’Internet des objets. Nous développons des méthodologies et des outils d’appréhension et d’analyse de l’environnement connecté pour les praticiens du judiciaire. Nous partons du principe que la scène de crime constitue un tout connecté et non un agrégat d’objets numériques. Elle contient des données clefs dans la compréhension et la contextualisation d’un évènement ou d’un phénomène passé, éléments de preuve pour le procès pénal. L’investigation numérique est une science appliquée pour identifier un incident, collecter, examiner et analyser des données tout en préservant l’intégrité de l’information et en maintenant une chaîne de contrôle stricte pour les données (National Institute of Standards and Technology). Face à une scène de crime, l’enquêteur cherche à comprendre l’évènement criminel, en examinant les traces figées ou emprisonnées dans le support physique et/ou dans une partie déportée sur le Cloud. Nos travaux développent un processus d’identification rapide du phénomène selon quatre phases : détection, localisation, reconnaissance des objets et recoupement de l’information. Il est enrichi d’outils de recherche de traces radioélectriques: simple capteur et réseau maillé multi-capteur. Cette démarche est construite autour de la problématique de l’appréhension d’un environnement connecté multiforme, contenant des dispositifs pas toujours visibles ou identifiables lors d’une approche terrain. Nous intégrons dans notre étude la stratégie de la collecte des équipements. Le défi réside dans la capacité à extraire un ou plusieurs objets connectés, sans compromettre les données stockées, pour les placer dans un environnement contrôlé et sécurisé. L’objet est maintenu dans un état garantissant la non-altération ou la perte des données. L’étude regroupe une première phase de compréhension de l’environnement physique et des dépendances. Elle cherche à déterminer les mécanismes de migration de l’information vers les plates-formes en ligne et à isoler les groupes d’objets en déstructurant avec intelligence les connexions. Les dispositifs sont extraits, puis conditionnés et scellés au regard de leurs caractéristiques techniques et de l’infrastructure connectée. Puis, nous approfondissons l’exploitation de l’information collectée par des méthodes forensiques. La donnée est alors analysée selon les axes temporels, spatiaux et contextuels. Nous proposons par ailleurs une classification et une priorisation de la structure connectée en fonction des caractéristiques de la donnée recherchée. Les travaux donnent une lecture du cycle de vie de la donnée au sein de l’infrastructure de l’Internet des Objets.Dans une approche prospective, nous approfondissons les questions de l’identification fine de l'objet connecté en fonction des caractéristiques du matériel et du logiciel. L'émission acoustique de l'électronique apparaît comme une propriété physique pertinente dans l'étude des équipements. Cet attribut complète notre palette d'outils dans l'identification des objets connectés
With the development of the Internet of Things, searching for data in a digital environment is an increasingly difficult task for the forensic investigator. It is a real challenge, especially given the heterogeneity of the connected objects. There is a lack of standardization in communication architectures and data management policies. It is accompanied by dependencies between connected ecosystems, especially through hidden links and fragmented information. In this thesis, we suggest adjusting the traditional approach of digital investigation to the constraints of the Internet of Things. We develop methodologies and tools to understand and analyze the connected environment. We assume that the crime scene is a connected whole and not an aggregate of independent digital objects. It contains key data for understanding and contextualizing a past event or phenomenon as evidence for the criminal trial. Digital forensics is considered to be the og extit{application of science to the identification, collection, examination, and analysis, of data while preserving the integrity of the information and maintaining a strict chain of custody for the data fg~ (National Institute of Standards and Technology). Faced with a crime scene, the investigator seeks to understand the criminal event. He examines the data stored in the physical medium and/or in a remote part of the cloud. Our work develops a process of rapid identification of the phenomenon according to four phases: detection, localization, object recognition and information crosschecking. It is enriched with radio signature search tools~: single-sensor and multi-sensor mesh network. This approach is built around the problem of apprehending a multiform connected environment, containing devices that are not always visible or identifiable during a field approach. We integrate in our study the strategy of equipment collection. The challenge lies in the ability to extract one or more connected objects, without compromising the stored data, to place them in a controlled and secure environment. The object is maintained in a state that guarantees the non-alteration or loss of data. The study includes a first phase of understanding the physical environment and dependencies. It seeks to determine the mechanisms of information migration to online platforms and to isolate groups of objects by intelligently breaking the connections. Devices are extracted, then packaged and sealed according to their technical characteristics and the connected infrastructure. We then deepen the exploitation of the information collected using forensic methods. The data is then analyzed according to temporal, spatial and contextual axes. We also propose a classification and a prioritization of the connected structure according to the characteristics of the desired data. The work gives a reading of the life cycle of the data within the Internet of Things infrastructure. In a prospective approach, we deepen the questions of the fine identification of the connected object according to these hardware and software characteristics. The acoustic signature of electronics appears as a relevant physical property in the study of equipment. This feature completes our range of tools in the identification of connected objects

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Husson, Bérengère. "Fonctionnement et dynamique des écosystèmes hydrothermaux : vers un premier modèle." Thesis, Brest, 2017. http://www.theses.fr/2017BRES0008/document.

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En bientôt quarante ans de recherche, de nombreuses connaissances ont été acquises sur la géologie des champs hydrothermaux, la chimie des fluides qui en réchappent et l’écologie des communautés qui les habitent. Celles-ci s’organisent en assemblages denses, distribués le long de la zone de dilution du fluide hydrothermal dans l’eau de mer, et dominés visuellement par une poignée d’espèces. La forte variabilité spatio-temporelle du fluide hydrothermal a une forte influence sur la distribution des communautés. Cependant, les mécanismes à l’origine de la réponse de la faune à cette variabilité sont peu compris. Pour cela, une approche modélisatrice est présentée. Les données collectées pendant plus de 20 ans sur l’édifice Tour Eiffel, sur le champ hydrothermal Lucky Strike (ride médio-Atlantique) ont été intégrées afin d’en extraire les composantes principales. L’étude intégrative des biomasses sur l’édifice montre que celles-ci sont largement dominées par la modiole Bathymodiolus azoricus. Ce bivalve est susceptible d’avoir une influence importante sur le fonctionnement de l’écosystème, et fait donc l’objet d’un premier modèle. La recherche de données pour le contraindre ont mené à mesurer des taux métaboliques in situ. Une fois le modèle paramétré, le modèle a fourni des estimations de flux encore inconnu. La simulation d’interruption du flux hydrothermal a fourni des indices sur la réponse de la modiole à la variabilité de son environnement
In nearly forty years of research, significant insights have been gained on vent field geology, on the chemistry of emitted fluid and on the ecology of the communities inhabiting hydrothermal ecosystems. The fauna forms dense assemblages, distributed along the hydrothermal fluid/sea water mixing gradient, and visually dominated only by a few species. The high spatio-temporal variability of the hydrothermal fluid has a strong influence on species distribution. However, the mechanisms determining the species response to this variability is still poorly understood. In order to investigate this issue, a modelling approach is presented. Data collected for more than 20 years on the Eiffel Tower edifice, on the Lucky Strike vent filed (Mid-Atlantic Ridge) were integrated in order to identify meaningful elements for our problem. An integrative study of the faunal biomasses on the edifice showed that these are dominated by the mussel Bathymodiolus azoricus. This bivalve is likely to have a significant influence on the ecosystem functioning and is thus the object of a first model. The search for data to constrain it led to the measurement of in situ metabolic rates. Once parametrized, the model provided quantitative estimates of unknown fluxes. The simulation of hydrothermal flow interruption provided some insights on the mussel biomass response to its environment variability

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Jacquet, Claire. "Intégration théorique de la biogéographie et du fonctionnement des écosystèmes." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT138.

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Abstract:

Cette thèse a pour objectif de combiner plusieurs théories opérant à différentes échelles spatiales afin de mieux prédire l'effet des changements globaux, tels que la modification du climat, l’exploitation intensive des ressources ou la disparition des espaces naturels, sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes. L'originalité de ce travail est l'utilisation de la masse corporelle des espèces pour caractériser à la fois leur dynamique spatiale, leurs interactions trophiques ainsi que les flux de biomasse au sein de l’écosystème. Cette approche offre l'avantage de relier les propriétés des écosystèmes à un trait fonctionnel mesurable à l'échelle de l'espèce, voire même de l'individu.J'étudie dans un premier temps le lien entre la diversité des écosystèmes et leur stabilité, qui est une question centrale dans le domaine de l’écologie. Il a été démontré que les écosystèmes très diversifiés en espèces ne devraient pas perdurer du fait de leur trop grande sensibilité aux perturbations, ce qui soulève un paradoxe puisque les écosystèmes riches en espèces abondent dans la nature. Grâce à la compilation et à l'analyse d'un important jeu de données d'écosystèmes empiriques, je montre qu'il n'existe pas de relation entre la stabilité, la diversité et la complexité des écosystèmes. Une analyse détaillée des données démontre que la structure très organisée des flux de biomasse observés entre les prédateurs et leurs proies est l’un des principaux fondements de la stabilité des écosystèmes.Je relie ensuite ces propriétés stabilisantes à des caractéristiques mesurables à l’échelle de l’espèce. À partir de la masse corporelle des espèces, je détermine les interactions trophiques, les besoins énergétiques ainsi que les biomasses à l’équilibre des espèces d’un écosystème afin de modéliser des réseaux trophiques réalistes. Je trouve que les écosystèmes composés d’espèces de masses corporelles très différentes sont caractérisés par un nombre important d'interactions proie-prédateur de faible intensité et sont plus stables que ceux possédant des espèces de masse corporelle similaires.J'étudie enfin l’effet de la taille et de l’isolement d’un habitat sur la moyenne et la variance de la masse corporelle des espèces qui y coexistent à partir de modèles intégrant les différences interspécifiques de dispersion, de vulnérabilité aux extinctions et la position trophique des espèces. Je compare les prédictions des modèles aux distributions de masse corporelle observées dans les assemblages de poissons récifaux tropicaux en me basant sur une base de données globale. L'analyse de ces données démontre que les assemblages locaux de poissons ne correspondent pas à un sous-ensemble aléatoire du pool régional et valident les prédictions de la théorie allométrique et trophique de la biogéographie des îles.L’intégration de l’écologie fonctionnelle, de la biogéographie et de la théorie sur la stabilité des systèmes dynamiques ouvre de nouvelles perspectives pour la conservation des écosystèmes puisqu'elle met en évidence l'effet de la fragmentation des espaces naturels sur la diversité fonctionnelle, et par extension sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes
The general objective of this thesis is to combine theories acting at different spatial scales in order to better predict the effect of global changes, such as such as resource overexploitation, climate change or habitat fragmentation, on ecosystem functioning. The unique feature of this work is the use of species body mass to describe both spatial dynamics, trophic interactions and biomass flows between the species of an ecosystem. An advantage to this approach is that it links ecosystem properties to a functional trait, measured at the species or even the individual level.First, I study the relationship between the diversity and the stability of ecosystems. It has been demonstrated that species-rich, complex ecosystems should be too sensitive to perturbations to persist through time, which raises a paradox as many species-rich ecosystems are observed in nature. With the compilation and the analysis of a large dataset of empirically measured ecosystems, I show that there is no relationship between stability and diversity or complexity in real ecosystems. A further analysis demonstrates that the non-random organization of energy flows between predators and prey allows complex ecosystem to be stable.A second step is to link this stabilizing structure to species functional traits. I derive food web topology, species energetic needs and equilibrium densities from body mass to build quantitative realistic food webs. I find that food webs composed of species with very different body masses are characterized by a high number of weak trophic interactions and are more stable than food webs with more similar species.Finally, I study the effect of habitat area and isolation of the mean and variance of species body mass distribution, using models integrating the interspecific variability of dispersal ability, vulnerability to extinctions and trophic position. I compare model predictions to observed body mass distributions of fish assemblages found on tropical reefs with a global database. I find that body mass distribution in local fish assemblages does not correspond to a random sample of the regional species pool, which confirms the predictions of the allometric and trophic theory of island biogeography.The integration of functional ecology, island biogeography and theory on the stability of complex systems open new perspectives in the fields of macroecology and ecosystem management since it highlights the potential impact of habitat destruction and fragmentation on the functional reorganization of species assemblages and therefore on the structure and functioning of ecosystems

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Burgaud, Gaëtan. "Etude des communautés fongiques cultivables des écosystèmes hydrothermaux marins profonds." Brest, 2009. http://www.theses.fr/2009BRES2059.

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Abstract:

Si la description d'espèces nouvelles d'Archea et de Bacteria des écosystèmes hydrothermaux marins profonds a été fortement développée au cours des 20 dernières années grâce à la constitution de collection de culture, les travaux équivalents concernant les micros-eucaryotes ont été rarissimes. En conséquence, ce travail a été dirigé vers la constitution et l'étude d'une collection de culture de champignons (champignons filamenteux et levures) isolés à partir d'échantillons collectés en milieu hydrothermal profond principalement dans l'océan Atlantique mais également dans l'océan Pacifique. Il a permis (1) de décrire les taxons de champignons filamenteux et de levures obtenus et leurs principales caractéristiques physiologiques qui suggèrent l'isolement d'espèces ubiquistes et d'espèces endémiques ainsi que des adaptations variables aux fortes pressions hydrostatiques ; (2) d'établir l'hétérogénéité des distributions observées entre les sites de la Ride Médio-Atlantique et l'association fréquente aux populations animales dominantes (Bathymodiolus azoricus et Rimicaris exoculata) ; (3) de confronter les descriptions des communautés fongiques obtenues par les cultures et par l'analyse d'ADNr extraits d'échantillons bruts ; (4) de démonter par hybridation in situ la présence de levures dans les échantillons d'eau de mer collectés à proximité de la faune endémique ; (5) de décrire une nouvelle espèce du genre Candida nommé Candida marinus ; (6) d'analyser par dHPLC la présence de taxons fongiques dans la colonne d'eau en différents sites de l'océan Atlantique afin d'évaluer la spécificité des communautés fongiques des sites hydrothermaux. Ce travail, qui démontre pour la première fois l'existence de champignons filamenteux dans les écosystèmes hydrothermaux marins profonds, élargit notre vision de la diversité microbienne dans ces milieux et ouvre de nombreuses perspectives pour l'étude des communautés fongiques en milieu marin
For the last 20 years, numerous descriptions of new species of Archea and Bacteria isolated from deep-sea hydrothermal vents were produced from lab culture collections but regarding micro-eukaryotes, similar works were extremely rare. Consequently, this research has focused on isolation of fungi from samples collected at deep-sea hydrothermal vents of the Mid-Atlantic Ridge and the East Pacific Rise. It allowed (1) to describe filamentous fungi and yeasts, their physiological characteristics which suggest isolation of endemic and ubiquitous species and their variable adaptations to elevated hydrostatic pressures ; (2) to reveal distribution heterogeneities between hydrothermal sites and frequent association with dominant animal communities (Bathymodius azoricus and Rimicaris exoculata) ; (3) to compare culturable fungal communities with data from amplified rDNAs of hydrothermal samples ; (4) to assess the presence of yeasts in deep-sea water surrounding endemic animal communities with in situ hybridization ; (5) to describe a new species in the Candida genus, Candida marinus ; (6) to analyse using dHPLC fungal communities in the water column at different sites of the Atlantic ocean in order to assess the specificity of the culturable fungal communities obtained from deep-sea hydrothermal vent samples. This research reveals for the first time the presence of filamentous fungi at deep-sea hydrothermals vents, it enlarges our view of the microbial diversity in these extreme ecosystems and suggests future works to study fungal communities in marine environment

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Bettarel, Yvan. "Importance quantitative et fonctionnelle des virus dans les écosystèmes aquatiques." Clermont-Ferrand 2, 2002. http://www.theses.fr/2002CLF21403.

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L'objectif général de ce travail de thèse était de déterminer l'importance quantitative et fonctionnelle des virus en milieu aquatique, notamment lacustre. Il s'agissait, plus précisément, de mesurer l'importance relative de la lyse virale et de la prédation par les protistes bactérivores, dans les processus de pertes affectant les communautés bactériennes. Plusieurs études ont été conduites à différentes échelles temporelles (nycthémérale et saisonnière), dans des milieux contrastés (lacustre et marin), le long d'un gradient trophique (oligotrophe et entrophe), et à des profondeurs correspondants à des environnements bio-physico-chimiques distincts (épi-, méta- et hypolimnion des lacs). L'ensemble des résulats acquis nous amène à conclure que les virus représentant une composante abondante, ubiquiste et dynamique des milieux aquatiques dont l'activité lytique est responsable, en moyenne, de 10 à 20% des pertes de la production bactérienne dans les écosystèmes aquatiques, notamment lacustres. Dans les milieux de nature oligotrophe, la prédation des protistes constitue la cause essentielle des pertes bactériennes alors que dans les milieux eutrophes, la prédation du métazooplancton (rotifère, cladocères) ainsi que d'autres processus de mortalité bactérienne comme l'autolyse pourraient intervenir de façon significative

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Maligoy, Mathieu. "Analyse post-génomique des interactions cellulaires dans des écosystèmes modèles." Toulouse, INSA, 2008. http://eprint.insa-toulouse.fr/archive/00000231/.

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L’objectif était de caractériser les mécanismes d’interaction entre la bactérie lactique Lactococcus lactis et la levure Saccharomyces cerevisiae dans des écosystèmes modèles. Le comportement macro-cinétique de L. Lactis, analysé en co-culture avec la levure et en culture pure, semble indépendant de la présence de la levure. Par contre, la levure utilise ses propres produits de fermentation (éthanol, acétate), ainsi que le lactate produit par L. Lactis, pour prolonger sa croissance en aérobiose. Une méthode pour réduire les hybridations croisées sur les puces à ADN de L. Lactis lors de l’analyse transcriptomique des co-cultures a été développée. Ainsi, pour la première fois, le transcriptome de L. Lactis a été analysé avec des puces à ADN dans une culture mixte. La comparaison directe des cultures pure et mixte en phase exponentielle de croissance met en évidence de nombreux gènes du métabolisme des pyrimidines sous-exprimés en co-culture. Ce phénomène, confirmé par RT-qPCR, semble lié à la présence d’éthanol produit par la levure. Selon une autre stratégie, l’analyse cinétique comparative des données de transcriptome a été soumise à différents traitements statistiques pour déterminer la robustesse des données. Malgré des différences entre listes de gènes sélectionnés, le profil d’expression global est similaire en cultures pure et mixte, caractéristique de l’adaptation à la carence en glucose. Même si certains gènes de régulateurs semblent différemment exprimés en cultures pure et mixte, L. Lactis semble finalement peu affecté par la présence de la levure

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Delogu, Émilie. "Modélisation de la respiration du sol dans les agro-écosystèmes." Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2301/.

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Le rôle des écosystèmes agricoles - représentant environ 1/3 des terres émergées - dans la régulation du cycle du carbone est une question cruciale posée par la société aux scientifiques. L'étude de la respiration du sol, de ses composantes et de ses mécanismes doit permettre de fixer les bases de la compréhension du fonctionnement carboné du sol puis de l'écosystème agricole en lien avec les questions de réduction des émissions et de stockage de carbone atmosphérique. Les échanges de carbone du sol font d'ailleurs l'objet d'efforts de recherche récents très poussés, tant leur dynamique et leur variabilité sont encore mal connues. Aujourd'hui, il est difficile d'estimer l'efficacité des pratiques expérimentales et aucune méthode n'a encore été reconnue comme référence. La compréhension des sources des émissions et de leurs fluctuations est cruciale pour l'estimation du potentiel de séquestration du carbone par les sols agricoles via l'application de pratiques culturales appropriées. Dans ce contexte, la modélisation s'avère être un outil incontournable pour quantifier les flux (approche empirique) mais aussi pour orienter les recherches vers des domaines où la faible compréhension des mécanismes rend aléatoire l'établissement du bilan carboné (approche mécaniste). La démarche retenue pour ce travail fait appel à la modélisation théorique selon deux approches (empirique et mécaniste) définies pour satisfaire à différents compromis entre précision, généricité et réalité. Le développement de modèles empiriques, sur 5 sites d'étude aux conditions pédoclimatiques différentes, montre l'importance de lier la respiration à plusieurs facteurs abiotiques et biotiques afin d'obtenir des prédictions génériques et robustes. Ainsi, un modèle de respiration hétérotrophe Rh paramétré à l'aide des variables climatiques de température Ts et d'humidité ?s s'est avéré convaincant alors que la modélisation de la respiration du sol Rs n'a pu être satisfaisante qu'à condition de prendre en compte un indice de croissance de végétation supplémentaire (GPP). L'approche empirique n'a cependant pas permis d'évaluer correctement les contributions des différentes composantes de Rs. Le modèle semi-mécaniste décrivant finement les processus a été validé sur 3 sites aux conditions pédoclimatiques contrastées et a permis l'estimation des contributions des sources hétérotrophe et autotrophe au sein de la respiration du sol. Ainsi, Rh représente entre 63 % et 66 % de Rs pour une saison de culture de blé d'hiver et entre 52 % et 56 % de Rs pour une saison de culture de blé de printemps. La contribution de la respiration du sol dans le bilan écosystémique est évaluée entre 33% et 43% pour une culture de blé d'hiver et à hauteur de 50 % pour du blé de printemps. Ce modèle, une fois développé pour intégrer différentes pratiques culturales (fertilisation et travail du sol), a aussi permis de démontrer que les dynamiques de stockage/déstockage du carbone du sol et des émissions de CO2 du sol sont davantage conditionnées par l'apport de matières organiques (fumier, résidus de cultures) que par le travail du sol lui-même
Around 1/3 of the Earth land surface is used for croplands. Their role in the carbon cycle is a crucial issue for scientists today. In the context of global warming, understanding the factors influencing carbon fluxes of agricultural soils and their components is essential for implementing efficient mitigation practices. The CO2 produced at the soil surface results from several respiratory processes making the evaluation of the existing methods complicated. Understanding the soil respiration sources and their dynamics are crucial issues to estimate the potential for carbon sequestration into soils via efficient cultural practices. Because of its major role in carbon loss over croplands, soil respiration modeling received much attention to quantify the fluxes (empirical modeling), to highlight the lack of knowledge and to guide researches (mechanistic modeling). In this study, empirical and semi-mechanistic models were carried out depending on how precise, generic or real the model should be. Using abiotic and biotic factors was essential to properly model respiration among five sites with different soil and climate. The Rh sensitivity to Ts and ?s was adequate to obtain satisfying predictions over bare soils but the dependency of Rs on an indicator of the vegetation growth (GPP) was necessary to improve the predictions during crop periods. The empirical approach could not allow a good and reliable estimation of the contributions of the different components of Rs. Semi-mechanistic model was tested on 3 sites with various climatic and soil conditions. This approach allowed a good assessment on the heterotrophic and autotrophic contributions since it described more carefully the soil respiration and its underlying processes. Rh accounted for 63 % to 66 % of Rs for winter wheat culture whereas it accounted for 52 % to 56 % for a spring wheat rotation. Rs represented 33 % to 43 % of the total ecosystem respiration balance during winter wheat season and about 50 % for spring wheat. The semi-mechanistic model was developed to simulate the effects under different cultural practices as fertilization (manure) and tillage systems. It was concluded that carbon sequestration and carbon dioxide fluxes were more affected by soil organic matter inputs than by the tillage system itself

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Jolly, Dominique. "Evolution et dynamique des écosystèmes du Burundi : pollen et statistique." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22017.

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Abstract:

L'evolution des forets du burundi (230 a 430 s, 29 a 31 e) sont reconstituees d'apres l'etude pollinique de sequences holocenes, prelevees dans six tourbieres, avec une resolution moyenne de l'ordre du siecle sur 11000 ans. Le premier chapitre de ce memoire decrit l'evolution des vegetations de vallees marecageuses en 5 sites geographiques (1500 m d'altitude), sur les 5 derniers millenaires. La chronologie #1#4c, l'interpretation palynologique et les analyses statistiques ont permis d'etablir la succession: installation forestiere a macaranga et fougeres, foret marecageuse a syzygium et phoenix reclinata, regression forestiere et envahissement par les plantes aquatiques, puis marais a cyperus papyrus. L'installation et le developpement des papyraies, qui occupent actuellement les vastes etendues marecageuses du nord burundi, date de 1250 ans b. P. Leur mise en place est interpretee comme le resultat de phenomenes hydrologiques, et non comme le seul resultat d'une deforestation anthropique. Un index pollinique de nappe a ete cree sur le principe d'un rapport plantes aquatiques/plantes non aquatiques. Les fluctuations de cet index ont ete reconstituees sur 11000 ans, a partir des donnees polliniques de la sequence bien datee de kuruyange (2000 m d'altitude). La comparaison avec les donnees independantes sur les variations connues des niveaux lacustres montre un bon accord. La concordance indique que les vegetations marecageuses repondent a une dynamique globale de mousson avec une periode significative de 1300 ans. Le troisieme chapitre reconstitue l'histoire de la vegetation forestiere regionale sur la meme tourbiere au cours des 11 derniers milliers d'annees. Les resultats mettent en evidence l'installation post-glaciaire de la foret ombrophile de montagne a 10000 ans b. P. Cette reconstitution a ete effectuee a l'aide de donnees polliniques modernes d'echantillons de sols. L'application d'un traitement statistique combinant une analyse factorielle des correspondances avec une classification ascendante hierarchique caracterise les differents stades de la succession forestiere. Le debut de l'action anthropique, caracterisee par un effet de lisiere, apparait consecutif d'une fragilisation du massif forestier post-4000 ans b. P. Induite par une cause climatique. Une comparaison entre l'evolution de la diversite specifique de la foret et l'index pollinique de nappe, permet d'estimer que le temps de reponse aux changements climatiques est de 300 ans environ. Ces resultats indiquent qu'une modelisation a l'echelle regionale des ecosystemes forestiers est possible dans ce contexte

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Togola, Anne. "Présence et devenir des substances pharmaceutiques dans les écosystèmes aquatiques." Bordeaux 1, 2006. http://www.theses.fr/2006BOR13314.

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Abstract:

Les substances pharmaceutiques appartiennent à la classe des contaminants émergents qui sont depuis peu étudiés dans les milieux naturels. Ces composés d’usage très répandu et consommés en quantités très importantes sont introduits dans le milieu aquatique via les stations d’épuration. La première partie de ce travail de thèse a consisté en la mise au point et en la comparaison de différents protocoles d’échantillonnage (ponctuel et intégratif (POCIS)), d’extraction (SPE, SPME, extraction assistée par micro-ondes) et d’analyse (GC/MS), nécessaires pour le dosage des composés pharmaceutiques dans différents compartiments des systèmes aquatiques (phases dissoute, particulaire et sédimentaire, organismes biologiques). Ensuite, un premier bilan de la contamination de différents systèmes aquatiques (Seine, Gironde, Loire, Adour, milieu marin côtier) a été dressé. Une contamination du milieu aquatique par ces composés a été mise en évidence pour tous les systèmes étudiés. Les concentrations mesurées vont selon les composés, les stations et les saisons de quelques ng. L-1 à quelques dizaines de μg. L-1. Ces études ont permis de documenter les origines (qualification et quantification des sources) et le devenir (phénomènes de dégradation) de ces composés. Elles ont aussi permis de mettre en évidence les phénomènes de partition entre les différentes phases et le potentiel de bioaccumulation de certaines substances
Pharmaceutical substances belong to the class of the emerging contaminants which have started recently to be studied in natural environments. The widespread use and the large consumed quantities of these compounds can lead to important inputs into the aquatic environment through wastewater treatment plants. The first part of this work consisted in the development and the comparison of various procedures concerning sampling (spot sampling and passive sampling), extraction step (Solid Phase Extraction , Microwave-assisted extraction) and analysis (Gas chromatography / mass spectrometry), needed for pharmaceutical analysis in various aquatic compartments (dissolved, particulate and sedimentary phases, biological organisms). Thus a first assessment of pharmaceutical contamination of various aquatic systems (Seine, Loire, Adour and Garonne estuaries, Mediterranean coastal water…) has been undertaken. A contamination of aquatic compartments with pharmaceutical substances has been highlighted for all studied systems. Concentrations ranging from few ng. L-1 to several μg. L-1 have been measured, depending on compounds, sampling stations and seasonal variations. This work has allowed to document the origins (quantification and qualification of inputs) and the fate (degradation phenomena) of those compounds. It has also highlighted partition phenomena between the different phases (ie particulate matter and dissolved phase) and the bioaccumulation capability of some of those substances

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Hugoni, Mylène. "Structure et activité des Archaea planctoniques dans les écosystèmes aquatiques." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2013. http://www.theses.fr/2013CLF22388/document.

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Abstract:

Les Archaea planctoniques contribuent de façon significative aux grands cycles biogéochimiques dans les écosystèmes aquatiques, néanmoins la structure des communautés actives ainsi que leurs variations saisonnières sont encore largement méconnues. En outre, la découverte de l’implication des Archaea dans le cycle de l’azote (Ammonia Oxidizing Archaea ou AOA), plus particulièrement dans le processus de nitrification a considérablement modifié la perception d’un processus autotrophe réalisé uniquement par des bactéries (Ammonia Oxidizing Bacteria ou AOB). Dans les écosystèmes marins, la large distribution des AOA suggère que ces microorganismes joueraient un rôle prépondérant dans le cycle de l’azote néanmoins, ces observations ne sont pas généralisables à l’ensemble des écosystèmes aquatiques en raison de leur grande diversité et/ou d'un manque d'informations et d’études sur certains d'entre eux. Ainsi, les objectifs de ce projet étaient i) d’étudier la structure spatiale et temporelle des communautés d’Archaea actives dans des écosystèmes aquatiques contrastés en termes d’apports anthropiques et/ou de gradients de salinité (lac, estuaire, milieu côtier) ; ii) de déterminer la contribution relative des Archaea au processus d’oxydation de l’ammonium, en comparaison avec celle des bactéries ; et iii) de mieux comprendre les paramètres environnementaux qui pourraient déterminer l’établissement des communautés d’AOA ou d’AOB
Aquatic Archaea are important players among microbial plankton and significantly contribute to biogeochemical cycles, especially nitrogen, but details regarding their community structure and seasonal activity and dynamics remain largely unexplored. In marine ecosystems, the widespread distribution of Ammonia Oxidizing Archaea (AOA) suggests that they probably play a major role in nutrients cycling. However, we cannot generalize these observations to all aquatic ecosystems because of their high diversity and/or a lack of information and studies on these organisms for some of these ecosystems. More precisely, lacustrine and coastal ecosystems were less studied while they are potentially subjected to strong anthropogenic impacts. Moreover, notable differences in terms of diversity and activity between marine and freshwater communities can be expected, considering the specific environmental parameters of each ecosystem. The objectives of this thesis were: i) to study the archaeal community structure across a temporal scale and assess the diversity of archaeal communities and AOA in diverse aquatic ecosystems along anthropogenic and/or salinity gradient (lacustrine, estuarine and coastal ecosystems); ii) to determine their relative contribution in ammonia oxidation, compared to Ammonia Oxidizing Bacteria (AOB) by looking at their spatial and temporal distribution and activity, and iii) to explore more precisely the environmental parameters that could drive AOA and/or AOB establishment

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Héritier, Laurent. "Changements environnementaux et menaces sur la biodiversité des écosystèmes aquatiques." Thesis, Perpignan, 2016. http://www.theses.fr/2016PERP0034/document.

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Abstract:

L’empreinte humaine sur Terre est si profonde qu’elle entraine des changements environnementaux qui affectent et modifient le fonctionnement des écosystèmes. Parmi tous les biotopes, les écosystèmes aquatiques continentaux sont des habitats remarquables qui abritent une grande biodiversité, mais qui sont aussi les plus menacés par les activitéshumaines. Les principales causes de la perte de qualité de l'eau et de la perturbation des ces écosystèmes comprennent la pollution des eaux et l'introduction d'espèces exotiques. La partie première partie de ce travail de thèse a montré des invasions parasitaires sur les populations de tortues d'eau douce indigènes, transmis par des espèces de tortues introduites. De plus, la nécessité d'étudier et de décrire les nouvelles espèces de parasites invasives avec des techniques plus performantes a été soulignée. La deuxième partie de cette thèse a consisté en l'élaboration d'un outil pour évaluer l'état de la santé des populations de tortues d'eau douce sauvages, ce qui reflète également le niveau de contamination des cours d'eau
Human imprint on Earth is actually so profound leading global environmental changes that affects and modifies the functioning of ecosystems. Among the natural biomes, freshwater ecosystems are remarkable habitats that comprise great species biodiversity but are also the most threatened by human activities. The main causes of the loss of water quality anddisruption of freshwater ecosystems includes water pollution and the introduction of alien species. The fisrt part of this thesis showed invasion of parasites on native freshwater turtle populations, carried by introduced turtle species. Furthermore, it highlighted the necessary to study and describe the new invasive parasite species with more performant technics. The second part of this thesis consisted in the development of a tool to evaluate the status of thehealth of wild freshwater turtle populations, allowed also the level of contamination of the watercourses

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Delogu, Elodie. "Modélisation de la respiration du sol dans les agro-écosystèmes." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00953712.

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Abstract:

Le rôle des écosystèmes agricoles - représentant environ 1/3 des terres émergées - dans la régulation du cycle du carbone est une question cruciale posée par la société aux scientifiques. L'étude de la respiration du sol, de ses composantes et de ses mécanismes doit permettre de fixer les bases de la compréhension du fonctionnement carboné du sol puis de l'écosystème agricole en lien avec les questions de réduction des émissions et de stockage de carbone atmosphérique. Les échanges de carbone du sol font d'ailleurs l'objet d'efforts de recherche récents très poussés, tant leur dynamique et leur variabilité sont encore mal connues. Aujourd'hui, il est difficile d'estimer l'efficacité des pratiques expérimentales et aucune méthode n'a encore été reconnue comme référence. La compréhension des sources des émissions et de leurs fluctuations est cruciale pour l'estimation du potentiel de séquestration du carbone par les sols agricoles via l'application de pratiques culturales appropriées. Dans ce contexte, la modélisation s'avère être un outil incontournable pour quantifier les flux (approche empirique) mais aussi pour orienter les recherches vers des domaines où la faible compréhension des mécanismes rend aléatoire l'établissement du bilan carboné (approche mécaniste). La démarche retenue pour ce travail fait appel à la modélisation théorique selon deux approches (empirique et mécaniste) définies pour satisfaire à différents compromis entre précision, généricité et réalité. Le développement de modèles empiriques, sur 5 sites d'étude aux conditions pédoclimatiques différentes, montre l'importance de lier la respiration à plusieurs facteurs abiotiques et biotiques afin d'obtenir des prédictions génériques et robustes. Ainsi, un modèle de respiration hétérotrophe Rh paramétré à l'aide des variables climatiques de température Ts et d'humidité θs s'est avéré convaincant alors que la modélisation de la respiration du sol Rs n'a pu être satisfaisante qu'à condition de prendre en compte un indice de croissance de végétation supplémentaire (GPP). L'approche empirique n'a cependant pas permis d'évaluer correctement les contributions des différentes composantes de Rs. Le modèle semi-mécaniste décrivant finement les processus a été validé sur 3 sites aux conditions pédoclimatiques contrastées et a permis l'estimation des contributions des sources hétérotrophe et autotrophe au sein de la respiration du sol. Ainsi, Rh représente entre 63 % et 66 % de Rs pour une saison de culture de blé d'hiver et entre 52 % et 56 % de Rs pour une saison de culture de blé de printemps. La contribution de la respiration du sol dans le bilan écosystémique est évaluée entre 33% et 43% pour une culture de blé d'hiver et à hauteur de 50 % pour du blé de printemps. Ce modèle, une fois développé pour intégrer différentes pratiques culturales (fertilisation et travail du sol), a aussi permis de démontrer que les dynamiques de stockage/déstockage du carbone du sol et des émissions de CO2 du sol sont davantage conditionnées par l'apport de matières organiques (fumier, résidus de cultures) que par le travail du sol lui-même.

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Jobard-Portas, Marlène. "Diversité phylogénétique et fonctionnelle des Eumycètes dans les écosystèmes pélagiques." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2010. http://www.theses.fr/2010CLF22090/document.

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Abstract:

Les microorganismes jouent un rôle prépondérant dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, où ils sont à la base de la minéralisation et du recyclage de la matière organique. Les« vrais » champignons, ou Eumycètes, font partie de ces microorganismes hétérotrophes qui permettent le renouvellement de la matière organique dans les écosystèmes. Pourtant, la diversité et l’importance quantitative et fonctionnelle des champignons restent très largement méconnues dans les milieux pélagiques. Récemment, l’utilisation de méthodes moléculaires pour étudier la diversité des picoeucaryotes (de taille < 5 μm) lacustres a mis en évidence l’importance des champignons microscopiques avec, notamment, la présence de chytridiomycètes (chytrides). Cette découverte, en conjonction avec le rôle important connu des Eumycètes dans d’autres écosystèmes naturels, nous a amené à poser l’hypothèse d’une diversité et d’un rôle fonctionnel importants des champignons dans les écosystèmes pélagiques. Ce travail vise à préciser la diversité globale, la structure génétique et l’importance quantitative des différentes divisions du règne des Eumycota dans les écosystèmes pélagiques lacustres, et à proposer des outils méthodologiques pour l’étude écologique de ces peuplements. La diversité phylogénétique et l’importance des champignons de taille comprise entre 0,6 et 150 μm ont été analysées dans trois milieux pélagiques différents. Une étude de clonage-séquençage de l’ADNr 18S et de l’ITS a été réalisée au printemps 2007 dans les lacs Pavin (oligomésotrophe), Aydat (eutrophe) et Vassivière (mésotrophe, humique). L’affiliation phylogénétique des séquences a permis, non seulement de confirmer la présence d’une importante diversité de chytridiomycètes parasites du phytoplancton, mais aussi de mettre en évidence la présence non négligeable d’ascomycètes et de basidiomycètes, potentiellement saprophytes. L’étude de la dynamique saisonnière de la structure des peuplements (par TRFLP) et de l’importance quantitative de différentes divisions (par PCR quantitative) de la communauté fongique ont permis de déceler des différences en fonction des saisons et de l’écosystème. Ces différences ont été reliées à la dynamique des peuplements phytoplanctoniques, avec une influence des apports allochtones, principalement dans le lac eutrophe d’Aydat. De plus, les séquences moléculaires générées au cours de ces dernières années ont permis l’élaboration d’amorces ciblant des clades de champignons microscopiques d’intérêt, pour une étude écologique de la dynamique des peuplements, par des approches PCR à temps réel et FISH (fluorescent in situ hybridization). Enfin, nous considérons que l’acquisition de données complémentaires permettra d’intégrer les champignons saprophytes et parasites dans les flux de matière et d’énergie qui transitent par les écosystèmes pélagiques et les cycles biogéochimiques associés
Microorganisms play major roles in aquatic ecosystems, primarily as the main actors for organic matter mineralization and recycling. “True” fungi (i.e. Eumycota) are among heterotrophic microorganisms that are highly efficient in recycling organic materials in natural ecosystems. However, the overall diversity of fungi and their quantitative and functional importance remain largely unknown in typical pelagic ecosystems. Environmental 18S rDNA surveys have recently highlighted the importance of microscopic fungi in the diversity of picoeukaryotes (size < 5 μm) in lake ecosystems, including particularly the members of chytridiomycetes (i.e. chytrids) as the dominant phyla. These studies and the known major roles of fungi in natural ecosystems such as soils have leaded us to venture the hypothesis that fungal diversity and functional roles are important structuring factors in pelagic ecosystems. The main aims of the thesis were to examine the overall diversity, genetic structure and quantitative importance of various phyla belonging to the Kingdom Fungi in freshwater pelagic ecosystems. Methodological tools were also developed for ecological investigations of fungal populations of interest. Phylogenetic diversity and quantitative importance of fungi (size classe: 0.6 and 150 μm) were analysed in three contrasting pelagic lakes. Environmental 18S and ITS rDNA surveys were performed during spring 2007 in the oligomesotrophic Lake Pavin, the eutrophic Lake Aydat, and the mesotrophic and humic Lake Vassivière, all located in the French Massif Central. Phylogenetic affiliation of sequences confirmed the presence and the substantial diversity of chytridiomycetes, known as parasites of primarily phytoplankton. We also have unveiled a sizeable number of sequences belonging to the fungal lineages of ascomycetes and basidiomycetes, mainly known as saprophytes. The seasonal dynamics of fungal community structure (essayed by TRFLP),and the quantitative importance of various taxonomic divisions (estimates by real time quantitative PCR or qPCR), revealed significant differences with seasons and with ecosystems. These differences were linked to phytoplankton composition and population successions, with at times the influence of allochthonous inputs, primarily for the eutrophic Lake Aydat. Finally, molecular sequences obtained during the few past years allowed the development of primers for targeting microscopic fungal lineages of interest, and the ecological study of their in situ dynamics using qPCR and FISH (fluorescent in situ hybridization) approaches. Overall, we consider that the acquisition of complementary data is necessary to allow the inclusion of fungi and their main functions (i.e. saprophytisms and parasitism) in the energy and matter fluxes in pelagics ecosystems, and the related biogeochemical cycling

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Munoz, Gabriel. "Ecodynamique des composés poly- et perfluoroalkylés dans les écosystèmes aquatiques." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0414/document.

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Abstract:

Les tensioactifs poly- et perfluoroalkylés (PFAS) sont des composés d’origine anthropique produits à partir des années 1950 et qui sont désormais considérés comme des polluants ubiquistes. La première partie de ce travail a consisté à optimiser et valider des procédures pour l’analyse ultra-trace des PFAS. Ces méthodes ont ensuite été utilisées afin d’apporter de nouveaux éléments de réponse sur l’occurrence et la dynamique des PFAS dans les environnements aquatiques. Une attention particulière a été accordée aux valeurs censurées (
Poly- and perfluoroalkyl surfactants (PFAS) are anthropogenic compounds that have been used sincethe 1950s in a variety of applications and that have emerged as ubiquitously distributed contaminants.The first aim of this work was to optimize and validate analytical procedures for the trace-leveldetermination of PFAS. These methods were then applied to various sets of environmental samples,providing new elements to document the occurrence and environmental fate of PFAS in aquaticecosystems. In terms of statistical analyses, a special care has been devoted to incorporate nondetects(data 1 for PFOS and several long-chain PFAA, providing new evidence for theirbiomagnification. The last theme addressed in this work was the analysis of newly-identified cationicand zwitterionic PFAS ; preliminary evidence seem to dispel concerns about the bioaccumulationpotential of the latter

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Lecomte, Maxime. "Approche hybride de modélisation explicable du métabolisme des écosystèmes microbiens." Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2024. http://www.theses.fr/2024BORD0094.

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Abstract:

Les communautés microbiennes sont des systèmes complexes composés de diverses espèces de micro-organismes interagissant entre elles et avec leur environnement. La biologie des systèmes offre un cadre pour leur étude, alliant expérimentation, génération de données à haut-débit et leur intégration dans des modèles informatiques. La compréhension de ces communautés passe notamment par celle de leur métabolisme et des échanges de molécules entre espèces susceptibles d’impacter positivement ou négativement chacun des membres. Le métabolisme est un ensemble de réactions biochimiques et peut s’abstraire à l’échelle d’un génome par des réseaux faisant le lien entre les gènes et les réactions d’un organisme. Ces réseaux permettent de construire des modèles métaboliques, représentations informatiques ou mathématiques du comportement des organismes dans des conditions expérimentales. Le passage de l’individu à la communauté, composée de quelques espèces en conditions contrôlées, ou de plusieurs centaines en conditions environnementales, soulève des difficultés méthodologiques dans la construction des modèles. Ce manuscrit de thèse traite de la modélisation du métabolisme et des interactions métaboliques au sein des écosystèmes microbiens en mettant l’emphase sur l’explication des mécanismes cellulaires qui justifient les interactions bactériennes. Des solutions numériques sont majoritairement utilisées - assurant la précision des résultats - mais sont confrontées à l’importante combinatoire engendrée par les interactions bactériennes pour des communautés de grande taille. Les réponses apportées par les approches discrètes surmontent la problématique du passage à l’échelle mais sont limitées à une analyse par paire d’organismes. Afin d’identifier un potentiel ajustement méthodologique - conciliant les avantages des deux démarches, i.e. trouver une approche hybride - une première contribution se focalise sur le développement d’un modèle numérique dynamique et précis d’une communauté fromagère composée de trois souches. Notre stratégie itérative a permis l’intégration de données hétérogènes au moyen d’étapes de raffinement et de calibration dynamique. Ces allers-retours entre la connaissance et le modèle ont assuré la bonne prédiction des concentrations des métabolites dosés en métabolomique ainsi que des densités bactériennes au cours de la cinétique de fabrication du fromage. Dans une seconde contribution, nous proposons un modèle par raisonnement permettant de cibler des potentiels de coopération et de compétition dans des communautés bactériennes. Ce modèle repose sur l’inférence de règles logiques inférées de la biologie pour évaluer et comparer les potentiels d’interaction de communautés. Des potentiels d’interaction spécifiques à des écosystèmes ont été révélés ainsi que la pertinence de son utilisation grâce à sa rapidité d’exécution. Enfin, la troisième contribution est une réflexion portant sur l’enrichissement du modèle logique. Nous proposons un prototype s’appuyant sur l’inférence de règles logiques et permettant de (i) sélectionner la meilleure communauté à partir de contraintes biologiques et (ii) d’apporter une notion temporelle, pouvant influencer les potentiels d’interactions. Par cette thèse, nous avons montré que la construction d’un modèle de modélisation hybride du métabolisme n’est pas nécessaire, mais qu’une approche hybride, utilisant des modèles numériques, pour des communautés de petite taille et des modèles discrets, pour analyser rapidement les communautés de taille réelle semble être pertinente
Microbial communities are complex systems composed of various species of microorganisms interacting with each other and with their environment. Systems biology offers a framework for their study, combining experimentation, high-throughput data generation and the integration of the latter into computer models. Understanding these ecosystems requires the analysis of their metabolism and of the exchange of molecules between members, which can have positive or negative impacts on each other. Metabolism is a set of biochemical reactions that can be represented as a genome-scale metabolic network through the association of genes and reactions in an organism. These networks can be used to build metabolic models, mathematical representations of organism behavior under given environmental conditions. Scaling up to the analysis of a community composed of a few species under controlled conditions, or several hundreds in natural environments, raises methodological difficulties in the construction of models. This thesis manuscript deals with the construction of computational models for the analysis of metabolism and metabolic interactions in microbial ecosystems, with a particular attention on explaining the cellular mechanisms underlying bacterial interactions. Numerical solutions are mainly used - ensuring the accuracy of results - but they face combinatorial issues generated by bacterial interactions in large-scale communities. Discrete approaches overcome this problem, but are limited to pairwise analysis. In order to identify a putative methodological tradeoff reconciling the advantages of both approaches, i.e. finding a hybrid approach, a first contribution focuses on the development of a dynamic and accurate numerical model of a cheese bacterial community composed of three strains. Our iterative strategy enables the integration of heterogeneous data through refinement and dynamic calibration steps. This back-and-forth between knowledge and model ensures the accurate prediction of metabolite concentrations and bacterial densities during cheese production. We propose as a second contribution a reasoning-based model for deciphering cooperative and competitive potentials in bacterial communities. This model relies on the inference of logical rules motivated by biology in order to evaluate and compare community interaction potentials. Ecosystem-specific interactions potentials are retrieved, and the fast execution of the reasoning-based approach facilitates the screening of collections of communities. Finally, the third contribution is a reflection on the enrichment of the logic model. We propose a prototype based on the inference of logical rules, enabling (i) the selection of the best community based on biological constraints and (ii) the inference of a temporal notion, which can impact interaction potentials. Through this thesis, we demonstrate that the construction of a hybrid model of metabolism is not required but that a hybrid approach, using numerical models for small communities and discrete models for rapid analysis of full-size communities, seems to be relevant

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Bottollier-Curtet, Marion. "Conséquences des invasions végétales sur le fonctionnement des écosystèmes riverains fluviaux." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00743158.

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Dans le contexte des invasions, l'objectif de ce travail est d'évaluer dans quelle mesure l'origine des espèces végétales conditionne le fonctionnement d'un écosystème en situation de dominance. Cinq paires d'espèces autochtones dominantes (Agrostis stolonifera, Rubus caesius, Populus nigra, Urtica dioica et Salix alba) et introduites envahissantes (Paspalum distichum, Fallopia japonica, Buddleja davidii, Impatiens glandulifera et Acer negundo) ont été comparées en milieu riverain pour les processus de production primaire et de dégradation des litières. Ces études ont été complétées par une analyse détaillée des conséquences de l'invasion des ripisylves par A. negundo. Nos résultats montrent que si les espèces introduites envahissantes peuvent être plus efficaces dans la réalisation de certains processus écologiques, l'absence de coévolution entre les espèces introduites et les organismes des milieux récepteurs n'a pas d'implication systématique pour le fonctionnement des écosystèmes.

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Lejeune, Olivier. "Une théorie champ moyen de l'organisation spatio-temporelle des écosystèmes végétaux." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1999. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211884.

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Mueller, Derek. "Structure et dynamique des cryo-écosystèmes : plates-formes de glace nordiques." Thesis, Université Laval, 2005. http://www.theses.ulaval.ca/2005/23041/23041.pdf.

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Abstract:

Cette thèse doctorale est la première étude systématique d'une classe d’écosystèmes extrêmes nouvellement découverts dans l'environnement arctique : les communautés de tapis microbiens et leurs habitats sur les plates-formes de glace nordiques. L'objectif principal était d’examiner la structure et la dynamique de ces cryo-écosystèmes à plusieurs échelles et d'étudier l'interaction entre les aspects physiques et biologiques sur les cinq plates-formes de glace principales trouvées dans le Haut Arctique canadien. Cette étude comprend une large gamme de méthodologies, soit : l’énumération microscopique des algues ; la quantification des pigments avec la chromatographie liquide de haute performance ; les mesures automatisées de salinité, d'éclairement et de température ; des survols en hélicoptère accompagnés de prise d’échantillons ; et l’analyse d’images de télédétection. La limnologie chimique et physique des cryo-habitats à travers cet écosystème est hétérogène et une communauté diversifiée de phototrophes a été retrouvée dans les tapis microbiens. La fragmentation de l’habitat a eu peu d'effet sur la biodiversité du cryo-écosystème. Cependant, des gradients environnementaux ont été associés à la structure de la communauté des tapis microbiens. L'hypothèse stipulant que les organismes des tapis microbiens des plates-formes de glace subsistent dans des conditions sub-optimales a été évaluée en examinant des réponses métaboliques aux changements de salinité, d’éclairement et de température. Les micro-organismes hétérotrophes se sont avérés spécialisés aux conditions extrêmes répandues sur la glace, tandis que les micro-organismes photosynthétiques ont toléré une plus large gamme de conditions, suggérant ainsi qu’ils étaient des extrêmotrophes (terme défini dans cette étude comme la tolérance des microbes aux conditions locales mais possédant une croissance in situ en dehors de leurs optimums physiologiques) plutôt que des extrêmophiles (la spécialisation aux conditions locales, avec une croissance in situ près des limites physiologiques). Un assemblage de pigments accessoires et photoprotecteurs a été associé à la communauté autotrophe, ce qui peut expliquer la gamme de tolérance plus large des extrêmotrophes. Le rapport entre la couverture du tapis microbien et la perte de masse de la surface de la plate-forme de glace a été examiné. Une concentration élevée de sels nutritifs dans les tapis microbiens a indiqué que ce micro-environnement différait considérablement de l'écosystème entier. Ces résultats soulignent l'importance du couplage biotique-physique sur la plate-forme de glace autant que dans le reste de la cryosphère. Pendant la période d'étude, un événement de détachement d’une partie de la plate-forme de glace Ward Hunt ainsi que le drainage d'un lac épiplate-forme (eau douce barrée par la glace flottant sur l’océan) ont été observé. Une analyse supplémentaire a suggéré que le réchauffement du climat ait contribué à cet événement, ce qui souligne la vulnérabilité des habitats dépendants des plates-formes de glace et de leur valeur comme indicateurs des changements climatiques. Ces cryo-écosystèmes fournissent également de nouvelles connaissances reliées à la vie microbienne dans les milieux polaires extrêmes, ouvrant de nouvelles avenues sur la survie, la croissance et l'évolution pendant les périodes glaciaires du passé, y compris l'ère précambrienne.
This doctoral thesis is the first systematic study of a newly discovered class of extreme ecosystems in the arctic environment: microbial mat communities and their habitats on northern ice shelves. The overarching objective was to examine the structure and dynamics of these cryo-ecosystems at several scales and to examine the interaction between physical and biological aspects on the five major ice shelves found in the Canadian High Arctic. This study made use of a broad range of methods including: microscopic enumeration of algal taxa; quantification of pigments with high performance liquid chromatography; automated over-winter measurements of salinity, irradiance and temperature; helicopter-assisted surveys and sampling; and analysis of satellite imagery. The chemical and physical limnology of the cryo-habitats across this entire ecosystem was found to be heterogeneous and a diverse community of phototrophic microorganisms was found within the microbial mats. Habitat fragmentation was shown to have little effect on the biodiversity of the cryo-ecosystem, however environmental gradients were significantly associated with microbial mat community structure. The hypothesis that ice shelf microbial mat organisms subsist in sub-optimal conditions was tested by examining metabolic responses to changes in salinity, irradiance and temperature. Heterotrophic microbiota were found to be optimized for the extreme conditions prevalent on the ice shelf, whereas photosynthetic micro-organisms tolerated a broader range, suggesting they were extremotrophic (defined by this study as tolerance by microbiota to local conditions but with in situ growth well outside their physiological optima) rather than extremophilic (a more narrow specialization to local conditions, with in situ growth close to physiological maxima). An assemblage of sunscreening and accessory pigments was associated with the autotrophic community, which may account for the extended tolerance range of the extremotrophs. The relationship between microbial mat cover and the surface ablation of the ice shelf was examined and a high concentration of nutrients within the microbial mats indicated that this microenvironment differed greatly from the properties of the bulk ecosystem. These results underscore the importance of biotic-physical coupling on the ice shelf, and in the cryosphere in general. A break-up event on the Ward Hunt Ice Shelf and the drainage of an epishelf lake (ice-dammed freshwater overlying seawater) was discovered during the study period. Further analysis suggested that climate warming contributed to this event, which highlights the vulnerability of ice shelf dependent habitats and their value as indicators of climate change. These cryo-ecosystems also provide new insights into microbial life under extreme polar conditions, with implications for survival, growth and evolution during glacial periods in the past, including the Precambrian Era.

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Moulin, Thibault. "Modélisation mathématique de la dynamique des communautés herbacées des écosystèmes prairiaux." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCD075/document.

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Abstract:

La modélisation dynamique des systèmes écologiques constitue une méthode incontournable pour comprendre,prédire et contrôler la dynamique des écosystèmes semi-naturels, qui fait intervenir des processuscomplexes. Le principal objectif de cette thèse est de développer un modèle permettant de simuler la dynamiqueà moyen terme de la végétation herbacée dans les prairies permanentes, en tenant compte à lafois de la productivité et de la biodiversité. Les prairies sont des réservoirs présentant une forte biodiversitévégétale, qui soutiennent de nombreux services écosystémiques. Sur le plan agricole, cette importantediversité contribue à la qualité de la production fourragère, et de plus, elle permet une plus grande résistancede la végétation face à des changements climatiques (réchauffement moyen, vagues de chaleur etde sécheresse).Pourtant, cette notion clé de biodiversité n’est que faiblement prise en considération dans la modélisationde l’écosystème prairial : elle est souvent absente ou alors présente sous une forme très simplifiée. Enréponse à ces considérations, ces travaux de thèse présentent la construction d’un modèle de successionbasé sur des processus, décrit par un système d’équations différentielles ordinaires, qui représente ladynamique de la végétation aérienne des prairies tempérées. Ce modèle intègre les principaux facteursécologiques impactant la croissance et la compétition des espèces herbacées, et peut s’ajuster à n’importequel niveau de diversité, par le choix du nombre et de l’identité des espèces initialement présentes dansl’assemblage. Ce formalisme mécaniste de modélisation nous permet alors d’analyser les relations qui lientdiversité, productivité et stabilité, en réponse à différentes conditions climatiques et différents modes degestion agricole.[...]Ces résultats soulignent alors le besoin de prendre en compte le rôle clé joué par la biodiversité dansles modèles de l’écosystème prairial, de par son impact sur le comportement des dynamiques simulées.De plus, pour rendre correctement compte des interactions au sein de la végétation, le nombre d’espècesconsidéré dans le modèle doit être suffisamment important. Enfin, nous comparons les simulations devégétation de ce modèle à des mesures issues de deux sites expérimentaux, la prairie de fauche d’Oensingen,et le pâturage de Laqueuille. Les résultats de ces comparaisons sont encourageants et soulignentla pertinence du choix et de la représentation des processus écologiques clés qui composent ce modèlemécaniste.Ce travail de thèse propose donc un modèle, en total adéquation avec les besoins actuels en terme demodélisation de l’écosystème prairial, qui permet de mieux comprendre la dynamique de la végétationherbacée et les interactions entre productivité, diversité et stabilité
Dynamic modelling of ecological systems is an essential method to understand, predict and control thedynamics of semi-natural ecosystems, which involves complex processes. The main objective of this PhDthesis is to develop a simulation model of the medium- and long-term dynamics of the herbaceous vegetationin permanent grasslands, taking into account both biodiversity and productivity. Grasslandecosystems are often hot spots of biodiversity, which contributes to the temporal stability of their services.On an agricultural perspective, this important biodiversity contributes to the forage quality, andbesides, it induces a higher ability of the vegetation cover to resist to different climatic scenarios (globalwarming, heat and drought waves).However, this key aspect of biodiversity is only poorly included in grassland models : often absent ofmodelling or included in a very simple form. Building on those considerations, this PhD work exposes thewriting of a process-based succession model, described by a system of Ordinary Differential Equationsthat simulates the aboveground vegetation dynamics of a temperate grassland. This model implementedthe main ecological factors involved in growth and competition processes of herbaceous species, and couldbe adjust to any level of diversity, by varying the number and the identity of species in the initial plantcommunity. This formalism of mechanistic models allows us to analyse relationships that link diversity,productivity and stability, in response to different climatic conditions and agricultural management.In mathematical grassland models, plant communities may be represented by a various number of statevariables, describing biomass compartments of some dominant species or plant functional types. The sizeof the initial species pool could have consequences on the outcome of the simulated ecosystem dynamicsin terms of grassland productivity, diversity, and stability. This choice could also influence the modelsensitivity to forcing parameters. To address these issues, we developed a method, based on sensitivityanalysis tools, to compare behaviour of alternative versions of the model that only differ by the identityand number of state variables describing the green biomass, here plant species. This method shows aninnovative aspect, by performing this model sensitivity analysis by using multivariate regression trees. Weassessed and compared the sensitivity of each instance of the model to key forcing parameters for climate,soil fertility, and defoliation disturbances. We established that the sensitivity to forcing parameters ofcommunity structure and species evenness differed markedly among alternative models, according tothe diversity level. We show a progressive shift from high importance of soil fertility (fertilisation level,mineralization rate) to high importance of defoliation (mowing frequency, grazing intensity) as the sizeof the species pool increased.These results highlight the need to take into account the role of species diversity to explain the behaviourof grassland models. Besides, to properly take into account those interactions in the grassland cover, theconsidered species pool size considered in the model needs to be high enough. Finally, we compare modelsimulations of the aboveground vegetation to measures from two experimental sites, the mowing grasslandof Oensingen, and the grazing grassland of Laqueuille. Results of these comparison are promising andhighlight the relevance of the choice and the representation of the different ecological processes includedin this mechanistic model.Thus, this PhD work offers a model, perfectly fitting with current needs on grassland modelling, whichcontribute to a better understanding of the herbaceous vegetation dynamics and interactions betweenproductivity, diversity and stability

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Tchabi, Alphonse. "Contribution à l'étude des écosystèmes naturels du domaine soudanais au Bénin." Bordeaux 3, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR30203.

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Abstract:

Face a la degradation rapide du milieu naturel due a la pression anthropique, et dans le but d'elaborer et de mettre en uvre un programme de mise en reserve et de conservation d'un certain nombre d'ecosystemes naturels du benin, des recherches ecologiques preliminaires ont ete menees dans la foret classee des monts kouffe, situee au centre du pays, dans la zone de transition entre le domaine forestier du sud et le domaine des forets claires et savanes du nord. Apres une etude du milieu physique qui a mis en evidence des caracteristiques tres favorables, il a ete procede a un inventaire des ecosystemes et des ressources genetiques de la foret classee. Des etudes quantitatives d'un certain nombre de parametres ecologiques (aire basale, biovolume, biomasse, production primaire, etc. . . ) ont ete effectuees dans un ecosysteme de foret claire. Les resultats tres interessants obtenus sont en faveur des mesures de mise en reserve et de conservation souhaitees. Un programme d'amenagement et de gestion rationnelle de la foret classee a ete propose. Il vise, dans un premier temps, a la creation d'un parc national dans la region des monts kouffe, qui sera gere, avec les deux parcs nationaux deja crees, par une societe autonome. A la longue, ces parcs pourront etre eriges en reserves de la biosphere et beneficier d'un soutien international. La reussite du programme monts kouffe permettra d'etendre l'experience aux dix autres forets classees du domaine soudanais

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Le, Calvez Thomas. "Diversité et fonctions écologiques des champignons en écosystèmes hydrothermal marin profond." Rennes 1, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00465055.

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Abstract:

A partir d’analyses d’horloges moléculaires, nous avons émis l’hypothèse d’une diversification des champignons dans les océans. Par ailleurs, les écosystèmes hydrothermaux marins profonds partagent des caractéristiques avec l’Océan primitif : nous avons donc choisi d’étudier ces milieux, afin de retrouver des champignons partageant des caractères ancestraux de ce Règne. Des analyses de diversité ont révélé des organismes se branchant à la base de la phylogénie des champignons, en accord avec notre hypothèse de travail, couplée à une forte diversité fongique. Pour connaître les rôles de ces organismes dans ces écosystèmes, nous avons choisi une approche métagénomique. L’ADN extrait a été pyroséquencé en 3 runs indépendants. Les contigs générés, ont permis d’extraire les fragments de gènes fongiques et de reconstruire leur métabolisme hypothétique, par recherche d’homologies dans les bases de données. L’étude des séquences non assemblées, a permis de reconstruire les voies métaboliques du métagénome, et reconstituer la composition taxonomique de notre échantillon
From molecular clock estimates we hypothesized their diversification in oceans. The marine hydrothermal ecosystems share characteristics with the primitive ocean. Thus, we have tested and analyzed the diversity of fungi in this particular ecosystem, in the aim to detect fungi displaying ancestral traits within the fungal Kingdom. Diversity analyses were performed from ciPCR, allowed to highlight the presence of a new branch forming one of the most ancient evolutionary lineage of fungi, in agreement with our working hypothesis, along with a large fungal diversity To understand the ecological functions of these fungi in these ecosystems, we chose an original metagenomic approach: DNA were pyrosequenced in 3 independent runs. Contigs had been used in order to extract and annotate fungal genes in the aim to reconstruct the hypothetical fungal metabolism, by homologies searches in public database. Unassembled reads were used to reconstruct the different metabolisms of the metagenome, and to better understand the taxonomic composition of our sample

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Nérot, Caroline. "Invertébrés benthiques et biomarqueurs : témoins du fonctionnement trophique des écosystèmes côtiers." Brest, 2011. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00716957.

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Abstract:

Le fonctionnement trophique des écosystèmes benthiques côtiers dépend de la disponibilité des sources de matière organique (MO). A l’échelle du plateau continental, la variabilité de la diversité et de l’abondance de ces sources se reflète dans la distribution spatiale des consommateurs primaires tels que les bivalves filtreurs. Si les sources trophiques sont largement étudiées sur les estrans et les espaces estuariens, l’essor des connaissances sur le réseau trophique benthique du plateau continental est limité par les contraintes d’échantillonnage à des profondeurs atteignant 200 m à environ 300 km des côtes dans le nord du Golfe de Gascogne. Dans cette étude, les isotopes stables et les acides gras utilisés comme marqueurs trophiques ont été mesurés dans les tissus de cinq espèces de bivalves, sur un gradient bathymétrique (0-200 m) traversant le plateau continental du Golfe de Gascogne, dans deux sites régionaux fortement contrastés par leurs caractères naturels et par les pressions humaines qu’ils subissent. Les variations spatiales des signatures biochimiques des bivalves ont permis de distinguer trois zones aux fonctionnements trophiques différents et concordantes avec les structures de masse d’eau qui existent sur le plateau continental et qui en contrôlent la dynamique planctonique J i Les résultats obtenus ont également révélé une faible emprise spatiale des apports terrestres dans les sources de MO consommées par les bivalves. Enfin, malgré des conclusions assez cohérentes issues de l’utilisation des isotopes stables et des acides gras, l’interprétation de certains résultats suggère une forte influence métabolique sur les signatures biochimiques des bivalves
The trophic functioning of benthic coastal ecosystems depends on the availability of organic matter sources (OM). At the scale of the continental shelf, the variability of diversity and abundance of these sources reflects in the spatial distribution of primary consumers such as filter4eeding bivalves. If the trophic sources are widely studied on tidal flats and estuarine areas, the knowledge on the benthic food web of the continental shelf is limited by sampling issues at depths down to 200 m, about 300 km offshore in the northern Gulf of Biscay. In this study, stable isotopes and fatty acids used as trophic markers were measured in tissues of five bivalve species, on a depth gradient (0-200 m) across the continental shelf of the Bay of Biscay, in two regional sites strongly contrasted by their natural features and human pressures. The spatial variations of the trophic signatures of bivalves allowed distinguishing three zones with different trophic functioning, consistently with hydrological structures described on the continental shelf and that control phytoplankton dynamics. The results also revealed a limited spatial extent of terrestrial inputs in the OM sources consumed by the bivalves. Finally, despite the conclusions obtained by the use of stable isotopes and fatty acids were fairly consistent, the interpretation of some results suggests a strong influence of the metabolic processes on trophic signatures of bivalves

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Nerzic, Julie. "Les enjeux de l'observation des écosystèmes de services pour le designer." Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/34056.

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Abstract:

Cette recherche s’orchestre autour d’une réflexion sur le design de services. En partant de l’observation des écosystèmes de services dans le but d’en saisir leur complexité, nous avons souhaité comprendre les enjeux de leur observation pour le designer. Cela passe par une familiarisation à laméthodologie ethnographique, et plus particulièrement desobservations en situation.En passant par l’observation directe et notamment la prise de notes, qu’elle soit brute ou encore assistée, il est possible d’appréhender le lieu sous différents aspects, aussi bien sociaux que temporels, ou encore spatiaux et interactionnels.Dresser une typologie de ces résultats permetpar la suite une meilleure compréhension de l’écosystème concerné.Se familiariser avec l’environnement ainsi qu’avec les manières de l’appréhender nous pousse ensuite à porter un regard sur le fait même d’observer, c’est-à-dire sur le ressentivécu au cours de l’observation menée. Pour cela, l’autoethnographie se révèle être une méthode efficace et va permettre de définir divers besoins pertinents. C’est en répondant à ces besoins qu’il sera possible de générer des pistes de solutions afin d’allouer les outils les plus efficaces au designer.

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Phan, Thi Hai Van. "L'arsenic dans les écosystèmes du sud-est asiatique : Mekong Delta Vietnam." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAU003/document.

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Abstract:

On retrouve des contaminations d’aquifèr à l’arsenic dans touts les deltaï de l'Asie du Sud-Est, y compris dans le delta du Mékong, ce qui affecte la santé de millions de personnes. L’arsenic est très sensible aux fluctuations des conditions redox qui sont générés par les cycles alternés humides/secs pendant la saison de mousson. Une étude sur les caractéristiques géophysiques et chimiques du sol et des eaux souterraines dans le district de An Phu, dans le haut du delta du Mékong au Vietnam, suggère une forté contamination à l’As dans cette région. Les données chimiques et géophysiques indiquent une forte corrélation entre concentrations dans les eaux souterraines anoxiques et conductivité des sols. La liberation de l’arsenic est associée à la dissolution réductrice induih par des microorganisms des colloïdes et (oxyhydr)oxydes de fer dans des conditions d'oxydo-réduction oscillantes. La présence de bactéries sulforéductrices a le potentiel de stabiliser l’arsenic dans la phase solide et de l’atténuer dans la phase aqueuse par adsorption / désorption de l’arsenic sur les (oxyhydr)oxydes, et / ou sulfures de fer via la formation de complexes thiols. En raison de la teneur en pyrite élevée dans les sédiments, l'oxydation de la pyrite peut abaisser le pH et conduire à l'inhibition de la réduction microbienne du sulfate et aime empêcher la séquestration de l’arsenic dissous. Bien que le cycle biogéochimique de l’arsenic dans un système dynamique d’oxydoréduction soit une problématique complexe, il a été possible de renforcer notre compréhension de ce système
Aquifer arsenic (As) contamination is occuring throughout deltaic areas of Southeast Asia, including the Mekong Delta, and affects the health of millions of people. As is highly sensitive to fluctuations of redox conditions which are generated by the alternating wet-dry cycles during the monsoonal seasons. A survey of geophysical and chemical characteristics of soil and groundwater in the An Phu district, located in the vicinity of the Mekong Delta in Vietnam, shows the occurrence high As aqueous concentration in this region. Chemical and geophysical data indicate a strong positive correlation between As concentrations in the anoxic groundwater and conductivity of soils. In addition, mechanisms of As release are shown to be associated with colloidal and iron (oxyhydr)oxides which undergo microbial mediated reductive dissolution under redox oscilatting conditions. The presence of sulfate microbial reduction potentially stabilizes As in the solid phase and diminish As in the aqueous phase through the adsorption/desorption of As onto iron (oxyhydr)oxides and/ or sulfides with formation of thiols complexes in solid phase. Because of the high pyrite content in sediment, pyrite oxidation may drop in pH values, leads to inhibition of sulfate reducing bacteria and reduces sequestration of dissolved As. Although the biogeochemical cycling of redox sensitive species such as As in dynamic systems is challenging, it has been possible to strengthen our collective understanding of such system

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Lebarbenchon, Camille. "Maladies infectieuses et écosystèmes : écologie des virus influenza aviaires en Camargue." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20079.

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Abstract:

Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées et surveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles de dispersion, que se soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chez l'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique, c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme et d'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement sur les interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs de ma thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme et écosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détail l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalences d'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmes aquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des virus circulant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernant l'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudier les pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes
Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of their unprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic or human populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have a zoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturally between humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonoses is directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree. Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogens responsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions between human activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study in more detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence of infections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in the temporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to study more specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale, particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and the functioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledge of the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to study pathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems

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Izard, Lloyd. "Structuration spatiale et variabilité des écosystèmes mésopélagiques dans l'Océan Indien Sud." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS621.

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Abstract:

L'océan Indien Sud abrite une riche diversité de milieux océaniques, de communautés pélagiques et de populations de prédateurs qui ont récemment abouti à des zones de conservation et un classement au patrimoine mondial de l'UNESCO. Cependant, des populations de prédateurs de la région ont montré des signes de déclin, probablement liés aux effets du changement climatique et à la dynamique de leurs proies. Ces dernières sont principalement composées de zooplancton et de micronecton, qui occupent une place centrale dans les écosystèmes marins en influençant les cycles biogéochimiques et le transfert d'énergie et de biomasse le long du réseau trophique. Cependant, l'étude de leur structuration est complexe en raison de leur distribution en profondeur dans la zone mésopélagique (200-1000 m) et de leurs migrations verticales quotidiennes, en faisant l’une des zones les moins connues à l'échelle globale. Dans cette thèse, nous utilisons l'acoustique active, qui permet de suivre ces organismes avec une haute résolution spatiale et verticale, pour étudier la structuration des écosystèmes mésopélagiques dans deux systèmes océaniques contrastés. Nous avons d'abord examiné leur réponse dans une zone de transition entre ces océans, dans la région des îles Saint-Paul et Amsterdam. Nos résultats indiquent que les migrations nycthémérales sont le principal facteur structurant verticalement les organismes pélagiques, même dans une zone de transition marquée. Trois régions ont été identifiées, cohérentes spatialement et partageant des caractéristiques environnementales et acoustiques communes. L'observation à 38 kHz (couramment utilisée en hydroacoustique) a confirmé une activité biologique accrue dans la zone subtropicale et un minimum dans la zone subantarctique. Cependant, nos analyses révèlent également une réponse acoustique distincte en fonction de la fréquence acoustique considérée, en termes de structuration verticale et de biomasse intégrée. De plus, les faibles niveaux mesurés dans l'océan Austral semblent ne pas correspondre aux fortes biomasses consommées par les importantes populations de prédateurs marins de cette région. Ces observations mettent en évidence un problème de résonance acoustique pour l'étude de ces organismes. Pour étudier ce phénomène, notre seconde étude s'est focalisée sur la structuration des communautés mésopélagiques à l'échelle régionale, proposant une classification des paysages acoustiques à deux fréquences permettant de sonder jusqu'à 1000 m de profondeur. Quatre régions spatialement cohérentes ont été identifiées en se basant sur la combinaison de la structuration verticale aux deux fréquences considérées. Les résultats de cette étude révèlent une inversion de la dominance de la réponse acoustique entre le 38 et le 18 kHz au niveau du front subantarctique, confortant l'hypothèse d'un changement de communauté à ces latitudes, et questionnent l'utilisation du 38 kHz comme descripteur des communautés mésopélagiques. Les données acoustiques étant complexes (potentiellement multivariées, en quatre dimensions, et aux portées verticales distinctes), les travaux présentés dans cette thèse ont également contribué au développement de méthodes d'analyse fonctionnelle permettant de concilier la variabilité horizontale, verticale et temporelle de ces écosystèmes. La gestion des écosystèmes marins nécessitant une compréhension des dynamiques de ces systèmes et de la structuration des communautés qui les composent, nos travaux ont également eu des échos en conservation marine; au niveau national, en contribuant au dossier d'extension de la réserve naturelle des îles Saint-Paul et Amsterdam, puis international en contribuant à l'écorégionalisation de la zone pélagique de la région subtropicale et subantarctique de l'océan Indien Sud
The Southern Indian Ocean hosts diverse oceanic environments, pelagic communities, and predator populations that have recently led to the establishment of conservation areas and UNESCO World Heritage recognition. However, predator populations in this region have displayed signs of decline, likely attributed to the impacts of climate change and prey dynamics. These prey populations consist predominantly of zooplankton and micronekton, playing a crucial role in marine ecosystems by influencing biogeochemical cycles and the transfer of energy and biomass along the trophic web. Nevertheless, the study of their structuring is intricate due to their deep distribution in the mesopelagic zone (200-1000 m) and their daily vertical migrations, making it one of the least explored areas on a global scale. In this thesis, we employ active acoustics, which provides high spatial and vertical resolution for tracking these organisms, to investigate the structuring of mesopelagic ecosystems in two contrasting oceanic systems. We initially examined their responses in a transition zone between these oceans, within the Saint-Paul and Amsterdam Islands region. Our findings indicate that nycthemeral migrations are the primary factor vertically structuring pelagic organisms, even within a pronounced transition zone. Three spatially coherent regions were identified, sharing common environmental and acoustic features. Observations at 38 kHz (commonly used in hydroacoustics) confirmed increased biological activity in the subtropical zone and a minimum in the subantarctic zone. However, our analyses also reveal a distinct acoustic response based on the acoustic frequency considered, in terms of vertical structuring and integrated biomass. Additionally, the low levels measured in the Southern Ocean appear inconsistent with the high biomasses consumed by the large marine predator populations in this region. These observations highlight an acoustic resonance issue in the study of these organisms. To investigate this phenomenon, our second study focused on the structuring of communities at a regional scale, proposing a two-frequency acoustic landscape classification, both probing depths of up to 1000 m. Four spatially coherent regions were identified based on the combination of vertical structuring at the two considered frequencies. The results of this study reveal a shift in the dominance of acoustic responses between 38 and 18 kHz at the subantarctic front, supporting the hypothesis of a community change at these latitudes and raising questions regarding the use of 38 kHz as a descriptor for mesopelagic communities. Given the complexity of acoustic data (potentially multivariate, with distinct vertical ranges, and four-dimensional), the work presented in this thesis also contributed to the development of functional analysis methods to reconcile the horizontal, vertical, and temporal variability of these ecosystems. As marine ecosystem management requires an understanding of the dynamics of these systems and the structuring of the communities within them, our work has also had implications in marine conservation. At the national level, it contributed to the extension of the Saint-Paul and Amsterdam Islands Nature Reserve, and at the international level, it contributed to the ecoregionalization of the pelagic zone in the subtropical and subantarctic region of the South Indian Ocean

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Rétif, Julie. "Distribution des terres rares dans les réseaux trophiques des écosystèmes estuariens." Electronic Thesis or Diss., Nantes Université, 2024. http://www.theses.fr/2024NANU4003.

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Abstract:

L’intérêt croissant de la société pour les terres rares, rassemblant 17 éléments métalliques aux propriétés uniques, exploitées dans les secteurs industriels, agricoles et médicaux, entraîne une augmentation des rejets dans l'environnement conduisant à des enrichissements dans les milieux aquatiques, notamment dans les estuaires, soumis à de fortes pressions anthropiques. L’objectif de cette thèse était d’étudier la répartition environnementale des terres rares dans les écosystèmes estuariens à travers l’étude de deux estuaires français fortement anthropisés aux degrés de contamination différents : l’estuaire de la Loire et l’estuaire de la Seine. L’étude des compartiments abiotiques a permis de démontrer que les terres rares sont principalement accumulées dans les phases solides des systèmes aquatiques naturels. Néanmoins, la phase dissoute correspond au compartiment le plus impacté par les apports anthropiques, avec des enrichissements en gadolinium rapportés dans les deux estuaires. L’étude du biote, qui s’est portée sur un grand nombre d’espèces issues de 5 phyla (algues, annélides, mollusques, crustacés et vertébrés) représentant les principaux niveaux d’un réseau trophique estuarien, a dévoilé une dilution trophique des terres rares au sein des deux estuaires. En effet, la bioaccumulation des terres rares est plus élevée dans les algues. Cependant, les enrichissements (notamment en gadolinium) sont plus importants chez les vertébrés. Les résultats ont démontré des concentrations totales en terres rares plus importantes dans l’estuaire de la Loire par rapport à celui de la Seine, probablement en raison d’un fond géogénique plus élevé. Par contre, la contamination anthropique en gadolinium plus importante rapportée dans l’estuaire de la Seine pourrait s’expliquer par la plus forte densité de population, impliquant un nombre plus important d’actes médicaux nécessitant des produits de contraste. Ainsi, l’estimation des transferts des compartiments abiotiques vers le biote et des transferts trophiques au sein du biote a permis de caractériser le devenir global des terres rares dans ces écosystèmes estuariens
The growing interest of society in rare earth elements, regrouping 17 metallic elements with unique properties and used in the industrial, agricultural and medical sectors, is leading to an increase of their release into the environment, resulting in enrichments in the aquatic media, particularly in estuaries, that are subject to strong anthropogenic pressures. The objective of this work was to study the environmental distribution of rare earth elements in estuarine ecosystems through the study of two highly anthropized French estuaries showing different levels of contamination: the Loire estuary and the Seine estuary. The study of abiotic compartments demonstrated rare earth elements are mainly accumulated in the solid phases of natural aquatic systems. However, the dissolved phase corresponds to the most impacted compartment by anthropogenic inputs with gadolinium enrichments reported in the two estuaries. The study of the biota, focusing on a large number of species from 5 phyla (algae, annelids, mollusks, crustaceans and vertebrates) representing the main levels of an estuarine food web, revealed a trophic dilution of rare earth elements within the two estuaries. Indeed, the bioaccumulation of rare earth elements is higher in algae. However, the enrichments (including gadolinium) are greater in vertebrates. These results demonstrated higher total rare earth element concentrations in the Loire estuary compared to the Seine estuary, probably due to a higher geogenic background. On the other hand, the higher anthropogenic gadolinium contamination reported in the Seine estuary could be explained by the higher population density, implying a higher number of medical procedures requiring contrast agents. Thus, the estimation of transfers from abiotic compartments to the biota and trophic transfers within the biota allowed to characterize the overall fate of rare earth elements in these estuarine ecosystems

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Maron, Pierre-Alain. "Contribution à l'élaboration de bio-descripteurs microbiens pour la compréhension du fonctionnement et de l'évolution des systèmes complexes." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10034.

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Abstract:

Ce travail constitue une contribution à la compréhension des interactions densité/structure/fonctionnalité/fonction des communautés microbiennes dans le sol. Il porte sur des communautés fonctionnelles-clés dans le fonctionnement des écosystèmes (nitratante et dénitrifiante) et sur la communauté microbienne globale du sol. Il comporte essentiellement des aspects méthodologiques : - élaboration d'outils sérologiques pour quantifier la nitrite oxydoréductase (NOR) et la nitrate réductase dissimilative (NAR) dans le sol, - évaluation en fonction du type de sol, de la représentativité de la fraction cellulaire extraite par gradient de densité en vue du développement d'outils d'étude de la synthèse protéique globale au sein de la communauté microbienne du sol. Enfin, une application portant sur une population dénitrifiante de Pseudomonas fluorescens inoculée en sol stérile permet d'observer un contrôle complexe par l'oxygène de la relation fonctionnalité/fonction de cette population.

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Tayoub, Mahmoud. "Application de méthodes statistiques multivariables à l'étude de la diversité et de la structure des peuplements de diptères Dolichopodidae au niveau d'un interface étang-forêt (Etang du Prussien, Parc Naturel Régional de Saint-Amand-Raismes, Nord)." Lille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LIL10066.

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Abstract:

Au cours d'un cycle annuel 56 espèces de Dolichopodidae ont été recensées à l'aide de pièges jaunes et de pièges à émergence répartis dans 7 stations. Les niveaux d'abondance et la diversité sont très variables suivant les périodes de l'année (maximum en juin-juillet) et suivant les stations. Des analyses statistiques multivariables ont été utilisées pour l'exploitation des résultats

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Roques, Alain. "La spécificité des relations entre cônes de conifères et insectes inféodés en Europe occidentale. : Un exemple d'étude des interactions plantes-insectes." Pau, 1988. http://www.theses.fr/1988PAUU3012.

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Etude des relations entre cônes-hôtes et insectes. La reconnaissance de l'hôte a distance s'effectue par l'intermédiaire de stimuli visuels et olfactifs caractéristiques de l'essence végétale comme du cône. Les signaux chimiques caractéristiques de la phénologie du cône agissent a courte distance. Plusieurs mécanismes adaptatifs, comme la diapause prolongée, assurent un maintien des espèces, en tendant vers un partage de l'habitat limite disponible.

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Rybarczyk, Hervé. "Processus d'eutrophisation et ses consequences sur les peuplements d'un ecosysteme estuarien macrotidal, un exemple en manche orientale : la baie de somme." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066231.

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Abstract:

La baie de somme est un domaine marin macrotidal de la manche orientale. Elle recoit par l'estuaire de la somme des apports en sels nutritifs en provenance d'un bassin versant marque par une agriculture moyenne. Pour prendre en compte cette situation d'interface une problematique et une methodologie originale de prelevement sur ces vastes estrans (72 km#2) ont ete developpees. Les principaux resultats obtenus montrent que les eaux de la baie sont distinctes des eaux cotieres. Physiquement avec une isohaline de 29,5 g/l##1 et biologiquement car elles correspondent a un peuplement phytoplanctonique particulier assujetti a la dessalure et domine par le genre asterionella. De plus les teneurs en chlorophylle a y sont en moyenne trois fois plus elevees qu'au large. La somme, avec 25 m#3/s##1 de debit moyen joue un role non negligeable dans le processus d'eutrophisation de la baie pourtant soumise a un regime macrotidal. Le volume oscillant possede un temps de renouvellement moyen de 8 jours soit 16 cycles de maree environ. L'etude de la distribution des sels nutritifs selon la salinite a permis de mettre en evidence des variations saisonnieres mais egalement spatiales. Une production d'ammonium est observable directement en relation avec les fortes biomasses des especes benthiques estuariennes. La production primaire elevee, resultant de l'eutrophisation des eaux de la baie est suivie d'une forte degradation de matiere organique et une liaison significative a ete mise en evidence entre l'augmentation des concentrations en pheopigments a et la depletion en oxygene de l'eau de mer recouvrant les estrans. L'approche experimentale des phenomenes d'anoxie a conduit a determiner comme parametre essentiel des mortalites les importantes biomasses des especes benthiques, notamment cerastoderma edule. Un modele de situation d'anoxie et des abaques de survie en fonction de la saturation en oxygene dissous, de la temperature et de la biomasse a ete realise. Ce travail met en evidence l'originalite du fonctionnement hydrologique de la baie de somme. Au travers de l'etude experimentale de l'excretion d'ammonium par les especes benthiques, il souligne le role de leurs biomasses dans cette eutrophisation. Il etablit un lien direct entre le processus d'eutrophisation et les mortalites par anoxie dans un domaine macrotidal

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Dissertations / Theses on the topic 'Écosystèmes'

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