Dissertations / Theses: 'Élatéridés – Conservation des ressources (biologie)'

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Gouix, Nicolas. "Gestion forestière et biodiversité, les enjeux de conservation d'une espèce parapluie : Limoniscus violaceus (Coleoptera)." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00824627.

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Abstract:

Le taupin violacé - Limoniscus violaceus (Müller, 1821) - est une espèce de coléoptère vivant dans le terreau des cavités d'arbres. Menacé d'extinction en Europe, il est inscrit en Annexe II de la directive " Habitats " dont l'objectif est d'assurer la préservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire au sein du réseau Natura 2000. Les gestionnaires d'espaces naturels où il est présent doivent assurer l'état de conservation de ses populations. Cependant, les difficultés de détection de l'espèce ont limité le développement des connaissances sur sa biologie et son écologie essentielles à la mise en place d'une stratégie de conservation. Cette lacune a motivé la réalisation de ce travail de thèse. Il commence par la compilation des données relatives à sa répartition: 184 localités à travers 17 pays. Plusieurs discordances avec les données énoncées par le réseau Natura 2000 sont mises en évidence. Une méthode de suivi de l'espèce par piégeage à émergence est développée et testée dans 5 sites Natura 2000 français. Les résultats obtenus associés à la description des cavités d'arbres et de leur environnement permettent l'identification d'un modèle prédictif des cavités habitées par Limoniscus violaceus dépendant de deux facteurs simples d'utilisation : l'état d'avancement de la cavité et la circonférence de l'arbre à 30 cm du sol. L'étude de leur valeur seuil et de leurs intervalles de confiance conduit à l'élaboration d'une règle de décision pour l'évaluation des habitats favorables à l'espèce. Parallèlement, l'analyse de la composition des assemblages d'espèces échantillonées se base sur la détermination de 231 coléoptères saproxyliques. La préservation des cavités favorables pour Limoniscus violaceus apparait bénéfique pour la majorité d'entre eux, justifiant le potentiel d'espèce parapluie qui lui est attribué. Dans une perspective de prospection, une liste d'espèces indicatrices est identifiée. Elle permet de prioriser les sites au sein desquels une stratégie de suivi des cavités basses favorables pour la biodiversité et pour Limoniscus violaceus doit être envisagée. L'étude du comportement de dispersion à partir des résultats d'échantillonnage par émergence associé aux connaissances bibliographiques suggère une taille des populations locales d'environ 10 adultes dont 3 dispersent par cavité chaque année. Un regard sur la sex-ratio apporte des éléments complémentaires de réflexion sur le fonctionnement des populations. Enfin, un cas concret de stratégie de conservation pour l'espèce en forêt de Grésigne est présenté. Afin d'assurer le recrutement d'arbres à cavité pour pérenniser les populations de Limoniscus violaceus, des recommandations de gestion fondées sur l'aménagement forestier en cours et l'étude des origines des cavités sont émises.

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Nicolè, Florence. "Biologie de la conservation appliquée aux plantes menacées des Alpes." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://www.theses.fr/2005GRE10127.

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Abstract:

Au travers d'exemples concrets de plantes menacées choisies dans la flore des Alpes françaises, ce travail présente l'application de trois approches classiquement utilisées en biologie de la conservation : l'étude de la diversité génétique, l'étude des performances reproductives et du système de reproduction et l'étude de la dynamique de populations. Dans un premier temps, nous avons mis en évidence l'utilité des marqueurs moléculaires pour résoudre les ambiguïtés taxonomiques et vérifier le statut d'unité de conservation de Potentilla delphinensis Gren. & Godron. Cette approche a aussi permis d'établir une stratégie de renforcement des populations de Dracocephalum austriacum L. Dans un deuxième temps, nous avons montré que les performances reproductives et le système reproducteur sont de bons indicateurs de la viabilité des populations (Androsace septentrionalis L. Et Cypripedium calceolus L. ). Dans un troisième temps, nous avons montré la pertinence des modèles matriciels et des analyses de viabilité de populations pour comprendre le fonctionnement d'une espèce et évaluer sa vulnérabilité (Cypripedium calceolus L. Et Astragalus alopecurus Pallas). La combinaison des différentes approches sur Dracocephalum austriacum L. Indique que les aspects génétiques et démographiques sont indissociables pour prédire la viabilité des populations. L'ensemble de ces résultats a permis de dégager des recommandations théoriques et méthodologiques sur l'application des approches démographiques aux plantes menacées. Des conseils pragmatiques sont proposés aux organismes oeuvrant à la protection de la flore
Through concrete examples of endangered plants chosen in the flora of the French Alps, this work presents the application of three main aspects classically used in conservation biology: the study of genetic variation, the study of reproductive performance and reproductive system and the study of population dynamics. First, we show that molecular markers are a useful tool to resolve taxonomic ambiguities and verify the status of conservation unit in the case of Potentilla delphinensis Gren. And Godron. They also allowed us to establish a strategy for population reinforcement of Dracocephalum austriacum L. Then, we show that the reproductive performances and the reproductive system are good indicators of population viability (Androsace septentrionalis L. And Cypripedium calceolus L. ). We also demonstrate the relevance of population matrix models and population viability analyses to understand better the biology and the ecology of an endangered species and to estimate its vulnerability (Cypripedium calceolus L. And Astragalus alopecurus Pallas). The combination of the different approaches on Dracocephalum austriacum indicate that genetic and demographic aspects interact and should be considered together to predict the viability of the populations. Finally, we propose theoretical and methodological recommendations, especially on the application of demographic approaches to endangered plants. Pragmatic applied management guidelines are proposed to enhance the protection of the flora

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Chansigaud, Valérie. "Des facteurs sociaux et culturels influençant la biologie de la conservation : l'exemple des invertébrés." Orléans, 2001. http://www.theses.fr/2001ORLE1040.

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Abstract:

Les Invertébrés (Insectes, Crustacés, Arachnides, Mollusques, Nématodes, etc. ) forment l'un des principaux éléments de la biodiversité puisqu'ils constituent 99 % des animaux présents sur Terre. Comment expliquer alors leur faible place dans les programmes actuels de protection de la biodiversité ? Cette thèse répond à cette question en adoptant une démarche transdisciplinaire qui présente des éléments relevant de l'histoire et de la sociologie des sciences, de l'histoire des mentalités, de l'écologie théorique et appliquée, etc. La première partie présente les complexes relations qu'entretiennent l'espèce humaine et les Invertébrés : l'étude scientifique des Invertébrés, les espèces parasites et vectrices de maladies, les ravageurs des cultures, les usages alimentaires, la production de matières, les utilisations culturelles et artistiques et, enfin, le rôle des Invertébrés dans les mythologies et les croyances humaines. La seconde partie traite des problèmes soulevés par la conservation des Invertébrés et aborde notamment le rôle et l'évaluation de la biodiversité, les menaces pesant sur les espèces et les habitats, les méthodes engagées pour protéger ces animaux, etc. Enfin, une relecture de ces différents éléments est proposée. Elle démontre que notre relation à ces animaux reflète avant tout le poids des utilitarismes et des préjugés culturels. Les perspectives sont assez sombres car ces facteurs sociaux et culturels sont pour une large part totalement occultés, ce qui risque d'obérer l'efficacité même des programmes de conservation de la biodiversité.

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Cheylan, Marc. "Les Reptiles du paléarctique occidental : diversité et conservation." Paris, EPHE, 1995. http://www.theses.fr/1995EPHE3034.

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Abstract:

L'analyse de la répartition géographique des reptiles dans le paléarctique occidental (25 millions de kilomètres soit 17% des terres émergées) permet, premièrement, de dresser un bilan de la biodiversité de ce groupe dans l'aire considérée, deuxièmement, d'évaluer l'importance patrimoniale des espaces et des espèces, troisièmement, d'orienter a partir de critères objectifs les choix en matière de conservation. Des propositions méthodologiques sont faites pour standardiser certaines mesures de biodiversité, notamment la richesse spécifique, l'endémisme et l'importance phylogénétique des taxas. Les hypothèses avancées pour expliquer les gradients de richesse spécifique a l'échelle continentale sont passées en revue et discutées. Les résultats obtenus suggèrent que les mécanismes locaux (écologiques) pourraient être fortement influencés par les mécanismes globaux (biogéographiques)

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Sarthou, Jean-Pierre. "Contribution à l'étude systématique, biogéographique et agroécocénotique des Syrphidae (Insecta. Diptera) du Sud-Ouest de la France." Toulouse, INPT, 1996. http://www.theses.fr/1996INPT021A.

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Abstract:

Les syrphidae, qui comptent environ 480 especes en france, sont de tres bons indicateurs de milieux et de precieux auxiliaires de l'agriculture. Afin de comprendre la structure et la dynamique des syrphidocenoses dans les agroecosystemes pour tendre vers une agriculture durable, nous avons etudie 50 biotopes diversement anthropises. * contribution systematique: paragus bradescui est revalide, la diagnose de temnostoma meridionale est precisee et un changement de genre est propose pour meligramma cincta. * contribution biogeographique: 5 especes sont mentionnees pour la premiere fois en france et 11 voient leur aire de distribution palearctique s'etendre. * contribution agroecocenotique: la diversite syrphidienne, totale d'une part, diminue avec l'anthropisation a forte remanence, et a forte valeur patrimoniale d'autre part, croit avec la maturation ecologique des biotopes. Sphaerophoria scripta et eupeodes corollae manifestent dans certains biotopes moyennement anthropises, des augmentations spectaculaires d'effectifs. Nous discutons des amenagements possibles des agroecosystemes pour beneficier des syrphidae auxiliaires et proposons des elements pour une theorie des agroecosystemes: maillage des entropies endogenes et exogenes

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Jacquet, Karine. "Biodiversité et perturbations : dynamique de l'avifaune après incendie et ses relations avec la dynamique végétale." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20142.

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Abstract:

Les incendies font partie, depuis toujours, de l'environnement méditerranéen. Ils influencent ainsi la constitution et l'évolution de ses écosystèmes. L'objectif de cette thèse est d'analyser les dynamiques post-incendie de la végétation et de l'avifaune associée, à partir de l’échantillonnage de 126 stations du massif des Albères (Pyrénées-Orientales). Ces stations peuvent être réparties en six formations végétales selon un gradient allant des pelouses aux chênaies vertes, deux autres formations étant caractérisées par la présence du chêne-liège. Nos résultats montrent des temps de résilience croissants en fonction du biovolume végétal. Très court dans les pelouses, le temps de retour à l’état pré-incendie est estimé à 40 ans pour la structure de la végétation et 30 ans pour l’avifaune dans les forêts de chênes verts. Ces temps de retour sont plus courts dans les subéraies, six et 16 ans respectivement, du fait du mode de régénération particulier du chêne-liège. Après un deuxième incendie, une baisse de la vitesse de régénération de la végétation et de l’avifaune est détectée dans les subéraies et peut-être dans les maquis hauts, mais pas dans les maquis bas. Une étude de la dynamique du paysage des Albères sur 41 années effectuée sur photos aériennes montre que, en dépit de l'occurrence de grands incendies dans cette région, le paysage tend à se fermer sous l'effet d'une forte déprise rurale, avec une expansion des forêts au détriment des milieux ouverts. Les conséquences de cette fermeture sont négatives pour un ensemble d’espèces d'oiseaux rares et menacées inféodées aux milieux ouverts. Notre étude montre que les incendies, en réouvrant des milieux, créent des conditions temporairement favorables à ces espèces. Le rôle possible du feu dans la gestion des habitats de ces espèces est donc envisagé
Fire is a key mechanism influencing the composition and evolution of the Mediterranean ecosystems. The aim of this thesis is to analyze the post-fire dynamics of vegetation and its associate avifauna, by monitoring 126 plots in the Albera massif (Pyrénées-Orientales). These plots can be divided into six vegetal formations ranging from grasslands to holm oak forests representing formations found along a natural gradient. Two other formations are caracterized by the presence of the cork oak. Our results show growing recovery times as a function of the vegetal volume. The resilience to the prefire state is very short in grasslands, but is estimated at 40 years for the vegetation structure and 30 years for the avifauna of the holm oak forests. These recovery times are shorter in the cork oak forests, six and 16 years respectively, due to the particular regeneration of this tree. After a second fire, we found a significant decrease in the regeneration speed of vegetation and avifauna in the cork oak formations and perhaps in the tall maquis, but not in the low maquis. A study of landscape dynamics of the Albera for 41 years using aerial photographs has shown that, in spite of the occurrence of large wildfires in this country, the landscape tends to close up due to a high rural depopulation , with an encroachment of forest to the detriment of open habitats. Consequences of this closure are negative for a set of rare and endangered bird species linked to open habitats. Our work show that wildfires, by opening some habitats, create temporarily favourable conditions for these species. The possible role of fire in habitat management of these species is therefore considered

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Gangloff, Benoît. "Systematics and phylogeography in gadfly petrels (Aves: Procellariiformes) and implications for conservation." Poitiers, 2010. http://theses.edel.univ-poitiers.fr/theses/2010/Gangloff-Benoit/2010-Gangloff-Benoit-These.pdf.

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Abstract:

Les Procellariiformes sont des oiseaux marins présentant des caractéristiques les rendant particulièrement attractifs pour la recherche. Ces oiseaux constituent le groupe d'oiseaux marins le plus diversifié et probablement le plus menacé, 44. 7% des espèces de Procellariiformes étant classées Vulnérables ou En Danger d’Extinction par l’UICN. Comme d'autres oiseaux marins, les Procellariiformes constituent des modèles fascinants pour l'étude des patrons de différentiation des populations et des espèces puisqu'étant confrontés à l’action de forces évolutives opposées : d'un côté leur extrême mobilité leur permet de disperser très loin, ce qui est supposé permettre et augmenter le flux de gènes entre populations et donc atténuer la différentiation des populations ; de l'autre côté, étant extrêmement philopatriques ils reviennent généralement se reproduire dans leur colonie de naissance, une caractéristique censée promouvoir la différentiation des populations. Ajoutées au fait qu'ils vivent dans l'océan, ces caractéristiques les rendent particulièrement intéressants pour étudier les processus de différentiation en l'absence de barrières physiques aux flux de gènes. Par ailleurs, la taxonomie et les relations phylogénétiques chez les Procellariiformes sont complexes et mal établies, entre autres en raison de l'action opposée des forces évolutives citées précédemment. Les limites d'espèces et la taxonomie de cet ordre ont donc continuellement changé au fil des années. Au cours des 20 dernières années, les développements observés dans le domaine de la biologie moléculaire ont fournis des outils de plus en plus puissants pour élucider certaines incertitudes phylogénétiques, comprendre les patrons phylogéographiques observés et avoir une meilleure compréhension des processus promouvant la différentiation des populations chez ces oiseaux. Ces outils permettent aussi de mieux comprendre la structuration des populations et les relations entre ces dernières ce qui peut grandement aider à la définition des actions de conservation entreprises pour ces organismes et à leur ordre de priorité. Dans cette thèse, à l'aide d'outils de biologie moléculaire, j'ai étudié les relations phylogénétiques et la phylogéographie de plusieurs taxons de la famille des Procellariidae, la plus riche en espèce chez les Procellariiformes. Cette étude à portée sur deux niveaux taxonomiques : premièrement, au niveau générique, cette étude décrit les relations phylogénétiques du genre Pseudobulweria, probablement le genre d'oiseaux marins le plus menacé au monde ; deuxièmement, au niveau du taxon et des populations l'accent a été porté sur les ptérodromes de Macaronésie et sur le pétrel de Gould, en particulier concernant les relations entre ses sous-espèces australiennes et néo-calédoniennes. L'utilisation d'analyses multilocus pour chacune de ces investigations a permis d'améliorer notre compréhension et connaissances des ces taxons : chez Pseudobulweria la construction d'un « arbre d'espèce » a permis de définir les relations phylogénétiques au sein du genre et de résoudre la question du statut taxonomique du pétrel de Beck ; chez les ptérodromes de Macaronésie, j’ai montré que la séparation des trois taxons est beaucoup plus récente que précédemment estimée et que ces populations doivent être considérées comme des Unités Evolutives Significatives ; chez le pétrel de Gould, cette étude a montré que les deux sous espèces ne sont pas différenciées génétiquement et que ces deux lignées ne sont pas séparées. L'ensemble de ces résultats obtenus par l'utilisation de plusieurs gènes nucléaires en plus de gènes mitochondriaux souligne l'importance de ce type d'approche pour l'étude des patrons phylogénétiques et phylogéographiques pour les comprendre dans toute leur complexité
Procellariiformes are seabirds showing a set of characters rendering them particularly attractive to research. They are the most diverse seabird group, and probably also the most threatened, with 44. 7% species classified Vulnerable or worse under IUCN criteria. As many seabirds, they are fascinating models to study patterns and processes of population and species differentiation, being under contradictory evolutionary forces: on the one hand being extremely vagile allow them to disperse very far, which is supposed to enhance gene flow between populations, thus reducing their differentiation and diversification ; on the other hand, being extremely philopatric, they often return to breed in their natal colony, a pattern supposed to enhance population differentiation. Living in the ocean, they also constitute good models to investigate differentiation processes in the absence of physical barrier to gene flow. In addition, partly as a result of the opposite evolutionary forces just described, their taxonomy and phylogenetic relationships are complex, have proved very frustrating over the decades and have therefore been in a state of flux over the years. The development of molecular ecology in the last two decades have provided some new powerful tools to elucidate some of the phylogenetic uncertainties, to understand the observed phylogeographic patterns and have a better grasp at the underlying processes promoting diversification in these birds. These tools also allow a better understanding of population structure and relationships and can greatly help to the prioritisation and design of conservation actions directed at conserving these organisms. In this thesis, by means of molecular ecology tools, I investigated the phylogenetic relationships and phylogeography of several taxa belonging to family Procellariidae, the most speciose in order Procellariiformes. I studied these at two levels: first at the genus level by describing phylogenetic relationships in genus Pseudobulweria, probably the most endangered seabird genus in the world; and second at the taxon and population level I focused on the Macaronesian group of gadfly petrels and on the Gould’s petrel complex, in particular regarding the relationships between its Australian and New Caledonian subspecies. Using a multiloci approach for each of these investigations provided a mean to improve our understandings : in Pseudobulweria the species tree approach used allowed inferring the phylogenetic relationships between all the taxa in the genus for the first time and to solve a taxonomic issue regarding the status of Beck’s petrel ; in Northeast Atlantic gadfly petrels, I showed that the divergence of the three taxa living in that region is much more recent than previously thought and that the three populations deserve at least the status of Evolutionary Significant Units ; in Gould’s petrel I showed that the two population currently recognised as subspecies are not structured genetically and the lineages have not diverged. These investigations underline the necessity to incorporate new methods and multiple loci when investigating the phylogenetic and phylogeographic patterns in organisms to fully capture their complexity

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Courquin, Betty. "Prise en compte de l’adaptation locale et de la dépression hybride en biologie de la conservation : exemple de Biscutella neustriaca, endémique de Haute Normandie." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10129/document.

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Abstract:

Pour éviter la disparition d'une espèce menacée, l'augmentation des effectifs par transfert d'individus d’une population source à la population cible (renforcement) et la création de populations nouvelles (réintroduction), constituent des instruments clés des stratégies de conservation. Cependant le transfert d’individus dans un contexte d’adaptation locale peut aboutir à une mal-adaptation des individus transférés dans leur environnement d’introduction. Par ailleurs les descendants des croisements entre individus natifs et individus transplantés peuvent présenter une valeur sélective réduite consécutive à la dépression hybride. Intégrer les notions d’adaptation locale et de dépression hybride en biologie de la conservation suscite de nombreuses interrogations, quant à la mise en évidence des adaptations locales, les mesures de distances entre populations, le choix des populations cibles dans un protocole de renforcement ou de réintroduction. La présente thèse s’inscrit dans un projet de conservation d’une espèce micro-endémique menacée, la Biscutelle de Neustrie. Elle s’attache à prendre en compte l’adaptation locale et ses conséquences dans les protocoles de renforcement de l’espèce. Cette thèse comporte trois volets : (1) l’étude de la dépression hybride en lien avec la distribution géographique de l’espèce, en conditions environnementales contrôlées et en sites d’introductions (2) l’étude de la différenciation écologique des populations en termes d’habitats et de traits d’histoire de vie ainsi que le patron d’adaptation locale des plantes à leur environnement naturel (3) la comparaison de deux stratégies conservatrices de renforcement : l’auto- et l’allo-renforcement. La synthèse de ces trois volets a permis d’élaborer un protocole de conservation pour l’espèce et plus largement d’identifier les paramètres à intégrer pour réussir un transfert d’individus chez les espèces menacées ou d’en comprendre les échecs
In conservation management of threatened populations or species, reintroduction and reinforcement procedures constitute essential tools. However, transplanted individuals may either establish in the introduction site or be poorly adapted to it. Moreover outcrosses may either increase or decrease outbred progeny fitness, by heterosis or outbreeding depression respectively. In this context, understanding the pattern of genetic and adaptive differentiation between populations is essential for the elaboration of conservation strategies. The objective of the present study is to apply this proposition in the context of the conservation program of Biscutella neustriaca, a declining species. First, we investigated progeny fitness from crosses between populations at distinct geographic scales. Second, we examined ecological differences between habitats, genetic differences in life-history traits between populations and the pattern of local adaptation in greenhouse and in introduction sites. Third, we compared the efficiency of two conservative reinforcement strategies. Finally after a synthesis of these three parts we developed a protocol for the conservation of B. neustriaca and more widely we identified the parameters to include for a successful transfer of individuals in threatened species or for a better understanding of failed attempts

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Fontaine, Benoît. "La connaissance taxonomique des espèces rares : outil ou handicap pour la conservation de la biodiversité ?" Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2006. http://www.theses.fr/2006MNHN0028.

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Abstract:

Une des caractéristiques essentielles de la biodiversité est la dominance des espèces rares et petites dans les communautés. Ces espèces sont également les moins étudiées. Par ailleurs, environ 1,75 million d’espèces sont connues, mais le nombre total d’espèces vivantes dépasse sans doute 10 millions, peut-être bien davantage. Enfin, il est maintenant établi que nous vivons une crise d’extinction majeure dans l’histoire de la vie. La documentation de la biodiversité est donc urgente, ne serait-ce que pour pouvoir mieux la préserver. C’est aux taxonomistes que revient cette tâche, puisque ce sont eux qui découvrent et décrivent les espèces, mais leur discipline souffre d’un grave manque de main-d’oeuvre et d’infrastructures. Face à ce triple constat (lacunes des connaissances sur la biodiversité, crise d’extinction, handicap taxonomique), nous nous interrogeons sur le rôle que peuvent jouer les taxonomistes pour la conservation. Le coeur du travail du taxonomiste est constitué de deux grandes étapes : discriminer les espèces, puis les nommer. La discrimination des espèces les unes par rapport aux autres, avant de les nommer, permet de dégager rapidement les caractéristiques des communautés sur la richesse spécifique, la rareté et la taille des espèces et peut aider au choix des sites à protéger. Lorsque les espèces sont nommées, il est possible d’évaluer l’endémisme et les statuts de menace, afin d’orienter les actions de conservation. Nous illustrons ces contributions de l’apport des taxonomistes à la conservation par des articles issus d’inventaires des mollusques terrestres au Gabon et en Polynésie française. Enfin, l’analyse de la base de données Fauna Europaea, compilée par des taxonomistes, est l’occasion de montrer que les indicateurs habituellement utilisés pour mesurer l’état de la biodiversité font l’impasse sur la majorité des espèces, et ne remplissent donc que partiellement leur rôle. La dernière partie de cette thèse aborde l’intérêt et la faisabilité d’une nomenclature scientifique française pour les mollusques de France, pour favoriser la conservation de ces espèces méconnues à forte valeur patrimoniale. Pour les espèces les plus nombreuses et les moins connues, les taxonomistes sont les seuls à pouvoir apporter des informations sur la richesse spécifique ou les patrons d’endémisme. Ils permettent donc de prendre en considération l’ensemble de la biodiversité, et non uniquement les grands vertébrés et les plantes supérieures. Dans ce contexte, avec les biologistes des populations, les généticiens et les écologues, ils ont un rôle de premier plan à jouer dans la conservation de la biodiversité
The abundance of rare and small species is a characteristic of biodiversity, and these species are the least known. Moreover, ca. 1. 75 million species are known, but the global magnitude of biodiversity is probably over 10 million species, maybe many more. Last but not least, we are experiencing a major extinction crisis. Documenting biodiversity is thus a priority, if only to preserve it. Taxonomists are responsible for this documentation, as these are the ones who discover and describe species, but they suffer from a lack of manpower and infrastructure. Considering these facts (lack of knowledge on biodiversity, extinction crisis, taxonomic impediment), we examine the role taxonomists could play in conservation. The core of taxonomical work is double: discriminating species, and naming them. Discriminating species, before naming, gives data on species richness, rarity and size patterns, and could help the choice of conservation areas. When species are named, assessing endemism and threat status is possible, which also allows to orientate conservation actions. We illustrate these contributions to conservation with papers presenting results of terrestrial mollusc inventories in Gabon and French Polynesia. We then analyze the Fauna Europaea database, compiled by taxonomists, which shows that the indicators usually used to measure the state of biodiversity are missing most species and give a partial image of the situation. This thesis ends with an assessment of the interest and possibility of having a French scientific nomenclature for the molluscs of France, to facilitate conservation of poorly-known threatened species. Only taxonomists can deliver data on specific richness and patterns of endemism for the most numerous and least known species. Their contribution allows to take into account all biodiversity, and not only large vertebrates and flowering plants. In this framework, their role is crucial in conservation biology, together with population biologists, geneticists and ecologists

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Bourgeois, Karen. "Ecologie, biologie et conservation d’un oiseau marin endémique de Méditerranée, Puffinus yelkouan." Aix-Marseille 3, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX30057.

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Abstract:

L’objectif a été d’étudier Puffinus yelkouan, oiseau marin pélagique encore mal connu, afin de combler les lacunes en connaissance de son écologie et de sa biologie, et d’amener des éléments concrets pour sa gestion et sa conservation. La synthèse réalisée sur son statut mondial et les menaces encourues suggère qu’il s’agit d’une espèce menacée. Nous avons évalué les méthodes de sexage morphométrique et acoustique, et identifié les paramètres à considérer dans la planification des suivis et recensements. L’analyse de la sélection de l’habitat de nidification a souligné un faible taux d’occupation de l’habitat favorable. L’analyse de l’impact de la prédation par les chats harets a montré que cette prédation constitue une menace majeure pour l’espèce et a révélé une structure inattendue des populations. Ces éléments suggèrent que l’éradication des chats sur notre site d’étude (îles d’Hyères) est une action prioritaire à mener pour dynamiser la population reproductrice et empêcher son extinction, l’habitat de nidification disponible permettant de supporter une telle dynamisation
The purpose was to study Puffinus yelkouan, a pelagic seabird remaining poorly known, in order to fill the knowledge gaps for this species ecology and biology, and to provide tangible data for its management and conservation. The review of its world status and threats emphasized that this is a threatened species. We evaluated morphometric and acoustic sexing methods and identified parameters to be considered for monitoring and census planning. The breeding habitat selection analysis highlighted a particularly low occupation rate of the suitable habitat. The analysis of feral cat predation impact showed that this predation constitutes a major threat for the species and revealed an unexpected population structure. These results prioritized cat eradication on our study site (Hyères islands) in order to enhance the breeding population dynamics and to avoid its extinction, the abundance of suitable and available breeding habitat allowing an increase in the species population

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Laurent, Luc. "Une Approche de biologie de la conservation appliquée à la population de tortue marine caretta caretta de Méditerranée." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066143.

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Abstract:

La biologie de la conservation d'une espèce est une véritable discipline scientifique. Son champ d'investigation se situe à l'interface des spécialités de la biologie des populations (génétique, dynamique des populations et écologie). Sa méthode consiste à définir des stratégies d'étude d'une espèce et à développer des outils permettant le recensement et l'analyse des menaces, afin de proposer des actions de conservation les plus rentables possibles. Cette méthode a été appliquée à la population de tortue marine caretta caretta de Mediterranée, selon deux approches principales, génétique et de dynamique des populations. L'utilisation d'un marqueur moléculaire (séquence d'une partie d'un gène mitochondrial) a permis d'étudier les flux géniques entrant en Méditerranée et les phénomènes de dispersion écologique. Cette étude a montré que la population méditerranéenne femelle est isolée génétiquement des populations atlantiques, mais que des tortues atlantiques sont trouvées dans le bassin occidental de la Méditerranée. Une modélisation du fonctionnement démographique de la population méditerranéenne a été entreprise, elle a débouché sur la proposition de différents modèles matriciels déterministes. Des analyses de sensibilité ont permis d'estimer les impacts des différentes pêcheries méditerranéennes (captures accidentelles). La mesure de conservation prioritaire est la protection des adultes dans le bassin oriental

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Fréville, Véronique. "La centaurée de la Clape : biologie d'une espèce rare et réflexions méthodologiques." Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20046.

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Valière, Nathaniel. "Amélioration et optimisation des méthodes non-invasives et des marqueurs microsatellites en biologie des populations et de la conservation." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10075.

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Abstract:

Les récentes avancées en Biologie Moléculaire ont entraîné également des avancées en Biologie des Populations et de la Conservation, La mise au point de la Polymerase Chain Reaction, (PCR) a ainsi permis d'utiliser des échantillons ne contenant qu'une très faible quantité d'ADN. On peut désormais récolter des fèces ou des poils pour en extraire de l'ADN et pouvoir typer génétiquement les échantillons grâce, par exemple, à des marqueurs microsatellites. Cet échantillonnage non-invasif constitue une stratégie intéressante pour étudier des populations ou des espèces discrètes, rares ou en danger. Néanmoins, les faibles quantités et qualité de l'ADN associées aux inhibiteurs de PCR peuvent entraîner des erreurs de génotypage et ainsi biaiser l'identification des individus. Aussi des mises au point et des optimisations doivent être menées avant de commencer une étude à grande échelle. Nous allons voir dans ce mémoire qu'il est possible d'optimiser l'utilisation des échantillon non-invasifs et des microsatellites. Ceci sera réalisé autour des trois grandesétapes d'une étude: l'échantionnage, le génotypage et l'analyse des données. A chacune de ces étapes, des articles seront présentés. Nous aborderons ainsi: *- l'utilité de l'échantillonnage non -invasif pour étudier la colonisation du loup (Canis lupus) en France et en Suisse. *- la mise au point de l'extraction d'ADN à partir d'urine récoltée dans la neige, *-le développement d'un logiciel permettent de déterminer la stratégie d'une étude de population basée sur l'identification individuelle, * -l'utilité de la répétition des amplifications PCR our chaque échantillon et locus (approche multitubes) pour confirmer les génotypes (application avec le logiciel sus-cité), *-une comparaison (basée sur des simulations avec le logiciel sus-cité) des méthodes d'estimation de la taille de population, *-le développement d'un logiciel d'analyse des données d'identification individuelle.

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Glémin, Sylvain. "Dépression de consanguinité, systèmes de reproduction et biologie de la conservation. Approches théoriques et expérimentales chez Brassica insularis Moris." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20171.

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Drira, Sabrine. "Vers une meilleure prise en compte des incertitudes dans le processus de la planification systémique de la conservation." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG074.

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Abstract:

La planification systémique de la conservation vise à identifier les zones prioritaires pour la conservation. Réunissant les outils et théories de plusieurs domaines de recherche en écologie, les solutions de la planification systémique de la conservation reflètent les incertitudes inhérentes aux différentes étapes de son processus. Cette thèse se propose de nouvelles approches permettant de relever plusieurs défis méthodologiques liés à diverses sources d’incertitude.En premier lieu, nous proposons un nouveau cadre conceptuel pour intégrer les incertitudes liées aux données de distributions des espèces dans le processus de la planification systémique de la conservation. Les solutions de conservation optimales, relatives aux scénarios de distributions, sont identifiées grâce à une programmation linéaire en nombres entiers, et prennent en compte, via une approche de post-sélection, la variabilité des modèles de distributions tout au long du processus. Cette approche évite le compromis implicite entre flexibilité et efficacité des solutions de conservationEn second lieu, nous avons fourni un socle méthodologique permettant d’optimiser trois indices de la richesse fonctionnelle dans un ensemble de réserves, grâce à une programmation linéaire en nombre entiers. Les différences entre les solutions de conservation correspondantes mettent en évidence une source d’incertitude liée à la définition et à l'opérationnalisation de la richesse fonctionnelle. À l’origine de cette incertitude, un espace fonctionnel construit sur la base d’hypothèses différentes quant aux calculs des distances fonctionnelles entre les espèces.En troisième lieu, nous avons relevé une source d’incertitude inhérente à la modélisation de la relation aire-richesse spécifique, et son impact le long du processus de la planification systémique de conservation. Nous avons montré que l'application d'un modèle en particulier ne peut pas s’ajuster à tous les habitats, ce qui affecte l’estimation des cibles de conservation. Selon le modèle utilisé, l’ensemble de réserves sélectionné est soit inefficace, soit surestimé pour la protection des habitats, ce qui entraîne un gaspillage de ressources de conservation ou à des inefficacités de protection des ressources biologiques. Nous suggérons alors d'effectuer une inférence multi-modèles afin de fournir des cibles de conservation robustes spécifiques à l’habitat
Systemic conservation planning attempts to identify priority conservation areas. Bringing together tools and theories of several fields of research in ecology, the outcomes of the systemic planning of the conservation reflect the uncertainties inherent to the different stages of its process. This thesis proposes new approaches to address several methodological challenges related to various sources of uncertainty in systemic conservation planning.First, we propose a new conceptual framework for integrating uncertainties related to species distribution data into the systemic conservation planning process. The optimal conservation solutions, relative to the distribution scenarios, are identified through integers linear programming in, and take into account, through a post-selection approach, the variability of the species distribution models predictions throughout the process. This approach avoids the tacit trade-off between flexibility and efficiency of conservation solutions.Secondly, we provided a methodological background for optimizing three measures of functional richness in a set of reserves, thanks to integer linear programming. The differences between the corresponding conservation solutions highlight a source of uncertainty related to the definition and operationalization of the functional richness. At the origin of this uncertainty, a functional space built on different assumptions as to the calculations of functional distances between species.Third, we identified a source of uncertainty inherent to the species-area model fitting, and its impact along the systemic conservation planning process. We have shown that the application of one particular model may not provide reliable predictions for all habitats, which affects the estimation of conservation targets. Depending on the model used, the set of reserves selected is either ineffective or overestimated for habitat protection, resulting in a waste of conservation resources or inefficiencies in protecting biological resources. We then suggest performing a multi-model inference to provide robust habitat-specific conservation targets

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Kiema, Sébastien. "Elevage extensif et conservation de la diversité biologique dans les aires protégées de l’Ouest burkinabé : arrêt sur leur histoire, épreuves de la gestion actuelle, état et dynamique de la végétation." Orléans, 2007. http://www.theses.fr/2007ORLE2031.

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Abstract:

Les prévisions actuelles en biologie de la conservation font état d’une érosion de la diversité des espèces de la planète. Le recours à des espaces délimités est un moyen pour conserver cette diversité menacée. Une réflexion transdisciplinaire a été engagée pour mieux traiter des interactions entre l’élevage extensif et la conservation de la diversité végétale dans les aires protégées en savane soudanienne. La plupart des aires protégées en Afrique Occidentale Française ont été mises en place pour des raisons essentiellement économiques. De nombreuses initiatives ont ensuite été développées par le service forestier pour les préserver. Sans les aires protégées, l’élevage de type pastoral qui requiert plus d’espace libre, a du mal à se maintenir dans cette région. L’évaluation de l’état actuel de la végétation et des sols a permis d’expliquer les variations de diversité végétale entre l’intérieur et l’extérieur des aires protégées ainsi que les effets des diverses pressions. Comparées aux milieux périphériques, les aires protégées constituent les derniers milieux abritant des espèces végétales devenues rares dans les périphéries et la première source de ressources fourragères de bonne valeur. Leur richesse spécifique est plus faible mais, malgré leur apparent isolement dans l’espace elles entretiennent des liens fonctionnels avec les périphéries. Des espèces végétales diffusent des aires protégées vers les périphéries proches où la pression agricole et pastorale empêche leur installation. La forte pâture dans les périphéries diminue la qualité des sols, modifie la composition floristique et le régime des feux favorisant ainsi l’embuissonnement. Les mesures actuelles de conservation déplacent et exacerbent la perte de richesse végétale des périphéries. Cependant, aires protégées et élevage sont deux systèmes co-viables.

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Bonnaud, Elsa. "Ecologie trophique et impact d'un prédateur introduit (Felis silvestris catus) dans les écosystèmes insulaires." Aix-Marseille 3, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX30080.

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Abstract:

Les invasions biologiques sont la première cause de perte de biodiversité dans les écosystèmes insulaires. Les chats, prédateurs introduits sur les îles, s'alimentent sur une grande variété de proies. Ainsi, les chats menacent d'extinction au moins 167 espèces de vertébrés sur 123 îles de la planète, et sont impliqués dans l'extinction d'au moins 32 taxa. Sur l'archipel des îles d'Hyères, le régime alimentaire de ce prédateur est constitué principalement de mammifères introduits et d'oiseaux. Le rat, le lapin et le puffin yeikouan, oiseau marin endémique du bassin Méditerranéen, représentent à elles seules 90% de la biomasse totale ingérée par le chat. La prédation du chat sur le puffin s'est avérée forte et récurrente L'impact du chat a été évalué en utilisant des modèles démographiques matriciels. Soumise à une telle prédation, la petite population de puffin de Port-Cros ne peut se maintenir que par l'apport d'oiseaux immigrants. Cette menace forte a motivé une campagne d'éradication du chat sur l'île de Port-Cros entraînant une tendance à la hausse de la population de puffin sans apparition du phénomène de relâche de mésoprédateurs
Biological invasions are the first threat for the island biodiversity. Cats predators introduced on islands, feed on a wide range species. Cats are assumed to have an impact on at least 167 vertebrates on 123 different islands and contributed to the extinction of at least 32 taxa. On Hyeres archipelago, the diet of this predatorwas mainly constituted by introduced mammals and birds. The ship rat, the rabbit and the Mediterranean endemic yelkouan shearwater, represented more than 90% of the biomass ingested by cats. The cat predation on the yelkouan shearwater was strong and recurrent. Cat impact was evaluated by using demographic matrix models. Under such cat predation pressure, the small shearwater population of Port-Cros needs to be sustained by immigrant birds Face to this strong threat of shearwater extirpation, cat eradication was conducted on Port-Cros Island leading to an increase of the shearwater population without any sign of mesopredator release

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Danancher, Delphine. "Apports de l'écologie comportementale à la conservation d'un poisson en voie de disparition : l'apron du Rhône (Zingel Asper)." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10228.

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Abstract:

L'apron (Zingel Asper), poisson endémiquedu bassin du Rhône, est menacé de disparition. L'adaptation des modèles de capture-marquage-recapture (CMR) à l'étude de ses préférences de micro et de méso-habitat (faciès) ainsi que les travaux de génétique (relations d'apparentement, dispersion juvénile) ont révélé l'importance des déplacements, de l'hétérogénéité spatiale des habitats et du système d'appariement dans le maintien d'une des dernières populations viable d'apron (rivière Beaume, Ardèche). Le protocole de CMR a également permis l'estimation des rythmes de croissance et leur validation. Les résultats acquis au cours de ce travail ont été discutés en fonction des perspectives de conservation de l'espèce

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Gonzalo-Turpin, Héloïse Hazard Laurent Couix Nathalie. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique /." Toulouse : INP Toulouse, 2009. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000815.

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Gonzalo-Turpin, Héloïse. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation : cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2008. http://oatao.univ-toulouse.fr/7805/1/gonzalo_turpin.pdf.

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Abstract:

Les sciences de la conservation ont pour objet l'évaluation des dégradations causées à la biodiversité et la conception de solutions pour la conserver et la restaurer. Si ces sciences sont historiquement ancrées dans des disciplines biologiques, elles s'en différencient car elles sont explicitement destinées à l'action. Cela suppose la conception de projets en collaboration avec des acteurs de terrain et l'adoption d'une certaine interdisciplinarité. Très peu d'auteurs relatent ce que ces deux perspectives impliquent concrètement concernant les projets de gestion de la biodiversité et la recherche en sciences de la conservation. L'enjeu principal de cette thèse était de mettre concrètement en œuvre ces perspectives afin de produire des connaissances plus pertinentes pour l'action dans un projet relatif à la gestion de la biodiversité, et ce faisant, de donner à voir le cheminement que cela suppose pour un biologiste pratiquant les sciences de la conservation. Ce travail de thèse est ancré dans le projet Ecovars (2005-2007). Ce projet était porté par le Conservatoire Botanique Pyrénéen en partenariat avec l'Institut National de la Recherche Agronomique et le Service d'Utilité Inter-chambres d'Agriculture des Pyrénées. L'objectif finalisé de la thèse était d'établir un outil (des zones de transfert de graines) permettant de gérer sur le massif pyrénéen la diversité génétique intraspécifique de la flore locale. Cette gestion devait intégrer les points de vue des acteurs utilisant les espaces à restaurer. Ce travail s'appuie sur l'étude conjointe des diversités génétiques neutre et adaptative d'une graminée alpine sauvage (Festuca eskia) destinée à la restauration des pelouses alpines, de son patron d'infection par un endophyte (Epichloë festucae) et des points de vue d'acteurs concernés par des opérations de restauration. L'étude conjointe de la diversité génétique neutre et de l'endophytisme met en évidence que F. eskia est divisée en deux entités génétiques distinctes (Est versus Ouest). L'étude de la diversité génétique adaptative montre que F. eskia présente une différenciation génétique adaptative le long des gradients altitudinaux, malgré des flux de gènes important entre altitudes. Cette étude montre aussi que le potentiel adaptatif de F. eskia n'est pas faible et ne diminue pas avec l'altitude contrairement aux hypothèses classiques sur les plantes alpines. La complexité des patrons génétiques mis en évidence amène à reconsidérer la pertinence d'établir des zones de transfert de graines. Au-delà, l'analyse des points de vue d'acteurs conduit à abandonner l'idée d'un mode de gestion uniforme de la diversité génétique et plus généralement conduit à proposer l'intégration de la restauration à une gestion globale des territoires. Par ailleurs, l'analyse de cette expérience au sein d'Ecovars montre la nécessité de repenser le partenariat dans les projets de conservation et de restauration afin de produire des connaissances pertinentes pour l'action. A l'issue de ce travail, mon cheminement m'amène à proposer de raisonner les opérations de restauration comme des constructions collectives et locales. Ce cheminement effectué au cours de ma thèse, depuis une approche basée sur des référentiels disciplinaires (dans mon cas la biologie évolutive et l'écologie) jusqu'à une approche plus holiste et plus relativiste des sciences de la conservation est à mon sens ce qui permettrait aux biologistes de faire des sciences de la conservation de vraies sciences pour l'action.

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Le, Cuziat Joseph. "Contraintes environnementales et anthropiques influençant la répartition spatiale de l'outarde houbara Chlamydotis u. Undulata. Perspectives de conservation." Aix-Marseille 3, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX30032.

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Abstract:

Cette étude a consisté en l'identification et l'évaluation des contraintes environnementales et anthropiques agissant sur la répartition spatiale d'une population sauvage d'outarde houbara, espèce menacée et emblématique des milieux désertiques d'Afrique du Nord, afin d'optimiser les stratégies de conservation de l'espèce à l'échelle de son aire de répartition. Ce travail a été réalisé sur une zone d'étude de 600 Km² située dans les steppes semi-arides de l'Oriental marocain, dans des milieux représentatifs des conditions environnementales rencontrées en Afrique du Nord sub-sahélienne. Ces régions sont exploitées par des activités pastorales extensives en pleine mutation. Les études réalisées au cours de ce travail ont permis d'évaluer les différentes méthodes de modélisation existantes, d'identifier les variables explicatives pertinentes, de hiérarchiser les influences environnementales déterminant la répartition de la population d'outardes sur la zone d'étude, et de mettre en évidence les liens fonctionnels existant entre ces variables et certains traits d'histoire de vie de l'espèce
The objectives of this study was the identification and the assessment of environmental and human-induced constraints acting on the spatial distribution of a wild population of houbara bustards, an endangered flagship species of desert range-lands of North Africa. This will allow the definition of comprehensive conservation strategy for the species on its whole distribution area. This work focused on a 600 Km² study area located within semi-arid steppe-lands of the Eastern Morocco representative of North-Africa sub-sahelian environmental conditions. The study area was largely exploited by extensive pastoralism. The relevancy of the different suitable modelling techniques was assessed, relevant predictive variables were identified, environmental influences driving the spatial distribution of bustards on the study area have been put into a hierarchy, and existing functional links between factors and some life history traits of the species have been put into evidence

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Kazakou, Elena. "Vie, mort et décomposition des feuilles d'espèces de succession secondaire méditerranéenne : vers une intégration de la gestion des éléments minéraux par les végétaux." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20041.

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Abstract:

L’objectif principal de cette thèse est la recherche de liens entre la gestion des ressources dans la feuille avant, pendant et après sénescence. Nous avons mené deux types d’expérimentations : l’une in situ dans un gradient de succession secondaire et l’autre dans un jardin expérimental où 18 espèces caractéristiques des différents stades de cette succession ont été transplantées dans deux niveaux de disponibilité en azote. Nos résultats montrent que la durée de vie des feuilles et l’efficacité de résorption des nutriments sont deux stratégies primordiales et alternatives de la conservation des éléments minéraux dans les plantes. La décomposabilité des litières est prédite par les traits des feuilles vertes et en particulier par la robustesse foliaire (teneur en matière sèche, résistances à la fracture et à l’étirement). Le schéma d’utilisation des ressources par les plantes décrit par le compromis acquisition vs conservation des ressources a été retrouvé le long du gradient de succession chez les espèces considérées. Les espèces de stade précoce ayant un fort potentiel d’acquisition des ressources sont remplacées au cours de la succession par des espèces à forte capacité de conservation des nutriments, ces dernières produisant des feuilles à décomposition lente. Enfin, afin de relier le fonctionnement des espèces à celui des écosystèmes, nous proposons d’utiliser la teneur en matière sèche des feuilles comme un marqueur fonctionnel de la décomposition des litières
The main aim of this work is to determine the links between the processes occurring before, during and after leaf senescence. Two experiments were set up: one in a gradient of an old-field succession and a second one in a common garden experiment, where 18 species characterising the three stages of this succession were transplanted in two fertilisation levels. Our results demonstrate that leaf life span and nutrient resorption efficiency are two important and alternative strategies of nutrient conservation. Litter decomposability is successfully predicted by some traits of green leaves, especially those describing leaf robustness (leaf dry matter content, leaf tensile strength and leaf resistance to fracture). The leaf economic spectrum describing nutrient use in plants was found across species differing in successional stage. Species from early succession with high resource acquisition rates are replaced during succession by species which tend to conserve resources efficiently, the latter tending to produce leaves with low decomposition rates. Finally, in order to scale up from species to the ecosystem functioning, we propose to use leaf dry matter content as a functional marker of litter decomposability

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Becker, Laetitia. "Étude du relâcher de loups (Canis lupus lupus) en Russie : méthodes d’élevage, modélisation d’habitat, dispersion et survie." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6120.

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Abstract:

Les réintroductions et translocations d’animaux dans la nature sont effectuées depuis longtemps par l’homme, souvent pour des raisons cynégétiques ou parfois par accident. Avec l’extinction d’espèces, ces méthodes, avec pour but ultime le renforcement des populations, sont devenues un sujet attrayant en biologie de la conservation. Elles ont été utilisées avec succès chez différentes espèces de mammifères et d’oiseaux. Cependant, en ce qui concerne les grands carnivores, potentiellement dangereux pour l’homme et le bétail, peu d’études se sont intéressées à la faisabilité de réintroduction de prédateurs élevés en captivité. Afin de tester l’efficacité de réintroduction du loup gris, j’ai étudié les 64 individus élevés et relâchés à la Station Biologique « Chisty Les » depuis 1993. L’étude du comportement des loups lors de l’élevage en captivité a permis de dresser des profils comportementaux des individus dont le relâché a été couronné de succès. Le suivi par satellite de loups relâchés n’a donné des résultats qu’à court-terme, mais suffisants pour y voir une tendance à l’adaptation en milieu sauvage. La détermination de leur régime alimentaire par l’analyse d’excréments a montré que les loups se nourrissaient essentiellement de proies sauvages, avec une grande diversité, des insectes aux ongulés, ainsi que de nombreux végétaux. Les résultats de cette thèse démontrent donc la faisabilité de réintroduction de loups élevés en captivité : les individus relâchés présentent des comportements en accord avec leur statut social, ils sont capables de se nourrir, ils se déplacent à distance de l’homme et dispersent vers de nouveaux territoires
For a long time, human beings have made animal reintroductions and translocations into the wild, often for game reasons, sometimes by accident. With the species‟ extinction, these methods, with the ultimate goal of populations‟ reinforcement, became an attracting subject in conservation biology. They were successfully used with various mammal and bird species. However, concerning the large carnivores, potentially dangerous for human and livestock, few studies inquired about the feasibility of reintroduction of captive-raised predators. So as to test the effectiveness of grey wolf reintroduction, I studied 64 individuals raised and released at the Biological Station “Chisty Les” since 1993. The study of behaviour of wolves during the raising in captivity allowed setting up behavioural profiles of successful individuals. The satellite monitoring of released wolves only gave short-term results, but sufficient to see a trend of adaptation to the wild. Diet assessed by excrements analysis showed that wolves mainly feed on wild prey, with a great diversity, from insects to ungulates, as well as much vegetation. The results of this thesis thus proved the feasibility of captive-raised wolves‟ reintroduction: released individuals display behaviours in accordance to their social status, they are able to find food, and they keep a distance to humans and disperse to new territories

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Andrieu, Émilie. "Impact de la progression forestière sur les espèces rares de milieu ouvert : écologie et dynamique des populations de la Pivoine officinale (Paeonia Officinalis L.)." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20084.

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Redon, de Colombier Louis de. "Intérêts écologiques des bords de route en milieu agricole intensif." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2008. http://www.theses.fr/2008MNHN0029.

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Abstract:

Les routes sont des infrastructures essentielles de nos paysages et ont de nombreux impacts sur l’environnement. Plusieurs études ont cependant montré que leurs dépendances vertes pouvaient jouer un rôle bénéfique pour la biodiversité au sein des paysages agricoles où l’intensification des pratiques depuis soixante ans a mené à sa forte raréfaction. Dans ce contexte, nous avons étudié les rôles « habitat » et « corridor » des bords de route pour les communautés de petits mammifères et de plantes. Nous avons tout d’abord retrouvé un certains nombres d’effets négatifs associés aux routes, comme une homogénéisation biotique des milieux adjacents, une pollution importante de l’environnement proche et un effet barrière pour certaines espèces animales. Nous avons surtout montré que les effets « refuge pour la biodiversité » et « corridors de continuités biologiques » étaient bien une réalité associée aux dépendances vertes des bords de route en milieu agricole. Nous avons aussi montré que ces effets dépendaient de paramètres comme les modes de gestion (fauche), les dimensions de « l’emprise verte », ou encore, la présence de haies ; et qu’ils permettaient le maintien de services écosystémiques locaux. L’intérêt écologique des bords de route en milieu agricole intensif a donc été mis en évidence tout en montrant que certaines mesures politiques pouvaient être instaurées pour une meilleure prise en compte de la biodiversité originale de ces espaces marginaux représentant 2% de l’occupation de sols. Un document pratique de conseils de gestion a été élaboré à destination des gestionnaires de routes et de leurs dépendances vertes
Roads are essential components of our landscapes and they have important negative effects on biodiversity. However studies have shown that their verges may provide a positive effect for biodiversity in agrarian landscape where management intensification of the last sixty years leaded to the high rarefaction of biodiversity. We studied the possible functions of “habitat” and “corridor” of roadside verges for small mammals and plant communities in this agrarian context. First we rediscovered numbers of negative road effects as biotic homogenization of adjacent habitats, pollution of environment and barrier effects for some mammal species. We then showed that “refuge” and “corridor” effects associated to verges were a reality in agrarian landscapes. We also showed that number of anthropogenic parameters could impact those effects: roadside management (cutting), verge widths and hedgerows. We found that biodiversity of roadsides was able to maintain some local ecosystem services. Ecological interests of roadsides have been demonstrated with evidences that management policies could protect biodiversity of such marginal areas representing more than 2% of the landcover

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Podeur, Gaëtan. "Quantification des bactéries histaminogénes et maîtrise de la formation d'histamine dans les produits marins par biopréservation." Nantes, 2014. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=1f7697ee-4a5d-4374-98ee-47fb21ec5d43.

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Abstract:

Des bactéries histaminogènes ont été isolées de produits de la mer naturellement contaminés ou responsables d'intoxications histaminiques. En parallèle, des bactéries lactiques ont été isolées de ces mêmes produits et regroupées en fonction de leur pouvoir inhibiteur face à 4 bactéries histaminogènes, afin de développer une nouvelle méthode de biopréservation. Elles ont majoritairement été identifiées comme Lactobacillus fuchuensis et Lactobacillus sakei. Douze bactéries lactiques ont été sélectionnées pour des challenge-tests sur du thon appertisé, cuit ou fumé. Des challenge-tests réalisés sur du thon face à Morganella psychrotolerans et Morganella morganii, combinés à une analyse sensorielle des produits, ont démontré l’effet bio-protecteur de L. Sakei CNCM I-4704. En effet, le nombre total de ces bactéries a été réduit de 3 à 5 log UFC/g tandis que le taux d’histamine a été maintenu en dessous de 50 mg/kg après 4 jours de stockage à 15°C et 11 jours à 4°C (pour M. Psychrotolerans). D’après les analyses sensorielles, l’ajout de cette souche permet aussi de prolonger la durée de vie du thon cuit jusqu’à 8 jours de stockage à 15°C. Une méthode de PCR en temps réel spécifique de M. Psychrotolerans et M. Morganii avec une étape d’enrichissement sélectif a été mise au point. Après enrichissement, cette méthode permet de quantifier M. Psychrotolerans et M. Morganii de 50 UFC/g à 104 UFC/g, tandis que la méthode directe quantifie ces bactéries de 104 UFC/g à 109 UFC/g. Finalement, le développement d’une méthode de RT-qPCR a été initié pour démontrer la sur-expression des gènes responsables de la réduction de l’histidine en histamine en réponse à un stress acide
Histamine-producing bacteria were isolated from naturally contaminated seafood, some of responsible for histamine-poisoning. At the same time, lactic acid bacteria were isolated on the same products and clustered according to their inhibitory activity against 4 histamine-producing species. Most of the strains were identified as Lactobacillus fuchuensis or Lactobacillus sakei. Twelve lactic acid bacteria were selected for challenge-test on canned, cooked or smoked tuna. Challenge-test combined with sensory analysis performed on cooked vacuum-packed tuna against Morganella psychrotolerans and Morganella morganii, demonstrated an important inhibitory effect on growth and production of histamine with L. Sakei CNCM I-4707. Bacterial count was reduced by 3 to 5 log CFU/g and histamine production was reduced under 50 mg/kg by L. Sakei after 4 days of storage at 15°C and 11 days at 4°C (for M. Psychrotolerans). Based on sensory evaluation, biopreservation performed with L. Sakei also extended the shelf-life of cooked tuna up to 8 days at 15°C. A real-time PCR method specific of M. Psychrotolerans and M. Morganii with a selective enrichment step was developed. After enrichment, this method allowed to quantify M. Psychrotolerans and M. Morganii between 50 CFU/g to 104 CFU/g, while direct amplification quantified these bacteria between 104 CFU/g to 109 CFU/g. Finally, the development of a new RT-qPCR method was initiated to demonstrate an over-expression of the genes involved in the reduction of histidine into histamine under acidic stress

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Leroy, Boris. "Utilisation des bases de données biodiversité pour la conservation des taxons d’invertébrés : indices de rareté des assemblages d’espèces et modèles de prédiction de répartition d’espèces." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2012. http://www.theses.fr/2012MNHN0033.

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Abstract:

Les invertébrés sont sous-représentés en biologie de la conservation. Pour améliorer leur prise en compte, nous avons cherché à proposer des principes et outils pour leur conservation. Nous avons analysé des bases de données biodiversité — définies comme compilant les occurrences des espèces dans l’espace et dans le temps — qui sont les seules sources de données existantes pour la plupart des taxa invertébrés. Nous avons appliqué les principes d’amélioration de la qualité des données et avons exploité une méthode permettant de quantifier la complétude des bases de données. Nous avons tout d’abord développé un nouvel outil à l’échelle des assemblages d’espèces, en utilisant des bases de données araignées et invertébrés marins : l’Indice de Rareté Relative. Cet indice intègre un paramètre flexible (le seuil de rareté) permettant un ajustement de l’indice quels que soient les taxons, les zones géographiques ou les échelles spatiales considérés. Nous l’avons ensuite amélioré en proposant d’intégrer plusieurs échelles spatiales ou plusieurs phylums pour évaluer la rareté des assemblages. Nous avons ensuite développé des outils à l’échelle spécifique, les modèles de prédiction de répartition. Sur l’exemple des araignées, nous avons proposé une application adaptée à la conservation, en permettant de définir (1) quelles priorités de conservation pour les espèces et (2) où mettre en place les mesures de protection les plus susceptibles de réussir. Les principes et méthodes que nous avons développés permettent une utilisation appropriée des bases de données biodiversité disponibles, peuvent s’appliquer à d’autres taxons d’invertébrés et constituent des outils novateurs pour les programmes de conservation à différentes échelles
Invertebrate taxa are underrepresented in conservation biology. To improve their inclusion, we aimed at providing principles and tools for their conservation. We analysed biodiversity database —defined as databases compiling species occurrences in space and time— which are the only sources of data for most invertebrate taxa. We applied important principles of data quality, and used a metric to quantify the completeness of biodiversity databases. We first developed a new tool at the assemblage level on the basis of databases of spiders and marine invertebrates: the Index of Relative Rarity. This index integrates a flexible parameter (the rarity cutoff) which allows fitting the index with respect to the considered taxon, geographic area and spatial scale. We then improved this index by including multiple scales or multiple phyla to assess the rarity of assemblages. We then developed tools at the species level: species distribution models. Using spiders as an example, we proposed an appropriate application for conservation purposes, to (1) define conservation priorities for species and (2) identify where conservation actions are most likely to succeed. The principles and methods that we developed allow an appropriate use of available biodiversity databases for conservation, are transferable to other invertebrate taxa and are innovative tools for conservation programs across multiple spatial scales

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Maurice, Anne-Claire. "Dynamiques des liens entre plantes rares, hommes et espaces : socio-anthropologie des pratiques de (ré)introductions végétales." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2013. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02063716.

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Abstract:

Au cours des années 1970, un type d’approches originales a pris essor chez les spécialistes du vivant : les « renforcements », « introductions » et « réintroductions » de plantes rares ou menacées. Liées au développement de la biologie de la conservation, ces approches visent à replacer dans le milieu naturel des individus afin que ceux-ci s’y reproduisent. Appliquées aux animaux, elles se sont parfois retrouvées au coeur de conflits rapportés à l’échelle nationale. Appliquées aux plantes, souvent jugées comme supportant des liens moins forts avec les hommes, elles se sont surtout caractérisées par leur discrétion. Derrière cette apparente quiétude, quels sens et place ont-elles acquis pour les spécialistes ? A partir de quels savoirs et dans quelle dynamique des idées scientifiques ont-elles pris consistance ? Cette thèse aborde la question des liens entre végétaux rares, hommes et espaces à travers l’étude socioanthropologique de projets de (ré)introductions, menés durant les années 1980 et 1990 : celles du ciste hérissé (Cistus psilosepalus Sweet) en Bretagne, de la centaurée de la Clape (Centaurea corymbosa Pourr. ) en Languedoc-Roussillon et de la sabline à grandes France. Elle montre les évolutions paradigmatiques au cours desquels ces projets ont été favorisés : durapprochement entre génétique agronomique et institutions françaises originales d’impulsions locales – les Conservatoires botaniques nationaux –, à l’institutionnalisation et la territorialisation de la conservation de la flore en France. En tant que projets collectifs, les (ré)introductions étudiées se présentent comme le regroupement de motivations diverses, souvent en lien étroit avec des enjeux de construction identitaire et territoriale. Projetées dans des cadres de référence taxonomiques et spatio-temporels dissemblables, elles ont conduit à attribuer des statuts marginaux aux plantes concernées. Ces statuts ont été renforcés par le caractère contingent de ces projets. Au-delà des approches en question, l’enjeu du recoupement des lieux – de vie de la plante, de l’espace laboratoire, de prospection naturaliste ou encore de territoire d’agrément de Conservatoire botanique – se révèle crucial en ce qu’il permet à des acteurs différents de s’allier autour d’un même objet, bien que celui-ci apparaisse sans cesse remis en question et redéfini pour chacun d’eux
During the 70’s, a new type of approaches gained popularity among specialists of living organisms: “reinforcements”, “introductions” and “reintroductions” of rare or threatened plants. Associated with the development of conservation biology, these approaches aim at reestablishing individuals in nature. Applied to animals, they sometimes appeared at the core of conflicts of national concern. Applied to plants, often considered to have less in common and hold lesser ties with humans, they appear mainly unnoticed. Behind this seemingly quiet appearance, what meaning and importance did they acquire for specialists? From which knowledge and during which dynamic of scientific ideas were they built? This thesis investigates the relationships between rare plants, humans and space through the socioanthropological study of (re)introduction projects carried out during the 80’s and 90’s and targeting three plant taxa: Cistus psilosepalus Sweet in Bretagne, Centaurea corymbosa Pourr. In Languedoc- Roussillon, and Arenaria grandiflora L. In Île-de-France. This thesis reveals changes of paradigms during which reintroduction projects in France were promoted: from the convergence of agronomical genetics and unique French institutions emerging from local impulsions – Botanical conservatories – to the organization and territorialisation of plant conservation in France. As collective projects, studied (re)introductions resulted from varying motivations, often related to the construction of an identity and a territory. Considered with distinct spatio-temporal and taxonomic frames of reference, (re)introductions resulted in the attribution of hybrid statuses to targeted plants. These marginal statuses were reinforced by the contingency of these projects. Beyond the approaches, the importance of the locations – of wild plants, of laboratory environment, of naturalist prospects, or of authority territory of Botanical Conservatories – appears critical as it allows various specialists gathering on the same object, though the latter is continuously questioned and redefined by each specialist

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Berthier, Pauline. "Conservation animale : utilisation des parasites comme marqueurs de l’écologie évolutive des amphibiens." Perpignan, 2011. http://www.theses.fr/2011PERP1090.

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Abstract:

Dans le contexte très actuel de sauvegarde de la biodiversité, les acteurs de la conservation se doivent de rassembler un maximum d’informations sur la biologie et l’écologie des espèces menacées d’extinction. Ces données n’étant malheureusement pas toujours accessibles, même à partir d’études poussées sur les espèces d’intérêt, les objectifs des gestionnaires des espaces naturels n’en sont que plus difficiles à atteindre. Dans le cadre de cette thèse, nous nous sommes penchés sur un groupe d’organismes peu étudiés dans un contexte de conservation, à savoir les parasites. En effet, parce qu’hôtes et parasites sont souvent de vieux ennemis qui ont coévolué pendant de longues périodes temporelles, les parasites peuvent enregistrer un très grand nombre d’informations sur leurs hôtes qui, une fois décodées, peuvent servir à l’aménagement de plans de gestions mieux adaptés. L’association polystomes (Monogènes) - amphibiens anoures, plus particulièrement les couples Madapolystoma - Mantellidae et Metapolystoma – Ptychadenidae/Mantellidae, ont donc été étudiés afin d’explorer à Madagascar, hotspot de biodiversité menacé par la destruction des habitats, l’histoire écologique et évolutive d’hôtes endémiques. A partir d’approches morphométrique et moléculaire, une diversité insoupçonnée de polystomes a pu être mise en évidence, qui a fait l’objet de deux nouvelles descriptions, Madapolystoma ramilijaonae et M. Cryptica. Ces résultats replacés dans un contexte de systématique des hôtes suggèrent l’existence de complexes d’espèces cryptiques chez deux espèces d’amphibiens malgaches, à savoir Guibemantis liber et Ptychadena mascareniensis. A travers des approches phylogénétiques et de datation moléculaire, des patrons de colonisation ont été également déterminés, suggérant différentes origines des polystomes malgaches. En conclusion de ce travail, les informations véhiculées par les polystomes pourraient permettre, dès à présent, d’agir sur certaines espèces d’amphibiens. En effet, la description de complexes d’espèces cryptiques tend à augmenter le nombre, déjà très élevé, d’espèces microendémiques. De ce fait, parce que les aires de répartition de certaines entités taxonomiques sont beaucoup plus réduites que celles préalablement évaluées, il s’avère nécessaire de repenser rapidement les aires à protéger
In the very current context of biodiversity, conservation stakeholders will need to gather as much information on the biology and ecology of endangered species. Unfortunately, those data being not always available, even from extensive studies on the species of interest, the objectives of the managers of natural areas are all the more difficult to achieve. As part of this thesis, we focused on a poorly studied group of organisms in the context of conservation, namely parasites. Indeed, because hosts and parasites are often old enemies who have co-evolved over long time periods, the parasites can save a great deal of information on their hosts that, when decoded, can be used for the development of best suited management plans. The association polystomes (Monogenea) - anuran amphibians, particularly couples Madapolystoma - Mantellidae and Metapolystoma - Ptychadenidae / Mantellidae, have been studied to explore Madagascar, biodiversity hotspot threatened by habitat destruction, environmental history and scalable guest endemic. From morphometric and molecular approaches, a variety of unsuspected polystomes could be detected, which was the subject of two new descriptions, Madapolystoma ramilijaonae and M. Cryptica. These results placed in a context of systematic hosts suggest the existence of complexes of cryptic species in two species of Malagasy amphibians, namely Guibemantis liber and Ptychadena mascareniensis. Through phylogenetic approaches and molecular dating, settlement patterns were also identified, suggesting different origins of the Malagasy polystomes. In conclusion of this work, the information conveyed by polystomes could afford, now, to act on certain species of amphibians. Indeed, the description of complexes of cryptic species tends to increase the already very high, microendemic species. Thus, because the ranges of taxonomic entities are much smaller than previously estimated, it is necessary to quickly rethink the areas to be protected

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Bour, William. "Biologie, écologie, exploitation et gestion rationnelle des trocas (Trochus niloticus L. ) de Nouvelle Calédonie." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20022.

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Abstract:

Les trocas (trochus niloticus), gros gasteropodes marins exploites pour le marche de la nacre, representent une ressource biologique tres importante pour la nouvelle-caledonie, depuis plus de soixante-dix ans. L'ensemble recifo-lagonaire caledonien offre de vastes zones favorables a l'espece. De maniere experimentale, la surface du biotope colonise par les trocas a ete estimee avec succes par teledetection. Un echantillonnage regulier pendant cinq annees et des operations de marquage ont permis une etude biologique tres complete sur la reproduction, la fecondite, la croissance et la mortalite naturelle des trocas. L'interet commercial de ce coquillage provoque de facon cyclique une rarefaction des stocks. L'etude biologique et les statistiques de peche locales ont fourni les parametres necessaires a la modelisation de l'exploitation par l'analyse des cohortes. Des conclusions relatives a la gestion rationnelle de cette ressouce ont ete degagees. Des essais d'aquaculture ont apporte, outre des connaissances sur la vie larvaire des trocas, une reponse complementaire pour la perennite de cette ressource typiquement oceanienne

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Rascle, Pauline. "Biologie et écologie d'une population isolée : exemple d'Eryngium viviparum et perspectives pour sa conservation en France." Thesis, Brest, 2018. http://www.theses.fr/2018BRES0075/document.

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Abstract:

L'isolement géographique est une menace élevée pour le maintien des populations sur le long terme. Il est donc primordial de comprendre selon quel degré la viabilité des populations est affectée par leur isolement, notamment en vue de définir des priorités en terme de conservation. Eryngium viviparum J.Gay (Apiaceae) est une des espèces végétales les plus menacées d'Europe avec une distribution ibéro-armoricaine très fragmentée. En France, son statut de conservation est devenu particulièrement critique avec la disparition de la presque totalité de ses populations au cours des années 1980, à l'exception d'une seule, suite à la destruction de son habitat par les activités humaines. Cette unique population fait depuis plusieurs années l'objet d'une conservation et d'une gestion attentives au sein d'une réserve protégée. Malgré ces actions, l'isolement de cette population soulève des interrogations quant à sa viabilité sur le long terme. Dans ce cadre, et à travers une approche multidisciplinaire, la thèse propose un renforcement des connaissances sur les caractéristiques écologiques et biologiques d'E. viviparum, et plus particulièrement concernant sa dernière population française. Elle s'articule selon trois axes principaux : (1) L'étude de l'amplitude écologique de l'espèce, puis la caractérisation de ses préférences écologiques à fine échelle au sein de la dernière population française (2) L'évaluation de la viabilité de la population isolée d'après ses paramètres démographiques, son niveau de diversité génétique et son degré de différenciation avec d'autres populations. (3) L'expérimentation des modalités de réintroduction en France. Les résultats apportés par ce travail contribueront à définir les prochaines priorités en matière de gestion et de conservation pour assurer le maintien d'E. viviparum sur le long terme en France. Le cas d' E. viviparum fournit un bon modèle d'étude pour évaluer l'effet de l'isolement sur la dynamique d'une population isolée et pour appliquer une conservation adaptée à cette problématique
The geographical isolation is an important threat for the long term preservation of populations. It is crucial to understand how the viability of populations is affected in such context, in particular to define conservation priorities. Eryngium viviparum J.Gay (Apiaceae) is one of the most endangered plant in Europe, with a fragmented distribution between the NW of the Iberian peninsula and Brittany. ln France, the species is maintained only on a single locality, after the destruction of its habitat by human activities during 1980s. Despite a conservation program and an attentive management within a protected area, the strong isolation experimented by this population bring up questions about its long-term viability. In this context, through a multidisciplinary approach, this thesis aims to improve the biological and ecological knowledge of E. viviparum, and more particularly within its last French population. This thesis is organized according three main axes : (1) The study of large-scale E. viviparum ecological amplitude, and the characterization of its fine scale ecological preferences within the last french population. (2) The viability evaluation of the isolated population according to its demographic modalities, and to its genetic structure in comparison with Iberian populations. (3) The experiment of its reintroduction modalities in France.The results of this study will contribute to define the long-term conservation priorities of E. viviparum in France. Finally, the case of E. viviparum is a good model to study the effect of the isolation on an isolated population dynamic, and to apply adapted conservation for species in a similar context

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Cucherousset, Julien. "Rôle fonctionnel des milieux temporairement inondés pour l’ichtyofaune dans un écosystème sous contraintes anthropiques : approches communautaire, populationnelle et individuelle." Rennes 1, 2006. http://www.theses.fr/2006REN1S139.

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Abstract:

Les milieux temporairement inondés, zone de transition entre écosystèmes aquatiques et terrestres, ont un rôle fondamental pour de nombreux organismes. Dans cette thèse, les processus d’utilisation de ces milieux par l’ichtyofaune ont été étudiés dans les marais de Brière (Nord Ouest, France). Les résultats démontrent que cette utilisation est réduite dans le temps et l’espace, et dépendante de nombreux paramètres environnementaux et ainsi que des caractéristiques intrinsèques des individus. Concernant trois espèces identifiées d’intérêt majeur dans cette communauté, il apparaît que les milieux temporairement inondés jouent un rôle crucial dans le fonctionnement de ces populations, et plus particulièrement au regard des programmes de gestion mis en place. Cependant, il semble que les mesures de gestion actuelles ne suffisent pas pour gérer l’ichtyofaune de cet écosystème fortement perturbé. La mise en place de mesures complémentaires de gestion est donc discutée
Temporary waters, transitional zones between terrestrial and aquatic ecosystems, are key habitats for many organisms. In the present study, the use of these habitats by fish has been investigated in the Brière marsh (Northwest, France). The results demonstrate that fish a restricted use, in time and space, of these habitats by fish and the role of several environmental parameters and fish individual characteristics. Regarding three crucial species of the community, the results demonstrate that temporary waters play an important role in their population functioning, and more particularly with regards to management policies. Nevertheless, the current management tools are not sufficient to efficiently manage the fish community of this threatened ecosystem. Complementary management prospects are discussed

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Vanthomme, Hadrien. "L'exploitation durable de la faune dans un village forestier de la République Centrafricaine : une approche interdisciplinaire." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2010. http://www.theses.fr/2010MNHN0004.

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Abstract:

Ce manuscrit présente les résultats d’une étude interdisciplinaire de l’exploitation de la faune à Banga, un village forestier Bofi de 300 habitants en République Centrafricaine. Dans la première partie de ce travail, nous confrontons les modes d’exploitations et les visions du monde des quatre principaux acteurs locaux de la gestion de la faune : l’Etat, les populations locales (Pygmées et grands Noirs), un exploitant forestier et un projet de conservation-développement. Cette analyse révèle des différences marquées entre les acteurs en termes d’organisation interne, de réseaux d’influence, de moyens à disposition, de connaissance de la ressource et de son exploitation, de valeurs, d’objectifs, de stratégies et de vision de l’avenir. Schématiquement, une fracture conceptuelle existe entre les populations et les autres acteurs. La deuxième partie récapitule les méthodes développées par la biologie de la conservation pour estimer la durabilité de l’exploitation de la faune, en les appliquant à notre site d’étude. Nous distinguons des indices de durabilité, que l’on peut classer comme empiriques ou théoriques, et des exercices de modélisation site-spécifiques. Cette revue identifie de nombreuses approximations, incertitudes, hypothèses douteuses et erreurs qui limitent l’intérêt des indices de durabilité. Par ailleurs, notre analyse montre que toutes ces méthodes portent des valeurs implicites (environnementalisme, fixisme et néo-libéralisme) qui influencent leurs résultats. La troisième partie de notre thèse propose donc une synthèse du problème de la gestion de la faune à Banga à l’aide du cadre de lecture panarchique, qui donne une définition nouvelle de la durabilité, de la place de la science et de la pratique de l’interdisciplinarité pour la résolution de problèmes complexes. Quatre scénarios d’évolution et d’action sont construits, qui explicitent les valeurs qu’ils portent, les bénéficiaires des actions, les probabilités de succès et les résultats attendus
This manuscript presents the results of an interdisciplinary study of wildlife exploitation in Banga, a bofi forest village of 300 persons in Central African Republic. In the first part of this work, operating modes and worldviews of the four main local stakeholders of wildlife management are confronted: the Central African State, the local peoples (Pygmies and Bantus), a forester and a conservation-development project. This analysis shows marked differences between actors in terms of internal organization, influence networks, means available, knowledge of the resource and its exploitations, values, goals, strategies and vision of the future. Basically, there is a major conceptual divide between local people and the others stakeholders. The second part of this work summarizes the methods developed by the Conservation Biology to assess the sustainability of wildlife harvesting, applying them to our study site. We distinguished sustainability indices that can be classified as empirical or theoretical, and site-specific modeling exercises. This review identifies many approximations, uncertainties, questionable assumptions and errors that limit the relevance of sustainability indices. Furthermore, our analysis shows that these methods carry implicit values (environmentalism, fixism and neo-liberalism) that influence their results. Thus, the third part of this thesis proposes a synthesis of the wildlife management problem in Banga using the Panarchy framework, which gives a new definition of sustainability, of the role of science and of the practice of interdisciplinarity for complex problems solving. Four scenarios of prospective change and action are constructed, which clarify the values they promote, the beneficiaries of the actions engaged, the probability of success and their expected results

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Deschamps-Cottin, Magali. "Facteurs écologiques de la distribution de Parnassius Apollo L. (Lepidoptera : papillionidae), du maintien et de l'extinction des populations en France. Conséquences pour l'établissement d'une politique de conservation efficace." Aix-Marseille 1, 1998. http://www.theses.fr/1998AIX11081.

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Abstract:

P. Apollo (linnaeus, 1758) est une espece emblematique des montagnes francaises. Un severe declin a ete enregistre dans de nombreuses populations de p. Apollo. Nous avons choisi de developper plusieurs axes dans ce travail de recherches en essayant de faire le lien entre recherche fondamentale et biologie de la conservation. Cette etude aborde l'ethologie de l'espece, elle a permis de mettre en evidence des differences marquees entre le comportement des imagos males et femelles. Des experiences sur la valeur trophique des plantes nourricieres ont revele des differences notables entre l'efficacite trophique de certaines especes de sedum. Les transects se sont averes un outil interessant pour le suivi des populations de p. Apollo en france. Les resultats de trois annees de suivi sont exposes, des cartographies dans le parc national des ecrins et le parc national des cevennes ont ete realisees. Elles mettent en evidence un statu tres different de l'espece suivant les massifs. Les captures-marquages-recaptures (cmr) ont permis d'etudier la dynamique de deux populations importantes, a la chau et a drigas. On notera de grandes variations dans la phenologie et dans les effectifs saisonniers, entre stations, mais egalement d'une annee sur l'autre. La repartition des individus sur le site s'effectuant principalement en rapport avec les plantes nourricieres des chenilles. Les relations et flux geniques interspecifiques ont egalement ete abordes en etudiant l'hybridation avec p. Phoebus. La derniere partie est consacree a un aspect plus applique, lie a la biologie de la conservation de l'espece p. Apollo. Nous proposerons des elements pour l'elaboration de plans d'action.

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Blambert, Laury. "Biologie et chimie des jumellea aromatiques de la Réunion : application à la conservation et à la valorisation des espèces." Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0034/document.

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Abstract:

La biodiversité de l'île de La Réunion a récemment été reconnue comme d'intérêt mondial. Depuis 2010 le territoire du Parc National de La Réunion est en effet classé au patrimoine mondial de l'UNESCO. Cette riche biodiversité fournit des services à l'homme, notamment par le biais des plantes aromatiques et médicinales, utilisées traditionnellement sur l'île. Aujourd'hui, la responsabilité de La Réunion vis à vis de sa biodiversité est grande et l'enjeu majeur consiste à la gérer et à la valoriser durablement. Le faham est une orchidée emblématique et patrimoniale, endémique des Mascareignes (Réunion, Maurice), bien connue des réunionnais et largement consommée pour ses propriétés aromatiques et médicinales. L'appellation faham regroupe en réalité deux espèces : une espèce de haute altitude, Jumellea rossii, et une espèce de basse altitude, Jumellea fragrans. Actuellement, le faham est récolté en milieu naturel sur les domaines publics ou privés car il n'existe pas de système de production agricole. L'utilisation continue de cette ressource depuis maintenant plusieurs siècles menace fortement sa survie en milieu naturel. C'est dans ce contexte qu'a été créé le projet ORCHIFAH, qui vise à mettre en place une filière de production de faham respectueuse de l'environnement et offrant des garanties quant à sa conservation. Partie intégrante de ce projet, le présent travail a pour objectif d'étudier certains aspects de la biologie et la chimie des deux espèces de faham préalablement à la mise en place d'une filière agricole. Ainsi, le système de reproduction, la germination asymbiotique in vitro, les rythmes de croissance et de production de biomasse foliaire, et la composition métabolomique des deux espèces ont été étudiés. Les résultats concourent à améliorer la connaissance des espèces, et fournissent une base solide pour leur mise en culture, ainsi que pour la conduite d'actions de conservation appropriées
Reunion Island's biodiversity has recently been recognized as of worldwide interest. Since 2010, the National Park of Reunion area is classified as World Heritage of UNESCO. This rich biodiversity provides services to humans, including through aromatic and medicinal plants, which are traditionally used on the island. Today, the responsibility of Reunion to its biodiversity is important and the major challenge is to manage and promot it in a sustainable way. Faham is an iconic and of local importance orchid, endemic to the Mascarene Islands (Réunion, Mauritius), well-known and widely consumed in Reunion for its aromatic and medicinal properties. The name faham actually includes two species: the high altitude species, Jumellea rossii, and the low altitude species, Jumellea fragrans. Currently, faham is harvested in the wild on public or private land because there is no agricultural production system for this resource. Continued use of faham for centuries now threatens heavily its survival in the wild. In this context, the ORCHIFAH project has been created, and aims to establish a sustainable faham production chain and to provide guarantees for its preservation. Part of this project, the aim the present work is to study some aspects of the biology and chemistry of the two species of faham, prior to the establishment of an agricultural production. Thus, the reproductive system, the asymbiotic in vitro germination, growth rates and leaf biomass production, and metabolomics composition of both species were studied. The results contribute to improve the knowledge of the species, and provide a solid foundation for their cultivation, and to conduct appropriate conservation actions

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Rozier, Yves. "Contribution à l'étude de la biologie de la conservation de Maculinea sp (lepidoptera, lycaenidae) dans les zones humides de la vallée du haut-Rhône." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10173.

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Abstract:

La fragmentation et la modification des habitats, essentiellement d'origine anthropique, entrainent le declin de nombreuses especes animales et vegetales. Ainsi, la disparition progressive des zones humides de la vallee du haut-rhone a provoque la rarefaction des papillons du genre maculinea. La maintien de ces lepidopteres, au cycle complexe puisque dependant d'une plante-hote et d'une fourmi-hote specifiques, passe alors par une gestion raisonnee des ecosystemes. Cette etude s'integre dans le cadre theorique de la biologie de la conservation. Ces dernieres annees, differents concepts ont ete developpes pour proteger, gerer ou restaurer la diversite biologique. Nous avons etudie particulierement ceux qui peuvent etre applique aux maculinea. Parallelement, nous avons developpe toute une serie de protocoles de suivi pour estimer la densite et la structure spatiale des differentes composantes du systeme maculinea - plante-hote - myrmica. En particulier, nous avons applique et adapte une methode d'estimation de la densite des populations jusque la essentiellement utilisee chez les vertebres : le line transect. Les principaux resultats montrent que la variabilite spatiale et temporelle de la densite des plantes-hotes n'a pas un effet majeur sur la densite des papillons. Par contre, leur repartition spatiale est determinante. Nous avons mis en evidence qu'il n'y a pas de correlation spatiale entre les plantes et les fourmilieres-hotes. La densite et la structure spatiale des fourmilieres-hotes doivent alors etre telles que les ouvrieres puissent explorer l'integralite de leur biotope. Enfin, nous avons souligne l'importance de la structure spatiale des populations (i. E. Populations fragmentees, metapopulations, role de la dispersion) et des microhabitats dans la caracterisation des modes de gestion les plus appropries au maintien des maculinea.

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Fall, Papa Abdoulaye. "Etudes des interactions entre une bactérie bioprotectrice, Lactococcus piscium CNCM I-4031, et Brochotrix thermosphacta et Listeria monocytogenes dans la crevette tropicale." Nantes, 2011. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=100f2572-2505-4343-a011-5eb62308370f.

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Abstract:

Le potentiel bioprotecteur de Lactococcus piscium CNCM I-4031 vis à vis d’une bactérie altérante, Brochothrix thermosphacta, a été testé sur de la crevette cuite décortiquée conservée sous atmosphère protectrice. En co-culture, L. Piscium permet d’inhiber la croissance de B. Thermosphacta de 4 log ufc/g, tout en améliorant la qualité sensorielle du produit pendant 31 jours. L’inhibition n’est pas due à la production d’acide lactique ni à une compétition pour les acides aminés libres. La croissance de L. Piscium et B. Thermosphacta a été modélisée en fonction du pH, de la température et du taux de NaCl. Les valeurs optimales de croissance sont proches mais B. Thermosphacta présente une tolérance au sel plus élevée et L. Piscium un caractère psychrotolérant plus marqué. L’effet du niveau d’inoculation par L. Piscium, en combinaison avec la température et le sel, sur l’interaction avec B. Thermosphacta a été modélisé. Un inoculum fort en L. Piscium (6-7 log ufc/g) est nécessaire pour maintenir le nombre de B. Thermosphacta inférieur à 4 log ufc/g, cependant une amélioration sensorielle de la crevette est obtenue même avec un inoculum assez bas. L’inhibition de Listeria monocytogenes par L. Piscium a ensuite été testée sur la crevette cuite, montrant une inhibition de 4 log ufc/g. Les mécanismes d’action impliqués dans cette activité ont été étudiés sur un milieu chimiquement défini (MSMA) reproduisant l’inhibition. Celle-ci n’est pas liée à la consommation du glucose, la production d’acide lactique ou la compétition pour les acides aminés, les bases ou les vitamines. En revanche le contact cellulaire entre les deux bactéries est nécessaire pour obtenir l’inhibition
The bioprotective potential of Lactococcus piscium CNCM I-4031 towards a specific spoilage organism, Brochothrix thermosphacta, was studied on tropical cooked peeled shrimp packed under modified atmosphere. In co-culture, the growth of this spoilage bacterium was inhibited by 4 log ufc/g by L. Piscium and the sensory quality of the product was improved during 31 days. The inhibition could not be attributed to lactic acid or nutritional competition for amino acids. The growth modelling of L. Piscium and B. Thermosphacta was performed in different conditions of temperature, pH and NaCl concentrations. The optimal growth values of these two bacteria are quite similar, however L. Piscium seemed to be more psychrotolerant than B. Thermosphacta but twice less tolerant to salt. The effect of the inoculation level of L. Piscium in combination with temperature and salt on the interaction with B. Thermosphacta was modelled. A high concentration (6-7 log ufc/g) was necessary to maintain the number of B. Thermosphacta lower than 4 log ufc/g. However sensory improvement of shrimp was obtained with lower inoculation level. Lastly, the interaction between L. Piscium and Listeria monocytogenes was studied on cooked peeled shrimp showing a 4 log cfu/g inhibition. The mechanisms involved in this inhibition were studied on a chemically defined medium (MSMA) allowing to obtain a similar inhibition. The inhibitory activity was not linked to glucose consumption, lactic acid production or competition for amino acids, bases or vitamins. However, cellular contact is necessary to obtain the inhibition

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Berquier, Cyril. "Etude écologique et patrimoniale du peuplement des odonates de Corse appliquée à la conservation des espèces et des zones humides à enjeux." Thesis, Corte, 2015. http://www.theses.fr/2015CORT0011/document.

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Abstract:

La Corse abrite une grande diversité de zones humides soumises à des pressions et menaces d’origine anthropique qui n’ont cessé de croître et de se diversifier au cours de ces dernières décennies. La conservation de ces milieux à forte valeur patrimoniale et du peuplement d’odonates original qui s’y développe, représente aujourd’hui d’importants enjeux environnementaux et sociétaux afin de préserver les services écologiques essentiels rendus par ces éléments clefs des écosystèmes aquatiques et terrestres. Le projet de recherche appliquée développé dans le cadre de cette thèse s’est attaché à améliorer les connaissances disponibles sur les libellules de Corse, afin de proposer des mesures de conservation et de gestion concrètes en faveur de ce groupe et de ses principaux habitats naturels sur l’île. Dans cet objectif, la première partie de ces travaux s’est employée à combler les principales lacunes de connaissance identifiées par les études antérieures sur la situation des espèces, notamment en intensifiant l’effort de prospection consenti à l’échelle régionale. Les particularités, la répartition, les exigences et habitats écologiques de nombreuses libellules se développant en Corse ont pu être décrits avec précision. Les informations disponibles sur certains taxons à forte valeur patrimoniale ont particulièrement augmenté comme l’illustre la définition très complète de la situation éco-biogéographique de Chalcolestes parvidens. La deuxième partie de ces travaux s’est attachée à évaluer et comparer l’efficacité des principales méthodes d’échantillonnage couramment utilisées pour l’étude des populations d’odonates. Dans ce cadre, les nombreuses informations récoltées sur l’organisation spatiale et la dynamique des populations étudiées ont notamment été employées afin de proposer aux principaux gestionnaires d’espaces naturels de l’île (Conseils départementaux, PNRC, Communes…) des méthodes adaptées pour l’évaluation et le monitoring des espèces à fort enjeu de conservation, dont l’emblématique et menacé Lestes macrostigma.La troisième partie de ces travaux est consacrée au développement d’outils pour le suivi de la qualité des principaux habitats d’odonates. Elle a permis d’aboutir à l’élaboration d’un tout nouvel indice biologique adapté à l’évaluation de l’état écologique des rivières de Corse : « Odonata Community Index – Corsica » (OCIC). Cet outil innovant, basé sur l’étude du peuplement caractéristique des libellules des cours d’eau, s’est montré particulièrement performant lors de sa confrontation aux autres indices biologiques actuellement utilisés sur l’île. L’indice OCIC et le groupe des odonates apparaissent aujourd’hui clairement comme des solutions alternatives prometteuses, en vue d’améliorer l’efficacité du système d’évaluation de la qualité écologique des rivières de Corse, compte tenu des failles de représentativité mises en évidence par les expérimentations réalisées.La dernière partie de cette thèse, basée sur des évaluations patrimoniales et écologiques du peuplement insulaire d’odonates réalisées à l’aide des informations produites, se conclue par le développement de nouveaux dispositifs régionaux de conservation en lien avec les services de l’Etat : un Plan Régional d’Actions, une liste rouge d’espèces menacées ainsi qu’une liste actualisée d’espèces déterminantes pour les Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique. Ces dispositifs permettront d’améliorer l’état de conservation des libellules de Corse et des principales zones humides qui les abritent.Au final, ces travaux de thèse qui ont permis de plus de tripler les données disponibles jusqu’alors sur les libellules de Corse, fourniront un nouveau cadre de développement pour l’odonatologie insulaire
Corsica is home to a great diversity of wetland subject to anthropogenic pressures and threats which have continued to grow and diversify in recent decades. The conservation of these environments with high heritage value and of the original Odonata community that develops in it, today represents significant environmental and societal challenges in order to preserve essential ecological services provided by these key elements of aquatic and terrestrial ecosystems. The applied research project developed as part of this thesis is focused on improving the knowledge available on the corsican dragonfly’s community, to propose concrete conservation and management measures for this group and its main insular natural habitats.In this objective, the first part of this work has sought to fill principal knowledge gaps identified by previous studies on the situation of listed species, including by greatly intensifying exploration effort at the regional level. The special features, distribution, habitat requirements and ecological of many dragonflies growing in Corsica have been described with great precision. The information available on some taxa with high heritage value increased as illustrated by the comprehensive definition of eco-bio-geographical situation of Chalcolestes parvidens.The second part of this work has sought to evaluate and compare the effectiveness of the main sampling methods commonly used for the study of dragonfly’s populations. In this context, the informations collected on the spatial organization and dynamics of the populations studied were especially used to propose appropriate methods for evaluation and monitoring the species to high conservation issue to main managers of natural areas of the island (County Councils, PNRC, municipalities ...), including the emblematic and threatened Lestes macrostigma.The third part of this work is devoted to the development of tools for monitoring the quality of the main Odonata habitats. It lead to the development of a new biological index adapted to assess the ecological status of corsican rivers: "Odonata Community Index - Corsica '(OCIC). This innovative tool, based on the study of characteristics of Odonata community of watercourses, was particularly effective during its confrontation with other biological indicators currently used on the island. The OCIC index today appear clearly as an alternative solution to improve the efficiency of the ecological quality assessment system of the Corsican rivers, given the representativeness vulnerabilities which have been highlighted by the tests performed.The final part of this thesis, based on heritage and environmental assessments of the insular dragonfly’s community made with all the information produced, ended with the development and the proposal of several regional conservation devices whose implementation is encouraged by the state services: a first regional actions plan, a first red list of threatened species and an updated list of species determinative for natural areas of ecological, flora and fauna interest. These important features are intended to contribute to improve the overall state of conservation of Corsican dragonflies and main wetlands that support them. They should enable the implementation of truly operational management actions and ensure better consideration of the main regional conservation and valuation issues identified.In the end, the thesis work that increased more than triple the previously available data on dragonflies of Corsica, will provide a new framework to developpe the isular odonatology

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Thevenon, Sophie. "Dépression de consanguinité et caractérisation génétique de taxons menacés : application au cerf d'Eld (Cervus eldi) et au cerf sika du Vietnam (Cervus nippon pseudaxis)." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066530.

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Pauwels, Julie. "Light pollution & biodiversity : What are the levers of action to limit the impact of artificial lighting on nocturnal fauna ?" Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2018. http://www.theses.fr/2018MNHN0023/document.

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Abstract:

L’emprise de la lumière artificielle s’étend de manière importante et rapide à travers le monde entier et est en train de changer le paysage nocturne menaçant ainsi une large part des écosystèmes. L’augmentation des niveaux de lumière la nuit entraîne une perturbation du rythme circadien et par là une modification des comportements des espèces nocturnes mais aussi diurnes et des interactions entre espèces. Malgré l’importance de l’enjeu que représente la pollution lumineuse, le manque de connaissances dans le domaine limite la création de réglementations pour réduire l’impact de l’éclairage nocturne sur la biodiversité. Il est donc urgent d’apporter des éléments concrets pour construire des recommandations et des outils d’évaluation à destination des gestionnaires du territoire.Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est d’étudier l’impact de la pollution lumineuse sur la faune nocturne à deux échelles paysagères afin de préconiser des méthodes d’évaluation et de gestion de l’éclairage artificiel. Nous avons utilisé les chauves-souris comme modèle d’étude car elles sont longévives et nocturnes et donc fortement affectées par la pollution lumineuse. De plus, il a été montré que les tendances de leurs populations tendent à refléter celles d’espèces plus basses dans la chaîne trophique, les rendant ainsi d’autant plus sensibles aux pressions anthropiques. Dans un premier temps, nous avons étudié l’effet de la pollution lumineuse à l’échelle de villes, une échelle paysagère en cohérence à la fois avec les distances de déplacement des individus et avec une réalité de gestion de l’éclairage. Malgré que les espèces anthropophiles vivant toujours dans les grandes villes soient considérée comme bénéficiant de l’éclairage artificiel, ce travail a montré qu’à une échelle regroupant tous les aspects des déplacements quotidiens des individus, l’effet global de la lumière est négatif. De plus, bien qu’une part significative de la pollution lumineuse soit due à l’éclairage public de par sa permanence et son étende, l’étude montre que l’éclairage privé n’est pourtant pas à négliger. Au-delà d’un effet sur le niveau d’activité, la lumière artificielle peut avoir un effet de barrière dans le déplacement des individus et ainsi réduire la connectivité du paysage. Alors que les politiques environnementales sont en faveur du développement de corridors écologiques, la non-inclusion du facteur pollution lumineuse pourrait réduire significativement leur efficacité pour les espèces nocturnes. Un travail de modélisation mettant en lien des données biologiques d’activité avec des aspects paysagers mais aussi lumière a permis de construire des corridors adaptés pour les espèces nocturnes. Cela a aussi mené à des outils d’évaluation de scénarios d’éclairage qui peuvent être utilisés en amont d’aménagements afin de prédire l’impact d’un changement et de les adapter aux enjeux de biodiversité. A une échelle plus fine, il est nécessaire de comprendre quelles caractéristiques des points lumineux sont les plus pertinents à maîtriser afin de formuler des recommandations pour limiter l’impact sur la biodiversité. Nous avons mené une étude de terrain dans un espace protégé où les enjeux sur les chauves-souris sont d’autant plus importants que les espèces les plus sensibles à la lumière y sont protégées, ainsi que leurs habitats, à l’échelle européenne. En travaillant à l’interface entre urbanisation et habitats semi-naturels, nous avons pu montrer que c’est la quantité de lumière émise qui ont l’effet le plus notable. C’est donc ce paramètre sur lequel il faut travailler en priorité pour limiter l’impact de la lumière sur des zones pouvant servir de corridor ou de zone refuge aux espèces sensibles
The spatial extent of artificial light is increasing rapidly and significantly on Earth surface hence changing the nocturnal lightscape and threatening an important part of ecosystems. The rise in nighttime light levels induces a perturbation of the circadian rhythm and thus a modification of nocturnal, but also some diurnal, species behavior and interactions between species. Despite the spread of light pollution being of major concern, the knowledge gaps in this field limit the creation of regulations to reduce the impact of nighttime lighting on biodiversity. Therefore it is urgent to produce clear and practical information to build tools and define recommendations for land managers. In this context, the aim of the PhD thesis is to study the impact of light pollution on nocturnal fauna through two spatial scales in order to propose methods to evaluate and manage artificial light. We used bats as a model species as they are long-lived and nocturnal and thus highly impacted by light pollution. In addition, it has been shown that their population trends tend to reflect those of species lower in the trophic chain which makes them even more sensitive to anthropic pressures. First, we studied the effect of light pollution within cities. This spatial scale is both coherent with bats distance of movement and with the reality of public lighting management. Although some urban-adapted species living within large cities are considered to benefit from artificial light, this work showed that, at a scale including all aspects of bats daily travels, light has a negative effect on bats activity level. Also, even if a large part of light pollution is due to public lighting, the results show that private lighting should not be neglected. Beyond the impact on bat activity, artificial light can have a barrier effect when individuals are transiting and thus reduce the landscape connectivity. Whereas environmental policies are promoting the development of ecological corridors, not considering light pollution could significantly reduce their efficiency for nocturnal species. Modelling the link between biological data and landscape variables including light level allowed us to build adapted corridors for nocturnal species. This lead to the development of a tool to evaluate lighting scenarios that could be used prior to the implementation of a lighting plan in order to predict the impact it would have and hence adapt it to the local biodiversity issues. At a finer scale, it is necessary to understand which light characteristics are the most relevant levers of actions to formulate recommendations to limit light pollution impact on biodiversity. We carried a field work experiment in a protected area where conservation issues on bat species are even higher as the species most sensitive to light are protected there, together with their habitat, at the EU level. We worked at the interface between urban and semi-natural areas and showed that the illuminance was the most important light characteristic. Hence it is on this parameters that regulations should be applied in priority to limit the impact of light on areas that could potentially be used as corridors or dark refuges for sensitive species

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Vitalis, Renaud. "Génétique des populations subdivisées : théorie et applications." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00535513.

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Abstract:

Cette thèse a pour objet l'étude théorique de la distribution de la variation génétique dans les populations subdivisées. L'exemple de l'étude d'une fougère aquatique rare Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta) illustre l'importance des notions identité génétique et de taille efficace pour comprendre quelles sont les forces évolutives qui façonnent la variation génétique observée. Plus particulièrement, je me suis intéressé, au travers de modèles théoriques, à l'effet de la structure spatiale ou temporelle des populations sur la distribution de la variation génétique. A partir de ces modèles, trois méthodes d'analyse de la variation génétique dans les populations naturelles ont été développées. La première permet d'estimer la taille efficace, une quantité qui mesure l'intensité de la dérive génétique. La seconde méthode concerne l'estimation des taux de dispersion spécifiques aux individus de sexes différents. Enfin, une méthode de détection de marqueurs moléculaires potentiellement soumis à l'action de la sélection a été développée.

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Eggert, Christophe. "Le déclin du pelobate brun (Pelobates fuscus, amphibien anoure) : apport de la phylogéographie et de la dynamique de population à sa compréhension." Chambéry, 2000. http://www.theses.fr/2000CHAMS025.

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Gallard, Anthony. "Etude de la cryoconservation d'apex en vue d'une conservation à long terme de collections de ressources génétiques végétales : compréhension des phénomènes mis en jeu et évaluation de la qualité du matériel régénéré sur le modèle pelargonium." Phd thesis, Université d'Angers, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00448693.

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Abstract:

La conservation des ressources génétiques végétales est un défi majeur, le maintien de la biodiversité étant capital pour répondre aux besoins des générations futures. Ce travail de thèse, s'inscrivant dans cette démarche de conservation, a été réalisé sur Pelargonium, plante ornementale multipliée végétativement. Un procédé de cryoconservation d'apex par « dropletvitrification » a été mis en place avec succès sur P. x peltatum ‘Balcon Lilas'. Avec un taux de régénération moyen de 40 % obtenu sur 28 taxons testés, la constitution d'une cryobanque est maintenant possible. L'optimisation de la survie post-cryoconservation passant par une meilleure connaissance des effets des solutions cryoprotectrices sur les cellules, des études microscopiques faisant appel notamment à la RTM (Real Time Microscopy) et la CLSM (Confocal Laser Scanning Microscopy) ont été pratiquées. Elles ont permis de mettre en évidence, d'une part que la solution de vitrification (PVS2) provoque une contraction importante et rapide des cellules en agissant sur les parois et d'autre part que la solution de charge (LS), outre son rôle d'osmoticum, atténue les altérations dues à PVS2. Les travaux sur la régénération in vitro à partir d'apex ont montré que celle-ci était le plus souvent directe ce qui peut favoriser le maintien de la conformité. Ainsi, une plante obtenue après régénération d'un apex cryoconservé ou non, ne présente pas de modifications phénotypiques sauf chez certains cultivars chimériques. Enfin, des tests ELISA ont montré une augmentation du taux d'assainissement lors d'une régénération après cryoconservation par rapport à une simple culture d'apex pour deux virus (PFBV et PLPV). Cependant les immunolocalisations réalisées ont mis en évidence que les virus étaient toujours présents dans les apex, l'élimination n'étant que partielle. L'augmentation de ces connaissances devrait permettre une utilisation à plus grande échelle de la cryoconservation participant ainsi à une meilleure gestion de la conservation des ressources génétiques par une offre stratégique plus importante.

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Louvrier, Julie. "Modélisation statistique de la distribution des grands carnivores en Europe." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG036/document.

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Abstract:

Les grands carnivores recolonisent l’Europe grâce à une augmentation des forêts et des populations d'ongulés sauvages ainsi que des mesures de conservation. Or, les carnivores entrent en interactions avec les activités humaines telles que l’élevage. Quantifier leur distribution peut aider à situer les impacts sur ces activités. Ces espèces sont très mobiles, difficiles à observer et vivent à de faibles densités. La modélisation de leur distribution présente plusieurs défis en raison 1) de leur détectabilité imparfaite, 2) de leur distribution dynamique dans le temps et 3) du suivi à grande échelle basé sur la collecte de données opportunistes sans mesure formelle de l'effort d'échantillonnage. Dans cette thèse, nous nous sommes concentrés sur deux espèces de grands carnivores, le loup et le lynx boréal, pour développer les méthodologies liées à la modélisation de la distribution d’espèces. Nous avons exploré l’application des modèles d’occupancy dans le contexte du suivi des grands carnivores en Europe. Ces modèles établissent le lien entre la présence d’une espèce et l’environnement dans le but d’établir la proportion d'une zone d'étude que l’espèce occupe, tout en prenant en compte une détectabilité imparfaite.Plus précisément, nous avons d'abord évalué la dynamique de la distribution des loups en France de 1994 à 2016, tout en prenant en compte leur détection imparfaite. Nous avons montré l'importance de prendre en compte l’effort d'échantillonnage variant dans le temps et dans l'espace à l’aide de de modèles d’occupancy dynamique.Deuxièmement, comme des faux positifs peuvent être présents lors de la surveillance d'espèces rares, nous avons développé un modèle dynamique d’occupancy qui tenait compte simultanément des faux négatifs et des faux positifs pour analyser conjointement des données qui contenaient à la fois des détections certaines et des détections incertaines. L'analyse des données sur le lynx boréal dans les pays alpins a suggéré que l'incorporation de détections incertaines produisait des estimations des paramètres écologiques plus précises.Troisièmement, nous avons développé un modèle qui prenait en compte l'hétérogénéité de la détection tout en traitant les faux positifs. En appliquant notre nouvelle approche au loup en France, nous avons démontré que l'hétérogénéité de la détection du loup était principalement due à un effort d'échantillonnage hétérogène dans l'espace.Quatrièmement, pour traiter des sources de données multiples, nous avons développé un modèle de processus ponctuel de Poisson qui permettait l'inclusion de différentes sources de données lors de la construction des SDMs. Nous avons montré comment la combinaison des données sur la distribution permettait d’optimiser un suivi en répondant à la question de savoir quelle(s) source(s) d'information apporterait l’essentiel de l’information lors du suivi du lynx en Norvège.Cinquièmement, pour comprendre les mécanismes sous-jacents de la colonisation des loups en France, nous avons développé un cadre statistique pour estimer l'occupation spatio-temporelle et la dynamique des effectifs en utilisant le cadre de diffusion écologique. Nous avons montré le potentiel de notre approche pour prédire la distribution future potentielle du loup à court terme, un élément qui pourrait contribuer à cibler des zones de gestion ou se concentrer sur des zones de conflit potentiel.Dans l'ensemble, nos travaux montrent que les données opportunistes peuvent être analysées à l'aide de modèles de distribution d’espèces qui prennent en compte les contraintes liées au type de suivi utilisé pour produire les données. Nos approches peuvent être utilisées par les gestionnaires pour optimiser la surveillance des grands carnivores, cibler des zones de présence potentielles et contribuer à proposer des mesures destinées à atténuer les conflits
Large carnivores are recovering in Europe, due to an increasing forest cover, ungulate population and conservation measures. Tthis return poses challenges as carnivores can interact with livestock farming. Assessing their distributions can help to predict and mitigate conflicts with human activities. Because large carnivores are highly mobile, elusive and live at very low density, modeling their distributions presents several challenges due to 1) their imperfect detectability, 2) their dynamic ranges over time and 3) their monitoring at large scales consisting of opportunistic data without a formal measure of the sampling effort. In this thesis, we focused on two carnivore species, wolves (Canis lupus) and Eurasian lynx (Lynx lynx), to develop the methodological aspects related to the modelling of species distributions. We considered the application of occupancy models in the context of monitoring large carnivores in Europe. These models allow the establishment of a link between the species’ presence and environmental covariates while accounting for imperfect detectability, in order to establish the proportion of a study area occupied by the species.We first assessed wolf range dynamics in France from 1994 to 2016, while accounting for species imperfect detection and showed the importance of accounting for time- and space-varying sampling effort using dynamic site-occupancy models.Second, acknowledging that false positives may occur when monitoring rare species, we showcased a dynamic occupancy model that simultaneously accounts for false negatives and positives to jointly analyze data that include both unambiguous detections and ambiguous detections. The analysis of data on the Eurasian lynx in Alpine countries suggested that incorporating ambiguous detections produced more precise estimates of the ecological parameters.Third, we developed a model accounting for heterogeneity in detection while dealing with false positives. Applying our new approach to a case study with grey wolves in France, we demonstrated that heterogeneity in wolf detection was due to a heterogeneous sampling effort across space.Fourth, to deal with multiple data sources, we developed a Poisson point process approach which allows the inclusion of different data sources when building SDMs. By doing so, we also answered the question about which source(s) of information would provide most of the information when monitoring the lynx in Norway.Fifth and finally, to understand the underlying mechanisms of the colonization of wolves in France, we developed a statistical framework for estimating spatiotemporal occupancy and abundance dynamics using the ecological diffusion framework. We demonstrated the potential of our approach to predict the potential future distribution of wolves in the short term, an element that could contribute to target management areas or focus on areas of potential conflict.Overall our work shows that opportunistic data can be analyzed with species distribution models that control for issues linked to the type of monitoring used to produce the data. Our approaches have the potential for being used by decision-makers to optimize the monitoring of large carnivores and to target sites where carnivores are likely to occur and mitigate conflicts

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Bech, Nicolas. "Génétique de la conservation et du paysage : étude des populations de lagopède alpin et de perdrix grise en France." Phd thesis, Université de Perpignan, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00939356.

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Abstract:

Le lagopède alpin (Lagopus muta) et la perdrix grise (Perdix perdix) atteignent dans les Pyrénées les limites méridionales de leurs aires de répartition mondiale. Les populations pyrénéennes de ces deux sous-espèces (Lagopus muta pyrenaica et Perdix perdix hispaniensis) sont donc en situation d'isolat biogéographique. Les deux espèces sont d'excellents bio-indicateurs de l'évolution des milieux ouverts d'altitude. Sous la pression conjuguée des contraintes environnementales et anthropiques, ces milieux connaissent actuellement une évolution sensible caractérisée par un relèvement altitudinal des étages de végétation et donc un rétrécissement de l'habitat disponible pour les espèces d'altitude. La régression des activités agro-pastorales accentue ce phénomène généralisé de reforestation des milieux. Une conséquence attendue de ces bouleversements est l'augmentation du degré de fragmentation des habitats notamment pour les populations d'altitude. Au-delà de l'influence du paysage sur la structuration des populations, un autre facteur pourrait structurer les populations de perdrix grise : les lâchers d'individus d'élevage dans des populations sauvages. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la structuration génétique du lagopède alpin des Pyrénées et de la perdrix grise en France afin d'aider à la décision des plans de conservation.

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Ledoux, Jean-Baptiste. "Biologie de la conservation du corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) : impact du changement global sur l'évolution des populations infralittorales en Méditerranée Nord-Occidentale." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX22096/document.

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Abstract:

Les pressions anthropiques agissent en synergie du gène à l’écosystème, des régions polaires aux régions tropicales et induisent une érosion biologique telle, qu'elle est qualifiée de sixième extinction de masse.Ce constat pose la question de l’évolution de la biodiversité face aux changements environnementaux en cours. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse focalisé sur les populations de surface (5 -60 m) de corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758), en Méditerranée Nord-Occidentale.Le corail rouge (Octocorallia, Coralliidae) est une espèce sessile à phase larvaire caractérisée par sa longévité importante, sa dynamique de population lente et son rôle structurant au sein des communautés de substrats durs de Méditerranée. Soumis à une importante pression de récolte, Corallium rubruma récemment subi deux évènements de mortalité massive concordant avec des anomalies thermiques positives, potentiellement liées au réchauffement climatique. La combinaison de ces deux pressions environnementales est donc susceptible d’affecter fortement l’évolution des populations de surface de cette espèce. Basé sur une approche intégrant génétique des populations et écologie de terrain, ce travail a pour objectif principal d’étudier les processus microévolutifs en jeu chez le corail rouge, de l’inter- à l’intra- populationel, afin de contribuer à l'amélioration de nos connaissances sur la biologie de cette espèce dans le contexte environnemental actuel.Ce travail de thèse élargit le champ de connaissances relatif à l’écologie de Corallium rubrum et fournit un ensemble d’outils et de données pour sa conservation face aux perturbations environnementales en cours.Il contribue, par la même occasion, à une avancée significative dans la compréhension de la biologie des organismes marins sessiles à phase larvaire.Il illustre notamment la pertinence d'approches mises place à des échelles spatiales réduites, pour répondre à des questions fondamentales sur l’évolution de ces organismes, souvent clés au sein de communautés sous pression
Anthropic pressures act synergistically from gene to ecosystems and from polar to tropical regions, inducing a strong biological loss, which is considered by many as the sixth mass extinction. The evolution of biodiversity facing the ongoing global change is thus an open question.The present study is focused on the shallow populations (5 - 60 m) of Corallium rubrum (Octocorallia,Coralliidae) in the North Western Mediterranean Sea. The red coral is a sessile and long-lived species with a larval phase, a slow population dynamics and an important structuring role in the Mediterranean hard substrates communities. This species faces a strong harvesting pressure, and recently underwent two massmortality events linked to positive thermal anomalies putatively due to ongoing climate change. These two pressures may have deep implications on the evolution of the shallow populations of this species. Using population genetics and field ecology, the main objective of this study was to define microevolutionary processes acting between and within red coral populations, to enhance our knowledge on the biology of this species facing the environmental changes. This work extends our knowledge concerning the ecology of Corallium rubrum, and provides new toolsand data for its conservation in the context of the ongoing global change. Moreover, this work improves our understanding in the biology of sessile marine organisms with a larval phase, illustrating for example the relevance of approaches conducted at fine geographical scales to address questions regarding the evolution of these organisms

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Niyongabo, Ferdinand. "Diversité, biogéographie, écologie et conservation des Rubioideae-Rubiaceae en Afrique centrale, Burundi, R.D.Congo, Rwanda." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2012. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209721.

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Abstract:

Cette étude est une contribution à la connaissance de la biodiversité, la distribution géographique et la conservation des Rubioideae (Rubiaceae) d’Afrique centrale (Burundi,R.D.Congo et Rwanda). Le travail est basé sur l’analyse critique des riches collections conservées dans les grands herbaria de Belgique et du Burundi (plus de 10.000 échantillons). Une check-list critique des Rubioideae d’Afrique centrale a été établie; 291 taxons ont été inventoriés et une carte de distribution géographique a été tracée pour chacun, après géoréférencement de toutes

les récoltes. Des taxons nouveaux pour le territoire étudié ont été découverts, révélant le caractère incomplet de la ‘World check-list of Rubiaceae’. Des taxons nouveaux pour la science ont été mis en évidence. Une espèce nouvelle (avec deux variétés) a été décrite. Les analyses de distribution ont utilisé deux niveaux de résolution: le système d’information géographique (SIG) pour la production des cartes de la distribution des espèces et le système de maillage pour calculer la densité et l’effort d’échantillonnage. La richesse floristique apparente est fortement biaisée par l’intensité d’échantillonnage. Après correction de ces biais, la diversité reste inégalement répartie.

Des régions de plus haute diversité peuvent être expliquées à la fois par des processus déterministes (régions à haute diversité ’habitats), et, probablement aussi par des contingences historiques (refuges). Elles correspondent à des zones de spéciation active ou de moindre extinction. De plus, cette diversité varie selon les phytochories considérées.

La distribution des taxons a été utilisée pour tenter de redéfinir sur une base objective des subdivisions phytogéographiques du territoire étudié. L’approche basée sur la similarité floristique et la distribution potentielle a démontré le rôle déterminant des taxons indicateurs et des variables environnementales

dans l’établissement d’un système cohérent de phytochories pour l’Afrique centrale. Un nouveau

système de trois territoires floristiques défini sur base des Rubioideae est comparativement proche de celui de White (1979, 1983) mais ne comprend pas des zones de transition.

Enfin, la caractérisation de l’état de conservation des Rubioideae de la zone d’étude, sur base de la méthodologie de l’UICN, a porté sur cinquante-six taxons (sub-)endémiques d’Afrique centrale. L’évaluation paramétrique a été largement utilisée. Elle est basée sur la détermination de la zone d’occupation (AOO) et de la zone d’occurrence (EOO). La proportion des Rubioideae menacés et coïncide avec celles des autres groupes déjà évalués. Cette analyse a démontré qu’il existe une corrélation entre les taxons menacés et les zones de forte concentration humaine.

This study is a contribution to the knowledge of biodiversity, geographic distribution and conservation of Rubioideae (Rubiaceae), a group of flowering plants in Central Africa (D.R.Congo, Rwanda, Burundi). The work is based on the critical evaluation of the rich herbarium collections conserved in Belgium and Burundi (> 10,000 specimens). A critical check-list of Rubioideae in Central Africa has been produced, comprising 291 taxa. A distribution map has been obtained for each of them. A number of taxa are new to the area, highlighting the gaps of knowledge in the ‘World check-list of Rubiaceae’. Species new to science have been detected, one of which has been formally described (with two varieties) in this study. The analysis of distribution patterns has been performed at two levels of resolution. Grid-maps have been used to analyse patterns of species diversity. Floristic richness appears strongly correlated with

sampling effort. After correction for sampling effort, species diversity remains heterogeneous.

Regions of higher diversity correspond either to areas of more active speciation, in relation to a high diversity of habitats, or to forest refuges where extinction rates have been lower. Additionally, this diversity varies between the different phytochoria recognized. The distribution of species has been used in an attempt to redefine phytochoria based only on floristic criteria. Floristic similarity, and potential distribution (based on climatic parameters), has shown that phytochoria can be effectively defined and characterized by the method of indicator taxa. Three major

phytochoria show a reasonably match with phytochoria previously proposed by White (1979, 1983), but White’s transition zones are not highlighted. Finally, distribution data have been used to critically evaluate the conservation status of 56 taxa, using the methodology and criteria of IUCN. The area of occupancy (AOO) and extent of occurrence (EOO) were calculated and used as main criteria to evaluate the species. A relatively high proportion of taxa appear to be threatened, especially in relation to urbanization and deforestation in the most

highly populated parts of the study area.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Blanc, Laetitia. "Dynamique des populations d’espèces rares et élusives : le lynx boréal en Europe." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS045.

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Abstract:

Rares, discrets, fascinants et sanguinaires sont autant d'adjectifs utilisés en Europe pour qualifier les grands carnivores qui arpentent nos forêts. La dégradation de leur habitat et la raréfaction de leurs proies, associées au folklore qui les entoure, ont engendré de nombreux conflits avec l'Homme et les ont menés à disparaître de la plupart de leurs aires historiques de répartition. Depuis, ces espèces ont le statut d'espèces protégées dans la plupart des pays européens. Ce statut est notamment garanti pour la plupart par la Directive Habitat et la convention de Berne. Ces textes législatifs ont permis d'instaurer un contexte favorable pour un retour progressif de ces espèces au sein de nos écosystèmes. Afin de remplir les exigences instaurées par ces différents textes législatifs, il était nécessaire d'améliorer les connaissances scientifiques sur l'écologie de ces espèces et la dynamique de leurs populations. Les pays européens ont ainsi déployé des efforts considérables afin de contribuer à une connaissance globale et à une gestion durable des grands carnivores. Ces efforts ne sont clairement pas homogènes entre l'ours, le loup et le lynx. Le premier enjeu de cette thèse était donc d'évaluer les facteurs pouvant expliquer l'hétérogénéité d'investissement dans la conservation de ces espèces en Europe. Ce chapitre repose à la fois sur des critères écologiques des populations locales et sur des critères économiques des pays considérés. Le premier résultat fort de cette étude montre que l'ours et le lynx auraient un même profil et bénéficieraient du même intérêt pour les scientifiques européens, le loup différant de ces deux espèces. Le second résultat probant révèle que les travaux de recherche seraient davantage orientés vers les populations à forts effectifs plutôt que vers les petites populations. L'investissement scientifique dans ce premier chapitre est en partie quantifié par l'effort investi dans le suivi des populations, qui reste un véritable défi pour les grands carnivores. En effet, le comportement discret de ces espèces, leur faible densité et leur besoin de grands espaces sont autant de contraintes pour leur suivi qui requiert alors d'importants moyens humains et financiers. Le suivi des effectifs du lynx boréal (Lynx lynx), en France, est un exemple révélateur de ces contraintes. Il reposait jusqu'à récemment sur la collecte d'indices de présence indirects. Motivés par la mise en place d'un protocole de suivi non-invasif mais coûteux par piégeage photographique dans le massif jurassien français, nous avons évalué dans un deuxième chapitre une nouvelle méthode d'estimation des effectifs de cette population qui permet d'inclure l'information spatiale dans l'analyse. Cette méthode a permis de fournir la première estimation fiable des effectifs de lynx en France. Cette estimation est fournie néanmoins avec une précision toute relative au vu du peu de données collectées lors de ce suivi. L'écart entre le budget nécessaire pour obtenir un recensement de la population et le budget disponible pour le suivi de l'espèce étant considérable, il a fallu dans un troisième chapitre développer un nouvel outil pour optimiser l'utilisation des données disponibles. La combinaison des données de présence-absence et des données de piégeage photographique a permis d'améliorer considérablement les estimations d'effectifs qui sont, dans le Jura français, plutôt en hausse ces dernières années. La situation n'est pas aussi favorable pour l'espèce dans la région des Vosges. Cette population, issue d'une réintroduction, semble décliner de manière drastique depuis les 5 dernières années. Dans un quatrième chapitre, nous avons donc étudié l'efficacité de deux stratégies de conservation visant d'une part à favoriser la connectivité entre les populations vosgienne et jurassienne et d'autre part à réintroduire des individus dans la forêt Palatine allemande, située en continuité du massif vosgien
Rare, discrete, fascinating and bloodthirsty are all adjectives used in Europe to describe the large carnivores that roam our forests. Degradation of their habitat and depletion of their prey, combined with these wild and "bloodthirsty" aspects, have led to numerous conflicts with humans and led them to disappear from most of their historical range. Since then, most of them have a protected status in most European countries. This status is guaranteed for most of these countries by the Habitats Directive and the Berne Convention. These laws created a favorable context for a gradual return of these species in our ecosystems. To fulfill the requirements established by these laws, it was necessary to improve scientific knowledge of the ecology of these species and to develop methodological tools to understand the dynamics of their populations. European countries then made considerable efforts to contribute to global knowledge and sustainable management of large carnivores. These efforts, in the case of the bear, wolf and lynx, are clearly not homogenous within Europe. The first challenge of this thesis was to evaluate the factors that might explain the heterogeneity of investment in the conservation of large carnivores in Europe. This chapter is based both on ecological criteria of local species and economic criteria of the countries of interest. The first strong result of this study revealed that the bear and lynx have the same profile and receive the same interest from European scientists, wolf differing from the two other species. The second convincing result revealed that the research would be more oriented towards abundant populations rather than small populations as previously assumed by the scientific community. The scientific investment in this first chapter is partly quantified by the amount of effort invested in monitoring populations. It turns out to be a real challenge for large carnivores. The secretive behavior of these species, their low density and their need for large spaces are all constraints to monitoring requiring substantial human and financial resources. Eurasian lynx (Lynx lynx) monitoring in France is a typical example of these constraints. Until now, monitoring was based on the collection of indirect presence signs. Recently, a non-invasive but expensive camera-trapping protocol has been settled in the French Jura Mountains. We then evaluated in a second chapter a new method for estimating the size of this population. This method has provided the first reliable estimate of the abundance of lynx in France. This estimate, however, came with a relative precision given the limited quantity of data collected during this session. The gap between the needs for a census of the population and the budget available for the monitoring of the species is huge so we had to develop a new modeling tool to achieve our goal. In the third chapter, the objective was to improve these estimates, optimizing the use of the available data. The combination of presence-absence data and camera trapping data has greatly improved the French Jura population estimates that go rising in recent years. The situation is not as favorable for the species on the Vosges part. This population, after reintroduction, appears to be declining drastically over the last 5 years. In a fourth chapter, we therefore investigated the effectiveness of two conservation strategies: the first one was to instate some connectivity between the Vosges and Jura populations and the second one to reintroduce individuals in the German Palatinate Forest, situated in continuity with the Vosges

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Devoucoux, Pierrick. "Conséquences et impacts prévisibles d'une perte d'habitat majeure sur une espèce menacée aux exigences écologiques complexes : effets de la mise en place du contournement ferroviaire à grande vitesse Nîmes-Montpellier sur la dynamique de la population d'Outarde canepetière des Costières de Nîmes." Thesis, Poitiers, 2014. http://www.theses.fr/2014POIT2285/document.

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Abstract:

L'urbanisation et la construction d'infrastructures de transports sont aujourd'hui la première cause de baisse de diversité. De par la perte d'habitat et la fragmentation du paysage qu'ils engendrent, ces ouvrages impactent les populations. Notre travail a cherché à évaluer, sur une espèce aux exigences écologiques complexes, les impacts prévisibles de la mise en place d'une Ligne à Grande Vitesse (LGV) et leurs conséquences. Nous avons étudiés la population d'Outarde canepetière Tetrax tetrax des Costières de Nîmes. A l'échelle de son aire de répartition, cette population fait figure d'exception : elle atteint localement des densités-records et développe des patterns de distributions jusqu'alors jamais rencontrés chez l'espèce. Nous avons cherché à identifier les variations locales de distribution et leur corrélation avec les paramètres d'habitat selon une grande gamme d'échelle spatiale, afin de modéliser les patterns de distribution attendus et les impacts prévisibles de la future infrastructure
Urbanization and increasing transport infrastructure construction are known as the main cause of biodiversity loss. By habitat loss and landscape fragmentation they cause, these structures impact populations. Our work sought to assess, on a case of complex ecological requirements, foreseeable impacts of the establishment of a High Speed Line (HSL) and their consequences. We studied the population of Little Bustard Tetrax Tetrax of the Costières nîmoise area. Within its own range scale, this population is an exception: it reaches locally unusually high densities and develops distributions patterns never met previously. We sought to identify local variations in distribution and their correlation with habitat parameters in a wide range of spatial scales, to model the expected distribution patterns and expected impacts of future infrastructure

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Guériau, Pierre. "La Faune continentale d'arthropodes aquatiques du Famennien (Dévonien supérieur) de Strud, Belgique : taxonimie, paléoécologie et tapohnomie par imagerie 2D synchrotron." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2014. http://www.theses.fr/2014MNHN0034.

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Abstract:

Le gisement de Strud (Dévonien supérieur, Belgique) est connu pour sa flore et sa faune de vertébrés très diversifiés. Il a également livré de nombeux arthropodes remarquablement préservés, parmi lesquels un supposé insecte, mais également un assemblage très rare de crustacés continentaux. Cette thèse décrit le premier crustacé décapode continental, un nouveau crustacé très informatif sur l'origine des décapodes, mais surtout le plus ancien assemblage de crustacés branchiopodes, très semblable dans sa morphologie et son écologie aux assemblages actuels. Des études de caractérisation physico-chimique ont été menés sur ces fossiles afin de comprendre les processus à l'origine de leur fossilisation si exceptionnelle. Cette thèse présente des nouveaux développements méthodologiques concernant l'imagerie des éléments chimiques, en particulier les éléments traces, qui ouvrent de nombreuses perspectives pour de futures études paléo-environnementales et taphonomiques
The continental deposits of Strud locality (late Devonian, Belgium) are well known for their highly diversified flora and vertebrate fauna, bu they have also yielded outstandingly well-preserved arthropod fauna. The latter includes a putative insect, but also a rare assemblage of continental aquatic crustaceans. This dissertation describes the earliest continental decapod crustacean, a new eucarid crustacean that gives insights into the origin of decapoda, and a modern-like community of branchiopod crustaceans. Finally, chemical taphonomy studies have been performed in order to decipher the fossilization processes at the locality. The dissertation presents new methodological developments regarding trace elemental imaging, in particular from the rare earth elements, which open new avenues for the future palaeoenvironmental and taphonomic studies

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Dissertations / Theses on the topic 'Élatéridés – Conservation des ressources (biologie)'

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