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Dissertations / Theses on the topic 'Électrophorèse bidimensionnelle'
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Choukaife, Ala Eldin. "Variations biologiques de la LpAI des apolipoprotéines : apport de l'électrophorèse bidimensionnelle en biologie clinique." Nancy 1, 1990. http://www.theses.fr/1990NAN10551.
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Blangarin, Pascale. "Caractérisation des protéines de HIV (LAV-1) par électrophorèse bidimensionnelle couplée à l'immunodétection après transfert." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO1T006.
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3
Hadjem, Ammar Saïd. "Traitement d'image du gel d'électrophorèse bidimensionnelle." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10143.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail est le traitement d'images du gel d'électrophorès bidimensionnelle (détection des taches de protéines, détermination automatique du nombre de taches de protéines sur le gel, la surface de chaque tache, leur position ainsi que leur densité optique ou en d'autres termes leur intensité lumineuse respective) en utilisant l'interface de numérisation associé à une caméra vidéo et à un micro-calculateur. Le travail a consisté, d'une part à mettre en œuvre une façon pratique cette nouvelle méthode d'investigation et d'autre part, à créer le logiciel assurant un fonctionnement jugé optimal pour ce type de fonctions (traitements d'images vidéo). L'autre partie de mon sujet est le travail expérimental en mettant au point les supports logiciels et techniques de la manipulation. En préliminaire est exposée une méthode originale de stockage des données numériques relatives à la partie comprise dans la fenêtre de mémorisation à position programmable ; la procédure de transfert de ces données dans le micro-calculateur en vue de leur traitement informatique est également présentée
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Poitevin, Martine. "Contribution au développement d'un microsystème pour la séparation bidimensionnelle de protéines par électrophorèse." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00004227.
Full textAbstract:
Dans le cadre de la détection de nouveaux allergènes alimentaires, un microsystème pour la séparation bidimensionnelle de protéines par électrophorèse a été développé, ces deux dimensions étant la focalisation isoélectrique (IEF) et l'électrophorèse de zone (EZ). Ces deux modes de séparation ont été étudiées au format capillaire avant d'utiliser les résultats obtenus en microsystèmes. La séparation de protéines par IEF a d'abord été réalisée. Nous avons montré que l'utilisation d'électrolytes constitués d'ampholytes d'intervalles étroits de pH (NC) permettait d'augmenter la résolution puis réalisé la séparation de protéines du lait en microsystèmes. Des microsystèmes en verre et en PDMS et plusieurs traitements de surface ont été comparés en utilisant une méthode de mesure de flux électroosmotique développée pour cela. Nous avons ensuite étudié la séparation de protéines par EZ en microsystèmes. Des NC ont de nouveau été utilisés, pour leur faible conductivité. Nous avons montré qu'ils permettaient de diminuer fortement l'adsorption des protéines puis nous avons réalisé la séparation de ces dernières en quelques secondes après avoir optimisé leur dérivation avec un marqueur fluorescent. Enfin, différents schémas de microsystèmes ont été envisagés pour coupler les deux dimensions de séparation.
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Hamelin, Muriel. "Caractérisation des effets de la mutation "culard" en race ovine Texel belge sur le protéome sarcoplasmique." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00703080.
Full textAbstract:
La mutation Texel Belge induit une hypertrophie musculaire. Elle affecte le gène codant pour la myostatine et touche l'ensemble de la musculature. Toutefois les mécanismes physiologiques et biochimiques sous-jacents ne sont pas encore élucidés. Notre étude est axée sur la fraction sarcoplasmique du protéome dans laquelle se trouvent les protéines du métabolisme et des voies de transduction. L'étude comparative en gels d'électrophorèse 2D porte sur des muscles d'homozygotes Texel et d'homozygotes Romanov au locus. En comparant des muscles aux compositions variées et présentant divers degrés de développement, nous avons montré qu'il existait des variations caractérisants chaque muscle, de l'expression des protéines du métabolisme énergétique et de la machinerie associée. La comparaison des génotypes montre une surexpression des métabolisme energétiques, glycolytiques et oxydatif, chez les TT; 2 protéines marquent le génotype TT: la transferrine ( en plus) et l'A1AT (en moins). L'étude des ARNm montre que ni la transferrine ni l'A1AT ne sont régulés au niveau transcriptionnel et que les ARNm de la myostatine sont sous-exprimés dans le génotype TT. Ces trois sont plus exprimés chez les foetus que dans les muscles adultes. Ce qui laisse supposer, pour ces gènes, un rôle important dans le développement musculaire
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Félix, Christine. "Etude moléculaire de la bactérie intracellulaire féminisante Wolbachia chez Armadillidium vulgare (crustacé isopode terrestre)." Poitiers, 2004. http://www.theses.fr/2004POIT2264.
Full textAbstract:
Wolbachia est une bactérie Gram(-) intracellulaire symbiote de nombreux arthropodes. Chez A. Vulgare, elle entraîne la féminisation des mâles (souche wVul). Nous avons caractérisé le chromosome de wVul (ADN circulaire de 1. 75 Mb) qui semble comporter de façon atypique plusieurs opérons rrn et dont les profils de restriction sont différents de ceux des autres souches de Wolbachia. La purification de l'ADN bactérien a permis d'amorcer le séquençage de ce génome. Un système de sécrétion de type IV caractérisé par deux opérons vir a été mis en évidence. L'expression de ces gènes dans les ovocytes et l'étude des protéines impliquées révèlent que ce système pourrait être fonctionnel. Des cartographies bidimensionnelles de profils protéiques de tissus d'individus infectés ou non indiquent des différences d'expression correspondant à des protéines du métabolisme et du cytosquelette de l'hôte surexprimées, et à une RNA hélicase qui pourrait interagir avec le déterminisme du sexe de l'hôteWolbachia is an intracellular Gram(-) bacterium symbiont of many arthropods. In A. Vulgare, it induces male feminization (wVul strain). We have characterized the wVul chromosome (circular DNA of 1. 75 Mb) that atypically seems to contain several rrn operons and revealed that restriction profiles are different from those of other characterized Wolbachia strains. Bacterial DNA purification allowed to initiate the sequencing of this genome. A type IV secretion system characterized by two vir operons was highlighted. Expression of these genes in oocytes and analysis of Vir proteins revealed that this system could be functional. Two-dimensional profiles of proteins from infected and uninfected tissues showed differential expression of proteins involved in host metabolism or cytoskeletal structure and of a RNA helicase, that could interact with host sex determination
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Schalk, Catherine. "Mise en évidence de nouveaux marqueurs de qualité de l'orge brassicole par électrophorèse bidimensionnelle des protéines." Strasbourg 1, 2005. http://www.theses.fr/2005STR13228.
Full textAbstract:
Dans le but de mettre en évidence des marqueurs de la qualité brassicole des orges, une étude comparative par électrophorèse bidimensionnelle des protéines a été réalisée sur 25 cultivars d’orge. Les profils électrophorétiques des grains crus et maltés ont été comparés sur deux plans : entre des cultivars de bonne et de mauvaise qualité brassicole et entre des cultivars liés par croisement génétique. L’étude a également impliqué l’analyse de grains d’orge traités par des phytohormones au cours de leur maltage. Au total, 276 spots se sont révélés variables dans l’ensemble de ces comparaisons, dont 89 présentent une récurrence forte. Sur la base des profils électrophorétiques et de données bibliographiques et brassicoles, quatre protéines et trois familles de protéines ont été sélectionnées pour que leur lien avec la qualité soit validé par un crible immunochimique sur un nouveau pool de 100 cultivars et par des études in planta réalisées grâce à la transgénèse de l’orgeIn order to reveal malting quality markers for barley, a two-dimensional electrophoresis comparative study has been carried out on 25 cultivars. The electrophoretical patterns of barley and malt have been compared on two levels: between cultivars of good and bad malting quality and between cross breeding related cultivars. This study has also integrated the analysis of barley malted in the presence of phytohormones. Finally, considering all comparisons together, 276 spots have shown variations in their intensities and 89 among them are strongly recurrent. On the basis of these electrophoretical patterns and of litteratural and brewing knowledges, four proteins and three protein families have been selected in order to confirm their link with quality using an immunological screening of a new set of 100 cultivars and in planta studies by barley transformation
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Lepetit, Patrick. "Contribution à l'étude de l'activité de synthèse des protéines cérébrales par radioautographie quantitative et électrophorèse bidimensionnelle." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1T253.
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9
Venevelles, Patrick de. "Protéomique de stades infectants du parasite aviaire Eimeria tenella-sub-protéomique et biologie des globules réfringents." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2005. http://www.theses.fr/2005VERS0006.
Full textAbstract:
Les coccidioses représentent un problème pathologique majeur dans les élevages intensifs aviaires. La recherche de nouveaux antigènes induisant une réponse immune chez l'animal est primordiale face à l'apparition de chimiorésistances contre l'ensemble des anti-coccidiens utilisés actuellement. Dans cette optique, les objectifs de ce travail furent d'une part l'établissement des cartes des profils d'expression des protéines des formes invasives du parasite et d'autre part l'étude de la biologie et la définition du protéome de structures atypiques appelés globules réfringents. Les protéines exprimées dans les sporozoïtes ont été séparées par 2-DE dans les gammes de pH 3-10 et 4-7. Les 160 protéines les plus abondantes sur ces cartes ont été analysées en spectrométrie de masse simple et en tandem. L'enrichissement des banques de données d'E. Tenella (génome et transcrits) a permis l'identification de nouvelles protéines. Les cartes 2-D des protéines parasitaires apparaissent également comme un outil rapide pour définir de nouvelles cibles antigéniques. Les protéines de GR purifiés à partir des sporozoïtes ont ensuite été séparées par 2-DE. Les cartes de référence des protéines de sporozoïtes ont permis de déterminer les protéines localisées au sein des GR par comparaison de l'abondance des protéines entre les deux cartes 2-D. Dix sept protéines ont pu ainsi être définies comme appartenant aux GR et 16 autres protéines pourraient également les constituer. L'étude de la biologie de ces structures a montré qu'elles semblent jouer un rôle dans l'invasion ou le développement précoce ainsi qu'un rôle de réservoir de protéines pour l'invasion des formes libres plus tardivesCoccidiosis is a major protozoan parasitic disease of poultry. The research of new targets for the development of a recombinant vaccine is fundamental to fight against the appearance of a chemoresistance against all the drugs actually used in intensive breedings. In this thesis, our aims was to caracterize the expression profiles of proteins of the invasive forms of the parasite and to study the biology and the proteome of Eimeriidae specific structures called refractile bodies. The sporozoïte proteins were resolved by 2-DE in the pH ranges 3-10 and 4-7. Then the 160 most abundant sporozoite proteins were systematically analysed and identified by MS or MS/MS. The databases for this parasite were considerably increased with many EST sequencing projects and the complete sequencing of the E. Tenella genome. These databases has allowed us to identify new proteins by MS/MS. The 2-D maps of proteins of the invasive forms has allowed us to define proteins which generate an immune response following an infection by E. Tenella and appear like a powerful tool for the detection of new targets. The refractile bodies were purified from sporozoites and their proteins were resolved by 2-DE. By comparison with the sporozoite reference maps, we have defined 17 proteins belonging to the refractile bodies. Sixteen more proteins could be considered as refractile body proteins but this remains to be verified. In the invasion of the sporozoite or in the precocious development of the parasite. The refractile bodies could be protein stocks which seem to play a role in the invasion steps of merozoites
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Girardet, Jean-Michel. "Le composant-3 des protéose-peptones du lait bovin : obtention, origine, étude de sa partie glycannique, rôle dans la lipolyse." Nancy 1, 1992. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1992_0075_GIRARDET.pdf.
Full textAbstract:
Les protéose-peptones préparées par thermocoagulation du lait sont séparées par FPLC d'interactions hydrophobes. Les fractions obtenues sont alors caractérisées par électrophorèse bidimensionnelle. Le composant-3, concentré dans la fraction hydrophobe, est constitué par agrégation de trois sous-unités glycoprotéiques de 11, 19, et 29 kiloDaltons environ. L'étude de la partie glucidique révèle que le composant-3 est N-glycosylé. La structure du N-glycanne est de type lactosaminique complexe. Le fucosyl-lacto-N-tétraose a été également identifié dans la fraction hydrophobe. Il semble présenter une forte affinité pour le composant-3. L'origine de ce dernier est liée aux protéines des membranes de globules gras du lait. Les sous-unités du composant-3 pourraient être des fragments de N-glycosylprotéines membranaires obtenus par action de la plasmine à la surface des globules gras. Le mécanisme de l'inhibition de la lipolyse par le composant-3 est étudié dans un système modèle émulsifié. Il est montré que l'inhibition n'est pas due à une interaction directe entre la lipase et le composant-3, mais résulte d'un changement de la qualité de l'interface huile/eau de l'émulsion après adsorption du composant-3.
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Fekkar, Arnaud. "Etude des interactions hôte-pathogène dans le cadre d'une infection pulmonaire à Aspergillus fumigatus : apport de la protéomique 2D-DIGE." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066626.
Full textAbstract:
Les champignons du genre Aspergillus sont des moisissures ubiquitaires responsables chezl’homme de pathologies variées. Parmi celles-ci, l’aspergillose invasive est une mycose profonde grave à point de départ pulmonaire survenant chez les patients immunodéprimés. Aspergillus fumigatus est la principale espèce responsable d’aspergillose invasive. Lamortalité de cette infection est élevée en dépit d’un traitement adapté. L’identification de nouveaux marqueurs diagnostiques est indispensable afin d’optimiser la prise en charge. En dehors de l’aspergillose invasive, A. Fumigatus est responsable de pathologies résultant de manifestations immuno-allergiques. Quel que soit le type de manifestations cliniques, la réaction et le comportement des cellules bronchiques de l’hôte ont été peu étudiés, contrairement aux interactions entre A. Fumigatus et les polynucléaires neutrophiles ou les macrophages. La DIGE est une méthode d’électrophorèse bidimensionnelle des protéines très résolutive, permettant la comparaison précise de protéomes issus de conditions différentes. L’objet de ce travail a été l’application de cette technologie à travers deux approches. Approche 1 : modèle in vitro de cellules épithéliales bronchiques BEAS-2B : Depuis quelques années, on sait que les cellules épithéliales pulmonaires qui représentent la première ligne de contact avec le champignon sont capables de réagir à l’agression fongique (endocytose des conidies, production de cytokines). Afin d’avoir une vision plus exhaustive de l’interaction champignon-cellules épithéliales, nous avons appliqué la DIGE à un modèle de cellules BEAS-2B infectées par des conidies d'A. Fumigatus. L’étude comparative des surnageants de culture a mis en évidence le fait que les cellules bronchiques réagissaient en sécrétant d’une part des enzymes lysosomales ellesmêmes potentiellement à l'origine d’une réponse inflammatoire/immunitaire (cathepsine B, cathepsine D et hexosaminidase), et d’autre part des protéines en lien avec la défense antioxydante (notamment la thioredoxine). Ces résultats placent les cellules épithéliales bronchiques comme des effecteurs de premier plan dans l'interaction hôte-champignon. Approche 2 : modèle murin d’aspergillose invasive : Par cette approche, il s’agissait de rechercher un (des) biomarqueur(s) précoce(s) d’aspergillose invasive dans le sérum et/ou le LBA de souris immunodéprimées infectées par une souche bioluminescente d’A. Fumigatus. L'analyse des prélèvements de souris sacrifiées à J1 et J3 de l'infection a permis la détection précoce dans le sérum d'une protéine aspergillaire dont l'intérêt comme biomarqueur diagnostique chez l'homme est en cours d’investigation. Les résultats obtenus suggèrent également un mécanisme d’échappement au complément par le clivage du fragment C3b. Enfin, de nombreuses protéines de l'inflammation ont également été détectées en quantité plus abondante chez les animaux infectés. A priori non spécifiques de la maladie aspergillaire dans leur individualité, ces protéines offrent un aperçu de l'impact du champignon sur l'hôte et de la façon dont celui-ci réagit. Il n’est pas exclu que l’association de ces protéines permettent in fine une orientation diagnostique.
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Pottiez, Gwënaël. "Analyse protéomique de cellules endothéliales de capillaires cérébraux ayant acquis le phénotype de barrière hémato-encéphalique." Artois, 2009. http://www.theses.fr/2009ARTO0402.
Full textAbstract:
La barrière hémato-encéphalique (BHE) contribue à l'homéostasie cérébrale en régulant le passage de composés exogène et endogènes. Cette BHE est constituée de cellules endothéliales de capillaires cérébraux. Ces capillaires sont entourés d'un manchon de pieds astrocytaires. La différentiation des cellules endothéliales de capillaires cérébraux est, en partie, induite par la présence des astrocytes. Le but de notre étude est de mieux comprendre et définir les mécanismes de mise en place du phénotype de BHE, en utilisant une approche protéomique. Le modèle de BHE in vitro, mis au point dans notre laboratoire, est constitué de cellules endothéliales de capillaires cérébraux cultivées en présence de cellules gliales. La première difficulté de notre approche consistait en l'adaptation des méthodes habituellement utilisées en protéomique afin d'étudier notre modèle. Puis, nous avons effectué une approche protéomique différentielle afin de caractériser le phénotype de BHE, pour cela, nous avons comparé les cellules endothéliales des capillaires cérébraux non différentiées, c'est-à-dire cultivées seules, avec des cellules aux caractéristique de BHE, soit cultivées avec des cellules gliales. Ainsi, nous avons identifié les principales voies de régulation impliquées dans la différentiation des cellules de BHE. Nos résultats révèlent, d'une part, que la régulation du cytosquelette d'actine est liée à la différentiation de la BHE, et d'autre part, que cette différentiation implique la méthylation des protéines et la voie du NO. Pour finir, nous avons tenté d'identifier les protéines constitutives de la BHE et par conséquent d'accroître la connaissance de la BHEThe blood-brain barrier (BBB) contributes to the brain homeostasis by regulation of the passage of endogenous and exogenous compounds. This BBB is formed by the circular and close up assembly, all along the length of the vessel, of differentiated endothelial cells resting on a basal membrane in which few pericytes are inserted. This cellular structure as a whole is encircled by a tubular sheath of astrocytic endfeet. The induction and differentiation of the brain capillary endothelial cells are, in part, under control of astrocytes which surround the endothelial wall. The aim of our study is to better define and understand the establishment mechanisms of BBB phenotype, using proteomic approaches. The in vitro BBB model, developed in our laboratory, is made up of brain capillary endothelial cells cocultured with glial cells. The first challenge consisted to adapt the usual proteomic method to our in vitro BBB model. Therefore, to identify the main pathways involved in the dynamic regulation of BBB function, we have initiated a differential proteomic approach which intends to characterize the phenotypic differences between fully differentiated brain endothelial cells, cultured with glial cells, and undifferentiated cells, cultured without glial cells. Our results described, on one hand, that actin cytoskeleton remodelling is closely involved in the BBB differentiation, and on the other hand, that this differentiation seems to be linked to the methylation of proteins and the nitric oxide pathway. Finally, we tried to confirm the observed changes by in situ identification of constitutive proteins of the BBB to complete the BBB knowledge database
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Kadri, Tewfik. "Etude protéomique des cellules souches mesenchymateuses non différenciées et différenciées vers la voie ostéoblastique." Paris 13, 2007. http://www.theses.fr/2007PA132003.
Full textAbstract:
Les cellules souches mésenchymateuses humaines (CSMh) sont des cellules médullaires multipotentes donnant naissance à différentes lignées cellulaires dont les cellules stromales, adipocytaires, chondrogéniques et ostéoblastiques. Les CSMh présentent un intérêt majeur en thérapie cellulaire, par leur capacité à se différencier en différents types cellulaires et leurs propriétés immunomodulatrices. Nos travaux, reposent sur une approche protéomique combinant électrophorèse bidimensionnelle et spectrométrie de masse afin de mettre en évidence des facteurs protéiques permettant le maintien du caractère souche des CSMh ainsi que des facteurs protéiques impliqués lors de la différenciation ostéoblastique. Nous avons, dans un premier temps, effectué une cartographie du protéome cellulaire des CSMh différenciées vers la voie ostéoblastique. Ce travail a permis d’identifier des protéines telles que, la galectine 1 et l’interleukine 25, dont les fonctions pourraient expliquer les propriétés immunomodulatrices des CSMh. Nous avons ensuite réalisé une étude comparative du protéome cellulaire des CSMh cultivées sur des temps courts et sur des temps longs de culture afin de déterminer la dérive phénotypique observable d’un point de vue protéomique, ainsi qu’une étude protéomique des CSMh différenciées vers la voie ostéoblastique permettant l’identification des protéines modifiées quantitativement et qualitativement lors de la différenciation. L’analyse combinée de l’ensemble des données obtenues a permis l’identification de protéines modulées par la différenciation comme les lamines ou des protéines pouvant intervenir dans le caractère souche des CSMh telles que certaines Heat-shock ProteinThe mesenchymal stem cells (MSC) are medullary multipotents cells giving rise to various cellular lines like stromales, chondrogenic and osteoblastic cells. MSC are interest in cellular therapy, by their capacity to differenciate in various cellular types and their immunomodulating properties. Our work, rests on a proteomic approach combining two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry in order to find factors allowing the maintenance of the phenotype of MSC and factors implied during osteoblastic differentiation. We, initially, carried out a cartography of the cellular protéome of MSC differentiated towards the osteoblastic way. This work made it possible to identify proteins such as, the galectine 1 and the interleukine 25, whose functions could explain the immunomodulating properties of MSC. We made a comparative study of the cellular protéome of MSC cultivated over short times and long times of culture in order to determine the observable phenotypical drift from a point of view proteomic. A second proteomic study was made of MSC differentiated towards the osteoblastic way in order to find proteins modified quantitatively and qualitatively during differentiation. The combined analysis of the data obtained, allowed the identification of proteins modulated by differentiation like lamin and proteins being able to intervene in the properties of MSC such as Heat-shock Protein
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Budin-Verneuil, Aurélie. "Caractérisation de la réponse au stress acide chez Lactococcus lactis." Caen, 2004. http://www.theses.fr/2004CAEN2055.
Full textAbstract:
Afin d'élargir nos connaissances sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse au stress acide chez L. Lactis MG1363, la caractérisation de l'ATR (pour Acid Tolerance Response) ainsi que celle de mutants résistants au stress acide - affectés dans les gènes guaA (codant la GMPsynthase), relA (codant la (p)ppGpp synthase) et pstS (codant une sous-unité du transporteur à haute affinité du phosphate) - a été entreprise. Deux approches ont été utilisées : la caractérisation protéomique visant à identifier les protéines impliquées dans la réponse au stress acide de L. Lactis, et la caractérisation du rôle de composants pariétaux dans la résistance au stress acide des mutants. La caractérisation protéomique de l'ATR en milieux complexe et chimiquement défini ainsi que celle des mutants guaA, relA et pstS révèlent la sur-expression de 193 protéines, dont 174 ont été identifiées, correspondant à 91 protéines différentes. Une analyse transcriptionnelle ainsi qu'une mutagenèse ciblée ont été réalisées sur certains des gènes correspondants. Nos résultats suggèrent, pour certaines de ces protéines, qu'elles ont une importance majeure dans la tolérance à l'acidité de L. Lactis. Le rôle de composants pariétaux dans la réponse au stress acide de L. Lactis a été évalué en inactivant les gènes pbp (pour penicillin binding protein) dans la souche sauvage et dans le mutant guaA. La survie des mutants correspondants en condition de stress acide suggère que la biosynthèse de la paroi participe à la tolérance au stress acide de L. Lactis.
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Levy, Francine. "Analyse de la réponse immunitaire de la drosophile par une approche protéomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/LEVY_Francine_2005.pdf.
Full textAbstract:
Grâce au séquençage du génome de la drosophile en mars 2000, les analyses post-génomiques sur cet insecte ont connu un essor exceptionnel. L'étude de l'expression des gènes et de leurs produits peut être abordée soit en mesurant le niveau quantitatif des ARN messagers (transcriptomique), soit en étudiant directement les peptides/protéines présents à un instant donné (peptidomique/protéomique). Ces deux approches sont complémentaires, cependant seule la seconde permet d'étudier les modifications post-traductionnelles, jouant un rôle essentiel dans la fonctionnalité des protéines, ou encore les interactions au sein de complexes multiprotéiques fonctionnels. Au cours de ma thèse, j'ai mis en place une stratégie d'étude protéomique afin d'analyser les protéines de l'hémolymphe de drosophile contrôles ou infectées expérimentalement. Pour cela, deux techniques ont été utilisées : la première est basée sur l'électrophorèse bidimensionnelle, et la seconde sur le marquage différentiel isotopique des échantillons. En comparant les profils protéiques de l'hémolymphe des drosophiles avant et après infection, j'ai mis en évidence et identifié de nombreuses molécules dont la concentration relative varie significativement suite à l'infection. Certaines correspondent à des protéases ou des inhibiteurs de protéase, d'autres à des protéines sensorielles, des molécules antioxydantes, des protéines de liaison aux lipides, au calcium et au fer. Les résultats obtenus ont permis de mettre en évidence de nouveaux candidats dont l'implication dans la réponse immunitaire était insoupçonnée jusqu'alors. L'analyse protéomique globale réalisée au cours de ma thèse nous a ainsi permis d'ouvrir de nouvelles perspectives pour aborder l'étude des mécanismes de défense de la drosophileSequencing of the genome of the insect model, Drosophila melanogaster, which was completed in 2000, gave a great impetus to post-genomic studies. Investigation of gene and gene product expression can be achieved by transcriptomic and peptidomic/proteomic analyses. These approaches are complementary, however, only the latter allows the study of post-translational modifications, which play an important role in protein functionality, or interactions within protein complexes. Improvements in advanced techniques and bioinformatics provide new tools to characterize proteins involved in physiological processes, such as the immune response of Drosophila. Profiling of the proteins present in the hemolymph of noninfected flies versus flies infected by various microorganisms, was realized by two-dimensional gel electrophoresis and differential isotope labelling of samples. Through this differential analysis, various families of molecules were found to be regulated after the infection. Among them, I identified proteases, protease inhibitors, odorant binding proteins and molecules involved in the binding of lipids, calcium or iron. These molecules are thus new candidates for the further detailed investigation of innate immune mechanisms. In summary, this differential proteomic analysis of the immune response of Drosophila, provides new prospects for the study of proteins regulated during innate immunity
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Gormon, Thierry. "Analyse des protéines totales de Listeria par électrophorèse bidimensionnelle : application au typage et à l'étude du stress." Tours, 1994. http://www.theses.fr/1994TOUR3316.
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Teixeira, Ana Paula. "Identification et caractérisation des protéines de brucella melitensis et brucella ovis à l'aide de l'électrophorèse bidimensionnelle : relation entre les protéines immunogènes et les protéines de stress." Tours, 1998. http://www.theses.fr/1998TOUR3806.
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Duclos, Bertrand. "Contribution à l'étude in vivo et in vitro de la phosphorylation des protéines chez Escherichia coli." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO11706.
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Bernard, Fabien. "IDADIGE : Procédé de traitement des images de gels d'électrophorèse bidimensionnelle différentielle dans le contexte de la recherche de marqueurs protéiques." Phd thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00509768.
Full textAbstract:
Le sujet de cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet NODDICCAP initié par l'entreprise bio-Mérieux et visant le développement de Nouveaux Outils pour le Dépistage, le DIagnostic, l'évaluation du pronostic et le suivi du Cancer Colorectal par une Approche Protéomique. Le développement de ces nouveaux outils passe nécessairement par l'identification de marqueurs tumoraux discriminants et spécifiques du cancer colorectal. L'objectif de la thèse a été d'optimiser l'analyse des images et des données issues de la technologie DIGE (Differential In-Gel Electrophoresis), afin de permettre la découverte de marqueurs potentiels du cancer colorectal. Après avoir identifié les maillons faibles de la chaîne de traitement classique des images de gel d'électrophorèse 2D, nous avons été amenés à reconsidérer les approches utilisées et à rechercher des méthodes de traitement d'image et de données innovantes, ou bien existantes mais issues de domaines voisins. Le choix des méthodes a été guidé par l'évaluation de leur efficacité en comparaison aux méthodes classiquement employées, et également par les contraintes liées au contexte biologique et technologique. Les principales avancées issues de ce travail sont la définition du schéma expérimental, l'approche stratégique de l'analyse d'images ainsi que l'analyse statistique des données. En ce qui concerne le schéma expérimental, le choix d'une lignée cellulaire comme standard commun a permis un meilleur recoupement des données entre différentes expériences. L'analyse stratégique de l'analyse d'image a été améliorée grâce à l'utilisation d'un patron de détection unique. Ce patron unique a été réalisé à l'aide d'une méthode de fusion d'images originale permettant une juste représentativité de chacune des tâches protéiques de l'ensemble des images considérées. Enfin, les méthodes pour l'analyse statistique des données ont tenu compte de l'intensité des tâches protéiques grâce à une régulation de la variance lors de la comparaison des ratios. Par ailleurs, la spécification par le biologiste d'un profil de risque a permis, par exemple, de porter une plus grande attention aux protéines fortement exprimées. L'ensemble des méthodes mises en place depuis l'acquisition des images jusqu'à la découverte et la visualisation des marqueurs protéiques potentiels constitue le workflow IDADIGE (Image and Data Analysis for Differential In Gel Electrophoresis). Ce workflow exploite différents logiciels ainsi que plusieurs fonctions implémentées sous Matlab et regroupées sous le nom ProDIGE. L'exploitation par le laboratoire de protéomique de bioMérieux du workflow IDADIGE a été utilisée en routine et a permis la découverte de marqueurs protéiques du cancer colorectal qui doivent maintenant être validés biologiquement.
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Donati, Raphaël. "Anticorps monoclonaux dirigés contre la gamma-glutamyltransférase de rein humain : préparation et caractérisation." Université de Nancy I. UFR Sciences pharmaceutiques et biologiques, 1986. http://www.theses.fr/1986NAN12009.
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Peronnet, Estelle. "Identification, par des approches protéomiques, des formes de troponine I cardiaque présentes dans le plasma de malades ayant un infarctus du myocarde : applications diagnostiques." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10025.
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Com, Emmanuelle. "Analyse protéomique des spermatogonies de rat : mise en évidence et étude de protéines d'intérêt." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN10051.
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Colas-des-Francs-Small, Catherine. "Localisation de gènes de structure et de régulateurs chez le blé tendre Triticum aestivum L. Par électrophorèse bidimensionnelle des protéines." Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112303.
Full textAbstract:
La première partie de cette thèse consiste en la caractérisation de 24 spots, dont la présence sur les électrophorégrammes de feuille de Blé est probablement due à un artéfact. L’utilisation d'inhibiteurs spécifiques des protéinases au cours de la procédure d’extraction des protéines a permis de montrer que 23 de ces polypeptides sont des produits de la dégradation in vitro de la grande sous-unité de la Ribulose biphosphate carboxylase/oxygénase. Une méthode d’extraction prévenant l’action des protéases a été adoptée. La deuxième partie traite de l’analyse par électrophorèse bidimensionnelle de 30 lignées ditélosomiques (DT) de la variété de Blé tendre « Chinese Spring ». Près de 800 polypeptides sont observés de manière reproductible sur les électrophorégrammes de jeunes plants étiolés âgés de 7 jours. La disparition d’un spot dans une lignée DT a été interprétée comme l’absence du gène de structure sur le bras chromosomique manquant. Les gènes de 54 polypeptides ont ainsi pu être localisés sur 22 bras chromosomiques. Les variations quantitatives des spots ont été attribuées à l’absence de régulateurs situés sur les bras manquants. Plus de 300 effets de régulation ont été observés. La troisième partie est consacrée à l’étude de trois espèces ancestrales du Blé tendre (les diploïdes T. Monococcum, génome AA et Aegilops squarrosa, génome DD et le tétraploïde T. Dicoccoides, génome AABB). La comparaison des électrophorégrammes de ces trois espèces et de CS montre que 53% des spots de CS leur sont communs. Les conclusions de ces deux études (2e et 3e parties) convergent : chez le Blé tendre, il y a persistance de nombreux groupes de gènes structuraux dupliqués ou tripliqués ; par contre, la plupart des effets régulateurs des bras homéologues ne sont pas équivalents. Ceci suggère que chez le Blé tendre, hexaploïde, les régulateurs auraient divergé beaucoup plus rapidement après la polyploïdisation que les gènes de structureThe first part of this thesis deals with the characterization of 24 artefactual spots present on electrophoregrams. The use of specific proteinase inhibitors during the extraction procedure led us to show that 23 of these polypeptides are in vitro degradation products of the large subunit of Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase. An extraction procedure avoiding protease action has been chosen. In the second part is described the analysis of 30 ditelosomic (DT) lines of Wheat (cv. Chinese Spring) by 2D gel electrophoresis. About 800 spots are observed on the electrophoregrams of 7 day-old etiolated shoots. The disappearance of a spot in a DT line has been attributed to the lacking chromosome arm. Fifty four polypeptide genes have been localized on 22 chromosome arms. Quantitative spot variations are considered to be due to the absence of regulators located on lacking arms. More than 300 regulatory effects have been observed. The study of 3 ancestral species of hexaploid wheat (the diploids T. Monococcum, genome AA and Aegilops squarrosa, genome DD; the tetraploid T. Dicoccoides, genome AABB) is described in the third part. Electrophoretic comparisons of these 3 species with CS show that 53% of CS polypeptides are common to them. The results of these two parts lead us to the conclusion that these is persistence of many duplicate or triplicate sets of structural genes in Wheat; on the contrary, most of homoelogous arm regulatory effects are not equivalent. This suggests that regulatory genes have much more sapidly diverged than structural genes in hexaploid Wheat after polyploidization
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Molette, Caroline. "Analyse protéomique d'altérations de proprietés sensorielles et technologiques de la viande de dinde." Toulouse, INPT, 2004. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000324/.
Full textAbstract:
Les objectifs de cette étude sont de caractériser des altérations des qualités sensorielles et technologiques de la viande de dinde et de mettre en relation ces altérations avec les caractéristiques des protéines musculaires. Nous avons, tout d'abord, sélectionné des muscles Pectoralis major (PM) de dindes en fonction de leur couleur. Les propriétés sensorielles et technologiques de la viande ne diffèrent jamais entre le groupe ayant une couleur " normale " et le groupe ayant une couleur " pâle " (expérience couleur). Dans un deuxième temps, nous avons essayé d'analyser l'effet de la vitesse de chute du pH post mortem sur la qualité de la viande issue du PM de dinde. Cet effet a été mesuré avec différents types génétiques de dindes : des souches BUT9 (expériences BUT9. 1 et BUT9. 2) et BIG6 (expérience BIG6) comparées dans des conditions d'abattage commercial ou des souches BUT9 et Label Rouge (expérience Label) comparées en générant artificiellement le défaut PSE. Nos différentes expériences montrent que le pouvoir de rétention en eau et la texture de la viande sont diminués lorsque la glycolyse musculaire post mortem est accélérée. Par contre, la couleur de la viande est peu affectée. Nous avons aussi mis en évidence des altérations de protéines de structure ( -actinine), de protéines contractiles (actine et chaîne lourde de la myosine) et de protéines sarcoplasmiques (GAPDH, aldolase A, myokinase, ATP synthase et phosphorylase). Le type génétique des dindes ne semble pas être déterminant dans l'augmentation de l'apparition des défauts de qualité de viande.
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Folio, Patrice. "Etablissement d'une base de données protéomique de Listeria monocytogenes EGDe." Clermont-Ferrand 2, 2003. http://www.theses.fr/2003CLF21478.
Full textAbstract:
Listeria monocytogenes, bactérie pathogène d'origine alimentaire, représente l'un des principaux risques sanitaires de la filière agro-alimentaire. Ce risque est accentué par sa capacité à coloniser les surfaces et à former des communautés bactériennes organisées, résistantes et persistantes, les biofilms. Ces structures représentent ainsi une source non négligeable de (re)contamination des produits alimentaires. Maîtriser le risque biofilm représente donc un enjeu économique et hygiénique important et passe en partie par la compréhension des phénomènes physiologiques et moléculaires qui sont associés à leur formation. Afin de caractériser le phénotype biofilm chez un microorgansime, deux approches utilisant les technologies des puces à ADN et de l'électrophorèse bidimentionnelle ont été menées. En préalable à cette thématique, il s'est avéré intéressant de créer une banque de gels d'électrophorèses bidimensionnelles obtenus pour différentes conditions de culture de L. Monocytogenes EGDe, support indispensable à toutes les études protéomiques comparatives. Environ 1300 spots protéiques différents ont ainsi pu être résolus et 126 protéines correspondant à 201 spots différents ont été identifiées(http://www. Clermont. Inra. Fr/proteome/index. Htm). Dans les conditions utilisées, la souche EGDe adhère rapidement à l'acier inoxydable et forme des biofilms denses après 7 jours de contact. Le développement sous forme d'un biofilm statique induit des modifications d'expression rapides et importantes (environ 15% du protéone et 8% du transcriptome après 2 heures d'adhésion). Ces cellules sont caractérisées par un état physiologique particulier marqué par l'induction d'une réponse générale au stress et par la répression de déterminants génétiques impliqués notamment dans la division cellulaire, la réplication de l'ADN, la biosynthèse d'ARN et des protéines. Il semble enfin qu'un certain nombre de gènes codant des protéines de la surface cellulaire, tels que flaA et inIH, et des gènes de fonction inconnue soient impliqués dans les étapes précoces de formation du biofilm che L monocytogenes. Ils représentent ainsi autant de voies intéressantes pour des études fonctionnelles ultéieures ou encore des cibles pour l'élaboration de nouveaux moyens de lutte contre ces biofilms
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Giraud, Étienne. "Résistance aux fluoroquinolones chez Salmonella : mécanismes et conséquences physiologiques." Tours, 2000. http://www.theses.fr/2000TOUR4001.
Full textAbstract:
Les fluoroquinolones (fq) sont des antibiotiques de choix pour le traitement des salmonelloses invasives humaines. Leur utilisation récente en thérapeutique vétérinaire suscite des inquiètudes dans le milieu médical, qui redoute la sélection de souches résistantes. Nous avons dressé un bilan des niveaux de résistance aux quinolones et des mécanismes mis en jeu chez les salmonelles isolées en élevage, et anticipe expérimentalement la sélection de résistance de haut niveau aux fq. Parmi les 138 souches résistantes à l'acide nalidixique isolées en élevage, aucune n'était résistante à la ciprofloxacine. Les mutations des gènes codant pour l'ADN gyrase et la topoisomérase iv ont été recherchées chez les 138 isolats vétérinaires, et chez des mutants de s. Typhimurium hautement résistants aux fq sélectionnés in vitro et in vivo. Les niveaux de résistance atteints in vitro n'ont pas pu être obtenus in vivo. Aucune mutation n'a été détectée dans les gènes codant pour la topoisomérase iv. Les mutations uniques aux codons 83 ou 87 de gyra détectées chez les souches de terrain et les mutants in vivo, ou les mutations doubles présentes chez les mutants in vitro ne pouvaient rendre compte des niveaux de résistance aux fq. Un mécanisme d'efflux actif a été mis en évidence sur une lignée de mutants in vitro. Le niveau de résistance était corrélé au niveau de production de la pompe d'efflux acrab. La fitness (croissance in vitro, colonisation) des mutants expérimentaux hautement résistants était affectée. Une réversion partielle vers un phénotype de croissance normal, accompagnée d'une diminution sensible du niveau de résistance et de l'expression de la pompe d'efflux acra a été observée in vivo. L'ensemble de l'étude révèle que la résistance aux fluoroquinolones chez les salmonelles est liée à des mécanismes différents de ceux rencontres chez e. Coli, et est associée a une baisse générale de la fitness, qui pourrait expliquer la non-émergence de souches hautement résistantes.
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Vittecoq, Olivier. "Intérêt clinique et physiopathologique des autoanticorps dans la polyarthrite rhumatoïde." Rouen, 2001. http://www.theses.fr/2001ROUES048.
Full textAbstract:
La polyarthrite rhumatoïde (PR), qui est le plus fréquent et le plus invalidant des rhumatismes inflammatoires chroniques, se caractérise essentiellement par une inflammation du tissu synovial des articulations à l'origine d'une destruction ostéocartilagineuse. Plusieurs arguments, dont certains sont développés ou suggérés dans ce travail, plaident pour un rôle majeur du répertoire lymphocytaire B et de ses effecteurs dans les mécanismes pathogéniques de la PR. Il s'agit entre autres de données histologiques (présence de follicules lymphoi͏̈des avec centres clairs germinatifs dans le tissu synovial), sérologiques (identification d'un nombre croissant de populations d'auto anticorps [autoAc] reconnaissant des exo antigènes et des auto antigènes ubiquitaires ou spécifiques de l'articulation) et expérimentales (transfert de la maladie par des autoAc dirigés contre la glucose-6-phosphate isomérase dans le modèle murin KRN/NOD). A partir de 2 cohortes de malades, l'une constituée d'arthrites débutantes (<6 mois), non traitées, de recrutement communautaire et l'autre composée de PR semi-récentes (ancienneté médiane de 2 ans), de recrutement majoritairement libéral et suivies pendant 3 ans, nous avons étudié l'intérêt diagnostique et pronostique des différents autoAc associés à la PR. Trois autoAc, qui sont complémentaires, ont une valeur diagnostique pour la PR. Il s'agit des facteurs rhumatoi͏̈des (FR), notamment de l'association des isotypes IgM et IgA, des Ac anti-filaggrine et des Ac anti-Sa. Toutefois, leur sensibilité cumulative est insiffisante pour diagnostiquer l'ensemble des PR récentes dont plus de 40% restent sans autoAc spécifique. A moindre degré, les Ac dirigés contre le fragment C-terminal de la calpastatine pourraient contribuer au diagnostic de PR dans certains cas. Seuls les FR de classe IgM sont capables de prédire, à l'échelon d'un groupe, le pronostic de la PR défini par l'importance de la destruction ostéocartilagineuse. Les autoAc actuellement disponibles étant insuffisants, nous avons tenté d'identifier de nouveaux marqueurs par une double approche. Le criblage d'une banque d'expression de cDNA a permis d'identifier le domaine I de la calpastatine comme un nouvel auto antigène. L'utilisation de l'électrophorèse bidimensionnelle a permis l'identification d'une des protéines cibles de l'autoAc anti-Sa. Il pourrait s'agir de l'alpha-énolase qui, comme la fillagrine, aurait subi des modifications post-traductionnelles. Ce dernier outil, qui permet une analyse fine de l'antigène, nous paraît également pertinent pour comprendre l'origine du processus auto-immun, ce d'autant que nos tentatives de production d'anticorps monoclonaux se sont avérées vaines en dehors de la production d'un FR de classe IgM ayant la particularité d'avoir une activité anti-MPO.
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Donati, Raphaël. "Anticorps monoclonaux dirigés contre la gamma-glutamyltransférase de rein humain : préparation et caractérisation." Nancy 1, 1986. http://www.theses.fr/1986NAN10432.
Full text
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Gerber, Sophie. "Variabilité des protéines de l'endosperme du pin maritime révélée par électrophorèse bidimensionnelle : interprétations génétiques, cartographie et relation avec des caractères quantitatifs." Institut national agronomique Paris-Grignon (1971-2006), 1992. http://www.theses.fr/1992INAP0126.
Full textAbstract:
Ce travail suggère une description du génome du Pin maritime (Pinus pinasier Ait. ) et envisage l'utilisation de cette description pour l'étude de la variabilité de caractères quantitatifs. Les performances de croissance des arbres constituant la population de base du programme d'amélioration du pin maritime sont connues grâce à leurs aptitudes générales à la combinaison, évaluées en tests de descendances. Cette étude concerne 18 arbres de cette population, choisis pour couvrir la gamme de variation des performances. La variabilité des protéines contenues dans les endospermes haploïdes (ou mégagamétophytes) de ces pins a été étudiée grâce à l'électrophorèse bidimensionnelle. Une douzaine d'endospermes par arbre ont été analysés et comparés. À la suite d'une analyse systématique des variations observées, 84 locus sont décrits, impliqués dans des variations de position, de quantité ou de présence/absence des protéines. Des techniques de génétique humaine ont permis de construire une carte qui localise 65 locus sur 17 groupes de liaison et couvre 530 centimorgans au total. Les méthodes d'estimation et de test de la liaison entre deux locus sont discutées. À partir des données de liaison obtenues, la taille du génome du Pin maritime a pu être estimée à environ 2000 centimorgans. Sachant que les pins possèdent de grandes quantités d'ADN, une réflexion sur les différentes descriptions du génome, en terme de cartographie et de quantité d'ADN, est proposée. La relation entre le poids des mégagamétophytes et les allèles exprimés dans ces organes haploïdes a été étudiée pour chaque locus. L'effet de certains locus a pu être mis en évidence. Le génotype diploïde des pins aux 84 locus a été confronté à leurs performances de croissance grâce à différentes techniques statistiques. Les résultats suggèrent que la variabilité des quantités de protéines pourrait être liée à la variation de caractères quantitatifs. Une réflexion sur l'étude des bases génétiques des caractères quantitatifs, sur l'intérêt et sur les limites de la recherche et de l'utilisation de locus à effets quantitatifs (QTL), notamment dans le cadre particulier de l'amélioration des arbres forestiers, est suggéréeThe present work is intended as a step toward a description of the maritime pine genome (Pinus pinaster Ait. ). It initiates a study of quantitative traits variation using this description, The growth performances of the trees composing the breeding population of maritime pine are known thanks to general combining abilities measured in progeny tests. Eighteen trees representing the range of performances were sampled in this population. The variability of the proteins contained in the haploid endosperms (or megagametophytes) of these pines was studied by two-dimensional electrophoresis, An average of 12 endosperms per tree were analysed and compared. After a systematic analysis of the variation observed, 84 loci were described, responsible for position or amount modifications or presence/absence of proteins, Human genetics techniques were used to build a map. Seventeen linkage groups were detected, which included 65 loci and covered 530 centimorgans, The methods used to estimate and to test for linkage between loci are discussed. The linkage data allowed us to estimate the genome length of maritime pine, It was found to be around 2000 centimorgans, Pines contain one of the greatest quantity of DNA per cell. Some considerations about the relationship between physical and genetic maps in angiosperms and gymnosperms are thus proposed. The relationship between the weight of megagametophytes and the alleles expressed in these haploid organs was studied for every locus. The effect of three loci was detected. The diploid genotype of 18 pines for the 84 loci was compared to their growth performances thanks to different statistical techniques, The results suggest that protein amount variation could be related to quantitative traits, the usefulness and limits of quantitative trait loci (QTL), particularly for forest tree breeding, are discussed
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Casotto, Meris. "Antigènes de valeur diagnostique dans la paracoddidioidomycose." Compiègne, 1988. http://www.theses.fr/1988COMPD141.
Full textAbstract:
La Paracoccidioidomycose ou Blastomycose Sud-Américaine est une mycose systémique, chronique, granulomateuse, grave et parfois mortelle. L'agent étiologique de la maladie est le champignon dimorphique, Paracoccidioides brasiliensis. La maladie présente un problème de santé publique en amérique latine, particuliérement au Brésil, en Colombie et au Vénézuela (1-3 cas pour 100 habitants). Jusqu'à présent aucun travail n'avait été effectué en utilisant la technique d'immunoempreinte pour le dépistage sérologique de la maladie. Les empreintes de l'antigène cellular total de la forme levure (LINDER 2511) révélées par 30 sérums de malades, nous a permis de mettre en évidence 3 antigènes de valeur diagnostique, de masse moléculaire apparente 56, 53 et 51 kDa. L'antigène de 56 kDa est spécifique du genre paracoccidioides. Il est constitué d'une seule molécule de pI 5,2 et ne possède pas des résidus sucres de type nagal, glucose et mannose. Les antigènes de 53 et 51 kDa sont communs à d'autres genres, mais sont caractéristiques de la maladie. L'antigène de 53 kDa présente deux espèces moléculaires de pI 6,1 et 6,2. C'est une glycoprotéine qui possède des résidus glucose et/ou mannose. L'antigène de 51 kDa, est constitué par 3 espèces moléculaires de pI 6,1, 6,2 et 6,4 et est une glycoprotéine ayant des résidus sucres nagalactosamineParacoccidioidomycosis or South-American Blastomycosis is a chronic granulomatous systemic mycosis which may be fatal. The etiological agent is the human pathogen Paracoccidioides brasiliensis, an imperfect dimorphic fungus. The disease is a health problem in South-America, especially in Brazil, Colombia and Venezuela, were in endemic area there are 1 to 3 cases per 100 inhabitants. Although numerous serological techniques are used for diagnosis. Westerm-Blottinq has not been used for this purpose. Cellular extract of the yeast form of the fungus (strain LINDER 2511) were immunoblotted with sera from 30 patients which resulted in the detection of 3 antigens : 56, 53 and 56 kD molecular weight, witch may be useful in diagnosis. The 56 kD antigen is specific for the Paracoccidioides. He has a pI5. 2 and contains no NAGal, glucose or mannose. The 53 and 51 kD. Antigens were found "in vitro" in other genera, but induce the synthesis of antibodies characteristic of this disease. The 53 kD is composed of 2 molecules with pIs 6. 1 and 6. 2 and is a glycoprotein with glucose and/or mannose residues. The 51 kD contains 3 molecules with pIs 6. 1, 6. 2 and 6. 4. He has NAGalactosamine residues
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Guillonneau, François. "Recherche et identification de protéines reconnaissant les structures en triple-hélice d'acides nucléiques." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2002. http://www.theses.fr/2002MNHN0002.
Full textAbstract:
Les triples hélices d'ADN ont récemment fait l'objet d'importantes études de caractérisation in vitro en raison de l'outil potentiel qu'elles représentent dans le cadre de la thérapie génique. Cependant, peu de données existent sur leur devenir ou sur leur rôle in vivo. Dans le but d'identifier des protéines impliquées dans la reconnaissance d'acides nucléiques capables de former des triple hélices, nous avons mis au point une méthode de recherche systématique de protéines affines pour la structure en triple-hélice d'ADN. Les outils de la protéomique que sont l'électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse ont été combinées à la détection par "southwestern blot". La méthode implique une séparation électrophorétique des protéines selon leur point isoélectrique et leur masse moléculaire, suivie d'une détection sélective des protéines affines pour la triple hélice d'ADN utilisée comme sonde. Plusieurs protéines issues d'extraits nucléaires de cellule HeLa, séparées puis détectées en southwestern blot et suffisamment abondantes (colorées au bleu de Coomassie), ont été extraites et identifiées par spectrométrie de masse après digestion trypsique. Les résultats apportés par cette étude démontrent que plusieurs protéines à domaines RRM/RBD et les protéines à domaines KH, une majorité est impliquée dans la prise en charge des acides nucléiques et leur répartition (hnRNP A, K, E, L, I, hélicases DEAD/H) alors que d'autres seraient impliquées dans la réparation et la recombinaison de l'ADN (TLS, nucléase FEN-1). L'interaction de ces protéines avec la triple-hélice doit être confirmée par d'autres méthodes, et les rôles explorés à l'aide de protéines recombinantes. La technique développée ici pourrait être appliquée à la recherche de protéines spécifiques de structures particulières d'ADN ou de toute autre molécule d'intérêt.
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Siroy, Axel. "Etude du protéome membranaire de souches d'Acinetobacter baumannii multirésistantes aux antibiotiques." Rouen, 2006. http://www.theses.fr/2006ROUES031.
Full textAbstract:
Le développement des épidémies d'infections à Acinetobacter baumannii en milieu hospitalier pose le problème de l'émergence des bactéries multirésistantes. Deux causes majeures peuvent expliquer cette résistance : l'existence d'enzymes de dégradation spécifiques ou la modification de la perméabilité membranaire. Nous avons analysé le protéome des membranes interne et externe de la souche type ATCC 19606 et identifié 135 protéines membranaires. La comparaison de ces protéomes entre celle-ci et une souche clinique résistante (CHU de Rouen) a permis de montrer chez cet isolat une modification structurale de CarO, des isoformes d'OmpW, la sous-expression de PonB et l'accumulation de protéines précurseurs des biofilms. L'analyse du sous-protéome membranaire d'une seconde souche résistante a montré la sous-expression des protéines CarO et montré sa capacité à former des canaux ioniquesThe recent increase of Acinetobacter baumannii outbreaks in hospital environment highlights problems to antibiotic multi-drug resistance. This feature can be explained by the production of antibiotic degrading enzymes or by alterations in the cell wall permeability. We investigated inner and outer membrane subproteomes of the ATCC 19606 type strain and identified 135 membrane proteins. By comparing the subproteomes of the reference strain with those obtained from a MDR isolate (Rouen Hospital), we showed that this isolate exhibits some structural modifications in CarO, different isoforms of OmpW, under-expresses PonB and accumulates proteins involved in the first steps of biofilm formation. The analysis of the outer membrane proteins profile of a second MDR strain highlighted the under-expression of CarO and an OprD-like proteins. We consequently investigated structural and functional properties of CarO and highlighted its ability to form ionic channels
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Bigot-Corbel, Édith. "Étude des protéines d'activation lymphocytaire par élecrophorèse bidimensionnelle et microséquençage : mise en évidence et purification partielle d'un facteur plasmatique impliqué dans la hyalinose segmentaire et focale." Nantes, 1993. http://www.theses.fr/1993NANT12VS.
Full text
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Lecuyer, Christophe. "Contribution à l'étude des protéines de la thèque périnucléaire du spermatozoi͏̈de." Lille 1, 2001. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2001/50376-2001-223.pdf.
Full textAbstract:
La spermiogenèse, étape finale de la spermatogenèse, se caractérise par de nombreuses modifications morphologiques aboutissant à la transformation d'une spermatide ronde en spermatozoi͏̈de. La morphogenèse de la tête du spermatozoi͏̈de avec la mise en place de l'acrosome est un des exemples les plus importants. De nombreux travaux suggèrent l'implication de l'actine filamenteuse aidée par un cytosquelette périnucléaire pour placer et étaler l'acrosome autour du noyau. Les protéines qui composent ce cytosquelette périnucléaire (ou thèque périnucléaire) ne sont pas toutes identifiées ; parmi celles qui ont été caractérisées, beaucoup sont spécifiques de la lignée germinale mâle. L'objectif de notre travail a été de rechercher parmi les protéines du cytosquelette périnucléaire celles qui se lient à l'actine filamenteuse et de rechercher leur présence, avec celle de l'actine, au cours de la spermiogenèseUn protocole d'extraction séquentielle des protéines de la tête des spermatozoi͏̈des associé à une étude de leur liaison à l'actine filamenteuse a permis de caractériser la liaison à l'actine de deux protéines majeures de la thèque périnucléaire : la calicine et la cylicine II. La co-localisation de l'actine et de la calicine dans la région acrosomale des spermatides rondes a été démontrée en immunocytochimie ; par ailleurs, nous avons montré que la calicine est, en solution, majoritairement présente sous la forme polymérique (homomultimère). La liaison à l'actine de la calicine est probablement liée à l'existence de domaines kelch dans sa structure alors que la cylicine II pourrait représenter une nouvelle famille de protéines de liaison à l'actine. Enfin nous nous sommes intéressés à l'isoforme 3 de la " capping protein ". Par électrophorèse bidimensionnelle, nous avons détecté une différence de séquence entre les isoformes béta 3 bovine et humaine et montré la présence d'une nouvelle forme immunologiquement proche de la sous-unité béta 3. Enfin par immunocytochimie, nous avons co-localisé l'actine et la sous-unité béta 3 de la " capping protein " dans la région acrosomale des spermatides
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Gonzalez, Marquez Humberto. "Réponse au stress acide chez Streptococcus thermophilus : purification, identification et caractérisation d'une protéine surexprimée." Nancy 1, 1997. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1997_0018_GONZALEZ_MARQUEZ.pdf.
Full textAbstract:
Streptococcus thermophilus a suivi différentes pressions de sélection (stress) lors des protocoles de fabrication ; par exemple, les montées et descentes de la température et l'acidification du milieu. Dans ce travail, nous mettons en évidence, dans un premier temps, que Streptococcus thermophilus PB18 surexprime une protéine de masse moléculaire apparente de 16 kDa quand elle arrive en phase stationnaire de croissance en milieu M17 (lactose 20g/l, pH≤5). Nous avons également observé que cette protéine est surexprimée quand la croissance est arrêtée brusquement par addition d'acide lactique exogène, afin d'obtenir un pH inferieur à 5,0. Des études d'électrophorèse bidimensionnelle ont montré que cette protéine correspond à une famille de 4 spots protéiques dont le point isoélectrique est compris entre 5 et 5,5 unités de pH. Dans un second temps, les extrémités N-terminales des deux spots principaux obtenus en électrophorèse bidimensionnelle ont été séquencées. Les séquences se sont révélées identiques entre elles. La comparaison de la séquence avec les banques de données a permis de montrer l'identité avec la séquence d'une protéine hypothétique de la souche japonaise de S. Thermophilus No. 29 codée par le plasmide de 3,5 Kb, pST1. Enfin, nous avons mis au point un protocole de purification qui nous a permis de l'obtenir avec une haute homogénéité relative. Le protocole présente quatre étapes de purification : 1) précipitation des protéines au sulfate d'ammonium, 2) chromatographie d'échange anionique, 3) chromatographie de phase inverse et 4) chromatographie de phase inverse isocratique. La séquence putative de la protéine de 16 kDa a été vérifiée par dégradation d'Edman et par spectrométrie de masse des fragments d'hydrolyse enzymatique. Une étude comparative des séquences a montré que la protéine de 16 kDa serait homologue à des protéines de choc thermique de Classe I chez les végétaux, et plus spécifiquement à la famille des Hsp20. Ceci est la troisième petite protéine de choc thermique de Classe I décrite pour des bactéries après la Hsp 18 de Clostridium acetobutylicum et son homologue de Lactobacillus delbrueckii.
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Hamelin, Muriel. "Caractérisation des effets de la mutation "culard" en race ovine Texel belge sur le protéome sarcoplasmique." Phd thesis, Clermont-Ferrand 2, 2006. https://theses.hal.science/docs/00/70/30/80/PDF/2006CLF21680.pdf.
Full textAbstract:
La mutation Texel Belge induit une hypertrophie musculaire. Elle affecte le gène codant pour la myostatine et touche l'ensemble de la musculature. Toutefois les mécanismes physiologiques et biochimiques sous-jacents ne sont pas encore élucidés. Notre étude est axée sur la fraction sarcoplasmique du protéome dans laquelle se trouvent les protéines du métabolisme et des voies de transduction. L'étude comparative en gels d'électrophorèse 2D porte sur des muscles d'homozygotes Texel et d'homozygotes Romanov au locus. En comparant des muscles aux compositions variées et présentant divers degrés de développement, nous avons montré qu'il existait des variations caractérisants chaque muscle, de l'expression des protéines du métabolisme énergétique et de la machinerie associée. La comparaison des génotypes montre une surexpression des métabolisme energétiques, glycolytiques et oxydatif, chez les TT; 2 protéines marquent le génotype TT: la transferrine ( en plus) et l'A1AT (en moins). L'étude des ARNm montre que ni la transferrine ni l'A1AT ne sont régulés au niveau transcriptionnel et que les ARNm de la myostatine sont sous-exprimés dans le génotype TT. Ces trois sont plus exprimés chez les foetus que dans les muscles adultes. Ce qui laisse supposer, pour ces gènes, un rôle important dans le développement musculaire
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Joubert, Richard. "Application de l'électrophorèse bidimensionnelle des protéines à l'étude des levures industrielles de brasserie." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28711.
Full textAbstract:
L'électrophorèse bidimensionnelle a été appliquée à l'étude de la physiologie des levures de brasserie. Une carte de référence des protéines d'une levure industrielle a été établie. 288 spots correspondant aux produits de 228 gènes différents ont été identifiés grâce à trois méthodes : co-électrophorèse avec des protéines connues, microséquençage et spectrométrie de masse. Un site Internet a été créé présentant la carte des protéines identifiées (www. Sdv. Fr/tepral/a_index. Htm). La constitution du génome des souches industrielles a été étudiée par analyse protéomique. Nous avons confirmé que le génome de la levure Saccharomyces cerevisiae intervient dans la constitution de génome des levures de brasserie et avons montré que cette participation concerne la totalité du génome de S. Cerevisiae. Nous proposons une autre levure comme candidat intervenant également dans la constitution du génome des levures de brasserie. Nous avons étudié les levures à différents stades de leur utilisation pour la production de bière. Des physiologies distinctes ont été mises en évidence en fonction du procédé de propagation utilisé (Industriel et TEPRAL). La comparaison des cartes montre que le procédé TEPRAL installe un catabolisme oxydatif de la source de carbone, le procédé industriel favorisant un catabolisme anaérobie. Des modifications ont été proposées aux deux procédés pour améliorer le démarrage de la fermentation (TEPRAL) et augmenter la production de biomasse (Industriel). L'influence des générations successives de la levure sur la fermentation industrielle a été évaluée. Il a été montré que l'activité du métabolisme des protéines décroît non seulement avec le nombre de générations mais également au cours d'une même fermentation. Par contre, ni le métabolisme du carbone, ni la synthèse des acides aminés ne sont affectés. Des marqueurs spécifiques des générations ont été mis en évidence. Ces marqueurs pourront être utilisés pour la mise au point de microarrays pour suivre l'évolution de la physiologie des levures durant la fermentation brassicole et pour la sélection de souches plus performantesTwo-dimensional electrophoresis has been applied to the physiological study of lager brewing yeasts. A reference map of yeast proteins has been established. 288 spots corresponding to 228 gene products have been identified by mean of three approaches : co-electrophoresis of known proteins, microsequencing and mass spectrometry. A Web site has been created showing 2D map of identified proteins (www. Sdv. Fr/tepral/a_index. Htm). Genomic constitution of industrial yeasts has been studied by proteomical analysis. Our results confirmed that the S. Cerevisiae genome is involved in the lager brewing yeast genome and moreover we demonstrated that the whole genome of S. Cerevisiae is concerned. We suggested that another yeast strain genome might take part in the lager brewing yeast genome. We studied the lager brewing yeast through different steps in the beer production. Different physiological status have been shown depending on the propagation process applied (Industrial and TEPRAL). 2D map comparison showed that TEPRAL process set up an oxidative metabolism of the carbon source and the industrial process set up a fermentative catabolism. Modifications have been suggested to improve the fermentation start (TEPRAL) and the yeast production (Industrial). The effects of successive generations of the yeast on the fermentation have been studied. It has been shown that the activity of protein metabolism decreased not only with thegheneration number but during the fermentation. . On the other hand, either the carbon metabolism either amino acid synthesis were concerned. Some generation-specific proteins have been observed. These latter could be used for microarray technology in order to keep on yeast phjysiology duriong fermentation and/or to select high-performance yeasts
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Seyer, Damien. "Recherche de nouvelles cibles moléculaires contre la bactérie Pseudomonas aeruginosa organisée en biofilm." Rouen, 2006. http://www.theses.fr/2006ROUES014.
Full textAbstract:
Pseudomonas aeruginosa est la bactérie majoritaire colonisant, sous la forme de biofilms, le tractus respiratoire des patients atteints de mucoviscidose. Suite à une étude protéomique globale, nous avons identifié 48 protéines spécifiquement accumulées par P. Aeruginosa organisée en biofilm. Des travaux sur le membranome ont également permis de caractériser 9 protéines membranaires sur-exprimées à l'état biofilm. Nous avons alors entrepris d'évaluer, par mutagénèse dirigée, le rôle de ces protéines dans le phénotype biofilm, à savoir dans les capacités d'adhésion et de résistance aux antibiotiques des bactéries. Une quinzaine de mutants présentent une diminution de plus de 50% de leur capacité d'adhésion par rapport à la souche sauvage. Dans une dernière partie, nous proposons un nouveau modèle pour élaborer les biofilms, plus proche des conditions in vivo et compatible avec la protéomique. Nous avons ainsi réalisé des biofilms âgés de 6 heures sur une monocouche de pneumocytesPseudomonas aeruginosa is the leading source of chronic lung infection in cystic fibrosis patients. These infections are due to the formation of biofilms. By a proteomic approach, we have identified 48 proteins that were accumulated by sessile P. Aeruginosa cells. A study on the membranome allowed to characterize 9 OMPs that were over expressed by cells. In order to determine the role of these protein in the biofilm phenotype, we used a mutagenesis approach. Fifteen mutants exhibited an important increase in their ability to adhere as compared with the wild strain. In the last part of the manuscript, we propose a new in vitro model of biofilm, close to in vivo conditions and compatible with proteomic studies. We performed 6-hours-old biofilms on an epithelium cell monolayer and compared the protein pattern of sessile bacteria with that of planktonic counterparts
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Bouley, Julien. "Analyse protéomique du muscle squelettique bovin." Clermont-Ferrand 2, 2004. http://www.theses.fr/2004CLF21520.
Full textAbstract:
Nous avons développé une méthode reproductible pour étudier et identifier les protéines du muscle squelettique de bovin en utilisant l'électrophorèse bidimensionnelle suivie de la spectrométrie de masse. Ce type d'approche nous a permis d'établir une carte protéique d'un muscle glycolytique en utilisant des gradients de pH 4-7 et de pH 7-11. Nous avons cartographié 103 produits de gènes correspondant à 158 spots protéiques et avons montré que cette méthode offre la possibilité d'étudier un grand nombre de protéines incluant de multiples isoformes de troponines T. Pour l'analyse protéomique différentielle, nous avons adapté les méthodes d'analyses des données de transcriptome à la protéomique. Nos résultats révèlent des indicateurs protéiques potentiels de l'hypertrophie musculaire et de la tendreté de la viande bovine
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Loret, Camille. "Purification des facteurs de croissance fibroplastiques (FGF) à partir de rétine de boeuf : effets de ces facteurs de croissance et d'autres facterus sur la maturation des cellules astrogliales de rat." Paris 12, 1988. http://www.theses.fr/1988PA120011.
Full text
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Azri, Wassim. "Mécanismes moléculaires de la graviperception chez le peuplier (Populus tremula x Populus alba)." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00725935.
Full textAbstract:
Le redressement du peuplier suite à une stimulation gravitationnelle implique un processus de courbure locale lié à une élongation différentielle dans les zones en croissance primaire et un processus de courbure lié à la différenciation du bois de réaction dans les zones en croissance secondaire. Ces modifications morphogénétiques sont détectées au niveau de la région basale et apicale de la tige de peuplier inclinée. La région basale a développé le bois de tension une semaine après l'inclinaison, alors que la région apicale est réorientée 24 h après l'inclinaison. Ceci implique que les tissus de la région basale et apicale de la tige répondent de façon différente à l'inclinaison. Une étude d'expression menée au niveau du transcriptome a été réalisée à partir des ARNm extraits de tiges ayant été ou non inclinées pendant 45 min. En 45 min., la plante ne s'est pas redressée, mais a perçu le signal. Cette approche a permis d'identifier des transcrits de gènes impliqués dans la graviperception. L'étude de la régulation du transcriptome a été élargie par une analyse de la variation de l'accumulation des protéines extraites de tiges inclinées ou non. Les profils d'électrophorèse bidimensionnelle des conditions non stressées et stressées de la région basale et apicale ont montré une variation dans l'accumulation des protéines. Une analyse par RT-PCR quantitative de certaines protéines différentielles dont l'activité est potentiellement régulée par la thioredoxine (Trx) montre une accumulation de transcrits variable entre la région apicale et basale et des changements d'expression rapides et transitoires. Une étude complémentaire sur 2 thiorédoxines (Trx) (western blot, immunolocalisation in situ) a permis de montrer d'une part l'expression de Trx h1 une semaine après l'inclinaison et d'autre part la localisation de Trx h1 et Trx h2 au niveau des amyloplastes. L'ensemble de ces résultats a conduit à suggérer que les évènements moléculaires conduisant à la réorientation de la tige sont différents selon le tissu analysé. Probablement, chaque partie de la tige reçoit et répond différemment au signal gravité.
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Bruneel, Arnaud. "Etude protéomique des cellules endothéliales et identification de protéines impliquées dans leur apoptose induite par l'étoposide." Paris 5, 2004. http://www.theses.fr/2004PA05P629.
Full textAbstract:
L'électrophorèse bi-dimensionnelle (2D) permet aujourd'hui de séparer plusieurs centaines de protéines sur un gel avec un pouvoir de résolution pouvant atteindre quelques centièmes d'unité pH ; par ailleurs, les techniques de spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrixassisted laser desorption/ionization-time of flight) et ESI-MS/MS (electospray ionizationtandem mass spectrometry) fournissent des données de masse et/ou de séquencepeptidique permettant leur identification. Nous avons utilisé cette association analytique pour étudier le contenu protéique global, ou protéome, des cellules endothéliales de la veine ombilicale humaine (HUVECs) en primocultures. Ce modèle, bien qu'imparfaitement représentatif de l'endothélium humain in vivo, est très utilisé en recherche et a fortement contribué à l'avancée des connaissances concernant la physiopathologie vasculaire. Près d'un millier de protéines d'HUVECs ont été séparées entre les pH 3 et 10 ; parmi elles, 162, fortement exprimées à pH acide, ont été identifiées. L'étude fonctionnelle de ces identifications a permis, d'une part, de mieux caractériser les cellules endothéliales humaines et a, d'autre part, révélé certaines protéines spécifiques de l'endothélium comme l'endothélial protein disulfide isomérase (endoPDI). L'étude protéomique différentielle des HUVECs traitées par l'étoposide, un anticancéreux inducteur d'apoptose, a montré les modulations d'expression significatives de huit protéines : la cofiline, les GRPs 78 et 94 (glucose regulated proteins), la laminin receptor protein, la valosin containing protein, la protease inhibitor 9, l'apolipoprotéine A1 et la tropomyosine. Ces variations ont confirmé l'implication de la voie mitochondriale dans notre modèle d'apoptose et ont également suggéré celle du réticulum endoplasmique. Enfin, l'étude protéomique des effets du phorbol myristate acétate, un activateur de la protéine kinase C, a montré de nombreuses différences d'expression par rapport à l'état quiescent qui devraient permettre de mieux comprendre les voies biochimiques de la régulation de la protéine anti-apoptotique bcl-2 ainsi que de l'initiation du processus d'angiogenèse. En perspective, ces résultats suggèrent qu'il sera bientôt possible d'identifier des molécules protectrices pour l'endothélium vasculaire et donc bénéfiques pour les patients traités par les chimiothérapies anticancéreusesIn this work, we have carried out the proteomic study of human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) using the combination of 2D-electrophoresis, automated trypsin digestion, peptide mass fingerprinting analysis after MALDI-TOF MS and peptide sequencing using nano LC-ESI-MS/MS. The overall functional characterization of the 162 identified proteins from primary cultures of HUVECs confirms the metabolic capabilities of endothelium and illustrates various cellular functions more related to cell motility and angiogenesis, protein folding, anti-oxidant defenses, signal transduction, proteasome and resistance to apoptosis. In comparison with controls cells, the differential proteomic analysis of HUVECs treated by the pro-apoptotic topoisomerase inhibitor etoposide further revealed the modulation of eight proteins namely, GRP78, GRP94, valosin-containing protein, proteinase inhibitor 9, cofilin, 37 kDa laminin receptor protein, bovine apolipoprotein and tropomyosin. These data suggest that etoposide-induced apoptosis of human vascular endothelial cells results from the intricate involvement of multiple apoptosis processes including at least the mitochondrial and the endoplasmic reticulum stress pathways. The presented 2D pattern and protein database,as well as the data related to apoptosis of HUVECs, are available at http://www. Huvec. Com
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Perrin, Clarisse. "Streptococcus thermophilus : réponses physiologiques aux températures basses et étude de deux protéines de choc froid : premières étapes de la cartographie protéomique." Nancy 1, 1999. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1999_0267_PERRIN.pdf.
Full textAbstract:
Streptococcus thermophilus est une bactérie lactique entrant dans la fabrication de certains produits laitiers. Lors de la technologie de fabrication, les levains sont soumis à différents stress comme les montées et descentes en températures. La réponse au choc froid chez Sc. Thermophilus a été étudiée aux niveaux physiologiques et synthèse protéique. Les cellules en phase exponentielle de croissance cultivées à 42°C, exposée à 15 ou à 20°C ont leur temps de génération multipliés respectivement par 60 et 16 fois. L'électrophorèse bidimensionnelle sur minigel a été mise au point afin d'étudier l'expression protéique en condition de choc froid. Deux protéines de choc froid ont été mises en évidence : - Une protéine de 21,5 kDa a été purifiée en trois étapes (fractionnement par précipitation au sulfate d'ammonium, chromatographie échangeuse d'anions, et HPLC en phase inverse). L'extrémité N-terminale de 21 résidus acides aminés déterminée par dégradation d'Edman ne présente aucune homologie avec les séquences actuellement connues dans les banques de données ; - Une protéine de 7,5 kDa, dont le microséquençage de l'extrémité N-terminale a permis de caractériser cette protéine comme étant homologue à la protéine de choc froid ubiquitaire CspA d'E. Coli. En parallèle des travaux réalisés sur la réponse au choc froid, l'étude des profils protéiques obtenus par électrophorèses bidimensionnelles de Sc. Thermophillus a été réalisée afin de proposer une cartographie protéomique préliminaire, avec le positionnement de 12 protéines caractérisées par dégradation d'Edman.
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Desoubeaux, Guillaume. "Apport de la protéomique dans l'amélioration de l'exploration de l'aspergillose pulmonaire invasive à partir d'un modèle murin." Thesis, Tours, 2013. http://www.theses.fr/2013TOUR3316/document.
Full textAbstract:
Infection fongique opportuniste, l’aspergillose pulmonaire invasive reste redoutée au sein des services hospitaliers d’onco-hématologie, de réanimation ou de transplantations d’organes. Le diagnostic, tant clinique que biologique, souffre globalement d’un manque de sensiblité et de spécificité. De ce fait, le développement de nouveaux marqueurs d’infection semble nécessaire pour améliorer la prise en charge des patients à risque. Dans ce sens, nous avons d’abord mis au point un modèle murin nous permettant d’explorer la maladie aspergillaire avec reproductibilité. Nous avons ensuite étudié le compartiment pulmonaire des rats grâce à deux techniques permettant l’exploration protéomique de leurs liquides de lavages broncho-alvéolaires (LBA). La spectrométrie de masse MALDI-TOF a premièrement dessiné des profils protéiques reproductibles, spécifiques de l’état infecté. L’électrophorèse bidimensionnelle, suivie d’une étude comparative statistique, a ensuite sélectionné 20 spots protéiques surrepreséntés au cours de l’aspergillose expérimentale. Leur caractérisation en spectrométrie de masse a abouti à l’identification de 16 protéines, dont une présentait un intérêt tout particulier car jamais décrite jusqu’ici : ITIH4. Une analyse par western blotting a confirmé la surabondance de cette protéine dans tous les LBA de rats malades, ainsi que son augmentation relative dans le sérum après initiation de l’aspergillose expérimentale. De même, une tendance similaire a été observée dans des LBA d’origine humaineOpportunistic fungal infection, invasive aspergillosis is still much feared in the hematologyoncology departments, intensive care units and organ transplant centres. Diagnosis globally suffers from a lack of sensibility and specificity. Therefore, the development of new markers of infection seems necessary to improve the management of patients at risk. In this sense, we first developed a rat model which closely mimics the human disease. We were then able to study the pulmonary compartment of infected rats by the means of two proteomic techniques carried out within their bronchial-oalveolar lavage fluids (BALF). MALDI-TOF mass spectrometry first designed reproducible protein profiles of infected BALF, like a finger print. Two-dimensional electrophoresis, followed by a comparative statistical study, then selected 20 spots overrepresented in experimental aspergillosis. Their characterization by mass spectrometry led to the successful identification of 16 proteins. One of them was of a particular interest because never described so far: ITIH4. Analysis by western blotting confirmed the overabundance of this protein in all infected rat BALF, as well as a relative increase in the serum after initiation of the experimental aspergillosis. Likewise, a similar trend was observed in BALF of human origin
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Le, Moguen Karen. "Analyse protéomique de la réponse au cisplatine de la lignée de cancer ovarien IGROV1 : identification de proteines impliquées dans la chimiorésistance." Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN4054.
Full textAbstract:
Le diagnostic tardif ainsi que la récidive associée à l’acquisition de la chimiorésistance sont des problèmes majeurs dans le traitement des cancers ovariens. Nous nous sommes attachés à développer une approche globale, l’électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) couplée à la spectrométrie de masse, afin de rechercher des variations d’expression protéique liées à la résistance dans des lignées de cancer ovarien. Comparer les protéomes des lignée IGROV1, sensible au cisplatine, et IGROV1-R10, sa sous-lignée résistante, a permis de mettre en évidence une surexpression des cytokératines 8 et 18 ainsi que de l’ALDH1 dans la lignée résistante et celle de l’annexine IV dans la lignée sensible. L’étude cinétique de la réponse d’IGROV1 à différentes concentrations de cisplatine à ensuite permis de détecter des variations concernant des protéines appartenant à plusieurs groupes fonctionnels (cytosquelette, réponse au stress, glycolyse…) mais, plus particulièrement, suite à la reprise de la prolifération des cellules traitées par 5 ou 20 µg/ml, les cytokératines 8 et 18 ainsi que l’ALDH1 était à nouveau surexprimées. Les ALDH pouvant être impliquées dans la protection indirecte contre le stress oxydant, nous avons envisagé l’ALDH1 comme une nouvelle cible potentielle pour le traitement des cancers ovariens présentant cette surexpression. Nous avons donc commencé à évaluer le rôle de cette enzyme dans la résistance d’IGROV1-R10. Bien que préliminaires, les résultats obtenus sont encourageants, montrant une augmentation du pourcentage de mort cellulaire lorsqu’un inhibiteur des ALDH1 et 3 est combiné au cisplatine. L’analyse du rôle réel de l’ALDH1 sera donc poussée plus avantThe late detection and frequent recurrences associated to chemoresistance acquisition are major problems in ovarian cancer treatment. We developed a global approach, two-dimensional electrophoresis (2-DE) coupled with mass spectrometry, in order to search variations in protein expression related to chemoresistance in ovarian cancer cell lines. The comparison of IGROV1, sensitive to cisplatine, and IGROV1-R10 proteomes evidenced an overexpression of cytokeratins 8 and 18 and ALDH1 in the resistant cells whereas annexin IV was overexpressed in parental cells. Latter, a kinetic analysis of the response of IGROV1 to different concentrations of cisplatin evidenced variations of expression concerning proteins of different functional groups (cytoskeleton, stress response, glycolysis…) but, in particular, following proliferation recovery in 5 and 20 µg/ml treated cells, cytokeratins 8, 18 and ALDH1 were still overexpressed. ALDH being implicated in an indirect protection against oxidative stress, we hypothesized that ALDH1 could be a new potential targets for treatment of ovarian cancer presenting this overexpression. We thus began to evaluate the role of this enzyme in IGROV1-R10 resistance. Preliminary results are interesting, showing an increase of cell death percentage when an ALDH1 and 3 inhibitor was combined with cisplatin treatment. Thus, the implication of ALDH1 will be further investigated
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Laurent, Pascal. "Contribution à l'étude des protéines régulées par la symbiose chez l'ectomycorhize d'Eucalyptus – Pisolithus : caractérisation de mannoprotéines pariétales chez le basidiomycète Pisolithus tinctorius." Nancy 1, 1995. http://www.theses.fr/1995NAN10417.
Full textAbstract:
Nous nous sommes intéressés aux effets de la mycorhization sur la biosynthèse des protéines des symbiotes mycorhiziens. La formation des ectomycorhizes induit des modifications dans l'accumulation des polypeptides fongiques et racinaires (protéines SR). De plus, des protéines spécifiques de la symbiose, les ectomycorhizines, apparaissent dans les tissus symbiotiques. Une analyse bidimensionnelle de la composition protéique de la paroi des symbiotes a été effectuée. Le taux de synthèse globale des protéines pariétales fongiques est fortement stimulé. Celles-ci représentent 70% des protéines de la paroi de la mycorhize. Cette étude a montré l'impact des premières étapes de l'interaction mycorhizienne sur la synthèse des polypeptides pariétaux du mycélium. Les modifications de la paroi fongique de P. Tinctorius se caractérisent par une stimulation de la synthèse de protéines acides de 32 kDa et, simultanément, une chute de 10 fois de la biosynthèse d'une glycoprotéine majeure de 95 kDa, gp95. Il s'agit d'une mannoprotéine dont l'apoprotéine fait 29 kDa. Gp95 a fait l'objet d'une étude immunologique qui montre qu'elle est uniquement pariétale et semble se localiser dans la couche externe de la paroi ainsi qu'à la surface de l'hyphe. Ces modifications dans la synthèse et dans la concentration de ces polypeptides conduisent à un remaniement majeur dans la composition pariétale. Dans l'état actuel de nos connaissances il nous est impossible de déterminer la fonction de ces protéines pariétales dans l'ontogenèse de la mycorhize
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Marques, da Costa Paulo Jorge. "Réponse moléculaire, physiologique et génétique du pin maritime à une contrainte hydrique." Nancy 1, 1999. http://www.theses.fr/1999NAN10297.
Full textAbstract:
Le travail présenté dans cette thèse a pour objectif d'approfondir les connaissances concernant la réponse du pin maritime (Pinus pinaster Aït. ) lorsqu'il est soumis à un déficit progressif d'alimentation en eau au cours de sa croissance. Pour cela une approche multidisciplinaire a été développée rassemblant les disciplines de la biologie moléculaire, de la génétique, de la physiologie et de la biométrie. Les recherches ont porté sur des plants âgés de deux ans, appartenant à une famille en ségrégation de type F2. Le typage moléculaire à l'aide de marqueurs AFLP, RAPD et protéiques de cette descendance a permis la construction d'une carte génétique presque saturée. [. . . ] Si nous ne pouvons pas proposer des critères de sélection pour la résistance ou la tolérance à la sécheresse, l'analyse des PQL et des QTL a cependant révélé trois régions chromosomiques qui semblent intervenir dans la réponse du pin maritime à un déficit hydriqueThe main goal of this study was to increase our knowledge regarding the response of maritime pine (Pinus pinaster Aït) seedlings faced to a progressive water deprivation. A multidisciplinary approach (molecular biology, genetics, physiology and biometrics) was developed. Two-years-old seedlings belonging to a F2 segregating family were used. A genetic map covering about 94% of the genome was first constructed with AFLP, RAPD and proteins markers. This map allowed to locate the loci controlling quantitative variations (QTL : quantitative trait loci) of physiological traits. Two-dimensional gel electrophoresis allowed to anaIyse the protein pattern of needles in two conditions contrasting for water availability. Forty-five needle proteins were characterised by micro-sequencing. The combined information of protein functions, variation of protein amounts between non-stressed and stressed conditions, homology of protein expressions, protein pattern differences between genotypes, suggested that drought stress' provoked profound alterations in cellular metabolism. Furthermore, detection of PQL (protein quantity loci) showed that different genomic regions were involved in a complex regulation of those alterations. Even if we can not propose selection parameters for drought resistance, the analysis of PQL and QTL showed that three different genomic regions are involved in water deficit response of maritime pine seedlings
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Schmitt, Nathalie. "Caractérisation biochimique, immunologique et moléculaire de l'hordéine D, protéine de réserve de l'orge." Nancy 1, 1989. http://www.theses.fr/1989NAN10085.
Full textAbstract:
Méthode de séparation des hordéines B, C et D par chromatographie HPLC, électrophorèse bidimentionnelle. L'hordéine D est composée de plusieurs électromorphes en fonction du génotype, du stade de développement et des conditions de croissance. Synthèse d'anticorps polyclonaux contre l'hordéine D et propriétés des anticorps obtenus. Applications des méthodes chromatographique et immunologique à l'étude de la qualité des orges de brasserie
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Ortiz, Alexia. "Apport de la protéomique à la médecine transfusionnelle : étude de l’impact des traitements d’inactivation des agents pathogènes et des conditions de stockage sur les protéines plasmatiques." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10095/document.
Full textAbstract:
Bien que la protéomique ait été largement appliquée pour l’étude du plasma humain, son application dans le domaine de la transfusion sanguine reste peu employée. En collaboration avec l’EFS, l’objectif de cette thèse a donc été de proposer des outils analytiques destinés à évaluer l’impact des traitements d’inactivation des agents pathogènes et des conditions de stockage sur les protéines plasmatiques. Le traitement au bleu de méthylène est le traitement d’inactivation virale le plus utilisé en France. Une approche globale et ciblée se sont intéressées aux modifications induites par ce traitement photochimique. Plusieurs modifications, notamment sur les sous-unités du fibrinogène, ont pu être identifiées, après analyse nanoLC-nanoESI-Qh-FT-ICR MS. L’origine de la diminution d’activité du fibrinogène a pu ainsi être expliquée. Une étude thermique a permis d’identifier un marqueur de dégradation plasmatique: la RBP4. Dans le plasma, elle forme un complexe avec la transthyrétine. Lors de la dégradation du plasma, ce complexe se dissocie. Une méthode de quantification absolue, basée sur des peptides AQUA, a été développée permettant de doser RPB4 libérée dans le plasma au cours de la conservation du plasma. Enfin, deux matrices innovantes pour l’électrophorèse sur gel ont été évaluées pour la séparation de protéines plasmatiques. L’une incorpore un polymère préformé, le dextran, à une solution d’acrylamide classique. L’autre fait appel à un polymère hydrophile, le NAT. Toutes deux présentent de bonnes propriétés optiques et mécaniques, augmentent significativement la résolution des spots protéiques et facilitent l’identification des protéines par MSProteomics has been widely applied to study plasmatic proteins; its application to the field of transfusion medicine is s quite recent. In partnership with the French blood agency (EFS), the main objective of the Ph.D work was to provide analytical tools to evaluate the impact of pathogen inactivation treatments and storage conditions on plasmatic proteins. Photochemical treatment using methylene-blue is the most used for pathogen inactivation in France. Both a global and targeted studies were carried to determine the proteins modifications involved by this treatment. Based on nanoLC-nanoESI-Qh-FT-ICR MS analyses, several modifications were pointed out, especially targeting the sub-unit of fibrinogen. This allows the decrease in fibrinogen clottability after methylene-blue treatment to be explained.A study of thermal degradation on plasma sample pointed out a new marker of plasma degradation: the RBP4. It circulates associated to with transthyretin as a macromolecular complex: during degradation, this complex dissociates releasing RBP4 in plasma. An absolute quantification method was developed using AQUA peptides to assay the amount of the free form of RBP4 in plasma during storage.Two innovative matrices for gel electrophoresis were developed and evaluated for plasma protein separation. One of them relies on the use on a preformed polymer incorporated prior to acrylamide polymerization. The other one is based on a hydroxylated acrylamide monomer, the N-acryol-tris(hydroxymethyl)-amino methane. Both exhibited interesting optical and mechanical properties, enhanced spot resolution and outstanding protein/peptide recovery, which facilitates protein identification by MS
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Dubos, Christian. "Réponse moléculaire de jeunes plants de pin maritime soumis à un stress hydrique en milieu hydroponique." Nancy 1, 2001. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2001_0183_DUBOS.pdf.
Full textAbstract:
La sécheresse constitue un traumatisme majeur limitant la croissance et le développement des végétaux. Dans le cas des espèces longévives, le déficit d'alimentation en eau doit être considéré à deux échelles de temps : une sécheresse estivale à court terme, et une augmentation globale de la température accompagnée de fluctuations climatiques à l'échelle du siècle. Cette modification du climat coi͏̈ncide avec le pas de temps d'un programme d'amélioration génétique. Il est donc essentiel dès maintenant de prendre en compte cette dimension adaptative, si l'on veut disposer de matériel adapté aux conditions environnementales futures. Notre étude s'inscrit dans le cadre de recherches multidisciplinaires visant à identifier des critères de sélection phénotypique ou moléculaire. Elle se focalise sur la réponse moléculaire de jeunes plants soumis à un déficit d'alimentation en eau en milieu hydroponique. Une étude d'expression ciblée menée au niveau du transcriptome a été réalisée à partir des parties aériennes et des racines de plants ayant ou non subi un stress hydrique. Cette étude a été complétée par une analyse de la variation de l'accumulation des protéinesDrought greatly affects the growth and development of plants. For long lived woody species, water deprivation should be considered not only in the short-term, i. E. Summer drought, but also in the long-term because of the inflence of global warming. Such climatic modifications will coincide with the time lag required to achieve a breeding cycle. The maintenance of sufficient growth under stress conditions will therefore require the availability of varieties or natural resources that are adapted to present and future climatic conditions, if major losses are to be avoided. Our study is in keeping with an interdisciplinary program for the identification of phenotypic and molecular selection criteria. This thesis focuses on the molecular mechanisms involved in water-deficit response, of young seedlings growing in a hydropononic medium. An expression study carried out at the transcriptome level was developed using mRNA extracted from control and stress conditions for both the aerial part and the roots. This approach was completed by the analysis of protein accumulation