Academic literature on the topic 'Épidémiologie quantitative'

Mobiliser les approches issues de l’intelligence artificielle (IA) en santé animale (SA) permet d’aborder des problèmes de forte complexité logique ou algorithmique tels que rencontrés en épidémiologie quantitative et prédictive, en médecine de précision, ou dans l’étude des relations hôtes × pathogènes. L’IA peut dans certaines situations faciliter le diagnostic et la détection de cas, fiabiliser les prédictions et réduire les erreurs, permettre des représentations plus réalistes et lisibles par des non informaticiens de systèmes biologiques complexes, accélérer les décisions, améliorer la précision des analyses de risque et permettre de mieux cibler les interventions et d’en anticiper les effets. De plus, les fronts de science en SA engendrent de nouveaux challenges pour l’IA, du fait de la spécificité des systèmes, des données, des contraintes, et des objectifs d’analyse. Sur la base d’une revue de la littérature à l’interface entre IA et SA couvrant la période 2009-2019, et d’entretiens conduits avec des chercheurs français positionnés à cette interface, cette synthèse explicite les grands domaines de recherche en SA dans lesquels l’IA est actuellement mobilisée, comment elle contribue à revisiter les questions de recherche en SA et lever des verrous méthodologiques, et comment des questions de SA stimulent de nouveaux travaux en IA. Après avoir présenté les freins et leviers possibles, nous proposons des recommandations pour se saisir au mieux de l’enjeu que représente cette interface SA/IA.

Résumé Dans cet essai, l’auteur soutient que les cliniques de premier épisode décrites dans plusieurs articles de ce numéro de Santé mentale au Québec ne sont pas autant fondées sur les données factuelles, que l’enthousiasme de ses protagonistes le laisse entendre. À l’aide de trois observations faites autour de l’utilisation de l’argument des données probantes au Québec, il sera montré comment se positionnent avantageusement des groupes d’acteurs, de nouvelles interventions ou des programmes. Ces acteurs du système de santé convergent certes pour offrir de meilleurs soins, mais ils sont aussi motivés par leurs logiques professionnelles, départementales universitaires, de recherche ; ils sont soutenus par d’autres logiques et acteurs comme par exemple les firmes pharmaceutiques, les usagers et leurs proches ; ils peuvent être freinés par les décideurs qui vont s’interroger sur les ressources requises, l’efficience, l’accessibilité, la formation et l’impact sur d’autres programmes nécessaires dans un système équilibré de santé mentale. L’essai rappelle brièvement les définitions, les limites d’une pratique fondée sur les données factuelles, ses origines en épidémiologie clinique et en santé publique. Cette approche ne consiste pas seulement de la preuve venant des devis quantitatifs comme les essais randomisés, mais aussi celle obtenue de devis qualitatifs ou mixtes, avec la participation de disciplines des sciences humaines. Sa pratique et son application sont mal maîtrisées en ce moment, mais il est espéré que la formation à cette dernière s’accroissant, le scepticisme scientifique qu’elle introduit soutiendra un questionnement continu au niveau clinique individuel, au niveau des programmes et des systèmes. Un questionnement constant qui est la marque de pratiques et de services de qualité.

Étude épidémiologique, quantitative, centrée sur une population de 2052 médecins généralistes libéraux du Nord–Pas-de-Calais. Avec 287 réponses exploitables, le taux de participation est de 14 %. Un médecin sur 4 (n = 75) déclare avoir déjà présenté des idées suicidaires au cours de sa carrière, 22 déclarent avoir déjà imaginé un scénario suicidaire précis et une personne déclare une tentative de suicide. Le sur-risque de présenter des idées suicidaires est de 3,5 (IC 95 % 1,3–9,5) p = 0,055 chez les médecins âgés de plus de 60 ans et de 2,6 (IC 95 % 1,2–5,6) p = 0,065 chez les médecins stressés par leurs cotisations. Les médecins stressés par la gestion de leur cabinet présentent 12,9 (IC 95 % 3–54,4) fois plus de risque d’avoir des idées suicidaires, p = 0,003 et sont 15,8 (IC 95 % 4,2–59,2) fois plus à risque de faire des plans pour se suicider, p = 0,001. Le sur-risque de burn out ressenti et de dépression est de 12,7 (IC 95 % 2,6–61,3) p = 0,0016 chez les médecins victimes de litiges personnels et de 2,4 (IC 95 % 1,1–5,2) p = 0,0268 en cas de solitude professionnelle ressentie. Le statut de Maître de Stage des Universités et les enfants à charge semblent protéger de la dépression et du désespoir. Une prévalence anormalement élevée des idées suicidaires a bien été mise en évidence. L’âge supérieur à 60 ans, le stress des cotisations et le stress lié à la gestion du cabinet semblent être des marqueurs de risque d’idées suicidaires. Les litiges personnels et la solitude professionnelle ressentie semblent être des marqueurs de risque de burn out et de dépression. Pas de conclusion sur les tentatives de suicide par respect de l’anonymat de l’unique répondant.

Pour lutter contre la méningite, le Mali a adopté plusieurs stratégies telles que la surveillance renforcée, de routine, par site sentinelle et l"introduction en 2010 du MENAFRIVAC qui avait abouti à la surveillance cas par cas. C"est pour évaluer l"impact de ses stratégies sur la performance du système de surveillance épidémiologique des maladies que la présente étude a été réalisée en commune VI, la plus vaste du district de Bamako.L"approche méthodologique mixte (quantitative et qualitative) avait été adopté avec évaluation exhaustive du système par la méthode de capture. Nous avons trouvé que le système de surveillance en place comportait cinq niveaux. La performance du système avait été reconnue d"une simplicité à 81,9%, d"une représentativité de 62,5% et d"une réactivité de 83%. L"exhaustivité des structures de santé était de 45%. Le système était globalement fonctionnel et bien établi, par contre son exhaustivité n"était que de 45% d"où la nécessité de renforcer les activités de bases et de soutien pour une meilleure performance du système de surveillance épidémiologique.

Les expositions accidentelles avec des instruments tranchants sont les accidents du travail les plus courants impliquant des professionnels et des étudiants en milieu hospitalier. L’accident avec du matériel biologique (MB) résulte d’un contact direct entre le sang et des fluides organiques génitaux ou séreux, avec une peau, des muqueuses malsaines ou par inoculation percutanée directe à travers des objets pointus. L’objectif de ce travail était de caractériser le profil épidémiologique des accidents avec exposition à des matières biologiques survenus chez des travailleurs de l’État d’Amapá, en Amazonie, au Brésil, entre 2015 et 2019, en analysant le nombre, le type d’événements, la profession et circonstance de l’accident. Une étude épidémiologique rétrospective, descriptive et transversale a été réalisée avec une approche quantitative. Ainsi, la base de données du Système d’information sur les maladies à déclaration obligatoire (SINAN) a été recherchée à la recherche d’enregistrements faisant référence aux notifications d’accidents avec du matériel biologique, survenus dans l’État d’Amapá entre 2015 et 2019, enregistrés par le Centre de surveillance de la santé au travail (NVST) / Centre de référence pour la santé au travail (CEREST / AP). Les expositions professionnelles à des matières biologiques représentent un risque potentiel de transmission de maladies. Donner l’ordre aux travailleurs de signaler immédiatement les accidents est essentiel pour alimenter le système de notification. En ce qui concerne les circonstances, les deux causes les plus fréquemment rencontrées étaient avec des valeurs proches l’une de l’autre, l’administration de médicaments (21,6%) et une élimination inadéquate du matériel (20%). Cette élimination incorrecte démontre le manque de zèle des professionnels pour leur propre santé.

Fin décembre 2019, à Wuhan, en Chine, une nouvelle variété de coronavirus est apparue, étant déclarée urgence de santé publique mondiale par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Le tropisme des voies respiratoires peut être dû à l’expression de l’enzyme angiotensine-convertisseur 2 (ACE2). Dans la région de l’Amazonie juridique brésilienne, jusqu’au 22 mars 2020, l’État d’Amazonas a présenté 26 cas confirmés; Acre 11 caisses; Para 04; Rondonia 03; Roraima, Tocantins, Maranhão et Mato Grosso 02 cas; et Amapá seulement 01 si elle est confirmée. Cette étude vise à quantifier et à analyser les premiers cas suspects et confirmés de COVID-19 à Macapá, Amapá, Amazon, Brésil. Il s’agit d’une étude observationnelle, rétrospective et quantitative, faisant référence au profil des 108 premiers cas suspects signalés à Macapá, entre le 13 mars 2020 et le 21 mars 2020, et aux calculs de l’incidence du COVID-19 dans les 26 capitales brésiliennes et brasília, district fédéral, entre le 26 février 2020 et le 26 mars 2020. Les études peuvent révéler un modèle spécifique de propagation du virus, ce qui contribuerait à la planification et à la mise en œuvre de mesures épidémiologiques de contrôle et de surveillance plus efficaces.

Le suicide est l’acte humain de mettre fin à sa vie. Les attitudes suicidaires avec l’intention de mourir, mais sans conduire à la mort, sont appelées tentatives de suicide, c’est-à-dire qu’il s’agit d’actes d’automutilation intentionnels sans que le résultat en soit la mort. Cette étude a analysé, épidémiologiquement, les soins fournis par le Mobile Emergency Service – SAMU / AP liés aux tentatives de suicide en 2018 à Macapá / AP. Une recherche transversale, descriptive et quantitative a été menée. Les données ont été collectées à partir de 61 enregistrements de soins initiaux faisant référence aux événements survenus en 2018, à partir du système de stockage de fichiers SAMU / AP. Cette étude a permis d’élargir la connaissance des caractéristiques des cas de suicide et de tentatives de suicide survenus à Macapá / AP, permettant ainsi au soutien de professionnels de travailler sur des interventions auprès de la population à la recherche de la réduction des statistiques existantes. Il est à noter que le problème de l’absence ou de la notification des cas de tentative de suicide exécutés de manière insuffisante est un aspect important pour l’affaiblissement de l’information épidémiologique, des actions d’assistance en réseau et pour la réalisation de la territorialisation et de l’intersectorialité en santé mentale. Actions éducatives et politiques publiques qui renforcent auprès du médecin et des équipes de premiers secours en général l’importance d’un enregistrement correct et complet des informations.

La COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) est une infection causée par le virus SARS-CoV-2, dont les premiers cas ont été signalés en décembre 2019 dans la ville de Wuhan. Il a été constaté que chez les patients présentant des comorbidités, il existe un risque plus élevé de complications et de mortalité en cas d’infection. La maladie a été considérée par l’Organisation mondiale de la santé en 2020 comme une urgence de santé publique et, au Brésil, le ministère de la Santé a mis en œuvre des mesures de surveillance épidémiologique des cas enregistrés dans les différentes unités fédératives du pays. Parmi ceux-ci, Amapá suppose des niveaux élevés d’incidence et de mortalité. Cette étude vise à analyser les principaux facteurs de risque antérieurs constatés chez les patients atteints de COVID-19 dans l’État d’Amapá. Pour cela, les données secondaires disponibles dans le panel Coronavirus Amapá ont été utilisées lors d’une recherche menée le 22 mai 2020. Sur la plateforme, des données ont été collectées sur le nombre de patients diagnostiqués avec covid-19, ainsi que le nombre de décès dus à la maladie, avec une évaluation conjointe dans chaque sujet des comorbidités trouvées. Après avoir regroupé ces données dans des feuilles de calcul Microsoft Excel, une analyse quantitative et descriptive de celles-ci a été effectuée. Dans l’État, un total de 28 927 patients diagnostiqués avec COVID-19 ont été enregistrés jusqu’au jour de la collecte. Environ 1,31 % (378 cas) d’entre eux présentaient un facteur de risque qui pourrait les rendre susceptibles de développer des complications résultant de la COVID-19, le diabète et les maladies cardiaques chroniques étant les affections ayant le plus grand nombre de dossiers. Toujours dans l’État d’Amapá, 420 décès chez des patients atteints de COVID-19 ont été détectés. De ce total, 75,71 % (318 cas) présentaient des facteurs de risque antérieurs de risque plus élevé de complications liées à la COVID-19, l’hypertension et le diabète étant les affections prédominantes. Avec l’étude, il a été remarqué dans l’Amapá qu’une grande partie de la population de patients diagnostiqués avec la maladie et décédés avait des antécédents de facteur de risque de COVID-19. En raison de la notification des facteurs de risque dans la situation de décès qui n’ont pas été enregistrés dans le nombre de patients diagnostiqués, ainsi que de la non-spécificité inhérente à l’état des patients surveillés par les mécanismes de santé de l’État, il n’a pas été possible d’effectuer une analyse plus détaillée du degré de complication et du taux de létalité générés par un facteur de risque donné et son association avec l’infection au coronavirus.

L’objectif de ces travaux est de produire des méthodes et des connaissances permettant d’étudier le portage de Campylobacter en élevage porcin. Des techniques de PCR quantitative en temps réel rapides et fiables ont été mises au point pour la quantification de Campylobacter spp. , C. Coli et C. Jejuni. Dans les matières fécales ou les prélèvements environnementaux. Des porcs EOPS âgés de sept semaines ont été inoculés expérimentalement avec plusieurs souches de Campylobacter d’origine différente, seules ou en association. Cette infection expérimentale a permis de souligner les grandes tendances décrites dans la littérature (portage asymptomatique, niveaux d’excrétion élevés et légère baisse des quantités excrétées en fin d’engraissement) et de mettre en évidence une intermittence de l’excrétion, une une transmission rapide à distance aux animaux des cases adjacentes et l’existence d’une interaction spécifique hôte/espèce. Elle a également permis de calibrer deux méthodes de typage, la macrorestriction génomique en champ pulsé et la PCR-RFLP sur le gène flaA et d’établir un seuil de similarité entre souches. Une variabilité génomique in vivo dans l’animal a été mise en évidence avec un effet souche marqué (seul C. Coli d’origine porcine a varié). La dernière étape était l’application de ces méthodes lors d’enquêtes en élevage naisseur-engraisseur pour décrire la contamination de l’environnement et la dynamique d’infection des Campylobacter en élevage porcin. Notre étude souligne le rôle de la truie comme source de contamination mais l’environnement est un élément possible de transmission des Campylobacter entre les animaux à considérer
This work aimed at providing new methods and knowledge to study the carriage of Campylobacter in conventional pig herds. Campylobacter specific real-time PCR assays developed in this study allow a direct and reliable quantification of Campylobacter spp, Campylobacter coli and Campylobacter jejuni in complex substrates like faeces or environmental samples due to the presence of an internal control of DNA extraction and PCR amplification. To study excretion in controlled condition, we inoculated three different Campylobacter strains to specific pathogen-free pigs. Our results confirmed an asymptomatic carriage and a high excretion There is a transmission between inoculated and «contact» pigs, which are Campylobacter-free at the beginning of the study and which live in the same experimental unit. The results suggest a specific interaction between the Campylobacter species and the host. Moreover, this experimental infection allowed to calibrate two molecular typing methods, namely RFLP-PFGE and flaA PCR-RFLP. Variability was evidenced only in pigs inoculated with C. Coli of porcine origin, either alone or in the mix, or in sham inoculated pigs neighbouring the latter. A discrimination threshold was established with the two methods. Finally, to describe Campylobacter infection in commercial pig herds, faecal shedding as well as contamination of pens (either empty or with animals), feed and water were monitored from birth to finishing for pigs, and during one production cycle for sows. Our study underlines the role of the sows as a Campylobacter contamination source for their piglets and the role of the environment in the transmission of Campylobacter between animals

La broncho-pneumopathie chronique obstructive (BPCO) est une maladie respiratoire grave, qui est le plus souvent secondaire à l’exposition à des substances toxiques inhalées. La fumée du tabac est le principal facteur de risque identifié mais certains milieux professionnels tels que les métiers agricoles sont associés à un risque accru de BPCO. Plusieurs études ont été menées ici avec pour objectifs (1) d’estimer la prévalence de BPCO dans plusieurs catégories de professions agricoles, (2) de créer un questionnaire de screening adapté au milieu agricole qui permettrait de pallier au sous-diagnostique de cette maladie en identifiant les sujets redevables d’un examen spirométrique et (3) d’étudier les facteurs deassociés à la BPCO en milieu agricole.La prévalence de la BPCO est environ deux fois plus importante en milieu agricole qu’en population générale. Néanmoins, cette prévalence est très variable selon la population d’étude (type d’activité, région d’exercice, caractéristiques de la ferme) et le critère de jugement utilisé (mesure pré- ou post-bronchodilatateur, critère GOLD ou LIN, prise en compte des symptômes), comme l’ont prouvé les résultats présentés ici.Une standardisation de la méthodologie pour les études épidémiologiques analysant le risque de BPCO en milieu agricole est donc nécessaire. Cette standardisation doit imposer un critère diagnostique robuste, une mesure de l’exposition la plus précise possible et l’inclusion d’un groupe de témoins sans exposition professionnelle
Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a severe disease that is in most cases secondary to the inhalation of noxious particles. Tobacco smoking is the main causal factor identified for this disease but some occupational exposures have also been associated with higher prevalence of COPD.The studies reported here aimed (1) to estimate the prevalence of COPD in the spectrum of agricultural works, (2) to develop a screening questionnaire appropriate to agricultural workers in order to identify subjects most likely to have COPD and (3) to study factors associated with COPD in farmers.The main findings are the following: prevalence of COPD is about twice higher in farmers than in the general population. However, this prevalence varies with study population (type of activity, region of exercise, characteristic of the farm) and the diagnostic criteria used (pre- or post-bronchodilator measure, criteria for airflow limitation, assessment of respiratory symptoms or not).It is concluded that standardization of the methodology used for epidemiologic investigations of COPD in farmers may be scheduled with (1) strong diagnostic criteria, (2) clear and robust measurement of occupational exposure and (3) inclusion of a control group of unexposed subjects

La modélisation des maladies infectieuses représente un outil important pour évaluer la vulnérabilité d'une population à l'introduction d'un nouveau agent pathogène. La possibilité d’enregistrer les contacts responsables de la propagation des maladies représente à la fois une ressource et un défi pour les modèles épidémiques. En particulier, l'interaction entre la dynamique des maladies et l'évolution dans le temps des structures de contact influence la façon dont les agents pathogènes se propagent, en changeant les conditions qui mènent à une flambée épidémique (seuil épidémique). Jusqu'à maintenant, les chercheurs n'ont caractérisé le seuil épidémique sur des structures de contact qui évoluent dans le temps que dans des contextes spécifiques. En utilisant un formalisme multi-couches, nous calculons analytiquement le seuil épidémique sur un réseau temporel générique. Nous utilisons cette méthode pour évaluer l'impact de la résolution temporelle et la durée du réseau sur l'estimation du seuil. De plus, grâce à cette méthode, nous évaluons la vulnérabilité globale de différents systèmes à l'introduction d'agents pathogènes, et en particulier nous analysons les réseaux de mouvements des bovins. Les données de contact souvent ne sont pas disponible en temps réel, et cela limite notre capacité de prévision. Pour répondre à ça, nous développons une méthodologie numérique pour prédire le risque épidémique ciblé, qui repose uniquement sur les données de contact passées. Notre travail fournit de nouvelles méthodologies pour évaluer et prédire le risque associé à un agent pathogène émergent, à la fois à l'échelle de la population et en ciblant des hôtes spécifiques
Infectious disease modeling represents a powerful tool for assessing the vulnerability of a population to the introduction of a new infectious pathogen. The increased availability of highly resolved data tracking host interactions is making epidemic models potentially increasingly accurate. Integrating into them all the features emerging from these data, however, still represents a challenge. In particular, the interaction between disease dynamics and the time evolution of contact structures has been shown to impact the way pathogens spread, changing the conditions that lead to the wide-spreading regime, as encoded in epidemic threshold. Up to now researchers have characterized the epidemic threshold on time evolving contact structures only in specific settings. Using a multilayer formalism, we analytically compute the epidemic threshold on a generic temporal network, accounting for several different disease features. We use this methodology to assess the impact of time resolution and network duration on the estimation of the threshold. Then, thanks to it, we assess the global vulnerability of different systems to pathogen introduction, and in particular we analyze the networks of cattle trade movements Data collection strategies often inform us only about past network configurations, and that limits our prediction capabilities. We face this by developing a data-driven methodology for predicting targeted epidemic that relies only past contact data. Our work provides new methodologies for assessing and predicting the risk associated to an emerging pathogen, both at the population scale and targeting specific hosts

Des études de pharmaco-épidémiologie ont montré le rôle de la dose et de la durée d'exposition à un médicament dans la survenue d'effets indésirables. Toutefois, ces différents paramètres sont rarement pris en compte simultanément dans les travaux visant à étudier le risque lié à une exposition médicamenteuse, notamment au cours de la grossesse. Les bases de données administratives de santé permettent d'appréhender ces paramètres et de retracer de façon précise l'historique de l'exposition de chaque patient aux médicaments. L'objectif de ce travail est de développer une nouvelle méthode de mesure d'exposition visant à classifier les individus en tenant compte de l'intensité et de l'évolution de cette exposition au cours du temps. L'application en pharmaco-épidémiologie permet une approche quantitative de l'exposition des patients (à travers la prise en compte des doses de médicaments délivrés) et longitudinale au cours du temps définissant ainsi des trajectoires individuelles d'exposition. La classification des individus en groupes homogènes selon ces trajectoires est mise en oeuvre grâce à l'utilisation d'une méthode de classification non supervisée fondée sur le principe de la méthode des K-means adaptée aux données longitudinales. Cette " Méthode des Trajectoires d'Exposition " a été appliquée à l'exposition aux psychotropes au cours de la grossesse, en utilisant les données de la cohorte EFEMERIS. Elle a mené, lors d'une première phase, à la constitution de clusters aux profils d'exposition homogènes. Lors de la deuxième phase d'application, les clusters issus de la classification des femmes exposées aux anxiolytiques et hypnotiques ont pu être utilisés comme variable explicative dans l'étude des risques pour le nouveauné et l'enfant liés une exposition in utero à ces médicaments. La mise en évidence d'une relation de type dose-effet au sein des 4 clusters identifiés laisse penser qu'un niveau élevé d'exposition à ces médicaments au cours de la grossesse augmenterait notamment le risque de pathologie néonatale. En opposition, les résultats concernant les femmes exposées ponctuellement ou à de faibles doses étaient rassurants. L'application à des données réelles a été l'occasion de valider cette méthode et de montrer l'intérêt de la prise en compte de l'intensité et de l'évolution des expositions médicamenteuses au cours du temps dans les études de pharmaco-épidémiologie. La méthode proposée peut être adaptée à d'autres populations, d'autres classes de médicaments mais également d'autres types d'exposition. Cette approche " trajectorielle " de l'exposition ouvre de nouvelles perspectives pour les futures études épidémiologiques
The intensity and duration of drug exposure may contribute to the occurrence of drug adverse effects. However, these parameters are rarely simultaneously addressed in studies of risks associated to drug exposure, in particular during pregnancy. Administrative databases give the opportunity to apprehend these parameters and to reconstruct the history of patient drug exposure. The aim of this research is to develop a new method of exposure measurement in order to cluster individuals, taking into account both the intensity and the evolution of exposure. The application to pharmaco-epidemiological studies allow a quantitative approach of drug exposure and longitudinal over time defining individual trajectories of exposure. We used an unsupervised clustering method based on an implementation of K-means adapted to longitudinal data analysis to cluster individuals in homogeneous groups according to their trajectories. This "trajectory method" was applied to psychotropic drug exposure during pregnancy, using EFEMERIS database. The first phase of this application led to the identification of clusters with homogeneous profiles. During the second phase, clusters of women exposed to anxiolytic and hypnotic drugs were used as independent variables to study the effects of in utero exposure to these drugs on newborns and children. The study especially indicates a dose-response relationship between the 4 clusters and an increased risk of neonatal pathologies after an exposure to a heavy drug burden. By contrast, results concerning women punctually exposed or exposed to a light drug burden were reassuring. This application to real-clinical-data has validated this method and demonstrates the interest value of considering intensity and evolution of drug exposure over time in pharmaco-epidemiological studies. The proposed method could be adapted to other populations, classes of drugs and other types of exposure. This "trajectorial" approach of exposure opens up new prospects for future epidemiological studies

L’île d’Hispaniola que se partagent la république d’Haïti et la république de Saint-Domingue, est la seule île des Caraïbes ou la transmission du paludisme n’a pas été interrompue. Les raisons de cette persistance sont multiples, et proviennent principalement de la méconnaissance du rôle des vecteurs dans la transmission. A. Albimanus, vecteur du paludisme en Amérique Centrale a surtout fait l'objet d'études de laboratoire. Des études de terrain ont donc été entreprises sur plusieurs faciès géographiques afin de mieux cerner la bio-écologie de cet anophèle qui représente 93% de la population anophélienne d'Haïti. On a donc entrepris la prospection et l'observation des gîtes larvaires, puis étudié les variations saisonnières de différents paramètres biologiques. Durant ces observations, A. Albimanus a plusieurs fois été trouvé porteur de sporozoïtes, ce qui confirme son rôle vecteur en Haïti. On a aussi observé la présence d'une nouvelle espèce d'anophèle pour la faune haïtienne, A. Pseudopunctipennis, se plaçant au troisième rang des espèces présentes sur le site d'étude où il a été identifié. Enfin, on a étudié, sur le terrain, le cycle gonotrophique des femelles de A. Albimanus que l'on a estimé à 5,16 jours. A partir des différents résultats obtenus, une étude épidémiologique de la transmission a pu être effectuée, intégrant les données entomologiques et parasitologiques récupérées sur l'un des sites d'étude durant une année entière. L'élaboration d'un modèle mathématique de l'évolution de la prévalence palustre dans la population humaine a ensuite permis d'évaluer les valeurs des paramètres difficilement observables sur le terrain. Cette étude qui a quantifié la transmission palustre, permet aussi de définir les seuils d'équilibre de cette transmission et donc de fixer les objectifs de lutte à atteindre afin d'obtenir une régression de la transmission sans engendrer de trop fortes pressions sélectives sur la population anophélienne, pressions qui ont déjà induit le développement de résistances durables à certains produits insecticides employés massivement
The island of Hispaniola is the only caribbean island where the spread of paludism has not been interrupted. The reasons for this persistence are multiple but primarily due to the lack of understanding of the role of the vectors in its transmission. A. Albimanus, the major vector of paludism in Central America, has been principally the object of laboratory research. Studies of the land have been undertaken over several geographical features in order to better define the biological limits of this anopheles which represents 93 % of the anopheline population in Haïti. Consequently, we undertook field prospections and examinations of larva deposits and then studied the seasonal variations of differing biological patterns. During these examinations, A. Albimanus was found several times to be the carrier of sporozoides, which confirmed its role as the vector in Haïti. We also observed the presence of a new species of anopheles for the haïtian fauna, A. Pseudopunctipennis, which is placed as the third rank of the species present at the studied site where it was found. Finally we estimate the gonotrophic cycle of the observed females of A. Albimanus to be 5, 16 days. An epidemiological study of the transmission was doneby integrating the entomological and parasitological data, based on the different results gathered on one of the studied site for a whole year. The creation of mathematical model of the human population paludism prevalence evolution, allowed then the study of parameters values difficult to observed on the field. This study which quantifies the transmission of paludism, allows also to definethe thresholds of an aquilibrium for this transmission and therefore, to cristallize the objectives in the control to reach a regression in the transmission without generating strong selective pressures on the anopheles population which have already induced development of resistance against certain insecticides massively utilized

Des algues brunes endophytes envahissent les tissus des laminariales, avec des effets potentiellement négatifs sur leur hôte. Des études moléculaires ont permis d'identifier deux genres, Laminarionema et Laminariocolax, dominant la diversité de ces endophytes. Une étude épidémiologique par qPCR a montré une forte prévalence de l'endophyte Laminarionema elsbetiae chez Saccharina latissima, avec des variations saisonnières et locales. En laboratoire, la présence de L. elsbetiae induit des réponses physiologiques différentes chez S. latissima, son hôte principal, et chez Laminaria digitata, un hôte occasionnel. Une approche transcriptomique a révélé des réponses moléculaires différentes chez les deux hôtes et l'endophyte, en lien avec les mécanismes de reconnaissance et de défense des deux partenaires. Ces spécificités du dialogue moléculaire lors des premières étapes de l'interaction pourraient expliquer la variabilité des profils d'infection observés dans les populations naturelles
Endophytic brown algae invade stipes and fronds of kelps with potential negative effects for their hosts. The molecular diversity of kelp endophytes was investigated and a majority of the isolated endophytes belonged to the genera Laminarionema and Laminariocolax. Using a qPCR approach, a high prevalence of the endophyte Laminarionema elsbetiae was detected in natural Saccharina latissima populations, but with seasonal and geographical variations. Co-cultivation experiments showed different physiological responses of the main host, S. latissima, and an occasional host, Laminaria digitata, to L. elsbetiae. A transcriptomic approach revealed important differences between the molecular responses of the two kelps, related to the recognition of the endophyte and subsequent defence reactions. These specific differences in the molecular cross-talk during the early steps of the interaction could explain the variability of natural infection patterns in kelp species

Dans ce travail, un modèle d'appréciation quantitative des risques microbiens a été développé pour proposer des mesures de maitrise sanitaire et les relier à des métriques du risque. A partir d'observations réalisées dans un hôpital, nous avons pu caractériser le procédé de fabrication et de distribution de deux plats de boeuf en sauce, de manière à prédire l'évolution du danger Clostridium perfringens tout au long de ce procédé en utilisant les outils de la microbiologie prévisionnelle. Dans le modèle d'exposition, nous avons construit un modèle décrivant la germination puis la croissance de Clostri- dium perfringens pendant deux étapes du procédé, et un modèle décrivant la destruction thermique finale des cellules végétatives de Clostridium perfrin- gens. Ensuite, pour estimer un risque de diarrhée lié à la consommation de ces plats, nous avons construit un modèle dose réponse. De manière à pouvoir prédire la gamme des situations possibles, nous avons cherché à décrire, dans chacun des modèles, la variabilité de la réponse biologique modélisée en utilisant des données issues de méta analyse, obtenues dans des conditions variées. L'utilisation de l'inférence bayésienne sur des données issues de méta analyse nous a permis de décrire séparément variabilité et incertitude, suivant les recommandations des instances internationales. Des simulations de Monte Carlo à deux dimensions sur l'ensemble du procédé nous ont ensuite permis d'estimer le risque moyen de maladie lié à la consommation des plats et d'estimer l'incertitude sur ce risque moyen. Ces simulations nous ont aussi permis d'identifier deux étapes importantes pour la maitrise du risque et de proposer, pour chacune de ces étapes, des mesures de maitrise sanitaire, dont nous avons ensuite mesuré l'efficacité.

La donnée de séquences nucléotidiques permet d'inférer des arbres phylogénétiques, ou phylogénies, qui décrivent leurs liens de parenté au cours de l'évolution. Associer à ces séquences leur date de prélèvement ou leur pays de collecte, permet d'inférer la localisation temporelle ou spatiale de leurs ancêtres communs. Ces données et procédures sont très utilisées pour les séquences de virus et, notamment, celles du virus de l'immunodéficience humaine (VIH), afin d'en retracer l'histoire épidémique à la surface du globe et au cours du temps. L'utilisation de séquences échantillonnées à des moments différents (ou hétérochrones) sert aussi à estimer leur taux de substitution, qui caractérise la vitesse à laquelle elles évoluent. Les méthodes les plus couramment utilisées pour ces différentes tâches sont précises, mais lourdes en temps de calcul car basées sur des modèles complexes, et ne peuvent traiter que quelques centaines de séquences. Devant le nombre croissant de séquences disponibles dans les bases de données, souvent plusieurs milliers pour une étude donnée, le développement de méthodes rapides et efficaces devient indispensable. Nous présentons une méthode de distances, Ultrametric Least Squares , basée sur le principe des moindres carrés, souvent utilisé en phylogénie, qui permet d'estimer le taux de substitution d'un ensemble de séquences hétérochrones, dont on déduit ensuite facilement les dates des spéciations ancestrales. Nous montrons que le critère à optimiser est parabolique par morceaux et proposons un algorithme efficace pour trouver l'optimum global. L'utilisation de séquences échantillonnées en des lieux différents permet aussi de retracer les chaînes de transmission d'une épidémie. Dans ce cadre, nous utilisons la totalité des séquences disponibles (~3500) du sous-type C du VIH-1, responsable de près de 50% des infections mondiales au VIH-1, pour estimer ses principaux flux migratoires à l'échelle mondiale, ainsi que son origine géographique. Des outils novateurs, basés sur le principe de parcimonie combiné avec différents critères statistiques, sont utilisés afin de synthétiser et interpréter l'information contenue dans une grande phylogénie représentant l'ensemble des séquences étudiées. Enfin, l'origine géographique et temporelle de ce variant (VIH-1 C) au Sénégal est précisément explorée lors d'une seconde étude, portant notamment sur les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes.

La scanographie est une technique d’imagerie médicale performante offrant des bénéfices considérables pour le diagnostic et le suivi médical des patients. Néanmoins, la question des effets adverses potentiels induits par l’exposition aux rayons-X se pose, tant au niveau individuel qu’en termes de santé publique du fait de la fréquence du recours à cette procédure. Des premières études épidémiologiques suggèrent une augmentation du risque de cancer associée à l’exposition à la scanographie durant l’enfance ou l’adolescence. Néanmoins, l’interprétation de ces résultats reste controversée et les connaissances sur le risque de cancer radio-induit à ce niveau d’exposition et pendant l’enfance demeurent limitées.En France, la cohorte « Enfant Scanner » est mise en place par l’IRSN pour étudier l’incidence de cancer dans une population de près de 110 000 enfants ayant reçu des examens par scanographie avant l’âge de 10 ans dans 21 centres hospitaliers universitaires. Cette étude participe au projet européen Epi-CT, coordonné par le Centre International de Recherche sur le Cancer, intégrant neuf cohortes nationales sur la base d’un protocole commun. A partir de la cohorte française, cette thèse s’intéresse à caractériser les expositions des enfants recevant des examens diagnostiques par scanographie et à fournir des éléments de quantification du risque de cancer associé.Une évaluation dosimétrique est réalisée à partir des protocoles radiologiques utilisés en pédiatrie entre 2000 et 2011 dans les services hospitaliers participant. Cette étude présente l’évolution des expositions au cours de la période ainsi que la variabilité des pratiques dans les services. Les résultats montrent l’existence d’une marge d’optimisation des protocoles utilisés pour limiter l’exposition des patients, en particulier pour des explorations de la tête qui sont les examens les plus fréquents en pédiatrie.Une évaluation du risque de cancer potentiellement induit par des actes de scanographie pédiatrique a été réalisée, sur la base d’estimations de risque obtenues pour d’autres contextes d’exposition aux rayonnements ionisants. Les résultats montrent que chaque examen pourrait être associé à un excès de risque de tumeur du système nerveux central (SNC), de cancer du sein, de la thyroïde ou de leucémies compris entre 0,01‰ et 5‰. Le risque de cancer serait jusqu’à 7 fois supérieur pour des patients âgés de 1 an par rapport à des enfants de 10 ans. Les incertitudes attachées à ces prédictions de risque ont été quantifiées par simulations.A partir du suivi d’incidence de la cohorte, la relation dose-réponse a été étudiée entre le risque de tumeurs du SNC, de leucémies et de lymphome, et les doses cumulées aux organes d’intérêt reçues lors d’examens par scanographie. Aucune augmentation significative de risque n’a été mise en évidence. En 2011, le suivi dans la cohorte – 4 ans en moyenne– était en effet très court. Les analyses ont néanmoins caractérisé l’impact de syndromes d’immunodéficiences et d’autres facteurs génétiques de prédisposition au cancer sur les estimations de risque, et mis en évidence l’importance de prendre en compte l’indication des examens dans ce type d’étude.Le suivi de la cohorte doit être poursuivi afin de fournir des estimations de risque plus robustes. L’extension de la durée de suivi de cette population ainsi que les résultats attendus à partir d’autres études, notamment dans le cadre du projet Epi-CT, devraient constituer, dans les 5 prochaines années, une avancée tout à fait significative sur la question des risques associés à la scanographie. A ce jour, les prédictions réalisées dans le cadre d’évaluations de risque demeurent incertaines, en particulier pour les tumeurs du SNC, mais constituent une aide pour orienter le recours à la scanographie. Des efforts d’optimisation des procédures radiologiques demeurent, par ailleurs, encore nécessaires pour réduire les doses délivrées en pédiatrie ainsi que les risques possiblement associés
Computed tomography (CT) is a powerful imaging technique that provides great benefits for diagnosis and medical management of patients. Nonetheless, the widespread use of this procedure raises many concerns about the potential adverse effects induced by X-rays exposure, both in clinical practice and in terms of public health. First epidemiological studies have suggested an increased risk of cancer associated with CT scan exposures in childhood or adolescence. The interpretation of these results is, however, controversial, and evidence about radiation-induced risks of cancer is still limited at this level of exposure and during childhood.In France, the "Enfant Scanner" cohort was set up by IRSN to study the incidence of cancer among more than 100,000 children who received CT scans before the age of 10 in 21 university hospitals. This study is part of the European Epi-CT project – coordinated by the International Agency for Research on Cancer – which includes nine national cohorts set up on the basis of a common protocol. The current thesis, based on the French cohort, focuses on characterizing the exposure of children receiving diagnostic CT scans and quantifying the risk of cancer associated with these exposures.Dosimetric assessment was performed from the radiological protocols used in paediatrics between 2000 and 2011 in the participating hospitals. This study presents the evolution of the exposures during the period and the variability of practices in the radiology departments. The results show that there is a leeway for optimizing the procedures and limiting the exposure of patients, especially for scans of the head that account for most of the examinations in paediatrics.From these exposure measurements, a quantitative assessment of cancer risk potentially induced by CT scans in paediatrics was performed – on the basis of estimates of risk in other contexts of ionizing radiation exposure. The results show that each CT scan could be associated with an excess risk of tumours of the central nervous system, breast cancer, thyroid cancer or leukaemia ranging from 0.01‰ to 5‰. Cancer risks may be up to 7 times higher for patients aged 1 year compared to 10 year olds. Uncertainties attached to these risk predictions were quantified by simulations.From the follow-up of cancer incidence in the cohort, the dose-response relation was studied between the risk of tumors of the central nervous system, leukaemia and lymphoma, and cumulative X-ray doses to the organs of interest from CT scans. No significant increased risk was observed. Indeed, in 2011, the duration of the follow-up, i.e. 4 years on average, was very short. The analyzes have nevertheless characterized the impact of (acquired or hereditary) immunodeficiencies and other genetic factors predisposing to cancer on the risk estimates, and highlighted the importance of considering the indication of examinations in studies on CT scans.The follow-up of the cohort should be extended to provide more robust risk estimates. Extension of this study as well as expected results from other cohorts, particularly within the Epi-CT project, would provide, in the next 5 years, significant progresses on the issue of the potential adverse effects of CT. To date, risk predictions from quantitative risk assessment are still uncertain, especially for cerebral tumours, but should help to guide the use of CT. In addition, efforts for optimizing the radiological procedures are still needed to reduce the doses delivered in paediatrics and the potential associated risks