Academic literature on the topic 'Estuários - Rio Sado (Portugal)'

Com base na investigação realizada para o projecto de Seminário de Licenciatura em Arqueologia da Universidade de Lisboa, vêm-se aqui apresentar e aprofundar parte dos resultados obtidos para a melhor compreensão da realidade mesolítica da bacia do Sado. Assim, com recurso aos SIG, realizou-se um estudo incidente nos concheiros mesolíticos do rio Sado, nos quais se estudou a relação das implantações dos sítios com o meio geográfico, procurando observar características comuns de forma a encontrar a possível existência de um padrão de assentamento. Optou-se por destacar neste trabalho a ligação com o espaço hidrográfico, raiz comum das implantações dos concheiros do Sado, assim como os aspectos relativos à visibilidade entre os próprios sítios, observando-se a fraca intervisibilidade entre os vários grupos ao invés do inicialmente ponderado.

A complexidade que envolve a gestão sustentável das zonas costeiras, associada a sua relevância econômica e sócioambiental, tem como pré-requesito o conhecimento do padrão hidrodinâmico dos estuários, que é influenciado diretamente pelas vazões típicas e pelas marés oceânicas, como também pode sofrer impacto devido às alterações morfológicas do leito e condições de estratificação. Neste trabalho, com base no programa Delft3D, desenvolvido pela Deltares, um modelo bidimensional foi criado para a análise de padrões hidrodinâmicos do estuário do rio Lima, Portugal, a partir de simulação dos níveis da superfície livre e velocidades, considerando vazões fluviais extremas e maré alta de águas vivas. Dados de campanha hidrométrica, com monitorização da dinâmica da superfície livre do estuário, foram obtidos em quatro estações específicas e serviram para a calibração do modelo apresentando uma boa correlação entre os valores de níveis medidos e simulados, com ligeiro desvio no período de maré baixa. Pelo modelo de eficiência de Nash-Sutcliffe (NSE), por exemplo, com excessão da estação de Lanheses2 (com NSE = 0,87), as outras três estações monitoradas apresentaram NSE acima de 0,94. O modelo apresentou robustez e se mostrou capaz em representar o fenômeno real, e permite identificar o comportamento hidrodinâmico do estuário em cenários distintos de vazão e maré. As zonas suscetíveis a inundações, assim como a influência que a vazão e a maré oceânica exercem sobre o padrão hidrodinâmico, foram analisadas numericamente. Os resultados apontaram uma maior influência da vazão fluvial sobre os níveis de água no estuário, sendo que a maré exerce maior influência para o interior do estuário, principalmente em cenários de baixas vazões fluviais. O modelo pode ser considerado como uma ferramenta básica para o estudo e processo de gestão do estuário do rio Lima, cuja abrangência depende da extensão das campanhas de monitorização e calibração dos parâmetros envolvidos, que são objetivos da continuidade deste trabalho.

As comunidades anfíbias pioneiras da bacia hidrográfica do Rio Sado (Setor Mariânico-Monchiquense, Subprovíncia Luso-Extremadurense e Setor Ribatagano-Sadense, Subprovíncia Sadense-Divisório Portuguesa) foram objeto do presente estudo. Destacando-se a composição florística de cada fitocenose, bem como os dados referentes à sua ecologia, corologia e sintaxonomia, são apresentadas as principais comunidades vegetais anfíbias identificadas: Junco capitati-Isoetetum hystricis Braun-Blanquet 1936, Junco pygmaei-Isoetetum velati Rivas Goday 1956, Periballio laevis-Illecebretum verticillati Rivas Goday 1954, Loto subbiflori-Chaetopogonetum fasciculati Rivas-Martínez & Costa in Rivas-Martínez, Costa, Castroviejo & E. Valdés 1980, Hyperico elodis-Rhynchosporetum rugosae Neto, Capelo, J.C. Costa & Lousã in Neto 1997, Anagallido tenellae-Juncetum bulbosi Braun-Blanquet 1967, Utriculario exoletae-Sphagnetum auriculati Neto, Capelo, J.C. Costa & Lousã 1996 e Cirsio palustris-Juncetum rugosi Neto, Capelo, J.C. Costa & Lousã 1996). Este estudo mostrou que essas comunidades vegetais são, em sua maioria, relictos, com áreas de distribuição restritas e encontram-se fortemente pressionadas pela crescente ação antrópica e pelas alterações climáticas. Embora com características claramente atlânticas, foram sendo invadidas por espécies mediterrânicas, cujo domínio foi progressivamente aumentando desde o período Atlântico (7800-5700 B.P.), durante o qual se verificou o seu ótimo.

Apresenta -se, de forma sumária, o Projecto fMi 5000 – Enviromental Changes: Fluvio -marine interactions over the last 5000 years (Projecto fCt nº: PtDC/Cte -GiX/104035/2008). Os ambientes estuarinos constituem uma das áreas mais sensí-veis, no quadro das alterações climáticas e da subida do nível do mar, porque se situam na interface entre as influências fluviais e marinhas e são o suporte, não só de áreas húmidas de grande biodiversidade, mas também de actividades económicas de importância estraté-gica. estes ambientes registam as mudanças do nível do mar e as modificações operadas nas bacias hidrográficas, quer naturais quer induzidas pela acção humana. Constitui objectivo deste projecto a avaliação do balanço entre as influências marinhas e fluviais, as respostas a eventos climáticos e o impacto das mudanças de uso do solo, numa janela temporal de 5000 anos. Os estuários escolhidos são o do rio neiva, do rio alcabrichel, na costa Ocidental de Portugal continental, e da ribeira de Bensafrim, no Barlavento algarvio.

Os estuários e sapais estuarinos são zonas húmidas que, devido à sua localização privilegiada e características únicas de riqueza natural, atraíram desde há muito populações que se fixaram nas suas margens, constituindo pólos de desenvolvimento e concentração de actividades humanas, sofrendo o impacte negativo da acção antrópica, principalmente durante o século XX. No presente estudo, cujo tema central é o ambiente de sapal do estuário do Sado (Península de Setúbal), apresentam-se resultados de um estudo sedimentológico e geoquímico de uma sondagem curta, recolhida no sapal do Faralhão (margem norte do estuário), visando contribuir para a caracterização geoambiental dos ecossistemas de sapal deste estuário e para a identificação da contribuição antrópica em metais pesados nos sedimentos vasosos estudados. Perspectivando uma aplicação pedagógica, apresenta-se uma proposta de estudo do sapal de Corroios (estuário do Tejo), composta por diversos materiais de apoio ao trabalho de campo e de laboratório, direccionados para alunos do ensino secundário. Com esta proposta, pretende-se contribuir para a sensibilização dos professores para a necessidade de, junto dos seus alunos, promoverem motivações que conduzam ao estudo dos ecossistemas de sapal, perspectivando a consciencialização da vulnerabilidade destes ambientes e a assumpção de medidas de defesa do património natural.

Mestrado em Ciências do Mar e Zonas Costeiras
The Sado estuary is located in the surrounding area of an important Portuguese natural park (Arrábida Natural Park) near the city of Setúbal. The low freshwater discharge from Sado River, the mesotidal tide along the estuary and the strong currents observed turn the estuary a well‐mixed system, controlling the estuarine residence time, and therefore determining the patterns of conservative and nonconservative tracers. The salt dynamics inside this kind of system is very important, since salinity may be considered a natural tracer, allowing the comprehension of the dynamics of other conservative tracers. In such a system is also important to analyze the water quality determining the coliforms propagation from selected discharge stations and analyzing its relation with the estuarine hydrographic features. In this study, a two‐dimensional hydrodynamic model is implemented for the Sado estuary in order to study the horizontal patterns of salinity, as well as the propagation of fecal coliforms from sewage stations, both under different tidal and freshwater forcing conditions. The model used in this study is Mohid‐2D (www.mohid.com), a marine model that uses the shallow water approximation to study vertically homogeneous systems like the Sado estuary. The model domain includes the whole area of the estuary, using a realistic coastline and bottom topography The model results are explored in order to evaluate salinity differences between flood and ebb, spring and neap tide, and low (2m3s‐1), medium (50m3s‐1) and high (200m3s‐1) river inflow. Moreover, the propagation of fecal coliforms from sewage stations is also studied in light of different tidal and freshwater inflow conditions. Sea surface height and velocity model outputs are compared to in‐situ data, revealing the model skill in reproducing the tidal propagation along the Sado estuary. When the river inflow is weak (2m³/s), the hydrography of the estuary is clearly tidal dominated but when the river inflow is high (200m³/s), the horizontal patterns of salinity inside the estuary are determined by a balance between tide and river inflow effects. In this case is found a classic division of the estuary in three distinct regions: marine, mixing and freshwater. In this last region the estuary dynamics is mainly modulated by the freshwater discharge. Despite the significant estuarine dynamics, the concentration of fecal coliforms was found confined to small areas close to the discharge points. These organisms were found to affect only a restricted area near the sewage stations, with low concentrations found far the discharge points along the estuary.
O estuário do Sado encontra‐se inserido no parque natural da Arrábida junto à cidade de Setúbal. A baixa descarga de água doce proveniente do rio Sado, a maré mesotidal ao longo do estuário e as fortes correntes que aqui se observam tornam o estuário um sistema bem misturado, controlando o tempo de residência e determinando assim os padrões de traçadores conservativos e não conservativos. A dinâmica salina no interior deste tipo de sistemas é muito importante, uma vez que a salinidade pode ser considerada um traçador natural, permitindo a compreensão da dinâmica de outros traçadores. Num sistema como este, é também importante analisar a qualidade da água, determinando a propagação de coliformes provenientes de estações de descargas seleccionadas e analisando a sua relação com as estruturas hidrográficas do estuário. Neste estudo, um modelo hidrodinâmico bidimensional é implementado para o estuário do Sado, com o objectivo de estudar os padrões horizontais de salinidade, bem como a propagação de coliformes fecais com origem em estações de esgoto locais. São avaliadas condições distintas de maré (maré‐viva, maré‐morta), diferentes fases da mesma (enchente e vazante) e descargas características do caudal fluvial (baixo (2m3s‐1), médio (50m3s‐1) e elevado (200m3s‐1)). O modelo usado neste estudo foi o MOHID‐2D (www.mohid.com), um modelo marinho que utiliza a aproximação de águas pouco profundas para estudar sistemas verticalmente homogéneos, como é o caso do estuário do Sado. O domínio do modelo abrange toda a área do estuário, usando a linha de costa e topografia de fundo realista. Os resultados do modelo são explorados de modo a avaliar as diferenças de salinidade entre enchente e vazante, maré‐viva e maré‐morta e baixo, médio e elevado caudal fluvial. Posteriormente foi ainda estudada a propagação de coliformes fecais nas condições anteriormente referidas. As previsões do modelo em termos de velocidade e nível de maré são comparadas com observações in situ, revelando a capacidade do modelo em reproduzir adequadamente a propagação de maré ao longo do estuário do Sado. Quando o caudal fluvial é fraco (2m3s‐1), a hidrografia do estuário é claramente dominada pela maré, quando este é elevado (200m3s‐1) os parâmetros horizontais de salinidade dentro do estuário são determinados por um balanço entre o efeito da maré e do caudal fluvial. Neste caso é perceptível a divisão do estuário em três regiões: marinha, de mistura e de água doce. Nesta última a dinâmica do estuário é principalmente modulada pela descarga de água doce proveniente do rio. Apesar da dinâmica estuarina, as concentrações de coliformes fecais mostraram estar confinadas a pequenas áreas junto às estações de descarga de esgoto, sendo detectadas concentrações bastante baixas em zonas mais afastadas dos pontos de descarga e ao longo do estuário.

Estuaries are perhaps the most threatened environments in the coastal fringe; the coincidence of high natural value and attractiveness for human use has led to conflicts between conservation and development. These conflicts occur in the Sado Estuary since its location is near the industrialised zone of Peninsula of Setúbal and at the same time, a great part of the Estuary is classified as a Natural Reserve due to its high biodiversity. These facts led us to the need of implementing a model of environmental management and quality assessment, based on methodologies that enable the assessment of the Sado Estuary quality and evaluation of the human pressures in the estuary. These methodologies are based on indicators that can better depict the state of the environment and not necessarily all that could be measured or analysed. Sediments have always been considered as an important temporary source of some compounds or a sink for other type of materials or an interface where a great diversity of biogeochemical transformations occur. For all this they are of great importance in the formulation of coastal management system. Many authors have been using sediments to monitor aquatic contamination, showing great advantages when compared to the sampling of the traditional water column. The main objective of this thesis was to develop an estuary environmental management framework applied to Sado Estuary using the DPSIR Model (EMMSado), including data collection, data processing and data analysis. The support infrastructure of EMMSado were a set of spatially contiguous and homogeneous regions of sediment structure (management units). The environmental quality of the estuary was assessed through the sediment quality assessment and integrated in a preliminary stage with the human pressure for development. Besides the earlier explained advantages, studying the quality of the estuary mainly based on the indicators and indexes of the sediment compartment also turns this methodology easier, faster and human and financial resource saving. These are essential factors to an efficient environmental management of coastal areas. Data management, visualization, processing and analysis was obtained through the combined use of indicators and indices, sampling optimization techniques, Geographical Information Systems, remote sensing, statistics for spatial data, Global Positioning Systems and best expert judgments. As a global conclusion, from the nineteen management units delineated and analyzed three showed no ecological risk (18.5 % of the study area). The areas of more concern (5.6 % of the study area) are located in the North Channel and are under strong human pressure mainly due to industrial activities. These areas have also low hydrodynamics and are, thus associated with high levels of deposition. In particular the areas near Lisnave and Eurominas industries can also accumulate the contamination coming from Águas de Moura Channel, since particles coming from that channel can settle down in that area due to residual flow. In these areas the contaminants of concern, from those analyzed, are the heavy metals and metalloids (Cd, Cu, Zn and As exceeded the PEL guidelines) and the pesticides BHC isomers, heptachlor, isodrin, DDT and metabolits, endosulfan and endrin. In the remain management units (76 % of the study area) there is a moderate impact potential of occurrence of adverse ecological effects and in some of these areas no stress agents could be identified. This emphasizes the need for further research, since unmeasured chemicals may be causing or contributing to these adverse effects. Special attention must be taken to the units with moderate impact potential of occurrence of adverse ecological effects, located inside the natural reserve. Non-point source pollution coming from agriculture and aquaculture activities also seem to contribute with important pollution load into the estuary entering from Águas de Moura Channel. This pressure is expressed in a moderate impact potential for ecological risk existent in the areas near the entrance of this Channel. Pressures may also came from Alcácer Channel although they were not quantified in this study. The management framework presented here, including all the methodological tools may be applied and tested in other estuarine ecosystems, which will also allow a comparison between estuarine ecosystems in other parts of the globe.

Mestrado em Ciências do Mar e das Zonas Costeiras
Given the close proximity between the Tagus and Sado estuaries, it is understandable that these two hydrodynamic systems have their discharges on the same coastal region. Several studies focus on the investigation of the complex circulation at the mouth of Tagus or Sado estuaries, however, the interaction between these two systems is not taken into account and there are no studies which contemplate the interaction between the two estuaries. With this objective, the three-dimensional model Delft3D-Flow was implemented in order to investigate the complex flows in Tagus and Sado estuaries and adjacent shelf. The numerical model was calibrated and validated using sea surface height, currents, salinity and water temperature data, and then applied to research the role of river discharge and wind effects under mesoscale currents and coastal dynamics at open ocean boundaries on the plumes interaction. The chosen period was the winter of 2009-2010. To examine the response of the estuarine plumes to different wind directions, five scenarios of moderate winds were considered blowing from each of the main four compass points, and with the absence of wind. Through the use of two distinct tracers, three different idealized scenarios were chosen: low, moderate and high Tagus and Sado river discharges. The results showed an evidence of estuarine plumes, filaments and mesoscale eddies caused by the interactions between the estuaries and the nearby coastal region. The obtained results also reveal a intrusion caused by the Sado plume in Tagus estuary after a 10-day simulation. This pattern was not observed for Tagus plume. It was also observed that the Sado estuarine water propagates to Tagus estuary in just 36 hours with coastal dynamics, when compared to the mesoscale currents forcing took around 120 hours. In summary, the model application developed in this study contributed to the characterization and understanding of the interaction between Tagus and Sado estuary’s, and in which conditions these occur.
Dada a proximidade entre os estuários do Tejo e do Sado, é reconhecido que as descargas destes estuários ocorrem na mesma região costeira. O conhecimento atual relativo à hidrodinâmica dos estuários do Tejo e do Sado resulta maioritariamente da exploração de resultados de modelos numéricos, que descrevem as propriedades físicas e padrões gerados pelas correntes de maré e descargas fluviais. Não obstante, verificou-se que a interação entre estes dois sistemas não é considerada, não havendo esforços no sentido de estudar os dois sistemas simultaneamente, bem como de descrever as relações que partilham e identificar as mútuas influências a nível dinâmico. Com este objetivo, foi implementado o modelo numérico tridimensional Delft3D-Flow, de forma a investigar a dinâmica do estuário do Tejo, do Sado e da região costeira adjacente. O modelo numérico foi calibrado e validado com a altura de maré, correntes, salinidade e temperatura da água, sendo aplicado para a investigação do efeito das descargas fluviais e do efeito do vento na interação das plumas destes estuários. O período escolhido para as simulações foi o Inverno de 2009-2010. Foram impostos dois tipos de forçamentos na fronteira aberta oceânica, um que comtempla as correntes de mesoescala e outro apenas a dinâmica costeira. Foram considerados cinco cenários para ventos moderados nos quatro principais quadrantes e para a ausência deste. Através do uso de dois traçadores distintos, foram escolhidos três cenários idealizados com descargas baixas, moderadas e altas dos rios Tejo e Sado. Os resultados evidenciaram a presença de plumas estuarinas, filamentos e eddies causados pela interação entre os estuários e a região costeira. Os resultados obtidos revelam ainda uma intrusão da pluma estuarina do Sado no estuário do Tejo após descargas fluviais significativas durante dez dias, contudo, este padrão não foi observado na pluma estuarina do Tejo. Foi ainda observado que a água estuarina do Sado se propaga para o estuário do Tejo em apenas 36 horas com apenas a dinâmica costeira, ao passo que com as correntes de mesoescala só se observou a intrusão após 120 horas. Sumariamente, o modelo desenvolvido para este estudo contribuiu para a caracterização e compreensão da interação entre os estuários do Tejo e Sado, e definição das condições em que esta ocorre.

Mestrado em Biologia Marinha
Maritime traffic is an important source of disturbance for coastal cetaceans, especially for local and resident populations, like the bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) population in the Sado estuary. Vessel noise might mask important signals such as communication calls. To compensate masking effects, animals may change their vocal behavior by shifting vocal rate, call intensity, call type, call frequency and duration. To evaluate the potential impacts on the acoustic behavior of this population, abundance and acoustic characteristics of whistles, echolocation signals and burst-pulsed sounds were analyzed in relation to boat traffic. The samples used were obtained in field recordings of dolphin vocalizations made from March 2014 to April 2017. Boat traffic operating within a 1000 m radius was listed as absent or present. Vocal elements were classified according to visual graphical and aural characteristics in: whistles, slow-click trains, short-burst pulses, creaks, squawks, variable rate click trains, bangs, gulps, squeaks and grunts. Analysis of emission rates was based on the number of recognizable units per minute for all vocal elements. In the presence of vessels, differences in call rates were not significant for all types of vocal elements. For selected vocal elements, different acoustic parameters were examined, using a nonparametric MANOVA, and modifications between vessel presence and absence were found for the following vocal elements: whistles (X2 (7) = 56.42; N = 620; p < 0.001), creaks (X2 (8) = 19.53; N = 94; p = 0.012), grunts (X2 (8) = 80.968; N = 339; p < 0.001), gulps (X2 (7) = 58.76; N = 260; p < 0.001) and squeaks (X2 (10) = 25.894; N = 121; p = 0.004)). These results show modifications in acoustic behavior in the presence of vessels, suggesting that bottlenose dolphins in this population might adjust their vocal frequencies and produce shorter signals to maintain communication. This study shows that although resident bottlenose dolphins in Sado estuary seem to display some tolerance to the noise generated from boats in their habitat, it probably causes significant changes in their communication behaviors.
O tráfego marítimo é uma fonte de perturbação importante para os cetáceos costeiros, especialmente para populações locais e residentes, como a população de golfinhos-roazes (Tursiops truncatus) no estuário do Sado. O ruído provocado por embarcações pode mascarar sinais importantes, como os de comunicação. Para compensar os efeitos de mascaramento, os animais podem modificar o seu comportamento acústico alterando a taxa de emissão, a intensidade do sinal, o tipo de vocalização, a frequência e a duração dos sinais acústicos. Para avaliar os potenciais impactos no comportamento acústico desta população, foram analisados a abundância e as características acústicas dos assobios, dos sinais de ecolocalização e dos sons pulsados em relação ao tráfego de embarcações. As amostras utilizadas foram obtidas através de gravações subaquáticas realizadas na região do estuário do Sado, feitas de março de 2014 a abril de 2017. Os barcos foram considerados como presentes ou ausentes, tendo em conta um raio de 1000 m. Os elementos vocais foram classificados de acordo com as características visuais gráficas e auditivas em: assobios, trens de cliques, buzzes, rangidos, chorincos, trens de taxa variável, bangs, goles, guinchos e grunhidos. A análise das taxas de emissão baseou-se no número de unidades reconhecíveis por minuto para todos os elementos vocais. Na presença de embarcações, não existiram diferenças significativas para as taxas de emissão de todos os tipos de elementos vocais. Para elementos vocais selecionados, foram examinados diferentes parâmetros acústicos, utilizando uma MANOVA não paramétrica, e foram encontradas alterações entre presença e ausência de navios, para as seguintes vocalizações: assobios (X2 (7) = 56,42; N = 620; p <0,001), rangidos (X2 (8) = 19,53; N = 94; p = 0,012), grunhidos (X2 (8) = 80,968; N = 339; p <0,001), goles (X2 (7) = 58,76; N = 260; p < 0,001) e guinchos (X2 (10) = 25,894; N = 121; p = 0,004)). Estes resultados mostram modificações no comportamento acústico na presença de embarcações, revelando que os golfinhos-roazes desta população poderão ajustar as suas frequências vocais e produzir sinais mais curtos para manter a comunicação. Este estudo sugere que, embora os golfinhos-roazes residentes do estuário do Sado possam apresentar alguma tolerância ao ruído gerado por barcos no seu habitat, este provavelmente causa mudanças significativas nos seus comportamentos de comunicação.

Mestrado em Microbiologia
Estuaries are highly dynamic aquatic systems, having steep physical and chemical gradients, such as salinity, influencing microbial communities in terms of their abundance and diversity. The analysis of microbial responses and adaptations to those environmental fluctuations became essential to understand the biogeochemical cycles that regulate these ecosystems, which have been undergoing progressive anthropogenic pressures. In this study, we investigated the dynamics of Archaea and Bacteria diversity along the salinity gradient of the Douro River estuary (NW Portugal). Samples were collected at four locations covering the salinity gradient, ranging from 4.9 - 21.7 ppt. The application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) showed a variation of Bacteria and Archaea diversity along the salinity gradient. The diversity of ammonia oxidizing Archaea (AOA) was also assessed by the analysis of amoA diversity. Simultaneously, were measured net fluxes of inorganic nitrogen (NH4+, NO3-, NO2-) and nitrification rates by using acetylene and 15N isotope analysis. The results showed that although there was an increase in the diversity of AOA with the decrease of salinity, the highest magnitudes of nitrification rates were registered at intermediary saline sites, where there was a higher availability of NH4+. This study revealed important insights on the effect of salinity on estuarine prokaryotic diversity structure as well on the dynamics of key processes of the nitrogen cycle.
Estuários são ecossistemas aquáticos altamente dinâmicos, possuindo grandes gradientes físicos e químicos, como é o caso da salinidade, influenciando as comunidades microbianas em termos de diversidade e abundância. A análise das respostas e adaptações destas comunidades às flutuações ambientais torna-se essencial para a compreensão dos ciclos biogeoquímicos que regulam estes ecossistemas, que tem vindo nos últimos anos a sofrer pressões ambientais devido à crescente atividade antropogénica. Neste estudo, investigámos a dinâmica da diversidade de Archaea e Bacteria ao longo de um gradiente de salinidade no estuário do Rio Douro (NW, Portugal). As amostras foram recolhidas em quatro locais cobrindo um gradiente de salinidade que variou entre 4.9 - 21.7 ppt. A aplicação da técnica de electroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE), revelou uma variação na diversidade de Bacteria e Archaea ao longo do gradiente salino. A diversidade das comunidades de Archaea com a capacidade de oxidar a amónia (AOA) foi também avaliada através da análise de diversidade do gene funcional amoA. Paralelamente, foram avaliados os fluxos líquidos dos compostos de azoto inorgânico (NH4+, NO3-, NO2-) bem como as taxas de nitrificação através da utilização do método do acetileno e da análise isotópica de 15N. Os resultados mostraram que apesar de ter ocorrido um aumento da diversidade das AOA com a diminuição da salinidade, as maiores magnitudes das taxas de nitrificação foram registadas nos locais com salinidades intermédias, onde se registou maior disponibilidade de NH4+. Este estudo permitiu-nos obter importantes conhecimentos sobre o efeito da salinidade na estrutura das comunidades procariotas estuarinas bem como na dinâmica de processos chave do ciclo do azoto.

Tese de mestrado. Biologia (Ecologia Marinha). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014
O conhecimento das relações existentes entre a espécie e o seu habitat é fundamental para a implementação de estratégias eficazes de conservação. Neste trabalho pretendeu-se estudar a utilização de habitat de forma a identificar as áreas críticas e habitats potencialmente mais adequados à ocorrência de duas populações simpátricas de golfinhos-roazes (Tursiops truncatus) na zona costeira da Arrábida – a população residente no estuário do Sado e a população de golfinhos-roazes costeiros que ocorre nesta região. Os dados foram recolhidos em saídas de mar realizadas entre 1998 e 2013. Em cada avistamento registaram-se diversos parâmetros como a posição geográfica e feito o registo fotográfico dos indivíduos. A estimativa das áreas vitais calculou-se utilizando o Mínimo Polígono Convexo e o Estimador de Densidade de Kernel, demonstrando que os dois grupos de golfinhos roazes utilizam o habitat de forma diferenciada, tanto a nível do grupo como a nível individual, pois apresentam áreas vitais e áreas críticas distintas no tamanho e localização. Assim, a área de sobreposição de ocorrência observada é reduzida, diminuindo a probabilidade de interações entre os dois grupos que seriam importantes numa perspetiva de conservação da população residente do Sado. A Modelação de Máxima Entropia revelou que as variáveis ambientais determinantes na distribuição da população do Sado são a distância à costa, a profundidade e a direção da costa, enquanto a ocorrência dos roazes costeiros depende da distância à costa, da orientação do fundo oceânico e da direção da costa. Os habitats previstos pela modelação como mais adequados para os dois grupos de golfinhos-roazes localizam-se maioritariamente dentro dos limites do Parque Marinho Professor Luiz Saldanha, realçando a importância que esta área marinha protegida poderá ter no futuro para a ocorrência desta espécie na região. Este estudo evidencia um certo nível de segregação destes dois grupos de roazes e identifica áreas potencialmente relevantes para a conservação desta espécie na área de estudo. Assim, o presente trabalho reforça a necessidade de realizar pesquisas futuras nesta região e salienta a importância de compreender os mecanismos que influenciam a distribuição desta espécie numa escala local para a implementação de medidas de gestão e conservação realmente eficazes.
Understand species-habitat relationships are critical in order to identify special areas for conservation. The aim of this work was to study the habitat use in order to identify critical areas and suitable habitats for the occurrence of two sympatric populations of bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) in the Arrábida’s coast – the resident population of the Sado estuary and the coastal population. Data were collected on boat-based surveys carried out between 1998 and 2013. In each sighting several parameters were recorded, like the geographic position and the photographic identification of each individual. Home ranges estimates were performed using the Minimum Convex Polygon and the Kernel Density Estimator. The results showed that the two groups of bottlenose dolphins use habitat in a different way, because their home ranges and critical áreas are different in size and location. Therefore, the overlap area of occurrence observed is reduced, decreasing the likelihood of interactions between the two groups of bottlenose dolphins,that would be important for Sado population in a conservation perspective. The Maximum Entropy Modelling showed that the most important environmental variables influencing the distribution of the Sado population were the distance to the coast, the depth and the coast direction, while the occurrence of coastal bottlenose dolphins depended on the distance to the coast, the seabed aspect and the coast direction. The most suitable areas for the two groups of bottlenose dolphins by modeling were located mostly within the boundaries of Professor Luiz Saldanha Marine Park, highlighting the importance of this marine protected area in the near future, for the occurrence of this species in the region. This study evidences a degree of segregation of these two groups of bottlenose dolphins and identifies potentially relevant habitats to the conservation of this species in the study area. Thus, this study reinforces the need to conduct further research in this region and highlights the importance of understand the mechanisms that influence the distribution of this species on a local scale to implement effective conservation and management measures.

Tese de mestrado em Biologia e Gestão de Recursos Marinhos, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências
A zona costeira adjacente aos estuários do Tejo (ZCA Tejo) e Sado (ZCA Sado) foi objecto de um estudo que incidiu na avaliação da produtividade primária (PP) (método do C14) e sua variabilidade espacial e sazonal, assim como na investigação dos factores ambientais que a influenciam. Foram utilizados dados de dois dos transectos (um na ZCA Tejo e outro na ZCA Sado) amostrados durante um cruzeiro conduzido em Maio de 2006, e dados relativos a amostragens mensais numa estação localizada na pluma do estuário do Tejo, durante um ciclo anual (Março 2007 Abril 207). O comportamento de diversos parâmetros físicos e químicos (Temperatura, Salinidade, Irradiância, Matéria particulada em suspensão, Carbono orgânico particulado, Nutrientes dissolvidos e Oxigénio dissolvido) foram analisados, incluindo a PP e os pigmentos (clorofila a (Cla-a) e feopigmentos (Feop.)). As áreas adjacentes aos dois estuários apresentaram diferenças em termos ambientais. Na ZCA Tejo os valores de PP, Cla-a e abundância de fitoplâncton foram mais elevados (1,1 57,6 mgC/m3/h, 0,1 4,0 mg/m3 e 37,2 458,3 cél/ml, respectivamente) do que na ZCA Sado (0,6 24,7 mgC/m3/h, 0,1 3,3 mg/m3 e 13,1 349,9 cél/ml). As determinações mais elevadas de PP e Cla-a foram medidas na região mais afastada da costa em ambos os transectos. Contudo, em termos de PP integrada a ZCA Sado revelou-se mais produtiva (11 189 mgC/m2/h) do que a do Tejo (31 113 mgC/m2/h), dada a maior profundidade da zona eufótica. Durante o estudo sazonal a PP variou entre 0,2 e 63,3 mgC/m3/h à superfície e entre 0,5 e 94,3 mgC/m3/h ao nível do máximo de Cla-a, correspondendo os valores mais elevados ao período da primavera. Verificou-se que os valores máximos de PP nem sempre coincidiram com os teores mais elevados de Cla-a. Foram discutidos factores eventualmente responsáveis pela limitação do desenvolvimento da produtividade fitoplanctónica em certas regiões da área de
Spatial and seasonal variability of phytoplankton productivity (measured by C14 method) and the factors influencing primary productivity (PP) were studied using data obtained from 1) sampling undertaken in two transects (8 stations at standards depths, down to 50m) at Portuguese coastal waters adjacent to Tagus and Sado estuaries, during a cruise carried out in May 2006 and 2) sampling obtained monthly at one fixed station located in the Tagus plume (at surface and at depth of maximum chlorophyll-a) during an annual cycle (March 2006 April 2007). The variation of several parameters was examined, including surface and integrated PP, chlorophyll-a (Cla-a) and phytoplankton. Differences were detected between Tagus and Sado coastal adjacent waters. The average values of PP, Cla-a and phytoplankton abundance were higher for Tagus coastal waters region, values ranging from 1.1 to 57.6 mgC/m3/h, 0.1 to 4.0 mg/m3 and 37.2 to 458.3 cél/ml, respectively, and for Sado coastal waters region values ranged from 0.6 to 24.7 mgC/m3/h, 0.1 to 3.3 mg/m3 and 13.1 to 349.9 cél/ml. The highest values of PP and Cla-a were detected at offshore region for both study areas, although, the highest photosynthetic productivity integrated throughout the euphotic zone was estimated for Sado coastal waters (10.8 188.8 mgC/m2/h). During the seasonal study period, PP values lied in the range 0.2 63.3 mgC/m3/h at surface and 0.5 94.3 mgC/m3/h at depth of maximum Cla-a. The highest values were measured in both spring periods. Not always seasonal variability of PP followed the profiles of Cla-a, being often the photosynthesis process inhibited by the particulate suspended matter present.

Tese de mestrado, Ecologia Marinha, 2009, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências
No decurso da evolução dos opistobrânquios houve uma progressiva perda da concha que obrigou à aquisição de novas estratégias defensivas, entre as quais o recurso a defesas químicas. A maioria dessas estratégias passa pela utilização de compostos tóxicos ou dissuasores, em muitos casos obtidos através da dieta, bastante específica. O nudibrânquio Hypselodoris cantabrica retém e acumula metabolitos secundários dissuasores (furanosesquiterpenos) existentes na sua presa, a esponja Dysidea fragilis. Neste trabalho comparou-se as defesas químicas deste par predador presa de duas regiões portuguesas: Setúbal e Ria Formosa. Para tal, recolheram-se exemplares de esponjas e nudibrânquios de ambas as áreas, dos quais foram extraídos e analisados os compostos defensivos, tendo sido depois realizados testes de palatabilidade com os extractos obtidos. Nas duas espécies observou-se alguma variedade na concentração dos extractos brutos obtidos, tendo revelado os nudibrânquios uma maior concentração, que pode ser resultado de acumularem progressivamente os compostos e/ou da esponja ter emitido fluidos com compostos dissuasores quando recolhida. Verificou-se que os furanosesquiterpenos existentes nos nudibrânquios estavam também presentes nas esponjas, o que comprovou a sua origem alimentar. Concluiu-se haver diferenças regionais nos compostos maioritários identificados nos nudibrânquios e nas esponjas. Os exemplares de H. cantabrica provenientes de Setúbal apresentaram dois compostos maioritários e nos de D. fragilis, apenas um estava em maior concentração, inferindo-se assim uma retenção selectiva dos compostos pelo nudibrânquio. Os testes de palatabilidade não revelaram diferenças significativas na capacidade dissuasora, na comparação entre áreas geográficas, quer entre extractos de esponjas quer entre extractos de nudibrânquios. Nas comparações predador-presa, os testes de palatabilidade revelaram uma maior actividade dissuasora dos extractos dos nudibrânquios, conseguindo taxas de rejeição significativas a concentrações inferiores às necessárias para os extractos de esponja obterem o mesmo efeito. Assim conclui-se que o predador está quimicamente mais protegido que a sua presa, da qual obtém as defesas.
As they evolved, opistobranchs underwent progressive shell loss, which made it necessary for them to acquire new defensive strategies, such as chemical defenses. The majority of these strategies consist in using toxic or deterrent compounds, mostly obtained through their diet which is very specific. The nudibranch Hypselodoris cantabrica retains and accumulates deterrent secondary metabolites (furanosesquiterpenes) which are present in its prey, the sponge Dysidea fragilis. In this study, the chemical defenses of this predator and its prey were compared in two Portuguese regions: Setúbal and Ria Formosa. Sponge and nudibranch specimens were collected from both areas. Their defensive compounds were extracted and analyzed and then utilized in palatability tests. Some variability in the concentration of the obtained brute extracts was observed in both species. The nudibranchs revealed a larger concentration, which could be due to a progressive accumulation of the compounds and/or as a result of the sponges having expelled fluids containing deterrent compounds when collected. The furanosesquiterpenes in the nudibranchs were also found to be present in the sponges, which confirmed their dietary origin. There were regional differences between the main compounds identified in the nudibranchs and sponges. The H. cantabrica specimens from Setúbal displayed two main compounds whilst the D. fragilis specimens displayed only one, which could be indicative of a selective retention of the compounds by the nudibranchs. The palatability tests did not reveal significant differences in the deterrent capacity neither between sponge extracts nor between nudibranch extracts from different regions. In the predator-prey comparisons, the palatability tests revealed a more effective deterrent activity in the nudibranchs' extracts, having obtained significative rejection rates at lower concentrations than necessary for the sponge extracts to have the same effect. Thus, it was concluded that the predator is chemically better protected than its prey, from which it obtains its defenses.

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2012
O óxido nitroso (N2O) é um gás com efeito de estufa e um intermediário na destruição da camada de ozono estratosférico sendo, em geral, considerável a contribuição das regiões estuarinas e costeiras, e em particular de afloramento, para o fluxo global de N2O dos oceanos. Nos estuários e zonas costeiras portuguesas a identificação das fontes deste biogás e a quantificação dos seus fluxos é escassa. Com o objetivo de avaliar a contribuição dos estuários do Tejo, Sado, Minho e Lima, assim como da zona de afloramento costeiro adjacente ao estuário Sado para a emissão global de N2O, foram efetuadas determinações da sua variabilidade e fluxos em 2006 e 2007. Os níveis médios mais elevados foram medidos no estuário do Lima (13,7 nmol L-1) e Minho (11,3 nmol L-1) enquanto no Tejo e Sado não ultrapassaram 10,9 nmol L-1 e 8,0 nmol L-1, respetivamente. No estuário do Tejo as taxas de nitrificação pelágica determinadas oscilaram entre 12,8 e 52,3 nmol N L-1 h-1, sendo 99% da sua variação explicada por seis variáveis ambientais (temperatura, salinidade, pH, NH4 +, C/N e DOC). Os estuários estudados funcionaram, predominantemente, como fonte de N2O para a atmosfera, tendo os valores de emissão variado entre 0,3 Mg N-N2O ano-1 no Lima, e 16,0 Mg N-N2O ano-1 no Tejo, valores estes comparáveis aos observados em estuários europeus pouco eutrofizados. Em presença de afloramento costeiro, as concentrações mais elevadas de N2O na coluna de água ocorreram durante afloramento menos intenso (12-13 nmol L-1) e os níveis mais baixos (10-11 nmol L-1) durante afloramento mais intenso, simultaneamente com os fluxos mais elevados para a atmosfera. No contexto das zonas de afloramento costeiro mundial, o valor estimado de emissão de N2O da zona de afloramento da costa portuguesa (0,102 Gg N ano-1) representa uma contribuição reduzida.
Nitrous oxide (N2O) is a greenhouse gas and an intermediate in the destruction of the stratospheric ozone layer. The contribution of estuarine and coastal areas, particularly upwelling zones, to global oceanic N2O emissions is, in general, considerable. The identification of N2O sources and quantification of the respective fluxes regarding Portuguese estuaries and coastal zones are scarce. In order to evaluate the contribution of the estuaries Tagus, Sado, Minho and Lima, as well as the upwelling Sado coastal area to the N2O global emission, its variability and fluxes have been determined in 2006 and 2007. The highest mean levels of N2O were measured in Lima (13.7 nmol L-1) and Minho (11.3 nmol L-1) estuaries while in Tagus and Sado concentrations did not surpass 10.9 nmol L-1 and 8.0 nmol L-1, respectively.In Tagus estuary, rates of pelagic nitrification were determined lying between 12.8 and 52.3 nmol N L-1 h-1, being 99% of the nitrification variation explained by six environmental variables (temperature, salinity, pH, NH4 +, C/N and DOC). The studied estuaries behaved, predominantly, as N2O atmospheric sources and the emission values varied between 0.3 Mg N yr- 1 in Lima and 16.0 Mg N yr-1 in Tagus, which compare to those observed in european estuaries not much eutrophicated. Under coastal upwelling conditions, the highest N2O levels in the water column were measured during weak upwelling (12-13 nmol L-1), and the lowest values (10-11 nmol L-1) during intense upwelling simultaneously with the highest fluxes to the atmosphere. Regarding the global coastal upwelling contribution to the N2O emission, the value estimated from the Portuguese coastal upwelling zone (0.102 Gg N yr-1) represents a minor contribution.
Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT, SFRH/BD/28569/2006)