Academic literature on the topic 'Exoma'
Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles
Consult the lists of relevant articles, books, theses, conference reports, and other scholarly sources on the topic 'Exoma.'
Next to every source in the list of references, there is an 'Add to bibliography' button. Press on it, and we will generate automatically the bibliographic reference to the chosen work in the citation style you need: APA, MLA, Harvard, Chicago, Vancouver, etc.
You can also download the full text of the academic publication as pdf and read online its abstract whenever available in the metadata.
Journal articles on the topic "Exoma"
1
Tonelli, Fernanda M. P., and Rodrigo R. Resende. "O OUTUBRO ROSA E O SEQUENCIAMENTO COMPLETO DE EXOMA." Nanocell News 2, no. 2 (2014): n/a. http://dx.doi.org/10.15729/nanocellnews.2014.10.19.002.
Full text
2
Pérez-Niño, Jaime José, Gisela Barros-García, María Fernanda Garcés, Jorge Eduardo Caminos, María Brion, and Eduardo Humberto Beltrán-Dussán. "Estudio molecular del síndrome de plaqueta pegajosa mediante secuenciación de exoma." Revista de la Facultad de Medicina 69, no. 3 (2021): e76806. http://dx.doi.org/10.15446/revfacmed.v69n3.76806.
Full textAbstract:
Introducción. El síndrome de plaqueta pegajosa (SPP) es una condición protrombótica caracterizada por incremento de agregabilidad plaquetaria que causa trombosis arterial y venosa. Su diagnóstico se realiza al identificar el aumento de la agregabilidad utilizando bajas concentraciones de ADP y epinefrina en pruebas de agregación plaquetaria. Objetivo. Identificar mutaciones comunes mediante secuenciación de exoma en dos pacientes de la misma familia con diagnóstico de SPP y, de esta forma, contribuir al estudio molecular de esta enfermedad. Materiales y métodos. Estudio descriptivo. En enero de 2018, se realizó secuenciación de exoma en un paciente de 10 años atendido en la Fundación HOMI (Bogotá, Colombia), caso índice, y en uno de sus familiares adultos en primer grado, ambos con antecedente de enfermedad trombótica y diagnosticados con SPP. La secuenciación de exoma se realizó en el Complexo Hospitalario Universitario de Santiago de Compostela (España) con el programa SureSelect Clinical Research Exome V2 de Agilent. Resultados. En la secuenciación de exoma se detectaron variantes genéticas en ambos casos en comparación con la secuencia de referencia. En ambas muestras se identificó una variante consistente en una transición de Citosina a Timina en la posición c.236 (NM_000174.4) del receptor de membrana plaquetaria complejo Glicoproteína Ib-IX-V, que provoca un cambio de carácter heterocigótico del aminoácido treonina a isoleucina (i.e. un aminoácido hidrofilico por uno hidrofóbico)en la posición p. 79 de la glucoproteína IX plaquetaria, en su dominio extracelular repetitivo rico en leucina, lo que supone un cambio conformacional del receptor principal de ligandos Ib alfa, que resultó en hiperagregación plaquetaria y trombosis. Esta variante no ha sido descrita previamente en pacientes con SPP. Conclusión. La mutación identificada en ambas muestras podría estar relacionada con el SPP considerando la importancia de la glicoproteína IX en las funciones plaquetarias.
3
Martos Moreno, G. Á., B. Rodríguez-Santiago, L. González Gutiérrez-Solana, L. A. Pérez-Jurado, and J. Argente. "Síndrome de Bardet-Biedl: Aplicación diagnóstica de la secuenciación del exoma." Anales de Pediatría 80, no. 3 (2014): e100-e101. http://dx.doi.org/10.1016/j.anpedi.2013.09.005.
Full text
4
Redal, Dra María Ana, Dra Ariana González, Dr Gabriel Marsango, Dra Maria Florencia Trevisani, and Dra Maria Angélica Moussalli. "Implicancias Farmacogenómicas del Estudio de Exoma en Oftalmogenética. Reporte de Caso." Highlights of Ophthalmology 49, no. 1ESP (2021): 4–9. http://dx.doi.org/10.5005/hos-10101-49101.
Full text
5
Yamamoto, Pedro Kenzo, Nicássia Sousa Oliveira, Geissiane de Moraes Marcondes, et al. "Caracterização de uma nova mutação com perda de função do gene Kmt2d em camundongos." Revista de Educação Continuada em Medicina Veterinária e Zootecnia do CRMV-SP 16, no. 1 (2018): 8–14. http://dx.doi.org/10.36440/recmvz.v16i1.37709.
Full textAbstract:
O camundongo mutante recessivo bate-palmas (bapa) originou-se de mutagênese química induzida por ENU (N-ethyl-N-nitrosourea) e apresenta alterações posturais com movimentos anormais dos membros posteriores quando levantado pela cauda. No sequenciamento do exoma identificou-se uma mutação no gene Kmt2d, localizado no cromossomo 15, que foi confirmada pelo sequenciamento do DNA pelo método de Sanger. A perda da função do gene KMT2D localizada no cromossomo 12 em humanos foi descrita como responsável pela síndrome de Kabuki, que é uma anomalia congênita rara, autossômica dominante. O fenótipo clínico da doença é variável, mas algumas características mais comuns são face dismórfica, anormalidades esqueléticas, alterações nas impressões digitais, leve a moderado retardo mental e retardo do crescimento pós-natal. O presente trabalho teve como objetivo a análise do comportamento e da morfologia craniofacial dos camundongos bapa comparando com modelos de mutação do gene Kmt2d descritos na literatura.
6
Melo, Débora Gusmão, Rui Fernando Pilotto, Stephania Araújo Rodrigues, Lucimar Retto da Silva De Avó, and Carla Maria Ramos Germano. "Investigação etiológica nas situações de deficiência intelectual ou atraso global do desenvolvimento." Saúde e Desenvolvimento Humano 6, no. 3 (2018): 73. http://dx.doi.org/10.18316/sdh.v6i3.4217.
Full textAbstract:
Objetivos: Examinar estudos sobre diagnóstico etiológico nas situações de deficiência intelectual ou atraso global do desenvolvimento, racionalizando o processo de investigação causal em um fluxograma aplicável na prática clínica. Método: Revisão não sistemática da literatura nas bases de dados PubMed e SciELO, sem restrições de tempo ou idioma, com seleção de artigos relevantes, análise crítica e síntese dos resultados. Resultados: Causas ambientais de deficiência devem ser consideradas na história clínica, identificando-se fatores de risco pré, peri e pós-natais. A história familiar e os exames físico, dismorfológico e neurológico podem sugerir a etiologia e orientar a investigação. Para investigar causas genéticas, a análise cromossômica por microarray é indicada como teste de primeira linha, associada à pesquisa de erros inatos do metabolismo e à testagem para síndrome do X-frágil. Exames de neuroimagem são importantes em pacientes selecionados, assim como a investigação de outros genes localizados no cromossomo X. Há uma discussão emergente sobre o papel do sequenciamento completo do exoma nessa investigação. Conclusões: A frequência de definição etiológica tem aumentado com a incorporação de novas tecnologias genéticas na investigação da deficiência intelectual. Afora a investigação etiológica, a abordagem clínica deve considerar diferentes demandas e permitir a construção de um plano terapêutico individualizado.
7
Garzón Venegas, Eliana del Pliar, Cladelis Rubio Gómez, Suleima Carpeta Sánchez, et al. "Autopsia molecular en muerte súbita cardiaca neonatal mediante secuenciación de siguiente generación (NGS): presentación de un caso." Revista Repertorio de Medicina y Cirugía 27, no. 1 (2018): 39–43. http://dx.doi.org/10.31260/repertmedcir.v27.n1.2018.131.
Full textAbstract:
Presentamos un caso de muerte súbita de una lactante de tres meses de edad. La autopsia reveló una miocardiopatía hipertrófica y la muestra de sangre del cordón umbilical almacenada fue utilizada para análisis molecular. Mediante la secuenciación de siguiente generación (NGS) de 4813 genes (exoma clínico), se identificó una variante patogénica en el gen ELAC2, (c.210_222 del p.Gly71ThrfsTer26) en estado heterocigoto y otra variante probablemente patogénica en el mismo gen (c.1177C>T p.His393Tyr) en estado heterocigoto, asociadas con miocardiopatía hipertrófica. Adicionalmente, se identificó una variante patogénica en el exón 358 del gen TTN, (c.104515C>T, het p.Arg34839X) y una VUS (variante de significado incierto) en el gen MYPN (c.2428C>T, p.Arg810Cys), la cual podría tener un efecto aditivo en el fenotipo de la paciente. Así mismo se observa un polimorfismo de riesgo en el exón 16 en el gen LRP8, asociado con enfermedad coronaria (CAD) e infarto de miocardio prematuros (MI) (NM_017522: c.2066G>A, het, p.R689Q). La cardiopatía hereditaria es una causa probable de muerte súbita cardiaca, el análisis molecular por NGS puede ayudar a realizar un diagnóstico precoz para predecir a edad temprana pacientes con riesgo potencial de muerte súbita cardiaca así como un asesoramiento genético dirigido.
8
Filho, Elísio Roberto de Oliveira. "Miopatia Proximal, uma variante patogênica no Éxon 12 do Gene FLNC." Revista Eletrônica Acervo Científico 31 (July 20, 2021): e8281. http://dx.doi.org/10.25248/reac.e8281.2021.
Full textAbstract:
Objetivo: Relatar uma variante patogênica de miopatia proximal. Detalhamento do caso: Trata-se de paciente do sexo masculino de 39 anos, com histórico pregresso de fraqueza muscular. Em 2017, apresentou dor de forte intensidade no ombro direito com diminuição progressiva da força muscular na parte proximal do membro superior direito, antes não presenciada. O exame físico, evidenciou fraqueza muscular grau de força 4/5 e, no membro superior direito, grau de força muscular 3/4. Notou-se atrofia no músculo deltoide e infraespinhoso à direita. Exames complementares apresentaram uma dosagem de creatinofosfoquinase (CPK) e creatina quinase massa (CKMB) elevadas: 538ng/ml e 7,13ng/ml respectivamente. A eletroneuromiografia registrou potenciais polifásicos nos músculos bíceps direito e infraespinhoso à direita, demais sem alterações. O painel gênico para miopatia evidenciou uma variante patogênica no éxon 12 do gene filamin C (FLNC), não identificada no banco de dados do exoma. Dessa forma estamos diante de uma nova miopatia proximal, antes não relatada. Considerações finais: As mutações heterozigotas do gene FLNC, é a causa da Miopatia Distal tipo 4 e, da Miopatia Miofibrilar Tipo 5, porém o caso descrito, mostrou um padrão diferente de envolvimento muscular diferente da miopatia distal do tipo 4 bem como da Miopatia Miofibrilar.
9
Urioste, Miguel, and Javier Benítez. "Cuando el cáncer es una enfermedad rara." Arbor 194, no. 789 (2018): 464. http://dx.doi.org/10.3989/arbor.2018.789n3006.
Full textAbstract:
Heredar una alteración en un gen de susceptibilidad al cáncer supone vivir con una probabilidad alta de desarrollar la enfermedad, con frecuencia más de una vez, y por lo general a una edad temprana. Y también convivir con otros familiares, padres, hijos, o hermanos, que pasan por idénticas circunstancias. Existen 200 entidades clínicas diferentes en las que se hereda la susceptibilidad al cáncer y todas ellas tienen un enorme impacto personal y familiar. Aunque en su mayoría son poco frecuentes, en su conjunto representan una parte sustancial, en torno al 5%, del conjunto de cánceres, por lo que también su impacto poblacional resulta importante. La identificación de estas personas o familias y su derivación a unidades especializadas para que reciban un adecuado asesoramiento genético y posterior seguimiento clínico contribuye a aliviar a las familias, a la vez que evita costes sanitarios innecesarios restringiendo las medidas de seguimiento solo a aquellos que las necesitan. En este proceso el conocimiento de los genes responsables y el estudio genético de las familias en riesgo es un paso de importancia crucial. Las nuevas técnicas de secuenciación masiva del exoma han facilitado la búsqueda de nuevos genes responsables del cáncer familiar y de síndromes de susceptibilidad al cáncer que a corto plazo proporcionarán un espectro más correcto y completo de los mismos y a medio plazo permitirán una aplicación masiva en la práctica clínica.
10
Acosta-Aragón, María Amparo, Stephany Arias-Linthon, and Juan Camilo Tobar-Solarte. "Síndrome CHARGE: reporte de caso." Medicina y Laboratorio 25, no. 1 (2020): 441–47. http://dx.doi.org/10.36384/01232576.356.
Full textAbstract:
El síndrome CHARGE es un trastorno genético raro que generalmente se diagnostica durante el período prenatal o neonatal, con la identificación de numerosas anomalías dismórficas y congénitas, como coloboma, defectos cardiacos, atresia de coanas, retraso del crecimiento, hipogonadismo y defectos auditivos, con una incidencia de 1 por cada 12.000 a 15.000 nacidos vivos. Presenta un patrón de herencia autosómico dominante, y entre el 60% y el 70% de los casos se deben a mutaciones que alteran la secuencia del gen CHD7 en el cromosoma 8, las cuales en su mayoría (>90%) son mutaciones de novo. Se describe el caso de una paciente de 6 años con sospecha de síndrome de malformaciones múltiples, que presentó al examen físico talla baja, pabellones de baja implantación, frente amplia, antecedentes de atresia esofágica, hipoacusia neurosensorial, coloboma y riñón en herradura, los cuales son criterios mayores y menores para el diagnóstico clínico de la entidad. Posteriormente, se realizó secuenciación del exoma completo, detectándose alteración del gen CHD7, que confirmó el diagnóstico de síndrome CHARGE. Se debe tener presente que, aun-que la prueba molecular confirma el diagnóstico, un gran porcentaje de los pacientes con diagnóstico clínico de síndrome CHARGE no presentan alteraciones en la secuencia de este gen; por lo tanto, el diagnóstico clínico, basado en las alteraciones fenotípicas, continúa demostrando su relevancia.
Dissertations / Theses on the topic "Exoma"
1
Borges, Murilo Guimarães 1989. "Aplicação de protocolos e métodos em bioinformática para análise de sequenciamento de exomas humanos = Application of bioinformatics protocols and methods for human exome sequencing analysis." [s.n.], 2015. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312725.
Full textAbstract:
Orientador: Iscia Teresinha Lopes CendesDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Made available in DSpace on 2018-08-27T18:55:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges_MuriloGuimaraes_M.pdf: 8164302 bytes, checksum: cc367cbf534276995150e7db644f6e94 (MD5) Previous issue date: 2015
Resumo: Os avanços técnicos em sequenciamento alcançados em menos de uma década, atrelados ao desenvolvimento e barateamento do sequenciamento de alto desempenho, oferecem-nos a possibilidade de aplicação dessas tecnologias na medicina genômica. Nesse contexto, surge o sequenciamento do exoma humano, constituído das regiões codificantes do genoma, menor que 2% de sua totalidade. O sequenciamento do exoma (WES) se estabelece hoje como uma ferramenta custo-efetiva com a finalidade de identificar variantes de sequência relacionadas a várias doenças humanas. A análise através da bioinformática é essencial para lidar com o alto volume de dados gerados e realizar a ligação entre o experimento biológico e os dados obtidos. Objetivo: Aplicar e avaliar protocolos e aplicações disponíveis na análise dos dados gerados pelo sequenciamento de exomas humanos, bem como aplicar e aperfeiçoar protocolos e aplicações disponíveis para predizer variantes como potencialmente patológicas a partir de dados gerados pelo sequenciamento de exomas humanos. Materiais e métodos: Foram utilizadas as seguintes ferramentas: FastQC, Rqc, BWA, Picard, GATK e VEP. Estas foram então aplicadas às sequências do exoma humano possibilitando a identificação de variações nos perfis de qualidade das sequências, realinhamento local ao redor de inserções e deleções, recalibração da qualidade e posterior chamada das variantes potencialmente envolvidas nos fenótipos em estudo. No intuito de avaliar se a cobertura no exoma sofre variações mediante diferenças técnicas e étnicas, selecionamos amostras do Projeto 1000 Genomas. Resultados: A aplicação de nosso protocolo em 27 amostras WES resultou em gráficos de controle de qualidade pré e pós-alinhamento, que nos permitiram avaliar de modo global os perfis de qualidade destas sequências; realinhamento ao redor de inserções e deleções que ocorreu em mais de 15% da definição do exoma, realinhando mais de 79% das sequências; recalibração da qualidade que nos permitiu minimizar sua variação por ciclo da reação. Das sequências empregadas, 72% foram pareadas ao genoma, contudo 46% se estendem para fora da definição do exoma, com uma cobertura média de 59x para o exoma estendido e 66x para o exoma restrito. Temos que a cobertura para WES possui uma tendência a variar de acordo com a metodologia de captura empregada e ao grupo étnico de onde as amostras foram obtidas. Conclusão: A aplicação de um workflow para interrogação de variantes que considera a qualidade das sequências fornecidas pelo sequenciador, o alinhamento contra o genoma, realinhamento ao redor de regiões sabidamente conhecidas como portadoras de variações, recalibração da qualidade e anotação permitiu identificar variantes de sequência. Além disso, através da cobertura obtida pelo sequenciamento do exoma foi possível perceber diferenças técnicas e populacionais, refletindo que a complexidade do genoma pode interferir na reação de captura das sequências, influenciando na efetividade da técnica empregada
Abstract: The technical advances in sequencing made in less than a decade associated with the development and low costs of high throughput sequencing techniques allow their application in genomic medicine. Therefore, Whole Exome Sequencing (WES), which corresponds to less than 2% of the entire genome, emerges as a cost-effective tool that aims to identify variants related to human diseases. Bioinformatics is fundamental to process the big volume of data and link the obtained results with the biology. Objective: We aim to apply and evaluate protocols and applications designed for WES data analysis on human subjects. We also intend to apply and enhance protocols and applications designed to predict variants as potentially pathological from WES data. Materials and Methods: We used the following tools: FastQC, Rqc, BWA, Picard, GATK e VEP. We applied them to exome data, determining variation in quality profiles, local realignment, quality recalibration and variant calls. We also evaluated whether or not technical and population differences affect the depth profiles of samples from the 1000 Genomes Project. Results: We applied our protocol on 27 samples, resulting in pre and post-alignment quality control charts. Local realignment took place at more than 15% of the exome definition, extending to more than 79% of sequences. Quality recalibration minimized per cycle variation. In total, 72% of the sequences were paired against the genome, nevertheless 46% extended off-target. The mean coverage was 59X for the exome. We also detected that depth tends to vary based on technical and population differences between samples. Conclusion: We applied a variant-calling workflow that accounts for sequence quality, the alignment against the genome, local realignment, quality recalibration and annotation. In addition, we concluded that depth depends on technical and population differences, showing that genomic complexity may interfere with the capturing phase, affecting downstream analyses
Mestrado
Fisiopatologia Médica
Mestre em Ciências
2
Lima, Yasmin Soares de. "Painel de exoma direcionado como diagnóstico molecular para pacientes com deficiência auditiva sindrômica." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2017. http://repositorio.unb.br/handle/10482/24878.
Full textAbstract:
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017.Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-13T17:50:42Z No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5)
Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5)
Made available in DSpace on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) Previous issue date: 2017-10-25
A deficiência auditiva é o distúrbio sensorial mais comum no mundo. No Brasil, cerca de 5% da população apresenta algum tipo de deficiência auditiva e 1,12% declaram não ouvir som algum. Aproximadamente 50-60% dos casos de deficiência auditiva no mundo possuem uma etiologia genética. Destes, 30% são sindrômicos, sendo que mais de 100 genes j á foram associados com a deficiência auditiva não sindrômica. Painéis baseados em sequenciamento de nova geração vêm sendo comumente utilizados na busca da etiologia genética da deficiência auditiva não sindrômica e outras doenças genéticas, demonstrando-se ser uma eficaz ferramenta. Nesse trabalho, propusemos um painel Ion Ampliseq™ customizado especialmente para a deficiência auditiva sindrômica contendo 51 genes associados às síndromes mais comuns somado ao gene GJB2, principal causa de deficiência auditiva não sindrômica. Pacientes com e sem diagnóstico clínico foram selecionados. Dos 26 pacientes sequenciados com êxito, foram encontradas mutações potencialmente causativas em nove deles, todos com diagnóstico clínico prévio, enquanto foi possível realizar o diagnóstico molecular em seis, obtendo-se uma taxa diagnóstica de 23%. Foram identificadas cinco mutações sem sentido, duas de sentido trocado e duas frameshift. O painel demonstrou maior efetividade em realizar o diagnóstico molecular em pacientes com diagnóstico clínico em comparação aos pacientes sem diagnóstico clínico, com exceção a Síndrome Óculo-Aurículo-Vertebral, em que não foram encontradas mutações potencialmente causativas nos genes propostos incluídos no painel. Em conclusão, o painel demonstrou efetividade na realização do diagnóstico molecular especialmente para aqueles com diagnóstico clínico. A grande heterogeneidade genética, o envolvimento de genes ainda não identificados, e consequentemente, não incluídos no painel, além da não cobertura de regiões intrônicas e/ou reguladoras podem estar envolvidas na não identificação de variantes que pudessem determinar o quadro dos demais pacientes. Ainda, foi proposto de um fluxograma de abordagem diagnóstica baseado nos resultados observados neste trabalho.
Hearing impairment is the most common sensory disorder in the world. In Brazil, about 5% of the population has some type of hearing loss and 1.12% declares not hearing any sound. Approximately 50-60% of the world's hearing loss cases have a genetic etiology. 30% of these cases are syndromic, and more than 100 genes have been associated with non-syndromic hearing loss. Panels based on next generation sequencing have been commonly used in the search for the genetic etiology of non-syndromic hearing loss and other genetic disorders, proving to be an effective tool. In this work, we proposed a specially designed Ion Ampliseq ™ panel for syndromic hearing loss containing 51 genes associated with the most common syndromes plus the GJB2 gene, the main cause of non-syndromic hearing loss. Patients with and without clinical diagnosis were selected. From the 26 successfully sequenced patients, potentially causative mutations were found in nine of them, all with a previous clinical diagnosis, while it was possible to perform the molecular diagnosis in six of them, obtaining a diagnostic rate of 23%. We identified five nonsenses mutations, two missenses and two frameshift. The panel demonstrated greater effectiveness in performing the molecular diagnosis in patients with clinical diagnosis compared to patients without clinical diagnosis, except for Oculo-Auriculo- Vertebral Syndrome, in which no potentially causative mutations were found in the proposed genes included in the panel. In conclusion, the panel demonstrated effectiveness in performing the molecular diagnosis especially for those with clinical diagnosis. The large genetic heterogeneity, the involvement of unidentified genes, and consequently, not included in the panel, besides the non-coverage of intronic and / or regulatory regions may be involved in the non-identification of variants that could diagnosticate the other patients. In addition, a flowchart of a diagnostic approach was proposed, based on the results observed in this study.
3
Carneiro, Thaise Nayane Ribeiro. "Identificação da etiologia da deficiência intelectual esporádica por sequenciamento de exomas de afetados e seus pais." Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-28032017-153312/.
Full textAbstract:
Deficiência intelectual (DI), associada ou não a outras alterações congênitas, é a razão mais frequente de procura por aconselhamento genético pelas famílias. Até alguns anos atrás, a realização de cariótipo, triagem para doenças metabólicas e fra(x) elucidavam apenas ∼40% dos casos de pacientes com DI idiopática. Com o surgimento de arrays genômicos, as causas moleculares por trás de outros ∼20% dos quadros de DI foram elucidadas; porém, mesmo com esse avanço, muitos pacientes ainda permanecem sem causa molecular clara que justifique o fenótipo. O sequenciamento do exoma (WES) é hoje um dos recursos disponíveis para o diagnóstico e possível elucidação das causas genéticas por trás da deficiência intelectual idiopática, abrindo caminho também à identificação de novos genes. O presente trabalho realizou o sequenciamento de exoma de 8 probandos que tinham em comum a deficiência intelectual esporádica, acompanhada ou não de outros sinais clínicos, e de seus genitores não afetados (trios). Esses pacientes foram previamente triados para a síndrome do X frágil, e submetidos a exame de array CGH para investigação de perdas e ganhos de segmentos cromossômicos, ambos com resultados negativos. O objetivo desse estudo foi detectar alterações e possivelmente novos genes associados com a DI, usando pipelines de padrões de herança mendeliano. Treze alterações em 9 genes foram detectadas por sequenciamento de exoma e confirmadas por sequenciamento Sanger: 8 mutações bialélicas em genes recessivos (TBC1D24, ADAMTSL2, NALCN, VPS13B), uma ligada ao X (MID1), e 4 alterações de novo (RYR2, GABBR2, CDK13, DDX3X); 5 dessas alterações ainda não haviam sido descritas nos bancos de dados consultados, caracterizando mutações novas. Dos 8 trios, em 5 identificamos alterações moleculares provavelmente responsáveis pelos quadros apresentados; dois desses casos foram em genes recessivos (mutações homozigotas ou em heterozigose composta) e potencialmente teriam sido detectados mesmo se apenas os probandos houvessem sido sequenciados. Para as alterações em heterozigose, porém, a avaliação dos genitores e constatação de status de novo da mutação foram importantes para avaliar o impacto da variante. Esse trabalho resultou em uma taxa de diagnóstico de 62,5%; mesmo considerando o pequeno tamanho da amostra, esse valor está bem acima dos 15-30% relatados na literatura quando essa metodologia é utilizada para o estudo de casos esporádicos de DI. Em dois casos, mutações foram identificadas em genes que só foram descritos como mutados recentemente e que ainda não são considerados genes de deficiência intelectual no OMIM: o gene CDK13 foi descrito como mutado em pacientes de uma única coorte com malformação cardíaca congênita (sindrômica ou não), porém sua contribuição para coortes de DI ainda não foi investigada. O gene GABBR2, identificado mutado em heterozigose em um dos nossos pacientes, já havia sido considerado um candidato potencial para DI, mas apenas 2 trabalhos detectaram mutações nesse gene entre pacientes com DI e epilepsia. Os resultados aqui apresentados substanciam o papel desses genes como implicados na DI sindrômica de herança autossômica dominante, e devem contribuir para serem considerados genes OMIM de deficiência intelectualIntellectual disability (ID), associated or not with other congenital abnormalities, is the most frequent reason for families to seek genetic counseling. Until some years ago, karyotyping, metabolic disease and FRAXA screening elucidated only ∼40% of patients with idiopathic ID. Importantly, with the introduction of genomic arrays, the molecular cause behind a further ∼20% of ID cases was determined; however, despite this improvement, many patients are still not provided with a clear molecular explanation and cause for their phenotype. Nowadays, whole exome sequencing (WES) is one of the methods available for diagnosis and a further means of possible elucidation of the genetic causes of idiopathic intellectual disability; in many cases this method also allows identification of genes that have not been previously related to ID. In the present project, we sequenced the exome (WES) of 8 sporadic patients that all had ID, with or without other clinical signs, and their unaffected parents (trios); these patients had been previously screened for fragile X syndrome and for losses and gains of chromosomal segments by array CGH, both with negative results. The objective of this study was to detect mutations and possibly new genes associated with ID, using pipelines for Mendelian inheritance patterns. Thirteen mutations in 9candidate genes were detected by exome sequencing and confirmed by Sanger sequencing, among them 8 biallelic mutations in autossomal recessive genes (TBC1D24, ADAMTSL2, NALCN, VPS13B), one mutation in an X-linked gene (MID1), and 4 de novo alterations (RYR2, GABBR2, CDK13, DDX3X); 5 of these mutations had not been described in the databases consulted characterizing new variants. Of the 8 trios, we obtained a probable diagnosis of the molecular alteration responsible for the presented phenotypes in 5. Two of these cases were in recessive genes (homozygous mutations or compound heterozygous), and the mutations would probably have been detected even if only the probands had been sequenced. However, for the heterozygous mutations, the assessment of the parents and the confirmation of the de novo status of the mutation was important to evaluate the impact of the variant. This work resulted in a diagnosis rate of 62.5%; even considering the small sample size, this value is well above the average of 15-30% reported in the literature when the methodology used for the study of ID sporadic cases is considered. In two cases, mutations were detected in genes only recently described as mutated and which are not considered yet as OMIM ID genes. The CDK13 gene had already been described as mutated in a single cohort of patients with syndromic congenital heart defects, but its contribution to ID cohorts has not been established. The GABBR2 gene, where a heterozygous mutation was identified in the patient, had already been considered a potential candidate for ID; there are only 2 studies that detected mutations in this gene among patients with ID and epilepsy. This contribution may pave the way to establishing GABBR2 and CDK13 as causations of ID and acceptance by OMIM
4
Carreño, Gago Lidia. "Configuración de una estrategia para la identificación genético-molecular de pacientes con enfermedad mitocondrial." Doctoral thesis, Universitat Autònoma de Barcelona, 2017. http://hdl.handle.net/10803/458673.
Full textAbstract:
Las enfermedades mitocondriales son un grupo de trastornos hereditarios de metabolismo caracterizados por la alteración de la función mitocondrial, que en la mayor parte de los casos derivan en una disfunción en el sistema de fosforilación oxidativa. Este grupo de enfermedades es muy heterogéneo tanto clínica como genéticamente, debido a su implicación multiorgánica y a su origen genético dual. Debido a que por lo general no hay correlación entre fenotipo y genotipo en los pacientes con sospecha de enfermedad mitocondrial, en la mayor parte de los casos es difícil realizar un diagnóstico molecular definitivo. La integración de las técnicas de secuenciación masiva en este diagnóstico permite mejorar su eficacia, así como asociar nuevos fenotipos a genes ya descritos como implicados en estas enfermedades o incluso asociar nuevos genes a fenotipos clínicos.
Durante el desarrollo de este trabajo, se ha integrado la secuenciación masiva en el diagnóstico de pacientes con fenotipo clínico de enfermedad mitocondrial. En primer lugar, se ha puesto a punto la secuenciación del ADNmt completo, así como se ha diseñado y validado un panel de genes a la carta incluyendo aquellos genes implicados en el mantenimiento del ADNmt, para su posterior uso en el diagnóstico; además, junto a dos aproximaciones, se ha aplicado el exoma clínico y el exoma completo a este diagnóstico. Finalmente, se han caracterizado variantes potencialmente patogénicas no descritas anteriormente, y se han estudiado posibles variables modificadoras del fenotipo en pacientes con sordera neurosensorial no sindrómica portadores de la variante homoplasmica m.1555A>G.
Se ha obtenido un alto rendimiento diagnostico incluyendo diferentes técnicas de secuenciación masiva en la rutina diagnóstica de pacientes con enfermedad mitocondrial, sobretodo en pacientes bien caracterizados clínicamente. La secuenciación del ADNmt ha permitido la detección de variantes patogénicas en muy bajo porcentaje de heteroplasmia, así como el diagnóstico de pacientes con variantes no asociadas comúnmente a sus fenotipos. La aplicación del panel de genes a la carta ha permitido realizar el diagnóstico genético de pacientes con deleciones múltiples en el ADNmt. Con la aplicación del exoma clínico y el exoma completo, hemos identificado variantes potencialmente patogénicas asociadas a pacientes con síndrome de Leigh y defectos en la actividad enzimática de los complejos OXPHOS; además, una de las variantes se ha encontrado en un gen donde no se han asociado mutaciones previamente a un fenotipo clínico, abriendo nuevas líneas de investigación. Además, se ha podido caracterizar la patogenicidad de las variantes patogénicas estudiadas, asociándolas a los fenotipos clínicos de los pacientes.The mitochondrial disorders (MD) are a group of inherited metabolic diseases characterized by an alteration in the correct function of the mitochondria, mainly due to deficiencies of the oxidative phosphorylation system. These diseases are genetically and clinical heterogenic, due to their dual genetic origin (they can be caused due to mutations in the nuclear and in the mitochondrial genome) and their great phenotypic variability (the disease can affect only one organ or it can be multisystemic). Many times this group of disorders lacks of a genotype-phenotype correlation, since the same mutation can generate different phenotypes, and one specific phenotype can be caused by mutations in different genes, and this fact hampers the genetic diagnose of these disorders. The hypothesis of this thesis proposes that the use of the next generation sequencing (NGS) technologies in the genetic diagnostic of the MD will improve its performance. The use of the NGS in the diagnostic of these diseases will allow the detection of new point mutations in genes already described. Furthermore, the diagnostic through NGS also will allow to associate genes related with a specific MD to new phenotypes, or even to discover new genes causing MD, thus expanding the genetic and phenotypic spectrum of MD and improving the performance of the genetic diagnostic. In the present work we have integrated massive sequencing analysis of mitochondrial and nuclear genes to the diagnostic of patients with MD. We have set up and validated the complete mitochondrial DNA (mtDNA) sequencing that has enabled us to detect low levels of mtDNA heteroplasmy. Furthermore, the covering homogeneity of the complete mtDNA molecule has been optimized. This methodology has allowed us to precisely determine the concrete deleted sequences in single mtDNA deletions. Additionally, we have designed à la carte and validated a panel of genes directly related to mtDNA maintenance for diagnostic purposes. In patients with MD the clinic (n=8) and complete (n=9) exomes have been studied and analyzed. In this regard, new potentially mutagenic variants in both nuclear and mitochondrial DNA genes have been completely characterized, as well as potential phenotypic modulator variants in Non-Syndromic Sensoryneural Hearing Loss patients carrying the homoplasmic m.1555A>G mutation in the MTRNR1 gene. The application of the massive sequencing analysis technique in the diagnosis of these MD has represented an increase in the diagnosis efficiency, specially in those patients that had been well characterized clinically. MtDNA sequencing has allowed the detection in peripheric blood samples of pathogenic variants with a very low degree of heteroplasmy that were not previously detected by the classic Sanger sequencing, reducing the necessity of performing a muscle biopsy. In the complete mtDNA sequencing study, we have detected pathogenic variants that had not been previously associated to the phenotype of the patients. Additionally, the application of the genes panel related with mtDNA maintenance has proven to be very efficient, specially in those patients with multiple mtDNA deletions, being the POLG and TK2 the most representative in those patients. The clinic exome study in patients with Leigh syndrome has allowed us to genetically diagnose 2 out of 6 patients studied. Finally, in two patients with multi-enzymatic deficit of the oxidative phosphorylation system, we have found new potentially pathogenic variants, one in a gene previously associated with the YARS2 clinical phenotype, while the other in a mitochondrial gene previously not associated to any MD.
5
Cunha, Thalita Cristina Figueiredo. "Investigação genética de casos de deficiência intelectual em populações consanguíneas do sertão paraibano." Universidade Federal da Paraíba, 2015. http://tede.biblioteca.ufpb.br:8080/handle/tede/9816.
Full textAbstract:
Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-04-23T22:50:06Z
No. of bitstreams: 1
Arquivototal.pdf: 7015058 bytes, checksum: 0d8c1dd0bc2f42ab36a2d917f1dc6a05 (MD5)Made available in DSpace on 2018-04-23T22:50:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 7015058 bytes, checksum: 0d8c1dd0bc2f42ab36a2d917f1dc6a05 (MD5) Previous issue date: 2015-07-06
A part of the populations in Northeastern Brazil are relatively isolated geographically and these populations maintain the tradition of consanguineous marriages for generations. These two factors (isolation and inbreeding) increase the risk of birth of people with autosomal recessive intellectual disabilities. The objective of this study was to determine the genetic causes of intellectual disabilities in two large consanguineous families of Paraiba backlands. In 2012, we conducted an epidemiological study to investigate the contribution of genetic factors in determining the deficiencies in six municipalities of Paraíba previously selected by presenting high consanguinity rate. Families who had patients with neurodegenerative disorders and/or intellectual disabilities (ID) were invited by community health agents for a first screening realized by biologists in order to select patients with deficiency probably caused by genetic mutations. In total, 276 patients were screened, of which, 109 were selected for medical evaluation with neurologists. After medical evaluation, two families with multiple affected individuals in two different forms of autosomal recessive intellectual disability were selected for clinical and genetic research. We performed the linkage study using SNPs array analysis to determine homozygous regions. Subsequently, the whole exome sequencing (WES) of one affected individual of each family was sequenciated. Potentially deleterious variants detected in regions of homozigosity-by descent which were not present in Brazilian population controls or in exomes of global online databases were subject to further scrutiny and segregation analysis by Sanger sequencing. Family A has seven adult siblings with syndromic ID. Phenotype includes tall forehead, prognatism, prominent chin, very large and overhanging nose tip. Homozigosity-by-descent analysis found a 4.0 Mb region in 19q13.32-q13.33 (lod score: 3.24). WES disclosed a homozygous variant (c.418C>T, p.Arg140Trp) in mediator complex subunit 25 (MED25), predicted as deleterious by Provean, Mutation Taster, PolyPhen-2 and SIFT. MED25 is a component of the Mediator complex, involved in regulation of transcription of nearly all RNA polymerase II-dependent genes. Deleterious mutations in MED12, MED17, MED23 and recently after our publication another mutation in the MED25 have been associated with ID. Family B has nine affected adults descending from four closely related first-cousin couples affected by severe non-syndromic ID. Homozigosity-by-descent analysis disclosed a 20.7 Mb region in 8q12.3-q21.2 (lod score: 3.11). WES identified a homozygous deleterious variant in inositol monophosphatase1 gene (IMPA1), consisting of a 5 bp duplication (c.489_493dupGGGCT) leading to frameshift (p.Ser165Trpfs*10). IMPA1 gene product is responsible for the final step of biotransformation of inositol triphosphate and diacylglycerol, two second messengers, and up to now, despite its many physiological functions, no clinical phenotype has been assigned to this gene dysfunction. From this study, it was possible to develop diagnostic test by restriction enzyme and therapeutic perspective for cases associated with IMPA1.
Uma parte das populações do Nordeste brasileiro está relativamente isolada geograficamente e mantêm, há várias gerações, a tradição de casamentos consanguíneos. Esses dois fatores associados (isolamento e endocruzamento) elevam o risco de nascimento de pessoas com deficiência intelectual com herança genética autossômica recessiva. O objetivo deste trabalho foi determinar as causas genéticas da deficiência intelectual em duas grandes famílias consanguíneas do sertão paraibano. Em 2012, nosso grupo de pesquisa realizou um estudo epidemiológico para determinar a contribuição de fatores genéticos na determinação das deficiências em seis municípios do sertão paraibano selecionados previamente por apresentarem elevada taxa de consanguinidade. As famílias que apresentavam repetições de indivíduos com doenças neurodegenerativas e/ou deficiência intelectual (DI) foram convocadas pelos agentes comunitários de saúde para uma primeira triagem, realizada pelos biólogos geneticistas, a fim de selecionar pacientes que apresentavam deficiência por prováveis causas genéticas. No total, foram triados 276 pacientes, sendo que, 109 foram selecionados para avaliação médica com neurologistas. Após a avaliação médica, duas famílias com múltiplos indivíduos acometidos por duas diferentes formas de DI de herança autossômica recessiva foram selecionadas para investigação clínico-genética. O estudo de ligação para determinar regiões em homozigose foi realizado com o uso da técnica de array de SNPs. Posteriormente, foi feito o sequenciamento do exoma completo de um indivíduo afetado de cada família. Variantes potencialmente deletérias detectadas em regiões em homozigose e que não estavam presentes em controles brasileiros e em banco de dados mundiais, foram objetos de uma análise mais aprofundada e feito a análise de co-segregação através do sequenciamento de Sanger. A primeira família estudada, a família A, possui sete adultos com DI sindrômica. O fenótipo inclui testa alta, prognatismo, queixo proeminente e ponta do nariz saliente, além da DI grave. O estudo de ligação apontou duas regiões com LOD scores máximos = 3,234, uma região de 26 Mb no cromossomo 2 (2p12 - q11.2) e uma região de 4,0 Mb no cromossomo 19 (19q13.32 - q13.33). O sequenciamento do exoma revelou uma variante em homozigose (c.418C>T, p.Arg140Trp) no gene MED25 (subunidade 25 do complexo mediador), predita como deletéria por diferentes softwares (Polyphen, Provean, Mutation Taster e SIFT). O complexo mediador está envolvido na regulação da transcrição de quase todos os genes dependentes da RNA polimerase II. Mutações deletérias nos genes MED12, MED17, MED23 e, recentemente, outra mutação no MED25, têm sido associadas com DI. Já a segunda família estudada, a família B, possui nove adultos afetados, descendentes de quatro relações consanguíneas entre primos de primeiro grau, com DI grave não-sindrômica. O estudo de ligação apontou uma região de 20,7 Mb no cromossomo 8 (8q12.3-q21.2) com LOD score = 3,11. O sequenciamento do exoma identificou uma variante deletéria em homozigose no gene inositol monofosfatase1 (IMPA1), que consiste em uma duplicação de 5 pares de bases (c.489_483dupGGGCT), levando a uma mutação do tipo frameshift (p.Ser165Trpfs*10). O produto do gene IMPA1 é uma enzima responsável pela etapa final da biotransformação dos segundos mensageiros inositol trifosfato e diacilglicerol, e até o momento, apesar de apresentar importantes funções fisiológicas, não havia fenótipo clínico atribuído a esse gene. A partir deste estudo, foi possível desenvolver teste diagnóstico com triagem por enzima de restrição e perspectiva de tratamento terapêutico para os casos associados ao IMPA1.
6
Bogliolo, Massimo. "Secuenciación del exoma en anemia de Fanconi: del diagnóstico al descubrimiento de un nuevo gen." Doctoral thesis, Universitat Autònoma de Barcelona, 2015. http://hdl.handle.net/10803/325160.
Full textAbstract:
La anemia de Fanconi (AF) es un trastorno genético raro de inestabilidad genómica que se caracteriza por insuficiencia de la médula ósea y predisposición al cáncer. Las 19 proteínas AF conocidas hasta el día de hoy están implicadas en la reparación de los enlaces entrecruzados del ADN (ICL). El diagnóstico molecular es de capital importancia para los pacientes AF y sus familias. La caracterización de las mutaciones permite el diagnóstico prenatal y preimplantacional, de identificar portadores en las familias y de descartar la enfermedad en donantes emparentados para el trasplante de médula ósea (TMO). Las mutaciones pueden ser utilizadas como marcadores para monitorizar el éxito del TMO y también son importantes para el desarrollo de nuevas terapias como la terapia génica o las últimas técnicas de "edición de genoma" para corregir el gen mutado AF. Debido a la heterogeneidad genética de la AF la identificación del gen mutado puede requerir varios meses de trabajo altamente especializado. El uso de las tecnologías de nueva generación para la secuenciación del ADN como la secuenciación del exoma (whole exome sequencing; WES) pueden ser una válida alternativa para caracterizar molecularmente los pacientes AF independientemente del subtipo. En este estudio se presentan los resultados de la caracterización molecular de 49 pacientes deAF utilizando WES. Para simplificar el proceso de diagnóstico molecular, se utilizó un kit comercial para el enriquecimiento de las secuencias exómicas y caracterizamos las grandes deleciones por análisis de cobertura. Todas las mutaciones encontradas fueron confirmadas por secuenciación de Sanger o Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Fuimos capaces de caracterizar por completo 42 de 49 pacientes (85,7%) y 91 de 99 alelos mutados (92,8%) demostrando así el potencial de la WES para la caracterización molecular de la AF. El análisis por WES de individuos AF no clasificados nos permitió descubrir como causa de AF mutaciones bialélicas en ERCC4, un gen que codifica para la nucleasa XPF previamente conectada con la reparación por escisión de nucleótidos (NER) y con los síndromes Xeroderma Pigmentosum y progeria XFE. La complementación del fenotipo de las líneas celulares de AF con el cDNA wt de ERCC4, proporcionó la evidencia genética de que las mutaciones en ERCC4 causaban este subtipo de AF (FA-Q). Análisis bioquímicos y funcionales demostraron que las mutaciones en ERCC4 que causan AF- alteraban la función de XPF en la reparación de los ICL sin comprometer la NER. Nuestros datos demuestran que, dependiendo de las mutaciones en ERCC4 y el resultante equilibrio entre ambas actividades de reparación del ADN, los individuos pueden presentar tres trastornos distintos, Nuestros estudios destacan la naturaleza multifuncional de la endonucleasa XPF en la estabilidad del genoma y las enfermedades humanas. Para investigar el papel de ERCC4 en la susceptibilidad al cáncer de pecho y ovario, como ocurre con otros genes AF, examinamos los 11 exones y las regiones intrónicas proximales de ERCC4 in1573 casos de cáncer familiar de mama y ovario, que habían dado negativo para mutaciones en BRCA1 y BRCA2 y 854 controles. La prevalencia de los portadores de mutaciones en ERCC4 no difiere entre los casos y los controles, sugiriendo que ERCC4 no es un gen de susceptibilidad al cáncer de mama y ovario. Curiosamente, la prevalencia de portadores de mutaciones en ERCC4 (1/288 individuos) es similar a la reportada para FANCA, mientras que hay 100 veces más pacientes FA-A que FA-Q. Esto indica que la mayoría de las combinaciones de mutaciones bialélicas en ERCC4 son letales a nivel embrionario. Por último, se identificaron mutaciones adicionales en ERCC4 capaces de interrumpir específicamente la reparación de los ICLs.Fanconi anemia (FA) is a rare genomic instability disorder characterized by progressive bone marrow failure and predisposition to cancer. 19 FA-associated proteins are involved in the repair of DNA interstrand crosslinks (ICLs). Molecular diagnosis is a capital issue for FA patients and their families. The characterization of the mutations allows prenatal and preimplantacional diagnosis, permit to identify carriers in FA families and to rule out the disease in related donors’ bone marrow transplantation (BMT). Mutations can be used as markers to monitor the success of BMT and their characterization is also required for the development of new therapies such as gene therapy or the latest techniques of "genome editing" to correct the defect in the mutated FA gene. Due to the genetic heterogeneity of FA the identification of the mutated gene in a given FA patient can require several months of highly specialized work. The use of the latest Next Generation Sequencing technologies such as whole exome sequencing (WES) could be a valid alternative to subtype and molecularly characterize all FA patients regardless of their complementation groups. In this study we present the results of the molecular characterization of 49 FA patients using WES. To simplify even more the molecular diagnosis process, we used a commercial kit for target enrichment of our samples and we characterized large deletions by coverage analysis. All mutations found were confirmed by Sanger sequencing or Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). We were able to completely characterize 42 out of 49 patients (85,7%) and 90 out of 97 mutated alleles (92,8%) thus demonstrating the potential of WES in FA molecular characterization. WES of unclassified FA individuals allowed us to discover biallelic germline mutations in ERCC4 (XPF) as a cause of FA: ERCC4 encodes for XPF a structure-specific nuclease- previously connected to nucleotide excision repair (NER) and to Xeroderma pigmentosum and XFE progeroid syndromes. Genetic reversion with wild-type ERCC4 cDNA of FA cell lines phenotype, provided genetic evidence that mutations in ERCC4 cause this FA subtype (FA-Q). Further biochemical and functional analysis demonstrated that the identified FA-causing ERCC4 mutations strongly disrupt the function of XPF in DNA ICL repair without severely compromising NER. Our data show that depending on the type of ERCC4 mutations and the resulting balance between both DNA repair activities, individuals present with one of three clinically distinct disorders, highlighting the multifunctional nature of the XPF endonuclease in genome stability and human disease. To investigate the possible role of ERCC4 in breast and ovarian cancer susceptibility, as occurs with other FA genes, we screened the 11coding exons and exon–intron boundaries of ERCC4 in1573 index cases from high-risk Spanish familial breast and ovarian cancer pedigrees that had been tested negative for BRCA1 and BRCA2 mutations and 854 controls. The frequency of ERCC4 mutation carriers does not differ between cases and controls, suggesting that ERCC4 is not a cancer susceptibility gene. Interestingly, the prevalence of ERCC4 mutation carriers (1/288) is similar to that reported for FANCA, whereas there are approximately100-fold more FA-A than FA-Q patients, indicating that most biallelic combinations of ERCC4 mutations are embryo lethal. Finally, we identified additional ERCC4 mutations specifically disrupting ICL repair.
7
Pinheiro, Maísa. "Identificação de genes de predisposição à síndrome dos carcinomas de mama e tireoide por sequenciamento total do exoma." Botucatu, 2016. http://hdl.handle.net/11449/137932.
Full textAbstract:
Orientador: Silvia Regina RogattoResumo: A identificação de fatores de predisposição e a caracterização de fatores genéticos de risco para odesenvolvimento do câncer são essenciais para o diagnóstico, prognóstico e aconselhamento genéticodos pacientes afetados e seus familiares. Há uma alta incidência de pacientes que possuem carcinomasde mama (CM) e/ou carcinoma de tireoide (CT) e com história familial destes tumores, sugerindo oenvolvimento de gene(s) associado(s) com a predisposição hereditária ao câncer. O objetivo destetrabalho foi investigar a presença de genes de predisposição ao desenvolvimento de CM e CT pormeio do sequenciamento total do exoma, em pacientes que sejam afetados por pelo menos um destestumores e possuam história familial de câncer. Foram incluídas seis pacientes que apresentavam CM,12 com CT e seis com ambos os tumores, todos com história destes tumores em suas famílias. O DNAde sangue periférico foi sequenciado pela plataforma HiSeq 1000 (Illumina). Após análise debioinformática foram identificadas alterações em genes de alta e baixa penetrância comuns e raras. Asalterações raras destes genes foram consideradas como patogênicas quando presentes em pelo menostrês bancos de dados e em até dois indivíduos. A paciente 14 teve diagnóstico de síndrome de Cowdenconfirmado pela presença da mutação p.R233X no gene PTEN. Também foram investigadas outrasalterações em novos genes o que resultou em 911 SNVs (single nucleotide variations), sendo 287 não-sinônimas e 50 alteraç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The identification of predisposing genes and characterization of genetic risk factors for cancer development are essential for the diagnosis, prognosis and genetic counseling of affected patients and their families. A significant number of patients with breast (BC) and papillary thyroid carcinomas (TC) and family history of these tumors suggest the involvement a hereditary cancer predisposition gene. The aim of this study was to evaluate new predisposing genes related to BC and TC by whole exome sequencing, in patients who are affected by at least one of these tumors and have cancer family history. Six patients with CM, 12 with CT and six with both tumors were included in the study, all of them with family history of these tumors. DNA from peripheral blood sample was sequenced by HiSeq 1000 platform (Illumina). After the bioinformatics analysis, variations in high and lowpenetrance genes were identified; most of them were considered common according to 1000 Genomes and 6500 Exomes. Furthermore, rare variations were described in these genes, which were considered pathogenic in at least three databases and observed in up to two patients. Patient 14 presented the p.R233X mutation in PTEN confirming the diagnosis of Cowden Syndrome. Other genes were investigated in order to characterize new variations related to the phenotype studied. This analysis resulted in 911 SNVs (single nucleotide variations), 287 non-synonymous alterations and 50 rare pathogenic variations (detected in at... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor
8
Leão, Delva Pereira. "Sequenciamento de nova geração : explorando aplicações clínicas de dados de Targeted Gene Panel e Whole Exome Sequencing." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2017. http://hdl.handle.net/10183/173625.
Full textAbstract:
A tecnologia de sequenciamento de nova geração (next-generation sequencing – NGS) e suas aplicações tem sido cada vez mais utilizada na prática médica para elucidar a base molecular de doenças Mendelianas. Embora seja uma poderosa ferramenta de pesquisa, ainda existe uma importante transição quanto à análise dos dados entre as tecnologias tradicionais de sequenciamento e o NGS. A primeira parte deste trabalho aborda aspectos analíticos envolvidos nesta mudança, com foco na plataforma Ion Torrent Personal Genome Machine. Esta é uma plataforma amplamente utilizada para sequenciar painéis de genes, já que esta aplicação requer menor rendimento de dados. Este trabalho demonstra indicadores adequados para avaliar a qualidade de corridas de sequenciamento e também uma estratégia baseada em valores de profundidade de cobertura para avaliar a performance de amplicons em diferentes cenários. Por outro lado, o NGS permitiu a realização de estudos populacionais em larga escala que estão mudando nossa compreensão sobre as variações genéticas humanas. Um desses exemplos são as mutações até então chamadas de silenciosas, que estão sendo implicadas como causadoras de doenças humanas. A segunda parte deste trabalho investiga a patogenicidade de polimorfismos de núcleotídeo único sinônimos (synonymous single nucleotide polymorphisms – sSNP) baseado em dados públicos obtidos do Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) utilizando o software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) e outros recursos para reunir informações adicionais sobre consequências funcionais visando fornecer um panorama dos efeitos patogênicos de sSNP em mais de 60.000 exomas humanos. Nós demonstramos que de 1,691,045 variantes sinônimas, um total de 26,034 foram classificadas como patogênicas pelo SilVA, com frequência alélica menor que 0,05. Análises funcionais in silico revelaram que as variantes sinônimas patogênicas estão envolvidas em processos biológicos importantes, como regulação celular, metabolismo e transporte. Ao expor um cenário de variações sinônimas patogênicas em exomas humanos, nós concluímos que filtrar sSNP em workflows de priorização é razoável, no entanto em situações específicas os sSNP podem ser considerados. Pesquisas futuras neste campo poderão fornecer uma imagem clara do papel de tais variações em doenças genéticas.Next-generation sequencing (NGS) technologies and its applications are increasingly used in medicine to elucidate the molecular basis of Mendelian diseases. Although it is a powerful research tool, there is still an important transition regarding data analysis between traditional sequencing techniques and NGS. The first part of this work addresses analytical aspects involved on this switch-over, focusing on the Ion Torrent Personal Genome Machine platform. This is a widely used platform for sequencing gene panels, as this application demands lower throughput of data. We present indicators suitable to evaluate quality of sequencing runs and also a strategy based on depth of coverage values to evaluate amplicon performance on different scenarios. On the other hand, NGS enabled large-scale population studies that are changing our understanding about human genetic variations. One of these examples are the so-called silent mutations, that are being implied as causative of human diseases. The second part of this work investigates the pathogenicity of synonymous single nucleotide polymorphisms (sSNP) based on public data obtained from the Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) using the software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) and other sources to gather additional information about affected protein domains, mRNA folding and functional consequences aiming to provide a landscape of harmfulness of sSNP on more than 60,000 human exomes. We show that from 1,691,045 synonymous variants a total of 26,034 were classified as pathogenic and by SilVA, with allele frequency lower than 0.05. In silico functional analysis revealed that pathogenic synonymous variants found are involved in important biological process, such as cellular regulation, metabolism and transport. By exposing a scenario of pathogenic synonymous variants on human exomes we conclude that filtering out sSNP on prioritization workflows is reasonable, although in some specific cases sSNP should be considered. Future research on this field will provide a clear picture of such variations on genetic diseases.
9
Pereira, Guilherme Luis [UNESP]. "Identificação de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos de DNA associados ao desempenho de equinos de corrida da raça quarto de milha." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2017. http://hdl.handle.net/11449/150718.
Full textAbstract:
Submitted by GUILHERME LUÍS PEREIRA null (guipicoia@hotmail.com) on 2017-05-22T14:29:57Z
No. of bitstreams: 1
Tese_Guilherme_Luis_Pereira.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5)Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-23T17:26:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pereira_gl_dr_jabo.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5)
Made available in DSpace on 2017-05-23T17:26:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pereira_gl_dr_jabo.pdf: 2598868 bytes, checksum: aeb7dc177e4d5e4c0f7a8c7a59a11697 (MD5) Previous issue date: 2017-04-28
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Dentre os equinos selecionados para velocidade, a linhagem de corrida da raça Quarto de Milha se destaca pelo alto desempenho em provas de curtas distâncias, sendo considerados os mais velozes do mundo. Apesar de, no Brasil, o efetivo de animais ser relativamente menor na linhagem de corrida do que nas demais, sua importância econômica é substancial. Tendo em vista o interesse econômico e científico relacionado a esta característica atlética, poucos esforços têm sido realizados para a maior compreensão de seus mecanismos genéticos e fisiológicos. Este trabalho teve como objetivos: 1) realizar a imputação de genótipos em duas vias entre indivíduos de uma amostra populacional relativamente pequena de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha genotipados com painéis de 54k ou de 65k, bem como avaliar a acurácia de imputação por meio de simulações; 2) realizar estudo de associação ampla do genoma (GWAS) em cavalos da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha por meio da utilização de chips equinos de genotipagem de SNPs, visando a prospecção de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos relacionados ao desempenho; 3) analisar exomas de equinos de corrida da raça Quarto de Milha contrastantes para Índice de Velocidade máximo (IV max) em regiões previamente associadas à característica por meio de GWAS, visando a prospecção de polimorfismos gênicos causais, ligados ou em forte desequilíbrio de ligação com o desempenho em corridas. A imputação foi realizada utilizando 116 cavalos genotipados com o arranjo de SNPs de 54k e 233 genotipados com arranjo de 65k. Nas simulações foram escolhidas amostras aleatórias para constituírem as populações imputadas e referências em dois cenários. O cenário A simulou a imputação genótipos na primeira via (65k para 54k) e o cenário B na segunda (54k para 65k). No cenário A foram considerados 113 indivíduos para a população referência e 236 para a imputada, dos quais 116 e 120 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. No cenário B foram considerados 50 indivíduos para a população referência e 299 para a imputada, dos quais 66 e 233 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. Com isso, após o controle de qualidade, os painéis de 54k e de 65k contaram com 7.048 e 16.940 marcadores exclusivos, respectivamente. As médias de taxa de concordância para os cenários A e B foram 0,9815 e 0,9751 e para r2 alélico foram 0,9791 e 0,9740, respectivamente. O GWAS foi realizado com base no método single step GBLUP por meio de duas abordagens: ssGWAS1, em que somente efeitos de SNPs são reestimados a cada iteração, e ssGWAS2, em que a cada iteração são reestimados efeitos de SNPs a partir de valores genético genômico (GEBVs) reestimados. Vinte e uma regiões foram encontradas explicando mais que 1% da variância genética total (gVar) da característica índice de velocidade máximo (IV max) para ssGWAS1 e doze parassGWAS2. No total mais de 40% da gVar foi explicada por estas regiões para ssGWAS1 e cerca de 30% para ssGWAS2. Entre os cromossomos que explicaram mais de 1% da variância genética, cinco foram comuns aos dois métodos (ECA 3, 10, 15, 22, 25). Foram identificados 108 genes na primeira abordagem e 59 na segunda. A partir de informações de GEBVs de cada cavalo foram formados dois grupos de animais contrastantes para desempenho em corridas (20 animais de IV max superior e 20 IV max inferior), para ser sequenciados. Foram observadas leituras de boa qualidade para toda extensão das reads sequenciadas (até 100pb) e cobertura média de 43x. Foram identificadas 1.203 variantes (1.105 SNPs e 93 InDels) em 33 regiões de interesse obtidas, anteriormente, por meio de estudo de GWAS, das quais 61,3% não estavam registradas/depositadas no banco de dados de variantes equino. Do total de polimorfismos, 29 (24 SNPs e 5 InDels) foram considerados de importância com base em três abordagens distintas e independentes: escores SIFT classificado como deletério (<0,05), grau de impacto na região consenso de cada polimorfismo, e frequências alélicas diferentes, identificadas pelo teste de Fisher (p< 0,01), entre os grupos de cavalos contrastantes para IV max. Com isso, oito genes descritos como candidatos em trabalhos anteriores (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3 e SHQ1), e oito genes candidatos novos (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4 e HNRNPU) foram relacionados ao desempenho em corridas de cavalos da raça Quarto de Milha. Assim, os resultados obtidos neste trabalho mostraram que o desempenho em corridas na raça Quarto de Milha, dado pelo IV max, é característica quantitativa e que não há ocorrência de major genes.
Among horses selected for speed, the racing line of Quarter Horses is characterized by high performance in sprint races, with these animals being considered the fastest horses in the world. Although in Brazil the effective number of animals in the racing line is relatively smaller compared to the other lines, its economic importance is substantial. Despite economic and scientific interest in this athletic trait, few efforts have been made to better understand the genetic and physiological mechanisms underlying this trait. The objectives of this study were: 1) to perform two-step genotype imputation between individuals in a relatively small population sample of racing Quarter Horses genotyped with the 54k or 65k panel, and to evaluate the accuracy of imputation through simulations; 2) to perform genome-wide association studies (GWAS) in Quarter Horses of the racing line using equine SNP genotyping chips for prospecting chromosome regions, genes and polymorphisms related to performance; 3) analyze exomes and UTRs in regions previously associated with this trait by GWAS in Quarter Horse racehorses with contrasting maximum speed index (SImax), prospecting causal gene polymorphisms that are related to or are in strong linkage disequilibrium with racing performance. Genotypes were imputed using 116 horses genotyped with the 54k SNP array and 233 animals genotyped with the 65k array. For the simulations, random samples were chosen to compose the imputed and reference populations in two scenarios. Scenario A simulated the genotype imputation in the first step (from 65k to 54k) and scenario B in the second step (from 54k to 65k). Thus, after quality control, the 54k and 65k panels contained 7,048 and 16,940 exclusive markers, respectively. The mean concordance rate was 0.9815 and 0.9751 for scenarios A and B, and the mean allelic r2 was 0.9791 and 0.974, respectively. After imputation was performed by the single-step GBLUP method using two approaches: ssGWAS1 in which only SNP effects are recalculated at each iteration, and ssGWAS2 in which SNP effects are recalculated from genomic estimated breeding values (GEBVs) at each iteration. Twenty-one regions that explained more than 1% of the total genetic variance (gVar) in the maximum speed index were identified by ssGWAS1 and 12 by ssGWAS2. More than 40% of gVar was explained by these regions in ssGWAS1 and about 30% in ssGWAS2. Among chromosomes that explained more than 1% of genetic variance, five were common to both methods (ECA 3, 10, 15, 22, 25). A total of 108 genes were identified with the first approach and 59 with the second approach. To exome sequencing, GEBVs were used for the formation of two groups of animals with contrasting racing performance (20 animals with superior SI max and 20 with inferior SI max). Good quality data were obtained throughout the reads sequenced, with an average coverage of 43x. A total of 1,203 variants (1,105 SNPs and 93 InDels) were identified in 33 regions of interest obtained previously by GWAS; of these, 61.3% were not registered/deposited in the horse genomic variant database. Twenty-nine of the polymorphisms (24 SNPs and 5 InDels) were considered to be important based on three different and independent approaches: SIFT scores classified as deleterious (<0.05), degree of impact on the consensus region of each polymorphism, and different allele frequencies identified by Fisher’s exact test (p< 0.01) between the groups of horses with contrasting SImax. Thus, eight genes described as functional and positional candidates in previous studies (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3, and SHQ1) and eight new candidate genes (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4, and HNRNPU), some of them with known function, were related to racing performance in Quarter Horses. Taken together, the present results show that the racing performance of Quarter Horses, given by the maximum speed index, is a quantitative trait and that no major genes exist.
10
Silva, Eduarda Morgana da. "Determinação da Base Molecular da Síndrome Ablefaria Macrostomia." Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-28072015-112237/.
Full textAbstract:
A Síndrome Ablefaria Macrostomia (SAM) é uma condição rara, onde os pacientes apresentam características clínicas marcantes como o encurtamento ou ausência das pálpebras superiores e inferiores, ausência de sobrancelhas e cílios, macrostomia por defeitos na fusão dos lábios, entre outros. O padrão de herança da síndrome não está elucidado, tendo a herança autossômica dominante com expressividade variável sido sugerida. SAM possui sobreposição fenotípica com a Síndrome de Barber-Say e com a Síndrome de Fraser, porém nenhum gene já descrito apresentou mutação nos pacientes portadores da SAM. A abordagem genômica no estudo de doenças raras tem sido amplamente utilizada, devido principalmente ao surgimento da Nova Geração de Sequenciamento, que possui alto poder de descriminar as seqüencias nucleotídicas com grande cobertura, em um curto período de tempo. No presente estudo o sequenciamento completo do exoma foi realizado, com cinco indivíduos de uma mesma família, três membros afetados e dois não, e permitiu a análise das regiões codificantes nestes indivíduos. A base molecular da Síndrome Ablefaria Macrostomia é aqui sugerida como autossômica dominante, e decorrente da mutação nova não sinônima c.223G>A (p.E75K) no gene TWIST2. Essa mutação patogênica ocasiona a troca de um aminoácido pequeno de carga negativa, o ácido glutâmico, para um aminoácido de cadeia maior carregado positivamente, a lisina. A modelagem in silico da proteína Twist2 mostrou que a estrutura geral tridimensional da proteína não foi alterada, mas a troca do aminoácido ocorre na posição 75 dentro do domínio básico HLH, e pode impedir a formação de dímeros, ou a própria ligação ao DNA. Sugere-se ainda que a heterogeneidade de fenótipos associados a mutações no gene TWIST2, pode ser atribuída às interações que essa proteína é capaz de formar, e a ampla ação regulatória que ela desempenha em diversos genes do desenvolvimento.Ablepharon-Macrostomia Syndrome (AMS) is a rare condition characterised by absent or hypoplastic eyelids, absent eyebrows and eyelashes, macrostomia caused by fusion defects of the mouth with unfused lateral commissures, as well as other clinical features. The inheritance pattern has not been confirmed and while autosomal dominant inheritance with variable expressivity has been suggested, recessive inheritance has not been ruled out. The phenotype of AMS overlaps that of Barber-Say and Fraser Syndrome, but any reported gene for these syndromes is mutated on AMS patients. The genomic approach for rare disease studies has been widely used mainly due to the emergence of Next Generation Sequencing, which is very effective at determining nucleotide sequences with large coverage in a short period of time. The whole exome sequencing of five family members was undertaken, with three affected and two unaffected, and the coding regions of the individuals were subsequently analysed. The molecular basis of AMS is suggested here as autosomal dominant, and due to a novel non-synonymous mutation c.223G>A (p.E75K), in TWIST2 gene. This pathogenic mutation causes glutamic acid, a small negatively charged amino acid, to be substituted for a larger and positively charged lysine. The in silico protein modeling of Twist2 shows that the general 3D-structure of the protein is not affected, but the amino acid change is located inside the basic Helix-Loop-Helix domain which could disrupt dimerization and DNA binding. It has also been suggested that the phenotype heterogeneity associated with mutations on TWIST2 gene can be attributed to the interactions that this protein is capable of, and the role that it plays in the regulation of several developmental genes.
Books on the topic "Exoma"
1
Pavlidis, George T. The Exuma guide: A cruising guide to the Exuma Cays. 3rd ed. Seaworthy Publications, 2009.
2
Xemî ẍurbetîşt exom: Honrawe. Derbaz Yunis, 2008.
3
James, W. H. Exuma, the loyalist years, 1783-1834. W.H. James, 1988.
4
The Exuma guide: A cruising guide to the Exuma Cays : approaches, routes, anchorages, dive sights, flora, fauna, history, and lore of the Exuma Cays. 2nd ed. SeaWorthy Publications, 1997.
5
Pavlidis, George T. The Exuma guide: A cruising guide to the Exuma Cays : approaches, routes, anchorages, dive sights, flora, fauna, history, and lore of the Exuma Cays. Seaworthy Publications, 1995.
6
Patience, Gloria Marybelle Tetrizini Knowles Lewless. Gloria, the shark lady: Little Exuma, Hog Cay. Hibiscus Pens, 1994.
7
Valencia (Spain : Province). Diputación Provincial. Archivo. Guía del Archivo de la Excma. Diputación Provinical de Valencia. Generalitat Valenciana, Conselleria de Cultura, Educació i Ciència, 1990.
8
Pavlidis, George T. A cruising guide to the Exuma Cays Land and Sea Park: Approaches, routes, anchorages, flora, fauna, history, and lore of the Exuma Cays Land and Sea Park including sketch charts. Night Flyer Enterprises, 1994.
9
Zamora (Spain : Province). Excma. Diputación Provincial. Fondos de arte de la Diputación de Zamora. Diputación de Zamora, 1989.
10
Hospital, Gonzalo Ruiz. El gobierno de Gipuzkoa al servicio de su rey y bien de sus naturales: La Diputación Provincial de los fueros al liberalismo (siglos XVI-XIX). Diputación Foral de Gipuzkoa, Departamento de Cultura y Euskera, 1997.
Book chapters on the topic "Exoma"
1
Arnemann, J. "Exom-Sequenzierung." In Lexikon der Medizinischen Laboratoriumsdiagnostik. Springer Berlin Heidelberg, 2018. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-49054-9_3475-1.
Full text
2
Arnemann, J. "Exom-Sequenzierung." In Springer Reference Medizin. Springer Berlin Heidelberg, 2019. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-48986-4_3475.
Full text
3
Chakravorty, Samya, Arunkanth Ankala, and Madhuri R. Hegde. "Implementation of Exome Sequencing Assay." In Genomic Applications in Pathology. Springer International Publishing, 2018. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-96830-8_17.
Full text
4
Ankala, Arunkanth, and Madhuri R. Hegde. "Implementation of Exome Sequencing Assay." In Genomic Applications in Pathology. Springer New York, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-0727-4_16.
Full text
5
Bruckner-Tuderman, Leena. "Bahnbrechende wissenschaftliche Entwicklungen – Exom Sequenzierung." In Fortschritte der praktischen Dermatologie und Venerologie 2012. Springer Berlin Heidelberg, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-24767-5_51.
Full text
6
Zhou, Xueya, Suying Bao, Binbin Wang, Xuegong Zhang, and You-Qiang Song. "Short Read Mapping for Exome Sequencing." In Methods in Molecular Biology. Humana Press, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-62703-514-9_6.
Full text
7
Chiang, Theodore, Magalie Leduc, Mari Tokita, Teresa Santiago-Sim, and Yaping Yang. "Exome Sequencing in the Clinical Setting." In Next Generation Sequencing Based Clinical Molecular Diagnosis of Human Genetic Disorders. Springer International Publishing, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-56418-0_14.
Full text
8
Evans, Perry, Yong Kong, and Michael Krauthammer. "Computational Analysis in Cancer Exome Sequencing." In Methods in Molecular Biology. Springer New York, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-0992-6_18.
Full text
9
Collins, Andrew. "Analytical Approaches for Exome Sequence Data." In Applied Computational Genomics. Springer Netherlands, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-007-5558-1_7.
Full text
10
Collins, Andrew. "Analytical Approaches for Exome Sequence Data." In Applied Computational Genomics. Springer Singapore, 2018. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-13-1071-3_9.
Full textConference papers on the topic "Exoma"
1
Murphy, Ken, and David Lowe. "Evaluation of a Novel Microwave Based NDT Inspection Method for Polyethylene Joints." In ASME 2011 Pressure Vessels and Piping Conference. ASMEDC, 2011. http://dx.doi.org/10.1115/pvp2011-58086.
Full textAbstract:
Exova is continuing in the long tradition of Pipeline Developments Limited (PDL) in the UK with research, development, testing, quality assurance (QA) and failure analysis of modern plastic pipe materials and joints. Along with this ongoing work Exova has assessed various non destructive testing (NDT) techniques in an attempt to further improve the reliability of Polyethylene (PE) joints in the field. In the past, reliable inspection of PE pipe joints using NDT has proven to be difficult, but this has generally been based upon the use of existing metallic inspection methods, including radiography and ultrasound. However neither radiography nor ultrasound can reliably detect key issues that are known to affect PE joint quality such as fine particulate contamination and cold fusion in butt welds and misalignment and contamination in electrofusion joints. Advances in technology have seen the development of a new non destructive testing (NDT) technique using low voltage microwave imaging. Microwave imaging has been developed in North America by Evisive Inc to inspect modern dielectric materials such as PE. Comprehensive laboratory testing indicated that this technique could be used reliably and repeatedly to detect issues related to poor PE joint fabrication in butt welds and electrofusion joints. Issues which have been identified include fine particle contamination, lack of fusion and misalignment. More recently field trials have been carried out on various PE joints, to establish a correlation between the microwave NDT results obtained and mechanical testing results.
2
Ramachandran, A., M. Micsinai, and I. Pe'er. "CONDEX: Copy number detection in exome sequences." In 2011 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops (BIBMW). IEEE, 2011. http://dx.doi.org/10.1109/bibmw.2011.6112359.
Full text
3
Choi, Yunyoung, Jaemoon Shin, Jinhwa Kong, Jeehee Yoon, and Keonbae Lee. "Exome_pipe: An automatic exome data analysis pipeline." In 2016 International Conference on High Performance Computing & Simulation (HPCS). IEEE, 2016. http://dx.doi.org/10.1109/hpcsim.2016.7568452.
Full text
4
Vinh, Le Sy, Nguyen Duc Canh, Bui Ngoc Thang, et al. "Genomedics: Whole exome analysis system for clinical studies." In 2017 9th International Conference on Knowledge and Systems Engineering (KSE). IEEE, 2017. http://dx.doi.org/10.1109/kse.2017.8119449.
Full text
5
Yoshida, Kenichi, Masashi Sanada, Yasunobu Nagata, et al. "Abstract 925: Whole exome analysis of myelodysplastic syndromes." In Proceedings: AACR 102nd Annual Meeting 2011‐‐ Apr 2‐6, 2011; Orlando, FL. American Association for Cancer Research, 2011. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2011-925.
Full text
6
Jiang, Lei, and Farzaneh Zokaee. "EXMA: A Genomics Accelerator for Exact-Matching." In 2021 IEEE International Symposium on High-Performance Computer Architecture (HPCA). IEEE, 2021. http://dx.doi.org/10.1109/hpca51647.2021.00041.
Full text
7
Sanuki, Kaori, Kentaro Nakayama, Kohei Nakamura, et al. "Abstract 3383: Exome sequencing in dedifferentiated ovarian mucinous carcinoma." In Proceedings: AACR Annual Meeting 2017; April 1-5, 2017; Washington, DC. American Association for Cancer Research, 2017. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2017-3383.
Full text
8
Sandgren, Johanna, Susan Pfeifer, Monica Nistér, and Teresita Diaz de Ståhl. "Abstract 3175: Discoveries from whole exome sequencing of medulloblastomas." In Proceedings: AACR 104th Annual Meeting 2013; Apr 6-10, 2013; Washington, DC. American Association for Cancer Research, 2013. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2013-3175.
Full text
9
Sasaki, Mark M., Andrew D. Skol, Trevor J. Pugh, Matthew Meyerson, and Kenan Onel. "Abstract 4018: Whole exome sequencing analysis of familial Medulloblastoma." In Proceedings: AACR 104th Annual Meeting 2013; Apr 6-10, 2013; Washington, DC. American Association for Cancer Research, 2013. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2013-4018.
Full text
10
Wilzen, Annica, Heidi Ottesen, Anna Larsson, et al. "Abstract A11: Exome sequencing of FFPE material: An evaluation." In Abstracts: AACR Special Conference: Pediatric Cancer at the Crossroads: Translating Discovery into Improved Outcomes; November 3-6, 2013; San Diego, CA. American Association for Cancer Research, 2014. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.pedcan-a11.
Full textReports on the topic "Exoma"
1
Pericak-Vance, Margaret A. Whole Exome Analysis of Early Onset Alzheimer's Disease. Defense Technical Information Center, 2014. http://dx.doi.org/10.21236/ada603027.
Full text
2
Pericak-Vance, Margaret A. Whole Exome Analysis of Early Onset Alzheimer's Disease. Defense Technical Information Center, 2013. http://dx.doi.org/10.21236/ada602412.
Full text