Dissertations / Theses on the topic 'Extinction des espèces'

Centaurea corymbosa pourret (asteraceae) est une espèce végétale endémique de seulement 3 km#2, sur le massif de la Clape, dans l'Aude. Six populations, qui occupent des falaises calcaires, distantes de 300 m a 2 km, comprennent chaque année de quelques individus reproducteurs a environ 200, pour un total de 500. Afin de comprendre le fonctionnement des populations de cette espèce, dans une perspective de conservation, une approche multi-disciplinaire a été utilisée. La synthèse de résultats démographiques, écologiques, et de génétique des populations, nous permet de mieux comprendre les causes et les conséquences de la rareté de C. Corymbosa. C. Corymbosa est probablement issue d'une espèce répandue, C. Maculosa. Isolée depuis longtemps, C. Corymbosa s'est morphologiquement différenciée de C. Maculosa, et adaptée au milieu particulier que représentent les falaises du massif de la Clape. Actuellement, la métapopulation C. Corymbosa a une dynamique très lente étant donné la faible aptitude colonisatrice de l'espèce, due à la faible dispersion des graines, à l'auto-incompatibilité, et à la monocarpie. Il y a peu de chances que ces caractéristiques évoluent étant donné la structure du paysage et la rareté des événements de fondation, bien que de nombreux sites inoccupés, à proximité des populations naturelles, semblent favorables à l'espèce, comme l'ont montré les résultats préliminaires d'une introduction expérimentale. La survie de l'espèce semble donc dépendre de la viabilité des six populations actuelles, qui échangent peu de gènes et sont de petite taille ; elles sont donc soumises à une forte dérive génétique, et les individus y sont probablement assez consanguins. Il semble que la production de graines soit un facteur clé dans les fortes variations d'effectifs observées dans les populations. La production de graines est essentiellement limitée par la disponibilité des ressources et des pollinisateurs. La prédation joue un rôle négligeable. Il est possible également que, dans les plus petites populations, de faibles taux de fécondation résultent d'une faible diversité allélique aux locus d'incompatibilité, et les forts taux d'avortement, d'un fardeau de mutation élèvé. Nous discutons des implications de ces résultats pour la conservation de C. Corymbosa.

La biodiversité mondiale est victime d'une crise d'extinction majeure qui s'accompagne indéniablement d'une crise morale pour l'humanité. Nous avons ainsi été menés à comprendre dans quelle mesure la disparition des espèces constituait un objet légitime de souci éthique et quels arguments philosophiques étaient avancés pour justifier la protection des espèces. Il nous a aussi fallu saisir les causes historiques de cette tardive prise de conscience écologique de l'humanité, qui, jusque là, avait provoqué l'extinction de centaines d'espèces sans s'en soucier. Nous avons donc retracé à l'échelle de l'histoire humaine la lente élaboration intellectuelle de l'idée d'extinction ainsi que la formalisation scientifique de ce concept. Enfin, nous avons tenté de cerner la notion d'extinction, grâce à l'idée de mort individuelle, par une démarche phénoménologique et épistémologique comparée, ce qui nous a conduit à formuler une solution originale aux problématiques de conservation de la nature
Global biodiversity is presently falling victim to a major extinction crisis, which also implicates a moral crisis for the human species. In this work, we attempt to understand the extent to what the extinction of species is a legitimate subject of moral concern and we consider which philosophical arguments are formulated to justify the protection of species. We also investigate the historical causes behind this delayed awareness of the ecological significance of extinction. Both the slow intellectual development of the idea of extinction thoughout human history and the scientific emergence of the concept are explained. Finally, we investigate the notion of extinction through the idea of individual death. We employ a comparative phenomenological and epistemological approach towards death and extinction, which leads us to expound an original solution to the isuue of nature conservation

La rarefaction progressive des espèces de faune et de flore a conduit le législateur, aussi bien en France qu'à l'étranger, à s'interroger sur les outils juridiques à même d'enrayer ce processus. Limitées à la seule réglementation du prélèvement et du commerce, les mesures de protection sont néanmoins vite apparues insuffisantes. C'est la raison pour laquelle cette vision analytique tend maintenant à laisser place à une approche plus synthétique qui tente d'appréhender l'ensemble des menaces auxquelles sont confrontées les espèces. De telles mesures, parce qu'elles sont parfois susceptibles d'entrer en conflit avec des interêts acquis, ne deviendront toutefois légitimes qui si elles reposent sur des fondements juridiques solides. Au niveau national, la reconnaissance que la protection de la nature est d'intérêt général pourrait remplir cet office. Cet intérêt ne saurait toutefois se limiter au territoire national et aux générations présentes comme en temoigne la référence de plus en plus fréquente au concept de patrimoine commun de l'humanité
It is now obvious that fauna and flora are more and more threatened. To reverse this trend, governments have tried to develop legal mechanisms. It is nevertheless clear that the prohibition of the taking and trade of individuals animals and plants can not achieve this goal by its own. It's why it is clearly essential that legislator should adress all threats to a species. But, because, theses measures impose restrictions on public freedoms and private property and limits certain activities, they are not always very popular. Or, it is essential to facilitate the acceptance of conservation need by laying down a clear duty for the state and its citizens to preserve biological diversity or, at international level, by using the concept of common humankind which encompasses present and future generations

Une des caractéristiques essentielles de la biodiversité est la dominance des espèces rares et petites dans les communautés. Ces espèces sont également les moins étudiées. Par ailleurs, environ 1,75 million d’espèces sont connues, mais le nombre total d’espèces vivantes dépasse sans doute 10 millions, peut-être bien davantage. Enfin, il est maintenant établi que nous vivons une crise d’extinction majeure dans l’histoire de la vie. La documentation de la biodiversité est donc urgente, ne serait-ce que pour pouvoir mieux la préserver. C’est aux taxonomistes que revient cette tâche, puisque ce sont eux qui découvrent et décrivent les espèces, mais leur discipline souffre d’un grave manque de main-d’oeuvre et d’infrastructures. Face à ce triple constat (lacunes des connaissances sur la biodiversité, crise d’extinction, handicap taxonomique), nous nous interrogeons sur le rôle que peuvent jouer les taxonomistes pour la conservation. Le coeur du travail du taxonomiste est constitué de deux grandes étapes : discriminer les espèces, puis les nommer. La discrimination des espèces les unes par rapport aux autres, avant de les nommer, permet de dégager rapidement les caractéristiques des communautés sur la richesse spécifique, la rareté et la taille des espèces et peut aider au choix des sites à protéger. Lorsque les espèces sont nommées, il est possible d’évaluer l’endémisme et les statuts de menace, afin d’orienter les actions de conservation. Nous illustrons ces contributions de l’apport des taxonomistes à la conservation par des articles issus d’inventaires des mollusques terrestres au Gabon et en Polynésie française. Enfin, l’analyse de la base de données Fauna Europaea, compilée par des taxonomistes, est l’occasion de montrer que les indicateurs habituellement utilisés pour mesurer l’état de la biodiversité font l’impasse sur la majorité des espèces, et ne remplissent donc que partiellement leur rôle. La dernière partie de cette thèse aborde l’intérêt et la faisabilité d’une nomenclature scientifique française pour les mollusques de France, pour favoriser la conservation de ces espèces méconnues à forte valeur patrimoniale. Pour les espèces les plus nombreuses et les moins connues, les taxonomistes sont les seuls à pouvoir apporter des informations sur la richesse spécifique ou les patrons d’endémisme. Ils permettent donc de prendre en considération l’ensemble de la biodiversité, et non uniquement les grands vertébrés et les plantes supérieures. Dans ce contexte, avec les biologistes des populations, les généticiens et les écologues, ils ont un rôle de premier plan à jouer dans la conservation de la biodiversité
The abundance of rare and small species is a characteristic of biodiversity, and these species are the least known. Moreover, ca. 1. 75 million species are known, but the global magnitude of biodiversity is probably over 10 million species, maybe many more. Last but not least, we are experiencing a major extinction crisis. Documenting biodiversity is thus a priority, if only to preserve it. Taxonomists are responsible for this documentation, as these are the ones who discover and describe species, but they suffer from a lack of manpower and infrastructure. Considering these facts (lack of knowledge on biodiversity, extinction crisis, taxonomic impediment), we examine the role taxonomists could play in conservation. The core of taxonomical work is double: discriminating species, and naming them. Discriminating species, before naming, gives data on species richness, rarity and size patterns, and could help the choice of conservation areas. When species are named, assessing endemism and threat status is possible, which also allows to orientate conservation actions. We illustrate these contributions to conservation with papers presenting results of terrestrial mollusc inventories in Gabon and French Polynesia. We then analyze the Fauna Europaea database, compiled by taxonomists, which shows that the indicators usually used to measure the state of biodiversity are missing most species and give a partial image of the situation. This thesis ends with an assessment of the interest and possibility of having a French scientific nomenclature for the molluscs of France, to facilitate conservation of poorly-known threatened species. Only taxonomists can deliver data on specific richness and patterns of endemism for the most numerous and least known species. Their contribution allows to take into account all biodiversity, and not only large vertebrates and flowering plants. In this framework, their role is crucial in conservation biology, together with population biologists, geneticists and ecologists

De nombreux travaux mettent en lumière la surexploitation des ressources halieutiques dans le monde. Ce phénomène, initié depuis plusieurs décennies, se traduit de nos jours par une crise majeure dans le secteur de la pêche. En Atlantique, la langouste rouge est devenue une capture accessoire en raison d’une pêche intensive. En Corse, Palinurus elephas fait l’objet d’une pêche ciblée par une petite flottille composée de petits métiers. C’est l’espèce qui présente la plus forte valeur marchande et qui est recherchée par la grande majorité des pêcheurs artisans durant les 7 mois d’ouverture de la pêche. Or, si la pêche artisanale dans l’île semble constituer un modèle de pêche durable telle que le prône les politiques les plus récentes en matière d’halieutique, il semble que la population de Palinurus elephas ait régulièrement décliné depuis les années 1950. Ainsi, dans le but de mieux appréhender les causes de cette crise langoustière, cette thèse tentera de comprendre si le déclin de la population de Palinurus elephas est le résultat d’un problème de surpêche. De même, ce travail aura pour but de savoir s’il faut envisager ce déclin comme la résultante d’un processus multifactoriel, impliquant, outre la pêche, des raisons biologiques, écologiques ou encore climatiques. Pour cela, un effort bibliographique conséquent a été réalisé dans le but de posséder de bonnes connaissances sur la biologie et l’écologie de la langouste rouge en particulier et des Palinuridae en général. De même, les données anciennes d’effort de pêche et de captures ont été recherchées dans la littérature afin de mieux retracer l’historique de la pêche insulaire. Enfin, les données halieutiques récentes ont été collectées par un réseau d’enquêteurs présents sur l’ensemble du littoral insulaire durant toute la durée de la période de pêche à la langouste. Ces données ont été récoltées directement à bord des bateaux de pêche professionnelle pendant 8 années, de 2004 à 2011. Dans une première étape, les données récentes couplées aux travaux plus anciens ont permis de suivre l’évolution de la flottille de pêche insulaire au cours des dernières décennies. De même, ces données ont été utilisées pour reconstituer l’évolution des captures de langouste et d’effort de pêche en terme d’engins mis à l’eau. Les résultats de cette étude montrent une importante diminution des débarquements au cours du 20e siècle. Cette tendance s’est amplifiée dans les années 60 quand les filets trémails en nylon ont été introduits et se sont substitués progressivement aux nasses traditionnelles. Pourtant, l’effort de pêche porté sur ces crustacés semble avoir régressé depuis un demi siècle. Dans un second temps, il semblait nécessaire d’avoir une vision plus fine dans l’île pour mieux comprendre le fonctionnement de la pêche insulaire et l’exploitation de la langouste rouge. Ainsi, l’analyse microrégionale des données a permis de mettre en avant la variabilité de l’exploitation des différentes zones de pêche dans l’île. De même, l’évolution des rendements des filets de pêche durant huit années a montré une forte variabilité interannuelle et intersectorielle. Ce phénomène est probablement induit par les fluctuations du recrutement, un processus encore mal compris chez les Palinuridae. Plusieurs études biologiques portant sur la maturité sexuelle, l’éclosion, les larves et les post-larves ont ensuite été réalisées en première approche. Ces travaux ouvrent des perspectives pour la poursuite des recherches sur la biologie méconnue de ces crustacés. Enfin, toutes ces données bibliographiques, halieutiques et biologiques sont discutées dans le cadre de la gestion de la pêche, l’objectif étant de retrouver durablement un stock robuste de langouste sans mettre à mal la viabilité des entreprises de pêche
Numerous studies have dealt with the decrease of marine resources across the world. This decrease started many years ago, and caused a currently observed major crisis in the fishing industry. On the coasts of the North-eastern Atlantic, notably in Brittany, Plinurus elephas has been traditionally exploited. However, the red spiny lobster is now a bycatch because of its excessive fishing. In Corsica, the small-scale fishing fleet is mostly composed of little artisanal boats. Of all caught species, Palinurus elephas is the most valuable one, and, as a result, it is targeted by most fishmen during the 7-months fishing season. Most recent fisheries management studies agre with the view that in Corsican the coastal fleet seems to be a model of sustainable exploitation. However, the red spiny lobsters populations seem to decrease since the 50's. In this context, the aim of this thesis is to understand if the decline of Plinurus elephas population is a consequence of overfishing. This population drop could indeed be caused by several biological, ecological or climatic reasons. To achieve this goal, we started with a thorough, in-deep examination of available literature. An important part of this study consisted in collection of past biological and ecological data about European spiny lobster species and, more generally, Plinuridae. We also looked for old data concerning fishing effort and captures, at different levels : official numbers, scientific articles, local institution reports or other confidential documents. Finally, since 2004, an on-board monitoring programme took place for collection of reliable information; Fleet characteristics, capture and fishing effort data, as well as lobster population structure were studied. We first used old and recent data to follow fleet evolution since the last century. These data were also used to reconstruct captures and fishing efforts from 1950 to 2011. Our results point out an important capture decrease during the 20 th century. This trend started during the 1950's and 1960s, when trammel nets were introduced and substitued to traditional wood traps. The fishing effort (i. E. , the number of lobster nets) nevertheless seemed to decrease accordingly. Results from this first step indicated that a micro-regional analysis was necessary for a correct perception of the Corsican spiny lobster fisheries. This analysis revealed that exploitation intensity widely varied among different areas around the island. Moreover, landings and catch rates showed an important spatial and temporal variability. This could be caused by changes in recruitement. However, recruitement processes of this species are still poorly understood. To fill this gap, several biological investigations were carried out. We focused on sexual maturity, hatching behaviours, and larval and post-larval stages. These results improve our understanding of population parameters, and open different perspectives for future research. Finally, all the data collected during this thesis are discussed from the management strategies point of view, with the double objective of 1) allowing spiny lobster populations to reach a sustainable level and 2) preserve the traditional fishing activity in Corsica

Les changements climatiques actuels reçoivent une attention grandissante mais leurs impacts sur la biodiversité restent mal appréhendés. Cette thèse a permis de mettre en évidence une réponse cohérente des poissons d'eau douce au réchauffement climatique des dernières décennies se traduisant par des remontées en altitudes et vers les sources. Il est cependant apparu que des facteurs non-climatiques avaient majoritairement contribué aux changements observés, ce qui pourrait indiquer l'existence de délais importants dans la réponse des espèces et avoir des conséquences importantes pour leur capacité à faire face aux changements climatiques à venir. Néanmoins, certains mécanismes en lien avec des caractéristiques clés des espèces et leur histoire évolutive semblent conditionner leur capacité à persister in situ ou à suivre leur niche climatique. Ces résultats pourraient avoir des implications importantes quant à notre capacité à anticiper les changements à venir et à initier des politiques de gestion adaptées, dont les missions futures ne peuvent désormais plus être conçues sans tenir compte de l'évolution du climat
Despite increasing recognition that recent climate changes are influencing biodiversity, the specific impacts of those changes are still largely unknown. This thesis highlights systematic stream fish species shifts towards higher elevation and upstream habitats, consistent with the geographic variation associated with climate change. The results demonstrated, however, that patterns in climate-driven range shifts were less marked than those attributed to non-climatic drivers, suggesting more severe longer-term effects of climate warming on stream fish and profound consequences on the ability of species to cope with future climate modifications. Nevertheless, the results also provide evidence that several mechanisms are linked to species' evolutionary history and some key biological and ecological traits, allowing species to persist in situ or to track their climatic niche through space. These research findings improve our ability to anticipate future climate change-induced impacts and will assist with initiating effective conservation and management strategies, which can no longer be effectively designed without taking into account climate change

Pour évaluer l'impact de la glaciation ashgillienne sur les microfossiles organiques nord-gondwaniens, 156 échantillons prélevés, à limite Ordovicien-Silurien, en Algérie, Maroc, République tchèque et le Massif armoricain ont été analysés. Les crises fauniques du Permo-Trias et Frasnien-Famennien sont brièvement discutées. La biostratigraphie des coupes, basée sur les chitinozoaires, pour fixer la chronologie des événements recensés a été réalisée. L' essentiel de l'étude porte sur la quantification et l'interprétation du comportement du plancton sous les effets d'un stress climatique majeur. Trois périodes principales de fluctuations de la biodiversité et de l'abondance ressortent dans les assemblages de ces microfossiles. La période pré-glaciaire accuse une forte abondance et diversité de ces derniers. La période glaciaire se traduit par l'appauvrissement des populations de chitinozoaires, d'acritarches et sphaeromorphes. Aucune extinction massive en lien direct avec la glaciation n'est enregistrée. La période post-glaciaire enregistre un regain de diversité. La récupération faunique silurienne est perturbée par l'anoxie.

Les radiations évolutives sont des phénomènes de diversification rapide, et une source majeure de la diversité biologique sur Terre. J'explore ici l'hypothèse selon laquelle les mécanismes écologiques et génétiques à la base des radiations évolutives structurent les patrons macroécologiques et macroévolutifs de diversité. Pour ce faire, j'analyse les prédictions de plusieurs modèles de radiation émergeant des dynamiques spatio-temporelles à l'échelle individuelle. Ces analyses montrent d'abord que la structuration spatiale est un facteur majeur de diversité et d'endémisme au sein des archipels océaniques, en raison d'interactions entre dispersion et spéciation allopatrique. L'intégration de la dynamique des paysages et des processus d'interactions compétitives révèle ensuite comment ces facteurs se combinent pour structurer la forme des arbres phylogénétiques, et notamment générer des arbres déséquilibrés et une décélération du tempo de branchement, souvent observés dans les phylogénies moléculaires. J'explore alors les mécanismes responsables de cette décélération. Je montre qu'elle reflète une diversité-dépendance négative du taux de spéciation, liée à une réduction de la persistance et différentiation écologique des nouvelles populations. Le taux d'extinction n'est lui pas influencé par la diversité, les extinctions étant ici surtout causées par une combinaison d'exclusion compétitive et d'hybridation d'espèces incipientes. Enfin, je mets en évidence l'importance, lors d'une crise d'extinction, de la topologie rangée des arbres phylogénétiques et de la distribution des extinctions sur les pertes de diversité phylogénétique, et donc sur le potentiel d'évolution future
Evolutionary radiations are phenomena of rapid diversification, and one of the major sources of biodiversity on Earth. Here, I explore the hypothesis that ecological and genetic mechanisms underpinning evolutionary radiations structure macroecological and macroevolutionary patterns of diversity. To this end, I analyse the predictions of several models in which radiations emerge from spatio-temporal dynamics at the scale of the individual. These analyses first show that spatial structure is a major driver of diversity and endemism on oceanic archipelagos due to interactions between dispersal and allopatric speciation. Second, by integrating landscape dynamics and the processes of competitive interactions, I reveal how these factors combine to shape phylogenetic trees, and in particular to beget trees that are unbalanced and exhibit a deceleration in branching tempo, which is often observed on molecular phylogenies. I then explore the mechanisms responsible for this deceleration. I show that it reflects a negative diversity-dependence of the speciation rate, itself linked to a reduction in the persistence and ecological differentiation of new populations. The extinction rate is, on the other hand, uninfluenced by species diversity, extinctions being here mainly caused by a combinaison of competitive exclusion and hybridization of incipient species. Finally, I show that during mass extinctions the ranked topology of phylogenetic trees and the distribution of extinctions among the tips have a strong impact on the loss of phylogenetic diversity, and hence on the potential for future evolution

P. Apollo (linnaeus, 1758) est une espece emblematique des montagnes francaises. Un severe declin a ete enregistre dans de nombreuses populations de p. Apollo. Nous avons choisi de developper plusieurs axes dans ce travail de recherches en essayant de faire le lien entre recherche fondamentale et biologie de la conservation. Cette etude aborde l'ethologie de l'espece, elle a permis de mettre en evidence des differences marquees entre le comportement des imagos males et femelles. Des experiences sur la valeur trophique des plantes nourricieres ont revele des differences notables entre l'efficacite trophique de certaines especes de sedum. Les transects se sont averes un outil interessant pour le suivi des populations de p. Apollo en france. Les resultats de trois annees de suivi sont exposes, des cartographies dans le parc national des ecrins et le parc national des cevennes ont ete realisees. Elles mettent en evidence un statu tres different de l'espece suivant les massifs. Les captures-marquages-recaptures (cmr) ont permis d'etudier la dynamique de deux populations importantes, a la chau et a drigas. On notera de grandes variations dans la phenologie et dans les effectifs saisonniers, entre stations, mais egalement d'une annee sur l'autre. La repartition des individus sur le site s'effectuant principalement en rapport avec les plantes nourricieres des chenilles. Les relations et flux geniques interspecifiques ont egalement ete abordes en etudiant l'hybridation avec p. Phoebus. La derniere partie est consacree a un aspect plus applique, lie a la biologie de la conservation de l'espece p. Apollo. Nous proposerons des elements pour l'elaboration de plans d'action.

Les forêts tropicales sont largement dominées par les plantes à fruits charnus dont la dispersion est assurée par les vertébrés frugivores. L'effondrement global des grands vertébrés interroge donc quant à la résilience de ces écosystèmes, en particulier dans les îles qui concentrent l’essentiel des extinctions documentées. Les Mascareignes sont un remarquable système d'étude des ruptures d'interactions de frugivorie car la faune d'origine, pléthorique jusqu'à la colonisation humaine au 17ème siècle et aujourd'hui largement éteinte, est bien connue tout comme sa flore diversifiée qui compte parmi les plus menacées. La Réunion abrite encore des forêts indigènes le long de puissants gradients environnementaux et un volcanisme actif offrant l'opportunité d'explorer sur le long terme les conséquences de la défaunation. De plus, les niveaux variables d'extinction de vertébrés forestiers entre La Réunion (principal frugivore relictuel, masse=55 g) et Maurice (450 g) permet d'utiliser ces îles comme pseudo-réplicats pour tester diverses hypothèses. Cette thèse s'organise en trois parties qui visent à (1) décrire les patrons de distribution spatiale des traits de dispersion à La Réunion et Maurice, et comprendre les implications pour l'extinction de la faune qui a été fulgurante à La Réunion ; (2) évaluer les conséquences de la rupture des interactions de frugivorie sur la reconstruction des écosystèmes forestiers sur les coulées de lave du Piton de la Fournaise ; (3) évaluer les conséquences de la rupture des interactions de frugivorie sur le maintien de la diversité dans les forêts de l'archipel établies avant la colonisation humaine. (1) Les proportions de plantes à fruits charnus dans les communautés de plantes ligneuses chutent avec l'altitude et cette diminution est d'autant plus forte que les fruits sont gros. En comparant les principaux facteurs d'extinction de vertébrés entre La Réunion et Maurice, nous montrons que la destruction précoce des habitats favorables de basse altitude à La Réunion a probablement joué un rôle central dans la fulgurance des extinctions. (2) Après avoir étoffé la chronoséquence des coulées du Piton de la Fournaise, nous montrons que la disparition des populations de frugivores a profondément altéré la capacité des forêts de basse altitude à se rebâtir dès le 18ème siècle et que la refaunation des écosystèmes avec des frugivores introduits profite essentiellement aux plantes exotiques à fruits charnus. Néanmoins, en restaurant la dispersion, les plantes à grosses graines sont capables de s'installer sur les coulées historiques où recrutent très majoritairement des plantes envahissantes. (3) En comparant les forêts de référence de La Réunion et Maurice, nous montrons que la roussette noire permet un bien meilleur recrutement de nombreuses espèces ligneuses à Brise-Fer que le bulbul de La Réunion à Mare-Longue, excepté pour les plantes à grosses graines qui se régénèrent assez mal dans les deux îles. Une expérimentation à Mare-Longue montre enfin comment la persistance de la pulpe seule peut limiter fortement le recrutement, mais que ce dernier peut être notablement influencé par la faune introduite. Nos résultats inquiétants montrent l'urgence de protéger les grands frugivores indigènes où ils existent encore et de favoriser leur retour quand ils ont disparu. Parallèlement, des semis à large échelle devraient être envisagés dans les aires protégées où le maintien, voire le retour de la dynamique forestière indigène sont impératifs
Tropical forests are mostly dominated by fleshy-fruited plants, which are dispersed by frugivorous vertebrates. The global collapse of large vertebrates therefore raises questions about the resilience of these ecosystems, particularly on islands, which concentrate the bulk of extinctions. The Mascarenes are a remarkable system to study disruption of frugivory interactions because the pristine fauna, plethoric until human colonization in the 17th century and now largely extinct, is well known as well as its diverse flora which is particularly at risk. La Réunion is still home to indigenous forests along strong environmental gradients and active volcanism that offers the opportunity to explore the long-term consequences of defaunation. In addition, the varying levels of vertebrate extinctions between La Réunion (main extant frugivore, mass=55 g) and Mauritius (450 g) makes itpossible to use these islands as pseudo-replicates to test various hypotheses. This thesis is organised in three parts which aim to (1) describe the spatial distribution patterns of dispersal traits on La Réunion and Mauritius, and understand the implications for vertebrate extinctions which have been particularly rapid on La Réunion; (2) evaluate the consequences of frugivory disruption on the reconstruction of forest ecosystems on the lava flows of the Piton de la Fournaise; (3) assess the consequences of frugivory disruption on the maintenance of diversity in forests established before human colonisation. (1) Proportions of fleshy-fruited plants strongly decrease with elevation and this decrease is all the more pronounced the larger the fruit are. By comparing the main factors of vertebrate extinctions between La Réunion and Mauritius, we show that the early destruction of favorable lowland habitats on La Réunion probably played a central role in the rapidity of frugivore extinctions. (2) After expanding the chronosequence of the Piton de la Fournaise flows, we show thatfrugivore extinctions have profoundly altered the capacity of lowland forests to rebuild since the 18th century and that the refaunation of ecosystems with alien frugivores mainly benefits alien fleshy-fruited plants. Reinstating dispersal, native large-seeded plants are nevertheless capable of settling on historical flows where recruitment is overwhelmingly dominated by invasive plants. (3) By comparing two reference forests of La Réunion and Mauritius, we show that the Mauritian flying fox allows a much better recruitment of many plant species at Brise-Fer than the Réunion bulbul at Mare-Longue, except for large-seeded plants which regenerate poorly in both islands. An experiment finally shows how the persistence of fruit flesh alone can strongly limit tree recruitment, but that the latter can be modulated by introduced fauna. Our overall worrying results show the urgency to protect large native frugivores wherever they still exist and of encouraging their return where they had disappeared. At the same time, large-scale sowing should be envisaged in protected areas where the maintenance or even the return of native forest dynamics are imperative

Des fouilles récentes dans le Pléistocène de Corse ont considérablement augmenté le registre connu d'oiseaux. Deux principaux sites concernent les oiseaux. Il s'agit d'une part de la grotte de Coscia (Macinaggio, Haute-Corse), qui comprend principalement des dépôt datés du Würm ancien ( ̃60000 ans BP) ; elle est située à l'extrémité septentrionale du Cap Corse. Les dépôts de Castiglione (Oletta, Haute-Corse) eux, forment trois groupes d'âges différents : Cast. 1 - Pléistocène moyen récent, Cast 3 locus CG s. L. - Pléistocène moyen plus ancien, et Cast 3 locus PL s. L. - Pléistocène terminal à début Holocène. Leur étude révèle une richesse supérieure à l'actuelle, comprenant des taxons actuels encore présents sur l'île, des taxons actuels disparus de l'île, et des taxons complètement éteints, endémiques et non endémiques, certains étant nouveaux. Les taxons endémiques éteints renseignent par leur évolution sur certains paramètres de la Corse par le passé, et sur les phénomènes d'évolution insulaire en général chez les oiseaux. Des implications paléoenvironnementales, paléoclimatiques, et paléobiogéographiques, sont soulignées également. Enfin, des causes plus ou moins générales aux phénomènes d'extinction sont proposées. Une approche quantifiée de la structure de taille des communautés d'oiseaux est proposée avec l'application aux oiseaux de la méthode des cénogrammes. Cela consiste à établir pour une communauté la courbe des poids de chaque espèce en logarithme (en ordonnées), classés en abscisse par ordre décroissant. Des cénogrammes sont d'abord établis et étudiés chez les communautés continentales actuelles, afin d'identifier les caractéristiques liées à la biogéographie, et les caractéristiques liées au milieu et au climat. Sur ce dernier point, des relations entre la forme des cénogrammes et l'ouverture du milieu végétal sont mises en évidence. Des cénogrammes insulaires sont établis, et des caractéristiques liées à l'insularité sont mises en évidence. Les impacts anthropiques holocènes, connus pour avoir appauvri les communautés insulaires d'oiseaux, l'ont fait de façon sélective en ce qui concerne leurs structures de taille. Enfin, divers aspects évolutifs concernant également le poids des espèces en contexte insulaire, et aussi certaines allométries, sont étudiées chez l'ordre des Strigiformes dans le monde. Les taxons endémiques insulaires, actuels et éteints, sont recensés, ainsi que certaines de leurs caractéristiques. Les îles et archipels concernés sont caractérisés également. Les tendances et corrélations observées sont discutées, et confrontées aux hypothèses concernant ces évolutions insulaires chez les Vertébrés. Des interprétations sont proposées pour ce qui concerne les Strigiformes, et plus largement les oiseaux. Les impacts anthropiques holocènes rendent l'image actuelle des Strigiformes insulaires (entre autres ordres) considérablement et sélectivement modifiée par rapport à la situation naturelle antérieure.

Les carbonates et évaporites de la formation Khuff (Permien supérieur) de la plate-forme arabique abritent un des plus grands réservoirs de gaz au monde. Le matériel étudié comprend 6000 échantillons de subsurface ou d'affleurements et provient du Golfe persique, de Turquie, d'Arabie Seoudite et de Chine du Sud. Les objectifs de l'étude étaient de: (1) construire un cadre biostratigraphique robuste à partir de l'étude systématique détaillée des algues calcaires et des foraminifères, (2) caractériser les environnements de dépôt et leur succession dans le temps à la fin du Permien et au Trias basal. La comparaison des différents assemblages a permis de subdiviser l'intervalle étudié en 8 unités distinctes limitées par des niveaux d'importants renouvellements biotiques. A la fin du Permien, le Zagros (Iran), le Taurus (Turquie), la Chine du Sud et même le Japon partagent un assemblage de foraminifères similaire et constituaient des provinces paléogéographiques périodiquement interconnectées. L'étude paléoécologique montre que les points hauts relatifs contrôlés structuralement ont été successivement ennoyés et que le système a évolué depuis une plate-forme barrée vers une rampe très faiblement inclinée. Les unités oolithiques majeures (réservoirs) se sont développées à la fin du Wuchiapingian (partie supérieure du réservoir k4) et au début du Trias (réservoir k2), et sont piégées à l'intérieur de zones plus fortement subsidentes. La subsidence thermique liée à l'ouverture de l'Océan Neotethys est sans doute le facteur majeur contrôlant la sédimentation sur la plate-forme arabique et a joué un rôle important durant les phases successives d'extinction de la fin du Permien
The carbonates and evaporites of the late Permian Khuff formation form widespread reservoirs across the Arabian plate and concentrate the biggest gas resources in the world. The material studied includes 6000 samples from subsurface and outcrops in the Persian gulf, Turkey, Saudi Arabia and South China. The objectives of the study were (1) to build a robust biostratigraphic framework based on a detailed description of algal-foraminiferal biotic content, (2) to characterize the depositional environments and their temporal successions during the late Permian and early Triassic. By comparison of fossils distribution, the middle/late Permian Khuff deposits are divided into 8 units limited at their tops by turnovers levels, corresponding to significant reshapings of biotic assemblages. During the late Permian, Zagros (Iran), Taurus (Turkey), South China and even Japan share similar foraminiferal assemblages and represent intermittently connected palaeobiogeographic provinces. Palaeoecological results show that the structurally controlled palaeohighs are successively drowned and that the system evolves progressively from a rimmed platform towards an almost uniformly flat ramp. The major oolitic units (reservoirs) developed within high-subsiding areas by sediment volume funneling, mainly during the late Wuchiapingian (upper k4 reservoir) and early Triassic (k2 reservoir). The thermal subsidence during the Neotethyan spreading is likely the main factor that drove the Khuff deposition on the Arabian platform and can be related to the demise of the regional Permian fauna

La Corse abrite une grande diversité de zones humides soumises à des pressions et menaces d’origine anthropique qui n’ont cessé de croître et de se diversifier au cours de ces dernières décennies. La conservation de ces milieux à forte valeur patrimoniale et du peuplement d’odonates original qui s’y développe, représente aujourd’hui d’importants enjeux environnementaux et sociétaux afin de préserver les services écologiques essentiels rendus par ces éléments clefs des écosystèmes aquatiques et terrestres. Le projet de recherche appliquée développé dans le cadre de cette thèse s’est attaché à améliorer les connaissances disponibles sur les libellules de Corse, afin de proposer des mesures de conservation et de gestion concrètes en faveur de ce groupe et de ses principaux habitats naturels sur l’île. Dans cet objectif, la première partie de ces travaux s’est employée à combler les principales lacunes de connaissance identifiées par les études antérieures sur la situation des espèces, notamment en intensifiant l’effort de prospection consenti à l’échelle régionale. Les particularités, la répartition, les exigences et habitats écologiques de nombreuses libellules se développant en Corse ont pu être décrits avec précision. Les informations disponibles sur certains taxons à forte valeur patrimoniale ont particulièrement augmenté comme l’illustre la définition très complète de la situation éco-biogéographique de Chalcolestes parvidens. La deuxième partie de ces travaux s’est attachée à évaluer et comparer l’efficacité des principales méthodes d’échantillonnage couramment utilisées pour l’étude des populations d’odonates. Dans ce cadre, les nombreuses informations récoltées sur l’organisation spatiale et la dynamique des populations étudiées ont notamment été employées afin de proposer aux principaux gestionnaires d’espaces naturels de l’île (Conseils départementaux, PNRC, Communes…) des méthodes adaptées pour l’évaluation et le monitoring des espèces à fort enjeu de conservation, dont l’emblématique et menacé Lestes macrostigma.La troisième partie de ces travaux est consacrée au développement d’outils pour le suivi de la qualité des principaux habitats d’odonates. Elle a permis d’aboutir à l’élaboration d’un tout nouvel indice biologique adapté à l’évaluation de l’état écologique des rivières de Corse : « Odonata Community Index – Corsica » (OCIC). Cet outil innovant, basé sur l’étude du peuplement caractéristique des libellules des cours d’eau, s’est montré particulièrement performant lors de sa confrontation aux autres indices biologiques actuellement utilisés sur l’île. L’indice OCIC et le groupe des odonates apparaissent aujourd’hui clairement comme des solutions alternatives prometteuses, en vue d’améliorer l’efficacité du système d’évaluation de la qualité écologique des rivières de Corse, compte tenu des failles de représentativité mises en évidence par les expérimentations réalisées.La dernière partie de cette thèse, basée sur des évaluations patrimoniales et écologiques du peuplement insulaire d’odonates réalisées à l’aide des informations produites, se conclue par le développement de nouveaux dispositifs régionaux de conservation en lien avec les services de l’Etat : un Plan Régional d’Actions, une liste rouge d’espèces menacées ainsi qu’une liste actualisée d’espèces déterminantes pour les Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique. Ces dispositifs permettront d’améliorer l’état de conservation des libellules de Corse et des principales zones humides qui les abritent.Au final, ces travaux de thèse qui ont permis de plus de tripler les données disponibles jusqu’alors sur les libellules de Corse, fourniront un nouveau cadre de développement pour l’odonatologie insulaire
Corsica is home to a great diversity of wetland subject to anthropogenic pressures and threats which have continued to grow and diversify in recent decades. The conservation of these environments with high heritage value and of the original Odonata community that develops in it, today represents significant environmental and societal challenges in order to preserve essential ecological services provided by these key elements of aquatic and terrestrial ecosystems. The applied research project developed as part of this thesis is focused on improving the knowledge available on the corsican dragonfly’s community, to propose concrete conservation and management measures for this group and its main insular natural habitats.In this objective, the first part of this work has sought to fill principal knowledge gaps identified by previous studies on the situation of listed species, including by greatly intensifying exploration effort at the regional level. The special features, distribution, habitat requirements and ecological of many dragonflies growing in Corsica have been described with great precision. The information available on some taxa with high heritage value increased as illustrated by the comprehensive definition of eco-bio-geographical situation of Chalcolestes parvidens.The second part of this work has sought to evaluate and compare the effectiveness of the main sampling methods commonly used for the study of dragonfly’s populations. In this context, the informations collected on the spatial organization and dynamics of the populations studied were especially used to propose appropriate methods for evaluation and monitoring the species to high conservation issue to main managers of natural areas of the island (County Councils, PNRC, municipalities ...), including the emblematic and threatened Lestes macrostigma.The third part of this work is devoted to the development of tools for monitoring the quality of the main Odonata habitats. It lead to the development of a new biological index adapted to assess the ecological status of corsican rivers: "Odonata Community Index - Corsica '(OCIC). This innovative tool, based on the study of characteristics of Odonata community of watercourses, was particularly effective during its confrontation with other biological indicators currently used on the island. The OCIC index today appear clearly as an alternative solution to improve the efficiency of the ecological quality assessment system of the Corsican rivers, given the representativeness vulnerabilities which have been highlighted by the tests performed.The final part of this thesis, based on heritage and environmental assessments of the insular dragonfly’s community made with all the information produced, ended with the development and the proposal of several regional conservation devices whose implementation is encouraged by the state services: a first regional actions plan, a first red list of threatened species and an updated list of species determinative for natural areas of ecological, flora and fauna interest. These important features are intended to contribute to improve the overall state of conservation of Corsican dragonflies and main wetlands that support them. They should enable the implementation of truly operational management actions and ensure better consideration of the main regional conservation and valuation issues identified.In the end, the thesis work that increased more than triple the previously available data on dragonflies of Corsica, will provide a new framework to developpe the isular odonatology

Cette étude porte sur les ostracodes du Givétien de l’Ardenne. A cette période, l’Ardenne est une vaste plate-forme carbonatée récifale et tropicale s’étendant le long de la marge sud-laurussienne (océan Rhéno-Hercynien). La faune de trois régions de l’Ardenne (Aisemont, Givet et Aisne), représentant trois emplacements sur la plate-forme givétienne, est caractérisée. La faune de trois provinces plus éloignées (Asturies, Massif de Mouthoumet et Saoura), appartenant à des plates-formes différentes au Givétien, est analysée dans un but comparatif. Environ 50 000 ostracodes ont été extraits par acétolyse à chaud. Au total, 376 taxons répartis en 9 genres sont identifiés. Dans le Givétien de l’Ardenne, 245 taxons sont recensés et 1 nouveau genre et 5 nouvelles espèces sont proposés. L’analyse de la répartition stratigraphique et de la biodiversité des ostracodes montre une faune relativement riche et stable durant le Givétien inférieur et moyen. Dans tous les sites étudiés, une chute dans l’abondance et la biodiversité des ostracodes est observable à la fin du Givétien moyen. Elle est suivie par une période où les faunes sont rares, puis par un renouvellement faunique avec l’installation de taxons nouveaux dans le Givétien supérieur. Ce phénomène, d’ampleur supra-régionale, est la conséquence de la crise du Taghanic. Cette crise affecte de façon conséquente les ostracodes benthiques néritiques. Au niveau spécifique, environ 90% des taxons connus dans le Givétien inférieur et moyen ne sont plus retrouvés dans le Givétien supérieur. Dans la Saoura, un autre bioévénement est retrouvé dans le Givétien moyen : les événements pumilio. Les ostracodes ne semblent aucunement perturbés par ce bioévénement. Enfin, en Ardenne, quelques marqueurs biostratigraphiques sont reconnus dans le Givétien. Des groupes écologiques d’ostracodes sont caractérisés sur la plate-forme ardennaise en fonction de l’environnement. Les affinités écologiques des espèces rencontrées sont analysées, permettant de mettre en avant quelques marqueurs environnementaux et des taxons ubiquistes. Parmi ces taxons ubiquistes, des espèces polymorphes sont observées. Une analyse quantitative de l’espèce Cavellina rhenana Krömmelbein, 1954 met en avant que l’environnement a une influence majeure sur la morphologie de la carapace. De tels taxons écomorphes peuvent permettre d’affiner les reconstitutions paléoenvironnementales. Une base de données sur les ostracodes du Givétien a été compilée et inclut 920 espèces de 18 régions. L’analyse de ces informations sous un angle paléobiogéographique permet de mettre en avant l’existence d’une province faunique Rhéno-Hercynienne au Givétien. Durant cette période, les échanges fauniques sont favorisés avec les régions plus méridionales. Le dernier volet de cette étude traite de la découverte de deux niveaux à microsphérules dans le Givétien ardennais. Les caractéristiques de ces niveaux permettent de penser qu’il s’agit d’éjectas distaux déposés suite à deux impacts météoritiques au cours du Givétien
This study deals with the ostracodes of the Givetian of the Ardenne. During this period, the Ardenne was a wide reefal carbonate platform in tropical realm, extending along the south-laurrusian margin (Rheno-Hercynian Ocean). The fauna from three areas of the Ardenne (Aisemont, Givet and Aisne), representing three different places on the givetien platform, are characterized. Other faunas from three farther areas (Asturias, Mouthoumet Massif and Saoura) which belong to other carbonate platforms during the Givetian are also analyzed to compare with the Ardenne. About 50,000 ostracodes were extracted by the hot acetolysis method. In all, 376 taxa belonging to 91 genera have been identified. In the Givetian of the Ardenne, 245 taxa have been recognized, of which 1 new genus and 5 new species. Analyses of the stratigraphical distribution and the biodiversity of ostracodes show a relatively rich and stable fauna from the Early to the Middle Givetian. For all the studied areas, the abundance and the biodiversity of ostracodes decrease in the late Middle Givetian. It is followed by a time interval where faunas are rare. Then, a faunal renewal occurs, with the appearance of new taxa in the Late Givetian. This supraregional phenomenon is a consequence of the global Taghanic Biocrisis. This crisis deepdly disturb the neritic benthic ostracodes communities. Ne arly 90% of the species know in the Early and the Middle Givetian are no longer found in the Late Givetian. In the Saoura, another bioevent is recognized: the pumilio events. Ostracodes communities are not affected by this bioevent. Finally, in the Ardenne, some biostratigraphical markers are proposed in the Givetian. Ecological groups of ostracodes on the ardennean platform are characterized in regards to environment. Ecological affinities of the species are analysed and allow recognizing both valuable environmental markers and ubiquists taxa. Among these ubiquists taxa, polymorphic species are present. Quantitative analyses performed on the species Cavellina rhenana Krömmelbein, 1954 put forwards that the environment strongly influences the carapace morphology. Such ecomorphs may be useful to refine paleoenvironmental reconstructions. A database on givetian ostracodes has been compiled. It includes 920 species from 18 areas. Analyses of this database evidence that a Rheno-Hercynian faunal province existed during Givetian. During this period, faunal exchanges were favoured with the more southern areas. The last part focuses on the finding of two microspherules layers in the Givetian of the Ardenne. The characteristics of these levels suggest that they are distal ejectas deposited following two asteroid impacts during the Givetian

L'impact de l'activité économique et de l'augmentation de la population sur l'environnement soulève de profondes questions sur l'avenir des sociétés humaines et des ressources environnementales. En ceci, les "Limites de la Croissance" ("Limits to Growth", Meadows, Meadows, Behrens et Randers, 1974) mettent en garde les sociétés humaines contre la possibilité d'un effondrement social si les tendances actuelles d'exploitation de ressources naturelles et de dégradation de l'environnement suivent leur court. La richesse de la nature étant primordiale à la richesse des nations, cette thèse en sciences économiques au travers de quatre contributions théoriques et empiriques traite de la possibilité d'une cohabitation pacifique des sociétés humaines avec la nature et discute des politiques de conservation de la nature. Nos résultats théoriques et empiriques montrent d'une part que l'expansion de l'habitat humain se fait au détriment des autres espèces biologiques (animales et végétales). D'autre part, nous montrons que les efforts actuels de conservation des espèces biologiques sont fortement orientés vers des forets dont la richesse en biodiversité s'avère douteuse. Finalement, nous montrons qu'une utilisation de plus en plus croissante des énergies primaires, donc à forts impacts écologiques, est encore à attendre des pays en développement. En termes de politiques environnementales, nos travaux appellent davantage à la réduction de l'empreinte écologique des sociétés humaines. Ceci inclut : Une exploitation favorisant la régénération des forêts et non la réduction des aires déjà couvertes ; L'élargissement des aires protégées surtout dans les pays en développement ; Une incitation des individus à orienter les préférences vers la demande de biens à faibles empreintes écologiques
The impact of economic activities and increasing population on the environment raise profound interrogations towards the future of human societies and environmental resources. In this, the "Limits to Growth" (Meadows, Meadows, Behrens and Randers, 1974) warn human societies about the possibility of social collapse if current trends of exploitation of natural resources and environmental degradation remain unchanged. The wealth of nature being essential to the wealth of nations, this thesis in economics through four theoretical and empirical contributions addresses the possibility of a peaceful cohabitation between human and nature and discusses conservation policies of nature. Our theoretical and empirical results show on the one hand that human habitat is being expanded to the detriment of other biological species (animal and plant). On the other hand, we show that current efforts to conserve biological species are strongly oriented towards forests whose richness in biodiversity is doubtful. Finally, we show that an increasingly growing consumption of primary energies, therefore with strong ecological impacts, is still to be expected from developing countries. In terms of environmental policies, our work advocates for a reduction of the ecological footprint of human societies. This includes policies promoting forest regeneration and not the reduction of covered areas, expansion of protected areas, especially in developing countries and incentives for individuals to orient preferences towards the demand for goods with low ecological impacts

L'esturgeon européen Acipenser sturio (Linnaeus, 1758) était un poisson commun de nos fleuves jusqu'au début du 20e siècle. Toutes ses populations sont maintenant éteintes sauf une qui survit dans le bassin Gironde-Garonne-Dordogne en France. Les données disponibles sur l'espèce restent très partielles car elles proviennent quasi exclusivement de cette population relictuelle. Au cours de cette thèse, plus d'une centaine d'échantillons anciens d'esturgeons restes archéologiques ou spécimens naturalisés conservés dans les muséums d'histoire naturelle ont été analysé grâce aux méthodes de la paléogénétique. Ces analyses génétiques ont été réalisées sur l'ADN mitochondrial (surtout la Dloop) ainsi que sur cinq loci microsatellites qu'il a été nécessaire d'adapter aux méthodes d'étude de l'ADN ancien. Les données paléogénétiques obtenues ont permis d'étudier : 1) les relations de l'esturgeon européen avec les autres espèces d'esturgeons vivant ou ayant vécu en Europe, en particulier l'esturgeon de l'Adriatique A. naccarii et l'esturgeon atlantique A. oxyrinchus. 2) la diversité génétique de l'esturgeon européen sur l'ensemble de son ancienne aire de répartition. 3) la diversité génétique d'une population d'esturgeon européen au cours du temps la population du Rhône, d'une période où elle était florissante jusqu'à son extinction. L'ensemble de ces données ont été discuté à la lumière de la conservation de l'espèce, qui est aujourd'hui en danger critique d'extinction
The European sturgeon Acipenser sturio (Linnaeus, 1758) was a common fish of our rivers until the beginning of the 20th century. All populations are now extinct except one which survives in the Gironde-Garonne-Dordogne basin in France. Data available on this species are only partial because they only stem from this relictual population. During this thesis, more than one hundred ancient sturgeon samples archaeological remains or naturalized museum specimens were analysed by paleogenetics means. These genetics anlyses were carried out on mitochondrial DNA (mainly the Dloop) and five microsatellites loci which were adapted to ancient DNA methodologies. Paleogenetics data that we obtained were used to study : 1) A. sturio interactions with other sturgeon species which live or lived in Europe, especially the Adriatic sturgeon A. naccarii and the atlantic sturgeon A. oxyrinchus. 2) the genetic diversity of A. sturio all over its former geographical range. 3) genetic diversity of a population of the European sturgeon through time the Rhone River population from a period it was flourishing until its extinction. All these data were considered in the light of the species conservation, since A. sturio is now critically endangered

En Europe tempérée, les paysages sont dominés par une mosaïque de forêts, prairies et cultures depuis plusieurs siècles. Cette longue période de temps a permis la spécialisation d'espèces au sein des habitats et de leurs interfaces grâce à de forts contrastes environnementaux. Cependant, de fréquents changements d'occupation du sol ont eu lieu par le passé, lesquels se sont accélérés dans les dernières décennies, remettant en cause la stabilité des communautés végétales et de leur environnement. L'afforestation d'anciennes prairies et l'extension de prairies par déforestation, le plus souvent issues de la progression et de la régression d'anciennes lisières, n'ont que peu été étudiées. Au sein des interfaces foret-prairie, en plus d'un effet lisière induit au sein de chaque habitat par la proximité de l'habitat adjacent, un effet histoire peut s'ajouter au sein des habitats récents, c'est-à-dire un héritage environnemental et/ou floristique (dette d'extinction, crédit de colonisation). Au sein des lisières d'habitats récents, une interaction entre effet lisière et effet histoire peut également être rencontrée. Dans cette thèse, les objectifs ont été d'évaluer l'influence relative de l'effet lisière et de l'effet histoire le long d'interfaces forêt-prairie stables, issues d'afforestation et issues de déforestation en s'intéressant (i) aux conditions environnementales, (ii) à la richesse et à la composition floristique des communautés végétales, et (iii) aux valeurs de traits au sein des communautés. Nos résultats ont montré des gradients croissants d'intensité lumineuse et de nutriments des sols allant des lisières aux cœurs de prairies. En réponse à ces gradients, un fort effet lisière sur la composition des communautés végétales a été trouvé en prairie. Ces différences floristiques entre lisières et cœurs de prairies s'expliquent par la présence d'un grand nombre d'espèces transgressives parmi les espèces spécialistes de forêt, lesquelles ont des valeurs de traits favorisant leur transgression en prairie. A côté de cela, une dette d'extinction d'espèces spécialistes de prairie a été trouvée au sein des forêts récentes, laquelle est responsable d'une hauteur végétative plus importante par rapport aux forêts anciennes. Ces résultats s'expliquent par une intensité lumineuse restée plus élevée au sein des forêts récentes, même après plusieurs décennies. Une dette d'extinction d'espèces spécialistes de forêt a aussi été mise en évidence en lisière de prairie récente, laquelle est le résultat d'une interaction entre effet lisière et effet histoire. En prairie récente, l'effet lisière favorise le maintien des espèces forestières. D'après nos résultats, les lisières de forêt et de prairie, dont la plupart ont subit un déplacement au cours des deux derniers siècles, hébergent de nombreuses espèces végétales spécialistes des habitats anciens, parfois en dette d'extinction. Une réévaluation de la distribution des espèces au sein des communautés végétales de forêts et prairies semble alors nécessaire en tenant en compte de l'histoire des habitats. Face à l'instabilité croissante des forêts et prairies, l'identification des espèces en dette d'extinction représente une chance pour la conservation et la restauration de la biodiversité végétale
In temperate Europe, landscapes are dominated by a mosaic of forests, grasslands and crops since several centuries. This long period of time allowed the specialization of species within the habitats and their interfaces thanks to strong environmental contrasts. However, there have been frequent land-use changes in the past, which have accelerated in recent decades, challenging the stability of plant communities and their environment. The afforestation of former grasslands and the extension of grasslands by deforestation, mostly resulting from the progression and regression of the edges, have been poorly studied. In the forest-grassland interfaces, in addition to an edge effect induced in each habitat by the proximity to the adjacent habitat, a history effect can be added in recent habitats, i.e. an environmental and/or floristic legacy (extinction debt, colonization credit). In the recent habitat edges, an interaction between edge effect and history effect can also be encountered. In this thesis, the objectives were to evaluate the relative abundance of the edge effect and the history effect along forest-grassland interfaces stable, from afforestation process and from deforestation process, by studying (i) environmental conditions, (ii) the richness and floristic composition of plant communities, and (iii) trait values within communities. Our results showed increasing gradients of light intensity and soil nutrients ranging from grassland edges to grassland cores. In response to these gradients, a strong edge effect on the composition of plant communities was found in grasslands. These floristic differences between grassland edges and grassland cores are explained by the presence of a large number of transgressive species among the forest specialist species, which have trait values favoring their transgression in grasslands. Besides this, an extinction debt of grassland specialist species has been found in recent forests, which is responsible for a higher vegetative height compared to ancient forests. These results can be explained by the fact that light intensity remained higher in recent forests, even after several decades. An extinction debt of forest specialist species has also been demonstrated in the recent grassland edges, which is the result of an interaction between edge effect and history effect. In recent grasslands, the edge effect favors the maintenance of forest species. According to our findings, forest and grassland edges, most of which have been displaced over the past two centuries, are home to many plant species that are habitat specialists, sometimes in extinction debt. A re-evaluation of the distribution of species within forest and grassland plant communities then seems necessary, taking into account the history of habitats. In a context of increasing forests and grasslands instability, the identification of species in extinction debt represents an opportunity for the conservation and restoration of plant biodiversity

Comprendre la répartition géographique des espèces dans l'espace et le temps est un défi de longue date en écologie et évolution. Parmi les principales composantes de la répartition des espèces, la taille de l'aire de répartition géographique a été étudiée dans plusieurs groupes taxonomiques, et liée à de multiples facteurs écologiques et évolutifs. La taille de l'aire de répartition géographique des espèces est également liée au risque d'extinction, où les espèces occupant des aires géographiques plus petites présentent un risque d'extinction plus élevé, et relève donc d'une importance primordiale dans les stratégies de conservation. Les résultats concernant ces aspects fondamentaux et appliqués de la taille de l'aire de répartition géographique ont largement négligé les poissons d'eau douce, se concentrant généralement sur d'autres groupes de vertébrés (p.ex. les mammifères, les oiseaux). Cependant, les poissons d'eau douce, le groupe de vertébrés le plus diversifié, peuvent fournir de nouvelles perspectives sur les déterminants de la taille de l'aire géographique et sur l'impact des perturbations anthropiques en raison de la forme dendritique unique et la taille réduite de leur habitat (des réseaux fluviaux) par rapport aux autres écosystèmes terrestres et marins. Dans ce travail de doctorat, nous avons analysé pour la première fois les patrons globaux de la taille de l'aire géographique des espèces de poissons d'eau douce et testé les hypothèses explicatives précédemment proposées pour d'autres groupes taxonomiques. Nos résultats ont montré que la connectivité actuelle et historique sont les facteurs les plus importants qui déterminent la taille de l'aire de répartition géographique des poissons d'eau douce, contrastant avec les principaux déterminants signalés chez les vertébrés terrestres et marins. D'un point de vue appliqué, nous nous sommes concentrés sur la relation macroécologique communément observée entre la taille de l'aire géographique et la taille corporelle des espèces. Cette relation permettrait d'estimer la taille minimale de l'aire géographique nécessaire aux espèces pour leur persistance à long terme. En se basant sur les fluctuations temporelles des abondances des espèces, nous fournissons une validation mécaniste de cette relation, confortant son utilisation pour identifier les espèces vulnérables et leurs changements de risque d'extinction face aux réductions de l'aire géographique induites par des facteurs anthropiques. En utilisant un bassin fluvial tropical comme étude de cas, nous avons utilisé cette relation macroécologique pour quantifier les changements dans le risque d'extinction des espèces en raison de la fragmentation de leurs aires de répartition due au développement de l'hydroélectricité. Les résultats et les données compilés dans cette thèse représentent des informations utiles pour guider et informer la conservation des poissons d'eau douce et fourni des éléments pour continuer à combler les lacunes théoriques
Understanding the geographic distribution of species across space and time is one of the long-standing challenges in ecology and evolution. Among the major components of species distribution, the species' geographic range size has been studied across several taxonomic groups and has been related to multiple ecological and evolutionary factors. The geographic range size of species is also of paramount importance in conservation strategies because it consistently emerges as a key correlate of extinction risk, where species occupying smaller geographic ranges are assumed to have a higher risk of extinction. Results concerning these fundamental and applied aspects of geographic range size have largely neglected freshwater fish, commonly focusing on the usual vertebrate groups (e.g. mammals, birds). However, freshwater fish, the most diverse vertebrate group, can provide novel insights about the geographic range size determinants and threats because of the unique dendritic shape and reduced amount of their habitat (i.e. river networks) compared to other terrestrial and marine ecosystems. In this PhD work, we analyzed for the first time the global patterns of geographic range size in freshwater fish species and tested previous hypotheses proposed to explain the variation of geographic range size in other taxonomic groups. Our findings showed that current and historical connectivity are the most important factors driving the geographic range size of freshwater fishes, contrasting with the main determinants reported for terrestrial and marine taxa. From an applied point of view, we focused on the usually observed macroecological relationship between the species' geographic range size and body size. This relationship would allow estimating the minimum geographic range size needed by species for long-term persistence. Based on ecological theory of species temporal fluctuations of abundances, we provide a mechanistic validation of this relationship, supporting its use to identify vulnerable species and their changes in extinction risk through reduced geographic ranges induced by anthropogenic factors. Using a tropical river basin as a case study, we used this macroecological relationship to quantify changes in species extinction risk due to the fragmentation of their ranges caused by hydropower development. The results and the data compiled in this thesis represent useful information to guide and inform conservation in freshwater fish and give the opportunity to continue filling theoretical gaps

La chasse aux trophées peut contraindre les ongulés à ajuster leur comportement pourréduire le risque de mortalité. De plus, comme cette chasse est basée sur des critères detaille, et biaisée en faveur des mâles, elle peut causer des changements morphologiquesvers des individus plus petits, et altérer la structure et la dynamique des populations. Lachasse aux trophées est l’un des modes de conservation des habitats naturels. Son potentielde conservation est encore incertain parce qu’il y a peu d’études en dehors des parcsnationaux, notamment en Afrique. Cette thèse examine les effets de cette chasse sur lesongulés africains, i.e. sur leur comportement, la longueur des cornes, la proportion de mâlesadultes, la taille de groupe, et la densité des populations. J’ai travaillé à partird’observations comportementales et de données populationnelles de suivis à long terme.Pour plusieurs espèces (surtout l’impala Aepyceros melampus, le grand koudouTragelaphus strepsiceros, et l’hippotrague noir Hippotragus niger), j’ai comparé lecomportement, la structure et la densité des populations entre le Parc National de Hwangeet les zones de chasse adjacentes, Zimbabwe. Dans les zones de chasse, j’ai analysé lestendances de longueur des cornes au cours des 30 dernières années. Les ongulés venaientdavantage de nuit aux points d’eau, et étaient plus vigilants dans les zones de chasse quedans le parc national. L’amplitude de ces ajustements en revanche, était limitée par lebesoin en eau, et par le risque de prédation naturelle. La longueur des cornes a décliné, plusparticulièrement pour les espèces prisées des chasseurs et subissant une pression de chasseélevée. Il n’y avait pas de différence significative de la proportion de mâles adultes, ou dela taille de groupe, entre les populations du parc national et des zones de chasse. Au coursdes 30 dernières années, les densités de population ont globalement davantage diminuédans le parc national que dans les zones de chasse. Ceci suggère que la chasse aux trophéesn’a eu qu’un effet minime sur les densités de population par rapport à d’autres facteurscomme les précipitations, ou possiblement la prédation naturelle et l’éléphant. Malgré lesajustements comportementaux, le déclin de la longueur des cornes, et le prélèvement biaiséen faveur des mâles adultes, les densités d’ongulés étaient aussi élevées dans les zones dechasse que dans le Parc National de Hwange. Cette étude illustre comment les zones dechasse aux trophées, lorsque rigoureusement gérées, peuvent jouer un rôle dans laconservation des ongulés africains
Like predation, trophy hunting may constrain ungulates to adjust their behaviour todecrease mortality risk. Moreover, because this removal is size selective and male-biased, itmay induce morphological changes towards individuals with smaller traits, alter populationstructure and dynamics. Trophy hunting is one of the conservation modes of naturalhabitats, particularly in Africa. However, its conservation potential is still unclear becausethere are few studies outside National Parks. This thesis aimed to investigate the subtleeffects of trophy hunting on African ungulates, i.e. on their behaviour, horn length ofharvested males, proportion of adult males, group size, and population densities. I workedfrom behavioural observations, and from population data of long-term surveys. For severalspecies (mainly impala Aepyceros melampus, greater kudu Tragelaphus strepsiceros, andsable antelope Hippotragus niger), I compared behaviour, population structure, anddensities between Hwange National Park and adjacent hunting areas, Zimbabwe. In huntingareas, I analysed trends in horn length of harvested males over the past 30 years. This thesisshows that ungulates drank more often at night, and were more vigilant in hunting areasthan in the national park. However, the amplitude of these adjustments was constrained bythe need of surface water, and by natural predation risk. Trophy hunting caused a decline inhorn length, particularly for species that experienced high hunting pressure and were ofhigh value for hunters. Trophy hunting tended to decrease proportion of adult males,though not significantly, and did not affect group size. Moreover, during the last 30 years,ungulate densities generally declined more in the national park than in neighbouringhunting areas. This suggests that trophy hunting played a minor role on densities comparedto other factors, i.e. rainfall, and possibly natural predation and elephant densities. Despitebehavioural adjustments induced by hunting risk, decline of horn length, and harvestskewed towards adult males, ungulate densities in hunting areas adjacent to HwangeNational Park remained comparable to densities within the national park. This studyillustrates how trophy hunting areas, when rigorously managed, may play a significant rolein the conservation of ungulates in Africa

La transition Cambrien inférieur-moyen marque un important remplacement des communautés benthiques phanérozoi͏̈ques, qui a parfois été interprété comme un événement d'extinction. Dans la région méditerranéenne occidentale, elle enregistre un événement majeur accompagné d'un profond changement dans le type de sédimentation. Malgré leur large distribution dans plusieurs régions périgondwaniennes, les colonies à échinodermes et éponges du Cambrien inférieur qui colonisèrent les plates-formes peu profondes en régime sédimentaire mixte demeurent relativement peu étudiées. Leurs taxons (restes d'échinodermes et autres micro-fossiles à squelette minéralisé) sont généralement préservés désarticulés et remaniés au sein de dépôts hydrodynamiques sous l'influence des vagues et tempêtes. La découverte de processus diagénétiques exceptionnels (silicification, phosphatisation et ferruginisation) dans des niveaux calcaires de la région Cantabrique (NO Espagne), des chaînes Ibériques (NE Espagne) et dans le Haut-Atlas (Maroc) a permis l'étude des remplacements subis par les prairies à échinodermes et éponges au court de la transition Cambrien inférieur-moyen dans le but de caractériser l'influence relative des contrôles paléogeographiques, paléoécologiques et paléobiologiques.

Les travaux réalisés dans cette thèse abordent certaines questions relatives à la dynamique des populations dans un environnement aléatoire. L'environnement aléatoire est décrit par un processus Markovien à valeurs dans un espace fini et qui, en appliquant certaines forces sur le choix des taux vitaux, dirigera la dynamique de la population. Lorsque la dynamique est modélisée par un processus de naissance et de mort, on répondra à la question : quand est-ce qu'on a une extinction presque sûre d'une population ? (Bacaër and EdDarraz, 2014). Lorsque la dynamique est déterministe, nous avons démontré un résultat bien connu pour la taille finale d'une épidémie (Ed-Darraz and Khaladi, 2015) Bacaër N, Ed-Darraz A (2014) On linear birth-and-death processes in a random environment. J Math Biol. 69 (1) :73-90 Ed-Darraz A, Khaladi M (2015) On the final epidemic size in random environnement, Math. Biosc 266 : 10-14
This thesis addresses some issues associated with population dynamics in random environment. Random environment is described by a Markov process with values in a finite space and which, involve certain forces on the choice of vital rates, will lead the population dynamics. When the dynamic is modeled by a birth and death process, we will answer the question : When almost surely extinction settled ? (Bacaër and Ed-Darraz, 2014). In (Ed-Darraz and Khaladi, 2015) we are interested to the final size of an epidemic in random environment. J Math Biol. 69 (1) :73-90 Ed-Darraz A, Khaladi M (2015) On the final epidemic size in random environnement, Math. Biosc 266 : 10-14

Cette recherche étudie la mise en exposition de la thématique du déclin des abeilles sauvages au sein du volet médiation du projet de recherche UrbanBees. Ce projet étudie l'hypothèse de l'espace urbain comme zone refuge pour les abeilles sauvages. Il a la particularité d'être adossé à une vaste opération de médiation qui associe des acteurs d'horizons variés (chercheurs, militants associatifs, médiateurs culturels) positionnés différemment sur la thématique concernée. Le déclin des abeilles sauvages constitue à l'heure actuelle ce qu'il est convenu d'appeler une question scientifique socialement vive (QSSV). Elle repose sur quatre dimensions étroitement liées : l'existence même du déclin, ses conséquences et causes potentielles, ainsi que les solutions pour y remédier. Notre étude vise à caractériser la nature de la prise en charge de cette QSSV dans l'exposition et les formes de médiation auxquelles ont recours les acteurs engagés dans sa conception. Les résultats obtenus montrent que la vivacité de la QSSV n'apparait que très ponctuellement et d'une façon relativement consensuelle, orientée par les finalités du projet. En revanche, l'étude de la conception de cette exposition révèle des oppositions marquées, en particulier entre les deux acteurs scientifiques. Les différends sont cependant résolus par les médiateurs qui recentrent le propos sur les points d'accord (les solutions portées par le projet) et le concept fédérateur de Nature en ville. Cela nous conduit à définir les spécificités du média exposition dans le traitement des QSSV par rapport à des dispositifs de médiation visant la participation des publics et à interroger les modes de production qui leurs sont associés

Des modeles d'extinction de population sont frequemment employes comme outils d'aide a la decision pour la gestion de populations animales ou vegetales menacees. Le but de cette these est de prouver des resultats mathematiques decrivant la maniere dont se passe l'extinction dans la plupart de ces modeles, et de les appliquer a quelques cas particuliers. Apres une revue bibliographique sur l'extinction de populations et les modeles utilises pour l'apprehender, je propose une serie de resultats mathematiques, pour la plupart asymptotiques, generalisant au cadre plus etendu des chaines de markov a espace d'etats denombrable des resultats connus pour les chaines de markov finies ou les processus de ramification. Je prouve l'extinction certaine de ces modeles et deux types de stabilisation stochastique et asymptotique conditionnellement a la non-extinction. C'est l'utilisation de resultats d'analyse lineaire qui aura permis une telle extension. Je presente ensuite deux manieres de simuler numeriquement ces modeles, dont l'une est en partie nouvelle, puis j'etudie a la lumiere des resultats de cette these un modele d'extinction correspondant a une population reelle. Je clos ce travail par une discussion sur l'applicabilite, l'utilisation et l'utilite de mes resultats pour la modelisation de l'extinction, mais aussi dans d'autres domaines biologiques. Les principales conclusions sont que mes resultats s'appliquent a un grand nombre de modeles d'extinction existants et possedent des applications conceptuelles interessantes en ecologie theorique, concernant les notions d'equilibre et de stabilite, mais qu'ils ne sont pas systematiquement utiles dans l'interpretation des simulations et qu'ils doivent etre utilises avec une certaine rigueur mathematique