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Dissertations / Theses on the topic 'Facteurs de restriction virale'
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Mezher, Joelle. "Immunité innée et contre-mesures virales : études structurales et biophysiques du complexe formé entre la cytidine désaminase humaine APOBEC3G et le facteur d'infectivité virale du VIH-1." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ053/document.
Full textAbstract:
La protéine Vif (Viral infectivity factor) joue un rôle essentiel dans la réplication virale et dans le pouvoir infectieux du VIH-1. Elle est aussi qualifiée de « protéine de contre-défense » car elle neutralise un facteur cellulaire à action antivirale, APOBEC3 en recrutant le complexe de la E3 ubiquitine ligase formé de CBFβ/EloB/EloC/Cul5/Rbx2, qui va entrainer sa polyubiquitinilation et sa dégradation. APOBEC3 comprend une famille de protéines présentes dans les mammifères et capable d'induire des mutations dans l'ADN viral.La structure tridimensionnelle des molécules et complexes macromoléculaires étant intimement liée à la fonction, il est primordial de connaître la place d’A3G/F dans le complexe Vif-CBFβ-EloB-EloC ainsi que les détails des interactions entre Vif et A3G/F, ceci dans une perspective thérapeutique.La co-expression des différentes protéines de ce complexe a été réalisée dans deux systèmes d’expression : bactérien (E. coli) et eucaryote (BHK21) dû au manque de solubilité d’APOBEC et de la difficulté de sa cristallisation. Une fois les protéines exprimées et le complexe Vif-CBFβ-EloB-EloC-A3G/F formé dans les deux systèmes, des tests de cristallisation et des études structurales seront réalisés pour caractériser la structure et la fonction des protéines.Dans E. coli, j’ai réussi à obtenir le complexe Vif/CBFβ/EloB/EloC/Cul5 in vivo et in vitro de manière soluble, pure, monodisperse ainsi qu’en quantité adéquate avec les études biophysiques envisagées. Par contre, je n’ai pas réussi à surexprimer A3G. En passant dans les cellules de hamster BHK21 et en appliquant la technique du virus de la vaccine, nous avons réussi à obtenir le complexe Vif-CBFβ-EloB-EloC-A3G/F mais en quantité insuffisante pour la cristallisation.Les perspectives de ce projet seront d’améliorer : (1) les rendements du complexe pour des tests de cristallisation et (2) la pureté du complexe pour réaliser la cryo-microscopie électroniqueAPOBEC3 are human antiviral cytidine deaminase and RNA/DNA-editing enzymes that belong to the innate immune defense system, targeting retroviruses or retrotransposons. Among all APOBEC3 proteins, hA3B, hA3C, hA3DE, hA3F and hA3G are able to interfere negatively with HIV-1 infectivity: they induce a deamination of dC to dU in the minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation in the plus strand DNA. This hypermutation results either into a degradation of U-rich DNA strands by the uracyl-DNA glycosylase or into the production of aberrant viral protein. In addition, a deaminase-independent mechanism is able to inhibit the HIV-1 reverse transcription through a yet unknown mechanism.To evade the host defense system, HIV expresses the virion infectivity factor, Vif, which causes the degradation of APOBEC3G by the proteasome by recruiting the E3 ubiquitin ligase complex composed of the CBFβ, EloB, EloC, Cullin5, Rbx2 proteins. The goal of this study will be the determination of the X-ray structure of the Vif/APOBEC-3 complex. Understanding this molecular recognition might be useful to direct structure-based design of anti-HIV drugs that act by inhibiting the action of Vif and lead to new anti-HIV drugs.To overcome the solubility problems of Vif and APOBEC3G/F, a co-expression strategy had been applied with the different E3 ubiquitin ligase proteins both in prokaryotic (E. coli) and eukaryotic (BHK21) systems. Once the complex obtained, we will perform several structural and biophysical studies as well as crystallization trials.In E. coli, I managed to obtain the Vif/CBFβ/EloB/EloC/Cul5 complex in vivo and in vitro, soluble, monodisperse and in good quantities for structural studies. The protein A3G was not obtained in E. coli even by co-expression with the complex.On the other side, I succeeded in obtaining the polyprotein Vif-CBFβ-EloB-EloC-A3G/F complex in the hamster cells (BHK21) by applying the vaccinia virus strategy. Optimizing the yield and the purity is necessary for crystallization and more structural studies
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Libre, Camille. "Contrôle traductionnel des facteurs de restriction APOBEC3G/F par la protéine Vif du VIH-1." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ067/document.
Full textAbstract:
Le VIH-1, via sa protéine Vif, contrecarre l’activité des facteurs de restriction A3G et A3F de plusieurs manières dont l’inhibition traductionnelle. Nous avons démontré que cette répression traductionnelle d’A3G par Vif est spécifique de la région 5’UTR. De plus, une séquence uORF contenue dans cette région est essentielle pour la régulation de la traduction ainsi que pour la répression par Vif. Nous avons montré qu’A3G et A3F sont traduits par leaky-scanning et ré-initiation et que la distance entre l’uORF et l’ORF principal est importante pour l’inhibition traductionnelle d’A3G et d’A3F. Ensuite, nous avons montré que ce mécanisme est très conservé à travers différents sous-types de Vif et que les acides aminés de Vif en position 39, 48 et 127 sont impliqués dans cette répression. Enfin, nous avons observé que l’interaction entre Vif et A3G est nécessaire pour la régulation traductionnelle. Des expériences de transfections des différents mutants d’A3G et d’A3F dans un système infectieux tel que le clone pNL4.3 sont envisagées. Celles-ci permettront de voir l’effet de l’uORF sur l’infectivité virale mais aussi sur l’assemblage, la maturation et la libération des nouvelles particules viralesThe HIV-1, through its Vif protein, counteracts the restriction factors A3G and A3F activity in several ways including translational inhibition. We demonstrated that this translational repression of A3G by Vif is specific of the 5’UTR. Moreover, an uORF sequence contained in this region is essential for both the translational regulation and the repression by Vif. We showed that A3G and A3F are translated by leaky-scanning and re-initiation mechanisms and that the distance between the two ORFs is important for the translational inhibition. Then, we showed that this mechanism is conserved among several Vif subtypes and that the Vif amino acids 39, 48 and 127 are implicated in this repression. Finally, we observed that the Vif-A3G interaction is necessary for the translational inhibition. A3G and A3F mutants transfections experiments into an infectious system like the pNL4.3 clone are considered. It will permit to observe the uORF effect on the viral infectivity but also on the assembly, the maturation and the release of the viral particles
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Lemaître, Cécile. "Virologie moléculaire d'un rétrovirus endogène humain fonctionnel." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC329/document.
Full textAbstract:
Environ 8% du génome humain est constitué de rétrovirus endogènes (HERV). La famille de bétarétrovirus HERV-K(HML2), l'une des plus actives chez l'homme, est entrée il y a 45 millions d'années dans le génome des primates et s'est amplifiée efficacement depuis, et ce malgré l'existence de nombreuses protéines cellulaires, appelées facteurs de restriction, qui s'opposent à la réplication du virus dans la cellule hôte. La Tetherin/BST2, l'un d'entre eux, est une protéine membranaire capable de bloquer le relargage des virions dans le milieu extracellulaire et est active sur la plupart des virus enveloppés testés jusqu'à présent, en particulier HERV-K(HML2). Nous avons tout d'abord mis en évidence que l'enveloppe (Env) de la famille HML2 est un antagoniste de la Tetherin, propriété qui a pu contribuer au succès de l'amplification de la famille HERV¬K(HML2) dans les génomes. Plusieurs domaines de l'enveloppe coopèrent pour s'opposer à l'action du facteur de restriction : la SU (domaine d'interaction), ainsi que la partie transmembranaire, alors que la queue cytoplasmique n'est pas indispensable. Le mécanisme de cette inhibition n'a pas été encore complètement élucidé, mais l'on sait, comme pour la glycoprotéine d'Ebola, que l'Env HERV-K(HML2) n'induit ni relocalisation, ni dégradation de la Tetherin. Etant donné le grand polymorphisme insertionnel de la famille HERV-K(1-IML2), il est très probable que cette activité anti-Tetherin endogène soit variable entre les individus, ce qui pourrait avoir des conséquences dans les pathologies où les éléments HERV-K(HML2) sont spécifiquement induits. Parmi ces pathologies, les cancers de la peau, du sein et de la lignée germinale présentent une association particulièrement forte avec l'expression de l'Env HERV-K(HML2), que nous avons voulu mieux comprendre dans la suite de ces travaux de thèse. Nous avons dans un premier temps montré que l'expression de l'Env dans des cellules humaines non transformées de l'épithélium de sein (MCF10A), induit la transition vers un phénotype mésenchymateux (EMT, transition épithélio-mésenchymateuse), caractéristique de l'apparition de métastases dans les cancers. Cette transition est associée à une augmentation de la mobilité des cellules (mise en évidence dans des tests Transwell), à un changement de morphologie des cellules et à une modification du profil d'expression de quelques marqueurs moléculaires caractéristiques (E-cadherin, N-cadherin, vimentin, fibronectin). Grâce à une étude transcriptomique en cellules 293T, nous avons mis en évidence que l'expression de l'Env HERV-K induit fortement plusieurs facteurs de transcription : ETV4, ETVS, ainsi que EGR1, qui ont été identifiés comme des marqueurs du processus de tumorigénèse dans différents modèles. Nous avons également montré que l'Env HERV-K active la voie des MAP kinases via ERK 1/2 —dérégulée dans un grand nombre de cancers- en amont de la kinase Raf. Ces phénomènes d'induction de la transduction de signal requièrent la présence de la queue cytoplasmique de l'enveloppe. De façon remarquable, seule l'enveloppe du bétarétrovirus de mouton JSRV, oncogénique in vivo, est capable d'activer les mêmes voies de signalisation, ce qui renforce l'hypothèse d'une implication de l'Env HERV-K(HML2) dans la tumorigenèseHuman endogenous retroviruses (HERV) represent about 8% of our genomic content. HERV-K(HML2) betaretroviral family is one of the most active in humans. Although it entered 45 million years ago in the primate genomes, its members have amplified quite recently despite the existence of restriction factors, which are host proteins blocking viral replication in cells. Tetherin/BST2 is one of them and acts by keeping the viral particles attached to the cell surface. It targets most enveloped viruses tested so far including HERV-K(HML2). We show that the envelope protein (Env) of HML2 family is an antagonist of Tetherin retriction, property that probably helped the endogenous retrovirus to efficiently amplify in the genomes. We mapped several domains required for antagonism : the surface subunit of Env (SU), which interacts with Tetherin, and the transmembrane. We also show that the cytoplasmic tail is dispensable for counteraction. Similar to Ebola glycoprotein, HERV-K(HML2) Env does not mediate Tetherin degradation or cell surface removal; therefore, it uses a yet-undescribed mechanism to inactivate the restriction factor. Due to their recent amplification, HERV-K(HML2) elements are extremely polymorphic in the human population, and it is likely that individuals will not all possess the same anti-Tetherin potential. This could have functional consequences in pathologies where HERV-K(HML2) is specifically induced. Among them, melanomas, breast cancers and germ line tumors display a strong association with HML2 Env expression, that we wanted to better analyse. We first show that Env expression in a model of epithelial human breast cancer cells induces the so-called EMT (epithelial mesenchymal transition), critical for cancer progression and the process of metastasis. This includes enhanced migratory capacities (shown by transwell assays), changes in cell morphology and characteristic modifications in a set of molecular markers (e.g. E-cadherin, N-cadherin, vimentin, fibronectin). Microarray experiments performed in 293T cells revealed that HERV-K(HML2) Env is a strong inducer of several transcription factors, namely ETV4, ETVS and EGRI, which have been associated with cellular transformation. Importantly, we also show that HERV-K(HML2) Env activates the MAP kinase pathway via ERK 1/2, key player in numerous cancers. This induction occurs upstream of the kinase Raf and involves the cytoplasmic tail of HERV-K(HML2) Env. In addition, this phenomenon is very specific, being absent with every other Env tested, except for JSRV Env which is already known to have transforming properties in vivo
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Le, Douce Valentin. "Importance des facteurs cellulaires LSD1 et HIC1 dans la restriction de l'expression du VIH-1 dans les cellules microgliales." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00813219.
Full textAbstract:
Les multi-thérapies actuelles permettent de maintenir l'infection au VIH-1 sous contrôle, mais malheureusement n'entraînent pas l'éradication du virus du fait de l'existence de réservoirs cellulaires, où le virus est intégré de façon latente. Les cellules microgliales, cibles privilégiées du VIH-1 dans le cerveau, sont les macrophages résidents du système nerveux central et ont été décrites comme un réservoir cellulaire avec une longue durée de vie. Ce genre de cellule, infectée de façon latente, apparaît comme un des principaux obstacles à l'éradication. Ainsi, la compréhension des mécanismes sous-jacents impliqués dans l'extinction de la transcription virale, semble une étape cruciale afin de parvenir à purger ces réservoirs. Notre laboratoire à déjà montré l'importance du répresseur transcriptionnel CTIP2 dans l'établissement et le maintien de la latence dans ces cellules. Dans le cadre de ma thèse je me suis intéressé à deux autres facteurs cellulaires, LSD1 et HIC1. Au cours de mes travaux, j'ai mis en évidence le rôle répresseur de ces protéines sur la transcription virale dans les microglies. LSD1 coopère avec CTIP2 pour promouvoir l'établissement de marques épigénétiques au niveau du promoteur viral pour induire la mise en place d'hétérochromatine. LSD1 est à l'origine du recrutement de CTIP2, mais aussi d'un autre complexe multiprotéique, COMPASS. A la différence de CTIP2 et LSD1, le suppresseur de tumeur HIC1 est un perturbateur du transactivateur viral TAT. HIC1 est préalablement modifié post-traductionnellement par la déacétylase SIRT1 et va ensuite contrecarrer l'activité de TAT afin d'empêcher la réactivation de la transcription du virus. Ainsi, tandis que LSD1 et CTIP2 favorise l'établissement de la latence, HIC1 permet quant à lui d'entretenir cet état du provirus dans les cellules microgliales. Les travaux présentés ici mettent en évidence deux nouveaux facteurs de la restriction de l'expression virale et permettent de définir de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour les stratégies de purge des réservoirs.
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Seissler, Tanja. "Inhibition traductionnelle du facteur de restriction APOBEC3G par la protéine Vif du VIH-1 : rôle d'une uORF dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et identification de facteurs cellulaires." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ028.
Full textAbstract:
La protéine Vif du VIH-1 contrecarre le facteur de restriction APOBEC3G (A3G) en diminuant son niveau d'expression dans les cellules infectées. Ceci est mis en œuvre entre autres par l'inhibition de sa traduction, un mécanisme encore peu compris. La première partie de ma thèse contribue à la caractérisation d'une petite ORF (uORF) qui se situe dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et d'A3F en amont de leurs ORF respectives. Cette uORF s'est révélée cruciale pour la régulation de la traduction d'A3G en présence et absence de Vif. Dans la deuxième partie de cette thèse, différents protocoles ont été mis en œuvre pour identifier les protéines associées avec l'ARNm d'A3G, qui pourraient jouer un rôle dans le mécanisme d'inhibition traductionnelle d'A3G par Vif. Ainsi, plusieurs protéines ont été identifiées dont la présence sur l'ARNm d'A3G semble modulée par VifThe HIV-1 Vif protein counteracts the restriction factor APOBEC3G (A3G) by downregulating its expression level in infected cells. This is achieved in different ways, one of which is translational inhibition, a mechanism that is still poorly understood. The first part of my thesis contributes to the characterization of a small upstream ORF (uORF), that is found in the 5'-UTR of A3G and A3F mRNAs. This uORF has been found to be crucial for regulation of A3G translation and is necessary to allow Vif-mediated translational inhibition. In the second part of this thesis, different protocols have been set up in order to identify A3G mRNA-associated cellular proteins which might play a role in the mechanism of Vif-mediated translational inhibition. Several proteins, whose presence on A3G mRNA seems to be modulated by Vif have been identified
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Gerossier, Laetitia. "L’influence de HBx sur la réplication du virus de l’Hépatite B et les conséquences sur la cellule." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1196/document.
Full textAbstract:
L’infection par le virus de l’hépatite B (HBV) est problème majeur de santé publique mondial car, en dépit d’un vaccin efficace, les traitements curatifs actuels ne permettent pas l’élimination complète du virus. Comprendre les mécanismes de réplication du virus et son rôle dans la survenue du cancer hépatocellulaire (CHC) reste un enjeu majeur.Le rôle de la protéine HBx dans l’infection par HBV et l’oncogenèse viro-induite, reste mal connu, malgré un grand nombre de publications, car les fonctions décrites jusqu'alors sont limitées à des contextes d’études particuliers, souvent loin des conditions physiologiques.Mes travaux de thèse reposent sur l’utilisation de modèles d’études proches de la physiologie naturelle d’une infection par HBV, notamment des cellules primaires infectables in vitro. J’ai pu démontrer lors de mon étude que HBx est indispensable à la réplication de HBV, et qu’il agit essentiellement via son interaction avec DDB1 pour contrer la restriction du virus due au complexe SMC5/6, en induisant sa dégradation. Ce facteur de restriction permet de bloquer la transcription de l’ADN viral au niveau épigénétique. Ce nouveau rôle inattendu de SMC5/6 ouvre de nombreux axes de recherche, notamment sur les mécanismes de restriction des virus à ADN épisomal. SMC5/6 est connu pour son implication dans les voies de réparation de l’ADN : la dernière partie de ce manuscrit montre que sa dégradation dans les cellules infectées, altère ces mécanismes et sensibilise les cellules aux dommages à l’ADN, induits notamment par la radiothérapie. La présence de HBx dans les CHC pourrait ainsi s’avérer un atout pour le traitement du CHCHepatitis B virus (HBV) infection is a major health problem worldwide as (1) despite an effective preventive vaccine over 240 million individuals are chronically infected and (2) the actual viral suppressive treatments available do not eliminate viral DNA from cells. Thus, infected individuals are at a high risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) and understanding viral replication mechanisms and how it impacts on hepatocarcinogenesis is a major challenge.The role of the HBx protein, notably in viral replication and oncogenic processes, is the subject of many publications. However, many studies have often used non-physiological infection conditions. My thesis project has addressed these limitations by using cellular models, including primary human hepatocytes which can be infected by HBV, to investigate HBx’s role in these processes. I have shown that HBx is indispensable for HBV replication and that HBx associates with the infected cell’s DDB1/ E3 ubiquitin complex to target its Smc5/6 complex for degradation via the proteasome. These studies have identified that the Smc5/6 complex is a novel viral restriction factor that acts at an epigenetic level to block viral replication. This unexpected role of SMC5/6 has led to new research into the evolutionary conservation of restriction factors for episomal DNA viruses. As SMC5/6 is implicated in DNA Damage Repair (DDR), the last section of my thesis reports how SMC5/6 degradation in infected cells can sensitise cells to the cell killing effects of DNA damaging agents such as ionizing radiation and hydroxyurea. These results open-up possibilities for HCC treatment where HBx expression may be of therapeutic benefit
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Niocel, Mathilde. "Caractérisation des fonctions cellulaires du facteur de restriction viral APOBEC3A." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEN017/document.
Full textAbstract:
APOBEC3A (Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like editing complex 3 A) appartient à la famille des cytidines désaminases, qui clivent les cytidines en uraciles. APOBEC3G (le modèle de la famille) est un facteur de restriction du VIH : son incorporation dans la particule virale lui permet de désaminer le génome viral néoformé, entrainant hypermutations et dégradation de l’ADN viral. A3A, au contraire, n’est pas incorporée dans la particule virale : la protéine, exprimée spécifiquement dans les cellules myéloïdes de façon inoffensive pour la cellule, agit de la même façon qu’A3G en s’attaquant au virus dès son entrée dans la cellule.Physiologiquement, dans les cellules non-myéloïdes, les APOBEC3 désaminent l’ADN cellulaire simple brin, dont les uraciles sont retirés par UNG2. Les sites abasiques sont clivés par la machinerie de réparation de l’ADN, conduisant parfois à des cassures double-brin et à la mort de la cellule.L’objectif de la thèse était de comprendre cette différence de comportement selon le type cellulaire. Pour cela, des lignées cellulaires inductibles pour A3A ont été créées en cellules HeLa et U937 (monocytaire). Les données obtenues indiquent qu’A3A, partiellement nucléaire, édite l’ADN des cellules en division, conduisant à des dommages à l’ADN, à la production d’espèces réactives de l’oxygène (ROS) et à la mort des cellules. Les cellules différenciées ne présentent pas ce type de dommages, et cela s’explique par une localisation différente de la protéine. Ces résultats permettent de faire pour la première fois le lien entre dommages à l’ADN induits par un membre de la famille des A3 et production de ROS, et donc à l’induction d’une activation immunitaire. Cette activation pourrait avoir des implications dans l’infection ainsi que dans les processus tumorigéniquesAPOBEC3A (Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like editing complex 3 A) belongs to a family of cytidine deaminases that can edit cytidines to uraciles. APOBEC3G (model protein for the family) is a restriction factor for HIV: since it’s incorporated in the viral particle, it can deaminate the newly formed viral genome leading to hypermutation and viral DNA degradation.A3A is not incorporated in the viral particle: this protein is specifically expressed in myeloid cells where it is harmless for the cell and edits the DNA of the incoming viral particle in the same way than A3G.Physiologically, in non-myeloid cells, APOBEC3s deaminate single strand cellular DNA and the resulting uraciles are cut out by UNG2. These abasic sites are cleaved by the DNA repair machinery and can generate double strand breaks that will result in cell death.The objective of the thesis was to understand this difference of behaviour between different cell types. For that purpose, A3A-inducible cell lines were created in HeLa and U937 (monocytic) cells. The results obtained indicate that partially nuclear A3A edits the genomic DNA of cycling cells, leading to DNA damage, to the production of reactive oxygen species (ROS) and to cell death. Differentiated cells do not present this type of damage and that phenotype can be explained by a different localization of the protein.These results link for the first time DNA damage induced by a member of the A3 proteins family to ROS production and to induction of an immune activation. This activation could have implications in infection as well as in tumorigenic processes
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Lesbordes, Jeanne-Claire. "Thérapie génique des maladies motoneuronales par les facteurs neurotrophiques : approches virale et non-virale." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05CD06.
Full textAbstract:
Perte sélective des nerfs moteurs, atrophie consécutive des muscles squelettiques, mécanismes pathologiques inexpliqués et abscence de pharmacopée efficace : telles sont les caractéristiques communes de la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) et de l'Amyotrophie Spinale (SMA), maladies progressives systématiquement mortelles. Les facteurs neurotrophiques, substrats naturels des motoneurones pendant leur phase de croissance, ont été proposés comme candidats thérapeutiques pour ces deux maladies. Malheureusement, les premiers essais cliniques ont révélé une toxicité importante des injections répétées de protéines racombinantes. Nous avons alors démontré l'intérêt d'injecter directement le gène codant pour la protéine choisie dans le muscle, le transformant alors en " usine de production " délivrant physiologiquement, de façon stable et continue, les molécules thérapeutiques. Nous avons cherché dans ce travail à comparer l'efficacité de cette approche de thérapie génique, à l'aide de vecteurs viraux, dans trois modèles murins : le modèle spontané pmn (pour progressive motor neuronopathy), ainsi que les souris transgéniques NSE-CRE-SMN(delta)7 et SOD1G93A, respectivement modèles de la SMA et de la SLA. Nous avons montré que l'injection intramusculaire d'un vecteur adénoviral codant la cardiotrophine-1 (CT-1) permettait de préserver les nerfs moteurs, d'améliorer les performances motrices, de retarder l'apparition de troubles fonctionnels dans les deux modèles transgéniques, ainsi que d'améliorer nettement la survie des souris SMA. Afin d'envisager une thérapie humaine plus sure et moins coûteuse, nous avons également évalué le potentiel thérapeutique de vecteurs plasmidiques " nus " combinés à l'électroporation, méthode basée sur l'application d'impulsions électriques contrôlées. Nous avons démontré dans le modèle pmn que l'électroporation de plasmide codant CT-1 était tout aussi efficace que la méthode virale en termes de protection neuro-musculaire et de survie. Nous avons également démontré qu'-à l'inverse de la précédente méthode, l'éléctroporation pouvait être répétée, augmentant ainsi les effets neuro-protecteurs des facteurs neurotrophiques produits.
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Bailly, François. "Modalites therapeutiques et facteurs pronostiques du traitement des hepatites chroniques c par l'interferon." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1M195.
Full text
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Maillet, Sarah. "Inhibition de la transcription inverse du VIH-1 par la protéine Daxx." Thesis, Montpellier, 2020. http://www.theses.fr/2020MONTT062.
Full textAbstract:
Daxx (Death domain-associated protein 6), est une protéine multifonctionnelle exprimée de façon ubiquitaire majoritairement dans le noyau des cellules, où il se trouve associé aux corps nucléaires formés par la protéine PML. En 2015, l’équipe a identifié Daxx comme un facteur de résistance à certains rétrovirus, dont le VIH-1. Daxx cible plus précisément la transcription inverse du VIH-1, une étape essentielle et spécifique du cycle de réplication des rétrovirus, au cours de laquelle le génome viral sous forme ARN est converti en un ADN double brin capable de s’intégrer au génome de l’hôte. Les travaux que nous avons entrepris avaient pour but d’élucider le mécanisme de restriction imposé par Daxx, notamment en identifiant les partenaires impliqués dans cette activité antivirale. Nous avons d’abord montré que la région SIM localisée en C-terminale de Daxx, un domaine qui lui permet d’interagir avec des protéines SUMOylées, était nécessaire à sa fonction inhibitrice. Après différentes mises au point, un crible protéomique complété d’expériences d’immunoprécipitation ont montré que Daxx s’associe aux particules virales entrantes par l’intermédiaire d’une interaction avec la cyclophiline A dépendante de la région SIM de Daxx. Cette interaction est à l’origine de la formation d’un complexe multiprotéique également constitué de TRIM5α, TRIM34 et TNPO3. Sachant que certains de ces facteurs influencent la stabilité de la capside d’une part, et que la transcription inverse est étroitement liée à l’étape de décapsidation, nous nous sommes interrogés sur l’implication de Daxx dans la stabilité des capsides. Nous avons ainsi montré que Daxx stabilise les capsides virales de manière SIM-dépendante. Nos résultats suggèrent que Daxx, en s’associant à la CypA liée aux capsides entrantes par l’intermédiaire de son motif SIM, recrute d’autres partenaires comme TRIM5α, TRIM34 ou TNPO3, ce qui provoque la stabilisation des capsides et empêche la décapsidation et la transcription inverseDaxx is a multifunctional ubiquitously expressed protein, mainly found in the nucleus, where it associates with nuclear structures called PML nuclear bodies. In a previous study, the team showed that antiviral effect of PML was not direct and identified Daxx as a novel restriction factor which interferes with an early step of HIV-1 and other retroviruses replication cycle. Daxx indeed targets the reverse transcription, an essential step responsible for the RNA viral genome conversion in a double stranded DNA that can integrate in the cellular host genome. In order to decipher the mechanism underlying Daxx-mediated inhibition of HIV-1 reverse transcription, we sought to identify Daxx’s partners involve in this antiviral activity. We first showed that the C-terminus domain of Daxx called SIM, for SUMO-interacting motif, was required for its antiviral activity. A proteomic screen combined with biochemical approaches showed that Daxx associates with incoming viral cores in a SIM-dependant interaction with cyclophilin A (CypA). Daxx is found in a multiprotein complex associated with incoming viral particles and containing TRIM5α, TRIM34 and TNPO3. Knowing that some of these factors influence HIV-1 core stability, we investigated the effect of Daxx on the fate of incoming viral particles, and showed that Daxx interferes HIV-1 uncoating in a SIM-dependant manner. Altogether, our findings suggest that Daxx interacts with CypA associated with viral capids to recruit a multiprotein complex containing TRIM5α, TRIM34 and TNPO3 in order to stabilize the viral cores thus preventing uncoating and reverse transcription
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Chougui, Ghina. "Antagonism of HUSH restriction by lentiviral Vpx and Vpr proteins HIV-2/SIV viral protein X counteracts HUSH repressor complex." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCB080.
Full textAbstract:
Les rétrovirus VIH-1 et 2 responsables du SIDA, bien que très similaires sur le plan de leur organisation génomique, diffèrent par leurs protéines auxiliaires. Ces dernières inactivent des facteurs cellulaires antiviraux et permettent ainsi l'établissement d'un environnement cellulaire favorable à la réplication virale. Vpx, une protéine auxiliaire spécifique du VIH-2, est connue pour sa capacité à augmenter l'infection virale, une activité longtemps reliée à son unique faculté à contrecarrer SAMHD1, un facteur de restriction actif à l'étape de transcription inverse. Cependant, plusieurs éléments de la littérature suggèrent que Vpx confère un avantage au virus indépendamment de SAMHD1. Nous avons donc étudié la possibilité d'une cible supplémentaire inactivée par Vpx et, à partir d'un crible protéomique, nous avons identifié le complexe HUSH (HUman Silencing Hub). Composé de TASOR, MPP8 et Periphilin, le complexe HUSH est impliqué dans le control épigénétique de transgènes intégrés ainsi que des éléments transposables Line-1. Nous avons montré la capacité de Vpx à lier le complexe HUSH et à induire sa dégradation par le protéasome grâce au détournement de l'adaptateur d'ubiquitine ligase DCAF-1 et ce, de façon indépendante de SAMHD1. De ce fait, Vpx est capable de réactiver des provirus latents du VIH, contrairement à des mutants de Vpx incapables d'induire une dégradation de HUSH. Bien que l'antagonisme du complexe HUSH humain ne soit pas conservé au sein de toutes les lignées lentivirales, y compris le VIH-1, il est une caractéristique de certains Vpr des VIS des singes verts africains ainsi que du VIS divergent du singe de l'Hoest. Le caractère ancien de cette fonction post-intégrative insoupçonnée des gènes vpx/vpr, ainsi que la spécificité d'espèces observée, sont deux critères favorables au statut de facteur de restriction pour le complexe HUSH. Dressant ainsi le contrôle épigénétique comme barrière de l'immunité intrinsèque, nécessaire au maintien de l'intégrité du génome cellulaireHIV-1 and 2 are both responsible for AIDS, though similar, these two retroviruses harbour different sets of auxiliary proteins. Through the inactivation of cellular antiviral factors, these auxiliary proteins allow the establishment of a favourable environment for viral replication. Vpx, an HIV-2 only auxiliary protein, is known for its ability to increase viral infection, which was long linked to its sole capacity to counteract SAMHD1, a restriction factor active at the reverse transcription step. However, several lines of evidence suggested a SAMHD1-independent advantage of Vpx. We therefore investigated the possibility of an additional Vpx target and through a proteomic screen, we identified the HUman Silencing Hub (HUSH) complex. HUSH complex, including: TASOR, MPP8 and Periphelin, was reported to epigenetically silence integrated transgenes and recently Line-1 transposable elements. Here, we show that Vpx binds the HUSH complex and induces its proteasomal degradation through the hijacking of the DCAF-1 ubiquitin ligase adaptor, independently from SAMHD1-antagonism. As a consequence, Vpx is able to reactivate HIV latent proviruses, unlike Vpx mutants unable to induce HUSH degradation. Although antagonism of human HUSH complex is not conserved among all lentiviral lineages including HIV-1, it is a feature of Vpr from SIVs of African green monkeys and from the divergent SIV of l'Hoest's monkey, arguing in favor of an ancient lentiviral species-specific vpx/vpr gene function. Altogether, our results highlight an unexpected post-integration activity of Vpx and suggest HUSH complex as a restriction factor. They also support the idea of epigenetic control as an intrinsic immunity barrier maintaining the integrity of the cellular genome
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Bridet, Lionel. "Facteurs prédictifs de survenue de carcinome hépato-cellulaire sur cirrhose post-virale C." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR23088.
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Sterkers, Ghislaine. "Clones T humains spécifiques du virus de l'influenza restriction, spécificité anti-virale, fonction et mécanisme de prolifération /." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376013740.
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STERKERS, MORINEAUX GHISLAINE. "Clones t humains specifiques du virus de l'influenza : restriction - specificite anti-virale - fonction et mecanisme de proliferation." Paris 7, 1986. http://www.theses.fr/1986PA077207.
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Muyssen, Arnaud. "Toxicomanie intraveineuse et hepatite c : seroprevalence et facteurs predictifs positifs a propos de 172 patients de la metropole lilloise." Lille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993LIL2M219.
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Hallez, Camille. "Impact des facteurs de restriction sur la réplication du virus de l'hépatite B." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066390.
Full textAbstract:
Le Virus de l'Hépatite B (VHB) infecte 350 millions d'individus à l'échelle mondiale. Il est responsable d'hépatites aigües pouvant évoluer vers la chronicité puis le carcinome hépatocellulaire. Le génome du VHB est constitué d'un ADN partiellement bicaténaire. De par sa nature, il pourrait être sensible à l'action de certaines nucléases cellulaires qui hydrolysent l'ADN double brin. Nous avons ainsi mis en évidence la capacité de la Désoxyribonuclase I (DNase I) à être incorporée dans les virions du VHB, ce qui permet la dégradation du génome viral et la diminution de son infectivité. La DNAse I est particulièrement surexprimée en hypoxie et pourrait contribuer à l'élimination du virus chez les individus cirrhotiques. Par ailleurs, nous avons montré que la cytidine désaminase APOBEC3DE appartenant à une famille de facteurs de restriction viraux possède un rôle proviral. En effet, son association avec APOBEC3F et APOBEC3G mène à une diminution de l'activité de ces dernières et ceci favorise la réplication du VHB. La formation d'hétérodimères APOBEC3DE/APOBEC3F et APOBEC3DE/APOBEC3G semble génèrer un encombrement stérique ne permettant pas l'encaspidation d'APOBEC3F et APOBEC3G, raison pour laquelle le génome du VHB est moins muté lorsqu'APOBEC3DE est expriméeHepatitis B Virus (HBV) infects 350 millions people worldwilde. It triggers accute hepatitis that can turn into cirrhosis then hepatocellular carcinoma. HBV genome is composed of a partially double-stranded DNA.Thus, it could be targeted by some cellular nucleases that hydrolyze double-stranded DNA. We have highlighted that Deoxyribunuclease I (DNase I) can be incorporated into HBV virions and degrade its genome, leading to a loss of viral infectivity. Moreover, DNase I is upregulated under hypoxia which is a caracteristic of liver cirrhosis. DNase I could be involved in HBV elimination in cirrhotic patients. In an other study, we found that APOBECDE, a cytidine deaminase of the same family than some restriction factors, has a proviral activity. Indeed, association of APOBEC3DE with APOBEC3F or APOBEC3G leads to a loss of cytidine deaminase activity and a better viral replication. When APOBEC3DE is associated with those two proteins, APOBEC3F and APOBEC3G cannot be incorporated into HBV virions. This is the reason why HBV is more infectious when APOBEC3DE is expressed
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Salmon, Jérôme. "Facteurs et effecteurs mis en jeu dans le contrôle de l'évolution des lésions provoquées par un papillomavirus oncogène : le modèle du lapin." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077110.
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DEVROUX, ALEX. "Facteurs predictifs de reponse a l'interferon alpha chez les patients atteints d'hepatite chronique c : etude multivariee chez 36 sujets." Reims, 1994. http://www.theses.fr/1994REIMM070.
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Morin, Pierre. "Identification des voies d'activation transcriptionnelle induites par l'infection virale : Rôle des facteurs régulateurs d'interféron 3 et 7." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05S015.
Full textAbstract:
L'infection des cellules eucaryotes par un virus induit l'expression transitoire des gènes interférons (IFN-A, IFN-B et IFN-G) et des gènes stimulés par les interférons (ISG) qui conduisent à la réponse immunitaire antivirale. L'activation transcriptionnelle des gènes IFN-A est sous le contrôle des facteurs régulateurs d'interférons IRF-3 et IRF-7. L'analyse du promoteur du gène IFN-A4 murin fortement exprimé en réponse au virus et du promoteur du gène IFN-A11 faiblement exprimé, nous a permis de déterminer les bases moléculaires de leur expression différentielle. .Viral infection of eukaryotic cells causes the transient expression of interferon genes (IFN-A, IFN-B and IFN-G) and IFN-stimulated genes (ISG) and leads to the synthesis of a specific set of proteins mainly participating in the stimulation of antiviral immune response. Transcriptional activation of the IFN-A multigenic family members is mediated by interferon regultory factors, especially IRF-3 and IFR-7. .
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Marnata, Caroline. "Etude de l'entrée et de l'assemblage du virus de l'hépatite C et du virus simien GB-B : incidence sur la restriction d'hôte de ces hepacivirus." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077181.
Full textAbstract:
Le virus de l'hépatite C (VHC) est un important pathogène humain qui infecte plus de 50 millions de personnes à travers le monde et cause des hépatites majoritairement chroniques conduisant potentiellement à des cancers du foie. Le développement d'un petit modèle animal permettant l'étude du VHC serait précieux pour la mise au point d'un vaccin préventif et pour l'amélioration des traitements actuels. Tandis que le spectre d'hôte du VHC est limité à l'homme et au chimpanzé, le GBV-B, un autre hepacivirus hépatotrope, infecte les petits primates du Nouveau Monde (tamarins, marmousets). Le but de cette étude était de déterminer à quel niveau du cycle viral s'opérait la restriction d'hôte du VHC et du GBV-B afin de développer un petit modèle primate capable d'être infecté par le VHC. Nous avons montré que les glycoprotéines de surface du VHC permettaient une entrée efficace du virus dans des lignées hépatocytaires de tamarin et dans des cultures primaires d'hépatocytes de marmouset, démontrant que l'étape d'entrée du VHC n'était pas restrictive. Par ailleurs, nous avons montré qu'une souche du VHC hautement adaptée à la culture cellulaire était capable d'accomplir un cycle viral complet conduisant à une sécrétion modeste de particules infectieuses à partir d'hépatocytes de marmouset cultivés ex vivo. Ces résultats ouvrent la voie à la possibilité d'adapter le VHC in vivo chez les petits primates du Nouveau Monde afin de développer un modèle animal pertinent et accessible pour les recherches sur l'hépatite CHepatitis C virus (HCV) is an important human pathogen that infects more than 150 million persons worldwide and leads to chronic liver disease and liver cancer. A small experimental animal model would be invaluable for the development of a preventive vaccine and the improvement of current therapies. While HCV only infects humans and chimpanzees, GB virus B (GBV-B), a closely related hepacivirus, infects small New World primates (tamarins, marmosets). The aim of this study was to determine the viral life cycle step(s) involved in primate-species restriction of HCV and GBV-B in order to develop a small primate model of HCV infection. We found that HCV surface glycoproteins allowed efficient entry into tamarin hepatic cell lines and primary marmoset hepatocytes, demonstrating that virus cell entry was not restricted. Furthermore, we found that a highly cell culture adapted strain of HCV was able to achieve a complete viral cycle leading to a modest secretion of infectious virions in marmouset liver cells cultured ex vivo. These data suggest that further adaptation of HCV to this simian host may be possible, thus are promising toward the development of an accessible in vivo model system for hepatitis C
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Chikhi-Brachet, Roxane. "Epidémiologie communautaire des gastroentérites virales en France." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066575.
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Maroun, Marlène. "Etude du rôle de SNF5/Ini1 et des co-facteurs cellulaires dans la réplication du VIH-1." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077207.
Full textAbstract:
Catalysée par l'activité enzymatique de l'intégrase, l'intégration est une étape décisive dans la réplication du VIH-1. Afin d'élucider le mécanisme d'intégration nous avons réalisé plusieurs cribles double hybride chez la levure en utilisant l'intégrase du VIH-1 comme appât. Plusieurs protéines cellulaires interagissant avec l'intégrase ont été identifiées, parmi lesquelles SNF5/lni1 précédemment décrite et LEDGF/p75 qui est un partenaire récemment identifié. Nous avons déterminé que le core catalytique domaine de l'intégrase est nécessaire pour l'interaction avec ces deux protéines. Nous avons étudié le rôle de ces deux protéines dans la réplication virale en utilisant différentes approches. Nous avons montré que la déplétion de SNF5/lni1 par la technique d'ARN interférence ne modifiait pas la localisation nucléaire de l'intégrase. En revanche, elle entraîne une stimulation de la réplication du VIH-1. Cette stimulation est corrélée à une augmentation du nombre de copies de provirus intégré et de la quantité de cercles à deux LTR, observée par PCR quantitative. Trois mutants d'interaction ne se fixant plus à SNF5/lni1 ont été isolés par criblage double hybride d'une librairie de mutants de l'intégrase. Deux des trois mutants n'ont pas affecté l'activité catalytique de l'intégrase. La réplication des virus arborant ces mutations est augmentée par rapport au virus sauvage dans des lignées lymphocytaires. De la même façon, nous avons démontré que la perte d'interaction entre LEDGF/p75 et l'IN par mutation ponctuelle inhibe totalement la réplication du VIH-1 en empêchant l'intégration du provirus dans la chromatineThe replication cycle of HIV-1 involves the insertion of a DNA copy of its RNA genome into a chromosome of the host cell which is catalyzed by the enzymatic activity of the viral integrase. Although this process have been intensively studied in vitro, the molecular mechanism in vivo is still poorly understood. Using yeast two hybrid screen we have isolated several cellular proteins, including SNF5/lni1, a component of the chromatin remodeling complex SWI/SNF previously described, as well LEDGF/p75 a new binding partner for HIV-1 Integrase (IN). We have shown that the catalytic core domain of the integrase is necessary for the interaction with both proteins, SNF5/lni1 and LEDGF/p75. We then investigated the role of these two cellular proteins in HIV-1 replication using different approaches. Using RNA interference we have demonstrated that thé déplétion of SNF5/lni1 does not affect the nuclear localization of the integrase, but stimulates HIV-1 replication. These results correlated with the increase of both the number of viral integrated copies and the formation of the circular 2LTR detected by quantitative PCR. Three integrase mutants deficient for the interaction with SNF5/lni1 were isolated using two hybrid screen. Two mutants have an enzymatic activity equivalent to the wild type integrase. Viruses harboring these mutants revealed increased replication in lymphocyte cell line in comparison with the wild type. Using the same approaches, we have shown that a single mutation in the integrase abolished the interaction with LEDGF/p75 inhibiting totally HIV-1 replication by preventing viral integration. Second one - inter-species - lies in comparing two genomes captured in the same state, e. Subject to the same environmental changes
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Delvert, Didier. "Les facteurs prédictifs de réponse chez les malades traités pour une hépatite chronique C : à propos de quatre-vingt-deux patients." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR23083.
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Greco, Anna. "Le virus d'Epstein-Barr : rôle des transactivateurs viraux dans la levée de la latence virale et étude d'un promoteur viral précoce transactivable." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO19004.
Full textAbstract:
Nous avons choisi le virus d'epstein-barr comme modele pour l'etude des mecanismes moleculaires impliques dans le controle de l'activite transcriptionnelle des genes eucaryotes. Dans les cellules infectees l'ebv peut se maintenir a l'etat latent. In vitro, il est possible de lever la latence virale. Nous avons etudie les mecanismes moleculaires impliques dans la transition entre la latence et la reactivation virale. Nous avons montre que: 1) des genes viraux exprimes precocemment apres la reactivation virale codent pour deux proteines transactivatrices eb1 et eb2. La proteine eb1 ainsi qu'une autre proteine virale precoce r sont des activateurs transcriptionnels directement impliques dans la levee de la latence virale alors que eb2 ne l'est pas. La synthese de la proteine eb1 serait la premiere etape dans la reactivation virale; 2) le promoteur de transcription viral precoce dr, confondu avec une origine de replication lytique, est transactivable par eb1 et r. L'induction de la transcription de dr par eb1 et r est mediee par des motifs de sequence d'adn specifiques sur lesquels ces facteurs se fixent. Les proteines eb1 et r activent synergiquement la transcription et la proximite des sites de fixation pour ces deux proteines est une condition indispensable pour la synergie. Des facteurs cellulaires interviennent aussi dans la regulation de la transcription virale
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Madjo, Ursula. "Rôle de la protéine LC3C dans les mécanismes déployés par le VIH-1 pour contrer la restriction imposée par BST2/Tetherin sur la production virale." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB039.
Full textAbstract:
La protéine cellulaire BST2/Tetherin est un médiateur de l’immunité innée qui exerce son activité antivirale contre la dissémination de nombreux virus enveloppés. Ce facteur de restriction retient physiquement les virus néoformés à la surface cellulaire de la cellule infectée, empêchant ainsi le relâchement des virions du VIH-1. La protéine Vpu du VIH-1 est l’un des acteurs viraux capable de contrer cette restriction : elle diminue le niveau d’expression de BST2/Tetherin présent au site de bourgeonnement viral et restaure ainsi une production virale efficace. A ce jour, les mécanismes exacts par lesquels Vpu contre cette barrière cellulaire ne sont pas bien caractérisés. Des études récentes ont montré que HRS et Rab7A, deux protéines contrôlant la voie endo/lysosomale tardive sont impliquées dans le mécanisme déployé par Vpu pour contrer la restriction imposée par BST2. De manière intéressante, ces protéines sont également requises pour l’achèvement des étapes finales de l’autophagie. L’autophagie (macroautophagie) est un mécanisme cellulaire hautement conservé, qui permet la dégradation de composants cytoplasmiques via la formation d’une vésicule à double membrane, appelé autophagosome. L’autophagie est contrôlée par une trentaine de protéines ATG (AuTophaGy-related genes) qui sont recrutés au site de formation du phagophore qui conduira, suite à son élongation, à la formation de l’autophagosome. Il a récemment été décrit que certaine protéines ATG sont également impliquées dans d’autres fonctions cellulaires indépendante de l’autophagie, comme la résistance contre certains pathogènes. C’est le cas notamment de la phagocytose médiée par LC3 (LC3-associated phagocytosis, LAP), un mécanisme indépendant du complexe de pré-initiation de l’autophagie au cours duquel certaines protéines ATG modifient la membrane du phagosome et accélèrent la dégradation des éléments phagocytés. L’objectif de ma thèse était donc de définir si l’autophagie ou certaines protéines de l’autophagie sont impliquées dans le mécanisme moléculaire déployée par Vpu pour contrer la restriction imposée par BST2/Tetherin sur la production virale. Au cours de ma thèse, nous avons démontré l’implication de la protéine LC3C dans le mécanisme par lequel Vpu contrecarre la restriction imposée par BST2 sur la libération des particules virales du VIH-1 dans le milieu extracellulaire. Plus précisément, nos résultats montrent que les protéines ATG5 et Bécline 1, et non tous les composants de l’autophagie, agissent avec la protéine LC3C pour faciliter l’action de la protéine virale Vpu sur la restriction imposée par BST2. L’expression de la protéine LC3C favorise l’élimination par Vpu des molécules de BST2 présentes au site du bourgeonnement, permettant ainsi une libération plus efficace de particules virales VIH-1. Nos expériences d’immunofluorescence montrent que les protéines BST2 et Vpu sont présentes dans des compartiments marqués par LC3, protéine décorant les phagophores, autophagosomes et phagosomes impliqués dans la LAP. Enfin, nos données biochimiques révèlent une interaction spécifique et directe entre la protéine Vpu et la protéine LC3C via un motif LIR non-canonique. L’intégrité de ce motif présent dans le domaine cytoplasmique de Vpu est nécessaire pour la levée par Vpu de la restriction imposée par BST2. En conclusion, mes travaux de thèse montrent que la protéine Vpu du VIH-1 via son interaction avec la protéine d’autophagie LC3C utilise un mécanisme de LAP pour contrer la restriction induite par BST2 sur la production de virus VIH-1BST2/Tetherin is a key mediator of the innate immune system that restricts the dissemination of enveloped viruses. This restriction factor impedes the release of de novo formed HIV particles by physically retaining them at the surface of infected cells. The HIV-1 protein Vpu promotes the release of virus by counteracting this restriction. Vpu removes BST2 present at the budding site and downregulates BST2. The mechanisms by which Vpu counteracts BST2 are still not well understood. Recently, we showed that HRS and Rab7A, two regulators of the endocytic and autophagic pathway participates to the mechanism by which Vpu counteracts BST2-mediated restriction on HIV-1 release. Interestingly, these two proteins are also required in the autophagy pathway. Autophagy (macroautophagy) is a highly conserved degradative mechanism that leads to degradation of cytosolic components through the formation of double-membrane vacuoles called autophagosomes that sequester cytosolic material. This process is tightly regulated by the ATG proteins that are hierarchically recruited at the phagophore assembly site to form the autophagosome. Some ATG proteins are additionally involved in non autophagic cell functions involved in maintenance of cell homeostasis and resistance of pathogens. Notably, they participate in microbe clearance through LC3-associated phagocytosis, a process independent of autophagic preinitiation complex in which some ATG proteins directly modify the phagosomal membrane to enhance degradation of phagocytosed elements. The aim of my thesis was to explore if the autophagy pathway or some ATG proteins could be involved in the molecular mechanism by which Vpu counteracts BST2/Tetherin on HIV-1 release. Here, we reveal that the protein LC3C is required in the Vpu-induced antagonism of BST2 restriction. Our results show that only ATG5 and Beclin-1, and not all the components of the autophagy pathway, act with LC3C to favor the counteraction of Vpu on BST2 restriction, and thus enhance HIV-1 release. We report that BST2 and Vpu are present in LC3-positive compartments. We found that Vpu selectively interacts with the ATG8 ortholog, LC3C, through a non-canonical LIR motif by immunoprecipitation and GST pulldown assays. This motif is required for Vpu to antagonize BST2 restriction. LC3C expression favors the removal of BST2 from HIV-1 budding site, and thus HIV-1 release in BST2 expressing cells. Altogether, our data support the view that Vpu uses a non-canonical autophagy pathway reminiscent of LC3-associated phagocytosis to counteract BST2 restriction
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Barbier, Vincent. "Pastrel, a restriction factor for picornalike-viruses in Drosophila melanogaster." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ114/document.
Full textAbstract:
La drosophile est un excellent modèle pour l’étude des mécanismes moléculaires de l’immunité innée, y compris les virus. Elle a permis la caractérisation de mécanismes de défense immunitaire conservés au cours de l’évolution, tel que les voies Toll et IMD qui régulent l’expression des peptides antimicrobiens induits en réponse aux infections fongiques et bactériennes. Deux types de réponse sont impliqués dans le contrôle des infections virales chez la drosophile : une réponse inductible et l’ARN interférence. Nous avons montré que l’ARN interférence est un mécanisme global de défense antivirale puisqu’il contrôle l’infection par un virus à ADN, en plus des virus à ARN tel que le virus C de la drosophile (DCV). Le virus DCV, apparenté aux Picornaviridae, est un pathogène naturel de la drosophile. Nous avons également observé que la résistance de mouches contrôles à l’infection par le virus DCV est dépendante du fond génétique. Elle est d’ailleurs corrélée à des polymorphismes présents dans un gène porté par le chromosome III : le gène pastrel. Nos expériences de perte et gain de fonction indiquent que ce gène code pour un facteur de restriction viral, bloquant l’infection par le virus DCV mais aussi par le virus de la paralysie du cricket (CrPV). Cette restriction apparait dans les premières heures après infection. La région C-terminale de la protéine Pastrel est nécessaire à son activité antivirale ainsi qu’à sa localisation dans les cellules. La protéine Pastrel co-localise avec le Rouge de Nil, un marqueur des gouttelettes lipidiques. Ainsi, nos résultats suggèrent un lien entre le métabolisme lipidique et le blocage d’une infection virale chez la drosophileSince the discovery of the evolutionarily conserved TOLL and IMD pathways, involved in antifungal and antibacterial immune responses, the fruit fly Drosophila melanogaster is used as a model to study the molecular mechanisms of innate immunity. To defend against viral pathogens, Drosophila relies on two main facets: the RNA interference (RNAi) pathway and virus specific inducible responses. We show that the RNAi pathway plays a role in the control of a DNA virus, in addition to RNA viruses. We also observe that the fly genetic background can modulate the resistance to infection by Drosophila C virus (DCV), a natural pathogen of Drosophila. This resistance to DCV infection is correlated with polymorphisms in a gene named pastrel,localized on the left arm of the third chromosome. Our loss- and gain-of-function experiments indicate that pastrel encodes a molecule opposing infection by picorna-like viruses DCV and also Cricket Paralysis virus (CrPV), raising the question of the mechanism involved. This restriction appears early after infection. The Cterminal region of Pastrel protein is important for its antiviral activity and its localization in vesicular structures co-localizing with Nile Red staining, a marker for lipid droplets. Altogether, our data suggest a connection between lipid droplets and restriction of viral infection in Drosophila, as already described in mammals between the restriction factor Viperin, present on lipid droplets, and the replication of the human pathogen Hepatitis C Virus
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Deflubé, Laure. "Transcription et réplication du génome du virus Hantaan : caractérisation des éléments requis en cis et des facteurs agissant en trans." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077076.
Full textAbstract:
Le virus Hantaan (HTNV ; genre Hantavirus, famille Bunyaviridae) possède un génome composé de trois segments d'ARN de polarité négative. Un système de transcription et réplication transitoire d'ARN pseudo viraux ou minigénomes a été utilisé pour étudier les facteurs agissant en trans et les éléments agissant en cis localisés dans les régions non codantes (RNC) des segments viraux et nécessaires à leur transcription et à leur réplication. Tout d'abord, il a été montré que la protéine N n'est nécessaire ni à la transcription ni à la réplication contrairement à ce qui a été observé pour les autre virus à ARN négatif. Ensuite, la capacité de la protéine L à reconnaître un promoteur interne a été mise en évidence par l'analyse de minigénomes comportant des nucleotides supplémentaires à l'extrémité des RNC. L'hypothèse selon laquelle la séquence conservée de quatorze nucleotides à l'extrémité des RNC constituerait le site de liaison de la polymérase, a été étudiée par l'introduction de substitutions puis sa délétion. Aucune de ces altérations n'a empêché la protéine L de transcrire et répliquer les ARN pseudo viraux. De plus, la possibilité de transcrire un minigénome en orientation antisens dénué de RNC 5' a permis de démontrer que l'interaction des deux extrémités d'un segment viral n'est pas nécessaire pour l'attachement de la polymérase et l'initiation de la transcription. Ce minigénome sans RNC 5' a également permis l'identification d'éléments localisés dans la RNC 3' agissant en cis sur la transcription. Ces résultats surprenants remettent en cause la validité des dogmes du domaine des virus à ARN négatif pour HTNV et par extension pour l'ensemble du genre HantavirusHantaan virus (HTNV; Hantavirus genus, Bunyaviridae family) has a genome that consists of three single-stranded RNA segments. A System for transient transcription/replication of viral-like RNAs or minigenomes has been used to study frans-acting factors and c/s-acting elements within the non coding regions (NCRs) of the viral RNA segments that are required for transcription and replication. First, we found that the N protein is not required for either transcription or replication, contrary to what has been described for other negative strand RNA viruses. Next, we analyzed HTNV minigenomes with additional nucleotides on viral genome segment ends showing that the L protein is able to recognize an internally located promoter. Furthermore, we probed the putative polymerase binding site by deleting or introducing nucleotide substitutions in the conserved sequence of 14 nucleotides localized at the end of the NCRs. Such mutations did not affect the ability of the L protein to transcribe and replicate the viral-like RNA. In addition, a vRNA-oriented minigenome lacking the 5' NCR was found to be a functional template for transcription by the L protein, demonstrating that no interaction between both viral segment ends are required for polymerase binding and transcription initiation. This minigenome lacking the 5' NCR has been further used to identify transcription cis acting elements within the 3' NCR. These surprising results lead us to wonder if well-accepted dogmas in the negative strand RNA virus field apply to HTNV as well as to the entire Hantavirus genus
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Bizollon, Thierry. "Contribution à l'étude des facteurs prédictifs de l'évolution et de la prise en charge thérapeutique de la récidive virale C après transplantation hépatique." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO1T126.
Full text
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Demeret, Caroline. "L'action combinee de la proteine virale e2 et de facteurs cellulaires dans la transcription, la replication, et l'effet oncogene du papillomavirus humain hpv18." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066536.
Full textAbstract:
La proteine e2 du papillomavirus humain de type 18 (hpv18) detient un role fondamental dans le cycle viral. Elle regule la transcription des oncogenes viraux, active la replication du genome viral de concert avec la proteine e1, et a une activite antiproliferative dans des cellules de carcinome cervical associe a hpv18 (cellules hela). Nous avons examine les relations fonctionnelles entre la proteine e2 et des facteurs cellulaires dans ces processus. La repression transcriptionnelle des oncogenes viraux par e2 implique une interference entre la fixation de e2 et la formation du complexe d'initiation de la transcription. D'autres mecanismes y contribuent egalement, qui peuvent differer selon le type cellulaire. Nous avons montre que e2 peut deplacer le facteur de transcription cellulaire sp1 fixe aux sequences du promoteur, et essentiel a son activite. Paradoxalement, la competition de la fixation de sp1 par e2 a des effets differents selon les cellules, et elle n'est pas toujours impliquee dans la repression de la transcription des oncogenes viraux. La fixation de e2 aux memes sites au sein du promoteur reprime la transcription et active la replication de l'adn viral, en presence de la proteine e1. Nous avons caracterise le site de fixation de la proteine e1 au sein de l'origine de replication. Nous avons mis en evidence que certains facteurs de transcription cellulaires, entre autre sp1, sont des activateurs auxiliaires de la replication. Enfin, nous avons montre que la proteine e2 provoque dans les cellules hela un arret de la proliferation cellulaire et une mort programmee. Ces effets sont lies en partie a l'induction de la proteine cellulaire p53 par e2. C'est donc un reseau complexe de regulations, impliquant la proteine e2 et des facteurs cellulaires, qui determine la transcription des oncogenes viraux, la replication de l'adn viral, et l'action oncogene du virus hpv18
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Marchand, Cécile. "Etude du rôle des cytidines désaminases de la famille APOBEC3 dans les phénomènes de restriction virale et d’édition observés sur l’orf vpr du génome du VIH-1." Thesis, Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21683/document.
Full textAbstract:
Avec la découverte de l’édition des acides nucléiques, le dogme selon lequel l’information génétique est transmise de manière fidèle jusqu’aux protéines a été remis en question. Mise en évidence sur les ARN, l’édition est définie comme la modification de certains transcrits résultant dans la production d'une protéine différente de la séquence codée par le gène. Sur l’ADN, ce processus serait un mécanisme de protection, empêchant l’invasion du génome cellulaire par des gènes exogènes. Chez l’homme, la conversion C-U est catalysée par des cytidines désaminases dont font partie APOBEC3. L’objectif de ce travail a consisté à étudier les enzymes de la famille APOBEC3 impliquées dans les phénomènes de restriction virale observés sur le génome viral du VIH-1, en particulier dans la région de l'ORF Vpr. Des transitions C-T et G-A conduisant à l’inactivation de vpr, corrélées à la variation de l'expression des apobec3, suggèrent que les protéines de la famille APOBEC3 pourraient être en partie responsables de la présence de virus défectifs, et ainsi être impliquées dans la chronicité de l’infection observée pour les cellules H9/LAI et pour au moins un patient non progresseur à long terme. Des tests de désamination in vitro ont permis de montrer une activité d’APOBEC3G au niveau de 2 résidus C. Nous n’avons pas pu mettre en évidence d’activité de désamination sur ce même substrat pour les autres APOBEC3 testées. Ceci suggère que la protéine APOBEC3G pourrait être responsable des modifications observées sur le génome du VIH-1. Des expériences préliminaires à la recherche des partenaires cellulaires potentiels, suggèrent l’existence d’un complexe composé d’au moins 5 protéinesRNA editing is a post-transcriptional process that changes the informational capacity within the RNA. This process modifies transcripts in many organisms and thus contributes to expanding the number of gene products without the generation of new genes. Base changes on DNA by C deaminases can be considered as a protection mechanism preventing the invasion of the cell by exogenous genes. In human, A-I and C-U conversion have been described. The C-to-U changes are catalyzed by APOBEC cytidine deaminases, with the APOBEC3 family involved in DNA modifications. The aim of this work is to study the APOBEC3 proteins that are involved in viral restriction phenomenon observed particularly in HIV-1 infections. One of the targets for deamination, the vpr orf, was chosen as model. The correlation between C-T and G-A transitions inactivating vpr with the variation of apobec3 expression, led us to postulate that APOBEC3 family proteins could be partially responsible of the presence of defective viruses. In that way, the activity of restriction deaminases may be involved in chronic infection observed in the H9/LAI cells and, in some cases, on long-term non-progressor patients. In vitro deamination assays showed that two C residues in vpr can be modified in Us by APOBEC3G, but not by other APOBEC3 deaminases, suggesting that APOBEC3G is responsible of the changes observed on the HIV-1 genome. I also look for potential cellular partners for APOBEC3G using a TAP-tag approach. Preliminary experiments indicate a complex composed of at least five proteins
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Lemay, Julie. "Etude de facteurs cellulaires impliqués dans les étapes précoses du cycle de réplication du VIH-1." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077107.
Full textAbstract:
Les étapes précoces du cycle de réplication du VIH-1 sont les étapes les moins bien caractérisées. Ces étapes incluent la fusion membranaire, la décapsidation, la reverse transcription, l'import nucléaire et l'intégration. Les travaux de recherche décrits dans cet ouvrage concernent deux de ces étapes, soit la fusion et la reverse transcription. La première section porte sur l'oligomérisation du récepteur CCR5 et son importance pour l'entrée du VIH-1 dans les cellules cibles. La deuxième section porte sur l'identification de deux partenaires cellulaires de la reverse transcriptase (RT) du VIH-1. HuR est la première protéine cellulaire à avoir été caractérisée comme interagissant avec la RT. Cette protéine nucléaire est impliquée dans la stabilisation de certains ARNm. La deuxième protéine cellulaire caractérisée est AKAP149, une protéine membranaire qui ancre la PKA au niveau des membranes mitochondriales et nucléaires. Nous avons caractérisé l'interaction de la RT avec ces deux protéines par des techniques in vitro et in vivo. Grâce à l'utilisation de l'ARN interférence, nous avons montré que l'absence de ces deux protéines affectaient la réplication du VIH-1 et la reverse transcription in vivo. Dans l'ensemble, nos résultats suggèrent que HuR et AKAP149 soient impliqués au cours des étapes pré-intégration. Les mécanismes par lesquels ces deux protéines modulent la reverse transcription demeurent à être élucidésThe early steps of the HIV-1 replication cycle are still poorly understood. These steps include membranes fusion, uncoating, reverse transcription, nuclear import and integration. The works described in this manuscript concern about two of these steps: fusion and reverse transcription. The first part is treating about the oligomerisation of the CCR5 receptor, and its importance for HIV-1 entry into cells. The second part is about the identification of two cellular partners of HIV-1 reverse transcriptase (RT). HuR is the first cellular protein to be characterised has being an interactant of RT. This nuclear protein is involved in the stabilisation of some mRNAs. The second cellular protein we caracterised is AKAP149, a membrane protein that anchors PKA to mitochondrial and nuclear membranes. We characterised the interaction between RT and these two proteins, by both in vitro and in vivo experiments. With the use of RNA interference, we showed that the absence of both proteins was impairing HIV-1 replication, particularly at the level of the reverse transcription. Taken together, these results suggest that HuR and AKAP149 could be involved in the pre-integration steps of the viral replication cycle. The mechanisms by which these two proteins modulate the reverse transcription reaction still remain to be elucidated
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Le, Buanec Hélène. "Contribution au développement de vaccins visant à corriger l'immunosuppression stromale induite par les tissus infectés par le VIH-1 et par les tumeurs dépendantes de la protéine E7 du papillomavirus de type 16." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066060.
Full text
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Barré, Benjamin. "Identification de facteurs génétiques et environnementaux impliqués dans le vieillissement à travers l’étude des variations naturelles de la levure." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4237/document.
Full textAbstract:
Le vieillissement est un processus complexe déterminé par des facteurs génétiques et environnementaux qui varie d’un individu à l’autre. Bien que le vieillissement soit la cause principale de nombreuses maladies, nos connaissances sur le sujet sont relativement limitées. Tout au long de ce travail, j’ai utilisé la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae pour identifier les facteurs génétiques et environnementaux influant sur le vieillissement et pour comprendre les interactions qu’ils entretiennent entre eux. Jusqu’à présent, les approches classiques de génétique ont permis de découvrir un certain nombre de gènes impliqués dans la régulation du vieillissement chronologique de la levure (CLS), basé sur la longévité de celle-ci en conditions non-prolifératives. Or, ces approches se sont essentiellement centrées sur des souches de laboratoire et n’ont que très peu exploité les richesses de la biodiversité. Dans une première partie, j’ai utilisé une large cohorte de levures composée de plus de 1000 souches naturelles de S. cerevisiae afin d’estimer la variabilité de longévité existant au sein de l’espèce. Leur longévité a été étudiée dans différentes conditions connues pour freiner le vieillissement : sous restriction calorique ou en présence d’un agoniste de la restriction calorique, la molécule rapamycine, qui inhibe directement la voie de signalisation TOR. Les microorganismes passent la majeure partie de leur vie dans des environnements défavorables, pauvres en ressources nutritives. Leur capacité à survivre à ces périodes de restriction (CLS) est donc primordiale. J’ai observé que les souches sauvages ont tendance à spontanément initier le programme de méiose aboutissant à la formation de spores lorsque les conditions environnementales deviennent restreintes. En revanche, les souches domestiques préfèrent entrer en quiescence, ce qui leur confère une viabilité et une résistance accrues. De plus, en ayant recours à une approche basée sur des gènes présélectionnés et à une étude d’association pangénomique, j’ai observé que la variabilité de longévité entre les différentes souches est déterminée par un large spectre de polymorphismes génétiques, tels que des mutations non-synonymes ou non-sens, et par l’absence ou la présence de certains gènes. Toutes ces composantes génétiques interagissent pleinement avec l’environnement. Dans une deuxième partie, j’ai réalisé une analyse de liaison génétique grâce à 1056 souches descendantes de deux souches parentales. La longévité (CLS) de ces 1056 souches a été mesurée dans le but d’identifier des locus de caractères quantitatifs (QTLs). Le vieillissement chronologique a été déterminé à la fois à partir d’un milieu riche, d’un milieu restreint en calories, ou en présence de rapamycine. J’ai identifié 30 QTLs distincts, certains d’entre eux sont communs et récurrents dans plusieurs environnements, tandis que d’autres sont plus spécifiques et occasionnels. Les deux QTLs principaux, associés aux gènes HPF1 et FLO11, codent tous deux des protéines du mur cellulaire, et sont jusqu’à présent non reconnus comme régulateurs du vieillissement. Etonnement, ces deux gènes contiennent des répétitions d’ADN en tandem qui s’avèrent être massivement amplifiées dans une des deux souches parentales d’origine. Alors que les allèles courts de HPF1 et FLO11 n’ont pas d’effet sur le vieillissement, les allèles longs sont relativement délétères, hormis en présence de rapamycine. Après investigation, il semble que la forme allongée de HPF1 provoque la flottaison des cellules de levure au cours de la phase de croissance, les exposants à des taux plus élevés d’oxygèneAging is a classical complex trait varying quantitatively among individuals and affected by both the genetic background and the environment. While aging is the highest risk factor for a large number of diseases, little is known about the underlying molecular mechanisms. Identifying the causal genetic variants underlying natural variation in longevity and understanding their interaction with the genetic background and the environment remains a major challenge. In this work, I used the budding yeast, Saccharomyces cerevisiae, to identify environmental and genetic factors contributing to aging. While extensive classical genetic studies discovered several genes involved in the regulation of chronological lifespan (CLS), which measures cell viability dynamic in non-dividing condition, using laboratory strains in standard conditions, there are only few studies exploiting variations in natural populations. In the first part, I used a large cohort of more than 1000 sequenced natural S. cerevisiae strains to provide a species-wide overview of CLS variability. Longevity was measured in different environments, including calorie restriction (CR), a natural intervention known to increase lifespan, and in the presence of rapamycin (RM), a drug that mimics CR by downregulating the TOR pathway. Unicellular microorganisms spend most of their lifetime in harsh restricted environments interrupted by short windows of growth, making CLS an important and likely adaptive trait. I found that wild strains subjected to CLS tend to trigger the meiotic developmental process leading to the formation of gametes wrapped into a very resistant cell wall. In contrast, domesticated strains tend to enter quiescence state when starved and display a tremendous variability in their survival capacity. Moreover, using both candidate gene approach and genome-wide association studies (GWAS), I demonstrated that variability in CLS is determined by a full spectrum of genetic variant that include gene presence/absence, copy number variation, non-synonymous SNPs and loss of function. All these genetic features were strongly regulated by the environment. In the second part, I performed linkage analysis using 1056 diploid segregants derived from a two parent advanced intercross. These 1056 diploid segregants were phenotyped for CLS to map quantitative trait loci (QTLs). The CLS was measured in complete media, CR and RM environments across multiple time points. I mapped 30 distinct QTLs, with some shared across different environments and time points, while others were unique to a specific condition. The two major effect size QTLs were linked with natural variation in the cell wall glycoproteins FLO11 and HPF1, previously unknown to regulate CLS. Interestingly, both genes presented massive intragenic tandem repeat expansions in one of the founder strain used in the crossing scheme. While the short versions of FLO11 and HPF1 alleles did not impact CLS, tandem repeat expansions within those genes were sufficient to confer a dominant detrimental effect that was partially buffered by rapamycin treatment. Further investigation revealed that the extended form of HPF1 makes cells floating during exponential phase, exposing them to higher oxygen rates, and leading to perturbation of redox homeostasis, activation of misfolded protein response, and alteration of multiple genes involved in methionine, ribosome and lipid biosynthesis, eventually contributing to CLS shortening. Taken together, my work provided an unprecedented overview of natural variation in CLS in a genetic model system and revealed multiple genetic and environmental factors that shape the species phenotypic variation
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Demange, Antonin. "Protéines à motif tripartite (TRIM) chez le porc (Sus scrofa) et réplication du rétrovirus endogène porcin." Phd thesis, Université Rennes 1, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00992386.
Full textAbstract:
Les études des interactions entre cellules hôtes et rétrovirus ont conduit à définir le concept de restriction virale dont les facteurs constituent une part de l'immunité innée des cellules hôtes. Ces facteurs contribuent au contrôle des rétrovirus endogènes (ERV) dont l'émergence peut être associée à certaines pathologies telles que des leucémies ou des immunodéficiences. Chez le porc, certains ERV (PERV) sont réplicatifs, pourtant aucune pathologie ne leur a, à ce jour, été associée. Les mécanismes de restriction virale impliqués dans ce phénomène ont fait l'objet de nombreuses études. Elles n'ont cependant concerné que certains facteurs. Les protéines porcines à motif tripartite (poTRIM) n'ont ainsi fait l'objet que de peu d'études. Pourtant, de nombreux membres de cette famille participent à la restriction virale chez d'autres organismes que le porc. La présente étude s'intéresse par conséquent aux orthologues porcins de ces protéines et à leur relation avec les PERV. L'élaboration d'une stratégie d'expression de ces protéines dans un modèle humain, sensible à l'infection par le PERV nous a permis d'évaluer et de caractériser les effets des TRIM sur le cycle infectieux du PERV. Cette stratégie a mis en évidence une activité de restriction par TRIM8 tandis que TRIM44 semble au contraire agir en faveur de la réplication virale. En ce qui concerne poTRIM11, elle favorise l'entrée du PERV tout en inhibant son expression. L'étude a également confirmé l'insensibilité du PERV vis-à-vis de poTRIM5α. L'ensemble de ces résultats contribuent à la compréhension de la relation entre la réplication des PERV et le contrôle mené par son hôte.
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Téoulé, François. "Etude des interactions entre les facteurs viraux et cellulaires impliqués dans la réplication virale et les voies de signalisation au cours de l’infection par le poliovirus." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2013. http://www.theses.fr/2013VERS0023.
Full textAbstract:
Le poliovirus (PV), un Enterovirus de la famille des Picornaviridae, est l’agent étiologique de la Poliomyélite Paralytique Aiguë (PPA). La PPA se caractérise par des paralysies flasques dues à la destruction des neurones moteurs par apoptose suite à la réplication du PV. Nous avons montré notamment qu’un transfert de calcium du réticulum endoplasmique vers les mitochondries contribue à l’apoptose induite par le PV (Brisac C. Et al. , 2010). De plus, l’exécution du processus apoptotique complet implique la réplication et la synthèse des protéines virales non-structurales (NS). Nous avons identifié deux interacteurs cellulaires de la protéine NS 3A du PV : ACBD3 (Acyl-Coenzyme A binding domain containing 3) et CREB3 (cyclic AMP response element-binding protein). Nous avons montré qu’ACBD3 pouvait moduler la réplication du PV (Téoulé F. Et al. , en révision) tandis que CREB3 pourrait être impliquée dans la régulation de la signalisation calcique et l’apoptose au cours de l’infectionPoliovirus (PV), an Enterovirus of the Picornaviridae family, is the causal agent of acute paralytic poliomyelitis (APP). APP is characterised by flaccid paralysis due to the destruction of motor neurons by apoptosis following PV replication. We have shown, in particular, that the transfer of calcium from the endoplasmic reticulum to the mitochondria contributes to the apoptosis induced by PV (Brisac et al. , 2010). This apoptotic process also involves the replication and synthesis of viral non-structural (NS) proteins. We have identified two cellular proteins interacting with the NS 3A protein of PV: ACBD3 (acyl-coenzyme A binding domain-containing 3) and CREB3 (cyclic AMP response element-binding protein). We have shown that ACBD3 modulates the rate of PV replication (Téoulé et al. , in revision), whereas CREB3 may be involved in regulating cell signalling and apoptosis during infection
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Turek, Marine. "Etude des facteurs cellulaires responsables de l'initiation et de la dissémination du virus de l'hépatite C." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ123/document.
Full textAbstract:
Le VHC est une cause majeure de cancer du foie. Le traitement actuel est caractérisé par à un cout élevé, la présence de toxicité et l’émergence de résistance virale. Dans la 1ère partie de ma thèse, je me suis intéressé à l’entrée virale. L’entrée est nécessaire pour l’initiation ; la dissémination et le maintien de l’infection et représente ainsi une cible intéressante dans le développement de thérapies antivirales : CD81 et SRBI sont les 1ers facteurs décrits comme importants pour l’entrée : Nous avons confirmé leur rôle clé dans l’entrée et les étapes suivant l’entrée. De plus, nous avons montré leur rôle crucial dans la transmission cellule/cellule. Le VHC infecte principalement les hépatocytes, nous avons étudié en seconde partie de ma thèse le tropisme restreint du VHC aux hépatocytes. En définissant les facteurs essentiels à l’infection de cellules non hépatiques et en développant un modèle cellulaire afin d’identifier de nouveaux facteurs d’assemblage et de réplication du VHCHCV infection is the leading cause of chronic liver disease. The current SOC is still limited by high costs, toxicity and emergence of viral resistance. In the first part of my thesis we focused our workon viral entry. Viral entry is required for initiation, spread, and maintenance of infection, and thus is a promising target for the development of new antiviral therapies. CD81 and SR-BI are the first entry factors identified as important for HCV entry. In our work we confirmed their crucial role in entry, especially at the post-binding step. In addition we proved their key role in viral dissemination through the cell-cell transmission. As HCV mainly infects hepatocytes, we studied in the second part of my thesis, the restricted cellular tropism of HCV to hepatocytes and we defined the minimal host factors rendering non hepatic cell lines susceptible to HCV infection by the establishment of a powerful tool to identify new assembly and replication factors
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Fares, Fouad. "Quantification et suivi de la charge virale de l'Epstein-Barr dans le sang périphérique, par PCR-ELISA et PCR in situ : étude de la méthylation du promoteur BamHIW par PCR-enzymes de restriction." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T198.
Full text
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Robette, Gwenaelle. "Régulation transcriptionnelle du virus HTLV-1: rôle fonctionnel des sites Sp1 et implication du cofacteur CTIP2 dans la latence virale." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209294.
Full textAbstract:
L’infection par le rétrovirus complexe T-lymphotrope HTLV-1 (Human T-cell Leukemia Virus type 1), premier rétrovirus humain découvert, touche de 10 à 20 millions de personnes à travers le monde dans des régions endémiques et induit des désordres lymphoprolifératifs de cellules T. Seulement 5 % des personnes infectées développent, après une longue phase asymptomatique, une maladie dont une forme agressive et rapidement mortelle de leucémie nommée ATLL (Adult T-cell Leukaemia/Lymphoma).L’infection par le virus HTLV-1 se caractérise par l’absence de virémie due à la latence du virus dans la majorité des cellules infectées suite à la répression transcriptionnelle de l’expression virale in vivo. Cette latence favorise très probablement le développement tumoral en permettant aux cellules infectées d’échapper à la réponse immunitaire médiée par l’hôte infecté.
Au cours de ce travail, nous avons tout d’abord identifié deux nouveaux sites de liaison pour le facteur de transcription Sp1, localisés dans la région R du promoteur LTR du HTLV-1. Nous les avons caractérisés physiquement par des expériences de retard de migration sur gel et avons mis en évidence la liaison de Sp1 au niveau de ces deux sites. Nous avons ensuite déterminé l’affinité de Sp1 pour les différents sites du promoteur du HTLV-1 et avons montré que les sites Sp11 (localisé dans la région U3) et Sp15 (localisé dans la région U5) sont les plus forts. Nous avons étudié l’impact de mutations de tous les sites Sp1 du LTRHTLV-1 sur son activité promotrice en conditions basales et transactivées par Tax dans le contexte d’un vecteur rapporteur épisomal. Nous avons mis en évidence que les sites Sp1 de la région R du LTRHTLV-1 agissent comme répresseurs de la transcription du LTR5’ mais n’ont aucun effet sur l’activité promotrice du LTR3’.
Dans une seconde partie de notre travail, nous avons étudié l’implication du cofacteur CTIP2 dans la répression transcriptionnelle du HTLV-1 et avons mis en évidence sa capacité à réprimer la transactivation médiée par Tax des promoteurs (LTR5’ et LTR3’) du HTLV-1 en cellules T-lymphoïdes Jurkat. Nous avons également montré par des expériences d’immunoprécipitation de chromatine, le recrutement de CTIP2 aux promoteurs du HTLV-1 dans une lignée infectée de manière latente par le rétrovirus et son absence dans une lignée productive. A l’inverse, Sp1 est présent dans les deux types de lignées. De plus, nous avons exclus l’implication des sites Sp1 du LTRHTLV-1 dans le recrutement du cofacteur étant donné que CTIP2 réprime toujours la transactivation Tax-dépendante du LTRHTLV-1 muté au niveau de tous les sites Sp1.
Finalement, nous avons étudié l’importance des modifications post-traductionnelles de CTIP2 dans son activité de cofacteur transcriptionnel. Nous avons montré que CTIP2 était acétylé par les HATs CBP et p300 et avons identifié 5 sites majeurs d’acétylation. Nous avons mis en évidence l’importance de l’acétylation de la lysine 604 de CTIP2 dans son activité répressive de la transactivation Tax-dépendante des LTRs du HTLV-1.
L’ensemble de ces résultats suggère un rôle du corépresseur CTIP2 dans la régulation transcriptionnelle du promoteur du HTLV-1 ainsi qu’un rôle répresseur des sites Sp1 de la région R du LTRHTLV-1 dans la transcription des gènes viraux au départ du LTR5’. La poursuite de ce travail devrait contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires génétiques et épigénétiques impliqués dans la latence et la réactivation transcriptionnelles des promoteurs du HTLV-1.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Inacio, Mamede Joao Filipe. "Interactions de la capside de lentivirus de primates avec les facteurs cellulaires de l’hôte." Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON13524/document.
Full textAbstract:
Depuis la découverte du virus de l'Immunodéficience humaine, un lentivirus, comme agent pathogène responsable de l'épidémie du SIDA en 1983, beaucoup de progrès sur le sujet ont été réalisés. Il existe deux types de virus différents pouvant infecter l'Homme, le HIV-1 et le HIV-2. Ces deux virus se regroupent en différents groupes et sous-types qui témoignent d'une grande diversité inter et intra individus (notions de quasi-espèces). La découverte de lentivirus infectant naturellement au moins quarante-cinq espèces de primates en Afrique sub-saharienne, a permis un enrichissement des connaissances sur les origines des épidémies lentivirales humaines. Aujourd'hui , il est clairement admis que l'origine des épidémies d'HIV-1 et HIV-2 sont le résultat de transmissions zoonotiques de virus de chimpanzés/gorilles et de mangabeys enfumées, respectivement. La mise en évidence de nombreux SIV circulant chez ces primates non-humains indique bien le risque potentiel de nouvelles zoonoses dans la population humaine exposée, cependant, il peut paraître surprenant que jusqu'à maintenant, deux lignées lentivirales seulement ont été capables de franchir cette barrière d'espèce. Pour pouvoir se répliquer dans les cellules d'un nouvel hôte, un lentivirus doit pouvoir contrecarrer les différents facteurs de restriction exprimés par les cellules cibles tout en exploitant au maximum la machinerie cellulaire. La famille de protéines TRIM5, APOBEC3 et les protéines Tetherin/Bst2 et SAMHD1 sont capables de bloquer une infection rétrovirale. Dans ce travail, le rôle des protéines TRIM5 a été étudié ainsi que celui d'autres protéines interagissant avec des capsides rétrovirales, dans un contexte de transmission inter-espèces de lentivirus de primates. L'étude de TRIM5α humain a montré que cette protéine n'était capable de bloquer aucune des infections par les lentivirus primates testés dans cette étude, ni par les autres SIV. Nous avons pu mettre en évidence que la dépendance de la liaison à la Cyclophiline A pour l'infection des différents SIV était variable en fonction de la capside testée. Ainsi, si cette interaction est largement répandue parmi les différentes lignées de SIV, elle n'est toutefois pas universelle. La sensibilité des SIV à la déplétion de nucléoporines qui sont connues pour affecter l'infection par HIV-1, était également variable pour différents SIV, et la même diversité a été observée concernant les déplétions de RanBP2 et Nup153. De plus, nous avons découvert une capside de SIV soumise à une forte restriction de son infection dans les cellules humaines, ce phénotype a été nommé Ref2.Il a été suggéré qu'il existait une possible corrélation entre des variations de la capside de HIV-2 et la progression vers le SIDA, nous avons donc élaboré une étude afin de déterminer si les protéines TRIM5 étaient impliquées dans ce phénotype. La conclusion est que TRIM5α humaine ne restreint fortement aucune des capsides de HIV-2 testées provenant d'une cohorte d'individus à “progression rapide“ ou “lente“ vers le SIDA. Cependant nous avons observé une capacité d'infection qui corrélait avec la pathogénicité. Il est intéressant de noter que toutes les capsides d'HIV-2 testées étaient dépendantes de la présence de Cyclophiline A pour leur infection. Toutes ces capsides étaient sensibles à la déplétion de RanBP2, et l'interaction est très probablement médiée par le motif C-ter de RanBP2 qui a une forte homologie avec la Cyclophiline A. En conclusion, il est très probable que des SIV infectant naturellement des singes puissent utiliser les mêmes protéines que HIV-1, pour un éventuel passage inter-espèces. TRIM5α ne semble pas être une barrière efficace aux différents SIV, et l'interaction avec la Cyclophiline A est probablement très conservée par les lentivirus primatesEver since HIV has been discovered to be the pathogenic agent that causes AIDS in 1983, much progress has been made in the field. Two different viruses are now known to infect humans, HIV-1 and HIV-2. These two distinct viruses have many sub-types and clades representing a high diversity inter and intra-individuals (quasi-species). The finding of HIV simian counterparts, the Simian Immunodeficiency Viruses (SIVs), has broadened the knowledge of primate lentiviruses and to date forty-five species of non-human primates are known to be infected with SIVs in sub-saharan Africa. It is now clear that HIV-1 and HIV-2 epidemics are the result of zoonosis from chimpanzees/gorillas and sooty mangabeys, respectively. With such a big diversity of SIVs in the wild and a frequent contact of SIV infected monkey species with humans, it is interesting that so far, only two lineages breached the species barrier and infected human populations. To be able to correctly infect a cell, a lentivirus has to overcome the installed cellular barriers known as restriction factors while at the same time correctly exploiting the established host cellular machinery. Proteins such as TRIM5, APOBEC3, Tetherin/Bst2, SAMHD1 are able to restrict retroviral infections in certain conditions. In this thesis, it has been evaluated the role of TRIM5 proteins and other capsid interacting proteins with a scope to the eventuality of a cross-species transmission infection. The results showed that human TRIM5alpha does not restrict any of the primate lentiviruses tested, and so far, no primate lentivirus is known to be restricted by it. Cyclophilin A binding and dependence is variable depending on the SIV capsid; this interaction is widespread among the primate lentiviruses phylogenetic tree but not a universal phenotype. Different capsids from SIVs have been tested for the sensitivity to the depletion of nucleoporins that are known to be used by HIV-1 in its infection; it has been concluded that the same diversity applies to the interaction with RanBP2 and Nup153. Additionally, we identified a SIV capsid that is highly restricted in human cells; this phenotype was called Ref2. With the report of a possible correlation between HIV-2 capsid variations and different levels of progression to AIDS, we devised a study aiming to identify if TRIM5 proteins were involved in this phenotype. We concluded that human TRIM5alpha does not restrict any HIV-2 capsid obtained from a HIV-2 cohort, in which individuals were presenting different levels of progression to AIDS. However, we observed a different viral fitness that correlated with pathogenicity. Moreover, Cyclophilin A dependence seems ubiquitous among all of the tested HIV-2 capsids. All of these capsids are sensitive to RanBP2 depletion and the interaction is much likely mediated by RanBP2's C-terminal motif that shares a high homology with Cyclophilin A. Summing up, it is much likely that some SIVs that still circulate in the wild can hijack the same specific cellular co-factors as HIV-1 to produce a new epidemic in humans. TRIM5α does not seem to be a potent barrier to an eventual cross-species transmission from lower primates to humans, and Cyclophilin A interaction seems to play a major role to the infection of some SIVs
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Ferlin, Juliette. "Etude de la voie de signalisation GBF1-ARF au cours de la réplication virale." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S047.
Full textAbstract:
Depuis une décennie, GBF1 a émergé comme étant un facteur cellulaire essentiel à la réplication de plusieurs virus à ARN de polarité positive (ARN(+)), issus de différentes familles. GBF1 est un facteur d’échange nucléotidique de petites protéines G de la famille Arf, connu pour son action régulatrice des étapes précoces de la voie de sécrétion. En étudiant le virus de l’hépatite C (VHC) comme virus modèle, nous avons montré que le rôle de GBF1 dans la réplication virale est distinct de sa fonction régulatrice de la voie de sécrétion. En effet,GBF1 participe à la réplication du VHC par l’intermédiaire de la paire Arf4 et Arf5, alors que c’est la paire Arf1et Arf4 qui est impliquée dans la voie sécrétion. Pour déterminer si ce mécanisme d’action est conservé parmi les virus à ARN(+), nous avons d’abord montré que GBF1 est impliquée dans l’infection par le virus de la fièvre jaune (YFV), le virus sindbis (SINV), le coronavirus 229E humain (HCoV-229E) et le coxsackievirus B4(CVB4). Puis, nos résultats indiquent que les infections YFV, SINV et HCoV-229E dépendent, tout comme le VHC, des protéines Arf4 et Arf5. Toutefois, le YFV et le SINV utiliseraient également une autre paire d’Arf,Arf1 et Arf4, lors de leur cycle viral. Par ailleurs, l’infection par le coxsackievirus B4 (CVB4) est dépendante de GBF1 mais ne semble pas dépendre des protéines Arf. Bien que GBF1 soit un facteur crucial pour la réplication des virus ARN(+), son mécanisme d’action ne semble donc pas être conservé.La paire Arf4-Arf5 semble impliquée dans la réplication de plusieurs virus à ARN(+). Cependant, ces deux Arf ont été très peu étudiées, contrairement à la protéine Arf1. Nous faisons l’hypothèse que la paire Arf4-Arf5 agit en régulant une série d’effecteurs spécifiques qui sont importants pour la réplication virale. Nos résultats montrent que la déplétion simultanée de Arf4 et de Arf5 perturbe la morphologie de l’appareil de Golgi, qui devient condensé, et des gouttelettes lipidiques (GL), qui s’accumulent et grossissent en périphérie cellulaire.Toutefois, une analyse lipidomique de cellules déplétées de Arf4 et Arf5 montre une composition lipidique inchangée, ce qui suggère un effet sur la morphologie des GL et non pas sur le métabolisme des lipides. Une analyse transcriptomique nous a permis de mettre en évidence une série de protéines, dont l’expression est modulée, suite à la déplétion de Arf4 et Arf5. Nous avons évalué l’implication potentielle de certaines d’entre elles dans l’infection du VHC, mais aucune ne s’est révélée importante pour ce virus. En conclusion, nos résultats ont permis de mettre en évidence de nouvelles fonctions de GBF1, médiées par la paire de protéines Arf4 et Arf5. Arf4 et Arf5 sont impliquées dans la régulation de la morphologie de l’appareil de Golgi et des GL ainsi que dans la réplication de plusieurs virus à ARN(+). Il reste à évaluer si ces fonctions sont indépendantes les unes des autres ou liées entre elles et quels effecteurs spécifiques elles font intervenirGBF1 has recently emerged as a cellular factor essential for the replication of single-stranded positive-sense RNA ((+)RNA) viruses from different families. GBF1 is a guanine-nucleotide exchange factor of small G proteins of the Arf family, known to regulate the early secretory pathway. By studying the hepatitis C virus (HCV) as a model, we have shown that the role of GBF1 in viral replication is distinct from its regulatoryfunction of the sercretory pathway. Indeed, GBF1 function in HCV replication is mediated by Arf4 and Arf5,whereas another pair, Arf1 and Arf4, mediates the regulation of the secretion. To determine if this mechanism ofaction is conserved among (+)RNA viruses, we showed that GBF1 is involved in yellow fever virus (YFV),sindbis virus (SINV), human coronavirus 229E (HCoV-229E) and coxsackievirus B4 (CVB4) infection. Our results indicate that YFV, SINV and HCoV-229E infections are Arf4 and Arf5 dependent, as we previouslyshowed for HCV. However, YFV and SINV would also use another Arf pair, Arf1 and Arf4, during their lifecycle. In addition, CVB4 infection depends on GBF1, but doesn’t seem to depend on any Arf. Although GBF1 is required for (+)RNA viruses replication, its mechanism of action appears not to be conserved.The Arf4-Arf5 pair appears to be involved in the replication of several (+)RNA viruses. However, these twoproteins have been poorly studied so far, contrary to Arf1. Our hypothesis is that the Arf4-Arf5 pair regulatesspecific effectors involved in viral replication. Our results indicate that Arf4 and Arf5 simultaneous depletionalters the morphology of the Golgi apparatus, which becomes condense, and of lipid droplets (LD), whichaccumulate and grow bigger at the cell periphery. However, a lipidomic analysis of Arf4 and Arf5 depleted cellsdisplayed an unaltered lipid composition, which suggests a morphologic impact on LD, rather than a disruptionof the lipid metabolism. A transcriptomic analysis identified proteins up- or down-regulated after Arf4 and Arf5 depletion. We assessed the function of some of these proteins in HCV replication, but none of them proved implicated.In conclusion, our results hightlighed new GBF1 functions, mediated by the pair Arf4-Arf5. Arf4 and Arf5 are involved in regulating the morphology of Golgi complex and of LDs, as well as the replication of (+) RNA viruses. It remains to assess if these functions are independent or related to each other, and which specific effectors they use
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Dubois, Julia. "Étude de l'infection par le métapneumovirus humain : facteurs de virulence et développement de vaccins vivants atténués." Thesis, Université Laval, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1018/document.
Full textAbstract:
Le métapneumovirus humain (hMPV) est un virus responsable d'infections aiguës des voies respiratoires telles que des bronchiolites, des bronchites ou des pneumonies, principalement chez les populations à risques que sont les jeunes enfants de moins de 5 ans, ainsi que les personnes âgées ou immunodéprimées. Découvert en 2001, ce virus et sa pathogénèse ne restent encore aujourd'hui que partiellement caractérisés. De ce fait et malgré les besoins, il n'y a aucun vaccin ou traitement thérapeutique spécifique et efficace contre le HMPV disponible sur le marché. Dans ce contexte, mon projet de thèse s'est articulé autour de deux axes principaux : (i) L'étude de la protéine de fusion F du virus hMPV, protéine majeure antigénique de surface et responsable de l'entrée du virus dans la cellule cible. Elle a pour particularité d'induire de manière autonome la fusion membranaire in vitro et d'être associée à des effets cytopathiques variable selon les souches virales. De par son rôle clé pour le virus hMPV, la protéine F a déjà fait l'objet de plusieurs études structurales et fonctionnelles mais les déterminants de cette activité fusogénique ne sont pas encore entièrement caractérisés. Nous nous sommes donc intéressés à l'identification de déterminants du phénotype viral hyperfusogénique, localisés dans les domaines heptad repeats de la protéine F du hMPV. (ii) L'atténuation de deux souches virales cliniques (CAN98-75 et C-85473) par délétion de gènes accessoires dans le but de développer des candidats vaccinaux adaptés aux enfants en bas âge. Différents virus ont été générés par génétique inverse et les délétions des gènes accessoires SH et G dans les deux fonds génétiques viraux ont été étudiées pour leur impact sur l'infectivité, la réplication et la pathogénèse virale in vitro et in vivo ainsi que leur contribution pour le développement de virus atténués candidats vaccinauxHuman metapneumovirus (hMPV) is a major pathogen responsible of acute respiratory tract infections, such as bronchiolitis or pneumonia, affecting especially infants, under five years old, elderly individuals and immunocompromised adults. Identified since 2001, this virus and its pathogenesis still remain largely unknown and no licensed vaccines or specific antivirals against hMPV are currently available. In this context, my research project was built over two main subjects: (i) The study of the fusion F glycoprotein which is the major antigenic protein of hMPV and is responsible of viral entry into host cell. By its crucial role for the virus, the F protein has already been characterized in several structural and/or functional studies. Thus, it has been described that the hMPV F protein induces membrane fusion autonomously, resulting in variable cytopathic effects in vitro, in a strain-dependent manner. However, as the determinants of the hMPV fusogenic activity are not well characterized yet, we focused on identification of some of these, located in heptad repeats domains of the protein. (ii) The evaluation of hMPV SH and G gene deletion for viral attenuation. Liveattenuated hMPV vaccine candidates for infants’ immunization has been constructed thank to this deletion approach at the beginning of hMPV vaccine development efforts. Despite encouraging results, these candidates have not been further characterized and the importance of the viral background has not been evaluated
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Perrin, Florent. "Modification du métabolisme des caroténoïdes en réponse aux stress biotique et abiotique chez la carotte." Thesis, Angers, 2016. http://www.theses.fr/2016ANGE0027/document.
Full textAbstract:
La carotte présente un grand intérêt nutritionnel comme source alimentaire en caroténoïdes. Pourtant, la connaissance des mécanismes d’accumulation de ces composés est un enjeu majeur. Si le déterminisme génétique a été relativement bien étudié, l’impact de stress sur l’accumulation des caroténoïdes chez la carotte reste méconnu. Ce travail de thèse vise donc à déterminer (i) l’impact de stress biotique et abiotique appliqués individuellement ou en combinaison sur les teneurs en caroténoïdes dans les feuilles et racines de carotte,(ii) les mécanismes de régulation pouvant expliquer ces variations (iii) si le métabolisme secondaire est affecté spécifiquement, indépendamment du métabolisme primaire.Les résultats mettent en évidence un effet négatif des différentes conditions de stress, en particulier appliquées en combinaison, sur les teneurs en caroténoïdes dans les feuilles et les racines de carotte, mais dépendent du génotype. La régulation transcriptionnelle au niveau de la voie de biosynthèse des caroténoïdes ne peut expliquer qu’en partie les variations de teneurs. Les variations de teneurs en chlorophylles des feuilles et sucres des racines sont corrélées à celles des teneurs en caroténoïdes, suggérant des mécanismes communs de régulation.Ce travail montre que l’impact de stress en culture, et en particulier leur combinaison, est une composante importante de l’élaboration de la qualité nutritionnelle. Les travaux doivent être poursuivis afin d’établir un schéma plus précis de la régulation de l’accumulation des caroténoïdes chez la carotteCarrot presents a high nutritional interest as a carotenoid intake source. However, knowledge about accumulation mechanisms of these compounds is a major issue. While genetic determinism was relatively well studied, the impact of stresses on carotenoid accumulation in carrot remains unknown. This thesis work aims to determine (i) the impact of biotic and abiotic stresses applied individually or in combination on carotenoid contents in carrot leaves and roots, (ii) the regulation mechanisms which could explainthese variations and (iii) if secondary metabolism is specifically affected independently from primarymetabolism. Results bring to light a negative effect of the different stress conditions, particularly applied in combination, on carotenoid contents in carrot leaves and roots but depend on genotypes. Transcriptional regulation based on carotenoid biosynthetic genes can only partially explain contentvariations. Chlorophyll content variations in leaves and sugar content variations in roots are correlated to those of carotenoids suggesting common regulation mechanisms. This work shows that the impact of stress on culture, and particularly in combination, is an important determinism of nutritional quality. Further works need to be performed to establish a more precise regulation network pattern of carotenoid accumulation in carrot
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Leobold, Matthieu. "Démonstration fonctionnelle de la nature virale des particules sans ADN de la guêpe parasitoïde venturia canescens." Thesis, Tours, 2018. http://www.theses.fr/2018TOUR4017.
Full textAbstract:
Chez la guêpe parasitoïde Venturia canescens, des particules virales dépourvues d'ADN appelées VLP (pour "Virus-like Particules") sont produites spécifiquement dans les ovaires et tapissent le chorion des oeufs qui sont injectés dans la chenille hôte. Les VLP ont une fonction immunosuppressive pour l'hôte parasité et permettent ainsi la survie des oeufs du parasitoïde. Ces VLP résultent de l’intégration d’un nudivirus dans le génome de l’ancêtre de la guêpe, nudivirus qui a été ensuite domestiqué pour former des liposomes viraux capables de véhiculer dans l’hôte des protéines de virulence d'origine cellulaire. L’étude réalisée au cours de cette thèse a eu pour objet, d’une part, d'étudier les mécanismes de domestication virale qui ont conduit au virus symbiotique endogène actuel nommé VcENV (pour V. canescens endogenous nudivirus) et d’autre part, d'apporter des éléments de réponse sur le processus de morphogénèse et le mode d'action parasitaire des VLPViral particles devoid of DNA called VLPs (for Virus-Like Particles) are specifically produced in the ovaries of the parasitoid wasp Venturia canescens and line the chorion of the wasp’s eggs injected into the host caterpillar. VLPs are immunosuppressive and allow parasitoid eggs survival. These VLPs result from the integration of a nudivirus into the wasp ancestor genome, nudivirus which was then domesticated to form viral liposomes capable of carrying, into the host, virulence proteins of cellular origin. The aim of the study carried out during this thesis was, first, to analyze the viral domestication mechanisms that led to the current endogenous symbiotic virus called VcENV (for V. canescens endogenous nudivirus) and secondly to provide some answers on VLPs morphogenesis process and parasitic mode of action
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Hammoumi, Saliha. "Etude des facteurs susceptibles de favoriser ou de limiter l'infecton des cellules humaines par le virus de l'encéphalomyocardite." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077210.
Full textAbstract:
Dans le but d'évaluer le risque de transmission de l'EMCV de l'animal, en particulier le porc, à l'homme, notamment lors de xénotransplantations, nous nous sommes intéressés aux facteurs susceptibles de favoriser ou de limiter cette transmission par l'étude de l'interaction du virus avec des cellules humaines. Des outils permettant la mise en évidence de la multiplication du virus aux différentes étapes de l'infection ont été développés. Notamment, pour le suivi de la synthèse des protéines, un virus recombinant exprimant l'EGFP a été créé. Celui-ci, était pathogène pour la souris, à l'instar du virus parental. L'EGFP a pu être détectée par autofluorescence in vitro dans les cellules infectées et in vivo sur des empreintes de cerveaux de souris. Le pouvoir infectieux de différentes souches virales sur des lignées et des cellules primaires humaines, reflétant le tropisme du virus chez l'animal, a été analysé. Les résultats montrent que l'infection des cellules dépend du type cellulaire et de la souche virale et que l'adsorption varie essentiellement en fonction des souches. Par comparaison des séquences de capside, des acides aminés jouant un rôle probable dans cette adsorption ont été mis en évidence. L'analyse des partenaires cellulaires impliqués dans l'attachement a permis de montrer que l'adsorption de la souche 1086C est dépendante des acides sialiques et que la lysine 231 de VP1 jouerait un rôle important dans cette liaison. Par ailleurs, l'adsorption de la souche B279/95 est indépendante des acides sialiques mais dépend des héparanes sulfates. Ceci suggère l'utilisation probable de co-récepteurs portant des héparanes sulfates ou des acides sialiquesIn order to evaluate the transmission risk of EMCV, from animal, mainly pig, to human, especially during xenotransplantations, we were interested in factors likely to support or limit this transmission by studying the interaction of EMCV with human cells. Tools allowing the detection of the virus multiplication at the various stages of the infection were developed. In particular, for the follow-up of the proteins synthesis, a recombinant EMCV expressing EGFP was created. The recombinant virus was pathogenic for mouse like the parental virus. EGFP could be detected by autofluorescence in vitro in infected cells and in vivo on prints of mouse brains. The infectious power of various viral strains on human cell lines and primary cells, reflecting the tropism of the virus in animal, was analysed. The results indicated that the infection of the cells depends on the cellular type and the viral strain and that adsorption varies primarily according to the strains. By comparison of the sequences of capsid, amino acids playing a probable part in this adsorption were highlighted. The analysis of the cellular partners implied in the attachment made it possible to show that the adsorption of the strain 1086C is dependent on sialic acid and that lysine 231 of VP1 would play an important part in this connection. In addition, the adsorption of the B279/95 strain is independent of sialic acid but depends on heparanes sulfates. This suggests the probable use of co-receptors carrying heparane sulfates or sialic acids
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Martin, Isabelle. "Étude du déterminisme moléculaire des Interactions compatibles et incompatibles Vitis vinifera-Nepovirus-Nicotiana occidentalis (InViNNo)." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ102.
Full textAbstract:
Le Grapevine fanleaf virus (genre Nepovirus) est l'agent principal du court-noué de la vigne. Il induit des symptômes très variables. Ce travail présente une étude mécanistique de la symptomatologie du GFLV sur un hôte herbacé et sur l'hôte d’intérêt agronomique. Par détection de marqueurs biochimiques et moléculaires j'ai montré que le GFLV-F13 induit une réponse hypersensible (HR) sur N. occidentalis et une restriction partielle du virus. J'ai identifié puis cartographié le déterminant viral de cette HR en utilisant des réassortants, des recombinants et des variants naturels du virus. Sur vigne, sur un dispositif expérimental unique en son genre, j'ai mené une approche sans a priori d’étude transcriptomique par RNA-Seq. J'ai comparé des vignes du cépage gewurztraminer mono-infectées par une souche sévère induisant des symptômes de rabougrissement et par une souche plus modérée. 1 023 gènes sont spécifiquement dérégulés par la souche sévère parmi lesquels des gènes impliqués dans la régulation de la HR. Ce résultat permet de proposer pour la première fois qu'une HR pourrait être mise en place dans la vigne en réponse à une infection viraleGrapevine fanleaf virus (genus Nepovirus) the causative agent of fanleaf degeneration, induces variable symptoms. This manuscript presents a mechanistic study of GFLV symptomatology on both an herbaceous model plant and an agronomically important crop plant.On N. occidentalis, I demonstrated that GFLV-F13 induces a reaction exhibiting hallmarks of a hypersensitive response (HR), partially restricting virus spread. Using reassortants, recombinants and natural variants of the virus, I could identify and map the viral determinant of this HR. On grapevine, I took advantage of a unique experimental set-up and used RNA-Seq to compare the transcriptoms of Gewurztraminer plants infected with two different GFLV strains, one of which induced stunting symptoms and the other mild symptoms. 1,023 genes among which genes involved in the regulation of HR, were specifically regulated by the more severe strain This is the first hint of a HR taking place in grapevine in response to a virus infection
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Hivin, Patrick. "HBZ, un facteur de transcription de type AP-1 codé par le HTLV-I et son implication dans la régulation de la transcription virale et cellulaire." Montpellier 1, 2006. http://www.theses.fr/2006MON1T020.
Full textAbstract:
Le virus HTLV-I est l'agent étiologique de la leucémie T de l'adulte (ATL). La protéine Tax du HTLV-I a été décrite pour jouer un rôle majeur dans la transformation du lymphocyte T CD4+ en cellule leucémique. Toutefois, bien que les cellules infectées puissent produire du Tax, seule une faible proportion des individus infectés développeront une leucémie T suggérant qu'un ou plusieurs mécanismes contrôlent la prolifération de la cellule exprimant Tax. Entre autre, HBZ, facteur de transcription de type bZIP caractérisé par notre laboratoire, a été montré pour réguler l'expression de TAX mais également pour moduler l'activité des protéines c-Jun, JunB et JunD de la famille AP-1 impliquées dans la prolifération cellulaire. L'objectif principal de ma thèse a consisté à déterminer de façon très précise les mécanismes moléculaires et cellulaires utilisés par HBZ pour réguler la voie AP-1. Nous avons ainsi pu montrer que HBZ pouvait via une interaction directe, bloquer l'activité transcriptionnelle des protéines c-jun et JunB en empêchant leur fixation au niveau des sites AP-1. Dans le cas précis de JunB, HBZ est capable d'entraîner sa relocalisation au sein de sites transcriptionnellement inactifs, les HBZ-NBs. Concernant la protéine JunD, HBZ peut, contrairement à c-Jun et JunB, stimuler son activité transcriptionnelle grâce à la présence d'un domaine particulier riche en acides aminés chargés, appelé domaine modulateur, situé en amont de son domaine bZIP. Enfin, dans la deuxième partie de ma thèse, nous avons étudié l'implication du facteur cellulaire C/EBPß dans la régulation de l'expression virale. Nous avons ainsi pu démontrer que C/EBPß en interagissant avec Tax via sa région centrale était capable de réguler négativement l'activité transcriptionnelle de Tax conduisant à une diminution de l'expression virale.
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Barbaron, Christine. "Maladies immunologiques après vaccin recombinant contre l'hépatite B : à propos de six patients bordelais." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR2M077.
Full text
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Lebsir, Nadjet. "Étude sur l'interaction entre le virus de l'hépatite C et le facteur cellulaire proviral GBF1." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S027/document.
Full textAbstract:
GBF1 a émergé autant que facteur cellulaire nécessaire pour la réplication de plusieurs virus à ARN. Au cours de l’infection par le virus de l’hépatite C (VHC), GBF1 est essentiel pour les étapes précoces de la réplication, bien qu’il soit dispensable lorsque celle-ci est établie. Afin de mieux comprendre la fonction de GBF1 dans la régulation de l'infection par le VHC, nous avons tenté d’explorer les interactions entre GBF1 et les protéines du VHC. Ainsi, grâce à l’approche du double hybride en levure et par co-immunoprécipitation et par PLA (proximity ligation assay), nous avons pu montrer que NS3 interagit avec GBF1. De plus, NS3 semble interférer avec la localisation subcellulaire de GBF1 dans des cellules exprimant NS3. Cette interaction a été retrouvée entre le domaine protéase de NS3 et Sec7, le domaine catalytique de GBF1. Un crible sur des mutations altérant l’interaction GBF1-NS3, par double hybride en levure, a permis révéler un mutant NS3 (N77D de la souche Con1) qui est non-réplicatif malgré une activité protéase bien conservée. De plus, le résidu muté est exposé à la surface, ce qui suggère qu’il pourrait appartenir à la zone d’interaction de NS3 avec GBF1. La mutation correspondante dans la souche JFH1 produit le même phénotype que la souche Con1 du VHC. L’ensemble des résultats révèlent l’existence d’une interaction entre GBF1 et NS3 et suggèrent qu’une altération de cette interaction est délétère pour la réplication du VHCGBF1 has emerged as a host factor required for the replication of RNA viruses of different families. During the hepatitis C virus (HCV) life cycle, GBF1 performs a critical function at the onset of replication, but is dispensable when the replication is established. To better understand how GBF1 regulates HCV infection, we have looked for interactions between GBF1 and HCV proteins. NS3 was found to interact with GBF1 in yeast two-hybrid, in co-immunoprecipitation and in proximity ligation assays, and to interfere with GBF1 function and alter GBF1 intracellular localization in cells expressing NS3. The interaction was mapped to the Sec7 domain of GBF1 and the protease domain of NS3. A yeast two-hybrid screen for mutations altering NS3-GBF1 interaction yielded an NS3 mutant (N77D, Con1 strain) that is non-replicative despite conserved protease activity. The mutated residue is exposed at the surface of NS3, suggesting it could be part of the domain of NS3 that interacts with GBF1. The corresponding mutation in JFH-1 strain (S77D) produces the same phenotype. Our results provide evidence for an interaction between NS3 and GBF1 and suggest that an alteration of this interaction is detrimental to HCV replication
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Boubred, Farid. "Conséquences vasculaires et rénales à long terme de la restriction de croissance intra-utérine et de la nutrition postnatale chez le rat." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20693.
Full textAbstract:
Le faible poids de naissance et/ou une accélération de la croissance pondérale durant l’enfance sont reconnus actuellement comme facteur de risque de maladies cardiovasculaires (hypertension artérielle, en particulier). Leur rôle dans la progression des maladies rénales chroniques de l’adulte est moins évident. Cette association entre un faible poids de naissance et un risque accru d’hypertension artérielle (HTA) à l’âge adulte ferait intervenir une réduction du nombre de néphrons. Ce déficit néphronique, associé au faible poids de naissance, est responsable d’une hyperfiltration glomérulaire au sein de chaque néphron. Ce mécanisme adaptatif entraîne au fil du temps des lésions rénales, une protéinurie, une insuffisance rénale chronique et une véritable hypertension artérielle. Mais l’hypothèse pathogénique du déficit néphronique reste discutable. De plus peu l’influence de la nutrition postnatale précoce a été très peu étudiée chez l’animal. A travers 2 modèles de restriction de croissance intra-utérine (RCIU) chez le rat, nous avons montré que, plus que la RCIU elle-même, le devenir vasculaire et rénal chez le rat RCIU dépend de la sévérité du déficit néphronique. Un déficit néphronique modéré n’est pas suffisant pour affecter à long terme les fonctions/structures vasculaires et rénales chez le rat RCIU obtenu par une restriction protéique maternelle modérée (caséine 9 %)Nous avons également validé un modèle de rattrapage pondéral précoce, chez le rat. Nous avons montré qu’un rattrapage pondéral et/ou une croissance exagérée durant la période néonatale jouent un rôle primordial sur la pression artérielle, les fonctions et la structure rénale à l’âge adulte. Ces paramètres étaient d’autant plus affectés que la suralimentation néonatale était associé à une RCIU. Les maladies vasculaires et rénales résulteraient, en grande partie, d’une inadéquation entre le nombre de néphrons, réduit lors d’un faible poids de naissance, et la nutrition néonatale/postnatale, surabondante.Chez l’homme, la mise en place de nouvelles cohortes est nécessaire afin de mieux comprendre le rôle de la nutrition durant différentes phases de croissance (fœtale, néonatale, enfance et adolescence) dans le développement des maladies chroniques de l’adulte. Ces études devraient évaluer la pertinence de marqueurs précoces, et permettre la mise en œuvre de stratégies préventives précoces nutritionnelles ou médicamenteuses chez les personnes les plus à risquesEvidence suggest that low birth weight and/or postnatal catch-up growth increase the risk for long term cardiovascular diseases (hypertension especially). Their role on the progression of chronic kidney disease is less evident. The mechanism is incompletely known. Nephron number deficit, associated with low birth weight, may play an important role. In such a condition, an adaptative single nephron glomerular hyperfiltration to meet excretory demands may lead overtime to renal damages. However this hypothesis is still questionable.In the rat, through two experimental models of intrauterine growth restriction (IUGR), we have shown that adverse long term vascular and renal functions are highly dependent on the severity of nephron number deficit. Moreover, we have demonstrated that a rapid neonatal catch-up growth plays a determinant role. Neonatal overfeeding and a high protein diet following IUGR accelerate the expression of hypertension and the progression of chronic kidney disease. Long term vascular and renal diseases may thus result from a mismatch between adverse fetal environment and postnatal beneficial environment. In human prospective epidemiological studies are needed with the aim to evaluate the effect of postnatal nutrition and to determine early markers for future preventive studies
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Lê-Bury, Gabrielle. "Infection des macrophages par le VIH-1 : facteurs moléculaires impliqués dans la production virale et dans le développement de bactéries opportunistes The HIV-1 protein Vpr impairs phagosome maturation by controlling microtubule-dependent trafficking Pronounced stealth phenotype and differential pyroptosis induction by invasive Salmonella Typhimurium revealed by coinfection of human macrophages with HIV Role of Solute Carriers in efficient HIV-1 production by human macrophages." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCB094.
Full textAbstract:
Le Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) infecte les macrophages. Contrairement aux lymphocytes T CD4+, les macrophages résistent aux effets cytotoxiques du virus et représentent un réservoir pour ce pathogène. Dans ces cellules, le virus est produit et stocké dans un compartiment intracellulaire spécifique appelé VCC (Virus-Containing Compartment). Ce compartiment à pH neutre, transitoirement connecté à la membrane plasmique, reste cependant très peu caractérisé. Par ailleurs, le VIH-1 induit une perturbation des fonctions des macrophages, permettant ainsi le développement de bactéries opportunistes, telles que des souches particulières de Salmonella Typhimurium. Nous avons étudié en particulier des souches de Salmonella Typhimurium invasives non typhiques qui se sont développées, chez des patients séropositifs. Les objectifs de ma thèse ont donc été d'étudier, dans les macrophages primaires humains, les facteurs moléculaires impliqués dans la production du VIH-1 et le développement de souches invasives de Salmonella Typhimurium. Dans un premier temps, j'ai contribué à étudier les effets de l'infection par le VIH-1 sur les fonctions des macrophages. Leur fonction majeure est la phagocytose qui est un mécanisme de défense contre les pathogènes permettant leur internalisation et leur dégradation. Il avait déjà été montré au laboratoire que l'étape d'internalisation était en partie inhibée par le facteur de virulence Nef dans les macrophages infectés. Dans ce travail, nous avons montré que l'infection de ces cellules par le VIH-1 inhibe également la maturation des phagosomes, mais via la protéine virale Vpr. Nous avons aussi mis en évidence que le VIH-1 conduit le macrophage dans en état de pré-activation, mais empêche la cellule de répondre à un stimulus ultérieur comme une surinfection bactérienne. Dans un second temps, j'ai participé à l'étude des coinfections entre VIH-1 et les bactéries Salmonella Typhimurium invasives, qui ont émergé avec l'infection par le virus, en comparaison avec des souches de référence. Ce travail nous a permis de montrer que les bactéries, pour leur survie, n'exploitent pas le compartiment viral dans les macrophages co-infectés. J'ai ensuite observé que la souche invasive de Salmonella Typhimurium induit moins de mort cellulaire par pyroptose qu'une souche de référence. J'ai alors déterminé les voies de signalisation en amont de cette mort cellulaire qui est associée à un mécanisme inflammatoire. Ainsi, j'ai mis en évidence que la souche invasive de Salmonella détourne les mécanismes de pyroptose et survit mieux dans les macrophages, ce qui pourrait expliquer la dissémination observée chez les patients. Enfin, j'ai initié l'étude de nouveaux facteurs cellulaires impliqués dans la production virale par les macrophages. À la suite d'une analyse transcriptomique sur des macrophages primaires humains infectés ou non par le VIH-1, nous avons identifié un nombre important de transporteurs membranaires appelés SLC (Solute Carrier) dont l'expression est modulée par l'infection. Après la sélection de candidats, j'ai pu mettre en évidence que certains de ces SLC étaient importants pour la production virale par les macrophages. En conclusion, l'ensemble de ces travaux contribue à définir comment le VIH-1 infecte les macrophages et diminue leurs fonctions d'activation et de clairance, et comment se développent des bactéries opportunistes pathogènesHuman Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) infects macrophages. In contrast to CD4+ T cells, macrophages are resistant to the cytotoxic effects of the virus and represent a reservoir for the pathogen. In these cells, the new virions are produced and stored in a specific intracellular compartment called Virus-Containing Compartment (VCC). This non-acidic compartment, transiently connected to the plasma membrane, remains poorly characterized. In addition, HIV-1 induces an alteration of macrophage function, allowing the development of opportunistic bacteria, such as specific strains of Salmonella Typhimurium. In particular, we studied invasive non-typhoidal Salmonella Typhimurium (iNTS) strains that developed in HIV-positive patients. The aims of my thesis have been to identify the molecular factors involved in the production of HIV-1 in primary human macrophages and to study the development of the invasive strains of Salmonella Typhimurium. First, I participed in studying the effects of HIV-1 infection on macrophage function. Their main role is phagocytosis, which is a defense mechanism enabling internalization and degradation of pathogens. It has previously been shown in the host laboratory that in HIV-1 infected macrophages, the internalization step is partially inhibited by the virulence factor Nef. In this work, we have shown that the infection of these cells by HIV-1 also inhibits the maturation of phagosomes, in this case, via the viral protein Vpr. Further, we have demonstrated that HIV-1 leads to a pre-activation state of the macrophage, while preventing the cell from responding to subsequent stimuli, such as bacterial superinfection. Secondly, I studied the coinfections between HIV-1 and an invasive strain of Salmonella Typhimurium that was compared to reference strains. This work demonstrated that bacteria do not hijack the viral compartment for their survival in co-infected macrophages. Additionally, the invasive strain of Salmonella Typhimurium was observed to induce less cell death by pyroptosis than a reference strain. The signaling pathways upstream of this cell death were determined to be associated with an inflammatory mechanism. Hence, it was demonstrated that the invasive strain of Salmonella hijacks the mechanism of pyroptosis to survive in macrophages. This may explain the dissemination observed in patients. Finally, a study of new cellular factors involved in viral production in macrophages was conducted. Following a transcriptomic analysis of human primary macrophages infected, or not, with HIV-1, we identified a large number of membrane transporters called SLC (Solute Carrier) whose expression was modulated by the infection. After selecting some of the candidates for further study, I have demonstrated that some of these SLCs are important for viral production in macrophages. In conclusion, this work contributes to defining how HIV-1 infects macrophages and disturbs their activation and clearance functions, and how opportunistic pathogenic bacteria develop