Academic literature on the topic 'Fièvre à virus'

Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV) est l’agent étiologique d’une fièvre hémorragique grave affectant l’Afrique, l’Asie et le sud de l’Europe. Les modifications climatiques de ces dernières décennies induisent depuis peu une remontée de l’aire de distribution de ce virus. Encore peu de données scientifiques sont disponibles sur les interactions avec son vecteur, la tique, ou sur sa biologie propre. Cependant, la présence avérée d’infections humaines en Espagne et des sérologies positives dans le cheptel corse pourraient bien concentrer l’attention sur ce pathogène. Cette revue fait le point sur l’évolution des connaissances éco-épidémiologiques de ce virus, notamment en Europe et plus particulièrement en France.

La fièvre catarrhale du mouton a été déclarée en Tunisie en décembre 1999. D’autres cas de fièvre catarrhale du mouton ont également été répertoriés dans d’autres pays du bassin méditerranéen. L’objectif de cette étude a été, dans un premier temps, de caractériser les isolats viraux provenant de cette épizootie ayant sévi de décembre 1999 à mars 2000 et, dans un second temps, de déterminer l’origine du virus par phylogénie moléculaire. Pour se faire, les segments génomiques 2, 7 et 10 correspondant respectivement aux protéines VP2, VP7 et NS3/NS3A ont été amplifiés par PCR et séquencés. Des comparaison de séquences de ces différents segments génomiques issus des isolements viraux tunisiens ont pu êtres faits avec la souche virale sauvage et vaccinale corse ainsi que d’autres souches virales de fièvre catarrhale du mouton déjà publiées sur GenBank. Les résultats présentés sous forme d’arbres phylogénétiques et de tableaux de comparaisons de séquences nucléotidiques permettent de positionner l’origine commune de la souche virale tunisienne (sérotype 2) avec la souche virale corse responsable de l’épizootie d’octobre 2000.

L'étude tente de clarifier le rôle des bovins apparemment sains comme réservoir du virus de la fièvre catarrhale à l'égard des moutons au Soudan. Elle confirme les travaux antérieurs et établit que les bovins peuvent héberger le virus auquel sont sensibles les ovins de ce pays. Les conditions de transmission expérimentale du virus entre les deux espèces suggèrent que le meilleur indicateur pour déterminer la virémie sur des bovins apparemme nt sains consiste à inoculer des moutons sensibles avec le virus bovin suspecté. Les conditions de la virémie et la survie du virus dans la nature font l'objet d'une discussion.

Le virus de la fièvre de la vallée du Rift (VFVR) est un agent pathogène transmis à l’homme et au bétail par la piqûre de moustiques. Ce virus, découvert au Kenya en 1930, est considéré par l’Organisation mondiale de la santé comme présentant un risque important de provoquer de vastes épidémies. Les moyens dédiés à la lutte contre le VFVR restent toutefois particulièrement limités et le virus est mal connu. Dans cette Synthèse, nous nous attacherons à présenter ce virus avant de nous intéresser plus spécifiquement à son facteur de virulence, la protéine NSs. Nous discuterons la capacité de cette protéine virale à former des fibrilles de type amyloïde et son implication dans la neurotoxicité du virus chez les animaux infectés.

The first incursion of bluetongue (BT) in Greece was in 1979 on Lesvos Island. The disease was caused by serotype 4 (BTV-4), which was endemic in Turkey, with Culicoides imicola the virus vector. Strict measures were applied, preventing the spread of the disease to the rest of the country. In the epidemic of 1998- 2001, four different serotypes invaded Greece: BTV-1, 4, 9 and 16. The vectors were C. imicola and C. obsoletus. In November 2008, the type of virus that invaded Lesvos Island was identified as BTV-16. In few flocks BTV-8 was also identified. In February 2009, seropositive and ribonucleic acid (RNA) positive bovines (BTV-16 again) were detected on Chios Island without clinical disease. In late September 2009, new outbreaks appeared on Lesvos Island caused again by BTV-16. During the recent incur­sion (until December 2009), 132 flocks of sheep and goats were infected. The epidemic began in north-eastern regions of the island and spread from north to south on the island. Sporadic cases occurred on the east side, and the west side seemed BT free. BT clinical signs that were moderate and slightly different from the previous year were observed in sheep but not in cattle. The humidity (after the first rain) and warm weather present at that time in combination with moderate north winds helped the spread of the disease. Culicoides trapping revealed significant numbers of C. imicola. Clinical suspicion of the disease was followed by laboratory confirmation. Serological, virological and molecular biology tests were conducted. Results were con­firmed by the Community Reference laboratory. Appropriate restrictive measures have been taken from 2008 on, in order to protect the other regions of Greece. No clinical signs or seroconversion has been observed at time of writing in the rest of the country.

Le traitement aux interférons (IFN) fournit une protection chez le bovin contre certaines infections virales expérimentales. L'efficacité du traitement a été démontrée contre des infections par le virus de la vaccine et par un rotavirus. En revanche, des infections par le virus de l'herpès bovin, BHV1 (cause de la rhinotrachéite et partiellement du complexe de la fièvre de transport), ne sont pas inhibées par IFN. Le rôle d'IFN dans la résistance des bovins à Cowdria ruminantium a été étudié au Zimbabwe. Une bonne corrélation a été trouvée entre la production d'IFN par l'animal après l'infection et sa résistance contre la rickettsie. Cela pourrait indiquer un rôle d'appui des interférons et d'autres cytokines.

Culicoides imicola is the major Old World vector of the arbovi­ruses that caused African horse sickness and bluetongue (BT). BT was observed for the first time in Algeria in 2000. BT virus serotype 2 (BTV-2) was then reported, whereas BTV-1 was incriminated in 2006. Various Culicoides species were captured during the trapping campaigns of 2003 and 2006 carried out by Delécolle and Baldet, and those of 2007 and 2009 carried out by the present team. The 2007/2009 campaigns covered two periods (March-April and June-July) and samples were collected in 28 departments of Algeria. More C. imicola were caught in the second period (June-July). Although a weak activity and sometimes absence of C. imicola were observed in some depart­ments, BTV-1 was reported in these areas. It seems likely that other species of Culicoides are incriminated in the transmission of BTV in the country. The 2007/2009 campaigns revealed 10 new Culicoides species, which, added to the 37 species identi­fied by Delécolle and Baldet in the 2003/2006 campaigns, bring the total of known species in Algeria to 47.

L'écosystème des mares temporaires du Ferlo situé au nord du Sénégal est favorable à la circulation de zoonoses à transmission vectorielle telles que la fièvre de la vallée du Rift ou la fièvre West Nile. L'objectif de nos travaux était d'objectiver les risques sanitaires engendrés par la fréquentation de ce milieu par les populations humaines et animales ainsi que d'identifier les facteurs de risque environnementaux de leur transmission afin de proposer des mesures de lutte et de surveillance adaptées. La fièvre West Nile et la fièvre du Rift sont enzootiques dans la région de Barkedji (Ferlo). La circulation virale intervient en fin de saison pluvieuse et le risque de transmission est spatiallement hétérogène pour la FVR. Les processus qui permettent l'endémisation - le maintien des virus dans le milieu d'une année sur l'autre - demeurent inconnus. Outre la nécessité de mettre en place un système de surveillance pour la FWN sur le territoire sénégalais et de renforcer le système existant pour la FVR, notre travail a permis de formuler des questions de recherche fondamentales pour la lutte contre ces maladies : quels sont les outils et les méthodes à mettre au point pour pouvoir extrapoler les résulats à d'autres territoires ou à d'autres pathologies? Quel peut être l'apport de la télédétection et de la modélisation dans cette problématique? La prévision des zones et des périodes d'émergence des zoonoses vectorielles et des maladies oiseaux-portés ainsi que les méthodes de lutte à mettre en place font partie des grandes préoccupations sanitaires des prochaines décennies. Les modèles proposés par la FWN et la FVR dans le Ferlo pourraient apporter des éléments de réponse pour faire face au défi que proposent ces pathologies.

Le virus de la fièvre catarrhale ovine (Bluetongue virus, BTV) est un orbivirus de la famille des Reoviridae. Il comprend 24 sérotypes et il est responsable d’une maladie hémorragique transmise par des insectes chez les ruminants, qui génère des pertes économiques importantes dans le monde entier. La sévérité de la maladie et la durée de la virémie varient entre sérotypes et hôtes du BTV. La réponse innée pourrait être impliquée dans la sensibilité de l’hôte à l’infection mais elle est très peu connue. Pour aborder l’étude de cette réponse innée chez l’hôte, nous avons étudié la dissémination du BTV et la production d’interféron (IFN) de type I dans la lymphe afférente chez le mouton juste après administration intra-cutanée. Nous avons montré que le BTV migre associée aux cellules dendritiques conventionnelles (cDC) de la lymphe afférente. Tous les sérotypes étudiés de BTV s’expriment et produisent des particules infectieuses dans les cDC, indépendamment de l’atténuation virale. L’expression du BTV favorise la survie des cDC et conduit à une augmentation d’expression du CD80, du CD86 et d’ARN messagers codant pour l’IL12, IL1β et IL6. Les cDC infectées par le BTV induisent la prolifération de lymphocytes immuns T CD4pos et CD8pos et la production d’IFN. Le BTV utilise donc les cDC pour sa première étape de dissémination lymphatique sans altérer leurs fonctions immunes, ce qui suggère une adaptation optimale du virus à sa première cible cellulaire. Par ailleurs, l’injection intra-cutanée de BTV induit la production d’IFN de type I dans la lymphe en 2 pics (à 24 h et à 5-6 jours après inoculation) en parallèle de la dissémination virale. Seules les cellules dendritiques plasmacytoides (pDC) - à la différence des cDC lymphatiques - sont capables de produire de l’IFN de type I en réponse au BTV, indépendamment du sérotype et la réplication virale ou de l’acidification endosomale. Globalement ces approches suggèrent l’hypothèse selon laquelle la réplication du BTV et/ou les réponses des cDC et pDC au BTV pourraient être impliquées dans la susceptibilité individuelle au virus
Bluetongue virus (BTV), an orbivirus of the reoviridae family comprises 24 serotypes and is responsible for an insect transmitted hemorrhagic disease in ruminants that generates important economic losses all over the world. The severity of the BTV induced syndrome as well as the duration of viraemia greatly varies between BTV serotypes and hosts. The innate response to the virus could be involved in host sensitivity and has not been studied. We investigated the first steps of BTV dissemination and type I IFN response in the afferent lymphatic in sheep, right after intra-cutaneous delivery of the virus. We showed that BTV initially migrates in the skin draining lymph mainly associated to conventional dendritic cells (cDC). Lymph cDC supported BTV RNA, protein and infectious virus production of several serotypes, independently of viral attenuation. BTV expression in cDC did not impair their survival but rather favored it. Interaction of BTV with cDC preparation resulted in an increased expression of CD80 and CD86 as well as an increase in IL12, IL1b and IL6 mRNA expression. Finally lymph cDC cultured with BTV triggered stimulation of specific CD4 and CD8 T cell proliferation as well as IFNg production. BTV thus utilizes cDC for its first lymph dissemination step in the host without altering their classical immune function of antigen presentation, reflecting an optimal adaptation of the virus to its first cell target. Besides, we found that type I IFN is detectable in 2 peaks (24 hours and day 5 - 6) in afferent lymph in parallel to the viral dissemination. Only lymph plasmacytoid (pDC) and not cDC were producing type I IFN (IFNa) to BTV, independently on viral serotype, on viral replication and on endosomal acidification. Collectively these finding suggest the hypothesis that BTV replication in cDC and/or cDC and pDC responses might be involved in inter-individual susceptibility to BTV

La fièvre hémorragique à virus Ebola est une maladie qui constitue une menace pour les populations d'Afrique Centrale, notamment en milieu rural forestier. Au Gabon et en République du Congo, où 7 épidémies ont sévit entre 1994 et 2005, elle y est devenue un problème de santé publique. Cette zoonose émerge chez l'homme lors d'un contact direct avec un animal contaminé, une carcasse ou un vecteur du virus. L'émergence est directement liée aux pratiques ancestrales des lieux (chasse, cueillette, etc. ). La contamination inter humaine a lieu lors d'un contact direct avec les fluides corporels d'un malade. Elle s'effectue en premier lieu au sein des familles des victimes, lors des soins prodigués aux malades et ceux donnés aux morts lors des cérémonies funéraires. Nous tentons dans les premiers temps de cette étude de comprendre, en nous appuyant sur le concept de pathocénose, en quels termes l'émergence virale éclaire sur les liens existants entre les hommes et les virus. Lors de telles épidémies la médecine d'urgence « s'associe » au système de santé national dont l'emprunte territoriale est localement faible. Plusieurs types d'offres de soins antérieurs (traditionnels) ou postérieurs (clinique religieuses) se surimpose au modèle de santé biomédical représenté par les cases de santé et centres médicaux. Les médicaments manquent, les personnels de santé ne se rendent pas toujours sur les lieux de leur affectation. Au quotidien, les recours aux soins des populations apparaît pluriel. Lors d'une épidémie d'Ebola, en raison de son taux de mortalité (jusqu'à 80%) et de sa contagiosité élevés, la logique des malades sembles plus liée à une errance thérapeutique, conditionnée par la recherche des soins et de la causalité du malheur. La multiplicité des acteurs présents lors de la crise exacerbe l'anomie créée par la maladie et met en exergue un rapport de force, de violence, qui n'est parfois que l'expression de la contestation des plus démunis
The Ebola hemorrhagic viral fever is a disease which constitutes a threat for the populations of Central Africa, in particular in rural forester areas. In the Gabon and Republic of Congo (7 epidemics between 1994 and 2005) it became a problem of public health? This zoonos appears at the man's during a direct contact with a contaminated animal, a carcass or a vector of the Ebola virus. The emergence is directly connected, in these enclosed villages, to the ancestral practices of places (hunting, picking, etc. ). The contamination takes place during a direct contact with the physical fluids of a patient. It's made first of all within the families of the victims, during the care lavished on the patients and during those given to the deaths during ceremonies funeral. Firstly, with pathocenosis' concept help, we try in this study to understand in which terms the viral emergence lights us on existing links between people and virus. The amplified rôle of hospital's care confirms the inmportance of the risk in this structure and th panic perception of the world opinion. The North carries a particular interest there. There is no epidemic of Ebola which is accompanied with the procession of international institution. This procession « joins » to the national health system of which takes it territorial is low locally. Several types of care's offers exist with the biomedical model of health represented by « house of health » and health centers. During an epidemic of Ebola, because of his high mortality rate (ut to 80%) and of its contagiousness, the logic of the patient seems more connected to a therapeutic wandering, conditioned by the search for the care and for the causality of the misfortune. In the absence of vaccine, the treatment against Eobla remains symptomatic. The multiplicity of the present actors during the crisis aggravates the anomie created by the disease and highlights a balance of powers, violence, wich is sometimes only the expression of the contesting of the most deprived

La Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) est une arbovirose zoonotique affectant principalement les ruminants et les humains. Son éco-épidémiologie complexe implique de nombreuses espèces de vecteurs, d'hôtes et de voies de transmission. Ainsi, différents mécanismes de transmission et d'émergence sont impliqués dans la circulation du virus de la FVR (VFVR) et ceux-ci dans des écosystèmes contrastés d'Afrique, de la Péninsule Arabique et des îles du sud-ouest de l'Océan Indien, dont l'île de Madagascar.Par sa superficie, sa grande diversité éco-climatique et sa faune et flore endémique, Madagascar est considérée comme une île continent. On y retrouve, en effet, des écosystèmes variés plus ou moins favorables aux moustiques : semi-arides dans le sud-ouest, humides et froids sur les hautes terres centrales, per-humide dans l'est et humides et chaud dans le nord-ouest. Madagascar a été affectée par deux épidémies de FVR en 1990-91 puis 2008-09. Une étude menée lors de la dernière épidémie a montré que le virus avait largement diffusé dans l'île de façon hétérogène.Compte tenu de la complexité des mécanismes de transmission de la FVR et de la diversité des écosystèmes de Madagascar, nous avons supposé que cette hétérogénéité spatiale était due à des mécanismes de transmission et d'émergence qui variaient en fonction des écosystèmes de l'île. Ainsi, le premier objectif de ce travail de thèse étaient de déterminer les mécanismes et les dynamiques de transmission de la FVR inhérents aux différents écosystèmes de Madagascar. Le second objectif a été d'identifier les mécanismes d'émergence de la FVR à Madagascar et de déterminer s'il sera possible, et nécessaire, de prédire cette émergence à l'échelle des écosystèmes.Dans le cadre de ce travail de thèse deux enquêtes sérologiques nationales, l'une bovine (2008) et l'autre humaine (2011-13) ont, premièrement, été analysées par un modèle linéaire mixte généralisé afin d'identifier les facteurs environnementaux et comportementaux favorables à la circulation du virus chez les bovins et les humains. Deuxièmement, deux enquêtes sérologiques bovines, l'une réalisée en 2008 et l'autre en 2014, ont été analysées pour reconstruire la dynamique de transmission de la FVR dans les différents écosystèmes de l'île. Cette reconstruction a été réalisée à partir de données de séroprévalence et d'âge inclues dans un modèle Bayésien hiérarchique pour estimer la force d'infection annuelle de 1992 à 2014. Enfin, afin de faire le lien biologique avec les résultats des travaux menés à une échelle nationale et de décrire les mécanismes de transmission à une échelle fine, des enquêtes longitudinales entomologiques et sérologiques ont été réalisées entre 2015 et 2016 dans un écosystème à risque. Et ceci, afin de décrire la transmission saisonnière du VFVR chez les ruminants associée à la dynamique de transmission des vecteurs potentiels.Nos résultats ont montré que la région du nord-ouest de l'île est une région à risque de transmission. D'une part, elle est constituée d'environnements associant une forte densité de bovins à des zones humides, inondables et irriguées, favorables aux espèces d'Anopheles et Culex. D'autre part, le VFVR semble avoir circulé de façon relativement intense lors de la période inter-épizootique de 1992 à 2007, puis sa transmission a soudainement augmenté en 2007-2008, ce qui est concomitant avec l'apparition des foyers de FVR en 2008. Pour finir, 6 ans après l'épidémie de FVR à Madagascar, le virus semble toujours circuler à bas bruit dans la région. Cette circulation étant probablement due à une transmission vectorielle favorisée par l'abondance de vecteurs potentiels dans la région.Les résultats de ces différents travaux nous ont permis de présenter des hypothèses de transmission dans les différents écosystèmes de l'île et ainsi de proposer des stratégies de surveillance, de prévention et de lutte contre la FVR adaptées au contexte de Madagascar
Rift Valley fever (RVF) is a zoonotic vector-borne disease affecting ruminants and humans. Its complex eco-epidemiology involves several species of vectors, hosts and transmission routes. These particularities allowed the circulation of RVF virus (RVFV) in a variety of ecosystems involving different transmission and emergence mechanisms. Indeed, the RVFV has affected contrasted eco-regions in Africa, Arabian Peninsula and South-West Indian Ocean islands, including Madagascar.Madagascar is considered as a continent island due to its ecological diversity and its endemicity level of the flora and the fauna. In particular, the variation of the Malagasy ecosystems (semi-arid in the south, humid and cold in the highlands, humid and warm in the north-west and per-humid in the east) has an impact in their presence and /or the relative abundance of some mosquito species. Madagascar was heavily affected by RVF in 1990-91 and 2008-2009, with evidence of a large and heterogeneous spread of the disease.Thus considering the diversity of RVF eco-epidemiological cycles and the variety of Malagasy ecosystems, we hypothesized that, in Madagascar, the mechanisms of transmission would be different according to these ecosystems. Therefore, the first objective of this thesis was to understand the mechanisms and the dynamics of transmission of RVFV in the different ecosystems. The second objective was to determine the mechanisms of emergence of RVFV and if it would be necessary and possible to predict the emergence of RVFV outbreaks according to the ecosystems.Firstly, we analyzed both cattle and human serological data performed at the national level using generalized linear mixed models to identify the environmental and behavioral factors associated with RVF transmission in both cattle and human. Secondly, we reconstructed the dynamic of transmission of RVF in the different Malagasy ecosystems. Seroprevalence data of cattle of known age were fitted using Bayesian hierarchical models to estimate the annual force of infection from 1992 to 2014. Thirdly, to understand the biological process link to the mechanisms of transmission at the national scale, we investigated the fine scale mechanisms of transmission of RVFV in pilot area of an at-risk region. We, thus, performed both longitudinal entomological and serological surveys between 2015 and 2016, in order to describe the seasonal transmission of RVFV among ruminants and its association with the dynamics of RVFV potential vectors.Our results showed that the northwestern part of Madagascar is an at-risk region for RVFV transmission. On one hand, it is characterized by high cattle densities associated with humid, floodplain and irrigated areas suitable for RVFV potential vector like Anopheles and Culex species. On the other hand, RVFV had probably circulated intensively in the region during the 1992-2007 inter-epizootic period and its transmission increased suddenly in 2007-08, almost concomitantly with the first outbreaks recorded in 2008. Finally, RVFV was still circulated in the northwestern region at low level, 6 years after the last epidemic. This circulation is likely due to vectorial transmission favoring by the abundance of several potential vectors of RVFV in this pilot region.Finally, our better understanding of the mechanisms of transmission of RVFV throughout Madagascar allowed us to propose hypothesis of transmission in different ecosystems of Madagascar and consequently refine strategies for RVF surveillance and prevention

Pour elucider le processus d'emergence du vfvr, nous avons mis au point des outils permettant d'ameliorer sa detection pendant la phase d'emergence et de mieux comprendre la distribution et les modalites de sa dispersion. Pour ameliorer la detection precoce du virus, un outil de diagnostic par rt-pcr ciblant la region codante de la proteine nss sur le segment s a ete mis au point et valide sur un lot de 297 serums preleves lors de l'epidemie de mauritanie en 1998. Ainsi, nous avons montre que la rt-pcr lorsqu'elle est utilisee en parallele avec la detection des anticorps igm peut etre un outil precieux de diagnostic quasiment equivalent a l'isolement viral qui est le diagnostic de reference. Afin de mieux comprendre comment le virus circule et evolue dans la nature, nous avons analyse la variabilite et la phylogenie moleculaires du vfvr a partir d'un echantillon de souches isolees sur une longue periode a partir d'hotes, d'origines geographiques et de contextes epidemiologiques differents. L'analyse des sequences des trois segments l, m et s du genome viral a permis de montrer que les souches du vfvr peuvent etre regroupees en trois lignees majeures (afrique de l'ouest, afrique centrale-orientale et egypte) correspondant a des variants geographiques et de mieux comprendre leur circulation entre les differentes regions africaines. Ainsi, les discordances de la topologie des arbres phylogenetiques correspondant aux differents segments du genome viral nous a conduit a l'hypothese d'un echange genetique par le reassortiment entre les souches de differentes lignees. Cette hypothese a ete confirmee grace a une analyse statistique et phylogenetique des donnees. L'analyse des reassortants a permis de mettre en evidence des echanges entre les zones endemiques de l'afrique occidentale et centrale-orientale et renforce l'idee de l'existence d'un cycle selvatique du vfvr. De plus, l'existence du reassortiment dans la nature souleve la question de l'utilisation des vaccins attenues en zone endemiques pour la fvr et les risques de reversion vers la virulence. Grace a ces des deux outils, nous avons pu etudier deux epidemies recentes de la fvr au kenya (1997-98) et en mauritanie (1998) et proposer une approche globale pour l'elucidation du processus d'emergence du virus.

Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (VFHCC) est un Nairovirus appartenant à la famille des Bunyaviridae, responsable d’une maladie hémorragique sévère chez l’Homme, associée à des symptômes non spécifiques et à une forte mortalité. La transmission se fait par morsure de tique ou par contact direct avec des fluides corporels contaminés. N’ayant ni vaccin ni traitement spécifique, un apport de connaissances sur les interactions cellulaires VFHCC-hôte ainsi que sur les mécanismes développés en réponse à l’infection est nécessaire.Nous avons tout d’abord étudié le potentiel antiviral de molécules sur la réplication du VFHCC. La chloroquine et la chlorpromazine ont été identifiées et inhibent efficacement la réplication virale avec une protection induite chez la souris contre l’infection, en particulier en combinaison avec la ribavirine.De nombreux virus sont connus pour être ciblés par, ou pour détourner la voie de l’autophagie. Nous avons regardé si l’infection par le VFHCC était associée à une modulation de l’autophagie et si la réplication virale était impactée par l’activité autophagique. L’étude de cellules hépatocytaires et épithéliales a montré une mobilisation massive du LC3, principal marqueur des vésicules autophagiques, par le VHFCC. Celle-ci reflète une induction du flux autophagique d’un nouveau type, n’impliquant pas les voies classiques de recrutement du LC3. La réplication virale n’est pas directement modulée par cette autophagie atypique mais des effets indirects sont à étudier. La plupart de ces observations ont été montrées pour le Nairovirus Dugbe avec cependant une cinétique différente.Le dernier axe étudié porte sur l’analyse de l’impact des IFITMs, facteurs de restriction virale connu pour interférer avec les processus de fusion membranaire, sur la réplication du virus Dugbe. L’étude a révélé une inhibition de la réplication virale par certains IFITMs.Des études supplémentaires portant sur l’interaction virus-cellule hôte et les mécanismes moléculaires associés sont nécessaires pour mieux comprendre la physiopathologie induite par le VFHCC et mettre au point de nouvelles stratégies thérapeutiques
Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) belongs to Nairovirus genus and to Bunyaviridae family. It is responsible for a severe hemorrhagic disease in humans, associated with non-specific symptoms and high lethality. Transmission is made by tick’s bite or by direct contact with contaminated body fluids. Since no vaccines or treatments are available, there is a need to accumulate knowledge on all aspects of CCHFV-host cell interaction as well as on response mechanisms that are taking place during infection.We first investigated pharmacological ways to interfere with CCHFV replication. Chloroquine and chlorpromazine (known modulators of some viral infections) were efficiently inhibiting viral replication and induce a protection in mice against CCHFV infection, particularly in the presence of ribavirin. Since several viruses are targeted by, or take advantage of, the autophagy response of infected cells, we explored whether CCHFV infection was associated with modulation of autophagy and whether virus replication was impacted by the autophagic activity of infected cells. By using hepatocytes and epithelial cells, we found that CCHFV induced a massive mobilization of the major marker of autophagic vesicles LC3. This mobilization reflected an induced autophagy flux and was of a novel type since known pathways of LC3 recruitment were not involved. The replication of CCHFV was indeed not directly modulated by this atypical form of autophagy but indirect effects remain to be studied. Most of these observations were found to be valid for the related, Dugbe virus (DUGV) with however, a distinct kinetic.Finally, we analyzed whether DUGV was sensitive to the IFITMs, restriction factors that can interfere with membrane fusion processes. Studies revealed that DUGV replication could be inhibited by some IFITMs. Additional studies on virus host-cell interactions and their associated molecular mechanisms should help to better understand the physiopathology induced by CCHFV and to devise therapeutic strategies

La souche vaccinale 17D du virus de la fièvre jaune (FJ) est utilisée pour développer de nouveaux vaccins, tels que les virus ChimeriVaxTM-Dengue, contre la dengue (DEN). Nous avons souhaité caractériser l'atténuation du virus 17D et de ces chimères en terme d'interaction avec les cellules hôtes. Les virus FJ et DEN sauvages étant potentiellement hépatotropes chez l'homme, nous avons étudié in vitro sur une lignée hépatique HepG2, et in vivo chez le singe, l'hépatotropisme des virus 17D et ChimeriVaxTM-DEN par rapport aux souches sauvages. Les résultats révèlent l'importance des études in vivo pour juger du caractère atténué d'un virus. L'étude in vitro montre que les virus ChimeriVaxTM-DEN ont un comportement et des propriétés différentes de leurs virus parentaux. Cependant, l'étude in vivo confirme leur atténuation en terme d'hépatotropisme, semblable à celle du virus 17D, et complète les études menées jusqu'alors pour l'évaluation de ces candidats vaccins, actuellement en essai clinique

Les formes sévères de l’infection par les virus de la fièvre jaune (YFV) et de la dengue (DENV) sont caractérisées par une atteinte du foie, plus sévère lors d’une infection YFV. L’objectif de cette thèse est de comparer les infections de YFV et DENV dans un modèle d’hépatocytes humains dérivés de cellules souches (iHeps) afin d’identifier des facteurs à l’origine de cette différence de pathogenèse. Dans un premier temps, nous avons comparé le tropisme de YFV aux 4 sérotypes de DENV dans notre modèle hépatique établi en monocouche cellulaire. Nous avons observé une faible propagation de DENV dans les iHeps par rapport YFV. Les mêmes observations ont été faites dans des hépatocytes primaires. L’utilisation de souches chimériques 17D/DENV a permis de mettre en évidence que cette faible propagation serait liée à une faible efficacité d’entrée de DENV dans les hépatocytes. Nous avons également étudié l’infection dans des sphéroïdes iHeps, métaboliquement plus actifs que les iHeps 2D. Une infection productive a été observée uniquement avec YFV. Ce résultat pourrait s’expliquer par la faible accessibilité des cellules à l’intérieur des sphéroïdes. Dans un 2ème temps, nous avons étudié les réponses cellulaires induites dans les iHeps 2D après infection par les différents virus en utilisant une approche RNAseq. Les résultats préliminaires suggèrent un lien entre le taux de réplication et le nombre de gènes activés. La réponse interféron est plus précocement détectée dans le cas de YFV, mais l’infection par DENV induit un plus grand nombre de gènes. De plus, DENV-1 et DENV-4 induisent une augmentation d’expression de certains gènes impliqués dans la présentation d’antigène comme HLA-E et TAP-2, alors que YFV diminue l’expression de certains gènes de chimiokines et molécules d’adhésion. L’analyse préliminaire des voies liées au métabolisme hépatique révèle une inhibition de la voie de la coagulation dans le cas de l’infection par YFV, qui n’est pas observée lors de l’infection par DENV. Des observations similaires ont été décrites in vivo, au niveau protéique, confirmant la pertinence du modèle iHeps
Severe forms of infection with yellow fever virus (YFV) and dengue virus (DENV) are characterized by liver damage, with more severe symptoms observed during YFV infection. The aim of this thesis is to compare YFV and DENV infections in a model of human hepatocytes derived from stem cells (iHeps) in order to identify factors that could explain their difference in pathogenesis.First, we compared YFV tropism to the four DENV serotypes in 2D iHeps. We observed a low spread of DENV compared to YFV in both iHeps and primary hepatocytes. By using chimeric 17D/DENV strains, we demonstrate that this low propagation is linked to a low DENV entry efficiency in hepatocytes. We also studied infection in iHeps spheroids, metabolically closer to primary cells than 2D iHeps. A productive infection was observed with YFV only. The low accessibility of cells inside the spheroids could explained this result. Second, we studied cellular responses induced following infection by different viruses in 2D iHeps using an RNAseq approach. Preliminary results suggest a link between replication rate and the number of activated genes. The interferon response is detected earlier following YFV infection, but DENV induces a greater number of genes implicated in this pathway. Moreover, DENV-1 and DENV-4 up-regulate some genes involved in antigen presentation such as HLA-E and TAP-2, while YFV down-regulates genes encoding chemokines and adhesion molecules. Preliminary analysis of hepatic metabolism pathways reveals inhibition of the coagulation pathway induced by YFV infection, which is not observed during DENV infection. Similar observations have been described in vivo, at the protein level, confirming the relevance of the iHeps model

La fièvre hémorragique à virus Ebola (FHVE) est due à un virus à ARN non segmenté de polarité négative de l’ordre des Mononégavirales. Il compose avec le virus de Marburg la famille des Filoviridae. Il existe 4 espèces Ebolavirus réparties géographiquement : Zaïre en Afrique centrale, Soudan en Afrique de l’Est, Côte d’Ivoire en Afrique de l’Ouest et Reston en Asie. Ebolavirus zaïre, apparu en 1976 en République Démocratique du Congo, est l’espèce la plus létale pour l’homme (jusqu’à 88% de mortalité) et a été à l’origine de plusieurs vagues d’épidémies depuis sa ré-émergence en 1995. Les flambées épidémiques de 2001 à 2005 sont caractérisées par de multiples chaînes épidémiques indépendantes et des épizooties concomitantes dans les populations de grands singes (gorilles et chimpanzés). L’amplification et le séquençage du gène viral de la glycoprotéine (GP) ont été effectués à partir de prélèvements obtenus lors des deux dernières épidémies humaines de 2003 et 2005, ainsi que sur des échantillons de carcasses animales trouvées à partir de 2001 dans la forêt de la région Gabon-Congo. Un deuxième gène viral codant la nucléoprotéine (NP) a été amplifié et séquencé à partir de prélèvements obtenus pendant les épidémies humaines survenues depuis 2001 et de prélèvements animaux. L’analyse phylogénétique basée sur le gène codant la GP montre la séparation des souches virales en deux lignées génétiques fortement soutenues. Cette séparation est confirmée par l’existence de signatures moléculaires spécifiques aux séquences de chaque lignée, ainsi que par le calcul des distances génétiques entre les séquences. Les analyses effectuées sur le gène de la NP donnent les mêmes résultats. Cependant, la topologie des souches humaines obtenues entre 2001 et 2003 diffère entre les arbres basés sur la GP et la NP. Les résultats indiquent l’existence de deux lignées phylogénétiques et supposent un événement de recombinaison entre les souches des deux lignées. L’estimation de l’âge des ancêtres communs les plus récents indique que la séparation des deux lignées se serait produite avant la première apparition de la FHVE, vers 1975 (1971 calculé sur la NP). L’événement de recombinaison est daté par cette méthode entre 1998-1999
The virus Ebola, a negative non segmented RNA virus, is responsible for an hemorrhagic fever disease. Together with the Marburg virus, they compose the Filoviridae family (order Mononegavirales). Ebolavirus is geographically divided into 4 species: Zaire in Central Africa, Sudan in East Africa, Ivory Coast in West Africa, and Reston in Asia. Zaire ebolavirus, first appeared in 1976 in the Democratic Republic of Congo, has the highest mortality rate in humans (up to 88%) and has caused several outbreaks since its re-emergence in 1995. Outbreaks from 2001 to 2005 are characterized by multiple independent epidemic chains and large concomitant outbreaks in chimpanzee and gorillas. The viral glycoprotein (GP) gene was amplified and sequenced from samples obtained during the two last human outbreaks in 2003 and 2005 and samples from great apes carcasses found in the forest of the Gabon-Congo area since 2001. A second viral gene coding the nucleoprotein (NP) was amplified and sequenced from animal samples and human outbreaks since 2001. Phylogenetic analysis based on the GP gene showed the separation of Zaire ebolavirus strains into two genetic lineages. This separation is supported by molecular signatures specific to sequences of each lineage, and by genetic distances between sequences. Analysis based on the NP genes give the same results. However, the topology of human strains recovered between 2001 and 2003 is different in both trees. Results show the existence of two phylogenetic lineages and suggest a recombination event between strains of these lineages.The estimation of the age of the most recent common ancestor tracks back the separation of the lineages before the first appearance of Ebolavirus, up to 1975 (1971 estimated on the NP gene). With this method, the recombination event is dated to 1998-1999