Dissertations / Theses on the topic 'Fièvre hémorragique'

Ce travail est constitué de deux parties. Il s'agit d'étudier les propriétés dynamiques des modèles épidémiologiques. La première partie concerne les modèles intra-hôtes du paludisme avec et sans immunité. Pour les modèles avec immunité, nous donnons des résultats de stabilité globale par des techniques des systèmes dynamiques (Lyapounov, LaSalle, prémière prolongation. . ). Pour mes modèles sans immunité, nous améliorons la condition de De Leenheer-Smith , pour R0 >1, sur la stabilité de l'équilibre endémique. La deuxième partie concerne les modèles statistiques de transmission, et les modèles dynamiques de la fièvre hémorragique Ebola. Pour cela nous disposons des données sur les épisodes qui ont eu lieu à Mbomo (République du Congo) et à Kikwit (en R. D. C. ). Avec les modèles statistiques de transmission nous calculons le R0 pour des données à contacts incomplèts (Mbomo) et le taux de transmission dans le cas des données à contactscomplèts (Kikwit). Enfin une étude sur la stabilité globale a été faite pour les modèles dynamiques
This work comprises two parts. It is a study of the dynamics of epidemiological models. The first part deals with malaria intra-host models with and without immunity. For models with immunity we give some results of the global stability by using techniques of dynamical systems (Lyapounov, LaSalle,. . . ). For models with immunity, we improve the De Leenheer –Smith conditions for R0 on the stability of the endemic equilibrium. The second part deals with stastical transmission models and models of the dynamics of the hemorragic fever. For wich we have data on the episodes statistique occured at Mbomo (Congo) and Kikwit (RDC). For the statistical transmission models we compute R0 for data with incomplete contacts (Mbomo) and data with complete contacts b(Kikwit). Lastly, a study on the global stability is done for the dynamic models

Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (VFHCC) est un Nairovirus appartenant à la famille des Bunyaviridae, responsable d’une maladie hémorragique sévère chez l’Homme, associée à des symptômes non spécifiques et à une forte mortalité. La transmission se fait par morsure de tique ou par contact direct avec des fluides corporels contaminés. N’ayant ni vaccin ni traitement spécifique, un apport de connaissances sur les interactions cellulaires VFHCC-hôte ainsi que sur les mécanismes développés en réponse à l’infection est nécessaire.Nous avons tout d’abord étudié le potentiel antiviral de molécules sur la réplication du VFHCC. La chloroquine et la chlorpromazine ont été identifiées et inhibent efficacement la réplication virale avec une protection induite chez la souris contre l’infection, en particulier en combinaison avec la ribavirine.De nombreux virus sont connus pour être ciblés par, ou pour détourner la voie de l’autophagie. Nous avons regardé si l’infection par le VFHCC était associée à une modulation de l’autophagie et si la réplication virale était impactée par l’activité autophagique. L’étude de cellules hépatocytaires et épithéliales a montré une mobilisation massive du LC3, principal marqueur des vésicules autophagiques, par le VHFCC. Celle-ci reflète une induction du flux autophagique d’un nouveau type, n’impliquant pas les voies classiques de recrutement du LC3. La réplication virale n’est pas directement modulée par cette autophagie atypique mais des effets indirects sont à étudier. La plupart de ces observations ont été montrées pour le Nairovirus Dugbe avec cependant une cinétique différente.Le dernier axe étudié porte sur l’analyse de l’impact des IFITMs, facteurs de restriction virale connu pour interférer avec les processus de fusion membranaire, sur la réplication du virus Dugbe. L’étude a révélé une inhibition de la réplication virale par certains IFITMs.Des études supplémentaires portant sur l’interaction virus-cellule hôte et les mécanismes moléculaires associés sont nécessaires pour mieux comprendre la physiopathologie induite par le VFHCC et mettre au point de nouvelles stratégies thérapeutiques
Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) belongs to Nairovirus genus and to Bunyaviridae family. It is responsible for a severe hemorrhagic disease in humans, associated with non-specific symptoms and high lethality. Transmission is made by tick’s bite or by direct contact with contaminated body fluids. Since no vaccines or treatments are available, there is a need to accumulate knowledge on all aspects of CCHFV-host cell interaction as well as on response mechanisms that are taking place during infection.We first investigated pharmacological ways to interfere with CCHFV replication. Chloroquine and chlorpromazine (known modulators of some viral infections) were efficiently inhibiting viral replication and induce a protection in mice against CCHFV infection, particularly in the presence of ribavirin. Since several viruses are targeted by, or take advantage of, the autophagy response of infected cells, we explored whether CCHFV infection was associated with modulation of autophagy and whether virus replication was impacted by the autophagic activity of infected cells. By using hepatocytes and epithelial cells, we found that CCHFV induced a massive mobilization of the major marker of autophagic vesicles LC3. This mobilization reflected an induced autophagy flux and was of a novel type since known pathways of LC3 recruitment were not involved. The replication of CCHFV was indeed not directly modulated by this atypical form of autophagy but indirect effects remain to be studied. Most of these observations were found to be valid for the related, Dugbe virus (DUGV) with however, a distinct kinetic.Finally, we analyzed whether DUGV was sensitive to the IFITMs, restriction factors that can interfere with membrane fusion processes. Studies revealed that DUGV replication could be inhibited by some IFITMs. Additional studies on virus host-cell interactions and their associated molecular mechanisms should help to better understand the physiopathology induced by CCHFV and to devise therapeutic strategies

Problématique : Les fièvres hémorragiques virales (FHV) sont caractérisées de maladies à mortalité rapide parce que causant la mort dans 50% à 90% des cas cliniquement diagnostiqués (Hewlett et Hewlett, 2005). Le virus Ébola a sévi en 2014 en Afrique faisant plus de 28.607 cas et 11.289 décès. Le virus de Lassa infecte chaque année 100 000 à 300 000 personnes en Afrique de l’Ouest et en tue plus de 5000. La République du Bénin a connu entre 2014 et 2018 quatre épidémies confirmées de FHV Lassa et s’est inscrit sur la liste des pays endémiques à la maladie Lassa. Au total 43 décès, dont 5 agents de santé (un médecin et 4 prestataires de soins) sur 93 personnes infectées ont été enregistrés. Chaque flambée épidémique déclenche une crise de panique dans la population et au sein des agents de santé. But : Cette étude qualitative vise à explorer la pratique infirmière en contexte d’épidémie de FHV Lassa au Bénin afin de mieux comprendre les raisons qui expliquent les fortes létalités enregistrées dans la population et dans le rang des agents de santé. Cadre de référence : Le cadre de référence de l’étude intègre trois éléments : la théorie des soins centrés sur la personne de McCormack et McCance (2015), le cadre de soins fondamentaux de Kitson, Robertson‐Malt et Conroy (2013) et les guides des mesures de prévention et de contrôle des FHV de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS, 2014b) et du Centre de Prevention et de Contrôle et des infections (CDC, 2014). Méthode : Dans le cadre de cette recherche, un devis qualitatif de type d’étude de cas multiple est utilisé avec une approche exploratoire, descriptive et explicative. Trois techniques sont utilisées pour la collecte des données, il s’agit de l’entrevue (type narratif), de l’exploration documentaire et de l’observation. Au total cinq groupes de participants sont recrutés : les survivants patients (n= 4), les survivants patients soignants (n= 2), les prestataires de soins infirmiers et obstétricaux (n= 6), les témoins n’ayant pas administré de soins (n=13), les agents formés pour la prévention et la prise en charge des cas de FHV (n= 6) et les autorités et partenaires impliqués dans la gestion des épidémies (n=7). Résultats : Les cinq thèmes issus du cadre de référence ayant servi de thématiques pour la collecte des données ont servi de base pour l’analyse grâce à la méthode d’analyse de Ritchie, Lewis, Nicholls et Ormston (2013). Ces thématiques sont les suivantes : prérequis, environnement de soin, prestation de soin, la satisfaction au soin et les mesures de prévention et de contrôle des FHV. Les résultats ont mis en relief les facteurs qui expliquent les forts taux de létalité enregistrés durant les épidémies, les contraintes auxquelles les infirmières béninoises sont confrontées pendant l’offre des soins en contexte d’épidémie de FHV Lassa et le rôle autonome qu’elles jouent dans cet environnement de soin à haut risque. Discussion : Cette étude a permis d’explorer les soins infirmiers en contexte d’épidémie mortelle et les conditions d’exercice des infirmières dans les formations sanitaires étudiées. Les résultats empiriques ont fourni des informations pertinentes pouvant servir de guides pour la préparation et l’amélioration de la prise en charge infirmière des cas de FHV Lassa. À cet effet, un modèle de prise en charge centré sur le patient atteint de fièvre Lassa a été proposé pour servir d’outil de travail aux infirmières béninoises et d’Afrique.
Problématique : Les fièvres hémorragiques virales (FHV) sont caractérisées de maladies à mortalité rapide parce que causant la mort dans 50% à 90% des cas cliniquement diagnostiqués (Hewlett et Hewlett, 2005). Le virus Ébola a sévi en 2014 en Afrique faisant plus de 28.607 cas et 11.289 décès. Le virus de Lassa infecte chaque année 100 000 à 300 000 personnes en Afrique de l’Ouest et en tue plus de 5000. La République du Bénin a connu entre 2014 et 2018 quatre épidémies confirmées de FHV Lassa et s’est inscrit sur la liste des pays endémiques à la maladie Lassa. Au total 43 décès, dont 5 agents de santé (un médecin et 4 prestataires de soins) sur 93 personnes infectées ont été enregistrés. Chaque flambée épidémique déclenche une crise de panique dans la population et au sein des agents de santé. But : Cette étude qualitative vise à explorer la pratique infirmière en contexte d’épidémie de FHV Lassa au Bénin afin de mieux comprendre les raisons qui expliquent les fortes létalités enregistrées dans la population et dans le rang des agents de santé. Cadre de référence : Le cadre de référence de l’étude intègre trois éléments : la théorie des soins centrés sur la personne de McCormack et McCance (2015), le cadre de soins fondamentaux de Kitson, Robertson‐Malt et Conroy (2013) et les guides des mesures de prévention et de contrôle des FHV de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS, 2014b) et du Centre de Prevention et de Contrôle et des infections (CDC, 2014). Méthode : Dans le cadre de cette recherche, un devis qualitatif de type d’étude de cas multiple est utilisé avec une approche exploratoire, descriptive et explicative. Trois techniques sont utilisées pour la collecte des données, il s’agit de l’entrevue (type narratif), de l’exploration documentaire et de l’observation. Au total cinq groupes de participants sont recrutés : les survivants patients (n= 4), les survivants patients soignants (n= 2), les prestataires de soins infirmiers et obstétricaux (n= 6), les témoins n’ayant pas administré de soins (n=13), les agents formés pour la prévention et la prise en charge des cas de FHV (n= 6) et les autorités et partenaires impliqués dans la gestion des épidémies (n=7). Résultats : Les cinq thèmes issus du cadre de référence ayant servi de thématiques pour la collecte des données ont servi de base pour l’analyse grâce à la méthode d’analyse de Ritchie, Lewis, Nicholls et Ormston (2013). Ces thématiques sont les suivantes : prérequis, environnement de soin, prestation de soin, la satisfaction au soin et les mesures de prévention et de contrôle des FHV. Les résultats ont mis en relief les facteurs qui expliquent les forts taux de létalité enregistrés durant les épidémies, les contraintes auxquelles les infirmières béninoises sont confrontées pendant l’offre des soins en contexte d’épidémie de FHV Lassa et le rôle autonome qu’elles jouent dans cet environnement de soin à haut risque. Discussion : Cette étude a permis d’explorer les soins infirmiers en contexte d’épidémie mortelle et les conditions d’exercice des infirmières dans les formations sanitaires étudiées. Les résultats empiriques ont fourni des informations pertinentes pouvant servir de guides pour la préparation et l’amélioration de la prise en charge infirmière des cas de FHV Lassa. À cet effet, un modèle de prise en charge centré sur le patient atteint de fièvre Lassa a été proposé pour servir d’outil de travail aux infirmières béninoises et d’Afrique.
Problematic: VHF are characterized as quick lethal fatal diseases because they cause death in 50% to 90% of clinically diagnosed cases (Hewlett & Hewlett, 2005). The Ebola virus struck Africa in 2014, causing more than 28,607 cases and 11,289 deaths. The Lassa virus infects 100,000 to 300,000 people in West Africa every year and kills more than 5,000 one. Between 2014 and 2018, the Republic of Benin experienced four confirmed outbreak cases of Lassa VHF and was recorded on the list of endemic countries to Lassa disease. A total of 43 deaths, including 5 health workers (one doctor and 4 health care providers) out of 93 infected persons were recorded. Each outbreak case triggers a panic attack in the population and among health workers. Purpose: This qualitative study aims to explore nursing practice in the context of the Lassa VHF epidemic in Benin in order to understand more the reasons explaining the high mortality rate among the population and among health workers. Framework: The study framework incorporates three elements: McCormack and McCance's theory of person-centred care (2015), Kitson, Robertson-Malt and Conroy's basic care framework (2013) and World Health Organization's (OMS, 2014b) and Centers for Disease Control and Prevention's guides (CDC, 2014) to VHF prevention and control measures. Method: In this research, a qualitative estimate type of multiple case study is used with an exploratory, descriptive and explanatory approach. Three techniques are used for data collection: interviewing (narrative type), document exploration and observation. A total of five groups of participants were recruited: patient survivors (n=4), caregiver survivors (n=2), nursing and obstetrical care providers (n=6), non-caregiver controls (n=13), trained agents for the prevention and management of VHF cases (n=6) and authorities and partners involved in epidemic management (n=7). Results: The five topics from the reference terms that served as themes for data collection served as the basis for the analysis using Ritchie, Lewis, Nicholls and Ormston's (2013) analysis method. These themes are: prerequisites, care environment, care provision, case satisfaction and measures to prevent and control VHF. The results highlighted the factors that explain the high case-fatality rates during epidemics, the constraints faced by Beninese nurses during the provision of care in the context of a Lassa HSF epidemic and the autonomous role they play in this high-risk care environment. Discussion: This study enabled to explore nursing care in the context of a fatal epidemic and the conditions of practice of nurses in the health facilities studied. The empirical results provided relevant informations that can be used as guideline for the preparation and improvement of nursing management of Lassa VHF cases. To this end, a model of management focused on the Lassa fever patient has been proposed as a working tool for nurses in Benin and Africa.
Problematic: VHF are characterized as quick lethal fatal diseases because they cause death in 50% to 90% of clinically diagnosed cases (Hewlett & Hewlett, 2005). The Ebola virus struck Africa in 2014, causing more than 28,607 cases and 11,289 deaths. The Lassa virus infects 100,000 to 300,000 people in West Africa every year and kills more than 5,000 one. Between 2014 and 2018, the Republic of Benin experienced four confirmed outbreak cases of Lassa VHF and was recorded on the list of endemic countries to Lassa disease. A total of 43 deaths, including 5 health workers (one doctor and 4 health care providers) out of 93 infected persons were recorded. Each outbreak case triggers a panic attack in the population and among health workers. Purpose: This qualitative study aims to explore nursing practice in the context of the Lassa VHF epidemic in Benin in order to understand more the reasons explaining the high mortality rate among the population and among health workers. Framework: The study framework incorporates three elements: McCormack and McCance's theory of person-centred care (2015), Kitson, Robertson-Malt and Conroy's basic care framework (2013) and World Health Organization's (OMS, 2014b) and Centers for Disease Control and Prevention's guides (CDC, 2014) to VHF prevention and control measures. Method: In this research, a qualitative estimate type of multiple case study is used with an exploratory, descriptive and explanatory approach. Three techniques are used for data collection: interviewing (narrative type), document exploration and observation. A total of five groups of participants were recruited: patient survivors (n=4), caregiver survivors (n=2), nursing and obstetrical care providers (n=6), non-caregiver controls (n=13), trained agents for the prevention and management of VHF cases (n=6) and authorities and partners involved in epidemic management (n=7). Results: The five topics from the reference terms that served as themes for data collection served as the basis for the analysis using Ritchie, Lewis, Nicholls and Ormston's (2013) analysis method. These themes are: prerequisites, care environment, care provision, case satisfaction and measures to prevent and control VHF. The results highlighted the factors that explain the high case-fatality rates during epidemics, the constraints faced by Beninese nurses during the provision of care in the context of a Lassa HSF epidemic and the autonomous role they play in this high-risk care environment. Discussion: This study enabled to explore nursing care in the context of a fatal epidemic and the conditions of practice of nurses in the health facilities studied. The empirical results provided relevant informations that can be used as guideline for the preparation and improvement of nursing management of Lassa VHF cases. To this end, a model of management focused on the Lassa fever patient has been proposed as a working tool for nurses in Benin and Africa.

La fièvre hémorragique à virus Ebola (FHVE) est due à un virus à ARN non segmenté de polarité négative de l’ordre des Mononégavirales. Il compose avec le virus de Marburg la famille des Filoviridae. Il existe 4 espèces Ebolavirus réparties géographiquement : Zaïre en Afrique centrale, Soudan en Afrique de l’Est, Côte d’Ivoire en Afrique de l’Ouest et Reston en Asie. Ebolavirus zaïre, apparu en 1976 en République Démocratique du Congo, est l’espèce la plus létale pour l’homme (jusqu’à 88% de mortalité) et a été à l’origine de plusieurs vagues d’épidémies depuis sa ré-émergence en 1995. Les flambées épidémiques de 2001 à 2005 sont caractérisées par de multiples chaînes épidémiques indépendantes et des épizooties concomitantes dans les populations de grands singes (gorilles et chimpanzés). L’amplification et le séquençage du gène viral de la glycoprotéine (GP) ont été effectués à partir de prélèvements obtenus lors des deux dernières épidémies humaines de 2003 et 2005, ainsi que sur des échantillons de carcasses animales trouvées à partir de 2001 dans la forêt de la région Gabon-Congo. Un deuxième gène viral codant la nucléoprotéine (NP) a été amplifié et séquencé à partir de prélèvements obtenus pendant les épidémies humaines survenues depuis 2001 et de prélèvements animaux. L’analyse phylogénétique basée sur le gène codant la GP montre la séparation des souches virales en deux lignées génétiques fortement soutenues. Cette séparation est confirmée par l’existence de signatures moléculaires spécifiques aux séquences de chaque lignée, ainsi que par le calcul des distances génétiques entre les séquences. Les analyses effectuées sur le gène de la NP donnent les mêmes résultats. Cependant, la topologie des souches humaines obtenues entre 2001 et 2003 diffère entre les arbres basés sur la GP et la NP. Les résultats indiquent l’existence de deux lignées phylogénétiques et supposent un événement de recombinaison entre les souches des deux lignées. L’estimation de l’âge des ancêtres communs les plus récents indique que la séparation des deux lignées se serait produite avant la première apparition de la FHVE, vers 1975 (1971 calculé sur la NP). L’événement de recombinaison est daté par cette méthode entre 1998-1999
The virus Ebola, a negative non segmented RNA virus, is responsible for an hemorrhagic fever disease. Together with the Marburg virus, they compose the Filoviridae family (order Mononegavirales). Ebolavirus is geographically divided into 4 species: Zaire in Central Africa, Sudan in East Africa, Ivory Coast in West Africa, and Reston in Asia. Zaire ebolavirus, first appeared in 1976 in the Democratic Republic of Congo, has the highest mortality rate in humans (up to 88%) and has caused several outbreaks since its re-emergence in 1995. Outbreaks from 2001 to 2005 are characterized by multiple independent epidemic chains and large concomitant outbreaks in chimpanzee and gorillas. The viral glycoprotein (GP) gene was amplified and sequenced from samples obtained during the two last human outbreaks in 2003 and 2005 and samples from great apes carcasses found in the forest of the Gabon-Congo area since 2001. A second viral gene coding the nucleoprotein (NP) was amplified and sequenced from animal samples and human outbreaks since 2001. Phylogenetic analysis based on the GP gene showed the separation of Zaire ebolavirus strains into two genetic lineages. This separation is supported by molecular signatures specific to sequences of each lineage, and by genetic distances between sequences. Analysis based on the NP genes give the same results. However, the topology of human strains recovered between 2001 and 2003 is different in both trees. Results show the existence of two phylogenetic lineages and suggest a recombination event between strains of these lineages.The estimation of the age of the most recent common ancestor tracks back the separation of the lineages before the first appearance of Ebolavirus, up to 1975 (1971 estimated on the NP gene). With this method, the recombination event is dated to 1998-1999

Dans le cadre de la préparation contre le bioterrorisme, sont présentés des travaux concernant la fièvre hémorragique Ebola (FHE) et la variole. A propos de la FHE Le nombre de reproduction de base (R0) de la FHE a été estimé en ajustant un modèle mathématique de diffusion de la FHE aux données de morbidité de deux épidémies d’origine naturelle. L’estimation était de 2,7 [1,9 ; 2,8] pour l’une et de 2,7 [2,5 ; 4,1] pour l’autre. Les parts du R0 attribuables à la transmission dans la communauté, pendant l’hospitalisation et après le décès ont été estimées. A propos de la variole D’après une analyse de sensibilité de deux modèles compartimentaux de diffusion de la variole (l’un stochastique, l’autre déterministe géographique), il semble que la réduction du délai de mise en place des interventions et la vaccination en anneau aurait un impact sur la taille des épidémies. En revanche, la restriction des flux de transports entre les régions françaises aurait peu d’impact sur la taille globale des épidémies. Un modèle tenant compte de l’effet de l’immunité résiduelle liée à la vaccination dans le passé sur la dynamique épidémique de la variole est également présenté.

Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (VFHCC) est un virus transmis par des tiques, appartenant au genre Nairovirus de la famille des Bunyaviridae. Il est réparti sur plus d’une trentaine de pays de plusieurs continents : Europe, Asie et Afrique ; avec une mortalité moyenne estimée de 30%. Le VFHCC peut causer à l’homme une maladie hémorragique très sévère et parmi divers symptômes, il peut induire une inflammation aigüe et des lésions hépatiques. Les phagocytes mononucléaires, les hépatocytes et les cellules endothéliales ont été décrits comme étant des cellules cibles lors d’études cliniques et post-mortem ainsi que lors d’études en modèle murin. Nous avons analysé, lors d’étude in vitro, la réponse cellulaire de cellules présentatrices de l’antigène (CPAs) et d’hépatocytes humains. Afin de mieux comprendre la pathogenèse du VFHCC, nous avons comparé la réponse de ces cellules avec celle du virus Dugbe (DUGV), un nairovirus génétiquement le plus proche de VFHCC considéré comme faiblement pathogénique. Finalement, afin améliorer la détection de DUGV in vitro et lors d’études épidémiologiques de terrain, nous avons développé un test moléculaire en temps réel pour détecter et quantifier DUGV.Nous avons observé que le VFHCC induisait une réponse inflammatoire chez les CPAs, en revanche, DUGV induisait une réponse plus forte, ce qui suggère que VFHCC induirait une inhibition sélective de certains médiateurs de la réponse pro-inflammatoire. Lors de l’infection in vitro des hépatocytes par le VFHCC, nous avons observé que le virus induisait du stress du RE, l’activation de l’IL-8 un médiateur pro-inflammatoire, et la modulation des deux voies pro-apoptotiques. Quand nous avons comparé cette réponse à celle induite par DUGV nous avons trouvé que la différence majeure était l’absence d’apoptose. Ces différences pourraient, en partie, expliquer le rôle du foie dans la pathogenèse induite par le VFHCC
Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a widely distributed tick-borne member of the Nairovirus genus (Bunyaviridae) inducing an average mortality rate of 30% in humans. CCHFV induces a severe hemorrhagic disease in infected patients that includes, among other bleeding symptoms, acute inflammation and liver lesions. The mononuclear phagocytes, the hepatocytes and the endothelial cells were described to be the main target cells in both human clinical studies and animal model in vivo studies.We analysed the in vitro cellular response of host antigen presenting cells (APC) and hepatocytes. Then, to better elucidate the pathogenesis of CCHFV, we compared the response of these cells after infection with Dugbe virus (DUGV), a mild pathogenic virus genetically close to CCHFV. In order to improve DUGV detection in vitro and in field studies, we also developed a molecular real-time quantitative tool to detect and quantify DUGV.We found that CCHFV induced an inflammatory response in both APCs tested; however DUGV induced a higher cytokine/chemokine response in these target cells than CCHFV. Our results suggest that CCHFV was able to selectively inhibit the activation of some inflammatory mediators in the in vitro infection and that CCHFV/DUGV cellular response differences could be relevant in pathogenesis. On the other hand, when we in vitro infected hepatocytes with CCHFV, we observed that it was able to induce ER-stress, activate IL-8 secretion and modulate both mitochondrial and death receptor pathways of apoptosis. When we compared this cellular response with that induced by DUGV, we found that the most striking difference was the absence of apoptosis. These differences could, in part, explain the role of the liver in the pathogenesis induced by CCHFV

La fièvre hémorragique à virus Ebola est une maladie qui constitue une menace pour les populations d'Afrique Centrale, notamment en milieu rural forestier. Au Gabon et en République du Congo, où 7 épidémies ont sévit entre 1994 et 2005, elle y est devenue un problème de santé publique. Cette zoonose émerge chez l'homme lors d'un contact direct avec un animal contaminé, une carcasse ou un vecteur du virus. L'émergence est directement liée aux pratiques ancestrales des lieux (chasse, cueillette, etc. ). La contamination inter humaine a lieu lors d'un contact direct avec les fluides corporels d'un malade. Elle s'effectue en premier lieu au sein des familles des victimes, lors des soins prodigués aux malades et ceux donnés aux morts lors des cérémonies funéraires. Nous tentons dans les premiers temps de cette étude de comprendre, en nous appuyant sur le concept de pathocénose, en quels termes l'émergence virale éclaire sur les liens existants entre les hommes et les virus. Lors de telles épidémies la médecine d'urgence « s'associe » au système de santé national dont l'emprunte territoriale est localement faible. Plusieurs types d'offres de soins antérieurs (traditionnels) ou postérieurs (clinique religieuses) se surimpose au modèle de santé biomédical représenté par les cases de santé et centres médicaux. Les médicaments manquent, les personnels de santé ne se rendent pas toujours sur les lieux de leur affectation. Au quotidien, les recours aux soins des populations apparaît pluriel. Lors d'une épidémie d'Ebola, en raison de son taux de mortalité (jusqu'à 80%) et de sa contagiosité élevés, la logique des malades sembles plus liée à une errance thérapeutique, conditionnée par la recherche des soins et de la causalité du malheur. La multiplicité des acteurs présents lors de la crise exacerbe l'anomie créée par la maladie et met en exergue un rapport de force, de violence, qui n'est parfois que l'expression de la contestation des plus démunis
The Ebola hemorrhagic viral fever is a disease which constitutes a threat for the populations of Central Africa, in particular in rural forester areas. In the Gabon and Republic of Congo (7 epidemics between 1994 and 2005) it became a problem of public health? This zoonos appears at the man's during a direct contact with a contaminated animal, a carcass or a vector of the Ebola virus. The emergence is directly connected, in these enclosed villages, to the ancestral practices of places (hunting, picking, etc. ). The contamination takes place during a direct contact with the physical fluids of a patient. It's made first of all within the families of the victims, during the care lavished on the patients and during those given to the deaths during ceremonies funeral. Firstly, with pathocenosis' concept help, we try in this study to understand in which terms the viral emergence lights us on existing links between people and virus. The amplified rôle of hospital's care confirms the inmportance of the risk in this structure and th panic perception of the world opinion. The North carries a particular interest there. There is no epidemic of Ebola which is accompanied with the procession of international institution. This procession « joins » to the national health system of which takes it territorial is low locally. Several types of care's offers exist with the biomedical model of health represented by « house of health » and health centers. During an epidemic of Ebola, because of his high mortality rate (ut to 80%) and of its contagiousness, the logic of the patient seems more connected to a therapeutic wandering, conditioned by the search for the care and for the causality of the misfortune. In the absence of vaccine, the treatment against Eobla remains symptomatic. The multiplicity of the present actors during the crisis aggravates the anomie created by the disease and highlights a balance of powers, violence, wich is sometimes only the expression of the contesting of the most deprived

Ce mémoire présente les études que nous avons réalisées sur deux nairovirus, le virus Hazara et le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV). Nous avons utilisé le réplicon du virus de la forêt de Semliki pour induire un mécanisme de résistance dérivée du pathogène contre le virus Hazara dans les cellules de tiques. Nous avons montré que cette résistance est liée à un phénomène d'interférence par ARN, induit dans les cellules de tiques et nous avons détecté deux marqueurs de l'interférence, une activité ribonucléasique et des ARN de 21-24 nucléotides (siRNA) spécifiques. Nous avons également mis au point un système original de gène rapporteur permettant l'induction de l'interférence par ARN dans des cellules de tiques pour étudier des suppresseurs viraux. Dans la dernière partie, nous avons abordé les méthodes de diagnostic de l'infection par le CCHFV. Nous avons mis au point deux nouvelles méthodes de diagnostic d'une infection. L'une repose sur l'utilisation d'un antigène recombinant et l'autre sur la quantification en temps réel des acides nucléiques viraux. Nous avons validé l'efficacité de l'antigène recombinant pour la détection d'anticorps spécifiques dans des sérums de patients et d'animaux d'Iran et nous avons montré que cette méthode est aussi sensible et spécifique que celle utilisant un antigène natif inactivé produit dans des cellules infectées
This manuscript presents the different studies that we have conducted on two nairoviruses, Hazara virus and Crimean-Congo haemorrhagic fever virus (CCHFV). We have used recombinant Semliki forest virus replicon to induce and study a pathogen-derived resistance against Hazara virus in tick cells. We showed that the resistance is directly linked to a phenomenon associated with RNA interference induced in the tick cells and we have detected two markers of this interference: a specific ribonucleasic activity and specific siRNAs. We have then set up an original system using a reporter gene to induce RNA inference in tick cells and to study of viral suppressors of RNA interference. In the last part of our work, we have developed tools to diagnose the CCHFV infection. We have set up two methods to diagnostic an infection, based on the use of a recombinant antigen or on the real-time quantification of viral nucleic acids. We have validated the recombinant antigen to detect specific antibodies against CCHFV in human and animal sera from Iran and we showed that this recombinant antigen is as sensitive and specific as a native antigen produced in infected cell cultures

Le virus Ebola, responsable d'une fièvre hémorragique virale létale et le virus de la variole, agent étiologique de la variole, sont des armes biologiques potentielles. Il n'existe pas de traitement ou de prophylaxie autorisés contre le virus Ebola, quelques candidats vaccins étant en cours de développement. Concernant la variole, des vaccins dits de première génération (virus de la vaccine) ont permis l'éradication de la maladie cependant ils sont à l'origine de complications post-vaccinales parfois sévères alors que des vaccins plus récents dits de troisième génération, non-réplicatifs, ont été développés pour leur innocuité mais restent faiblement immunogènes. Nous avons récemment développé plusieurs vecteurs viraux de type virus de la vaccine (VACV) par délétion d'un certain nombre de facteurs de virulence. Nous avons évalué leur innocuité, leur immunogénicité et leur efficacité en tant que candidats vaccins antivarioliques chez la souris puis utilisé l'un de ces vecteurs pour développer un candidat vaccin bivalent antivariolique et anti-virus Ebola. Ces virus de la vaccine délétés sont réplicatifs mais fortement atténués. Ils induisent une réponse en anticorps neutralisants spécifiques anti-vaccine similaire à celle induite par le vaccin antivariolique de première génération et induisent des réponses immunitaires cellulaires CD4+ et CD8+ spécifiques suffisantes pour protéger l'animal d'un challenge létal de cowpoxvirus en intranasal, simulant une infection par le virus de la variole. Le virus délété le plus immunogène et le plus sûr, nommé MVL, a été utilisé pour construire un vecteur viral codant pour la glycoprotéine du virus Ebola (EGP). Le gène entier d'EGP ou une forme chimérique d'EGP (fusion entre l'ectodomaine d'EGP et le domaine transmembranaire de la glycoprotéine B5 du VACV) ont été clonés dans le génome du vecteur viral. Ces deux vecteurs produisent des virus ayant incorporé EGP dans leur enveloppe. Ces deux candidats vaccins recombinants induisent de fortes réponses humorales spécifiques anti-EGP et anti-vaccine chez la souris immunocompétente. En conclusion, nous avons développé plusieurs candidats vaccins antivarioliques aussi immunogènes et efficaces que le vaccin historique et avec une atténuation similaire aux vaccins de troisième génération. L'un de ces candidats (MVL) a été utilisé comme vecteur viral pour exprimer la glycoprotéine hétérologue EGP, contre laquelle il induit une réponse immunitaire humorale forte

La fièvre de Lassa, maladie endémique à recrudescence épidémique saisonnière, est avec 300 000 cas et 5000 décès annuels estimés à travers toute l’Afrique de l’Ouest considérée comme une priorité en terme de recherche. Ces dernières années, le Nigeria a rapporté un nombre de cas annuel en constante augmentation, dépassant désormais le millier. Mais cinquante ans après sa découverte, les connaissances sur la maladie restent parcellaires et la recherche clinique peu structurée. L’efficacité du seul traitement recommandé, la ribavirine, est aujourd’hui remise en cause. Il apparait donc urgent de pouvoir disposer de données actualisées, précises et fiables sur la maladie, son cours évolutif, sa prise en charge, son pronostic et les facteurs qui y sont associés. Il est également important que les malades qui en souffrent puissent avoir accès à un standard de soins optimisé. Il est enfin indispensable de développer les capacités de recherche clinique en zone d’endémie.Dans cette thèse, nous faisons une synthèse des connaissances accumulées sur la fièvre de Lassa depuis sa découverte en 1969. Puis nous exposons les raisons qui nous ont conduits à mettre en place un programme de réponse et de recherche sur la fièvre de Lassa. Nous expliquons la démarche suivie pour renforcer le standard de soins et mettre en place une plateforme de recherche clinique en collaboration avec l’un des principaux centres de prise en charge de la fièvre de Lassa au Nigeria. Nous présentons les premiers résultats de l’étude de cohorte prospective LASCOPE qui inaugura ce programme.Entre avril 2018 et mars 2020, ce sont 534 patients atteints de fièvre de Lassa prouvée par RT-PCR qui ont été pris en charge dont 77 (14,4%) sont décédés. 510 participants ont été inclus. Parmi eux on dénombrait 258 hommes et 252 femmes ; 84 étaient des enfants. Le délai médian entre l’apparition des symptômes et l’admission était de 8 jours (IIQ 7-13). A l’admission, 37,8% avaient une valeur de Ct de la RT-PCR du gene GPC du virus de Lassa <30. Entre l’admission et la fin du suivi, 120 (26,5%) ont atteints un score NEWS2 ≥7, 67(13,5%) un stade KDIGO ≥2 et 41 (8,0%) ont été dialysés. Tous ont reçu de la ribavirine pendant une durée médiane de 10 jours (IIQ 9-13). 62 (12,2%) sont décédés (57 [13,4%] adultes, 5 [6,0%] enfants. Le délai médian entre l’admission et le décès était de 3 jours (IIQ 1-6). Les caractéristiques suivantes à l’admission étaient associées à la mortalité en analyse multivariable : l’âge ≥ 45 ans (Odds Ratio ajusté [aOR] 16,30 [IC95% 5,31-50,30]), un score NEWS2 ≥7 (aOR 4,79 [IC95% 1,75-13,10]), un stade KDIGO ≥2 (aOR 7,52 [IC95% 2,66-21,20]), une valeur d’ALAT ≥ 3 fois la limite supérieure de la normale (aOR 4,96 [IC95% 1,69- 14,60]) et une valeur de Ct de la RT-PCR Lassa <30 (aOR 4,65 [IC95% 1,50-14,50]). Ces résultats devraient s’avérer utiles pour la conception de futurs essais cliniques mais aussi pour l’actualisation des recommandations de prise en charge de la maladie. Le cadre de cette étude de cohorte nous a également permis de documenter et décrire une présentation atypique de la maladie, sous la forme d’une paraparésie d’apparition retardée. Cette observation originale vient compléter le spectre évolutif des manifestations neurologiques de la fièvre de Lassa.Deux études complémentaires sont nichées dans la cohorte LASCOPE, portant respectivement sur la pharmacocinétique de la ribavirine telle qu’employée dans le traitement de la fièvre de Lassa et sur la physiopathologie de l’atteinte cardio-circulatoire pouvant survenir au cours de la maladie. Le recrutement dans ces études nichées est toujours en cours.Enfin, un essai clinique de phase II évaluant la pharmacocinétique, la sécurité et la tolérance d’un nouvel antiviral, le favipiravir, pour le traitement de la fièvre de Lassa est également en cours de mise en place sur deux sites au Nigeria dont celui avec lequel nous collaborons
Lassa fever, an endemic disease with seasonal epidemic recrudescence, is considered to be responsible for 300 000 cases and 5000 death each year throughout Western Africa. As such, it has been listed as a priority for research. Over the past few years, Nigeria reported the highest and ever increasing number of cases, now exceeding a thousand per year. However, fifty years after the discovery of the disease, our knowledge is still limited and clinical research capacities remained poorly developed. The efficacy of the only available treatment, ribavirin, is still to be assessed. Hence, there is a need for up to date and reliable data on the disease course, management, mortality and prognostic factors. It is also of paramount importance that the patients suffering from Lassa fever could gain access to an optimised standard of care. Lastly, clinical research capacities need to be developed urgently in endemic areas.In this thesis, we review the knowledge gathered on Lassa fever from its discovery in 1969 till date. Then, we explain the reasons that led us to set up a response and research program on Lassa fever, as well as our approach to reinforce the standard of care and build a clinical research platform in collaboration with one of the main Lassa treatment centres in Nigeria. Next, we present the first results of the LASCOPE cohort study which represent the cornerstone of our program.From April 2018 to March 2020, 534 patients with RT-PCR proven Lassa fever were followed-up of whom 77 died (14.4%). 510 participants were enrolled in the cohort: 258 men and 252 women, 84 being children. The median delay between the symptoms onset and admission was 8 days (IQR 7-13). On admission, 37.8% had a Lassa RT-PCR Ct value <30. From admission to end of follow-up, 120 (26.5%) had a NEWS2 ≥7, 67(13.5%) had a KDIGO ≥2, and 41 (8.0%) underwent dialysis. All of them received ribavirin therapy with a median duration of 10 days (IQR 9-13). 62 (12.2%) died (57 [13.4%] adults, 5 [6.0%] children. The median delay between admission and death was 3 days (IQR 1-6). The following characteristics on admission were independently associated to mortality: age ≥ 45 years (adjusted Odds Ratio [aOR] 16.30 [95%CI 5.31-50.30]), NEWS2 ≥7 (aOR 4.79 [95%CI 1.75-13.10]), KDIGO ≥2 (aOR 7.52 [95%CI 2.66-21.20]), ALAT ≥ 3 times the upper limit of normal range (aOR 4.96 [95%CI 1.69- 14.60]), a Lassa RT-PCR Ct value <30 (aOR 4.65 [95%CI 1.50-14.50]). Those results will be helpful for the conception of future therapeutic clinical trials as well as for updating existing management guidelines. The framework of this cohort also gave us the opportunity to describe an unusual presentation of the disease, namely delayed paraparesis. This original observation add to the evolving knowledge regarding the spectrum of Lassa fever-related neurological manifestations.Two complementary studies are nested in the LASCOPE cohort, concerning the pharmacokinetics of ribavirin, as it is used for the treatment of Lassa fever, as well as the pathophysiology of cardiovascular dysfunction that can occur during Lassa fever. Inclusions in these nested studies is still ongoing.Finally, an upcoming phase II clinical trial evaluating the pharmacokinetics, security and tolerability of a novel antiviral drug, favipiravir, for the treatment of Lassa fever is currently being prepared in two Nigerian sites, including the one we are collaborating with

Le virus Lassa entraine une fièvre hémorragique endémique en Afrique de l’Ouest et représente un problème de santé publique. Les connaissances sur la pathogénèse et les réponses immunitaires associées à la maladie sont partielles. Nous avons suivi les paramètres pathologiques, virologiques et immunologiques associés aux infections létales et non létales du LASV chez le singe cynomolgus. Le tableau clinique a été caractérisé par une dépression, une anorexie, une perte de poids et une asthénie chez les animaux survivants, tandis que ces mêmes symptômes ont été accompagnés de fièvre, de difficultés respiratoires et d’épistaxis chez les animaux infectés par une dose létale. Seuls ces derniers ont montré une perturbation des paramètres de coagulation, une rhabdomyolyse et une hausse des marqueurs de lésions rénales. Nous avons observé un tropisme radicalement différent en fonction de la sévérité de la maladie, avec une dissémination virale dans les organes plus importante et plus rapide chez les animaux décédés, la présence de particules infectieuses plus nombreuses et des modifications anatomopathologiques plus sévères. Une réponse immunitaire innée et adaptative précoce et puissante a été associée avec le contrôle de l’infection et la survie tandis que les infections fatales ont été caractérisées par une réponse inflammatoire ressemblant au choc septique, une défaillance de la réponse immunitaire ainsi qu’une réplication virale incontrôlée. Cette étude permet d’améliorer nos connaissances de la pathogénèse de la fièvre de Lassa et d’apporter des marqueurs d’infection prédictifs de la maladie
Lassa virus causes a hemorrhagic fever endemic in West Africa and represents a threat for civilians. The pathogenesis and the immune responses associated with the disease are poorly understood. We followed pathological, virological and immunological parameters associated with fatal and non-fatal Lassa virus infection in the cynomolgus monkey. The clinical picture was characterized by depression, anorexia, weight loss and asthenia in survivors whereas the same symptoms were supported by fever, respiratory difficulties and epistaxis in animals infected with the lethal dose. Only fatalities have shown coagulation parameters dysfunction, rhabdomyolysis and an increase of renal function markers. We observed a different viral tropism in a function of the disease severity, with viral dissemination in organs that was more important and faster in fatalities, the appearance of numerous infectious particles number and more severe pathologic changes. Early and robust innate and adaptive immune response has been associated with the control of infection and recovery whereas fatal infections were characterized by a sepsis like inflammatory response, defective immune response as well as uncontrolled viral replication. This study sheds light on the pathogenesis of Lassa fever and reveals infection markers predictive of the disease outcome

Les fièvres hémorragiques à virus Lassa (LASV) et Ebola (EBOV) représentent un important problème de santé publique en Afrique. Les réponses immunes et la pathogenèse associées à ces maladies sont peu connues. Les cellules NK ont un rôle important dans la réponse immune innée par leurs propriétés cytotoxiques, mais également dans l'induction des réponses adaptatives par leur production de cytokines et leurs interactions avec les cellules dendritiques (DC) et les macrophages. Ce projet s'attache à comprendre le rôle des cellules NK dans le contrôle de la réplication virale et dans l'induction des réponses immunitaires au cours de ces infections. Un modèle in vitro de coculture de cellules NK humaines avec des DC et macrophages autologues a été développé. L'activation des cellules NK et leurs fonctions ont été analysées après l'infection par LASV et EBOV. Par ailleurs, les réponses des cellules NK en réponse à LASV ont été comparées avec celles induites lors de l'infection par le virus Mopeia (MOPV), très proche de LASV mais non pathogène pour l'homme. Les macrophages, mais pas les DC, infectés par LASV ou MOPV induisent l'activation et l'augmentation des capacités cytotoxiques des cellules NK. Toutefois, les cellules NK ne sont pas capables de lyser les cellules infectées et ne produisent pas d'IFN-γ. Les cellules NK s'activent et sont capables de lyser les cellules infectées en présence de macrophages mais également de DC infectés par des LASV mutants. Cependant, les IFN de type I sécrétés en grande quantité en réponse à ces virus ne sont pas impliqués dans l'activation des cellules NK. L'infection par EBOV n'induit qu'une très faible activation des cellules NK en présence de DC ou macrophages et ne conduit pas à la sécrétion de cytokines, ni à la modification du potentiel cytotoxique.Ces résultats permettent d'améliorer la compréhension des réponses immunes et des mécanismes de pathogenèse mis en place lors des fièvres hémorragiques Lassa et Ebola.

Le virus Lassa (LASV) induit une fièvre hémorragique chez l’homme et est responsable de 3 000 à 5 000 décès par an. Aucun vaccin ou traitement efficace contre LASV n’est disponible, et les mécanismes de pathogenèse de la fièvre de Lassa sont encore mal compris. Des études chez l’homme et le primate suggèrent que la réponse interféron de type I (IFN-I) et de la réponse T sont critiques pour la survie de l’hôte. Nous nous sommes intéressés à la réponse des cellules dendritiques (DC) à LASV, car elles peuvent à la fois produire des IFN-I et induire la réponse T. Nous avons étudié les DC plasmacytoïdes (pDC), spécialisées dans la réponse IFN-I, et les DC myéloïdes (mDC), présentatrices d’antigènes. Nous avons montré que les pDC et les mDC ne sont pas productivement infectées par MOPV et LASV. Les pDC produisent des quantités importantes d’IFN-I en réponse à MOPV, mais pas à LASV. Les mDC sont activées et produisent des IFN-I en réponse à MOPV mais aussi à LASV. Cependant, seules les mDC infectées par MOPV sont capables d’activer des lymphocytes T. De plus, la présence de lymphocytes T inhibe complètement l’activation des mDC infectées par LASV. Ces différences entre les mDC infectées par MOPV et LASV dépendent de la nucléoprotéine de LASV, qui est connue pour ses propriétés immunosuppressives, mais aussi de la glycoprotéine. En résumé, nous avons obtenu des différences de réponse à l’infection par MOPV ou LASV chez les pDC et les mDC. Ces cellules pourraient avoir un rôle essentiel in vivo dans la réponse globale à LASV, et donc dans l’issue de la fièvre de Lassa
Lassa virus (LASV) is responsible for a viral haemorrhagic fever in humans and the death of 3,000 to 5,000 people every year. There is currently no vaccine or treatmentavailable against LASV, and its pathogenesis is not completely understood yet. According to studies on humans and primates, type I interferon (IFN-I) and T cell responses appear to be critical for the host. We studied the response of dendritic cells (DC) to LASV, as DC are involved in both IFN-I production and T cell activation. We compared the response of primary human DC to LASV and Mopeia virus (MOPV), which is similar to LASV, but non-pathogenic.We focused on plasmacytoid DC (pDC), specialized in IFN-I production, and myeloid DC (mDC), specialized in antigen presentation. We showed that neither pDC nor mDC were productively infected by LASV and MOPV. pDC infected with MOPV produced large amounts of IFN-I, whereas pDC infected with LASV did not. mDC produced substantial amounts of IFN-I in response to both LASV and MOPV. However, only MOPV-infected mDC were able to activate T cells. More surprisingly, coculture with T cells completely inhibited the activation of LASV-infected mDC. These differences between LASV- and MOPV-infected mDC were mostly due to LASV nucleoprotein, which has major immunosuppressive properties, but the glycoprotein was also involved. Overall, these results showed differences in pDC and mDC response to MOPV and LASV. Therefore, both pDC and mDC may be important for the global response to LASV in vivo, and play a role in the outcome of Lassa fever

La République du Congo (RC) ou nos travaux ont eu lieu, est un pays d’Afrique Centrale, il partage ses frontières avec la République démocratique du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, le Cameroun, et l’Angola (Cabinda). Dans ces pays la circulation des arboviroses est documentée. En RC, il y avait peu ou pas de documentation sur les arboviroses avant nos travaux. Nous avons réalisé des études de séroprévalence des arboviroses de différentes familles chez des donneurs de sang Congolais. Nous avons aussi étudié l’épidémie de chikungunya ayant sévit en RC en 2011. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des taux de séroprévalence élevés pour les pathogènes principaux incriminés: 47,2% pour Dengue, 27,8% pour Yellow fever, 24,4% pour West Nile, 38,8% pour Chikungunya et 7,9% pour Rift Valley fever. Ces taux de séroprévalence élevés prouvent la circulation de ces virus au Congo, bien qu’aucune épidémie n’ait été encore déclarée pour certains. Nous avons également isolé et caractérisé génétiquement une souche nommée "Brazza_MRS1", appartenant au lignage East Central and Southern African, issue de l’épidémie due au virus chikungunya de 2011. La RC a connu plusieurs épidémies dues au virus Ebola. Nous avons tenté de mieux caractériser la circulation des filovirus chez les donneurs de sang asymptomatiques par une étude de séroprévalence. Les taux de séroprévalence IgG anti Ebola virus, observés étaient de 2,5% en général (1,6% à Brazzaville, 4% à Pointe-Noire et 4% en milieux ruraux). Les facteurs de risques identifiés étaient l’exposition aux chauves-souris (p<0.001) et aux oiseaux (p = 0.04). Le taux de séroprévalence IgG anti Marburg virus était de 0,5%
The Republic of Congo (RC) where our work took place is a Central African country, sharing borders with the Democratic Republic of Congo, Central African Republic, Gabon, Cameroon, and Angola (Cabinda). In these countries the circulation of arboviruses is documented. In RC, there was little or no documentation on arboviruses prior to our work. We conducted studies of arbovirus seroprevalence in Congolese blood donors for different virus families. We also studied the epidemic caused by the chikungunya virus that prevailed in RC in 2011.Our work have highlighted the high rate of seroprevalence for incriminated major pathogens: 47.2% for Dengue, 27.8% for Yellow Fever, 24.4% for West Nile, 38.8% for Chikungunya and 7.9% for Rift Valley fever. These high seroprevalence rates indicate that these viruses actively circulate in Congo, although no epidemic has yet been reported for some viruses. We have also isolated and genetically characterized a strain named "Brazza_MRS1", belonging to the East Central and Southern African lineage, after the chikungunya epidemic in 2011. The RC has experienced several outbreaks caused by the Ebola virus. We have performed a filovirus seroprevalence study to attempt to better characterize the circulation of filoviruses in asymptomatic Congolese blood donors. The observed rate of seroprevalence of anti Ebola IgG was 2.5% overall (1.6% in Brazzaville, 4% in Pointe-Noire and 4% in rural areas). Identified epidemiological risk factors were the exposure to bats (p <0.001) and birds (p = 0.04). The seroprevalence rate of Marburg virus IgG was low (0.5%)

Les fièvres hémorragiques virales (FHV) constituent un groupe de maladies causées principalement par des virus à ARN. Ils infectent à la fois les humains et les animaux (zoonotiques) et se caractérisent cliniquement par une forte fièvre et des symptômes hémorragiques parfois graves, en particulier aux stades ultimes de la maladie. Les virus des genres Ebolavirus et Marburgvirus, de la famille Filoviridae, sont connus pour provoquer des fièvres hémorragiques sous leur forme «classique». D’autres familles de virus, comme les Phenuiviridae (virus de la fièvre de la fièvre de la Vallée du Rift (FVR)), Nairoviridae (le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (FHCC)), et Arenaviridae (virus de Lassa) font aussi partie des FHV.Les manifestations cliniques précoces des FHV incluent maux de tête, fièvre, malaises, anorexie, arthralgie, et divers degrés de sévérité de nausées, vomissements et diarrhée, évoluant ensuite en hémorragies externes ou internes, en insuffisance rénale et en état de choc. Les patients infectés par des FHV présentent ces signes avec différents degrés de gravité et ne développent pas tous un syndrome hémorragique classique
Viral hemorrhagic fevers (VHFs) are a group of diseases caused by RNA viruses. They infect both humans and animals (zoonotic) and are clinically characterized by acute onset of high fever and sometimes severe hemorrhagic symptoms especially in the late stages of the disease. Viruses in the genera Ebolavirus and Marburgvirus in the family Filoviridae are known as causing “classical” hemorrhagic fever disease. Other viral families that cause VHFs include Phenuiviridae (Rift Valley fever virus), Nairoviridae (Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus), and Arenaviridae (Lassa virus)

Les élevages bovins de La Réunion connaissent régulièrement des foyers de « bavites », appellation locale des maladies causées par les virus de la fièvre catarrhale ovine (bluetongue virus, BTV) et de la maladie hémorragique épizootique (epizootic hemorragic disease virus, EHDV), deux orbivirus transmis par des moucherons hématophages du genre Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae). Plusieurs sérotypes de ces deux orbivirus circulent sur l’île et sont responsables de pertes économiques et de dégradations de l’état sanitaire du cheptel bovin. Parmi les 5 espèces de Culicoides décrites à La Réunion, Culicoides imicola, Culicoides bolitinos, Culicoides enderleini, Culicoides grahamii, et Culicoides kibatiensis, au moins les deux premières sont vectrices du BTV et de l’EHDV aux ruminants. Dans ce contexte, il paraît important de caractériser l’écologie et de préciser le rôle vectoriel des Culicoides à La Réunion. Ce travail vise à i) déterminer les facteurs environnementaux et climatiques qui gouvernent la présence et l’abondance de chaque espèce de Culicoides dans l’île ; ii) modéliser leurs dynamiques temporelles et spatio-temporelles ; iii) identifier les espèces potentiellement impliquées dans la transmission des deux orbivirus et caractériser la circulation de ces deux virus dans les populations locales de Culicoides. Un suivi longitudinal reposant sur des collectes bimensuelles de moucherons réalisées dans 11 sites durant 26 mois a permis de caractériser puis d’analyser avec des modèles statistiques de haie les dynamiques temporelles des différentes espèces de Culicoides afin d’identifier les paramètres environnementaux et climatiques qui les gouvernent. Ces modèles de dynamique ont ensuite été spatialisés en utilisant le logiciel Ocelet et validés en s’appuyant sur les données issues d’une large campagne de captures dans 101 sites répartis sur toute l’île. Enfin, la recherche de BTV et d’EHDV, effectuée par PCR (réaction en chaîne par polymérase) dans 1500 pools monospécifiques de Culicoides collectés lors du suivi longitudinal, a permis de détecter chacun des deux orbivirus chez 4 des 5 espèces de Culicoides : le BTV a été détecté chez toutes les espèces sauf C. grahamii et l’EHDV chez toutes les espèces sauf C. enderleini. Les travaux de cette thèse ont donc permis d’approfondir les connaissances sur la composante vectorielle de la fièvre catarrhale ovine et de la maladie hémorragique épizootique à La Réunion, et, en l’absence de méthodes de prévention comme la vaccination et de stratégies de contrôle des vecteurs, de développer des approches permettant de préciser le risque de transmission de ces deux virus
Cattle farms in Reunion Island regularly experience outbreaks of "bavites", a local term designing diseases due to epizootic haemorrhagic disease virus (EHDV) and bluetongue virus (BTV), two orbiviruses transmitted by hematophagous midges of the genus Culicoides (Diptera: Ceratopogonidae). Several serotypes of these two orbiviruses circulate in Reunion Island and are responsible for economic losses and deterioration in the health status of bovine livestock. Among the 5 species of Culicoides recorded in Reunion Island, Culicoides imicola, Culicoides bolitinos, Culicoides enderleini, Culicoides grahamii, and Culicoides kibatiensis, at least the first two are vectors of BTV and EHDV to ruminants. In this context, it seems important to characterize the ecology and to specify the vector role of Culicoides in Reunion Island. The aims of this work are to i) determine the environmental and climatic factors that govern the presence and abundance of each Culicoides species on the island; ii) model their temporal and spatio-temporal dynamics; iii) identify the species potentially involved in the transmission of the two orbiviruses and characterize the circulation of these two viruses in local Culicoides populations. A longitudinal survey consisting in bimonthly collections of midges in 11 sites during 26 months enabled characterizing and modelling the temporal dynamics of the different Culicoides species using hurdle statistical models in order to identify environmental and climatic drivers of their dynamics. These dynamic models were then spatialized using Ocelet spatial dynamics software and validated using data originating from a large trapping campaign carried out in 101 sites throughout the island. Finally, the screening of 1500 monospecific pools of Culicoides for EHDV and BTV by polymerase chain reaction enabled detecting each virus in 4 of the 5 species of Culicoides: BTV was detected in all species except C. grahamii and EHDV in all species except C. enderleini. The work carried out during this thesis therefore contributed to improve knowledge of the vector ecology in relation to EHDV and BTV transmission in Reunion Island and, in the absence of prevention methods such as vaccination and vector control strategies, to develop approaches to specify the risk of transmission of these two viruses

Le contrôle des épidémies dépend de façon cruciale de la détection et de l'identification rapide des agents pathogènes émergents constituant une menace pour la santé publique. L'objectif de cette thèse était de produire les outils nécessaires à la détection précoce et l'identification précise d'agents émergents et à la surveillance des infections associées. Dans ce but, nous avons développé et validé des approches multi-analytiques permettant la détection d'un large panel d'infections émergentes. Dans un premier temps, nous avons démontré la capacité d'une puce de reséquencage à large spectre à détecter et caractériser les bactéries productrices de neurotoxines du genre Clostridium, notamment à partir d'échantillons alimentaires contaminés. Parallèlement, nous avons développé un test sérologique différentiel, utilisant comme support un mélange de microsphères conjuguées à des antigènes viraux, permettant le diagnostic rapide et simultané d'un large panel d'arboviroses et de fièvres hémorragiques virales. Par ailleurs, nous avons piloté la première étude d'évaluation des performances des méthodes moléculaires et sérologiques appliquées au diagnostic de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo. Enfin, nous avons utilisé les différentes méthodes décrites pour le dépistage d'infections par les agents des arboviroses et fièvres hémorragiques virales, dans le cadre d'enquêtes dans les populations humaines, animales et vectorielles. Ces approches ont permis d'établir des données robustes sur la circulation des pathogènes dans ces populations. En outre, les performances des méthodes soulèvent de nombreuses perspectives d'application dans le domaine du diagnostic différentiel
Control of epidemics depends on the rapid detection and identification of emerging pathogens posing a threat to public health. The objective of this thesis was to produce the necessary tools for early detection and accurate identification of emerging agents and the surveillance of associated infections. For this purpose, we developed and validated multi-analytical approaches to detect of a wide range of emerging infections. In a first stage, we demonstrated the capacity of a broad-spectrum resequencing microarray to detect and characterize neurotoxin -producing clostridia, particularly in contaminated food samples. In parallel, we developed a differential serological assay, based on a mixture of antigen-conjugated microspheres, allowing the rapid and simultaneous diagnosis of a wide range of arboviruses and viral hemorrhagic fevers. In addition, we piloted the first evaluation study of molecular and serological methods for die diagnosis of Crimean-Congo hemorrhagic fever. Finally, we used the described methods for the detection of infections by arboviruses and viral hemorrhagic fever viruses, during large-scale surveys of human, animal and vector populations. These approaches have established robust data on the spread of emerging pathogens in these populations. In addition, the performances of the developed methods raise many application prospects in the field of differential diagnosis

Les virus Ebola (EBOV) et Marburg (MARV) sont responsables d'une fièvre hémorragique aiguë et d'épidémies mortelles. Afin d'identifier les espèces réservoirs du virus Ebola, nous avons capturé 679 chauves-souris entre 2001 et 2003 au Gabon et au Congo. Des IgG anti-EBOV et des fragments du gène L d'EBOV ont respectivement été détectés chez 16 et 13 individus appartenant aux chauves-souris Hypsiganthus monstrosus, Epomops franqueti et Myonycteris torquata. Une enquête sérologique sur les IgG anti-EBOV portant sur 1390 spécimens de ces espèces a montré une prévalence de 5%, ce taux chutant à 1% après la dernière épidémie survenue en 2005. Des IgG anti-MARV et des séquences de trois gènes de ce virus ont été détectés respectivement chez 29 et 4 spécimens de Rousettus aegyptiacus dans le sud-est du Gabon. Ces résultats indiquent que ces chauves-souris frugivores seraient réservoirs d'EBOV et de MARV et peuvent s'avérer cruciaux dans la conception de stratégies de prévention des épidémies.

Les orthohantavirus sont des virus émergents, présents dans le monde entier, ayant pour réservoirs des petits mammifères avec lesquels ils établissent des infections chroniques asymptomatiques. La transmission occasionnelle à l’homme peut être à l’origine de fièvres hémorragiques. Nous menons une étude comparative entre l’orthohantavirus pathogène Puumala et les orthohantavirus non pathogènes Tula et Prospect Hill. Des modèles cellulaires adaptés à nos études ont été d’abord definis et nous avons observé des différences de production de particules virales en fonction de l’origine de lignées cellulaires. Nous avons décrit les interactions des protéines virales avec les les facteurs et les compartiments cellulaires pendant le cycle viral par 1) analyse de la régulation de l’expression de protéines par cellules humaines infectées, 2) détection de la localisation et l’interaction de protéines virales avec les compartiments cellulaires au cours de l’infection, 3) étude de l’activité inhibitrice des protéines virales sur les voies impliquées dans la réponse interféron et 4) identification par spectrométrie de masse de facteurs cellulaires interagissant avec la nucléocapside de nos trois virus. Nous avons démontré que ces virus possèdent des caractéristiques communes en termes d’interaction avec la cellule au cours de l’infection. Cependant, nous avons aussi mis en évidence des différences de régulation de voies de signalisation cellulaires, en fonction du virus et des protéines virales. Ces études ont permis d’identifier des modèles cellulaires utiles pour approfondir les relations hôte-virus et de mettre en évidence l'impact de facteurs cellulaires pendant l'infection
Orthohantaviruses are globally widespread emerging viruses hosted by small mammals. In these natural reservoirs, orthohantavirus establish asymptomatic chronic infection. Nevertheless, orthohantavirus can be occasionally transmitted to humans and may cause hemorrhagic fevers with renal syndrome in Eurasia.we carried out a comparative study of Puumala orthohantavirus, responsible for an attenuated form of HFRS, with non-pathogenic orthohantavirus Tula and Prospect Hill. We first identified suitable cellular models for our studies and we described differences in the production of viral particles depending on the host from which cells were obtained. Secondly, we shed light on the interactions of viral proteins with cellular compartments and factors during the viral cycle by 1) analyzing the regulation of protein expression, especially implicated in the immune reponse, in infected human cell line, 2) detecting the localization and interaction of viral proteins with cellular compartments in the infection, 3) defining how viral proteins antagonize the interferon signaling pathways and 4) discovering by mass spectrometry the cellular factors interacting with the nucleocapsid of our three orthohantaviruses. We showed that these viruses share common characteristics in the interaction with the cell during the viral cycle. However, we also revealed differences of regulation of cellular pathways, depending on the virus and on the viral proteins.These studies allowed to identify adapted cellular models for further studies on these viruses, as well as cellular factors that are currently been investigated for their role in the viral proteins