Academic literature on the topic 'Flétrissement bactérien'

Objectif : Evaluer l’effet des porte-greffes de cultivars d’aubergines africaines Nkéka, Bissukulu et Diablette sur l’incidence du flétrissement bactérien de tomate en condition d’infestation naturelle de sol sous régime pluvial. Méthodologie et résultats : Il a été réalisé dans le bassin maraîcher de Djiri-bilolo un diagnostic du flétrissement bactérien sur la tomate cultivée au cours de la grande saison sèche (juin à septembre 2018). Les parcelles à taux de flétrissement bactérien compris entre 33% et 44% ont été retenues pour y réaliser l’expérimentation en BAC de 3 répétitions à ciel ouvert avec 2 facteurs durant la grande saison des pluies (octobre à décembre 2018). Le 1er facteur était le statut de plante de tomate constitué de 4 variantes porte–greffes de cultivars locaux d’aubergines africaines : Bissukulu, Nkéka, Diablette et le témoin négatif dépourvu de porte-greffe. Le 2ème facteur était la fumure de fonds avec 3 variantes : la déjection de porc, la déjection de poulet et du témoin négatif dépourvu de fumure. L’incidence du flétrissement bactérien a été mesurée 35 jours durant après transplantation. Conclusion et application des résultats : Les cultivars locaux d’aubergines africaines Diablette et Bissukulu sont des porte-greffes permettant de limiter considérablement l’incidence du flétrissement bactérien. En outre, au cours de la saison des pluies, la fumure de volaille étant sujet de lessivage à cause de son faible rapport C/N<15, son usage contribue à limiter l’incidence de cette maladie sur les plantes en culture. Mots clés : Tomate, Solanum lycopersicum L., porte-greffe, fumure de fonds, saison pluvieuse. ABSTRACT Objective: To assess the effect of rootstocks of African eggplant cultivars Nkéka, Bissukulu and Diablette on the incidence of bacterial wilting of tomatoes under conditions of natural soil infestation in rainfed regime. Methodology and results: A diagnosis of bacterial wilt on tomato grown during the long dry season (June to September 2018) was carried out in the Djiri-bilolo market garden basin. The plots with a bacterial wilt rate between 33% and 44% were selected to carry out the complete random bloc experiment of 3 open repetitions with 2 factors during the long rainy season (October to December 2018). The first factor was the status of the tomato plant made up of 4 rootstock variants of local eggplants: Bissukulu, Nkéka, Diablette and the negative control without rootstock. The second factor was the manure of funds with 3 variants: the hog manure, the chicken manure and the negative control devoid of manure. The incidence of bacterial wilt was measured 35 days after transplantation. Conclusion and application of results: The African eggplant cultivars Diablette and Bissukulu are rootstocks that considerably limit the incidence of bacterial wilt. In addition, during the rainy season, the use of poultry manure being leached due to its low C / N ratio <15 contributes to limiting the incidence of the disease on cultivated plants. Keywords: Tomato, Solanum lycopersicum L., rootstock, manure, rainy season.

Les faits saillants survenus par rapport à la pomme de terre au cours de ce siècle sont traités selon un ordre chronologique relatif et présentés sur trois tableaux, chacun couvrant environ 33 ans. Sur le premier, on voit que les grandes superficies, les rendements pitoyables et la destruction quasi annuelle du feuillage par les maladies et les insectes ont placé les arrosages au premier rang des activités de protection jusque vers 1942. La connaissance des virus est rudimentaire et la production de semences saines pointe à l’horizon. Le deuxième tableau s’étend jusque vers 1975. On assiste au déplacement de la production des semences de base sur la Côte-Nord du Québec. Avec les nouvelles variétés apparaissent de nouvelles maladies. Pendant que plane partout le spectre du flétrissement bactérien, l’importance accordée aux virus fait oublier les organismes telluriques qui s’attaquent aux tubercules fragilisés par l’immaturité et les blessures. Plusieurs esquisses constituent le troisième tableau qui conduit à 2008. Virus S, filosité et flétrissement bactérien ont secoué les systèmes. La lutte aux maladies fongiques fait de grands pas grâce à la prévention des blessures. La protection de la pomme de terre devient étroitement liée aux bases physiologiques du plant et du tubercule, nouvelle forme de lutte intégrée contre l’underground : rhizoctonie, gale commune et verticilliose. Le nématode doré apparaît au Québec en 2006. En contrepartie, la toute première variété jamais crée au Québec, ‘Aquilon ‘, est résistante à ce redoutable parasite.

Etude du comportement de neuf cultivars de tomates (Solanum Lycopersicum L.) dans différentes zones agro-écologiques du Burkina Faso pendant l’hivernage. Ali GARANE1*, Koussao SOME1, Jeanne NiKIEMA1, Mamoudou TRAORE2 et Mahamadou SAWADOGO3 1* Institut de l’Environnement et de Recherches Agricoles (INERA/CREAF-Kamboinse), Département Production Végétale/Programme Cultures Maraîchères, Fruitières, Plantes à Tubercules, 01 BP 470 Ouagadougou 01, Burkina Faso. 2Institut de l’Environnement et de Recherches Agricoles (INERA/CREAF-Kamboinsè), Département Gestion des Ressources Naturelles/Système de Production, 03 BP 470 Ouagadougou 03, Burkina Faso. 3Université Ouaga I Pr Joseph KI-ZERBO/Unité de Formation et de Recherche en Science de la Vie et de la Terre (UO/UFR-SVT), Laboratoire de Génétique et Biotechnologie Végétale, 03 BP 7021 Ouagadougou 03, Burkina Faso. * Correspondance, courriel: ali_garane@yahoo.fr Mots clés: Tomate, performance, hivernage, maladies, Burkina Faso. Key words: Tomato, wintering, performance, diseases, Burkina Faso. Publication date 30/06/2019 http://www.m.elewa.org/JAPS 1. RESUME Objectif: Au cours de la saison hivernale 2014-2015, une étude portant sur neuf cultivars améliorés de tomate a été réalisée dans 5 zones agro-écologiques (Kamboinsè, Loumbila, Komgoussi, Yako et Salgo) du Burkina Faso. Les observations et mesures ont porté sur la sensibilité au flétrissement bactérien, le rendement et ces composants essentiels afin de déterminer les cultivars les mieux adaptés aux conditions de culture d’hivernage dans les zones de l’étude. Méthodologie et résultats: Le dispositif expérimental est un bloc complet de Fisher randomisé de 4 répétitions avec des traitements constitués des variétés V1, V2, V3, V4, V5 , V6, V7, V8 et V9. Les plants ont été repiqués en ligne simple en parcelles élémentaires de 37,5 m2. Les écartements sont de 0,75 m sur 0,40 m, soit une densité de 33333 pieds/ha. Les variables suivantes de productivité ont été supérieures à Yako pour la densité chez les cultivars Thorgal, Gempride, Jaguard, Mongal, Nadira respectives de 67,75; 71,75; 80,12; 99,5 et 108,75 plants/37,5 m². A Salgo pour le poids moyen du fruit chez Jaguard (56,06 g) Mongal (55,63g), FBT5 (51,1 g) et Thorgal (48,8 g) et à Kongoussi pour Gempride (55,63 g). Les cultivars Rs et Nadira ont observé des rendements meilleurs à Yako respectifs de 28,72 et 28,73 t/ha. A Salgo, les hybrides Gempride, Mongal, FBT5, Jaguard et Thorgal ont été plus performant avec respectivement 21,65; 20,3; 20,0; 17,46 et 15,14 t/ha. Conclusion et application des résultats: Selon la moyenne des rendements, les meilleurs sites ont été par ordres décroissant Yako (19,044 t/ha), Salgo (17,44), Kongoussi (7,06 t/ha), Loumbila (6,87 t/ha) et Kamboinsè (2,97 t/ha). Dans le même ordre, les meilleures variétés ont été Nadira, Rs, Gempride, Jaguar, Thorgal, Mongal, FBT5 avec respectivement 13,87, 10,79; 10,23; 9,66; 8,23 et 7,08 t/ha. Si nous couplons à cela la tolérance aux flétrissements, Jaguar, Nadira et Gempride demeurent les meilleures variétés suivies de Mongal et FBT5. Les résultats obtenus sur les 5 sites ont montré une variabilité importante. Ce qui est peut-être du à la maitrise des techniques de production qui n’ont pas été homogènes d’un site à un autre et à la particularité de chaque variété. Pour améliorer la performance de ces variétés, il paraît indiqué de poursuivre les recherches dans une approche agronomique visant la maîtrise de l’eau d’irrigation, une gestion intégrée des ravageurs et maladies pendant le cycle cultural.

La culture de l’aubergine est confrontée au flétrissement bactérien, maladie causée par le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum. La résistance variétale est la méthode la plus efficace pour contrôler cette maladie. Un QTL majeur (ERs1) a précédemment été cartographié dans une population de lignées recombinantes (RIL) issue du croisement aubergine sensible (S) MM738 × aubergine résistante (R) AG91-25. Initialement, ERs1 a été détecté avec 3 souches du phylotype I, alors qu’il est contourné par la souche PSS4 de ce même phylotype. Les objectifs de cette thèse étaient (i) de préciser la position d’ERs1 et de définir son spectre d’action, (ii) d’identifier d’autres QTLs contrôlant les souches virulentes sur AG91-25, et (iii) d’introgresser certains de ces QTLs dans des cultivars S. Pour cela, 2 populations d'haploïdes doublés (HD), MM152 (R) × MM738 (S) et EG203 (R) × MM738 (S), ont été créées. La population RIL a été phénotypée avec 4 souches supplémentaires appartenant aux phylotypes I, IIA, IIB et III, tandis que les populations HD l’ont été avec les souches virulentes PSS4 et R3598. Les analyses de cartographie génétique ont confirmé l’existence d’ERs1 (renommé EBWR9), défini sa position sur le chromosome (chr) 9 et validé son contrôle spécifique de 3 souches du phylotype I. EBWR2 et EBWR14, 2 autres QTLs à large spectre, ont été détectés sur les chr 2 et 5. Les analyses QTL ont mis en évidence un système de résistance de type polygénique chez EG203. Le transfert de la résistance dans 2 cultivars locaux a été initié et a permis l’introgression d’EBWR9 et d’EBWR2. Ces résultats ouvrent des perspectives quant à la création de variétés à large spectre de résistance<br>Eggplant cultivation is confronted by the bacterial wilt disease caused by the Ralstonia solanacearum species complex. Breeding resistant cultivars is the most effective strategy to control the disease but is limited by the pathogen’s extensive genetic diversity. A major QTL (ERs1) was previously mapped in a recombinant inbred lines (RIL) population from the cross of susceptible (S) MM738 × resistant (R) AG91-25 lines. ERs1 was originally found to control 3 strains from phylotype I, while being ineffective against the strain PSS4 from the same phylotype. The objectives of this thesis was to (i) clarify the position of ERs1 and define its spectrum of action, (ii) found other QTLs, promptly to control virulent strains on AG91-25 and (iii) introgress some of the QTLs into two S cultivars. For this purpose, the new doubled haploid (DH) populations MM152 (R) × MM738 (S) and EG203 (R) × MM738 (S) were created. The RIL population was phenotyped with 4 additional RSSC strains belonging to phylotypes I, IIA, IIB and III and the DH populations were phenotyped with virulent strains PSS4 and R3598. QTL mapping confirmed the existence of ERs1 (renamed EBWR9), defined its position on chromosome (chr) 9 and validated its specific control of 3 phylotype I strains. EBWR2 and EBWR14, 2 broad-spectrum resistance QTLs, were detected on chr 2 and 5. QTL analysis reveals a polygenic system of resistance in EG203. The transfer of resistance into 2 local cultivars was initiated and allowed the introgression of EBWR9 and EBWR2 QTLs through a backcross scheme. These results offer perspectives to breed broad-spectrum R cultivars

Pseudomonas solanacearum, germe tellurique agent du flétrissement bactérien, cause de graves dégâts en zone tropicale sur un grand nombre d'espèces, dont notamment les solanées maraîchères. Afin d'améliorer les connaissances sur l'interaction p. Solanacearum-tomate et d'optimiser la lutte par la culture de variétés résistantes, l'étude des mécanismes de résistance de la tomate au flétrissement bactérien a été entreprise par la comparaison de la colonisation par p. Solanacearum de plantes de variétés résistantes et sensibles. La présence d'infections latentes est apparue comme une caractéristique générale de l'interaction p. Solanacearumi-plante hôte chez des cultivars de tomate possédant différents niveaux de résistance au flétrissement bactérien, mais également chez d'autres hôtes de la bactérie comme le poivron et l'aubergine. Chez la tomate, la résistance est liée à la limitation de la progression de p. Solanacearum dans les tissus conducteurs de la tige. Une résistance monogènique dominante a été démontrée chez Hawai 7996 et le gène de résistance gouverne la limitation de la progression de l'agent pathogène. Les facteurs responsables de cette limitation ont été recherchés. Des différences anatomiques entre cultivars résistants et sensibles ou une inhibition de la multiplication bactérienne par un facteur de la plante ne sont pas impliquées, des études histologiques ont permis de montrer que la limitation de la progression bactérienne dépend d'une réaction non spécifique induite qui est la production de Thylles qui s'effectue de façon plus rapide et plus ciblée chez la variété résistante. Par ailleurs, cette étude a permis de montrer l'intérêt majeur de la prise en compte des caractéristiques de colonisation de la tomate par p. Solanacearum pour juger de la résistance des plantes. Ce critère, complémentaire au critère de flétrissement doit permettre une optimisation de la sélection variétale

Nous présentons l’étude de l’interaction entre la bactérie pathogène racinaire Ralstonia solanacearum et la légumineuse modèle Medicago truncatula. Un pathosystème avec les lignées A17 et F83005.5, respectivement sensible et résistante à la souche GMI1000, a été mis en place avec une procédure d’inoculation sur racines intactes. Ce dispositif expérimental nous a permis de suivre le processus infectieux, de la pénétration de la bactérie par l’extrémité racinaire au développement des symptômes foliaires. L’analyse des étapes précoces de l’interaction a permis de décrire l’apparition de symptômes racinaires qui se mettent en place rapidement après l’infection, que les lignées soient résistantes ou sensibles à la bactérie. Un arrêt de croissance de la racine s'observe dès 24 heures post-inoculation, ainsi qu’une mortalité de l’épiderme de l’extrémité racinaire. Ces phénotypes sont notés suite à des inoculations avec de faibles concentrations bactériennes, et ce sur plusieurs espèces hôtes ou non-hôtes testées. La mise en place des symptômes racinaires est dépendante de l’appareil de sécrétion de type III. Un crible de mutants d’effecteurs de type III de la souche GMI1000, basé sur l’apparition des symptômes racinaires, a permis de montrer que des pools différents d’effecteurs interviennent chez A17 et F83005.5. Chez la lignée sensible A17, deux effecteurs sont principalement impliqués, Gala7 et AvrA. L’étude de la colonisation de cette lignée a montré que le mutant gala7 ne pénètre pas la plante et n’induit pas de symptômes de flétrissement. Le mutant avrA s’est révélé capable d’induire la maladie chez la lignée A17 mais de manière nettement réduite par rapport à la souche sauvage. L’analyse des extrémités racinaires des lignées sensible et résistante infectées par la souche GMI1000 a révélé qu’au niveau des parois de l’endoderme, la présence de lignine est induite de manière plus précoce chez la lignée résistante. Des phénomènes de division cellulaire ont été identifiés autour du cylindre central et semblent également liés à une restriction de la propagation bactérienne. Au niveau du contenu cellulaire, une autofluorescence et une production de ROS semblent liés à une phase nécrotrophe de la bactérie lors de sa propagation dans la zone corticale de l’extrémité racinaire. L’étude de la colonisation bactérienne en s’affranchissant de l’étape de pénétration a révélé que des mécanismes de résistances peuvent intervenir au niveau de collet chez la lignée F83005.5 et lors de la colonisation racinaire des vaisseaux conducteurs suite à une inoculation avec le mutant gala7<br>Manquant

Le fletrissement bacterien cause par ralstonia solanacearum est une phytobacteriose vasculaire largement distribuee dans le monde qui provoque des degats considerables sur les solanacees. Les nematodes phytoparasites sont aussi distribues dans les sols et mettent en echec l'expression de la resistance au fletrissement. L'objectif a ete l'analyse de la resistance au fletrissement conferee par le chromosome 6, en utilisant deux couples de lignees de tomate quasi-isogeniques sauf pour l'introgression portant le gene mi (caraibo / carmido) et (cra 66 / cranita). Mi confere la resistance contre les nematodes a galles et il est aussi localise sur ce chromosome. Nous avons d'abord demontre que la neoformation des galles sur le systeme racinaire est le facteur determinant l'echec de la resistance au fletrissement. En presence de r. Solanacearum et suite a la surinfection par m. Incognita, la plante n'est plus capable de gerer simultanement les mecanismes de resistance pour controler la colonisation bacterienne et les changements physiologiques imposes par la neoformation des galles. Ensuite, nous avons confirme le caractere quasi-isogenique des lignees caraibo et carmido, ce qui n'est pas le cas pour cra 66 et cranita. Enfin, la cartographie moleculaire des populations f2 combinee aux analyses phenotypiques des descendants f3 a permis de detecter dans le croisement caraibo x carmido un locus fortement associe a la region cf-2mi sur le chromosome 6 qui controle plus de 56% de la resistance. Un locus a effet mineur a aussi ete detecte dans le croisement cra 66 x cranita. Cette etude a demontre que l'introgression du gene mi par retrocroisements s'accompagne incontestablement de la baisse du niveau de resistance a r. Solanacearum du fait de la liaison etroite entre ces deux loci.

Dans les îles du sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) (Comores, Maurice, Mayotte, Réunion, Rodrigues et Seychelles), le flétrissement bactérien causé par le complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) est une phytobactériose considérée comme l'une des plus nuisibles pour les productions vivrières ou d'exportation. Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit avaient pour principal objectif l'exploration du niveau et de la distribution de la diversité génétique du ce Rs et de la structure génétique de ses populations dans le SOOI. Nous avons mené de vastes campagnes d'échantillonnage qui ont permis de constituer une large collection de 1704 isolats, principalement à partir de Solanacées (tomate, pomme de terre, piment, aubergine, poivron) et de géranium rosat. L'assignation phylogénétique des isolats a montré une très forte prévalence du phylotype I (88 %), qui est distribué dans chaque île du SOOI, tandis que les phylotypes II (9 %) et III (3 %) ne sont trouvés qu'à La Réunion. Deux souches de phylotype IV ont par ailleurs été signalées à l'île Maurice, représentant le premier rapport de ce groupe phylogénétique dans le SOOI. Une approche phylogénétique et de génotypage (MLSA/MLST) basée sur l'analyse de séquences de 6 gènes de ménage et 1 gène associé à la virulence (egl) a permis de révéler les relations génétiques entre 145 souches représentatives (diversité géographique + hôte d'isolement) du SOOI et 90 souches mondiales de référence. Le développement et l'application d'un schéma MLVA basé sur 17 séquences répétées en tandem (VNTR) sur près de 1300 souches a permis de révéler que les populations de phylotype I sont organisées en complexes clonaux dans le SOOI et que le niveau de diversité génétique est très contrasté selon les îles, Maurice présentant la plus forte diversité génétique. Un résultat majeur de cette thèse est la mise en évidence du déploiement d’une lignée génétique (sequevar I-31 ; STI-13 ; MT-035), surreprésentée dans les îles du SOOI, qui pourrait avoir été introduite via du matériel végétal contaminé depuis l'Afrique de Sud ou l’Afrique de l'Ouest. Nos études préliminaires montrent que l'haplotype majoritaire MT-035 (i) est le probable haplotype fondateur du complexe clonal le plus prévalent dans le SOOI, (ii) présente un pouvoir pathogène élevé (large gamme d'hôtes comprenant des plantes cultivées et des adventices, et forte agressivité sur Solanacées) et (iii) possède une forte aptitude à la compétition dans l'environnement via la production de bactériocines. Ces travaux permettront in fine de renforcer l'épidémiosurveillance et orienter les stratégies de lutte vis-à-vis de cet agent phytopathogène, notamment via le déploiement de cultivars résistants<br>In the southwest Indian Ocean (SWIO) islands (Comoros, Mauritius, Mayotte, Réunion, Rodrigues and Seychelles), bacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) is considered one of the most harmful plant disease for food crops or export. The main objective of this work presented in this manuscript was to explore the level and the distribution of the genetic diversity of Rssc and the genetic structure of its populations in SWIO. We conducted extensive sampling campaigns that resulted in a large collection of 1704 isolates, mainly from Solanaceae (tomato, potato, chilli, eggplant, pepper) and geranium rosat. The phylogenetic assignment of the isolates showed a very high prevalence of phylotype I (88 %), which is distributed in each island of the SWIO, while phylotypes II (9 %) and III (3 %) are found only in Réunion. Two phylotype IV strains have also been reported in Mauritius, representing the first report of this phylogenetic group in SWIO. A phylogenetic and genotyping approach (MLSA/MLST) based on sequence analysis of 6 housekeeping genes and 1 gene associated with virulence (egl) revealed the genetic relationships between 145 representative SWIO strains (geographic diversity + host) and 90 global reference strains. The development and application of MLVA scheme based on 17 variable number of tandem repeat sequences (VNTR) on nearly 1300 strains revealed that phylotype I populations are organized into clonal complexes in SWIO and that the level of genetic diversity is highly contrasted according to the islands, with Mauritius having the highest genetic diversity. This work highlights the deployment of a genetic lineage (Sequevar I-31, STI-13, MT-035), overrepresented in SWIO islands, which could have been introduced via contaminated plant material from South Africa or West Africa. Our preliminary studies show that the main haplotype MT-035 (i) is the probable founding haplotype of the most prevalent clonal complex in SWIO, (ii) has high pathogenicity (wide range of hosts including cultivated plants and weeds, and high aggressiveness on Solanaceae) and (iii) has a strong ability to compete in the environment via the production of bacteriocins. This work will ultimately strengthen epidemiosurveillance and guide control strategies of this plant pathogen, including the deployment of resistant cultivars

Le fletrissement bacterien, dont l'agent causal est r. Solanacearum, est responsable de degats considerables sur un grand nombre de cultures, en particulier les solanacees maraicheres et les bananiers, en zones tropicales et subtropicales. Seule une prophylaxie adaptee en complement de l'utilisation de varietes resistantes peut reduire l'incidence de la maladie. L'optimisation de la lutte implique une meilleure connaissance de la diversite genetique de l'agent pathogene mais aussi des reservoirs d'inoculum. La diversite genetique de l'espece r. Solanacearum a ete evaluee a l'aide de divers outils moleculaires et l'exploration de plusieurs regions du genome. Ces etudes ont permis de confirmer les divisions 1 (asiaticum) et 2 (americanum) au sein de l'espece mais surtout d'identifier une nouvelle subdivision constituee uniquement de souches africaines. Par ailleurs, l'aflp (amplified fragment length polymorphism) s'est revelee une technique de choix pour l'etude de la structure d'une population naturelle de r. Solanacearum. L'exploration des genes hrp a ete un choix pertinent pour l'obtention d'un outil moleculaire, n-pcr-rflp (nested-polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism), capable de discriminer les biovars ou des groupes de biovars de r. Solanacearum mais aussi d'assurer la detection efficace de la bacterie dans ses differents reservoirs. La maitrise d'un tel outil pour la detection dans le sol constitue un resultat majeur de ce travail. Nous avons clarifie et approfondi certains aspects de la biologie et de l'epidemiologie de la bacterie. Nous avons confirme que l'eau est un milieu dans lequel la bacterie peut se conserver et qui est susceptible d'assurer efficacement sa dissemination. De meme, la semence peut etre desormais consideree comme une voie potentielle de transmission de la maladie. Enfin, il apparait que la duree de survie de r. Solanacearum est limitee dans un sol nu et que le type de sol est un facteur influencant la conservation de la bacterie mais aussi l'expression de la maladie.

Au Mali, la production rizicole est affectée par les maladies causées par les bactéries phytopathogènes Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc) responsables respectivement du flétrissement bactérien (BLB) et de la strie foliaire (BLS). La résistance variétale est un des moyens les plus efficaces pour contrôler ces maladies dans les différentes conditions agro-écologiques de la riziculture. La caractérisation de la diversité des souches de X.oryzae de même que l’identification de sources à large spectre de résistance (BSR) sont un préalable indispensable à cette approche. Nous avons ainsi conduit des prospections dans les différentes zones rizicoles au Mali, établi une large collection de souches de X. oryaze qui a ensuite été caractérisée. A partir de cette collection, nous avons étudié la réaction d’un panel de variétés de riz vis-à-vis de la résistance au flétrissement bactérien et à la strie foliaire. Ceci nous a permis d’identifier des sources de résistance et les QTLs (quantitative trait loci) et gènes BSR associés à cette résistance. Le criblage de 12 lignées de riz quasi iso-géniques (NILS, IRBBs) et leur parent récurrent IR24 a permis l’identification de 7 races, notées de A3 à A9 parmi les souches de Xoryzae pv. oryzae. La plupart des gènes de résistance testés se sont révélés inefficaces contre la plupart des races de Xoo présentes au Mali. Le gène de résistance Xa3 est le plus efficace parmi les 13 testés pour le contrôle du BLB au Mali, cependant, sa résistance est contournée par les souches Xoo de la race A9. L’absence de gène de résistance permettant de contrôler la race A9 représente un danger non négligeable pour la riziculture au Mali. Nous avons ainsi testé l’efficacité d’un panel de 29 variétés de riz cultivées pour leur résistance aux souches de X.oryzae. Les variétés Gigante et SK20-28 sont résistantes à l’ensemble des races et souches de Xoo et Xoc du Mali. Ces travaux nous ont permis de caractériser huit pathotypes au sein des Xoo (P1 à P8) et onze au sein des Xoc (P1 à P11). La faible association entre les races et les pathotypes de Xoo suggère que le déterminisme sous-jacent la résistance de Gigante et SK20-28 à Xoo est différent de celui des gènes R connus. Deux études de GWAS (genome-wide association study) ont été conduites. La première a permis d’exploiter une population MAGIC indica (Multiparent Advanced Generation Intercross) afin de cartographier les QTLs majeurs conférant une résistance à large spectre à Xoo et Xoc. Les lignées MAGIC ont été génotypées par séquençage et phénotypées en serre et au champ par inoculation artificielle en utilisant plusieurs souches de Xoc et Xoo représentatives de la diversité rencontrée au Mali. Une combinaison d'analyses GWAS et de cartographie d'intervalles a révélé au moins trois QTL intéressants (qXO-2-1, qXO-4-1 et qXO-11-2) conférant une résistance efficace contre les deux pathovars. La deuxième a porté sur un panel de 258 lignées de riz indica séquencées issues du projet « 3000 génomes » (ou 3K) et sélectionnées en fonction de leurs origines (89 pays). Ces lignées ont été testées avec des souches Xoo et Xoc. Cette étude a permis d’identifier une dizaine de QTL parmi lesquels un QTL à large spectre de résistance sur le chromosome 4. Au total, 5 gènes candidats associés aux marqueurs SNP, indel et au phénotype de résistance ont été identifiés dans la région du chromosome 4 parmi lesquels le gènes Xa1. Les résultats présentés dans cette thèse contribuent à une meilleure connaissance des maladies bactériennes causées par Xoo et Xoc. Ils apportent un éclairage nouveau sur le déterminisme génétique de la résistance et devraient contribuer de manière significative à un meilleur contrôle des bactérioses foliaires au Mali.Mots clés: Riz, flétrissement bactérien, strie foliaire, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, résistance<br>Mali, rice production is affected by diseases caused by phytopathogenic bacteria Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc) responsible respectively for bacterial leaf blight (BLB) and bacterial leaf streak (BLS). Varietal resistance is one of the most effective ways to control these diseases under the different agro-ecological conditions of rice cultivation. Characterization of the diversity of X. oryzae strains as well as the identification of broad-spectrum resistance sources (BSRs) are prerequisites for this approach. During the study, a collection of strains of X. oryzae obtained from different rice growing areas in Mali was characterized in order to examine the response of a panel of rice varieties to BLB and BLS. Thus, the identification of sources of resistance, QTLs (quantitative trait loci) and BSR genes associated with resistance were revealed. The screening of 12 isogenic rice lines (NILS, IRBBs) and their recurrent parent IR24 revealed the presence of 7 races, noted from A3 to A9 among the X. oryzae pv. oryzae strains. Most of the known resistance (R) genes were proved ineffective against several Xoo races found in Mali. The Xa3 resistance gene is the most effective of the 13 lines and recurrent parent tested in controlling BLB disease in Mali. However, its resistance is circumvented by Xoo strains belonging to race A9. The absence of a resistance gene to control the race A9 represents a significant challenge for rice growing in Mali. We tested the response of a panel of 29 varieties of rice for resistance to X. oryzae strains. The data showed that varieties Gigante and SK20-28 are resistant to all races and strains of Xoo and Xoc from Mali. Further, eight pathotypes within strains of Xoo (P1 to P8) and eleven within strains of Xoc (P1 to P11) were characterized. We observed a weak association between Xoo races and pathotypes, suggesting that the determinism underlying Gigante's resistance and SK20-28 to Xoo is different from the known R genes. Two genome-wide association studies (GWAS) were conducted. The first one exploited a MAGIC indica (Multiparent Advanced Generation Intercross) population to map the major QTLs conferring broad-spectrum resistance to Xoo and Xoc. A combination of GWAS analysis and interval mapping revealed at least three interesting QTLs (qXO-2-1, qXO-4-1 and qXO-11-2) conferring effective resistance against both pathovars. The second study focused on a panel of 258 indica rice lines sequenced from the "3000 genomes" (or 3K) project and selected according to their origins (89 countries).These lines were tested with Xoo and Xoc strains. The data revealed a dozen of QTLs including a QTL with a broad spectrum of resistance on chromosome 4. In total, 5 candidate genes associated with SNP, indel and resistance phenotype markers were identified in the region of chromosome 4 including Xa1 gene. Taken together, the results shed new light on the genetic determinism of bacterial resistance and should contribute significantly to a better control of Xanthomonas in Mali.Key words: Rice, bacterial leaf blight, bacterial leaf streak, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, resistance

La bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum est l'agent responsable du flétrissement bactérien sur plus de 200 espèces végétales, dont des espèces agronomiques, faisant de cette bactériose une des plus importantes dans le monde. Le pouvoir pathogène de la bactérie repose en grande partie sur sa capacité à injecter des protéines, appelées effecteurs de type III (ET3s), via le système de sécrétion de type III (SST3). La dernière décennie a été notamment marquée par la découverte chez les bactéries pathogènes de nombreuses protéines impliquées dans le contrôle du processus de sécrétion de type III. Chez R. Solanacearum, ces mécanismes de contrôle de la sécrétion restent méconnus, contrairement aux mécanismes de régulation transcriptionnelle. Au cours de ces travaux, nous nous sommes attachés à caractériser les fonctions des protéines HpaB (RSp0853), HpaD (RSp0848) et FliT-like (RSc2897) pour lesquelles plusieurs éléments suggèrent un potentiel rôle comme chaperonnes de type III (CT3s), ainsi que de la protéine HpaP (RSp0862) qui présente un domaine T3S4 (Type III Secretion Substrate Specificity Switch). Nous avons pu mettre en évidence la capacité de certaines CT3s à interagir entre elles et, pour HpaB et HpaD, à interagir avec de nombreux ET3s. De plus, les trois CT3s putatives semblent impliquées dans le pouvoir pathogène de R. Solanacearum, HpaB s'avérant même indispensable à la virulence de la bactérie. D'autre part, nos travaux mettent en exergue l'importance de la protéine HpaP pour le pouvoir pathogène de la bactérie et son implication dans le contrôle de la sécrétion de substrats du SST3. Les résultats suggèrent notamment que HpaP promeut la sécrétion de l'ET3 PopP1 en interagissant physiquement avec ce dernier. Finalement, la caractérisation de séquences conservées du domaine T3S4 révèle l'importance de cette région pour la fonction de la protéine HpaP. L'ensemble de ces travaux suggère l'implication de plusieurs protéines de R. Solanacearum dans le contrôle du processus de sécrétion de type III et souligne la diversité des mécanismes mis en jeu impliquant les protéines de type T3S4 chez les bactéries pathogènes<br>The plant pathogenic bacterium Ralstonia solanacearum is the causative agent of the bacterial wilt on more than 200 plant species, including agronomic species, making it one of the most important bacterial disease in the world. The pathogenicity of the bacteria is largely based on its ability to inject proteins, called type III effectors (T3Es) via the type III secretion system (T3SS). The last decade has been particularly marked by the discovery of many proteins involved in the control of the type III secretion process in pathogenic bacteria. In R. Solanacearum , these control mechanisms remain unknown , unlike the transcriptional regulatory mechanisms. In this work, we focused on the functional characterization of the proteins HpaB (Rsp0853), HpaD (RSp0848) and FliT-like (RSc2897) for which several elements suggest a potential role as type III chaperones (T3Cs). We also focused on the HpaP protein (Rsp0862) which harbors a T3S4 domain (Type III Secretion Substrate Specificity Switch). We showed the ability of some CT3s to interact with each other and, concerning HpaB and HpaD, to interact with many T3Es. In addition, the three putative T3Cs seem to be involved in the pathogenicity of R. Solanacearum, HpaB being even strictly required for bacterial virulence. Furthermore, our work highlights the importance of HpaP in pathogenicity and its involvement in the control of the secretion of T3SS substrates. The results suggest in particular that HpaP promotes the secretion of the T3E PopP1 by physically interacting with the latter. Finally, the characterization of conserved sequences in the T3S4 domain reveals the importance of this region for the function of the HpaP protein. On the whole, this work suggests the involvement of several proteins of R. Solanacearum in the control of the type III secretion process and highlights the diversity of mechanisms in which T3S4 proteins are involved in pathogenic bacteria

L’ingénierie agroécologique vise à produire des savoirs actionnables, pour concevoir des systèmes de cultures économiquement et écologiquement performants, par la valorisation de régulations naturelles. Notre problématique est centrée sur la santé des cultures, et plus particulièrement sur la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien alors qu’une souche extrêmement agressive menace la production de tomates en plein champ en Martinique. La nécessité d’explorer et de développer des alternatives aux méthodes conventionnelles de protection des plantes (variétés résistantes, pesticides), actuellement inefficaces, invite à la mise en œuvre d’une démarche de conception innovante. Nos travaux montrent que la mobilisation d’une barrière rhizosphérique est une stratégie de régulation biologique alternative. Différents processus y contribuent, telle que la mycorhization, symbiose entre racines et champignons mycorhiziens à arbuscules, présents dans la plupart des sols. Nous montrons que la mobilisation de réseaux de mycorhizes indigènes à partir d’un sol agricole permet une mycorhization précoce de la tomate. De plus, l’association de plantes aux propriétés mycorhizotrophes et assainissantes en conditions contrôlées montre des effets bioprotecteurs partiels et ouvre de nouvelles perspectives de combinaisons entre processus. Ces combinaisons sont mobilisables par des leviers d’actions multi-scalaires. Nous avons produit une grille d’analyse générique de ces leviers d’action pour la conception, par des trajectoires d’innovation multidirectionnelles, de « systèmes de culture bioprotégés ». Dans le contexte agricole martiniquais, une démarche d’apprentissage permet en effet l’émergence d’une dynamique de co-conception de systèmes de cultures recourant aux plantes mycorhizotrophes. Nos travaux proposent des outils pour une exploration collective de nouvelles stratégies de gestion durable de la santé des cultures<br>Agroecological engineering aims to produce actionable knowledge to design economically and environmentally efficient cropping systems, based on the exploitation of natural regulation mechanisms. Our issue is centered on crop health, especially on the plant pathogenic bacterium Ralstonia solanacearum (bacterial wilt agent), of which an extremely aggressive strain threatens field tomato production in Martinique. The need to explore and develop alternatives to conventional methods of plant protection (resistant varieties, pesticides), ineffective in our case, calls for the implementation of an innovative design approach. Our work shows that the protection of the roots via the formation of a self-sustaining rhizospheric barrier may be an alternative biological control strategy. Different processes contribute, such as mycorrhizal symbiosis between roots and arbuscular mycorrhizal fungi, which are present in most soils. We show that the mobilization of indigenous mycorrhizal networks from an agricultural soil allows early mycorrhization of tomatoes. In addition, the association of plants with mycorrhizal and sanitizing properties in controlled conditions showed partial bioprotective effects and opens up new prospects for combinations between processes. These combinations may be exploited in various ways. We produced a generic analysis grid of key levers to design "healthy cropping systems " through multi-directional innovation trajectories. In Martinique's agricultural context, a learning process allows the emergence of a dynamic co-design of cropping systems using mycorrhizal plants. Our work thus provides tools for collective exploration of new sustainable management strategies for crop health

Le flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearum limite la production mondiale de nombreuses cultures. La diversité génétique étendue de la bactérie a permis au cours des dernières années de concevoir le concept de complexe d'espèces de R. solanacearum (RSSC). Le séquençage génomique de plus de 30 souches représentatives de chaque groupe phylogénétique a élargi notre connaissance de l'évolution et de la spéciation du RSSC. Cela a permis d'identifier de nouvelles fonctions associées à la virulence. En outre, un grand nombre d'études ont été réalisées sur l'interaction plantes hôtes-R. solanacearum et éclairent la génétique, la biologie moléculaire et le développement de la maladie. Ces études ont documenté les stratégies d'infection qu'utilise R. solanacearum pour faire face aux défenses immunitaires des plantes. Bien que ces données qualitatives soient fondamentales pour comprendre l'infection par R. solanacearum, elles sont insuffisantes pour savoir si une plante sera infectées ou non. Cette question fondamentale nécessiteune compréhension quantitative des processus responsables de l'infection et colonisation de la plante par la populations de R. solanacearum. Ce travail a permis une étude quantitative permettant de répondre à la question suivante:"Combien d'individus de R. solanacearum entrent de la racine pour établir la base de l'infection donnant lieu a la maladie bactérienne dans la plante?" Cela nous a permis de déterminer quels facteurs contrôlent cette dynamique d'infection de R. solanacearum au sein de la plante hôte. Cette question scientifique nécessite un réexamen du cycle de vie de R. solanacearum et la caractérisation précise de l'ensemble du processus d'infection dans la plante. Sept paramètres dynamiques ont été affinés à partir de cinq étapes d'infection de R. solanacearum. Ensuite, nous avons établi un modèle mathématique de la dynamique dans l'hôte de la bactérie par l'intégration de ces paramètres. Le modèle suggère que toute la dynamique de la population influe sur la taille de la population de R. solanacearum. L'évaluation in vivo des paramètres et de leurs interactions prédit une petite taille de la population fondatrice, autour de quatre centaines de celluels bactériennes, ce qui a été confirmé par des mesures expérimentales avec une approche probabiliste. Pour comprendre les mécanismes qui restreignent la population de R. solanacearum, nous avons étudié les impacts de la virulence bactérienne, des barrières des plantes et du facteur environnemental sur la population fondatrice de l'infection. Nous avons montré que le goulot d'étranglement des infections est principalement modulé par l'agent pathogène (arsenal de virulence), l'hôte (caractéristiques physiques et immunitaires) et les conditions environnementales (température) en accord avec des études qualitatives<br>Bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum limits the global production of many crops. The extensive genetic diversity of the bacterium has in recent years led to the concept of a R. solanacearum Species Complex (RSSC). Genome sequencing of over 30 representative strains of the each phylogenetic groups has broadened our knowledge of the evolution and speciation of RSSC. This enabled the identification of novel virulence-associated functions. Furthermore, a large number of studies have been carried on plants-R. solanacearum interactions and shed light on the genetics, molecular biology, and disease development. These studies have documented the infection strategies of R. solanacearum employed to cope with plant immune defenses. Although these qualitative investigations are a basis to understand the pathogenesis of R. solanacearum, they are insufficient to know whether or not plants will be diseased. These fundamental questions require a quantitative understanding of the processes responsible for the rise, dissemination and fall of the infection populations of R. solanacearum. This work pioneered the quantitative study in plant bacterial pathogens by addressing the following question: "How many R. solanacearum individuals enter from the root to establish the bacterial wilt disease in plant?" It allowed us to determine what factors control the infection dynamics of R. solanacearum within the host plant. This scientific question requires a re-examination on the life cycle of R. solanacearum and the precise characterization of the whole infection process in plant. Seven dynamical parameters were refined from five subsequent infection steps of R. solanacearum in host plant. Then, we established a mathematical model of within-host dynamics of the bacterium by the integration of these parameters. The model suggests that the whole population dynamics influences the founding population/bottleneck size of R. solanacearum. The in vivo assessment of parameters and their interactions predicted a small founding population size, around four hundred bacterial cells, which was confirmed by experimental measurements with a probabilistic approach. To understand mechanisms restricting R. solanacearum population, we further investigated impacts of bacterial virulence, plant barriers and environmental factor on the infection founding population. We showed that infection bottleneck is mainly modulated by the pathogen (virulence arsenal), the host (physical and immunity traits) and the environmental conditions (temperature)