Academic literature on the topic 'Gènes cassettes'

Objectif - L’accumulation des variants génétiques participe au processus impliquédans le risque de développer le cancer colorectal (CCR). Plusieurs études ont exploréla corrélation entre les polymorphismes 6986A>G du gène CYP3A5 (CYP450)(rs776746) appartenant à la famille des cytochromes P450 et 3435C>T du gène adénosinetriphosphate–binding cassette B1 (ABCB1) (rs1045642). L’objectif de cetteétude est la recherche d’éventuelles associations entre les polymorphismes rs776746et rs1045642, et la survenue du cancer colorectal dans une population de l’OuestAlgérien.Méthodes - La cohorte était composée de 99 patients atteints de CCR et 101contrôles. Les polymorphismes CYP3A5 c.6986A>G et ABCB1 c.3435 >T ont été identifiés par la technique de discrimination allélique par PCR quantitative en temps réel.Les résultats ont été analysés par le calcul de l’odd ratio (OR) avec un intervalle de confiance à 95%.Résultats - L’étude cas-témoins a montré que la distribution des fréquences alléliques et génotypiques de ces polymorphismes entre les deux groupes (cas et témoins) ne présentait aucune différence statistiquement significative.Conclusion - Ce travail nous a permis de conclure qu’il n’existait aucune relation d’association entre ces polymorphismes et la survenue du CCR dans notre population.

Les intégrons de multirésistance (IM) sont des éléments génétiques jouant un rôle majeur dans la résistance des bactéries aux antibiotiques, principalement les bactéries à Gram négatif. Ils constituent un système naturel de génie génétique permettant la capture, l’expression et la dissémination de gènes de résistance contenus dans des cassettes. Un intégron code une intégrase IntI qui catalyse l’insertion de ces cassettes en aval d’un promoteur Pc. Ce promoteur assure l’expression des gènes de cassettes, à la façon d’un opéron. Il existe plusieurs classes d’IM. Notre travail a porté sur les IM des classes 1 et 2, les plus prévalentes dans les isolats cliniques. Le Pc des IM de classe 1 est situé dans la séquence codante du gène de l’intégrase et existe en plusieurs variants de forces distinctes. En analysant l’ensemble des séquences d’IM de classe 1 disponibles in silico, nous avons montré qu’il existe au moins 13 variants du promoteur Pc inégalement distribués, les variants les plus faibles prédominant. Ces tendances ont été confirmées dans une étude épidémiologique d’IM de classe 1 d’une population de souches d’Escherichia coli isolées en France ou en Espagne. D’autre part, nous avons montré que plus le variant de Pc est faible, plus l’intégrase est active. Par ailleurs, Pc faisant face au promoteur de l’intégrase PintI1, il existe une interférence entre les promoteurs. Enfin, nous nous sommes intéressés aux IM de classe 2 souvent décrits dans différentes études épidémiologiques mais assez peu étudiés pour l’expression de leurs gènes de cassettes et de l’intégrase, cette dernière étant le plus souvent non fonctionnelle. Nous avons caractérisé la région promotrice des gènes de cassettes et de l’intégrase de ces IM et avons montré que dans les rares cas où le gène de l’intégrase code une protéine fonctionnelle, la région promotrice des gènes de cassettes est moins efficace. Ce système d’équilibre entre expression des gènes de cassette et activité de l’intégrase est probablement une des clés du succès biologique des IM de classe 1 et 2 dans le monde bactérien<br>Multiresistant integrons (MRI) are genetic elements largely involved in the dissemination of antibiotic resistance among Gram-negative bacteria. They act as natural genetic tools able to capture, express and disseminate antibiotic resistance genes embedded within cassettes. They typically consist of a gene (intI) encoding an integrase that catalyzes the gene cassette movement by site-specific recombination, a recombination site (attI) and a promoter (Pc) responsible for the expression of inserted gene cassettes. Several classes of MRI have been identified and our work focused on the classes 1 and 2 MRI, which are the most prevalent among clinical isolates. In class 1 MRI, Pc is located within the integrase gene. Based on an in silico analysis of all the class 1 MRI sequences available in the databases, we showed that there are 13 variants of Pc unequally distributed, the weakest being the most prevalent. We found that these in silico trends are consistent with in vivo distribution of Pc, as we studied in french or spanish E. Coli strains. Moreover, we showed that the weakest the Pc variant, the more efficient the encoded IntI1. On the other hand, Pc being face to face with the integrase gene promoter, we showed that there are interferences between these promoters. Lastly, we focused on the class 2 MRI, whose intI gene most often encodes a truncated integrase. We characterized the promoter of this gene but also of the two promoters driving the transcription of the cassettes genes inserted in this class. These two promoters are less efficient in the rare MRI 2 that encodes a functional IntI2. Thus, MRI display equilibrium between cassette gene expression and integrase activity that is probably a key element for the successfulness of these IM in the bacterial world

L’antibiorésistance des entérobactéries en République Centrafrique a été marquée par la détection d’une forte prévalence des résistances au cotrimoxazole (80%) chez des Escherichia coli isolés en 2003, puis par l’isolement de 38 souches d’entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre élargi (BLSE) entre 2003 et 2006. Les BLSE en cause étaient, blaCTX-M-15 (84%), blaSHV-12 (10%), blaSHV-2a (4%) et blaCTX-M-3 (2%). La séquence d’insertion ISEcp1 a été retrouvée en amont des deux gènes blaCTX-M. Le transposon Tn2 a été localisé en aval de blaCTX-M-15. D'autres gènes conférant la résistance aux βlactamine-lactamines, aminosides, cyclines, et quinolones ont été trouvés : blaTEM-1 (95%), blaOXA-1 (28%), aac3-II (76%), aac6’-1b (73%), tetA (47 %) et qnrA (5%). La caractérisation de la résistance aux sulfamides et des gènes cassettes chez 78 souches d’entérobactéries BLSE ou non, résistantes au cotrimoxazole, a permis d’identifier 2 gènes codant la résistance aux sulfamides (sul1et sul2), 6 gènes cassettes de résistance au triméthoprime (dfrA7, dfrA1, dfr2d, dfrA12, dfrA1 et dfrA5) et 3 gènes cassettes de résistance à la streptomycine (aadA1, aadA5 et aadA8)

Le florfénicol est un analogue fluoré du chloramphénicol. La résistance au florfénicol est principalement liée à la présence du gène floR conférant une résistance croisée aux phénicolés par efflux. Deux structures génétiques différentes ont été identifiées chez E. Coli et S. Enterica. Une première structure génétique a été identifiée sur des plasmides et sur le chromosome de souches de E. Coli ainsi que sur des plasmides de S. Enterica portants le gène blaCMY-2 de résistance aux céphalosporines de troisième génération. Le gène floR fait partie d'un nouvel élément mobile plus précisément identifié comme un nouveau transposon, appelé TnfloR. Le gène floR est également présent au sein d'un intégron complexe situé sur un îlot génomique appelé Salmonella Genomic Island 1. SGI1 a été mis en évidence chez différents sérotypes de S. Enterica. La mobilité de SGI1 a été démontrée par mobilisation en trans par un plasmide conjugatif. SGI1 a ainsi été classé comme un Élément Mobilisable Intégratif<br>The florfenicol is a fluorinated derivative of chloramphenicol. Florfenicol resistance has been mainly linked to the presence of the floR gene conferring cross-resistance to florfenicol and chloramphenicol by efflux. Two different genetic elements carrying floR have been identified in E. Coli and S. Enterica. A genetic element has been identified on plasmids and on the chromosome of E. Coli. Moreover, this structure has also been identified on plasmids carrying the blaCMY-2 gene conferring resistance to third generation cephalosporins. The floR gene is part of a novel mobile element further identified as a novel transposon named TnfloR. The florfenicol resistance gene floR has also been identified in the complex integron of Salmonella Genomic Island 1. SGI1 has also been identified in different S. Enterica serovars. The SGI1 mobility was desmonstrated by mobilization in trans by a helper conjugative plasmid. SGI1 was thus classified as an Integrative Mobilizable Element

La P-glycoprotéine (P-gp), produit du gène de résistance multidrogue MDR1, est une protéine membranaire appartenant à la famille des protéines ABC ("ATP-Binding Cassette"), qui entraîne l'efflux d'un grand nombre de molécules hors de la cellule. La première partie de l'étude a mis en évidence une surexpression de la P-gp, au niveau de la membrane des hépatocytes, dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) chez l'homme, par rapport au foie péritumoral adjacent. Cette surexpression a été démontrée dans 65% à 85% des cas, par immunohistochimie, à l'aide des anticorps monoclonaux anti-P-gp UIC2 et C-494. Ces données étaient confirmées au niveau de I'ARNm, par RT­ PCR, suggérant une régulation transcriptionnelle. Les expressions de I'ARNm MDR1 et de la P-gp étaient plus élevées dans le foie péritumoral cirrhotique ou dans la cirrhose non tumorale que dans le foie péritumoral non cirrhotique ou dans le foie sain, suggérant que la surexpression de la P-gp pourrait constituer un marqueur prétumoral. Parallèlement, une surexpression du gène MDR1 était montrée in vitro dans les lignées d'hépatomes humains (HepG2, Hep3B, PLC/PRF5), par rapport aux hépatocytes humains frais et normaux en culture primaire. Dans une seconde partie, un suivi de l'expression de I'ARNm MDR1 et de la P-gp était réalisé dans les lymphocytes périphériques des transplantés hépatiques, au cours du traitement immunosuppresseur. L'expression de la P-gp, mesurée par cytométrie en flux, augmentait sensiblement après transplantation. Les variations de l'expression de la P-gp ne permettaient pas de prédire le rejet. Expression et fonction de la pompe étaient également légèrement augmentées dans des lymphocytes de donneurs sains soumis in vitro à un traitement immunosuppresseur. En conclusion, cette thèse a investigué l'expression du gène MDR1 dans les hépatocytes au cours de la carcinogénèse hépatique et dans les lymphocytes après transplantation hépatique. Elle met en évidence le rôle potentiellement important de la P­gp exprimée dans ces deux types cellulaires, et montre la possible utilisation de modèles in vitro pour une meilleure compréhension du phénomène MOR<br>P-glycoprotein (P-gp), the multidrug resistance MDR1 gene product, is a membrane protein which belongs to the ABC (ATP-Binding Cassette) protein family and is associated with the efflux of a large variety of molecules out of the cell. The first part of this study has shown an overexpression of P-gp, on the membrane of hepatocytes, in hepatocellular carcinoma (HCC) in human, in comparison to adjacent peritumoral liver tissue. This overexpression occurred in 65% to 85% of the cases and was assessed by immunohistochemistry, using UIC2 and C-494 anti-P-gp monoclonal antibodies. These data were confirmed at the mRNA level, by RT-PCR, implicating transcriptional regulation. MDR1 mANA and P-gp expression were also higher in cirrhotic peritumoral liver or in non tumoral cirrhosis than in non cirrhotic peritumoral liver or in normal liver, suggesting that P-gp overexpression might constitute a pretumoral marker. Ln parallel, overexpression of the MDR1 gene was seen in hepatoma cell lines (HepG2, Hep3B, and PLC/PRF5), in comparison with its expression in human fresh, normal hepatocytes in primary culture. Ln the second part, MDR1 mRNA and P-gp expression were assessed in peripheral blood mononuclear cells of liver transplanted patients, receiving immunosuppressive treatment. P-gp expression, assessed by flow cytometry, increased after transplantation. Variations in P-gp expression did not permit any prediction of rejection. P-gp expression and function were also increased in health volunteer donor lymphocytes treated by immunosuppressant drugs in vitro. Ln conclusion, this thesis has investigated MDR1 gene expression in hepatocyte associated with liver carcinogenesis and in peripheral lymphocytes from liver transplantee patients. The potential role of P-gp in these two cellular types has been considered, and the possibility of using in vitro models for a better understanding of the MOR phenomenon associated with these pathologies has been discussed

La plasticité génomique de Staphylococcus aureus lui permet d'acquérir des gènes codant des facteurs de virulence mais aussi des gènes de résistance aux antibiotiques, notamment la cassette de résistance à la méticilline (SCCmec). La résistance à la méticilline est d'abord apparue dans des souches hospitalières à l'origine de grands clones pandémiques nosocomiaux, puis a ensuite émergé en milieu communautaire chez des souches virulentes possédant la leucocidine de Panton-Valentine. Nous avons observé en 2002, en milieu hospitalier et communautaire, l'émergence inquiétante de S. aureus résistant à la méticilline (SARM) portant le gène tst de la toxine du choc toxique staphylococcique (TSST-1). Notre travail a consisté à : (i) l'élaboration de nouveaux outils contribuant à la description de clones de SARM, notamment d'un outil de typage de la cassette SCCmec, (ii) la caractérisation phénotypique et moléculaire de ce nouveau clone, (iii) l'étude de l'épidémiologie de ce clone, (iv) l'exploration de la pathogénie de ce clone en recherchant les propriétés génétiques qui lui confèrent une telle virulence et épidémicité, et notamment en identifiant le rôle de la TSST-1. Le clone de SARM tst+ est un clone épidémique de fond génétique ST5 en Multi Locus Sequence yping, atteignant principalement les sujets jeunes, et responsable d'infections variées à la fois toxiniques et suppuratives. Il est doté d'une cassette SCCmec atypique de type I tronquée dont le rôle dans le potentiel épidémique et de virulence de ce clone reste à déterminer. Enfin, la TSST-1 ne semble pas jouer un rôle déterminant, direct ou indirect, dans la pathogénie pléiotropique de ce clone

Les intégrons sont des éléments génétiques bactériens. Découverts récemment dans le contexte clinique, ils sont présents dans le génome d’un certain nombre de bactéries provenant d’environnements très variés. Ils sont composés d’un gène codant une intégrase et d’une succession de cassettes de gènes. L’activité de l’intégrase permet l’acquisition, la perte ou le réarrangement des cassettes. Par ailleurs un promoteur permet l’expression des cadres de lecture contenus dans les cassettes de gène. Ainsi les intégrons sont à la fois des réservoirs de gènes et des systèmes d'expression de ces gènes. Dans le contexte clinique, ils sont connus pour être impliqués dans l'adaptation des bactéries pathogènes. Ils sont en effet capables d'acquérir et de diffuser des gènes conférant un avantage sélectif face à la pression exercée par l’usage des antibiotiques et des biocides, et par ailleurs d’être mobilisés afin d’être transférés horizontalement. Quelques études ont porté sur les intégrons en dehors des environnements cliniques. Elles ont permis de caractériser de nombreuses cassettes de gènes, sans toutefois en atteindre toute la diversité, à partir de bactéries ou de communautés bactériennes issues d’environnements soumis à différents niveaux de contaminations. Cependant, la diversité de l'intégrase a été peu étudiée, car le plus souvent les études se sont limitées aux séquences d’intégrons cliniques. Ainsi, les intégrons environnementaux sont encore mal connus et mal caractérisés. Les objectifs de ma thèse étaient de caractériser la diversité des intégrons environnementaux, avec un focus particulier sur les intégrases, à partir d’environnements soumis à des contaminations chimiques variables, dans le but d’évaluer le rôle possible des intégrons dans l'adaptation des bactéries face à des perturbations environnementales. Au cours de ces travaux, environ 800 séquences d’intégrases différentes, pour la plupart encore inconnues, ont été obtenues à partir de différents sédiments d’eau douce et côtiers. Des études in situ et en microcosmes, d’environnements d’eau douce ou de milieux côtiers, et avec différents types et niveaux de polluants, ont permis de mettre en évidence un impact des contaminations du milieu sur la diversité des intégrons, sur l’intégrase comme sur les cassettes de gène, de manière indépendante à la structure de la communauté bactérienne. Enfin, lors de cette thèse a été réalisée la caractérisation d’un intégron potentiellement adaptatif face à une pollution pétrolière, porteur de la séquence intIOPS mise en évidence et nommée par Lionel Huang lors de sa thèse. Finalement, les résultats obtenus lors de cette thèse ont apporté de nouveaux éléments qui viennent soutenir notre hypothèse principale que les intégrons environnementaux seraient impliqués dans l’adaptation des communautés bactériennes en réponse à la présence de contaminants dans les milieux non cliniques<br>Integrons are bacterial genetic elements. Recently discovered in the clinical context, they are present in the genome of a number of bacteria from a variety of environments. They are composed of a gene encoding an integrase and a succession of gene cassettes. The activity of integrase allows the acquisition, loss or rearrangement of cassettes. Furthermore, a promoter allows expression reading frames contained in the gene cassettes. Thus, integrons are both reservoirs of genes and these gene expression systems. In the clinical context, they are known to be involved in the adaptation of pathogenic bacteria. They are able to acquire and disseminate genes conferring a selective advantage over the pressure exerted by the use of antibiotics and biocides, and also being mobilized to be transferred horizontally. Some studies have focused on integrons outside of clinical environments. They have characterized many gene cassettes, without however reaching the diversity, from bacteria or bacterial communities coming from environments with different levels of contamination. However, the diversity of integrase has been little studied, because the majority of studies are limited to clinical integron sequences. Thus, environmental integrons are still poorly characterized and their diversity are little understood. The objectives of my thesis were to characterize the diversity of environmental integrate with a particular focus on integrase, from environments with varying chemical contamination, to evaluate the possible role of integrating in adapting bacteria face environmental disturbances. In this work, approximately 800 different integrase sequences, mostly unknown, were obtained from various freshwater and coastal water sediments. Field studies and microcosms of freshwater or coastal environments, with different types and levels of pollutants allowed to demonstrate an impact of environmental contaminations on the integron diversity, whether on the integrase or the gene cassettes, independently to the bacterial community structure. Finally, in this thesis the characterization of a potentially adaptive integron facing an oil pollution were performed. This integron carrying the intIOPS sequence highlighted and named by Lionel Huang during his thesis. Finally, the results obtained in this thesis provide further elements which support our main hypothesis that environmental integrons would be involved in the adaptation of bacterial communities in response to the presence of contaminants in non- clinical settings

Les intégrons sont des éléments génétiques mobiles connus pour être les vecteurs les plus importants des résistances aux antibiotiques. La prévalence des intégrons a été montrée dans de nombreux environnements. Leur implication dans l’adaptation des bactéries d’environnements cliniques et leur présence dans tous les environnements testés laissent penser que ces structures génétiques sont aussi impliquées dans l’adaptation des communautés bactériennes à des perturbations environnementales. Dans le contexte d’une pollution pétrolière, les objectifs de la thèse étaient i) d'évaluer l’implication des intégrons dans la réponse des communautés bactériennes et ii) d'identifier les gènes bactériens potentiellement impliqués dans cette réponse à partir du métagénome bactérien. Par le suivi des gènes intI nous avons montré que leur diversité au sein des sédiments étudiés diminue en réponse à la pollution pétrolière, suggérant que la communauté bactérienne peut répondre spécifiquement à la pollution en disséminant certains intégrons. Nous avons montré l’induction de la transcription de ces gènes. Ces résultats démontrent que les intégrons répondent à la pollution et sont sans doute impliqués dans l’adaptation des bactéries. Nous avons ensuite développé un protocole permettant la construction de banque de cassettes de gène ayant été mobilisées en dernier. Des gènes apparemment présents de façon récurrente à cette position au sein de certains intégrons ont été identifiés. Enfin, ces travaux ont permis de développer des outils qui vont pouvoir approfondir les connaissances obtenues mais aussi d’étudier les intégrons dans d’autres environnements et soumis à d’autres perturbations<br>Integrons are mobile genetic elements known to be the most important vector of antibiotic resistances. Furthermore, integrons prevalency has been shown in many environments. Their implication in clinical bacteria adaptation and their presence in many environments suggest that these genetic structures are also involved in bacterial communities adaptation to environmental disturbances. In oil pollution context, the thesis aims were i) to evaluate integrons implication in response of bacterial communities and ii) to identify, from bacterial metagenome, genes potentially involved in this response. Studying intI genes, we showed that their diversity in studied sediments decrease in response to oil pollution, suggesting that the bacterial community can specifically respond to the pollution by spreading some integrons. We showed induction of some intI genes transcription. These results demonstrate that integrons respond to the pollution and are probably involved in bacterial adaptation. Then we developed a method allowing library construction of lately mobilized gene cassettes. Some genes apparently recurrently present at this position in some integrons were identified. Finally, this work permitted to develop tools which will allow improving obtained knowledge and to study integrons in other environments, and submitted to other disturbances

Le paludisme est une infection parasitaire de répartition mondiale notamment en zones intertropicales où l’infection par Plasmodium falciparum est responsable de centaines de milliers de morts par an principalement chez les enfants de moins de cinq ans. Le paludisme constitue également un problème en France par l’importation de cas de paludisme chez le voyageur de retour de zone d’endémie. L’infection à Plasmodium falciparum dans cette population, considérée comme à risque de développer les formes graves de la maladie, peut se présenter sous différentes formes cliniques plus ou moins associées au risque de mortalité. Même si certains facteurs de risque de gravité tels que l’âge et l’immunité ont été identifiés, cette interaction complexe hôte-parasite n’a été largement étudiée que chez l’enfant en zone d’endémie et peu de données sont disponibles pour le paludisme d’importation. L’objectif de ces travaux de thèse repose sur l’analyse des facteurs d’hôte et des facteurs parasitaires intervenant dans le paludisme d’importation. A travers le réseau de surveillance du centre national de référence du paludisme en France métropolitaine, l’ensemble des données démographiques, épidémiologiques, cliniques et biologiques des cas de paludisme d’importation, notifiés entre 2011 et 2015, ont été collectées ainsi que les échantillons ayant servis au diagnostic. Après expertise diagnostique, le plasma obtenu après centrifugation a été utilisé pour les dosages des antipaludéens, pour la quantification d’HRP2 ainsi que pour la sérologie anti-palustre. L’ARN extrait par le TRIZOL® à partir du culot globulaire a été utilisé pour l’étude de l’expression des gènes var et des domaines cassettes par qRT-PCR. Le culot de globules rouges parasités a été mis en culture pour la maturation des formes parasitaires en vue de l’étude du phénotype de cytoadhérence sur les récepteurs solubles CD36, ICAM-1, EPCR et du phénomène de rosetting . L’ensemble de ces études a été réalisé sur une population de patients dans le cadre du paludisme d’importation groupée en migrants de première génération, migrants de deuxième génération et voyageurs/expatriés et dont la présentation clinique du paludisme d’importation a été classée en paludisme « très grave », paludisme « grave » et paludisme « simple ». L’ensemble des données épidémiologiques, cliniques et biologiques recueillies au cours de l’étude a permis d’identifier l’âge élevé, l’origine ethnique, la profondeur de la thrombopénie et l’absence d’antécédents de paludisme comme des facteurs de risque associés à la survenue d’un accès palustre « très grave », entité clinique caractérisée pour une biomasse parasitaire séquestrée élevée. L’effet de la pré-exposition au parasite, reflété par le statut sérologique des patients, semble être à l’origine de la présentation clinique de la maladie en limitant notamment la biomasse parasitaire séquestrée au cours de l’accès palustre. L’étude de l’expression des gènes var et des domaines cassettes réalisée dans cette population, en fonction de la présentation clinique, de l’origine ethnique et du statut sérologique des patients, a révélé une surexpression du groupe de gènes var A et B et des motifs protéiques composant les domaines cassettes DC4, DC8 et DC13 dans le paludisme « grave » et « très grave » d’importation au sein de cette population hétérogène de patients. L’étude du phénotype de cytoadhérence et du rosetting, réalisée dans un autre groupe de patients rencontré dans le cadre du paludisme d’importation, a identifié le rosetting comme le phénotype d’adhérence à l’origine de l’accès palustre « très grave ». Le profil d’expression des gènes var et domaines cassettes correspondants à cette population a confirmé les observations antérieures et corrèle le phénotype de rosetting à l’expression des motifs protéiques DBLß3 et DBLa2 de DC4 et DC8 (...)<br>Malaria is a worldwide parasitic infection especially in tropical area where Plasmodium falciparum infection is responsible for hundreds of thousands annually mainly among children under five years old. Malaria is also a problem in France by the importation of malaria cases in travelers coming from endemic area. The Plasmodium falciparum infection in this population, considered at risk of developping severe malaria, can present different clinical forms more or less associated with mortality.While some risk factors for severity like age and immunity have been identified, this complex host-parasite interactions have been widely studied in children in endemic areas and few data are available for imported malaria. The aim of the thesis work is based on analysis of host factors and parasite factors in imported malaria.Through the monitoring network of the French National reference center of malaria, all the demographic, epidemiological, clinical and laboratory of imported malaria cases, notified between 2011 and 2015, were collected and also samples of the parasitological diagnosis. After diagnostic expertise, the plasma obtained after centrifugation was used for determinations of antimalarial drugs, for quantification of plasmatic HRP2 and for serological tests. RNA extracted by the Trizol® from red cells pellets was used to study the expression of var genes and domain cassettes by qRT-PCR. The pellet of parasitized red blood cells were cultured for maturation of parasitic forms for the study of phenotype cytoadherence on soluble receptor CD36, ICAM-1 and EPCR and for the study of the rosetting phenomenon. All of these studies was conducted in an imported malaria context,in a population of patients composed by first-generation migrants, second-generation migrants and travelers / expatriates and whose clinical presentation of imported malaria was classified into very severe (VSM), mild severe (MSM) and uncomplicated malaria (UM).All the epidemiological, clinical and biological data collected during the study identified the high age, ethnicity, depth of thrombocytopenia and no history of malaria as factors risk associated with the occurrence of very severe malaria, clinical entity characterized by high sequestered parasite biomass. The effect of pre-exposure to the parasite, reflected by the serological status of patients, seems to be the cause of the clinical presentation of the disease in particular by limiting parasite biomass sequestered during malaria. The study of the expression of var genes and domain cassettes performed in this population, according to clinical presentation, ethnicity and the serological status of patients, revealed an overexpression of the group of var genes A and B and protein patterns of the domain cassette DC4, DC8 and DC13 in mild severe and very severe malaria within this heterogeneous patient population. The study of cytoadherence phenotype and rosetting, made in another group of patients in imported malaria context, identified the rosetting as adhesion phenotype causing very severe malaria. The expression profile of var genes and domain cassettes corresponding to this population confirmed earlier observations and correlates rosetting phenotype to the expression of DBLß3 and DBLa2 of DC4 and DC8 (...)

Grâce au développement des technologies de métagénomique au cours des dix dernières années, il a été constaté que les micro-organismes représentent la plus grande ressource de diversité métabolique et génétique sur Terre. En effet, un gramme de sol contient 109 cellules bactériennes et 103-104 différentes espèces bactériennes. Certaines sont en mesure de réaliser des réactions enzymatiques conduisant à la dégradation complète de certains polluants toxiques pour l'environnement comme les composés organiques tels que la quinoléine. Cependant, l'immense réservoir de molécules et enzymes microbiennes n'a pas encore été exploité, car plus de 99% d'entre elles ne sont, pour l'instant, pas cultivables in vitro. Mon travail s'inscrit dans le cadre d'une collaboration entre l'Université SJTU (Shanghai Jiao Tong Université en Chine) et le groupe de G. M.E (Génomique Microbienne Environmentale) du laboratoire Ampère à l'Ecole Centrale de Lyon. Nos partenaires à l'Université SJTU ont construit un réacteur de dénitrification à l'échelle du laboratoire capable de dégrader la quinoléine en retirant la demande chimique en oxygène. Un nouvel outil appelé "Genefish" a été developpé dans notre laboratoire comme une méthode alternative de la métagénomique pour aider à la découverte de nouveaux gènes d'intérêt industriel ou environnemental. A la suite des premiers travaux réalisés dans notre laboratoire, ma thèse présentée ici comporte deux parties.Dans la première partie de ce travail, nous avons étudié le potentiel de dégradation de la quinoléine présente dans les bactéries d'un sol de référence largement étudié au laboratoire. Pour cela nous avons mis en place des expériences de microcosme qui visent à révéler la diversité potentielle des bactéries responsables de la dégradation de la quinoléine. Des analyses comparatives des profils RISA (Ribosomal Intergenic Spacer analysis) nous ont permis de mettre en évidence des changements dans la structure de la communauté des bactéries du sol incubé en conditions aérobie et anaérobie en présence de quinoléine. La dégradation de la quinoléine a été confirmée par technique de GC/MS (Gas Chromatography-Mass Spectrometry). Les travaux futurs seront de vérifier la communauté de bactéries responsables de la dégradation de quinoléine en utilisant la technique de NGS (Next Generation Sequencing).Le deuxième objectif de ma thèse a été d'utiliser Genefish dont la finalité est de capturer des gènes ciblés (le gène bcr qui serait responsable de la degradation de quinoléine dans le réacteur de nos partenaires) dans l'ADN métagénomique extrait du sol. Genefish consiste à élaborer une souche d'E.coli incluant un plasmide de capture permettant de pêcher les gènes recherchés dans un échantillon d'ADN metagénomique par recombinaison homologue. Le plasmide de capture comprend une cassette de deux gènes toxiques pour la souche qui activés par induction chimique vont permettre la sélection positive directe des clones recombinants, et deux sites multiples de clonage dans lesquels sont insérées les zones de recombinaison qui vont jouer le rôle d'hameçons. Nous avons testé la capacité de Genefish à capturer des produits PCR du gène bcr, l'efficacité de recombinaison reste faible à cause de la persistance de plusieurs copies du plasmide suicide dans la cellule après l' évenement de recombinaison. Par conséquent, trois stratégies ont été essayées pour améliorer l'efficacité: la co-électroporation, la ségrégation de plasmide et la construction de plasmide suicide en mono-copie. Finalement, la stratégie de la ségrégation plasmidique fonctionne mais l'efficacité de recombinaison est encore trop faible peut-être due à l'incertitude des modèles de recombinaison homologue. Les travaux futurs se concentreront sur l'amélioration des fréquences de recombinaison par transfert de fragments du plasmide de capture dans le chromosome de la souche Genefish.