Dissertations / Theses: 'Génétique animale – Variabilité'

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Razafimanalina, Raharinoro. "Variabilité de la consommation d'alcool : approche génétique et psychobiologique chez le rat." Bordeaux 2, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR28459.

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Rosé, Elmacin Roseline. "Génétique de la tolérance à la chaleur chez le porc : caractérisation de la variabilité génétique en milieu tropical humide." Thesis, Antilles, 2017. http://www.theses.fr/2017ANTI0170/document.

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Abstract:

L'objectif de la thèse est de caractériser la variabilité génétique de la tolérance à la chaleur chez le porc P.n r.roissance.Dans un premier temps, l'effet de deux envîrnnnements climatiques (tempéré, TEMP vs. tropical humide, TROP) sur les performances de production et les réponses thermorégulatrices des porcs en croissance a été évalué.Dans un deuxième temps, nous avons caractérisé le déterminisme génétique de l'adaptation à la chaleur chez le porc en croissance.Les 2 analyses ont permis de proposer des régions qui affectent significativement: les caractères de croissance, l'ingestion, l'efficacité alimentaire, l'épaisseur de lard et les caractères de réponse de thermorégulation sur le chromosome sur SSC 2, 5, 8, 10, 11 et 15. Les mutations des gènes MC4R et IGF2 semblent avoir un effet sur les températures corporelles. Des interactions entre ces mutations et des ré ions sur le énome ont été détectées The aim of the thesis is to characterize the genetic variability of heat tolerance in pork P.ngrowth.Initially, the effect of two climatic events (temperate, TEMP vs. tropical moist, TROP) on production performance and thermoregulatory responses of growing pigs was evaluated.In a second step, we characterized the genetic determinism of heat adaptation in growing pigs.The two analyzes made it possible to propose regions that significantly affect: growth characteristics, ingestion, feed efficiency, blubber thickness and thermoregulatory response characteristics on the chromosome on SSC 2, 5, 8, 10, 11, and 15. Mutations in the MC4R and IGF2 genes appear to have an effect on body temperatures. Interactions between these mutations and ions on the enome have been detected

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Younes, Mohamed. "Facteurs de variation de l’activité cardiaque au repos, à l’effort et pendant la récupération chez le cheval d’endurance." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLE016/document.

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Abstract:

Le cheval de race arabe présente des dispositions anatomiques et physiologiques très favorables à l’effort d’endurance. Cependant tous les chevaux ne sont pas aussi performants en course d’endurance : seuls les individus dotés de caractères génétiques et phénotypiques très adaptés (morphologie, métabolisme, locomotion ...) sont réellement performants dans cette discipline extrême. Cette étude s’inscrit au sein du projet de recherche GenEndurance dont l’objectif final est de déterminer les relations entre caractères génotypiques, performances sportives et phénotype des chevaux de race Arabe spécialisés en course d’endurance. L’objectif de cette thèse était de trouver des critères cardiaques favorables en course d’endurance équestre à partir de l’analyse de l’activité cardiaque et de la variabilité de la fréquence cardiaque (VFC) au repos, à l’effort et pendant la récupération. Par ailleurs, sur un plan très appliqué, cette thèse a évalué les effets cardiaques de certaines modalités de dopage afin de prendre des mesures de prévention adaptées. Grâce aux différentes études réalisées dans le cadre de cette thèse, nous avons identifié pour la première fois, des indices cardiaques en rapport avec la performance du cheval d’endurance. Il s’agit du temps de récupération cardiaque (TRC) et des paramètres de la VFC qui varient en fonction de l’âge du cheval et des conditions environnementales. Nous avons également démontré que 45% du TRC est d’origine héréditaire chez le cheval de race arabe. Ces résultats sont très utiles pour la sélection génétique des meilleurs reproducteurs en endurance. D’autre part, cette thèse a permis d’identifier les profils des chevaux à risque et de proposer des seuils de prédiction d’élimination en course en se basant sur l’analyse de la vitesse et les paramètres cardiaques mesurés avant l’élimination pendant les différentes étapes de la course. Enfin dans le cadre de la lutte anti-dopage, cette thèse a exploré une nouvelle méthode non-invasive de détection des chevaux dopés par des substances bradycardisantes à partir des modifications caractéristiques de la VFC Arabian horses have anatomical and physiological characteristics strongly adapted to endurance exercise. However, only horses which have particular genetic and phenotypic characteristics (breed, morphology, metabolism, locomotion...) are really efficient in endurance competitions. This study is part of the major research project “GenEndurance” which aimed at determining the relationships between genetics, performance and phenotypical characteristics in endurance horses of Arabian lineage. The aim of this thesis was to find favorable cardiac criteria in endurance competitions from the analysis of heart rate variability (HRV) during rest, exercise and recovery. Moreover, this thesis has allowed highlighting the risks and doping methods in order to take appropriate preventive measures. This thesis is the first to demonstrate a relationship between cardiac index and performance (cardiac recovery) in endurance horses. The cardiac recovery time (CRT) and HRV index varied with age and environemental conditions. We also showed, that heritability of CRT was estimated to 45% in endurance horses of Arabian breed. This information is very useful for breeding selection in endurance horses. Moreover, this study showed that it would be possible to predict elimination and detect unfit horses during endurance races using speed value and cardiac recovery variables collected one phase ahead of that of elimination. Finally, in the anti-doping framework, this thesis revealed a non-invasive method based on characteristic modifications in HRV for detecting horses medicated with bradycardic substances

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Fathallah, Samira. "Variabilités de la taille de portée des ovins." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2015. http://oatao.univ-toulouse.fr/19545/1/FATHALLAH_Samira.pdf.

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Abstract:

Ce travail de recherche a été mené dans l’équipe MODGEN du département GenPhySE, 1388 UMR de l’INRA. Il avait pour perspectives de modéliser les variabilités de la taille de portée des ovins pour une meilleure évaluation génétique et de proposer des modèles d’analyse adoptés à ce type de caractère.Les objectifs de l’étude étaient d'identifier, et d'analyser les facteurs environnementaux et génétiques des variabilités des tailles de portée des brebis et de proposer une méthode adaptée pour canaliser les caractères discrets qui prenne en compte conjointement des objectifs sur la moyenne et sur la variabilité du caractère. La thèse s’appuyait sur des données issues de la chaîne nationale de contrôle de performances en relation avec des organismes de sélection ovin qui sont particulièrement intéressés par les résultats de ces recherches (CORAM). Choix des races. Nous avons considéré trois races dont les fréquences de la taille de portée sont plus ou moins élevées. La race Romane connue par sa forte prolificité ainsi des effectifs contrôlés importants a permis des analyses précises. Les deux autres races choisies sont la race Suffolk et la race Rouge de l’Ouest qui ont servi à tester les modèles sur des populations comportant de moins en moins de portées multiples. La taille de portée des ovins considérée comme une variable continue. Au cours de l’étude, nous avons identifié et hiérarchisé les facteurs de variation environnementaux du niveau de prolificité et de de sa variance pour trois races ovines (Suffolk, Rouge de l’Ouest et Romane). Si les facteurs de variation environnementaux du niveau de prolificité étaient déjà bien connus, peu de données concernaient les facteurs de variation environnementaux de la variance. Nous avons également estimé les paramètres génétiques du niveau de prolificité et de sa variance, ils sont cohérents entre eux. Les héritabilités estimées sur la moyenne sont faibles, en cohérences entre les trois races et avec des études antérieures. La non homogénéité des corrélations estimées par le modèle à deux étapes peut s’expliquer par la relation structurelle entre la moyenne et la variance sur l’échelle observée qui n'est pas prise en compte dans ce type d'analyse. A l'échelle d'une race, cette relation dépend de l’écart spécifique entre les seuils; elle est différente de la relation moyenne – variance observée pour l’ensemble des races et qui est calculée sur des données brutes. La taille de portée des ovins considérée comme une variable discrète Nous avons montré l’existence d’une variabilité d’origine génétique dans les trois races étudiées et nous avons montré que le modèle à seuils homothétique [HTM] s’ajustait mieux aux données et qu'il permettait de calculer conjointement l’effet génétique sur la moyenne et sur la variance. Nous avons aussi montré les limites de ce modèle et nous avons proposé une solution afin de donner un cadre plus général à son utilisation et l’utiliser dans les évaluations génétiques. Nous avons également identifié un critère de sélection pertinent qui permet de sélectionner les individus de même moyenne ayant des variances différentes. Nous avons proposé le modèle à seuils indépendants [ITM] ou le modèle multi caractères avec contrainte, ce modèle considère que chaque réalisation est un caractère. Nous avons montré la faisabilité de ce modèle sur les trois races. Ceci nous a permis de mettre en évidence les problèmes liés à la convergence du programme utilisé, et nous avons proposé d’implémenter ce modèle en modifiant le programme TM.

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Goossens, Benoît. "Système de reproduction et variabilité génétique intra- et interpopulationnelle chez la marmotte alpine (Marmota marmota L. , Sciuridé)." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10034.

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Abstract:

La marmotte alpine (marmota marmota, sciuride), espece hautement sociale au systeme d'appariement decrit comme etant monogame, suscite un grand interet comme modele d'etude de la socialite chez les mammiferes. Elle forme des unites familiales composees d'un couple dominant et des jeunes issus de portees successives. Apres une etude de faisabilite, l'utilisation des poils comme materiel biologique et des microsatellites comme outil genetique a permis d'etudier le systeme d'appariement de la marmotte alpine en quantifiant les paternites extra-couples dans les groupes familiaux d'une population des alpes francaises (la grande sassiere, parc national de la vanoise) et en discutant les couts et les benefices pour chaque sexe d'adopter une strategie alternative a la monogamie. Le pourcentage de paternites extra-couples s'est avere eleve (plus de 30%), et nous avons identifie plus de 19% de juveniles dont le male resident n'etait pas le pere. Le polymorphisme relativement eleve des microsatellites utilises a egalement permis d'aborder la genetique des populations de marmottes alpines a deux echelles : intra- et interpopulationnelles. Avec les indices de fixation de wright, nous avons mis en evidence une forte structuration genetique intrapopulationnelle due tres vraisemblablement a la structure sociale familiale, et une tendance significative a l'evitement de la consanguinite. Selon nos resultats, cette tendance serait due plutot a un effet famille qu'a un biais sexuel de la dispersion, ou qu'a un choix par la femelle d'un partenaire non-apparente.

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Bouyer, Claire. "Variabilité phénotypique du développement musculaire chez le bovin : analyse fine de la régulation du gène GDF8 codant la myostatine." Thesis, Limoges, 2014. http://www.theses.fr/2014LIMO0054/document.

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Abstract:

La myostatine, un membre de la superfamille TGF-β (Transforming growth factor-beta) est un régulateur négatif de la croissance et du développement musculaire. Depuis sa découverte en 1997, le gène myostatine a été intensément étudié de par ses applications potentielles bénéfiques dans les domaines de l’élevage et médical. Les mutations pertes de fonctions qui affectent la fonction de la myostatine ou celles qui réduisent son expression conduisent à une hypertrophie musculaire, alors que celle qui engendre une surexpression de la myostatine engendre une réduction importante de la masse musculaire. Nous avons identifié un allèle inattendu du gène myostatine qui est responsable de l’augmentation de la masse musculaire chez la race bovine Bonde d’Aquitaine. Dans le muscle, cet allèle est fortement exprimé conduisant à la formation d’un transcrit myostatine aberrant avec un codon STOP prématuré de la traduction en plus d’une quantité résiduelle correctement épissé. Ce profil d’expression qui résulte d’une mutation intronique leaky par rapport à l’activité du splicéosome, contribue à l’établissement d’une hypertrophie modérée qui caractérise la race bovine Blonde d’Aquitaine. Cette découverte est importante dans le domaine de la génétique de l’élevage et potentiellement dans le domaine médical. Elle permet de concilier à la fois le bien être de l’animal et la production qualitative et quantitative de la viande. Par ailleurs, le mécanisme est susceptible d’être exploité pour une possible application pour soigner certaines maladies musculaires humaines via une manipulation appropriée des pré-ARNm du gène myostatine Myostatin, a member of the TGF- β (Transforming growth factor-beta) superfamily, functions as a negative regulator of skeletal muscle development and growth.Since its discovery in mice in 1997, the myostatin gene has been extensively investigated considering the potential benefits of enhancing muscle growth in clinical and agricultural settings. Loss-of-function mutations which impair myostatin function or those which knockdown myostatin gene expression, result in muscle hypertrophy often referred to as ‘‘double-muscling’’ whereas myostatin overexpression induces profound muscle loss. Here, we identified an unexpected mutation in the myostatin gene that is responsible for increasing muscle mass in Blonde d'Aquitaine cattle breed. In skeletal muscle, the mutant allele was highly expressed leading to an abnormal transcript with a premature termination codon and to residual levels of a correctly spliced transcript. This expression pattern, caused by a leaky intronic mutation with regard to spliceosome, could contribute to the moderate muscle hypertrophy in this cattle breed. This finding is of importance for genetic counseling for meat quantity and quality in livestock production and possibly to manipulate myostatin pre-mRNA in human muscle diseases

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Rochus, Christina. "Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.

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Abstract:

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection

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Cornet, Cindy. "Les capacités d'adaptations des oiseaux marins face aux changements environnementaux : le rôle de l'hétérogénéité au sein des populations." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ047/document.

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Abstract:

La dynamique d’une population résulte de la combinaison de plusieurs traits d’histoire de vie qui sont façonnés par l’histoire évolutive de cette population. L’altération d’un de ces traits par des contraintes environnementales peut donc avoir des effets sur la persistance de la population. Les ajustements individuels de certains traits phénotypiques pourraient permettre à cette population de répondre rapidement à ces contraintes sans la nécessité immédiate d’adaptations génétiques. Durant cette thèse, la variabilité de certains traits a été identifiée chez 3 espèces sentinelles des écosystèmes polaires. Ces résultats permettent de mieux comprendre les associations entre ces traits et les pressions évolutives qui en sont à l’origine, ainsi que l’importance de traits tels que la personnalité dans la part inexpliquée de la variabilité de la valeur sélective des individus. A terme, nous pourrions ainsi mieux évaluer la capacité d’adaptation des populations face aux changements globaux Population dynamics is driven by several life history traits shaped by the evolutionary history of the population. The alteration of one of these traits by environmental constraints may thus have effects on the population persistence. Individual adjustments of some phenotypic traits could then enable this population to rapidly respond to these constraints without the immediate necessity of genetic adaptations. During this PhD project, we identified variability in some of these traits in 3 sentinel species of polar ecosystems. These results allowed us to better understand the associations between these traits and the evolutionary pressures underlying these associations, as well as the importance of traits such as personality in the amount of variability in individuals’ fitness that remains unexplained. In the long term, we should then be able to better gauge the adaptive capacity of populations to face global changes

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Patry, Clotilde. "Les impacts de la sélection génomique sur les évaluations génétiques classiques." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00781220.

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Abstract:

Les évaluations génomiques apportent une information précoce et suffisamment précise pour choisir les jeunes taureaux dans les schémas de sélection des bovins laitiers, incitant à remplacer le long processus de testage sur descendance par une étape de sélection génomique.Dès lors, seuls les candidats sélectionnés ont des filles avec performances et participent aux évaluations génétiques classiques. Cependant, toutes les informations ayant servi à la sélection ne sont plus incluses dans l'analyse et l'estimation des valeurs génétiques par la méthode du BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) peut être incorrecte.Les évaluations génétiques classiques restent indispensables pour l'évaluation des animaux non génotypés, pour la comparaison des taureaux à l'échelle mondiale, et pour le calcul des futures prédictions génomiques. Compte-tenu de la rapide intégration de la génomique dans les schémas de sélection des bovins laitiers, il était important d'en étudier les conséquences sur les évaluations génétiques classiques.A l'échelle nationale, nos simulations ont montré que les valeurs génétiques des taureaux retenus sur information génomique étaient systématiquement sous-estimées et moins précises quand l'étape de sélection génomique n'était pas prise en compte dans le modèle statistique. Pour éviter ce biais, une méthode a été testée avec succès : pour l'ensemble des candidats à la sélection, des pseudo-performances sont calculées à partir des index génomiques et analysées par le BLUP. Suivant la prise en compte ou non de l'étape de sélection génomique, les pays participant aux évaluations internationales peuvent fournir des données biaisées et/ou incomplètes, au risque de pénaliser fortement leurs propres taureaux dans les classements internationaux. La diversité des pratiques à l'échelle mondiale et l'interaction des possibles sources de biais dans les évaluations internationales rendent sa propagation incontrôlable et fortement dommageable.Il est donc nécessaire et urgent d'adapter les évaluations génétiques classiques pour prendre en compte l'information génomique et ses pratiques associées. Diverses approches récentes sont discutées afin de proposer des alternatives faciles à mettre en place dans les centres d'évaluation, permettant de maintenir des évaluations non biaisées mais aussi plus précises.

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Vandeputte, Marc. "Genetic variation of growth and sex ratio in the European sea bass (Dicentrarchus labrax L.) as revealed by molecular pedigrees." Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00957623.

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Abstract:

Le bar (Dicentrarchus labrax) est une espèce majeure de l'aquaculture méditerranéenne, dont la production est passée de presque rien en 1985 à plus de 100 000 tonnes annuelles aujourd'hui. Dans un grand nombre de cas, des géniteurs sauvages sont encore utilisés pour produire des juvéniles chez cette espèce, et l'on constate une forte prédominance des mâles, aux performances zootechniques inférieures, dans les populations d'élevage. Le but du présent travail de recherche était tout d'abord de quantifier les variations génétiques de la croissance et du sex ratio entre familles de bar produites par fécondation artificielle et élevées en commun, en utilisant le génotypage de locus microsatellites pour reconstruire les pedigrees des animaux mesurés. Dans un second temps, nous avons également étudié la réponse en termes de croissance et de sex ratio à une sélection expérimentale sur la croissance en longueur. Nous avons tout d'abord pu montrer que la technique expérimentale choisie (fécondation artificielle, élevage en commun et reconstruction des pedigrees par génotypage) était efficace et susceptible d'être appliquée non seulement en expérimentation, mais aussi pour la mise en place de programmes de sélection chez le bar. La croissance chez le bar montre une héritabilité élevée pour le poids à taille commerciale de 400g environ (h²=0.38-0.44), mais plus modeste pour le taux de croissance de 35 à 400g (0.16-0.34), montrant l'importance de la croissance précoce, très héritable (h²=0.61) dans la construction de la performance à taille commerciale. Par ailleurs, la croissance du bar n'est pas significativement influencée par des effets maternels non génétiques ou de dominance. Nous avons estimé les interactions génotype-milieu pour la croissance entre des sites de grossissement très différents, et si ces interactions se sont révélées modestes pour le poids à taille commerciale (rA=0.70-0.99 entre sites), elles étaient beaucoup plus fortes pour le taux de croissance (rA=0.21-0.61 entre sites). Bien que nous ayons à dessein choisi des environnements très différents pour ce test, ceci souligne l'importance de conduire les programmes de sélection dans un environnement proche de l'environnement d'élevage. Nous avons montré que le sex-ratio des populations naturelles de bar ne différait pas de 50-50 en moyenne, mais que certaines classes d'âge pouvaient avoir un sex-ratio biaisé, vraisemblablement du fait d'effets environnementaux. En élevage, les sex-ratios sont variables entre familles et influencés à la fois par le père et par la mère. Aucun modèle purement génétique ne permet d'expliquer les distributions observées, qui peuvent être décrites soit par un modèle ayant au moins deux loci bialléliques et une variance micro-environnementale, soit par un modèle polygénique à seuil (h²=0.62 pour la tendance sexuelle sur l'échelle sous-jacente). Avec ce dernier modèle, on note une corrélation génétique positive (rA=0.50) entre tendance sexuelle et croissance. Ceci permet de prédire que la domestication devrait permettre un rééquilibrage du sex-ratio vers 50-50, la sélection croissance biaisant le sex-ratio vers plus de femelles. C'est ce que nous observons ensuite dans notre expérience de réponse à la sélection pour la croissance. Cette même expérience nous permet de confirmer le potentiel de l'espèce pour une amélioration génétique de la croissance, avec un gain de 23% en première génération. Le modèle polygénique (ou à tout le moins polyfactoriel) de déterminisme du sexe est a priori rare chez les Vertébrés. Après avoir développé son utilisation possible pour obtenir à terme des populations de bars d'élevage monosexes femelles, le modèle polygénique est replacé dans la théorie du déterminisme du sexe chez les Vertébrés ectothermes, où il semble pouvoir être considéré comme beaucoup plus répandu qu'on ne le considère classiquement. [...] Suite et fin du résumé dans la thèse.

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Ronecker, Isabelle. "Variabilité génétique des réponses de peur chez le canard." Thesis, Tours, 2010. http://www.theses.fr/2010TOUR4009/document.

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Abstract:

Le canard mulard, hybride issu du croisement entre une femelle de l’espèce canard commun (Anas platyrhynchos), le plus souvent de génotype Pékin, et un mâle de l’espèce canard de Barbarie (Cairina moschata), expriment une peur de l’Homme exacerbée en élevage. Il semblerait cependant que le niveau d’expression de cette aversion varie en fonction du croisement commercial utilisé. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse était d’étudier la variabilité génétique des réponses surrénaliennes et comportementales liées à la peur chez le canard.Des effets hétérosis importants ont été mis en évidence sur les réponses comportementales de peur exprimées en présence de l’Homme ; l’hybride mulard exprimant une activité comportementale et un éloignement de l’Homme plus important que les deux génotypes parentaux Pékin et Barbarie. D’autre part, l’hybride mulard présente une réponse surrénalienne au stress de contention comparable à celle du génotype Pékin pour laquelle un effet additif important a été mis en évidence. Par la suite, l’étude des réponses de peur de six croisements issus de trois origines commerciales différentes a globalement confirmé ces différents effets du croisement. Parallèlement, si les différences mises en évidence entre des canards mulards de même origine commerciale ayant l’une des composantes parentales communes sont limitées, des profils de réponses surrénaliennes et comportementales de peur différents ont été caractérisés en fonction de leur origine commerciale.Un programme de sélection divergente sur la corticostéronémie suite un stress de contention chez le canard Pékin a ensuite été mis en place dans le but d’en étudier la faisabilité et les effets sur les réponses globales de peur. La lignée haute HCort présente une réponse surrénalienne à la contention supérieure à la lignée basse LCort dès la première génération de sélection. Après 5 cinq générations, la lignée HCort se différencie également de la lignée LCort par une corticostéronémie initiale et une capacité de réponse maximale des glandes surrénales significativement plus élevées. D’un point de vue comportemental, la lignée HCort présente une activité physique exacerbée en situation de stress et une peur de l’Homme moins marquée. Afin d’évaluer l’effet de cette sélection sur le croisement, les réponses de peur de canards mulards issus des canes Pékin de chaque lignée divergente ont ensuite été étudiées. Les hybrides mulards MHCort présentent une réactivité surrénalienne et une activité physique lors de la contention supérieures à celles des hybrides mulards MLCort. Les canards mulards MHCort présentent a contrario une peur de l’Homme plus importante que les canards mulards MLCort. En conclusion, ce travail de thèse a permis de mieux comprendre les mécanismes du déterminisme génétique des réponses de peur chez les canards et la sélection a permis l’obtention de lignées qui présentent des réponses de peur contrastées, en lignée pure mais aussi en croisement hybride mulard. Ces différences pourraient sans doute s’accentuer en prolongeant le processus de sélection mais une analyse plus exhaustive des conséquences sur d’autres paramètres (zootechniques, immunologiques, etc.) reste à réaliser The mule duck, hybrid from a female common duck (Anas platyrhynchos), generally from Pekin genotype, and a Muscovy drake (Cairina moschata), are reported to express high fear of human in rearing system. However, the level of the fear responses seems to vary according to the commercial cross used. In this context, the aim of this thesis was to study the genetic variability of adrenal and behavioural responses of fear in ducks.High heterosis effects were highlighted on behavioural responses of fear in human presence; the mule duck showing a higher behavioural activity and distance from human than the both Pekin and Muscovy parental genotypes. In addition, mule duck is comparable to Pekin genotype for the adrenal response to restraint, for which a high additive effect was estimated. Fear responses were then characterized in six cross from three different commercial origins and the estimated crossbreeding effects were mostly consistent with the previous results. Even if the differences between mule ducks from a same commercial origin with a common parental component were limited, different fear adrenal and behavioural responses profiles were characterized according to their commercial origin. A divergent selection program based on corticosterone response to restraint stress in Pekin duck was then carried out to study its feasibility and effects on the fear responses. The high line HCort show higher adrenal response to restraint than the low line LCort as of the first generation of selection. After five generations, the HCort line also differs from the LCort line by a higher initial adrenal level and a higher maximum adrenal response capacity. With regards to the behaviours, the HCort line shows a higher physical activity in stressful situation and a lower level of fear of human. To assess the impact of this selection on the hybrid cross, fear responses of mule ducks resulting from Pekin females of each divergent line was then studied. The MHCort mule ducks show a higher adrenal reactivity and a higher physical activity during restraint than MLCort mule ducks. The MHCort mule ducks however show a higher fear of human than MLCort mule ducks. In conclusion, this work brings new information about the different mechanisms involved in the genetic determinism of fear responses in ducks and the selection results in divergent lines showing contrasted fear responses, in pure line but also in the hybrid mule cross. Differences may be potentially exacerbated by continuing the selection process but an exhaustive analysis of the consequences on other traits (zootechnical, immunological, etc.) remains to be made

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Perrier, Charles. "Structure génétique des populations de saumon Atlantique en France." Caen, 2010. http://www.theses.fr/2010CAEN2070.

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Abstract:

Cette thèse étudie la distribution spatiale de la diversité génétique des populations françaises de saumon Atlantique, s’intéressant notamment à l’effet de facteurs environnementaux et des repeuplements. 1739 individus échantillonnés dans 34 rivières françaises et provenant de cohortes anciennes (à partir 1965) et récentes ont été génotypés à 17 marqueurs microsatellites. Les résultats montrent l’existence de cinq groupes de populations génétiquement et géographiquement distincts. La distance côtière entre les populations ainsi que la longueur des rivières expliquent largement la structure observée. La grande taille des poissons adultes de l’Allier, ainsi que la différenciation importante de cette population inféodée à des sites de frais très éloignés de la mer suggèrent une adaptation locale à la difficulté de montaison. La comparaison des échantillons anciens et récents montre des taux d’introgression variables par les souches utilisées pour les repeuplements. Dans certaines rivières dépeuplées et non sujettes au repeuplement, nous avons observé des recolonisations spontanées par des poissons provenant de stocks voisins ou distants. Afin de quantifier l’impact des repeuplements dans les populations de la baie du Mont-Saint-Michel, nous avons développé des simulations individus centrées dont les résultats suggèrent une faible survie des poissons déversés. Enfin, nous avons également réalisé des analyses microchimiques sur les otolithes d’individus issus de populations repeuplées. Le couplage des analyses microchimiques et génétiques a permis de déterminer si les poissons ayant des caractéristiques génétiques de pisciculture provenaient de repeuplement ou de reproduction in natura de poissons précédemment déversés This thesis investigates the genetic structure among Atlantic salmon populations from France. We more specifically studied the influence of environmental factors and stocking on the spatial distribution of genetic diversity. We genotyped at 17 microsatellite markers 1739 individuals from 34 French rivers, from old (1965-1987) and recent (1998-2006) cohorts. Analyses of recent samples classed individuals into five genetically and geographically distinct groups. Distance among estuaries and river length were strong predictors of population structure. Moreover, the positive trend between body size and river length and the higher differentiation of the population having farthest spawning grounds off the river mouth suggest local adaptation to upstream migration difficulty. Comparison of recent and old samples showed a general reduction of differentiation among populations and some high introgression rates most probably resulting from stocking. In some depopulated rivers were no stocking was performed we observed natural recolonization by fish from neighbouring and distant stocks. To quantify the impact of stocking on some populations for which it was precisely documented, we developed an approach using temporally explicit simulations. This study suggests low fitness of stocking fish. In parallel to genetic analyses, we carried on microchemistry analyses of otolith from some fish from stocked populations. Coupling genetic and microchemistry analyses on the same individuals allowed identifying river-born fish with hatchery pedigrees, discriminating them from hatchery-born fish with same genetic characteristics

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Cassar, Stéphanie. "Organisation sptatiale de la variabilité génétique et phénotypique à l'échelle du paysage : le cas du chamois et du chevreuil, en milieu de montagne." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10341.

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Abstract:

Les populations naturelles sont des entités spatialement hétérogènes, structurées à différentes échelles et à divers niveaux tels que démographiques ou génétiques. De nombreux facteurs peuvent être impliqués dans la structuration spatiale des populations, des facteurs intrinsèques à la population, comme la compétition intraspécifique mais également des facteurs d’ordre environnemental, tel que la présence de barrières paysagères. Dans un premier temps, nous avons étudié l’organisation spatiale de la variabilité génétique chez deux ongulés, le Chevreuil et le Chamois, dans le but d’identifier les échelles de structuration des populations et les facteurs à l’origine de ces patrons spatiaux. Les résultats suggèrent que chez les deux espèces, les populations sont subdivisées dans l’espace et constituées ainsi de plusieurs sous-unités, indiquant qu’il existerait au sein du massif des Bauges des contraintes s’exerçant sur les mouvements et les flux de gènes. Les principaux facteurs à l’origine de ces contraintes seraient la fragmentation du paysage, l’hétérogénéité de l’habitat mais également l’organisation social. En complément des analyses génétiques, la distribution spatiale de la masse corporelle et sa mise en relation avec les variables paysagères ont été appréhendées chez le Chevreuil. Les résultats indiquent qu’à l’échelle du massif, il existe une forte hétérogénéité spatiale de la masse corporelle qui semble en partie liée à la variabilité de l’habitat. L’ensemble de ces résultats souligne l’importance d’identifier les échelles de structuration des populations et les facteurs impliqués, notamment dans le domaine de la gestion de la faune sauvage Natural populations are spatially heterogeneous, structured at different scales and ecological traits, such as demographic or genetic component. Many factors can be involved in the spatial substructure of populations: intrinsic factors like intraspecific competition but also environmental factors, such as landscape barriers. Firstly, we studied the spatial organisation of genetic variability in two ungulates, Roe deer and Chamois, in order to identify the spatial scale at which populations are substructured and the ecological factors involved in these spatial patterns. Our results suggest that populations of roe deer and chamois are spatially subdivided and constituted of several sub-units. Our findings indicate the presence of constraints acting on individual movements and gene flow. Landscape fragmentation, habitat heterogeneity and social organisation seem to be the main factors involved in these spatial patterns. Coupled to genetic analyses, the spatial distribution of roe deer body mass in correlation with landscape variables has been investigated. Our results reveal a high spatial heterogeneity of individual body mass, due to pronounced spatial habitat variability in the Bauges massif. Our study highlights first the importance of detecting genetic spatial pattern of populations and the scale at which they are spatially substructured and second the necessity of determining which factors can influence these patterns, especially in wildlife management

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De, la Chevrotière Claudia. "Analyse de la variabilité génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux chez les chèvres créoles à des fins de sélection et de compréhension des mécanismes." Thesis, Antilles-Guyane, 2011. http://www.theses.fr/2011AGUY0407/document.

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Abstract:

Les deux principaux objectifs de ce travail sont de proposer des outils pour la selection d'animaux résistants aux strongles gastro-intestinaux, parasites du tube digestif, et de faire progresser la compréhension des mécanismes de résistance chez la chèvre créole. La variabilité génétique du caractère de résistance au parasitisme digestif a été étudiée afin de vérifier quels critères décrivant le mieux la résistance, peuvent être utilisés pour la sélection. L'ensemble des résultats obtenus suggèrent que le critère d'excrétion d'oeufs et le critère d'éosinophilie sont les plus adaptés pour un schéma de sélection puisqu'ils possèdent une héritabillté moyenne et représentent le mieux la résistance. De plus, ils ne semblent pas en opposition avec le poids, principal critère de production. Le déterminisme génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux a été étudié et a permis de mettre en évidence l'existence d'un gène majeur pour la résistance chez la population de chèvre créole. De plus, la primo-détection de qtl a permis d'identifier 13 régions du génome ayant un effet sur les critères de résistance. Les mécanismes responsables de la résistance aux strongles gastro-intestinaux ont également été à l'étude. L'ensemble des résultats met en évidence le rôle des éosinophiles dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux. L'activité des immunogobulines e semblent dirigés vers les larves l3 d'haemonchus contortus et suggère la mise en place d'une réaction protectrice. Chez la chèvre créole. Ces deux mécanismes semblent donc jouer un rôle important dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux The two main objectives of this work are to propose tools for the selection of resistant animals to gastrointestinal nematodes and advance knowledge on mechanisms of resistance of creole goats. this work has analysed the genetic variability of resistance to digestive parasitism in order to determine which criteria best describes the resistance and can be use for selection. the overall results suggest that the egg excretion and the eosinophilia are the criteria most suitable for a breeding scheme because they have moderate heritability estimates and best represent the resistance. moreover, they do not seem in conflict with the weight, the main criterion of production. the genetic determinism of resistance to gastrointestinal parasites has been studied and has highlighted the existence of a major gene for resistance in creole goats. in addition, the primodetection of qtl identified 13 genomic regions that affect the resistance. the mechanisms behind the resistance to gastrointestinal parasites were also studied and first hypothesis regarding the involvment of the immune response in resistance have been made in goats. the overall results highlighted the role of eosinophils in the development of resistance to gastrointestinal nematodes. the activity of immunoglobulin e seems directed toward l3 larvae of haemonchus contortus and may be imply in the establishment of a protective response agasint nematode parasites. in creole goats, these two mechanisms seem to play an important role in the development of resistance to gastrointestinal nematode infections

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Boivin, Xavier. "Étude des facteurs expérientiels et génétiques de la relation des bovins domestiques (Bos taurus L. ) avec l'homme." Rennes 1, 1991. http://www.theses.fr/1991REN10127.

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Abstract:

Ce memoire a pour objectif de quantifier les reactions des bovins a l'egard de l'homme et d'en mesurer leur variations sous l'influence de facteurs experientiels et genetiques. Les resultats obtenus au cours de ce travail montrent que les manipulations changent la perception de l'homme par l'animal et augmente sa facilite de manipulations. L'existence de periodes privilegiees pour la socialisation des animaux a l'homme est egalement mise en evidence dans le jeune age ou au sevrage. Enfin, il existe une composante genetique de la reponse des animaux a l'homme. Elle pourrait permettre de selectionner les animaux sur ce critere afin de diminuer la proportion d'animaux agressifs dans les elevages

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Martin, Cyril. "Variabilité génétique des réponses corticotropes et sérotoninergiques à l'exercice musculaire et à l'entraînement : conséquences métaboliques." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28817.

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Loywyck, Valérie. "Approches multicritères de l'évolution de la variabilité génétique et de la taille efficace au sein des populations animales soumises à sélection." Phd thesis, AgroParisTech, 2007. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005003.

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Abstract:

L'objectif de cette thèse est double : examiner en détails d'une part, les liens entre les différents critères obtenus à partir de différents types d'information, tels que les marqueurs moléculaires, les pedigrees ou les phénotypes des caractères quantitatifs, et d'autre part, l'évolution conjointe de la variabilité neutre et de la variabilité sélectionnée. En fonction de la nature des informations, la variabilité génétique et son évolution sont décrites par différents paramètres qui s'appuient sur des modèles sous-jacents plus ou moins complexes et la représentation qu'on se fait de la diversité génétique sera donc plus ou moins réaliste. Ainsi, l'analyse du polymorphisme nous donne directement une image précise de la diversité au niveau du génome. Par exemple, les génotypes et les fréquences alléliques de gènes candidats, ou plus généralement de marqueurs moléculaires, nous donnent directement accès au polymorphisme spécifique à des gènes identifiés en des endroits précis du génome ; quant aux analyses basées sur les pedigrees, elles traduisent le polymorphisme en un locus neutre et anonyme, n'importe où dans le génome. Par contre, l'analyse des phénotypes nécessite des modèles de représentation plus complexes et nous une vue d'ensemble générale de la diversité génétique. Les principales méthodes pour l'analyse de la diversité génétique à partir d'informations de natures différentes, et celles utilisées au cours de cette thèse, sont présentées dans le premier chapitre. Les chapitres 2, 3 et 4 constituent une valorisation des différents types d'informations issues de lignées expérimentales de poulets sélectionnées pour des critères de réponse immunitaire. L'ensemble de ces analyses constitue une analyse intégrée de la diversité génétique. Dans le chapitre 2, nous analysons la diversité génétique et le gain génétique, sur la base des performances et des données généalogiques. Les valeurs observées de consanguinité et de gain génétique sont confrontées à des valeurs prédites à partir de modèles théoriques : les méthodes déterministes ont permis d'obtenir des valeurs prédictives proches des valeurs observées, les différences étant principalement dues à l'écart entre les hypothèses sur le schéma de sélection et la réalité, et les simplifications mathématiques faites dans les modèles de prédiction. Nous avons également testé l'effet du schéma de sélection sur la consanguinité et les autres critères de diversité génétique obtenus à partir des généalogies. Le nombre efficace d'ancêtres s'est révélé être le paramètre le plus pertinent pour suivre l'évolution de la diversité génétique puisqu'il prend en compte la perte de diversité qui a lieu au cours des générations sous l'effet de la dérive génétique. L'estimation des paramètres génétiques et leur évolution sont présentées au chapitre 3, ainsi que l'évolution du polymorphisme d'un gène candidat. Afin de tester la neutralité du CMH sur les caractères de nos lignées sélectionnées, nous avons analysé les composant de la variance et avons également comparé l'évolution du polymorphisme dans les lignées avec l'évolution théoriques issues de modèles de prédiction. Au-delà de la mise en évidence de l'effet du CMH dans la réponse immunitaire, cette étude a permis de souligner l'intérêt de combiner différentes approches afin de juger de l'effet d'un gène candidat, et de son évolution, et ce plus particulièrement quand ce gène présente des allèles rares. Nous avons également examiné les variations de la diversité génétique additive au cours du temps, en tentant de surmonter les difficultés pour estimer les paramètres génétiques liées au modèle théorique sous-jacent (modèle polygénique infinitésimal). Pour cela, nous avons testé l'augmentation du nombre de générations disponibles pour l'analyse par REML, et l'utilisation de l'information de quelques générations seulement ; ces approches se sont avérées satisfaisantes pour observer l'évolution de la variance génétique additive et inférer sur l'effet de la sélection sur la réduction de la variance génétique additive. Dans le chapitre 4, nous avons analysé et comparé l'évolution du polymorphisme de marqueurs moléculaires supposés neutres ou soumis à sélection. Afin de mettre en évidence la signature de sélection laissée par les QTL, nous avons combiné différentes méthodes, simulations et méthodes statistiques. L'étude a montré l'intérêt de comparer l'image de la diversité génétique définie par le polymorphisme de marqueurs situés dans des zones QTL à celle définie par le polymorphisme des marqueurs supposés neutres. Au travers des différents chapitres, la modélisation est apparue comme une approche efficace pour prédire l'évolution des populations sélectionnées, même si les hypothèses de modélisation faites (telles que le model additif polygénique, la normalité des distributions ou la population des fondateurs sous équilibre de Hardy-Weinberg, etc.) ne correspondent pas exactement au réel modèle biologique. La taille efficace de la population (Ne) est un paramètre clé dans l'estimation de la variabilité génétique que nous avons estimé dans les lignées expérimentales de poulets, soit à partir des généalogies, soit à partir des variations des fréquences alléliques. Il est apparu que les estimations faites à partir des généalogies étaient toujours inférieures aux estimations faites à partir des fréquences alléliques, quelque soit le type de locus considéré (gène candidat, markers supposé neutre ou soumis à sélection). L'estimation de Ne à partir des fréquences alléliques des marqueurs neutres a donné une valeur plus faible que celle à partir des fréquences alléliques des marqueurs soumis à sélection. Ceci nous permet de dire que la diversité génétique est plus réduite dans les régions soumises à sélection que dans le reste du génome. Au chapitre 5, nous n'avons pas analysé la diversité génétique en elle-même mais les conséquences d'une réduction de cette diversité génétique. L'étude a porté sur anomalies génétiques dans les populations ayant subi un fort goulot d'étranglement, telles que la population française bovine laitière Prim'Holstein. Nous avons montré que l'origine des pics de veaux mort-nés venait du très faible nombre de pères et de leur utilisation non équilibrée. Nous avons aussi examiné les conséquences, à court terme et à long terme, d'une contre sélection exercée sur l'allèle délétère responsable d'une anomalie.

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Grandjean, Frédéric. "Variabilité morphométrique et génétique chez les populations de l'écrevisse à pattes blanches Austropotamobius pallipes : implications biogéographiques." Poitiers, 1997. http://www.theses.fr/1997POIT2258.

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Abstract:

La variabilité interspécifique d'austropotamobius pallipes a été estimée par analyse de caractères morphométriques et par une étude du polymorphisme de l'adn mitochondrial (restriction fragment length polymorphism). En Poitou-Charentes, l'étude de la variabilité morphologique a révélé une différenciation entre la population des mares du Pinail et un groupe homogène compose de l'ensemble de huit autres populations issues de cours d'eau. Deux hypothèses ont été émises pour expliquer cette discrimination : la première indique une introduction à partir d'animaux issus d'une autre région et la seconde fait intervenir la notion d'effet de fondation. L'étude génétique a révélé l'existence de trois haplotypes dont deux sont distribués exclusivement dans les populations issues de cours d'eau. Le troisième est exclusivement recensé chez les animaux du Pinail. L'étude génétique a été étendue à l'ensemble de l'aire de repartition (européenne) de cette espèce qui comprend trois sous-espèces géographiquement distinctes. Les 6 types mitochondriaux détectés, se répartissent en trois groupes majeurs correspondant aux trois sous-espèces décrites chez a. Pallipes : a. P. Pallipes, a. P. Italicus et a. P. Lusitanicus. Les forts pourcentages de divergence nucléotidiques révèles entre les haplotypes caractérisant les trois groupes suggèrent une séparation très ancienne de ceux-ci estimée à environ 6 a 8 millions d'années (ma) si l'on considère un pourcentage de divergence de l'adn mt de 2% par ma. L'existence de trois zones de refuges (péninsule ibérique, sud de la France et les Balkans) ayant abritées chacun de ces groupes lors des périodes de glaciations du quaternaire peut être avancée. Enfin, une étude préliminaire de la variabilité génétique des populations française a révélé l'existence des trois sous-espèces au sein du réseau hydrographique français, résultant probablement de transferts de populations

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Zimmermann, Gabrielle. "Variabilité morphologique et génétique des Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) de l'Indo-ouest Pacifique : évolution des peuplements et applications à la gestion." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2009. http://www.theses.fr/2009MNHN0041.

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Abstract:

Les eaux douces des milieux insulaires de l'Indo-ouest Pacifique hébergent des organismes amphihalins dont le cycle vital amphidrome est adapté aux conditions de ces milieux. Parmi eux, les crustacés décapodes du genre Macrobrachium comptent plus de 200 espèces réparties dans toute la zone intertropicale. Très sensibles à la qualité des eaux douces et à la surpêche, bon nombre de ces espèces sont aujourd’hui menacées. Rien n’est encore connu quant à leur variabilité morphologique, l’histoire évolutive de leur radiation, la structuration de leurs populations naturelles et leurs modalités de dispersion. Ces étapes constituent pourtant un pré-requis indispensable à la mise en place de mesures de gestion et de protection de ces organismes fragiles. Cette thèse a pour objectif d’explorer ces différents domaines. Dans un premier chapitre, la variabilité morphologique et génétique des populations réunionnaises de Macrobrachium australe est explorée. Une forte relation entre la forme de cette espèce et son environnement est révélée, éventuellement due à un phénomène de plasticité phénotypique. Un second chapitre fait l’objet d’une étude de l’histoire évolutive des espèces de Macrobrachium de l’océan Indien et de l’ouest de l’océan Pacifique. Pour cela, des méthodes de phylogénie moléculaire sont mises en oeuvre, basées sur le marqueur nucléaire 18S et le marqueur mitochondrial COI. Dans un troisième chapitre, la structuration des populations de M. Australe et M. Lar entre certaines îles de l’océan Indien et de l’océan Pacifique est étudiée, afin de mettre en évidence leurs éventuels échanges larvaires. Les modalités de la phase marine sont également considérées ainsi que la dimension spatio-temporelle du retour en rivière des post-larves. Une synthèse des connaissances obtenue dans chacun de ces chapitres est enfin proposée, intégrant leurs applications à la gestion et les perspectives envisagées Freshwaters of the Indo-west Pacific islands are the home of many amphihalin organisms, whose amphidromous life-cycle has evolved as an adaptation to these habitats. Among them, the decapod crustaceans of the Macrobrachium genus are represented by more than 200 species distributed in the whole inter-tropical area. Very sensitive to changes in freshwater quality and over-fishing, many of these species are endangered. Nothing is known about their morphological variability, the evolutive history of their radiation, the structuration of their populations and their dispersal modalities. Though, such steps are the starting point for setting up management and conservation measures of these fragile organisms. In a first chapter, the morphological and genetic variability of the Macrobrachium australe population from Reunion Island is explored. Within this species, it reveals a strong relationship between the shape and the environment, which may be the result of a phenotypic plasticity phenomenon. A second chapter studies the evolutive history of the Macrobrachium species in the Indian and Pacific oceans. Molecular phylogenetic analysis are used, based on the nuclear 18S fragment and the mitochondrial COI fragment. In a third chapter, the structuration of M. Australe et M. Lar within a set of Indian Ocean and Pacific Ocean islands is considered. Possible larval migrations between the islands are explored. The larval marine cycle modalities are studied, along with the spatio-temporal aspects of postlarval return to freshwaters. A synthesis of the knowledge obtained is proposed, integrating possible applications to management and perspectives

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L'Honoré, Thibaut. "Plasticité phénotypique et variabilité intraspécifique de la tolérance à la dessalure chez le loup méditerranéen Dicentrarchus labrax." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG081.

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Abstract:

Face à un changement dans leur environnement, les organismes peuvent être amenés à fuir ou à s’acclimater. L’acclimatation repose sur la capacité des organismes à pouvoir modifier leur phénotype, c’est à dire certains de leur traits biologiques (métabolisme,comportement, physiologie) afin de pouvoir survivre dans un environnement donné. On parle alors de plasticité phénotypique. Cependant,les autres individus d’une même espèce peuvent présenter des différences au sein de leur génotype et phénotypes. On parle alors de variabilité inter-individuelle ou intraspécifique. Cette variabilité peut se retrouver dans la plasticité que possèdent les organismes à répondre à des changements rapides ou à long terme de leur environnement. Le bar ou loup Européen Dicentrarchus labrax est un poisson marin dont l’aire de répartition s’étend des côtes nord européennes jusqu’aux côtés africaines en passant par la Méditerranée. Il entreprend des migrations saisonnières dès le stade juvénile dans les lagunes et les estuaires voire parfois même en rivière. C’est donc une espèce plastique en termes de physiologie osmorégulatrice, capable de supporter une grande gamme de salinité : de 0 à 90 ppt. En revanche, en laboratoire une forte variabilité dans la réponse osmorégulatrice en eau douce a pu être mise en évidence. Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser la plasticité phénotypique et la variabilité intraspécifique du loup méditerranéen en lien avec la dessalure.Pour cela, des loups ont été transférés en eau douce et étudiés par différentes approches. La première m’a permis d’appréhender les effets de la dessalure sur le métabolisme respiratoire et la tolérance à l’hypoxie. En eau douce, les capacités respiratoires des loups diffèrent de celles en eau de mer avec un taux métabolique plus haut, ainsi qu’une tolérance à l’hypoxie plus accrue. De plus, l’étude des transcrits révèle des réponses différentes après deux semaines et après deux mois passés en eau douce. Les individus incapables de tolérer l’eau douce ont été caractérisés par des traits comportementaux (vitesse, déplacement) et biochimiques (pression osmotique,chlorure et sodium sanguins) plus faibles que ceux des tolérants à la dessalure. L’étude des transcrits (transporteurs ioniques et récepteurs aux hormones) a révélé que l’intolérance à l’eau douce serait due en partie à une incapacité au niveau rénale à réabsorber les ions et donc à maintenir leur balance hydrominérale. L’étude de la variabilité phénotypique des loups méditerranéens en eau douce a été répétée à des âges différents. Elle démontre que la tolérance/l’intolérance à l’eau douce est un phénomène stable en termes de proportions (30% d’intolérants),mais labile avec le temps (ce ne sont pas forcément les mêmes individus qui sont tolérants ou intolérants à la dessalure suite à des transferts successifs). Cela suggère des mécanismes de régulation aléatoire, génétiques et/ou épigénétiques. Une étude préliminaire de la méthylation des cystéines de l’ADN a permis de déduire que le transfert en eau douce influe sur la méthylation globale de l’ADN. Le lien entre variabilitéintra spécifique liée à la tolérance à l’eau douce et méthylation de l’ADN reste à étudier.La dernière approche menée a consisté à étudier la dynamique des télomères (longueur et expression du gène de la télomérase)comme potentiels marqueurs de stress hypo-osmotiques chez le loup. La méthode, désormais au point n’indique aucun effet du stress hypoosmotique sur la dynamique des télomères. Néanmoins, la réponse des loups intolérants à l’eau douce reste à confirmer en augmentant le nombre d’individus. Ces résultats préliminaires suggèrent que les transitions vers les environnements hypo-osmotiques ne provoquent pas plus de dommages oxydatifs au niveau branchial. Il serait intéressant d’aborder l’approche de la dynamique des télomères dans le cadre d’autres stress environnementaux et de creuser l’approche sur d’autres organes Facing environmental change, organisms may have to flee or to acclimate. Acclimation is based on the ability of organisms tomodify their phenotype, i.e. some of their biological traits (metabolism, behaviour, physiology) in order to survive in a given environment.This is called phenotypic plasticity. However, individuals of the same species may differ within their genotype and phenotypes. This isreferred as inter-individual or intra-individual variability. This variability can be found in the plasticity of organisms to respond to rapid orlong-term changes in their environment. The European sea bass Dicentrarchus labrax is a marine fish whose range extends from the northernEuropean coasts to the African sides and the Mediterranean sea. It undertakes seasonal migrations from the juvenile stage in lagoons andestuaries and sometimes even in rivers. It is therefore a plastic species in terms of osmoregulatory physiology, capable of withstanding a widerange of salinity: from 0 to 90 ppt. On the other hand, in the laboratory, a high variability in the osmoregulatory response in fresh water wasfound. The objectives of this thesis were to characterise the phenotypic plasticity and intraspecific variability of the Mediterranean sea bass inrelation to desalination.To do this, fish were transferred to fresh water and studied by different approaches. The first one allowed me to understand theeffects of desalination on respiratory metabolism and hypoxia tolerance. In fresh water, the respiratory capacities of sea bass differ fromthose of seawater with a higher metabolic rate, as well as a higher tolerance to hypoxia. In addition, the study of the transcripts revealsdifferent responses after two weeks and two months in fresh water. Individuals unable to tolerate fresh water were characterised by lowerbehavioural traits (velocity, displacement) and biochemical traits (osmotic pressure, blood chloride and sodium) than those of freshwatertolerant. The study of transcripts (ionic transporters and hormone receptors) revealed that intolerance to fresh water is partly due to aninability at the renal level to reabsorb ions and thus maintain the hydromineral balance. The study of the phenotypic variability ofMediterranean sea bass in fresh water has been repeated at different ages. It shows that tolerance/intolerance to fresh water is a stablephenomenon in terms of proportions (30% intolerant), but labile over time (it is not necessarily the same individuals who are tolerant orintolerant to fresh water following successive transfers). This suggests random, genetic and/or epigenetic regulatory mechanisms. Apreliminary study of DNA cysteine methylation concluded that freshwater transfer influences overall DNA methylation. The link betweenintraspecific variability related to freshwater tolerance and DNA methylation remains to be investigated.The last approach used was to study telomere dynamics (length and expression of the telomerase gene) as potential markers ofhypo-osmotic stress in sea bass. The method, now in development, does not indicate any effect of hypo-osmotic stress on telomere dynamics.Nevertheless, the response of intolerant sea bass to fresh water has yet to be confirmed by increasing the number of individuals. Thesepreliminary results suggest that transitions to hypo-osmotic environments do not cause more oxidative damage at the branchial level. Itwould be interesting to use this approach in the context of other environmental stressors and to explore other organs telomere dynamics

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Porteous-Slaweska, Isabelle. "Maladies, démographie et variabilité génétique dans des petites populations isolées de mammifères ; application à la conservation du lémur catta à Madagascar." Tours, 1998. http://www.theses.fr/1998TOUR4006.

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La destruction de l'environnement par l'homme a entrainé la fragmentation des ressources naturelles, divisant de nombreuses espèces vivantes en petites populations isolées. La valeur adaptative des individus décroit alors sous l'effet de la consanguinité et de l'absence de flux génique. Par perte de leur potentiel d'adaptation, ces populations deviennent sensibles a l'action de facteurs tant intrinsèques (stochasticite démographique et génétique) qu'extrinsèques (catastrophes naturelles et maladies). Les maladies sont à présent reconnues comme facteurs déterminants du devenir des populations, mais peu d'informations sur la relation entre maladies et système social ou entre maladies et structure génétique existent, en dépit de leur aspect fondamental dans la survie des populations/espèces. Ce travail présente l'étude du lien entre maladie, démographie et variabilité génétique dans de petites populations isolées de mammifères. Un premier modèle animal (le mara, dolichotis patagonum en captivité) a permis de mettre en évidence le rôle du système social (monogame) dans la distribution d'une maladie parasitaire (strongylose gastro-intestinale). Du fait des contraintes imposées par la captivité, un second modèle animal a été choisi, le lémur catta, de part son statut d'espèce menacée et son rôle dans l'écosystème de madagascar. Dans la réserve de Berenty, au sud de l'ile, une maladie oculaire sévit chez cette espèce, et il était urgent de déterminer l'impact de cette maladie sur le devenir de la population de lémur catta. Une étude étiola-épidémiologique a été menée sur l'ensemble de la population, révélant une maladie multicausale complexe. Par ailleurs, l'étude de la population sur le plan génétique s'avérait indispensable pour déterminer le rôle de la structure sociale dans le maintien de la variabilité génétique, mais aussi la perte potentielle de variation génétique due a l'isolement et ses conséquences au niveau de la perte de valeur adaptative (ou accroissement de la sensibilité aux maladies). Une banque microsatellitique a été créé, et l'analyse génétique sur les deux marqueurs obtenus a mis en évidence une forte structuration de la population, mais également un fort taux de consanguinité. L’hétérozygotie sur ces deux locus était négativement corrélée à la présence de la maladie oculaire.

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Quinard, Aurélie. "Diversité génétique individuelle, différenciation morphologique et comportementale entres les sexes, patterns d'appariement et paramètres démographiques chez une espèce d'oiseau tropicale et monogame, la tourterelle à queue carrée, Zenaida Aurita." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00995585.

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Abstract:

La recherche en écologie comportementale est affectée par un biais notoire en faveur des oiseaux des zones tempérées, en dépit de la plus grande diversité des espèces tropicales et des conditions naturelles radicalement éloignées qui rendent les connaissances sur les espèces tempérées peu pertinentes pour les espèces tropicales.Nous proposons de combler le manque d'informations concernant les oiseaux tropicaux via l'étude d'une espèce socialement monogame, se reproduisant et défendant un territoire toute l'année, la Tourterelle à queue carrée, Zenaida aurita. Pour commencer, nous avons cherché à déterminer le caractère sexuellement mono- ou dichromatique de la coloration du plumage et si celui-ci reflétait la qualité individuelle. Nous avons ensuite exploré les patterns d'appariements au sein des couples selon le degré d'hétérozygotie et la taille du corps. Afin d'établir la force des liens du couple, nous avons évalué le taux de divorce, les hypothèses pouvant expliquer les cas répertoriés, et les conséquences du changement de partenaire. Ceci a été suivi par la caractérisation des rôles des sexes au sein des couples selon diverses activités. Des analyses de capture-marquage-recapture ont permis d'estimer le taux de survie ainsi que l'influence du degré d'hétérozygotie et de la taille de l'aile sur la survie. La Tourterelle à queue carrée paraît suivre les spécificités comportementales, écologiques et démographiques caractérisant les espèces tropicales à monogamie pérenne

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Goüy, de Bellocq Joëlle. "Insularité et parasitisme : impacts sur l'investissement dans la réponse immune et la diversité génétique du CMH chez le mulot sylvestre, Apodemus sylvaticus, dans le bassin méditerranéen." Perpignan, 2003. http://www.theses.fr/2003PERP0533.

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Abstract:

La caractéristique majeure des faunes insulaires est de présenter une diminution de leurs diversités spécifiques. De plus, les populations insulaires montrent de nombreuses modifications de traits de vie en comparaison avec leurs homologues continentaux (syndrome d'insularité). Les hypothèses proposées pour expliquer ces manifestations insulaires n'ont jamais tenu compte de la pression de sélection exercée par le parasitisme. D'autres part, la pression de sélection exercée par les parasites sur l'évolution des traits de vie hôtes et sur le maintien de la diversité génétique est rarement envisagée sous la forme de diversité parasitaire. Le but de cette thèse est de montrer que la diversité parasitaire peut affecter la diversité génétique d'un marqueur sélectionné et modifier les traits de vie par une variation de l'investissement dans la défense immune dans des populations insulaires et continentales. L'étude de la diversité parasitaire en condition insulaire a été réalisée sur les micromammifères et en particulier sur Rattus rattus, Mus musculus et Apodemus sylvaticus. Ce dernier a été retenu comme modèle pour étudier la variation de la diversité génétique de l'exon 2 du gène DQA du CMH de classe II et la variation de l'investissement dans la réponse immune, et plus précisément dans l'immunocompétence, en fonction de la richesse parasitaire enregistrée dans différentes populations continentales et insulaires dans le bassin méditerranéen occidental. Les faunes parasitaires insulaires des micromammifères et du mulot sylvestre montrent une diminution de leurs richesses spécifiques. La colonisation des îles n'est pas un processus aléatoire. L'investissement dans la défense immune n'est pas lié à la différence de pression parasitaire entre les localités. L'étude de l'exon 2 du locus DQA de classe II montre un polymorphisme important avec une diminution de la diversité génétique en condition insulaire. La diversité parasitaire pourrait être une des forces de sélection maintenant le polymorphisme du CMH dans les populations en plus des forces neutres. Les résultats de cette étude ne soutiennent pas le parasitisme comme facteur responsable du syndrome d'insularité du mulot sylvestre dans les îles méditerranéennes A decrease in species diversity is the main characteristic of island fauna. Moreover, island populations show modifications of their life histories traits in comparison with their mainland counterparts (insular syndrome). Several hypotheses proposed to explain these island manifestations have never taken into account parasitism pressure. Furthermore, parasite selective pressure on host life histories traits and on maintenance of genetic diversity is poorly studied considering parasite diversity as parasite pressure. The aim of this study is to show that parasite diversity could affect genetic diversity of a selected gene and could modify life history traits due to changes in investment in immune defences. Parasite diversity in island populations was studied on micromammals and in particular Rattus rattus, Mus musculus and Apodemus sylvaticus. This last species was used for studying genetic diversity at the second exon of the class II Mhc-DQA locus and variation in investment in the immune response with the measure of immunocompetence in comparison with parasite species richness recorded in eight island and mainland populations in the west Mediterranean area. Micromammals and woodmouse parasite fauna show a decrease in parasite species richness on islands. Island colonisation is not a random process. Immune investment in island and mainland populations of woodmouse is not related to differences in parasite diversity. The second exon of the MHC-DQA locus revealed a large polymorphism with a decrease of genetic diversity in island populations. Parasite diversity could be one of the main selective pressures maintaining MHC polymorphism in addition with neutral forces. This study does not support parasitism as a responsible factor of woodmouse insular syndrome in the Mediterranean area

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Mendonça, Renata Santos de. "Estudos taxonômicos de ácaros Tetranychidae no Brasil e filogenia e estrutura genética do ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch, inferidas a partir de sequências do DNA ribossômico e mitocondrial." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20123/document.

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Abstract:

Un inventaire des Tetrany chidae du Brésil a été réalisé dans 15 États ainsi que dans le District Fédéral, avec 550 échantillons de 120 espèces végétales collectés. Des infestations par des acariens tétranychidés ont été confirmées dans 207 de ces échantillons. Vingt-deux espèces appartenant à sept genres de la sous-familles des Bryobiinae et Tetranychinae ont été identifiées chez 58 hôtes différents. Trente-six nouvelles plantes hôtes pour 11 espèces ont été répertoriées au Brésil, en Amérique du sud ou dans le monde. De nouvelles localités ont été enregistrées au Brésil pour quatre tétranychides et une espèce a également été signalée pour la première fois en Amérique du sud. Quatre nouvelles espèces ont été découverte: deux appartenant au genre Oligonychus Berlese et deux appartenant aux genres Monoceronychus McGregor et Schizotetranychus Tragardh. La contribution à la systématique du genre Tetranychus a consisté à analyser conjointement des substuences d´ADN ribosomique (ITS) et mitochondrial (COI) de femelles de T.urticae, T. cinnabarinus (synonyme potentiel de T. urticae) et d'espèces très proches appartenant également au groupe Tetranychus sensu stricto. Cette étude a mis en évidence des incohérences ce qui nous a amené à remettre en question la fiabilité des données moléculaires concernant le groupe Tetranychus s. str. disponibles dans Genbank. Des données sur la variabilité génétique, la phylogénie et la structure de populations de T. urticae au Brésil et dans le monde sont ensuite présentées. Les résultats indiquent la présence significative d'une structuration génétique des populations de T. urticae par rapport à la localisation géographique. L´effet de la plante hôte n´est pas observé. La diversité haplotypique, inférée à partir des ces deux régions du génome (ITS et COI) est plus élevée dans les pays du pourtour méditerranéen. On a constaté la présence de deux haplotypes mitochondriaux (COI) au Brésil, l´un partagé avec la France, l´Espagne et les îles Canaries, et l´autre avec le Japon In this study we performed a survey of Tetranychidae mites from Brazil, including 15 States and the Federal District. A total of 550 samples of 120 different plant species were collected. Tetranychid mite infestations were confirmed in 207 samples, and 22 species belonging to seven genera of the Bryobiinae and Tetranychinae subfamilies were identified on 58 different host plants. Thirty-six new hosts were recorded in Brazil, South America and worldwide for eleven species. New localities were registered for four tetranychid genera and a new record to South America was confirmed. Four species were identified as new for science: two belonging to the Oligonychus Berlese genus and two belonging to the Monoceronychus McGregor and Schizotetranychus Tragardh genera. We analyzed and evaluated the identity of 105 Genbank accessions of ITS2 rDNA and 138 COI mtDNA sequences which were deposited as T. urticae and as fourteen other taxa morphologically close ly related to Tetranychus sensu stricto. Among the deposited sequences in the Genbank, numerous cases of apparently mistaken identities were identified in the group Tetranychus s. str., especially between T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai and T. truncatus. New sequences of ITS and COI were obtained from individuals collected in Brazil and some localities of the Palearctic Region (France, continental Spain, Canary Islands, Greece, Syria, Tunisia, Poland and Norway plus one from Canada). While significant differences were detected on population genetic structure of the analyzed samples according to the geographic region, any effect of the host plant was observed. Haplotype diversity inferred from both ITS and COI sequences was higher in samples from the Mediterranean basin. ITS sequences obtained from Brazil samples were homogenous, and two COI haplotypes were found, one of them also present in France, Spain and the Canary Islands and the other in Japan

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Arnoux, Emilie. "Variabilités phénotypique et génétique chez la grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, à différentes échelles." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01002901.

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Abstract:

La compréhension de l'apparition d'espèces nouvelles est depuis longtemps un problème majeur en biologie évolutive. Dans le cadre de la spéciation, une attention particulière est portée sur l'étude de la structure des populations c'est-à-dire l'agencement spatio-temporel de la diversité biologique permettant de mesurer et d'identifier la nature de la divergence. Cette divergence est dépendante de quatre forces: la dérive génétique, le flux de gène, la mutation et la sélection et a largement été étudié au sein des milieux insulaires. En effet, ces milieux ont toujours occupé une place de choix dans l'étude de la diversification du vivant car i) ils fournissent un cadre idéal pour étudier les mécanismes impliqués dans la diversification et ii) ils renferment une faune et une flore originales composées de nombreuses espèces endémiques. Ces espèces endémiques montrent une fragilité singulière de part leur faible effectif et leur aire de distribution restreinte. La Grive à Pieds Jaunes, Turdus lherminieri, est un oiseau forestier et endémique de quatre îles des Petites Antilles : Montserrat, la Guadeloupe, la Dominique et Sainte-Lucie. Quatre-sous espèces ont été décrites sur chacune des îles sur des critères de coloration du plumage mais aucune étude n'a réellement quantifié la divergence entre ces sous-espèces. De plus, cet oiseau voit ses effectifs déclinés depuis une quinzaine d'années ce qui lui vaut d'être protégé sur trois îles alors qu'il est encore chassé en Guadeloupe. Les objectifs dégagés dans cette étude sont: i) d'étudier la structure spatiale des grives et d'en inférer les causes, ii) de retracer l'évolution temporelle récente de la diversité génétique ces populations, iii) de déterminer si les parasites peuvent exercer des pressions de sélection contrastées entre ces populations. Notre étude a permis d'identifier trois clades et quatre îles très différenciées sur le plan génétique et morphologique à confronter aux quatre sous-espèces définies auparavant sur des critères de coloration du plumage. A une échelle spatiale plus fine, la Guadeloupe seule, nous avons constaté des niveaux de différentiation peu commun chez des oiseaux. Enfin, le contexte parasitaire semble lui aussi structuré spatialement et présente des éléments de congruence avec les structurations morphologiques et génétiques. A la suite de cette étude, trois unités de gestion peuvent être définies afin de préserver les populations de Grives à pieds jaunes: une première incluant Sainte-Lucie, une seconde incluant la Dominique et une troisième incluant l'ensemble Guadeloupe et Montserrat

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Foulon, Eliane. "Rôle des cellules dendritiques dans la variabilité génétique de la résistance aux infections mammaires chez la brebis." Toulouse 3, 2007. http://www.theses.fr/2007TOU30098.

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Abstract:

Une sélection divergente pour la résistance aux mammites a été créée chez des ovins. L'immunité mammaire a été évaluée dans les conditions d'élevage, et à la suite d'infections expérimentales par des Staphylocoques. Les brebis du groupe sensible développent des mammites plus sévères, associées à la formation d'abcès. Dans le but de comprendre les mécanismes qui contrôlent l'infection, nous avons fait l'hypothèse que les cellules dendritiques, qui jouent un rôle prépondérant dans la réponse anti-bactérienne, pouvaient être à l'origine de cette différence. Nous avons développé un protocole de différenciation des DC in vitro à partir de précurseurs de la moelle osseuse. Une analyse des gènes exprimés par les cellules dendritiques a été réalisée à la suite d'une stimulation par Staphylococcus aureus. Ce protocole a permis d'identifier trois gènes dont l'expression est plus élevée chez les brebis du groupe résistant A divergent selection in dairy sheep has been settled to evaluate its effect on resistance to mastitis. Mammary immunity was examined after natural or experimental infections with Staphylococcus. Mastitis were more severe in ewes from the susceptible group, and led to abscesses formation. In order to elucidate the mechanisms associated with the cure of infection, we hypothesized that dendritic cells, that are known to play a crucial role in anti-infectious immunity against bacteria, could be responsible for the observed differences. We designed a protocol to differentiate dendritic cells from bone marrow precursors. Microarray analysis of gene expression was performed on dendritic cells that had been stimulated with Staphylococcus aureus. Using this approach 3 genes that have up-regulated in ewes from resistant group have been identified

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Wajnberg, Éric. "Interactions démographiques et génétiques entre la drosophile (Drosophila melanogaster Meigen) et ses parasites larvaires hyménoptères." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO19031.

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Abstract:

Deux approches experimentales ont ete abordees. L'analyse des determinismes de l'adequation de l'hote a deux parasites a d'abord ete etudiee. Elle a mis en evidence une influence du patrimoine genetique de l'hote sur le potentiel de reussite de l'infestation des deux parasites. La seconde approche plus globale a mis en oeuvre des populations experimentales, genetiquement polymorphes a differents loci, soumises ou non a une pression parasitaire controlee. Ces populations ont ete caracterisees par l'evolution de leur profil genetique et demographique (12 mois). Il existe une influence du parasite sur l'evolution des structures des populations hotes

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Courvoisier, Hélène. "Variabilité interindividuelle des réponses de stress : recherche de gènes impliqués par cartographie génétique de QTL chez le rat." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR28526.

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Say, Ludovic. "Système d'appariement et succès de reproduction chez le chat domestique (Felis catus L) : conséquences sur la distribution de la variabilité génétique." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10136.

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Thévenot, Sarah. "Variations génétiques chez Helicobacter pylori au cours d'une infection expérimentale murine : rôle de la polyphosphate kinase dans la colonisation." Poitiers, 2002. http://www.theses.fr/2002POIT1802.

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Solano, Philippe. "Implications épidémiologiques de la variabilité génétique des populations de glossines. Cas de "Glossina palpalis" en Afrique de l'ouest." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20169.

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Beaudou, Dominique. "Impact des déversements de truites domestiques dans les populations naturelles de truites communes (Salmo trutta fario). Etude dynamique et génétique. Cas du bassin de l'Orb (Hérault)." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20189.

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Abstract:

Depuis plus d'un siecle, les populations de truites communes (salmo trutta fario l. ) sont soumises a des deversements d'individus de pisciculture destines a compenser les prelevements par peche. L'impact de ces pratiques a ete evalue, dans le bassin de l'orb (herault), en utilisant les outils de dynamique et de genetique des populations. Tout d'abord, les fluctuations d'abondance naturelles des populations en place ont ete etudiees dans un cours d'eau non soumis aux repeuplements. La complexite des mecanismes regulateurs du recrutement est mise en evidence, malgre l'action preponderante du regime hydrologique. Ensuite, le devenir des juveniles deverses (alevins, truitelles de printemps et d'automne) est evalue, au cours de differentes experiences de suivis de repeuplements experimentaux, en terme de devalaison immediate et d'implantation. Meme en l'absence de devalaison immediate apres les lachers, les taux d'implantation sont faibles. Enfin, l'impact a long terme des deversements est evalue par electrophorese des proteines, grace aux marqueurs genetiques disponibles en region mediterraneenne. Le taux moyen d'introgression observe dans le bassin de l'orb, qui represente le cumul des introgressions depuis que l'homme manipule cette espece, reste faible (13%), compte tenu de l'ampleur et de la duree des deversements. Ces resultats mettent en evidence l'evolution necessaire des pratiques actuelles de gestion

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Le, Grand Dominique. "La variabilité antigénique membranaire de Mycoplasma bovis : évaluation et rôles." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10140.

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Abstract:

Les antigenes specifiques membranaires de m. Bovis ont ete analyses a l'aide d'une batterie d'anticorps monoclonaux. In vitro, m. Bovis apparait comme une espece antigeniquement tres heterogene. De plus, les caracteristiques antigeniques d'une meme souche sont instables. Des variations d'expression qualitatives (absence ou presence de l'epitope) et quantitatives (variations du nombre et du poids moleculaire des proteines portant l'epitope), affectant differents systemes antigeniques independants, apparaissent de facon aleatoire a une frequence elevee au cours des generations successives d'un meme clone. Ces systemes antigeniques hypervariables in vitro s'averent etre des antigenes immunogenes majeurs chez l'animal infecte. L'hypothese emise quant a la fonction des antigenes variables comme mecanisme d'echappement a la reponse immunitaire de l'hote a ete examinee. In vivo, un suivi de la derive antigenique de la souche infectante au cours d'une reproduction experimentale d'infection respiratoire a m. Bovis a ete effectue. Ce phenomene de variabilite antigenique existe in vivo ; neanmoins dans le cas d'une primo-infection aucun lien avec l'apparition de la reponse immunitaire n'a pu etre demontre. In vitro, des modifications importantes et reproductibles de l'expression des antigenes de surface de m. Bovis ont ete induits par co-culture avec des serums d'animaux infectes. Les co-cultures realisees avec des anticorps monoclonaux demontrent que principalement 2 types de modifications peuvent intervenir: une repression de l'epitope cible et/ou des modifications de la nature et du poids moleculaire de la proteine portant l'epitope cible. Ces resultats suggerent un controle direct du systeme immunitaire sur l'expression des genes codant pour ces antigenes variables. Ce mecanisme, original dans le monde bacterien, pourrait expliquer qu'un tel agent infectieux puisse persister dans l'organisme hote

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Mendonça, Renata Santos de. "Estudos taxonômicos de ácaros Tetranychidae no Brasil e filogenia e estrutura genética do ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch, inferidas a partir de sequências do DNA ribossômico e mitocondrial." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2009. http://repositorio.unb.br/handle/10482/4580.

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Abstract:

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-04-09T13:17:23Z No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T18:00:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) Made available in DSpace on 2010-05-12T18:00:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RenataSantosdeMendonça.pdf: 18900141 bytes, checksum: 92d4b81f80b04f1237eca527579e596b (MD5) Previous issue date: 2009-06 A família Tetranychidae compreende um grande número de espécies estritamente fitófagas e inclui pragas importantes para a agricultura nacional e mundial. O ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch (Prostigmata: Tetranychidae), é uma espécie de distribuição cosmopolita, polífaga e que se destaca pelos elevados prejuízos ocasionados às lavouras. No Brasil, T. urticae está entre os três principais ácaros pragas. Muitos aspectos sobre sistemática, biologia, hábitos alimentares e controle têm sido investigados para a espécie. Apesar dos incontestáveis avanços procedentes de estudos com ácaros tetraniquídeos no Brasil, é importante expandir as pesquisas para novas regiões do país em plantas hospedeiras ainda não avaliadas. A exploração de novas áreas de conhecimento como os estudos moleculares que permitem o acesso a informações de variabilidade genética, filogenia e estrutura de populações também pode contribuir para o conhecimento dessa importante família de ácaros no país. No presente estudo, realizou-se um levantamento de Tetranychidae em 15 Estados e no Distrito Federal e foram coletadas 550 amostras de 120 espécies vegetais. Infestações por ácaros tetraniquídeos foram confirmadas em 207 destas amostras e 20 espécies da subfamília Tetranychinae foram identificadas em 58 hospedeiros diferentes. Foram registrados novos hospedeiros para tetraniquídeos no Brasil, na América do Sul e no mundo, para 11 espécies: Eutetranychus banksi (McGregor); Mononychellus tanajoa (Bondar); Oligonychus anonae Paschoal; O. mangiferus (Rahman & Sapra); Tetranychus bastosi Tuttle, Baker & Sales; T. evansi Baker & Pritchard; T. ludeni Zacher; T. mexicanus (McGregor); T. neocaledonicus André; e T. urticae Koch. Novas ocorrências foram registradas em localidades no Brasil para Eotetranychus tremae De Leon; O. anonae; Panonychus ulmi (Koch); e T. gloveri Baker & Pritchard. Eotetranychus smithi Pritchard & Baker foi relatado pela primeira vez no Brasil. Quatro novas espécies foram descritas: duas do gênero Oligonychus Berlese, em uva (Vitis vinifera L.) e rosa (Rosa sp.) em Minas Gerais; e duas dos gêneros Monoceronychus McGregor e Schizotetranychus Tragardh, ambas em capim coqueirinho (Eustachys distichophylla Lag. Nees) no Rio Grande do Sul. Visando a obtenção de informações sobre a variabilidade genética, filogenia e estrutura de populações de T. urticae no Brasil e no mundo foram realizadas análises filogenéticas e de variância molecular (AMOVA) baseadas em sequências do DNA ribossômico (ITS) e mitocondrial (COI) de 22 populações coletadas no Brasil e 33 na Região Paleártica (França, Espanha Peninsular, Ilhas Canárias, Grécia, Síria, Tunísia, Polônia e Noruega). Primeiramente, as sequências de T. urticae obtidas foram analisadas conjuntamente com aquelas de espécies próximas pertencentes ao grupo telarius disponíveis no GenBank, incluindo o seu possível sinônimo, T. cinnabarinus Boisduval. Nessa investigação foram detectadas incoerências que levaram ao questionamento da confiabilidade de dados moleculares disponibilizados no GenBank. Entre as sequências incluídas nas analises moleculares, cerca de 30% de erro aparente de identificação taxonômica foi detectado, especialmente para T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai Kishida e T. truncatus Ehara. As possíveis causas foram discutidas e sugestões apontadas para aumentar a confiabilidade das informações nos bancos públicos de dados moleculares e no delineamento de novos estudos. Em seguida, considerando um conjunto de dados constituído unicamente por sequências de T. urticae, foram conduzidas as analises moleculares que indicaram a ocorrência de estruturação genética nas populações de T. urticae em função da localidade geográfica de ocorrência das mesmas. Entretanto, o efeito da planta hospedeira não foi observado. A diversidade haplotípica, inferida pelas duas regiões do genoma (ITS e COI) analisadas foi maior entre os países banhados pelo mar Mediterrâneo. Não se observou variabilidade genética entre as populações de T. urticae coletadas nas cinco Regiões do Brasil quando se avaliou a região ITS. A presença de dois haplótipos mitocondriais (COI) foi constatada no Brasil, um compartilhado com a França, Espanha e Ilhas Canárias e outro com o Japão. Foi discutida a necessidade de novas pesquisas incluindo coletas e analises de material proveniente de regiões geográficas do mundo ainda não amostradas e de um maior número de populações em alguns países já investigados. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT The Tetranychidae family contains a large number of strictly phytophagous mites and includes important pests to the national and global agriculture. The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae Koch (Prostigmata: Tetranychidae), is a cosmopolitan and polyphagous species, and is remarkable for the high losses caused to the crops. In Brazil T. urticae is one of the three main pest mites. Many aspects about systematic, biology, feeding habits, and control have been studied to this species. Although the unquestionable progress on the studies on tetranychid mites in Brazil, is important expand the research to new regions in the country in plant hosts not yet evaluated. Exploiting new areas of knowledge as molecular aspects allow to access information on genetic variability, phylogeny and genetic structure of populations may also contribute to the knowledge of this important family of phytophagous mites in the country. In this study it was conducted a survey of Tetranychidae mites on 15 States and the Federal District and 550 samples of 120 plant species were collected. Tetranychid mite infestations were confirmed on 58 plant species. New hosts to tetranychid in Brazil, South America or worldwide were reported to 11 mite species: Eutetranychus banksi (McGregor); Mononychellus tanajoa (Bondar); Oligonychus anonae Paschoal; O. mangiferus (Rahman & Sapra); Tetranychus bastosi Tuttle, Baker & Sales; T. evansi Baker & Pritchard; T. ludeni Zacher; T. mexicanus (McGregor); T. neocaledonicus André; and T. urticae Koch. New localities in Brazil were recorded to Eotetranychus tremae De Leon; O. anonae; Panonychus ulmi (Koch); and T. gloveri Baker & Pritchard. Eotetranychus smithi Pritchard & Baker was reported for the first time in Brazil. Four new species were identified as new for science: two belonging to Oligonychus Berlese genus, on grape (Vitis vinifera L.) and rose (Rosa sp.) from Minas Gerais; and two belonging to Monoceronychus McGregor and Schizotetranychus Tragardh genera, both from weeping fingergrass (Eustachys distichophylla Lag. Nees) from Rio Grande do Sul. Aiming to obtain information on genetic variability, phylogeny and structure of populations of T. urticae in Brazil and worldwide phylogenetic and molecular variance analysis (AMOVA) were conducted from DNA ribosomal (ITS) and mitochondrial sequences (COI). Samples of T. urticae from Brazil (22) and the Paleartic region (33) (France, Peninsular Spain, Canary Islands, Greece, Syria, Tunisia, Poland and Norwegian) were studied. Firstly T. urticae sequences obtained during this study were jointly analyzed with sequences of close species belonging to telarius group available in GenBank, including those of T. cinnabarinus Boisduval, a supposed synonym. Inconsistencies were detected during this investigation whose lead to make questions on the reliability of molecular data available in GenBank. About 30% of probable mistakes on the taxonomic identification were detected on sequences included in the analysis, especially to T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai Kishida and T. truncatus Ehara. Probable causes to these mistakes were discussed and suggestions to increase the reliability of information from public molecular databases were pointed. Then, considering a dataset established with only T. urticae sequences, the molecular analysis were performed and the results indicated the occurrence of genetic structure of the T. urticae analyzed populations according to its geographic collection locality. However, the effect of the host plant was not observed. The haplotypic diversity inferred since genomic regions (ITS and COI) was higher among the Mediterranean countries. Genetic variability was not observed among populations from different regions in Brazil from where the ITS region was assessed. Two COI haplotypes were found in the Brazilian populations, one of them also present in France, Spain and the Canary Islands and the other in Japan. Further studies are needed to fully validate the obtained results with biological material from unexplored geographical regions and increasing the number of populations collected for studied countries.

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Nikolic, Natacha. "Diversité génétique et taille efficace chez les populations de poissons sauvages : le cas du saumon atlantique un poisson migrateur amphihalin menacé." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/576/.

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Ces travaux de thèse se sont intéressés principalement à la diversité génétique et à la taille efficace (Ne) de stocks de poissons sauvages amphihalins migrateurs en danger, le Saumon atlantique (Salmo salar). Pour cela, quatre populations ont été choisies en Europe du Nord (Ecosse) et en Europe du Sud (France) pour leurs différences de structure et de mode de gestion. Ces travaux ont abouti au développement de deux nouveaux modèles. DemoDivMS prédit la diversité génétique d'une population dont le scénario évolutif, donné par l'utilisateur, décrit des variations de Ne au cours des générations antérieures. VarEff cherche à estimer les tailles efficaces, au moment de l'échantillonnage et passées, en s'appuyant sur des calculs analytiques directs raccourcissant les temps de calculs This thesis was concerned mainly with the genetic diversity and the effective size (Ne) of wild fish stocks of diadromous migratory endangered Atlantic salmon (Salmo salar). For this, four populations were chosen in the northern (Scotland) and southern (France) part of Europe for their differences in their structure and management. This work led to the development of two new models. DemoDivMS predicted genetic diversity of a population whose evolutionary scenario, given by the user, describes variations of Ne during the previous generations. VarEff tries to estimate the effective sizes, sampling time and pasts, based on direct analytical calculations to shorten the time of calculations

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Hassane, Elhadji Adakal. "Etude intégrative de la structuration des populations d’Ehrlichia ruminantium dans la zone de Békuy, Burkina Faso : application à la formulation d'un vaccin efficace contre la cowdriose." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20263.

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Abstract:

La cowdriose empêche en Afrique subsaharienne, l'importation de races bovines et ovines plus productives et condamne les éleveurs à une production de faible valeur ajoutée. La façon la plus efficace pour protéger les troupeaux serait de développer une stratégie vaccinale efficace. Nous avons délimité un territoire d'étude précis en zone d'enzootie, la région de Békuy. Nous avons d'abord évalué par protection croisée, le potentiel vaccinal des souches Welgevonden et Gardel puis réalisé des essais vaccinaux sur le terrain. La protection est limitée et variable selon les sites. L'ajout d'une souche locale, Bekuy 242, augmente significativement la protection. Maladie vectorielle, la dynamique de la cowdriose est influencée par celle du vecteur Amblyomma variegatum. Le comportement des tiques ainsi que les méthodes de lutte couramment utilisées par les éleveurs du Burkina Faso ont été analysés. L'utilisation des acaricides est anarchique mais aucune résistance n'est détectée. L'étude du comportement des nymphes d'A. Variegatum a permis d'envisager une gestion raisonnée des déplacements des bovins en saison sèche. Ceci a débouché sur un plan d'échantillonnage précis sur la zone d'étude permettant d'étudier la diversité génétique des souches d'E. Ruminantium. Un schéma MLST a été développé et appliqué aux souches récoltées sur deux années. L'analyse statistique du polymorphisme ADN et des profils évolutifs a montré qu'il existe une population en stase génomique à partir de laquelle une population en expansion rapide a récemment émergé de façon clonale. Une stratégie vaccinale à l'échelle régionale voire locale serait mieux adaptée et un projet de recherche en ce sens est intégré à la thèse Heartwater contributes in Sub-Saharan areas to the reduction of stockbreeders' income. Indeed, exotic cattle or Sahelian sheep introduce in enzootic area in order to increase local livestock production face mortalities due to the disease. The most effective way to protect susceptible animals would be to develop an effective vaccine strategy. We delimited a study area and assessed by cross-protection, the efficacy of the Welgevonden and Gardel vaccines and then carried out field vaccination trials. Adding the local strain Bekuy 242 to Gardel increased protection significantly. Heartwater being a vector-borne disease, the control of ticks to a sound threshold would reduce the transmission and would ensure the establishment of enzootic stability. The analysis of current tick control practices in Burkina Faso showed that no rule applies. However, no resistance has been reported yet. Drop-off behaviour of nymphs was analysed and led to an optimised management of alternate grazing on community pasture to reduce cattle infestation during the rainy season by adult ticks and, consequently, acaricide treatments. This led to a specific sampling scheme within the study zone to analyse the genetic diversity and evolutionary patterns of E. Ruminantium. A MLST scheme was developed and applied to strains collected over two year. Statistical analysis of DNA polymorphism and evolutionary trends showed that there is a core population in genomic stasis from which a population in fast expansion has recently emerged in a clonal way. Implementing a regional, or even a local, vaccine strategy might be more relevant and corresponding research grant proposal is attached to the thesis

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Martenot, Claire. "Les variants de l'Ostreid Herpesvirus 1 (OsHV-1) et l'étude de l'infectiosité de l'OsHV-1 uVar chez l'huitre creuse Crassostrea gigas (Thunberg, 1793)." Caen, 2013. http://www.theses.fr/2013CAEN2098.

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Guinand, Bruno. "Rôles d'éléments de statistique multivariée dans la mise en évidence de la différenciation populationnelle : exemples et potentialités." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10172.

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Abstract:

La differenciation d'entites biologiques ou de populations chez les organismes aquatiques, ainsi que la mise en evidence de leur fonctionnement ou de leur evolution au sein d'un ou entre differents hydrosystemes est une idee forte de l'ecologie aquatique dont la resolution ne peut passer que par l'utilisation de concepts d'autres disciplines (genetique des populations, biologie evolutive). Nous essayons de rendre compte de ces problematiques sur des modeles biologiques divers, dans des situations ecologiques constrastees et a differentes echelles d'espace. Le point central liant ces disciplines se situe dans le domaine de la statistique multivariee. La premiere partie propose et illustre sur quatre modeles biologiques le role d'un modele multivariee baptise dans le champ de la genetique des populations constant row total-multiple correspondence analysis permettant l'estimation multivariee de f#s#t, quantite exprimant la differenciation genetique. L'utilisation de ce modele evite un certain nombre de desagrements de certaines methodes classiques. La seconde partie entreprend a l'aide de procedures d'analyse d'images, d'approximations splines et d'analyse en composantes principales sur des fonctions, d'exprimer la differenciation inter- et intra-populationnelle sur des patrons de coloration d'une larve d'insecte aquatique (hydropsyche contubernalis, trichoptere). Cette etude porte sur le patron de coloration general de la capsule cephalique de l'animal, puis sur un patron de coloration (a)symetrique. Coloration et asymetrie sont deux sujets essentiels de la biologie evolutive et de la genetique des populations. Nous montrons qu'il est possible d'etablir des differenciations significatives entre stations et de rendre compte de structures populationnelles variees. Dans la conclusion, nous etendons le debat pour qu'un lien plus important s'etablisse entre les disciplines que sont l'ecologie aquatique et la biologie evolutive d'une part, entre la biologie evolutive et la statistique multivariee d'autre part

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Lupoli, Roland. "Recherches sur la caractérisation intraspécifique moléculaire et biologique des pucerons en vue de son application à l'épidémiologie des virus de type non persistant." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20101.

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Abstract:

Un critere de differenciation des populations de pucerons reposant sur les techniques d'hybridation a l'aide d'une sonde d'adn ribosomal a ete obtenu. La variabilite observee est liee aux regions non transcrites de l'adn ribosomal. Elle n'est pas la meme chez toutes les especes de pucerons: on l'observe a l'echelle d'un meme champ avec rhopalosiphum maidis, et a l'echelle de plusieurs centraines de kilometres chez aphis gossypii. L'efficacite de transmission d'un virus de type non persistant est un caractere stable au cours du temps chez un meme clone de puceron en conditions controlees. A l'echelle regionale, l'amplitude de ce caractere est faible chez aphis gossypii. Les utilisations de ces methodologies pour suivre les deplacements des pucerons ou evaluer les risques d'introduction de populations virales sont discutees

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Msanda, Fouad. "Ecologie et cartographie des groupements végétaux d'Anzi (anti-atlas occidental, Maroc) et contribution à l'étude de la diversité génétique de l'arganier (Argania spinosa (L. ) Skeels)." Grenoble 1, 1993. http://www.theses.fr/1993GRE10084.

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Abstract:

La diversite biologique du cercle d'anzi est apprehendee sous trois formes etroitement liees: specifique, pedologique et genetique. La premiere partie approfondit nos connaissances sur le climat et tente une estimation de l'evolution de l'arganeraie au cours des trente dernieres annees. Sont aussi developpees une analyse frequentielle et une etude chronologique de longues series de precipitations. La deuxieme partie presente la carte de la vegetation spontanee et montre l'impact de l'homme sur l'environnement. Quatre communautes vegetales correspondant a de nombreuses sous-associations et facies sont decrites et leurs exigences ecologiques precisees. La troisieme partie presente la zonation bioclimatique des sols, tous caracterises par un appauvrissement de leur horizon de surface et une importante argilisation. A l'inframediterraneen, les sols sont brun-rouge subarides et rouges fersiallitiques appauvris et satures; au thermomediterraneen le sol climacique est un sol fersiallitique generalement desature et tres appauvri. La quatrieme partie traduit la microevolution chez l'arganier en mesurant le niveau de polymorphisme des feuilles et en determinant son regime de reproduction. La variation est plus grande a l'interieur de chaque population qu'entre populations elles-memes et l'analyse des descendances conforme que l'arganier est bien allogame dans de grandes proportions

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Durand, Sylvine. "Mécanismes évolutifs à la base du maintien de la diversité génétique et conséquences adaptatives chez l'isopode terrestre armadillidium vulgare." Thesis, Poitiers, 2017. http://www.theses.fr/2017POIT2287/document.

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Abstract:

La diversité génétique est un paramètre capital pour les populations comme pour les individus. Ainsi, l'hétérozygotie confère généralement un avantage de valeur sélective aux individus dans de nombreux taxa, et il existe divers processus de sélection sexuelle permettant d'optimiser l'hétérozygotie de la descendance. Nous avons testé ces hypothèses chez l'isopode terrestre Armadillidium vulgare. Nous avons pu mettre en évidence un meilleur succès reproducteur des mâles les plus hétérozygotes, qui peut résulter de la compétition intrasexuelle comme du choix de partenaire, ainsi que d'un choix pour un partenaire génétiquement dissimilaire. Ces deux processus ont pour conséquence d'augmenter l'hétérozygotie des descendants. Nous avons aussi décrit pour la première fois un fort taux de paternité multiple dans les populations naturelles comme expérimentales, augmentant la richesse allélique des portées et permettant à la sélection sexuelle post-copulatoire d'avoir lieu. De plus, nous avons pu observer que les animaux les plus hétérozygotes survivent mieux face à une infection bactérienne, probablement via une meilleure tolérance. Les individus les plus hétérozygotes sont également plus gros à âge équivalent, ce qui revêt une importance particulière pour les femelles puisqu'une grande taille leur confère une meilleure fécondité. Ces résultats suggèrent que divers mécanismes sont à l'origine du maintien de la diversité génétique dans les populations d'A. vulgare et confèrent aux individus une meilleure valeur sélective. Ainsi les populations de cet isopode terrestre possèdent vraisemblablement un potentiel adaptatif important permettant leur maintien à long terme Genetic diversity is a crucial parameter for both populations and individuals. As such, heterozygosity often confers a selective advantage to individuals in numerous taxa, and sexual selection processes can result in an optimisation of offspring heterozygosity. We tested these hypotheses in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. In this work, we highlighted a higher reproductive success for more heterozygous males, which could result from both intrasexual competition and mate choice, as well as a choice for a genetically dissimilar partner. These two processes result in an increase in offspring heterozygosity. Moreover, we described for the first time a high rate of multiple paternity in natural as well as in experimental populations, increasing brood allelic richness and allowing post-copulatory sexual selection processes. Besides, we showed that more heterozygous individuals survive better when confronted to a bacterial infection, probably through a better tolerance. More heterozygous individuals are also bigger at the same age, which is particularly important in females because a big size leads to a higher fecundity. These results suggest that various mechanisms result in genetic diversity maintenance in A. vulgare populations and confer a better fitness to individuals. Thereby, it is likely that populations of this terrestrial isopod possess a high adaptive potential enabling their long-term maintenance

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Faucher, Leslie. "Histoire évolutive de deux espèces d’amphibiens pionnières, le Pélodyte ponctué et le Crapaud calamite, en milieu fortement anthropisé." Thesis, Lille 1, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL10159/document.

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Abstract:

La perte et la fragmentation des habitats générées par les activités humaines érodent la diversité génétique intra-spécifique, entrainant l’extinction de populations chez de nombreuses espèces. Paradoxalement, des habitats artificiels comme les terrils du nord de la France favorisent l’installation de populations sauvages. Néanmoins leur localisation au sein d’un paysage très anthropisé interroge sur la pérennité des populations qu’ils hébergent. Cette étude visait à étudier la diversité génétique neutre des populations de Bufo calamita et Pelodytes punctatus, deux espèces d’amphibiens établies dans le bassin houiller et dans des habitats littoraux plus sauvages. Des approches de génétique des populations ont permis de décrire les effets de différents processus micro-évolutifs sur les niveaux de diversité génétique, depuis le processus biogéographique de colonisation des terrils jusqu’au régime d’appariement dans une population, en passant par une analyse multi-espèces de la connectivité paysagère. Les populations de B. calamita du bassin houiller présentent de forts niveaux de diversité génétique pouvant résulter d’introductions d’individus de diverses localités. Toutefois, dans le bassin houiller, une forte différenciation génétique s’observe chez les deux espèces. Cela s’explique au moins en partie par la présence de barrières aux flux de gènes entre populations qui, à long terme, pourrait compromettre le maintien des populations. Enfin, le succès reproducteur inégal des mâles de B. calamita, qui pourrait induire des baisses de niveau diversité génétique intra-population, semble associé à une compétition entre mâles et implique plusieurs stratégies d’appariements Human activities induce habitat loss and fragmentation that have an erosive effect on the level of intraspecific genetic diversity, decreasing the individual fitness and jeopardizing populations’ adaptive capability. Conversely, new human-made areas, such as spoil heaps of northern France, can provide suitable habitats for pioneering species. Spoil heaps being part of a highly human-fragmented landscape, the likelihood of population persistence is questioned given the scarcity of suitable habitats and the occurrence of potential barriers to dispersal. We studied the intraspecific genetic diversity of two anurans, Pelodytes punctatus and Bufo calamita, located in coalfield areas and semi-natural coastal habitats. We focused on the effects of micro-evolutionary processes of genetic drift and gene flow in shaping genetic structure. We studied (i) the biogeographical history of colonization of coalfield areas in B. calamita, (ii) the landscape connectivity using a multispecies approach, and (iii) the evolutionary determinants of variance in breeding success in B. calamita. In coalfield areas, B. calamita populations showed high levels of genetic diversity suggesting several independent colonization events. Nonetheless, marked local genetic discontinuities were observed within coalfield areas for both species, suggesting occurrence of environmental barriers impeding gene flow that may compromise population viability. Within a B. calamita population, we observed a polygynous mating system involving a possible decrease in genetic diversity. Our results suggested that variance in male mating success was linked to male-male competition and may imply distinct mating strategies

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Avignon, Solène. "Impact de l'évolution spatio-temporelle de la limite septentrionale de répartition sur des traits de vie chez la daurade royale Sparus aurata." Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2017. http://www.theses.fr/2017MNHN0028/document.

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Abstract:

La daurade royale (Sparus aurata) est une espèce de sparidé dont l’aire de répartition s’étend des côtes du Sénégal à l’Irlande, et est commune en mer Méditerranée. Elle est considérée comme rare en limite nord de répartition (Manche, mer d’Irlande et mer du Nord). Depuis une dizaine d’années, l’abondance d’individus pêchés en limite nord ne cesse d’augmenter. Ce phénomène peut être expliqué par l’évolution septentrionale de son aire de répartition, en lien avec le réchauffement climatique. Aucune donnée écologique sur les populations de cette espèce en limite nord de répartition, devenues une ressource de pêche en Manche, n’est actuellement publiée dans la littérature. Les traits de vie de S. aurata ont été étudiés face à la modification spatio-temporelle de son aire de répartition, via l’analyse du régime alimentaire, de la croissance et des déplacements côtiers. D’autre part, l’étude a conduit à l’analyse de la structure de ces populations septentrionales par une approche multi-marqueur couplant la génétique et la microchimie des otolithes.L’analyse des contenus stomacaux des populations de S. aurata en limite nord de répartition confirme un régime opportuniste, avec une forte proportion d’espèces-proies du genre Mytilus. Malgré un régime alimentaire similaire, la croissance des individus est, quant à elle, plus faible que celle observée sur des individus de mer Méditerranée, ce phénomène étant conditionné par les paramètres du milieu (température, salinité). Les variations élémentaires des otolithes ont permis de caractériser les migrations côtières lors des premières années de vie des poissons avec un passage en mer en hiver et la fréquentation de zones côtières. Cela suggère la présence de zones de nourricerie le long du pourtour atlantique et de la Manche. Une variabilité inter-individuelle a été mise en évidence suggérant une plasticité comportementale des individus. Les approches de génétique, combinant l’emploi de marqueurs mitochondriaux et des microsatellites, et de microchimie des otolithes ont mis en évidence l’absence de structure au sein des populations en limite nord de répartition. Ce phénomène concorde avec la colonisation récente des populations. Cependant, une différenciation entre les individus échantillonnés le plus au sud et ceux en limite nord d’échantillonnage a été mise en évidence, suggérant peu de mélange génétique. Les allèles communs entre les individus échantillonnés évoquent une colonisation des individus de proche en proche depuis la mer Méditerranée. Des différences génétiques et de traits de vie ont été observées entre les individus échantillonnés en Manche, suggérant l’existence d’une barrière biogéographique au sein de cet environnement. La présence de conditions environnementales favorables constitue un atout majeur pour cette espèce prédatrice qui semble présenter une capacité d’acclimatation importante. L’ensemble des approches abordées dans le cadre de ces travaux ont permis d’apporter les premières données sur les traits de vie et la structure des populations d’une espèce à fort intérêt commercial dans une zone d’expansion récente en lien avec des modifications globales des conditions environnementales The gilthead seabream (Sparus aurata) is a sparidae species whose natural distribution stretches from Senegal to Ireland coasts, with its common habitat in the Mediterranean Sea. This species is still considered as rare in its northern limit of distribution. For a decade, the abundance of individuals caught in the northern limit (English Channel, Irish Sea and North Sea), has increased. This species is now a fishing resources in the English Channel. This phenomenon, in link with global warming, is explained by the northern expansion of its distribution range. No ecological data about this species in northern distribution range is currently published. Life history traits of S. aurata in relation to the spatio-temporal modification of its distribution range has been studied, through diet, growth and sea/coastal movement analysis. On the other hand, the population structure analysis of these northern populations has been done with a multi-marker approach coupling the genetics and otolith microchemistry.Analysis of the stomach contents of S. aurata at the northern range confirms an opportunistic diet with a high proportion of prey species from the genus Mytilus. The growth of individuals is lower than that observed on individuals in the Mediterranean Sea. This phenomenon is conditioned by environmental parameters (temperature, salinity) at the distribution range limit. Elemental composition of the otoliths allowed us to characterize the sea/coastal migrations during the first year of life, with a sea transition in winter and the occupation of coastal zones. A variability between individuals has been observed as a behavioral plasticity of individuals. This suggests the presence of nursery areas along the Atlantic and Channel Sea coasts. Otolith microchemistry and genetic approaches, combining the use of mitochondrial and microsatellites markers, have demonstrated the lack of structure within populations at the northern distribution range. This phenomenon matches with the recent population colonization. However, a differentiation was identified between the most southern individuals sampled and those at the northern sampling boundary, suggesting little genetic mixing. Common alleles between individuals suggest a “step by step” colonization of individuals from the Mediterranean Sea. Genetic and life history traits differences were observed between individuals sampled in the Channel Sea, suggesting a biogeographic barrier within this environment.Favorable environmental conditions are a major asset for this predatory species, which appears to have a huge acclimatization ability. All the various approaches discussed in this work have then made it possible to provide the first data on the life characteristics and the population structure of a species with a high commercial interest on the northern range of its distribution

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Dissertations / Theses on the topic 'Génétique animale – Variabilité'

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