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1
BOICHARD, D., P. LE ROY, H. LEVÉZIEL, and J. M. ELSEN. "Utilisation des marqueurs moléculaires en génétique animale." INRAE Productions Animales 11, no. 1 (1998): 67–80. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1998.11.1.3918.
Full textAbstract:

 
 
 
 Grâce aux progrès récents de la biologie moléculaire, en particulier la découverte des séquences microsatellites et la technique d’amplification des séquences d’ADN par PCR, de nombreux marqueurs génétiques sont maintenant disponibles et organisés en cartes génétiques dans la plupart des espèces d’élevage. Cet article présente d’abord les principales propriétés des marqueurs génétiques, en particulier le polymorphisme et la liaison, qui permettent d’identifier et de suivre des segments chromosomiques entre générations. Il décrit ensuite les principales applications possibles des marqueurs dans la gestion des populations et l’analyse de leur variabilité génétique, et il met l’accent sur l’application la plus développée à l’heure actuelle, la détection des principales régions chromosomiques (ou QTL) impliquées dans le déterminisme des caractères d’intérêt économique, préliminaire indispensable à leur utilisation par sélection assistée par marqueurs ou introgression. Enfin, cet article présente succinctement les méthodes, en particulier celles basées sur la cartographie comparée, pour passer des marqueurs aux gènes responsables de la variabilité génétique des caractères d’intérêt, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués et à une utilisation plus facile et plus généralisable des résultats.
 
 
 
2
BRUN, J. M. "Les bases de la génétique quantitative : Définition et mesure des paramètres du croisement." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 101–5. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4271.
Full textAbstract:
Comment décrire la variabilité génétique qui existe entre les valeurs moyennes des différents types génétiques issus d’un plan de croisement entre plusieurs populations ? Comment prédire la valeur moyenne des nombreux types génétiques que l’on peut obtenir, en fonction du système de croisement pratiqué, à partir de n populations parentales disponibles ? Ces questions illustrent les deux grandes fonctions des paramètres du croisement : l’analyse génétique et l’amélioration génétique. Contrairement aux paramètres qui décrivent la variabilité génétique intra-population des variances, les paramètres du croisement sont des effets fixés caractérisant les populations parentales étudiées. La première partie de l’article est consacrée à la modélisation du croisement. Nous présentons et analysons les "ingrédients" communs à de nombreux modèles du croisement : (1) les notions de "composante individuelle (ou directe)" et de "composante maternelle" (voire grand-maternelle) de la valeur moyenne d’un croisement, (2) les notions "d’effets moyens (ou additifs) des races parentales" et "d’effets d’hétérosis", (3) les composantes de l’hétérosis respectivement liées à la "dominance" et à "l’épistasie". L’hétérosis, ou "vigueur hybride", fait l’objet d’un développement particulier concernant ses facteurs de variation, ses mécanismes et leurs conséquences pour la prédiction de l’hétérosis à partir du degré d’hétérozygotie. On présente les paramètres du modèle de Dickerson (1969), qui est le plus utilisé en génétique animale : les effets additifs respectivement direct, maternel et grand-maternel (go, gm, gn), les effets d’hétérosis liés à la dominance respectivement direct et maternel (ho et hm) et les pertes épistatiques par recombinaison (ro et rm). La deuxième partie de l’article est consacrée aux protocoles d’estimation des paramètres de Dickerson. Enfin un exemple d’estimation illustre à la fois l’application du modèle de Dickerson à un dispositif diallèle (tous les croisements possibles entre n races prises 2 à 2) et une méthode simple d’estimation des paramètres du croisement.
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BOUQUET, A., G. RENAND, and F. PHOCAS. "Evolution de la diversité génétique des populations françaises de bovins allaitants spécialisés de 1979 à 2008." INRAE Productions Animales 22, no. 4 (2009): 317–30. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2009.22.4.3357.
Full textAbstract:
Cet article présente un bilan de la variabilité génétique des trois principales populations bovines allaitantes françaises en contrôle de performances (CP). Des noyaux de sélection diffusent largement des taureaux de monte naturelle (MN) ou d’insémination animale (IA) utilisés dans le reste des élevages de production au CP. La connaissance des généalogies est bonne dans les trois races mais est hétérogène entre élevages de sélection et de production. Les taux d’accroissement de consanguinité estimés sont faibles à modérés dans les populations Limousine, Charolaise et Blonde d’Aquitaine (environ 0,01, 0,1 et 0,2% par génération, respectivement) et correspondent à des effectifs génétiques relativement élevés (>1000, 601 et 247). Les effectifs génétiques estimés sont plus faibles dans les noyaux de sélection des reproducteurs de MN et d’IA que dans l’ensemble des élevages en CP mais ils restent importants. L’évolution des statistiques dérivées des probabilités d’origine des gènes montre l’existence de goulets d’étranglement anciens dans la population Blonde d’Aquitaine et plus récents dans les populations Charolaise et Limousine. Ces goulets résultent de l’utilisation de l’IA historiquement forte dans la population Blonde d’Aquitaine et plus modérée mais en constante augmentation dans les populations Charolaise et Limousine. Pour préserver la variabilité génétique toujours disponible dans ces populations, il conviendrait de recruter dans les programmes de sélection des taureaux d’IA une proportion suffisante de mâles issus de taureaux de MN et de veiller à équilibrer les contributions des pères à taureaux aux différentes séries de testage.
4
GELLIN, J., and H. LEVÉZIEL. "Stratégie d’établissement des cartes géniques des espèces d’élevage." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 281–86. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4305.
Full textAbstract:
Au sein des différents pays impliqués dans les programmes de la CEE (BRIDGE et BIOTECH), la structure de recherche française est sans doute à l’heure actuelle, par le nombre de chercheurs, par l’ensemble des secteurs méthodologiques couverts, et par l’ensemble des soutiens dont elle dispose au niveau du Département de Génétique Animale, le regroupement le plus important travaillant sur la cartographie génique des porcs et des bovins. L’activité essentielle de cartographie chez les porcins et les bovins sera de définir, le long du génome, un certain nombre "d’étiquettes" (des microsatellites) permettant d’établir un premier réseau de marques génétiques espacées de 20 cM dont certains seront localisés précisement sur les chromosomes. Cette connaissance recueillie sur le génome sera intégrée aux analyses quantitatives actuelles grâce la mise en oeuvre de nouveaux concepts d’analyse génétique (programme INRA : PRODIGE-MMM). Elle permettra une évolution précoce des génotypes, une amélioration des méthodes d’identification des animaux et de vérification des filiations, la mise en évidence de régions du génome intervenant dans la variabilité de caractères quantitatifs (QTL), une appréciation de la diversité génétique des races. Les connaissances obtenues seront également utiles à la compréhension de certains aspects du génome humain, notamment le séquençage de eDNAs et la recherche de QTL difficile à étudier directement chez l’homme.
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ARCHIMÈDE, H., D. BASTIANELLI, M. BOVAL, G. TRAN, and D. SAUVANT. "Ressources tropicales : disponibilité et valeur alimentaire." INRAE Productions Animales 24, no. 1 (2011): 23–40. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.1.3235.
Full textAbstract:
La disponibilité et les facteurs de variation de la valeur alimentaire des ressources végétales tropicales et des sous-produits de l’agro-industrie sont présentés dans cette synthèse. Les ressources alimentaires utilisées sont très variées (herbes, arbres fourragers, céréales, tubercules, coproduits de culture, sous-produits de l’agro-industrie) à l’image de la grande diversité des systèmes de production plus ou moins intensifiés, avec un niveau d’intégration variable des cultures et de l’élevage. Les matières premières peuvent être identiques à celles utilisées dans les zones tempérées (soja, maïs), notamment dans les ateliers modernes. Elles peuvent aussi se singulariser par leur origine botanique (sorgho, tubercules, fourrages, arbres fourragers), leur composition (présence fréquente de métabolites secondaires) et les traitements technologiques (coproduits d’industries agroalimentaires artisanales) qu’elles ont pu subir. Il y a une grande variabilité de la valeur alimentaire intra et inter-ressources. Quelle que soit l’espèce animale considérée, des ressources aux valeurs énergétiques élevées similaires ou proches d’homologues tempérés sont disponibles. Les nombreuses ressources «protéiques» ont en revanche des valeurs qui ne « rivalisent » qu’exceptionnellement avec le soja. Des stratégies particulières d’utilisation de certaines ressources sont nécessaires du fait de la présence de métabolites secondaires aux activités antinutritionnelles. En intra-ressource, les variabilités induites par la gestion (âge du fourrage, mode d’alimentation…) et la technologie utilisée (élimination de facteurs antinutritionnels, mode d’extraction, usinage des grains de céréales) qui affectent aussi bien la valeur énergétique que protéique, sont souvent supérieures à celles résultant de la génétique. Des ressources de bonne valeur alimentaire sont donc disponibles en zone tropicale à condition d’y appliquer la bonne gestion et de choisir l’espèce animale adéquate pour leur valorisation. L’information accumulée sur la valeur alimentaire des ressources tropicales est abondante. L’accès aux données n’est pas toujours aisé du fait des stratégies de publication souvent ciblée sur l’échelle régionale. L’information peut être partielle (certains critères de la composition chimique). Les résultats peuvent être fortement liés au contexte dans lequel ces données ont été produites ce qui limite leur généralisation. Une étape importante pour l’avenir serait le regroupement de ces données avec la perspective de dégager des lois générales tel que permet de l’envisager le projet en cours de tables de valeur alimentaire (AFZ-INRA-CIRAD).
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VERRIER, E. "La gestion des populations : La gestion génétique des petites populations." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 265–71. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4302.
Full textAbstract:
La conservation des races animales domestiques menacées dans leurs effectifs est un élément de la gestion des ressources génétiques exploitables par l’agriculture. Les programmes de conservation comportent, outre des actions visant à assurer une place de ces races dans l’économie, un volet de gestion génétique. L’objet de ce dernier est d’éviter au sein de ce type de populations, dont les effectifs sont limités, une élévation trop rapide de la consanguinité et la réduction concomitante de la variabilité génétigue. Des outils de description de cette variabilité, comme les coefficients de parenté et de consanguinité ou les probabilités d’origine des gènes, permettent de raisonner les méthodes de gestion génétique, qui reposent sur l’uniformisation des tailles de descendance entre les reproducteurs, et la division des populations en groupes de reproduction. Les exemples de la race ovine Solognote et de la race bovine Parthenaise permettent d’illustrer l’efficacité de ces méthodes. Ils permettent également de souligner l’importance de définir des règles de gestion suffisamment simples pour être appliquées en pratique, et l’absolue nécessité qu’il y a de trouver des débouchés économiques viables pour ces races qui ont été délaissées par les systèmes de production habituels.
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BIDANEL, J. P., P. LE ROY, L. OLLIVIER, et al. "Etablissement et utilisation de la carte génétique porcine." INRAE Productions Animales 9, no. 4 (1996): 299–310. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.4.4063.
Full textAbstract:
Des programmes de cartographie des génomes des principales espèces animales d’intérêt économique se sont développés depuis quelques années. Cet article fait le point sur l’état d’avancement et les perspectives d’utilisation de la carte génétique porcine. Après une présentation des principes généraux de la cartographie génétique, les résultats des principaux programmes de cartographie du génome porcin sont présentés. Différentes perspectives d’utilisation des cartes génétiques sont ensuite évoquées. Les possibilités et les modalités d’utilisation des marqueurs génétiques pour la détection et la localisation de locus à effets quantitatifs (QTL) sont présentées. L’intérêt de la cartographie comparée pour l’identification des QTL est illustré à partir de l’exemple du système majeur d’histocompatibilité. Quelques perspectives d’utilisation de l’information apportée par les marqueurs dans les programmes d’amélioration génétique (introgression d’un gène, sélection assistée par marqueurs) sont ensuite évoquées. Enfin, les principaux programmes de recherche utilisant la carte génétique porcine actuellement en cours à l’INRA (programmes de localisation de gènes RN et MU, programme de recherche des QTL responsables de la variabilité génétique entre les races Meishan et Large White) sont présentés.
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BIDANEL, J. P., P. LE ROY, L. OLLIVIER, et al. "Etablissement et utilisation de la carte génétique porcine." INRAE Productions Animales 9, no. 4 (1996): 299–310. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.4.4070.
Full textAbstract:
Des programmes de cartographie des génomes des principales espèces animales d’intérêt économique se sont développés depuis quelques années. Cet article fait le point sur l’état d’avancement et les perspectives d’utilisation de la carte génétique porcine. Après une présentation des principes généraux de la cartographie génétique, les résultats des principaux programmes de cartographie du génome porcin sont présentés. Différentes perspectives d’utilisation des cartes génétiques sont ensuite évoquées. Les possibilités et les modalités d’utilisation des marqueurs génétiques pour la détection et la localisation de locus à effets quantitatifs (QTL) sont présentées. L’intérêt de la cartographie comparée pour l’identification des QTL est illustré à partir de l’exemple du système majeur d’histocompatibilité. Quelques perspectives d’utilisation de l’information apportée par les marqueurs dans les programmes d’amélioration génétique (introgression d’un gène, sélection assistée par marqueurs) sont ensuite évoquées. Enfin, les principaux programmes de recherche utilisant la carte génétique porcine actuellement en cours à l’INRA (programmes de localisation de gènes RN et MU, programme de recherche des QTL responsables de la variabilité génétique entre les races Meishan et Large White) sont présentés.
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VANDEPUTTE, M., and S. LAUNEY. "Quelle gestion génétique de la domestication chez les poissons ?" INRAE Productions Animales 17, no. 3 (2004): 237–42. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.3.3597.
Full textAbstract:
Depuis 1950, le nombre d’espèces de poissons en production est passée de 42 à 186. La grande diversité des espèces concernées, le caractère récent de la mise en élevage et l’existence de ressources génétiques sauvages pour la plupart des espèces font de la domestication une question récurrente en aquaculture. Les aspects génétiques de la domestication concernent deux aspects majeurs : la phase de mise au point des élevages et de création des souches de départ, et la gestion des populations au cours de l’élevage pour assurer à la fois l’efficacité de la production et le bien-être du poisson. Pour le premier aspect, les études existantes, peu nombreuses, indiquent qu’il est sans doute difficile de conclure sur les aptitudes d’une souche particulière à l’adaptation aux conditions d’élevage sur la simple base de sa variabilité génétique aux marqueurs neutres ou d’observations écologiques en milieu naturel. Un testage de souche peut être pratiqué avant la mise en élevage, mais, pour être pertinent, il doit être réalisé en conditions contrôlées, les plus proches possibles des conditions réelles d’élevage. Dans tous les cas, le choix d’une souche de départ ayant une base génétique la plus large possible et une bonne gestion des reproductions permet d’assurer le maintien de la variabilité génétique au cours des générations. Le processus de domestication s’accompagne de modifications d’un grand nombre de caractères, mais dont les mécanismes génétiques ne sont pas toujours maîtrisés. Il pourrait cependant être possible d’orienter volontairement l’évolution des caractères d’adaptation au milieu d’élevage, à l’aide de programmes de sélection artificielle dirigés.
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RENAND, G., and P. SELLIER. "Variabilité génétique du développement tissulaire. Apport des modèles génétiques." INRAE Productions Animales 9, no. 3 (1996): 212–16. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.3.4050.
Full text
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COLLEAU, J. J., and T. TRIBOUT. "Gestion optimisée de la variabilité génétique dans les populations porcines sélectionnées." INRAE Productions Animales 19, no. 5 (2006): 339–46. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2006.19.5.3500.
Full textAbstract:
Il est possible de modérer l’accroissement des coefficients de parenté et de consanguinité dans les populations sélectionnées en calculant les taux optimaux d’utilisation des reproducteurs, compte tenu de la diversité génétique existante, et en optimisant ensuite les accouplements. Les potentialités d’une telle approche ont été testées rétrospectivement sur la population Landrace Français en sélection en comparaison aux saillies réellement effectuées au cours d’une période test de 21 semaines. La contrainte majeure a été la conservation du niveau génétique moyen pour l’objectif global de sélection de la population, pour ne pas pénaliser le progrès génétique à court terme. En optimisant l’utilisation des verrats disponibles durant cette période, il aurait été possible de diminuer les coefficients de parenté et de consanguinité d’environ 20 %. Cette diminution aurait pu être portée à environ 30 % si en plus on avait optimisé le renouvellement et les réformes en considérant la variabilité génétique, toujours avec la même contrainte de niveau génétique inchangé par rapport au réel. A partir des résultats de cette dernière optimisation, il est possible de définir pour chaque individu un index synthétique pénalisé qui combine l’index synthétique actuel et une pénalité proportionnelle à sa parenté moyenne avec le reste de la population. Le coefficient de pondération de la parenté a été trouvé très élevé en dépit de la clause de conservation des niveaux génétiques pour l’index synthétique actuel. Ces résultats montrent l’intérêt qu’il y aurait à fournir à l’avenir, au moment de chaque évaluation génétique, les résultats de ces optimisations effectuées en continu, de manière à promouvoir la préservation de la variabilité génétique par les acteurs de la sélection.
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RENAND, G. "Variabilité génétique de la croissance musculaire et conséquences sur les qualités de la viande chez les bovins." INRAE Productions Animales 1, no. 2 (1988): 115–21. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1988.1.2.4442.
Full textAbstract:
Parmi les aptitudes bouchères, la vitesse de croissance musculaire représente le principal objectif de sélection pour améliorer l’efficacité de la production de viande bovine au niveau de l’éleveur, de l’engraisseur et du boucher. A cette fin, il est possible d’utiliser les races à viande spécialisées qui possèdent simultanément une forte vitesse de croissance et une teneur en muscle élevée. Vu l’importante variabilité génétique intra-race (coefficients d’héritabilité élevés) il est également possible d’améliorer la croissance musculaire par sélection, si toutefois la composition corporelle des animaux peut être estimée correctement. Les qualités de la viande font partie des objectifs d’amélioration des seuls transformateur et consommateur et ne sont pas prises en considération, jusqu’à présent, dans les programmes d’amélioration génétique des aptitudes bouchères. Les études de comparaison de races ou les estimations d’héritabilité intra-race montrent qu’il existe une variabilité génétique non négligeable des qualités de la viande, bien que nettement plus faible que celle de la croissance musculaire. Parmi les différents critères de qualité, ceux liés à la tendreté expriment la plus grande variabilité génétique. Les relations génétiques entre les qualités de la viande et la croissance musculaire estimées entre races ou intra-race ne permettent pas de conclure sur une possible modification de la tendreté lors d’une sélection sur la croissance musculaire.
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OLLIVIER, L., C. CHEVALET, and J. L. FOULLEY. "Utilisation des marqueurs pour la caractérisation des ressources génétiques." INRAE Productions Animales 13, HS (2000): 247–52. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3847.
Full textAbstract:
Un aperçu des méthodes de caractérisation des ressources génétiques basées sur les marqueurs moléculaires est présenté. La variabilité génétique entre races s’exprime généralement, à partir d’un ensemble de fréquences alléliques, sous la forme d’indices de fixation et de diversité génique, ainsi que de distances génétiques entre races. Ces dernières peuvent être converties en phylogénie, classification ou mesure globale de diversité. La richesse allélique est une information complémentaire intéressante à prendre en compte. La planification expérimentale des études de diversité et leur fiabilité statistique sont brièvement discutées.
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CANARIO, L., S. MIGNON-GRASTEAU, M. DUPONT-NIVET, and F. PHOCAS. "Génétique de l’adaptation comportementale des animaux aux conditions d’élevage : le cas des productions bovines, porcines, avicoles et aquacoles." INRAE Productions Animales 26, no. 1 (2013): 35–50. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.1.3134.
Full textAbstract:

 
 
 
 L’amélioration génétique des caractères de production peut engendrer des modifications du comportement des animaux. La capacité d’adaptation des animaux aux changements qui s’opèrent dans leur environnement peut contribuer au maintien de hauts niveaux de production dans une large gamme de conditions d’élevage. Il pourrait donc être opportun d’intégrer des critères de comportement dans les programmes d’amélioration génétique. Cette synthèse fait le point sur les connaissances génétiques (héritabilités et gènes ou QTL) du comportement des bovins, porcins, volailles et des poissons, ainsi que sur les corrélations génétiques connues avec les caractères de production. Les stratégies d’amélioration génétique diffèrent entre ces quatre productions. Il est nécessaire d’enregistrer l’activité alimentaire dans toutes les productions, d’améliorer la capacité de locomotion des poulets de chair et des bovins laitiers, d’améliorer la docilité des bovins allaitants et éventuellement de réduire l’agressivité des porcins, tout en favorisant le comportement maternel des animaux. Chez les poules pondeuses, l’amélioration doit concerner en priorité la sensibilité face à des modifications soudaines de l’environnement physique car des comportementaux sociaux mal adaptés peuvent en résulter. Les difficultés associées à la mise en oeuvre de telles stratégies relèvent du fait que de la variabilité entre populations ou entre lignées existe et que la relation entre réactivité en conditions expérimentales et en conditions d’élevage commercial est généralement inconnue. Des interactions génotype – milieu influencent l’expression du comportement, mais elles sont très rarement évaluées. Ces points doivent être étudiés avant la prise en compte de caractères comportementaux dans les programmes d’amélioration génétique.
 
 
 
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COLLEAU, J. J., P. QUEMERE, H. LARROQUE, J. SERGENT, and C. WAGNER. "Gestion génétique de la race bovine Bretonne Pie-Noire : bilan et perspectives." INRAE Productions Animales 15, no. 3 (2002): 221–30. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2002.15.3.3703.
Full textAbstract:
La race bovine Bretonne Pie-Noire est l’une des douze races bovines actuellement en conservation en France. Son programme de sauvegarde remonte à 1976. Après avoir rappelé le contexte socio-économique correspondant à cette race et l’évolution des effectifs bovins impliqués, l’article présente les principes de la gestion génétique du plan de sauvegarde appliqués jusqu’en 2000 et les évolutions des critères habituels de variabilité génétique (parenté, consanguinité, nombre de lignées génétiques représentées). On présente les motivations et principes d’un nouveau plan de sauvegarde, qui devrait être plus efficace que l’ancien. Une extrapolation des tendances passées montre que ce dernier aurait généré en 2030 des coefficients de consanguinité moyens de l’ordre de 10-11 %. Des simulations du nouveau plan montrent qu’à la même date ces coefficients moyens seraient seulement de l’ordre de 4,5 à 5 %.
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PEYRAUD, J. L., and F. PHOCAS. "Dossier " Phénotypage des animaux d'élevage "." INRAE Productions Animales 27, no. 3 (2014): 179–1890. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2014.27.3.3065.
Full textAbstract:
Avant-propos
 La demande mondiale en produits d’origine animale est en forte expansion1 et l’élevage est l’une des activités agricoles les plus fortement créatrices d’emploi et de valeur ajoutée, tant au niveau de la production et des services qu’elle utilise, que des filières de produits animaux. Mais dans le même temps, l’élevage doit faire face à des enjeux sociétaux qui nécessitent des évolutions importantes dans les modes de production : besoin de compétitivité encore accru, méthodes d’élevage contestées vis-à-vis des atteintes à l’environnement, du respect du bien-être animal et de l’usage des médicaments. Il s’agit de réfléchir ces défis au niveau européen et mondial. Produire plus, mieux et à moindre coût doit contribuer à assurer la sécurité alimentaire mondiale et à répondre aux attentes européennes en termes de systèmes de production et de marchés très diversifiés. L’Europe a ici une responsabilité toute particulière car si elle ne peut pas nourrir le monde, il est de sa responsabilité, en tant que région où la demande sociale est aujourd’hui la plus élevée, de montrer comment concilier production et environnement.
 Outre les innovations et les adaptations des systèmes d’élevage (cf. Numéro spécial de la revue « Quelles innovations pour quels systèmes d’élevage ? », Ingrand S., Baumont R. (Eds). INRA Prod. Anim., 27, 2), les réponses passent aussi par la recherche d’animaux qui soient d’une part, plus efficients pour transformer leur ration et plus faciles à élever dans une large gamme de conditions climatiques et de systèmes d’élevage et, d’autre part, adaptables face à des aléas climatiques, sanitaires ou économiques tout en préservant la santé, le bien-être et la qualité des produits. Par le passé, la recherche de la maximisation des performances de production (ex : vitesse de croissance, quantité de lait par lactation…) a conduit à des animaux de plus en plus spécialisés. Dans la plupart des filières, cette maximisation s’est accompagnée d’une dégradation des autres aptitudes d’élevage, aujourd’hui source d’inefficience en élevage. La recherche d’une plus grande robustesse (définie comme la capacité pour un animal d’exprimer son potentiel de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa santé et son bien-être) devient une priorité. Dans le même temps,l’accès à des techniques d’exploration fonctionnelle toujours plus performantes, les innovations en cours d’appropriation ou à venir dans le domaine de la génomique ouvrent des perspectives d’investigation nouvelles plus précises.
 Dans ce contexte d’évolution des demandes et des possibilités d’investigation, les projets de recherche en sciences animales doivent être plus systémiques, prédictifs et permettre d’établir des relations fonctionnelles de plus en plus fines entre le phénotype des animaux, leur génotype et le milieu dans lequel il s'exprime. Face au développement spectaculaire des connaissances sur le génome, il y a un manque criant de connaissances sur l’expression des phénotypes, connaissances qui devraient permettre de répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales : i) une sélection éclairée vers des objectifs majeurs pour améliorer l’efficience de la production et la robustesse des génotypes, et ii) un élevage de précision qui valorise la variabilité individuelle des animaux pour gagner en efficience et en résilience à l’échelle du troupeau, ou pour améliorer la conduite des animaux d’un génotype donné. En effet, d’un coté les progrès réalisés par la sélection génomique permettent aujourd’hui de repenser les critères de sélection et de les diversifier tout en raccourcissant les délais entre la définition des objectifs et l’amélioration effective des cheptels, mais cette sélection entraine de nouveaux besoins de phénotypage car elle nécessite la caractérisation d’unepopulation de référence. D’un autre coté, la connaissance plus fine de l’animal associée aux technologies en émergence de l’élevage de précision permettra de mieux piloter la conduite d’élevage pour améliorer l’efficience de l’alimentation ou de la reproduction par une approche individuelle à l’animal, ainsi que par la production d’alertes à destination de l’éleveur pour un diagnostic précoce des troubles permettant d’anticiper les ajustements requis. Le phénotypage est ainsi l’un des principaux défis que doit relever les recherches en production animale et a été reconnu comme tel par l’INRA. Deux types de phénotypage peuvent être envisagés : le phénotypage des caractères d’intérêt socio-économique et le phénotypage de caractères plus élémentaires. Les phénotypes d’intérêt socio-économique constituent la finalité recherchée. Ils résultent de mécanismes faisant appel à des régulations complexes, ils sont d’autant plus onéreux à mesurer qu’il s’agit de critères zootechniques qui doivent être observés sur des pas de temps longs. La recherche de phénotypes plus élémentaires et plus proches du mécanisme causal rend plus facile l’identification des gènes responsables. Ce phénotypage fin implique de réaliser des mesures particulièrement approfondies et à des échelles élémentaires (au niveau moléculaire, cellulaire, tissulaire…) des caractéristiques biologiques de l’animal qui expliquent un phénotype complexe observé à l’échelle de l’animal. Le phénotypage à haut débit signifie qu’une méthode de mesure des phénotypes fiable, automatisable et rapide est établie de sorte que le processus de mesure permette de générer un grand nombre de données dans un laps de temps court. Le haut débit peut s’appliquer au phénotypage fin tout comme à celui des caractères d’intérêt zootechnique. Les contributions significatives qui pourront être attendues d’un phénotypage animal fin et à haut débit concernent la biologie prédictive, à savoir la prédiction des performances à partir de caractères simples observables précocement, nécessaire notamment à la gestion des produits, à la conduite de l’élevage et à la sélection animale.
 Ce dossier propose le fruit d’une réflexion globale des chercheurs de l’INRA sur les perspectives qu’offre le phénotypage des animaux pour répondre aux enjeux des productions animales. Cette réflexion a eu pour objectif de définir les grands enjeux de connaissance autour du phénotypage animal et de faire émerger les questions de recherches prioritaires, transversales ou spécifiques aux différentes filières animales ainsi que les verrous techniques qui sont soulevés. Cette réflexion a été conduite par un groupe de douze chercheurs2 des départements de « Génétique Animale », « Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage » et « Santé Animale » travaillant dans des disciplines et sur des espèces variées, missionné par la Direction Scientifique Agriculture de l’INRA. La réflexion de ce groupe s’est appuyée sur celle d’un collectif plus large de chercheurs INRA travaillant sur les animaux d’élevage par le biais d’un séminaire organisé en mai 2013 ainsi que par la rédaction partagée des articles de ce dossier.
 L’amélioration de la robustesse des animaux d’élevage étant un objectif central, le premier article de ce dossier développe une approche systémique de la robustesse des animaux d’élevage pour répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales pour la sélection et pour la conduite de l’élevage. Les recherches sur le phénotypage doivent être accompagnées d’une ontologie générique c’est-à-dire d’une représentation et d’un langage communs pour partager les données et les connaissances, ainsi que l’explicite le second article de ce numéro. L’objet des trois synthèses suivantes est de mettre en perspective les fronts de science (phénotypage du microbiote intestinal), les enjeux de connaissance et les verrous techniques encore à lever pour permettre des productions animales de qualité (phénotypage de la qualité des produits) et en quantité (phénotypage de l’efficacité alimentaire), à moindres coûts économique et environnemental. 
 1 Selon la FAO et l’OCDE, la progression de la consommation de protéines d’origine animale sur la planète devrait se poursuivre au rythme de + 2 à + 3%/an au cours de cette décennie. Sur la période 2000-2050, la consommation totale des viandes devrait progresser de l’ordre de + 70% pour une population en augmentation de + 20%. Selon les mêmes sources et pour la même période la consommation de lait et produits laitiers dans les pays émergents devrait passer de 45 à 78 kg par habitant.
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BOICHARD, D., L. MAIGNEL, and E. VERRIER. "Analyse généalogique des races bovines laitières françaises." INRAE Productions Animales 9, no. 5 (2016): 323–35. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.5.4071.
Full textAbstract:
Cet article présente un bilan de la variabilité génétique dans les huit principales races bovines laitières françaises établi à partir de l’information généalogique. La stratégie d’ouverture diffère entre populations, les races Normande et Tarentaise étant fermées, les races Prim’Holstein, Pie Rouge des Plaines, Brune et Simmental Française faisant largement appel à des gènes extérieurs, tandis que les races Montbéliarde et Abondance ont procédé à une légère infusion de gènes Holstein rouge. Lorsque la qualité des généalogies et la structure de la population permet de le calculer correctement, le niveau de consanguinité est faible mais il s’accroît assez rapidement, de l’ordre de 1 % par génération, ce qui correspond à un effectif génétique réalisé de quelques dizaines de reproducteurs. Le nombre d’ancêtres efficace, dérivé des probabilités d’origine de gènes, est compris entre 17 et 64 et n’est pas corrélé avec le nombre de femelles dans la population. Les races bovines laitières, du fait de l’efficacité de l’insémination artificielle, sont donc des populations extrêmement réduites en terme d’origines génétiques. Des études plus approfondies devront rapidement proposer des solutions visant à préserver la variabilité génétique, mais restant compatibles avec les programmes de sélection actuels. Sans préjuger des réponses à apporter, il semble cependant nécessaire, d’une part, de maintenir toutes les populations existantes et, d’autre part, d’augmenter le nombre de pères à taureaux.
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FAUCONNEAU, B. "Dossier : Le déterminisme génétique du développement musculaire." INRAE Productions Animales 9, no. 3 (1996): 211–31. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.3.4049.
Full textAbstract:
Les rendements en viande et leur qualité sont étroitement liés au développement musculaire. Les caractéristiques quantitatives et qualitatives des muscles se mettent en place essentiellement dans les phases embryonnaire et néonatale du développement musculaire. Le nombre de fibres musculaires, qui conditionne la taille adulte des muscles, est ainsi déterminé très précocement. Une part du pourcentage des différents types de fibres, qui conditionnent les caractéristiques contractiles et métaboliques des muscles, et donc leur aptitude à la transformation en viande, est également déterminée précocement. Les phases post-natales d’élevage, et notamment la puberté, contribuent pour une part plus modeste à la détermination des caractéristiques qualitatives. Le contrôle du développement musculaire dans les stades précoces représente donc un enjeu important pour la maîtrise de la production de viande.
 Les facteurs qui régulent le développement des muscles dans les stades précoces sont encore peu connus. Les facteurs intrinsèques, et surtout l’origine génétique, jouent un rôle prépondérant. L’INRA s’intéresse au déterminisme génétique du développement musculaire chez différentes espèces d’intérêt zootechnique depuis les volailles jusqu’aux bovins. Les recherches s’appuient en particulier sur des modèles génétiques (souches, lignées, variants génétiques) ayant des performances de croissance globale et/ou des potentialités de développement musculaire très différentes. La confrontation des résultats obtenus sur le développement musculaire précoce de modèles génétiques chez différentes espèces est particulièrement intéressante sur deux points : l’apport de ces modèles génétiques sur la connaissance des mécanismes de différenciation musculaire précoce et les indications fournies par ces modèles sur l’hypothèse d’un déterminisme précoce de la croissance musculaire.
 Au sein de la Direction Scientifique des Productions Animales, une réflexion propre sur le contrôle de la croissance et du développement des animaux domestiques a été menée grâce à des actions de type AIP et à la constitution d’un groupe Croissance en 1993. Ce groupe a organisé une réunion scientifique ayant pour objectif de faire l’état des recherches menées à l’INRA sur le contrôle du développement musculaire de modèles génétiques dans différentes espèces domestiques. Les réflexions issues de cette réunion et les principaux résultats qui y ont été présentés font l’objet du présent dossier. Ce dossier est introduit par une contribution générale sur l’intérêt des modèles pour la connaissance de la variabilité génétique globale du développement musculaire. Une autre contribution, réalisée par un chercheur étranger, permet à titre introductif d’insister sur l’importance relative des facteurs environnementaux par rapport aux facteurs génétiques sur la variabilité globale du développement musclaire précoce. Les contributions suivantes font le point des connaissances acquises par des équipes INRA sur le porc, le bovin, le lapin et la volaille.
 L’ensemble des résultats montre que, comparées aux lignées ou souches à croissance lente, les lignées ou souches à croissance rapide possèdent une aptitude plus importante à un développement hyperplasique du muscle dans les phases foetale (bovins, porc, poulet) et néonatale (dinde). Il n’est pas encore établi s’il s’agit d’une susceptibilité intrinsèque des cellules précurseurs aux facteurs qui contrôlent le développement musculaire ou si des différences dans l’expression de facteurs humoraux ou paracrines sont le support de cette aptitude. Ces différences d’intensité dans le développement musculaire sont parfois associées à des différences de précocité.
 Les travaux présentés permettent notamment de définir des critères directs ou indirects d’évaluation du nombre et du type de fibres de certains muscles dans un objectif d’amélioration quantitative et qualitative de la viande par sélection génétique, mais aussi par la maîtrise des conditions environnementales particulières dans les jeunes stades de développement. Il apparaît également important d’approfondir ce type de recherche pour identifier s’il existe des gènes plus spécifiquement responsables des différences de développement musculaire dans les stades précoces et dans les phases néonatales. Ces gènes pourraient par exemple être utilisés comme gènes marqueurs en sélection génétique sur la croissance musculaire. Il semblerait enfin intéressant de tenter d’établir un lien entre les travaux sur le développement musculaire et sa réceptivité à des facteurs de croissance et les quelques gènes majeurs impliqués dans des défauts de qualité (gène halothane) ou des caractéristiques qualitatives du muscle (potentiel glycolytique, génotype culard).
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BIDANEL, J. P. "La gestion des populations : Comment exploiter la variabilité génétique entre races : du croisement simple à la souche synthétique." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 249–54. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4299.
Full textAbstract:
Cet article fait le point sur les modalités d’exploitation par le croisement de la variabilité génétique entre races. Le croisement ou accouplement d’animaux issus de populations différentes permet de tirer parti des différences additives entre races, de bénéficier des effets d’hétérosis et de complémentarité et peut dans certains cas conduire à un accroissement de la variabilité génétique. Le croisement recouvre en fait un grand nombre de modalités appelées systèmes ou plans de croisement. Ceux-ci diffèrent entre eux par le nombre de populations impliquées et le mode de renouvellement des reproducteurs, mais également par l’utilisation des différences entre races, des effets d’hétérosis et de complémentarité. Le choix d’un plan de croisement dépend des caractéristiques biologiques de l’espèce, des conditions socio-économiques de production et bien entendu de son efficacité économique. Celle-ci est fonction des effectifs et des performances moyennes des différents types génétiques produits. Ces performances moyennes peuvent être prédites à un instant t à partir des paramètres du croisement (effets additifs et d’hétérosis directs et maternels). La valeur additive d’un type génétique se calcule aisément comme la somme des effets additifs de chaque race pondérés par leur proportion relative dans le génotype considéré. La prédiction des effets d’hétérosis peut s’avérer plus complexe, car elle dépend de la nature des effets d’hétérosis (dominance ou épistasie). Par contre, pour pouvoir prédire la performance moyenne d’un type génétique au cours du temps, il est nécessaire de prendre en compte les effets conjoints de la sélection et du croisement.
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BOICHARD, Didier, C. GROHS, C. DANCHIN-BURGE, and A. CAPITAN. "Les anomalies génétiques : définition, origine, transmission et évolution, mode d'action." INRA Productions Animales 29, no. 5 (2020): 297–306. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2016.29.5.2997.
Full textAbstract:
Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.
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ELSEN, J. M., and J. M. AYNAUD. "Introduction au numéro hors série Encéphalopathies spongiformes transmissibles animales." INRAE Productions Animales 17, HS (2004): 5–6. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.hs.3613.
Full textAbstract:
Les agents des encéphalopathies spongiformes transmissibles (ESST) sont responsables de maladies neurodégénératives fatales chez l’homme (maladie de Creutzfeldt-Jakob, insomnie fatale familiale, syndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker, Kuru) et chez les animaux (tremblante ovine et caprine, encéphalopathie spongiforme bovine, encéphalopathie spongiforme féline, encéphalopathie transmissible du vison, dépérissement chronique des cervidés. L’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) est une maladie nouvelle apparue en 1985 au Royaume-Uni, puis s’est propagée ensuite dans les autres pays européens et en particulier en France (premier cas identifié en 1990). La tremblante des ovins est en revanche connue depuis plus de deux siècles en Europe. Elle se distingue de l’ESB par sa contagiosité et la distribution de la protéine prion pathologique PrPsc dans les tissus périphériques. L’agent de l’ESB est transmissible des bovins à l’homme chez lequel il provoque une forme particulière (variant) de la maladie de Creutzfeldt-Jakob. En revanche, l’agent de la tremblante ovine semble sans danger pour l’homme.
 Jusqu’en 1992, date du premier rapport réalisé à la demande du ministre de la recherche, Hubert Curien, par une commission de 9 chercheurs présidée par Dominique Dormont, les recherches poursuivies en France sur les ESST étaient le fait d’un petit réseau informel qui a été à l’origine d’un premier programme de recherches piloté par l’INSERM. L’annonce faite le 20 mars 1996 par les autorités du Royaume-Uni que 10 britanniques venaient de succomber à une variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob liée à l’ESB, entraîne une crise de confiance sans précédent des consommateurs. Interpellée, la communauté scientifique incluant l’INRA est alors brutalement placée devant un ensemble de questions nouvelles qui l’oblige à recentrer sa stratégie en termes d’expertise collective.
 La mise en place à cette occasion, du comité interministériel d’experts sur les ESST animé par Dominique Dormont (et auquel 8 chercheurs INRA participaient) a été un facteur très important dans la mobilisation de la communauté scientifique française et en particulier de l’INRA (voir à ce sujet l’analyse critique du fonctionnement de ce comité interministériel faite par Jacqueline Estades et Elisabeth Rémy dans l’ouvrage « l’expertise en pratique : les risques liés à la vache folle et aux rayonnements ionisants », 249 pages, L’Harmattan éditeur, Novembre 2003). Depuis 1993, les chercheurs INRA du département de génétique animale réfléchissaient aux conditions de développement de projets de recherche nouveaux sur les maladies à prions et en particulier sur la tremblante ovine qui sévissait de façon spectaculaire dans un troupeau ovin expérimental (domaine INRA de Langlade). Les chercheurs concernés de ce département ont eu un rôle moteur dans la mobilisation ultérieure des autres départements.
 En effet, à partir de l’automne 1996, des chercheurs INRA appartenant à 6 départements de recherche différents (génétique animale, santé animale, physiologie animale, transformation des produits animaux, hydrobiologie et faune sauvage, économie et sociologie rurale) ont décidé de s’engager dans des projets de recherche centrés sur les maladies à prions. Cet intense effort de mobilisation s’est accompli essentiellement par mobilité thématique (et non pas à la faveur de recrutements nouveaux), ce qui a représenté pour chacun des chercheurs engagés un effort personnel de remise en cause l’obligeant à repartir de zéro dans un domaine totalement nouveau, en abandonnant des recherches où chacun avait acquis un positionnement national et international.
 Cette mobilisation collective importante a été favorisée par trois facteurs différents :
 - l’exceptionnelle demande sociétale résultant d’une crise de confiance sans précédent touchant à la fois le consommateur et le citoyen,
 - l’ensemble des nombreuses questions nouvelles posées par la problématique « prions » qui a profondément excité la curiosité et l’intérêt des chercheurs de disciplines différentes,
 - et, enfin, la mise en place rapide de nouveaux moyens financiers, à la faveur d’une série d’appels d’offres successifs (INRA en interne, interministériels, GIS Prions, Union Européenne) qui ont exercé un effet incitatif puissant.
 Dans ce contexte nouveau, les objectifs prioritaires de l‘INRA ont été les suivants :
 - tout d’abord, créer les conditions optimales pour la mise au point des différents outils indispensables au développement des recherches sur les ESST :
 . les souris transgéniques pour les infections expérimentales,. les lignées de cultures cellulaires pour la propagation in vitro du prion,. les anticorps monoclonaux anti protéine prion (PrP),. les techniques immunocytohistochimiques pour identifier la protéine prion pathogène PrPsc dans les tissus infectés,. les méthodes de génotypage à grande échelle du gène PrP chez les ovins,. les approches épidémiologiques adaptées,. et surtout toute la logistique appropriée pour la manipulation des prions en toute sécurité au laboratoire et dans les animaleries (souris et gros animaux).
 - parallèlement, organiser des instances nouvelles pour la coordination (comité d’action incitative programmée, bureau permanent des recherches ESST) et l’animation scientifique interdisciplinaire (séminaires réguliers) de façon à assurer les meilleures conditions pour favoriser les échanges entre les équipes et la cohérence des projets entre eux.
 - et, enfin, mettre en place des moyens nouveaux en termes de ressources humaines (redéploiements, recrutements).
 Plus d’une vingtaine d’équipes INRA se sont engagées depuis 1996. A partir des nouveaux outils mis à disposition des différentes équipes, les recherches se développent et les résultats obtenus ont été présentés et discutés lors des séminaires organisés en 1998, 2000 et 2003. Ces résultats ont été valorisés par un nombre important de publications et ont été concrétisés au niveau des applications par la mise au point de tests rapides de diagnostic des ESST (contribution au test Biorad pour l’ESB, convention avec l’Institut Pourquier pour la tremblante ovine) ainsi que par un plan ambitieux de contrôle génétique et d’éradication de la tremblante dans les troupeaux ovins français. Dans le domaine de la biosécurité du retraitement des farines animales, un brevet a été pris en mars 2004.
 A l’issue du dernier séminaire, la direction scientifique Animal et Produits Animaux a décidé de valoriser l’ensemble des résultats obtenus et des connaissances en découlant, par la réalisation de ce numéro hors-série. L’objectif était de présenter au plus grand nombre l’ensemble des avancées scientifiques et des axes de recherche actuels sur les prions, menés dans les différentes disciplines.
 Ce numéro hors-série de la revue « Productions Animales » comprend 7 chapitres structurés autour des questions nouvelles que les chercheurs se sont attachés à résoudre : les animaux modèles, la caractérisation des souches et la nature de l’agent, la protéine prion cellulaire, la pathogénie des ESST, la variabilité de la résistance aux ESST et enfin l’épidémiologie et la lutte contre les ESST. En outre à la fin du numéro, figurent des annexes présentant successivement : la liste des publications scientifiques réalisées à partir des résultats obtenus, la liste des séminaires scientifiques organisés en interne, et enfin la liste des 18 projets scientifiques européens dans le domaine des ESST, impliquant des équipes INRA comme coordinateur ou comme partenaire, illustrant ainsi leur positionnement international.
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GELLIN, J., and F. GROSCLAUDE. "Analyse du génome des espèces d’élevage : projet d’établissement de la carte génétique du porc et des bovins." INRAE Productions Animales 4, no. 1 (1991): 97–105. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1991.4.1.4322.
Full textAbstract:
Comparées à celles de l’homme et de la souris, les cartes génétiques des espèces d’élevage sont encore très rudimentaires. Toutefois, la gamme des techniques actuellement disponibles permet désormais de progresser rapidement dans l’établissement de ces cartes. L’objectif immédiat des équipes de génétique moléculaire et cytogénétique de l’INRA est d’identifier, pour les génomes bovin (à Jouy-en-Josas) et porcin (à Toulouse essentiellement), un premier réseau de marqueurs distants d’environ 20 centimorgans, soit un ensemble d’environ 150 marqueurs. Compte tenu du fait que l’organisation du génome est relativement conservée d’une espèce de mammifères à l’autre, les connaissances acquises chez l’homme et la souris permettront, dans une certaine mesure, de guider les travaux de cartographie des espèces d’élevage. On attend de ces recherches : 1) la mise en évidence des régions du génome intervenant dans la variabilité des caractères quantitatifs ; 2) des bases de départ pour le clonage des gènes d’intérêt zootechnique ; 3) le repérage précoce de gènes majeurs à l’aide de gènes marqueurs proches ; 4) une meilleure appréciation de la diversité génétique des races et 5) une précision accrue dans l’identification des animaux et le contrôle des filiations. Des collaborations internationales se mettent en place, notamment dans le cadre de la CEE.
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BAKER, R. L. "Résistance génétique des petits ruminants aux helminthes en Afrique." INRAE Productions Animales 10, no. 1 (1997): 99–110. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1997.10.1.3981.
Full textAbstract:
Certaines races locales de ruminants présentent des aptitudes génétiques particulières à résister et/ou à tolérer les parasites internes. Cet article passe en revue les données encore éparses existant sur les variabilité intra et inter-races de la résistance aux helminthes des bovins, ovins et caprins, et décrit plus précisément les projets de recherches de l’International Livestock Research Institute (ILRI) en matière de résistance génétique aux nématodes gastro-intestinaux des petits ruminants au Kenya, en Ethiopie, au Sénégal .
 Les agneaux Red Maasai sont plus résistants aux parasites internes que les agneaux Dorper dans la région côtière sub-humide du Kenya. En outre, des variations génétiques intra-race ont été mises en évidence. Les résultats montrent clairement l’intérêt économique de l’élevage de races ovines plus résistantes aux parasites internes dans cette partie du Kenya. Il semble aussi que les caprins Small East African soient plus résistants aux parasites internes que les caprins Galla.
 En Éthiopie (Debre berhan, 1780 m d’altitude), il n’a pas été mis en évidence de nette différence entre les ovins Menz (race indigène de la région) et les ovins Horro (race introduite des basses régions montagneuses). Cependant, la variabilité intra-race est prometteuse en termes de sélection ultérieure.
 Au Sénégal, en collaboration avec le CIRAD-EMVT et l’ISRA, des études en ferme ont débuté en 1992 sur différents sites dans la zone nord, aride (Louga, ovins Fulani et chèvres sahéliennes) et la zone humide du sud (Kolda, ovins Djallonké et caprins West African Dwarf). Dans une station expérimentale de Kolda, des accouplements raisonnés à partir de reproducteurs identifiés en ferme, permettront de déterminer des paramètres génétiques de la résistance aux strongles digestifs chez les ovins Djallonké.
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MANFREDI, E., and T. ÅDNØY. "Génétique des caprins laitiers." INRAE Productions Animales 25, no. 3 (2012): 233–44. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2012.25.3.3212.
Full textAbstract:
Cette revue bibliographique couvre deux aspects de la génétique des caprins laitiers : la variabilité génétique des caractères et l’améliorationgénétique. La majorité des connaissances sur le déterminisme génétique des caractères chez les caprins est issue de l’approche«polygénique» car les outils génériques de la génétique moléculaire sont encore limités dans cette espèce. Toutefois, nous discutonsici surtout les résultats sur quelques gènes bien étudiés en caprins, comme ceux des caséines, de la protéine prion et du cornage.Pour l’amélioration génétique, nous rappelons des principes généraux des méthodes de sélection avec ou sans données moléculaires,avant de discuter les programmes de sélection caprine actuels et leurs perspectives.
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BUISSON, Diane, Jean-Michel ASTRUC, and Francis BARILLET. "Bilan et perspectives de la gestion de la variabilité génétique des ovins laitiers en France." INRA Productions Animales 31, no. 1 (2018): 1–12. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2018.31.1.2202.
Full textAbstract:
La variabilité génétique est la marge de progression, le carburant de la sélection, et il apparaît d’autant plus important d’en réaliser un état des lieux que l’arrivée de la sélection génomique chez les ovins laitiers en France devrait s’accompagner d’une diminution de l’intervalle de génération et d’une augmentation du progrès génétique. Une analyse rétrospective de la gestion de la variabilité génétique des races ovines laitières françaises en sélection à partir des informations généalogiques a été réalisée sur les 40 dernières années. La variabilité génétique est bien maîtrisée dans les races Lacaune (LL) et Manech Tête Rousse (MTR) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,29 et + 0,42% par génération entre 2000 et 2009, avec toutefois la possibilité d’améliorer la gestion de l’équilibre entre familles élites en MTR. En revanche, la situation apparaît moins favorable en races Basco-Béarnaise (BB) et Manech Tête Noire (MTN) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,74 et + 1,02% par génération entre 2000 et 2009. Cette situation résulte du nombre au moins deux fois trop faible de familles de Pères à Béliers (PAB) par rapport au nombre permis par la taille des noyaux de sélection BB et MTN. Elle est imputable à un trop fort déséquilibre dans l’usage des familles de PAB, qui découle pour partie de la durée très courte de la période d’Insémination Artificielle (IA) (semence fraîche), et de la moindre fertilité à l’IA. Des travaux ont été menés avec les gestionnaires de ces schémas pour augmenter dès 2015 le nombre de familles de PAB, et fournir, à chaque étape de sélection, des indicateurs de variabilité génétique pour gérer de façon plus équilibrée ces familles de PAB. La profondeur des pedigrees de la race Corse est insuffisante pour permettre une analyse pertinente des indicateurs issus des généalogies. Des travaux sont en cours dans les cinq races afin d’étudier la variabilité génétique à partir des données SNP (« Single Nucleotid Polymorphism ») des quelques 18 500 génotypages disponibles pour la sélection génomique des races LL, BB, MTR et MTN, ou réalisés spécifiquement pour cet objectif en race Corse.
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VANDEPUTTE, M., and P. PRUNET. "Génétique et adaptation chez les poissons : domestication, résistance au stress et adaptation aux conditions de milieu." INRAE Productions Animales 15, no. 5 (2002): 365–71. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2002.15.5.3716.
Full textAbstract:
Les variations génétiques de l’adaptation au milieu d’élevage chez les poissons sont un objet d’étude important dans le cadre des problématiques liées au bien-être en élevage. Trois aspects principaux sont distingués. Tout d’abord la question de la domestication, importante car encore en cours ou à faire sur beaucoup d’espèces : les poissons domestiqués se montrent mieux adaptés à l’élevage (plus aptes à se nourrir, moins stressables), mais perdent des comportements utiles en milieu naturel (fuite devant les prédateurs). Ensuite la sélection pour la résistance aux conditions stressantes : cette sélection est efficace et semble avoir au moins pour partie des effets comparables à la domestication. Enfin, l’adaptation aux conditions de milieu et d’élevage, dont la composante génétique semble relativement importante. Il semble possible d’après l’ensemble de ces données de sélectionner des animaux qui seront mieux adaptés à leur milieu d’élevage. Cependant, la sensibilité des poissons à leur milieu et la variabilité de ces milieux impliquent des approches intégrant les interactions génotype-milieu dans l’étude de l’effet des pratiques d’élevage sur l’adaptation des animaux.
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GARREAU, H., J. M. BRUN, M. THEAU-CLEMENT, and G. BOLET. "Evolution des axes de recherche à l’INRA pour l’amélioration génétique du lapin de chair." INRAE Productions Animales 21, no. 3 (2008): 269–76. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.3.3401.
Full textAbstract:
L’évolution du contexte sanitaire, économique et social de la production de lapin de chair a conduit les chercheurs de l’INRA à étudier la sélection de nouveaux caractères pour mieux répondre aux attentes des professionnels mais également du citoyen-consommateur, en particulier dans le domaine de la santé et de la longévité des animaux. Ces études reposent principalement sur la mise en place d’expériences mais également sur l’analyse de données de sélectionneurs privés et donnent lieu, après validation, à des applications dans les schémas de sélection commerciaux. Pour réduire la mortalité des jeunes, les chercheurs privilégient l’amélioration des aptitudes maternelles: l’application d’un modèle à effets génétiques directs et maternels pour le poids au sevrage a ainsi permis d’améliorer les aptitudes maternelles pour ce caractère. Une expérience de sélection canalisante pour l’homogénéité des poids de naissance intra-portée a permis d’améliorer la survie périnatale du lapereau. L’amélioration de la longévité de la femelle en reproduction est rendue possible par la mise en œuvre des méthodes d’analyse de survie. La résistance génétique aux maladies, principalement l’entérocolite épizootique et la pasteurellose, est explorée pour réduire les pertes économiques mais également pour améliorer le bien-être des animaux et réduire les risques sanitaires liés à l’utilisation des antibiotiques. Pour améliorer l’efficacité alimentaire du jeune en engraissement et ainsi réduire les coûts alimentaires qui grèvent lourdement le revenu de l’éleveur, deux critères de sélection sont comparées: la consommation résiduelle et la vitesse de croissance en régime alimentaire rationné. Afin de diminuer l’utilisation des hormones pour l’induction de l’oestrus, de nouveaux programmes visent à étudier la variabilité génétique du comportement d’oestrus des lapines.
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LAVILLE, E., J. BOUIX, T. SAYD, et al. "La conformation bouchère des agneaux. Etude d’après la variabilité génétique entre races." INRAE Productions Animales 15, no. 1 (2002): 53–66. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2002.15.1.3687.
Full textAbstract:
La conformation des carcasses est considérée par les différents acteurs de la filière ovine comme un critère important de la qualité. La grille de paiement des animaux se fonde en partie sur ce critère d’évaluation visuel. Cependant, ce critère est souvent sujet à controverse d’une part à cause de sa relative subjectivité, d’autre part à cause de la faiblesse de sa valeur prédictive pour le rendement en muscle. Les objectifs de cet article sont de présenter des résultats sur la signification biologique de la conformation et d’évaluer le degré de fiabilité de la mesure globale de conformation notamment pour l’amélioration génétique des qualités bouchères. Ce travail est une synthèse des résultats obtenus dans trois études indépendantes, fondées chacune sur la comparaison de deux types génétiques, l’un avec une bonne conformation, l’autre avec une conformation médiocre. La conformation est le reflet de la morphologie musculaire, plus particulièrement de l’épaisseur des muscles. L’augmentation d’épaisseur des muscles individuels est différentielle selon leur situation anatomique. L’amélioration de la conformation correspond à une augmentation du rendement de carcasse et du rendement musculaire. Le rapport du poids de muscle sur le poids d’os est augmenté. Cela correspond à une diminution du pourcentage d’os et parfois à une augmentation du pourcentage de muscle. Le plus souvent les muscles individuels ont une répartition pondérale différentielle sur les segments de carcasse. L’adiposité n’augmente pas avec la conformation. L’augmentation des épaisseurs musculaires s’accompagne d’un glissement des caractéristiques contractiles vers des isoformes de myosine de type rapide. Enfin, ces études ont montré que certains caractères biologiques sont davantage des caractères raciaux que la conséquence d’une différence de conformation.
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SOURDIOUX, M., S. LAGARRIGUE, and M. DOUAIRE. "Analyse génétique d’un caractère quantitatif." INRAE Productions Animales 10, no. 3 (1997): 241–58. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1997.10.3.4000.
Full textAbstract:
Depuis quelques années, de nombreux travaux ont été entrepris pour identifier les gènes contrôlant directement une part de la variabilité de caractères quantitatifs afin d’enrichir les méthodes d’amélioration génétique. Ils ont été classés en deux types d’approche. Une première stratégie exploite la connaissance de cartes géniques et recherche des QTL (Quantitative Trait Loci), régions du génome contrôlant un caractère quantitatif. Elle permet une application à la sélection par l’utilisation de structures géniques (appelées marqueurs) associées au caractère ; c’est aussi une étape dans la découverte du gène directement responsable d’une part de la variabilité. L’autre approche s’appuie sur la connaissance biologique du caractère et s’intéresse directement à quelques gènes, supposés importants pour le niveau d’expression du caractère, qui deviennent ainsi des candidats à l’exploitation de la variabilité observée. L’analyse de ces méthodes et des résultats obtenus permet aujourd’hui de mieux percevoir leurs potentialités et leurs limites et surtout de mettre en évidence leur complémentarité dans l’analyse du génome contrôlant des caractères d’intérêt économique, voire leur similitude partielle dans l’élaboration et l’utilisation des dispositifs expérimentaux.
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COULON, J. B. "Facteurs de variation du taux protéique du lait de vache en exploitation : réflexions à partir de résultats d’enquêtes." INRAE Productions Animales 4, no. 4 (1991): 303–9. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1991.4.4.4344.
Full textAbstract:
En raison de ses conséquences sur la quantité et la qualité des produits transformés, la composition chimique du lait, et plus particulièrement le taux protéique, fait l’objet depuis quelques années de nombreux travaux d’enquête dans différentes situations françaises. A partir de ces travaux, l’objectif de cette étude a été de montrer la complexité de ces situations de terrain par rapport aux connaissances expérimentales. Ces observations confirment bien que les différences de niveau moyen annuel du taux protéique sont dûs à la fois à des facteurs génétiques et à des facteurs du milieu, en particulier liés à l’alimentation. Ces derniers sont la plupart du temps prépondérants, parce que la variabilité génétique des troupeaux est réduite par rapport à celle des caractéristiques du milieu. Celles-ci interagissent souvent entre elles de sorte que la prise en compte d’un seul facteur peut conduire à des conclusions erronées. Ainsi, la période de vêlage des animaux n’est pas un facteur direct majeur de variation du taux protéique annuel, mais plutôt un indicateur de la conduite d’élevage qui, selon les cas, regroupe des facteurs différents et n’a donc pas toujours la même signification. Il est aussi possible que des facteurs autres que ceux expérimentalement identifiés puissent intervenir sur les variations du taux protéique.
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BIDANEL, J. P. "Taux d’ovulation et survie prénatale chez la truie : aspects génétiques." INRAE Productions Animales 2, no. 3 (1989): 159–70. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1989.2.3.4410.
Full textAbstract:
Cet article fait le point des connaissances actuelles sur la variabilité génétique du taux d’ovulation (TO) et de la survie embryonnaire (SE). Les 2 caractères présentent une forte étendue de variation entre races (8 à 10 ovules et 20 à 25 points de pourcentage pour TO et SE respectivement). Les effets d’hétérosis direct sont peu importants (2 à 3 % pour TO ; 1 à 2 % pour SE). Par contre, la survie embryonnaire présente un effet d’hétérosis maternel important (environ 8 %). L’héritabilité du taux d’ovulation est relativement élevée (0,30). Celle de la survie embryonnaire est moins bien connue, mais semble comparable ou légèrement supérieure à celle de la prolificité (environ 0,15). La corrélation génétique entre TO et SE est négative, les liaisons avec la prolificité étant par contre positives. Les quelques estimations disponibles ne permettent malheureusement pas de préciser l’importance de ces relations. Des liaisons avec le système majeur d’histocompatibilité et la présence de translocations réciproques ont par ailleurs été mises en évidence. D’autres sont suspectées avec le groupe sanguin H et le locus de la transferrine. Les possibilités d’utilisation de ces composantes pour l’amélioration génétique de la prolificité sont ensuite discutées. Des perspectives semblent exister, mais l’imprécision de nos connaissances sur la variabilité génétique de TO et SE et les problèmes de modélisation de la survie embryonnaire ne permettent pas, pour l’instant, de conclure.
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BOUIX, J. "Les objectifs et les critères de sélection : Adaptation des ovins aux conditions de milieu difficiles." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 179–84. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4283.
Full textAbstract:
Les qualités d’adaptation des animaux aux conditions de milieu ne sont pas prises en compte actuellement de façon explicite dans les schémas de sélection, ni dans l’organisation du croisement, ni dans la production ovine en général. Ces caractères d’adaptation ou de rusticité sont cependant a priori des facteurs primordiaux de réussite économique de l’élevage en milieu contraignant ou peu maîtrisé. De telles formes d’élevage sont appelées à se développer dans le cadre des grandes orientations européennes de revalorisation de zones marginales et de protection de l’environnement, et il importe d’adapter sinon de redéfinir les programmes génétiques en fonction de ces nouvelles données. Une approche de ces problèmes (Bibé et Vissac) consiste à faire l’hypothèse que les performances zootechniques sont la résultante, sinon la somme, des expressions globales de "gènes de production" et de "gènes d’adaptation" dans le milieu d’élevage ; une sélection basée sur le contrôle des performances dans les conditions de la production permettrait alors de progresser globalement sans trop d’erreurs, à la fois sur les aptitudes de production et les qualités d’adaptation requises. Cette démarche est cependant imparfaite, particulièrement dans le cas de productions en milieux difficiles, car les contraintes d’environnement y sont par définition mal maîtrisées, et par conséquent les parts respectives des qualités d’adaptation et de production dans l’expression des performances sont fluctuantes. D’un autre point de vue, il est a priori plus efficace de travailler sur les composantes d’un phénomène plutôt que sur leur résultante dans la mesure où elles ne sont pas étroitement corrélées. Une autre approche consiste donc à étudier les éléments de la rusticité au même titre que les performances zootechniques classiques, pour tenter de valoriser leur éventuelle variabilité génétique intra ou inter races selon les méthodes d’amélioration génétique adéquates. Les actions dans lesquelles la SAGA (Station d’amélioration génétique des animaux - INRA) est impliquée, portant sur les caractères d’adaptation des ovins relèvent de cette double réflexion.
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QUILLET, E., P. BOUDRY, and S. LAPEGUE. "Variabilité génétique de la réponse aux organismes pathogènes : un outil pour améliorer la santé des mollusques et poissons d’élevage." INRAE Productions Animales 20, no. 3 (2007): 239–52. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2007.20.3.3464.
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L’amélioration de la santé des cheptels est une composante essentielle du développement durable des filières aquacoles. La sélection d’animaux résistants aux différents organismes pathogènes rencontrés en élevage est une des stratégies possibles, complémentaire des approches prophylactiques, médicamenteuses ou vaccinales qui sont parfois difficiles à mettre en œuvre. L’analyse de la littérature scientifique permet en effet de conclure qu’il existe, dans les espèces et populations de mollusques et de poissons, une variabilité génétique de la résistance potentiellement exploitable par sélection. Les conditions d’exploitation de ce potentiel sont analysées. Pour des caractères complexes comme la résistance aux maladies, la mise au point de «marqueurs» susceptibles de fournir de l’information sur la valeur génétique des individus sans recourir à l’épreuve par le pathogène serait une aide précieuse pour mettre la sélection en pratique. Les travaux et perspectives dans ce domaine sont présentés, et leurs répercussions sur les stratégies possibles d’amélioration génétique discutées dans le contexte des filières aquacoles françaises.
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STICKLAND, N. C. "Rôles de la génétique et de l’environnement dans la variabilité du développement musculaire chez le porc et le cobaye." INRAE Productions Animales 9, no. 3 (1996): 216–17. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.3.4051.
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BEAUMONT, C., F. CALENGE, H. CHAPUIS, J. FABLET, F. MINVIELLE, and M. TIXIER-BOICHARD. "Génétique de la qualité de l’œuf." INRAE Productions Animales 23, no. 2 (2011): 123–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2010.23.2.3294.
Full textAbstract:

 
 
 
 La sélection des pondeuses commerciales repose sur un ensemble de critères où les paramètres de qualité de l’œuf prennent une importance croissante. Les caractères tels que le poids de l’œuf, la solidité de coquille (mesurée directement ou indirectement) la proportion de jaune et la qualité du blanc (unités Haugh) présentent une assez forte variabilité génétique (héritabilité de 0,30 à 0,60). Malgré une corrélation négative entre le poids d’œuf et le nombre d’œufs, la combinaison de la sélection en lignée pure et du croisement a permis d’améliorer le nombre d’œufs tout en stabilisant le poids d’œuf à un niveau élevé (62 g en moyenne). La variabilité génétique de la couleur de coquille, de la proportion de jaune et de la composition en lipides du jaune a été explorée, chez la poule comme chez la caille, par la sélection expérimentale et l’étude de races locales. Cependant, les gènes contrôlant les caractères de ponte et de la qualité technologique de l’œuf sont encore mal connus. Quelques protocoles de détection de QTL ont permis d’identifier des régions chromosomiques contrôlant une part significative de la variabilité de ces caractères, chez la poule et la caille. Récemment des gènes majeurs ont été identifiés comme l’enzyme FMO3 responsable de l’odeur de poisson d’œufs de poule nourries au tourteau de soja. De nombreuses études portent sur la la qualité bactériologique des oeufs, avec une priorité donnée au portage de salmonelles, pour laquelle plusieurs gènes ont été identifiés (SLC11A1, TLR4). Ces perspectives sont encourageantes pour répondre aux demandes croissantes du consommateur en matière de qualité des produits.
 
 
 
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COLLEAU, J. J., and S. MOUREAUX. "Gestion optimisée de la parenté et de la consanguinité dans les programmes de sélection des bovins laitiers." INRAE Productions Animales 19, no. 1 (2006): 3–14. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2006.19.1.3476.
Full textAbstract:
On décrit l’approche adoptée pour gérer la variabilité génétique au moment de la procréation des jeunes taureaux, (phase amont), la mise en testage, de l’utilisation des taureaux de service (phase aval) et du choix des taureaux à l’issue du testage (phase agrément). L’objectif est de minimiser la parenté moyenne deux à deux dans la population existante augmentée des produits à naître des accouplements programmés, tout en fixant le niveau génétique moyen de ceux-ci à une valeur souhaitée. Des tests a posteriori en vraie grandeur sont effectués sur les races Holstein, Montbéliarde, Normande. Par rapport aux accouplements effectivement réalisés, l’optimisation permet de réduire les parentés moyennes de l’ordre de 20 à 30 % (phases amont et aval), en gardant le niveau génétique moyen observé. L’agrément optimisé rejette une fraction importante des taureaux déjà agréés et par contre admet des taureaux qui n’ont pas reçu l’agrément. On analyse également les possibilités offertes par l’utilisation d’un index de synthèse pénalisé pour la parenté.
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LE BIHAN-DUVAL, E., C. BERRI, F. PITEL, et al. "Approches combinées de génomique positionnelle et expressionnelle pour l’étude des gènes contrôlant la qualité de la viande chez les volailles." INRAE Productions Animales 21, no. 2 (2008): 159–66. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.2.3389.
Full textAbstract:
Les évolutions importantes des modes de consommation des volailles (vers davantage de produits découpés ou élaborés au détriment des carcasses entières) ont renforcé l’importance de la qualité de la viande. Il existe aujourd’hui une forte variabilité de cette qualité, qu’il convient de mieux maîtriser pour contrôler les caractéristiques finales du produit. A côté des adaptations technologiques développées par les industriels, des recherches ont été initiées pour améliorer en amont la qualité de la viande, notamment par la voie génétique. Des approches complémentaires de génomique positionnelle (recherche de QTL) et expressionnelle (étude du transcriptome musculaire) ont été initiées pour identifier les gènes impliqués dans les variations de la qualité chez le Poulet. Ces études s’appuient sur des modèles animaux, lignées expérimentales ou commerciales, qui présentent de fortes différences de croissance et de qualité. Des premiers résultats originaux ont été obtenus sur les régions chromosomiques (ou QTL) contrôlant la cinétique de chute du pH post mortem, la couleur ou les pertes en eau par exsudation du filet de poulet. Les perspectives visent maintenant à identifier les polymorphismes sous-jacents, ou à défaut des marqueurs génétiques proches, pour une utilisation en sélection. Ces futures recherches bénéficieront des progrès importants réalisés dans les technologies de typage (avec l’accès chez le Poulet aux marqueurs haut débit de type SNP), mais aussi de la mise en évidence par les études du transcriptome des gènes et voies métaboliques contribuant à l’élaboration de la qualité.
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JAMMES, H., and J. DJIANE. "Le récepteur de la GH peut-il constituer un marqueur de la variabilité des capacités de croissance entre types génétiques ? Etude chez le bovin et le lapin." INRAE Productions Animales 9, no. 3 (1996): 228–31. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1996.9.3.4057.
Full text
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LARZUL, C., P. E ROY, G. MONIN, and P. SELLIER. "Variabilité génétique du potentiel glycolytique du muscle chez le porc." INRAE Productions Animales 11, no. 3 (1998): 183–97. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1998.11.3.3937.
Full textAbstract:
Le potentiel glycolytique du muscle (PG) se réfère à la teneur en glycogène musculaire chez l’animal vivant et est défini comme le potentiel de production d’acide lactique lors de la glycolyse post mortem. Le PG varie selon le muscle considéré : il est plus fort dans les muscles de type blanc que dans les muscles de type rouge. La valeur du PG dépend aussi du moment de la mesure : elle est plus élevée lorsque le muscle est prélevé par biopsie sur l’animal au repos que lorsqu’il est prélevé sur la carcasse dans l’heure qui suit l’abattage. Une relation de type linéaire puis en plateau lie le pH ultime au PG, et la valeur-seuil de PG au-delà de laquelle le pH ultime reste constant dépend du muscle considéré. La valeur du PG est très fortement influencée par le gène majeur RN (viande acide), qui est à l’origine de la position très particulière occupée de ce point de vue par la race Hampshire ("effet Hampshire"). L’allèle RN-, responsable de l’augmentation substantielle (+ 70 %) de la teneur en glycogène des muscles de type blanc rapide (Long dorsal par exemple), est presque complètement dominant. En dehors du gène RN, le PG présente une variabilité polygénique appréciable (héritabilité de 20-25 %). Ce caractère est lié positivement au rapport muscle/gras de la carcasse et à la teneur en glycogène résiduel de la viande. Il est lié négativement au pH ultime et au rendement à la cuisson de la viande. Les animaux porteurs de l’allèle RN-se caractérisent par une forte élévation du rapport eau/protéines du muscle. Plusieurs faits indiquent que le métabolisme énergétique du muscle est à tendance plus oxydative chez les animaux à PG génétiquement plus fort. Le potentiel glycolytique du muscle, caractère mesurable chez l’animal vivant (sur une biopsie du Long dorsal), est un critère de sélection à prendre en considération pour l’amélioration génétique de la qualité de la viande de porc.
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BODIN, L., G. BOLET, M. GARCIA, H. GARREAU, C. LARZUL, and I. DAVID. "Robustesse et canalisation : vision de généticiens." INRAE Productions Animales 23, no. 1 (2010): 11–22. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2010.23.1.3281.
Full textAbstract:
L’objectif de cet article est de définir et illustrer la notion de robustesse telle qu’elle est vue par les généticiens. Pour ces derniers, il existe deux concepts de robustesse. Le premier considère que la robustesse correspond à la capacité de survie de l’animal et au maintien d’un potentiel global de production dans des environnements stressants et fait notamment référence au rôle de l’axe corticotrope. Le second concept définit la robustesse comme le maintien d’un potentiel de production spécifique : dans ce cadre, un animal est dit robuste pour un caractère donné si ce caractère est stable dans des environnements variés, ce qui rejoint la notion d’interaction génotype-milieu et s’explique par différentes hypothèses génétiques (modèle de surdominance, modèle pléiotropique, modèle épistatique). La canalisation d’un caractère correspond alors à l’action de sélectionner pour diminuer la sensibilité aux variations environnementales. Cette canalisation est intéressante pour répondre, par exemple, aux attentes des producteurs (optimum de production), des transformateurs (homogénéité des productions) ou aux nouvelles contraintes environnementales (agriculture durable). La mise en pratique de cette dernière passe par différentes modélisations des interactions génotype-milieu ; la plus novatrice utilise les modèles dits structuraux qui considèrent une variabilité génétique de la variance du caractère considéré et pour lesquels des développements méthodologiques sont encore nécessaires. Différentes expériences de sélection canalisante ont été mises en place sur des animaux de rente avec plus ou moins de succès. A l’heure actuelle, seule la sélection canalisante sur l’homogénéité des poids des lapereaux à la naissance est pratiquée en routine.
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MANDONNET, N., G. AUMONT, J. FLEURY, et al. "Résistance aux strongles gastro-intestinaux des caprins. Influence de différents environnements tropicaux sur l’expression du potentiel génétique de résistance." INRAE Productions Animales 10, no. 1 (1997): 91–98. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1997.10.1.3980.
Full textAbstract:
Dans un proche avenir, il sera nécessaire de disposer d’animaux résistants pour maîtriser les strongyloses gastro-intestinales des petits ruminants, du fait de l’incidence de cette pathologie, quelle que soit la zone d’élevage. Or, bien que l’élevage caprin soit une production importante, notamment en zone tropicale, et très sensible à cette pathologie, la résistance génétique est peu étudiée dans cette espèce. L’objectif du protocole conduit à l’INRA-Antilles-Guyane est de déterminer, après vérification de son existence chez les caprins Créoles, si le même caractère de résistance génétique s’exprime dans des environnements contrastés du point de vue du risque parasitaire et de l’apport fourrager. La résistance de 13 boucs Créoles a été estimée dans 2 systèmes de pâturage, par la moyenne des performances de leurs descendants, aux âges de 6 et 10 mois.Haemonchus contortus et "Trichostrongylus colubriformis" ont été les espèces parasites dominantes. Le déterminisme génétique de la résistance est mis en évidence chez les chevreaux de 6 mois par une tendance à un effet père significatif dans tous les environnements. Le classement relatif des 13 boucs est corrélé dans les 2 milieux nutritionnels favorables : + 0,83 (P<0,001). En revanche, la corrélation n’est pas significative entre les milieux nutritionnels favorables et le milieu nutritionnel défavorable. Ce résultat semble indiquer que des mécanismes biologiques gouvernés par des gènes de résistance différents s’expriment dans un milieu nutritionnel favorable et dans un milieu nutritionnel défavorable. Aucune variabilité génétique n’est mise en évidence sur les mesures à 10 mois du fait d’un niveau d’infestation insuffisant des chevreaux.
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DE LA CHEVROTIÈRE, C., C. MORENO, P. JAQUIET, and N. MANDONNET. "La sélection génétique pour la maîtrise des strongyloses gastro-intestinales des petits ruminants." INRAE Productions Animales 24, no. 3 (2011): 221–34. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.3.3257.
Full textAbstract:
La durabilité des systèmes d'élevage tropicaux et tempérés extensifs est à rechercher dans l'équilibre entre le milieu et les productions, animales et végétales. Ainsi, il est judicieux de choisir les animaux pour leur adaptation aux contraintes du milieu, plutôt que de chercher à les en soustraire. Dans ce contexte, les strongyloses gastro-intestinales représentent une contrainte pathologique majeure des petits ruminants, particulièrement en zone tropicale humide. Depuis quelques années, la stratégie d'éradication des parasites a évolué vers une logique de manipulation des équilibres hôtes-parasites dans les systèmes pâturés par combinaison de diverses stratégies. La résistance génétique aux strongles gastro-intestinaux s'inscrit dans cette nouvelle démarche et y tient un rôle majeur. L'objectif de cette synthèse est de souligner les apports de la génétique et de la génomique à la compréhension et à l'exploitation de différences entre individus pour la résistance aux strongyloses gastro-intestinales. Les races locales se révèlent dans la plupart des cas les plus résistantes et les plus productives dans leur milieu. Que ce soit chez des races de milieu tropical ou tempéré, une variabilité génétique intra-race a pu être observée chez les ovins et les caprins. Des critères de résistance exploitables en sélection sont connus chez les ovins comme chez les caprins avec un contrôle génétique comparable. Enfin, la composante immunitaire (complexe majeur d'histocompatibilité notamment) de la résistance est clairement impliquée dans les mécanismes. Cependant, du fait de comportements alimentaires différents, les mécanismes sous jacents pourraient être plus simples et moins efficients chez les caprins. L'information génomique s'accumule mais reste encore difficilement valorisable par les professionnels.
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DOURMAD, J. Y., L. CANARIO, H. GILBERT, E. MERLOT, H. QUESNEL, and A. PRUNIER. "Évolution des performances et de la robustesse des animaux en élevage porcin." INRAE Productions Animales 23, no. 1 (2010): 53–64. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2010.23.1.3287.
Full textAbstract:

 
 
 
 L’analyse de l’évolution des performances des élevages porcins français indique une amélioration nette de la productivité numérique des truies, sans qu’il y ait eu de détérioration de leur longévité, et bien que la mortalité des porcelets se soit légèrement accrue. Cette amélioration des performances s’explique à la fois par l’obtention de progrès génétiques et par la sophistication des pratiques d’élevage. La question est toutefois posée de la capacité des truies et des porcelets à faire face aux nombreux changements biologiques qui sous-tendent l’amélioration de ces performances. Chez la truie, on a ainsi pu identifier deux problèmes essentiels&nbsp;: la faiblesse des aplombs et la difficulté accrue des animaux à couvrir leurs besoins nutritionnels. Chez les porcelets, la question de la compétition pour les nutriments entre les individus d’une même portée, in utero et durant la lactation, se pose de façon marquée dans les grandes portées, conduisant à un accroissement de la variabilité du développement et de la mortalité. Les performances d’engraissement des porcs se sont également améliorées, mais on note toujours, pour certains caractères, un écart important entre les résultats des élevages et le potentiel génétique, ce qui semble indiquer des problèmes d’adaptation. La sensibilité des porcs aux maladies d’origine multifactorielle constitue sûrement aujourd’hui l’un des facteurs les plus limitants dans les élevages. En termes de perspectives, les questions liées à la robustesse doivent être appréhendées à la lumière des évolutions attendues des systèmes d’élevage et des réglementations. La recherche d’animaux plus autonomes, résistant mieux aux maladies et capables de valoriser des ressources alimentaires plus diversifiées et moins en compétition avec l’alimentation humaine, fait partie des pistes à envisager.
 
 
 
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BARILLET, F., I. PALHIERE, J. M. ASTRUC, et al. "Le programme français d’éradication de la tremblante du cheptel ovin fondé sur l’utilisation de la génétique." INRAE Productions Animales 17, HS (2004): 87–100. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.hs.3633.
Full textAbstract:
Les travaux conduits en ovins laitiers dès 1993 dans des élevages ovins atteints de tremblante ont permis de connaître la fréquence des allèles sensibles du gène PrP selon les races considérées, vérifier le risque accru de tremblante pour ces génotypes, et tester la faisabilité d’une sélection sur le gène PrP et son efficacité sur le risque de tremblante dans les troupeaux. Ils ont ainsi contribué à l’émergence de l’outil génétique pour éradiquer la tremblante dans les élevages atteints. Depuis 2002, le programme d’éradication de la tremblante mis en place en France par le Ministère de l’Agriculture, est fondé sur le génotypage du gène PrP : il vise à éradiquer à court et moyen terme la tremblante dans les élevages atteints, tout en renforçant la résistance génétique à moyen et long terme de l’ensemble du cheptel national, compte tenu des délais de renouvellement des cheptels femelles. Avoir choisi d’asseoir le programme national de sélection sur le dispositif existant d’amélioration génétique du cheptel national, organisé dans le cadre de la loi de l’Elevage de 1966, est manifestement un point clé pour expliquer la mise en oeuvre rapide et efficace du programme dès la première année, confirmant la mobilisation massive de tous les maîtres d’oeuvre des schémas de sélection des ovins en France : les évolutions conjointes constatées pour les fréquences alléliques en faveur de l’allèle ARR, les index de sélection pour les caractères de production et les indicateurs de gestion de la variabilité génétique sont une bonne illustration de l’application des objectifs assignés aux programmes de sélection. L’encadrement national, conduit par l’INRA, l’Institut de l’Elevage et France UPRa Sélection (Unité de Promotion et de sélection de Race), s’attachera, dans les prochaines années, à vérifier et à aider à la mise en oeuvre des quatre objectifs du programme national de sélection, en particulier la fourniture de reproducteurs résistants pour les élevages atteints, la gestion de la variabilité génétique dans les noyaux de sélection et la diffusion vers les élevages de production. Ce programme repose sur les points clés d’universalité de la résistance génétique à la tremblante en situation de contamination naturelle et d’absence de porteurs sains, qu’il faudra en permanence continuer de valider.
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MALLARD, J. "Les bases de la génétique quantitative : Populations et variabilité." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 55–60. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4262.
Full textAbstract:
Cet article présente de façon aussi imagée et peu calculatoire que possible un certain nombre de concepts de base de statistique. Sont définies successivement les notions de population et de distribution des caractères, de moyenne, de variance et de corrélation. Le principe de la prédiction par régression est développé, ainsi que celui de techniques de représentation de distributions multidimensionnelles.
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ROUVIER, R. "L’amélioration génétique en France : le contexte et les acteurs - Les Palmipèdes." INRAE Productions Animales 5, HS (1992): 39–43. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4259.
Full textAbstract:
Les palmipèdes utilisés pour les productions d’oeufs, de viande, de foie gras, sont de plusieurs races, espèces et genres : oie grise pour le foie gras ; oie blanche pour la viande ; cane commune pour la production d’oeufs de consommation ou d’oeufs embryonnés (Sud-Est asiatique et Chine), ou utilisée comme mère de l’hybride mulard à gaver (Europe), et à rôtir (Taïwan et Sud-Est asiatique) ; Barbarie pour la viande (mâle pour la découpe, canette à rôtir) et Barbarie mâle pour le gavage. L’hybride mulard issu du croisement intergénérique entre le père Barbarie et la mère cane commune est exploité. L’amélioration génétique, en fonction des objectifs, peut exploiter les différences dans les caractéristiques biologiques et zootechniques. La diversité génétique est encore grande au niveau mondial. En France, la filière s’est organisée, notamment pour les canards. La production de viande de canards, principalement de Barbarie, est de 100 000 tonnes en 1989, celle de viande d’oie n’est que de 9 000 tonnes. La production de canards gavés (85 % sont des mulards mâles) s’est fortement développée (12 millions de canards en 1989, produisant 5400 tonnes de foie gras et les magrets) ; celle de foie gras d’oie reste stationnaire. Une inter-profession Palmipèdes gras s’est constituée (CIFOG). Les sélectionneurs se sont orientés comme en sélection avicole, par la sélection de souches spécialisées paternelles et maternelles à utiliser en croisement pour obtenir les animaux commerciaux. Des stations de l’INRA apportent leur concours, en collaboration, pour la méthodologie de la qualification des reproducteurs et sur le plan expérimental pour l’analyse et l’exploitation de la variabilité génétique. Des programmes de coopération scientifique internationale ont été établis, pour une meilleure connaissance de la variabilité génétique. Une structure de concertation scientifique collective (le Comité Scientifique National des Palmipèdes Gras) fonctionne depuis 1985.
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BIDANEL, J. P., D. BOICHARD, and C. CHEVALET. "De la génétique à la génomique." INRAE Productions Animales 21, no. 1 (2008): 15–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.1.3372.
Full textAbstract:
Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.
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VERRIER, E., and X. ROGNON. "Utilisation des marqueurs pour la gestion de la variabilité génétique des populations." INRAE Productions Animales 13, HS (2000): 253–57. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3848.
Full textAbstract:
Les méthodes usuelles de gestion de la variabilité génétique des populations reposent sur la connaissance des généalogies des animaux et sur un contrôle de la structure familiale de ces populations. Les marqueurs permettent d’affilier les animaux à des familles dans les situations où il est malaisé ou impossible d’enregistrer un état civil, donnant ainsi accès aux méthodes classiques de gestion de la variabilité. Ils procurent des outils de suivi de la variabilité intra-population, fondés sur les fréquences alléliques. Enfin, on peut choisir les reproducteurs présentant le plus de variabilité pour un ensemble de marqueurs. Les études effectuées dans ce sens montrent qu’une telle sélection est très efficace pour les régions du génome proches des marqueurs employés, mais qu’elle doit être réalisée en complément des méthodes usuelles si l’on s’intéresse à l’ensemble du génome.
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MULSANT, P. "Glossaire général." INRAE Productions Animales 24, no. 4 (2011): 405–8. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.4.3273.
Full textAbstract:
Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.
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VILOTTE, J. L. "Variabilité génétique de la résistance aux Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles chez l’animal." INRAE Productions Animales 17, HS (2004): 61–66. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.hs.3629.
Full textAbstract:
L’influence du polymorphisme au locus Prnp sur la sensibilité des animaux aux Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) est très bien documentée pour l’espèce ovine, avec la mise en évidence d’allèles associés à une plus grande sensibilité des animaux aux EST ou au contraire à une plus grande résistance. Cela a résulté dans la mise en place de nouvelles stratégies de sélection afin de diminuer l’incidence de cette maladie chez cette espèce. Chez d’autres espèces, des études sont en cours, notamment chez la chèvre où plusieurs allèles du gène Prnp ont été trouvés. En dehors du locus Prnp, d’autres facteurs génétiques influencent la sensibilité des animaux. Le développement des études de cartographie du génome des animaux de ferme a permis la recherche de QTL (Locus agissant sur un caractère quantitatif). Cela a conduit à la mise en évidence de gènes influençant la sensibilité des animaux aux EST, autres que Prnp, chez les bovins et les ovins, ainsi que chez la souris, même si l’identification et la validation des gènes concernés restent à déterminer.