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Dissertations / Theses on the topic 'Génétique comparative'
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Duguay, Christine. "L'analyse génétique : fichier terminologique bilingue commenté." Thesis, University of Ottawa (Canada), 1996. http://hdl.handle.net/10393/10863.
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Pelgas, Betty. "Cartographie génétique comparative chez les Picea et autres pinaceae." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/24131/24131.pdf.
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Farrant, Gregory. "Etude génomique et métagénomique de la diversité génétique, la distribution écologique et l'évolution des picocyanobactéries marines." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066075.
Full textAbstract:
Les picocyanobactéries marines des genres Prochlorococcus et Synechococcus sont les organismes photosynthétiques les plus abondants de la planète et ils contribuent de façon substantielle à la production primaire mondiale. Alors que le genre Prochlorococcus se caractérise par sa forte abondance dans les régions oligotrophes et son génome réduit, le genre Synechococcus se distingue par sa grande diversité génétique et pigmentaire ainsi qu'une aire de distribution plus étendue.Le principal objectif de ce travail a été de mettre en relation la diversité génétique de ces organismes avec leur niche écologique par des approches de génomique comparative et de métagénomique. Tout d'abord, le développement d'une méthode de scaffolding (WiseScaffolder) a permis de clore 32 nouveaux génomes de Synechococcus, lesquels ont été intégrés au système d'information Cyanorak, dédié à l'annotation de gènes orthologues. Ces nouveaux génomes, complétant les 65 génomes disponibles pour ces deux genres, ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de mieux comprendre la diversité et l'évolution de ce phylum et de définir les gènes spécifiques de différents groupes phylogénétiques, potentiellement liés à leur adaptation à des niches écologiques distinctes.Ces génomes ont ensuite été utilisés comme référence, en conjonction avec le gène marqueur petB, pour analyser les données de métagénomique issues de l'expédition TARA-Océans. Ces analyses ont notamment mis en lumière la diversité génétique, la distribution et l'importance écologique de certains clades phylogénétiques. Ce travail soulève de nouvelles hypothèses quant au rôle des picocyanobactéries dans le fonctionnement global des océansMarine picocyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus genera are the most abundant photosynthetic organisms and contribute substantially to global primary production. While the genus Prochlorococcus is characterized by its high abundance in oligotrophic regions and its reduced genome, Synechococcus is characterized by a larger genetic and pigment diversity and a wider area of distribution.The main objective of this PhD thesis was to link the genetic diversity of these organisms to the environmental conditions of their ecological niche by comparative genomics and metagenomics approaches. Firstly, the development of a scaffolding method (WiseScaffolder) has allowed us to close 32 new genomes of Synechococcus which were integrated into the Cyanorak information system dedicated to the annotation of orthologous genes. These new genomes, supplementing the 65 genomes previously available for these two genera, allowed us to perform comparative analyses which led to a better understanding of the diversity and evolution of this phylum and to the definition of genes sets specific to different phylogenetic groups and thus potentially related to their adaptation to different ecological niches.These genomes were then used as reference, in conjunction with the marker gene petB gene, to analyze metagenomic data produced in the frame of the Tara-Oceans Expedition. In particular, these analyzes highlighted the genetic diversity, distribution and ecological importance of some phylogenetic clades. This work raises new hypotheses about the role of picocyanobacteria in the overall functioning of the oceans
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Pasek, Sophie. "Le domaine protéique, une unité d'homologie pertinente en génomique comparative." Evry-Val d'Essonne, 2006. http://www.theses.fr/2006EVRY0016.
Full textAbstract:
La génomique comparative tente de retracer l'histoire évolutive des organismes à travers l'étude comparative des gènes et des mécanismes évolutifs qui les affectent. Habituellement, elle se focalise sur le gène ce qui ne permet pas d'attribuer des histoires évolutives distinctes aux différents morceaux qui constituent le gène. Afin de prendre en compte cette modularité, ce travail revisite certains problèmes de génomique comparative en utilisant une unité d'évolution plus petite que le gène : le domaine. Nous avons introduit la notion de synténie de domaines : segments chromosomiques dont le contenu en domaines est conservé d'une espèce à l'autre, mis en évidence le rôle primordial des fusions/fissions de gènes dans la création de nouvelles architectures multi-domaines et montré que la redondance en domaines est un mécanisme de compensation génétique. Utiliser le domaine comme unité d'homologie à la place du gène s'est avéré pertinent et a permis d'apporter de nouveaux résultatsComparative genomics aims at understanding the different evolutionary scenario that may explain the divergence between distinct species. As a rule, comparative genomics focuses on genes but different parts of a gene could have evolved independently. To take into account this modularity, we here adopt the innovative approach focusing on domains instead of genes and we reinvestigate three problems at the light of domains. First, we introduce the notion of micro-syntenies of domains that could be defined as a local conservation of domain content and proximity across several genomes. Second we provide evidence that gene fusion/fission is a major contributor to evolution of multi-domain bacterial proteins. Third, we show the role of domain redundancy in genetic robustness as a compensation mechanism against null mutations. For each of the three above problems, focusing on genes rather than on domains enabled us to draw many interesting consequences from
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Gonnet, Mathieu. "Génomique comparative des éléments génétiques de Thermococcales, un ordre d'Archaea hyperthermophiles : diversité et plasticité des génomes." Brest, 2008. http://www.theses.fr/2008BRES2052.
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6
Bertrand, Stéphanie. "Génomique comparative des récepteurs nucléaires." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2005. http://www.theses.fr/2005ENSL0350.
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Périchon, Naour Kim. "Etude de la contribution de CNVs (variations du nombre de copies de gènes) dans les formes sévères de toxidermies." Rouen, 2014. http://www.theses.fr/2014ROUES040.
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Durand, Jérôme. "Contribution à la cartographie génétique chez les Fagacées." Thesis, Bordeaux 1, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR13957/document.
Full textAbstract:
La famille des Fagacées regroupe des espèces présentant un intérêt économique, écologique et social non négligeable. Par ailleurs, ces espèces, et plus particulièrement celles du genre Quercus que l’on retrouve dans des milieux extrêmement diversifiés, constituent de bons modèles d’étude de l’adaptation des arbres à leur environnement. Pour comprendre l’architecture génétique des caractères liés à l’adaptation chez le chêne, des cartes génétiques ont été établies essentiellement sur la base de marqueurs moléculaires dominants. Le travail qui a fait l’objet de cette thèse, a consisté à développer une carte génétique de seconde génération à partir des ressources génomiques disponibles chez cette espèce. Dans un premier temps, nous avons recherché des motifs microsatellites (SSR, simple sequence repeats) au sein des séquences exprimées (EST) assemblées sous la forme d’un unigène de 28 000 éléments non redondant. Un jeu de 748 marqueurs a été développé et 255 d’entre eux ont été localisés sur la carte génétique du chêne pédonculé (Q. robur L.) en utilisant une approche dite de « bin mapping ». Leur transférabilité a été testée chez le châtaignier européen (Castanea sativa Mill.) et le hêtre commun (Fagus sylvatica L.), deux espèces phylogénétiquement proche du chêne. Un taux de transférabilité de 28% a été observé pour le hêtre et de 56,6% pour le châtaigner. Une carte génétique a alors été établie pour le châtaigner en utilisant les marqueurs SSR localisés sur la carte du chêne. La comparaison des cartes de liaison du chêne et du châtaignier a mis en évidence une bonne conservation de la macro synténie et de la macro colinéarité entre les deux espèces, ce qui ouvre des perspectives intéressantes pour le transfert d’informations génétiques (QTL par exemple) d’une espèce à l’autre. Cette étude sera prochainement enrichie par la cartographie de marqueurs orthologues dérivés de polymorphismes ponctuels (SNP), ce qui permettra de comprendre l’évolution conjointe des trois espèces majeures de la famille des FagacéesThe Fagaceae family comprises species of economic, ecological and social importance. In addition, these species and particularly those belonging to the Quercus genus that are present in very diverse ecological niches, constitute good models to study the adaptation of forest trees to their natural environment. To understand the genetic architecture of adaptive traits in oak, genetic linkage maps have been previously established based on dominant markers. In this thesis, we developed a second generation genetic map using the genomic resources that were available in this species. First, we bioinformatically screened an expressed sequence tags catalog assembled into a 28 000 unigene elements, for simple sequence repeats (SSRs). A set of 748 markers was developed and 255 were localized on the pedunculate oak (Q. robur L.) linkage map using a bin mapping approach. Their transferability was tested in the European chestnut (Castanea sativa Mill.) and common beech (Fagus sylvatica L.), two phylogenetically related species to oak. Transferability rates of 28% and 56.6% were observed for beech and chestnut, respectively. A genetic map was then established for chestnut on the basis of orthologous SSRs already mapped in oak. The comparison between both maps clearly showed that the macro-synteny and the macro-colinearity were conserved across genus, opening interesting perspectives in respect to the transfer of genetic information (eg. QTLs, quantitative trait loci) from one species to another. This study will be soon completed by the mapping of orthologous markers derived from single nucleotide polymorphisms (SNPs). This will made it possible to better understand the evolution of the genome of these three major species of the Fagaceae family
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Salaün, Laurence. "Étude de la structure génétique de l'espèce Helicobacter pylori par l'analyse comparative de plusieurs marqueurs moléculaires." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T029.
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Barc, Julien. "Génétique des troubles de la repolarisation ventriculaire : nouveaux concepts." Nantes, 2009. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=f1bba90a-8592-47d3-8bee-6af0f6c6d4e6.
Full textAbstract:
La mort subite (MS) cardiaque sans cardiopathie structurale touche 12 à 20 000 patients en Europe par an. Elle est la conséquence directe d'une arythmie ventriculaire primaire, le plus souvent chez les sujets jeunes. Parmi ces MS, plusieurs formes mendéliennes d’anomalie de la repolarisation ventriculaire telles que le Syndrome du QT Long congénital (SQTL), le Syndrome du QT Court (SQTC) ou encore le syndrome de Brugada (SBr) ont fait l'objet d'études moléculaires approfondies. L’identification des gènes majeurs du SQTL a permis d'expliquer la physiopathologie de ces troubles du rythme et une meilleure prise en charge. La base moléculaire d'un quart des formes du SQTL reste cependant inexpliquée. Une approche pangénomique par CGH array m'a permis d'identifier trois délétions dans les gènes KCNQ1 et KCNH2 parmi une centaine de patients sans mutation ponctuelle. Deux d'entre elles concernent le gène KCNH2, l'une est totale, la seconde est partielle et ségrége chez 6 patients sur 3 générations. Le SQTC est une cardiopathie rare et hétérogène puisque 5 gènes permettent d'expliquer les 8 cas décrits à ce jour. Une étude clinique et moléculaire de 15 nouvelles familles atteintes de SQTC a permis d’identifier des mutations dans les gènes CACNA1C et SLC22A5 suggérant un nouveau mécanisme moléculaire. A l'inverse du SQTL, un seul gène majeur (SCN5A) est associé au SBr. SCN5A ne constitue cependant pas un marqueur pertinent de la stratification du risque de MS. Nous avons évalué la réelle implication du gène SCN5A dans le SBr à partir de 5 grandes familles dont le phénotype ne ségrége pas avec le génotype. Un modèle oligogénique est proposé à partir de nouvelles bases moléculairesSudden cardiac death (SD) without structural heart disease affects about 12 to 20000 individuals each year in Europe. These sudden deaths concern mostly young population who died of a primary cardiac arrhythmia. Several studies have been lead on mendelian forms at high risk of SD such as long QT syndrome (LQTS), short QT syndrome (SQTS) and Brugada syndrome (BrS). The identification of genes in LQTS allowed us to explain arrhythmia pathophysiology and a better management for patients. However molecular diagnosis stay lacking within 25% of LQTS patients. A pangenomic approach by CGH array shows 3 deletions in KCNQ1 and KCNH2 genes, two of them concern KCNH2 gene, one take all of gene, the second is partial and was inherited in 6 patients on 3 generations. The SQTS is a rare and heterogeneous cardiopathy, 5 genes explain all of 8 cases reported today. A clinic and molecular study of new families affected by SQTS lead to identification of mutation in CACNA1C and SLC22A5 genes, suggesting a new molecular mechanism. Conversely of LQTS, a main gene (SCN5A) is associated with BrS. However SCN5A dot not constitute discerning marker for risk-stratification of SD. We evaluate the real implication of SCN5A gene in Brugada syndrome by 5 large families study in which the phenotype do not correlate with genotype. Our new molecular results suggest rather oligogenic model
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Lanquar-Danon, Viviane. "Approches de génétique moléculaire et de protéomique pour l'analyse de l'homéostasie métallique chez Arabidopsis thaliana." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112084.
Full textAbstract:
Chez les plantes, les transporteurs de métaux jouent des rôles essentiels dans l'homéostasie métallique. Pour comprendre les liens entre le transport des métaux essentiels et la détoxication des métaux nocifs chez Arabidopsis, nous avons développé deux stratégies différentes: d'une part une approche ciblée pour comprendre la fonction des transporteurs de métaux AtNRAMP et, d'autre part, une approche de protéomique comparative pour identifier sans a priori de nouvelles protéines de la membrane plasmique régulées lors d'un stress par le cadmium. Les protéines NRAMP sont capables de transporter des métaux essentiels comme le Fe et le Mn et des métaux toxiques comme le cadmium. En associant des approches de génétique moléculaire, de biologie cellulaire et de biochimie, nous avons montré qu'AtNRAMP3 et AtNRAMP4 sont des protéines tonoplastiques. Pendant la germination, elles sont essentielles pour mobiliser les réserves de fer alors que chez la plante adulte, elles permettent le recyclage du Mn à partir de la vacuole. De plus, ces transporteurs jouent un rôle en réponse au stress oxydatif. La membrane plasmique représente la première interface en contact avec le cadmium. Pour identifier de nouvelles protéines membranaires impliquées dans les fonctions de perception, d'acquisition et d'exclusion du cadmium, nous avons développé une stratégie de protéomique quantitative reposant sur un marquage métabolique des cellules d'Arabidopsis thaliana par le 15N. L'analyse comparative entre les protéomes de la membrane plasmique de cellules stressées ou non par le cadmium est en cours. Quelques protéines candidates induites par le cadmium ont déjà été identifiéesIn plants, metal transporters play major roles in intracellular metal homeostasis. Many metal transporters are able to transport essential metal as well as toxic metals. To understand the relationship between the transport of essential metals and the detoxification of noxious metals in Arabidopsis, we have used two strategies: a targeted approach with the aim to elucidate the function of NRAMP metal transporters and a global proteomic approach to identify novel plasma membrane proteins regulated under cadmium stress. NRAMP are able to transport a broad range of metals such as Fe, Mn and Cd. Using a combination of molecular genetic, cell biological and analytical approaches, we have shown that AtNRAMP3 and AtNRAMP4 are vacuolar membrane proteins with several redundant functions: during seed germination they are essential to mobilize vacuolar Fe stores while in adult plant they are required to recycle Mn from the vacuole. In addition, the nramp3nramp4 double mutant is also hypersensitive to the oxidative stress generated by cadmium and AtNRAMP3 and AtNRAMP4 accumulates after an oxidative stress. These proteins could be involved in the supply of metal cofactors to reactive oxygen species detoxifying enzymes. The plasma membrane is the first interface where Cd stress is perceived and where cadmium may be taken up or extruded from the cell. In order to characterize novel intrinsic proteins involved in these functions, we have developed a comparative proteomic strategy based on 15N metabolic labeling of Arabidopsis cell. Comparative analysis of the plasma membrane proteome is under way and we have already identified candidate proteins regulated by Cd
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Levesque, Sébastien. "Développement d'un outil génétique pour Brevibacterium aurantiacum et analyse génomique comparative de souches laitières." Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/34492.
Full textAbstract:
Brevibacterium aurantiacum est une actinobactérie qui confère des propriétés organoleptiques clés aux fromages à croûte lavée lors de l’affinage. Malgré son importance industrielle, il n’existe aucun outil génétique disponible pour la modification génétique de cette espèce et seulement deux génomes complets sont disponibles à l’heure actuelle. L’acquisition de connaissances fondamentales sur le répertoire des gènes de cette espèce et sur leurs fonctions est primordiale pour comprendre son rôle dans l’affinage des fromages à croûte lavée. Lors de ce projet de maîtrise, 12 plasmides et quatre vecteurs synthétiques ont été utilisés pour transformer six souches laitières de B. aurantiacum et une souche de B. linens dans le but d’adapter l’outil génétique CRISPR-Cas9 pour ces actinobactéries. Différents protocoles de préparation de cellules électrocompétentes et de transformation par électroporation ont été testés, mais il a été impossible de transformer les souches bactériennes à l’étude. Les actinobactéries du genre Brevibacterium sont donc récalcitrantes à la transformation génétique Dans un second temps, nous avons séquencé six génomes additionnels de Brevibacterium et nous avons effectué des analyses génomiques comparatives avec les génomes publics. Nos analyses phylogénétiques ont révélé que les souches laitières précédemment considérées comme membres de l’espèce B. linens appartiennent en fait à l’espèce B. aurantiacum, mettant en évidence l’importance de cette espèce dans la production fromagère. Les génomes de B. aurantiacum sont composés de 2612 gènes de coeur et possèdent un pangénome ouvert atteignant jusqu’à 6259 gènes. Les génomes étudiés sont riches en éléments d’ADN mobiles et des transferts horizontaux de gènes (HGT) entre diverses actinobactéries d’affinage des fromages ont été observés chez tous les génomes de B. aurantiacum. Nos analyses génomiques comparatives apportent de nouvelles informations sur l’évolution et l’adaptation de B. aurantiacum à l’écosystème des fromages.Brevibacterium aurantiacum is an orange-pigmented actinobacterium that confers key organoleptic properties to washed-rind cheeses during surface ripening. To date, only two complete and assembled genomes of B. aurantiacum are available and there is currently no genetic tool available to study this industrially relevant species. The acquisition of fundamental knowledge on the gene repertoire of this species and their functions is essential to understand its evolution and its role in cheese ripening In this study, 12 plasmids and 4 synthetic vectors were used to transform 6 B. aurantiacum dairy strains and one B. linens strain in the aim of adapting CRISPR-Cas9 tool for these bacterial species. Different electrocompetent cell preparation and electroporation methods were tested to transform various Brevibacterium strains, but no transformants were recovered with all the experiments. Therefore, it seems that Brevibacterium strains are recalcitrant to genetic transformation We sequenced six additional genomes of Brevibacterium and performed phylogenetic and pan-genome analyses. Our phylogenetic analysis revealed that cheese isolates, previously identified as B. linens, belong to the B. aurantiacum species, making this species a key player in cheese production. B. aurantiacum genomes are composed of 2612 core genes with an open pan-genome reaching now 6259 genes. Horizontal gene transfers (HGT) between cheese actinobacteria were observed in all B. aurantiacum genomes. HGT regions involved in iron acquisition were found in five B. aurantiacum genomes, which suggests cooperative evolution between smear-ripened cheese actinobacteria. Our comparative genomic analysis provides novel insights into the evolution and the adaptation of B. aurantiacum to the cheese ecosystem.
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Jubin, Claire. "Caractérisation et analyse bioinformatique comparative des profils génomiques de mutagénèse chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066515.
Full textAbstract:
Des altérations de l'ADN se produisent en conditions physiologiques normales au cours du cycle cellulaire. Des systèmes de maintien de l’intégrité de l’ADN contiennent ces altérations qui représentent une menace pour la cellule, voire l’organisme. Les gènes impliqués dans ces processus ont un rôle dans des fonctions de réplication, réparation et recombinaison de l’ADN (fonctions 3R). Ces fonctions fondamentales confèrent aux gènes qu’elles impliquent un pouvoir potentiellement « mutateur » intervenant précocement dans le processus d’accumulation de mutations de la tumorigenèse qui a lieu dans les cancers. Dans le projet « MUTome », 11 mutants de délétion de Saccharomyces cerevisiae ont été construits pour des gènes impliqués dans des fonctions du cycle cellulaire et des fonctions 3R. Le séquençage à haut débit de lignées d’accumulation de mutations de ces mutants, suivi de l’analyse bioinformatique, a permis d’établir des spectres de mutations relatifs à des substitutions de base, des insertions/délétions et à des variations structurales. Parce que les répétitions génomiques bruitent les analyses, j’ai développé une stratégie bioinformatique qui aborde ce problème. J’ai identifié dans la séquence de référence les régions répétées, sources d’alignements multiples. Dans ces régions j’ai établi la liste des polymorphismes de substitution de base intra-génomiques qui existent entre répétitions non exactes. L’utilisation de cette liste est le principe de base du filtre « g-deNoise » que j’ai développé. Appliqué aux données du MUTome, il a permis d’identifier des SNP robustes dans les régions génomiques uniques mais aussi dans des régions répétées comme les gènes multi-copiesDNA mutations arise during the cell growth, even under normal physiological conditions. Processes related to the maintaining of DNA integrity prevent appearance of mutations that represent a threat for the cell life and even for the whole organism. Genes implied in these processes play a role in DNA replication, recombination and reparation (3R functions). They also potentially play a role in the early stage of tumorigenesis occurring in cancers. In the “MUTome” project 11 mutants of Saccharomyces cerevisiae were deleted for genes implicated in the 3R and cell cycle functions. High throughput sequencing of these accumulation mutation lines followed by bioinformatics analysis permitted to define the catalogue of DNA alterations induced by gene inactivation in the 11 mutants, related to base substitution, insertions/deletions and structural variations. Because genomic repetitions noise analyses, I set up a strategy to address this problem. To do so, I first identified in the reference sequence of S. Cerevisiae, the repetitive regions, covered by multi-aligned reads after the reads mapping step. In these repetitive regions, I identified intra-genomic base substitution polymorphisms existing between near exact repetitions. Consecutively, I developed an alignment filter, named “g-deNoise”, that uses information of intra-genomic polymorphism. This filter applied to MUTome data allowed SNP identification in unique genomic regions, but also in polymorphic repeated regions such as multicopy genes
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Conte, Matthieu. "Développement d'une plateforme de génomique comparative dédiée aux plantes." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20221.
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Perrin, Agnès. "Génomique comparative des Neisseria pathogènes : apport de l'épidémiologie inverse à l'identification d'îlots de pathogénicité." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05N099.
Full textAbstract:
Le séquençage du génome des bactéries a ouvert de nouvelles voies dans l'étude de leur pathogénicité. Après une présentation des outils de la génomique comparative, ce mémoire rapporte les résultats obtenus par comparaison génomique des 2 espèces pathogènes, N. Meningitidis et N. Lactamica, commensal de l'oropharynx. L'hybridation génomique soustractive puis une membrane haute densité du génome du méningocoque A Z2491 ont permis d'identifier précisément les régions chromosomiques spécifiques des Neisseria pathogènes potentiellement impliquées dans leur virulence. Enfin, la comparaison du génome de 50 souches de méningocoques, isolées soit de patients symptomatiques soit de porteurs sains. .Bacterial genome sequencing has brought new ways for their pathogenicity study. First describing comparative genomics tools, this thesis presents results obtained by comparing the genome of the 2 pathogenic species, Neisseria meningitidis and N. Gonorrhoeae with commensal N. Lactamica. Genomic subtractive hybridization ( Representational Difference Analysis ) then DNA array of serogroup A meningococcus Z2491 genome allow to identify precisely chromosomal regions specific for pathogenic Neisseria species, potentially related to their virulence. Finally, genomes comparisons of 50 meningococcal strains, isolated from sick or healthy persons, bring to light a 8 Kb pathogenicity island. .
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Moumen, Bouziane. "Génomique comparative et analyse in silico des prophages dans le groupe Bacillus cereus." Aix-Marseille 3, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX30009.
Full textAbstract:
Le groupe Bacillus cereus regroupe des bactéries taxonomiquement proches et diverses par leurs phénotypes. Les génomes de ces bactéries sont assez plastiques et le flux des gènes par des éléments mobiles entre les souches proches pourrait jouer un rôle important dans leur évolution. Parmi ces éléments mobiles, les prophages peuvent avoir un impact sur l’évolution de ces bactéries qui sont des pathogènes émergents. Dans cette étude, nous avons séquencé, analysé et étudié la fonctionnalité du prophage phIS3501 qui est intégré dans le gène hlyII de la souche B. Thuringiensis ATCC35646. L’excision de phIS3501 aboutit à la formation d’un gène hlyII intact codant une toxine potentiellement active. La similarité de ce mode de régulation avec celui mis en évidence chez Staphylococcus aureus indique une sélection pour ce type de système chez les bactéries pathogènes. Une étude in silico a été réalisée sur 14 génomes du groupe B. Cereus pour leurs contenus en prophages. 37 prophages et résidus de prophages ont été détectés. Les résultats issus de l’analyse et de la génomique comparative suggèrent que les prophages sont très répandus dans ce groupe de bactéries. L’échange génétique entre ces bactéries est fréquent et l’évolution se fait par le biais de recombinaisons par l'intermédiaire de ces prophages. Plusieurs gènes qui n’ont pas une relation directe avec le développement des phages ont été trouvés dans les génomes de ces prophages. Ces gènes peuvent avoir un rôle dans la conversion lysogénique de ces bactéries et pourraient participer à l’émergence de la pathogénicité par une expansion clonale ou un transfert de gènes horizontalThe Bacillus cereus group comprises bacteria taxonomically close with various phenotypes. The genomes of these bacteria are quite plastic and gene flow between closely strains could play an important role in their evolution. Among mobile elements, prophages may have an impact on the evolution of these emerging bacterial pathogens. In this study, we sequenced and analyzed the functionality of phIS3501, a prophage, which is integrated into the hlyII gene of B. Thuringiensis ATCC35646. Excision of phIS3501 resulted in the formation of an intact hlyII gene coding for a potentially active toxin. The similarity of this mode of regulation with that demonstrated in Staphylococcus aureus suggests a selection for this type of system in pathogenic bacteria. An in silico study was conducted on 14 genomes of the B. Cereus group for their prophages content. 36 prophages and prophage remnants were detected. The results of this analysis and comparative genomics suggest that prophages are widespread in this group of bacteria. The genetic exchange between these bacteria is common facilitating evolution through prophage-mediated recombination. Several genes that have no direct relationship with the development of phages were found in the genomes of these prophages. These genes may have a role in lysogenic conversion and could participate in the pathogenicity emergence by a clonal expansion or horizontal gene transfer
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Azou, Goyema Quentin. "Données génétiques et médicales : identification et discrimination : approche comparative entre l'Europe et l'Afrique subsaharienne." Dijon, 2009. http://www.theses.fr/2009DIJOD003.
Full textAbstract:
Les données génétiques humaines, du fait de leur polymorphisme tant scientifique que juridique, révèlent au droit des rivages inconnus. Elles sont présentées comme des données de nature médicale mais il ne s'agit pas de données médicales quelconques dans la mesure où elles expriment la part la plus intime de l'individu. Leur connaissance est nécessaire au progrès de la médecine afin d'assurer le traitement voire la prévention de certaines pathologies familiales. Elles présentent une spécificité qui justifie l'élaboration de normes juridiques appropriées. En raison de leur ambivalence intrinsèque, les données génétiques et médicales ne constituent pas des données personnelles car, source d'identification de la personne, elles cessent de l'être au moment même où elles perdent leur capacité de stigmatisation. Le recueil et la circulation des données génétiques et médicales constituent un défi juridique majeur pour les années à venir. La règle de droit devant permettre l'utilisation de ces données doit garantir une confidentialité nécessaire au respect de la vie privée. La définition de cet équilibre entre la part intime et la part universelle des données génétiques soulève de délicats problèmes : intérêt public et intérêt privé, universalité et individualité. Quels que soient les noms qu'on leur donne, la distinction a traversé, de part et d’autre, les contributions et les débats nourris. La comparaison des approches européenne et africaine reflète ce partage entre la protection et la divulgation des données génétiques et médicales. Elle révèle la diversité des techniques éthiques et juridiques existantes, explique la différence des traditions socioculturelles d'où notre volonté de porter à la connaissance du public, tant les contributions écrites que les nombreuses discussions qui les ont suivies. Ce travail se subdivise en deux parties : données génétiques et identification de la personne humaine(I) ; données génétiques et risques de discrimination (II)Human genetic data, because of its scientific and judicial polyphormism, is a case for new legislation. Although it is usually presented as medical data, its specific aspect should be taken into consideration, since it concerns the innermost part of the individual. The knowledge of this data is essential to medical progress, namely the treatment and prevention of some family disorders. Its specificity requires the creation of adequate judicial standards. On account of its intrinsic ambivalence, genetic and medical data cannot be used as personal data because, as a means of personal identification, it ceases to be so as soon as it loses its power to stigmatize. Collecting and circulating genetic and medical data will be a major challenge in the years to come. The rule of law allowing the use of this data should ensure the confidentiality necessary to the protection of people's private lives. Trying to draw the line between the private part and the universal one raises some crucial issues such as public interest versus private one, universality versus individuality. Whatever the terms we use, this distinction has played a major part throughout various studies and debates. Comparison with the European approach and the African one shows the dilemma between the protection and the disclosure of medical and genetic data. It reveals the diversity of ethics and legal technical; it explains the different socio-cultural customs. Our aim is to go towards audience the written contributions and also the numerous discussions further. This work is subdivided in two parts: genetic data and identification on Human Being (I); genetic data and discrimination risks (II)
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Brisset, Sophie. "Apport de l'hybridation génomique comparative (CGH) sur puce en cytogénétique constitutionnelle : applications à l'étude de remaniements télomériques et à l'analyse chromosomique d'une cellule unique." Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N03S.
Full textAbstract:
L'hybridation génomique comparative (CGH) sur chromosomes et sur puce à ADN (CGH microrray) permettent une analyse globale des déséquilibres chromosomiques du génome. La première partie de ce travail a concerné l'étude de remaniements télomériques par CGH sur puce. Nous avons analysé par les deux techniques de CGH des fœtus à nuque épaissie. La CGH sur puce nous a permis de caractériser précisément un remaniement chromosomique déséquilibré diagnostiqué chez un fœtus à nuque épaissie. La deuxième partie a concerné l'analyse CGH sur une cellule unique. Une première étape a été la mise au point d'une méthode d'amplification de l'ADN de lymphocytes isolés, normaux et trisomiques 21, par DOP-PCR. La CGH sur puce a donné un profil corrélant avec l'anomalie chromosomique attendue. Ainsi, l'analyse chromosomique d'une cellule unique ou d'un petit groupe cellulaire apparaît prometteuse, pouvant être appliquée dans différents domaines tels que le diagnostic prénatal ou la cancérologieComparative genomic hybridisation (CGH) on metaphase spreads and microarray CGH are genome-wide analyses of DNA copy number imbalances. First of all, we studied telomeric rearrangements by microarray CGH. Fetuses with increased nuchal translucency have been analysed with conventional and microarray CGH. Precise characterisation of a de novo unbalanced chromosomal abnormality has been achieved using microarray CGH. Secondly, we performed CGH analysis of a single cell. A reliable DOP-PCR protocol have been developed to amplify single lymphocytes DNA. Trisomy 21 has been detected on a single lymphocyte by microarray CGH. Chromosomal analysis of a single cell or few cells is promising and should be applied in prenatal diagnosis or cancer
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Martianov, Igor. "Etude comparative des fonctions des facteurs de transcription TBP et TLF/TRF2 chez la souris." Strasbourg 1, 2003. http://www.theses.fr/2003STR13003.
Full textAbstract:
"La transcription est le processus de synthèse de tous les types d'ARN à partir de la matrice d'ADN. La régulation de l'initiation de la transcription nécessite la participation de plusieurs facteurs de transcription, dont TBP est un facteur crucial impliqué dans la transcription par les trois ARN polymerases nucléaires. TBP est donc souvent considérée comme le facteur "universel". Le caractère universel de TBP a été remis en cause par la découverte de TRF1 et TLF/TRF2, des protéines apparentées à TBP. Lors de mes travaux de thèse, j'ai étudié la fonction de TBP et TLF/TRF2 in vivo dans la souris en inactivant les gènes correspondants par recombinaison homologue. Les embryons TBP-/- subissent un arrêt de prolifération entre le stade 8 cellules et blastocyste au moment de la déplétion du stock maternel. Ces blastocystes meurent par apoptose après 48 heures de culture in vitro. Bien que TBP ne puisse plus être détectée dans ces blastocystes, il n'y a pas arrêt de la transcription par l'ARN polymérase II. Par contre la déplétion de TBP provoque un arrêt de la transcription par les ARN pol I et pol III. Ces observations démontrent que TBP est nécessaire à la prolifération cellulaire et révèlent un mécanisme de transcription par l'ARN pol II indépendant de TBP permettant la réinitiation de la transcription et le maintien de l'expression génique in vivo. Les souris TLF-/- femelles sont viables et fertiles mais les souris TLF-/- mâles sont stériles. Un examen des testicules de ces souris indique une absence totale de spermatozoi͏̈des matures. La spermatogenèse est interrompue au stade 7 de la spermiogènese lors de la transition des spermatides ronds en spermatides allongés, l'absence de TLF provoquant l'apoptose des spermatides ronds. Une analyse des spermatides ronds démontre une désorganisation de l'hétérochromatine caractérisée par une fragmentation du chromocentre. Ces deux études démontrent que malgré leur similitude TBP et TLF/TRF2 ont des fonctions différentes in vivo. "Transcription is the synthesis of all types of RNA using DNA as a template. The regulation of transcription initiation requires many transcription factors. Amongst these, TBP is a key transcription factor because it is required for transcription by all three RNA polymerases and was considered a "universal" transcription factor. The universal role of TBP has been challenged by the discovery of the TBP-related factors, TRF1 and TLF/TRF2. During my thesis work, I studied the relative roles played by TBP and TLF/TRF2 in the mouse through inactivation of the corresponding genes by homologous recombination. TBP-/- embryos undergo growth arrest between the 8 cell and blastocyst stages when the pool of maternal TBP has been depleted. These blastocysts undergo apoptosis after two days of culture in vitro. Although TBP can no longer be detected at the blastocyst stage, loss of TBP does not lead to an arrest of pol II transcription. In contrast, an arrest of pol I and pol III transcription was observed. These results show that TBP is required for cell proliferation and reveal a TBP-independent pol II transcription mechanism which allows reinitiation and maintenance of gene transcription in vivo. TLF-/- female mice are viable and fertile, whereas TLF-/- male mice are sterile. An examination of their testis shows a complete absence of mature spermatozoon. In these mice, spermiogenesis is interrupted at step 7 as the round haploid spermatids undergo the transition to elongating spermatids. In the absence of TLF, the round haploid spermatids die through apoptosis at this stage. A more detailed examination of the round haploid spermatids indicates aberrant heterochromatin organisation with fragmentation of the chromocenter. Thus, despite their similarity TBP and TLF/TRF2 have very different functions in vivo
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Perkins, Vincent. "Étude de la diversité génomique de la levure d'intérêt fromager, Geotrichum candidum." Master's thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/68169.
Full textAbstract:
Geotrichum candidum est une levure dimorphique utilisée en fromagerie pour l’affinage des fromages de spécialité. Elle s’implante à la surface des fromages et utilise les constituants de la matrice fromagère (protéines, lipides, acides organiques, etc.), ce qui confère aux fromages leurs propriétés sensorielles typiques. Ces capacités technologiques dépendent toutefois de la souche. Les études récentes basées sur l’analyse phylogénétique et transcriptomique de souches de G. candidum ont révélé une diversité génétique importante au sein de cette espèce, ce qui pourrait expliquer la variabilité des capacités technologiques. Cependant, peu d’informations sont disponibles quant aux caractéristiques génétiques des souches responsables de leurs propriétés aromatisantes et fonctionnelles lors de l’affinage des fromages. La compréhension fine des activités de G. candidum est prioritaire tant pour les artisans-fromagers que pour les grandes fromageries industrielles afin de sélectionner les souches les plus performantes pour leur produit. L’objectif principal de cette étude était de déterminer la diversité génétique entre les souches de la levure Geotrichum candidum par utilisation de la génomique comparative et de proposer une méthode moléculaire pour l’identification et la caractérisation rapide des souches. Les génomes de huit souches de G. candidum d’origine laitière ont été séquencés. Les génomes obtenus avaient une taille moyenne de 24,5 Mb et 5 230 gènes prédits. L’homologie des séquences de chaque souche a permis de les regrouper en trois groupes phylogénétiques distincts pour lesquels des gènes uniques ont pu être identifiés. Sur la base de l’analyse des séquences génomique, une méthode optimisée de génotypage par MLST a été développée et validée sur 41 souches de G. candidum. Cette méthode a permis de reproduire les résultats obtenus avec l’analyse génomique et permet une identification rapide des souches et de leurs groupements phylogénétiques. Les résultats générés dans ce projet permettront de développer des outils pour la sélection optimale des ferments d’affinages basés sur leurs capacités technologiques spécifiques. Ils serviront également à améliorer notre compréhension de la physiologie de cette levure et de décrire et optimiser l’utilisation des souches de G. candidum lors de l’affinage afin d’ultimement contrôler davantage la qualité des fromages.The yeast Geotrichum candidum is used in several specialty cheeses varieties, such as mold and smear-ripened cheeses, and plays several roles during cheese ripening. Its ability to metabolize proteins, lipids and organic acids enables its growth on the cheese surface and participate to the development of organoleptic properties. By alkalinizing the surface duringi ts growth, it also establishes suitable conditions for the growth of other ripening microorganisms. Yet, several technological abilities of G. candidum are strains dependent. However, little information is available related to the genetic characteristics that define the flavoring and functional properties of this yeast during the ripening of cheeses. A detailed understanding of G. candidum metabolic activities is a priority for both artisanal cheese makers and large industrial cheese factories in order to detect the most efficient strains for their product. The main objective of this study was to determine the genetic diversity within the G. candidum species by comparative genomic and to propose a rapid molecular method for the identification and characterization of the strains. Eight strains of G. candidum of dairy origin was sequenced. The genomes obtained had an average of 24.5 Mb and 5,230 putative genes. The sequence homologies show that the strains divide into three distinct groups for which each contains unique genes. On the basis of the genomic sequences, a MLST method was optimized and validated for 41 G. candidum strains. This method reproduces the results obtained for the genomic analysis and allows a rapid identification of the strains and their grouping.The results generated in this project will improve our understanding of the physiology and the utility of the G. candidum strains during the ripening of cheese to ultimately be able to better control it.
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Brouard, Jean-Simon. "Analyse comparative de génomes chloroplastiques et d'algues vertes de la classe chlorophyceae." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28592/28592.pdf.
Full text
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Delaherche, Arnaud. "Adaptation d'Œnococcus œni à l'environnement œnologique : approches génomique comparative, transcriptomique et protéomique." Bordeaux 2, 2006. http://www.theses.fr/2006BOR21385.
Full textAbstract:
Par ses capacités à tolérer un pH acide, une concentration élevée en éthanol et une multitude d'inhibiteurs non identifiés, O. œni est une espèce bactérienne particulièrement bien adaptée à l'environnement œnologique. Afin de résoudre des problèmes récurrents de fermentation, la possibilité d'implantation de levains malolactiques sélectionnés représente un grand intérêt pour le viticulteur. Les nombreuses études et observations réalisées dans les laboratoires et chez les industriels ont démontré que l'adaptation d'O. œni dépendait grandement de la souche. L'objectif de notre travail est de tenter de mettre en évidence les différences entre les deux types de souches : celles qui s'adaptent mieux et les autres. Cette étude, basée sur des techniques de biologie moléculaire telles que la génomique comparative, l'hybridation comparative sur puce à ADN et l'électrophorèse bidimensionnelle des protéines, s'appuie sur une collection de souches caractérisées par leurs aptitudes œnologiquesGiven its capacities to tolerate acid pH, high ethanol concentrations and many non characterized inhibitors, O. Oeni is a bacterial species particularly well adapted to eonological environments. To resolve recurrent fermentation problems winemakers often use selected malolactic starters in a lyophylized form. Nevertheless, progress still needs to be made in order to improve the efficiency of these starters. Numerous studies done by research laboratories and manufacturers demonstrate that O. Oeni adaptation to wine is highly strain depend. The aim of this study is to try to highlight the differences between the well adapted strains and the others. This study, based on molecular genetics and proteomics such as comparative genomic, comparative genomic hybridization aarray and 2D electrophoresis relies on a collection of strains characterized by their oenological capacity
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Vaysse, Amaury. "Identification des signatures génétiques de la sélection chez le chien." Phd thesis, Université Rennes 1, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00676015.
Full textAbstract:
L'espèce canine est la plus ancienne espèce domestiquée, il y a environ 15.000 ans, et se compose aujourd'hui de plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique et de croisements consanguins pratiqués durant les derniers siècles. Mon travail de thèse a pour objectif l'étude de la période dominée par la sélection naturelle au cours de l'évolution des canidés et la période récente de la création des races par une sélection artificielle intense. Nous avons identifié le catalogue des gènes sous sélection positive dans 10 espèces (chien, Homme, ouistiti, macaque, orang-outan, chimpanzé, souris, rat, cheval et vache) à partir de 10.730 gènes en relation d'orthologie de type 1:1. L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu. Nous avons ensuite identifié le catalogue des régions de différenciation alléliques entre races de chien à partir de données de génotypage de 170.000 SNPs de 456 chiens de 30 races, en collaboration avec l'équipe du Dr Matthew Webster (Université d'Uppsala en Suède) dans le cadre du consortium européen de génétique du chien LUPA. Ces régions sont candidates pour être les cibles de la sélection artificielle. Ce projet se poursuit actuellement afin de comparer les sélections naturelles et artificielles et de déterminer s'il existe des régions du génome qui sont constamment affectés par la sélection ; et de déterminer si l'espèce canine peut-elle être considérée comme une simulation réduite, mais accélérée de la radiation des mammifères.
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Abdelmouttaleb, Idrissia. "Évaluation comparative des facteurs de risque nutritionnels, génétiques et inflammatoires de la sténose coronaire." Nancy 1, 1998. http://www.theses.fr/1998NAN10326.
Full text
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Vanden, Abeele Samuel. "Comparative phylogeography of widespread tree species from the Congo Basin." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2019. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/298065.
Full textAbstract:
The aim of this PhD study was to gain new insights into the evolutionary history of the Central African rainforests, which are among the most complex and diverse ecosystems on earth. Even today, many questions regarding the underlying dynamics and evolutionary processes shaping that remarkable diversity remain unanswered, since relatively few studies have focused on the vast tropical forests growing in the Congo Basin. Therefore, we applied various molecular approaches to study the levels of genetic diversity and patterns of differentiation within and between population of the tropical tree species Scorodophloeus zenkeri, Staudtia kamerunensis and Prioria balsamifera. In Chapter 2, we conducted a phylogeographic study on the widespread tropical tree Scorodophloeus zenkeri to assess the impact of past forest fragmentation in Central African lowland forests. By applying Bayesian clustering methods, we revealed six intraspecific genetic clusters within the species. The observed genetic discontinuities most likely result from forest fragmentation during the glacial periods of the Pleistocene. Populations in Lower Guinea appeared differentiated from those in Congolia, and both bioregions harboured distinct genetic clusters.In Chapter 3, we developed 16 highly polymorphic microsatellite primers (SSRs) for Staudtia kamerunensis, a timber species for which species-specific genetic markers were lacking. By validating the developed markers in three populations, we demonstrated their usefulness to study gene flow, population structure and spatial distribution of genetic diversity in S. kamerunensis.In Chapter 4, we applied the newly developed SSRs, two nuclear gene markers and a chloroplast marker to search for evolutionary lineages in Staudtia kamerunensis, a species with a complex taxonomical history. Our analyses reveal multiple genetic discontinuities among populations throughout Central Africa, probably resulting from ancient rainforest fragmentation during cold and dry periods in the Pliocene and/or Pleistocene. However, the clear genetic disjunction observed between northern and southern populations in Lower Guinea could correspond to a genetic break between the kamerunensis and gabonensis varieties described in Staudtia kamerunensis.In Chapter 5, we developed two new sets of microsatellite primers (SSRs); 16 primer pairs for Prioria balsamifera and 15 primer pairs for Prioria oxyphylla. Validation of the primers in two populations of each species, as well as the cross-amplification tests, demonstrated the usefulness of the SSRs to study gene flow and spatial genetic structure in African Prioria species, which is needed to prevent genetic erosion and to set up proper conservation guidelines.In Chapter 6, the 16 newly developed microsatellite loci were amplified in individuals of P. balsamifera from Gabon and the Democratic Republic of the Congo, to assess the levels of genetic diversity and intraspecific differentiation. Our analyses show that the genetic diversity in P. balsamifera populations is relatively low, so efforts should be made to prevent further depletion of the gene pool. Bayesian clustering analyses revealed multiple genetic discontinuities throughout the Congo Basin, probably caused by ancient forest fragmentation. The inferred intraspecific clusters show a parapatric distribution, so they can potentially be used to determine the origin of individuals at a regional scale. Additionally, various genetic assignment methods show that the SSR dataset generated in this study can be used as a reference database for Gabon and DR Congo. The general discussion allows us to show similarities in the genetic structures of species that can be interpreted in terms of forest cover history in Central Africa.Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Jung, Paul. "Réarrangements chromosomiques et génomique fonctionnelle chez la levure Saccharomyces cerevisiae : génomique comparative des génomes mitochondriaux des levures hémiascomycètes." Strasbourg, 2010. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2010/JUNG_Paul_2010.pdf.
Full textAbstract:
Les mutations ponctuelles et les remaniements chromosomiques comme les duplications ou translocations sont les moteurs essentiels de la plasticité et de l'évolution des génomes. Deux approches ont été menées dans ce travail. La première repose sur l'étude des impacts des réarrangements chromosomiques et des gènes de fusion chez Saccharomyces cerevisiae et de leurs conséquences sur le fonctionnement cellulaire. Au laboratoire, grâce à un crible de sélection positive fondé sur un allèle mutant du gène URA2 qui rend une souche auxotrophe pour l'uracile, nous avons retenu une collection de souches révertantes possédant différents types de réarrangements chromosomiques. Ces remaniements sont accompagnés de la fusion de la région codant l' ATCase du gène URA2 avec différents gènes receveurs. Lors de ce travail, nous avons déterminé de manière précise l'influence de ces réarrangements et celle des gènes de fusion néoformés sur le fonctionnement cellulaire Les résultats obtenus montrent que ces réarrangements perturbent le fonctionnement de la cellule non pas selon la nature du remaniement mais en fonction de la ploïdie. Les gènes de fusion peuvent également engendrer des dysfonctionnements car les fonctions associées aux deux gènes impliqués dans la fusion peuvent être altérées comme le montre la variabilité de l'activité enzymatique de l'ATCase. La seconde orientation s'appuie sur une analyse des génomes mitochondriaux des levures Pichia sorbitophila et Pichia jarinosa ainsi que leur comparaison avec d'autres séquences mitochondriales de levures hémiascomycètes. Cette étude indique que P. Sorbitophila et P. Farinosa, sont des espèces distantes d'un point de vue phylogénétiquePoint mutations and gross chromosomal rearrangements (GCRs) such as insertions, duplications or translocations are key parameters of genome evolution. Two approaches have becn used in this study. The first one focused on the impacts of GeRs and fusion genes in Saccharomyces cerevisiae. In our laboratory, a positive selection screen based on a mutated allele of the URA2 gene was used to obtain a set of mutants possessing different GCRs. In ail cases, GCRs are Iinked to the fusion of the ATCase part of URA2 with other genes. During this work, we have first precisely determined the impacts of GCRs and gene fusions on cell function. Main results show that GCRs impair ccli function according to ploidy rather thal1 the kind of rearrangement. Fusion genes can also lead to dysfunctions because functions associated to genes implicated in this fusion can be impaired as it is the case for the ATCase activity. The second approach of this study focused on the analysis of mitochondrial genomes of the osmotolerant yeasts Pichia sorbitophila and Pichia farnosa and their comparison with other mitochondrial sequences of hemiascomyceteous yeasts. This study indicates that P. Sorbitophila and P. Jarinosa are two phylogeneticaUy distant species
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Sánchez, Castro Marta. "Génétique des malformations cardiaques congénitales : apport de la technique de puces à ADN génomique (Comparative Genomic Hybridisation ; aCGH)." Nantes, 2014. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=05592c2e-47c9-4945-b913-3119094e970d.
Full textAbstract:
Notre projet a consisté à analyser par aCGH 316 patients présentant une malformation cardiaque congénitale (MCC)à type de transposition des gros vaisseaux, tétralogie de Fallot ou coarctation de l'aorte avec pour objectif la détection de microdélétions et microduplications génomiques et ainsi l'identification de nouveaux gènes contribuant à ces MCC. L'identification de nouveaux gènes permet une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires et embryologiques à l'origine de ces malformations et un meilleur conseil génétique. Notre étude a conduit à l'identification de 21 microdélétions et 50 microduplications rares de novo ou héritées dont certaines comprennent des gènes candidats aux MCC. L'analyse bioinformatique des données a permis de montrer que de nombreuses microdélétions/microduplications comprennent des gènes possédant des sites de fixation de FOXC1. Ces microdélétions/microduplications pourraient donc altérer l'expression de certains gènes régulés par FOXC1 au cours du développement cardiaque. Par ailleurs, parmi les remaniements identifiés, nous avons détecté une délétion d'environ 1Mb en amont de SOX9 chez des patients avec malformation cardiaque et syndrome de Pierre Robin. Nous avons montré que cette délétion comprend plusieurs activateurs cardiaques putatifs. Ces résultats suggèrent que la dérégulation de SOX9 peut être responsable de MCC. Enfin, nous avons identifié une duplication partielle de la région 5' du gène SEMA3D donnant lieu à un ARNm tronqué de SEMA3D. Ces résultats suggèrent que la portion tronquée de SEMA3D pourrait perturber la migration des cellules de la crête neurale au cours du développement et ainsi contribuer aux MCCOur project consists of the analysis by aCGH of a series of 316 patients with Congenital Heart Defects (CHD) such as transposition of the great arteries, tetralogy of Fallot and coarctation of the aorta with the aim to detect genomic microdeletions and microduplications and thus to identify new genes contributing to CHD. The identification of new genes contributes to improve the understanding of the molecular and embryological mechanisms underlying these defects and enable better genetic counseling. Our study led to the identification of rare de novo or inherited 21 microdeletions and 50 microduplications, some of them comprising candidate genes for CHD. Bioinformatic analysis of the data demonstrated that many microdeletions/microduplications include genes with FOXC1 transcription factor binding sites. These microdeletions/microduplications might hamper the expression of genes that are regulated by FOXC1 during heart development. Otherwise, among the rearrangements identified, we detected a ~1 Mb deletion upstream of SOX9 in patients presenting with heart defects and Pierre Robin syndrome. We have shown that this deletion includes several putative cardiac enhancers. These results suggest that deregulation of SOX9 might be responsible for CHD. Finally, we identified a duplication of the 5’ half of SEMA3D, generating a truncated poly-A tailed mRNA of SEMA3D. These results suggest that truncated SEMA3D may have hampered the migration of cardiac neural crest cells during heart development, and thus contributed to CHD
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Gabriel, Sophie. "Etude comparative de levures pathogènes du genre Candida. Apport d'une approche multidisciplinaire dans la compréhension de la biologie de ces espèces." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20215.
Full textAbstract:
Les levures du genre candida sont des pathogenes opportunistes responsables d'infections superficielles et systemiques plus particulierement rencontres chez les patients immunodeprimes. Parmi ces especes, c. Albicans est la plus frequemment isolee et egalement la mieux etudiees. Recemment, la structure des populations de c. Albicans et son epidemiologie ont fait l'objet de nombreux travaux. En contrepartie, les autres especes de candida n'ont que rarement ete etudiees. Pour ces raisons, nous avons realise une etude comparative de differentes especes responsables de candidoses : saccharomyces cerevisiae, c. Albicans, c. Tropicalis et c. Dubliniensis. La structure genetique de ces especes a ete analysee par l'utilisation de marqueurs moleculaires independants et d'approches de genetique des populations. Chez s. Cerevisiae, une lignee clonale a ete mise en evidence au sein d'une population ou les echanges genetiques sont toujours presents. C. Albicans et c. Dubliniensis quant a elles, presentent des structures majoritairement clonales. En contrepartie, c. Tropicalis presente une structure intermediaire ; bien que possedant une structure majoritairement clonale, les echanges genetiques semblent avoir joue un role privilegie dans l'evolution de cette espece. L'etude de s. Cerevisiae nous a permis de valider l'approche de genetique des populations utilisee en comparant nos resultats a la biologie de la reproduction des souches analysees. L'interet et les limites des approches de genetique des populations sont discutes, notamment l'apport de celle-ci dans la connaissance generale de l'epidemiologie de ces especes. Neanmoins, cette approche ne nous a pas permis d'expliquer les differences epidemiologiques rapportees entre c. Albicans et c. Dubliniensis. Une etude comparative entre c. Albicans et c. Dubliniensis, basee sur l'analyse de phenomenes de recombinaisons impliques dans la reorganisation des sequences repetees rps, suggere que chez c. Dubliniensis les taux eleves de recombinaison mitotique pourraient en partie expliquer pourquoi cette espece phylogenetiquement tres proche de c. Albicans est moins frequemment rencontree.
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Youenou, Benjamin. "Les sols anthropisés, incubateurs d'agents bactériens pathogènes de l'homme : typage génétique, métabolique et antibio-résistance d'agents opportunistes." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10150.
Full textAbstract:
Les bactéries pathogènes opportunistes de l'Homme (bpo) sont retrouvées dans le milieu hospitalier où elles sont responsables d'infections nosocomiales ainsi que dans les milieux naturels terrestres et aquatiques. Elles présentent souvent des résistances intrinsèques aux antibiotiques élevées. En milieu clinique, l'usage intensif d'antibiotiques peut conduire à l'émergence de souches dites « Multi Drug Resistant ». L'anthropisation des milieux naturels peut également influencer la prévalence et les propriétés de résistance des bpo. Mes travaux ont porté sur l'impact de l'épandage d'amendements organiques sur la prévalence de bpo dans les sols, leur diversité génétique et leurs propriétés de résistance aux antibiotiques. Une étude des espèces Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa et Burkholderia du « cepacia complexe » (Bcc) réalisée sur des sites du Burkina-Faso amendés ou non en déchets urbains bruts a mis en évidence des différences dans les propriétés de résistance des 3 modèles. S. maltophila présente fréquemment des phénotypes MDR contrairement à P. aeruginosa et aux Bcc. Une approche de génomique comparative entre souches de S. maltophilia d'origine environnementale ou clinique et de phénotypes sensibles à MDR a été réalisée afin d'élucider l'origine génétique de l'hétérogénéité des phénotypes de résistance. Une variation dans le contenu en pompes à efflux et la présence de pompes souche spécifique chez des souches environnementales ont été observées. L'étude de l'expression d'une de ces pompes confirme son implication dans la résistance aux antibiotiques et dans l'adaptation à des paramètres environnementaux tels que la températureOpportunistic bacterial pathogens (obp) of Man are found in hospital setting where they are responsible for nosocomial infections as well as in terrestrial and aquatic natural environments. Obp often show high intrinsic antibiotic resistance level. Moreover, the intensive use of antibiotics in clinical settings can lead to the emergence of "Multi Drug Resistant" strains. The anthropisation of the natural environment leads to modifications in bacterial diversity of these environments and can affect the prevalence and the antibiotic resistance properties of obp. My research focused on the impact of organic amendments on the prevalence, genetic diversity and antibiotic resistance properties of obp. A study on the species Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa and the “Burkholderia cepacia complex" (Bcc) was conducted on sites in Burkina Faso amended or not with raw urban wastes. This study showed differences in antibiotic resistance properties between the 3 models. S. maltophila frequently showed MDR phenotypes unlike P. aeruginosa and Bcc. A comparative genomics study between S. maltophilia strains from environmental or clinical origin showing sensitive or MDR phenotypes was performed to elucidate the genetic origins of heterogeneity in the resistance phenotypes. A variation in the efflux pumps content was observed between strains. The expression of an efflux pump specific to an environmental MDR strain was then evaluated and confirmed its likely involvement in antibiotic resistance and adaptation to environmental parameters such as temperature
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Sentausa, Erwin. "Intraspecies comparative genomics of Rickettsia." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5082/document.
Full textAbstract:
Le genre Rickettsia est composé de bactéries Gram-négatives, intracellulaires obligatoires qui causent un éventail de maladies humaines à travers le monde. Des nouvelles techniques ont permis de progresser dans l'identification et la classification des Rickettsia, y compris l'introduction de méthodes moléculaires comme la comparaison de séquences de gènes (ARNr 16S, ompA, ompB, gltA, sca4 …) et la création du statut de sous-espèce. La génomique et les techniques de séquençage de nouvelle génération ont permis d’accéder à une nouvelle façon d’en apprendre davantage sur la pathogenèse et l'évolution de Rickettsia. La première partie de cette thèse est une revue sur les avantages et les limites de la génomique en taxonomie des procaryotes, tandis que la seconde partie est constituée des analyses génomiques de cinq sous-espèces de Rickettsia et une nouvelle espèce de Rickettsia. En utilisant des méthodes de séquençage à haut débit, nous avons obtenu les génomes de R. sibirica sibirica, R. sibirica mongolitimonae, R. conorii indica, R. conorii caspia, R. conorii israelensis et R. gravesii. Ce travail constitue la base d’autres études qui permettront de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques, l’évolution, et la taxonomie des rickettsiesThe Rickettsia genus is composed of Gram-negative, obligate intracellular bacteria that cause a range of human diseases around the world. New techniques have led to progress in the identification and classification of Rickettsia, including the introduction of molecular methods like sequence comparison (16S rRNA, ompA, ompB, gltA, sca4 …) and the creation of the subspecies status. Genomics and next-generation sequencing have opened a new way to learn more about the pathogenesis and evolution of Rickettsia. The first part of this thesis is a review on the advantages and limitations of genomics in prokaryotic taxonomy, while the second part consists of the genomic analyses of five Rickettsia subspecies and a new Rickettsia species. Using high-throughput sequencing methods, we obtained the draft genomes of R. sibirica sibirica, R. sibirica mongolitimonae, R. conorii indica, R. conorii caspia, R. conorii israelensis, and R. gravesii. This work can be a basis of further studies to increase the understanding on the disease-causing mechanisms, evolutionary relationships, and taxonomy of rickettsiae
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Cossu, Matteo. "Genomic evolution of archaea thermococcales." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS028.
Full textAbstract:
L'objectif principal de mon projet de doctorat est d'étudier l'évolution génomique de l'ordre des Archaea Thermococcales. Je me suis intéressé à comprendre les mécanismes des éléments mobiles génétiques (MGE) pouvant influencer l'évolution des génomes. En utilisant une approche multidisciplinaire, nous avons pu explorer les différents aspects de ce phénomène in silico, in vitro et in vivo. Grâce à des analyses in silico de tous les génomes de Thermococcales complètement séquencés disponibles, nous avons montré que cet ordre affiche un niveau élevé de réarrangements pouvant perturber les modèles d'expression génique. Dans une première approche, nous avons étudié l'existence de l'organisation chromosomique. L'inefficacité dans la prédiction de l'origine et de la terminaison de la réplication sur la seule base de la composition de l'ADN chromosomique ou skew, nous a motivé à utiliser une approche différente basée sur des séquences biologiquement pertinentes. Nous avons donc déterminé la position de l'origine de la réplication (oriC) dans tous les 21 génomes séquencés Thermococcales. La position potentielle de la terminaison a été prédite dans 19 génomes à ou près du site dif, où les dimères chromosomiques sont résolus avant la ségrégation de l'ADN. Le calcul du génome central a révélé un certain nombre de grappes de gènes essentiels avec une position chromosomique remarquablement stable à travers les espèces, en utilisant oriC comme référence. D'autre part, les régions core-free semblent correspondre à des éléments mobiles intégrés putatifs. Ces observations indiquent qu'un degré remarquable d ' «ordre» a été maintenu à travers les Thermococcales, même s'ils présentent des chromosomes fortement brouillés, les inversions étant particulièrement fréquentes. La découverte et la caractérisation d'un nouvel organisme, Thermococcus nautili nous ont permis de mieux comprendre le mécanisme sous-jacent causant ces inversions. En effet, le séquençage et l'analyse in silico de son génome ont fortement suggéré l'implication d'une nouvelle classe de tyrosine recombinases dans la plasticité génomique. Le plasmide pTN3 de T. nautili, qui est intégré dans le chromosome et auto-réplicable, code une intégrase appartenant à la classe des tyrosine recombinases. Des plasmides similaires ont également été trouvés intégrés dans le chromosome d'autres séquences de Thermococcales (par exemple TKV4 dans T. kodakarensis). Afin de tester son activité enzymatique, l’integrase codée par le plasmide pTN3 a été surproduite et purifiée. Les expériences in vitro ont d'abord permis de déterminer le segment de séquence minimal requis pour l'activité de l'intégrase et optimisé la réaction enzymatique in vitro. Ces résultats nous ont permis, en suite, de démontrer la réaction d'excision / d'intégration observée avec d'autres recombinases de tyrosine. De plus, l'excision in vivo d'un élément intégré apparenté (TKV4 de T. kodakarensis) par l'intégrase pTN3 a été réalisée au cours de cette étude. Pour cela, le gène IntpTN3 a été clone dans un vecteur de la bactérie E. coli / Thermococcus pour la transformation et l'expression dans T. kodakarensis. Après incubation, les cellules ont montré la présence de l'élément TKV4-intégré dans la forme circulaire libre. Enfin, nous avons pu imiter l'inversion chromosomique in vitro en utilisant des substrats synthétiques contenant des séquences cibles d'intégration. Nous avons également pu montrer que l'intégrase pTN3 possède une activité qui peut intervenir sur des inversions génomiques à grande échelle en utilisant différents sites et donc expliquer les réarrangements observés dans Thermococcales (Cossu et al, in prep)The main goal of my PhD project is to investigate the genomic evolution of the Archaea Thermococcales order. I am interested in understanding how mobile genetic elements (MGE) can influence the evolution of genomes. Using a multidisciplinary approach, we were able to explore the different aspects of this phenomenon in silico, in vitro and in vivo. Through in silico analyses of all available completely sequenced Thermococcales genomes, we showed that this order displays a characteristic high level of rearrangements potentially disrupting gene expression patterns. In a first approach, we investigated the existence of chromosomal organization. The inefficiency in predicting origin and termination of replication on the sole basis of chromosomal DNA composition or skew, motivated us to use a different approach based on biologically relevant sequences. We determined the position of the origin of replication (oriC) in all 21 sequenced Thermococcales genomes. The potential position of the termination was predicted in 19 genomes at or near the dif site, where chromosome dimers are resolved before DNA segregation. Computation of the core genome uncovered a number of essential gene clusters with a remarkably stable chromosomal position across species, using oriC as reference. On the other hand, core-free regions appear to correspond to putative integrated mobile elements. These observations indicate that a remarkable degree of “order” has been maintained across Thermococcales even if they display highly scrambled chromosomes, with inversions being especially frequent. The discovery and characterization of a new organism, Thermococcus nautili allowed us to better understand the underlying mechanism causing these inversions. The sequencing and in silico analysis of its genome strongly suggested the involvement of a new class of tyrosine recombinases in genomic plasticity. T. nautili pTN3 plasmid, which is found integrated into the chromosome and also self-replicating encodes an integrase belonging to this class. Similar plasmids have also been found integrated in the chromosome of other sequenced Thermococcales (e.g. TKV4 in T. kodakarensis). In order to test its enzymatic activity, we overproduced and purified the integrase encoded by pTN3. In vitro experiments first determined the minimal sequence segment required for integrase activity and optimized the enzymatic reaction in vitro. Due to this early results, we were able to demonstrate the excision/integration reaction observed with other tyrosine recombinases. Additionally, the in vivo excision of a related integrated element (TKV4 from T. kodakarensis) by the pTN3 integrase was performed during this study. The IntpTN3 gene has been cloned into an E. coli/Thermococcus shuttle vector for transformation and expression in T. kodakarensis. After incubation, cells showed the presence of the TKV4-integrated element in free circular form. Finally, we were able to mimic in vitro chromosomal inversion using synthetic substrates containing integration target sequences. We were also able to show that pTN3 integrase possesses an activity which can mediate large scale genomic inversions using different sites and therefore explain the rearrangements observed in Thermococcales)
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St-Cyr, Jérôme. "Étude comparative du profil d'expression génétique entre populations du Grand Corégone (Coregonus clupeaformis) à l'aide de biopuces à ADN." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/25022/25022.pdf.
Full text
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Gonzalez, Carolina. "Etude de l'interaction moléculaire Xanthomonas oryae - riz : Caractérisation de nouvelles souches de Xanthomonas oryae en Afrique et identification de gènes de défense par des approches de transcriptome et de génétique inverse." Perpignan, 2006. http://www.theses.fr/2006PERP0735.
Full textAbstract:
Ces travaux portent sur l'étude de l'interaction Xanthomonas oryae-riz et se présentent en deux parties. La première partie porte sur la caractérisation de souches de Xanthomonas oryae en Afrique. Différentes analyses génétiques (RFLP, Rep-PCR, FAFLP) ont été développées et ont conduit à l'identification de nouvelles souches de Xanthomonas oryae pv. Oryae (Xoo) et de Xanthomonas oryae pv. Oryzicola (Xoc). Trois nouvelles races de Xoo ont été caractérisées. Nous montrons que les souches africaines de Xoo sont distinctes des souches asiatiques. L'hybridation soustractive entre souches Xoo africaine et asiatique montre que la majorité des gènes putatifs isolés du génome africain sont de fonction inconnue. La deuxième partie de ces travaux porte sur l'identification des gènes de défense au cours d'une réaction incompatible en combinant une approche d'hybridation soustractive et d'analyse de puces. Ces travaux ont permis de caractériser des gènes impliqués dans la réponse incompatible et de les localiser sur la pseudomolécule de riz. Certains de ces gènes ont été validés par QRTPCR. Des lignées d'insertion ont été identifiées et testées pour leur réaction vis-à-vis de la souche Xoo PX0339. L'ensemble des résultats acquis et les perspectives de ces travaux sont discutés dans ce mémoireThese works concern the study of Xanthomonas oryae-rice iunteraction and they are present in two parts. The first part concerns the characterization of Xanthomonas oryae strains in Africa. Different genetic analyses (RFLP, Rep-PCR, FAFLP) were developed and carried out to the identification of new strains of Xanthomonas oryae pv. Oryae (Xoo) and Xanthomonas oryae pv. Oryzicola (Xoc). Three new races of Xoo were characterized. We show that the Xoo African strains are different from the Asian Xoo strains. The subtractive hybridization between African and Asian Xoo strains shows that the majority of the putative genes isolated from the African genome correspond to unknown function. The second part of these works concerns the identification of rice defense genes during an incompatible interaction by combining substractive hybridization approach and microarray analysis. These works allowed to characterize genes involved in the incompatible answer and to localize them on the rice pseudomolecules. Some of these genes were validated by QRTPCR. Insertion lines weree identified and tested for their reaction towards the Xoo strain PX0339. All the acquired results and perspectives of these works are discussed in this report
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Rochard, Lucie. "Identification et validation de gènes candidats pour l’holoprosencéphalie." Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1S017.
Full textAbstract:
L'Holoprosencéphalie (HPE) est la malformation cérébrale congénitale la plus commune (1/250 fœtus), résultant d'un défaut de clivage du cerveau antérieur. Nous travaillons sur l'HPE isolée qui représente environ 40% des cas. Quatre gènes HPE majeurs ont été mis en évidence (SHH, SIX3, ZIC2, TGIF1). Les mutations ou délétions de ces gènes nous permettent d'expliquer seulement 70% des cas, il reste donc encore d'autres gènes HPE à identifier. Dans ce but, nous recherchons des réarrangements récurrents chez nos patients grâce à la technique CGH array. Au cours de ce travail de thèse, l'étude d'une cohorte de 111 patients, nous a permis de mettre en évidence principalement deux gènes candidats. Ces travaux présentent l'identification puis la validation de l'implication de ces gènes chez les modèles animauxHoloprosencephaly (HPE) is the most common congenital brain malformation (1 / 250 fetuses), resulting from a defect in cleavage of the forebrain. We study isolated HPE, which represents approximately 40% of cases. Four genes have been identified as responsible for the HPE (SHH, SIX3, ZIC2, TGIF1). Mutations or deletions of these genes allow us to explain only 70% of cases; we still have to identify other HPE genes. Thus, we look for recurrent rearrangements in our patients using array CGH. In this thesis, the study of a cohort of 111 patients allowed us to highlight two main candidate genes. This work presents the identification and validation of the involvement of these genes in animal models
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Muller, Jean. "Analyse du cytosquelette par des approches bioinformatiques à haut débit de génomique comparative et de transcriptomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/MULLER_Jean_2006.pdf.
Full textAbstract:
Le travail présenté dans cette thèse concerne l’étude du cytosquelette par des techniques de bioinformatique et de biologie à haut débit. Il décrit également le développement de plusieurs outils, à même de traiter un système aussi complexe que le cytosquelette. La première partie concerne la génomique comparative et plus particulièrement la méthode des profils phylogénétiques. Un outil, ComIcs, a été implémenté et le calcul en automatique des profils phylogénétiques de l’ensemble des gènes du cytosquelette dans 41 organismes eucaryotes a été effectué. Leur analyse a révélé des problèmes majeurs liés aux familles de protéines très conservées au cours de l’évolution et à la couverture imparfaite des protéomes de certains organismes. Certains de ses problèmes ont été adressés par l’étude de la famille des actines et des Actin-Related Proteins, dont la caractérisation profonde a permis le développement d’ARPAnno, un serveur d’annotation et d’identification des séquences proches de l’actine. Dans le cadre d’une collaboration avec le laboratoire de Diagnostique Médical, l’application de cette approche a permis d’identifier, BBS10 et BBS12, deux nouveaux gènes majeurs responsables du syndrome de Bardet Biedl. La seconde partie aborde la transcriptomique et décrit le développement d’Actichip, une puce à oligonucléotide dédiée aux gènes du cytosquelette. Cet outil d’analyse intégrée du cytosquelette a nécessité le développement de CADO4MI, un logiciel de sélection de sondes spécifiques. La stratégie de validation des sondes spécifiques ainsi qu’une première application d’Actichip sont présentées dans cette partieThe work of my PhD focuses on applications of bioinformatics methodologies and high throughput analysis techniques to study the cytoskeleton. My work also highlights several novel bioinformatics developments allowing the study of highly complex biological systems like the cytoskeleton. In the first part, comparative genomics and particularly phylogenetic profiling methods are discussed. ComIcs, a new tool, was developed to automatically establish the phylogenetic profiles for the complete set of cytoskeleton genes in 41 eukaryotic organisms. Results revealed several major limitations of the method linked either to highly similar protein families or the lack of complete proteomes for some organisms. Some of these issues were addressed by an in depth analysis of actin and the Actin-Related Proteins family. This led to the implementation of ARPAnno, a web server dedicated to the identification of protein sequences similar to actin. In the second part, I described the development of a new dedicated microarray, named Actichip, to monitor the expression profiles of cytoskeleton genes. The development of this dedicated tool required the implementation of CADO4MI, a new program for the design of specific oligonucleotide probes for microarrays. The strategy and a first application of Actichip are presented in this part
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Stef, Marianne. "Mise en oeuvre de la technique d'hybridation génomique comparative sur puces à ADN pour l'analyse du dosage génique en génétique médicale." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21262.
Full textAbstract:
Les anomalies de dosage génique, ou aneusomies, dues à des amplifications, des duplications ou des délétions de segments chromosomiques sont à l'origine de nombreuses maladies ou syndromes génétiques. Dans un souci d'efficacité, nous avons choisi de nous tourner vers une approche nouvelle : l'hybridation génomique comparative sur puces à ADN ou array-CGH. Les puces contiennent des marqueurs de la région chromosomique d'intérêt et sont hybridées simultanément avec les ADN d'un individu contrôle et d'un patient portant l'anomalie chromosomique marqués par deux fluorochromes. Le rapport du signal d'hybridation entre les ADN contrôle et du patient est calculé au niveau de chaque marqueur et l'étendue de la zone concernée par l'aneuploidie peut être définie. Nous avons mis en oeuvre et optimisé cette technique dans la caractérisation de délétions de patients atteints du syndrome de Rubinstein-Taybi en utilisant différents types de marqueurs permettant d'augmenter la résolution de la techniqueGenomic abnormalities, such as deletions, duplications or amplifications of chromosome segments are responsible for a number of genomic disorders. Array-CGH, a recent technology, seems very appropriate to identify these aberrations. Array-CGH microarrays contain various genomic fragments derived from the studied locus, as well as other control loci that are hybridized with genomic DNA from a patient and from a reference, labeled with distinct fluorochromes. Fluorescence intensity ratios between test and reference labeled DNA are calculated for each fragment and the length of the aberration could thus be defined. We used and optimized this technology to identify deletions in Rubinstein-Taybi patients, with different kinds of targets to increase the resolution of array-CGH
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April, Julien. "Étude de l'évolution et de la diversité des poissons d'eau douce de l'Amérique du Nord par une approche génétique comparative." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30173/30173.pdf.
Full textAbstract:
La variation génétique des poissons d’eau douce de l’Amérique du Nord a été analysée aux niveaux intraspécifique et interspécifique afin d’approfondir les connaissances actuelles sur l’évolution de la biodiversité et de faciliter la conservation de cette richesse. Premièrement, une banque de données de séquence d’ADN mitochondrial (codes-barres génétiques) a été générée pour 5674 individus représentant 752 espèces dans le but d’établir un outil d’identification moléculaire et de fournir une calibration de l’incertitude taxonomique. Cette analyse démontre que 90 % des espèces peuvent être délimitées à l’aide de codes-barres génétiques. De plus, il apparait que la taxonomie actuelle pourrait largement sous-estimer la diversité des poissons d’eau douce dans son ensemble tout en surestimant la diversité spécifique de certains groupes particuliers. Deuxièmement, les niveaux de divergences génétiques intraspécifique et interspécifique ont été étudiés afin d’identifier les mécanismes évolutifs responsables des patrons généraux de répartition de la biodiversité. L’hypothèse suggérant un rôle combiné des cycles glaciaires du Pléistocène et de l’activité métabolique influençant les taux de mutation est appuyée par les données représentant la presque totalité des poissons d’eau douce de l’Amérique du Nord. Troisièmement, les patrons de variation aux niveaux de l’ADN mitochondrial et de l’ADN nucléaire (AFLP) ont été analysés parmi plusieurs paires de lignées évolutives codistribuées dans le nord-est de l’Amérique afin de vérifier l’importance du processus de spéciation allopatrique. Les résultats indiquent que l’est du bassin des Grands Lacs représente une zone de suture impliquant plusieurs taxons et que les niveaux de divergence sont variables d’une paire de lignées à l’autre. Parmi ces paires de races glaciaires, celles divergeant par plus de 2 % au niveau de l’ADN mitochondrial présentent d’importants signes d’isolement reproducteur. En décrivant les diverses étapes du processus de spéciation allopatrique au sein de différentes espèces d’une même région, cette étude démontre que le processus de spéciation allopatrique a joué un rôle important parmi les poissons d’eau douce de l’Amérique du Nord. L’ensemble de ces travaux aura donc permis de fournir un nouvel outil d’identification et d’appuyer l’hypothèse stipulant que la spéciation allopatrique est le principal moteur de diversification pour les poissons d’eau douce.Intraspecific and interspecific genetic variation has been studied among North America’s freshwater fishes in order to improve our current knowledge on the evolution of biodiversity and to facilitate the conservation of this richness. Firstly, we generated a standard reference library of mitochondrial DNA sequences (DNA barcodes) for 752 North American freshwater fish species to provide an independent calibration of taxonomic uncertainty and to establish a more accessible molecular identification key for its application. This study demonstrates that 90% of known species can be delineated using barcodes. Results further suggest that current North American freshwater fish taxonomy at the species level significantly conceals diversity in some groups, while artificially creating diversity in others. Secondly, we studied intraspecific and interspecific genetic divergence in order to describe and identify the underlying evolutionary causes of general patterns of biodiversity distribution. This study supports a dual role involving both the late Pliocene-Pleistocene climatic fluctuations and metabolic rate in determining latitudinal gradients of genetic divergence. Thirdly, patterns of mitochondrial DNA and nuclear DNA (AFLP) have been studied among different codistributed pairs of glacial lineages in order to verify the generality of allopatric speciation. This study shows that the Eastern Great-Lakes drainage represents a multi-species suture zone for glacial lineages of freshwater fishes with variable levels of genetic divergence. AFLP analyses among four pairs of lineages indicate that lineages with relatively deep levels of mitochondrial DNA sequence divergence (>2 %) developed strong reproductive barriers. By describing different levels of divergence and reproductive isolation in different co-occurring fishes, we offer strong evidence that allopatric speciation has contributed significantly to the diversification of North Eastern American freshwater fishes. This thesis therefore offers a new molecular identification tool for freshwater fish of North America and brings strong evidences that allopatric speciation has played a predominant role in generating biodiversity.
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Lelandais, Gaëlle. "Analyse comparative, intra et inter espèces, de transcriptomes de levures." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077206.
Full textAbstract:
Les groupes de gènes co-régulés constituent, par leur association combinatoire et leur programme cinétique d'expression, l'essentiel de la réponse biologique face à l'extrême variété des situations que la cellule doit savoir affronter. L'identification de ces groupes de gènes est un des objectifs majeurs des approches post-génomiques. En particulier, l'étude de la dynamique du transcriptome grâce aux puces à ADN, permet d'identifier les gènes dont l'expression est corrélée et ainsi d'appréhender la structure et le fonctionnement des réseaux de régulation. Le travail présenté dans cette thèse a consisté à développer de nouvelles méthodes bioinformatiques afin de comparer les aspects fonctionnels des génomes. Distinguer leurs propriétés communes de leurs caractéristiques propres doit permettre, à terme, d'améliorer la compréhension des propriétés universelles et spécifiques des mécanismes moléculaires nécessaires au bon fonctionnement d'une cellule. Dans ce contexte, deux approches de comparaisons ont été abordées. La première -intra espèce- a consisté à comparer pour un génome donné différents états du transcriptome. La réalisation d'analyses comparatives entre des cellules placées dans différents contextes physiologiques (induction d'un stress) et dans différents contextes génétiques (souche sauvage versus souches délétantes nous a permis de décrire précisément la réponse transcriptionnelle précoce de la levure S. Cerevisiae à la présence d'un composé toxique dans le milieu de culture, le bénomyl. Ajoutant un critère "évolutif" dans la caractérisation des réseaux de régulation, la comparaison d'une telle réponse entre des espèces différentes est l'étape suivante. Ce type de comparaison -inter espèces- consiste à comparer deux génomes dans le même état, c'est-à-dire soumis à des variations environnementales identiques. Pour cela, des méthodes utilisant des algorithmes de graphes ainsi que des procédures de « multidimensional scaling » ont été développées. La pertinence de ces approches a été testée en réalisant une comparaison des programmes transcriptionnels à l'origine de la sporulation chez les levures S. Cerevisiae et S. PombeIdentification of genes whose products function together in the cell is a major task of post-genomic approaches. An increasing number of studies use DNA microarrays for comprehensive investigations of genetic network architecture and lends itself to comparative analyses of two or more transcriptome states, i. E. The expression level of all the genes expressed in a cell at any given time. Distinguishing the similar from the dissimilar in large-scale data sets, comparative analyses of several transcriptome states promises to improve fundamental understanding of both the universality and the specialization of molecular biological mechanisms. In this context, suitable bioinformatic analyses compatible with well-designed biological experiments are very desirable. We present here two approaches for pair-wise comparisons. The first one - intra-specie - consists in comparing for a given genome several transcriptome states in various cellular conditions, while the second one - inter-species - lies in comparing two genomes captured in the same state, e. Subject to the same environmental changes
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Boivin, Solen. "Potentialités invasives et structure génétique des populations d'insectes : étude comparative de Megastigmus spermotrophus et Megastigmus schimitscheki, ravageurs de graines de conifères." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112154.
Full textAbstract:
Ma thèse portait sur l'étude écologique (à travers des mesures morphologiques et des expérience de pontes forcées) et génétique (grâce aux marqueurs microsatellites) de deux espèces de Megastigmus, dont les larves sont des consommateurs de graines de conifères. M. Spermotrophus est un ravageur du sapin de Douglas (Pseudotsuga menziesii). Originaire d'Amérique du Nord, il est actuellement présent en Europe et en Nouvelle-Zélande. M. Schimitscheki est un ravageur des cèdres (Cedrus spp. ), trouvé en Asie mineure et introduit récemment dans le sud de la France. Les gradients morphologiques des insectes M. Spermotrophus en Amérique du Nord, non retrouvés en Europe, sont expliqués par les variations morphologiques des graines consommées. Ces résultats, appuyés par ceux de l'étude génétique, permettent de conclure à des introductions multiples de M. Spermotrophus, de différentes provenances nord-américaines. Ces gradients nous ont amenés à nous interroger sur le déroulement des premiers stades de l'invasion. Nos résultats montrent que la fitness des grandes femelles est plus importantes que celles des femelles de petite taille (en terme de nombre de descendants et de qualité des graines attaquées). La gande variation morphologique de ce ravageur a probablement facilitée leur invasion. L'étude génétique de M. Schimitscheki a montré que l'invasion en France provient d'un évènement d'introduction récent et unique. L'actuel succès d'expansion de cet insecte, malgré l'existence de compétiteurs du même genre, résulte de l'ensemble des traits de caractères communs aux genre Megastigmus, de son émergence plus précoce en rapport à ses compétiteurs et de sa dynamique de diapause prolongéeMy work is related to the ecological study (through morphological measures and experiment of forced layings) and genetical study (with microsatellites markers) of two species of Megastigmus, whose larvae are seed consumers of conifers. M. Spermotrophus is a pest of the Douglas fir (Pseudotsuga menziesii). This insect is come from North America and it has been introduced in Europe and New Zealand along with his host used for reforestration. M. Schimitscheki is a pest of the cedars (Cedrus spp. ), originated from minor Asia and introduced recently into the south of France. The morphological gradients of the insects M. Spermotrophus in North America, not found in Europe, are explained by the morphological variations of consumed seeds. These results, supported by those of the genetic study, show that M. Spermotrophus have been introduced several times from various North-American sources. These gradients led to question us on the course of the first stages of the invasion. Our study show that the fitness of large females is more significant than those of the females of small size (in term of number of eggs and quality of attacked seeds). The large morphological variation of M. Spermotrophus probably facilitated their invasion in new environment. The genetic study of M. Schimitscheki showed that the invasion in France comes from a single and recent event of introduction. The current success of expansion of this insect, in spite of the existence of a competitor of the same genus, results from the earlier emergence of M. Schimitscheki than its competitors and of its particular dynamic of prolonged diapause
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Luis, Patricia. "Etude de la diversité génétique et fonctionnelle de champignons du sol présentant une activité laccasique : mise au point d'outils moléculaires et application à l'étude comparative de sols agricoles et forestiers." Nancy 1, 2004. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2004_0030_LUIS.pdf.
Full textAbstract:
Les microorganismes du sol participent au bon fonctionnement des cycles biogéochimiques. Les laccases fongiques, favorisant la décomposition et la condensation de nombreux composés organiques, participent de façon majeure à la formation, la stabilisation et à la décomposition de la matière organique des sols (MOS). Nous avons donc développé des méthodes moléculaires, reposant sur la PCR, permettant d'étudier in situ les profils de distribution et d'expression des gènes laccasiques de Basidiomycètes dans les sols. Pour tous les sols analysés, nous avons mis en évidence un rapport positif entre quantité de MOS et diversité en espèces présentes. Les sols forestiers tempérés se caractérisent par une grande diversité en espèces fongiques et par une hétérogénéité spatiale de leurs communautés fongiques. L'étude de l'expression des gènes laccasiques souligne qu'une faible partie du potentiel génétique est exprimée et qu'il existe des différences entre sol rhizosphérique et non rhizosphériqueSoil microorganisms are involved in biogeochemical cycles. Fungal laccases, exoenzymes lacking substrate specificity, promote the degradation and the condensation of a wide diversity of organic components. They likely play a central role in the formation, stabilization, degradation and then in the cycling of soil organic matter (SOM). To investigate the role of these enzymes, we have developed molecular methods based on PCR allowing the in situ monitoring of the distribution and expression profiles of basidiomycetes laccase genes in soils. For all analyzed soils, we showed a positive correlation between quantity of SOM and the observed fungal species diversity. Temperate forest soils are characterized by a wide diversity of fungal species and an important spatial heterogeneity of the fungal communities. The laccase-gene expression analysis underlines that only a fraction of the total genetic potential was expressed and that several differences exist between rhizosphere and bulk soil
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Prochazkova, Martina. "Recherche d'anomalies cytogénétiques spécifiques des lymphomes T cutanés primitifs." Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21046.
Full textAbstract:
Les lymphomes cutanés primitifs (LCP) sont des lymphoproliférations malignes, strictement localisées à la peau lors du diagnostic. Les lymphomes T cutanés primitifs CD30 positifs à grandes cellules (LTCP CD30+) représentent 9 % des LCP. Le pronostic des LTCP CD30+ est favorable, contrairement à celui des mycosis fongoi͏̈des transformés en lymphome T cutané à grandes cellules (MF-T). La méconnaissance cytogénétique de LTCP CD30+ et MF-T a conduit notre équipe à rechercher des anomalies chromosomiques associées à ces lymphoproliférations. Nous avons choisi d'utiliser l'hybridation génomique comparative (CGH) qui permet d'identifier de manière globale l'ensemble des déséquilibres génétiques présents dans une tumeur. D'autre part, nous avons réussi à établir un protocole de mise en culture des LTCP dans le but d'obtenir des chromosomes tumoraux et ainsi d'étudier leur caryotype par le marquage en bandes G et en couleurs multiples. Nous avons réalisé une étude CGH sur une série de 17 tumeurs LTCP CD30+ et nous avons mis en évidence une distribution non-aléatoire des anomalies chromosomiques entre LTCP CD30+ non-récidivants et récidivants. LTCP CD30+ non-récidivants ne présentent soit aucune anomalie, soit une seule anomalie. En revanche, les LTCP CD30+ récidivants arborent en moyenne huit déséquilibres. Des gains sur les chromosomes 1,9 et 17 et des délétions sur les chromosomes 6, 8 et 18 sont observés de façon récurrente. Nous avons ensuite réalisé une étude par CGH sur six tumeurs de MF-T. Nos premiers résultats montrent que le profil des anomalies chromosomiques de MF-T est différent du profil des LTCP CD30+. Même si des études cytogénétiques et moléculaires complémentaires sont nécessaires pour augmenter le nombre de LTCP étudiés ainsi que pour caractériser les régions minimales de délétion et de gain, les travaux présentés dans cette thèse ont abouti à des résultats originaux dont l'exploitation pourrait mettre en évidence de gènes impliqués dans la lymphomagenèse des LTCPPrimary cutaneous lymphomas (PCL) are malignant non-Hodgkin's lymphoproliferations, presenting in the skin at the time of diagnosis. Primary cutaneous CD30-positive large T-cell lymphomas (CD30+ CTCL) represent 9 % of all PCL. The prognosis of CD30+ CTCL is usually favourable, in contrast to mycosis fungoI͏̈DE transformed to CD30+ CTCL (MF-T). As cytogenetic abnormalities that could play a role in CD30+ CTCL and MF-T remain unknown, we investigated the chromosomal aberrations involved in these lymphoproliferations by the use of comparative genomic hybridization (CGH) In addition, we established a protocol for PCL cell culture in order to obtain tumour chromosomes spreads allowing karyotype analysis by G-banding and multicolour fluorescence in situ hybridization. CGH study was performed in a series of 17 CD30+ CTCL tumour skin samples. We demonstrated that chromosomal abnormalities were non-randomly distributed between relapsing and non-relapsing CD30+ CTCL tumours. In relapsing tumours several chromosome alterations were identified, whereas in non-relapsing tumours no chromosome aberration or only one chromosome abnormality was observed. In relapsing tumours, the mean number of chromosome imbalances is 8 per tumour sample. Gains affecting chromosomes 1,9 and 17, and losses on chromosomes 6, 8 and 18 are detected recurrently in CD30+ CTCL cells. Moreover in a series of six MF-T tumour samples was also performed a CGH analysis. In this preliminary study our results showed differences between chromosome imbalances found in CD30+ CTCL and MF-T. Although further molecular and cytogenetic studies of PCL tumours are required to increase the number of tumor samples analysed and to define minimal chromosome region of deletion and gain, data presented here provide original insight into chromosomal events that may be significant in explaining PCL pathogenesis and could lead to the identification of genes implicated in PCL progression
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Duret, Laurent. "Evolution des séquences non-codantes chez les vertébrés : étude des contraintes fonctionnelles et structurales par analyse comparative de gènes homologues." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10051.
Full textAbstract:
Nous avons etudie les contraintes fonctionnelles et structurales qui agissent sur les regions non-codantes du genome des vertebres, a travers l'analyse comparative et statistique des sequences homologues presentes dans les banques de donnees. Pour cela, nous avons concu hovergen, une banque de donnees des genes homologues de vertebres, specialement dediee aux etudes evolutives et comparatives. Nous avons montre que l'organisation du genome des vertebres peut imposer certaines contraintes sur la structure des genes qu'il contient: dans les regions riches en g+c, les genes sont plus compacts que dans les regions pauvres en g+c. Cette observation est discutee au regard de la structure de la chromatine, de la distribution des genes, des elements repetes et des evenements de recombinaison le long du genome. La comparaison de genes homologues provenant de differentes classes de vertebres a revele l'existence de longues regions non codantes tres fortement conservees (hcr) depuis plus de 300 millions d'annees. L'analyse de ces hcr a montre qu'elles sont relativement frequentes, en particulier dans les regions 3' non-codantes transcrites des genes essentiels au fonctionnement cellulaire. La localisation des hcr suggere que celles-ci sont impliquees dans des mecanismes post-transcriptionnels. La longueur des regions non codantes fonctionnelles que nous avons identifiees (100-1450 nt) est surprenante car elle depasse nettement la taille des elements regulateurs connus a ce jour
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Lecompte, Odile. "De l'analyse du génome de Pyrococcus abyssi à l'étude de protéines informationnelles : Stratégies de validation et d'exploitation des données en génomique comparative." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13153.
Full textAbstract:
Avec la génomique, la quantité et la diversité des séquences se sont considérablement accrues mais, parallèlement, les erreurs de prédiction et d'annotation se multiplient. Nous nous sommes attachés à développer des protocoles d'étude et de validation applicables à l'analyse de génomes ou de familles de protéines. L'annotation et l'analyse du génome de Pyrococcus abyssi, une archée hyperthermophile, a permis la définition d'un schéma général de visualisation et d'étude de données génomiques massives et le développement de la plate-forme logicielle GScope. Nous avons ainsi annoté 1765 gènes protéiques sur le génome de P. Abyssi et étudié leur phylogénie. Cette analyse montre une remarquable diversité du phylome, de nombreux gènes impliqués dans l'hétrotrophie ayant été acquis par transfert horizontal depuis des bactéries. Notre comparaison de 3 génomes complets de Pyrococcus a par ailleurs révélé des éléments responsables de la plasticité génomique des Archaea. Enfin, une méthode originale de détection des véritables orthologues a révélé l'important polymorphisme des Pyrococcus et remet en cause l'hypothèse de l'horloge moléculaire dans cette lignée. La seconde partie de notre travail a été consacrée à l'analyse de protéines informationnelles et s'est appuyée sur la puissance intégrative de l'alignement multiple. Nous avons ainsi pu démontrer le recrutement d'un nouveau domaine responsable de l'activité exonucléase de l'ADN polymérase D. L'étude des conservations différentielles au sein des familles d'aminoacyl ARNt synthétases a par ailleurs abouti à l'identification de cibles d'antibiotiques. Enfin, nous avons répertorié les protéines ribosomiques dans 66 génomes complets. La distribution phylogénétique est particulièrement intéressante chez les Archaea puisque 15% des protéines ribosomiques ont été perdues au cours de l'évolution, constituant le premier exemple d'évolution réductive à l'échelle d'un domaine du vivantWith the advance of genomics, the amount and diversity of available sequences have substantially increased but, in parallel, the errors in prediction and annotation have proliferated in databases. We have emphasised the creation of accurate protocols for data validation and analysis, relevant to the study of genomes or protein families. The annotation and analysis of the Pyrococcus abyssi genome, a hyperthermophilic archaeon, has lead to the definition of a general scheme of visualisation and study of massive genomic data and to the development of the GScope software platform. We have annotated 1765 protein genes in P. Abyssi and analysed their phylogeny. This has revealed a remarkable diversity of the phylome, with numerous genes involved in heterotrophy being acquired by lateral gene transfer from bacteria. Our comparison of 3 complete Pyrococcus genomes has deciphered some elements responsible for the genomic plasticity at work in Archaea. An original method of true orthologs detection has also been developed, highlighting the high polymorphism within Pyrococcus and challenging the molecular clock hypothesis in this lineage. The second part of our work is dedicated to the in-depth analysis of informational proteins. It largely relies on the exploitation of the integrative view offered by multiple alignments. We have thus demonstrated the recruitment of a new domain responsible for the exonuclease activity of DNA polymerase D. The analysis of conservation within the 24 families of aminoacyl-tRNA synthetases has also allowed the identification of targets for specific drug design. Finally, we have inventoried the ribosomal proteins in 66 complete genomes. The phylogenetic distribution was particularly interesting in Archaea since it revealed the elimination of 15% of ribosomal proteins in the course of evolution and constitutes the first example of reductive evolution at a primary domain scale
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Blandin, Gaëlle. "Évolution des génomes de levures : analyse de la redondance et génomique comparative." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077171.
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Hide, Mallorie. "Variabilité pathogénique du complexe "Leishmania (Leishmania) donovani", agent de la leishmaniose viscérale : Etude comparative des caractères biologiques, génétiques et d'expression génique." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20051.
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Trapp-Fragnet, Laëtitia. "Etude comparative de l'interaction de la sous-unité vTR de MDV et de la sous-unité cTR du poulet avec la télomérase." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR4001.
Full textAbstract:
La maladie de Marek est un lymphome T du poulet causé par l'herpesvirus de la maladie de Marek. Ma thèse a consisté à caractériser la première sous-unité ARN télomérase virale (vTR), que nous avons mise en évidence dans le génome de la souche MDV-RB1B. La télomérase est une ribonucléoprotéine qui assure l'élongation des télomères et qui est détectée dans plus de 85% des cancers humains. Nous avons réalisé une étude comparative de vTR avec la composante aviaire cTR, homologue à 88%. L'étude de l'expression de vTR a fait ressortir que son promoteur pourrait être une combinaison d'un promoteur similaire à celui de cTR et d'un promoteur potentiellement inductible pendant la tumorigenèse. Par ailleurs, nous avons démontré la fonctionnalité du gène vTR qui semble plus efficace que cTR. Par mutagenèse dirigée, nous avons confirmé que le domaine CR1 de vTR correspondait bien au domaine matriciel, que l'intégrité du pseudonoeud était nécessaire pour l'activité télomérase et enfin que la boîte H assurait la localisation nucléolaire de vTR. Au vue de l'implication de la télomérase dans de nombreux cancers, vTR pourrait être un facteur déterminant dans la tumorigenèse viro-induiteThe Marek's disease is a T lymphoma induced by a herpesvirus, the Marek's disease virus. The aim of my phD consisted of the characterization of the first viral RNA telomerase component identified in the very virulent MDV-RB1B strain. The telomerase is a ribonucleoprotein that is involved in telomere lengthening and that is detected at least in 85% of human cancers. In order to characterize vTR, I made a comparative study of this gene with its avian ortholog cTR, which is 88%. Homologous to vTR. We realized an expression study of vTR, which led us to hypothesize that the promoter region of vTR could be a combination of a promoter similar to cTR and a promoter, which could be induced during tumorigenesis. Otherwise, we demonstrated the fonctionnality of vTR, which thus seems to be more efficient than cTR. We also confirmed by a mutagenesis study that the CR1 domain of vTR is the template sequence, that the integrity of the pseudonoeud domain is essential for the telomerase activity and that the H box of vTR permits the nucleolar localisation of vTR in cells. According to the telomerase involvement in cancers, vTR could be considered as a determinant factor in the tumorigenesis induced by MDV
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Courtine, Damien. "Génomique comparative d'isolats phylogénétiquement proches appartenant au genre Thermococcus, une archée hyperthermophile." Thesis, Brest, 2017. http://www.theses.fr/2017BRES0149/document.
Full textAbstract:
L'immense diversité génomique des microorganismes leur permet de vivre partout, même dans les environnements extrêmes tels que Ies sources hydrothermales profondes. Ces dernières, disséminées sur l’ensemble des fonds océaniques, sont un bon modèle pour étudier la biogéographie et la diversification des génomes. Une approche de génomique comparative a été employée sur des isolats du genre Thermococcus proches d'un point de vue évolutif. Ce travail visait à identifier des mécanismes ayant un rôle dans Ia diversification de ces génomes, et également d'identifier des gènes impliqués dans cette différenciation. A cette fin, deux groupes d'une vingtaine d'isolats ayant des origines géographiques diverses ont été sélectionnés et séquencés. L'éloignement géographique résultant de la colonisation de nouveaux systèmes hydrothermaux semble être un facteur de diversification et de spéciation pour certains isolats. Cependant, lorsque les sites hydrothermaux sont relativement proches, il semblerait qu'un transfert de gènes entre les isolats soit toujours possible. Dans ce cas, l’adaptation à de nouvelles niches écologiques serait un facteur de la diversification des génomes. L'approche de génomique comparative a permis d'identifier des gènes spécifiques à certains sous-groupes, apparentés à des espèces. Ces gènes sont notamment impliqués dans les métabolismes des acides aminés, de production d'énergie et de transport d'ions inorganiques. Ceci reflète les pressions de sélections que peuvent subir ces organismes dans ces environnements hostiles à de nombreuses formes de vieThe immense genomic diversity of microorganisms allows them to live everywhere, even in extreme environments such as deep hydrothermal vents. Scattered over the seabed, these are a good model for studying the biogeography and genomes diversification. A comparative genomics approach has been used on closely related isolates, of the genus Thermococcus. This work aimed at identifying mechanisms that have a role in the diversification of these genomes, and also to identify genes involved in this differentiation. For this purpose, two groups of about 20 isolates with different geographical origins were selected and sequenced.The geographical isolation resulting from colonization of new hydrothermal systems is likely to be a diversification and speciation factor for some isolates. But when hydrothermal sites are relatively close, it would seem that gene transfer between isolates is still possible. In this case, adaptation to new ecological niches would be a factor contributing to the genomes diversification. The comparative genomics approach allowed highlighting genes specific to certain subgroups, related to species. These genes are involved in amino acid metabolism, energy production and the transport of inorganic ions. This reflects selection pressures that these organisms may experience in these environments, otherwise hostile to many forms of life
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Trémouillaux-Guiller, Jocelyne. "Etude comparative des méthodologies de sélection de cultures cellulaires végétales à haute capacité d'accumulation : application à des souches et lignées clonales biosynthétisant des alcaloides dihydrofuoquinoleiques." Tours, 1988. http://www.theses.fr/1988TOUR3804.
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Crost, Cécile. "Etude comparative de la régulation transcriptionnelle des opérons foo et clp, codant respectivement pour les adhésines F1651 et CS31A." Clermont-Ferrand 2, 2003. http://www.theses.fr/2003CLF21469.
Full textAbstract:
Les adhésines F1651 et CS31A sont produites par des Escherichia coli responsables de septicémies chez le porcelet et le veau. Deux types de régulation transcriptionnelle s'exercent sur les opérons foo et clp (codant pour F1651 et CS31A respectivement ) : le contrôle du taux d'expression et le contrôle de la variation de phase. Les opérons foo et clp sont soumis à la régulation dépendante de la méthylation et présentent des caractéristiques communes : deux sites GATC conservés en amont de la région régulatrice, les régulateurs transcriptionnels homologues des protéines PapB et PapI. La protection par la méthylation des sites GATC est dépendante de la protéine Lrp (Leucine responsive regulatory protein). Lrp et ClpB, l'équivalent de PapB, répriment la transcription de base de clp. Un homologue de PapI (AfaF) est requis, avec Lrp, pour établir la variation de phase, qui déclenche la production en majorité de cellules en phase-OFF. Le mécanisme de variation de phase de clp a été élucidé : dans les cellules en phase-OFF, le site GATCdist est méthylé et le site GATCprox est non-méthylé, alors que dans les cellules en phase-ON, la situation inverse est établie. Conformément à cette observation, l'affinité de Lrp est plus grande pour la région GATCprox que pour la région GATCdist, aussi bien in vitro que in vivo. In vivo, l'apparition de cellules en phase-ON requiert la présence de AfaF qui semble augmenter l'affinité de Lrp pour le site GATCdist. Nous avons démontré que contrairement à clp, Lrp active la transcription de base de foo. Lrp et FooI (l'homologue de PapI) sont requis pour établir la variation de phase de foo, qui conduit à la production majoritaire de cellules en phase-ON. La corrélation du profil de méthylation avec les cellules en phases ON ou OFF est moins bien définie pour foo que pour clp, et l'affinité de Lrp est identique pour les deux régions GATC. L'influence de plusieurs conditions environnementales sur l'expression de foo et clp a été testée. Les résultats obtenus suggèrent une meilleure expression des deux opérons dans des milieux nutritionnellement pauvres, même à des pH modérément faibles et de fortes osmolarités. L'alanine, le milieu LB, et les basses températures augmentent le nombre de cellules en phase-OFF, alors que le glucose et la leucine répriment la transcription de base sans modifier la variation de phase. In vitro, l'alanine et la leucine diminuent l'affinité de Lrp pour les deux régions GATC des régions régulatrices de clp et foo. Pour clp, ceci s'est traduit, in vivo, par l'augmentation de la méthylation du site GATCdist et de la non méthylation du site GATCprox, favorisant ainsi le profil caractéristique des cellules en phase-OFF. De plus, l'alanine empêche la protection contre la méthylation du site GATCdist dépendante de AfaF et ainsi l'apparition des cellules en phase-ON. Pour foo, en présence d'alanine, la protection contre la méthylation des deux sites GATC est augmentée, alors que la leucine favorise la méthylation des deux sites. La compréhension de ces mécanismes de régulation pourrait permettre le développement de nouvelles stratégies préventives ou thérapeutiques pour lutter contre les colibacilloses
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Delahaye-Duriez, Andrée. "Identification de nouveaux gènes impliqués dans des maladies ophtalmologiques rares en utilisant la CGH-array." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077066.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail était de caractériser par CGH (Comparative Genomic Hybridization) array des régions chromosomiques impliquées dans des maladies ophtalmologiques rares, pour identifier de nouveaux gènes. Dans le premier volet de ma thèse, 65 patients présentant une malformation oculaire syndromique ont été explorés par CGH-array. Une anomalie probablement causale a été identifiée chez 15% d'entre eux. Quatre patients ont une délétion emportant un gène déjà connu dans le développement de l'œil (FOXC1 ou OTX2) et 4 autres patients, une délétion pathogénique non classiquement associée à une atteinte oculaire : del(17)(p!3. 3pl3. 3), del(10)(pl4p!5. 3) et del(16)(pll. 2pll. 2). En collaboration avec d'autres équipes nous avons rassemblé des patients pour étudier les corrélations génotype-phénotype des délétions 6p25 et 17pl3. 3. La deuxième partie de ce travail s'est centrée sur l'étude d'un gène candidat : ARHGEF26. L'étude de la ségrégation dans la famille index et le séquençage de ce gène chez des patients à phénotype commun ne nous ont pas permis de conclure à l'implication d'ARHGEF26 dans ce phénotype. Cette deuxième partie souligne les difficultés et les limites de la stratégie d'identification de nouveaux gènes par CGH-array. Au total, ces résultats montrent que l'analyse chromosomique par CGH-array au-delà de son intérêt diagnostique et pour le conseil génétique, permet d'établir de nouvelles corrélations génotype-phénotype et d'identifier de nouvelles régions potentiellement impliquées dans des pathologies ophtalmologiques raresThe karyotype detects a chromosomal anomaly in 7. 7% to 10% of neonates with ocular birth defect. The introduction of microarray technology showed a very high rate of rearrangements below the resolution of karyotyping. My objectives in this work were to characterize using comparative genome hybridisation-based microarray analysis (array-CGH) chromosomal regions involved in rare ophthalmologic disorders, and then to identify new genes. In the first part of my work, we performed array-CGH in 65 patients presenting syndromal ocular developmental anomalies. A causal or potentially causal anomaly was found for 15% of them. Four had a pathogenic deletion involving a gene known to be involved in ocular anomalies (FOXC1 or OTX2}, while 4 others had a pathogenic deletion not classically associated with ocular malformations: del(17)(pl3. 3p!3. 3), del(10)(pl4p!5. 3) and del(16)(pl 1. 2pl 1. 2). In collaboration with other teams, we gathered patients to study genotype-phenotype correlations for 6p25 and 17pl3. 3 deletions. The second part of my work focused on a candidate gene study: ARHGEF26. Sequencing this gene in other patients with similar phenotype and studying the index patient family segregation, we could not demonstrate the ARHGEF26 involvement in this phenotype. This second part highlights the limits and difficulties of gene identification using array-CGH. These results demonstrate that array-CGH-based chromosomal analysis, beyond its importance for diagnosis and genetic counselling, can help to establish new genotype-phenotype correlations for chromosomal anomalies as well as identify potential new regions involved in rare ophthalmologic disorders