Dissertations / Theses: 'Génétique de populations'

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Jay, Flora. "Méthodes bayésiennes en génétique des populations : relations entre structure génétique des populations et environnement." Thesis, Grenoble, 2011. http://www.theses.fr/2011GRENS026/document.

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Abstract:

Nous présentons une nouvelle méthode pour étudier les relations entre la structure génétique des populations et l'environnement. Cette méthode repose sur des modèles hiérarchiques bayésiens qui utilisent conjointement des données génétiques multi-locus et des données spatiales, environnementales et/ou culturelles. Elle permet d'estimer la structure génétique des populations, d'évaluer ses liens avec des covariables non génétiques, et de projeter la structure génétique des populations en fonction de ces covariables. Dans un premier temps, nous avons appliqué notre approche à des données de génétique humaine pour évaluer le rôle de la géographie et des langages dans la structure génétique des populations amérindiennes. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la structure génétique des populations pour 20 espèces de plantes alpines et nous avons projeté les modifications intra spécifiques qui pourront être causées par le réchauffement climatique
We introduce a new method to study the relationships between population genetic structure and environment. This method is based on Bayesian hierarchical models which use both multi-loci genetic data, and spatial, environmental, and/or cultural data. Our method provides the inference of population genetic structure, the evaluation of the relationships between the structure and non-genetic covariates, and the prediction of population genetic structure based on these covariates. We present two applications of our Bayesian method. First, we used human genetic data to evaluate the role of geography and languages in shaping Native American population structure. Second, we studied the population genetic structure of 20 Alpine plant species and we forecasted intra-specific changes in response to global warming. STAR

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Borsa, Philippe. "Génétique des populations d'organismes marins." Habilitation à diriger des recherches, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00660051.

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Abstract:

Les recherches sur la génétique des populations et l'évolution des organismes marins relèvent d'une thématique au sens propre, du fait qu'elles sont envisagées essentiellement à travers les conséquences d'une phase larvaire planctonique, trait original et quasi-général chez ces organismes, dans un environnement océanique qui est à la fois dense, dispersif, homogène horizontalement et stratifié verticalement. La phase larvaire est synonyme de fécondité et de potentiel de dispersion sans équivalents en milieu terrestre. Ces caractéristiques autorisent à leur tour des dynamiques de reproduction extrêmes, ainsi qu'une gamme étendue de combinaisons génétiques à chaque génération. Mes recherches sont présentées selon trois axes principaux. Axe 1 : structure géographique des espèces marines en relation avec leur phase de dispersion ; axe 2 : identification des barrières au flux génique en milieu dispersif ; axe 3 : systématique moléculaire. Les objectifs en sont à la fois fondamentaux et appliqués. Les résultats acquis sur la structure géographique et la phylogéographie des espèces économiquement importantes ont des implications en matière de gestion des " stocks ", mais aussi vis-à-vis de la conservation des espèces et des écosystèmes.

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Jay, Flora. "Méthodes bayésiennes pour la génétique des populations : relations entre structure génétique des populations et environnement." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00648601.

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Abstract:

Nous présentons une nouvelle méthode pour étudier les relations entre la structure génétique des populations et l'environnement. Cette méthode repose sur des modèles hiérarchiques bayésiens qui utilisent conjointement des données génétiques multi-locus et des données spatiales, environnementales et/ou culturelles. Elle permet d'estimer la structure génétique des populations, d'évaluer ses liens avec des covariables non génétiques, et de projeter la structure génétique des populations en fonction de ces covariables. Dans un premier temps, nous avons appliqué notre approche à des données de génétique humaine pour évaluer le rôle de la géographie et des langages dans la structure génétique des populations amérindiennes. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la structure génétique des populations pour 20 espèces de plantes alpines et nous avons projeté les modifications intra spécifiques qui pourront être causées par le réchauffement climatique.

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Cercueil, Alain. "Contributions statistiques en génétique des populations." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2004. http://www.theses.fr/2004GRE10098.

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Abstract:

Cette thèse présente un ensemble d'applications de techniques probabilistes et statistiques dans les domaines de l'évolution et de la génétique des populations. Elle comporte trois parties indépendantes. La première partie porte sur un modèle simplifié de l'évolution incluant une forte pression de sélection. Elle concerne également l'étude de certains algorithmes de populations utilisés pour résoudre des problèmes d'optimisation. Dans cette partie, les modèles sont étudiés dans le cadre probabiliste des grandes déviations. En particulier, des résultats concernant les temps d'atteinte d'une population de fitness optimale sont établis. La deuxième partie concerne l'analyse de parenté. Un programme (Parenté) a été développé pour analyser les relations de parenté d'un échantillon. Ce programme permet de retrouver les maternités, les paternités ou bien les deux à la fois parmi les individus issus de l'échantillonnage. Les probabilités des parentés sont calculées. Dans un contexte Bayesien, ce programme prend en compte les dates de naissance et de mort des individus, restreignant ainsi les relations possibles. La troisième partie décrit une méthode pour analyser la structure génétique spatiale d'une population. Il s'agit d'une méthode statistique non paramétrique. Elle permet de calculer en n'importe quel point une taille de voisinage caractéristique. Cette taille correspond intuitivement à la dimension du plus grand voisinage jugé génétiquement homogène. La visualisation des variations de cette grandeur à travers la zone étudiée permet d'obtenir des indications sur la structure génétique
This thesis presents some application of stochastical and statistical technics in the fiels of evolution and population genetics. It contains three independant parts. The first part discusses a simplified model of evolution including strong selection. It discusses as well some algorithms sometime used for the purpose of optimisation. These models have been studied using large deviation techniques. It allowed us to state some results about the mean hitting time of a population with a better fitness. The second parts deals about parentage analysis. The software parente has been to analyse parentage relationship within a sample. This software may retrieve maternity, paternity or both at the same time. The probability that these relations are true are computed as well. Parente may also uses dates of birth and date of death during computation. The third part describes a method for analysing spatial genetic structure of a population. It is a descriptive statistical method. It allows to calculate a neighbourhood size at any location. This neighbourhood size is somehow the size of the largest homogenous neighbourhood. The visualization of these results along the study area allows to make some inference on the population structure

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Vitalis, Renaud. "Génétique des populations subdivisées : théorie et applications." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00535513.

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Abstract:

Cette thèse a pour objet l'étude théorique de la distribution de la variation génétique dans les populations subdivisées. L'exemple de l'étude d'une fougère aquatique rare Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta) illustre l'importance des notions identité génétique et de taille efficace pour comprendre quelles sont les forces évolutives qui façonnent la variation génétique observée. Plus particulièrement, je me suis intéressé, au travers de modèles théoriques, à l'effet de la structure spatiale ou temporelle des populations sur la distribution de la variation génétique. A partir de ces modèles, trois méthodes d'analyse de la variation génétique dans les populations naturelles ont été développées. La première permet d'estimer la taille efficace, une quantité qui mesure l'intensité de la dérive génétique. La seconde méthode concerne l'estimation des taux de dispersion spécifiques aux individus de sexes différents. Enfin, une méthode de détection de marqueurs moléculaires potentiellement soumis à l'action de la sélection a été développée.

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Barrière, Antoine. "Génétique des populations du nématode Caenorhabditis elegans." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066441.

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Abstract:

Caenorhabditis elegans, un nématode libre androdioïque, est un des organismes modèles les plus utilisés en biologie. C. Elegans était pourtant peu utilisé en biologie de l’évolution jusqu’à récemment. Après la mise au point un protocole d’isolement, nous avons isolé plusieurs populations naturelles de C. Elegans et montré que cette espèce prolifère dans la matière organique en décomposition. La diversité nucléotidique au sein des populations est élevée par rapport à la diversité à l’échelle de la France, de l’ordre de 0,8 x 10-3, correspondant à une population efficace de 104 individus. La structure des populations est forte, même à petite échelle. Le suivi de plusieurs populations naturelles au cours du temps a mis en évidence une dynamique de métapopulation. Nous avons montré que le taux de croisement dans les populations naturelles est faible, entre 10-2 et 10-4 par génération. Nos données suggèrent l’existence de dépression hybride dans les populations naturelles

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Ben, Abderrazak Souha. "Variabilité génétique des populations de "Plasmodium falciparum"." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20013.

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Abstract:

Nous avons analyse par electrophorese d'isoenzymes (7 a 12 loci) le polymorphisme genetique de 5 populations (113 stocks) du plasmodium falciparum, l'agent de la forme la plus severe de paludisme. Les resultats ont ete interpretes en termes de genetique des populations, dans le but d'analyser la structure des populations naturelles de ce parasite. Un fort desequilibre de liaison apparait dans trois des populations etudiees, ainsi que dans l'echantillon global. Une quatrieme population montre egalement des indices de desequilibre, quoique dans une moindre mesure. Une seule serie n'a montre aucune deviation par rapport aux predictions de la panmixie. Ces resultats ne sont explicables, ni par la structuration geographique des populations, ni par la selection naturelle. L'hypothese la plus parcimonieuse pour rendre compte de nos donnees est l'existence d'une propagation uniparentale chez p. Falciparum dans certaines circonstances. De forts indices d'autofecondation peuvent expliquer ce resultat. La structure des populations naturelles de plasmodium falciparum et le mode de reproduction du parasite ont des consequences importantes sur l'epidemiologie de la maladie. Le modele subclonal ou partiellement clonal que nous proposons ici est radicalement different, quant a ses implications taxonomiques et epidemiologiques, du modele potentiellement panmictique qui avait ete propose pour p. Falciparum. En effet, si des lignees parasitaires subissent une propagation uniparentale, elles se comportent comme des clones, et gardent intactes leurs caracteristiques genetiques d'une generation a l'autre, tandis que le patrimoine genetique de chaque genotype fait l'objet d'un brassage energique a chaque generation dans le cas du modele potentiellement panmictique. Les problemes poses sont: (a) la nature du processus de reproduction uniparentale; (b) l'importance respective des cycles sexues et asexues; (c) la stabilite dans l'espace et dans le temps des lignees uniparentales

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Vayssade, Chloé. "Interaction entre démographie et génétique dans les petites populations : études sur un Hyménoptère parasitoïde avec incompatibilités génétiques." Phd thesis, Université Nice Sophia Antipolis, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00960320.

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Abstract:

L'interaction de processus génétiques et démographiques peut générer des vortex d'extinction. Chez les Hyménoptères, les mâles sont haploïdes et les femelles diploïdes. Chez les espèces avec sl-CSD (single-locus complementary sex determination), les haploïdes, se développent en mâles et les diploïdes hétérozygotes au gène du CSD, en femelles. Les diploïdes homozygotes sont des mâles non viables ou stériles. Des études théoriques suggèrent que la production de mâles diploïdes peut entraîner les petites populations d'Hyménoptères dans un vortex d'extinction. Le premier objectif est d'encourager le dialogue entre génétique et démographie en proposant une définition des effets Allee élémentaires générés par des processus génétiques, dont nous avons identifié des exemples dans la littérature. Le deuxième objectif est de rechercher l'existence d'un effet Allee génétique dans des populations de Venturia canescens, un Hyménoptère parasitoïde avec sl-CSD. Des marqueurs microsatellites ont été élaborés et utilisés pour montrer une relation négative entre diversité génétique et proportion de mâles diploïdes dans des populations isolées ou goulotées. Les mâles diploïdes s'accouplent mais sont stériles. La dépression de consanguinité affectant les femelles est faible. Nous avons créé et suivi des populations expérimentales de V. canescens avec différents niveaux de diversité génétique. Un effet Allee génétique dû à la production de mâles diploïdes a été détecté mais il n'influençait ni le taux d'accroissement ni la probabilité d'extinction des populations. Les extinctions observées semblent surtout due à la stochasticité démographique.

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Et-Touil, Khalid. "Structure génétique des populations du Cronartium ribicola canadiennes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/mq31716.pdf.

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Blum, Michael G. B. "Statistique bayésienne et applications en génétique des populations." Habilitation à diriger des recherches, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00766196.

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Abstract:

Les approches statistiques en génétique des populations visent deux objectifs distincts qui sont la description des données et la possibilité d'inférer les processus évolutifs qui ont généré les patrons observés. Le premier chapitre de ce manuscrit décrit nos apports théoriques et méthodologiques concernant le calcul bayésien approché (Approximate Bayesian Computation) qui permet de réaliser l'objectif d'inférence des processus évolutifs. Je décris des résultats asymptotiques qui permettent de décrire des propriétés statistiques du calcul bayésien approché. Ces résultats mettent en évidence à la fois l'intérêt des méthodes dites avec ajustement qui reposent sur des équations de régression et aussi l'intérêt de réduire la dimension des descripteurs statistiques utilisés dans le calcul bayésien approché. Je présente ensuite une méthode originale de calcul bayésien approché qui permet de manière conjointe d'effectuer des ajustements et de réduire la dimension des descripteurs statistiques. Une comparaison des différentes méthodes de réduction de dimension clos le premier chapitre. Le deuxième chapitre est consacré à l'objectif de description des données et se place plus particulièrement dans un cadre spatial. Les méthodes statistiques proposées reposent sur le concept d'isolement par la distance qui est une forme particulière de l'autocorrélation spatiale où la corrélation entre individus décroit avec la distance. Une approche originale de krigeage nous permet de caractériser des patrons d'isolement par la distance non-stationnaire où la manière avec laquelle la corrélation entre individus décroit avec la distance dépend de l'espace. Une deuxième extension que nous proposons est celle d'isolement par la distance anisotrope que nous caractérisons et testons à partir d'une équation de régression. La conclusion de ce manuscrit met l'accent sur les problèmes d'interprétation des résultats statistiques, l'importance de l'échantillonnage et la nécessité de tester l'adéquation des modèles aux données. Je conclus par des perspectives qui se proposent de faire passer l'analyse statistique bayésienne à l'échelle des données massives produites en génétique.

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Gourjon, Géraud. "L'estimation du mélange génétique dans les populations humaines." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20686/document.

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Abstract:

De nombreuses méthodes ont été développées dans le but d’estimer les apports génétiques (taux de mélange) de populations parentales au pool génétique d’une population mélangée. Certaines de ces méthodes ont été implémentées dans des logiciels, permettant une estimation plus ou moins rapide et précise des taux de mélange. Une comparaison complète des logiciels ADMIX (méthode des moindres carrés pondérés), ADMIX95 (méthode basée sur les identités géniques), Admix 2.0 (méthode basée sur la coalescence), Mistura (méthode de maximum de vraisemblance), LEA (méthode bayésienne de vraisemblance), et LEADMIX (méthode de maximum de vraisemblance basée sur la coalescence) a été menée. L’analyse a été faite à deux niveaux : intra-logiciel (test de chaque logiciel sous un jeu de paramètres définis), inter-logiciel (comparaison des logiciels entre eux). Les taux de mélange ont été estimés à partir de quatre types de marqueurs : autosomaux (groupes sanguins et gènes KIR), et uniparentaux (ADNmt et chromosome Y). Notre étude révèle que la précision et la fiabilité des estimations dépendent de l’adéquation du mélange étudié avec le modèle de la méthode employée, mais également d’un choix judicieux des loci et des populations parentales utilisés. La variabilité des estimations lors de modifications, même minimes, des paramètres de l’étude, nous amène à considérer que les contributions ne doivent pas être présentées sous forme de taux de mélange, mais d’« intervalles indicatifs de mélange » soulignant les tendances migratoires générales
Different methods have been developed to estimate the genetic admixture contributions of parental populations to a hybrid one. Most of these methods are implemented in different software programs that provide estimates having variable accuracy. A full comparison between ADMIX (weighted least square), ADMIX95 (gene identity), Admix 2.0 (coalescent-based), Mistura (maximum-likelihood), LEA (likelihood-based) and LEADMIX (maximum-likelihood) software programs has been carried out, both at the “intra” (test of each software programs) and “inter” level (comparisons between them). We tested all of these programs on a real human population data set, using four kinds of markers, autosomal (Blood groups and KIR genes) and uniparental (mtDNA and Y-Chromosome). We demonstrated that the accuracy of the results depends not only on the method itself but also on the choice of loci and of parental populations. We consider that the results of admixture contribution rates obtained from human population data set should not be considered as an accurate value but rather as an indicative result and we suggest using an “Admixture Indicative Interval” as a measurement of admixture

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Theodorou, Konstantinos. "Processus génétiques au sein de petites populations et de populations fragmentées : implications pour la biologie de la conservation." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066550.

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Lambert, Amaury. "Processus de branchement, génétique des populations et généalogies aléatoires." Habilitation à diriger des recherches, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00252415.

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Abstract:

Nous cherchons à construire une génétique des populations branchantes, basée notamment sur les processus de branchement à espace d'états continu, dits CB-processus.

Nous modifions d'abord les arbres branchants afin d'en obtenir des versions stationnaires, de deux façons : en introduisant des interactions de type compétitif entre les individus, de manière à réguler la taille de la population ("processus de branchement logistique"); en appliquant divers conditionnements, au sens des h-processus de Doob : conditionnement du processus de Lévy associé à rester dans un intervalle, conditionnement à la non-extinction des CB-processus (Q-processus), mais aussi des CB-processus avec interactions, sous leur forme diffusion.

Nous étudions la probabilité de fixation d'un mutant, question qui conditionne l'évolution de la diversité. En utilisant la théorie des diffusions, nous proposons un cadre unifié permettant de comparer deux modèles classiques et le modèle de branchement logistique. Puis nous munissons les individus d'un trait quantitatif soumis à des mutations, et nous suivons, par une approche micro--macro, l'évolution du trait résident ("diffusion canonique de la dynamique adaptative").

Nous étudions la généalogie associée aux CB-processus avec immigration, dont un cas particulier est le Q-processus cité plus haut. Nous construisons des arbres branchants (dont la largeur n'est pas markovienne), dits \emph{arbres de ramification}, sur lesquels se voient directement les deux types de généalogies associées aux CB-processus, qui ont été découvertes par J.-F. Le Gall et ses collaborateurs. Nous donnons également une démonstration de la représentation de Lamperti des CB-processus comme processus de Lévy changés de temps.

Nous décrivons de façon rétrospective la structure généalogique des CB-processus, puis celle des arbres de ramification, comme le fait une des approches phares de la génétique des populations moderne, dite théorie de la coalescence.

Des collaborations dans divers domaines de la biologie des populations sont également exposées : génétique des populations classique, écologie des invasions, biologie de la conservation.

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Coudray, Clotilde. "Histoire génétique et évolution des populations berbérophones nord-africaines." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30185.

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Abstract:

Ce travail décrit la diversité génétique de communautés berbères nord-africaines actuelles selon trois polymorphismes : les allotypes des immunoglobulines (système Gm), certains microsatellites autosomaux et l’ADN mitochondrial. Des données originales sont présentées pour des populations du Maroc et d’Egypte. Notre étude s’appuie sur des données biologiques, archéologiques, historiques, géographiques et linguistiques dans le but de retracer les origines et l'histoire génétique des berbérophones. Pour l’ensemble des marqueurs, nos résultats montrent une proximité génétique entre les Berbères et les populations du sud-ouest de l’Europe mais une différenciation entre les groupes nord-africains et sub-sahariens. L’analyse de la population de Siouah (Egypte) révèle une nette distinction entre ces Berbérophones et les Berbères du Maghreb. Enfin, nous constatons qu’au nord-ouest de l’Afrique, il n’apparaît pas de différenciation génétique entre les Berbérophones et les Arabophones
This research describes the genetic diversity of current North-African Berber communities according to three polymorphisms: the immunoglobulin allotypes (Gm system), some autosomic microsatellites and the mitochondrial DNA. Original data are presented for populations from Morocco and Egypt. Our multi-field study is based on biological, archaeological, historical, geographical and linguistic data in order to retrace the origins and the genetic history of Berber-speakers. For all markers, our results show that the Berbers are genetically closed to European populations but that they are differentiated from sub-Saharan groups. By the analysis of Siwan Berbers (from Egypt), a clear distinction is revealed between them and Berbers from the Maghreb. Then, we note that in North-West Africa, there isn’t a genetic differentiation between Berber- and Arabic-speakers

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Perrier, Charles. "Structure génétique des populations de saumon Atlantique en France." Caen, 2010. http://www.theses.fr/2010CAEN2070.

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Abstract:

Cette thèse étudie la distribution spatiale de la diversité génétique des populations françaises de saumon Atlantique, s’intéressant notamment à l’effet de facteurs environnementaux et des repeuplements. 1739 individus échantillonnés dans 34 rivières françaises et provenant de cohortes anciennes (à partir 1965) et récentes ont été génotypés à 17 marqueurs microsatellites. Les résultats montrent l’existence de cinq groupes de populations génétiquement et géographiquement distincts. La distance côtière entre les populations ainsi que la longueur des rivières expliquent largement la structure observée. La grande taille des poissons adultes de l’Allier, ainsi que la différenciation importante de cette population inféodée à des sites de frais très éloignés de la mer suggèrent une adaptation locale à la difficulté de montaison. La comparaison des échantillons anciens et récents montre des taux d’introgression variables par les souches utilisées pour les repeuplements. Dans certaines rivières dépeuplées et non sujettes au repeuplement, nous avons observé des recolonisations spontanées par des poissons provenant de stocks voisins ou distants. Afin de quantifier l’impact des repeuplements dans les populations de la baie du Mont-Saint-Michel, nous avons développé des simulations individus centrées dont les résultats suggèrent une faible survie des poissons déversés. Enfin, nous avons également réalisé des analyses microchimiques sur les otolithes d’individus issus de populations repeuplées. Le couplage des analyses microchimiques et génétiques a permis de déterminer si les poissons ayant des caractéristiques génétiques de pisciculture provenaient de repeuplement ou de reproduction in natura de poissons précédemment déversés
This thesis investigates the genetic structure among Atlantic salmon populations from France. We more specifically studied the influence of environmental factors and stocking on the spatial distribution of genetic diversity. We genotyped at 17 microsatellite markers 1739 individuals from 34 French rivers, from old (1965-1987) and recent (1998-2006) cohorts. Analyses of recent samples classed individuals into five genetically and geographically distinct groups. Distance among estuaries and river length were strong predictors of population structure. Moreover, the positive trend between body size and river length and the higher differentiation of the population having farthest spawning grounds off the river mouth suggest local adaptation to upstream migration difficulty. Comparison of recent and old samples showed a general reduction of differentiation among populations and some high introgression rates most probably resulting from stocking. In some depopulated rivers were no stocking was performed we observed natural recolonization by fish from neighbouring and distant stocks. To quantify the impact of stocking on some populations for which it was precisely documented, we developed an approach using temporally explicit simulations. This study suggests low fitness of stocking fish. In parallel to genetic analyses, we carried on microchemistry analyses of otolith from some fish from stocked populations. Coupling genetic and microchemistry analyses on the same individuals allowed identifying river-born fish with hatchery pedigrees, discriminating them from hatchery-born fish with same genetic characteristics

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Barral, Véronique. "Identification, relations phylétiques, processus d'isolement et divergences inter-populations chez les schistosomes : Approche par l'étude de marqueurs génomiques (RAPD)." Perpignan, 1996. http://www.theses.fr/1996PERP0243.

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Abstract:

La problematique de notre travail repose sur trois ensembles de questions touchant a la diversite genetique et aux processus de differenciation spatio-temporelle des schistosomes. Nous avons principalement applique la technique des marqueurs rapd (random amplified polymorphic dna) pour resoudre ces problemes. Le probleme de l'identification des especes de schistosomes et de leurs hybrides semble resolu par la technique. Des marqueurs du sexe ont ete egalement detectes. L'etude des relations de parente entre les especes a montre des resultats coherents avec les hypotheses d'une coevolution des schistosomes avec leur mollusque vecteur et avec les hypotheses de transferts lateraux d'especes de schistosomes des animaux a l'homme. Nous proposons de nouvelles hypotheses sur l'histoire evolutive des especes de schistosomes, notamment les especes africaines et indiennes parasites d'ongules. Il n'existe pas d'isolement de nature pre-zygotique entre les especes voisines s. Mansoni et s. Rodhaini. Cependant, des ecarts a la segregation mendelienne pour certains marqueurs nous permettent de suggerer une distorsion de segregation et la non viabilite genetique des hybrides. L'absence d'isolement reproducteur entre les populations allopatriques s. Mansoni d'amerique et d'afrique permet de valider l'hypothese de l'introduction recente de l'espece au nouveau monde. Une etude de la diversite genetique, effectuee au sein des infrapopulations et des populations naturelles de l'espece s. Mansoni dans un foyer de transmission particulier de l'arriere mangrove guadeloupeenne, montre une tres grande diversite genetique a l'interieur des infrapopulations de rats rattus rattus et une faible differenciation entre les populations locales de parasites. Le rat semble donc responsable d'une grande diversite genetique entre les parasites et de l'homogeneisation des populations locales, du fait de recrutements successifs et diversifies de cercaires genetiquement differentes

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Olivieri, Isabelle. "Sélection et optimisation : au carrefour de la génétique, de la démographie et de l'écologie." Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20250.

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Tiret, Mathieu. "Approche multilocus du génome dans les modèles de génétique des populations." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLA002/document.

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Abstract:

La génétique des populations est l’étude de l’évolution des fréquences alléliques au sein d’une population et de l’influence des pressions évolutives sur ces fréquences. Au sein de cette discipline, des modèles de population et des mesures génétiques sont développés pour pouvoir expliquer et prédire les données génétiques. Toutefois, au fur et à mesure des avancées technologiques, de nouveaux types de données sont disponibles, et il devient primordial de développer de nouveaux modèles et de nouvelles mesures pour pouvoir expliquer ces nouvelles données génétiques, plus denses et plus riches en marqueurs génétiques grâce à l’avènement de techniques comme la Next Generation Sequencing. Pour ce faire, nous proposons dans cette thèse de développer de nouvelles mesures avec une approche dite multilocus, qui considère le génome comme un tout plutôt que comme un agglomérat de locus indépendants. Dans un premier temps, nous avons tenté de construire une base théorique de l’approche multilocus en génétique des populations. Ensuite, nous avons illustré une telle approche à travers l’étude de l’identité par descendance, des graphes de recombinaison ancestraux et des autocorrélogrammes dans les modèles de génétique des populations. À travers ces différentes études de cas, nous avons tenté d’identifier les principaux enjeux et questions que soulève la génétique des populations multilocus
Population genetics is the study of the evolution of allelic frequencies within a population and the influence of evolutionary pressures on these frequencies. Within this field, one could develop population models and measures to explain and predict genetic data. However, as technologie evolves new types of data are available, and it becomes essential to develop new models and new measures to reflect these new genetic marker data, increasingly richer and denser thanks to the advent of new techniques such as the Next Generation Sequencing. To this end, we propose in this thesis to develop new measures with the so-called multilocus approach, which considers the genome as a whole rather than an agglomerate of independent loci. We have first tried to build a theoretical basis for the multilocus approach in population genetics. Then, we have illustrated this multilocus approach with the case studies of identity by descent, ancestral recombination graphs and autocorrelograms in population genetics models. Through these different studies, we tried to identify the main issues and questions that the multilocus population genetics raises

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Gagnon, Nicolas. "Mesure et analyse de l'effet fondateur dans les populations de Charlevoix et du Bas-Saint-Laurent." Thèse, Chicoutimi : Université du Québec à Chicoutimi, 1998. http://theses.uqac.ca.

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Manry, Jérémy. "De la génétique des populations à l'immunologie : les interférons chez l'homme." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066158.

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Abstract:

Les interférons (IFNs) sont des cytokines ayant un rôle clé dans les réponses immunitaires innée et adaptative. J’ai séquencé ici les 27 gènes codant les IFNs et leurs récepteurs dans un panel multiethnique. Nos résultats montrent que certains gènes comme IFNA6, IFNA8 et IFNG remplissent des fonctions essentielles dans la défense de l’hôte. Au contraire, le fait que d’autres gènes tels que IFNA10 et IFNE1 accumulent des mutations faux-sens et non-sens à de fortes fréquences dans la population, suggère une plus grande redondance. Enfin, les IFNs de type-III apparaissent comme étant les cibles de la sélection positive, spécifiquement dans les populations non-africaines, en raison d’une résistance plus accrue aux pressions virales. Pour conclure, notre approche de génétique évolutive révèle que les différents IFNs chez l’homme n’ont pas la même importance biologique, suggérant que certains représentent de meilleures cibles que d’autres pour être utilisés dans des études cliniques

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Soegono, Dinar Tri Soelistyowati. "Caractérisations génétiques de populations d'huîtres tropicales : crassostrea et saccostrea." Brest, 1991. http://www.theses.fr/1991BRES2025.

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Abstract:

L'analyse electrophoretique de 12 isoenzymes a ete realise sur 12 populations d'huitres du golfe du mexique, du senegal, de l'indonesie et comparee aux echantillons de reference: c. Virginica (canada) et c. Rhizophorae (cuba). La ressemblance genetique entre les deux populations de reference (c. Virginica et c. Rhizophorae) est de 0,653. Les valeurs se situent entre 0,865 et 0,988 pour les populations du golfe du mexique. Cependant, c. Gasar (senegal) se trouve a une distance proche de c. Rhizophorae (0,359), alors que saccostrea sp. (indonesie) est considere comme proche de s. Commercialis de l'australie (0,064) et s. Cucullata de borneo, indonesie (0,161). La persistance d'electromorphe mdh-1#9#4, caracteristique de rhizophora a permis de differencier 3 populations du golge du mexique (tamiahua, mecoacan, estero del pargo). Ce caractere se present grace a des flux geniques alimentes par des courants marins provenant des caraibes et des contre-courants qui se succedent a l'extremite de la peninsule de la floride incites par le gulfe stream (tamiahua et estero del pargo) et par les transferts d'individus effectues par l'homme a des fins aquacoles (mecoacan)

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Berestycki, Julien. "Structures aléatoires de branchement et applications en génétique des populations." Habilitation à diriger des recherches, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00552025.

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Abstract:

L'objet de ce mémoire est de présenter de façon succincte les travaux que j'ai menés et auxquels j'ai collaboré depuis la fin de ma thèse. Ces travaux sont reliés par le thème central de la structure arborescente aléatoire ou du processus de branchement.

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Verdu, Paul. "Anthropologie génétique des populations d'Afrique centrale : histoire du peuplement Pygmée." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2009. http://www.theses.fr/2009MNHN0002.

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Abstract:

L’Afrique Centrale est peuplée d’agriculteurs au contact de chasseurs-cueilleurs: les Pygmées. Comme l’attestent les données archéologiques, le Bassin Congolais est densément peuplée par Homo sapiens depuis au moins 30000 ans. Pourtant, l’origine des populations pygmées, l’histoire du peuplement et les migrations humaines, restent en grande partie inconnues. Nous utilisons une approche interdisciplinaire entre l’ethnologie et la génétique des populations, pour comprendre l’histoire du peuplement d’Afrique Centrale. Nous présentons d’abord les éléments anthropologiques de la catégorisation en pygmées ou non-pygmées, et l’échantillonnage de l’ADN de trois populations pygmées du Gabon et de l’Ouganda. Ensuite, nous présentons les résultats de génétique des populations sur 30 populations d’Afrique Centrale génotypées pour 28 microsatellites des autosomes. Nos résultats suggèrent que les populations pygmées partagent un ancêtre commun qui aurait divergé de la lignée non-pygmée il y a environ 70000 ans. Nous émettons l’hypothèse que l’expansion de l’agriculture en Afrique Centrale il y a 4000 ans a profondément bouleversé les relations originelles entre pygmées et non-pygmées. Cette expansion a fragmenté le peuplement ancestral pygmée en isolant les différents groupes et, par des mélanges hétérogènes entre pygmées et non-pygmées, a conduit à la différenciation génétique des pygmées observée aujourd’hui. Enfin, ces flux de gènes hétérogènes s’expliquent convenablement par les comportements socioculturels caractérisant aujourd’hui les relations entre pygmées et non-pygmées voisins, suggérant l’importance fondamentale de tels comportements dans l’évolution biologique humaine
Central Africa is peopled by sedentary agriculturalists neighbouring hunter-gatherer populations: the Pygmies. Archaeological remains attest the presence of Homo sapiens in the Congo Bassin since at least 30,000 years. However, little is known about the origins of pygmy populations, nor is known about ancient demography or past human migrations in this area of the world. We use an interdisciplinary approach between ethnology and population genetics, aiming to unravel the unknown history of Central African peopling. First, we present elements of anthropology concerning the pygmy/non-pygmy categorization, and the DNA sampling strategy developped in three pygmy groups from Gabon and Uganda. Then, we present population genetics results on more than 30 Central African populations genotyped for 28 autosomal microsatellites. Our results converge towards a historical peopling of Central Africa where all pygmies share a common ancestor that diverged from the non-pygmies about 70,000 years ago. Moreover, our results suggest that the expansion of agriculture in Central Africa some 4,000 years ago, fundamentaly affected ancient relationships between pygmies and non-pygmies. Such expansion may have fragmented pygmy habitat, isolating the various populations. Moreover, heterogeneous gene flows from non-pygmy populations towards each pygmy group, may have enhanced the genetic differentiation found nowadays among african pygmies. Finally, such heterogeneous admixture is consistent with the various sociocultural behaviour characterizing specifically each pygmy / non-pygmy realtions, thus highlighting the potential major influence of sociological behaviours in mankind biological evolution

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Kotulas, Georgios. "Différenciation géographique et structure génétique des populations de Solea vulgaris." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20129.

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Abstract:

Des echantillons de solea vulgaris preleves sur une periode de 5 ans en mer egee, mediterranee ouest, golfe de gascogne et manche ont ete analyses a 26 locus enzymatiques et 3 locus proteiques. La diversite globale de l'espece est importante (h#0=0,118) et sa composante inter-regionale est faible (5% de la diversite globale). La faible diversite de l'echantillon de mer egee suggere son passage par un goulot d'etranglement. Une structure geographique a ete mise en evidence par des analyses factorielles des correspondances (afc) bien que l'etude des distances genetiques et des fst revele une tres faible differenciation, ce qui suggere un flux genique important entre regions. En effet, seul l'echantillon de la mer egee se differencie de facon marquee. Des deficits en heterozygotes ont ete observes beaucoup plus frequemment chez les juveniles que chez les adultes et il existe une differenciation a certains locus entre differentes cohortes d'une meme localite. De plus, l'evolution des cohortes o#+ pendant leur sejour estival en nurserie parait non aleatoire. Ces resultats sont difficiles a expliquer sans faire appel (au moins en partie) a des phenomenes de selection

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Guerrini, Françoise. "Génétique des populations et phylogénie des "Leishmania" du Nouveau Monde." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20052.

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Abstract:

Une analyse phylogenique, ainsi qu'une analyse de genetique des populations, menees sur 164 stocks de leishmania provenant d'hotes varies et de toute l'aire de repartition du parasite, et basees sur l'etude de 17 loci enzymatiques, nous permettent de presenter les conclusions suivantes: les populations de leishmania presentent une structure quasi clonale. Ces clones sont a considerer comme des unites taxonomiques dans toute etude appliquee. L'analyse phenetique confirme les grands complexes leishmaniens. Cependant, elle permet dans plusieurs cas de moduler les divisions de cette taxonomie. Des loci diagnostic d'usage simple sont proposes pour etiqueter les differentes especes. Les donnees genetiques sont utilisees pour eclairer les problemes epidemiologiques, au perou et en equateur

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Ficheux, Sébastien. "Dynamique et génétique des populations de cistude d'Europe Emys orbicularis." Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS068/document.

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Abstract:

La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace conduisant à la production d’un flux de gènes, permet la connectivité des populations. L’étude de la dispersion est devenue d’une importance primordiale pour prédire les conséquences des changements globaux sur la structure et la dynamique des populations. Les espèces à dispersion limitées, comme les chéloniens, sont particulièrement menacées par ces phénomènes. Cette étude se propose d’analyser la dispersion chez la Cistude d’Europe (Emys orbicularis), en régression en Europe, dans un contexte de fragmentation d’habitats et de déterminer les causes de ce comportement via l’analyse de la dynamique et de la génétique des populations. Nos résultats montrent, d’une part, que les temps de générations lents chez les cistudes (environ 12 ans) peuvent ralentir les phénomènes d’érosion génétique par dérive. Cette érosion lente est accentuée en présence de grandes populations même en milieu très fragmenté. D’autre part, la sélection aurait favorisée la philopatrie chez les femelles cistudes dans les milieux peu riches en site de ponte et de faible densité d’individus car elles ont un avantage à la territorialité. A l’inverse, le coût à la dispersion diminuerait pour les mâles car ce comportement éviterait la consanguinité. Les cistudes semblent donc très sensibles à la compétition intra-spécifique. En effet, la relaxation de la densité-dépendance des adultes permet un recrutement important de juvéniles. Cette dynamique favoriserait une récupération rapide des effectifs après une importante perturbation, ce qui est surprenant pour une espèce longévive dont les temps de résilience sont supposés lents
Dispersal, characterized by the movements of individuals in space leading to gene flows, allows populations to connect. The study of dispersal has become of essential importance to predict the consequences of global changes on the population structures and dynamics. Species with limited dispersal, such as chelonians, are particularly threatened by these phenomena. Our study aimed at analyzing the dispersal of the European pond turtle (Emys orbicularis), in decline in Europe, in a habitats fragmentation context and determining the causes of this behavior through analysis of population dynamics and genetics. Our results show, firstly, that the slow generation time in Emys orbicularis (about 12 years) may slow the genetic erosion by drift. This slow erosion is accentuated with large populations such as Kerkini populations, even with a strong fragmentation. On the other hand, selection would have favored philopatry in females in habitats with few nesting site and deers, because they have the advantage of territoriality. In contrast, the cost of dispersal decreases for males because this behavior allows inbreeding avoidance. The European pond turtles seem very sensitive to intra-specific competition. Indeed, the relaxation of adult density-dependence allows for a significant recruitment of juveniles. This dynamic promotes an unexpected rapid response of the population after a major disturbance, because chelonians are long-lived animals with a late age of first reproduction and very high generation time, therefore, the time of resilience to perturbations is also expected to be high

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Meusnier, Isabelle. "Origine et diversité génétique des populations de l'algue verte Caulerpa taxifolia proliférant en Méditerranée." Lille 1, 2001. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2001/50376-2001-149.pdf.

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Abstract:

L'algue verte, Caulerpa taxifolia, prolifère en Méditerranée depuis 1984. L'objectif de cette thèse était de clarifier le statut génétique de ces populations à l'aide de marqueurs génétiques appropriés. Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer l'introduction et l'origine de cette algue en Méditerranée. L'analyse des caractères morphologiques et physiologiques au sein des espèces de Caulerpa n'est pas suffisante pour trancher entre les différentes hypothèses. Différents marqueurs moléculaires nous ont permis de réfuter l'hypothèse d'une introduction via le canal de Suez et désignent l'Australie, plus précisément la région de Brisbane, comme la source biogéographique potentielle des populations de Méditerranée. Par ailleurs, nos résultats phylogéographiques mettent en évidence au sein de C. Taxifolia l'existence de deux taxons. Ces taxons correspondent, en fait, à des habitats différents. Le taxon " eaux claires ", inféodé aux eaux chaudes et oligotrophes, est distribué sur toute la zone tropicale et le taxon " eaux turbides ", inféodé aux eaux froides dans des habitats riches en nutriments, se trouve dans les populations non tropicales australiennes et les populations introduites. Enfin, nos résultats permettent d'élaborer un scénario sur l'histoire de la diversification des populations de C. Taxifolia à travers le monde. Le taxon " eaux claires ", caractérisé par une forte diversité génétique, serait la forme ancestrale tandis que le taxon " eaux turbides ", caractérisé par une faible diversité génétique, en serait dérivé. Toutes les conditions requises étaient donc réunies pour que le taxon " eaux turbides " survive, s'installe et envahisse les eaux tempérées et eutrophes de Méditerranée : forte reproduction clonale, résistance au froid et aux faibles intensités lumineuses, capacité de survivre en conditions eutrophes.

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Champagnon, Jocelyn. "Conséquences des introductions d’individus dans les populations exploitées : l’exemple du Canard Colvert Anas platyrhynchos." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20147/document.

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Abstract:

Le renforcement des populations naturelles exploitées par des individus captifs est rarement évalué, bien qu'il puisse induire des modifications notables sur la population naturelle à de nombreux niveaux : démographie, comportement, morphologie, génétique, pathogènes. Ce travail de thèse concerne les introductions de canards colverts Anas platyrhynchos réalisées à des fins cynégétiques. Cette pratique est très répandue en Europe, depuis plus de trente ans. Du fait de leur domestication en élevage, les canards lâchés subissent une mortalité naturelle très forte comparée aux oiseaux sauvages, à laquelle s'ajoute une plus grande vulnérabilité à la chasse. Une différenciation génétique marquée permet de discriminer les oiseaux lâchés de leurs congénères sauvages. Des croisements entre les deux groupes sont détectés, mais l'introgression reste limitée. Globalement, la contribution démographique et génétique des individus d'élevage à la population sauvage est faible, même si une modification morphologique attribuable aux lâchers a été constatée dans la population sauvage en trente ans. Les conséquences écologiques pour la population réceptrice semblent donc limitées, mais une vigilance continue doit s'exercer concernant la diffusion de pathogènes (forte prévalence occasionnelle de virus Influenza A dans les élevages) et les risques génétiques associés au renforcement sur le long terme
The consequences of releasing captive-reared game animals into the wild have received little attention, despite their potential impact for receiving populations in terms of demography, behaviour, morphometrics, genetics and pathogens. The present study considers Mallards Anas platyrhynchos released for hunting purposes, an increasing practice in Europe over the last 30 years. Because of domestication process in game farm facilities, our study shows high natural mortality of these ducks once released compared to wild Mallards, in addition to high vulnerability to hunting. A clear genetic differentiation allows discrimination of released and wild Mallards. Hybridization with wild Mallards exists, but did not result into significant introgression. Generally, genetic as well as demographic contributions of captive-bred birds to the natural population were low, but a morphological modification associated with releases was recorded over 30 years in natural population. Ecological consequences of the releases for the wild population seem to be limited, but caution should be maintained on the possible transmission of pathogens (occasionally high prevalence of avian Influenza A in some breeding facilities) and the genetic risks associated with long-term releases

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Kohi, N'Goran Jeanne Andi. "Contribution à l'étude génétique du cacaoyer par les marqueurs moléculaires : diversité génétique et recherche de QTLs." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20159.

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Abstract:

Les marqueurs rapd ont ete developpes pour etudier la diversite genetique et la cartographie du cacaoyer a cause de leur simplificite et des possibilites de transfert de technologie qu'ils offrent. Ils ont permis de classer les genotypes etudies en trois grands groupes qui sont les forastero bas amazoniens, les forastero haut amazoniens et les criollo, en accord avec la classification morphogeographique. Ils se presentent ainsi comme un outil efficace de classification. L'etude des parametres genetiques de la diversite revelee par les rflp a mis en evidence une grande diversite genique au sein des cacaoyers et a revelee une grande richesse allelique au sein de la population de la haute amazonie. Tous les groupes presentent des desequilibres dus au systeme de reproduction mais aussi a la presence tres probable de sous populations. Les groupes les plus eloignes sont les criollo et les forastero haut amazoniens. Cependant une forte differenciation genetique a ete mise en evidence entre les forastero haut amazoniens et les forastero bas amazoniens. La recherche de qtl pour les caracteres morphologiques et ceux de la resistance au phytophthora a permis de localiser des regions chromosomiques impliquees dans l'expression de certains des caracteres etudies. Ainsi, des qtl de la resistance au phytophthora ont ete mis en evidence sur les groupes de liaison 1 et 8. Differentes regions chromosomiques ont ete mises en evidence pour les caracteres mesures a divo et a bingerville

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Berrebi, Patrick. "Génétique des populations marines : le modèle "flet" (Platichthys flesus L. 1758, Téléostéen, Pleuronectidé)." Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20073.

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Crochet, Pierre-André. "Structure génétique des populations chez le goéland leucophée, phylogéographie et phylogénèse chez les laridés." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20228.

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Abstract:

De nombreuses especes d'oiseaux presentent d'importantes variations de morphologie ou de comportement au sein de leur aire de repartition sans que les marqueurs neutres n'indiquent de differenciation genetique. Ce paradoxe apparent peut etre elucide grace a l'information acquise sur les memes populations avec differents marqueurs genetiques et a differentes echelles spatiales et temporelles. Les larides (mouettes et goelands) constituent dans ce cadre un bon modele d'etude en raison de leur diversite specifique elevee et de la diversification recente d'un groupe d'especes : les grands goelands. Les marqueurs microsatellites ont permis d'etudier la structure genetique des populations du goeland leucophee (un des grands goelands). Les differentiations genetiques et la variation morphologique sont faibles au sein de ces populations. Les flux de genes entre sous-especes et entre especes ont ete etudies dans le groupe des grands goelands. Les marqueurs mitochondriaux employes montrent des flux geniques par voie femelle meme entre bonnes especes. Ces flux sont en general faibles, et n'empechent pas le maintien d'une forte structuration genetique, qui contraste avec l'homogeneite observee dans des etudes anterieures pour les marqueurs allozymiques. Ceci indique probablement des flux geniques par la voie male plus importants. Enfin, certaines formes bien differenciees morphologiquement sont genetiquement identiques. Le sequencage de l'adn mitochondrial a permis de realiser une phylogenie moleculaire des larides, qui indique une origine recente et une diversification rapide de ce groupe. De nombreux caracteres de plumages apparaissent comme tres labiles. L'ensemble de ces resultats suggere que dans les populations d'oiseaux les flux geniques sont eleves, et que les caracteres morphologiques puissent se modifier rapidement. Les variations morphologiques observees a l'interieur des especes resulteraient alors de fortes pressions de selection sur ces caracteres.

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Dujardin, Jean-Pierre. "Etude genetique de quelques populations naturelles des vecteurs de la maladie de chagas." Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066119.

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Abstract:

Triatoma infestans et rhodnius prolixus sont les deux vecteurs les plus importants de la maladie de chagas: 1) t. Infestans est domestique sur tout son territoire, mais nous demontrons l'existence d'une population sauvage situee dans la vallee de cochabamba (bolivie). En bolivie et au perou, la structure genetique des populations domestiques et sauvages de t. Infestans est incompatible avec l'existence d'especes jumelles. Elle suggere par ailleurs que les populations actuelles de ce vecteur resultent d'une expansion geographique recente a partir d'une population unique. Enfin, elle permet une mesure de l'aire de dispersion locale de l'insecte, variable d'une region a l'autre, et suggere que son adaptation au parasite varie selon le genotype; 2) r. Proxilus, vecteur majeur, et r. Neglectus, espece sylvatique sans role vecteur connu, sont morphologiquement semblables: nous proposons pour la premiere fois une cle biochimique susceptible de separer ces deux especes a l'aide de trois enzymes

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Esnault, Caroline. "Les élèments transposables, marqueurs de différenciation génétique des populations d'Anopheles gambiae." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10150.

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Abstract:

Anopheles gambia est, en Afrique subsaharienne, l'un des principaux vecteurs du plasmodium, le parasite responsable du paladisme. De nouvelles stratégies de lutte contre cette maladie, telles que la construction de moustiques génétiquement modifiés résistants au plasmodium, sont actuellement en cours de mise au point. Une telle stratégie nécessite une connaissance approfondie du génome et de la structuration des populations d'anophèles. Le polymorphisme d'insertion de trois élèments transposables (ET) a été utilisé afin de rechercher des structurations existant au sein des populations naturelles d' An. Gambiae. Les résultats montrent qu'une forte différenciation génétique divise l'espèce selon deux formes moléculaires, M et S, qui ségrègent dans les populations africaines. Ces résultats renforcent l'hypothèse d'une spéciation en cours entre les deux formes moléculaires. La localisation sur les chromosomes d'insertions caractéristiques de chacune des formes moléculaires suggèrent que les régions génétiquement différenciées ne concernent pas seulement les quelques régions des chromosomes X et 2L considérées comme des îlots de spéciation dans de pécédentes études, mais s'étendent sur une large partie du génome. L'activté transcriptionnelle des trois ET diffère entre les tissus et entre les populations. Ces résultats soulignent l'importance des régulations tissus-spécifiques et populations-spécifiques de l'expression de ces ET. Les variations d'expression ne montrent pas de corrélation directe avec la forme moléculaire, mais plutôt avec le nombre de copis d'éléments, suggérant que les caractéristiques des génomes liées à la forme moléculaire n'entraînent pas l'apparition d'un profil d'expression spécifique de ces formes
In Sub-Saharan Africa, Anopheles gambiae is one of the principal vectors of plasmodium, the malaria parasite. New strategies to eradicate this disease, like the construction of a genetically modified mosquito resistant to the plasmodium, are currently being developed. These strategies need a deep knowledge of the genome and population structure of anopheles. Insertion polymorphism of three transposable elements (TE) has been used to detect the structure in An. Gambiae natural populations. Results show that a high genetic differentiation divides the species in two molecular forms, M and S, that segregate in African populations. These results reinforce the hypothesis of an undergoing speciation between the molecular forms. Localization on chromosome arms of insertions characteristic of each molecular form suggests that differentiation concerns a large part of the genome, where as previous studies limit the differentiated regions to some regions on chromosomes X and 2L. Transcriptional activity of the three TE differs between tissues and between populations. These results highlight the importance of tissues-specific and population-specific regulation ways of TE expression. The expression variation does not show any correlation with molecular forms, but seems to be correlated with copy number, suggesting that genome characteristics related to the molecular forms do not lead to a specific expression pattern

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Dalongeville, Alicia. "Variation génétique et persistance des populations en milieu marin : implications pour la conservation." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT093/document.

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Abstract:

Les écosystèmes marins sont soumis à des changements environnementaux rapides sous l’impact des pressions anthropiques croissantes qui menacent la persistance des espèces et des populations locales. Comprendre les effets de la variabilité génétique et des capacités de dispersion sur la persistance des espèces marines, est donc un enjeu majeur pour la conservation de la biodiversité. Mes travaux de doctorat répondent ainsi à deux objectifs principaux : (i) évaluer la distribution spatiale et les déterminants de la variation génétique de populations de poissons marins côtiers (ii) estimer les réponses des populations aux changements climatiques afin de mieux comprendre leur capacité de persistance.J’ai d’abord montré, à partir d’une synthèse bibliographique réalisée sur 31 espèces de poissons méditerranéens, que les traits écologiques liés à la mobilité et à la taille des populations influencent fortement le niveau de diversité génétique intra-populationnelle des espèces. Ensuite, j’ai étudié les déterminants de la variation génétique spatiale à partir des données récoltées sur 727 individus de rouget de roche (Mullus surmuletus) issus de 72 sites autour la Mer Méditerranée et regroupés en 47 groupes génotypés pour 1153 marqueurs SNP. Des analyses de génétique du paysage ont montré que la dispersion larvaire structure la variation génétique de l’espèce à moyenne et petite échelle spatiale (<1 000km), alors que l’isolement géographique, possiblement dû à l’histoire démographique des populations ou à l’adaptation, est le principal facteur structurant à plus large échelle. Finalement, l’étude de la variation génétique adaptative de M. surmuletus réalisée à l’aide d’un criblage génomique a mis en évidence une potentielle réponse adaptative de l’espèce au gradient Est-Ouest de salinité en Méditerranée.Dans un second temps, un modèle démo-génétique simulant la dynamique et la résilience des populations de coraux dans l’Indopacifique a montré qu’un mécanisme de « sauvetage évolutif » permet aux génotypes adaptés aux eaux les plus chaudes de diffuser entre les populations grâce à la connectivité larvaire. Ce mécanisme favorise la persistance des populations en permettant leur adaptation à des changements environnementaux qui conduiraient sans cela à des déclins, voir des extinctions locales.Finalement, l’ensemble de ces travaux ont mis en évidence la nécessité de considérer la connectivité et le potentiel évolutif des espèces dans les stratégies de conservation, afin de maximiser leur capacité de résilience et de persistance à long terme en dépit des crises environnementales de plus en plus prononcées
World marine ecosystems are experiencing unprecedented anthropic pressures inducing rapid environmental changes that threaten the persistence of wild species and their local populations. Hence, understanding the effects of genetic variability and dispersal capacities on marine population persistence is a key issue for the conservation of biodiversity. My PhD work had two main objectives: (i) evaluate the spatial distribution and drivers of genetic variation across coastal marine fish populations, and (ii) estimate the response of populations to climate changes in order to better understand their ability to persist.First, by performing a synthesis of published literature on 31 Mediterranean fish species, I showed that ecological traits related to mobility and population size strongly influence the level of within-population genetic diversity across species. Then, I studied the drivers of spatial genetic variation using genetic data from 727 individuals of the stripped red-mullet (Mullus surmuletus) collected in 72 sites around the Mediterranean Sea, and grouped into 47 pools genotyped for 1153 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Seascape genetic analyses showed that larval dispersal predominantly structures M. surmuletus genetic variation at intermediate and local spatial scales (<1000 km), whereas geographic isolation, due to population demographic history or adaptation, is the main driver at larger spatial scale. Lastly, studying the adaptive genetic variation of M. surmuletus using genome scan revealed a potential adaptive response of this species to the East-West gradient in salinity across the Mediterranean Sea.Subsequently, using a demo-genetic model to simulate coral population dynamics and resilience across the Indo-pacific corals, I showed that the process of ‘evolutionary rescue’ can help genotypes adapted to warm ocean waters to move and migrate between populations thanks to larval connectivity. Evolutionary rescue can thus promote the persistence of populations by allowing them to adapt to environmental changes that would otherwise lead to population declines or even local extinctions.Finally, all of these results highlighted the need to better consider connectivity and the evolutionary potential of species in conservation strategies, in order to maximize their resilience capacity and long-term persistence in the face of more severe environmental crises

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Avramova, Marta. "Génétique des populations et diversité de l’espèce Brettanomyces bruxellensis : étude de la tolérance aux sulfites." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0911/document.

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Abstract:

Brettanomyces bruxellensis est un microorganisme qui est considéré comme la cause majeure des défauts microbiologiques du vin. L’importance de cette levure à l’échelle industrielle est liée au fait qu’elle est isolée à partir de substrats différents tels que la bière, le kombucha, les molasses utilisées pour la production de bioéthanol et autres. Ce projet a pour objectif d’étudier la diversité génétique de l’espèce en se basant sur une large population d’isolats provenant de niches écologiques et géographiques variées. Pour ce faire, une méthode de génotypage robuste (analyse microsatellite) a été optimisée et appliquée sur la population, mettant en évidence la coexistence de populations diploïdes et triploïdes à l’échelle globale. Puis, la relation entre regroupement génétique et traits physiologiques a été explorée. Notamment, l'étude de la tolérance aux sulfites a été effectuée sur un sous-ensemble de souches représentatif de la population. Les résultats obtenus mettent en évidence un lien entre groupes génétiques et comportement vis-à-vis des sulfites. Des expériences de compétition en présence de dioxyde de soufre montrent un avantage sélectif des souches tolérantes aux sulfites par rapport aux souches sensibles, suggérant ainsi une adaptation spécifique au principal antiseptique utilisé en œnologie. Ce travail contribue à une meilleure connaissance de cette levure d’altération du vin en termes de diversité génétique et phénotypique et permet d’émettre des hypothèses sur les stratégies évolutives d'adaptation au milieu anthropique de cette espèce modèle non conventionnelle
Brettanomyces bruxellensis is a microorganism described as the first cause of microbial spoilage of wine. Its industrial relevance is highlighted by the fact that this yeast is isolated from different substrates such as beer, kombucha, bioethanol fermentation molasses and others. This project aims to explore the genetic diversity of the species by studying a large population of isolates from various geographical and ecological niches. For this purpose, a robust genotyping method (microsatellite analysis) was optimized and applied on the population, thus highlighting the coexistence of diploid and triploid populations worldwide. Further, the relation between genotypic clustering and physiological traits was studied. Namely, sulphite tolerance assay was performed on a subset of strains representative of the total population. The results reveal a link between genetic group and growth profile in the presence of sulphur dioxide. Competition experiments in presence of sulphites highlight a selective advantage of sulphite tolerant strains compared to sulphite sensitive ones, thus suggesting a specific adaptation to the main antimicrobial used in winemaking. This work contributes to a deeper understanding of this wine spoilage microorganism in means of genetic and phenotypic diversity and sheds light on putative evolutionary strategies for adaptation to human related environment of this non-conventional model yeast species

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Tollenaere, Charlotte. "Génétique et évolution du rat noir (Rattus rattus), réservoir de la peste à Madagascar." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20205.

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Abstract:

Les pressions de sélection exercées par les pathogènes peuvent induire des changements évolutifs extrêmement rapides chez leurs hôtes. C'est probablement le cas chez le rat noir (Rattus rattus) à Madagascar, qui présente des populations résistantes à la peste (infection à Yersinia pestis) dans la zone des hauts plateaux centraux, où la peste est endémique depuis un siècle environ, tandis que les populations de la zone de basse altitude, où la maladie est absente, sont sensibles. Le rat noir est actuellement le seul réservoir possible de la maladie à Madagascar. L'objectif de ce travail est d'étudier la résistance à la peste chez R. Rattus, car ce trait a des conséquences importantes dans la transmission et le maintien de la maladie. Les patrons de génétique neutre sont en accord avec une colonisation unique de Madagascar par le rat noir, il y a 1000-2000 ans, en provenance de la Péninsule Arabique. Comme pour les populations humaines, des populations de rat noir se seraient d'abord installé dans les régions côtières, s'étendant ensuite sur les hauts plateaux centraux. Des travaux expérimentaux (infections contrôlées et croisements) ont permis d'étudier le phénotype de résistance et sa transmission à la descendance. La différence de niveau de résistance entre zone de peste et zone sans peste a ainsi été confirmée et étendue à d'autres localités. Enfin, des approches gènes candidats et génomiques ont conduit à l'identification de marqueurs génétiques potentiellement sous sélection divergente entre zone de peste et zone sans peste, et/ou associés à l'issue d'infections expérimentales par la peste
Selective pressure applied by pathogens can lead to extremely rapid evolutionary changes on their hosts. It could be the case for the black rat (Rattus rattus), which presents populations resistant to plague (Yersinia pestis infection), where plague have been endemic since about one century, whereas low altitude zone (where the disease is absent) populations are plague susceptible. The black rat is the only possible plague reservoir in Madagascar. This work aims to study plague resistance in R. Rattus, as this trait has important consequences for the disease transmission and maintenance. Neutral genetic patterns agree with a unique colonization of Madagascar by the the black rat, 1000-2000 years ago, from Arabian Peninsula. As for humans, rat settlement would have begun by coastal regions, and latter expanded to the central highlands. Experimental work (controlled infestations and crosses) allowed the study of the resistance phenotype and its offspring transmission. Resistance level variation between plague focus and plague-free zone was confirmed and extended to other localities. Finally candidate gene and genomic approaches lead to detect genetic markers potentially undergoing divergent selection between plague focus and plague free zone than neutral loci and/or associated with experimental plague challenge issue

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Odabachian, Morgane. "Etude des populations égyptiennes anciennes et actuelles." Aix-Marseille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX11026.

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Abstract:

Dans le contexte d'expansion de l'Homme moderne, l'étude des populations égyptiennes par des méthodes adéquates apparaît indispensable pour comprendre comment les évènements migratoires sont intervenus. Nous avons déterminé la diversité mitochondriale de diverses populations égyptiennes ( : populations des oasis, du Delta et du Sinaï). La présence des haplogroupes ancestraux M1 et L3* dans les populations de Bawati et du Delta, peut révéler l'existence d'une aire anciennement partagée par la même population ancestrale mais qui ne se serait pas étendue cependant jusqu'à la région du Sinaï. Les populations du Sinaï Central présentent néanmoins elles aussi un fond génétique ancien, souligné par l'existence de l'haplogroupe pre-HV ainsi que la trace de migrations plus récentes le long de la vallée du Nil. Cette étude montre que le passage par le Sinaï a été emprunté de façon plus épisodique que continue, démontrant également l'impact crucial des conditions climatiques sur les migrations.

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Changey, Frédérique. "Etude de l'évolution du potentiel génétique de populations bactériennes dégradant l'atrazine." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00806324.

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Abstract:

L'atrazine, un des herbicides les plus utilisés pour contrôler le développement des plantes adventices dans les cultures, a conduit à la contamination de l'environnement. L'exposition chronique à cet herbicide a conduit à l'émergence de populations microbiennes du sol capables de dégrader l'atrazine et de l'utiliser comme une source d'azote pour leur croissance. Ces populations microbiennes sont responsables de la biodégradation accélérée (BDA) de l'atrazine, un service écosystémique contribuant à diminuer la persistance de cet herbicidedans l'environnement. L'objectif de ce travail était d'étudier les mécanismes génétiques et physiologiques responsables du fonctionnement et de l'amélioration de ce service écosystémique. Nous avons appliqué une démarche expérimentale allant des gènes codant la dégradation à des communautés microbiennes afin d'identifier les processus adaptatifs impliqués dans l'évolution de la fonction de BDA de l'atrazine.Le premier volet a consisté à évaluer l'importance de mutations accumulées dans le gène atzA dans la transformation de l'atrazine en hydroxyatrazine catalysée par AtzA. Le séquençage de gènes atzA de différents isolats bactériens dégradant l'atrazine (Pseudomonas sp. ADP WT, Pseudomonas sp. ADP Ps et différents Chelatobacter heintzii) a montré que la séquence du gène atzA était très conservée. Toutefois quatre mutations non silencieuses ont pu être identifiées (1 chez Pseudomonas sp. ADP MSE et 3 chez Chelatobacterheintzii). La modélisation de la structure de la protéine AtzA a permis de montrer que trois des mutations étaient situées dans des régions importantes (site actif, poche de liaison avec l'atrazine et liaison avec le métalFe2+. [...] Le second volet a consisté à étudier la plasticité de la voie de biodégradation de l'atrazine dans deux conditions opposées : (i) la première visait à évaluer la persistance de la capacité de dégradation en absence de pression de sélection et (ii) la seconde visait à évaluer l'évolution de la capacité de dégradation en présence d'une pression de sélection élevée. Pour conduire ces études, des manipulations d'évolution expérimentale sur Pseudomonas sp. ADP ont été menées. (i) L'exposition à l'acide cyanurique, intermédiaire métabolique de l'atrazine, a conduit à la sélection d'une population nouvellement évoluée capable de croître plus rapidement dans un milieu de culture ne contenant que l'acide cyanurique comme source d'azote. Cette population est caractérisée par une délétion d'une région de 47 kb du plasmide ADP1 contenant les gènes atzABC. Les analyses conduites ont permis de conclure que le gain de compétitivité de la population évoluée résidait dans la perte du fardeau génétique représenté par la région de 47 kb, la capacité de dégradation de l'acide cyanurique restant inchangée. (ii) L'exposition à l'atrazine a conduit à la sélection d'une populationnouvellement évoluée caractérisée par l'insertion du plasmide ADP1 en quasi-totalité sur le chromosome bactérien. [...] Le troisième volet a consisté à développer un outil permettant d'évaluer, à l'échelle d'une communauté microbienne synthétique, l'évolution du potentiel génétique dégradant. Pour ce faire quatre souches dégradantes dont une, Arthrobacter sp. TES6, isolée au cours de cette étude, ont été choisies. [...] Ces travaux montrent que la fonction de biodégradation accélérée de l'atrazine est très versatile et qu'elle est en constante évolution. Il met en évidence que le principal facteur pilotant cette évolution est le niveau d'exposition des populations dégradantes au pesticide.

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Henry, Benoit. "Processus de branchements non Markoviens en dynamique et génétique des populations." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0135/document.

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Abstract:

Dans cette thèse nous considérons une population branchante générale où les individus vivent et se reproduisent de manière i.i.d. La durée de vie de chaque individu est distribuée suivant une mesure de probabilité arbitraire et chacun d'eux donne naissance à taux exponentiel. L'arbre décrivant la dynamique de cette population est connu sous le nom de splitting tree. Le processus comptant le nombre d’individus vivant au temps t est connu sous le nom de processus de Crump-Mode-Jagers binaire homogène, et il est connu que ce processus, quand correctement renormalisé, converge presque sûrement en temps long vers une variable aléatoire. Grâce à l'étude du splitting tree sous-jacent à la population via les outils introduit par A. Lambert en 2010, nous montrons un théorème central limite pour cette convergence p.s. dans le cas surcritique. Nous supposons, de plus, que les individus subissent des mutations à taux exponentiel sous l'hypothèse d'infinité d'allèles. Nous nous intéressons alors au spectre de fréquence allélique de la population qui compte la fréquence des tailles de familles dans la population à un instant donnée. Grâce aux méthodes développées dans cette thèse, nous obtenons des résultats d’approximations du spectre de Fréquence. Enfin nous nous intéressons à des questions statistiques sur des arbres de Galton-Watson conditionnés par leurs tailles. Le but est d'estimer la variance de la loi de naissance rendue inaccessible par le conditionnement. On utilise le fait que le processus de contour d'un tel arbre converge vers une excursion Brownienne quand la taille de l'arbre grandit afin de construire des estimateurs de la variance à partir de forêts
In this thesis we consider a general branching population. The lifetimes of the individuals are supposed to be i.i.d. random variables distributed according to an arbitrary distribution. Moreover, each individual gives birth to new individuals at Poisson rate independently from the other individuals. The tree underlying the dynamics of this population is called a splitting tree. The process which count the number of alive individuals at given times is known as binary homogeneous Crump-Mode-Jagers processes. Such processes are known, when properly renormalized, to converge almost surely to some random variable. Thanks to the study of the underlying splitting tree through the tools introduced by A. Lambert in 2010, we show a central limit theorem associated to this a.s. convergence. Moreover, we suppose that individuals undergo mutation at Poisson rate under the infinitely many alleles assumption. We are mainly interested in the so called allelic frequency spectrum which describes the frequency of sizes of families (i.e. sets of individuals carrying the same type) at fixed times. Thanks to the methods developedin this thesis, we are able to get approximation results for the frequency spectrum. In a last part, we study some statistical problems for size constrained Galton-Watson trees. Our goal is to estimate the variance of the birth distribution. Using that the contour process of such tree converges to a Brownian excursion as the size of the tree growth, we construct estimators of the variance of the birth distribution

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Chapuis, Marie-Pierre. "Génétique des populations d'un insecte pullulant, le criquet migrateur, Locusta Migratoria." Montpellier, ENSA, 2006. http://www.theses.fr/2006ENSA0014.

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Abstract:

Certains insectes ravageurs des cultures et des forêts présentent des fluctuations extrêmes et soudaines des densités de leurs populations. Les études évolutives, basées sur des marqueurs moléculaires neutres et/ou des traits populationnels densité-dépendants, sont potentiellement informatives sur (i) la dynamique et la structure des populations pullulantes et (ii) les déterminants populationnels et environnementaux des pullulations de ces insectes nuisibles. De telles études sont cependant rares chez les insectes pullulants, notamment en raison de modalités évolutives de variation des séquences microsatellites à l’origine d’allèles nuls en forte fréquence. Dans cette thèse, nous avons quantifié par simulations informatiques la sur-estimation du niveau de différentiation génétique entre les populations et la sous-estimation du niveau de diversité génétique au sein des populations causées par la présence d’allèles nuls aux marqueurs microsatellites. Nous proposons un estimateur du FST non biaisé, basé uniquement sur les états visibles dont les fréquences génotypiques ont été modifiées selon la fréquence d’allèles nuls. Cette connaissance sur les allèles nuls aux marqueurs microsatellites a permis une analyse pertinente de la variation génétique à ces marqueurs des populations du criquet migrateur, Locusta migratoria, un insecte pullulant qui présente un changement d’une phase solitaire, inactive et dispersée, à une phase grégaire, très mobile et agrégative, lors des évènements de pullulations. La structuration génétique mondiale de cette espèce cosmopolite s’est révélée largement incongruente avec la classification taxonomique actuelle réalisée sur la base de critères morphométriques et comprenant onze sous-espèces. Des facteurs géographiques, écologiques, et historiques structurent la variation génétique de l’espèce à l’échelle de l’ensemble de son aire de répartition, qui en revanche coïncide peu avec le statut pullulant des populations échantillonnées. A une échelle plus locale, nous avons mis en évidence un effet homogénéisant des évènements de pullulations sur de vastes échelles géographiques. Parallèlement, nous avons réalisé des expérimentations en élevage afin d’apporter un éclairage évolutif et démographique sur les relations entre la capacité à grégariser et la propension à pulluler chez L. Migratoria. La variation populationnelle, au moins entre une population malgache historiquement pullulante et une population française historiquement non pullulante, de la propension à grégariser résulte en partie d’un processus génétique sans doute adaptatif. Le potentiel reproducteur d’une population malgache historiquement pullulante augmente en phase grégaire, à la fois par une reproduction plus précoce et une meilleur qualité de la descendance, ce qui suggère un rôle du processus de grégarisation dans la croissance numérique des populations durant le développement et/ou le maintien des pullulations. En termes de gestion des populations pullulantes de L. Migratoria, ce travail prévient des chances faibles d’inférer les sources des pullulations et les routes d’invasion à partir de l’approche moléculaire du fait de la structuration génétique absente ou minime dans les aires pullulantes. Cependant, il ouvre la possibilité d’une stratégie de gestion basée sur l’altération de l’expression des gènes impliqués dans la capacité à grégariser, et plus particulièrement à se multiplier, à s’agréger ou à migrer, pendant les périodes de pullulation.

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Chaix, Raphaëlle. "Démographie, culture et diversité génétique : le cas des populations humaines nomades." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066045.

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Rivière, Taiana. "Diversité génétique, structure des populations et phylogéographie des champignons ectomycorhiziens tropicaux." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20067.

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Ariey, Frédéric. "Contribution à l'étude de la génétique des populations de Plasmodium falciparum." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066576.

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Delaye, Christelle. "Structuration génétique de populations de tiques (Ixodes ricinus) vecteurs de micropathogènes." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20159.

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Abstract:

Les tiques sont des acariens hematophages de vertebres. Parmi celles-ci figure ixodes ricinus qui est vecteur de nombreux micropathogenes. Le premier objectif de ce travail etait de mieux comprendre le fonctionnement et l'evolution des populations d'ixodes ricinus grace a une etude de genetique des populations. Les allozymes, qui sont les premiers marqueurs genetiques utilises, se sont reveles peu informatifs. Des marqueurs microsatellites ont alors ete recherches et mis au point. Les resultats obtenus a l'aide de ces marqueurs sont la presence de deficits en heterozygotes au sein des populations et de la differenciation genetique entre localites a l'echelle de la suisse et entre la suisse et la tunisie. Les importants deficits en heterozygotes s'expliquent en grande partie par la presence d'alleles nuls. La part residuelle obtenue en retirant l'effet des alleles nuls peut s'expliquer par : - des problemes de detection d'un des deux alleles chez les heterozygotes. - des croisements frere-sur au sein des populations et/ou un effet walhund. Un isolement par la distance mis en evidence a partir de 50 km nous donne une estimation de la largeur des unites de reproduction. Au vu de l'importance de la surface de l'aire de repartition d'ixodes ricinus (plusieurs milliers de kilometres), nous pouvons predire une absence d'homogeneite sur l'ensemble de cette aire. Le deuxieme objectif etait de mieux cerner les consequences du role de vecteur joue par ixodes ricinus dans la repartition des micropathogenes qu'elle transmet. En suisse, les foyers de maladie de lyme et d'encephalite a tique sont relativement localises. Au vu de la definition de la taille des unites de reproduction, il n'y aurait donc pas de lien direct entre les unites de reproduction que nous avons pu definir chez les tiques et la taille des foyers de micropathogenes transmis par ces tiques.

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Ponsonnet, Cécile. "Structure génétique des populations d'Agrobacterium : apport à l'écologie des plasmides Ti." Lyon 1, 1994. https://n2t.net/ark:/47881/m6ht2nh0.

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Abstract:

Agrobacterium est une bacterie saprophyte du sol. Les souches pathogenes d'agrobacterium sont caracterisees par la presence du pti, plasmide conjugatif support du pouvoir tumorigene. La structure genetique de populations d'agrobacterium a ete etudiee sur une epidemie de crown gall sur peuplier afin de preciser la strategie de dissemination des pti sur le maintien des souches tumorigenes dans le sol. L'epidemie etudiee concernait les pepinieres d'orleans origine de l'epidemie, et de peyrat plantee en boutures de peuplier en provenance d'orleans. La methode de pcr-rflp offre la possibilite de cibler, d'une part les fonds chromosomiques (operon ribosomique), et d'autre part les plasmides ti (region de virulence et t-dna). L'analyse de l'operon ribosomique par la methode de pcr-rflp permet une discrimination au niveau de l'espece par le polymorphisme du gene 16s, et au niveau infraspecifique par le polymorphisme de l'intergene entre les genes 16s et 23s (definissant les ribotypes). L'analyse du polymorphisme de la region comprise entre les genes tmr et nos du t-dna a permis l'identification des plasmides ti et notamment ceux en cause dans l'epidemie. L'identite des types de plasmides ti et des ribotypes detectes dans les populations d'agrobacterium issues des deux pepinieres a permis de confirmer le lien epidemiologique entre celles-ci. Les populations d'agrobacterium analysees sont composees de differents genotypes d'abondances relatives variees. Les resultats concernant la structure des populations analysees montrent l'interet de l'outil pcr-rflp pour l'etude de populations naturelles d'agrobacterium. La presence d'une population d'agrobacterium majoritaire transmise par la plante ou par le sol, indique une proliferation des plasmides ti par multiplication clonale des agrobacterium tumorigenes preponderante. Par ailleurs, il apparait que les populations tumorales ayant ete en contact avec le sol de la pepiniere de peyrat sont plus diverses. Cette diversite est due a la presence de differents genotypes minoritaires specifiques a la pepiniere de peyrat hebergeant des types plasmidiques detectes dans la pepiniere d'orleans. Ce resultat, et le fait que differents fonds chromosomiques soient associes a un meme type de plasmide ti, suggerent l'existence de transferts de plasmides ti vers les agrobacterium indigenes du sol. D'autre part, un nouvel element d'insertion a ete detecte dans les populations de plasmides ti et caracterise. La detection de cet element dans differents genotypes d'agrobacterium des populations etudiees pose la question de l'importance d'evenements de transposition dans la diversite et la stabilite des genomes composant les populations naturelles d'agrobacterium

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Rochus, Christina. "Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.

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Abstract:

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection
Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection

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Chassaing, Olivier. "Organisation génétique des populations d'esturgeon européen Acipenser sturio : passé, présent, futur." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20252/document.

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Abstract:

L'esturgeon européen Acipenser sturio (Linnaeus, 1758) était un poisson commun de nos fleuves jusqu'au début du 20e siècle. Toutes ses populations sont maintenant éteintes sauf une qui survit dans le bassin Gironde-Garonne-Dordogne en France. Les données disponibles sur l'espèce restent très partielles car elles proviennent quasi exclusivement de cette population relictuelle. Au cours de cette thèse, plus d'une centaine d'échantillons anciens d'esturgeons restes archéologiques ou spécimens naturalisés conservés dans les muséums d'histoire naturelle ont été analysé grâce aux méthodes de la paléogénétique. Ces analyses génétiques ont été réalisées sur l'ADN mitochondrial (surtout la Dloop) ainsi que sur cinq loci microsatellites qu'il a été nécessaire d'adapter aux méthodes d'étude de l'ADN ancien. Les données paléogénétiques obtenues ont permis d'étudier : 1) les relations de l'esturgeon européen avec les autres espèces d'esturgeons vivant ou ayant vécu en Europe, en particulier l'esturgeon de l'Adriatique A. naccarii et l'esturgeon atlantique A. oxyrinchus. 2) la diversité génétique de l'esturgeon européen sur l'ensemble de son ancienne aire de répartition. 3) la diversité génétique d'une population d'esturgeon européen au cours du temps la population du Rhône, d'une période où elle était florissante jusqu'à son extinction. L'ensemble de ces données ont été discuté à la lumière de la conservation de l'espèce, qui est aujourd'hui en danger critique d'extinction
The European sturgeon Acipenser sturio (Linnaeus, 1758) was a common fish of our rivers until the beginning of the 20th century. All populations are now extinct except one which survives in the Gironde-Garonne-Dordogne basin in France. Data available on this species are only partial because they only stem from this relictual population. During this thesis, more than one hundred ancient sturgeon samples archaeological remains or naturalized museum specimens were analysed by paleogenetics means. These genetics anlyses were carried out on mitochondrial DNA (mainly the Dloop) and five microsatellites loci which were adapted to ancient DNA methodologies. Paleogenetics data that we obtained were used to study : 1) A. sturio interactions with other sturgeon species which live or lived in Europe, especially the Adriatic sturgeon A. naccarii and the atlantic sturgeon A. oxyrinchus. 2) the genetic diversity of A. sturio all over its former geographical range. 3) genetic diversity of a population of the European sturgeon through time the Rhone River population from a period it was flourishing until its extinction. All these data were considered in the light of the species conservation, since A. sturio is now critically endangered

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Balaresque, Patricia. "Dynamique intra- et inter-spécifique d'une famille de microsatellites localisés sur les chromosomes sexuels des primates." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2003. http://www.theses.fr/2003MNHN0045.

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Abstract:

Cette thèse, à l'interface de l'évolution moléculaire et de la génétique des populations, a un double objectif: (i) comprendre les facteurs impliqués dans la dynamique évolutive de microsatellites dupliqués et homologues localisés sur les chromosomes sexuels et (ii) utiliser cette information pour interpréter des profils de diversité en génétique des populations. Notre modèle d'étude est une famille de 6 microsatellites (CAIII) localisée dans une région d'homologie sur les chromosomes sexuels. Par une approche bio-informatique, nous montrons que ces microsatellites sont localisés sur des duplications segmentaires à proximité des gènes VCXY (~ 2. 5 kb). Par une approche évolutive, basée sur la comparaison des microsatellites chez treize espèces de primates nous montrons: (i) une évolution différente de leur structure moléculaire malgré un environnement génomique identique, suggérant l'existence de facteurs locus-spécifiques (e. G. Taux de mutation régional), et (ii) une divergence des séquences flanquantes 3 à 4 fois plus faible qu'attendue en régions non codantes, probablement liée à la proximité des gènes VCXY: influence indirecte (effet auto-stop) ou directe (gène régulé par le microsatellite). Le génotypage de dix populations humaines d'Afrique et d'Europe montre que (i) la diversité génétique sur le Y est plus faible que sur le X, nous démontrons que ceci peut s'expliquer par des migrations 4 fois plus importantes ou/et un effectif efficace 10 fois plus important chez les femmes que chez les hommes; (ii) les distances génétiques entre populations sont plus faibles que celles de la littérature, ce qui pourrait s'expliquer par des contraintes de taille sur les microsatellites. Pour expliquer ce dernier résultat , nous émettons l' hypothèse que la sélection agit sur les microsatellites. Cette hypothèse est renforcée par (i) la proximité des gènes VCXY qui limiterait la divergence interspécifique et (ii) des distributions alléliques liées au chromosome X différentes entre hommes et femmes: ceci suggère une sélection intra-locus sexe-spécifique. Enfin, les microsatellites sur le chromosome Y sont localisés sur des duplications segmentaires présentant une homologie > 99. 997%, maintenue par conversion génique. Cette quasi-parfaite homologie soulève un problème méthodologique en génétique des populations car la co-amplification de ces microsatellites empêche de définir des haplotypes ordonnés. Nous proposons et testons 4 méthodes d'assignation des allèles en haplotypes ordonnés. La méthode choisie a une influence sur l'estimation de la diversité intra-population mais l'estimation de la différenciation inter-populations reste inchangée. Par conséquent, il semble qu'une bonne connaissance de l'histoire évolutive et l'environnement génomique des microsatellites sont essentiels à l'élaboration de scénarii démographiques ou sélectifs précis pour expliquer l'évolution de la diversité génétique des populations

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Andrianasolo, Domohina Noromalala. "Génétique des populations et modèles d'architecture et de production végétale : application à la préservation des ressources génétiques des Mascarocoffea." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20225.

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Abstract:

Les espèces de Mascarocoffea (61 sur 124 décrites endémiques de Madagascar) sont fortement menacées d'extinction à cause de la réduction considérable des surfaces forestières à Madagascar. En vue de leur préservation, l'évaluation du niveau de diversité dans la collection de Mascarocoffea de la station de Recherche du FOFIFA à Kianjavato comparé à celui de quatre populations en in situ a été faite. Le niveau de diversité des populations en collection est plus important que celui en in situ dont l'hétérozygotie observée est similaire avec une importante richesse allélique. La modélisation de la croissance et du développement des jeunes individus de ces populations par le modèle GreenLab a permis d'appréhender la mise en place de la structure de la plante en accord avec la variabilité architecturale interspécifique chez les populations étudiées à différents stades de développement. Un bon ajustement sur la croissance a été obtenu par la calibration des populations étudiées dans le dispositif expérimental. L'évolution de la variable clé du modèle GreenLab, le rapport source-puits (Q/D) en fonction du temps pour les 7 populations ajustées a montré que la production de beaucoup plus d'organes influence l'évolution du rapport Q/D au court du temps. Ce rapport affecte la taille des organes et l'architecture des Mascarocoffea. Un essai sur des individus adultes poussant dans des milieux différents (ex et in situ) dont les paramètres morphologiques, architecturaux et génétiques ont été déterminés dans cette étude, permettrait de déterminer la réponse des plantes selon l'environnement dans lequel elles poussent et de faire une optimisation du modèle. La détection des individus hybrides aussi bien in situ qu'en collection permet de voir ultérieurement la conséquence sur la structure de la plante et d'envisager d'intégrer les paramètres génétiques dans le modèle…
Mascarocoffea species (61 / 124 described, endemics to Madagascar) are highly endangered because of the considerable Madagascar area forest reduction. For their preservation, assessment of the Mascarocoffea diversity level in the FOFIFA Kianjavato Collection Research Station compared to four in situ populations was made. The collection population's diversity level is larger than that in situ, observed heterozygosity is similar with a significant allelic richness. Modeling the young individuals in these populations' growth and development by the GreenLab model helped to understand the development of the plant structure in accordance with the interspecific architectural variability in studied populations at different development stages. A good fitting on growth was obtained on the populations studied in the experimental plot. The evolution of the GreenLab model key variable, the source-sink ratio (Q / D), showed that the production of many more organs influences the ratio Q / D evolution in time. This variable affects organ size and Mascarocoffea architecture. An essay on adult individuals growing in different environments (in and ex situ), whose morphological, genetic and architectural parameters were determined in this study, would allow the plants response in terms of architecture depending on the environment in which they grow and to optimize the model. The detection of hybrid individuals in both in situ and at the collection would detect hybrids characters on the plant structure and consider integrating genetic parameters in the model

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Génin, Emmanuelle. "Apport de la consanguinité pour l'étude du déterminisme génétique des maladies." Paris 6, 1997. http://www.theses.fr/1997PA066085.

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Abstract:

Ce mémoire traite des avantages apportes la consanguinité pour la mise en évidence de gènes de susceptibilité à des maladies en utilisant des marqueurs génétiques. Deux types de maladies sont distingués, les maladies monogéniques dues à une mutation sur un gène et les maladies multifactorielles, dans lesquelles des facteurs génétiques et environnementaux peuvent interagir. Pour localiser le gène mute dans une maladie monogénique, on utilise les méthodes de la cartographie génétique et en particulier la méthode des lod scores (morton 1955). Cette méthode d'analyse de liaison génétiques nécessite de disposer de familles avec plusieurs individus atteints de manière a mettre en évidence une corrélation familiale entre le statut maladie et les marqueurs. Pour les maladies récessives, on dispose rarement de familles avec plusieurs individus atteints mais par contre, les malades consanguins sont en général fréquents. La méthode d'homozygosity mapping (lander et botstein 1987) tire partie de la consanguinité en utilisant des malades consanguins pour localiser les gènes impliques dans les maladies récessives. Le principe de la méthode est de rechercher, a l'aide de marqueurs génétiques régulierement espaces sur les génome, une région du génome ou des malades consanguins sont homozygotes. Dans cette thèse, nous avons cherché à définir la distance entre les marqueurs (la maille de filet) qu'il faut choisir pour faire le criblage sur le génome. Nous avons montré que cette maille dépend du nombre de méioses dans la boucle de consanguinité ; plus le nombre de méioses est grand et plus la maille devra être petite. Dans un second temps, nous avons discuté de l'informativité des individus en fonction de leur taux de consanguinité pour détecter une liaison génétique et pour affiner la localisation du gène. Pour les maladies multifactorielles, en utilisant des marqueurs génétiques , on peut déterminer si des gènes candidats (gènes dont la fonction suggère un rôle possible dans la maladie) sont bien des facteurs de risque et comment ils interviennent. Nous avons étudié les proprietés statistiques en présence de consanguinité de deux méthodes couramment employées, le test d'association par comparaison des génotypes au marqueur chez cas et témoins et le test de liaison base sur des paires de germains atteints. Nous avons pu montré que ces deux méthodes sont assez robustes au fait de négliger l'existence de consanguinité dans la population. Cependant, la consanguinité augmente la puissance de détection du rôle d'un gène candidat par l'une et l'autre des méthodes. Le gain de puissance dépend du mode d'action du gène candidat et est surtout important pour des facteurs récessifs ou quasi-récessifs. La thèse comprend deux parties (l'une sur les maladies monogéniques, l'autre sur les maladies multifactorielles) qui s'axent autour d'un article en anglais. Ces deux parties sont précedées d'un chapitre précisant les concepts et notions utilisés.

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Dissertations / Theses on the topic 'Génétique de populations'

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