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Dissertations / Theses on the topic 'Homologie distante'

Author: Grafiati

Published: 14 December 2024

Last updated: 31 July 2025

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1

Sussfeld, Duncan. "Identifying remote homology and gene remodelling using network-based approaches." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL112.

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Abstract:

L'augmentation toujours plus importante de données génomiques et métagénomiques appelle de nouveaux développements méthodologiques et bio-informatiques, afin de caractériser avec davantage de précision les phénomènes évolutifs dans leur ensemble. En particulier, certaines des méthodes usuelles pour étudier l'évolution des (familles de) gènes s'avèrent inadaptées lorsque la parenté entre séquences n'est que partiellement supportée. Ainsi, la définition et la reconstruction de familles de gènes se heurtent à l'obstacle de l'homologie distante, qui passe sous le seuil de détection des alignements

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2

Tinarrage, Raphaël. "Inférence topologique à partir de mesures et de fibrés vectoriels." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASM001.

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Abstract:

Nous contribuons à l'inférence topologique, basée sur la théorie de l'homologie persistante, en proposant trois familles de filtrations.Nous établissons pour chacune d'elles des résultats de consistance---c'est-à-dire de qualité d'approximation d'un objet géométrique sous-jacent---, et de stabilité---c'est-à-dire que robustesse face à des erreurs de mesures initiales.Nous proposons des algorithmes concrets afin de pouvoir utiliser ces méthodes en pratique.La première famille, les filtrations-DTM, est une alternative robuste à la classique filtration de Cech lorsque le nuage de points est bruit

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3

Lee, Marianne M. "A two-pronged approach to improve distant homology detection." Columbus, Ohio : Ohio State University, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=osu1242235868.

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4

Hamdi, Chaima. "Applications de l’homologie persistante pour la reconnaissance des formes." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/10675.

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Abstract:

L’homologie persistante est un outil fondamental dans la topologie computationnelle. Cette méthode est utilisée pour reconnaître et comparer les formes. Dans ce travail nous étudions d’abord l’homologie persistante dans le cas unidimensionnel d’ordre 0 qu’on appelle aussi fonction de taille. Nous présentons une démonstration du fait que toute fonction de taille peut être représentée comme un ensemble de points et de lignes dans le plan réel, avec des multiplicités. Cela permet une approche algébrique aux fonctions de taille et la construction de nouvelles pseudo distances entre les fonctions d

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5

Mauricio, Mauro. "Distance bounding and Heegaard Floer homology methods in reducible Dehn surgery." Thesis, Imperial College London, 2012. http://hdl.handle.net/10044/1/10226.

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Abstract:

Motivated by the formation of certain link types during Hin-mediated DNA recombination experiments, we consider tangle equations where one of the products is a connect-sum of 2-bridge links. We are thus led to study Dehn surgeries on knots in lens spaces that yield connect-sums of lens spaces. Using 3-manifold methods, we prove, for certain classes of knot exteriors, a distance bound on Dehn surgery slopes. (This proof complements an algebraic-geometric proof of a more general statement due to Boyer and Zhang [6]). Analysing the known examples of connect-sums of lens spaces surgeries, together

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6

Quercioli, Nicola. "A compactness theorem in group invariant persistent homology." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2017. http://amslaurea.unibo.it/13485/.

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Abstract:

In this thesis we present a new result concerning the theory of group invariant persistent homology. This theory adapts persistent homology in the presence of the action on a space of functions Phi of a subgroup G of the group H of all self-homeomorphisms of a topological space X. Its model is based on a space of suitable operators defined on Phi. After describing the mathematical setting and recalling some basic results, we prove that the space of these operators is compact with respect to a suitable topology. In order to prove this result, we require that Phi, G, X are compact.

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7

Elchesen, Alex. "Stability of Zigzag Persistence with Respect to a Reflection-type Distance." The Ohio State University, 2017. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1492707343134983.

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8

Chowdhury, Samir. "Metric and Topological Approaches to Network Data Analysis." The Ohio State University, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1555420352147114.

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9

Oruc-Ratinaud, Zéliha. "Interactions de longue distance et commutation de classe dans le locus des chaînes lourdes d’immunoglobulines." Limoges, 2006. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/c5f89700-ef67-402e-ad1b-559e8e524b0c/blobholder:0/2006LIMO0066.pdf.

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Abstract:

La commutation isotypique au sein du locus des chaînes lourdes d'immunoglobulines (IgH) nécessite la transcription geffi1inale, l'intervention de AID (Activation-Induced cytidine Deaminase) et des éléments régulateurs en aval du locus (3 'RR). Pour analyser l'effet des interactions de longue distance sur la commutation isotypique, nous avons généré 3 modèles murins par recombinaison homologue. Dans le premier modèle, nous avons inséré un isolateur sauvage ou muté entre la 3'RR et le locus IgH. Dans le deuxième modèle, nous avons inséré un site de polyadénylation et de pause transcriptionnelle

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10

Buchet, Mickaël. "Topological inference from measures." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112367/document.

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Abstract:

La quantité de données disponibles n'a jamais été aussi grande. Se poser les bonnes questions, c'est-à-dire des questions qui soient à la fois pertinentes et dont la réponse est accessible est difficile. L'analyse topologique de données tente de contourner le problème en ne posant pas une question trop précise mais en recherchant une structure sous-jacente aux données. Une telle structure est intéressante en soi mais elle peut également guider le questionnement de l'analyste et le diriger vers des questions pertinentes. Un des outils les plus utilisés dans ce domaine est l'homologie persistant

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11

Brasini, Martina. "On the concept of permutant in the theory of group equivariant non-expansive operators." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2020. http://amslaurea.unibo.it/20707/.

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Abstract:

L'applicazione di operatori non espansivi equivarianti rispetto a un gruppo (GENEOs) in ambito di deep learning e topological data analysis si è recentemente dimostrata molto efficace. In questa tesi viene approfondito il concetto di permutante, su cui si basa un metodo di costruzione di tali operatori. In particolare si dimostra che i permutanti sono organizzati in una struttura reticolare, dotata di massimo, e che quest'ultimo risulta essere un gruppo.

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12

Camporesi, Francesco. "On the construction of group invariant non expansive operators." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2018. http://amslaurea.unibo.it/15807/.

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Abstract:

In questa tesi vengono illustrati metodi di topologia computazionale negli ambiti di topological data analysis e shape comparison. Nello specifico, dato uno spazio topologico X e un sottogruppo G di Homeo(X), viene studiato un set di dati Φ composto da funzioni definite su X, continue e limitate, a valori reali. Per farlo si utilizzano degli operatori G-invarianti non espansivi (GINO), che si sono dimostrati efficaci per approssimare la pseudo-distanza naturale. In particolare in questo lavoro vengono studiati metodi per la costruzione di tali operatori, sfruttando le proprietà algebriche dell

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13

Domelevo, Entfellner Jean-Baka. "Combinaison de modèles phylogénétiques et longitudinaux pour l'analyse des séquences biologiques : reconstruction de HMM profils ancestraux." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00842847.

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Abstract:

La modélisation statistique de séquences homologues par HMM profils laisse de côté l'information phylogénétique reliant les séquences. Nous proposons ici des modèles combinant efficacement analyse longitudinale (séquences protéiques vues comme des enchaînements d'acides aminés) et verticale (séquences vues comme étant le produit d'une évolution le long des branches d'un arbre phylogénétique). De tels modèles appartiennent à la famille des phylo-HMM, introduite dans le courant des années 1990 (Mitchison& Durbin). Notre objectif étant la détection d'homologues distants dans les bases de données,

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14

Wang, Chih-Yuan, and 王志淵. "RDHSP-Recognize Distant Homologues by Sequence-structure Profile alignment." Thesis, 2004. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/hq6986.

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Abstract:

碩士<br>國立交通大學<br>生物資訊研究所<br>92<br>The RDHSP (Recognize Distant Homologues by Sequence-struc- ture Profile com- parison) is the protein fold recognition using the threading method. For a given target protein seq- uence and a template structure, RDHSP guarantees to find a globally optimal threading alignment between the two. RDHSP is based upon the premise that structure is better conserv- ed than sequence. Every residue in a protein tertiary stru- cture exists in a particular environment that can be descr- ibed by features such as main-chain conform- ation, solvent accessibility, and contact ene

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15

Leclercq, Rémi. "Invariants spectraux en homologie de Floer lagrangienne." Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/18143.

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16

Zheng, Yi. "Application of Persistent Homology in Signal and Image Denoising." Doctoral thesis, 2015. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0022-6068-C.

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