Academic literature on the topic 'Huella genética de ADN'

En un programa de mejoramiento genético de fresa (Fragaria × ananassa) es importante contar con la metodología para evaluar la integridad genética de la planta en todas las etapas de incremento, desde diferentes criterios, como el fisiológico, morfológico y el molecular; para este propósito, una de las herramientas más apropiadas son los marcadores moleculares denominados Secuencias Simples Repetidas del inglés Simple Sequence Repeats (SSR), ya que permiten, por ejemplo, identificar poblaciones con una diversidad genética reducida, revelar genealogías, conocer el grado de parentesco entre individuos, proporcionar elementos sólidos en la defensa de la propiedad intelectual, evaluar la pureza del material vegetal, identificar el grado de variación somaclonal y evitar la mezcla de material vegetal en bancos de germoplasma. En este sentido, el presente estudio tuvo como objetivo obtener la huella genética de las variedades de fresa CP0201, CP0204, CP0615, CPLE7 desarrolladas en el Colegio de Postgraduados y como testigo la variedad Festival, desarrollada en Florida, USA, con el uso de nueve loci de microsatélites (SSR). El proceso incluyó la extracción de ADN a partir de tejido foliar de fresa, así como de la amplificación mediante PCR de punto final de los loci SSR agrupados en reacciones multiplex. Los productos de PCR fueron separados mediante electroforesis capilar y su tamaño en pares de bases se determinó con el programa GeneMapper® v. 4. A partir de las frecuencias alélicas se calcularon las matrices de distancia con los coeficientes de Jaccard y Dice. Se encontraron 63 alelos distintos, cada par de iniciadores amplificó entre 3 y 12 alelos. Los marcadores que presentaron mayor número de alelos fueron EMFn181 (11 alelos) y EMFv104 (12 alelos). Se generó la huella genética de cada variedad. Mediante los perfiles alélicos se encontraron diferencias entre las variedades CP0615, CPLE7 y Festival; CP0201 y CP0204 tuvieron una huella genética similar, ya que están emparentadas a través de su progenitor femenino; el índice de diversidad alélica dentro de las poblaciones varió de 3.96 a 5.93. Las variedades tuvieron un índice de uniformidad bajo debido al alto nivel de polimorfismo de los marcadores usados.

Este artículo plantea la importancia de un cotejo automatizado de huellas de ADN dubitadas halladas en la escena del crimen con aquellas indubitadas almacenadas en una base de datos de ADN, lo que implica una rápida resolución de casos donde se cuenta con evidencia genética, con el consecuente ahorro de recursos, produciendo un medio de prueba que refuerza el modelo propuesto por el nuevo proceso penal, cuyos principios rectores propenden un proceso fluido a través de plazos definidos. Pero la implementación de este sistema automatizado de identificación genética requiere de una ley peruana de creación de una base de datos de ADN de uso forense que respete derechos fundamentales consagrados en la Constitución, como la intimidad personal. Ello se garantiza pues este sistema biométrico solo implica la creación de un registro de huellas genéticas digitalizadas de ADN no codificante, es decir, de aquel tipo de ADN que no puede dilucidar más información personal que aquella que solo sirva única y exclusivamente para fines de identificación.

Se analizaron colecciones de cuatro especies de calabaza cultivada (Curcubita argyrosperma Huber, C. pepo L., C. moschata (Duchesne ex Lam.) Duchesne ex Poiret, y C. ficifolia Bouché) provenientes de la región Centro-Sur de México, para determinar la diversidad genética entre y dentro de las especies, y obtener las huellas genéticas correspondientes. Se utilizaron marcadores moleculares tipo RAPD (Polimorfismos en el ADN Amplificados al Azar). Se probaron 60 iniciadores y se estudió un total de 185 loci. El porcentaje de loci polimórficos entre especies fue 90.6 %. Dentro de cada especie hubo reducida variabilidad genética, con porcentajes de 14.7 % en C. argyrosperma, 14 % en C. ficifolia, 20.8 % en C. pepo y 37 % en C. moschata. El grado de flujo genético fue bajo (Nm = 0.14) lo que indica que hay menos de un migrante por generación entre las poblaciones de las especies. El coeficiente de diferenciación genética entre las poblaciones (Gst = 0.77) indicó que las cuatro especies están altamente diferenciadas. Los marcadores RAPD agruparon las especies en cuatro grandes grupos, correspondientes a cada una de las especies. C. argyrosperma y C. moschata fueron las especies más relacionadas con un coeficiente de identidad de 0.79. C. pepo se relacionó con C. argyrosperma y C. moschata con coeficiente de identidad de 0.63 y 0.69, respectivamente, y la especie más alejada fue C. ficifolia.

Se analizan siete estudios recientes sobre la huella genética norteafricana en Iberia. En todos ellos se observan las mayores concentraciones de características genéticas asociables con el Magreb en el noroeste de la Península Ibérica, una región no sólo alejada de África sino también sujeta al control político andalusí durante menos tiempo que prácticamente cualquier otra región peninsular. Los intentos para buscar un contexto histórico para tan anómala distribución han sido lastrados por una lectura algo simplista de la historiografía, en detrimento de cualquier explicación altomedieval, favoreciendo en cambio soluciones alternativas más historio-gráficamente problemáticas. En consecuencia, estos estudios han sido generalmente ignorados por los medievalistas, así agravando la falta de diálogo entre ambas disciplinas. Sugerimos que la percibida paradoja entre un breve periodo de control político y una profunda huella genética debe servir para cuestionar la interpretación tradicional de los acontecimientos del siglo VIII, y así obligarnos a contemplar una mayor influencia Bereber en el noroeste, en vez de conducir a la marginalización por parte de los historiadores de tan llamativos resultados.

Las levaduras, además de ser un modelo de la investigación biomédica, tienen diversas aplicaciones en la industria alimentaria, en agricultura y la producción de etanol combustible. Dado que la calidad y la cantidad del producto dependen de la dinámica y la frecuencia de los microorganismos presentes en la fermentación, el uso de herramientas de caracterización molecular se ha incrementado y popularizado en las industrias que emplean levaduras. Estas técnicas se basan en la amplificación o análisis por enzimas de restricción de una porción del ADN genómico de levadura y se clasifican de acuerdo a su capacidad de resolución taxonómica para discriminar a nivel inter o intra-específica. La primera parte de la revisión incluye pruebas interespecíficas tales como, análisis de restricción o RFLP para las regiones ITS2, ITS1-5.8, D1 / D2 de los genes 26S ribosomal DNA. La segunda parte incluye, pruebas de uso común para caracterización nivel de cepa, tales como: la amplificación aleatoria del ADN polimórfico (RAPD), análisis cromosómico por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE), análisis de restricción del ADN mitocondrial (ADNmt- RFLP) análisis por mini / micro satélites y la huella genética de ADN por amplificación de regiones interdelta de los transposones Ty. Esta revisión describe y discute los detalles técnicos de los métodos más utilizados para la caracterización molecular de las levaduras y algunos ejemplos de sus aplicaciones en el contexto industrial.Palabras clave: Levaduras, caracterización molecular, identificación intraespecífica especies, Saccharomyces cerevisiae.

Para establecer su huella genómica y estimar su grado de tolerancia al envejecimiento, semillas de cuatro variedades criollas de maíz azul (Zea mays L.), ‘Cuijingo’, ‘Cocotitlán’, ‘Puebla’ y ‘Oaxaca’, se sometieron a dos tipos de envejecimiento artificial: calor húmedo (CH, 41 0C, 100 % HR, 72 h) y calor seco (CS, 60 0C, 0 % HR, 48 h), con sus respectivos testigos no envejecidos. Las variables de respuesta fueron: protrusión radicular entre 0 y 72 h de imbibición y a 7 d de incubación a 25 0C, número de plántulas normales, anormales y semillas muertas, así como peso seco de plúmula, radícula y total. Se hizo la caracterización molecular de los tratamientos mediante marcadores RAPDs y se construyeron dendrogramas. La protrusión radicular fue significativamente susceptible al CH, mientras que el efecto del CS se expresó en reducción de plántulas normales y acumulación de materia seca, así como en mayor proporción de semillas muertas. Las semillas de la variedad ‘Oaxaca’ se distinguieron por su aptitud para la brotación radicular y por generar plántulas normales con alta capacidad para acumular biomasa, tanto en los testigos como en condiciones de calor húmedo. La huella genómica resultó específica para cada variedad, y en los dendrogramas las semillas se ramificaron con un coeficiente de similitud único para cada variedad: ‘Oaxaca’ (31.6 %), ‘Cocotitlán’ (25.8 %), ‘Puebla’ (19.6 %) y ‘Cuijingo’ (18.6 %), valores que podrían estar relacionados con la capacidad genética para amortiguar, tolerar o restaurar los daños causados por el envejecimiento artificial sobre el ADN, la cual se manifestó directamente en un mejor desempeño fisiológico de las semillas de la variedad ‘Oaxaca’.

Con la finalidad de establecer bases para diferenciar parte de la diversidad genética de Persea y en especial del subgénero Persea resguardado en la colección nacional de germoplasma de aguacate de México, se estudiaron ocho especies (P. americana, P. steyermarkii, P. schiedeana, P. lingue, P. nubigena, P. floccosa, P. cinerascens y P. indica) con marcadores moleculares mediante las técnicas de RAPD e ISSR, donde los productos de PCR fueron separados en geles de acrilamida. Las huellas deADN se analizaron con métodos estadísticos multivariadas y de remuestreo para conocer su relación genómica. Se detectaron fragmentos polimorfismos de ADN útiles para la distinción inter e intraespecífica de las ocho especies del género Persea en estudio. Los análisis estadísticos de las huellas de ADN mediante RAPD a diferencia de ISSR, agruparon de forma congruente a las diferentes especies de acuerdo a la taxonomía actual. De acuerdo al presente estudio, P. indica y P. lingue mantienen poca relación genómica con el resto de las especies estudiadas por pertenecen al subgénero Eriodaphne. Por otra parte los resultados permitieron diferenciar genotipos de las diferentes especies del subgénero Persea incluyendo a P. americana y un híbrido interespecífico incluido en el estudio.

<span>El norteamericano Roger D. Kornberg recibió el pasado diciembre el Premio Nobel de Química por sus trabajos sobre uno de los elementos clave de la vida, la transcripción de los genes, siguiendo así las huellas de su padre, Arthur Kornberg, Premio Nobel de Medicina hace cerca de medio siglo. Sus investigaciones le han permitido ser el primero en explicar «la historia familiar sobre la vida», según definición de la Real Academia Sueca de las Ciencias. Kornberg decodificó el proceso de copiado de la información genética contenida en la molécula de ADN a una molécula intermediaria llamada ARN mensajero en el grupo de organismos denominados eucariontes (cuyas células tienen núcleo delimitado y de los cuales los humanos formamos parte). Para que el cuerpo pueda utilizar la información almacenada en sus genes es necesario primero hacer una copia de esa información en el núcleo y transferirla hacia el exterior, donde es utilizada para la producción de proteínas.</span>

AbstractOver a seven-year period, we used mark-recapture in a population of Flammulated Owls (Otus flammeolus) in the Zuni Mountains, New Mexico, to estimate adult breeding-site fidelity, mate fidelity, natal philopatry, and dispersal distances. We also used DNA fingerprinting to examine the genetic population structure of Flammulated Owls among four mountain ranges in New Mexico and one range in Utah. Mark-recapture revealed that adults are site-faithful and tend to maintain pair bonds between years, whereas juveniles show little natal philopatry. DNA fingerprinting revealed very low differentiation among populations, even between the New Mexico and Utah ranges, with population subdivision (FST) estimates ranging from 0.00 to 0.04. Heterozygosity values were high within each mountain range and, together with the low FST values, suggest that this Neotropical migrant may have long-distance natal dispersal and frequent intermountain dispersal.Datos de Marcado-Recaptura y Huellas Dactilares de ADN Revelan Alta Fidelidad a los Sitios de Cría, Baja Filopatría Natal y Bajos Niveles de Diferenciación Genética Poblacional en Otus flammeolus

Se evaluaron 103 colectas de plantas del género Amaranthus previamente clasificadas mediante datos morfológicos como pertenecientes a razas de alguna de las tres especies cultivadas: A. hypochondriacus, razas ‘Mercado’ (7), ‘Azteca’ (38), ‘Nepal’ (30) o ‘Mixteco’ (1); A. caudatus, raza ‘Sudamericana’ (12); y A. cruentus, raza ‘Mexicana’ (15); para determinar la diversidad genética entre y dentro de razas y especies, obtener las huellas genéticas correspondientes, y hacer comparaciones para diferenciar sus variantes genéticas. El análisis de 141 fragmentos RAPD generados de 16 iniciadores reveló que A. hypochondriacus y A. caudatus están genéticamente más relacionadas, y que la especie más alejada fue A. cruentus. Entre razas de A. hypochondriacus, ‘Mercado’ y ‘Azteca’ mostraron estar genéticamente más cercanas entre sí y alejadas de ‘Nepal’ que agrupó a mayor distancia. La diversidad genética detectable en Amaranthus se encuentra dentro de especies y razas, más que entre especies y razas. El porcentaje de loci polimórficos entre poblaciones fue de 73.05 %, y dentro de poblaciones hubo baja variabilidad genética para la mayoría de ellas, con porcentajes de loci polimórficos que variaron de 27.66 % para A. caudatus raza ‘Sudamericana’ hasta 65.96 % en A. hypochondriacus raza ‘Azteca’. El índice de diversidad genética de Nei (N) promedio fue de 0.15, que indica baja diversidad en las poblaciones. El grado de flujo genético (Nm) fue de 1.43, que indica que hay menos de dos individuos migrantes por generación entre las poblaciones evaluadas.

Este trabajo es una contribución al estudio de la diversidad genética en las poblaciones americanas antiguas. Se ha analizado el DNA procedente de restos humanos esqueléticos de yacimientos mesoamericanos de tres épocas distintas, con dataciones que se ubican desde la época azteca prehispánica (post-clásico tardío) a la colonia del Virreinato de la Nueva España, con la finalidad de inferir, desde la visión de los linajes maternos, la dinámica de las poblaciones del Valle Central de México y el posible aporte genético del contingente español y africano que llegó a tierras americanas, específicamente a México, desde finales del siglo XVI.
Se estudiaron los marcadores del DNA mitocondrial (mtDNA) a partir de restricción enzimática de fragmentos en la región codificante y de la secuenciación de un segmento de la región hipervariable I. Los distintos análisis se realizaron observando un estricto control de los criterios de autenticidad en relación a las condiciones de laboratorio, el uso de controles, la caracterización de los investigadores, diversidad genética, sentido filogenético y total correspondencia entre los marcadores mitocondriales, concordancia que es reconocida como un criterio de autenticidad cuando se analiza el mtDNA proveniente de restos antiguos.
De los ciento dos individuos estudiados, ochenta y siete fueron clasificados entre los cuatro principales haplogrupos descritos para nativos americanos (A, B, C y D) y tres no segregaron para ninguno de estos haplogrupos, ni siquiera para el quinto y menos frecuente linaje americano, el haplogrupo X; a la luz de los datos de que se dispone hasta el momento es probable de que se trate de individuos cuyo linaje maternal pertenezca a alguno de los haplogrupos africanos (L1, L2 y L3), siendo la primera evidencia genética del aporte africano en época colonial. En los doce individuos restantes no se lograron amplificaciones positivas para más de un sitio de restricción, por lo cual fueron excluidos de la investigación.
Los análisis de comparación entre las tres series antiguas permiten deducir una continuidad entre los linajes mitocondriales anteriores al contacto europeo y los linajes de la época colonial, no observándose diferencias significativas entre ellas. Sin embargo, la presencia de secuencias únicas en la serie de contacto permite hipotetizar un colapso poblacional en algunos núcleos indígenas. Los resultados obtenidos tanto a nivel de haplogrupos como de secuencias también han sido comparados con datos de poblaciones actuales y antiguas de América y Asia obtenidos de la literatura; y de esta manera, situar en el contexto poblacional americano las muestras antiguas del Valle Central mexicano.
Los procedimientos de reconstrucción filogenética nos permiten deducir que las series antiguas del Valle Central de México tienen un vínculo por vía matrilineal con el resto de las poblaciones americanas, y especialmente con la población mexicana contemporánea de referencia. Además, está virtualmente ausente el aporte europeo en las muestras analizadas, debido posiblemente, a que el proceso de mestizaje que se produjo durante los siglos XVI y XIX fue de tipo unidireccional, hombre europeo-mujer indígena y el mtDNA sólo nos permite el análisis del aporte genético materno.
This paper is a contribution to the genetic diversity study in ancient American populations. DNA from Mesoamerican human skeletal remains from three different periods, which cover from the pre-Hispanic Aztec epoch (late post-classical) to the Viceroyalty of New Spain at the colonial period were analyzed, with the purpose to infer, with the information that the maternal lineages can provide us, Mexico's Central Valley population dynamics; and the possible genetic contribution of the Spanish and African contingents that arrived to the Americas, specifically to Mexico, since the last period of the XVIth century.
Mitochondrial DNA (mtDNA) markers have been studied by both specific restriction enzyme analysis in the coding region and by sequencing of the hypervariable region I segment. The analyses were carried out with a strict control of the authenticity criteria, focusing on: laboratory conditions, use of blank controls, mtDNA characterization of laboratory researchers, genetic diversity, phylogenetic sense and total correspondence among mitochondrial markers, which is recognized as an authenticity criterium where mtDNA analysis from ancient remains is concerned.
Of the hundred two individuals studied, eighty-seven were classified among the four major founding mtDNA haplogroups described for American natives (A, B, C, and D), three individuals didn't segregate for any of these haplogroups, not even for the fifth and less frequent American founding lineage, the haplogroup X; and it is probable that their maternal lineage belong to one of the African haplogroups (L1, L2 or L3), being the first genetic evidence of the African contribution in the colonial epoch. Finally, in twelve individuals positive amplifications were achieved in no more than one restriction site, reason by which they were excluded of the investigation.
The analysis comparison among the three ancient series showed that there is continuity between mitochondrial lineages previous to the European contact and colonial lineages, and that there is not a significant difference among them. Nevertheless, the presence of exclusive lineages in contact series allows us to hypothesize a population collapse in some native groups. The results obtained using both methods of the mtDNA analysis have also been compared with ancient and current populations data from America and Asia available in the literature; and in this way, we have been able to place in the American context the Mexico's Central Valley samples.
Phylogenetic reconstruction procedures permit to deduce that Mexico's Central Valley ancient series have a maternal link with the remaining American populations, and especially with the Mexican current population of reference. In addition the European contribution in the samples analyzed is virtually absent possibly owing to that the mestizaje process that was produced during the XVIth and XIXth centuries was of one-directional: European man - Native woman and mtDNA only permits maternal genetic analysis.

La Zona Pelúcida es la matriz extracelular que rodea a los ovocitos de vertebrados, cumple roles trascendentales en la reproducción, incluyendo el reconocimiento y unión de gametos especie-específico, inducción de la reacción acrosómica (RA) del espermatozoide, el bloqueo de la poliespermia, mantiene la integridad del embrión temprano durante su transición por el oviducto; está constituida por tres glicoproteínas: ZP3 que induce RA; ZP1, estructural, que interconecta a ZP3 y ZP2. ZP2 es la molécula de unión secundaria, interactúa con los receptores espermáticos expuestos después de RA siendo necesaria para mantener la unión del espermatozoide al ovocito, su modificación proteolítica después de la fertilización permite el bloqueo de la poliespermia. ZP2 participa también en la organización, el desarrollo y maduración del ovocito, puesto que mantiene consistente la matriz y la interacción entre las células periféricas y la célula germinal. Se caracterizó y analizó in silico la secuencia codificante parcial de la glicoproteína de Zona Pelúcida tipo 2 (aZP2) en alpacas, se determinó que esta proteína se expresa exclusivamente en los ovarios. Además está secuencia parcial analizada se encuentra conservada, constituyéndose un grupo monofilético entre los Cetarteodactyla. La presente Tesis aporta conocimiento básico sobre la glicoproteína aZP2 en alpacas, proteína implícita en la fecundación, conocerla implícitamente beneficia el mejoramiento de las actuales técnicas biotecnológicas reproductivas tales como la maduración folicular-ovocitaria, criopreservación de gametos y embriones, fertilización in vitro e inyección intracitoplasmática del espermatozoide, técnicas que se intentan aplicar con muchas dificultades en camélidos.
The zona pellucida is a extracellular matriz that surrounds vertebrate oocytes, and plays important roles in the recognition and interaction of gametes specie- specific, induction of Acrosome Reaction (AR) of the spermatozoa, block to polyspermy, keeps th integrity of the early embryo through its transicion by the oviduct; It is composed of three glycoproteins: ZP3 that induces RA; ZP1, structural, crosslink ZP3 and ZP2. ZP2 acts as a secondary sperm receptor that is necessary for the maintenance of sperm binding to the egg, its proteolytical modification after fertilization permits the block to polyspermy ZP2 participates also in the organization, development, maturation of the oocyte beacuse it keeps consistently the matrix and the interaction between peripherical cells with the germ cell. We isolated and analized in silico a partial coding secquence of the glycoprotein of type 2 (aZP2) in alpacas, we determined that this protein is express exclusively in the ovaries. Also this amalized partial secquence is conserved, constituting a monophyletic group between Cetarteodactyla. This thesis work provides basic knowledge on the glycoprotein a ZP2 in alpacas, a protein implicitly involved in fertilization, to know it benefits the improvement of existing reproductive biotechnology techniques such as the follicular-oocyte maturation, cryopreservation of gametes and embryos in vitro fertilization and injection of intracytoplasmic sperm, techniques that are trying to be implemented with many difficulties in camelids.
Tesis

Diez microsatélites para alpacas y llamas fueron usados para evaluar parentesco en 47 alpacas registradas de la Estación Experimental IVITA - Maranganí, provenientes de la provincia de Canchis (Cusco - Perú). El análisis se llevo a cabo utilizando dos metodologías: secuenciador automático (ABI 377 DNA sequencersâ) y técnica de tinción con nitrato de plata. Los microsatélites fueron amplificados en tres reacciones de PCR múltiple y diez reacciones de PCR simple. Los 10 microsatélites fueron polimórficos para ambas metodologías. El número de alelos vario entre 4 y 20, las frecuencias alélicas y probabilidad de exclusión (PE) fueron calculadas utilizando el software Cervus 2.0. Todos los loci, a excepción de dos, se encontraron dentro de los rangos publicados por Lang et al. (1996) y Penedo et al. (1998). La probabilidad de exclusión acumulada para los 10 loci de 0.9999. La probabilidad de exclusión acumulada para cada reacción de PCR múltiple fue mayor a 0.90. Ambas metodologías obtuvieron los mismos resultados. Los resultados confirmaron la paternidad en 17 casos, sin embargo, en más de un 22% de los casos, padres alternativos fueron identificados como padres comparando con los registros.
Ten microsatellites for alpacas and llamas were used to evaluate paternity in 47 alpacas registered at IVITA Research Station Maranganí, Canchis Province (Cusco – Perú). Analysis was carried out using both methodologies: Automatic Sequencer (ABI 377 DNA sequencersâ) and silver staining techniques. Microsatellites were amplified in three multiplex reactions and ten single PCR reactions. They were polymorphic for all alpaca samples using both methodologies. The number of alleles varied between 4 and 20, the allelic frequencies and the exclusion probability were calculated using Cervus 2.0. All loci, except for two, were within the range published by Lang et al. (1996) and Penedo et al. (1998). The accumulated exclusion probability for the ten loci was 0.9999. For each multiplex reaction the accumulated exclusion probability was more than 0.90. Both methodologies yielded the same results. It was possible obtain the same results using both methodologies. The results confirmed paternity in 17 cases of parent-offspring pairs, however in a further 22% of cases alternative adults were identified as parents compared with the register.
Tesis

Memoria para optar al título de Antropóloga Física
El ADN mitocondrial como marcador genético uniparental ha sido utilizado con éxito para estudiar el poblamiento, historia y orígenes de distintas poblaciones. Es dentro de este contexto, donde el estudio del poblamiento americano, y en particular el continente suramericano cobran vital importancia debido a una serie de eventos que han marcado una heterogeneidad geográfica, cultural, y una estructuración genética que es diferenciada, destacando zonas como los Andes y el Amazonas. Bajo la premisa anterior, el sector del Norte Grande de Chile dentro del contexto sur andino se convierte en un punto válido de interés de estudio, ya que evidencias arqueológicas, etnohistóricas e históricas lo vinculan fuertemente en el área circumpuneña. Desde un punto de vista genético, las investigaciones en materias moleculares en población chilena han usado el ADN mitocondrial como herramienta de estudio para caracterizar mayoritariamente a las poblaciones del centro y sur del país, a diferencia de las poblaciones del Norte Grande. En base al análisis de la región hipervariable del ADN mitocondrial de muestras de saliva de individuos provenientes de las ciudades de Antofagasta y Calama; se registró la predominancia de haplogrupos amerindios y, en particular, una alta proporción del haplogrupo B2, siendo las localidades aledañas a Calama las que muestran una mayor representación de linajes derivados de B2. La ejecución del presente estudio permitió inferir que las ciudades de la costa de la región de Antofagasta se relacionan genéticamente con otras poblaciones nativas del centro y sur del país, mientras que los pueblos aledaños a Calama son cercanos genéticamente a poblaciones nativas del norte de Chile, Noroeste de Argentina (NOA) y Andes bolivianos

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales)
La presente memoria tiene por objeto analizar la protección de los datos genéticos existente en nuestra legislación, en base a la comparación de ésta con la normativa internacional y el derecho comparado, para así determinar si nuestro país se ha adecuado a las nuevas tecnologías en materia genética, y si entrega una respuesta apropiada y suficiente a las problemáticas que se presentan hoy en día en este campo y que seguirán manifestándose con aun mayor frecuencia en el futuro. En particular analizar si existe una respuesta adecuada por parte del derecho penal frente a aquellas conductas que vulneran los principios involucrados en el genoma humano.

El empleo de marcadores moleculares como los microsatélites del DNA humano son de mucha importancia en los estudios de filiación e identificación en la práctica forense, estos estudios se basan en las frecuencias alélicas de los microsatélites o marcadores genéticos del DNA, que para el caso del Perú están supeditados a las frecuencias alélicas reportadas para la población hispanoamericana. Este trabajo tiene como objetivo determinar si existe diferencia significativa entre las frecuencias alélicas del microsatélite D16S539 de la muestra poblacional de ascendencia ancashina y la hispanoamericana. Los estudios genéticos, como la identificación de los genotipos de los individuos y la determinación del equilibrio genético de la población fueron realizados en una muestra de 33 individuos no emparentados usando la técnica de PCR seguida por electroforesis en geles de poliacrilamida al 8% 7M urea y tinción con nitrato de plata, encontrándose 5 alelos de 9 reportados para el D16S539 (Steven y col., 1998), siendo la frecuencia del alelo 9 igual a 0.242, 10 igual a 0.258, 11 igual a 0.288, 12 igual a 0.106 y 13 igual a 0.106. La población estudiada se encontró en equilibrio de Hardy-Weinberg con respecto a este marcador y además no existía diferencia significativa entre las frecuencias alélicas del D16S539 de la muestra poblacional de ascendencia andina ancashina y la hispanoamericana.
--- The use of microsatellites, as molecular markers of human DNA, are important in the studies of affiliation and identification in forensic practices. These studies are based on allelic frequencies in certain populations. For example, in Peru the frequencies reported are often for Hispano-Americans. This research attempts to determine if significant differences among allelic frequencies of the microsatellite D16S539 exist between two populations: a Peruvian Ancash sample and a general sample of Hispano-Americans. Genetic populations studies were carried out in a sample of 33 norelated individuals using PCR followed by 8% polyacrilamide gel electrophoresis and silver staining. The population presented 5 alleles of the 9 found for the D16S539 microsatellite, with the respective frequencies: 9 (0.242), 10 (0.258), 11 (0.288), 12 (0.106) and 13 (0.106). The population in study was found to be in Hardy-Weinberg equilibrium with regard to this marker and there were no significant differences between the allelic frequencies of the population of Ancash origin, and general sample of Hispano-Americans.
Tesis

En el últims anys, diversos estudis s’han enfocat cap a l’enteniment del paper dels determinants genètics nuclears i, en menor mesura, mitocondrials, en les malalties cardiovasculars per a prevenir esdeveniments clínics. Malgrat que la majoria dels estudis han intentat predir el risc cardiovascular mitjançant l’ús de puntuacions de risc genètic basades en variants nuclears, fins ara cap estudi ha dut a terme una puntuació de risc utilitzant el genoma mitocondrial. Els objectius plantejats en aquesta tesi són els següents: 1) analitzar el comportament de la mortalitat i morbiditat hospitalària de les malalties cardiovasculars de major rellevància a l’estat Espanyol; 2) determinar l’existència d’una possible associació entre la variació de la regió control del genoma mitocondrial i la susceptibilitat a desenvolupar un infart de miocardi o un accident cerebrovascular i 3) valorar si la incorporació de les variants mitocondrials a una puntuació de risc genètic, emprant marcadors nuclears, millora la capacitat de discriminació i predicció del risc cardiovascular. La metodologia així com la presentació dels resultats i la discussió s’han organitzat en 4 capítols dirigits a respondre els diversos objectius. En el capítol 1 s’ha realitzat un estudi epidemiològic descriptiu que respon a la necessitat d’actualitzar, a nivell nacional, les dades de mortalitat i morbiditat dels principals subtipus de malaltia cardiovascular, per edat i sexe, en totes les comunitats autònomes d’Espanya al llarg dels últims 15 anys. Els resultats obtinguts mostren que les malalties cardiovasculars continuen sent una de les principals causes de morbimortalitat a Espanya; no obstant, també s’observa una disminució de les taxes de mortalitat estandarditzades per edat. Tenint això en ment, s’ha plantejat analitzar l’ADN mitocondrial en individus residents a Castella i Lleó provinents d’un estudi transversal, observacional i descriptiu. Per aquest motiu, en el capítol 2 d’aquesta tesi s’ha investigat l’associació entre els haplogrups mitocondrials i dues malalties cardiovasculars, l’infart de miocardi i l’accident cerebrovascular, així com els factors de risc cardiovasculars clàssics. Les dades obtingudes van mostrar evidències suggestives de que l’haplogrup H pot actuar com un factor de risc genètic per a l’infart de miocardi. A més, en relació als factors de risc clàssics, els resultats també suggerien una funció beneficiosa de l’haplogrup J contra la hipertensió. En el capítol 3, per a la mateixa població de Castella i Lleó, es va analitzar el paper de les mutacions fixades i en heteroplasmia de la regió control de l’ADN mitocondrial que podrien actuar com a factors de risc independents als haplogrups. En aquest cas, també es van observar diferències significatives entre casos i controls, mostrant que les variants m.16.145G>A i m.16.311T>C podien comportar-se com possibles factors de risc en el desenvolupament de l’accident cerebrovascular, mentre que les variants m.72T>C, m.73A>G i m.16.356T>C podien actuar com possibles factors genètics de protecció front a l’infart de miocardi. Tenint en compte els resultats obtinguts, es va realitzar una darrera anàlisi (capítol 4) per tal d’avaluar la magnitud de la informació genètica mitocondrial en la millora de la capacitat de discriminació de les malalties cardiovasculars. Es va crear una puntuació de risc segons el model additiu que suma els al·lels de susceptibilitat de 11 SNPs nuclears i les 5 posicions mitocondrials descrites anteriorment. L'addició de les variants mitocondrials millora la capacitat de discriminació de les malalties cardiovasculars més enllà de la del conjunt dels factors de risc clàssic i els SNPs nuclears en aquesta població. En resum, els resultats presentats en aquesta tesi posen de manifest la influència de les variants mitocondrials en les malalties cardiovasculars. Aquest és el primer treball en avaluar l’ús d’una puntuació de risc que incorpora el genoma mitocondrial i que aconsegueix millorar significativament la capacitat de discriminació dels esdeveniments cardiovasculars.
In recent years, several studies have focused on understanding the role of nuclear and, to a lesser extent, mitochondrial genetic determinants, in cardiovascular diseases to prevent clinical events. Although most studies have tried to predict cardiovascular risk using a genetic risk scores based on nuclear variants, so far no risk score was developed using the mitochondrial genome. The main goals of this thesis are summarized in the following three points: 1) to analyse the state of mortality and hospital morbidity from the most relevant cardiovascular diseases in Spain; 2) to determine the possible association of control region variants of the mitochondrial genome with the susceptibility to develop a myocardial infarction and stroke; and 3) to assess whether the incorporation of mitochondrial variants in a genetic risk score, based in nuclear SNPs, improves the ability to discriminate and predict cardiovascular risk. The methods as well as the presentation of the results and the discussion were organized in 4 chapters aimed to answer the defined objectives. In chapter 1, a descriptive epidemiological study that responds to the need to update the mortality and morbidity data of the main subtypes of cardiovascular disease, by age and sex, in all the Spanish autonomous communities over the last 15 years has been carried out. The results obtained show that cardiovascular diseases continue to be one of the main causes of mortality and morbidity in Spain. However, there is also a decrease in standardized mortality rates by age. Bearing this in mind, mitochondrial DNA has been considered for analysis in individuals residing in in the Spanish autonomous community of Castile and Leon who come from cross-sectional, observational and descriptive study. For this reason, in chapter 2 of this thesis the link between mitochondrial haplogroups and two cardiovascular diseases, myocardial infarction and stroke, and the classic cardiovascular risk factors, was investigated. The data obtained showed suggestive evidence that haplogroup H can act as a genetic risk factor for myocardial infarction. Additionally, in relation to classic risk factors, the results also suggested a beneficial role of haplogroup J against hypertension. In chapter 3, for the same Castile and Leon population, the role of fixed and heteroplasmy mutations of the mitochondrial DNA control region, which act as independent risk factors from haplogroups, was analysed. In this case, significant differences were also observed, reporting that the variants m.16.145G> A and m.16.311T> C could act as possible risk factors in the development of stroke, while variants m.72T>C, m.73A>G and m.16.356T>C could act as possible beneficial genetic factors for myocardial infarction. Taking into account the results obtained, a final analysis (chapter 4) was carried out in order to evaluate the magnitude of the mitochondrial genetic information in improving the ability to discriminate cardiovascular diseases. A risk score was created based on the additive model that adds the susceptibility alleles from the 11 nuclear SNPs and the 5 mitochondrial positions described above. The addition of mitochondrial variants improves, in this population, the ability to discriminate cardiovascular diseases beyond the set of classic risk factors and nuclear SNPs. In summary, the results presented in this thesis show the influence of mitochondrial variants on cardiovascular diseases. This is the first work to evaluate the use of a risk score that incorporates the mitochondrial genome and that significantly improves the ability to discriminate cardiovascular events.

A lo largo de los años, muchos han sido los factores relacionados con la infertilidad masculina, como: infecciones, varicocele (Pomerol 2002), obstrucciones y alteraciones en la producción espermática (Ballescá 2002), causas genéticas (Egozcue 2002), entre otras. Muchas veces la causa es desconocida y pueden afectar en mayor o menor medida a la calidad seminal. Sin embargo, su relación con los hábitos tóxicos ha sido motivo de investigación en los últimos años; de sus resultados se han descrito algunos agentes ambientales tóxicos que pueden deteriorar la aspermatogénesis, ejerciendo efectos nocivos a nivel pre-testicular, testicular o post-testicular (Oliva y cols. 2001, Pflieger-Bruss y cols. 2004). Uno de estos agentes es el tabaco; el cual está ampliamente reconocido como un problema de salud pública y una de las mayores causas de muertes prevenibles. Aproximadamente una tercera parte de la población mundial mayor de 15 años, es fumadora (World Health Organization, 1997). Así mismo, el tabaco afecta la salud reproductiva.En el presente trabajo nos hemos planteado determinar el efecto del tabaco sobre la calidad seminal; determinar el efecto del tabaco sobre la proporción de espermatozoides X e Y, y a partir de ello, el efecto sobre el ratio XY:XX de los embriones analizados en pacientes que asisten a un ciclo de Diagnóstico Genético Preimplantacional (DGP); determinar la asociación del tabaco con anomalías cromosómicas en espermatozoides; determinar el efecto del cigarrillo sobre la fragmentación del ADN en el espermatozoide mediante el test de dispersión de la cromatina (SCD); determinar el efecto del tabaco sobre algunas enzimas implicadas en el proceso de oxido-reducción en el espermatozoide para la eliminación de radicales libres; y determinar el efecto del tabaco sobre la oxidación del ADN espermático.Para ello hemos hecho uso de técnicas como análisis básico de semen y swim-up, Hibridación In Situ Fluorescente (FISH) en espermatozoides y en embriones, Diagnostico Genético Preimplantacional (DGP), Test de dispersión de la Cromatina (SCD) para determinar fragmentación del ADN, Extracción de ARNm y PCR cuantitativa fluorescente, espectrofotometría, medición de la oxidación del ADN del espermatozoide mediante el test Oxi-DNA.Del presente trabajo hemos concluido que: 1) El tabaco no altera los parámetros seminales en los pacientes infértiles; así mismo, son comparables entre sí las anomalías cromosómicas en espermatozoides y en embriones provenientes de hombres fumadores con los no fumadores; también lo son, la proporción de espermatozoides portadores del cromosoma X e Y en muestras de eyaculado; 2) Existe un sesgo importante a nivel cromosómico en los espermatozoides tras la capacitación en los hombres fumadores a favor de aquéllos que portan el cromosoma X, que se corresponde con el incremento significativo de embriones de sexo femenino provenientes de este grupo de pacientes, lo que hace inferir que el tabaco tiene efectos deletéreos sobre el espermatozoide portador de cromosoma Y; 3) Al relacionar a nivel molecular el efecto del tabaco sobre el espermatozoide; se concluye que: a) La integridad del ADN de los espermatozoides de los hombres fumadores está significativamente alterada tras el proceso del capacitado con respecto a los hombres que no fumaban; b) En cuanto a las enzimas destinadas a eliminar los radicales libres, se concluye que el tabaco podría tener un efecto diana específico sobre el espermatozoide, ya que tanto la expresión de la GPX A (que está directamente relacionada con la infertilidad) como su actividad, están disminuidas en los hombres fumadores; c) La fragmentación del ADN debida al consumo de cigarrillo no tiene origen en la oxidación del mismo causada por el tabaco. Probablemente haya algún otro compuesto en el cigarrillo que no produzca oxidación pero que sea capaz de afectar la integridad del ADN espermático.

Se aplica la técnica del ADN polimorfico Amplificado al Azar (RAPD) se aplica al estudio molecular de Lama pacos (alpaca), esta metodología se propone debido a que las técnicas de microsatélites y ADN mitocondrial, que actualmente se utilizan, no tienen un uso práctico cuando se trata de analizar gran cantidad de muestras. Para la estandarización del RAPD se utilizo ADN genómico a partir de sangre total y cebadores de 10 nucleotidos siguiendo los protocolos estandarizados modificando básicamente la concentración de MgCl2 a 2.5 mM permitiendo aumentar la intensidad de las bandas y una mejor visualización. Se prosiguió con la identificación de cebadores informativos, de 23 cebadores fueron seleccionados 7 (OPF-05, OPI-04, OPB-03, OPI-18, OPB-11, OPA-18 y OPI-14) por generar numerosas bandas por muestras analizadas. Estos cebadores permitieron obtener perfiles diferentes entre alpacas híbridas y puras; en la muestra poblacional estudiadas no se encontraron alpacas que tuvieran un perfil de bandas similares a los presentados por los animales puros, esto explicaría el grado de hibridación que existe debido a un inadecuado cuidado en el cruce, esto trae como consecuencia, por ejemplo, una baja calidad en la producción de fibra por las alpacas y llamas híbridas disminuyendo el ingreso económico para las familias campesinas. En 8 alpacas los cebadores OPB-03 y OPA-18 mostraron bandas polimorficas de 650 pb y 1000 pb respectivamente, este polimorfismo nos podría indicar alguna mutación o variabilidad intraespecífica, ya que estos animales no presentan diferencias fenotípicas evidentes.
-- The Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) is applied on the molecular study of Lama pacos (Alpaca), this methodology is proposed because the microsatellites and DNA mitochondrial techniques, which are used commonly, don't have a practical utility when is necessary to analyze great quantity of samples. Genomic DNA obtained from total blood and primers of 10 nucleotides were used to standardize the RAPD technique following the standardized protocols, and concentration of MgCl2 was modified at 2.5 mM which allowed an increase at the intensity and a better visualization of the bands. After the standardization, the identification of informative primers was realized, beginning with 23 primers, selecting only 7 (OPF 05, OPI 04, OPB 03, OPI 18, OPB 11, OPA 18 and OPI 14), because the presence of several bands for the analyzed samples. These primers let obtain different profiles between hybrid and pure alapacas; in the sample were not found alpacas with a similar bands profiles to those presented by the pure animals, this would explain the hybridization grade that exists due to an inadequate care in the crossing, this results in, for example a low quality in the fiber production from the hybrid alpacas and llamas, diminishing the economic entrance for the rural families. In 8 alpacas the primers OPB-03 and OPA-18 showed polymorphic bands of 650 pb and 1000 pb respectively, this polymorphism could indicate some mutation or intraespecific variability, since these animals don't present evident phenotypic differences.
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Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) es un molusco terrestre endémico de las lomas costeras de la costa central del Perú que habita principalmente las zonas arenosas. Sólo se encuentran individuos vivos en las siguientes lomas del departamento de Lima: Ancón, Pasamayo, Lachay y Cerro de Agua. Además, posee morfotipos geográficamente aislados, uno en Ancón-Pasamayo y el otro en Lachay-Cerro de Agua. La fragmentación de su hábitat y la disminución en su tamaño poblacional pueden haber conllevado al decremento en su diversidad genética y una diferenciación genética entre sus poblaciones. El objetivo principal de esta investigación fue evaluar la diversidad genética en B. scalariformis comparándola con su distribución geográfica y morfotipos, para así obtener información sobre la estructura genético-poblacional de la especie. Para ello, se realizó un análisis morfométrico del diseño de la concha en 200 individuos. De las 10 variables utilizadas, 8 fueron digitalizadas y procesadas para encontrar las distancias entre los puntos de medición; a este conjunto se sumaron las variables: número de costillas por cada 3 mm y número de vueltas. Luego, se utilizaron individuos colectados vivos para la extracción de DNA total a partir de tejido del músculo del pie y se realizaron las amplificaciones del gen mitocondrial 16S rRNA por PCR. Los productos de amplificación fueron secuenciados y las secuencias obtenidas se utilizaron en el análisis filogenético intraespecífico y poblacional.
--- Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) is a land snail species from central Peru. It is endemic to coastal "lomas" ecosystem and inhabits mainly in sand formations. Alive individuals have only been found in Ancon, Pasamayo, Lachay and Cerro de Agua lomas from Lima department. This species has two morphotypes, which in turn are geographically isolated, one morphotype inhabits in Ancon-Pasamayo lomas and the other one in Lachay-Cerro de Agua. Habitat fragmentation and decreasing of population size could have lead to reduction of genetic diversity and to genetic differentiation between its populations. The aim of this research was to evaluate genetic diversity in B. scalariformis comparing it with both its geographical distribution and morphotypes, in order to know about its population genetic structure.
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