Academic literature on the topic 'Ilots génomiques'

S. Agalactiae (SGB), première cause d'infections néonatales, est aussi associé à des infections chez l’animal. Or, c'est avant tout une bactérie commensale du tube digestif chez l'homme. Son génome est riche en gènes codant pour des systèmes de régulation qui participent à l'adaptation de la bactérie à différents environnements. En partant de l'analyse de données de transcriptomes, j'ai caractérisé la réponse transcriptionnelle associée à plusieurs de ces systèmes de régulation. J'ai pu mettre en évidence que le processus de D-alanylation, responsable de l'ajustement de la charge nette à la surface de la bactérie, est contrôlé par deux boucles de rétrorégulation faisant intervenir deux TCS CiaRH et DltRS. J'ai également étudié la régulation de l'expression de deux facteurs de virulence, la protéine Srr et le pilus PI-2a, qui fait intervenir une régulation croisée de régulateurs de la famille RofA-like et un contrôle indirect par le régulateur CovRS appartenant au core génome. Les EGMs jouent un rôle majeur dans l'évolution des génomes par transfert horizontal. Chez SGB, une nouvelle famille d'ICEs, les TnGBS, est impliquée dans des phénomènes de transfert de type Hfr. Nous avons montré qu'ils constituent la première famille d'ICE codant pour une transposase à motif DDE. Ils possèdent aussi une spécificité d'insertion originale au niveau des régions promotrices. L'analyse comparative des séquences de ces ICE a permis de prédire les protéines impliquées dans les différentes phases du processus de conjugaison. Les TnGBS forment deux sous-familles qui associent une même transposase avec deux modules de conjugaison , de réplication distincts
S. Agalactiae (GBS) was initially described as responsible for bovine mastitis, but is now recognized as a leading cause of infections in neonates causing pneumonia, septicemia, and meningitidis. However, this bacterium is primarily a commensal of the human digestive and genitourinary tracts. To colonize and to adapt to this broad range of environments, GBS utilizes transcriptional regulators. Using transcriptomic approaches, we have characterized some of these regulatory systems. In particular, we have demonstrated that the D-alanylation of the LTA is under the control of a dual feedback loop involving the two TCS DltRS and CiaRH. This dual regulation ensure a fine-turning of the expression of the dlt operon expression and consequently of the net charge of the bacterial cell surface. We have also shown that the loci encoding the virulence factors Srr and PI-2a are regulated by two transcription factors of RofA-like family, and also regulated by CovRS regulatory system belonging to the core genome. The EGMs are the major contributor of genome evolution by lateral gene transfer. We have characterized a new family of ICEs ,the TnGBS, corresponding to the first family of ICEs whose excision/integration is mediated by a DDE transposase. Another characteristic of this family is their insertion specificity upstream promoters sequences. The characterization and the comparative analysis of TnGBS related elements led to define the proteins implicated in the different steps of the conjugation process. The TnGBS related elements can be classified in subgroups sharing the tranposase but associated with two different conjugation machineries

Les méthodes paramétriques de détection de transferts horizontaux - basées sur les caractéristiques compositionnelles des génomes - conduisent souvent à des résultats différents. À l'aide de génomes artificiels homogènes combinés pour créer un panel de transferts horizontaux, nous avons pu tester les méthodes de détection selon les caractéristiques de ces transferts. Elles présentent une grande variété d'efficacité pour des fragments de petite taille ou d'origine phylogénétiquement proche. En conclusion, nous montrons qu'il est nécessaire d'appliquer une combinaison de méthodes correctement choisies en fonction des caractéristiques du génome étudié. Un consensus majoritaire sur trois méthodes (GC\%, usage de codons et signature génomique) a été appliqué pour rechercher les transferts horizontaux dans des génomes du complexe M. Tuberculosis, c'est-à-dire l'ensemble des espèces responsables de la tuberculose chez les mammifères. Quarante-huit régions chromosomiques ont été décrites, présentant des caractéristiques d'îlots génomiques. L'analyse comparative des génomes a montré que ces régions ont été transférées au cours de l'émergence du bacille tuberculeux et qu'elles sont toujours en cours d'amélioration. Aussi nos résultats suggèrent que l'ancêtre du bacille de la tuberculose était une bactérie environnementale qui aurait échangé du matériel génomique avec des bactéries du sol et des bactéries pathogènes de l'Homme
The different parametric methods - based on compositional characteristics of genomes - for detecting horizontal transfers often uncover different sets of genes. Using homogenous artificial genomes combined to create all kinds of horizontal transfers, we were able to assess the efficiency of the methods according to the horizontal transfer characteristics. The efficiency of the different methods fluctuates a lot with small or phylogenetically close fragments. As a conclusion, we preconise the use of a combination of methods, adequately chosen according/to the studied genome characteristics. A consensus of three methods (GC\%, codon usage and genomic signature) was used to search for horizontal transfers in genomes of the M. Tuberculosis complex, that comprises the species causing tuberculosis in mammals. We identified 48 chromosomal regions displaying typical features of genomic islands. By comparative genomic analysis, we showed that these regions were transferred during the emergence of the tubercle bacilli and that they are still being ameliorated. Also, our results strongly suggest that the ancestor of the tubercle bacilli was a environmental bacilli that exchanged genomic material with other bacterial species, that were present in its surrounding and sometimes pathogenic

Le complexe Burkholderia cepacia (Bcc) englobe 17 espèces retrouvées dans les infections pulmonaires d'individus atteints de mucoviscidose. Les bactéries de ce complexe sont présentes dans les sols, la rhizosphère de grandes cultures, les eaux usées et peuvent également être rencontrées dans le cadre d'infections nosocomiales. En France, les espèces B. multivorans et B. cenocepacia (Bcen) sont les espèces majoritaires au niveau des infections de patients atteints de mucoviscidose. Divers clones épidémiques ont été décrits au sein de l'espèce Bcen dont le clone ET12 associé au "syndrome cepacia". En 2004, une épidémie nosocomiale impliquant un clone du Bcc est survenue dans un hôpital de l'Ain. Durant ce travail, l'origine de ce clone (B&B), sa classification au sein du Bcc et certains phénomènes génétiques liés à son émergence ont été étudiés. Cela a permis d'identifier ce clone comme appartenant à l'espèce Bcen et une forte proximité de celui-ci avec la lignée ET12. L'étude des facteurs transcriptionnels de la famille σ70 au sein du Bcc a mis en évidence une structure génétique similaire entre la lignée ET12 et ce clone, mais différente de celle observée chez les autres espèces du Bcc. L'analyse d'éléments génétiques répétés de la famille des séquences d'insertion (IS) a cependant permis d'observer une organisation génomique distincte de la lignée ET12. Celle-ci a été reliée à des phénomènes d'instabilité génétique notamment à des phénomènes d'acquisition d'éléments génétiques mobiles de type îlot génomique. L'ensemble de ce travail a permis de caractériser un ensemble de phénomènes génétiques pouvant expliquer l'émergence de clones épidémiques tels que le clone B&B.

Les bactéries du genre Nocardia sont des Actinobactéries filamenteuses. Ces microorganismes sont saprophytes du sol. Les infections à Nocardia ou nocardioses se manifestent dans la majorité des cas (60%) par des infections pulmonaires et plus rarement par des infections cérébrales. La souche Nocardia cyriacigeorgica GUH-2 à causé la mort d'un patient dans les années 70. Des études sur cette souche ont montré qu'elle avait un haut pouvoir pathogène et qu'elle était capable dans certaines conditions de déclencher chez la souris et les primates le développement de troubles moteurs similaires à ceux observés dans la maladie de Parkinson. Afin d'appréhender l'implication de l'espèce pathogène opportuniste N. cyriacigeorgica dans l'une des plus importantes maladies neurodégénératives du 21ème siècle, le séquençage du génome de la souche N. cyriacigeorgica GUH-2 à été entrepris. Il a permis l'identification d'un grand nombre de gènes liés à la virulence et à la résistance aux antibiotiques ainsi que l'identification d'ilots génomiques et de séquences d'insertions reflétant une plasticité plus grande que celle qui était décrite pour ce genre bactérien. L'étude de groupements de gènes impliqués dans la production de métabolites secondaire a montré que ces molécules pourraient être responsables des propriétés neurodégénératives de la souche. L'espèce de N. cyriacigeorgica étant retrouvée fréquemment en clinique sans que son réservoir naturel n'ai été mis en évidence à ce jour, la mise au point de marqueurs de détection génétique a été réalisé afin de permettre la recherche de la niche écologique de cette espèce mais également de faciliter le diagnostic des nocardioses.

Le complexe Burkholderia cepacia (Bcc) englobe 17 espèces retrouvées dans les infections pulmonaires d'individus atteints de mucoviscidose. Les bactéries de ce complexe sont présentes dans les sols, la rhizosphère de grandes cultures, les eaux usées et peuvent également être rencontrées dans le cadre d'infections nosocomiales. En France, les espèces B. multivorans et B. cenocepacia (Bcen) sont les espèces majoritaires au niveau des infections de patients atteints de mucoviscidose. Divers clones épidémiques ont été décrits au sein de l’espèce Bcen dont le clone ET12 associé au "syndrome cepacia". En 2004, une épidémie nosocomiale impliquant un clone du Bcc est survenue dans un hôpital de l’Ain. Durant ce travail, l’origine de ce clone (B&B), sa classification au sein du Bcc et certains phénomènes génétiques liés à son émergence ont été étudiés. Cela a permis d’identifier ce clone comme appartenant à l’espèce Bcen et une forte proximité de celui-ci avec la lignée ET12. L’étude des facteurs transcriptionnels de la famille σ70 au sein du Bcc a mis en évidence une structure génétique similaire entre la lignée ET12 et ce clone, mais différente de celle observée chez les autres espèces du Bcc. L’analyse d’éléments génétiques répétés de la famille des séquences d’insertion (IS) a cependant permis d’observer une organisation génomique distincte de la lignée ET12. Celle-ci a été reliée à des phénomènes d’instabilité génétique notamment à des phénomènes d’acquisition d’éléments génétiques mobiles de type îlot génomique. L’ensemble de ce travail a permis de caractériser un ensemble de phénomènes génétiques pouvant expliquer l’émergence de clones épidémiques tels que le clone B&B
The Burkholderia cepacia complex (Bcc) comprises 17 species found in lung infections of individuals with cystic fibrosis. The bacteria of this complex are present in the soil, the rhizosphere of field crops, wastewater and may also be encountered in nosocomial infections. In France, the B. multivorans and B. cenocepacia species are the major species in infections of cystic fibrosis patients. Various epidemic clones have been described within the B. cenocepacia species whose ET12 clone associated with "cepacia syndrome". In 2004, a nosocomial outbreak involving a clone of Bcc occurred in a French hospital. During this outbreak, origin of this clone (B&B clone), its classification within the Bcc and several genetic events associated with its emergence have been studied. These investigations have identified this clone as belonging to the species B. cenocepacia with a strong proximity with the ET12 lineage. The study of transcriptional factors of σ70 family within the Bcc has revealed a similar genetic structure between the ET12 lineage and this clone, but different from that observed in other species of Bcc. Analysis of genetic elements repeated family of insertion sequences (IS), however, allowed to observe a distinct genomic organization of the ET12 lineage. It has been linked to phenomen of genetic instability including acquisition of mobile genetic elements like genomic island (GI). All of this work has helped to characterize a set of genetic events may explain the emergence of epidemic clones such as clone B&B

L'expression monoparentale des gènes soumis à empreinte parentale est sous le contrôle de marques de méthylation qui sont mises en place indépendamment dans les lignées germinales mâles et femelles, sur des régions appelées ICR (Imprinting Control Régions). Après fécondation et réunion des pronoyaux parentaux, ces marques ou « empreintes » sont fidèlement maintenues tout au long du développement. La protéine DnmtSL, co-facteur des ADN méthyltransférases de novo, joue un rôle clé dans l'établissement de la méthylation germinale, en stimulant l'activité de DnmtSA sur des séquences génomiques particulières, déterminées par une combinaison de caractéristiques génomiques et épigénétiques. L'invalidation de DnmtSL chez des souris femelles conduit à la production d'ovocytes dépourvus d'empreinte et permet une approche à l'échelle du génome entier du phénomène chez les embryons Dnmt3L-/+. Mon travail de thèse a consisté en une analyse fonctionnelle, évolutive et génomique de la biologie de l'empreinte parentale. Par une étude transcriptionelle et ontologique, j'ai mis en évidence le rôle prépondérant de l'empreinte maternelle par rapport à l'empreinte paternelle sur le développement embryonnaire précoce. Cette asymétrie fonctionnelle a pu être liée à une évolution nucléotidique différente des ICRs paternelles et maternelles. J'ai ensuite développé une méthode globale pour le criblage de nouvelles ICRs maternelles dans le génome murin, qui m'a permis d'identifier de nouveaux candidats. Enfin, j'ai entrepris une analyse systématique du ratio allélique d'expression des gènes soumis à empreinte dans divers tissus, pour révéler la variabilité spatio¬temporelle de l'expression monoparentale et de la maintenance du rôle des ICRs en vie adulte. Ce travail, mené sous différents angles complémentaires, m'a permis d'appréhender le phénomène d'empreinte parentale selon une vue globale et non biaisée et a fourni des jalons importants pour le développement de nouveaux axes de recherche dans le laboratoire
Monoparental expression of imprinted genes is under the control of methylation marks that are set up independently in the male and female germlines, at specific regions called ICRs (Imprinting Control Regions). After fertilization, these marks or «imprints» are faithfully maintained throughout development. The DnmtSL protein, a co-factor of de novo DNA-methyltransferases, is crucial for the establishment of germline methylation, by stimulating the activity of DnmtSA on specific sequences, determined by genomic and epigenetic characteristics. The genetic inactivation of DnmtSL in mouse females leads to the production of imprint-free oocytes, allowing a genome-wide scale analysis of the phenomenon in Dnmt3L-/+ embryos. My PhD project consisted in a functional, evolutive and genomic analysis of the biology of genomic imprinting. Based on a transcriptional and ontological study, I first pointed out the dominant role of maternal imprints compared to paternal ones during early development. This functional asymmetry was linked to a different nucleotidic evolution of maternal versus paternal ICRs. Then, I developed a genome-wide method for the screening of new maternal ICRs in the mouse genome, and identified potential candidates. Finally, I was involved in a systematic analysis of the allelic expression of imprinted genes in various tissues, to reveal the spatio-temporal variability of monoparental expression and of ICR regulatory role in adult life. This multi-angle approach allowed me to provide an unbiased and global view of genomic imprinting and has contributed to the development of new research axes in the laboratory

Les liens entre la diversité et l'adaptation des populations bactériennes à leur environnement constituent une problématique importante en écologie microbienne. L'accès à de nombreux génomes permet aujourd'hui des avancées intéressantes dans ce domaine. Plusieurs souches du genre Thiomonas et appartenant à la même espèce, Tm. arsenitoxydans 3As et Tm. spp. CB1, CB2, CB3 et CB6, ont été isolées d'un drainage minier acide (DMA) à Carnoulès (Gard). La comparaison de leur génome a permis d'affiner leur phylogénie et de mettre au jour des différences de contenu génétique liées à des îlots génomiques. Certaines de ces différences ont été corrélées expérimentalement avec des différences fonctionnelles concernant l'oxydation de l'arsénite (As(III)), la dégradation de l'urée et la biosynthèse de biofilm, et confèrent potentiellement un avantage sur le site (meilleure résistance à l'As(III), précipitation des métaux et augmentation du pH, protection des cellules). La comparaison de la synténie des génomes de Tm. arsenitoxydans 3As avec Tm. sp CB2 et Tm. intermedia K12 (non isolée de ce DMA) a montré que le génome de Tm. sp. CB2 a subi plusieurs remaniements importants. Ces types de réarrangements pourraient être en partie à l'origine de l'apparition de variants "super-résistants" à l'As(III) dans la population. En particulier, plusieurs copies d'un élément intégratif et conjugatif portant l'opéron aioBA codant l'arsénite oxydase ont été détectées chez deux variants, ce qui pourrait en partie expliquer leur résistance accrue à l'As(III). La proportion de variants est plus importante en présence d'As(III) au sein des biofilms, et des données de transcriptomique ont en effet montré que ces remaniements seraient en partie causés par des systèmes de réparation de l'ADN suite à des dommages liés au stress oxydant induit par l'As(III). Le développement en biofilm et la présence d'As(III) modulerait donc la flexibilité génomique et le potentiel adaptatif de Tm. sp. CB2. Ces données suggèrent que cette souche, avec Tm. sp. CB3, possèdent un génome visiblement plus flexible que les autres. Les souches Tm. arsenitoxydans 3As et Tm. spp. CB1 et CB6, contrairement à Tm. spp. CB2 et CB3, forment un groupe distinct d'un point de vue phylogénétique et fonctionnel ("groupe 3As"), suggérant qu'elles occupent une niche écologique spécifique et pourraient constituer un écotype. La population de Thiomonas de ce DMA serait donc composée d'au moins un écotype stable et de souches au génome plus instable, dont le potentiel adaptatif plus important serait influencé par l'As(III) et le développement en biofilm
Understanding the link between diversity and adaptation in natural bacterial populations represents an important issue in microbial ecology. The amount of whole genome sequencing data currently available has allowed for interesting advances in this field. Several strains from the genus Thiomonas belonging to the species, Tm. arsenitoxydans (3As) and Tm. spp. (CB1, CB2, CB3 and CB6), were isolated from the acid mine drainage (AMD) at Carnoulès (Gard, France). Comparison among genomes allowed for a better definition of their phylogenetic relationships and highlighted differences in genetic content, which is essentially due to the presence of genomic islands. Some of these differences were experimentally correlated with functional traits concerning arsenite oxidation, urea degradation, and biofilm biosynthesis, and are potentially beneficial in situ (leading to an enhanced resistance to arsenite (As(III)), metal precipitation, and an increase in pH, ultimately protecting cells). The comparison of genome synteny of Tm. arsenitoxydans 3As, Tm. sp CB2, and Tm. intermedia K12 (not isolated from this AMD) show several important genomic rearrangements exist in Tm. sp CB2. This type of rearrangements could be involved in the emergence of arsenite "super-resistant" variants in the Tm. sp CB2 population. In particular, several copies of an integrative and conjugative element (ICE) containing the aioBA operon coding arsenite oxidase were detected in the genomes of two variants, which could explain their higher levels of resistance to As(III). The percentage of variants in biofilm culture is higher when grown in the presence of As(III), and transcriptomic data suggests that genomic rearrangements probably occurred through DNA repair systems following damage caused by As(III) induced oxidative stress. Therefore, biofilm development and As(III) appear to allow for the adaptation of Tm. sp. CB2 genome flexibility and evolutionary potential. These data suggest that CB2 and Tm. sp. CB3 have more flexible genomes than the other strains. Tm. arsenitoxydans 3As and Tm. spp. CB1 and CB6 form both a phylogenetic and functional cluster ("3As group") suggesting that they occupy a specific ecological niche and therefore could represent an ecotype of the genus Thiomonas. The Thiomonas population from the Carnoulès AMD might therefore consist of at least one stable ecotype as well as other strains with more instable genomes, whose higher adaptive potential could be affected by As(III) and biofilm development

Des analyses de génomes avaient suggéré que de nombreux îlots génomiques bactériens seraient des éléments intégratifs conjugatifs (ICE) ou des éléments en dérivant. Les ICE s'excisent sous forme circulaire par la recombinaison site-spécifique, se transfèrent par conjugaison et s'intègrent chez une cellule réceptrice. Les éléments de ce type sont très abondants aux seins des génomes de bactéries et d'archées. Divers îlots génomiques apparentés sont intégrés dans l'extrémité 3' de l'ORF fda chez plusieurs souches de Streptococcus thermophilus. Cette famille inclut 2 éléments intégratifs potentiellement conjugatifs, dont ICESt3, et 4 éléments qui dérivent d'ICE par délétion, les CIME (cis mobilizable elements). Ce travail a montré qu'ICESt3 se transfère entre souches de S. thermophilus et entre espèces proches. Cet élément est le premier élément conjugatif identifié chez ce streptocoque. Le transfert d'ICESt3 vers une cellule portant un ICE ou un CIME intégré a conduit à l'accrétion site-spécifique d'ICESt3 et d'un îlot génomique apparenté. À partir de cellules portant un tandem CIME-ICE, le co-transfert du CIME et de l'ICE ainsi que le transfert du CIME seul ont été obtenus, démontrant la mobilisation conjugative d'un CIME par ICESt3. Ainsi, les îlots génomiques de S. thermophilus évoluent par accrétion site-spécifique et mobilisation conjugative. Par ailleurs, une analyse de séquences disponibles dans les bases de données et une analyse bibliographique suggèrent très fortement que les CIME sont très répandus et que les événements d'accrétion site-spécifique entre îlots génomiques jouent un rôle important dans l'évolution bactérienne
Analyses of genomes had suggested that numerous bacterial genomic islands would be integrative conjugative elements (ICEs) or elements deriving from them. ICEs excise under a circular form by site-specific recombination, transfer by conjugation, and integrate in a recipient cell. The type of elements is very widespread in genomes of bacteria and archaea. Various related genomic islands are integrated at the 3' of the fda ORF in different Streptococcus thermophilus strains. This family includes 2 integrative and potentially conjugative elements, of which ICESt3, and 4 elements deriving from ICEs by deletion and named CIMEs (cis mobilizable elements). This work has demonstrated that ICESt3 transfers between S. thermophilus and related species. This element is the first conjugative element identified in this streptococcus. The ICESt3 transfer to a cell already carrying an ICE or a CIME leads to the characterization of site-specific accretions of ICESt3 and a related genomic island. Using donor cell harboring a CIME-ICE tandem, the co-transfer of the CIME and the ICE, the transfer of the ICE and the transfer of the only CIME were obtained, demonstrating conjugative mobilization of a CIME by ICESt3. Thus, the genomic islands from S. thermophilus evolve by site-specific accretion and conjugative mobilization. Moreover, an analysis of sequences from databases and an analysis of literature strongly suggest that CIMEs are widespread and that site-specific accretions between genomic islands play a key role in bacterial evolution

Les sidérophores-microcines H47 et M (MccH47 et MccM) sont des peptides antimicrobiens hybrides, constitués d'une entité peptidique couplée à un groupement dérivé d'un sidérophore, l'entérobactine. Elles sont à l'origine de l'activité antagoniste de la souche Escherichia coli Nissle (EcN) vis-à-vis d'entérobactéries pathogènes. Cette souche est également porteuse de l'îlot pks à l'origine de la synthèse d'une génotoxine, la colibactine. Nous avons déterminé que la peptidase ClbP codée par l'îlot pks était indispensable à la synthèse des sidérophores-microcines chez EcN. C'est la partie C-terminale ancrant ClbP dans la membrane interne qui permet la synthèse des MccH47 et MccM, et non son site catalytique essentiel à la maturation de la colibactine. Par rapport au système génétique conduisant à la synthèse des MccH47 et MccM chez les souches E. coli CA46 et CA58, l'îlot sidérophores-microcines de EcN est tronqué. Nous avons montré que IroB, impliqué dans la synthèse des salmochélines était indispensable à l'activité antagoniste de EcN, probablement en assurant le rôle de son homologue McmL manquant chez EcN. Nous avons déterminé que l'ensemble des souches séquencées de E.coli portant un îlot microcines tronqué possédait les îlots pks et salmochélines, ce qui renforce l'hypothèse d'une interdépendance et d'une coévolution de ces systèmes. Nous avons étudié la présence des îlots microcines, pks et salmochélines dans une collection de souches de E. coli responsables de pyélonéphrites, cystites ou bactériuries asymptomatiques. L'analyse génétique de plus de 200 souches recueillies à la suite d'examens cytobactériologiques des urines a permis de confirmer l'association systématique de ces 3 îlots. La proportion des souches productrices de MccH47 et MccM est identique quel que soit le tableau clinique, ce qui tendrait à prouver qu'il s'agit davantage d'un facteur permettant la colonisation de l'arbre urinaire à partir de la niche intestinale plutôt que d'un facteur de virulence dans le tractus urinaire
Siderophore-microcins H47 and M (MccH47 and MccM) are antimicrobial peptides, built from a peptidic precursor modified with a siderophore enterobactin derived moiety. They are responsible for Escherichia coli strain Nissle (EcN) antagonistic activity against pathogenic enterobacteria. EcN also carries the pks island encoding the genotoxin colibactin production. We determined that the pks island encoded peptidase ClbP was necessary for siderophore-microcins synthesis in EcN. ClbP catalytic site, which is involved in colibactin maturation, plays no role in EcN antagonistic activity, whereas its C-terminal domain, which anchors ClbP to the inner membrane is required. EcN microcin gene cluster is truncated in comparison to E. coli strains CA46 or CA58 microcin gene clusters. We showed that IroB, which is involved in salmochelin synthesis is required for EcN antagonistic activity. It probably replaces its homolog McmL lacking in EcN. We determined that all E. coli strains bearing a truncated microcin gene cluster also carried the pks island and the salmochelin gene cluster. It reinforces the hypothesis of an interplay and a coevolution of these systems. We studied the presence of the microcin, the pks, and the salmochelin gene cluster in a collection of E. coli strains responsible for pyelonephritis, cystitis, or asymptomatic bacteriuria. The genetic analysis of more than 200 strains collected after cytobacteriological examinations of urine confirmed the systematic association between these three gene clusters. The proportion of strains producing MccH47 and MccM is identical whatever the clinical presentation, which tends to prove that they are not virulence factors per se, but that they may favor the colonization of the urinary tract from the intestinal niche

L’îlot génomique SGI1 est un élément intégratif mobilisable identifié initialement chez le clone épidémique penta-résistant de Salmonella enterica Typhimurium DT104. La présence de SGI1 chez différents sérotypes de Salmonella et chez Proteus mirabilis a conduit à démontrer son transfert conjugatif. SGI1 s’excise du chromosome pour former un intermédiaire circulaire capable d’être mobilisé en trans par un élément conjugatif corésident. Dans la bactérie réceptrice, SGI1 s’intègre de manière site-spécifique grâce à l’intégrase codée par l’îlot. L’objectif de ce travail était d’étudier les mécanismes impliqués dans la mobilisation de l’îlot génomique. Des expériences de mobilisation de SGI1 avec des plasmides de différents groupes d’incompatibilités ont montré que seuls les plasmides de résistance du groupe IncA/C étaient capables de mobiliser l’îlot génomique. L’origine de transfert (oriT) de SGI1 a été identifiée sur un fragment de 135 pb capable de rendre mobilisable un plasmide non mobile. La diminution du transfert de SGI1 dépourvu de ce fragment a permis de confirmer la localisation de l’oriT. L’implication de l’ORF S020 dans le transfert de l’îlot a aussi été démontrée. Une autre région comprise entre les ORF S013 et S019 contient un élément indispensable au transfert de l’îlot. L’identification des différents composants moléculaires impliqués dans la mobilisation de SGI1 est une étape importante pour comprendre la dissémination de l’îlot génomique
The Salmonella genomic island 1 is an integrative mobilizable element (IME) originally identified in epidemic multidrug-resistant Salmonella enterica Typhimurium DT104. The occurrence of SGI1 in several S. enterica serovars and recently in Proteus mirabilis has led to demonstrate its horizontal transfer. SGI1 excises from the donor chromosome to form a circular extrachromosomal intermediate that can be mobilized in trans to the recipient. SGI1 integrates site-specifically into the chromosome at the 3’ end of the trmE gene. Here, we have studied the mechanism of conjugative transfer of SGI1. First, we have shown by SGI1 mobilization assays with different plasmid incompatibility groups that only multidrug-resistance IncA/C plasmids were able to mobilize SGI1. The transfer origin of SGI1 has been located on a 135 bp DNA region by mobilization assays of a non mobile plasmid containing this region. The decrease in transfer frequency of a SGI1 lacking this putative oriT region confirmed this location. The involvement in the SGI1 transfer of the S020 ORF coding for a putative integrase was also demonstrated. One other region located between S013-S019 ORFs contained an element required for SGI1 mobilization. The identification of the different molecular components involved in SGI1 mobilization is an important step for understanding the dissemination of the genomic island